JP3819001B2 - 核酸の分離精製方法 - Google Patents
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核酸の分離精製方法の好ましい態様を以下に列挙する。
表面に水酸基を有する有機高分子がアセチルセルロースの表面鹸化物である、核酸の分離精製方法;
表面に水酸基を有する有機高分子がトリアセチルセルロースの表面鹸化物である、核酸の分離精製方法;
アセチルセルロースの表面鹸化率が5%以上である、核酸の分離精製方法;
アセチルセルロースの表面鹸化率が10%以上である、核酸の分離精製方法;
アセチルセルロースが多孔膜である、核酸の分離精製方法;
アセチルセルロースが非孔性膜である、核酸の分離精製方法;
アセチルセルロースがビーズにコーティングされている、核酸の分離精製方法;
表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に、試料溶液中の核酸を吸着及び脱着させる、核酸の分離精製方法;
試料溶液が、細胞又はウイルスを含む検体を核酸可溶化試薬で処理して得られた溶液に水溶性有機溶媒を添加した溶液である、核酸の分離精製方法;
核酸可溶化試薬が、グアニジン塩、界面活性剤およびタンパク質分解酵素である、核酸の分離精製方法;
表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に核酸を吸着させた後、核酸洗浄バッファを用いて固相を洗浄し、次いで固相に吸着した核酸を脱着せしめうる液を用いて固相に吸着した核酸を脱着させる工程を含む、核酸の分離精製方法;
核酸洗浄バッファが、メタノール、エタノール、イソプロパノール又はn−プロパノールを20〜100重量%含む溶液である、核酸の分離精製方法;
固相に吸着した核酸を脱着せしめうる液が、塩濃度が0.5M以下の溶液である、核酸の分離精製方法;
少なくとも2個の開口を有する容器内に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相を収容した核酸分離精製ユニットを用いて核酸の吸着及び脱着を行う、核酸の分離精製方法;
(a) 表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相、(b) 前記固相を収容する、少なくとも2個の開口を有する容器、及び(c) 前記容器の一の開口に結合された圧力差発生装置を含む核酸分離精製ユニットを用いて核酸の吸着及び脱着を行う、核酸の分離精製方法;
以下の工程を含む、核酸の分離精製方法。
(a) 検体を用いて核酸を含む試料溶液を調製し、核酸分離精製ユニットの一の開口を上記の核酸を含む試料溶液中に挿入する工程、
(b) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして核酸を含む試料溶液を吸引し、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(c) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、吸引された核酸を含む試料溶液を容器外に排出する工程、
(d) 核酸分離精製ユニットの一の開口を核酸洗浄バッファ中に挿入する工程、
(e) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして核酸洗浄バッファを吸引し、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(f) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、吸引された核酸洗浄バッファを容器外に排出する工程、
(g) 核酸分離精製ユニットの一の開口を、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液中に挿入する工程、
(h) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を吸引し、固相に接触させる工程、及び
(i) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を容器外に排出する工程;
以下の工程を含む、核酸の分離精製方法。
(a) 検体を用いて核酸を含む試料溶液を調製し、核酸分離精製ユニットの一の開口に上記の核酸を含む試料溶液を注入する工程、
