JP2015511598A

JP2015511598A - Method of treating melanoma using PAK1 inhibitor

Info

Publication number: JP2015511598A
Application number: JP2014561427A
Authority: JP
Inventors: クラウスピー．ホーフリッチ，; エイドリアンエム．ジュッブ，; ハルトムートケッペン，; クリスティーシー．オング，
Original assignee: エフ・ホフマン−ラ・ロシュ・アクチェンゲゼルシャフト
Priority date: 2012-03-16
Filing date: 2013-03-13
Publication date: 2015-04-20
Also published as: CN104168898A; CA2860994A1; EP2844248A1; MX2014010953A; RU2014141018A; BR112014020173A2; BR112014020173A8; HK1200093A1; WO2013135745A1; KR20140135198A

Abstract

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を使用して黒色腫を治療するための方法及び組成物を提供する。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されているかつ／又は増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。The present invention provides methods and compositions for treating melanoma using PAK1 inhibitors. In some embodiments, PAK1 is overexpressed and / or amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma.

Description

悪性黒色腫は皮膚癌による死亡のほぼ８０％を占めている。黒色腫は初期段階で発見された場合には外科的に治癒可能であるが、疾患の局所的及び全身的伝播は予後をかなり悪化させ、転移性黒色腫患者のうち５年間生存するのはわずか１４％である（ＡｍｅｒｉｃａｎＣａｎｃｅｒＳｏｃｉｅｔｙ．Ｃａｎｃｅｒｆａｃｔｓ＆ｆｉｇｕｒｅｓ、２０１１）。最近、マイトジェン活性化プロテインキナーゼ（ＭＡＰＫ）経路は幾つかの黒色腫サブタイプにおける決定的増殖経路として解明された（Ｌｏｐｅｚ−ＢｅｒｇａｍｉＰ．ＰｉｇｍｅｎｔＣｅｌｌＭｅｌａｎｏｍａＲｅｓ．２０１１、２４（５）：９０２〜９２１）。例えば、４４９３患者由来のプールされたデータ解析から、ＢＲＡＦ（ｖ−Ｒａｆマウスの肉腫ウイルス癌遺伝子相同体Ｂ１）突然変異の発生率は皮膚黒色腫で４１％である（ＬｅｅＪＨら、ＢｒＪＤｅｒｍａｔｏｌ．２０１１、１６４（４）：７７６〜７８４）。悪性黒色腫における最も頻度の高いＢＲＡＦ体細胞突然変異は、構成的触媒活性及びシグナル伝達を与える残基６００でのバリンの置換である（ＤａｖｉｅｓＨら、Ｎａｔｕｒｅ．２００２；４１７（６８９２）、９４９〜９５４）。遺伝子研究により、ＢＲＡＦは前臨床モデル系における黒色腫の開始と維持に必要とされることが確認されている（ＤａｖｉｅｓＨら、２００２、同書；ＨｏｅｆｌｉｃｈＫＰら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２００６、６６（２）：９９９〜１００６；ＤａｎｋｏｒｔＤら、ＧｅｎｅｓＤｅｖ．２００７、２１（４）：３７９〜３８４４〜６）。これらの発見により、ＧＤＣ−０８７９、ＰＬＸ−４７２０、ＰＬＸ−４０３２／ベムラフェニブ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ（商標））及びＧＳＫ２１１８４３６を含む、ＢＲＡＦの小分子阻害剤を開発するため相次ぐ創薬活動が促がされた（ＨｏｅｆｌｉｃｈＫＰら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２００９、６９（７）：３０４２〜３０５１；ＴｓａｉＪら、ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵ．Ｓ．Ａ．２００８、１０５（８）：３０４１〜３０４６；ＢｏｌｌａｇＧら、Ｎａｔｕｒｅ２０１１、４６７（７３１５）：５９６〜５９９；ＲｉｂａｓＡ＆ＦｌａｈｅｒｔｙＫＴ．、ＮａｔｕｒｅＲｅｖ．２０１１、８（７）：４２６〜４３３）。これらの阻害剤はＢＲＡＦ癌遺伝子耽溺腫瘍細胞の増殖を選択的に減少させ、ＢＲＡＦ癌遺伝子に活性化突然変異を有する黒色腫のサブセットを抱えた患者に希望を与えている（ＲｉｂａｓＡ＆ＦｌａｈｅｒｔｙＫＴ．、２０１１、同書）。しかし、野生型ＢＲＡＦ黒色腫細胞では、現在のＢＲＡＦ小分子阻害剤について著しく低い抗腫瘍効果が観察されており（ＨｏｅｆｌｉｃｈＫＰら、２００９、同書：３０４２〜３０５１；ＴｓａｉＪら、同書）、あらゆる分類の黒色腫患者の疾病管理のための生物学、癌遺伝子シグナル伝達及び考え得る治療標的についての新たな洞察を与える追加の黒色腫関連ドライバー遺伝子を同定する必要性が高まっている。ＲＡＦキナーゼファミリーは、ＲＡＳから下流キナーゼであるＭＥＫ１／２及びＥＲＫ１／２へのカノニカルＭＡＰＫシグナル伝達経路においてシグナルを伝達する際に中心的役割を果たしている３種のメンバー、ＡＲＡＦ、ＢＲＡＦ及びＣＲＡＦで構成されている。しかし、追加のキナーゼもＥＲＫ活性化においてある役割を果たしていることが報告されている。特に、幾つかのグループにより、グループＩｐ２１−活性化キナーゼ（ＰＡＫ）が、活性化のために決定的に重要な残基であるＳｅｒ３３８でのＣＲＡＦとＲＡＦキナーゼの基質である活性化ループ残基Ｓｅｒ２１７／Ｓｅｒ２２１の近位にある部位であるＳｅｒ２９８でのＭＥＫ１の両方のリン酸化によりＭＡＰＫ経路活性化に寄与していることが報告されている（ＫｉｎｇＡＪら、Ｎａｔｕｒｅ．１９９８；３９６（６７０７）、１８０〜１８３；ＴａｎｇＹら、ＭｏｌＣｅｌｌＢｉｏｌ．１９９９、１９（３）：１８８１〜１８９１；ＦｒｏｓｔＪＡら、ＥＭＢＯＪ．１９９７、１６（２１）：６４２６〜６４３８）。上皮細胞におけるＰＡＫとＭＡＰＫ経路シグナル伝達の間の経路クロストークが、増殖因子刺激及び細胞外マトリックスへの細胞接着を含む種々の条件により誘導されることがある（Ｓｌａｃｋ−ＤａｖｉｓＫら、ＪＣｅｌｌＢｉｏｌ．２００３、１６２（２）：２８１〜２９１；ＺａｎｇＭら、ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ．２００１、２７６（２７）：２５１５７〜２５１６５；ＢｅｅｓｅｒＡら、ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ．２００５、２８０（４４）：３６６０９〜３６６１５）。Ｒｈｏファミリー小ＧＴＰアーゼであるＣｄｃ４２及びＲａｃ１の主要下流エフェクターとして、ＰＡＫ１は、細胞外シグナルをアクチン細胞骨格、細胞形態及び接着力学の変化に結び付けるのにも基本的役割を果たしている（Ａｒｉａｓ−ＲｏｍｅｒｏＬＥ＆ＣｈｅｒｎｏｆｆＪ．、ＢｉｏｌｏｇｙＣｅｌｌ．２００８、１００（２）：９７〜１０８；ＫｕｍａｒＲら、ＮａｔＲｅｖＣａｎｃｅｒ２００６、６（６）：４５９〜４７１；ＯｎｇＣＣら、Ｏｎｃｏｔａｒｇｅｔ．２０１１、２（６）：４９１〜４９６）。ＰＡＫ１は種々の正常組織において広く発現されており、発現は乳癌及び肺癌において著しく増加する（ＨｏｌｍＣら、ＪＮａｔｌＣａｎｃｅｒＩｎｓｔ．２００６、９８（１０）：６７１〜６８０；Ａｒｉａｓ−ＲｏｍｅｒｏＬＥら、Ｏｎｃｏｇｅｎｅ２０１０、２９（４３）：５８３９〜５８４９；ＯｎｇＣＣら、ＰｒｏｃＮａｔｌＡｃａｄＳｃｉＵ．Ｓ．Ａ．２０１１、１０８（１７）：７１７７〜７１８２）。機能研究により、細胞形質転換（ＶａｄｌａｍｕｄｉＲＫら、ＪＢｉｏｌＣｈｅｍ．２０００、２７５（４６）：３６２３８〜３６２４４）及び腫瘍増殖（ＯｎｇＣＣら、２０１１、同書；ＹｉＣら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２００８、６８（１９）：７９３２〜７９３７；ＣｈｏｗＨＹら、ＰｌｏＳＯｎｅ２０１０、５（１１）：ｅ１３７９１）においてもＰＡＫ１が結び付けて考えられている。これらの所見により、ＰＡＫ１は幾つかの疾患状況において腫瘍形成に寄与している可能性があることが示される。 Malignant melanoma accounts for nearly 80% of deaths from skin cancer. Melanoma is surgically curable if detected at an early stage, but local and systemic spread of the disease significantly worsens the prognosis, and only 5 years of metastatic melanoma patients survive for 5 years 14% (American Cancer Society. Cancer facts & figures, 2011). Recently, the mitogen-activated protein kinase (MAPK) pathway was elucidated as a critical proliferation pathway in several melanoma subtypes (Lopez-Beramimi P. Pigment Cell Melanoma Res. 2011, 24 (5): 902-921). . For example, from pooled data analysis from 4493 patients, the incidence of BRAF (v-Raf mouse sarcoma virus oncogene homolog B1) mutation is 41% in cutaneous melanoma (Lee JH et al., Br J Dermatol). 2011, 164 (4): 776-784). The most common BRAF somatic mutation in malignant melanoma is a substitution of valine at residue 600 that confers constitutive catalytic activity and signal transduction (Davies H et al., Nature. 2002; 417 (6872), 949- 954). Genetic studies have confirmed that BRAF is required for the initiation and maintenance of melanoma in preclinical model systems (Davies H et al., 2002, ibid; Hoefrich KP et al., Cancer Res. 2006, 66 (2)). : 999-1006; Dankort D et al., Genes Dev. 2007, 21 (4): 379-3844-6). These findings prompted a series of drug discovery efforts to develop small molecule inhibitors of BRAF, including GDC-0879, PLX-4720, PLX-4032 / vemurafenib (Zelboraf ™) and GSK2118436 (Hoefrich) KP et al., Cancer Res. 2009, 69 (7): 3042-3051; Tsai J et al., Proc Natl Acad Sci USA 2008, 105 (8): 3041-3046; Bollag G et al., Nature 2011, 467. (7315): 596-599; Ribas A & Flaherty KT., Nature Rev. 2011, 8 (7): 426-433). These inhibitors selectively reduce the growth of BRAF oncogene 耽溺 tumor cells, giving hope to patients with a subset of melanomas with activating mutations in the BRAF oncogene (Ribas A & Flaherty KT , 2011, ibid). However, in wild-type BRAF melanoma cells, a significantly lower antitumor effect has been observed for current BRAF small molecule inhibitors (Hoefrich KP et al., 2009, ibid: 3042-3051; Tsai J et al., Ibid), any classification There is a growing need to identify additional melanoma-related driver genes that provide new insights into the biology, oncogene signaling and possible therapeutic targets for disease management in Japanese melanoma patients. The RAF kinase family consists of three members, ARAF, BRAF, and CRAF, that play a central role in signaling in the canonical MAPK signaling pathway from RAS to downstream kinases MEK1 / 2 and ERK1 / 2. Has been. However, additional kinases have also been reported to play a role in ERK activation. In particular, according to several groups, group I p21-activated kinase (PAK) is an activation loop residue that is a substrate for CRAF and RAF kinases at Ser338, a critical residue for activation. It has been reported that phosphorylation of both MEK1 at Ser298, a site proximal to Ser217 / Ser221, contributes to MAPK pathway activation (King AJ et al., Nature. 1998; 396 (6707)). 180-183; Tang Y et al., Mol Cell Biol. 1999, 19 (3): 1881-1891; Frost JA et al., EMBO J. 1997, 16 (21): 6426-6438). Pathway crosstalk between PAK and MAPK pathway signaling in epithelial cells can be induced by a variety of conditions including growth factor stimulation and cell adhesion to the extracellular matrix (Sack-Davis K et al., J Cell Biol 2003, 162 (2): 281-291; Zang M et al., J Biol Chem. 2001, 276 (27): 25157-25165; Beeser A et al., J Biol Chem. 2005, 280 (44): 36609-36615) . As a major downstream effector of Rho family small GTPases Cdc42 and Rac1, PAK1 also plays a fundamental role in linking extracellular signals to changes in the actin cytoskeleton, cell morphology and adhesion mechanics (Arias-Romero LE & Chernoff J., Biology Cell. 2008, 100 (2): 97-108; Kumar R et al., Nat Rev Cancer 2006, 6 (6): 459-471; Ong CC et al., Oncotarget. 2011, (6): 491-496). PAK1 is widely expressed in various normal tissues and expression is markedly increased in breast and lung cancer (Holm C et al., J Natl Cancer Inst. 2006, 98 (10): 671-680; Arias-Romero LE et al., Oncogene). 2010, 29 (43): 5839-5849; Ong CC et al., Proc Natl Acad Sci USA 2011, 108 (17): 7177-7182). Functional studies have shown that cell transformation (Vadlamudi RK et al., J Biol Chem. 2000, 275 (46): 36238-36244) and tumor growth (Ong CC et al., 2011, ibid; Yi C et al., Cancer Res. 2008, 68 ( 19): 7932-7937; Chow HY et al., PloS One 2010, 5 (11): e13791) is also considered to be linked to PAK1. These findings indicate that PAK1 may contribute to tumorigenesis in several disease situations.

本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法に関する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅される。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 The present invention relates to a method for treating melanoma in an individual comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the individual is a human. In some embodiments, the present invention provides a method for treating melanoma in an individual, comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を小分子、核酸、又はポリペプチドである治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、個体に小分子、核酸、又はポリペプチドである治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含み、ＰＡＫ１阻害剤が治療薬と組み合わせて使用される、方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含み、ＰＡＫ１阻害剤が治療薬と組み合わせて使用される、方法を提供する。 In some embodiments, the invention provides a method for treating melanoma in an individual comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor that is a small molecule, nucleic acid, or polypeptide. A method of including is provided. In some embodiments, the present invention is a method for treating melanoma in an individual comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor that is a small molecule, nucleic acid, or polypeptide. Provide a method. In some embodiments, the present invention provides a method for treating melanoma in an individual comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor, wherein the PAK1 inhibitor is combined with a therapeutic agent. To provide a method to be used. In some embodiments, the present invention is a method for treating melanoma in an individual comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor, wherein the PAK1 inhibitor is combined with a therapeutic agent. Provide the method used.

幾つかの態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するためのＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。本発明は、黒色腫を治療するための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅される。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some aspects, the present invention provides the use of a PAK1 inhibitor to treat melanoma in an individual. The present invention provides the use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for treating melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの態様では、本発明は黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物及びキットを提供する。これらの治療法に関係する様々な実施態様は本明細書に記載されており、組成物及びキットに適用する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅される。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some aspects, the present invention provides compositions and kits comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma. Various embodiments relating to these therapies are described herein and apply to the compositions and kits. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫におけるＣＲＡＦシグナル伝達及び／又はＭＥＫシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅される。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅される。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 In some embodiments, the present invention provides a method of inhibiting CRAF signaling and / or MEK signaling in melanoma in an individual, comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. I will provide a. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the individual is a human. In some embodiments, the present invention provides a method for treating melanoma in an individual, comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型を決定することを含み、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現を判定することを含み、非癌性皮膚細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫においてＰＡＫ１のコピー数を決定することを含み、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型を決定し、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現を判定することを含み、野生型ＢＲＡＦの存在及び／又は非癌性皮膚細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型を決定すること、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現を判定すること、及び黒色腫においてＰＡＫ１のコピー数を決定することのうちの一又は複数を含み、野生型ＢＲＡＦの存在、非癌性皮膚細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現、及び黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅のうちの一又は複数が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。 In some aspects, the invention provides a method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining a BRAF genotype of melanoma, wherein the melanoma is wild Including a type BRAF provides a method indicating that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some aspects, the present invention is a method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining the expression of PAK1 in melanoma, comprising non-cancerous skin A method is provided wherein overexpression of PAK1 in melanoma compared to cells indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some aspects, the present invention is a method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining the copy number of PAK1 in melanoma, wherein A method is provided wherein amplification of PAK1 indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some aspects, the present invention is a method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, wherein the BRAF genotype of melanoma is determined and the expression of PAK1 in melanoma is determined. A method wherein the presence of wild type BRAF and / or overexpression of PAK1 in melanoma compared to non-cancerous skin cells indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor provide. In some aspects, the present invention is a method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining the BRAF genotype of melanoma, expression of PAK1 in melanoma And determining the copy number of PAK1 in melanoma, the presence of wild-type BRAF, overexpression of PAK1 in melanoma compared to non-cancerous skin cells, and black A method is provided wherein one or more of the amplification of PAK1 in a tumor indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor.

幾つかの態様では、本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、（ａ）黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型に基づいて患者を選択し、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 In some aspects, the invention provides a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor, the method comprising: (a) selecting the patient based on the melanoma BRAF genotype, wherein the melanoma is Showing that the inclusion of wild-type BRAF indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and (b) administering a therapeutically effective amount of the PAK1 inhibitor to the selected patient. provide.

幾つかの態様では、本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、（ａ）黒色腫のＰＡＫ１発現レベルに基づいて患者を選択し、非癌性細胞と比べて黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、（ａ）黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数に基づいて患者を選択し、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 In some aspects, the present invention provides a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor comprising: (a) selecting the patient based on the PAK1 expression level of the melanoma; Overexpression of PAK1 in melanoma relative to cells indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and (b) administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to the selected patient A method comprising: In some aspects, the present invention provides a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor comprising: (a) selecting the patient based on PAK1 copy number in the melanoma; Providing a method comprising amplifying the PAK1 in the patient indicating that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and (b) administering a therapeutically effective amount of the PAK1 inhibitor to the selected patient .

幾つかの態様では、本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、（ａ）黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型及び黒色腫のＰＡＫ１発現レベルに基づいて患者を選択し、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むこと及び／又は非癌性細胞と比べて黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、並びに（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 In some aspects, the invention provides a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor, wherein the patient is based on (a) a melanoma BRAF genotype and a melanoma PAK1 expression level. That melanoma contains wild type BRAF and / or that overexpression of PAK1 in melanoma compared to non-cancerous cells indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor; And (b) providing a method comprising administering to a selected patient a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

幾つかの態様では、本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現レベル、及び黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数のうちの一又は複数に基づいて患者を選択し、黒色腫が野生型ＢＲＡＦ、非癌性細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現、及びＰＡＫ１の増幅のうちの一又は複数を含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、並びに（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 In some aspects, the present invention provides a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor, comprising BRAF genotype of melanoma, expression level of PAK1 in melanoma, and PAK1 in melanoma And selecting one or more of PAK1 overexpression and PAK1 amplification in melanoma compared to wild type BRAF, non-cancerous cells Providing a method comprising indicating that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and (b) administering to the selected patient a therapeutically effective amount of the PAK1 inhibitor.

幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者において黒色腫の治療を調整する方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１発現を評価することを含み、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、個体の治療がＰＡＫ１過剰発現がもはや検出されなくなるまで調整されていることを示す、方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型黒色腫であり、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。 In some aspects, the invention provides a method of modulating melanoma treatment in a patient undergoing treatment with a PAK1 inhibitor, comprising assessing PAK1 expression in melanoma, wherein A method is provided wherein overexpression of PAK1 indicates that treatment of the individual has been adjusted until no more PAK1 overexpression is detected. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type melanoma and PAK1 is amplified in melanoma.

ＰＡＫ１がヒト黒色腫において高度に発現されていることを示す図である。（Ａ）ヒト黒色腫組織における１１ｑ１３コピー数増加の分析。縦の赤線はＰＡＫ１遺伝子の染色***置を表す。（Ｂ）黒色腫腫瘍試料について相関付けられたＰＡＫ１ＤＮＡコピーとｍＲＮＡ発現（ＡｆｆｙｍｅｔｒｉｘＭＡＳ５．０シグナルでの２２６５０７＿）。（Ｃ）原発性ヒト悪性黒色腫におけるＰＡＫ１免疫組織化学の代表的画像。細胞質発現スコア：０（Ｉ）、１（ＩＩ）、２（ＩＩＩ）及び３（ＩＶ）。色素原沈着はヘマトキシリン対比染色に対する免疫反応性を示している。ＰＡＫ１発現は間質細胞（ＩＩＩ）とランゲルハンス細胞を表す可能性のある表皮内に挿入している細胞（ＩＶ）においても見られた。It is a figure which shows that PAK1 is highly expressed in human melanoma. (A) Analysis of 11q13 copy number increase in human melanoma tissue. The vertical red line represents the chromosome position of the PAK1 gene. (B) Correlated PAK1 DNA copy and mRNA expression (226507_ with Affymetrix MAS5.0 signal) for melanoma tumor samples. (C) Representative images of PAK1 immunohistochemistry in primary human malignant melanoma. Cytoplasmic expression score: 0 (I), 1 (II), 2 (III) and 3 (IV). Chromogen deposition shows immunoreactivity for hematoxylin counterstaining. PAK1 expression was also seen in cells (IV) inserted into the epidermis, which could represent stromal cells (III) and Langerhans cells. ＰＡＫ１がＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞の増殖に決定的に重要な役割を果たしていることを示す図である。（Ａ）ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドでのトランスフェクションに続く黒色腫細胞の増殖はＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏＡＴＰ消費アッセイにより測定した。ＰＡＫ１は細胞増殖に必要であり、データは対照に対して正規化され、平均±ＳＤとして示した。（Ｂ）黒色腫細胞系統のパネルでは、ＰＡＫ１阻害は、ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）突然変異のある細胞（ｎ＝９；ｐ＝０．０７；６２４ＭＥＬ、８８８ＭＥＬ、９２８ＭＥＬ、ＲＰＭＩ−７９５１、Ａ３７５、Ｃｏｌｏ８２９、ＬＯＸ−ＩＭＶＩ、Ｍａｌｍｅ−３Ｍ、Ａ３７５）と比べてＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）突然変異のない細胞（ｎ＝５；５３７ＭＥＬ、Ｈｓ９４０Ｔ、ＭｅＷＯ、ＳＫ−ＭＥＬ２、ＳＫ−ＭＥＬ２３、ＳＫ−ＭＥＬ３０）の増殖を選択的に損ねた。（Ｃ）ＰＡＫ１／２の阻害はＥＲＫ１／２及びＭＥＫ１／２リン酸化並びにサイクリンＤ１の蓄積を減少した。（Ｄ）ＳＫ−ＭＥＬ２３ＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞におけるＰＡＫ１／２阻害は、逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）分析により決定される場合、細胞骨格、ＭＡＰＫ、増殖及びＮＦ−κＢ経路へのシグナル伝達を減少する。正規化されたＲＰＰＡ結果は平均±ＳＤとして提示している。ｓｉＮＴＣ＝非ターゲティング対照ｓｉＲＮＡ。ｓｉＮＲＡＳ＝ＮＲＡＳ特異的ｓｉＲＮＡ。ｓｉＰＡＫ１＝ＰＡＫ１特異的ｓｉＲＮＡ。ΔＰＡＫ１＝ＰＡＫ１遺伝子の染色体欠失。FIG. 3 shows that PAK1 plays a critical role in the growth of BRAF wild type melanoma cells. (A) Melanoma cell proliferation following transfection with siRNA oligonucleotides was measured by the Cell TiterGlo ATP consumption assay. PAK1 is required for cell growth and data were normalized to controls and presented as mean ± SD. (B) In a panel of melanoma cell lines, PAK1 inhibition is observed in cells with BRAF (V600E) mutations (n = 9; p = 0.07; 624MEL, 888MEL, 928MEL, RPMI-7951, A375, Colo829, LOX). -Selective growth of cells without BRAF (V600E) mutation (n = 5; 537MEL, Hs940T, MeWO, SK-MEL2, SK-MEL23, SK-MEL30) compared to IMVI, Malme-3M, A375) I lost it. (C) Inhibition of PAK1 / 2 reduced ERK1 / 2 and MEK1 / 2 phosphorylation and cyclin D1 accumulation. (D) PAK1 / 2 inhibition in SK-MEL23 BRAF wild-type melanoma cells reduces signaling to the cytoskeleton, MAPK, proliferation and NF-κB pathway as determined by reverse phase protein array (RPPA) analysis To do. Normalized RPPA results are presented as mean ± SD. siNTC = non-targeting control siRNA. siNRAS = NRAS specific siRNA. siPAK1 = PAK1-specific siRNA. ΔPAK1 = chromosomal deletion of the PAK1 gene. ＰＡＫ１がＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞においてＣＲＡＦ活性化に必要とされることを示す一連の免疫ブロットを描いている図である。（Ａ）ＰＡＫ１及びＰＡＫ２選択的又は非ターゲティング対照（ＮＴＣ）ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドをＳＫ−ＭＥＬ２３及び５３７ＭＥＬ黒色腫細胞にトランスフェクトした。４８時間後、内在性ＭＥＫ１（Ａ）、ＭＥＫ２（Ｂ）又はＣＲＡＦ（Ｃ）タンパク質を免疫沈降させ、複合体は免疫ブロットして触媒活性化に極めて重要な残基のリン酸化を検出した。免疫複合体中の全タンパク質レベルも負荷対照として決定した。（Ｄ）細胞はＤＭＳＯ又は５μＭのＰＦ−３７５８３０９で４時間処置し、内在性ＣＲＡＦは免疫沈降させ、Ｓｅｒ３３８リン酸化について免疫ブロットした。免疫複合体中の全ＣＲＡＦレベルも示している。（Ｅ）ＳＫ−ＭＥＬ２３細胞はＤＭＳＯ、５μＭのＰＦ−３７５８３０９又は２０μＭのＩＰＡ−３で４時間処置した。ＣＲＡＦ免疫複合体はキナーゼバッファー中で３０分間、不活性ＭＥＫ１と一緒にインキュベートした。ホスホＭＥＫ１（Ｓｅｒ２１７／Ｓｅｒ２２１）のレベルを決定し、ＣＲＡＦ触媒活性は、全ＣＲＡＦタンパク質に正規化されたＭＥＫ１リン酸化のレベルとして報告する。FIG. 6 depicts a series of immunoblots showing that PAK1 is required for CRAF activation in BRAF wild type melanoma cells. (A) PAK1 and PAK2 selective or non-targeting control (NTC) siRNA oligonucleotides were transfected into SK-MEL23 and 537MEL melanoma cells. After 48 hours, endogenous MEK1 (A), MEK2 (B) or CRAF (C) proteins were immunoprecipitated and the complexes were immunoblotted to detect phosphorylation of residues critical for catalytic activation. The total protein level in the immune complex was also determined as a loading control. (D) Cells were treated with DMSO or 5 μM PF-3758309 for 4 hours, endogenous CRAF was immunoprecipitated and immunoblotted for Ser338 phosphorylation. The total CRAF levels in the immune complex are also shown. (E) SK-MEL23 cells were treated with DMSO, 5 μM PF-3758309 or 20 μM IPA-3 for 4 hours. CRAF immune complexes were incubated with inactive MEK1 in kinase buffer for 30 minutes. The level of phosphoMEK1 (Ser217 / Ser221) is determined and CRAF catalytic activity is reported as the level of MEK1 phosphorylation normalized to total CRAF protein. ＰＡＫが黒色腫細胞移動に必要であることを示す画像を含んでいる図である。７２時間の非ターゲティング対照（ＮＴＣ）又はＰＡＫ１／２ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドトランスフェクションに続いて、集密的ＷＭ−２６６−４黒色腫細胞は傷つけられ、傷が付けられたとき（黒い濃淡）と２８時間のインキュベーション後（明視野）の画像を記録した。相対的傷密度の差は統計的に有意であった（ｐ＜０．００１；ｎ＝３）。FIG. 5 includes an image showing that PAK is required for melanoma cell migration. Following 72 hours of non-targeting control (NTC) or PAK1 / 2 siRNA oligonucleotide transfection, confluent WM-266-4 melanoma cells were injured, when injured (black tint) and at 28 hours. Images after incubation (bright field) were recorded. The difference in relative wound density was statistically significant (p <0.001; n = 3). ＰＡＫ阻害剤を用いて処置されたＢＲＡＦ野生型及びＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）黒色腫細胞におけるＭＡＰＫシグナル伝達のインビトロ分差感度を示す一連の免疫ブロットを描いている図である。（Ａ）ＳＫ−ＭＥＬ２３及びＡ３７５細胞はＤＭＳＯ、５μＭのＰＦ−３７５８３０９又は０．２μＭのＰＬＸ−４７２０で４時間処置し、溶解物はＭＡＰＫ経路成分のリン酸化について分析した。ｐ−ＭＥＫ１／２（Ｓ２１７／Ｓ２２１）免疫ブロットの明るいほうの露出と暗いほうの露出を示している。（Ｂ）Ｆｌａｇエピトープタグ付きＰＡＫ１の異所性発現はＡ３７５細胞においてＭＡＰＫ経路活性化を推進した。対照としてＰＦ−３７５８３０９阻害剤処置を使用して特異性を示した。FIG. 6 depicts a series of immunoblots showing in vitro differential sensitivity of MAPK signaling in BRAF wild type and BRAF (V600E) melanoma cells treated with PAK inhibitors. (A) SK-MEL23 and A375 cells were treated with DMSO, 5 μM PF-3758309 or 0.2 μM PLX-4720 for 4 hours, and lysates were analyzed for phosphorylation of MAPK pathway components. p-MEK1 / 2 (S217 / S221) immunoblot shows lighter and darker exposures. (B) Ectopic expression of Flag epitope-tagged PAK1 promoted MAPK pathway activation in A375 cells. Specificity was demonstrated using PF-3758309 inhibitor treatment as a control. 自社製ＰＡＫ阻害剤を用いた処置のためにＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞の減少した生存率を示す一連のグラフを描いている図である。Ｉ−００７、Ｉ−０５４、Ｉ−０８７及びＰＥ−３７５８３０９処置によるＰＡＫ１の触媒阻害は、４日間ＣｅｌｌＴｉｔｅｒＧｌｏ（Ｐｒｏｍｅｇａ）生存率アッセイを使用し、（Ａ）ＳＫ−ＭＥＬ２３及び（Ｂ）５３７ＭＥＬ細胞を使用してインビトロで試験した。FIG. 6 depicts a series of graphs showing reduced survival of BRAF wild type melanoma cells for treatment with an in-house manufactured PAK inhibitor. Catalytic inhibition of PAK1 by treatment with I-007, I-054, I-087 and PE-3758309 uses a 4-day Cell TiterGlo (Promega) viability assay, and (A) SK-MEL23 and (B) 537 MEL cells Used and tested in vitro. ＢＲＡＦ野生型とＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）黒色腫の異種移植腫瘍マウスモデルにおけるＰＡＫ阻害によるＭＡＰＫシグナル伝達のインビボ分差感度を示す図である。（Ａ）ビヒクル又は３５ｍｇ／ｋｇのＰＦ−３７５８３０９いずれかの投与に続くＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）のリン酸化により測定されたＢＲＡＦ野生型及び変異腫瘍の薬力学的応答。（Ｂ）ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルにおける１０、１５及び２５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９腹腔内毎日投与の抗腫瘍有効性。FIG. 6 shows in vivo differential sensitivity of MAPK signaling by PAK inhibition in BRAF wild type and BRAF (V600E) melanoma xenograft tumor mouse models. (A) BRAF wild-type and mutant tumor pharmacodynamic responses measured by phosphorylation of CRAF (Ser338) following administration of either vehicle or 35 mg / kg PF-3758309. (B) Antitumor efficacy of daily administration of 10, 15, and 25 mg / kg PF-3758309 intraperitoneally in a SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ａ−１は、腫瘍増殖阻害が、ビヒクルのみで処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8A-1 shows tumor growth inhibition for individual animals treated with vehicle only. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ａ−２は、腫瘍増殖阻害が、１０ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8A-2 shows tumor growth inhibition for individual animals treated with 10 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ａ−３は、腫瘍増殖阻害が、１５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8A-3 shows tumor growth inhibition for individual animals treated with 15 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ａ−４は、腫瘍増殖阻害が、２５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8A-4 shows tumor growth inhibition for individual animals treated with 25 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ｂ−１は、体重減少が、ビヒクルのみで処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8B-1 shows weight loss for individual animals treated with vehicle only. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ｂ−２は、体重減少が、１０ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8B-2 shows the weight loss for individual animals treated with 10 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ｂ−３は、体重減少が、１５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8B-3 shows weight loss for individual animals treated with 15 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . ＢＲＡＦ野生型黒色腫のＳＫ−ＭＥＬ２３前臨床腫瘍モデルについての個々の腫瘍データを示す一連のグラフを描いている図である。図８Ｂ−４は、体重減少が、２５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９で処置された個々の動物について示されている。時間をかけた同一動物由来の腫瘍量の繰り返し測定を分析するために、三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。三次回帰スプラインを使用して、ｌｏｇ_２腫瘍量の時間経過に非線形プロファイルを適合させた。次に、これらの非線形プロファイルを混合モデル内の用量に関連付けた。ビヒクルの百分率としての腫瘍増殖阻害（％ＴＧＩ）は、式：％ＴＧＩ＝１００×（１−ＡＵＣ_ｄｏｓｅ／ＡＵＣ_ｖｅｈ）を使用して、ビヒクルに対する１日当たりの本用量群についての近似曲線下の面積（ＡＵＣ）の百分率として計算した。Ｒバージョン２．８．１及びエクセルバージョン１２．０．１（Ｍｉｃｒｏｓｏｆｔ）を使用してプロッティングを実施し作成した。データはＲバージョン２．８．１（ＲＦｏｕｎｄａｔｉｏｎｆｏｒＳｔａｔｉｓｔｉｃａｌＣｏｍｐｕｔｉｎｇ；Ｖｉｅｎｎａ、Ａｕｓｔｒｉａ）を使用して分析し、混合モデルは、ｎｌｍｅパッケージ、バージョン３．１−８９を使用してＲ内に適合させた。FIG. 3 depicts a series of graphs showing individual tumor data for the SK-MEL23 preclinical tumor model of BRAF wild type melanoma. FIG. 8B-4 shows the weight loss for individual animals treated with 25 mg / kg PF-3758309. To analyze repeated measures of tumor volume from the same animal over time, a cubic regression spline was used to fit a nonlinear profile to the log ₂ tumor volume time course. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. A cubic regression spline was used to fit a non-linear profile over the time course of log ₂ tumor mass. These non-linear profiles were then related to doses in the mixed model. Tumor growth inhibition (% TGI) as a percentage of vehicle is the area under the approximate curve for this dose group per day for the vehicle using the formula:% TGI = 100 × (1−AUC _dose / AUC _veh ) Calculated as a percentage of (AUC). Plotting was performed using R version 2.8.1 and Excel version 12.0.1 (Microsoft). Data was analyzed using R version 2.8.1 (R Foundation for Statistical Computing; Vienna, Austria) and the mixed model was fit within R using the nlme package, version 3.1-89. . は、Ｇ９４５ＢＲＡＦ阻害剤又はＰＦ−３７５８３０９のいずれかで処置したＢＲＡＦ野生型腫瘍の異なる薬力学的応答を示す免疫ブロットを示す図である。３５ｍｇ／ｋｇのＰＦ−３７５８３０９腹腔内又は１０ｍｇ／ｋｇのＧ９４５（ＢＲＡＦ阻害剤）経口化合物の投与に続いて、ＳＫ−ＭＥＬ２３異種移植腫瘍についてＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）のリン酸化を判定した。腫瘍は投与の１時間後に採取し、急速冷凍した。それぞれのレーンは個々の異種移植マウス由来の腫瘍溶解物を表す。FIG. 6 shows immunoblots showing different pharmacodynamic responses of BRAF wild type tumors treated with either G945 BRAF inhibitor or PF-3758309. Following administration of 35 mg / kg PF-3758309 intraperitoneally or 10 mg / kg G945 (BRAF inhibitor) oral compound, phosphorylation of CRAF (Ser338) was determined for SK-MEL23 xenograft tumors. Tumors were collected 1 hour after administration and snap frozen. Each lane represents a tumor lysate from an individual xenograft mouse. は、ＢＲＡＦ野生型黒色腫におけるＰＡＫ１についての作用機序を描いている図である。（Ａ）発癌性突然変異という文脈で、ＢＲＡＦはＭＡＰＫシグナル伝達経路の活性化を強力に推進し、これらの腫瘍細胞はこのキナーゼの阻害に感受性である。（Ｂ）ＢＲＡＦが変異していない黒色腫では、ＰＡＫ１の上昇した発現とゲノム増幅は頻繁に起こり、ＣＲＡＦ−ＭＥＫ−ＥＲＫ及び潜在的にさらなるエフェクター経路へのシグナル伝達が増加する。黒色腫のこのサブセットはＢＲＡＦ阻害に相対的に非感受性であり、増殖能はＰＡＫ１に依存している。FIG. 3 depicts the mechanism of action for PAK1 in BRAF wild type melanoma. (A) In the context of oncogenic mutations, BRAF strongly drives activation of the MAPK signaling pathway and these tumor cells are sensitive to inhibition of this kinase. (B) In melanoma in which BRAF is not mutated, elevated expression and genomic amplification of PAK1 occur frequently, increasing signaling to CRAF-MEK-ERK and potentially further effector pathways. This subset of melanoma is relatively insensitive to BRAF inhibition and its proliferative capacity is dependent on PAK1.

本発明は、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させる、個体において黒色腫を治療するための方法及び組成物を提供する。本発明は、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含むそのような治療方法も提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現している。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫であり、非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現している。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫であり、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。 The present invention provides methods and compositions for treating melanoma in an individual, wherein the melanoma is contacted with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. The present invention also provides such a method of treatment comprising administering to an individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, the melanoma overexpresses PAK1 compared to non-cancerous cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma and overexpresses PAK1 compared to non-cancerous cells. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma, the melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells, and PAK1 is amplified in melanoma.

特許出願、特許出願公開、及びＧｅｎｂａｎｋ受託番号を含む、本明細書で引用される全ての参考文献は、それぞれ個々の参考文献が参照により組み込まれていることがあたかも具体的に及び個別に示されているかのように、参照により組み込まれている。 All references cited herein, including patent applications, patent application publications, and Genbank accession numbers, are specifically and individually indicated as if each reference had been incorporated by reference. As if it were incorporated by reference.

