JP2022540904A - ヒトｔｒｅｍ－１に対する抗体およびその使用 - Google Patents

ヒトｔｒｅｍ－１に対する抗体およびその使用 Download PDF

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Abstract

本明細書において、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合し、ＴＲＥＭ－１シグナル伝達を阻害する抗体またはその抗原結合部分が提供される。また例えば自己免疫性疾患の治療などの治療用途における、当該抗体またはその抗原結合部分の使用も提供される。【選択図】図４

Description

関連出願の相互参照
本ＰＣＴ出願は２０１９年７月１５日に出願された米国仮特許出願第６２／８７４，３１６号明細書の優先の利益を主張するものであり、当該内容は参照により本明細書に組み込まれる。
ＥＦＳ－ＷＥＢを介して電子的に提出された配列表への参照
本出願とともに送付される、ＡＳＣＩＩテキストファイル（名称：３３３８＿０９６００００＿ＳｅｑＬｉｓｔｉｎｇ＿ＳＴ２５．ｔｘｔ；サイズ：４５１，３５３バイト；作成日：２０１９年７月１４日）の配列表の内容は、その全体で参照により本明細書に組み込まれる。
ＴＲＥＭ－１は、単球、マクロファージおよび好中球で発現される活性化受容体である。これらの細胞は、炎症を誘発するサイトカインおよび他のメディエーターを放出することによって、慢性炎症性疾患において中心的な役割を果たす。ＴＲＥＭ－１のｍＲＮＡやタンパク質の発現は、関節リウマチ（ＲＡ）や炎症性腸疾患（ＩＢＤ）の患者で上方制御されており、そしてＴＲＥＭ－ｌ陽性細胞は炎症部位に蓄積し、疾患の重症度と相関している。Ｂｏｕｃｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｎａｔｕｒｅ ４１０：１１０３－１１０７（２００１）；Ｓｃｈｅｎｋ ｅｔ ａｌ．，Ｃｌｉｎ Ｉｎｖｅｓｔ １１７：３０９７－３１０６（２００７）；およびＫｕａｉ ｅｔ ａｌ．，Ｒｈｅｕｍａｔｏｌｏｇｙ ４８：１３５２－１３５８（２００９）を参照のこと。主に活性化好中球によって発現されるＰｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＧＬＹＲＰ１）は、ＴＲＥＭ－１のリガンドであり、結合の際にＴＲＥＭ－１シグナル伝達を介在する。
インビトロにおいて、ＴＲＥＭ－１の係合は、ＴＮＦ、ＩＬ－８、および単球走化性タンパク質－１を含む炎症促進性サイトカインの分泌を誘発する。それに加えてＴＲＥＭ－１シグナル伝達は、複数のＴｏｌｌ様受容体（ＴＬＲ）と相乗効果を発揮し、炎症促進シグナルをさらにブーストする。次いでこれによりＴＲＥＭ－１の発現が上方制御され、炎症を増幅する危険なサイクルが発生する。Ｂｏｕｃｈｏｎ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６４：４９９１－４９９５（２０００）を参照のこと。例えばＲＡやＩＢＤなどの慢性炎症性疾患の発生および進行にＴＬＲが寄与することを示す証拠が増えている。
ヒトおよびカニクイザルの両方のＴＲＥＭ－１の機能を阻害するヒト化抗ＴＲＥＭ－１ ｍＡｂは、別段に開示されている。ＷＯ２０１３／１２０５５３Ａ１およびＷＯ２０１６／００９０８６Ａ１を参照のこと。しかしながら、そのような抗体は製造工程を妨げ得る粘度プロファイルを有しているか、またはその治療上の能力を制限する可能性のある他の問題（例えばサイトカインストームやＡＤＣＣ）を抱えている。Ｓｈｉｒｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．９３：１３９０－１４０２（２００４）；およびＷａｒｎｃｋｅ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ．１８８：４４０５－１１（２０１２）を参照のこと。したがって過去の抗ＴＲＥＭ－１抗体の課題を伴わずに、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合し、その機能を阻害し得る別の抗ＴＲＥＭ－１抗体に対するニーズが存在する。
本明細書において、例えばモノクローナル抗体（例えばヒトモノクローナル抗体）等の単離抗体が提供され、当該単離抗体は、ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ－１（ＴＲＥＭ－１）に特異的に結合し、望ましい機能特性を有する。一部の実施形態では、本開示の抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含み、この場合において当該抗体は、アミノ酸Ｅ２７～Ｌ３７（ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ、配列番号９）、Ｅ８８～Ｍ１００（ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ、配列番号１０）、および／またはＫ１２０～Ｒ１２８（ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ、配列番号１１）を含むエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。特定の実施形態では、本開示の抗体は、アミノ酸Ｅ２７～Ｌ３７（ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ、配列番号９）を含むエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。他の実施形態では、本開示の抗体は、アミノ酸Ｅ８８～Ｍ１００（ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ、配列番号１０）を含むエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。さらなる実施形態では、本開示の抗体は、アミノ酸Ｋ１２０～Ｒ１２８（ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ、配列番号１１）を含むエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。
一部の態様では、本開示は、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合し、ＶＨおよびＶＬを含む単離抗体を提供するものであり、この場合において当該抗体は、配列番号１のＤ３８～Ｆ４８以外のエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。
一部の態様では、本開示は、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合し、ＶＨおよびＶＬを含む単離抗体を提供するものであり、この場合において当該抗体は、ｍＡｂ ０１７０とは異なるエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する。
一部の態様では、本開示はさらに、ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ－１（ＴＲＥＭ－１）に特異的に結合し、ＶＨおよびＶＬを含む単離抗体を提供するものであり、この場合において当該抗体は、ＴＲＥＭ－１への結合に関して参照抗体と交差競合し、この場合において当該参照抗体は、配列番号１３、１５、２３、２５、もしくは１３０を含む重鎖可変領域（ＶＨ）、および／または配列番号１４、１６、１７、２４、１３１、または１３２を含む軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体は、ＶＨ中に重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、ならびにＶＬ中に軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において当該重鎖ＣＤＲ３は、ＥＧＹＤＩＬＴＧＹＥＹＹＧＭＤＶ（配列番号２８）、ＧＶＬＷＦＧＥＬＬＰＬＬＤＹ（配列番号３４）、ＭＶＲＧＮＹＦＹＦＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＧＲＨＹＹＧＳＴＳＹＦＧＭＤＶ（配列番号５２）、ＴＹＹＤＩＬＴＹＨＹＨＹＧＭＤＶ（配列番号１３８）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ１は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５を含み、この場合においてＸ１は、ＳまたはＮであり、Ｘ２は、Ｓ、Ｙ、またはＥであり、Ｘ３は、Ｙ Ｇ、またはＡであり、Ｘ４は、Ｗ、Ｍ、またはＩであり、およびＸ５は、Ｓ、Ｔ、Ｈ、またはＮである。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ１は、ＮＳＥＡＩＮ（配列番号１３６）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ２は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、およびＸ１７を含み、この場合においてＸ１は、Ｙ、Ｖ、またはＧであり、Ｘ２は、ＴまたはＩであり、Ｘ３は、Ｗ、Ｉ、または無しであり、Ｘ４は、Ｈ、Ｙ、またはＰであり、Ｘ５は、Ｙ、Ｄ、またはＩであり、Ｘ６は、Ｓ、Ｇ、またはＦであり、Ｘ７は、Ｇ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ８は、Ｉ、Ｙ、Ｎ、またはＴであり、Ｘ９は、Ｓ、Ｔ、またはＫであり、Ｘ１０は、ＮまたはＹであり、Ｘ１１は、ＹまたはＧであり、Ｘ１２は、ＮまたはＡであり、Ｘ１３は、Ｐ、Ｄ、またはＱであり、Ｘ１４は、ＳまたはＫであり、Ｘ１５は、Ｌ、Ｖ、またはＦであり、Ｘ１６は、ＫまたはＱであり、およびＸ１７は、ＳまたはＧである。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ１は、Ｒ、Ａ、Ｓ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｓ、Ｓ、Ｘ４、Ｌ、およびＡを含み、この場合においてＸ１は、ＳまたはＧであり、Ｘ２は、ＶまたはＩであり、Ｘ３は、Ｓまたは無しであり、およびＸ４は、ＹまたはＡである。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ２は、Ｘ１、Ａ、Ｓ、Ｓ、Ｘ２、Ｘ３およびＸ４を含み、この場合においてＸ１は、Ｇ、ＤまたはＡであり、Ｘ２は、ＲまたはＬであり、Ｘ３は、Ａ、ＥまたはＱであり、およびＸ４は、ＴまたはＳである。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ３は、Ｑ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｓ、Ｘ３、Ｐ、Ｘ４、およびＴを含み、この場合においてＸ１は、ＹまたはＦであり、Ｘ２は、ＧまたはＮであり、Ｘ４は、ＳまたはＹであり、およびＸ５は、Ｌ、Ｙ、または無しである。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ２は、ＹＴＨＹＳＧＩＳＮＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号２７）、ＹＩＹＤＳＧＹＴＮＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号３３）、ＧＩＩＰＩＦＧＴＴＮＧＡＱＫＦＱＧ（配列番号４６）、ＶＩＷＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５１）、またはＧＩＩＰＩＦＤＩＴＮＹＡＱＫＦＱＧ（配列番号１３７）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の重鎖ＣＤＲ１は、ＳＳＹＷＳ（配列番号２６）、ＮＹＹＷＴ（配列番号３２）、ＳＳＡＩＳ（配列番号４５）、またはＮＹＧＭＨ（配列番号５０）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ１は、ＲＡＳＱＳＶＳＳＳＹＬＡ（配列番号２９）またはＲＡＳＱＧＩＳＳＡＬＡ（配列番号３５）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ２は、ＧＡＳＳＲＡＴ（配列番号３０）、ＤＡＳＳＬＥＳ（配列番号３６）、またはＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号４８）を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体の軽鎖ＣＤＲ３は、ＱＱＹＧＳＳＰＴ（配列番号３１）、ＱＱＦＮＳＹＰＹＴ（配列番号３７）、ＱＱＹＧＳＳＰＬＴ（配列番号３８）、ＱＱＹＮＳＹＰＬＴ（配列番号４９）、またはＱＱＹＮＳＹＰＩＴ（配列番号１０３）を含む。
一部の実施形態では、本開示の抗体は、ＶＨ中に重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびにＶＬ中に軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、
（ａ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２６、２７および２８と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２９、３０および３１と記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２９、３０および３８と記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号４５、４６および４７と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、４８および４９と記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号５０、５１および５２と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｆ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１３９と記載されるアミノ酸配列を含み、または
（ｇ）当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１０３と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２９、３０および３８と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号４５、４６および４７と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、４８および４９と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号５０、５１および５２と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１３９と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、当該重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、当該軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１０３と記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、ＶＨは、配列番号１３、１５、２３、２５、または１３０として記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、配列番号１４、１６、１７、２４、１３１、または１３２として記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本開示の抗体は、ＶＨおよびＶＬを含み、この場合において、
（ａ）当該ＶＨは、配列番号１３を含み、当該ＶＬは、配列番号１４を含む、
（ｂ）当該ＶＨは、配列番号１５を含み、当該ＶＬは、配列番号１６を含む、
（ｃ）当該ＶＨは、配列番号１５を含み、当該ＶＬは、配列番号１７を含む、
（ｄ）当該ＶＨは、配列番号２３を含み、当該ＶＬは、配列番号２４を含む、
（ｅ）当該ＶＨは、配列番号２５を含み、当該ＶＬは、配列番号１６を含む、
（ｆ）当該ＶＨは、配列番号１３０を含み、当該ＶＬは、配列番号１３１を含む、または
（ｇ）当該ＶＨは、配列番号１３０を含み、当該ＶＬは、配列番号１３２を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗体はさらに、重鎖（ＨＣ）定常領域および軽鎖（ＬＣ）定常領域を含み、この場合において当該ＨＣ定常領域は、配列番号１２３、配列番号１２２、配列番号１２４、または配列番号１２５に対し、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む。一部の実施形態では、当該ＬＣ定常領域は、配列番号１２６に対し、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む。
また本明細書において、第二の結合特異性を有する分子に連結された本開示の抗体を含む二特異性分子が提供される。
本開示は、本明細書に開示される抗体をコードする核酸、当該核酸を含むベクター、および当該ベクターを含む細胞をさらに提供する。
本明細書において、本明細書に開示されるように剤に連結された抗体または二特異性分子を含む免疫結合体も提供される。
本開示は、本明細書に開示される抗体、二特異性分子、核酸、ベクター、細胞、または免疫結合体、および担体を含む組成物を提供する。
また本開示において、本明細書に開示される抗体、二特異性分子、核酸、ベクター、細胞、または免疫結合体、および使用説明書を含むキットも提供される。
本明細書において、本明細書に開示される抗体、二特異性分子、核酸、ベクター、細胞、または免疫結合体を対象に投与することを含む、その必要のある対象においてＴＲＥＭ－１活性を阻害する方法が提供される。
本明細書において、本明細書に開示される抗体、二特異性分子、核酸、ベクター、細胞、または免疫結合体を対象に投与することを含む、その必要のある対象において炎症性疾患または自己免疫性疾患を治療する方法が提供される。
一部の実施形態では、炎症性疾患または自己免疫性疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、血管炎、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、急性炎症もしくは慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される。
一部の実施形態では、本明細書に開示される方法は、一つ以上の追加の治療薬を投与することをさらに含む。特定の実施形態では、追加の治療薬は、抗ＩＰ－１０抗体または抗ＴＮＦα抗体である。
図１は、本明細書に開示される、異なるエピトープ操作された（ｅｐｉｔｏｐｅ－ｓｔｅｅｒｅｄ）抗ＴＲＥＭ－１抗体の重鎖可変領域（ＶＨ）の配列アライメントを示す。示される抗体には、（ｉ）Ｐ１－０４７２４８、（ｉｉ）Ｐ１－０４７２４６、（ｉｉｉ）Ｐ１－０４７２４７、（ｉｖ）Ｐ１－０４７２３９、（ｖ）Ｐ１－０４７３３４、（ｖｉ）Ｐ１－０４７３２３、および（ｖｉｉ）Ｐ１－０４７３２８が含まれる。重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の領域は、ボックスで囲まれている。
図２は、本明細書に開示される、異なるエピトープ操作された（ｅｐｉｔｏｐｅ－ｓｔｅｅｒｅｄ）抗ＴＲＥＭ－１抗体の軽鎖可変領域（ＶＬ）の配列アライメントを示す。示される抗体は、図１で示される抗体と同じ抗体である。軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３の領域が示されている（ボックスで囲まれている）。
図３は、異なる抗ＴＲＥＭ－１抗体に関する、エピトープ競合分析（ｙ軸）と、ＴＨＰ１阻害アッセイの結果（ｘ軸）の比較を示す。エピトープ競合分析のデータは、ＴＲＥＭ－１へのｍＡｂ１７０結合の阻害割合として提供される。ひし形は、エピトープ操作されていないクローンから作製された異なる抗ＴＲＥＭ－１抗体を表す。円は、エピトープ操作されたクローンから作製された異なる抗ＴＲＥＭ－１抗体を表す。
図４は、操作（ｓｔｅｅｒｅｄ）、および非操作（ｎｏｎ－ｓｔｅｅｒｅｄ）エピトープのビンが、重鎖ＣＤＲ３（ＨＣＤＲ３）アミノ酸配列によってグループ化された抗体とどのように相関するかを示す。提供される各ＨＣＤＲ３配列は、個々の群を表しており、各群は、同じＨＣＤＲ３配列を共有する一つ以上の抗体からなる。Ｃｉｓｂｉｏ ＨＴＲＦキットで測定されたＩＬ－１ベータタンパク質シグナルの分布に基づいて、異なるＨＣＤＲ３グループをさらに低ｎＭ（０～５０、斜線）、中ｎＭ（５１～５００、グレー）、および高ｎＭ（５０１～９００、黒色）のＩＣ５０カテゴリーへとグループ化した。図の左側に示されるバーは、エピトープ操作されていないクローンから作製された抗ＴＲＥＭ－１抗体に対応する。図の右側に示されるバーは、エピトープ操作されたクローンから作製された抗ＴＲＥＭ－１抗体に対応する。
図５Ａは、様々な抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合解析の比較を示す。ｙ軸は、様々な抗ＴＲＥＭ－１抗体が、ＴＲＥＭ－１への結合についてｍＡｂ１７０と競合する能力を示す。データは、ｍＡｂ１７０結合の阻害割合として示されている。ｘ軸は、様々な抗ＴＲＥＭ－１抗体が、ＴＲＥＭ－１への結合についてＰＧＲＰと競合する能力を示す。データは、ＰＧＲＰ結合の阻害割合として示されている。示されている異なる抗ＴＲＥＭ－１抗体は、エピトープ操作されていないクローン（黒色の菱形）またはエピトープ操作されたクローン（グレーの円）のいずれかから作製された。図５Ａの円で囲まれた抗体（右下の四分円）は、ＰＧＲＰのＴＲＥＭ－１への結合を最も阻害した、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体に対応する。箱で囲まれた抗体（右上の四分円）は、ＰＧＲＰおよびｍＡｂ１７０の両方のＴＲＥＭ－１への結合を最も阻害した、エピトープ操作されていない抗体に対応する。ＨＭＥＰ（Ｈｉｇｈ Ｔｈｒｏｕｇｈｐｕｔ Ｍａｍｍａｌｉａｎ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ａｎｄ Ｐｕｒｉｆｉｃａｔｉｏｎ）緩衝液（すなわち抗体無し）を陰性対照として使用した（白四角）。ｍＡｂ ０１７０を陽性対照（白丸）として使用した。
図５Ｂは、ＴＨＰ１阻害アッセイの結果（ｙ軸）、および図５Ａに示される様々な抗ＴＲＥＭ－１抗体の重鎖可変領域（ＶＨ）に対応するヒト生殖細胞系列遺伝子（ｘ軸）の両方を示す。軽鎖可変領域に対応するヒト生殖細胞系列の遺伝子も提示されており、各形状は異なる生殖細胞系列遺伝子を表す。ＴＨＰ１阻害アッセイの結果は、阻害割合として示されている。示されている様々な抗ＴＲＥＭ－１抗体は、エピトープ操作されていないクローン（黒色／グレー）またはエピトープ操作されたクローン（白）のいずれかから作製された。図５Ａにおいて円で囲まれた抗体および箱で囲まれた抗体は、それぞれ黒色の輪郭および黒色の陰影で示されている。
本明細書がより理解され易いように、特定の用語について最初に定義する。追加の定義は、詳細な記述の全体を通して記載される。
「ａ」または「ａｎ」の実体という用語は、当該実体のうちの一つ以上を指すことに留意されたい。例えば、「ａ ｎｕｃｌｅｏｒｉｄｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ」は、一つ以上のヌクレオチド配列を表すと理解される。したがって、「ａ」（または「ａｎ」）、「一つ以上」、および「少なくとも一つ」という用語は、本明細書では相互交換可能に使用され得る。
さらに、「および／または」は、本明細書で使用される場合、その他を伴うか否かに関わらず、二つの指定された特性または構成要素のそれぞれについての具体的な開示としとして捉えられる。ゆえに本明細書において、「Ａおよび／またはＢ」などの文言中で使用される場合、「および／または」という用語は、「ＡおよびＢ」、「ＡまたはＢ」、「Ａ」（単独）、および「Ｂ」（単独）を含むことが意図される。同様に、「Ａ、Ｂ、および／またはＣ」などの文言中で使用される場合、「および／または」という用語は、以下の態様の各々を包含することが意図される：Ａ、Ｂ、およびＣ；Ａ、Ｂ、またはＣ；ＡまたはＣ；ＡまたはＢ；ＢまたはＣ；ＡおよびＣ；ＡおよびＢ；ＢおよびＣ；Ａ（単独）；Ｂ（単独）；ならびにＣ（単独）。
本明細書において、態様が「含む」という文言で記述されている場合は、「～からなる」および／または「本質的に～からなる」として記述される他の類似した態様も提供されることを理解されたい。
別段の規定がない限り、本明細書で使用される全ての技術用語および科学用語は、本開示が関連する分野の当業者によって普遍的に理解される意味と同じ意味を有する。例えば、Ｃｏｎｃｉｓｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｂｉｏｍｅｄｉｃｉｎｅ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｊｕｏ，Ｐｅｉ－Ｓｈｏｗ，２ｎｄ ｅｄ．，２００２，ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ；Ｔｈｅ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃｅｌｌ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，３ｒｄ ｅｄ．，１９９９，Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ；およびｔｈｅ Ｏｘｆｏｒｄ Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ Ｏｆ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ Ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｒｅｖｉｓｅｄ，２０００，Ｏｘｆｏｒｄ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｐｒｅｓｓは、本開示で使用される用語の多くに関する辞書を当業者に提供する。
単位、接頭辞、および記号は、Ｓｙｓｔｅｍｅ Ｉｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌ ｄｅ Ｕｎｉｔｅｓ（ＳＩ）で許容される形式で示される。数値範囲は、その範囲を規定する数字を含む。別段の示唆が無い限り、ヌクレオチド配列は、５’から３’の方向に左から右に記載される。アミノ酸配列は、アミノからカルボキシの方向に、左から右に記載される。本明細書に提供される見出しは、本開示の様々な態様の限定ではなく、全体としての本明細書に対する参照によりつけられ得たものである。したがって以下に定義される用語は、その全体で本明細書を参照することによって、より完全に定義される。
「約」という用語は、本明細書において、領域の大体、概略、またはおよそを意味するために使用される。「約」という用語が数値的な範囲と併せて使用されるとき、当該用語は、当該範囲を、記載される数値よりも上および下に境界を拡張することにより修正する。概して、「約」という用語は、例えば、１０％の上下（高低）の分散により、表示される値の上下の数値を修正し得る。
「ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ １」（ＴＲＥＭ１、ＴＲＥＭ－１、およびＣＤ３５４としても知られる）という用語は、単球、マクロファージおよび好中球上で発現される受容体を指す。ＴＲＥＭ－１の主要なリガンドとしては、ｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ－ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ－ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＧＬＹＲＰ１）が挙げられ、ＰＧＬＹＲＰ１はペプチドグリカン（ＰＧＮ）結合タンパク質（ＰＧＲＰ）のファミリーに属している。活性化されると、ＴＲＥＭ－１は、ＩＴＡＭ含有シグナル伝達アダプタータンパク質であるＤＡＰ１２と会合する。下流シグナル伝達には、ＮＦＡＴ転写因子の活性化が含まれる場合があり、これにより炎症促進性サイトカインの産生が上方制御される。「ＴＲＥＭ－１」という用語には、細胞によって天然に発現されるＴＲＥＭ－１の任意のバリアントまたはアイソフォームが含まれる。したがって一部の実施形態では、本明細書に記載される抗体は、ヒト以外の種のＴＲＥＭ－１（例えばカニクイザルのＴＲＥＭ－１）と交差反応し得る。
ヒトＴＲＥＭ－１は三つのアイソフォームが特定されている。アイソフォーム１（アクセッション番号ＮＰ＿０６１１１３．１、配列番号１）は、２３４個のアミノ酸からなり、標準配列である。アイソフォーム２（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１８．１、配列番号２）は、２２５個のアミノ酸からなり、アミノ酸残基の２０１～２３４で標準配列と異なっている。当該アミノ酸残基は、膜貫通ドメインの一部と細胞質ドメインをコードしている。アイソフォーム３（アクセッションＮＰ＿００１２２９５１９、配列番号３）は、１５０個のアミノ酸からなり、可溶性である。アミノ酸残基の１５１－２３４を欠いており、その部分は、膜貫通ドメイン、細胞質ドメイン、および細胞外ドメインの一部をコードする。またアミノ酸残基の１３８－１５０も、上述の標準配列と異なっている。
以下は、三つの公知のヒトＴＲＥＭ－１アイソフォームのアミノ酸配列である。
（Ａ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム１（アクセッション番号ＮＰ＿０６１１１３．１、配列番号１、アクセッション番号ＮＭ＿０１８６４３、配列番号４のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＳＧＴＰＧＳＮＥＮＳＴＱＮＶＹＫＩＰＰＴＴＴＫＡＬＣＰＬＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＫＳＴＡＤＶＳＴＰＤＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＶＰＶＦＮＩＶＩＬＬＡＧＧＦＬＳＫＳＬＶＦＳＶＬＦＡＶＴＬＲＳＦＶＰ（下線部分はシグナル配列）；