(b) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸を含む試料溶液を、他の開口より排出することによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(c) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に核酸洗浄バッファを注入する工程、
(d) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸洗浄バッファを上記他の開口より排出することによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(e) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を注入する工程、
(f) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸を脱着せしめうる液を上記他の開口より排出させることによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着させ、容器外に排出する工程。
本発明の別の側面によれば、少なくとも2個の開口を有する容器内に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相を収容した核酸分離精製ユニットが提供される。
本発明別の側面によれば、(a) 表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相、
(b) 前記固相を収容する、少なくとも2個の開口を有する容器、及び
(c) 前記容器の一の開口に結合された、圧力差発生装置、
を含む核酸分離精製ユニットが提供される。
好ましくは、前記圧力差発生装置は、前記容器の一の開口に着脱可能に結合されている。
好ましくは、前記圧力差発生装置は注射器である。
好ましくは、前記圧力差発生装置はピペッタである。
好ましくは、前記圧力差発生装置はポンプである。
本発明のさらに別の側面によれば、表面鹸化により水酸基が導入されたアセチルセルロース膜を表面に有するビーズが提供される。
本発明のさらに別の側面によれば、(1)上記した本発明の方法によりターゲット核酸断片を含む核酸断片を分離精製する工程;
(2)前記ターゲット核酸断片、前記ターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、及び少なくとも一種のポリメラーゼを反応させ、前記ターゲット核酸断片を鋳型にした前記プライマーの3’末端を起点とするポリメラーゼ伸長反応を行う工程;及び、
(3)ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出するか、又はポリメラーゼ伸長反応産物と他の核酸とのハイブリダイゼーションの有無を検出する工程:
を含む、核酸の分析方法が提供される。
本発明のさらに別の側面によれば、(1)上記した本発明の核酸分離精製ユニットを含む核酸の抽出・精製を行うための手段、(2)ポリメラーゼ伸長反応を行うための反応手段、および(3)ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出するか、又はポリメラーゼ伸長反応産物と他の核酸とのハイブリダイゼーションの有無を検出するための手段、を含む本発明の核酸の析方法を行うための分析装置が提供される。
(1)本発明の核酸の分離精製方法
本発明の核酸の分離精製方法は、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に核酸を吸着及び脱着させる工程を含むことを特徴とする。
本発明において「核酸」は一本鎖、二本鎖のいずれでもよく、また、分子量の制限も無い。
また、例えばポリエチレン製のビーズの表面にトリアセチルセルロースの膜を形成し、これを表面鹸化して表面に水酸基を持たせることも好ましい。この場合、トリアセチルセルロースはビーズにコーティングされることになる。ビーズの素材は、核酸を汚染等しなければよく、ポリエチレンには限定されない。
アセチルセルロースを表面鹸化するには、水酸化ナトリウム水溶液中に、表面鹸化したい対象を浸漬する。表面鹸化率を変えるには、水酸化ナトリウムの濃度を変えればよい。表面鹸化率は、NMRにより、残存アセチル基を定量して定められる。
(a) 核酸分離精製ユニットの一の開口を核酸を含む試料溶液中に挿入する工程、
