JP2014169879A - 糖鎖構造解析方法及び装置 - Google Patents

糖鎖構造解析方法及び装置 Download PDF

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Abstract

【課題】既知構造の糖鎖を実測したスペクトルを収録したライブラリを用いることなく、被検糖鎖の構造を推定する。
【解決手段】被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンのm/zに基づき、各種糖鎖構造がm/zに対応付けて格納されている糖鎖ＤＢを参照して、複数の糖鎖構造候補を抽出する（Ｓ２）。糖鎖構造候補毎に一つの結合が切断して生成されるプロダクトイオンを求め（Ｓ３）、糖鎖構造候補毎のプロダクトイオン同士を比較して各糖鎖構造候補に特異的なプロダクトイオンを抽出してそのm/zを求める（Ｓ４）。被検糖鎖に対するＭＳ2スペクトルに、その特異的プロダクトイオンのm/zを有するピークが在るか否かを判定し、その結果に基づいて糖鎖構造候補を絞り込んで（Ｓ５）その結果を表示部から出力する（Ｓ６）。
【選択図】図２

Description

本発明は、質量分析を利用して糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析方法及び装置に関する。
近年、タンパク質、糖鎖、脂質などを含む生体由来試料の同定や構造解析に、質量分析装置は不可欠なものとなっている。特に、試料由来である比較的分子量の大きなイオンを衝突誘起解離（ＣＩＤ）により１乃至複数回解離させて質量分析するＭＳn分析の手法は、タンパク質や糖鎖などの構造解析に非常に有用である。
質量分析装置を用いたタンパク質（又はペプチド）の解析手法としては、試料に対するＭＳn分析により得られたＭＳnスペクトル上のピークの質量電荷比と、データベースに登録されているタンパク質から計算によって求まるプロダクトイオンの質量電荷比とを比較し、その一致度に基づいて実測データに対応するペプチドのアミノ酸配列を推定するデータベース検索手法がよく知られている。英国マトリクスサイエンス社が提供する「Mascot MS/MS ion search」は、現在、最も広く利用されているデータベース検索手法の一つである（非特許文献１参照）。
一方、質量分析装置を用いた糖鎖構造の解析手法としては、未知試料に対するＭＳn分析により得られたＭＳnスペクトルパターンと、構造が既知である試料に対するＭＳn分析により得られたＭＳnスペクトルを収録したスペクトルライブラリ中の各ＭＳnスペクトルとを比較し、その一致度に基づいて実測データに対応する糖鎖構造を推定するライブラリ検索手法が知られている（非特許文献２参照）。この糖鎖構造解析用ライブラリ検索手法と上記のタンパク質・ペプチド同定を目的としたＭＳ／ＭＳイオンサーチ法との相違は、タンパク質の構造情報等が収録されたデータベースの代わりに、既知構造の糖鎖のＭＳnスペクトルが収録されたスペクトルライブラリを用いる点であるが、このスペクトルライブラリも広い意味でのデータベースである。
即ち、ＭＳ／ＭＳイオンサーチ法と糖鎖ライブラリ検索法とは、対象がアミノ酸配列と糖鎖構造という相違はあるものの、いずれもデータベースを用いて試料を同定する手法である。これら手法では、データベースから得られるペプチドの理論的なフラグメント情報や糖鎖の測定済みマススペクトルと、同定したい実測マススペクトルとを比較することにより、試料に含まれる物質を同定する。最終的に出力される同定結果は、比較の際の一致度に基づいて選択されたものである。
ペプチドの同定や構造解析にＭＳ／ＭＳイオンサーチ法が有効である理由は、異なるペプチドのアミノ酸配列中に部分的に同じアミノ酸配列が存在したとしても、プロダクトイオンの理論的な質量電荷比を計算すると、多くの場合、複数のプロダクトイオンの質量電荷比の組はそのペプチドに特有の値となるためである。しかしながら、ＭＳ／ＭＳイオンサーチ法のような解析手法は、糖鎖構造解析においてはあまり有効ではない。何故なら、糖鎖は構造が非常に多様であり、質量や組成は同一であっても様々な構造をとり得るからである。構造が相違していても組成が同じである糖鎖では、プロダクトイオンの質量電荷比の多くが同じ値となる。そのため、プロダクトイオンの質量電荷比の一致性を判断するだけでは、糖鎖の構造を特定することは不可能である。これが、糖鎖に対してライブラリ検索法によるＭＳnスペクトル同士の比較手法が用いられている理由でもある。
従来の一般的な糖鎖ライブラリ検索法では、ＭＳnスペクトル上のピークの質量電荷比の値だけでなく、ＭＳnスペクトル中の信号強度情報も加味してスペクトルライブラリ中のＭＳnスペクトルと未知試料のＭＳnスペクトルとを比較することにより、糖鎖構造を推定するようにしている。ＭＳnスペクトルに現れるピークの質量電荷比の値だけでなく信号強度の値も比較することによって、結合位置異性体やアノマ異性体等の構造異性体の識別も可能である。例えば非特許文献２及び特許文献１では、結合位置異性体について、ＭＳnスペクトル中の信号強度情報を用いることで、単糖のいずれの炭素で以て結合しているかのみならず、α、β結合も識別可能であることが示唆されている。
しかしながら、このような糖鎖ライブラリ検索法では、目的試料の未知の糖鎖構造に対するＭＳnスペクトルがスペクトルライブラリに収録されていないと、目的試料から得られた実測のＭＳnスペクトルは同定されないか、或いは、別の糖鎖又は別の構造として誤って同定されることになる。そのため、同定精度を上げるためにはスペクトルライブラリを充実させることが必要であるが、これは非常に労力と時間を要する大変な作業である。
また、糖鎖ライブラリ検索法を適用するためには、スペクトルライブラリに収録されているＭＳnスペクトルの取得時と同じ条件（前処理、ラベル化、解離エネルギ等）の下で未知試料を測定しなければならず、制約が大きい。具体的にいうと、非特許文献２に開示されているライブラリ検索を実施するためには、糖鎖試料をＰＡラベル化した上で、マトリクス支援レーザ脱離イオン化／イオントラップ／飛行時間型質量分析計（ＭＡＬＤＩ−ＱＩＴ−ＴＯＦＭＳ）により測定しなければならない。また、試料調製のためのマトリクスや解離エネルギも限定される。
