JP2021007323A - 酵素−電極間電子伝達増強作用の有無の予測方法 - Google Patents
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Abstract
Description
項1.
対象化合物が、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達を増強する作用Aを有するか否かを予測する方法であって、
対象化合物の構造から作用Aに関連する記述子の値を生成するステップ、及び
前記作用Aに関連する記述子の値を、作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルに適用し、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測するステップ
を含んでおり、
前記作用Aに関連する記述子が、fr_Ar_OH又はSMR_VSA9を含む、方法。
項2.
前記作用Aに関連する記述子が、さらにSMR_VSA6、PEOE_VSA11、fr_ester、及びfr_aryl_methylからなる群から選択される少なくとも一種の記述子を含む、項1に記載の方法。
項3.
前記作用Aに関連する記述子が、さらにSMR_VSA6、PEOE_VSA11、及びfr_aryl_methylを含む、項1に記載の方法。
項4.
前記予測モデルが、
f(x)=−1.00+a×fr_Ar_OH+b×SMR_VSA6+c×PEOE_VSA11+d×fr_aryl_methyl、又は
f(x)=−1.00+e×SMR_VSA9+f×fr_ester+g×fr_aryl_methyl+h×SMR_VSA6+i×PEOE_VSA11
(式中、a〜iは、機械学習により決定される数である。)
において、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルである、項1〜3のいずれかに記載の方法。
項5.
対象化合物が、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達を増強する作用Aを有するか否かを予測する方法であって、
学習用化合物の構造から作用Aに関連する記述子を抽出するステップ、
前記作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルを作成するステップ、
対象化合物の構造から作用Aに関連する記述子の値を生成するステップ、及び
前記作用Aに関連する記述子の値を前記予測モデルに適用し、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測するステップ
を含む、方法。
項6.
項1〜5のいずれかに記載の方法を実行するための手段を備えるシステム。
項7.
項1〜5のいずれかに記載の方法を実行するためのプログラム。
項8.
項7に記載のプログラムが記録された記録媒体。
項9.
化合物Xからなる、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達の増強剤であって、
化合物Xの記述子fr_Ar_OH、SMR_VSA6、PEOE_VSA11、及びfr_aryl_methylの値が、下記式:
−1.00+2.00×fr_Ar_OH+0.37×SMR_VSA6−0.20×PEOE_VSA11+1.43×fr_aryl_methyl
≧0
を満たす、増強剤。
項10.
化合物Xが、芳香環骨格を有する化合物である、項9に記載の増強剤。
対象化合物が作用Aを有するか否かを予測する方法は、一実施形態において、下記ステップ:
(1)対象化合物の構造から作用Aに関連する記述子の値を生成するステップ、及び
(2)前記作用Aに関連する記述子の値を、作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルに適用し、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測するステップ
を含むことが好ましい。
対象化合物としては、構造が特定可能なものである限り特に制限はなく、分子量が1000以下の低分子有機化合物、分子量が1000を超える高分子有機化合物(例えば、合成樹脂、タンパク質、多糖)などが挙げられる。対象化合物は、低分子有機化合物であることが好ましい。また、一実施形態において、対象化合物は単独でメディエーターとしての機能をもたない化合物であることが、予測精度の観点から好ましい。
作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルは、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測することが可能なモデルである限り、特に制限はない。一実施形態において、予測モデルは、機械学習により作成された予測モデルであることが好ましく、より具体的には、後述の追加のステップ(ii)で作成された予測モデルであることが好ましい。
