JP2022544393A - マクロファージ刺激１受容体（ｍｓｔ１ｒ）バリアント及びその使用 - Google Patents

Abstract

炎症性腸疾患（ＩＢＤ）または原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する患者を処置する方法が本明細書で提供される。

Description

配列表の参照
本出願は、２０２０年８月８日に作製された、１８９２３８０２９０２ＳＥＱという名称で２０１キロバイトのサイズを有するテキストファイルとして電子提出された配列表を含む。配列表は、参照により本明細書に組み込まれる。

技術分野
本開示は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）または原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する患者を処置する方法を提供する。

ＩＢＤは、毎年５０，０００人を超える死亡を引き起こす結腸及び小腸の炎症性状態の群である。ＩＢＤの原因は複雑であり、要因には、食餌、遺伝、及び個体の消化管微生物叢の組成が含まれ得る。医学処置は概ね、個体に特有の要素に基づく。

クローン病（ＣＤ）及び潰瘍性結腸炎（ＵＣ）は、ＩＢＤの最も一般的な形態の中のものである。ＣＤ及びＵＣはいずれとも炎症性疾患であるが、ＵＣは結腸に位置し、ＣＤは、口から肛門までの消化管の任意の部分に影響を及ぼし得る。ＣＤもＵＣも現在は医学的に治癒可能ではなく、現在の処置は、腸の一部の手術除去から抗炎症及び／または免疫抑制性薬物の投与までの範囲に及ぶ。残念ながら、ＣＤ及びＵＣのための現在の処置はしばしば、有効ではなく、有意な副作用をもたらし得る。

ＰＳＣは当初、肝外胆管のセグメントの線維化性炎症を特徴とする慢性胆汁鬱滞性肝臓疾患として定義された。ＰＳＣは、胆管内腔の進行性狭窄または閉塞、続発性胆汁性肝硬変の進行をもたらし、門脈圧亢進症、肝不全、及び胆管癌の合併症を伴う。それは、肝内及び肝外の両方の胆管の炎症及び閉塞を特徴とする特発性障害である。さらに、全てのＰＳＣ患者のおよそ３分の２以上はＩＢＤを併発する。しかしながら、これらの２つの疾患の間の関係性は定義されていないままである。胆管細胞は、肝臓細胞集団の３％～５％を占め、肝内胆管系と称される肝臓内の相互接続菅の複雑なネットワークを覆っている。肝内及び肝外の両方の胆管で現れる病理学的状態の１つはＰＳＣである。ＰＳＣの医学的処置は、コルチコステロイド、抗生物質、免疫抑制剤、及び胆嚢刺激剤の単独または組み合わせを含んでいる。通常、全ての結果は期待外れであり、肝臓移植の非存在下で、診断から死亡までの年数中央値は１０年である。よって、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣの処置のための新たな方法及び組成物が依然として必要とされている。

ＭＳＴ１は、その関連受容体ＭＳＴ１Ｒに結合する肝臓分泌タンパク質（代替的に、Ｒｅｃｅｐｔｅｕｒ ｄ’Ｏｒｉｇｉｎｅ Ｎａｎｔａｉｓ、またはＲＯＮと称される）であるマクロファージ刺激タンパク質（ＭＳＰ；代替的に、ＭＳＴ１タンパク質と称される）をコードし、これは、他の細胞タイプの中でも、マクロファージ、クッパー細胞、及び腸の上皮細胞で発現する。ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒシグナル伝達は、マクロファージ極性化、細胞走化性、及び上皮創傷修復を促進する。ＰＳＣ及びＩＢＤ患者ならびに健康な対照における先行のゲノムワイド関連研究（ＧＷＡＳ）は、公開されたメタ－ＧＷＡＳにおけるＰＳＣ（ＯＲ１．３、ｐ＝２ｅ－２６）及びＩＢＤ（ＯＲ１．２、ｐ＝１ｅ－４７）の増加したリスクに関連するＭＳＴ１における共通のミスセンスバリアント（３：４９６８４０９９：Ｇ：Ａ；ｒｓ３１９７９９９）を同定した。機能性研究は、３：４９６８４０９９：Ｇ：Ａ ｒｓ３１９７９９９がヒト血清におけるＭＳＴ１タンパク質レベルの低下に関連することを示している。集合的に、これらのデータは、ＭＳＴ１の減少がＰＳＣ及びＩＢＤの増加したリスクに関連することを示している。

ＭＳＴ１Ｒは、チロシンキナーゼ活性を有するＭＳＴ１の細胞表面受容体である。このタンパク質の成熟形態は、一本鎖前駆体のタンパク質分解切断によって生成される、ジスルフィドで連結したアルファ及びベータサブユニットのヘテロ二量体である。ＭＳＴ１Ｒは、ＭＳＴ１リガンドに結合することによって細胞外マトリックスから細胞質内へシグナルを伝達するチロシンキナーゼとして機能する。現在まで、ＭＳＴ１Ｒは、遺伝子関連研究においてＩＢＤまたはＰＳＣと独立して関連していない。

本開示は、ＩＢＤを有する患者を処置する方法であって、方法は、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストを患者に投与することを含む、方法を提供する。
本開示はまた、ＰＳＣを有する患者を処置する方法であって、方法は、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストを患者に投与することを含む、方法を提供する。

本開示はまた、いくつかの実施形態では、患者からの生物学的生体試料においてＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドの存在または非存在が検出されるそのような方法を提供する。

添付の図面は、本明細書に組み込まれ、本明細書の一部分を構成し、いくつかの態様を図示し、説明と併せて、本開示のいくつかの原理を説明する役割を果たす。
本特許ファイルまたは出願ファイルは、カラーで作成した少なくとも１つの図面を含有する。カラー図面付きの本特許または本特許出願公開の写しは請求及び必要手数料の支払いに応じて米国特許庁より提供される。

フローサイトメトリーによるマウス腹膜マクロファージ、肝臓クッパー細胞、骨髄マクロファージ、結腸粘膜固有層マクロファージ、及び結腸上皮細胞におけるＭＳＴ１Ｒタンパク質発現を示している（Ｋａｕｄｅｒ ｅｔ ａｌ．，ＰＬｏＳ ＯＮＥ，２０１３，８，ｅ８３９５８）。 ＩＢＤに関連し、表１に見られる機能喪失及び予測される有害ミスセンスを強調しているＭＳＴ１Ｒタンパク質ドメインを示している。 ＭＳＴ１ Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰ ｐＬｏＦ変異体とＰＳＣ（パネルＡ）及びＩＢＤ（パネルＢ）との関連性のメタ分析の結果を示している。 大腸炎マウスの対照及びＤＳＳ誘導モデルにおけるＭＳＴ１ ＲＮＡ発現（パネルＡ）及びＭＳＴ１Ｒ ＲＮＡ（パネルＢ）を示している。 対照及びＩＢＤヒト患者の血清におけるＭＳＴ１発現を示している。 健康な対照及びＵＣまたは機能性胃腸障害（ＦＧＩＤ）を有するヒト患者から得られた腸上皮細胞におけるＭＳＴ１発現（パネルＡ）及びＭＳＴ１Ｒ発現（パネルＢ）を示している。 上皮細胞（パネルＡ）及び腸免疫細胞（パネルＢ）におけるＭＳＴ１Ｒ発現ならびに上皮細胞（パネルＣ）及び腸免疫細胞（パネルＤ）におけるＭＳＴ１発現を示すＩＢＤ集団（潰瘍性結腸炎、クローン病及び機能性胃腸障害）におけるシングルセルＲＮＡシーケンシングからの結果を示している。 同上。 同上。 同上。 ３匹の対照－ＨＤＤマウス及び３匹のｍＭｓｔ１－ＨＤＤマウスの肝臓における一貫したＭＳＴ１－ＨＤＤ発現を示している。 ＩＢＤを有する患者におけるＷＴならびにバリアントＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒの血清レベルを示している。 ＩＢＤ及びＰＳＣのオッズの増加と遺伝子負荷関連性のあるＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失のメタ分析を示している。 同上。 Ｇ１１６ｆｓ変異に起因する切断されたＭＳＴ１Ｒタンパク質の発現を示している。 ＭＳＴ１Ｒ Ｇ１１６ｆｓ変異体タンパク質がＨＥＫ細胞において発現せず、その下流標的を活性化しないことを示している。 トランスフェクション実験で使用されたＭＳＴ１コンストラクトの概略図を示している。 バリアントＭＳＴ１タンパク質の発現及び分泌を示している。 Ｃ６７２Ａ ＭＤＴ１変異体タンパク質を発現するマウスにおける体重変化を示している。 Ｃ６７２Ａ ＭＤＴ１変異体タンパク質の血漿レベルの分析を示している。

本開示の態様に関する様々な用語は、本明細書及び特許請求の範囲全体を通して使用される。別段に指定されない限り、かかる用語には、当該技術分野における通常の意味を付与するものとする。他の具体的に定義されている用語は、本明細書に提供する定義と一致する様式で解釈されるものとする。

別段に明確な記述がない限り、本明細書に記載の任意の方法または態様は、その工程を特定の順序で行う必要があるものとして解釈するようには意図されない。したがって、方法クレームが、工程を特定の順序に限定するものとすることを、特許請求の範囲または説明において具体的に記述しない場合には、いかなる点においても、順序を推測することは意図されない。このことは、工程もしくは作業フローの手筈に関する論理事項、文法構成もしくは句読法に由来する一般的意味、または本明細書に記載する態様の数もしくは種類を含め、あらゆる考え得る非明示的な解釈基準についても同様である。

