JP2018529354A - L−トレオニンを生産する組み換え微生物及びそれを用いてl−トレオニンを生産する方法 - Google Patents

L−トレオニンを生産する組み換え微生物及びそれを用いてl−トレオニンを生産する方法 Download PDF

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Abstract

本出願は、トレオニンを生産する組み換え微生物、及びそれを用いてL−トレオニンを生産する方法に関する。

Description

本出願は、トレオニンを生産する組み換え微生物、及びそれを用いてL−トレオニンを製造する方法に関する。
トレオニンは必須アミノ酸の一種で、飼料、食品添加物及び動物成長促進剤として広く用いられ、医薬用に輸液剤、医薬品の合成原料としても用いられる。
微生物を用いたトレオニン生産方法において、収率を向上させるためにトレオニン生合成遺伝子(例えば、ppc、aspC、thrABC)の強化とともにトレオニン分解経路を遮断する方法が知られている(Kwang−Ho Lee,et al.,Molecular System Biology 2007)。トレオニン分解経路上の遺伝子には、tdh、tdcB、glyA、ilvAなどがあるが、これらの中でilvA(トレオニンデアミナーゼ、Threonine deaminase)が最も主要なトレオニン分解遺伝子として知られている。分解遺伝子のうち、ilvA遺伝子を欠損した場合、トレオニンの収率は大幅に向上するが、高価なイソロイシン(isoleucine)に対する要求性が示されるという問題があるため、一般的にはilvA活性弱化及びイソロイシンに対する高敏感性の変異を適用することが知られている(Akhverdian Valery Z,et al.)。
一方、コリネバクテリウム属菌株またはエシェリキア属菌株はトレオニン分解経路であるilvA遺伝子を介して2−ケト酪酸(2−ketobutyrate)を生産して、イソロイシンを生合成する。しかし、メタノコッカス・ヤナシイ(Methanococcus jannaschii)のような微生物は、シトラマレート合成酵素(citramalate synthase、cimA)を介してアセチルCoA及びピルビン酸を基質として、2−ケト酪酸及びイソロイシンを合成することができると知られている(Atsumi,Liao JC,Appl Environ Microbiol.,2008)。
韓国登録特許第10‐0576342号公報 韓国登録特許第10‐0620092号公報
Howell et al.,J Bacteriol.181:331−333,1999 Xu et al.,J Bacteriol.186:5400−5409,2004 Risso et al.,J Bacteriol.190:2266−2274,2008
本発明者らはトレオニンを効果的に生産する方法を開発するために鋭意努力した結果、トレオニン生産菌株にトレオニンデアミナーゼ(Threonine deaminase、IlvA)酵素の活性を減少させて、シトラマレート合成酵素(citramalate synthase、cimA)遺伝子を導入する方法によりトレオニン生産収率を向上させ、酢酸の蓄積に応じて培養が遅れるという既存の問題点(Xie X,et al.,J Ind Microbiol Biotechnol.2014)を克服しうることを確認し、本出願を完成した。
本出願の一つの目的は、トレオニンを高効率で生産する組み換え微生物を提供することにある。
本出願の他の一つの目的は、前記微生物を用いてトレオニンを生産する方法を提供することにある。
本出願のトレオニンを生産する組み換え微生物は、トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase、ilvA)の活性が減少または不活性化されて、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase、cimA)の活性が導入されることにより、微生物内の酢酸の蓄積量が減少するのに応じて生長能が維持されるか、向上されて、優れたトレオニン生産能を有するようになった。これにより、産業的な規模においても、トレオニンの効率的かつ経済的な生産に広く活用される。
mini‐Mu遺伝子の挿入方法に用いられるヘルパープラスミドであるpCJ−MuABプラスミドの遺伝子地図を示す概要図である。 トレオニン生合成の遺伝子導入に用いられるmini‐Mu遺伝子の挿入方法に用いられる導入用プラスミドであるpMu−R6Kプラスミドの遺伝子地図を示す概要図である。
前記目的を達成するために、本出願の一態様は、トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase、IlvA)の活性が減少または不活性化されて、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase)の活性を有する、トレオニンを生産する組み換え微生物を提供する。
本出願で用語、「トレオニン」は、ヒドロキシ−α−アミノ酸であって、体内で生産されない必須アミノ酸の一つとして化学式HOCCH(NH)CH(OH)CHであるアミノ酸を意味する。本出願でトレオニンは、光学異性体のL型またはD型であってもよく、これに限定されない。
