JP2021523351A - レンバチニブ及びｐｄ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法のためのバイオマーカー - Google Patents

Abstract

レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する対象の奏効性を予測するバイオマーカーが提供される。本明細書において記載されるバイオマーカー、組成物、及び方法は、がんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象のための適切な処置法の選択において有用である。
【選択図】なし

Description

本明細書において、レンバチニブ及びプログラム細胞死１タンパク質（ＰＤ−１）アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効するがん対象の集団を同定するためのバイオマーカーが開示される。

多くのキナーゼ阻害剤が、抗腫瘍剤として開発されてきている。例えば、血管内皮細胞増殖因子受容体（ＶＥＧＦＲ）などの受容体チロシンキナーゼに対する阻害活性を有する化合物の群は、血管新生を阻害することが公知であり、新たなクラスの抗腫瘍剤であると考えられている。レンバチニブメシル酸塩（Ｅ７０８０としても公知）は、ＶＥＧＦＲ１〜３、線維芽細胞増殖因子受容体（ＦＧＦＲ）１〜４、トランスフェクション中に再構成した受容体（ＲＥＴ）、ＫＩＴ、及び血小板由来増殖因子受容体（ＰＤＧＦＲ）を標的化している経口チロシンキナーゼ阻害剤である。レンバチニブメシル酸塩は、米国食品医薬品局（ＵＳＦＤＡ）によって、局所再発性又は転移性の、進行性の放射性ヨウ素処置抵抗性の分化型甲状腺がんを有する患者の処置について、また、エベロリムスと組み合わせて、抗血管新生療法を事前に１回行った後の進行性の腎細胞がんを有する患者について、レンビマ（ＬＥＮＶＩＭＡ）（登録商標）として承認されている。

ＰＤ−１は、免疫調節及び末梢性トレランスの維持における重要なプレイヤーとして認識されている。ＰＤ−１は、ナイーブＴ細胞、Ｂ細胞、及びナチュラルキラーＴ（ＮＫＴ）細胞で適度に発現され、リンパ球、単球、及び骨髄細胞へのＴ／Ｂ細胞受容体のシグナル伝達によって上方調節される（１）。

ＰＤ−１の２つの既知のリガンドであるＰＤ−Ｌ１（Ｂ７−Ｈ１）及びＰＤ−Ｌ２（Ｂ７−ＤＣ）は、様々な組織で生じているヒトのがんで発現している。例えば卵巣がん、腎臓がん、大腸がん、膵臓がん、肝臓がん、及び黒色腫の大きなサンプルセットにおいて、ＰＤ−Ｌ１の発現は、一部の腫瘍において、その後の処置に関係なく、不良な予後及び全生存の低減と相関することが実証されている（２〜１３）。同様に、腫瘍浸潤リンパ球でのＰＤ−１の発現は、乳がん及び黒色腫における機能不全のＴ細胞の印となること（１４〜１５）、及び腎臓がんにおける不良な予後と相関することが見出された（１６）。ＰＤ−Ｌ１を発現する腫瘍細胞は、ＰＤ−１を発現するＴ細胞と相互作用して、Ｔ細胞の活性化及び免疫監視の回避を弱め、このことによって、腫瘍に対する免疫応答の障害を生じさせることが提示されている。したがって、ＰＤ−１受容体又はＰＤ−Ｌ１リガンドのいずれかに向けられた抗体は、ＰＤ−１受容体とＰＤ−Ｌ１リガンドとの間の結合を阻害し得、その結果、腫瘍細胞に対する免疫作用を増大させる（２３）。

ＰＤ−１と、ＰＤ−１のリガンドであるＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２の一方又は両方との間の相互作用を阻害する、いくつかのモノクローナル抗体は、米国食品医薬品局（ＵＳＦＤＡ）によって、及び／又はがんを処置するための臨床開発において、承認されている。このような抗体の有効性は、他の承認された又は実験中のがん治療法、例えば、放射線照射、外科手術、化学療法剤、標的療法、腫瘍において調節異常な他のシグナル伝達経路を阻害する作用物質、及び他の免疫増強剤と組み合わせて投与された場合に、増強し得ることが提示されている。

ほとんどの抗腫瘍処置は、強い吐き気、嘔吐、又は重度の疲労などの望ましくない副作用を伴う。また、抗腫瘍処置がうまくいっていても、多くの処置は、その処置を受けた全ての患者において顕著な臨床奏効を生じさせず、その結果、効果のない処置に伴う、望ましくない副作用、遅延、及びコストが生じる。治療法に対して奏効性ではない患者では、奏効性と判定され得るまでに、患者の処置において著しい出費がある場合がある。したがって、治療法の初期に奏効性の患者を奏効性ではない患者から同定するための新規な方法が必要とされている。抗腫瘍剤に対する対象の奏効を投与の前又は最中に予測するために使用することができるバイオマーカーが、大いに必要とされている。さらに、抗腫瘍剤を含む治療法が効果的であるかどうかを査定するために使用され得るバイオマーカーを有することも有用である。

本願は、レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩（以下、「レンバチニブ化合物」と呼ばれる）及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対するがん対象の奏効性を予測するバイオマーカーの同定に、少なくとも部分的に基づく。レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法での処置の前及び後の、インターフェロン（ＩＦＮ）−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの継続した組み合わせ療法に奏効する可能性の判定において有用であり得る。

本願はまた、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置を、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（（ＲＣＣ）、例えば、淡明細胞ＲＣＣ、非淡明細胞ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん（例えば、頭頚部扁平上皮細胞がん）、黒色腫（例えば、ステージＩＩＩ〜ＩＶのハイリスクな黒色腫、切除不能な又は転移性の黒色腫などの、進行性の黒色腫）、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん（例えば、トリプルネガティブ乳がん、ＥＲ^＋／ＨＥＲ２⁻乳がん）、卵巣がん、胃がん（例えば、転移性の胃がん又は胃食道接合部腺がん）、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ（例えば、ハイパーミューテーター表現型を有する再発性の悪性グリオーマ）、メルケル細胞癌（例えば、進行性の又は転移性のメルケル細胞がん）、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣＬ））、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん（例えば、ステージＩＶの非小細胞肺がん）、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する対象に対して継続するかどうかを査定するための方法を提供する。がんについての検討もするこのような方法のための典型的ながんの群は、黒色腫、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、頭頚部がん、ホジキンリンパ腫、ＰＭＢＣＬ、尿路上皮癌、胃がん、子宮頸がん、肝細胞癌、メルケル細胞癌、甲状腺がん、及び子宮内膜がんから選択される。組み合わせ療法での処置の前及び／又は後の、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の低レベル又は高レベルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置を継続するかどうかの査定において有用であり得る。例えば、このような組み合わせ療法に奏効しないことが分かっている患者のサンプルから得られるコントロール比率（ネガティブコントロール）と比較した、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの、より高い比率（組み合わせ療法での処置の後／前）は、試験対象が継続した組み合わせ療法の利益を受けるかどうかの評価／査定において有用であり得る。また、このような組み合わせ療法に奏効することが分かっている患者のサンプルから得られるコントロール比率（ポジティブコントロール）と比較した、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの、より高い比率（組み合わせ療法での処置の後／前）は、試験対象が継続した組み合わせ療法の利益を受けるかどうかの評価／査定において有用であり得る。

したがって、本明細書において記載されるバイオマーカー及び組成物は、例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置の利益を受け得る子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する患者又は患者の亜集団の同定及び／又は選択において、有用である。さらに、本明細書において記載される方法は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんに罹患している、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象のための適切な処置法（例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法）の例えば選択において、有用である。また、本方法によって、医療従事者が、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を継続するか、又は治療法を変更して異なる処置を使用するかを決定することが可能となる。

一態様において、本願は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択される少なくとも１つのがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象の奏効を予測する方法を提供する。この方法はまた、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法の継続した投与の利益を査定／評価するために使用することができる。本方法は、対象から得られる生体サンプル、例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の前の対象から得られる血液サンプル（処置前）を用意すること；レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始後の対象から得られる血液サンプル（処置後）を用意すること；処置前の生体サンプル及び処置後の生体サンプルにおけるＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルを測定すること；並びに、タンパク質のレベル（処置後／処置前）の比率を計算することを伴う。コントロールと比較した、生体サンプル中のタンパク質の濃度の比率の増大は、対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効することを予測し、また、コントロールと比較した、生体サンプル中のタンパク質のレベルの比率の低減は、対象が、コントロールと比較して生体サンプル中のタンパク質のレベルの比率が増大している対象ほどには、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法に効果的に奏効しないことを予測する。

別の実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の１週間〜２４ヶ月後に対象から得られる。別の実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の１週間〜約１８ヶ月後に対象から得ることができる。一実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の１週間〜約１２ヶ月後に対象から得ることができる。別の実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の約２週間（又は８、９、１０、１１、１２、１３、及び１４日間）〜１２ヶ月後に対象から得られる。別の実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の２週間〜６ヶ月後に対象から得ることができる。さらなる実施形態において、処置後の生体サンプルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む治療法の開始の２週間〜４週間後に対象から得ることができる。

別の態様において、本開示は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む有効量の組み合わせ療法を、それを必要とする対象に投与するステップを含む、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（（ＲＣＣ）、例えば、淡明細胞ＲＣＣ、非淡明細胞ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん（例えば、頭頚部扁平上皮細胞がん）、黒色腫（例えば、ステージＩＩＩ〜ＩＶのハイリスクな黒色腫、切除不能な又は転移性の黒色腫などの、進行性の黒色腫）、肝細胞癌、乳がん（例えば、トリプルネガティブ乳がん、ＥＲ^＋／ＨＥＲ２⁻乳がん）、卵巣がん、胃がん（例えば、転移性の胃がん又は胃食道接合部腺がん）、大腸がん、膀胱がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ（例えば、ハイパーミューテーター表現型を有する再発性の悪性グリオーマ）、メルケル細胞癌（例えば、進行性の又は転移性のメルケル細胞がん）、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣＬ））、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん（例えば、ステージＩＶの非小細胞肺がん）、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される少なくとも１つのがんを処置する方法であって、対象が、この治療法に対する奏効性に関連する、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率を有すると同定されている、方法を提供する。

実施形態のいずれでも、生体サンプルは、血液サンプル、又は、生体サンプルが処置前のサンプルと処置後のサンプルとの間で一貫している限りにおいて、本発明において規定される生体サンプルのいずれかであり得る。

以下の実施形態は、上記の態様の全てについて想定されている。組み合わせ療法は、レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩を使用することができ、１つの典型的な薬学的に許容できる塩は、レンバチニブメシル酸塩である。ＰＤ−１アンタゴニストは、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、ＩＢＩ−３０８、セミプリマブ、ＪＳ−００１、スパルタリズマブ、ＳＨＲ−１２１０、ＢＧＢ−Ａ３１７、ＢＣＤ−１００、デュルバルマブ、及びアベルマブからなる群から選択することができる。一実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、ＰＤ−１のアンタゴニストである。一実施形態において、ＰＤ−１のアンタゴニストは、ペムブロリズマブ又はニボルマブであり得る。一実施形態において、ＰＤ−１のアンタゴニストは、ペムブロリズマブである。

特定の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、抗ＰＤ−１抗体、又は抗ＰＤ−１抗体の抗原結合断片である。代替的な実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、抗ＰＤ−Ｌ１抗体、又は抗ＰＤ−Ｌ１抗体の抗原結合断片である。一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、ペムブロリズマブ（キイトルーダ（ＫＥＹＴＲＵＤＡ）（商標）、Ｍｅｒｃｋ ＆ Ｃｏ．，Ｉｎｃ．、Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ、ＮＪ、ＵＳＡ）、ニボルマブ（オプジーボ（ＯＰＤＩＶＯ）（商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、ＮＪ、ＵＳＡ）、セミプリマブ（リブタヨ（ＬＩＢＴＡＹＯ）（商標）、Ｒｅｇｅｎｅｒｏｎ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ，Ｉｎｃ．、Ｔａｒｒｙｔｏｗｎ、ＮＹ、ＵＳＡ）、デュルバルマブ（イミフィンジ（ＩＭＦＩＮＺＩ）（商標）、ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａ Ｐｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌｓ ＬＰ、Ｗｉｌｍｉｎｇｔｏｎ、ＤＥ）、又はアベルマブ（バベンチオ（ＢＡＶＥＮＣＩＯ）（商標）、Ｍｅｒｃｋ ＫＧａＡ、Ｄａｒｍｓｔａｄｔ、Ｇｅｒｍａｎｙ）であり得る。

がんは、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、又は黒色腫であり得る。一実施形態において、がんは、子宮内膜がんであり得る。がんは、進行性の子宮内膜がんであり得る。

一実施形態において、タンパク質は、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質である。一実施形態において、タンパク質は、ＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０である。一実施形態において、タンパク質は、ＦＧＦ−１９及び／又はＦＧＦ−２３である。一実施形態において、タンパク質は、ＦＧＦ−２３である。

ある特定の実施形態において、対象はヒトである。生体サンプルは、血液サンプル、循環腫瘍細胞、血漿サンプル、血清サンプル、尿サンプル、組織サンプル、及び腫瘍サンプルからなる群から選択され得る。生体サンプルは、生検サンプル又は液体の生体サンプルであり得る。液体の生体サンプルは、例えば、吸引物、洗浄物、血液、及び尿であり得る。

本方法は、試験結果を対象の医療提供者に伝達することをさらに含み得る。本方法は、対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効する可能性が高い又は可能性が低いことを示すように、対象の診療記録を修正することをさらに含み得る。具体的な実施形態において、記録は、コンピューター可読媒体で作成することができる。ある特定の実施形態において、本方法は、タンパク質のレベルの比率が、対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効することを予測する場合に、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を対象に処方することをさらに含む。一部の実施形態において、本方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を対象に投与することをさらに含む。一部の実施形態において、本方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を継続することをさらに含む。一部の実施形態において、本方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む処置の利益を受けると予想されるがんを有する又はがんを発症するリスクがある対象を選択することをさらに含む。

