JP2017532961A - Ｓｍａｄ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる対象を処置するための方法および組成物 - Google Patents

Ｓｍａｄ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる対象を処置するための方法および組成物 Download PDF

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Abstract

本発明は、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡの多型体（例えば、一塩基多型を含有する多型体）に対するアンチセンスヌクレオチドを使用する炎症性腸疾患（例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）の処置に関する。よって、本発明は、ＳＭＡＤ７の多型体を有する対象のための処置方法、および多型を含有するＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ転写物を特異的に標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドに関する。配列番号１１のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。

Description

本願は、２０１４年１０月１７日に出願した米国仮出願第６２／０６５，５９８号の利益を主張する。この出願の内容全体は、本明細書中に参考として援用される。
背景
炎症性腸疾患（ＩＢＤ）は、米国においておよそ百万人の患者が患う、胃腸管の慢性炎症性障害である。ＩＢＤの２種の最も一般的な形態は、クローン病（ＣＤ）および潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である。ＣＤは、胃腸管全体に罹患し得るが、主に、回腸（小腸の遠位または下部）および大腸に罹患する。ＵＣは、主に、結腸および直腸に罹患する。ＣＤおよびＵＣの両方のための現在の処置は、アミノサリチレート（例えば、５−アミノサリチル酸、スルファサラジンおよびメサラミン）、抗生物質（例えば、シプロフロキサシンおよびメトロニダゾール）、コルチコステロイド（例えば、ブデソニドまたはプレドニゾン）、免疫抑制剤（例えば、アザチオプリンまたはメトトレキセート）および腫瘍壊死因子（ＴＮＦ）アンタゴニスト（例えば、インフリキシマブ（Ｒｅｍｉｃａｄｅ（登録商標）））を含む。これらの治療法に対する患者応答は、疾患重症度と共に変動し、活動性炎症および寛解のサイクルにわたって変動し得る。さらに、ＩＢＤのための現在の治療法の多くは、望ましくない副作用を伴う。
ＣＤおよびＵＣの病因は不明であるが、両者共に、腸粘膜の炎症性疾患であると考慮される。近年の研究は、ＴＧＦ−β１が、粘膜性腸炎症を制御することができる強力な免疫調節因子として作用することを実証した。ＴＧＦ−β１は、２個のサブユニット、ＴＧＦ−β１ Ｒ１およびＴＧＦ−β１ Ｒ２を含有するヘテロ二量体膜貫通型セリン／スレオニンキナーゼ受容体に結合する。リガンド結合により、ＴＧＦ−β１ Ｒ１受容体は、構成的に活性を有するＴＧＦ−β１ Ｒ２受容体によってリン酸化され、シグナルが、ＳＭＡＤファミリーに属するタンパク質によって核へと伝播される。活性化されたＴＧＦ−β１ Ｒ１は、ＳＭＡＤ２およびＳＭＡＤ３タンパク質を直接的にリン酸化し、続いてこれらは、ＳＭＡＤ４と相互作用する。ＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ３／ＳＭＡＤ４の複合体は、核へと転位置し、ある特定の遺伝子の転写をモジュレートする。
さらなる研究が、別のＳＭＡＤタンパク質、ＳＭＡＤ７も、炎症における役割を果たすことを実証した。細胞内タンパク質であるＳＭＡＤ７は、ＴＧＦ−β１ Ｒ１へのＳＭＡＤ２／ＳＭＡＤ３の結合に干渉し、これらのタンパク質のリン酸化および活性化を防止することが示された。さらに、ＳＭＡＤ７タンパク質の発現増加は、ＴＧＦ−β１媒介性シグナリングの阻害に関連する。ＩＢＤ患者由来の粘膜試料は、このような患者においてＴＧＦ−β１媒介性シグナリングが損なわれていることを示す、高レベルのＳＭＡＤ７および低下したレベルのリン酸化ＳＭＡＤ３によって特徴付けられる。
近年の研究は、ＩＢＤを患う患者を処置するための標的としてＳＭＡＤ７に焦点を合わせている。かかる治療法は、抗ＳＭＡＤ７アンチセンス治療法を含む。
概要
本発明は、患者において存在するＳＭＡＤ７の特定の多型体（複数可）に適応されたＳＭＡＤ７に対するアンチセンス治療薬を使用して炎症性腸疾患を有する患者を処置するための方法の開発に基づく。特定の例において、アンチセンス治療薬モンジャーセンによって標的とされるＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡの領域に対応するＳＭＡＤ７のコード配列のヌクレオチド１０８〜１２８内に存在する一塩基多型（参照ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６）の存在は、多型を含むモンジャーセンの修飾体を使用してこの領域を標的とすることを望ましいものにすることができる。したがって、本発明は、（例えば、正確にマッチする）多型遺伝子配列に特異的な配列を有するアンチセンス治療薬を使用してＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ配列において多型（複数可）を有する対象を処置するための方法を特色とする。本発明は、多型配列を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドも特色とする。
したがって、第１の態様では、本発明は、コンセンサスＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列と異なるＳＭＡＤ７の第１の多型体の少なくとも１つのコピーを担持する炎症性腸疾患（ＩＢＤ；例えば、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ））を有する患者におけるＩＢＤを処置または管理するための方法を特色とする。本方法は、ＳＭＡＤ７の前記第１の多型体を特異的に標的とする有効量の第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを前記患者に投与するステップを含む。ＳＭＡＤ７の多型体は、一塩基多型（ＳＮＰ）を含むことができるおよび／または表１もしくは表２に収載した多型を含むことができる。第１の多型体は、配列番号１の核酸ポジション１０８〜１２８に対応する領域において多型を含み得（例えば、配列番号１のポジション１１４におけるアデノシン（「Ａ］）またはグアニン（「Ｇ］））、例えば、多型体は、配列番号９の核酸配列
Figure 2017532961
 を含む。一部の実施形態では、第１の多型体は、配列番号３の核酸配列
Figure 2017532961
 を含むことができる。特定の実施形態では、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１のヌクレオチド配列
Figure 2017532961
 を含み、例えば、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、次の配列：
Figure 2017532961
 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。他の特定の実施形態では、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号５のヌクレオチド配列
Figure 2017532961
 を含み、例えば、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、次の配列：
Figure 2017532961
 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。
別の態様では、本発明は、ＩＢＤを有する患者におけるＩＢＤ（例えば、ＣＤまたはＵＣ）を処置または管理するための方法を特色とする。本方法は、（ａ）患者における１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在を解析するステップと、（ｂ）前記多型体の存在または非存在に基づいて１種または複数種のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与するステップであって、（ｉ）第１のＳＭＡＤ７多型体（例えば、野生型形態）が患者において存在する場合、第１のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与する、または（ｉｉ）第２のＳＭＡＤ７多型体が患者において存在する場合、第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与する、または（ｉｉｉ）第１および第２のＳＭＡＤ７多型体が患者において存在する場合、第１および第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第１および第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの一方もしくは両方を患者に投与する、ステップとを含む。多型は、ＳＮＰを含むことができ、および／または表１もしくは表２に収載した多型を含むことができる。第１の多型は、配列番号１の核酸ポジション１０８〜１２８に対応する領域において起こり得る（例えば、第１のＳＭＡＤ７多型バリアントは、配列番号１のポジション１１４においてグアニン（「Ｇ］）を含む）。第２のＳＭＡＤ７多型体は、配列番号１のポジション１１４においてアデニン（「Ａ」）を含み得る。ある特定の実施形態では、第１のＳＭＡＤ７多型体は、配列番号３の核酸配列
Figure 2017532961
 を含む。特定の実施形態では、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号５のヌクレオチド配列
Figure 2017532961
 を含み、例えば、第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、次の配列：
Figure 2017532961
 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。ある特定の実施形態では、第２のＳＭＡＤ７多型体は、配列番号９の核酸配列
Figure 2017532961
 を含む。特定の実施形態では、第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号１１のヌクレオチド配列
Figure 2017532961
 を含み、例えば、第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列
Figure 2017532961
 を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である。１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在は、ＤＮＡシーケンシングによって、遺伝子−発現プロファイリングによって、次世代シーケンシングを使用して、または遺伝子発現マイクロアレイ解析を使用して解析することができる。１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在は、患者から得た試料（例えば、液体、生検試料、または組織試料）において解析することができる。
上記態様のいずれにおいても、第１および／または第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、１０ｍｇ／日〜約３００ｍｇ／日の用量で、例えば、約１０ｍｇ／日、２０ｍｇ／日、約３０ｍｇ／日、約４０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日、約６０ｍｇ／日、約７０ｍｇ／日、約８０ｍｇ／日、約９０ｍｇ／日、約１００ｍｇ／日、約１１０ｍｇ／日、約１２０ｍｇ／日、約１３０ｍｇ／日、約１４０ｍｇ／日、約１５０ｍｇ／日、約１６０ｍｇ／日、約１７０ｍｇ／日、約１８０ｍｇ／日、約１９０ｍｇ／日、約２００ｍｇ／日、約２１０ｍｇ／日、約２２０ｍｇ／日、約２３０ｍｇ／日、約２４０ｍｇ／日、約２５０ｍｇ／日、約２６０ｍｇ／日、約２７０ｍｇ／日、約２８０ｍｇ／日、約２９０ｍｇ／日または約３００ｍｇ／日の用量でＩＢＤを有する患者に投与することができる。特定の実施形態では、第１および／または第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、約４０ｍｇ／日、約８０ｍｇ／日、または約１６０ｍｇ／日の用量で投与される。
別の態様では、本発明は、（ａ）配列番号１１のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、（ｂ）Ｘが５−メチル−２’−デオキシシチジンを含むヌクレオチドであり、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエート結合である配列番号１３のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、もしくは（ｃ）Ｘが５−メチル−２’−デオキシシチジンである配列番号１３のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその相補体を特色とする。ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ホスホロチオエート結合である少なくとも１個のヌクレオチド間結合を含むことができ、例えば、すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である。オリゴヌクレオチドは、対応するリボヌクレオチドによって置き換えられた２’−デオキシリボヌクレオチドを有することができる。本発明は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドならびに薬学的に許容されるアジュバントおよび／または賦形剤を含む医薬組成物（例えば、経口投与に適した組成物）も特色とする。
