JP2011092191A - 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定 - Google Patents

並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定 Download PDF

Info

Publication number
JP2011092191A
JP2011092191A JP2010257918A JP2010257918A JP2011092191A JP 2011092191 A JP2011092191 A JP 2011092191A JP 2010257918 A JP2010257918 A JP 2010257918A JP 2010257918 A JP2010257918 A JP 2010257918A JP 2011092191 A JP2011092191 A JP 2011092191A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
oligonucleotide
polynucleotide
probe
sequence
starting
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
JP2010257918A
Other languages
English (en)
Inventor
Stephen C Macevicz
シー． マセビクツ スティーブン
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Solexa Inc
Original Assignee
Solexa Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Family has litigation
First worldwide family litigation filed litigation Critical https://patents.darts-ip.com/?family=23683421&utm_source=***_patent&utm_medium=platform_link&utm_campaign=public_patent_search&patent=JP2011092191(A) "Global patent litigation dataset” by Darts-ip is licensed under a Creative Commons Attribution 4.0 International License.
Application filed by Solexa Inc filed Critical Solexa Inc
Publication of JP2011092191A publication Critical patent/JP2011092191A/ja
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6869—Methods for sequencing
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/02—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with ribosyl as saccharide radical
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C07—ORGANIC CHEMISTRY
    • C07H—SUGARS; DERIVATIVES THEREOF; NUCLEOSIDES; NUCLEOTIDES; NUCLEIC ACIDS
    • C07H21/00—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids
    • C07H21/04—Compounds containing two or more mononucleotide units having separate phosphate or polyphosphate groups linked by saccharide radicals of nucleoside groups, e.g. nucleic acids with deoxyribosyl as saccharide radical
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y02—TECHNOLOGIES OR APPLICATIONS FOR MITIGATION OR ADAPTATION AGAINST CLIMATE CHANGE
    • Y02P—CLIMATE CHANGE MITIGATION TECHNOLOGIES IN THE PRODUCTION OR PROCESSING OF GOODS
    • Y02P20/00—Technologies relating to chemical industry
    • Y02P20/50—Improvements relating to the production of bulk chemicals
    • Y02P20/582—Recycling of unreacted starting or intermediate materials
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10T—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER US CLASSIFICATION
    • Y10T436/00—Chemistry: analytical and immunological testing
    • Y10T436/14—Heterocyclic carbon compound [i.e., O, S, N, Se, Te, as only ring hetero atom]
    • Y10T436/142222—Hetero-O [e.g., ascorbic acid, etc.]
    • Y10T436/143333—Saccharide [e.g., DNA, etc.]

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)

Abstract

【課題】現在利用可能なＤＮＡ配列決定技術に対して、並行オリゴヌクレオチド伸長によるＤＮＡ配列を決定する方法を提供する。
【解決手段】１）ポリヌクレオチド中のヌクレオチド配列を同定する方法であって、以下の工程：（ａ）開始オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドプローブと該開始オリゴヌクレオチドとを連結することによってポリヌクレオチドに沿って伸長させ、伸長した二重鎖を形成させる工程；（ｂ）該ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドを同定する工程；および（ｃ）ヌクレオチドの配列が決定されるまで工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程、を包含する、方法。
【選択図】なし