（Ｂ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム２（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１８．１、配列番号２、アクセッション番号ＮＭ＿００１２４２５８９、配列番号５のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＳＧＴＰＧＳＮＥＮＳＴＱＮＶＹＫＩＰＰＴＴＴＫＡＬＣＰＬＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＫＳＴＡＤＶＳＴＰＤＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＹＳＦＱＶＰＧＰＬＶＷＴＬＳＰＬＦＰＳＬＣＡＥＲＭ（下線部分はシグナル配列）；
（Ｃ）ヒトＴＲＥＭ－１アイソフォーム３（アクセッション番号ＮＰ＿００１２２９５１９、配列番号３、アクセッション番号ＮＭ＿００１２４２５９０、配列番号６のヌクレオチド配列によりコードされる）：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＡＴＫＬＴＥＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬＤＶＫＣＤＹＴＬＥＫＦＡＳＳＱＫＡＷＱＩＩＲＤＧＥＭＰＫＴＬＡＣＴＥＲＰＳＫＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＩＬＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭＶＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＰＰＫＥＰＨＭＬＦＤＲＩＲＬＶＶＴＫＧＦＲＣＳＴＬＳＦＳＷＬＶＤＳ（下線部分はシグナル配列）。
カニクイザルＴＲＥＭ－１タンパク質（アクセッション番号ＸＰ＿００１０８２５１７、配列番号７）は、以下のアミノ酸配列を有すると予測される：
ＭＲＫＴＲＬＷＧＬＬＷＭＬＦＶＳＥＬＲＡＴＴＥＬＴＥＥＫＹＥＹＫＥＧＱＴＬＥＶＫＣＤＹＡＬＥＫＹＡＮＳＲＫＡＷＱＫＭＥＧＫＭＰＫＩＬＡＫＴＥＲＰＳＥＮＳＨＰＶＱＶＧＲＩＴＬＥＤＹＰＤＨＧＬＬＱＶＱＭＴＮＬＱＶＥＤＳＧＬＹＱＣＶＩＹＱＨＰＫＥＳＨＶＬＦＮＰＩＣＬＶＶＴＫＧＳＳＧＴＰＧＳＳＥＮＳＴＱＮＶＹＲＴＰＳＴＴＡＫＡＬＧＰＲＹＴＳＰＲＴＶＴＱＡＰＰＥＳＴＶＶＶＳＴＰＧＳＥＩＮＬＴＮＶＴＤＩＩＲＶＰＶＦＮＩＶＩＩＶＡＧＧＦＬＳＫＳＬＶＦＳＶＬＦＡＶＴＬＲＳＦＧＰ（下線部分はシグナル配列）。
本開示は、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合し、機能を阻害する抗体に関する。抗体は、ＴＲＥＭ－１の活性化および下流シグナル伝達を低下／遮断することによって、ＴＲＥＭ－１の機能を妨害する。
本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１を直接または間接的に妨害するいくつかの異なるメカニズムの一つまたは組み合わせにより、ＴＲＥＭ－１のシグナル伝達を遮断する。一つの実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ－１の天然リガンドであるｐｅｐｔｉｄｏｇｌｙｃａｎ ｒｅｃｏｇｎｉｔｉｏｎ ｐｒｏｔｅｉｎ １（ＰＧＬＹＲＰ１）が、ＴＲＥＭ－１と機能的複合体を形成することを防止する。別の実施形態では、抗体は、個々のＴＲＥＭ－１分子が、二量体または多量体を形成するのを防止することによって、ＴＲＥＭ－１を阻害する。一部の実施形態では、ＴＲＥＭ－１の二量体形成または多量体形成は、ＴＲＥＭ－１の一部分に結合する能力を有する抗ＴＲＥＭ－１抗体により低下または防止される。当該ＴＲＥＭ－１の一部分は、そうでなければＴＲＥＭ－１二量体の境界面に存在するものであり、ゆえに個々のＴＲＥＭ－１分子が互いに会合することが防止される。他の実施形態では、ＴＲＥＭ－１の二量体形成または多量体形成は、ＴＲＥＭ－１とそのリガンドとの相互作用に干渉する抗ＴＲＥＭ－１抗体によって低下または防止される。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＰＧＬＹＲＰ１誘導型のＴＲＥＭ－１活性化を妨害し得る。ＰＧＬＹＲＰ１は高度に保存されており、シグナルペプチドとペプチドグリカン結合ドメインからなる１９６アミノ酸の長さのタンパク質であり、好中球で発現され、好中球の活性化で放出される。ＰＧＬＹＲＰ１（アクセッション番号ＮＰ＿００５０８２．１、配列番号８）のアミノ酸配列を以下に示す：
ＭＳＲＲＳＭＬＬＡＷＡＬＰＳＬＬＲＬＧＡＡＱＥＴＥＤＰＡＣＣＳＰＩＶＰＲＮＥＷＫＡＬＡＳＥＣＡＱＨＬＳＬＰＬＲＹＶＶＶＳＨＴＡＧＳＳＣＮＴＰＡＳＣＱＱＱＡＲＮＶＱＨＹＨＭＫＴＬＧＷＣＤＶＧＹＮＦＬＩＧＥＤＧＬＶＹＥＧＲＧＷＮＦＴＧＡＨＳＧＨＬＷＮＰＭＳＩＧＩＳＦＭＧＮＹＭＤＲＶＰＴＰＱＡＩＲＡＡＱＧＬＬＡＣＧＶＡＱＧＡＬＲＳＮＹＶＬＫＧＨＲＤＶＱＲＴＬＳＰＧＮＱＬＹＨＬＩＱＮＷＰＨＹＲＳＰ（下線部分はシグナル配列）。
したがって一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば樹状細胞および単球（例えばＴＨＰ－１細胞）などの骨髄細胞からの炎症促進性サイトカインの放出を下方制御または遮断する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に開示されるように、マクロファージ、好中球、滑膜組織細胞、および／またはレポーター細胞からのＴＮＦ－α、ＭＩＰ－１ベータ、ＭＣＰ－１、ＩＬ－１ベータ、ＧＭ－ＣＳＦ、ＩＬ－６、および／またはＩＬ－８の放出を遮断する。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトのＴＲＥＭ－１、および別種のＴＲＥＭ－１の両方に結合する。したがって本明細書で使用される場合、「ＴＲＥＭ－１」という用語は、任意の適切な生物体から誘導され得る任意の天然型のＴＲＥＭ－１を包含する。例えば、本明細書に記載される使用のためのＴＲＥＭ－１は、例えば霊長類（例えばヒト、チンパンジー、カニクイザル、またはアカゲザルなど）、齧歯類（例えばマウスまたはラット）、ウサギ目（例えばウサギ）、または偶蹄目（例えばウシ、ヒツジ、ブタまたはラクダ）に由来するＴＲＥＭ－１など、哺乳動物のＴＲＥＭ－１などの脊椎動物ＴＲＥＭ－１であってもよい。特定の実施形態では、ＴＲＥＭ－１は、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１、アイソフォーム１）である。ＴＲＥＭ－１は、例えば適切な細胞内で翻訳後プロセッシングを受けたＴＲＥＭ－１タンパク質など、成熟型のＴＲＥＭ－１であってもよい。そのような成熟型ＴＲＥＭ－１タンパク質は、例えば、グリコシル化されてもよい。ＴＲＥＭ－１は、全長のＴＲＥＭ－１タンパク質であってもよい。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｂリンパ球の単一クローンから直接または間接的に誘導されたという意味で、モノクローナル抗体である。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、国際特許出願公開ＷＯ２０１３／１２０５５３に記載される方法などを使用して作製、スクリーニングおよび精製される。簡潔に述べると、例えばＴＲＥＭ－１、またはＴＲＥＭ－ｌ／ＴＲＥＭ－３ノックアウト（ＫＯ）マウスなどの適切なマウスを、ＴＲＥＭ－１、ＴＲＥＭ－１発現細胞、またはその両方の組み合わせを用いて免疫化する。別の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に開示されるモノクローナル抗体の混合物であるという意味で、ポリクローナル抗体である。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、原核細胞または真核細胞で組換え発現される。一部の実施形態では、原核細胞は、大腸菌である。特定の実施形態では、真核生物は、酵母、昆虫、または哺乳動物の細胞であり、例えば霊長類（例えばヒト、チンパンジー、カニクイザル、またはアカゲザルなど）、齧歯類（例えばマウスまたはラットなど）、ウサギ目（例えばウサギなど）、または偶蹄目（例えばウシ、ヒツジ、ブタまたはラクダなど）である生物体から誘導された細胞である。好適な哺乳動物細胞株としては限定されるものではないが、ＨＥＫ２９３細胞、ＣＨＯ細胞、およびＨＥＬＡ細胞が挙げられる。本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えばファージディスプレイまたは酵母ディスプレイなどの当業者に公知の他の方法によっても作製することができる。作製された時点で当該抗体を、例えば国際特許出願公開２０１３／１２０５５３の実施例に記載される方法を使用して全長ＴＲＥＭ－１またはその変異体への結合に関してスクリーニングすることができる。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、参照抗体（例えば、ｍＡｂ ０１７０）により認識される、ヒトＴＲＥＭ－１上のエピトープから離れて操作される。したがって一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関して参照抗体（例えば、ｍＡｂ ０１７０）と競合しない。一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（配列番号１）のアミノ酸Ｄ３８～Ｆ４８に結合しない。特定の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（配列番号１）のアミノ酸Ｄ３８～Ｌ４５、Ｅ４６～Ｑ５６、および／またはＹ９０～Ｌ９６に結合しない。参照抗体ｍＡｂ ０１７０の結合エピトープは、当分野で公知である。例えば、米国特許第９，０００，１２７号を参照のこと。
本明細書で使用される場合、「エピトープ操作された」という用語は、ヒトＴＲＥＭ－１（配列番号１）のＤ３８～Ｌ４５、Ｅ４６～Ｑ５６、および／またはＹ９０～Ｌ９６以外のエピトープに結合するように選択される抗ＴＲＥＭ－１抗体を指す。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えば、アイソフォーム１、配列番号１）の（１）27ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ37（配列番号９）、（２） 88ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ100（配列番号１０）、（３） 120ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ128（配列番号１１）、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される一つ以上のエピトープに結合する。
本明細書に記載されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば実施例に記載される方法など、当分野で公知の任意の方法により作製することができる。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、上記のエピトープ（例えば、配列番号１のアミノ酸残基３８～４８）のうちの一つで変異を含むヒトＴＲＥＭ－１ポリペプチドを用いて動物（例えば、マウス）を免疫化することにより生成することができる。免疫化が為された時点で、生成された抗体を、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関してさらに特徴解析してもよい。一部の実施形態では、対象となるエピトープを含む合成ペプチドを合成し、そしてこれを使用して動物（例えば、マウス）を免疫化してもよい。一部の実施形態では、対象となるエピトープを含む代替的足場（例えば、第１０ヒトフィブロネクチンＩＩＩ型ドメイン、10Ｆｎ３またはα３Ｄ、高度に熱安定性の３ヘリックスバンドルタンパク質）を使用してもよい。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、エピトープ操作されておらず、それゆえに参照抗体（例えば、ｍＡｂ１７０）と同じエピトープに結合することができる。
本明細書で使用される場合、「抗体」という用語は、抗原（ＴＲＥＭ－１）またはその一部に特異的に結合する能力を有する生殖系列免疫グロブリン配列に由来するタンパク質を指す。当該用語は、任意のクラスまたはアイソタイプ（すなわち、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＧ、ＩｇＭおよび／またはＩｇＹ）の全長抗体、および任意の一本鎖またはその断片を含む。抗原またはその一部に特異的に結合する抗体は、当該抗原またはその一部に排他的に結合してもよく、または限られた数の相同抗原もしくはその一部に結合してもよい。全長抗体は通常、少なくとも四つのポリペプチド鎖、すなわちジスルフィド結合によって相互接続される二つの重（Ｈ）鎖と二つの軽（Ｌ）鎖を含む。特定の医薬的な対象となる免疫グロブリンのサブクラスの一つは、ＩｇＧファミリーである。ヒトでは、ＩｇＧクラスは、以下の４つのサブクラスに下位分割され得る：ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３およびＩｇＧ４。これらはその重鎖定常領域の配列に基づいている。軽鎖は、配列組成の差異に基づいて、カッパとラムダの二つのタイプに分けられ得る。ＩｇＧ分子は二つ以上のジスルフィド結合によって連結された二つの重鎖と、各々がジスルフィド結合によって重鎖に付加された二つの軽鎖から構成される。重鎖は、重鎖可変領域（ＶＨ）、ならびにＣＨ１、ＣＨ２およびＣＨ３の最大３個の重鎖定常（ＣＨ）領域を含み得る。軽鎖は、軽鎖可変領域（ＶＬ）および軽鎖定常領域（ＣＬ）を含み得る。ＶＨ領域とＶＬ領域はさらにフレームワーク領域（ＦＲ）と名付けられたより保存的な領域と、その間に配置された相補性決定領域（ＣＤＲ）と名付けられた超可変性の領域に下位分割され得る。ＶＨ領域とＶＬ領域は典型的には三つのＣＤＲと四つのＦＲから構成され、以下の順序でアミノ末端からカルボキシ末端へと配置される：ＦＲ１、ＣＤＲ１、ＦＲ２、ＣＤＲ２、ＦＲ３、ＣＤＲ３、ＦＲ４。重鎖および軽鎖の超可変領域は、抗原と相互作用することができる結合ドメインを形成する。一方で抗体の定常領域は、限定されないが免疫システム（エフェクター細胞）の様々な細胞、Ｆｃ受容体、および古典的補体系の第一成分（Ｃ１ｑ）をはじめとする宿主の組織または因子への免疫グロブリンの結合を介在し得る。本発明の抗体は、単離され得る。「単離抗体」という用語は、自身が産生された環境中の他の構成要素から分離および／または回収された抗体、および／または自身が産生された環境中に存在する構成要素の混合物から精製された抗体を指す。抗体の抗原結合機能は、全長抗体の断片により実施され得ることが示されているため、抗体の特定の抗原結合断片は、本発明の状況下において好適であり得る。
抗体の「抗原結合部分」という用語は、本明細書に記載される例えばＴＲＥＭ－１などの抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の一つ以上の断片を指す。抗原結合断片の例としては、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ）２、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆ（ａｂ）Ｓ、Ｆｖ（典型的には、抗体の一つのアームのＶＬドメインとＶＨドメイン）、一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ、例えば、Ｂｉｒｄ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４２：４２Ｓ－４２６（１９８８）；Ｈｕｓｔｏｎ ｅｔ ａｌ．，ＰＮＡＳ ８５：５８７９－５８８３（１９８８）を参照のこと）、ｄｓＦｖ、Ｆｄ（典型的には、ＶＨおよびＣＨ１ドメイン）およびｄＡｂ（典型的には、ＶＨドメイン）断片；ＶＨ、ＶＬ、ＶｈＨおよびＶ－ＮＡＲドメイン；一つのＶＨと一つのＶＬを含有する一価分子；ミニボディ、ダイアボディ、トリアボディ、テトラボディおよびカッパボディ（例えば、Ｉｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ １０：９４９－５７（１９９７）を参照のこと）：ラクダ科ＩｇＧ；ＩｇＮＡＲ；ならびに一つ以上の単離ＣＤＲまたは機能性パラトープであって、当該単離されたＣＤＲまたは抗原結合残基もしくはポリペプチドは、互いに関連付けられ、または連結されて、機能性抗体断片を形成することができるもの、が挙げられる。様々なタイプの抗体断片が、例えば、Ｈｏｌｌｉｇｅｒ ａｎｄ Ｈｕｄｓｏｎ，Ｎａｔ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ ２Ｓ：１１２６－１１３６（２００５）；国際特許出願公開ＷＯ２００５／０４０２１９、ならびに米国特許公開２００５／０２３８６４６および２００２／０１６１２０１に記載され、レビューされている。これらの抗体断片は、当業者に公知の従来的な技術を使用して取得されてもよく、断片は、完全抗体と同じ様式で有用性についてスクリーニングされてもよい。
「ヒト」抗体（ＨｕＭＡｂ）とは、フレームワーク領域とＣＤＲ領域の両方がヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する可変領域を有する抗体を指す。さらに、抗体が定常領域を含有する場合、当該定常領域も、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列に由来する。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒト生殖細胞系列免疫グロブリン配列によりコードされていないアミノ酸残基（例えば、インビトロでのランダムもしくは部位特異的な突然変異誘導により導入された変異、またはインビボでの体細胞突然変異により導入された変異）を含んでもよい。しかしながら「ヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、マウスなどの別の哺乳動物種の生殖細胞系列に由来するＣＤＲ配列がヒトフレームワーク配列上に移植されている抗体を含むことは意図されていない。「ヒト」抗体および「完全ヒト」抗体という用語は、同意語として使用される。
「ヒト化」抗体とは、非ヒト免疫グロブリンに由来する一つ以上の配列（ＣＤＲ領域またはその一部）を含有するヒト／非ヒトのキメラ抗体を指す。すなわちヒト化抗体は、レシピエントの超可変領域由来の少なくとも数残基が、所望の特異性、アフィニティ、配列組成および機能性を有する、例えばマウス、ラット、ウサギまたは非ヒト霊長類などの非ヒト種（ドナー抗体）由来の抗体の超可変領域由来の残基によって置き換えられているヒト免疫グロブリン（レシピエント抗体）である。一部の例では、ヒト免疫グロブリンのＦＲ残基は、対応する非ヒト残基で置換される。そのような改変の一例は、一つ以上のいわゆる復帰突然変異の導入であり、復帰突然変異は、典型的にはドナー抗体に由来するアミノ酸残基である。抗体のヒト化は、当業者に公知の組み換え技術を使用して実施され得る（例えば、Ａｎｔｉｂｏｄｙ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，ｖｏｌ．２４８，ｅｄｉｔｅｄ ｂｙ Ｂｅｎｎｙ Ｋ．Ｃ．Ｌｏを参照のこと）。軽鎖可変ドメインおよび重鎖可変ドメインの両方に適したヒトレシピエントフレームワークは、例えば、配列相同性または構造相同性により特定されてもよい。あるいは、例えば、構造、生物物理学的および生化学的な特性に関する知識に基づいて、固定されたレシピエントフレームワークを使用してもよい。レシピエントフレームワークは、生殖細胞系列由来であってもよく、または成熟抗体配列に由来してもよい。ドナー抗体由来のＣＤＲ領域は、ＣＤＲ移植によって移送されてもよい。ＣＤＲ移植ヒト化抗体は、ドナー抗体由来のアミノ酸残基の再導入（復帰突然変異）が当該ヒト化抗体の特性に有益な影響を与えるような重要なフレームワーク位置を特定することによって、例えばアフィニティ、機能性、および生物物理特性に関してさらに最適化することができる。ドナー抗体に由来する復帰突然変異に加えて、ヒト化抗体は、ＣＤＲまたはフレームワーク領域に生殖細胞系列の残基の導入、免疫原性エピトープの除去、部位特異的突然変異誘導、アフィニティ成熟などによって操作することができる。
さらにヒト化抗体は、レシピエント抗体またはドナー抗体には存在しない残基を含むことができる。これらの改変は、抗体性能をさらに改良するために行われる。概してヒト化抗体は、少なくとも一つ、典型的には二つの可変ドメインを含有し、その中で、ＣＤＲ領域のすべて、または実質的にすべてが非ヒト免疫グロブリンのＣＤＲ領域に対応し、そしてＦＲ残基のすべて、または実質的にすべてが、ヒト免疫グロブリン配列のＦＲ領域である。またヒト化抗体は任意で、典型的にはヒト免疫グロブリンの免疫グロブリン定常領域（Ｆｃ）の少なくとも一部を含有する。「ヒト化抗体誘導体」という用語は、例えば抗体と、別の剤または別の抗体との結合体など、ヒト化抗体の任意の改変型を指す。
「組み換えヒト抗体」という用語は、本明細書で使用される場合、例えば、（ａ）ヒト免疫グロブリン遺伝子についてトランスジェニックである、またはトランスクロモゾーマル（ｔｒａｎｓｃｈｒｏｍｏｓｏｍａｌ）である動物（例えばマウス）、またはそれから調製されたハイブリドーマから単離された抗体、（ｂ）例えばトランスフェクトーマ（ｔｒａｎｓｆｅｃｔｏｍａ）など、抗体を発現するよう形質転換された宿主細胞から単離された抗体、（ｃ）組み換えコンビナトリアルヒト抗体ライブラリから単離された抗体、および（ｄ）他のＤＮＡ配列へのヒト免疫グロブリン遺伝子配列のスプライシングを含む任意の他の手段により調製され、発現され、生成され、または単離された抗体、など、組み換え手段により調製され、発現され、生成され、または単離されたすべてのヒト抗体を含む。こうした組換えヒト抗体は、生殖細胞系列遺伝子によってコードされる、特定のヒト生殖細胞系列の免疫グロブリン配列を利用する可変領域および定常領域を含むが、例えば、抗体成熟中に生じるその後の再構成および変異も含む。当分野で公知のように（例えば、Ｌｏｎｂｅｒｇ Ｎａｔｕｒｅ Ｂｉｏｔｅｃｈ．２３（９）：１１１７－１１２５（２００５）を参照のこと）、可変領域は抗原結合ドメインを含み、当該ドメインは、外来性抗原に特異的な抗体を形成するために再構成する様々な遺伝子によりコードされる。再構成に加えて、可変領域は、外来性抗原に対する抗体のアフィニティを増加させるために、複数の単一アミノ酸変化（体細胞突然変異または超変異と呼称される）によってさらに修飾され得る。定常領域は抗原に対するさらなる応答において、変化する（すなわちアイソタイプスイッチ）。したがって、軽鎖免疫グロブリンポリペプチドおよび重鎖免疫グロブリンポリペプチドをコードする、抗原に応答して再構成された、および体細胞変異した核酸分子は、元の核酸分子と配列同一性を有していない場合があるが、その代わりに実質的に同一であるか、または類似である（すなわち少なくとも８０％の同一性を有する）。
「キメラ抗体」とは、可変領域が一つの種に由来し、定常領域は別の種に由来する抗体を指し、例えば、可変領域はマウス抗体に由来し、定常領域はヒト抗体に由来する抗体などである。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＩｇＧ抗体である。本明細書で使用される場合、例えばヒトＩｇＧ１などの「ＩｇＧ抗体」は、特定の実施形態において、天然ＩｇＧ抗体の構造を有する。すなわち、ＩｇＧ抗体は、同じサブクラスの天然ＩｇＧ抗体と同じ数の重鎖と軽鎖、およびジスルフィド結合を有する。例えば、ＴＲＥＭ－１ ＩｇＧ１抗体は、二つの重鎖（ＨＣ）と二つの軽鎖（ＬＣ）からなり、この場合において当該重鎖と軽鎖は、天然ＩｇＧ１抗体に存在するジスルフィド架橋と同じ数および位置で連結される（当該抗体が、ジスルフィド架橋を改変する変異を受けている場合を除く）。
本明細書で使用される場合、「アイソタイプ」は、重鎖定常領域遺伝子によってコードされる抗体クラス（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＭ、ＩｇＡ１、ＩｇＡ２、ＩｇＤ、およびＩｇＥの抗体）を指す。
「アロタイプ」とは、特定のアイソタイプ群内で自然発生するバリアントを指し、当該バリアントはいくつかのアミノ酸で異なっている（例えば、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ １：１（２００９）を参照のこと）。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、任意のアロタイプであってもよい。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ１．３ｆ」アロタイプの抗体であり、当該抗体は、野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号１２）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１は、「ＩｇＧ１．１ｆ」アロタイプの抗体であり、当該抗体は、野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号１２）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ１－Ａｂａ」アロタイプの抗体であり、当該抗体は野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号１２）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９ＳおよびＰ２３８Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。さらなる実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、「ＩｇＧ４－Ａｂａ」アロタイプの抗体であり、当該抗体は、野生型ＩｇＧ１アイソタイプ（例えば、配列番号１２）と比較して、ＥＵナンバリングで、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓからなる群から選択される一つ以上のアミノ酸置換を含む。
「抗原を認識する抗体」および「抗原に特異的な抗体」という文言は、本明細書において「抗原に特異的に結合する抗体」という用語と相互交換可能に使用される。
「単離抗体」は、本明細書で使用される場合、自身が産生された環境中の他の構成要素から分離および／または回収された抗体、および／または自身が産生された環境中に存在する構成要素の混合物から精製された抗体を指す。
「エフェクター機能」とは、抗体Ｆｃ領域と、Ｆｃ受容体またはリガンドの相互作用、またはそれから生じる生化学的な事象を指す。「エフェクター機能」の例としては、Ｃ１ｑ結合、補体依存性細胞傷害（ＣＤＣ）、Ｆｃ受容体結合、例えばＡＤＣＣおよび抗体依存性細胞介在性ファゴサイトーシス（ＡＤＣＰ）などのＦｃγ介在型のエフェクター機能、および細胞表面受容体（例えばＢ細胞受容体、ＢＣＲ）の下方制御が挙げられる。そのようなエフェクター機能は概して、Ｆｃ領域を、結合ドメイン（例えば、抗体可変ドメイン）に結合させることを必要とする。一つの実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、一つ以上のＦｃγＲに結合せず、したがってエフェクター機能を欠く（すなわち、エフェクターレス）Ｆｃ領域を含む。
「Ｆｃ受容体」または「ＦｃＲ」は、免疫グロブリンのＦｃ領域に結合する受容体である。ＩｇＧ抗体に結合するＦｃＲは、ＦｃγＲファミリーの受容体を含み、それら受容体のアレルバリアントおよび代替的スプライシング型を含む。ＦｃγＲファミリーは、三つの活性化受容体（マウスではＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩＩ、およびＦｃγＲＩＶ。ヒトではＦｃγＲＩＡ、ＦｃγＲＩＩＡ、およびＦｃγＲＩＩＩＡ）、および一つの阻害性受容体（ＦｃγＲＩＩＢ）からなる。ヒトＦｃγＲの様々な特性は、当分野で公知である。生来のエフェクター細胞型の大部分は、一つ以上の活性化ＦｃγＲ、および阻害性ＦｃγＲＩＩＢを共発現している。一方でナチュラルキラー（ＮＫ）細胞は、一つの活性化Ｆｃ受容体（マウスではＦｃγＲＩＩＩ、ヒトではＦｃγＲＩＩＩＡ）を選択的に発現するが、マウスおよびヒトでは阻害性ＦｃγＲＩＩＢは発現しない。ヒトＩｇＧ１はほとんどのヒトＦｃ受容体に結合し、結合する活性化Ｆｃ受容体のタイプに関し、マウスＩｇＧ２ａと同等であると考えられている。
「Ｆｃ領域」（フラグメント結晶化可能領域）または「Ｆｃドメイン」または「Ｆｃ」とは、宿主の組織または因子への免疫グロブリンの結合を介在する抗体重鎖のＣ末端領域を指し、当該結合は、免疫系の様々な細胞（例えば、エフェクター細胞）上に位置するＦｃ受容体への結合、または古典的補体系の第一成分（Ｃ１ｑ）への結合を含む。したがって、Ｆｃ領域は、第一の定常領域免疫グロブリンドメイン（例えば、ＣＨ１またはＣＬ）を除く抗体の定常領域を含む。
ＩｇＧでは、Ｆｃ領域は、免疫グロブリンドメインのＣＨ２およびＣＨ３、ならびにＣＨ１ドメインとＣＨ２ドメインの間のヒンジを含む。免疫グロブリン重鎖のＦｃ領域の境界の定義は、本明細書に定義されるように変化し得るが、ヒトＩｇＧ重鎖のＦｃ領域は、ＩｇＧ１については、アミノ酸残基Ｄ２２１、ＩｇＧ２についてはＶ２２２、ＩｇＧ３についてはＬ２２１、およびＩｇＧ４についてはＰ２２４から、重鎖のカルボキシ末端までの範囲と定義され、この場合においてナンバリングは、ＫａｂａｔのＥＵインデックスに従う。ヒトＩｇＧ Ｆｃ領域のＣＨ２ドメインは、アミノ酸２３７からアミノ酸３４０にわたり、ＣＨ３ドメインは、Ｆｃ領域内のＣＨ２ドメインのＣ末端側に位置する。すなわち、ＩｇＧのアミノ酸３４１からアミノ酸４４７または４４６（Ｃ末端リジン残基が存在しない場合）または４４５（Ｃ末端グリシン残基とリジン残基が存在しない場合）にわたる。本明細書で使用される場合、Ｆｃ領域は、任意のアロタイプバリアントを含む天然配列のＦｃであってもよく、またはバリアントＦｃ（例えば、非天然Ｆｃ）であってもよい。Ｆｃとはさらに、単離された当該領域を指す場合もあり、またはＦｃ含有タンパク質ポリペプチド、例えば「Ｆｃ融合タンパク質」（例えば、抗体または免疫接着（ｉｍｍｕｎｏａｄｈｅｓｉｏｎ））とも呼称される「Ｆｃ領域含有結合タンパク質」などの背景下の当該領域を指す場合もある。
「天然配列のＦｃ領域」または「天然配列Ｆｃ」は、自然界に存在するＦｃ領域のアミノ酸配列と同一のアミノ酸配列を含む。天然配列ヒトＦｃ領域には、天然配列ヒトＩｇＧ１ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ２ Ｆｃ領域、天然配列ヒトＩｇＧ３ Ｆｃ領域、および天然配列ヒトＩｇＧ４ Ｆｃ領域、ならびにそれらの天然バリアントが含まれる。天然配列Ｆｃは、Ｆｃの様々なアロタイプを含む（例えば、Ｊｅｆｆｅｒｉｓ ｅｔ ａｌ．，ｍＡｂｓ １：１（２００９）を参照のこと）。