f(x)=-1.00+a×fr_Ar_OH+b×SMR_VSA6+c×PEOE_VSA11+d×fr_aryl_methyl (N) 又は
f(x)=-1.00+e×SMR_VSA9+f×fr_ester+g×fr_aryl_methyl+h×SMR_VSA6+i×PEOE_VSA11 (M)
(式中、a〜iは、機械学習により決定される数である。)
において、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることが好ましい。
f(x)=−1.00+2.44×fr_Ar_OH (N1)
f(x)=−1.00+2.14×fr_Ar_OH+0.25×SMR_VSA6 (N2)
f(x)=−1.00+2.14×fr_Ar_OH+0.39×SMR_VSA6−0.21×PEOE_VSA11 (N3)
f(x)=−1.00+2.00×fr_Ar_OH+0.37×SMR_VSA6−0.20×PEOE_VSA11+1.43×fr_aryl_methyl (N4)
f(x)=−1.00+0.37×SMR_VSA9 (M1)
f(x)=−1.00+0.39×SMR_VSA9−1.72×fr_ester (M2)
f(x)=−1.00+0.37×SMR_VSA9−1.56×fr_ester+1.48×fr_aryl_methyl (M3)
f(x)=−1.00+0.34×SMR_VSA9−1.38×fr_ester+1.39×fr_aryl_methyl+0.17×SMR_VSA6 (M4)
f(x)=−1.00+0.34×SMR_VSA9−1.38×fr_ester+1.39×fr_aryl_methyl+0.36×SMR_VSA6−0.18×PEOE_VSA11 (M5)
のいずれかにおいて、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることが好ましく、式(N2)〜(N4)及び(M2)〜(M5)のいずれかにおいて、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることがより好ましく、式(N3)〜(N4)及び(M3)〜(M5)のいずれかにおいて、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることがさらに好ましく、式(N4)及び(M4)〜(M5)のいずれかにおいて、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることがさらにより好ましく、式(N4)又は(M5)において、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルであることが特に好ましい。
f(x)=-1.00×α+2.44×α×fr_Ar_OH (N1’)
と等価である。
一実施形態において、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測する方法は、ステップ(1)及び(2)に加えて、学習用化合物の構造から作用Aに関連する記述子を抽出するステップ(i)を含むことが好ましい。
<方法1>
PET基板に金を蒸着したシートを用いて、9mm2の作用電極部位を持つ電極チップを作製する(図1)。図1において、「1」はPETフィルムであり、「2」は粘着シートであり、「3」は金蒸着PETフィルムであり、「4」は作用電極部位を示す。この作用電極部位に2%(w/v)のコール酸ナトリウム及び0.15%(w/v)の単層カーボンナノチューブ(SuperPureTubes、NanoIntegris社、外径1.1〜1.7nm)を含む水分散液を5μL滴下し乾燥させる。乾燥後、作用電極部位に超純水に溶解したFADGDH(配列番号2のアミノ酸配列を有する;20U/μL)を5μL滴下し乾燥させる。乾燥後、作用電極部位に、学習用化合物をエタノール又はアセトン又はリン酸ナトリウム緩衝液に溶解した溶液(1%(w/v))を5μL滴下し乾燥させる。乾燥後、作用電極部位に3%(w/v)ナフィオン液を5μL滴下し乾燥させ、カーボンナノチューブ及びFADGDHを作用電極に固定化する。電気化学アナライザー(ALS/CHI 660B、エービーエス(株)社製)の作用極に上記で作製した電極チップ、参照電極に銀/塩化銀電極、対極に白金線をセットする。この3電極を40mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.4)に浸漬する。この緩衝液にグルコースを添加しない場合、又はグルコースを48mMとなるように添加する場合において、サイクリックボルタンメトリーによる測定を実施し、得られたサイクリックボルタモグラムから作用Aの有無を判定する。
<方法2>
