JP2021534759A - Microrna−134バイオマーカー - Google Patents
Microrna−134バイオマーカー Download PDFInfo
- Publication number
- JP2021534759A JP2021534759A JP2021509926A JP2021509926A JP2021534759A JP 2021534759 A JP2021534759 A JP 2021534759A JP 2021509926 A JP2021509926 A JP 2021509926A JP 2021509926 A JP2021509926 A JP 2021509926A JP 2021534759 A JP2021534759 A JP 2021534759A
- Authority
- JP
- Japan
- Prior art keywords
- microrna
- serpin
- biomarker
- subject
- lna
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
- 239000000090 biomarker Substances 0.000 title claims abstract description 80
- 108091034117 Oligonucleotide Proteins 0.000 claims abstract description 125
- 230000000694 effects Effects 0.000 claims abstract description 43
- 239000000074 antisense oligonucleotide Substances 0.000 claims abstract description 33
- 238000012230 antisense oligonucleotides Methods 0.000 claims abstract description 33
- 108020004999 messenger RNA Proteins 0.000 claims abstract description 33
- 239000003112 inhibitor Substances 0.000 claims abstract description 19
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 claims abstract description 8
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 claims abstract description 8
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 claims description 161
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 claims description 127
- 101710181917 Serine proteinase inhibitor 1 Proteins 0.000 claims description 120
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 85
- 239000005557 antagonist Substances 0.000 claims description 71
- 239000003814 drug Substances 0.000 claims description 60
- 229940124597 therapeutic agent Drugs 0.000 claims description 56
- 238000011282 treatment Methods 0.000 claims description 47
- 206010015037 epilepsy Diseases 0.000 claims description 46
- 206010010904 Convulsion Diseases 0.000 claims description 44
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 claims description 34
- 208000012902 Nervous system disease Diseases 0.000 claims description 30
- 201000001119 neuropathy Diseases 0.000 claims description 30
- 230000007823 neuropathy Effects 0.000 claims description 30
- 208000033808 peripheral neuropathy Diseases 0.000 claims description 30
- 238000003556 assay Methods 0.000 claims description 29
- 230000000295 complement effect Effects 0.000 claims description 29
- 102000003978 Tissue Plasminogen Activator Human genes 0.000 claims description 28
- 108090000373 Tissue Plasminogen Activator Proteins 0.000 claims description 28
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 claims description 28
- 230000002490 cerebral effect Effects 0.000 claims description 28
- 208000037906 ischaemic injury Diseases 0.000 claims description 28
- 229960000187 tissue plasminogen activator Drugs 0.000 claims description 28
- 201000010099 disease Diseases 0.000 claims description 24
- 238000000338 in vitro Methods 0.000 claims description 23
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 claims description 21
- 230000001037 epileptic effect Effects 0.000 claims description 16
- 238000005259 measurement Methods 0.000 claims description 16
- 208000014644 Brain disease Diseases 0.000 claims description 14
- 208000032274 Encephalopathy Diseases 0.000 claims description 14
- 108091069094 Homo sapiens miR-134 stem-loop Proteins 0.000 claims description 10
- 208000035475 disorder Diseases 0.000 claims description 10
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 8
- 230000008901 benefit Effects 0.000 claims description 7
- 102000013566 Plasminogen Human genes 0.000 claims description 6
- 108010051456 Plasminogen Proteins 0.000 claims description 6
- 210000001175 cerebrospinal fluid Anatomy 0.000 claims description 6
- 229940012957 plasmin Drugs 0.000 claims description 6
- 230000004044 response Effects 0.000 claims description 4
- 208000007536 Thrombosis Diseases 0.000 claims description 3
- 230000007423 decrease Effects 0.000 claims description 3
- 239000002679 microRNA Substances 0.000 abstract description 37
- 108700011259 MicroRNAs Proteins 0.000 abstract description 36
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 30
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 abstract description 8
- 239000002777 nucleoside Substances 0.000 description 102
- 150000003833 nucleoside derivatives Chemical class 0.000 description 56
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 48
- 125000003835 nucleoside group Chemical group 0.000 description 48
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 47
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 47
- JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N [3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-[[5-(2-amino-6-oxo-1H-purin-9-yl)-3-hydroxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxyoxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(5-methyl-2,4-dioxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(6-aminopurin-9-yl)oxolan-2-yl]methoxy-hydroxyphosphoryl]oxy-5-(4-amino-2-oxopyrimidin-1-yl)oxolan-2-yl]methyl [5-(6-aminopurin-9-yl)-2-(hydroxymethyl)oxolan-3-yl] hydrogen phosphate Polymers Cc1cn(C2CC(OP(O)(=O)OCC3OC(CC3OP(O)(=O)OCC3OC(CC3O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)C(COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3COP(O)(=O)OC3CC(OC3CO)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3ccc(N)nc3=O)n3cc(C)c(=O)[nH]c3=O)n3cnc4c3nc(N)[nH]c4=O)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)n3cnc4c(N)ncnc34)O2)c(=O)[nH]c1=O JLCPHMBAVCMARE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 40
- 108091093073 MiR-134 Proteins 0.000 description 35
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 33
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 32
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 30
- 238000006467 substitution reaction Methods 0.000 description 28
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 19
- 241000699666 Mus <mouse, genus> Species 0.000 description 17
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 17
- 150000001875 compounds Chemical class 0.000 description 16
- OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N cytosine Chemical compound NC=1C=CNC(=O)N=1 OPTASPLRGRRNAP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 15
- 101710163270 Nuclease Proteins 0.000 description 14
- 125000005647 linker group Chemical group 0.000 description 13
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K thiophosphate Chemical compound [O-]P([O-])([O-])=S RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-K 0.000 description 12
- 210000003618 cortical neuron Anatomy 0.000 description 11
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 11
- 238000012986 modification Methods 0.000 description 11
- 230000004048 modification Effects 0.000 description 11
- 108020000948 Antisense Oligonucleotides Proteins 0.000 description 10
- 102100039418 Plasminogen activator inhibitor 1 Human genes 0.000 description 10
- -1 phosphorothioate nucleoside Chemical class 0.000 description 10
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 10
- 108020005345 3' Untranslated Regions Proteins 0.000 description 9
- 108010022233 Plasminogen Activator Inhibitor 1 Proteins 0.000 description 9
- HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N cholesterol Chemical compound C1C=C2C[C@@H](O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H]([C@H](C)CCCC(C)C)[C@@]1(C)CC2 HVYWMOMLDIMFJA-DPAQBDIFSA-N 0.000 description 9
- 238000013461 design Methods 0.000 description 9
- LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 5-methylcytosine Chemical compound CC1=CNC(=O)N=C1N LRSASMSXMSNRBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N Thiophosphoric acid Chemical class OP(O)(S)=O RYYWUUFWQRZTIU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 229940104302 cytosine Drugs 0.000 description 8
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 8
- 102100034343 Integrase Human genes 0.000 description 7
