JP2022512481A - トランスグルタミナーゼによるコンジュゲーションのための改変抗体、ならびにそのコンジュゲート、方法および用途 - Google Patents

トランスグルタミナーゼによるコンジュゲーションのための改変抗体、ならびにそのコンジュゲート、方法および用途 Download PDF

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Abstract

抗体は、重鎖CH1、CH2またはCH3あるいは軽鎖定数領域におけるアミノ酸を、選択された置換グルタミン含有配列で置き換えることにより改変され、酵素トランスグルタミナーゼによるコンジュゲーションが可能となる。

Description

(関連出願の相互参照)
本願は、米国特許法第119条(e)の定めにより米国仮特許出願第62/778,437号の2018年12月12日に出願日の権利を受けることを請求し、その全体が引用により本明細書に援用される。
配列表
ファイル名「181031_SEQT_13143WOPCT_YC.txt」の配列表は、本明細書に開示された核酸および/またはアミノ酸配列を含む配列番号:1から配列番号:103で構成されており、これを引用することによりその全てが本明細書に組み込まれる。配列表は、EFS-Webを介してASCIIテキスト形式で提出されているため、その紙媒体およびコンピュータ可読形式の両方からなる。配列表は、最初に2018年10月31日にPatentIn3.5を用いて作成され、サイズは約39KBである。
本明細書は、酵素トランスグルタミナーゼによりコンジュゲート可能な改変抗体およびそのような抗体から作成されたコンジュゲートに関する。
現在、強い関心を集めているタイプの生物学的製剤は、抗体がパートナー分子に共有結合しているものである(「抗体-薬剤コンジュゲート」、「ADC」、「コンジュゲート」または「イムノコンジュゲート」)。つまり、コンジュゲートは、3つの成分:(1)抗体、(2)パートナー分子および(3)最初の2つの成分を共有結合するリンカーを含んでいる。
パートナー分子は、治療剤、例えば、抗がん剤、アジュバント、他のタンパク質または放射性同位元素などであり得る。抗体は、その抗原が標的細胞または組織により発現されているものである。抗体は、抗原に結合することで、コンジュゲートを標的に送達する役割を果たす。標的に到達した後、共有結合の開裂または抗体の分解により、治療剤が標的とする場所で放出される。逆に、コンジュゲートが、血液中で循環している間は、治療剤は、抗体との共有結合により不活性化されているため、副作用のリスクが低い。抗がん剤治療におけるコンジュゲートについてのレビューは、Gerber et al.2013を参照されたい。
治療剤の代わりに、パートナー分子は、診断、疾患部位の特定または病状のモニタリングのためのアッセイ剤であってもよい。そのような例では、アッセイ剤は、例えば、ビオチン、蛍光標識、放射性標識または重水素化ポリマーも可能である。Smithら(2019)は、MRIイメージングのための重水素化ポリマーを含むコンジュゲートを開示している。その例においては、標的部位でリンカーを切断することは必要では無いが、実際には望ましくない場合がある。そのような使用のためには、リンカーを、非開裂性のタイプとなるように設計できる。
コンジュゲートを製造する際に重要な工程は、共有結合の工程であって、コンジュゲーション工程とも呼ばれる。コンジュゲーションを実施するための多くの方法が開示されている。最近では、トランスグルタミナーゼ(EC 2.3.2.13)により媒介されるコンジュゲーションが注目されている。
多くのトランスグルタミナーゼ変異体が知られており、様々な生物によって自然に産生されたものや、生物工学的に作られたものがある。食品業界でタンパク質のテクスチャーを改変するために、一般的に使用されているものは、発酵または組換え発現によって得られるStreptomyces mobaraensis由来のトランスグルタミナーゼである。本明細書では、特定の種類または供給源を示さない限り、「トランスグルタミナーゼ」という用語を一般的に使用する。
トランスグルタミナーゼは、グルタミンのカルボキサミド側鎖(アミンアクセプター、あるいは逆にアシルドナー)とリジンのε-アミノ基(アミンドナー、あるいは逆にアシルアクセプター)の間にアミド結合を形成する。特に、トランスグルタミナーゼは、グルタミン残基に関しては選択的であり、グルタミン残基がタンパク質ループの柔軟性部分に位置すること、かつ特定のアミノ酸に挟まれている必要があるが、リジン残基に関しては区別無く、例えば、アルキレンアミノ化合物のアミノ基をリジンのε-アミノのサロゲートとして容易に受け入れる(Fontana et al.2008を参照)。
典型的なトランスグルタミナーゼを介したコンジュゲーションでは、以下に示すように、グルタミン残基は抗体上に位置し、アミノ基はリンカー-パートナー分子部分に位置する:
Figure 2022512481000002
ポリペプチド鎖上のグルタミン残基の位置は、アミンアクセプターとしてのその利用可能性に大きな影響を与える。通常、抗体上のグルタミン残基のいずれも利用できず、利用できるようにするためには、抗体に何らかの改変が必要となる。通常、抗体は、重鎖のアスパラギン297(N297)でグリコシル化されている(N-結合グリコシル化)。Jegerら(2010)は、N297A置換によってグリコシル化部位を除くか、翻訳後に酵素により脱グリコシル化することで、近傍のグルタミン295(Q295)がS.mobaraensis由来のトランスグルタミナーゼによるアミド基転移に利用できるようになることを見出した。さらに、N297Q置換により、グリコシル化が除かれるだけでなく、2番目のグルタミン残基(297位)が導入され、この残基もアミンアクセプターとなることが示された。このように、単純な脱グリコシル化では、抗体あたりにトランスグルタミナーゼ反応性のグルタミン残基が2つ(Q295の位置で、重鎖あたりに1つ)生成されるのに対し、N297Q置換を持つ抗体では、トランスグルタミナーゼ反応性のグルタミン残基を4つ(Q295およびQ297の位置で、重鎖あたりに2つ)有する。
Jegerら(2010)が開示したN297AおよびN297Q置換に加えて、トランスグルタミナーゼの基質となるように抗体または他のタンパク質を改変することについてその他の開示がある:
(a) Stropら(2017)およびFariasら(2016)は、LLQGG、LSLSQG、GGGLLQGG、GLLQGなどのグルタミン含有タグを含むように設計された抗体のFc領域を開示しており、タグ中のグルタミンは、アミンアクセプターとして作用し、そのカルボキシ末端を含む抗体重鎖または軽鎖の様々な場所に配置することが可能である:
(b) Chenら(2005)は、XがLまたはIであるタグQSKVXによるタンパク質の改変の後に、トランスグルタミナーゼとコンジュゲートすることができることを開示している:
(c) Fischerら(2015)は、Fcドメインが欠如している抗体フラグメントに、
式:(Q)-NH-(C)-X-L-(V-(Y-(MまたはZ)z)q)r
のグルタミン(Q)含有タグを組み込むことを開示している:
(d) Rao-Naikら(2018)は、トランスグルタミナーゼ反応性とするために、抗体にグルタミン含有重鎖C-末端伸長部分を付加することを開示している。
トランスグルタミナーゼ反応性とするために抗体を改変することへの相補的なアプローチとして、Rao-Naikら(2017)は、トランスグルタミナーゼを改変して、野生型抗体へのコンジュゲートが可能となったことを開示している。
また、低分子ペプチドを含む分子を用いたトランスグルタミナーゼの基質特異性に関する研究もある:Ando et al. 1989, Kamiya et al. 2011, Ohtsuka et al. 2000。
トランスグルタミナーゼを用いた抗体または他のタンパク質のコンジュゲーションに関するその他の開示は、以下の通りである:Bregeon 2016, Bregeon et al. 2016, Bregeon et al. 2017, Dennler et al. 2014, Innate Pharma 2013, Lin et al. 2006, Mero et al. 2009, Mindt et al. 2008, Sato 2002, Sato et al. 2001, Schibli et al. 2007, and Sugimura et al. 2007。
また、マレイミド基へのマイケル付加を介したコンジュゲーションを行う目的のために、システインを含む末端伸長部分を抗体に結合させることも知られている。Liuら(2014)は、重鎖のC末端にそのような伸長部分を結合することを開示している。Babcookら(2017)は、そのような伸長部分を軽鎖C末端に結合させることを開示している。
本明細書で引用した文書についての筆頭著者または発明者および発行年による完全な引用は、本明細書の末部に記載されている。
我々は、抗体の重鎖および軽鎖の定常領域のループが、トランスグルタミナーゼによるコンジュゲーション(アミド基転移)に適合するように抗体を改変するための好ましい位置であることを見出した。
従って、一実施態様では、下記からなる群から選択される置換配列を有するIgG全長抗体を提供する:
(i) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
(ii) 重鎖のEU160~164のアミノ酸の、配列番号:11、配列番号:12、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:16または配列番号:17のアミノ酸による置換;
(iii) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18、配列番号:19または配列番号:20のアミノ酸による置換;
(iv) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22、配列番号:23または配列番号:24のアミノ酸による置換;
(v) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:25、配列番号:26、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
(vi) 重鎖のEU280~284のアミノ酸の、配列番号:29、配列番号:30または配列番号:31のアミノ酸による置換;
(vii) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:33、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:36、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
(viii) 重鎖のEU314~319のアミノ酸の、配列番号:48、配列番号:49または配列番号:50のアミノ酸による置換;
(ix) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
(x) 重鎖のEU358~362のアミノ酸の、配列番号:54または配列番号:55のアミノ酸による置換;
(xi) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63または配列番号:64のアミノ酸による置換;
(xii) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68または配列番号:69のアミノ酸による置換;