別段の定義がない限り、本明細書において使用される全ての技術用語及び科学用語は、本発明が属する分野の当業者によって一般に理解されるものと同一の意味を有する。本明細書において記載されるものに類似の又は同等の方法及び材料を本発明の実施又は試験において使用することができるが、典型的な方法及び材料が本明細書において記載されている。本明細書において言及される全ての刊行物、特許出願、特許、及び他の参考文献は、参照することによってその全体が組み込まれる。矛盾するケースでは、定義を含めて、本願が優先される。材料、方法、及び例は例示的なものにすぎず、限定することを意図したものではない。

本発明の他の特徴及び利点は、以下の詳細な説明及び特許請求の範囲から明らかになると予想される。

組み合わせ療法の前及び処置の後に得られた血清サンプルから判定された、レンバチニブ及びペムブロリズマブで処置された患者における血清バイオマーカーレベルの変化を示す図である。データは血清バイオマーカーレベルの比率（処置後／処置前）の中央値として示されており、ウィルコクソンの符号順位検定によってＰ＜０．０５であった。図１Ａは、サイクル１の１５日目での比率を示す。図１Ｂは、サイクル２の１日目での比率を示す。 ＩＬ−１０（図２Ａ）、ＣＸＣＬ９（図２Ｂ）、ＣＸＣＬ１０（図２Ｃ）、及びＣＸＣＬ１２（図２Ｄ）についての、サイクル２の１日目での、血清バイオマーカーのレベルの変化と奏効との関係を示す図である。ＣＲ／ＰＲ／ｕＰＲは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は不確定部分奏効（ｕＰＲ）を有する患者である。比較的なＳＤ／ＰＤは、疾患の安定（ＳＤ）又は疾患の進行（ＰＤ）を有する患者を指す。各ボックスプロットの範囲内のドットとして示されていない、サンプルから得られた要約されたデータが、各パネルの上にある数値として示されている。 組み合わせ療法の前及び処置の後に得られた血清サンプルから決定された、レンバチニブ及びペムブロリズマブで処置された患者における血清バイオマーカーレベルの変化を示す図であり、これには、実施例１及び２の結果が組み込みこまれている。データは、血清バイオマーカーレベルの比率（処置後／処置前）の中央値として示されており、ウィルコクソンの符号順位検定によってＰ＜０．０５であった。図３Ａは、サイクル１の１５日目の比率を示す。図３Ｂは、サイクル２の１日目の比率を示す。 ＦＧＦ−２３についての、サイクル２の１日目での、血清バイオマーカーのレベルの変化と奏効との関係を示す図である。ＣＲ／ＰＲ／ｕＰＲは、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は不確定部分奏効（ｕＰＲ）を有する患者である。比較的なＳＤ／ＰＤは、疾患の安定（ＳＤ）又は疾患の進行（ＰＤ）を有する患者を指す。

本開示は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（（ＲＣＣ）、例えば、淡明細胞ＲＣＣ、非淡明細胞ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん（例えば、頭頚部扁平上皮細胞がん）、黒色腫（例えば、ステージＩＩＩ〜ＩＶのハイリスクな黒色腫、切除不能な又は転移性の黒色腫などの、進行性の黒色腫）、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん（例えば、トリプルネガティブ乳がん、ＥＲ^＋／ＨＥＲ２⁻乳がん）、卵巣がん、胃がん（例えば、転移性の胃がん又は胃食道接合部腺がん）、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ（例えば、ハイパーミューテーター表現型を有する再発性の悪性グリオーマ）、メルケル細胞癌（例えば、進行性の又は転移性のメルケル細胞がん）、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣＬ））、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん（例えば、ステージＩＶの非小細胞肺がん）、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される少なくとも１つのがんを有する対象（ヒト患者など）の、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する奏効を予測するための方法及び組成物を提供する。本明細書において記載される方法と共に使用するための、がんの別の典型的なリストとしては、黒色腫、ＮＳＣＬＣ、頭頚部がん、ホジキンリンパ腫、ＰＭＢＣＬ、尿路上皮癌、胃がん、子宮頸がん、肝細胞癌、メルケル細胞癌、甲状腺がん、及び子宮内膜がんから選択されるがんが含まれる。本開示は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法の投与が効果的である又は効果的でない可能性が高い、がんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象を同定するための予測バイオマーカー（例えば、タンパク質レベルの比率）を提供する。さらに、本開示は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効性である／奏効性であると予測されている対象における、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法での、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんの継続した処置を提供する。本明細書において記載されるバイオマーカー、組成物、及び方法は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫及び胆道がん、並びに甲状腺がんからなる群から選択される少なくとも１つのがんに罹患している対象のための適切な治療法（例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニスト療法）の選択において有用である。本方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法の利益も処置方法の利益も受け得る、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択される少なくとも１つのがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある患者における選択を提供する。

略記
詳細な説明及び実施例の全体を通して、以下の略記が使用される。
ＢＯＲ 最良総合効果
ＣＢ 臨床的有用性
ＣＢＲ 臨床的有用率
ＣＲ 完全奏効
ＣＸＣＬ９ インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）によって誘発されるモノカイン、ガンマ−インターフェロン誘発型モノカイン、低分子誘発性サイトカイン（ｓｍａｌｌ−ｉｎｄｕｃｉｂｌｅ ｃｙｔｏｋｉｎｅ）Ｂ９、及びＣ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン９としても公知の、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカインリガンド９
ＣＸＣＬ１０ 低分子誘発性サイトカインサブファミリーＢ（Ｃｙｓ−Ｘ−Ｃｙｓ）、メンバー１０、１０ＫＤａのインターフェロンガンマ誘発型タンパク質、ＳＣＹＢ１０、ＩＮＰ１０、ＩＰ１０、及びインターフェロン誘発性サイトカインＩＰ−１０としても公知の、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカインリガンド１０
ＣＸＣＬ１１ インターフェロン誘発性Ｔ細胞アルファ化学誘因物質、インターフェロンガンマ誘発性タンパク質９、ベータ−Ｒ１、ＳＣＹＢ１１、ＳＣＹＢ９Ｂ、Ｉ＿ＴＡＣ、及びＨ１７４としても公知の、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカインリガンド１１
ＣＸＣＬ１２ プレＢ細胞増殖刺激因子、肝細胞がんにおいて低減するインタークリン、間質細胞由来因子１、ＳＤＦ１、ＰＢＳＦ、及びＩＲＨとしても公知の、Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカインリガンド１２
ＤＣＲ 疾病コントロール率
ＤＦＳ 無病生存
ＤＬＴ 用量制限毒性
ＤＯＲ 奏効期間
ＤＣＲ 疾病コントロール率
ＤＳＤＲ 持続的疾患安定率
ＥＤＴＡ エチレンジアミン四酢酸
ＥＧＴＡ エチレングリコールビス（Ｐ−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ１，Ｎｌ−四酢酸
ＥＬＩＳＡ 酵素結合免疫吸着アッセイ
ＩＦＮ−γ インターフェロンガンマ
ＩＨＣ 免疫組織化学又は免疫組織化学的
ＩＬ−１０ インターロイキン１０
ＦＧＦ 線維芽細胞増殖因子
ＦＧＦＲ 線維芽細胞増殖因子受容体
ＦＲ フレームワーク領域
ＩＰ−１０ ＣＸＣＬ１０を参照されたい
ｉｒＲＣ 免疫関連奏効判定基準
ｉｒＲＥＣＩＳＴ 固形腫瘍における免疫関連奏効査定基準
ｍＡｂ モノクローナル抗体
ＭＴＤ 最大耐量
ＮＣＢＩ 米国国立生物工学情報センター
ＮＣＩ 米国国立がん研究所
ＯＲ 総合効果
ＯＲＲ 奏効率
ＯＳ 全生存
ＰＤ 疾患の進行
ＰＤＧＦＲ 血小板由来増殖因子受容体
ＰＤ−１ プログラム細胞死１
ＰＤ−Ｌ１ Ｂ７−Ｈ１としても公知の、プログラム細胞死１リガンド１
ＰＤ−Ｌ２ Ｂ７−ＤＣとしても公知の、プログラム細胞死１リガンド２
ＰＦＳ 無増悪生存
ＰＭＳＦ フッ化フェニルメチルスルホニル
ＰＲ 部分奏効
ＲＥＣＩＳＴ 固形腫瘍における奏効査定基準
ＳＤ 疾患の安定
ＳＤ 標準偏差−頭字語の使用は、どちらの意味が意図されているかを明らかにする。
ＴＲ 腫瘍奏効
ＴＳ 腫瘍の縮小
ＴＴＲ 奏効までの期間
ＶＥＧＦＲ１〜３ 血管内皮細胞増殖因子受容体１〜３
ｕＣＲ 不確定完全奏効
ｕＰＲ 不確定部分奏効

定義
方法、組成物、及び使用がより容易に理解され得るように、ある特定の技術用語及び科学用語を以下に具体的に定義する。この文献のいずれかの箇所で具体的に定義されていない限り、本明細書において使用される全ての他の技術用語及び科学用語は、当業者によって一般に理解される意味を有する。

「約」は、数値で規定されたパラメータ（例えば、ＰＤ−１アンタゴニスト若しくはレンバチニブ化合物の用量、又は本明細書において記載される組み合わせ療法での処置時間の長さ）を修飾するために使用される場合、そのパラメータが、そのパラメータについて言及された数値の１０％程度下に又は上に変化し得ることを意味する。例えば、「約２０ｍｇ」の用量は、１８ｍｇ〜２２ｍｇの間で変化し得る。

「好ましくは」は、より望ましい選択を意味する。例えば、数値で規定されたパラメータを修飾するために使用される場合、「好ましくは」は、好ましいパラメータが、このパラメータについての別の値よりも向上した結果をもたらすことを示す。「好ましくは」のこの意味は、米国外でのみ適用される。

添付の特許請求の範囲を含めて、本明細書において使用される場合、「ａ」、「ａｎ」、及び「ｔｈｅ」などの単数形の語は、文脈から別段のことが明らかに示されない限り、これらの語の対応する複数形の言及を含む。

動物、ヒト、実験対象、細胞、組織、器官、又は生体液に適用される「投与」及び「処置」は、動物、ヒト、対象、細胞、組織、器官、又は生体液への、外因性の医薬品、治療、診断薬、又は組成物の接触を指す。細胞の処置は、細胞への試薬の接触、及び細胞と接触している体液への試薬の接触を包含する。「投与」及び「処置」はまた、例えば細胞の、試薬、診断化合物、結合化合物による、又は別の細胞によるインビトロ及びエクスビボでの処置を意味する。

がんを「処置する」又は「処置すること」は、本明細書において使用される場合、がんを有する対象又はがんと診断されている対象に、ＰＤ−１アンタゴニスト及びレンバチニブ化合物の組み合わせ療法を投与して、例えば、がん細胞の数の低減、腫瘍サイズの低減、末梢器官へのがん細胞の浸潤の速度の低減、又は腫瘍の転移若しくは腫瘍の成長の速度の低減などの、少なくとも１つのプラスの治療効果を達成することを意味する。がんにおけるプラスの治療効果は、多くの手段で測定することができる（Ｗ．Ａ．Ｗｅｂｅｒ、Ｊ．Ｎｕｃｌ．Ｍｅｄ．５０：１Ｓ〜１０Ｓ（２００９）を参照されたい）。例えば、腫瘍成長の阻害に関して、ＮＣＩ標準に従うと、Ｔ／Ｃ≦４２％が抗腫瘍活性の最小レベルである。Ｔ／Ｃ＜１０％は高い抗腫瘍活性レベルであると考えられ、Ｔ／Ｃ（％）＝処置された腫瘍容積の中央値／コントロールの腫瘍容積の中央値×１００である。一部の場合において、本明細書において記載される組み合わせ療法に対する奏効は、ＲＥＣＩＳＴ １．１判定基準、ｉｒＲＣ（二次元若しくは一次元）、又はｉｒＲＥＣＩＳＴ判定基準を使用して評価することができ、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの組み合わせによって行われる処置は、ＰＲ、ＣＲ、ＯＲ、ＰＦＳ、ＤＦＳ、及びＯＳのいずれかであり得る。「腫瘍進行までの時間」とも呼ばれるＰＦＳは、処置中及び処置後の、がんが成長しない時間の長さを示し、患者がＣＲ又はＰＲの状態であった時間の量、及び患者がＳＤの状態であった時間の量を含む。ＤＦＳは、処置中及び処置後の、患者が無疾患のままでいる時間の長さを指す。ＯＳは、ナイーブな又は未処置の個体又は患者と比較した余命の延長を指す。一部の場合において、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの組み合わせに対する奏効は、ＰＲ、ＣＲ、ＰＦＳ、ＤＦＳ、ＯＲ、及びＯＳのいずれかであり得、これは、ｉｒＲＥＣＩＳＴ奏効判定基準を使用して評価される。がん患者を処置するために効果的な開示される組み合わせについての処置レジメンは、患者の病状、年齢、及び体重、並びに治療法が対象において抗がん奏効を引き起こす能力などの因子に従って変化し得る。処置方法、薬剤、及び開示される使用は、全ての対象におけるプラスの治療効果の達成において効果的ではない場合があり、この処置方法、薬剤、及び開示される使用は、スチューデントｔ検定、カイ２乗検定、マン・ホイットニーに従ったＵ検定、クラスカル・ウォリス検定（Ｈ検定）、ヨンクヒール−タプストラ検定、及びウィルコクソン検定などの、当技術分野において公知の任意の統計的検定によって判定すると、統計的に有意な数の対象において、プラスの処置効果を達成するべきである。

用語「循環腫瘍細胞」（ＣＴＣ）は、原発性腫瘍から分離されており、血流内を循環している細胞を指す。ＣＴＣは、異なる組織におけるさらなる腫瘍のその後の成長（転移）のための種となり得る（Ｋｉｔａｇｏら、Ｃｌｉｎ． Ｃｈｅｍ．、５５（４）：７５７：７６４（２００９））。