「バリアント配列Ｆｃ領域」または「非天然Ｆｃ」は改変を含み、典型的には、例えば血清半減期、補体結合反応、Ｆｃ受容体結合、タンパク質安定性、および／または抗原依存性細胞傷害、または特にそれらの欠落など、その機能的特性のうちの一つ以上が変化する。一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、化学的に改変されてもよく（例えば、一つ以上の化学的部分が抗体に結合されてもよい）、または改変されてそのグリコシル化を変化させ、再び抗体の一つ以上の機能的特性を変化されてもよい。一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＩｇＧ１アイソタイプであり、以下の変異のうちの一つ以上、おそらくはすべてを含む改変Ｆｃドメインを担持する：それぞれ、特定のＦｃ受容体へのアフィニティを低下させる（Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａ）、およびＣ１ｑ－介在型補体結合反応を低下させる（Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓ）（残基はＥＵインデックスに従いナンバリングされる）。
「ヒンジ」、「ヒンジドメイン」、「ヒンジ領域」、および「抗体ヒンジ領域」という用語は、ＣＨ１ドメインをＣＨ２ドメインに結合させる重鎖定常領域のドメインを指し、ヒンジの上部、中間部、および下部を含む（Ｒｏｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６１：４０８３（１９９８））。ヒンジは、抗体の結合領域とエフェクター領域との間に様々なレベルの柔軟性を提供し、そして二つの重鎖定常領域間の分子間ジスルフィド結合のための部位も提供する。本明細書で使用される場合、ヒンジは、すべてのＩｇＧアイソタイプのＧｌｕ２１６で始まり、Ｇｌｙ２３７で終わる（Ｒｏｕｘ ｅｔ ａｌ．，Ｊ Ｉｍｍｕｎｏｌ １６１：４０８３（１９９８））。野生型のＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、およびＩｇＧ４ヒンジの配列は当分野で公知である（例えば、国際ＰＣＴ出願公開のＷＯ ２０１７／０８７６７８）。一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＣＨ１のヒンジ領域は、ヒンジ領域内のシステイン残基の数が変わるように、例えば増加または減少するように改変される。この方法は、例えば米国特許第 第５，６７７，４２５号にさらに記載されている。
定常領域は、抗体を安定化させ、例えば、二価抗体が、二つの一価ＶＨ－ＶＬ断片に分離するリスクを減少させるように改変されてもよい。例えば、ＩｇＧ４定常領域において、残基Ｓ２２８（ＥＵインデックスによる残基ナンバリング）を、プロリン（Ｐ）残基に変異させて、ヒンジで重鎖間ジスルフィド架橋形成を安定化させてもよい（例えば、Ａｎｇａｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ Ｉｍｍｕｎｏｌ．３０：１０５－８（１９９５）を参照のこと）。抗体またはその断片は、その相補性決定領域（ＣＤＲ）の観点から定義することもできる。本明細書において使用される場合、「相補性決定領域」または「超可変領域」という用語は、抗原結合に関与するアミノ酸残基が位置する抗体の領域を指す。超可変領域またはＣＤＲ領域は、抗体可変ドメインのアミノ酸アラインメントにおいて最も高い変動性を有する領域として特定することができる。例えば、軽鎖可変ドメインのアミノ酸残基２４－３４（ＣＤＲ１）、５０－５９（ＣＤＲ２）、および８９－９７（ＣＤＲ３）、ならびに重鎖可変ドメインのアミノ酸残基３１－３５（ＣＤＲ１）、５０－６５（ＣＤＲ２）、および９５－１０２（ＣＤＲ３）を含むと定義されるＣＤＲなど、ＫａｂａｔデータベースなどのデータベースをＣＤＲ特定に使用することができる（Ｋａｂａｔ ｅｔ ａｌ．１９９１；Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２）。あるいはＣＤＲは、「超可変ループ」（軽鎖可変ドメインの残基２６－３３（Ｌ１）、５０－５２（Ｌ２）および９１－９６（Ｌ３）、ならびに重鎖可変ドメインの２６－３２（Ｈ１）、５３－５５（Ｈ２）および９６－１０１（Ｈ３）（Ｃｈｏｔｈｉａ ａｎｄ Ｌｅｓｋ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ １９６ ： ９０１－９１７（１９８７））に由来する残基と定義することもできる。典型的には、当該領域中のアミノ酸残基のナンバリングは、上記のＫａｂａｔらに記載される方法により行われる。例えば「Ｋａｂａｔ位置」、「Ｋａｂａｔ残基」、および「Ｋａｂａｔに従い」といった文言は、本明細書において、重鎖可変ドメインまたは軽鎖可変ドメインに関する当該ナンバリングシステムを指す。Ｋａｂａｔナンバリングシステムを使用することで、ペプチドの実際の線形アミノ酸配列は、より少ないアミノ酸または追加のアミノ酸を含む場合があり、それらは可変ドメインのフレームワーク（ＦＲ）またはＣＤＲの短縮型または挿入に相当する。例えば、重鎖可変ドメインは、ＣＤＲ Ｈ２の残基５２の後にアミノ酸挿入（Ｋａｂａｔに従い、残基５２ａ、５２ｂおよび５２ｃ）、および重鎖ＦＲの残基８２の後に挿入残基（Ｋａｂａｔに従い、例えば残基８２ａ、８２ｂおよび８２ｃ）を含む場合がある。残基のＫａｂａｔナンバリングは、所与の抗体について、「標準」Ｋａｂａｔナンバリング配列と当該抗体配列の相同領域でのアライメントによって判定されてもよい。
「エピトープ」または「抗原決定基」という用語は、免疫グロブリンまたは抗体が特異的に結合する抗原（例えばＴＲＥＭ－１）上の部位を指し、例えば、エピトープを特定するために使用される特定の方法によって定義される。エピトープは、連続的なアミノ酸（通常、線形エピトープ）から形成されることができ、またはタンパク質の三次元フォールディングによって並置される非連続的なアミノ酸（通常、立体構造エピトープ）からも形成されることができる。連続的なアミノ酸から形成されたエピトープは、常にではないが典型的には、変性溶媒へ暴露されても保持されるのに対して、三次元フォールディングにより形成されたエピトープは、典型的には、変性溶媒を用いた処理によって失われる。典型的にはエピトープは、固有の空間構造にある少なくとも３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４または１５個のアミノ酸を含む。どのエピトープが所与の抗体に結合されるかを判定するための方法（すなわちエピトープマッピング）は当分野に公知であり、例えば、免疫ブロットアッセイおよび免疫沈降アッセイが挙げられる。この場合において、重複または連続ペプチド（例えば、ＴＲＥＭ－１に由来する）は、所与の抗体（例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体）との反応性について試験される。エピトープの空間構造を決定する方法としては当分野の技術および本明細書に記載される技術が挙げられ、例えば、Ｘ線結晶構造解析、抗原変異解析、２次元核磁気共鳴およびＨＤＸ－ＭＳが挙げられる（例えば、Ｅｐｉｔｏｐｅ Ｍａｐｐｉｎｇ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．６６，Ｇ．Ｅ．Ｍｏｒｒｉｓ，Ｅｄ．（１９９６）を参照のこと）。
二つ以上の抗体を参照して「同じエピトープに結合する」という用語は、所与の方法によって決定される、抗体がアミノ酸残基の同じセグメントに結合することを意味する。抗体が、本明細書に記載される抗体と「ＴＲＥＭ－１上の同じエピトープ」に結合するかを判定するための技術としては、例えば、エピトープマッピング法が挙げられ、例えばエピトープの原子分解を提供する抗原：抗体複合体の結晶のＸ線解析、および水素／重水素交換質量分析法（ＨＤＸ－ＭＳ）が挙げられる。他の方法は、抗原断片、または抗原の変異型への抗体の結合をモニタリングするものであり、抗原配列内のアミノ酸残基の改変による結合の消失はしばしばエピトープ構成要素の指標とみなされる。さらに、エピトープマッピングのためのコンピューターコンビナトリアル法も使用され得る。これらの方法は、コンビナトリアルファージディスプレイのペプチドライブラリに由来する特定の短いペプチドをアフィニティ単離する対象となる抗体の能力に依存する。同じＶＨおよびＶＬ、または同じＣＤＲ１、２および３の配列を有する抗体は、同じエピトープに結合すると予測される。
「標的への結合について別の抗体と競合する」抗体とは、標的への他の抗体の結合を阻害する（部分的または完全に）抗体を指す。二つの抗体が、標的への結合に関して相互に競合するか否か、すなわち、一方の抗体が、他方の抗体の標的への結合を阻害するかどうか、そしてどの程度まで阻害するかを、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）解析などの公知の競合実験を使用して決定することができる。特定の実施形態では、抗体は、標的に対する結合を別の抗体と競合し、少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、または１００％阻害する。阻害または競合のレベルは、どの抗体が「ブロッキング抗体」（すなわち、標的と最初にインキュベートされるコールド抗体）であるかに応じて異なり得る。競合アッセイは、例えば、Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂ Ｐｒｏｔｏｃ ；２００６；ｄｏｉ： １０．１１０１／ｐｄｂ．ｐｒｏｔ４２７７、または“Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ”ｂｙ Ｅｄ Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｄａｖｉｄ Ｌａｎｅ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，ＮＹ，ＵＳＡ １９９９のチャプター１１に記載されるように実施することができる。二つの抗体が少なくとも５０％、両方向で互いに阻害する場合、すなわち一方の抗体または他方の抗体が競争実験で抗原と最初に接触したかに関わらず、互いに阻害する場合、「交差競合する」。
本明細書で使用される場合、「特異的結合」、「選択的結合」、「選択的に結合する」および「特異的に結合する」という用語は、既定の抗原上のエピトープに結合する抗体を指す。典型的には、抗体は、（ｉ）例えば分析物として組み換えヒトＴＲＥＭ－１などの規定の抗原およびリガンドとして抗体を使用して、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標）２０００装置において表面プラズモン共鳴（ＳＰＲ）技術により決定されたときに、または抗原陽性細胞に対する抗体のＳｃａｔｃｈａｒｄ分析により、約１０-7Ｍ未満、例えばおよそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満もしくは１０-10Ｍ未満またはさらに低い平衡解離定数（ＫD）で結合し、および（ｉｉ）規定の抗原または近縁の抗原以外の非特異的抗原（例えばＢＳＡ、カゼインなど）への結合のアフィニティよりも少なくとも二倍超高いアフィニティで既定の抗原に結合する。したがって、「ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する」抗体とは、１０-7Ｍ以下、例えばおよそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満もしくは１０-10Ｍ未満またはさらに低いＫDで可溶性または細胞結合型のヒトＴＲＥＭ－１に結合する抗体を指す。「カニクイザルＴＲＥＭ－１と交差反応する」抗体とは、１０-7Ｍ以下、例えば、およそ１０-8Ｍ未満、１０-9Ｍ未満、もしくは１０-10Ｍ未満、またはさらに低いＫDで、カニクイザルＴＲＥＭ－１に結合する抗体を指す。特定の実施形態では、非ヒト種由来のＴＲＥＭ－１と交差反応しないような抗体は、標準結合アッセイにおいて、これらのタンパク質に対し、本質的に検出不可能な結合を示す。
本明細書において「結合特異性」という用語は、例えば抗体またはその断片などの分子と、単一の排他的抗原との相互作用、または限られた数の高度に相同な抗原（またはエピトープ）との相互作用を指す。対照的に、ＴＲＥＭ－１に特異的に結合することができる抗体は、非類似の分子に結合することができない。本発明による抗体は、ナチュラルキラー細胞ｐ４４関連タンパク質であるＮｋｐ４４に結合する能力を有さない場合がある。
相互作用の特異性、および平衡結合定数の値は、公知の方法によって直接決定することができる。リガンド（例えば抗体など）が自身の標的に結合する能力を評価するための標準的なアッセイは、当分野で公知であり、例えば、ＥＬＩＳＡ、ウェスタンブロット、ＲＩＡ、およびフローサイトメトリー分析が挙げられる。抗体の結合動態および結合アフィニティも、例えばＳＰＲなど、当分野で公知の標準的なアッセイにより評価することができる。
二つの抗体が結合に関して競合するか、または交差競合するかを判定するための競合結合アッセイとしては、例えば実施例に記載されるように、フローサイトメトリーによる、ＴＲＥＭ－１発現骨髄細胞への結合に対する競合が挙げられる。他の方法としては、以下が挙げられる：ＳＰＲ（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（登録商標））、固相直接または間接の放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、固相直接または間接の酵素免疫アッセイ（ＥＩＡ）、サンドイッチ競合アッセイ（Ｓｔａｈｌｉ ｅｔ ａｌ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ ９：２４２（１９８３）を参照）、固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｋｉｒｋｌａｎｄ ｅｔ ａｌ．，Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３７：３６１４（１９８６）を参照）、固相直接標識アッセイ、固相直接標識サンドイッチアッセイ（Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ： Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ（１９８８）を参照）、１－１２５標識を使用した固相直接標識ＲＩＡ（Ｍｏｒｅｌ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２５（１）：７（１９８８）を参照）、固相直接ビオチン－アビジンＥＩＡ（Ｃｈｅｕｎｇ ｅｔ ａｌ．，Ｖｉｒｏｌｏｇｙ １７６：５４６（１９９０））、および直接標識ＲＩＡ。（Ｍｏｌｄｅｎｈａｕｅｒ ｅｔ ａｌ．，Ｓｃａｎｄ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．３２：７７（１９９０）を参照）。
本明細書で使用される場合、「ビン」という用語は、参照抗体を使用して規定される。第二の抗体が、参照抗体と同時に抗原に結合することができない場合、当該第二の抗体は、参照抗体と同じ「ビン」に属すると言われる。この場合、参照抗体と第二の抗体は、抗原の同じ部分に競合的に結合し、「競合抗体」という言葉が作られた。第二の抗体が、参照抗体と同時に抗原に結合することができる場合、当該第二の抗体は、別個の「ビン」に属すると言われる。この場合、参照抗体と第二の抗体は、抗原の同じ部分に競合的に結合せず、「非競合抗体」という言葉が作られた。
抗体の「ビン化」は、エピトープに関する直接的な情報は提供しない。競合抗体、すなわち、同じ「ビン」に属する抗体は、同一のエピトープ、重複するエピトープ、または別個のエピトープでさえ有する可能性がある。後者は、抗原上の自身のエピトープに結合した参照抗体が、第二の抗体が抗原上の自身のエピトープと接触するために必要な空間を占有する場合である（立体障害）。非競合抗体は、一般的には別個のエピトープを有する。
本明細書において「結合アフィニティ」という用語は、例えば抗体またはその断片と抗原など、二つの分子間の非共有結合性の相互作用の強度の尺度を指す。「結合アフィニティ」という用語は、一価の相互作用（内在的な活性）を記述するために使用される。
例えば抗体またはその断片と抗原など、二つの分子間の一価相互作用を介した結合アフィニティは、平衡解離定数（ＫD）の決定によって定量化され得る。同様に、ＫDは、例えばＳＰＲ法によって、複合体の形成と解離の動態を測定することによって決定され得る。一価複合体の結合と解離に対応する速度定数は、それぞれ、結合速度定数ｋa（またはｋon）および解離速度定数ｋd（またはｋ0ff）と呼称される。ＫDは、式ＫD＝ｋd／ｋaを通して、ｋaおよびｋdに関連付けられる。上記の定義に続いて、例えば所与の抗原に対する異なる抗体の結合アフィニティの比較など、異なる分子相互作用と関連する結合アフィニティは、個々の抗体／抗原複合体に対するＫD値を比較することによって比較され得る。
本明細書で使用される場合、ＩｇＧ抗体に関する「高アフィニティ」という用語は、標的抗原に対して１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ以下、または１０-10Ｍ以下のＫDを有する抗体を指す。しかし他の抗体アイソタイプに関しては、「高アフィニティ」の結合は変化する可能性がある。例えば、ＩｇＭアイソタイプに関する「高アフィニティ」の結合は、１０-10Ｍ以下または１０-8Ｍ以下のＫDを有する抗体を指す。
抗体またはその抗原結合断片を使用したインビトロアッセイまたはインビボアッセイの状況下で、「ＥＣ50」という用語は、最大応答の５０％、すなわち最大応答と基準の間の中間である応答を誘導する、抗体またはその抗原結合部分の濃度を指す。
本明細書において使用される場合、物体に対して適用される場合の「天然」という用語は、物体が自然界に存在し得るという事実を指す。例えば自然界で源から単離され得る生物体（ウイルスを含む）中に存在し、実験室においてヒトにより意図的に改変されていないポリペプチドまたはポリヌクレオチドの配列は、天然である。
「ポリペプチド」とは、鎖の長さに上限のない、少なくとも二つの連続する連結アミノ酸残基を含む鎖を指す。タンパク質中の一つ以上のアミノ酸残基は、例えば限定されないが、グリコシル化、リン酸化、またはジスルフィド結合の形成などの改変を含有し得る。「タンパク質」は、一つ以上のポリペプチドを含み得る。
本明細書で使用される場合、「核酸分子」という用語は、ＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子を含むことが意図されている。核酸分子は、一本鎖または二本鎖であってもよく、ｃＤＮＡであってもよい。
「保存的アミノ酸置換」とは、類似の側鎖を有するアミノ酸残基とのアミノ酸残基の置換を指す。類似した側鎖を有するアミノ酸残基のファミリーは当分野に規定されている。これらのファミリーとしては、塩基性側鎖（例えば、リシン、アルギニン、ヒスチジン）、酸性側鎖（例えば、アスパラギン酸、グルタミン酸）、非荷電極性側鎖（例えば、グリシン、アスパラギン、グルタミン、セリン、スレオニン、チロシン、システイン、トリプトファン）、非極性側鎖（例えばアラニン、バリン、ロイシン、イソロイシン、プロリン、フェニルアラニン、メチオニン）、β分岐側鎖（例えばスレオニン、バリン、イソロイシン）および芳香族側鎖（例えばチロシン、フェニルアラニン、トリプトファン、ヒスチジン）を有するアミノ酸が挙げられる。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体中の予測される非必須アミノ酸残基は、同じ側鎖ファミリーに由来する別のアミノ酸残基で置換される。抗原結合を消去しないヌクレオチドおよびアミノ酸の保存的置換を特定する方法は、当分野で公知である（例えば、Ｂｒｕｍｍｅｌｌ ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｈｅｍ．３２： １１８０－１１８７（１９９３）；Ｋｏｂａｙａｓｈｉ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇ．１２（１０）：８７９－８８４（１９９９）；およびＢｕｒｋｓ ｅｔ ａｌ．Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：４１２－４１７（１９９７）を参照のこと）。
核酸については、「実質的相同性」という用語は、二つの核酸またはその指定配列が最適にアライメントされ、比較されたときに、適切なヌクレオチドの挿入または欠失を伴い、少なくとも約８０％のヌクレオチド、少なくとも約９０％～９５％のヌクレオチド、または少なくとも約９８％～９９．５％のヌクレオチドにおいて同一であることを示す。あるいは実質的相同性は、セグメントが選択的ハイブリダイゼーション条件下で当該鎖の相補鎖にハイブリダイズするときに存在する。
ポリペプチドについては、「実質的相同性」という用語は、二つのポリペプチドまたはその指定配列が最適にアライメントされ、比較されたときに、適切なアミノ酸の挿入または欠失を伴い、少なくとも約８０％のアミノ酸、少なくとも約９０％～９５％のアミノ酸、または少なくとも約９８％～９９．５％のアミノ酸において同一であることを示す。
二つの配列間の同一性の百分率は、配列によって共有される同一な位置の数の関数であり（すなわち相同性％＝同一な位置の数／位置の総数ｘ１００）、当該二つの配列の最適アライメントのために導入が必要なギャップ数、および各ギャップの長さを考慮する。配列の比較、および二つの配列間の同一性百分率の決定は、以下の非限定的な例に記載されるような数学的アルゴリズムを使用して実施されてもよい。
二つのヌクレオチド配列間の同一性百分率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用可能）のＧＡＰプログラムを使用して、ＮＷＳｇａｐｄｎａ．ＣＭＰマトリクス、および４０、５０、６０、７０、または８０のギャップ重量、および１、２、３、４、５、または６の長さ重量を使用して決定されてもよい。二つのヌクレオチド配列間またはアミノ酸配列間の同一性百分率はまた、ＡＬＩＧＮプログラム（バージョン２．０）に組み込まれた、Ｅ．ＭｅｙｅｒｓおよびＷ．Ｍｉｌｌｅｒ（ＣＡＢＩＯＳ，４： １１－１７（１９８９））のアルゴリズムを使用して、ＰＡＭ１２０重量残基表、１２のギャップ長ペナルティおよび４のギャップペナルティを使用して決定されてもよい。さらに二つのアミノ酸配列間の同一性百分率は、ＧＣＧソフトウェアパッケージ（ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｇｃｇ．ｃｏｍで利用可能）のＧＡＰプログラムに組み込まれたＮｅｅｄｌｅｍａｎおよびＷｕｎｓｃｈ（Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．（４８）：４４４－４５３（１９７０））のアルゴリズムを使用して、Ｂｌｏｓｓｕｍ ６２マトリクスまたはＰＡＭ２５０マトリクスのいずれか、および１６、１４、１２、１０、８、６または４のギャップ重量、および１、２、３、４、５、または６の長さ重量を使用して決定されてもよい。
本明細書に記載される核酸配列およびタンパク質配列はさらに、例えば、関連配列の特定を目的とした公共データベースに対する検索を実施するための「クエリ配列」として使用されてもよい。そのような検索は、Ａｌｔｓｃｈｕｌ，ｅｔ ａｌ．（１９９０），Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．２１５：４０３－１０のＮＢＬＡＳＴおよびＸＢＬＡＳＴプログラム（バージョン２．０）を使用して実施されてもよい。ＢＬＡＳＴヌクレオチド検索を、ＮＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝１００、ワード長＝１２で実施して、本明細書に記載される核酸分子に相同なヌクレオチド配列を取得してもよい。ＢＬＡＳＴタンパク質検索を、ＸＢＬＡＳＴプログラム、スコア＝５０、ワード長＝３で実施して、本明細書に記載されるタンパク質分子に相同なアミノ酸配列を取得してもよい。比較目的でのギャップ化アライメントを取得するために、Ｇａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴを、Ａｌｔｓｃｈｕｌ ｅｔ ａｌ．，（１９９７） Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２５（１７）：３３８９－３４０２に記載されるように利用してもよい。ＢＬＡＳＴおよびＧａｐｐｅｄ ＢＬＡＳＴプログラムを利用する場合、各プログラム（例えばＸＢＬＡＳＴおよびＮＢＬＡＳＴ）のデフォルトパラメータを使用してもよい。ｗｏｒｌｄｗｉｄｅｗｅｂ．ｎｃｂｉ．ｎｌｍ．ｎｉｈ．ｇｏｖを参照のこと。
核酸は、全細胞、細胞溶解物中に存在してもよく、または部分精製された、もしくは実質的に純粋な形態で存在してもよい。他の細胞構成要素または他の混入物、例えば他の細胞核酸（例えば染色体の他の部分）またはタンパク質から、アルカリ／ＳＤＳ処置、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、アガロースゲル電気泳動および当分野に公知の他の方法を含む標準的な技術により精製された場合、核酸は「単離された」または「実質的に純粋となる」。Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９８７）を参照のこと。
例えばｃＤＮＡなどの核酸は、遺伝子配列を提供するための標準的な技術に従って変異を受けてもよい。コード配列に関し、これらの変異はアミノ酸配列に望ましい影響を及ぼし得る。特に、天然のＶ配列、Ｄ配列、Ｊ配列、定常配列、スイッチ配列、および本明細書に記載される他のかかる配列に対し実質的に相同であるか、またはそれらから誘導されるＤＮＡ配列が予期される（この場合、「誘導される」とは、配列が別の配列と同一であるか、別の配列から改変されていることを示す）。
本明細書で使用される場合、「ベクター」という用語は、連結された別の核酸を輸送することができる核酸分子を指すことが意図される。ある種のベクターは、「プラスミド」であり、これは追加のＤＮＡセグメントがその中にライゲーションされ得る環状二本鎖のＤＮＡループを指す。別のタイプのベクターはウイルスベクターであり、このベクターでは追加のＤＮＡセグメントはウイルスゲノム内にライゲーションされ得る。特定のベクターは、自身が導入される宿主細胞内で自律複製することができる（例えば細菌複製起源を有する細菌ベクターおよびエピソーム性哺乳動物ベクターなど）。他のベクター（例えば非エピソーム性哺乳動物ベクター）は、宿主細胞内に導入されると、宿主細胞のゲノム内に組み込まれることができ、それによって宿主ゲノムと共に複製される。さらに特定のベクターは、自身が操作可能に連結される遺伝子の発現を誘導する能力を有する。そのようなベクターは、本明細書では、「組み換え発現ベクター」（または単に「発現ベクター」）と呼ばれる。一般的に、組み換えＤＮＡ法で有用な発現ベクターは、プラスミドの形態であることが多い。本明細書では、「プラスミド」と「ベクター」は、プラスミドが最も一般的に使用されるベクターの形態であるために相互交換可能に使用される場合がある。しかしながら、例えばウイルスベクター（例えば複製欠損したレトロウイルス、アデノウイルスおよびアデノ随伴ウイルス）などの同等の機能を果たす他の形態の発現ベクターも含まれる。
本明細書において使用される場合、「組み換え宿主細胞」（または単に「宿主細胞」）という用語は、細胞中に自然には存在しない核酸を含み、組み換え発現ベクターが導入される細胞であり得る細胞を指すことが意図される。当該用語は、特定の対象細胞だけでなく、当該細胞の子孫細胞も指すことも意図されていることを理解されたい。突然変異または環境的影響のいずれかに起因して特定の修飾がその後の世代に発生する可能性があるため、そのような子孫細胞は実際には親細胞と同一ではない可能性があるが、本明細書において使用される場合には、それでも「宿主細胞」という用語の範囲内に含まれる。
本明細書で使用される場合、「結合された」という用語は、二つ以上の分子の会合を指す。結合は、共有結合または非共有結合であってもよい。結合はまた、遺伝的であってもよい（すなわち組み換え融合であってもよい）。そのような結合は、例えば化学的結合や組み換えタンパク質の作製など、当分野に認識される広範な技術を使用して実現され得る。
本明細書で使用される場合、「投与すること」とは、当業者に公知の様々な方法および送達システムのいずれかを使用した、治療剤を含む組成物の対象への物理的導入を指す。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体に関する、様々な投与経路としては、例えば注射または点滴による、静脈内、腹腔内、筋肉内、皮下、脊椎または他の非経口の投与経路が挙げられる。本明細書で使用される場合、「非経口投与」という文言は、腸内投与および局所投与以外の投与様式を意味し、通常、注射により行われ、限定されないが、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、髄腔内、リンパ管内、病巣内、関節包内、眼窩内、心腔内、皮内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外および胸骨下の注射ならびに点滴、ならびにインビボエレクトロポレーションが挙げられる。あるいは本明細書に記載される抗体は、例えば局所、表皮または粘膜の投与経路、例えば鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下、または局所などの非経口経路を介して投与され得る。また投与は、例えば、１回、複数回、および／または一回以上の延長期間にわたって実施され得る。
本明細書で使用される場合、「阻害する」または「ブロッキングする」という用語（例えば、細胞上のＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合の阻害／ブロッキングを指す）は、相互交換可能に使用され、部分的および完全な阻害／ブロッキングの両方を包含する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば本明細書にさらに記載されるように、ＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合を少なくとも約５０％、例えば、約６０％、７０％、８０％、９０％、９５％、９９％、または１００％阻害すると判定される。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば本明細書にさらに記載されるように、ＴＲＥＭ－１へのＴＲＥＭ－１リガンドの結合を５０％以下、例えば、約４０％、３０％、２０％、１０％、５％、または１％阻害すると判定される。