本明細書で使用する場合、単数形「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」には、文脈で特に明確に指示されない限り、複数の指示対象が含まれる。
本明細書で使用される場合、用語「対象」及び「患者」は同じ意味で使用される。対象には、哺乳類を含め、任意の動物が含まれ得る。哺乳類としては、家畜（例えば、ウマ、ウシ、ブタ等）、コンパニオンアニマル（例えば、イヌ、ネコ等）、実験動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ等）、及び非ヒト霊長類が挙げられるが、これらに限定されない。いくつかの実施形態では、対象は、ヒトである。

本明細書で使用する場合、「核酸」、「核酸分子」、「核酸配列」、「ポリヌクレオチド」、または「オリゴヌクレオチド」は、任意の長さのヌクレオチドのポリマー形態を含むことができ、ＤＮＡ及び／またはＲＮＡを含むことができ、一本鎖、二本鎖または多重鎖であることができる。核酸の一方の鎖は、その相補体も指す。

本明細書で使用する場合、「含む」という用語は、特定の実施形態では、所望に応じて、「からなる」または「から本質的になる」と置き換えてよい。
本明細書で使用する場合、「～に対応する」という語句またはその文法上の変形表現は、特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列または位置の番号の関連で用いるときには、その特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列を所定の参照配列と比べたときの、その参照配列の番号を指す（例えば、本発明における参照配列は、（野生型）ＭＳＴ１Ｒの核酸分子またはポリペプチドである）。換言すると、特定のポリマーの残基（例えば、アミノ酸もしくはヌクレオチド）の番号または残基（例えば、アミノ酸もしくはヌクレオチド）の位置は、その特定のアミノ酸またはヌクレオチド配列におけるその残基の実際の位置番号によってではなく、参照配列を基準に割り当てられている。例えば、特定のアミノ酸配列またはヌクレオチド配列は、ギャップを導入して、２つの配列間の残基一致度を最適化することによって、参照配列にアライメントできる。これらのケースでは、ギャップが存在していても、その特定のアミノ酸またはヌクレオチドの配列における残基の番号付けは、その配列をアライメントした参照配列を基準に行う。配列アライメントを実施して、別のポリマー分子におけるヌクレオチドまたはアミノ酸位置に対応する、あるポリマー分子におけるヌクレオチドまたはアミノ酸位置を同定するために使用され得る多様な計算的アルゴリズムが存在する。例えば、ＮＣＢＩ ＢＬＡＳＴアルゴリズム（Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．，１９９７，２５，３３８９－３４０２）またはＣＬＵＳＴＡＬＷソフトウェア（Ｓｉｅｖｅｒｓ ａｎｄ Ｈｉｇｇｉｎｓ，Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，２０１４，１０７９，１０５－１１６）を使用することにより、配列アライメントが実施され得る。しかしながら、配列を手動でアライメントすることもできる。

本開示によれば、ＭＳＴ１Ｒにおける所定のバリエーションの集合負荷が、ＩＢＤまたはＰＳＣを発症するリスクに関連することが観察された。ゲノムワイドまたはエクソームワイド関連研究においてＭＳＴ１Ｒ遺伝子またはタンパク質におけるバリアントはＩＢＤまたはＰＳＣに関連していないと考えられる。したがって、ＩＢＤまたはＰＳＣに関連するＭＳＴ１Ｒ変化を有するヒトは、ＩＢＤまたはＰＳＣが抑制され、その症状が減少し、及び／または症状の発症が抑止されるように処置され得る。また、ＩＢＤまたはＰＳＣを有するヒトは、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒシグナル伝達を促進する分子で処置され得ると考えられる。

本開示の目的のため、任意の特定のヒトは、以下のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ遺伝子型の任意の組み合わせを有するものとして分類され得る：ｉ）ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ参照；ｉｉ）ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についてヘテロ接合性、及びｉｉｉ）ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についてホモ接合性。ヒトは、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のコピーを有さない場合、そのヒトは、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ参照である。ヒトは、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子の単一コピーを有する場合、そのヒトは、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についてヘテロ接合性である。ヒトは、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかの２つのコピーを有する場合、そのヒトは、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についてホモ接合性である。

ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失（集合的に、「予測される機能喪失」バリアント核酸分子）を有するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドをコードする任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子など）である。部分的機能喪失（または予測される部分的機能喪失）を有するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドを有するヒトは、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒについて低形質である。ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子は、本明細書に記載のバリアント核酸分子の任意の１つ以上であり得る。

ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子はまた、任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ有害ミスセンスバリアント核酸分子である。ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ有害ミスセンスバリアント核酸分子は、本明細書に記載のバリアント核酸分子の任意の１つ以上であり得る。

ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についてヘテロ接合性またはホモ接合性であると遺伝子型決定されたまたは決定されたヒト対象または患者の場合、そのようなヒト対象または患者は、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したオッズを有することに関連する。

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、部分的機能喪失、完全機能喪失、予測される部分的機能喪失、または予測される完全機能喪失を有するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドをコードする任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子など）であり得る。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子はまた、任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子（例えば、ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子など）であり得る。

ＭＳＴ１Ｒ参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、長さが１６，６３６ヌクレオチドである配列番号１に示されている。配列番号１に記載された最初のヌクレオチドは、３番染色体の位置４９，９０３，６３７におけるヌクレオチドに対応する（ｈｇ３８＿ｋｎｏｗｎＧｅｎｅ＿ＥＮＳＧ０００００１６４０７８．１２参照）。

（ヒトゲノム参照構築ＧＲｃｈ３８を使用して）：３：４９９０３２６４：ＣＧ：Ｃ、３：４９９０３０８４：Ｃ：Ｔ、３：４９８９００２６：Ｇ：Ｔ、３：４９９０２４１７：Ａ：Ｇ、３：４９９０２５６０：Ａ：Ｔ、及び３：４９９０３３８７：Ｇ：Ｔが含まれるがこれらに限定されないＭＳＴ１Ｒの多数のバリアントゲノム核酸分子が存在する。よって、例えば、参照ゲノムヌクレオチド配列（配列番号１）をベース配列（位置４９，９０３，６３７として指定されたその中に列挙された最初のヌクレオチドを有する）として使用して、１番目に列挙されたバリアント（３：４９９０３２６４：ＣＧ：Ｃ）は、グアニンを有効に欠失する位置４９，９０３，２６４（「バリアント位置」と称される）でシトシン（「バリアントヌクレオチド」と称される）で置き換えられたＣＧジヌクレオチドを有する。別の例では、２番目に列挙されたバリアント（３：４９９０３０８４：Ｃ：Ｔ）は、位置４９，９０３，０８４（「バリアント位置」と称される）でシトシンがチミン（「バリアントヌクレオチド」と称される）で置き換えられている。これらのＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子のいずれかは、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

選択的スプライシングを介して生成されたＭＳＴ１Ｒ参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号２～１０に示されている。本明細書に記載のバリアントゲノム核酸分子についてのそれらのそれぞれのバリアント位置におけるバリアントヌクレオチドはまた、配列番号２～１０に従うＭＳＴ１Ｒ参照ｍＲＮＡ配列に基づいてバリアントｍＲＮＡ分子についてのそれらのそれぞれのバリアント位置で対応するバリアントヌクレオチドを有する。これらのＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡ分子のいずれかは、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ＭＳＴ１Ｒ参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号１１～１９に示されている。本明細書に記載のバリアントゲノム核酸分子についてのそれらのそれぞれのバリアント位置におけるバリアントヌクレオチドはまた、配列番号１１～１９に従うＭＳＴ１Ｒ参照ｃＤＮＡ配列に基づいてバリアントｃＤＮＡ分子についてのそれらのそれぞれのバリアント位置で対応するバリアントヌクレオチドを有する。これらのＭＳＴ１ＲバリアントｃＤＮＡ分子のいずれかは、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ＭＳＴ１Ｒ参照ポリペプチドアイソフォームのアミノ酸配列は、配列番号２０～２８に示されている。ＭＳＴ１Ｒ ｍＲＮＡまたはｃＤＮＡ分子のいずれかの翻訳されるヌクレオチド配列を使用して、ＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドは、バリアント位置（コドン）で対応する翻訳されたバリアントアミノ酸を有する。これらのＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドのいずれかは、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ＭＳＴ１参照ゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、長さが５，１０７ヌクレオチドである配列番号２９に示されている。配列番号２９に示される最初のヌクレオチドは、ＧＲＣｈ３８／ｈｇ３８ヒトゲノムアセンブリに従う３番染色体の位置４９，６８９，０５３におけるヌクレオチドに対応する（ｈｇ３８＿ｋｎｏｗｎＧｅｎｅ＿ＥＮＳＧ０００００４４９６８２．２参照）。