特開２０１０−１３３７０７号公報
「マスコット・サーチ（Mascot Search）」、[online]、英国マトリックス・サイエンス社（Matrix Science Ltd.）、[平成２４年６月２０日検索]、インターネット＜URL: http://www.matrixscience.com/search_form_select.html＞ 大黒（S. Daikoku1）ほか２名、「アナリシス・オブ・ア・シリーズ・オブ・アイソメトリック・オリゴサッカライズ・バイ・エナジー-リソルブド・マス・スペクトロメトリ：ア・チャレンジ・オン・ホモブランチド・トリサッカライズ（Analysis of a series of isomeric oligosaccharides by energy-resolved mass spectrometry: a challenge on homobranched trisaccharides）」、ラピッド・コミュニケーションズ・イン・マス・スペクトロメトリ（Rapid communications in mass spectrometry）、Vol. 23、2009年、pp.3713-3719
本発明は上記課題を解決するために成されたものであり、その目的とするところは、構造が既知である糖鎖に対する実測によって得られたＭＳnスペクトルを収集したスペクトルライブラリを必要とせず、また未知試料のＭＳn分析を実行する際の前処理等の条件に依存することなく、高い確度で糖鎖構造を推定することができる糖鎖構造解析方法及び装置を提供することである。
上記課題を解決するためになされた第１発明は、被検糖鎖に対しＭＳ2分析を実行して得られたＭＳ2スペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析方法であって、
a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得ステップと、
b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する特異的イオン取得ステップと、
c)被検糖鎖に対して得られたＭＳ2スペクトルにおいて前記特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定ステップと、
を実行することを特徴としている。
また上記課題を解決するためになされた第２発明は、上記第１発明に係る糖鎖構造解析方法を実施するための装置であって、被検糖鎖に対しＭＳ2分析を実行して得られたＭＳ2スペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析装置において、
a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得手段と、
b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する特異的イオン取得手段と、
c)被検糖鎖に対して得られたＭＳ2スペクトルにおいて前記特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定手段と、
を備えることを特徴としている。
第２発明に係る糖鎖構造解析装置により具現化される第１発明に係る糖鎖構造解析方法では、被検糖鎖を含む試料に対しＭＳ2分析を実行して得られたＭＳ2スペクトルデータに基づいて被検糖鎖の構造が推定される。即ち、まず構造候補取得ステップでは、そのＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、被検糖鎖についての糖鎖構造候補を複数取得する。上述したように、糖鎖の場合、質量や組成は同一であっても様々な構造をとり得るため、多数の糖鎖構造候補が抽出されることもよくある。
なお、糖鎖構造候補を取得する際には、例えば、糖鎖由来のプリカーサイオンの質量電荷比とそれに対応する複数の糖鎖構造とが対応付けて収録されたデータベースを用いるとよい。ＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比が情報として与えられたならば、該質量電荷比値に対し所定のマージンを設定した質量電荷比範囲を求め、この範囲に含まれる質量電荷比に対応付けられた糖鎖構造をデータベースから抽出することで糖鎖構造候補を求めることができる。これは後述の第３及び第４発明でも同様である。
次いで特異的イオン取得ステップにおいて、上記抽出された複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて、ＣＩＤ等の解離操作により生成され得るプロダクトイオン、つまり理論上のプロダクトイオンを算出する。基本的には糖鎖構造の糖同士の結合部が解離操作により切断されることで生じ得るイオンを求めればよいが、１回の解離操作で切断される結合部の数が定まっていないとプロダクトイオンの種類が膨大になる。ＣＩＤの場合には、ＣＩＤエネルギ等のＣＩＤ条件を適宜に調整することで、１回の解離操作で１箇所の結合部のみを切断することが可能である。そこで、ＭＳ2分析時にＣＩＤ条件を適宜に設定し、特異的イオン取得ステップでは、糖鎖構造中のいずれか１箇所の結合部のみが切断されるとの条件の下にプロダクトイオンを算出するとよい。
さらに特異的イオン取得ステップでは、糖鎖構造候補毎に得られた多数のプロダクトイオンを比較し、糖鎖構造候補毎に、他の糖鎖構造候補に対し共通性の低い特異的なプロダクトイオンを抽出する。ここで「他の糖鎖構造候補に対し共通性の低い」とは、少なくとも全ての糖鎖構造候補に共通に存在しないことを意味する。つまり、複数の糖鎖構造候補の中で少なくとも一つにおいて得られるプロダクトイオンは、特異的なプロダクトイオンである。