(xiii) 軽鎖のEU122~126のアミノ酸の、配列番号:70、配列番号:71または配列番号:72のアミノ酸による置換;
(xiv) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73、配列番号:74または配列番号:75のアミノ酸による置換;
(xv) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:76、配列番号:77、配列番号:78、配列番号:79、配列番号:81または配列番号:82のアミノ酸による置換;
(xvi) 軽鎖のEU182~190のアミノ酸の、配列番号:83、配列番号:84、配列番号:85、配列番号:86または配列番号:87のアミノ酸による置換;および
(xvii) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:89、配列番号:90、配列番号:91、配列番号:92、配列番号:93、配列番号:94、配列番号:95または配列番号:96のアミノ酸による置換。
別の実施態様では、以下からなる群から選択される置換配列を有するIgG全長抗体を提供する:
(I) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
(II) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18のアミノ酸による置換;
(III) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22のアミノ酸による置換;
(IV) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
(V) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
(VI) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
(VII) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:57、配列番号:58または配列番号:63のアミノ酸による置換;
(VIII) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:66または配列番号:68のアミノ酸による置換;
(IX) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73または配列番号:75のアミノ酸による置換;
(X) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:78または配列番号:82のアミノ酸による置換;および
(XI) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:92、配列番号:93または配列番号:94のアミノ酸による置換。
別の態様では、本明細書は、式(IV):
Figure 2022512481000003
[式中、
Abは、上記の下位項目(i)-(xvii)の置換配列を有する全長抗体であり;
Lは、置換配列のグルタミンに、アミド結合:
Figure 2022512481000004
を介してAbに結合したリンカー成分であり;および
Dは、タンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される]
のコンジュゲートを提供する。
別の態様では、本明細書は、以下の工程:
(a) 上記の下位項目(i)-(xvii)の置換配列を有する全長抗体を、トランスグルタミナーゼの存在下で、第一級アミンならびにタンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される成分を含むアミンドナー化合物と混合する工程;および
(b)トランスグルタミナーゼが、置換配列のグルタミンの側鎖カルボキサミドとアミンドナー化合物の第一級アミンとの間のアミド結合の形成を触媒して、抗体コンジュゲートを作成する工程、
を含む、抗体コンジュゲートの製造方法を提供する。
別の態様では、本明細書は、以下の工程:
(a) 上記の下位項目(i)-(xvii)の置換配列を有する全長抗体を、トランスグルタミナーゼの存在下で、第一化合物(第一化合物とは、第一級アミンおよび第一の反応性官能基を有するアミンドナー化合物である)と混合する工程;
(b) トランスグルタミナーゼが、置換配列のグルタミンの側鎖カルボキサミドと第一化合物の第一級アミンとの間にアミド結合の形成を触媒して、抗体および第一化合物との付加体を形成する工程;
(c) 前記付加体を、第二の反応性官能基ならびにタンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される成分を有する第二化合物と接触させる工程:前記第二の反応性官能基は、第一の反応性官能基と反応して、それらの間に共有結合を形成することができる;および
(d) 第一および第二の反応性官能基を反応させて、それらの間に共有結合を形成させることにより、抗体コンジュゲートを作成する工程、
を含む、抗体コンジュゲートの製造方法を提供する。
成分(場合によっては、第一化合物または第二化合物中の成分)が、タンパク質である場合、結果として得られるコンジュゲートは融合タンパク質である。成分が、放射性同位体である場合、結果として得られるコンジュゲートは、放射線治療または放射性物質を用いるイメージングに使用することができる。成分が、アッセイ剤、例えば、蛍光標識、重水素化ポリマーまたはビオチンのようなリガンドである場合、コンジュゲートは、病状の診断、治療のモニタリング、分析用途に使用することができる。好ましくは、成分は、治療剤であり(この場合、製品は、抗体-薬剤コンジュゲートまたはADCとも呼ばれる)、医学的治療(特に、癌の治療)に使用することができる。
図1は、本明細書で開示されているような改変を行うことができるヒトIgG1のCH1領域のループの位置を示す概略図である。 図2は、本明細書で開示されているような改変を行うことができるヒトIgG1のCH2領域におけるループの位置を示す概略図である。 図3は、本明細書で開示されているような改変を行うことができるヒトIgG1のCH3領域におけるループの位置を示す概略図である。 図4A、図4Bおよび図4Cは、配列番号:1の連続するアミノ酸番号とヒトIgG1抗体の重鎖定常領域のEU番号、さらにその中のループ関連アミノ酸との間の相関関係を示す。 図5Aおよび図5Bは、ヒトIgG1(配列番号:1)、IgG2(配列番号:2)、IgG3(配列番号:3)およびIgG4(配列番号:4)の定常領域のループ関連アミノ酸のアライメントを示す。 図6は、本明細書に開示されているように改変を行うことができるループのアライメントを、ヒトのカッパ(κ)およびラムダ(λ)軽鎖の定常領域を重ね合わせて示した概略図である。 図7は、配列番号:5の連続したアミノ酸番号とヒト抗体のκ軽鎖定常領域のEU番号、さらにその中のループ関連アミノ酸との間の相関関係を示す。 図8は、ヒトκ(配列番号:5)およびλ(配列番号:6)定常領域のループ関連アミノ酸の間のアライメントを示す。 図9は、トランスグルタミナーゼ反応性グルタミンを含むように、ループをどのように改変することができるかを示す概略図である。 図10は、トランスグルタミナーゼを用いてコンジュゲートを製造するための一段階方法および二段階方法を比較したものである。 図11A、図11Bおよび図11Cは、抗メソテリン抗体およびその抗体薬剤コンジュゲート(ADC)の、様々なヒト癌細胞株への結合を比較したものである。
発明の詳細な説明
定義
「抗体」とは、全抗体およびそのあらゆる抗原結合フラグメント(すなわち「抗原結合部分」)または一本鎖のバリアントをいう。全抗体は、ジスルフィド結合により、相互に連結された少なくとも2本の重鎖(H)および2本の軽鎖(L)からなるタンパク質である。各重鎖は、重鎖可変領域(V)および3つのドメイン(CH1、CH2、CH3)を含む重鎖定常領域を含む。各軽鎖は、軽鎖可変領域(VまたはV)および1つのシングルドメインであるCを含む軽鎖定常領域を含む。VおよびV領域は、保存性が高いフレームワーク領域(FR)と共に存在する相補性決定領域(CDR)と呼ばれる超可変領域にさらに細分化され得る。各VおよびVは、3つのCDRおよび4つのFRを含んでおり、アミノ末端からカルボキシ末端に向かって、以下の順序:FR1、CDR1、FR2、CDR2、FR3、CDR3、FR4で配置されている。可変領域は、抗原と相互作用する結合ドメインを含む。定常領域は、宿主の組織または因子、例えば、免疫系の様々な細胞(例えば、エフェクター細胞)または古典的な補体系の第一成分(Clq)との抗体の結合を媒介し得る。抗体が5×10-8M以下、より好ましくは1×10-8M以下、より好ましくは6×10-9M以下、より好ましくは3×10-9M以下、さらに好ましくは2×10-9M以下のKで抗原Xに結合する場合、抗体は抗原Xに「特異的に結合する」と言える。抗体は、キメラ抗体、ヒト化抗体または、好ましくはヒト抗体であり得る。重鎖定常領域は、グリコシル化のタイプまたは程度に影響を与えるか、抗体の半減期を延ばすか、エフェクター細胞または補体系との相互作用を増強または低下するか、またはその他の特性を調節するように生物工学的に設計することができる。設計とは、1または複数のアミノ酸の置換、追加または削除によるか、ドメインを別のイムノグロブリン由来のドメインに置換するか、あるいはこれらの組み合わせにより行うことができる。
抗体の「抗原結合フラグメント」および「抗原結合部分」(または単に「抗体部分」または「抗体フラグメント」)とは、抗原に特異的に結合する能力を保持する抗体の1または複数のフラグメントを意味する。抗体の抗原結合機能は、全長抗体のフラグメント、例えば、(i)V、V、CおよびCH1ドメインからなる1価のフラグメントであるFabフラグメント;(ii)ヒンジ領域でジスルフィド架橋により結合された2つのFabフラグメントを含む2価のフラグメントであるF(ab')フラグメント;(iii) 主にヒンジ領域の部分を有するFabであるFab'フラグメント(例えば、Abbas et al., Cellular and Molecular Immunology, 6th Ed., Saunders Elsevier 2007を参照されたい);(iv) VドメインおよびCH1ドメインを含むFdフラグメント;(v) 抗体のシングルアームのVドメインとVドメインを含むFvフラグメント;(vi) VドメインからなるdAbフラグメント(Ward et al., (1989) Nature 341:544-546);(vii) 単離された相補性決定領域(CDR);および(viii) 1つの可変ドメインと2つの定常ドメインを含む重鎖可変領域であるナノボディがある。好ましい抗原結合フラグメントは、Fab、F(ab')、Fab'、FvおよびFdフラグメントである。さらに、Fvフラグメントの2つのドメインであるVおよびVは、別々の遺伝子によってコードされているが、それらを、組換え法を用いて、合成リンカーにより結合させて、V領域およびV領域が対になって一価の分子を形成する単一のタンパク質の鎖として作成できる(単鎖FvまたはscFvとして知られている);例えば、Bird et al., (1988) Science 242:423-426;およびHuston et al.,(1988)Proc. Natl. Acad. Sci. USA 85:5879-5883) を参照されたい。このような一本鎖抗体も、抗体の「抗原結合部分」という用語に包含される。