別の態様では、本発明は、ＩＢＤ（例えば、ＣＤまたはＵＣ）を処置する方法であって、それを必要とする患者に以前の態様の有効量のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与する（例えば、経口的に）ステップを含み、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＩＢＤを処置するのに有効である、方法を特色とする。
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、標的遺伝子（例えば、ＳＭＡＤ７の多型体）から転写されるメッセンジャーＲＮＡ（ｍＲＮＡ）に相補的な短い合成オリゴヌクレオチド配列である。アンチセンスオリゴヌクレオチド配列は、ｍＲＮＡとハイブリダイズし、ＤＮＡ／ＲＮＡハイブリッド鎖を分解するＲＮａｓｅ Ｈ等、遍在性（ubiquitary）触媒酵素の活性化をもたらし得る二本鎖ハイブリッドを産生し、これにより、タンパク質翻訳を防止する。理論に制約されることなく、本明細書に提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＲＮＡまたはＤＮＡとしてのその標的配列とハイブリダイズすることができる。よって、ＤＮＡ配列が、標的として提供される場合であっても、対応するＲＮＡ配列（チミンの代わりにウラシルを含む）が含まれる。
別の態様では、本発明は、医薬としての使用のための上述したＳＭＡＤ７に対するアンチセンス治療薬を提供する。本発明は、炎症性腸疾患を有する患者を処置するための方法における使用のための、患者において存在するＳＭＡＤ７の特定の多型体（複数可）に適応されたＳＭＡＤ７に対するアンチセンス治療薬を提供する。特定の例において、アンチセンス治療薬モンジャーセンによって標的とされるＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡの領域に対応するＳＭＡＤ７のコード配列のヌクレオチド１０８〜１２８内に存在する一塩基多型（参照ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６）の存在は、多型を含むモンジャーセンの修飾体を使用してこの領域を標的とすることを望ましいものにすることができる。本発明は、ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ配列において多型（複数可）を有する対象を処置するための方法における使用のためのアンチセンス治療薬であって、（例えば、正確にマッチする）多型遺伝子配列に特異的な配列を有する、使用のためのアンチセンス治療薬も提供する。
本発明は、コンセンサスＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列と異なるＳＭＡＤ７の第１の多型体の少なくとも１つのコピーを担持する炎症性腸疾患（ＩＢＤ；例えば、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ））を有する患者におけるＩＢＤを処置または管理するための方法における使用のためのＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドも提供する。好ましくは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７の前記第１の多型体を特異的に標的とする。ＳＭＡＤ７の多型体は、一塩基多型（ＳＮＰ）を含むことができるおよび／あるいは表１もしくは表２に収載したまたは段落［０００７］に収載した多型を含むことができる。
本発明は、炎症性腸疾患（ＩＢＤ；例えば、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ））を有する患者におけるＩＢＤを処置または管理する方法における使用のためのＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドも提供する。好ましくは、方法は、（ａ）患者における１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在を解析するステップと、（ｂ）前記多型体の存在または非存在に基づいて１種または複数種のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与するステップであって、（ｉ）第１のＳＭＡＤ７多型体（例えば、野生型形態）が患者において存在する場合、第１のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与する、または（ｉｉ）第２のＳＭＡＤ７多型体が患者において存在する場合、第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを患者に投与する、または（ｉｉｉ）第１および第２のＳＭＡＤ７多型体が患者において存在する場合、第１および第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第１および第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの一方もしくは両方を患者に投与する、ステップとを含む。多型は、ＳＮＰを含むことができるおよび／あるいは表１もしくは表２に収載したまたは段落［０００８］に収載した多型を含むことができる。
別の態様では、本発明は、ＩＢＤ（例えば、ＣＤまたはＵＣ）を処置する方法における使用のための上述した有効量のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを提供し、前記方法は、それを必要とする患者に有効量のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与する（例えば、経口的に）ステップを含み、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＩＢＤを処置するのに有効である。
コンセンサス配列と異なる遺伝子の多型体を「特異的に標的とする」アンチセンスオリゴヌクレオチドは、コンセンサス配列と比較して、アンチセンスオリゴヌクレオチドの多型体へのハイブリダイゼーションを増大させる、遺伝子または転写物コンセンサス配列と比べて置換を伴うヌクレオチド配列を含む。例えば、標的配列においてグアノシンからアデニンへの（Ｇ→Ａ）変化を含む多型体は、オリゴヌクレオチドの対応するポジションにおいてシトシンからチミンへの（Ｃ→Ｔ）置換を含有するアンチセンスオリゴヌクレオチドによって特異的に標的とされるはずである。
「コンセンサス」ＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列は、参照データベースに記載した遺伝子の「野生型」配列に関連したＲＮＡ配列またはＤＮＡ配列を意味する。例えば、ＳＭＡＤ７のコンセンサス配列は、受託番号ＮＭ＿００５９０４．３、ＮＭ＿００１１９０８２１．１、ＮＭ＿００１１９０８２２．１およびＮＭ＿００１１９０８２３．１の下で見出すことができ、これらは、国立バイオテクノロジー情報センター（ＮＣＢＩ）データベースにおけるヒトＳＭＡＤ７の参照転写物である。
「処置している」とは、処置されている疾患または状態に関連した少なくとも１つの症状を低下させることを意味する。
用語「管理する」、「管理」、「管理している」などは、疾患の症状の重症度もしくは徴候の制御または疾患を処置する手段を一般に意味するように本明細書において使用される。一般に、管理は、所望の薬理学的および／または生理的効果を得るために使用される。効果は、疾患および／または疾患に起因する有害効果の部分的または完全治癒、あるいは疾患の特定の症状または徴候が、患者において起こらないもしくは再び起こらないまたは患者において望ましくないもしくは耐えられないレベルまで上がらないことの保証の観点から治療的であり得る。用語「管理」は、本明細書において使用される場合、哺乳動物、特に、ヒトにおける疾患のいずれかの管理を網羅し、（ａ）疾患の阻害、すなわち、疾患が重症度もしくは範囲を増加させることの防止、（ｂ）疾患の軽減、すなわち、疾患の部分的もしくは完全緩解を引き起こすこと、または（ｃ）疾患の再発の防止、例えば、疾患の症状の以前の処置成功もしくは疾患の処置後に疾患が活動性状態に戻ることの防止を含む。「管理」は、本明細書において使用される場合、疾患に特異的な処置、例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの投与を参照して使用することもできる。
本明細書に記載されている通り、「対象」または「患者」は、哺乳動物、霊長類およびヒトが挙げられるがこれらに限定されない、ＩＢＤのリスクがある、これを患うまたはこれであると診断されたいずれかの動物を指す。ある特定の実施形態では、対象は、例えば、ネコ、イヌまたはウマ等、非ヒト哺乳動物であり得る。好ましい実施形態では、対象は、ヒト対象である。対象は、ＩＢＤを発症する高リスクがあると診断された個体、ＩＢＤと診断されたことがある者、ＩＢＤを以前に患った者、またはＩＢＤの症状もしくは兆候、例えば、高いＣＤＡＩ指数スコアに関して評価された個体であり得る。
「ＩＢＤの患者」は、本明細書において使用する場合、ＩＢＤの症状もしくは徴候のいずれかを患う患者、ＩＢＤの症状もしくは徴候のいずれかを患い得る患者、またはＩＢＤを処置するためもしくはその処置を評価するための本発明の方法の利益を得ることができるいずれかの患者を指す。必要としている患者は、ＩＢＤを発症するリスクがあると診断された患者、過去にＩＢＤを患ったことがある患者、またはＩＢＤを以前に処置されたことがある患者を含むことができる。ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８発現のレベル増加を伴うＩＢＤを患う個体が、特に関連性がある。一部の実施形態では、ＩＢＤの患者は、クローン病（ＣＤ）患者である。一部の実施形態では、ＩＢＤの患者は、潰瘍性大腸炎（ＵＣ）患者である。
本明細書において使用される場合、「クローン病活動性指数」または「ＣＤＡＩ」は、Bestら、GASTROENTEROLOGY、７０巻：４３９〜４４頁（１９７６年）によって記載される通り、ＣＤを患う患者の進行の査定に使用される測定値または指数を指す。１５０またはそれを下回るＣＤＡＩスコアは一般に、非活動性疾患に関連し、より高いスコアよりも優れた予後を示す。１５０を上回る値は一般に、活動性疾患に関連し、４５０を上回る値は、極めて重度の疾患に関連する。ＣＤＡＩスコアは、どの程度十分に患者が治療法に応答しているかの決定に使用することができ、寛解にある患者の同定に使用することができる。ある特定の実施形態では、ベンチマーク臨床応答は、対象が、少なくとも１００ポイントのＣＤＡＩスコアの減少を示すことを意味する。臨床治験において、１５０またはそれを下回るＣＤＡＩスコアは一般に、寛解に関連する。
本明細書において使用される場合、「潰瘍性大腸炎疾患活動性指数」または「ＵＣＤＡＩ」は、Sutherlandら、Gastroenterology、９２巻：１８９４〜９８頁（１９８７年）によって記載されている通り、ＵＣを患う患者の進行の査定に使用される測定値または指数を指す。ＵＣＤＡＩは、排便回数、直腸出血、結腸内層の外観および疾患活動性に関する医師の評点を含むＵＣの症状に関する一連の修飾子である。これらの修飾子のそれぞれは、０〜３の数を付与され、３が最高疾患活動性である。臨床治験において、寛解は多くの場合、１またはそれに満たないＵＣＤＡＩスコアとして定義され、改善は、治験の初めにおけるスコアからの３またはそれを超えるポイントの低下である。ＵＣＤＡＩは、どの程度十分に患者が治療法に応答しているか決定するために臨床治験において使用することができ、寛解にある患者を同定するために使用することができる。ＵＣ患者における疾患重症度を測定するために他の一般的に使用される指数は、ＴｒｕｅｌｏｖｅおよびＷｉｔｔｓ指数、Ｓｔ．Ｍａｒｋの指数、単純臨床大腸炎活動性指数（Simple Clinical Colitis Activity Index）（ＳＣＣＡＩ）、Ｌｉｃｈｔｉｇｅｒ指数、潰瘍性大腸炎症状スコア（ＵＣＳＳ）およびＭａｙｏ Ｃｌｉｎｉｃスコアを含む。
本明細書において使用される場合、「ＳＭＡＤ７」（ＣＲＣＳ３、ＦＬＪ１６４８２、ＭＡＤＨ７、ＭＡＤＨ８、ＭＡＤ（マザーズ・アゲンスト・デカペンタプレジック（mothers against decapentaplegic）、Ｄｒｏｓｏｐｈｉｌａ）ホモログ７、ＭＡＤホモログ８、ＳＭＡＤ、マザーズ・アゲンストＤＰＰホモログ７、マザーズ・アゲンストＤＰＰホモログ８としても公知）は、Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ Ｎｏ．４０９２によって同定される遺伝子およびそのアレルバリアントによってコードされるヒトタンパク質またはｍＲＮＡ転写物のうちのいずれかを意味する。
本明細書において使用される場合、「ＣＲＰ」（Ｃ反応性タンパク質、ペントラキシン関連；ペントラキシン；およびＰＴＸ１としても公知）は、Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ Ｎｏ．１４０１によって同定される遺伝子およびそのアレルバリアントによってコードされるヒトタンパク質またはｍＲＮＡ転写物のうちのいずれかを意味する。