本明細書で使用される場合、「治療する」、「治療すること」、および「治療」という用語は、疾患に関連する症状、合併症、状態、もしくは生化学的な徴候の進行、発現、重症度、または再発を逆転させる、緩和する、改善する、阻害する、または遅延させる、または予防する目的で、対象に実施される任意のタイプの介入もしくはプロセス、または対象に活性薬剤を投与することを指す。治療は、疾患を有する対象の治療、または疾患を有していない対象の治療（例えば、予防目的）であってもよい。
「有効投与量」または「有効用量」という用語は、所望される効果を実現する、または少なくとも部分的に実現するために充分な量として規定される。薬剤または治療剤の「治療有効量」または「治療有効用量」は、単独で使用される場合、または別の治療剤と併用されて使用される場合、疾患症状の重症度の減少、無症状期間の頻度および期間の増加、または疾患罹患を起因とする機能障害もしくは身体障害の予防によって証明される、疾患退行を促進する薬剤の任意の量である。薬剤の治療有効量または治療有効用量は、疾患を発症するリスクのある対象、または疾患の再発を患うリスクのある対象に、単独で、または別の治療剤と併用されて投与される場合、疾患の発症または再発を阻害する薬剤の任意の量である、「予防有効量」または「予防有効用量」を含む。疾患退行を促進する、または疾患の発症もしくは再発を阻害する治療剤の能力は、例えば、臨床試験中のヒト対象において、ヒトにおける有効性を予測する動物モデルシステムにおいて、またはインビトロアッセイでの剤の活性を評価することにより、当業者に公知の様々な方法を使用して評価することができる。
「患者」という用語は、予防的処置または治療的処置のいずれかを受けるヒトおよび他の哺乳動物対象を含む。
本明細書で使用される場合、「対象」という用語は、任意のヒトまたは非ヒト動物を含む。例えば、本明細書に記載される方法および組成物を使用して、癌を有する対象を治療してもよい。「非ヒト動物」という用語は、全ての脊椎動物、例えば哺乳動物および非哺乳動物、例えば非ヒト霊長類、ヒツジ、イヌ、ウシ、ニワトリ、両生類、爬虫類などを含む。
本明細書で使用される場合、「ｕｇ」および「ｕＭ」は、それぞれ「μｇ」および「μＭ」と相互交換可能に使用される。
本明細書に記載される様々な態様は、以下のサブセクションにおいてさらに詳細に記述される。
Ｉ．抗ＴＲＥＭ－１抗体
本明細書において、特定の機能的な特徴または性質によって特徴付けられる例えば完全ヒト抗体などの抗体が記載される。例えば本開示の抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１、より具体的にはヒトＴＲＥＭ－１の細胞外ドメイン内の特定のドメイン（例えば機能性ドメイン）に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、ＴＲＥＭ－１リガンド（例えばＰＧＬＹＲＰ１）が結合するＴＲＥＭ－１リガンド上の部位に特異的に結合する。一部の実施形態では、抗体は、アンタゴニスト性抗体である。すなわち抗体は、例えば単球、マクロファージおよび好中球などの細胞上のＴＲＥＭ－１の活性を阻害または抑制する（すなわち、結合時にアゴナイズしない）。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えばカニクイザルＴＲＥＭ－１など、一種以上の非ヒト霊長類に由来するＴＲＥＭ－１と交差反応する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、活性化された際の細胞（例えばマクロファージ、樹状細胞、好中球）による炎症性サイトカイン（例えば、ＩＬ－６、ＴＮＦ－α、ＩＬ－８、ＩＬ－１β、ＩＬ－１２、およびそれらの組み合わせ）の産生を遮断する。一部の実施形態では、本明細書に記載される特定の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、参照抗体（例えばｍＡｂ１７０）とは異なるエピトープでヒトＴＲＥＭ－１に結合する（すなわちエピトープ操作された）、例えばモノクローナル抗体、組み換え抗体、および／またはヒト抗体などの抗体である。したがって一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関し、参照抗体（例えばｍＡｂ１７０）と交差競合しない。言い換えると、一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、参照抗体（例えば、ｍＡｂ１７０）とは異なる「ビン」に属する。
一部の実施形態では、本開示のエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、表１の重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、配列番号１３、１５、２３、２５、または１３０として記載されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、配列番号１４、１６、１７、２４、１３１、または１３２として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本開示のエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＶＨおよびＶＬを含み、この場合において、
（ａ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号１３および１４として記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号１５および１６として記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号１５および１７として記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号２３および２４として記載されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号２５および１６として記載されるアミノ酸配列を含み、
ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号１３０および１３１として記載されるアミノ酸配列を含み、または
（ｆ）ＶＨおよびＶＬは、それぞれ配列番号１３０および１３２として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１３、１５、２３、２５、および１３０からなる群から選択される重鎖可変領域のＣＤＲを含む。一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１４、１６、１７、２４、１３１、および１３２からなる群から選択される軽鎖可変領域のＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、本開示のエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ） ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号２６、３２、４５、５０、および１３６からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ） ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号２７、３３、４６、５１、および１３７からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ） ＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号２８、３４、４７、５２、および１３８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ） ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号２９および３５からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ） ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３０、３６、および４８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、および／または
（ｆ） ＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３１、３７、３８、３９、１０３、および１３９からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号２６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号２７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号２８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号２９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３１として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号３２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号３３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号３４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号３２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号３３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号３４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号２９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号４６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号４７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号５０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号５１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号５２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３７として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１３６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１３９として記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｇ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１３６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１３７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１３８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号３５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１０３として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合においてＣＤＲのうちの一つ以上は、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体と比較して、一つ以上のアミノ酸変異（例えば、置換または欠失）を含む。したがって特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５を含むＶＨ ＣＤＲ１を含み、この場合においてＸ１はＳまたはＮであり、Ｘ２はＳ、Ｙ、またはＥであり、Ｘ３はＹ Ｇ、またはＡであり、Ｘ４はＷ、ＭまたはＩであり、そしてＸ５はＳ、Ｔ、Ｈ、またはＮである。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、およびＸ１７を含むＶＨ ＣＤＲ２を含み、この場合においてＸ１はＹ Ｖ、またはＧであり、Ｘ２はＴまたはＩであり、Ｘ３はＷ、Ｉ、または無しであり、Ｘ４はＨ、Ｙ、またはＰであり、Ｘ５はＹ、Ｄ、またはＩであり、Ｘ６はＳ、Ｇ、またはＦであり、Ｘ７はＧ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ８はＩ、Ｙ、Ｎ、またはＴであり、Ｘ９はＳ、Ｔ、またはＫであり、Ｘ１０はＮまたはＹであり、Ｘ１１はＹまたはＧであり、Ｘ１２はＮまたはＡであり、Ｘ１３はＰ、Ｄ、またはＱであり、Ｘ１４はＳまたはＫであり、Ｘ１５はＬ、Ｖ、またはＦであり、Ｘ１６はＫまたはＱであり、そしてＸ１７はＳまたはＧである。一部の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｇ、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、Ｘ１７、Ｘ１８、Ｄ、およびＸ１９を含むＶＨ ＣＤＲ３を含み、この場合において、Ｘ１はＥ、Ｄ、Ｍ、Ｔ、または無しであり、Ｘ２はＧ、Ｖ、またはＹであり、Ｘ３はＹ、Ｒ、または無しであり、Ｘ４はＤ、Ｈ、Ｇ、または無しであり、Ｘ５はＩ、Ｙ、または無しであり、Ｘ６はＬ、Ｙ、または無しであり、Ｘ７はＴ、Ｇ、Ｎ、または無しであり、Ｘ８はＧ、Ｓ、Ｙ、または無しであり、Ｘ９はＹ、Ｖ、Ｔ、Ｆ、またはＨであり、Ｘ１０はＥ、Ｌ、Ｓ、またはＹであり、Ｘ１１はＹ、Ｗ、Ｆ、またはＨであり、Ｘ１２はＹまたはＦであり、Ｘ１３はＥまたは無しであり、Ｘ１４はＬまたは無しであり、Ｘ１５はＬまたは無しであり、Ｘ１６はＰまたは無しであり、Ｘ１７はＬまたは無しであり、Ｘ１８はＭまたはＬであり、そしてＸ１９はＶまたはＹである。特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は．Ｒ、Ａ、Ｓ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｓ、Ｓ、Ｘ４、Ｌ、およびＡを含むＶＬ ＣＤＲ１を含み、この場合においてＸ１はＳまたはＧであり、Ｘ２はＶまたはＩであり、Ｘ３はＳまたは無しであり、そしてＸ４はＹまたはＡである。一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｘ１、Ａ、Ｓ、Ｓ、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４を含むＶＬ ＣＤＲ２を含み、この場合においてＸ１はＧ、ＤまたはＡであり、Ｘ２はＲまたはＬであり、Ｘ３はＡ、Ｅ、またはＱであり、そしてＸ４はＴまたはＳである。特定の実施形態では、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、Ｑ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｓ、Ｘ３、Ｐ、Ｘ４、およびＴを含むＶＬ ＣＤＲ３を含み、この場合において、Ｘ１はＹまたはＦであり、Ｘ２はＧまたはＮであり、Ｘ３はＳまたはＹであり、そしてＸ４はＬ、Ｙ、Ｉ、または無しである。
また本明細書において、参照抗体（例えばｍＡｂ１７０）と同じエピトープでヒトＴＲＥＭ－１に結合する抗ＴＲＥＭ－１抗体（すなわちエピトープ操作されていない）であるが、当該抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ｍＡｂ１７０ではない。したがって一部の実施形態では、これらエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関し、参照抗体（例えばｍＡｂ１７０）と交差競合する。言い換えると、一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、参照抗体（例えば、ｍＡｂ１７０）と同じ「ビン」に属し、この場合において当該抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ｍＡｂ１７０ではない。参照抗体ｍＡｂ ０１７０の重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）のアミノ酸配列は、以下の通りである：
（Ａ）重鎖可変領域：
ＥＶＱＬＶＥＳＧＧＧＬＶＱＰＧＧＳＬＫＬＳＣＡＡＳＧＦＴＦＳＴＹＡＭＨＷＶＲＱＡＳＧＫＧＬＥＷＶＧＲＩＲＴＫＳＳＮＹＡＴＹＹＡＡＳＶＫＧＲＦＴＩＳＲＤＤＳＫＮＴＡＹＬＱＭＮＳＬＫＴＥＤＴＡＶＹＹＣＴＲＤＭＧＩＲＲＱＦＡＹＷＧＱＧＴＬＶＴＶＳＳＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＳＫＹＧＰＰＣＰＰＣＰＡＰＥＦＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＱＥＤＰＥＶＱＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＦＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＧＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＱＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＲＬＴＶＤＫＳＲＷＱＥＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＬＧＫ（配列番号１９３）；
（Ｂ）軽鎖可変領域：
ＤＩＶＬＴＱＳＰＤＳＬＡＶＳＬＧＥＲＡＴＩＮＣＲＡＳＥＳＶＤＴＦＤＹＳＦＬＨＷＹＱＱＫＰＧＱＰＰＫＬＬＩＹＲＡＳＮＬＥＳＧＶＰＤＲＦＳＧＳＧＳＧＴＤＦＴＬＴＩＳＳＬＱＡＥＤＶＡＶＹＹＣＱＱＳＮＥＤＰＹＴＦＧＱＧＴＫＬＥＩＫＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１９４）。国際特許出願公開ＷＯ２０１６／００９０８６Ａ１を参照のこと。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、表２の重鎖可変領域（ＶＨ）および／または軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む。特定の実施形態では、ＶＨは、配列番号５３、５５、５７、５９、６２、６４、６６、６８、７３、７４、７５、７６、７８、８０、８１、８３、または１３３として記載されるアミノ酸配列を含む。特定の実施形態では、ＶＬは、配列番号５４、５６、５８、６０、６１、６３、６５、６７、６９、７０、７１、７２、７７、７９、８２、１３４、または１３５として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＶＨおよびＶＬを含み、この場合において、
（ａ）ＶＨは、配列番号５３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨは、配列番号５５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５６に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨは、配列番号５７に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５８に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨは、配列番号５９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨは、配列番号５９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）ＶＨは、配列番号５９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）ＶＨは、配列番号６２に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６１に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）ＶＨは、配列番号５９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）ＶＨは、配列番号６４に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６５に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）ＶＨは、配列番号６６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６７に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｍ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７１に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）ＶＨは、配列番号６８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）ＶＨは、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）ＶＨは、配列番号７３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６３に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）ＶＨは、配列番号７４に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）ＶＨは、配列番号７５に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｕ）ＶＨは、配列番号７６に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７７に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｖ）ＶＨは、配列番号７８に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号７９に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｗ）ＶＨは、配列番号８０に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｘ）ＶＨは、配列番号８１に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号８２に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｙ）ＶＨは、配列番号８３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号６０に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｚ）ＶＨは、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１３４に記載されるアミノ酸配列を含む、
（ａａ）ＶＨは、配列番号１３３に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号５４に記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｂｂ）ＶＨは、配列番号５９に記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬは、配列番号１３５に記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、５３、５５、５７、５９、６２、６４、６６、６８、７３、７４、７５、７６、７８、８０、８１、８３、および１３３からなる群から選択される重鎖可変領域のＣＤＲを含む。一部の実施形態では、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、５４、５６、５８、６０、６１、６３、６５、６７、６９、７０、７１、７２、７７、７９、８２、１３４、および１３５からなる群から選択から選択される軽鎖可変領域のＣＤＲを含む。
一部の実施形態では、本開示のエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖可変領域（ＶＨ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに軽鎖可変領域（ＶＬ）のＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号４５、８４、８９、９３、９９、１０６、１０９、１１２、および１４０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号８５、９０、９４、９７、９８、１００、１０２、１０４、１０７、１１０、１１３、１１６、１１９、および１４１からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号８６、９１、９５、１０１、１０５、１０８、１１１、１１４、１１５、１１７、１２０、および１４２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｄ）ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７および４２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、
（ｅ）ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８、および３０からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、および／または
（ｆ）ＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３８、４９、８８、９２、９６、１０３、１１８、および１４３からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示されるエピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＶＨのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３、ならびにＶＬのＣＤＲ１、ＣＤＲ２およびＣＤＲ３を含み、この場合において、
（ａ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号８４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号８５として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号８６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｂ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号８９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号９２として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｃ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号９６として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｄ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｅ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｆ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｇ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１００として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｈ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０２として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｉ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０２として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１０３として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｊ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０２として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｋ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０２として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｌ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０４として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｍ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１０６として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１０７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１０８として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｎ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１０９として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１１として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｏ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１１２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１４として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号９６として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｐ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１１２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１３として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｑ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１６として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１１７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１１８として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｒ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号４５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１１９として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１２０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号４９として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｓ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１４０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号１４３として記載されるアミノ酸配列を含む、