続く、構造候補判定ステップでは、上記の特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を求め、被検糖鎖に対する実測のＭＳ2スペクトルにおいて、それら特異的プロダクトイオンの質量電荷比にイオンピークが存在するか否かを調べる。例えば或る一つの糖鎖構造候補のみに現れ、他に同じ質量電荷比を持つ特異的プロダクトイオンがないような特異的プロダクトイオンが実測のＭＳ2スペクトル上に存在すれば、その糖鎖構造候補が実際の糖鎖構造であると高い確度で推定できる。また、一つの糖鎖構造候補に絞りきれない場合でも、互いに異なる複数の特異的プロダクトイオンの質量電荷比に対するピークの有無の結果を組み合わせることで候補の信頼度を判断し、信頼度が低い候補を除外して候補数を減らしたり、信頼度に応じて候補を順位付けしたりすることができる。こうした結果を例えば表示部に出力すれば、分析者は被検糖鎖の糖鎖構造に関する情報を得ることができる。
第１及び第２発明では、被検糖鎖に対するＭＳ2スペクトルデータに基づいて該被検糖鎖の構造を推定していたが、ｎが３以上であるＭＳn分析の結果を利用することで、糖鎖構造候補のさらなる絞り込みが可能である。
即ち、第１発明を拡張した第３発明は、被検糖鎖に対しＭＳn分析（ｎ＝２，３，…、ただしｎの最大値は３以上の整数）を実行して得られたＭＳnスペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析方法であって、
a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得ステップと、
b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する第１の特異的イオン取得ステップと、
c)被検糖鎖に対して得られたＭＳmスペクトル（ｍ＝２，……、ただしｍの最大値はｎ−１）において前記第１の特異的イオン取得ステップにおいて抽出された又は後記第２の特異的イオン取得ステップにおいて抽出された特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出する特異的イオン検出ステップと、
d)該特異的イオン検出ステップにおいて検出された特異的イオンの質量電荷比をプリカーサイオンに設定して被検糖鎖に対しＭＳm+1分析を実行するＭＳm+1分析ステップと、
e)前記ＭＳm+1分析時のプリカーサイオンの質量電荷比を持つ特異的なプロダクトイオンを解離させたときに生成され得る２次的プロダクトイオンを算出し、その中で解離前の特異的なプロダクトイオン毎に特異的な２次的プロダクトイオンを抽出する第２の特異的イオン取得ステップと、
f)被検糖鎖に対して得られたＭＳm+1スペクトルにおいて前記特異的な２次的プロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、ＭＳm+1分析の最終段の解離前の特異的なプロダクトイオンを特定し、その結果と前記特異的イオン検出ステップにおけるピーク検出結果とに基づいて前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定ステップと、
を有し、前記構造候補取得ステップ及び前記第１の特異的イオン取得ステップを実行したあとに、ｍの値を２から順に増加させつつ、前記特異的イオン検出ステップ、前記ＭＳm+1分析ステップ、及び前記第２の特異的イオン取得ステップを１回以上繰り返し、そのあとに前記構造候補判定ステップを実行することで糖鎖構造候補を絞り込むことを特徴としている。
また第４発明は上記第３発明に係る糖鎖構造解析方法を実施するための装置であって、
被検糖鎖に対しＭＳn分析（ｎ＝２，３，…、ただしｎの最大値は３以上の整数）を実行して得られたＭＳnスペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析装置において、
a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得手段と、
b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する第１の特異的イオン取得手段と、
c)被検糖鎖に対して得られたＭＳmスペクトル（ｍ＝２，……、ただしｍの最大値はｎ−１）において前記第１の特異的イオン取得手段により抽出された又は後記第２の特異的イオン取得手段により抽出された特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出する特異的イオン検出手段と、
d)該特異的イオン検出手段により検出された特異的イオンの質量電荷比をプリカーサイオンに設定して被検糖鎖に対しＭＳm+1分析を実行するＭＳm+1分析実行手段と、
e)前記ＭＳm+1分析時のプリカーサイオンの質量電荷比を持つ特異的なプロダクトイオンを解離させたときに生成され得る２次的プロダクトイオンを算出し、その中で解離前の特異的なプロダクトイオン毎に特異的な２次的プロダクトイオンを抽出する第２の特異的イオン取得手段と、
f)被検糖鎖に対して得られたＭＳm+1スペクトルにおいて前記特異的な２次的プロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、ＭＳm+1分析の最終段の解離前の特異的なプロダクトイオンを特定し、その結果と前記特異的イオン検出手段によるピーク検出結果とに基づいて前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定手段と、
を備え、前記構造候補取得手段及び前記第１の特異的イオン取得手段による処理を実行したあとに、ｍの値を２から順に増加させつつ、前記特異的イオン検出手段、前記ＭＳm+1分析実行手段、及び前記第２の特異的イオン取得手段による処理を１回以上繰り返し、そのあとに前記構造候補判定手段による処理を実行することで糖鎖構造候補を絞り込むことを特徴としている。
第１の糖鎖構造候補に特異的なプロダクトイオンと第２の糖鎖構造候補に特異的なプロダクトイオンとが同一質量電荷比である場合、該質量電荷比に対するイオンピークが実測ＭＳmスペクトルに存在することが確認できても、被検糖鎖の構造が第１の糖鎖構造候補又は第２の糖鎖構造候補のいずれであるのかを決めることはできない。これに対し、実測ＭＳmスペクトルに存在が確認されたイオン（構造が不確定である特異的なプロダクトイオン）ピークの質量電荷比をプリカーサイオンとしてＭＳm+1分析を実行し、それによって得られたＭＳm+1スペクトル上に、該プリカーサイオンの不確定な構造から想定し得るプロダクトイオンが存在するか否かを確認することで、該プリカーサイオンの構造を確定できる可能性がある。