PET基板に金を蒸着したシートを用いて、9mm2の作用電極部位を持つ電極チップを作製する(図1)。この作用電極部位に2%(w/v)のコール酸ナトリウム及び0.15%(w/v)の単層カーボンナノチューブ(SuperPureTubes、NanoIntegris社、外径1.1〜1.7nm)を含む水分散液を5μL滴下し乾燥させる。乾燥後、作用電極部位に超純水に溶解したFADGDH(配列番号2のアミノ酸配列を有する;20U/μL)を5μL滴下し乾燥させる。乾燥後、作用電極部位に3%(w/v)ナフィオン液を5μL滴下し乾燥させ、カーボンナノチューブ及びFADGDHを作用電極に固定化する。次に、40mMリン酸ナトリウム緩衝液(pH7.4)に学習用化合物を0.1%(w/v)添加して溶解する。電気化学アナライザー(ALS/CHI 660B)の作用極に上記で作製した電極チップ、参照電極に銀/塩化銀電極、対極に白金線をセットし、上記学習用化合物を溶解したリン酸ナトリウム緩衝液に浸漬する。この緩衝液にグルコースを添加しない(0mM)、又はグルコースを48mMとなるように添加する場合において、サイクリックボルタンメトリーによる測定を実施し、得られたサイクリックボルタモグラムから作用Aの有無を判定する。
一実施形態において、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測する方法は、ステップ(1)及び(2)に加えて、作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルを作成するステップ(ii)を含むことが好ましい。
対象化合物が作用Aを有するか否かを予測する方法は、上記1で記載した通りである。一実施形態において、当該方法を実行するための手段は、入力装置、主記憶装置、補助記憶装置、演算装置、出力装置、及び制御装置を含むことが好ましい。
対象化合物が作用Aを有するか否かを予測する方法は、上記1で記載した通りである。プログラムは、上記方法を実行できる限り特に制限されない。一実施形態において、プログラムは、CD(Compact Disc)-ROM、CD-R、CD-RW、DVD(Digital Versatile Disc)、DVD-RAM、BD(Blu-ray(商標)Disc)、MO(MagnetoOptical disc)、SSD、磁気テープ、各種メモリーカード(USBフラッシュメモリー、SDメモリーカード等)等のコンピュータ読み取り可能な記憶媒体に格納した状態、或いはクラウドコンピュータ等からダウンロードする形態で提供される。また、ネットワークを介して接続されたコンピュータの補助記憶装置にプログラムを格納すること、ネットワークを通じて他のコンピュータにプログラムを転送することなども可能である。
一実施形態において、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達の増強剤は、化合物Xからなることが好ましい。化合物Xの記述子fr_Ar_OH、SMR_VSA6、PEOE_VSA11、fr_ester、及びfr_aryl_methylの値が、式(N), (N1)〜(N4), (M), 及び(M1)〜(M5)のいずれかで表されるf(x)≧0を満たすものであることが好ましく、下記式:
−1.00+2.00×fr_Ar_OH+0.37×SMR_VSA6−0.20×PEOE_VSA11+1.43×fr_aryl_methyl
≧0
を満たすものであることが特に好ましい。また、式(N1)〜(N4)及び(M1)〜(M5)のうち、2つ以上の式(例えば、式(N1)及び(N4))において、f(x)≧0を満たすものであることも好ましい。
PET基板に金を蒸着したシートを用いて、9mm2の作用電極部位を持つ電極チップを作製した(図1)。図1において、「1」はPETフィルムであり、「2」は粘着シートであり、「3」は金蒸着PETフィルムであり、「4」は作用電極部位を示す。この作用電極部位に2%(w/v)のコール酸ナトリウム及び0.15%(w/v)の単層カーボンナノチューブ(SuperPureTubes、NanoIntegris社、外径1.1〜1.7nm)を含む水分散液を5μL滴下し乾燥させた。乾燥後、作用電極部位に超純水に溶解したFADGDH(配列番号2のアミノ酸配列を有する;20U/μL)を5μL滴下し乾燥させた。乾燥後、作用電極部位に、下記の群1及び群2の化合物をエタノール又はアセトン又はリン酸ナトリウム緩衝液に溶解した溶液(1%(w/v))を5μL滴下し乾燥させた。乾燥後、作用電極部位に3%(w/v)ナフィオン液を5μL滴下し乾燥させ、カーボンナノチューブ及びFADGDHを作用電極に固定化した。
作用Aの有無の予測モデルの作成は、学習用データを用いて、(1)記述子の作成、(2)作用Aに関連する記述子の抽出、及び(3)予測式の作成の3段階により行った。
Rdkit(Open-source cheminformatics; http://www.rdkit.org)を用いて、学習用データの各化合物を、化学構造式に基づいて、200種類の記述子の値を計算し、200次元ベクトルに変換した。200種類の記述子には、官能基数、トポロジー、分極性などを表す記述子が含まれる。なお、基本的で汎用性の高い記述子を優先的に用いるため、3次元記述子は除外した。また、学習用データの化合物全てに対し同じ値をもつ記述子は意味をもたないため除外した。