（ｔ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号１４０として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号１４１として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号１４２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号８７として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号４８として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号８８として記載されるアミノ酸配列を含む、または
（ｔ）ＶＨ ＣＤＲ１は、配列番号９３として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＨ ＣＤＲ２は、配列番号９７として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＨ ＣＤＲ３は、配列番号９５として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ１は、配列番号４２として記載されるアミノ酸配列を含み、ＶＬ ＣＤＲ２は、配列番号３０として記載されるアミノ酸配列を含み、およびＶＬ ＣＤＲ３は、配列番号３８として記載されるアミノ酸配列を含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に記載されるＣＤＲおよび／または可変領域配列（例えば、表１、２、５および６）に対し、少なくとも８０％の同一性（例えば、少なくとも８５％、少なくとも９５％、少なくとも９５％、または少なくとも９９％の同一性）を有するＣＤＲおよび／または可変領域配列を含む。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において当該重鎖は、本明細書に開示される重鎖定常領域（例えば、配列番号１２２、１２３、１２４、または１２５）に融合された、本明細書に開示されるＶＨドメイン（例えば、表１および２に提示されるもの）を含む。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において当該軽鎖は、本明細書に開示される軽鎖定常領域（例えば、配列番号１２６）に融合された、本明細書に開示されるＶＬドメイン（例えば、表１および２に提示されるもの）を含む。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、重鎖および軽鎖を含み、この場合において重鎖は、配列番号１９７－２０７および２０９－２３２からなる群から選択されるアミノ酸配列を含み、および／または軽鎖は、配列番号２３３－２４３および２４５－２６８からなる群から選択されるアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載される重鎖または軽鎖のいずれかに対し、少なくとも９９％、９８％、９７％、９６％、９５％、９０％、８５％または８０％同一であるアミノ酸配列を含む重鎖および軽鎖は、例えば本明細書に詳述される特徴などの所望の特徴を有する抗ＴＲＥＭ－１抗体を形成させるために使用され得る。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば表面プラズモン共鳴を使用して決定された場合に、ヒトＴＲＥＭ－１のバリアント（例えば、ＴＲＥＭ－１のアイソフォーム２および３、それぞれ配列番号２および３）に結合する能力を有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば表面プラズモン共鳴を使用して決定された場合に、カニクイザルのＴＲＥＭ－１（配列番号７）に結合する能力を有する。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に高いアフィニティで結合し、例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ（商標）で決定された場合に（例えば、実施例に記載されるように）、１０-7Ｍ以下、１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ（１ｎＭ）以下、１０-10Ｍ以下、１０-11Ｍ以下、１０-12Ｍ以下、１０-12Ｍ～１０-7Ｍ、１０-11Ｍ～１０-7Ｍ、１０-10Ｍ～１０-7Ｍ、または１０-9Ｍ～１０-7ＭのＫDで結合する。一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、カニクイザルＴＲＥＭ－１に、例えばＢＩＡＣＯＲＥ（商標）により決定された場合に（例えば、実施例に記載されるように）、１０-7Ｍ以下、１０-8Ｍ以下、１０-9Ｍ以下、１０-10Ｍ以下、１０-11Ｍ以下、１０-12Ｍ以下、１０-12Ｍ～１０-7Ｍ、１０-11Ｍ～１０-7Ｍ、１０-10Ｍ～１０-7Ｍ、または１０-9Ｍ～１０-7ＭのＫDで結合する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、参照抗体（例えばｍＡｂ１７０）（すなわち、エピトープ操作された）とは異なるエピトープでＴＲＥＭ－１に結合し、それにより、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１への結合に関し、参照抗体と競合しない。したがって特定の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（配列番号１）のアミノ酸Ｄ３８～Ｌ４５、Ｅ４６～Ｑ５６、および／またはＹ９０～Ｌ９６に結合しない。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えば、アイソフォーム１、配列番号１）の（１）27ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ37（配列番号９）、（２）88ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ100（配列番号１０）、および（３）120ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ128（配列番号１１）からなる群から選択される一つ以上のエピトープに結合する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えばアイソフォーム１、配列番号１）の（１）Ｅ２７、Ｋ２８、Ｙ２９、Ｅ３０、Ｌ３１、Ｋ３２、Ｅ３３、Ｇ３４、Ｑ３５、Ｔ３６、Ｌ３７、およびそれらの任意の組み合わせ、（２）Ｅ８８、Ｄ８９、Ｙ９０、Ｈ１００、Ｄ１０１、Ｈ１０２、Ｇ１０３、Ｌ１０４、Ｌ１０５、Ｒ１０６、Ｖ１０７、Ｒ１０８、Ｍ１０９、およびそれらの任意の組み合わせ、ならびに（３）Ｋ１２０、Ｅ１２１、Ｐ１２２、Ｈ１２３、Ｍ１２４、Ｌ１２５、Ｆ１２６、Ｄ１２７、Ｒ１２８、およびそれらの任意の組み合わせ、からなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基で特異的に結合する能力を有する。
一部の実施形態では、本開示の抗体は、参照抗体（例えば、ｍＡｂ１７０）と同じエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する（すなわちエピトープ操作されていない）。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１（例えば、アイソフォーム１、配列番号１）の（ｉ）Ａ２１、Ｔ２２、Ｋ２３、Ｌ２４、Ｔ２５、Ｅ２６およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、および（ｉｉ）Ａ４９、Ｓ５０、Ｓ５１、Ｑ５２、Ｋ５３、Ａ５４、Ｗ５５、Ｑ５６、１５７、１５８、Ｒ５９、Ｄ６０、Ｇ６１、Ｅ６２、Ｍ６３、Ｐ６４、Ｋ６５、Ｔ６６、Ｌ６７、Ａ６８、Ｃ６９、Ｔ７０、Ｅ７１、Ｒ７２、Ｐ７３、Ｓ７４、Ｋ７５、Ｎ７６、Ｓ７７、Ｈ７８、Ｐ７９、Ｖ８０、Ｑ８１、Ｖ８２、Ｇ８３、Ｒ８４、１８５およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、および（ｉｉｉ）Ｃ１１３、Ｖ１１４、１１１５、Ｙ１１６、Ｑ１１７、Ｐ１１８、Ｐ１１９およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される少なくとも一つのアミノ酸残基、で特異的に結合する能力を有する。ＷＯ２０１６／００９０８６を参照のこと。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＤＸ－ＭＳまたはＸ線回折を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のアミノ酸Ｄ３８～Ｆ４８に特異的に結合する能力を有する。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＤＸ－ＭＳまたはＸ線回析を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のアミノ酸残基Ｄ３８、Ｖ３９、Ｋ４０、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｔ４４、およびＬ４５のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、またはすべて、および配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＥ４６、Ｋ４７、およびＦ４８からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの１つ、２つまたはすべて、を含むエピトープを有する。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１のバリアントおよび表面プラズモン共鳴を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＤ４２、Ｅ４６、Ｄ９２、およびＨ９３からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの一つ、二つ、三つ、またはすべてを含むエピトープを有する。
一部の実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１のバリアントおよび表面プラズモン共鳴を使用して決定される場合、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）の少なくともアミノ酸残基Ｅ４６および／またはＤ９２を含むエピトープを有する。別の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、配列番号１（ヒトＴＲＥＭ－１）のＬ３１、Ｉ８６、およびＶ１０１からなる群から選択されるアミノ酸残基の一つ、二つ、またはすべてを含む。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば、ＨＤＸ－ＭＳまたはＸ線回折を使用して決定される場合、カニクイザルＴＲＥＭ－１（配列番号７）のアミノ酸残基Ｅ１９～Ｌ２６を含むポリペプチドに特異的に結合する能力を有する。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＶ３９、Ｋ４０、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｌ４５、Ｅ４６、Ｋ４７、Ｆ４８、およびＡ４９からなる群から選択されるアミノ酸残基のうちの１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、６つ、７つ、８つ、９つまたはすべてを含む。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＤ４２を含む。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ヒトＴＲＥＭ－１に特異的に結合する能力を有し、この場合において当該抗体のエピトープは、配列番号１のＥ４６を含む。一部の実施形態では、抗体のエピトープは、配列番号１のＶ３９、Ｃ４１、Ｄ４２、Ｙ４３、Ｌ４５を含み得る。さらなる実施形態では、抗体のエピトープは、配列番号１のＥ４６、Ｋ４７、およびＡ４９を含み得る。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のエピトープは、配列番号１のＦ４８をさらに含み得る。
本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４のＦｃなどのＦｃに結合され得る（例えば、共有結合され得る、または融合され得る）。当該Ｆｃは、任意のアロタイプまたは同型アロタイプ（ｉｓｏａｌｌｏｔｙｐｅ）のものであってもよく、例えばＩｇＧ１に関しては：Ｇ１ｍ、Ｇ１ｍ１（ａ）、Ｇ１ｍ２（ｘ）、Ｇ１ｍ３（ｆ）、Ｇ１ｍ１７（ｚ）；ＩｇＧ２に関しては：Ｇ２ｍ、Ｇ２ｍ２３（ｎ）；ＩｇＧ３に関しては：Ｇ３ｍ、Ｇ３ｍ２１（ｇ１）、Ｇ３ｍ２８（ｇ５）、Ｇ３ｍ１１（ｂ０）、Ｇ３ｍ５（ｂ１）、Ｇ３ｍ１３（ｂ３）、Ｇ３ｍ１４（ｂ４）、Ｇ３ｍ１０（ｂ５）、Ｇ３ｍ１５（ｓ）、Ｇ３ｍ１６（ｔ）、Ｇ３ｍ６（ｃ３）、Ｇ３ｍ２４（ｃ５）、Ｇ３ｍ２６（ｕ）、Ｇ３ｍ２７（ｖ）；そしてＫに関しては：Ｋｍ、Ｋｍ１、Ｋｍ２、Ｋｍ３であってもよい（例えば、Ｊｅｆｆｒｉｅｓ ｅｔ ａｌ．（２００９）ｍＡｂｓ １：１を参照のこと）。一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、例えばＩｇＧ１などのエフェクターが無い、またはほとんどエフェクターが無いＦｃに結合される。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の可変領域は、一つ以上のＦｃγＲに対する結合が低下したＦｃ、または結合することができないＦｃに結合される。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３またはＩｇＧ４などのヒトＩｇＧの定常ドメイン（すなわちＦｃ）に融合されてもよく、それらは例えば本明細書に詳述されるように、天然または改変されている。例えば、ＶＨドメインは、例えば以下の野生型ヒトＩｇＧ１定常ドメインアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＫＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２）、または配列番号１２のアロタイプバリアントの配列、などの例えばＩｇＧ１などのヒトＩｇＧの定常領域に融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含んでもよく、および以下のアミノ酸配列を有してもよい：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＬＬＧＧＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２１、アロタイプ特異的アミノ酸残基は、下線の太字部分である）。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、以下のエフェクターが無いヒトＩｇＧ１定常ドメインアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＥＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＳＳＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２２、「ＩｇＧ１．１ｆ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓの置換を含む、下線部分）
または

ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＣＰＰＣＰＡＰＥＡＥＧＡＰＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＥＥＭＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２３、「ＩｇＧ１．３ｆ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａの置換を含む、下線部分）などのエフェクターが無い定常領域に融合された本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含んでもよい。
例えば、ＩｇＧ１のアロタイプバリアントは、Ｋ９７Ｒ、Ｄ２３９Ｅ、および／またはＬ２４１Ｍ（上記の下線の太字部分）、ならびに配列番号１２１－１２３に従うナンバリングを含む。全長重鎖領域内で、およびＥＵナンバリングに従い、これらアミノ酸置換は、Ｋ２１４Ｒ、Ｄ３５６Ｅ、およびＬ３５８Ｍと番号付けられる。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号１２１－１２３に番号付けられるようにアミノ酸Ｌ１１７、Ａ１１８、Ｇ１２０、Ａ２１３、およびＰ２１４（上記の下線部分）で、またはＥＵナンバリングに従いアミノ酸Ｌ２３４、Ａ２３５、Ｇ２３７、Ａ３３０、およびＰ３３１で、一つ以上の変異または置換をさらに含む。さらなる実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号１２のアミノ酸Ｌ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、Ｇ１２０Ａ、Ａ２１３Ｓ、およびＰ２１４Ｓで、またはＥＵナンバリングに従いアミノ酸Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓで、一つ以上の変異または置換を含む。抗ＴＲＥＭ－１抗体の定常領域は、配列番号１２のＬ１１７Ａ、Ａ１１８Ｅ、およびＧ１２０Ａで、またはＥＵナンバリングに従いＬ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、およびＧ２３７Ａで、一つ以上の変異または置換を含んでもよい。
一部の実施形態では、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨドメインは、例えば、以下のアミノ酸配列：
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＳＳＫＳＴＳＧＧＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＱＴＹＩＣＮＶＮＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＳＰＰＳＰＡＰＥＬＬＧＧＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２４、「ＩｇＧ１－Ａｂａ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、およびＰ２３８Ｓの置換を含む、下線部分）、または
ＡＳＴＫＧＰＳＶＦＰＬＡＰＣＳＲＳＴＳＥＳＴＡＡＬＧＣＬＶＫＤＹＦＰＥＰＶＴＶＳＷＮＳＧＡＬＴＳＧＶＨＴＦＰＡＶＬＱＳＳＧＬＹＳＬＳＳＶＶＴＶＰＳＳＳＬＧＴＫＴＹＴＣＮＶＤＨＫＰＳＮＴＫＶＤＫＲＶＥＰＫＳＣＤＫＴＨＴＳＰＰＳＰＡＰＥＬＬＧＧＳＳＶＦＬＦＰＰＫＰＫＤＴＬＭＩＳＲＴＰＥＶＴＣＶＶＶＤＶＳＨＥＤＰＥＶＫＦＮＷＹＶＤＧＶＥＶＨＮＡＫＴＫＰＲＥＥＱＹＮＳＴＹＲＶＶＳＶＬＴＶＬＨＱＤＷＬＮＧＫＥＹＫＣＫＶＳＮＫＡＬＰＡＰＩＥＫＴＩＳＫＡＫＧＱＰＲＥＰＱＶＹＴＬＰＰＳＲＤＥＬＴＫＮＱＶＳＬＴＣＬＶＫＧＦＹＰＳＤＩＡＶＥＷＥＳＮＧＱＰＥＮＮＹＫＴＴＰＰＶＬＤＳＤＧＳＦＦＬＹＳＫＬＴＶＤＫＳＲＷＱＱＧＮＶＦＳＣＳＶＭＨＥＡＬＨＮＨＹＴＱＫＳＬＳＬＳＰＧＫ（配列番号１２５、「ＩｇＧ４－Ａｂａ」、ＥＵナンバリングに従い、Ｓ１３１Ｃ、Ｋ１３３Ｒ、Ｇ１３７Ｅ、Ｇ１３８Ｓ、Ｑ１９６Ｋ、Ｉ１９９Ｔ、Ｎ２０３Ｄ、Ｋ２１４Ｒ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓの置換を含む、下線部分）、を含むＩｇＧ１定常ドメインに融合された、本明細書に記載される任意のＶＨドメインのアミノ酸配列を含む。
本明細書に記載されるＶＬドメインは、ヒトのカッパ軽鎖またはラムダ軽鎖の定常ドメインに融合され得る。例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＬドメインは、以下のヒトＩｇＧ１カッパ軽鎖アミノ酸配列：
ＲＴＶＡＡＰＳＶＦＩＦＰＰＳＤＥＱＬＫＳＧＴＡＳＶＶＣＬＬＮＮＦＹＰＲＥＡＫＶＱＷＫＶＤＮＡＬＱＳＧＮＳＱＥＳＶＴＥＱＤＳＫＤＳＴＹＳＬＳＳＴＬＴＬＳＫＡＤＹＥＫＨＫＶＹＡＣＥＶＴＨＱＧＬＳＳＰＶＴＫＳＦＮＲＧＥＣ（配列番号１２６）に融合された、本明細書に記載される任意のＶＬドメインのアミノ酸配列を含み得る。
特定の実施形態では、重鎖定常領域は、Ｃ末端でリシンまたは別のアミノ酸を含む。例えば、重鎖中に以下のような最後のアミノ酸を含む：ＬＳＰＧＫ（配列番号１２７）。特定の実施形態では、重鎖定常領域は、Ｃ末端で一つ以上のアミノ酸を欠き、および例えば、Ｃ末端配列のＬＳＰＧ（配列番号１２８）またはＬＳＰを有する。
概して、本明細書に記載される可変領域は、典型的には、例えばＦｃ受容体結合、炎症性サイトカインの放出、血清半減期、補体結合、および／または抗原依存性細胞傷害活性などの抗体の一つ以上の機能的特性を変化させる改変を一つ以上含むＦｃに結合され得る。さらに本明細書に記載の抗体は、化学的に改変されてもよく（例えば、一つ以上の化学的部分が抗体に結合されてもよい）、または改変されてそのグリコシル化を変化させ、抗体の一つ以上の機能的特性を変化されてもよい。これらの実施形態の各々は、以下に詳細に記述される。Ｆｃ領域中の残基のナンバリングは、ＫａｂａｔのＥＵインデックスのナンバリングである。
Ｆｃ領域は、免疫グロブリン（例えば、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ならびに例えばＩｇＡ、ＩｇＤ、ＩｇＥ、およびＩｇＭなどの他のクラス）の定常領域に由来し、当該定常領域の断片、アナログ、バリアント、変異体または誘導体を含む。免疫グロブリンの定常領域は、免疫グロブリンＣ末端領域に相同な天然ポリペプチドまたは合成されたポリペプチドとして定義され、ＣＨ１ドメイン、ヒンジ、ＣＨ２ドメイン、ＣＨ３ドメイン、またはＣＨ４ドメインを別々に、または組み合わせて含み得る。
Ｉｇ分子は、複数のクラスの細胞受容体と相互作用する。例えば、ＩｇＧ分子は、抗体のＩｇＧクラスに特異的な三つのクラスのＦｃγ受容体（ＦｃγＲ）、すなわち、ＦｃγＲＩ、ＦｃγＲＩＩ、およびＦｃγＲＩＩＩと相互作用する。ＩｇＧのＦｃγＲ受容体への結合に重要な配列は、ＣＨ２ドメインおよびＣＨ３ドメイン内に位置することが報告されている。抗体の血清半減期は、当該抗体がＦｃ受容体（ＦｃＲ）に結合する能力に影響を受ける。
一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体のＦｃ領域は、バリアントＦｃ領域であり、例えば、親Ｆｃ配列（例えば、その後に改変されて、バリアントを生成する非改変Ｆｃポリペプチド）と比較して（例えばアミノ酸の置換、欠失および／または挿入により）改変されており、それにより所望の構造的特性および／または生物学的活性を提供するＦｃ配列である。
例えば、（ａ）抗体依存性細胞介在性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）が増加した、または減少したＦｃバリアント、（ｂ）補体介在性細胞傷害活性（ＣＤＣ）が増加したまたは低下したＦｃバリアント、（ｃ）Ｃ１ｑに対するアフィニティが増加した、または低下したＦｃバリアント、および／または（ｄ）親Ｆｃと比較してＦｃ受容体に対するアフィニティが増加した、または低下したＦｃバリアントを生成するために、Ｆｃ領域中に改変を行うことができる。そうしたＦｃ領域バリアントは概して、Ｆｃ領域中に少なくとも一つのアミノ酸改変を含む。アミノ酸改変の組み合わせるは、特に望ましいと考えられる。例えば、バリアントＦｃ領域は、例えば本明細書に特定される、特定のＦｃ領域の位置など、領域中に２、３、４、５個などの置換を含み得る。
バリアントＦｃ領域は配列変化も含み得、この場合においてジスルフィド結合形成に関与するアミノ酸が除去されるか、または他のアミノ酸と置換される。そのような除去によって、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を産生するために使用される宿主細胞中に存在する他のシステイン含有タンパク質との反応が回避され得る。システイン残基が除去された場合でも、一本鎖Ｆｃドメインは依然として二量体Ｆｃドメインを形成することができ、当該二量体Ｆｃドメインは非共有結合で保持される。他の実施形態では、Ｆｃ領域は、選択された宿主細胞との適合性が高まるように改変され得る。例えば、典型的な天然Ｆｃ領域のＮ末端近傍のＰＡ配列を除去してもよい。ＰＡ配列は、例えばプロリンイミノペプチダーゼなどの大腸菌中の消化酵素によって認識され得る。他の実施形態では、Ｆｃドメイン内の一つ以上のグリコシル化部位を除去してもよい。典型的にはグリコシル化される残基（例えば、アスパラギン）は、細胞溶解性の反応をもたらすことができる。そのような残基は削除されてもよく、または非グリコシル化残基（例えば、アラニン）で置換されてもよい。他の実施形態では、例えばＣ１ｑ結合部位など、補体との相互作用に関与する部位をＦｃ領域から除去してもよい。例えば、ヒトＩｇＧ１のＥＫＫ配列を削除または置換してもよい。特定の実施形態では、Ｆｃ受容体への結合に影響を及ぼす部位、好ましくは、サルベージ受容体結合部位以外の部位を除去してもよい。他の実施形態では、Ｆｃ領域は、ＡＤＣＣ部位を取り除くように改変されてもよい。ＡＤＣＣ部位は当分野で公知であり、例えば、ＩｇＧ１中のＡＤＣＣ部位に関しては、Ｓａｒｍａｙ ｅｔ ａｌ．，Ｍｏｌｅｃ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．２９（５）： ６３３－９（１９９２）を参照のこと。バリアントＦｃドメインの具体的な例は、例えば、ＷＯ９７／３４６３１およびＷＯ９６／３２４７８に開示されている。
一つの実施形態では、Ｆｃのヒンジ領域は、当該ヒンジ領域中のシステイン残基の数が変わるように、例えば増加または減少するように改変される。当該方法は、Ｂｏｄｍｅｒらによる米国特許第５，６７７，４２５号に詳述されている。Ｆｃのヒンジ領域中のシステイン残基の数は、例えば、軽鎖と重鎖のアセンブリを促進するように、または抗体の安定性が増加または低下するように変更される。一つの実施形態では、抗体のＦｃヒンジ領域は、抗体の生物学的半減期を減少させるように変異される。より具体的には、Ｆｃ－ヒンジ断片のＣＨ２－ＣＨ３ドメインのインターフェース領域に一つ以上のアミノ酸変異が導入され、それにより抗体は、天然のＦｃ－ヒンジドメインＳｐＡ結合と比較して、ブドウ球菌タンパク質Ａ（ＳｐＡ）結合が減弱される。この方法は、Ｗａｒｄらによる米国特許第６，１６５，７４５号に詳述される。
さらに他の実施形態では、Ｆｃ領域は、少なくとも一つのアミノ酸残基を、異なるアミノ酸残基で置換して、抗体のエフェクター機能を変化させることによって変化する。例えば、アミノ酸残基２３４、２３５、２３６、２３７、２９７、３１８、３２０、３２２、３３０、および／または３３１から選択される一つ以上のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基と置換され、それにより、抗体は、エフェクターリガンドに対するアフィニティが変化し、しかし親抗体の抗原結合能力は保持され得る。アフィニティが変化するエフェクターリガンドは、例えば、Ｆｃ受容体または補体のＣ１成分であってもよい。この方法は、Ｗｉｎｔｅｒらによる米国特許第５，６２４，８２１号および第５，６４８，２６０号に詳述される。
別の例では、アミノ酸残基３２９、３３１、および３２２から選択される一つ以上のアミノ酸が、異なるアミノ酸残基と置換され、それにより、抗体は、Ｃ１ｑ結合を変化させ、および／または補体依存性細胞傷害活性（ＣＤＣ）が低減もしくは無効化され得る。この方法は、Ｉｄｕｓｏｇｉｅらの米国特許第６，１９４，５５１号に詳述される。
