JP2014518069A - 骨髄異形成症候群対象の生存率を予測するための変異シグネチャー - Google Patents
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Abstract
Description
本出願は、その全体が参照により本明細書に組み入れられる、2011年6月17日に提出された米国特許仮出願第61/498,497号の恩典を主張する。
本発明は、骨髄異形成症候群対象の生存率を予測する方法に関する。
本発明は、米国国立衛生研究所によって与えられた政府助成金番号R01 DK087992およびR01 HL082945、ならびに米国国立癌研究所によって与えられた助成金番号P01 CA108631および3K12 CA087723によって米国政府の支援を受けて行われた。米国政府は本発明において一定の権利を有する。
骨髄異形成症候群(MDS)は、無効な造血および異形成を特徴とする、クローンによる血液障害の不均一な群である。これは、ゲノムの異常が造血幹細胞に蓄積して、それによって多系列の分化が障害された結果として様々な重症度の末梢血球減少症が起こり、初期相で骨髄(BM)のアポトーシスが起こる血液障害である。この疾患の罹病率および死亡率は、血球減少症または急性骨髄性白血病への移行に起因し、これらはいずれも、血液細胞の機能障害および減少によって引き起こされる重篤な感染疾患、貧血、または出血を生じる可能性がある。とりわけ5番、7番染色体の欠失を含む、付随する細胞遺伝学異常が存在する。
本発明は、体細胞が変異した場合に、骨髄異形成症候群(MDS)、急性骨髄性白血病(AML)、急性リンパ芽球性白血病(ALL)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、慢性骨髄性白血病(CML)などの血液障害を有する対象、または血液障害を発症するリスクを有する対象の有害な予後に関連するシグネチャーの同定に関する。これらのシグネチャーは、既存の臨床的または分子的危険因子とは無関係である。
本発明の文脈において、「シグネチャー」は、その多型、変異、変種、改変体、サブユニット、断片、および他の分析物または試料由来の測定値と共に核酸を包含するがこれらに限定されない。シグネチャーはまた、変異した核酸を含むことができる。
本明細書において開示される方法は、MDSを発症するリスクを有する対象、または急性リンパ芽球性白血病(ALL)、急性骨髄性白血病(AML)、慢性リンパ球性白血病(CLL)、または慢性骨髄性白血病(CML)、または他のタイプの血液障害などの血液障害を有する他の対象、およびMDSまたは他のタイプの血液障害のための処置および/または治療を受けている対象について用いられる。本発明の方法は、骨髄異形成症候群(MDS)に罹患している対象における全生存(OS)(すなわち、増加または減少)のリスクを評価するために用いることができる。本発明の方法はまた、MDSおよび他のタイプの血液障害を有する対象に関する治療計画をモニターまたは選択するために、およびMDSの危険因子を示す対象などの、MDSまたは他のタイプの血液障害を有するとまだ診断されていない対象をスクリーニングするために用いることができる。好ましくは、本発明の方法は、MDSおよび他のタイプの血液障害に関して無症候性である対象を同定および/または診断するために用いられる。「無症候性」とは、従来の徴候および症状を示さないことを意味する。より好ましくは、本発明は、IPSSスコア、核型および/または年齢などの他の危険因子によって中間から高い生存率を有すると予測されるMDS罹患対象における全生存が減少するリスクを評価する方法を提供する。
ハイブリダイゼーションに基づくアッセイは、サザンブロットまたはインサイチューハイブリダイゼーション(たとえばFISH)などの従来の「直接プローブ」法、および比較ゲノムハイブリダイゼーション(CGH)などの「比較プローブ」法を含むがこれらに限定されるわけではない。方法は、以下に記述されるように基質(たとえば、メンブレンまたはガラス)結合法またはアレイに基づくアプローチを含むがこれらに限定されるわけではない広く多様なフォーマットで用いることができる。
もう1つの態様において、増幅に基づくアッセイを用いて変異対立遺伝子頻度を測定することができる。そのような増幅に基づくアッセイにおいて、核酸配列は、増幅反応(たとえば、ポリメラーゼ連鎖反応(PCR))における鋳型として作用する。定量的増幅において、増幅産物の量は、当初の試料中の鋳型の量に比例するであろう。適切な対照(たとえば、健康な組織)との比較により、所望の標的核酸配列の変異対立遺伝子頻度の測定が提供される。「定量的」増幅法は当業者に周知である。たとえば、定量的PCRは、同じプライマーを用いて対照配列の公知の量を同時に共増幅する段階を伴う。これは、PCR反応を較正するために用いられうる内部標準を提供する。定量的PCRの詳細なプロトコールは、Innis et al. (1990) PCR Protocols, A Guide to Methods and Applications, Academic Press, Inc. N.Y.において提供される。