「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」、又は「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」、若しくは「含まれる（ｃｏｍｐｒｉｓｅｄ ｏｆ）」などの変形は、明細書及び特許請求の範囲の全体を通して、表現された言葉又は必要な含意によって文脈から別段のことが要求されない限り、包含的な意味で、すなわち、開示された処置方法、薬剤、及び開示された使用のいずれかの作用又は有用性を大きく増強し得るさらなる特徴の存在又は追加を排除することなく、言及された特徴の存在を特定するように、使用される。

「から基本的になる」、及び「から基本的になる」又は「から基本的になる」などの変形は、明細書及び特許請求の範囲の全体を通して使用される場合、任意の列挙された要素又は要素の群を含めること、及び特定された投薬レジメン、方法、若しくは組成物の基本的な又は新規な特性を大きく変化させることのない、列挙された要素と性質が類似の又は異なる他の要素を任意選択で含めることを示す。

用語「低下した発現率」及び「低減した発現率」は、コントロールタンパク質の比率よりも低い、測定された（１つ又は複数の）バイオマーカータンパク質の比率を意味する。

用語「増大した発現率」及び「上昇した発現率」は、コントロールタンパク質の比率よりも高い、測定された（１つ又は複数の）バイオマーカータンパク質の比率を意味する。

用語「タンパク質レベル」又は「タンパク質のレベル」は、相対的又は絶対的測定方法によって決定されたタンパク質の発現量を指す。

用語「レンバチニブ」は、４−（３−クロロ−４（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドを指す。この化合物は、米国特許第７，２５３，２８６号の実施例３６８（第２７０欄を参照されたい）において開示されている。米国特許第７，２５３，２８６号は、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる。レンバチニブメシル酸塩はまた、Ｅ７０８０とも呼ばれる。レンバチニブメシル酸塩は、以下の構造を有する化合物のようなレンバチニブ化合物である。

用語「ＰＤ−１アンタゴニスト」は、ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１に特異的に結合して、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１の結合を阻害する作用物質である。ＰＤ−１アンタゴニストとしては、ＰＤ−１に結合し、ＰＤ−１がＰＤ−Ｌ１に結合することを防ぐ、化合物が含まれ得る。ＰＤ−１はまた、ＰＤ−Ｌ１がＰＤ−１に結合することを防ぐ、ＰＤ−Ｌ１に結合する化合物でもあり得る。ＰＤ−１アンタゴニストは、ＰＤ−１又はＰＤ−Ｌ１に対する抗体、例えばモノクローナル抗体、又はその抗原結合断片であり得る。用語「ＰＤ−１のアンタゴニスト」は、ＰＤ−１に特異的に結合するＰＤ−１アンタゴニストであり得る。用語「ＰＤ−Ｌ１のアンタゴニスト」は、ＰＤ−Ｌ１に特異的に結合するＰＤ−１アンタゴニストであり得る。ＰＤ−１のアンタゴニストの非限定的な例としては、ペムブロリズマブ、ニボルマブ、ＩＢＩ−３０８、セミプリマブ、ＪＳ−００１、スパルタリズマブ、ＳＨＲ−１２１０、ＢＧＢ−Ａ３１７、及びＢＣＤ−１００が含まれる。ＰＤ−Ｌ１のアンタゴニストの非限定的な例としては、デュルバルマブ及びアベルマブが含まれるが、アテゾリズマブ（テセントリク（ＴＥＣＥＮＴＲＩＱ）（商標）、Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ、ＵＳＡ）、又はＣＳ−１００１（ＣＳｔｏｎｅ Ｐｈａｒｍａ）は含まれない。具体的な生物製剤の名称が本明細書において言及される場合、その生物製剤のバイオシミラー及びリファレンス生物製剤製品も含まれ得る。本明細書において使用される場合、診断用の抗ヒトＰＤ−Ｌ１ ｍＡｂ又は抗ｈＰＤ−Ｌ１ ｍＡｂは、成熟ヒトＰＤ−Ｌ１に特異的に結合するモノクローナル抗体を指す。

「バイオシミラー」は、例えばＷＨＯガイドライン（Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｏｎ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｓｉｍｉｌａｒ Ｂｉｏｔｈｅｒａｐｅｕｔｉｃ Ｐｒｏｄｕｃｔｓ（ＳＢＰｓ）、補遺２、Ｔｅｃｈｎｉｃａｌ Ｒｅｐｏｒｔ Ｓｅｒｉｅｓ、第９７７号、２００９）において規定されている、既に認可されたリファレンス生物学的製剤製品に、質、安全性、及び有効性の点で類似している生物学的製剤製品、又は、２００９年生物製剤価格競争・イノベーション法、及び公衆衛生事業法のセクション３５１（ｋ）の下で示されているリファレンス製品のバイオシミラーである。バイオシミラーは、リファレンス製品と同一のポリペプチド配列を有する。「ペムブロリズマブのバイオシミラー」は、Ｍｅｒｃｋ ＆ Ｃｏ．，Ｉｎｃ．（Ｋｅｎｉｌｗｏｒｔｈ、ＮＪ、ＵＳＡ）、又はＭｅｒｃｋ Ｓｈａｒｐ ＆ Ｄｏｈｍｅ Ｃｏｒｐ．などのＭｅｒｃｋ ＆ Ｃｏ．，Ｉｎｃ．の子会社若しくは関連会社以外の企業実態によって製造され、ペムブロリズマブのバイオシミラーとして販売することがいずれかの国の規制当局によって承認されている、バイオ製品を意味する。ペムブロリズマブのバイオシミラーは、原薬として、ペムブロリズマブのバリアント、又はペムブロリズマブと同一のアミノ酸配列を有する抗体を含み得る。

本明細書において使用される場合、「ペムブロリズマブのバリアント」は、軽鎖ＣＤＲ（相補性決定領域）の外側に位置する位置で３つ、２つ、又は１つの保存的なアミノ酸置換を有し、重鎖ＣＤＲの外側に位置する６つ、５つ、４つ、３つ、２つ、又は１つの保存的なアミノ酸置換を有する（例えば、バリアントの位置は、フレームワーク領域（ＦＲ）及び／又は定常領域内に位置する）ことを除いて、ペムブロリズマブの重鎖配列及び軽鎖配列に同一な重鎖配列及び軽鎖配列を含む、モノクローナル抗体を意味する。言い換えると、ペムブロリズマブ及びペムブロリズマブのバリアントは、同一のＣＤＲ配列を含むが、ペムブロリズマブ及びペムブロリズマブのバリアントの完全長の軽鎖配列及び重鎖配列においてそれぞれ３つ以下又は６つ以下の他の位置で保存的なアミノ酸置換を有することに起因して、互いに異なる。ペムブロリズマブのバリアントは、以下の特性に関して、ペムブロリズマブとほぼ同一である：ＰＤ−１への結合親和性、並びに、ＰＤ−１へのＰＤ−Ｌ１及びＰＤ−Ｌ２のそれぞれの結合をブロックする能力。

用語「薬学的に許容できる塩」は、塩のタイプに関して特に制限されていない。このような塩の例としては、限定はしないが、塩酸塩、硫酸塩、炭酸塩、重炭酸塩、臭化水素酸塩、及びヨウ化水素酸塩などの無機酸付加塩；酢酸塩、マレイン酸塩、乳酸塩、酒石酸塩、及びトリフルオロ酢酸塩などの有機カルボン酸付加塩；メタンスルホン酸塩、ヒドロキシメタンスルホン酸塩、ヒドロキシエタンスルホン酸塩、ベンゼンスルホン酸塩、トルエンスルホン酸塩、及びタウリン塩などの有機スルホン酸付加塩；トリメチルアミン塩、トリエチルアミン塩、ピリジン塩、プロカイン塩、ピコリン塩、ジシクロヘキシルアミン塩、Ｎ，Ｎ’−ジベンジルエチレンジアミン塩、Ｎ−メチルグルカミン塩、ジエタノールアミン塩、トリエタノールアミン塩、トリス（ヒドロキシメチルアミノ）メタン塩、及びフェネチルベンジルアミン塩などのアミン付加塩；並びに、アルギニン塩、リジン塩、セリン塩、グリシン塩、アスパラギン酸塩、及びグルタミン酸塩などのアミノ酸付加塩が含まれる。薬学的に許容できる塩は、メタンスルホン酸塩（「メシレート」）であり得る。４−（３−クロロ−４−（シクロプロピルアミノカルボニル）アミノフェノキシ）−７−メトキシ−６−キノリンカルボキサミドのメタンスルホン酸塩形態（すなわちメシレート）は、参照することによってその全体が本明細書に組み込まれる米国特許第７，６１２，２０８号において開示されている。

用語「奏効する」、「治療法に対する奏効」は、治療法を受けた対象が、提供された治療法に対してプラスの奏効を示すことを意味する。このようなプラスの奏効の非限定的な例は、腫瘍サイズの減少、腫瘍の転移の減少、又は処置後の生存期間の増大である。「レスポンダー対象」又は「レスポンダー患者」は、本明細書において記載される組み合わせ療法での処置に対する具体的な抗腫瘍奏効について言及される場合、抗腫瘍奏効を示した対象を意味する。

「非レスポンダー対象」又は「非レスポンダー患者」は、本明細書において記載される組み合わせ療法での処置に対する具体的な抗腫瘍奏効について言及される場合、抗腫瘍奏効を示さなかった対象を意味する。

「抗腫瘍奏効」は、本明細書において記載される組み合わせ療法などの治療レジメンで処置されたがん患者について言及される場合、例えば、がん細胞の数の低減、腫瘍サイズの低減、末梢器官へのがん細胞の浸潤の速度の低減、腫瘍の転移若しくは腫瘍の成長の速度の低減、又は無増悪生存などの、少なくとも１つのプラスの治療効果を意味する。がんにおけるプラスの治療効果は、多くの手段で測定することができる（Ｗ．Ａ．Ｗｅｂｅｒ、Ｊ．Ｎｕｌｌ．Ｍｅｄ．５０：１Ｓ〜１０Ｓ（２００９）；上記のＥｉｓｅｎｈａｕｅｒらを参照されたい）。一部の場合において、本明細書において記載される組み合わせ療法に対する抗腫瘍奏効は、ＲＥＣＩＳＴ １．１判定基準（固形腫瘍における奏効査定基準）、二次元ｉｒＲＣ（免疫関連奏効判定基準）、又は一次元ｉｒＲＣを使用して評価することができる。一部の場合において、抗腫瘍奏効は、ＳＤ、ＰＲ、ＣＲ、ＰＦＳ、又はＤＦＳのいずれかであり得る。

用語「対象」又は「患者」は、限定はしないが、ヒト、チンパンジー、オランウータン、ゴリラ、ヒヒ、サル、マウス、ラット、ブタ、ウマ、イヌ、及びウシを含む、哺乳動物を意味する。

「二次元ｉｒＲＣ」は、Ｗｏｌｃｈｏｋ ＪＤら、「Ｇｕｉｄｅｌｉｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｅｖａｌｕａｔｉｏｎ ｏｆ ｉｍｍｕｎｅ ｔｈｅｒａｐｙ ａｃｔｉｖｉｔｙ ｉｎ ｓｏｌｉｄ ｔｕｍｏｒｓ：ｉｍｍｕｎｅ−ｒｅｌａｔｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｃｒｉｔｅｒｉａ」、Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２００９；１５（２３）：７４１２〜７４２０において記載されている判定基準のセットを指す。これらの判定基準は、標的病変の二次元の腫瘍測定値を利用し、この二次元の腫瘍測定値は、各病変の最長径と垂直方向の最長直径とをかけることによって得られる（ｃｍ^２）。

「ＣＢＲ」又は「臨床的有用率」は、ＣＲ＋ＰＲ＋永続的ＳＤを意味する。

「ＤＣＲ」又は「疾病コントロール率」は、ＣＲ＋ＰＲ＋ＳＤを意味する。

「ＯＲＲ」又は「客観的奏効率」は、ＣＲ＋ＰＲを一部の場合において指し、ＯＲＲ_{（２４週目）}は、ペムブロリズマブと組み合わせたレンバチニブメシル酸塩での処置の２４週間後にコホートの各患者においてｉｒＲＥＣＩＳＴを使用して測定されたＣＲ及びＰＲを指す。

「ｉｒＲＥＣＩＳＴ奏効判定基準」は、本明細書において使用される場合、Ｏ．Ｂｏｈｎｓａｃｋら、「Ａｄａｐｔａｔｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅ ｉｍｍｕｎｅ ｒｅｌａｔｅｄ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｃｒｉｔｅｒｉａ：ｉｒＲＥＣＩＳＴ」、Ａｎｎ．Ｏｎｃｏｌ．２５（補遺４）：ｉｖ３６１〜３７２、２０１４において示されている定義を意味する。

「ＲＥＣＩＳＴ １．１奏効判定基準」は、本明細書において使用される場合、奏効が測定される背景に基づいて必要に応じて、標的病変又は非標的病変についてＥ．Ａ．Ｅｉｓｅｎｈａｕｅｒら、Ｅｕｒ．Ｊ Ｃａｎｃｅｒ ４５：２２８〜２４７（２００９）において示される定義を意味する。

「持続的奏効」は、本明細書において記載される治療物質又は組み合わせ療法での処置を停止した後の持続的治療効果を意味する。一部の場合において、持続的奏効は、処置期間と少なくとも同一であってもよいし、又は処置期間よりも少なくとも１．５、２．０、２．５、若しくは３倍長くてもよい、期間を有する。

「組織切片」は、組織サンプルの単一の部分又はピース、例えば、正常組織又は腫瘍のサンプルから得られる組織切断物の薄いスライスを指す。

用語「処置レジメン」、「投与プロトコール」、及び「投与レジメン」は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの組み合わせである各治療物質の投与の用量及びタイミングを指すために交換可能に使用される。