Description

発明の分野
本発明は、一般にポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法に関し、さらに詳しくは、オリゴヌクレオチドブロックの連続的な連結により１つ以上のプライマーを段階的に伸長することによってテンプレートにおけるヌクレオチドを同定する方法に関する。
背景技術
現在利用可能な技術でのポリヌクレオチドの分析は、試験ポリヌクレオチドが標準または単離されたフラグメントと同一であるかまたは異なるかの確認から、試験ポリヌクレオチドの各ヌクレオチドの明白な同定および順序付けまでの範囲の情報を提供する。このような技術は、遺伝子の機能および制御を理解するのに、および分子生物学の基本的技術の多くを適用するのに非常に重要であるだけでなく、これらはまた、ゲノム解析および非常に多くの非研究的適用（例えば、遺伝的同定、法医学分析、遺伝学カウンセリング、医学診断など）における手段としてますます重要となった。これらの後者の適用において、部分的な配列情報を提供する技術（例えば、フィンガープリント法および配列比較）および完全な配列決定を提供する技術の両方が共に使用されてきた。例えば、Ｇｉｂｂｓら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８６：１９１９−１９２３（１９８９）；Ｇｙｌｌｅｎｓｔｅｎら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８５：７６５２−７６５６（１９８８）；Ｃａｒｒａｎｏら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，４：１２９−１３６（１９８９）；Ｃａｅｔａｎｏ−Ａｎｏｌｌｅｓら，Ｍｏｌ．Ｇｅｎ．Ｇｅｎｅｔ．，２３５：１５７−１６５（１９９２）；ＢｒｅｎｎｅｒおよびＬｉｖａｋ，Ｐｒｏｃ，Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８６：８９０２−８９０６（１９８９）；Ｇｒｅｅｎら，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，１：７７−９０（１９９１）；およびＶｅｒｓａｌｏｖｉｃら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：６８２３−６８３１（１９９１）。
天然のＤＮＡは２つの線状ポリマー、またはヌクレオチドのストランドよりなる。各ストランドは、ホスホジエステル結合によって連結されたヌクレオシドの鎖である。２つのストランドは、２つのストランドのヌクレオチドの相補的塩基の間の水素結合によって逆平行向きにまとまっている：デオキシアデノシン（Ａ）はチミジン（Ｔ）と対になり、そしてデオキシグアノシン（Ｇ）は、デオキシシチジン（Ｃ）と対になる。
現在、ＤＮＡ配列決定に対する以下の２つの基本的アプローチがある：ジデキオシチェーンターミネーション法（例えば、Ｓａｎｇｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，７４：５４６３−５４６７（１９７７））；および化学的分解法（例えば、Ｍａｘａｍら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，７４：５６０−５６４（１９７７））。チェーンターミネーション法はいくつかの方法で改良されており、そして全ての現在利用可能な自動ＤＮＡ配列決定機のための基礎として供される。例えば、Ｓａｎｇｅｒら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１４３：１６１−１７８（１９８０）；Ｓｃｈｒｅｉｅｒら，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１２９：１６９−１７２（１９７９）；Ｓｍｉｔｈら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１３：２３９９−２４１２（１９８５）；Ｓｍｉｔｈら，Ｎａｔｕｒｅ，３２１：６７４−６７９（１９８７）；Ｐｒｏｂｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２３８：３３６−３４１（１９８７）；Ｓｅｃｔｉｏｎ ＩＩ，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５５：５１−３３４（１９８７）；Ｃｈｕｒｃｈら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２４０：１８５−１８８（１９８８）；Ｈｕｎｋａｐｉｌｌｅｒら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：５９−６７（１９９１）；Ｂｅｖａｎら，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，１：２２２−２２８（１９９２）。
チェーンターミネーション法および化学的分解法は、両方とも、１組以上の標識ＤＮＡフラグメントの生成を必要とし、そして各々は共通の起源を有し、各々は既知の塩基で終結する。次いで、１組または複数組のフラグメントは、配列情報を得るために、サイズにより分離されなければならない。両方法において、ＤＮＡフラグメントは高分解能ゲル電気泳動によって分離され、この電気泳動は、わずか１ヌクレオチドだけサイズが異なる非常に大きなフラグメントを区別する能力を有しなければならない。残念ながら、この工程は一度に配列決定できるＤＮＡ鎖のサイズを厳しく制限する。これらの技術を用いる配列決定は、約４００〜４５０ヌクレオチドまでのＤＮＡ鎖に信頼性よく適応できる。Ｂａｎｋｉｅｒら，Ｍｅｔｈ．Ｅｎｚｙｍｏｌ．，１５５：５１−９３（１９８７）；およびＨａｗｋｉｎｓら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，１３：５５２−５５９（１９９２）。
いくつかの著しい技術的問題が、例えば、５００〜６００ヌクレオチドを超える長い標的ポリヌクレオチドの配列決定、または高容量の多くの標的ポリヌクレオチドの配列決定へのこのような技術の適用をひどく妨げてきた。このような問題としては、ｉ）大きな労働力を要するゲル電気泳動分離工程は、自動化が困難であり、そしてデータの解析に過剰の変動性（例えば、温度の影響によるバンドの広がり、ＤＮＡ配列決定フラグメントにおける二次構造による圧縮、分離ゲルにおける不均一性など）を導入する；ｉｉ）その特性（例えば、進化性、忠実度、重合速度、チェーンターミネーターの取り込み速度など）がしばしば配列依存性である核酸ポリメラーゼ；ｉｉｉ）ゲル中で空間的に重なるバンドに典型的にはｆｍｏｌ量で存在するＤＮＡ配列決定フラグメントの検出および分析；ｉｖ）標識部分が単一の均一相に濃縮されずに数百の空間的に分離されたバンドに分布することによる低シグナル；およびｖ）単一レーン蛍光検出の場合、適切な発光特性および吸収特性、量子収率、およびスペクトル分解性を持つ色素の利用可能性が挙げられる。例えば、Ｔｒａｉｎｏｒ，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，６２：４１８−４２６（１９９０）；Ｃｏｎｎｅｌｌら，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，５：３４２−３４８（１９８７）；Ｋａｒｇｅｒら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：４９５５−４９６２（１９９１）；Ｆｕｎｇら，米国特許第４，８５５，２２５号；およびＮｉｓｈｉｋａｗａら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，１２：６２３−６３１（１９９１）。
もう１つの問題が、診断的配列決定の領域における現在の技術には存在する。常に拡大し続けている多数の障害、障害に対する感受性、疾患状態の予後などは、１つ以上の遺伝子座における、特定のＤＮＡ配列の存在、またはＤＮＡ配列における変化（または変異）の程度に関連付けられてきた。このような現象の例は、ヒト白血球抗原（ＨＬＡ）タイピング、膵嚢胞性線維症、腫瘍の進行および不均一性、ｐ５３プロトオンコジーン変異、ｒａｓプロトオンコジーン変異などを含む。例えば、Ｇｙｌｌｅｎｓｔｅｎら，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，１：９１−９８（１９９１）；Ｓａｎｔａｍａｒｉａら，国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９２／０１６７５号；Ｔｓｕｉら，国際出願第ＰＣＴ／ＣＡ９０／００２６７号など。診断情報または予後情報を得るためのこのような病的状態に関連するＤＮＡ配列の決定における困難は、複数の亜集団のＤＮＡ（例えば、対立遺伝子変異体、多重突然変異体形態など）が頻繁に存在することにある。現在の配列決定技術を用いて複数配列の存在および同一性を区別することは、異なる種類のＤＮＡを単離し、そして恐らくはそれをクローン化するさらなる労力なくしては、実質的に不可能である。
ＤＮＡ配列決定に、ＤＮＡフラグメントの高分解能電気泳動分離を要しないで、より分析しやすいシグナルを生じ、そしてヘテロ接合遺伝子座由来のＤＮＡを容易に分析するための手段を提供する別のアプローチが利用可能になれば、配列決定技術において主要な進歩がなされ得る。
本発明の目的は、現在利用可能なＤＮＡ配列決定技術に対してこのような別のアプローチを提供することである。
本発明によって、以下が提供される：
１）ポリヌクレオチド中のヌクレオチド配列を同定する方法であって、以下の工程：
（ａ）開始オリゴヌクレオチドを、オリゴヌクレオチドプローブと該開始オリゴヌクレオチドとを連結することによってポリヌクレオチドに沿って伸長させ、伸長した二重鎖を形成させる工程；
（ｂ）該ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドを同定する工程；および
（ｃ）ヌクレオチドの配列が決定されるまで工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程、
を包含する、方法。
（２）前記オリゴヌクレオチドプローブが前記開始オリゴヌクレオチドに対して遠位の末端に鎖終結部分を有する、請求項１に記載の方法。
（３）前記同定の工程が、前記鎖終結部分を除去する工程、および１つ以上の標識した鎖終結ヌクレオシド三リン酸の存在下で核酸ポリメラーゼを用いて該オリゴヌクレオチドプローブを伸長させる工程を包含する、請求項２に記載の方法。
（４）前記伸長した二重鎖上に伸長可能な末端を再生する工程をさらに包含する、請求項３に記載の方法。
（５）前記オリゴヌクレオチドプローブが４つのリボヌクレオチドのサブ配列を包含し、そして前記再生の工程が該オリゴヌクレオチドプローブをＲＮａｓｅ Ｈを用いて切断する工程を包含する、請求項４に記載の方法。
（６）前記鎖終結部分が３’ホスフェートである、請求項５に記載の方法。
（７）伸長した二重鎖または前記開始オリゴヌクレオチドが前記オリゴヌクレオチドプローブに連結できない場合は常に、該伸長した二重鎖または該開始オリゴヌクレオチドにキャップ形成させる工程をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
（８）前記伸長した二重鎖上に伸長可能な末端を再生する工程をさらに包含する、請求項２に記載の方法。
（９）前記再生の工程が、前記伸長した二重鎖において化学的に切断可能なヌクレオシド間結合を切断する工程を包含する、請求項８に記載の方法。
（１０）前記化学的に切断可能なヌクレオシド間結合がホスホルアミデートである、請求項９に記載の方法。
（１１）前記再生の工程が、前記伸長した二重鎖においてヌクレオシド間結合を酵素的に切断する工程を包含する、請求項８に記載の方法。
（１２）前記オリゴヌクレオチドプローブが４種のリボヌクレオチドのサブ配列を包含し、そして前記再生の工程が該オリゴヌクレオチドプローブをＲＮａｓｅ Ｈを用いて切断する工程を包含する、請求項１１に記載の方法。
（１３）ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、以下の工程：
（ａ）該ポリヌクレオチドを含むテンプレートを提供する工程；
（ｂ）該ポリヌクレオチドに近接する該テンプレートと二重鎖を形成する開始オリゴヌクレオチドを提供する工程；
（ｃ）該開始オリゴヌクレオチドに近接する該テンプレートにオリゴヌクレオチドプローブをアニールする工程；
（ｄ）該オリゴヌクレオチドプローブを該開始オリゴヌクレオチドに連結させて、伸長した二重鎖を形成させる工程；
（ｅ）該連結されたオリゴヌクレオチドプローブ上の標識によって該ポリヌクレオチドの１つ以上のヌクレオチドを同定する工程；および
（ｆ）該ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列が決定されるまで工程（ｃ）〜（ｅ）を繰り返す工程、
を包含する、方法。
（１４）前記オリゴヌクレオチドプローブが前記開始オリゴヌクレオチドに対して遠位の末端に鎖終結部分を有し、そして前記方法が該オリゴヌクレオチドプローブ上に伸長可能な末端を再生する工程をさらに包含する、請求項１３に記載の方法。
（１５）前記オリゴヌクレオチドプローブに連結できない前記伸長した二重鎖または前記開始オリゴヌクレオチドにキャップ形成する工程をさらに包含する、請求項１４に記載の方法。
（１６）前記同定の工程が前記ポリヌクレオチドの１つのヌクレオチドを同定することよりなる、請求項１４に記載の方法。
（１７）前記同定の工程が前記鎖終結部分を除去する工程、および１つ以上の標識された鎖終結ヌクレオシド三リン酸の存在下で核酸ポリメラーゼを用いて前記オリゴヌクレオチドプローブを伸長させる工程を包含する、請求項１６に記載の方法。
（１８）オリゴヌクレオチドプローブであって、以下の式：
ＨＯ−（３’）（Ｂ）ｊ（５’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）ＮＨ−（Ｂ）ｋ−Ｂｔ ＊
を有し、ここで：
Ｂはヌクレオシドまたはそのアナログであり；
ｊは１〜１２の範囲であり；
ｋはｊとｋとの合計が１２以下であるように、０〜１２の範囲であり；
Ｂｔ ＊は標識された鎖終結部分である、
オリゴヌクレオチドプローブ。
（１９）以下からなる群より選択されるオリゴヌクレオチドプローブであって：
ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−（５’）（Ｂ）ｓＲＲＲＲ（Ｂ）ｗＢｔ ＊、
ＨＯ−（３’）（Ｂ）ｓＲＲＲＲ（Ｂ）ｗＢｔ ＊、および
ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−（５’）（Ｂ）ｓＲＲＲＲ（Ｂ）ｗ（３’）ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ
ここで：
Ｂはデオキシリボヌクレオチドまたはそのアナログであり；
Ｒはリボヌクレオチドであり；
ｓは１〜８の範囲であり；
ｗはｊとｋとの合計が８以下であるように０〜８の範囲であり；
Ｂｔ ＊は標識された鎖終結部分である、
オリゴヌクレオチドプローブ。
発明の要旨