定義
本明細書において記載される又は参照される技法及び手順は当業者には一般によく理解されており、例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ３版（２００１）ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ、Ｎ．Ｙ．ＣＵＲＲＥＮＴＰＲＯＴＯＣＯＬＳＩＮＭＯＬＥＣＵＬＡＲＢＩＯＬＯＧＹ（Ｆ．Ｍ．Ａｕｓｕｂｅｌら編、（２００３））；シリーズＭＥＴＨＯＤＳＩＮＥＮＺＹＭＯＬＯＧＹ（ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．）：ＰＣＲ２：ＡＰＲＡＣＴＩＣＡＬＡＰＰＲＯＡＣＨ（Ｍ．Ｊ．ＭａｃＰｈｅｒｓｏｎ、Ｂ．Ｄ．ＨａｍｅｓａｎｄＧ．Ｒ．Ｔａｙｌｏｒ編、（１９９５））、Ｈａｒｌｏｗ及びＬａｎｅ編（１９８８）ＡＮＴＩＢＯＤＩＥＳ、ＡＬＡＢＯＲＡＴＯＲＹＭＡＮＵＡＬ，ａｎｄＡＮＩＭＡＬＣＥＬＬＣＵＬＴＵＲＥ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ編（１９８７））；ＯｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅＳｙｎｔｈｅｓｉｓ（Ｍ．Ｊ．Ｇａｉｔ編１９８４）；ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ；ＣｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＮｏｔｅｂｏｏｋ（Ｊ．Ｅ．Ｃｅｌｌｉｓ編、１９９８）ＡｃａｄｅｍｉｃＰｒｅｓｓ；ＡｎｉｍａｌＣｅｌｌＣｕｌｔｕｒｅ（Ｒ．Ｉ．Ｆｒｅｓｈｎｅｙ）編１９８７）；ＩｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎｔｏＣｅｌｌａｎｄＴｉｓｓｕｅＣｕｌｔｕｒｅ（Ｊ．Ｐ．Ｍａｔｈｅｒ及びＰ．Ｅ．Ｒｏｂｅｒｔｓ、１９９８）ＰｌｅｎｕｍＰｒｅｓｓ；ＣｅｌｌａｎｄＴｉｓｓｕｅＣｕｌｔｕｒｅＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｏｃｅｄｕｒｅｓ（Ａ．Ｄｏｙｌｅ、Ｊ．Ｂ．Ｇｒｉｆｆｉｔｈｓ、及びＤ．Ｇ．Ｎｅｗｅｌｌ編１９９３〜８）Ｊ．ＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ；ＨａｎｄｂｏｏｋｏｆＥｘｐｅｒｉｍｅｎｔａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｄ．Ｍ．Ｗｅｉｒ及びＣ．Ｃ．Ｂｌａｃｋｗｅｌｌ編）；ＧｅｎｅＴｒａｎｓｆｅｒＶｅｃｔｏｒｓｆｏｒＭａｍｍａｌｉａｎＣｅｌｌｓ（Ｊ．Ｍ．Ｍｉｌｌｅｒ及びＭ．Ｐ．Ｃａｌｏｓ編、１９８７）；ＰＣＲ：ＴｈｅＰｏｌｙｍｅｒａｓｅＣｈａｉｎＲｅａｃｔｉｏｎ、（Ｍｕｌｌｉｓら編１９９４）；ＣｕｒｒｅｎｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ（Ｊ．Ｅ．Ｃｏｌｉｇａｎら編１９９１）；ＳｈｏｒｔＰｒｏｔｏｃｏｌｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ（ＷｉｌｅｙａｎｄＳｏｎｓ、１９９９）；Ｉｍｍｕｎｏｂｉｏｌｏｇｙ（Ｃ．Ａ．Ｊａｎｅｗａｙ及びＰ．Ｔｒａｖｅｒｓ、１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｐ．Ｆｉｎｃｈ、１９９７）；Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＡｐｐｒｏａｃｈ（Ｄ．Ｃａｔｔｙ．編、ＩＲＬＰｒｅｓｓ、１９８８〜１９８９）；ＭｏｎｏｃｌｏｎａｌＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＰｒａｃｔｉｃａｌＡｐｐｒｏａｃｈ（Ｐ．Ｓｈｅｐｈｅｒｄ及びＣ．Ｄｅａｎ編、ＯｘｆｏｒｄＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙＰｒｅｓｓ、２０００）；ＵｓｉｎｇＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ（Ｅ．Ｈａｒｌｏｗ及びＤ．Ｌａｎｅ（ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙＰｒｅｓｓ、１９９９）；ＴｈｅＡｎｔｉｂｏｄｉｅｓ（Ｍ．Ｚａｎｅｔｔｉ及びＪ．Ｄ．Ｃａｐｒａ編、ＨａｒｗｏｏｄＡｃａｄｅｍｉｃＰｕｂｌｉｓｈｅｒｓ、１９９５）；及びＣａｎｃｅｒ：ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＯｎｃｏｌｏｇｙ（Ｖ．Ｔ．ＤｅＶｉｔａら編、Ｊ．Ｂ．ＬｉｐｐｉｎｃｏｔｔＣｏｍｐａｎｙ、１９９３）に記載される広く利用されている方法論などの、従来の方法論を使用して通常用いられている。 Definitions Techniques and procedures described or referenced herein are generally well understood by those skilled in the art, for example, Sambrook et al., Molecular Cloning: A Laboratory Manual 3rd Edition (2001) Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold. Spring Harbor, N.A. Y. CURRENT PROTOCOLS IN MOLECULAR BIOLOGY (F. M. Ausubel et al., (2003)); Series METHODS IN ENZYMOLOGY (Academic Press, Inc.): PCR2: A PRACTICAL APPROM, P.M.J. R. Taylor (1995)), Harlow and Lane (1988) ANTIBODIES, A LABORATORY MANUAL, and ANIMAL CELL COLLURE (R. I. Freshney 1989 (1987)); ); Methods in Molecular Biolog , Humana Press; Cell Biology: A Laboratory Notebook (edited by EE Cellis, 1998) Academic Press; Animal Cell Culture (edited by RI Freshness Cultivation (1987); Introducedul. P. E. Roberts, 1998) Plenum Press; Cell and Tissue Culture Laboratory Procedures (A. Doyle, J. B. Griffiths, and DG Newell ed. 1993-8). Wiley and Sons; Handbook of Experimental Immunology (Edited by DM Weir and CC Blackwell); Gene Transfer Vectors for Mammalian Cells (edited by JM MillerP. Chain Reaction, (Mullis et al., 1994); Current Protocols in Immunology (JE Coligan et al., 1991); Short Protocols in Molecular Biology (Wiley and Son. 1999.); 1997 Antibodies (P. Finch, 1997); Antibodies: A Practical Approach (D. Catty. Ed., IRL Press, 1988-1989); Monoclonal Antibodies: Practical App. 2000); Using Antibodies: A Laboratory Manual (E. Harlow and D. Lane (Cold Spring Harbor Laboratory Press, 1999); The Antibodies (M. Zaneti and J. H. Acaph, Ed. 95); and Cancer: Principles and Practice of Oncology (edited by VT DeVita et al., JB Lippincott Company, 1993), usually using conventional methodologies It is used.

別の定義がなされていなければ、本明細書で使用される専門用語及び科学用語は、本発明が属する技術分野で当業者に通常理解されているものと同じ意味を有する。Ｓｉｎｇｌｅｔｏｎら、ＤｉｃｔｉｏｎａｒｙｏｆＭｉｃｒｏｂｉｏｌｏｇｙａｎｄＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ第２版、Ｊ．Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（ＮｅｗＹｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．１９９４）、並びにＭａｒｃｈ、ＡｄｖａｎｃｅｄＯｒｇａｎｉｃＣｈｅｍｉｓｔｒｙＲｅａｃｔｉｏｎｓ、ＭｅｃｈａｎｉｓｍｓａｎｄＳｔｒｕｃｔｕｒｅ第４版、ＪｏｈｎＷｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ（ＮｅｗＹｏｒｋ、Ｎ．Ｙ．１９９２）は当業者に、本出願において使用される用語の多くについての一般的指針を提供している。 Unless defined otherwise, technical and scientific terms used herein have the same meaning as commonly understood by one of ordinary skill in the art to which this invention belongs. Singleton et al., Dictionary of Microbiology and Molecular Biology, 2nd edition, J. Am. Wiley & Sons (New York, NY 1994), and March, Advanced Organic Chemistry Reactions, Machinery and Structure, 4th Edition, John Wiley & Sons. Provides general guidance on many of the terms used in.

「ＰＡＫ」とは、本明細書で使用されるように、非受容体セリン／スレオニンタンパク質キナーゼ（ＳＴＫ）のファミリーのことである。セリン／スレオニンタンパク質キナーゼのｐ２１活性化タンパク質キナーゼ（ＰＡＫ）ファミリーは、細胞骨格系、細胞形態形成、細胞プロセス及び細胞生存において重要な役割を果たしている（Ｄａｎｉｅｌｓら、ＴｒｅｎｄｓＢｉｏｃｈｅｍ．Ｓｃｉ．１９９９２４：３５０〜３５５；Ｓｅｌｌｓら、ＴｒｅｎｄｓＣｅｌｌ．Ｂｉｏｌ．１９９７７：１６２〜１６７）。ＰＡＫファミリーは６つのメンバーからなり、配列相同性とグループＩＰＡＫにおける自己抑制的領域の存在に基づいて区別されるＰＡＫ１〜３（グループＩ）とＰＡＫ４〜６（グループＩＩ）の２つのグループに細分化されている。ｐ２１活性化キナーゼ（ＰＡＫ）は、Ｒａｃ及びＣｄｃ４２ＧＴＰアーゼ機能並びにＲａｓ推進される腫瘍形成に必要な経路の重要な媒介物の役割を果たしている（Ｍａｎｓｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ１９９４３６７：４０〜４６；ＢＤｕｍｍｌｅｒら、ＣａｎｃｅｒＭｅｔａｔｈｅｓｉｓＲｅｖ．２００９２８：５１〜６３；Ｒ．Ｋｕｍａｒら、ＮａｔｕｒｅＲｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ２００６６：４５９〜４７３）。 “PAK”, as used herein, refers to a family of non-receptor serine / threonine protein kinases (STKs). The p21 activated protein kinase (PAK) family of serine / threonine protein kinases plays an important role in the cytoskeletal system, cell morphogenesis, cellular processes and cell survival (Daniels et al., Trends Biochem. Sci. 1999 24: 350). ~ 355; Sells et al., Trends Cell. Biol. 1997 7: 162-167). The PAK family consists of six members and is subdivided into two groups, PAK1-3 (Group I) and PAK4-6 (Group II), which are distinguished on the basis of sequence homology and the presence of autorepressive regions in Group I PAK. It has become. p21-activated kinase (PAK) plays an important mediator of Rac and Cdc42 GTPase function and pathways required for Ras-driven tumorigenesis (Manser et al., Nature 1994 367: 40-46; B Dummler Cancer Metathesis Rev. 2009 28: 51-63; R. Kumar et al., Nature Rev. Cancer 2006 6: 459-473).

本明細書で使用される「ＰＡＫ１」又は「ｐ２１活性化タンパク質（Ｃｄｃ４２／Ｒａｃ）活性化キナーゼ１」とは、別の定義がなければ、霊長類（例えば、ヒト）及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物供給源由来の天然のＰＡＫ１のことである。前記用語は、遺伝子位置（例えば、１１ｑ１３−ｑ１４細胞遺伝学的バンド、染色体１１：７７０３３０６０−７７１８５１０８、及び／又はＧＣ１１Ｍ０７７０３３）、「完全長」非プロセス型ＰＡＫ１並びに細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＰＡＫ１を包含する。前記用語は、ＰＡＫ１の天然に存在する変異体、例えば、スプライスバリアント又は対立遺伝子バリアントも包含する。例となるヒトＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００００１１．９である。例となるヒトＰＡＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿００１１２２０９２１又はＮＰ＿００２５６７．３である。例となるマウスＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００００７３．６であり、又は例となるマウスＰＡＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿０３５１６５．２である。例となるラットＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００５１００．２であり、又は例となるラットＰＡＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿０５８８９４．１である。例となるイヌＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００６６０３．３であり、又は例となるイヌＰＡＫ１アミノ酸配列はＸＰ＿８４９６５１．１である。例となるウシＰＡＫ１核酸の配列はＡＣ＿０００１８６．１又はＮＣ＿００７３３０．５である。例となるウシＰＡＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿００１０７０３６６．１である。例となるアカゲザルＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００７８７１．１である。例となるアカゲザルＰＡＫ１アミノ酸配列はＸＰ＿００１０９０３１０．１又はＮＰ＿００１０９０４２３．２である。例となるニワトリＰＡＫ１核酸の配列はＮＣ＿００６０８８．３であり、又は例となるニワトリＰＡＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿００１１５５８４４．１である。 As used herein, “PAK1” or “p21 activating protein (Cdc42 / Rac) activating kinase 1”, unless otherwise defined, includes primates (eg, humans) and rodents (eg, Natural PAK1 from any vertebrate source, including mammals such as mice and rats. The term refers to gene location (eg, 11q13-q14 cytogenetic band, chromosome 11: 77033060-77185108, and / or GC11M077033), “full length” non-processed PAK1 and any form resulting from intracellular processing. Of PAK1. The term also encompasses naturally occurring variants of PAK1, such as splice variants or allelic variants. An exemplary human PAK1 nucleic acid sequence is NC — 001001.9. An exemplary human PAK1 amino acid sequence is NP_0011220921 or NP_002567.3. The sequence of an exemplary mouse PAK1 nucleic acid is NC — 0000733.6, or the exemplary mouse PAK1 amino acid sequence is NP — 03565.2. An exemplary rat PAK1 nucleic acid sequence is NC_005100.2, or an exemplary rat PAK1 amino acid sequence is NP_05894.1. An exemplary canine PAK1 nucleic acid sequence is NC — 006603.3, or an exemplary canine PAK1 amino acid sequence is XP — 849651.1. An exemplary bovine PAK1 nucleic acid sequence is AC_000186.1 or NC_007330.5. An exemplary bovine PAK1 amino acid sequence is NP_0010703366.1. An exemplary rhesus PAK1 nucleic acid sequence is NC_007871.1. An exemplary rhesus monkey PAK1 amino acid sequence is XP_001090310.1 or NP_0010904423.2. The sequence of an exemplary chicken PAK1 nucleic acid is NC_006088.3, or the exemplary chicken PAK1 amino acid sequence is NP_001155844.1.

「ＢＲＡＦ」又は「セリン／スレオニンタンパク質キナーゼＢ−Ｒａｆ」とは、本明細書で使用されるように、本明細書で使用される通りのものを指し、別の定義がなければ、霊長類（例えば、ヒト）及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物供給源由来の天然のＢＲＡＦのことである。前記用語は、遺伝子位置（例えば、７ｑ３４細胞遺伝学的バンド、染色体７：１４０４３３８１２−１４０６２４５６４、及び／又はＧＣ０７Ｍ１４０４２４）、「完全長」非プロセス型ＢＲＡＦ並びに細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＢＲＡＦを包含する。前記用語は、ＢＲＡＦの天然に存在する変異体、例えば、スプライスバリアント又は対立遺伝子バリアントも包含する。例となるヒトＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿０００００７．１３であり、又は例となるヒトＢＲＡＦアミノ酸配列はＮＰ＿００４３２４．２である。例となるマウスＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿００００７２．６であり、又は例となるマウスＢＲＡＦアミノ酸配列はＮＰ＿６４７４５５．３である。例となるラットＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿００５１０３．２であり、又は例となるラットＢＲＡＦアミノ酸配列はＸＰ＿２３１６９２．４である。例となるイヌＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿００６５９８．３であり、又は例となるイヌＢＲＡＦアミノ酸配列はＸＰ＿５３２７４９．３である。例となるニワトリＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿００６０８８．３であり、又は例となるニワトリＢＲＡＦアミノ酸配列はＮＰ＿９９０６３３．１である。例となるウシＢＲＡＦ核酸の配列はＡＣ＿０００１６１．１であり、又は例となるウシＢＲＡＦアミノ酸配列はＸＰ＿００２６８７０４８．１である。例となるウマＢＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿００９１４７．２であり、又は例となるウマＢＲＡＦアミノ酸配列はＸＰ＿００１４９６３１４．２である。 “BRAF” or “serine / threonine protein kinase B-Raf” as used herein refers to as used herein and, unless otherwise defined, primate ( Natural BRAF from any vertebrate source, including, for example, mammals such as humans and rodents (eg, mice and rats). The terms include gene location (eg, 7q34 cytogenetic band, chromosome 7: 140433612-140624564, and / or GC07M140424), “full-length” non-processed BRAF and any form of BRAF resulting from intracellular processing. Is included. The term also encompasses naturally occurring variants of BRAF, such as splice variants or allelic variants. An exemplary human BRAF nucleic acid sequence is NC — 000007.13, or an exemplary human BRAF amino acid sequence is NP — 004324.2. An exemplary mouse BRAF nucleic acid sequence is NC — 0000726.6, or an exemplary mouse BRAF amino acid sequence is NP — 647455.3. An exemplary rat BRAF nucleic acid sequence is NC — 000513.2, or an exemplary rat BRAF amino acid sequence is XP — 231692.4. The sequence of an exemplary canine BRAF nucleic acid is NC_006598.3, or the exemplary canine BRAF amino acid sequence is XP_532749.3. The sequence of an exemplary chicken BRAF nucleic acid is NC — 000608.3, or the exemplary chicken BRAF amino acid sequence is NP — 990633.1. The sequence of an exemplary bovine BRAF nucleic acid is AC — 00161.1, or the exemplary bovine BRAF amino acid sequence is XP — 00268748.1. An example equine BRAF nucleic acid sequence is NC — 0947.2, or an example equine BRAF amino acid sequence is XP — 001496314.2.

「野生型ＢＲＡＦ」とは本明細書では、黒色腫とは関連のない天然に存在するＢＲＡＦ（天然に存在する変異体を含む）のことである。野生型ヒトＢＲＡＦの例はＧｅｎＢａｎｋ受託番号ＮＰ＿００４３２４．２により供給される。当技術分野では公知であるように、ＢＲＡＦに関しては、黒色腫はＢＲＡＦタイプ、すなわち野生型ＢＲＡＦと突然変異ＢＲＡＦにより範疇化し分類することができる。 “Wild-type BRAF” as used herein refers to naturally occurring BRAFs (including naturally occurring variants) that are not associated with melanoma. An example of wild type human BRAF is supplied by GenBank accession number NP — 004324.2. As is known in the art, for BRAF, melanoma can be categorized and classified by BRAF type, ie, wild type BRAF and mutant BRAF.

本明細書で使用される「突然変異ＢＲＡＦ」とは、黒色腫と関連する一又は複数の突然変異を有するＢＲＡＦタンパク質のことである。突然変異ＢＲＡＦの例は、６００位のバリンがグルタミン酸で置き換えられている（Ｖ６００Ｅ）突然変異ＢＲＡＦである。当技術分野では公知であるように、黒色腫はＢＲＡＦタイプ、すなわち野生型ＢＲＡＦと突然変異ＢＲＡＦにより範疇化することができる。 As used herein, a “mutant BRAF” is a BRAF protein having one or more mutations associated with melanoma. An example of a mutant BRAF is a mutant BRAF in which valine at position 600 is replaced with glutamic acid (V600E). As is known in the art, melanoma can be categorized by BRAF types, ie, wild type BRAF and mutant BRAF.

本明細書で使用される「ＣＲＡＦ」又は「ｖ−ｒａｆ白血病ウイルス癌遺伝子１」は、本明細書で使用されるように、別の定義がなければ、霊長類（例えば、ヒト）及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）などの哺乳動物を含む、任意の脊椎動物供給源由来の天然のＣＲＡＦのことである。前記用語は、遺伝子位置（例えば、３ｐ２５細胞遺伝学的バンド、染色体３：１２６２５１００−１２７０５７００、及び／又はＧＣ０３Ｍ０１２６２５）、「完全長」非プロセス型ＣＲＡＦ並びに細胞内でのプロセシングから生じる任意の形態のＣＲＡＦを包含する。前記用語は、ＣＲＡＦの天然に存在する変異体、例えば、スプライスバリアント又は対立遺伝子バリアントも包含する。例となるヒトＣＲＡＦ核酸の配列はＮＣ＿０００００３．１１である、又は例となるヒトＣＲＡＦアミノ酸配列はＮＰ＿００２８７１．１である。 “CRAF” or “v-raf leukemia virus oncogene 1” as used herein, as used herein, unless otherwise defined, primates (eg, humans) and rodents Natural CRAF from any vertebrate source, including mammals such as the genus (eg, mice and rats). The term includes gene location (eg, 3p25 cytogenetic band, chromosome 3: 12625100-12705700, and / or GC03M012625), “full-length” non-processed CRAF and any form of CRAF resulting from intracellular processing. Is included. The term also encompasses naturally occurring variants of CRAF, such as splice variants or allelic variants. An exemplary human CRAF nucleic acid sequence is NC — 000003.11. Or an exemplary human CRAF amino acid sequence is NP — 002871.1.

「ＭＥＫ」又は「マイトジェン活性化タンパク質キナーゼキナーゼ」とは、本明細書で使用されるように、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）をリン酸化するキナーゼ酵素のファミリーのことである。７つの遺伝子、ＭＡＰ２Ｋ１（ＭＥＫ１）、ＭＡＰ２Ｋ２（ＭＥＫ２）、ＭＡＰ２Ｋ３（ＭＫＫ３）、ＭＡＰ２Ｋ４（ＭＫＫ４）、ＭＡＰ２Ｋ５（ＭＫＫ５）、ＭＡＰ２Ｋ６（ＭＫＫ６）、及びＭＡＰ２Ｋ７（ＭＫＫ７）が存在する。ｐ３８（ＭＫＫ３及びＭＫＫ６）、ＪＮＫ（ＭＫＫ４及びＭＫＫ７）、及びＥＲＫ（ＭＥＫ１及びＭＥＫ２）の活性化因子が独立したＭＡＰキナーゼシグナル伝達経路を定義する。例となるヒトＭＥＫ１核酸の配列はＮＣ＿００００１５．９である、又は例となるヒトＭＥＫ１アミノ酸配列はＮＰ＿００２７４６．１である。例となるヒトＭＥＫ２核酸の配列はＮＣ＿００００１９．９である、又は例となるヒトＭＥＫ２アミノ酸配列はＮＰ＿１０９５８７．１である。例となるヒトＭＥＫ３核酸の配列はＮＣ＿００００１７．１０である。例となるヒトＭＥＫ３アミノ酸配列はＮＰ＿００２７４７．２又はＮＰ＿６５９７３１．１である。例となるヒトＭＥＫ４核酸の配列はＮＣ＿００００１７．１０である、又は例となるヒトＭＥＫ４アミノ酸配列はＮＰ＿００３００１．１である。例となるヒトＭＥＫ５核酸の配列はＮＣ＿００００１５．９である。例となるヒトＭＥＫ５アミノ酸配列はＮＰ＿００１１９３７３３．１、ＮＰ＿００２７４８．１又はＮＰ＿６６０１４３．１である。例となるヒトＭＥＫ６核酸の配列はＮＣ＿００００１７．１０である、又は例となるヒトＭＥＫ６アミノ酸配列はＮＰ＿００２７４９．２である。例となるヒトＭＥＫ７核酸の配列はＮＣ＿００００１９．９である、又は例となるヒトＭＥＫ７アミノ酸配列はＮＰ＿６６０１８６．１である。 “MEK” or “mitogen activated protein kinase kinase” as used herein refers to a family of kinase enzymes that phosphorylate mitogen activated protein kinase (MAPK). There are seven genes, MAP2K1 (MEK1), MAP2K2 (MEK2), MAP2K3 (MKK3), MAP2K4 (MKK4), MAP2K5 (MKK5), MAP2K6 (MKK6), and MAP2K7 (MKK7). The activators of p38 (MKK3 and MKK6), JNK (MKK4 and MKK7), and ERK (MEK1 and MEK2) define an independent MAP kinase signaling pathway. An exemplary human MEK1 nucleic acid sequence is NC — 0000159.9, or an exemplary human MEK1 amino acid sequence is NP — 002746.1. An exemplary human MEK2 nucleic acid sequence is NC — 001009.9, or an exemplary human MEK2 amino acid sequence is NP — 109587.1. An exemplary human MEK3 nucleic acid sequence is NC — 000017.10. An exemplary human MEK3 amino acid sequence is NP_002747.2 or NP_65931.1. An exemplary human MEK4 nucleic acid sequence is NC — 000017.10. Or an exemplary human MEK4 amino acid sequence is NP — 003001.1. An exemplary human MEK5 nucleic acid sequence is NC — 0000159.9. An exemplary human MEK5 amino acid sequence is NP_001193733.1, NP_002748.1 or NP_660143.1. An exemplary human MEK6 nucleic acid sequence is NC — 000017.10. Or an exemplary human MEK6 amino acid sequence is NP —002749.2. An exemplary human MEK7 nucleic acid sequence is NC_0000199.9, or an exemplary human MEK7 amino acid sequence is NP_660186.1.

「ポリヌクレオチド」、又は「核酸」とは、本明細書では互換的に使用されるように、任意の長さのヌクレオチドのポリマーのことであり、ＤＮＡ及びＲＮＡが含まれる。ヌクレオチドは、デオキシリボヌクレオチド、リボヌクレオチド、修飾ヌクレオチドもしくは塩基、及び／又はその類似体、又はＤＮＡもしくはＲＮＡポリメラーゼにより、又は合成反応によりポリマーに組み込むことができる任意の基質であることが可能である。ポリヌクレオチドは、メチル化されたヌクレオチドなどの修飾ヌクレオチド及びその類似体を含んでいてもよい。存在する場合、ヌクレオチド構造への修飾は、ポリマーの組立て前又は後に与えてもよい。ヌクレオチドの配列に非ヌクレオチド成分が割り込んでいてもよい。ポリヌクレオチドは、合成後に、標識を用いたコンジュゲーションなどによって、更に改変されてもよい。他の種類の改変には、例えば、「キャップ」、天然に存在するヌクレオチドの一又は複数の類似物での置換、例えば、無電荷連鎖（例えば、メチルホスホン酸、ホスホトリエステル、アミド亜リン酸エステル、カルバミン酸、等）及び電荷連鎖（例えば、ホスホロチオエート、ジチオリン酸、等）を有する修飾、例えば、タンパク質（例えば、ヌクレアーゼ、毒素、抗体、シグナルペプチド、ｐｌｙ−Ｌ−リシン、等）などのペンダント部分を含有する修飾、介入物（例えば、アクリジン、ソラレン、等）を有する修飾、キレーター（例えば、金属、放射性金属、ホウ素、酸化金属、等）を含有する修飾、アルキル化剤を含有する修飾、改変された連鎖（例えば、アルファアノマー核酸、等）を有する修飾などのヌクレオチド間修飾、並びに非改変型の（一又は複数の）ポリヌクレオチドが含まれる。更に、糖中に通常存在するヒドロキシル基のいずれでも、例えば、ホスホン酸エステル基、リン酸基で置換される、標準保護基により保護される、又は活性化されて追加のヌクレオチドへの追加の連鎖を調製してもよいし、又は固体もしくは半固体支持体にコンジュゲートされていてもよい。５’及び３’末端ＯＨはリン酸化する又はアミンもしくは１から２０炭素原子の有機キャッピング基部分で置換することができる。他のヒドロキシルも標準保護基に誘導体化しうる。ポリヌクレオチドは、例えば、２’−Ｏ−メチル−、２’−Ｏ−アリル、２’−フルオロ−又は２’−アジド−リボース、炭素環式糖類似物、？−アノマー糖、アラビノーズ、キシロース、又はリキソースなどのエピメリック糖、ピラノース糖、フラノース糖、セドヘプツロース、非環式類似体、及びメチルリボシドなどの脱塩基ヌクレオシド類似体を含む、当技術分野で一般に知られているリボース又はデオキシリボース糖の類似形態も含有することができる。一又は複数のホスホジエステル連鎖は代わりの連結基で置換してもよい。これらの代わりの連結基には、リン酸がＰ（Ｏ）Ｓ（「チオエート」）、Ｐ（Ｓ）Ｓ（「ジチオエート」）、（Ｏ）ＮＲ_２（「アミダート」）、Ｐ（Ｏ）Ｒ、Ｐ（Ｏ）ＯＲ’、ＣＯ又はＣＨ２（「ギ酸アセタール」）で置換されており、それぞれのＲ又はＲ’は独立してＨである又は場合によりエーテル（−Ｏ−）連鎖、アリール、アルケニル、シクロアルキル、シクロアルケニルもしくはアラルジルを含有する置換されたもしくは非置換アルキル（１〜２０Ｃ）である実施態様が含まれるが、これらに限定されない。ポリヌクレオチド内の全ての連鎖が同一である必要はない。先行する説明は、ＲＮＡ及びＤＮＡを含む、本明細書で言及される全てのポリヌクレオチドに当てはまる。 “Polynucleotide” or “nucleic acid”, as used interchangeably herein, refers to a polymer of nucleotides of any length, and includes DNA and RNA. Nucleotides can be deoxyribonucleotides, ribonucleotides, modified nucleotides or bases, and / or analogs thereof, or any substrate that can be incorporated into a polymer by DNA or RNA polymerase or by synthetic reactions. A polynucleotide may comprise modified nucleotides, such as methylated nucleotides, and analogs thereof. If present, modifications to the nucleotide structure may be imparted before or after assembly of the polymer. A nucleotide sequence may be interrupted by a non-nucleotide component. A polynucleotide may be further modified after synthesis, such as by conjugation with a label. Other types of modifications include, for example, “caps”, substitution with one or more analogs of naturally occurring nucleotides, such as uncharged chains (eg, methylphosphonic acid, phosphotriester, amide phosphite) , Carbamate, etc.) and pendant moieties such as modifications with charge chains (eg, phosphorothioate, dithiophosphate, etc.), eg, proteins (eg, nucleases, toxins, antibodies, signal peptides, ply-L-lysine, etc.) Modifications containing, modifications with interventions (eg, acridine, psoralen, etc.), modifications containing chelators (eg, metals, radioactive metals, boron, metal oxides, etc.), modifications containing alkylating agents, modifications Internucleotide modifications, such as modifications with linked linkages (eg, alpha anomeric nucleic acids, etc.), and Modified forms of include (one or more) polynucleotides. In addition, any of the hydroxyl groups normally present in the sugar can be replaced by, for example, phosphonate groups, phosphate groups, protected by standard protecting groups, or activated to provide additional linkages to additional nucleotides. May be prepared or conjugated to a solid or semi-solid support. The 5 ′ and 3 ′ terminal OH can be phosphorylated or substituted with amines or organic capping group moieties of 1 to 20 carbon atoms. Other hydroxyls can also be derivatized to standard protecting groups. Polynucleotides are, for example, 2′-O-methyl-, 2′-O-allyl, 2′-fluoro- or 2′-azido-ribose, carbocyclic sugar analogs,? -Commonly known in the art, including epimeric sugars such as anomeric sugars, arabinose, xylose, or lyxose, pyranose sugars, furanose sugars, cedoheptulose, acyclic analogs, and abasic nucleoside analogs such as methylriboside Similar forms of ribose or deoxyribose sugars can also be included. One or more phosphodiester linkages may be substituted with alternative linking groups. Among these alternative linking groups are phosphates P (O) S (“thioate”), P (S) S (“dithioate”), (O) NR ₂ (“amidate”), P (O) R. , P (O) OR ′, CO or CH 2 (“formate acetal”), each R or R ′ is independently H or optionally an ether (—O—) chain, aryl, alkenyl , Substituted, or unsubstituted alkyl (1-20C) containing, but not limited to, cycloalkyl, cycloalkenyl, or araldyl. Not all linkages within a polynucleotide need be identical. The preceding description applies to all polynucleotides referred to herein, including RNA and DNA.

本明細書で使用される「オリゴヌクレオチド」とは、一般的には、約２５０ヌクレオチド長未満であるが必ずしもそうではない短い一本鎖のポリヌクレオチドのことである。オリゴヌクレオチドは合成でもよい。用語「オリゴヌクレオチド」と「ポリヌクレオチド」は相互排他的ではない。ポリヌクレオチドについての上記説明は、オリゴヌクレオチドに対して等しく、完全に適用可能である。 As used herein, an “oligonucleotide” is generally a short single-stranded polynucleotide that is less than, but not necessarily, about 250 nucleotides in length. Oligonucleotides may be synthetic. The terms “oligonucleotide” and “polynucleotide” are not mutually exclusive. The above description for polynucleotides is equally applicable to oligonucleotides and is fully applicable.

用語「プライマー」とは、核酸にハイブリダイズし、一般に遊離の３’−ＯＨ基を与えることにより続いて相補的核酸を重合化することができる一本鎖ポリヌクレオチドのことである。 The term “primer” refers to a single-stranded polynucleotide that can hybridize to a nucleic acid and generally polymerize a complementary nucleic acid by providing a free 3′-OH group.

用語「小分子」とは、分子量が約２０００ダルトン又はそれよりも少ない、好ましくは約５００ダルトン又はそれよりも少ない任意の分子のことである。 The term “small molecule” refers to any molecule having a molecular weight of about 2000 daltons or less, preferably about 500 daltons or less.

用語「抗体」は本明細書では、その最も広い意味で使用され、モノクローナル抗体、ポリクローナル抗体、多重特異的抗体（例えば、二重特異的抗体）、及び所望の抗原結合活性を示す限りで抗体断片を含むがこれらに限定されない種々の抗体構造体を包含する。 The term “antibody” is used herein in its broadest sense to refer to monoclonal antibodies, polyclonal antibodies, multispecific antibodies (eg, bispecific antibodies), and antibody fragments so long as they exhibit the desired antigen binding activity. Including various antibody structures including, but not limited to.

用語「検出」は直接的検出と間接的検出を含む、いかなる検出手段でも含む。 The term “detection” includes any detection means, including direct detection and indirect detection.

本明細書で使用される用語「バイオマーカー」とは、試料中で検出することができる、例えば、予測的、診断的及び／又は予後的指標物質のことである。バイオマーカーは、ある種の分子的、病態的、組織学的、及び／又は臨床的特徴に特徴のある疾患又は障害（例えば、癌）の特定のサブタイプの指標物質としての働きをすることができる。例えば、黒色腫についてのバイオマーカーには、野生型ＢＲＡＦの存在、ＰＡＫ１の過剰発現及びＰＡＫ１の増幅が含まれるが、これらに限定されない。 The term “biomarker” as used herein refers to a predictive, diagnostic and / or prognostic indicator that can be detected in a sample, for example. A biomarker may serve as an indicator of a particular subtype of a disease or disorder (eg, cancer) characterized by certain molecular, pathologic, histological, and / or clinical features. it can. For example, biomarkers for melanoma include, but are not limited to, the presence of wild-type BRAF, PAK1 overexpression and PAK1 amplification.

個体にとっての臨床的利益の増加と関連するバイオマーカーの「量」、又は「レベル」は、生体試料における検出可能なレベルである。これらは当業者に公知であり本明細書でも開示されている方法により測定することができる。評価されるバイオマーカーの発現レベル又は量を使用して、治療に対する応答を判定することができる。 A “quantity”, or “level”, of a biomarker that is associated with an increased clinical benefit for an individual is a detectable level in a biological sample. These are known to those skilled in the art and can be measured by the methods disclosed in this specification. The expression level or amount of the biomarker evaluated can be used to determine the response to treatment.

用語「発現のレベル」と「発現レベル」は一般に互換的に使用され、一般には生体試料中のバイオマーカーの量のことである。「発現」とは一般には、（例えば、遺伝子にコードされた及び／又はエピジェネティックな）情報が細胞内に存在し作用する構造物に変換されるプロセスのことである。したがって、本明細書で使用されるように、「発現」とはポリヌクレオチドへの転写、ポリペプチドへの翻訳、又はポリヌクレオチド及び／もしくはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）さえも指すことがある。転写されたポリヌクレオチド、翻訳されたポリペプチド、又はポリヌクレオチド及び／もしくはポリペプチド修飾（例えば、ポリペプチドの翻訳後修飾）の断片も、選択的スプライシングにより生成された転写物又は分解した転写物由来であれ、例えば、タンパク質分解によりポリペプチドの翻訳後プロセシング由来であれ、発現されたと見なすことにする。「発現された遺伝子」には、ｍＲＮＡとしてポリヌクレオチドに転写され、その後ポリペプチドに翻訳される遺伝子、及びＲＮＡに転写されるがポリペプチドには翻訳されない（例えば、トランスファーＲＮＡ及びリボソームＲＮＡ）遺伝子も含まれる。 The terms “level of expression” and “expression level” are generally used interchangeably and generally refer to the amount of a biomarker in a biological sample. “Expression” generally refers to the process by which information (eg, gene-encoded and / or epigenetic) is converted into a structure that exists and acts within a cell. Thus, as used herein, “expression” refers to transcription into a polynucleotide, translation into a polypeptide, or even polynucleotide and / or polypeptide modification (eg, post-translational modification of a polypeptide). May point. Transcribed polynucleotides, translated polypeptides, or fragments of polynucleotides and / or polypeptide modifications (eg, post-translational modifications of polypeptides) are also derived from transcripts generated by alternative splicing or degraded transcripts Regardless, it is considered expressed, eg, from post-translational processing of the polypeptide by proteolysis. “Expressed genes” include genes that are transcribed into polynucleotides as mRNA and then translated into polypeptides, and genes that are transcribed into RNA but not translated into polypeptides (eg, transfer RNA and ribosomal RNA). included.

「上昇した発現」、「上昇した発現レベル」、「上昇したレベル」及び「過剰発現された」とは、疾患又は障害（例えば、癌）に罹っていない個体（単数又は複数）などの対照、又は内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比べて個体におけるバイオマーカーの増加した発現又は増加したレベルのことである。幾つかの実施例では、上昇した発現又は過剰発現は遺伝子増幅の結果である。 “Elevated expression”, “increased expression level”, “elevated level” and “overexpressed” are controls such as individual (s) not suffering from a disease or disorder (eg, cancer), Or increased expression or increased level of a biomarker in an individual compared to an internal control (eg, housekeeping biomarker). In some embodiments, elevated expression or overexpression is the result of gene amplification.

「低下した発現」、「低下した発現レベル」、又は「低下したレベル」とは、疾患又は障害（例えば、癌）に罹っていない個体（単数又は複数）などの対照、又は内部対照（例えば、ハウスキーピングバイオマーカー）と比べて個体におけるバイオマーカーの減少した発現又は減少したレベルのことである。 “Reduced expression”, “reduced expression level”, or “reduced level” means a control, such as an individual (s) not suffering from a disease or disorder (eg, cancer), or an internal control (eg, Decreased expression or decreased level of a biomarker in an individual compared to a housekeeping biomarker).

用語「ハウスキーピングバイオマーカー」とは、典型的にはあらゆる細胞型に類似して存在するバイオマーカー又はバイオマーカーの群（例えば、ポリヌクレオチド及び／又はポリペプチド）のことである。幾つかの実施態様では、ハウスキーピングバイオマーカーは「ハウスキーピング遺伝子」である。「ハウスキーピング遺伝子」とは本明細書では、その活性が細胞機能の維持に不可欠なタンパク質をコードし、典型的にはあらゆる細胞型に類似して存在する遺伝子又は遺伝子の群のことである。 The term “housekeeping biomarker” refers to a biomarker or group of biomarkers (eg, polynucleotides and / or polypeptides) that typically exist similar to any cell type. In some embodiments, the housekeeping biomarker is a “housekeeping gene”. A “housekeeping gene” as used herein refers to a gene or group of genes that encodes a protein whose activity is essential for the maintenance of cell function and is typically present in all cell types.

本明細書で使用される「増幅」とは一般に、所望の配列の複数のコピーを産生するプロセスのことである。「複数のコピー」は少なくとも２つのコピーを意味する。「コピー」は鋳型配列に対して必ずしも完全な配列相補性又は同一性を意味するわけではない。例えば、コピーには、デオキシイノシンなどの類似物、意図的配列変化（例えば、鋳型にハイブリダイズすることが可能であるが相補的ではない配列を含むプライマーを通じて導入される配列変化）、及び／又は増幅中に生じる配列エラーが含まれうる。二倍体細胞は典型的には、所与の遺伝子の２つのコピー、それぞれの染色体上に１つずつを含有する。本発明の幾つかの態様では、細胞中の染色体遺伝子の「増幅」とは、遺伝子の２つよりも多いコピーが細胞中に存在するプロセスのことである。 As used herein, “amplification” generally refers to the process of producing multiple copies of a desired sequence. “Multiple copies” means at least two copies. “Copy” does not necessarily mean complete sequence complementarity or identity to the template sequence. For example, the copy may include analogs such as deoxyinosine, intentional sequence changes (eg, sequence changes introduced through primers that can hybridize to the template but are not complementary), and / or Sequence errors that occur during amplification can be included. Diploid cells typically contain two copies of a given gene, one on each chromosome. In some aspects of the invention, “amplification” of a chromosomal gene in a cell refers to a process in which more than two copies of a gene are present in the cell.

用語「多重ＰＣＲ」とは、１回の反応で２つ以上のＤＮＡ配列を増幅する目的で１つよりも多いプライマーセットを使用して単一供給源（例えば、個体）から得られる核酸で実行される単一ＰＣＲのことである。 The term “multiplex PCR” is performed on nucleic acids obtained from a single source (eg, an individual) using more than one primer set for the purpose of amplifying two or more DNA sequences in a single reaction. Single PCR.

用語「診断」は本明細書では、分子状態又は病理学的状態、疾患又は状態（例えば、癌）の同定又は分類を指すのに使用される。例えば、「診断」は特定種類の癌の同定を指すことがある。「診断」は、例えば、組織病理学的基準による、又は分子特徴（例えば、バイオマーカー（例えば、特定の遺伝子又は前記遺伝子によりコードされるタンパク質）のうちの１つ又は組合せの発現に特徴のあるサブタイプ）による癌の特定のサブタイプの分類を指すこともある。 The term “diagnosis” is used herein to refer to the identification or classification of a molecular or pathological condition, disease or condition (eg, cancer). For example, “diagnosis” may refer to the identification of a particular type of cancer. “Diagnosis” is characterized, for example, by the expression of one or a combination of histopathological criteria or molecular features (eg, biomarkers (eg, specific genes or proteins encoded by said genes)) It may also refer to the classification of a particular subtype of cancer by (subtype).

用語「診断を支援する」は、本明細書では、疾患又は障害（例えば、癌）の特定種類の症状又は状態の存在、又は性質に関して臨床的決定を下すのを支援する方法を指すのに使用される。例えば、疾患又は状態（例えば、癌）の診断を支援する方法は、個体由来の生体試料におけるある種のバイオマーカーを測定することを含むことができる。 The term “assistant diagnosis” is used herein to refer to a method that assists in making clinical decisions regarding the presence or nature of a particular type of symptom or condition of a disease or disorder (eg, cancer). Is done. For example, a method that assists in the diagnosis of a disease or condition (eg, cancer) can include measuring certain biomarkers in a biological sample from an individual.

「相関させる（ｃｏｒｒｅｌａｔｅ又はｃｏｒｒｅｌａｔｉｎｇ）」とは、いかなる方法であれ、第一の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果を第二の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果と比較することを意味する。例えば、第二のプロトコールを実行するのに第一の分析又はプロトコールの結果を使用してもよいし、第二の分析又はプロトコールを実施すべきかどうかを決定するために第一の分析又はプロトコールの結果を使用してもよい。ポリヌクレオチド分析又はプロトコールの実施態様に関して、特定の治療計画を実施すべきかどうかを決定するのにポリヌクレオチド発現分析又はプロトコールの結果を使用してもよい。 “Correlate or correlating” means, in any way, comparing the performance and / or results of the first analysis or protocol with the performance and / or results of the second analysis or protocol. For example, the results of the first analysis or protocol may be used to perform the second protocol, or the first analysis or protocol may be determined to determine whether the second analysis or protocol should be performed. The result may be used. With respect to polynucleotide analysis or protocol embodiments, the results of polynucleotide expression analysis or protocol may be used to determine whether a particular treatment plan should be implemented.

