JP2011220733A - スペクトル予測方法、スペクトル予測装置、およびプログラム - Google Patents
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Abstract
【解決手段】上記課題を解決するために、本発明に係るスペクトル予測方法は、入力ファイルを読み込む読み込みステップと、前記読み込みステップにより読み込まれた前記入力ファイルに含まれる情報に基づいて、糖分子に含まれる化学結合の切断と前記糖分子のイオン化をシミュレートするシミュレーションステップと、前記シミュレーションステップにより生成がシミュレートされた前記糖分子のフラグメントの情報を記録する記録ステップと、前記フラグメントの情報に基づいて、前記糖分子のMSnスペクトルを予測する予測ステップとを備えたことを特徴する。
【選択図】図2
Description
1. (1)入力ファイルを読み込む読み込みステップと、(2)読み込みステップにより読み込まれた入力ファイルに含まれる情報に基づいて、糖分子に含まれる化学結合の切断と糖分子のイオン化をシミュレートするシミュレーションステップと、(3)シミュレーションステップにより生成がシミュレートされた糖分子のフラグメントの情報を記録する記録ステップと、(4)フラグメントの情報に基づいて、糖分子のMSnスペクトルを予測する予測ステップとを備えたことを特徴するスペクトル予測方法;
2. 入力ファイルは、糖分子に含まれる化学結合の切断確率を含むことを特徴とする1.に記載のスペクトル予測方法;
3. 読み込みステップは、入力ファイルをデータベースから読み込むことを特徴とする1.又は2.に記載のスペクトル予測方法。
4. GUIを用いて、入力ファイルを生成する生成ステップを、さらに備えたことを特徴とする3.に記載のスペクトル予測方法;
5. 糖分子について実験的に観測されたMSnスペクトルに基づいて、切断確率を決定する決定ステップを、さらに備えたことを特徴とする4.に記載のスペクトル予測方法。
6. 糖分子に関連した物理量の計算値に基づいて、切断確率を決定する決定ステップを、さらに備えたことを特徴とする4.に記載のスペクトル予測方法;
7. 決定ステップは、遺伝的アルゴリズムを用いて、切断確率を決定することを特徴とする5.に記載のスペクトル予測方法;
8. 物理量は、糖分子に含まれる化学結合の結合エネルギーであることを特徴とする6.に記載のスペクトル予測方法;
9. 物理量は、糖分子に含まれる化学結合の活性化エネルギーであることを特徴とする6.に記載のスペクトル予測方法;
10. (1)入力ファイルを読み込む読み込み手段と、(2)読み込み手段により読み込まれた入力ファイルに含まれる情報に基づいて、糖分子に含まれる化学結合の切断と糖分子のイオン化をシミュレートするシミュレーション手段と、(3)シミュレーション手段により生成がシミュレートされた糖分子のフラグメントの情報を記録する記録手段と、(4)フラグメントの情報に基づいて、糖分子のMSnスペクトルを予測する予測手段とを備えたことを特徴するスペクトル予測装置;
11. 入力ファイルは、糖分子に含まれる化学結合の切断確率を含むことを特徴とする10.に記載のスペクトル予測装置;
12. 読み込み手段は、入力ファイルをデータベースから読み込むことを特徴とする10.又は11.に記載のスペクトル予測装置;
13. GUIを用いて、入力ファイルを生成する生成手段を、さらに備えたことを特徴とする12.に記載のスペクトル予測装置;
14. 糖分子について実験的に観測されたMSnスペクトルに基づいて、切断確率を決定する決定手段を、さらに備えたことを特徴とする13.に記載のスペクトル予測装置;
15. 糖分子に関連した物理量の計算値に基づいて、切断確率を決定する決定手段を、さらに備えたことを特徴とする13.に記載のスペクトル予測装置;
16. 決定手段は、遺伝的アルゴリズムを用いて、切断確率を決定することを特徴とする14.に記載のスペクトル予測装置;
17. 物理量は、糖分子に含まれる化学結合の結合エネルギーであることを特徴とする15.に記載のスペクトル予測装置;
18. 物理量は、糖分子に含まれる化学結合の活性化エネルギーであることを特徴とする15.に記載のスペクトル予測装置;および
19. 1.から9.のいずれかに記載のスペクトル予測方法をコンピュータに実行させるプログラム;
である。
まず、以下で、一例として、スペクトル予測装置201が用いる切断確率が、実験的に観測されたMSnスペクトルから経験的に決定される実施形態について以下で説明する。
次に、以下で、一例として、所与の糖分子に関連した、電荷分布、結合エネルギー、電子状態、活性化エネルギー、速度定数のような様々な物理量の計算値に基づいて、スペクトル予測装置201が切断確率を決定する実施形態について説明する。
なお、本発明の実施形態に係るスペクトル予測装置201が実行する処理を実行させるプログラムを、コンピュータに実行させることにより、本発明を実施してもよい。
202 CPU
203 記憶部