(b) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして核酸を含む試料溶液を吸引し、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(c) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、吸引された核酸を含む試料溶液を容器外に排出する工程、
(d) 核酸分離精製ユニットの一の開口を核酸洗浄バッファ溶液中に挿入する工程、
(e) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして核酸洗浄バッファ溶液を吸引し、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(f) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、吸引された核酸洗浄バッファ溶液を容器外に排出する工程、
(g) 核酸分離精製ユニットの一の開口を、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液中に挿入する工程、
(h) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を減圧状態にして、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を吸引し、固相に接触させる工程、及び
(i) 核酸分離精製ユニットの他の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を容器外に排出する工程。
(a) 検体を用いて核酸を含む試料溶液を調製し、核酸分離精製ユニットの一の開口に上記の核酸を含む試料溶液を注入する工程、
(b) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸を含む試料溶液を、他の開口より排出することによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(c) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に核酸洗浄バッファを注入する工程、
(d) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸洗浄バッファを上記他の開口より排出することによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に接触させる工程、
(e) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着せしめうる液を注入する工程、
(f) 核酸分離精製ユニットの上記一の開口に結合された圧力差発生装置を用いて容器内を加圧状態にし、注入した核酸を脱着せしめうる液を上記他の開口より排出させることによって、表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に吸着された核酸を脱着させ、容器外に排出する工程。
細胞膜の溶解および核酸の可溶化のためには、例えば、対象となる試料が全血の場合、(1)赤血球の除去、(2)各種タンパク質の除去、及び(3)白血球の溶解及び核膜の溶解が必要となる。(1)赤血球の除去および(2)各種タンパク質の除去は、固相への非特異吸着および多孔膜の目目詰まりを防ぐために、(3)白血球の溶解及び核膜の溶解は、抽出の対象である核酸を可溶化させるためにそれぞれ必要となる。特に、(3)白血球の溶解及び核膜の溶解は重要な工程であり、本発明の方法では、この工程で核酸を可溶化することが必要である。本明細書中以下に記載の実施例では、塩酸グアニジン、Triton−X100、プロテアーゼK(SIGMA製)を添加した状態で60℃で10分インキュベートすることによって上記の(1)、(2)及び(3)を同時に達成している。
グアニジン塩としては、塩酸グアニジンが好ましいが、他のグアニジン塩(イソチオシアン酸グアニジン、チオシアン酸グアニジン)を使用することもできる。グアニジン塩の溶液中の濃度は、0.5M以上6M以下 好ましくは 1M以上5M以下である。
本発明の核酸分離精製ユニットは、少なくとも2個の開口を有する容器内に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相を収容した核酸分離精製ユニットである。