そこで、第３及び第４発明においては、解離操作を２回以上繰り返すことで、構造が不確定である特異的なプロダクトイオンの構造を確定してゆく。それによって、最終的に糖鎖構造候補を一つ又は少数に絞り込むことが可能となる。
本発明に係る糖鎖構造解析方法及び装置によれば、糖鎖構造の推定に、構造が既知である糖鎖を実際にＭＳn分析した結果を収録したスペクトルライブラリは不要である。このため、ライブラリに収録されていない糖鎖についても高い確度で以て構造推定が可能である。また、ライブラリを充実させる作業も不要であるので、分析作業の効率化も図ることができる。また本発明に係る糖鎖構造解析方法及び装置では、そうしたライブラリに収録されている特定の試料前処理や特定の装置を利用した実測結果とのスペクトル等の一致性を判断する必要はないので、被検糖鎖に対してＭＳn分析を実行する際の試料前処理や使用する装置の制約は殆どない。したがって、試料前処理を行う手間や時間が省けるとともに、測定の自由度が向上する。
本発明の第１実施例である糖鎖構造解析システムの概略構成図。 第１実施例の糖鎖構造解析システムにおいて実施される糖鎖構造解析処理手順を示すフローチャート。 第１実施例による糖鎖構造推定処理の具体例を示す模式図。 第１実施例による糖鎖構造推定処理の具体例を示す模式図。 第１実施例による糖鎖構造推定処理の他の具体例を示す模式図。 本発明の第２実施例である糖鎖構造解析システムの概略構成図。 第２実施例による糖鎖構造推定処理の他の具体例を示す模式図。 第２実施例による糖鎖構造推定処理の他の具体例を示す模式図。
［第１実施例］
以下、本発明の一実施例（第１実施例）である糖鎖構造解析システムについて、添付図面を参照して説明する。図１は本実施例の糖鎖構造解析システムの全体構成図である。
本実施例の糖鎖構造解析システムは、大別して、質量分析計１と、コンピュータを中心に構成される解析処理部２と、分析制御部３と、から成る。この例では、質量分析計１はマトリクス支援レーザ脱離イオン化−イオントラップ−飛行時間型質量分析計（ＭＡＬＤＩ−ＩＴ−ＴＯＦＭＳ）であり、分析対象である試料中の分子や原子をイオン化するＭＡＬＤＩイオン源１１と、発生したイオンを一時的に捕捉し、質量電荷比m/zに応じたイオンの選択とＣＩＤによるイオンの解離操作とを実行可能である３次元四重極型のイオントラップ１２と、該イオントラップ１２から一斉に射出された各種イオンを質量電荷比に応じて分離して検出する飛行時間型質量分析器１３と、を含む。飛行時間型質量分析器１３は、リフレクタにより発生する直流電場によりイオンを折返し飛行させるリフレクトロン型の飛行空間１３１と、該飛行空間１３１を飛行する間に分離されたイオンを順次検出する検出器１３２と、を含む。
解析処理部２は、機能ブロックとして、検出器１３２から得られる検出信号を所定時間間隔で以てデジタル化して格納するスペクトルデータ記憶部２１と、各種糖鎖について質量電荷比と採り得る様々な構造を示す情報とが対応付けて収録されている糖鎖データベース（ＤＢ）２３と、該糖鎖ＤＢ２３を利用して測定された試料に対する糖鎖構造の候補を抽出する糖鎖構造候補抽出部２２と、複数の糖鎖構造候補のそれぞれについてＣＩＤにより解離を生じさせたときに生成されるプロダクトイオンを推算し、共通性のない又は共通性の低い特異的なプロダクトイオンを糖鎖構造候補毎に見出す特異的プロダクトイオン算出部２４と、その特異的プロダクトイオンの算出結果と実測ＭＳ2スペクトルとに基づいて複数の糖鎖構造候補をその信頼度に従って順位付けする又は選抜する候補信頼度判定処理部２５と、解析結果として順位付けされた又は選抜された糖鎖構造候補を表示部４を通して出力する表示処理部２６と、を含む。なお、解析処理部２及び分析制御部３は、パーソナルコンピュータをハードウエア資源とし、該コンピュータに予めインストールされた専用の制御・処理ソフトウエアを実行することにより具現化されるようにすることができる。
本実施例の糖鎖構造解析システムにおいて試料中の被検糖鎖の構造を同定するためのデータ解析処理について、図２に示すフローチャートを参照しつつ一例を挙げて説明する。図３〜図５はこの糖鎖構造推定処理の具体例を示す模式図である。
まず、分析制御部３による制御の下で、被検糖鎖を含む試料に対し、質量分析計１により、イオントラップ１２でのＣＩＤ操作を伴わないＭＳ1分析と、被検糖鎖に由来するイオンをプリカーサイオンとしたＭＳ2分析とが実行され、ＭＳ1スペクトルデータ及びＭＳ2スペクトルデータが収集される（ステップＳ１）。これらデータはスペクトルデータ記憶部２１に一旦記憶される。ここで重要な点は、ＭＳ2分析を実行する際に、糖鎖結合が１箇所のみで切断される（複数箇所では切断されない）ように、イオントラップ１２におけるＣＩＤ条件を設定することである。何故なら、後述する糖鎖構造推定は、１回のＣＩＤ操作で１箇所の糖鎖結合が切断されることを前提としているためである。ＣＩＤ条件には、ＣＩＤエネルギ（具体的にはイオンを励振させる電圧）、ＣＩＤガス圧、ＣＩＤガス種、などが含まれるが、一般的にはＣＩＤエネルギを調整することで１箇所の糖鎖結合が切断されるようにすることができる。なお、質量分析計１により得られたデータに対し、ノイズ除去処理、セントロイド処理など適宜のデータ処理が実施されてもよいことは当然である。
上述したように被検糖鎖に対するＭＳ1スペクトルデータ及びＭＳ2スペクトルデータが得られると、次に、糖鎖構造候補抽出部２２はＭＳ2分析実行時のプリカーサイオンの質量電荷比情報を取得する。そして、その質量電荷比値（Ｍ）を中心とし所定のマージン（例えば±ΔＭ）を与えた質量電荷比範囲（Ｍ−ΔＭ〜Ｍ＋ΔＭ）を定め、糖鎖ＤＢ２３にアクセスして、その質量電荷比範囲に該当する全ての糖鎖構造を糖鎖構造候補として抽出する（ステップＳ２）。