本出願で用語、「トレオニンを生産する」とは、該当微生物が培地で培養されるとき、微生物内または前記培地にトレオニンを生産及び蓄積する能力を示すことを意味する。このようなトレオニン生産能は、野生型菌株によって保持された特性であるか、または菌株の改良によって付与または増強された特性であってもよい。
本出願で用語、「トレオニンデアミナーゼ(EC4.3.1.19)」は、トレオニンアンモニアリアーゼ(threonine ammonia−lyase)またはトレオニンデヒドラターゼ(threonine dehydratase)などとも呼ばれており、トレオニンをα−ケト酪酸(α−ketobutyrate)とアンモニアとに転換する反応を触媒する酵素である。このように生産されたα−ケト酪酸は、イソロイシンの前駆体として用いられるため、前記トレオニンデアミナーゼを欠損させる場合、イソロイシンの生合成が正常でないため微生物の生長が阻害されうる。
本出願で用語、「トレオニンデアミナーゼ酵素」と「これをコードする遺伝子」には、前記のようなトレオニンデアミナーゼ活性を有する任意のタンパク質及びこれをコードする任意の遺伝子が制限なく含まれてもよい。
具体的に、前記トレオニンデアミナーゼは、米国生物工学情報センター(NCBI)または日本のDNAデータバンク(DDBJ)などの公知のデータベースから容易に得ることができ、その例として、配列番号7のアミノ酸配列で構成されるものであってもよい。しかし、微生物の種または菌株に応じて前記活性を示すタンパク質のアミノ酸配列の違いが存在する場合があるため、これに限定されない。
また、配列番号7のアミノ酸配列と70%以上、具体的には、80%以上、より具体的には、90%以上、さらに具体的には、95%以上、もっと具体的には、98%以上、最も具体的には、99%以上の相同性を示すアミノ酸配列として、実質的にトレオニンデアミナーゼ活性を有するタンパク質であれば、制限なく本出願の範囲に含まれうる。
さらに、前記配列と相同性を有する配列として、実質的に配列番号7のタンパク質と同一または相当する生物学的活性を有するアミノ酸配列であれば、一部の配列が欠失、変形、置換または付加されたアミノ酸配列を有する場合も、本出願の範囲に含まれるのは自明である。
また、前記トレオニンデアミナーゼをコードする遺伝子は、配列番号7で表されるアミノ酸配列をコードする塩基配列を有してもよい。前記ポリヌクレオチドは、コドンの縮退性(degeneracy)により、または前記タンパク質を発現させようとする生物で好まれるコドンを考慮して、タンパク質のアミノ酸配列を変化させない範囲内でコーディング領域に多様な変形が行われてもよい。前記ポリヌクレオチド配列は、例えば、配列番号30のポリヌクレオチド配列を有してもよく、これと相同性が80%、具体的には、90%以上、より具体的には、99%以上の塩基配列を有してもよい。しかし、これに限定されない。
本出願で用語、「相同性」は、与えられたアミノ酸配列または塩基配列と一致する程度を意味し、パーセンテージとして示されてもよい。本明細書で、与えられたアミノ酸配列または塩基配列と同一または類似の活性を有するその相同性配列が「%相同性」として示される。例えば、スコア(score)、同一性(identity)及び類似度(similarity)などのパラメータ(parameter)を計算する標準ソフトウェア、具体的にはBLAST 2.0を用いたり、定義された厳格な条件下でサザン混成化実験によって配列を比較することにより確認することができ、定義される適切な混成化条件は、当該技術の範囲内であり(例、Sambrook et al.,Molecular Cloning:A Laboratory Manual 1989を参照)、当業者によく知られている方法で決定されうる。
本出願で用語、「酵素の活性が減少」されるということは、該当酵素の活性が野生型または変異前の状態の内在的活性に比べて減少されることを意味する。
また、本出願で用語、「不活性化」とは、該当酵素をコードする遺伝子の発現が野生菌株に比べて低いレベルに減少するか、全く発現されない場合及び発現されてもその活性がないか、減少されたことを意味する。前記酵素の活性の減少または不活性化は、当業界に知られている任意の方法によって行うことができる。
具体的に、該当酵素をコードするポリヌクレオチドの一部または全体の欠失、前記ポリヌクレオチドの発現が減少するように発現調節配列の変形、前記タンパク質の活性が弱化されるように染色体上の前記ポリヌクレオチド配列の変形、またはこれらの組み合わせから選択された方法で行なわれてもよいが、特にこれに限定されない。
前記でタンパク質をコードするポリヌクレオチドの一部または全体を欠失させる方法は、細菌内の染色体挿入用ベクターを介して、染色体内の内在的目的タンパク質を暗号化するポリヌクレオチドを一部の核酸配列が欠失されたポリヌクレオチドまたはマーカー遺伝子に交替することによって行われうる。
次に、前記ポリヌクレオチドの発現が減少または欠失されるように発現調節配列を変形する方法は、特にこれに限定されないが、前記発現調節配列の活性をさらに弱化するように核酸配列を欠失、挿入、非保存的または保存的置換またはこれらの組み合わせで発現調節配列上の変異を誘導して行うか、さらに弱い活性を有する核酸配列に交替することにより行うことができる。前記発現調節配列には、プロモーター、オペレーター配列、リボソーム結合部位をコードする配列、及び転写と解読の終結を調節する配列を含むことができ、これに限定されない。
