JP2013143917A - 線維症予防又は治療剤 - Google Patents
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Abstract
【解決手段】ヒトSmad3のmRNAの塩基番号647〜667番の塩基、1816〜1836番の塩基、2359〜2387番の塩基、3670〜3690番の塩基及び5486〜5506番の塩基、並びに特定な塩基番号377〜410番の塩基、473〜493番の塩基、533〜560番の塩基及び599〜631番の塩基よりなる群から選ばれる連続する17〜21塩基を標的配列とし、全長が30ヌクレオチド以下であるsiRNA。
【選択図】なし
Description
1)配列番号1の塩基番号647〜667番の塩基、1816〜1836番の塩基、2359〜2387番の塩基、3670〜3690番の塩基及び5486〜5506番の塩基、並びに配列番号2の塩基番号377〜410番の塩基、473〜493番の塩基、533〜560番の塩基及び599〜631番の塩基よりなる群から選ばれる連続する17〜21塩基を標的配列とし、全長が30ヌクレオチド以下であるsiRNA。
2)siRNAが、以下の(a)〜(r)から選ばれる上記1)のsiRNA。
(a)配列番号3に示されるセンス配列と配列番号4に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(b)配列番号5に示されるセンス配列と配列番号6に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(c)配列番号7に示されるセンス配列と配列番号8に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(d)配列番号9に示されるセンス配列と配列番号10に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(e)配列番号11に示されるセンス配列と配列番号12に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(f)配列番号13に示されるセンス配列と配列番号14に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(g)配列番号15に示されるセンス配列と配列番号16に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(h)配列番号17に示されるセンス配列と配列番号18に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(i)配列番号19に示されるセンス配列と配列番号20に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(j)配列番号21に示されるセンス配列と配列番号22に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(k)配列番号23に示されるセンス配列と配列番号24に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(l)配列番号25に示されるセンス配列と配列番号26に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(m)配列番号27に示されるセンス配列と配列番号28に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(n)配列番号29に示されるセンス配列と配列番号30に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(o)配列番号31に示されるセンス配列と配列番号32に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(p)配列番号33に示されるセンス配列と配列番号34に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
3)前記siRNAのセンス鎖の3’末端の末端側からオーバーハングヌクレオチドを除いた連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された上記1)又は2)のsiRNA。
4)前記siRNAのアンチセンス鎖の5’末端の末端側から連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された上記1)−3)のsiRNA。
5)前記siRNAのセンス鎖の3’末端の末端側からオーバーハングヌクレオチドを除いた連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換され、且つアンチセンス鎖の5’末端の末端側から連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された上記1)−4)のsiRNA。
6)アンチセンス鎖の5’末端がモノリン酸化された上記1)〜5)のsiRNA。