- 101710203526 Integrase Proteins 0.000 description 7
- 208000025966 Neurological disease Diseases 0.000 description 7
- 102000008847 Serpin Human genes 0.000 description 7
- 108050000761 Serpin Proteins 0.000 description 7
- 150000004713 phosphodiesters Chemical class 0.000 description 7
- 239000003001 serine protease inhibitor Substances 0.000 description 7
- 208000005809 status epilepticus Diseases 0.000 description 7
- ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N Uracil Chemical compound O=C1C=CNC(=O)N1 ISAKRJDGNUQOIC-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000004925 denaturation Methods 0.000 description 6
- 230000036425 denaturation Effects 0.000 description 6
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 6
- UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N guanine Chemical compound O=C1NC(N)=NC2=C1N=CN2 UYTPUPDQBNUYGX-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 6
- 238000001727 in vivo Methods 0.000 description 6
- 108091070501 miRNA Proteins 0.000 description 6
- 238000011321 prophylaxis Methods 0.000 description 6
- 125000000548 ribosyl group Chemical group C1([C@H](O)[C@H](O)[C@H](O1)CO)* 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 7H-purine Chemical compound N1=CNC2=NC=NC2=C1 KDCGOANMDULRCW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N D-ribofuranose Chemical compound OC[C@H]1OC(O)[C@H](O)[C@@H]1O HMFHBZSHGGEWLO-SOOFDHNKSA-N 0.000 description 5
- 238000003559 RNA-seq method Methods 0.000 description 5
- PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N Ribose Natural products OC[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)C=O PYMYPHUHKUWMLA-LMVFSUKVSA-N 0.000 description 5
- HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N alpha-D-Furanose-Ribose Natural products OCC1OC(O)C(O)C1O HMFHBZSHGGEWLO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 5
- 235000012000 cholesterol Nutrition 0.000 description 5
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 5
- 230000001965 increasing effect Effects 0.000 description 5
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 description 5
- 230000001225 therapeutic effect Effects 0.000 description 5
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 5
- GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N Adenine Chemical compound NC1=NC=NC2=C1N=CN2 GFFGJBXGBJISGV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 229930024421 Adenine Natural products 0.000 description 4
- 239000002253 acid Substances 0.000 description 4
- VLSMHEGGTFMBBZ-UHFFFAOYSA-N alpha-Kainic acid Natural products CC(=C)C1CNC(C(O)=O)C1CC(O)=O VLSMHEGGTFMBBZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 125000004103 aminoalkyl group Chemical group 0.000 description 4
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 4
- 238000000137 annealing Methods 0.000 description 4
- 230000003247 decreasing effect Effects 0.000 description 4
- VLSMHEGGTFMBBZ-OOZYFLPDSA-N kainic acid Chemical compound CC(=C)[C@H]1CN[C@H](C(O)=O)[C@H]1CC(O)=O VLSMHEGGTFMBBZ-OOZYFLPDSA-N 0.000 description 4
- 229950006874 kainic acid Drugs 0.000 description 4
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 4
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 4
- 230000001537 neural effect Effects 0.000 description 4
- 210000000056 organ Anatomy 0.000 description 4
- 230000002269 spontaneous effect Effects 0.000 description 4
- 201000008914 temporal lobe epilepsy Diseases 0.000 description 4
- 229940035893 uracil Drugs 0.000 description 4
- 108020004394 Complementary RNA Proteins 0.000 description 3
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 3
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 3
- LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N Ethylene glycol Chemical compound OCCO LYCAIKOWRPUZTN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000124008 Mammalia Species 0.000 description 3
- CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N Pyrimidine Chemical compound C1=CN=CN=C1 CZPWVGJYEJSRLH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 3
- 241000700159 Rattus Species 0.000 description 3
- 238000012300 Sequence Analysis Methods 0.000 description 3
- 101150024974 Syt6 gene Proteins 0.000 description 3
- 229960000643 adenine Drugs 0.000 description 3
- 229910052799 carbon Inorganic materials 0.000 description 3
- 108091092328 cellular RNA Proteins 0.000 description 3
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 3
- 229940088598 enzyme Drugs 0.000 description 3
- 238000012921 fluorescence analysis Methods 0.000 description 3
- 230000030279 gene silencing Effects 0.000 description 3
- 229910052739 hydrogen Inorganic materials 0.000 description 3
- 239000001257 hydrogen Substances 0.000 description 3
- 238000002347 injection Methods 0.000 description 3
- 239000007924 injection Substances 0.000 description 3
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 3
- 210000005036 nerve Anatomy 0.000 description 3
- 230000000926 neurological effect Effects 0.000 description 3
- 230000036961 partial effect Effects 0.000 description 3
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 3
- 230000002829 reductive effect Effects 0.000 description 3
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 3
- 125000001424 substituent group Chemical group 0.000 description 3
- 230000001629 suppression Effects 0.000 description 3
- LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 9H-xanthine Chemical compound O=C1NC(=O)NC2=C1NC=N2 LRFVTYWOQMYALW-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N Carbon Chemical compound [C] OKTJSMMVPCPJKN-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100021699 Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Human genes 0.000 description 2
- 241000282412 Homo Species 0.000 description 2
- 101000896557 Homo sapiens Eukaryotic translation initiation factor 3 subunit B Proteins 0.000 description 2
- 101000988834 Homo sapiens Hypoxanthine-guanine phosphoribosyltransferase Proteins 0.000 description 2
- 241000699670 Mus sp. Species 0.000 description 2
- 108091093037 Peptide nucleic acid Proteins 0.000 description 2
- 241000288906 Primates Species 0.000 description 2
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 2
- IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N Thymidine Chemical compound O=C1NC(=O)C(C)=CN1[C@@H]1O[C@H](CO)[C@@H](O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-XLPZGREQSA-N 0.000 description 2
- 230000001154 acute effect Effects 0.000 description 2
- 238000010171 animal model Methods 0.000 description 2
- 230000000692 anti-sense effect Effects 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 238000010804 cDNA synthesis Methods 0.000 description 2
- 238000004364 calculation method Methods 0.000 description 2
- 230000015556 catabolic process Effects 0.000 description 2
- 125000003636 chemical group Chemical group 0.000 description 2
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 2
- 239000003184 complementary RNA Substances 0.000 description 2
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 2
- 238000012217 deletion Methods 0.000 description 2
- 230000037430 deletion Effects 0.000 description 2
- 210000001787 dendrite Anatomy 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 2
- 229940079593 drug Drugs 0.000 description 2
- 238000009509 drug development Methods 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 125000000524 functional group Chemical group 0.000 description 2
- 230000000971 hippocampal effect Effects 0.000 description 2
- FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N hypoxanthine Chemical compound O=C1NC=NC2=C1NC=N2 FDGQSTZJBFJUBT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 208000014674 injury Diseases 0.000 description 2
- 238000003780 insertion Methods 0.000 description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 description 2
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 2
- 238000000111 isothermal titration calorimetry Methods 0.000 description 2