また、染色体上のポリヌクレオチド配列を変形する方法は、前記タンパク質の活性をさらに弱化するようにポリヌクレオチド配列を欠失、挿入、非保存的または保存的置換、またはこれらの組み合わせで配列上の変異を誘導して行うか、さらに弱い活性を有するように改良されたポリヌクレオチド配列に交替することにより行うことができ、これに限定されない。
本出願で用語、「組み換えベクター」は、適切な宿主内で目的タンパク質を発現させうるように適切な調節配列に作動可能に連結された前記目的タンパク質をコードするポリヌクレオチドの塩基配列を含有するDNA製造物を意味する。前記調節配列は、転写を開始しうるプロモーター、このような転写を調節するための任意のオペレーター配列、適切なmRNAリボソーム結合部位をコードする配列、及び転写及び解読の終結を調節する配列を含んでもよい。組み換えベクターは、適当な宿主細胞内に形質転換された後、宿主ゲノムとは無関係に複製または機能することができ、ゲノムそれ自体に統合されうる。
本出願で用いられる組み換えベクターは、宿主細胞内で複製可能なものであれば特に限定されず、当業界に知られている任意のベクターを用いて製作されうる。通常用いられるベクターの例としては、天然状態であるか、組み換えされた状態のプラスミド、コスミド、ウイルス及びバクテリオファージが挙げられる。例えば、ファージベクターまたはコスミドベクターとして、pWE15、M13、MBL3、MBL4、IXII、ASHII、APII、t10、t11、Charon4A、及びCharon21Aなどを用いてもよく、プラスミドベクターとして、pBR系、pUC系、pBluescriptII系、pGEM系、pTZ系、pCL系及びpET系などを用いてもよい。本出願に使用可能なベクターは、特に制限されるものではなく、公知の発現ベクターを用いてもよい。具体的には、pECCG117、pDZ、pACYC177、pACYC184、pCL、pUC19、pBR322、pMW118、pCC1BACベクターなどを用いてもよい。
一例として、宿主細胞内の染色体挿入用ベクターを介して、染色体内に目的タンパク質をコードするポリヌクレオチドを導入してもよい。前記ポリヌクレオチドの染色体内の導入は、当業界で知られている任意の方法、例えば、相同組み換えによって行われてもよいが、これに限定されない。
本出願で用語、「形質転換」は、標的タンパク質をコードするポリヌクレオチドを含む組み換えベクターを宿主細胞内に導入して宿主細胞内で前記ポリヌクレオチドがコードするタンパク質が発現できるようにすることを意味する。形質転換されたポリヌクレオチドが宿主細胞内で発現さえされれば、宿主細胞の染色体内に挿入されて位置するか、または染色体の他に位置するかに関係なく、これらをすべて含みうる。
また、前記で用語、「作動可能に連結された」ということは、本出願の目的タンパク質をコードするポリヌクレオチドの転写を開始及び媒介するようにするプロモーター配列と、前記遺伝子配列が機能的に連結されていることを意味する。
本出願で用語、「シトラマレートシンターゼ(EC2.3.1.182)」は、アセチルCoAとピルビン酸をシトラマレート及びコエンザイムAに変換する過程を触媒する酵素である。この酵素は、メタノコッカス・ヤナシイ(Methanococcus jannaschii)(非特許文献1)、レプトスピラ・インタロガンス(Leptospira interrogans)(非特許文献2)、ゲオバクター・スルフレデュセンス(Geobacter sulfurreducens)などの古細菌類から発見され、イソロイシン生合成のトレオニン非依存経路に関与する(非特許文献3)。前記酵素は、基質としてのピルビン酸に対する特異性が高く、典型的にイソロイシンによって阻害される。
本出願で用語、「シトラマレートシンターゼ酵素」及び「これをコードする遺伝子」には、前記のようなシトラマレートシンターゼ活性を有する任意のタンパク質及びこれをコードする任意の遺伝子が制限なく含まれる。前記酵素の配列は、米国生物工学情報センター(NCBI)または日本のDNAデータバンク(DDBJ)などの公知のデータベースから容易に得ることができる。
具体的には、メタノコッカス・ヤナシイ由来のシトラマレートシンターゼであってもよく、配列番号1、配列番号2及び配列番号3で構成される群から選択されるアミノ酸配列で構成されるものであってもよい。
また、前記シトラマレートシンターゼをコードする遺伝子(cimA遺伝子)は、配列番号1、配列番号2及び配列番号3で構成される群から選択されるアミノ酸配列をコードする塩基配列を有してもよい。具体的に、前記ポリヌクレオチド配列は、例えば、配列番号4、配列番号5及び配列番号6で構成される群から選択される塩基配列を有してもよく、これと相同性が80%以上、具体的には90%以上、さらに具体的には99%以上の塩基配列を有してもよいが、これに限定されない。微生物の種または菌株に応じて前記活性を示すタンパク質のアミノ酸配列の違いが存在するか、または遺伝子コードの縮退性(degeneracy)により機能的に同様な多数の核酸が任意の所定のタンパク質をコードすることができるため、これに限定されない。
また、実質的に配列番号1、配列番号2及び配列番号3で構成される群から選択されるアミノ酸配列と70%以上、具体的には80%以上、より具体的には90%以上、さらに具体的には95%以上、もっと具体的には98%以上、最も具体的には99%以上の相同性を示すアミノ酸配列であって、実質的にシトラマレートシンターゼ活性を有するタンパク質であれば、制限なく、本出願の範囲に含まれうる。