「サイクル」は、組み合わせ療法の処置レジメンにおいて反復される投与計画単位を意味する。典型的な実施形態において、サイクルは、３週間（２１日間）の期間である。さらなる典型的な実施形態において、サイクルは、６週間の期間である。「サイクル１」は、組み合わせ療法の初日から開始される計画単位の投与を指す。「サイクル２」は、サイクル１に続くサイクルを指す。

「腫瘍」は、がんと診断されている又はがんを有する疑いがある対象に適用される場合、悪性の又は悪性の可能性があるあらゆるサイズの新生物又は組織腫瘤を指し、原発性腫瘍及び続発性新生物を含む。固形腫瘍は、嚢胞区域又は液体区域を通常は含有しない組織の異常な成長又は腫瘤を指す。異なるタイプの固形腫瘍は、固形腫瘍を形成する細胞のタイプから名付けられている。固形腫瘍の例は、肉腫、癌、及びリンパ腫である。白血病（血液のがん又はヘムがん）は一般に、固形腫瘍を形成しない（米国国立がん研究所、Ｄｉｃｔｉｏｎａｒｙ ｏｆ Ｃａｎｃｅｒ Ｔｅｒｍｓ）。

「腫瘍量」とも呼ばれる「腫瘍組織量」は、身体全体に分布した腫瘍材料の総量を指す。腫瘍組織量は、リンパ節及び骨髄を含む身体全体のがん細胞の総数又は（１つ若しくは複数の）腫瘍の総サイズを指す。腫瘍組織量は、当技術分野において公知の様々な方法によって、例えば、対象から除去した際の（１つ若しくは複数の）腫瘍の寸法を例えばカリパスを使用して測定することによって、又はその一方で、体内で（１つ若しくは複数の）腫瘍の寸法をイメージング技術、例えば、超音波、骨スキャン、コンピューター断層撮影（ＣＴ）、若しくは磁気共鳴イメージング（ＭＲＩ）スキャンを使用して測定することによって、決定することができる。

用語「腫瘍サイズ」は、腫瘍の長さ及び幅として測定され得る、腫瘍の総サイズを指す。腫瘍サイズは、当技術分野において公知の様々な方法によって、例えば、対象から除去した際の（１つ若しくは複数の）腫瘍の寸法を例えばカリパスを使用して測定することによって、又はその一方で、体内で（１つ若しくは複数の）腫瘍の寸法をイメージング技術、例えば、骨スキャン、超音波、ＣＴ、若しくはＭＲＩスキャンを使用して測定することによって、決定することができる。

「一次元ｉｒＲＣ」は、Ｍ．Ｎｉｓｈｉｎｏら、「Ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ ａ Ｃｏｍｍｏｎ Ｌａｎｇｕａｇｅ ｆｏｒ Ｔｕｍｏｒ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ Ｉｍｍｕｎｏｔｈｅｒａｐｙ： Ｉｍｍｕｎｅ−ｒｅｌａｔｅｄ Ｒｅｓｐｏｎｓｅ Ｃｒｉｔｅｒｉａ ｕｓｉｎｇ Ｕｎｉｄｉｍｅｎｓｉｏｎａｌ ｍｅａｓｕｒｅｍｅｎｔｓ」Ｃｌｉｎ．Ｃａｎｃｅｒ Ｒｅｓ．２０１３、１９（１４）：３９３６〜３９４３において記載されている判定基準のセットを指す。これらの判定基準は、各病変の最長径（ｃｍ）を利用する。

組み合わせ療法に対する奏効性についてのバイオマーカーとしての、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３
ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３はまた、効果的なバイオマーカーとしても使用することができる。ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率を使用して、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効する可能性がより高いかあまり高くないかを判定することができる。さらに、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の比率を使用して、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を既に投与されている対象が組み合わせ療法を継続すべきか終了するべきかを評価又は査定することもできる。

対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に効果的に奏効するかどうかを評価するために、又はこの治療法での継続した処置を査定するために、以下の方法を採用することができる。生体サンプル（例えば、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプル）は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの投与の前及び後の両方で対象から得られる。２つの生体サンプルにおける、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率（レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを投与した後のタンパク質のレベル／レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを投与する前のタンパク質のレベル）が計算される。試験対象から得られたサンプルの比率がコントロールよりも高い場合、対象は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの組み合わせに奏効する可能性が高いと判定され、その一方で、試験対象から得られたサンプルの比率がコントロールの比率よりも低い又はほぼ同一（少なくとも９０％であるが１００％未満）である場合、対象は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの組み合わせに奏効する可能性があまり高くないと判定される。対象が処置に奏効性であると判定される場合、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの組み合わせ療法は継続されるか、又は継続されることが少なくとも推奨される。上記のアッセイの背景において、用語「コントロール」は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置の前及び後に、試験サンプルの由来源と同一の由来源（例えば、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプル）から得られ、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置に奏効している又は奏効していない１人の対象（又は複数の対象）から得られる試験サンプルと同一の又はほぼ同一の時点で、（１人又は複数人の）コントロール対象から採取される、サンプルを意味する。用語「コントロール」は、過去（組み合わせ療法で処置する前及び後）に入手され、治療への奏効性が予測される対象から採取される試験サンプルとさらに比較するために使用される、サンプルを含む。例えば、「コントロール」は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置に奏効している又は奏効していない１人又は複数人の対象における、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の処置前及び処置後のレベルの分析によって事前に確立されていてよい。この事前に確立された比率（これは、治療法に奏効している又は奏効していない複数の対象から採取される比率の平均又は中央値であり得る）は次いで、試験サンプルとの比較において「コントロール」比率に使用することができる。このようなコントロール比率の非限定的な例は、１．１、１．２、１．３、１．４、１．５、１．６、１．７、１．８、１．９、２．０、２．１、２．２、２．３、２．４、２．５、２．６、２．７、２．８、２．９、３．０、３．１、３．２、３．３、３．４、３．５、３．６、３．７、３．８、３．９、及び４．０である。

上記の方法において、処置前の生体サンプルは、組み合わせ療法のレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストで処置する前の任意の時点で採取することができる。例えば、処置前の生体サンプルは、治療法を開始する数分前、数時間前、数日前、数週間前、若しくは数ヶ月前に、又は治療法の開始とほぼ同時に採取することができる。処置後の生体サンプルはまた、組み合わせ療法のレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置を開始した後の任意の時点で対象から採取することができる。例えば、処置後の生体サンプルは、組み合わせ療法のレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストで処置した数分後、数時間後、数日後、数週間後、若しくは数ヶ月後に採取することができる。処置後の生体サンプルを採取する時点の非限定的な例としては、限定はしないが、組み合わせ療法のレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置を開始した１週間〜２４ヶ月後、１週間〜１８ヶ月後、１週間〜１２ヶ月後、１週間〜９ヶ月後、１週間〜６ヶ月後、１週間〜３ヶ月後、１週間〜９週間後、１週間〜８週間後、１週間〜６週間後、１週間〜４週間後、１週間〜２週間後が含まれる。処置後の生体サンプルを採取することができる時点は、組み合わせ療法のサイクルに基づいて決定される。このような時点の非限定的な例は、１回目、２回目、３回目、４回目、５回目、６回目、７回目、８回目、９回目、１０回目、１２回目、１６回目、１８回目、２０回目、２４回目、３０回目、及び３２回目のサイクルの後である。

がんと診断されている対象は、対象が治療法での処置の後に部分奏効を示す場合、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効すると判定され得る。「部分奏効」は、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計をリファレンスとした、標的病変のＬＤの合計の少なくとも３０％の減少を意味する。対象はまた、治療法で処置した後に対象が腫瘍の縮小を示す場合、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効していると判定され得る。「腫瘍の縮小」（ＴＳ）は、ベースラインの合計直径をリファレンスとした、標的病変の直径の合計の変化のパーセントを意味する。対象は、対象が無増悪生存を示す場合、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効していると判定され得る。「無増悪生存」（ＰＦＳ）は、処置の開始日から疾患の進行（ＰＤ）の状況に入る前の最後の日までの期間を指す。「ＰＤ」は、処置が開始されてから又は１つ若しくは複数の新たな病変が出現してから記録された最小合計ＬＤをリファレンスとした、標的病変のＬＤの合計の少なくとも２０％の増大を意味する。

コントロール（例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効性ではない対象から得られる処置前及び処置後のサンプル）と比較した、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率（組み合わせ療法での処置の後／組み合わせ療法での処置の前）の増大は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある患者における、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する部分奏効を予測する。

生体サンプル
本明細書において記載される方法のための適切な生体サンプルとしては、目的の生体分子分析物、例えばタンパク質を含む、任意の生体液、細胞、組織、又はこれらの画分が含まれる。生体サンプルは、例えば、対象（例えば、ヒトなどの哺乳動物）から得られる標本であってもよいし、又はこのような対象から派生したものでもよい。例えば、サンプルは、生検によって得られる組織切片、又は組織培養内に置かれている若しくは組織培養に適合している細胞であり得る。生体サンプルはまた、尿、血液、血漿、血清、唾液、***、喀痰、脳脊椎液、涙、若しくは粘液などの生体液、又は、基質（例えば、ガラス、ポリマー、紙）に吸収されたこのようなサンプル、並びに医学的に得られた、細胞、細胞タンパク質、及びそれに類するものを含有する吸引物及び洗浄物であり得る。生体サンプルとしてはまた、甲状腺組織サンプル、腎臓組織サンプル、腫瘍サンプル、細胞吸引物、及び循環腫瘍細胞が含まれ得る。具体的な実施形態において、生体サンプルは、腫瘍又は前がん病変を含有する疑いがある対象の領域から得られた（１つ若しくは複数の）腫瘍細胞又は（１つ若しくは複数の）細胞である。例えば、生体サンプルは、甲状腺腫瘍サンプル又は腎臓腫瘍サンプルであり得る。生体サンプルは、必要に応じて、特定の細胞型を含有する画分にさらに分画することができる。例えば、血液サンプルは、血清に、又は赤血球若しくは白血球（ｗｈｉｔｅ ｂｌｏｏｄ ｃｅｌｌｓ）（白血球（ｌｅｕｋｏｃｙｔｅｓ））などの特定のタイプの血球を含有する画分に、分画することができる。必要に応じて、サンプルは、組織サンプルと体液サンプルとの組み合わせなどの、対象から得られるサンプルの組み合わせであり得る。

生体サンプルは、対象、例えば、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（（ＲＣＣ）、例えば、淡明細胞ＲＣＣ、非淡明細胞ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん（例えば、頭頚部扁平上皮細胞がん）、黒色腫（例えば、ステージＩＩＩ〜ＩＶのハイリスクな黒色腫、切除不能な又は転移性の黒色腫などの、進行性の黒色腫）、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん（例えば、トリプルネガティブ乳がん、ＥＲ^＋／ＨＥＲ２⁻乳がん）、卵巣がん、胃がん（例えば、転移性の胃がん又は胃食道接合部腺がん）、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ（例えば、ハイパーミューテーター表現型を有する再発性の悪性グリオーマ）、メルケル細胞癌（例えば、進行性の又は転移性のメルケル細胞がん）、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣＬ））、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん（例えば、ステージＩＶの非小細胞肺がん）、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象から得ることができる。別の実施形態は、対象、例えば、黒色腫、ＮＳＣＬＣ、頭頚部がん、ホジキンリンパ腫、ＰＭＢＣＬ、尿路上皮癌、胃がん、子宮頸がん、肝細胞癌、メルケル細胞癌、甲状腺がん、及び子宮内膜がんからなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症するリスクがある対象から生体サンプルを得ることを検討する。対象は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、及び黒色腫からなる群から選択されるがんを有し得る。一部の実施形態において、対象は、子宮内膜がんを有する。他の実施形態において、対象は、進行性の子宮内膜がんを有する。生体サンプルを得るための任意の適切な方法を採用することができるが、典型的な方法としては、例えば、瀉血、スワブ（例えば、口腔内スワブ）、又は細針吸引生検手順が含まれる。細針吸引しやすい組織の非限定的な例としては、リンパ節、肺、甲状腺、***、皮膚、及び肝臓が含まれる。サンプルはまた、例えばマイクロダイセクション（例えば、レーザーキャプチャーマイクロダイセクション（ＬＣＭ）又はレーザーマイクロダイセクション（ＬＭＤ））によって回収することができる。

サンプル中の分子（例えばタンパク質）の活性又は完全性を保存する、患者からの生体サンプルを得る及び／又は保管するための方法は、当業者に周知である。例えば、生体サンプルは、サンプル中の分子（例えばタンパク質）を保存する又は分子の変化を最小にする、適切なバッファー並びに／又はヌクレアーゼ阻害剤、プロテアーゼ阻害剤、及びホスファターゼ阻害剤を含む阻害剤などの、１つ又は複数のさらなる作用物質とさらに接触させてよい。このような阻害剤としては、例えば、エチレンジアミン四酢酸（ＥＤＴＡ）、エチレングリコールビス（Ｐ−アミノエチルエーテル）Ｎ，Ｎ，Ｎ１，Ｎｌ四酢酸（ＥＧＴＡ）などのキレート剤、フッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、アプロチニン、ロイペプチン、アンチパイン、及びそれに類するものなどのプロテアーゼ阻害剤、並びに、リン酸塩、フッ化ナトリウム、バナジン酸塩、及びそれに類するものなどのホスファターゼ阻害剤が含まれる。分子を単離するための適切なバッファー及び条件は、当業者に周知であり、例えば特徴付けしようとするサンプル中の分子のタイプに応じて変化し得る（例えば、Ａｕｓｕｂｅｌら、Ｃｕｒｒｅｎｔ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ（補遺４７）、Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ ＆ Ｓｏｎｓ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ（１９９９）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ（１９８８）；Ｈａｒｌｏｗ ａｎｄ Ｌａｎｅ、Ｕｓｉｎｇ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｐｒｅｓｓ（１９９９）；Ｔｉｅｔｚ Ｔｅｘｔｂｏｏｋ ｏｆ Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、第３版．Ｂｕｒｔｉｓ ａｎｄ Ａｓｈｗｏｏｄ編．Ｗ．Ｂ．Ｓａｕｎｄｅｒｓ、Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、（１９９９）を参照されたい）。サンプルはまた、干渉物質の存在を排除又は最小化するために処理することができる。例えば、生体サンプルは、目的ではない１つ又は複数の材料を除去するために分画又は精製することができる。生体サンプルを分画又は精製する方法としては、限定はしないが、液体クロマトグラフィー、イオン交換クロマトグラフィー、サイズ排除クロマトグラフィー、又はアフィニティークロマトグラフィーなどのクロマトグラフィー法が含まれる。本明細書において記載される方法において使用するために、サンプルは、様々な物理的状態であり得る。例えば、サンプルは、液体若しくは固体であってもよいし、液体中に溶解若しくは懸濁されていてもよいし、エマルジョン若しくはゲル中にあってもよいし、又は材料に吸収されていてもよい。

