JP2014513292A - 定量的ビデオ顕微鏡を準備する方法及び関連システム - Google Patents
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Abstract
【選択図】図2
Description
次に、以下において、本発明の好ましい実施形態が示された添付図面を参照して本発明をより十分に説明する。ただし、本発明は、多くの異なる形態で具現化することができ、本明細書において説明される実施形態に限定されるものと解釈されるべきではない。それとは逆に、これらの実施形態は、この開示内容が十分かつ完全であるようにするとともに本発明の範囲を当業者に十分に伝達するように提供される。同様の参照符号は、全体を通じて同様の要素を参照する。
OD=ε・l・C (1)
式中、ODは、溶液の光学濃度であり、εは、モル吸光係数又はモル吸収係数と呼ばれる比例定数であり、lは、サンプルの厚さであり、Cは、分子種の濃度である。吸収係数εは、分子種に固有であり、通常、L・mol−1・cm−1の単位で表される。
平均距離に加えて、較正プロセスは、例えば95%の信頼区間に含まれない距離が、その後に、格子セルの平均距離の特徴付けから廃棄されるような標準偏差を求めることも含むことができる(ブロック13)。したがって、例えば、東西南北方向の4つの有効な主要近接セルまでの4つの有効な距離を有しない画像マスク内のいずれのセルも、セル格子距離の平均及び標準偏差の計算から除外される。次に、残りの有効な距離から、平均セル格子距離が、観察されるシーンの相対拡大係数を提供する(ブロック14)。
StDev=FWHM/2.35 (4)
この半値全幅は、以下の式によって示すとともに図6に示すように、モード(すなわち、最小ビンと、最小ビンに4096を加算したものとの間の背景ピーク)と、このモードの例えば50%に等しいビンとの間の2つの距離を加算することによって計算される。
FWHM=D1+D2 (5)
モードとこのモードの50%に等しいビンとの間の距離のうちの一方が、このモードとこのモードの50%に等しい他方のビンとの間の他方の距離よりも、例えば1.2倍大きい場合、半値全幅値は、以下の式によって示すとともに図6に示すように、それらの2つの距離のうちの小さい方の例えば2倍として計算することができる。
D2>1.2×D1の場合、FWHM=2×D1 (6)
したがって、次に、前述したように、標準偏差は、半値全幅を2.35によって除算したものとして、計算することができ、2値化された画像マスクを作成する(ブロック33)のに用いられる閾値は、以下の式によって示すように、標準偏差を例えば6倍したものをモードに加算したものとして計算される。
閾値=モード+6×StDev (7)
別の実施形態では、閾値は、標準偏差を少なくとも3倍したものをモードに加算したものとして計算することができる。
誤差=Σ[Pλ(dx,dy)−Pλref(0,0)]2 (10)
最小量の誤差を有するスプラインプロファイルが、基準プロファイルに最も良く一致する。誤差係数は、スプラインプロファイルの座標と基準プロファイルの座標との差の2乗和に等しい。シフトは、水平スプラインプロファイル及び垂直スプラインプロファイルの双方について評価される。本発明の1つの実施形態によれば、スプラインプロファイルと基準スプラインプロファイルとの間のシフトを平均化することによって、プロファイル間のシフトを評価する好ましい精度が提供される。さらに、別の実施形態は、位置合わせ及び比較される2つの画像からの複数の対象領域からプロファイルを抽出することを含むことができる。
Claims (38)
- サンプル内の複数の分子種を解析する撮像システムを較正する方法であって、
複数の異なる波長において画像取得デバイスを用いて前記サンプルの複数の画像を取得するステップと、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域を、異なる波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域と比較するステップと、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域が、前記異なる波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域に対応するように、前記複数の画像を位置合わせするステップと、