本発明は、いくつかのタイプの中でもMDSなどの血液障害の予後および診断を可能にする。MDSなどの疾患に罹患している対象がより低い全生存を有するリスクは、試験試料中のETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1から選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子における1つまたは複数の変異を検出することによって決定することができる。全生存が減少するリスクを有すると同定された対象を任意で、対象の疾患の進行を遅らせる、減少させる、または予防するために、アザシチジン(Vidaza(登録商標)、デシタビン(Dacogen(登録商標)、レナリドミド(Revlimid)の投与、または骨髄移植を受けることなどのより積極的な治療計画を受けるように選択することができる。
本発明の成績ならびにこのように絶対的および相対的臨床有用性は、先に述べたように多数の方法で評価されうる。成績の様々な評価において、本発明は臨床診断および予後の精度を提供すると意図される。診断または予後に関する試験、アッセイ、または方法の精度は、試験、アッセイ、または方法が、MDSを有する対象またはより低い全生存のリスクを有する対象を識別できることに関係し、対象が表6に記載される1つまたは複数のシグネチャー遺伝子において非サイレント変異を有するか否かに基づく。いくつかの態様において、1つのみのシグネチャー遺伝子における1つまたは複数の変異は、リスクの統計学的に有意な評価を提供することができる。以下に示すように、そして本発明を何ら制限することなく、統計学的有意性に達すること、したがって好ましい分析、診断、および臨床精度は、必ずしもいくつかのシグネチャーの組み合わせを共に用いることを必要としない。数学的アルゴリズムは、統計学的に有意な指標を達成するために必ずしも必要ではない。
本発明はまた、キットの形で共に包装されるシグネチャー核酸の部分と相補的なオリゴヌクレオチド配列などの相同な核酸配列を有することによって、1つまたは複数のシグネチャー核酸を特異的に同定する核酸などの、シグネチャー遺伝子の変異を検出するための試薬、および少なくとも1つの非サイレント変異を有するシグネチャー遺伝子における変異対立遺伝子頻度を決定するための試薬を含む。オリゴヌクレオチドは、シグネチャー遺伝子の断片でありうる。たとえば、オリゴヌクレオチドは、長さがヌクレオチド200個、150個、100個、50個、25個、10個またはそれ未満でありうる。キットは、マトリクスにそれらを結合させるための試薬、対照製剤(陽性および/または陰性)、および/またはとりわけフルオレセイン、緑色蛍光タンパク質、ローダミン、シアニン色素、Alexa色素、ルシフェラーゼ、放射標識などの検出可能な標識を、異なる容器にまたは個別包装して含みうる。アッセイを行うための説明書(たとえば、書面、テープ、VCR、CD-ROM等)をキットに含めてもよい。アッセイはたとえば、当技術分野において公知であるノザンハイブリダイゼーションまたはサンドイッチELISAの形式であってもよい。または、キットは、1つまたは複数の核酸配列を含む核酸基質アレイを含む。
患者試料
MDS患者の全骨髄吸引液および口腔内スワブ試料を、Rush University Medical Center、the University of Massachusetts Medical Center、およびthe MD Anderson Cancer Centerから得た。試料は、各施設の施設内倫理委員会によって承認されたプロトコールに従って、1994年から2008年のあいだに同意を得た患者から得た。DNAを単離して、全ゲノムを増幅した(Qiagen, Valencia, CA)。増幅したDNAを変異の発見のために用いた。患者の人口統計学を以下の表1に詳述する。試料収集時にIPSSリスク群を再計算した。生存分析により、本発明者らの試料セットにおけるこの再計算の予後的妥当性が確認された(表2)。追跡期間の中央値は4.44年(95%CI 4.12、6.19)であり、そのあいだに患者332人が死亡して、107人は、生存していることがわかっている最後の日付で打ち切りとした。
遺伝子111個を代表する変異953個の遺伝子型決定を、OncoMapアッセイの完全なセットを用いて既に記述されたように19,20、増幅されたDNAに関するiPlex(Sequenom, San Diego, CA)伸長ケミストリーおよび質量分析器検出によって行った。この技術は、良好に特徴が調べられた位置に限定されるそれらの再発性の腫瘍遺伝子変異をハイスループットで同定することができることから選択された。質量分析による遺伝子型決定によって同定された全ての候補変異を、既に記述されたように21、相同Mass-Extend(hME)ケミストリーを用いて同じ個体からの非増幅または個々に増幅されたDNAにおいて再設計アッセイによって検証した。この技術は、10%またはそれより高い頻度で存在する変異を信頼可能に検出することができる。
