JP4280788B2 - Neisseria種用の核酸プローブおよび増幅オリゴヌクレオチド - Google Patents
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Description
ここに記載され特許請求される本発明は、被験試料中の淋菌および髄膜炎菌の検出を可能とする、淋菌および髄膜炎菌に対する増幅オリゴヌクレオチドおよび核酸プローブの設計および使用に関する。
ナイセリア(Neisseria)属には、ヒトに病原性であり、他の既知の保有宿種を有しない化膿性球菌の2つのグラム陰性種:髄膜炎菌(Neisseria meningitidis)および淋菌(Neisseria gonorrhoeae)が含まれる。多くの非病原性種もまたヒトの上部呼吸管に住み、髄膜炎菌と容易に混同される。髄膜炎菌性髄膜炎は、19世紀の始めには感染性疾患として認識されており、特に軍人の間で流行している。髄膜炎菌性髄膜炎の原因病原体は髄膜炎菌である。
本発明は、ナイセリアのrRNA(リボソームRNA)またはrDNA(リボソームDNA)ヌクレオチド配列の特定の領域に相補的であるように設計された、新規かつ有用な増幅オリゴヌクレオチド、ヘルパーオリゴヌクレオチド、およびオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイプローブ、またはナイセリアrRNAまたはrDNAヌクレオチド配列またはその相補物の特定の部分に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを開示し、特許請求する。これらの増幅オリゴヌクレオチド、ヘルパーオリゴヌクレオチドおよびハイブリダイゼーションアッセイプローブは病原性ナイセリアのrRNAに由来するため、これらのrRNA遺伝子から発現されるRNAのレベルがより高く、生物間でのrRNA配列の横の伝達がないため、優れた検出アッセイが得られる。
配列番号11: GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12: GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15: CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16: CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25: GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26: GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27: CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号28: CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
配列番号1: GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3: GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号29: CCGCTACCCG GTACGTTC
配列番号30: CATCGGCCGC CGATATTGGC
配列番号31: GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32: GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号33: CCGCUACCCG GUACGUUC
配列番号34: CAUCGGCCGC CGAUAUUGGC
から選択される。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC、および
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
から選択される。
配列番号1: GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3: GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号29: CCGCTACCCG GTACGTTC
配列番号30: CATCGGCCGC CGATATTGGC
配列番号31: GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32: GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号33: CCGCUACCCG GUACGUUC
配列番号34: CAUCGGCCGC CGAUAUUGGC
の1つから選択されるヌクレオチド配列を有する。
配列番号2 GGGATAACTG ATCGAAAGAT CAGCTAATAC CGCATACG
配列番号4 ACGGTACCTG AAGAATAAGC ACCGGCTAAC TACGTG
配列番号39 GGGAUAACUG AUCGAAAGAU CAGCUAAUAC CGCAUACG
配列番号40 ACGGUACCUG AAGAAUAAGC ACCGGCUAAC UACGUG
配列番号13 GCCTTCGGGT TGTAAAGGAC TTTTGTCAGG GAAGAAAA
配列番号14 GCTGATGACG GTACCTGAAG AATAAGCACC GGC
配列番号35 GCCUUCGGGU UGUAAAGGAC UUUUGUCAGG GAAGAAAA
配列番号36 GCUGAUGACG GUACCUGAAG AAUAAGCACC GGC
配列番号17 TTTTCTTCCC TGACAAAAGT CCTTTACAAC CCGAAGGC
配列番号18 GCCGGTGCTT ATTCTTCAGG TACCGTCATC AGC
配列番号37 UUUUCUUCCC UGACAAAAGU CCUUUACAAC CCGAAGGC、および
配列番号38 GCCGGUGCUU AUUCUUCAGG UACCGUCAUC AGC
を含む。
配列番号5 GTCCCCTGCT TTCCCTCTCA AGAC
配列番号6 GGCGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACATA
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号41 GUCCCCUGCU UUCCCUCUCA AGAC
配列番号42 GGCGAGUGGC GAACGGGUGA GUAACAUA
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU、および
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
の1つに実質的に対応する。
配列番号53:5’−AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGA−3’。有用なプロモーター配列の他の例は、種々の市販のベクター、例えば、Stratagene Cloning Systems(San Diego、CA)からのpBluescript(R) ベクターまたはPromega Corp.(Madison、WI)からのpGEM(商標)ベクターに含まれている。
配列番号23 GTCTTGAGAG GGAAAGCAGG GGAC
配列番号24 TATGTTACTC ACCCGTTCGC CACTCGCC
配列番号19 CTGAAGAATA AGCACCGGCT AACTACGTGC AGCAGC
配列番号21 CGATGACGGT ACCTGAAGAA TAAGCACCGG CTAAC
配列番号20 AACGGCCTTT TCTTCCCTGA CAAAAGTCCT TTACAACCCG
配列番号22 GTCCTTTACA ACCCGAAGGC CTTC
配列番号47 GUCUUGAGAG GGAAAGCAGG GGAC
配列番号48 UAUGUUACUC ACCCGUUCGC CACUCGCC