- 210000004962 mammalian cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000013507 mapping Methods 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 125000000956 methoxy group Chemical group [H]C([H])([H])O* 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 238000007899 nucleic acid hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 2
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 2
- 230000035515 penetration Effects 0.000 description 2
- 125000002467 phosphate group Chemical group [H]OP(=O)(O[H])O[*] 0.000 description 2
- 230000002265 prevention Effects 0.000 description 2
- 230000000069 prophylactic effect Effects 0.000 description 2
- 150000003212 purines Chemical class 0.000 description 2
- 230000007115 recruitment Effects 0.000 description 2
- 238000003757 reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 108010062513 snake venom phosphodiesterase I Proteins 0.000 description 2
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 2
- CCEKAJIANROZEO-UHFFFAOYSA-N sulfluramid Chemical group CCNS(=O)(=O)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)C(F)(F)F CCEKAJIANROZEO-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 238000003786 synthesis reaction Methods 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N thymine Chemical compound CC1=CNC(=O)NC1=O RWQNBRDOKXIBIV-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 229940113082 thymine Drugs 0.000 description 2
- 238000001890 transfection Methods 0.000 description 2
- QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N (+)-Pilocarpine Chemical compound C1OC(=O)[C@@H](CC)[C@H]1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-WPRPVWTQSA-N 0.000 description 1
- YIMATHOGWXZHFX-WCTZXXKLSA-N (2r,3r,4r,5r)-5-(hydroxymethyl)-3-(2-methoxyethoxy)oxolane-2,4-diol Chemical compound COCCO[C@H]1[C@H](O)O[C@H](CO)[C@H]1O YIMATHOGWXZHFX-WCTZXXKLSA-N 0.000 description 1
- MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 2-aminopurine Chemical compound NC1=NC=C2N=CNC2=N1 MWBWWFOAEOYUST-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- HBJGQJWNMZDFKL-UHFFFAOYSA-N 2-chloro-7h-purin-6-amine Chemical compound NC1=NC(Cl)=NC2=C1NC=N2 HBJGQJWNMZDFKL-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 4-amino-1-[(2r)-6-amino-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-[[(2r)-2-amino-3-phenylpropanoyl]amino]-3-phenylpropanoyl]amino]-4-methylpentanoyl]amino]hexanoyl]piperidine-4-carboxylic acid Chemical compound C([C@H](C(=O)N[C@H](CC(C)C)C(=O)N[C@H](CCCCN)C(=O)N1CCC(N)(CC1)C(O)=O)NC(=O)[C@H](N)CC=1C=CC=CC=1)C1=CC=CC=C1 FWMNVWWHGCHHJJ-SKKKGAJSSA-N 0.000 description 1
- LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 5-bromouracil Chemical compound BrC1=CNC(=O)NC1=O LQLQRFGHAALLLE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 5-prop-1-ynyl-1h-pyrimidine-2,4-dione Chemical compound CC#CC1=CNC(=O)NC1=O UJBCLAXPPIDQEE-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 7h-purine-2,8-diamine Chemical compound NC1=NC=C2NC(N)=NC2=N1 VKKXEIQIGGPMHT-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 241000837181 Andina Species 0.000 description 1
- 208000023275 Autoimmune disease Diseases 0.000 description 1
- 231100000699 Bacterial toxin Toxicity 0.000 description 1
- DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N Beta-D-1-Arabinofuranosylthymine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1C(O)C(O)C(CO)O1 DWRXFEITVBNRMK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 208000003174 Brain Neoplasms Diseases 0.000 description 1
- 206010006187 Breast cancer Diseases 0.000 description 1
- 208000026310 Breast neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 101100510326 Caenorhabditis elegans tpa-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010001857 Cell Surface Receptors Proteins 0.000 description 1
- 208000014912 Central Nervous System Infections Diseases 0.000 description 1
- 241000282693 Cercopithecidae Species 0.000 description 1
- 108020004635 Complementary DNA Proteins 0.000 description 1
- 229940126062 Compound A Drugs 0.000 description 1
- AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N Deoxyuridine 5'-triphosphate Chemical compound O1[C@H](COP(O)(=O)OP(O)(=O)OP(O)(O)=O)[C@@H](O)C[C@@H]1N1C(=O)NC(=O)C=C1 AHCYMLUZIRLXAA-SHYZEUOFSA-N 0.000 description 1
- 206010013142 Disinhibition Diseases 0.000 description 1
- 238000008157 ELISA kit Methods 0.000 description 1
- 206010015150 Erythema Diseases 0.000 description 1
- 229920002527 Glycogen Polymers 0.000 description 1
- NLDMNSXOCDLTTB-UHFFFAOYSA-N Heterophylliin A Natural products O1C2COC(=O)C3=CC(O)=C(O)C(O)=C3C3=C(O)C(O)=C(O)C=C3C(=O)OC2C(OC(=O)C=2C=C(O)C(O)=C(O)C=2)C(O)C1OC(=O)C1=CC(O)=C(O)C(O)=C1 NLDMNSXOCDLTTB-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 101000609255 Homo sapiens Plasminogen activator inhibitor 1 Proteins 0.000 description 1
- 101100189143 Homo sapiens SERPINE1 gene Proteins 0.000 description 1
- 102000004157 Hydrolases Human genes 0.000 description 1
- 108090000604 Hydrolases Proteins 0.000 description 1
- 208000013016 Hypoglycemia Diseases 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N Hypoxanthine nucleoside Natural products OC1C(O)C(CO)OC1N1C(NC=NC2=O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N Inosine Chemical compound O[C@@H]1[C@H](O)[C@@H](CO)O[C@H]1N1C2=NC=NC(O)=C2N=C1 UGQMRVRMYYASKQ-KQYNXXCUSA-N 0.000 description 1
- 208000005168 Intussusception Diseases 0.000 description 1
- 241001424413 Lucia Species 0.000 description 1
- 241000282567 Macaca fascicularis Species 0.000 description 1
- 241001465754 Metazoa Species 0.000 description 1
- 108091007780 MiR-122 Proteins 0.000 description 1
- 108091068685 Mus musculus miR-134 stem-loop Proteins 0.000 description 1
- 208000028389 Nerve injury Diseases 0.000 description 1
- 238000000636 Northern blotting Methods 0.000 description 1
- 102000035195 Peptidases Human genes 0.000 description 1
- 108091005804 Peptidases Proteins 0.000 description 1
- 208000002009 Pyruvate Dehydrogenase Complex Deficiency Disease Diseases 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 241000283984 Rodentia Species 0.000 description 1
- QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N SJ000285536 Natural products C1OC(=O)C(CC)C1CC1=CN=CN1C QCHFTSOMWOSFHM-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 102000012479 Serine Proteases Human genes 0.000 description 1
- 108010022999 Serine Proteases Proteins 0.000 description 1
- 108091036066 Three prime untranslated region Proteins 0.000 description 1
- 208000030886 Traumatic Brain injury Diseases 0.000 description 1
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 1
- 208000027418 Wounds and injury Diseases 0.000 description 1
- 238000009825 accumulation Methods 0.000 description 1
- 239000008186 active pharmaceutical agent Substances 0.000 description 1
- 238000013308 adult mouse model Methods 0.000 description 1
- 125000003275 alpha amino acid group Chemical group 0.000 description 1
- 210000004727 amygdala Anatomy 0.000 description 1
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 1
- 125000004429 atom Chemical group 0.000 description 1
- 239000000688 bacterial toxin Substances 0.000 description 1
- IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N beta-L-thymidine Natural products O=C1NC(=O)C(C)=CN1C1OC(CO)C(O)C1 IQFYYKKMVGJFEH-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 125000002619 bicyclic group Chemical group 0.000 description 1
- 239000012472 biological sample Substances 0.000 description 1
- 239000000091 biomarker candidate Substances 0.000 description 1
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 1
- 230000000903 blocking effect Effects 0.000 description 1
- 230000023555 blood coagulation Effects 0.000 description 1
- 210000001124 body fluid Anatomy 0.000 description 1
- 239000010839 body fluid Substances 0.000 description 1
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 1
- 208000029028 brain injury Diseases 0.000 description 1
- 238000010805 cDNA synthesis kit Methods 0.000 description 1