本発明は、一本鎖テンプレートに沿った二重鎖伸長の繰り返しサイクルに基づく核酸配列分析方法を提供する。好ましくは、このような伸長は、開始オリゴヌクレオチドとテンプレートとの間に形成される二重鎖から出発する。開始オリゴヌクレオチドを、最初の伸長サイクルにおいて、オリゴヌクレオチドプローブをその末端に連結することにより伸長し、伸長した二重鎖を形成させる。次いで、伸長した二重鎖を、その後の連結サイクルによって繰り返し伸長させる。各サイクルの間に、首尾よく連結されたオリゴヌクレオチドプローブ上、またはオリゴヌクレオチドプローブと会合した標識によって、テンプレート中の１つ以上ヌクレオチドの同一性を決定する。好ましくは、オリゴヌクレオチドプローブは、１回のサイクルで伸長した二重鎖の伸長が１回だけ起こるように、末端の位置にブロッキング部分（例えば、鎖終結ヌクレオチド）を有する。二重鎖を、次のサイクルでブロッキング部分を除去し、そして伸長可能な末端を再生することによってさらに伸長させる。
本発明の１つの局面において、複数の異なる開始オリゴヌクレオチドをテンプレートの別々の試料に提供する。各開始オリゴヌクレオチドは、伸長を受けつつある末端が、複数の他のそれぞれの開始オリゴヌクレオチドと、１つ以上のヌクレオチドと合致しない（ｏｕｔ ｏｆ ｒｅｇｉｓｔｅｒ）かまたは一致しないように、テンプレートと二重鎖を形成する。言い換えれば、伸長のための出発ヌクレオチドは、異なる開始オリゴヌクレオチドの各々につき、１つ以上のヌクレオチドにより異なる。このようにして、同一の長さのオリゴヌクレオチドプローブを用いる各伸長サイクルの後、同一の相対的相が異なるテンプレート上の開始オリゴヌクレオチドの末端間に存在する。従って、例えば、ｉ）開始オリゴヌクレオチドが１つのヌクレオチドにより一致しない、ｉｉ）９マーのオリゴヌクレオチドプローブを伸長工程で用いる、およびｉｉｉ）９つの異なる開始オリゴヌクレオチドを使用する好ましい実施態様においては、９つのテンプレートヌクレオチドが各伸長サイクルにおいて同時に同定される。
定義
ポリヌクレオチドに関して本明細書中で使用する「配列決定」、「ヌクレオチド配列の決定」、「配列決定」および同様の用語は、ポリヌクレオチドの部分配列および全長配列の情報の決定を含む。すなわち、この用語は、配列比較、フィンガープリント法、標識ポリヌクレオチドについての同様のレベルの情報、および試験ポリヌクレオチドの各ヌクレオシドの明確な同定および順序付けを含む。
プローブおよび標的ポリヌクレオチドの突出ストランドに関して「完全にマッチした二重鎖」とは、この突出ストランドが、二本鎖構造における各ヌクレオチドが反対のストランド上のヌクレオチドとワトソン−クリック塩基対合をするように、他のものと二本鎖構造を形成することを意味する。この用語はまた、プローブの縮重を減少させるために使用され得る、ヌクレオシドアナログ（デオキシイノシン、２−アミノプリン塩基を有するヌクレオシドなど）の対合を包含する。
本明細書中で用いる「オリゴヌクレオチド」という用語は、デオキシリボヌクレオシド、リボヌクレオシドなどを含む、ヌクレオシドまたはそのアナログの線状オリゴマーを含む。通常、オリゴヌクレオチドは、数個のモノマー単位（例えば３〜４）から数百のモノマー単位までの範囲のサイズである。オリゴヌクレオチドを「ＡＴＧＣＣＴＧ」のような文字の配列によって表す場合は、常に、このヌクレオチドは左から右に５’→３’の順序であり、そして特記しない限り、「Ａ」はデオキシアデノシンを示し、「Ｃ」はデオキシシチジンを示し、「Ｇ」はデオキシグアノシンを示し、そして「Ｔ」はチミジンを示すことが理解される。
本明細書中で使用する「ヌクレオシド」とは、例えば、ＫｏｒｎｂｅｒｇおよびＢａｋｅｒ，ＤＮＡ Ｒｅｐｌｉｃａｔｉｏｎ，第２版（Ｆｒｅｅｍａｎ，Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ，１９９２）に記載されるように、２’−デオキシ形態および２’−ヒドロキシル形態を含む、天然のヌクレオシドを含む。ヌクレオシドに関して「アナログ」とは、例えば、Ｓｃｈｅｉｔ，Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ Ａｎａｌｏｇｓ（Ｊｏｈｎ Ｗｉｌｅｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８０）によって一般的に記載されているように、修飾された塩基部分および／または修飾された糖部分を有する合成ヌクレオシドを含む。このようなアナログは、結合特性の増強、縮重の減少、特異性の増大などのために設計された合成ヌクレオシドを含む。
本明細書で使用される「連結」とは、テンプレート駆動反応において、２つ以上の核酸（例えば、オリゴヌクレオチドおよび／またはポリヌクレオチド）の末端間で共有結合または結合（ｌｉｎｋａｇｅ）を形成することを意味する。結合（ｂｏｎｄ）または結合（ｌｉｎｋａｇｅ）の性質は広範囲に変化し得るし、そして連結は酵素的または化学的に行われ得る。
図１は、本発明による複数のテンプレートの並行伸長を模式的に示す。 図２は、酸不安定結合を使用する本発明の１つの実施態様を模式的に示す。 図３Ａは、３’→５’伸長でＲＮａｓｅ Ｈ不安定オリゴヌクレオチドを使用する本発明の１つの実施態様を模式的に示す。 図３Ｂは、５’→３’伸長でＲＮａｓｅ Ｈ不安定オリゴヌクレオチドを使用する本発明の１つの実施態様を模式的に示す。 図４は、連結、その後のポリメラーゼ伸長および切断を使用する本発明の１つの実施態様を模式的に示す。
発明の詳細な説明
本発明は、同様のサイズのＤＮＡフラグメントの電気泳動による分離を不要とし、そしてゲルまたは同様の媒体中のＤＮＡフラグメントの空間的に重なるバンドの検出および分析に関する困難をなくす核酸の配列決定方法を提供する。本発明はまた、ＤＮＡポリメラーゼを用いて長い一本鎖テンプレートからＤＮＡフラグメントを作製する必要もない。
本発明の１つの局面の一般的なスキームを図１に模式的に示す。以下により十分に記載するように、本発明は、この実施態様の特定の特徴によって限定されることを意図しない。配列未知のポリヌクレオチド（５０）および結合領域（４０）を含むテンプレート（２０）を固相支持体（１０）に付着させる。好ましくは、Ｎマーのプローブを使用する実施態様では、テンプレートをＮ個のアリコートに分け、そして各アリコートに、他の開始オリゴヌクレオチドの位置とは異なる結合領域（４０）中のある位置で完全にマッチした二重鎖を形成する異なる開始オリゴヌクレオチドｉｋを提供する。すなわち、開始オリゴヌクレオチドｉ１〜ｉＮは、未知配列に対して近い側の二重鎖の末端が未知配列のはじまりから０〜Ｎ−１ヌクレオチドであるように、結合領域（４０）においてテンプレートと二重鎖の組を形成する。従って、Ｎマーのプローブを用いる連結の第１サイクルにおいて、図１中のｉ１に連結したプローブ（３０）の末端ヌクレオチド（１６）は、結合領域（４０）のＮ−１ヌクレオチドに対して相補的である。同様に、図１中のｉ２に連結したプローブ（３０）の末端ヌクレオチド（１７）は、結合領域（４０）のＮ−２ヌクレオチドに対して相補的であり；図１中のｉ３に連結したプローブ（３０）の末端ヌクレオチド（１８）は、結合領域（４０）のＮ−３ヌクレオチドに対して相補的である。以下同様である。最後に、ｉｎに連結したプローブ（３０）の末端ヌクレオチド（１５）は、未知配列（５０）の最初のヌクレオチドに対して相補的である。連結の第２サイクルにおいて、プローブ（３１）の末端ヌクレオチド（１９）は、開始オリゴヌクレオチドｉ１で出発する二重鎖における未知配列（５０）の２番目のヌクレオチド（１９）に対して相補的である。同様に、開始オリゴヌクレオチドｉ２、ｉ３、ｉ４などで出発する二重鎖に連結したプローブの末端ヌクレオチドは、未知配列（５０）の３番目、４番目、および５番目のヌクレオチドに対して相補的である。
上記の実施態様において、オリゴヌクレオチドプローブは、伸長した二重鎖に隣接するヌクレオチドの同一性が標識から決定できるように標識される。
結合領域（４０）は既知配列を有するが、長さおよび組成は大いに変化し得る。結合領域は開始オリゴヌクレオチドのハイブリダイゼーションを適応させるために十分に長くなければならない。異なる結合領域を同一かまたは異なるかのいずれかの開始オリゴヌクレオチドとともに使用できるが、調製の便宜のためには、同一の結合領域および異なる開始オリゴヌクレオチドを提供するのが好ましい。従って、全てのテンプレートを同一に調製し、次いで、異なる開始オリゴヌクレオチドでの使用のためにアリコートに分ける。好ましくは、結合領域は、異なる開始オリゴヌクレオチドの組を適応させるのに十分な長さであるべきであって、各々はテンプレートにハイブリダイズしてその後の連結のための異なる出発点を生じる。最も好ましくは、結合領域は、約２０〜５０ヌクレオチドの間の長さである。
開始オリゴヌクレオチドは、伸長サイクルのいずれの洗浄工程の間にも無傷のままでいる結合領域との高度に安定な二重鎖を形成するように選択される。これは、都合よく、開始オリゴヌクレオチドの長さが、オリゴヌクレオチドプローブの長さよりもかなり長いように選択することによって、および／またはそれらがＧＣリッチとなるように選択することによって達成される。開始オリゴヌクレオチドはまた、種々の技術（例えば、Ｓｕｍｍｅｒｔｏｎら，米国特許第４，１２３，６１０号）によってテンプレートストランドに架橋することもでき；または、それらは、その天然の対応物（例えば、ペプチド核酸）よりも安定性の大きな二重鎖を形成するヌクレオチドアナログよりなることもできる。Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５４：１４９７−１５００（１９９１）；Ｈａｎｖｅｙら，Ｓｃｉｅｎｃｅ，２５８：１４８１−１４８５（１９９２）；およびＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＥＰ９２／０１２１９号および同第ＰＣＴ／ＥＰ９２／０１２２０号。
好ましくは、開始オリゴヌクレオチドの長さは約２０〜３０ヌクレオチドであり、そしてその組成は、使用されるオリゴヌクレオチドプローブの融解温度を約１０〜５０℃だけ超える二重鎖融解温度を提供するために十分なパーセントのＧおよびＣを含む。より好ましくは、開始オリゴヌクレオチドの二重鎖融解温度は、オリゴヌクレオチドプローブの融解温度を約２０〜５０℃だけ超える。配列決定操作で使用される異なる開始オリゴヌクレオチドの数Ｎは、各サイクルで１つのヌクレオチドが同定される場合の１から、実際的に使用できるオリゴヌクレオチドプローブのサイズによってのみサイズが制限される多数まで変化し得る。オリゴヌクレオチドプローブのサイズを制限する因子は、妥当な速度でハイブリダイゼーション反応を駆動するために十分に高濃度の個々のプローブを有する混合物を調製する際の困難、二次構造の形成に対するより長いプローブの感受性、１塩基ミスマッチに対する感受性の低下などを含む。好ましくは、Ｎは１〜１６の範囲であり；より好ましくは、Ｎは１〜１２の範囲であり；そして最も好ましくは、Ｎは１〜８の範囲である。
広範囲の種々のオリゴヌクレオチドプローブを本発明で使用することができる。一般に、オリゴヌクレオチドプローブは、開始オリゴヌクレオチドまたは伸長した二重鎖に連結して、次の伸長サイクルの伸長した二重鎖を生じることができるべきである；連結は、プローブが連結の前にテンプレートと二重鎖を形成するべきであるのでテンプレートに駆動されるべきである；プローブは、１回の伸長サイクルにおいて同一のテンプレートに複数のプローブが連結するのを防ぐためにブロッキング部分を有すべきであり、プローブは連結後に伸長可能な末端を再生するために処理または修飾され得るべきであり、そしてプローブは成功した連結後にテンプレートに関連する配列情報の獲得を可能とするシグナリング部分を有すべきである。以下でより十分に記載するように、実施態様に応じて、伸長した二重鎖または開始オリゴヌクレオチドは、オリゴヌクレオチドプローブによって、５’→３’方向または３’→５’方向のいずれかに伸長され得る。一般に、オリゴヌクレオチドプローブはテンプレートと完全にマッチした二重鎖を形成する必要はないが、このような結合が通常は好ましい。テンプレート中の１つのヌクレオチドが各伸長サイクルで同定される好ましい実施態様において、完全な塩基対合は、その特定のヌクレオチドを同定するために必要とされるに過ぎない。例えば、オリゴヌクレオチドプローブを伸長した二重鎖に酵素的に連結する実施態様において、完全な塩基対合（すなわち、適切なワトソン−クリック塩基対合）が、連結されるプローブの末端ヌクレオチドとテンプレート中のその相補物との間で必要とされる。一般に、このような実施態様において、プローブの残りのヌクレオチドは、次の連結がテンプレートに沿って所定の部位または塩基数で起こることを確実とする「スペーサー」として働く。すなわち、それらの対合、またはその欠落は、さらなる配列情報を提供しない。同様に、塩基同定についてポリメラーゼ伸長に頼る実施態様において、プローブは主としてスペーサーとして働き、従って、テンプレートに対する特異的ハイブリダイゼーションは、望ましいとはいえ、重要ではない。
好ましくは、オリゴヌクレオチドプローブは、所定の長さの全ての可能な配列のオリゴヌクレオチドを含む混合物としてテンプレートに適用される。このような混合物の複雑さは、例えば、Ｋｏｎｇ Ｔｈｏｏ Ｌｉｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０：５１４９−５１５２；米国特許第５，００２，８６７号；Ｎｉｃｈｏｌｓら，Ｎａｔｕｒｅ，３６９：４９２−４９３（１９９４）によって教示されるデオキシイノシンなどのようないわゆる縮重低下アナログを用いることを含む多数の方法によって；またはオリゴヌクレオチドプローブの多数の混合物（例えば、一緒にすると所定の長さの全ての可能な配列を含むオリゴヌクレオチド配列の４つのばらばらのサブセットを含む４つの混合物）を別々に適用することによって低下させることができる。
本発明の開始オリゴヌクレオチドおよびオリゴヌクレオチドプローブは、都合よく、自動ＤＮＡ合成機（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｉｎｃ．（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）３９２型または３９４型のＤＮＡ／ＲＮＡ合成機）で、例えば、以下の文献に開示されるホスホルアミダイト化学のような標準的な化学を用いて合成される：ＢｅａｕｃａｇｅおよびＩｙｅｒ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ，４８：２２２３−２３１１（１９９２）；Ｍｏｌｋｏら，米国特許第４，９８０，４６０号；Ｋｏｓｔｅｒら，米国特許第４，７２５，６７７号；Ｃａｒｕｔｈｅｒｓら，米国特許第４，４１５，７３２号；同第４，４５８，０６６号；および同第４，９７３，６７９号など。例えば、ホスホロチオエート、ホスホルアミデートなどのような非天然の骨格基が得られる別の化学を使用することもできる。但し、得られたオリゴヌクレオチドは特定の実施態様の連結および他の試薬に適合するものとする。オリゴヌクレオチドプローブの混合物は、例えば、Ｔｅｌｅｎｉｕｓら，Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１３：７１８−７２５（１９９２）；Ｗｅｌｓｈら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：５２７５−５２７９（１９９１）；Ｇｒｏｔｈｕｅｓら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２１：１３２１−１３２２（１９９３）；Ｈａｒｔｌｅｙ，欧州特許出願第９０３０４４９６．４号などに開示されるような周知の技術を用いて容易に合成される。一般に、これらの技術は、縮重を導入することが望まれるカップリング工程の間の成長するオリゴヌクレオチドへの活性化モノマーの混合物の適用を必要とするだけである。