容器の材料に特別な限定はなく、表面に水酸基を有する有機高分子が収容でき、かつ少なくとも2個の開口を設けることができればよいが、製造の容易性からプラスチックが好ましい。例えば、ポリスチレン、ポリメタアクリル酸エステル、ポリエチレン、ポリプロピレン、ポリエステル、ナイロン、ポリカーボネート等の透明あるいは不透明の樹脂を用いるのが好ましい。
本発明の核酸の分析方法は、(1)上記した本発明の方法によりターゲット核酸断片を含む核酸断片を分離精製する工程;
(2)前記ターゲット核酸断片、前記ターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、及び少なくとも一種のポリメラーゼを反応させ、前記ターゲット核酸断片を鋳型にした前記プライマーの3’末端を起点とするポリメラーゼ伸長反応を行う工程;及び、
(3)ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出するか、又はポリメラーゼ伸長反応産物と他の核酸とのハイブリダイゼーションの有無を検出する工程:
を含むことを特徴とするものである。
さらに好ましい態様は、ピロ燐酸の分析を比色法を用いて行う方法であり、より好ましくは、ピロ燐酸の検出を乾式分析素子を用いて行う方法である。本発明による核酸の分析方法では、ターゲット核酸断片の存在または存在量を検出したり、あるいはターゲット核酸断片の塩基配列を検出することができる。なお、ここで言う存在量の検出とは、ターゲット核酸断片の定量を含む概念である。ターゲット核酸断片の塩基配列の検出の具体例としては、ターゲット核酸断片の変異または多型の検出などが挙げられる。図3に、本発明の実施形態を説明する概念図を示す。
(イ) ピロ燐酸の検出を、キサントシンまたはイノシン、ピロホスファターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備えることを特徴とするピロ燐酸定量用乾式分析素子を用いて行う。
(ロ) ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノー断片、Bst DNAポリメラーゼ、及び逆転写酵素(リバーストランスクリプターゼ)からなるグループから選択されるポリメラーゼを用いる。
(イ) ピロ燐酸を変換する酵素として、ピロホスファターゼを用いる。
(ロ) ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノー断片、Bst DNAポリメラーゼ、及び逆転写酵素(リバーストランスクリプターゼ)からなるグループから選択されるポリメラーゼを用いる。
(A)ターゲット核酸断片:本発明において分析の対象となるターゲット核酸断片とは、少なくとも一部の塩基配列が既知であるポリヌクレオチドであり、動物、微生物、細菌、植物などすべての生物から単離されるゲノミックDNA断片が対象となり得る。またウイルスから単離可能なRNA断片またはDNA断片、およびmRNAを鋳型として合成されたcDNA断片も対象とすることが可能である。ターゲット核酸断片はできる限り精製され、核酸断片以外の余分な成分が取り除かれていることが望ましい。例えば、動物(例えば人間)の血液から単離したゲノミックDNA断片を対象とする場合または血液中に存在する感染細菌やウイルスの核酸(DNAまたはRNA)断片を対象とする場合、単離の過程で破壊された白血球細胞膜、赤血球中から溶出したヘモグロビン、および血液中存在するその他の一般化学物質は、十分に取り除いておく必要がある。特にヘモグロンビンは、続いておこなうポリメラーゼ伸長反応を阻害する。また血液中に一般生化学物質として存在するピロ燐酸や燐酸は、ポリメラーゼ伸長反応により生成するピロ燐酸の正確な検出の妨害要因になる。
本発明の方法を用いてターゲット核酸断片の塩基配列を検出する場合、特に変異または多型の有無を検出する場合は、目的の変異または多型の部分を含むように、変異または多型に対応する塩基の種類でプライマーを設計する。そうすることで、ターゲット核酸断片の変異または多型の有無により、ターゲット核酸断片へのプライマーのハイブリダイゼーションの有無に差異が生じ、結果的にポリメラーゼ伸長反応の差異として検出することが可能になる。また、変異または多型に対応する部分をプライマーの3'末端付近に設定することでポリメラーゼの反応部位の認識に差異が生じ、結果的にポリメラーゼ伸長反応の差異として検出することも可能である。
このピロ燐酸定量用乾式分析素子においては、ピロホスファターゼを用いて酵素的にピロ燐酸(PPi)を無機燐(Pi)に変換するまでは本明細書中上記した通り行うことができ、それ以降は、生化学検査分野で既知の以下に述べる「無機燐の定量法」(及びそれらに用いられる各反応の組み合わせ)を用いることにより、無機燐(Pi)の量に応じた発色反応を行うことができる。