学習用データの化合物の作用Aの有無を判定するために必要な記述子は、200種類のうちでも少数であるから、予測式を作成する前に、記述子の抽出を行った。記述子の抽出には、直交マッチング追跡(orthogonal matching pursuit; OMP)(MALLAT, Stephane; ZHANG, Zhifeng. Matching pursuit with time-frequency dictionaries. Courant Institute of Mathematical Sciences New York United States, 1993)を用いた。OMPはスパースモデリングの一種であり、式(1)のL0ノルム制限付き最適化問題(Rubinstein, R., Zibulevsky, M. and Elad, M., Efficient Implementation of the K-SVD Algorithm using Batch Orthogonal Matching Pursuit Technical Report - CS Technion, April 2008)を係数ベクトルCについて解いた。
既に重要な記述子がOMPにより抽出されており、単純な分類手法で十分であるため、予測式の作成には、線形カーネルによるサポートベクター分類(Support Vector Classification; SVC)(R.-E. Fan, K.-W. Chang, C.-J. Hsieh, X.-R. Wang, and C.-J. Lin. LIBLINEAR: A Library for Large Linear Classification, Journal of Machine Learning Research 9(2008), 1871-1874. Software available at http://www.csie.ntu.edu.tw/~cjlin/liblinear)を用いた。線形SVCでは、双対変数ベクトル
群3の化合物を検証用データに用いた。
Claims (10)
- 対象化合物が、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達を増強する作用Aを有するか否かを予測する方法であって、
対象化合物の構造から作用Aに関連する記述子の値を生成するステップ、及び
前記作用Aに関連する記述子の値を、作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルに適用し、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測するステップ
を含んでおり、
前記作用Aに関連する記述子が、fr_Ar_OH又はSMR_VSA9を含む、方法。 - 前記作用Aに関連する記述子が、さらにSMR_VSA6、PEOE_VSA11、fr_ester、及びfr_aryl_methylからなる群から選択される少なくとも一種の記述子を含む、請求項1に記載の方法。
- 前記作用Aに関連する記述子が、さらにSMR_VSA6、PEOE_VSA11、及びfr_aryl_methylを含む、請求項1に記載の方法。
- 前記予測モデルが、
f(x)=−1.00+a×fr_Ar_OH+b×SMR_VSA6+c×PEOE_VSA11+d×fr_aryl_methyl、又は
f(x)=−1.00+e×SMR_VSA9+f×fr_ester+g×fr_aryl_methyl+h×SMR_VSA6+i×PEOE_VSA11
(式中、a〜iは、機械学習により決定される数である。)
において、f(x)が0以上であれば、対象化合物が作用Aを有すると予測するモデルである、請求項1〜3のいずれかに記載の方法。 - 対象化合物が、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達を増強する作用Aを有するか否かを予測する方法であって、
学習用化合物の構造から作用Aに関連する記述子を抽出するステップ、
前記作用Aに関連する記述子の関数として表される予測モデルを作成するステップ、
対象化合物の構造から作用Aに関連する記述子の値を生成するステップ、及び
前記作用Aに関連する記述子の値を前記予測モデルに適用し、対象化合物が作用Aを有するか否かを予測するステップ
を含む、方法。 - 請求項1〜5のいずれかに記載の方法を実行するための手段を備えるシステム。
- 請求項1〜5のいずれかに記載の方法を実行するためのプログラム。
- 請求項7に記載のプログラムが記録された記録媒体。
- 化合物Xからなる、ナノカーボンによる酵素−電極間電子伝達の増強剤であって、
化合物Xの記述子fr_Ar_OH、SMR_VSA6、PEOE_VSA11、及びfr_aryl_methylの値が、下記式:
−1.00+2.00×fr_Ar_OH+0.37×SMR_VSA6−0.20×PEOE_VSA11+1.43×fr_aryl_methyl
≧0
を満たす、増強剤。 - 化合物Xが、芳香環骨格を有する化合物である、請求項9に記載の増強剤。