7)上記1)〜6)のいずれかのsiRNAを含有する医薬組成物。
8)上記1)〜6)のいずれかのsiRNAを有効成分として含有するSmad3遺伝子またはMCP−1遺伝子発現抑制剤。
9)上記1)〜6)のいずれかのsiRNAを有効成分として含有する線維症予防又は治療剤。
10)上記1)〜6)のいずれかのsiRNAを有効成分として含有する肺線維症予防又は治療剤。
配列番号1で示される塩基配列は、Smad3のmRNAの塩基配列であり、当該配列情報はGenBankに、GeneBank Accession No. NM_005902.3として、配列番号2で示される塩基配列は、MCP−1のmRNAの塩基配列であり、当該配列情報はGenBankに、GeneBank Accession No. NM_002982.2として、登録されている。
また、センス鎖及びアンチセンス鎖の両端は、平滑末端でもよいし、それぞれの鎖の3’側がオーバーハング(突出末端)であっても良い。ここで、「平滑末端」とは、2本鎖RNAの末端部分において、センス鎖の末端領域とそれに対合するアンチセンス鎖の末端領域が、1本鎖部分を形成することなく対合している構造を意味する。また、「オーバーハング」は、ダングリングエンドとも称され、2本鎖RNAの末端部分のセンス鎖の末端領域又はそれに対合するアンチセンス鎖の末端領域において、対合する塩基が存在しないために2本鎖を形成できず、1本鎖部分(突出末端)が存在している構造を意味する。
突出末端部分の塩基数は1〜10ヌクレオチドであり、好ましくは1〜4ヌクレオチドであり、さらに好ましくは1〜2ヌクレオチドである。尚、突出末端の長さは二つの鎖の間で無関係であり、互いに異なる長さであっても良い。突出末端部分のヌクレオチドはRNAでも、DNAでもよく、標的であるSmad3のmRNAまたはMCP−1のmRNAに相補的な塩基が好ましいが、上記RNA干渉能を保持する限り相補的でない塩基であってもよい。
尚、この場合のハイブリダイズ条件は、本発明のsiRNAを生体内に投与して医薬として用いる場合は、生体内の条件であり、本発明のsiRNAを試薬としてin vitroで用いる場合は、中度のストリンジェントな条件又は高度なストリンジェントな条件であり、このような条件として、例えば、400mM NaCl、40mM PIPES pH6.4、1mM EDTA、50℃〜70℃で12〜160時間でのハイブリゼーション条件が挙げられる。これらの条件については、当業者に周知であり、Sambrook et al.(Molecular Cloning: A Laboratory Manual second edition, Cold Spring Harbor Laboratory Press, New York, USA, 1989)に記載されている。
また、配列同一性は、リップマン−パーソン法(Lipman-Pearson法;Science, 227, 1435, (1985))等によって計算すればよく、例えば、遺伝情報処理ソフトウェアGenetyx-Win(Ver.5.1.1;ソフトウェア開発)のホモロジー解析(Search homology)プログラムを用いて、Unit size to compare(ktup)を2として解析を行なうことにより算出される。
ここで、RNAヌクレオチドのDNAへの変換とは、AMPをdAMPへ、GMPをdGMPへ、CMPをdCMPへ、UMPをdTMPへ変換することを意味する。
ハイブリッド型としては、センス鎖のヌクレオチドをDNAに変換したものが好ましい。キメラ型としては、下流側(センス鎖の3’末端側、アンチセンス鎖の5’末端側)の一部のヌクレオチドをDNAに変換したものが挙げられる。具体的には、センス鎖の3’末端側及びアンチセンス鎖の5’末端側のヌクレオチドを共にDNAに変換したもの、センス鎖の3’末端側又はアンチセンス鎖の5’末端側の何れかのヌクレオチドをDNAに変換したものが挙げられる。また、変換するヌクレオチド長は、RNA分子の1/2に相当するヌクレオチドまでの任意長とするのが好ましく、例えば末端から1〜13ヌクレオチド、好ましくは1〜10ヌクレオチドが挙げられる。RNA干渉効果、RNA分子の安定性、安全性等の点から、好適なキメラ型siRNAとしては、例えばヌクレオチド長がそれぞれ19〜21であり、センス鎖の3’末端側からオーバーハングヌクレオチドを除いた1〜10、好ましくは1〜8、より好ましくは1〜6のヌクレオチド及びアンチセンス鎖の5’末端側から1〜10、好ましくは1〜8、より好ましくは1〜6のヌクレオチドを任意数、連続してDNAに変換したものが挙げられる(後記〔表2〕参照)。また、この場合、センス鎖(オーバーハングヌクレオチドを除く)とアンチセンス鎖のDNA変換数は同一であるのがより好ましい。
また、糖が修飾されたヌクレオチド類似体としては、例えば、リボヌクレオチドの2’−OHが、H、OR、R、ハロゲン原子、SH、SR、NH2、NHR、NR2、もしくはCN(ここで、Rは炭素数1−6のアルキル基、アルケニル基又はアルキニル基を示す)等によって置換された2’位糖修飾、5’末端がモノリン酸化された5’末端リン酸化修飾が挙げられる。