別段の記載が無ければ、例えば、配列表中のアミノ酸位置の番号付けについて、即ち抗体の重鎖または軽鎖の可変領域(VまたはV)のアミノ酸位置の番号付けについては、Kabatシステム(Kabat et al., "Sequences of proteins of immunological interest, 5th ed., Pub. No. 91-3242, U.S. Dept. Health & Human Services, NIH, Bethesda, Md., 1991, 以下「Kabat」)に従い、抗体の重鎖または軽鎖の定常領域(CH1、CH2、CH3またはC)のアミノ酸位置の番号付けについては、Kabatに記載されているEUインデックスに従う(Lazar et al., US 2008/0248028 A1を参照されたい;その開示内容は、参照により本明細書に組み込まれる)。さらに、ImmunoGeneTics Information System(IMGT)は、"IMGT Scientific Chart: Correspondence between C Numberings" と題した表をそのウェブサイトで公開しており、重鎖定常領域に関するその番号付けシステム、EU番号付け、Kabat番号付けの間の対応を示している。
「単離された抗体」とは、異なる抗原特異性を有する他の抗体を実質的に含まない抗体を意味する(例えば、抗原Xを特異的に結合する単離された抗体は、抗原X以外の抗原を特異的に結合する抗体を実質的に含まない)。しかし、抗原Xに特異的に結合する単離された抗体は、他の抗原、例えば、別の種由来の抗原X分子との交差反応性を有する場合がある。ある実施態様においては、単離された抗体は、ヒト抗原Xに特異的に結合し、その他の(ヒト以外の)抗原Xの抗原とは交差反応しない。さらに、単離された抗体は、他の細胞物質および/または化学物質を実質的に含まないものであり得る。
「モノクローナル抗体」または「モノクローナル抗体組成物」とは、特定のエピトープに対して1つの結合特異性および親和性を示す、単一の分子組成の抗体分子の調製物を意味する。
「ヒト抗体」とは、フレームワーク領域およびCDR領域(存在する場合には、定常領域)の両方が、ヒト生殖系列免疫グロブリン配列から得られる可変領域を有する抗体を意味する。ヒト抗体は、後の改変(天然または合成の改変を含む)を含んでもよい。ヒト抗体は、ヒト生殖細胞系免疫グロブリン配列にコードされていないアミノ酸残基を含んでいてもよい(例えば、イン・ビボでのランダムまたは部位特異的突然変異誘発あるいはイン・ビトロでの体細胞突然変異により導入された突然変異)。しかし、「ヒト抗体」には、マウスなどの別の哺乳類種の生殖細胞系に由来するCDR配列を、ヒトのフレームワーク配列に組み込んだ抗体は含まれない。
「ヒトモノクローナル抗体」とは、フレームワーク領域およびCDR領域の両方が、ヒト生殖細胞由来の免疫グロブリン配列から得られる可変領域を有している1つの結合特異性を示す抗体を意味する。一実施態様では、ヒトモノクローナル抗体は、不死化細胞に融合したヒト重鎖導入遺伝子および軽鎖導入遺伝子を含むゲノムを有するトランスジェニック非ヒト動物、例えばトランスジェニックマウスから得られたB細胞を含むハイブリドーマにより産生される。
(実施態様)
一般的には、トランスグルタミナーゼ反応性グルタミンは、タンパク質鎖が突出しており(即ち、暴露されており、かつアクセシブルである)、かつ柔軟性のある領域に存在している必要がある。野生型抗体の重鎖には、約12個のグルタミンがあり、軽鎖にはさらに約6個のグルタミンが存在するが、Jegerらが(2010年)示したように、トランスグルタミナーゼによってアミド基転移され得るものは、重鎖のQ295のみである。なお且つ、Q295のアミド基転移には、近傍のs297位でのグリコシル化を未然に防ぐことが必要である。
重鎖のCH1、CH2、CH3ドメインおよび軽鎖の定常領域には、ループと呼ばれる突出した配列がある。これらのドメインは、Q295以外には、トランスグルタミナーゼ反応性のグルタミンを持っていないが、このドメインにアミド基転移が可能なグルタミンを導入するためのタンパク質工学の設計にとって適切な部位になり得ることを見出した。ループとは、一般的に、重鎖および軽鎖の定常領域に存在する突出した領域、いわゆるサブドメインであり、適切に配置されたグルタミンが存在する場合、トランスグルタミナーゼがより接近しやすい領域であると考えられる。
我々は、ヒトIgG1(hIgG1)のCH1ドメイン内に、改変候補となる5つのループを同定した。図1は、これらのループの位置を示す模式図である。また、hIgG1のCH2ドメインに6つ、CH3ドメインに5つのこのようなループを同定し、それらの位置を、各々図2および図3に示した。
図4A、4Bおよび4Cは、配列番号(配列番号:1)およびEU番号を用いたヒトIgG1のアミノ酸の相関関係をまとめて示すものである。さらに、各ループに関連するアミノ酸(つまり、ループ内またはループに隣接するもの)は、強調されている。4つのヒトIgGアイソタイプ-IgG1(配列番号:1)、IgG2(配列番号:2)、IgG3(配列番号:3)およびIgG4(配列番号:4)-は、CH1、CH2およびCH3ドメインで相同性が高く、主にヒンジ領域において相違している。図5Aおよび図5BのようにEU番号に従って並べると、4つのアイソタイプの間では、ループ関連アミノ酸において相同性が高いことが直ぐに判った(hIgG2、hIgG3およびIgG4のアミノ酸のEU番号は、図4A~4CのIgG1について示された相関関係として、またはLazarら、US 2008/0248028 A1などの刊行物を参照することにより得られる)。好ましい実施形態では、置換配列は、IgG1抗体に挿入される。別の好ましい実施形態では、置換配列はIgG4抗体に挿入されている。
グルタミンをトランスグルタミナーゼの基質として利用できるように設計され得るループも、軽鎖に存在する。カッパ鎖と軽鎖のタイプの間では、4つのIgG重鎖の間に比べてアミノ酸配列の相同性は低いが、低いにも拘らず、十分な構造的相同性が存在する。図6は、カッパ軽鎖とラムダ軽鎖の定常ドメインを重ね合わせた図であり、ループ領域がどのようにオーバーラップしているかを示している。図7は、配列の番号(配列番号:5)とEU番号を用いたヒトκ軽鎖定常ドメイン(Cκ)のアミノ酸の相関関係を示しており、またループ関連アミノ酸が強調されている。図8は、カッパおよびラムダ軽鎖定常ドメインのEU番号付けシステムに従うアライメントを示す(ラムダ鎖定常ドメイン(Cλ)のアミノ酸のEU番号は、図7またはLazar el al.,US 2008/0248028 A1などを参照して導き出すことができる)。
表Aは、EU番号表記を用いて、各ループについての関連アミノ酸を挙げたものである。
Figure 2022512481000005
トランスグルタミナーゼの基質となり得るグルタミンを含むようにループを生物工学的に設計する方法は様々である。生物工学的設計は、ループ内でも、その周辺部でも行うことができる。
いくつかのループはヘリックスを含んでおり、CH3ループ4の場合のように、ネイティブなグルタミンが存在する場合でも、ヘリックスのコイル状性質がアミド基転移を阻害する。このヘリックスを破壊すると、広がった柔軟なループとなり、そこに存在するグルタミンはアミド基転移が可能となり得る。ループの破壊には、セリン、プロリンまたはグリシンを用いることができる。このコンセプトは、図8のスキームに示されている(この画角は、図3のものとは異なる)。
置換配列中のグルタミンは、トランスグルタミナーゼの好ましい基質モチーフとして、-VLQ-のように、バリンとロイシンによってアミノ側に挟まれているのが好ましい。したがって、好ましい置換配列は、トリペプチド-VLQ-を含む。
ループ内に元々存在するが、アミド基転移には不利な位置に存在するグルタミンを、異なるアミノ酸で置換して、別のグルタミンをより有利な位置のループ内に挿入することができる。あるいは、置換配列は、ネイティブなグルタミンをアミド基転移により有利な位置に配置するように設計され得る。
実証として、Terrettら、US 8,268,970 B2(2012年)の抗体6A4と同じ重鎖および軽鎖CDRを有するIgG1抗メソテリン抗体を改変した。その重鎖および軽鎖の配列は、配列番号:98および配列番号:99として各々示されている。表Bは、そのCH1ドメインで行われた置換の一覧である。
Figure 2022512481000006
表Cは、そのCH2ドメインで行われた置換の一覧である。
Figure 2022512481000007

Figure 2022512481000008
表Dは、そのCH3ドメインで行われた置換の一覧である。
Figure 2022512481000009
表Eは、その軽鎖(κ)定常ドメインで行われた置換の一覧である。
Figure 2022512481000010
Figure 2022512481000011
本発明の抗体は、ホモ二量体であってもヘテロ二量体であってもよい。ホモ二量体である場合、2つの軽鎖-重鎖の対は同一である;即ち、軽鎖-重鎖の各対は、同一の置換配列および同一の可変領域を含む。ヘテロ二量体抗体は、両方の軽鎖-重鎖の対が、同じ可変領域を有する一方で、2つの軽鎖-重鎖の対の1つだけが置換配列を含むか、または各軽鎖-重鎖の対が異なる置換配列を含むという意味でヘテロ二量体抗体と言える。あるいは、ヘテロ二量体抗体は、同じ置換配列を持ちながら、異なる抗原に特異的に結合するように軽鎖-重鎖の各対が異なる可変領域を持つという意味で、二重特異性抗体であるとも言える。最後に、ヘテロ二量体抗体は、両方の意味でヘテロ二量体であり得る。
本願発明の方法によって改変およびコンジュゲートすることができる抗体には、以下の抗原を認識するものが含まれる:メソテリン、前立腺特異的膜抗原(PSMA)、CD19、CD22、CD30、CD70、B7H3、B7H4(O8Eとしても知られる)、タンパク質チロシンキナーゼ7(PTK7)、グリピカン-3、RG1、フコシル-GM1、CTLA4およびCD44。抗体は、動物(例えば、マウス)の抗体、キメラ抗体、ヒト化抗体、または好ましくは、ヒト抗体であり得る。抗体は、好ましくはモノクローナルであり、特にモノクローナルヒト抗体である。前記の抗原の一部に対するヒトモノクローナル抗体の製造は、Korman et al., US8,609,816B2(2013年;B7H4、08Eとしても知られている;特に、抗体2A7、1G11および2F9);Rao-Naik, et al., US8,097,703B2(2012年;CD19;特に、抗体5G7、13F1、46E8、21D4、21D4a、47G4、27F3および3C10);King, et al., US8,481,683B2(2013年;CD22;特に、抗体12C5、19A3、16F7および23C6);Keler, et al., US7,387,776B2(2008年;CD30;特に、抗体5F11、2H9および17G1);Terrett, et al., US8,124,738B2(2012年;CD70;特に、抗体2H5、10B4、8B5、18E7および69A7);Korman, et al., US6,984,720 B1(2006年;CTLA-4;特に、抗体10D1、4B6および1E2);Vistica, et al., US8,383,118 B2(2013年;フコシル-GM1、特に、抗体5B1、5B1a、7D4、7E4、13B8および18D5);Korman, et al., US8,008,449 B2(2011年;PD-1;特に、抗体17D8、2D3、4H1、5C4、4A11、7D3および5F4);Huang et al., US2009/0297438 A1(2009年;PSMA.