ｒｓ３１９７９９９バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号３０に示されている。参照ゲノム核酸分子配列（配列番号２９）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号３０）は、位置４，９５５でシトシンではなくチミンを含む。参照ゲノム核酸分子配列（配列番号２９）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号３０）は、位置４，９５５～４，９５７でＣＧＣコドンではなくＴＧＣコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ｒｓ１４２６９００３２バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列は、配列番号３７に示されている。参照ゲノム核酸分子配列（配列番号２９）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号３７）は、位置４，６７５でシトシンではなくチミンを含む。参照ゲノム核酸分子配列（配列番号２９）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントゲノム核酸分子のヌクレオチド配列（配列番号３７）は、位置４，６７３～４，６７５でＡＣＣコドンではなくＡＣＴコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ＭＳＴ１参照ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３１に示されている。
ｒｓ３１９７９９９ ｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３２に示されている。参照ｍＲＮＡ分子配列（配列番号３１）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３２）は、位置２，４６９でシトシンではなくウラシルを含む。参照ｍＲＮＡ分子配列（配列番号３１）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３２）は、位置２，４６９～２，４７１でＣＧＣコドンではなくＵＧＣコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ｒｓ１４２６９００３２バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３８に示されている。参照ｍＲＮＡ分子配列（配列番号３１）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３８）は、位置２，３１３でシトシンではなくウラシルを含む。参照ｍＲＮＡ分子配列（配列番号３１）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントｍＲＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３８）は、位置２，３１１～２，３１３でＡＣＣコドンではなくＡＣＵコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ＭＳＴ１参照ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３３に示されている。
ｒｓ３１９７９９９ ｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３４に示されている。参照ｃＤＮＡ分子配列（配列番号３３）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３３）は、位置２，４６９でシトシンではなくチミンを含む。参照ｃＤＮＡ分子配列（配列番号３３）と比較して、ｒｓ３１９７９９９バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３４）は、位置２，４６９～２，４７１でＣＧＣコドンではなくＴＧＣコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

ｒｓ１４２６９００３２バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列は、配列番号３９に示されている。参照ｃＤＮＡ分子配列（配列番号３３）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３９）は、位置２，３１３でシトシンではなくチミンを含む。参照ｃＤＮＡ分子配列（配列番号３３）と比較して、ｒｓ１４２６９００３２バリアントｃＤＮＡ分子のヌクレオチド配列（配列番号３９）は、位置２，３１１～２，３１３でＡＣＣコドンではなくＡＣＴコドンを含む。このＭＳＴ１の予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子は、本明細書に記載の方法のいずれかで検出され得る。

参照ＭＳＴ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３５に示されており、７２５アミノ酸長である。
ｒｓ３１９７９９９バリアントＭＳＴ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号３６に示されており、７２５アミノ酸長である。基礎となる核酸分子におけるＳＮＰは、参照ＭＳＴ１ポリペプチド（配列番号３５）のアミノ酸位置７０３でアルギニンのシトシンでの置換をもたらす。このｒｓ３１９７９９９バリアントＭＳＴ１ポリペプチドは、本明細書でＡｒｇ７０３Ｃｙｓ ＭＳＴ１ポリペプチドと称される。

ｒｓ１４２６９００３２バリアントＭＳＴ１ポリペプチドのアミノ酸配列は、配列番号４０に示されており、６５０アミノ酸長である。基礎となる核酸分子におけるＳＮＰは、配列番号３５に従う位置６５１に対応する位置で終止コドンの獲得をもたらす（アルギニンを置き換える）。これは、配列番号３５に従う位置６５０に対応する位置で切断されたバリアントＭＳＴ１ポリペプチドの発現をもたらす。このｒｓ１４２６９００３２バリアントＭＳＴ１ポリペプチドは、本明細書でＡｒｇ６５１ＳＴＯＰ ＭＳＴ１ポリペプチドと称される。このバリアントＭＳＴ１ポリペプチドは、参照ＭＳＴ１ポリペプチド（配列番号３５）の位置６５１～７２５に対応する位置でアミノ酸を含まない。

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、バリアントＭＳＴ１核酸分子またはポリペプチドは、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰであり得るか、またはそれをコードし得る。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、バリアントＭＳＴ１核酸分子またはポリペプチドは、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓであり得るか、またはそれをコードし得る。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、バリアントＭＳＴ１核酸分子またはポリペプチドは、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰであり得るか、またはそれをコードし得る。

添付の配列表に列挙されているヌクレオチド配列及びアミノ酸配列は、ヌクレオチド塩基については標準的な略記、及びアミノ酸については３文字表記を使用して示されている。ヌクレオチド配列は、配列の５’末端にて始まり３’末端の方に（すなわち、各列において左から右に）進む標準的な慣習に従う。各ヌクレオチド配列の一方の鎖のみが示されているが、表示されている鎖に対する任意の参照によって相補鎖が含まれるものと理解される。アミノ酸配列は、配列のアミノ末端にて始まりカルボキシ末端の方に（すなわち、各列において左から右に）進む標準的な慣習に従う。

本開示は、ＩＢＤを有する患者を処置する方法であって、方法は、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストを患者に投与することを含む、方法を提供する。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤは、潰瘍性結腸炎（ＵＳ）またはクローン病（ＣＤ）である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＣＤは、空回腸炎、回腸炎、回結腸炎、もしくはクローン大腸炎、またはそれらの任意の組み合わせである。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＵＣは、潰瘍性直腸炎、左側大腸炎、もしくは広範囲大腸炎、またはそれらの任意の組み合わせである。

クローン病の症状には、頻発性及び／または反復性下痢、直腸出血、原因不明の体重減少、発熱、腹痛、痙攣、疲労、低活力の感覚、及び食欲減退が含まれるがこれらに限定されない。潰瘍性直腸炎の症状には、直腸出血、直腸痛、及び腸運動の切迫が含まれるがこれらに限定されない。左側大腸炎の症状には、食欲喪失、体重減少、出血性下痢、及び腹部の左側の疼痛が含まれるがこれらに限定されない。広範囲大腸炎の症状には、食欲喪失、出血性下痢、腹痛、及び体重減少が含まれるがこれらに限定されない。

本開示はまた、ＰＳＣを有する患者を処置する方法であって、方法は、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストを患者に投与することを含む、方法を提供する。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＰＳＣは、早期ステージＰＳＣ（例えば、Ｌｕｄｗｉｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１９８１，１，６３２－６４０に従うステージ１）である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＰＳＣは、後期ステージＰＳＣ（例えば、Ｌｕｄｗｉｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１９８１，１，６３２－６４０に従うステージ４）である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＰＳＣは、任意の疾患ステージ（例えば、Ｌｕｄｗｉｇ ｅｔ ａｌ．，Ｈｅｐａｔｏｌｏｇｙ，１９８１，１，６３２－６４０に従うステージ４）である。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、女性である。いくつかの実施形態では、ヒト対象は、男性である。

ＰＳＣの症状には、黄疸、非特異性上部腹痛、疲労、掻痒、右上腹部、皮膚・粘膜の疼痛黄変、及び白眼（閉塞性黄疸）が含まれるがこれらに限定されない。さらなる症状には、不健康の全般的感覚（倦怠感）；腹痛、特に腹部の右上部；吐き気；暗色尿；明色便；予期せぬ体重減少、及び／または肝臓の異常な肥大（肝腫大）及び／または脾臓の異常な肥大（脾腫）が含まれる。

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストは、ＭＳＴ１アゴニストまたはＭＳＴ１Ｒアゴニストである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１アゴニスト及び／またはＭＳＴ１Ｒアゴニストは、タンパク質、核酸分子、または小分子を含む。いくつかの実施形態では、タンパク質は、ＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒに対する抗体である。

いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１アゴニストは、組換えＭＳＴ１などのタンパク質である。いくつかの実施形態では、組換えＭＳＴ１は、異種タンパク質、例えば、抗体またはその断片、例えば、Ｆｃ断片に融合されたＭＳＴ１またはその断片を含む融合タンパク質（例えば、Ｍｓｔ１－Ｆｃ）である。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１アゴニストは、ケレリトリン、組換え腫瘍壊死因子受容体関連因子２（ＴＲＡＦ２）、またはクルクミンである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１アゴニストは、肝細胞成長因子活性化因子（ＨＧＦＡ）、マトリプターゼ、ヘプシン、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ（ヒト気道プリプシン様プロテアーゼ；ＨＡＴ）、凝固因子ＸＩＩａ、凝固因子Ｘｉａ、及びカリクレインから選択されるプロテアーゼである。

いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒアゴニストは、組換えマクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）、組換え肝細胞成長因子様タンパク質（ＨＧＦＬ）、または組換えアンドロゲン受容体（ＡＲ）である。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒアゴニストは、ｍＡｂ Ｚｔ／ｇ４、ｍＡｂ Ｚｔ／ｃ１、ｍＡｂ Ｚｔ／ｆ２、ｍＡｂ Ｚｔ／６４、ｍＡｂ ３Ｆ１２、ｍＡｂ Ｂ９、及びｍＡｂ １Ｇ４から選択される抗体である。

