JP2021521197A - 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用 - Google Patents

新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用 Download PDF

Info

Publication number
JP2021521197A
JP2021521197A JP2020555865A JP2020555865A JP2021521197A JP 2021521197 A JP2021521197 A JP 2021521197A JP 2020555865 A JP2020555865 A JP 2020555865A JP 2020555865 A JP2020555865 A JP 2020555865A JP 2021521197 A JP2021521197 A JP 2021521197A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
different
same
alkyl
optionally substituted
groups
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
JP2020555865A
Other languages
English (en)
Other versions
JP7434171B2 (ja
Inventor
マイケル・アンソニー・シュミット
ビン・ジェン
カイル・ナウス
ジャスティン・デグライター
マーティン・ディ・イーストゲイト
フィル・バラン
ウィリアム・アール・ユーイング
リチャード・イー・オルソン
アイバー・エム・マクドナルド
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Bristol Myers Squibb Co
Original Assignee
Bristol Myers Squibb Co
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Bristol Myers Squibb Co filed Critical Bristol Myers Squibb Co
Publication of JP2021521197A publication Critical patent/JP2021521197A/ja
Priority to JP2024016813A priority Critical patent/JP2024054231A/ja
Application granted granted Critical
Publication of JP7434171B2 publication Critical patent/JP7434171B2/ja
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6564—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms
    • C07F9/6571—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07F9/6574—Esters of oxyacids of phosphorus
    • C07F9/65744—Esters of oxyacids of phosphorus condensed with carbocyclic or heterocyclic rings or ring systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6564—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms
    • C07F9/6578—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and sulfur atoms with or without oxygen atoms, as ring hetero atoms
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/28—Phosphorus compounds with one or more P—C bonds
    • C07F9/50—Organo-phosphines
    • C07F9/5004—Acyclic saturated phosphines
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07F—ACYCLIC, CARBOCYCLIC OR HETEROCYCLIC COMPOUNDS CONTAINING ELEMENTS OTHER THAN CARBON, HYDROGEN, HALOGEN, OXYGEN, NITROGEN, SULFUR, SELENIUM OR TELLURIUM
    • C07F9/00—Compounds containing elements of Groups 5 or 15 of the Periodic System
    • C07F9/02—Phosphorus compounds
    • C07F9/547—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom
    • C07F9/6564—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms
    • C07F9/6571—Heterocyclic compounds, e.g. containing phosphorus as a ring hetero atom having phosphorus atoms, with or without nitrogen, oxygen, sulfur, selenium or tellurium atoms, as ring hetero atoms having phosphorus and oxygen atoms as the only ring hetero atoms
    • C07F9/6574—Esters of oxyacids of phosphorus
    • C07F9/65742—Esters of oxyacids of phosphorus non-condensed with carbocyclic rings or heterocyclic rings or ring systems
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H1/00—Processes for the preparation of sugar derivatives
    • C07H1/02—Phosphorylation
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/06—Pyrimidine radicals
    • C07H19/10—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C07H19/11—Pyrimidine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids containing cyclic phosphate
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H19/00—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof
    • C07H19/02—Compounds containing a hetero ring sharing one ring hetero atom with a saccharide radical; Nucleosides; Mononucleotides; Anhydro-derivatives thereof sharing nitrogen
    • C07H19/04—Heterocyclic radicals containing only nitrogen atoms as ring hetero atom
    • C07H19/16—Purine radicals
    • C07H19/20—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids
    • C07H19/213—Purine radicals with the saccharide radical esterified by phosphoric or polyphosphoric acids containing cyclic phosphate
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids

Abstract

本発明は、新規リン(V)(P(V))試薬、その製造方法、新規試薬を用いた有機リン酸(V)化合物の製造方法に関連する。

Description

（関連出願の相互参照）
本出願は、2018年4月13日に提出した米国仮出願番号第62/657,551号、2018年5月7日に提出した米国仮出願番号第62/668,098号、2018年7月13日に提出した米国仮出願番号第62/697,896号、および2018年9月10日に提出した米国仮出願番号第62/729,314号に対する優先権を主張するものである。
本発明は、新規リン(V)(P(V))試薬、およびエナンチオマーリッチ(例えば、ホモキラル、光学的に純粋、または単独異性体)なp-キラル有機リン酸化合物を新規(P(V))試薬を用いて製造する方法に関するものである。
有機リン酸化合物は、治療薬および診断剤、害虫防除剤、ならびにその他多くの用途として幅広い活用がある。有機リン酸化合物は一般に、リン原子の酸化状態(+5(リン(V))または+3(リン(III)))に基づいて分類される。有機チオホスフェート(リンに結合する硫黄を有するリン(V)化合物)は、ホスフェート中の酸素原子の少なくとも1つが硫黄によって置き換えられた有機ホスフェート化合物のサブクラスである。場合により、リンに導入された不斉はキラルな有機チオホスフェート化合物を生じ、それによりこの化合物の類は、特に治療、診断、研究、およびその他の用途において適切な化合物となる。
よく知られ、よく利用される有機チオホスフェートの例には、チオホスフェートを有する核酸(例えば、ホスホロチオエート骨格)が挙げられる。ポリ核酸、例えばDNAまたはRNAの天然ホスホジエステル骨格を有するオリゴヌクレオチドは、その不安性によって、使用がヌクレアーゼに限定される。ホスホロチオエートオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステル結合中の1つの非架橋酸素原子が硫黄原子で置換されたオリゴヌクレオチドである。ホスホロチオエート骨格を有するオリゴヌクレオチドは、ホスホジエステル骨格を有するオリゴヌクレオチドと比較して、高いヌクレアーゼ耐性、および細胞膜透過性を有する。
いくつかの有機チオホスフェートにおいては、リン原子のキラルな性質から2種類の立体異性体(RP-およびSP-異性体)が存在し得る。それ故、P-キラルチオホスフェートから誘導されるオリゴヌクレオチドにおいて、幾千ものジアステレオ異性体の化合物が存在し得り、上記の試薬の開発にとって大きな問題となっている。オリゴヌクレオチドの性質(例えば、結合親和性、相補RNAに特異的に結合する配列、およびヌクレアーゼに対する安定性など)は、リン原子での配置に影響されることが知られている。さらに、それらのホモキラル異性体が、異なる性質(溶解度、安定性、活性、薬物動態など)を持ち得ることが示唆されている。それ故、特定の立体化学配置を持つホスホロチオエートオリゴヌクレオチドを製造することが強く期待される。
P-キラル有機チオホスフェートは、バイオコンジュゲート(例えばタンパク質-核酸およびペプチド-核酸コンジュゲート)の作製において、別の有用性が見出される。バイオコンジュゲートは、治療上の分子(例えば低分子薬または高分子薬)から機能性分子(例えば脂質またはポリマー担体)への接続を、直接共有結合または共有結合的な化学リンカーを介して製造される化合物である。典型的なバイオコンジュゲートは、一般に3つの基本構成要素を含む:(1)担体分子(例えばポリマー、脂質、ペプチド、またはタンパク質);(2)治療薬(低分子薬および高分子薬の両方を含む);および(3)化学リンカー。バイオコンジュゲートは、ドラッグデリバリーの戦略としてよく使用される。治療薬を担体分子で修飾することは、いくつかの利点を生み出す。例えば、以下に限らないが、(1)物理化学的性質の最適化、(2)疾患特異的ターゲティングの強化、(3)毒性の減少、および(4)薬の放出プロファイルの制御(Li, F. et al., "Bioconjugate Therapeutics: Current Progress and Future Perspective," Mol Pharm. 2017 May 01; 14(5): 1321-1324参照)である。例えば、オリゴヌクレオチドおよび治療薬の性質(例えば細胞特異的運搬、標的特異性、および細胞の取り込み効果)は、ペプチドに運搬される薬剤のコンジュゲートにより操作され得る。しばしばチオホスフェート系結合を使用することが望ましい。同様に、抗体-ドラッグコンジュゲート(ADC)では、しばしば単一異性体のチオホスフェート結合の存在が有効である。さらに有機チオホスフェートは、プロドラッグ、ならびに誘導タンパク質を分解する新規リンカーの作製に用いられ得る。
さらに、有機チオホスフェート系結合の別の使用例には、環状ジヌクレオチド(CDN)への上記結合の取り込みがある。細菌および哺乳動物細胞において、CDNは重要な第2シグナル伝達分子である。前者の例において、CDNは原核細胞の非常に多くの応答に作用するセカンドメッセンジャーを発現する一方で、後者の例では、先天性免疫応答のアゴニストとして働く。新しい発見では、上記2種のパターンのセカンドメッセンジャーとしてのCDNの利用を結び付け、ヒトの遺伝的多様性を形成する予想外の影響を明らかにした。最近、がん治療のための免疫刺激剤として、CDNの使用が大きな関心を集めている。ヌクレオシド間のチオホスフェート結合をCDNが取り込むことで、CDNに有益な性質がもたらされる。
しかしながら、P(V)有機チオホスフェートおよびホスホジエステル化合物の製造にはそれに関連する難しさがある。第1に、有機リン酸化合物を、リン(III)化学を用いて製造することは困難である。従って、リン(V)結合を介して分子を繋げる単純かつ便利な方法が必要である。
第2に、リン原子における立体化学配置が制御された有機チオホスフェートの製造は困難である。例えば、現在の和田合成(図１)により開発された単一のオリゴヌクレオチド異性体の製造方法は、キラルホスホロアミダイトに組み込まれた5'位保護ヌクレオシドを有するモノマーユニットを用いる。和田合成では通常、適度な収量(41-75%)が、相当過剰量のホスホロアミダイトの使用が必要な低い反応率で得られる。環を伸長させる第1のステップ(1)において、アクティベーター、N-(シアノメチル)-ピロリジニウムトリフラート(吸湿性固体)の使用による置換のために窒素は活性化され、ついで固体支持体の5'-ヒドロキシルが置換できる。このアクティベーターの特性は重大である。アクティベーターは、窒素を活性化させるために十分に酸性であるように設計されているが、得られたプロトン化ホスホロアミダイトを攻撃し、リンでの立体配置を奪い合うのに十分な求核性はない。和田合成の場合、これらのカップリングにおける収率(96-97%)および立体選択性(>99:1)は高い。第2のステップ(2)において、P(III)化合物 を(Me2NC(S)-S)2(DTD)で酸化し、次いで補助基のピロリジン部分がトリフルオロアシルイミダゾールでキャップされる。補助基およびDMTr基が最終的にジクロロ酢酸で開裂する(3)。これは、より小さな断片で効果的に働く一方、断片が長く(少なくとも4〜10mer)なると、アクティベーターの普遍性が失われ、新たなアクティベーターが実験により特定されなければならない。さらに、その工程の複雑さ故に、長いオリゴヌクレオシド作製は困難な挑戦となる。
それ故、簡便かつ選択的(例えば、位置選択的または立体選択的)な有機チオホスフェート系分子または有機ホスフェート系分子(例えばオリゴヌクレオチド、ペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、ADC、プロドラッグおよびCDN)製造の合成方法の需要が依然としてある。
本開示のある態様は、立体選択的有機リン酸(V)化合物を、本明細書において「本開示の化合物」と呼ばれるテトラヘドラルリン(V)(すなわちP(V))中心を特徴とした新規キラルオキサチアホスホランスルフィドを用いて作製する方法を対象にする。特にこの方法は、以下の式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される本開示の化合物を求核剤にカップリングさせ、続いて第2求核剤と反応させ、それによって2つの求核剤間の立体選択的有機リン酸(V)を結合させることを含む。適切な求核剤の例として、以下に限らないが、水、ヒドロキシドアニオン、アルコール、アルコキシドアニオン、カルボキシレートアニオン、チオール、チオレートアニオン、チオカルボン酸のアニオン、アミン、およびアミドが挙げられる。本開示の工程に適切にするために、本開示の化合物は、第2求核剤の添加と同時(または後)に犠牲開裂を起こすように設計されているオキサチアホスホランスルフィド化合物である。開裂のステップに適切なものとして、以下に限らないが、環ひずみ/ピナコール誘発開裂、環原子の置換に続く内部犠牲置換、または戦略的環状ヘテロ原子のin situ開裂が挙げられる。
本開示の化合物は、式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される。式中、R1、R2、R3、R4、R5、R6、X1、X2、Y、LG、n、およびmは、下記で定義される。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
本開示の化合物は、有機リン酸(V)化合物(例えばホスフェートエステル(例えば、ホスホロチオエート、ホスホロジチオエート、ホスホジエステル)およびホスフェートアミド)を製造するのに有用である。本開示の化合物を用いて製造され得る有機リン酸(V)化合物の例には、以下に限らないが、CDNおよびアンチセンスオリゴヌクレオチドに関連するアキラルおよびキラルチオホスフェート(例えば、ホスホロチオレートヌクレオシド間結合を有するCDNおよびオリゴヌクレオチド)、ペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲート、ADC、リン酸化天然生成物、リン酸化ペプチド、およびリン酸化部位を有する有機分子が挙げられる。
別の態様において、本開示は、ジチオエート塩と本明細書で開示のエポキシドまたはエピスルフィドとの反応を含む、本開示の化合物の製造方法を提供する。ある実施態様においては、エポキシドが使用される。適切なエポキシドは、リモネンオキシドである。別の実施態様においては、エピスルフィドが使用される。適切なエピスルフィドは、チイランである。
別の態様において、本開示は、PCl3とメルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノールとの反応を含む、本開示の化合物の製造方法を提供する。ここで、メルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノールは、次の式：
Figure 2021521197
 から選択され、式中、R1、R2、R3、R4、R5およびR6は、下記で定義される。
別の実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、次の反応スキームの例：
Figure 2021521197
 に従って製造され得て、式中、R1、R2、R3およびR4およびLGは、下記で定義される。
別の態様において、本開示は、P(O)Cl3とメルカプトプロパノールとの反応を含む、本開示の化合物の製造方法を提供する。ここでメルカプトプロパノールは次の式：
Figure 2021521197
 のように表され、式中、R1、R2、R3、R4、R5およびR6は、下記で定義される。
また、式(IV)-(VIe)のいずれか1つで表される化合物も提供され、ここでR1、R2、R3、R4、R5、R6、X1、X2、Y、およびNuは、下記で定義される。これらは本明細書で「本開示の化合物」とも総称される。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
式(IV)-(VIe)のいずれか1つで示される化合物は、式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される化合物および求核剤間の反応の生成物であり、それはヌクレオシドであり得る。この態様において、ヌクレオシドの2'-ヒドロキシ、3'-ヒドロキシ、または5'-ヒドロキシは、式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される化合物と反応する求核剤として働く。いくつかの実施態様において、求核剤は、求核性原子を有する有機分子である。別の実施態様において、求核剤は、ヌクレオシドになり得る。別の実施態様において、該ヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。別の実施態様において、該ヌクレオシドは、デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基および/または糖を含む。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、修飾核酸塩基および/または糖を含む。いくつかの実施態様において、得られた反応は、塩基の存在下で行われる。適切な塩基には、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(DBU)、2-tert-ブチル-1,1,3,3-テトラメチルグアニジン(BTMG)、1,1,3,3-テトラメチルグアニジン(TMG)、リチウムビス(トリメチルシリル)アミド(LiHMDS)、リチウムtert-ブトキシド(LiOtBu)、カリウムビス(トリメチルシリル)アミド(KHMDS)、カリウムtert-ブトキシド(KOtBu)、ナトリウムビス(トリメチルシリル)アミド(NaHMDS)、ナトリウムtert-ブトキシド(NaOtBu)、1,4-ジアザビシクロ[2.2.2]オクタン(DABCO)、1-メチルイミダゾール(NMI)、ジイソプロピルエチルアミン(DIPEA)、ピリジン(Pyr)、2,6-ルチジン(2,6-Lut)、およびイミダゾールがある。
別の態様において、本開示は、式(IV)-(VIe)のいずれか1つで示される化合物と求核剤との反応を含む、チオホスフェートヌクレオシド間結合を形成する方法を提供する。求核剤の例として、以下に限らないが、ヌクレオシド、ペプチド、ドラッグの求核性残基などが挙げられる。ある実施態様において、求核剤は、ヌクレオシドである。ある実施態様において、結合は、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合である。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基および/または糖を有する。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、修飾核酸塩基および/または糖を有する。
また、次のステップを含む環状ジヌクレオチドの製造方法を提供する。
a)塩基存在下、式(I)-(IIIe)のいずれか1つの本開示の化合物とヌクレオシドを反応させ；
b)ステップ(a)において形成された化合物を別のヌクレオシドと反応させ、それにより2つのヌクレオシドがカップリングし；および
c)式(I)-(IIIe)のいずれか1つの本開示の化合物を添加する。
いくつかの実施態様において、該方法はさらに、ステップ(b)の後のヌクレオシドの脱保護を含む。その他の実施態様において、該方法はさらに、CDN形成のために前駆体を環化させるため、ステップ(c)の後、別の脱保護のステップを含む。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基および/または糖を有する。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、修飾核酸塩基および/または糖を有する。ステップ(a)に適切な塩基は、上記に示される。
ある実施態様において、片方または両方のヌクレオシドは、5'-ヒドロキシでの保護基を含む。有用な保護基は、以下に示される。ある実施態様において、該保護基は、ジメトキシトリチル(DMTr)である。ある実施態様において、片方または両方のヌクレオシドは3'-ヒドロキシでの保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、TBSである。別の実施態様において、該ヌクレオシドがデオキシリボヌクレオシドである場合、デオキシリボヌクレオシドは2'-ヒドロキシでの保護基を含み得る。ある実施態様において、該保護基は、TOMである。別の実施態様において、該保護基は、TBDPSである。さらにその他の実施態様において、片方または両方のヌクレオシドは、塩基の保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、求核剤保護基である。ある実施態様において、該保護基は、アセチル(Ac)、イソブチル(iBu)、ジメチルホルムアミジル(DMF)、ベンゾイル(Bz)、またはベンジル(Bn)である。別の実施態様において、どちらのヌクレオシドも塩基の保護基を含まない。
別の態様において、本開示は、次のステップを含むオリゴヌクレオチドの製造方法を提供する。
a)塩基存在下、式(I)-(IIIe)のいずれか1つの本開示の化合物をヌクレオシドと反応させ；
b)ステップ(a)において形成された化合物を別のヌクレオシドと反応させ、それにより2つのヌクレオシドがカップリングし；および
c)式(I)-(IIIe)のいずれか1つの本開示の化合物を添加し；
d)別のヌクレオシドを添加し、それにより成長オリゴヌクレオチドにヌクレオシドをカップリングし；および
e)オリゴヌクレオチドが所望の数のヌクレオチドを有するまでステップ(c)および(d)を繰り返す。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、デオキシリボヌクレオシドである。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは天然に存在する核酸塩基および/または糖を有する。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、修飾核酸塩基および/または糖を有する。
ある実施態様において、1つ、複数、または全てのヌクレオシドは、5'-ヒドロキシでの保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、DMTrである。ある実施態様において、1つ、複数、または全ては、3'-ヒドロキシでの保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、tert-ブチルジメチルシリル(TBS)である。別の実施態様において、該ヌクレオシドがデオキシリボヌクレオシドである場合、デオキシリボヌクレオシドは、2'-ヒドロキシの保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、TOMである。別の実施態様において、該保護基は、TBDPSである。さらにその他の実施態様において、1つ、複数、または全てのヌクレオシドは、塩基の保護基を含む。ある実施態様において、該保護基は、Ac、iBu、DMF、Bn、またはBzである。別の実施態様において、どのヌクレオシドも塩基の保護基を含まない。
いくつかの実施態様において、該保護基は、各カップリングステップの後、除去される。ある実施態様において、ステップ(a)におけるヌクレオシドは、3'末端でのレジンに接続する。いくつかの実施態様において、レジンからオリゴヌクレオチドを切断する方法を含む。
いくつかの実施態様において、連続的に付与して、2つの求核性分子間でアキラルホスフェートまたはジチオホスフェート、またはキラルチオホスフェート結合が形成され得る。これは、有益な2つの分子を連結させるために使用されてもよく、またはその他の用途において、プロドラッグを創製するために使用され、または医薬適用において使用されてもよい。
別の実施態様および本開示の利点は、次の記述において一部説明され、その記述により得られるか、または本開示の実施により獲得され得る。実施態様および本開示の利点は、特に添付の請求項において挙げられる要素や組み合わせによって理解され、達成される。
前述の概要および次の詳細な説明の両方は、例示および解説のためのものであり、請求される本発明を限定するものではないと理解されるべきである。
図１は、立体選択的ホスホロチオエート結合を伴うオリゴヌクレオチドの和田合成の模式図である。
図２は、本開示の方法に従ったオリゴヌクレオチドの固相合成の例である。
(本発明の詳細な説明)
本開示の化合物
本開示の化合物は、酸化状態が(V)のリン(すなわちP(V))を有する含リンヘテロ環である。
a.リン(V)試薬
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(I):
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は上記の通り定義され；
ここで
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
mは、0、1または2であり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
ある実施態様において、式(I)の化合物中のR1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素、またはその両方はキラルであり、式(I)の化合物は、立体化学的な純度が少なくとも90％である。
別の実施態様において、本開示の化合物は、式(I)で示され、ここで
(a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素；直鎖または分枝鎖C1-C3アルキル；アリール；ヘテロアリール；またはC3-C6シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になってC4-C6シクロアルキルを形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素；直鎖または分枝鎖C1-C3アルキル；アリール；ヘテロアリール；またはC3-C6シクロアルキルであり；
但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3またはR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
X1およびX2は、独立して、O、S、またはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
mは、0、1または2であり；および
LGは、脱離基であり、および式(I)の化合物は、立体化学的な純度が少なくとも90％である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(Ia)：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、X1、X2、Y、およびLGは、上記で定義される)
で示される化合物である。
いくつかの実施態様において、X1はSであり、およびX2はOである。その他の実施態様において、X1はOであり、およびX2はSである。その他の実施態様において、両X1およびX2はSである。いくつかの実施態様において、YはOまたはSである。ある実施態様において、YはOである。別の実施態様において、YはSである。別の実施態様において、Yは、OまたはSである。ある実施態様において、X1はS、X2はOであり、YはOである。別の実施態様において、X1はS、X2はOであり、YはSである。ある実施態様において、X1はO、X2はSであり、YはOである。別の実施態様において、X1はO、X2はSであり、YはSである。ある実施態様において、X1はS、X2はSであり、YはSである。
両X1およびX2が硫黄の場合、本開示の化合物はリン立体異性体を有さない。
別の実施態様において、本開示の化合物は、式(II-IIc)：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R3、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、R1、R3、R5およびR6は、独立して、(a)で定義され；および
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
mは、0、1または2であり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(II-IIc)で示され、ここで
(a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素；直鎖または分枝鎖C1-C3アルキル；ハロゲンで置換されたC1-C3アルキル；CN；アリール；ヘテロアリール；またはC3-C6シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R3、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になってC4-C6シクロアルキルを形成する一方、R1、R3、R5およびR6は、独立して、(a)で定義され；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
YはO、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
mは、0、1または2であり；および
LGは、脱離基である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(IId-IIg)：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1およびR3は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1およびR3とそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成し；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(III-IIIc):
Figure 2021521197
 (式中、
R2およびR4は、独立して、水素；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルであり；および
RaおよびLGは、上記で定義される)
で示される化合物である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、次の式(IIId)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであり；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
R7は、水素、CD3、OH、ハロゲン、CN、CF3、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル；直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル；または直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
nは、0、1、2、3または4であり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(IIIe)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであり；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
いくつかの実施態様において、本開示の化合物は、次の限定されない例で示されるように、環ひずみにより特徴付けられ得る。
Figure 2021521197
別の実施態様において、本開示の化合物は、次の限定されない例で示されるように、(化合物のin situ開裂を起こしやすくする)戦略的ヘテロ原子を含む。
Figure 2021521197
別の実施態様において、本開示の化合物は、表1のいずれか1つ以上の化合物である。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
ある実施態様において、本開示の化合物は、化合物1-1〜1-9、1-12、および1-15〜1-43からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、本開示の化合物は、化合物1-10、1-11、1-13、および1-14からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、本開示の化合物は、化合物1-44〜1-53からなる群から選択される化合物である。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(Ia)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R1、R2、R3、およびR4は、水素であり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；および
LGは、脱離基である］
で示される化合物である。
別の実施態様において、本開示の化合物は、上記の式(Ia)で示される化合物であり；
R1、R2、R3、およびR4は、水素であり；
X1およびX2は、Sであり；
YはSであり;および
LGは、以下の式(LG1)：
Figure 2021521197
 で示され；ここで
X3は、-O-、または-S-であり；
R*は、独立して、水素、重水素、-CD3、C1-C6アルキル、-OH、ハロゲン、-CN、-CF3、-NO2、-O-C1-C6アルキル、-O-アリール、-O-ヘテロアリール、-O-C3-C8シクロアルキル、-O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORb、または-CONRbRbであり；
ここで
RaおよびRbは、上記で定義され；および
tは、0、1、2、3、4、または5である。
別の実施態様において、本開示の化合物は、表2のいずれか1つ以上の化合物である。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
ある実施態様において、本開示の化合物は、化合物2-1である。別の実施態様において、本開示の化合物には、化合物2-2〜2-21からなる群から選択される1つ以上の化合物が挙げられる。
本開示はさらに、ラセミ化合物および光学活性異性体の両方を包含するために、本開示の化合物の存在し得る全ての立体異性体および幾何異性体を含むものとする。本開示の化合物が、単一のエナンチオマーとして求められる場合、最終生成物における分割、またはいずれかの異性体ピュアな出発物質からの立体選択的合成、またはキラル補助剤(例えば、Z. Ma et al., Tetrahedron: Asymmetry, 8(6), pages 883-888 (1997)を参照)の使用のいずれかにより得られうる。最終生成物、中間体、または出発物質の分割は、当業者に公知のいずれかの適切な方法により達成され得る。さらに、本開示の化合物の互変異性体が存在し得る場合、本開示は、本開示の化合物のあらゆる互変異性の形体を含むことを意図する。
b.ヌクレオシド積載試薬
別の態様において、本開示は、式(IV)-(VIe)のいずれか1つで示される化合物を提供する。ある実施態様において、本開示の化合物は、式(IV)：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
mは、0、1または2であり；および
Nuは、ヌクレオシドであり；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
式(IV)の化合物は、立体異性体純度が少なくとも90％であるが、但し化合物IVは以下のいずれの化合物：
Figure 2021521197
 も含まない］
で示される化合物である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(IV)で示され、式中、
(a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素；直鎖または分枝鎖C1-C3アルキル；ハロゲンで置換されたC1-C3アルキル；CN；アリール；ヘテロアリール；またはC3-C6シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になってC4-C6シクロアルキルを形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
mは、独立して、0、1、または2であり；および
Nuは、ヌクレオシドである。
別の実施態様において、本開示の化合物は、式(IVa)：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、X1、X2、Y、およびNuは、式(IV)に記載の通り)で示される。
別の実施態様において、本開示の化合物は、式(V-Vc)：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R3、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R3、R5、およびR6は、(a)で定義され；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
mは、0、1、または2であり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；および
Nuは、ヌクレオシドである］
で示される化合物である。
ある実施態様において、本開示の化合物は、式(V)で示され、ここで
(a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素；直鎖または分枝鎖C1-C3アルキル；ハロゲンで置換されたC1-C3アルキル；CN；アリール；ヘテロアリール；またはC3-C6シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R3、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になってC4-C6シクロアルキルを形成する一方、残存のR1、R3、R5、およびR6は、(a)で定義され；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
YはO、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
mは、0、1または2であり；および
Nuは、ヌクレオシドである。
別の実施態様において、本開示の化合物は、式(Vd-Vg)：
Figure 2021521197
 ［式中、R1、R3およびNuは、式(V-Vc)に記載の通り］のいずれか1つで示される。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(VI-VIc)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル； 1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニル；ハロゲン、-CN、-NO2であり；
ここで
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；および
Nuは、ヌクレオシドである］
のいずれか1つで示される。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(VId)
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであり；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
R7は、水素、CD3、OH、ハロゲン、CN、CF3、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル；直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル、または直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
nは、0、1、2、3、または4であり；および
Nuは、ヌクレオシドである］
で示される化合物である。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(VIe)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであり；
Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3またはR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
ここで
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；および
Nuは、ヌクレオシドである］
のいずれか1つで示される化合物である。
ある実施態様において、ヌクレオシドは、リボヌクレオシドである。別の実施態様において、ヌクレオシドは、デオキシリボヌクレオシドである。
ヌクレオシドは、天然ヌクレオシド、または非天然ヌクレオシド類似体であり得る。本明細書で用いる「ヌクレオシド類似体」とは、天然ヌクレオシド(例えばDNAまたはRNAヌクレオシド)の糖および/または塩基部分における修飾によるバリアントである。類似体は、オリゴヌクレオチドという観点において、原則として天然ヌクレオシドに対して単に「無変化」または「同等」であり、すなわちオリゴヌクレオチドの働きの仕様において機能的な効果はあり得ない。そのような「同等」な類似体はそれでもなお、(例えば、より簡単またはより安価に製造されるか、または保管または製造条件において安定であるか、またはタグまたはラベルを発現する場合)有用であり得る。しかしながら、いくつかの実施態様において、類似体は、例えば、ターゲットに対する高められた結合親和性をもたらすこと、および/または細胞内ヌクレアーゼに対する高められた耐性をもたらすこと、および/または細胞内への輸送の高められた容易さをもたらすことで、オリゴヌクレオチドの働きの仕様に機能的な効果を持つ。
本明細書で使用される有用なヌクレオシドには、修飾糖も含み得る。2'-糖の修飾には、フルオロ、O-アルキル、O-アルキルアミノ、O-アルキルアルコキシ、保護O-アルキルアミノ、O-アルキルアミノアルキル、O-アルキルイミダゾール、および式(O-アルキル)mのポリエーテル(ここでmは、1〜約10)が挙げられる。これらのポリエーテルのうち、好ましいものは、直鎖および環状ポリエチレングリコール(PEG)、およびPEG含有基、例えばクラウンエーテルおよびOuchi et al., Drug Design and Discovery 1992, 9, 93; Ravasio et al., J. Org. Chem. 1991, 56, 4329; およびDelgardo et. al., Critical Reviews in Therapeutic Drug Carrier Systems 1992, 9, 249にて開示のエーテルであり、それぞれの内容は全て文献により本明細書に援用される。さらに具体的な糖修飾ヌクレオシドは、Cook, Anti-Cancer Drug Design, 1991, 6, 585-607およびUS Publication No.2016/237427にて開示されており、その内容は全て文献により本明細書に援用される。フルオロ、O-アルキル、O-アルキルアミノ、O-アルキルイミダゾール、O-アルキルアミノアルキル、およびアルキルアミノ置換は、米国特許6,166,197号、表題「2'および5'位に置換基を有するピリミジンヌクレオチドを含むオリゴマー化合物」に記載されており、その内容は全て文献により本明細書に援用される。
別の有用な2'-修飾糖を持つヌクレオシドには、2'-SRおよび2'-NR2基(ここで各Rは、独立して、水素、保護基または置換または非置換アルキル、アルケニル、またはアルキニルである)が挙げられる。2'-SRヌクレオシドは、米国出願特許第5,670,633号(1997年9月23日登録)で開示されており、その内容は全て文献により本明細書に援用される。
有用なヌクレオシドには、セレン(Se)で誘導体化したヌクレオシドも含まれる。Se誘導ヌクレオシドの例として、糖の2'位および/または5'位のO原子が、Seに置換されたヌクレオシドが挙げられる。その他の例として、フラノース環、核酸塩基および非架橋ホスフェートの酸素がSeに置換されたものが挙げられる。そのような核酸は、例えばPallan et al., Nat. Protoc., 2(3):647-51(2007)、およびNat. Protoc., 2(3);640-646 (2007)に記載されており、その内容は全て文献により本明細書に援用される。
その他の適切なヌクレオシドの例として、ホウ素含有のヌクレオシド(例えば、Schinazi et al., Nucleosides and Nucleotides, 17(635-647 (1998); Biochem., 35(18):5741-5746 (1996); J. Org. Chem., 79(8):3465-3472 (2014)に記載されるヌクレオシド)が挙げられ、その内容は全て文献により本明細書に援用される)が挙げられる。
別の有用なヌクレオシド類似体には、以下に限らないが、ロックド核酸(LNA)；2'-O-アルキル-RNA；2'-アミノ-DNA；2'-フルオロ-DNA；アラビノ核酸(ANA)；2'-フルオロ-ANA、ヘキシトール核酸(HNA)、インターカレート核酸(INA)、拘束エチルヌクレオシド(cEt)、2'-O-メチル核酸(2'-OMe)、2'-O-メトキシエチル核酸(2'-MOE)、またはそのいずれかの組み合わせが挙げられる。
「ヘキシトール核酸」または「HNA」は、2-[S]位の核酸塩基にリン酸化2,3-ジデオキシ-D-アラビノ-ヘキシトールユニットを包含する。
「cEt」または「拘束エチル」とは、4'-炭素および2'-炭素を接続する架橋を含む糖部位を有する二環ヌクレオシドを意味する。ここで架橋とは、式: 4'-CH(CH3)-0-2'である。
「2'-O-メトキシエチル」(または2'-MOEおよび2'-O(CH2)2-OCH3およびMOE)とは、2'位にO-メトキシ-エチルを修飾したフラノシル環をいう。2'-O-メトキシエチル修飾糖は、修飾糖である。
「2'-F」とは、フラノシル糖環の2'位にフルオロ基を含むような修飾をいう。
本明細書で用いる「2'-OMe」または「2'-OCH3」または「2'-O-メチル」とは、それぞれフラノシル糖環の2'位に-OCH3基を含むような修飾をいう。
適切なヌクレオチド類似体の例として、WO2007/031091に記載されており、その内容は全て文献により本明細書に援用されるか、またはその中で参照される。
オリゴマーにおける親和性増大ヌクレオチド類似体(例えばLNAまたは2'-置換糖)の組み込みにより、非特異的結合または異常結合が起こる前に、特異的に結合するオリゴマーのサイズ低下を可能にし得り、オリゴマーのサイズの上限の低下も起こし得る。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、二環糖を含むヌクレオシド類似体である。以下に限定されないが、二環糖の例としてcEt、2',4'-拘束2'-O-メトキシエチル(cMOE)、LNA、α-LNA、β-LNA、2'-O,4'-C-エチレン-架橋核酸(ENA)、アミノ-LNA、オキシ-LNA、またはチオ-LNAが挙げられる。
用語「LNA」は、「ロックド核酸」として知られる二環ヌクレオシド類似体をいう。LNAは、LNAモノマーを指し得るか、または「LNAオリゴヌクレオチド」の文脈で用いられる場合、LNAは、1つ以上の上記二環ヌクレオチド類似体を包含するオリゴヌクレオチドを指す。LNAヌクレオシドは、リボース糖環のC2'およびC4'間のリンカー基(例えば架橋)の存在により特徴付けられる。この架橋には、以下に限定されないが、-CH2-O-、-CH2-S-、-CH2-NH-、-CH2-N(CH3)-、-CH2-CH2-O-、-CH2-CH(CH3)-、-CH2-CH2-S-、-CH2-CH2-NH-、-CH2-CH2-CH2-、-CH2-CH2-CH2-O-、-CH2-CH2-CH(CH3)-、-CH=CH-CH2-、-CH2-O-CH2-O-、-CH2-NH-O-、-CH2-N(CH3)-O-、-CH2-O-CH2-、-CH(CH3)-O-、および-CH(CH2-O-CH3)-O-、および/または-CH2-CH2-、および-CH=CH-から選択されるビラジカル(2価の基)が挙げられる。あらゆるキラル中心で、R体またはS体いずれかの不斉な基が含まれ得る。
いくつかの実施態様において、該ビラジカルは、-C(RaRb)-O-C(RcRd)-O-であり得て、ここでRa、Rb、Rc、およびRdは、独立して、水素、ハロゲン、C1-6アルキル、置換C1-6アルキル、C2-6アルケニル、置換C2-6アルケニル、C2-6アルキニルまたは置換C2-6アルキニル、C1-6アルコキシル、置換C1-6アルコキシル、アシル、置換アシル、C1-6アミノアルキルまたは置換C1-6アミノアルキル(例えば水素)からなる群から選択される。
適切な二環ヌクレオシドは、WO2007/134181、WO2008/154401、WO2008/150729、WO2009/067647(アルファ-L-二環核酸類似体)およびWO2009006478Aにて開示され、これらは全て、その文献により本明細書に援用される。
さらに二環ヌクレオシド類似体およびアンチセンスオリゴヌクレオチドにおけるそれらの使用は、WO2011/115818、WO2011/085102、WO2011/017521、WO2009/100320、WO2010/036698、WO2009/124295およびWO2009/006478にて開示され、それぞれの内容は全て文献により本明細書に援用される。
用語「チオ-LNA」は、下記の一般式IIIにおけるYが、Sまたは-CH2-S-から選択されるロックドヌクレオシドを包含する。チオ-LNAは、ベータ-Dおよびアルファ-Lの両方の配置をとり得る。
用語「アミノ-LNA」は、下記の一般式IIIにおけるYが、-N(H)-、N(R)-、CH2-N(H)-、および-CH2-N(R)-(ここでRは、水素およびC1-4-アルキルから選択される)から選択されるロックドヌクレオシドを包含する。アミノ-LNAは、ベータ-Dおよびアルファ-L-の両方の配置をとり得る。
用語「オキシ-LNA」は、下記の一般式IIIにおけるYが、-O-を示すロックドヌクレオシドを包含する。オキシ-LNAは、ベータ-Dおよびアルファ-Lの両方の配置をとり得る。
用語「ENA」は、下記の一般式IIIにおけるYが、-CH2-O-(ここで-CH2-O-の酸素原子は、塩基Bに応じた2'位に結合する)であるロックドヌクレオシドを包含する。Reは、水素またはメチルである。
いくつかの典型的な実施態様において、LNAは、ベータ-D-オキシ-LNA、アルファ-L-オキシ-LNA、ベータ-D-アミノ-LNAおよびベータ-D-チオ-LNAから選択される。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシド類似体は、例えば、2'-O-アルキル-RNAユニット、2'-アミノ-DNAユニット、2'-フルオロ-DNAユニット、LNAユニット、アラビノ核酸(ANA)ユニット、2'-フルオロ-ANAユニット、HNAユニット、INA(インターカレート核酸)ユニット(Christensen, 2002. Nucl. Acids. Res. 2002 30: 4918-4925(文献により本明細書に援用される))、および2'-MOEユニットであり得る。
用語「核酸塩基」は、ヌクレオチドの塩基部分をいい、天然ならびに非天然バリアントの両方を含む。それ故、「核酸塩基」は、既知のプリンおよびピリミジンヘテロ環だけでなく、そのヘテロ環類似体および互変異性体も含む。
典型的な核酸塩基は、以下に限らないがアデニン、グアニン、シトシン、チミジン、ウラシル、キサンチン、ヒポキサンチン、5-メチルシトシン、イソシトシン、シュードイソシトシン、5-ブロモウラシル、5-プロピニルウラシル、6-アミノプリン、2-アミノプリン、イノシン、ジアミノプリン、および2-クロロ-6-アミノプリンが挙げられる。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、天然に存在する核酸塩基(例えば、アデニン、グアニン、シトシン、ウリジン、チミン、5-メチルシトシンなど)を包含する。その他の実施態様において、該ヌクレオシドは、その他の天然核酸塩基、ならびに修飾核酸塩基(例えば、キサンチン、ヒポキサンチン、2-アミノアデニン、6-メチルおよびその他アルキル誘導体のアデニンおよびグアニン、2-プロピルおよびその他アルキル誘導体のアデニンおよびグアニン、5-ハロウラシルおよび5-ハロシトシン、6-アゾウラシル、6-アゾシトシンおよび6-アゾチミン、5-ウラシル(シュードウラシル)、4-チオウラシル、8-ハロゲン、オキサ、アミノ、チオール、チオアルキル、ヒドロキシルおよびその他8-置換アデニンおよびグアニン、5-トリフルオロメチルおよびその他5-置換ウラシルおよびシトシン、7-メチルグアニン)を包含する。さらに天然および非天然核酸塩基には、米国特許第3,687,808号(Merigan et al.)； Sanghvi, Antisense Research and Application, Chapter 15, S. T. Crooke and B. Lebleu, Eds., CRC Press, 1993; Englisch et al., Angewandte Chemie, International Edition, 1991, 30, 613-722 (particularly, pages 622 & 623)； the Concise Encyclopedia of Polymer Science and Engineering, J. I. Kroschwitz, Ed., John Wiley & Sons, 1990, pages 858-859； Zhang, et al., Nature, 2017, 551, 644-647 (hydrophobic bases)； Feldman and Romesberg, Acc. Chem. Res. 2018, 51, 394-403；およびCook, Anti-Cancer Drug Design, 1991, 6, 585-607にて開示されるものが挙げられ、それぞれの内容は全て文献により本明細書に援用される。
ヌクレオシドおよび核酸塩基のその他の修飾の例として、以下に限らないが、本明細書に記載の次のもの：2-メチルチオ-N6-(シス-ヒドロキシイソペンテニル)アデノシン；2-メチルチオ-N6-メチルアデノシン；2-メチルチオ-N6-トレオニルカルバモイルアデノシン；N6-グリシニルカルバモイルアデノシン；N6-イソペンテニルアデノシン；N6-メチルアデノシン；N6-トレオニルカルバモイルアデノシン；1,2'-O-ジメチルアデノシン；1-メチルアデノシン；2'-O-メチルアデノシン；2'-O-リボシルアデノシン(ホスフェート)；2-メチルアデノシン；2-メチルチオ-N6 イソペンテニルアデノシン；2-メチルチオ-N6-ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；2'-O-メチルアデノシン；2'-O-リボシルアデノシン(ホスフェート)；イソペンテニルアデノシン；N6-(シス-ヒドロキシイソペンテニル)アデノシン；N6,2'-O-ジメチルアデノシン；N6,2'-O-ジメチルアデノシン；N6,N6,2'-O-トリメチルアデノシン；N6,N6-ジメチルアデノシン；N6-アセチルアデノシン；N6-ヒドロキシノルバリルカルバモイルアデノシン；N6-メチル-N6-トレオニルカルバモイルアデノシン；2-メチルチオ-N6-イソペンテニルアデノシン；7-デアザ-アデノシン；N1-メチル-アデノシン；N6,N6(ジメチル)アデニン；N6-シス-ヒドロキシ-イソペンテニル-アデノシン；α-チオ-アデノシン；2(アミノ)アデニン；2(アミノプロピル)アデニン；2(メチルチオ)N6(イソペンテニル)アデニン；2-(アルキル)アデニン；2-(アミノアルキル)アデニン；2-(アミノプロピル)アデニン；2-(ハロ)アデニン；2-(プロピル)アデニン；2'-アミノ-2'-デオキシ-アデノシントリホスフェート；2'-アジド-2'-デオキシ-アデノシントリホスフェート；2'-デオキシ2'-a-アミノアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ2'-a-アジドアデノシントリホスフェート；6-(アルキル)アデニン；6-(メチル)アデニン；7(デアザ)アデニン；8(アルキニル)アデニン；8-(アルケニル)アデニン；8-(アルキル)アデニン；8-(アルキニル)アデニン；8-(アミノ)アデニン；8-(ハロ)アデニン；8-(ヒドロキシル)アデニン；8-(チオアルキル)アデニン；8-(チオール)アデニン；8-アジド-アデノシン；アザアデニン；デアザアデニン；N6(メチル)アデニン；N6-(イソペンチル)アデニン；7-デアザ-8-アザ-アデノシン；7-メチルアデニン；1-デアザアデノシントリホスフェート；2'フルオロ-N6-Bz-デオキシアデノシントリホスフェート；2'-メトキシ-2-アミノ-アデノシントリホスフェート；2'O-メチル-N6-Bz-デオキシアデノシントリホスフェート；2'-a-エチニルアデノシントリホスフェート；2-アミノアデニン；2-アミノアデノシントリホスフェート；2-アミノ-アデノシントリホスフェート；2'-a-トリフルオロメチルアデノシントリホスフェート；2-アジドアデノシントリホスフェート；2'-b-エチニルアデノシントリホスフェート；2-ブロモアデノシントリホスフェート；2'-b-トリフルオロメチルアデノシントリホスフェート；2-クロロアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ2',2'-ジフルオロアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ2'-a-メルカプトアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-チオメトキシアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アミノアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アジドアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ブロモアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-クロロアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-フルオロアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ヨードアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-メルカプトアデノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-チオメトキシアデノシントリホスフェート；2-フルオロアデノシントリホスフェート；2-ヨードアデノシントリホスフェート；2-メルカプトアデノシントリホスフェート；2-メトキシ-アデニン；2-メチルチオ-アデニン；2-トリフルオロメチルアデノシントリホスフェート；3-デアザ-3-ブロモアデノシントリホスフェート；3-デアザ-3-クロロアデノシントリホスフェート；3-デアザ-3-フルオロアデノシントリホスフェート；3-デアザ-3-ヨードアデノシントリホスフェート；3-デアザアデノシントリホスフェート；4'-アジドアデノシントリホスフェート；4'-炭素環アデノシントリホスフェート；4'-エチニルアデノシントリホスフェート；5'-ホモ-アデノシントリホスフェート；8-アザ-アデノシントリホスフェート；8-ブロモ-アデノシントリホスフェート；8-トリフルオロメチルアデノシントリホスフェート；9-デアザアデノシントリホスフェート；2-アミノプリン；7-デアザ-2,6-ジアミノプリン；7-デアザ-8-アザ-2,6-ジアミノプリン；7-デアザ-8-アザ-2-アミノプリン；2,6-ジアミノプリン；7-デアザ-8-アザ-アデニン；7-デアザ-2-アミノプリン；2-チオシチジン；3-メチルシチジン；5-ホルミルシチジン；5-ヒドロキシメチルシチジン；5-メチルシチジン；N4-アセチルシチジン；2'-O-メチルシチジン；5,2'-O-ジメチルシチジン；5-ホルミル-2'-O-メチルシチジン；ライシジン；N4,2'-O-ジメチルシチジン；N4-アセチル-2'-O-メチルシチジン；N4-メチルシチジン；N4,N4-ジメチル-2'-OMe-シチジンTP；4-メチルシチジン；5-アザ-シチジン；シュード-イソ-シチジン；ピロロ-シチジン；α-チオ-シチジン；2-(チオ)シトシン；2'-アミノ-2'-デオキシ-シチジントリホスフェート；2'-アジド-2'-デオキシ-シチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-アミノシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-アジドシチジントリホスフェート；3(デアザ)5(アザ)シトシン；3(メチル)シトシン；3-(アルキル)シトシン；3-(デアザ)5(アザ)シトシン；3-(メチル)シチジン；4,2'-O-ジメチルシチジン；5(ハロ)シトシン；5(メチル)シトシン；5(プロピニル)シトシン；5(トリフルオロメチル)シトシン；5-(アルキル)シトシン；5-(アルキニル)シトシン；5-(ハロ)シトシン；5-(プロピニル)シトシン；5-(トリフルオロメチル)シトシン；5-ブロモ-シチジン；5-ヨード-シチジン；5-プロピニルシトシン；6-(アゾ)シトシン；6-アザ-シチジン；アザシトシン；デアザシトシン；N4(アセチル)シトシン；1-メチル-1-デアザ-プソイドイソシチジン；1-メチル-プソイドイソシチジン；2-メトキシ-5-メチル-シチジン；2-メトキシ-シチジン；2-チオ-5-メチル-シチジン；4-メトキシ-1-メチル-プソイドイソシチジン；4-メトキシ-プソイドイソシチジン；4-チオ-1-メチル-1-デアザ-プソイドイソシチジン；4-チオ-1-メチル-プソイドイソシチジン；4-チオ-プソイドイソシチジン；5-アザ-ゼブラリン；5-メチル-ゼブラリン；ピロロ-プソイドイソシチジン；ゼブラリン;(E)-5-(2-ブロモ-ビニル)シチジントリホスフェート；2,2'-アンヒドロ-シチジントリホスフェートヒドロクロライド；2'フルオロ-N4-Bz-シチジントリホスフェート；2'フルオロ-N4-アセチル-シチジントリホスフェート；2'-O-メチル-N4-アセチル-シチジントリホスフェート；2'O-メチル-N4-Bz-シチジントリホスフェート；2'-a-エチニルシチジントリホスフェート；2'-a-トリフルオロメチルシチジントリホスフェート；2'-b-エチニルシチジントリホスフェート；2'-b-トリフルオロメチルシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-メルカプトシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-チオメトキシシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アミノシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アジドシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ブロモシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-クロロシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-フルオロシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ヨードシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-メルカプトシチジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-チオメトキシシチジントリホスフェート；2'-O-メチル-5-(1-プロピニル)シチジントリホスフェート；3'-エチニルシチジントリホスフェート；4'-アジドシチジントリホスフェート；4'-炭素環シチジントリホスフェート；4'-エチニルシチジントリホスフェート；5-(1-プロピニル)アザ-シチジントリホスフェート；5-(2-クロロ-フェニル)-2-チオシチジントリホスフェート；5-(4-アミノ-フェニル)-2-チオシチジントリホスフェート；5-アミノアリル-シチジントリホスフェート；5-シアノシチジントリホスフェート；5-エチニルアザ-シチジントリホスフェート；5-エチニルシチジントリホスフェート；5'-ホモ-シチジントリホスフェート；5-メトキシシチジントリホスフェート；5-トリフルオロメチル-シチジントリホスフェート；N4-アミノ-シチジントリホスフェート；N4-ベンゾイル-シチジントリホスフェート；プソイドイソシチジン；7-メチルグアノシン；N2,2'-O-ジメチルグアノシン；N2-メチルグアノシン；ワイオシン；1,2'-O-ジメチルグアノシン；1-メチルグアノシン；2'-O-メチルグアノシン；2'-O-リボシルグアノシン(ホスフェート)；2'-O-メチルグアノシン；2'-O-リボシルグアノシン(ホスフェート)；7-アミノメチル-7-デアザグアノシン；7-シアノ-7-デアザグアノシン；アーキオシン；メチルワイオシン；N2,7-ジメチルグアノシン；N2,N2,2'-O-トリメチルグアノシン；N2,N2,7-トリメチルグアノシン；N2,N2-ジメチルグアノシン；N2,7,2'-O-トリメチルグアノシン；6-チオ-グアノシン；7-デアザ-グアノシン；8-オキソ-グアノシン；N1-メチル-グアノシン；α-チオ-グアノシン；2(プロピル)グアニン；2-(アルキル)グアニン；2'-アミノ-2'-デオキシ-グアノシントリホスフェート；2'-アジド-2'-デオキシ-グアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-アミノグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-アジドグアノシントリホスフェート；6-(アルキル)グアニン;；6-メチル-グアノシン；7-(アルキル)グアニン；7-(デアザ)グアニン；7-(メチル)グアニン；8-(アルケニル)グアニン；8-(アルキル)グアニン；8-(アルキニル)グアニン；8-(アミノ)グアニン；8-(ハロ)グアニン；8-(ヒドロキシル)グアニン；8-(チオアルキル)グアニン；8-(チオール)グアニン；アザグアニン；デアザグアニン；N-(メチル)グアニン；1-メチル-6-チオ-グアノシン；6-メトキシ-グアノシン；6-チオ-7-デアザ-8-アザ-グアノシン；6-チオ-7-デアザ-グアノシン；6-チオ-7-メチル-グアノシン；7-デアザ-8-アザ-グアノシン；7-メチル-8-オキソ-グアノシン；N2,N2-ジメチル-6-チオ-グアノシン；N2-メチル-6-チオ-グアノシン；1-Me-グアノシントリホスフェート；2'フルオロ-N2-イソブチル-グアノシントリホスフェート；2'O-メチル-N2-イソブチル-グアノシントリホスフェート；2'-a-エチニルグアノシントリホスフェート；2'-a-トリフルオロメチルグアノシントリホスフェート；2'-b-エチニルグアノシントリホスフェート；2'-b-トリフルオロメチルグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ2',2'-ジフルオログアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-メルカプトグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-チオメトキシグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アミノグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アジドグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ブロモグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-クロログアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-フルオログアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ヨードグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-メルカプトグアノシントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-チオメトキシグアノシントリホスフェート；4'-アジドグアノシントリホスフェート；4'-炭素環グアノシントリホスフェート；4'-エチニルグアノシントリホスフェート；5'-ホモ-グアノシントリホスフェート；8-ブロモ-グアノシントリホスフェート；9-デアザグアノシントリホスフェート；N2-イソブチル-グアノシントリホスフェート；1-メチルイノシン；イノシン；1,2'-O-ジメチルイノシン；7-メチルイノシン；2'-O-メチルイノシン；エポキシキューオシン；ガラクトシル-キューオシン；マンノシルキューオシン；キューオシン；アリルアミノ-チミジン；アザチミジン；デアザチミジン；デオキシ-チミジン；2-チオウリジン；3-メチルウリジン；5-カルボキシメチル
ウリジン；5-ヒドロキシウリジン；5-メチルウリジン；5-タウリノメチル-2-チオウリジン；5-タウリノメチルウリジン；ジヒドロウリジン；シュードウリジン；1-メチル-3-(3-アミノ-5-カルボキシプロピル)シュードウリジン；1-メチルシュードウリジン；1-エチル-シュードウリジン；2'-O-メチルウリジン；2'-O-メチルシュードウリジン；2'-O-メチルウリジン；2-チオ-2'-O-メチルウリジン；3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)ウリジン；3,2'-O-ジメチルウリジン；3-メチル-シュード-ウリジントリホスフェート；4-チオウリジン；5-(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジン；5-(カルボキシヒドロキシメチル)ウリジンメチルエステル；5,2'-O-ジメチルウリジン；5,6-ジヒドロ-ウリジン；5-アミノメチル-2-チオウリジン；5-カルバモイルメチル-2'-O-メチルウリジン；5-カルバモイルメチルウリジン；5-カルボキシヒドロキシメチルウリジン；5-カルボキシヒドロキシメチルウリジンメチルエステル；5-カルボキシメチルアミノメチル-2'-O-メチルウリジン；5-カルボキシメチルアミノメチル-2-チオウリジン；5-カルボキシメチルアミノメチルウリジン；5-カルバモイルメチルウリジントリホスフェート；5-メトキシカルボニルメチル-2'-O-メチルウリジン；5-メトキシカルボニルメチル-2-チオウリジン；5-メトキシカルボニルメチルウリジン；5-メトキシウリジン；5-メチル-2-チオウリジン；5-メチルアミノメチル-2-セレノウリジン；5-メチルアミノメチル-2-チオウリジン；5-メチルアミノメチルウリジン；5-メチルジヒドロウリジン；5-オキシ酢酸-ウリジントリホスフェート；5-オキシ酢酸-メチルエステル-ウリジントリホスフェート；N1-メチル-シュード-ウラシル；N1-エチル-シュード-ウラシル；ウリジン5-オキシ酢酸；ウリジン5-オキシ酢酸メチルエステル；3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)-ウリジントリホスフェート；5-(イソ-ペンテニルアミノメチル)-2-チオウリジントリホスフェート；5-(イソ-ペンテニルアミノメチル)-2'-O-メチルウリジントリホスフェート；5-(イソ-ペンテニルアミノメチル)ウリジントリホスフェート；5-プロピニルウラシル；α-チオ-ウリジン；1(アミノアルキルアミノ-カルボニルエチレニル)-2(チオ)-シュードウラシル；1(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)-2,4-(ジチオ)シュードウラシル；1(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)-4(チオ)シュードウラシル；1(アミノアルキルアミノカルボニルエチレニル)-シュードウラシル；1(アミノカルボニルエチレニル)-2(チオ)-シュードウラシル；1(アミノカルボニルエチレニル)-2,4-(ジチオ)シュードウラシル；1(アミノカルボニルエチレニル)-4(チオ)シュードウラシル；1(アミノカルボニルエチレニル)-シュードウラシル；1置換2(チオ)-シュードウラシル；1置換2,4-(ジチオ)シュードウラシル；1置換4(チオ)シュードウラシル；1置換シュードウラシル；1-(アミノアルキルアミノ-カルボニルエチレニル)-2-(チオ)-シュードウラシル；1-メチル-3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)シュードウリジントリホスフェート；1-メチル-3-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-エチル-シュード-ウリジントリホスフェート；2(チオ)シュードウラシル；2'デオキシウリジン；2'フルオロウリジン；2-(チオ)ウラシル；2,4-(ジチオ)シュードウラシル；2'メチル、2'アミノ、2'アジド、2'フルオロ-グアノシン；2'-アミノ-2'-デオキシ-ウリジントリホスフェート；2'-アジド-2'-デオキシ-ウリジントリホスフェート；2'-アジド-デオキシウリジントリホスフェート；2'デオキシウリジン；2'フルオロウリジン；2'-デオキシ-2'-a-アミノウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-アジドウリジントリホスフェート；2-メチルシュードウリジン；3(3 アミノ-3 カルボキシプロピル)ウラシル；4-(チオ)シュードウラシル；4-チオウラシル；5(1,3-ジアゾール-1-アルキル)ウラシル；5(2-アミノプロピル)ウラシル；5(アミノアルキル)ウラシル；5(ジメチルアミノアルキル)ウラシル；5(グアニジウムアルキル)ウラシル；5(メトキシカルボニルメチル)-2-(チオ)ウラシル；5(メトキシカルボニル-メチル)ウラシル；5(メチル)2(チオ)ウラシル；5(メチル)2,4(ジチオ)ウラシル；5(メチル)4(チオ)ウラシル；5(メチルアミノメチル)-2(チオ)ウラシル；5(メチルアミノメチル)-2,4(ジチオ)ウラシル；5(メチルアミノメチル)-4(チオ)ウラシル；5(プロピニル)ウラシル；5(トリフルオロメチル)ウラシル；5-(2-アミノプロピル)ウラシル；5-(アルキル)-2-(チオ)シュードウラシル；5-(アルキル)-2,4(ジチオ)シュードウラシル；5-(アルキル)-4(チオ)シュードウラシル；5-(アルキル)シュードウラシル；5-(アルキル)ウラシル；5-(アルキニル)ウラシル；5-(アリルアミノ)ウラシル；5-(シアノアルキル)ウラシル；5-(ジアルキルアミノアルキル)ウラシル；5-(ジメチルアミノアルキル)ウラシル；5-(グアニジウムアルキル)ウラシル；5-(ハロ)ウラシル；5-(l,3-ジアゾール-l-アルキル)ウラシル；5-(メトキシ)ウラシル；5-(メトキシカルボニルメチル)-2-(チオ)ウラシル；5-(メトキシカルボニル-メチル)ウラシル；5-(メチル)2(チオ)ウラシル；5-(メチル)2,4(ジチオ)ウラシル；5-(メチル)4(チオ)ウラシル；5-(メチル)-2-(チオ)シュードウラシル；5-(メチル)-2,4(ジチオ)シュードウラシル；5-(メチル)-4(チオ)シュードウラシル；5-(メチル)シュードウラシル；5-(メチルアミノメチル)-2(チオ)ウラシル；5-(メチルアミノメチル)-2,4(ジチオ)ウラシル；5-(メチルアミノメチル)-4-(チオ)ウラシル；5-(プロピニル)ウラシル；5-(トリフルオロメチル)ウラシル；5-アミノアリル-ウリジン；5-ブロモ-ウリジン；5-ヨード-ウリジン；5-ウラシル；6-(アゾ)ウラシル；6-アザ-ウリジン；アリルアミノ-ウラシル；アザウラシル；デアザウラシル；N3(メチル)ウラシル；シュード-ウリジントリホスフェート1-2-エタン酸；シュードウラシル；4-チオ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-カルボキシメチル-シュードウリジン；1-メチル-1-デアザ-シュードウリジン；1-プロピニル-ウリジン；1-タウリノメチル-1-メチル-ウリジン；1-タウリノメチル-4-チオ-ウリジン；1-タウリノメチル-シュードウリジン；2-メトキシ-4-チオ-シュードウリジン；2-チオ-1-メチル-1-デアザ-シュードウリジン；2-チオ-1-メチル-シュードウリジン；2-チオ-5-アザ-ウリジン；2-チオ-ジヒドロシュードウリジン；2-チオ-ジヒドロウリジン；2-チオ-シュードウリジン；4-メトキシ-2-チオ-シュードウリジン；4-メトキシ-シュードウリジン；4-チオ-1-メチル-シュードウリジン；4-チオ-シュードウリジン；5-アザ-ウリジン；ジヒドロシュードウリジン;(±)1-(2-ヒドロキシプロピル)シュードウリジントリホスフェート;(2R)-1-(2-ヒドロキシプロピル)シュードウリジントリホスフェート；(2S)-1-(2-ヒドロキシプロピル)シュードウリジントリホスフェート；(E)-5-(2-ブロモ-ビニル)アザ-ウリジントリホスフェート；(E)-5-(2-ブロモ-ビニル)ウリジントリホスフェート；(Z)-5-(2-ブロモ-ビニル)アザ-ウリジントリホスフェート；(Z)-5-(2-ブロモ-ビニル)ウリジントリホスフェート；1-(2,2,2-トリフルオロエチル)-シュード-ウリジントリホスフェート；1-(2,2,3,3,3-ペンタフルオロプロピル)シュードウリジントリホスフェート；1-(2,2-ジエトキシエチル)シュードウリジントリホスフェート；1-(2,4,6-トリメチルベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(2,4,6-トリメチル-ベンジル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(2,4,6-トリメチル-フェニル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(2-アミノ-2-カルボキシエチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(2-アミノ-エチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(2-ヒドロキシエチル)シュードウリジントリホスフェート；1-(2-メトキシエチル)シュードウリジントリホスフェート；1-(3,4-ビス-トリフルオロメトキシベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(3,4-ジメトキシベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(3-アミノ-3-カルボキシプロピル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(3-アミノ-プロピル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(3-シクロプロピル-プロパ-2-イニル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-アミノ-4-カルボキシブチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-アミノ-ベンジル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-アミノ-ブチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-アミノ-フェニル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-アジドベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-ブロモベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-クロロベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-フルオロベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-ヨードベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-メタンスルホニルベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-メトキシベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-メトキシ-ベンジル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-メトキシ-フェニル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-メチル-ベンジル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-ニトロ-ベンジル)シュード-ウリジントリホスフェート；1(4-ニトロ-フェニル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(4-チオメトキシベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-トリフルオロメトキシベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(4-トリフルオロメチルベンジル)シュードウリジントリホスフェート；1-(5-アミノ-ペンチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-(6-アミノ-ヘキシル)シュード-ウリジントリホスフェート；1,6-ジメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-[3-(2-{2-[2-(2-アミノエトキシ)-エトキシ]-エトキシ}-エトキシ)-プロピオニル]シュードウリジントリホスフェート；1-{3-[2-(2-アミノエトキシ)-エトキシ]-プロピオニル}シュードウリジントリホスフェート；1-アセチルシュードウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-(1-プロピニル)-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-(2-プロピニル)-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-アリル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-エチニル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-ホモアリル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アルキル-6-ビニル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-アリルシュードウリジントリホスフェート；1-アミノメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ベンゾイルシュードウリジントリホスフェート；1-ベンジルオキシメチルシュードウリジントリホスフェート；1-ベンジル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ビオチニル-PEG2-シュードウリジントリホスフェート；1-ビオチニルシュードウリジントリホスフェート；1-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シアノメチルシュードウリジントリホスフェート；1-シクロブチルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロヘプチルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロヘプチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロヘキシルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロヘキシル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロオクチルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロオクチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロペンチルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロペンチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロプロピルメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-シクロプロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ヘキシル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ホモアリルシュードウリジントリホスフェート；1-ヒドロキシメチルシュードウリジントリホスフェート；1-イソ-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-Me-2-チオ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-Me-4-チオ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-Me-アルファ-チオ-シュード-ウリジントリホスフェート