さらに、前記配列と相同性を有する配列であって、実質的に配列番号1、配列番号2及び配列番号3で構成される群から選択されるアミノ酸配列のタンパク質と同一であるか、または相応する生物学的活性を有するアミノ酸配列であれば、一部の配列が欠失、変形、置換、または付加されたアミノ酸配列を有する場合も、本出願の範囲に含まれるのは自明である。
本出願で用語、「組み換え微生物」は、遺伝子操作された変異微生物を制限せずに含むことができ、遺伝子操作が可能であればエシェリキア属微生物(genus Escherichia)、コリネ型微生物(Corynebacterium)、ブレビ型微生物(Brevibacterium)、セラチア属微生物(genus Serratia)、プロビデンシア属微生物(genus Providencia)であってもよいが、これに限定されない。例えば、本出願の組み換え微生物は、コリネバクテリウム属微生物またはエシェリキア属微生物であってもよく、特に、前記コリネバクテリウム属微生物は、コリネバクテリウム・グルタミクム(Corynebacteriumglutamicum)であってもよく、前記エシェリキア属微生物は、大腸菌(Escherichia coli)であってもよい。
本出願において、前記組み換え微生物は、天然的にトレオニン生産能を有する菌株を親菌株としたものであってもよく、またはトレオニン生産能を強化させようと変異が導入された変異菌株を親菌株としたものであってもよい。前記トレオニン生産能を強化させる変異は、例えば、トレオニン生合成に関連する遺伝子を強化したり、トレオニン分解経路に関連する遺伝子を弱化させるものであってもよい。前記トレオニン生合成に関連する遺伝子は、ピリジンヌクレオチドトランスヒドロゲナーゼ(Pyridine nucleotide transhydrogenase)をコードするpntAB遺伝子、アスパラギン酸−β−セミアルデヒドジヒドロゲナーゼ(aspartate−β−semialdehyde dehydrogenase)をコードするasd遺伝子、アスパラギン酸アミノトランスフェラーゼ(Aspartate aminotransferase)をコードするaspC遺伝子、グルタミン酸ジヒドロゲナーゼ(glutamate dehydrogenase)をコードするgdhA遺伝子、ホスホエノールピルビン酸カルボキシラーゼ(phosphoenol pyruvate carboxylase)を暗号化するppc遺伝子、アスパルターゼ(aspartase)をコードするaspA遺伝子、トレオニンオペロン(thrO)などからなる群から選択された1つ以上の遺伝子であってもよく、トレオニン分解経路に関連する遺伝子はトレオニンジヒドロゲナーゼ(threonine dehydrogenase)をコードするtdh遺伝子、異化トレオニンヒドラターゼ(catabolic threonine hydratase)をコードするtdcB遺伝子などからなる群から選択された1つ以上の遺伝子であってもよい。
本出願の別の態様は、本出願の前記組み換え微生物を培地で培養する段階、及び前記微生物または培地からトレオニンを回収する段階を含むトレオニンを生産する方法を提供する。
具体的に、トレオニンデアミナーゼ酵素の活性が低下または不活性化され、シトラマレートシンターゼ酵素の活性が導入されたトレオニンを生産する組み換え微生物を培地で培養する段階、及び前記微生物または培地からトレオニンを回収する段階を含む、トレオニンを生産する方法を提供する。
本出願で、前記トレオニンデアミナーゼ、シトラマレートシンターゼ、トレオニンを生産する組み換え微生物は、前記説明した通りである。
本出願で用語、「培養」は、微生物を適当に人工的に調節した環境条件で生育させることを意味する。本出願で、微生物、例えば、コリネバクテリウム属微生物やエシェリキア属微生物を培養する段階は、当業界に知られている任意の培養条件及び培養方法を用いてもよい。前記方法において、本出願による微生物、例えば、コリネバクテリウム属微生物やエシェリキア属微生物を培養する段階は、特にこれに制限されないが、公知の回分式培養方法、連続式培養方法、流加式培養方法などにより行われてもよい。
培養に使用される培地は、適切な方法で特定菌株の要件を満たす必要があり、当業者は、公知された内容に応じて適宜使用することができる。コリネバクテリア属菌株やエシェリキア属菌株に対する培養培地は公知されている(例えば、Manual of Methods for General Bacteriology.American Society for Bacteriology.Washington D.C.,USA,1981)。
このとき、培養条件は特に限定されないが、塩基性化合物(例えば、水酸化ナトリウム、水酸化カリウムまたはアンモニア)または酸性化合物(例えば、リン酸または硫酸)を用いて、適正pH(例えば、pH5〜9、好ましくはpH6〜8、最も好ましくはpH6.8)を調節することができる。また、脂肪酸ポリグリコールエステルのような消泡剤を使用して気泡生産を抑制することができる。
酸素または酸素含有ガス混合物を培養物に導入させて好気性条件を維持することができ、培養物の温度は通常20℃〜45℃、好ましくは25℃〜40℃である。培養は、トレオニンの生産量が最大に得られるまで続ける。この目的のために、通常、10〜160時間で達成される。トレオニンは培養培地中に排出されるか、細胞中に含まれてもよい。