「個体の応答」又は「応答」は、（１）減速及び完全停止を含む疾患進行（例えば、癌進行）のある程度の阻害、（２）腫瘍サイズの減少、（３）隣接する末梢器官及び／もしくは組織への癌細胞浸潤の阻害（例えば、減少、減速又は完全停止）、（４）転移の阻害（例えば、減少、減速又は完全停止）、（５）疾患もしくは障害（例えば、癌）に関連する一又は複数の症状のある程度の軽減、（６）無増悪生存期間の長さの増加、並びに／又は（９）治療に続く所与の時点での死亡率の減少を含むが、これらに限定されない、個体に対する利益を示す任意のエンドポイントを使用して評価することができる。 “Individual response” or “response” means (1) some inhibition of disease progression (eg, cancer progression), including slowing and complete arrest, (2) reduction of tumor size, (3) adjacent peripheral organs and / or Or inhibition of cancer cell invasion into tissue (eg, reduction, deceleration or complete cessation), (4) inhibition of metastasis (eg, reduction, deceleration or complete cessation), (5) related to disease or disorder (eg, cancer) Including, but not limited to, some relief of one or more symptoms, (6) increased length of progression-free survival, and / or (9) decreased mortality at a given time following treatment Any endpoint that does not show a benefit to the individual can be assessed.

用語「予測」又は「予測すること」は、患者が特定の抗癌治療に有利に又は不利に応答する見込みを指すのに本明細書では使用される。一実施態様では、予測又は予測することはその応答の程度に関する。一実施態様では、予測又は予測することは、患者が治療、例えば、特定の治療薬を用いた治療に続いて、疾患の再発なしで一定期間生存する又は好転するかどうか及び／又はその可能性に関する。本発明の予想法を臨床的に使用して、任意の特定の患者に最も適している治療様式を選択することにより治療法を決定することができる。本発明の予想法は、例えば、所与の治療薬もしくは組合せの投与、外科的処置、ステロイド処置、等を含む所与の治療計画などの治療計画に患者が有利に応答する可能性があるかどうか、又は治療計画に続いて患者の長期生存の可能性があるかどうかを予測する際の貴重なツールである。 The terms “prediction” or “predicting” are used herein to refer to the likelihood that a patient will respond to a particular anti-cancer treatment in an advantageous or unfavorable manner. In one embodiment, predicting or predicting relates to the extent of the response. In one embodiment, predicting or predicting whether and / or the likelihood that a patient will survive or improve for a period of time without recurrence of the disease following treatment, eg, treatment with a particular therapeutic agent. About. The prediction method of the present invention can be used clinically to determine a treatment regimen by selecting the treatment modality that is most appropriate for any particular patient. The predictive methods of the present invention may allow a patient to respond advantageously to a treatment plan, such as a given treatment plan including administration of a given therapeutic agent or combination, surgical treatment, steroid treatment, etc. It is a valuable tool in predicting whether there is a possibility of long-term survival of a patient following a treatment plan.

用語「実質的に同じ」は、本明細書で使用されるように、当業者であれば２つの値の差を、前記値（例えば、Ｋｄ値又は式）により測定される生物学的特徴という文脈内でほとんど差の無い又は生物学的及び／もしくは統計的に有意ではないと見なすほど、２つの数値間の十分高度な類似性を意味する。前記２つの値の差は、基準／コンパレーター値の関数として、例えば、約５０％未満、約４０％未満、約３０％未満、約２０％未満、及び／又は約１０％未満であってもよい。 The term “substantially the same”, as used herein, refers to a biological characteristic measured by a person skilled in the art that is the difference between two values measured by said value (eg, Kd value or formula). It means a sufficiently high degree of similarity between two numbers to be considered little difference in context or not biologically and / or statistically significant. The difference between the two values may be, for example, less than about 50%, less than about 40%, less than about 30%, less than about 20%, and / or less than about 10% as a function of the reference / comparator value. Good.

語句「実質的に異なる」とは、本明細書で使用されるように、当業者であれば２つの値の差を、前記値（例えば、Ｋｄ値）により測定される生物学的特徴という文脈内で統計的に有意であると見なすほど、２つの数値間の十分に高度な差を意味する。前記２つの値の差は、基準／コンパレーター分子の値の関数として、例えば、約１０％よりも大きい、約２０％よりも大きい、約３０％よりも大きい、約４０％よりも大きい、及び／又は約５０％よりも大きい。 The phrase “substantially different”, as used herein, is the context of a biological characteristic that one of ordinary skill in the art would measure the difference between two values as measured by said value (eg, Kd value). Is considered to be statistically significant within a sufficiently high difference between the two numbers. The difference between the two values as a function of the reference / comparator numerator value, for example, greater than about 10%, greater than about 20%, greater than about 30%, greater than about 40%, and And / or greater than about 50%.

本明細書で使用される場合の単語「標識」とは、検出可能な化合物又は組成物のことである。標識は典型的には、ポリヌクレオチドプローブ又は抗体などの試薬に直接的に又は間接的にコンジュゲートされる又は融合され、前記標識がコンジュゲートされている又は融合されている試薬の検出を促進する。標識はそれ自体が検出可能であってもよい（例えば、放射性同位体標識又は蛍光標識）し、又は酵素標識の場合は、基質化合物又は組成物の化学的変化を触媒して、検出可能な産物を生じてもよい。 The word “label” as used herein refers to a detectable compound or composition. The label is typically conjugated or fused directly or indirectly to a reagent such as a polynucleotide probe or antibody to facilitate detection of the reagent to which the label is conjugated or fused. . The label may itself be detectable (eg, a radioisotope label or fluorescent label) or, in the case of an enzyme label, catalyzes a chemical change in the substrate compound or composition to detect a detectable product. May occur.

「有効量」の薬剤とは、必要な用量で必要な期間、所望の治療結果又は予防結果を達成するのに有効な量のことである。 An “effective amount” of an agent is an amount effective to achieve a desired therapeutic or prophylactic result at the required dose for the required period of time.

本発明の「治療的有効量」の物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストは、個体の疾患状態、年齢、性別、及び体重、並びに個体において所望の応答を誘発する物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの能力に応じて変化しうる。治療的有効量は、物質／分子、アゴニスト又はアンタゴニストの毒作用又は有害作用よりも治療的に有益な効果のほうが上回る量でもある。 A “therapeutically effective amount” of a substance / molecule, agonist or antagonist of the present invention depends on the individual's disease state, age, sex, and weight, and the ability of the substance / molecule, agonist or antagonist to elicit a desired response in the individual. It can change accordingly. A therapeutically effective amount is also an amount that exceeds a therapeutically beneficial effect over the toxic or adverse effects of the substance / molecule, agonist or antagonist.

「予防的有効量」とは、必要な用量で必要な期間、所望の予防結果を達成するのに有効な量のことである。典型的にはしかし必ずしもではないが、予防用量は疾患に先立って又はその初期段階で対象において使用されるために、予防的有効量は治療的有効量よりも少ないことになる。 A “prophylactically effective amount” is an amount effective to achieve a desired prophylactic result at the required dose for the required period of time. Typically, but not necessarily, since a prophylactic dose is used in subjects prior to or at an earlier stage of disease, a prophylactically effective amount will be less than a therapeutically effective amount.

黒色腫の場合では、治療有効量のＰＡＫ１阻害剤は、癌細胞の数を減らす、原発性腫瘍サイズを減らす、周囲器官への癌細胞浸潤を阻害する（すなわち、ある程度遅くする、好ましくは停止させる）、腫瘍転移を阻害する（すなわち、ある程度遅くする、好ましくは停止させる）、腫瘍増殖もしくは腫瘍進行をある程度阻害するもしくは遅らせる、及び／又は障害に付随する症状のうちの１つもしくは複数をある程度軽減することがある。薬物が存在する癌細胞の増殖を防ぐ及び／又は死滅させる限りは、薬物は細胞増殖抑制性及び／又は細胞傷害性であり得る。癌療法では、インビボでの有効性は、例えば、生存期間、疾患進行までの時間（ＴＴＰ）、奏効率（ＲＲ）、奏功期間、及び／又は生活の質を評価することにより測定することが可能である。 In the case of melanoma, a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor reduces the number of cancer cells, reduces the primary tumor size, inhibits cancer cell invasion into surrounding organs (ie slows, preferably stops to some extent) ), Inhibit tumor metastasis (ie slow, preferably stop), inhibit or slow tumor growth or tumor progression to some extent, and / or reduce one or more of the symptoms associated with the disorder to some extent. There are things to do. The drug can be cytostatic and / or cytotoxic so long as it prevents and / or kills cancer cells in which the drug is present. In cancer therapy, in vivo efficacy can be measured, for example, by assessing survival, time to disease progression (TTP), response rate (RR), duration of response, and / or quality of life. It is.

「減らす」又は「阻害する」は、基準と比べた場合、活性、機能、及び／又は量を減少する又は減らすことである。ある種の実施態様では、「減らす」又は「阻害する」は、２０％以上の全体的減少を引き起こす能力を意味する。別の実施態様では、「減らす」又は「阻害する」は、５０％以上の全体的減少を引き起こす能力を意味する。更に別の実施態様では、「減らす」又は「阻害する」は、７５％、８５％、９０％、９５％以上の全体的減少を引き起こす能力を意味する。減らす及び阻害するは、治療されている障害の症状、転移の存在もしくはサイズ、原発性腫瘍のサイズ、又は血管新生障害における血管のサイズもしくは数に言及することができる。 “Reduce” or “inhibit” is to reduce or reduce activity, function, and / or amount when compared to a reference. In certain embodiments, “reduce” or “inhibit” means the ability to cause an overall decrease of 20% or more. In another embodiment, “reduce” or “inhibit” means the ability to cause an overall decrease of 50% or more. In yet another embodiment, “reduce” or “inhibit” means the ability to cause an overall decrease of 75%, 85%, 90%, 95% or more. Reducing and inhibiting can refer to the symptoms of the disorder being treated, the presence or size of metastases, the size of the primary tumor, or the size or number of blood vessels in an angiogenic disorder.

用語「薬学的製剤」とは、活性成分の生物活性が効果的であることを可能にするような形態であり、前記製剤が投与されると考えられる対象にとって容認できないほど有毒である追加の成分を含有しない調製物のことである。そのような製剤は無菌であり得る。 The term “pharmaceutical formulation” is an additional component that is in a form that allows the biological activity of the active ingredient to be effective and is unacceptably toxic to the subject to which the formulation is to be administered. Refers to a preparation that does not contain Such formulations can be sterile.

「無菌」製剤は無菌性である又はあらゆる生きた微生物及びその胞子がない。 “Sterile” formulations are sterile or free of any living microorganisms and their spores.

「薬学的に許容される担体」とは、活性成分以外の薬学的製剤中の、対象にとって無毒の成分のことである。薬学的に許容される担体には、バッファー、賦形剤、安定化剤、又は保存料が含まれるが、これらに限定されない。 A “pharmaceutically acceptable carrier” is an ingredient that is non-toxic to a subject in pharmaceutical formulations other than the active ingredient. Pharmaceutically acceptable carriers include, but are not limited to, buffers, excipients, stabilizers, or preservatives.

本明細書で使用されるように、「治療」とは、有益な又は所望の臨床結果を得るためのアプローチである。本発明の目的のために、有益な又は所望の臨床結果には、一又は複数の症状の軽減、疾患の程度の縮小、疾患の伝播（例えば、転移、例えば、肺への又はリンパ節への転移）を防ぐ又は遅延させること、疾患の再発を防ぐ又は遅延させること、疾患の進行を遅延させる又は遅らせること、疾患状態の寛解、及び緩解（部分的であれ全体的であれ）のうちのいずれか一又は複数が含まれるが、これらに限定されない。「治療」は、増殖性疾患の病理的帰結の減少も包含する。本発明の方法は治療のこれらの態様のうちの任意の一又は複数を考慮している。 As used herein, “treatment” is an approach for obtaining beneficial or desired clinical results. For the purposes of the present invention, beneficial or desired clinical results include reduction of one or more symptoms, reduction of the extent of the disease, transmission of the disease (eg, metastasis, eg, to the lungs or to lymph nodes). Any of the following: preventing or delaying (metastasis), preventing or delaying the recurrence of the disease, delaying or delaying the progression of the disease, remission of the disease state, and remission (whether partial or overall) One or more of these are included, but are not limited to these. “Treatment” also includes a reduction in the pathological consequences of proliferative diseases. The methods of the present invention contemplate any one or more of these aspects of treatment.

用語「黒色腫」とは、正常な皮膚のメラニン形成細胞又は黒子で始まり急速に広範囲に転移する悪性度の高い腫瘍のことである。用語「黒色腫」は、用語「悪性黒色腫」、「黒色癌」、「黒色上皮腫」、及び「黒色肉腫」と互換的に使用することができる。 The term “melanoma” refers to a high-grade tumor that begins with normal cutaneous melanocytes or moles and metastasizes rapidly and rapidly. The term “melanoma” can be used interchangeably with the terms “malignant melanoma”, “melanoma”, “melanoma”, and “melanosarcoma”.

「腫瘍」とは、本明細書で使用されるように、悪性であれ良性であれ、全ての腫瘍細胞成長及び増殖並びに全ての前癌性及び癌性細胞と組織のことである。用語「癌」、「癌性」、「細胞増殖性疾患」、「増殖性疾患」及び「腫瘍」は、本明細書で言及される場合、互いに排他的ではない。 “Tumor”, as used herein, refers to all tumor cell growth and proliferation, whether malignant or benign, and all precancerous and cancerous cells and tissues. The terms “cancer”, “cancerous”, “cell proliferative disorder”, “proliferative disorder” and “tumor” are not mutually exclusive as referred to herein.

用語「癌」及び「癌性の」は、典型的には調節されない細胞増殖を特徴とする哺乳動物における生理的状態を指す又は記述する。癌の例には、癌腫、リンパ腫、芽細胞腫、肉腫、及び白血病又はリンパ系腫瘍が含まれるが、これらに限定されない。 The terms “cancer” and “cancerous” refer to or describe the physiological condition in mammals that is typically characterized by unregulated cell growth. Examples of cancer include, but are not limited to, carcinoma, lymphoma, blastoma, sarcoma, and leukemia or lymphoid tumors.

そのような癌の更に具体的な例には、扁平上皮癌（例えば、上皮扁平細胞癌）、小細胞肺癌、非小細胞肺癌、肺の腺癌及び肺の扁平上皮癌を含む肺癌、腹膜の癌、肝細胞癌、胃腸癌及び胃腸間質癌を含む胃癌、膵臓癌、神経膠芽腫、子宮頸癌、卵巣癌、肝癌、膀胱癌、尿路の癌、肝細胞腫、乳癌、結腸癌、直腸癌、結腸直腸癌、子宮内膜又は子宮癌、唾液腺癌、腎癌、前立腺癌、外陰癌、甲状腺癌、肝癌、肛門癌、陰茎癌、黒色腫、表在拡大型黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、末端黒子型黒色腫、結節性メラノーマ、多発性骨髄腫及びＢ細胞リンパ腫（低悪性度／濾胞性非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、小リンパ球性（ＳＬ）ＮＨＬ、中悪性度／濾胞性ＮＨＬ、中悪性度瀰漫性ＮＨＬ、高悪性度免疫芽球性ＮＨＬ、高悪性度リンパ芽球性ＮＨＬ、高悪性度小非切れ込み核細胞性ＮＨＬ、巨大腫瘤病変ＮＨＬ、マントル細胞リンパ腫、ＡＩＤＳ関連リンパ腫、及びワルデンシュトレームマクログロブリン血症を含む）、慢性リンパ腫白血病（ＣＬＬ）、急性リンパ性白血病（ＡＬＬ）、ヘアリーセル白血病、慢性骨髄芽球性白血病、及び移植後リンパ増殖性障害（ＰＴＬＤ）、並びに母斑症関連異常血管増殖、浮腫（例えば、脳腫瘍関連浮腫）、メイグス症候群、脳並びに頭頸部癌及び関連転移が含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施態様では、本発明の抗体による治療を受け入れられる癌には、乳癌、結腸直腸癌、直腸癌、非小細胞肺癌、神経膠芽腫、非ホジキンリンパ腫（ＮＨＬ）、腎細胞癌、前立腺癌、肝癌、膵臓癌、軟部肉腫、カポジ肉腫、カルチノイド癌、頭頸部癌、卵巣癌、中皮腫、及び多発性骨髄腫が含まれる。幾つかの実施態様では、癌は、小細胞肺癌、神経膠芽腫、神経芽細胞腫、黒色腫、乳癌、胃癌、結腸直腸癌（ＣＲＣ）、及び肝細胞癌から選択される。しかし、幾つかの実施態様では、癌は、非小細胞肺癌、結腸直腸癌、神経膠芽腫及び乳癌、これらの癌の転移形態から選択される。 More specific examples of such cancers include squamous cell carcinoma (eg, epithelial squamous cell carcinoma), small cell lung cancer, non-small cell lung cancer, lung adenocarcinoma and lung cancer including squamous cell carcinoma of the lung, peritoneal Cancer, hepatocellular carcinoma, gastric cancer including gastrointestinal cancer and gastrointestinal stromal cancer, pancreatic cancer, glioblastoma, cervical cancer, ovarian cancer, liver cancer, bladder cancer, urinary tract cancer, hepatocellular carcinoma, breast cancer, colon cancer , Rectal cancer, colorectal cancer, endometrial or uterine cancer, salivary gland cancer, renal cancer, prostate cancer, vulvar cancer, thyroid cancer, liver cancer, anal cancer, penile cancer, melanoma, superficial enlarged melanoma, malignant melanoma Origin melanoma, terminal melanoma, nodular melanoma, multiple myeloma and B cell lymphoma (low grade / follicular non-Hodgkin lymphoma (NHL), small lymphocytic (SL) NHL, moderate grade / follicle NHL, moderate grade diffuse NHL, high grade immunoblastic NHL, high grade lymphoblastic NHL High-grade small non-cutting nucleus cell NHL, giant mass lesion NHL, mantle cell lymphoma, AIDS-related lymphoma, and Waldenstrom macroglobulinemia), chronic lymphoma leukemia (CLL), acute lymphocytic leukemia (ALL) ), Hairy cell leukemia, chronic myeloblastic leukemia, and post-transplant lymphoproliferative disorder (PTLD), and nevus-related abnormal vascular proliferation, edema (eg, brain tumor-related edema), Maygs syndrome, brain and head and neck cancer And related transitions. In certain embodiments, cancers amenable to treatment with the antibodies of the invention include breast cancer, colorectal cancer, rectal cancer, non-small cell lung cancer, glioblastoma, non-Hodgkin lymphoma (NHL), renal cell carcinoma, Includes prostate cancer, liver cancer, pancreatic cancer, soft tissue sarcoma, Kaposi sarcoma, carcinoid cancer, head and neck cancer, ovarian cancer, mesothelioma, and multiple myeloma. In some embodiments, the cancer is selected from small cell lung cancer, glioblastoma, neuroblastoma, melanoma, breast cancer, gastric cancer, colorectal cancer (CRC), and hepatocellular carcinoma. However, in some embodiments, the cancer is selected from non-small cell lung cancer, colorectal cancer, glioblastoma and breast cancer, metastatic forms of these cancers.

用語「抗癌療法」とは、癌を治療するのに有用な療法のことである。抗癌治療剤には、例えば、化学療法剤、増殖阻害剤、細胞傷害性薬剤、放射線療法に使用される薬剤、抗血管形成剤、アポトーシス剤、抗チューブリン剤、及び癌を治療するための他の薬剤、抗ＣＤ２０抗体、血小板由来増殖因子阻害剤（例えば、Ｇｌｅｅｖｅｃ（商標）（イマチニブメチル酸塩））、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ）、インターフェロン、サイトカイン、以下の標的、ＰＤＧＦＲ−ベータ、ＢｌｙＳ、ＡＰＲＩＬ、（一又は複数の）ＢＣＭＡ受容体、ＴＲＡＩＬ／Ａｐｏ２のうちの一又は複数に結合するアンタゴニスト（例えば、中和抗体）、並びに他の生体活性剤及び有機化学剤等が含まれるが、これらに限定されない。それらの組合せも本発明に含まれる。 The term “anti-cancer therapy” refers to a therapy useful for treating cancer. Anticancer therapeutic agents include, for example, chemotherapeutic agents, growth inhibitors, cytotoxic agents, agents used in radiation therapy, antiangiogenic agents, apoptotic agents, antitubulin agents, and for treating cancer Other drugs, anti-CD20 antibodies, platelet derived growth factor inhibitors (eg Gleevec ™ (imatinib methylate)), COX-2 inhibitors (eg celecoxib), interferons, cytokines, the following targets, PDGFR − Includes beta, BlyS, APRIL, BCMA receptor (s), antagonists that bind to one or more of TRAIL / Apo2 (eg, neutralizing antibodies), and other bioactive and organic chemical agents, etc. However, it is not limited to these. Combinations thereof are also included in the present invention.

本明細書で使用される用語「細胞傷害剤」とは、細胞の機能を阻害するもしくは妨害するかつ／又は細胞の破壊を引き起こす物質のことである。用語は、放射性同位元素（例えば、Ａｔ^２１１、Ｉ^１３１、Ｉ^１２５、Ｙ^９０、Ｒｅ^１８６、Ｒｅ^１８８、Ｓｍ^１５３、Ｂｉ^２１２、Ｐ^３２及びＬｕの放射性同位元素）；化学療法剤、例えば、メトトレキサート、アドリアマイシン、ビンカアルカロイド（ビンクリスチン、ビンブラスチン、エトポシド）、ドキソルビシン、メルファラン、マイトマイシンＣ、クロラムブシル、ダウノルビシンもしくは他の挿入剤、核酸分解酵素などの酵素及びその断片、抗生物質、細菌、真菌、植物もしくは動物起源の小分子毒素もしくは酵素的に活性な毒素などの毒素、その断片及び／もしくは変異体も含む、並びに下に開示される様々な抗腫瘍もしくは抗癌剤を含むことが意図される。他の細胞傷害性薬物は下に記載されている。殺腫瘍性薬物は腫瘍細胞の破壊を引き起こす。 The term “cytotoxic agent” as used herein refers to a substance that inhibits or prevents the function of cells and / or causes destruction of cells. The term is used for radioisotopes (eg, At ²¹¹ , I ¹³¹ , I ¹²⁵ , Y ⁹⁰ , Re ¹⁸⁶ , Re ¹⁸⁸ , Sm ¹⁵³ , Bi ²¹² , P ³² and Lu); chemotherapeutic agents such as methotrexate , Adriamycin, vinca alkaloids (vincristine, vinblastine, etoposide), doxorubicin, melphalan, mitomycin C, chlorambucil, daunorubicin or other intercalating agents, nucleolytic enzymes and fragments thereof, antibiotics, bacteria, fungi, plants or animals It is also intended to include toxins such as small molecule toxins of origin or enzymatically active toxins, fragments and / or variants thereof, and various anti-tumor or anti-cancer agents disclosed below. Other cytotoxic drugs are described below. Tumoricidal drugs cause destruction of tumor cells.

「毒素」は細胞の成長又は増殖に対して有害効果を及ぼすことができる任意の物質である。 A “toxin” is any substance that can have a deleterious effect on cell growth or proliferation.

「化学療法剤」とは、癌の治療に有用な化学化合物のことである。化学療法剤の例には、チオテパ及びシクロホスファミド（ＣＹＴＯＸＡＮ（登録商標））などのアルキル化剤；ブスルファン、インプロスルファン及びピポスルファンなどのアルキルスルホン酸塩；ベンゾドーパ（ｂｅｎｚｏｄｏｐａ）、カルボコン、メツレドーパ（ｍｅｔｕｒｅｄｏｐａ）、及びウレドーパ（ｕｒｅｄｏｐａ）などのアジリジン；アルトレタミン、トリエチレンメラミン、トリエチレンホスホルアミド、トリエチレンチオホスホルアミド（ｔｒｉｅｔｈｙｌｅｎｅｔｈｉｏｐｈｏｓｐｈｏｒａｍｉｄｅ）、トリメチロメラミンを含むエチレンイミン及びメチラメラミン（ｍｅｔｈｙｌａｍｅｌａｍｉｎｅｓ）；アセトゲニン（特に、ブラタシン及びブラタシノン（ｂｕｌｌａｔａｃｉｎｏｎｅ））；デルタ−９−テトラヒドロカンナビノール（ドロナビノール、ＭＡＲＩＮＯＬ（登録商標））；ベータ−ラパコン；ラパコール；コルヒチン、ベツリン酸；カンプトテシン（合成類似物トポテカン（ＨＹＣＡＭＴＩＮ（登録商標））、ＣＰＴ−１１（イリノテカン、ＣＡＭＰＴＯＳＡＲ（登録商標））、アセチルカンプトテシン、スコポレチン、及び９−アミノカンプトテシンを含む）；ブリオスタチン；カリスタチン（ｃａｌｌｙｓｔａｔｉｎ）；ＣＣ−１０６５（そのアドゼレシン、カルゼルシン及びビゼレシン合成類似物を含む）；ポドフィロトキシン；ポドフィリン酸（ｐｏｄｏｐｈｙｌｌｉｎｉｃａｃｉｄ）；テニポシド；クリプトフィシン（特に、クリプトフィシン１及びクリプトフィシン８）；ドラスタチン；デュオカルマイシン（合成類似物ＫＷ−２１８９及びＣＢ１−ＴＭ１を含む）；エリュテロビン；パンクラチスタチン（ｐａｎｃｒａｔｉｓｔａｔｉｎ）；サルコジクチイン（ｓａｒｃｏｄｉｃｔｙｉｎ）；スポンギスタチン（ｓｐｏｎｇｉｓｔａｔｉｎ）；クロラムブシル、クロルナファジン、クロロホスファミド（ｃｈｌｏｒｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅ）、エストラムスチン、イホスファミド、メクロレタミン、塩酸メクロレタミンオキシド、メルファラン、ノベムビシン（ｎｏｖｅｍｂｉｃｈｉｎ）；フェネステリン（ｐｈｅｎｅｓｔｅｒｉｎｅ）、プレドニマスチン、トロホスファミド、ウラシルマスタードなどのナイトロジェンマスタード；カルムスチン、クロロゾトシン、フォテムスチン、ロムスチン、ニムスチン、及びラニムスチンなどのニトロソウレア；エンジイン抗生物質などの抗生物質（例えば、カリケアマイシン、特に、カリケアマイシンガンマ１Ｉ及びカリケアマイシンオメガＩ１（例えば、Ｎｉｃｏｌａｏｕら、Ａｎｇｅｗ．ＣｈｅｍＩｎｔｌ．Ｅｄ．Ｅｎｇｌ．、３３：１８３〜１８６（１９９４）参照）；ＣＤＰ３２３、経口アルファ−４インテグリン阻害剤；ダイネミシン（ｄｙｎｅｍｉｃｉｎ）Ａを含むダイネミシン；エスペラミシン；並びにネオカルジノスタチンクロモフォア及び関連色素タンパク質エネジイン抗生物質クロモフォア、アクラシノマイシン（ａｃｌａｃｉｎｏｍｙｓｉｎｓ）、アクチノマイシン、オースラマイシン（ａｕｔｈｒａｍｙｃｉｎ）、アザセリン、ブレオマイシン、カクチノマイシン、カラビシン（ｃａｒａｂｉｃｉｎ）、カルミノマイシン、カルジノフィリン、クロモマイシン、ダクチノマイシン、ダウノルビシン、デトルビシン（ｄｅｔｏｒｕｂｉｃｉｎ）、６−ジアゾ−５−オキソ−Ｌ−ノルロイシン、ドキソルビシン（ＡＤＲＩＡＭＹＣＩＮ（登録商標）、モルフォリノ−ドキソルビシン、シアノモルフォリノ−ドキソルビシン、２−ピロリノ（ｐｙｒｒｏｌｉｎｏ）−ドキソルビシン、ドキソルビシンＨＣｌリポソームインジェクション（ＤＯＸＩＬ（登録商標））、リポソーマルドキソルビシン（ｌｉｐｏｓｏｍａｌｄｏｘｏｒｕｂｉｃｉｎ）ＴＬＣＤ−９９（ＭＹＯＣＥＴ（登録商標））、ペグ化リポソーマルドキソルビシン（ＣＡＥＬＹＸ（登録商標））、及びデオキシドキソルビシンを含む）、エピルビシン、エソルビシン（ｅｓｏｒｕｂｉｃｉｎ）、イダルビシン、マルセロマイシン、マイトマイシンＣなどのマイトマイシン、ミコフェノール酸、ノガラマイシン、オリボマイシン、ペプロマイシン、ポルフィロマイシン、ピューロマイシン、ケラマイシン（ｑｕｅｌａｍｙｃｉｎ）、ロドルビシン、ストレプトニグリン、ストレプトゾシン、ツベルシジン、ウベニメクス、ジノスタチン、ゾルビシン；メトトレキサート、ゲムシタビン（ＧＥＭＺＡＲ（登録商標））、テガフール（ＵＦＴＯＲＡＬ（登録商標））、カペシタビン（ＸＥＬＯＤＡ（登録商標））、エポチロン、及び５−フルオロウラシル（５−ＦＵ）などの抗代謝剤；デノプテリン、メトトレキサート、プテロプテリン、トリメトレキサートなどの葉酸類似物；フルダラビン、６−メルカプトプリン、チアミプリン、チオグアニンなどのプリン類似物；アンシタビン、アザシチジン、６−アザウリジン、カルモフール、シタラビン、ジデオキシウリジン、ドキシフルリジン、エノシタビン、フロクスウリジンなどのピリミジン類似物；カルステロン、プロピオン酸ドロモスタノロン、エピチオスタノール、メピチオスタン、テストラクトンなどのアンドロゲン；アミノグルテチミド、ミトタン、トリロスタンなどの抗アドレナル（ａｎｔｉ−ａｄｒｅｎａｌｓ）；フォリン酸などの葉酸補液；アセグラトン；アルドホスファミドグリコシド（ａｌｄｏｐｈｏｓｐｈａｍｉｄｅｇｌｙｃｏｓｉｄｅ）；アミノレブリン酸；エニルウラシル；アムサクリン；ベストラブシル（ｂｅｓｔｒａｂｕｃｉｌ）；ビスアントレン；エダトレキサート；デフォファミン（ｄｅｆｏｆａｍｉｎｅ）；デメコルシン；ジアジクオン；エルフロルニチン（ｅｌｆｏｒｎｉｔｈｉｎｅ）；酢酸エリプチニウム：エポチロン；エトグルシド；硝酸ガリウム；ヒドロキシ尿素；レンチナン；ロニダイニン（ｌｏｎｉｄａｉｎｉｎｅ）；マイタンシン及びアンサマイトシンなどのマイタンシノイド；ミトグアゾン；ミトキサントロン；モピダンモール（ｍｏｐｉｄａｎｍｏｌ）；ニトラエリン（ｎｉｔｒａｅｒｉｎｅ）；ペントスタチン；フェナメット（ｐｈｅｎａｍｅｔ）；ピラルビシン；ロソキサントロン；２−エチルヒドラジド；プロカルバジン；ＰＳＫ（登録商標）ポリサッカライド複合体（ＪＨＳ天然物、Ｅｕｇｅｎｅ、ＯＲ）；ラゾキサン；リゾキシン；シゾフィラン；スピロゲルマニウム；テヌアゾン酸；トリアジコン；２，２’，２’−トリクロロトリエチルアミン；トリコテセン（特に、Ｔ−２毒素、ベラクリン（ｖｅｒｒａｃｕｒｉｎ）Ａ、ロリジンＡ及びアングイジン）；ウレタン；ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））；ダカルバジン；マンノムスチン；ミトブロニトール；ミトラクトール；ピポブロマン；ガシトシン（ｇａｃｙｔｏｓｉｎｅ）；アラビノシド（「Ａｒａ−Ｃ」）；チオテパ；タキソイド、例えば、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標））、パクリタキセルのアルブミン操作ナノ粒子製剤（ＡＢＲＡＸＡＮＥ（商標））、及びドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標））；クロランブシル（ｃｈｌｏｒａｎｂｕｃｉｌ）；６−チオグアニン；メルカプトプリン；メトトレキサート；シスプラチン、オキサリプラチン（例えば、ＥＬＯＸＡＴＩＮ（登録商標））、及びカルボプラチンなどの白金薬剤；ビンブラスチン（ＶＥＬＢＡＮ（登録商標））、ビンクリスチン（ＯＮＣＯＶＩＮ（登録商標））、ビンデシン（ＥＬＤＩＳＩＮＥ（登録商標）、ＦＩＬＤＥＳＩＮ（登録商標））、及びビノレルビン（ＮＡＶＥＬＢＩＮＥ（登録商標））を含む、チューブリン重合が微小管を形成するのを妨げるビンカ；エトポシド（ＶＰ−１６）；イホスファミド；ミトキサントロン；ロイコボリン；ノバントロン（ｎｏｖａｎｔｒｏｎｅ）；エダトレキサート；ダウノマイシン；アミノプテリン；イバンドロン酸；トポイソメラーゼ阻害剤ＲＥＳ２０００；ジフルオロメチルオルニチン（ＤＭＦＯ）；ベキサロテン（ＴＡＲＧＲＥＴＩＮ（登録商標））を含む、レチノイン酸などのレチノイド；クロドロン酸（例えば、ＢＯＮＥＦＯＳ（登録商標）又はＯＳＴＡＣ（登録商標））、エチドロン酸（ＤＩＤＲＯＣＡＬ（登録商標））、ＮＥ−５８０９５、ゾレドロン酸／ゾレドロネート（ＺＯＭＥＴＡ（登録商標））、アレンドロン酸（ＦＯＳＡＭＡＸ（登録商標））、パミドロン酸（ＡＲＥＤＩＡ（登録商標））、チルドロン酸（ＳＫＥＬＩＤ（登録商標））、又はリセドロン酸（ＡＣＴＯＮＥＬ（登録商標））などのビスホスホネート；トロキサシタビン（１，３−ジオキソランヌクレオシドシトシン類似物）；アンチセンスオリゴヌクレオチド、特に、例えば、ＰＫＣ−アルファ、Ｒａｆ、Ｈ−Ｒａｓ、及び上皮増殖因子受容体（ＥＧＦ−Ｒ）などの、異常な細胞増殖に関係するシグナル伝達経路における遺伝子発現を阻害するアンチセンスオリゴヌクレオチド；ＴＨＥＲＡＴＯＰＥ（登録商標）ワクチン及び遺伝子療法ワクチン、例えば、ＡＬＬＯＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、ＬＥＵＶＥＣＴＩＮ（登録商標）ワクチン、及びＶＡＸＩＤ（登録商標）ワクチンなどのワクチン；トポイソメラーゼ１阻害剤（例えば、ＬＵＲＴＯＴＥＣＡＮ（登録商標））；ｒｍＲＨ（例えば、ＡＢＡＲＥＬＩＸ（登録商標））；ＢＡＹ４３９００６（ソラフェニブ；Ｂａｙｅｒ）；ＳＵ−１１２４８（スニチニブ、ＳＵＴＥＮＴ（登録商標）、Ｐｆｉｚｅｒ）；ペリフォシン、ＣＯＸ−２阻害剤（例えば、セレコキシブ又はエトリコキシブ）、プロテオソーム阻害剤（例えば、ＰＳ３４１）；ボルテゾミブ（ＶＥＬＣＡＤＥ（登録商標））；ＣＣＩ−７７９；ティピファニブ（Ｒ１１５７７）；オラフェニブ、ＡＢＴ５１０；オブリメルセンナトリウムなどのＢｃｌ−２阻害剤（ＧＥＮＡＳＥＮＳＥ（登録商標））；ピクサントロン；ＥＧＦＲ阻害剤（下の定義参照）；チロシンキナーゼ阻害剤（下の定義参照）；ラパマイシンなどのセリン−スレオニンキナーゼ阻害剤（シロリムス、ＲＡＰＡＭＵＮＥ（登録商標））；ロナファーニブなどのファルネシルトランスフェラーゼ阻害剤（ＳＣＨ６６３６、ＳＡＲＡＳＡＲＴＭ）；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びに、ＣＨＯＰ（シクロホスファミド、ドキソルビシン、ビンクリスチン、及びプレドニゾロンの併用療法を表す略字）；並びにＦＯＬＦＯＸ（オキサリプラチン（ＥＬＯＸＡＴＩＮＴＭ）を５−ＦＵ及びロイコボリンと併用した治療レジメンを表す略字）などの上記のうちの２つ以上の薬剤の組合せが含まれる。 A “chemotherapeutic agent” is a chemical compound useful in the treatment of cancer. Examples of chemotherapeutic agents include alkylating agents such as thiotepa and cyclophosphamide (CYTOXAN®); alkyl sulfonates such as busulfan, improsulfan and piperosulfan; benzodopa, carbocon, methredopa ( aziridines such as metaredopa and ureedopa; altretamine, triethylenemelamine, triethylenephosphoramide, triethylenethiophosphoramide, ethyleneimine and methylelamelamines (especially methylamelamines) including trimethylelomelamine; , Bratacin and bralatacone); delta-9-tetrahi Rocannabinol (dronabinol, MARINOL®); beta-lapachone; rapacol; colchicine, betulinic acid; camptothecin (synthetic analogues topotecan (HYCAMTIN®), CPT-11 (Irinotecan, CAMPTOSAR®)) , Acetylcamptothecin, scopoletin, and 9-aminocamptothecin); bryostatin; callystatin; CC-1065 (including its adzelesin, calzelsin and biselecin synthetic analogues); podophyllinic acid (podophyllinic acid) ); Teniposide; cryptophycin (particularly cryptophycin 1 and cryptophycin 8); dolastatin; duocarmycin (synthetic analogue KW) 2189 and CB1-TM1); eluterobin; pancratistatin; sarcodictin; spongistatin; chlorambucil, chlornaphazine, chlorophosphamide, estramustine, estramustine Ifosfamide, mechloretamine, mechloretamine hydrochloride, melphalan, novembicin; nitrogen mustard such as phenesterine, prednimastin, trophosphamide, uracil mustard; Urea; Antibiotics such as emissions antibiotics (e.g., calicheamicin, especially calicheamicin gamma 1I and calicheamicin omega I1 (e.g., Nicolaou et al., Angew. Chem Intl. Ed. Engl. 33: 183-186 (1994)); CDP323, an oral alpha-4 integrin inhibitor; dynemicin including dynemicin A; esperamicin; and the neocarzinostatin chromophore and related chromoproteins and the related chromoprotein enzyin antibiotic chromophore, acracino Amycin (aclacinomysin), actinomycin, austramycin, azaserine, bleomycin, cactinomycin, carabicin, carabimycin, cardinophylline, chromomycin, dactinomycin, daunorubicin, detorubicin (detorubicin) -Diazo-5-oxo-L-norleucine, doxorubicin (ADRIAMYCIN®) Morpholino-doxorubicin, cyanomorpholino-doxorubicin, 2-pyrrolino-doxorubicin, doxorubicin HCl liposome injection (DOXIL®), liposomal doxorubicin TLC D-99 (MY) , Pegylated liposomal doxorubicin (including CAELYX®) and deoxyxorubicin, epirubicin, esorubicin, idarubicin, marceromycin, mitomycin C and other mitomycins, mycophenolic acid, nogaramicin, olivomycin, pepromycin , Porphyromycin, puromycin, keramycin (quelamycin) ), Rhodorubicin, streptonigrin, streptozocin, tubercidin, ubenimex, dinostatin, zorubicin; methotrexate, gemcitabine (GEMZAR®), tegafur (UFTORAL®), capecitabine (XELODA®), epothilone And antimetabolites such as 5-fluorouracil (5-FU); folic acid analogues such as denopterine, methotrexate, pteropterin, trimethrexate; purine analogues such as fludarabine, 6-mercaptopurine, thiapurine, thioguanine; Pyrimidine analogues such as 6-azauridine, carmofur, cytarabine, dideoxyuridine, doxyfluridine, enocitabine, floxuridine; carsterone, pro Androgen such as drmostanololone onionate, epithiostanol, mepithiostane, test lactone; anti-adrenals such as aminoglutethimide, mitotan, trilostane; folic acid replacement fluid such as folinic acid; acegraton; aldophosphamide glycoside (aldophosphamide) glycoside); aminolevulinic acid; eniluracil; amsacrine; vesturabucil; bisanthrene; Lentinan; lonidain ne); maytansinoids such as maytansine and ansamitocin; mitoguazone; mitoxantrone; mopiddanmol; nitreraline; pentostatin; phenamet; pirarubicin; rosoxanthrone; 2-ethylhydrazide; ® polysaccharide complex (JHS natural product, Eugene, OR); razoxan; lysoxin; schizophyllan; spirogermanium; tenuazonic acid; triadicon; 2,2 ', 2'-trichlorotriethylamine; Toxins, verracurin A, loridine A and anguidine); urethane; vindesine (ELDISINE®, FILDE) IN (R)); Dacarbazine; Mannomustine; Mitobronitol; Mitractol; Pipobroman; Gacytosine; Arabinoside ("Ara-C"); Thiotepa; Taxoid, eg, paclitaxel (TAXOL (R)), paclitaxel albumin manipulation Nanoparticle formulations (ABRAXANE ™) and docetaxel (TAXOTERE®); chlorambucil; 6-thioguanine; mercaptopurine; methotrexate; cisplatin, oxaliplatin (eg, ELOXATIN®), and carboplatin Platinum drugs such as: vinblastine (VELBAN (registered trademark)), vincristine (ONCOVIN (registered trademark)), vindesine ( Vinca that prevents tubulin polymerization from forming microtubules, including ELDISINE®, FILDESIN®, and vinorelbine (NAVELBINE®); etoposide (VP-16); ifosfamide; mitoxan Retinoids such as retinoic acid, including thoron; leucovorin; novantrone; edatrexate; daunomycin; aminopterin; ibandronic acid; topoisomerase inhibitor RES2000; (For example, BONEFOS (registered trademark) or OSTAC (registered trademark)), etidronic acid (DIDROCAL (registered trademark)), NE-58095, zoledronic acid Zoledronic acid (ZOMETA®), alendronic acid (FOSAMAX®), pamidronic acid (AREDIA®), tiludronic acid (SKELID®), or risedronic acid (ACTONEL®) Toroxacitabine (1,3-dioxolane nucleoside cytosine analog); antisense oligonucleotides, such as, for example, PKC-alpha, Raf, H-Ras, and epidermal growth factor receptor (EGF-R), Antisense oligonucleotides that inhibit gene expression in signal transduction pathways associated with abnormal cell growth; THERATOPE® vaccines and gene therapy vaccines such as ALLOVECTIN® vaccines, LEUVEC Vaccines such as IN® vaccines and VAXID® vaccines; topoisomerase 1 inhibitors (eg LURTOTECAN®); rmRH (eg ABARELIX®); BAY 439006 (Sorafenib; Bayer); SU-11248 (Sunitinib, SENTENT®, Pfizer); Perifosine, COX-2 inhibitors (eg, celecoxib or etoroxib), proteosome inhibitors (eg, PS341); Bortezomib (VELCADE®); CCI- 779; Tipifanib (R11577); Orafenib, ABT510; Bcl-2 inhibitors such as obrimersen sodium (GENAENSE®); Pixantrone; EGFR inhibitors (See definition below); tyrosine kinase inhibitors (see definition below); serine-threonine kinase inhibitors such as rapamycin (sirolimus, RAPAMUNE®); farnesyltransferase inhibitors such as lonafanib (SCH 6636, SARASARTM); And any of the above pharmaceutically acceptable salts, acids or derivatives; and CHOP (abbreviation for cyclophosphamide, doxorubicin, vincristine, and prednisolone combination therapy); and FOLFOX (ELOXATIN ™) Combinations of two or more of the above, such as abbreviations representing treatment regimens in combination with 5-FU and leucovorin) are included.