；1-メタンスルホニルメチルシュードウリジントリホスフェート；1-メトキシメチルシュードウリジントリホスフェート；1-メチル-6-(2,2,2-トリフルオロエチル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-(4-モルホリノ)-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-(4-チオモルホリノ)-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-(置換フェニル)シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-アミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-アジド-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ブロモ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-クロロ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-シアノ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ジメチルアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-エトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-エチルカルボキシレート-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-エチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-フルオロ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ホルミル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ヒドロキシアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ヒドロキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-ヨード-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-イソ-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-メトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-メチルアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-フェニル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-tert-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-トリフルオロメトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；1-メチル-6-トリフルオロメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-モルホリノメチルシュードウリジントリホスフェート；1-ペンチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-フェニル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ピバロイルシュードウリジントリホスフェート；1-プロパルギルシュードウリジントリホスフェート；1-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-プロピニル-シュードウリジン；1-p-トリル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-tert-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-チオメトキシメチルシュードウリジントリホスフェート；1-チオモルホリノメチルシュードウリジントリホスフェート；1-トリフルオロアセチルシュードウリジントリホスフェート；1-トリフルオロメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；1-ビニルシュードウリジントリホスフェート；2,2'-アンヒドロ-ウリジントリホスフェート；2'-ブロモ-デオキシウリジントリホスフェート；2'-F-5-メチル-2'-デオキシウリジントリホスフェート；2'-メトキシ-5-メチル-ウリジントリホスフェート；2'-メトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；2'-a-エチニルウリジントリホスフェート；2'-a-トリフルオロメチルウリジントリホスフェート；2'-b-エチニルウリジントリホスフェート；2'-b-トリフルオロメチルウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2',2'-ジフルオロウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-メルカプトウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-a-チオメトキシウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アミノウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-アジドウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ブロモウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-クロロウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-フルオロウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-ヨードウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-メルカプトウリジントリホスフェート；2'-デオキシ-2'-b-チオメトキシウリジントリホスフェート；2-メトキシ-4-チオ-ウリジン；2-メトキシウリジン；2'-O-メチル-5-(1-プロピニル)ウリジントリホスフェート；3-アルキル-シュード-ウリジントリホスフェート；4'-アジドウリジントリホスフェート；4'-炭素環ウリジントリホスフェート；4'-エチニルウリジントリホスフェート；5-(1-プロピニル)アザ-ウリジントリホスフェート；5-(2-フラニル)ウリジントリホスフェート；5-シアノウリジントリホスフェート；5-ジメチルアミノウリジントリホスフェート；5'-ホモ-ウリジントリホスフェート；5-ヨード-2'-フルオロ-デオキシウリジントリホスフェート；5-フェニルエチニルウリジントリホスフェート；5-トリジュウテロメチル-6-ジュウテロウリジントリホスフェート；5-トリフルオロメチル-ウリジントリホスフェート；5-ビニルアザウリジントリホスフェート；6-(2,2,2-トリフルオロエチル)-シュード-ウリジントリホスフェート；6-(4-モルホリノ)-シュード-ウリジントリホスフェート；6-(4-チオモルホリノ)-シュード-ウリジントリホスフェート；6-(置換フェニル)-シュード-ウリジントリホスフェート；6-アミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-アジド-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ブロモ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-クロロ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-シアノ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ジメチルアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-エトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-エチルカルボキシレート-シュード-ウリジントリホスフェート；6-エチル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-フルオロ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ホルミル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ヒドロキシアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ヒドロキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-ヨード-シュード-ウリジントリホスフェート；6-イソ-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-メトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-メチルアミノ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-メチル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-フェニル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-プロピル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-tert-ブチル-シュード-ウリジントリホスフェート；6-トリフルオロメトキシ-シュード-ウリジントリホスフェート；6-トリフルオロメチル-シュード-ウリジントリホスフェート；アルファ-チオ-シュード-ウリジントリホスフェート；シュードウリジン1-(4-メチルベンゼンスルホン酸)トリホスフェート；シュードウリジン1-(4-メチル安息香酸)トリホスフェート；シュードウリジントリホスフェート1-[3-(2-エトキシ)]プロピオン酸；シュードウリジントリホスフェート1-[3-{2-(2-[2-(2-エトキシ)-エトキシ]-エトキシ)-エトキシ}]プロピオン酸；シュードウリジントリホスフェート1-[3-{2-(2-[2-{2(2-エトキシ)-エトキシ}-エトキシ]-エトキシ)-エトキシ}]プロピオン酸；シュードウリジントリホスフェート1-[3-{2-(2-[2-エトキシ]-エトキシ)-エトキシ}]プロピオン酸；シュードウリジントリホスフェート1-[3-{2-(2-エトキシ)-エトキシ}]プロピオン酸；シュードウリジントリホスフェート1-メチルホスホン酸；シュードウリジントリホスフェート1-メチルホスホン酸ジエチルエステル；シュード-ウリジントリホスフェートN1-3-プロピオン酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-4-ブタン酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-5-ペンタン酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-6-ヘキサン酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-7-ヘプタン酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-メチル-p-安息香酸；シュード-ウリジントリホスフェートN1-p-安息香酸；ワイブトシン；ヒドロキシワイブトシン；イソワイオシン；ペルオキシワイブトシン；未修飾ヒドロキシワイブトシン；4-デメチルワイオシン；2,6-(ジアミノ)プリン；1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノキサジン-1-イル；1,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノチアジン-l-イル；1,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-1-イル；1,3,5-(トリアザ)-2,6-(ジオキサ)-ナフタレン；2(アミノ)プリン；2,4,5-(トリメチル)フェニル；2'メチル、2'アミノ、2'アジド、2'フルオロ-シチジン；2'メチル、2'アミノ、2'アジド、2'フルオロ-アデニン；2'メチル、2'アミノ、2'アジド、2'フルオロ-ウリジン；2'-アミノ-2'-デオキシリボース；2-アミノ-6-クロロ-プリン；2-アザ-イノシニル；2'-アジド-2'-デオキシリボース；2'フルオロ-2'-デオキシリボース；2'-フルオロ-修飾塩基；2'-O-メチル-リボース；2-オキソ-7-アミノピリドピリミジン-3-イル；2-オキソ-ピリドピリミジン-3-イル；2-ピリジノン；3-ニトロピロール；3-(メチル)-7-(プロピニル)イソカルボスチリリル；3-(メチル)イソカルボスチリリル；4-(フルオロ)-6-(メチル)ベンゾイミダゾール；4-(メチル)ベンゾイミダゾール；4-(メチル)インドリル；4,6-(ジメチル)インドリル；5-ニトロインドール；5-置換ピリミジン；5-(メチル)イソカルボスチリリル；5-ニトロインドール；6-(アザ)ピリミジン；6-(アゾ)チミン；6-(メチル)-7-(アザ)インドリル；6-クロロ-プリン；6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；7-(アミノアルキルヒドロキシ)-1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノチアジン-l-イル；7-(アミノアルキルヒドロキシ)-1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノキサジン-1-イル；7-(アミノアルキルヒドロキシ)-1,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-1-イル；7-(アミノアルキルヒドロキシ)-l,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノチアジン-l-イル；7-(アミノアルキルヒドロキシ)-l,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-l-イル；7-(アザ)インドリル；7-(グアニジウムアルキルヒドロキシ)-1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノキサジンl-イル；7-(グアニジウムアルキルヒドロキシ)-1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノチアジン-l-イル；7-(グアニジウムアルキルヒドロキシ)-1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノキサジン-1-イル；7-(グアニジウムアルキルヒドロキシ)-1,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-1-イル；7-(グアニジウムアルキル-ヒドロキシ)-l,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノチアジン-l-イル；7-(グアニジウムアルキルヒドロキシ)-l,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-l-イル；7-(プロピニル)イソカルボスチリリル；7-(プロピニル)イソカルボスチリリル、7-デアザ-イノシニル；7-置換1-(アザ)-2-(チオ)-3-(アザ)-フェノキサジン-1-イル；7-置換1,3-(ジアザ)-2-(オキソ)-フェノキサジン-1-イル；9-(メチル)-イミダゾピリジニル；アミノインドリル；アントラセニル；ビス-オルト-(アミノアルキルヒドロキシ)-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；ビス-オルト-置換-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；ジフルオロトリル；ヒポキサンチン；イミダゾピリジニル；イノシニル；イソカルボスチリリル；イソグアノシン；N2-置換プリン；N6-メチル-2-アミノ-プリン；N6-置換プリン；N-アルキル化誘導体；ナフタレニル；ニトロベンゾイミダゾリル；ニトロイミダゾリル；ニトロインダゾリル；ニトロピラゾリル；ネブラリン；O6-置換プリン；O-アルキル化誘導体；オルト-(アミノアルキルヒドロキシ)-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；オルト-置換-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；オキソホルマイシントリホスフェート；パラ-(アミノアルキルヒドロキシ)-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；パラ-置換-6-フェニル-ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；ペンタセニル；フェナントラセニル；フェニル；ピレニル；ピリドピリミジン-3-イル；2-オキソ-7-アミノ-ピリドピリミジン-3-イル；ピロロ-ピリミジン-2-オン-3-イル；ピロロピリミジニル；ピロロピリジニル；スチルベンジル；置換1,2,4-トリアゾール；テトラセニル；ツベルシジン；キサンチン；キサントシン-5'-トリホスフェート；2-チオ-ゼブラリン；5-アザ-2-チオ-ゼブラリン；7-デアザ-2-アミノ-プリン；ピリジン-4-オンリボヌクレオシド；2-アミノ-リボシド-トリホスフェート；ホルマイシンA-トリホスフェート；ホルマイシンB-トリホスフェート；ピロロシントリホスフェート(pyrrolosine triphosphate
)；2'-ヒドロキシル-アザ-アデノシントリホスフェート；2'-ヒドロキシル-アザ-シチジントリホスフェート；2'-ヒドロキシル-アザ-ウリジントリホスフェート；2'-ヒドロキシル-アザ-グアノシントリホスフェート；5-(2-カルボメトキシビニル)ウリジントリホスフェート；およびN6-(19-アミノ-ペンタオキサノナデシル)アデノシントリホスフェートが挙げられる。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドの核酸塩基または修飾核酸塩基は、保護基を包含する。適切な保護基は、上記に記載される。保護基の選択が核酸塩基または修飾核酸塩基の特性により決定されることは、当業者に理解される。例えば、アミンは、Ac、iBu、Bn、またはBzにより保護され得る。
別の実施態様において、本開示の化合物は、表3のいずれか1つ以上の化合物である。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
ある実施態様において、本開示の化合物は、化合物3-1〜3-100、3-105、3-106、および3-123〜3-127からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、本開示の化合物は、化合物3-101〜3-104および3-107〜3-122からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、本開示の化合物は、化合物3-128〜3-135からなる群から選択される化合物である。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、式(IVa)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R1、R2、R3、およびR4は、水素であり；
X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
Yは、O、SまたはNRcであり；
Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；および
Nuは、ヌクレオシドである］
で示される化合物である。
別の実施態様において、本開示の化合物は、上記の式(IVa)：(式中、R1、R2、R3、およびR4は、水素であり；X1およびX2 は、Sであり；およびYはSである)で示される化合物である。
別の実施態様において、本開示の化合物は、表4のいずれか1つ以上の化合物である。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
ある実施態様において、本開示の化合物は、化合物4-1〜4-42および化合物4-46からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、本開示の化合物は、化合物4-43〜4-45からなる群から選択される化合物である。
(定義)
特に断りが無い限り、(明細書および請求項を含む)本開示において使用される次の用語は、以下に示す定義を持つ。本明細書および添付の請求項で用いられる、単数形の「a」、「an」、および「the」は、文中で明らかに断りが無い限り複数形を含むことに留意されるべきである。特に断りが無い限り、質量分析、NMR、HPLC、タンパク質化学、生化学、DNA組み換え技術、および薬理学には、従来の方法が用いられる。本開示において、特に断りが無い限り、「or」または「and」は、「および/または」を意味する。さらに、用語「含んでいる(including)」ならびにその他の形態、例えば「含む(include、includes)」、および「含まれる(included)」の使用は限定されない。
特に定義が無い限り、本明細書で用いるあらゆる専門用語および科学用語は、本開示に関連する当業者により一般に理解されるものと同じ意味を持つ。例えば、the Concise Dictionary of Biomedicine and Molecular Biology, Juo, Pei-Show, 2nd ed., 2002, CRC Press；The Dictionary of Cell and Molecular Biology, 3rd ed., 1999, Academic Press；および the Oxford Dictionary of Biochemistry And Molecular Biology, Revised, 2000, Oxford University Pressは、当業者に本開示で用いる多くの用語の一般的な定義を提供する。
本明細書に用語「包含する(comprising)」で態様が記載されていても、用語「含む(consisting of)」および/または「本質的に含む(consisting essentially of)」で記載の他の類似体の態様も提供される。
単位、接頭語、および記号は、その国際単位系(SI)公認の形式で表される。数値範囲は、範囲を定義する数値を含む。値の範囲が記載されている場合、記載された範囲の上限および下限の間の各整数値間、およびその各分数もまた、上記の値の間にある各部分範囲と共に、具体的に開示されると理解されるべきである。任意の範囲の上限値および下限値は、独立して、その範囲に含まれ得るか、またはその範囲から除外され得て、片方、または両方の極限が含まれる各範囲、または両極限とも含まれていない各範囲もまた、本発明に包含される。数値が明確に記載されている場合、記載値とほとんど同じ量である値もまた、本発明の範囲であると理解されるべきである。コンビネーションが開示されている場合、各そのコンビネーションの要素のサブコンビネーションもまた、具体的に開示され、本発明の範囲内である。反対に、異なる要素、または要素の群が独立して開示される場合、そのコンビネーションも開示される。多数の選択肢がある状態で発明の任意の要素が開示される場合、各選択肢が単独、またはその他の選択肢との任意の組み合わせで除外される発明の例もまた、本明細書で開示され；1つ以上の発明の要素に上記の除外は存在し得て、その除外がある要素の全てのコンビネーションは、本明細書で開示される。
本開示は、本発明の化合物に存在する原子のあらゆる同位体を含有することを意図する。同位体には、原子番号が同一であるが質量数が異なる原子が含まれる。一般的な例として、以下に限らないが、水素の同位体にはジュウテリウムおよびトリチウムが含まれる。水素の同位体として1H(水素)、2H(ジュウテリウム)および3H(トリチウム)と示され得る。一般的にジュウテリウムは「D」、トリチウムは「T」とも表示される。その応用として、CD3はすべての水素原子がジュウテリウムであるメチル基を表す。炭素の同位体には13Cおよび14Cが含まれる。同位体で標識された本発明の化合物は、一般に当業者に公知の従来の技法、またはそれらに記載の類似の方法により、他で用いられる非標識試薬の代わりに適切な同位体-標識試薬を用いて製造することが出来る。
本開示において、用語「化合物」は、表された構造式の全ての立体異性体および同位体を含むことを意味する。本明細書で用いる、用語「立体異性体」は、本明細書に記載の化合物のありとあらゆる立体異性体を包含し、例えば、化合物のあらゆる幾何異性体(例えば、シスおよびトランス異性体)、エナンチオマー、またはジアステレオマーを意味する。本開示は、立体異性体ピュア(例えば、幾何異性体ピュア、エナンチオマーピュア、またはジアステレオマーピュア)な形体、およびエナンチオマー混合物および立体異性体混合物(例えばラセミ体)が挙げられる。化合物のエナンチオマー混合物および立体異性体混合物およびその構成要素のエナンチオマーまたは立体異性体に分割する方法は、周知である。「同位体」は、原子番号が同一であるが、原子核中の中性子数が異なるために質量数が異なる原子をいう。例えば、水素の同位体にはトリチウムおよび重水素が含まれる。さらに、本開示の化合物、塩、または複合体は、溶媒和物および水和物を形成するために、常法によって溶媒または水分子との組み合わせで調製され得る。
本開示において、用語「異性体」は、本発明の任意の化合物のあらゆる互変異性体、立体異性体、エナンチオマー、またはジアステレオマーを意味する。本発明の化合物は、1つ以上のキラル中心および/または二重結合を持ち得、それ故、立体異性体、(例えば二重結合異性体(すなわち幾何E/Z異性体)またはジアステレオマー(例えばエナンチオマー(すなわち、(+)または(-))またはシス/トランス異性体))として存在すると認識される。本発明によれば、本明細書で表される化学構造式、したがって本発明の化合物は、全ての対応する立体異性体、すなわち、立体異性体ピュア(例えば、幾何異性体ピュア、エナンチオマーピュア、またはジアステレオマーピュア)な形体、およびエナンチオマーおよび立体異性混合物(例えばラセミ体)の両方を包含する。本発明の化合物のエナンチオマーおよび立体異性体混合物は一般に、周知の手法(例えばキラル相ガスクロマログラフィー、キラル相高速液体クロマトグラフィー、キラル塩複合体として化合物を結晶化、またはキラル溶媒中で化合物を結晶化)により、その構成要素のエナンチオマーまたは立体異性体に分割され得る。エナンチオマーおよび立体異性体は、周知の不斉合成方法により、立体異性体ピュアまたはエナンチオマーピュアな中間体、試薬、および触媒からも得られ得る。
本開示において、用語「立体異性体」は、化合物が持ち得る、存在し得る全ての異なる異性体ならびに立体異性体(例えば本明細書に記載の任意の式の化合物)、特に存在し得る全ての立体化学異性体および立体配座異性体、全てのジアステレオマー、エナンチオマーおよび/または基本分子構造の配座異性体をいう。いくつかの本開示の化合物は、異なる互変異性体の形体で存在してもよく、後者の全ては本開示の範囲に含められる。
本開示において、用語「エナンチオマー」は、光学純度またはエナンチオマー過剰率(当業者の標準的な方法により決定される)が、少なくとも80%(すなわち、少なくとも90%の一方のエナンチオマー、および最大10%の他方のエナンチオマー)、少なくとも90%、または少なくとも98%である、本発明の化合物の各個別の光学活性体を意味する。
本開示において、用語「ジアステレオマー」は、互いに鏡像体ではなく、互いに重ね合わせることが出来ない立体異性体を意味する。
本開示において、用語「核酸」は、ポリ-またはオリゴ-リボヌクレオチド(RNA)およびポリ-またはオリゴ-デオキシリボヌクレオチド(DNA)；核酸塩基および/または修飾核酸塩基のN-グリコシドまたはC-グリコシドから誘導されるRNAまたはDNA；糖および/または修飾糖から誘導される核酸；およびホスフェート架橋および/または修飾リン原子架橋から誘導される核酸を包含する。「核酸」は、核酸塩基、修飾核酸塩基、糖、修飾糖、ホスフェート架橋または修飾リン原子架橋の任意の組み合わせを含む核酸を包含する。例として、以下に限らないが、リボース部分を含む核酸、デオキシリボース部分を含む核酸、リボースおよびデオキシリボース部分の両方を含む核酸、リボースおよび修飾リボース部分を含む核酸が挙げられる。接頭語「ポリ」は、1〜約10,000ヌクレオチドモノマーユニットを含む核酸をいい、および接頭語「オリゴ」は、1〜約200ヌクレオチドモノマーユニットを含む核酸をいう。用語「核酸」は、CDNもまた包含し得る。
本開示において、用語「核酸塩基」および「ヌクレオシド塩基部分」は同義で使用され、これらはある核酸のらせん構造を配列特異的に相補的ならせん構造に結び付ける水素結合に関与する、核酸の部位をいう。最も一般的な天然に存在する核酸塩基は、アデニン(A)、グアニン(G)、ウラシル(U)、シトシン(C)、およびチミン(T)である。
本開示において、核酸塩基は、略語A、G、U、C、T、Hypで示され得る。略語Aはアデニン；Gはグアニン；Uはウラシル；Cはシトシン；Tはチミン；Hypはヒポキサンチンをいう。
本開示において、用語「修飾核酸塩基」および「修飾ヌクレオシド塩基部分」は同義で使用され、これらは核酸塩基を置換し得る部分をいう。修飾核酸塩基は、核酸塩基の立体配置、電子的性質、またはその他複数の物理化学的性質を模して、ある核酸のらせん構造を配列特異的に別のらせん構造に結び付ける水素結合の性質を保っている。修飾核酸塩基は一般に、融解挙動、細胞内酵素による認識またはオリゴヌクレオチド二本鎖の活性に実質的に影響を与えることなく、天然塩基(例えば、ウラシル、チミン、アデニン、シトシン、グアニン)とペアになり得る。用語「修飾核酸塩基」および「修飾ヌクレオシド塩基部分」は同義で使用され、最も古典的な意味ではヌクレオシド塩基ではないが、ヌクレオシド塩基として働く特定の「普遍的塩基」のような、ヌクレオシド塩基として働き得るヘテロ環化合物を含むことをさらに意図する。特に普遍的塩基として言及されるのは、3-ニトロピロールである。
本開示において、用語「ヌクレオシド」は、核酸塩基(窒素塩基、例えばアデニン、グアニン、チミン、ウラシル、5-メチルウラシルなど)または修飾核酸塩基が共有結合的に5員炭素糖(リボースまたはデオキシリボース)または修飾糖に結合する化合物、グリコシルアミンをいう。
本開示において、用語「糖」は、閉環および/または開環構造の単糖をいう。糖には、以下に限らないが、リボース、デオキシリボース、ペントフラノース、ペントピラノース、モルフォリノ、炭素環類似体、ヘキソピラノース部分および二環糖(例えばロックド核酸に見られるもの)が挙げられる。ロックド核酸の例には、これに限らないが、WO2016/079181に開示のものが挙げられる。修飾糖を含む本開示の化合物(IV)の例には、以下に限定されないが、次の化合物：
Figure 2021521197
 (ここでBは、塩基である)が挙げられる。
本開示において、用語「修飾糖」は、置換され得る糖部分をいう。修飾糖は、糖の立体配置、電子的性質、またはその他複数の物理化学的性質を模する。
本開示において、用語「ヌクレオチド」は、核酸塩基または修飾核酸塩基が、糖または修飾糖に共有結合的に接続する部分をいい、糖または修飾糖は、ホスフェート基または修飾リン原子部分(例えばチオホスフェート基)に共有結合的に接続する。
本開示において、用語「ペプチド」は、ペプチド結合により繋がったアミノ酸モノマーの鎖をいう。一般に、ペプチドは、約50個以下のアミノ酸を有する。用語「ペプチド」は、天然および非天然アミノ酸の両方を包含する。ペプチドは、線状または環状であり得る。
本開示において、用語「タンパク質」は、生物学的に機能的な方法で配列させた1つ以上のポリペプチドを包含する。生物学的に機能的なタンパク質の例として、以下に限らないが、酵素、抗体、サイトカイン、ホルモン、膜貫通タンパク質などが挙げられる。
本開示において、用語「部分」は、分子の特定の区分または官能基をいう。化学的な部分とは、しばしば分子に組み込まれているか、または付加されている、認識された化学構造全体である。
本開示において、本明細書において同義で使用される用語「固体支持体」または「レジン」は、核酸および/またはペプチドの大量生産の合成を可能にし、必要に応じて再利用可能なあらゆる支持体をいう。本明細書で用いられるように、用語「固体支持体」または「レジン」は、核酸および/またはペプチドを合成するための反応ステップで使用する溶媒に不溶であり、反応性基を含むように誘導されたポリマーをいう。
本開示において、用語「連結部分」は、末端ヌクレオシドおよび固体支持体間、または末端ヌクレオシドおよび別のヌクレオシド、ヌクレオチド、または核酸の間に適宜位置するあらゆる部分をいう。
本開示において、用語「精製(された)」は、核酸に関連して用いられる場合、少なくとも1つの混入物質を除去したものをいう。本明細書で用いる、「混入物質」は、他方の物質を不適当、不純または劣った状態にするあらゆる物質である。それ故、精製オリゴヌクレオチドは元々存在していた状態であるか、または精製する前に存在していたものとは異なる状態である。
本開示において、用語「アルキル」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、1〜12個の炭素原子を含む非置換直鎖または分岐鎖脂肪族炭化水素、すなわち、C1-12アルキル、または炭素原子の数が示された、例えば、C1アルキル(例えばメチル)、C2アルキル(例えばエチル)、C3アルキル(例えばプロピルまたはイソプロピル)などをいう。ある実施態様において、アルキル基は、C1-10アルキルである。別の実施態様において、アルキル基は、C1-6アルキルである。別の実施態様において、アルキル基は、C1-4アルキルである。C1-10アルキル基の例として、以下に限定されないが、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、イソ-ブチル、3-ペンチル、ヘキシル、ヘプチル、オクチル、ノニル、およびデシルが挙げられる。C1-6アルキル基の例として、以下に限定されないが、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、イソ-ブチル、およびヘキシルが挙げられる。C1-4アルキル基の例として、以下に限定されないが、メチル、エチル、プロピル、イソプロピル、ブチル、sec-ブチル、tert-ブチル、およびイソ-ブチルが挙げられる。
本開示において、用語「適宜置換されたアルキル」は、1つ以上のRa基を有する、上記で定義されるアルキル基である。
本開示において、用語「シクロアルキル」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、例えば、1つまたは2つの二重結合を含む非置換飽和および部分不飽和の、3〜12個の炭素原子を有する1〜3個の環を含む環状脂肪族炭化水素、すなわち、C3-12シクロアルキル、または示された炭素数のものをいう。ある実施態様において、シクロアルキル基は、2つの環を有する。ある実施態様において、シクロアルキル基は、1つの環を有する。別の実施態様において、シクロアルキルは飽和である。別の実施態様において、シクロアルキルは不飽和である。別の実施態様において、シクロアルキル基は、C3-8シクロアルキル基である。別の実施態様において、シクロアルキル基は、C3-7シクロアルキル基である。別の実施態様において、シクロアルキル基は、C5-7シクロアルキル基である。別の実施態様において、シクロアルキル基は、C3-6シクロアルキル基である。用語「シクロアルキル」は、環中の-CH2-が-C(=O)-で置換された基を含む。シクロアルキル基の例として、以下に限定されないが、シクロプロピル、シクロブチル、シクロペンチル、シクロヘキシル、シクロヘプチル、シクロオクチル、ノルボルニル、デカリン、アダマンチル、シクロヘキセニル、シクロペンテニル、シクロヘキセニル、およびシクロペンタノンが挙げられる。
本開示において、用語「適宜置換されたシクロアルキル」は、1つ以上のRa基を有する、上記で定義されるシクロアルキル基である。
用語「適宜置換されたシクロアルキル」は、適宜置換されたアリールが縮合したシクロアルキル基(例えばフェニル)、または適宜置換されたヘテロアリールが縮合したシクロアルキル基(例えばピリジル)が含まれる。適宜置換されたアリールまたは適宜置換されたヘテロアリールが縮合している適宜置換されたシクロアルキルは、シクロアルキル環上のいずれか結合可能ないずれかの炭素原子で、その分子の残った部分に結合してもよい。ある実施態様において、適宜置換されたシクロアルキル基は、1、2、または3つの置換基で置換されているフェニル基が結合した、5、6、または7員のシクロアルキル基である。
本開示において、用語「アルケニル」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、1、2、または3つの炭素-炭素二重結合を含むアルキルをいう。ある実施態様において、アルケニル基は、C2-6アルケニル基である。別の実施態様において、アルケニル基は、C2-4アルケニル基である。アルケニル基の例として、以下に限定されないが、エテニル、プロペニル、イソプロペニル、ブテニル、sec-ブテニル、ペンテニル、およびヘキセニルが挙げられる。
本開示において、本明細書で単体、または別の基の一部として用いる用語「適宜置換されたアルケニル」は、非置換または1、2、または3つの置換基で置換されたいずれかのアルケニルをいい、その置換基はハロゲン、ニトロ、シアノ、ヒドロキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールオキシ、アラルキルオキシ、アルキルチオ、カルボキサミド、スルホンアミド、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、カルボキシ、カルボキシアルキル、アルキル、適宜置換されたシクロアルキル、アルケニル、アルキニル、適宜置換されたアリール、ヘテロアリール、および適宜置換されたヘテロシクロからなる群から独立して選択される。
本開示において、用語「アルキニル」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、1〜3つの炭素-炭素三重結合を含むアルキルをいう。ある実施態様において、アルキニルは、1つの炭素-炭素三重結合を有する。ある実施態様において、アルキニル基は、C2-6アルキニル基である。別の実施態様において、アルキニル基は、C2-4アルキニル基である。アルキニル基の例として、以下に限定されないが、エチニル、プロピニル、ブチニル、2-ブチニル、ペンチニル、およびヘキシニル基が挙げられる。
本開示において、本明細書で単体、または別の基の一部として用いる用語「適宜置換されたアルキニル」は、非置換または1、2、または3つの置換基で置換されたいずれかのアルキニルをいい、その置換基は、ハロゲン、ニトロ、シアノ、ヒドロキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールオキシ、アラルキルオキシ、アルキルチオ、カルボキサミド、スルホンアミド、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、カルボキシ、カルボキシアルキル、アルキル、シクロアルキル、アルケニル、アルキニル、適宜置換されたアリール、適宜置換されたヘテロアリール、ヘテロシクロ、および-Si(R)3(ここでRは、アルキルおよびアリールからなる群から選択される)からなる群から独立して選択される。
本開示において、用語「アリール」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、6〜14個の炭素原子を有する非置換単環または二環芳香環システム、すなわち、C6-14アリールをいう。アリール基の例として、以下に限定されないが、フェニル(「Ph」と省略される)、ナフチル、フェナントリル、アントラシル、インデニル、アズレニル、ビフェニル、ビフェニレニル、およびフルオレニル基が挙げられる。ある実施態様において、アリール基は、フェニルまたはナフチルである。
本開示において、本明細書で単体、または別の基の一部として用いる用語「適宜置換されたアリール」は、非置換または1〜5つの置換基で置換されたいずれかのアリールをいい、その置換基は、ハロゲン、ニトロ、シアノ、ヒドロキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールオキシ、アラルキルオキシ、アルキルチオ、カルボキサミド、スルホンアミド、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、カルボキシ、カルボキシアルキル、適宜置換されたアルキル、適宜置換されたシクロアルキル、アルケニル、アルキニル、適宜置換されたアリール、適宜置換されたヘテロアリール、適宜置換されたヘテロシクロ、(アルコキシ)アルキル、(アミノ)アルキル、(カルボキサミド)アルキル、メルカプトアルキル、および(ヘテロシクロ)アルキルからなる群から独立して選択される。
ある実施態様において、適宜置換されたアリールは、適宜置換されたフェニルである。ある実施態様において、適宜置換されたフェニルは、4つの置換基を有する。別の実施態様において、適宜置換されたフェニルは、3つの置換基を有する。別の実施態様において、適宜置換されたフェニルは、2つの置換基を有する。別の実施態様において、適宜置換されたフェニルは、1つの置換基を有する。アリール基の例として、以下に限定されないが、2-メチルフェニル、2-メトキシフェニル、2-フルオロフェニル、2-クロロフェニル、2-ブロモフェニル、3-メチルフェニル、3-メトキシフェニル、3-フルオロフェニル、3-クロロフェニル、4-メチルフェニル、4-エチルフェニル、4-メトキシフェニル、4-フルオロフェニル、4-クロロフェニル、2,6-ジ-フルオロフェニル、2,6-ジ-クロロフェニル、2-メチル、3-メトキシフェニル、2-エチル、3-メトキシフェニル、3,4-ジ-メトキシフェニル、3,5-ジ-フルオロフェニル、3,5-ジ-メチルフェニル、3,5-ジメトキシ、4-メチルフェニル、2-フルオロ-3-クロロフェニル、および3-クロロ-4-フルオロフェニルが挙げられる。用語「適宜置換されたアリール」は、適宜置換されたシクロアルキルおよび適宜置換されたヘテロシクロ環が縮合したフェニル基を含む。適宜置換されたシクロアルキルおよび適宜置換されたヘテロ環が縮合した適宜置換されたアリールは、アリール環上のいずれか結合可能な炭素原子で、その分子の残った部分に結合する。例として以下に限定されないが、
Figure 2021521197
 が挙げられる。
本開示において、用語「アリールオキシ」は、単体で使用されるか、または別の基の一部として使用され、末端の酸素原子に結合する適宜置換されたアリールをいう。アリールオキシ基の例として、以下に限定されないが、PhO-が挙げられる。
本開示において、用語「ヘテロ環」、「ヘテロシクリル」または「ヘテロ環式基」は、安定な3、4、5、6、または7員の単環または二環、または7、8、9、10、11、12、13、または14員の多環ヘテロ環のうち、飽和、部分不飽和、または完全不飽和なものであり、炭素原子およびN、OおよびSからなる群から独立して選択される1、2、3または4個のヘテロ原子を含み、上記で定義されたいずれかのヘテロ環にベンゼン環が縮合したあらゆる多環基を含むことを意味することを意図する。窒素および硫黄ヘテロ原子は適宜酸化されてもよい(すなわち、N→OおよびS(O)p、ここでpは、0、1または2)。窒素原子は、置換または非置換であってもよい(すなわち、NまたはNRであり、ここでRは、定義されるならば、Hまたは別の置換基である)。ヘテロ環は、いずれかのヘテロ原子または炭素原子でそのペンダント基に結合してもよく、それにより安定な構造を生じる。本明細書に記載のヘテロ環は、得られる化合物が安定な場合、炭素原子または窒素原子で置換されてもよい。ヘテロ環中の窒素は、適宜四級化されてもよい。ヘテロ環中のSおよびO原子の総数が1を超える場合、これらのヘテロ原子は互いに隣接していないことが好ましい。ヘテロ環中のSおよびO原子の総数は1以下であることが好ましい。用語「ヘテロ環」が用いられた場合、ヘテロアリールが含まれることを意図する。
ヘテロ環の例として、以下に限らないが、アクリジニル、アゼチジニル、アゾシニル、ベンゾイミダゾリル、ベンゾフラニル、ベンゾチオフラニル、ベンゾチオフェニル、ベンゾオキサゾリル、ベンズオキサゾリニル、ベンズチアゾリル、ベンズトリアゾリル、ベンズテトラゾリル、ベンゾイソオキサゾリル、ベンズイソチアゾリル、ベンズイミダゾリニル、カルバゾリル、4aH-カルバゾリル、カルボリニル、クロマニル、クロメニル、シンノリニル、デカヒドロキノリニル、2H,6H-1,5,2-ジチアジニル、ジヒドロフロ[2,3-b]テトラヒドロフラン、フラニル、フラザニル、イミダゾリジニル、イミダゾリニル、イミダゾリル、1H-インダゾリル、イミダゾロピリジニル、インドリル、インドリニル、インドリジニル、インドリル、3H-インドリル、イサチノイル、イソベンゾフラニル、イソクロマニル、イソインダゾリル、イソインドリニル、イソインドリル、イソキノリニル、イソチアゾリル、イソチアゾロピリジニル、イソオキサゾリル、イソオキサゾロピリジニル、メチレンジオキシフェニル、モルホリニル、ナフチリジニル、オクタヒドロイソキノリニル、オキサジアゾリル、1,2,3-オキサジアゾリル、1,2,4-オキサジアゾリル、1,2,5-オキサジアゾリル、1,3,4-オキサジアゾリル、オキサゾリジニル、オキサゾリル、オキサゾロピリジニル、オキサゾリジニルピリミジニル、オキシンドリル、ピリミジニル、フェナントリジニル、フェナントロリニル、フェナジニル、フェノチアジニル、フェノキサチイニル、フェノキサジニル、フタラジニル、ピペラジニル、ピペリジニル、ピペリドニル、4-ピペリドニル、ピペロニル、プテリジニル、プリニル、ピラニル、ピラジニル、ピラゾリジニル、ピラゾリニル、ピラゾロピリジニル、ピラゾリル、ピリダジニル、ピリドオキサゾリル、ピリドイミダゾリル、ピリドチアゾリル、ピリジニル、ピリミジニル、ピロリジニル、ピロリニル、2-ピロリドニル、2H-ピロリル、ピロリル、キナゾリニル、キノリニル、4H-キノリジニル、キノキサリニル、キヌクリジニル、テトラゾリル、テトラヒドロフラニル、テトラヒドロイソキノリニル、テトラヒドロキノリニル、6H-1,2,5-チアジアジニル、1,2,3-チアジアゾリル、1,2,4-チアジアゾリル、1,2,5-チアジアゾリル、1,3,4-チアジアゾリル、チアンスレニル、チアゾリル、チエニル、チアゾロピリジニル、チエノチアゾリル、チエノオキサゾリル、チエノイミダゾリル、チオフェニル、トリアジニル、1,2,3-トリアゾリル、1,2,4-トリアゾリル、1,2,5-トリアゾリル、1,3,4-トリアゾリル、およびキサンテニルが含まれる。また、例えば上記ヘテロ環を含む縮合環、およびスピロ化合物も含まれる。
本明細書で用いる、用語「二環ヘテロ環」または「二環ヘテロ環基」は、2つの縮合環を含み、炭素原子およびN、OおよびSからなる群から独立して選択される1、2、3、または4個のヘテロ原子からなる、安定な9または10員のヘテロ環システムを意味することを意図する。2つの縮合環のうち、1つの環は、各々第2の環に縮合している5員ヘテロアリール環、6員ヘテロアリール環またはベンゾ環を含む、5または6員の単環芳香環である。第2の環は、飽和、部分不飽和、または不飽和な5または6員の単環であり、5員ヘテロ環、6員ヘテロ環または炭素環を包含する(但し、第2の環が炭素環である場合、第1の環はベンゾではない)。
二環ヘテロ環基は、安定な構造を生じる場合、いずれのヘテロ原子または炭素原子において、そのペンダント基に接続してもよい。本明細書に記載の二環ヘテロ環基は、得られる化合物が安定であれば、炭素または窒素原子において置換されてもよい。ヘテロ環中のSおよびO原子の総数が1を超える場合、これらのヘテロ原子は互いに隣接していないことが好ましい。ヘテロ環中のSおよびO原子の総数は1以下であることが好ましい。
二環ヘテロ環基の例として、以下に限らないが、キノリニル、イソキノリニル、フタラジニル、キナゾリニル、インドリル、イソインドリル、インドリニル、1H-インダゾリル、ベンゾイミダゾリル、1,2,3,4-テトラヒドロキノリニル、1,2,3,4-テトラヒドロイソキノリニル、5,6,7,8-テトラヒドロ-キノリニル、2,3-ジヒドロ-ベンゾフラニル、クロマニル、1,2,3,4-テトラヒドロ-キノキサリニルおよび1,2,3,4-テトラヒドロ-キナゾリニルが挙げられる。
本明細書で用いる、用語「芳香族ヘテロ環基」または「ヘテロアリール」は、少なくとも1個のヘテロ原子環員(例えば硫黄、酸素、または窒素)を含む安定な単環および多環芳香族炭化水素を意味することを意図する。ヘテロアリール基には、以下に限定されないが、ピリジル、ピリミジニル、ピラジニル、ピリダジニル、トリアジニル、フリル、キノリル、イソキノリル、チエニル、イミダゾリル、チアゾリル、インドリル、ピロリル、オキサゾリル、ベンゾフリル、ベンゾチエニル、ベンズチアゾリル、イソオキサゾリル、ピラゾリル、トリアゾリル、テトラゾリル、インダゾリル、1,2,4-チアジアゾリル、イソチアゾリル、プリニル、カルバゾリル、ベンゾイミダゾリル、インドリニル、ベンゾジオキソラニルおよびベンゾジオキサンが挙げられる。ヘテロアリール基は、置換されているか、または非置換である。窒素原子は、置換されているか、または非置換(すなわち、NまたはNRであり、ここでRは、定義されるならば、Hまたは別の置換基である)である。窒素および硫黄のヘテロ原子は、適宜酸化されていてもよい(すなわち、N→OおよびS(O)p、ここでpは、0、1または2)。
架橋環もまたヘテロ環の定義に含まれる。架橋環は、1個以上、好ましくは1〜3個の原子(すなわち、C、O、N、またはS)が2個の非隣接炭素または窒素原子を繋げる場合に生じる。架橋環の例として、以下に限らないが、1個の炭素原子、2個の炭素原子、1個の窒素原子、2個の窒素原子、および炭素-窒素基が挙げられる。架橋は常に単環を三環に変換させることに留意されたい。環が架橋されている場合、環に結合した置換基は架橋上に存在してもよい。
用語「ヘテロシクリルアルキル」は、化合物のコアな部分に繋がるアルキル基に結合するヘテロシクリルまたは置換ヘテロシクリルをいう。
本開示において、用語「ヘテロアリール」または「ヘテロ芳香族」は、少なくとも1つの環の1個の炭素原子が酸素、窒素および硫黄からなる群から独立して選択されるヘテロ原子で置換された、5〜14個の環原子を有する非置換単環および二環芳香環システム(すなわち、5〜14員のヘテロアリール)をいう。ある実施態様において、ヘテロアリールは、酸素、窒素および硫黄からなる群から独立して選択される1、2、3、または4個のヘテロ原子を含む。ある実施態様において、ヘテロアリールは、3個のヘテロ原子を有する。別の実施態様において、テロアリールは、2個のヘテロ原子を有する。別の実施態様において、ヘテロアリールは、1個のヘテロ原子を有する。別の実施態様において、ヘテロアリールは、5〜10員のヘテロアリールである。別の実施態様において、ヘテロアリールは、5または6員のヘテロアリールである。別の実施態様において、ヘテロアリールは、5個の環原子を有する(例えばチエニル；4個の炭素原子および1個の硫黄原子を有する5員のヘテロアリール)。別の実施態様において、ヘテロアリールは、6個の環原子を有する(例えばピリジル；5個の炭素原子および1個の窒素原子を有する6員のヘテロアリール)。ヘテロアリール基の例として、以下に限定されないが、チエニル、ベンゾ[b]チエニル、ナフト[2,3-b]チエニル、チアンスレニル、フリル、ベンゾフリル、ピラニル、イソベンゾフラニル、ベンゾオキサゾリル、クロメニル、キサンテニル、2H-ピロリル、ピロリル、イミダゾリル、ピラゾリル、ピリジル、ピラジニル、ピリミジニル、ピリダジニル、イソインドリル、3H-インドリル、インドリル、インダゾリル、プリニル、イソキノリル、キノリル、フタラジニル、ナフチリジニル、シンノリニル、キナゾリニル、プテリジニル、4aH-カルバゾリル、カルバゾリル、β-カルボリニル、フェナントリジニル、アクリジニル、ピリミジニル、フェナントロリニル、フェナジニル、チアゾリル、イソチアゾリル、フェノチアゾリル、イソオキサゾリル、フラザニル、およびフェノキサジニルが挙げられる。ある実施態様において、ヘテロアリールは、チエニル(例えば、チエン-2-イルおよびチエン-3-イル)、フリル(例えば、2-フリルおよび3-フリル)、ピロリル(例えば、1H-ピロール-2-イルおよび1H-ピロール-3-イル)、イミダゾリル(例えば、2H-イミダゾール-2-イルおよび2H-イミダゾール-4-イル)、ピラゾリル(例えば、1H-ピラゾール-3-イル、1H-ピラゾール-4-イル、および1H-ピラゾール-5-イル)、ピリジル(例えば、ピリジン-2-イル、ピリジン-3-イル、およびピリジン-4-イル)、ピリミジニル(例えば、ピリミジン-2-イル、ピリミジン-4-イル、およびピリミジン-5-イル)、チアゾリル(例えば、チアゾール-2-イル、チアゾール-4-イル、およびチアゾール-5-イル)、イソチアゾリル(例えば、イソチアゾール-3-イル、イソチアゾール-4-イル、およびイソチアゾール-5-イル)、オキサゾリル(例えば、オキサゾール-2-イル、オキサゾール-4-イル、およびオキサゾール-5-イル)、イソオキサゾリル(例えば、イソキサゾール-3-イル、イソキサゾール-4-イル、およびイソキサゾール-5-イル)、またはインダゾリル(例えば、1H-インダゾール-3-イル)である。用語「ヘテロアリール」は、存在可能なN-オキシドもまた含む。N-オキシドの例として、以下に限定されないが、ピリジルN-オキシドが挙げられる。
ある実施態様において、ヘテロアリールは、5または6員のヘテロアリールである。ある実施態様において、ヘテロアリールは、5員のヘテロアリールである。すなわち、そのヘテロアリールとは、環の少なくとも1個の炭素原子が窒素、酸素、および硫黄から独立して選択されるヘテロ原子で置換された5個の環原子を有する単環芳香環システムである。5員のヘテロアリール基の例として、以下に限定されないが、チエニル、フリル、ピロリル、オキサゾリル、ピラゾリル、イミダゾリル、チアゾリル、イソチアゾリル、およびイソオキサゾリルが挙げられる。
別の実施態様において、ヘテロアリールは、6員のヘテロアリールである。例えば、そのヘテロアリールは、環中の少なくとも1個の炭素原子が窒素原子で置換されている、6個の環原子を有する単環芳香環システムである。6員のヘテロアリール基の例として、以下に限定されないが、ピリジル、ピラジニル、ピリミジニル、およびピリダジニルが挙げられる。
本開示において、単体、または別の基の一部として用いる用語「適宜置換されたヘテロアリール」は、非置換または1〜4つの置換基(例えば、ハロゲン、ニトロ、シアノ、ヒドロキシ、アミノ、アルキルアミノ、ジアルキルアミノ、ハロアルキル、ヒドロキシアルキル、アルコキシ、ハロアルコキシ、アリールオキシ、アラルキルオキシ、アルキルチオ、カルボキサミド、スルホンアミド、アルキルカルボニル、アリールカルボニル、アルキルスルホニル、アリールスルホニル、カルボキシ、カルボキシアルキル、適宜置換されたアルキル、適宜置換されたシクロアルキル、アルケニル、アルキニル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクロ、(アルコキシ)アルキル、(アミノ)アルキル、(カルボキサミド)アルキル、メルカプトアルキル、および(ヘテロシクロ)アルキルからなる群から独立して選択される1または2つの置換基)で置換されたヘテロアリールのいずれかをいう。ある実施態様において、適宜置換されたヘテロアリールは、1つの置換基を有する。いずれかの置換可能な炭素または窒素原子は置換され得る。置換ヘテロアリール基の例として、以下に限らないが、
Figure 2021521197
 が挙げられる。
用語「適宜置換されたヘテロアリール」は、適宜置換されたシクロアルキル基または適宜置換されたヘテロシクロ基が縮合しているヘテロアリール基を含む。適宜置換されたシクロアルキル基または適宜置換されたヘテロシクロ基が縮合している、適宜置換されたヘテロアリールは、ヘテロアリール環上のいずれかの結合可能な炭素原子で、その分子の残った部分に結合してもよい。例として、以下に限定されないが、
Figure 2021521197
 が挙げられる。
本開示において、用語「ハロゲン」は、フッ素、塩素、臭素およびヨウ素を含むことを意図する。
本開示において、用語「ヌクレオシド間結合」は、オリゴヌクレオチドまたはCDNにおける、2つの隣接ヌクレオシド間の天然または修飾結合をいう。天然RNAおよびDNAは、ホスホロジエステルヌクレオシド間結合を含む。修飾ヌクレオシド間結合の例として、ホスホロチオエート結合がある。
本開示において、用語「ヘテロキラル核酸」は、立体化学配置の異なるリン原子を含むヌクレオシド間結合を有する核酸をいう。同様に、用語「ホモキラル核酸」は、立体化学配置の同じリン原子を含むヌクレオシド間結合を有する核酸をいう。
本開示において、用語「脱離基」は、約10未満のpKaをもつ化合物をいう。いくつかの実施態様において、脱離基のpKaは、7.1未満である。脱離基の例として、以下に限らないが、DBU、1,5-ジアザビシクロ[4.3.0]ノン-5-エン(DBN)、およびイミダゾール、N-ヒドロキシテトラクロロフタルイミド(TCNHPI)、N-ヒドロキシフタルイミド(NHPI)、N-ヒドロキシスクシンイミド(OSu)、ヒドロキシベンゾトリアゾール(HOBt)、1-ヒドロキシ-7-アザベンゾトリアゾール(HOAt)、オキシマ、およびウロニウム塩が挙げられる。いくつかの実施態様において、脱離基は、以下からなる群：
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
 から選択される。
本開示において、用語「保護基」は、官能基(例えばアルコール、アミン、カルボニル、カルボン酸、ホスフェート、末端アルキンなど)を不必要な化学反応から保護する基をいう。いくつかの実施態様において、官能基は求核剤である。アルコールの保護基の例として、以下に限らないが、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bz)、ベンジル(Bn)、β-メトキシエトキシメチルエーテル(MEM)、ジメトキシトリチル(DMT)、メトキシメチルエーテル(MOM)、メトキシトリチル(MMT)、p-メトキシベンジルエーテル(PMB)、トリメチルシリル(TMS)、tert-ブチルジメチルシリル(TBS)、tert-ブチルジフェニルシリルエーテル(TBDPS)、トリ-イソ-プロピルシリルオキシメチル(TOM)、トリチル(トリフェニルメチル、Tr)、ピバロイル(Piv)などが挙げられる。ある実施態様において、該保護基は、4,4'-ジメトキシトリチルである。アミンの保護基の例として、以下に限らないが、ベンジルオキシカルボニル(Cbz)、イソブチリル(iBu)、p-メトキシベンジルカルボニル(MOZ)、tert-ブチルカルボニル(Boc)、アセチル(Ac)、ベンゾイル(Bz)、ベンジル(Bn)、p-メトキシベンジル(PMB)、p-メトキシフェニル(PMP)、トシル(Ts)などが挙げられる。カルボニルの保護基の例として、以下に限らないが、アセタールおよびケタール、アシラール、ジチアンなどが挙げられる。カルボン酸の保護基の例として、以下に限らないが、メチルエステル、ベンジルエステル、tert-ブチルエステル、シリルエステル、オルトエステル、オキサゾリンなどが挙げられる。ホスフェートの保護基の例として、以下に限らないが、2-シアノエチル、メチルなどが挙げられる。末端アルキンの保護基の例として、以下に限らないが、プロパルギルおよびシリル基が挙げられる。ある実施態様において、保護基は、本開示の方法で用いられるヌクレオシドの5'-ヒドロキシ基を保護するために使用される。ある実施態様において、該保護基は、DMTである。別の実施態様において、保護基は、本開示の方法で用いられるヌクレオシドの核酸塩基を保護するために使用される。いくつかの実施態様において、該保護基は、アミンの保護基である。ある実施態様において、該保護基は、Acである。別の実施態様において、該保護基は、Bzである。さらに別の実施態様において、該保護基は、iBuである。
(本開示の化合物の製造方法)
別の態様において、本開示は、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物の製造方法を提供する。いくつかの実施態様において、本開示の方法は、式(VII)：
Figure 2021521197
 (式中、
XおよびYは、独立して、OまたはSであり、および
Phは、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、アリール、ヘテロアリール、ハロゲン、-CN、または-NO2から選択される1つ以上の基で適宜置換されていてもよいフェニルである)
の化合物とエポキシドまたはエピスルフィドとの反応を包含する。
いくつかの実施態様において、本開示の方法は、式(VII)の化合物とエポキシドまたはエピスルフィドとの約20℃〜約50℃の温度での反応を含む。その他の実施態様において、反応温度は約30℃〜約40℃である。ある実施態様において、反応温度は約35℃である。ある実施態様において、反応温度は35℃である。
いくつかの実施態様において、反応は約30分〜約4時間行われる。その他の実施態様において、反応は約1時間〜約2時間行われる。ある実施態様において、反応は約1時間行われる。ある実施態様において、反応は1時間行われる。
上記反応条件は例であり、限定を意味するものではない。当業者は、反応条件(例えば反応時間および温度、溶媒および塩基の特性および量など)を当業者に公知の方法に従って変更し得ることを理解する。いくつかの実施態様において、反応は、非プロトン性溶媒中で、約0℃〜約100℃の温度で、約10分〜約48時間行われる。いくつかの実施態様において、反応温度は、約10℃〜約80℃、約20℃〜約60℃、約25℃〜約40℃、約25℃〜約30℃、約30℃〜約40℃である。いくつかの実施態様において、反応時間は、約30分〜約40時間、約30分〜約20時間、約30分〜約10時間、約30分〜約5時間、約30分〜約3時間、約1時間〜約30時間、約2時間〜約20時間、約3時間〜約10時間、約4時間〜約8時間、約5時間〜約6時間である。
いくつかの実施態様において、エポキシドは、式(VIII)：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R2、R3およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、およびR4のいずれかとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキルを形成し；
ここで
Raは、水素、重水素、トリチウム、ハロゲン、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、OH、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRb；直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニルであるか；または、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルである］
で示される。
いくつかの実施態様において、エポキシドは、式(IX)：
Figure 2021521197
 ［式中、
R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキル
ここで
Raは、水素、重水素、トリチウム、ハロゲン、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、OH、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRb；直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニルであるか；または直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
Rbは、それぞれ存在するとき独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルである］
で示される。
エポキシドの例として、以下に限らないが、次のエポキシド：
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
 が挙げられる。
エピスルフィドの例として、以下に限らないが、チイランが挙げられる。
式(VII)で示される化合物の例として、以下に限らないが、次の化合物：
Figure 2021521197
Figure 2021521197
 が挙げられる。
当業者は、式(VII)で示される化合物が当業者に公知の方法により製造され得ると理解する。例えば、該化合物は、以下の反応：
Figure 2021521197
 (式中、LGは、上記で定義される)により製造され得る。いくつかの実施態様において、反応は、約20℃〜約50℃の温度で行われ得る。当業者は、反応条件(例えば反応時間および温度、溶媒の特性および量など)を当業者に公知の方法に従って変えられ得ることを理解する。
その他の実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、式(VII)の化合物と式(IXa)の化合物：
Figure 2021521197
 ［式中、
(a)R1、R2、R3、R4、R5およびR6は、独立して、水素、重水素、トリチウム、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニル；ハロゲン、-CN、-NO2；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
または
(b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれかとそれらが接続する炭素が一体になって1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキルを形成し；
ここで
Raは、水素、重水素、トリチウム、ハロゲン、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、OH、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRb；直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換された直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル；または直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換された直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3またはR4基に結合する炭素、またはR4またはR5基に結合する炭素のいずれか、または上記の全てがキラルである］
との反応を含む方法により製造され得る。
その他の実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、式(VII)の化合物と式(IXb)の化合物：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は上記の通り定義され；およびZはハロゲンである)との反応を含む方法により製造され得る。
別の実施態様において、式(I)-(IIIc)の本開示の化合物は、メルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノール、およびPCl3との反応により製造され得る。メルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノールは、以下の式：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、R5、R6、LGは、上記で定義される)
で示され得る。
ある実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、以下の反応スキームの例：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3およびR4およびLGは、上記で定義される)に従って製造され得る。メルカプトエタノールおよびPCl3間の反応に影響を与え得る別の試薬には、以下に限らないが、ペルオキシ一硫酸カリウム(オキソン)、マグネシウムモノペルオキシフタレート(MMPP)およびトリクロロアセトアルデヒドが挙げられる。
ある実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、以下の反応スキームの例：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3およびR4およびLGは、上記で定義される)に従って製造され得る。
いくつかの実施態様において、メルカプトエタノールを用いる反応は、非プロトン性溶媒中で、約0℃〜約100℃の温度で、約10分〜約48時間行われる。いくつかの実施態様において、反応温度は、約10℃〜約80℃、約20℃〜約60℃、約25℃〜約40℃、約25℃〜約30℃、約30℃〜約40℃である。いくつかの実施態様において、反応時間は、約30分〜約40時間、約30分〜約20時間、約30分〜約10時間、約30分〜約5時間、約30分〜約3時間、約1時間〜約30時間、約2時間〜約20時間、約3時間〜約10時間、約4時間〜約8時間、約5時間〜約6時間である。
ある実施態様において、式(I)-(IIIe)の本開示の化合物は、以下の反応スキームの例：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、上記で定義される)に従って製造され得る。ある実施態様において、Xは、上記で定義される脱離基(LG)である。別の実施態様において、Xは、-OH、-Cl、または4-ニトロフェノキシである。塩基は、条件により変えられ得る。いくつかの実施態様において、塩基は、トリエチルアミン、DBU、DIPEA、ピリジン、2,6-Lut.、またはイミダゾールから選択される。別の実施態様において、塩基は、トリエチルアミンである。
上記反応条件は例であり、限定を意味するものではない。当業者は、反応条件(例えば反応時間および温度、溶媒の特性および量など)を当業者に公知の方法に従って変更し得ることを理解する。当業者は、上記反応に用いられ得るその他の溶媒(例えば、トルエン、p-キシレン、n-ヘキサンなど)および硫化試薬(例えば、Beaucage試薬、K2S5O6など)にも精通している。
適切なメルカプトエタノールの例として、以下に限らないが、次の化合物：
Figure 2021521197
 が挙げられる。
さらに別の実施態様において、本開示の化合物は、以下の反応スキーム：
Figure 2021521197
 (式中、R1、R2、R3、R4、およびLGは、上記で定義される)に従って製造され得る。
いくつかの実施態様において、反応は、非プロトン性溶媒中で、約0℃〜約100℃の温度、約10分〜約48時間で行われる。いくつかの実施態様において、反応温度は、約10℃〜約80℃、約20℃〜約60℃、約25℃〜約40℃、約25℃〜約30℃、約30℃〜約40℃である。いくつかの実施態様において、反応時間は、約30分〜約40時間、約30分〜約20時間、約30分〜約10時間、約30分〜約5時間、約30分〜約3時間、約1時間〜約30時間、約2時間〜約20時間、約3時間〜約10時間、約4時間〜約8時間、約5時間〜約6時間である。
上記反応条件は例であり、限定を意味するものではない。当業者は、反応条件(例えば反応時間および温度、溶媒の特性および量など)を当業者に公知の方法に従って変更し得ることを理解する。
別の態様において、本開示は、立体選択的有機リン酸(V)化合物の製造方法を提供する。立体選択的有機リン酸(V)化合物は、開裂が起こるように設計されているオキサチアホスホランスルフィド化合物を求核剤とカップリングさせ、続いて別の求核剤と反応させ、それによって立体選択的有機リン酸(V)化合物が形成されて製造することが出来る。適切な求核剤の例には、以下に限らないが、水、ヒドロキシドアニオン、アルコール、アルコキシドアニオン、カルボキシレートアニオン、チオール、チオレートアニオン、チオカルボン酸アニオン、アミン、アミドなどが挙げられる。本開示の方法は、特定の立体選択的有機リン酸(V)化合物に限らず、オリゴヌクレオチド；CDN；ペプチド/タンパク質および核酸を含むコンジュゲート；ペプチド/タンパク質-ドラッグコンジュゲートなどを製造するために用いられ得る。求核剤の働きおよび発生源も、特定の分子に限られないが、求核剤は、例えば、核酸(例えば、3'-ヒドロキシおよび5'-ヒドロキシ)、ペプチドおよびタンパク質(例えば、-NH2、-OH、-SH、-C(O)NH2、-C(O)OHなど)、または低分子(-NH2、-OH、-SH、-C(O)NH2、-C(O)OHなど)により供給され得る。
いくつかの実施態様において、式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される本開示の化合物は、上記の式(IV)-(VIe)のいずれか1つで示される化合物を製造するために用いられる。これらの実施態様において、製造方法には、上記の式(I)-(IIIe)のいずれか1つで示される化合物と、ヌクレオシドとの反応が含まれる。いくつかの実施態様において、該反応は、塩基の存在下で行われる。いくつかの実施態様において、その塩基は、DBU、BTMG、TMG、LiHMDS、LiOtBu、KHMDS、KOtBu、NaHMDS、NaOtBu、DABCO、NMI、DIPEA、Pyr、2,6-Lut、およびイミダゾールからなる群から選択される。