特に、抗体1C3、2A10、2F5、2C6);Cardarelli et al., US7,875,278 B2(2011年;PSMA;特に、抗体4A3、7F12、8C12、8A11、16F9、2A10、2C6、2F5および1C3);Terrett, et al., US8,222,375 B2(2012年;PTK7;特に、抗体3G8、4D5、12C6、12C6aおよび7C8);Terrett, et al., US8,680,247 B2(2014年;グリピカン-3;特に、抗体4A6、11E7および16D10);Harkins, et al., US7,335,748 B2(2008年;RG1;特に、抗体A、B、CおよびD);Terrett, et al., US8,268,970 B2(2012年;メソテリン;特に、抗体3C10、6A4および7B1);Xu, et al, US2010/0092484 A1(2010年;CD44;特に、抗体14G9.B8.B4、2D1.A3.D12および1A9.A6.B9);Deshpande, et al., US8,258,266 B2(2012年;IP10;特に、抗体1D4、1E1、2G1、3C4、6A5、6A8、7C10、8F6、10A12、10A12Sおよび13C4);Kuhne, et al., US8,450,464 B2(2013年;CXCR4;特に、抗体F7、F9、D1およびE2);およびKorman, et al., US7,943,743 B2(2011年;PD-L1;特に、抗体3G10、12A4、10A5、5F8、10H10、1B12、7H1、11E6、12B7および13G4);これらの開示内容は、参照により本明細書に組み込まれる。
式(IV)のコンジュゲートに関して、
Figure 2022512481000012

(a) Dは、好ましくは、一実施態様において、細胞毒性薬剤であり;
(b) 別の好ましい実施態様では、Dは、TLR7、STING、NRLP3またはRIG-1アゴニストであり;
(c) 好ましい実施態様では、Lは-(CH)2-6-であり;
(d) 別の好ましい実施態様では、Lは、
Figure 2022512481000013

(式中、
Tは、自己開裂性基であり;
tは、0または1であり;
AAおよび各AAは、独立して、アラニン、β-アラニン、γ-アミノ酪酸、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、γ-カルボキシグルタミン酸、シトルリン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンからなる群から独立して選択され;
pは、1、2、3または4であり;
qは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり;および
rは、0、1、2、3、4または5である)
である。
一般的に、トランスグルタミナーゼを介した抗体コンジュゲートの製造は、図2のスキームに示されているように、一段階方法または二段階方法により行うことができる。一段階方法では、トランスグルタミナーゼが、アミンアクセプターとして作用する伸長部分上のグルタミンカルボキサミドと、アミンドナー化合物であるHN-L-D(式中、Lはリンカー成分であり、パートナー分子Dは、タンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤または治療剤である)を結合させて、コンジュゲートを直接形成させる。二段階方法では、トランスグルタミナーゼの触媒作用により、アミンアクセプターとして作用する伸長部分上のグルタミンカルボキサミドと、アミンドナー化合物である第一化合物(HN-L'-R')(式中、L'は第一のリンカー成分であり、R'は第一の反応性官能基である)との間で最初のアミド基転移付加体が形成される。その後、該付加体を、第二化合物(R''-L''-D)(式中、R''は、R'と反応可能な第二の反応性官能基であり、L''は、第二のリンカー成分であり、Dは上記に定義したとおりである)と反応させる。化学工程および酵素工程の両方を伴うことから、一段階方法を酵素工程と呼び、二段階方法を化学-酵素工程と呼ぶこともある。L、L'およびL''の各々は、アルキル鎖-(CH)m-(式中、mは2~10の整数である)であるか、または特にLおよびL''の場合には、後述するようなより複雑な構造であり得る。
アミンドナーは、HN-L-DまたはHN-L'-R'のいずれであっても、グルタミンカルボキサミドと抗体リジンのε-アミノ基との間の望ましくないアミド基転移を抑制するために、大過剰量で使用されることが多い。Dが高価であったり、入手困難であったりする場合には、大過剰量で使用することは現実的ではない。そのような場合には、追加工程が必要であるとしても、二段階方法が好ましい場合がある。
好ましい実施態様において、一段階方法におけるアミンドナー化合物は、式(I):
Figure 2022512481000014
(式中、Dは、タンパク質、放射性同位体、アッセイ剤または治療剤である)
により表される。
別の好ましい実施態様において、一段階方法のためのアミンドナー化合物は、式(Ia):
Figure 2022512481000015
(式中、
Dは、タンパク質、放射性同位体、アッセイ剤または治療剤であり;
Tは、自己開裂性基であり;
tは、0または1であり;
AAおよび各AAは、アラニン、β-アラニン、γ-アミノ酪酸、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、γ-カルボキシグルタミン酸、シトルリン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンからなる群から独立して選択され;
pは、1、2、3または4であり;
qは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり;および
rは、0、1、2、3、4または5である)
により表される構造を有する。
式(Ia)、(Ia')および(III)(下記)において、-AA-[AA]p-は、pの値によって長さが決まるポリペプチド(例えば、pが1である場合はジペプチドであり、pが3である場合はテトラペプチドである)を表す。AAは、ポリペプチドのカルボキシ末端にあり、そのカルボキシル基はD(または、Tが存在する場合はT)のアミン窒素とペプチド(アミド)結合を形成している。逆に、最後のAAは、ポリペプチドのアミノ末端にあり、そのα-アミノ基は、
Figure 2022512481000016
とペプチド結合を形成する。
好ましいポリペプチド-AA-[AA]-は、Val-Cit、Val-Lys、Lys-Val-Ala、Asp-Val-Ala、Val-Ala、Lys-Val-Cit、Ala-Val-Cit、Val-Gly、Val-GlnおよびAsp-Val-Citであり、HN-Val-Cit-COHのように従来のNからC方向に記載されている)。より好ましくは、ポリペプチドは、Val-Cit、Val-LysまたはVal-Alaである。好ましくは、ポリペプチド-AA[AA]p-は、標的細胞の内部に存在する酵素、例えば、カテプシン(特に、カテプシンB)によるか、または標的臓器もしくは組織の周辺に存在する酵素により切断できる。
下付き文字のsが1である場合、化合物(Ia)は、ポリ(エチレングリコール)(PEG)基を含んでおり、この基は、化合物(Ia)の溶解性を有利に向上させて、水性媒体中で行われる工程である抗体とのコンジュゲーションを促進させ得る。また、PEG基は、抗体の立体形態がペプチド切断酵素の作用を立体的に妨害しないように、抗体とペプチド-AA-[AA]p-間のスペーサーとして機能し得る。
下付き文字tが、t=0または1として示される場合、自己開裂性基Tは、所望により存在していてもよい。自己開裂性基とは、場合に応じて、AAまたはAAの開裂により、自己開裂性基がDから離脱し、Dが治療的機能を発揮できるようになる反応経路を開始する基である。自己開裂性基Tは、好ましくはp-アミノベンジルオキシカルボニル(PABC)基であり、その構造を、以下に示す。式中のアスタリスク(*)は、Dのアミン窒素に結合したPABCの末端を示し、波線(
Figure 2022512481000017
)は、ポリペプチド-AA-[AA]p-への結合末端を示している。PABC基は、2019年5月29日に出願された米国仮出願番号第16/425,596号に開示されるように置換され得る:
Figure 2022512481000018
別の自己開裂性基としては、Feng, US7,375,078 B2(2008)に開示されている置換されたチアゾールを使用できる。
二段階のコンジュゲーションでは、基R'およびR''の多くの組み合わせを使用することができる。R'およびR''(または、その逆、R''およびR')の好適な組み合わせには、以下のものが挙げられる:
(a) マレイミド基およびスルフヒドリル基(下記のようにマイケル付加体を形成する):
Figure 2022512481000019

(b) ジベンゾシクロオクチン基およびアジド基(下記のように「クリック」ケミストリーによる環化付加体を形成する):
Figure 2022512481000020

(c) N-ヒドロキシスクシンイミドエステルおよびアミン(下記のようにアミドを形成する):
Figure 2022512481000021
(d) アルデヒドまたはケトン(ここで、「アルキル」は、好ましくはC1-3アルキルである)およびヒドロキシルアミン(以下のようにオキシムを形成する):
Figure 2022512481000022
従って、R'は、
Figure 2022512481000023
から選択することができるが一方で、R''は、
Figure 2022512481000024
から選択することができる。
二段階方法のための適切なアミンドナーである第一化合物は、式(II):
Figure 2022512481000025
(式中、R'は、上記に定義した通りであり、好ましくは、
Figure 2022512481000026
である)
に示される。
対応する適切な化合物R''-L''-Dは、式(III):
Figure 2022512481000027
(式中、R''は、上記に定義した通りであり、好ましくは、
Figure 2022512481000028
であり、r、q、AA、p、AA、T、tおよびDは、式(Ia)に関して上記の定義した通りである)
により示される。
癌治療にコンジュゲートを使用することを目的としている例では、治療剤は、標的となる癌細胞の死を引き起こす細胞毒性薬剤であり得る。コンジュゲートに使用することができる細胞毒性薬剤には、以下の化合物のタイプならびにそのアナログおよび誘導体が挙げられる:
(a) エンジイン類、例えば、カリケアマイシン(例えば、Lee et al., J. Am. Chem. Soc. 1987, 109, 3464 and 3466を参照のこと)およびウンシアラマイシン(例えば、Davies et al., WO 2007/038868 A2 (2007);Chowdari et al., US 8,709,431 B2 (2012);およびNicolaou et al., WO 2015/023879 A1 (2015)を参照のこと);