糖鎖は複数の糖（単糖）が結合したものであり、糖は、グルコース、マンノース、ガラクトースなど数が限られる。そのため、糖鎖由来のプリカーサイオンの質量電荷比が分かれば、糖鎖の組成、つまりは糖の種類と数とを求めることは容易である。例えば、プリカーサイオンの質量電荷比が１２９８Daであってマージンを２Daとした場合、糖鎖組成は、マンノース（Man）が３個、ＮアセチルＤグルコサミン（GlcNAc）が４個と計算される。この場合、糖鎖ＤＢ２３から得られるＮ型糖鎖で採り得る糖鎖構造は図３に示した（ａ）、（ｂ）、（ｃ）の３種類であり、これらが糖鎖構造候補である。
次に、特異的プロダクトイオン算出部２４は各糖鎖構造候補についてそれぞれ理論的なプロダクトイオンの質量電荷比を計算し（ステップＳ３）、糖鎖構造候補を絞り込むことが可能となる特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を求める（ステップＳ４）。特異的なプロダクトイオンとは少なくとも糖鎖構造候補全てに対して共通に存在しないようなプロダクトイオンであるが、ここではより厳密に、他の糖鎖構造候補に対し共通に存在しないようなプロダクトイオンとする。
このような特異的プロダクトイオンの質量電荷比の具体的な一算出方法は次のとおりである。まず、各糖鎖構造候補について、任意の１箇所の糖鎖結合（辺）を切断したときに生成されるプロダクトイオンの質量電荷比を、重複を許して計算し、リスト化する。そして、糖鎖構造候補がｎ個あれば、糖鎖構造候補毎のリスト同士の比較をnＣ2回繰り返し、両方のリストで共通しているプロダクトイオンの質量電荷比を削除し、いずれか一方のリストにのみ出現するプロダクトイオンの質量電荷比を残していく。そうして最終的に残った質量電荷比が、各糖鎖構造候補に特異的なプロダクトイオンの質量電荷比の計算結果となる。
図４は、図３に示した３種類の糖鎖構造候補（ａ）、（ｂ）、（ｃ）に対してそれぞれ算出される特異的プロダクトイオンの構造を示す図である。ＣＩＤによりいずれか１箇所の糖鎖結合が解離した場合には、（ｄ）〜（ｈ）に示す５種類の特異的なプロダクトイオンが計算される。
図４において、（ｄ）は（ａ）からのみ得られるプロダクトイオン、（ｅ）は（ｂ）からのみ得られるプロダクトイオンであり、質量電荷比は同一であって、その組成はManが２個、GlcNAcが３個である。Man：２個、GlcNAc：３個分のこの質量電荷比を有するプロダクトイオンは、（ｃ）の構造体のどの結合を解離させても得られない。また、（ｆ）は（ｂ）からのみ得られるプロダクトイオン、（ｇ）は（ｃ）からのみ得られるプロダクトイオンであり、質量電荷比は同一であって、その組成はMan：２個、GlcNAc：４個である。Man：２個、GlcNAc：４個分のこの質量電荷比を有するプロダクトイオンは、（ａ）の構造体のどの結合を解離させても得られない。さらにまた、（ｈ）は（ｃ）からのみ得られるプロダクトイオンであり、質量電荷比はMan：２個、GlcNAc：２個分である。この質量電荷比を有するプロダクトイオンは、（ａ）、（ｂ）の構造体のどの結合を解離させても得られない。
以上のように糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンの質量電荷比が求まったならば、候補信頼度判定処理部２５はスペクトルデータ記憶部２１から実測のＭＳ2スペクトルを取得し、そのＭＳ2スペクトル上に上記の特異的プロダクトイオンの質量電荷比の位置にピークが存在するか否かを調べ、その結果に基づいて糖鎖構造候補を絞り込んだり、順位付けしたりする（ステップＳ５）。
例えば図４の例では、（ｈ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比（Man：２個、GlcNAc：２個分の質量電荷比）を有するピークがＭＳ2スペクトルに存在すれば、糖鎖構造は（ｃ）に絞ることができ、一意に決定される。一方、（ｄ）又は（ｅ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比（Man：２個、GlcNAc：３個分の質量電荷比）を有するピークがＭＳ2スペクトルに存在した場合には、（ｃ）の候補でないことは確定するから、該候補は除外される。また、（ｆ）又は（ｇ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比（Man：２個、GlcNAc：４個分の質量電荷比）を有するピークがＭＳ2スペクトルに存在した場合には、（ａ）の候補でないことは確定するから、該候補は除外される。このように、候補を一つに絞ることはできないが、候補の数を減らすことができる。
この場合には、残った二つの候補は同等の信頼度であるが、より複雑な構造を持つ糖鎖の場合には、糖鎖構造候補からより多数の特異的プロダクトイオンの質量電荷比が計算される。したがって、糖鎖構造候補毎に、ＭＳ2スペクトル上に特異的プロダクトイオンに対応したピークが出現する個数を求めることができ、その個数に応じて、複数の糖鎖構造候補を順位付けすることができる。
表示処理部２６は上記のように絞り込まれた或いは順位付けされた糖鎖構造候補を、解析結果として表示部４の画面上に出力する（ステップＳ６）。これにより、分析者は被検糖鎖の構造についての情報を得ることができる。
図５は、第１実施例の糖鎖構造解析システムによる糖鎖構造推定の他の具体例を示す模式図である。
プリカーサイオンの質量電荷比が２１０６．８Daである場合、糖鎖ＤＢ２３から得られるＮ型糖鎖構造候補は図５中に示す（Ａ）、（Ｂ）、（Ｃ）の３種類である。なお、ManとGalとは質量が同一であるため、組成上で区別することはできない。そのため、（Ａ）、（Ｂ）と（Ｃ）とでは組成が異なる。また、これら糖鎖構造候補から計算によって求まる特異的プロダクトイオンは（Ｄ）〜（Ｋ）の８種類である。プリカーサイオンと１箇所の糖鎖結合が切断することで生成されるプロダクトイオンとの親子関係は次の通りである。
・（Ａ）→ （Ｄ[m1]）、（Ｊ[m2]）
・（Ｂ）→ （Ｅ[m3]）、（Ｇ[m2]）、（Ｉ[m1]）
・（Ｃ）→ （Ｆ[m4]）、（Ｈ[m3]）、（Ｋ[m5]）
ここで、括弧[]内はそのプロダクトイオンの質量電荷比を示す記号であり、同一記号は同一質量電荷比であることを意味する。