TET2、RUNX1、TP53、CDKN2A、PTEN、NPM1-エキソン11、ならびにCBL-エキソン8および9のPCR増幅エキソンの次世代ピロシークエンシングを、454 Life Sciences(Branford, CT)のシークエンシングプラットフォームを用いて行った。公知の一塩基多型(SNP)、スプライス接合部から6塩基以上のイントロン多型、およびサイレント変異を、さらなる分析から除外した。ASXL1、EZH2、KDM6A、IDH1エキソン4、IDH2エキソン4、およびETV6をサンガーシークエンシングによって分析した。全ゲノム増幅DNAにおいて検出された候補変異を、非増幅DNAを用いて検証した(図4および図7)。IPSSリスク群を試料収集時に決定して、各患者に関する当初のIPSS分類と比較した。図4に示されるように、患者73人は、そのIPSSリスク群が再分類時に変化した。患者2人のみが1つより多くのカテゴリー(中間リスク2から低リスクへの移動が1人および低リスクから中間リスク2への移動が1人)を移動した。図4Bは、その再分類IPSSに基づく患者の全生存を比較するカプランマイヤー生存プロットである。対応のある比較により、各群の生存が、他のあらゆる群と有意差があることが確認される。
本試験において分析した試料439個中219個(49.9%)に関して、マッチさせた口腔内DNAが利用可能であった。既に生殖系列として公表されているまたは本発明者らのコホートにおける任意の患者からの口腔内試料に存在する一塩基多型(dbSNP)ビルド130のデータベースに記載される変異は、生殖系列変異であると見なされ、さらなる分析から除外した(表3)。
MDS患者試料75個からDNAを調製して、Affymetrix Genome-Wide Human SNP 6.0 Array GeneChipマイクロアレイに、製造元のプロトコール(Affymetrix, Santa Clara, CA)に従ってハイブリダイズさせた。コピー数変種をUltrasome aberration caller(Nilsson et al. Ultrasome: efficient aberration caller for copy number studies of ultra-high resolution. Bioinformatics 2009;25: 1078-9)を用いて検出した。
患者の特徴を、分類データに関してFisherの正確確率検定を用いて、順位のあるカテゴリーデータに関してヨンクヒール・タプストラ検定を用いて、および連続データに関してはウィルコキソン順位和検定を用いて群のあいだで比較した(Conover WJ. Practical nonparametric statistics. 3rd ed. New York: Wiley; 1999)。試料収集時から任意の原因による死亡時までの全生存(OS)を測定した;最後に生存していることがわかった患者は、その時点で打ち切りとした。OS曲線を、カプラン-マイヤーの方法を用いて作製して、ログランク検定を用いて比較した。P値は全て両側検定に基づいた。臨床特徴と18個の変異の各々との関連を調べる単変量解析に関して、個々の患者の臨床特色の多重性を反映するためにP≦0.01が統計学的に有意であると見なされた。他の全ての評価に関して、名目上のp値を表す。
MDSにおける新規体細胞変異の同定
MDSを有する患者の罹病率および死亡率を変化させる変異を同定するために、本発明者らはMDS患者からの骨髄吸引液の大きい臨床注釈付きコレクションの遺伝子分析を行った。本発明者らは最初に、MDSにおける変異の組を定義するために試料のサブセットの詳しい遺伝子分析を行って、その後図8における概要に例証されるように、本発明者らの完全な試料セットにおいて検証された変異を有する遺伝子の全てを分析した。
MDSにおける変異の臨床での影響を調べるために、本発明者らは、上記で同定された全ての遺伝子に加えて、MDSを有する患者の一般的集団を代表する人口統計学を有する患者439人の試料中の血液悪性疾患において変異していることが既に報告されている遺伝子の組13個を評価した(表1)。その骨髄吸引液を収集した時点で、この群は年齢70歳の中央値を有し、男性70%を含み、66%がより低いIPSSリスクを有し、58%が正常な細胞遺伝学を有し、および13%が複雑な細胞遺伝学を有し、全ての値が公表された疫学的研究において報告された値と同等であった22-24,2。
7個の遺伝子の異常が単変量解析においてOSの不良に有意に関連した(表6、図10)。6個の遺伝子、すなわちASXL1、RUNX1、TP53、EZH2、CBL、およびETV6における変異は、IPSSリスク群に関する調整後、OS不良の有意な予測因子であり、正常な細胞遺伝学を有する患者255人中74人(29.0%)に見いだされた。