配列番号49 CUGAAGAAUA AGCACCGGCU AACUACGUGC AGCAGC
配列番号50 CGAUGACGGU ACCUGAAGAA UAAGCACCGG CUAAC
配列番号51 AACGGCCUUU UCUUCCCUGA CAAAAGUCCU UUACAACCCG
配列番号52 GUCCUUUACA ACCCGAAGGC CUUC
に実質的に対応する配列に結合するかまたはこれにより伸長を引き起こす。
A.定義
以下の用語は、異なる意味をもつと明記しない限り、本明細書に示した意味をもつ。
“オリゴヌクレオチド”とは、互いに共有結合した2以上のヌクレオチドサブユニットからなる一本鎖ヌクレオチドポリマーを意味する。好ましくは10〜100のヌクレオチド単位が存在し、最も好ましくは12〜50のヌクレオチド単位が互いに結合している。ヌクレオチドサブユニットの糖基は、リボース、デオキシリボース、またはその修飾された誘導体、たとえば2’−O−メチルリボースであってよい。オリゴヌクレオチドのヌクレオチドサブユニットは、ホスホジエステル結合、ホスホロチオエート結合、ホスホン酸メチル結合により、またはオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを妨害しない他の稀な、もしくは天然に存在しない結合により連結していてもよい。さらに、オリゴヌクレオチドは一般的でないヌクレオチドまたは非ヌクレオチド部分を含んでもよい。本明細書に定義するオリゴヌクレオチドは核酸、好ましくはDNAであるが、RNAであってもよく、共有結合したリボヌクレオチドとデオキシリボヌクレオチドの組合わせを含んでもよい。定められた配列のオリゴヌクレオチドプローブおよび増幅オリゴヌクレオチドは、当業者に知られている方法で、たとえば化学的または生化学的合成法により、また組換え核酸分子、たとえば細菌性またはレトロウイルス性ベクターからのインビトロまたはインビボ発現により製造することができる。この記載が意図するように、オリゴヌクレオチドは野生型染色体DNAまたはそのインビボ転写生成物からなるものではない。プローブの用途のひとつは、ハイブリダイゼーションアッセイプローブとしてである。プローブは、病的細胞、感染細胞または病原性細胞の遺伝子転写、または翻訳を、遮断または阻害するためのインビボまたはインビトロ療法用増幅オリゴマーまたはアンチセンス物質としても使用できる。
“アンチセンス”または“ネガティブセンス”とは、基準核酸配列のものに相補的な核酸配列をもつことを意味する。
“ヘルパーオリゴヌクレオチド”とは、標識プローブと異なる遺伝子座において標的核酸とハイブリダイズし、これにより標識プローブのハイブリダイゼーション速度を高めるか、または標的:標識プローブハイブリッドの融解点(Tm)を高めるか、またはその両方であるように設計された核酸プローブを意味する。
ハイブリダイゼーション反応条件(ハイブリダイゼーション温度およびハイブリダイゼーション溶液中の塩濃度が最も重要)は、本発明の増幅オリゴヌクレオチドまたはハイブリダイゼーションプローブを、標的ナイセリア属ヌクレオチド配列を含む核酸に優先的にハイブリダイズさせ、被験試料中に存在する疑いのある他の非標的核酸にはハイブリダイズしないように選択することができる。塩濃度が低下し、および/または温度が上昇すると(ストリンジェンシーの増大と呼ばれる)、二本鎖ハイブリッド分子中の対合ヌクレオチド塩基間の水素結合が減少するので、核酸のハイブリダイゼーションは減少する。このプロセスは“融解”と呼ばれる。
Tm=81.5+16.6(log10[Na+])+0.41(画分G+C)−(600/N)
(N=オリゴヌクレオチドの長さ(ヌクレオチド数))により、長さ14〜60または70ヌクレオチドのオリゴヌクレオチドのTmを良好に推定できる。このような計算値から、次いで当技術分野で周知のスクリーニング法を用いて、Tmの経験的確認または“精密な調整”を行うことができる。ハイブリダイゼーションおよびオリゴヌクレオチドプローブに関するさらに詳細な情報については、たとえばSambrook et al.,2 Molecular Cloning:A Laboratory Manual(コールド・スプリング・ハーバー・ラボラトリー・プレス,1989)を参照されたい。これが本明細書に参考として含まれるものとする(11章)。この参考文献は当技術分野で特に周知であり、これによればミスマッチがハイブリッドのTmに与える影響も推定できる。たとえば2種以上の微生物のリボソームRNA(すなわちrRNA)の特定領域の既知ヌクレオチド配列から、これらの微生物を互いに区別するオリゴヌクレオチドを設計することができる。
好ましくは、本発明の増幅オリゴヌクレオチドはオリゴデオキシヌクレオチドであり、かつ核酸ポリメラーゼによる延長生成物の合成の基質として用いるのに十分な長さのものである。最適なプライマー長さは、反応温度、プライマーの構造および塩基組成、ならびにそのプライマーの使用方法を含めた幾つかの因子を考慮すべきである。たとえば最適な特異性を得るためには、標的核酸配列の相補性に応じて、オリゴヌクレオチドプライマーは一般に少なくとも約12ヌクレオチドを含むべきである。そのような特異性が必須でない場合、より短いプライマーを使用できる。このような場合、鋳型核酸との安定なハイブリッド複合体を形成するために、反応をより低い温度で実施することが望ましいであろう。
本発明の増幅オリゴヌクレオチドはすべて、当技術分野で知られている方法で容易に調製できる。好ましくはこれらのプライマーは固相法で合成される。たとえばCaruthers et al.はホスホジエステル結合によりヌクレオチドを連結する標準ホスホルアミダイト固相化学的方法の使用につき記載している。シアノエチルホスホルアミダイト前駆物質を用いる自動固相化学合成法は、Barone et al.,Nucleic Acids Research,12:405(1984)により記載されている(Methods in Enzymology,Volume 143,p.287(1987))。またバットはホスホロチオエート結合を含むオリゴヌクレオチドの合成法を記載している(“有機リン化合物の硫化のための方法および試薬”と題する国際特許出願公開第WO92/04358号、本願と同一出願人)。またクレムらの“オリゴマー合成のための改良方法”と題する国際特許出願公開第WO92/07864号には、ホスホン酸メチル結合を含めた種々の結合を含むオリゴヌクレオチドの合成法を記載している。これら3つの参考文献は本明細書に参考として含まれるものとする。さらに、オリゴヌクレオチドの有機合成法は当業者に知られており、先に本明細書に参考として引用したSambrook et al.(前掲)に記載されている。
本発明の増幅オリゴヌクレオチドは、特定のナイセリア16S rRNAヌクレオチド配列、またはそのrDNA対応物に対するものである。これらの増幅オリゴヌクレオチドは、核酸増幅アッセイにおいてハイブリダイゼーションアッセイプローブとしてナイセリアの存在を検出するために用いられる標的ヌクレオチド配列の少なくとも1つに隣接するか、重複するか、またはそれに含まれる。本明細書に記載され特許請求される増幅オリゴヌクレオチドは、2組の増幅オリゴヌクレオチドを含む。増幅オリゴヌクレオチドの組のメンバーは、以下のヌクレオチド配列:
配列番号23 GTCTTGAGAG GGAAAGCAGG GGAC
配列番号24 TATGTTACTC ACCCGTTCGC CACTCGCC
配列番号19 CTGAAGAATA AGCACCGGCT AACTACGTGC AGCAGC
配列番号21 CGATGACGGT ACCTGAAGAA TAAGCACCGG CTAAC
配列番号20 AACGGCCTTT TCTTCCCTGA CAAAAGTCCT TTACAACCCG
配列番号22 GTCCTTTACA ACCCGAAGGC CTTC
配列番号47 GUCUUGAGAG GGAAAGCAGG GGAC
配列番号48 UAUGUUACUC ACCCGUUCGC CACUCGCC
配列番号49 CUGAAGAAUA AGCACCGGCU AACUACGUGC AGCAGC
配列番号50 CGAUGACGGU ACCUGAAGAA UAAGCACCGG CUAAC