いくつかの実施態様において、反応は、約-78℃〜約30℃の温度で行われる。その他の実施態様において、反応温度は、約-50℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約-30℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約-10℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約0℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約10℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約15℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約20℃〜約30℃である。その他の実施態様において、反応温度は、約25℃〜約30℃である。ある実施態様において、反応温度は、約20℃である。ある実施態様において、反応温度は、約25℃である。
いくつかの実施態様において、反応は、約10分〜約12時間行われる。その他の実施態様において、反応は、約1時間〜約8時間行われる。その他の実施態様において、反応は、約1時間〜約6時間行われる。その他の実施態様において、反応は、約1時間〜約4時間行われる。その他の実施態様において、反応は、約1時間〜約2時間行われる。ある実施態様において、反応は、約1時間行われる。ある実施態様において、反応は、1時間行われる。
上記に記載の通り、該ヌクレオシドは、天然または修飾塩基を含んでもよい。また、上記に記載の通り、天然または修飾糖を含んでもよい。いくつかの実施態様において、糖および塩基は両方とも天然である。その他の実施態様において、糖および塩基は両方とも修飾されている。さらに別の実施態様において、片方のみ(糖または塩基)が修飾されている。ある実施態様において、該ヌクレオシドはリボヌクレオシドである。別の実施態様において、該ヌクレオシドはデオキシリボヌクレオシドである。
ある実施態様において、該ヌクレオシドは、5'末端に保護基を有する。適切な保護基は、上記に記載されている。ある実施態様において、該保護基は、DMTrである。ある実施態様において、該ヌクレオシドは、3'末端に保護基を有する。適切な保護基は、上記に記載されている。ある実施態様において、該保護基は、TBSである。別の実施態様において、該ヌクレオシドがデオキシリボヌクレオシドである場合、ヌクレオシドは2'末端に保護基を有する。適切な保護基は、上記に記載されている。ある実施態様において、該保護基は、TOMである。別の実施態様において、該保護基は、TBDPSである。
別の実施態様において、該ヌクレオシドの核酸塩基または修飾核酸塩基は、保護基を有する。適切な保護基は、上記に記載されている。当業者は、保護基の選択は、核酸塩基または修飾核酸塩基の特性により決定されることを理解する。例えば、アミンは、Ac、iBu、またはBzにより保護され得る。
いくつかの実施態様において、保護基は、最終生成物から除去される。当業者は、保護基を除去する方法に精通している。例えば、DMTr保護基は、ジクロロメタン中、弱酸(例えばトリクロロ酢酸(TCA、pKa 0.8)またはジクロロ酢酸(DCA、pKa 1.5))により除去され得る。TBS、TOM、およびTBDPS保護基は、酸またはフッ化物イオン(例えばNaF、TBAF(テトラ-n-ブチルアンモニウムフルオライド、HF・Py、またはHF・NEt3)により除去され得る。Ac、iBu、およびBz保護基は、塩基(例えばアンモニアまたはメチルアミンの溶液またはガス)により除去され得る。
上記反応条件および試薬は例であり、限定を意味するものではない。当業者は、反応条件(例えば反応時間および温度、溶媒および塩基の特性および量など)を当業者に公知の方法に従って変更し得ることを理解する。
(立体選択的チオ-ホスフェート系ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドおよびCDNの製造方法)
別の態様において、本開示は、立体選択的、エナンチオリッチなチオホスフェート系ヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドおよびCDNの製造方法を提供する。いくつかの実施態様において、製造方法には、(a)式(I)-(IIIe)のいずれかの化合物をヌクレオシドと反応させ、上記に記載の式(IV)-(VIe)のいずれかの化合物を製造し、(b)ステップ(a)で形成した化合物を別のヌクレオシドと反応させ、それによりヌクレオシド間結合を形成することが含まれる。
いくつかの実施態様において、上記の方法で形成される該ヌクレオシド間結合は、立体選択的である。いくつかの実施態様において、上記の方法で形成される該ヌクレオシド間結合は、アキラルである。
いくつかの実施態様において、両反応は、塩基の存在下で行われる。適切な塩基は、上記に記載されている。そのような反応の反応条件もまた上記に記載されている。当業者は、所望の収量に達するために反応条件(例えば時間、温度、試薬の量など)を容易に変更し得る。
いくつかの実施態様において、ヌクレオシドは、天然または修飾核酸塩基および糖を含み得る。適切な天然または修飾核酸塩基および糖は、上記に記載されている。いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、保護基を有し得る。適切な糖および核酸塩基の保護基は、上記に記載されている。ある実施態様において、2つの反応における該ヌクレオシドは同一である。別の実施態様において、該ヌクレオシドは異なる。いくつかの実施態様において、保護基は、上記に記載の方法により除去され得る。
いくつかの実施態様において、結合は、ホスホロチオエート結合である。
立体選択的チオ-ホスフェートのヌクレオシド間結合を形成する方法は、立体選択的CDNの製造に特異的に適用され得る。本明細書において、この製造方法はさらに(c)式(I)-(IIIe)のいずれかの化合物を添加し、それによりCDNを形成することを含む。以下に限らないが、下記に製造方法の実施態様の例を示す。
Figure 2021521197
いくつかの実施態様において、CDNの製造方法は、精製ステップを含む。CDNの精製は、当業者に公知の方法(例えば以下に限らないが、HPLC系の精製方法(例えば以下に限らないが、強アニオン交換HPLC、弱アニオン交換HPLC、逆相HPLC(RP-HPLC)、および疎水性相互作用HPLC(HIC-HPLC)))により行われ得る。
本開示はまた、ホモキラルチオ-ホスフェート系オリゴヌクレオチドおよびその塩の製造方法も提供する。いくつかの実施態様において、該製造方法は次のステップを含む。
a)式(I)-(IIIe)のいずれかの化合物をヌクレオシドと反応させ；
b)ステップ(a)で形成された化合物を別のヌクレオシドと反応させ、それによりヌクレオシド間結合(例えばカップリング)を形成し；
c)式(I)-(IIIe)のいずれかの化合物を添加し；
d)別のヌクレオシドを添加し、それによりそのヌクレオシドと成長オリゴヌクレオチドをカップリングし；および
e)オリゴヌクレオチドが所望の数のヌクレオチドを有するまでステップ(c)および(d)を繰り返す。
いくつかの実施態様において、両反応は、塩基の存在下で行われる。適切な塩基は、上記に記載されている。そのような反応の反応条件もまた、上記に記載されている。当業者は、所望の収量に達するために反応条件(例えば時間、温度、試薬の量など)を容易に変更し得る。
いくつかの実施態様において、ヌクレオシドは、天然または修飾核酸塩基および糖を含み得る。適切な天然または修飾核酸塩基および糖は、上記に記載されている。適切な糖および核酸塩基の保護基は、上記に記載されている。オリゴヌクレオチドの最終的な用途に基づいた適当なヌクレオシドの選択は、当業者の専門技術範囲である。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドは、保護基を有し得る。いくつかの実施態様において、保護基は、上記に記載の方法により除去され得る。ある実施態様において、5'-ヒドロキシ保護基は、各カップリングのステップの後、除去される。ある実施態様において、2'-ヒドロキシ保護基は、オリゴヌクレオチド合成が完了するまで除去されない。ある実施態様において、核酸塩基の保護基は、オリゴヌクレオチド合成が完了するまで除去されない。
ある実施態様において、オリゴヌクレオチドは、ホモキラルホスホロチオエート系オリゴヌクレオチドである。
オリゴヌクレオチドの塩の例には、以下に限らないが、アンモニウム塩、3級アルキルアミン化合物塩(例えば、トリエチルアミン塩)、金属塩(例えばナトリウム塩、カリウム塩、およびマグネシウム塩)などが挙げられる。オリゴヌクレオチドまたはその塩は、水和物または溶媒和物の形体をとり得る。
ある実施態様において、オリゴヌクレオチドは、反復オリゴヌクレオチド合成を用いて溶液中で合成され得る。
ある実施態様において、オリゴヌクレオチドは、反復固相核酸合成方法を用いて合成され得る。一般に、そのような方法の第1ステップは、保護された5'-ヒドロキシルを有する第1ヌクレオシドの固体支持体(本明細書で「レジン」とも称される)への接続であり、常法および当業者に公知の工程を用いて、通常リンカーを介して行われる。(例えば、Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, Ekstein, F. Ed., IRL Press, N.Y., 1991を参照。内容は全て参照により本明細書に援用される。)ヌクレオシドが結合している支持体は、次いで上記に記載の方法を用いて5'位保護基を除去するために処理される。ヌクレオシドが結合している固体支持体は、次いで式(I)-(IIIe)のいずれかに記載の化合物の存在下で第2のヌクレオシドと反応し、それによってヌクレオシド間結合を形成する。
いくつかの実施態様において、該オリゴヌクレオチド合成は、固体支持体を利用して自動合成機で行われる。固体支持体は、固相合成法において固相として機能し得る基質であり、例えば、U.S. Pat. Nos. 4,415,732; 4,458,066; 4,500,707; 4,668,777; 4,973,679; 5,132,418; 4,725,677およびRe. 34,069に記載されているものである。リンカーは、固相合成技術において短い分子として当業者に公知であり、固体支持体を初めのシントン分子の官能基(例えばヒドロキシル基)に結合させる機能がある。適切なリンカーは、例えば、Oligonucleotides and Analogues: A Practical Approach, Ecstein, F., Ed., IRL Press, N.Y., 1991, Chapter 1, pages 1-23に記載されている。
適切な固体支持体は、固相法における使用に適切な、一般に当業者に公知のものも含み、例えばコントロールドポアガラス(CPG)、オキサリル-コントロールドポアガラス(例えば、Alul et al., Nucleic Acids Research 1991, 19, 1527を参照。内容は全て参照により本明細書に援用される。)、TentaGel Support；アミノポリエチレングリコール誘導支持体(例えば、Wright et al., Tetrahedron Letters 1993, 34, 3373を参照。内容は全て参照により本明細書に援用される。)およびPoros；ポリスチレン/ジビニルベンゼンのコポリマーが挙げられる。
いくつかの実施態様において、該オリゴヌクレオチドは、手動で作製され得る。その他の実施態様において、該オリゴヌクレオチドは、自動合成機で作製され得る。ある実施態様において、該合成機は、自動固相ペプチド合成機である。ある実施態様において、該合成機は、自動固相オリゴヌクレオチド合成機である。
オリゴヌクレオチドの伸長は、3'から5'方向に行われ得る。ある実施態様において、該オリゴヌクレオチドは、化学反応の繰り返しサイクルにおいて5'末端の遊離ヒドロキシルから合成される。あるいは、該オリゴヌクレオチドの伸長は、5'から3'方向に行われ得る。ある実施態様において、該オリゴヌクレオチドは、化学反応の繰り返しサイクルにおいて3'末端の遊離ヒドロキシルから合成される。
いくつかの実施態様において、オリゴヌクレオチドの製造方法は、精製ステップを包含する。精製は、当業者に公知の方法(例えば以下に限らないが、AGENCOURT(登録商標)ビーズ(Beckman Coulter Genomics, Danvers, MA)、ポリ-Tビーズ、LNATMオリゴ-T結合プローブ(EXIQON(登録商標)Inc., Vedbaek, Denmark)、またはHPLC系の精製方法(例えば以下に限らないが、強アニオン交換HPLC、弱アニオン交換HPLC、逆相HPLC(RP-HPLC)、および疎水性相互作用HPLC(HIC-HPLC)))により行われ得る。
いくつかの実施態様において、核酸の合成方法は、図2のスキームに従って行われる。
いくつかの実施態様において、完成したオリゴヌクレオチドは、固体支持体から切断される。その切断のステップは、保護官能基の脱保護の前後に行われ得る。ある実施態様において、オリゴヌクレオチドは、精製するために固体支持体に結合されたままであり、次いで精製後に固体支持体から切断される。
いくつかの実施態様において、非加水分解性キャップ構造がオリゴヌクレオチドに付与され得る。キャップ構造の加水分解には、5'-ppp-5'ホスホロジエステル結合の開裂が必要であるため、キャッピング反応中に修飾ヌクレオチドが使用され得る。例えば、ワクシニアキャッピング酵素(New England Biolabs(Ipswich, MA))は、5'-ppp-5'キャップ中でホスホロチオエート結合を合成するために、メーカーの指示に従ってα-チオ-グアノシンヌクレオチドと共に使用され得る。別の修飾グアノシンヌクレオチド(例えばα-メチル-ホスホネートおよびセレノ-ホスフェートヌクレオチド)も使用され得る。
その他の実施態様において、アデニンヌクレオチドの長鎖(ポリ-A尾部)が、安定性を高めるためにオリゴヌクレオチドに付与され得る。ポリ-Aポリメラーゼがアデニンヌクレオチド鎖をオリゴヌクレオチドの3'末端に付与し得る。ポリアデニル化と呼ばれるこの過程は、例えば、約80〜約250の残基長(約80、90、100、110、120、130、140、150、160、170、180、190、200、210、220、230、240または250残基長を含む)となり得るポリ-A尾部を付与する。
本開示の方法により製造され得るジヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドの例は以下に限定されないが、表5に示される。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
ある実施態様において、ジヌクレオチドは、化合物5-13、5-15、および5-16からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、オリゴヌクレオチドは、化合物5-17および5-18からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、ジヌクレオチドは、化合物5-1〜5-10および化合物5-14からなる群から選択される化合物である。別の実施態様において、ジヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドは、化合物5-11、5-12、および5-19からなる群から選択される化合物である。
本開示の方法で製造され得るCDNの例は以下に限定されないが、表6に示される。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
表6の化合物について、XがOである場合、全ての構造は、(R/S-P)の組み合わせであり；およびXがSである場合、全て(R/S-P)の組み合わせである。
(ペプチド/タンパク質-核酸コンジュゲートの製造方法)
別の態様において、本開示は、P(V)系結合を含むペプチド/タンパク質-核酸(例えば、ヌクレオシド、ヌクレオチド、オリゴヌクレオチド、ポリヌクレオチド)コンジュゲートの製造方法を提供する。いくつかの実施態様において、結合はアキラルである。いくつかの実施態様において、結合は、立体選択的チオホスフェート結合である。いくつかの実施態様において、製造方法は、(a)式(I)-(IIIe)のいずれかの化合物を求核剤と反応させ、(b)ステップ(a)において形成された化合物を別の求核剤と反応させ、それにより立体選択的結合を形成するステップを含む。ある実施態様において、求核剤の1つは、核酸(例えば、3'-ヒドロキシおよび5'-ヒドロキシ)により供給され、別の求核剤は、ペプチドまたはタンパク質(例えば、-NH2、-OH、-SH、-C(O)NH2、-C(O)OHなど)により供給される。
いくつかの実施態様において、両反応は、塩基の存在下で行われる。立体選択的チオホスフェート結合を含むオリゴヌクレオチドを製造するために適切な塩基は、上記に記載されている。そのような反応の反応条件もまた、上記に記載されている。当業者は、所望の収量に達するために反応条件(例えば時間、温度、試薬の量など)を容易に変更し得る。
ある実施態様において、該ペプチドは、約50アミノ酸長、約40アミノ酸長、約30アミノ酸長、約20アミノ酸長、約10アミノ酸長、約5アミノ酸長、約2アミノ酸長、または約1アミノ酸長である。いくつかの実施態様において、該ペプチドは、天然に存在するアミノ酸のみを包含する。その他の実施態様において、該ペプチドは、天然および非天然アミノ酸を包含する。
ある実施態様において、該核酸は、ヌクレオシド(天然または修飾)である。別の実施態様において、該核酸は、ヌクレオチド(天然または修飾)である。ある実施態様において、該核酸は、天然に存在するヌクレオシドのみを含むオリゴヌクレオチドである。ある実施態様において、該核酸は、天然または修飾ヌクレオシドを含むオリゴヌクレオチドである。別の実施態様において、該核酸は、修飾ヌクレオシドのみを含むオリゴヌクレオチドである。適切な天然または修飾核酸塩基および糖は、上記に記載されている。コンジュゲートの最終的な用途に基づいた適当なヌクレオシドの選択は、当業者の専門技術範囲である。
適切なタンパク質の例には、以下に限らないが、酵素、抗体、サイトカイン、ホルモン、膜貫通タンパク質などが挙げられる。使用され得るより具体的なタンパク質の例には、以下に限らないが、ポリクローナルおよびモノクローナル抗体(以下に限らないが、例えば完全ヒト抗体；一本鎖抗体；抗体フラグメント；キメラ抗体およびその抗原結合フラグメント；ドメイン抗体およびその抗原結合フラグメント)；インターフェロン(例えば、アルファ、ベータ、ガンマ)；リンホカイン(IL-2、IL-3、IL-4、IL-6)；タンパク質ホルモン(例えばインスリン)；および酵素が挙げられる。
いくつかの実施態様において、ペプチド/タンパク質-核酸の製造方法は、精製ステップを含む。精製は、当業者に公知の方法(例えば以下に限らないが、HPLC系の精製方法(例えば以下に限らないが、強アニオン交換HPLC、弱アニオン交換HPLC、逆相HPLC(RP-HPLC)、および疎水性相互作用HPLC(HIC-HPLC)))により行われ得る。
いくつかの実施態様において、該ヌクレオシドおよび/またはアミノ酸は、保護基を有し得る。適切な保護基は、上記に記載されている。いくつかの実施態様において、保護基は、上記に記載の方法により除去され得る。
本開示の方法により製造され得るコンジュゲートの例には、以下に限定されないが、表7に表される。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
Figure 2021521197
(リン原子におけるキラリティーの制御)
本明細書に記載の方法は、有機リン酸(V)化合物(例えばヌクレオシド間結合)における各リン原子の配置を制御するのに有用である。本明細書に記載の新規試薬は、リン原子におけるキラリティーの具体的な制御を可能にする。例えば、チオホスフェートヌクレオシド間結合を含むオリゴヌクレオチドに関する実施態様において、RPまたはSPのいずれかの配置が各合成サイクルにおいて選択され得て、核酸生成物の全体の3次元構造の制御を可能にする。いくつかの実施態様において、RPまたはSP配置の選択が核酸鎖に特定の3次元超構造を与える。
いくつかの実施態様において、各リン原子は、RP配置を有し得る。その他の実施態様において、各リン原子は、SP配置を有し得る。別の実施態様において、各リン原子は、独立して、RP配置またはSP配置を有し得る。別の実施態様において、リン原子は、核酸全体でRPおよびSPを交互に入れ替わる(例えばRP、SP、RPまたはSP、RP、SP)。他の特定の実施態様において、核酸全体でリン原子は、RP、RP、SP、SP、の繰り返し配置を有する。さらに別の実施態様において、核酸は、あらゆるRP配置を含む。さらに別の実施態様において、核酸は、あらゆるSP部分を含む。いくつかの実施態様において、5'末端および3'末端ヌクレオシド間結合は、SP配置であり、内部ヌクレオシド間結合は、全てRP配置である。本明細書に記載の実施態様は、これらの方法を用いて、配置がどのように制御され得るのかを示す例である。本明細書に記載の核酸(オリゴヌクレオチドおよびCDN)は、これらの配置パターンに限定されない。RPおよびSP配置について、他のバリエーションおよび選択肢が存在し得り、核酸の使用および用途次第であることは、当業者に明白である。
(リン配置の純度決定)
有機リン酸(V)化合物(例えばオリゴヌクレオチド、CDN、ペプチド-オリゴヌクレオチドコンジュゲートなど)における、各リン原子の配置の純度は、従来の分析方法(例えば、以下に限らないが、31P NMR分光法または逆相HPLC)を用いて決定される。本明細書に記載の方法を用いて、ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、80%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、60%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、70%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、85%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、90%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、95%以上ジアステレオマーピュアであり得る。別の実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、98%以上ジアステレオマーピュアであり得る。別の実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、99%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約60%以上、約70%以上、約80%以上、約83%以上、約84%以上、約85%以上、約86%以上、約87%以上、約88%以上、約89%以上、約90%以上、約91%以上、約92%以上、約93%以上、約94%以上、約95%以上、約96%以上、約97%以上、約98%以上、または約99%以上ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約60%〜約99.9%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約60%〜約99%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約60%〜約70%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約70%〜約80%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約80%〜約90%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約80%〜約99%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は約85%〜約95%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約90%〜約95%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、核酸の各リン原子は、約95%〜約99%ジアステレオマーピュアであり得る。ある実施態様において、有機リン酸(V)化合物の各リン原子は、約90%〜約99.9%ジアステレオマーピュアであり得る。
特定の配置に対する他方の配置の割合は、有機リン酸(V)化合物(例えば核酸)の3次元構造、ならびにそれらの安定性に作用する。従って、異なる配置は、核酸の生物学的、化学的、および物理的性質に作用する。ある実施態様において、核酸は、RP配置よりSP配置の割合が多いものを包含する。別の実施態様において、核酸は、SP配置よりRP配置の割合が多いものを包含する。別の実施態様において、核酸は、RP配置とSP配置の割合が同じものを包含する。ある実施態様において、核酸は、0〜20%のRP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、20〜40%のRP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、40〜60%のRP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、60〜80%のRP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、80〜100%のRP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、0〜20%のSP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、20〜40%のSP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、40〜60%のSP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、60〜80%のSP配置を含み得る。ある実施態様において、核酸は、80〜100%のSP配置を含み得る。
本発明は、次の実施例においてさらに定義される。該実施例は説明によってのみ与えられると理解されるべきである。上記の検討および実施例から、当業者は本発明に本質的な特徴を解明することが出来、発明の精神および範囲から離れることなく、本発明を幅広い条件および用途に適応させるために変更および修正を行うことが出来る。その結果、本発明は以下で説明する該実施例によって制限されず、むしろ本明細書に添付の請求項により定義される。
実施例1(a)
リモネン-P(V)試薬の製造
Figure 2021521197
 (チオ-リン酸トリエチルアミンの製造)
ステップ(1)：五硫化二リン(30.0g、132mmol、98wt％)/トルエン(240mL、8mL/g)の混合物に、ペンタフルオロチオフェノール(PFTP)(55g、266.58mmol、97wt％)を21℃で加えた。2分間N2で置換し、反応液を不活性させた。トリエチルアミン(TEA)(39mL、277mmol、99wt％)を0.5時間かけて加えた。反応液の温度は、添加終了後、45℃になった。TEA添加後、反応液は、ほとんど透明の黄色溶液となり、次いで0.5時間以内に徐々に濁った。反応液の温度をゆっくりと(空冷で)0.5時間かけて周囲温度に冷却した。3時間でのサンプルのHPLC分析では、PFTP対生成物の相対面積百分率(「RAP」)は5%未満であることが示された。
ステップ(2)：混合物を周囲温度で一夜撹拌した。スラリーを次いで濾過し、反応容器をトルエン(30mL x 2)で濯ぎ、その溶液でケーキを洗浄した。濾過を素早く行い、ケーキのHPLC分析で生成物のロスがほとんどないことが示された。
ステップ(3)および(4)：濾液を合わせて105g(〜3.5v)になるまで減圧濃縮した。メタノール(180mL、6v)を加え、続いてヘプタン(180mL、6v)を加えた。2相の混合物を15分間撹拌した。水(150mL、5v)を30分かけて加えた。水(35mL)を加えた後、種晶(0.3g、1%)を加えた。種晶を加えた後、1分以内にスラリーが形成された。
ステップ(5)：水の添加完了後、反応液を1時間混合し、濾過した。反応容器を水/メタノール(75mL、3:2)の混合物で濯ぎ、その溶液でケーキを洗浄した。濾過ケーキを水(90mL x 2)、次いでヘプタン(45mL x 2)で洗浄した。ケーキを15時間50℃で減圧乾燥した。チオ-リン酸TEA塩を白色固体(73g、93%粗収率)として回収した。生成物を以下の方法で同定した；1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 8.99-8.60 (m, 1H), 3.40-3.20 (m, 6H), 1.51-1.36 (m, 9H)；およびP NMR δ 99.35。チオ-リン酸TEA塩の製造方法フロー図を下記に示す。
Figure 2021521197
(トランス-リモネンからリモネンP(V)試薬A(化合物1-31)の製造)
ステップ(1)：ビス[(2,3,4,5,6-ペンタフルオロフェニル)スルファニル]-スルフィド-チオキソホスファン トリエチルアンモニウム(1.00g、1.68mmol、100wt％)および(1R,3R,6S)-3-イソプロペニル-6-メチル-7-オキサビシクロ[4.1.0]ヘプタン(0.383g、2.52mmol、100wt％)のジクロロメタン(DCM)(5.0mL、5v)溶液を窒素で置換して不活性させた。トリフルオロ酢酸(0.19mL、2.52mmol、100wt％)を21℃で加えた。混合物を次いで35℃で1時間加熱した。サンプルのHPLC分析では、P-SH SM対生成物のRAPは3%未満であることが示された。
ステップ(2)および(3)：得られた反応混合物を周囲温度に冷却し、ヘキサン(10mL、10v)を反応液(2相混合物)に加えた。得られた溶液を水(5mL)、飽和NaHCO3(10mL)、および10%KH2PO4(3mL)で洗浄した。有機層をMgSO4パッドを通して濾過し、〜3mLになるまで濃縮した。メタノール(5mL)を加え、反応液を〜3mLに濃縮した。メタノール(5mL)の添加を繰り返し、得られた反応混合物を〜3mLに濃縮した。混合物を5〜10℃に冷却し、5分間撹拌した。得られたスラリーを濾過し、反応容器およびケーキを冷メタノール(1mL)で洗浄した。ケーキを乾燥させ、計量した(0.56g、75%粗収率)。生成物を以下の方法で同定した；1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 5.09-4.95 (m, 1H), 4.81-4.66 (m, 1H), 3.07-2.89 (m, 1H), 2.44 (br s, 1H), 2.18-2.09 (m, 2H), 2.09-2.03 (m, 1H), 1.80-1.70 (m, 2H), 1.69-1.67 (m, 6H), 1.61-1.53 (m, 3H)；およびP NMR δ 101.61。リモネンP(V)試薬Aの製造方法フロー図を下記に示す。
Figure 2021521197
(シス-リモネンからリモネンP(V)試薬B(化合物1-33)の製造)
リモネンP(V)Bの製造には、トランス-リモネンをシス-リモネンに置き換える以外はリモネンP(V)Aの製造と同じ方法を用いた。リモネンP(V)試薬Bの製造方法フロー図を下記に示す。
Figure 2021521197
実施例1(b)
Figure 2021521197
 (シス-リモネンからリモネンP(V)試薬B(化合物1-33)の別製造法)
ステップ(1)：チオ-リンTEA塩を、段落[361]-[364]に記載の方法に従って調製した。
チオ-リン酸TEA塩(232g、389.6mmol、100wt％)およびシス-(+)-リモネンオキシド(90g、591.21mmol、100wt％)のクロロホルム(2.5L、0.5〜1%EtOHを安定剤として含有)溶液に、窒素下室温でジブチルホスフェート(DBP)(83mL、439.1mmol、100wt％)を加えた。次いで、ジクロロ酢酸(72mL、872.2mmol、100wt％)をクロロホルム(50mL)の洗浄溶媒と共にすぐに加えた。酸の添加後、反応液の温度を26℃に上げた。得られた混合物を約40分かけて55〜60℃に加温した。2.5時間後、反応液から約8:1の割合で2つのジアステレオマーが得られた。これら2つのジアステレオマーのHPLC保持時間は、それぞれ1.932分および1.993分である。
ステップ(2)：ステップ(1)の反応液を減圧下(200torr)35〜60℃で〜2時間かけて約1.3Lに濃縮した。この混合物に、ヘキサン(2L)を加えた。得られた反応液を素早く10%K2HPO4水溶液(1.5L)で洗浄した。反応液を5分未満で撹拌し、相を分離した。分離後、PFTP、DCA、DBP、およびNEt3を除去するために、有機層を10%KH2PO4水溶液(0.5L)、次いで水(0.5L)で洗浄した。次いで有機層を減圧下(200torr)30〜60℃で2時間かけて0.6Lまで濃縮した。
ステップ(3)：ステップ(2)の反応液に、MeOH(0.75L)を加え、反応液を減圧下30〜60℃で約0.5Lまで濃縮した。次いでMeOH(1.0L)を加え、反応液を減圧下30〜60℃で約1.5Lまで濃縮した。得られたスラリーを約60℃で加熱し、全ての固体が溶解するまで撹拌した。反応液を次いで1時間かけて20℃に冷却した。冷却中、30〜40℃で水(100mL)を加えた。反応液を20℃で15〜24時間撹拌した。得られたスラリーを濾過した。濾液をリサイクルし、新たなスラリーを濾紙に移した。濾過ケーキを10%水/MeOH(100mL)で洗浄し、比率20:1以上(この実験では、ジアステレオマー率(d.r.)は98:2)の2つのジアステレオマーを得た。比率が20:1未満の場合、ケーキをMeOH(10L/ケーキkg)に60℃で再溶解し、続いて20℃に冷却し、水(0.7L/ケーキkg)を加え、反応液を15〜24時間混合した。次いで、濾過を行い、所望の純度でケーキを得た。
ケーキ(125g)を次いでDCM(0.3L)に溶解した。反応液の溶媒をヘプタンに交換し、0.5Lまで蒸留した。20℃で1時間撹拌後、スラリーを濾過した。濾液をリサイクルし、新たなスラリーを濾紙に移した。濾過ケーキをヘプタン(50mL x 2)で洗浄し、50℃で減圧乾燥し、所望の生成物(105g、収率59%、d.r.>99:1；ee >99:1)を得た。2つのエナンチオマーのキラルHPLC保持時間は、それぞれ7.743分および8.199分である。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 5.09-4.95 (m, 1H), 4.81-4.66 (m, 1H), 3.07-2.89 (m, 1H), 2.44 (br s, 1H), 2.18-2.09 (m, 2H), 2.09-2.03 (m, 1H), 1.80-1.70 (m, 2H), 1.69-1.67 (m, 6H), 1.61-1.53 (m, 3H)；およびP NMR δ 101.61
実施例1(b)に従ったリモネンP(V)試薬Bの製造方法フロー図を下記に示す。
Figure 2021521197
実施例2
(リモネンP(V)試薬を用いた立体選択的ホスホロチオエートヌクレオシド間結合の形成)
実施例1のリモネンP(V)試薬は、立体選択的にホスホロチオエートヌクレオシド間結合を形成するために用いられる。
(a)5'-ジ-(p-メトキシフェニル)フェニルメチルエーテル4',4'-ジメトキシトリチル(DMTr)保護基を有するデオキシチミジンヌクレオシドは、リモネンP(V)試薬の(+)SPまたは(-)RP立体異性体いずれかと、25℃で10分間反応させた(1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(DBU)の存在下の実施例1(a)および1(b)を参照)。
(b)得られた反応混合物に、デオキシチミジンヌクレオシドの3'-tert-ブチルジメチルシリルエーテル(TBS)をアセトニトリル(MeCN)、テトラヒドロフラン(THF)およびテトラ-n-ブチルアンモニウムフルオライド(TBAF)の存在下で加えた。反応を25℃で数時間継続し、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を有するジヌクレオチドを得た。HPLC分析では、(S)-リモネンP(V)から(S)-ヌクレオシドダイマー、および(R)-リモネンP(V)から(R)-ヌクレオシドダイマーが得られ、両方の場合において、立体化学が全体的に保持されていた。
実施例3
P(S)2P(V)試薬の製造
メソッドA
O,O-ビス(4-ニトロフェニル)S-水素ホスホロジチオエート トリエチルアンモニウム塩(4.20mmol)のアセトニトリル(0.10M)溶液に、ジブチルホスフェート(16.8mmol)およびエチレンスルフィド(16.8mmol)を加えた。得られた溶液を80℃で18時間加熱した。周囲温度に冷却後、溶媒を減圧除去し、得られた残渣をシリカゲルに吸着させた。生成物をジクロロメタン/ヘキサン(3:1)で溶出した。得られた固体をジクロロメタンに溶解し、ヘキサンから再沈殿させ、表題化合物(3.19mmol、76%収率)を白色固体として得た。得られた反応は次のスキームで示され得る：
Figure 2021521197
ii.メソッドB(一般スキーム)
Figure 2021521197
 ジチオール(1.00当量)をPCl3(3.00当量)に室温で加えた。この混合物を3時間撹拌した(この反応中HClの気泡が見られた)。過剰なPCl3を基本的な蒸留により分離し、この化合物を中間体1が得られるまで減圧下で保管した。
中間体1(1.0当量)/脱酸素化MeCN(0.1M)を、脱離基-H(LG-H、1.0当量)およびDIEA(1.10当量)/乾燥、脱気MeCN(73mL)の撹拌溶液に0℃で滴下して加えた。同温度で1時間撹拌後、、得られた反応混合物を室温に加温し、さらに2時間撹拌した。得られたP(III)中間体を次いでS8(3当量)/CS2(20当量)またはEDITH(1当量)のいずれかで硫化した。P(V)試薬を、アルコール溶媒(IPA、MeOH、nBuOH、EtOHなど)から再結晶により得た。
2-(4-ニトロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-1)
Figure 2021521197
 イラスト1
Figure 2021521197
 ステップ1. 2-クロロ-1,3,2-ジチアホスホラン(2-ii)の合成
塩化リン(III)(32.0mmol)およびエタン-1,2-ジチオール(1当量)を室温で混合し、3時間撹拌した。反応完了後、その混合物を蒸留し、2-クロロ-1,3,2-ジチアホスホラン(5.08g、32.0mmol(定量的収量))を得た。
ステップ2. 2-(4-ニトロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-1)の合成
2-クロロ-1,3,2-ジチアホスホラン(32.0mmol)および4-ニトロフェノール(1当量)/MeCN(0.1M)の溶液に、DIPEA(1.0当量)を室温で加えた。混合物を3時間撹拌し、続いてS8/CS2(8.0当量、24wt%)の溶液を加えた。得られた混合物を3時間撹拌した。得られた粗製生成物を2-プロパノール(約5mL/期待生成物(g))から再結晶させ、2-(4-ニトロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(6.0g、20.4mmol、65%)を得た。
イラスト2
Figure 2021521197
 2-クロロ-1,3,2-ジチアホスホラン(2-ii)の合成
1,2-エタンジチオール(1.00当量、27.34g、24.35mL、290.2mmol)をPCl3(3.00当量、119.57g、75.97mL、870.70mmol)に室温で加えた(5分)。この混合物を3時間撹拌した(この反応中HClの気泡が見られた)。過剰なPCl3を基本的な蒸留により分離し、この化合物を減圧下で保管した。該化合物は、透明な液体として定量的収量(45.8g)で得た。1H NMR(400MHz、CDCl3) δ 3.82-3.65 (m, 2H), 3.65-3.48 (m, 2H). 13C NMR (150 MHz, CDCl3) δ 42.82, 42.80. 31P NMR(244MHz、CDCl3) δ 167.92
2-(4-ニトロフェニルチオール)-1,3,2-ジチアホスホラン-2-スルフィド(化合物2-1)の合成
2-クロロ-1,3,2-ジチオホスホラン(1.0当量、22.9g、145.01mmol)/脱酸素化MeCN(229.5mL)を、4-ニトロフェノール(1.0当量、20.17g、145.01mmol)およびDIEA(1.10当量、20.6g、27.8mL、159.5mmol)/乾燥、脱気MeCN(73mL)の撹拌溶液に-40℃で滴下して加えた。1時間同温度で撹拌後、得られた反応混合物を室温に加温し、さらに2時間30分撹拌した。この混合物をNMR(31Pおよび1H)により分析した。この分析の間、中間体2-(4-ニトロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン(3a2)は安定であった。1H NMR(400MHz、CDCl3) δ 8.03 (d, J=9.2Hz, 2H), 7.03 (d, J=9.2Hz, 2H), 3.17 (m, 4H). 31P NMR(244MHz、CDCl3) δ 160.56
CS2(20当量、175mL)に溶解したS8(3.0当量、13.95g、435.03mmol)の溶液を室温で20分かけてゆっくりと上記混合物に加え、得られた淡黄色不均一な混合物を35℃で一夜激しく撹拌した。
精製および再結晶：IPA(250mL)を室温で加え、次いで均一溶液になるまで加温した。次いでそれを室温に冷却し、3時間撹拌した。沈殿した固体を濾過し、追加のIPA(50mL)で洗浄した。化合物を白色固体として得た(30.0g、70.6%、この化合物は7%の不純物を含むが、次のステップで用いられ得る)。この固体をDCM(50mL)に溶解し、シリカゲル(10g)を加えて減圧乾燥した。後に、この固体をシリカゲルカラムにロードし、混合物をヘキサン:DCM(1:1、600mL)で洗浄した。この濾液を乾燥するまで減圧濃縮し、所望の化合物2-1を白色固体(22.0g、51.8%、Rf.: 0.25(DCM/ヘキサン1:1))として得た。1H NMR(400MHz、CDCl3) δ 8.26 (d, J=9.0Hz, 2H), 7.41 (dd, J=9.1, 2.0Hz, 2H), 3.88-3.66 (m, 4H). 13C NMR(150MHz、CDCl3) δ 155.67および155.58, 145.33および145.32, 125.51および125.49, 122.78および122.75, 42.09. 31P NMR(244MHz、CDCl3) δ 120.04
メソッドBを利用して次の化合物3b〜3tを製造した。
b. 2-フェノキシ-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-2)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとしてフェノールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.40-7.33 (m, 2H), 7.29-7.21 (m, 3H), 3.76-3.66 (m, 2H), 3.64-3.56 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 151.13 (d, J=13.2Hz), 129.65 (d, J=2.4Hz), 125.93 (d, J=2.6Hz), 122.16 (d, J=5.0Hz), 41.95. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.02(p、J=16.3Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H10OPS3 +の[M+H]+理論値：248.9626、実測値：248.9641
c. 2-(フェニルチオ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-3)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとしてベンゼンチオールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.70-7.64 (m, 2H), 7.50-7.45 (m, 1H), 7.44-7.38 (m, 2H), 3.62-3.50 (m, 2H), 3.23-3.12 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 136.64 (d, J=4.7Hz), 130.59 (d, J=4.4Hz), 130.51 (d, J=8.3Hz), 129.36 (d, J=3.7Hz), 42.92. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 108.61. HRMS(ESI-TOF) m/z C8H10PS4 +の[M+H]+理論値：264.9397、実測値：264.9423
d. 2-((4-ニトロフェニル)チオ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-4)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-ニトロベンゼンチオールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 8.26 (d, J=8.0Hz, 2H), 7.83 (dd, J=8.9, 2.4Hz, 2H), 3.77-3.66 (m, 2H), 3.54-3.44 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 149.00 (d, J=4.4Hz), 138.30 (d, J=7.8Hz), 136.81 (d, J=4.6Hz), 124.19 (d, J=3.0Hz), 42.85. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 105.41(tt、J=19.2、16.0Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9NO2PS4 +の[M+H]+理論値：309.9248、実測値：309.9240
e. 2-(4-ブロモフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-5)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-ブロモフェノールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.51-7.45 (m, 2H), 7.15 (d, J=12.0Hz, 2H), 3.77-3.68 (m, 2H), 3.67-3.59 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ150.04 (d, J=13.2Hz), 132.69 (d, J=2.3Hz), 123.94 (d, J=5.2Hz), 119.17 (d, J=3.4Hz), 42.00. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.85 (ddd, J=32.4, 18.5, 14.3Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9BrOPS3 +の[M+H]+理論値：326.8731、実測値：326.8758
f. 2-(4-クロロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-6)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-クロロフェノールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 7.32 (t, J=1.6Hz, 2H), 7.21 (d, J=2.2Hz, 2H), 3.79-3.68 (m, 2H), 3.68-3.59 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 149.51 (d, J=13.2Hz), 131.48 (d, J=3.3Hz), 129.73 (d, J=2.2Hz), 123.53 (d, J=5.2Hz), 41.99. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.94 (ddd, J=32.5, 18.6, 14.4Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9ClOPS3 +の[M+H]+理論値：282.9236、実測値：282.9285
g. 2-((4-クロロフェニル)チオ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-7)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-クロロベンゼンチオールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.58 (d, J=8.5Hz, 2H), 7.39 (dd, J=8.6, 0.9Hz, 2H), 3.68-3.54 (m, 2H), 3.36-3.18 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 137.69 (d, J=4.8Hz), 137.31 (d, J=5.2Hz), 129.65 (d, J=3.8Hz), 128.94 (d, J=8.2Hz), 42.92. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 107.82. HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9ClPS4 +の[M+H]+理論値：298.9008、実測値：298.9022
h. 2-(ペルフルオロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-8)
Figure 2021521197
表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとしてペンタフルオロフェノールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 3.89-3.76 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 142.05 (m),139.26 (m), 138.04 (m), 125.94 (d, J=14.8Hz), 42.41. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 127.31(p、J=17.8Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9ClPS4 +の[M+H]+理論値：298.9008、実測値：298.9022
i. 2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-9)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして2,3,4,5,6-ペンタフルオロベンゼンチオールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 3.81-3.63 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 148.30 (ddt, J=250.7, 11.1, 4.1Hz), 143.27 (dddt, J=259.3, 13.6, 9.0, 4.7Hz), 138.16 (m), 105.78 (m), 43.00. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 103.71. HRMS(ESI-TOF) m/z C8H5F5PS4 +の[M+H]+理論値：354.8926、実測値：354.8935
j. 2-(4-メトキシフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-10)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-メトキシフェノールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.21-7.15 (m, 2H), 6.89-6.83 (m, 2H), 3.80 (s, 3H), 3.73-3.64 (m, 2H), 3.61-3.53 (m, 2H). 13C NMR(126MHz、クロロホルム-d) δ 157.43 (d, J=2.9Hz), 144.64 (d, J=13.4Hz), 123.09 (d, J=4.8Hz), 114.56 (d, J=2.8Hz), 55.71, 41.95. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 120.24 (ddd, J=32.0, 18.0, 13.7Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H12O2PS3 +の[M+H]+理論値：278.9732、実測値：278.9755
k. 2-((4-メトキシフェニル)チオ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-11)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-メトキシベンゼンチオールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 7.61-7.54 (m, 2H), 6.95-6.89 (m, 2H), 3.84 (s, 3H), 3.61-3.49 (m, 2H), 3.22-3.11 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 161.67 (d, J=4.1Hz), 138.22 (d, J=4.4Hz), 121.36 (d, J=7.9Hz), 114.89 (d, J=3.5Hz), 55.58, 42.94. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 110.45-109.95(m). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H12OPS4 +の[M+H]+理論値：294.9503、実測値：294.9527
l. 2-(4-(トリフルオロメチル)フェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-12)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-(トリフルオロメチル)フェノールを用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.64 (d, J=8.4Hz, 2H), 7.42-7.33 (m, 2H), 3.83-3.61 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 152.85 (d, J=13.0Hz), 127.51 (qd, J=33.0, 2.7Hz), 126.45 (p, J=3.6Hz), 123.36 (d, J=272.2Hz), 121.90 (d, J=5.1Hz), 41.42. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.58 (p, J=16.3Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H9F3OPS3 +の[M+H]+理論値：316.9500、実測値：316.9515
m. 4-((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)ベンゾニトリル(化合物2-13)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-ヒドロキシベンゾニトリルを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.75-7.63 (m, 2H), 7.37 (dd, J=8.9, 2.0Hz, 2H), 3.84-3.63 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 154.19 (d, J=12.6Hz), 133.95 (d, J=2.6Hz), 123.12 (d, J=5.3Hz), 118.29 (d, J=1.3Hz), 109.81 (d, J=2.7Hz), 42.05. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.80 (p, J=17.3, 16.7Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H9NOPS3 +の[M+H]+理論値：273.9578、実測値：273.9587
n. 2-(4-フルオロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-14)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-フルオロフェノールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 7.25-7.19 (m, 2H), 7.08-7.01 (m, 2H), 3.78-3.67 (m, 2H), 3.67-3.58 (m, 2H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 160.38 (dd, J=244.9, 3.2Hz), 146.85 (dd, J=13.3, 2.6Hz), 123.61 (dd, J=8.5, 4.9Hz), 116.30 (dd, J=23.6, 2.4Hz), 41.98. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 120.62-120.08(m). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H9FOPS3 +の[M+H]+理論値：266.9532、実測値：266.9544
o. 2-(3,5-ジフルオロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-15)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして3,5-ジフルオロフェノールを用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 6.84 (dt, J=7.6, 2.3Hz, 2H), 6.76-6.66 (m, 1H), 3.84-3.61 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 163.04 (ddd, J=249.4, 14.9, 2.4Hz), 152.08 (q, J=13.7Hz), 106.35 (dd, J=28.6, 5.8Hz), 101.84 (td, J=25.3, 2.4Hz), 42.01. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 119.91 (p, J=16.7, 16.3Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H8F2OPS3 +の[M+H]+理論値：284.9437、実測値：284.9449
p. 2-(3,5-ビス(トリフルオロメチル)フェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-16)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして3,5-ビス(トリフルオロメチル)フェノールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 7.78-7.73 (m, 1H), 7.71 (d, J=1.8Hz, 2H), 3.88-3.67 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 151.33 (d, J=12.4Hz), 133.02 (m), 122.91 (m), 122.83 (d, J=1.8Hz), 119.64 (q, J=3.7Hz), 42.12. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 121.42 (t, J=16.6Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H8F2OPS3 +の[M+H]+理論値：284.9437、実測値：284.9449
q. 2-(3,4,5-トリフルオロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-17)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして3,4,5-トリフルオロフェノールを用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 6.95 (ddd, J=8.0, 5.8, 2.2Hz, 2H), 3.84-3.64 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 151.13 (dddd, J=251.3, 11.4, 5.4, 2.6Hz), 145.45 (m), 138.49 (m), 107.59 (dt, J=19.2, 5.2Hz), 42.03. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 121.62-120.89(m). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H7F3OPS3 +の[M+H]+理論値：302.9343、実測値：302.9361
r. 2-(2,4,6-トリブロモフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-18)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして2,4,6-トリブロモフェノールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.70 (d, J=0.9Hz, 2H), 3.84-3.70 (m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 147.43 (d, J=14.6Hz), 134.93 (d, J=2.7Hz), 119.84 (d, J=5.5Hz), 119.16 (d, J=3.9Hz), 42.16. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 124.00(p, J=18.7Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H7Br3OPS3 +の[M+H]+理論値：482.6941、実測値：482.6960
s. 2-(ペルクロロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物2-19)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして2,3,4,5,6-ペンタクロロフェノールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 3.87-3.75(m, 4H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 145.56 (d, J=14.4Hz), 131.95 (d, J=3.6Hz), 130.92 (d, J=3.8Hz), 128.88 (d, J=5.4Hz), 42.29. 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 125.13(m). HRMS(ESI-TOF) m/z C8H7Br3OPS3 +の[M+H]+理論値：482.6941、実測値：482.6960
t. 2-フェノキシ-1,3,2-ジチアホスフィナン2-スルフィド(化合物2-20)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとしてフェノール、およびジチオールはプロパン-1,3-ジチオールを用いて製造した。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 7.41-7.31 (m, 4H), 7.25-7.20 (m, 1H), 3.53-3.41 (m, 2H), 3.17-3.01 (m, 2H), 2.40-2.30 (m, 1H), 2.21-2.09 (m, 1H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 150.76 (d, J=12.2Hz), 129.76 (d, J=2.2Hz), 125.74 (d, J=2.8Hz), 121.46 (d, J=5.8Hz), 32.63 (d, J=4.5Hz), 24.43 (d, J=5.0Hz). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 82.11(tt, J=26.5, 8.1Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H12OPS3 +の[M+H]+理論値：262.9782、実測値：262.9800
u. 2-(4-ブロモフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスフィナン2-スルフィド(化合物2-21)
Figure 2021521197
 表題化合物は、メソッドB、およびLG-Hとして4-ブロモフェノール、およびジチオールはプロパン-1,3-ジチオールを用いて製造した。1H NMR(600MHz、クロロホルム-d) δ 7.51-7.46 (m, 2H), 7.24-7.20 (m, 2H), 3.48-3.39 (m, 2H), 3.16-3.05 (m, 2H), 2.39-2.31 (m, 1H), 2.20-2.09 (m, 1H). 13C NMR(151MHz、クロロホルム-d) δ 149.71 (d, J=12.2Hz), 132.78 (d, J=2.1Hz), 123.28 (d, J=5.8Hz), 118.89 (d, J=2.8Hz), 32.63 (d, J=4.6Hz), 24.30 (d, J=5.1Hz). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 82.85(ddt, J=26.5, 15.3, 8.0Hz). HRMS(ESI-TOF) m/z C9H11BrOPS3 +の[M+H]+理論値：340.8888、実測値：340.8897
iii. メソッドC
化合物2-9は、メソッドCによっても製造される。下記の工程はその図である。
Figure 2021521197
中間体2-vii：五硫化二リン(20g、90mmol、1.0当量)/ジクロロメタン(100mL)のスラリーに、ペンタフルオロフェノール(33g、180mmol、2.0当量)を窒素雰囲気下で加えた。トリエチルアミン(27mL、189mmol、2.1当量)を次いで20分かけて加えた。この混合物を40℃で加熱し、同温度で5時間保ち、次いで周囲温度に冷却した。MTBEおよびヘキサン(1:1、200mL)の混合物を加えた。得られた混合物を水(200mL x 2)で洗浄し、約60mLになるまで減圧濃縮した。MeOH(100mL)を加え、得られた混合物を約60mLまで濃縮した。MeOH(50mL)およびヘキサン(45mL)を加えた。水(30mL)を次いで25分かけてゆっくりと加えた。得られた混合物を、濾過の前に周囲温度で1.5時間撹拌した。得られた濾過ケーキをMeOH/水(7:3；30mL x2)の混合液、次いでヘキサン(25mL x2)で洗浄し、中間体2-viiを白色固体(38g、76%)として得た。M.p.：103℃. 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.79 (s, br, 1H), 3.29 (qd, J=7.3, 5.3Hz, 6H), 1.42 (t, J=7.3Hz, 9H). 13C NMR(101MHz、クロロホルム-d) δ 143.3, 140.9, 139.3, 136.8, 46.6, 8.5. 31P NMR(162MHz、クロロホルム-d) δ 114.9(s,1P). 19F NMR(376MHz、クロロホルム-d) δ -150.94 (m, 4F), -161.53 (m, 2F), -164.08 (m, 4F). HRMS(M-H)-:C12F10O2PS2 理論値：460.8918、実測値：460.8919
化合物2-9：2-vii(10.0g、17.8mmol、1.0当量)およびエチレンスルフィド(2.32mL、39.1mmol、2.2当量)/ジクロロメタン(60mL)の混合物に、トリフルオロ酢酸(4.08mL、53.3mmol、3.0当量)を周囲温度で加えた。得られた反応混合物を同温度で16時間撹拌し、続いてヘプタン(120mL)および水(100mL)を加えた。20分撹拌後、この混合物を濾過し、得られたチイランポリマーの白色固体を除去した。濾液から分離した有機層を10%K2HPO4水溶液(100mL)およびトリエチルアミン(0.013mL、0.5M%)で10分間処理し、水層を次いで除去した。HPLCまたは31P NMR分析で生成物への転換が完了するまで有機層を10%K2HPO4水溶液(150mL)で再び混合した。単離した有機層をH3PO4水溶液(0.5M、50mL)および10%KH2PO4水溶液(50mL)でそれぞれ洗浄した。有機層を次いで無水MgSO4パッドを通して濾過し、得られた濾液を〜35mLまで減圧濃縮した。濃縮中に固体が形成された。得られたスラリーを0℃に冷却し、0.5時間撹拌し、濾過した。濾過ケーキを冷ヘプタン(10mL x 2)で洗浄し、化合物2-9を白色固体(4.35g、71%収率)として得た。
実施例4
Figure 2021521197
 N-(9-((3aR,4R,6R,6aR)-2,2-ジメチル-6-(((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)メチル)テトラヒドロフロ[3,4-d][1,3]ジオキソール-4-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(化合物4-46)
N-(9-((3aR,4R,6R,6aR)-6-(ヒドロキシメチル)-2,2-ジメチルテトラヒドロフロ[3,4-d][1,3]ジオキソール-4-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(0.50mmol)および2-(4-ニトロフェノキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(1.00mmol)をアセトニトリル(0.10M)に溶解し、0℃に冷却した。これに、4-ジメチルアミノピリジン(DMAP)(1.00mmol)を加え、得られた反応液を1時間この温度で撹拌した。アセトニトリルを減圧除去し、得られた残渣をシリカゲルに吸着させた。生成物をジクロロメタン/アセトン(10:1)で溶出し、表題化合物(0.29mmol、58%収率)を白色固体として得た。この反応液は、次のスキームで示され得る。
Figure 2021521197
実施例5
Figure 2021521197
 O-(((3aR,4R,6R,6aR)-6-(6-ベンズアミド-9H-プリン-9-イル)-2,2-ジメチルテトラヒドロフロ[3,4-d][1,3]ジオキソール-4-イル)メチル)O-((2R,3S,5S)-2-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)S-ハイドロジェンホスホロジチオエート(化合物5-13)
1-((2S,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(1.00mmol)およびN-(9-((3aR,4R,6R,6aR)-2,2-ジメチル-6-(((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)メチル)テトラヒドロフロ[3,4-d][1,3]ジオキソール-4-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(0.50mmol)を、アセトニトリル(0.10M)に溶解した。これにDBU(1.50mmol)を加え、得られた反応液を1時間撹拌した。アセトニトリルを減圧除去し、得られた残渣をシリカゲルに吸着させた。生成物をジクロロメタン/メタノール(10:1)で溶出し、表題化合物(0.34mmol、68%収率)を白色固体として得た。得られた反応液は、次のスキームで示され得る。
Figure 2021521197
実施例6
Figure 2021521197
1-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((4,5-ジメチル-2-オキシド-1,3,2-オキサチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(化合物3-127)
1-((2S,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-((4,5-ジメチル-2-スルフィド-1,3,2-オキサチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(0.26mmol)のアセトニトリル(0.10M)溶液に、セレンジオキシド(0.52mmol)を加えた。得られた反応液を1時間撹拌した。得られた反応液をセライト濾過し、溶媒を減圧除去し、表題化合物(0.25mmol、96%収率)を白色固体として得た。得られた反応液は、次のスキームで示され得る。
Figure 2021521197
実施例7
Figure 2021521197
 N-(tert-ブトキシカルボニル)-O-((2S,3aS,5R,7aS)-7a-メチル-5-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)-L-セリルグリシル-L-アラニン(化合物7-8)
ペプチドが結合したレジンをFmoc-SPPSの基本条件下で調製した。このペプチド(0.010mmol)が結合したレジンに、(2S,3aS,5R,7aS)-7a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-5-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィド(0.10mmol)、続いてトリエチルアミン(0.10mmol)、DMAP(0.00010mmol)およびアセトニトリル(0.10M)を加えた。これを2時間撹拌した。基本的な洗浄およびレジンからの切断に次いで、濃縮後にリン酸化ペプチドを単離した。
実施例8
Figure 2021521197
 O-((S)-(((2R,3S,5R)-2-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)(メルカプト)ホスホリル)-N-(tert-ブトキシカルボニル)-L-セリルグリシル-L-アラニン(化合物7-1)
ペプチドが結合したレジンをFmoc-SPPSの基本条件下で調製した。ペプチドが結合したレジン(0.010mmol)に、1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((2S,3aR,5S,7aR)-7a-メチル-5-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(0.030mmol)、続いてDBU(0.03mmol)およびアセトニトリル(0.10M)を加えた。これを3時間撹拌した。基本的な洗浄およびレジンからの切断に次いで、濃縮後にリン酸化ペプチドを単離した。
実施例9
五量体(化合物5-15)の合成
Figure 2021521197
 O-((2R,3R,4R,5R)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-2-((((((2R,3R,4R,5R)-5-(6-アミノ-7,8-ジヒドロ-9H-プリン-9-イル)-2-((((((2R,3S,4R,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-4-フルオロ-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)-4-フルオロテトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-4-フルオロテトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-4-フルオロテトラヒドロフラン-3-イル)O-(((2R,3S,5R)-3-ヒドロキシ-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-2-イル)メチル)ホスホロチオエート