バイオマーカーの定量
一実施例において、免疫アッセイを、タンパク質レベルを測定するために使用することができる。上記のように、免疫アッセイは、検出部分（例えば、蛍光剤又は酵素）を有する抗体で行うことができる。生体サンプルに由来するタンパク質は、固相マトリクス（例えば、マルチウェルアッセイプレート、ニトロセルロース、アガロース、セファロース、コードされた粒子、若しくは磁気ビーズ）に直接的にコンジュゲートされてもよいし、又は、生体サンプルに由来するタンパク質は、特異的結合対の第２のメンバー（例えば、ストレプトアビジン若しくはビオチン）に結合すると固相マトリクスに付着する、特異的結合対の第１のメンバー（例えば、ビオチン若しくはストレプトアビジン）にコンジュゲートされてもよい。固相マトリクスへのこのような付着によって、タンパク質を、検出抗体との接触の前に生体サンプルの他の干渉成分又は無関係の成分から精製して取り出すことが可能となり、また、未結合の抗体をその後に洗浄することも可能となる。ここで、上記のように、結合した検出可能に標識された抗体の存在又は量は、生体サンプル中のタンパク質の存在又は量を示す。

抗体の形態に関して特定の制限はなく、本開示は、ポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体を含む。ウサギなどの動物を本発明のタンパク質で免疫化することによって得られる抗血清、さらに全てのクラスのポリクローナル抗体及びモノクローナル抗体、ヒト抗体、並びに遺伝子組換えによって産生されたヒト化抗体もまた含まれる。

質量分析に基づく定量アッセイ方法、例えば、限定はしないが、安定同位体で標識された内部標準と組み合わせた、多重反応モニタリング（ＭＲＭ）に基づくアプローチは、タンパク質の定量的測定のための免疫アッセイに代わるものである。これらのアプローチは抗体の使用が不要であり、したがって、分析は、費用的及び時間的に効率的な様式で行うことができる（例えば、Ａｄｄｏｎａら、Ｎａｔ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２７：６３３〜６４１，２００９；Ｋｕｚｙｋら、Ｍｏｌ．Ｃｅｌｌ Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ、８：１８６０〜１８７７、２００９；Ｐａｕｌｏｖｉｃｈら、Ｐｒｏｔｅｏｍｉｃｓ Ｃｌｉｎ．Ａｐｐｌ．、２：１３８６〜１４０２、２００８を参照されたい）。さらに、ＭＲＭは優れた多重化能力を提供し、多くのタンパク質を並行して同時に定量することを可能にする。これらの方法の基本的な理論は、良く確立されており、低分子の薬物代謝及び薬物動態学の分析のために広く利用されている。

タンパク質レベルを測定するための方法は、複数のサンプルの迅速な調製、処理、及び分析を可能にするフォーマットで、任意選択で行うことができる。このフォーマットは、例えば、マルチウェルアッセイプレート（例えば、９６ウェル若しくは３８６ウェル）又はアレイ（例えば、タンパク質チップ）内であり得る。様々な試薬のストック溶液は、手動で又はロボット制御で提供することができ、その後のサンプル調製（例えば、標識又は細胞の固定）、ピペッティング、希釈、混合、分配、洗浄、インキュベーション（例えば抗体結合）、サンプルの読み出し、データ収集（光学データ）、及び／又は分析（コンピューターを利用するイメージ分析）は、市販されている分析ソフトウェア、ロボティクス、及びアッセイから生じるシグナルを検出することができる検出機器を使用して、ロボット制御で行うことができる。このような検出器の例としては、限定はしないが、分光光度計、ルミノメーター、蛍光光度計、及び放射性同位体の減衰を測定する装置が含まれる。典型的なハイスループットな細胞ベースのアッセイ（例えば、細胞内の標的タンパク質の存在又はレベルを検出する）は、アレイスキャン（ＡｒｒａｙＳｃａｎ）（登録商標）ＶＴＩ ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒ又はキネティックスキャン（ＫｉｎｅｔｉｃＳｃａｎ）（登録商標）ＨＣＳ Ｒｅａｄｅｒテクノロジー（Ｃｅｌｌｏｍｉｃｓ Ｉｎｃ．、Ｐｉｔｔｓｂｕｒｇ、ＰＡ）を利用することができる。

一部の実施形態において、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つのタンパク質、２つのタンパク質、３つのタンパク質、４つのタンパク質、５つのタンパク質、６つのタンパク質、７つのタンパク質、又は８つのタンパク質のレベルが測定され得、これらのタンパク質の、処置後のレベル／処置前のレベルの比率が計算され得る。一実施形態において、２つのタンパク質、３つのタンパク質、又は４つのタンパク質のレベルは、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される。一実施形態において、ＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０のレベルが測定され得、これらの、処置後のレベル／処置前のレベルの比率が計算され得る。

開示される方法のステップ、例えば、生体サンプルを採取するステップ、生体サンプルにおけるタンパク質レベルを測定するステップ、及びタンパク質レベルの比率を計算するステップを行う人は、同一であっても異なっていてもよい。医師がこのようなステップを行ってもよいし、又は、医師は、このようなステップを行う医学専門家を有していてもよい。用語「医学専門家」は、医師、専門家のアシスタント、実験技術者（試験サービスセンターにおいて試験を行うためのエキスパートを含む）、看護師、及び医療機関の他のワーカーなどの、あらゆる医療提供者を指す。

カットオフ値
本明細書において記載される方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する対象の奏効を予測する、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の比率（組み合わせ薬物での処置の後のレベル／処置の前のレベル）を評価することを伴い得る。「評価すること」は、例えば、試験用生体サンプルの比率を、目的の特定の（１つ又は複数の）タンパク質の既知の比率（例えば、リファレンス生体サンプルにおける比率）又はコントロール比率と比較することを含み得る。例えば、試験用生体サンプルにおけるタンパク質のうちの１つ又は複数の比率は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効した若しくは奏効できなかった対象における対応する比率、又は組み合わせ療法に奏効した若しくは奏効できなかった同一の種の複数の（例えば、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１５、２０、２５、３０、３５、若しくは４０、若しくはそれを超える）対象のタンパク質レベルの比率の平均若しくは中央値と比較することができる。評価は、タンパク質レベルの比率が、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する対象の奏効性を予測するものとして所定の値の範囲内に入るかどうかを判定することも含み得る。評価はまた、タンパク質レベルの比率が所定のカットオフ値を上回るか若しくは下回るかを判定することであってもよいし、又は判定することを含んでいてもよい。カットオフ値は、典型的には、それを上回る又は下回るとレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する対象の奏効性を予測すると考えられる、タンパク質レベルの比率である。一部のカットオフ値は、臨床的相関がカットオフのいずれかの側の値の範囲で有意なままであり得るという点で、絶対的ではないが、しかし、特定のサンプルタイプ及びがんタイプについての比率の最適なカットオフ値（例えば、「ヒスト」又は「組織学スコア」とも呼ばれる可変のＨスコア）を選択することが可能である。本明細書において記載される方法において使用するために決定されるカットオフ値は、例えば、公開されている範囲と比較することができるが、使用される方法論及び患者集団に合わせて個別化することもできる。最適なカットオフ値の向上が、使用される統計的方法の精巧さに応じて、並びに、異なるタンパク質、サンプルタイプ、及びがんタイプについてのリファレンス比率を決定するために使用されるサンプルの数及び由来源に応じて判定され得ることが理解される。したがって、確立されたカットオフ値は、断続的な再査定、又は方法論若しくは集団分布の変化に基づいて、上方又は下方に調整され得る。

１つ又は複数のタンパク質のレベルのリファレンス比率は、様々な方法によって決定することができる。リファレンス比率は、例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対して奏効性の対象（例えば患者）の集団における、目的のタンパク質の比率を比較することによって決定することができる。この決定は、例えば、第１の軸が比率を表し、第２の軸が、コホートにおける、そのサンプルが所与の量で１つ又は複数の比率を含む対象の数を表す、患者のコホート全体がグラフによって表されているヒストグラム分析によって行うことができる。リファレンス比率の決定は、そして、これらの別個の群を最良に区別する量に基づいて行うことができる。リファレンス比率は、全ての対象に等しく適用可能な単一の数値であってもよいし、又は、リファレンス比率は、対象の具体的な亜集団に従って変更してもよい。例えば、より年齢の高い対象は、同一の代謝障害について、より若い対象と異なるリファレンス比率を有し得る。さらに、より進行した疾患（例えば、より進行した形態の、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストによって処置可能な疾患）を有する対象は、より軽度の形態の疾患を有する対象と異なるリファレンス値を有し得る。

奏効プロファイルの作成
本明細書において記載される方法はまた、組み合わせ療法に対する対象の奏効プロファイルを作成するために使用することができる。プロファイルは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置の後／前の対象の生体サンプル（例えば、血漿、血清）における、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率に関する情報を含み得る。奏効プロファイルは、１つ又は複数のさらなるプロテオミクスマーカー、血清マーカー、又は臨床マーカーのレベル又はレベルの比率を含み得る。測定されるマーカー（バイオマーカー）は、タンパク質マーカーである。

奏効プロファイルは、電子形態（例えば、コンピューター、又は、ＤＶＤ、ＣＤ、若しくはフロッピーディスクなどの他の電子（コンピューター可読）媒体、光学ディスク、バーコード、又は磁気インク文字に保存されている患者の電子記録）、或いは文書形態であり得ることが理解される。奏効プロファイルはまた、いくつかの（例えば、２人、３人、４人、５人、１０人、２０人、３０人、５０人、又は１００人、又はそれを超える）対象（例えばヒト患者）についての情報を含み得る。このような多対象奏効プロファイルは、例えば対象コホートの特定の特徴の分析（例えば、統計分析）において、使用することができる。

レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する対象の奏効性は、いくつかの手段で分類することができ、分類は、対象の疾患、疾患の重篤度、及び対象に投与される特定の薬剤に応じる。最も単純な意味では、奏効性は、処置前と比較した病状の何らかの減少であり、非奏効性は、処置前と比較した病状の変化が全くないことである。がんを有する対象（例えば、ヒト）の奏効性は、限定はしないが、腫瘍サイズ、臨床的有用性（ＣＢ）、全生存（ＯＳ）、無増悪生存（ＰＦＳ）、疾病コントロール率（ＤＣＲ）、奏効までの時間（ＴＴＲ）、腫瘍の縮小（ＴＳ）、又は腫瘍奏効（ＴＲ）などの多くの客観的な臨床的兆候のうちの１つ又は複数に基づいて分類することができる。

「臨床的有用性」は、以下の状況、すなわち、完全奏効（ＣＲ）、部分奏効（ＰＲ）、又は６ヶ月以上の無増悪生存（ＰＦＳ）を伴う疾患の安定（ＳＤ）のうちの１つを有することを指す。「完全奏効」は、全ての標的病変の完全な消失を意味する。「部分奏効」は、ベースラインの最長径（ＬＤ）の合計をリファレンスとした、標的病変のＬＤの合計の少なくとも３０％の減少を意味する。「疾患の進行」（ＰＤ）は、処置が開始されてから記録されたＬＤの最小合計をリファレンスとした、標的病変のＬＤの合計の少なくとも２０％の増大、又は１つ若しくは複数の新たな病変の出現を意味する。「疾患の安定」は、処置が開始されてからのＬＤの最小合計をリファレンスとして、「ＰＲ」（部分奏効）と評価するための標的病変の十分な縮小も、疾患の進行（ＰＤ）と評価するための十分な増大もないことを意味する。

「全生存」（ＯＳ）は、ランダム化から、何らかの原因で死亡するまでの時間として定義される。「ランダム化」は、患者のための治療プランが決定される際の、試験群又はコントロール群への患者のランダム化を意味する。

「無増悪生存」（ＰＦＳ）は、処置の開始日から、ＰＤの状況に入る前の最後の日までの期間を指す。

「疾病コントロール率」（ＤＣＲ）は、７週間にわたりＣＲ又はＰＲ又はＳＤであることと定義される。

「奏効までの時間」（ＴＴＲ）は、処置を開始した日から、奏効の判定基準（完全奏効及び部分奏効についてそれぞれＣＲ又はＰＲ）が最初に満たされる日までの時間として定義される。

「腫瘍の縮小」（ＴＳ）は、ベースラインの合計直径をリファレンスとした、標的病変の直径の合計の変化のパーセントを意味する。

「腫瘍奏効」（ＴＲ）は、「部分奏効」（ＰＲ）を有する対象と、疾患の安定（ＳＤ）又は疾患の進行（ＰＤ）のいずれかを有する対象とを比較する。

処置方法
本明細書において開示される方法は、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する奏効性について対象を評価することを可能にする。組み合わせ療法に奏効する可能性が高い対象には、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを投与することができる。

本開示の方法はまた、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置の利益を受け得る可能性がより高い対象の群、及びレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置の利益を受ける可能性があまり高くない対照の群への、対象の分類を可能にする。このような対象を、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストでの処置について考えられている対象のプールから選択する能力は、効果的な処置に有利である。

本方法はまた、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を短期間にわたり投与し、処置後と処置前との上記のバイオマーカーのうちの１つ又は複数のレベルの比率に基づいて、この組み合わせ療法が患者に利益をもたらす可能性がより高いかあまり高くないかを判定した後に、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を継続するかどうかを決定するために使用することができる。