(b) ツブリシン類(例えば、Domling et al., US 7,778,814 B2 (2010);Cheng et al., US 8,394,922 B2 (2013);およびCong et al., US 8,980,824 B2 (2015)を参照されたい);
(c) DNAアルキル化剤、例えば、CC-1065およびデュオカルマイシンのアナログ(例えば、Yang et al., US 2018/0051031 A1 (2018);Boger, US 6,5458,530 B1 (2003);Sufi et al., US 8,461,117 B2 (2013);およびZhang et al., US 8,852,599 B2 (2014)を参照のこと);
(d) エポチロン類(例えば、Vite et al., US 2007/0275904 A1 (2007)およびUS RE42930 E (2011)を参照のこと);
(e) オーリスタチン類(例えば、Senter et al., US 6,844,869 B2 (2005)およびDoronina et al., US 7,498,298 B2 (2009)を参照のこと);
(f) ベンゾジアゼピン二量体(例えば、Zhang et al., US 9,527,871 B2 (2016);Zhang et al., US 9,688,694 B2 (2017);McDonald et al., US 9,526,801 B2 (2016);Howard et al., US 2013/0059800 A1(2013);US 2013/0028919 A1 (2013);およびWO 2013/041606 A1 (2013)を参照のこと);および
(g) メイタンシノイド類、例えば、DM1およびDM4(例えば、Chari et al., US 5,208,020 (1993)およびAmphlett et al., US 7,374,762 B2 (2008)を参照のこと)。
好ましくは、薬剤は、DNAアルキル化剤、ツブリシン、オーリスタチン、ピロロベンゾジアゼピン、エンジインまたはメイタンシノイド化合物である。具体的な例として、
Figure 2022512481000029
Figure 2022512481000030
を例示するが、これに限定するものではない。
免疫系には、病原体関連分子パターン(PAMP)を天然のリガンドとする受容体がある。PAMPがその受容体に結合すると、免疫系が活性化され、関連病原体による感染を防止する。さらに、これらの受容体は、合成アゴニストによっても活性化され、実際の病原体感染以外の様々な症状を治療する際にワクチンまたは免疫療法剤の作用に対してアジュバント効果を示す。特に、イピリムマブ、ニボルマブおよびペムブロリズマブなどの免疫腫瘍剤は、このアジュバント効果の恩恵を受けることができる。合成アゴニストによって活性化され得る受容体としては、TLR3、TLR7、TLR9(各々Toll様受容体-3、-7、-9)、STING(インターフェロン遺伝子の刺激因子;MPYS、TMEM173、MITAまたはERISとしても知られる)、NLRP3(NOD様受容体タンパク質3)およびRIG-I(レチノイン酸誘導性遺伝子I)が挙げられる。従って、別の実施態様では、治療剤は、TLR3、TLR7、TLR9、STING、NLRP3またはRIG-Iのアゴニストである。特に、治療剤は、Poudel et al., US 2019/0055243 A1(2019);Young et al., US 2019/0055244 A1(2019);Poudel et al., US 2019/0055245 A1(2019);He et al., US 2019/0055246 A1(2019);He et al., US 2019/0055247 A1(2019);およびPurandare et al., PCT出願番号PCT/US2019/028697(2019年4月23日提出)に開示されているようなTLR7アゴニストであり得る。
本発明の実施は、例示のために提供される以下の実施例を参照することにより、さらに理解することができるが、これらに限定するものではない。
実施例1-改変抗体のコンジュゲーション
本明細書に開示された改変抗体を、抗がん剤としてのツブリシンアナログならびにアミンドナーとして機能し得るアルキルアミノ基でターミネートされたジペプチドリンカーを有する化合物A(Young et.al.,2019年6月11日出願の米国出願番号第16/437047号)に結合させた。
Figure 2022512481000031
組換えバクテリアのトランスグルタミナーゼを用いたアミンドナーとしての化合物Aと本明細書に記載の改変抗体とのコンジュゲーションを、以下に記載のプロトコルに従って行った。
トランスグルタミナーゼを用いて、本明細書に記載されたように改変された抗体とアミンドナーとのコンジュゲーションを、以下に示すプロトコルに従って行った。V65IおよびY75Fの点変異を有するディスパーゼ活性化BTGaseを使用した。それを使用する前に調製物(20mM酢酸緩衝液、10%グリセロール;pH4)を50mM酢酸ナトリウム(pH5.5)中で透析した。
50mM Tris-HCl(pH8.0)または20mM ヒスチジン、50mM イミジゾールおよび10%スクロース(pH~7.8)中の抗体(~2mg/mL)を、抗体あたり0.2モル過剰のトランスグルタミナーゼの存在下で、部位あたり10倍モル過剰のアミンドナーと反応させた。反応を、穏やかに攪拌しながら37℃で終夜行った。
抗体薬剤コンジュゲートを、0.2μmでろ過を行い、mAb Select SuRe(登録商標)カラム(GE Healthcare)を用いて精製した。このコンジュゲートを、50mM Tris-HCl(pH8.0)で予め平衡化済のカラムにロードし、10CV(カラム容量)の平衡化緩衝液で洗い、その後10CVの50mM Tris-HCl、17%アセトニトリル(pH8.0)で洗い、未反応のアミンドナーを除去した。カラムを、50mM Tris-HCl(pH8.0)を用いて再度平衡化した後、0.1M クエン酸塩(pH3.5)を用いて、1mLの画分で溶出させて、溶出量の1/10の1M Tris(pH8.0)を用いて中和した。目的の分画物を、調製用緩衝液(20mM ヒスチジン、10%シュクロース(pH6.0))中で透析して、純度および薬剤/抗体比について、LC-MS(ESI-QTOF)、RP-HPLCおよびSDS-PAGEにより分析した。
実施例2-コンジュゲートされた改変抗体の特徴分析
Terrettらの抗メソテリン抗体6A4(US 8,268,970 B2(2012))を、トランスグルタミナーゼによる化合物Aへの結合を可能にするために、本明細書に開示された置換配列の性能を評価するためのモデル抗体として使用した。酵素を介したコンジュゲーションを防止するために、この抗体はK222R部位特異的変異を含む。
50mM イミダゾール、10%スクロース(pH8)中の抗体(5mg/mL)を、抗体あたり0.2モル過剰の組換えバクテリアトランスグルタミナーゼの存在下で、部位あたり10倍モル過剰のアミンドナーと反応させた。穏やかに攪拌しながら37℃で終夜インキュベーションを行った後に、反応混合物を、DAR評価のためにLC-MS(ESI-QTOF)により分析した。
トランスグルタミナーゼによってコンジュゲートされたことが上記方法により確認された抗体を表Fに示す。薬剤-抗体比またはDARは、各抗体に結合した薬剤成分(ツブリシンアナログ)の数である。非グリコシル化抗体は、Q295AおよびN297Aの変異を有しており、そのため野生型のN297Aグリコシル化部位が除去されている。
Figure 2022512481000032

Figure 2022512481000033
置換配列を持つ選択した抗体について、Q295AおよびN297Aの変異を起こさず、野生型のN297Aのグリコシル化部位をそのまま残し、グリコシル化が存在することについてのDARへの影響も調べた。その結果を表Gに示した。
Figure 2022512481000034
実施例3-改変抗体コンジュゲートのがん細胞への結合
置換配列CH3-4.14、CH1-4.6またはCH3-2.11により改変した抗メソテリン抗体6A4を、化合物Aと結合させた。アイソタイプコントロールとして、抗CD70抗体と化合物Aとのコンジュゲートを作成した。抗CD70抗体は、グリコシル化を避けるためにN297Aの部位特異的置換を有しており、近傍のQ295をアミド基転移部位として利用することができる。
細胞株および培養条件:ヒト上皮癌細胞株H226、N87およびOVCAR3ならびにハムスター卵巣細胞株CHO-K1を、アメリカンタイプ・カルチャー・コレクション(ATCC,Rockville,MD)から入手した。細胞は、10%のFBS(Gibco, USA)を添加したRPMIまたはDMEM(Gibco,USA)において、標準的な条件下(37℃、5%COを含む加湿雰囲気)で培養した。アッセイ時に細胞は、80%のコンフルエンシーであった。濃度および生存率は、トリパンブルー排除アッセイを用いて、血球計数板で測定した。
表面結合抗体分析:試験サンプルの独立した連続希釈液(最終容量50μL)を、1%FBSを含む培養培地を用いて96ウェルプレートにおいて二連で調製した。CellStripper剥離試薬(Corning)を用いて細胞を剥離した。PBSで洗浄した後、細胞を試験サンプルの連続希釈液と共に25℃で1時間インキュベートし、その後、アッセイ緩衝液を用いて遠心分離器により1回洗浄した。細胞を、アッセイ緩衝液を用いて、1:50に希釈した検出試薬(PE結合ヤギF(ab’)抗ヒトIgG(Jackson Immuno Research))に再懸濁した。プレートを25℃で30分間インキュベートした後、アッセイ緩衝液で遠心分離器にかけながら1回洗浄した。細胞を、80μlのアッセイ緩衝液に再懸濁して、CytoFLEXにより分析した。
図11A、11Bおよび11Cは、各々H226、OVCAR3およびN87細胞に対する3つのコンジュゲート(ADC)の結合を、非コンジュゲート抗体6A4の結合と比較したものである。これら3つの細胞株は、細胞表面にメソテリンを発現しているが、CD70は発現していない。図から理解され得るが、3つのコンジュゲートの結合は、非コンジュゲート抗体6A4の結合と実質的に区別がつかない。これらの結果は、置換配列による抗体の改変が抗原への結合に影響を与えないことを示している。予想した通り、抗Cd70抗体を用いたアイソタイプコントロールは、これらの細胞に結合しなかった。
実施例4-改変抗体コンジュゲートの細胞毒性
N87細胞、OVCAR3細胞、H226細胞に対する前記実施例の3つのコンジュゲートのイン・ビトロの細胞毒性を測定した。全てのものが、1nM未満のIC50を示し、高い効力を示した。その結果を表Hに示す。
Figure 2022512481000035
イン・ビトロ細胞毒性アッセイの手順は以下の通りであった:ADCは、N87、H226、OVCAR3およびCHO K1細胞(後者は、ネガティブコントロールとして)に対するイン・ビトロでの効力を評価した。細胞を、10%FBSを含む100μLのRPMI-1640培地で、96ウェルの平底プレートに10細胞/ウェル(N87、OVCAR3およびH226)および1000細胞/ウェル(CHO K1)で播種した。37℃で4時間、細胞を接着させた。各ADCの3倍濃度のストック溶液を、1:3系列で連続希釈し、細胞に添加した後、薬剤処理後に50μlの追加の増殖培地を添加した。処理した細胞を、37℃で7日間培養し、プロメガ社のCell Titer-Glo(CTG) 発光細胞生存性アッセイを用いて細胞の生存率を評価した。調製したCTG試薬100μLを各ウェルに加えて、10分間穏やかに振盪を行った。Cytation 5(Biotek Instruments)を用いて、発光を測定した。細胞生存率は、以下の式で算出した:処理したサンプルの平均発光量/未処理のコントロールサンプルの平均発光量)×100。EC50値は、GraphPad Prism v7.02ソフトウェア(La Jolla, CA, USA)を用いたロジスティック非線形回帰分析により決定した。ADCは、メソテリンを発現していないCHO K1細胞の増殖に対する抑制効果はなかった。