配列番号51 AACGGCCUUU UCUUCCCUGA CAAAAGUCCU UUACAACCCG および
配列番号52 GUCCUUUACA ACCCGAAGGC CUUC
の1つを有するかまたはこれに実質的に対応する核酸にハイブリダイズすることができる。
配列番号5 GTCCCCTGCT TTCCCTCTCA AGAC
配列番号6 GGCGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACATA
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号41 GUCCCCUGCU UUCCCUCUCA AGAC
配列番号42 GGCGAGUGGC GAACGGGUGA GUAACAUA
配列番号43 GCUGCUGCAC GUAGUUAGCC GGUGCUUAUU CUUCAG
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
を有するかまたはこれに実質的に対応する。
本明細書に開示され特許請求されるオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイプローブは、髄膜炎菌rRNAまたはrDNAのヌクレオチド配列の標的核酸に、系統発生的に密接に関連する細菌種の核酸より優先的にハイブリダイズすることができる。これらのハイブリダイゼーションアッセイプローブは、髄膜炎菌および前記系統発生的に密接に関連する種のリボソームRNAの対応する領域のヌクレオチド配列の比較に基づいて、設計され、選択され、および/または選ばれた。好ましい態様においては、これらのプローブは、淋菌の核酸より髄膜炎菌の核酸に選択的にハイブリダイズする。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
を有するかまたはそれに実質的に対応する髄膜炎菌の核酸配列を含むオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションプローブを企図する。
配列番号1 GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3 GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号29 CCGCTACCCG GTACGTTC
配列番号30 CATCGGCCGC CGATATTGGC
配列番号31 GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32 GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号33 CCGCUACCCG GUACGUUC
配列番号34 CAUCGGCCGC CGAUAUUGGC
を有するかまたはそれに実質的に対応する。
特異的ヘルパーオリゴヌクレオチドが、ハイブリダイゼーションアッセイプローブの標的核酸へのハイブリダイゼーションを容易にするために用いられた。ヘルパーオリゴヌクレオチドは、HoganおよびMilliman、”Means and Method for Enhancing Nucleic Acid Hybridization”と題する米国特許5,030,557(本願と共通の譲渡人に譲渡されており、本明細書の一部としてここに引用する)に記載されている。
配列番号13 GCCTTCGGGT TGTAAAGGAC TTTTGTCAGG GAAGAAAA
配列番号14 GCTGATGACG GTACCTGAAG AATAAGCACC GGC
配列番号17 TTTTCTTCCC TGACAAAAGT CCTTTACAAC CCGAAGGC
配列番号18 GCCGGTGCTT ATTCTTCAGG TACCGTCATC AGC
配列番号35 GCCUUCGGGU UGUAAAGGAC UUUUGUCAGG GAAGAAAA
配列番号36 GCUGAUGACG GUACCUGAAG AAUAAGCACC GGC
配列番号37 UUUUCUUCCC UGACAAAAGU CCUUUACAAC CCGAAGGC
配列番号38 GCCGGUGCUU AUUCUUCAGG UACCGUCAUC AGC
の1つを有するかまたはこれに実質的に対応する。
F.核酸組成物
他の関連する観点においては、本発明は、ハイブリダイゼーションアッセイプローブとこれに実質的に相補的な核酸配列との間の核酸ハイブリッドを含む組成物(プローブ:標的)を特徴とする。プローブと標的との間に形成されるハイブリッドの1つの用途は、標的配列の存在を検出することである。例えば、ハイブリッド中に存在するアクリジニウムエステル(”AE”)は、アルカリ溶液中での加水分解に耐性であり、一方、一本鎖核酸中に存在するAEはアルカリ溶液中で加水分解される(Arnold et al.,”Homogenous Protection Assay”と題する欧州特許出願88308767.8、公開番号309230、および米国特許5,238,174、本明細書の一部としてここに引用する)。すなわち、未結合AE−標識プローブを加水分解した後、核酸ハイブリッドと会合して残ったアクリジニウムエステルの化学ルミネセントを測定することにより、標的核酸の存在を検出することができる。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
配列番号13 GCCTTCGGGT TGTAAAGGAC TTTTGTCAGG GAAGAAAA
配列番号14 GCTGATGACG GTACCTGAAG AATAAGCACC GGC
配列番号17 TTTTCTTCCC TGACAAAAGT CCTTTACAAC CCGAAGGC
配列番号18 GCCGGTGCTT ATTCTTCAGG TACCGTCATC AGC
配列番号35 GCCUUCGGGU UGUAAAGGAC UUUUGUCAGG GAAGAAAA
配列番号36 GCUGAUGACG GUACCUGAAG AAUAAGCACC GGC
配列番号37 UUUUCUUCCC UGACAAAAGU CCUUUACAAC CCGAAGGC
配列番号38 GCCGGUGCUU AUUCUUCAGG UACCGUCAUC AGC
配列番号5 GTCCCCTGCT TTCCCTCTCA AGAC
配列番号6 GGCGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACATA
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号41 GUCCCCUGCU UUCCCUCUCA AGAC
配列番号42 GGCGAGUGGC GAACGGGUGA GUAACAUA
配列番号43 GCUGCUGCAC GUAGUUAGCC GGUGCUUAUU CUUCAG
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
の少なくとも1つに実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドとの間に形成される核酸ハイブリッドを含む、髄膜炎菌の核酸を検出するための組成物を含む。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
の少なくとも1つに実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドとの間に形成される核酸ハイブリッドを含む、髄膜炎菌を検出するための組成物を含む。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:13、14、35または36の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:13、14、35または36の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:2または39の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
淋菌を検出するための組成物を企図する。