リン酸塩が修飾されたヌクレオチド類似体としては、隣接するリボヌクレオチドを結合するホスホエステル基を、ホスホチオエート基で置換したものが挙げられる。
ここで、置換基としては、一例として、アミノ基;メルカプト基;ニトロ基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のアルキル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のアミノアルキル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のチオアルキル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のアルコキシル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のアミノアルコキシル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のチオアルコキシル基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のモノ若しくはジアルキルアミノ基;炭素数1〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のアルキルチオ基;炭素数2〜40(好ましくは2〜20、更に好ましくは4〜12)のポリエチレンオキサイド基;炭素数3〜39(好ましくは3〜21、更に好ましくは3〜12)のポリプロピレンオキサイド基等を挙げることができる。これらの置換基を結合させることによって、RNA干渉効果を顕著に増強させることが可能になる。
上記センス鎖RNAにおける、置換基若しくは機能性分子又はこれらを連結するリンカーの結合部位については、特に限定されるものではないが、これらがセンス鎖RNAの所定のヌクレオチドのリン酸部分の水酸基を構成する水素原子と置換されて結合していることが好ましい。
化学的合成は、siRNA構成要素である核酸分子を含むアミダイド樹脂を原料として、核酸合成装置により合成することが可能である。
転写系による合成は、ヘアピン型RNAをトリミングする試験管内転写法により2本鎖RNAを合成することが可能である。
従って、本発明のsiRNA及び当該siRNAを投与対象内で発現可能な発現ベクターは、Smad3遺伝子またはMCP−1遺伝子発現抑制のための医薬、Smad3またはMCP−1の過剰発現に起因する疾患、例えば線維症および/または肺がんの予防・治療のための医薬、すなわち線維症および/または肺がんの予防又は治療剤として有用である。
ここで、肺の線維化を来たす疾患としては、間質性肺炎、嚢胞性線維症、慢性閉塞性肺疾患(COPD: Chronic obstructive pulmonary disease)、急性呼吸促迫症候群 (ARDS: Acute respiratory distress syndrome)、炎症性肺疾患、肺感染症、放射性肺臓炎、薬剤性間質性肺炎、膠原病に伴う間質性肺炎など多岐にわたるが、原因が特定できない間質性肺炎である特発性間質性肺炎(IIPs)のうち特発性肺線維症 (IPF) が特に好ましい。特発性間質性肺炎(IIPs)には臨床病理学的疾患として、特発性肺線維症(IPF)、非特異的間質性肺炎 (NSIP)、特発性器質化肺炎 (COP/BOOP)、急性間質性肺炎 (AIP)、剥離性間質性肺炎 (DIP)、呼吸細気管支炎に伴う間質性肺疾患 (RB-ILD)、リンパ球性間質性肺炎 (LIP)等が包含される。
シクロアミロースは、グルコースがα1,4結合により結合した環状α−1,4−グルカンであり、へリックス構造の内側に立体的で奥行きのある空洞部分を有している。本発明に使用されるシクロアミロースにおけるグルコースの重合度としては、特に制限されるものではないが、例えば10〜500、好ましくは10〜100、更に好ましくは22〜50が例示される。シクロアミロースは、アミロマルターゼ等の酵素を利用して、グルコースから調製することができる。また、シクロアミロースは市販されており、本発明では市販品を使用することもできる(国際公開第2009/61003号パンフレット参照)。
この場合の発現ベクターは、例えば、本発明のsiRNAをコードすることができるDNAを、適当な遺伝子治療用ベクター、例えば、アデノウイルスベクター、アデノ随伴ウイルス(AAV)ベクター、又はレンチウイルスベクター等に挿入することにより構築することができる。
実施例1 siRNAの作製
下記表3に示されるSmad3遺伝子またはMCP−1遺伝子を標的とするsiRNA分子を設計し、各siRNAオリゴヌクレオチドを化学合成法によって合成し、HPLC精製法にて精製して使用した。
(1)細胞
ヒト肺胞上皮由来のA549細胞(DSファーマバイオメディカル株式会社)を用いた。
1×105個の細胞を10%牛胎児血清含有のD−MEM培地(Dulbecco's modified Eagle's Medium, 100 unit/mLペニシリン, 100 μg/mLストレプトマイシン含有)を12ウェルプレートに播種する。37℃、5%CO2条件下で一晩培養後、40%コンフルエントとなったA549細胞の培地を無血清培地に交換した。