実施例5-改変抗体コンジュゲートの安定性
化合物Aの抗がん剤として作用するツブリシンアナログは、アセテート基を有している(上記構造式中の点線の枠を参照されたい)。加水分解(脱アセチル化)によってその基が失われると、ツブリシンアナログはその細胞毒性を失う。
本明細書で開示した置換配列を有する抗メソテリン抗体6A4を用いて作成したコンジュゲートの安定性を、置換配列を有さない同じ抗体の安定性と比較した。2つのパラメータを測定した:(a)脱アセチル化率、および(b)示差走査熱量計(DSC)で測定した抗体の熱誘導性解離に対する耐性。その結果を表Iに示す。
Figure 2022512481000036
SCIDマウス血清中のADCにおけるツブリシンアナログの脱アセチル化を、以下の通りに測定した:ADCを、500μLのSCIDマウス血清において、50μg/mlの目的濃度に希釈して、37℃でインキュベートした。インキュベートしたサンプルプレートから80μlの血清サンプルを採取して、0日目、1日目、2日目、5日目に直ちに凍結した。全てのADCを、「単一親和性」または「二重親和性」捕捉法を用いて血清から抽出して、LC-HRMSにより分析した。簡単に言うと、ADCは、常用の抗ヒトF(ab)試薬を用いて血清から捕捉した。LC-コンジュゲートADC(LC C-term)の場合、ADCを、ビーズから溶出した後、鎖間ジスルフィド結合の還元によりLCとHCを分離した。HC-FabコンジュゲートADC(S190)の場合、固定されたADCを、IdeS酵素で「ビーズ上」で消化した後、F(ab’)を溶出させ、鎖間ジスルフィドを還元して、LCとFdを分離した。HC-FcコンジュゲートADC(Q295、Q418、G385、HCC-term)の場合、捕捉したADCを、IdeS(非グリコシル化ADC)またはIdeS+PNGase F(N-グリカンADC)で消化し、脱グリコシル化Fcフラグメントを放出させた。ビーズを捨てて、消化混合物中に存在するFcを、抗ヒトFc捕捉用試薬でコーティングされた第二のビーズを加えてさらに捕捉した。
前述の発明の詳細な説明には、本発明の特定の部分または態様と、大部分または排他的に関係する箇所が含まれている。これは、明確化および利便性のためであり、特定の特徴は、それが開示されている箇所以外にも関連している可能性があり、本明細書の開示は、異なる箇所に見られる情報のすべての適切な組み合わせを含むことを理解されたい。同様に、本明細書の様々な図や説明は、本発明の特定の実施態様に関するものであるが、特定の特徴が特定の図または実施態様の文脈で開示されている場合、かかる特徴は、適切な範囲で、別の図または実施態様の文脈で別の特徴と組み合わせて、または本発明全般に使用できることも理解されたい。
さらに、本発明を特定の好ましい実施態様により具体的に説明してきたが、本発明はそのような好ましい実施態様に限定されるものではない。むしろ、本発明の範囲は、添付の特許請求の範囲によって定義される。
(引用文献)
本明細書において筆頭著者(または発明者)および日時により略式にて引用された以下の文献についての全ての引用文献を、以下に記載する。これらの各文献は、あらゆる目的のために本明細書に組み込まれる。
Figure 2022512481000037

Figure 2022512481000038

Claims (24)

  1. 下記:
    (i) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (ii) 重鎖のEU160~164のアミノ酸の、配列番号:11、配列番号:12、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:16または配列番号:17のアミノ酸による置換;
    (iii) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18、配列番号:19または配列番号:20のアミノ酸による置換;
    (iv) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22、配列番号:23または配列番号:24のアミノ酸による置換;
    (v) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:25、配列番号:26、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (vi) 重鎖のEU280~284のアミノ酸の、配列番号:29、配列番号:30または配列番号:31のアミノ酸による置換;
    (vii) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:33、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:36、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (viii) 重鎖のEU314~319のアミノ酸の、配列番号:48、配列番号:49または配列番号:50のアミノ酸による置換;
    (ix) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (x) 重鎖のEU358~362のアミノ酸の、配列番号:54または配列番号:55のアミノ酸による置換;
    (xi) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63または配列番号:64のアミノ酸による置換;
    (xii) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68または配列番号:69のアミノ酸による置換;
    (xiii) 軽鎖のEU122~126のアミノ酸の、配列番号:70、配列番号:71または配列番号:72のアミノ酸による置換;
    (xiv) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73、配列番号:74または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (xv) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:76、配列番号:77、配列番号:78、配列番号:79、配列番号:81または配列番号:82のアミノ酸による置換;
    (xvi) 軽鎖のEU182~190のアミノ酸の、配列番号:83、配列番号:84、配列番号:85、配列番号:86または配列番号:87のアミノ酸による置換;および
    (xvii) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:89、配列番号:90、配列番号:91、配列番号:92、配列番号:93、配列番号:94、配列番号:95または配列番号:96のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される改変を有する、IgG全長抗体。
  2. IgG1抗体である、請求項1記載の抗体。
  3. 改変が重鎖である、請求項2記載の抗体。
  4. 改変が、以下:
    (I) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (II) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18のアミノ酸による置換;
    (III) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22のアミノ酸による置換;
    (IV) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (V) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (VI) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (VII) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:57、配列番号:58または配列番号:63のアミノ酸による置換;
    (VIII) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:66または配列番号:68のアミノ酸による置換;
    (IX) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (X) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:78または配列番号:82のアミノ酸による置換;および
    (XI) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:92、配列番号:93または配列番号:94のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される、請求項2に記載の抗体。
  5. 改変が、カッパ軽鎖に存在する、請求項2に記載の抗体。
  6. 置換配列が、トリペプチド-VLQ-を含む、請求項2に記載の抗体。
  7. 式(IV):
    Figure 2022512481000039
    [式中、
    Abは、下記:
    (i) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (ii) 重鎖のEU160~164のアミノ酸の、配列番号:11、配列番号:12、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:16または配列番号:17のアミノ酸による置換;
    (iii) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18、配列番号:19または配列番号:20のアミノ酸による置換;
    (iv) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22、配列番号:23または配列番号:24のアミノ酸による置換;
    (v) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:25、配列番号:26、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (vi) 重鎖のEU280~284のアミノ酸の、配列番号:29、配列番号:30または配列番号:31のアミノ酸による置換;