ステップ1：二量体9-iiiの合成
Figure 2021521197
 固相ペプチド合成機(SPPS)容器中のdT-Q-CPG(9-i、5μmol、98mg)が結合した脱保護レジンに、乾燥P(V)試薬(9-ii)(20当量)を加えた。試薬(9-ii)は実施例2(a)で合成した中間体と類似の手順で製造し、保護デオキシチミジンを保護デオキシアデニンヌクレオシドに置換した。次いでDBU(40当量)およびMeCN(レジンと結合した基質に対して0.1M)を容器に加えた。この容器をシェーカーで6時間撹拌した。得られたレジンをDCA/DCM(体積比3:97)で脱保護し、二量体9-iiiが結合したレジンを得た。
ステップ2：三量体9-ivの合成
Figure 2021521197
このステップにおいて、三量体9-ivが結合したレジンの製造方法は、出発物質が二量体9-iiiの結合したレジンであること以外は上記ステップ1と同じであり、得られた反応液はシェーカーで12時間撹拌した。
ステップ3：四量体9-vの合成
Figure 2021521197
 このステップにおいて、四量体9-vが結合したレジンの製造方法は、出発物質が三量体9-ivの結合したレジンであること以外は上記ステップ1と同じであり、得られた反応液をシェーカーで5時間撹拌した。
ステップ4：五量体(化合物5-15)の合成
Figure 2021521197
 レジンと結合した五量体(化合物5-15)の製造方法は、出発物質が四量体9-vの結合したレジンであること以外は上記ステップ1と同じであり、得られた反応液をシェーカーで4.5時間撹拌した。五量体(化合物5-15)と結合したレジンが得られた後、五量体(化合物5-15)をレジンからNH4OH(28%水溶液)で5分間切断した。得られた粗製物質をWaters Autopurification LC(Waters BEH C18カラム(19x150 mm、5μm)；0.1Mギ酸アンモニウム水溶液:アセトニトリルのグラジエント(30mL/分)；周囲温度)で精製した。HPLC分析では、二量体、三量体、四量体、および五量体の予期された混合物を示した。二量体、三量体、四量体、および五量体のHPLCの保持時間は、それぞれ3.86分、4.52分、5.54分、6.71分である。
実施例10
五量体(化合物5-16)の合成
Figure 2021521197
 O-((2R,3S,5R)-2-((((((2R,3R,5R)-2-((((((2R,3S,5R)-5-(4-アミノ-2-オキソピリミジン-1(2H)-イル)-2-((((((2R,3R,5R)-5-(2-アミノ-6-オキソ-1,6-ジヒドロ-9H-プリン-9-イル)-2-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)スルフィドホスホリル)オキシ)メチル)-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-3-イル)O-(((2R,3S,5R)-3-ヒドロキシ-5-(5-メチル-2,4-ジオキソ-3,4-ジヒドロピリミジン-1(2H)-イル)テトラヒドロフラン-2-イル)メチル)ホスホロチオエート(化合物5-16)
Figure 2021521197
 化合物5-16の製造方法は、各ステップにおいて対応するヌクレオチド試薬に変わること以外は化合物5-15の製造方法と同じであり、四量体が結合したレジンを得るための反応液をシェーカーで3時間撹拌した。
実施例11
CDN(化合物6-22のアンモニウム塩)の立体選択的合成
Figure 2021521197
 (2R,3R,3aR,7aR,9R,10aS,14aR)-2-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-3-フルオロ-9-(2-(イソブチルアミノ)-6-オキソ-1,6-ジヒドロ-9H-プリン-9-イル)オクタヒドロ-2H,7H-ジフロ[3,2-d:3',2'-j][1,3,7,9]テトラオキサ[2,8]ジホスファシクロドデセン-5,12-ビス(チオレート)5,12-ジオキシド
ステップ1：CDN前駆体11-iiiの合成
Figure 2021521197
 11-i(1当量)/DMFを11-ii(2当量)およびDBU(4.0当量)と共に混合した。混合物を25℃で10分間撹拌した。反応終了後、トリエチルアンモニウムフルオライド(10%/v)を加え、得られた溶液を12時間撹拌し、HPLCで精製した粗製11-iiiを得た。HPLCの保持時間は、3.56分である。質量分析で確認された構造は、精製中も安定な単量体(11-iii)であった。
ステップ2：CDN(化合物6-22のアンモニウム塩)の立体選択的合成
Figure 2021521197
 11-iii/MeCN溶液(0.1M)に、10-3(3当量)およびDBU(15.0当量)を加えた。得られた溶液を25℃で20分間撹拌した。反応終了後、この混合物をHPLCで精製し、CDNの2つのジアステレオマーを7:1の比率で得た。2つのジアステレオマーの構造は、質量分析により確認した。
上記の反応に加え、塩基および溶媒のスクリーニングを行った。これにより、NMI、イミダゾール、DBU、DMAP(6.0当量)、DMAP(1.5当量)は、全て適切な塩基であること、およびTHF、DMF、およびMeCNは適切な溶媒であることが分かった。
実施例12
P(S)2試薬を用いた有機チオホスフェートの合成
a. 1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(化合物4-43)
Figure 2021521197
 化合物4-43の製造スキーム
Figure 2021521197
12-i(0.5mmol)および化合物2-1(1.0当量)/MeCN(0.1M)の溶液に、DMAP(1.5当量)を加えた。反応液を室温で16時間撹拌した。フラッシュカラムクロマトグラフィー(1:5 アセトン:DCM)で単離し、化合物4-43(0.16g、54%)を得た。1H NMR(600MHz、CDCl3) δ 8.57 (s, 1H), 7.74-7.60 (m, 4H), 7.54-7.34 (m, 7H), 6.46 (s, 1H), 5.55 (s, 1H), 5.30 (s, 1H), 4.31 (s, 1H), 3.97 (s, 2H), 3.66 (s, 4H), 2.61 (s, 1H), 2.29 (s, 1H), 1.61 (d, J=1.2Hz, 4H), 1.10 (s, 10H). 13C NMR(151MHz、CDCl3) δ 163.56, 150.44, 135.76, 135.39, 135.02, 132.85, 131.95, 130.42, 130.27, 128.30, 128.19, 111.80, 85.66, 85.63, 84.55, 79.20, 79.14, 63.90, 41.98, 41.73, 39.44, 39.41, 27.16, 19.54, 12.18. 31P NMR(162MHz、CDCl3) δ 122.41 (h, J=15.9Hz). M+ 635.189；保持時間: 8.173分
b. 1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(化合物4-1)
Figure 2021521197
 バイアルをフレームドライし、減圧下で冷却した。次いでバイアルに風船をつけて不活性アルゴン雰囲気下に置いた。NO2-ジチアホスホラン(化合物2-1、2.0当量、16.5mg、0.056mmol)および1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(1.0当量、10.0mg、0.028mmol)を上記フラスコに加えた。無水アセトニトリル(0.1M、0.28mL)を加え、混合物を5分間撹拌した。DMAP(1.5当量、5.15mg、0.042mmol)を加え、この混合物を室温で一夜撹拌した。得られた粗製生成物をTLCで直接精製し(溶媒；ヘキサン：DCM(10%DCM/ヘキサン))、白色固体(8mg、56%、Rf: 0.585(20%DCM/ヘキサン))を得た。1H NMR(600MHz、CDCl3) δ 8.35 (s, 1H), 7.53 (q, J=1.2Hz, 1H), 6.42 (dd, J=9.3, 5.2Hz, 1H), 5.35 (dd, J=13.9, 5.8Hz, 1H), 4.41-4.29 (m, 1H), 3.92 (dd, J=7.7, 2.1Hz, 2H), 3.79-3.62 (m, 4H), 2.53 (dd, J=13.9, 5.3Hz, 1H), 2.18-2.09 (m, 1H), 1.92 (d, J=1.3Hz, 3H), 0.94 (s, 9H), 0.15 (d, J=1.0Hz, 6H). 13C NMR(151MHz、CDCl3) δ 163.49, 150.33, 135.17, 111.49, 85.91, 85.88, 84.86, 79.80, 79.74, 63.40, 42.05, 41.70, 39.52, 39.48, 26.11, 18.51, 12.65, -5.20. 31P NMR(162MHz、アセトン) δ 122.59
c. N-(1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(化合物4-44)
Figure 2021521197
 バイアルをフレームドライし、減圧下で冷却した。次いでバイアルに風船をつけて不活性アルゴン雰囲気下に置いた。NO2-ジチアホスホラン(化合物2-1、2.0当量、13.2mg、0.0449mmol)およびN-(1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(1.0当量、10.0mg、0.0225mmol)を上記フラスコに加えた。無水THF(0.1M、0.22mL)を加え、混合物を5分間撹拌した。DBU(1.5当量、5.0μL、0.0337mmol)を加え、混合物を室温で一夜撹拌した。得られた粗製生成物をTLCで直接精製し(溶媒；ヘキサン：DCM(20%DCM/ヘキサン))、白色固体(6mg、44.6%、Rf: 0.451(20%DCM/ヘキサン))を得た。1H NMR(600MHz、CDCl3) δ 8.36 (d, J=7.5Hz, 1H), 7.91 (d, J=7.7Hz, 2H), 7.62 (t, J=7.5Hz, 1H), 7.55 (s broad, 1H), 7.52 (s, J=7.5Hz, 2H), 6.44 (dd, J=7.9, 5.6Hz, 1H), 5.34 (ddt, J=13.9, 6.2, 2.0Hz, 1H), 4.47 (d, J=2.1Hz, 1H), 3.95 (dd, J=4.6, 2.1Hz, 2H), 3.78-3.62 (m, 4H), 2.91-2.79 (m, 1H), 2.25-2.14 (m, 1H), 0.92 (s, 9H), 0.14 (d, J=2.1Hz, 6H). 13C NMR(151MHz、CDCl3) δ 162.24, 144.94, 133.45, 129.25, 127.69, 126.32, 115.92, 87.40, 86.80, 86.77, 79.46, 79.40, 63.09, 42.14, 41.59, 41.10, 41.06, 29.85, 26.07, 18.46, -5.27, -5.29. 31P NMR(1H decoupled、162MHz、CDCl3) δ 122.82-122.28(m). 31P NMR (1H decoupled, 162 MHz, CDCl3) δ 122.61
d. N-(9-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)-4-((2-スルフィド-1,3,2-ジチアホスホラン-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(化合物4-45)
Figure 2021521197
 バイアルをフレームドライし、減圧下で冷却した。次いでバイアルに風船をつけて不活性アルゴン雰囲気下に置いた。NO2-ジチアホスホラン(化合物2-1、4.0当量、26mg、0.0886mmol)およびグアニン-C(O)iPr(1.0当量、10.0mg、0.0222mmol)を上記フラスコに加えた。無水アセトニトリル(0.1M、0.22mL)を加え、混合物を5分間撹拌した。DBU(1.5当量、7.0μL、0.0332mmol)を加え、混合物を室温で一夜撹拌した。得られた粗製生成物をTLCで直接精製し(溶媒；ヘキサン：DCM(20%DCM/ヘキサン)、透明の油状物(5.8mg、43%、Rf: 0.35(20%DCM/ヘキサン))を得た。1H NMR(600MHz、CDCl3) δ 11.97 (s, 1H), 8.41 (s, 1H), 7.98 (s, 1H), 6.25 (s, 1H), 5.69-5.58 (m, 1H), 4.32 (d, J=3.1Hz, 1H), 3.85 (d, J=3.0Hz, 2H), 3.80-3.63 (m, 4H), 2.84 (d, J=6.8Hz, 1H), 2.74 (d, J=3.8Hz, 1H), 2.63 (s, 1H), 1.29 (dd, J=6.9, 2.1Hz, 6H), 0.86 (s, 9H), 0.05 (d, J=21.2Hz, 6H). 13C NMR(151MHz、CDCl3) δ 178.18, 155.45, 147.62, 147.45, 137.41, 121.73, 85.84, 85.80, 84.05, 78.76, 78.71, 62.87, 42.02, 41.92, 39.32, 39.29, 36.86, 31.09, 26.05, 19.15, 19.12, 18.52, -5.26, -5.33. 31P NMR(1H coupled、162MHz、CDCl3) δ 123.16 (dq, J=31.9, 16.0Hz). 31P NMR(1H decoupled、162MHz、CDCl3) δ 123.21
e. 2-(((2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(((tert-ブチルジメチルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-イル)オキシ)-1,3,2-ジチアホスホラン2-スルフィド(化合物4-19)
Figure 2021521197
 バイアルをフレームドライし、減圧下で冷却した。次いでバイアルに風船をつけて不活性アルゴン雰囲気下に置いた。NO2-ジチアホスホラン(化合物2-1、2.0当量、16mg、0.0548mmol)およびアデニン(1.0当量、10.0mg、0.0274mmol)を上記フラスコに加えた。無水ジクロロメタン(0.1M、0.27mL)を加え、この混合物を5分間撹拌した。DMAP(1.5当量、5.0mg、0.0411mmol)を加え、混合物を室温で一夜を撹拌した。得られた粗製生成物をTLCで直接精製し(溶媒；ヘキサン：DCM(40%DCM/ヘキサン)、透明な油状物(化合物4-19、7.0mg、49%、Rf: 0.207(40%DCM/ヘキサン))を得た。1H NMR(600MHz、CDCl3) δ 8.35 (s, 1H), 8.18 (s, 1H), 6.56 (d, J=1.5Hz, 1H), 5.71 (s, 2H), 5.49 (d, J=14.0Hz, 1H), 4.43 (d, J=2.1Hz, 1H), 3.92 (d, J=2.9Hz, 2H), 3.71 (dd, J=16.0, 1.7Hz, 4H), 2.85-2.67 (m, 2H), 0.93 (s, 9H), 0.12 (s, 7H). 13C NMR(151MHz、CDCl3) δ 155.41, 153.05, 149.86, 138.84, 119.94, 86.26, 86.23, 84.31, 79.87, 79.81, 63.37, 41.92, 41.85, 40.34, 40.31, 26.14, 18.55, -5.20, -5.29. 31P NMR(1H coupled、162MHz、CDCl3) δ 122.45 (h, J=15.4Hz). 31P NMR(1H decoupled、162MHz、CDCl3) δ 122.50
実施例13(a)
P(V)-DMT-T16(全てR)(化合物5-17)の合成
Figure 2021521197
 dT-Q-CPG500オリゴヌクレオチド合成レジン(Glen Research, 20-2030-XX)を用いて、BioAutomation MerMade MM12オリゴヌクレオチド合成機で2.5μmoleスケールで合成を行った。各合成サイクルで次のパラメーターを用いた。
Figure 2021521197
(S)-ΨdTは、1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((2S,3aS,6R,7aS)-3a-メチル-6-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオンであり、次の構造：
Figure 2021521197
 を有する試薬をいう。
合成終了後、カラムはアセトニトリル洗浄を2回以上行った。このカラムを合成機から外した。カラムから20分間空気を抜き取った。カラム中のレジンを飽和水酸化アンモニウム水溶液(3 x 1mL)で処理し、シンチレーションバイアル(20mL)に溶出させた。溶離剤を減圧濃縮した。得られた残渣をLCMS(Aquity UPLC Oligo BEH、C18、1.7μ、2.1 x 50mm；溶媒 A: 97.5%水/2.5%メタノール、0.2M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；溶媒 B: 40%水/60%メタノール、0.2M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；10%Bの定組成で1分以上、次いで10%B〜60%Bで6分かけて溶出後、60%B〜100%Bで0.5分かけて溶出し、100%Bで1.5分間溶出、全て1mL/分、65℃)で分析した。m/3-=1782(rf 6.5分、262nmでの純度34%)
実施例13(b)
P(V)-T16(全てR)(化合物5-18)の合成
Figure 2021521197
 dT-Q-CPG500オリゴヌクレオチド合成レジン(Glen Research, 20-2030-XX)を用いて、BioAutomation MerMade MM12オリゴヌクレオチド合成機で2.5μmoleスケールで合成を行った。各合成サイクルで次のパラメーターを用いた。
Figure 2021521197
合成終了後、カラムは2回以上脱トリチル化ステップを行い、続いて2回以上アセトニトリル洗浄を行った。このカラムを合成機から外した。カラムから15分間空気を抜き取った。レジンは2ドラムシンチレーションバイアルに回収した。飽和水酸化アンモニウム水溶液(2mL)をこのバイアルに加え、次いで堅く蓋をした。この混合物を室温で1時間静置し、次いで濾過した。濾過ケーキを50%エタノール水で2回洗浄し、濾液を減圧濃縮した。得られた残渣を水(1mL)に溶解し、次いで分取HPLC(Waters XBridge、C18、5μ、19 x 100mm；溶媒 A: 98%水/2%メタノール、0.4M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；溶媒 B: 40%水/60%メタノール、0.4M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；グラジエント：10%B-A〜80%B-Aで25分かけて溶出、20mL/分)で精製した。主成UVピーク(220nm)のフラクションを合わせた。フラクションを合わせて遠心エバポレーターで〜10mLになるまで濃縮し、2つの等量の溶液に分けた。各溶液に0.1M水酸化ナトリウム(1mL)および10mM水酸化ナトリウム、2M塩化ナトリウム(3mL)を加え、それぞれ一部を遠心エバポレーターで1時間濃縮し、次いでゲル濾過(HiPrep 26/10 Desalting、CV 53mL x 2 カラム(106mL)；100%水の定組成で1.5CV溶出)により脱塩を行った。フラクションを含む生成物を合わせて、単離し、凍結乾燥した。所望の生成物をふわふわの白色固体(1.3%収率)として単離した。LCMS(Aquity UPLC Oligo BEH、C18、1.7μ、2.1x50 mm；溶媒 A: 97.5%水/2.5%メタノール、0.2M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；溶媒 B: 40% 水/60% メタノール、0.2M1,1,1,3,3,3-ヘキサフルオロ-2-プロパノール、16mmolトリエチルアミン；10%B-Aの定組成で0.5分かけて溶出後、10%B-A〜35%B-Aを2.25分かけて溶出し、次いで35%B-A〜100%Bに0.5分かけて溶出、1mL/分、65℃) m/3-=1680.8(rf 2.74分、>95%純度)
実施例13(c)
17-mer TAGTCGACTTGGCCAAT(化合物5-18)の合成
Figure 2021521197
 dT-Q-CPG500オリゴヌクレオチド合成レジン(Glen Research, 20-2030-XX)を用いて、BioAutomation MerMade MM12オリゴヌクレオチド合成機で2.5μmoleスケールで合成を行った。この17-mer TAGTCGACTTGGCCAATは、存在し得る全てのジヌクレオチド結合(すなわちA-C、C-A、A-Gなど)を含むように設計された。各合成サイクルで次のパラメーターを用いた。
Figure 2021521197
ここで「(S)-Ψ-ヌクレオシド/溶媒」は、
デオキシアデノシンの場合：化合物3-128(実施例16に記載)/アセトニトリル;
デオキシ(5-メチル)シトシンの場合：化合物3-129(実施例16に記載)/アセトニトリル;
デオキシグアノシンの場合：化合物3-130(実施例16に記載)/イソブチロニトリル;
デオキシチミジンの場合：化合物3-131(実施例16に記載)/アセトニトリル
をいう。
合成終了後、支持体を有するカラムを合成機から外し、数分間空気を抜き取って乾燥させた。このカラムからリンカーを切断するために濃縮水酸化アンモニウム(3 x 1mL)で処理し、溶離剤を赤いキャップをした耐圧バイアルに回収した。このバイアルを55℃で一夜加熱し、塩基の保護基を切断した。混合物を濾過し、濾液をBiotage V10エバポレーターで濃縮した。サンプルをLC/MS(A 溶媒=97.5%水/2.5%MeOH(0.2M HFIP/0.016M TEA含有)、B 溶媒= 40%水/60%MeOH(0.2M HFIP/0.016M TEA含有)およびAcquity UPLC Oligo BEH C18 2.1 X 50mm 1.7μmカラム、グラジエント：10〜100%を3.25分かけて溶出)を用いて分析した。M-3/3(1932.45)、M-4/4(1449.2)およびM-5/5(1159.05)のイオンが観測され、主成成分として17-merの存在が示された。
実施例14(a)
スチレンオキシド(S)-P(V)試薬(化合物1-13)の合成
Figure 2021521197
 反応容器(2.5L、Chemglass)に、ホスフェートTEA塩(100g、1.0当量)、ヘキサン(1L)およびイソプロピルアセテート(500mL)を加えた。(R)-スチレンオキシド(28.3g、1.4当量)を次いで加え、続いてジクロロ酢酸(86.6g、4当量)を加えた。得られた混合物を周囲温度で反応が完了するまで撹拌した。混合物を次いでヘキサン(200mL)および水(400mL)で洗浄した。分離した有機層を次いで10%K2HPO4水溶液(400mL)で洗浄し、MgSO4パッドに通した。得られた濾液を次いでMeOHに溶媒置換した。反応液の体積を0.35Lに調製した後、反応液を0℃に冷却し、シードベッドが形成されるまで撹拌した。水(20mL)を反応液に加え、得られたスラリーを0℃で1時間撹拌し、濾過した。濾過ケーキを冷イソプロピルアルコール(0℃、60mL)で洗浄し、真空乾燥した。得られた生成物を単離した(45-53%収率、98APおよび99ee%)。
再結晶：乾燥したケーキ(20g)を周囲温度でジクロロメタン(80mL)に溶解した。この溶液をヘプタンに溶媒置換し、最終反応液体積を約60mLに調製した。得られた混合物を0℃に冷却し、1時間撹拌し、濾過した。この濾液は、スラリーの移動が完了するまで反応容器に再び戻した。ケーキを次いで冷ヘプタン(0℃、20mL)で洗浄し、50℃で真空乾燥した。回収収率は、一般に90%であった。UHPLCでの保持時間：1.81分。キラルHPLCでの保持時間：14.60分。
実施例14(b)
スチレンオキシド(R)-P(V)試薬(化合物1-14)の製造
Figure 2021521197
 スチレンオキシド(R)-P(V)試薬(化合物1-14)の製造方法は、反応に用いるスチレンオキシドが(S)異性体であること以外は化合物1-13の製造方法と同じである。化合物1-14のキラルHPLCでの保持時間は12.74分である。
化合物1-13および1-14のジアステレオマーは、各反応の副成生成物であった。(S)-スチレンオキシドのジアステレオマーのキラルHPLC保持時間は、12.09分である。(R)-スチレンオキシドのジアステレオマーのキラルHPLC保持時間は12.42分である。
実施例15
ホスホジエステル生成物の製造
Figure 2021521197
 リンチオ硫酸塩と類似の方法で、ホスホジエステル生成物は製造され得る。この場合、例えば上記に記載の化合物1-10または1-11が試薬として用いられた。脱離基を有するリン(V)試薬を第1カップリングパートナー(例えば15-iiのようなヌクレオシド)に塩基条件下で充填した。これによりリンのジアステレオマーの中間体混合物(例えば15-iii)として付加化合物を得た。この付加化合物を続いて次のカップリングパートナー(例えば15-ivのようなヌクレオシド)と塩基条件下で反応させ、カップリングしたホスホジエステル生成物(化合物5-14)を得た。ジヌクレオチド製造の詳細な工程は以下に記載する。
a. 試薬製造(化合物1-10)
ホスホリルクロライド(0.173g、1.00当量、1.15mmol)/トルエン(3.5mL)の溶液に、3-メルカプト-1-プロパノール(0.100mL、1.15mmol)、続いてトリエチルアミン(0.32mL、2.00当量、2.30mmol)を周囲温度で加えた。得られた反応混合物を1時間撹拌し、TEA(0.16mL、1.0当量)、続いて4-ニトロフェノール(0.160g、1.00当量、1.15mmol)を加えた。16時間混合後、反応混合物を濾過した。反応容器をトルエン(3mL)で濯ぎ、その溶液でケーキを洗浄した。濾液を合わせて濃縮し、得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、化合物1-10を白色固体として得た(81mg、25%)。 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.30 (d, J=8.8Hz, 2H), 7.48 (dd, J=8.8, 1.1Hz, 2H), 4.77-4.67 (m, 2H), 3.25-3.14 (m, 1H), 3.13-2.97 (m, 1H), 2.45-2.24 (m, 1H), 2.19-2.07 (m, 1H). LCMS m/z(M+H)+ 276
b. 試薬製造(化合物1-11)
3-メルカプト-1-プロパノール(0.500mL、5.75mmol)/トルエン(15mL)の溶液に、ホスホリルクロライド(0.865g、1.00当量、5.75mmol)、続いてTEA(1.78mL、2.20当量、12.7mmol)を0℃で加えた。反応混合物を0℃で1時間撹拌し、次いで周囲温度に加温し、1時間混合した。TEA(0.89mL、1.1当量)を加え、続いてペンタフルオロチオフェノール(1.15g、1.0当量、5.75mmol)を加えた。得られた混合物を6時間撹拌し、濾過した。この濾液を濃縮し、得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、化合物1-11を白色固体(0.23g、13%)として得た。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 4.83-4.60 (m, 2H), 3.48-3.32 (m, 1H), 3.25-3.07 (m, 1H), 2.37-2.22 (m, 1H), 2.19-2.08 (m, 1H). LCMS m/z(M+H)+ 337
c. 化合物1-10の充填
化合物1-10(80mg、1.5当量、0.29mmol)および15-ii(85mg、0.18mmol)のTHF(1.7mL)溶液に、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.08mL、3.1当量、0.5mmol)を周囲温度で加えた。16時間撹拌後、得られた反応混合物を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、15-iiiを白色固体(45mg、41%)として得た。1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 8.67-8.42 (m, 1H), 7.67-7.51 (m, 4H), 7.47-7.26 (m, 7H), 6.48-6.28 (m, 1H), 5.35-5.12 (m, 1H), 4.59-4.35 (m, 2H), 4.33-4.13 (m, 1H), 4.00-3.77 (m, 2H), 3.07-2.76 (m, 2H), 2.67-2.52 (m, 1H), 2.33-2.05 (m, 2H), 2.02-1.84 (m, 1H), 1.52 (d, J=16.8 Hz, 3H), 1.03 (s, 9H). LCMS m/z(M+H)+ 617
d. 化合物1-11の充填
化合物1-11(50mg、2当量、0.15mmol)および15-ii(35mg、0.073mmol)のアセトニトリル(0.7mL)溶液に、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(0.022mL、2.0当量、0.15mmol)を0℃で加えた。20分後、得られた反応混合物を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、15-iiiを白色固体(30mg、66%)として得た。
e. カップリング
15-iii(20mg、0.032mmol)および15-iv(31mg、2.0当量、0.065mmol)のTHF(0.6mL)溶液に、カリウムt-ブトキシド/THF(1.0 M、0.11mL、3.5当量)の溶液を周囲温度で加えた。20分後、酢酸(10μL、5当量)を加え、得られた反応混合物を濃縮した。得られた残渣をシリカゲルクロマトグラフィーで精製し、化合物5-14を白色固体(17mg、53%)として得た。 LCMS m/z(M+H)+ 1023
実施例16
付加ヌクレオシドの合成
1. 5'-O-保護ヌクレオシドの合成(基本手順1)
Figure 2021521197
 全ての5'-OTBDPSヌクレオシドは、市販で入手可能な化合物から次の工程に従って製造した。
1.1 中間体16-i
Figure 2021521197
 2'-デオキシアデノシン(15.0g、58.5mmol、1.0当量)およびイミダゾール(9.96g、146mmol、2.5当量)を乾燥ピリジン(100mL)に溶解し、減圧濃縮した。得られた混合物を無水DMF(75mL)に溶解し、TBDPSCl(16.3mL、61.4mmol、1.1当量)を加え、この混合物を2時間撹拌した。この溶液を減圧濃縮し、次いでEtOAc(500mL)に溶解し、水(2 x 250mL)、次いで食塩水(250mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濾過し、減圧濃縮した。得られた濃厚な油状物をシリカゲル用いてフラッシュカラムクロマトグラフィー(0%〜5%MeOH/EtOAc)で精製し、生成物16-i(18.0g、63%)を白色固体として得た。スペクトルの特徴は、文献(Krishnakumar, K., et al., Synlett 7, 1055-1058 (2010))と一致した。
1.2 中間体16-ii
Figure 2021521197
 中間体16-iiを中間体16-ivと同じプロトコルで2'-デオキシシチジン(15.0g)から製造した。反応終了をTLCにより評価後、この混合物を減圧濃縮した。得られた粗製シロップをEtOAc(500mL)に溶解し、1N HCl(150mL、最終pH=6)で洗浄し、ナトリウムホスフェート緩衝液(100mL、1.0M、pH=7)、次いで食塩水(200mL)で洗浄した。得られた有機層をMgSO4で乾燥し、濾過し、濃厚な油状物が得られるまで濃縮した。該油状物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(0%〜10%MeOH/DCM)で精製した。単離した発泡体を砕いてMTBE/ヘキサン(1:1v/v、200mL)に加え、次いで濾過し、得られた固体を50℃、20torrで一定重量が得られるまで乾燥した。16-ii(20.0g、66%)を白色固体として単離した。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、DMSO-d6): δ 7.70 (d, J=7.4 Hz, 1H), 7.64 (dq, J=6.6, 1.2 Hz, 4H), 7.52-7.41 (m, 6H), 7.17 (s, 1H), 7.13 (s, 1H), 6.18 (t, J=6.5 Hz, 1H), 5.56 (d, J=7.4 Hz, 1H), 5.29 (d, J=4.5 Hz, 1H), 4.29 (dq, J=6.0, 3.9 Hz, 1H), 3.89-3.82 (m, 1H), 3.85 (s, 1H), 3.78-3.71 (m, 1H), 2.19 (ddd, J=13.2, 6.3, 4.1 Hz, 1H), 1.99 (dt, J=13.2, 6.5 Hz, 1H), 1.01 (s, 9H); 13C NMR(151MHz、DMSO-d6): δ 165.26, 154.67, 140.49, 135.15, 134.99, 132.69, 132.38, 130.02, 129.98, 127.98, 93.83, 86.35, 84.68, 69.77, 63.82, 40.51, 26.84, 26.67, 18.81; HRMS(ESI-TOF): C25H32N3O8Si [M+H]+の理論値: 466.2156；実測値: 466.2157
1.3 中間体16-iii
Figure 2021521197
 初めに、Huang, H., et al., J. Am. Chem. Soc. 133, 20357-20368 (2011)に記載の工程に従って、2'-デオキシグアノシンをジメチルホルミル保護化合物に変換し、ピリジンへの溶解度を上昇させた。2'-デオキシグアノシン(30.0g、112mmol、1.0当量)/メタノール(300mL)の溶液に、N,N-ジメチルホルムアミドジメチルアセタール(60mL)を加えた。72時間撹拌後、得られた反応液を濾過し、MeOH(200mL)で洗浄した。上記DMF保護中間体(34.4g、107mmol、1.0当量)およびDMAP(2.63g、21.4mmol、0.2当量)の乾燥ピリジン(344mL)溶液に、TBDPSCl(32.6mL、123mmol、1.2当量)を加えた。24時間撹拌後、得られた反応液を減圧濃縮した。得られた残渣をEtOAc(500mL)およびHCl(1N、500mL、最終pH=6)の間に分配した。有機層を食塩水(500mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、次いで濃縮した。得られた粗製油状物をフラッシュカラムクロマトグラフィー(0%〜10%MeOH/DCM)で精製した。得られた固体をMTBE中で1時間撹拌し、濾過し、次いで一定重量まで乾燥した。撹拌/濾過プロトコルを2回繰り返した。16-iii(40.0g、67%)を単離した。スペクトルの特徴は、Hutter, D., et al., Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 29, 879-895 (2010)の文献と一致した。
1.4 中間体16-iv
Figure 2021521197
 2'-デオキシチミジン(15.0g、61.3mmol、1.0当量)およびDMAP(1.51g、12.26mmol、0.2当量)の乾燥ピリジン(75mL)溶液に、TBDPSCl(18.7mL、70.5mmol、1.2当量)を加えた。この混合物を16時間撹拌し、次いでEtOAc(200mL)に希釈し、水(200mL)、塩化アンモニウム(飽和水溶液、100mL)、次いで食塩水(100mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濾過し、次いで残渣を得られるまで減圧濃縮した。この残渣をフラッシュカラムクロマトグラフィーでシリカゲルを用いて(25%EtOAc/ヘキサン〜100%EtOAc)で精製した。残渣のピリジンをMTBE/ヘキサン(1:1、v/v、150mL)中で撹拌して除去した。得られた固体を濾過により単離し、MTBE(100mL)で洗浄した。得られた白色固体を一定重量が得られるまで50℃、20torrで乾燥した。スペクトルの特徴が、文献(Nagaya, Y., et al., Nucleosides Nucleotides Nucleic Acids 35, 64-75 (2016))と一致する16-iv(22.59g、77%)を単離した。
1.5 中間体16-v
Figure 2021521197
 2'-デオキシ2'-フルオロアデノシン(2.10g、7.81mmol、1.0当量)を減圧下で無水ピリジン(20mL x 3)と共に蒸発乾燥し、次いでフレームドライした丸底フラスコ中の無水DMF(40mL、0.2M)に溶解した。イミダゾール(1.17g、17.2mmol、2.2当量)、続いてTBSCl(1.29g、8.60mmol、1.1当量)を加えた。得られた反応液を周囲温度で一夜撹拌した。得られた反応液は、水(40mL)を添加してクエンチした。20分間撹拌後、得られた固体を濾過して回収し、水(40mL)で洗浄した。減圧下で一夜乾燥後、スペクトルの特徴が、文献(Wnuk, S., et al., J. Org. Chem. 67, 8794-8797 (2002))と一致する16-v(2.54g、85%)を白色固体として単離した。
2. 積載ヌクレオシドの合成(基本手順2)
Figure 2021521197
 積載ヌクレオシドを次の手順で製造した。ヌクレオシド(1.0当量)および(+)または(-)-Ψ(1.3当量)をフレームドライした丸底フラスコ中の無水アセトニトリル(0.1M)に溶解した。DBU(1.3当量)を反応混合物に撹拌しながら滴下して加えた。31P NMRで反応の進行をモニターした。30分後、得られた粗製反応混合物をシリカゲル(約1インチ)の薄いパッドを通して濾過し、次いでそのシリカゲルをEtOAc(4 x 5mL)で洗浄した。得られた濾液を飽和NaHCO3水溶液(30mL)、水(30mL)、飽和KH2PO4水溶液(30mL)で洗浄し、MgSO4で乾燥し、この溶媒を減圧除去した。得られた粗製生成物をシリカゲルカラムクロマトグラフィーで精製した。
(+)-Ψは、以下に示す(2R,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィドをいう。
Figure 2021521197
 (-)-Ψは、以下に示す(2S,3aS,6R,7aS)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィドをいう。
Figure 2021521197
2.1. 化合物3-107
Figure 2021521197
 フラスコ(250mL)に、ヌクレオシド：(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-オール(中間体16-i)(4.14g、8.46mmol、1当量)および(+)-Ψ試薬(4.93g、11.0mmol、1.3当量)をTHF(42mL)に加えた。次いで、DBU(1.60mL、10.6mmol、1.3当量)を周囲温度で滴下して加えた。20分後、反応をAcOH(1.5mL、26mmol、3.1当量)でクエンチし、空気下で5時間激しく撹拌した。得られた粗製混合物を濾過し、ペーストになるまで濃縮した。それをフラッシュカラムクロマトグラフィー(0%〜100%EtOAc/DCM)で精製し、所望の化合物3-107を白色固体(6.01g、97%収率)として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 8.23 (s, 1H), 8.07 (s, 1H), 7.76-7.54 (m, 4H), 7.48-7.31 (m, 6H), 6.87 (br s, 2H), 6.50 (t, J=7.1 Hz, 1H), 5.70-5.59 (m, 1H), 5.04 (s, 1H), 4.89 (s, 1H), 4.48 (dt, J=12.6, 3.2 Hz, 1H), 4.41-4.33 (m, 1H), 3.98-3.89 (m, 2H), 2.88-2.73 (m, 2H), 2.59 (br s, 1H), 2.27 (br d, J=13.1 Hz, 1H), 2.17-2.07 (m, 3H), 1.97-1.80 (m, 2H), 1.78 (s, 3H), 1.71 (s, 3H), 1.07 (s, 9H)
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 155.4, 152.0, 149.3, 144.8, 138.5, 135.6, 135.4, 132.6, 132.2, 128.98, 128.97, 127.9, 119.1, 112.0, 86.4 (d, J=3.4 Hz), 86.0, 84.3, 79.6 (J=8.0 Hz), 65.7, 63.6, 39.6 (d, J=7.3 Hz), 38.8, 33.8, 33.7, 27.8, 27.6, 26.9, 23.4, 22.7, 21.7, 19.2;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.0;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C36H46N5O4PS2Si+H]+の理論値: 736.2571；実測値: 736.2584(1.7 ppm error)
Rf=0.45(25%EtOAc/DCM)；UV、KMnO4
2.2. 化合物3-108
Figure 2021521197
 フラスコ(250mL)に、ヌクレオシド：(2R,3S,5R)-5-(6-アミノ-9H-プリン-9-イル)-2-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)テトラヒドロフラン-3-オール(中間体16-i)(3.89g、7.95mmol、1当量)および(-)-Ψ試薬(4.61g、10.3mmol、1.3当量)のTHF(40mL)溶液を加えた。次いでDBU(1.50mL、9.9mmol、1.3当量)を周囲温度で滴下して加えた。20分後、得られた反応液をAcOH(1.4mL、24mmol、3.0当量)でクエンチし、空気下で5時間激しく撹拌した。得られた粗製生成物を濾過し、ペーストになるまで濃縮した。それをフラッシュカラムクロマトグラフィー(0%〜100%EtOAc/DCM)で精製し、所望の化合物3-108を白色固体(5.59g、96%収率)として得た。
物理的状態：白色固体;
M.P. 181.6℃
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 8.31 (s, 1H), 8.05 (s, 1H), 7.72-7.59 (m, 4H), 7.45-7.33 (m, 6H), 6.50 (dd, J=8.6, 5.6 Hz, 1H), 6.07 (s, 2H), 5.64 (br dd, J=11.4, 5.3 Hz, 1H), 5.06 (s, 1H), 4.92 (s, 1H), 4.49 (dt, J=12.5, 3.1 Hz, 1H), 4.36-4.29 (m, 1H), 3.91 (d, J=3.3 Hz, 2H), 2.87-2.70 (m, 2H), 2.60 (br s, 1H), 2.33 (br d, J=13.1 Hz, 1H), 2.19-2.08 (m, 1H), 2.02-1.83 (m, 3H), 1.83-1.69 (m, 7H), 1.07 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 155.5, 152.9, 149.7, 144.7, 138.3, 135.6, 135.4, 132.6, 132.3, 129.95, 129.92, 127.9, 119.8, 112.1, 85.96 (d, J=6.6 Hz), 85.95, 83.8, 79.1 (d, J=7.3 Hz), 65.8, 63.6, 39.7 (d, J=4.4 Hz), 38.8, 33.7, 33.6, 27.8, 27.6, 26.9, 23.3, 22.7, 21.7, 19.2;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.1(s, 1P);
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C36H46N5O4PS2Si+H]+の理論値: 736.2571；実測値: 736.2581(1.4 ppm error)
Rf=0.35(25%EtOAc/DCM)；UV、KMnO4
2.3. 化合物3-109
Figure 2021521197
 ヌクレオシド：4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(中間体16-ii)(3.20g、6.89mmol、1.0当量)および(-)-Ψ試薬(4.20g、9.41mmol、1.5当量)のTHF(46mL)溶液に、DBU(1.35mL、8.98mmol、1.35当量)を0℃で加えた。1時間後、混合物をEtOAc、DCM、およびヘプタン(各60mL)で希釈した。この混合物を次いでK2HPO4(10%水溶液、65mL次いで35mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濃縮した。得られた残渣をフラッシュクロマトグラフィー(0〜10%MeOH/DCM)で精製し、所望の化合物3-109を白色固体(4.3g、87%収率)として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 7.94-7.85 (m, 1H), 7.71-7.62 (m, 4H), 7.54-7.34 (m, 7H), 6.49-6.42 (m, 1H), 5.58-5.46 (m, 2H), 5.05(s, 1H), 4.88 (s, 1H), 4.45 (dt, J=12.4, 3.2 Hz, 1H), 4.27 (br d, J=2.0 Hz, 1H), 4.04-3.92 (m, 2H), 2.74 (ddd, J=14.1, 5.6, 1.8 Hz, 1H), 2.58 (br s, 1H), 2.31-2.09 (m, 3H), 2.04-1.74 (m, 8H), 1.70 (s, 3H), 1.08 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 144.6, 141.4, 135.7, 135.4, 132.8, 131.9, 130.2, 130.0, 128.1, 128.0, 112.2, 94.3, 86.1, 79.1, 65.6, 63.6, 40.3, 38.8, 33.8, 27.8, 27.0, 23.4, 22.6, 21.7, 19.3;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.4;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C35H46N3O5PS2Si+H]+の理論値: 712.2459；実測値: 712.2470(1.6 ppm error)
Rf=0.52(10%MeOH/DCM)；UV、KMnO4
2.4. 化合物3-110
Figure 2021521197
 ヌクレオシド：4-アミノ-1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)ピリミジン-2(1H)-オン(中間体16-ii)(3.5g、7.5mmol、1.0当量)および(+)-Ψ試薬(4.9g、11mmol、1.5当量)のTHF(60mL、20v)溶液に、DBU(1.52mL、10.1mmol、1.35当量)を0℃で加えた。1時間後、この混合物をEtOAc、DCM、およびヘプタン(各60mL)で希釈した。この混合物を次いでK2HPO4(10%水溶液、65mL次いで35mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濃縮した。得られた残渣をフラッシュクロマトグラフィー(0〜10%MeOH/DCM)で精製し、所望の化合物3-110を白色固体(4.2g、82%収率)として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 7.93 (d, J=7.3Hz, 1H), 7.67 (ddd, J=7.8, 3.9, 1.5Hz, 4H), 7.53-7.34 (m, 7H), 6.45 (dd, J=7.3, 5.8Hz, 1H), 5.60-5.33 (m, 3H), 5.08 (s, 1H), 4.92 (s, 1H), 4.47 (dt, J=12.6, 3.3Hz, 1H), 4.23 (br d, J=2.5Hz, 1H), 4.02-3.90 (m, 2H), 2.73 (ddd, J=14.0, 5.7, 2.5Hz, 1H), 2.63-2.57 (m, 1H), 2.35 (br d, J=11.6Hz, 1H), 2.28-2.10 (m, 2H), 2.10-1.95 (m, 1H), 1.94-1.86 (m, 2H), 1.85-1.77 (m, 4H), 1.71 (s, 3H), 1.08 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 165.1, 155.4, 144.6, 141.1, 135.7, 135.4, 132.8, 132.0, 130.1, 130.0, 128.0 (d, J=10.9Hz, 1C), 112.2, 94.2, 85.7, 85.7 (d, J=6.4Hz, 1C), 78.3 (d, J=7.3Hz, 1C), 65.8, 63.4, 40.4 (d, J=4.5Hz, 1C), 38.8, 33.7 (d, J=9.1Hz, 1C), 27.7 (d, J=15.4Hz, 1C), 27.0, 23.4, 22.7, 21.8, 19.2;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.5;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C35H46N3O5PS2Si+H]+の理論値: 712.2459；実測値: 712.2473(2.0 ppm error)
Rf=0.55(10%MeOH/DCM)；UV、KMnO4
2.5. 化合物3-111
Figure 2021521197
 ヌクレオシド：1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(中間体16-iv)(4.00g、8.32mmol、1.00当量)および(+)-Ψ試薬(4.83g、10.8mmol、1.3当量)のMeCN(83mL)懸濁液を内部温度0℃に冷却した。DBU(1.63mL、10.8mmol、1.3当量)を1度に加え、0℃で30分間撹拌した。得られた混合物をシリカゲル(約1インチ)のプラグに通し、酢酸エチル(82mL)で洗浄した。有機層を水(42mL)次いでNaH2HPO4(10wt%水溶液、42mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濾過し、減圧濃縮し、黄色ゲルを得た。これをフラッシュカラムクロマトグラフィー(10%〜90%EtOAc/ヘキサン)で精製し、発泡体を得た。これをヘキサン(3 x 50mL)中で撹拌して粉末状に砕いた。この操作を計3回繰り返した。化合物3-111を白色粉末として単離した。これを50℃20Torrで一定重量に達するまで乾燥した(5.76g、95wt%、残り：ヘキサンおよびEtOAc、回収収率90%)。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 8.19 (br s, 1H), 7.64-7.75 (m, 4H), 7.38-7.55 (m, 7H), 6.47 (dd, J=9.5, 5.2Hz, 1H), 5.60 (dd, J=11.1, 6.1Hz, 1H), 5.07 (s, 1H), 4.90 (s, 1H), 4.48 (dt, J=12.4, 3.3Hz, 1H), 4.27 (s, 1H), 3.92-4.09 (m, 2H), 2.51-2.65 (m, 2H), 2.16 (td, J=13.3, 3.9Hz, 1H), 1.75-2.05 (m, 4H), 1.79 (s, 3H), 1.72 (s, 3H), 1.57-1.59 (m, 4H), 1.10 (s, 9H)
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 163.4, 150.2, 144.6, 135.6, 135.2, 134.9, 132.8, 131.7, 130.2, 130.1, 128.1, 128.0, 112.2, 111.6, 86.0, 85.9 (d, J=2.9 Hz), 84.4, 79.6 (d, J=7.3 Hz), 65.7, 63.8, 39.2 (d, J=8.0 Hz), 38.8, 33.7, 33.6, 27.8, 27.6, 27.0, 23.4, 22.6, 21.7, 19.4, 11.9;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.49;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C36H47N2O6PS2Si+H]+の理論値: 727.2455；実測値: 727.2478(3.1 ppm error)
Rf=0.41(40%EtOAc/ヘキサン)；UV、KMnO4
2.6. 化合物3-112
Figure 2021521197
 ヌクレオシド：1-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(中間体16-iv)(3.00g、6.24mmol、1.0当量)および(-)-Ψ試薬(3.62g、8.11mmol、1.3当量)のMeCN(62mL)懸濁液を0℃に冷却した。DBU(1.22mL、8.11mmol、1.3当量)を1度に加え、0℃で30分間撹拌し、次いでこの混合物をシリカゲル(約1インチ)のプラグに通し、酢酸エチル(62mL)で洗浄した。この溶液を水(31mL)、次いでK2HPO4(10wt%水溶液、31mL)で洗浄した。有機層をMgSO4で乾燥し、濾過し、減圧濃縮し、黄色ゲルを得て、これをフラッシュカラムクロマトグラフィー(10%〜90%EtOAc/ヘキサン)で精製し、発泡体を得た。これをヘプタン(3 x 50mL)から濃縮することにより粉末状に砕いた。化合物3-112を白色粉末として単離し、これを50℃20Torrで一定重量(4.46g、91.5wt%、残り：ヘプタン、回収収率90%)に達するまで乾燥した。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 8.22 (br s, 1H), 7.64-7.74 (m, 4H), 7.51 (d, J=1.3Hz, 1H), 7.38-7.50 (m, 6H), 6.45 (dd, J=9.3, 5.1Hz, 1H), 5.59 (dd, J=11.4, 5.8Hz, 1H), 5.09 (s, 1H), 4.93 (s, 1H), 4.50 (dt, J=12.7, 3.3Hz, 1H), 4.24 (d, J=1.5Hz, 1H), 3.97 (d, J=2.0Hz, 2H), 2.57-2.65 (br m, 1H), 2.57 (dd, J=14.0, 5.4Hz, 1H), 2.27-2.38 (m, 2H), 2.14 (td, J=13.3, 3.9Hz, 1H), 1.86-2.02 (m, 3H), 1.82 (s, 3H), 1.72-1.82 (m, 1H), 1.72 (s, 3H), 1.59 (d, J=1.0Hz, 3H), 1.10 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 163.6, 150.2, 144.6, 135.6, 135.2, 134.9, 132.8, 131.7, 130.2, 130.0, 128.1, 128.0, 112.2, 111.5, 86.0, 85.8 (d, J=7.1 Hz), 84.2, 79.1 (d, J=8.1 Hz), 65.8, 63.9, 39.5 (d, J=4.0 Hz), 38.8, 33.7, 33.6, 27.8, 27.6, 27.0, 23.3, 22.6, 21.7, 19.3, 11.9;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 101.67;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C36H47N2O6PS2Si+H]+の理論値: 727.2455；実測値: 727.2474(2.6 ppm error)
Rf=0.41(40%EtOAc /ヘキサン)；UV、KMnO4
2.7. 化合物3-113
Figure 2021521197
 フラスコ(100mL)に、(E)-N'-(9-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)-N,N-ジメチルホルムイミドアミド(中間体16-iii)(1.50g、2.60mmol、1.0当量)および(-)-Ψ(1.67g、3.74mmol、1.4当量)/MeCN(27mL)溶液を加えた。この混合物を0℃に冷却し、DBU(0.52mL、3.48mmol、1.3当量)を滴下して加えた；得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。1時間後のUPLC分析で中間体16-iiiの消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(27mL)で希釈し、次いで水(27mL)およびNa2HPO4(10wt%、27mL)で洗浄した。有機層をNa2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(100%EtOAc〜100%THF)で精製し、化合物3-113を薄黄色固体(1.96g、91%)として得た。注意：単離した生成物は、BHT(THFの安定化剤)を含む。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 9.90 (br s, 1H), 8.52 (s, 1H), 7.79 (s, 1H), 7.69-7.60 (m, 4H), 7.44-7.28 (m, 6H), 6.32 (dd, J=7.7, 6.2Hz, 1H), 5.64 (ddt, J=11.5, 6.0, 2.7Hz, 1H), 4.99 (s, 1H), 4.87 (s, 1H), 4.47 (dt, J=12.7, 3.1Hz, 1H), 4.28 (q, J=3.4Hz, 1H), 3.92-3.82 (m, 2H), 3.12 (s, 3H), 3.06 (s, 3H), 2.90-2.55 (m, 4H), 2.27-2.22 (m, 1H), 2.18-2.04 (m, 1H), 2.00-1.80 (m, 3H), 1.76 (s, 3H), 1.73 (s, 3H), 1.04 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 158.4, 157.8, 156.8, 150.0, 145.0, 136.4, 135.5, 135.4, 132.5, 132.3, 129.9, 127.8, 127.8, 120.5, 111.8, 86.0, 85.8, 85.7, 83.4, 79.0, 78.9, 65.8, 63.5, 41.3, 39.0, 39.0, 38.7, 35.2, 33.7, 33.6, 27.7, 27.5, 26.8, 23.3, 22.6, 21.7, 19.1;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 100.5;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C39H51N6O5PS2Si+H]+の理論値: 807.2942；実測値: 807.2957(1.8 ppm error)
Rf=0.68(100% THF)；UV、KMnO4
2.8. 化合物3-114
Figure 2021521197
 フラスコ(100mL)に、(E)-N'-(9-((2R,4S,5R)-5-(((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)-N,N-ジメチルホルムイミドアミド(中間体16-iii)(1.10g、1.96mmol、1.0当量)および(-)-Ψ試薬(1.14g、2.55mmol、1.4当量)のMeCN(20mL)を加えた。この混合物を0℃に冷却し、DBU(0.38mL、2.55mmol、1.3当量)を滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。1時間後のUPLC分析でSI-3の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(20mL)で希釈し、次いで水(20mL)およびNa2HPO4(10wt%、20mL)で洗浄した。有機層をNa2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜100%THF/EtOAc)で精製し、化合物3-114を白色固体(1.20g、76%)として得た。注意：単離した生成物は、BHT(THFの安定化剤)を含む。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d): δ 9.61 (br s, 1H), 8.57 (s, 1H), 7.77 (s, 1H), 7.69-7.60 (m, 4H), 7.44-7.32 (m, 6H), 6.32 (dd, J=7.7, 6.2Hz, 1H), 5.64 (ddt, J=11.5, 6.0, 2.7Hz, 1H), 5.00 (s, 1H), 4.88 (s, 1H), 4.48 (dt, J=12.7, 3.1Hz, 1H), 4.27 (q, J=3.4Hz, 1H), 3.92-3.82 (m, 2H), 3.14 (s, 3H), 3.10 (s, 3H), 2.93-2.81 (m, 1H), 2.71-2.58 (m, 2H), 2.37-2.27 (m, 1H), 2.18-2.04 (m, 1H), 2.00-1.80 (m, 4H), 1.77 (s, 3H), 1.73 (s, 3H), 1.05 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、クロロホルム-d): δ 158.0, 157.8, 156.8, 150.0, 145.0, 136.2, 135.6, 135.4, 132.6, 132.4, 129.9, 127.8, 127.8, 120.8, 111.8, 85.9, 85.6, 85.5, 83.2, 78.5, 78.5, 65.8, 63.5, 41.3, 39.0, 39.0, 38.8, 35.2, 33.8, 33.7, 27.7, 27.6, 26.9, 23.3, 22.7, 21.7, 19.1;
31P NMR(162MHz、クロロホルム-d): δ 100.9;
HRMS(ESI-TOF、m/z): HRMS(ESI) [C39H51N6O5PS2Si+H]+の理論値: 807.2942；実測値: 807.2957(1.8 ppm error)
Rf=0.68(100%THF)；UV、KMnO4
2.9. 化合物3-115
Figure 2021521197
 化合物3-115を基本手順2に従って5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシチミジン(544mg、1.00mmol)を用いて製造した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー(30〜50%EtOAc/ヘキサン(1%Et3N含有))で精製し、化合物3-115(459mg、58%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 10.04 (s, 1H), 7.62 (d, J=1.5Hz, 1H), 7.54-7.49 (m, 2H), 7.42-7.31 (m, 6H), 7.30-7.24 (m, 2H), 6.96-6.90 (m, 4H), 6.38 (dd, J=8.2, 6.1Hz, 1H), 5.58 (ddt, J=10.8, 5.5, 2.4Hz, 1H), 5.02 (q, J=1.5Hz, 1H), 4.97-4.93 (m, 1H), 4.53 (dt, J=12.8, 3.4Hz, 1H), 4.26 (q, J=3.0Hz, 1H), 3.81 (s, 6H), 3.50 (dd, J=10.6, 3.4Hz, 1H), 3.41 (dd, J=10.6, 3.2Hz, 1H), 2.67 (s, 1H), 2.70-2.57 (m, 2H), 2.35 (ddd, J=13.2, 3.6, 1.8Hz, 1H), 2.12-2.04 (m, 1H), 2.03-1.94 (m, 3H), 1.89 (ddt, J=13.9, 10.5, 5.6Hz, 1H), 1.81 (s, 3H), 1.71 (s, 3H), 1.49 (d, J=1.2Hz, 3H)
13C NMR(151MHz、アセトン): δ 164.11, 159.79, 159.77, 151.20, 146.30, 145.70, 136.45, 136.25, 136.01, 131.00, 130.99, 128.96, 128.79, 127.80, 114.08, 112.18, 111.32, 87.77, 86.78, 85.10, 85.05, 85.04, 80.01, 79.96, 66.91, 64.22, 55.55, 39.77, 39.48, 39.46, 34.47, 34.41, 28.26, 28.15, 23.93, 22.79, 22.06, 12.15
31P NMR(162MHz、アセトン): δ 101.75
HRMS(ESI-TOF、m/z): C41H47N2O8PS2 [M-DMTr+H]+の理論値: 489.1277；実測値: 489.1278
Rf=0.43(5%アセトン/DCM)；UV、KMnO4
2.10. 化合物3-116
Figure 2021521197
 化合物3-116を基本手順2に従って5'-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2'-デオキシ2'-フルオロアデノシン中間体16-v(1.37g、3.58mmol)を用いて製造した。粗製反応混合物をアセトニトリルから結晶化し、化合物3-116(1.85g、82%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 8.22 (d, J=7.6Hz, 2H), 6.71 (s, 2H), 6.35 (dd, J=17.8, 2.1Hz, 1H), 5.89-5.74 (m, 2H), 5.02 (q, J=1.5Hz, 1H), 4.97-4.93 (m, 1H), 4.59 (dt, J=12.8, 3.5Hz, 1H), 4.33 (dt, J=6.2, 3.1Hz, 1H), 4.06 (dd, J=11.8, 2.8Hz, 1H), 3.90 (dd, J=11.8, 3.4Hz, 1H), 2.86 (s, 1H), 2.65 (d, J=5.8Hz, 1H), 2.30 (dtd, J=13.4, 3.3, 1.6Hz, 1H), 2.12 (td, J=13.6, 4.4Hz, 1H), 2.05-1.83 (m, 4H), 1.81-1.78 (m, 3H), 1.70 (s, 3H), 0.89 (s, 9H), 0.07 (d, J=22.5Hz, 6H)
13C NMR(151MHz、アセトン-d6): δ 157.23, 153.94, 150.28, 146.20, 140.03, 120.64, 112.05, 93.35, 92.10, 87.64, 87.42, 86.66, 82.85, 82.79, 73.87, 73.83, 73.78, 73.73, 67.33, 62.14, 39.79, 34.41, 34.35, 28.23, 28.13, 26.35, 23.93, 22.67, 22.09, 18.95, -5.20, -5.30
19F NMR(376MHz、アセトン-d6): δ -202.95
31P NMR(162MHz、アセトン-d6): δ 101.65
HRMS(ESI-TOF、m/z): C26H41FN5O4PS2Si [M+H]+の理論値: 630.2164；実測値: 630.2167;
Rf=0.43(20%アセトン/DCM)；UV、KMnO4
2.11. 化合物3-117
Figure 2021521197
 化合物3-117を基本手順2に従って5'-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2'-デオキシ2'-フルオロアデノシン中間体16-v(685mg、1.79mmol)を用いて製造した。粗製反応混合物をアセトニトリルから結晶化し、化合物3-117(933mg、83%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、CDCl3): δ 8.39 (s, 1H), 8.16 (s, 1H), 6.39 (dd, J=14.3, 3.7Hz, 1H), 5.82 (s, 2H), 5.65-5.49 (m, 2H), 5.06 (q, J=1.4Hz, 1H), 4.94-4.90 (m, 1H), 4.55 (ddd, J=12.8, 3.7, 2.5Hz, 1H), 4.44 (h, J=2.1Hz, 1H), 4.04 (dd, J=11.7, 2.3Hz, 1H), 3.90 (dd, J=11.7, 2.7Hz, 1H), 2.62 (s, 1H), 2.33 (ddt, J=13.0, 3.8, 1.7Hz, 1H), 2.18 (td, J=13.5, 4.2Hz, 1H), 2.04-1.86 (m, 3H), 1.74 (s, 3H), 0.95 (s, 7H), 0.14 (d, J=8.8Hz, 7H);
13C NMR(151MHz、CDCl3): δ 155.00, 152.90, 149.28, 144.34, 138.10, 119.43, 111.59, 91.66, 91.64, 90.35, 90.33, 85.84, 85.50, 85.29, 82.70, 82.66, 73.80, 73.75, 73.70, 73.66, 65.18, 61.27, 38.41, 33.23, 33.17, 27.33, 27.22, 25.53, 22.92, 22.23, 21.24, 17.99, -5.82, -5.86;
19F NMR(376MHz、CDCl3): δ -204.21;
31P NMR(162MHz、CDCl3): δ 103.12;
HRMS(ESI-TOF、m/z): C26H41FN5O4PS2Si [M+H]+の理論値: 630.2164.；実測値: 630.2165;
Rf=0.43(20%アセトン/DCM)；UV、KMnO4
2.12. 化合物3-118
Figure 2021521197
 化合物3-118を基本手順2に従ってN6-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシアデノシン(657mg、1.00mmol)を用いて製造した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー(30〜50%EtOAc/ヘキサン(1%TEA含有))で精製し、化合物3-118(461mg、51%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 10.00 (s, 1H), 8.58 (s, 1H), 8.42 (s, 1H), 8.14 (d, J=7.4Hz, 2H), 7.69-7.62 (m, 1H), 7.57 (t, J=7.8Hz, 2H), 7.54-7.46 (m, 2H), 7.38-7.26 (m, 7H), 7.25-7.19 (m, 1H), 6.89-6.82 (m, 4H), 6.58 (dd, J=7.7, 6.1Hz, 1H), 5.71 (ddt, J=11.3, 5.7, 2.7Hz, 1H), 5.05 (q, J=1.5Hz, 1H), 4.98 (d, J=1.8Hz, 1H), 4.58 (dt, J=12.8, 3.4Hz, 1H), 4.39 (td, J=5.0, 2.6Hz, 1H), 3.79 (d, J=2.5Hz, 6H), 3.52-3.35 (m, 3H), 2.87-2.78 (m, 1H), 2.68 (s, 1H), 2.36 (ddq, J=13.8, 3.3, 1.6Hz, 1H), 2.12 (td, J=13.6, 4.5Hz, 1H), 2.07-1.96 (m, 2H), 1.95-1.85 (m, 1H), 1.82 (s, 3H), 1.73 (s, 3H)
13C NMR(151MHz、アセトン-d6): δ 159.75, 152.98, 152.70, 151.45, 146.60, 146.05, 143.56, 136.73, 135.21, 133.87, 133.35, 131.13, 131.07, 130.56, 129.54, 129.30, 129.11, 128.74, 127.72, 126.37, 114.06, 112.29, 87.41, 87.01, 85.63, 85.58, 85.56, 80.20, 80.15, 67.03, 64.30, 55.66, 39.95, 38.49, 38.47, 34.72, 34.66, 28.45, 28.34, 24.11, 22.99, 22.24.
31P NMR(162MHz、アセトン): δ 101.42
HRMS(ESI-TOF、m/z): C48H50N5O7PS2 [M+H]+の理論値: 904.2963；実測値: 904.2968;
Rf=0.57(5%アセトン/DCM)；UV、KMnO4
2.13. 化合物3-119
Figure 2021521197
 化合物3-119を基本手順2に従ってN4-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシシチジン(634mg、1.00mmol)を用いて製造した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー(30〜50%EtOAc /ヘキサン(1%Et3N含有))で精製し、3-119(395mg、45%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、CDCl3): δ 8.68 (s, 1H), 8.20 (d, J=7.5Hz, 1H), 7.91 (d, J=7.7Hz, 2H), 7.63 (t, J=7.5Hz, 1H), 7.54 (t, J=7.5Hz, 2H), 7.41 (d, J=7.2Hz, 2H), 7.36-7.29 (m, 6H), 7.28-7.24 (m, 1H), 6.88 (dd, J=8.8, 3.5Hz, 4H), 6.37 (t, J=6.5Hz, 1H), 5.61-5.52 (m, 1H), 5.09 (s, 1H), 4.94 (s, 1H), 4.48 (dt, J=12.7, 3.2Hz, 1H), 4.43-4.39 (m, 1H), 3.82 (s, 3H), 3.81 (s, 3H), 3.55 (dd, J=10.9, 3.3Hz, 1H), 3.46 (dd, J=10.9, 2.8Hz, 1H), 2.93 (ddd, J=14.4, 5.8, 2.8Hz, 1H), 2.62 (d, J=6.2Hz, 1H), 2.46-2.33 (m, 2H), 2.15 (td, J=13.5, 4.2Hz, 1H), 2.03-1.97 (m, 1H), 1.96-1.88 (m, 2H), 1.85 (s, 3H), 1.82-1.75 (m, 1H), 1.73 (s, 3H) ppm;
13C NMR(151MHz、CDCl3): δ 162.2, 158.8, 158.8, 144.8, 144.1, 135.3, 135.1, 133.3, 130.2, 130.1, 129.2, 128.2, 127.6, 127.3, 113.5, 113.5, 112.3, 87.3, 87.2, 86.2, 85.8, 85.7, 78.6, 78.6, 66.1, 62.8, 55.4, 55.4, 40.9, 40.9, 39.0, 33.9, 33.8, 27.9, 27.8, 25.7, 23.5, 22.9, 21.9 ppm;
31P NMR(162MHz、CDCl3): δ 102.1 ppm;
HRMS(ESI-TOF): C47H51N3O8PS2 [M+H]+の理論値: 880.2855；実測値: 880.2878;