MDSにおける点突然変異の予後的重要性は、IPSSなどの既存の臨床リスクスコアによって捕らえられた核型、芽球比率、および血球減少症を含む危険因子とこれらの変異との関連によって促進されうる。それゆえ、本発明者らは、各々の変異を有する患者の臨床特徴を、それぞれの病変を有しない患者と比較した。
多数の遺伝子の変異は、単変量解析においてOSと関連した(表6)。しかし、これらの変異はしばしば互いに同時に存在して、いくつかは、確立された予後予測マーカーに関連した。OSに対する変異状態の相対的関与を決定するために、本発明者らは、年齢、性別、IPSS、および本試験において同定された最も頻繁な変異遺伝子13個に関する変異の状態を組み入れるステップワイズ変数選択技法を用いて多変量Coxモデルを作製した。予想されたように、患者の年齢およびIPSSリスク群はOSに強く関連した(表7)。
MDSの初回試料439個における変異の広い調査において、本発明者らは、この障害において変異しているとこれまで報告されていなかった2個(ETV6およびGNAS)を含む18個の遺伝子において点突然変異を同定した。本発明者らは、これらの遺伝子病変のいくつかが、特異的血球減少症、芽球比率、細胞遺伝学異常、およびOSを含む臨床表現型の重要な特色と強く相関することを見いだした。臨床パラメータおよび他の変異を含む多変量解析において、TP53、EZH2、ETV6、RUNX1、およびASXL1変異は各々独立してOSの減少に関連した。これらの遺伝子の1つまたは複数における変異は、患者439人中137人(31.2%)に存在した。これらの知見は、特異的遺伝子の変異が、MDSの臨床での不均一性を説明するために役立つこと、およびこれらの異常を同定すれば、MDS患者の予後の予測を改善して、適切な治療の選択を助けるであろうことを示している。
本発明者らは最初に、IPSSスコアによって決定した場合に、低リスク疾患を有するMDS患者における予後の予測を改善させうる臨床パラメータを評価した。LR-PSSは、患者856人のコホートにおいてこの目的のために開発されたが、独立したコホートの患者において検証されていない。本発明者らは、低リスクまたは中間リスク-1 IPSSリスクのMDSを有し、疫学研究に記述される低リスクMDS患者を代表する臨床特徴を有する患者288人の十分な注釈付きコホートにLR-PSSを適用した(表8)。LR-PSSをこのコホートに適用したところ、患者57人(19.8%)がリスクカテゴリー1に割付され、生存期間の中央値は5.19年(95%信頼区間[CI]、3.01〜10.34)であり;患者160人(55.6%)がカテゴリー2に割付され、生存期間の中央値は2.65年(CI、2.18〜3.30)であり;および71人(24.7%)がカテゴリー3に割付され、生存期間の中央値は1.11年(CI、0.82〜1.51、図14、表11)であった。
個々の遺伝子の変異は、一般的にMDS患者におけるIPSSスコアとは無関係である予後情報を提供することができるが、変異の予後的重要性は、低リスクMDSの患者では詳しく調べられていない。本発明者らのコホートにおける患者288人の骨髄吸引液は、TET2、ASXL1、TP53、RUNX1、EZH2、ETV6、およびNRASを含む遺伝子18個の変異に関して既に検査された。MDSにおけるDNMT3A、SF3B1、SRSF2、およびU2AF1の変異に関する最近の報告に従って、本発明者らは、全ての試料においてこれらの遺伝子の繰り返し変異する領域をシークエンシングした。
DNMT3AおよびSF3B1変異は、他の任意の頻繁に変異する遺伝子の変異と共存したが、偶然に予想されるよりも有意に頻繁に互いに同時に発生し(p<0.001)、これらの2つの遺伝的病変のあいだにこれまで認識されていない分子相乗効果が存在することを示唆している。具体的に、DNMT3A変異を有する患者36人中、20人(56%)が同様にSF3B1変異を有した。既に報告されたように、SF3B1の変異は、環状鉄芽球を伴う不応性貧血(RARS)患者由来の試料において非常に多く存在し、非RARS症例の13%に対し、症例の78%に存在した(p<0.001)。
変異は、LR-PSSによって正確に捉えられるように臨床パラメータを変化させうる。または、いくつかの変異は、標準的な臨床変数では十分に捕らえられないMDS表現型に関して統計学的に独立した情報を生じうる。これらの可能性に取り組むために、本発明者らは、LR-PSSに含まれる臨床パラメータと変異との関連を調べた。高齢であることは、1つまたは複数の変異の存在に関連したが(60歳未満で48%に対し、60歳以上では77%、p≦0.001)、個々の遺伝子変異は年齢に有意に関連しなかった。ASXL1、RUNX1、およびEZH2の変異は、10 gm/dL未満のヘモグロビンレベルに関連した(各々の比較に関してp≦0.008)。4%またはそれより多くの骨髄芽球数は、SRSF2、ASXL1、RUNX1、NRAS、およびCBLの変異に関連したが(各々の比較に関してp<0.005)、U2AF1、ASXL1、RUNX1、およびNRASの変異は、<50×109個/Lの血小板数に関連した(各々の比較に関してp<0.01)。対照的に、SF3B1変異は、正常または上昇した血小板数に関連した(<50×109個/Lの4%に対し50〜200×109個/Lの15%、>200×109個/Lの51%、p<0.001)。