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを有する患者は、さらなる治療剤で処置され得る。ＩＢＤを処置または抑制する治療剤の例には、アミノサリチル酸塩（例えば、ＣＯＬＡＺＡＬ（商標）（バルサラジド）、ＡＳＡＣＯＬ（商標）、ＡＰＲＩＳＯ（商標）、ＬＩＡＬＤＡ（商標）、及びＰＥＮＴＡＳＡ（商標）（メサラミン）、ＤＩＰＥＮＴＵＭ（商標）（オルサラジン）、及びＡＺＵＬＦＩＤＩＮＥ（商標）（スルファサラジン））；コルチコステロイド；免疫改変剤（例えば、ＩＭＵＲＡＮ（商標）（アザチオプリン）、ＲＨＥＵＭＡＴＲＥＸ（商標）（メトトレキサート）、及びＰＵＲＩＮＥＴＨＯＬ（商標）（６－メルカプトプリン（６－ＭＰ））；及び抗体（例えば、ＲＥＭＩＣＡＤＥ（商標）（インフリキシマブ）、ＲＥＮＦＬＥＸＩＳ（商標）（インフリキシマブ－ａｂｄａ）、ＩＮＦＬＥＣＴＲＡ（商標）（インフリキシマブ－ｄｙｙｂ）、ＨＵＭＩＲＡ（商標）（ダリムマブ）、ＡＭＪＥＶＩＴＡ（商標）（アダリムマブ－ａｔｔｏ）、ＣＩＭＺＩＡ（商標）（セルトリズマブ）、ＴＹＳＡＢＲＩ（商標）（ナタリズマブ）、ＥＮＴＹＶＩＯ（商標）（ベドリズマブ）、ＳＴＥＬＡＲＡ（商標）（ウステキヌマブ）、ＳＩＭＰＯＮＩ（商標）及びＳＩＭＰＯＮＩ（商標）ＡＲＩＡ（ゴリムマブ））、ならびに組換えＭＳＴ１、またはそれらの任意の組み合わせが含まれるがこれらに限定されない。ＩＢＤを処置または抑制する治療剤の例には、アミノサリチル酸塩（例えば、バルサラジド、メサラミン、オルサラジン、及びスルファサラジン）；コルチコステロイド；免疫改変剤（例えば、アザチオプリン、メトトレキサート、及び６－メルカプトプリン（６－ＭＰ））；及び抗体（例えば、インフリキシマブ、インフリキシマブ－ａｂｄａ、インフリキシマブ－ｄｙｙｂ、ダリムマブ、アダリムマブ－ａｔｔｏ、セルトリズマブ、ナタリズマブ、ベドリズマブ、ウステキヌマブ、ゴリムマブ）、ならびに組換えＭＳＴ１、またはそれらの任意の組み合わせが含まれるがこれらに限定されない。ＰＳＣを処置または抑制する治療剤の例には、掻痒及び黄疸を減少させるための薬剤、感染症を処置するための抗生物質、免疫抑制剤、胆嚢刺激剤、及びビタミン補充剤、またはそれらの任意の組み合わせが含まれるがこれらに限定されない。

ＩＢＤまたはＰＳＣを処置または抑制する治療剤の投与は、例えば、１日、２日、３日、５日、１週間、２週間、３週間、１か月、５週間、６週間、７週間、８週間、２か月、または３か月の後に繰り返され得る。反復投与は、同じ用量または異なる用量であることができる。投与は、１回、２回、３回、４回、５回、６回、７回、８回、９回、１０回、またはそれ以上繰り返すことができる。例えば、特定の投与レジメンによれば、患者は、長期間、例えば、６か月、１年、またはそれ以上の期間等の治療を受けることがある。

ＩＢＤまたはＰＳＣを処置または抑制する治療剤の投与は、非経口、静脈内、経口、皮下、動脈内、頭蓋内、髄腔内、腹腔内、局所、鼻腔内、または筋肉内を含むがこれらに限定されない任意の好適な経路によって行われ得る。投与用の薬学的組成物は、望ましくは無菌であり、実質的に等張であり、ＧＭＰ条件下で製造される。薬学的組成物は、単位剤形（すなわち、単回投与用の投与量）で提供することができる。薬学的組成物は、１つまたは複数の生理学的及び薬学的に許容可能な担体、希釈剤、賦形剤または補助剤を使用して製剤化することができる。製剤は、選択した投与経路に依存する。用語「薬学的に許容可能な」は、担体、希釈剤、添加剤、または助剤は、製剤の他の成分と適合性があり、その被投与者に実質的に有害ではないことを意味する。

本明細書で使用する場合、「処置する」、「処置すること」、及び「処置」ならびに「予防する」、「予防すること」、及び「予防」という用語は、それぞれ、治療効果及び予防効果などの所望の生物学的応答を引き出すことを指す。いくつかの実施形態では、治療効果は、薬剤または薬剤を含む組成物の投与の後のＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の低下／減少、ＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の重症度の低下／減少（例えば、ＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の進行の減少または抑制など）、症状及びＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の低下／減少、症状及びＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の発症の遅延、ＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の症状の重症度の減少、急性発作の重症度の減少、症状及びＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の数の減少、症状及びＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の潜伏期間の減少、症状及びＩＢＤ関連作用、ＰＳＣ関連作用、またはその両方の好転、二次症状の減少、二次感染症の減少、ＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の再燃の防止、再燃発作の数または頻度の低下、症状を示す発作間の潜伏期間の増加、長引く進行までの時間の増加、回復の加速、及び／または代替治療の有効性の増加またはその抵抗性の低下のうちの１つ以上を含む。予防的効果は、治療プロトコルの実施後のＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の発症／進行の完全または部分的回避／抑制または遅延（例えば、完全または部分的回避／抑制または遅延など）を含み得る。ＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の処置は、任意の臨床的段階または徴候でＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の任意の形態を有するものとして既に診断されている患者の処置、ＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の症状または兆候の発症または進行または激化または悪化の遅延、及び／またはＩＢＤ、ＰＳＣ、またはその両方の重症度の予防及び／または減少を包含する。

本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、方法は、患者からの生体試料におけるＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することをさらに含み得る。集団内の遺伝子配列、及びかかる遺伝子によってコードされるｍＲＮＡ分子は、一塩基多型などの多型のために異なり得ることを理解されたい。本明細書に開示されるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のために本明細書で提供される配列は、例示的な配列にすぎない。ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子についての他の配列も可能である。

ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドは、任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアントまたはＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント、例えば、本明細書に記載のもののいずれかであり得る。例えば、本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。また、本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０３２６４：ＣＧ：Ｃ、３：４９９０３０８４：Ｃ：Ｔ、３：４９８９００２６：Ｇ：Ｔ、３：４９９０２４１７：Ａ：Ｇ、３：４９９０２５６０：Ａ：Ｔ、または３：４９９０３３８７：Ｇ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子であり得る。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０３２６４：ＣＧ：Ｃ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０３０８４：Ｃ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９８９００２６：Ｇ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０２４１７：Ａ：Ｇ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０２５６０：Ａ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である。本明細書に記載の実施形態のいずれかにおいて、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０３３８７：Ｇ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、またはｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子であり得る。

いくつかの実施形態では、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することは、患者が、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム核酸分子、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡ分子、ｍＲＮＡ分子から生成されるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｃＤＮＡ分子、及び／またはＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドを有するかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、そのような決定は、患者から生体試料を得ることまたは得たこと、及び患者がＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドを有するかどうかを決定するために生体試料についてアッセイを実施することまたは実施したことによって行われる。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

ヒトが生体試料におけるＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドを有するかどうかを決定することは、本明細書に記載の方法のいずれかによって行われ得る。いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで行われる。いくつかの実施形態では、これらの方法は、ｉｎ ｓｉｔｕで行われ得る。いくつかの実施形態では、これらの方法は、ｉｎ ｖｉｖｏで行われ得る。これらの実施形態のいずれかでは、核酸分子は、ヒト対象から得られた細胞内に存在し得る。いくつかの実施形態では、アッセイは、核酸分子についての遺伝子型決定アッセイである。いくつかの実施形態では、アッセイは、ポリペプチドについてのイムノアッセイである。

生体試料は、対象からの任意の細胞、組織、または生体液に由来することができる。試料は、骨髄試料、腫瘍生検、細針吸引生検、または体液試料、例えば血液、歯肉溝滲出液、血漿、血清、リンパ、腹水、嚢胞液もしくは尿などの任意の臨床的に関連する組織を含み得る。いくつかの場合では、試料は、口腔スワブを含む。いくつかの実施形態では、生体試料は、細胞ライセートを含む。そのような方法は、対象から生体試料を得ることをさらに含み得る。本明細書に開示する方法において使用する試料は、アッセイ形式、検出方法の性質、及び試料として使用する組織、細胞、または抽出物に基づいて異なるだろう。生体試料は、採用されるアッセイに応じて異なる処理を行うことができる。例えば、任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子を検出する場合、ゲノムＤＮＡについての試料を単離または濃縮するように設計された予備処理が用いられ得る。様々な既知の技術を、この目的のために使用し得る。任意のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡのレベルを検出する場合、ｍＲＮＡを有する生体試料を濃縮するために異なる技術が使用され得る。ｍＲＮＡの存在もしくはレベル、または特定のバリアントゲノムＤＮＡ遺伝子座の存在を検出するために、様々な方法を使用することができる。