- 210000000234 capsid Anatomy 0.000 description 1
- 150000001720 carbohydrates Chemical class 0.000 description 1
- 235000014633 carbohydrates Nutrition 0.000 description 1
- 230000001364 causal effect Effects 0.000 description 1
- 238000000423 cell based assay Methods 0.000 description 1
- 238000004113 cell culture Methods 0.000 description 1
- 230000004700 cellular uptake Effects 0.000 description 1
- 210000003169 central nervous system Anatomy 0.000 description 1
- 238000007385 chemical modification Methods 0.000 description 1
- 239000003795 chemical substances by application Substances 0.000 description 1
- 230000015271 coagulation Effects 0.000 description 1
- 238000005345 coagulation Methods 0.000 description 1
- 238000007820 coagulation assay Methods 0.000 description 1
- 239000002299 complementary DNA Substances 0.000 description 1
- 230000021615 conjugation Effects 0.000 description 1
- 230000001276 controlling effect Effects 0.000 description 1
- 230000002920 convulsive effect Effects 0.000 description 1
- 238000004132 cross linking Methods 0.000 description 1
- 230000006378 damage Effects 0.000 description 1
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 description 1
- 101150047356 dec-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 230000007812 deficiency Effects 0.000 description 1
- 238000006731 degradation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000003111 delayed effect Effects 0.000 description 1
- 206010012601 diabetes mellitus Diseases 0.000 description 1
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 1
- 238000010494 dissociation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000005593 dissociations Effects 0.000 description 1
- 231100000673 dose–response relationship Toxicity 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 229940088679 drug related substance Drugs 0.000 description 1
- 230000008030 elimination Effects 0.000 description 1
- 238000003379 elimination reaction Methods 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000002255 enzymatic effect Effects 0.000 description 1
- 231100000321 erythema Toxicity 0.000 description 1
- 230000029142 excretion Effects 0.000 description 1
- 238000010195 expression analysis Methods 0.000 description 1
- 125000001153 fluoro group Chemical group F* 0.000 description 1
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 1
- 239000007789 gas Substances 0.000 description 1
- 229940096919 glycogen Drugs 0.000 description 1
- 239000001963 growth medium Substances 0.000 description 1
- 125000000625 hexosyl group Chemical group 0.000 description 1
- 230000004694 hippocampus damage Effects 0.000 description 1
- 101150073223 hisat gene Proteins 0.000 description 1
- 238000011327 histological measurement Methods 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 125000004435 hydrogen atom Chemical class [H]* 0.000 description 1
- 230000002218 hypoglycaemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002779 inactivation Effects 0.000 description 1
- 238000010348 incorporation Methods 0.000 description 1
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 1
- 238000007913 intrathecal administration Methods 0.000 description 1
- 238000011813 knockout mouse model Methods 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 230000000670 limiting effect Effects 0.000 description 1
- 230000027928 long-term synaptic potentiation Effects 0.000 description 1
- 230000007774 longterm Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000035800 maturation Effects 0.000 description 1
- 230000010534 mechanism of action Effects 0.000 description 1
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 1
- 102000006240 membrane receptors Human genes 0.000 description 1
- 208000030159 metabolic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000004060 metabolic process Effects 0.000 description 1
- 238000010208 microarray analysis Methods 0.000 description 1
- 230000003278 mimic effect Effects 0.000 description 1
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 description 1
- 238000010172 mouse model Methods 0.000 description 1
- 201000006417 multiple sclerosis Diseases 0.000 description 1
- 230000008764 nerve damage Effects 0.000 description 1
- 230000004770 neurodegeneration Effects 0.000 description 1
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 1
- 230000000324 neuroprotective effect Effects 0.000 description 1
- 108091027963 non-coding RNA Proteins 0.000 description 1
- 102000042567 non-coding RNA Human genes 0.000 description 1
- 230000009437 off-target effect Effects 0.000 description 1
- 230000003647 oxidation Effects 0.000 description 1
- 238000007254 oxidation reaction Methods 0.000 description 1
- 230000035699 permeability Effects 0.000 description 1
- 239000008194 pharmaceutical composition Substances 0.000 description 1
- 230000004962 physiological condition Effects 0.000 description 1
- 229960001416 pilocarpine Drugs 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 108091033319 polynucleotide Proteins 0.000 description 1
- 102000040430 polynucleotide Human genes 0.000 description 1
- 239000002157 polynucleotide Substances 0.000 description 1
- 239000002243 precursor Substances 0.000 description 1
- 210000002243 primary neuron Anatomy 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 238000002731 protein assay Methods 0.000 description 1
- 229960000856 protein c Drugs 0.000 description 1
- 229940024999 proteolytic enzymes for treatment of wounds and ulcers Drugs 0.000 description 1
- LVTJOONKWUXEFR-FZRMHRINSA-N protoneodioscin Natural products O(C[C@@H](CC[C@]1(O)[C@H](C)[C@@H]2[C@]3(C)[C@H]([C@H]4[C@@H]([C@]5(C)C(=CC4)C[C@@H](O[C@@H]4[C@H](O[C@H]6[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](C)O6)[C@@H](O)[C@H](O[C@H]6[C@@H](O)[C@@H](O)[C@@H](O)[C@H](C)O6)[C@H](CO)O4)CC5)CC3)C[C@@H]2O1)C)[C@H]1[C@H](O)[C@H](O)[C@H](O)[C@@H](CO)O1 LVTJOONKWUXEFR-FZRMHRINSA-N 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 150000003230 pyrimidines Chemical class 0.000 description 1
- 208000015445 pyruvate dehydrogenase deficiency Diseases 0.000 description 1
- 239000012925 reference material Substances 0.000 description 1
- 239000013074 reference sample Substances 0.000 description 1
- 238000011808 rodent model Methods 0.000 description 1
- 150000003839 salts Chemical class 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 210000002966 serum Anatomy 0.000 description 1
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 description 1
- 210000000278 spinal cord Anatomy 0.000 description 1
- 230000006641 stabilisation Effects 0.000 description 1
- 238000011105 stabilization Methods 0.000 description 1
- 230000000087 stabilizing effect Effects 0.000 description 1
- 208000024891 symptom Diseases 0.000 description 1
- 238000007910 systemic administration Methods 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N thiouracil Chemical compound O=C1C=CNC(=S)N1 ZEMGGZBWXRYJHK-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 229940104230 thymidine Drugs 0.000 description 1
- 238000011200 topical administration Methods 0.000 description 1
- 239000003053 toxin Substances 0.000 description 1
- 231100000765 toxin Toxicity 0.000 description 1
- 108700012359 toxins Proteins 0.000 description 1
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 1
- 230000008733 trauma Effects 0.000 description 1
- 230000009529 traumatic brain injury Effects 0.000 description 1
- 238000012795 verification Methods 0.000 description 1
- 239000011782 vitamin Substances 0.000 description 1
- 229940088594 vitamin Drugs 0.000 description 1
- 229930003231 vitamin Natural products 0.000 description 1
- 235000013343 vitamin Nutrition 0.000 description 1
- 150000003722 vitamin derivatives Chemical class 0.000 description 1
- 229940075420 xanthine Drugs 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N15/00—Mutation or genetic engineering; DNA or RNA concerning genetic engineering, vectors, e.g. plasmids, or their isolation, preparation or purification; Use of hosts therefor