本明細書において使用される場合、「ＩＬ８」（インターロイキン−８（ＩＬ−８）；腫瘍壊死因子誘導性遺伝子１；ＮＡＦ；顆粒球走化性タンパク質１（ＧＣＰ１）；ＬＥＣＴ；ＬＵＣＴ；タンパク質３−１０Ｃ；ベータ−トロンボグロブリン様タンパク質；好中球活性化ペプチド１；好中球活性化タンパク質１（ＮＡＰ１；ＮＡＰ−１）；エモクタキン（Emoctakin）；ＧＣＰ−１；ＬＹＮＡＰ；リンパ球由来好中球活性化ペプチド；肺巨細胞癌由来走化性タンパク質；小型の誘導性サイトカインサブファミリーＢ、メンバー８；ベータ内皮細胞由来好中球活性化ペプチド；単球由来好中球走化性因子（ＭＤＮＣＦ）；単球由来好中球活性化ペプチド（ＭＯＮＡＰ）；肺胞マクロファージ走化性因子Ｉ；Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフケモカイン８；およびケモカイン（Ｃ−Ｘ−Ｃモチーフ）リガンド８（ＣＸＣＬ８）としても公知）は、Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ Ｎｏ．３５７６によって同定される遺伝子およびそのアレルバリアントによってコードされるヒトタンパク質またはｍＲＮＡ転写物のうちのいずれかを意味する。
本明細書において使用される場合、「ＴＮＦα」（腫瘍壊死因子、ＤＩＦ、腫瘍壊死因子リガンドスーパーファミリーメンバー２（ＴＮＦＳＦ２）、ＡＰＣ１タンパク質、カケクチン、腫瘍壊死因子Ａ（ＴＮＦＡ）、腫瘍壊死因子−ａ（ＴＮＦ−ａ）および腫瘍壊死因子−アルファ（ＴＮＦ−アルファ）としても公知）は、Ｅｎｔｒｅｚ ＧｅｎｅＩＤ Ｎｏ．７１２４によって同定される遺伝子およびそのアレルバリアントによってコードされるヒトタンパク質またはｍＲＮＡ転写物のうちのいずれかを意味する。
詳細な説明
本発明は、ＳＭＡＤ７遺伝子の多型体を有する患者における炎症性腸疾患（ＩＢＤ；例えば、クローン病および潰瘍性大腸炎）を処置するための方法に関する。このアプローチは、多型を含有するＳＭＡＤ７転写物を標的とし、こうしてこのような患者をより大きい有効性を伴って標的とすることを可能にするように特別に設計されたアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用する。このアプローチは、以下でより詳細に説明される。
ＳＭＡＤ７多型バリアント
本発明の方法およびアンチセンスオリゴヌクレオチドは、いずれかのＳＭＡＤ７多型を標的とすることができる。一般に、標的とされる多型は、ｍＲＮＡ配列において存在する。ＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡにおいて見出されるＳＮＰとして、表１に収載されたＳＮＰが挙げられる。表１のＳＭＡＤ７ ＳＮＰの配列は、ＤＮＡ配列として示されているが、当業者は、チミン（Ｔ）の代わりにウラシル（Ｕ）を含有するＲＮＡとの細胞内のハイブリダイゼーションが起こり得ることを十分に理解するであろう。ＳＭＡＤ７コード配列内のＳＮＰは、表２に収載されている。
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対象におけるＳＭＡＤ７多型バリアントの存在の決定
ＳＭＡＤ７多型バリアントの存在は、当技術分野で公知のいずれかの方法を使用して達成することができる。一般に、存在は、患者から採取した試料において検出される。患者におけるＳＭＡＤ７多型の存在の同定は、ハイブリダイゼーションベース技法、シーケンシング技法およびアレイベース技法を含めた標準技法を使用して達成することができる。
ＳＭＡＤ７多型バリアントの存在の決定は、いずれかの生体試料において検出することができ、ＳＭＡＤ７をコードする核酸（例えば、ゲノムＤＮＡまたはＲＮＡ）を含有する患者または試験対象から得られるいずれかの検体であり得る。例示的な試料として、組織生検、細胞、体液（例えば、血液、血清、血漿、***、尿、唾液、羊水、または脳脊髄液）が挙げられる。
得られると、ＳＭＡＤ７多型バリアントの存在を、いずれかの適切な方法を使用して検出することができる。一部の実施形態では、ハイブリダイゼーションアプローチが使用される。ハイブリダイゼーションアプローチとしては、動的アレル特異的ハイブリダイゼーション（Howellら、Nat. Biotechnol.、１７巻：８７頁、１９９９年）が挙げられる。このアプローチは、多型を含まない配列と比較した多型を含有する配列間の示差融解温度（differential melting temperature）に依拠する。簡単に言えば、目的のＤＮＡ領域がビオチン化（biotintylated）プライマーを使用してＰＣＲによって増幅される。得られるＰＣＲ産物は、ストレプトアビジン支持体に結合し、ＤＮＡデュプレックス結合蛍光性分子の存在下でアレル特異的プローブにハイブリダイズされる。デュプレックスは加熱され、デュプレックスが変性する温度が蛍光の損失に基づいて決定される。変性温度は、多型の存在または非存在を決定する。
ＳＮＰを検出するための他のアプローチとして、Mhlangaら、Methods、２５巻：４６３頁、２００１年に記載された分子ビーコンの使用が挙げられる。このアプローチでは、ステムループ構造を含有する一本鎖プローブの使用を伴う。構造のループ部分は、配列が正確にマッチするとき当該のゲノムＤＮＡにハイブリダイズすることができる配列を含有し、ステムの末端は、それぞれフルオロフォアおよびクエンチャーを含有する。ビーコンがその標的配列に結合するとき、フルオロフォアおよびクエンチャーが分離され、こうして蛍光が可能になり、それは、ＳＮＰの存在を示す。
ＳＮＰの存在を同定するための別のハイブリダイゼーションアプローチは、この目的のために設計された核酸アレイの使用である。例えば、ゲノムワイドヒトＳＮＰアレイ６．０（Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ、Ｐａｒｔ＃９０１１８２）を使用して、患者から採取した試料におけるある特定のＳＮＰの存在を検出することができる。
ＳＮＰの同定のためのさらに他のアプローチとして、配列アプローチが挙げられる。ハイスループットゲノムスクリーニング（例えば、いわゆる「次世代」シーケンシング）が技術的に実現可能となるので、かかるアプローチも患者内のＳＮＰの存在を同定するのに使用することができる。これらのアプローチとして、単分子リアルタイムシーケンシング（Ｐａｃｉｆｉｃ Ｂｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ）、イオン半導体（イオントレント配列決定；Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）、ピロシーケンシング（４５４ Ｌｉｆｅ Ｓｃｉｅｎｃｅｓ）、合成によるシーケンシング（Ｉｌｌｕｍｉｎａ Ｉｎｃ．）およびライゲーションによるシーケンシング（ＳＯＬｉＤシーケンシング；Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ）が挙げられる。
患者集団
アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７活性の減少が望ましいいずれかの患者に投与することができる。ＳＭＡＤ７は、潰瘍性大腸炎およびクローン病等、炎症性腸障害における炎症に関連することが公知であるため、かかる患者におけるＳＭＡＤ７活性を低下させることが有益であり得る。
本発明の組成物および方法を使用して、ステロイド抵抗性である患者、ステロイド依存性である患者、または別の抗ＳＭＡＤ７治療法に対して抵抗性（例えば、患者のゲノムにおいて存在する対応するヌクレオチドの少なくとも１種と比べてヌクレオチドミスマッチを有するオリゴヌクレオチドによる処置に対して抵抗性）である患者を処置することができる。
特定の実施形態では、患者は、ＩＢＤまたは炎症に関連するバイオマーカーの変更されたレベルを有すると同定された対象である。例えば、患者は、正常対照または正常対照値と比べて上昇したレベルのインターロイキン−８（ＩＬ−８）、腫瘍壊死因子−α（ＴＮＦ−α）またはＣ反応性タンパク質（ＣＲＰ）を有することができる。
特定の実施形態では、患者が抗ＳＭＡＤ７治療法に対する応答性のある程度の見込みを示す場合、患者が選択される。抗ＳＭＡＤ７治療法に対する応答性の見込みは、一部には、ＩＢＤの患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベル、例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の既存のレベル（すなわち、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初期用量の投与前の患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベル）あるいはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初期用量または１もしくは複数のその後の用量の後に決定されるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベルの決定を前提とする。例えば、本発明の一部の実施形態では、患者は、絶対もしくは相対ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／もしくはＩＬ８レベル、またはＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／もしくはＩＬ８レベルの変化の検出または解析後に、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置またはさらに別の処置のために選択される。ＩＢＤの患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベルは、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の正常レベル、例えば、マッチした対照群におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／もしくはＩＬ８レベル中央値またはＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／もしくはＩＬ８の絶対レベルによって定義されるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の正常レベルと比較することができる。ある特定の実施形態では、血液中のＣＲＰレベルが、３．０ｍｇ／ｍｌ超、３．５ｍｇ／ｍｌ超または４．０ｍｇ／ｍｌ超である場合、患者は、抗ＳＭＡＤ−７治療法による処置のために選択される。
一部の実施形態では、患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベルが、マッチした対照群におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の平均、中央値または平均レベルと比べて１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または１００％を超えて上昇した場合、患者は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置またはさらに別の処置のために選択される。
一部の実施形態では、患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベルが、マッチした対照群におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の平均、中央値または平均レベルと比べて２倍を超えて、３倍を超えて、４倍を超えて、５倍を超えて、６倍を超えて、７倍を超えて、８倍を超えて、９倍を超えて、または１０倍を超えて上昇した場合、患者は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置またはさらに別の処置のために選択される。
典型的には、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８レベルは、試料の容量、例えば、血液または組織の容量当たりのＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８タンパク質、ペプチドまたはＲＮＡの濃度、例えば、質量の観点から測定される。よって、初期または継続処置のための患者の選択は、例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の高い初期レベルが、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド処置に対する応答性の潜在力を示すことができるように、患者におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８レベルに関係づけられ得る。さらに、高レベルのＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８（すなわち、正常を上回るレベルのＩＬ８）は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量増加の必要を示すことができる一方、正常または正常を下回るレベルのＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８は、特に、１または複数の用量の後の、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量減少または用量未変化の必要を示すことができる。あるいは、反復用量後の継続したレベルの正常を上回るレベルのＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８は、患者が、処置に対して応答性ではないことを示すことができる。
ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の対照レベルは、抗ＳＭＡＤ７治療法による処置前の対象から得られる試料（例えば、血液試料）におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８タンパク質またはｍＲＮＡ転写物のレベルを決定することにより決定することができる。ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の対照レベルは、処置に対する対象の応答をモニターするためのベースラインを提供することができる。対照試料は、抗ＳＭＡＤ７治療法が初めて投与される日に（例えば、処置レジメンの１日目に）、例えば、少なくとも１種の抗ＳＭＡＤ７治療法の投与の直後に対象から得ることができる。他の実施形態では、対照試料は、抗ＳＭＡＤ７治療法の開始１日前に（例えば、処置レジメンの０日目に）対象から得ることができる。あるいは、対照試料は、抗ＳＭＡＤ７治療法の開始２、３、４、５、６、７日またはそれよりも前に対象から得ることができる。例えば、ＩＬ８濃度の増加または減少は、処置前に（例えば、対照試料において）、処置の最中におよび／または処置後に測定して、治療法、例えば、抗ＳＭＡＤ７治療法に対する対象の応答をモニターすることができる。
一部の実施形態では、対照レベルは、対象における循環ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８濃度の長期モニタリングに基づき、対象のために確立することができる。かかる事例において、対象が、抗ＳＭＡＤ７治療法による複数ラウンドの処置を受けることができることが意図される。複数ラウンドの処置後に検出される循環ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８濃度は、対象のＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の先の対照レベルと比較して、対象が、治療法に応答したか、および／または抗ＳＭＡＤ７治療法によるさらなる処置に応答する可能性があるか決定することができる。他の実施形態では、対象の対照またはベースラインレベルは、経時的に得られる（例えば、数日間、数週間、数カ月間または数年間の経過にわたって得られる）複数のベースライン試料から決定される循環ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８濃度の平均測定値に基づき確立することができる。したがって、本明細書に開示されている通りに行われるいずれかの検査またはアッセイは、以前のまたは確立された対照レベルと比較することができ、例えば、対象が、抗ＳＭＡＤ７治療法による２ラウンド以上の処置を受けている場合、比較のために対象から新たな対照試料を得る必要がない場合がある。
ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の正常レベルは、数的参照値に基づき、または健康対照群におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベルに関して決定することができる。
本発明の他の実施形態では、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８の正常レベルは、健康対照群におけるＣＲＰ、ＴＮＦαおよび／またはＩＬ８のレベル中央値として定義される。
健康対照群は、患者における判断基準の同じセットにマッチする、遺伝的背景、習慣および身体的特質に関する様々な判断基準に基づき定義することができる。例えば、一部の実施形態では、健康対照群およびＩＢＤを有する患者は、年齢、性別、民族起源、喫煙習
慣、食習慣、ボディ・マス・インデックス（ＢＭＩ）、レクリエーショナルドラッグ使用、医療用薬物使用、ＩＢＤに関する薬物使用および／または運動習慣に関してマッチする。患者および対照群の間でマッチし得る他の因子として、臨床判断基準（例えば、ＣＤＡＩスコア、Ｍａｙｏスコア、ＩＢＤ関連症状の重症度）、代謝、ＩＢＤ患者の個人的病歴、遺伝因子、ＩＢＤ患者の家族の病歴、環境因子（例えば、汚染物質、毒素、アレルゲン）への曝露およびライフスタイル（例えば、都市、郊外または地方勤務地および／または居住地）が挙げられるがこれらに限定されない。 一部の実施形態では、対照群は、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初期用量を受ける前の、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによる処置を受けている患者である。一部の実施形態では、患者は、処置未経験患者である。
ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド
本明細書に記載される方法および組成物において使用される抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、患者の特異的ＳＭＡＤ７配列（例えば、１種または複数種の多型を含有する）を特異的に標的とされる。ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＳＭＡＤ７におけるいずれかの多型、例えば、患者において検出される多型の存在に対応する配列を組み込むことができる。多型は、ＳＭＡＤ７転写物（例えば、表１を参照）またはＳＭＡＤ７コード領域（例えば、表２を参照）において記載される多型のいずれかを含み得る。
一例では、ＳＭＡＤ７オリゴヌクレオチド配列は、モンジャーセン（配列番号７）のものである。この配列は、ＳＭＡＤ７コード配列の核酸１０８〜１２８（配列番号１、これは、受託番号ＮＭ＿００５９０４．３のｍＲＮＡ転写物のヌクレオチド３９６〜４１６に対応する）を標的とする。この領域は、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を含有し、これは、Ｇ→Ａ置換に関与する。この多型の１または２つのコピーを有する患者について、その配列において対応する多型を含有するアンチセンスオリゴヌクレオチドを使用することができる（例えば、配列番号１０〜１３）。本明細書に提供されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、正確な対応する配列を欠くオリゴヌクレオチドと比べてＳＭＡＤ７発現の低下における有効性を増加させることができる。
患者が、アンチセンス配列内で多型についてヘテロ接合性である（すなわち、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６等、多型を含有するＳＭＡＤ７遺伝子の１つのコピー、およびコンセンサス配列を含有するＳＭＡＤ７の１つのコピーを有する）場合、コンセンサス配列（例えば、配列番号１およびＮＭ＿００５９０４．３）に対応するもの、ならびに多型を含有する配列（例えば、配列番号９および１０）に対応するものの混合物としてまたは２つの別個の組成物でアンチセンスオリゴヌクレオチドの組合せを投与することが望ましい場合がある。いずれかの特定の患者についての適切なオリゴヌクレオチドまたはオリゴヌクレオチドの組合せは、当該の患者が多型のキャリアであるかに基づいて決定することができる。いずれかの多型の存在（または非存在）の同定は、例えば、本明細書に記載される方法のいずれかを使用して達成することができる。
コンセンサス配列を標的とする一部のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号７のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを、アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号７のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの正確な対応する標的配列を欠くＳＭＡＤ７多型についてホモ接合性またはヘテロ接合性である患者に投与することができることが当業者によって十分に理解されるであろう。かかるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、例えば、配列番号７のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、アンチセンスオリゴヌクレオチドの正確な対応する標的配列を欠くＳＭＡＤ７多型体の発現を低下させることができる。
ある特定の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドは、ヒトＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡ（例えば、ＮＣＢＩ参照ＮＭ＿００５９０４．３）の部位４０３、２３３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９および／または５３３（すなわち、それぞれヌクレオチド４０３、２３３、２９４、２９５、２９６、２９８、２９９および５３３）を標的とすることができる。上述したｒｓ１４４２０４０２６多型は、ヒトＳＭＡＤ７配列のポジション４０２にある。よって、ヌクレオチド４０３を標的とするオリゴヌクレオチドは、ｒｓ１４４２０４０２６多型を組み込むように設計することができる。他の例では、部位２９４、２９５、２９６、２９８または２９９（例えば、２９４、２９５または２９６）を標的とするオリゴヌクレオチドは、転写物のポジション２７７でｒｓ３７４３２５８６８多型を含有するＳＭＡＤ７ ｍＲＮＡを標的とすることができる。
ＳＭＡＤ７を標的とするアンチセンスオリゴヌクレオチドは、ＣｐＧペアにおけるシトシン残基が５’−メチルシトシン（Ｍｅ−ｄＣと省略）で置き換えられた混合型骨格を含むことができる。メチルホスホネート結合は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの５’および／または３’末端に置くこともできる（ＭｅＰと省略）。
ＳＭＡＤ７の多型体を標的とする例示的なアンチセンスオリゴヌクレオチド治療法として、これらに限定されないが、
Figure 2017532961
 が挙げられ、Ｘは、シトシンおよび５−メチルシトシンからなる群から選択される窒素含有（nitrogenous）塩基を含むヌクレオチド、または２’−Ｏ−メチルシトシンヌクレオチドであり、Ｙは、グアニンおよび５−メチルグアニンからなる群から選択される窒素含有塩基を含むヌクレオチド、または２’−Ｏ−メチルグアニンヌクレオチドであり、ただし任意選択で、ヌクレオチドＸまたはＹの少なくとも一方が、メチル化窒素含有塩基を含み；
Ｘが５−メチル２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエート結合である
Figure 2017532961
 ；
Ｘが５−メチル２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合がホスホロチオエート結合である
Figure 2017532961
 ；
Ｘが５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚが２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
Figure 2017532961
 ；
Ｘが５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚが２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
Figure 2017532961
 ；
Ｘが５−メチル２’−デオキシシチジンである
Figure 2017532961
 。
開示されている治療法は、ＩＢＤを患う対象に経口投与される場合、患者の腸系に有効量のアンチセンスオリゴヌクレオチドを送達することができる、例えば、患者の終末回腸および／または右結腸に有効量のアンチセンスオリゴヌクレオチドを送達することができる。
意図されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号５または配列番号１１：５’−ＧＴＣ＊ ＧＣＣ ＣＣＴ ＴＣＴ Ｃ（Ｃ／Ｔ）Ｃ Ｃ＊ＧＣ ＡＧＣ−３’を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドを含み、Ｃ＊は、５−メチル−２’−デオキシシチジンを表す。一部の実施形態では、意図されるアンチセンスオリゴヌクレオチドのヌクレオチド間結合の少なくとも１個が、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエートであり、例えば、配列番号５の２０個のヌクレオチド間結合のそれぞれが、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエートであり得る。一部の実施形態では、意図されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号７または１３を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、２０個のヌクレオチド間結合のそれぞれが、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエート結合である。特定の実施形態では、意図されるアンチセンスオリゴヌクレオチドは、配列番号７を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドであり、２０個のヌクレオチド間結合のそれぞれが、Ｏ，Ｏ結合型ホスホロチオエート結合であり、本明細書において、「モンジャーセン」と称される。一部の実施形態では、本明細書に開示されている意図される組成物は、１〜２０個のＯ，Ｏ結合型ホスホロチオエートヌクレオチド間結合を任意選択で含むことができる、配列番号５、７、１１または１３のアンチセンスオリゴヌクレオチドの薬学的に許容される塩、例えば、ナトリウム塩を含むことができる。オリゴヌクレオチドの意図される塩は、例えば、各ホスホロチオエート結合がＮａ＋等のイオンと会合した、完全に中和された塩を含む。オリゴヌクレオチドは、天然起源の核酸塩基、糖および共有結合性ヌクレオチド間（骨格）結合、ならびに非天然起源の部分を含むことができる。