いくつかの実施形態では、方法は、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム核酸分子、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡ分子、ｍＲＮＡ分子から生成されるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｃＤＮＡ分子、及び／またはＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドを有することの患者の集合負荷を決定することをさらに含み得る。集合負荷は、ＭＳＴＲ１遺伝子における全ての稀なバリアントの合計であり、これは、ＩＢＤとの関連性試験で実行される。関連性試験の結果は、ＭＳＴ１Ｒの稀な機能喪失及びミスセンスバリアントが、ＩＢＤの増加したオッズに関連することを示唆している。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部をシーケンシングすることを含む。シーケンシングされる一部は、予測される機能喪失バリアント位置に対応する位置を含む。予測される機能喪失バリアント位置におけるバリアントヌクレオチドが検出された場合、生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子は、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子である。任意の特定のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子内の予測される機能喪失バリアント位置は、対応する参照核酸分子のヌクレオチド配列と比較して異なるバリアントヌクレオチド配列の１つ以上の位置である。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料を、予測される機能喪失バリアント位置に近接するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の一部にハイブリダイズするプライマーと接触させること、少なくとも予測される機能喪失バリアント位置を通してプライマーを伸長させること、及びプライマーの伸長産物が予測される機能喪失バリアント位置においてバリアントヌクレオチドを含むかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、核酸分子全体をシーケンシングすることを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部をシーケンシングすることを含む。シーケンシングされる一部は、ミスセンスバリアント位置に対応する位置を含む。ミスセンスバリアント位置におけるバリアントヌクレオチドが検出された場合、生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子は、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子である。任意の特定のＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子内のミスセンスバリアント位置は、対応する参照核酸分子のヌクレオチド配列と比較して異なるバリアントヌクレオチド配列の１つ以上の位置である。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料を、ミスセンスバリアント位置に近接するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の一部にハイブリダイズするプライマーと接触させること、少なくともミスセンスバリアント位置を通してプライマーを伸長させること、及びプライマーの伸長産物がミスセンスバリアント位置においてバリアントヌクレオチドを含むかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、核酸分子全体をシーケンシングすることを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、アッセイは、生体試料を、プライマー、例えば、ストリンジェントな条件下でＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、またはバリアントｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズし、対応するＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒ参照配列とは特異的にハイブリダイズしない変化特異的プライマーと接触させることを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒゲノム核酸分子のみが分析される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ ｍＲＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ ｍＲＮＡから得られるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ ｃＤＮＡのみが分析される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

核酸シーケンシング技術の例示的な例には、鎖ターミネーター（サンガー）シーケンシング及び色素ターミネーターシーケンシングが含まれるがこれらに限定されない。いくつかの実施形態では、アッセイは、ＲＮＡシーケンシング（ＲＮＡ－Ｓｅｑ）を含む。いくつかの実施形態では、アッセイはまた、逆転写酵素ポリメラーゼ連鎖反応（ＲＴ－ＰＣＲ）などによってｍＲＮＡをｃＤＮＡに逆転写することを含む。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の少なくとも一部を増幅させることであって、その一部は、予測される機能喪失バリアント位置を含む、増幅させること、増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識すること、標識した核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、予測される機能喪失バリアント位置にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させること、及び検出可能な標識を検出することを含む。いくつかの実施形態では、試料における核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは増幅工程の前にｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料における核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下で予測される機能喪失バリアント位置にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させること、及び検出可能な標識を検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の少なくとも一部を増幅させることであって、その一部は、ミスセンスバリアント位置を含む、増幅させること、増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識すること、標識された核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下でミスセンスバリアント位置にハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させること、及び検出可能な標識を検出することを含む。いくつかの実施形態では、試料における核酸分子はｍＲＮＡであり、ｍＲＮＡは増幅工程の前にｃＤＮＡに逆転写される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、生体試料における核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、変化特異的プローブは、ストリンジェントな条件下でミスセンスバリアント位置とハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、接触させること、及び検出可能な標識を検出することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本明細書に記載の変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ＭＳＴ１もしくはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子、またはＭＳＴ１もしくはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子、またはその相補体に相補的であり、及び／またはハイブリダイズし、または特異的にハイブリダイズする核酸配列を含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも約５、少なくとも約８、少なくとも約１０、少なくとも約１１、少なくとも約１２、少なくとも約１３、少なくとも約１４、少なくとも約１５、少なくとも約１６、少なくとも約１７、少なくとも約１８、少なくとも約１９、少なくとも約２０、少なくとも約２１、少なくとも約２２、少なくとも約２３、少なくとも約２４、少なくとも約２５、少なくとも約３０、少なくとも約３５、少なくとも約４０、少なくとも約４５、または少なくとも約５０ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも１５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、少なくとも１５ヌクレオチド～少なくとも約３５ヌクレオチドを含むか、またはそれからなる。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ストリンジェントな条件下でＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアントゲノム核酸分子、ＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアントｃＤＮＡ分子とハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブまたは変化特異的プライマーは、ストリンジェントな条件下でＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアントゲノム核酸分子、ＭＳＴ１ＲミスセンスバリアントｍＲＮＡ分子、及び／またはＭＳＴ１ＲミスセンスバリアントｃＤＮＡ分子とハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

変化特異的ポリメラーゼ連鎖反応技術を使用して、核酸配列におけるＳＮＰなどの突然変異を検出することができる。鋳型とのミスマッチが存在する場合はＤＮＡポリメラーゼが伸長しなくなるため、変化特異的プライマーを使用することができる。

いくつかの実施形態では、アッセイは、生体試料を、プローブ、例えば、ストリンジェントな条件下でＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム配列、バリアントｍＲＮＡ配列、またはバリアントｃＤＮＡ配列に特異的にハイブリダイズし、対応するＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒ参照配列とは特異的にハイブリダイズしない変化特異的プローブと接触させること、及びハイブリダイゼーションが生じたかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

いくつかの実施形態では、方法は、標的ヌクレオチド配列に結合し、ＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム核酸分子、バリアントｍＲＮＡ分子、またはバリアントｃＤＮＡ分子を含むポリヌクレオチドを特異的に検出及び／または同定するのに十分なヌクレオチド長のプローブ及びプライマーを利用する。ハイブリダイゼーション条件または反応条件は、この結果を達成するように作業者が決定することができる。ヌクレオチド長は、本明細書に記載するまたは例示する任意のアッセイを含む、最適な検出方法にて使用するのに十分である任意の長さであってよい。かかるプローブ及びプライマーは、高ストリンジェントなハイブリダイゼーション条件下で標的ヌクレオチド配列に特異的にハイブリダイズすることができる。標的ヌクレオチド配列とは異なり、標的ヌクレオチド配列を特異的に検出する及び／または同定する能力を保持するプローブを従来の方法によって設計してもよいが、プローブ及びプライマーは標的ヌクレオチド配列内の連続ヌクレオチドの完全なヌクレオチド配列同一性を有してよい。プローブ及びプライマーは、標的核酸分子のヌクレオチド配列と、約８０％、約８５％、約９０％、約９１％、約９２％、約９３％、約９４％、約９５％、約９６％、約９７％、約９８％、約９９％、または１００％の配列同一性または相補性を有することができる。

いくつかの実施形態では、精製されたＤＮＡ、増幅したＤＮＡ、及び固定された細胞調製物（蛍光ｉｎ ｓｉｔｕハイブリダイゼーション（ＦＩＳＨ））に対して仕向けられた標識されたプライマーまたはプローブが検出のために使用され得る。いくつかの方法では、標的核酸分子を、検出の前または検出と同時に増幅してよい。核酸増幅技術の例示的な例には、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）、リガーゼ鎖反応（ＬＣＲ）、鎖置換増幅（ＳＤＡ）、及び核酸配列ベース増幅（ＮＡＳＢＡ）が含まれるがこれらに限定されない。他の方法には、リガーゼ連鎖反応、鎖置換増幅法、及び好熱性ＳＤＡ（ｔＳＤＡ）が含まれるが、これに限定されない。

ハイブリダイゼーション技術では、プローブまたはプライマーがその標的に特異的にハイブリダイズし得るように、ストリンジェントな条件を採用することができる。いくつかの実施形態では、ストリンジェントな条件下のポリヌクレオチドプライマーまたはプローブは、その標的配列に、他の非標的配列よりも、検出可能に高い程度、例えば、バックグラウンドの少なくとも２倍、少なくとも３倍、少なくとも４倍、またはそれ以上、例えばバックグラウンドの１０倍超の程度で、ハイブリダイズするだろう。ストリンジェントな条件は、配列に依存し、状況が異なれば異なるだろう。

ＤＮＡハイブリダイゼーションを促進する適切なストリンジェンシー条件、例えば、約４５℃での６×塩化ナトリウム／クエン酸ナトリウム（ＳＳＣ）、その後の５０℃での２×ＳＳＣの洗浄は、既知である、またはＣｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｎ．Ｙ．（１９８９），６．３．１－６．３．６に見出すことができる。典型的には、ハイブリダイゼーション及び検出のためのストリンジェントな条件は、ｐＨ７．０～８．３にて、塩濃度が、約１．５Ｍ Ｎａ＋イオン未満、典型的には約０．０１～１．０Ｍ Ｎａ＋イオン濃度（または他の塩）であり、温度が、短いプローブ（例えば、１０～５０ヌクレオチドなど）では少なくとも約３０℃、それよりも長いプローブ（例えば、５０ヌクレオチド超など）では少なくとも約６０℃である条件となる。ストリンジェントな条件は、ホルムアミドなどの不安定化剤を加えることでも達成され得る。任意選択的に、洗浄緩衝液は、約０．１％～約１％ＳＤＳを含み得る。ハイブリダイゼーションの持続期間は、一般的に約２４時間未満、通常は約４～約１２時間である。洗浄の持続期間は、少なくとも、平衡に達するのに十分な長さの時間であるだろう。