別の例では、アミノ酸２３１位および２３９位内の一つ以上のアミノ酸残基が変化し、それにより、補体を結合する抗体の能力が変化する。この方法は、Ｂｏｄｍｅｒらによる国際特許出願公開ＷＯ９４／２９３５１に詳述される。
さらに別の実施形態では、以下の位置で一つ以上のアミノ酸を改変することにより、Ｆｃ領域を改変して、抗体依存性細胞傷害活性（ＡＤＣＣ）を低減させ、および／またはＦｃγ受容体に対するアフィニティを低下させてもよい：２３４、２３５、２３６、２３８、２３９、２４０、２４１、２４３、２４４、２４５、２４７、２４８、２４９、２５２、２５４、２５５、２５６、２５８、２６２、２６３、２６４、２６５、２６７、２６８、２６９、２７０、２７２、２７６、２７８、２８０、２８３、２８５、２８６、２８９、２９０、２９２、２９３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９、３０１、３０３、３０５、３０７、３０９、３１２、３１３、３１５、３２０、３２２、３２４、３２５、３２６、３２７、３２９、３３０、３３１、３３２、３３３、３３４、３３５、３３７、３３８、３４０、３６０、３７３、３７６、３７８、３８２、３８８、３８９、３９８、４１４、４１６、４１９、４３０、４３３、４３４、４３５、４３６、４３７、４３８、または４３９。例示的な置換としては、２３６Ａ、２３９Ｄ、２３９Ｅ、２６８Ｄ、２６７Ｅ、２６８Ｅ、２６８Ｆ、３２４Ｔ、３３２Ｄ、および３３２Ｅが挙げられる。例示的なバリアントとしては、２３９Ｄ／３３２Ｅ、２３６Ａ／３３２Ｅ、２３６Ａ／２３９Ｄ／３３２Ｅ、２６８Ｆ／３２４Ｔ、２６７Ｅ／２６８Ｆ、２６７Ｅ／３２４Ｔ、および２６７Ｅ／２６８Ｆ／３２４Ｔが挙げられる。ＦｃγＲと補体の相互作用を強化する他の改変としては限定されないが、２９８Ａ、３３３Ａ、３３４Ａ、３２６Ａ、２４７１、３３９Ｄ、３３９Ｑ、２８０Ｈ、２９０Ｓ、２９８Ｄ、２９８Ｖ、２４３Ｌ、２９２Ｐ、３００Ｌ、３９６Ｌ、３０５１、および３９６Ｌが挙げられる。これらの改変および他の改変は、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０：６８５－６９１に概要が記載される。
Ｆｃに為され得る他のＦｃ改変は、ＦｃγＲおよび／または補体タンパク質への結合を低減または除去するための改変であり、それにより、例えばＡＤＣＣ、ＡＤＣＰ、およびＣＤＣなどのＦｃ介在性のエフェクター機能が低減または除去される。例示的な改変としては限定されないが、２３４、２３５、２３６、２３７、２６７、２６９、３２５、３２８、３３０、および／または３３１（例えば、３３０および３３１）の位置での置換、挿入および欠失が挙げられる。ナンバリングはＥＵインデックスに従う。例示的な置換としては限定されないが、２３４Ａ、２３５Ｅ、２３６Ｒ、２３７Ａ、２６７Ｒ、２６９Ｒ、３２５Ｌ、３２８Ｒ、３３０Ｓ、および３３１Ｓ（例えば、３３０Ｓおよび３３１Ｓ）が挙げられる。ナンバリングはＥＵインデックスに従う。Ｆｃバリアントは、２３６Ｒ／３２８Ｒを含み得る。ＦｃγＲと補体の相互作用を低減するための他の改変としては、２９７Ａ、２３４Ａ、２３５Ａ、２３７Ａ、３１８Ａ、２２８Ｐ、２３６Ｅ、２６８Ｑ、３０９Ｌ、３３０Ｓ、３３１Ｓ、２２０Ｓ、２２６Ｓ、２２９Ｓ、２３８Ｓ、２３３Ｐ、および２３４Ｖの置換、ならびに変異的手段もしくは酵素的手段、またはタンパク質をグリコシル化しない細菌などの生物体において産生することによる、２９７位でのグリコシル化の除去が挙げられる。これらの改変および他の改変は、Ｓｔｒｏｈｌ，２００９，Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｏｐｉｎｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ２０：６８５－６９１に概要が記載される。
任意で、Ｆｃ領域は、当分野に公知の追加の位置および／または代替的な位置で、非天然アミノ酸残基を含んでもよい（例えば、米国特許第５，６２４，８２１号、第６，２７７，３７５号、第６，７３７，０５６号、第６，１９４，５５１号、第７，３１７，０９１号、第８，１０１，７２０号、国際特許出願公開ＷＯ００／４２０７２、ＷＯ０１／５８９５７、ＷＯ０２／０６９１９、ＷＯ０４／０１６７５０、ＷＯ０４／０２９２０７、ＷＯ０４／０３５７５２、ＷＯ０４／０７４４５５、ＷＯ０４／０９９２４９、ＷＯ０４／０６３３５１、ＷＯ０５／０７０９６３、ＷＯ０５／０４０２１７、ＷＯ０５／０９２９２５、およびＷＯ０６／０２０１ １４を参照のこと）。
自身のリガンドに対するＦｃ領域のアフィニティおよび結合の特性は、当分野に公知の様々なインビトロアッセイ法（生化学系または免疫学系のアッセイ）により決定することができ、限定されないが、平衡法（例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）または放射免疫アッセイ（ＲＩＡ））、または動態（例えば、ＢＩＡＣＯＲＥ解析）、および例えば間接結合アッセイ、競合阻害アッセイ、蛍光共鳴エネルギー移動（ＦＲＥＴ）、ゲル電気泳動およびクロマトグラフィー（例えばゲルろ過）等の他の方法が挙げられる。これらの方法および他の方法は、試験される構成要素のうちの一つ以上に標識を利用することができ、および／または限定されないが、発色性、蛍光性、発光性、または同位体性の標識を含む様々な検出方法を採用することができる。結合アフィニティおよび動態に関する詳細な記述は、Ｐａｕｌ，Ｗ．Ｅ．，ｅｄ．，Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，４ｔｈ Ｅｄ．，Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ－Ｒａｖｅｎ，Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（１９９９）に見出すことができ、当該文献は、抗体－免疫原の相互作用に焦点を当てている。
一部の実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、（ａ）ＩｇＧ１アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基で、Ｆｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ｄ２７０Ａ、Ｄ２６５Ａ、Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｃ２２６Ｓ、Ｃ２２９Ｓ、Ｐ２３８Ｓ、Ｅ２３３Ｐ、Ｌ２３４Ｖ、Ｐ２３８Ａ、Ａ３２７Ｑ、Ａ３２７Ｇ、Ｐ３２９Ａ、Ｋ３２２Ａ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、Ｐ３３１Ｓ、Ｔ３９４Ｄ、Ａ３３０Ｌ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｌ３２８Ｅ、Ｐ２３８Ｄ、Ｓ２６７Ｅ、Ｌ３２８Ｆ、Ｅ２３３Ｄ、Ｇ２３７Ｄ、Ｈ２６８Ｄ、Ｐ２７１Ｇ、Ａ３３０Ｒおよびそれらの任意の組み合わせであり、この場合において当該残基のナンバリングはＥＵナンバリングまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、もしくはグリシン２３６に相当する位置でＦｃ領域中にアミノ酸の欠失を含む、（ｂ）ＩｇＧ２アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基で、Ｆｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｐ２３８Ｓ 、Ｖ２３４Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｈ２６８Ａ、Ｈ２６８Ｑ、Ｈ２６８Ｅ、Ｖ３０９Ｌ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、Ａ３３０Ｓ、Ｐ３３１Ｓ、Ｃ２３２Ｓ、Ｃ２３３Ｓ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、およびそれらの任意の組み合わせであり、この場合において当該残基のナンバリングは、ＥＵナンバリングまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、または（ｃ）ＩｇＧ４アイソタイプであり、以下からなる群から選択されるアミノ酸残基でＦｃ領域中に一つ以上のアミノ酸置換を含む：Ｅ２３３Ｐ、Ｆ２３４Ｖ、Ｌ２３４Ａ／Ｆ２３４Ａ、Ｌ２３５Ａ、Ｇ２３７Ａ、Ｅ３１８Ａ、Ｓ２２８Ｐ、Ｌ２３６Ｅ、Ｓ２４１Ｐ、Ｌ２４８Ｅ、Ｔ３９４Ｄ、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、Ｎ２９７Ａ、Ｎ２９７Ｑ、およびそれらの任意の組み合わせであり、この場合において当該残基のナンバリングは、ＥＵナンバリングまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う。一部の実施形態では、（ａ）Ｆｃ領域は、Ａ３３０Ｌ、Ｌ２３４Ｆ、Ｌ２３５Ｅ、Ｐ３３１Ｓおよびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択されるアミノ酸残基で一つ以上の追加のアミノ酸置換をさらに含み、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、（ｂ）Ｆｃ領域は、Ｍ２５２Ｙ、Ｓ２５４Ｔ、Ｔ２５６Ｅ、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される位置で一つ以上の追加のアミノ酸置換をさらに含み、残基のナンバリングは、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、または（ｃ）Ｆｃ領域は、ＥＵまたはＫａｂａｔのナンバリングに従う、Ｓ２２８Ｐのアミノ酸置換をさらに含む。ＷＯ２０１７／１５２１０２を参照のこと。
特定の実施形態では、補体結合が低下したＦｃが選択される。補体結合が低下した例えばＩｇＧ１ Ｆｃなどの例示的なＦｃは、以下の二つのアミノ酸置換を有する：Ａ３３０ＳおよびＰ３３１Ｓ。
特定の実施形態では、エフェクター機能が本質的にないＦｃが選択される。すなわち、ＦｃγＲへの結合が低下し、補体結合が低下している。エフェクターの無い例えばＩｇＧ１ Ｆｃなどの例示的なＦｃは、以下の五つの変異を含む：Ｌ２３４Ａ、Ｌ２３５Ｅ、Ｇ２３７Ａ、Ａ３３０Ｓ、およびＰ３３１Ｓ。
ＩＩ．核酸、ベクター、および細胞
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体をコードする核酸分子に関する。核酸は、全細胞、細胞溶解物中に存在してもよく、または部分精製された、もしくは実質的に純粋な形態で存在してもよい。他の細胞構成要素または他の混入物、例えば他の細胞核酸（例えば他の染色体ＤＮＡ、例えば、自然界で当該単離ＤＮＡに結合している染色体ＤＮＡ）またはタンパク質から、アルカリ／ＳＤＳ処置、ＣｓＣｌバンディング、カラムクロマトグラフィー、制限酵素、アガロースゲル電気泳動および当分野に公知の他の方法を含む標準的な技術により精製された場合、核酸は「単離された」または「実質的に純粋となる」。Ｆ．Ａｕｓｕｂｅｌ，ｅｔ ａｌ．，ｅｄ．（１９８７）Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｇｒｅｅｎｅ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ ａｎｄ Ｗｉｌｅｙ Ｉｎｔｅｒｓｃｉｅｎｃｅ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋを参照のこと。本明細書に記載される核酸は、例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡであってもよく、イントロン配列を含有してもしなくてもよい。一部の実施形態では、核酸は、ｃＤＮＡ分子である。
本明細書に記載される核酸は、標準的な分子生物学的技術を使用して取得することができる。ハイブリドーマ（例えば、以下に詳述されるようにヒト免疫グロブリン遺伝子を担持するトランスジェニックマウスから調製されたハイブリドーマ）により発現される抗体については、ハイブリドーマから作製された抗体の軽鎖と重鎖をコードするｃＤＮＡは、標準的なＰＣＲ増幅技術またはｃＤＮＡクローニング技術により取得することができる。（例えば、ファージディスプレイ法を使用して）免疫グロブリン遺伝子ライブラリから取得された抗体については、抗体をコードする核酸は、ライブラリから収集することができる。
一部の実施形態では、本明細書に記載される核酸は、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体のＶＨ配列およびＶＬ配列をコードする核酸である。ＶＨ配列をコードする例示的なＤＮＡ配列を、配列番号１４４～１６８として記載する。ＶＬ配列をコードする例示的なＤＮＡ配列を、配列番号１６９～１９２、１９５、および１９６として記載する。配列は、表３および４にも提供される。
本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体の作製方法は、シグナルペプチドとともに重鎖および軽鎖をコードするヌクレオチド配列、例えばそれぞれ、配列番号２６９および３０５、配列番号２７０および３０６、配列番号２７１および３０７、配列番号２７２および３０８、配列番号２７３および３０９、配列番号２７４および３１０、配列番号２７５および３１１、配列番号２７６および３１２、配列番号２７７および３１３、配列番号２７８および３１４、配列番号２７９および３１５、配列番号２８１および３１７、配列番号２８２および３１８、配列番号２８３および３１９、配列番号２８４および３２０、配列番号２８５および３２１、配列番号２８６および３２２、配列番号２８７および３２３、配列番号２８８および３２４、配列番号２８９および３２５、配列番号２９０および３２６、配列番号２９１および３２７、配列番号２９２および３２８、配列番号２９３および３２９、配列番号２９４および３３０、配列番号２９５および３３１、配列番号２９６および３３２、配列番号２９７および３３３、配列番号２９８および３３４、配列番号２９９および３３５、配列番号３００および３３６、配列番号３０１および３３７、配列番号３０２および３３８、配列番号３０３および３３９、配列番号３０４および３４０などを含む細胞株において、重鎖と軽鎖を発現させることを含んでもよい。これらのヌクレオチド配列を含む宿主細胞は、本明細書に包含される。
ＶＨセグメントおよびＶＬセグメントをコードするＤＮＡ断片が取得されたら、これらのＤＮＡ断片を標準的な組み換えＤＮＡ技術によりさらに操作して、例えば可変領域の遺伝子を、全長の抗体鎖遺伝子、Ｆａｂ断片の遺伝子、またはｓｃＦｖ遺伝子へと変化してもよい。これらの操作において、ＶＬまたはＶＨをコードするＤＮＡ断片は、例えば抗体定常領域または柔軟性のあるリンカーなどの別のタンパク質をコードする別のＤＮＡ断片に動作可能に連結される。この背景下で使用される場合、「動作可能に連結される」という用語は、二つのＤＮＡ断片によってコードされるアミノ酸配列がインフレームの状態を維持するように二つのＤＮＡ断片が結合されることを意味することが意図される。
ＶＨ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＨコードＤＮＡを、重鎖定常領域（ヒンジ、ＣＨ１、ＣＨ２および／またはＣＨ３）をコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結することによって、全長重鎖遺伝子に変換してもよい。ヒト重鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２を参照のこと）、これら領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により取得することができる。重鎖定常領域は、ＩｇＧ１、ＩｇＧ２、ＩｇＧ３、ＩｇＧ４、ＩｇＡ、ＩｇＥ、ＩｇＭまたはＩｇＤの定常領域であってもよく、例えば、ＩｇＧ２および／またはＩｇＧ４定常領域であってもよい。Ｆａｂ断片の重鎖遺伝子については、ＶＨをコードするＤＮＡは、重鎖ＣＨ１定常領域のみをコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結されてもよい。
ＶＬ領域をコードする単離ＤＮＡは、ＶＬをコードするＤＮＡを、軽鎖定常領域のＣＬをコードする別のＤＮＡ分子に動作可能に連結することによって、全長軽鎖遺伝子（ならびにＦａｂ軽鎖遺伝子）に変換してもよい。ヒト軽鎖定常領域遺伝子の配列は、当分野で公知であり（例えば、Ｋａｂａｔ，Ｅ．Ａ．，ｅｔ ａｌ．（１９９１）Ｓｅｑｕｅｎｃｅｓ ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ ｏｆ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｉｎｔｅｒｅｓｔ，Ｆｉｆｔｈ Ｅｄｉｔｉｏｎ，Ｕ．Ｓ．Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｈｅａｌｔｈ ａｎｄ Ｈｕｍａｎ Ｓｅｒｖｉｃｅｓ，ＮＩＨ Ｐｕｂｌｉｃａｔｉｏｎ Ｎｏ．９１－３２４２を参照のこと）、これら領域を包含するＤＮＡ断片は、標準的なＰＣＲ増幅により取得することができる。軽鎖定常領域は、カッパまたはラムダ定常領域であってもよい。
本明細書に記載される別の態様は、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体ならびに関連するポリヌクレオチドおよび発現ベクターを（組み換えにより）発現する細胞（例えば宿主細胞）に関連する。本明細書において、抗ＴＲＥＭ－１抗体またはその断片をコードするヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドを含むベクターも提供される。一部の実施形態では、ベクターは、例えば哺乳動物細胞などの宿主細胞において、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を組み換え発現することに使用され得る。本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体を発現するために使用され得る細胞の非限定的な例としては、ヒト胚性腎臓（ＨＥＫ）細胞株（例えばＨＥＫ２９３）、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）細胞株、ベビーハムスター腎臓（ＢＨＫ）細胞株、ＣＯＳ細胞株、メイディン・ダービーイヌ腎臓（ＭＤＣＫ）細胞株、およびＨｅＬａ細胞株が挙げられる。一部の実施形態では、ベクターは、遺伝子療法に使用され得る。
本開示の好適なベクターとしては、発現ベクター、ウイルスベクター、およびプラスミドベクターが挙げられる。一部の実施形態では、ベクターは、ウイルスベクターである。
本明細書で使用される場合、発現ベクターとは、挿入されたコード配列の転写および翻訳に必要な因子を含有する任意の核酸構築物を指し、またはＲＮＡウイルスベクターの場合には、適切な宿主細胞に導入されたときに、複製および翻訳に必要な因子を含有する任意の核酸構築物を指す。発現ベクターには、プラスミド、ファージミド、ウイルス、およびそれらの誘導体が含まれ得る。
本開示の発現ベクターは、本明細書に記載される抗体またはその抗原結合部分をコードするポリヌクレオチドを含み得る。一部の実施形態では、抗体またはその抗原結合部分のコード配列は、発現制御配列に動作可能に連結される。本明細書で使用される場合、二つの核酸配列は、各構成要素の核酸配列がその機能性の保持が可能となるような方法で共有結合されている場合、動作可能に連結される。コード配列および遺伝子発現制御配列は、コード配列の発現もしくは転写および／または翻訳が、遺伝子発現制御配列の影響下または制御下に置かれるような方法で、それらが共有結合された時に、動作可能に連結されると言われる。５’遺伝子発現配列中のプロモーターの誘導がコード配列の転写をもたらす場合、および二つのＤＮＡ配列間の連結の性質が、（１）フレームシフト変異の導入をもたらさない場合、（２）コード配列の転写を誘導するプロモーター領域の能力を妨害しない場合、または（３）対応するＲＮＡ転写物がタンパク質へと翻訳される能力を妨害しない場合、当該二つのＤＮＡ配列は、動作可能に連結されると言われる。したがって、遺伝子発現配列が、当該コード核酸配列の転写を行うことができ、それにより得られた転写物が、所望の抗体またはその抗原結合部分へと翻訳される場合に、当該遺伝子発現配列は、コード核酸配列に動作可能に連結される。
ウイルスベクターとしては限定されないが、以下のウイルスに由来する核酸配列が挙げられる：モロニーマウス白血病ウイルス、ハーベイマウス肉腫ウイルス、マウス乳腺腫瘍ウイルス、およびラウス肉腫ウイルスなどのレトロウイルス；レンチウイルス；アデノウイルス；アデノ随伴ウイルス；ＳＶ４０型ウイルス；ポリオーマウイルス；エプスタインバールウイルス；パピローマウイルス；ヘルペスウイルス；ワクシニアウイルス；ポリオウイルス；および例えばレトロウイルスなどのＲＮＡウイルス。当分野で周知の他のベクターも簡易に採用することができる。特定のウイルスベクターは、非必須遺伝子が対象となる遺伝子で置換されている、非細胞傷害性の真核ウイルスに基づいている。非細胞傷害性ウイルスとしては、そのライフサイクルにゲノムウイルスＲＮＡのＤＮＡへの逆転写と、それに引き続く宿主細胞ＤＮＡへのプロウイルスの統合が含まれる、レトロウイルスが挙げられる。レトロウイルスは、ヒトの遺伝子治療試験に承認されている。最も有用なのは、複製欠損のレトロウイルスである（すなわち、所望のタンパク質の合成を誘導することはできるが、感染性粒子を作製することはできない）。そのような遺伝子改変レトロウイルス発現ベクターは、インビボでの高効率な遺伝子導入に対し、一般的な有用性を有している。複製欠損レトロウイルスを産生するための標準プロトコル（プラスミドへの外因性遺伝物質の組み込みの工程、プラスミドを含むパッケージング細胞株のトランスフェクションの工程、パッケージング細胞株による組換えレトロウイルスの産生の工程、組織培養培地からのウイルス粒子の回収の工程、およびウイルス粒子による標的細胞の感染の工程、を含む）は、Ｋｒｉｅｇｌｅｒ，Ｍ．，Ｇｅｎｅ Ｔｒａｎｓｆｅｒ ａｎｄ Ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ Ｃｏ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９０）、およびＭｕｒｒｙ，Ｅ．Ｊ．，Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，Ｖｏｌ．７，Ｈｕｍａｎａ Ｐｒｅｓｓ，Ｉｎｃ．，Ｃｌｉｆｆｔｏｎ，Ｎ．Ｊ．（１９９１）に提示されている。
一部の実施形態では、ウイルスは、アデノ随伴ウイルス、二本鎖ＤＮＡウイルスである。アデノ随伴ウイルスは、複製欠損となるように操作されてもよく、広範な細胞型および細胞種に感染する能力を有する。例えば熱安定性や脂質溶媒安定性、造血細胞を含む多様な系統の細胞における高い形質導入頻度、および重複阻害の欠落などの利点をさらに有し、それにより多重形質導入が可能となる。アデノ随伴ウイルスは、部位特異的な様式でヒト細胞ＤＮＡに統合することができ、それにより、挿入変異誘導の可能性が最小化され、およびレトロウイルス感染に特徴的な挿入遺伝子発現の変動性を最小化され得ることが報告されている。さらに、野生型アデノ随伴ウイルス感染は、選択圧力の非存在下で、１００回を超える継代の組織培養において追跡されており、アデノ随伴ウイルスのゲノム統合が比較的安定した事象であることが示唆される。アデノ随伴ウイルスは、染色体外の様式でも機能し得る。
ＩＩＩ．免疫結合体
本開示はまた、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体のいずれかを含む免疫結合体も提供する。一部の実施形態では、免疫結合体は、剤に結合された抗体またはその抗原結合部分を含む。一部の実施形態では、免疫結合体は、（例えば、治療剤または診断剤としての）剤に結合された本明細書に開示される二特異性分子を含む。
診断目的については、適切な剤は、検出可能な標識であり、全身撮像に対しては放射性同位体、サンプル検査に対しては放射性同位体、酵素、蛍光標識、および他の適切な抗体タグが挙げられる。本明細書に記載される任意の抗ＴＲＥＭ－１抗体に結合され得る検出可能な標識は、インビトロ診断の分野で現在使用されている様々なタイプのいずれであってもよく、例えば金コロイドなどの金属ゾルを含む粒子標識、例えば、Ｎ2Ｓ2、Ｎ3ＳまたはＮ4型のペプチドキレート剤とともに提示されるＩ125またはＴｃ99などの同位体、蛍光マーカー、発光マーカー、リン光マーカーなどを含む発色団、ならびに所与の基質を検出可能なマーカーへと転換する酵素標識、および例えばポリメラーゼ連鎖反応などの増幅後に明らかとなるポリヌクレオチドタグが挙げられる。適切な酵素標識としては、西洋ワサビペルオキシダーゼ、アルカリホスファターゼなどが挙げられる。例えば、標識は、酵素のアルカリホスファターゼであってもよく、例えばアダマンチルメトキシホスホリルオキシフェニルジオキセタン（ＡＭＰＰＤ：ａｄａｍａｎｔｙｌ ｍｅｔｈｏｘｙ ｐｈｏｓｐｈｏｒｙｌｏｘｙ ｐｈｅｎｙｌ ｄｉｏｘｅｔａｎｅ）、３－（４－（メトキシスピロ｛ｌ，２－ジオキセタン－３，２’－（５’－クロロ）トリシクロ｛３．３．１．１ ３，７｝デカン｝－４－イル）フェニルリン酸二ナトリウム（ＣＳＰＤ：ｄｉｓｏｄｉｕｍ ３－（４－（ｍｅｔｈｏｘｙｓｐｉｒｏ｛ｌ，２－ｄｉｏｘｅｔａｎｅ－３，２’－（５’－ｃｈｌｏｒｏ）ｔｒｉｃｙｃｌｏ｛３．３．１．１ ３，７｝ｄｅｃａｎ｝－４－ｙｌ） ｐｈｅｎｙｌ ｐｈｏｓｐｈａｔｅ）などの１，２ジオキセタン基質、ならびにＣＤＰおよびＣＤＰ－ＳＴＡＲ（登録商標）または当分野に公知の他の発光基質、例えばＴｅｒｂｉｕｍ（ＩＩＩ）およびＥｕｒｏｐｉｕｍ（ＩＩＩ）などの適切なランタニドのキレート剤の転換後の化学発光の存在または形成を測定することにより検出される。検出手段は、選択された標識により決定される。標識またはその反応生成物の出現は、標識が粒子状であり、適切なレベルで蓄積する場合には肉眼で捉えることができ、または例えば分光光度計、ルミノメーター、蛍光光度計などの機器を使用して捉えることができる。それらすべて、標準的な慣行に従う。
一部の実施形態では、結合法によって、実質的に（またはほぼ）非免疫原性である結合が生じる。例えばペプチド－結合（すなわちアミド－結合）、スルフィド－結合、（立体障害）、ジスルフィド－結合、ヒドラゾン－結合、およびエーテル結合が生じる。これらの結合は、ほぼ非免疫原性であり、血清中で合理的な安定性を示す（例えば、Ｓｅｎｔｅｒ，Ｐ．Ｄ．，Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１３（２００９）２３５－２４４；ＷＯ ２００９／０５９２７８；ＷＯ９５／１７８８６を参照のこと）。
部分および抗体の生化学的性質に応じて、様々な結合戦略を採用することができる。部分が５０～５００アミノ酸の天然または組み換え物質である場合、タンパク質結合体の合成に関する化学技術に関して記述する教科書において、標準的な手順が存在しており、当業者は容易に従うことができる（例えば、Ｈａｃｋｅｎｂｅｒｇｅｒ，Ｃ．Ｐ．Ｒ．，ａｎｄ Ｓｃｈｗａｒｚｅｒ，Ｄ．，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．４７（２００８） １００３０－１００７４を参照のこと）。一部の実施形態では、マレイミド部分と、抗体または部分内のシステイン残基との反応が使用される。例えば、抗体のＦａｂまたはＦａｂ’断片の場合には、これが特に適したカップリング化学法であり、使用される。あるいは一部の実施形態では、抗体または部分のＣ末端へのカップリングが実施される。例えばＦａｂ断片などのタンパク質のＣ末端の改変は、（Ｓｕｎｂｕｌ，Ｍ．ａｎｄ Ｙｉｎ，Ｊ．，Ｏｒｇ．Ｂｉｏｍｏｌ．Ｃｈｅｍ．７（２００９）３３６１－３３７１）に記載されるように実施することができる。
概して、部位特異的反応および共有結合カップリングは、天然アミノ酸を、存在する他の官能基の反応性に対してオルソゴナルな反応性を有するアミノ酸へと転換することに基づく。例えば稀な配列内の特定のシステインを、アルデヒド中で酵素的に転換させることができる（Ｆｒｅｓｅ，Ｍ．Ａ．，ａｎｄ Ｄｉｅｒｋｓ，Ｔ．，ＣｈｅｍＢｉｏＣｈｅｍ．１０（２００９） ４２５－４２７を参照のこと）。また、所与の配列内の天然アミノ酸と、特定の酵素との特異的酵素反応を利用することにより、所望のアミノ酸改変を行うことも可能である（例えば、Ｔａｋｉ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．，Ｐｒｏｔ．Ｅｎｇ．Ｄｅｓ．Ｓｅｌ．１７（２００４） １１９－１２６；Ｇａｕｔｉｅｒ，Ａ．ｅｔ ａｌ．Ｃｈｅｍ．Ｂｉｏｌ．１５（２００８） １２８－１３６を参照のこと。およびＢｏｒｄｕｓａ，Ｆ．，Ｈｉｇｈｌｉｇｈｔｓ ｉｎ Ｂｉｏｏｒｇａｎｉｃ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ（２００４） ３８９－４０３による、Ｃ－Ｎ結合のプロテアーゼ触媒形成が使用される）。部位特異的な反応および共有結合カップリングも、、末端アミノ酸を適切な改変試薬と選択的に反応させることにより、実現され得る。
Ｎ末端システインとベンゾニトリルの反応性（Ｒｅｎ，Ｈ．ｅｔ ａｌ．，Ａｎｇｅｗ．Ｃｈｅｍ．Ｉｎｔ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．４８（２００９）９６５８－９６６２）を使用して、部位特異的共有結合カップリングを実現することもできる。
ネイティブケミカルライゲーションも、Ｃ末端システイン残基に依存し得る（Ｔａｙｌｏｒ，Ｅ．Ｖｏｇｅｌ；Ｉｍｐｅｒｉａｌｉ，Ｂ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（２００９），２２（Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｅｎｇｉｎｅｅｒｉｎｇ），６５－９６）。
ＵＳ６４３７０９５ Ｂ１は、負電荷アミノ酸内のシステインと、正電荷アミノ酸中に位置するシステインとのより急速な反応に基づく結合法を記述している。
部分は、合成ペプチドまたはペプチド模倣体であってもよい。ポリペプチドが化学的に合成される場合、オルソゴナルな化学反応性を有するアミノ酸を、かかる合成中に組み込んでもよい（例えば、ｄｅ Ｇｒａａｆ，Ａ．Ｊ．ｅｔ ａｌ．，Ｂｉｏｃｏｎｊｕｇ．Ｃｈｅｍ．２０（２００９）１２８１－１２９５を参照のこと）。多種多様なオルソゴナル性の官能基が懸案となっており、合成ペプチドに導入することもできるため、そのようなペプチドをリンカーに結合することは、標準的な化学法となっている。