表３は、例示的なＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの標的配列、およびＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的とされる配列番号１のＳＭＡＤ７コード配列における領域を収載する。標的配列は、ＤＮＡ標的配列として示されている。しかし、対応するＲＮＡ標的配列も、表３の収載されているＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドによって標的とされ得る。
Figure 2017532961
医薬組成物
本明細書中に開示されるもののような、ＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含有する医薬組成物は、投薬量単位形態で提示することができ、いずれか適した方法によって調製することができる。医薬組成物は、その企図される投与経路と適合性となるように製剤化するべきである。有用な製剤は、医薬品技術分野において周知の方法によって調製することができる。例えば、Remington's: Pharmaceutical Sciences、第２２版（Pharmaceutical Press and Philadelphia College of Pharmacy at University of the Sciences、２０１２年）を参照されたい。
医薬品製剤は、好ましくは、無菌である。滅菌は、例えば、滅菌濾過膜を通した濾過によって達成することができる。組成物が、凍結乾燥される場合、濾過滅菌は、凍結乾燥および再構成に先立ちまたはそれに続いて行うことができる。
経口投与
本発明の一部の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療法は、アンチセンスオリゴヌクレオチドの経口送達に適することができ、組成物が、例えば、患者の終末回腸および右結腸にアンチセンス化合物を送達することができるような、例えば、腸溶コーティング、例えば、胃抵抗性コーティングを含む錠剤であり得る。例えば、かかる投与は、対象の腸管の罹患部分へ直接アンチセンス化合物を実質的に局所的適用する、局所的効果をもたらすことができる。かかる投与は、一部の実施形態では、アンチセンス化合物の望まれない全身吸収を実質的に回避することができる。
例えば、経口投与のための錠剤は、ＳＭＡＤ７に対する開示されているアンチセンス化合物、例えば、本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドおよび薬学的に許容される賦形剤を含む、顆粒を含むことができる（例えば、顆粒で少なくとも部分的に形成される）。かかる錠剤は、腸溶コーティングでコーティングすることができる。意図される錠剤は、フィラー、結合剤、崩壊剤および／または滑沢剤等、薬学的に許容される賦形剤ならびに着色料、遊離剤、コーティング剤、甘味料、ウィンターグリーン、オレンジ、キシリトール、ソルビトール、フルクトースおよびマルトデキストリン等の香味剤、および芳香剤、保存剤および／または抗酸化剤を含むことができる。
一部の実施形態では、意図される医薬品製剤は、意図されるアンチセンス化合物または薬学的に許容される塩、例えば、本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、および薬学的に許容されるフィラーを含む粒内相を含む。例えば、本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドおよびフィラーは、任意選択で他の賦形剤と共に一体にブレンドし、顆粒に成形することができる。一部の実施形態では、粒内相は、湿式造粒法を使用して形成することができ、例えば、ブレンドされたアンチセンス化合物およびフィラーに液体（例えば、水）を加え、次にこの組合せを乾燥、粉砕および／または篩にかけて、顆粒を産生する。当業者であれば、他のプロセスを使用して、粒内相を達成することができることを理解するであろう。
一部の実施形態では、意図される製剤は、粒外相を含み、これは、１種または複数種の薬学的に許容される賦形剤を含むことができ、粒内相とブレンドして、開示されている製剤を形成することができる。
抗ＳＭＡＤ７治療製剤は、フィラーを含む粒内相を含むことができる。例示的なフィラーとして、セルロース、ゼラチン、リン酸カルシウム、ラクトース、スクロース、グルコース、マンニトール、ソルビトール、微結晶性セルロース、ペクチン、ポリアクリレート、デキストロース、酢酸セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、部分的アルファ化デンプン、炭酸カルシウムおよびこれらの組合せを含むものなどが挙げられるがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療製剤は、医薬品製剤の成分を一体に保持するために一般に機能し得る結合剤を含む、粒内相および／または粒外相を含むことができる。例示的な結合剤として、次のものが挙げられるがこれらに限定されない：デンプン、糖、セルロースまたはヒドロキシプロピルセルロース等の修飾セルロース、ラクトース、アルファ化トウモロコシデンプン、ポリビニルピロリドン、ヒドロキシプロピルセルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、メチルセルロース、エチルセルロース、糖アルコールおよびこれらの組合せを含むものなど。
例えば、粒内相および／または粒外相を含む、意図される抗ＳＭＡＤ７治療製剤は、デンプン、セルロース、架橋ポリビニルピロリドン、デンプングリコール酸ナトリウム、カルボキシルメチルセルロースナトリウム、アルギネート、コーンスターチ、クロスカルメロース（crosmellose）ナトリウム、架橋カルボキシメチルセルロース、低置換度ヒドロキシプロピルセルロース、アラビアゴムおよびこれらの組合せを含むもの等が挙げられるがこれらに限定されない、崩壊剤を含むことができる。例えば、粒内相および／または粒外相は、崩壊剤を含むことができる。
一部の実施形態では、意図される抗ＳＭＡＤ７治療製剤は、開示されているアンチセンス化合物、ならびにマンニトール、微結晶性セルロース、ヒドロキシプロピルメチルセルロースおよびデンプングリコール酸ナトリウムまたはこれらの組合せから選択される賦形剤を含む粒内相と、微結晶性セルロース、デンプングリコール酸ナトリウムおよびステアリン酸マグネシウムまたはこれらの混合物のうち１種または複数種を含む粒外相とを含む。
一部の実施形態では、意図される抗ＳＭＡＤ７治療製剤は、滑沢剤を含むことができ、例えば、粒外相は、滑沢剤を含有することができる。滑沢剤として、タルク、シリカ、脂肪、ステアリン、ステアリン酸マグネシウム、リン酸カルシウム、二酸化ケイ素（silicone dioxide）、ケイ酸カルシウム、リン酸カルシウム、コロイド状二酸化ケイ素、ステアリン酸金属塩、水素化植物油、コーンスターチ、安息香酸ナトリウム、ポリエチレングリコール、酢酸ナトリウム、ステアリン酸カルシウム、ラウリル硫酸ナトリウム、塩化ナトリウム、ラウリル硫酸マグネシウム、タルクおよびステアリン酸が挙げられるがこれらに限定されない。
一部の実施形態では、医薬品製剤は、腸溶コーティングを含む。一般に、腸溶コーティングは、消化進路に沿って薬物が吸収される位置を制御する、経口薬物適用のための障壁を作製する。腸溶コーティングは、ｐＨに応じて異なる速度で崩壊するポリマーを含むことができる。腸溶コーティングは、例えば、酢酸フタル酸セルロース、メチルアクリレート−メタクリル酸コポリマー、酢酸コハク酸セルロース、フタル酸ヒドロキシルプロピルメチルセルロース、メタクリル酸メチル−メタクリル酸コポリマー、エチルアクリレート−メタクリル酸コポリマー、メタクリル酸コポリマーＣ型、ポリ酢酸ビニルフタレートおよび酢酸フタル酸セルロースを含むことができる。
例示的な腸溶コーティングは、Ｏｐａｄｒｙ（登録商標）ＡＭＢ、Ａｃｒｙｌ−ＥＺＥ（登録商標）、Ｅｕｄｒａｇｉｔ（登録商標）グレードを含む。一部の実施形態では、腸溶コーティングは、意図される錠剤の重量で約５％〜約１０％、約５％〜約２０％、８〜約１５％、約８％〜約１８％、約１０％〜約１２％または約１２〜約１６％を構成することができる。例えば、腸溶コーティングは、エチルアクリレート−メタクリル酸コポリマーを含むことができる。
一実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療法（therapy）は、重量で約０．５％〜約１０％の本明細書中に記載されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩；重量で約３０％〜約５０％マンニトール；および重量で約１０％〜約３０％微結晶性セルロースを含む経口使用のための錠剤であり得る。
例えば、重量で約０．５％〜約７０％、例えば、約０．５％〜約１０％または約１％〜約２０％のアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩（例えば、本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド）を含むかまたはこれから本質的になる、抗ＳＭＡＤ７治療法（therapy）が、錠剤の形態で提供される。かかる錠剤は、例えば、重量で約０．５％〜約６０％のマンニトール、例えば、重量で約３０％〜約５０％マンニトール、例えば、重量で約４０％マンニトール；および／または重量で約２０％〜約４０％の微結晶性セルロースもしくは重量で約１０％〜約３０％の微結晶性セルロースを含むことができる。例えば、意図される錠剤は、重量で約３０％〜約６０％、例えば、約４５％〜約６５％あるいは重量で約５〜約１０％の本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、重量で約３０％〜約５０％あるいは約５％〜約１５％マンニトール、約５％〜約１５％微結晶性セルロース、約０％〜約４％または約１％〜約７％ヒドロキシプロピルメチルセルロースおよび重量で約０％〜約４％、例えば、約２％〜約４％デンプングリコール酸ナトリウムを含む粒内相を含むことができる。
本発明の例示的な実施形態では、重量で約５０％の本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（またはその塩）、重量で約１１．５％マンニトール、重量で約１０％微結晶性セルロース、重量で約３％ヒドロキシプロピルメチルセルロースおよび重量で約２．５％デンプングリコール酸ナトリウムを含むことができる粒内相と；重量で約２０％微結晶性セルロース、重量で約２．５％デンプングリコール酸ナトリウムおよび重量で約０．５％ステアリン酸マグネシウムを含むことができる粒外相とを含む、経口投与のための薬学的に許容される錠剤が提供される。錠剤は、腸溶コーティングを含むこともできる。
別の例示的な実施形態では、重量で約５％〜約１０％、例えば、約８％の本明細書中に提供されるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド（例えば、ヌクレオシド間結合がそれぞれＯ，Ｏ結合型ホスホロチオエート（phophorothioate）である、および／またはその塩、例えば、ナトリウム塩）、重量で約４０％マンニトール、重量で約８％微結晶性セルロース、重量で約５％ヒドロキシプロピルメチルセルロースおよび重量で約２％デンプングリコール酸ナトリウムを含むまたはこれから本質的になることができる粒内相と；重量で約１７％微結晶性セルロース、重量で約２％デンプングリコール酸ナトリウムおよび重量で約０．４％ステアリン酸マグネシウムを含むことができる粒外相とを含むまたはこれから本質的になる、経口投与のための薬学的に許容される錠剤が提供される。
非経口的投与
本発明の医薬組成物は、非経口的投与のために製剤化することができる、例えば、静脈内、筋肉内、皮下、病巣内または腹腔内経路による注射のために製剤化することができる。ＳＭＡＤ７インヒビターを含有する水性医薬組成物等、水性組成物の調製は、本開示を踏まえた当業者に公知であろう。典型的には、かかる組成物は、液体溶液または懸濁液のいずれかとしての注射液として調製することができ；注射に先立つ液体の添加により溶液または懸濁液を調製するための使用に適した固形を調製することもでき；調製物は、乳化することもできる。
注射用の使用に適した医薬品形態は、無菌水溶液または分散物；ゴマ油、ピーナッツ油または水性プロピレングリコールを含む製剤；および無菌注射用溶液または分散物の即時調製のための無菌粉末を含む。いずれの場合においても、形態は、無菌でなければならず、容易な注射針通過性（syringability）が存在する程度まで流動性でなければならない。これは、製造および貯蔵条件下で安定性でなければならず、細菌および真菌等、微生物の汚染作用から保存されなければならない。
遊離塩基または薬理学的に許容される塩としての活性化合物の溶液は、ヒドロキシプロピルセルロース等、サーファクタントと適宜混合された水において調製することができる。分散物は、グリセロール、液体ポリエチレングリコールおよびこれらの混合物ならびに油において調製することもできる。加えて、溶媒または懸濁媒として無菌固定油を用いることができる。この目的のため、合成モノまたはジグリセリドを含むいずれか無刺激の固定油を用いることができる。加えて、注射液の調製においてオレイン酸等、脂肪酸を使用することができる。無菌注射用調製物は、例えば、１，３−ブタンジオールにおける溶液として、無毒性非経口的に許容される希釈剤または溶媒における無菌注射用溶液、懸濁液またはエマルションであってよい。許容される媒体および溶媒の中で、水、リンゲル溶液、Ｕ．Ｓ．Ｐ．および等張性塩化ナトリウム溶液を用いることができる。一実施形態では、ＳＭＡＤ７インヒビターは、１％（ｗ／ｖ）カルボキシルメチルセルロースナトリウムおよび０．１％（ｖ／ｖ）ＴＷＥＥＮ（商標）８０を含む担体流体に懸濁することができる。貯蔵および使用の通常条件下において、これらの調製物は、微生物の成長を防止するための保存剤を含有する。