本明細書に定義される化学療法剤には、癌の増殖を促進することができるホルモンの効果を調節する、減少する、ブロックする又は阻害するように作用する「抗ホルモン剤」又は「内分泌療法」が含まれる。化学療法剤は、タモキシフェン（ＮＯＬＶＡＤＥＸ（登録商標））、４−ヒドロキシタモキシフェン、トレミフェン（ＦＡＲＥＳＴＯＮ（登録商標））、イドキシフェン、ドロロキシフェン（ｄｒｏｌｏｘｉｆｅｎｅ）、ラロキシフェン（ＥＶＩＳＴＡ（登録商標））、トリオキシフェン（ｔｒｉｏｘｉｆｅｎｅ）、ケイキシフェン（ｋｅｏｘｉｆｅｎｅ）、及びＳＥＲＭ３などの選択的エストロゲン受容体モジュレーター（ＳＥＲＭ）を含む、混合アゴニスト／アンタゴニストプロファイルを有する抗エストロゲン；フルベストラント（ＦＡＳＬＯＤＥＸ（登録商標））、及びＥＭ８００（そのような薬剤はエストロゲン受容体（ＥＲ）二量体化をブロックし、ＤＮＡ結合を阻害し、ＥＲターンオバーを増加させ、及び／又はＥＲレベルを抑制しうる）などのアゴニスト特性のない純粋な抗エストロゲン；ホルメスタン及びエキセメスタン（ＡＲＯＭＡＳＩＮ（登録商標））などのステロイドアロマターゼ阻害剤、並びにアナストロゾール（ａｎａｓｔｒａｚｏｌｅ）（ＡＲＩＭＩＤＥＸ（登録商標））、レトロゾール（ＦＥＭＡＲＡ（登録商標））及びアミノグルテチミドなどの非ステロイドアロマターゼ阻害剤を含むアロマターゼ阻害剤、並びに他のアロマターゼ阻害剤にはボロゾール（ＲＩＶＩＳＯＲ（登録商標））、酢酸メゲストロール（ＭＥＧＡＳＥ（登録商標））、ファドロゾール、及び４（５）−イミダゾールが含まれる；リュープロリド（ＬＵＰＲＯＮ（登録商標）及びＥＬＩＧＡＲＤ（登録商標））、ゴセレリン、ブセレリン、及びトリプテレリンを含む、黄体ホルモン放出ホルモンアゴニスト；酢酸メゲストロール及び酢酸メドロキシプロゲステロンなどのプロゲスチン、ジエチルスチルベストロール及びプレマリンなどのエストロゲン、並びにフルオキシメステロン、オールトランスレチオニン酸（ａｌｌｔｒａｎｓｒｅｔｉｏｎｉｃａｃｉｄ）及びフェンレチニドなどのアンドロゲン／レチノイドを含む、性ステロイド；オナプリストン（ｏｎａｐｒｉｓｔｏｎｅ）；抗プロゲステロン（ａｎｔｉ−ｐｒｏｇｅｓｔｅｒｏｎｅｓ）；エストロゲン受容体下方調節因子（ＥＲＤ）；フルタミド、ニルタミド及びビカルタミドなどの抗アンドロゲン；並びに上記のいずれかの薬学的に許容される塩、酸又は誘導体；並びに上記のうちの２つ以上の組合せを含むが、これらに限定されず、ホルモンそれ自体でもよい。 Chemotherapeutic agents as defined herein include “anti-hormonal agents” or “endocrine therapies that act to modulate, reduce, block or inhibit the effects of hormones that can promote cancer growth. Is included. Chemotherapeutic agents include tamoxifen (NOLVADEX®), 4-hydroxy tamoxifen, toremifene (FARESTON®), idoxifene, droloxifene, raloxifene (EVISTA®), trioxyphene ( Antiestrogens with mixed agonist / antagonist profiles, including selective estrogen receptor modulators (SERMs) such as trioxifen, keoxifene, and SERM3; fulvestrant (FASLODEX®), and EM800 (as such Agents block estrogen receptor (ER) dimerization, inhibit DNA binding, increase ER turnover, and / or reduce ER levels Pure anti-estrogens without agonist properties such as formestane and exemestane (AROMASIN®), as well as anastrozole (ARIMIDEX®), letrozole ( Aromatase inhibitors, including non-steroidal aromatase inhibitors such as FEMARA®) and aminoglutethimide, as well as other aromatase inhibitors include borosol (RIVISOR®), megestrol acetate (MEGASE®) )), Fadrozole, and 4 (5) -imidazole; yellow including leuprolide (LUPRON® and ELIGARD®), goserelin, buserelin, and tripterelin Hormone-releasing hormone agonists; progestins such as megestrol acetate and medroxyprogesterone acetate, estrogens such as diethylstilbestrol and premarin, and androgens such as fluoxymesterone, all-trans-retionic acid and fenretinide / Sex steroids, including retinoids; onapristone; anti-progesterones; estrogen receptor downregulators (ERD); antiandrogens such as flutamide, nilutamide and bicalutamide; Including, but not limited to, acceptable salts, acids or derivatives; and combinations of two or more of the above. It may be in itself.

本出願において使用される用語「プロドラッグ」とは、親ドラッグと比べて腫瘍細胞に対して細胞傷害性が少なく、酵素的に活性化される又はより活性な親形態に転換することができる薬学的に活性な物質の前駆体又は誘導体形態のことである。例えば、Ｗｉｌｍａｎ、「ＰｒｏｄｒｕｇｓｉｎＣａｎｃｅｒＣｈｅｍｏｔｈｅｒａｐｙ」ＢｉｏｃｈｅｍｉｃａｌＳｏｃｉｅｔｙＴｒａｎｓａｃｔｉｏｎｓ、１４、３７５〜３８２ページ、６１５ｔｈＭｅｅｔｉｎｇＢｅｌｆａｓｔ（１９８６）及びＳｔｅｌｌａら、「Ｐｒｏｄｒｕｇｓ：ＡＣｈｅｍｉｃａｌＡｐｐｒｏａｃｈｔｏＴａｒｇｅｔｅｄＤｒｕｇＤｅｌｉｖｅｒｙ」、ＤｉｒｅｃｔｅｄＤｒｕｇＤｅｌｉｖｅｒｙ、Ｂｏｒｃｈａｒｄｔら、（編）、２４７〜２６７ページ、ＨｕｍａｎａＰｒｅｓｓ（１９８５）を参照されたい。本発明のプロドラッグには、より活性な無細胞傷害性ドラッグに転換することができるリン酸含有プロドラッグ、チオリン酸含有プロドラッグ、硫酸含有プロドラッグ、ペプチド含有プロドラッグ、Ｄ−アミノ酸修飾プロドラッグ、グリコシル化プロドラッグ、βラクタム含有プロドラッグ、場合により置換フェノキシアセトアミド含有プロドラッグ又は場合により置換フェニルアセトアミド含有プロドラッグ、５−フルオロシトシン及び他の５−フルオロウリジンプロドラッグが含まれるが、これらに限定されない。本発明において使用するためにプロドラッグ形態に誘導化することができる細胞傷害性薬物の例には、上記の化学療法剤が含まれるがこれらに限定されない。 The term “prodrug” as used in this application refers to a pharmaceutical that is less cytotoxic to tumor cells than the parent drug and can be enzymatically activated or converted to a more active parent form. Is a precursor or derivative form of a chemically active substance. For example, Wilman, "Prodrugs in Cancer Chemotherapy" Biochemical Society Transactions, 14,375~382 page, 615th Meeting Belfast (1986) and Stella et al., "Prodrugs: A Chemical Approach to Targeted Drug Delivery", Directed Drug Delivery, Borchardt et al., (Eds.), Pages 247-267, Humana Press (1985). The prodrugs of the present invention include phosphate-containing prodrugs, thiophosphate-containing prodrugs, sulfate-containing prodrugs, peptide-containing prodrugs, and D-amino acid-modified prodrugs that can be converted into more active cytotoxic drugs. , Glycosylated prodrugs, β-lactam containing prodrugs, optionally substituted phenoxyacetamide containing prodrugs or optionally substituted phenylacetamide containing prodrugs, 5-fluorocytosine and other 5-fluorouridine prodrugs, It is not limited. Examples of cytotoxic drugs that can be derivatized into a prodrug form for use in the present invention include, but are not limited to, the chemotherapeutic agents described above.

本明細書で使用される場合の「増殖阻害薬剤」とは、細胞（例えば、黒色腫細胞）の増殖を阻害する化合物又は組成物のことである。増殖阻害薬剤の例には、Ｇ１停止及びＭ期停止を誘導する薬剤などの細胞周期進行をブロックする（Ｓ期以外の場所で）薬剤が含まれる。古典的Ｍ期ブロッカーには、ビンカ（ビンクリスチン及びビンブラスチン）、タキサン、並びにドキソルビシン、エピルビシン、ダウノルビシン、エトポシド、及びブレオマイシンなどのトポイソメラーゼＩＩ阻害剤が含まれる。Ｇ１を停止させる薬剤、例えば、タモキシフェン、プレドニゾン、ダカルバジン、メクロレタミン、シスプラチン、メトトレキサート、５−フルオロウラシル、及びアラビノフラノシル−ＣなどのＤＮＡアルキル化剤はＳ期停止にも波及する。追加の情報は、ＴｈｅＭｏｌｅｃｕｌａｒＢａｓｉｓｏｆＣａｎｃｅｒ、Ｍｅｎｄｅｌｓｏｈｎ及びＩｓｒａｅｌ、編、Ｃｈａｐｔｅｒ１、ｅｎｔｉｔｌｅｄ「Ｃｅｌｌｃｙｃｌｅｒｅｇｕｌａｔｉｏｎ、ｏｎｃｏｇｅｎｅｓ、ａｎｄａｎｔｉｎｅｏｐｌａｓｔｉｃｄｒｕｇｓ」ｂｙＭｕｒａｋａｍｉら、（ＷＢＳａｕｎｄｅｒｓ：Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ、１９９５）、特に１３ページに見ることができる。タキサン（パクリタキセル及びドセタキセル）は、両方ともイチイに由来する抗癌薬である。ドセタキセル（ＴＡＸＯＴＥＲＥ（登録商標）、Ｒｈｏｎｅ−ＰｏｕｌｅｎｃＲｏｒｅｒ）は、ヨーロッパイチイに由来するが、パクリタキセル（ＴＡＸＯＬ（登録商標）、Ｂｒｉｓｔｏｌ−ＭｙｅｒｓＳｑｕｉｂｂ）の半合成類似物である。パクリタキセル及びドセタキセルはチューブリン二量体からの微小管の構築を促進し、細胞において有糸***を阻害する脱重合を妨げることにより微小管を安定化する。 As used herein, a “growth inhibitory agent” is a compound or composition that inhibits the growth of cells (eg, melanoma cells). Examples of growth inhibitory agents include agents that block cell cycle progression (at places other than S phase), such as agents that induce G1 arrest and M-phase arrest. Classical M-phase blockers include vinca (vincristine and vinblastine), taxanes, and topoisomerase II inhibitors such as doxorubicin, epirubicin, daunorubicin, etoposide, and bleomycin. Agents that arrest G1, such as DNA alkylating agents such as tamoxifen, prednisone, dacarbazine, mechlorethamine, cisplatin, methotrexate, 5-fluorouracil, and arabinofuranosyl-C, also affect S-phase arrest. Additional information can be found in The Molecular Basis of Cancer, Mendelsohn and Israel, Hen, Chapter 1, Entitled “Cell cycle regulation, oncogenes, and antiplastic drags, by Mirhl, et al. be able to. Taxanes (paclitaxel and docetaxel) are both anticancer drugs derived from yew. Docetaxel (TAXOTERE®, Rhone-Poulenc Roller) is derived from European yew, but is a semi-synthetic analogue of paclitaxel (TAXOL®, Bristol-Myers Squibb). Paclitaxel and docetaxel promote microtubule assembly from tubulin dimers and stabilize microtubules by preventing depolymerization that inhibits mitosis in cells.

「放射線療法」は、正常に機能する細胞の能力を制限する又は細胞を完全に破壊するように細胞に対する十分な損傷を誘導する有向のガンマ線又はベータ線を使用することを意味する。治療の投与用量及び持続時間を決定する当技術分野で公知の方法が数多く存在することが認識される。典型的な治療は１回投与として与えられ、典型的な投与用量は１日当たり１０から２００単位（グレイ）に及ぶ。 “Radiation therapy” means using directed gamma or beta rays that limit the ability of the cell to function normally or induce sufficient damage to the cell to completely destroy the cell. It will be appreciated that there are many methods known in the art for determining the dose and duration of treatment. A typical treatment is given as a single dose, with typical doses ranging from 10 to 200 units (gray) per day.

「個体」又は「対象」は哺乳動物である。哺乳動物には、家畜（例えば、ウシ、ヒツジ、ネコ、イヌ、及びウマ）、霊長類（例えば、ヒト及びサルなどの非ヒト霊長類）、ウサギ、及び齧歯類（例えば、マウス及びラット）が含まれる。ある特定の実施態様では、個体又は対象はヒトである。 An “individual” or “subject” is a mammal. Mammals include livestock (eg, cows, sheep, cats, dogs, and horses), primates (eg, non-human primates such as humans and monkeys), rabbits, and rodents (eg, mice and rats). Is included. In certain embodiments, the individual or subject is a human.

一又は複数の追加の治療薬「と組み合わせた」投与には、任意の順序での同時（併用）及び連続又は逐次投与が含まれる。 Administration “in combination with” one or more additional therapeutic agents includes simultaneous (concurrent) and sequential or sequential administration in any order.

用語「同時に」とは、投与の少なくとも一部が時間的に重なっている２つ以上の治療薬の投与を指すのに本明細書では使用される。したがって、同時投与には、一又は複数の他の薬剤の投与を中断した後に一又は複数の薬剤の投与が続く投与計画が含まれる。 The term “simultaneously” is used herein to refer to the administration of two or more therapeutic agents, at least a portion of the administration overlapping in time. Thus, co-administration includes a regimen in which administration of one or more drugs is followed by interruption of administration of one or more other drugs.

「減少させる又は阻害する」は、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、７５％、８０％、８５％、９０％、９５％、又はそれよりも多い全体的減少を引き起こす能力を意味する。減少させる又は阻害するは、治療されている障害の症状、転移の存在もしくは大きさ、又は原発性腫瘍の大きさに言及することができる。 “Reduce or inhibit” is an overall decrease of 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 75%, 80%, 85%, 90%, 95%, or more Means the ability to cause Reduce or inhibit can refer to the symptoms of the disorder being treated, the presence or size of metastases, or the size of the primary tumor.

用語「添付文書」は、適応症、用法、投与量、投与、併用療法、禁忌症及び／又はそのような治療製品に関する警告についての情報を含む、治療製品のコマーシャルパッケージに通例含まれる使用説明書に言及するのに使用される。幾つかの実施態様では、本発明添付文書はＰＡＫ１阻害剤を用いて黒色腫を治療するための使用説明書を含む。 The term “package insert” includes instructions for use that are commonly included in commercial packages of therapeutic products, including information about indications, usage, dosage, administration, combination therapy, contraindications and / or warnings regarding such therapeutic products. Used to refer to. In some embodiments, the package insert of the invention includes instructions for treating melanoma with a PAK1 inhibitor.

「製品」は、少なくとも１つの試薬、例えば、疾患もしくは障害（例えば、癌）の治療のための薬物、又は本明細書に記載されるバイオマーカーを特異的に検出するためのプローブを含む任意の製造品（例えば、パッケージ又は容器）又はキットである。ある種の実施態様では、製造品又はキットは、本明細書に記載される方法を実施するためのユニットとして販売促進され、流通され、又は販売される。 A “product” is any that includes at least one reagent, eg, a drug for the treatment of a disease or disorder (eg, cancer), or a probe for specifically detecting a biomarker described herein. An article of manufacture (eg, a package or container) or a kit. In certain embodiments, an article of manufacture or kit is promoted, distributed, or sold as a unit for performing the methods described herein.

「標的オーディエンス」は、特に特定の使用、処置、又は効能のために市場に出す又は宣伝することにより、特定の薬物が販売促進されている又は販売促進されることが意図されている対象となる人の集団又は施設であり、例えば、個体、全住民、新聞、医学文献、及び雑誌の読者、テレビ又はインターネット視聴者、ラジオ又はインターネットの聴取者、医者、製薬会社、等である。 A “target audience” is a subject for which a specific drug is promoted or intended to be promoted, particularly by marketing or promoting for a specific use, treatment, or indication A group or facility of people, such as individuals, the entire population, newspapers, medical literature, and magazine readers, television or Internet viewers, radio or Internet listeners, doctors, pharmaceutical companies, and the like.

当業者により理解されているように、本明細書の値又はパラメータの「約」への言及は、その値又はパラメータ自体に向けられている実施態様を含む（及び記載する）。例えば、「約Ｘ」に言及する記述は「Ｘ」の記述を含む。 As understood by those skilled in the art, reference to “about” a value or parameter herein includes (and describes) embodiments that are directed to that value or parameter itself. For example, a description referring to “about X” includes a description of “X”.

本明細書に記載される本発明の態様及び実施態様には、態様及び実施態様「からなる」及び／又は「基本的にからなる」が含まれることは理解されている。本明細書で使用されるように、単数形「１つ（ａ）」、「１つ（ａｎ）」及び「その（ｔｈｅ）」には他の方法で指示されていなければ複数の参照が含まれる。 It is understood that aspects and embodiments of the invention described herein include aspects and embodiments “consisting of” and / or “consisting essentially of”. As used herein, the singular forms “a”, “an”, and “the” include plural references unless indicated otherwise. It is.

「個体」、「対象」又は「患者」は脊椎動物である。ある種の実施態様では、脊椎動物は哺乳動物である。哺乳動物には、家畜（例えば、ウシ）、スポーツ動物、ペット（例えば、ネコ、イヌ及びウマ）、霊長類、マウス及びラットが含まれるが、これらに限定されない。ある種の実施態様では、哺乳動物はヒトである。 An “individual”, “subject” or “patient” is a vertebrate. In certain embodiments, the vertebrate is a mammal. Mammals include, but are not limited to, farm animals (eg, cows), sport animals, pets (eg, cats, dogs and horses), primates, mice and rats. In certain embodiments, the mammal is a human.

用語「試料」又は「試験試料」は、本明細書で使用されるように、例えば、物理的、生化学的、化学的及び／又は生理学的特徴に基づいて特徴付けられるかつ／又は同定されることになる細胞実体及び／又は他の分子実体を含有する関心の対象から得られる又はこれに由来する組成物のことである。例えば、語句「疾患試料」及びその変種とは、特徴付けられることになる細胞実体及び／又は分子実体を含有することが予測される又は分かっている関心の対象から得られる任意の試料のことである。一実施態様では、定義は生体由来の血液及び他の液体試料並びに生検標本もしくは組織培養物などの組織試料又はそれに由来する細胞を包含する。組織試料の供給源は、新鮮な、凍結及び／もしくは保存器官又は組織試料由来の固体組織又は生検あるいは吸引液、血液もしくは任意の血液構成物、体液、並びに対象の妊娠もしくは発生における任意の時間由来の細胞又は血漿であり得る。試料には、一次細胞もしくは培養細胞又は細胞系統、細胞上澄み、細胞可溶化物、血小板、血清、血漿、硝子体液、リンパ液、滑液、卵胞液、***、羊水、乳、全血、血液由来細胞、尿、脳脊髄液、唾液、痰、涙、発汗、粘液、腫瘍可溶化物、及び組織培養培地、均質化された組織などの組織抽出物、腫瘍組織、細胞抽出物、並びにその組合せが含まれるがこれらに限定されない。 The term “sample” or “test sample” as used herein is characterized and / or identified based on, for example, physical, biochemical, chemical and / or physiological characteristics. A composition obtained or derived from an object of interest containing the cellular entity and / or other molecular entity to be obtained. For example, the phrase “disease sample” and variants thereof refers to any sample obtained from an object of interest that is predicted or known to contain the cellular and / or molecular entity to be characterized. is there. In one embodiment, the definition includes blood and other fluid samples from living organisms and tissue samples such as biopsy specimens or tissue cultures or cells derived therefrom. The source of the tissue sample can be a fresh, frozen and / or preserved organ or solid tissue from a tissue sample or biopsy or aspirate, blood or any blood component, body fluid, and any time in the pregnancy or development of the subject It can be a cell of origin or plasma. Samples include primary or cultured cells or cell lines, cell supernatants, cell lysates, platelets, serum, plasma, vitreous humor, lymph, synovial fluid, follicular fluid, semen, amniotic fluid, milk, whole blood, blood-derived cells Urine, cerebrospinal fluid, saliva, sputum, tears, sweat, mucus, tumor lysate, and tissue culture media, tissue extracts such as homogenized tissue, tumor tissue, cell extracts, and combinations thereof However, it is not limited to these.

用語「試料」又は「試験試料」には、タンパク質もしくはポリヌクレオチドなどのある種の成分についての試薬を用いた処置、可溶化、もしくは濃縮により、又は切片を得るために半固体もしくは固体マトリックスに包埋することによりなどの、その調達後にいかなる方法であれ操作されている生体試料が含まれる。本明細書での目的では、組織試料の「切片」とは、組織試料の単一部分又は断片、例えば、組織試料から切り取られる組織の薄片又は細胞を意味する。一実施態様では、試料は臨床試料である。別の実施態様では、試料は診断アッセイにおいて使用される。幾つかの実施態様では、試料は原発又は転移腫瘍から得られる。組織検体は腫瘍組織の代表的小片を得るのに使用されることが多い。代わりに、腫瘍細胞は、対象の腫瘍細胞を含有すると分かっている又は考えられる組織又は体液の形態で間接的に得ることができる；例えば、皮膚の試料。 The term “sample” or “test sample” includes a semi-solid or solid matrix encapsulated by treatment, solubilization, or concentration with reagents for certain components, such as proteins or polynucleotides, or to obtain sections. Biological samples that have been manipulated in any way after their procurement, such as by burying, are included. For purposes herein, a “section” of a tissue sample means a single portion or piece of a tissue sample, eg, a tissue slice or cell that is cut from a tissue sample. In one embodiment, the sample is a clinical sample. In another embodiment, the sample is used in a diagnostic assay. In some embodiments, the sample is obtained from a primary or metastatic tumor. Tissue specimens are often used to obtain representative pieces of tumor tissue. Alternatively, tumor cells can be obtained indirectly in the form of tissues or fluids known or believed to contain the subject tumor cells; for example, skin samples.

「組織試料」又は「細胞試料」とは、対象又は個体の組織から得られる類似の細胞の収集物を意味する。組織又は細胞試料の供給源は、新鮮な、凍結したかつ／もしくは保存された器官由来の固形組織、組織試料、生検並びに／又は吸引液；血液又は血漿などの任意の血液成分；脳脊髄液、羊水、腹水、又は間質液などの体液；対象の妊娠又は発生における任意の時間に由来する細胞でもよい。組織試料は一次細胞もしくは培養細胞又は細胞系統でもよい。場合により、組織又は細胞試料は疾患組織／器官から得られる。組織試料は、保存料、抗凝血剤、バッファー、固定液、栄養剤、抗生物質又は同類のものなどの、天然の組織と天然に混ざり合ってはいない化合物を含有していてもよい。 By “tissue sample” or “cell sample” is meant a collection of similar cells obtained from the tissue of a subject or individual. The source of the tissue or cell sample is a fresh, frozen and / or preserved organ-derived solid tissue, tissue sample, biopsy and / or aspirate; any blood component such as blood or plasma; cerebrospinal fluid A body fluid such as amniotic fluid, ascites, or interstitial fluid; cells derived from any time during pregnancy or development of the subject. The tissue sample may be primary cells or cultured cells or cell lines. Optionally, the tissue or cell sample is obtained from diseased tissue / organ. Tissue samples may contain compounds that are not naturally mixed with natural tissue, such as preservatives, anticoagulants, buffers, fixatives, nutrients, antibiotics or the like.

「基準試料」、「基準細胞」、「基準組織」、「対照試料」、「対照細胞」、又は「対照組織」とは、本明細書で使用されるように、比較目的で使用される試料、細胞、組織、標準、又はレベルのことである。一実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は、同じ対象又は個体の身体（例えば、組織又は細胞）の健康な及び／又は非疾患部分から得られる。例えば、疾患細胞又は組織に隣接する健康な及び／又は非疾患細胞又は組織（例えば、腫瘍に隣接する細胞又は組織）である。幾つかの実施態様では、基準試料は非癌性皮膚細胞である。別の実施態様では、基準試料は同じ対象又は個体の身体の非処置組織及び／又は細胞から得られる。幾つかの実施態様では、基準試料は同じ対象又は個体の身体の非癌性皮膚細胞である。更に別の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は対象でも個体でもない個体の身体（例えば、組織又は細胞）の健康な及び／又は非疾患部分から得られる。幾つかの実施態様では、基準試料は対象でも個体でもない個体の非癌性皮膚細胞である。更に別の実施態様では、基準試料、基準細胞、基準組織、対照試料、対照細胞、又は対照組織は対象でも個体でもない個体の身体の非処置組織及び／又は細胞から得られる。 “Reference sample”, “reference cell”, “reference tissue”, “control sample”, “control cell”, or “control tissue”, as used herein, is a sample used for comparison purposes. Cell, tissue, standard, or level. In one embodiment, the reference sample, reference cell, reference tissue, control sample, control cell, or control tissue is obtained from a healthy and / or non-diseased part of the body (eg, tissue or cell) of the same subject or individual. . For example, healthy and / or non-disease cells or tissues adjacent to diseased cells or tissues (eg, cells or tissues adjacent to tumors). In some embodiments, the reference sample is non-cancerous skin cells. In another embodiment, the reference sample is obtained from untreated tissue and / or cells of the same subject or individual's body. In some embodiments, the reference sample is non-cancerous skin cells of the same subject or individual's body. In yet another embodiment, a reference sample, reference cell, reference tissue, control sample, control cell, or control tissue is a healthy and / or non-diseased portion of the body (eg, tissue or cell) of an individual that is not a subject or individual. Obtained from. In some embodiments, the reference sample is non-cancerous skin cells of an individual who is neither a subject nor an individual. In yet another embodiment, the reference sample, reference cell, reference tissue, control sample, control cell, or control tissue is obtained from untreated tissue and / or cells of the body of an individual that is not a subject or individual.

ある種の実施態様では、基準試料は、試験試料が得られるときとは異なる一又は複数の時点で得られる同じ対象又は患者由来の単一試料又は混合した複数の試料である。例えば、基準試料は、試験試料が得られるときより早期の時点で同じ対象又は患者から得られる。そのような基準試料は、基準試料が癌の初期診断中に得られるのであれば有用であることがあり、試験試料は後の癌が転移性になったときに得られる。 In certain embodiments, the reference sample is a single sample or mixed samples from the same subject or patient obtained at one or more time points different from when the test sample is obtained. For example, the reference sample is obtained from the same subject or patient at an earlier time point when the test sample is obtained. Such a reference sample may be useful if the reference sample is obtained during the initial diagnosis of cancer, and the test sample is obtained when the later cancer becomes metastatic.

ある種の実施態様では、基準試料には、対象でも患者でもない一又は複数の個体から得られる用語「試料」の下で上に定義されるあらゆる種類の生体試料が含まれる。ある種の実施態様では、基準試料は、対象でも患者でもない血管新生障害（例えば、癌）を抱えた一又は複数の個体から得られる。 In certain embodiments, the reference sample includes any type of biological sample as defined above under the term “sample” obtained from one or more individuals who are neither subjects nor patients. In certain embodiments, the reference sample is obtained from one or more individuals with an angiogenic disorder (eg, cancer) that are neither the subject nor the patient.

ある種の実施態様では、基準試料は、対象でも患者でもない一又は複数の健康な個体由来の混合した複数の試料である。ある種の実施態様では、基準試料は、対象でも患者でもない疾患又は障害（例えば、癌などの血管新生障害など）に罹った一又は複数の健康な個体由来の混合した複数の試料である。ある種の実施態様では、基準試料は、対象でも患者でもない一又は複数の個体由来の正常組織からプールされたＲＮＡ試料又はプールされた血漿もしくは血清試料である。ある種の実施態様では、基準試料は、対象でも患者でもない疾患又は障害（例えば、癌などの血管新生障害など）に罹った一又は複数の個体由来の腫瘍組織からプールされたＲＮＡ試料又はプールされた血漿もしくは血清試料である。 In certain embodiments, the reference sample is a mixed sample from one or more healthy individuals who are neither subjects nor patients. In certain embodiments, the reference sample is a mixed sample from one or more healthy individuals suffering from a disease or disorder that is neither the subject nor the patient (eg, an angiogenic disorder such as cancer). In certain embodiments, the reference sample is an RNA sample or pooled plasma or serum sample pooled from normal tissue from one or more individuals who are neither subjects nor patients. In certain embodiments, the reference sample is an RNA sample or pool pooled from tumor tissue from one or more individuals suffering from a disease or disorder that is neither a subject nor a patient (eg, an angiogenic disorder such as cancer). Plasma or serum sample.

本明細書での目的のために、組織試料の「切片」とは、組織試料の単一部分又は片、例えば、組織試料から切断される組織又は細胞の薄切片を意味する。組織試料の同じ切片は形態的レベルでも分子レベルでも分析される、又はポリペプチドとポリヌクレオチドの両方に関して分析されると理解されているという条件で、組織試料の複数の切片が採取され分析にかけられてもよいと理解されている。 For purposes herein, a “section” of a tissue sample means a single portion or piece of a tissue sample, eg, a thin section of tissue or cells cut from a tissue sample. Multiple sections of a tissue sample are taken and analyzed, provided that the same section of the tissue sample is understood to be analyzed at the morphological and molecular levels, or analyzed for both polypeptides and polynucleotides. It is understood that it may be.

遺伝子又はバイオマーカーの発現レベル／量は、ｍＲＮＡ、ｃＤＮＡ、タンパク質、タンパク質断片及び／又は遺伝子コピー数を含むがこれらに限定されない、当技術分野で公知の任意の適切な基準に基づいて定性的に及び／又は定量的に決定することができる。ある種の実施態様では、第一の試料における遺伝子又はバイオマーカーの発現／量は第二の試料における発現／量と比べて増加している。ある種の実施態様では、第一の試料における遺伝子又はバイオマーカーの発現／量は第二の試料における発現／量と比べて減少している。ある種の実施態様では、第二の試料は基準試料である。 The expression level / amount of a gene or biomarker is qualitatively based on any suitable criteria known in the art, including but not limited to mRNA, cDNA, protein, protein fragment and / or gene copy number. And / or can be determined quantitatively. In certain embodiments, the expression / amount of the gene or biomarker in the first sample is increased compared to the expression / amount in the second sample. In certain embodiments, the expression / amount of the gene or biomarker in the first sample is reduced compared to the expression / amount in the second sample. In certain embodiments, the second sample is a reference sample.

ある種の実施態様では、用語「増加する」又は「過剰発現する」とは、基準試料と比べた場合、本明細書に記載される方法などの公知の標準技術により検出されるタンパク質又は核酸のレベルが約５％、１０％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上のうちのいずれかの全体的増加のことである。ある種の実施態様では、用語「増加する」又は「過剰発現する」とは、増加が基準試料中のそれぞれの遺伝子又はバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約１．５×、１．７５×、２×、３×、４×、５×、６×、７×、８×、９×、１０×、２５×、５０×、７５×、又は１００×のうちのいずれかである試料中の遺伝子又はバイオマーカーの発現レベル／量の増加のことである。 In certain embodiments, the term “increase” or “overexpressed” refers to a protein or nucleic acid detected by known standard techniques, such as the methods described herein, when compared to a reference sample. Level is about 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98% , An overall increase of any of 99% or more. In certain embodiments, the term “increased” or “overexpressed” means that the increase is at least about 1.5 ×, 1.75 × the expression level / amount of each gene or biomarker in the reference sample. In a sample that is either 2x, 3x, 4x, 5x, 6x, 7x, 8x, 9x, 10x, 25x, 50x, 75x, or 100x An increase in the expression level / amount of a gene or biomarker.

ある種の実施態様では、本明細書の用語「減少する」とは、基準試料と比べた場合、本明細書に記載される方法などの公知の標準技術により検出される、タンパク質又は核酸のレベルが約５％、１０％、２０％、２５％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、８５％、９０％、９５％、９６％、９７％、９８％、９９％以上のうちのいずれかの全体的減少のことである。ある種の実施態様では、用語減少するとは、減少が基準試料中のそれぞれの遺伝子又はバイオマーカーの発現レベル／量の少なくとも約０．９×、０．８×、０．７×、０．６×、０．５×、０．４×、０．３×、０．２×、０．１×、０．０５×、又は０．０１×のうちのいずれかである試料中の遺伝子又はバイオマーカーの発現レベル／量の減少のことである。 In certain embodiments, the term “decrease” as used herein refers to the level of protein or nucleic acid as detected by known standard techniques, such as the methods described herein, when compared to a reference sample. About 5%, 10%, 20%, 25%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 85%, 90%, 95%, 96%, 97%, 98%, An overall decrease of any of 99% or more. In certain embodiments, the term reduction means that the reduction is at least about 0.9 ×, 0.8 ×, 0.7 ×, 0.6 of the expression level / amount of each gene or biomarker in the reference sample. X, 0.5x, 0.4x, 0.3x, 0.2x, 0.1x, 0.05x, or 0.01x gene or bio in a sample A reduction in the expression level / amount of the marker.

「検出」には、直接的検出及び間接的検出を含む、任意の検出手段が含まれる。ある種の実施態様では、「相関する」又は「相関している」は、第一の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果を第二の分析又はプロトコールの成績及び／又は結果といかなる方法であれ比較することを意味する。例えば、第二のプロトコールを実行する際に第一の分析もしくはプロトコールの結果を使用してもよい及び／又は第一の分析もしくはプロトコールの結果を使用して第二の分析もしくはプロトコールを実施するべきかどうかを決定してもよい。遺伝子発現分析又はプロトコールの実施態様に関しては、遺伝子発現分析又はプロトコールの結果を使用して特定の治療計画を実施するべきかどうかを決定してもよい。 “Detection” includes any means of detection, including direct detection and indirect detection. In certain embodiments, “correlate” or “correlated” means that the results and / or results of a first analysis or protocol are combined with the results and / or results of a second analysis or protocol in any way. Means to compare. For example, the results of the first analysis or protocol may be used in performing the second protocol and / or the second analysis or protocol should be performed using the results of the first analysis or protocol You may decide whether or not. For gene expression analysis or protocol embodiments, the results of the gene expression analysis or protocol may be used to determine whether a particular treatment plan should be implemented.

本明細書で使用される場合の単語「標識」とは、核酸プローブ又は抗体などの試薬に直接的に又は間接的にコンジュゲートされる又は融合され、それがコンジュゲートされている又は融合されている試薬の検出を促進する化合物又は組成物のことである。標識はそれ自体が検出可能であることもあれば（例えば、放射線標識又は蛍光標識）、又は酵素標識の場合は、検出可能である基質化合物又は組成物の化学的変化を触媒してもよい。 As used herein, the word “label” is conjugated or fused directly or indirectly to a reagent such as a nucleic acid probe or antibody, which is conjugated or fused. A compound or composition that facilitates the detection of a reagent present. The label may itself be detectable (eg, a radiolabel or fluorescent label), or in the case of an enzyme label, it may catalyze a chemical change in the substrate compound or composition that is detectable.

用語「ポリペプチド」とは、任意の長さのアミノ酸のポリマーのことである。ポリマーは直鎖のことも又は分岐していることもあり、修飾されたアミノ酸を含むこともあり、非アミノ酸が割り込んでいることもある。前記用語は、天然に又は介入、例えば、ジスルフィド結合形成、グリコシル化、脂質化、アセチル化、リン酸化、又は標識成分を用いたコンジュゲーションなどの他の任意の操作もしくは修飾により修飾されているアミノ酸ポリマーも包含する。前記定義内には、例えば、アミノ酸の一又は複数の相同物（例えば、非天然アミノ酸、等を含む）、及び当技術分野で公知の他の修飾を含有するポリペプチドも含まれる。本明細書で使用される用語「ポリペプチド」は具体的には「タンパク質」を包含する。本明細書で使用される用語「ポリペプチド」及び「タンパク質」は具体的には抗体を包含する。 The term “polypeptide” refers to a polymer of amino acids of any length. The polymer may be linear or branched, may contain modified amino acids, and may be interrupted by non-amino acids. The term is an amino acid that has been modified either naturally or by intervention, such as disulfide bond formation, glycosylation, lipidation, acetylation, phosphorylation, or conjugation with a labeling component. Polymers are also included. Also included within the definition are polypeptides containing, for example, one or more homologs of amino acids (including, for example, unnatural amino acids, etc.), and other modifications known in the art. The term “polypeptide” as used herein specifically includes “protein”. The terms “polypeptide” and “protein” as used herein specifically include antibodies.

「単離された」核酸分子とは、それがポリペプチド核酸の天然の供給源の中で通常は会合している少なくとも１つの汚染物質核酸分子から同定され分離されている核酸分子である。単離された核酸分子は、それが自然の中で見いだされる形態又は背景中以外のものである。したがって、単離された核酸分子は、天然の細胞中に存在するときの核酸分子から区別されている。しかし、単離された核酸分子には、例えば、通常ポリペプチドを発現する細胞であって、核酸分子が天然の細胞の核酸分子とは異なる染色***置にある細胞に含有される核酸分子が含まれる。 An “isolated” nucleic acid molecule is a nucleic acid molecule that has been identified and separated from at least one contaminant nucleic acid molecule with which it is normally associated within a natural source of polypeptide nucleic acid. An isolated nucleic acid molecule is other than in the form or background in which it is found in nature. Thus, an isolated nucleic acid molecule is distinguished from a nucleic acid molecule when present in a natural cell. However, an isolated nucleic acid molecule includes, for example, a nucleic acid molecule that is contained in a cell that normally expresses a polypeptide, where the nucleic acid molecule is at a chromosomal location different from that of a natural cell. .

「遺伝子」、「標的遺伝子」、「標的バイオマーカー」、「標的配列」、「標的核酸」又は「標的タンパク質」は、本明細書で使用されるように、その検出が望まれる対象のポリヌクレオチド又はタンパク質である。一般に、「鋳型」は、本明細書で使用されるように、標的ヌクレオチド配列を含有するポリヌクレオチドである。幾つかの例では、用語「標的配列」、「鋳型ＤＮＡ」、「鋳型ポリヌクレオチド」、「標的核酸」、「標的ポリヌクレオチド」及びその変種は互換的に使用される。 “Gene”, “target gene”, “target biomarker”, “target sequence”, “target nucleic acid” or “target protein” as used herein is a polynucleotide of interest for which detection is desired. Or a protein. In general, a “template”, as used herein, is a polynucleotide that contains a target nucleotide sequence. In some examples, the terms “target sequence”, “template DNA”, “template polynucleotide”, “target nucleic acid”, “target polynucleotide” and variants thereof are used interchangeably.