いくつかの実施形態では、ヒトＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドの存在を検出することは、ヒト対象から得られた試料についてアッセイを実施して、対象におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドが、ポリペプチドが機能喪失（部分的または完全）または予測される機能喪失（部分的または完全）を有すること、またはミスセンスバリアント核酸分子から生成されることを引き起こす１つ以上のバリエーションを含有するかどうかを決定することを含む。いくつかの実施形態では、アッセイは、バリアント位置を含むＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドの少なくとも一部をシーケンシングすることを含む。いくつかの実施形態では、検出する工程は、ポリペプチド全体をシーケンシングすることを含む。ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドのバリアント位置におけるバリアントアミノ酸の同定は、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドが、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失ポリペプチドであり、またはミスセンスバリアント核酸分子から生成されることを示す。いくつかの実施形態では、アッセイは、バリアントポリペプチドの存在を検出するためのイムノアッセイを含む。ＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドのバリアント位置におけるバリアントアミノ酸の検出は、ＭＳＴ１またはＭＳＴ１ＲポリペプチドがバリアントＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒポリペプチドであることを示す。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本明細書に記載のプローブ及び／またはプライマー（変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーを含む）は、約１５～約１００、約１５～約３５ヌクレオチドを含むまたはそれからなる。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーは、ＤＮＡを含む。いくつかの実施形態では、変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーは、ＲＮＡを含む。いくつかの実施形態では、本明細書に記載のプローブ及びプライマー（変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーを含む）は、本明細書に開示する核酸分子のいずれか、またはその相補体に特異的にハイブリダイズするヌクレオチド配列を有する。いくつかの実施形態では、プローブ及びプライマー（変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーを含む）は、本明細書に開示する核酸分子のいずれかにストリンジェントな条件下で特異的にハイブリダイズする。本開示の文脈において「特異的にハイブリダイズする」は、プローブまたはプライマー（変化特異的プローブ及び変化特異的プライマーを含む）がＭＳＴ１Ｒ参照ゲノム核酸分子、ＭＳＴ１Ｒ参照ｍＲＮＡ分子、及び／またはＭＳＴ１Ｒ参照ｃＤＮＡ分子をコードする核酸配列にハイブリダイズしないことを意味する。いくつかの実施形態では、プローブ（例えば、変化特異的プローブなど）は、標識を含む。いくつかの実施形態では、標識は、蛍光標識、放射性標識、またはビオチンである。

本開示はまた、ＩＢＤを発症する増加したリスクを有するヒト対象を同定する方法を提供する。方法は、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含む。方法はまた、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含み得る。対象がＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子、もしくはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子、またはそれから生成されるポリペプチドを有する場合、対象は、ＩＢＤを発症する増加したリスクを有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象がＩＢＤを発症する増加したリスクを有するものとして同定されている場合、ヒト対象は、本明細書に記載される、ＩＢＤを処置または抑制する治療剤及び／またはＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路アゴニストでさらに処置される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本開示はまた、ＰＳＣを発症する増加したリスクを有するヒト対象を同定する方法を提供する。方法は、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含む。方法はまた、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含み得る。対象がＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子、もしくはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子、またはそれから生成されるポリペプチドを有する場合、対象は、ＰＳＣを発症する増加したリスクを有する。いくつかの実施形態では、ヒト対象がＰＳＣを発症する増加したリスクを有するものとして同定されている場合、ヒト対象は、本明細書に記載される、ＰＳＣを処置または抑制する治療剤及び／またはＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路アゴニストでさらに処置される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本開示はまた、ヒト対象におけるＩＢＤを診断する方法を提供する。方法は、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含む。方法はまた、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含み得る。対象がＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子、もしくはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子、またはそれから生成されるポリペプチドを有し、ＩＢＤの１つ以上の症状を有する場合、対象は、ＩＢＤを有するものとして診断される。いくつかの実施形態では、ヒト対象がＩＢＤを有するものとして同定されている場合、ヒト対象は、本明細書に記載される、ＩＢＤを処置または抑制する治療剤及び／またはＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路アゴニストでさらに処置される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本開示はまた、ヒト対象におけるＰＳＣを診断する方法を提供する。方法は、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含む。方法はまた、対象が本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子またはそれから生成されるポリペプチドのうちの任意の１つ以上を有するかどうかを決定することまたは決定したことを含み得る。対象がＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子、もしくはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子、またはそれから生成されるポリペプチドを有し、ＩＢＤの１つ以上の症状を有する場合、対象は、ＰＳＣを有するものとして診断される。いくつかの実施形態では、ヒト対象がＰＳＣを有するものとして同定されている場合、ヒト対象は、本明細書に記載される、ＰＳＣを処置または抑制する治療剤及び／またはＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路アゴニストでさらに処置される。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

本開示はまた、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはその相補体のいずれか、及び本明細書に記載の変化特異的プライマーまたは変化特異的プローブのいずれかを含む分子複合体を提供する。いくつかの実施形態では、分子複合体におけるＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはその相補体は、一本鎖である。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のバリアントゲノム核酸分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のバリアントｍＲＮＡ分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のバリアントｃＤＮＡ分子のいずれかである。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはその相補体のいずれか、及び本明細書に記載の変化特異的プライマーのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、分子複合体は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子（ゲノム核酸分子、ｍＲＮＡ分子、またはｃＤＮＡ分子）、またはその相補体のいずれか、及び本明細書に記載の変化特異的プローブのいずれかを含む。いくつかの実施形態では、分子複合体は、非ヒトポリメラーゼを含む。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３Ｃｙｓである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ６５１ＳＴＯＰである。いくつかの実施形態では、ＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、本明細書に記載のＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子のいずれかである。

上記または下記で引用されている特許文書、ウェブサイト、他の刊行物、アクセッション番号等は全て、各個別の項目を参照によってそのように組み込むことを具体的に且つ個別に指示された場合と同じ程度に、あらゆる目的のためにその全体が参照によって組み込まれる。異なるバージョンの配列が、異なる時期のアクセッション番号と関連付けられている場合、本出願の有効出願日のアクセッション番号と関連付けられているバージョンを意味する。有効出願日とは、該当する場合、そのアクセッション番号について言及している実際の出願日または優先権主張出願の出願日のうちの早い方を意味する。同様に、異なる時期に、刊行物、ウェブサイトまたは同様のものの異なるバージョンが刊行されている場合には、別段に指定されない限り、本出願の有効出願日での最新刊行バージョンを意味する。本開示の任意の特徴、工程、要素、実施形態、または態様は、別段に特に指定されない限り、任意の他の特徴、工程、要素、実施形態、または態様と組み合わせて使用することができる。本開示を、明確化及び理解を目的として、実例及び実施例としてある程度詳細に説明しているが、ある特定の変更及び修正が添付の特許請求の範囲内で実施され得ることは明らかだろう。

以下の実施例は、実施形態をより詳細に説明するために提供される。これらは、特許請求する実施形態を例示することを意図しており、限定することを意図しない。以下の実施例は、当業者に、本明細書に記載の化合物、組成物、物品、デバイス及び／または方法がどのように作成され評価されるかについての開示及び説明を提供し、単に例示的なものであることを意図し、いずれの特許請求の範囲も限定することを意図しない。数字（例えば、量、温度など）に関して、精度を確保するように努めてあるが、ある程度の誤差及び偏差が考慮され得る。別段に指定されない限り、部は、重量部であり、温度は、℃単位であるまたは周囲温度であり、圧力は、大気圧または大気圧近傍である。

実施例１：集合負荷
表１は、全ての稀な予測される機能喪失（ｐＬＯＦ）及び予測されるミスセンスバリアントの集合が、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＫｉｅｌのＩＢＤコホート内の４，３１９件のＩＢＤ症例及び４，３８８件の症例のエクソームワイド分析の中でＩＢＤの増加したオッズと有意に関連することを示している（オッズ比２．９９；ｐ値１．６２Ｅ－０６）。表１はまた、全ての稀な予測される機能喪失バリアントの集合が、Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ ｏｆ ＫｉｅｌのＩＢＤコホート内の４，３１９件のＩＢＤ症例及び４，３８８件の症例のエクソームワイド分析の中でＩＢＤの増加したオッズに関連することを示している（オッズ比３．９０；ｐ値２．１５Ｅ－０４）（図２も参照）。

表２は、全ての予測される機能喪失バリアントの集合の関連性が、３９６件の症例及び１３７，０００件の対照を含むＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ＩＢＤコホートにおいてそれぞれ２．２２（ｐ値０．０１８）及び３．２１（ｐ値０．０１１）のオッズ比で再現されることを示している。表２はまた、全ての稀な予測される機能喪失及び予測されるミスセンスバリアントの集合ならびに全ての稀な予測される機能喪失バリアントの集合の関連性が、４９４件の症例及び３０，０００件の対照を含むＵＫ Ｂｉｏｂａｎｋ ＩＢＤコホートにおいて２．２１（ｐ値０．０４８）のオッズ比で再現されることを示している。

メタ分析は、クローン病（ＯＲ＝３．１２）及びＰＳＣ（ＯＲ＝５．５９）に対するＭＳＴ１Ｒにおける稀な機能喪失バリアント間のこの大きな影響の稀なバリアントの関連性を確認した（図１０参照）。

個々のＭＳＴ１Ｒバリアントとクローン病との関連性が表３に示されている。

実施例２：ＩＢＤのマウスモデル（予言的実施例）
ＩＢＤマウスモデルにおける増加したリスクに対するＭＳＴ１Ｒシグナル伝達の喪失の効果も決定する。ＭＳＴ１Ｒ ＫＯマウスを生成し、ＩＢＤのマウスモデルでチャレンジする。ＭＳＴ１Ｒを欠くマウスは、ＩＢＤのマウスモデルによりなりやすいことが予想される。また、構成的ＭＳＴ１Ｒシグナル伝達を有するＭＳＴ１Ｒトランスジェニックマウスを生成する。これらのマウスもＩＢＤのマウスモデルにおいて保護されることが予想される。