従来のリガーゼを本発明で使用する場合、以下でより十分に記載するように、いくつかの実施態様ではプローブの５’末端をリン酸化し得る。５’モノホスフェートを化学的または酵素的のいずれかでキナーゼを用いてオリゴヌクレオチドに結合させることができる。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ；Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９）。化学的リン酸化は、ＨｏｒｎおよびＵｒｄｅａ，Ｔｅｔｒａｈｅｄｒｏｎ Ｌｅｔｔ．，２７：４７０５（１９８６）によって記載されており、そして開示されたプロトコルを実施するための試薬は、例えば、Ｃｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）から５’Ｐｈｏｓｐｈａｔｅ−ＯＮＴＭとして市販されている。好ましくは、必要な場合、オリゴヌクレオチドプローブは化学的にリン酸化される。
本発明のプローブは、蛍光部分、発色部分などの直接的または間接的な結合を含む種々の方法で標識され得る。ＤＮＡを標識し、そしてＤＮＡプローブを構築するための方法論の多くの総合的な概説が、本発明のプローブを構築するために適用可能な手引きを提供する。このような概説は、Ｍａｔｔｈｅｗｓら，Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，第１６９巻，１−２５頁（１９８８）；Ｈａｕｇｌａｎｄ，Ｈａｎｄｂｏｏｋ ｏｆ Ｆｌｕｏｒｅｓｃｅｎｔ Ｐｒｏｂｅｓ ａｎｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｃｈｅｍｉｃａｌｓ（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｐｒｏｂｅｓ，Ｉｎｃ．，Ｅｕｇｅｎｅ，１９９２）；ＫｅｌｌｅｒおよびＭａｎａｋ，ＤＮＡ Ｐｒｏｂｅｓ，第２版（Ｓｔｏｃｋｔｏｎ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９３）；およびＥｃｋｓｔｅｉｎ編，Ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ ａｎｄ Ａｎａｌｏｇｕｅｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ａｐｐｒｏａｃｈ（ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ，Ｏｘｆｏｒｄ，１９９１）などを含む。本発明に適用できる多くのより詳細な方法は、以下の文献の見本に開示される：Ｆｕｎｇら，米国特許第４，７５７，１４１号；Ｈｏｂｂｓ，Ｊｒ．ら，米国特許第５，１５１，５０７号；Ｃｒｕｉｃｋｓｈａｎｋ，米国特許第５，０９１，５１９号；（レポーター基の結合のための官能化されたオリゴヌクレオチドの合成）；Ｊａｂｌｏｎｓｋｉら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１４：６１１５−６１２８（１９８６）（酵素−オリゴヌクレオチドコンジュゲート）；およびＵｒｄｅａら，米国特許第５，１２４，２４６号（分岐ＤＮＡ）。
好ましくは、プローブは、例えば、Ｍｅｎｃｈｅｎら，米国特許第５，１８８，９３４号；Ｂｅｇｏｔら，ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＵＳ９０／０５５６５号によって開示されるような１つ以上の蛍光色素で標識される。
テンプレートに対するオリゴヌクレオチドプローブの適用のためのハイブリダイゼーション条件の選択における手引きは、多数の文献（例えば、Ｗｅｔｍｕｒ，Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，２６：２２７−２５９（１９９１）；ＤｏｖｅおよびＤａｖｉｄｓｏｎ，Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．５：４６７−４７８（１９６２）；Ｈｕｔｔｏｎ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１０：３５３７−３５５５（１９７７）；Ｂｒｅｓｌａｕｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８３：３７４６−３７５０（１９８６）；Ｉｎｎｉｓら編，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０）など）に見い出すことができる。
一般に、オリゴヌクレオチドプローブを、伸長した二重鎖の末端に並列してテンプレートにアニールする場合、二重鎖とプローブとを連結する、すなわち、相互の共有結合を生じさせる。連結は酵素的または化学的のいずれかで達成され得る。化学的連結方法は当該分野で周知である。例えば、Ｆｅｒｒｉｓら，Ｎｕｃｌｅｏｓｉｄｅｓ＆Ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓ，８：４０７−４１４（１９８９）；Ｓｈａｂａｒｏｖａら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：４２４７−４２５１（１９９１）など。好ましくは、酵素的連結は標準的プロトコルでリガーゼを用いて実施される。多くのリガーゼが知られており、そして本発明で使用するのに適切である。例えば、Ｌｅｈｍａｎ，Ｓｃｉｅｎｃｅ，１８６：７９０−７９７（１９７４）；Ｅｎｇｌｅｒら，ＤＮＡ Ｌｉｇａｓｅｓ，３−３０頁，Ｂｏｙｅｒ編，Ｔｈｅ Ｅｎｚｙｍｅｓ，第１５Ｂ巻（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８２）など。好ましいリガーゼは、Ｔ４ ＤＮＡリガーゼ、Ｔ７ ＤＮＡリガーゼ、Ｅ．ｃｏｌｉ ＤＮＡリガーゼ、Ｔａｑリガーゼ、Ｐｆｕリガーゼ、およびＴｔｈリガーゼを含む。それらの使用についてのプロトコルは周知である。例えば、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（上記）；Ｂａｒａｎｙ，ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ，１：５−１６（１９９１）；Ｍａｒｓｈら，Ｓｔｒａｔｅｇｉｅｓ，５：７３−７６（１９９２）など。一般に、リガーゼは、隣接するストランドの３＆ａｐｏｓ；ヒドロキシルへの連結のために５’リン酸基が存在することを必要とする。
標的ポリヌクレオチドの調製
好ましくは、標的ポリヌクレオチドを結合領域に連結してテンプレートを形成し、そしてテンプレートを複雑かつ時間を消費する精製工程を伴わない試薬の連続的適用を可能とする固相支持体（例えば、磁性粒子、ポリマーマイクロスフィア、フィルター物質など）に付着させる。標識ポリヌクレオチドの長さは広範囲に変化し得る；しかし、調製の便宜のためには、従来の配列決定で使用される長さが好ましい。例えば、数百塩基対（２００〜３００）から１〜２キロ塩基対までの範囲の長さが好ましい。
標的ポリヌクレオチドは、種々の常法によって調製され得る。例えば、標的ポリヌクレオチドは、従来のＤＮＡ配列決定で使用されるものを含む、従来の任意のクローニングベクターのインサートとして調製され得る。適切なクローニングベクターの選択および使用のための広範な手引きがＳａｍｂｒｏｏｋら，Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，第２版（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９８９）、および同様の文献で見い出される。ＳａｍｂｒｏｏｋらおよびＩｎｎｉｓら編，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０）もまた、標的ポリヌクレオチドを調製するためのポリメラーゼ連鎖反応の使用について手引きを提供する。好ましくは、この方法で使用する他の試薬から標的ポリヌクレオチドを分離するのを容易にするために、磁性ビーズまたは他の固体支持体への付着を可能とするクローン化標的ポリヌクレオチドまたはＰＣＲ増幅標的ポリヌクレオチドを調製する。このような調製技術についてのプロトコルは、Ｗａｈｌｂｅｒｇら，Ｅｌｅｃｔｒｏｐｈｏｒｅｓｉｓ，１３：５４７−５５１（１９９２）；Ｔｏｎｇら，Ａｎａｌ． Ｃｈｅｍ．，６４；２６７２−２６７７（１９９２）；Ｈｕｌｔｍａｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１７：４９３７−４９４６（１９８９）；Ｈｕｌｔｍａｎら，Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１０：８４−９３（１９９１）；Ｓｙｖａｎｅｎら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１６：１１３２７−１１３３８（１９８８）；Ｄａｔｔａｇｕｐｔａら，米国特許第４，７３４，３６３号；Ｕｈｌｅｎ，ＰＣＴ出願第ＰＣＴ／ＧＢ８９／００３０４号；および同様の文献に十分に記載される。キットもまた、このような方法を実施するために、例えば、Ｄｙｎａｌ ＡＳ．（Ｏｓｌｏ，Ｎｏｒｗａｙ）からＤｙｎａｂｅａｄｓＴＭテンプレート調製キットとして市販される。
一般に、本発明の方法で使用する微粒子またはビーズのサイズおよび形状は重要ではない；しかし、直径数ｍ（例えば、１〜２ｍ）から直径数百ｍ（例えば、２００〜１０００ｍ）の範囲のサイズの微粒子が好ましい。なぜなら、それらは、例えば蛍光標識プローブからの容易に検出できるシグナルの生成を可能としつつ、試薬および試料の使用量を最小にするからである。
伸長可能な末端の連結、キャップ形成、および再生についてのスキーム
１つの局面において、本発明は、オリゴヌクレオチドプローブの連結および同定の繰り返し工程を必要とする。しかしながら、同一工程における同一の伸長した二重鎖に対する複数プローブの連結は、通常は同定の問題を誘引するであろうから、多重伸長を防止しそして伸長可能な末端を再生するのに有用である。さらに、もし連結工程が１００％効果的でなければ、それらがいずれのさらなる連結工程にも参画しないように、連結を受けない伸長二重鎖にキャップ形成するのが望ましいであろう。すなわち、キャップ形成工程は、好ましくは、ポリヌクレオチド合成のような他の合成化学プロセスから類推して、連結工程の後に起こる（例えば、Ａｎｄｒｕｓら、米国特許第４，８１６，５７１号）。これは、その後の同定工程で生じるシグナルから潜在的に有意なノイズの源を除去するであろう。
以下、本発明の連結、キャップ形成、再生および同定工程を実施するためのいくつかの例示的スキームを記載する。それらは、手引きの目的で提示するものであって、限定することを意図しない。
開始オリゴヌクレオチドまたは３’→５’方向に伸長した二重鎖を伸長するためのスキームは図２に示す。テンプレート（２０）をその５’末端により、固相支持体（１０）に付着させる。これは、常法技術を用い、ビオチンまたは同様の連結部分を介して、丁度都合よく達成され得る。５’リン酸基を有する開始オリゴヌクレオチド（２００）を、連結および同定の最初のサイクル前に、前記のようにテンプレート（２０）にアニールする。以下の形態のオリゴヌクレオチドプローブ（２０２）を使用する：
ＨＯ−（３’）ＢＢＢ．．．ＢＢＢ（５’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）ＮＨ−Ｂｔ ＊
ここで、ＢＢＢ．．．ＢＢＢはオリゴヌクレオチドプローブ（２０２）のヌクレオチドの配列を表し、Ｂｔ ＊はホスホルアミデート基、または光切断結合のような、他の不安定結合を介してオリゴヌクレオチドの５’炭素に連結した標識された鎖終結部分である。Ｂｔ ＊の性質は広く変化し得る。それは連続的連結を防止する限り、標識されたヌクレオシド（例えば、５’Ｐ３’Ｎホスホルアミデートを介してカップリングしたもの）または他の部分であり得る。それは、ＡｇｒａｗａｌおよびＴａｎｇ、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９１／０８３４７号に記載されるように、単にリンカーによって結合された標識であり得る。オリゴヌクレオチドプローブの重要な特徴は、アニーリングおよび連結（２０４）の後に、標識を除去でき、例えば、Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．，９４：２９２−２９３（１９７１）；Ｌｅｔｓｉｎｇｅｒら、Ｂｉｏｃｈｅｍ．，１５：２８１０−２８１６（１９７６）；Ｇｒｙａｚｎｏｖら，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０：３４０３−３４０９（１９９２）；および同様の文献によって教示されるように、ホスホルアミデート結合を酸で処理することによって、伸長可能な末端を再生できることである。例えば、ホスホルアミデートの加水分解は、室温における４０分間のジクロロメタン中の０．８％トリフルオロ酢酸での処理によって達成され得る。このようにして、Ｂｔ ＊上の標識を介して連結したプローブをアニーリングし、連結し、そして同定した後、酸加水分解（２０６）により鎖終結部分を切断し、それによりリン結合を破壊し、連結したオリゴヌクレオチド上に５’モノホスフェートを残しておく。この工程は連続的サイクルで繰り返され得る（２０８）。この実施態様の１つの局面において、単一の開始オリゴヌクレオチドを、１つのヌクレオチドのみが各配列決定サイクルで同定されるように使用し得る。このような実施態様では、このプローブは好ましくは以下の形態を有する：
ＨＯ−（３’）Ｂ（５’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）ＮＨＢＢ．．．ＢＢＢ−Ｂｔ ＊。
このようにして、各連結および酸切断工程の後、二重鎖は１ヌクレオチドだけ伸長される。
加水分解の前に、キャップ形成工程が導入され得る。例えば、プローブ（２０２）は以下の形態を有する：
ＨＯ−（３’）ＢＢ．．．Ｂｐ＾Ｂ．．．ＢＢ（５’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）ＮＨ−Ｂｔ ＊
ここで、「ｐ＾」はホスホロチオエート、メチルホスホネートなどのようなエキソヌクレアーゼ耐性結合である。このような実施態様において、キャップ形成は、未連結伸長二重鎖を切断してエキソヌクレアーゼ耐性結合に戻すλエキソヌクレアーゼのようなエキソヌクレアーゼで伸長二重鎖を処理することによって達成され得る。次いで、伸長二重鎖の５’末端におけるこの結合の存在は、その後の連結にそれが関与することから防止する。明らかに、多くの他のキャップ形成方法、例えばアシル化、不活性オリゴヌクレオチドの連結などを使用し得る。遊離３’ヒドロキシルが関与する場合、キャップ形成は、鎖終結ヌクレオシド三リン酸、例えばジデオキシヌクレオシド三リン酸などの存在下で、ＤＮＡポリメラーゼで二重鎖を伸長させることによって達成され得る。