「天然配列」ポリペプチドは、天然に由来するポリペプチドと同じアミノ酸配列を有するポリペプチドを含む。したがって、天然配列ポリペプチドは、任意の哺乳動物由来の天然に存在するポリペプチドのアミノ酸配列を有することができる。そのような天然配列ポリペプチドは自然から単離することができる又は組合せ手段もしくは合成手段により生産することができる。用語「天然配列」ポリペプチドは、ポリペプチドの天然に存在する切断型又は分泌型（例えば、細胞外ドメイン配列）、天然に存在する変異体型（例えば、オルタナティブスプライシング型）及びポリペプチドの天然に存在する対立遺伝子バリアントを特に包含する。 A “native sequence” polypeptide includes a polypeptide having the same amino acid sequence as a polypeptide derived from nature. Thus, a native sequence polypeptide can have the amino acid sequence of a naturally occurring polypeptide from any mammal. Such native sequence polypeptides can be isolated from nature or can be produced by combinatorial or synthetic means. The term “native sequence” polypeptide refers to naturally occurring truncated or secreted forms of the polypeptide (eg, extracellular domain sequences), naturally occurring variant forms (eg, alternative splicing forms) and naturally occurring forms of the polypeptide. Specifically include allelic variants.

「単離された」ポリペプチド又は「単離された」抗体は、その天然環境の成分から同定され、分離されかつ／又は回収されたポリペプチド又は抗体である。その天然環境の汚染物質成分は、ポリペプチドについて診断使用又は治療使用を妨げると考えられる物質のことであり、酵素、ホルモン、及び他のタンパク質性又は非タンパク質性の溶質を含むことがある。ある種の実施態様では、ポリペプチドは、（１）ローリー法で決定した場合ポリペプチドの９５重量％よりも上まで、もしくは９９重量％よりも上まで、（２）スピニングカップ配列決定装置の使用によりＮ末端もしくは内部アミノ酸配列の少なくとも１５残基を得るのに十分な程度にまで、又は（３）クーマシーブルーもしくは銀染色を使用して還元条件もしくは非還元条件下でＳＤＳ−ＰＡＧＥによる均一性まで精製されることになる。単離されたポリペプチドには、ポリペプチド天然環境の少なくとも１つの成分は存在しないために、組換え細胞内にポリペプチドがインサイツで含まれる。しかし、通常は、単離されたポリペプチドは少なくとも１つの精製ステップにより調製されることになる。 An “isolated” polypeptide or “isolated” antibody is a polypeptide or antibody that has been identified, separated and / or recovered from a component of its natural environment. Contaminant components of its natural environment are substances that are believed to interfere with diagnostic or therapeutic use for polypeptides and may include enzymes, hormones, and other proteinaceous or non-proteinaceous solutes. In certain embodiments, the polypeptide is (1) above 95% or above 99% by weight of the polypeptide as determined by the Raleigh method, (2) use of a spinning cup sequencer. To a degree sufficient to obtain at least 15 residues of the N-terminal or internal amino acid sequence, or (3) homogeneity by SDS-PAGE under reducing or non-reducing conditions using Coomassie blue or silver staining To be purified. Isolated polypeptide includes the polypeptide in situ within recombinant cells since at least one component of the polypeptide's natural environment will not be present. Ordinarily, however, isolated polypeptide will be prepared by at least one purification step.

ポリペプチド「変異体」とは、天然配列ポリペプチドと少なくとも約８０％アミノ酸配列同一性を有する生物学的に活性なポリペプチドを意味する。そのような変異体には、例えば、ポリペプチドのＮ末端又はＣ末端で、一又は複数のアミノ酸残基が付加されている、又は欠失しているポリペプチドが含まれる。通常は、変異体は天然配列ポリペプチドと少なくとも約８０％アミノ酸配列同一性、更に好ましくは少なくとも約９０％アミノ酸配列同一性、更に好ましくは少なくとも約９５％アミノ酸配列同一性を有することになる。 A polypeptide “variant” means a biologically active polypeptide having at least about 80% amino acid sequence identity with a native sequence polypeptide. Such variants include, for example, polypeptides with one or more amino acid residues added or deleted at the N-terminus or C-terminus of the polypeptide. Usually, a variant will have at least about 80% amino acid sequence identity, more preferably at least about 90% amino acid sequence identity, more preferably at least about 95% amino acid sequence identity with the native sequence polypeptide.

用語「利益」は最も広い意味で使用され、いかなる望ましい効果をも指しており、特に本明細書で定義される臨床的利益が含まれる。 The term “benefit” is used in the broadest sense and refers to any desired effect, and specifically includes clinical benefits as defined herein.

臨床的利益は、様々なエンドポイント、例えば、減速及び完全停止を含む疾患進行のある程度の阻害、疾患エピソード及び／又は症状の数の減少、病変サイズの縮小、隣接する末梢器官及び／又は組織への疾患細胞浸潤の阻害（すなわち、縮小、減速又は完全停止）、疾患伝播の阻害（すなわち、縮小、減速又は完全停止）、自己免疫応答の減少を評価することにより測定することができるが、これらのエンドポイントは、疾患病変の後退もしくはアブレーション、障害に付随する１つもしくは複数の症状のある程度の軽減、処置に続く無病プレゼンテーション、例えば、無憎悪生存期間の長さの増加、全生存期間の増加、より高い応答速度、及び／又は処置に続く所与の時点での死亡率の減少をもたらすことはあるが、もたらさなくてもよい。 Clinical benefits include various endpoints such as some inhibition of disease progression, including slowing down and complete cessation, reduction in the number of disease episodes and / or symptoms, reduction in lesion size, adjacent peripheral organs and / or tissues Can be measured by assessing inhibition of disease cell invasion (ie, reduction, deceleration or complete cessation), inhibition of disease transmission (ie, reduction, deceleration or complete cessation), reduction of autoimmune response, Endpoints include regression or ablation of disease lesions, some relief of one or more symptoms associated with the disorder, disease-free presentation following treatment, such as increased length of progression-free survival, increased overall survival May result in higher response speed and / or reduced mortality at a given time following treatment, but not .

本発明の方法
本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、この方法は、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む。 Methods of the Invention The present invention provides a method for treating melanoma in an individual comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the method comprises administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

黒色腫はメラニン形成細胞、例えば、皮膚の色の原因となる黒い色素であるメラニンを産生する細胞の悪性腫瘍である。黒色腫は主に皮膚において発生するが、腸及び目（例えば、ブドウ膜黒色腫）を含む、身体の他の部分にも見られる。黒色腫はメラニン形成細胞を含有する身体のいかなる部分でも起こり得る。黒色腫の例には、表在拡大型黒色腫、結節性黒色腫、悪性黒子由来黒色腫、及び末端黒子型黒色腫が含まれるが、これらに限定されない。黒色腫は、サイズ、潰瘍、リンパ節への伝播、及び／又は他の組織もしくは器官への伝播を含む、幾つかの基準に応じて病期分類することができる。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体においてＩ期黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体においてＩＩ期黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体においてＩＩＩ期黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体においてＩＶ期黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体において転移性黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫をＰＡＫ１の阻害剤に接触させることにより、個体において再発黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、この方法は、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤はＰＡＫ１の小分子阻害剤である。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。幾つかの態様では、本発明は、個体において野生型ＢＲＡＦ黒色腫である黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、野生型ＢＲＡＦ黒色腫を治療する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、野生型ＢＲＡＦ黒色腫を治療する方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。ＢＲＡＦは、セリン／スレオニン特異的タンパク質キナーゼのＲａｆキナーゼファミリーのメンバーである。ＢＲＡＦは、細胞***、分化、及び分泌に影響を及ぼすＭＡＰキナーゼ／ＥＲＫシグナル伝達経路（ＲＡＦ−ＭＥＫ−ＥＲＫ経路）を調節するのに役割を果たしている。ＲＡＦ−ＭＥＫ−ＥＲＫシグナル伝達は癌において調節不全になっていることが多い。ヒト癌に関連するＢＲＡＦ遺伝子の３０を超える突然変異が同定されている。ＢＲＡＦ突然変異の頻度は、黒色腫における８０％超から肺癌における１〜３％及び結腸直腸癌における５％などの他の腫瘍におけるわずか０〜１８％までヒト癌では広く変動する。癌、特に黒色腫において見られる一般的突然変異は、グルタミンによるコドン６００でのバリンの置換（すなわち、Ｖ６００Ｅ）である。例えば、チミンはヌクレオチド１７９９でアデニンにより置換され、Ｖ６００Ｅ突然変異を生じる。ＢＲＡＦのＶ６００突然変異により、構成的ＢＲＡＦキナーゼ活性がもたらされる。黒色腫におけるＢＲＡＦの遺伝子型を決定するための方法は当業者には公知であり、例えば、黒色腫由来のＢＲＡＦ遺伝子のヌクレオチド配列は、標準塩基配列決定法を使用して、又はＫＡＳＰＳＮＰ遺伝子型判定システム（ＫＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用することにより決定することができる。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において野生型ＢＲＡＦ黒色腫である黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において野生型ＢＲＡＦ黒色腫であり非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現している黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において野生型ＢＲＡＦを含みＰＡＫ１が増幅されている黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は、非癌性細胞と比べてＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において突然変異ＢＲＡＦ黒色腫であり非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現している黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体において突然変異ＢＲＡＦを含みＰＡＫ１が増幅されている黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、個体においてＶ６００Ｅ突然変異ＢＲＡＦではない突然変異ＢＲＡＦを含む黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 Melanoma is a malignant tumor of melanocytes, for example, cells that produce melanin, a black pigment that causes skin color. Melanoma occurs primarily in the skin but is also found in other parts of the body, including the intestines and eyes (eg, uveal melanoma). Melanoma can occur in any part of the body that contains melanocytes. Examples of melanoma include, but are not limited to, superficial enlarged melanoma, nodular melanoma, malignant melanoma-derived melanoma, and terminal melanoma melanoma. Melanoma can be staged according to several criteria, including size, ulceration, spread to lymph nodes, and / or spread to other tissues or organs. In some embodiments, the present invention provides a method of treating stage I melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the present invention provides a method of treating stage II melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the present invention provides a method of treating stage III melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the present invention provides a method of treating stage IV melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the present invention provides a method of treating metastatic melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the present invention provides a method of treating recurrent melanoma in an individual by contacting the melanoma with an inhibitor of PAK1. In some embodiments, the method comprises administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the PAK1 inhibitor is a small molecule inhibitor of PAK1. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human. In some aspects, the present invention provides a method of treating melanoma that is wild-type BRAF melanoma in an individual. In some embodiments, the present invention provides a method of treating wild-type BRAF melanoma, comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the present invention provides a method of treating wild-type BRAF melanoma comprising administering to an individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. BRAF is a member of the Raf kinase family of serine / threonine specific protein kinases. BRAF plays a role in regulating the MAP kinase / ERK signaling pathway (RAF-MEK-ERK pathway) that affects cell division, differentiation, and secretion. RAF-MEK-ERK signaling is often dysregulated in cancer. Over 30 mutations in the BRAF gene associated with human cancer have been identified. The frequency of BRAF mutations varies widely in human cancer from more than 80% in melanoma to only 0-18% in other tumors, such as 1-3% in lung cancer and 5% in colorectal cancer. A common mutation found in cancer, particularly melanoma, is the replacement of valine at codon 600 with glutamine (ie, V600E). For example, thymine is replaced by adenine at nucleotide 1799, resulting in a V600E mutation. The BRAF V600 mutation results in constitutive BRAF kinase activity. Methods for determining the BRAF genotype in melanoma are known to those skilled in the art, for example, the nucleotide sequence of the BRAF gene from melanoma can be determined using standard nucleotide sequencing or KASP SNP genotype It can be determined by using a judgment system (KBioscience). In some embodiments, the present invention provides methods of treating melanoma that is wild-type BRAF melanoma in an individual. In some embodiments, the invention provides a method of treating melanoma that is wild-type BRAF melanoma and overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells in an individual. In some embodiments, the present invention provides a method of treating melanoma comprising wild type BRAF and wherein PAK1 is amplified in an individual. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma compared to non-cancerous cells. In some embodiments, the present invention provides a method of treating melanoma that is mutant BRAF melanoma in an individual. In some embodiments, the invention provides a method of treating melanoma that is mutant BRAF melanoma and overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells in an individual. In some embodiments, the present invention provides a method of treating melanoma comprising a mutant BRAF and wherein PAK1 is amplified in an individual. In some embodiments, the invention provides a method of treating melanoma comprising a mutant BRAF that is not a V600E mutant BRAF in an individual. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの態様では、本発明は、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。ＰＡＫは、ヒト癌細胞においては一般に調節解除されている幾つかの経路に関与している。ＰＡＫ１は、マイトジェン活性化タンパク質キナーゼ（ＭＡＰＫ）、ＪＵＮＮ末端キナーゼ（ＪＮＫ）、ステロイドホルモン受容体、及び核因子（ＮＦ）シグナル伝達経路の成分であり、これらはすべて腫瘍形成と関連付けられてきた。ＰＡＫはＭＥＫとＲＡＦ１を、それぞれセリン２９８とセリン３３８上でリン酸化することにより活性化する。ＰＡＫ１によるＲａｓ誘導形質転換の増加は、細胞外シグナル調節キナーゼ（ＥＲＫ）−ＭＡＰＫ経路を通じてシグナル伝達に対するその効果と相関しており、ＪＮＫ又はｐ３８−ＭＡＰＫ経路に対する効果からは分離できた。（Ｒ．Ｋｕｍａｒら、ＮａｔｕｒｅＲｅｖ．Ｃａｎｃｅｒ２００６６：４５９）。ＥＲＫ／ＭＥＫ経路の構成的活性化は、腫瘍の形成、進行及び生存と関連付けられており、更に、無制御増殖、アポトーシスの制御の喪失及び予後不良を特徴とする悪性表現型と関連している（Ｊ．Ａ．Ｓｐｉｃｅｒ、ＥｘｐｅｒｔＯｐｉｎ．ＤｒｕｇＤｉｓｃｏｖ．２００８３：７）。腫瘍形成と進行は癌細胞におけるアポトーシス促進性シグナルの不活化を必要とする。ＰＡＫ活性は幾つかの重要なアポトーシス促進性経路を下方調節することが明らかにされている。ＲＡＦ１のＰＡＫ１リン酸化は、ミトコンドリアへのＲＡＦ１の移行を誘導し、そこでＲＡＦ１は細胞死のアポトーシス促進性タンパク質ＢＣＬ２アンタゴニスト（ＢＡＤ）をリン酸化する。ＰＡＫ１、ＰＡＫ２、ＰＡＫ４及びＰＡＫ５も、（サル）起源でＳＶ４０（ＣＯＳ）腎臓を担持しているＣＶ−１、チャイニーズハムスター卵巣（ＣＨＯ）及びヒト胚腎臓（ＨＥＫ）２９３Ｔ細胞などの選択された細胞型においてＢＡＤを直接リン酸化し不活化することが報告されている（Ｒ．Ｋｕｍａｒら、同書）。しかし、ヒト腫瘍細胞におけるＰＡＫ１の関連経路下流は依然として部分的にしか理解されていない。 In some aspects, the present invention provides a method of treating melanoma in an individual by contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some aspects, the present invention provides a method of treating melanoma in an individual by administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. PAK is involved in several pathways that are generally deregulated in human cancer cells. PAK1 is a component of the mitogen-activated protein kinase (MAPK), JUN N-terminal kinase (JNK), steroid hormone receptor, and nuclear factor (NF) signaling pathways, all of which have been associated with tumorigenesis. PAK activates MEK and RAF1 by phosphorylating on serine 298 and serine 338, respectively. The increase in Ras-induced transformation by PAK1 correlated with its effect on signaling through the extracellular signal-regulated kinase (ERK) -MAPK pathway and could be separated from the effect on the JNK or p38-MAPK pathway. (R. Kumar et al., Nature Rev. Cancer 2006 6: 459). Constitutive activation of the ERK / MEK pathway is associated with tumor formation, progression and survival and is further associated with a malignant phenotype characterized by uncontrolled growth, loss of control of apoptosis and poor prognosis (J.A. Spicker, Expert Opin. Drug Discov. 2008 3: 7). Tumor formation and progression require inactivation of proapoptotic signals in cancer cells. PAK activity has been shown to down-regulate several important pro-apoptotic pathways. PAK1 phosphorylation of RAF1 induces RAF1 translocation to mitochondria, where RAF1 phosphorylates cell death pro-apoptotic protein BCL2 antagonist (BAD). PAK1, PAK2, PAK4, and PAK5 are also selected cell types such as CV-1, Chinese hamster ovary (CHO), and human embryonic kidney (HEK) 293T cells that carry SV40 (COS) kidneys of (monkey) origin Have been reported to directly phosphorylate and inactivate BAD (R. Kumar et al., Ibid.). However, the relevant pathway downstream of PAK1 in human tumor cells is still only partially understood.

ＰＡＫ１は種々の正常組織において広く発現されているが、卵巣癌、乳癌及び膀胱癌では発現が著しく増加している。（Ｓ．Ｂａｌａｓｅｎｔｈｉｌら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．２００４２７９：４７４３；Ｍ．Ｉｔｏら、Ｊ．Ｕｒｏｌ．２００７１７８：１０７３；Ｐ．Ｓｃｈｒａｍｌら、Ａｍ．Ｊ．Ｐａｔｈｏｌ．２００３１６３：９８５）。管腔乳癌では、ＰＡＫ１のゲノム増幅は、おそらくＰＡＫ１によるエストロゲン受容体の直接リン酸化とリガンド非依存性トランス活性化の結果として起こる、タモキシフェン治療に対する抵抗性と関連付けられている（Ｓ．Ｋ．Ｒａｙａｌａら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓ．２００６．６６：１６９４〜１７０１）。 PAK1 is widely expressed in various normal tissues, but its expression is markedly increased in ovarian cancer, breast cancer and bladder cancer. (S. Balasenthil et al., J. Biol. Chem. 2004 279: 4743; M. Ito et al., J. Urol. 2007 178: 1073; P. Schraml et al., Am. J. Pathol. 2003 163: 985). In luminal breast cancer, genomic amplification of PAK1 is associated with resistance to tamoxifen treatment, possibly resulting from direct phosphorylation of the estrogen receptor by PAK1 and ligand-independent transactivation (SK Rayala) Et al., Cancer Res. 2006.66: 1694-1701).

幾つかの態様では、本発明は黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１遺伝子は黒色腫において増幅される。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数は、約２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０又は５．０超のいずれかである。黒色腫におけるＰＡＫ１遺伝子のコピー数を決定する方法は当技術分野では公知である。例えば、ＰＡＫ１遺伝子のコピー数は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ５００ＫＳＮＰアレイ分析などのＳＮＰアレイを使用することにより決定することができる。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数が約２．５よりも大きい、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数を決定し、続いてＰＡＫ１阻害剤を用いて治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１のコピー数が非癌性細胞、例えば、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１のコピー数と比較される。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されており、黒色腫がＰＡＫ１を過剰発現している。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されており、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some aspects, the present invention provides a method of treating melanoma in an individual by contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some aspects, the invention provides a method of treating melanoma in an individual by administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the PAK1 gene is amplified in melanoma. In some embodiments, the copy number of PAK1 in melanoma is any of about 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0, or greater than 5.0. . Methods for determining the copy number of the PAK1 gene in melanoma are known in the art. For example, the copy number of the PAK1 gene can be determined by using a SNP array such as an Affymetrix 500K SNP array analysis. In some embodiments, the invention provides a method of treating melanoma in an individual, wherein the copy number of PAK1 in melanoma is greater than about 2.5. In some embodiments, the present invention provides methods of determining PAK1 copy number in melanoma and subsequently treating with a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the copy number of PAK1 in melanoma is compared to the copy number of PAK1 in non-cancerous cells, eg, non-cancerous skin cells. In some embodiments, PAK1 is amplified in melanoma and the melanoma overexpresses PAK1. In some embodiments, PAK1 is amplified in melanoma and the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１が過剰発現されている黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。ＰＡＫ１の発現を判定するための方法は当技術分野では公知である。黒色腫におけるＰＡＫ１の発現レベルを決定するための方法の例には、免疫組織化学、逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）、定量的ＰＣＲ、免疫アッセイなどが含まれるが、これらに限定されない。ＰＡＫ１発現のレベルは、遺伝子発現オムニバス（ＧＥＯ）データベースを使用することにより他の腫瘍及び細胞と比較することができる。 In some aspects, the invention provides a method of treating melanoma in an individual by contacting the melanoma in which PAK1 is overexpressed with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some aspects, the invention provides a method of treating melanoma in an individual by administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to the individual where PAK1 is overexpressed in melanoma. Methods for determining the expression of PAK1 are known in the art. Examples of methods for determining the expression level of PAK1 in melanoma include, but are not limited to, immunohistochemistry, reverse phase protein array (RPPA), quantitative PCR, immunoassay, and the like. The level of PAK1 expression can be compared to other tumors and cells by using the gene expression omnibus (GEO) database.

幾つかの実施態様では、本発明は、非癌性細胞と比べてＰＡＫ１が過剰発現されている黒色腫をＰＡＫ１阻害剤に接触させることにより、個体において黒色腫を治療するための方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することにより、個体において黒色腫を治療する方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は、非癌性細胞における発現の約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％又は１００％超のいずれかである。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は、非癌性細胞におけるＰＡＫ１の発現と比べて約１．５倍、２．０倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４．０倍、４．５倍、５．０倍、６．０倍、７．０倍、８．０倍、９．０倍、１０倍又は１０倍超のいずれかである。幾つかの実施態様では、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫であり、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some embodiments, the invention provides a method for treating melanoma in an individual by contacting a melanoma that is overexpressed with PAK1 relative to a non-cancerous cell with a PAK1 inhibitor. . In some aspects, the invention provides a method of treating melanoma in an individual by administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to the individual where PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, PAK1 expression in melanoma is about 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% of expression in non-cancerous cells. Either 100% or more than 100%. In some embodiments, the expression of PAK1 in melanoma is about 1.5 times, 2.0 times, 2.5 times, 3 times, 3.5 times compared to the expression of PAK1 in non-cancerous cells. 4.0 times, 4.5 times, 5.0 times, 6.0 times, 7.0 times, 8.0 times, 9.0 times, 10 times, or more than 10 times. In some embodiments, the melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells and the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells, and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells, the melanoma is wild type BRAF melanoma, and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの態様では、本発明は、個体において黒色腫におけるＣＲＡＦシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、個体において黒色腫におけるＣＲＡＦシグナル伝達を阻害する方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。ＣＲＡＦシグナル伝達を測定する方法は当技術分野では公知である。例えば、ＣＲＡＦ活性化は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療前及び／又は後で個体由来の黒色腫から単離されたＣＲＡＦの免疫ブロットにより判定することができる。ＣＲＡＦの活性化は、ホスホＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）抗体を使用して測定してもよい。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some aspects, the invention provides a method of inhibiting CRAF signaling in melanoma in an individual comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some aspects, the invention provides a method of inhibiting CRAF signaling in melanoma in an individual, comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. Methods for measuring CRAF signaling are known in the art. For example, CRAF activation can be determined by immunoblotting of CRAF isolated from melanoma from an individual before and / or after treatment with a PAK1 inhibitor. Activation of CRAF may be measured using a phosphoCRAF (Ser338) antibody. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human.

幾つかの態様では、本発明は、個体において黒色腫におけるＭＥＫシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。幾つかの態様では、本発明は、個体において黒色腫におけるＭＥＫシグナル伝達を阻害する方法であって、個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。ＭＥＫシグナル伝達を測定する方法は当技術分野では公知である。例えば、ＭＥＫ活性化は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療前及び／又は後で個体由来の黒色腫から単離されたＭＥＫの免疫ブロットにより判定することができる。ＭＥＫの活性化は、ホスホＭＥＫ１／１（Ｓｅｒ２１７／Ｓｅｒ２２１）抗体を使用して測定してもよい。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、個体は哺乳動物である。幾つかの実施態様では、個体はヒトである。 In some aspects, the present invention provides a method of inhibiting MEK signaling in melanoma in an individual comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some aspects, the present invention provides a method of inhibiting MEK signaling in melanoma in an individual, comprising administering to the individual a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. Methods for measuring MEK signaling are known in the art. For example, MEK activation can be determined by immunoblotting of MEK isolated from melanoma from an individual before and / or after treatment with a PAK1 inhibitor. MEK activation may be measured using a phospho-MEK1 / 1 (Ser217 / Ser221) antibody. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the individual is a mammal. In some embodiments, the individual is a human.

ＰＡＫ１の阻害剤
本明細書に記載される方法において有用であるＰＡＫ１の阻害剤（例えば、ＰＡＫ１アンタゴニスト）が本明細書で提供される。幾つかの実施態様において、ＰＡＫ１阻害剤は小分子、核酸、ポリペプチド又は抗体である。ＰＡＫ阻害剤の例は、ＷＯ２００７／０７２１５３とＷＯ２０１０／０７１８４において提供されており、前記特許文献は両方とも参照により本明細書に組み込まれる。 Inhibitors of PAK1 Inhibitors of PAK1 (eg, PAK1 antagonists) that are useful in the methods described herein are provided herein. In some embodiments, the PAK1 inhibitor is a small molecule, nucleic acid, polypeptide or antibody. Examples of PAK inhibitors are provided in WO 2007/072153 and WO 2010/07184, both of which are incorporated herein by reference.

小分子
黒色腫の治療のためのＰＡＫ１阻害剤として使用するための小分子が本明細書で提供される。 Small molecules Small molecules for use as PAK1 inhibitors for the treatment of melanoma are provided herein.

小分子は好ましくは、本明細書に記載されるＰＡＫ１に結合する又はＰＡＫ１シグナル伝達を妨げる本明細書で定義される結合ポリペプチド又は抗体以外の有機分子である。結合有機小分子は公知の方法を使用して同定され化学的に合成されうる（例えば、ＰＣＴ出願番号ＷＯ００／００８２３及びＷＯ００／３９５８５参照）。結合有機小分子は通常大きさは約２０００ダルトン未満である、又は大きさは約１５００、７５０、５００、２５０もしくは２００ダルトン未満であり、本明細書に記載されるポリペプチドに好ましくは特異的に結合することができるそのような有機小分子は、周知の技法を使用する不必要な実験なしで同定しうる。この点に関して、ポリペプチド標的に結合することができる分子を求めて有機小分子ライブラリーをスクリーニングするための技法は当技術分野では周知であることが知られている（例えば、ＰＣＴ出願番号ＷＯ００／００８２３及びＷＯ００／３９５８５参照）。結合有機小分子は、例えば、アルデヒド、ケトン、オキシム、ヒドラゾン、セミカルバゾン、カルバジド、一級アミン、二級アミン、三級アミン、Ｎ−置換ヒドラジン、ヒドラジド、アルコール、エーテル、チオール、チオエーテル、ジスルフィド、カルボン酸、エステル、アミド、ウレア、カルバミン酸、炭酸、ケタール、チオケタール、アセタール、チオアセタール、ハロゲン化アリール、アリールスルホン酸、ハロゲン化アルキル、アルキルスルホン酸、芳香族化合物、複素環式化合物、アニリン、アルケン、アルキン、ジオール、アミノアルコール、オキサゾリジン（ｏｘａｚｏｌｉｄｉｎｅ）、オキサゾリン、チアゾリジン、チアゾリン、エナミン、スルホンアミド、エポキシド、アジリジン、イソシアン酸、スルホニルクロリド、ジアゾ化合物、酸クロリド、又は同類のものでありうる。 The small molecule is preferably an organic molecule other than a binding polypeptide or antibody as defined herein that binds to or prevents PAK1 signaling as described herein. Bound organic small molecules can be identified and chemically synthesized using known methods (see, eg, PCT application numbers WO00 / 00823 and WO00 / 39585). The bound organic small molecule is usually less than about 2000 Daltons in size, or less than about 1500, 750, 500, 250 or 200 Daltons, and is preferably specific for the polypeptides described herein. Such small organic molecules that can bind can be identified without undue experimentation using well-known techniques. In this regard, techniques for screening small organic molecule libraries for molecules capable of binding to a polypeptide target are known to be well known in the art (eg, PCT application number WO00 / 00823 and WO00 / 39585). Bonded organic small molecules include, for example, aldehydes, ketones, oximes, hydrazones, semicarbazones, carbazides, primary amines, secondary amines, tertiary amines, N-substituted hydrazines, hydrazides, alcohols, ethers, thiols, thioethers, disulfides, carboxylic acids. Ester, amide, urea, carbamic acid, carbonic acid, ketal, thioketal, acetal, thioacetal, aryl halide, aryl sulfonic acid, alkyl halide, alkyl sulfonic acid, aromatic compound, heterocyclic compound, aniline, alkene, Alkynes, diols, amino alcohols, oxazolidines, oxazolines, thiazolidines, thiazolines, enamines, sulfonamides, epoxides, aziridines, isocyanic acids, sulfonyl chlorides Diazo compounds, can be of acid chloride or similar.

ＰＡＫキナーゼの小分子阻害剤は記載されている（ＷＯ２００６０７２８３１、ＷＯ２００７０２３３８２、ＷＯ２００７０７２１５３、ＷＯ２０１０／０７１８４６、ＵＳ２００９０２７５５７０参照）。

Small molecule inhibitors of PAK kinase have been described (see WO2006072831, WO2007023382, WO2007072153, WO2010 / 071846, US20090275570).

２−アミノピリド（ｐｙｒｉｄｏ）［２，３−ｄ］ピリミジン−７（８Ｈ）−ワン（Ｉ）スキャフォールド上で精巧に作り上げられた一連のＰＡＫ１選択的阻害剤は、一連の特許出願（ＷＯ２００９０８６２０４、ＷＯ２０１００７１８４６、ＷＯ２０１１０４４５３５、ＷＯ２０１１１５６６４６、ＷＯ２０１１１５６７８６、ＷＯ２０１１１５６６４０、ＷＯ２０１１１５６７８０、ＷＯ２０１１１５６７７５、ＷＯ２０１１０４４２６４）においてＡｆｒａｘｉｓ、Ｉｎｃ．により開示されている。ＡｓｔｒａＺｅｎｅｃａは、式ＩＩの二環式複素環式ＰＡＫ１阻害剤を開示している（ＷＯ２００６１０６３２６参照）。

A series of PAK1 selective inhibitors, elaborated on 2-aminopyrido [2,3-d] pyrimidine-7 (8H) -one (I) scaffolds, have been published in a series of patent applications (WO2009086204, WO20110071846). , WO2011104535, WO2011115646, WO2011156786, WO2011156640, WO2011156780, WO2011156775, WO2011104264)). Is disclosed. AstraZeneca discloses a bicyclic heterocyclic PAK1 inhibitor of formula II (see WO2006106326).

Ｐｆｉｚｅｒは、１Ｈ−チエノ［３，２−ｃ］ピラゾール（ＩＩＩ）、３−アミノ−テトラヒドロピロロ［３，４−ｃ］ピラゾール（ＩＶ）及びＮ４−（１Ｈ−ピラゾール−３−イル）ピリミジン−２，４−ジアミン（Ｖ）上で精巧に作り上げられたＰＡＫ阻害剤を開示している（ＷＯ２００４００７５０４、ＷＯ２００７０２３３８２、ＷＯ２００７０７２１５３、及びＷＯ２００６０７２８３１参照）。

Pfizer represents 1H-thieno [3,2-c] pyrazole (III), 3-amino-tetrahydropyrrolo [3,4-c] pyrazole (IV) and N4- (1H-pyrazol-3-yl) pyrimidine-2 , 4-diamine (V) has been disclosed (see WO2004007504, WO2007023382, WO2007072153, and WO2006072831).

ＰＦ−３７５８３０９（ＶＩ）は、臨床試験中であるＰＡＫ１、４、５及び６の強力なＡＴＰ競合阻害剤である。（Ｂ．Ｗ．Ｍｕｒｒａｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．ＳｃｉＵＳＡ２０１０１０７（２０）：９４４６；ＲｏｓｅｎＬら、進行性固形腫瘍を有する患者における経口ＰＡＫ阻害剤である単剤ＰＦ−０３７５８３０９の第１相、用量漸増、安全性、薬物動態及び薬力学研究［摘要］、Ｉｎ：ＰｒｏｃｅｅｄｉｎｇｓｏｆｔｈｅＡＡＣＲ−ＮＣＩ−ＥＯＲＴＣＩｎｔｅｒｎａｔｉｏｎａｌＣｏｎｆｅｒｅｎｃｅｏｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＴａｒｇｅｔｓａｎｄＣａｎｃｅｒＴｈｅｒａｐｅｕｔｉｃｓ；２０１１１１月１２〜１６日；ＳａｎＦｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ．Ｐｈｉｌａｄｅｌｐｈｉａ（ＰＡ）：ＡＡＣＲ；ＭｏｌＣａｎｃｅｒＴｈｅｒ２０１１；１０（１１Ｓｕｐｐｌ）：ＡｂｓｔｒａｃｔｎｒＡ１７７）。

PF-3758309 (VI) is a potent ATP competitive inhibitor of PAK1, 4, 5 and 6 in clinical trials. (BW Murray et al., Proc. Natl. Acad. Sci USA 2010 107 (20): 9446; Rosen L et al., The first of single agent PF-03758309, an oral PAK inhibitor in patients with advanced solid tumors. Phase, dose escalation, safety, pharmacokinetic and pharmacodynamic studies [Abstract], In: Proceedings of the AACR-NCI-EORTC International Conference on Molecular Targets and Cancer Therapeutics; Philadelphia (PA): AACR; Mol Cancer Ther 2011; 10 (11 Suppl): Abstract nr A177).

Ｎ４−（１Ｈ−ピラゾール−３−イル）ピリミジン−２，４−ジアミン（ＶＩＩ）の一連のＮ２−二環式インドリル、インダゾリル及びベンゾイミダゾリル誘導体（２０１１年８月２５日提出の米国特許出願第６１／５２７，４５３号）並びにそのアザ−インドリル、インダゾリル及びベンゾイミダゾリル誘導体（２０１１年１２月２２に日提出の米国特許出願第６１／５７９，２２７号）は開示されており、それらの特許文献は参照によりその全体を組み込まれている。（Ａ＝インドリル、インダゾリル及びベンゾイミダゾリル又はそのアザ誘導体）。 A series of N2-bicyclic indolyl, indazolyl and benzimidazolyl derivatives of N4- (1H-pyrazol-3-yl) pyrimidin-2,4-diamine (VII) (US Patent Application No. 61 / filed on August 25, 2011) 527,453) and their aza-indolyl, indazolyl and benzimidazolyl derivatives (US Patent Application No. 61 / 579,227 filed December 22, 2011), the disclosures of which are hereby incorporated by reference The whole is incorporated. (A = indolyl, indazolyl and benzimidazolyl or aza derivatives thereof).

核酸
本発明は、個体における黒色腫の治療のためのＰＡＫ１のポリヌクレオチドアンタゴニストを本明細書で提供する。ポリヌクレオチドは、ゲノムもしくは合成起源のＤＮＡもしくはＲＮＡ（例えば、ｍＲＮＡ、ｒＲＮＡ、ｔＲＮＡ）を含む、ｓｉＲＮＡもしくはｍｉＲＮＡなどのＲＮＡｉ、アンチセンスオリゴヌクレオチド、ＲＮＡザイム、ＤＮＡザイム、オリゴヌクレオチド、ヌクレオチド、又はこれらの任意の断片であることが可能であり、これらのポリヌクレオチドは一本鎖でも二本鎖でもよく、ペプチド核酸（ＰＮＡ）に対する、又は天然起源でも合成起源でも、例えば、ｉＲＮＡ、リボヌクレオタンパク質（例えば、ｉＲＮＰ）を含む任意のＤＮＡ様又はＲＮＡ様物質に対するセンス鎖又はアンチセンス鎖を表していてもよい。幾つかの実施態様では、ポリヌクレオチドはＰＡＫ１発現を標的にする（例えば、ＰＡＫ１ｍＲＮＡを標的にする）。 Nucleic Acids The present invention provides herein a polynucleotide antagonist of PAK1 for the treatment of melanoma in an individual. A polynucleotide is RNAi, such as siRNA or miRNA, including DNA or RNA of genomic or synthetic origin (eg, mRNA, rRNA, tRNA), antisense oligonucleotide, RNAzyme, DNAzyme, oligonucleotide, nucleotide, or these These polynucleotides can be single-stranded or double-stranded and are directed against peptide nucleic acids (PNA) or of natural or synthetic origin, e.g., iRNA, ribonucleoprotein (e.g. , IRNP) may represent a sense strand or an antisense strand for any DNA-like or RNA-like substance. In some embodiments, the polynucleotide targets PAK1 expression (eg, targets PAK1 mRNA).

ポリヌクレオチドはアンチセンス核酸及び／又はリボザイムでもよい。アンチセンス核酸は、ＰＡＫ１のＲＮＡ転写物の少なくとも一部に相補的な配列を含む。しかし、絶対的な相補性は、好ましいけれども、必要ではない。 The polynucleotide may be an antisense nucleic acid and / or a ribozyme. The antisense nucleic acid comprises a sequence that is complementary to at least a portion of the PAK1 RNA transcript. However, absolute complementarity is preferred but not necessary.

本明細書で言及される「ＲＮＡの少なくとも一部に相補的な」配列とは、前記ＲＮＡとハイブリダイズして、安定な二重鎖を形成することができるのに十分な相補性を有する配列を意味し、二本鎖ＰＡＫ１アンチセンス核酸の場合、したがって、二重鎖ＤＮＡの一本鎖を試験することができ、又は三重鎖形成をアッセイしうる。ハイブリダイズする能力は、アンチセンス核酸の相補性の程度と長さの両方に依拠することになる。一般に、ハイブリダイズしている核酸が大きいほど、核酸はＰＡＫ１ＲＮＡとそれだけ多くの塩基ミスマッチを含有するが、それでも安定な二重鎖（又は、場合によっては、三重鎖）を形成しうる。当業者であれば、ハイブリダイズした複合体の融点を決定する標準法の使用によりミスマッチの許容可能な程度を確認することができる。 As used herein, a sequence “complementary to at least a portion of RNA” is a sequence having sufficient complementarity to be able to hybridize with the RNA to form a stable duplex. In the case of double stranded PAK1 antisense nucleic acids, therefore, single strands of double stranded DNA can be tested, or triplex formation can be assayed. The ability to hybridize will depend on both the degree of complementarity and the length of the antisense nucleic acid. In general, the larger the nucleic acid that is hybridized, the more nucleic acid will contain more base mismatches with PAK1 RNA, but it may still form a stable duplex (or triplex in some cases). One skilled in the art can ascertain an acceptable degree of mismatch by using standard methods to determine the melting point of the hybridized complex.

メッセージの５’末端、例えば、ＡＵＧ開始コドンまでの５’非翻訳配列、及びＡＵＧ開始コドンを含む５’非翻訳配列に相補的であるポリヌクレオチドは翻訳の阻害に最も効率よく機能するはずである。しかし、ｍＲＮＡの３’非翻訳配列に相補的な配列も同様にｍＲＮＡの翻訳を阻害するのに効果的であることが明らかにされている。一般的には、Ｗａｇｎｅｒ，Ｒ．、１９９４、Ｎａｔｕｒｅ３７２：３３３〜３３５を参照されたい。したがって、ＰＡＫ１遺伝子の５’−又は３’−非翻訳、非コード領域のどちらかに相補的であるオリゴヌクレオチドであれば、内在性ＰＡＫ１ｍＲＮＡの翻訳を阻害するのにアンチセンスアプローチを使用することができる。ｍＲＮＡの５’非翻訳領域に相補的なポリヌクレオチドであればＡＵＧ開始コドンの相補体を含むはずである。ｍＲＮＡコード領域に相補的なアンチセンスポリヌクレオチドは翻訳を阻害する効率は低くなるが、本発明に従えば使用することができる。ＰＡＫ１ｍＲＮＡの５’−、３’−又はコード領域にハイブリダイズするように設計されていようと、アンチセンス核酸は少なくとも６ヌクレオチド長であるべきであり、好ましくは６〜約５０ヌクレオチド長に及ぶオリゴヌクレオチドである。特定の態様では、オリゴヌクレオチドは少なくとも１０ヌクレオチド、少なくとも１７ヌクレオチド、少なくとも２５ヌクレオチド又は少なくとも５０ヌクレオチドである。 Polynucleotides that are complementary to the 5 ′ end of the message, eg, the 5 ′ untranslated sequence up to the AUG start codon, and the 5 ′ untranslated sequence including the AUG start codon should function most efficiently to inhibit translation. . However, sequences complementary to the 3 'untranslated sequence of mRNA have also been shown to be effective in inhibiting mRNA translation as well. See generally Wagner, R .; 1994, Nature 372: 333-335. Thus, an antisense approach can be used to inhibit translation of endogenous PAK1 mRNA, provided that the oligonucleotide is complementary to either the 5′- or 3′-untranslated, non-coding region of the PAK1 gene. it can. A polynucleotide complementary to the 5 'untranslated region of the mRNA should contain the complement of the AUG start codon. Antisense polynucleotides complementary to the mRNA coding region are less efficient at inhibiting translation, but can be used according to the present invention. Whether designed to hybridize to the 5'-, 3'- or coding region of PAK1 mRNA, the antisense nucleic acid should be at least 6 nucleotides in length, preferably an oligonucleotide ranging from 6 to about 50 nucleotides in length. It is. In particular aspects, the oligonucleotide is at least 10 nucleotides, at least 17 nucleotides, at least 25 nucleotides or at least 50 nucleotides.