組み合わせ療法で処置される対象は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫及び胆道がん、並びに甲状腺がんからなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症する可能性が高い。一実施形態において、組み合わせ療法で処置される対象は、子宮内膜がん、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫からなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症する可能性が高い。一実施形態において、組み合わせ療法で処置される対象は、進行性の子宮内膜がんを含む子宮内膜がんからなる群から選択されるがんを有する、がんを有する疑いがある、又はがんを発症する可能性が高い。

対象が、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効する可能性がより高い（上記のバイオマーカーのレベルの比率に基づいて）場合、対象には、次いで有効量のレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びＰＤ−１アンタゴニストを投与することができる。化合物及びアンタゴニストの有効量は、例えば、患者の特徴（年齢、性別、体重、人種など）、疾患の進行、及び薬物への事前の曝露を考慮して、医療従事者が適切に決定することができる。レンバチニブ化合物及びアンタゴニストの投薬レジメンは、例えば、その承認された投薬レジメンを組み合わせることによって、決定することができる。このような承認された投薬レジメンは、以下の通りである：レンバチニブメシル酸塩では、２４ｍｇ／日、２０ｍｇ／日、１４ｍｇ／日、１２ｍｇ／日、又は８ｍｇ／日で、１日に１回、経口的に投与され；ペムブロリズマブでは、２００ｍｇで、３週間ごとに静脈内に投与され；ニボルマブでは、患者の体重１ｋｇ当たり３ｍｇ若しくは２４０ｍｇで２週間ごとに投与されるか、患者の体重１ｋｇ当たり２ｍｇで３週間ごとに投与されるか、又は４８０ｍｇで４週間ごとに静脈内に投与され；デュルバルマブでは、患者の体重１ｋｇ当たり１０ｍｇで、２週間ごとに静脈内に投与され；及びアベルマブでは、患者の体重１ｋｇ当たり１０ｍｇで、２週間ごとに静脈内に投与される。このケースにおいて、組み合わせ療法の処置サイクルは、レンバチニブ化合物及びアンタゴニストのそれぞれの投与の頻度の最小公倍数として決定することができる。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストはペムブロリズマブである。特定の下位実施形態において、本方法は、２００ｍｇのペムブロリズマブを約３週間ごとに患者に投与することを含み得る。他の下位実施形態において、本方法は、４００ｍｇのペムブロリズマブを約６週間ごとに患者に投与することを含み得る。

さらなる下位実施形態において、本方法は、２ｍｇ／ｋｇのペムブロリズマブを約３週間ごとに患者に投与することを含み得る。特定の下位実施形態において、患者は、小児の患者である。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、ニボルマブであり得る。特定の下位実施形態において、本方法は、２４０ｍｇのニボルマブを約２週間ごとに患者に投与することを含み得る。他の下位実施形態において、本方法は、４８０ｍｇのニボルマブを約４週間ごとに患者に投与することを含み得る。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、セミプリマブであり得る。特定の実施形態において、本方法は、３５０ｍｇのセミプリマブを約３週間ごとに患者に投与することを含み得る。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、デュルバルマブであり得る。特定の下位実施形態において、本方法は、１０ｍｇ／ｋｇのデュルバルマブを約２週間ごとに患者に投与することを含み得る。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、アベルマブであり得る。特定の下位実施形態において、本方法は、８００ｍｇのアベルマブを約２週間ごとに患者に投与することを含み得る。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、静脈内に（ｉ．ｖ．又はＩＶ）投与することができる。代替的な実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、皮下に（ｓ．ｃ．又はＳＣ）投与することができる。

対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効する可能性があまり高くない場合、対象には、次いで任意選択で、組み合わせ療法以外の治療法を投与することができる。これらの治療法としては、限定はしないが、治験薬及び化学療法などの、「標準治療」処置（すなわち、医療従事者によって判定されたところの、又は臨床研究において特定されたところの、普及している標準治療）が含まれる。

全ての年齢の対象が、組み合わせ療法によって処置可能な障害に罹患し得る。したがって、本明細書において記載される方法において使用される生体サンプルは、小児、青年、又は成人を含む、あらゆる年齢の対象（例えばヒト）、例えば、組み合わせ療法によって処置可能な疾患を有する又は疾患を有する疑いがある成人から得られ得る。

本方法はまた、組み合わせ療法によって処置可能ながんを発症するリスクがある個体に適用することができる。このような個体としては、（ｉ）このような障害の家族歴（このような障害についての遺伝的素因）、又は（ｉｉ）このような障害の発症についての１つ若しくは複数の危険因子、を有する個体が含まれる。

対象が組み合わせ療法に奏効する可能性がより高いかあまり高くないかに基づいて対象を分類又は選択した後、医学専門家（例えば医師）は、適切な処置法を対象に投与することができる。レンバチニブ化合物又はアンタゴニストを投与する方法は、当技術分野において周知であり、例えば、レンバチニブ化合物又はアンタゴニストの製品ラベルにおいて記載されている。

本明細書において記載されるいかなる治療法（例えば、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法、又は組み合わせ療法以外の治療法）も、１つ又は複数のさらなる治療物質を含み得ることが理解される。すなわち、本明細書において記載されるいかなる治療法も、１つ又は複数のさらなる抗腫瘍剤と同時投与することができる（組み合わせて投与することができる）。さらに、本明細書において記載されるいずれかの治療法も、例えば、疼痛、吐き気、並びに／又はレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法の１つ若しくは複数の副作用を処置するための、１つ又は複数の作用物質を含み得る。

レンバチニブ化合物を含む組み合わせ療法は、例えば、同時又は連続的であり得る。例えば、レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びＰＤ−１アンタゴニストを同時に投与することができるか、又はレンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）を最初に投与し、ＰＤ−１アンタゴニストを２番目に投与することができ、若しくは逆の場合も同様であり得る。レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストの投与頻度は、異なっていても同一であってもよい。一実施形態において、投与頻度は異なる。レンバチニブ化合物の典型的な投与頻度は１日に１回であり得、ＰＤ−１アンタゴニストの投与頻度は、数週間、例えば、１週間、２週間、３週間、４週間若しくは１ヶ月、又は６週間に１回であり得る。レンバチニブ化合物の投与頻度は１日に１回であり得、ＰＤ−１アンタゴニストの投与頻度は、組み合わせ療法の１処置サイクルを２週間と規定して、２週間に１回であり得る。レンバチニブ化合物の投与頻度は１日に１回であり得、ＰＤ−１アンタゴニストの投与頻度は、組み合わせ療法の１処置サイクルを３週間と規定して、３週間ごとに１回又は６週間ごとに１回である。一実施形態において、レンバチニブメシル酸塩の投与頻度は１日に１回であり得、ペムブロリズマブの投与頻度は３週間に１回である。一実施形態において、レンバチニブ化合物の投与頻度は１日に１回であり、ニボルマブの投与頻度は、２週間、３週間、又は４週間に１回である。

一部の実施形態において、ＰＤ−１アンタゴニストは、静脈内に又は皮下に投与することができる。

レンバチニブ化合物（例えば、レンバチニブメシル酸塩）及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効すると予測される対象が、レンバチニブ又はＰＤ−１アンタゴニスト以外の１つ又は複数の治療法を事前に受けているケースでは、組み合わせ療法は、事前に若しくは現在投与されている治療法の代わりとなり得るか、又は事前に若しくは現在投与されている治療法を増強し得る。例えば、組み合わせ療法で処置する際、１回の非レンバチニブ療法の投与が中止され得るか又は弱められ得、例えば、より低いレベルで投与され得る。組み合わせ療法を投与しながら、事前の治療法の投与を維持することができる。一部の実施形態において、事前の治療法は、組み合わせ療法のレベルが、治療効果をもたらすために十分なレベルに達するまで、維持することができる。

キット
本願はまた、キットを提供する。ある特定の実施形態において、キットは、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルを測定するために使用することができる抗体を含む。キットは、生体サンプルにおけるＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベルを測定するための指示を任意選択で含み得る。

キットは、例えば、量又は濃度が既知の１つ又は複数のバイオマーカータンパク質を含有するコントロール生体サンプルセットを任意選択で含み得る。一部の場合において、コントロールは、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する奏効を予測する１つ又は複数のタンパク質のレベルの比率を含む挿入物（例えば、紙の挿入物、又はＣＤ、ＤＶＤ、若しくはフロッピーディスクなどの電子媒体）を伴い得る。

キットは、生体サンプルを処理するための１つ又は複数の試薬を含み得る。例えば、キットは、生体サンプルからタンパク質を単離するための試薬、及び／又は生体サンプル中のタンパク質の量若しくは濃度を測定するための試薬（例えば、検出アッセイの対象であるタンパク質に結合する抗体、及び／又はタンパク質に結合する抗体を結合する抗体）を含み得る。

キットは、結果を分析するためのソフトウェアパッケージを含み得る。

キットはまた、生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質の量又は濃度を測定するための１つ又は複数の抗体も含み得、ここで、サンプルにおいて検出したいタンパク質は、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される。例えば、キットは、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質に特異的に結合し得る複数の抗体、並びに任意選択で、複数の抗体の少なくとも１つの抗体に結合し得る検出可能に標識された抗体を含むタンパク質及び／又は検出抗体の量又は濃度を測定するための指示を含み得る（又は一部のケースにおいては、それからなり得る）。キットは、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ、２つ、３つ、４つ、５つ、又は６つのタンパク質を認識する抗体を含み得る。

本明細書において記載されるキットはまた、レンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を投与するための指示も任意選択で含み得、ここで、対象の生体サンプルから測定される、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択されるタンパク質のレベルの比率（組み合わせ療法の処置後／処置前）は、対象がレンバチニブ化合物及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法に奏効することを予測する。

一般的な方法
免疫系の組織学の標準的な方法は、記載されている（例えば、Ｍｕｌｌｅｒ−Ｈａｒｍｅｌｉｎｋ（編）（１９８６）Ｈｕｍａｎ Ｔｈｙｍｕｓ： Ｈｉｓｔｏｐａｔｈｏｌｏｇｙ ａｎｄ Ｐａｔｈｏｌｏｇｙ、Ｓｐｒｉｎｇｅｒ Ｖｅｒｌａｇ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹ；Ｈｉａｔｔら（２０００）Ｃｏｌｏｒ Ａｔｌａｓ ｏｆ Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ、Ｌｉｐｐｉｎｃｏｔｔ、Ｗｉｌｌｉａｍｓ， ａｎｄ Ｗｉｌｋｉｎｓ、Ｐｈｉｌａ、ＰＡ；Ｌｏｕｉｓら（２００２）Ｂａｓｉｃ Ｈｉｓｔｏｌｏｇｙ： Ｔｅｘｔ ａｎｄ Ａｔｌａｓ、ＭｃＧｒａｗ−Ｈｉｌｌ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、ＮＹを参照されたい）。

例えば、抗原断片、リーダー配列、タンパク質のフォールディング、機能的ドメイン、グリコシル化部位、及び配列アラインメントを決定するためのソフトウェアパッケージ及びデータベースが利用可能である（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ、ベクター（Ｖｅｃｔｏｒ）ＮＴＩ（登録商標）Ｓｕｉｔｅ（Ｉｎｆｏｒｍａｘ，Ｉｎｃ、Ｂｅｔｈｅｓｄａ、ＭＤ）；ＧＣＧ Ｗｉｓｃｏｎｓｉｎ Ｐａｃｋａｇｅ（Ａｃｃｅｌｒｙｓ，Ｉｎｃ．、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ）；ディサイファー（ＤｅＣｙｐｈｅｒ）（登録商標）（ＴｉｍｅＬｏｇｉｃ Ｃｏｒｐ．、Ｃｒｙｓｔａｌ Ｂａｙ、Ｎｅｖａｄａ）；Ｍｅｎｎｅら（２０００）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ １６：７４１〜７４２；Ｍｅｎｎｅら（２０００）Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ Ｎｏｔｅ １６：７４１〜７４２；Ｗｒｅｎら（２００２）Ｃｏｍｐｕｔ．Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｐｒｏｇｒａｍｓ Ｂｉｏｍｅｄ．６８：１７７〜１８１；ｖｏｎ Ｈｅｉｊｎｅ（１９８３）Ｅｕｒ．Ｊ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．１３３：１７〜２１；ｖｏｎ Ｈｅｉｊｎｅ（１９８６）Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１４：４６８３〜４６９０を参照されたい）。

バイオマーカーを使用するためのさらなる診断方法は、実験室での試験を規制する米国ＦＤＡの臨床検査改善修正法（ＣＬＩＡ）によって記載されている通りである。

以下は、本明細書において開示される方法の実施例である。これらの実施例は、特許請求の範囲を限定するものとして解釈されるものではない。

実施例１：レンバチニブとペムブロリズマブとでの処置についての子宮内膜がん患者におけるバイオマーカーの評価。

方法：この研究は、選択された固形腫瘍を有する患者における、レンバチニブメシル酸塩（以下、実施例において「レンバチニブ」と呼ばれる）とペムブロリズマブとの組み合わせのフェーズ１ｂ／２研究の一部である（Ｃｌｉｎｉｃａｌｔｒｉａｌｓ．ｇｏｖ ＩＤ：ＮＣＴ０２５０１０９６）。研究に認められる患者は、以下の腫瘍のうちの１つを有していた：非小細胞肺がん、腎細胞癌、子宮内膜がん、尿路上皮がん、頭頚部の扁平上皮癌、又は黒色腫。

臨床試験のフェーズ１ｂパートでは、ペムブロリズマブと組み合わせたレンバチニブメシル酸塩の最大耐量（ＭＴＤ）を判定し、確認することを目指した（静脈内に［ＩＶ、静脈内］、３週間ごとに２００ｍｇ）。レンバチニブは、２１日間の処置サイクルで連続的に、水と共に、経口的に１日に１回（食品を伴って又は伴わずに）投与した。レンバチニブの開始用量は２４ｍｇで、患者に経口的に１日に１回投与され、必要に応じて、２０ｍｇ又は１４ｍｇまで低減させた。２人以上の患者が用量レベルでＤＬＴ（用量制限毒性）を経験した場合、試験は、次に低い用量レベルに移って進められ、レンバチニブの用量の低減は、２４ｍｇ〜２０ｍｇまで、又は２０ｍｇ〜１４ｍｇまで低減された。