併せて、使用される培養用培地は、炭素供給源として、糖及び炭水化物(例えば、グルコース、スクロース、ラクトース、フロクトース、マルトース、糖蜜、澱粉及びセルロース)、油脂及び脂肪(例えば、大豆油、ヒマワリの種油、ピーナッツ油及びココナッツ油)、脂肪酸(例えば、パルミチン酸、ステアリン酸、及びリノール酸)、アルコール(例えば、グリセロール及びエタノール)及び有機酸(例えば、酢酸)などを個別に使用するか、または混合して使用してもよいが、これに限定されるものではない。
窒素供給源としては、窒素含有有機化合物(例えば、ペプトン、酵母抽出液、肉汁、麦芽抽出液、トウモロコシ浸漬液、大豆泊分及びウレア)、または無機化合物(例えば、硫酸アンモニウム、塩化アンモニウム、リン酸アンモニウム、炭酸アンモニウム及び硝酸アンモニウム)などを個別に使用するか、または混合して使用してもよいが、これに限定されるものではない。
リン供給源として、リン酸二水素カリウム、リン酸水素二カリウム、これに相応するナトリウム含有塩などを個別に使用するか、または混合して使用してもよいが、これに限定されるものではない。
その他の金属塩(例えば、硫酸マグネシウムまたは硫酸鉄)、アミノ酸及びビタミンのような必須成長促進物質を含んでもよいが、これに限定されるものではない。
また、培養培地に適切な前駆体が使用されてもよい。また、前記した原料は、培養過程で培養物に適切な方法によって回分式または連続式で添加されてもよいが、これに限定されるものではない。
併せて、微生物または培地からトレオニンを回収する段階は、培養方法、例えば、回分式、連続式または流加式培養方法などによって当業界に公知された適切な方法により行われてもよい。具体的に、公知のトレオニン回収方法は、特にこれに限定されないが、遠心分離、ろ過、抽出、噴霧、乾燥、蒸発、沈殿、結晶化、電気泳動、分別溶解(例えば硫酸アンモニウム沈殿)、クロマトグラフィー(例えば、HPLC、イオン交換、親和性、疎水性及びサイズ排除)などの方法が使用されてもよいが、これに限定されるものではない。
本出願の別の態様は、
トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase、IlvA)の活性が減少または不活性化され、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase)の活性を有する組み換え微生物のトレオニン生産用途を提供する。
前記用途において、トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase、IlvA)の活性が減少または不活性化され、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase)の活性を有するトレオニンを生産する組み換え微生物は、先に説明した通りである。
前記で説明したように、本出願のトレオニンを生産する組み換え微生物は、トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase、ilvA)の活性が減少または不活性化され、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase、cimA)の活性が導入されることによって、微生物内の酢酸の蓄積量が減少されることに応じて生長能を維持したり向上され、優れたトレオニン生産能を有する。
(実施例)
以下、実施例を通じて本出願をさらに詳細に説明する。これらの実施例は、単に本出願を例示するためのもので、本出願の範囲がこれらの実施例により制限されるものと解釈されない。
実施例1:野生型大腸菌ベースのトレオニン生産株の製作
1−1.遺伝子導入用プラスミドとヘルパープラスミド(helper plasmid)の製作
野生型大腸菌W3110(寄託番号ATCC9637)からトレオニンを生産するために、mini‐Muトランスポゾンベースのゲノム挿入方法(Akhverdyan VZ,Gak ER et al.,Appl Microbiol Biotechnol.2011)を用いた。mini‐Mu挿入方法を用いるためにpCJ−MuABと命名したヘルパープラスミド(helper plasmid、図1)とpMu−R6Kと命名した導入用プラスミド(integrative plasmid、図2)を製作した。pCJ1‐MuAB、ヘルパープラスミドは、アラビノースによって発現が誘導される(arabinose−inducible)ParaBプロモーターを用いて、トランスポジション因子、MuAとMuBが発現され、感温敏感性レプリコンを含み、容易にプラスミドを除去できるように製作された。pMu−R6K、導入用プラスミドは、mini‐MuユニットであるMu‐attL/Rとの両方の側面にloxP66とloxP71(Oleg Tolmachov,et al.,Biotechnol.2006)を含むcat遺伝子を有する。そしてR6Kレプリコンを有していてpir遺伝子を有してない一般的な大腸菌内では、増殖されない自殺ベクター(suicidal vector)の特徴を有する(Xiao−Xing Wei,Zhen−Yu Shi.et al.,Appl Microbiol Biotechnol.2010)。
1−2.トレオニン生合成遺伝子を強化するための導入用プラスミドのクローニング
前記実施例1−1で製作したプラスミドを用いてトレオニン生合成遺伝子の発現を強化するために、3つの導入用プラスミドを製作した。
1−2−1:pMu−R6K_pntAB asd aspC−thrO