ｒｓ３１９７９９９を発現するＭＳＴ１タンパク質がＭＳＴ１Ｒに結合し、それを介してシグナル伝達するかどうかを決定するためにｉｎ ｖｉｔｒｏ実験も実施する。ＭＳＴ１ミスセンスｒｓ３１９７９９９を発現する組換えタンパク質を生成し、正常なＭＳＴ１Ｒを発現するマクロファージ細胞株をこのタンパク質及び野生型タンパク質で処置する。ＭＳＴ１Ｒホスホ－ＡＫＴ／ＰＩ３Ｋシグナル伝達の下流のシグナル伝達の測定を通して、ｒｓ３１９７９９９ ＭＳＴ１タンパク質が野生型ＭＳＴ１タンパク質と比較してＭＳＴ１Ｒシグナル伝達を活性化することができるかどうかを決定する。また、ＭＳＴ１Ｒ機能喪失／ミスセンスバリアントを発現するマクロファージ細胞株を生成して、これらの変異体タンパク質が、外因性野生型ＭＳＴ１リガンドの存在下で下流ホスホ－ＡＫＴ／ＰＩ３Ｋシグナル伝達分子を測定することによってシグナル伝達をすることができるかどうかを決定する。

実施例３：新規ＭＳＴ１ｐＬｏＦ変異はＩＢＤ及びＰＳＣに関連する
共通のＭＳＴ１ミスセンスバリアント（ｒｓ３１９７９９９）は、ＩＢＤ及びＰＳＣの増加したオッズに関連しており；ＭＳＴ１ ｒｓ３１９７９９９／ｐ．Ａｒｇ７０３Ｃｙｓ（２９％のアレル頻度）は、血清ＭＳＴ１タンパク質レベルの減少に関連している（表４）。

ＰＳＣ及びＩＢＤ疾患リスクに対するより大きな影響と関連している新規ＭＳＴ１ ｐＬｏＦ変異（ストップゲインを生成する３：４９６８４３７９：Ｇ：Ａ；ｃ．１９５１Ｃ＞Ｔ；ｐ．Ａｒｇ６５１＊）が同定され（表５及び図３）、ＭＳＴ１のＬｏＦが疾患リスクを増加させたことを確認している。この影響は、ＭＳＴ１ミスセンス変異のものよりも大きい。

ＭＳＴ１バリアントキャリア及び対照においてＭＳＴ１の血清レベルを測定した。ＭＳＴ１ ｐ．Ｒ７０３Ｃのヘテロ接合性及びホモ接合性キャリア、ヘテロ接合性及びホモ接合性ＭＳＴ１ ｐ．６５１＊、及び参照キャリア（ＭＳＴ１ ｐ．Ｒ７０３ＣもＭＳＴ１ ｐ．６５１＊バリアントも保有していない）から血清を取得した。循環血清ＭＳＴ１レベルをＬｕｍｉｎｅｘアッセイを使用して測定した。バリアントＭＳＴ１タンパク質のキャリアの血清レベルを分析した。結果は、ＭＳＴ１ ｐ．Ｒ７０３Ｃミスセンスキャリア及び新規ｐ．６５１＊ ｐＬｏＦバリアントキャリアの両方が、対照参照キャリアと比べて血清におけるＭＳＴ１の有意に低下したレベルを有することを示している（図９）。使用したアッセイは、「ｒｎｄｓｙｓｔｅｍｓ．ｃｏｍ／ｐｒｏｄｕｃｔｓ／ｈｕｍａｎ－ｍａｇｎｅｔｉｃ－ｌｕｍｉｎｅｘ－ａｓｓａｙ＿ｌｘｓａｈｍ」でワールドワイドウェブにおいて開示されている。

実施例４：胃腸障害はマウス及びヒト患者におけるＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒ発現の変化をもたらす。
大腸炎を誘導するためにＤＳＳで処置されたマウスにおいてＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒ ｍＲＮＡのレベルを調べた。バルクＲＮＡｓｅｑアッセイは、大腸炎のマウスモデルにおけるＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒの両方の発現増加を明らかにした（図４）。

ヒトＩＢＤ患者においてＭＳＴ１血清レベルを健康な対照と比較して評価した（図５）。血清をＩＢＤ患者及び健康な対照（ＭＳＴ１ ｐ．Ｒ７０３Ｃ、ＭＳＴ１ ｐ．６５１＊、またはＭＳＴ１Ｒ ｐＬＯＦバリアントを保有していなかった）から取得し、Ｌｕｍｉｎｅｘサイトカインアッセイ（上述したように）を使用してＭＳＴ１を測定した。これらの試料の分析は、健康な対照と比較してＩＢＤ患者間でＭＳＴ１血清濃度の増加を示す。ＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒはまた、クローン病、潰瘍性結腸炎、及び機能性胃腸障害（ＦＧＩＤ）患者において増加した（図６）。クローン病（ＣＤ）、潰瘍性結腸炎（ＵＣ）のいずれかを有するＩＢＤ患者、または対照としてのＦＧＩＤを有する患者の腸生検についてシングルセルＲＮＡシーケンシング分析を実施した。ＭＳＴ１及びＭＳＴ１Ｒの両方は、ヒトＣＤ患者の小腸上皮細胞においてヒトＦＧＩＤ患者の腸粘膜固有層細胞よりも高い発現を示した（図７）。

ＩＢＤ患者において観察された増加した野生型ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒレベルとは対照的に、バリアントＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒを保有するＩＢＤ患者は、低下した血清ＭＳＴ１レベルを示した（図９）。バリアントキャリアの中でＩＢＤ及び対照レベルの間の差はなかった。

実施例５：バリアントＭＳＴ１Ｒコンストラクトの発現
ＭＳＴ１Ｒタンパク質の位置４６４におけるメチオニンをコードするＡＴＧコドンを翻訳開始コドンとして使用し得るかどうかを確認するために、Ｇ１１６ｆｓ変異を保有するＭＳＴ１Ｒ ｃＤＮＡコンストラクトの発現を調べた。全長、野生型ＭＳＴ１ＲまたはＭＳＴ１Ｒ Ｇ１１６ｆｓのいずれかをコードするｃＤＮＡで形質導入されたＨＥＫ細胞株のウェスタンブロット分析は、ＭＳＴ１ＲのｃＤＮＡにおけるフレームシフトの導入が、短い切断されたタンパク質の翻訳をもたらしたことを示し、下流のインフレームＡＴＧが活性化されなかったことを示している（図１１）。

切断されたＭＳＴ１Ｒ ｐＬｏＦタンパク質の特性を分析するために、ＨＥＫ細胞を、ＷＴ ＭＳＴ１Ｒ ｃＤＮＡまたはフレームシフトＧ１１６ｆｓ変異を保有するＭＳＴ１ＲをコードするｃＤＮＡのいずれかをコードするコンストラクトでトランスフェクションした。これらの細胞株から生成されたライセートのウェスタンブロット分析は、ＷＴ ＭＳＴ１Ｒが強力に発現し、リン酸化ＥＲＫ１／２（ｐＥＲＫ１／２）、リン酸化ＡＫＴ（ｐＡＫＴ）、及びリン酸化ＭＳＴ１Ｒ（ｐＭＳＴ１Ｒ）を含むその下流シグナル伝達標的を活性化させたのに対し、変異体ＭＳＴ１Ｒの発現は検出されず、下流標的の活性化は観察されなかったことを示し（図１２）、ＭＳＴ１Ｒｆｓ変異体が真の機能喪失変異体であることを実証している。

実施例６：バリアントＭＳＴ１コンストラクトの発現
実施例１の結果は、ＭＳＴ１Ｒにおける稀なｐＬｏＦｓ／ミスセンスバリアントの集合がＩＢＤの増加したリスクに関連することを示し、ＭＳＴ１Ｒの喪失がＩＢＤのリスクを増加させることを示唆している。増加したＭＳＴ１タンパク質レベル及び／または増加したＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒシグナル伝達は、保護的であり及び／またはＩＢＤ及びＰＳＣにおいて組織修復を促進する可能性がある。

ＭＳＴ１発現の可能性を測るために、ＷＴ及びバリアントＭＳＴ１ ｃＤＮＡをコードするいくつかのコンストラクト（図１３）をＨＥＫ細胞にトランスフェクションした。ウェスタンブロット分析は、バリアントＭＳＴ１コンストラクトの全てが発現され、分泌され得ることを示した（図１４）。

流体力学的送達（ＨＤＤ）を使用して、発現コンストラクトにパッケージングされたＷＴ ＭＳＴ１ ｃＤＮＡをマウスに送達し、ＷＴ ＭＳＴ１の過剰発現をもたらした。ＭＳＴ１ ＨＤＤコンストラクトが注射されたマウスが実験の過程を生き延びたことで、ＭＳＴ１過剰発現が致死的ではないことを示している（データは示されていない）。対照ＨＤＤコンストラクトの一貫した発現が３匹のマウスの肝臓で観察され、ｍＭｓｔ１コンストラクトの一貫した発現が３匹のｍＭｓｔ１－ＨＤＤマウスの肝臓で観察され、これらのコンストラクトが発現したこと及び発現が各群において一貫していたことを示している（図８）。また、ＭＳＴ１過剰発現は、マウス体重に影響を及ぼさなかったようである（図１５）。コンストラクトの一部として含まれていたタンパク質タグについてのウェスタンブロット（図１６）において示されているように、ＭＳＴ１血漿レベルは検出レベル未満であった。タグは切断された可能性が高く、検出されなかった。ベクターは、ＣＨＯ細胞株において発現した場合に検出可能であった。