注射用調製物、例えば、無菌注射用水性または油性懸濁液は、適した分散剤または湿潤剤および懸濁化剤を使用して、公知技術に従って製剤化することができる。一般に、分散物は、基本分散媒および上に列挙されているものの中から必要とされる他の成分を含有する無菌媒体へと様々な滅菌活性成分を取り込むことにより調製される。本発明の無菌注射用溶液は、必要に応じて上に列挙されている様々な他の成分と共に、必要な量の適切な溶媒においてＳＭＡＤ７インヒビターを取り込み、続いて濾過滅菌することにより調製することができる。無菌注射用溶液の調製のための無菌粉末の場合、好ましい調製方法は、真空乾燥およびフリーズドライ技法であり、これにより、以前に滅菌濾過されたその溶液から活性成分プラスいずれか追加的な所望の成分の粉末を生じる。注射用製剤は、例えば、細菌保持フィルターを通した濾過により滅菌することができる。
筋肉内注射のためのより濃縮または高度に濃縮された溶液の調製も意図される。これに関して、高濃度の、ＳＭＡＤ７インヒビターの極めて迅速な浸透、狭い区域への送達をもたらすため、溶媒としてのＤＭＳＯの使用が好ましい。
かかる溶液における使用に適した保存剤は、塩化ベンザルコニウム、塩化ベンゼトニウム、クロロブタノール、チメロサールなどを含む。適したバッファーは、約ｐＨ６〜ｐＨ８の間、好ましくは、約ｐＨ７〜ｐＨ７．５の間におけるｐＨの維持に十分な量の、ホウ酸、炭酸水素ナトリウムおよびカリウム、ホウ酸ナトリウムおよびカリウム、炭酸ナトリウムおよびカリウム１０、酢酸ナトリウム、重リン酸ナトリウムなどを含む。適した浸透圧調節剤は、眼科用溶液の塩化ナトリウム当量が、範囲０．９±０．２％になるような、デキストラン４０、デキストラン７０、デキストロース、グリセリン、塩化カリウム、プロピレングリコール、塩化ナトリウムなどである。適した抗酸化剤および安定剤は、重亜硫酸ナトリウム、メタ重亜硫酸ナトリウム、チオ亜硫酸ナトリウム（sodium thiosulfite）、チオ尿素などを含む。適した湿潤剤および清澄化剤は、ポリソルベート８０、ポリソルベート２０、ポロクサマー２８２およびチロキサポールを含む。適した増粘剤は、デキストラン４０、デキストラン７０、ゼラチン、グリセリン、ヒドロキシエチルセルロース、ヒドロキシメチルプロピルセルロース、ラノリン、メチルセルロース、ワセリン、ポリエチレングリコール、ポリビニルアルコール、ポリビニルピロリドン、カルボキシメチルセルロースなどを含む。
例示的な実施形態では、ＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドの皮下投与のための医薬組成物は、配列番号７によって表されるアンチセンスオリゴヌクレオチド等、アンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩（ナトリウム塩等）および薬学的に許容される担体を含む。
意図される錠剤は、腸溶コーティングを含むこともでき、例えば、開示されている錠剤は、重量で約１３％、約１４％、約１５％、約１６％、約１７％の腸溶コーティング、例えば、エチルアクリレート−メタクリル酸コポリマー（例えば、ＡｃｒｙｌＥＺＥ（登録商標））を含むことができる。
例えば、抗ＳＭＡＤ７治療法は、粒内相（intra-granular phase）と粒外相（extra-granular phase）とを含む、経口使用のための薬学的に許容される錠剤の形態であり得、例えば、粒内相は、重量で約５％〜約１０％（例えば、重量で約８％）の配列番号７によって表されるアンチセンスオリゴヌクレオチドまたはその薬学的に許容される塩、重量で約４０％マンニトール、重量で約８％微結晶性セルロース、重量で約５％ヒドロキシプロピルメチルセルロースおよび重量で約２％デンプングリコール酸ナトリウムを含み、例えば、粒外相は、重量で約１７％微結晶性セルロース、重量で約２％デンプングリコール酸ナトリウムおよび重量で約０．４％ステアリン酸マグネシウムを含み、錠剤は、腸溶コーティングをさらに含み得る。
意図される製剤、例えば、錠剤は、一部の実施形態では、患者に経口投与される場合、患者におけるオリゴヌクレオチドの最小血漿濃度をもたらすことができる。別の実施形態では、意図される製剤は、患者に経口投与される場合、患者の終末回腸および／または右結腸、例えば、患者の罹患または疾患腸部位に局所的に送達される。
投与および投薬
例示的な製剤は、約１０ｍｇ〜約５００ｍｇのＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むかまたは本質的にこれからなる剤形を含む。例えば、約１０ｍｇ、約１５ｍｇ、約２０ｍｇ、約２５ｍｇ、約３０ｍｇ、約３５ｍｇ、約４０ｍｇ、約５０ｍｇ、約６０ｍｇ、約７０ｍｇ、約８０ｍｇ、約９０ｍｇ、約１００ｍｇ、約１１０ｍｇ、約１２０ｍｇ、約１３０ｍｇ、約１４０ｍｇ、約１５０ｍｇ、約１６０ｍｇ、約２００ｍｇまたは約２５０ｍｇのＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含む錠剤が、本明細書において意図される。一実施形態では、製剤は、約４０ｍｇ、８０ｍｇまたは１６０ｍｇのＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むことができる。一部の実施形態では、製剤は、少なくとも１００μｇのＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むことができる。例えば、製剤は、約０．１ｍｇ、０．２ｍｇ、０．３ｍｇ、０．４ｍｇ、０．５ｍｇ、１ｍｇ、５ｍｇ、１０ｍｇ、１５ｍｇ、２０ｍｇまたは２５ｍｇのＳＭＡＤ７に対するアンチセンスオリゴヌクレオチドを含むことができる。投与される量は、処置しようとする疾患または兆候の種類および程度、患者の全体的な健康およびサイズ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、医薬品製剤のｉｎ ｖｉｖｏ効力、ならびに投与経路等、変数に依存する。初期投薬量は、所望の血液レベルまたは組織レベルを迅速に達成するために、上限レベルを超えて増加させることができる。あるいは、初期投薬量は、最適より少なくてよく、投薬量は、処置経過において漸進的に増加させることができる。ヒト投薬量は、例えば、４０ｍｇから１６０ｍｇとなるよう設計された従来の第Ｉ相用量漸増試験において最適化させることができる。投薬頻度は、投与経路、投薬量および処置されている疾患等、因子に応じて変動し得る。例示的な投薬頻度は、１日に１回、１週間に１回および２週間に１回である。一部の実施形態では、投薬は、１日に１回を７日間である。
併用処置
本発明の一部の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療法は、他の処置、例えば、ステロイド（単数または複数）、免疫調節物質（単数または複数）および／またはメサラミンが挙げられるがこれらに限定されない処置の後にまたはこれと同時に投与することができる。抗ＳＭＡＤ７治療法は、これらの処置のいずれかの組合せの後にまたはこれと同時に投与することができる。例えば、一部の実施形態では、抗ＳＭＡＤ７治療法は、ステロイド（単数または複数）のみ、免疫調節物質（単数または複数）のみ、メサラミンのみ、ステロイド（単数または複数）および免疫調節物質（単数または複数）、ステロイド（単数または複数）およびメサラミン、または免疫調節物質（単数または複数）およびメサラミンと共に投与することができる。
免疫調節物質の例として、アザチオプリン、メルカプトプリン、メトトレキセート、シクロスポリンＡおよびタクロリムスが挙げられる。ステロイドの例として、コルチコステロイド、例えば、プレドニゾン、デキサメタゾン、ヒドロコルチゾン、メチルプレドニゾロン、プレドニゾンおよびブデソニドが挙げられる。一部の実施形態では、異なるサリチレート、例えば、スルファサラジンをメサラミンの代わりに投与することができる。本発明の一部の実施形態では、ステロイド（複数可）、免疫調節物質（複数可）またはメサラミンは、抗ＳＭＡＤ７治療法と同じ経路（すなわち、経口）により投与することができる。本発明の一部の実施形態では、ステロイド（複数可）、免疫調節物質（複数可）またはメサラミンは、抗ＳＭＡＤ７治療法とは異なる経路により投与することができる。例えば、ステロイド（複数可）、免疫調節物質（複数可）またはメサラミンは、非経口、直腸、静脈内、局所または吸入スプレーにより投与することができる。
治療法のモニタリング
炎症性腸疾患の処置におけるアンチセンス治療法の有効性は、いずれか適切なアプローチを使用してモニターすることができる。いずれかの主観的または客観的臨床スケールがそうすることができるように、例えば、炎症性腸疾患または過剰なＳＭＡＤ７活性に関連することが公知のバイオマーカーのいずれかを使用して、患者における治療法の有効性をモニターすることができる。処置のモニタリングは、処置有効性および安全性の査定、ならびに処置をモジュレートする必要の評価の観点から有用であり得る。処置のモニタリングは、患者に投与されているもしくは患者に投与することになるＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの量を増加させるべきか減少させるべきか、またはアンチセンスが有効であるかに関する評価に有用でもあり得る。さらに、処置のモニタリングは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの用量をモジュレートするべき、すなわち、増加または減少させるべき量または相対量の決定の観点から有用であり得る。
例えば、ＩＢＤを有する患者におけるバイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せ（例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよびＩＬ８）のレベルのモニタリングは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの初期用量の前に、その最中にまたはその後に開始することができる。さらに、モニタリングは、初期用量の後に続けることができる。例えば、モニタリングは、初期用量の投与後に行うことができる。モニタリングは、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドのその後の用量の前に、その最中にまたはその後に行うこともできる。例えば、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの各用量が患者に投与された後に、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの各用量が患者に投与される前に、またはＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの各用量が患者に投与される前および後に、規則的な間隔でモニタリングを行うことができるように、モニタリングは、連続的であっても不連続的であってもよい。モニタリングは、単一の日に複数回（例えば、単一の日に２回、３回、４回、約５回または約１０回）、１日に１回、単一の週に複数回（例えば、単一の週に２回、３回、４回、約５回または約１０回）、１週間に１回、単一の月に複数回（例えば、単一の月に２回、３回、４回、約５回または約１０回）または１カ月に１回行うことができる。本発明の方法において、モニタリングは、投与ステップと比べた様々な時間で行うことができる。例えば、一部の実施形態では、モニタリングは、投与ステップの直後に、または少なくとも１日、少なくとも３日、少なくとも５日、少なくとも１週間、少なくとも２週間、少なくとも３週間、少なくとも１カ月、少なくとも２カ月、少なくとも４カ月もしくは少なくとも６カ月後に行うことができる。一部の実施形態では、モニタリングは、投与ステップから約１５日または約２８日間後に行われる。
一部の事例では、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドのレベルを増加させるべきか、減少させるべきか、動かさずにおくべきか決定するために、バイオマーカーの正常または異常レベルの閾値を理解することが有用である。ＣＲＰの正常レベルは、特異的な値、例えば、約０．０１ｍｇ／Ｌ、約０．０５ｍｇ／Ｌ、約０．１ｍｇ／Ｌ、約０．２ｍｇ／Ｌ、約０．３ｍｇ／Ｌ、約０．４ｍｇ／Ｌ、約０．５ｍｇ／Ｌ、約０．６ｍｇ／Ｌ、約０．７ｍｇ／Ｌ、約０．８ｍｇ／Ｌ、約０．９ｍｇ／Ｌ、約１．０ｍｇ／Ｌ、約１．５ｍｇ／Ｌ、約２．０ｍｇ／Ｌ、約２．５ｍｇ／Ｌまたは約３．０ｍｇ／Ｌの値に関係づけることができる。ＴＮＦαの正常レベルは、対照対象に依存して、約１１μｇ／Ｌ（例えば、１１．２μｇ／Ｌ）であり得る、または別の値（例えば、５、６、７、８、９、１０、１２、１３、１４または１５μｇ／Ｌ）であり得る。血清におけるＩＬ８の正常レベルは、対照対象に依存して、約１３μｇ／Ｌ（例えば、１２．９μｇ／Ｌ）であり得る、または別の値（例えば、６、７、８、９、１０、１１、１２、１４、１５、１６または１７μｇ／Ｌ）であり得る。例えば、Aricanら、Mediators Inflamm.２００５巻：２７３頁、２００５年を参照。一部の実施形態では、バイオマーカーの正常レベルは、様々な因子、例えば、年齢、性別、民族起源、喫煙習慣、食習慣、ボディマスインデックス（ＢＭＩ）および／または運動習慣に関して患者とマッチした健康対照群におけるバイオマーカーのレベル中央値との比較により決定することができる。
バイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せ（例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよびＩＬ８）のレベルは、患者から試料を得ることにより決定することができる。本明細書に記載されている方法において、試料は、組織試料（例えば、胃腸組織試料）または体液試料（例えば、唾液試料、糞便、尿試料またはいずれかの液体生検）であり得る。試料は、バイオマーカー発現細胞、例えば、上皮結腸組織細胞を含有する固形組織生検を含むことができる。試料は、患者組織生検、例えば、粘膜組織生検、例えば、腸粘膜組織生検から得られる試料であり得る。さらに、試料は、血液、血清または血漿試料であり得る。対象由来の血液試料は、当技術分野で周知の技法を使用して得ることができる。血液試料は、末梢血単核球（ＰＭＢＣ）、ＲＢＣ枯渇全血または血清を含むことができる。ＰＢＭＣは、異なる密度勾配（例えば、フィコール密度勾配）遠心分離手順を使用して全血試料から分離することができる。例えば、全血（例えば、抗凝固剤処置した全血）を分離媒上に重層し、遠心分離する。遠心分離ステップの終わりに、次の層が上から下に視覚的に観察される：血漿／血小板、ＰＢＭＣ、分離媒および赤血球／顆粒球。
試料は、時間的パラメータに基づき患者から得るまたは抽出することもできる。例えば、試料は、所定の期間、例えば、約１時間、約６時間、約１２時間、約１日間、約３日間、約１週間または約１カ月間を通して、異なる時点で、例えば、約３０分間毎に、約１時間毎に、約３時間毎に、約６時間毎にまたは約１２時間毎に、同じ患者から採取することができる。試料は、個々の食事の後に、例えば、食事の直後に、約３０分後に、約１時間後に、約２時間後に、約３時間後に、約４時間後に、約５時間後にまたは約６時間後に採取することもできる。
処置をモニターする方法は、バイオマーカー（例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよびＩＬ８）のレベル、ＣＤＡＩスコア、臨床寛解およびＩＢＤ症状の存在または重症度が挙げられるがこれらに限定されない、他の因子をモニターする方法を含むこともできる。
本発明の実施形態では、バイオマーカーまたはバイオマーカーの組合せ（例えば、ＣＲＰ、ＴＮＦαおよびＩＬ８）のレベルが、測定される場合、様々な方法を使用して、バイオマーカーを測定することができる。例えば、バイオマーカー、例えば、ＩＬ８、ＴＮＦαまたはＣＲＰのレベルは、免疫化学および／またはヌクレオチド解析によって決定することができる。例えば、公知容量の血液もしくは組織試料または血液もしくは組織試料の画分におけるバイオマーカーの量は、免疫化学によって決定することができる。免疫化学によってバイオマーカー濃度を決定する方法として、ウエスタンブロッティング、ＥＬＩＳＡおよび免疫染色方法が挙げられるがこれらに限定されない。一部の実施形態では、免疫化学によってバイオマーカー濃度を決定する方法は、目的のバイオマーカーに結合することができる抗体、例えば、バイオマーカーに対する抗体を使用して行われる。免疫化学によるバイオマーカー濃度のアッセイは、例えば、バイオマーカーに対する少なくとも１種の抗体を必要とする。一次抗体に、検出可能標識、例えば、蛍光マーカーをタグ付けすることができる。あるいは、一次抗体の生物種アイソタイプに特異的に結合する、検出可能標識、例えば、蛍光マーカーをタグ付けされた二次抗体を使用して、免疫化学を行うことができる。免疫化学によってバイオマーカー濃度を決定する方法は、バッファー、ブロッキング試薬、コンジュゲートなし一次抗体、ならびに蛍光プローブまたは基質特異的酵素等、抗体検出を可能にするタグにコンジュゲートされた一次および／または二次抗体の使用に関与することもできる。
ヌクレオチド解析によってバイオマーカー濃度を決定する方法として、ノーザンブロッティングおよびポリメラーゼ連鎖反応方法、例えば、定量的ポリメラーゼ連鎖反応方法等、バイオマーカーｍＲＮＡ転写物レベルを解析する方法が挙げられるがこれらに限定されない。ヌクレオチド解析は、バイオマーカーヌクレオチド配列（例えば、ＣＲＰヌクレオチド配列）に結合するオリゴヌクレオチドプローブ、またはポリメラーゼ連鎖反応、例えば、定量的ポリメラーゼ連鎖反応によりバイオマーカーヌクレオチド配列を増幅することができる一対のオリゴヌクレオチドプライマーを使用して行うことができる。オリゴヌクレオチドプローブおよびオリゴヌクレオチドプライマーは、例えば、蛍光タグ等、検出可能タグに連結することができる。ヌクレオチド解析によるバイオマーカー濃度の決定において、従事者は、試料における特定のバイオマーカーのｍＲＮＡ転写物濃度を評価することができる。あるいは、ヌクレオチド解析によるバイオマーカー濃度の決定において、従事者は、バイオマーカーｍＲＮＡ転写物存在量の尺度に基づきバイオマーカータンパク質濃度を推定するために、特定のバイオマーカーのｍＲＮＡ転写物存在量および特定のバイオマーカーのタンパク質存在量の間の相関を確立することができる。
特許請求されている発明の方法は、ｉｎ ｖｉｔｒｏで行うことができるステップを含む。例えば、対象におけるバイオマーカーレベルを測定するステップ、試料におけるバイオマーカーのレベルを決定するステップ、および／またはＣＤＡＩスコアを決定するもしくはＣＤＡＩスコアの決定に必要な測定を行うステップをｉｎ ｖｉｔｒｏで行うことができることが意図される。例えば、試料におけるバイオマーカーのレベルは、ｉｎ ｖｉｔｒｏで試料において免疫化学またはヌクレオチド解析を行うことにより決定することができる。あるいは、本発明の一部の実施形態では、ＩＢＤを有する患者におけるバイオマーカーレベルを決定および解析するステップ、試料におけるバイオマーカーレベルを決定および解析するステップ、および／またはＣＤＡＩスコアを決定するもしくはＣＤＡＩスコアの決定に必要な測定を行うステップは、ｉｎ ｖｉｖｏで行うことができる。
免疫化学に適した抗ＩＬ８抗体は、市販されており、Ａｂｃａｍ製ヤギ抗ヒトＩＬ８（カタログ番号ａｂ１０７６９）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ製マウス抗ヒトＩＬ８（カタログ番号ｓｃ−７３３２１、ｓｃ−５２８７０およびｓｃ−７３０２）、Ｐｉｅｒｃｅ製マウス抗ヒトＩＬ８（３ＩＬ８−Ｈ１０）（カタログ番号Ｍ８０１）およびＳｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製マウス抗ヒトＩＬ８（カタログ番号ＷＨ０００３５７６Ｍ５）抗体が挙げられるがこれらに限定されない。
免疫化学に適した抗ＴＮＦα抗体は、市販されており、Ａｂｃａｍ製ウサギ抗ヒトＴＮＦα（カタログ番号ａｂ９６３５）、Ｃｅｌｌ Ｓｉｇｎａｌｉｎｇ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製ウサギ抗ヒトＴＮＦα（カタログ番号３７０７）、ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ｅＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ製マウス抗ヒトＴＮＦα（カタログ番号１４−７３４８−８１）およびＲｏｃｋｌａｎｄ Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ＆Ａｓｓａｙｓ製ウサギ抗ヒトＴＮＦα（カタログ番号２０９−４０１−３０６Ｓ）抗体が挙げられるがこれらに限定されない。
免疫化学に適した抗ＣＲＰ抗体は、市販されており、例えば、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製ヤギ抗ヒトＣＲＰポリクローナル抗体（カタログ番号ｓｃ−１８３０４およびｓｃ−１８３０６）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製ウサギ抗ヒトＣＲＰポリクローナル抗体（カタログ番号ｓｃ−３００４７）、Ｓａｎｔａ Ｃｒｕｚ Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ製マウス抗ヒトＣＲＰモノクローナル抗体（カタログ番号ｓｃ−７０８８３）、Ｓｉｇｍａ−Ａｌｄｒｉｃｈ製マウス抗ヒトＣＲＰモノクローナル抗体（カタログ番号Ｃ１６８８−．２ＭＬ）、ａｂｃａｍ製ウサギ抗ヒトモノクローナル抗体（カタログ番号ａｂ３２４１２）、ａｂｃａｍ製マウス抗ヒトＣＲＰモノクローナル抗体（カタログ番号ａｂ１３４２６）およびＴｈｅｒｍｏ Ｓｃｉｅｎｔｉｆｉｃ製ヤギ抗ヒトＣＲＰポリクローナル抗体（カタログ番号Ｇ０３０１−１Ｂ）等が挙げられる。
本発明を現在一般に記載しているが、これは、本発明のある特定の態様および実施形態を単に説明する目的で含まれており、決して本発明を限定するように意図されていない次の実施例を参照してより容易に理解されるであろう。
（実施例１）
ｒｓ１４４２０４０２６ ＳＮＰについてヘテロ接合性である患者
患者は、クローン病と診断されている。治療法を始める前に、患者のＳＭＡＤ７遺伝子配列を、標準的なシーケンシング技法を使用して患者において解析して、ｒｓ１４４２０４０２６ ＳＮＰの存在または非存在を決定する。
シーケンシングの結果として、患者は、ＳＭＡＤ７遺伝子ｒｓ１４４２０４０２６多型（すなわち、ポジションにおいて「Ａ」）の１つのコピーおよびコンセンサス配列（すなわち、ポジションにおいて「Ｇ」）の１つのコピーを有すると決定される。この決定に基づいて、患者に、１つがモンジャーセンの配列（すなわち、配列番号５）を有し、１つがｒｓ１４４２０４０２６多型に対応するヌクレオチドが置換されたモンジャーセンの配列（すなわち、配列番号１１）を有する２つの異なるアンチセンス治療薬を投与する。
アンチセンス治療薬の組合せを使用した処置後に、患者は、クローン病に関連した症状の低下を経験する。
（実施例２）
ｒｓ１４４２０４０２６ ＳＮＰについてホモ接合性である患者
患者は、クローン病と診断されている。治療法を始める前に、患者のＳＭＡＤ７遺伝子配列を、標準的なシーケンシング技法を使用して患者において解析して、ｒｓ１４４２０４０２６ ＳＮＰの存在または非存在を決定する。
シーケンシングの結果として、患者は、ＳＭＡＤ７遺伝子ｒｓ１４４２０４０２６多型（すなわち、ポジションにおいて「Ａ」）の２つのコピーを有すると決定される。この決定に基づいて、患者に、ｒｓ１４４２０４０２６多型に対応するヌクレオチドが置換されたモンジャーセンの配列（例えば、配列番号１１）を有する単一のアンチセンス治療薬を投与する。
アンチセンス治療薬を使用した処置後に、患者は、クローン病に関連した症状の低下を経験する。
配列
配列番号１（ＮＭ＿００５９０４．３；Ｈｏｍｏ ｓａｐｉｅｎｓ ＳＭＡＤファミリーメンバー７（ＳＭＡＤ７）、転写物バリアント１、ｍＲＮＡのコード配列ＣＤＳ（２８８〜１５６８））−モンジャーセン標的およびその誘導体の標的配列に下線を引き（１０８〜１２８）；ＳＮＰ（ｇ／ａ）に二重下線を引いた；
Figure 2017532961
Figure 2017532961
 配列番号２（トランケートされたモンジャーセン標的−配列；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６位置を強調した）
Figure 2017532961
 配列番号３（モンジャーセン標的−配列；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６位置を強調した）
Figure 2017532961
 配列番号４（トランケートされたモンジャーセン配列；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 配列番号５（モンジャーセン配列；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 配列番号６（トランケートされたモンジャーセン；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である
配列番号７（モンジャーセン；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である
配列番号８（トランケートされたモンジャーセン標的−配列の多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６ポジションを強調した）
Figure 2017532961
 配列番号９（モンジャーセン標的−配列の多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６ポジションを強調した）
Figure 2017532961
 配列番号１０（トランケートされたモンジャーセン配列の多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 配列番号１１（モンジャーセン配列の多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 配列番号１２（トランケートされたモンジャーセンの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である
配列番号１３（モンジャーセンの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合は、ホスホロチオエート結合である
配列番号１４（モンジャーセンのバリアント；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
配列番号１５（トランケートされたモンジャーセンのバリアント；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
配列番号１６（モンジャーセンのバリアント；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンである
配列番号１７（モンジャーセンのバリアント；強調されたポジションは、ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６の位置に対応する）
Figure 2017532961