前記実施例1−1で製造された導入用pMu−R6KプラスミドをSmaI制限酵素を処理した後、DNAを精製して切断された線形クローニングベクターを用意した。W3110ゲノム DNAを鋳型として、配列番号8及び配列番号9をプライマーとしてPCRし、pntAB遺伝子を増幅した。具体的に、SolGentTM Pfu‐X DNAポリメラーゼ(solgent、DNA)を用いて、変性(denaturation)段階は、94℃で30秒、アニーリング(annealing)段階は、55℃で30秒、延長(extension)段階は、72℃で3分間行い、これを30回行った。
また、W3110ゲノム DNAを鋳型として、配列番号10及び配列番号11をプライマーとしてPCRしてasd遺伝子を前記のような方法で増幅し、配列番号12及び配列番号13をプライマーとしてPCRしてaspC遺伝子を前記のような方法で増幅した。
KCCM10541(特許文献1)ゲノムDNAから配列番号14及び配列番号15をプライマーとしてPCRし、トレオニンオペロン(thrO)を増幅した。前記に用意されたそれぞれの4種類のDNAとベクターDNAをギブソンアセンブリ(Gibson assembly)方法を介してpMu−R6K_pntAB asd aspC‐thrOプラスミドを製作した(Daniel G Gibson,et al.,Nature Methods 2009)。
前記ギブソンアセンブリ方法は、まず表1の組成で5×ISOバッファを製造した後、下記表2の組成で5×ISOバッファとT5エキソヌクレアーゼ(Epicentre)、phusionポリメラーゼ(New England Biolabs)、Taqリガーゼ(New England Biolabs)3種の酵素を混合したギブソンアセンブリマスターミックス15μlとクローニングしようとするDNAの5μlを50℃で1時間反応させる。以後TransforMaxTM EC100DTM pir‐116ElectrocompetentE.coli(epicentre、USA)コンピテント細胞に電気ショック(2500V)を加えた。前記から菌株を回収し、100μg/Lアンピシリン(ampicillin)を含むLB平板培地に塗抹して37℃で一晩培養した後、アンピシリン耐性を示す菌株を選別した。このように選別された菌株からプラスミドを獲得し、最終的には目的の塩基配列を有するプラスミドであることをシークエンシング分析で確認した。
1−2−2:pMu−R6K_gdhA aspC thrO
前記実施例1−1で製造した導入用pMu−R6Kプラスミドを、前記1−2−1と同様の方法でpMu−R6KプラスミドをSmaI制限酵素処理した後、DNAを精製して切断された線形クローニングベクターを用意した。W3110ゲノムDNAから配列番号18及び配列番号19をプライマーとしてPCRしてgdhA遺伝子を増幅し、配列番号20及び配列番号21をプライマーとしてPCRしてaspC遺伝子を増幅した。thrO(トレオニンオペロン)はKCCM10541ゲノムDNAから配列番号14及び配列番号15をプライマーとしてPCRしてthrO(トレオニンオペロン)を増幅した。前記に用意されたそれぞれの3種類のDNAとベクターDNAをギブソンアセンブリ方法を介してpMu−R6K_gdhA aspC thrOプラスミドを製作した。
1−2−3:pMu−ppc aspA thrO
前記実施例1−1で製造した導入用pMu−R6Kプラスミドを、前記1−2−1と同様の方法でpMu−R6KプラスミドをSmaI制限酵素処理した後、DNAを精製して切断された線形クローニングベクターを用意した。W3110ゲノムDNAから配列番号22及び配列番号23をプライマーとしてPCRしてppc遺伝子を増幅し、配列番号24及び配列番号25をプライマーとしてPCRしてaspA遺伝子を増幅した。KCCM10541ゲノムDNAから配列番号26及び配列番号27をプライマーとしてPCRしてthrO(トレオニンオペロン)を増幅した。前記に用意されたそれぞれの3種類のDNAとベクターDNAをギブソンアセンブリ方法を介してpMu−R6K_ppc aspA thrOプラスミドを製作した。
1−3.トレオニン生合成強化の野生型大腸菌の製作
実施例1−1で製作したpCJ−MuABを形質転換したW3110野生型大腸菌を100μg/Lアンピシリン(Ampicillin)と5mMアラビノースが添加されたLB培地を用いて、30℃でOD600 0.6まで培養した後、遠心分離機を介して滅菌蒸留水で1回、10%グリセロール(glycerol)で2回洗浄してコンピテント細胞を製作した(Sambrook and Russell 2001)。用意されたコンピテント細胞に導入用プラスミド、pMu−R6K_pntAB asd aspC−thrOに電気ショック(electroporation)を加え、1mL SOC培地を添加した後、37℃で1時間インキュベーションした。以後、25μg/Lクロラムフェニコール(Chloramphenicol)が含まれたLB平板培地に塗抹した後、クロラムフェニコール耐性菌コロニーを配列番号10と配列番号15でコロニーPCRを行い、pntAB asd aspC thrO遺伝子がゲノム上に導入されたことを確認した。以後、選別菌株でpJW168プラスミドを形質転換した後、0.1mM IPTGが添加されたLB平板培地に塗抹してクロラムフェニコール耐性マーカー(cat)を除去した(Beatri’z Palmeros et al.,2000,Gene)。前記のようなmini‐Mu integration方法で順次的にpMu−R6K_gdhA aspC thrOを導入して、配列番号18と配列番号15にコロニーPCRして導入したかどうかを確認し、pMu‐ppc aspA thrOを導入した後、配列番号22と配列番号27でコロニーPCRして導入したかどうかを確認した。このように製作された野生型大腸菌(W3110)ベースのトレオニン生産菌株をCJT1と命名した。