Rf=0.25(30%EtOAc /ヘキサン)；UV、KMnO4
2.14. 化合物3-120
Figure 2021521197
 化合物3-120を基本手順2に従ってN6-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシアデノシン(657mg、1.00mmol)を用いて製造した。シリカゲルカラムクロマトグラフィー(50〜100%EtOAc/ヘキサン(0.1%TEA含有))で精製し、化合物3-120(263mg、30%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 10.26 (s, 1H), 7.94 (s, 1H), 7.47-7.42 (m, 2H), 7.34-7.29 (m, 4H), 7.26 (s, 1H), 7.26-7.17 (m, 2H), 6.87-6.80 (m, 4H), 6.26 (dd, J=8.2, 5.8Hz, 1H), 5.55 (ddt, J=11.3, 5.5, 2.6Hz, 1H), 5.00 (q, J=1.4Hz, 1H), 4.93 (dt, J=1.9, 0.9Hz, 1H), 4.50 (dt, J=12.8, 3.4Hz, 1H), 4.25 (td, J=4.6, 2.5Hz, 1H), 4.05 (q, J=7.2Hz, 1H), 3.77 (s, 6H), 3.44 (dd, J=10.5, 5.1Hz, 1H), 3.34 (dd, J=10.4, 4.2Hz, 1H), 3.15 (ddd, J=14.1, 8.2, 5.9Hz, 1H), 2.72 (ddd, J=14.1, 5.9, 2.6Hz, 1H), 2.66 (s, 1H), 2.36-2.29 (m, 1H), 2.12-1.94 (m, 9H), 1.88 (ddt, J=15.0, 13.2, 4.9Hz, 1H), 1.77 (dt, J=1.4, 0.7Hz, 3H), 1.71 (s, 3H), 1.25-1.17 (m, 8H)
13C NMR(151MHz、アセトン): δ 180.74, 180.67, 171.03, 159.80, 159.79, 155.85, 149.55, 149.24, 146.62, 146.01, 137.95, 136.72, 136.65, 131.14, 131.08, 129.12, 128.75, 127.77, 122.46, 114.06, 112.27, 87.44, 87.12, 85.73, 85.68, 84.65, 80.05, 80.00, 67.12, 64.45, 60.68, 55.65, 39.92, 38.70, 38.67, 36.80, 36.76, 34.73, 34.67, 30.50, 30.34, 30.21, 29.85, 29.70, 28.44, 28.34, 24.07, 22.94, 22.21, 20.98, 19.50, 19.36, 14.65
31P NMR(162MHz、アセトン): δ 100.84
HRMS(ESI) m/z: C45H52N5O8PS2 [M+H]+の理論値: 886.3068；実測値: 886.3066
Rf=0.25(60%EtOAc/ヘキサン(0.1%Et3N含有))；UV、KMnO4
2.15. 化合物3-121
Figure 2021521197
 化合物3-121を基本手順2に従って5'-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2'-デオキシアデノシン(585mg、1.6mmol)を用いて製造した。フラッシュカラムクロマトグラフィー(70%EtOAc/ヘキサン)で精製し、化合物3-121(628mg、64%収率)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 8.21 (d, J=7.5Hz, 2H), 6.61 (s, 1H), 6.49-6.41 (m, 1H), 5.54 (ddt, J=10.4, 5.6, 2.2Hz, 1H), 5.06 (q, J=1.5Hz, 1H), 5.01-4.98 (m, 1H), 4.57, (dt, J=12.8, 3.4Hz, 1H), 4.26 (td, J=4.5, 2.0Hz, 1H), 3.98 (dd, J=11.1, 5.0Hz, 1H), 3.89 (dd, J=11.2, 4.0Hz, 1H), 3.11 (ddd, J=14.0, 8.3, 5.7Hz, 1H), 2.74 (ddd, J=14.2, 5.9, 2.3Hz, 1H), 2.68 (s, 1H), 2.37 (ddt, J=13.4, 3.3, 1.7Hz, 1H), 2.13 (td, J=13.6, 4.4Hz, 1H), 2.05-1.95 (m, 5 H), 1.89 (tdd, J=14.8, 6.0, 4.5Hz, 1H), 1.82 (s, 3H), 1.71 (s, 3H), 0.95 (s, 1H), 0.93 (s, 9H), 0.17 (d, J=2.7Hz, 1H), 0.12 (s, 6H), 0.08 (d, J=8.0Hz, 1H)
13C NMR(151MHz、アセトン): δ 157.31, 153.89, 150.76, 146.59, 139.92, 112.34, 87.03, 86.70, 85.04, 80.47, 73.55, 67.02, 64.06, 39.98, 39.35, 34.64, 28.36, 26.53, 24.12, 22.99, 22.23, 19.10, -5.04
31P NMR(162MHz、アセトン): δ 100.35
HRMS(ESI) m/z: C26H42N5O4PS2Si [M+H]+の理論値: 612.2258；実測値: 612.2258
Rf=0.31(60%EtOAc/ヘキサン(0.1%Et3N含有))；UV、KMnO4
2.16. 化合物3-122
Figure 2021521197
 化合物3-122を基本手順2に従って5'-O-(tert-ブチルジメチルシリル)-2'-デオキシアデノシン(516mg、0.93mmol)を用いて製造した。フラッシュカラムクロマトグラフィー(20%アセトン/DCM)で精製し、化合物3-122(454mg、58%収率)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(600MHz、アセトン-d6): δ 8.13 (d, J=4.4Hz, 2H), 7.50-7.44 (m, 2H), 7.37-7.31 (m, 4H), 7.27 (t, J=7.7Hz, 2H), 7.24-7.16 (m, 1H), 6.87-6.80 (m, 4H), 6.67 (s, 2H), 6.44 (dd, J=7.9, 6.1Hz, 1H), 5.65 (ddt, J=11.2, 5.6, 2.6Hz, 1H), 5.03 (q, J=1.5Hz, 1H), 4.97-4.94 (m, 1H), 4.54 (dt, J=12.8, 3.4Hz, 1H), 4.32 (td, J=5.0, 2.5Hz, 1H), 3.77 (d, J=1.5Hz, 6H), 3.47 (dd, J=10.3, 5.2Hz, 1H), 3.39 (dd, J=10.3, 5.0Hz, 1H), 3.32 (ddd, J=14.0, 7.9, 5.9Hz, 1H), 2.72 (ddd, J=14.2, 6.1, 2.7Hz, 1H), 2.66 (s, 1H), 2.34 (ddq, J=13.4, 3.1, 1.6Hz, 1H), 2.09 (s, 1H), 2.04-1.96 (m, 3H), 1.88 (dddd, J=14.9, 13.5, 6.0, 4.5Hz, 1H), 1.80 (s, 3H), 1.70 (s, 3H)
13C NMR(151MHz、アセトン-d6): δ 158.73, 158.71, 156.23, 152.72, 149.65, 145.54, 145.06, 139.47, 135.74, 130.11, 130.06, 128.10, 127.70, 126.67, 119.99, 113.01, 111.27, 86.36, 85.94, 84.42, 84.36, 84.24, 79.34, 79.29, 65.97, 63.30, 54.61, 38.91, 37.48, 37.46, 33.68, 33.62, 29.72, 27.40, 27.30, 23.07, 21.95, 21.20
31P NMR(162MHz、アセトン-d6): δ 100.33
HRMS(ESI) m/z: C41H46N5O6PS2 [M+H]+の理論値: 800.2700；実測値: 800.2701
Rf=0.29(20%アセトン/DCM
2.17. 化合物3-128
Figure 2021521197
 乾燥した丸底フラスコ(250mL)に、(2R,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィド(4.40g、9.86mmol)およびN6-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシアデノシン(5.0g、7.60mmol)を窒素気流下で加えた。N,N-ジメチルホルムアミド(30mL)を上記混合物に加え、これを均一になるまで室温で撹拌した。得られた混合物を0℃に冷却し、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(1.5mL、10.03mmol)を次いで1分かけて滴下して加えた。得られた反応混合物を0℃で計15分間撹拌した。この冷反応混合物をトルエン(150mL)で希釈し、分液漏斗に移し、これを1Mホスフェート緩衝液溶液(Aldrich P3619、pH=7.4、100mL)で2回洗浄した。得られた有機層はMgSO4を用いて乾燥し、混合物を濾過し、濾液を濃縮乾固した。得られた残渣を酢酸エチル(<5mL)に溶解し、Biotage中圧液体クロマトグラフィー(シリカ；Isco RediSep 120g；70%EtOAc-Hex(1%トリエチルアミン含有)〜100%酢酸エチル(1%トリエチルアミン含有)；16CV以上)で精製し、固体白色発泡体(4.24g)を得た。LCMS(Waters Aquity UPLC BEH C18 2.1 x 50mm 1.7mm；2%CH3CN-H2O(0.05%TFA含有)〜98%CH3CN-H2O(0.05%TFA含有)；0.8mL/分で1.5分以上、50℃)(M+H)+= 904.5(保持時間：1.66分)
1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 9.03 (s, 1H), 8.76 (s, 1H), 8.20 (s, 1H), 8.08-7.98 (m, 2H), 7.67-7.60 (m, 1H), 7.57-7.51 (m, 2H), 7.45-7.40 (m, 2H), 7.35-7.30 (m, 4H), 7.30-7.25 (m, 2H), 7.25-7.19 (m, 1H), 6.82 (d, J=9.0Hz, 4H), 6.58 (dd, J=8.8, 5.6Hz, 1H), 5.67 (br dd, J=11.1, 5.4Hz, 1H), 5.06 (s, 1H), 4.92 (s, 1H), 3.79 (s, 5H), 3.56-3.38 (m, 2H), 3.11-2.98 (m, 1H), 2.83 (dd, J=13.9, 5.6Hz, 1H), 2.62 (br s, 1H), 2.29 (br d, J=13.1Hz, 1H), 2.17 (td, J=13.4, 3.9Hz, 1H), 2.04-1.86 (m, 4H), 1.80 (s, 3H), 1.85-1.76 (m, 2H), 1.74 (s, 3H)
2.18. 化合物3-129
Figure 2021521197
 乾燥した丸底フラスコ(250mL)に、(2R,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィド(4.45g、9.97mmol)および5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-n4-ベンゾイル-5-メチル-2'-デオキシシチジン(5.00g、7.72mmol)を窒素気流下で加えた。N,N-ジメチルホルムアミド(4mL)を上記混合物に加え、これを室温で均一になるまで撹拌した。得られた混合物を0℃に冷却した。1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(1.5mL、10.03mmol)を次いで混合物に滴下して加え、0℃で20分間撹拌した。この冷反応混合物をトルエン(〜25mL)で希釈し、分液漏斗に移し、これを1Mホスフェート緩衝液溶液(Aldrich P3619、pH=7.4)で2回洗浄した。有機層はMgSO4を用いて乾燥した。混合物を濾過し、濾液を濃縮乾固した。得られた残渣を酢酸エチル(<5mL)に溶解し、Biotage中圧液体クロマトグラフィー(シリカ；Isco RediSep 24g；20%EtOAc-Hex(1%トリエチルアミン含有)〜50%EtOAc-Hex(1%トリエチルアミン含有)；16CV以上)で精製した。主成ピークを単離し、濃縮乾固した。得られた残渣をアセトニトリル(50mL)で処理した。この混合物を次いでシリンジフィルター(0.45μm、PVDF、Whatman)で濾過し、濾液を次いで濃縮乾固し、固体白色発泡体(4.95g)を得た。
1H NMR(500MHz、クロロホルム-d) δ 13.30 (br s, 1H), 8.32 (d, J=7.5Hz, 2H), 7.82 (s, 1H), 7.60-7.51 (m, 1H), 7.48-7.40 (m, 4H), 7.37-7.30 (m, 6H), 7.27-7.22 (m, 1H), 6.87 (d, J=8.7Hz, 4H), 6.53 (dd, J=8.9, 5.4Hz, 1H), 5.65 (dd, J=11.1, 6.0Hz, 1H), 5.07 (s, 1H), 4.90 (s, 1H), 4.47 (dt, J=12.7, 3.0Hz, 1H), 4.34 (s, 1H), 3.81 (s, 6H), 3.63-3.38 (m, 2H), 2.69 (dd, J=14.0, 5.5Hz, 1H), 2.60 (br s, 1H), 2.52-2.33 (m, 2H), 2.25 (br d, J=11.9Hz, 1H), 2.17 (td, J=13.5, 4.0Hz, 1H), 2.04-1.91 (m, 2H), 1.86 (td, J=13.1, 5.9Hz, 1H), 1.77-1.72 (m, 1H), 1.71 (s, 3H), 1.69-1.64 (m, 2H), 1.63 (s, 3H)
31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 101.4(br d, J=10.0Hz, 1P)
LCMS(Waters Aquity UPLC BEH C18 2.1 x 50mm 1.7mm；2%CH3CN-H2O(0.05%TFA含有)〜98%CH3CN-H2O(0.05%TFA含有)；0.8mL/分で1.5分以上)(M+H)+=894.5(保持時間：1.93分)；データは所望のN-(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-6-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチル-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(4.95g、5.54mmol、71.7%収率)と一致する。
2.19. 化合物3-130
Figure 2021521197
 乾燥した丸底フラスコ(250mL)に、(2R,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィド(5.8g、12.99mmol)およびN-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(8.9g、13.9mmol)を窒素気流下で加えた。N,N-ジメチルホルムアミド(50mL)を上記混合物に加え、これを室温で均一になるまで撹拌した。得られた混合物を0℃に冷却し、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(2.081mL、13.91mmol)を次いで滴下して加えた。この混合物を0℃で10分間撹拌した。冷反応混合物をトルエン(〜200mL)で希釈し、分液漏斗に移し、これを1Mホスフェート緩衝液溶液(Aldrich P3619、pH=7.4)で2回洗浄した。有機層をNa2SO4で乾燥し、混合物を濾過し、濾液を濃縮乾固した(9.25g)。セライトを加えて濃縮(トルエン)し、Biotage中圧液体クロマトグラフィー(シリカ；Isco RediSep 120g；70%EtOAc-Hex(1%トリエチルアミン含有)〜100%酢酸エチル(1%トリエチルアミン含有)6CV以上、100%で10CV溶出)で精製した。主成ピーク、N-(9-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-6-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-オキソ-6,9-ジヒドロ-1H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(5.8g、6.55mmol、47.1%収率)を単離した。1H NMR(500MHz、アセトニトリル-d3) δ 12.06-11.78 (m, 1H), 9.22 (br s, 1H), 7.82 (s, 1H), 7.46-7.34 (m, 2H), 7.34-7.16 (m, 8H), 6.90-6.72 (m, 4H), 6.26 (t, J=6.8Hz, 1H), 5.54-5.42 (m, 1H), 4.99 (d, J=1.2Hz, 1H), 4.87 (s, 1H), 4.43 (dt, J=12.7, 3.2Hz, 1H), 4.30 (dt, J=5.8, 3.1Hz, 1H), 4.09 (q, J=7.1Hz, 1H), 3.76 (d, J=2.9Hz, 6H), 3.45 (dd, J=10.5, 5.9Hz, 1H), 3.29 (dd, J=10.4, 3.5Hz, 1H), 3.15-3.02 (m, 1H), 2.70-2.53 (m, 3H), 2.20 (s, 8H), 2.03-1.91 (m, 7H), 1.76 (s, 3H), 1.67 (s, 3H), 1.17 (t, J=7.2Hz, 6H)
2.20. 化合物3-131
Figure 2021521197
 乾燥した丸底フラスコ(250mL)に、(2R,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-2-((ペルフルオロフェニル)チオ)-6-(プロパ-1-エン-2-イル)ヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール2-スルフィド(5.33g、11.94mmol)および1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-ヒドロキシテトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(5g、9.18mmol)を窒素気流下で加えた。N,N-ジメチルホルムアミド(40mL)を上記混合物に加え、これを室温で均一になるまで撹拌した。得られた混合物を0℃に冷却し、1,8-ジアザビシクロ[5.4.0]ウンデカ-7-エン(1.785mL、11.94mmol)を次いで滴下して加えた。10分後、冷反応混合物をトルエン(〜200mL)で希釈し、分液漏斗に移し、これを1Mホスフェート緩衝液溶液(Aldrich P3619、pH=7.4)で2回洗浄した。有機層をNa2SO4で乾燥し、混合物を濾過し、濾液を濃縮乾固した(9.25g)。濾液にセライトを加えて濃縮(トルエン)し、Biotage中圧液体クロマトグラフィー(シリカ；Isco RediSep 24g；40%EtOAc-Hex(1%トリエチルアミン含有)〜100%酢酸エチル(1%トリエチルアミン含有)16CV以上)で精製した。(1-((2R,4S,5R)-5-((ビス(4-メトキシフェニル)(フェニル)メトキシ)メチル)-4-(((2S,3aR,6S,7aR)-3a-メチル-6-(プロパ-1-エン-2-イル)-2-スルフィドヘキサヒドロベンゾ[d][1,3,2]オキサチアホスホール-2-イル)オキシ)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(4.3g、59%収率)。 1H NMR(500MHz、アセトニトリル-d3) δ 9.25-9.00 (m, 1H), 7.55-7.42 (m, 3H), 7.39-7.30 (m, 6H), 7.30-7.23 (m, 1H), 7.01-6.78 (m, 4H), 6.27 (dd, J=8.1, 6.1Hz, 1H), 5.55-5.42 (m, 1H), 4.98 (d, J=1.1Hz, 1H), 4.87 (s, 1H), 4.44 (dt, J=12.7, 3.3Hz, 1H), 4.21 (q, J=3.0Hz, 1H), 3.79 (s, 7H), 3.51-3.28 (m, 2H), 2.62 (br s, 1H), 2.53-2.38 (m, 2H), 2.31-2.11 (m, 8H), 2.11-2.02 (m, 1H), 2.02-1.75 (m, 11H), 1.75-1.61 (m, 4H), 1.55-1.45 (m, 3H). 31P NMR(202MHz、アセトニトリル-d3) δ 100.4(br d, J=10.0Hz, 1P)
実施例17
1. 3'-O-保護ヌクレオシドの合成(基本手順1)
Figure 2021521197
 3'-OTBDPS保護ヌクレオシドを市販で入手可能な5'-ODMTrヌクレオシドから次の工程に従って製造した。
1.1 中間体17-i
Figure 2021521197
 5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)チミジン(15.0g、27.6mmol、1.0当量)およびイミダゾール(3.14g、46.2mmol、2.0当量)のDMF(30mL)溶液に、TBDPS-Cl(7.39g、33.1mmol、1.2当量)を周囲温度で加え、3日間撹拌した。得られた混合物を次いで水(0.7L)に注ぎ、0.5時間混合した。得られたスラリーを濾過し、ケーキを水、次いでヘキサンで洗浄した。濾過ケーキをDCMに溶解した。得られた溶液を5%クエン酸水溶液で洗浄し、MgSO4で乾燥した。得られたDCM溶液に、ジクロロ酢酸(11.4mL)およびEt3SiH(18mL)を加えた。18時間撹拌後、この混合物を飽和NaHCO3水溶液およびヘプタンでクエンチした。単離した有機層を濃縮し、得られた残渣をクロマトグラフィー(EtOAc/DCM)で精製した。スペクトルの特徴が文献(Gao, R., et al., Biochemistry 43, 6167-6181 (2004))と一致する、中間体17-i(10.1g、75%)を白色固体として単離した。
1.2 中間体17-ii
Figure 2021521197
 中間体17-iiは、中間体17-iと類似的に、N4-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシシチジン(15.0g、23.7mmol、1.0当量)を用いて製造した。スペクトルの特徴が文献(Gao, R., et al., Biochemistry 43, 6167-6181 (2004))と一致する、SI-7(10.3g、73%)を白色固体として単離した。
1.3 中間体17-iii
Figure 2021521197
 中間体17-iiiは、中間体17-iと類似的に、N2-イソブチリル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシグアノシン(15.0g、23.5mmol、1.0当量)を用いて製造した。スペクトルの特徴が文献(Gao, R., et al., Biochemistry 43, 6167-6181 (2004))と一致する、中間体17-iii(9.8g、75%)を白色固体として単離した。
1.4 中間体17-iv
Figure 2021521197
 中間体17-ivは、中間体17-iと類似的に、N6-ベンゾイル-5'-O-(4,4'-ジメトキシトリチル)-2'-デオキシアデノシン(35.0g、53.3mmol、1.0当量)を用いて製造した。スペクトルの特徴が文献(Gao, R., et al., Biochemistry 43, 6167-6181 (2004))と一致する、中間体17-iv(17.8g、56%)を白色固体として単離した。
2. ジヌクレオチドの合成
2.1 化合物5-1
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-107(535mg、0.73mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-9H-プリン-6-イル)ベンズアミド(中間体17-iv)(0.88g、1.5mmol、2.0当量)のTHF(5mL)溶液を加えた。次いでDBU(0.33mL、2.19mmol、3当量)を滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。10分後、UPLC分析で化合物3-107の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(10mL)、DCM(5mL)および20%クエン酸(5mL)で希釈した。有機層を食塩水(5mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜100%MeOH/DCM)で精製し、化合物5-1(548mg、65%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 11.1 (br s, 1H), 8.84 (s, 1H), 8.71 (s, 1H), 8.21 (s, 1H), 8.08 (s, 1H), 8.05-8.00 (m, 2H), 7.72-7.47 (m, 12H), 7.45-7.27 (m, 11H), 6.62 (dd, J=8.5, 5.9Hz, 1H), 6.27 (dd, J=8.5, 6.0Hz, 1H), 5.10 (br dd, J=6.2, 3.4Hz, 1H), 4.69 (br s, 1H), 4.19 (br d, J=16.4Hz, 2H), 3.89 (br dd, J=11.1, 4.0Hz, 2H), 3.80-3.66 (m, 2H), 2.82-2.65 (m, 2H), 2.48-2.23 (m, 2H), 1.06 (s, 9H), 0.93 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 151.9, 150.1, 148.8, 142.9, 139.1, 135.1, 134.9, 134.8, 134.3, 133.3, 132.7, 132.6, 132.6, 132.4, 132.2, 129.9, 129.8, 129.6, 129.6, 128.3, 128.2, 127.7, 127.6, 127.4, 125.3, 118.9, 86.4, 85.9, 83.4, 75.1, 74.6, 64.8, 64.7, 63.9, 48.4, 40.2, 39.9, 37.3, 30.5, 26.6, 26.5, 26.4, 18.6, 18.5;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 53.8;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C59H65N10O8PSSi2+H]+の理論値: 1161.4057；実測値: 1161.4094(3.3 ppm error)
Rf=0.30(10%MeOH/DCM)；UV、KMnO4
2.2. 化合物5-2
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に化合物3-108(1.00g、1.36mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：N-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(中間体17-ii)(1.55g、2.72mmol、2.0当量)/THF(3mL)およびMeCN(20mL)溶液を加えた。DBU(0.41mL、2.72mmol、2当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。1時間後、UPLC分析で化合物3-108の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(25mL)および20%クエン酸(25mL)で希釈した。有機層を食塩水(25mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜35%MeOH/EtOAc)で精製し、生成物5-2(1.41g、91%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 11.21 (br s, 1H), 8.55 (d, J=7.3Hz, 1H), 8.22 (s, 1H), 8.09 (s, 1H), 8.00-7.95 (m, 2H), 7.63-7.54 (m, 9H), 7.53-7.26 (m, 17H), 6.38 (t, J=6.5Hz, 1H), 6.32 (t, J=6.7Hz, 1H), 5.18-5.11 (m, 1H), 4.48 (br d, J=4.3Hz, 1H), 4.23-4.03 (m, 2H), 3.91-3.78 (m, 2H), 3.73 (br dd, J=11.1, 4.8Hz, 1H), 3.68-3.52 (m, 1H), 2.89-2.78 (m, 1H), 2.57-2.50 (m, 1H), 2.28 (br dd, J=12.5, 5.4Hz, 1H), 1.94 (ddd, J=13.3, 8.3, 5.2Hz, 1H), 1.02 (s, 9H), 0.93 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 167.3, 163.0, 155.3, 154.4, 151.7, 149.1, 145.5, 139.1, 136.4, 135.2, 135.2, 135.1, 135.0, 134.5, 133.2, 132.8, 132.7, 132.7, 132.5, 130.0, 129.8, 129.7, 129.2, 128.4, 128.0, 128.0, 127.8, 127.7, 127.5, 119.1, 96.7, 86.8, 86.8, 86.3, 85.9, 85.8, 83.6, 75.0, 75.0, 74.5, 64.5, 64.4, 64.1, 41.2, 38.0, 26.7, 26.6, 18.7, 18.6;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 54.1;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C58H65N8O9PSSi2++H]+の理論値: 1137.3944；実測値: 1137.3969(2.1 ppm error)
2.3. 化合物5-3
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-108(1.01g、1.37mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(中間体17-i)(1.15g、2.39mmol、1.8当量)のTHF(10mL)溶液を加えた。DBU(0.55mL、3.70mmol、2.7当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。10分後、UPLC分析で化合物3-108の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(10mL)、DCM(5mL)、および20%クエン酸(5mL)で希釈した。有機層を食塩水(5mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜100%MeOH/DCM)で精製し、化合物5-3(0.88g、61%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 11.24 (s, 1H), 8.29 (s, 1H), 8.14 (s, 1H), 7.67-7.58 (m, 1H), 7.58-7.48 (m, 9H), 7.43-7.23 (m, 12H), 6.36-6.22 (m, 2H), 5.12 (br d, J=2.8Hz, 1H), 4.48-4.33 (m, 1H), 4.09-3.90 (m, 2H), 3.81 (br dd, J=11.1, 4.3Hz, 1H), 3.76-3.51 (m, 3H), 2.79-2.83 (m, 1H), 2.71 (d, J=15.4Hz, 1H), 2.61 (d, J=15.4Hz, 1H), 2.03-1.99 (m, 1H), 1.72 (s, 3H), 0.97 (s, 9H), 0.89 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 174.5, 171.2, 163.6, 150.5, 148.5, 135.8, 135.2, 135.1, 135.0, 135.0, 134.4, 132.7, 132.6, 132.4, 130.0, 129.8, 129.8, 128.0, 127.9, 127.8, 127.7, 127.5, 119.0, 110.0, 85.7, 83.9, 83.7, 74.3, 72.4, 48.6, 42.6, 40.9, 40.8, 40.7, 40.4, 26.7, 26.6, 18.7, 18.6, 14.1, 12.1;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 57.0;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C52H62N7O9PSSi2++H]+の理論値: 1048.3679；実測値: 1048.3705(2.5 ppm error)
2.4. 化合物5-4
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-108(803mg、1.09mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(中間体17-iii)(1.24g、2.18mmol、2.0当量)のTHF(10mL)溶液を加えた。DBU(0.47mL、3.27mmol、3当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。30分後、UPLC分析で化合物3-108の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(20mL)および20%クエン酸(10mL)で希釈した。次いで有機層を食塩水(5mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜20%MeOH/DCM)で精製し、化合物5-4(986mg、79%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 12.22 (s, 1H), 12.08 (s, 1H), 8.30 (s, 1H), 8.20 (s, 1H), 8.08 (s, 1H), 7.80-7.21 (br m, 23H), 6.37 (dd, J=9.4, 5.3Hz, 1H), 6.27 (dd, J=8.1, 6.1Hz, 1H), 5.21-5.09 (br m, 1H), 4.75 (br d, J=4.6Hz, 1H), 4.19-4.05 (br, 2H), 3.95-3.69 (br m, 4H), 3.08-2.93 (br m, 1H), 2.92-2.77 (m, 2H), 2.17 (br dd, J=12.6, 5.3Hz, 1H), 1.10 (d, J=6.8Hz, 3H), 1.07 (s, 9H), 1.05 (d, J=6.8Hz, 3H), 0.95 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 180.3, 155.6, 154.9, 152.0, 149.1, 148.5, 147.6, 139.1, 139.0, 135.3, 135.2, 135.1, 135.0, 133.0, 132.8, 132.7, 132.5, 130.0, 129.8, 129.7, 128.0, 127.9, 127.8, 127.7, 120.8, 119.1, 87.0, 86.9, 85.7, 85.6, 84.7, 83.5, 83.4, 75.0, 74.7, 74.6, 64.6, 64.5, 64.0, 37.7, 34.5, 26.8, 26.6, 18.9, 18.7, 18.7, 18.6;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 54.3;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C56H67N10O9PSSi2+H]+の理論値: 1143.4162、実測値：1143.4186(2.1 ppm error)
2.5. 化合物5-5
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-109(1.02g、1.43mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：N-(1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-2-オキソ-1,2-ジヒドロピリミジン-4-イル)ベンズアミド(中間体ii)(1.60g、2.86mmol、2.0当量)のMeCN(20mL)およびTHF(5mL)溶液を加えた。DBU(0.32mL、2.15mmol、3当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。1時間後、UPLC分析で化合物3-109の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(25mL)および20%クエン酸(20mL)で希釈した。次いで有機層を食塩水(10mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(20%MeOH/DCM)で精製し、生成物5-5(1.23g、73%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(500MHz、DMSO-d6): δ 11.20 (br s, 1H), 9.23 (br s, 1H), 8.47 (br d, J=7.5Hz, 1H), 8.21 (br s, 1H), 7.98 (d, J=7.8Hz, 2H), 7.90 (d, J=7.8Hz, 1H), 7.64-7.58 (m, 9H), 7.52-7.37 (m, 14H), 7.29 (br s, 1H), 6.33 (t, J=7.0Hz, 1H), 6.08 (t, J=6.5Hz, 1H), 5.81 (d, J=7.8Hz, 1H), 4.96 (br d, J=2.9Hz, 1H), 4.52-4.45 (m, 1H), 4.16 (br s, 2H), 3.92-3.85 (m, 2H), 3.85-3.71 (m, 1H), 3.70-3.25 (m, 2H), 2.48-2.28 (m, 2H), 2.14 (dt, J=13.7, 6.7Hz, 1H), 2.00-1.90 (m, 1H), 1.05(s, 9H), 0.96 (s, 9H);
13C NMR(126MHz、DMSO-d6): δ 162.9, 159.8, 148.0, 145.2, 143.0, 135.2, 135.2, 135.1, 134.9, 134.4, 133.1, 132.7, 132.7, 132.6, 132.1, 129.9, 129.1, 128.1, 127.9, 127.5, 96.4, 93.9, 86.7, 86.1, 86.3, 85.7, 74.3, 74.2, 64.5, 63.7, 41.1, 26.7, 26.6, 18.7, 18.6;
31P NMR(202MHz、DMSO-d6): δ 54.6;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C57H65N6O10PSSi2+H]+の理論値: 1113.3832；実測値: 1113.3859(2.4 ppm error)
2.6. 化合物5-6
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-110(1.00g、1.40mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(中間体17-i)(1.35g、2.80mmol、2.0当量)/MeCN(20mL)およびTHF(5mL)の溶液を加えた。DBU(0.33mL、2.10mmol、3当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。1時間後、UPLC分析で化合物3-110の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(25mL)および20%クエン酸(20mL)で希釈した。次いで有機層を食塩水(10mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(20%MeOH/DCM)で精製し、化合物5-6(1.12g、76%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(500MHz、DMSO-d6): δ 11.25 (s, 1H), 8.36 (br s, 1H), 7.84-7.71 (m, 3H), 7.63 (br t, J=6.3Hz, 4H), 7.57 (br s, 4H), 7.48-7.36 (m, 12H), 6.36 (br t, J=7.2Hz, 1H), 6.08 (br t, J=6.4Hz, 1H), 5.71 (br d, J=7.3Hz, 1H), 4.98 (br s, 1H), 4.45 (br s, 1H), 3.95 (br d, J=17.9Hz, 2H), 3.81-3.76 (m, 1H), 3.73-3.65 (m, 2H), 3.57-3.50 (m, 2H), 2.40-2.31 (m, 1H), 2.12-2.04 (m, 1H), 2.04-1.92 (m, 2H), 1.81 (s, 3H), 1.02 (s, 9H), 0.97 (s, 9H);
13C NMR(126MHz、DMSO-d6): δ 164.2, 162.9, 151.6, 151.0, 142.2, 136.5, 135.7, 135.6, 135.4, 133.2, 133.1, 132.6, 130.5, 130.4, 128.4, 110.6, 94.3, 86.5, 86.0, 85.7, 84.3, 75.3, 74.4, 72.9, 65.0, 64.2, 27.2, 27.1, 19.2, 19.0, 12.5;
31P NMR(202MHz、DMSO-d6): δ 53.5;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C51H62N5O10PSSi2++H]+の理論値: 1024.3566、実測値：1024.3600(3.3 ppm error)
2.7. 化合物5-7
Figure 2021521197
 化合物3-109(1.00g、1.35mmol、1.00当量)および該ヌクレオシド：N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(中間体17-iii)(1.55g、2.70mmol、2.0当量)の混合物をTHF(10mL)およびMeCN(20mL)の混合溶媒に溶解し、次いで減圧濃縮(3x)した。得られた残渣をTHF(10mL)およびMeCN(20mL)の混合溶媒に溶解し、DBU(608μL、4.04mmol、3.0当量)を加えた。得られた反応混合物を30分間撹拌し、次いでEtOAc(20mL)および1N HCl水溶液(20mL、pH=1)で希釈した。層を分離し、水層をEtOAc(2 x 20mL)で抽出した。有機抽出物を合わせて、硫酸ナトリウムで乾燥し、濾過し、減圧濃縮し、ゲルを得た。このゲルをフラッシュカラムクロマトグラフィー(5〜20%MeOH/DCMを2回実行)で精製した。所望の化合物5-7をゲルとして単離し、これをMTBE(40mL)中、1時間撹拌して生成物に変換し、濾過により白色粉末(1.23g、82%)を単離した。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 12.31 (br s, 1H), 12.08 (br s, 1H), 9.23 (br s, 1H), 8.25 (br s, 2H), 7.90 (d, J=7.8Hz, 1H), 7.53-7.70 (m, 9H), 7.35-7.49 (m, 13H), 6.35 (dd, J=9.5, 5.4Hz, 1H), 6.04 (t, J=6.5Hz, 1H), 5.80 (d, J=7.8Hz, 1H), 4.94 (dt, J=6.0, 2.9Hz, 1H), 4.57 (br d, J=4.5Hz, 1H), 4.08-4.11 (m, 2H), 3.75-3.93 (m, 3H), 3.53-3.58 (m, 3H), 2.76-2.96 (m, 2H), 2.24-2.33 (m, 1H), 2.26-2.20 (m, 2H), 1.05-1.10 (m, 16H), 0.97 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 180.4, 159.7, 154.9, 148.5, 147.86, 147.82, 143.1, 138.5, 135.25, 135.20, 135.1, 134.9, 132.74, 132.70, 132.6, 129.98, 129.94, 129.90, 127.94, 127.88, 120.6, 94.0, 86.60, 86.53, 86.13, 85.8, 84.3, 74.7, 74.2, 64.8, 63.7, 34.6, 26.7, 26.6, 18.8, 18.7, 18.6;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 54.78;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C55H67N8O10PSSi2+H]+の理論値: 1119.4050；実測値: 1119.4071(1.9 ppm error)
2.8. 化合物5-8
Figure 2021521197
 化合物3-112(1.00g、1.26mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：1-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-5-メチルピリミジン-2,4(1H,3H)-ジオン(中間体17-i)(1.17g、1.17g、2.52mmol、2.0当量)のTHF(10mL)溶液に、DBU(581μL、3.78mmol、3.0当量)を加えた。得られた反応混合物を30分間撹拌し、次いでEtOAc(10mL)および1N HCl水溶液(5mL、pH=1)で希釈した。層を分離し、水層をEtOAc(10mL)で抽出した。有機抽出物を合わせてNa2SO4で乾燥し、濾過し、次いで減圧濃縮し、ゲルを得た。このゲルをフラッシュカラムクロマトグラフィー(0〜10%〜30%MeOH/DCM〜30%で溶出を2回実行)で精製した。所望の化合物5-8をゲルとして単離し、これをヘキサン(10mL)から濃縮し、白色粉末(926.1mg、72%)を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 11.37 (s, 1H), 11.26 (s, 1H), 7.84 (s, 1H), 7.61-7.66 (m, 5H), 7.55-7.57 (m, 4H), 7.35-7.45 (m, 13H), 6.35 (dd, J=8.5, 6.2Hz, 1H), 6.13 (dd, J=8.8, 5.6Hz, 1H), 5.03-5.07 (m, 1H), 4.40 (m, 1H), 3.94 (br d, J=9.3Hz, 2H), 3.65-3.76 (m, 3H), 3.41-3.53 (m, 1H), 2.24 (br dd, J=12.9, 5.1Hz, 1H), 2.03-2.14 (m, 1H), 1.90-2.03 (m, 2H), 1.82 (s, 3H), 1.43 (s, 3H), 1.01 (s, 9H), 0.98 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 163.8, 163.6, 150.6, 150.4, 136.1, 135.20, 135.18, 135.1, 135.0, 134.9, 132.8, 132.72, 132.68, 132.0, 130.03, 129.96, 127.96, 127.91, 110.2, 109.7, 86.2, 86.1, 85.4, 85.3, 83.9, 74.97, 74.85, 64.4, 64.2, 38.7, 26.7, 26.6, 18.8, 18.5, 12.1, 11.8;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 53.01;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C52H63N4O11PSSi2+H]+の理論値: 1039.3563；実測値: 1039.3586(2.3 ppm error)
2.9. 化合物5-9
Figure 2021521197
 化合物3-112(734mg、1.0当量)およびN-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(中間体17-iii)(1.20g、2.1当量)/THFの混合物に、DBU(0.45mL、3.0当量)を加えた。30分後、EtOAc(20mL)および20%クエン酸(10mL)を加えた。層を分離し、有機層を食塩水(5mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥した。この溶液を濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた残渣をDCMに溶解し、ISCOフラッシュクロマトグラフィー(シリカゲルカラム(80g)、0〜20%MeOH/DCM、18分溶出)で精製した。精製されたフラクションを合わせて、溶媒を除去し、所望の化合物5-9(380mg)を白色固体として得た。次いで、不純物を含むフラクションを合わせて、溶媒を減圧除去し、2度目のISCOフラッシュクロマトグラフィーを同じ条件で行った。所望の化合物5-9(388mg)を白色固体として得た。計768mg(67%)の化合物5-9を得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 12.17 (s, 1H), 12.06 (s, 1H), 11.37 (s, 1H), 8.30 (s, 1H), 7.77-7.35 (br m, 21H), 6.35 (dd, J=9.6, 5.3Hz, 1H), 6.13 (dd, J=8.8, 5.6Hz, 1H), 5.16-5.01 (br m, 1H), 4.71 (br d, J=4.6Hz, 1H), 4.12-4.04 (br m, 1H), 4.02-3.93 (br m, 1H), 3.86-3.73 (br m, 3H), 3.72-3.63 (br m, 1H), 3.02-2.89 (br m, 1H), 2.87-2.76 (br m, 1H), 2.30 (br dd, J=13.1, 6.8Hz, 1H), 2.20-2.04 (br m, 2H), 1.44 (s, 3H), 1.12 (d, J=6.8Hz, 3H), 1.10 (d, J=6.8Hz, 3H), 1.06 (s, 9H), 0.99 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 180.3, 163.6, 154.9, 150.3, 148.5, 147.6, 139.1, 135.3, 135.2, 135.1, 135.0, 134.8, 132.9, 132.8, 132.8, 132.1, 129.9, 128.0, 127.9, 120.7, 109.6, 87.0, 86.9, 85.3, 85.2, 84.6, 83.8, 75.0, 74.7, 74.6, 64.3, 64.2, 64.1, 54.9, 38.7, 38.4, 34.5, 26.8, 26.6, 18.9, 18.8, 18.7, 18.6, 11.7;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 54.1;
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C56H68N7O11PSSi2+H]+の理論値: 1134.4046、実測値：1134.4080(2.9 ppm error)
2.10. 化合物5-10
Figure 2021521197
 フラスコ(50mL)に、化合物3-113(1.00g、1.24mmol、1.0当量)およびヌクレオシド：N-(9-((2R,4S,5R)-4-((tert-ブチルジフェニルシリル)オキシ)-5-(ヒドロキシメチル)テトラヒドロフラン-2-イル)-6-ヒドロキシ-9H-プリン-2-イル)イソブチルアミド(中間体17-iii)(1.42g、2.48mmol、2.0当量)/MeCN(20mL)およびTHF(3mL)の混合物を加えた。DBU(0.37mL、2.48mmol、2当量)を次いで滴下して加え、得られた反応液を周囲温度で撹拌し続けた。2時間後のUPLC分析で、化合物3-113の消費が完了したことが示された。得られた反応混合物をEtOAc(25mL)および20%クエン酸(25mL)で希釈し、周囲温度で4時間撹拌した。HPLC-MS分析に基づいて、ジメチルアミノメチレンはホルムアミドに変換されたことが示された。次いで有機層を食塩水(25mL)で洗浄し、Na2SO4で乾燥し、濾過し、溶媒を減圧除去した。得られた粗製残渣をシリカゲルカラムクロマトグラフィー(0〜60%MeOH/EtOAc)で精製し、化合物5-10(1.27g、86%)を白色固体として得た。
物理的状態：白色固体;
1H NMR(400MHz、DMSO-d6): δ 12.33 (br s, 1H), 12.10 (s, 1H), 8.28 (s, 1H), 8.00 (s, 1H), 7.78-7.63 (m, 1H), 7.63-7.54 (m, 8H), 7.46-7.25 (m, 13H), 6.36 (dd, J=9.2, 5.4Hz, 1H), 6.14 (t, J=6.6Hz, 1H), 5.05 (br s, 1H), 4.64-4.55 (m, 1H), 4.14 (br s, 2H), 4.00-3.88 (m, 1H), 3.88-3.70 (m, 2H), 3.67-3.55 (m, 1H), 2.96-2.74 (m, 2H), 2.58-2.50 (m, 1H), 2.33-2.14 (m, 2H), 1.12-1.05 (m, 6H), 1.02 (s, 9H), 0.93 (s, 9H);
13C NMR(101MHz、DMSO-d6): δ 180.5, 154.9, 148.5, 148.3, 147.8, 147.2, 139.1, 137.3, 135.2, 135.2, 135.1, 135.0, 132.8, 132.5, 130.0, 129.8, 129.7, 128.0, 127.9, 127.8, 127.7, 120.8, 120.6, 86.7, 86.6, 86.2, 86.2, 84.8, 83.3, 74.8, 74.6, 64.7, 64.3, 48.6, 37.9, 34.6, 26.8, 26.6, 18.9, 18.8, 18.6;
31P NMR(162MHz、DMSO-d6): δ 54.2;1
HRMS(ESI-TOF、m/z): [C57H67N10O11PSSi2+H]+の理論値: 1187.4060；実測値: 1187.4085(2.0 ppm error)
下記の表は、上記化合物におけるUPLC/HPLCの条件および保持時間を記載している。
Figure 2021521197
Figure 2021521197
実施例18
ホスホジエステル生成物の別製造法
一般スキーム
Figure 2021521197
X、Y、およびRの種類を表8に示す。
Figure 2021521197
得られた反応収率および反応時間を表9に示す。
Figure 2021521197
市販で入手可能なカルコン(18-iii)から製造する詳細な工程を以下のスキームで示す。
ステップ2
Figure 2021521197
 丸底フラスコ(1L)に、カルコン(18-iii、55g、0.26mol、1.0当量)、続いてチオ酢酸(55mL、1v.)を加えた。5分後、反応液が均一になった。20分間撹拌後、淡黄色溶液をメタノール(550mL、10v.)で希釈した。生成物がすぐに沈殿し、これを一夜撹拌した。得た固体を濾過して回収し、乾燥させた。生成物を白色固体(61g、81%収率)として得た。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.08-7.88 (m, 2H), 7.61-7.28 (m, 8H), 5.40-5.19 (m, 1H), 3.81-3.60 (m, 2H), 2.33 (t, J = 3.0Hz, 3H)
b. ステップ3
Figure 2021521197
 リチウムアルミニウムハイドライド(12.24g、1.5当量)をEt2Oに0℃でゆっくりと溶解した。これに、チオアセテート(18-v、61g、0.21mol、1.0当量)のTHF/Et2O(200mL、1:1)溶液を0℃で1時間かけて滴下して加えた。添加完了後、固体LAH(1g)を加えた。得られた反応液を一夜撹拌した(HPLC分析で全て生成物に変換したことが示された)。得られた反応液は、酢酸エチルの滴下(〜100mL)、続いて飽和酒石酸カリウムナトリウム水溶液、および最後に1M NaOHを加えてクエンチした。これを酢酸エチル/ヘキサン(1:1)および追加した水の間に一夜分配した。有機層をデカンテーションし、さらに溶媒を加え、混合/デカンテーションの操作を繰り返した(2 x 1L)。有機層を合わせて〜200mLになるまで濃縮し、MgSO4で乾燥し、濾過し、濃縮した。生成物を無色の油状物として得た(18-vi、41g、79%収率)。
中間体18-viの別製造法：
丸底フラスコにチオマイケル付加物(5g)、続いてTHF(175mL、0.1M)を加え、0℃に冷却した。固体LAH(1.3g、2.0当量)をゆっくりと加えた。室温で一夜加温後、得られた反応液は、固体Na2SO4六水和物をゆっくりと加えてクエンチした。1時間撹拌後、得られた反応液を濾過し、透明な油状物になるまで濃縮した。注意：これはNMRにより>80%ピュアであった。素早くフラッシュクロマトグラフィーを行い、メルカプトプロパノールを無色の油状物として得た。
中間体18-viの別製造法：
チオアセテート(61g、0.21mol、1.0当量)/THF(200mL)の溶液に、リチウムアルミニウムハイドライド(12.24g、1.5当量)を0℃でゆっくりと加えた。得られた反応液を一夜撹拌した(1時間以内に反応は完了し、HPLC分析で全て生成物に変換したことが示された)。得られた反応液に酢酸エチル(〜100mL)、続いて濃HClまたは濃硫酸を滴下してクエンチした。これを酢酸エチル/ヘキサン(1:1)および水の間に分配した。有機層を追加のHCl(1M)、続いて水2回、および最後に食塩水で洗浄した。有機層を合わせてMgSO4で乾燥し、濾過し、濃縮した。生成物を無色の油状物として得た(41g、79%収率)。
1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.49-7.20 (m, 10H), 4.96-4.48 (m, 1H), 4.21 (dtd, J = 10.8, 8.7, 7.3, 3.8Hz, 1H), 2.52-2.19 (m, 2H), 2.02 (ddd, J = 15.1, 5.8, 1.8Hz, 1H)
エナンチオマーリッチな中間体18-viの製造法
工程1：
Figure 2021521197
 1,3-ジフェニル-1,3-プロパンジオン(28g)をDCM(280mL)に溶解した。この溶液に、HCOOH(23.6mL)、TEA(34.5mL)、およびRu触媒(3.89g)を加えた。得られた反応溶液を10時間還流した。ヘキサン(280mL)を加え、次いで混合物を氷浴中で10分間撹拌した。生成物を濾過し、DCM：ヘキサン(1:1、300mL)を用いて洗浄した。一夜真空乾燥した後、生成物(18-xiiまたは18-xiii、19.8g)を得た。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.40-7.27 (m, 10H), 5.01 (t, J=5.8Hz, 2H), 2.25-2.18 (m, 2H)
工程2：
Figure 2021521197
1,3-ジフェニル-ジプロパンジオール(18-xii、20mmol(4.56g))およびTs2O(20mmol)をTHF(100mL)に溶解した。次いで温度を-78℃に下げた。Li tert-BuO(20mmol)/THF(1M)を加えた後、温度を室温に上昇させた。温度を-30℃に下げた後、TIPS(4.20g、22mmol)、続いてさらにLi tert-BuO(1M、20mmol)を加えた。温度を室温に再度上昇させ、THFのほとんどをロータリーエバポレーターを用いて濃縮した。得られた反応混合物に水(50mL)を加え、MTBE(100mL)を用いて3回抽出した。MTBE層を合わせてNa2SO4で乾燥し、溶媒をロータリーエバポレーターを用いて除去し、粗製TIPS-1,3-ジフェニル-3-TIPS-1-ジプロパンジオールを得た。TIPSでジオールをキャップした粗製物を、THF(50mL)に溶解した。THF溶液をN2でバブリング後、TBAF/THF(1M、26mL)を加えた。反応をN2雰囲気下、室温で1時間行い、次いで酢酸(4mL)を加えた。THFをロータリーエバポレーターを用いて除去し、得られた残渣をMTBE(100mL)に溶解し、NH4Cl水溶液(30mL)を用いて3回洗浄した。生成物を10%NaOH(30mL x 3回)を用いてMTBE層から抽出した。生成物を濃HClを用いて素早く中和し、MTBE(80mL、5回)を用いて抽出した。MTBE層を水(50mL)3回、および食塩水(30mL)3回で洗浄し、次いでNa2SO4で乾燥した。MTBEをロータリーエバポレーターを用いて除去し、真空乾燥後、生成物(18-xiv、4g)を得た。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.29-7.06 (m, 10H), 4.42 (dd, J=9.1, 4.3Hz, 1H), 4.11 (dt, J=9.1, 6.1Hz, 1H), 2.38-2.16 (m, 2H)
工程3：
Figure 2021521197
チオカルボニル基を用いたジオール保護およびチオカルボニル保護基の転位：
1,3-ジフェニル-ジプロパンジオール(18-xii、10mmol、2.28g)およびチオカルボニルジイミダゾール(11mmol)をTHF(50mL)に溶解後、温度を-78℃に下げた。その後、Li tert-BuO(20mmol)/THF(1M)を加え、続いて反応液を室温に加温した。得られた反応混合物をMTBE(100mL)で希釈し、クエン酸(10%、50mL)でクエンチした。有機層をNaHCO3(5%)、水および食塩水で洗浄し、Na2SO4で乾燥した。固体を濾過後、有機溶液にテトラブチルアンモニウムアイオダイド(1当量)を加えた。この溶液を2時間還流した。溶媒はロータリーエバポレーターを用いて除去し、シリカカラム(EA:ヘキサン=1:4)で精製し、転位生成物(2g)を得た。
(S,S)-1,3-ジフェニル-3-ヒドロキシル-1-プロパンチオールの合成：
精製した転位生成物(2g)をTHF(50mL)に溶解した。次いでLiAiH4(4当量)を0℃で注入した。この溶液を1時間撹拌した。得られた反応液をEA(10mL)、続いて水(10mL)を用いて0℃でクエンチした。この混合物を濃HCl(15mL)および氷(100g)を含むビーカーに注いだ後、MTBE(100mL)を素早く加えた。その後、水層を分離し、MTBE(40mL)を用いてさらに3回抽出した。有機層を合わせて食塩水(50mL)3回で洗浄した。Na2SO4で乾燥後、固体を濾過により除去し、溶媒をロータリーエバポレーターを用いて除去した。最後に、シリカカラム(EA:ヘキサン=1:4)を用いて(S,S)-1,3-ジフェニル-3-ヒドロキシル-1-プロパンチオール(18-xvi、1.2g)を得た。
c. ステップ4
Figure 2021521197
 POCl3(0.54mL、1.1当量)/THF(35mL)を-78℃に冷却した。メルカプトプロパノール(18-vi、1.36g、1.0当量)およびEt3N(1.68mL、2.2当量)のTHF(20mL)溶液を調製し、-78℃でPOCl3溶液に滴下して加えた。1時間撹拌後、この温度で、一部を31P NNRにより分析した。この溶液を次いで室温に加温し、Et3N(7.7mL、10当量)および水(1.0mL、10当量)を加えた。10分間撹拌後、得られた反応液を水およびEtOAcの間に分配した。有機層を水(3x)および最後に食塩水で洗浄した。食塩水で飽和した水層をDCM(このスケールで〜600mL)で複数回逆抽出し、有機層を回収し、乾燥し、濃縮し、ピュアなトリエチルアンモニウム塩(1.36g、60%収率)をべとべとした粘着物質として得た。
化合物1-45または1-46
Figure 2021521197
 表題化合物を化合物1-44の製造と同じ化学反応を用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.57-7.50 (m, 1H), 7.41-7.13 (m, 10H), 5.56 (dq, J = 7.7, 3.7Hz, 1H), 4.65 (dt, J = 11.4, 2.7Hz, 0.5H), 4.53 (dt, J = 12.6, 6.5Hz, 0.5H), 2.98 (dq, J = 10.9, 6.9, 4.9Hz, 6H), 2.40 (tdd, J = 14.3, 8.5, 5.4Hz, 1H), 2.30-2.15 (m, 1H), 1.25 (t, J = 7.3Hz, 9H). 31P NMR(162MHz、クロロホルム-d) δ 13.80, 11.33
化合物1-47または1-48
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.61-7.11 (m, 10H), 5.55 (td, J = 8.9, 4.5Hz, 1H), 4.57 (ddd, J = 11.3, 8.4, 5.6Hz, 1H), 2.61-2.14 (m, 2H). 31P NMR(162MHz、メタノール-d4) δ 16.03, 12.56
化合物1-49
Figure 2021521197
 POCl3(1.1当量)/THF(0.1M)の冷却溶液に、-78℃でルカプトプロパノール(18-6、1.0当量)およびNEt3(2.2当量)のTHF(0.1M)溶液を5分かけて滴下した。1時間撹拌後、得られた反応液を室温に加温し、一部を31P NMRにより確認した。90%以上の生成物が検出された。沈殿した塩を濾過し、続いて濃縮して生成物を得た。
化合物1-50
Figure 2021521197
 表題化合物を化合物1-49の製造と同じ化学反応を用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.48-7.28 (m, 11H), 5.89 (br dd, J=11.6, 2.3Hz, 1H), 5.08-4.96 (m, 1H), 2.81 (dt, J=15.1, 12.1Hz, 1H), 2.53 (br d, J=15.1Hz, 1H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 26.0 (s, 1P)
化合物1-51
Figure 2021521197
 表題化合物を化合物18-7fの製造と同じ化学反応を用いて製造した。1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.52-7.35 (m, 10H), 5.77 (td, J=8.4, 3.6Hz, 1H), 4.93-4.86 (m, 1H), 2.97 (ddd, J=15.2, 7.2, 3.7Hz, 1H), 2.78-2.71 (m, 1H)
化合物1-52および1-53の基本手順
Figure 2021521197
 P(V)Cl(1.5当量)およびHXAr(1.0当量)/MeCN(0.1M)の冷却溶液に、0℃でDBU(1.2当量)を滴下して加えた。1時間撹拌後、得られた反応液を室温に加温した。沈殿した塩を濾過し、カラムクロマトグラフィー後に生成物を単離した。
化合物1-52
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.37-8.29 (m, J=9.0Hz, 2H), 7.60-7.54 (m, J=8.9Hz, 2H), 7.50-7.33 (m, 10H), 5.75 (br d, J=11.4Hz, 1H), 4.67 (br d, J=12.1Hz, 1H), 2.68-2.58 (m, 1H), 2.56-2.45 (m, 1H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 12.1(s, 1P)
化合物1-53
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.34 (d, J=9.0Hz, 1H), 8.19-8.15 (m, J=9.0Hz, 2H), 7.49-7.37 (m, 11H), 7.11-7.07 (m, J=9.0Hz, 2H), 5.95-5.90 (m, 1H), 4.86-4.79 (m, 1H), 2.95 (br dd, J=15.6, 5.3Hz, 1H), 2.76 (ddd, J=15.3, 10.3, 4.5Hz, 1H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 12.5(s, 1P)
d. ステップ5
積載ヌクレオシド製造の基本手順A
Figure 2021521197
 P(V)試薬(過剰量)およびヌクレオシド(1.0当量)/MeCNまたはTHFまたはピリジンまたはDMF(0.1M)の溶液に、縮合剤、塩基および活性剤(過剰量)を加えた。反応は1〜48時間室温、または時々加熱して進行した。カラムクロマトグラフィー後、生成物を単離した。
最も機能する具体的な条件：縮合剤としてトリイソプロピルベンゼンスルホニルクロライドまたはメシチルスルホニルクロライド、塩基としてN-メチルイミダゾール、THF中、温度：50/60℃。
化合物3-132
Figure 2021521197
 1H NMR(600MHz、アセトン-d6) δ 10.07 (s, 1H), 7.64-7.56 (m, 2H), 7.56-7.47 (m, 5H), 7.50-7.34 (m, 11H), 7.37-7.28 (m, 2H), 7.28-7.21 (m, 1H), 6.96-6.84 (m, 4H), 6.42 (dt, J = 8.3, 6.3Hz, 1H), 5.91-5.82 (m, 1H), 5.43 (dddt, J = 31.4, 8.6, 5.5, 2.6Hz, 1H), 4.85 (q, J = 7.7Hz, 0H), 4.76 (q, J = 7.6Hz, 1H), 4.39-4.34 (m, 1H), 3.83-3.74 (m, 7H), 3.55-3.44 (m, 2H), 2.78-2.60 (m, 4H), 1.52 (dd, J = 18.6, 1.2Hz, 3H), 1.36-1.23 (m, 3H). 31P NMR(162MHz、アセトン-d6) δ 21.08 (d, J = 10.0 Hz)
積載ヌクレオシド製造の基本手順B
Figure 2021521197
 P(V)試薬(1.3当量)およびヌクレオシド(1.0当量)/MeCN(0.1M)の溶液に、DBU(1.3当量)を滴下して加えた。0.5時間撹拌後、生成物を通常通りワークアップし、カラムクロマトグラフィー後に生成物を単離した。
化合物3-133
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.32 (s, 1H), 7.57 (br t, J=8.4Hz, 4H), 7.38-7.23 (m, 16H), 6.42 (dd, J=9.1, 5.1Hz, 1H), 5.67 (br d, J=11.3Hz, 1H), 5.40 (br t, J=6.5Hz, 1H), 4.83 (br d, J=11.9Hz, 1H), 4.22 (br s, 1H), 3.93 (br d, J=11.6Hz, 1H), 3.85 (br d, J=11.4Hz, 1H), 2.59 (br dd, J=13.8, 5.0Hz, 1H), 2.50-2.38 (m, 1H), 2.38-2.30 (m, 1H), 2.30-2.19 (m, 1H), 1.02 (s, 9H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 20.5(s, 1P)
化合物3-134
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 7.66 (br d, J=7.0Hz, 4H), 7.48-7.34 (m, 16H), 6.58 (dd, J=9.2, 5.0Hz, 1H), 5.57 (br d, J=11.4Hz, 1H), 5.41 (br t, J=6.7Hz, 1H), 4.54 (br d, J=11.6Hz, 1H), 4.45 (s, 1H), 4.08-3.99 (m, 2H), 2.85 (dd, J=13.8, 5.0Hz, 1H), 2.64-2.46 (m, 1H), 2.45-2.29 (m, 2H), 1.16-1.06 (m, 9H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 15.8(s, 1P)
化合物3-135
Figure 2021521197
 1H NMR(400MHz、クロロホルム-d) δ 8.09 (br s, 1H), 7.70-7.62 (m, 4H), 7.54 (br d, J=7.6Hz, 1H), 7.50-7.35 (m, 14H), 7.27-7.22 (m, 1H), 6.38-6.28 (m, 1H), 5.79 (br s, 1H), 5.18 (br d, J=6.1Hz, 1H), 4.76 (br d, J=19.8Hz, 1H), 3.95 (s, 1H), 3.72-3.67 (m, 1H), 2.88-2.76 (m, 1H), 2.67 (br dd, J=9.8, 5.2Hz, 1H), 1.12 (s, 5H), 1.09 (s, 4H). 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ 17.9 (s, 1P), 17.6 (s, 1P)
e. ステップ6
Figure 2021521197
 P(V)試薬(1.0当量)およびヌクレオシド(2.0当量)/MeCN(0.1M)の溶液に、DBU(3.0当量)を滴下して加えた。1時間撹拌後、生成物を通常通りワークアップし、カラムクロマトグラフィー後、生成物を単離した。
化合物5-11
Figure 2021521197
 31P NMR(202MHz、クロロホルム-d) δ -1.74(s, 1P)
化合物5-12
Figure 2021521197
 31P NMR(202MHz、MeCN-d) δ -0.81(s, 1P)
概略および要約書のセクションではなく、詳細な説明のセクションが請求項を解釈するために用いられることを意図することが理解される。概略および要約書のセクションは、発明者により検討されているような本開示の実施態様1つ以上の例を示し得るが、全ての例を示し得るものではなく、それ故、本発明および添付の請求項を制限することを決して意図するものではない。
本発明は、特定の官能基およびその関連性の働きを具体的に示しながら、官能基の構成要素を用いて上記で説明されている。これらの官能基の構成要素の境界線は、説明の便宜上、本明細書で任意に定義される。特定の官能基およびその関連性が適当に機能している間は、別の境界線が定義され得る。
前述の具体的な実施態様の説明により、本発明の一般的性質が完全に明らかになるため、発明者以外が当業者の知識を適用することで、過度の実験をせず、本開示の基本概念から離れることなく、上記の特定の実施態様を容易に様々な応用に改良および/または適応され得る。それ故、そのような応用および改良は、本明細書に提示された内容および指針に基づいて、本開示の実施態様と同等の意義の範囲内であることを意図する。本明細書の表現または専門用語は、説明のための使用であり、内容および指針を踏まえて当業者に解釈される本明細書の表現または専門用語に限定されることはないと理解されるべきである。
本開示の幅および範囲は、上記に記載のいずれかの例示の実施態様に制限されるべきではなく、次に示す請求項およびそれに同等のもののみに従って定義されるべきである。