単標識ポリペプチドを取得するために、１：１の化学量論を用いた結合体は、クロマトグラフィーにより他の結合体副産物から分離することができる。この手順は、色素標識された結合ペア要素、および荷電リンカーを使用することによって容易に行うことができる。この種の、標識され、非常に負電荷の強い結合ペア要素を使用することにより、荷電の差異、および分子量の差異を選択に使用することができるため、単結合されたポリペプチドを、非標識ポリペプチドおよび複数のリンカーを担持するポリペプチドから容易に分離することができる。蛍光色素は、標識された一価結合物質などの非結合の構成要素からの複合体の精製に有用であり得る。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体に付加される部分は、結合部分、標識部分、および生物活性部分からなる群から選択される。
本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、治療剤に結合され、例えば抗体－薬剤結合体（ＡＤＣ：ａｎｔｉｂｏｄｙ－ｄｒｕｇ ｃｏｎｊｕｇａｔｅ）などの免疫結合体を形成することもできる。好適な治療剤としては、代謝拮抗剤、アルキル化剤、ＤＮＡ副溝結合物質、ＤＮＡインターカレーター、ＤＮＡ架橋剤、ヒストンデアセチラーゼ阻害剤、核輸送阻害剤、プロテアソーム阻害剤、トポイソメラーゼＩまたはＩＩの阻害剤、ヒートショックタンパク質阻害剤、チロシンキナーゼ阻害剤、抗生物質、および抗有糸***剤が挙げられる。ＡＤＣでは、抗体および治療剤は、例えばペプチジル、ジスルフィド、またはヒドラゾンリンカーなどの切断可能なリンカーを介して結合されることが好ましい。一部の実施形態では、リンカーは、例えばＶａｌ－Ｃｉｔ、Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ａｌａ－Ｖａｌ、Ｌｙｓ－Ｌｙｓ、Ｐｒｏ－Ｖａｌ－Ｇｌｙ－Ｖａｌ－Ｖａｌ（配列番号１２９）、Ａｌａ－Ａｓｎ－Ｖａｌ、Ｖａｌ－Ｌｅｕ－Ｌｙｓ、Ａｌａ－Ａｌａ－Ａｓｎ、Ｃｉｔ－Ｃｉｔ、Ｖａｌ－Ｌｙｓ、Ｌｙｓ、Ｃｉｔ、Ｓｅｒ、またはＧｌｕなどのペプチジルリンカーである。ＡＤＣは、米国特許第７，０８７，６００号、第６，９８９，４５２号、および第７，１２９，２６１号、ＰＣＴ国際特許出願公開ＷＯ０２／０９６９１０、ＷＯ０７／０３８６５８、ＷＯ０７／０５１０８１、ＷＯ０７／０５９４０４、ＷＯ０８／０８３３１２、およびＷＯ０８／１０３６９３、米国特許出願公開２００６００２４３１７、２００６０００４０８１、および２００６０２４７２９５に記載されるように調製することができる。
例えば本明細書に記載される抗体などの抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ＴＲＥＭ－１、例えば組織または組織サンプル中のヒトＴＲＥＭ－１などのヒトＴＲＥＭ－１の検出にも使用することができる。抗体は例えば、ＥＬＩＳＡアッセイにおいて、またはフローサイトメトリーにおいて使用することができる。一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、例えば組織中の細胞などの細胞と、特異的結合が発生するのに適した時間、接触し、次いで例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体を検出する抗体などの試薬が添加される。例示的なアッセイを、実施例に提示する。抗ＴＲＥＭ－１抗体は、完全ヒト抗体であってもよく、または例えばヒト可変領域とマウス定常領域またはその一部を有する抗体などのキメラ抗体であってもよい。サンプル（細胞または組織のサンプル）中のヒトＴＲＥＭ－１などのＴＲＥＭ－１を検出するための例示的な方法は、（ｉ）サンプル中のＴＲＥＭ－１に抗ＴＲＥＭ－１抗体が特異的結合させるために充分な時間、サンプルと抗ＴＲＥＭ－１抗体を接触させること、および（２）例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体、例えば抗ＴＲＥＭ－１抗体のＦｃ領域などに特異的に結合する抗体などの検出試薬とサンプルを接触させ、それにより抗ＴＲＥＭ－１抗体に結合されたＴＲＥＭ－１を検出すること、を含む。洗浄工程は、抗体および／または検出試薬とのインキュベーションの後に含まれてもよい。これらの方法で使用するための抗ＴＲＥＭ－１抗体は、標識または検出剤に結合される必要はなく、別個の検出剤を使用することができる。
例えば単剤療法または併用療法としてなど、抗ＴＲＥＭ－１抗体の他の用途は、本明細書の別段、例えば併用療法に関するセクションにおいて提示される。
ＩＶ．二特異性分子
本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、二特異性分子を形成するために使用することができる。抗ＴＲＥＭ－１抗体またはその抗原結合部分は、別の機能性分子、例えば別のペプチドまたはタンパク質（例えば、別の抗体または受容体に対するリガンド）に誘導体化または結合され、少なくとも二つの異なる結合部位または標的分子に結合する二特異性分子を生成してもよい。例えば、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、本明細書に記載されるタンパク質（例えば、ＩＰ－１０またはＴＮＦ－αに対する抗体など）など、併用治療の潜在的標的として使用され得る任意のタンパク質に特異的に結合する抗体またはｓｃＦｖに結合されてもよい。本明細書に記載される抗体は、実際には複数の他の機能性分子に誘導体化または結合されて、三つ以上の異なる結合部位および／または標的分子に結合する多特異性分子を生成してもよい。そのような多特異性分子も、本明細書において使用される「二特異性分子」という用語に包含されることが意図される。本明細書に記載される二特異性分子を生成するために、本明細書に記載される抗体は、二特異性分子が結果として得られるよう、例えば別の抗体、抗体断片、ペプチドまたは結合模倣体などの他の結合分子の一つ以上に機能的に結合されてもよい（例えば、化学的カップリング、遺伝子融合、非共有結合、または別手段により）。
したがって本明細書において、ＴＲＥＭ－１に対する少なくとも一つの第一の結合特異性と、第二の標的エピトープに対する第二の結合特異性を含む二特異性分子が提供される。本明細書に記載される一部の実施形態では二特異性分子は多特異性であり、当該分子は第三の結合特異性をさらに含み得る。
一部の実施形態では、本明細書に記載される二特異性分子は、例えばＦａｂ、Ｆａｂ’、Ｆ（ａｂ’）２、Ｆｖまたは一本鎖Ｆｖ（ｓｃＦｖ）を含む、少なくとも一つの抗体またはその抗体断片で結合特異性を含む。抗体は軽鎖もしくは重鎖の二量体、または例えばＦｖ、もしくはＬａｄｎｅｒらの米国特許第４，９４６，７７８号に記載される一本鎖構築物などの任意の最小断片であってもよい。
ヒトモノクローナル抗体が好ましいが、本明細書に記載される二特異性分子に採用され得る他の抗体は、マウスモノクローナル抗体、キメラモノクローナル抗体およびヒト化モノクローナル抗体である。
本明細書に記載される二特異性分子は、当分野で公知の方法を使用して、構成結合特異性を結合させることにより調製され得る。例えば、二特異性分子の各結合特異性は、別々に生成され、その後に互いに結合されてもよい。結合特異性がタンパク質またはペプチドである場合、様々なカップリング剤または架橋剤を、共有結合に使用してもよい。架橋剤の例としては、プロテインＡ、カルボジイミド、Ｎ－スクシンイミジル－Ｓ－アセチル－チオ酢酸塩（ＳＡＴＡ）、５，５’－ジチオビス（２－ニトロ安息香酸）（ＤＴＮＢ）、ｏ－フェニレンジマレイミド（ｏＰＤＭ）、Ｎ－スクシンイミジル－３－（２－ピリジルジチオ）プロピオン酸塩（ＳＰＤＰ）、およびスルホスクシンイミジル ４－（Ｎ－マレイミドメチル）シクロヘキサン－１－カルボン酸塩（スルホ－ＳＭＣＣ）（例えば、Ｋａｒｐｏｖｓｋｙ ｅｔ ａｌ．（１９８４）Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６０： １６８６；Ｌｉｕ，ＭＡ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８２：８６４８を参照のこと）が挙げられる。他の方法には、Ｐａｕｌｕｓ（１９８５） Ｂｅｈｒｉｎｇ Ｉｎｓ．Ｍｉｔｔ．Ｎｏ．７８，１１８－１３２；Ｂｒｅｎｎａｎ ｅｔ ａｌ．（１９８５）Ｓｃｉｅｎｃｅ ２２９：８１－８３）、およびＧｌｅｎｎｉｅ ｅｔ ａｌ．（１９８７）Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３９：２３６７－２３７５）に記載される方法が挙げられる。一部の結合剤は、ＳＡＴＡおよびスルホ－ＳＭＣＣであり、両方ともＰｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．から入手可能である（イリノイ州ロックフォード）。
結合特異性が抗体である場合、それらは、二つの重鎖のＣ末端ヒンジ領域のスルフヒドリル結合を介して結合されてもよい。一部の実施形態では、ヒンジ領域は、結合前に、奇数、好ましくは一つのスルフヒドリル残基を含有するように改変される。
あるいは、両方の結合特異性は、同じベクター中でコードされ、同じ宿主細胞中で発現およびアセンブリされてもよい。この方法は、二特異性分子が、ｍＡｂ ｘ ｍＡｂ、ｍＡｂ ｘ Ｆａｂ、ｍＡｂ ｘ（ｓｃＦｖ）2、Ｆａｂ ｘ Ｆ（ａｂ’）2、またはリガンドｘ Ｆａｂ融合タンパク質である場合に特に有用である。二特異性抗体は、各重鎖のＣ末端にｓｃＦｖを含む抗体を含み得る。本明細書に記載される二特異性分子は、一つの一本鎖抗体と結合決定基を含む一本鎖分子、または二つの結合決定基を含む一本鎖二特異性分子であってもよい。二特異性分子は、少なくとも二つの一本鎖分子を含み得る。二特異性分子の作製方法は、例えば米国特許第５，２６０，２０３号、米国特許第５，４５５，０３０号、米国特許第４，８８１，１７５号、米国特許第５，１３２，４０５号、米国特許第５，０９１，５１３号、米国特許第５，４７６，７８６号、米国特許第５，０１３，６５３号、米国特許第５，２５８，４９８号、および米国特許第５，４８２，８５８号に記載されている。
特定の標的に対する二特異性分子の結合は、当分野に認識される方法、例えば酵素結合免疫吸着アッセイ（ＥＬＩＳＡ）、放射免疫アッセイ（ＲＩＡ）、ＦＡＣＳ解析、バイオアッセイ（例えば、増殖阻害）、またはウェスタンブロットアッセイなどを使用して確認することができる。これらの各アッセイは概して、対象となる複合体に特異的な標識試薬（例えば、抗体）を採用することによって、特定の対象となるタンパク質－抗体複合体の存在を検出する。
Ｖ．キット
本明細書に記載される一つ以上の抗ＴＲＥＭ－１抗体、またはその抗原結合部分、二特異性分子、またはその免疫結合体を含むキットが本明細書に提供される。一部の実施形態では、本明細書において、例えば本明細書に提供される一つ以上の抗体またはその抗原結合部分など、本明細書に記載の医薬組成物の成分のうちの一つ以上で充填された一つ以上の容器、任意で使用説明書を含む医薬品パックまたはキットが提供される。一部の実施形態では、キットは、本明細書に記載される医薬組成物、および本明細書に記載されるものなどの任意の予防的または治療的な剤を含有する。
ＶＩ．組成物および製剤
本明細書において、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体（抗ＴＲＥＭ－１抗体をコードおよび／または発現するポリヌクレオチド、ベクター、および細胞を含む）のうちの一つ以上を含む組成物（例えば、医薬組成物）および製剤がさらに提供される。例えば、一つの実施形態では、本開示は、薬学的に許容可能な担体と共に製剤化される、本明細書に開示される一つ以上の抗ＴＲＥＭ－１抗体を含む医薬組成物を提供する。
本明細書において使用される場合、「薬学的に許容可能な担体」は、生理学的に適合性のあるすべての溶媒、分散媒、コーティング、抗菌剤および抗真菌剤、等張剤および吸収遅延剤などを含む。一部の実施形態では、担体は、静脈内、筋肉内、皮下、非経口、脊髄、または表皮投与（例えば、注射または点滴による）に好適である。投与経路に応じて、活性化合物、すなわち抗体、免疫結合体または二特異性分子は、当該化合物を不活化し得る酸の作用および他の自然条件から当該化合物を防御する物質中でコーティングすることができる。
したがって本開示の一つの目的は、抗ＴＲＥＭ－１抗体の安定性を改善し、それに伴い長期保存が可能な医薬製剤を提供することである。一部の実施形態では、本明細書に開示される医薬製剤は、（ａ）抗ＴＲＥＭ－１抗体、（ｂ）緩衝剤、（ｃ）安定剤、（ｄ）塩、（ｅ）増量剤、および／または（ｆ）界面活性剤を含む。一部の実施形態では、医薬製剤は、少なくとも１か月、少なくとも２か月、少なくとも３か月、少なくとも６か月、少なくとも１年、少なくとも２年、少なくとも３年、少なくとも５年、またはそれ以上、安定的である。一部の実施形態では、製剤は、４℃、２５℃、または４０℃で保存されたとき、安定的である。
緩衝剤
本発明に有用な緩衝剤は、別の酸または塩基の添加後に、選択値に近い溶液の酸度（ｐＨ）が維持されるよう使用される弱い酸または塩基であってもよい。適切な緩衝剤は、製剤のｐＨ制御を維持することにより、医薬製剤の安定性を最大化することができる。適切な緩衝剤は、生理学的な適合性を保証し、または溶解度を最適化することができる。レオロジー、粘度、および他の特性も、製剤のｐＨに依存し得る。一般的な緩衝剤としては限定されないが、ヒスチジン、クエン酸塩、コハク酸塩、酢酸塩、およびリン酸塩が挙げられる。一部の実施形態では、緩衝剤は、等張剤とともにヒスチジン（例えば、Ｌ－ヒスチジン）を含み、および当分野で公知の酸または塩基を用いた潜在的なｐＨ調整を含む。特定の実施形態では、緩衝剤は、Ｌ－ヒスチジンである。特定の実施形態では、製剤のｐＨは、約２～約１０、または約４～約８で維持される。
安定剤
安定剤は、当該製品を安定化させるために、医薬品に添加される。そのような剤は、多様な異なる方法でタンパク質を安定化することができる。一般的な安定化剤としては限定されないが、例えばグリシン、アラニン、リシン、アルギニン、またはスレオニンなどのアミノ酸、例えばグルコース、スクロース、トレハロース、ラフィノース、またはマルトースなどの炭水化物、例えばグリセロール、マンニトール、ソルビトール、シクロデキストリン、または任意の種類および分子量のデキストランなどのポリオール、またはＰＥＧが挙げられる。本発明の一つの態様では、安定剤は、凍結乾燥調製物における、固定ポリペプチドの安定性を最大化するために選択される。特定の実施形態では、安定剤は、スクロースおよび／またはアルギニンである。
増量剤
増量剤を医薬品に添加して、生成物に体積および質量を加え、それにより正確な計量と取り扱いを容易にすることができる。一般的な増量剤としては限定されないが、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、炭酸カルシウム、またはステアリン酸マグネシウムが挙げられる。
界面活性剤
界面活性剤は、親溶媒性基および疎溶媒性基を有する両親媒性の物質である。界面活性剤は、アニオン性、カチオン性、双イオン性、または非イオン性であってもよい。非イオン性界面活性剤の例としては限定されないが、アルキルエトキシレート、ノニルフェノールエトキシレート、アミンエトキシレート、ポリエチレン酸化物、ポリプロピレン酸化物、例えばセチルアルコールまたはオレイルアルコールなどの脂肪アルコール、コカミドＭＥＡ、コカミドＤＥＡ、ポリソルベート、またはドデシルジメチルアミン酸化物が挙げられる。一部の実施形態では、界面活性剤は、ポリソルベート２０またはポリソルベート８０である。
一部の実施形態では、本開示の医薬製剤は、以下を含有する：
（ａ）約０．２５ｍｇ／ｍＬ～２５０ｍｇ／ｍＬ（例えば、１０～２００ｍｇ／ｍＬ）の抗ＴＲＥＭ－１抗体；
（ｂ）約２０ｍＭ ヒスチジン、
（ｃ）約１５０ｍＭ スクロース、
（ｄ）約２５ｍＭ アルギニン、および
（ｅ）約５０ｍＭ ＮａＣｌ。
製剤は、緩衝系、防腐剤、等張化剤、キレート剤、安定剤、および／または界面活性剤、ならびにそれらの様々な組み合わせのうちの一つ以上をさらに含んでもよい。医薬組成物における防腐剤、等張剤、キレート剤、安定剤、および界面活性剤の使用は、当業者に公知である。Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ： Ｔｈｅ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｐｈａｒｍａｃｙ，１９th ｅｄｉｔｉｏｎ，１９９５を参照されたい。
一部の実施形態では、医薬製剤は、水性製剤である。かかる製剤は典型的には溶液または懸濁液であるが、コロイド、分散体、エマルション、および多層性の物質を含んでもよい。「水性製剤」という用語は、少なくとも５０％ｗ／ｗの水を含む製剤として定義される。同様に、「水性溶液」という用語は、少なくとも５０％ ｗ／ｗの水を含む溶液として定義され、「水性懸濁液」という用語は、少なくとも５０％ ｗ／ｗの水を含む懸濁液として定義される。
一部の実施形態では、医薬製剤は、凍結乾燥製剤であり、医師または患者が使用前に当該製剤に溶媒および／または希釈剤を加える。
本明細書に記載の医薬組成物は、併用療法、すなわち他の剤と組み合わせて投与されることもできる。例えば、併用療法は、少なくとも一つの他の治療剤と組み合わされた、本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を含んでもよい。併用療法で使用され得る治療剤の例としては、疾患または障害（例えば、炎症性障害）の治療に使用される他の化合物、薬剤、および／または剤が挙げられる。かかる化合物、薬剤、および／または剤は、例えば、炎症性サイトカインの産生を妨害または低下させる抗炎症薬剤または抗体を含んでもよい。一部の実施形態では、治療剤としては、抗ＩＰ－１０抗体、抗ＴＮＦ－α抗体（例えば、アダリムマブ（ＨＵＭＩＲＡ（登録商標））、ゴリムマブ（ＳＩＭＰＯＮＩ（登録商標））、インフリキシマブ（ＲＥＭＩＣＡＤＥ（登録商標））、セルトリズマブペゴル（ＣＩＭＺＩＡ（登録商標）））、インターフェロンベータ－１ａ（例えば、ＡＶＯＮＥＸ（登録商標）、 ＲＥＢＩＦ（登録商標））、インターフェロンベータ－１ｂ（例えば、ＢＥＴＡＳＥＲＯＮ（登録商標）、ＥＸＴＡＶＩＡ（登録商標））、酢酸グラチラマー（例えば、ＣＯＰＡＸＯＮＥ（登録商標）、ＧＬＡＴＯＰＡ（登録商標））、ミトキサントロン（例えば、ＮＯＶＡＮＴＲＯＮＥ（登録商標））、非ステロイド系抗炎症薬剤（ＮＳＡＩＤｓ）、鎮痛薬、コルチコステロイド、およびそれらの組み合わせが挙げられる。
本明細書に記載される医薬化合物は、一つ以上の薬学的に許容可能な塩を含み得る。「薬学的に許容可能な塩」とは、親化合物の望ましい生物活性を保持し、任意の望ましくない毒性作用を与えない塩を指す（例えば、Ｂｅｒｇｅ，Ｓ．Ｍ．，ｅｔ ａｌ．（１９７７）Ｊ．Ｐｈａｒｍ．Ｓｃｉ．６６：１－１９を参照のこと）。かかる塩の例としては、酸付加塩、および塩基付加塩が挙げられる。酸付加塩としては、例えば塩酸、硝酸、リン酸、硫酸、臭化水素酸、ヨウ化水素酸、亜リン酸などの非毒性無機酸、ならびに例えば脂肪族モノカルボン酸および脂肪族ジカルボン酸、フェニル置換アルカン酸、ヒドロキシアルカン酸、芳香族酸、脂肪族スルホン酸および芳香族スルホン酸などの非毒性有機酸に由来するものが挙げられる。塩基付加塩としては、例えばナトリウム、カリウム、マグネシウム、カルシウムなどのアルカリ土類金属に由来するもの、ならびに例えばＮ，Ｎ’－ジベンジルエチレンジアミン、Ｎ－メチルグルカミン、クロロプロカイン、コリン、ジエタノールアミン、エチレンジアミン、プロカインなどの非毒性の有機アミンに由来するものが挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物は、薬学的に許容可能な抗酸化剤も含んでもよい。薬学的に許容可能な抗酸化剤の例としては、（１）例えばアスコルビン酸、システイン塩酸塩、重硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、亜硫酸ナトリウムなどの水溶性抗酸化剤、（２）例えば、パルミチン酸アスコルビル、ブチル化ヒドロキシアニソール（ＢＨＡ）、ブチル化ヒドロキシトルエン（ＢＨＴ）、レシチン、没食子酸プロピル、アルファ－トコフェロールなどの脂溶性抗酸化剤、および（３）例えばクエン酸、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、ソルビトール、酒石酸、リン酸などの金属キレート剤、が挙げられる。
本明細書に記載される医薬組成物に採用され得る適切な水性担体および非水性担体の例としては、水、エタノール、ポリオール（例えば、グリセロール、プロピレングリコール、ポリエチレングリコールなど）、およびそれらの適切な混合物、例えばオリーブオイルなどの植物性油、ならびに例えばオレイン酸エチルなどの注射可能な有機エステル類が挙げられる。例えばレシチンなどのコーティング物質の使用により、分散液の場合には必要な粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤の使用により、適切な流動性が維持され得る。
これらの組成物はさらに、例えば防腐剤、湿潤剤、乳化剤および分散剤などのアジュバントを含有してもよい。微生物の発生の予防は、上記の滅菌手順を行うこと、ならびに様々な抗菌剤および抗真菌剤、例えばパラベン、クロロブタノール、フェノール、ソルビン酸などを含有させることの両方により確保されてもよい。例えば、糖類、塩化ナトリウムなどの等張剤を組成物内に含有させることが望ましい場合もある。さらに注射用医薬品の持続的吸収は、例えばモノステアリン酸アルミニウムやゼラチンなどの吸収を遅延させる剤を含有させることにより実現されてもよい。
薬学的に許容可能な担体としては、滅菌水溶液または滅菌分散液、および滅菌注射溶液または滅菌分散液の即時調製用の滅菌粉末が挙げられる。薬学的に活性な物質に対する、そのような媒および剤の使用は、当分野に公知である。任意の従来的な媒または剤が、活性化合物と不適合である場合を除き、本明細書に記載される医薬組成物中でのその使用が予期される。医薬組成物は、防腐剤を含んでもよく、または防腐剤を含まなくてもよい。補足的な活性化合物が、組成物内に組み込まれてもよい。
治療用組成物は、典型的には、滅菌され、そして製造および保管の条件下で安定的でなければならない。組成物は、溶液、マイクロエマルジョン、リポソーム、または高薬物濃度に適した他の秩序構造物として製剤化されてもよい。担体は、例えば水、エタノール、ポリオール（例えばグリセロール、プロピレングリコール、および液体ポリエチレングリコールなど）を含有する溶媒または分散媒、およびそれらの適切な混合物であってもよい。例えばレシチンなどのコーティングの使用により、分散液の場合には必要な粒子サイズを維持することにより、および界面活性剤の使用により、適切な流動性が維持されてもよい。多くの場合において、組成物は、例えばマンニトール、ソルビトールなどの糖類、ポリオール、または塩化ナトリウムなどの等張剤を組成物中に含んでもよい。注射用組成物の持続的吸収は、例えばモノステアリン酸塩やゼラチンなどの吸収を遅延させる剤を組成物中に含有することによりもたらされてもよい。
滅菌注射溶液は、適切な溶媒中の必要量の活性化合物を、必要に応じて上記に列記される成分の一つまたは組み合わせと混合し、次いで滅菌マイクロろ過を行うことにより調製されてもよい。概して、分散液は、活性化合物を、塩基性分散媒を含有する滅菌ビヒクル、および本明細書において列記される物質から必要とされる他の成分と組み合わせることにより調製される。滅菌注射溶液の調製用の滅菌粉末の場合には、調製方法のいくつかは、真空乾燥法およびフリーズドライ法（凍結乾燥法）であり、それら方法により、従前に滅菌ろ過されたその溶液から、活性成分と任意の追加の所望の成分の粉末が得られる。
単一剤形を作製するための担体物質と混合され得る活性成分の量は、治療される対象、および特定の投与様式に応じて変化する。単一剤形を作製するための担体物質と混合され得る活性成分の量は概して、治療効果を生じさせる組成物の量である。概して、１００パーセントのうち、当該量は、約０．０１パーセント～約９９パーセントの活性成分の範囲であり、または薬学的に許容可能な担体と組み合わされて、約０．１パーセント～約７０パーセント、または約１パーセント～約３０パーセントの活性成分の範囲である。
投薬レジメンは、最適な望ましい応答（例えば治療応答）をもたらすように調整される。例えば単回ボーラスを投与してもよく、数回に分けられた投与量を経時的に投与してもよく、または治療状況の要件に指定されるように投与量を相対的に減少または増加させてもよい。投与の簡易性および用量の均一性のために、単位剤型で非経口組成物を製剤化することが特に有益である。本明細書において使用される場合、単位剤型とは、治療される対象に対する単位形態の用量として適合された、物理的に別個の単位を指す。各単位は、必要な薬学的担体と関連付けられて、望ましい治療効果を生じさせるように計算された所定量の活性化合物を含有する。本明細書に記載される単位剤型の仕様は、（ａ）活性化合物の固有の特徴および達成される特定の治療的効果、および（ｂ）個体の治療感受性に関し、かかる活性化合物の調合分野に内在する制限、により影響を受け、および直接的に依存する。
例えば本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与については、用量は、宿主体重の約０．０００１～１００ｍｇ／ｋｇ、より一般的には０．０１～５または１０ｍｇ／ｋｇの範囲である。例えば用量は、０．３ｍｇ／ｋｇ体重、１ｍｇ／ｋｇ体重、３ｍｇ／ｋｇ体重、５ｍｇ／ｋｇ体重、または１０ｍｇ／ｋｇ体重、または１～１０ｍｇ／ｋｇの範囲内であってもよい。例示的な治療レジメンは、週に１回、２週間に１回、３週間に１回、４週間に１回、１か月に１回、３か月に１回、または３～６か月に１回の投与を伴う。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の例示的な投与レジメンは、１ｍｇ／ｋｇ体重または３ｍｇ／ｋｇ体重を静脈内投与することを含み、抗体は、以下の投薬スケジュールのうちの一つを使用して与えられる：（ｉ）４週間ごとに６回の投薬、その後は３か月ごとの投薬、（ｉｉ）３週間ごとの投薬、（ｉｉｉ）３ｍｇ／ｋｇ体重を１回、その後は１ｍｇ／ｋｇ体重を３週間ごとに投薬。
一部の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、一律な投与量（一律な投与レジメン）で投与される。他の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、別の抗体との固定投与量で投与される。特定の実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、体重に基づく投与量で投与される。
一部の方法では、異なる結合特異性を有する二つ以上のモノクローナル抗体が同時に投与され、その場合、投与された各抗体の用量は、指定範囲内にある。抗体は通常、複数回投与される。単回用量の間の間隔は、例えば毎週、毎月、３カ月ごと、または毎年であってもよい。また間隔は不規則であってもよく、患者中の標的抗原に対する抗体の血中レベルを測定することにより指定される。一部の方法では、用量は、約１～１０００μｇ／ｍｌの血漿抗体濃度を達成するように調整され、一部の方法では約２５～３００μｇ／ｍｌである。
抗体は、徐放性製剤として投与されてもよく、その場合、より少ない頻度での投与が必要とされる。用量と頻度は、患者中の抗体の半減期に応じて変化する。概して、ヒト抗体は半減期が最長であり、続いてヒト化抗体、キメラ抗体、および非ヒト抗体が続く。用量と投与頻度は、治療が予防的であるか、または治療的であるかに応じて変化し得る。予防的アプリケーションの場合、長期間にわたり比較的低い用量を、比較的に低頻度の間隔で投与する。一部の患者は、その生涯にわたり治療を受け続ける。治療アプリケーションの場合、疾患の進行が遅くなる、または停止するまで、そして患者が疾患症状の部分的または完全な改善を示すまで、比較的短い間隔で比較的高い用量が必要とされる場合がある。その後、患者は予防的レジメンを投与されてもよい。
本明細書に記載される医薬組成物中の活性成分の実際の用量レベルは、患者に毒性をもたらすことなく、特定の患者、組成物および投与様式にとって望ましい治療応答を実現させるために有効な活性成分の量が得られるように変化し得る。選択された用量レベルは、採用された本明細書に記載される特定の組成物またはそのエステル、塩もしくはアミドの活性、投与経路、投与時間、採用された特定の化合物の排出速度、治療期間、他の薬剤、採用された特定の組成物と併用して使用される化合物および／または物質、治療される患者の年齢、性別、体重、状態、一般健康状態および既往歴、ならびに医学分野に公知の類似因子をはじめとする様々な薬物動態因子に依存する。
本明細書に記載される組成物は、当分野で公知の様々な方法のうちの一つ以上を使用して、一つ以上の投与経路を介して投与されてもよい。当業者に認識されるように、投与経路および／または投与様式は、望まれる結果に応じて変化する。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体の投与経路としては、例えば注射または点滴による、静脈内、筋肉内、皮内、腹腔内、皮下、脊椎または他の非経口の投与経路が挙げられる。本明細書で使用される場合、「非経口投与」という文言は、腸内投与および局所投与以外の投与様式を意味し、通常、注射により行われ、限定されないが、静脈内、筋肉内、動脈内、髄腔内、関節包内、眼窩内、心腔内、皮内、腹腔内、経気管、皮下、表皮下、関節内、被膜下、くも膜下、髄腔内、硬膜外および胸骨下の注射ならびに点滴が挙げられる。
あるいは本明細書に記載される抗体は、潜在的に、例えば局所、表皮または粘膜の投与経路、例えば鼻腔内、経口、膣、直腸、舌下、または局所などの非経口経路を介して投与され得る。
活性化合物は、インプラント、経皮パッチ、およびマイクロカプセル送達システムを含む、例えば放出制御性製剤など、急速な放出から化合物を保護する担体を用いて調製されてもよい。生分解性で生体適合性ポリマー、例えば酢酸エチレンビニル、ポリ無水物、ポリグリコール酸、コラーゲン、ポリオルトエステル、およびポリ乳酸などを使用してもよい。かかる製剤の調製のための多くの方法が特許取得済みであるか、または当業者に一般的に公知である。例えば、Ｓｕｓｔａｉｎｅｄ ａｎｄ Ｃｏｎｔｒｏｌｌｅｄ Ｒｅｌｅａｓｅ Ｄｒｕｇ Ｄｅｌｉｖｅｒｙ Ｓｙｓｔｅｍｓ，Ｊ．Ｒ．Ｒｏｂｉｎｓｏｎ，ｅｄ．，Ｍａｒｃｅｌ Ｄｅｋｋｅｒ，Ｉｎｃ．，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９７８を参照のこと。
治療用組成物は、当分野で公知の医療用デバイスを用いて投与されてもよい。例えば特定の実施形態では、本明細書に記載される治療用組成物は、例えば米国特許第５，３９９，１６３号、第５，３８３，８５１号、第５，３１２，３３５号、第５，０６４，４１３号、第４，９４１，８８０号、第４，７９０，８２４号、または第４，５９６，５５６号に開示されるデバイスなどの無針皮下注射デバイスを用いて投与されてもよい。本明細書に記載される抗ＴＲＥＭ－１抗体を用いた使用のための公知のインプラントおよびモジュールの例としては、以下が挙げられる：米国特許第４，４８７，６０３号であり、当該特許は、制御された速度で医薬品を投薬するためのインプラント用マイクロ注入用ポンプを開示している；米国特許第４，４８６，１９４号であり、当該特許は、皮膚を通して医薬品を投与するための治療用デバイスを開示している；米国特許第４，４４７，２３３号であり、当該特許は、正確な注入速度で医薬品を送達するための医薬品注入ポンプを開示している；米国特許第４，４４７，２２４号であり、当該特許は、継続的な薬剤送達のための変動流インプラント用注入装置を開示している；米国特許第４，４３９，１９６号であり、当該特許は、マルチチャンバーコンパートメントを有する浸透圧薬剤送達システムを開示している；および米国特許第４，４７５，１９６号であり、当該特許は、浸透圧薬剤送達システムを開示している。これらの特許は、参照により本明細書に組み込まれる。そのような多くの他のインプラント、送達システム、およびモジュールが、当業者に公知である。