を含む、方法。 - 複数の波長のそれぞれについて基準画像からの拡大係数を求めるステップを更に含み、該拡大係数は、1つの波長に関して取得された1つの画像と、異なる波長に関して取得された別の画像との間の倍率の相違を特徴付ける、請求項1に記載の方法。
- 前記拡大係数を求めるステップは、
前記複数の波長のそれぞれにおいて較正スライドの、焦点がぼけた画像を取り込むステップであって、前記較正スライドは、交互パターンに配列された複数のセルの格子を含み、各セルは、複数のピクセルを更に含む、取り込むステップと、
或る割合の最も明るいピクセルと、等しい割合の最も暗いピクセルとを区別するマスクを形成するように、前記複数のピクセルのそれぞれのシェーディングを求めるステップと、
複数のセルのそれぞれの面積を求めるステップと、
複数のセルのそれぞれの中心を求めるステップと、
前記複数のセルのそれぞれの中心間の距離を測定するステップと、
前記複数のセルのそれぞれの前記面積の測定値と、前記複数のセルのそれぞれの前記中心間の距離の測定値とを精緻化するステップと、
を含む、請求項2に記載の方法。 - 前記焦点がぼけた画像は、較正スライドの合焦画像にローパスフィルタを適用することによって生成される、請求項3に記載の方法。
- 前記ピンぼけ画像は、焦点面を正又は負のz軸において調整することによって生成される、請求項3に記載の方法。
- 前記複数のセルのそれぞれの前記中心間の距離を測定するステップは、セルの中心と、東西南北方向における近接セルのそれぞれからの中心との間の、東西南北方向のそれぞれにおける距離を測定するステップを含む、請求項3に記載の方法。
- 前記複数のセルのそれぞれの前記中心間の距離を測定するステップは、
前記複数のセルの前記中心間の距離の平均及び標準偏差を求めるステップと、
信頼区間に含まれない前記複数のセルの前記中心間の距離を前記平均の計算から除外することによって、前記複数のセルの前記中心間の複数の距離の平均を精緻化するステップと、
を更に含む、請求項3に記載の方法。 - 前記複数のセルのそれぞれの面積を求めるステップは、
前記複数のセルのそれぞれの面積の平均及び標準偏差を求めるステップと、
信頼区間に含まれない前記面積を前記平均の計算から除外することによって、前記複数のセルの複数の面積の平均を精緻化するステップと、
を更に含む、請求項3に記載の方法。 - 前記測定値を精緻化するステップは、
前記較正スライドをランダムな方向を変位させるステップと、
該変位された較正スライドの、焦点がぼけた画像を取り込むステップと、
或る割合の最も明るいピクセルと、等しい割合の最も暗いピクセルとを区別するマスクを形成するように、前記変位された較正スライド内の前記複数のピクセルのそれぞれのシェーディングを求めるステップと、
前記変位された較正スライド内の複数のセルのそれぞれの面積を求めるステップと、
前記変位された較正スライド内の複数のセルのそれぞれの中心を求めるステップと、
前記複数のセルのそれぞれの中心間の距離を測定するステップと、
を更に含む、請求項3に記載の方法。 - 前記測定値を精緻化するステップは、
前記較正スライドをランダムな方向に複数回変位させるステップと、
前記スライドが変位される前記複数回のそれぞれにおいて、該変位された較正スライドの、焦点がぼけた画像を取り込むステップと、
或る割合の最も明るいシェーディングを有するピクセルと、等しい割合の最も暗いシェーディングを有するピクセルとを区別するマスクを形成するように、前記変位された較正スライドのそれぞれにおいて前記複数のピクセルのそれぞれのシェーディングを求めるステップと、
前記変位された較正スライドのそれぞれにおいて前記複数のセルのそれぞれの面積を求めるステップと、
前記変位された較正スライドにおいて前記複数のセルのそれぞれの中心を求めるステップと、
前記変位された較正スライドにおいて前記複数のセルのそれぞれの中心間の距離を測定するステップと、