質量電荷比が同じであるプロダクトイオンをまとめると、質量電荷比がm1である＜（Ｄ[m1]）、（Ｉ[m1]）＞、質量電荷比がm2である＜（Ｇ[m2]）、（Ｊ[m2]）＞ 、質量電荷比がm3である＜（Ｅ[m3]）、（Ｈ[m3]）＞、質量電荷比がm4である（Ｆ[m4]）、質量電荷比がm5である（Ｋ[m5]）の五つのグループに分けることができる。一つのグループに属するプロダクトイオンが複数の糖鎖構造候補に跨っていなければ、糖鎖構造候補を一つに絞ることが可能である。こうしたことから、各糖鎖構造候補についてプロダクトイオンの有無は次のように結論付けることができる。
・実際の糖鎖構造が（Ｃ）である場合には、（Ｆ[m4]）と（Ｋ[m5]）が特異的なイオンとして現れる。
・実際の糖鎖構造が（Ｂ）である場合には、（Ｆ[m4]）と（Ｋ[m5]）とは現れず、（Ｅ[m3]）、（Ｉ[m1]）、（Ｊ[m2]）が特異的なイオンとして現れる。
・実際の糖鎖構造が（Ａ）である場合には、（Ｆ[m4]）、（Ｋ[m5]）、（Ｅ[m3]）は現れず、（Ｄ[m1]）、（Ｊ[m2]）が特異的なイオンとして現れる。
上記説明の理解を容易にするために、各プロダクトイオンがどの糖鎖構造候補に対して検出されるかをまとめた一覧表を表１に示す。各糖鎖構造候補において、○はそのプロダクトイオンが検出されることを示し、×はそのプロダクトイオンが検出されないことを示している。
Figure 2014169879
表１で明らかなように、各糖鎖構造候補から計算されたプロダクトイオン群には質量電荷比が同一であるプロダクトイオンが存在するものの、互いに質量電荷比が異なる複数のプロダクトイオンの検出の有無を比較することによって、各糖鎖構造候補を区別することができる。これにより、１回のＣＩＤ操作で考え得る各糖鎖構造候補の特異的なプロダクトイオンを抽出し、そのプロダクトイオンの質量電荷比に対するピークが実測のＭＳ2スペクトル上に存在するか否かを調べることによって、糖鎖構造を決定することができる。即ち、
・グループ４（m4）及びグループ５（m5)のイオンが検出される場合には、糖鎖構造は（Ｃ）である。
・グループ１（m1）及びグループ２（m2）のイオンが検出され（これは糖鎖構造（Ａ）でも同じ）、さらにグループ３（m3）のイオンも検出される場合には、糖鎖構造は（Ｂ）である。
・グループ１（m1）及びグループ２（m2）のイオンが検出され（これは糖鎖構造（Ｂ）でも同じ）、さらにグループ３（m3）のイオンが検出されない場合には、糖鎖構造は（Ａ）である。
［第２実施例］
次に、本発明の他の実施例（第２実施例）である糖鎖構造解析システムについて、図６〜図８を参照して説明する。図６は本実施例の糖鎖構造解析システムの全体構成図であり、図１に示した第１実施例のシステム構成と同じ又は相当する部分には同じ番号を付している。第１実施例の糖鎖構造解析システムでは、質量分析計１においてＭＳ2分析まで実施していたが、この第２実施例では、質量分析計１においてｎが３以上であるＭＳn分析を実施する。このｎが３以上であるＭＳn分析のプリカーサイオンは、候補信頼度判定処理部２５の結果を受けたプリカーサイオン設定部２７により設定される。また、候補信頼度判定処理部２５の結果は特異的プロダクトイオン算出部２４にも入力され、特異的プロダクトイオン算出部２４はＭＳ2分析による特異的プロダクトイオンの算出を行うほか、後述するように、ｎが３以上であるＭＳn分析による特異的プロダクトイオンの算出も実行する。
図４の例で説明すると、上述したように、（ｄ）又は（ｅ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークがＭＳ2スペクトルに存在した場合、糖鎖構造が（ｃ）でないことは判明するものの、糖鎖構造が（ａ）又は（ｂ）のいずれであるのかは判明しない。このように、糖鎖構造候補の数を減らすことができるが一つに絞り込むことはできない。これに対し、本実施例では、ｎが３以上であるＭＳn分析を利用することで、糖鎖構造のさらになる絞り込みが可能である。
図７は、図４において（ｄ）又は（ｅ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークがＭＳ2スペクトル上で検出された場合の、ＭＳ3分析を利用した候補絞り込みの例である。図７において、（ｉ）、（ｊ）は（ｄ）に示したイオンからのみ得られるプロダクトイオンである。即ち、（ｉ）及び（ｊ）に示すプロダクトイオンとそれぞれ質量電荷比が同一であるプロダクトイオンは、（ｅ）に示したイオンの中のいずれの糖鎖結合１個を切断しても得ることができない。一方、（ｋ）、（ｌ）は（ｅ）に示したイオンからのみ得られるプロダクトイオンである。
したがって、実測のＭＳ3スペクトル上で、（ｉ）又は（ｊ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比にピークが存在すれば、ＭＳ3分析のプリカーサイオンは（ｅ）ではなく（ｄ）である筈であり、糖鎖構造は（ａ）であると絞り込める（図４参照）。一方、実測のＭＳ3スペクトル上で、（ｋ）又は（ｌ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比にピークが存在すれば、ＭＳ3分析のプリカーサイオンは（ｄ）ではなく（ｅ）である筈であり、糖鎖構造は（ｂ）であると絞り込める。
図８は、図４において（ｆ）又は（ｇ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークがＭＳ2スペクトル上で検出された場合の、ＭＳ3分析を利用した候補絞り込みの例である。図８において、（ｍ）、（ｎ）は（ｆ）に示したイオンからのみ得られるプロダクトイオンである。即ち、（ｍ）及び（ｎ）に示すプロダクトイオンとそれぞれ質量電荷比が同一であるプロダクトイオンは、（ｇ）に示したイオンの中のいずれの糖鎖結合１個を切断しても得ることができない。一方、（ｐ）、（ｑ）は（ｇ）に示したイオンからのみ得られるプロダクトイオンである。