前記核酸にハイブリダイズし、以下の核酸配列:配列番号:4または40の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
淋菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:9または45に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:11、15、25または27の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:13、14、35または36の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:9または45に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:12、16、26または28の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:13、14、35または36の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:9または45に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:15、11、27または25の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:9または45に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:16、12、28または20の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:10または46に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:15、11、27または25の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:10または46に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを有し、
髄膜炎菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:16、12、28または26の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:17、18、37または38の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
髄膜炎菌を検出するための組成物を企図する。
配列番号1 GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3 GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号29 CCGCTACCCG GTACGTTC
配列番号30 CATCGGCCGC CGATATTGGC
配列番号31 GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32 GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号33 CCGCUACCCG GUACGUUC
配列番号34 CAUCGGCCGC CGAUAUUGGC
配列番号5 GTCCCCTGCT TTCCCTCTCA AGAC
配列番号6 GGCGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACATA
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号41 GUCCCCUGCU UUCCCUCUCA AGAC
配列番号42 GGCGAGUGGC GAACGGGUGA GUAACAUA
配列番号43 GCUGCUGCAC GUAGUUAGCC GGUGCUUAUU CUUCAG
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
配列番号2 GGGATAACTG ATCGAAAGAT CAGCTAATAC CGCATACG
配列番号4 ACGGTACCTG AAGAATAAGC ACCGGCTAAC TACGTG
配列番号39 GGGAUAACUG AUCGAAAGAU CAGCUAAUAC CGCAUACG
配列番号40 ACGGUACCUG AAGAAUAAGC ACCGGCUAAC UACGUG
の少なくとも1つに実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドとの間に形成される核酸ハイブリッドを含む、淋菌を検出するための組成物を含む。
配列番号1 GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3 GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号31 GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32 GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号2 GGGATAACTG ATCGAAAGAT CAGCTAATAC CGCATACG
配列番号4 ACGGTACCTG AAGAATAAGC ACCGGCTAAC TACGTG
配列番号39 GGGAUAACUG AUCGAAAGAU CAGCUAAUAC CGCAUACG
配列番号40 ACGGUACCUG AAGAAUAAGC ACCGGCUAAC UACGUG
の少なくとも1つに実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドとの間に形成される核酸ハイブリッドを含む、淋菌を検出するための組成物を含む。
および/または少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:6または42に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを随意に有し、
淋菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:1、29、31または33の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
かつ、以下の核酸配列:配列番号:2または39の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
淋菌を検出するための組成物を企図する。
および/または以下の核酸配列の少なくとも1つ:配列番号:9または45に実質的に対応する核酸配列のオリゴヌクレオチドを随意に有し、
淋菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:3、30、32または34の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
以下の核酸配列の1つ:配列番号:4または40に実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよく、
かつ、少なくとも1つの以下の核酸配列:配列番号:8または44に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを随意に有する、
淋菌を検出するための組成物を企図する。
淋菌の核酸にハイブリダイズすることができ、以下の核酸配列:配列番号:3、30、32または34の1つに実質的に対応する核酸配列を有するハイブリダイゼーションアッセイプローブを随意に有し、
および/または、以下の核酸配列:配列番号:4または40の1つに実質的に対応する核酸配列を有するヘルパーオリゴヌクレオチドを随意に含んでいてもよい、
淋菌を検出するための組成物を企図する。
配列番号13 GCCTTCGGGT TGTAAAGGAC TTTTGTCAGG GAAGAAAA