一実施態様では、本発明のＰＡＫ１アンチセンス核酸は、外来性配列の転写により細胞内で産生される。例えば、ベクター又はその一部は転写されて、ＰＡＫ１遺伝子のアンチセンス核酸（ＲＮＡ）を産生する。そのようなベクターであれば、ＰＡＫ１アンチセンス核酸をコードする配列を含有していると考えられる。そのようなベクターは、転写されて所望のアンチセンスＲＮＡを産生することができさえすれば、エピソームのままである又は染色体に組み込まれることも可能である。そのようなベクターは、当技術分野で標準的方法である組換えＤＮＡ技術により構築することができる。ベクターは、脊椎動物細胞における複製及び発現のために使用されるプラスミド、ウイルス、又は当技術分野で公知の他のものであることが可能である。ＰＡＫ１をコードする配列又はその断片の発現は、脊椎動物、好ましくはヒト細胞において作用する当技術分野で公知のいかなるプロモーターによっても可能である。そのようなプロモーターは誘導性でも構成的でも可能である。そのようなプロモーターは、ＳＶ４０初期プロモーター領域（Ｂｅｒｎｏｉｓｔ及びＣｈａｍｂｏｎ、Ｎａｔｕｒｅ２９：３０４〜３１０（１９８１））、ラウス（Ｒｏｕｓ）肉腫ウイルスの３’長末端リピートに含有されるプロモーター（Ｙａｍａｍｏｔｏら、Ｃｅｌｌ２２：７８７〜７９７（１９８０））、ヘルペスチミジンプロモーター（Ｗａｇｎｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．７８：１４４１〜１４４５（１９８１））、メタロチオネイン遺伝子の調節配列（Ｂｒｉｎｓｔｅｒら、Ｎａｔｕｒｅ２９６：３９〜４２（１９８２））、等が含まれるが、これらに限定されない。 In one embodiment, the PAK1 antisense nucleic acid of the invention is produced intracellularly by transcription of foreign sequences. For example, the vector or a portion thereof is transcribed to produce an antisense nucleic acid (RNA) of the PAK1 gene. Such a vector is considered to contain a sequence encoding a PAK1 antisense nucleic acid. Such a vector can remain episomal or become chromosomally integrated, as long as it can be transcribed to produce the desired antisense RNA. Such vectors can be constructed by recombinant DNA technology, a standard method in the art. The vector can be a plasmid, virus, or others known in the art used for replication and expression in vertebrate cells. Expression of the sequence encoding PAK1 or a fragment thereof can be by any promoter known in the art that acts in vertebrates, preferably human cells. Such promoters can be inducible or constitutive. Such promoters include the SV40 early promoter region (Bernist and Chamber, Nature 29: 304-310 (1981)), the promoter contained in the Rous sarcoma virus 3 'long terminal repeat (Yamamoto et al., Cell 22: 787-797 (1980)), herpes thymidine promoter (Wagner et al., Proc. Natl. Acad. Sci. USA 78: 1441-1445 (1981)), regulatory sequences of metallothionein genes (Brinster et al., Nature 296). : 39-42 (1982)), and the like.

低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）は、黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤としても機能することができる。ＰＡＫ１発現は、ＰＡＫ１の発現が特異的に阻害されるように、黒色腫を小二本鎖ＲＮＡ（ｄｓＲＮＡ）又は小二本鎖ＲＮＡの産生を引き起こすベクター又は構築物に接触させることにより可能である。適切なｄｓＲＮＡ又はｄｓＲＮＡコードベクターを選択するための方法は当技術分野では周知である（Ｔｕｓｃｈｉ，Ｔら、（１９９９）ＧｅｎｅｓＤｅｖ．１３（２４）：３１９１〜３１９７；Ｅｌｂａｓｈｉｒ，ＳＭら、（２００１）Ｎａｔｕｒｅ４１１：４９４〜４９８；Ｈａｎｎｏｎ，ＧＦ（２００２）Ｎａｔｕｒｅ４１８：２４４〜２５１；ＭｃＭａｎｕｓＭＴ及びＳｈａｒｐ、ＰＡ（２００２）ＮａｔｕｒｅＲｅｖｉｅｗｓＧｅｎｅｔｉｃｓ３：７３７〜７４７；Ｂｒｅｍｍｅｌｋａｍｐ，ＴＲら、（２００２）Ｓｃｉｅｎｃｅ２９６：５５０〜５５３、米国特許第６，５７３，０９９号及び米国特許第６，５０６，５５９号並びに国際特許公開第ＷＯ０１／３６６４６号、ＷＯ９９／３２６１９及びＷＯ０１／６８８３６）。ＰＡＫ１ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド配列の例には、１）ＧＡＡＧＡＧＡＧＧＴＴＣＡＧＣＴＡＡＡ、２）ＧＧＡＧＡＡＡＴＴＡＣＧＡＡＧＣＡＴＡ、３）ＡＣＣＣＡＡＡＣＡＴＴＧＴＧＡＡＴＴＡ、４）ＧＧＴＴＴＡＴＧＡＴＴＡＡＧＧＧＴＴＴが含まれるが、これらに限定されない。これらの配列はすべてＤｈａｒｍａｃｏｎ、Ｉｎｃ．より得られた。 Small interfering RNA (siRNA) can also function as a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma. PAK1 expression is possible by contacting the melanoma with a vector or construct that causes production of small double stranded RNA (dsRNA) or small double stranded RNA so that expression of PAK1 is specifically inhibited. Methods for selecting appropriate dsRNAs or dsRNA-encoding vectors are well known in the art (Tuschi, T et al. (1999) Genes Dev. 13 (24): 3191-3197; Elbashir, SM et al. (2001). Nature 411: 494-498; Hannon, GF (2002) Nature 418: 244-251; McManus MT and Sharp, PA (2002) Nature Reviews Genetics 3: 737-747; Bremelkamp, TR et al., 5ce (2002). ˜553, US Pat. No. 6,573,099 and US Pat. No. 6,506,559 and International Patent Publication Nos. WO 01/36646, WO 99/32619 and WO 01/6883. ). Examples of PAK1 siRNA oligonucleotide sequences include, but are not limited to, 1) GAAGAGAGGTTCAGCTAA, 2) GGAGAAATTACGAAGCATA, 3) ACCCAAAACTGTGAATTA, 4) GGTTTATGATTTAGAGGTTT. All of these sequences are available from Dharmacon, Inc. More obtained.

ポリペプチド
本発明は、個体において黒色腫を治療するためのＰＡＫ１活性のポリペプチド阻害剤を提供する。例えば、結合ポリペプチドは、本明細書に記載されるＰＡＫ１に好ましくは特異的に結合するポリペプチドである。幾つかの実施態様では、結合ポリペプチドはＰＡＫ１アンタゴニストである。結合ポリペプチドは、既知のポリペプチド合成法を使用して化学的に合成してもよいし、又は組換え技術を使用して調製し精製してもよい。結合ポリペプチドは通常、少なくとも約５アミノ酸長、又は少なくとも約６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５、２６、２７、２８、２９、３０、３１、３２、３３、３４、３５、３６、３７、３８、３９、４０、４１、４２、４３、４４、４５、４６、４７、４８、４９、５０、５１、５２、５３、５４、５５、５６、５７、５８、５９、６０、６１、６２、６３、６４、６５、６６、６７、６８、６９、７０、７１、７２、７３、７４、７５、７６、７７、７８、７９、８０、８１、８２、８３、８４、８５、８６、８７、８８、８９、９０、９１、９２、９３、９４、９５、９６、９７、９８、９９、又は１００アミノ酸長もしくはそれよりも長く、そのような結合ポリペプチドは、本明細書に記載されるＰＡＫ１に好ましくは特異的に結合することができる。結合ポリペプチドは、周知の技法を使用する必要以上の実験をせずに同定しうる。この点に関して、ポリペプチド標的に特異的に結合することができる結合ポリペプチドを求めてポリペプチドライブラリーをスクリーニングするための技法は当技術分野では周知であることは知られている（例えば、米国特許第５，５５６，７６２号、米国特許第５，７５０，３７３号、米国特許第４，７０８，８７１号、米国特許第４，８３３，０９２号、米国特許第５，２２３，４０９号、米国特許第５，４０３，４８４号、米国特許第５，５７１，６８９号、米国特許第５，６６３，１４３号；ＰＣＴ出願番号ＷＯ８４／０３５０６及びＷＯ８４／０３５６４；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、８１：３９９８〜４００２（１９８４）；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．Ｕ．Ｓ．Ａ．、８２：１７８〜１８２（１９８５）；Ｇｅｙｓｅｎら、ｉｎＳｙｎｔｈｅｔｉｃＰｅｐｔｉｄｅｓａｓＡｎｔｉｇｅｎｓ、１３０〜１４９（１９８６）；Ｇｅｙｓｅｎら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．Ｍｅｔｈ．、１０２：２５９〜２７４（１９８７）；Ｓｃｈｏｏｆｓら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．、１４０：６１１〜６１６（１９８８）、Ｃｗｉｒｌａ，Ｓ．Ｅ．ら、（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７：６３７８；Ｌｏｗｍａｎ，Ｈ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、３０：１０８３２；Ｃｌａｃｋｓｏｎ，Ｔ．ら、（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ、３５２：６２４；Ｍａｒｋｓ，Ｊ．Ｄ．ら、（１９９１）、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２２：５８１；Ｋａｎｇ，Ａ．Ｓ．ら、（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８８：８３６３、及びＳｍｉｔｈ，Ｇ．Ｐ．（１９９１）ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２：６６８参照）。 Polypeptides The present invention provides polypeptide inhibitors of PAK1 activity for treating melanoma in an individual. For example, a binding polypeptide is a polypeptide that preferably specifically binds to PAK1 as described herein. In some embodiments, the binding polypeptide is a PAK1 antagonist. The binding polypeptide may be chemically synthesized using known polypeptide synthesis methods or may be prepared and purified using recombinant techniques. The binding polypeptide is typically at least about 5 amino acids in length, or at least about 6, 7, 8, 9, 10, 11, 12, 13, 14, 15, 16, 17, 18, 19, 20, 21, 22, 23. 24, 25, 26, 27, 28, 29, 30, 31, 32, 33, 34, 35, 36, 37, 38, 39, 40, 41, 42, 43, 44, 45, 46, 47, 48 49, 50, 51, 52, 53, 54, 55, 56, 57, 58, 59, 60, 61, 62, 63, 64, 65, 66, 67, 68, 69, 70, 71, 72, 73 74, 75, 76, 77, 78, 79, 80, 81, 82, 83, 84, 85, 86, 87, 88, 89, 90, 91, 92, 93, 94, 95, 96, 97, 98 99, or 100 amino acids long or longer, Binding polypeptides, such as is preferably the PAK1 described herein can specifically bind. A binding polypeptide can be identified without undue experimentation using known techniques. In this regard, techniques for screening polypeptide libraries for binding polypeptides that can specifically bind to a polypeptide target are known to be well known in the art (eg, US patents). US Pat. No. 5,556,762, US Pat. No. 5,750,373, US Pat. No. 4,708,871, US Pat. No. 4,833,092, US Pat. No. 5,223,409, US Pat. No. 5,403,484, US Pat. No. 5,571,689, US Pat. No. 5,663,143; PCT application numbers WO84 / 03506 and WO84 / 03564; Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A., 81: 3998-4002 (1984); Geysen et al., Proc. Natl. Acad. Sc. U.S.A., 82: 178-182 (1985); Geysen et al., In Synthetic Peptides as Antigens, 130-149 (1986); Geysen et al., J. Immunol. Meth., 102: 259-274 (1987). Schoofs et al., J. Immunol., 140: 611-616 (1988), Cwirla, SE et al. (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87: 6378; (1991) Biochemistry, 30: 10832; Clackson, T. et al., (1991) Nature, 352: 624; Marks, JD et al., (1991), J. Mol. Biol., 222: 581; , AS et al. (1991) Proc.Natl.Acad.Sci.USA, 88: 8363, and Smith, G.P (1991) Current Opin.Biotechnol, 2:.. 668 reference).

この点に関して、バクテリオファージ（ファージ）ディスプレイは、大量のポリペプチドライブラリーをスクリーニングして、標的ＰＡＫ１に特異的に結合することができるライブラリーの一又は複数のメンバーを同定することができる１つの周知の技法である。ファージディスプレイは、変異体ポリペプチドがバクテリオファージ粒子の表面上のコートタンパク質への融合タンパク質として提示される技法である（Ｓｃｏｔｔ，Ｊ．Ｋ．及びＳｍｉｔｈ，Ｇ．Ｐ．（１９９０）Ｓｃｉｅｎｃｅ、２４９：３８６）。ファージディスプレイの有用性は、選択的に無作為化されたタンパク質変異体（又は無作為にクローニングされたｃＤＮＡ）の大きなライブラリーを、標的分子に高親和性で結合する配列について迅速かつ効率的に分類することができることにある。ファージ上へのペプチド（Ｃｗｉｒｌａ，Ｓ．Ｅ．ら、（１９９０）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７：６３７８）又はタンパク質（Ｌｏｗｍａｎ，Ｈ．Ｂ．ら、（１９９１）Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ、３０：１０８３２；Ｃｌａｃｋｓｏｎ，Ｔ．ら、（１９９１）Ｎａｔｕｒｅ、３５２：６２４；ＭａｒｋｓＪ．Ｄ．ら、（１９９１）、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．、２２２：５８１；Ｋａｎｇ，Ａ．Ｓ．ら、（１９９１）Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８８：８３６３）ライブラリーの提示は、特異的結合特性を有するものを求めて何百万のポリペプチド又はオリゴペプチドをスクリーニングするために使用されてきた（Ｓｍｉｔｈ，Ｇ．Ｐ．（１９９１）ＣｕｒｒｅｎｔＯｐｉｎ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌ．、２：６６８）。ランダム変異体のファージライブラリーを分類するには、多数の変異体を構築し増殖させるための戦略、標的受容体を使用する親和性精製のための手順、及び結合濃縮の結果を評価する手段が必要である。米国特許第５，２２３，４０９号、米国特許第５，４０３，４８４号、米国特許第５，５７１，６８９号、及び米国特許第５，６６３，１４３号。 In this regard, bacteriophage (phage) display is one well-known one that can screen large amounts of polypeptide libraries to identify one or more members of the library that can specifically bind to the target PAK1. Technique. Phage display is a technique in which mutant polypeptides are presented as fusion proteins to coat proteins on the surface of bacteriophage particles (Scott, JK and Smith, GP (1990) Science, 249: 386). The usefulness of phage display is the ability to rapidly and efficiently generate large libraries of selectively randomized protein variants (or randomly cloned cDNA) for sequences that bind with high affinity to target molecules. It can be classified. Peptides on phage (Cwirla, SE et al., (1990) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 87: 6378) or proteins (Lowman, HB et al., (1991) Biochemistry, 30: 10832 Clackson, T. et al., (1991) Nature, 352: 624; Marks J.D. et al., (1991), J. Mol. Biol., 222: 581; Kang, AS, et al., (1991) Proc. Natl.Acad.Sci.USA, 88: 8363) Library display has been used to screen millions of polypeptides or oligopeptides for specific binding properties (Smith, GP (1991) Current Opin. hnol, 2:. 668). To classify a phage library of random mutants, strategies for constructing and growing a large number of mutants, procedures for affinity purification using target receptors, and means to evaluate the results of binding enrichment is necessary. U.S. Patent No. 5,223,409, U.S. Patent No. 5,403,484, U.S. Patent No. 5,571,689, and U.S. Patent No. 5,663,143.

大半のファージディスプレイ法は繊維状ファージを使用してきたが、ラムダ状ファージディスプレイシステム（ＷＯ９５／３４６８３；Ｕ．Ｓ．５，６２７，０２４）、Ｔ４ファージディスプレイシステム（Ｒｅｎら、Ｇｅｎｅ、２１５：４３９（１９９８）；Ｚｈｕら、ＣａｎｃｅｒＲｅｓｅａｒｃｈ、５８（１５）：３２０９〜３２１４（１９９８）；Ｊｉａｎｇら、Ｉｎｆｅｃｔｉｏｎ＆Ｉｍｍｕｎｉｔｙ、６５（１１）：４７７０〜４７７７（１９９７）；Ｒｅｎら、Ｇｅｎｅ、１９５（２）：３０３〜３１１（１９９７）；Ｒｅｎ、ＰｒｏｔｅｉｎＳｃｉ．、５：１８３３（１９９６）；Ｅｆｉｍｏｖら、ＶｉｒｕｓＧｅｎｅｓ、１０：１７３（１９９５））及びＴ７ファージディスプレイシステム（Ｓｍｉｔｈ及びＳｃｏｔｔ、ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ、２１７：２２８〜２５７（１９９３）；Ｕ．Ｓ．５，７６６，９０５）も知られている。 Most phage display methods have used filamentous phage, but the lambda phage display system (WO95 / 34683; US 5,627,024), the T4 phage display system (Ren et al., Gene, 215: 439). 1998); Zhu et al., Cancer Research, 58 (15): 3209-3214 (1998); Jiang et al., Infection & Immunity, 65 (11): 4770-4777 (1997); Ren et al., Gene, 195 (2): 303- 311 (1997); Ren, Protein Sci., 5: 1833 (1996); Efimov et al., Virus Genes, 10: 173 (1995)) and the T7 phage display system (Smith and Scott). Methods in Enzymology, 217: 228~257 (1993); U.S.5,766,905) are also known.

追加の改良により、選択された標的分子への結合についてペプチドライブラリーをスクリーニングし、所望の特性を求めてこれらのタンパク質をスクリーニングする可能性のある機能的タンパク質を提示するディスプレイシステムの能力は増強されている。ファージディスプレイ反応のためのコンビナトリアル反応装置が開発され（ＷＯ９８／１４２７７）、ファージディスプレイライブラリーを使用して、二分子相互作用（ＷＯ９８／２０１６９；ＷＯ９８／２０１５９）及び束縛されたヘリックスペプチドの特性（ＷＯ９８／２００３６）を解析し制御してきた。ＷＯ９７／３５１９６は、ファージディスプレイライブラリーを、リガンドが標的分子に結合する１つの溶液とアフィニティーリガンドが標的分子に結合しない第２の溶液に接触させて、結合リガンドを選択的に単離する、アフィニティーリガンドを単離する方法を記載している。ＷＯ９７／４６２５１は、ランダムファージディスプレイライブラリーを親和性精製された抗体でバイオパンし、次に結合ファージを単離し、続いて高親和性結合ファージを単離するためのマイクロプレートウェルを使用するマイクロパンニングプロセスの方法を記載している。親和性タグとしての黄色ブドウ球菌（Ｓｔａｐｈｙｌｏｃｏｃｃｕｓａｕｒｅｕｓ）タンパク質Ａの使用も報告されている（Ｌｉら、（１９９８）ＭｏｌＢｉｏｔｅｃｈ．、９：１８７）。ＷＯ９７／４７３１４は、ファージディスプレイライブラリーであることもあるコンビナトリアルライブラリーを使用して酵素特異性を区別するための基質サブストラクションライブラリーの使用を記載している。ファージディスプレイを使用する洗剤中で使用するのに適した酵素を選択するための方法はＷＯ９７／０９４４６に記載されている。特異的結合タンパク質を選択する追加の方法は、米国特許第５，４９８，５３８号、米国特許第５，４３２，０１８号、及びＷＯ９８／１５８３３に記載されている。 Additional improvements enhance the display system's ability to screen peptide libraries for binding to selected target molecules and present functional proteins that may screen these proteins for desired properties. ing. Combinatorial reactors for phage display reactions have been developed (WO 98/14277) and using phage display libraries, bimolecular interactions (WO 98/20169; WO 98/20159) and the properties of constrained helical peptides (WO 98 / 20036) has been analyzed and controlled. WO 97/35196 contacts a phage display library with one solution in which the ligand binds to the target molecule and a second solution in which the affinity ligand does not bind to the target molecule to selectively isolate the bound ligand. A method for isolating a ligand is described. WO 97/46251 uses a microplate well to biopan a random phage display library with affinity-purified antibodies, then isolate bound phage and subsequently isolate high affinity bound phage. The method of the panning process is described. The use of Staphylococcus aureus protein A as an affinity tag has also been reported (Li et al. (1998) Mol Biotech., 9: 187). WO 97/47314 describes the use of a substrate subtraction library to distinguish enzyme specificities using a combinatorial library that may be a phage display library. A method for selecting enzymes suitable for use in detergents using phage display is described in WO 97/09446. Additional methods for selecting specific binding proteins are described in US Pat. No. 5,498,538, US Pat. No. 5,432,018, and WO 98/15833.

ペプチドライブラリーを作製しこれらのライブラリーをスクリーニングする方法も、米国特許第５，７２３，２８６号、米国特許第５，４３２，０１８号、米国特許第５，５８０，７１７号、米国特許第５，４２７，９０８号、米国特許第５，４９８，５３０号、米国特許第５，７７０，４３４号、米国特許第５，７３４，０１８号、米国特許第５，６９８，４２６号、米国特許第５，７６３，１９２号、及び米国特許第５，７２３，３２３号に開示されている。 Methods for generating peptide libraries and screening these libraries are also described in US Pat. No. 5,723,286, US Pat. No. 5,432,018, US Pat. No. 5,580,717, US Pat. , 427,908, US Pat. No. 5,498,530, US Pat. No. 5,770,434, US Pat. No. 5,734,018, US Pat. No. 5,698,426, US Pat. 763, 192, and US Pat. No. 5,723,323.

抗体
本発明の幾つかの実施態様では、個体において黒色腫を治療するためのＰＡＫ１阻害剤は、ＰＡＫ１に結合する単離された抗体である。幾つかの実施態様では、抗体はヒト化されている。本発明の追加の態様では、抗ＰＡＫ１抗体又はＰＡＫ１を阻害する抗体は機能する。幾つかの実施態様では、抗体は、キメラ、ヒト化又はヒト抗体を含むモノクローナル抗体である。幾つかの実施態様では、抗体は、抗体断片、例えば、Ｆｖ、Ｆａｂ、Ｆａｂ’、ｓｃＦｖ、ダイアボディ、又はＦ（ａｂ’）２断片である。別の実施態様では、抗体は完全長抗体、例えば、無傷のＩｇＧ１’’抗体又は本明細書で定義される他の抗体クラスもしくはアイソタイプである。 Antibodies In some embodiments of the invention, the PAK1 inhibitor for treating melanoma in an individual is an isolated antibody that binds to PAK1. In some embodiments, the antibody is humanized. In additional aspects of the invention, anti-PAK1 antibodies or antibodies that inhibit PAK1 function. In some embodiments, the antibody is a monoclonal antibody, including a chimeric, humanized or human antibody. In some embodiments, the antibody is an antibody fragment, eg, an Fv, Fab, Fab ′, scFv, diabody, or F (ab ′) 2 fragment. In another embodiment, the antibody is a full-length antibody, eg, an intact IgG1 ″ antibody or other antibody class or isotype as defined herein.

ある特定の実施態様では、本明細書に提供される抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体が想定されている。例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドの結合親和性及び／又は他の生物学的特性を改善するのが望ましいことがある。抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列変異体は、適切な改変を抗体及び／又は結合ポリペプチドをコードするヌクレオチド配列中に導入することにより、又はペプチド合成により調製しうる。そのような改変には、例えば、抗体及び／又は結合ポリペプチドのアミノ酸配列からの残基の欠失、及び／又は内への残基の挿入及び／又は残基の置換が含まれる。最終構築物が所望の特徴、例えば、標的結合性を有するのであれば、欠失、挿入、及び置換のどんな組合せでも行って最終構築物に到達することができる。 In certain embodiments, amino acid sequence variants of the antibodies and / or binding polypeptides provided herein are envisioned. For example, it may be desirable to improve the binding affinity and / or other biological properties of the antibody and / or binding polypeptide. Amino acid sequence variants of the antibody and / or binding polypeptide can be prepared by introducing appropriate modifications into the nucleotide sequence encoding the antibody and / or binding polypeptide, or by peptide synthesis. Such modifications include, for example, deletion of residues from the amino acid sequence of the antibody and / or binding polypeptide, and / or insertion of residues therein and / or substitution of residues. Any combination of deletions, insertions, and substitutions can be made to arrive at the final construct, provided that the final construct has the desired characteristics, eg, target binding.

ある特定の実施態様では、一又は複数のアミノ酸置換を有する抗体変異体及び／又は結合ポリペプチド変異体が提供される。置換的変異誘発のための対象の部位には、ＨＶＲ及びＦＲが含まれる。アミノ酸置換は対象の抗体及び／又は結合ポリペプチドに導入され、生成物は、所望の活性、例えば、保持された／改善された抗原結合性、減少した免疫原性、又は改善されたＡＤＣＣもしくはＣＤＣについてスクリーニングされうる。 In certain embodiments, antibody variants and / or binding polypeptide variants having one or more amino acid substitutions are provided. Sites of interest for substitutional mutagenesis include HVR and FR. Amino acid substitutions are introduced into the antibody and / or binding polypeptide of interest, and the product is the desired activity, eg, retained / improved antigen binding, decreased immunogenicity, or improved ADCC or CDC. Can be screened for.

置換的変異体の一種は、親抗体（例えば、ヒト化又はヒト抗体）の一又は複数の高頻度可変領域残基を置換することを伴う。一般に、さらなる研究のために選択される一又は複数のこうして得られる変異体は、親抗体と比べてある種の生物学的特性（例えば、増加した親和性、減少した免疫原性）に改変（例えば、改善）を有することになる及び／又は親抗体のある種の生物学的特性を実質的に保持していることになる。例となる置換的変異体は親和性成熟抗体であり、この抗体は、例えば、本明細書に記載されている技法などのファージディスプレイベースの親和性成熟技法を使用して都合よく産生しうる。手短に言えば、一又は複数のＨＶＲ残基は変異され、変異体抗体はファージ上に提示され、特定の生物活性（例えば、結合親和性）を求めてスクリーニングされる。 One type of substitutional variant involves substituting one or more hypervariable region residues of a parent antibody (eg, a humanized or human antibody). In general, one or more of the resulting mutants selected for further study is altered to certain biological properties (eg, increased affinity, decreased immunogenicity) relative to the parent antibody ( (E.g., improved) and / or substantially retain certain biological properties of the parent antibody. An exemplary substitutional variant is an affinity matured antibody, which can be conveniently produced using phage display-based affinity maturation techniques, such as, for example, the techniques described herein. Briefly, one or more HVR residues are mutated and the mutant antibody is displayed on a phage and screened for a specific biological activity (eg, binding affinity).

例えば、抗体親和性を改善するために、ＨＶＲにおいて変更（例えば、置換）を加えることもできる。そのような変更はＨＶＲ「ホットスポット」、すなわち、体細胞成熟過程中に高頻度で突然変異を受けるコドンによりコードされている残基（例えば、Ｃｈｏｗｄｈｕｒｙ、ＭｅｔｈｏｄｓＭｏｌ．Ｂｉｏｌ．２０７：１７９〜１９６（２００８）参照）、及び／又はＳＤＲ（ａ−ＣＤＲ）において加えることができ、こうして得られる変異体ＶＨ又はＶＬは結合親和性について試験される。二次ライブラリーを構築しそこから再選択することによる親和性成熟は、例えば、Ｈｏｏｇｅｎｂｏｏｍら、ｉｎＭｅｔｈｏｄｓｉｎＭｏｌｅｃｕｌａｒＢｉｏｌｏｇｙ１７８：１〜３７（Ｏ’Ｂｒｉｅｎら、編、ＨｕｍａｎＰｒｅｓｓ、Ｔｏｔｏｗａ、ＮＪ（２００１））に記載された。親和性成熟の幾つかの実施態様では、種々の方法（例えば、エラープローンＰＣＲ、チェインシャッフリング、又はオリゴヌクレオチド指定突然変異）のうちのいずれかにより成熟のために選択された可変遺伝子に多様性が導入される。次に、二次ライブラリーが作製される。次に、前記ライブラリーはスクリーニングされて、所望の親和性を有る任意の抗体変異体を同定する。多様性を導入する別の方法は、幾つかのＨＶＲ領域（例えば、１度に４〜６残基）がランダム化されるＨＶＲ指向性アプローチを伴う。抗原結合に関与するＨＶＲ残基は、例えば、アラニンスキャニング変異誘発又はモデリングを使用して、特異的に同定しうる。ＣＤＲ−Ｈ３及びＣＤＲ−Ｌ３は特に標的にされることが多い。 For example, changes (eg, substitutions) can be made in the HVR to improve antibody affinity. Such changes are HVR “hot spots”, ie, residues encoded by codons that are frequently mutated during the process of somatic maturation (see, for example, Chowdhury, Methods Mol. Biol. 207: 179-196 ( 2008)), and / or in SDR (a-CDR), and the mutant VH or VL thus obtained is tested for binding affinity. Affinity maturation by constructing a secondary library and reselecting from it is described, for example, by Hoogenboom et al., In Methods in Molecular Biology 178: 1-37 (O'Brien et al., Ed., Human Press, Toyota, NJ (2001). ). In some embodiments of affinity maturation, the variable genes selected for maturity by any of a variety of methods (eg, error-prone PCR, chain shuffling, or oligonucleotide-directed mutations) be introduced. Next, a secondary library is created. The library is then screened to identify any antibody variants that have the desired affinity. Another method of introducing diversity involves an HVR-directed approach where several HVR regions (eg, 4-6 residues at a time) are randomized. HVR residues involved in antigen binding can be specifically identified using, for example, alanine scanning mutagenesis or modeling. CDR-H3 and CDR-L3 are often particularly targeted.

ある特定の実施態様では、置換、挿入、又は欠失は、そのような変更が抗原に結合する抗体の能力を実質的に減少させない限り、一又は複数のＨＶＲ内で起こってもよい。例えば、結合親和性を実質的に減少させない保存的変更（例えば、本明細書で提供される保存的置換）をＨＶＲにおいて加えうる。そのような変更はＨＶＲ「ホットスポット」又はＳＤＲの外側であってよい。上に提供される変異体ＶＨ及びＶＬ配列のある特定の実施態様では、それぞれのＨＶＲは変更されない、又は１つ以下、２つ以下又は３つ以下のアミノ酸置換を含有する。 In certain embodiments, substitutions, insertions, or deletions may occur within one or more HVRs as long as such changes do not substantially reduce the antibody's ability to bind antigen. For example, conservative changes (eg, conservative substitutions provided herein) that do not substantially reduce binding affinity may be made in the HVR. Such changes may be outside the HVR “hot spot” or SDR. In certain embodiments of the variant VH and VL sequences provided above, each HVR is unaltered or contains no more than 1, no more than 2, or no more than 3 amino acid substitutions.

併用療法
本明細書に記載される方法のＰＡＫ１阻害剤は、黒色腫の治療のための療法において単独で又は他の薬物と組み合わせて使用することができる。例えば、本明細書に記載されるＰＡＫ１阻害剤は、別のＰＡＫ１阻害剤を含む少なくとも１つの追加の治療薬と同時投与することができる。ある種の実施態様では、追加の治療薬は化学療法薬である。幾つかの実施態様では、追加の治療薬は、アルデスロイキン、ダカルバジン、ＤＴＩＣ−Ｄｏｍｅ（ダカルバジン）、イピリムマブ、プロロイキン（Ｐｒｏｌｅｕｋｉｎ）（アルデスロイキン）、ベムラフェニブ、エルボイ（Ｙｅｒｖｏｙ）（イピリムマブ）、及び／又はゼルボラフ（Ｚｅｌｂｏｒａｆ）（ベムラフェニブ）でもよい。併用療法におけるＰＡＫ１阻害剤の使用の例は、２０１１年１１月１４日提出のＰＣＴ／ＥＰ２０１１／０７０００８により与えられる。 Combination Therapy The PAK1 inhibitor of the methods described herein can be used alone or in combination with other drugs in therapy for the treatment of melanoma. For example, a PAK1 inhibitor described herein can be co-administered with at least one additional therapeutic agent that includes another PAK1 inhibitor. In certain embodiments, the additional therapeutic agent is a chemotherapeutic agent. In some embodiments, the additional therapeutic agent is aldesleukin, dacarbazine, DTIC-Dome (dacarbazine), ipilimumab, Proleukin (Aldesleukin), vemurafenib, Yervoy (ipilimumab), and / or It may be Zelboraf (Bemurafenib). An example of the use of a PAK1 inhibitor in combination therapy is given by PCT / EP2011 / 070008 filed November 14, 2011.

上記のそのような併用療法は、併用投与（２つ以上の治療薬が同じ又は別々の製剤中に含まれる）及び個別投与を包含しており、後者の場合、ＰＡＫ１阻害剤の投与は、追加の治療薬及び／又はアジュバントの投与に先立って、同時に、及び／又は続いて行うことができる。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤は、放射線療法と組み合わせて個体における黒色腫の治療のために使用される。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤は、個体からの黒色腫のすべて又は一部の外科切除と組み合わせて個体における黒色腫の治療のために使用される。 Such combination therapies described above include combination administration (two or more therapeutic agents are contained in the same or separate formulations) and separate administration, in which case administration of the PAK1 inhibitor is additional Prior to and / or subsequent to the administration of the therapeutic agent and / or adjuvant. In some embodiments, the PAK1 inhibitor is used for the treatment of melanoma in an individual in combination with radiation therapy. In some embodiments, the PAK1 inhibitor is used for the treatment of melanoma in an individual in combination with surgical excision of all or part of the melanoma from the individual.

本発明の幾つかの実施態様では、個体は、例えば、抗癌療法を使用して、前もって黒色腫の治療を受けている。一例では、抗癌療法は手術である。別の実施態様では、対象は、ＰＡＫ１阻害剤の投与前に、投与中に（例えば、同時に）、又は投与後に追加の抗癌療法で更に治療されていてもよい。抗癌療法の例には、限定せずに、手術、放射線療法、生物療法、免疫療法、化学療法、又はこれらの療法の組合せが含まれる。 In some embodiments of the invention, the individual has been previously treated for melanoma, for example using anti-cancer therapy. In one example, the anticancer therapy is surgery. In another embodiment, the subject may have been further treated with additional anti-cancer therapy before, during (eg, simultaneously) or after administration of the PAK1 inhibitor. Examples of anti-cancer therapy include, without limitation, surgery, radiation therapy, biotherapy, immunotherapy, chemotherapy, or a combination of these therapies.

投与経路
投与経路は、単一もしくは複数ボーラス又は適切な様式、例えば、皮下、静脈内、腹腔内、筋肉内、動脈内、病変内もしくは関節内経路による注射もしくは注入、局所投与、吸入での長期間にわたる注入による、又は徐放もしくは持続放出手段によるなどの公知の認められた方法に従う。幾つかの実施態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤が個体の静脈内に投与される、個体において黒色腫をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法を提供する。他の実施態様では、本発明は、ＰＡＫ１阻害剤が個体に局所的に投与される、個体において黒色腫をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法を提供する。 Route of administration The route of administration can be single or multiple boluses or an appropriate mode, e.g. injection or infusion by subcutaneous, intravenous, intraperitoneal, intramuscular, intraarterial, intralesional or intraarticular route, local administration, long inhalation. In accordance with known accepted methods such as by infusion over a period of time or by means of sustained or sustained release. In some embodiments, the invention provides a method for treating melanoma with an PAK1 inhibitor in an individual, wherein the PAK1 inhibitor is administered intravenously in the individual. In another embodiment, the invention provides a method for treating melanoma with an PAK1 inhibitor in an individual, wherein the PAK1 inhibitor is administered locally to the individual.

医薬組成物
本発明の方法では、本発明の治療製剤は、所望の純度を有するＰＡＫ１阻害剤を任意選択の生理的に許容される担体、賦形剤又は安定化剤（Ｒｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ第１６版、Ｏｓｏｌ、Ａ．編（１９８０））と混合することにより、凍結乾燥製剤又は水溶液の形態で保存するために調製される。許容される担体、賦形剤又は安定化剤は、用いられる投与量及び濃度ではレシピエントには無毒であり、リン酸、クエン酸、及び他の有機酸などのバッファー；アスコルビン酸及びメチオニンを含む抗酸化剤；保存料（例えば、オクタデシルジメチルベンジル塩化アンモニウム；塩化ヘキサメトニウム；塩化ベンザルコニウム；塩化ベンゼトニウム；フェノール、ブチル又はベンジルアルコール；メチル又はプロピルパラベンなどのアルキルパラベン；カテコール；レゾルシノール；シクロヘキサノール；３−ペンタノール；及びｍ−クレゾール）；低分子量（約１０残基未満）ポリペプチド；血清アルブミン、ゼラチン、又は免疫グロブリンなどのタンパク質；ポリビニルピロリドンなどの親水性ポリマー；グリシン、グルタミン、アスパラギン、ヒスチジン、アルギニン、又はリジンなどのアミノ酸；グルコース、マンノース、又はデキストリンを含む単糖類、二糖類、及び他の炭水化物；ＥＤＴＡなどのキレート剤；ショ糖、マンニトール、トレハロース又はソルビトールなどの糖；ナトリウムなどの塩形成対イオン；金属複合体（例えば、Ｚｎ−タンパク質複合体）；並びに／又はＴＷＥＥＮ（商標）、ＰＬＵＲＯＮＩＣＳ（商標）もしくはポリエチレングリコール（ＰＥＧ）などの非イオン性界面活性剤が含まれる。 Pharmaceutical Compositions In the methods of the present invention, the therapeutic formulations of the present invention comprise a PAK1 inhibitor having a desired purity and any physiologically acceptable carrier, excipient or stabilizer (Remington's Pharmaceutical Sciences 16 edition, Osol, A. Ed. (1980)) and prepared for storage in the form of a lyophilized formulation or an aqueous solution. Acceptable carriers, excipients or stabilizers are nontoxic to recipients at the dosages and concentrations used and include buffers such as phosphate, citrate, and other organic acids; ascorbic acid and methionine Antioxidants; preservatives (eg octadecyldimethylbenzyl ammonium chloride; hexamethonium chloride; benzalkonium chloride; benzethonium chloride; phenol, butyl or benzyl alcohol; alkyl parabens such as methyl or propyl paraben; catechol; resorcinol; cyclohexanol 3-pentanol; and m-cresol); low molecular weight (less than about 10 residues) polypeptide; protein such as serum albumin, gelatin, or immunoglobulin; hydrophilic polymer such as polyvinylpyrrolidone; glycine, glutamine, aspa Amino acids such as gin, histidine, arginine, or lysine; monosaccharides, disaccharides and other carbohydrates including glucose, mannose, or dextrin; chelating agents such as EDTA; sugars such as sucrose, mannitol, trehalose or sorbitol; sodium Salt-forming counterions such as: metal complexes (eg, Zn-protein complexes); and / or nonionic surfactants such as TWEEN ™, PLURONICS ™, or polyethylene glycol (PEG).

本明細書の製剤は治療されている特定の適応症に必要な１つよりも多い、好ましくは互いに悪影響を与えない補完的活性を有する活性成分も含有しうる。例えば、免疫抑制剤を更に与えるのが望ましこともある。そのような分子は、意図している目的に有効である量で組み合わせて適切に存在している。 The formulations herein may also contain more than one active ingredient as necessary for the particular indication being treated, preferably with complementary activities that do not adversely affect each other. For example, it may be desirable to further provide an immunosuppressant. Such molecules are suitably present in combination in amounts that are effective for the purpose intended.

活性成分はまた、コロイド薬送達システム（例えば、リポソーム、アルブミンミクロスフェア、マイクロエマルション、ナノ粒子及びナノカプセル）において又はマクロエマルションにおいて、例えば、コアセルベーション技法により又は界面重合により調製されるマイクロカプセル、例えば、それぞれヒドロキシメチルセルロース又はゼラチンマイクロカプセル及びポリ−（メタクリル酸メチル）マイクロカプセルに封入してもよい。そのような技法はＲｅｍｉｎｇｔｏｎ’ｓＰｈａｒａｍａｃｅｕｔｉｃａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ第１６版Ｏｓｏｌ，Ａ．編（１９８０）に開示されている。 The active ingredients are also microcapsules prepared in colloid drug delivery systems (eg liposomes, albumin microspheres, microemulsions, nanoparticles and nanocapsules) or in macroemulsions, eg by coacervation techniques or by interfacial polymerization, For example, they may be encapsulated in hydroxymethylcellulose or gelatin microcapsules and poly- (methyl methacrylate) microcapsules, respectively. Such techniques are described in Remington's Pharmaceutical Sciences 16th edition Osol, A .; Ed. (1980).

徐放性製剤を調製しうる。徐放性製剤の適切な例には、抗体を含有する固形疎水性ポリマーの半透性マトリックスが含まれ、前記マトリックスは造形品、例えば、フィルム又はマイクロカプセルの形状をしている。 Sustained release formulations may be prepared. Suitable examples of sustained release formulations include a semi-permeable matrix of solid hydrophobic polymer containing antibodies, said matrix being in the form of a shaped article, for example a film or a microcapsule.