前記したホスホルアミデート結合は、本明細書中では「化学的に切断可能なヌクレオシド間結合」と呼ばれるヌクレオシド間結合の一般的クラスの例である。これらは、酸化性環境、還元性環境、特徴的波長の光（光不安定性結合用）などのような特徴的な化学的または物理的条件でそれらを処理することによって切断され得るヌクレオシド間結合である。本発明に従い使用され得る化学的に切断可能なヌクレオシド間結合の他の例は、Ｕｒｄｅａ第５，３８０，８３３号；Ｇｒｙａｚｎｏｖら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２１：１４０３−１４０８（１９９３）（ジスルフィド）；Ｇｒｙａｚｎｏｖら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２２：２３６６−２３６９（１９９４）（ブロモアセチル）；Ｕｒｄｅａら、国際出願ＰＣＴ／ＵＳ９１／０５２８７（光不安定性）；および同様の文献に記載されている。
本発明で使用され得るさらなる化学的に切断可能な結合は、伸長可能なヌクレオシドに化学的に変換され得る鎖終結ヌクレオチドを含む。このような化合物の例は以下の文献に記載されている：Ｃａｎａｒｄら、国際出願ＰＣＴ／ＦＲ９４／００３４５；Ａｎｓｏｒｇｅ，独国特許出願第ＤＥ ４１４１１７８ Ａ１号；Ｍｅｔｚｋｅｒら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２２：４２５９−４２６７（１９９４）；Ｃｈｅｅｓｅｍａｎ、米国特許第５，３０２，５０９号；Ｒｏｓｓら，国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９０／０６１７８号など。
開始オリゴヌクレオチドまたは伸長した二重鎖を５’→３’方向に伸長させるためのスキームが図３Ａに示される。テンプレート（２０）は、その３’末端によって固相支持体（１０）に結合させる。前記のように、これは、常法技術を用い、ビオチンまたは同様の連結部分を介して、丁度都合よく達成され得る。３’ヒドロキシル基を有する開始オリゴヌクレオチド（３００）は、連結および同定の最初のサイクル前に、前記のようにテンプレート（２０）にアニールされる。以下の形態のオリゴヌクレオチドプローブ（３０２）を使用する：
ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−（５’）ＢＢＢ．．．ＢＢＢＲＲＲＲＢｔ ＊。
ここで、ＢＢＢ．．．ＢＢＢＲＲＲＲはオリゴヌクレオチドプローブ（３０２）の２’−デオキシヌクレオチドの配列を表し、「ＲＲＲＲ」はプローブ（３０２）の４つのリボヌクレオチドの配列を表し、そしてＢｔ ＊は前記のように標識された鎖終結部分である。このような混合されたＲＮＡ−ＤＮＡオリゴヌクレオチドは通常の自動ＤＮＡ合成機を用いて容易に合成される（例えば、Ｄｕｃｋら、米国特許第５，０１１，７６９号）。ＲＮａｓｅ Ｈは、４つのリボヌクレオチドセグメントの中心において特異的にプローブを切断し（Ｈｏｇｒｅｆｅら、Ｊ．Ｂｉｏｌ．Ｃｈｅｍ．，２６５：５５６１−５５６６（１９９０））、伸長した二重鎖上に３’ヒドロキシル（３１２）を残し、これはその後の連結工程に参加し得る。このようにして、本実施態様におけるサイクルは、テンプレート（２０）にプローブ（３０２）をアニールされそして、連結（３０４）させて、伸長した二重鎖（３０６）を形成することにより進行する。Ｂｔ ＊を介する同定の後、伸長した二重鎖は、標識を切断し、伸長可能な末端を再生するために、ＲＮａｓｅ Ｈで処理される。次いで、サイクルが繰り返される（３１４）。キャップ形成（３１０）は、ＲＮａｓｅ Ｈ処理の前に、４つのジデオキシヌクレオシド三リン酸、ｄｄＡＴＰ、ｄｄＣＴＰ、ｄｄＧＴＰおよびｄｄＴＴＰの存在下、ＤＮＡポリメラーゼで未連結末端を伸長させることによって実施され得る。
図３Ｂで説明したように、同様のスキームが３’５’伸長のために使用され得る。このような実施例において、開始オリゴヌクレオチドまたは伸長した二重鎖（３３０）は、５’一リン酸を有し、オリゴヌクレオチドプローブ（３３２）は以下の形態を有する：
ＨＯ−（３’）ＢＢＢ．．．ＢＢＢＲＲＲＲＢ．．ＢＢｔ ＊。
前記のように、アニーリング、連結（３３４）、および同定（３３８）の後、伸長した二重鎖（３３６）は、この場合は伸長した二重鎖の末端で５’一リン酸（３４２）を残すＲＮａｓｅ Ｈにより、切断される。再生した伸長可能な末端を用いて、サイクルは繰り返され得る（３４４）。キャップ形成工程は、ＲＮａｓｅ Ｈ加水分解前に、未標識非ＲＮＡ含有プローブを連結することにより、またはホスファターゼでの処理による任意の残存する５’モノホスフェートを除去することのいずれかによって含まれ得る。
ヌクレオチドの同定は、連結後のポリメラーゼ伸長により達成され得る。図４に例示するように、この実施態様については、テンプレート（２０）を前記のように固相支持体（１０）に結合させ、３’ヒドロキシルを有する開始オリゴヌクレオチド（４００）を最初のサイクル前にテンプレートにアニールさせる。以下の形態を有するオリゴヌクレオチドプローブ（４０２）：
ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−（５’）ＢＢＢ．．．ＢＢＢＲＲＲＲＢ．．．Ｂ（３’）ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ
がテンプレート（２０）にアニールされ、そして連結（４０４）され、伸長した二重鎖（４０６）が形成される。同一サイクルにおいてプローブの連続的連結を防ぐ３’一リン酸がホスファターゼ（４０８）で除去され、遊離の３’ヒドロキシル（４１０）が露出される。明らかに、別のブロッキングアプローチも使用され得る。伸長した二重鎖（４０６）は、標識したジデオキシヌクレオシド三リン酸（４１２）の存在下で、核酸ポリメラーゼによってさらに伸長し、それにより、取り込まれたジデオキシヌクレオシドの標識によってテンプレート（２０）のヌクレオチドの同定が可能となる。次いで、標識されたジデオキシヌクレオチドおよびプローブ（４０２）の一部は、伸長した二重鎖（４０６）上に伸長可能な末端を再生するために、例えば、ＲＮａｓｅ Ｈ処理によって切断される（４１４）。次いで、サイクルが繰り返される（４１６）。
実施しなければならない別々のアニーリング反応の数を減少させるために、オリゴヌクレオチドプローブは、その相補的配列と完全にマッチした二重鎖が、同様の安定性または結合の自由エネルギーを有するプローブの混合物またはサブセットにグループ分けされ得る。同様の二重鎖安定性を有するオリゴヌクレオチドプローブのこのようなサブセットは、本明細書中ではオリゴヌクレオチドプローブの「ストリンジェンシークラス」といわれる。次いで、オリゴヌクレオチドプローブの混合物またはストリンジェンシークラスは、実質的に標的ポリヌクレオチドに相補的なオリゴヌクレオチドプローブのみが二重鎖を形成するような条件下で、標的ポリヌクレオチドと別々に混ぜ合わされる。すなわち、ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーは、実質的に完全に相補的なオリゴヌクレオチドプローブのみが二重鎖を形成するように選択される。次いでこれらの完全にマッチした二重鎖が、連結され、伸長した二重鎖が形成される。所与のオリゴヌクレオチドプローブ長さにつき、各ストリンジェンシークラス内のオリゴヌクレオチドプローブの数は、広く変化し得る。オリゴヌクレオチドプローブの長さおよびストリンジェンシークラスサイズの選択は、標識配列の長さ、およびそれがどのように調製されるか、ハイブリダイゼーション反応が自動化され得る程度、ハイブリダイゼーション反応のストリンジェンシーが制御され得る程度、相補的配列を有するオリゴヌクレオチドプローブの存在または不存在などのようないくつかの因子に依存する。特定の実施態様のためのストリンジェンシークラスの適切なサイズを選択する手引きは、核酸ハイブリダイゼーションおよびポリメラーゼ連鎖反応法についての一般的文献中に見い出され得る（例えば、Ｇｏｔｏｈ，Ａｄｖ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．１６：１−５２（１９８３）；Ｗｅｔｍｅｒ，Ｃｒｉｔｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ ｉｎ Ｂｉｏｃｈｅｍｉｓｔｒｙ ａｎｄ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ ２６：２２７−２５９（１９９１）；Ｂｒｅｓｌａｕｅｒら，Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ． ８３：３７４６−３７５０（１９８６）；Ｗｏｌｆら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１５：２９１１−２９２６（１９８７）；Ｉｎｎｉｓら編，ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ（Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ，１９９０）；ＭｃＧｒａｗら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，８：６７４−６７８（１９９０）など）。ストリンジェンシーは、温度、塩濃度、ホルムアミドのような特定の有機溶媒の濃度などを含むいくつかの変化するパラメーターによって制御され得る。好ましくは、用いられる種々のポリメラーゼまたはリガーゼの活性が、塩濃度または有機溶媒濃度がオリゴヌクレオチドプローブの特異的アニーリングを保証するために変えられ得る程度を制限するために、温度がストリンジェンシークラスを規定するために用いられる。
一般に、ストリンジェンシークラスが大きければ大きいほど、ハイブリダイズする混合物の複雑性が大きくなり、そして混合物におけるいずれかの特定のオリゴヌクレオチドプローブの濃度が低下する。標的ポリヌクレオチド上に相補的部位を有する、より低濃度のオリゴヌクレオチドプローブはハイブリダイズし連結されるオリゴヌクレオチドプローブの相対的公算（ｒｅｌａｔｉｖｅ ｌｉｋｅｌｉｈｏｏｄ）を低下させる。これは、今度は、感受性の低下を導く。また、ストリンジェンシークラスが大きければ大きいほど、オリゴヌクレオチドプローブと相補的配列との間に形成される二重鎖の安定性に大きな変動を有する。他方、ストリンジェンシークラスが小さければ小さいほど、１セットの全てのオリゴヌクレオチドプローブが標的ポリヌクレオチドにハイブリダイズすることを保証するために、より多数のハイブリダイゼーション反応を必要とする。
例えば、８マーのオリゴヌクレオチドプローブが使用される場合、ストリンジェンシークラスは、各々約５０から約５００の間のオリゴヌクレオチドプローブを含み得る。このようにして、数百〜数千のハイブリダイゼーション／連結反応が必要とされる。より大きなサイズのオリゴヌクレオチドプローブについては、より大きなストリンジェンシークラスが、ハイブリダイゼーション／伸長反応の数を実際的なもの（例えば、１０４〜１０５またはそれ以上）とするために必要とされる。
同一ストリンジェンシークラスのオリゴヌクレオチドプローブは、十分にランダムなオリゴヌクレオチドプローブが合成されるのと類似した様式で（例えば、Ｔｅｌｅｎｉｕｓら、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ，１３：７１８−７２５（１９９２）；Ｗｅｌｓｈら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１９：５２７５−５２７９（１９９１）；Ｇｒｏｔｈｕｅｓら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｕｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２１：１３２１−１３２２（１９９３）；Ｈａｒｔｌｅｙ，欧州特許出願９０３０４４９６．４などに開示されているように）、同時に合成され得る。差異は、各サイクルにおいて、モノマーの異なる混合物を、増殖するオリゴヌクレオチドプローブ鎖に適用することであり、ここで、混合物中の各モノマーの割合は、ストリンジェンシークラスにおけるオリゴヌクレオチドプローブの位置における各ヌクレオシドの割合によって指示される。ストリンジェンシークラスは、利用可能なアルゴリズム（例えば、Ｂｒｅｓｌａｕｅｒら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．，８３：３７４６−３７５０（１９８６）；Ｌｏｗｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，１８：１７５７−１７６１（１９９０）など）により二重鎖形成の自由エネルギーを計算することによって容易に形成される。オリゴヌクレオチドプローブは、標準的な反応条件下（例えば、標準的なバブルソート、Ｂａｓｅ，Ｃｏｍｐｕｔｅｒ Ａｌｇｏｒｉｔｈｍｓ（Ａｄｄｉｓｏｎ−Ｗｅｓｌｅｙ，Ｍｅｎｌｏ Ｐａｒｋ，１９７８））でのそれらの相補体への結合の自由エネルギーにより順序付けられる。例えば、以下のものは標準的なハイブリダイゼーション条件下での二重鎖形成の自由エネルギーによる最大安定性（頂部から底部にかけて）を有する、および二重鎖形成の自由エネルギーの最低安定性を持つ１０の６マーのリストである（自由エネルギーはＢｒｅｓｌａｕｅｒら（前出）により計算される）。
オリゴヌクレオチドプローブ
ランキング配列（５’→３’）
１ ＧＣＧＣＧＣ
２ ＣＧＣＧＣＧ
３ ＣＣＣＧＣＧ
４ ＣＧＣＣＣＧ
５ ＣＧＣＧＣＣ
６ ＣＧＣＧＧＣ
７ ＣＧＧＣＧＣ
８ ＧＣＣＧＣＧ
９ ＧＣＧＣＣＧ
１０ ＧＣＧＣＧＧ
・ ・
・ ・
・ ・
４０８７ ＴＣＡＴＡＴ
４０８８ ＴＧＡＴＡＴ
４０８９ ＣＡＴＡＴＡ
４０９０ ＴＡＴＡＴＧ
４０９１ ＡＴＣＡＴＧ
４０９２ ＡＴＧＡＴＧ
４０９３ ＣＡＴＣＡＴ
４０９４ ＣＡＴＧＡＴ
４０９５ ＣＡＴＡＴＧ
４０９６ ＡＴＡＴＡＴ
このように、もしストリンジェンシークラスが最初の１０個の６マーからなるのであれば、最初の（最も３’側の）位置についての混合物モノマーは、０：４：６：０（Ａ：Ｃ：Ｇ：Ｔ）となるであろうし、第２の位置については、それは０：６：４：０となるであろう（以下、同様）。もしストリンジェンシークラスが最後の１０個の６マーからなるならば、最初の位置についてのモノマーの混合物は１：０：４：５となるであろうし、第２の位置については、それは５：０：０：５であろう（以下、同様）。次いで、得られた混合物は、加熱溶出によって所望のストリンジェンシークラスの配列につきさらに富化され得る（例えば、Ｍｉｙａｚａｗａら、Ｊ．Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．，１１：２２３−２３７（１９６５））。