配列番号14 GCTGATGACG GTACCTGAAG AATAAGCACC GGC
配列番号17 TTTTCTTCCC TGACAAAAGT CCTTTACAAC CCGAAGGC
配列番号18 GCCGGTGCTT ATTCTTCAGG TACCGTCATC AGC
配列番号35 GCCUUCGGGU UGUAAAGGAC UUUUGUCAGG GAAGAAAA
配列番号36 GCUGAUGACG GUACCUGAAG AAUAAGCACC GGC
配列番号37 UUUUCUUCCC UGACAAAAGU CCUUUACAAC CCGAAGGC
配列番号38 GCCGGUGCUU AUUCUUCAGG UACCGUCAUC AGC
配列番号2 GGGATAACTG ATCGAAAGAT CAGCTAATAC CGCATACG
配列番号4 ACGGTACCTG AAGAATAAGC ACCGGCTAAC TACGTG
配列番号39 GGGAUAACUG AUCGAAAGAU CAGCUAAUAC CGCAUACG
配列番号40 ACGGUACCUG AAGAAUAAGC ACCGGCUAAC UACGUG
の少なくとも1つに実質的に対応する核酸配列を有する少なくとも1つのヘルパーオリゴヌクレオチドを含む核酸ハイブリッドを企図する。
配列番号5 GTCCCCTGCT TTCCCTCTCA AGAC
配列番号6 GGCGAGTGGC GAACGGGTGA GTAACATA
配列番号41 GUCCCCUGCU UUCCCUCUCA AGAC
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号43 GCUGCUGCAC GUAGUUAGCC GGUGCUUAUU CUUCAG
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
より選択される核酸配列に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドとの間に形成される核酸ハイブリッドを含む、ナイセリア核酸を増幅するための組成物を企図する。
本発明は、試料中の髄膜炎菌または淋菌の核酸の存在をアッセイする種々の方法を企図する。当業者は、用いられる正確なアッセイ条件、プローブまたはプライマーが、用いられる特定のアッセイ形式および試料の起源により変化することを理解するであろう。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
より選択される配列に実質的に対応する核酸配列を有する。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
より選択される配列に実質的に対応する。
配列番号1 GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3 GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号29 CCGCTACCCG GTACGTTC
配列番号30 CATCGGCCGC CGATATTGGC
配列番号31 GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32 GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
配列番号33 CCGCUACCCG GUACGUUC
配列番号34 CAUCGGCCGC CGAUAUUGGC
より選択される配列に実質的に対応する。
配列番号1 GAACGTACCG GGTAGCGG
配列番号3 GCCAATATCG GCGGCCGATG
配列番号31 GAACGUACCG GGUAGCGG
配列番号32 GCCAAUAUCG GCGGCCGAUG
より選択される配列に実質的に対応する。
配列番号47 GUCUUGAGAG GGAAAGCAGG GGAC
配列番号48 UAUGUUACUC ACCCGUUCGC CACUCGCC
配列番号49 CUGAAGAAUA AGCACCGGCU AACUACGUGC AGCAGC
配列番号50 CGAUGACGGU ACCUGAAGAA UAAGCACCGG CUAAC
配列番号51 AACGGCCUUU UCUUCCCUGA CAAAAGUCCU UUACAACCCG
配列番号52 GUCCUUUACA ACCCGAAGGC CUUC
の1つまたはそれ以上に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす少なくとも1つの増幅オリゴヌクレオチドで増幅することにより、ナイセリア由来核酸を検出する方法を企図しており、ここで、前記増幅オリゴヌクレオチドは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる伸長の開始を促進する核酸配列を随意に有する。
配列番号:19または49、
配列番号:21または50、
に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで、または
以下の配列:
配列番号:20または51、
配列番号:22または52
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記増幅オリゴヌクレオチドの両方で核酸を増幅することにより、被験試料中のナイセリア核酸を増幅する方法を企図しており、ここで、前記増幅オリゴヌクレオチドの少なくとも1つは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を随意に有する。
配列番号:19または49
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで、または
以下の配列:
配列番号:20または51
に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記増幅オリゴヌクレオチドの両方で、ナイセリア由来核酸を増幅することを含む、被験試料中のナイセリア由来核酸を増幅する方法を企図しており、ここで、前記増幅オリゴヌクレオチドの少なくとも1つは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を随意に有する。
配列番号:21または50
に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで、または、以下の配列:
配列番号:22または52
に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記増幅オリゴヌクレオチドの両方で、前記核酸を増幅することを含み、ここで前記増幅オリゴヌクレオチドの少なくとも1つは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を随意に有する。
配列番号11 GGCTGTTGCT AATATCAGCG
配列番号27 CGCUGAUAUU AGCAACAGCC
配列番号12 GGCTGTTGCT AATACCAGCG
配列番号28 CGCUGGUAUU AGCAACAGCC
配列番号15 CGCTGATATT AGCAACAGCC
配列番号25 GGCUGUUGCU AAUAUCAGCG
配列番号16 CGCTGGTATT AGCAACAGCC
配列番号26 GGCUGUUGCU AAUACCAGCG
より選択される配列に実質的に対応する核酸配列にハイブリダイズするオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイプローブを用いて髄膜炎菌を検出することができる。
配列番号23または47、
配列番号24または48、
の1つまたはそれ以上に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで淋菌由来核酸を増幅することにより、被験試料中の淋菌由来核酸の数を増加させる方法を企図しており、ここで、増幅オリゴヌクレオチドは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を随意に含む。
以下のヌクレオチド配列:
配列番号:23または47、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第1の増幅オリゴヌクレオチドで、または
以下の配列:
配列番号:24または48、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記第1のおよび第2の増幅オリゴヌクレオチドの両方で、被験試料中の淋菌由来核酸を増幅する方法を企図しており、ここで、増幅オリゴヌクレオチドの1つは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を随意に含む。
配列番号:19または49、配列番号:20または51、配列番号:21または50、配列番号:22または52
の1つまたはそれ以上に実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはこれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで淋菌由来核酸を増幅することにより、被験試料中の淋菌由来核酸の数を増加させることにより淋菌の核酸を検出する他の方法が企図され、ここで、増幅オリゴヌクレオチドは、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する核酸配列を任意に含む。
以下のヌクレオチド配列:
配列番号:19または49、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで、または
以下の配列:
配列番号:20または51、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記第1および第2の増幅オリゴヌクレオチドの両方で、核酸を増幅することを含む。
以下のヌクレオチド配列:
配列番号:21または50、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす1つまたはそれ以上の増幅オリゴヌクレオチドで、または
以下の配列:
配列番号:22または52、
の1つに実質的に対応する核酸配列に結合するかまたはそれにより伸長を引き起こす第2の増幅オリゴヌクレオチドで、または
前記第1および第2の増幅オリゴヌクレオチドの両方で、核酸を増幅することを含む、被験試料中のナイセリア核酸の増幅を企図する。
本発明はまた、キットの形での診断システムを企図する。本発明の診断システムは、本発明の増幅プライマーおよび/またはハイブリダイゼーションアッセイプローブを少なくとも1つのアッセイに十分な量で包装材料中に含むキットを含む。典型的には、キットは、包装されるプライマーおよび/またはプローブを使用するための指針も含む。
本発明は、配列番号:1、3、11、12、15、16、29、30、33、34、27、28、25、26からなる群より選択される核酸配列に実質的に対応する核酸配列を有する少なくとも1つのオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
前記オリゴヌクレオチドが
配列番号:1または31に実質的に対応する場合、
配列番号:2または39;
または
前記オリゴヌクレオチドが
配列番号:3または32に実質的に対応する場合、
配列番号:4または40;
または
前記オリゴヌクレオチドが
配列番号:11または25、または
配列番号:12または26に実質的に対応する場合、
配列番号:13または35、または
配列番号:14または36;
または
前記オリゴヌクレオチドが
配列番号:15または27、または
配列番号:16または28に実質的に対応する場合、
配列番号:17または37、
配列番号:18または38;
より選択される配列に実質的に対応する核酸配列を有する少なくとも1つのヘルパープローブを有するオリゴヌクレオチドハイブリダイゼーションアッセイプローブを有する診断システムまたはキットを企図する。
配列番号7 GCTGCTGCAC GTAGTTAGCC GGTGCTTATT CTTCAG
配列番号8 GTTAGCCGGT GCTTATTCTT CAGGTACCGT CATCG
配列番号9 CGGGTTGTAA AGGACTTTTG TCAGGGAAGA AAAGGCCGTT
配列番号10 GAAGGCCTTC GGGTTGTAAA GGAC
配列番号43 GCUGCUGCAC GUAGUUAGCC GGUGCUUAUU CUUCAG
配列番号44 GUUAGCCGGU GCUUAUUCUU CAGGUACCGU CAUCG
配列番号45 CGGGUUGUAA AGGACUUUUG UCAGGGAAGA AAAGGCCGUU
配列番号46 GAAGGCCUUC GGGUUGUAAA GGAC
より選択される核酸配列に実質的に対応する核酸配列を有し、RNAポリメラーゼにより認識されるかまたはRNAポリメラーゼによる開始または伸長を促進する5’配列を随意に有する2つのオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号:7または43、
配列番号:9または45、
配列番号:11または25、
配列番号:13または35、
配列番号:14または36
に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号:15または27、
配列番号:16または26、
配列番号:17または37、
配列番号:18または38
に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号:7または43、
配列番号:9または45、
配列番号:15または27、
配列番号:16または28、
配列番号:17または37、
配列番号:18または38
に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号:5または41、
配列番号:6または42、
配列番号:2または39、
配列番号:1または31
に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号:5または41、
配列番号:2または39、
配列番号:1または31
に実質的に対応する核酸配列を有するオリゴヌクレオチドを含む診断システムまたはキットを企図する。
配列番号1:GAACGTACCGGGTAGCGG,
配列番号3:GCCAATATCGGCGGCCGATG,
配列番号11:GGCTGTTGCTAATATCAGCG,
配列番号12:GGCTGTTGCTAATACCAGCG,
配列番号15:CGCTGATATTAGCAACAGCC、および
配列番号16:CGCTGGTATTAGCAACAGCC
この実験においては、Kacianら、米国特許5,399,491に記載される技術を用いて、精製した淋菌rRNA(ATCC NO.19424)を、淋菌rRNAに相補的な配列を含むオリゴヌクレオチドで増幅した。2つのプロモータープライマーを合成した。それぞれは、T7RNAポリメラーゼプロモーター配列5’−AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGA−3’(配列番号53)を5’末端に有し、これを、3’末端の標的相補的配列5’−GTCCCCTGCTTTCCCTCTCAAGAC−3’(配列番号5)に共有結合させた。1つのプロモータープライマーは、遊離3’OH基を有するように合成し、反応あたり2pmolで用いた。第2のプロモータープライマーは、3’末端にアルカンジオールを有するように合成し、反応あたり13pmolで用いた。標的核酸およびプライマーを95℃で15分間加熱し、42℃に冷却した。900ユニットのモロニーネズミ白血病ウイルス逆転写酵素(MMLV RT)、および400ユニットのT7RNAポリメラーゼを加えた。最終増幅混合物は、50mM Tris HCl(pH8.5)、35mM塩化カリウム、4mM GTP、4mM ATP、4mM UTP、4mM CTP、1mM dATP、1mM dTTP、1mM dCTP、1mM dGTP、20mM MgCl2、20mM N−アセチル−L−システイン、および5%(w/v)グリセロールを含んでいた。42℃、2時間のインキュベーションの後、100μlの増幅反応の全部を、配列5’−GAACGTACCGGGTAGCGG−3’(配列番号1)のアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−GGGATAACTGATCGAAAGATCAGCTAATACCGCATACG−3’(配列番号2)の未標識ヘルパープローブでハイブリダイゼーションすることによりアッセイした。ハイブリダイゼーションは、0.05Mコハク酸リチウム(pH5)、0.6MLiCl、1%(w/v)ラウリル硫酸リチウム、10mM EDTA、10mM EGTAを含む200μlの溶液中で、60℃で10分間実施し、次に300μlの0.15Mテトラホウ酸ナトリウムpH8.5、1%トリトン(商標)X−100を加えた。この混合物を60℃で10分間インキュベートし、室温に冷却した。各チューブの残留化学ルミネセントを、1mM硝酸および0.1%(v/v)過酸化水素の自動注入、続いて1N水酸化ナトリウムを含む溶液の注入を備えたGen−Probe LEADER(R) I ルミノメーターでアッセイした。結果は、相対光単位(Relative Light Units:RLU)、すなわちルミノメーターで検出された光子の測定値で表した。