Piを定量検出するための一連の反応における最後の「呈色反応」に用いる酵素に応じて、ペルオキシダーゼ(POD)を用いる方法とグルコース−6−燐酸デヒドロゲナーゼ(G6PDH)を用いる方法がある。以下、これらの方法の具体例を説明する。
(1−1)
無機燐(Pi)を、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ(PNP)により、イノシンと反応させ、生じたヒポキサンチンをキサンチンオキシダーゼ(XOD)により酸化して尿酸を生成する。この酸化過程で生じる過酸化水素(H2O2)を用いて、ペルオキシダーゼ(POD)により、4−アミノアンチピリン(4−AA)とフェノールとを酸化縮合させてキノンイミン色素を形成し、これを比色する。
無機燐(Pi)、コカルボキシラーゼ(TPP)、フラビンアデニンジヌクレオチド(FAD)、Mg2+の存在下で、ピルビン酸をピルビン酸オキシダーゼ(POP)により酸化してアセチル酢酸を生成する。この酸化過程で生じる過酸化水素(H2O2)を用いて、上記(1−1)の場合と同様に、ペルオキシダーゼ(POD)により、4−アミノアンチピリン(4−AA)とフェノールとを酸化縮合させてキノンイミン色素を形成し、これを比色する。
(2−1)
無機燐(Pi)とグリコーゲンとをホスホリラーゼを用いて反応させ、グルコース−1−燐酸(G−1−P)を生成させる。生じたグルコース−1−燐酸をホスホグルコムターゼ(PGM)により、グルコース−6−燐酸(G−6−P)にする。グルコース−6−燐酸とニコチアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)との存在下、グルコース−6−燐酸デヒドロゲナーゼ(G6PDH)により、NADを還元してNADHにし、これを比色する。
無機燐(Pi)とマルトースとをマルトースホスホリラーゼ(MP)を用いて反応させ、グルコース−1−燐酸(G−1−P)を反応させる。以下、上記(2−1)と同様に、生じたグルコース−1−燐酸をホスホグルコムターゼ(PGM)により、グルコース−6−燐酸(G−6−P)にする。グルコース−6−燐酸とニコチアミドアデニンジヌクレオチド(NAD)との存在下、グルコース−6−燐酸デヒドロゲナーゼ(G6PDH)により、NADを還元してNADHにし、これを比色する。
酸性下で無機燐(燐酸塩)と水溶性モリブテン酸イオンとを錯化させた「燐モリブテン酸塩(H3[PO4Mo12O36])を直接定量する「直接法」と、上記直接法の反応に続いて、還元剤により、Mo(IV)からMo(III)として、モリブテン青(Mo(III))を定量する「還元法」とがある。水溶性モリブテン酸イオンの例としては、モリブテン酸アルミニウム、モリブテン酸カドミウム、モリブテン酸カルシウム、モリブテン酸バリウム、モリブテン酸リチウム、モリブテン酸カリウム、モリブテン酸ナトリウム、モリブテン酸アンモニウムなどが挙げられる。還元法で使用される代表的な還元剤の例としては、1,2,4アミノナフトールスルホン酸、硫酸第一鉄アンモニウム、塩化第一鉄、塩化第一スズ−ヒドラジン、硫酸−p−メチルアミノフェノール、N,N−ジメチル−フェニレンジアミン、アスコルピン酸、マラカイトグリーンなどが挙げられる。
(1) 支持体上に試薬層を有するもの。
(2) 支持体上に検出層、試薬層をこの順に有するもの。
(3) 支持体上に検出層、光反射層、試薬層をこの順に有するもの。
(4) 支持体上に第2試薬層、光反射層、第1試薬層をこの順に有するもの。
(5) 支持体上に検出層、第2試薬層、光反射層、第1試薬層をこの順に有するもの。
さらに本発明は、上記した核酸の分析方法を行うための分析装置を提供する。該分析装置は、(1)本明細書中上記した核酸分離精製ユニットを含む核酸の抽出・精製を行うための手段と、(2)ポリメラーゼ伸長反応を行うための反応手段と、(3)ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出するか、又はポリメラーゼ伸長反応産物と他の核酸とのハイブリダイゼーションの有無を検出するための手段とから構成される。
本発明の分析装置(特に、ピロ燐酸定量用分析素子を用いる場合)は、分離精製された核酸水溶液(の一部)をそのまま用いて次工程のポリメラーゼ伸長反応を実施でき、またポリメラーゼ伸長反応後の反応溶液(の一部)をそのまま用いて、次工程のピロ燐酸定量用分析素子による検出を実施できる(即ち、ポリメラーゼ伸長反応後の反応溶液をそのまま、ピロ燐酸定量用分析素子に点着できる)という特徴を有することから、システムの自動化に非常に好適である。