より便宜的には、数百〜数千のオリゴヌクレオチドを含むストリンジェンシークラスは、種々の並行合成アプローチによって直接的に合成され得る（例えば、Ｆｒａｎｋら、米国特許第４，６８９，４０５号；Ｍａｔｓｏｎら、Ａｎａｌ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．，２２４；１１０−１１６（１９９５）；Ｆｏｄｏｒら、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９３／０４１４５号；Ｐｅａｓｅら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．、９１：５０２２−５０２６（１９９４）；Ｓｏｕｔｈｅｒｎら、Ｊ．Ｂｉｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，３５：２１７−２２７（１９９４），Ｂｒｅｎｎａｎ、国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９４／０５８９６号など）。
いくつかの場合において、オリゴヌクレオチドプローブ−ダイマーを形成するのに感受性のサブセットまたはオリゴヌクレオチドプローブにおいて、他のオリゴヌクレオチドプローブに対する相補的配列を有する別々のサブセットのオリゴヌクレオチドプローブに配置することによって、オリゴヌクレオチドプローブのさらなるストリンジェンシークラスを形成することが所望され得る。
明らかに、当業者は、先に明示的に記載されていないが、本発明のなおさらなる実施態様を設計するために、前記の実施態様の特徴を組み合わせることができる。
また、本発明は、本発明の方法を自動的に実施するためのシステムおよび装置を含む。このようなシステムおよび装置は、ｉ）標的ポリヌクレオチドをつなぎ止めるために使用される固相支持体の性質、ｉｉ）所望の並行操作の程度、ｉｉｉ）使用される検出スキーム；ｉｖ）試薬を再使用するか捨てるかなどを含めたいくつかの設計製薬に依存して種々の形態をとり得る。一般に、装置は一連の試薬貯蔵器、好ましくは固相支持体（例えば、磁気ビーズ）に付着させた標的ポリヌクレオチドを含有する１つ以上の反応容器、１つ以上の検出ステーション、および試薬貯蔵器から反応容器へおよび反応容器から検出ステーションへ、予め決定した様式で試薬を移すためのコンピューター制御手段を含む。試薬を移し、温度を制御するためのコンピューター制御手段は、Ｈａｒｒｉｓｏｎら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，１４：８８−９７（１９９３）；Ｆｕｊｉｔａら、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ，９：５８４−５９１（１９９０）；Ｗａｄａら、Ｒｅｖ．Ｓｃｉ．Ｉｎｓｔｒｕｍ，５４：１５６９−１５７２（１９８３）などに開示されているもののような、種々の一般目的の実験室ロボットによって実行され得る。このような実験室ロボットはまた市販されている（例えば、Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓモデル８００Ｃａｔａｌｙｓｔ（Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））。
本発明の異なる実施態様を実施するために種々のキットが提供され得る。一般に、本発明のキットは、オリゴヌクレオチドプローブ、開始オリゴヌクレオチド、および検出システムを含む。キットはさらに、連結試薬および本発明の特別の実施態様を実施するための指示を含む。タンパク質リガーゼ、ＲＮａｓｅ Ｈ、核酸ポリメラーゼ、または他の酵素を使用する実施態様においては、それらの各緩衝液が含ませられ得る。いくつかの場合においては、これらの緩衝液は同一であり得る。好ましくは、キットはまた、テンプレートをつなぎ止めるための固相支持体（例えば、磁気ビーズ）を含む。１つの好ましいキットにおいて、標的ポリヌクレオチドの異なる末端ヌクレオチドに対応するプローブが、明瞭なスペクトル的に分解できる蛍光色素を保持するように、蛍光的に標識されたオリゴヌクレオチドプローブが提供される。本明細書で用いられる「スペクトル的に分解可能な」とは、その色素が、操作条件下で、それらのスペクトル特性、特に蛍光放射波長に基づいて区別され得ることを意味する。このようにして、１つまたはそれ以上の末端ヌクレオチドの同一性は異なる色彩、またはおそらくは異なる波長における強度の比率に相関する。より好ましくは、４つのこのようなプローブは、標的ポリヌクレオチド上の４つのスペクトル的に分解可能な蛍光色素と４つの可能な末端ヌクレオチドの各々の間の一対一の対応を可能とするように提供される。スペクトル的に分解可能な色素のセットは、米国特許第４，８５５，２２５号および第５，１８８，９３４号：国際出願第ＰＣＴ／ＵＳ９０／０５５６５号；およびＬｅｅら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓｅａｒｃｈ，２０：２４７１−２４８３（１９９２）に開示されている。
実施例１
４つの開始オリゴヌクレオチドを用いてｐＵＣ１９から増幅された
標的ポリヌクレオチドの配列決定
本実施例においては、結合領域およびｐＵＣ１９プラスミドの一部を含むテンプレートをＰＣＲによって増幅し、そして磁気ビーズに付着させる。４つの開始オリゴヌクレオチドを、下記のように別々の反応で使用する。以下の式に示すように、４つの中央リボヌクレオチドならびに、両５’および３’一リン酸を有する８マーのオリゴヌクレオチドプローブを使用する：
ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−（５’）ＢＢＲＲＲＲＢＢ（３’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ。
アニーリングの後、プローブを開始オリゴヌクレオチドに酵素的に連結し、磁気ビーズ支持体を洗浄する。連結したプローブの３’リン酸をホスファターゼで除去し、その後、４つの標識したジデオキシヌクレオシド三リン酸鎖終結剤の存在下で、プローブをＤＮＡポリメラーゼで伸長させる。伸長したヌクレオチドの洗浄および同定の後、連結されたプローブをＲＮａｓｅ Ｈでリボヌクレオチド部分で切断して標識を除去し、そして伸長可能な末端を再生する。
３６マーの結合領域を含む以下の二本鎖のフラグメントをＳａｃＩ／ＸｍａＩ消化したｐＵＣ１９に連結する：
ＣＣＴＣＴＣＣＣＴＴＣＣＣＴＣＴＣＣＴＣＣＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＴＣＣＣＴＣ
ＴＣＧＡＧＧＡＧＡＧＧＧＡＡＧＧＧＡＧＡＧＧＡＧＧＧＡＧＡＧＧＧＧＡＧＡＧＧＧＡＧＧＧＣＣ。
単離および増幅の後、改変されたｐＵＣ１９の４０２塩基対フラグメントを、テンプレートとして使用するために、ＰＣＲによって増幅する。該フラグメントは、４１位からポリリンカー領域中のＳａｃＩ部位に隣接して挿入された結合領域（未改変ｐＵＣ１９の４１３位）のｐＵＣ１９の領域にわたる（Ｙａｎｉｓｃｈ−Ｐｅｒｒｏｎら、Ｇｅｎｅ，３３：１０３−１１９（１９８５））。配列５’−ＣＣＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＴＣＣＣＴＣｘ−３’および５’−ＧＣＡＧＣＴＣＣＣＧＧＡＧＡＣＧＧＴ−３’（ここで「ｘ」は製造業者のプロトコル付きの市販されている試薬（例えば、３’ビオチン−ＯＮ ＣＰＧ（Ｃｌｏｎｅｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ））を用い、合成の間に付着される３’ビオチン部分である）を有する２つの１８マーのオリゴヌクレオチドプローブを使用する。増幅されたテンプレートを単離し、Ｍ２８０−ストレプトアビジン（Ｄｙｎａｌ，Ｉｎｃ．，Ｇｒｅａｔ Ｎｅｃｋ，Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ）とともに、製造業者のプロトコル（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ Ｔｅｍｐｌａｔｅ Ｐｒｅｐａｒａｔｉｏｎ Ｋｉｔ）を用い、ストレプトアビジン被覆磁気ビーズ（Ｄｙｎａｂｅａｄｓ）に付着させる。約３００ｇのＤｙｎａｂｅａｄｓ Ｍ２８０−ストレプトアビジンをロードするために十分な量のビオチニル化３１３塩基対フラグメントを提供する。
開始オリゴヌクレオチドとで形成される二重鎖が、二重鎖安定性を増強させるために、約６６％ＧＣの組成を有するように、結合領域配列を選択する。また、二次構造形成および結合領域内の１以上の位置への開始オリゴヌクレオチドの偶発的ハイブリダイゼーションを防ぐように配列を選択する。結合領域内の所与の開始オリゴヌクレオチドの位置のあらゆるシフティングも、有意数のミスマッチ塩基を生じる。
ローディングの後、テンプレートの非ビオチニル化ストランドを加熱変性によって除去し、その後、磁気ビーズを洗浄し、そして４つのアリコートに分ける。磁気ビーズに付着させたテンプレートは以下の配列を有する：
（磁気ビーズ）−（リンカー）−（３’）−ＣＴＣＣＣＴＣＴＣＣＣＣＴＣＴＣＣＣＴＣＣＴＣ−ＴＣＣＣＴＴＣＣＴＣＴＣＣＴＣＧＡＧＣＴＴＡＡＧＴ．．．ＣＴＣＧＡＣＧ−（５’）。
以下の４つのオリゴヌクレオチドを、テンプレートの別々のアリコートの各々における開始オリゴヌクレオチドとして使用する：
５’−ＧＡＧＧＡＧＡＧＧＧＡＡＧＧＡＧＡＧＧＡＧ
５’−ＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＧＡＡＧＧＡＧＡＧＧＡ
５’−ＧＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＧＡＡＧＧＡＧＡＧＧ
５’−ＡＧＧＧＡＧＧＡＧＡＧＧＧＡＡＧＧＡＧＡＧ。
以下の反応および洗浄は、一般に、特記しない限り、使用する酵素のための５０Ｌ容量の製造業者（Ｎｅｗ Ｅｎｇｌａｎｄ Ｂｉｏｌａｂｓ）の推奨する緩衝液中で実施する。また、標準的な緩衝液はＳａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，第２版（Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｐｒｅｓｓ，１９８９）に記載されている。
４つのアリコートの各々用の８マーのプローブ全てを一緒に含む、９６ストリンジェンシークラスの６８４または６８２オリゴヌクレオチドプローブ各々（４８の異なるアニーリング温度の各々のための２のサブセット）を形成する。９６のクラスの各々のプローブを、同一成分を有する反応混合物中の標的オリゴヌクレオチドに別々にアニールするが、３７℃未満の温度でＳｅｑｕｅｎａｓｅおよびＴ４ ＤＮＡリガーゼで行った伸長および連結、およびＴａｑ Ｓｔｏｆｆｅｌフラグメントおよび他の熱安定性リガーゼで行った伸長および連結は例外である。
４８のストリンジェンシー条件は、同一温度のサブセットの各グループが、次の最高および次の最低ストリンジェンシークラスを含むサブセットグループのそれと１℃だけアニーリング温度が異なるように、２２℃〜７０℃の範囲のアニーリング温度によって規定される。アニーリング温度の範囲（２２〜７０℃）は、各々、最も不安定なおよび最も安定な８マーが、標準的なＰＣＲ緩衝溶液中で、約５０パーセント最大アニーリングを有することが予想される温度より５〜１０℃低いの温度によっておおよそ境界を決める。
８０℃における５〜１０分間のインキュベーションの後、反応混合物を２０〜３０分間にかけて、それらの各アニーリング温度にもってゆく。連結、洗浄、およびホスファターゼでの処理の後、２単位のポリメラーゼおよび標識ジデオキシヌクレオチド三リン酸（０．０８ｍＭ最終反応濃度、およびＴＡＭＲＡ（テトラメチルローダミン）、ＦＡＭ（フルオレセイン）、ＲＯＸ（ローダミンＸ）、およびＪＯＥ（２’，７’−ジメトキシ−４’，５’−ジクロロフルオレセイン）で標識）を添加する。１５分後、ビーズをＨ２Ｏで洗浄し、そして各反応混合物を標準的な波長（例えば、Ｕｓｅｒｓ Ｍａｎｕａｌ，モデル３７３ＤＮＡシーケンサー（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，ＣＡ））を用いて照射することにより伸長したヌクレオチドの同一性を決定する。
同定後、反応混合物を製造業者の推奨のプロトコルを用いＲＮａｓｅ Ｈで処理し、そして洗浄する。ＲＮａｓｅ Ｈ処理した伸長二重鎖は、再生された３’ヒドロキシルを有し、次の連結／伸長／切断のサイクルの準備ができている。試験配列の全てのヌクレオチドが同定されるまでサイクルを実施する。
実施例２
ある開始オリゴヌクレオチドを用いるｐＵＣ１９から増幅された標的ポリヌクレオチドの配列決定
この実施例において伸長は５’→３’方向であるので、ビオチン部分を結合領域のＣＴリッチストランドにハイブリダイズするプライマーの５’末端に付着させる以外は、本実施例では、実施例１に従ってテンプレートを調製する。このようにして、本実施例では、一本鎖テンプレートの結合領域はＧＡリッチなセグメントである（本質的には、実施例１の結合領域の相補体）。配列５’−ｘＧＡＧＧＧＡＧＡＧＧＧＧＡＧＡＧＧＧ−３’および５’−ＡＣＣＧＴＣＴＣＣＧＧＧＡＧＣＴＧＣ−３’（ここで「ｘ」は製造業者のプロトコル付きの市販されている試薬（例えば、Ａｍｉｎｏｌｉｎｋアミノアルキルホスホルアミダイト連結剤（Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍｓ，Ｆｏｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）およびＣｌｏｎｔｅｃｈ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ（Ｐａｌｏ Ａｌｔｏ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ）から入手可能なビオチン−Ｘ−ＮＨＳエステル）を用い、合成の間に付着される５’ビオチン部分である）を有する２つの１８マーのオリゴヌクレオチドプローブを使用する。
以下の配列を有する単一の１２マーの開始オリゴヌクレオチドを使用する：
５’−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）Ｏ−ＣＣＴＣＴＣＣＣＴＴＣＣＣＴＣＴＣＣＴＣＣ−３’。
以下の式に示される、プローブの最も３’側と３’側から２番目のヌクレオシドとの間に酸不安定ホスホルアミデート結合を有する６マーのオリゴヌクレオチドプローブを使用する：
ＨＯ−（３’）Ｂ（５’）−ＯＰ（＝Ｏ）（Ｏ−）ＮＨ−（３’）ＢＢＢＢＢｔ ＊
ここで、標識は最も３’側の同一性に対応するように（従って、１６の異なる標識ジデオキシヌクレオシドをプローブの合成に使用する）、Ｂｔ ＊はＪＯＥ−、ＦＡＭ−、ＴＡＭＲＡ−、またはＲＯＸ−標識ジデオキシヌクレオシドである。
前記のように、６マーのプローブを、各々４２または４３プローブを含む、９６ストリンジェンシークラス（４８の異なるアニーリング温度の各々につき２つのサブセット）に調製する。ハイブリダイゼーションおよび連結は、前記のように行う。連結および洗浄の後、オリゴヌクレオチドプローブの蛍光シグナルによって標的ポリヌクレオチド中のヌクレオシドを同定する。次いで、室温にてジクロロメタン中の０．８％トリフルオロ酢酸で、伸長した二重鎖を４０分間処理することによって、酸切断を行い、伸長した二重鎖上で伸長可能な末端を再生する。標的ポリヌクレオチドの配列が決定されるまで該プロセスを継続する。