Claims (44)

  1. 式(I)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    ここで
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    mは、0、1、または2であり；および
    LGは、脱離基である］
    の化合物。
  2. 式(II)-(IIc)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    ここで
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
    mは、0、1または2であり；および
    LGは、脱離基であり;
    但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方はキラルであり、式(I)の化合物は、立体化学的な純度が少なくとも90％である］
    のいずれか1つを有する、請求項1に記載の化合物。
  3. 式(IId)-(IIg)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1およびR3は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1およびR3とそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成し；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；および
    LGは、脱離基である］
    のいずれか1つを有する、請求項2に記載の化合物。
  4. 請求項3に記載の化合物であって、
    R1およびR3は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリールであり；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
    および
    LGは、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される脱離基である、化合物。
  5. 式
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであり；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    R7は、水素、CD3、OH、ハロゲン、CN、CF3、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル、または直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    ここで
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；および
    LGは、脱離基である］
    を有する、請求項1に記載の化合物。
  6. 式(III)-(IIIc)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルであり；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    および
    LGは、脱離基である］
    のいずれか1つを有する、請求項5に記載の化合物。
  7. 請求項6に記載の化合物であって、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3、CF3；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルであり；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    および
    LGは、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される脱離基である、化合物。
  8. 式
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；および
    LGは、脱離基である］
    を有する、請求項5に記載の化合物。
  9. 脱離基のpKaが約10未満である、請求項1〜8のいずれかに記載の化合物。
  10. 脱離基が、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、請求項1〜3、5、6および9のいずれかに記載の化合物。
  11. 化合物が、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、請求項2に記載の化合物。
  12. 化合物が、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、請求項6に記載の化合物。
  13. 化合物が、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、請求項8に記載の化合物。
  14. 式(IV)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    Rcは、水素であり；
    mは、0、1、または2であり；および
    Nuは、ヌクレオシドであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり、式(IV)の化合物は、立体化学的な純度が少なくとも90％であるが；
    但し、化合物IVが、次の化合物：
    Figure 2021521197
     を含まない］
    の立体化学的に純粋な化合物。
  15. 式：
    Figure 2021521197
     (式中、R1、R2、R3、およびR4、X1およびX2、Y、およびNuは、請求項14で定義される)
    を有する、請求項14に記載の化合物。
  16. 式(V)-(Vc)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R3、R5およびR6は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R3、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R3、R5およびR6は、上記(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    YはO、SまたはNRcであり；
    ここで
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
    mは、0、1または2であり；および
    Nuは、ヌクレオシドである］
    のいずれか1つを有する、請求項14に記載の化合物。
  17. 式(Vd)-(Vg)：
    Figure 2021521197
     (a)R1およびR3は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1およびR3とそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成し；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    および
    Nuは、ヌクレオシドである］
    のいずれか1つを有する、請求項16に記載の化合物。
  18. 式：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3またはCF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    R7は、水素、CD3、OH、ハロゲン、CN、CF3、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル、または直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；
    nは、0、1、2、3または4であり；および
    Nuは、ヌクレオシドである］
    を有する、請求項14に記載の化合物。
  19. 式(VI)-(VIc)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3、CF3；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルであり；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；および
    Nuは、ヌクレオシドである］
    のいずれか1つを有する、請求項17に記載の化合物。
  20. 式：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    R2およびR4は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    Raは、水素、重水素、CD3、C1-C6アルキル、OH、ハロゲン、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRbであり；
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルであり；
    X1およびX2は、独立して、O、SまたはNRcであり；
    Yは、O、SまたはNRcであり；
    Rcは、水素またはC1-C4アルキルであり；および
    Nuは、ヌクレオシドである］
    を有する、請求項18に記載の化合物。
  21. 請求項1または2に記載の化合物を形成するために、式(VII)：
    Figure 2021521197
     (式中、
    XおよびYは、独立して、OまたはSであり；および
    Phは、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、アリール、ヘテロアリール、ハロゲン、-CN、または-NO2から選択される1つ以上の基で適宜置換されていてもよいフェニルである)
    の化合物をエポキシドまたはエピスルフィドと反応させることを含む、請求項1または2に記載の化合物を製造する方法。
  22. エポキシドが、次の式(VIII)：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R2、R3およびR4は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R2、R3、およびR4のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキルを形成する一方、残存のR1、R2、R3、およびR4は、(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、トリチウム、ハロゲン、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、OH、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRb；直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニルであるか；または、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；および
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    但し、R1およびR2基に結合する炭素、R3およびR4基に結合する炭素のいずれか、またはその両方がキラルである］
    を有する、請求項21の方法。
  23. 請求項22の方法であって、エポキシドが、
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
     および
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、方法。
  24. 請求項21の方法であって、式(VII)の化合物が、
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、方法。
  25. エピスルフィドがチイランである、請求項21の方法。
  26. 請求項1または2に記載の化合物を製造する方法であって、PCl3と適宜置換されたメルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノールとの反応を含む方法であり、メルカプトエタノールまたはメルカプトプロパノールが、次の式：
    Figure 2021521197
     ［式中、
    (a)R1、R2、R3、R4、R5およびR6は、独立して、水素、CD3、CF3；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C1-C20アルキル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルケニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C12アルキニル；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロアリール；1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいヘテロシクリル；または1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC3-C8シクロアルキルであるか；
    または
    (b)R1、R2、R3、R4、R5、およびR6のいずれか2つとそれらが接続する炭素が一体になって、1つ以上の、同じまたは異なるRa基で適宜置換されていてもよいC4-C8シクロアルキル基を形成する一方、残存のR1、R2、R3、R4、R5、およびR6は、(a)で定義され；
    Raは、水素、重水素、トリチウム、ハロゲン、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキル、OH、CN、CF3、O-C1-C6アルキル、O-アリール、O-ヘテロアリール、O-C3-C8シクロアルキル、O-ヘテロシクリル、-NRbRb、-COORbまたは-CONRbRb；直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルケニル；または、直鎖または分枝鎖C1-C6アルキルで適宜置換されていてもよい直鎖または分枝鎖C2-C6アルキニルであり；および
    Rbは、各存在において独立して、同じまたは異なる水素、直鎖または分枝鎖C1-C12アルキル、アリール、ヘテロアリール、ヘテロシクリルまたはC3-C8シクロアルキルであり；
    但し、R1またはR2基に結合する炭素、R3またはR4基に結合する炭素、またはR4またはR5基に結合する炭素のいずれか、または上記の全てがキラルである］
    から選択される、方法。
  27. 請求項1に記載の化合物を塩基存在下でヌクレオシドと反応させることを含む、請求項14〜20に記載の化合物を製造する方法。
  28. 塩基が、DBU、BTMG、TMG、LiHMDS、LiOtBu、KHMDS、KOtBu、NaHMDS、NaOtBu、DABCO、NMI、DIPEA、Pyr、2,6-Lut、およびイミダゾールからなる群から選択される、請求項27の方法。
  29. 反応が、温度：約-78℃〜約25℃の間で行われる、請求項27の方法。
  30. 反応が、約10分〜約10時間行われる、請求項27の方法。
  31. 請求項14〜20に記載の化合物をヌクレオシドと反応させることを含む、ホスホロチオエートヌクレオシド間結合を形成する方法。
  32. 該ヌクレオシドがリボヌクレオシドである、請求項31の方法。
  33. 該ヌクレオシドがデオキシリボヌクレオシドである、請求項31の方法。
  34. 環状ジヌクレオチドを製造する方法であって、
    a)請求項1または2に記載の化合物を塩基存在下でヌクレオシドと反応させて、積載ヌクレオシドを形成し；
    b)積載ヌクレオシドを別のヌクレオシドと反応させ、それにより2つのヌクレオシドをカップリングし；
    c)請求項1または2に記載の化合物を、カップリングしたヌクレオシドに添加して、環状ジヌクレオチドを形成させる
    ことを含む、方法。
  35. オリゴヌクレオチドを製造する方法であって、
    a)請求項1または2に記載の化合物を塩基存在下で第1ヌクレオシドと反応させて、積載ヌクレオシドを形成し；
    b)ステップ(a)において形成された積載ヌクレオシドを第2ヌクレオシドと反応させ、それにより2つのヌクレオシドがカップリングして、ジヌクレオチドが形成され；
    c)請求項1または2に記載の化合物を添加して、積載ジヌクレオチドを形成し；
    d)別のヌクレオシドを添加して、それにより上記ジヌクレオチドにヌクレオシドを追加し；および
    e)ステップ(c)および(d)を1回以上繰り返して、所望の数のヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチドを形成させる
    ことを含む、方法。
  36. ステップ(b)および(d)におけるヌクレオシドが5'末端において保護基を有する場合の、請求項35の方法。
  37. 該保護基が4,4'-ジメトキシトリチルである、請求項36の方法。
  38. 該保護基が各カップリングステップ後に除去される、請求項36の方法。
  39. ステップ(a)におけるヌクレオシドが3'末端においてレジンに結合している、請求項35の方法。
  40. オリゴヌクレオチドのレジンからの切断を含む、請求項39の方法。
  41. 式：
    Figure 2021521197
     を有する、請求項1に記載の化合物。
  42. 化合物が、
    Figure 2021521197
     からなる群から選択される、請求項11に記載の化合物。
  43. 式：
    Figure 2021521197
     を有する、請求項1に記載の化合物。
  44. 式：
    Figure 2021521197
     を有する、請求項1に記載の化合物。
JP2020555865A 2018-04-13 2019-04-12 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用 Active JP7434171B2 (ja)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2024016813A JP2024054231A (ja) 2018-04-13 2024-02-07 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用