siRNAとして、上記表3に示すオリゴヌクレオチドを用い、細胞が40%コンフルエントとなった時点で、Lipofectamine2000 (インビトロジェン社)を用いて上記細胞への導入を行った。
具体的には、各ウェルあたり2.0μL Lipofectamine2000を98μL OPTI−MEM(インビトロジェン)に添加し、5分間室温でインキュベーションした(A溶液)。
0.2μM siRNA溶液0.625μLを99.375μL OPTI−MEMに添加した(B溶液)。A及びB溶液を混和し、室温で20分間インキュベーションした。インキュベーション後、12−ウェルプレート各ウェルにAB混液を添加した。siRNA最終濃度が、0.1nMとなるように添加した。
(i)サイトカイン処理
siRNA及びLipofectamine混液を添加6時間後、培地を0.1%BSA(牛血清アルブミン)及びサイトカイン(1ng/mL IL−1β及び1ng/mL TNF−α)含有D−MEM培地に交換し、12時間培養した。培養後上清をサンプリングした。
細胞中全RNA抽出には、自動核酸抽出装置QuickGene−810(富士フイルム株式会社)とQuickGene−810の専用キットであるQuickGene RNA cultured cell kitS(富士フイルム株式会社)を用いた。細胞を1.0mL PBSで洗浄し、細胞溶解液0.5mLを添加し、細胞中に含まれる全RNAの抽出を行った。0.5mL溶解液(LRC、メルカプトエタノール添加済み)を添加した12ウェルプレートをシーソー型振盪機で5分間撹拌した。ピペッティングにより液を5−6往復させてよく混ぜ、液をエッペンドルフチューブへ移した。エタノールを420μL添加し、ボルテックスミキサーで15秒間撹拌後、QuickGene−810で処理を行なった。QuickGene−810での処理中、DNase(RQ1 RNase−free DNase,Promega)を添加した。抽出した全RNAサンプルは、次処理を行うまで−80(C冷蔵庫にて保管した。
培養細胞から抽出された全RNAサンプル中のRNA濃度(μg/mL)を、260 nmにおける吸光度の測定値から計算した(対照:TEバッファー)。この値をもとに、各サンプルにおいてRNA量が0.1μgに相当する溶液量を96ウェルプレートに入れた。これに蒸留水を加えて全量12μLとし、さらにQuantiTect Reverse Transcription Kit(QIAGEN)に含まれるgDNA Wipeout Buffer 2μLを加え、ボルテックス混和後、42(Cで2分間インキュベートし、その後4(Cに冷却した。これにQuantiTect Reverse Transcription Kit(QIAGEN)に含まれるQuantiscript Reverse Transcriptase 1μL、Quantiscript RT Buffer 4μL、及びRT Primer Mix 1μLを加え、混和し、42(Cで15分間インキュベートした。続いてQuantiscript Reverse Transcriptaseを失活させるため95(Cで3分間加熱した後、4(Cに冷却した。
この調製液(cDNA調製原液)をTEバッファーで5倍希釈し、標的遺伝子(Smad3またはMCP−1)をターゲットとしたPCR用cDNA溶液とした。
また、cDNA調製原液をTEバッファーで50倍希釈し、内部標準遺伝子としてGAPDHを選定しPCR用cDNA溶液とした。なお、コントロールサンプル(siRNA非投与)のcDNA調製原液をTEバッファーで1、10、100、及び1000倍希釈し、Smad3またはMCP−1をターゲットとしたPCR検量線用サンプルとした。同様にコントロールサンプルcDNA調製原液をTEバッファーで10、100、1000、及び10000倍希釈し、GAPDHをターゲットとしたPCR検量線用サンプルとした。
Smad3またはMCP−1に由来するcDNA産物2.5μLを鋳型として、12.5μL QuantiFast SYBR Green PCR Master Mix (QIAGEN)と、ヒト由来Smad3遺伝子、ヒト由来MCP−1遺伝子又はヒト由来GAPDH遺伝子の2.5 μL QuntiTect Primer Assay (QIAGEN)を用いて、滅菌蒸留水にて最終容量25μLとしたPCR反応溶液を調製した。調製した溶液は、Applied Biosystems 7500 (Life Technologies Japan)にて、95(Cで5分間加熱した後、1)95℃,10秒、2)60℃,35秒のサイクルを40回繰り返した後に、95℃から60℃に徐冷し、熱解離測定を行った。PCR増幅過程に由来するCt(Threshold Cycle)値を基に、GAPDH遺伝子のCt値による各標的遺伝子の増幅割合を補正し、標的遺伝子のmRNA抑制効果を評価した。結果を図1および図2に示す。
siRNA番号が、c,eおよびmのものは、0.1nMの濃度においても40%以上のSmad3またはMCP−1の発現抑制効率を有していることがわかった。特に、siRNA番号が、cおよびeのsiRNAは、0.1nMにおいても60%以上の抑制効率を示した。