この実験は、反対のセンスの2つのプライマーを用いる淋菌rRNAの増幅を示す。T7RNAポリメラーゼプロモーター配列および配列5’−GTCCCCTGCTTTCCCTCTCAAGAC−3’(配列番号5)の3’標的ハイブリダイズ領域を含む、実施例1に記載したプロモーター−プライマーを反応あたり15pmolで用い、淋菌rRNAと同じセンスの配列5’−GGCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAACATA−3’(配列番号6)を含むプライマーを反応あたり15pmolで用いた。反応は三重に実施した。増幅条件は実施例に記載したとおりであり、試料を95℃で5分間加熱し、次に42℃に冷却した。酵素を加え、42℃、2時間のインキュベーション後、20μlの増幅反応を、配列番号1の配列で合成したアクリジニウムエステル標識プローブ、および配列番号2の配列で合成した未標識ヘルパープローブを用いてハイブリダイゼーションによりアッセイした。プライマーは淋菌RNAを増幅し、100コピーより少ない標的の検出を可能とした。
この実験においては、同一の配列の2つのプロモータープライマーを再び用いた。各プロモータープライマーは、5’T7RNAポリメラーゼプロモーター配列 5’−AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGA−3’(配列番号53)を5’末端に、標的ハイブリダイズ領域 5’−GCTGCTGCACGTAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTCAG−3’(配列番号7)を3’末端に有するように合成した。プロモータープライマーは、3’−ヒドロキシル基を有するように合成して、反応あたり2pmolで用いるか、または3’−アルカンジオールを有するように合成して、反応あたり13pmolで用いた。試料を95℃で5分間加熱し、酵素を加える前に42℃に冷却した。増幅条件は実施例1に記載のとおりであった。42℃、2時間のインキュベーションの後、100μlの増幅反応を、配列5’−GCCAATATCGGCGGCCGATG−3’(配列番号3)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTG−3’(配列番号4)を有する未標識ヘルパープローブでのハイブリダイゼーションにより、実施例1に記載される条件を用いてアッセイした。
この実験においては、淋菌rRNAを、2つのオリゴヌクレオチド、1つは淋菌rRNAに相補的なプロモータープライマーであり、1つは淋菌rRNAと同じセンスのプライマーである、の混合物で増幅した。プロモータープライマーは、T7RNAポリメラーゼプロモーター配列を5’末端に、標的ハイブリダイズ領域5’−GCTGCTGCACGTAGTTAGCCGGTGCTTATTCTTCAG−3’(配列番号7)を3’末端に含み、配列5’−CGGGTTGTAAAGGACTTTTGTCAGGGAAGAAAAGGCCGTT−3’(配列番号9)のプライマーとともに反応あたり30pmolで用いた。あるいは、配列5’−GTTAGCCGGTGCTTATTCTTCAGGTACCGTCATCG−3’(配列番号8)の標的ハイブリダイズ領域を含むプロモータープライマーを反応あたり15pmolで、配列5’−GAAGGCCTTCGGGTTGTAAAGGAC−3’(配列番号10)を有する反応あたり15pmolのプロモータープライマーとともに用いた。増幅条件は、実施例1に記載したとおりである。20μlの生成物を、配列5’−GCCAATATCGGCGGCCGATG−3’(配列番号3)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTG−3’(配列番号4)で合成した未標識ヘルパープローブを用いて、実施例1に記載のようにハイブリダイゼーションによりアッセイした。
この例は、増幅および検出アッセイの反応性を示す。13株の淋菌の新鮮な培養物を約1010細胞/mlの密度で0.9%塩化ナトリウムに懸濁し、3%(w/v)ラウリル硫酸リチウム、30mMリン酸ナトリウムpH6.8、1mMEDTAおよび1mMEGTAを含む溶液中で溶解させた。核酸の脱離は、すべての細菌のリボソームRNAの保存領域に対するプローブでのハイブリダイゼーションにより確認した。細胞溶解物をさらに水で希釈して、30pmolの5’T7RNAプロモーター配列、すなわち配列番号53 5’−AATTTAATACGACTCACTATAGGGAGA−3’および配列番号7を含む3’標的結合配列を含むプロモーター−プライマー、および30pmolの配列番号9を含むプライマーを含む増幅反応に加えた。50mM Tris HCl(pH8.5)、35mM塩化カリウム、4mM GTP、4mM ATP、4mM UTP、4mM CTP、1mM dATP、1mM dTTP、1mM dCTP、1mM dGTP、20mM MgCl2、20mM N−アセチル−L−システイン、5%(v/v)グリセロールおよび上述のオリゴヌクレオチドプライマーを含む増幅混合物を用いて、少なくとも105細胞からの溶解物を含む二重の反応を実施した。混合物を95℃に5分間加熱し、42℃に冷却し、900ユニットのMMLV逆転写酵素および400ユニットのT7RNAポリメラーゼを加えた。42℃、1時間のインキュベーションの後、20μlの増幅反応を、配列5’−GCCAATATCGGCGGCCGATG−3’(配列番号3)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTG−3’(配列番号4)を含む未標識ヘルパープローブを用いるハイブリダイゼーションによりアッセイした。
他のナイセリア種の配列分析は、本発明の増幅オリゴヌクレオチドが他の種の核酸を増幅しうることを示す。この例は、本発明の増幅オリゴヌクレオチドの、他のナイセリア種である髄膜炎菌からの核酸を増幅する用途を示す。髄膜炎菌用の特異的プローブの開発の間に、髄膜炎菌種のメンバーは選択したプローブ領域において均一ではないことが明らかになった。最初のプローブに対して低い反応性を示した代表的髄膜炎菌種の16S rRNAの配列を決定し、第2のプローブを設計した。これらのデータは、3つの髄膜炎菌種が2つのプローブに対して異なる反応性を有することを示す。この例においては、淋菌(ATCC No.19424)からの精製したRNA、または約1,000個の細胞に相当する髄膜炎菌血清群A(ATCC No.13077)、血清群C(ATCC No.13102)および血清群L、(ATCC No.43828)からの溶解物を、実施例5に記載されるプロモーター−プライマーおよびプライマーで、実施例5に記載される条件下で増幅した。100μlの増幅反応の10μlの試料を、配列5’−GCCAATATCGGCGGCCGATG−3’(配列番号3)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTG−3’(配列番号4)で合成した未標識ヘルパープローブ、または配列5’−GGCTGTTGCTAATATCAGCG−3’(配列番号11)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび、1つは配列5’−GCCTTCGGGTTGTAAAGGACTTTTGTCAGGGAAGAAAA−3’(配列番号13)で合成し、1つは配列5’−GCTGATGACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGC−3’(配列番号14)で合成した2つの未標識ヘルパープローブ、または配列5’−GGCTGTTGCTAATACCAGCG−3’(配列番号12)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列番号13および14の未標識ヘルパープローブ、または配列番号11および12の標識プローブの組み合わせおよび配列番号13および14の未標識ヘルパープローブを用いて、ハイブリダイゼーションによりアッセイした。配列分析は、ナイセリアの他の株もまた、これらのプライマーで増幅することを示した。