を更に含む、請求項9に記載の方法。 - 前記サンプルの複数の画像を取得するステップは、複数の異なる波長において前記画像をスキャンするステップを更に含み、各スキャンは、第1の方向及び第2の方向における変位係数を生成し、該変位係数は、1つの波長に関して取得された画像の対象領域と、異なる波長に関して取得された画像の対象領域との間の変位の差を規定する、請求項1に記載の方法。
- 前記対象領域を比較するステップは、
前記複数の画像をシェーディング補正された光学濃度画像に変換するステップと、
前記複数の画像のそれぞれにローパスフィルタを適用するステップと、
前記画像のそれぞれから複数の光学濃度ヒストグラムを求めるステップと、
前記画像のそれぞれにおける負の領域と正の領域とを区別するマスクを形成するように、前記それぞれのヒストグラムのそれぞれからの閾値に従って前記複数の画像を2値化するステップと、
各それぞれの2値化された画像マスクから前記画像のそれぞれの複数のプロファイルエリアを求めるステップであって、該複数のプロファイルエリアは、比較するように選択された前記対象領域を少なくとも表すように構成されている、求めるステップと、
前記複数のプロファイルエリアの座標をスプライン関数に従って再スケーリングするステップと、
基準画像に対する前記複数の画像間のシフトを求めるステップと、
を更に含む、請求項1に記載の方法。 - 前記ローパスフィルタを適用するステップは、カーネルを用いて前記画像に対してローパスフィルタを適用するステップを含む、請求項12に記載の方法。
- 前記カーネルは、等しい数の行及び列を有する正方行列を含み、該正方行列の要素は、行の総数と列の総数との積の逆数に等しい値を含む、請求項13に記載の方法。
- 前記それぞれのヒストグラムのそれぞれからの前記閾値は、前記それぞれのヒストグラムの少なくとも1つの標準偏差をモードに加算したものによって規定される値を含む、請求項12に記載の方法。
- 各それぞれのヒストグラムの前記モードは、各それぞれのヒストグラムの複数のピクセルのそれぞれの前記光学濃度の値の範囲間で見つけられたピーク最大値によって規定される値を含む、請求項15に記載の方法。
- 各それぞれのヒストグラムの前記標準偏差は、各それぞれのヒストグラムの半値全幅の値によって部分的に規定される、請求項15に記載の方法。
- 前記複数のプロファイルエリアは、前記複数の画像のそれぞれに対して水平及び垂直に配向されたプロファイルエリアを更に含み、前記複数の画像はそれぞれ、対象領域を含む、請求項12に記載の方法。
- 前記複数の水平プロファイルエリアは、水平プロファイル幅を更に含み、該水平プロファイル幅は、水平変位係数によって部分的に規定され、該水平変位係数は、平均水平再配置誤差変位に、水平再配置誤差変位の平均の少なくとも1つの標準偏差を加算又は減算したものによって規定される、請求項18に記載の方法。
- 前記水平プロファイルエリアの数は、垂直変位係数によって部分的に規定され、該垂直変位係数は、平均垂直再配置誤差変位に、垂直再配置誤差変位の平均の少なくとも1つの標準偏差を加算又は減算したものによって規定される、請求項19に記載の方法。
- 前記複数の垂直プロファイルエリアは、垂直プロファイル高を更に含み、該垂直プロファイル高は、前記垂直変位係数によって部分的に規定される、請求項19に記載の方法。
- 前記垂直プロファイルエリアの数は、前記水平変位係数によって部分的に規定される、請求項19に記載の方法。
- 前記座標を再スケーリングするステップは、水平プロファイルエリア及び垂直プロファイルエリアの水平座標を再スケーリングするステップを更に含み、該水平座標は、水平ピクセル位置と中心ピクセル位置との間の差に関係する、請求項12に記載の方法。
- 前記座標を再スケーリングするステップは、水平プロファイルエリア及び垂直プロファイルエリアの垂直座標を再スケーリングするステップを更に含み、該垂直座標は、前記画像の特定の水平位置及び関係した波長における平均光強度に関係する、請求項12に記載の方法。
- 前記複数の画像間のシフトを求めるステップは、水平基準プロファイルエリア及び垂直基準プロファイルエリアと、前記複数の画像のそれぞれについて求められた前記水平プロファイルエリア及び前記垂直プロファイルエリアとの間の変位の差を求めるステップを更に含む、請求項12に記載の方法。
- 画像の複数の水平プロファイルエリア及び垂直プロファイルエリアから取得された複数の変位測定値を平均化するステップを更に含み、各画像は、複数の対象領域を更に含む、請求項12に記載の方法。