以下、実施例により本発明を更に詳細に説明するが、本発明はこれらに限定されるものではない。
(1)核酸分離精製ユニット用容器の作成
内径7mm、厚さ2mmの核酸吸着用の固相を収容する部分を持つ、核酸分離精製ユニット用容器を、ハイインパクトポリスチレンで作成した。
(2)核酸精製用固相及び核酸分離精製ユニットの作成
表1に示した核酸精製用固相及び比較用固相を作成した。表面鹸化するためには、0.02N〜2Nの水酸化ナトリウム水溶液中に表面鹸化したい対象を20分間浸漬した。水酸化ナトリウムの濃度に応じて、表面鹸化率が変わる。これらの固相を表1に示した量だけ、核酸分離精製ユニット用容器の固相収容部に収容して、核酸分離精製ユニットを作成した。
表2に示す処方の核酸吸着バッファ溶液及び洗浄バッファ溶液を調製した。
ヒト全血200μlを真空採血管を用いて採血した。これに、表2に示した処方の核酸吸着バッファ溶液200μlとプロテアーゼK20μl添加して、60℃で10分間インキュベートした。インキュベート後、エタノール200μlを添加して攪拌した。攪拌後、上記の様に処理した全血試料中に、(1)で作成した核酸分離精製ユニットの一の開口に接続した使い捨てのピペットチップの先端を挿入し、核酸分離精製ユニットの他の一の開口に接続した注射器を用いて、液を吸入し次いで排出した。
上記回収した排出液の吸光度を測定して、核酸の回収量及び純度を定量した。回収量は波長260nmの光吸収測定により定量され、また、核酸の純度は260nm及び280nmでの光吸収の比率により決定され、この比率が1.8以上であれば純度は良好であると判断される。結果を表3に示す。この結果から、表面鹸化率が5%以上のときにDNAの回収量が良好であり、かつ純度も高いことが判る。
核酸吸着固相として表面鹸化率100%のトリアセチルセルロース多孔膜(富士写真フイルム製)(実施例1の固相E)を使用して、実施例1と同様にして、全血試料から核酸を精製した。精製前の全血試料(5倍希釈してODを測定)および精製後ODを測定した。結果を図6に示す。図6の結果から、本発明の分離精製方法により核酸以外の成分が完全に除去されていることが分かる。
実施例2にて精製された核酸を使用し、ポリメラーゼ連鎖反応による核酸の増幅を実施した。ポジティブコントロールとして、クロンテック社製のHuman DNAを使用した。ポリメラーゼ連鎖反応(PCR)の反応液は、精製水(36.5μl)、10×PCRバッファー(5μl)、2.5mMのdNTP(4μl)、Taq FP(0.5μl)、プライマー(2μl)、サンプル(核酸)2μl。
PCRは、94℃で30秒の変性、65℃で30秒のアニーリング、及び72℃で1分の伸長反応を1サイクルとし、これを30サイクル繰り返した。以下のプライマーを使用した。
フォワード:GCGCTGCTCA GATAGCGATG
リバース :GGAGGGCCAC TGACAACCA
フォワード:GATCCGTCAT AAAGTCAAAC(配列番号1)
リバース :GGATGAGAAT GGAATCCTAT(配列番号2)
フォワード:CACCTGCAGA TGTGGGTGGC ACCCTGCCA(配列番号3)
リバース :GTGGAATTCA CTCGCCACTG CCTGGGTCTC(配列番号4)
フォワード:GTGGCTTTCC TGAAGCTGTT C(配列番号5)
リバース :GATGCCGTTG GCCTGGTCGA C(配列番号6)
(1) 緑膿菌を添加したヒト全血の調製
LB培地(Luria−Bertani medium)で一晩培養した緑膿菌(Pseudemonas Syringae)の培養液を元に、PBSによる希釈で濃度を変化させた溶液を、EDTA採血したヒト全血に添加することで、1mL当りそれぞれ、0、5×105、5×106、2.5×106、5×107、1×108 の菌体個数を含む6水準のヒト全血を調製した。ここで、菌体個数は分光光度計を用いて見積もった値である。
ゼラチン下塗層が設けられている厚さ180μmの無色透明ポリエチレンテレフタレ−ト(PET)平滑フイルムシ−ト(支持体)上に表4記載の組成(a)の水溶液を、以下の被覆率となるように塗布し、乾燥して試薬層を設けた。