この実験では、髄膜炎菌についての増幅および検出アッセイの感度を示した。この例においては、髄膜炎菌血清群Cの細胞を培養し、0.9%塩化ナトリウムに1mlあたり約×109細胞の密度で懸濁した。3%(w/v)ラウリル硫酸リチウム、30mMリン酸ナトリウム(pH6.8)、1mMEDTA、1mMEGTAを含む等量の溶液を加えて細胞を溶解させ、増幅反応に加える前に水で希釈した。増幅は、実施例5に記載されるプロモータープライマーおよびプライマー(それぞれ配列番号7および9)を用いて、実施例5に記載されるように実施した。20μlの反応を、配列5’−GGCTGTTGCTAATATCAGCG−3’(配列番号11)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブ、および、1つは配列5’−GCCTTCGGGTTGTAAAGGACTTTTGTCAGGGAAGAAAA−3’(配列番号13)で合成し、1つは配列5’−GCTGATGACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGC−3’(配列番号14)で合成した2つの未標識ヘルパープローブを用いて、HPA形式でハイブリダイゼーションにより分析した。
髄膜炎菌16S rRNAに対するプローブの反応性および特異性を示すために、配列5’−CGCTGATATTAGCAACAGCC−3’(配列番号15)または配列5’−CGCTGGTATTAGCAACAGCC−3’(配列番号16)で合成したアクリジニウムエステル標識オリゴヌクレオチドおよび配列5’−TTTTCTTCCCTGACAAAAGTCCTTTACAACCCGAAGGC−3’(配列番号17)および5’−GCCGGTGCTTATTCTTCAGGTACCGTCATCAG−3’(配列番号18)で合成した未標識ヘルパープローブを含むプローブの混合物を、以下に挙げたナイセリア種の新鮮培養物から調製した溶解物中の核酸にハイブリダイズさせた。各溶解物を23S rRNAの保存領域に対するプローブで試験して、生物の溶解およびrRNAの完全性を確認した。
データは、プローブの混合物により試験したすべての髄膜炎菌株の検出が可能であったことを示す。プローブ混合物は、髄膜炎菌と同一の臨床試料中に見いだされることがありそうもない生物であるN.cinereaとの交叉反応を示した。N.cinereaで感染した患者の処置は、髄膜炎菌で感染した患者のものと同じであろう。
この例は、増幅および検出アッセイの特異性を示す。配列番号7を含む30pmolのプロモーター−プライマーおよび配列番号9を含む30pmolのプライマーを、11種の異なるナイセリア種でのアッセイにおいて用いた。細胞溶解物を実施例5に記載したように調製し、実施例1に記載した条件を用いて増幅し、ハイブリダイゼーションにより分析を行った。20μlの増幅反応を、配列5’−GCCAATATCGGCGGCCGATG−3’(配列番号3)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブおよび配列5’−ACGGTACCTGAAGAATAAGCACCGGCTAACTACGTG−3’(配列番号4)で合成した未標識ヘルパープローブと、または配列5’−GGCTGTTGCTAATATCAGCG−3’(配列番号11)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブを配列番号13および14を含む配列で合成した未標識ヘルパープローブの存在下で、または配列5’−GGCTGTTGCTAATACCAGCG−3’(配列番号12)で合成したアクリジニウムエステル標識プローブを配列番号13および14の未標識ヘルパープローブの存在下で、ハイブリダイズさせた。
配列表
Claims (8)
- 試料中の淋菌の存在を検出することに用いるハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、前記プローブの塩基配列が、配列番号3、配列番号32、配列番号30、配列番号34で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせを含み、かつ、前記プローブが、ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、淋菌に由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成し、髄膜炎菌血清群A、C又はLに由来する核酸とは前記ハイブリッドを形成しない、前記ハイブリダイゼーションアッセイプローブ。
- プローブの塩基配列が、配列番号3、配列番号32、配列番号30、配列番号34で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせからなる、請求項1記載のプローブ。
- プローブが検出可能な標識を含む、請求項1又は2記載のプローブ。
- 請求項1〜3のいずれか1項記載のプローブと淋菌に由来する核酸との間に形成された核酸ハイブリッドを含む組成物。
- 試験試料中の淋菌の存在を検出する方法であって、前記方法が、以下の:
(a)前記試験試料を請求項1〜3のいずれか1項記載のプローブとストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で接触させる工程;及び
(b)前記試験試料中に淋菌の存在を示すような、検出可能なハイブリッドが前記試験試料中に存在するか否かを決定する工程;
を含む、前記方法。 - プローブ混合物であって、
試料中の淋菌の存在を検出することに用いるハイブリダイゼーションアッセイプローブであって、前記プローブの塩基配列が、配列番号3、配列番号32、配列番号30、配列番号34で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせを含み、かつ、前記プローブが、ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、淋菌に由来する核酸と検出可能なハイブリッドを形成し、髄膜炎菌血清群A、C又はLに由来する核酸とは前記ハイブリッドを形成しない、前記ハイブリダイゼーションアッセイプローブ、及び
ヘルパープローブであって、前記ヘルパープローブの塩基配列が、配列番号4、配列番号40で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせを含み、かつ、前記プローブが、ストリンジェントなハイブリダイゼーションアッセイ条件下で、淋菌に由来する核酸と安定してハイブリダイズする、前記ヘルパープローブ
を含む、前記プローブ混合物。 - ハイブリダイゼーションアッセイプローブの塩基配列が、配列番号3、配列番号32、配列番号30、配列番号34で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせからなり、かつ、ヘルパープローブの塩基配列が、配列番号4、配列番号40で示される塩基配列又は前記配列のいずれかのRNA/DNAの同等物の組み合わせからなる、請求項6記載のプローブ混合物。
- プローブが検出可能な標識を含む、請求項6又は7記載のプローブ。
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