本明細書に記載されているものに加えて、記載されている主題の種々の修正は前述の説明から当業者には明らかとなるだろう。かかる修正も、添付の特許請求の範囲内に入ることが意図される。本出願で引用された各参考文献（ジャーナル記事、米国及び米国以外の特許、特許出願公開、国際特許出願公開、遺伝子銀行アクセッション番号、及び同様のものを含むがこれに限定されない）は、参照によりその全体があらゆる目的のために本明細書に組み込まれる。

Claims (30)

1. 炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者を処置する方法であって、マクロファージ刺激１（ＭＳＴ１）／マクロファージ刺激１受容体（ＭＳＴ１Ｒ）経路のアゴニストを前記患者に投与することを含む、方法。
2. 原発性硬化性胆管炎（ＰＳＣ）を有する患者を処置する方法であって、マクロファージ刺激１（ＭＳＴ１）／マクロファージ刺激１受容体（ＭＳＴ１Ｒ）経路のアゴニストを前記患者に投与することを含む、方法。
3. 前記ＭＳＴ１／ＭＳＴ１Ｒ経路のアゴニストは、ＭＳＴ１アゴニストまたはＭＳＴ１Ｒアゴニストである、請求項１または請求項２に記載の方法。
4. 前記ＭＳＴ１アゴニスト及び／または前記ＭＳＴ１Ｒアゴニストは、タンパク質、核酸分子、または小分子を含む、請求項３に記載の方法。
5. 前記タンパク質は、組換えＭＳＴ１である、請求項４に記載の方法。
6. 前記タンパク質は、ＭＳＴ１またはＭＳＴ１Ｒに対する抗体である、請求項４に記載の方法。
7. 前記ＭＳＴ１アゴニストは、ケレリトリン、組換え腫瘍壊死因子受容体関連因子２（ＴＲＡＦ２）、またはクルクミンである、請求項３に記載の方法。
8. 前記ＭＳＴ１アゴニストは、肝細胞成長因子活性化因子（ＨＧＦＡ）、マトリプターゼ、ヘプシン、ＴＭＰＲＳＳ１１Ｄ（ヒト気道プリプシン様プロテアーゼ；ＨＡＴ）、凝固因子ＸＩＩａ、凝固因子Ｘｉａ、及びカリクレインから選択されるプロテアーゼである、請求項３に記載の方法。
9. 前記ＭＳＴ１Ｒアゴニストは、組換えマクロファージスカベンジャー受容体１（ＭＳＲ１）、組換え肝細胞成長因子様タンパク質（ＨＧＦＬ）、または組換えアンドロゲン受容体（ＡＲ）である、請求項３に記載の方法。
10. 前記ＭＳＴ１Ｒアゴニストは、ｍＡｂ Ｚｔ／ｇ４、ｍＡｂ Ｚｔ／ｃ１、ｍＡｂ Ｚｔ／ｆ２、ｍＡｂ Ｚｔ／６４、ｍＡｂ ３Ｆ１２、ｍＡｂ Ｂ９、及びｍＡｂ １Ｇ４から選択される抗体である、請求項３に記載の方法。
11. 前記患者からの生体試料におけるＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することをさらに含む、請求項１～１０のいずれか１項に記載の方法。
12. 前記ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１バリアント核酸分子は、Ａｒｇ７０３ＣｙｓまたはＡｒｇ６５１ＳＴＯＰをコードする、請求項１１に記載の方法。
13. 前記ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子は、３：４９９０３２６４：ＣＧ：Ｃ、３：４９９０３０８４：Ｃ：Ｔ、３：４９８９００２６：Ｇ：Ｔ、３：４９９０２４１７：Ａ：Ｇ、３：４９９０２５６０：Ａ：Ｔ、及び／または３：４９９０３３８７：Ｇ：Ｔ、またはそれらから生成されるｍＲＮＡ分子、または前記ｍＲＮＡ分子から生成されるｃＤＮＡ分子である、請求項１１に記載の方法。
14. 前記ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドの存在または非存在を検出することは、
    前記患者が、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム核酸分子、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡ分子、前記ｍＲＮＡ分子から生成されるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｃＤＮＡ分子、及び／またはＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドを有するかどうかを、
    前記患者から生体試料を得ることまたは得たこと、及び
    前記患者がＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアント核酸分子またはバリアントポリペプチドを有するかどうかを決定するために前記生体試料についてアッセイを実施することまたは実施したこと
    によって、決定することを含む、請求項１１～１３のいずれか１項に記載の方法。
15. ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントゲノム核酸分子、ＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｍＲＮＡ分子、前記ｍＲＮＡ分子から生成されるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１ＲバリアントｃＤＮＡ分子、及び／またはＩＢＤ及び／またはＰＳＣを発症する増加したリスクに関連するＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒバリアントポリペプチドを有することの患者の集合負荷を決定することをさらに含む、請求項１４に記載の方法。
16. 前記アッセイは、核酸分子についての遺伝子型決定アッセイである、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
17. 前記アッセイは、ポリペプチドについてのイムノアッセイである、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
18. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで行われる、請求項１１～１７のいずれか１項に記載の方法。
19. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、前記生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部をシーケンシングすることを含み、前記シーケンシングされる一部は、予測される機能喪失バリアント位置に対応する位置を含み、前記予測される機能喪失バリアント位置におけるバリアントヌクレオチドが検出された場合、前記生体試料における前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子は、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒの予測される機能喪失バリアント核酸分子である、請求項１１～１８のいずれか１項に記載の方法。
20. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    ａ）前記生体試料を、予測される機能喪失バリアント位置に近接する前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部にハイブリダイズするプライマーと接触させること、
    ｂ）少なくとも前記予測される機能喪失バリアント位置を通して前記プライマーを伸長させること、及び
    ｃ）前記プライマーの伸長産物が前記予測される機能喪失バリアント位置においてバリアントヌクレオチドを含むかどうかを決定すること
    を含む、請求項１９に記載の方法。
21. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、前記核酸分子全体をシーケンシングすることを含む、請求項１９または請求項２０に記載の方法。
22. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、前記生体試料におけるＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子のヌクレオチド配列の少なくとも一部をシーケンシングすることを含み、前記シーケンシングされる一部は、ミスセンスバリアント位置に対応する位置を含み、前記ミスセンスバリアント位置におけるバリアントヌクレオチドが検出された場合、前記生体試料における前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子は、ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒミスセンスバリアント核酸分子である、請求項１１～１８のいずれか１項に記載の方法。
23. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    ａ）前記生体試料を、ミスセンスバリアント位置に近接する前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の前記ヌクレオチド配列の一部とハイブリダイズするプライマーと接触させること、
    ｂ）少なくとも前記ミスセンスバリアント位置を通して前記プライマーを伸長させること、及び
    ｃ）前記プライマーの伸長産物が前記ミスセンスバリアント位置においてバリアントヌクレオチドを含むかどうかを決定すること
    を含む、請求項２２に記載の方法。
24. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、前記核酸分子全体をシーケンシングすることを含む、請求項２２または請求項２３に記載の方法。
25. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    ａ）前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の少なくとも一部を増幅させることであって、前記一部は、予測される機能喪失バリアント位置を含む、前記増幅させること、
    ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
    ｃ）前記標識した核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブは、前記予測される機能喪失バリアント位置にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
    ｄ）前記検出可能な標識を検出すること
    を含む、請求項１１～１８のいずれか１項に記載の方法。
26. 前記試料における前記核酸分子は、ｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは、前記増幅させる工程の前にｃＤＮＡに逆転写される、請求項２５に記載の方法。
27. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    前記生体試料における前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、予測される機能喪失バリアント位置にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
    前記検出可能な標識を検出すること
    を含む、請求項２５または請求項２６に記載の方法。
28. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    ａ）前記ＭＳＴ１及び／またはＭＳＴ１Ｒ核酸分子の少なくとも一部を増幅させることであって、前記一部は、ミスセンスバリアント位置を含む、前記増幅させること、
    ｂ）前記増幅した核酸分子を検出可能な標識で標識すること、
    ｃ）前記標識した核酸分子を、変化特異的プローブを含む支持体と接触させることであって、前記変化特異的プローブは、前記ミスセンスバリアント位置にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
    ｄ）前記検出可能な標識を検出すること
    を含む、請求項１１～１８のいずれか１項に記載の方法。
29. 前記試料における前記核酸分子は、ｍＲＮＡであり、前記ｍＲＮＡは、前記増幅させる工程の前にｃＤＮＡに逆転写される、請求項２８に記載の方法。
30. 前記検出する工程、決定する工程、またはアッセイは、
    前記生体試料における前記核酸分子を、検出可能な標識を含む変化特異的プローブと接触させることであって、前記変化特異的プローブは、ミスセンスバリアント位置にストリンジェントな条件下でハイブリダイズするヌクレオチド配列を含む、前記接触させること、及び
    前記検出可能な標識を検出すること
    を含む、請求項２８または請求項２９に記載の方法。

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