したがって、実測のＭＳ3スペクトル上で、（ｍ）又は（ｎ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比にピークが存在すれば、ＭＳ3分析のプリカーサイオンは（ｇ）ではなく（ｆ）である筈であり、糖鎖構造は（ｂ）であると絞り込める。一方、実測のＭＳ3スペクトル上で、（ｐ）又は（ｑ）に示すプロダクトイオンの質量電荷比にピークが存在すれば、ＭＳ3分析のプリカーサイオンは（ｆ）ではなく（ｇ）である筈であり、糖鎖構造は（ｃ）であると絞り込める。
本実施例の糖鎖構造解析システムでは、候補信頼度判定処理部２５において糖鎖構造候補が例えば（ａ）又は（ｂ）であるとの絞り込み結果が得られると、プリカーサイオン設定部２７は、その残った糖鎖構造候補に共通するプロダクトイオン質量電荷比をプリカーサイオンの質量電荷比に設定するよう分析制御部３に指示を出す。これによって、分析制御部３の制御の下に、被検糖鎖を含む試料に対するＭＳ3分析が実施され、スペクトルデータ記憶部２１にＭＳ3スペクトルデータが格納される。
一方、特異的プロダクトイオン算出部２４は残った糖鎖構造候補に共通するプロダクトイオン質量電荷比を持つ（ｄ）及び（ｅ）のプロダクトイオン構造それぞれについて、ＭＳ3分析による理論的なプロダクトイオンの質量電荷比を計算し、糖鎖構造候補を絞り込むことが可能となる特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を求める。具体的には、ＭＳ2分析時のときと同様に、任意の１箇所の結合を切断したときに生成されるプロダクトイオン（本願請求項における「２次的プロダクトイオン」に相当）の質量電荷比を、重複を許して計算し、リスト化する。そして、そのリストを比較することで、いずれか一方のリストにのみ出現する特異的プロダクトイオンの質量電荷比を算出する。候補信頼度判定処理部２５は、スペクトルデータ記憶部２１から実測のＭＳ3スペクトルを取得し、そのＭＳ3スペクトル上に上記の特異的プロダクトイオンの質量電荷比の位置にピークが存在するか否かを調べ、その結果に基づいて糖鎖構造候補を絞り込む。
以上のように、ＭＳ2分析を利用して糖鎖構造を一つに絞りきることができない場合でも、さらに糖鎖結合を切断させたＭＳ3分析を利用することで糖鎖構造の絞り込みが行える。また、ＭＳ3分析を利用してもなお糖鎖構造を一つに絞りきることができない場合には、さらに糖鎖結合を切断させたＭＳ4分析を利用してもよい。ＭＳn分析のｎの値を増加させつつ糖鎖構造を絞る際に、原理的にｎの値に制約はないものの、実際にはｎの値を大きくするほど信号強度が下がるので、実用的にはｎの最大値は４又は５程度である。
なお、第１実施例の糖鎖構造解析システムでは、ＭＳ2分析までしか実施しないので、質量分析計１は図１に示したようなイオントラップ１２を用いた構成ではなく、例えばタンデム四重極型質量分析計のように、コリジョンセルの内部でイオンに対しＣＩＤ操作を行う構成の質量分析計であってもよい。
また、質量分析計１のイオン源１１はＭＡＬＤＩイオン源が好ましいが、それは多価イオンの発生が少ないからである。多価イオンが存在する場合、或る質量電荷比を有するイオンの価数を考慮して処理を行う必要があるため、処理が煩雑であるのみならず構造推定精度の低下に繋がるおそれがある。そこで、例えばエレクトロスプレイイオン源など、多価イオンが生成され易いイオン源を用いる場合には、実測のＭＳnスペクトル上のイオンピークの価数を識別し、例えば１価のみのピークを抽出する処理を行った後に、特異的プロダクトイオンピークの検出を実施するとよい。
なお、上記実施例の糖鎖構造解析システムでは、被検糖鎖の構造のうち分岐に関する部分を確定することができ、測定した糖鎖が既にデータベースに登録されている糖鎖であれば、上記分岐以外の結合、例えば、各単糖間のグリコシド結合位置やアノマ（つまりα、βのいずれか）も決定可能である。また、測定した糖鎖がデータベースに登録されていない糖鎖である場合やもともとこうしたデータベースを利用しない場合であっても、糖鎖の分枝構造が判明しさえすれば、単糖のいずれの炭素で結合が起こっているのかは他の方法、例えば、ＣＩＤエネルギを大きくした状態で被検糖鎖を再度ＭＳn分析し、上述した手法と同様に、結合位置について特異的なプロダクトイオンをそのＭＳnスペクトルにおいて検出することによって、結合位置やアノマを限定した構造を見出すことができる。
また、上記実施例はいずれも本発明の一例にすぎず、本発明の趣旨の範囲で適宜変形、修正、追加等を行っても本願特許請求の範囲に包含されることは当然である。
１…質量分析計
１１…ＭＡＬＤＩイオン源
１２…イオントラップ
１３…飛行時間型質量分析器
１３１…飛行空間
１３２…検出器
２…解析処理部
２１…スペクトルデータ記憶部
２２…糖鎖構造候補抽出部
２３…糖鎖データベース（ＤＢ）
２４…特異的プロダクトイオン算出部
２５…候補信頼度判定処理部
２６…表示処理部
２７…プリカーサイオン設定部
３…分析制御部
４…表示部

Claims (6)

  1. 被検糖鎖に対しＭＳ2分析を実行して得られたＭＳ2スペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析方法であって、
    a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得ステップと、
    b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する特異的イオン取得ステップと、
    c)被検糖鎖に対して得られたＭＳ2スペクトルにおいて前記特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定ステップと、
    を実行することを特徴とする糖鎖構造解析方法。
  2. 被検糖鎖に対しＭＳ2分析を実行して得られたＭＳnスペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析装置であって、
    a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得手段と、
    b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて開裂により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する特異的イオン取得手段と、