- C12N15/09—Recombinant DNA-technology
- C12N15/11—DNA or RNA fragments; Modified forms thereof; Non-coding nucleic acids having a biological activity
- C12N15/113—Non-coding nucleic acids modulating the expression of genes, e.g. antisense oligonucleotides; Antisense DNA or RNA; Triplex- forming oligonucleotides; Catalytic nucleic acids, e.g. ribozymes; Nucleic acids used in co-suppression or gene silencing
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/10—Type of nucleic acid
- C12N2310/11—Antisense
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12N—MICROORGANISMS OR ENZYMES; COMPOSITIONS THEREOF; PROPAGATING, PRESERVING, OR MAINTAINING MICROORGANISMS; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING; CULTURE MEDIA
- C12N2310/00—Structure or type of the nucleic acid
- C12N2310/30—Chemical structure
- C12N2310/32—Chemical structure of the sugar
- C12N2310/323—Chemical structure of the sugar modified ring structure
- C12N2310/3231—Chemical structure of the sugar modified ring structure having an additional ring, e.g. LNA, ENA
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/158—Expression markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Immunology (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Biomedical Technology (AREA)
- Pharmaceuticals Containing Other Organic And Inorganic Compounds (AREA)
- Hematology (AREA)
- Urology & Nephrology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
- Neurology (AREA)
- Neurosurgery (AREA)
- Cell Biology (AREA)
- Plant Pathology (AREA)
- Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
- Food Science & Technology (AREA)
- Medicinal Chemistry (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
Abstract
Description
a)対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b)セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
c)対象が、アンタゴニストなどのmicroRNA−134モジュレーターを含む治療薬の投与から利益を得られる可能性が高いかどうかを同定するステップと
を含む。
a)アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターを以前に投与されたことのある対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b)セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
c)アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターの有効性を同定するステップと
を含む。
a.対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b.セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
c.対象が、microRNA−134アンタゴニスト治療薬による治療に適した神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん)を患っているか否かを同定するステップと
を含む。
いくつかの実施形態では、神経障害はてんかん性脳症である。
a)対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
b)対象が、アンタゴニストなどのmicroRNA−134モジュレーターを含む治療薬の投与から利益を得られる可能性が高いかどうかを同定するステップと
を含む。
a)アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターを以前に投与されたことのある対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b)セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターの有効性を同定するステップと
を含む。
前記方法は、
a)対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b)セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
対象が、microRNA−134アンタゴニスト治療薬による治療に適した神経障害を患っているか否かを同定するステップと
を含む。
a.疾患に関連するセルピン1バイオマーカーのレベル、
b.セルピン1バイオマーカーの正常レベル、
c.a)およびb)の両方。
a.セルピン1mRNAの測定
b.セルピン1タンパク質の測定
c.セルピン1活性の測定
d.組織プラスミノーゲンアクチベーター(tPA)活性の測定
e.プラスミノーゲンからプラスミンへの変換、すなわち血液凝固の測定。
MicroRNA−134は、Lagos−Quintana et al.,Curr Biol.12:735−739(2002)の中で、組織特異的なmicroRNAとして初めて報告された。マウスmiR−134 pre−miRNA、mmu−mir−134 MI0000160は、次の配列:
AGGGUGUGUGACUGGUUGACCAGAGGGGCGUGCACUCUGUUCACCCUGUGGGCCACCUAGUCACCAACCCU
を有する。
UGUGACUGGUUGACCAGAGGGG(配列番号1)
を有する。
CAGGGUGUGUGACUGGUUGACCAGAGGGGCAUGCACUGUGUUCACCCUGUGGGCCACCUAGUCACCAACCCUC(配列番号2)
hsa−miR−134−5p成熟microRNA配列MIMAT0000447:
UGUGACUGGUUGACCAGAGGGG(配列番号1)
microRNA−134モジュレーターは、細胞内でのmicroRNA−134活性のレベルを調節する化合物である。microRNA−134阻害剤などのmicroRNA−134モジュレーターは、有利には、人工化合物、合成的に生成された化合物、単離された化合物または精製された化合物である。いくつかの実施形態では、microRNA−134モジュレーターは、合成的に合成されたオリゴヌクレオチドであるか、またはそれを含む。合成的に合成されたオリゴヌクレオチドは、有利には、少なくとも1つの修飾ヌクレオシドまたは少なくとも1つの修飾ヌクレオシド間結合を含む。
本明細書でmicroRNA−134アンタゴニスト/アンタゴズムと呼ばれる調節の1つのタイプは、microRNA−134の発現を阻害、ダウンレギュレート、減少、抑制、除去、停止、ブロック、防止、低減、回避、または終結させる化合物の能力であり、例えば、microRNA−134 RNAの分解により、または細胞内でのmicroRNA−134活性の不活性化により、例えば、microRNA−134 RNA標的に結合(例えば、ハイブリダイズ)し、それによって細胞内でのmicroRNA−134 RNAとmRNAとの相互作用を防止することにより行われる。LNA抗miRなどの、microRNAを標的とする高親和性修飾オリゴヌクレオチドは、それらの標的microRNAと非常に安定した二重鎖を形成し、それによってmicroRNA活性を効果的に滴定すると考えられている。
本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」という用語は、2つ以上の共有結合したヌクレオシドを含む分子として当業者によって一般的に理解されるように定義される。そのような共有結合したヌクレオシドは、核酸分子またはオリゴマーとも称され得る。オリゴヌクレオチドは一般的に、固相化学合成、続いて精製により、実験室で作製される。 オリゴヌクレオチドの配列に言及する場合、共有結合したヌクレオチドまたはヌクレオシドの核酸塩基部分の配列もしくは順序、またはその修飾が参照される。本発明のオリゴヌクレオチドは、人工のものであり、化学的に合成され、典型的には精製または単離される。本発明のオリゴヌクレオチドは、1つ以上の修飾ヌクレオシドまたはヌクレオチドを含んでいてもよい。
本明細書で使用される「アンチセンスオリゴヌクレオチド」という用語は、標的核酸、特に標的核酸上の連続配列にハイブリダイズすることによって標的遺伝子の発現を調節することができるオリゴヌクレオチドとして定義される。LNA抗miRは、in vitroおよびin vivoでmicroRNAを阻害するために使用される例示的なアンチセンスオリゴヌクレオチドである。
LNA−抗miRは、標的microRNA、例えばhsa−miR−134に相補的な連続ヌクレオチド配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、これは、少なくとも1つのLNAヌクレオシドを含む。LNA−抗miRは、国際公開第2007/112754号および国際公開第2009043353号に記載されており、参照により本明細書に組み込まれる。本明細書に記載のミックスマー(mixmer)およびトータルマー(totalmer)化合物も参照されたい。
in vivoでのmicroRNA阻害のために、成熟microRNA標的を標的とする、非RNaseHをリクルートするアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む、数多くの化学的性質および設計が当該技術分野で使用されてきた。例えば、以下のものが挙げられる:
microRNA−134アンタゴニスト治療薬は、microRNA−134関連の疾患または障害、例えば発作を伴う神経障害(例えばてんかんもしくは脳虚血性傷害)の予防のために、または治療のために、microRNA−134を阻害することを目的として、発見、開発された、または販売承認を取得しているか、もしくは販売されているmicroRNA−134阻害剤である。
セルピン1バイオマーカーは、細胞内またはサンプル中でのセルピン1の発現または活性の直接的または間接的なバイオマーカーである。
セルピン1mRNAの測定、例えば、ハイブリダイゼーションベースのアッセイ(例えば、ノーザンブロット、RT−PCR、プローブハイブリダイゼーション、マイクロアレイ分析、RNA保護アッセイ、RNAシーケンシング)を使用した測定。
本発明の使用方法では、セルピン−1バイオマーカーのレベルは、少なくとも1つの参照レベルと比較され得る。参照レベルは、例えば、疾患に関連するセルピン1バイオマーカーのレベル、および/またはセルピン1バイオマーカーの正常レベルであり得る。セルピン−1バイオマーカーのレベルは、例えば、対象の集団、例えば、疾患と診断された対象の集団、および/または疾患を有していないと考えられる対象の集団から決定され得る。
対象は、ラットまたはマウスといった齧歯類などの哺乳類であってもよいし、サルなどの霊長類(例えば、カニクイザル)であってもよい。
microRNA−134は、ニューロンの微細構造に関与する脳特異的なmiRNAであり、microRNA−134の過剰発現は、脊髄体積の減少、樹状突起長の減少および長期増強の抑制と関連している。したがって、microRNA−134は、さまざまな神経障害の治療のための興味深い標的である。最近のエビデンスは、miRNAがてんかんのいくつかの形態で重要な役割を果たしている可能性を示唆している。アイルランド王立外科医学院(RCSI)のDavid Henshall教授が率いる研究は、側頭葉てんかん(TLE)と、樹状突起の伸長を促進し、脊椎の成熟をネガティブに制御することに重要な役割を果たすことが知られているmiRNA、mir−134の発現増加との間に強い関連性があることを突き止めた。さらに、彼らは、ロックド核酸(LNA)抗miR−134オリゴヌクレオチド、例えばアンタゴmir(抗134)を使用して、てんかん重積状態の成体マウスモデルにおいてmir−134をサイレンシングすることにより、てんかん重積状態に起因する発作活動および海馬損傷を強力に抑制することができることを示している。具体的には、彼らは、扁桃体内カイニン酸(KA)誘発性てんかん重積状態の24時間前にICV注射によるmir−134に対するアンタゴmirを使った治療を行うことで、脳波で記録されたてんかん重積状態の重症度だけでなく、海馬損傷の組織学的測定を有利に減少させることが可能であることを実証した(Jimenez−Mateos et al.,2012)。抗miR−134のICV注射によるマウスの前処理も、化学けいれん薬のピロカルピン(Jimenez−Mateos et al.,2015)およびPTZ(Reschke et al.,2017)によって誘発される発作を強力に抑制した。さらに、アンタゴミル(ICV)治療を扁桃体内KA注射の1時間後に行ったところ、急性てんかん活動は減少しなかったが、脳波遠隔測定により2週間以上にわたって観察された自発性発作の発症を有意に遅らせ、総数を減少させた(Jimenez−Mateos et al.,2012)。注目すべきことに、ラットのてんかん重積状態後にmiR−134をサイレンシングすると、後天性てんかんのトキシンフリーモデルである穿通経路刺激モデルでは、その後の自然発作の発生が86%減少した(Reschke et al.,2017)。
「連続ヌクレオチド配列」という用語は、標的核酸に相補的なオリゴヌクレオチドの領域を指す。この用語は、本明細書で「連続核酸塩基配列」という用語および「オリゴヌクレオチドモチーフ配列」という用語と互換的に使用される。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドの全ヌクレオチドは、連続ヌクレオチド配列を構成する。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、連続ヌクレオチド配列、を含み、任意に更なるヌクレオチド、例えば、官能基を連続ヌクレオチド配列に結合するのに使用され得るヌクレオチドリンカー領域を含んでいてもよい。ヌクレオチドリンカー領域は、標的核酸に相補的であっても相補的でなくてもよい。有利には、連続ヌクレオチド配列は、標的核酸(microRNA−134 RNA、例えば配列番号1または2)に100%相補的である。
ヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドおよびポリヌクレオチドの構成単位であり、本発明の目的のために、天然に存在するヌクレオチドおよび天然に存在しないヌクレオチドの両方を含む。本来、DNAおよびRNAヌクレオチドなどのヌクレオチドは、リボース糖部分、核酸塩基部分、および1つ以上のリン酸基(ヌクレオシドに存在しない)を含む。ヌクレオシドおよびヌクレオチドはまた、互換的に「単位」または「モノマー」と呼ばれ得る。
本明細書で使用される「修飾ヌクレオシド」または「ヌクレオシド修飾」という用語は、等価なDNAまたはRNAヌクレオシドと比較して、糖部分または(核酸)塩基部分の1つ以上の修飾の導入によって修飾されたヌクレオシドを指す。好ましい実施形態では、修飾ヌクレオシドは、修飾された糖部分を含む。修飾ヌクレオシドという用語はまた、「ヌクレオシドアナログ」または修飾「単位」または修飾「モノマー」と本明細書では互換的に使用されてもよい。非修飾DNAまたはRNA糖部分を有するヌクレオシドは、本明細書でDNAまたはRNAヌクレオシドと称される。DNAまたはRNAヌクレオシドの塩基領域における修飾を有するヌクレオシドは、それらがワトソン・クリック塩基対合が可能であれば、依然として一般的にDNAまたはRNAと称される。