    (vii) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:33、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:36、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (viii) 重鎖のEU314~319のアミノ酸の、配列番号:48、配列番号:49または配列番号:50のアミノ酸による置換;
    (ix) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (x) 重鎖のEU358~362のアミノ酸の、配列番号:54または配列番号:55のアミノ酸による置換;
    (xi) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63または配列番号:64のアミノ酸による置換;
    (xii) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68または配列番号:69のアミノ酸による置換;
    (xiii) 軽鎖のEU122~126のアミノ酸の、配列番号:70、配列番号:71または配列番号:72のアミノ酸による置換;
    (xiv) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73、配列番号:74または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (xv) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:76、配列番号:77、配列番号:78、配列番号:79、配列番号:81または配列番号:82のアミノ酸による置換;
    (xvi) 軽鎖のEU182~190のアミノ酸の、配列番号:83、配列番号:84、配列番号:85、配列番号:86または配列番号:87のアミノ酸による置換;および
    (xvii) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:89、配列番号:90、配列番号:91、配列番号:92、配列番号:93、配列番号:94、配列番号:95または配列番号:96のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される置換配列を有する全長抗体であり;
    Lは、置換配列のグルタミンに、アミド結合:
    Figure 2022512481000040
    を介してAbに結合したリンカー成分であり;および
    Dは、タンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される]
    のコンジュゲート。
  8. Dが、治療剤である、請求項7に記載のコンジュゲート。
  9. Dが、TLR3、TLR7、TLR9、STING、NLRP3またはRIG-Iアゴニストである、請求項7に記載のコンジュゲート。
  10. Lが、式(Ia'):
    Figure 2022512481000041
    (式中、
    Tは、自己開裂性基であり;
    tは、0または1であり;
    AAおよび各AAは、アラニン、β-アラニン、γ-アミノ酪酸、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、γ-カルボキシグルタミン酸、シトルリン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンからなる群から独立して選択され;
    pは、1、2、3または4であり;
    qは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり;および
    rは、0、1、2、3、4または5である)
    である、請求項7に記載のコンジュゲート。
  11. 抗体が、以下:
    (I) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (II) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18のアミノ酸による置換;
    (III) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22のアミノ酸による置換;
    (IV) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (V) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (VI) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (VII) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:57、配列番号:58または配列番号:63のアミノ酸による置換;
    (VIII) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:66または配列番号:68のアミノ酸による置換;
    (IX) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (X) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:78または配列番号:82のアミノ酸による置換;および
    (XI) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:92、配列番号:93または配列番号:94のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される改変を含む、請求項7に記載のコンジュゲート。
  12. 以下の工程:
    (a) 全長抗体を、トランスグルタミナーゼの存在下で、第一級アミンならびにタンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される成分を含むアミンドナー化合物と混合する工程であって、該抗体が、
    (i) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (ii) 重鎖のEU160~164のアミノ酸の、配列番号:11、配列番号:12、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:16または配列番号:17のアミノ酸による置換;
    (iii) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18、配列番号:19または配列番号:20のアミノ酸による置換;
    (iv) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22、配列番号:23または配列番号:24のアミノ酸による置換;
    (v) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:25、配列番号:26、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (vi) 重鎖のEU280~284のアミノ酸の、配列番号:29、配列番号:30または配列番号:31のアミノ酸による置換;
    (vii) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:33、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:36、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (viii) 重鎖のEU314~319のアミノ酸の、配列番号:48、配列番号:49または配列番号:50のアミノ酸による置換;
    (ix) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (x) 重鎖のEU358~362のアミノ酸の、配列番号:54または配列番号:55のアミノ酸による置換;
    (xi) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63または配列番号:64のアミノ酸による置換;
    (xii) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68または配列番号:69のアミノ酸による置換;
    (xiii) 軽鎖のEU122~126のアミノ酸の、配列番号:70、配列番号:71または配列番号:72のアミノ酸による置換;
    (xiv) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73、配列番号:74または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (xv) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:76、配列番号:77、配列番号:78、配列番号:79、配列番号:81または配列番号:82のアミノ酸による置換;
    (xvi) 軽鎖のEU182~190のアミノ酸の、配列番号:83、配列番号:84、配列番号:85、配列番号:86または配列番号:87のアミノ酸による置換;および
    (xvii) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:89、配列番号:90、配列番号:91、配列番号:92、配列番号:93、配列番号:94、配列番号:95または配列番号:96のアミノ酸による置換
    からなる群から選択される置換配列を有する工程;ならびに
    (b)トランスグルタミナーゼが、置換配列のグルタミンの側鎖カルボキサミドとアミンドナー化合物の第一級アミンとの間のアミド結合の形成を触媒して、抗体コンジュゲートを作成する工程、
    を含む、抗体コンジュゲートの製造方法。
  13. アミンドナー化合物が、以下の構造:
    N-L-D
    (式中、Lはリンカー成分であり、Dは、タンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤または治療剤である)
    を有する、請求項12に記載の方法。
  14. アミンドナー化合物が、以下の構造:
    Figure 2022512481000042
    を有する、請求項13に記載の方法。
  15. アミンドナー化合物が、式(Ia):
    Figure 2022512481000043
    (式中、
    Dは、タンパク質、放射性同位体、アッセイ剤または治療剤であり;
    Tは、自己開裂性基であり;
    tは、0または1であり;
    AAおよび各AAは、アラニン、β-アラニン、γ-アミノ酪酸、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、γ-カルボキシグルタミン酸、シトルリン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンからなる群から独立して選択され;
    pは、1、2、3または4であり;
    qは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり;および
    rは、0、1、2、3、4または5である)
    により示される構造を有する、請求項12に記載の方法。