研究のフェーズ１ｂパートでは、選択された固形腫瘍（すなわち、非小細胞肺がん、腎細胞癌、子宮内膜がん、尿路上皮がん、頭頚部の扁平上皮癌、又は黒色腫）を有する１０人〜３０人の患者を登録することを目指した。臨床研究のフェーズ２拡張パートでは、臨床研究のフェーズ１ｂに登録された目的の腫瘍タイプに相当する最大６つのコホートにおいて最大２０人の患者を登録することを目指した。

子宮内膜がんコホートの適格な患者は、承認された治療法での処置後に進行性の又は利用可能な効果的な標準治療がない子宮内膜癌、及び固形腫瘍における免疫関連奏効査定基準（ｉｒＲＥＣＩＳＴ）に従った測定可能な疾患が確認された、≧１８歳であった。試験のフェーズ２パートに登録された患者は、最大２回の前治療の全身治療を受けていてよい。全ての適格な患者は、０又は１の米国東海岸癌臨床試験グループ（ＥＣＯＧ）のパフォーマンスステータス、適切に制御された血圧、適切な腎機能、骨髄機能、血液凝固機能、及び肝機能、並びに余命≧１２週間を有していた。レンバチニブ又は抗ＰＤ−１剤、抗ＰＤ−Ｌ１剤、若しくは抗ＰＤ−Ｌ２剤での前処置は、フェーズ２に登録されるいずれの患者にも許可されなかった。患者には、経口レンバチニブを２０ｍｇ／日で、及び２００ｍｇの静脈内ペムブロリズマブを２１日間の処置サイクルで３週間ごとに、投与した。

使用した主要評価項目判定基準は以下の通りである：
１．ＭＴＤ（最大耐量）（フェーズ１ｂ）［タイムフレーム：サイクル１（２１日間）］
２．２４週目での客観的奏効率（ＯＲＲ）［タイムフレーム：２４週目］
３．用量制限毒性（ＤＬＴ）［タイムフレーム：サイクル１（２１日間）］
利用した副次評価項目判定基準は以下の通りである：
（ａ）処置下で発現した有害事象（ＴＥＡＥ）及び処置下で発現した重篤な有害事象（ＳＡＥ）を有する参加者の数［タイムフレーム：各参加者で、初回投与から、参加者が新たな抗がん剤を開始する場合には３０日後であることを除き最後の投与の９０日後まで、又は最大およそ２年間］
（ｂ）ＯＲＲ［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行、許容できない毒性の発生、同意の取り下げまで、又は最大およそ２年間］
（ｃ）無増悪生存（ＰＦＳ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行若しくは死亡（先に生じた方）の確認が最初に記録された日まで、又は最大およそ２年間］
（ｄ）全生存（ＯＳ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、何らかの原因で死亡した日まで、又は最大およそ２年間］
（ｅ）奏効期間（ＤＯＲ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行、許容できない毒性の発生、同意の取り下げまで、又は最大およそ２年間］
（ｆ）疾病コントロール率（ＤＣＲ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行、許容できない毒性の発生、同意の取り下げまで、又は最大およそ２年間］
（ｇ）持続的疾患安定率（ＤＳＤＲ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行、許容できない毒性の発生、同意の取り下げまで、又は最大およそ２年間］
（ｈ）臨床的有用率（ＣＢＲ）［タイムフレーム：研究薬物の初回投与の日から、疾患の進行、許容できない毒性の発生、同意の取り下げまで、又は最大およそ２年間］
（ｉ）レンバチニブの曲線下面積（ＡＵＣ）［タイムフレーム：Ｃ１Ｄ１のレンバチニブ投与の０．５〜４時間（ｈｒｓ）後及び６〜１０時間後、投与前、Ｃ１Ｄ１５のレンバチニブ投与の０．５〜４時間後及び６〜１０時間後、並びにペムブロリズマブ投与の前、並びにＣ２Ｄ１のレンバチニブ投与の２〜１２時間後。ペムブロリズマブ投与の前は、サイクル３〜６の１日目のみ］
（ｊ）レンバチニブの明らかなクリアランス［タイムフレーム：Ｃ１Ｄ１のレンバチニブ投与の０．５〜４時間（ｈｒｓ）後及び６〜１０時間後、投与前、Ｃ１Ｄ１５のレンバチニブ投与の０．５〜４時間後及び６〜１０時間後、並びにペムブロリズマブ投与の前、並びにＣ２Ｄ１のレンバチニブ投与の２〜１２時間後。ペムブロリズマブ投与の前は、サイクル３〜６の１日目のみ］
血清の調製のための末梢血を４２人の患者から回収し、その後、研究薬物（レンバチニブ及びペムブロリズマブの組み合わせ薬剤）を初回投与し、サイクル１の１５日目及びサイクル２の１日目に投与し、そして、４２人の患者のうち３７人の患者の利用可能な血清サンプルをアッセイした。詳細には、アッセイに利用可能なサンプルの数は、３７（ベースライン）、３１（サイクル１の１５日目）、及び３５（サイクル２の１日目）であった。レンバチニブに関連する、又は文献において免疫チェックポイント阻害剤について報告されている、全部で４１個の候補血清バイオマーカーが、Ｍｙｒｉａｄ ＲＢＭ（Ａｕｓｔｉｎ、ＴＸ、ＵＳＡ）での２回のＱｕａｎｔｅｒｉｘ Ｓｉｍｏａアッセイに加えて、１８個の事前に構成されたＣｕｓｔｏｍＭＡＰイムノアッセイパネルを使用してアッセイされ、マルチプレックスフローサイトメトリーに基づくプラットフォームによって製造者（Ｍｕｌｔｉ−Ａｎａｌｙｔｅ Ｐｒｏｆｉｌｅ（ＭＡＰ））によって測定された。患者の＞２０％が範囲外の測定値を有していた血清バイオマーカーは、相関分析に含めなかった。サイクル２の１日目における、ベースラインからの処置後の血清バイオマーカーの倍率変化、及び、血清バイオマーカーの変化レベルと腫瘍奏効（ＣＲ／ＰＲ／ｕＰＲ対ＳＤ／ＰＤ）との関係を試験するために設計された血清バイオマーカー分析を、血清バイオマーカーのデータ及び腫瘍奏効のデータが共に利用可能であった患者（２９人の患者）について、ウィルコクソンの順位和検定によって分析した。不確定完全奏効（ｕＣＲ）を伴う患者はいなかった。多重比較での偽発見率（ＦＤＲ）がＰ＜０．０５である結果が、バイオマーカー分析について報告されている。統計解析は、ＳＡＳ（ＳＡＳ Ｉｎｓｔｉｔｕｔｅ，Ｉｎｃ．、Ｃａｒｙ、ＮＣ、ＵＳＡ）のバージョン９以降を使用して行った。この臨床研究において、ｕＣＲ／ｕＰＲは、臨床奏効が４週間も後に再び見られる場合には、ＣＲ及びＰＲとなっていることが確認されたと考えられる。言い換えると、ＣＲ／ＰＲが一度だけ見られる患者はｕＣＲ／ｕＰＲと考えられるが、奏効が４週間もの期間をあけて少なくとも２回見られる患者は、ＣＲ／ＰＲと考えられる。

結果：限られた数の患者の、この探索的な血清バイオマーカー分析において、レンバチニブについての報告されている臨床的ＰＤバイオマーカー分析及びペムブロリズマブについての文献情報に基づいて各単剤療法に選択された４１の候補ＰＤバイオマーカーからなるパネルを分析した。

サイクル１の１５日目及びサイクル２の１日目にそれぞれレンバチニブ及びペムブロリズマブで処置した後に、変化のレベルを、４１個の試験された血清バイオマーカーのうち１６個及び１８個で観察した（それぞれ、図１のパネルＡ及びＢ）。これらのうち、インターフェロンガンマ（ＩＦＮ−γ）で調節されるケモカイン（すなわち、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１）とＩＦＮ−γ自体とのレベルの増大が、レンバチニブメシル酸塩及びペムブロリズマブでの処置で観察され（図１）、ＣＸＣＬ９レベル及びＣＸＣＬ１０レベルの処置後／処置前の比率の増大と組み合わせ療法での奏効との間で関連が見られた（図２）。これらの結果は、レンバチニブ及びペムブロリズマブでの組み合わせ療法でのインターフェロン−ガンマ経路の活性化の役割を示唆し得る。さらに、ＩＬ−１０レベル及びＣＸＣＬ１２レベルの処置後／処置前の比率の増大と組み合わせ療法での奏効との間で関連が見られた（図２）。

図１に反映されているようにＰＬＧＦの大きな変化があったものの、この変化と臨床成果との相関は見出されなかった。

実施例２：ＥＬＩＳＡを使用する、レンバチニブとペムブロリズマブとでの処置についての子宮内膜がん患者におけるバイオマーカーの評価。

実施例１において、同一の血清サンプル中のＦＧＦ１９及びＦＧＦ−２３を、実施例１と類似の様式でアッセイし、測定し、分析したが、実施例１における、２０の事前に構成されたＣｕｓｔｏｍＭＡＰイムノアッセイパネルを使用するアッセイを、２つのＥＬＩＳＡキット（Ｒ＆Ｄ、Ｈｕｍａｎ ＦＧＦ−１９ Ｑｕａｎｔｉｋｉｎｅ ＥＬＩＳＡ Ｋｉｔ（ＤＦ１９００）、及びＫａｉｎｏｓ、ＦＧＦ２３ ＥＬＩＳＡ Ｋｉｔ（ＣＹ−４０００））を製造者の指示に従って使用し、製造者の提供する抗体を使用するアッセイで置き換え、サイクル２の１日目におけるＦＧＦ−１９のサンプル数は３４であった。

サイクル１の１５日目及びサイクル２の１日目にそれぞれレンバチニブ及びペムブロリズマブで処置した後に、変化のレベルを、ＦＧＦ−１９（線維芽細胞増殖因子１９）及びＦＧＦ−２３で観察した（それぞれ、図３のパネルＡ及びＢであり、図中、実施例２のデータには実施例１のデータが組み込まれている）。ＦＧＦ−２３のレベルの増大が、レンバチニブメシル酸塩及びペムブロリズマブでの処置で観察され（図３）、２９人の研究した対象において、ＦＧＦ−２３レベルの処置後／処置前の比率の増大と組み合わせ療法での奏効との間で関連が見られた（図４）。

実施例３：レンバチニブとペムブロリズマブとでの処置についての、他の固形腫瘍を有する患者におけるバイオマーカーの評価
実施例１と類似の様式に従って、非小細胞肺がん、腎細胞癌、尿路上皮がん、頭頚部の扁平上皮癌を含む頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、又は甲状腺がんなどの他の固形腫瘍におけるバイオマーカーを評価することができる。評価することができるさらなるがんとしては、子宮内膜がん、グリオーマ（例えば、ハイパーミューテーター表現型を有する再発性の悪性グリオーマ）、メルケル細胞癌（例えば、進行性の又は転移性のメルケル細胞がん）、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫（例えば、縦隔原発Ｂ細胞リンパ腫（ＰＭＢＣＬ））、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん（例えば、ステージＩＶの非小細胞肺がん）、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、及び原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）が含まれる。

具体的な実施形態
本発明の具体的な実施形態は、以下を含み得る。

１．レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩及びプログラム細胞死１タンパク質（ＰＤ−１）アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する、少なくとも１つのがんを有する又は有する疑いがあるヒト対象の奏効を予測する方法であって、
（ａ）組み合わせ療法の前の対象から得られた生体サンプルにおける、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置前）を測定するステップ、
（ｂ）組み合わせ療法の開始後の対象から得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置後）を測定するステップ、
（ｃ）測定された１つ又は複数のタンパク質のそれぞれについての処置前のレベルに対する処置後のレベルの比率を計算するステップ
を含み、
コントロールと比較した、測定された１つ又は複数のタンパク質の比率の増大が、対象が組み合わせ療法に奏効する可能性が高いことを予測し、
アンタゴニストがアテゾリズマブでもＣＳ−１００１でもない、方法。

２．がんが、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膀胱がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ、メルケル細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される、［１］に記載の方法。

３．対象から処置前に得られた生体サンプル及び処置後に得られた生体サンプルが、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプルである、［１］又は［２］に記載の方法。

４．生体サンプルが血清サンプルである、［３］に記載の方法。

５．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される、［１］〜［４］のいずれか一つに記載の方法。

６．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０である、［１］〜［４］のいずれか一つに記載の方法。

７．１つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−１９及び／又はＦＧＦ−２３である、［１］〜［４］のいずれか一つに記載の方法。

８．レンバチニブの薬学的に許容できる塩が、レンバチニブメシル酸塩である、［１］〜［７］のいずれか一つに記載の方法。

９．ＰＤ−１アンタゴニストがＰＤ−１のアンタゴニストである、［１］〜［８］のいずれか一つに記載の方法。

１０．ＰＤ−１のアンタゴニストがペムブロリズマブである、［９］に記載の方法。

１１．レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩が１日に１回投与され、ペムブロリズマブが３週間ごと又は６週間ごとに投与される、［１０］に記載の方法。

１２．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の少なくとも１週間後に対象から得られる、［１］〜［１１］のいずれか一つに記載の方法。

１３．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜２４ヶ月後に対象から得られる、［１２］に記載の方法。

１４．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜４週間後に対象から得られる、［１３］に記載の方法。

１５．がんが子宮内膜がんである、［１］〜［１４］のいずれか一つに記載の方法。

１６．子宮内膜がんが、進行性の子宮内膜がんである、［１５］に記載の方法。

１７．組み合わせ療法に奏効すると予測される又は奏効する可能性が高いと予測された対象に対して組み合わせ療法を継続するステップをさらに含む、［１］〜［１６］のいずれか一つに記載の方法。