204 表示部
Claims (19)
- 入力ファイルを読み込む読み込みステップと、
前記読み込みステップにより読み込まれた前記入力ファイルに含まれる情報に基づいて、糖分子に含まれる化学結合の切断と前記糖分子のイオン化をシミュレートするシミュレーションステップと、
前記シミュレーションステップにより生成がシミュレートされた前記糖分子のフラグメントの情報を記録する記録ステップと、
前記フラグメントの情報に基づいて、前記糖分子のMSnスペクトルを予測する予測ステップとを備えたことを特徴するスペクトル予測方法。 - 前記入力ファイルは、前記糖分子に含まれる化学結合の切断確率を含むことを特徴とする請求項1に記載のスペクトル予測方法。
- 前記読み込みステップは、前記入力ファイルをデータベースから読み込むことを特徴とする請求項1又は請求項2に記載のスペクトル予測方法。
- GUIを用いて、前記入力ファイルを生成する生成ステップを、さらに備えたことを特徴とする請求項3に記載のスペクトル予測方法。
- 前記糖分子について実験的に観測されたMSnスペクトルに基づいて、前記切断確率を決定する決定ステップを、さらに備えたことを特徴とする請求項4に記載のスペクトル予測方法。
- 前記糖分子に関連した物理量の計算値に基づいて、前記切断確率を決定する決定ステップを、さらに備えたことを特徴とする請求項4に記載のスペクトル予測方法。
- 前記決定ステップは、遺伝的アルゴリズムを用いて、前記切断確率を決定することを特徴とする請求項5に記載のスペクトル予測方法。
- 前記物理量は、前記糖分子に含まれる化学結合の結合エネルギーであることを特徴とする請求項6に記載のスペクトル予測方法。
- 前記物理量は、前記糖分子に含まれる化学結合の活性化エネルギーであることを特徴とする請求項6に記載のスペクトル予測方法。
- 入力ファイルを読み込む読み込み手段と、
前記読み込み手段により読み込まれた前記入力ファイルに含まれる情報に基づいて、糖分子に含まれる化学結合の切断と前記糖分子のイオン化をシミュレートするシミュレーション手段と、
前記シミュレーション手段により生成がシミュレートされた前記糖分子のフラグメントの情報を記録する記録手段と、
前記フラグメントの情報に基づいて、前記糖分子のMSnスペクトルを予測する予測手段とを備えたことを特徴するスペクトル予測装置。 - 前記入力ファイルは、前記糖分子に含まれる化学結合の切断確率を含むことを特徴とする請求項10に記載のスペクトル予測装置。
- 前記読み込み手段は、前記入力ファイルをデータベースから読み込むことを特徴とする請求項10又は請求項11に記載のスペクトル予測装置。
- GUIを用いて、前記入力ファイルを生成する生成手段を、さらに備えたことを特徴とする請求項12に記載のスペクトル予測装置。
- 前記糖分子について実験的に観測されたMSnスペクトルに基づいて、前記切断確率を決定する決定手段を、さらに備えたことを特徴とする請求項13に記載のスペクトル予測装置。
- 前記糖分子に関連した物理量の計算値に基づいて、前記切断確率を決定する決定手段を、さらに備えたことを特徴とする請求項13に記載のスペクトル予測装置。
- 前記決定手段は、遺伝的アルゴリズムを用いて、前記切断確率を決定することを特徴とする請求項14に記載のスペクトル予測装置。
- 前記物理量は、前記糖分子に含まれる化学結合の結合エネルギーであることを特徴とする請求項15に記載のスペクトル予測装置。
- 前記物理量は、前記糖分子に含まれる化学結合の活性化エネルギーであることを特徴とする請求項15に記載のスペクトル予測装置。
- 請求項1乃至9のいずれかに記載のスペクトル予測方法をコンピュータに実行させるプログラム。
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---|---|---|---|
JP2010087767A JP2011220733A (ja) | 2010-04-06 | 2010-04-06 | スペクトル予測方法、スペクトル予測装置、およびプログラム |
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JP2014169879A (ja) * | 2013-03-01 | 2014-09-18 | Shimadzu Corp | 糖鎖構造解析方法及び装置 |
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JP2004132946A (ja) * | 2002-04-01 | 2004-04-30 | Jeol Ltd | 質量スペクトルの解析方法および装置 |
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2010
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Title |
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