Claims (16)

  1. ポリヌクレオチドのヌクレオチド配列を決定する方法であって、以下の工程：
    （ａ）既知配列を有する結合領域及び未知配列を有する標的領域を含む第一のテンプレートポリヌクレオチドを提供する工程；
    （ｂ）テンプレートに沿ったテンプレート依存方法で複数の開始オリゴヌクレオチドを伸長する工程であって、特定の開始オリゴヌクレオチドの伸長方法は、
    工程（ａ）で提供される第一のテンプレートポリヌクレオチドと開始オリゴヌクレオチドの配列を含む第二のポリヌクレオチドとの間に二重鎖を形成する工程であって、開始オリゴヌクレオチドは第一のテンプレートポリヌクレオチドの結合領域の一部とハイブリダイズする工程
    異なる配列を有する複数の異なるオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程
    異なるオリゴヌクレオチドプローブの一つを第二のポリヌクレオチドに連結することにより、第二のポリヌクレオチドを伸長し、より長い第二のポリヌクレオチドを作り出す工程であって、連結されたオリゴヌクレオチドプローブは第一のテンプレートポリヌクレオチドの配列に依存し、連結されたオリゴヌクレオチドプローブは提供されるオリゴヌクレオチドプローブ中の別のオリゴヌクレオチドプローブとはさらに連結される能力を有しない、工程
    第二のポリヌクレオチドの伸長において連結されたオリゴヌクレオチドプローブに会合した標識を検出する工程であって、標識は連結されたオリゴヌクレオチドプローブの塩基に対応するが、連結されるオリゴヌクレオチドプローブの全配列には対応しない、工程
    を含む工程；および
    （ｃ）複数の開始オリゴヌクレオチドの伸長の検出の組み合わせに基づいて、未知配列の塩基の連続する配列を決定する工程；
    を備える、方法。
  2. 提供されるオリゴヌクレオチドプローブのうち少なくともいくつかは、少なくとも一つのデオキシイノシン塩基を含む、請求項１に記載の方法。
  3. 提供されるオリゴヌクレオチドプローブは８ヌクレオチド、９ヌクレオチド及び１２ヌクレオチドから選択される所定の長さである、請求項１または２に記載の方法。
  4. 連結したオリゴヌクレオチドプローブが連結した末端とは反対側の連結したプローブの末端ヌクレオチドに、標識が結合している、請求項１〜３のいずれか一項に記載の方法。
  5. 第一のポリヌクレオチドを増幅して、工程（ｂ）で使用する第一のポリヌクレオチドを作製する工程をさらに含む、請求項１〜４のいずれか一項に記載の方法。
  6. 増幅した第一のポリヌクレオチドは、ビーズに担持された提供された第一のポリヌクレオチドの複数のコピーを有する、請求項５に記載の方法。
  7. 複数の異なる第一のポリヌクレオチドの伸長及び同定工程を並行して複数サイクル行うことに基づいて、異なるポリヌクレオチドの異なる未知配列の塩基の連続する配列を決定する工程をさらに備える、請求項１〜６のいずれか一項に記載の方法。
  8. 複数の異なる第一のポリヌクレオチドは、お互いに共通の結合領域における既知配列を有する、請求項７に記載の方法。
  9. 異なる第一のポリヌクレオチドは、固相支持体に結合している、請求項７又は８に記載の方法。
  10. 配列決定されるポリヌクレオチドにおける各ヌクレオシドの順序を決定することをさらに含む、請求項１〜９のいずれか一項に記載の方法。
  11. 開始オリゴヌクレオチドは、少なくとも２０塩基の長さであり、かつ、結合領域は少なくとも２０塩基の長さである、請求項１〜１０のいずれか一項に記載の方法。
  12. 第二のポリヌクレオチドの少なくともいくつかについて、第二のポリヌクレオチドはオリゴヌクレオチドプローブを開始オリゴヌクレオチドに連結することにより形成され、オリゴヌクレオチドプローブはさらなる伸長ができず、オリゴヌクレオチドプローブ上の伸長可能な末端を再生して、工程（ｂ）で提供されるプローブによってさらなる伸長が可能な伸長した二重鎖を形成する、請求項１〜１１のいずれか一項に記載の方法。
  13. 複数の開始オリゴヌクレオチドは同一の配列を有する、請求項１〜１２のいずれか一項に記載の方法。
  14. 開始オリゴヌクレオチドは、３’から５’方向又は５’から３’方向のいずれかに伸長され得る、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  15. 第二のポリヌクレオチドを伸長する工程は、第二のポリヌクレオチドを５’から３’の方向に伸長することを含む、請求項１〜１３のいずれか一項に記載の方法。
  16. 異なる配列を有する複数の異なるオリゴヌクレオチドプローブを提供する工程は、５０−２５０の異なる配列のオリゴヌクレオチドプローブを同時に提供することを含む、請求項１〜１５のいずれかに記載の方法。
JP2010257918A 1995-04-17 2010-11-18 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定 Pending JP2011092191A (ja)