１８．がんを有するヒト対象を処置する方法であって、
ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の比率が増大していると判定されたヒト対象に、レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を投与するステップ
を含み、
１つ又は複数のタンパク質の比率が、組み合わせ療法を投与する前にヒト対象から得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置前）及び組み合わせ療法を投与した後に得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベルを測定し、比率を決定することによって得られ、
ＰＤ−１アンタゴニストがアテゾリズマブでもＣＳ−１００１でもない、方法。

１９．がんが、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ、メルケル細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される、［１８］に記載の方法。

２０．処置前に得られた生体サンプル及び処置後に得られた生体サンプルが、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプルである、［１８］又は［１９］に記載の方法。

２１．生体サンプルが血清サンプル又は血液サンプルである、［２０］に記載の方法。

２２．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される、［１８］〜［２１］のいずれか一つに記載の方法。

２３．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０である、［１８］〜［２１］のいずれか一つに記載の方法。

２４．１つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−１９及び／又はＦＧＦ−２３である、［１８］〜［２１］のいずれか一つに記載の方法。

２５．レンバチニブの薬学的に許容できる塩が、レンバチニブメシル酸塩である、［１８］〜［２４］のいずれか一つに記載の方法。

２６．ＰＤ−１アンタゴニストがＰＤ−１のアンタゴニストである、［１８］〜［２５］のいずれか一つに記載の方法。

２７．ＰＤ−１のアンタゴニストがペムブロリズマブである、［２６］に記載の方法。

２８．レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩が対象に１日に１回投与され、ペムブロリズマブが対象に３週間ごと又は６週間ごとに投与される、［２７］に記載の方法。

２９．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の少なくとも１週間後に対象から得られる、［１８］〜［２８］のいずれか一つに記載の方法。

３０．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜２４ヶ月後に対象から得られる、［２９］に記載の方法。

３１．処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜４週間後に対象から得られる、［３０］に記載の方法。

３２．がんが子宮内膜がんである、［１８］〜［３１］のいずれか一つに記載の方法。

３３．子宮内膜がんが、進行性の子宮内膜がんである、［３２］に記載の方法。

３４．１つ又は複数のタンパク質がＩＦＮ−γである、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

３５．１つ又は複数のタンパク質がＩＬ−１０である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

３６．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ９である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

３７．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ１０である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

３８．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ１１である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

３９．１つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ１２である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４０．１つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−１９である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４１．１つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−２３である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４２．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４３．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４５．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４６．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４７．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４８．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

４９．１つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される少なくとも３つのタンパク質である、［１］〜［３３］のいずれか一つに記載の方法。

参考文献
本明細書において引用される全ての参考文献は、それぞれの個々の刊行物、データベースエントリー（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ配列若しくはＧｅｎｅＩＤエントリー）、特許出願、又は特許が参照することによって組み込まれることが具体的及び個別に示されているのと同程度に、参照することによって組み込まれる。参照による組み込みのこの陳述は、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（１）に準じて、それぞれの及び全ての個々の刊行物、データベースエントリー（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ配列若しくはＧｅｎｅＩＤエントリー）、特許出願、又は特許に関するように出願人によって意図されているものであり、これらの刊行物、データベースエントリー（例えば、ＧｅｎＢａｎｋ配列若しくはＧｅｎｅＩＤエントリー）、特許出願、又は特許のそれぞれは、このような引用が、参照による組み込みの専用の陳述のすぐ隣に記載されていなくても、３７ Ｃ．Ｆ．Ｒ．§１．５７（ｂ）（２）に従って明らかに同定されている。参照による組み込みの専用の陳述があった場合にそれを明細書内に含めることで、参照による組み込みのこの一般的な陳述が弱まることは決してない。本明細書における参考文献の引用は、参考文献が関連のある先行技術であることの承認を意図するものでも、これらの刊行物又は文献の内容又は日付についての何らかの承認を構成するものでもない。
1. Sharpe, A.H, Wherry, E.J.,Ahmed R., and Freeman G.J. “The function of programmed cell death 1 and itsligands in regulating autoimmunity and infection,” Nature Immunology (2007); 8:239-245.
2. Dong H et al.,“Tumor-associated B7-H1 promotes T-cell apoptosis: a potential mechanism ofimmune evasion,” Nat. Med. 2002 8(8): 793-800.
3. Yang et al., “PD-1 interactioncontributes to the functional suppression of T-cell responses to human uvealmelanoma cells in vitro,” Invest. Ophthalmol. Vis. Sci. 2008 49(6) 2518-2525(2008).
4. Ghebeh et al., “The B7-H1(PD-L1) T lymphocyte-inhibitory molecule is expressed in breast cancer patientswith infiltrating ductal carcinoma: correlation with important high-riskprognostic factors,” Neoplasia (2006) 8: 190-198.
5. Hamanishi J et al., “Programmedcell death 1 ligand 1 and tumor-infiltrating CD8+ T lymphocytes are prognosticfactors of human ovarian cancer,” Proceeding of the National Academy ofSciences USA 104: 3360-3365 (2007).
6. Thompson RH et al.,“Significance of B7-H1 overexpression in kidney cancer. ClinicalGenitourin Cancer 5: 206-211 (2006).
7. Nomi, T. Sho, M., Akahori, T.,et al., “Clinical significance and therapeutic potential of the programmeddeath-1 ligand/programmed death-1 pathway in human pancreatic cancer,” ClinicalCancer Research (2007)13: 2151-2157.
8. Ohigashi Y et al., “Clinicalsignificance of programmed death-1 ligand-1 and programmed death-1 ligand 2expression in human esophageal cancer,” Clin. Cancer Research (2005) 11:2947-2953.
9. Inman et al., “PD-L1 (B7-H1)expression by urothelial carcinoma of the bladder and BCG-induced granulomata:associations with localized stage progression,” Cancer (2007) 109: 1499-1505.
10. Shimauchi T et al., “Augmentedexpression of programmed death-1 in both neoplasmatic and nonneoplastic CD4+T-cells in adult T-cell Leukemia/ Lymphoma,” Int. J. Cancer (2007) 121:2585-2590.
11. Gao et al., “Overexpression ofPD-L1 significantly associates with tumor aggressiveness and postoperativerecurrence in human hepatocellular carcinoma,” Clinical Cancer Research (2009)15: 971-979.
12. Nakanishi J., “Overexpressionof B7-H1 (PD-L1) significantly associates with tumor grade and postoperativeprognosis in human urothelial cancers,” Cancer Immunol. Immunother. (2007) 56:1173- 1182.
13. Hino et al., “Tumor cellexpression of programmed cell death-1 is a prognostic factor for malignantmelanoma,” Cancer (2010) 116(7): 1757-66.
14. Ghebeh H., “Foxp3+ Tregs andB7-H1+/PD-1+ T lymphocytes co-infiltrate the tumor tissues of high-risk breastcancer patients: implication for immunotherapy,” BMC Cancer. (2008) 8: 57.
15. Ahmadzadeh M et al., “Tumorantigen-specific CD8 T cells infiltrating the tumor express high levels of PD-1and are functionally impaired,” Blood (2009) 114: 1537-1544.
16. Thompson RH et al., “PD-1 isexpressed by tumor infiltrating cells and is associated with poor outcome forpatients with renal carcinoma,” Clinical Cancer Research (2007) 15: 1757-1761.
17. 米国特許出願公開第2004-053908号明細書
18. 米国特許出願公開第2004-253205号明細書
19. 米国特許出願公開第2010-105031号明細書
20. 米国特許出願公開第2009-209580号明細書
21. 米国特許出願公開第2009-264464号明細書
22. 米国特許出願公開第2004-259834号明細書
23. Iwai et al., PNAS, 2002, 99(19): 12293-7.
24. 国際公開第2015/094995号
25. 国際公開第2015/094992号
26. 国際公開第2015/094996号
27. 国際公開第2016/094377号

Claims (33)

1. レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩及びプログラム細胞死１タンパク質（ＰＤ−１）アンタゴニストを含む組み合わせ療法に対する、少なくとも１つのがんを有する又は有する疑いがあるヒト対象の奏効を予測する方法であって、
   （ａ）組み合わせ療法の前の対象から得られた生体サンプルにおける、ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置前）を測定するステップ、
   （ｂ）組み合わせ療法の開始後の対象から得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置後）を測定するステップ、
   （ｃ）測定された１つ又は複数のタンパク質のそれぞれについての処置前のレベルに対する処置後のレベルの比率を計算するステップ
   を含み、
   コントロールと比較した、測定された１つ又は複数のタンパク質の比率の増大が、対象が組み合わせ療法に奏効する可能性が高いことを予測し、
   アンタゴニストがアテゾリズマブでもＣＳ−１００１でもない、方法。
2. がんが、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膀胱がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ、メルケル細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される、請求項１に記載の方法。
3. 対象から処置前に得られた生体サンプル及び処置後に得られた生体サンプルが、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプルである、請求項１又は２に記載の方法。
4. 生体サンプルが血清サンプルである、請求項３に記載の方法。
5. １つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
6. １つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
7. １つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−１９及び／又はＦＧＦ−２３である、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
8. レンバチニブの薬学的に許容できる塩が、レンバチニブメシル酸塩である、請求項１〜７のいずれか一項に記載の方法。
9. ＰＤ−１アンタゴニストがＰＤ−１のアンタゴニストである、請求項１〜８のいずれか一項に記載の方法。
10. ＰＤ−１のアンタゴニストがペムブロリズマブである、請求項９に記載の方法。
11. レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩が１日に１回投与され、ペムブロリズマブが３週間ごと又は６週間ごとに投与される、請求項１０に記載の方法。
12. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の少なくとも１週間後に対象から得られる、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
13. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜２４ヶ月後に対象から得られる、請求項１２に記載の方法。
14. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜４週間後に対象から得られる、請求項１３に記載の方法。
15. がんが子宮内膜がんである、請求項１〜１４のいずれか一項に記載の方法。
16. 子宮内膜がんが、進行性の子宮内膜がんである、請求項１５に記載の方法。
17. 組み合わせ療法に奏効すると予測される又は奏効する可能性が高いと予測された対象に対して組み合わせ療法を継続するステップをさらに含む、請求項１〜１６のいずれか一項に記載の方法。
18. がんを有するヒト対象を処置する方法であって、
    （ａ）ＩＦＮ−γ、ＩＬ−１０、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、ＣＸＣＬ１１、ＣＸＣＬ１２、ＦＧＦ−１９、及びＦＧＦ−２３からなる群から選択される１つ又は複数のタンパク質の比率が増大していると判定されたヒト対象に、レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩及びＰＤ−１アンタゴニストを含む組み合わせ療法を投与するステップ
    を含み、
    １つ又は複数のタンパク質の比率が、組み合わせ療法を投与する前にヒト対象から得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベル（処置前）及び組み合わせ療法を投与した後に得られた生体サンプル中の１つ又は複数のタンパク質のレベルを測定し、比率を決定することによって得られ、
    ＰＤ−１アンタゴニストがアテゾリズマブでもＣＳ−１００１でもない、方法。
19. がんが、子宮内膜がん、非小細胞肺がん（ＮＳＣＬＣ）、腎細胞癌（ＲＣＣ）、尿路上皮がん、頭頚部がん、黒色腫、膀胱がん、肝細胞癌、乳がん、卵巣がん、胃がん、大腸がん、膠芽腫、胆道がん、グリオーマ、メルケル細胞癌、ホジキンリンパ腫、非ホジキンリンパ腫、子宮頸がん、進行性の又は難治性の固形腫瘍、小細胞肺がん、非扁平非小細胞肺がん、線維形成性黒色腫、小児の進行性の固形腫瘍又はリンパ腫、メソテリン陽性の胸膜中皮腫、食道がん、肛門がん、唾液腺がん、前立腺がん、カルチノイド腫瘍、原始神経外胚葉性腫瘍（ｐＮＥＴ）、及び甲状腺がんからなる群から選択される、請求項１８に記載の方法。
20. 処置前に得られた生体サンプル及び処置後に得られた生体サンプルが、血液サンプル、血清サンプル、又は血漿サンプルである、請求項１８又は１９に記載の方法。
21. 生体サンプルが血清サンプル又は血液サンプルである、請求項２０に記載の方法。
22. １つ又は複数のタンパク質が、ＩＦＮ−γ、ＣＸＣＬ９、ＣＸＣＬ１０、及びＣＸＣＬ１１からなる群から選択される、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の方法。
23. １つ又は複数のタンパク質がＣＸＣＬ９及び／又はＣＸＣＬ１０である、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の方法。
24. １つ又は複数のタンパク質がＦＧＦ−１９及び／又はＦＧＦ−２３である、請求項１８〜２１のいずれか一項に記載の方法。
25. レンバチニブの薬学的に許容できる塩が、レンバチニブメシル酸塩である、請求項１８〜２４のいずれか一項に記載の方法。
26. ＰＤ−１アンタゴニストがＰＤ−１のアンタゴニストである、請求項１８〜２５のいずれか一項に記載の方法。
27. ＰＤ−１のアンタゴニストがペムブロリズマブである、請求項２６に記載の方法。
28. レンバチニブ又はその薬学的に許容できる塩が対象に１日に１回投与され、ペムブロリズマブが対象に３週間ごと又は６週間ごとに投与される、請求項２７に記載の方法。
29. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の少なくとも１週間後に対象から得られる、請求項１８〜２８のいずれか一項に記載の方法。
30. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜２４ヶ月後に対象から得られる、請求項２９に記載の方法。
31. 処置後の生体サンプルが、組み合わせ療法の開始の１週間〜４週間後に対象から得られる、請求項３０に記載の方法。
32. がんが子宮内膜がんである、請求項１８〜３１のいずれか一項に記載の方法。
33. 子宮内膜がんが、進行性の子宮内膜がんである、請求項３２に記載の方法。
    
    

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