一部の実施形態では、本明細書に記載の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、インビボで適切な分布が確保されるように製剤化されてもよい。例えば、血液脳関門（ＢＢＢ）は、高度に親水性の化合物は除外される。本明細書に記載される治療化合物は、ＢＢＢを確実に通過するように（例えば脳腫瘍など、必要に応じて）、リポソーム中で製剤化されてもよい。リポソームの製造方法については、例えば、米国特許第４，５２２，８１１号、第５，３７４，５４８号、および第５，３９９，３３１号を参照のこと。リポソームは、特定の細胞または器官に選択的に輸送される一つ以上の部分を含んでもよく、それにより、標的化薬剤送達が強化される（例えば、Ｖ．Ｖ．Ｒａｎａｄｅ（１９８９） Ｊ．Ｃｌｉｎ．Ｐｈａｒｍａｃｏｌ．２９：６８５を参照のこと）。標的化部分の例としては、葉酸またはビオチン（例えば、Ｌｏｗらの米国特許第５，４１６，０１６号を参照のこと）、マンノシド（Ｕｍｅｚａｗａ ｅｔ ａｌ．，（１９８８）Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍｍｕｎ．１５３： １０３８）、抗体（Ｐ．Ｇ．Ｂｌｏｅｍａｎ ｅｔ ａｌ．（１９９５）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３５７：１４０；Ｍ．Ｏｗａｉｓ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ａｎｔｉｍｉｃｒｏｂ．Ａｇｅｎｔｓ Ｃｈｅｍｏｔｈｅｒ．３９： １８０）、サーファクタントプロテインＡ受容体（Ｂｒｉｓｃｏｅ ｅｔ ａｌ．（１９９５）Ａｍ．Ｊ．Ｐｈｙｓｉｏｌ．１２３３：１３４）、ｐｌ２０（Ｓｃｈｒｅｉｅｒ ｅｔ ａｌ．（１９９４）Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２６９：９０９０）が挙げられ、さらに、Ｋ．Ｋｅｉｎａｎｅｎ；Ｍ．Ｌ．Ｌａｕｋｋａｎｅｎ（１９９４）ＦＥＢＳ Ｌｅｔｔ．３４６：１２３；Ｊ．Ｊ．Ｋｉｌｌｉｏｎ；Ｉ．Ｊ．Ｆｉｄｌｅｒ（１９９４）Ｉｍｍｕｎｏｍｅｔｈｏｄｓ ４：２７３も参照のこと。
ＶＩＩ．使用および方法
本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体、およびかかる抗体を含む組成物（例えば医薬組成物、製剤、ポリヌクレオチド、ベクター、および細胞）は、（例えばＴＲＥＭ－１活性を阻害することによって）炎症性疾患の治療に使用され得る。
したがって一つの態様では、本開示は、治療有効量の抗ＴＲＥＭ－１抗体を対象に投与することを含む、その必要のある対象において炎症性疾患を治療する方法を提供する。本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体で治療され得る炎症性疾患の例としては、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、および急性炎症または慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患が挙げられる。
一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、炎症性腸疾患を有する個体の治療での使用に適している。炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、口から肛門までの消化管のすべての部分が罹患する可能性がある疾患であり、様々な症状を引き起こす。ＩＢＤは主に腹痛、下痢（血性の場合もある）、嘔吐または体重減少を引き起こすが、例えば皮膚の発疹、関節炎、眼の炎症、疲労および集中力の欠如などの消化管外の合併症を引き起こす場合もある。ＩＢＤ患者は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）の患者とクローン病（ＣＤ）の患者の二つの主要クラスに分けられ得る。ＣＤは一般的に回腸と結腸が関与し、腸管のすべての領域が罹患する可能性があるが、多くの場合、非連続的である（罹患部が集積した領域が腸管全体に広がる）。ＵＣは常に直腸（結腸）が関与し、より連続的である。ＣＤでは、炎症は貫壁性であり、膿瘍、瘻孔、および狭窄を生じさせる。一方でＵＣは、典型的には炎症は粘膜に限定される。クローン病に対し、判明している医薬的または外科的な治療法は存在しないが、ＵＣ患者の一部は、結腸の外科的除去によって治癒される場合がある。治療選択肢は、症状のコントロール、寛解の維持、および再発の予防に限定される。臨床での炎症性腸疾患における有効性は、ＣＤに関するクローン病の疾患活動度指標（ＣＤＡＩ：Ｃｒｏｈｎ’ｓ Ｄｉｓｅａｓｅ Ａｃｔｉｖｉｔｙ Ｉｎｄｅｘ）のスコアにおける低下として測定されてもよく、当該スコアは、臨床検査、および生活の質問票の質に基づく尺度をスコア化する。動物モデルにおいて有効性は主に体重の増加によって測定され、さらに疾患活動度指標（ＤＡＩ：ｄｉｓｅａｓｅ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎｄｅｘ）でも測定される。当該指標は、便の硬さ、体重および血便の組み合わせである。
一つの実施形態では、本開示の抗ＴＲＥＭ－１抗体は、関節リウマチを有する個体の治療での使用に適している。関節リウマチ（ＲＡ）は全身性の疾患であり、身体の全てではないにしても、ほぼ全身が罹患し、関節炎の最も普遍的な形態の一つである。関節の炎症を特徴とし、痛み、凝り、熱感、発赤、および腫れを引き起こす。この炎症は、関節に浸潤する炎症性細胞による結果であり、これらの炎症性細胞は、骨および軟骨を消化し得る酵素を放出する。結果として、この炎症は骨および軟骨に重大なダメージをもたらし、他の生理学的作用の中でも特に関節の劣化と重度の疼痛をもたらし得る。影響を受けた関節は、その形状と噛み合わせを失い、疼痛および動きの喪失がもたらされ得る。当分野で公知の関節リウマチに関する動物モデルがいくつか存在する。例えば、コラーゲン誘導性関節炎（ＣＩＡ：ｃｏｌｌａｇｅｎ－ｉｎｄｕｃｅｄ ａｒｔｈｒｉｔｉｓ）モデルでは、マウスが、ヒト関節リウマチに類似した炎症性関節炎を発症する。ＣＩＡはＲＡと類似した免疫学的および病理学的な特性を共有しているため、有望なヒトの抗炎症化合物のスクリーニングに適したモデルになる。このモデルにおける有効性は、関節の腫れの減少によって測定される。臨床でのＲＡにおける有効性は、患者の症状を低減させる能力により測定され、症状は、関節の腫れ、赤血球沈降率、Ｃ反応性タンパク質のレベル、および例えば抗シトルリン化タンパク質抗体などの血清因子のレベルの組み合わせとして測定される。
一つの実施形態では、本明細書に開示される抗ＴＲＥＭ－１抗体は、乾癬を有する個体の治療での使用に適している。乾癬は、皮膚のＴ細胞介在性の炎症性障害であり、相当な不快感を引き起し得る。現在治療法がなく、あらゆる年齢の人々が罹患する疾患である。軽度の乾癬を有する個体は、局所用の剤で自身の疾患を制御し得ることが多いが、世界中で１００万人を超える患者が、紫外線光治療または全身的な免疫抑制療法を必要とする。残念なことに、紫外線照射の不便さとリスク、および多くの治療法に関する毒性により、長期的な使用は制限される。さらに患者は通常、乾癬が再発し、場合によっては免疫抑制剤治療を中止した直後にリバウンドする。近年開発された、ＣＤ４＋Ｔ細胞の移植に基づく乾癬モデルは、ヒト乾癬の多くの態様を模倣しており、乾癬治療における使用に好適な化合物の特定に使用することができる（Ｄａｖｅｎｐｏｒｔ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｅｒｎａｔ．Ｉｍｍｕｎｏｐｈａｒｍａｃｏｌ ２：６５３－６７２，２００２）。このモデルにおける有効性は、スコアリングシステムを使用した皮膚病態の低下によって測定される。同様に、患者における有効性も、皮膚病態の低下によって測定される。
一つの実施形態では、抗ＴＲＥＭ－１抗体は、乾癬性関節炎を有する個体の治療での使用に適している。乾癬性関節炎（ＰＡ）は、乾癬患者の亜群で発生する炎症性関節炎の一種である。これらの患者において、皮膚の病態／症状は、関節リウマチにおいて認められる症状に似た関節の腫れを伴う。落屑を伴い、まだらに***し、赤みを帯びた皮膚炎症領域を特徴とする。乾癬はしばしば肘と膝の先端、頭皮、へそ、および生殖器エリアと肛門の周りが罹患する。乾癬患者のおよそ１０％は、関節にも関連炎症を発症する。
本開示の観点では、予防的、緩和的、対症療法的および／または根治的な治療は、本開示の別の態様を表し得る。本発明の抗体は、例えば静脈内、例えば筋肉内、例えば皮下など、非経口的に投与することができる。あるいは本発明の抗体は、例えば経口的または局所的など、経口的な経路を介して投与することもできる。本発明の抗体は、予防的に投与することができる。本発明の抗体は、（要求に応じて）治療的に投与することができる。
以下の実施例は、解説を目的として提供されるものであり、限定を目的としてはいない。本明細書全体を通じて引用される全ての参照文献の内容は、参照により本明細書に明示的に組み込まれる。
実施例１：抗ＴＲＥＭ－１抗体の作製
ヒト抗体を発現するトランスジェニックマウスの６つのコホート（各コホートは２～４匹のマウスを含有する）を、組み換えＴＲＥＭ－１細胞外ドメイン、ＴＲＥＭ－１ Ｊｕｒｋａｔ細胞株、またはＴＲＥＭ－１ Ｊｕｒｋａｔ細胞株の細胞膜調製物のいずれかで免疫化した。免疫化マウスの脾臓、リンパ節、および骨髄を採取し、これを使用して４種の免疫抗体ｓｃＦｖ（一本鎖可変断片）ライブラリを作製した。簡潔に述べると、ｍＲＮＡを採取細胞から抽出し、逆転写してｃＤＮＡを生成した。抗体可変領域遺伝子は、プライマーカクテルを使用してｃＤＮＡからＰＣＲ増幅され、重複伸長ＰＣＲを使用してアセンブリし、ｓｃＦｖライブラリを作製した。ｓｃＦｖライブラリを、ｍＲＮＡディスプレイ（Ｘｕ Ｌ ｅｔ ａｌ．（２００２）Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ＆ Ｂｉｏｌｏｇｙ ９：９３３；Ｒｏｂｅｒｔｓ ＲＷ ａｎｄ ＪＷ Ｓｚｏｓｔａｋ（１９９７）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ９４：１２２９７；Ｋｕｒｚ ｅｔ ａｌ．（２０００）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．２８（１８）：Ｅ８３）を使用して発現および選択した。第１ラウンドを実施して、組換えＴＲＥＭ－１細胞外ドメインＦｃ融合タンパク質に対して、ｍＲＮＡディスプレイｓｃＦｖライブラリを選択することによりＴＲＥＭ－１特異的抗体を濃縮し、続いてプロテインＧ磁気ビーズ上で捕捉した。第１のラウンドの結果は、ｍＲＮＡディスプレイのその後のラウンドを通して取り込まれ、ライブラリは以下の２群に分割された：（１）組換えＴＲＥＭ－１細胞外ドメインＦｃ融合タンパク質に対する連続的な選択ラウンドとそれに続くプロテインＧ磁気ビーズ上での捕捉を行い、すべてのＴＲＥＭ－１－結合ｓｃＦｖを濃縮する。および（２）ｍＡｂ１７０とともに予めインキュベートされた組換えＴＲＥＭ－１細胞外ドメインＦｃ融合タンパク質に対する連続的な選択ラウンドとそれに続くプロテインＧ磁気ビーズ上での捕捉を行い、新規エピトープに対する抗体を濃縮する（エピトープ操作群）。両選択群の最終結果の配列を解析し、見込みのある固有クローンをクローニングし、全長免疫グロブリンＧ（ＩｇＧ）として発現させた。当該ＩｇＧ抗体は、エフェクター機能を低下させるための変異を含有するＩｇＧ１．１ｆ定常領域を含む。これらのＩｇＧ抗体を、その後の特徴解析とアッセイに使用した。
実施例２：ヒトＴＲＥＭ－１への、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体の結合競合解析
エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体の機能特性を解析するために、これらの抗体が、ｍＡｂ１７０およびＰＧＲＰのヒトＴＲＥＭ－１への結合を阻害する能力を評価した。簡潔に述べると、ｍＡｂ １７０を、試薬メーカーのプロトコルを使用してＡｌｅｘａＦｌｕｏｒ ６４７染料で直接標識した。ｍＡｂ１７０に対して試験される抗体は、４℃で１時間、ｈｕＴＲＥＭ１を発現するＪｕｒｋａｔ細胞上で結合された。細胞を洗浄した後、直接標識したｍＡｂ１７０を３００ｐＭで細胞に添加した。４℃でさらに３０分間インキュベーションした後、細胞を洗浄し、標準的な方法を使用してＦＡＣＳにより分析した。非標識のｍＡｂ １７０を、１００％阻害の対照として使用した。
図３および５Ａに示すように、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体（図３および５Ａの両方における黒色ひし形）は、予想されたように、ＴＲＥＭ－１へのｍＡｂ１７０の結合を阻害した。対照的に、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体（図３および５Ａの両方における灰色の円）は、ＴＲＥＭ－１へのｍＡｂ１７０の結合を阻害することはできなかった。この結果から、エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体は、ｍＡｂ１７０抗体のエピトープとは異なるエピトープでヒトＴＲＥＭ－１に結合することが確認される。
エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体が、ヒトＴＲＥＭ－１へのＰＧＲＰの結合を阻害する能力は、ｍＡｂ１７０と比較してはるかに多様であった。図５Ａに示されるように、ｍＡｂ１７０は、エピトープ操作されていない抗体の大部分と共に、ＴＲＥＭ－１とその天然リガンドであるＰＧＲＰとの間の相互作用を効率的に阻害することができた。しかしながらエピトープ操作された抗体については、少数の抗体のみが、ｍＡｂ１７０と同様の効率性でＴＲＥＭ１へのＰＧＲＰの結合を阻害することができた（図５Ａの円）。エピトープ操作された抗体の大部分に関しては、阻害割合は約９０％から１０％未満の低さまでの範囲であった。
実施例３：エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体によるＴＨＰ－１細胞活性化の阻害解析
エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体のアンタゴニスト性の性能を評価するために、これら抗体が活性化ヒト細胞からの炎症性サイトカインの放出を妨害する効力を評価した。簡潔に述べると、ヒト単球のＴＨＰ－１細胞を、プレート結合したＰＧＲＰ１とＴＬＲ２活性を欠く可溶性ペプチドグリカンを含む培養液中、抗ＴＲＥＭ－１抗体（エピトープ操作された、またはされていない）の存在下または非存在下のいずれかで刺激した。
図３に示されるように、エピトープ操作されていない抗ＴＲＥＭ－１抗体（黒丸）の大部分は、ＴＨＰ－１細胞の活性化を阻害し、ＩＣ５０値は約１００ｎＭ未満であった。しかし試験されたエピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体（灰色の円）は一つのみが、１００ｎＭ未満のＩＣ５０値を有していた。この結果は、少数のエピトープ操作された抗体のみが、ヒトＴＲＥＭ－１へのＰＧＲＰの結合を効率的に阻害することができたという実施例２のデータと一致すると思われる。図４は、図３に示される抗ＴＲＥＭ－１抗体に関する重鎖可変領域ＣＤＲ３のアミノ酸配列を提示する。
実施例４：エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体の配列解析
エピトープ操作された抗ＴＲＥＭ－１抗体をさらに特徴解析するために、当該抗体のＶＨ領域およびＶＫ領域に対応するヒト生殖細胞系列遺伝子を決定した。次いで重鎖Ｖ遺伝子ファミリーおよびＨＣＤＲ３配列に従って配列をグループ化した。
図５Ｂに示されるように、エピトープ操作された抗体（図５Ａの灰色の円）のＶＨは、ヒト生殖細胞系列遺伝子の１－１８、１－６９、３－０９、３－１３、３－３３、４－５９、および５－５１に対応した。ＶＬ領域は、主にヒト生殖細胞系列遺伝子のＬ１５、Ｌ４、Ｌ６、Ｌ１０、Ｌ１、およびＡ２７に対応した。ＴＲＥＭ－１へのＰＧＲＰの結合を最も阻害したエピトープ操作抗体（図５Ａの円内－右下の四分円を参照）は、ヒト生殖細胞系列遺伝子１－６９、３－３３、および４－５９に対応するＶＨ、ならびにヒト生殖細胞系列遺伝子Ｌ４およびＡ２７に対応するＶＬを有した。
対照的に、図５Ａに示されるエピトープ非操作抗ＴＲＥＭ－１抗体（黒いひし形）は、ヒト生殖細胞系列遺伝子１－０８および１－６９に対応するＶＨ、ならびにヒト生殖細胞系列遺伝子Ｌ１５およびＬ４に対応するＶＬを有した。それらのうち、ＴＲＥＭ－１へのＰＧＲＰおよびｍＡｂ１７０の両方の結合を最も良く阻害した抗体（図５Ａの四角内－右上四分円を参照）は、それぞれヒト生殖細胞系列遺伝子１－６９およびＬ１５に対応するＶＨならびにＶＬを有した。比較としては、ｍＡｂ１７０のＶＨおよびＶＬは、それぞれ３－７３およびＢ３に対応する。
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Claims (21)

  1. ｔｒｉｇｇｅｒｉｎｇ ｒｅｃｅｐｔｏｒ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｏｎ ｍｙｅｌｏｉｄ ｃｅｌｌｓ－１（ＴＲＥＭ－１）に特異的に結合し、重鎖可変領域（ＶＨ）および軽鎖可変領域（ＶＬ）を含む単離抗体であって、
    （ａ）前記抗体は、アミノ酸Ｅ２７～Ｌ３７（ＥＫＹＥＬＫＥＧＱＴＬ、配列番号９）、Ｅ８８～Ｍ１００（ＥＤＹＨＤＨＧＬＬＲＶＲＭ、配列番号１０）、および／またはＫ１２０～Ｒ１２８（ＫＥＰＨＭＬＦＤＲ、配列番号１１）を含むエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する、
    （ｂ）前記抗体は、配列番号１のＤ３８～Ｆ４８以外のエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する、
    （ｃ）前記抗体は、ｍＡｂ ０１７０とは異なるエピトープでＴＲＥＭ－１に結合する、または
    （ｄ）前記抗体は、ＴＲＥＭ－１への結合に関し、参照抗体と交差競合し、前記参照抗体は、配列番号１３、１５、２３、２５もしくは１３０を含むＶＨ、および／または配列番号１４、１６、１７、２４、１３１もしくは１３２を含むＶＬを含む、抗体。
  2. 前記ＶＨ中に重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３、ならびに前記ＶＬ中に軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３を含み、前記重鎖ＣＤＲ３は、ＥＧＹＤＩＬＴＧＹＥＹＹＧＭＤＶ（配列番号２８）、ＧＶＬＷＦＧＥＬＬＰＬＬＤＹ（配列番号３４）、ＭＶＲＧＮＹＦＹＦＹＧＭＤＶ（配列番号４７）、ＤＧＲＨＹＹＧＳＴＳＹＦＧＭＤＶ（配列番号５２）、またはＴＹＹＤＩＬＴＹＨＹＨＹＧＭＤＶ（配列番号１３８）を含む、請求項１に記載の抗体。
  3. （ａ）前記重鎖ＣＤＲ１は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、およびＸ５を含み、Ｘ１は、ＳまたはＮであり、Ｘ２は、Ｓ、Ｙ、またはＥであり、Ｘ３は、Ｙ Ｇ、またはＡであり、Ｘ４は、Ｗ、Ｍ、またはＩであり、およびＸ５は、Ｓ、Ｔ、Ｈ、またはＮである、または
    （ｂ）前記重鎖ＣＤＲ１は、ＮＳＥＡＩＮ（配列番号１３６）を含む、請求項２に記載の抗体。
  4. 前記重鎖ＣＤＲ２は、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｘ４、Ｘ５、Ｘ６、Ｘ７、Ｘ８、Ｘ９、Ｘ１０、Ｘ１１、Ｘ１２、Ｘ１３、Ｘ１４、Ｘ１５、Ｘ１６、およびＸ１７を含み、Ｘ１は、Ｙ、Ｖ、またはＧであり、Ｘ２は、ＴまたはＩであり、Ｘ３は、Ｗ、Ｉ、または無しであり、Ｘ４は、Ｈ、Ｙ、またはＰであり、Ｘ５は、Ｙ、Ｄ、またはＩであり、Ｘ６は、Ｓ、Ｇ、またはＦであり、Ｘ７は、Ｇ、Ｓ、またはＤであり、Ｘ８は、Ｉ、Ｙ、Ｎ、またはＴであり、Ｘ９は、Ｓ、Ｔ、またはＫであり、Ｘ１０は、ＮまたはＹであり、Ｘ１１は、ＹまたはＧであり、Ｘ１２は、ＮまたはＡであり、Ｘ１３は、Ｐ、Ｄ、またはＱであり、Ｘ１４は、ＳまたはＫであり、Ｘ１５は、Ｌ、Ｖ、またはＦであり、Ｘ１６は、ＫまたはＱであり、およびＸ１７は、ＳまたはＧである、請求項２または３に記載の抗体。
  5. （ａ）前記軽鎖ＣＤＲ１は、Ｒ、Ａ、Ｓ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｘ３、Ｓ、Ｓ、Ｘ４、Ｌ、およびＡを含み、Ｘ１は、ＳまたはＧであり、Ｘ２は、ＶまたはＩであり、Ｘ３は、Ｓまたは無しであり、およびＸ４は、ＹまたはＡである、
    （ｂ）前記軽鎖ＣＤＲ２は、Ｘ１、Ａ、Ｓ、Ｓ、Ｘ２、Ｘ３、およびＸ４を含み、Ｘ１は、Ｇ、ＤまたはＡであり、Ｘ２は、ＲまたはＬであり、Ｘ３は、Ａ、Ｅ、またはＱであり、およびＸ４は、ＴまたはＳである、ならびに／または
    （ｃ）前記軽鎖ＣＤＲ３は、Ｑ、Ｑ、Ｘ１、Ｘ２、Ｓ、Ｘ３、Ｐ、Ｘ４、およびＴを含み、Ｘ１は、ＹまたはＦであり、Ｘ２は、ＧまたはＮであり、Ｘ４は、ＳまたはＹであり、およびＸ５は、Ｌ、Ｙ、または無しである、請求項２～４のいずれか一項に記載の抗体。
  6. （ａ）前記重鎖ＣＤＲ２は、ＹＴＨＹＳＧＩＳＮＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号２７）、ＹＩＹＤＳＧＹＴＮＹＮＰＳＬＫＳ（配列番号３３）、ＧＩＩＰＩＦＧＴＴＮＧＡＱＫＦＱＧ（配列番号４６）、ＶＩＷＹＤＧＳＮＫＹＹＡＤＳＶＫＧ（配列番号５１）、またはＧＩＩＰＩＦＤＩＴＮＹＡＱＫＦＱＧ（配列番号１３７）を含む、および／または
    （ｂ）前記重鎖ＣＤＲ１は、ＳＳＹＷＳ（配列番号２６）、ＮＹＹＷＴ（配列番号３２）、ＳＳＡＩＳ（配列番号４５）、またはＮＹＧＭＨ（配列番号５０）を含む、請求項２～５のいずれか一項に記載の抗体。
  7. （ａ）前記軽鎖ＣＤＲ１は、ＲＡＳＱＳＶＳＳＳＹＬＡ（配列番号２９）またはＲＡＳＱＧＩＳＳＡＬＡ（配列番号３５）を含む、
    （ｂ）前記軽鎖ＣＤＲ２は、ＧＡＳＳＲＡＴ（配列番号３０）、ＤＡＳＳＬＥＳ（配列番号３６）、またはＡＡＳＳＬＱＳ（配列番号４８）を含む、および／または
    （ｃ）前記軽鎖ＣＤＲ３は、ＱＱＹＧＳＳＰＴ（配列番号３１）、ＱＱＦＮＳＹＰＹＴ（配列番号３７）、ＱＱＹＧＳＳＰＬＴ（配列番号３８）、ＱＱＹＮＳＹＰＬＴ（配列番号４９）、またはＱＱＹＮＳＹＰＩＴ（配列番号１０３）を含む、請求項２～６のいずれか一項に記載の抗体。
  8. （ａ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２６、２７および２８と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２９、３０および３１と記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｂ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｃ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３２、３３および３４と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号２９、３０および３８と記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｄ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号４５、４６および４７と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、４８および４９と記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｅ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号５０、５１および５２と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および３７と記載されるアミノ酸配列を含む、
    （ｆ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１３９と記載されるアミノ酸配列を含む、または
    （ｇ）前記重鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号１３６、１３７および１３８と記載されるアミノ酸配列を含み、前記軽鎖ＣＤＲ１、ＣＤＲ２、およびＣＤＲ３は、それぞれ配列番号３５、３６および１０３と記載されるアミノ酸配列を含む、請求項２～７のいずれか一項に記載の抗体。
  9. （ａ）前記ＶＨは、配列番号１３、１５、２３、２５、または１３０として記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む、および／または
    （ｂ）前記ＶＬは、配列番号１４、１６、１７、２４、１３１、または１３２として記載されるアミノ酸配列に対し、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１～８のいずれか一項に記載の抗体。
  10. （ａ）前記ＶＨは、配列番号１３を含み、前記ＶＬは、配列番号１４を含む、
    （ｂ）前記ＶＨは、配列番号１５を含み、前記ＶＬは、配列番号１６を含む、
    （ｃ）前記ＶＨは、配列番号１５を含み、前記ＶＬは、配列番号１７を含む、
    （ｄ）前記ＶＨは、配列番号２３を含み、前記ＶＬは、配列番号２４を含む、
    （ｅ）前記ＶＨは、配列番号２５を含み、前記ＶＬは、配列番号１６を含む、
    （ｆ）前記ＶＨは、配列番号１３０を含み、前記ＶＬは、配列番号１３１を含む、または
    （ｇ）前記ＶＨは、配列番号１３０を含み、前記ＶＬは、配列番号１３２を含む、請求項１～９のいずれか一項に記載の抗体。
  11. 重鎖（ＨＣ）定常領域および軽鎖（ＬＣ）定常領域をさらに含み、
    （ａ）前記ＨＣ定常領域は、配列番号１２３、配列番号１２２、配列番号１２４、または配列番号１２５に対し、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む、および／または
    （ｂ）前記ＬＣ定常領域は、配列番号１２６に対し、少なくとも約７０％、少なくとも約８０％、少なくとも約８５％、少なくとも約９０％、少なくとも約９５％、少なくとも約９６％、少なくとも約９７％、少なくとも約９８％、少なくとも約９９％、または約１００％同一であるアミノ酸配列を含む、請求項１～１０のいずれか一項に記載の抗体。
  12. 第二の結合特異性を有する分子に結合された、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体を含む二特異性分子。
  13. 請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体をコードする、核酸。
  14. 請求項１３に記載の核酸を含む、ベクター。
  15. 請求項１４に記載のベクターを含有する、細胞。
  16. 剤に結合された、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体または請求項１２に記載の二特異性分子を含む、免疫結合体。
  17. 請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体、請求項１２に記載の二特異性分子、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載のベクター、請求項１５に記載の細胞、または請求項１６に記載の免疫結合体、および担体を含む、組成物。
  18. 請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体、請求項１２に記載の二特異性分子、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載のベクター、請求項１５に記載の細胞、または請求項１６に記載の免疫結合体、および使用説明書を含む、キット。
  19. その必要のある対象においてＴＲＥＭ－１活性を阻害する方法であって、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体、請求項１２に記載の二特異性分子、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載のベクター、請求項１５に記載の細胞、または請求項１６に記載の免疫結合体を前記対象に投与することを含む、方法。
  20. その必要のある対象において、炎症性疾患または自己免疫性疾患を治療する方法であって、請求項１～１１のいずれか一項に記載の抗体、請求項１２に記載の二特異性分子、請求項１３に記載の核酸、請求項１４に記載のベクター、請求項１５に記載の細胞、または請求項１６に記載の免疫結合体を前記対象に投与することを含み、前記炎症性疾患または前記自己免疫性疾患は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）、クローン病（ＣＤ）、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）、過敏性腸症候群、関節リウマチ（ＲＡ）、乾癬、乾癬性関節炎、全身性紅斑性狼瘡（ＳＬＥ）、ループス腎炎、血管炎、敗血症、全身性炎症反応症候群（ＳＩＲＳ）、Ｉ型糖尿病、グレーブス病、多発性硬化症（ＭＳ）、自己免疫性心筋炎、川崎病、冠動脈疾患、慢性閉塞性肺疾患、間質性肺疾患、自己免疫性甲状腺炎、強皮症、全身性硬化症、変形性関節症、アトピー性皮膚炎、白斑、移植片対宿主病、シェーグレン症候群、自己免疫性腎炎、グッドパスチャー症候群、慢性炎症性脱髄性多発性神経障害、アレルギー、喘息、急性炎症もしくは慢性炎症のいずれかの結果である他の自己免疫性疾患、およびそれらの任意の組み合わせからなる群から選択される、方法。
  21. 一つ以上の追加の治療薬を投与することをさらに含み、好ましくは前記追加の治療薬が、抗ＩＰ－１０抗体または抗ＴＮＦ－α抗体である、請求項１９または２０に記載の方法。
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