- 前記複数の画像を位置合わせするステップは、前記画像のそれぞれからの複数のプロファイルエリアを、基準画像の複数のプロファイルエリアと位置合わせするステップを更に含む、請求項1に記載の方法。
- 前記複数の画像を位置合わせするステップは、
前記画像を拡大係数によって再スケーリングするステップと、
該再スケーリングされた画像を水平方向及び垂直方向にシフトするステップと、
を更に含む、請求項27に記載の方法。 - 前記複数の画像内の対応する各ピクセル位置における各ピクセルについて、それぞれの色素によって示される分子種の量を求めるステップを更に含む、請求項1に記載の方法。
- サンプル内の複数の分子種の量を解析する撮像システムであって、
異なる波長において前記サンプルの複数の画像を取得するように構成された画像取得デバイスと、
前記画像取得デバイスと通信するプロセッサデバイスであって、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域を、異なる波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域と比較し、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域が、前記異なる波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域に対応するように、該撮像システムによって取り込まれた前記複数の画像を位置合わせする、
ように構成されたプロセッサデバイスと、
を備える、システム。 - 前記画像取得デバイスは、前記画像をスキャンすることによって前記複数の画像を取得するように更に構成され、各スキャンは、第1の方向及び第2の方向における変位係数を生成し、該変位係数は、1つの波長に関して取得された画像の対象領域と、異なる波長に関して取得された画像の対象領域との間の変位の差を規定する、請求項30に記載のシステム。
- 前記プロセッサデバイスは、前記複数の画像内の各ピクセルについて、それぞれの色素によって示される各分子種の量を求めるように更に構成されている、請求項30に記載のシステム。
- 前記プロセッサデバイスは、基準画像からの前記複数の波長のそれぞれの拡大係数を求めるように更に構成されている、請求項30に記載のシステム。
- 前記複数の分子種の量は、対応するピクセル位置に存在する色素の濃度によって求められる、請求項32に記載のシステム。
- 前記画像取得デバイスは、白黒カメラを含む、請求項31に記載のシステム。
- 前記画像取得デバイスは、複数のフィルタを備え、各フィルタは、前記サンプル内のそれぞれの色素を表す異なる波長に対応する、請求項30に記載のシステム。
- 前記プロセッサデバイスは、対応する各ピクセル位置における各ピクセルに存在する色素の濃度を求めるように更に構成されている、請求項32に記載のシステム。
- サンプル内の複数の分子種の量を求める撮像システムを較正するコンピュータプログラムを用いてコード化されているコンピュータ可読媒体であって、該コンピュータ可読媒体は、コンピュータデバイス上で実行可能なコンピュータプログラムを用いて符号化され、該コンピュータプログラムは、
複数の異なる波長において画像取得デバイスを用いて前記サンプルの複数の画像を取得する実行可能部と、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域を、異なる波長において取得された前記画像のうちの少なくとも1つに関連した対象領域と比較する実行可能部と、
1つのそれぞれの波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域が、前記異なる波長において取得された前記画像のうちの前記少なくとも1つに関連した対象領域に対応するように、前記複数の画像を位置合わせする実行可能部と、
を含む、コンピュータ可読媒体。
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Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02 Effective date: 20160708 |