徐放性マトリックスの例には、ポリエステル、ハイドロゲル（例えば、ポリ（２−ヒドロキシエチル−メタクリル酸）、又はポリ（ビニルアルコール））、ポリ乳酸（米国特許第３，７７３，９１９号）、Ｌ−グルタミン酸とγエチル−Ｌ−グルタメートのコポリマー、非分解性エチレン−酢酸ビニル、ＬＵＰＲＯＮＤＥＰＯＴ（商標）（乳酸−グリコール酸コポリマーと酢酸リュープロリドで構成された注射用マイクロスフィア）などの分解性乳酸−グリコール酸コポリマー、及びポリ−Ｄ−（−）−３−ヒドロキシ酪酸が含まれる。エチレン酢酸ビニル及び乳酸−グリコール酸などのポリマーは１００日間以上の間分子の放出を可能にするが、ある種のハイドロゲルがタンパク質を放出するのはもっと短い期間である。被包性抗体は、長時間身体内に残る場合、３７℃での湿気への曝露の結果として変性する又は凝集し、生物活性を喪失し免疫原性が変化することが起こり得る。関与する機序に応じて、安定化のための合理的戦略を考案することが可能である。例えば、凝集機序がチオ−ジスルフィド交換を通じた分子間Ｓ−Ｓ結合形成であることが分かった場合、スルフヒドリル残基を改変する、酸性溶液から凍結乾燥する、含水量を制御する、適切な添加剤を使用する、及び特異的なポリマーマトリックス組成物を開発することにより安定化を達成することができる。 Examples of sustained release matrices include polyesters, hydrogels (eg, poly (2-hydroxyethyl-methacrylic acid), or poly (vinyl alcohol)), polylactic acid (US Pat. No. 3,773,919), L Degradable lactic acid-glycols such as copolymers of glutamic acid and γ ethyl-L-glutamate, non-degradable ethylene-vinyl acetate, LUPRON DEPOT ™ (microspheres for injection composed of lactic acid-glycolic acid copolymer and leuprolide acetate) Acid copolymers and poly-D-(-)-3-hydroxybutyric acid are included. While polymers such as ethylene vinyl acetate and lactic acid-glycolic acid allow release of molecules for over 100 days, certain hydrogels release proteins for a shorter period of time. When encapsulated antibodies remain in the body for extended periods of time, they can denature or aggregate as a result of exposure to moisture at 37 ° C., resulting in loss of biological activity and altered immunogenicity. Depending on the mechanism involved, it is possible to devise a rational strategy for stabilization. For example, if the aggregation mechanism is found to be intermolecular SS bond formation through thio-disulfide exchange, modify sulfhydryl residues, lyophilize from acidic solution, control water content, appropriate addition Stabilization can be achieved using agents and by developing specific polymer matrix compositions.

幾つかの態様では、本発明は、黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が非癌性細胞、例えば、非癌性皮膚細胞と比べて黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫であり、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており及び／又はＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、本発明は哺乳動物における黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物を提供する。幾つかの実施態様において、本発明はヒトにおける黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物を提供する。 In some aspects, the present invention provides a composition comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma compared to non-cancerous cells, eg, non-cancerous skin cells. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the melanoma is a mutant BRAF melanoma, the melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells and / or PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the present invention provides a composition comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma in a mammal. In some embodiments, the present invention provides a composition comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma in a human.

幾つかの態様では、本発明は、黒色腫の治療のための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が非癌性細胞、例えば、非癌性皮膚細胞と比べて黒色腫において過剰発現されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は、ＰＡＫ１が黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１が黒色腫において増幅されている野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１は黒色腫において過剰発現されており、ＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫は突然変異ＢＲＡＦ黒色腫であり、黒色腫は非癌性細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現しており及び／又はＰＡＫ１は黒色腫において増幅されている。幾つかの実施態様では、本発明は、哺乳動物における黒色腫の治療のための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。幾つかの実施態様では、本発明は、ヒトにおける黒色腫の治療のための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。 In some aspects, the present invention provides the use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for the treatment of melanoma. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma compared to non-cancerous cells, eg, non-cancerous skin cells. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma in which PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is a wild type BRAF melanoma in which PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, PAK1 is overexpressed in melanoma and PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the melanoma is mutant BRAF melanoma. In some embodiments, the melanoma is a mutant BRAF melanoma, the melanoma overexpresses PAK1 relative to non-cancerous cells and / or PAK1 is amplified in melanoma. In some embodiments, the present invention provides the use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for the treatment of melanoma in a mammal. In some embodiments, the present invention provides the use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for the treatment of melanoma in a human.

キット
本発明は、本明細書に記載される方法のいずれかにおける使用のためのキット、医薬、組成物、及び単位剤形も提供する。 Kits The present invention also provides kits, medicaments, compositions, and unit dosage forms for use in any of the methods described herein.

本発明のキットは、ＰＡＫ１阻害剤（又は単位剤形及び／もしくは製品）を含む一又は複数の容器を含み、幾つかの実施態様では、本明細書に記載される方法のいずれかに従った黒色腫の治療において使用するための使用説明書を更に含む。キットは、治療に適している個体の選択（例えば、ＢＲＡＦ遺伝子型に基づく選択）に関する記述を更に含んでいてもよい。本発明のキットに供給される使用説明書は典型的にはラベル又は添付文書（例えば、キット中に含まれる紙シート）に使用説明書が書かれているが、機械読取り可能使用説明書（例えば、磁気又は光記憶ディスク上に保持される使用説明書）も受け入れられる。幾つかの実施態様では、キットは別の治療薬も更に含む。 The kit of the invention comprises one or more containers comprising a PAK1 inhibitor (or unit dosage form and / or product), and in some embodiments, according to any of the methods described herein. Further included are instructions for use in the treatment of melanoma. The kit may further include a description regarding selection of individuals suitable for treatment (eg, selection based on BRAF genotype). The instructions supplied with the kit of the invention are typically written on a label or package insert (eg, a paper sheet included in the kit), but machine-readable instructions (eg, Instructions held on magnetic or optical storage disks) are also accepted. In some embodiments, the kit further includes another therapeutic agent.

本発明のキットは適切に包装されている。適切な包装には、バイアル、瓶、広口瓶、フレキシブル包装（例えば、密封マイラー又はプラスチック袋）などが含まれるが、これらに限定されない。キットは場合により、バッファーなどの追加の成分及び解説情報を提供してもよい。したがって、本出願は、バイアル（密封バイアルなどの）、瓶、広口瓶、フレキシブル包装などを含む、製品も提供する。 The kit of the present invention is appropriately packaged. Suitable packaging includes, but is not limited to, vials, bottles, jars, flexible packaging (eg, sealed mylar or plastic bag), and the like. The kit may optionally provide additional components such as buffers and explanatory information. Accordingly, this application also provides products, including vials (such as sealed vials), bottles, jars, flexible packaging, and the like.

黒色腫バイオマーカー及び処置
本発明は、一又は複数の黒色腫バイオマーカーの存在を判定することにより、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫バイオマーカーは、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅、及び／又は黒色腫における野生型ＢＲＡＦの存在である。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１の過剰発現は非癌性組織、例えば、非癌性皮膚組織との比較により判定される。幾つかの実施態様では、バイオマーカーは個体から得られる試験試料において検出される。幾つかの実施態様では、バイオマーカーの存在は試験試料と基準試料の比較により判定される。 Melanoma Biomarkers and Treatments The present invention provides methods for identifying human melanoma patients suitable for treatment with PAK1 inhibitors by determining the presence of one or more melanoma biomarkers. In some embodiments, the melanoma biomarker is PAK1 overexpression in melanoma, PAK1 amplification in melanoma, and / or the presence of wild type BRAF in melanoma. In some embodiments, overexpression of PAK1 is determined by comparison with non-cancerous tissue, eg, non-cancerous skin tissue. In some embodiments, the biomarker is detected in a test sample obtained from the individual. In some embodiments, the presence of a biomarker is determined by comparing a test sample with a reference sample.

一実施態様では、本発明は、黒色腫においてＰＡＫ１の発現を判定することにより、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定するために方法であって、非癌性細胞と比べた場合の黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、非癌性細胞と比べて約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％又は１００％超のいずれかであることが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１の過剰発現が、非癌性細胞におけるＰＡＫ１の発現と比べて、約１．５倍、２．０倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４．０倍、４．５倍、５．０倍、６．０倍、７．０倍、８．０倍、９．０倍、又は１０倍のいずれかであることが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す。ＰＡＫ１の発現を判定するための方法は当技術分野では公知である。黒色腫におけるＰＡＫ１の発現レベルを決定するための方法の例には、免疫組織化学、逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）、定量的ＰＣＲ、免疫アッセイなどが含まれるが、これらに限定されない。ＰＡＫ１発現のレベルは、遺伝子発現オムニバス（ＧＥＯ）データベースを使用することにより他の腫瘍及び細胞と比較することができる。 In one embodiment, the present invention is a method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor by determining the expression of PAK1 in melanoma, the method comprising: A method is provided wherein overexpression of PAK1 in melanoma when compared to indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some embodiments, overexpression of PAK1 in melanoma is about 10%, 20%, 30%, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90% compared to non-cancerous cells. , 100% or greater than 100% indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some embodiments, overexpression of PAK1 is about 1.5 times, 2.0 times, 2.5 times, 3 times, 3.5 times, 4 times compared to the expression of PAK1 in non-cancerous cells. That the patient is a PAK1 inhibitor that is any of the following: 1.0, 4.5, 5.0, 6.0, 7.0, 8.0, 9.0, or 10 It is suitable for treatment using. Methods for determining the expression of PAK1 are known in the art. Examples of methods for determining the expression level of PAK1 in melanoma include, but are not limited to, immunohistochemistry, reverse phase protein array (RPPA), quantitative PCR, immunoassay, and the like. The level of PAK1 expression can be compared to other tumors and cells by using the gene expression omnibus (GEO) database.

別の実施態様では、本発明は、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅を検出することにより、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定するための方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１遺伝子の増幅が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫における約２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０又は１０超のいずれかのＰＡＫ１コピー数は、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す。遺伝子の増幅を判定するための方法は当技術分野では公知である。例えば、ＰＡＫ１遺伝子のコピー数は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ５００ＫＳＮＰアレイ分析などのＳＮＰアレイを使用することにより決定することができる。 In another embodiment, the present invention provides a method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor by detecting PAK1 amplification in melanoma, the method comprising: A method is provided wherein amplification of the PAK1 gene indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some embodiments, about 2.5, 3.0, 3.5, 4.0, 4.5, 5.0, 5.5, 6.0, 6.5, 7.0 in melanoma. A PAK1 copy number of any of, 7.5, 8.0, 8.5, 9.0, 9.5, 10 or greater than 10 indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor . Methods for determining gene amplification are known in the art. For example, the copy number of the PAK1 gene can be determined by using a SNP array such as an Affymetrix 500K SNP array analysis.

別の実施態様では、本発明は、黒色腫におけるＢＲＡＦの遺伝子型を検出することにより、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫における野生型ＢＲＡＦが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。黒色腫におけるＢＲＡＦ遺伝子の遺伝子型を決定するための方法は当技術分野では公知であり、例えば、黒色腫由来のＢＲＡＦ遺伝子のヌクレオチド配列は、標準塩基配列決定法を使用して、又はＫＡＳＰＳＮＰ遺伝子型判定システム（ＫＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ）を使用することにより決定することができる。 In another embodiment, the present invention provides a method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor by detecting the BRAF genotype in melanoma, comprising wild-type in melanoma A method is provided wherein Type BRAF indicates that a patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. Methods for determining the genotype of the BRAF gene in melanoma are known in the art, for example, the nucleotide sequence of the BRAF gene from melanoma can be determined using standard nucleotide sequencing or by the KASP SNP gene It can be determined by using a typing system (KBioscience).

本発明は、患者が、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅、及び／又は黒色腫における野生型ＢＲＡＦの存在から選択される黒色腫についてのバイオマーカーを有することが見出されているという条件で患者において黒色腫を治療する方法であって、患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。幾つかの実施態様では、患者はヒト患者である。上記実施態様のうちの幾つかの実施態様では、バイオマーカーのうちの少なくとも１つはＰＡＫ１の過剰発現であり、ＰＡＫ１が黒色腫において非癌性細胞と比べて、約１０％、２０％、３０％、４０％、５０％、６０％、７０％、８０％、９０％、１００％以上のいずれかで過剰発現されている。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は、非癌性細胞におけるＰＡＫ１の発現と比べて、約１．５倍、２．０倍、２．５倍、３倍、３．５倍、４．０倍、４．５倍、５．０倍、６．０倍、７．０倍、８．０倍、９．０倍、又は１０倍のいずれかを超える。ＰＡＫ１の発現を判定するための方法は当技術分野では公知である。黒色腫におけるＰＡＫ１の発現レベルを決定するための方法の例には、免疫組織化学、逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）、定量的ＰＣＲ、免疫アッセイなどが含まれるが、これらに限定されない。ＰＡＫ１発現のレベルは、遺伝子発現オムニバス（ＧＥＯ）データベースを使用することにより他の腫瘍及び細胞と比較することができる。 The present invention finds that the patient has a biomarker for melanoma selected from overexpression of PAK1 in melanoma, amplification of PAK1 in melanoma, and / or the presence of wild-type BRAF in melanoma. There is provided a method of treating melanoma in a patient, comprising administering to the patient a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments, the patient is a human patient. In some of the above embodiments, at least one of the biomarkers is overexpression of PAK1, wherein PAK1 is about 10%, 20%, 30 compared to non-cancerous cells in melanoma. %, 40%, 50%, 60%, 70%, 80%, 90%, 100% or more. In some embodiments, the expression of PAK1 in melanoma is about 1.5 times, 2.0 times, 2.5 times, 3 times, 3.5 times compared to the expression of PAK1 in non-cancerous cells. More than 4.0 times, 4.5 times, 5.0 times, 6.0 times, 7.0 times, 8.0 times, 9.0 times, or 10 times. Methods for determining the expression of PAK1 are known in the art. Examples of methods for determining the expression level of PAK1 in melanoma include, but are not limited to, immunohistochemistry, reverse phase protein array (RPPA), quantitative PCR, immunoassay, and the like. The level of PAK1 expression can be compared to other tumors and cells by using the gene expression omnibus (GEO) database.

上記実施態様のうちの幾つかの実施態様では、バイオマーカーのうちの少なくとも１つは、黒色腫におけるＰＡＫ１の増幅であり、ＰＡＫ１のコピー数は黒色腫において約２．５、３．０、３．５、４．０、４．５、５．０、５．５、６．０、６．５、７．０、７．５、８．０、８．５、９．０、９．５、１０又は１０超のいずれかである。遺伝子の増幅を判定するための方法は当技術分野では公知である。例えば、ＰＡＫ１遺伝子のコピー数は、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ５００ＫＳＮＰアレイ分析などのＳＮＰアレイを使用することにより決定することができる。 In some of the above embodiments, at least one of the biomarkers is PAK1 amplification in melanoma, and the copy number of PAK1 is about 2.5, 3.0, 3 in melanoma. .5, 4.0, 4.5, 5.0, 5.5, 6.0, 6.5, 7.0, 7.5, 8.0, 8.5, 9.0, 9.5 Either 10 or greater than 10. Methods for determining gene amplification are known in the art. For example, the copy number of the PAK1 gene can be determined by using a SNP array such as an Affymetrix 500K SNP array analysis.

上記実施態様のうちの幾つかの実施態様では、バイオマーカーのうちの少なくとも１つは黒色腫におけるＢＲＡＦの遺伝子型であり、患者は野生型黒色腫を含有する黒色腫を有する。 In some of the above embodiments, at least one of the biomarkers is a BRAF genotype in melanoma and the patient has melanoma containing wild type melanoma.

上記実施態様のうちの幾つかの実施態様では、患者における黒色腫バイオマーカーの存在は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に先立って前もって判定されている。 In some of the above embodiments, the presence of the melanoma biomarker in the patient has been previously determined prior to treatment with the PAK1 inhibitor.

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けており、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現が判定されている患者において黒色腫の治療を調整する方法を提供する。幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を続けてよいことを示している。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者での黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は時間をかけてモニターされる。幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は少なくとも毎日、少なくとも毎週、少なくとも毎月モニターされる。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者での黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は時間をかけてモニターされる。ＰＡＫ１発現がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療の経過中に増加する場合、患者に投与されるＰＡＫ１阻害剤の量は増加される又は同じままである。幾つかの実施態様では、患者に投与されるＰＡＫ１阻害剤の量は、ＰＡＫ１発現のレベルが減少する又はもはや検出されなくなるまで増加される。ＰＡＫ１発現がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療の経過中に減少する場合、患者に投与されるＰＡＫ１阻害剤の量は減少される又は同じままである。幾つかの実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者の黒色腫におけるＰＡＫ１の発現は時間をかけてモニターされ、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療は、黒色腫におけるＰＡＫ１発現がもはや検出されなくなるまで続けられる。 The present invention provides a method of adjusting treatment of melanoma in a patient who has been treated with a PAK1 inhibitor and the expression of PAK1 in melanoma has been determined. In some embodiments, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, overexpression of PAK1 in melanoma indicates that treatment with a PAK1 inhibitor may continue. In some embodiments, the expression of PAK1 in melanoma in patients undergoing treatment with a PAK1 inhibitor is monitored over time. In some embodiments, PAK1 expression in melanoma is monitored at least daily, at least weekly, at least monthly. In some embodiments, the expression of PAK1 in melanoma in patients undergoing treatment with a PAK1 inhibitor is monitored over time. If PAK1 expression increases during the course of treatment with a PAK1 inhibitor, the amount of PAK1 inhibitor administered to the patient is increased or remains the same. In some embodiments, the amount of PAK1 inhibitor administered to the patient is increased until the level of PAK1 expression is reduced or no longer detected. If PAK1 expression decreases during the course of treatment with a PAK1 inhibitor, the amount of PAK1 inhibitor administered to the patient is reduced or remains the same. In some embodiments, PAK1 expression in melanoma in patients receiving treatment with a PAK1 inhibitor is monitored over time, and treatment with a PAK1 inhibitor no longer results in PAK1 expression in melanoma Continue until no longer detected.

例となる実施態様
幾つかの実施態様では、本発明は、個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。追加の実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。更に追加の実施態様では、ＰＡＫ１は、非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている。上記実施態様のいずれかの追加の実施態様では、ＰＡＫ１は腫瘍において増幅されている。追加の実施態様では、腫瘍におけるＰＡＫ１のコピー数は約２．５よりも大きい。 Exemplary Embodiments In some embodiments, the present invention provides a method for treating melanoma in an individual comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. . In an additional embodiment, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In yet additional embodiments, PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells. In additional embodiments of any of the above embodiments, PAK1 is amplified in the tumor. In additional embodiments, the copy number of PAK1 in the tumor is greater than about 2.5.

上記実施態様のいずれかの追加の実施態様では、阻害剤は、小分子、核酸、又はポリペプチドである。幾つかの実施態様では、小分子はＰＦ−３７５８３０９である。幾つかの実施態様では、小分子は式Ｉの化合物である。

In additional embodiments of any of the above embodiments, the inhibitor is a small molecule, nucleic acid, or polypeptide. In some embodiments, the small molecule is PF-3758309. In some embodiments, the small molecule is a compound of formula I.

追加の実施態様では、小分子は式Ｉの化合物であり、Ａは４−インドリル、５−インドリル、４−インダゾリル、５−インダゾリル、４−ベンゾイミダゾリル又は５−ベンゾイミダゾリルであり、Ｒ^ａ、Ｒ^１ａ及びＲ^１ｂは独立して水素又はＣ_１〜３アルキルであり、Ｒ^５は水素又はＣ_１〜６アルキルであり、Ｒ^６は水素、ハロゲン又はＣ_１〜６アルキルであり、Ｒ^７はフッ素によって置換されていてもよいシクロアルキルである。 In an additional embodiment, the small molecule is a compound of formula I and A is 4-indolyl, 5-indolyl, 4-indazolyl, 5-indazolyl, 4-benzimidazolyl or 5-benzoimidazolyl, and R ^a , R ^1a and R ^1b is independently hydrogen or C _1-3 alkyl, R ⁵ is hydrogen or C _1-6 alkyl, R ⁶ is hydrogen, halogen or C _1-6 alkyl, and R ⁷ is substituted by fluorine Optionally substituted cycloalkyl.

上記実施態様のいずれかの追加の実施態様では、個体はヒトである。 In additional embodiments of any of the above embodiments, the individual is a human.

上記実施態様のいずれかの追加の実施態様では、ＰＡＫ１阻害剤は治療薬と組み合わせて使用される。 In additional embodiments of any of the above embodiments, the PAK1 inhibitor is used in combination with a therapeutic agent.

本発明は、個体において黒色腫を治療するためのＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。使用の幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。 The present invention provides the use of a PAK1 inhibitor for treating melanoma in an individual. In some embodiments of use, the melanoma is wild type BRAF melanoma.

本発明は、黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物を提供する。組成物の幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。幾つかの実施態様では、組成物は薬学的に許容される賦形剤を更に含む。 The present invention provides a composition comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma. In some embodiments of the composition, the melanoma is wild type BRAF melanoma. In some embodiments, the composition further comprises a pharmaceutically acceptable excipient.

本発明は、黒色腫の治療のための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用を提供する。使用の幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。 The present invention provides the use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for the treatment of melanoma. In some embodiments of use, the melanoma is wild type BRAF melanoma.

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤及び黒色腫の治療において使用するための指示書を含む、黒色腫を治療するのに使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含むキットを提供する。キットの幾つかの実施態様では、黒色腫は野生型ＢＲＡＦ黒色腫である。 The present invention provides a kit comprising a PAK1 inhibitor for use in treating melanoma, comprising a PAK1 inhibitor and instructions for use in the treatment of melanoma. In some embodiments of the kit, the melanoma is wild type BRAF melanoma.

本発明は、個体において黒色腫におけるＣＲＡＦシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。 The present invention provides a method of inhibiting CRAF signaling in melanoma in an individual comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

本発明は、黒色腫腫瘍におけるＭＥＫシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法を提供する。 The present invention provides a method of inhibiting MEK signaling in a melanoma tumor, comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型を決定することを含み、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。 The present invention is a method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining a BRAF genotype of melanoma, wherein the melanoma comprises wild type BRAF. A method is provided that indicates that a patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor.

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現を判定することを含み、非癌性皮膚細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法を提供する。方法の幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現は、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現の２．５倍である。 The present invention is a method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, comprising determining the expression of PAK1 in melanoma, and compared with non-cancerous skin cells. In which PAK1 overexpression indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor. In some embodiments of the method, the overexpression of PAK1 in melanoma is 2.5 times the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

本発明は、ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、（ａ）黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型に基づいて患者を選択し、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 The present invention is a method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor, wherein (a) the patient is selected based on the BRAF genotype of the melanoma, and the melanoma comprises a wild type BRAF Provides that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and (b) administering a therapeutically effective amount of the PAK1 inhibitor to the selected patient.

本発明は、（ａ）黒色腫のＰＡＫ１発現レベルに基づいて患者を選択し、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。方法の幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現は、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現の２．５倍である。 The present invention (a) selects patients based on PAK1 expression levels in melanoma, indicating that overexpression of PAK1 in melanoma is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor, and ( b) providing a method comprising administering to a selected patient a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor. In some embodiments of the method, the overexpression of PAK1 in melanoma is 2.5 times the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

本発明は、ヒト黒色腫患者を治療するための方法であって、黒色腫の遺伝子型がＢＲＡＦの野生型であると判定されている選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。 The present invention is a method for treating human melanoma patients, wherein a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor is administered to selected patients whose genotype has been determined to be the wild type of BRAF A method comprising:

本発明は、ヒト黒色腫患者を治療するための方法であって、黒色腫が非癌性皮膚細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現していると判定されている患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法を提供する。方法の幾つかの実施態様では、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現は、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現の２．５倍である。 The present invention is a method for treating human melanoma patients, wherein a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor is applied to a patient whose melanoma has been determined to overexpress PAK1 compared to non-cancerous skin cells. Is provided. In some embodiments of the method, the overexpression of PAK1 in melanoma is 2.5 times the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

本発明は、ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者において黒色腫の治療を調整する方法であって、黒色腫においてＰＡＫ１発現を評価することを含み、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、個体の治療がＰＡＫ１過剰発現がもはや検出されなくなるまで調整されることを示す、方法を提供する。 The invention relates to a method of modulating melanoma treatment in a patient undergoing treatment with a PAK1 inhibitor, comprising assessing PAK1 expression in melanoma, wherein overexpression of PAK1 in melanoma comprises: Methods are provided that show that the treatment of an individual is adjusted until PAK1 overexpression is no longer detected.

本明細書に開示される特徴の全ては、いかなる組合せにも組み合わせることができる。本明細書に開示されるそれぞれの特徴は、同じ、等価の、又は類似する目的を果たす別の特徴により置き換えることができる。したがって、別段に明白に述べられていなければ、開示されているそれぞれの特徴は包括的な一連の等価な又は類似する特徴の例に過ぎない。 All of the features disclosed herein can be combined in any combination. Each feature disclosed in this specification may be replaced by an alternative feature serving the same, equivalent, or similar purpose. Thus, unless expressly stated otherwise, each feature disclosed is only an example of a generic series of equivalent or similar features.

本発明のさらなる詳細は、以下の非限定的実施例により説明される。明細書中の全ての参考文献の開示は、参照により本明細書に明白に援用される。 Further details of the invention are illustrated by the following non-limiting examples. The disclosures of all references in the specification are expressly incorporated herein by reference.

下の実施例は完全に本発明の例であることを意図しており、したがって決して本発明を限定すると考えられるべきではない。以下の実施例及び詳細な説明は限定としてではなく例証として提供される。 The examples below are intended to be fully examples of the present invention and therefore should not be construed as limiting the invention in any way. The following examples and detailed description are provided by way of illustration and not limitation.

実施例１：黒色腫における上昇したＰＡＫ１タンパク質発現及びゲノム増幅
ヒト黒色腫におけるＰＡＫ１調節不全のありうる度合いを決定するために、８７人の黒色腫患者由来の原発性腫瘍組織を、高解像度一塩基多型（ＳＮＰ）アレイを使用してＤＮＡコピー数変化についてアッセイした。Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ５００ＫＳＮＰアレイ分析、ゲノムＤＮＡ調製、チップ処理及びデータ解析は以前公表されている通りに（ＨａｒｖｅｙＰＭら、（２００８）ＧｅｎｅｓＣｈｒｏｍｏｓｏｍｅｓＣａｎｃｅｒ、４７（６）：５３０〜５４２）実施して、試料採取した黒色腫組織において、第１１染色体のうちのＰＡＫ１遺伝子を宿す領域である１１ｑ１３のコピー増加を測定した。適合した腫瘍試料について発現アレイデータを収集するために、ＲＮＡを凍結腫瘍組織から抽出し、Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ（ＳａｎｔａＣｌａｒａ、ＣＡ）ＨＧＵ１３３遺伝子発現マイクロアレイに適用した。ＰＡＫ１増幅の頻度は、この腫瘍パネル（図１Ａ）では９％（コピー数≧２．５の８７検体のうちの８）であった。ＲＮＡを４２の黒色腫腫瘍及び細胞株検体から精製し、増加したＰＡＫ１コピー数はｍＲＮＡ発現と相関していた（ピアソン相関＝０．７５；図１Ｂ）。調節不全ＰＡＫ１発現はゲノム増幅単独によって予測されるよりも頻繁であり、それによって、追加の転写又は調節機序がこの兆候ではＰＡＫ１発現を増加させることが示唆される（ＲｅｄｄｙＳＤら、（２００８）ＣａｎｃｅｒＲｅｓ、６８（２０）：８１９５〜８２００及びｄｅｌａＴｏｒｒｅ−ＵｂｉｅｔａＬら、（２０１０）ＧｅｎｅｓＤｅｖ、２４（８）：７９９〜８１３）。正常な皮膚組織と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の上昇した発現も、ＧｅｎｅＥｘｐｒｅｓｓｉｏｎＯｍｎｉｂｕｓデータベース（ＧＳＥ４５８７）に寄託された遺伝子発現データを使用して実証した。興味深いことに、ＰＡＫ１遺伝子増幅は、ＢＲＡＦ癌遺伝子における活性化突然変異を欠いた腫瘍において、ＢＲＡＦ野生型又は突然変異体についてそれぞれ２２％対０％で優先的に観察された（ｐ＝０．００５、両側ｔ検定；図１Ｂ）。ＰＡＫ１ｍＲＮＡ発現のレベルは、野生型とＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）又はＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｍ）遺伝子型間で異なっていた（それぞれｐ＝０．００６及びｐ＝０．１２５；図１Ｂ）。総合すると、これにより、ＰＡＫ１は、ＢＲＡＦ野生型黒色腫のサブセットにおいて腫瘍を促進する「ドライバー」遺伝子でありうることが示唆される。ヒト黒色腫におけるＰＡＫ１調節不全の度合いを更に評価するために、ＰＡＫ１タンパク質発現レベルと細胞内局在を、組織マイクロアレイの別個のセットの免疫組織化学（ＩＨＣ）染色により確かめた。手短に言えば、１９９３年から２００９年の間に切除された９２の原発性黒色腫について、ホルマリン固定パラフィン包埋組織ブロックと対応する病理学報告を得た（ＯｘｆｏｒｄＲａｄｃｌｉｆｆｅＨｏｓｐｉｔａｌｓ、Ｏｘｆｏｒｄ、ＵＫ）。黒色腫シリーズは２３の結節状、３つの悪性黒子、４５の表在拡大型、３つの線維形成性、５つの末端性黒子性及び１３の分類不能黒色腫検体を含んでいた。４つの癌はステージｐＴ１、１７はステージｐＴ２、２８はステージｐＴ３、３５はステージｐＴ４及び８症例は正確にステージ分けすることはできなかった。組織マイクロアレイ（ＴＭＡ）は以前記載されていた通りに構築した（ＢｕｂｅｎｄｏｒｆＬら、（２００１）ＪＰａｔｈｏｌ、１９５（１）：７２〜７９）。地元の研究倫理委員会からヒト組織全ての使用についての承認を得た（Ｃ０２．２１６）。免疫組織化学（ＩＨＣ）は以前記載された通りに実施した（ＯｎｇＣＣら、（２０１１）ＰＮＡＳ、１０８（１７）：７１７７〜７１８２）。ＰＡＫ１発現の強度は、新生細胞の細胞質と核において別々にスケール０から３でスコア化した。複製コア間の最も高度な強度スコアは患者ごとのスコアとして使用した。同じ病理医が、臨床データを知らずに全ての症例をスコア化した。カイ二乗検定を使用してカテゴリー変数間の関連を評価した。ＰＡＫ１抗体の頑強で選択性のＩＨＣ反応性は既に実証されていた（ＯｎｇＣＣら、（２０１１）ＰＮＡＳ、１０８（１７）：７１７７〜７１８２）。悪性黒色腫では、９２原発性腫瘍試料のうちの４６（５０％）はＰＡＫ１発現について陽性であり、全ての症例のうちの２６％が悪性細胞においては中程度（２＋）又は強い（３＋）強度の染色を示した（図１Ｃ、パネルＩＩＩ及びＩＶ；表１）。ＰＡＫ１の核局在化が明白であったのは黒色腫のうちのごく僅かな割合だけであった。西洋ワサビペルオキシダーゼ標識と褐色のジアミノベンジジンに代えてアルカリホスファターゼ標識と急速赤色色素原を用いても同一の結果が見られた。正常な皮膚の基底ケラチノサイトでのＰＡＫ１の発現は弱く、リンパ球と推定ランゲルハンス細胞はＰＡＫ１発現が陽性であった（図１Ｃ、パネルＩＶ）。総合すると、これらのデータにより、ＰＡＫ１ＤＮＡコピー数、ｍＲＮＡ及びタンパク質発現はヒト黒色腫においては広く上方制御されることが示されている。 Example 1: Elevated PAK1 protein expression and genome amplification in melanoma To determine the possible extent of PAK1 dysregulation in human melanoma, primary tumor tissue from 87 melanoma patients was analyzed with high resolution single base Polymorphism (SNP) arrays were used to assay for DNA copy number changes. Affymetrix 500K SNP array analysis, genomic DNA preparation, chip processing and data analysis were performed as previously published (Harvey PM et al. (2008) Genes Chromosomes Cancer, 47 (6): 530-542) and sampled In the melanoma tissue, the increase in the copy of 11q13, which is the region harboring the PAK1 gene in chromosome 11, was measured. To collect expression array data for matched tumor samples, RNA was extracted from frozen tumor tissue and applied to an Affymetrix (Santa Clara, Calif.) HGU133 gene expression microarray. The frequency of PAK1 amplification was 9% (8 out of 87 specimens with copy number ≧ 2.5) in this tumor panel (FIG. 1A). RNA was purified from 42 melanoma tumor and cell line specimens and increased PAK1 copy number correlated with mRNA expression (Pearson correlation = 0.75; FIG. 1B). Dysregulated PAK1 expression is more frequent than expected by genome amplification alone, thereby suggesting that additional transcription or regulatory mechanisms increase PAK1 expression in this indication (Reddy SD et al. (2008)). Cancer Res, 68 (20): 8195-8200 and de la Torre-Ubieta L et al. (2010) Genes Dev, 24 (8): 799-813). Elevated expression of PAK1 in melanoma compared to normal skin tissue was also demonstrated using gene expression data deposited in the Gene Expression Omnibus database (GSE4587). Interestingly, PAK1 gene amplification was preferentially observed in tumors lacking activating mutations in the BRAF oncogene at 22% vs. 0% for BRAF wild type or mutant, respectively (p = 0.005). , Two-tailed t test; FIG. 1B). The level of PAK1 mRNA expression was different between wild type and BRAF (V600E) or BRAF (V600M) genotypes (p = 0.006 and p = 0.125, respectively; FIG. 1B). Taken together, this suggests that PAK1 may be a “driver” gene that promotes tumors in a subset of BRAF wild-type melanoma. To further assess the degree of PAK1 dysregulation in human melanoma, PAK1 protein expression levels and subcellular localization were confirmed by a separate set of immunohistochemistry (IHC) staining of tissue microarrays. Briefly, for 92 primary melanomas resected between 1993 and 2009, formalin-fixed paraffin-embedded tissue blocks and corresponding pathology reports were obtained (Oxford Radcliffe Hospitals, Oxford, UK). The melanoma series included 23 nodular, 3 malignant moles, 45 superficial enlarged, 3 fibrogenic, 5 terminal melanoma and 13 unclassified melanoma specimens. Four cancers were staged pT1, 17 were staged pT2, 28 were staged pT3, 35 were staged pT4, and 8 cases could not be accurately staged. Tissue microarrays (TMA) were constructed as previously described (Bubedorf L et al. (2001) J Pathol, 195 (1): 72-79). Approval for the use of all human tissues was obtained from the local Research Ethics Committee (C02.216). Immunohistochemistry (IHC) was performed as previously described (Ong CC et al. (2011) PNAS, 108 (17): 7177-7182). The intensity of PAK1 expression was scored separately on a scale 0 to 3 in the cytoplasm and nucleus of neoplastic cells. The highest intensity score between replicated cores was used as a per patient score. The same pathologist scored all cases without knowing the clinical data. A chi-square test was used to assess associations between categorical variables. The robust and selective IHC reactivity of the PAK1 antibody has already been demonstrated (Ong CC et al. (2011) PNAS, 108 (17): 7177-7182). In malignant melanoma, 46 (50%) of 92 primary tumor samples are positive for PAK1 expression and 26% of all cases are moderate (2+) or strong (3+) intensity in malignant cells Staining (Figure 1C, panels III and IV; Table 1). Only a small percentage of melanomas were evident in the nuclear localization of PAK1. Identical results were obtained using alkaline phosphatase label and rapid red chromogen instead of horseradish peroxidase label and brown diaminobenzidine. Expression of PAK1 in basal keratinocytes of normal skin was weak, and lymphocytes and putative Langerhans cells were positive for PAK1 expression (FIG. 1C, panel IV). Taken together, these data indicate that PAK1 DNA copy number, mRNA and protein expression are widely upregulated in human melanoma.

実施例２：原発性黒色腫におけるＰＡＫ１過剰発現とＢＲＡＦ突然変異間の負の関連性
黒色腫におけるＢＲＡＦとＮＲＡＳの癌遺伝子突然変異の蔓延を考慮して（ＬｅｅＪＨら、（２０１１）ＢｒＪＤｅｒｍａｔｏｌ、１６４（４）：７７６〜７８４）、黒色腫組織の遺伝子型を、ＢＲＡＦ（コドン６００）及びＮＲＡＳ（コドン１２、１３、６１及び１４６）遺伝子における既知のホットスポット突然変異について同定した。突然変異状態は、ＫＡＳＰａｒ（ＫＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅ、Ｈｅｒｔｓ、Ｅｎｇｌａｎｄ）及び従来のＳａｎｇｅｒＤＮＡ配列決定法によりＢＲＡＦコドン６００及びＮＲＡＳコドン１２、１３、６１及び１４６について決定した。ＢＲＡＦ（３９のＶａｌ６００Ｇｌｕ、１つのＶａｌ６００Ｌｙｓ及び４６の野生型）及びＮＲＡＳ（１つのＧｌｎ６１Ｈｉｓ、７つのＧｌｎ６１Ｌｙｓ、１つのＧｌｎ６１Ｌｙｓ＋Ｇｌｎ６１Ａｒｇ＋Ｌｅｕ５９Ａｌａ、１つのＧｌｎ６１Ｌｅｕ、１９のＧｌｎ６１Ａｒｇ、２つのＧｌｎ６１Ａｒｇ＋Ｇｌｎ６１Ｌｙｓ及び５３の野生型）についての遺伝子型データがそれぞれ８６及び８４腫瘍について入手可能であり、皮膚黒色腫について以前発表されている突然変異頻度の範囲と一致していた（ＬｅｅＪＨら、（２０１１）ＢｒＪＤｅｒｍａｔｏｌ、１６４（４）：７７６〜７８４）。ＰＡＫ１ＩＨＣ染色は臨床病理学的詳細を知らないでスコア化し、突然変異状態と結果は表１に要約している。特に、ＰＡＫ１タンパク質発現は、発癌性Ｖ６００Ｅ又はＶ６００Ｋ突然変異体（高ＩＨＣ染色で４０腫瘍のうち４）を発現している黒色腫と比べてＢＲＡＦ野生型腫瘍では選択的に調節不全であった（４６のうち１９がＰＡＫ１の強ＩＨＣ染色に陽性であった）。ＰＡＫ１発現とＢＲＡＦ突然変異の間のこの負の相関は統計的に有意であった（ｐ＜０．００１、カイ二乗１０．７０２）。ＢＲＡＦとＮＲＡＳ突然変異は相互排他的ではなく、どちらかの突然変異を有する腫瘍の存在もＰＡＫ１タンパク質発現と負の関連をしていた（ｐ＝０．００４、カイ二乗８．１２８）。試料をＮＲＡＳ突然変異体のみと非突然変異状態に二分した場合に、類似の傾向が、統計的に有意ではないにもかかわらず、観察された（ｐ＝０．４５、カイ二乗０．５６９）。ＰＡＫ１タンパク質発現と有糸***カウント（ｐ＝０．６１スチューデントＴ検定）、病理学的腫瘍（ｐＴ）ステージ（ｐ＝０．１４、カイ二乗）、ブレスロウ厚み（ｐ＝０．８５スチューデントＴ検定）又は潰瘍（ｐ＝０．９１、カイ二乗）の間には有意な関連はなかった。総合すると、これらの結果は、ＰＡＫ１調節不全が、ＢＲＡＦの発癌性突然変異を欠き効果的な標的療法がないヒト黒色腫のサブセットを明確にする皮膚黒色腫と強い関連がある証拠を与えている。

Example 2: Negative association between PAK1 overexpression and BRAF mutation in primary melanoma Considering the prevalence of BRAF and NRAS oncogene mutations in melanoma (Lee JH et al. (2011) Br J Dermatol 164 (4): 776-784), the genotype of the melanoma tissue was identified for known hot spot mutations in the BRAF (codon 600) and NRAS (codons 12, 13, 61 and 146) genes. Mutation status was determined for BRAF codon 600 and NRAS codons 12, 13, 61 and 146 by KASPar (KBioscience, Herts, England) and conventional Sanger DNA sequencing. BRAF (39 Val600Glu, 1 Val600Lys and 46 wild type) and NRAS (1 Gln61His, 7 Gln61Lys, 1 Gln61Lys + Gln61Arg + Leu59Ala, 1 Gln61Leu, 19 Gln61Arg, 2 Gln61Arg, 2 Gln61Alg Type data were available for 86 and 84 tumors, respectively, consistent with the previously published range of mutation frequencies for cutaneous melanoma (Lee JH et al. (2011) Br J Dermatol, 164 (4): 776-784). PAK1 IHC staining was scored without knowing the clinicopathological details and the mutation status and results are summarized in Table 1. In particular, PAK1 protein expression was selectively dysregulated in BRAF wild type tumors compared to melanomas expressing oncogenic V600E or V600K mutants (4 of 40 tumors with high IHC staining) ( 19 out of 46 were positive for strong IHC staining of PAK1). This negative correlation between PAK1 expression and BRAF mutation was statistically significant (p <0.001, chi-square 10.702). BRAF and NRAS mutations were not mutually exclusive, and the presence of tumors with either mutation was negatively associated with PAK1 protein expression (p = 0.004, chi-square 8.128). A similar trend was observed when samples were bisected into NRAS mutant only and non-mutated states, although not statistically significant (p = 0.45, chi-square 0.569). . PAK1 protein expression and mitotic count (p = 0.61 Student T test), pathological tumor (pT) stage (p = 0.14, chi-square), Breslow thickness (p = 0.85 Student T test) Or there was no significant association between ulcers (p = 0.91, chi-square). Taken together, these results provide evidence that PAK1 dysregulation is strongly associated with cutaneous melanoma that defines a subset of human melanoma that lacks an oncogenic mutation in BRAF and lacks effective targeted therapy .