 Ｘは、シトシンおよび５−メチルシトシンからなる群から選択される窒素含有塩基を含むヌクレオチドまたは２’−Ｏ−メチルシトシンヌクレオチドであり、Ｙは、グアニンおよび５−メチルグアニンからなる群から選択される窒素含有塩基を含むヌクレオチドまたは２’−Ｏ−メチルグアニンヌクレオチドであり、ただし、ヌクレオチドＸまたはＹの少なくとも一方が、メチル化窒素含有塩基を含む
配列番号１８（トランケートされたモンジャーセンの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
配列番号１９（モンジャーセンバリアントの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンであり、Ｚは、２’−デオキシグアノシンメチルホスホネートである
配列番号２０（モンジャーセンバリアントの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、５−メチル２’−デオキシシチジンである
配列番号２１（モンジャーセンバリアントの多型バリアント；ＳＮＰ ｒｓ１４４２０４０２６を標的とするポジションを強調した）
Figure 2017532961
 Ｘは、シトシンおよび５−メチルシトシンからなる群から選択される窒素含有塩基を含むヌクレオチドまたは２’−Ｏ−メチルシトシンヌクレオチドであり、Ｙは、グアニンおよび５−メチルグアニンからなる群から選択される窒素含有塩基を含むヌクレオチドまたは２’−Ｏ−メチルグアニンヌクレオチドであり、ただし、ヌクレオチドＸまたはＹの少なくとも一方が、メチル化窒素含有塩基を含む。
均等物
対象発明の特異的な実施形態について考察してきたが、上述の明細書は、説明的であって制限的ではない。本明細書を概説することにより、本発明の多くの変形形態が、当業者には明らかになるであろう。本発明の全範囲は、その均等の全範囲と共に特許請求の範囲、およびかかる変形形態と共に本明細書を参照することにより決定されるべきである。
他に断りがなければ、本明細書および特許請求の範囲において使用されている成分含量、反応条件等々を表現するあらゆる数は、あらゆる事例において、用語「約」によって修飾されているものとして理解されたい。したがって、それとは反対のことが示されていない限り、本明細書および添付の特許請求の範囲に表記されている数的パラメータは、本発明によって得ようとする所望の特性に応じて変動し得る近似値である。
参照による援用
本明細書に引用されているあらゆる特許、公開特許出願、ウェブサイトおよび他の参考文献の内容全体は、これにより明確に、本明細書に参照によりそれらの内容全体を援用する。

Claims (40)

  1. 配列番号１１のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  2. 配列番号１３のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを含むヌクレオチドであり、すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  3. 配列番号１３のヌクレオチド配列を含むＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドであって、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを含むヌクレオチドである、ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド、またはその相補体。
  4. 少なくとも１個のヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項３に記載のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  5. すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項４に記載のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  6. ２’−デオキシリボヌクレオチドが、対応するリボヌクレオチドによって置き換えられている、請求項３に記載のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチド。
  7. 請求項１から６のいずれか一項に記載のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドならびに薬学的に許容されるアジュバントおよび／または賦形剤を含む医薬組成物。
  8. 経口医薬組成物である、請求項７に記載の医薬組成物。
  9. ＩＢＤを処置する方法であって、それを必要とする患者に有効量の請求項１から６のいずれか一項に記載のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与するステップを含み、該ＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、ＩＢＤを処置するのに有効である、方法。
  10. 前記ＩＢＤが、クローン病である、請求項９に記載の方法。
  11. 前記ＩＢＤが、潰瘍性大腸炎である、請求項９に記載の方法。
  12. 前記アンチセンスオリゴヌクレオチドが、経口投与される、請求項９から１１のいずれかに記載の方法。
  13. コンセンサスＳＭＡＤ７ヌクレオチド配列と異なるＳＭＡＤ７の第１の多型体の少なくとも１つのコピーを担持する炎症性腸疾患（ＩＢＤ）を有する患者におけるＩＢＤを処置または管理する方法であって、ＳＭＡＤ７の該第１の多型体を特異的に標的とする有効量の第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを該患者に投与するステップを含む方法。
  14. 前記多型体が、一塩基多型を含む、請求項１３に記載の方法。
  15. 前記多型体が、表１または表２に収載された多型を含む、請求項１３または１４に記載の方法。
  16. 前記第１の多型体が、配列番号１の核酸ポジション１０８〜１２８に対応する領域内に多型を含む、請求項１３から１５のいずれかに記載の方法。
  17. 前記第１のＳＭＡＤ７多型体が、配列番号１のポジション１１４においてアデニン（「Ａ」）を含む、請求項１５に記載の方法。
  18. 前記第１のＳＭＡＤ７多型体が、配列番号９の核酸配列（５’−ＧＣＴＧＣＧＧＡＧＡＧＡＡＧＧＧＧＣＧＡＣ−３’）を含む、請求項１６に記載の方法。
  19. 前記第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、配列番号１１のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含む、請求項１８に記載の方法。
  20. 前記第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、次の配列：５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＸＧＣＡＧＣ−３’（配列番号１３）を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを含むヌクレオチドであり、すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項１９に記載の方法。
  21. ＩＢＤを有する患者におけるＩＢＤを処置または管理するための方法であって、
    （ａ）該患者における１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在を解析するステップと、
    （ｂ）該多型体の存在または非存在に基づいて該患者に１種または複数種のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを投与するステップであって、
    （ｉ）第１のＳＭＡＤ７多型体が該患者において存在する場合、該第１のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを該患者に投与する、または
    （ｉｉ）第２のＳＭＡＤ７多型体が該患者において存在する場合、該第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドを該患者に投与する、または
    （ｉｉｉ）該第１および該第２のＳＭＡＤ７多型体が該患者において存在する場合、該第１および該第２のＳＭＡＤ７多型体を標的とする該第１および該第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドの一方もしくは両方を該患者に投与する、
    ステップとを含む方法。
  22. 前記多型体が、一塩基多型を含む、請求項２１に記載の方法。
  23. 前記多型体が、表１または表２に収載された多型を含む、請求項２１または２２に記載の方法。
  24. 前記第１の多型が、配列番号１の核酸ポジション１０８〜１２８に対応する領域内に起こる、請求項２１から２３のいずれかに記載の方法。
  25. 第１のＳＭＡＤ７多型バリアントが、配列番号１のポジション１１４においてグアニン（「Ｇ」）を含む、請求項２２に記載の方法。
  26. 前記第２のＳＭＡＤ７多型体が、配列番号１のポジション１１４においてアデニン（「Ａ」）を含む、請求項２２または２５に記載の方法。
  27. 前記第１のＳＭＡＤ７多型体が、配列番号３の核酸配列（５’−ＧＣＴＧＣＧＧＧＧＡＧＡＡＧＧＧＧＣＧＡＣ−３’）を含む、請求項２１から２６のいずれかに記載の方法。
  28. 前記第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、配列番号５のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含む、請求項２７に記載の方法。
  29. 前記第１のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、次の配列：５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＣＣＸＧＣＡＧＣ−３’（配列番号７）を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンであり、すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項２７に記載の方法。
  30. 前記第２のＳＭＡＤ７多型体が、配列番号９の核酸配列（５’−ＧＣＴＧＣＧＧＡＧＡＧＡＡＧＧＧＧＣＧＡＣ−３’）を含む、請求項２１から２９のいずれかに記載の方法。
  31. 前記第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、配列番号１１のヌクレオチド配列（５’−ＧＴＣＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＣＧＣＡＧＣ−３’）を含む、請求項３０に記載の方法。
  32. 前記第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、次の配列：５’−ＧＴＸＧＣＣＣＣＴＴＣＴＣＴＣＸＧＣＡＧＣ−３’（配列番号１３）を含むアンチセンスオリゴヌクレオチドホスホロチオエートであり、Ｘが、５−メチル−２’−デオキシシチジンを含むヌクレオチドであり、すべてのヌクレオチド間結合が、ホスホロチオエート結合である、請求項３０に記載の方法。
  33. 前記１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在が、ＤＮＡシーケンシングまたは遺伝子−発現プロファイリングによって解析される、請求項２１から３２のいずれかに記載の方法。
  34. 前記１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在が、次世代シーケンシングまたは遺伝子発現マイクロアレイ解析を使用して解析される、請求項２１から３２に記載の方法。
  35. 前記１種または複数種のＳＭＡＤ７多型体の存在または非存在が、前記患者から得た試料において解析される、請求項２１から３２に記載の方法。
  36. 前記試料が、液体、生検試料または組織試料である、請求項３５に記載の方法。
  37. 前記ＩＢＤが、クローン病（ＣＤ）または潰瘍性大腸炎（ＵＣ）である、請求項１３から３６のいずれかに記載の方法。
  38. 前記第１および／または前記第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、１０ｍｇ／日〜約３００ｍｇ／日の用量でＩＢＤを有する前記患者に投与される、請求項１３から３７のいずれかに記載の方法。
  39. 前記第１および／または前記第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、約１０ｍｇ／日、２０ｍｇ／日、約３０ｍｇ／日、約４０ｍｇ／日、約５０ｍｇ／日、約６０ｍｇ／日、約７０ｍｇ／日、約８０ｍｇ／日、約９０ｍｇ／日、約１００ｍｇ／日、約１１０ｍｇ／日、約１２０ｍｇ／日、約１３０ｍｇ／日、約１４０ｍｇ／日、約１５０ｍｇ／日、約１６０ｍｇ／日、約１７０ｍｇ／日、約１８０ｍｇ／日、約１９０ｍｇ／日、約２００ｍｇ／日、約２１０ｍｇ／日、約２２０ｍｇ／日、約２３０ｍｇ／日、約２４０ｍｇ／日、約２５０ｍｇ／日、約２６０ｍｇ／日、約２７０ｍｇ／日、約２８０ｍｇ／日、約２９０ｍｇ／日または約３００ｍｇ／日の用量で投与される、請求項３８に記載の方法。
  40. 前記第１および／または前記第２のＳＭＡＤ７アンチセンスオリゴヌクレオチドが、約４０ｍｇ／日、約８０ｍｇ／日または約１６０ｍｇ／日の用量で投与される、請求項３９に記載の方法。
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