  16. 成分が、治療剤である、請求項12に記載の方法。
  17. 治療剤が、TLR3、TLR7、TLR9、STING、NLRP3またはRIG-Iアゴニストである、請求項16に記載の方法。
  18. 抗体が、以下:
    (I) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (II) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18のアミノ酸による置換;
    (III) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22のアミノ酸による置換;
    (IV) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (V) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (VI) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (VII) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:57、配列番号:58または配列番号:63のアミノ酸による置換;
    (VIII) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:66または配列番号:68のアミノ酸による置換;
    (IX) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (X) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:78または配列番号:82のアミノ酸による置換;および
    (XI) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:92、配列番号:93または配列番号:94のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される改変を有する、請求項16に記載の方法。
  19. 下記工程:
    (a) 全長抗体を、トランスグルタミナーゼの存在下で、第一化合物(第一化合物とは、第一級アミンおよび第一の反応性官能基を有するアミンドナー化合物である)と混合する工程であって、該抗体が、
    (i) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:7、配列番号:8、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (ii) 重鎖のEU160~164のアミノ酸の、配列番号:11、配列番号:12、配列番号:13、配列番号:14、配列番号:16または配列番号:17のアミノ酸による置換;
    (iii) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18、配列番号:19または配列番号:20のアミノ酸による置換;
    (iv) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22、配列番号:23または配列番号:24のアミノ酸による置換;
    (v) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:25、配列番号:26、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (vi) 重鎖のEU280~284のアミノ酸の、配列番号:29、配列番号:30または配列番号:31のアミノ酸による置換;
    (vii) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:33、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:36、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:47、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (viii) 重鎖のEU314~319のアミノ酸の、配列番号:48、配列番号:49または配列番号:50のアミノ酸による置換;
    (ix) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (x) 重鎖のEU358~362のアミノ酸の、配列番号:54または配列番号:55のアミノ酸による置換;
    (xi) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:56、配列番号:57、配列番号:58、配列番号:59、配列番号:60、配列番号:61、配列番号:62、配列番号:63または配列番号:64のアミノ酸による置換;
    (xii) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:65、配列番号:66、配列番号:67、配列番号:68または配列番号:69のアミノ酸による置換;
    (xiii) 軽鎖のEU122~126のアミノ酸の、配列番号:70、配列番号:71または配列番号:72のアミノ酸による置換;
    (xiv) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73、配列番号:74または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (xv) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:76、配列番号:77、配列番号:78、配列番号:79、配列番号:81または配列番号:82のアミノ酸による置換;
    (xvi) 軽鎖のEU182~190のアミノ酸の、配列番号:83、配列番号:84、配列番号:85、配列番号:86または配列番号:87のアミノ酸による置換;および
    (xvii) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:89、配列番号:90、配列番号:91、配列番号:92、配列番号:93、配列番号:94、配列番号:95または配列番号:96のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される置換配列を有する工程;
    (b) トランスグルタミナーゼが、置換配列のグルタミンの側鎖カルボキサミドと第一化合物の第一級アミンとの間にアミド結合の形成を触媒して、該抗体および第一化合物との付加体を形成する工程;
    (c) 前記付加体を、第二の反応性官能基ならびにタンパク質、放射性同位元素、アッセイ剤および治療剤からなる群から選択される成分を有する第二化合物と接触させる工程;前記第二の反応性官能基は、第一の反応性官能基と反応して、それらの間に共有結合を形成することができる;ならびに
    (d) 第一および第二の反応性官能基を反応させて、それらの間に共有結合を形成させることにより、抗体コンジュゲートを作成する工程、
    を含む、抗体コンジュゲートの製造方法。
  20. 第一化合物が、下記構造:
    N-L'-R'
    (式中、L'は第一のリンカー成分であり、R'は第一の反応性官能基である)であり、
    第二化合物が、下記構造:
    R''-L''-D
    (式中、R''は、R'と反応できる第二の反応性官能基であり、L''は、第二のリンカー成分であり、Dは、タンパク質、放射性同位体、アッセイ剤または治療剤である)
    である、請求項19に記載の方法。
  21. R'は、
    Figure 2022512481000044
    から選択することができるが一方で、R''は、
    Figure 2022512481000045
    から選択することができる、請求項20に記載の方法。
  22. 第一化合物は、式(II):
    Figure 2022512481000046
    に示される構造を有し、
    第二化合物は、式(III):
    Figure 2022512481000047
    (式中、
    R'は、第一の反応性官能基であり;
    R''は、R'と反応することができる第二の反応性官能基であり;
    Dは、タンパク質、放射性同位体、アッセイ剤または治療剤であり;
    Tは、自己開裂性基であり;
    tは、0または1であり;
    AAおよび各AAは、アラニン、β-アラニン、γ-アミノ酪酸、アルギニン、アスパラギン、アスパラギン酸、γ-カルボキシグルタミン酸、シトルリン、システイン、グルタミン酸、グルタミン、グリシン、ヒスチジン、イソロイシン、ロイシン、リジン、メチオニン、ノルロイシン、ノルバリン、オルニチン、フェニルアラニン、プロリン、セリン、スレオニン、トリプトファン、チロシンおよびバリンからなる群から独立して選択され;
    pは、1、2、3または4であり;
    qは、0、1、2、3、4、5、6、7、8、9または10であり;および
    rは、0、1、2、3、4または5である)
    に示される構造を有する、請求項20に記載の方法。
  23. R'は、
    Figure 2022512481000048
    から選択することができるが一方で、R''は、
    Figure 2022512481000049
    から選択することができる、請求項22に記載の方法。
  24. 抗体が、以下:
    (I) 重鎖のEU131~135のアミノ酸の、配列番号:9または配列番号:10のアミノ酸による置換;
    (II) 重鎖のEU175~177のアミノ酸の、配列番号:18のアミノ酸による置換;
    (III) 重鎖のEU190~196のアミノ酸の、配列番号:22のアミノ酸による置換;
    (IV) 重鎖のEU264~269のアミノ酸の、配列番号:27または配列番号:28のアミノ酸による置換;
    (V) 重鎖のEU292~297のアミノ酸の、配列番号:34、配列番号:35、配列番号:37、配列番号:38、配列番号:39、配列番号:40、配列番号:41、配列番号:42、配列番号:43、配列番号:44、配列番号:45、配列番号:100、配列番号:101、配列番号:102または配列番号:103のアミノ酸による置換;
    (VI) 重鎖のEU330~331のアミノ酸の、配列番号:51、配列番号:52または配列番号:53のアミノ酸による置換;
    (VII) 重鎖のEU384~402のアミノ酸の、配列番号:57、配列番号:58または配列番号:63のアミノ酸による置換;
    (VIII) 重鎖のEU414~419のアミノ酸の、配列番号:66または配列番号:68のアミノ酸による置換;
    (IX) 軽鎖のEU152~155のアミノ酸の、配列番号:73または配列番号:75のアミノ酸による置換;
    (X) 軽鎖のEU167~170のアミノ酸の、配列番号:78または配列番号:82のアミノ酸による置換;および
    (XI) 軽鎖のEU199~204のアミノ酸の、配列番号:92、配列番号:93または配列番号:94のアミノ酸による置換、
    からなる群から選択される改変を含む、請求項19記載の方法。
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