「修飾ヌクレオシド間結合」という用語は、2つのヌクレオシドを互いに共有結合する、ホスホジエステル(PO)結合以外の結合として当業者により一般的に理解されるように定義される。したがって、本発明のオリゴヌクレオチドは、修飾ヌクレオシド間結合を含み得る。いくつかの実施形態では、修飾ヌクレオシド間結合は、ホスホジエステル結合と比較して、オリゴヌクレオチドのヌクレアーゼ耐性を増大させる。天然に存在するオリゴヌクレオチドの場合、ヌクレオシド間結合は、隣接するヌクレオシド間のホスホジエステル結合を形成するリン酸基を含む。修飾ヌクレオシド間結合は、in vivo使用のためのオリゴヌクレオチドの安定化に特に有用であり、本発明のオリゴヌクレオチドのDNAまたはRNAヌクレオシドの領域、例えばギャップマーオリゴヌクレオチドのギャップ領域内、ならびに領域FおよびF’などの修飾ヌクレオシドの領域におけるヌクレアーゼ切断から保護する役割を果たし得る。
核酸塩基という用語は、ヌクレオシドおよびヌクレオチドに存在するプリン(例えば、アデニンおよびグアニン)ならびにピリミジン(例えば、ウラシル、チミンおよびシトシン)部分を含み、これらは核酸ハイブリダイゼーションにおいて水素結合を形成する。本発明の文脈において、核酸塩基という用語はまた、天然に存在する核酸塩基とは異なり得るが、核酸ハイブリダイゼーション中に機能性である修飾核酸塩基も包含する。この文脈において、「核酸塩基」とは、天然に存在する核酸塩基、例えばアデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチンおよびヒポキサンチン、ならびに天然に存在しないバリアントの両方を指す。そのようなバリアントは、例えば、Hirao et al(2012)Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom(2009)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl.37 1.4.1.に記載されている。
セルピン−1バイオマーカーの測定は、細胞抽出物中で、例えば、本発明のin vtiro法で行ってもよいし、対象から得られた生物学的抽出物中で行ってもよい。
修飾オリゴヌクレオチドという用語は、1つ以上の糖−修飾ヌクレオシドおよび/または修飾ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドを記述する。「キメラ」オリゴヌクレオチドという用語は、修飾ヌクレオシドを有するオリゴヌクレオチドを記述するために文献で使用されている用語である。
「相補性」という用語は、ヌクレオシド/ヌクレオチドのワトソン・クリック塩基対合の能力を説明する。ワトソン・クリック塩基対は、グアニン(G)−シトシン(C)およびアデニン(A)−チミン(T)/ウラシル(U)である。オリゴヌクレオチドは修飾核酸塩基を有するヌクレオシドを含んでいてもよく、例えば5−メチルシトシンは、シトシンの代わりに使用されることが多く、したがって、相補性という用語は、非修飾塩基と修飾核酸塩基との間のワトソン・クリック塩基対合を包含することが理解されよう(例えば、Hirao et al(2012)Accounts of Chemical Research vol 45 page 2055およびBergstrom(2009)Current Protocols in Nucleic Acid Chemistry Suppl.37 1.4.1を参照されたい)。
本明細書で使用される「同一性」という用語は、連続ヌクレオチド配列にわたって参照配列(例えば、配列モチーフ)に同一である、核酸分子(例えば、オリゴヌクレオチド)の連続ヌクレオチド配列のヌクレオチドの割合(パーセントで表される)を指す。したがって、同一性の百分率は、2つの配列(例えば、本発明の化合物の連続ヌクレオチド配列および参照配列における)の間で同一の(マッチする)整列された塩基の数を数え、その数をオリゴヌクレオチドのヌクレオチドの総数で割って100を掛けることにより計算される。したがって、同一性のパーセンテージ=(マッチ×100)/整列領域(例えば、連続ヌクレオチド配列)の長さである。挿入および欠失は、連続ヌクレオチド配列の同一性のパーセンテージの計算において許容されない。同一性の決定において、核酸塩基の化学的修飾は、核酸塩基がワトソン・クリック塩基対合を形成する機能的能力が保持される限り、無視されることが理解されよう(例えば、5−メチルシトシンは、%同一性の計算の目的のために、シトシンと同一であると見なされる)。
本明細書で使用される「ハイブリダイズ」または「ハイブリダイズする」という用語は、2つの核酸鎖(例えば、オリゴヌクレオチドおよび標的核酸)が対向する鎖上の塩基対の間で水素結合を形成することにより二重鎖を形成することと理解されるべきである。2つの核酸鎖の間の結合の親和性は、ハイブリダイゼーションの強度である。これは、オリゴヌクレオチドの半分が標的核酸と二重鎖を形成する温度として定義される融解温度(Tm)によって記述されることが多い。生理学的条件では、Tmは親和性に厳密に比例しない(Mergny and Lacroix,2003,Oligonucleotides 13:515−537)。標準状態ギブス自由エネルギーΔG°は、結合親和性をより正確に表し、ΔG°=−RTln(Kd)によって反応の解離定数(Kd)に関連付けられ、式中、Rは気体定数であり、Tは絶対温度である。したがって、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の反応の非常に低いΔG°は、オリゴヌクレオチドと標的核酸との間の強いハイブリダイゼーションを反映している。ΔG°は、水性濃度が1M、pHが7、温度が37℃の反応に関連したエネルギーである。標的核酸へのオリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションは、自発反応であり、自発反応の場合、ΔG°はゼロ未満である。ΔG°は、例えば、Hansen et al.,1965,Chem.Comm.36−38およびHoldgate et al.,2005,Drug Discov Todayに記載されているように、等温滴定型熱量測定(ITC)により、実験的に測定することができる。当業者は、ΔG°測定のために市販の装置が入手可能であることを知るであろう。ΔG°はまた、SantaLucia,1998,Proc Natl Acad Sci USA.95:1460−1465に記載されているように、Sugimoto et al.,1995,Biochemistry 34:11211−11216およびMcTigue et al.,2004,Biochemistry 43:5388−5405に記載されている適切に導出された熱力学パラメーターを使用して、最近傍モデルを使用して数値的に推定することができる。ハイブリダイゼーションによってその意図された核酸標的を調節する可能性を有するために、本発明のオリゴヌクレオチドは、10〜30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドについて−10kcal未満の推定ΔG°値で標的核酸にハイブリダイズする。いくつかの実施形態では、ハイブリダイゼーションの程度または強度は、標準状態ギブス自由エネルギーΔG°により測定される。オリゴヌクレオチドは、8〜30ヌクレオチド長のオリゴヌクレオチドの場合、−10kcalの範囲未満、例えば−15kcal未満、例えば−20kcal未満、および例えば−25kcal未満の推定ΔG°値で標的核酸にハイブリダイズし得る。いくつかの実施形態では、オリゴヌクレオチドは、−10〜−60kcal、例えば−12〜−40、例えば−15〜−30kcalまたは−16〜−27kcal、例えば−18〜−25kcalの推定ΔG゜値で標的核酸にハイブリダイズする。microRNA−134を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、microRNA−134活性にハイブリダイズし、阻害(アンタゴナイズ)することができる。
本発明によれば、標的核酸は、哺乳類またはヒトのmicroRNA−134 RNA、例えば配列番号1または2である。
本明細書で使用される「標的配列」という用語は、標的核酸に存在するヌクレオチドの配列を指し、これは本発明のオリゴヌクレオチドに相補的な核酸塩基配列を含む。いくつかの実施形態では、標的配列は、本発明のオリゴヌクレオチドの連続ヌクレオチド配列に相補的な標的核酸上の領域からなる。
高親和性修飾ヌクレオシドは、修飾されたヌクレオチドであり、これは、オリゴヌクレオチドに組み込まれる場合、例えば融解温度(Tm)によって測定されるように、その相補的標的に対するオリゴヌクレオチドの親和性を高める。本発明の高親和性修飾ヌクレオシドは、好ましくは、修飾ヌクレオシドあたり+0.5〜+12oC、より好ましくは+1.5〜+10oC、最も好ましくは+3〜+8oCの融解温度の上昇をもたらす。数多くの高親和性修飾ヌクレオシドが当該技術分野において知られており、例えば、多くの2’置換ヌクレオシドおよびロックド核酸(LNA)が挙げられる(例えば、Freier&Altmann;Nucl.Acid Res.,1997,25,4429−4443およびUhlmann;Curr.Opinion in Drug Development,2000,3(2),293−213を参照されたい)。
本発明のオリゴマーは、修飾された糖部分、すなわち、DNAおよびRNAに見られるリボース糖部分と比較して、糖部分が修飾された1つ以上のヌクレオシドを含み得る。
2’糖修飾ヌクレオシドは、2’位にHまたは−OH以外の置換基を有し(2’置換ヌクレオシド)、または2’炭素とリボース環の第2の炭素との間に架橋を形成できる2’結合ビラジカルを含むヌクレオシド、例えばLNA(2’−4’ビラジカル架橋)である。
「LNAヌクレオシド」は、前記ヌクレオシドのリボース糖環のC2’とC4’を結合するビラジカル(「2’−4’架橋」とも呼ばれる)を含む2’修飾ヌクレオシドであり、これはリボース環の立体配座を制限または固定する。これらのヌクレオシドはまた、文献にて架橋核酸または二環式核酸(BNA)とも称されている。リボースの立体配座の固定は、LNAが相補的RNAまたはDNA分子のオリゴヌクレオチドに組み込まれる場合、ハイブリダイゼーションの親和性の向上(二重鎖安定化)に関連している。これは、オリゴヌクレオチド/相補二重鎖の融解温度を測定することにより日常的に決定され得る。
国際公開第2005/013901号は、microRNAを阻害するための、RNaseHをリクルートする2’−O−MOEギャップマー、および完全2−O−MOE修飾オリゴヌクレオチドを開示していた。一般に、RNAseHをリクルートするギャップマーオリゴヌクレオチドは、microRNAの阻害に関して、非RNaseHをリクルートするsteric block型アンチセンスオリゴヌクレオチドよりも劣ると考えられている(Davis et al.2006 Nucleic Acids Res 34−2294−304を参照されたい)。Kruetzfelt et al.2005 Nature 438 685−9には、完全2’O−メチル修飾アンチセンスオリゴヌクレオチドコレステロールコンジュゲートを開示しており、これは、in vivoでmicroRNA−122を阻害するのに有効なRNaseHをリクルートすることができない。
いくつかの実施形態では、オリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列は、ヌクレオシドアナログ、例えば親和性増強ヌクレオシドアナログ連続配列からなり、本明細書では「トータルマー」と呼ばれる。
「ミックスマー」という用語は、DNAヌクレオシドおよびヌクレオシドアナログヌクレオシドを含むオリゴマーまたはその連続ヌクレオチド配列を指し、ここで、ギャップマー(gapmers)、テイルマー(tailmers)、ヘッドマー(headmers)およびブロックマー(blockmers)とは対照的に、天然に存在するDNAヌクレオシド(すなわち、RNaseHリクルートメント活性を可能にするのに十分な領域od DNA)の4超または5超の連続配列が存在しない。
本明細書で使用されるコンジュゲートという用語は、非ヌクレオチド部分に共有結合したオリゴヌクレオチドを指す(コンジュゲート部分または領域Cまたは第3の領域)。
結合またはリンカーは、1つ以上の共有結合を介して目的の1つの化学基またはセグメントを目的の別の化学基またはセグメントに結合する、2つの原子間の接続である。コンジュゲート部分は、直接または連結部分(例えば、リンカーまたはテザー)を介してオリゴヌクレオチドに結合させることができる。リンカーは、第3の領域、例えばコンジュゲート部分(領域C)を、第1の領域、例えばオリゴヌクレオチドまたは連続ヌクレオチド配列またはギャップマー領域F−G−F’(領域A)に共有結合する役割を果たす。
本明細書で使用される「治療」という用語は、既存の疾患(例えば、本明細書で言及される疾患もしくは障害)の治療、または疾患の予防(prevention)、すなわち予防(prophylaxis)の両方を指す。したがって、本明細書で言及される治療は、いくつかの実施形態では、予防的であり得ることが認識されるであろう。
miR−134はてんかんにおいて重要な調節的役割を果たしているが(Jimenez−Mateos et al.2012)、てんかんにおけるmiR−134の作用機序はまだ明らかになっていない。miR−134の潜在的な標的を同定するために、初代皮質ニューロンをmiR−134のLNA−抗miR阻害剤で処理し、6日間インキュベートした。インキュベーション期間後、細胞からRNAを単離し、グローバルRNAシーケンス解析を行って、microRNA−134の阻害により発現が調節されたmRNAを同定した。同定された抑制解除されたmRNAから、3’UTR内の潜在的なmicroRNA−134シード配列の存在に基づいて、有意に抑制解除されかつ推定microRNA−134結合部位も含む遺伝子を同定した。これらの候補バイオマーカー転写物は、様々な濃度のLNA−抗miR−134で処理された初代皮質ニューロンを用いた追加の実験で実験的に検証した。試験した候補転写物のうち、1つのセルピン1の有効性が確認され、用量依存的に抑制解除され、制御されていた。セルピン1は、組織プラスミノーゲンアクチベーター(tPA)に結合して阻害するタンパク質プラスミノーゲンアクチベーター阻害剤−1(PAI−1)をコードする。てんかんにおけるtPAの因果的役割は、tPAノックアウトマウスが化学的に誘導されたてんかんの発症を抑制することから明らかになっている(Tsirka et al.,1995)。このことは、microRNA−134がてんかんを調節し得る潜在的なメカニズムを示しており、miR−134を阻害することでセルピン1/PAI−1の抑制が解除され、tPAが阻害されることになる。セルピン1/PAI−1または活性tPAは、mRNAレベルだけでなく、脳脊髄液などの体液中のタンパク質レベルおよび活性レベルでも、miR−134を阻害するためのバイオマーカーである。
7−オリゴヌクレオチドmiR−134シード配列を有する有意にアップレギュレートされた遺伝子には、セルピン1、Gpr35、Syt6、Peg10、Olfr460が含まれる。表1を参照されたい。
本実施例で使用した化合物は、以下の配列の非共役LNA抗miRであった:5’−TgGtcAAccAgTcAC−3’(配列番号8)、配列中、大文字はβ−D−オキシ−LNAヌクレオシド、小文字はDNAヌクレオシド、LNAシトシンは5−メチルシトシンであり、すべてのヌクレオシド間結合はホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。
セルピン1の潜在的なmiR−134標的部位を、TargetScanHuman 7.1を使用して同定し、miR−134シード配列と3’UTRセルピン1mRNAとの潜在的なハイブリダイゼーションが、マウスの転写産物では345〜352位、およびヒトの転写産物では417〜424位のセルピン3’UTRで同定された(図3を参照されたい)。microRNA−134と3’UTRフラグメントとの間の相互作用を、RNAStructure「Predict a Bimolecular Secondary Structure Web Server」バージョン6.0.1(https://rna.urmc.rochester.edu/RNAstructureWeb/Servers/PredictBi/PredictBi.html)(Reuter and Mathews 2010)を用いて予測した。
premiR−134およびLNA抗miRまたはLNA対照で処理した後のヒト乳癌MDA−MB−231細胞におけるセルピン1mRNAの発現解析。MDA−MB−231を24ウェルプレートにプレーティングし、その翌日、40nMのpremiR−134(Ambion Pre−miR miRNA Precursors hsa−mir−134−5p,AM17100)または/および100nMのLNA抗miRもしくは100nMの対照LNAを、製造元の指示に従って lipofectamine 2000(Invitrogen)を用いてトランスフェクトした。トランスフェクションの2日後、24ウェルセットアップからのRNAを、MagNA Pure 96、Cellular RNA Large Volume Kit(Roche社、ID:05469535001)によって、50μLの溶出量で製造元の指示に従って精製した。ワンステップddPCRを、One−Step RT−ddPCR Advanced Kit for Probes(BIORAD社、ID:1864021)を用いて行った。FAM標識プローブおよびプライマーはIDT(セルピン1 Hs.PT.58.3938488.g)由来のものであり、一方で、HEX標識HPRT1プローブおよびプライマーは、IDT(Hs.PT.58v.45621572)由来ものであった。サイクリング条件は次のとおりであった:95℃で10分間、94℃で30秒間の変性、アッセイに応じたアニーリング温度で1分間、変性とアニーリングのステップを42回繰り返す。42回のサイクル後、酵素を98℃で10分間失活させた。サンプルを直接使用しない場合は、4℃で保存した。蛍光分析のために液滴を液滴リーダーQX200TM(BIO−RAD)に流し、FAM色のセルピン1液滴およびHEX色のHPRT1液滴の数をカウントした。結果を図4に示す。
Chen Y.et al.,Nat Protoc. 2007;2(5):1044−51.