    c)被検糖鎖に対して得られたＭＳ2スペクトルにおいて前記特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定手段と、
    を備えることを特徴とする糖鎖構造解析装置。
  3. 被検糖鎖に対しＭＳn分析（ｎ＝２，３，…、ただしｎの最大値は３以上の整数）を実行して得られたＭＳnスペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析方法であって、
    a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得ステップと、
    b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する第１の特異的イオン取得ステップと、
    c)被検糖鎖に対して得られたＭＳmスペクトル（ｍ＝２，……、ただしｍの最大値はｎ−１）において前記第１の特異的イオン取得ステップにおいて抽出された又は後記第２の特異的イオン取得ステップにおいて抽出された特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出する特異的イオン検出ステップと、
    d)該特異的イオン検出ステップにおいて検出された特異的イオンの質量電荷比をプリカーサイオンに設定して被検糖鎖に対しＭＳm+1分析を実行するＭＳm+1分析ステップと、
    e)前記ＭＳm+1分析時のプリカーサイオンの質量電荷比を持つ特異的なプロダクトイオンを解離させたときに生成され得る２次的プロダクトイオンを算出し、その中で解離前の特異的なプロダクトイオン毎に特異的な２次的プロダクトイオンを抽出する第２の特異的イオン取得ステップと、
    f)被検糖鎖に対して得られたＭＳm+1スペクトルにおいて前記特異的な２次的プロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、ＭＳm+1分析の最終段の解離前の特異的なプロダクトイオンを特定し、その結果と前記特異的イオン検出ステップにおけるピーク検出結果とに基づいて前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定ステップと、
    を有し、前記構造候補取得ステップ及び前記第１の特異的イオン取得ステップを実行したあとに、ｍの値を２から順に増加させつつ、前記特異的イオン検出ステップ、前記ＭＳm+1分析ステップ、及び前記第２の特異的イオン取得ステップを１回以上繰り返し、そのあとに前記構造候補判定ステップを実行することで糖鎖構造候補を絞り込むことを特徴とする糖鎖構造解析方法。
  4. 被検糖鎖に対しＭＳn分析（ｎ＝２，３，…、ただしｎの最大値は３以上の整数）を実行して得られたＭＳnスペクトルデータを利用して該被検糖鎖の構造を推定する糖鎖構造解析装置において、
    a)被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比に基づいて、該被検糖鎖の複数の糖鎖構造候補を取得する構造候補取得手段と、
    b)前記複数の糖鎖構造候補のそれぞれについて解離により生成され得るプロダクトイオンを算出し、その中で糖鎖構造候補毎に特異的なプロダクトイオンを抽出する第１の特異的イオン取得手段と、
    c)被検糖鎖に対して得られたＭＳmスペクトル（ｍ＝２，……、ただしｍの最大値はｎ−１）において前記第１の特異的イオン取得手段により抽出された又は後記第２の特異的イオン取得手段により抽出された特異的なプロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出する特異的イオン検出手段と、
    d)該特異的イオン検出手段により検出された特異的イオンの質量電荷比をプリカーサイオンに設定して被検糖鎖に対しＭＳm+1分析を実行するＭＳm+1分析実行手段と、
    e)前記ＭＳm+1分析時のプリカーサイオンの質量電荷比を持つ特異的なプロダクトイオンを解離させたときに生成され得る２次的プロダクトイオンを算出し、その中で解離前の特異的なプロダクトイオン毎に特異的な２次的プロダクトイオンを抽出する第２の特異的イオン取得手段と、
    f)被検糖鎖に対して得られたＭＳm+1スペクトルにおいて前記特異的な２次的プロダクトイオンの質量電荷比を有するピークを検出し、その検出結果に基づいて、ＭＳm+1分析の最終段の解離前の特異的なプロダクトイオンを特定し、その結果と前記特異的イオン検出手段によるピーク検出結果とに基づいて前記複数の糖鎖構造候補の信頼度を判断する構造候補判定手段と、
    を備え、前記構造候補取得手段及び前記第１の特異的イオン取得手段による処理を実行したあとに、ｍの値を２から順に増加させつつ、前記特異的イオン検出手段、前記ＭＳm+1分析実行手段、及び前記第２の特異的イオン取得手段による処理を１回以上繰り返し、そのあとに前記構造候補判定手段による処理を実行することで糖鎖構造候補を絞り込むことを特徴とする糖鎖構造解析装置。
  5. 請求項１又は３に記載の糖鎖構造解析方法であって、
    前記構造候補取得ステップでは、糖鎖由来のプリカーサイオンの質量電荷比とそれに対応する複数の糖鎖構造とが対応付けて収録されたデータベースを用い、被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比から複数の糖鎖構造候補を求めることを特徴とする糖鎖構造解析方法。
  6. 請求項２又は４に記載の糖鎖構造解析装置であって、
    糖鎖由来のプリカーサイオンの質量電荷比とそれに対応する複数の糖鎖構造とが対応付けて収録されたデータベースをさらに備え、
    前記構造候補取得手段は被検糖鎖に対するＭＳ2分析時のプリカーサイオンの質量電荷比から前記データベースを利用して複数の糖鎖構造候補を求めることを特徴とする糖鎖構造解析装置。
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