上記(1)で調製した緑膿菌を添加し調製した6水準のヒト全血を試料とし、そのそれぞれから、実施例2に記載の方法と同様の方法で核酸を抽出・精製することで、核酸水溶液を得た。6水準のヒト全血から得られた核酸量(分光光度計を用いて見積もった量)は20〜30ng/μlであった。得られた核酸水溶液はヒトのゲノム核酸と添加した緑膿菌のゲノム核酸の混合水溶液であり、大部分はヒトのゲノム核酸が占めている。
上記(3)で、6水準のヒト全血試料から抽出・精製して得た核酸水溶液をそのまま用いて、以下の条件でPCR増幅を行った。
緑膿菌のゲノム核酸に特異的(ice nucleation protein(Inak)N末)な配列を持つ以下のプライマ−セットを使用した。
プライマ−(upper);
5'-GCGATGCTGTAATGACTCTCGACAAGC-3'(配列番号7)
プライマ−(lower);
5'-GGTCTGCAAATTCTGCGGCGTCGTC-3'(配列番号8)
10×PCRバッファ− 5μL
2.5mM dNTP 4μL
20μM プライマ−(upper) 1μL
20μM プライマ−(lower) 1μL
Pyrobest 0.25μL
(3)で得た核酸試料液 5μL
精製水 33.75μL
前記(4)におけるPCR増幅反応後の溶液をそのまま、上記(2)で製作したピロ燐酸定量用乾式分析素子上に各々20μL点着し、ピロ燐酸定量用乾式分析素子を37℃にて5分間インキュベ−ション後、波長650nmにて支持体側から測定して得られた反射光学濃度(ODR)を図8および図9に示した。
Claims (11)
- (1)表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相に核酸を吸着及び脱着させる工程を含む、核酸の分離精製方法によりターゲット核酸断片を含む核酸断片を分離精製する工程;
(2)前記ターゲット核酸断片、前記ターゲット核酸断片の一部と相補的な少なくとも一種のプライマー、少なくとも一種のデオキシヌクレオシド3リン酸、及び少なくとも一種のポリメラーゼを反応させ、前記ターゲット核酸断片を鋳型にした前記プライマーの3’末端を起点とするポリメラーゼ伸長反応を行う工程;及び、
(3)ポリメラーゼ伸長反応に伴って生成するピロ燐酸を、乾式分析素子を用いて比色法で検出することにより、ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出する工程:
を含む、核酸の分析方法。 - 表面に水酸基を有する高分子がトリアセチルセルロースの表面鹸化物である請求項1に記載の方法。
- アセチルセルロースの表面鹸化率が5%以上である請求項2に記載の方法。
- 乾式分析素子が、ピロ燐酸を無機燐に変換する試薬、および無機燐の量に応じた発色反応を行う試薬群を含有する試薬層を備えるピロ燐酸定量用乾式分析素子である、請求項1〜3のいずれか1項に記載の核酸の分析方法。
- 乾式分析素子が、キサントシンまたはイノシン、ピロホスファターゼ、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備えるピロ燐酸定量用乾式分析素子である、請求項4に記載の核酸の分析方法。
- ピロ燐酸の検出を、ピロ燐酸を酵素的に無機燐に変換した後、次いでキサントシンまたはイノシン、プリンヌクレオシドホスホリラーゼ、キサンチンオキシダーゼ、ペルオキシダーゼ及び発色剤を含有する試薬層を備える無機燐定量用乾式分析素子を用いて行う、請求項1〜5のいずれか1項に記載の核酸の分析方法。
- ピロ燐酸を無機燐に変換する酵素が、ピロホスファターゼである、請求項6に記載の核酸の分析方法。
- ポリメラーゼが、DNAポリメラーゼI、DNAポリメラーゼIのクレノー断片、Bst DNAポリメラーゼ、及び逆転写酵素(リバーストランスクリプターゼ)からなるグループから選択される、請求項1〜7のいずれか1項に記載の核酸の分析方法。
- 核酸の分析が、ターゲット核酸断片の存在または存在量の検出あるいはターゲット核酸断片の塩基配列の検出である、請求項1〜8のいずれか1項に記載の核酸の分析方法。
- ターゲット核酸断片の塩基配列の検出が、ターゲット核酸断片の変異または多型の検出である、請求項9に記載の核酸の分析方法。
- (1)少なくとも2個の開口を有する容器内に表面に水酸基を有する有機高分子から成る固相を収容した核酸分離精製ユニットを含む核酸の抽出・精製を行うための手段、(2)ポリメラーゼ伸長反応を行うための反応手段、および(3)ポリメラーゼ伸長反応の進行の有無を検出するための手段、を含む請求項1〜10のいずれか1項に記載の核酸の分析方法を行うための分析装置。
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