実施例３：ＰＡＫ１はＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞の増殖に必要である
ＢＲＡＦの野生型であるヒト黒色腫のサブセットにおける上昇したＰＡＫ１発現についてのゲノムと組織学的データを考慮して、腫瘍細胞増殖に対するＰＡＫ１の寄与を明らかにするために、黒色腫細胞株のパネルにおいてＰＡＫ１発現とＰＡＫ１のＲＮＡｉ媒介ノックダウンの効果を調べた。細胞株は米国培養細胞系統保存機関（ＡＴＣＣ；Ｍａｎａｓｓａｓ、ＶＡ）から取得し、１０％のウシ胎仔血清及び４ｍＭのＬ−グルタミンを有するダルベッコ変法イーグル培地（ＤＭＥＭ）又はロズウェルパーク記念研究所１６４０（ＲＰＭＩ１６４０）培地において３７℃、５％ＣＯ_２で維持した。細胞株に、ＤｈａｒｍａｃｏｎＲＮＡｉＴｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ（Ｃｈｉｃａｇｏ、ＩＬ）製の市販の低分子干渉ＲＮＡ（ｓｉＲＮＡ）オリゴヌクレオチド二重鎖をトランスフェクトさせ、この二重鎖はＰＡＫ１及びＰＡＫ２ノックダウンの効率及び選択性について以前に特徴付けられていた（ＯｎｇＣＣら、（２０１１）ＰＮＡＳ、１０８（１７）：７１７７〜７１８２）。細胞生存率は、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−ＧｌｏＬｕｍｉｎｅｓｃｅｎｔＡｓｓａｙ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）を使用してＡＴＰ含有量により評価し、結果は３回の実験の平均±標準偏差を表している。野生型対突然変異ＢＲＡＦを発現している黒色腫における増加したＰＡＫ１タンパク質発現は、培養中の不死化細胞株でも観察された。細胞生存率解析により、５３７ＭＥＬ、ＭｅＷｏ、ＳＫ−ＭＥＬ２３及びＳＫ−ＭＥＬ３０黒色腫細胞が高レベルのＰＡＫ１タンパク質を発現すること、及び複数のＰＡＫ１選択性ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドのプールによるＰＡＫ１の一過性ノックダウンにより、非ターゲティング負対照ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドでトランスフェクトされた細胞と比べた場合、細胞生存率の減少は１．８から４．３倍であることが示された（ｐ＜０．０００１；図２Ａ）。更に、ＰＡＫ１を阻害すると一般に、ＢＲＡＦ^{Ｖ６００Ｅ}細胞と比べてＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞の増殖は減少し（ｐ＜０．０７；ｎ＝１４）、この黒色腫サブタイプにおける増殖の駆動物質としてのＰＡＫ１の役割を更に支持していた（図２Ｂ）。ＰＡＫ１が増殖に寄与する機序を更によく評価するために、ＰＡＫ依存性細胞シグナル伝達が５３７ＭＥＬ及びＳＫ−ＭＥＬ２３細胞において評価された。細胞溶解物からのタンパク質抽出物を、細胞抽出バッファー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、１ｍＭのフッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、ホスファターゼ阻害剤カクテル１／２（ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）、及び１錠の完全無ＥＤＴＡＭｉｎｉＴＭプロテアーゼ阻害剤カクテル（ＲｏｃｈｅＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）を用いて４℃で調製した。ウェスタンブロット分析では、タンパク質を４〜１２％のＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分解し、ニトロセルロース膜（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ、ＭＡ）に移した。免疫ブロッティングは、示した一次抗体を使用して実施し、増強された化学発光（ＥＣＬ）のために二次抗体を使用して分析した。ＭＡＰＫ経路活性化は、ＥＲＫとＭＥＫのリン酸化により判定される場合、ＰＡＫノックダウンにより劇的に阻害された（図２Ｃ）。この結果と一致して、サイクリンＤ１（これはサイクリン依存性キナーゼ及びＧ１／Ｓ進行を調節するのに不可欠である）レベルもＰＡＫ１消失の結果として減少した。ＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞におけるＰＡＫ１シグナル伝達は、逆相タンパク質アレイ（ＲＰＰＡ）ホスホプロテオミクスプラットフォームを使用して更に調べた。タンパク質溶解物は、最初に全ての試料を最終濃度０．５ｍｇ／ｍＬまで希釈することによってＲＰＰＡ（ＴｈｅｒａｎｏｓｔｉｃｓＨｅａｌｔｈ、ＬＬＣ）により分析した。試料希釈液はスライド上に２通りにプリントし、次にこれを、主に特定のリン酸化又は切断タンパク質に対して産生された抗体パネルを用いた免疫染色に供した。これらの抗体はそれぞれが、免疫ブロッティングにより適切な分子量での単一バンド検出を使用してリン酸化とタンパク質特異性の両方について既に広範な検証を受けていた。各エンドポイントに対する強度値は、それぞれのスポットでのバックグランド除去後の染色の線形ダイナミックレンジ内にある試料ごとに、２通りの希釈曲線ごとにスポットを同定することにより決定した（スライド局所バックグラウンド内及び二次抗体のみで染色されたスライドに対しても）。それぞれの値は、ＳｙｐｒｏＲｕｂｙ（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ）で染色されたスライド由来の試料について全タンパク質強度値に対して正規化した。ＲＰＰＡデータはｌｏｇ_２変換と線形スケーリング（ｚスコア変換）により処理して、正規性と線形性を確保した。ＲＰＰＡ解析により、ＢＲＡＦ野生型（ＳＫ−ＭＥＬ２３）黒色腫細胞におけるＰＡＫ１阻害に続くＭＡＰＫ、核因子κＢ（ＮＦ−κＢ）及び細胞骨格経路へのシグナル伝達の減少が明らかにされたが、ＢＲＡＦ突然変異体（Ａ３７５）黒色腫細胞では減少は見られなかった（図２Ｄ）。 Example 3: PAK1 is required for growth of BRAF wild-type melanoma cells Tumor cell growth considering the genomic and histological data for elevated PAK1 expression in a subset of human melanomas that are wild-type BRAF In order to elucidate the contribution of PAK1 to, we examined the effect of PAK1 expression and RNAi-mediated knockdown of PAK1 in a panel of melanoma cell lines. Cell lines were obtained from the American Cultured Cell Line Conservation Agency (ATCC; Manassas, Va.), Dulbecco's Modified Eagle Medium (DMEM) with 10% fetal calf serum and 4 mM L-glutamine or Roswell Park Memorial Institute 1640 ( RPMI 1640) maintained at 37 ° C., 5% CO ₂ in medium. A cell line was transfected with a commercially available small interfering RNA (siRNA) oligonucleotide duplex from Dharmacon RNAi Technologies (Chicago, IL), which had previously been used for efficiency and selectivity of PAK1 and PAK2 knockdown. (Ong CC et al. (2011) PNAS, 108 (17): 7177-7182). Cell viability was assessed by ATP content using CellTiter-Glo Luminescent Assay (Promega, Madison, Wis.) And results represent the mean ± standard deviation of 3 experiments. Increased PAK1 protein expression in melanoma expressing wild type versus mutant BRAF was also observed in immortalized cell lines in culture. Cell viability analysis indicates that 537MEL, MeWo, SK-MEL23 and SK-MEL30 melanoma cells express high levels of PAK1 protein and transient knockdown of PAK1 by a pool of multiple PAK1-selective siRNA oligonucleotides Showed 1.8 to 4.3-fold reduction in cell viability when compared to cells transfected with non-targeting negative control siRNA oligonucleotides (p <0.0001; FIG. 2A ). Furthermore, inhibition of PAK1 generally reduces the proliferation of BRAF wild type melanoma cells compared to BRAF ^V600E cells (p <0.07; n = 14), and PAK1 as a growth driver in this melanoma subtype Was further supported (FIG. 2B). To better evaluate the mechanism by which PAK1 contributes to proliferation, PAK-dependent cell signaling was evaluated in 537MEL and SK-MEL23 cells. Protein extracts from cell lysates were extracted from cell extract buffer (Invitrogen, Carlsbad, CA), 1 mM phenylmethylsulfonyl fluoride (PMSF), phosphatase inhibitor cocktail 1/2 (Sigma Aldrich, St. Louis, MO), And 1 tablet of completely EDTA Mini ™ protease inhibitor cocktail (Roche Diagnostics, Indianapolis, IN). For Western blot analysis, proteins were resolved by 4-12% SDS-PAGE and transferred to nitrocellulose membrane (Millipore Corporation, Billerica, Mass.). Immunoblotting was performed using the indicated primary antibodies and analyzed using secondary antibodies for enhanced chemiluminescence (ECL). MAPK pathway activation was dramatically inhibited by PAK knockdown as judged by ERK and MEK phosphorylation (FIG. 2C). Consistent with this result, cyclin D1 (which is essential for regulating cyclin-dependent kinases and G1 / S progression) levels were also reduced as a result of PAK1 loss. PAK1 signaling in BRAF wild type melanoma cells was further investigated using a reverse phase protein array (RPPA) phosphoproteomics platform. Protein lysates were analyzed by RPPA (Theranotics Health, LLC) by first diluting all samples to a final concentration of 0.5 mg / mL. Sample dilutions were printed in duplicate on slides, which were then subjected to immunostaining using an antibody panel produced primarily against specific phosphorylated or cleaved proteins. Each of these antibodies has already undergone extensive validation for both phosphorylation and protein specificity using single band detection at the appropriate molecular weight by immunoblotting. Intensity values for each endpoint were determined by identifying spots for each of the two dilution curves for each sample within the linear dynamic range of staining after background removal at each spot (slide local background). Also for slides stained with internal and secondary antibodies only). Each value was normalized to the total protein intensity value for samples from slides stained with Sypro Ruby (Invitrogen). RPPA data was processed by log ₂ transformation and linear scaling (z-score transformation) to ensure normality and linearity. RPPA analysis revealed a decrease in signaling to MAPK, nuclear factor κB (NF-κB) and cytoskeletal pathway following PAK1 inhibition in BRAF wild type (SK-MEL23) melanoma cells, but BRAF mutation No reduction was seen in somatic (A375) melanoma cells (FIG. 2D).

ＰＡＫ１は、ＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）とＭＥＫ１（Ｓｅｒ２９８）の両方をリン酸化することが明らかにされている（１７、２９〜３１）。したがって、ＰＡＫ１がＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞においてＭＡＰＫ経路の活性化を惹起させる分子機序を調べた。ＭＥＫタンパク質上のＳｅｒ２１７／Ｓｅｒ２２１活性化ループ部位に対して産生されるリン酸特異的抗体はＭＥＫ１とＭＥＫ２を区別しないので、対照又は先述のＰＡＫ選択性ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド（ＨａｔｚｉｖａｓｓｉｌｉｏｕＧら、（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ、４６４（７２８７）：４３１〜４３５）のいずれかでトランスフェクトされた細胞からＭＥＫアイソフォームを免疫沈降させ、ＭＥＫ活性化を、リン酸ＭＥＫ１／２（Ｓｅｒ２１７／Ｓｅｒ２２１）抗体を用いた免疫ブロッティングにより検出した。ＰＡＫノックダウンにより、５３７ＭＥＬ及びＳＫ−ＭＥＬ２３細胞においてＭＥＫ１（図３Ａ）とＭＥＫ２（図３Ｂ）両方のリン酸化は減少した。ＭＥＫ１上のＳｅｒ２９８リン酸化部位はＭＥＫ２では保存されていないので、両ＭＥＫアイソフォームのＰＡＫ依存性活性化は、ＣＲＡＦへの上流シグナル伝達がＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞ではＭＡＰＫ経路調節の駆動物質である可能性があることを示唆していると考えられる。対照又は先述のＰＡＫ選択性ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチド（ＨａｔｚｉｖａｓｓｉｌｉｏｕＧら、（２０１０）Ｎａｔｕｒｅ、４６４（７２８７）：４３１〜４３５）のいずれかでトランスフェクトされた細胞からＣＲＡＦを免疫沈降させ、ＣＲＡＦ活性化を、リン酸ＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）抗体を用いた免疫ブロッティングにより検出した。ＰＡＫ消失により、このキナーゼの完全活性化に極めて重要な残基であるＳｅｒ３３８上のＣＲＡＦのリン酸化が減少したことがウェスタン分析により示された（図３Ｃ）。ＰＡＫ触媒活性に対するＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）リン酸化（図３Ｄ）とＣＲＡＦエフェクターシグナル伝達（図３Ｅ）の依存性も、現在臨床開発中のＰＡＫの阻害剤であるＰＦ−３７５８３０９（ＭｕｒｒａｙＢＷら、（２０１０）ＰＮＡＳ、１０７（２０）：９４４６〜９４５１）とＰＡＫ１〜３に結合してＲｈｏファミリーＧＴＰアーゼによる活性化を妨げるアロステリック阻害剤であるＩＰＡ−３（ＤｅａｃｏｎＳＷら、（２００８）Ｃｈｅｍｉｓｔｒｙ＆Ｂｉｏｌｏｇｙ、１５（４）：３２２〜３３１）を使用して確かめた。 PAK1 has been shown to phosphorylate both CRAF (Ser338) and MEK1 (Ser298) (17, 29-31). Therefore, the molecular mechanism by which PAK1 causes activation of the MAPK pathway in BRAF wild type melanoma cells was investigated. Since phosphate-specific antibodies raised against the Ser217 / Ser221 activation loop site on the MEK protein do not distinguish between MEK1 and MEK2, control or the previously described PAK-selective siRNA oligonucleotides (Hatsivasiliou G et al. (2010) Nature 464 (7287): 431-435), the MEK isoform was immunoprecipitated and the MEK activation was performed by immunoblotting using a phosphorylated MEK1 / 2 (Ser217 / Ser221) antibody. Detected. PAK knockdown reduced phosphorylation of both MEK1 (FIG. 3A) and MEK2 (FIG. 3B) in 537 MEL and SK-MEL23 cells. Since the Ser298 phosphorylation site on MEK1 is not conserved in MEK2, PAK-dependent activation of both MEK isoforms is an upstream signaling to CRAF is a driver of MAPK pathway regulation in BRAF wild-type melanoma cells It seems to suggest that there is a possibility. CRAF activation is performed by immunoprecipitation of CRAF from cells transfected with any of the control or previously described PAK-selective siRNA oligonucleotides (Hatzivassilio G et al., (2010) Nature, 464 (7287): 431-435), Detection was performed by immunoblotting using a phosphate CRAF (Ser338) antibody. Western analysis showed that loss of PAK decreased phosphorylation of CRAF on Ser338, a residue critical for full activation of this kinase (FIG. 3C). The dependence of CRAF (Ser338) phosphorylation (FIG. 3D) and CRAF effector signaling (FIG. 3E) on PAK catalytic activity is also an inhibitor of PAK currently under clinical development, PF-3758309 (Murray BW et al. (2010) IPA-3 (Deacon SW et al. (2008) Chemistry & Biology, 15 4): confirmed using 322 to 331).

ＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞におけるＰＡＫ１の役割を分析するための追加の機能喪失研究は、黒色腫細胞移動へのＰＡＫ１の寄与を調べることによって実行した。手短に言えば、ＷＭ−２６６−４黒色腫細胞を、非ターゲティング対照（ＮＴＣ）又はＰＡＫ１／２ｓｉＲＮＡオリゴヌクレオチドで７２時間トランスフェクトし、集密的ＷＭ−２６６−４黒色腫細胞をそれに続いて傷つけた。傷が付けられたとき（黒い濃淡）と創傷の２８時間後（明視野）の画像を記録した。相対的傷密度の差は統計的に有意であり（ｐ＜０．００１；ｎ＝３）、黒色腫細胞の移動においてＰＡＫ１が必要条件であることを明らかにした（図４）。総合すると、ＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞におけるＰＡＫ１遮断の機能的帰結には、ＣＲＡＦ活性化の減少とそれに続くＭＡＰＫ経路シグナル伝達による明白な細胞増殖抑制効果が包含される。 Additional loss-of-function studies to analyze the role of PAK1 in BRAF wild type melanoma cells were performed by examining the contribution of PAK1 to melanoma cell migration. Briefly, WM-266-4 melanoma cells were transfected with non-targeting control (NTC) or PAK1 / 2 siRNA oligonucleotides for 72 hours, followed by confluent WM-266-4 melanoma cells. was hurt. Images were recorded when the wound was made (black shading) and 28 hours after the wound (bright field). The difference in relative wound density was statistically significant (p <0.001; n = 3), revealing that PAK1 is a prerequisite for melanoma cell migration (FIG. 4). Taken together, the functional consequences of PAK1 blockade in BRAF wild-type melanoma cells include a clear cytostatic effect due to reduced CRAF activation followed by MAPK pathway signaling.

実施例４：ＰＡＫとＢＲＡＦ阻害に対するＢＲＡＦ野生型黒色腫細胞の差次的感受性
感受性及び非感受性腫瘍型内でのＰＡＫシグナル伝達の活性及び細胞作用機序を更に詳細に調べるため、ＰＡＫとＢＲＡＦの小分子阻害を、ＳＫ−ＭＥＬ２３ＢＲＡＦ野生型とＡ３７５ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）細胞を使用して比較した。経路調節の分析では、ＭＡＰＫ経路成分のリン酸化について細胞溶解物を分析する前の４時間、細胞をＢＲＡＦ阻害剤である５μＭのＰＦ−３７５８３０９で又は０．２μＭのＰＬＸ−４７２０で処理した。触媒活性に極めて重要なキナーゼループ残基上のＥＲＫ１／２及びＭＥＫ１／２リン酸化を測定することにより決定される場合、ＰＦ−３７５８３０９の投与により、ＳＫ−ＭＥＬ２３細胞（レーン２）では重度のＭＡＰＫ経路調節が生じたが、Ａ３７５細胞（レーン５）では起きなかった（図５Ａ）。比較すると、ＰＬＸ−４７２０媒介シグナル伝達変化の分析により、ＳＫ−ＭＥＬ２３細胞ではＥＲＫ１／２及びＭＥＫ１／２リン酸化の中程度の阻害のみが明らかにされ（レーン３）、同じ処理条件がＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）細胞ではＭＡＰＫ活性化を強力に阻害した（レーン６）。対照として、この実験では全ＥＲＫ１／２又はＭＥＫ１／２タンパク質レベルに差は認められなかった。以前の報告と一致して、ＭＥＫ１−Ｓｅｒ２９８はＰＡＫ特異的リン酸化部位として確認されたが、Ｓｅｒ２９８リン酸化はＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）黒色腫細胞ではＭＥＫ活性化ループリン酸化とは非連鎖であった（レーン５）。ＭＥＫ１−Ｓｅｒ２９８のＰＡＫ１リン酸化の生物学的帰結は現在十分に理解されてはいないが、ＰＡＫ１−ＭＥＫ１シグナル伝達が細胞−細胞接触及び接着により媒介され得ることが明らかにされている（Ｓｌａｃｋ−ＤａｖｉｓＪＫら、（２００３）ＪＣｅｌｌＢｉｏｌ、１６２（２）：２８１〜２９１）。ＰＡＫシグナル伝達も、ＰＡＫ１の内在性発現が中程度に過ぎないＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）細胞におけるＦｌａｇ−ＰＡＫ１の異所性発現により誘導された。Ａ３７５細胞におけるＰＡＫ１シグナル伝達の上昇により、ＰＦ−３７５８３０９の添加により可逆的であるＣＲＡＦとＭＥＫのリン酸化が有意に増大し（図５Ｂ）、ＰＡＫ１過剰発現を獲得することが黒色腫における発癌性ＢＲＡＦに対する依存性を克服するもう一つの機序である可能性があることが示唆される（ＪｏｈａｎｎｅｓｓｅｎＣＭら、（２０１１）Ｎａｔｕｒｅ、４６８（７３２６）：９６８〜９７２）。 Example 4: Differential Sensitivity of BRAF Wild Type Melanoma Cells to PAK and BRAF Inhibition To investigate PAK signaling activity and cellular mechanisms of action within sensitive and insensitive tumor types in more detail, Small molecule inhibition was compared using SK-MEL23 BRAF wild type and A375 BRAF (V600E) cells. For pathway regulation analysis, cells were treated with BRAF inhibitor 5 μM PF-3758309 or 0.2 μM PLX-4720 for 4 hours prior to analyzing cell lysates for phosphorylation of MAPK pathway components. Administration of PF-3758309 causes severe MAPK in SK-MEL23 cells (lane 2) as determined by measuring ERK1 / 2 and MEK1 / 2 phosphorylation on kinase loop residues critical for catalytic activity. Pathway regulation occurred but did not occur in A375 cells (lane 5) (FIG. 5A). In comparison, analysis of PLX-4720-mediated signaling changes revealed only moderate inhibition of ERK1 / 2 and MEK1 / 2 phosphorylation in SK-MEL23 cells (lane 3), and the same treatment conditions were applied to BRAF (V600E ) Cells strongly inhibited MAPK activation (lane 6). As a control, there was no difference in total ERK1 / 2 or MEK1 / 2 protein levels in this experiment. Consistent with previous reports, MEK1-Ser298 was identified as a PAK-specific phosphorylation site, but Ser298 phosphorylation was unlinked from MEK-activated loop phosphorylation in BRAF (V600E) melanoma cells (lane) 5). Although the biological consequences of PAK1 phosphorylation of MEK1-Ser298 are currently not fully understood, it has been shown that PAK1-MEK1 signaling can be mediated by cell-cell contact and adhesion (Slack-Davis). JK et al. (2003) J Cell Biol, 162 (2): 281-291). PAK signaling was also induced by ectopic expression of Flag-PAK1 in BRAF (V600E) cells with only moderate endogenous expression of PAK1. Increased PAK1 signaling in A375 cells significantly increased phosphorylation of CRAF and MEK, which is reversible with the addition of PF-3758309 (FIG. 5B), and acquiring PAK1 overexpression is an oncogenic BRAF in melanoma. It is suggested that this may be another mechanism to overcome the dependence on (Johannessen CM et al. (2011) Nature, 468 (7326): 968-972).

ＰＡＫ阻害剤が野生型ＢＲＡＦ黒色腫細胞の細胞生存率を減少させるかどうかを判定するために、ＳＫ−ＭＥＬ２３及び５３７ＭＥＬ細胞を、ＰＦ−３７５８３０９を用いた又は（Ｓ）−Ｎ^２−（１−（１Ｈ−インドール−５−イル）エチル）−Ｎ^４−（５−シクロプロピル−１Ｈ−ピラゾール−３−イル）−６−メチルピリミジン−２，４−ジアミン（Ｉ−００７）、Ｎ^２−（（１Ｈ−インドール−４−イル）メチル）−Ｎ^４−（５−シクロプロピル−１Ｈ−ピラゾール−３−イル）−６−メチルピリミジン−２，４−ジアミン（Ｉ−０５４）及びＮ^２−（（４−クロロ−１Ｈ−ベンゾ［ｄ］イミダゾール−５−イル）メチル）−Ｎ^４−（５−シクロプロピル−１Ｈ−ピラゾール−３−イル）−Ｎ^２−メチル−ピリミジン−２，４−ジアミン（Ｉ−０８７）を用いた処理後、ＣｅｌｌＴｉｔｅｒ−Ｇｌｏ発光アッセイ（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）でアッセイした。試験したＰＡＫ阻害剤すべてを用いた処理によるＰＡＫ１の阻害により、細胞増殖は有意に減少し、ＰＡＫシグナル伝達の阻害がＢＲＡＦ野生型黒色腫の治療のための標的であることが示されている（図６Ａ及びＢ）。 To PAK inhibitor to determine whether to reduce the cell viability of the wild type BRAF melanoma cells, SK-MEL23 and 537MEL cells, or using the ^{PF-3758309 (S) -N 2} - (1- (1H-indol-5-yl) ethyl) ^-N 4 - (5-cyclopropyl--1H- pyrazole-3 -yl) -6-methylpyrimidine-2,4-diamine ^{(I-007), N 2} - ( (1H-indol-4-yl) methyl) ^-N 4 - (5-cyclopropyl--1H- pyrazole-3 -yl) -6-methylpyrimidine-2,4-diamine (I-054) and ^N 2 - ( (4-chloro -1H- benzo [d] imidazol-5-yl) methyl) ^-N 4 - (5-cyclopropyl--1H- pyrazole-3 -yl) -N ² - methyl - pyrimidin-2, - after treatment with diamines (I-087), it was assayed in CellTiter-Glo luminescent assay (Promega, Madison, WI). Inhibition of PAK1 by treatment with all tested PAK inhibitors significantly reduced cell proliferation, indicating that inhibition of PAK signaling is a target for the treatment of BRAF wild-type melanoma ( 6A and B).

インビトロ観察を延長するため、ＰＡＫ小分子阻害剤による薬力学的調節を、腫瘍異種移植片モデルを使用して評価した。培養されたＳＫ−ＭＥＬ−２３、Ａ２０５８．Ｘ１及びＡ３７５．Ｘ１細胞を培養から取り除き、ハンクス緩衝生理食塩水（ＨＢＳＳ）に懸濁し、マトリゲル（ＢＤＢｉｏｓｃｉｅｎｃｅｓ、ＵＳＡ）と１対１で混合し、実験に使われたことのない雌ＮＣＲヌード（ＴａｃｏｎｉｃＦａｒｍｓ、Ｈｕｄｓｏｎ、ＮＹ）又はベージュヌードＸＩＤ（ＨａｒｌａｎＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＣＡ）マウスの右脇腹の皮下に移植した。およそ２５０ｍｍ^３の平均体積の腫瘍を持つ動物は処置コホートに分類した。腫瘍体積は以下の式：腫瘍体積＝０．５×（ａ×ｂ^２）、「ａ」は最大腫瘍径、「ｂ」は垂直腫瘍径により計算した。腫瘍体積結果は、平均腫瘍体積±平均値の標準誤差（ＳＥＭ）として提示している。研究終了時（ＥＯＳ）のパーセント増殖阻害（％ＩＮＨ）は、％ＩＮＨ＝１００［（ＥＯＳビヒクルＥＯＳ処置）／（ＥＯＳビヒクル）］として計算した。ダネットｔ検定を使用するデータ解析とｐ値作成はＪＭＰソフトウェア（ＳＡＳＩｎｓｔｉｔｕｔｅ、Ｃａｒｙ、ＮＣ）を使用して行った。全ての実験手順は米国生理学会の指針に従い、ジェネンテック動物実験委員会（Ｇｅｎｅｎｔｅｃｈ’ｓＩｎｓｔｉｔｕｔｉｏｎａｌＡｎｉｍａｌＣａｒｅａｎｄＵｓｅＣｏｍｍｉｔｔｅｅ）の承認を得た。腫瘍確立に続いて、動物に生理食塩水又はＰＦ−３７５８３０９（２５ｍｇ／ｋｇ、腹腔内）のいずれかを投与し、腫瘍は投与の１時間後に採取した。腫瘍は凍結させ、小Ｂｅｓｓｍａｎ組織粉砕機（ＳｐｅｃｔｒｕｍＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、ＲａｎｃｈｏＤｏｍｉｎｇｕｅｚ、ＣＡ）を使用してドライアイス上で微粉砕し、タンパク質抽出物は細胞抽出バッファー（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ、Ｃａｒｌｓｂａｄ、ＣＡ）、１ｍＭのフッ化フェニルメチルスルホニル（ＰＭＳＦ）、ホスファターゼ阻害剤カクテル１／２（ＳｉｇｍａＡｌｄｒｉｃｈ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ、ＭＯ）、及び１錠の完全無ＥＤＴＡＭｉｎｉＴＭプロテアーゼ阻害剤カクテル（ＲｏｃｈｅＤｉａｇｎｏｓｔｉｃｓ、Ｉｎｄｉａｎａｐｏｌｉｓ、ＩＮ）を用いて４℃で調製した。タンパク質は引き続き４〜１２％のＳＤＳ−ＰＡＧＥにより分解し、示された抗体での免疫ブロッティングのために、ニトロセルロース膜（ＭｉｌｌｉｐｏｒｅＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ、Ｂｉｌｌｅｒｉｃａ、ＭＡ）に移した。ＰＦ−３７５８３０９で処理すると、ＳＫ−ＭＥＬ２３腫瘍においてＣＲＡＦ、ＭＥＫ１／２、及びＥＲＫ１／２リン酸化は実質的に減少した（図７Ａ）。Ａ２０５８．Ｘ１ＢＲＡＦ（Ｖ６００Ｅ）腫瘍では、ＰＦ−３７５８３０９投与に続いてＣＲＡＦ（Ｓｅｒ３３８）のリン酸化の減少は観察されなかった。ＢＲＡＦ野生型腫瘍の増殖及び維持に対するＰＦ−３７５８３０９の効果も、２１日間の有効性実験において評価した（図７Ｂ及び図８Ａ〜Ｂ）。１０、１５及び２５ｍｇ／ｋｇＰＦ−３７５８３０９での処理により、投与の最終日に測定した場合、ビヒクルコホートと比べて腫瘍増殖は有意に減っていた（対照コホートと比べてそれぞれ７４％、７６％及び９１％阻害）（ダネットｔ検定、ｐ＜０．０００１）。比較すると、ＣＲＡＦリン酸化の最小抗腫瘍有効性及び阻害が、インビボでの強力なＲＡＦ阻害剤を用いて処理したＳＫ−ＭＥＬ２３腫瘍で観察された（図９Ｂ）（ＨｏｅｆｌｉｃｈＫＰら、（２００９）ＣａｎｃｅｒＲｅｓ、６９（７）：３０４２〜３０５１）。更に、ＰＬＸ−４７２０ＢＲＡＦ阻害剤で処理したＢＲＡＦ変異体（Ａ３７５）及び野生型（ＳＫ−ＭＥＬ２３）細胞のホスホプロテオミック解析によれば、黒色腫のこれらの細胞サブタイプがＢＲＡＦ阻害のために異なるシグナル伝達応答を示していることが実証された（図９Ａ）。総合すると、ＰＦ−３７５８３０９によるＭＡＰＫ経路不活化の大きさはＢＲＡＦ野生型黒色腫異種移植片モデルにおける抗腫瘍効果と相関しており、これらのデータは、ＰＡＫシグナル伝達を妨げれば黒色腫のこのサブセットにおいて治療効果をもたらすことができるという結論を支持している（図１０に描かれているモデル）。 To extend in vitro observations, pharmacodynamic modulation by PAK small molecule inhibitors was evaluated using a tumor xenograft model. Cultured SK-MEL-23, A2058. X1 and A375. X1 cells are removed from culture, suspended in Hanks buffered saline (HBSS), mixed 1: 1 with Matrigel (BD Biosciences, USA), and female NCR nudes (Taconic Farms, Hudson) that have never been used for experiments. , NY) or beige nude XID (Harlan Laboratories, CA) mice were implanted subcutaneously in the right flank. Animals with tumors with an average volume of approximately 250 mm ³ were classified into the treatment cohort. The tumor volume was calculated by the following formula: tumor volume = 0.5 × (a × b ² ), “a” was the maximum tumor diameter, and “b” was the vertical tumor diameter. Tumor volume results are presented as mean tumor volume ± standard error of the mean (SEM). Percent growth inhibition (% INH) at the end of the study (EOS) was calculated as% INH = 100 [(EOS vehicle EOS treatment) / (EOS vehicle)]. Data analysis and p-value generation using Dunnett's test was performed using JMP software (SAS Institute, Cary, NC). All experimental procedures were approved by the Genentech's Institutional Animal Care and Use Committee, following the guidelines of the American Physiological Society. Following tumor establishment, animals were administered either saline or PF-3758309 (25 mg / kg, ip) and tumors were harvested 1 hour after administration. Tumors are frozen and pulverized on dry ice using a small Bessman tissue grinder (Spectrum Laboratories, Rancho Dominguez, Calif.), And protein extracts are extracted with cell extraction buffer (Invitrogen, Carlsbad, Calif.), 1 mM fluoride. 4 ° C. using phenylmethylsulfonyl (PMSF), phosphatase inhibitor cocktail 1/2 (Sigma Aldrich, St. Louis, MO), and 1 tablet of fully EDTA Mini ™ protease inhibitor cocktail (Roche Diagnostics, Indianapolis, IN) It was prepared with. The protein was subsequently degraded by 4-12% SDS-PAGE and transferred to a nitrocellulose membrane (Millipore Corporation, Billerica, Mass.) For immunoblotting with the indicated antibodies. Treatment with PF-3758309 substantially reduced CRAF, MEK1 / 2, and ERK1 / 2 phosphorylation in SK-MEL23 tumors (FIG. 7A). A2058. In X1 BRAF (V600E) tumors, no reduction in CRAF (Ser338) phosphorylation was observed following PF-3758309 administration. The effect of PF-3758309 on the growth and maintenance of BRAF wild type tumors was also evaluated in a 21-day efficacy experiment (FIGS. 7B and 8A-B). Treatment with 10, 15 and 25 mg / kg PF-3758309 significantly reduced tumor growth compared to the vehicle cohort when measured on the last day of administration (74%, 76% and 91% inhibition) (Dunnett t test, p <0.0001). In comparison, minimal anti-tumor efficacy and inhibition of CRAF phosphorylation was observed in SK-MEL23 tumors treated with potent RAF inhibitors in vivo (FIG. 9B) (Hoefrich KP et al., (2009) Cancer). Res, 69 (7): 3042-3051). Furthermore, phosphoproteomic analysis of BRAF mutant (A375) and wild type (SK-MEL23) cells treated with a PLX-4720 BRAF inhibitor showed that these cell subtypes of melanoma differed due to BRAF inhibition. It was demonstrated to show a transduction response (FIG. 9A). Taken together, the magnitude of MAPK pathway inactivation by PF-3758309 correlates with the anti-tumor effect in the BRAF wild type melanoma xenograft model, and these data indicate that melanoma can be counteracted by interfering with PAK signaling. Supporting the conclusion that a therapeutic effect can be achieved in the subset (model depicted in FIG. 10).

Claims

個体において黒色腫を治療するための方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法。 A method for treating melanoma in an individual comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

黒色腫が野生型ＢＲＡＦ黒色腫である、請求項１に記載の方法。 2. The method of claim 1, wherein the melanoma is wild type BRAF melanoma.

ＰＡＫ１が非癌性皮膚細胞と比べて腫瘍において過剰発現されている、請求項１又は２に記載の方法。 The method according to claim 1 or 2, wherein PAK1 is overexpressed in the tumor compared to non-cancerous skin cells.

ＰＡＫ１が腫瘍において増幅されている、請求項１から３のいずれか一項に記載の方法。 4. The method according to any one of claims 1 to 3, wherein PAK1 is amplified in the tumor.

腫瘍におけるＰＡＫ１のコピー数が約２．５よりも大きい、請求項４に記載の方法。 5. The method of claim 4, wherein the copy number of PAK1 in the tumor is greater than about 2.5.

阻害剤が小分子、核酸、又はポリペプチドである、請求項１から５のいずれか一項に記載の方法。 6. The method according to any one of claims 1 to 5, wherein the inhibitor is a small molecule, a nucleic acid, or a polypeptide.

小分子がＰＦ−３７５８３０９である、請求項６に記載の方法。 The method of claim 6, wherein the small molecule is PF-3758309.

小分子が式ＶＩＩの化合物である、請求項６に記載の方法。

7. The method of claim 6, wherein the small molecule is a compound of formula VII.

小分子が式ＶＩＩの化合物であり、Ａは４−インドリル、５−インドリル、４−インダゾリル、５−インダゾリル、４−ベンゾイミダゾリル又は５−ベンゾイミダゾリルであり、Ｒ^ａ、Ｒ^１ａ及びＲ^１ｂは独立して水素又はＣ_１〜３アルキルであり、Ｒ^５は水素又はＣ_１〜６アルキルであり、Ｒ^６は水素、ハロゲン又はＣ_１〜６アルキルであり、Ｒ^７はフッ素によって置換されていてもよいシクロアルキルである、請求項８に記載の方法。 The small molecule is a compound of formula VII, A is 4-indolyl, 5-indolyl, 4-indazolyl, 5-indazolyl, 4-benzimidazolyl or 5-benzoimidazolyl, and R ^a , R ^1a and R ^1b are independently Hydrogen or C _1-3 alkyl; R ⁵ is hydrogen or C _1-6 alkyl; R ⁶ is hydrogen, halogen or C _1-6 alkyl; and R ⁷ is cyclo optionally substituted by fluorine. 9. A method according to claim 8 which is alkyl.

個体がヒトである、請求項１から９のいずれか一項に記載の方法。 The method according to any one of claims 1 to 9, wherein the individual is a human.

ＰＡＫ１阻害剤が治療薬と組み合わせて使用される、請求項１から１０のいずれか一項に記載の方法。 11. The method according to any one of claims 1 to 10, wherein the PAK1 inhibitor is used in combination with a therapeutic agent.

個体において黒色腫を治療するためのＰＡＫ１阻害剤の使用。 Use of a PAK1 inhibitor to treat melanoma in an individual.

黒色腫が野生型ＢＲＡＦ黒色腫である、請求項１２に記載の使用。 Use according to claim 12, wherein the melanoma is wild type BRAF melanoma.

黒色腫の治療において使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含む組成物。 A composition comprising a PAK1 inhibitor for use in the treatment of melanoma.

黒色腫が野生型ＢＲＡＦ黒色腫である、請求項１４に記載の組成物。 15. The composition of claim 14, wherein the melanoma is wild type BRAF melanoma.

薬学的に許容される賦形剤を更に含む、請求項１４又は１５に記載の組成物。 The composition according to claim 14 or 15, further comprising a pharmaceutically acceptable excipient.

黒色腫を治療するための医薬品の製造におけるＰＡＫ１阻害剤の使用。 Use of a PAK1 inhibitor in the manufacture of a medicament for the treatment of melanoma.

黒色腫が野生型ＢＲＡＦ黒色腫である、請求項１７に記載の使用。 18. Use according to claim 17, wherein the melanoma is wild type BRAF melanoma.

ＰＡＫ１阻害剤及び黒色腫の治療において使用するための指示書を含む、黒色腫を治療するのに使用するためのＰＡＫ１阻害剤を含むキット。 A kit comprising a PAK1 inhibitor for use in treating melanoma, comprising a PAK1 inhibitor and instructions for use in the treatment of melanoma.

黒色腫が野生型ＢＲＡＦ黒色腫である、請求項１９に記載のキット。 20. The kit according to claim 19, wherein the melanoma is wild type BRAF melanoma.

個体において黒色腫におけるＣＲＡＦシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法。 A method of inhibiting CRAF signaling in melanoma in an individual comprising contacting melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

黒色腫腫瘍におけるＭＥＫシグナル伝達を阻害する方法であって、黒色腫を治療有効量のＰＡＫ１阻害剤に接触させることを含む方法。 A method of inhibiting MEK signaling in a melanoma tumor, comprising contacting the melanoma with a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型を決定することを含み、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法。 A method of identifying a human melanoma patient suitable for treatment with a PAK1 inhibitor comprising determining a BRAF genotype of melanoma, wherein the melanoma comprises wild-type BRAF, wherein the patient has PAK1 A method that indicates suitability for treatment with an inhibitor.

ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適しているヒト黒色腫患者を同定する方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１の発現を判定することを含み、非癌性皮膚細胞と比べた黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示す、方法。 A method for identifying human melanoma patients suitable for treatment with a PAK1 inhibitor comprising determining the expression of PAK1 in melanoma, wherein PAK1 excess in melanoma compared to non-cancerous skin cells A method wherein the expression indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor.

黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現よりもＸ％多い、請求項２４に記載の方法。 25. The method of claim 24, wherein the overexpression of PAK1 in melanoma is X% greater than the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、
（ａ）黒色腫のＢＲＡＦ遺伝子型に基づいて患者を選択し、黒色腫が野生型ＢＲＡＦを含むことが、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び
（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与すること
を含む方法。 A method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor comprising:
(A) selecting patients based on the BRAF genotype of melanoma, indicating that the melanoma contains wild-type BRAF indicates that the patient is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor; and (b) Administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to a selected patient.

ヒト黒色腫患者をＰＡＫ１阻害剤を用いて治療するための方法であって、
（ａ）黒色腫のＰＡＫ１発現レベルに基づいて患者を選択し、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、患者がＰＡＫ１阻害剤を用いた治療に適していることを示すこと、及び
（ｂ）選択された患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与すること
を含む方法。 A method for treating a human melanoma patient with a PAK1 inhibitor comprising:
(A) selecting patients based on melanoma PAK1 expression levels, indicating that PAK1 overexpression in melanoma is suitable for treatment with a PAK1 inhibitor; and (b) selected Administering to a patient a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor.

黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現の２．５倍である、請求項２７に記載の方法。 28. The method of claim 27, wherein the overexpression of PAK1 in melanoma is 2.5 times the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

ヒト黒色腫患者を治療するための方法であって、黒色腫の遺伝子型がＢＲＡＦの野生型であると判定されている選択された個体に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法。 A method for treating a human melanoma patient comprising administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to a selected individual whose melanoma genotype has been determined to be BRAF wild type. .

ヒト黒色腫患者を治療するための方法であって、黒色腫が非癌性皮膚細胞と比べてＰＡＫ１を過剰発現していると判定されている患者に治療有効量のＰＡＫ１阻害剤を投与することを含む方法。 A method for treating a human melanoma patient comprising administering a therapeutically effective amount of a PAK1 inhibitor to a patient who has been determined that the melanoma is overexpressing PAK1 compared to non-cancerous skin cells Including methods.

黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、非癌性皮膚細胞におけるＰＡＫ１の発現の２．５倍である、請求項３０に記載の方法。 31. The method of claim 30, wherein the overexpression of PAK1 in melanoma is 2.5 times the expression of PAK1 in non-cancerous skin cells.

ＰＡＫ１阻害剤を用いた治療を受けている患者において黒色腫の治療を調整する方法であって、黒色腫におけるＰＡＫ１発現を評価することを含み、黒色腫におけるＰＡＫ１の過剰発現が、個体の治療がＰＡＫ１過剰発現がもはや検出されなくなるまで調整されることを示す、方法。 A method of modulating melanoma treatment in a patient undergoing treatment with a PAK1 inhibitor, comprising assessing PAK1 expression in melanoma, wherein overexpression of PAK1 in melanoma is associated with treatment of an individual A method showing that PAK1 overexpression is adjusted until it is no longer detected.

明細書に記載された発明。 Invention described in the specification.