Applications Claiming Priority (9)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US201862657551P 2018-04-13 2018-04-13
US62/657,551 2018-04-13
US201862668098P 2018-05-07 2018-05-07
US62/668,098 2018-05-07
US201862697896P 2018-07-13 2018-07-13
US62/697,896 2018-07-13
US201862729314P 2018-09-10 2018-09-10
US62/729,314 2018-09-10
PCT/US2019/027256 WO2019200273A1 (en) 2018-04-13 2019-04-12 Novel phosphorous (v)-based reagents, processes for the preparation thereof, and their use in making stereo-defined organophoshorous (v) compounds

Related Child Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2024016813A Division JP2024054231A (ja) 2018-04-13 2024-02-07 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用

Publications (2)

Publication Number Publication Date
JP2021521197A true JP2021521197A (ja) 2021-08-26
JP7434171B2 JP7434171B2 (ja) 2024-02-20

Family

ID=66323965

Family Applications (2)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2020555865A Active JP7434171B2 (ja) 2018-04-13 2019-04-12 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用
JP2024016813A Pending JP2024054231A (ja) 2018-04-13 2024-02-07 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2024016813A Pending JP2024054231A (ja) 2018-04-13 2024-02-07 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用

Country Status (12)

Country Link
US (2) US11613554B2 (ja)
EP (1) EP3774824A1 (ja)
JP (2) JP7434171B2 (ja)
KR (1) KR20210003793A (ja)
CN (1) CN112236438A (ja)
AU (1) AU2019252812A1 (ja)
BR (1) BR112020018905A2 (ja)
CA (1) CA3096682A1 (ja)
IL (1) IL277494A (ja)
MX (1) MX2020009416A (ja)
SG (1) SG11202008827XA (ja)
WO (1) WO2019200273A1 (ja)

Families Citing this family (7)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO2020117739A1 (en) * 2018-12-04 2020-06-11 Bristol-Myers Squibb Company Process for the preparation of a cyclic dinucleotide
WO2021146391A1 (en) * 2020-01-16 2021-07-22 Bristol-Myers Squibb Company Reagents and their use for modular enantiodivergent synthesis of c–p bonds
WO2021207085A1 (en) * 2020-04-06 2021-10-14 The Scripps Research Institute Synthetic elaboration of native dna by rass (sendr)
CN111592570B (zh) * 2020-05-15 2022-04-29 清华大学 新型sting激动剂及其制备方法和应用
CN117836304A (zh) 2021-03-19 2024-04-05 巴克姆股份公司 改进的寡核苷酸合成
EP4320138A1 (en) 2021-04-09 2024-02-14 Bachem Holding AG Pseudo solid phase protecting group and methods for the synthesis of oligonucleotides and oligonucleotide conjugates
WO2024010870A2 (en) * 2022-07-07 2024-01-11 Eisai R&D Management Co., Ltd. Crystalline monomers for preparing antisense oligonucleotides and methods of their preparation and use

Citations (8)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE3520386A1 (de) * 1985-06-07 1986-12-11 Bayer Ag, 5090 Leverkusen 1,3,2-oxathiaphospholan-2-sulfide enthaltende schaedlingsbekaempfungsmittel
HU202246B (en) * 1987-12-23 1991-02-28 Eszakmagyar Vegyimuevek Fungicide compositions containing 2-(substituted)-aryl- or aryloxy- or arylthio-(alkyl- or alkoxy)-2-thio-1,3,2-oxathio-phospholane derivatives as active components and process for producing the active components
JP2002520420A (ja) * 1998-07-14 2002-07-09 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド 部位特異的キラルホスホロチオエート・ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチド
JP2005525422A (ja) * 2002-05-13 2005-08-25 メタバシス・セラピューティクス・インコーポレイテッド Ｐｍｅａおよびｐｍｐａの環状プロドラッグの製法
JP2006248949A (ja) * 2005-03-09 2006-09-21 Univ Nagoya ヌクレオシド誘導体、ヌクレオチド誘導体及びそれらの製造方法
WO2015164693A1 (en) * 2014-04-24 2015-10-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising alpha-beta-constrained nucleic acid
WO2019023459A1 (en) * 2017-07-28 2019-01-31 Bristol-Myers Squibb Company CYCLIC DINUCLEOTIDES AS ANTICANCER AGENTS
WO2019046498A1 (en) * 2017-08-31 2019-03-07 Bristol-Myers Squibb Company CYCLIC DINUCLEOTIDES AS ANTICANCER AGENTS

Family Cites Families (27)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US3687808A (en) 1969-08-14 1972-08-29 Univ Leland Stanford Junior Synthetic polynucleotides
US5132418A (en) 1980-02-29 1992-07-21 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4500707A (en) 1980-02-29 1985-02-19 University Patents, Inc. Nucleosides useful in the preparation of polynucleotides
US4458066A (en) 1980-02-29 1984-07-03 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US4668777A (en) 1981-03-27 1987-05-26 University Patents, Inc. Phosphoramidite nucleoside compounds
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
USRE34069E (en) 1983-08-18 1992-09-15 Biosyntech Gmbh Process for the preparation of oligonucleotides
US5670633A (en) 1990-01-11 1997-09-23 Isis Pharmaceuticals, Inc. Sugar modified oligonucleotides that detect and modulate gene expression
US6166197A (en) 1995-03-06 2000-12-26 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds having pyrimidine nucleotide (S) with 2'and 5 substitutions
US6117993A (en) 1995-05-23 2000-09-12 Hybridon, Inc. Synthons for oligonucleotide synthesis
ATE194990T1 (de) 1995-05-23 2000-08-15 Hybridon Inc Synthon für stereoselektive oligonukleotid- synthese
WO2007031091A2 (en) 2005-09-15 2007-03-22 Santaris Pharma A/S Rna antagonist compounds for the modulation of p21 ras expression
DK2066684T3 (da) 2006-05-11 2012-10-22 Isis Pharmaceuticals Inc 5´-Modificerede bicycliske nukleinsyreanaloge
ES2388590T3 (es) 2007-05-30 2012-10-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos con puente aminometileno N-sustituido.
ES2386492T3 (es) 2007-06-08 2012-08-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos carbocíclicos
ES2376507T5 (es) 2007-07-05 2015-08-31 Isis Pharmaceuticals, Inc. Análogos de ácidos nucleicos bicíclicos 6-disustituidos
US8546556B2 (en) 2007-11-21 2013-10-01 Isis Pharmaceuticals, Inc Carbocyclic alpha-L-bicyclic nucleic acid analogs
US8530640B2 (en) 2008-02-07 2013-09-10 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexitol nucleic acid analogs
US8846639B2 (en) 2008-04-04 2014-09-30 Isis Pharmaceutical, Inc. Oligomeric compounds comprising bicyclic nucleosides and having reduced toxicity
EP2356129B1 (en) 2008-09-24 2013-04-03 Isis Pharmaceuticals, Inc. Substituted alpha-l-bicyclic nucleosides
US9012421B2 (en) 2009-08-06 2015-04-21 Isis Pharmaceuticals, Inc. Bicyclic cyclohexose nucleic acid analogs
US8779118B2 (en) 2010-01-11 2014-07-15 Isis Pharmaceuticals, Inc. Base modified bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
WO2011115818A1 (en) 2010-03-17 2011-09-22 Isis Pharmaceuticals, Inc. 5'-substituted bicyclic nucleosides and oligomeric compounds prepared therefrom
JP2017536366A (ja) 2014-11-19 2017-12-07 ロシュ イノベーション センター コペンハーゲン エーエス Ｌｎａキラルホスホロチオエート
RU2017127609A (ru) 2015-02-04 2019-03-04 Ф. Хоффманн-Ля Рош Аг Антисмысловые олигомеры тау-белка и их применение

Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE3520386A1 (de) * 1985-06-07 1986-12-11 Bayer Ag, 5090 Leverkusen 1,3,2-oxathiaphospholan-2-sulfide enthaltende schaedlingsbekaempfungsmittel
HU202246B (en) * 1987-12-23 1991-02-28 Eszakmagyar Vegyimuevek Fungicide compositions containing 2-(substituted)-aryl- or aryloxy- or arylthio-(alkyl- or alkoxy)-2-thio-1,3,2-oxathio-phospholane derivatives as active components and process for producing the active components
JP2002520420A (ja) * 1998-07-14 2002-07-09 アイシス・ファーマシューティカルス・インコーポレーテッド 部位特異的キラルホスホロチオエート・ヌクレオシド間結合を有するオリゴヌクレオチド
JP2005525422A (ja) * 2002-05-13 2005-08-25 メタバシス・セラピューティクス・インコーポレイテッド Ｐｍｅａおよびｐｍｐａの環状プロドラッグの製法
JP2006248949A (ja) * 2005-03-09 2006-09-21 Univ Nagoya ヌクレオシド誘導体、ヌクレオチド誘導体及びそれらの製造方法
WO2015164693A1 (en) * 2014-04-24 2015-10-29 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomeric compounds comprising alpha-beta-constrained nucleic acid
WO2019023459A1 (en) * 2017-07-28 2019-01-31 Bristol-Myers Squibb Company CYCLIC DINUCLEOTIDES AS ANTICANCER AGENTS
JP2020529400A (ja) * 2017-07-28 2020-10-08 ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニーＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ 抗癌剤としての環状ジヌクレオチド
WO2019046498A1 (en) * 2017-08-31 2019-03-07 Bristol-Myers Squibb Company CYCLIC DINUCLEOTIDES AS ANTICANCER AGENTS
JP2020532542A (ja) * 2017-08-31 2020-11-12 ブリストル−マイヤーズ スクイブ カンパニーＢｒｉｓｔｏｌ−Ｍｙｅｒｓ Ｓｑｕｉｂｂ Ｃｏｍｐａｎｙ 抗癌剤としての環状ジヌクレオチド

Non-Patent Citations (12)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
AGRICULTURAL AND BIOLOGICAL CHEMISTRY, vol. 52(11), JPN6023016074, 1988, pages 2911 - 2917, ISSN: 0005045122 *
BIOORGANIC & MEDICINAL CHEMISTRY LETTERS, vol. 23(12), JPN6023016073, 2013, pages 3580 - 3583, ISSN: 0005045121 *
BULLETIN OF THE ACADEMY OF SCIENCES OF THE USSR, DIVISION OF CHEMICAL SCIENCE, vol. 34, JPN6023016076, 1985, pages 520 - 524, ISSN: 0005045124 *
BULLETIN OF THE ACADEMY OF SCIENCES OF THE USSR, DIVISION OF CHEMICAL SCIENCES, vol. 32(3), JPN6023016077, 1983, pages 613 - 615, ISSN: 0005045125 *
BULLETIN OF THE ACADEMYOF SCIENCES OF THE USSR, DIVISION OF CHEMICAL SCIENCE, vol. 36, JPN6023016079, 1987, pages 2190 - 2192, ISSN: 0005045127 *
COMPTES RENDUS DES SEANCES DE L'ACADEMIE DES SCIENCES, SERIE C: SCIENCES CHIMIQUES, vol. 272(12), JPN6023016069, 1971, pages 1145 - 1148, ISSN: 0005045118 *
HETEROCYCLES, vol. 30(1, Spec. Issue), JPN6023016078, 1990, pages 353 - 357, ISSN: 0005045126 *
IZVESTIYA AKADEMII NAUK SSSR, SERIYA KHIMICHESKAYA, vol. (3), JPN6023016075, 1985, pages 570 - 575, ISSN: 0005045123 *
JOURNAL OF CHROMATOGRAPHY A, vol. 773(1 + 2), JPN6023016067, 1997, pages 285 - 290, ISSN: 0005045116 *
PHOSPHORUS, SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS, vol. 70(3-4), JPN6023016071, 1992, pages 229 - 233, ISSN: 0005045120 *
PHOSPHORUS, SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS, vol. 77(1), JPN6023016070, 1993, pages 188, ISSN: 0005045119 *
PHOSPHORUS, SULFUR AND SILICON AND THE RELATED ELEMENTS, vol. 89(1-4), JPN6023016068, 1994, pages 25 - 29, ISSN: 0005045117 *

Also Published As

Publication number Publication date
BR112020018905A2 (pt) 2021-02-09
KR20210003793A (ko) 2021-01-12
US20190322694A1 (en) 2019-10-24
JP7434171B2 (ja) 2024-02-20
CN112236438A (zh) 2021-01-15
US20230242569A1 (en) 2023-08-03
WO2019200273A1 (en) 2019-10-17
EP3774824A1 (en) 2021-02-17
IL277494A (en) 2020-11-30
US11613554B2 (en) 2023-03-28
SG11202008827XA (en) 2020-10-29
CA3096682A1 (en) 2019-10-17
MX2020009416A (es) 2021-01-08
JP2024054231A (ja) 2024-04-16
AU2019252812A1 (en) 2020-10-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP7434171B2 (ja) 新規リン（ｖ）系試薬、その製造方法、および立体選択的有機リン酸（ｖ）化合物の製造における使用
JP7402696B2 (ja) 合成のための化合物、組成物、及び方法
JP7472018B2 (ja) オリゴヌクレオチド調製のための技術
KR101995521B1 (ko) 역방향 합성 ｒｎａ를 위한 포스포아미디트
JP6038860B2 (ja) リン原子修飾核酸の合成方法
CN108137638B (zh) 桥连型核酸GuNA、其制造方法及中间体化合物
KR20140068884A (ko) 관능화된 핵산의 합성 방법
US20170073368A1 (en) Synthesis of bicyclic nucleosides
CN102212065B (zh) 异核苷化合物或其亚磷酰胺衍生物及其制备方法和应用
CN101426805A (zh) 核酸保护基的脱去方法
CN101426804A (zh) 低聚核酸的加帽法
WO2015133491A1 (ja) ５&#39;末端に非天然ヌクレオチドを有するオリゴヌクレオチド
KR20220129023A (ko) C-p 결합의 모듈식 거울상이성질체발산 합성을 위한 시약 및 그의 용도
WO2024062413A1 (en) Novel stabilized nucleoside phosphates and analogues thereof

Legal Events

Date Code Title Description
A621 Written request for application examination

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A621

Effective date: 20220406

A977 Report on retrieval

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A971007

Effective date: 20230323

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20230425

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20230720

A601 Written request for extension of time

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A601

Effective date: 20230922

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20231024

TRDD Decision of grant or rejection written
A01 Written decision to grant a patent or to grant a registration (utility model)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A01

Effective date: 20240109

A61 First payment of annual fees (during grant procedure)

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A61

Effective date: 20240207

R150 Certificate of patent or registration of utility model

Ref document number: 7434171

Country of ref document: JP

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: R150