実施例2:ilvA遺伝子の欠損菌株の製作
トレオニン代表分解経路であるilvA遺伝子を欠損させるために、FRT−one−step−PCR deletion方法を用いた(Kirill A,et al.,2000,PNAS)。pKD3ベクターを鋳型に、配列番号28と配列番号29番のプライマーを用いてPCR方法を通じた欠損カセット(deletion cassette)を製作した。SolGentTM Pfu−X DNAポリメラーゼ(solgent、Korea)を用いて、変性(denaturation)段階は、94℃で30秒、アニーリング(annealing)段階は、55℃で30秒、延長(extension)段階は、72℃で3分間行い、これを30回行った。
その結果、得られたPCR産物を1.0%アガロースゲルで電気泳動した後、1.2kbpサイズのバンドからilvA欠損カセットを精製した。pKD46(Kirill A,et al.,2000,PNAS)ベクターが導入されたKCCM10541 pKD46とCJT1 pKD46菌株を100μg/Lアンピシリン(ampicilin)と5mMアラビノース(L−arabinose)が含まれたLB培地で、30℃/200rpmでOD600=0.6まで培養した後、滅菌蒸留水で1回、10%グリセロール(glycerol)で2回洗浄してコンピテント細胞を製作した。前記製作されたコンピテント細胞にilvA欠損カセットを電気ショック(2500V)を介して導入した。以後、1mL SOC培地を添加した後、37℃で一晩培養した後、耐性を示す菌株を選別した。
選別された菌株を、配列番号28と配列番号29のプライマーでコロニーPCRした後、1.0%アガロースゲル上で遺伝子のサイズが1.2kbで観察されたことを確認することにより、ilvA遺伝子欠損を確認した。確認された菌株は、再びpCP20ベクター(Kirill A,et al.,2000,PNAS)で形質転換させ、100μg/Lアンピシリン(ampicilin)のLB平板培地で塗抹し、得られたコロニーで再び同じ条件のコロニーPCRを介して、1.0%アガロースゲル上で遺伝子のサイズが150bpに小さくなった最終ilvA遺伝子欠損の菌株を製作し、クロラムフェニコールマーカーが除去されたことを確認した。KCCM10541にilvAが欠損した菌株をKCCM10541‐ilvAと命名し、CJT1にilvAが欠損した菌株をCJT1‐ilvAと命名した。
実施例3:cimA遺伝子導入菌株の製作
CJ1プロモーター(特許文献2)が含まれたメタノコッカス・ヤナシイ由来のcimA遺伝子をベースにコドン最適化(codon−optimization)して、PCJ1_cimA、PCJ1_cimA 2.0、PCJ1_cimA 3.7(Atsumi,Liao JC,Appl Environ Microbiol.2008)DNAを製作した。遺伝子合成時の両方の側面にBamHI部位を添加してCopyControl pCC1BAC(BamHI)(Epicentre、USA)にサブクローニングし、最終的にcimA遺伝子を発現するpCC1BAC:PCJ1_cimA、pCC1BAC:PCJ1_cimA 2.0、pCC1BAC:PCJ1_cimA 3.7プラスミドを製作した。そしてKCCM10541‐ilvA、CJT1‐ilvA菌株に前記の3種のプラスミドと対照群(Control)プラスミドであるpCC1BACを電気ショック(2500V)の方法で形質転換して、最終的に実験に使用する菌株を製作した。そして実験の比較のために、前記のような方法でKCCM10541、CJT1の両菌株にpCC1BACを形質転換した菌株も製作した。
前記でcimA遺伝子は、野生型シトラマレート合成酵素(citramalate synthase)をコードし、cimA 2.0及びcimA 3.7は、特異的な活性が増加してイソロイシンによるフィードバック阻害(feedback−inhibition)が減少した変異型シトラマレート合成酵素をコードする(Atsumi,Liao JC,Appl Environ Microbiol.2008)。cimA 2.0及びcimA 3.7に対するアミノ酸配列は、それぞれ配列番号2及び3であり、塩基配列は、配列番号5及び6に該当する。
前記KCCM10541またはKCCM10541‐ilvAをベースにKCCM10541 pCC1BAC、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 2.0、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 3.7の組み換え微生物を製造し、CJT1またはCJT1−ilvAをベースにCJT1 pCC1BAC、CJT1‐ilvA pCC1BAC、CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA、CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 2.0、CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 3.7の組み換え微生物を製造した。