Ellwanger et al.,2011.“The Sufficient Minimal Set of MiRNA Seed Types.” Bioinformatics(Oxford,England)27(10):1346−50.https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btr149.
Kim,et al.,2015.“HISAT:A Fast Spliced Aligner with Low Memory Requirements.” Nature Methods 12(4):357−60.https://doi.org/10.1038/nmeth.3317.
Law,et al.,2014.“Voom:Precision Weights Unlock Linear Model Analysis Tools for RNA−Seq Read Counts.” Genome Biology 15(2):R29.https://doi.org/10.1186/gb−2014−15−2−r29.
Liao,et al.,2013.“The Subread Aligner:Fast,Accurate and Scalable Read Mapping by Seed−and−Vote.” Nucleic Acids Research 41(10):e108.https://doi.org/10.1093/nar/gkt214.
Reuter,Jessica S.,and David H.Mathews.2010.“RNAstructure:Software for RNA Secondary Structure Prediction and Analysis.” BMC Bioinformatics 11(March):129.https://doi.org/10.1186/1471−2105−11−129.
Claims (17)
- 細胞、例えば神経細胞内でのmicroRNA−134モジュレーターの活性を決定するin vitro方法であって、前記方法は、microRNA−134モジュレーターが添加された細胞内でのセルピン1バイオマーカーのレベルを決定するステップを含む、方法。
- 神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん、または脳虚血性傷害)を患っている対象を、アンタゴニストなどのmicroRNA−134モジュレーターを含む治療薬の投与から利益を得られる可能性が高い対象として同定するin vitro方法であって、前記方法は、
a)前記対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b)前記セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
c)前記対象が、アンタゴニストなどのmicroRNA−134モジュレーターを含む治療薬の投与から利益を得られる可能性が高いかどうかを同定するステップと
を含む、方法。 - 対象におけるアンタゴニストなどのmicroRNA−134モジュレーターの有効性を決定するin vitro方法であって、前記方法は、
d)アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターを以前に投与されたことのある対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
e)セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
f)アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーターの有効性を同定するステップと
を含む、方法。 - microRNA−134アンタゴニスト治療薬による治療に適した神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん、または脳虚血性傷害)を診断するin vitro方法であって、前記方法は、
a.対象から得られたサンプル中のセルピン1バイオマーカーのレベルを測定するステップと、
b.前記セルピン1バイオマーカーの少なくとも1つの参照レベルと比較するステップと、
c.前記対象が、microRNA−134アンタゴニスト治療薬による治療に適した神経障害を患っているか否かを同定するステップと
を含む、方法。 - microRNA−134アンタゴニスト治療薬による治療を必要とする対象における、神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん、または脳虚血性傷害)の治療方法であって、前記方法は、請求項1から4のいずれか一項に記載の方法を含み、続いて、有効量のmicroRNA−134アンタゴニスト治療薬を前記対象に投与するステップを含む、方法。
- 前記参照レベルが、
a.疾患に関連するセルピン1バイオマーカーのレベル、
b.セルピン1バイオマーカーの正常レベル、
c.a)およびb)の両方
のいずれかである、請求項2から5のいずれか一項に記載の方法。 - microRNA−134阻害などのmicroRNA−134調節を測定するためのセルピン1バイオマーカーアッセイのin vitro使用。
- 神経障害、例えばてんかんの治療に使用するための、アンタゴニスト治療薬などのmicroRNA−134モジュレーター、例として、microRNA−134アンタゴニスト治療薬のコンパニオン診断としての、セルピン1バイオマーカーアッセイのin vitro使用。
- 神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん、または脳虚血性傷害)を患っている対象の、microRNA−134モジュレーターを含む治療薬に対する応答の可能性を決定するためのセルピン1バイオマーカーのin vitro使用。
- 前記セルピン1バイオマーカーアッセイが、
a.セルピン1mRNAの測定、
b.セルピン1タンパク質の測定、
c.セルピン1活性の測定、
d.組織プラスミノーゲンアクチベーター(tPA)活性の測定、
e.プラスミノーゲンからプラスミンへの変換の測定
からなる群から選択される、請求項1から9のいずれか一項に記載の方法または使用。 - セルピン1バイオマーカーの上昇がmicroRNA−134のレベルの低下を示し、またはセルピン1バイオマーカーの減少がmicroRNA−134のレベルの増加を示す、請求項1から10のいずれか一項に記載の使用の方法。
- 前記対象が、microRNA−134に関連する疾患もしくは障害、例えば神経障害、例えば発作を伴う神経障害(例として、てんかん性脳症などのてんかん、または脳虚血性傷害)を患っているか、または前記microRNA−134に関連する疾患もしくは障害、例えば発作、例として、てんかん性脳症などのてんかんを発症する可能性が高い、請求項1から11のいずれか一項に記載の方法または使用。
- 前記対象が、例えば血栓症のために、以前にtPA(組織プラスミノーゲンアクチベーター)治療を受けたことがある、請求項1から12のいずれか一項に記載の方法または使用。
- 前記セルピン1バイオマーカーが、脳脊髄液サンプル、血液サンプル、または血漿サンプルからなる群から選択される、前記対象から得られたサンプル中でアッセイされる、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法または使用。
- 前記セルピン1バイオマーカーが、前記対象から得られた脳脊髄液サンプル中でアッセイされる、請求項1から13のいずれか一項に記載の方法または使用。
- 前記microRNA−134モジュレーターが、microRNA−134のアンチセンスオリゴヌクレオチド阻害剤であり、当該阻害剤は、microRNA−134、例えばhsa−miR−134、例えば配列番号1に相補的な、例えば完全に相補的な少なくとも7個の連続ヌクレオチドを含む、請求項1から14のいずれか一項に記載の使用の方法。
- 前記microRNA−134モジュレーターがLNAアンチセンスオリゴヌクレオチドである、請求項1から25のいずれか一項に記載の方法または使用。
Applications Claiming Priority (3)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
EP18190523.3 | 2018-08-23 | ||
EP18190523 | 2018-08-23 | ||
PCT/EP2019/072312 WO2020038968A1 (en) | 2018-08-23 | 2019-08-21 | Microrna-134 biomarker |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
JP2021534759A true JP2021534759A (ja) | 2021-12-16 |
JP7499754B2 JP7499754B2 (ja) | 2024-06-14 |
Family
ID=63371597
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
JP2021509926A Active JP7499754B2 (ja) | 2018-08-23 | 2019-08-21 | Microrna-134バイオマーカー |
Country Status (5)
Country | Link |
---|---|
US (1) | US20210270845A1 (ja) |
EP (1) | EP3841220A1 (ja) |
JP (1) | JP7499754B2 (ja) |
CN (1) | CN112585280A (ja) |
WO (1) | WO2020038968A1 (ja) |
Families Citing this family (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
EP4313073A1 (en) * | 2021-03-26 | 2024-02-07 | Neumirna Therapeutics ApS | Microrna-134 inhibitors |
Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013045652A1 (en) * | 2011-09-28 | 2013-04-04 | Royal College Of Surgeons In Ireland | Inhibition of microrna-134 for the treatment of seizure-related disorders and neurologic injuries |
US20180161357A1 (en) * | 2015-06-05 | 2018-06-14 | MiRagen Therapeutics, Inc. | Mir-155 inhibitors for treating amyotrophic lateral sclerosis (als) |
Family Cites Families (31)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US2806208A (en) | 1951-09-29 | 1957-09-10 | Columbia Broadcasting Syst Inc | Vacuum tube voltmeter |
JP3756313B2 (ja) | 1997-03-07 | 2006-03-15 | 武 今西 | 新規ビシクロヌクレオシド及びオリゴヌクレオチド類縁体 |
EP2253639A1 (en) | 1997-09-12 | 2010-11-24 | Exiqon A/S | Bi- and tri-cyclic nucleoside, nucleotide and oligonucleoide analogues |
ID30093A (id) | 1999-02-12 | 2001-11-01 | Sankyo Co | Analog-analog nukleosida dan oligonukleotida baru |
EP1178999B1 (en) | 1999-05-04 | 2007-03-14 | Santaris Pharma A/S | L-ribo-lna analogues |
US6617442B1 (en) | 1999-09-30 | 2003-09-09 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Human Rnase H1 and oligonucleotide compositions thereof |
EP2752488B1 (en) | 2002-11-18 | 2020-02-12 | Roche Innovation Center Copenhagen A/S | Antisense design |
EP1648914A4 (en) | 2003-07-31 | 2009-12-16 | Regulus Therapeutics Inc | OLIGOMERIC COMPOUNDS AND COMPOSITIONS USEFUL FOR MODULATING SMALL NON-CODING RNA |
JP5523705B2 (ja) | 2005-08-29 | 2014-06-18 | レグルス・セラピューティクス・インコーポレイテッド | Mir−122aをモジュレートする使用方法 |
DK1931780T3 (en) | 2005-08-29 | 2016-01-25 | Regulus Therapeutics Inc | Antisense-forbindelser med forøget anti-microrna-aktivitet |
WO2007068985A2 (en) * | 2005-12-16 | 2007-06-21 | Electrophoretics Limited | Diagnosis and prognosis of colorectal cancer |
AU2007211080B9 (en) | 2006-01-27 | 2012-05-03 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | 6-modified bicyclic nucleic acid analogs |