本発明者らは次に、本発明者らの低リスクMDSコホートにおける全生存と変異の状態との関連を調べた。単変量解析において、ASXL1、RUNX1、EZH2、SRSF2、U2AF1、およびNRASの変異は、表9に示されるハザード比および図19における生存曲線により、より短い全生存に関連した。SF3B1の変異のみが生存を延長させる方向に有意でない傾向を示した(HR 0.76、[CI、0.54〜1.07]、p=0.12)。
この表は、任意の所与の遺伝子対において変異を有した試料の数を示す。対角線上の灰色の欄は、その遺伝子のみにおいて変異を有する試料の数を示す。上の行の欄はその列に記載される遺伝子に変異を有する試料の総数を記載する。2つより多くの変異を有する試料は、行および列あたり1つより多くの欄において計数される。それゆえ、変異対の総数(下の行に記載される)は、上の行に示される変異試料の数より多い可能性がある。
A. IPSS低リスク群のマッピング(n=288)
B.IPSS低リスクスコアのマッピング(n=283)*
* 中間-1リスクの患者5人は、臨床情報を失ったためにその総IPSSスコアが0.5または1.0であるか否かが不明であることから、この表から除外した。
当業者は、単なるルーチンの実験を用いて本明細書において記述される特異的技法に対する多数の同等物を認識するか、または確認することができるであろう。そのような同等物は、本発明の範囲内であると考えられ、以下の特許請求の範囲に含まれる。様々な置換、変更、および修飾を本発明に行ってもよく、それらも特許請求の範囲によって定義される本発明の精神および範囲に含まれる。他の局面、長所、および修飾は、本発明の範囲内である。本出願を通して引用された全ての参考文献、公布された特許、および公表された特許出願の内容は、参照により本明細書に組み入れられる。それらの特許、出願、および他の文書の適切な成分、プロセス、および方法を、本発明およびその態様のために選択してもよい。
Claims (31)
- 以下の段階を含む、骨髄異形成症候群(MDS)に罹患している対象における全生存を既定の予測可能性レベルで評価する方法:
a.対象から核酸試料を得る段階;および
b.該核酸試料において、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つまたは複数の遺伝子における1つまたは複数の変異の存在を検出する段階。 - 前記遺伝子の1つにおける1つまたは複数の変異の存在が、該変異を有しない対象と比較した、前記対象の全生存の減少を示す、請求項1記載の方法。
- TET2およびSF3B1の両方における1つまたは複数の変異の存在が、TETE2のみに変異を有する対象と比較した、前記対象の生存の増加を示す、請求項1記載の方法。
- DNMT3AおよびSF3B1の両方における1つまたは複数の変異の存在が、DNMT3Aのみに変異を有する対象と比較した、前記対象の生存の増加を示す、請求項1記載の方法。
- 前記対象がRARS型MDSを有しかつSF3B1に1つまたは複数の変異を有する場合、RARS型MDSを有しかつ該変異を有しない対象と比較した、前記対象の生存の増加を示す、請求項1記載の方法。
- TP53における1つまたは複数の変異を検出する段階をさらに含む、請求項1記載の方法。
- 前記対象が、低リスクまたは中間リスクMDSを有する、請求項1記載の方法。
- 以下の段階を含む、対象におけるMDSまたはそれに対する素因を診断する方法:
a.対象から核酸試料を得る段階;および
b.該核酸試料において、
i. 表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子における1つもしくは複数の変異、または
ii. ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子における1つもしくは複数の変異
の存在を検出する段階であって、該変異の存在が、該対象がMDSまたはそれに対する素因を有することを示す、段階。 - TP53における1つまたは複数の変異を検出する段階をさらに含む、請求項12記載の方法。
- MDSに対する処置の有効性を既定の予測可能性レベルでモニターする方法であって、
a.対象由来の第一の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第一の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
b.対象由来の第二の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第二の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