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Citations (7)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2009014485A (ja) * | 2007-07-04 | 2009-01-22 | Funai Electric Advanced Applied Technology Research Institute Inc | 酵素電極及び酵素センサ |
CN101908630A (zh) * | 2009-06-04 | 2010-12-08 | 中国科学院化学研究所 | 一种介体型生物燃料电池阳极及其制备方法 |
WO2012066806A1 (ja) * | 2010-11-18 | 2012-05-24 | 独立行政法人科学技術振興機構 | 微生物燃料電池用電極及びそれを用いた微生物燃料電池 |
WO2014002998A1 (ja) * | 2012-06-25 | 2014-01-03 | 合同会社バイオエンジニアリング研究所 | 酵素電極 |
JP2015131734A (ja) * | 2014-01-09 | 2015-07-23 | 国立大学法人信州大学 | 単層カーボンナノチューブ、それを含む電極シート、それの製造方法、および、それの分散体の製造方法 |
US20170322167A1 (en) * | 2016-05-04 | 2017-11-09 | Massachusetts Institute Of Technology | Polymer / single-walled carbon nanotube composite for gas detection |
WO2018043050A1 (ja) * | 2016-08-29 | 2018-03-08 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | グルコースセンサ用試薬、グルコースセンサ、グルコースセンサの製造方法、および、グルコース測定装置 |
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WO2007055100A1 (ja) * | 2005-11-08 | 2007-05-18 | Ultizyme International Ltd. | 酵素電極 |
JP6435264B2 (ja) * | 2013-08-07 | 2018-12-05 | アークレイ株式会社 | 電気化学式バイオセンサを用いた物質の測定方法及び測定装置 |
CN105403605A (zh) * | 2015-10-23 | 2016-03-16 | 太原理工大学 | 一种纳米碳管载葡萄糖氧化酶膜电极的制备方法 |
-
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Patent Citations (7)
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---|---|---|---|---|
JP2009014485A (ja) * | 2007-07-04 | 2009-01-22 | Funai Electric Advanced Applied Technology Research Institute Inc | 酵素電極及び酵素センサ |
CN101908630A (zh) * | 2009-06-04 | 2010-12-08 | 中国科学院化学研究所 | 一种介体型生物燃料电池阳极及其制备方法 |
WO2012066806A1 (ja) * | 2010-11-18 | 2012-05-24 | 独立行政法人科学技術振興機構 | 微生物燃料電池用電極及びそれを用いた微生物燃料電池 |
WO2014002998A1 (ja) * | 2012-06-25 | 2014-01-03 | 合同会社バイオエンジニアリング研究所 | 酵素電極 |
JP2015131734A (ja) * | 2014-01-09 | 2015-07-23 | 国立大学法人信州大学 | 単層カーボンナノチューブ、それを含む電極シート、それの製造方法、および、それの分散体の製造方法 |
US20170322167A1 (en) * | 2016-05-04 | 2017-11-09 | Massachusetts Institute Of Technology | Polymer / single-walled carbon nanotube composite for gas detection |
WO2018043050A1 (ja) * | 2016-08-29 | 2018-03-08 | 国立研究開発法人産業技術総合研究所 | グルコースセンサ用試薬、グルコースセンサ、グルコースセンサの製造方法、および、グルコース測定装置 |
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