NZ594605A (en) * | 2006-04-03 | 2013-03-28 | Santaris Pharma As | Pharmaceutical compositions comprising anti miRNA antisense oligonucleotides |
CA2649045C (en) | 2006-04-03 | 2019-06-11 | Santaris Pharma A/S | Pharmaceutical composition comprising anti-mirna antisense oligonucleotides |
US7666854B2 (en) | 2006-05-11 | 2010-02-23 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Bis-modified bicyclic nucleic acid analogs |
ES2389737T3 (es) | 2006-05-11 | 2012-10-31 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos modificados en 5' |
EP2170917B1 (en) | 2007-05-30 | 2012-06-27 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | N-substituted-aminomethylene bridged bicyclic nucleic acid analogs |
EP2173760B2 (en) | 2007-06-08 | 2015-11-04 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Carbocyclic bicyclic nucleic acid analogs |
DK2176280T4 (en) | 2007-07-05 | 2015-07-20 | Isis Pharmaceuticals Inc | 6-Disubstituerede bicykliske nukleinsyreanaloge |
WO2009043353A2 (en) | 2007-10-04 | 2009-04-09 | Santaris Pharma A/S | Micromirs |
WO2009067647A1 (en) | 2007-11-21 | 2009-05-28 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Carbocyclic alpha-l-bicyclic nucleic acid analogs |
WO2010036698A1 (en) | 2008-09-24 | 2010-04-01 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides |
WO2011017521A2 (en) | 2009-08-06 | 2011-02-10 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs |
EP2580228B1 (en) | 2010-06-08 | 2016-03-23 | Ionis Pharmaceuticals, Inc. | Substituted 2'-amino and 2'-thio-bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom |
US9221864B2 (en) | 2012-04-09 | 2015-12-29 | Isis Pharmaceuticals, Inc. | Tricyclic nucleic acid analogs |
MX353562B (es) | 2012-04-25 | 2018-01-17 | Regulus Therapeutics Inc | Compuestos de microarn y metodos de modulacion de la actividad de mir-21. |
CN104884618A (zh) | 2012-11-15 | 2015-09-02 | 罗氏创新中心哥本哈根有限公司 | 寡核苷酸缀合物 |
EP3060664B1 (en) | 2013-10-25 | 2021-07-07 | Sanofi | Microrna compounds and methods for modulating mir-21 activity |
MA44836A (fr) | 2015-08-26 | 2018-07-04 | Univ Texas | Procédés de traitement du syndrome polykystique des reins |
CN110225747A (zh) | 2016-12-05 | 2019-09-10 | 莱古路斯治疗法股份有限公司 | 用于治疗多囊肾病的方法 |
US20200165606A1 (en) | 2016-12-05 | 2020-05-28 | Regulus Therapeutics, Inc. | Modified Oligonucleotides for Treatment of Polycystic Kidney Disease |
-
2019
- 2019-08-21 EP EP19755383.7A patent/EP3841220A1/en active Pending
- 2019-08-21 CN CN201980055057.2A patent/CN112585280A/zh active Pending
- 2019-08-21 JP JP2021509926A patent/JP7499754B2/ja active Active
- 2019-08-21 WO PCT/EP2019/072312 patent/WO2020038968A1/en unknown
-
2021
- 2021-02-23 US US17/183,273 patent/US20210270845A1/en active Pending
Patent Citations (2)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2013045652A1 (en) * | 2011-09-28 | 2013-04-04 | Royal College Of Surgeons In Ireland | Inhibition of microrna-134 for the treatment of seizure-related disorders and neurologic injuries |
US20180161357A1 (en) * | 2015-06-05 | 2018-06-14 | MiRagen Therapeutics, Inc. | Mir-155 inhibitors for treating amyotrophic lateral sclerosis (als) |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
WO2020038968A1 (en) | 2020-02-27 |
US20210270845A1 (en) | 2021-09-02 |
EP3841220A1 (en) | 2021-06-30 |
JP7499754B2 (ja) | 2024-06-14 |
CN112585280A (zh) | 2021-03-30 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US20230220393A1 (en) | METHODS AND MODIFICATIONS THAT PRODUCE ssRNAi COMPOUNDS WITH ENHANCED ACTIVITY, POTENCY AND DURATION OF EFFECT | |
EP1931780B1 (en) | Antisense compounds having enhanced anti-microrna activity | |
DK2002004T3 (en) | LITTLE INTERNAL SEGMENTED INTERFERENCE RNA | |
JP7060525B2 (ja) | Htra1の発現を調節するためのアンチセンスオリゴヌクレオチド | |
CA3120918A1 (en) | Rna modulating oligonucleotides with improved characteristics for the treatment of duchenne and becker muscular dystrophy | |
TW201200138A (en) | Treatment of Atonal homolog 1 (ATOH1) related diseases by inhibition of natural antisense transcript to ATOH1 | |
CN112912500A (zh) | 用于调节atxn2表达的寡核苷酸 | |
US8202981B2 (en) | Compositions and their uses directed to PTPRU | |
JP2009516710A (ja) | eIF4E−BP2の発現のモジュレート | |
TW201907008A (zh) | 用於調節htra1表現之反義寡核苷酸 | |
US20210270845A1 (en) | Microrna-134 biomarker | |
JP2022524218A (ja) | Angptl2アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびその使用 | |
JP2022514648A (ja) | Card9を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチド | |
EP3793685A1 (en) | Pharmaceutical compositions for treatment of microrna related diseases | |
WO2022230987A1 (ja) | miR-33b阻害物質による筋疾患の予防又は治療 | |
WO2021231210A1 (en) | Complement component c1r inhibitors for treating a neurological disease, and related compositions, systems and methods of using same | |
EP4149486A1 (en) | Complement component c1s inhibitors for treating a neurological disease, and related compositions, systems and methods of using same | |
WO2021231204A1 (en) | Complement component 4 inhibitors for treating neurological diseases, and related compositons, systems and methods of using same | |
JP2024098537A (ja) | 安全性の高い核酸配列の設計法 | |
EP4077672A1 (en) | Enhanced oligonucleotides for inhibiting scn9a expression | |
WO2023021184A1 (en) | Antisense oligonucleotides targeting adenosine kinase | |
JP2024524874A (ja) | オリゴヌクレオチドプログラニュリンアゴニスト |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
A621 | Written request for application examination |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621 Effective date: 20220506 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20230606 |
|
A601 | Written request for extension of time |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601 Effective date: 20230807 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20231205 |
|
A131 | Notification of reasons for refusal |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131 Effective date: 20240109 |
|
A521 | Request for written amendment filed |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523 Effective date: 20240328 |
|
TRDD | Decision of grant or rejection written | ||
A01 | Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01 Effective date: 20240507 |
|
A61 | First payment of annual fees (during grant procedure) |
Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61 Effective date: 20240604 |
|
R150 | Certificate of patent or registration of utility model |
Ref document number: 7499754 Country of ref document: JP Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150 |