本発明者らは、前記組み換え微生物のうち「CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA」、「CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA2.0」、「CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA3.7」の組み換え微生物をそれぞれ「CA03‐8303」、「CA03‐8304」、「CA03‐8305」と命名した後、ブダペスト条約下で、2014年12月5日付で韓国微生物保存センターに寄託し、それぞれ受託番号「KCCM11632P」、「KCCM11633P」、「KCCM11634P」を付与された。
実施例4:ilvA欠損とcimA発現菌株のフラスコ評価を通じたトレオニン生産性の確認
前記実施例3で製作した菌株のトレオニン生産量を比較するためにフラスコの評価を行った。フラスコのテストは、それぞれの菌株を25μg/Lクロラムフェニコール(Chloramphenicol)のLBプレートににストリーキング(streaking)して33℃培養器に16時間培養した後、単一コロニー(colony)をLB培地2mLに接種した後、200rpm/33℃培養器で12時間培養した。そして250mLのフラスコに下記表3のトレオニン生産フラスコ培地25mLを入れて、先に培養した培養液を500μLずつ投入した。以後、フラスコを200rpm/33℃培養器で48時間培養した後、HLPCを用いて、それぞれの菌株から得られたトレオニン量を比較し、その結果を下記の表4に示した。
前記表4で確認したように、ilvAが欠損したKCCM10541‐ilvA pCC1BAC、CJT1‐ilvA pCC1BACの両菌株は、ilvAが欠損しないKCCM10541 pCC1BAC、CJT1 pCC1BAC菌株に比べてイソロイシンの要求により成長がよく起こらないことを観察した(OD値を参照)。しかし、これに3種類のcimAが導入された変異菌株(KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 2.0、KCCM10541‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 3.7、CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA、CJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 2.0及びCJT1‐ilvA pCC1BAC:PCJ1_cimA 3.7)のすべて成長が回復され、トレオニン生産量も約10〜30%ほど増加し、酢酸生産量も約30〜60%減少することを確認した。
特に、ilvA欠損菌株にcimAを導入した場合よりもcimA 2.0またはcimA 3.7を導入した場合に菌株の成長能が20%以上優れて、トレオニン生産量も多少増加し、酢酸の生産量もさらに減少することを確認した。
以上の説明から、本発明が属する技術分野の当業者は本発明がその技術的思想や必須の特徴を変更せず、他の具体的な形態で実施できることを理解できるだろう。これに関連し、以上で記述した実施例は、すべての面で例示的なものであり、限定的なものではないと理解するべきである。本発明の範囲は、前記の詳細な説明ではなく、後述する特許請求の範囲の意味及び範囲、そしてその等価概念から導出されるすべての変更または変形された形態が本発明の範囲に含まれるものと解釈されるべきである。

Claims (7)

  1. トレオニンデアミナーゼ酵素(threonine deaminase,IlvA)の活性が減少または不活性化され、シトラマレートシンターゼ酵素(citramalate synthase)の活性を有する、トレオニンを生産する組み換え微生物。
  2. 前記トレオニンデアミナーゼが、配列番号7のアミノ酸配列で構成される、請求項1に記載のトレオニンを生産する組み換え微生物。
  3. 前記シトラマレートシンターゼが、メタノコッカス・ヤナシイ(Methanococcus jannaschii)由来のシトラマレートシンターゼである、請求項1に記載のトレオニンを生産する組み換え微生物。
  4. 前記シトラマレートシンターゼが、配列番号1、配列番号2及び配列番号3で構成される群から選択されるアミノ酸配列で構成される、請求項1に記載のトレオニンを生産する組み換え微生物。
  5. 前記組み換え微生物が、コリネバクテリウム属微生物またはエシェリキア属微生物である、請求項1に記載のトレオニンを生産する組み換え微生物。
  6. 前記コリネバクテリウム属微生物が、コリネバクテリウム・グルタミカム(Corynebacteriumglutamicum)であり、前記エシェリキア属微生物が、大腸菌(Escherichia coli)である、請求項5に記載のトレオニンを生産する組み換え微生物。
  7. 請求項1〜6のいずれか一項に記載の組み換え微生物を培地で培養する段階、及び前記微生物または培地からトレオニンを回収する段階を含む、トレオニンを生産する方法。
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