段階(a)および段階(b)において決定された変異対立遺伝子頻度を比較する段階
を含み、処置の有効性が、対象から検出された少なくとも1つの前記変異を含む前記遺伝子における変異対立遺伝子頻度の変化によってモニターされる、前記方法。 - 対象におけるMDSの進行を既定の予測可能性レベルで評価する方法であって、
a.対象由来の第一の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第一の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
b.対象由来の第二の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第二の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
c. 段階(a)および段階(b)において決定された変異対立遺伝子頻度を比較する段階
を含み、対象におけるMDSの進行が、対象から検出された少なくとも1つの前記変異を含む前記遺伝子における変異対立遺伝子頻度の変化によって評価される、前記方法。 - MDSであると診断された対象のための治療計画を既定の予測可能性レベルで選択する方法であって、
a.対象由来の第一の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第一の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
b.任意で、対象由来の第二の核酸試料において、
i. 1つもしくは複数の変異を有する、表6から選択される2つもしくはそれより多くの遺伝子、または
ii. 1つもしくは複数の変異を有する、ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される任意の1つもしくは複数の遺伝子
における、第二の期間での変異対立遺伝子頻度を決定する段階;
c. 段階(a)および段階(b)において決定された変異対立遺伝子頻度を比較する段階
を含み、対象のための治療計画が、対象から検出された少なくとも1つの前記変異を含む前記遺伝子における変異対立遺伝子頻度の変化によって決定される、前記方法。 - 対象が既にMDSに関して処置されている請求項10〜12のいずれか一項記載の方法。
- 第一の試料が、MDSに関して処置される前に対象から採取される、請求項10〜12のいずれか一項記載の方法。
- 第二の試料が、MDSに関して処置された後に対象から採取される、請求項10〜12のいずれか一項記載の方法。
- 変異対立遺伝子頻度が、次世代シークエンシング、質量分析による遺伝子型決定、リアルタイムポリメラーゼ連鎖反応、一塩基多型(SNP)アレイ、および***間期蛍光インサイチューハイブリダイゼーション(FISH)分析からなる群より選択される方法によって決定される、請求項10〜12のいずれか一項記載の方法。
- 前記変異がサイレント変異ではない、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- MDSに関連する少なくとも1つの危険因子を検出する段階をさらに含む、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 前記危険因子がIPSSスコアである、請求項18記載の方法。
- 前記危険因子が核型である、請求項18記載の方法。
- 前記危険因子が芽球比率である、請求項18記載の方法。
- 前記危険因子が血球減少症である、請求項18記載の方法。
- 前記危険因子が年齢である、請求項18記載の方法。
- 前記核酸試料が対象の骨髄から単離される、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 検出する段階が、次世代ゲノムシークエンシングおよび/または質量分析による遺伝子型決定によって行われる、前記請求項のいずれか一項記載の方法。
- 表6から選択される対応する遺伝子を検出する複数の検出試薬を含む、キット。
- 検出試薬が1つまたは複数のオリゴヌクレオチドを含む、請求項26記載のキット。
- ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される1つまたは複数の遺伝子を検出するための試薬と、キットを使用するための説明書とを含む、キット。
- TP53を検出するための試薬をさらに含む、請求項28記載のキット。
- ETV6、EZH2、RUNX1、ASXL1、DNMT3A、SRSF2、U2AF1、およびSF3B1からなる群より選択される1つまたは複数の遺伝子の変異パターンを含む、MDS発現プロファイル。
- 請求項30記載の1つまたは複数のMDS発現プロファイルと、任意で追加の試験結果および対象情報とを含む、機器読み取り可能な媒体。
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