Claims (10)
- 配列番号1の塩基番号647〜667番の塩基、1816〜1836番の塩基、2359〜2387番の塩基、3670〜3690番の塩基及び5486〜5506番の塩基、並びに配列番号2の塩基番号377〜410番の塩基、473〜493番の塩基、533〜560番の塩基及び599〜631番の塩基よりなる群から選ばれる連続する17〜21塩基を標的配列とし、全長が30ヌクレオチド以下であるsiRNA。
- siRNAが、以下の(a)〜(r)から選ばれる請求項1記載のsiRNA。
(a)配列番号3に示されるセンス配列と配列番号4に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(b)配列番号5に示されるセンス配列と配列番号6に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(c)配列番号7に示されるセンス配列と配列番号8に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(d)配列番号9に示されるセンス配列と配列番号10に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(e)配列番号11に示されるセンス配列と配列番号12に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(f)配列番号13に示されるセンス配列と配列番号14に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(g)配列番号15に示されるセンス配列と配列番号16に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(h)配列番号17に示されるセンス配列と配列番号18に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(i)配列番号19に示されるセンス配列と配列番号20に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(j)配列番号21に示されるセンス配列と配列番号22に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(k)配列番号23に示されるセンス配列と配列番号24に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(l)配列番号25に示されるセンス配列と配列番号26に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(m)配列番号27に示されるセンス配列と配列番号28に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(n)配列番号29に示されるセンス配列と配列番号30に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(o)配列番号31に示されるセンス配列と配列番号32に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA
(p)配列番号33に示されるセンス配列と配列番号34に示されるアンチセンス配列とから形成されるsiRNA - 前記siRNAのセンス鎖の3’末端の末端側からオーバーハングヌクレオチドを除いた連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された請求項1又は2に記載のsiRNA。
- 前記siRNAのアンチセンス鎖の5’末端の末端側から連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された請求項1〜3の何れか1項に記載のsiRNA。
- 前記siRNAのセンス鎖の3’末端の末端側からオーバーハングヌクレオチドを除いた連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換され、且つアンチセンス鎖の5’末端の末端側から連続する1〜10ヌクレオチドがDNAに変換された請求項1〜4の何れか1項に記載のsiRNA。
- アンチセンス鎖の5’末端がモノリン酸化された請求項1〜5の何れか1項に記載のsiRNA。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載のsiRNAを含有する医薬組成物。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載のsiRNAを有効成分として含有するSmad3またはMCP−1遺伝子発現抑制剤。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載のsiRNAを有効成分として含有する線維症予防又は治療剤。
- 請求項1〜6のいずれか1項に記載のsiRNAを有効成分として含有する肺線維症予防又は治療剤。
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