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US08/424,663 US5750341A (en) 1995-04-17 1995-04-17 DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2007185093A Division JP2007282639A (ja) 1995-04-17 2007-07-13 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2011092191A true JP2011092191A (ja) 2011-05-12

Family

ID=23683421

Family Applications (5)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP53184896A Expired - Lifetime JP4546582B2 (ja) 1995-04-17 1996-04-16 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2007185093A Pending JP2007282639A (ja) 1995-04-17 2007-07-13 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2007333327A Pending JP2008086328A (ja) 1995-04-17 2007-12-25 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2010257927A Expired - Lifetime JP5279800B2 (ja) 1995-04-17 2010-11-18 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2010257918A Pending JP2011092191A (ja) 1995-04-17 2010-11-18 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定

Family Applications Before (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP53184896A Expired - Lifetime JP4546582B2 (ja) 1995-04-17 1996-04-16 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2007185093A Pending JP2007282639A (ja) 1995-04-17 2007-07-13 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2007333327A Pending JP2008086328A (ja) 1995-04-17 2007-12-25 平行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP2010257927A Expired - Lifetime JP5279800B2 (ja) 1995-04-17 2010-11-18 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定

Country Status (8)

Country Link
US (3) US5750341A (ja)
EP (5) EP2433950A1 (ja)
JP (5) JP4546582B2 (ja)
AU (1) AU718937B2 (ja)
CA (1) CA2218017C (ja)
DE (1) DE10184524T1 (ja)
DK (1) DK2298787T3 (ja)
WO (1) WO1996033205A1 (ja)

Families Citing this family (654)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US6401267B1 (en) * 1993-09-27 2002-06-11 Radoje Drmanac Methods and compositions for efficient nucleic acid sequencing
USRE43097E1 (en) 1994-10-13 2012-01-10 Illumina, Inc. Massively parallel signature sequencing by ligation of encoded adaptors
US8236493B2 (en) * 1994-10-21 2012-08-07 Affymetrix, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US6974666B1 (en) * 1994-10-21 2005-12-13 Appymetric, Inc. Methods of enzymatic discrimination enhancement and surface-bound double-stranded DNA
US5750341A (en) * 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO1998031831A1 (en) * 1997-01-15 1998-07-23 Brax Group Limited Nucleic acid sequencing
US6117634A (en) * 1997-03-05 2000-09-12 The Reagents Of The University Of Michigan Nucleic acid sequencing and mapping
US6197557B1 (en) 1997-03-05 2001-03-06 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for analysis of nucleic acids
ATE545710T1 (de) 1997-04-01 2012-03-15 Illumina Cambridge Ltd Verfahren zur vervielfältigung von nukleinsäuren
CA2291180A1 (en) 1997-05-23 1998-11-26 Lynx Therapeutics, Inc. System and apparatus for sequential processing of analytes
CA2295955A1 (en) * 1997-07-11 1999-01-21 Brax Group Limited Characterising nucleic acids
US7875440B2 (en) 1998-05-01 2011-01-25 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
US6780591B2 (en) 1998-05-01 2004-08-24 Arizona Board Of Regents Method of determining the nucleotide sequence of oligonucleotides and DNA molecules
DE59901131D1 (de) * 1998-06-22 2002-05-08 Larova Biochemie Gmbh Herstellung von polymeren aus nukleotidischen und/oder nicht-nukleotidischen bausteinen auf enzymatischem weg
EP2045334A1 (en) 1998-06-24 2009-04-08 Illumina, Inc. Decoding of array sensors with microspheres
US5998175A (en) * 1998-07-24 1999-12-07 Lumigen, Inc. Methods of synthesizing and amplifying polynucleotides by ligation of multiple oligomers
US7270958B2 (en) * 1998-09-10 2007-09-18 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for analysis of nucleic acids
EP1190100B1 (en) * 1999-05-20 2012-07-25 Illumina, Inc. Combinatorial decoding of random nucleic acid arrays
US20020025519A1 (en) * 1999-06-17 2002-02-28 David J. Wright Methods and oligonucleotides for detecting nucleic acid sequence variations
US6818395B1 (en) 1999-06-28 2004-11-16 California Institute Of Technology Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences
US7244559B2 (en) * 1999-09-16 2007-07-17 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US7211390B2 (en) * 1999-09-16 2007-05-01 454 Life Sciences Corporation Method of sequencing a nucleic acid
US6653080B2 (en) * 2000-03-22 2003-11-25 Quantum Dot Corporation Loop probe hybridization assay for polynucleotide analysis
CA2440754A1 (en) 2001-03-12 2002-09-19 Stephen Quake Methods and apparatus for analyzing polynucleotide sequences by asynchronous base extension
US7138506B2 (en) * 2001-05-09 2006-11-21 Genetic Id, Na, Inc. Universal microarray system
US20050260570A1 (en) * 2001-05-29 2005-11-24 Mao Jen-I Sequencing by proxy
US20030096268A1 (en) * 2001-07-06 2003-05-22 Michael Weiner Method for isolation of independent, parallel chemical micro-reactions using a porous filter
US20030054396A1 (en) * 2001-09-07 2003-03-20 Weiner Michael P. Enzymatic light amplification
US20050124022A1 (en) * 2001-10-30 2005-06-09 Maithreyan Srinivasan Novel sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6902921B2 (en) 2001-10-30 2005-06-07 454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US6956114B2 (en) 2001-10-30 2005-10-18 '454 Corporation Sulfurylase-luciferase fusion proteins and thermostable sulfurylase
US20030170700A1 (en) * 2002-01-09 2003-09-11 Lynx Therapeutics, Inc. Secreted and cell surface polypeptides affected by cholesterol and uses thereof
US20030166026A1 (en) * 2002-01-09 2003-09-04 Lynx Therapeutics, Inc. Identification of specific biomarkers for breast cancer cells
US20030180764A1 (en) * 2002-01-09 2003-09-25 Lynx Therapeutics, Inc. Genes affected by cholesterol treatment and during adipogenesis
EP1523554A2 (en) * 2002-06-12 2005-04-20 Riken Method of utilizing the 5' end of transcribed nucleic acid regions for cloning and analysis
WO2005003375A2 (en) * 2003-01-29 2005-01-13 454 Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
US7575865B2 (en) * 2003-01-29 2009-08-18 454 Life Sciences Corporation Methods of amplifying and sequencing nucleic acids
CN103396933B (zh) * 2003-02-26 2016-04-20 凯利达基因组股份有限公司 通过杂交进行的随机阵列dna分析
US8206913B1 (en) 2003-03-07 2012-06-26 Rubicon Genomics, Inc. Amplification and analysis of whole genome and whole transcriptome libraries generated by a DNA polymerization process
EP1604040B1 (en) * 2003-03-07 2010-10-13 Rubicon Genomics, Inc. Amplification and analysis of whole genome and whole transcriptome libraries generated by a dna polymerization process
EP2532745B1 (en) 2003-07-05 2015-09-09 The Johns Hopkins University Method and Compositions for Detection and Enumeration of Genetic Variations
GB0324456D0 (en) * 2003-10-20 2003-11-19 Isis Innovation Parallel DNA sequencing methods
US7169560B2 (en) 2003-11-12 2007-01-30 Helicos Biosciences Corporation Short cycle methods for sequencing polynucleotides
EP2248911A1 (en) 2004-02-19 2010-11-10 Helicos Biosciences Corporation Methods and kits for analyzing polynucleotide sequences
CA2557841A1 (en) * 2004-02-27 2005-09-09 President And Fellows Of Harvard College Polony fluorescent in situ sequencing beads
US7635562B2 (en) 2004-05-25 2009-12-22 Helicos Biosciences Corporation Methods and devices for nucleic acid sequence determination
US7476734B2 (en) 2005-12-06 2009-01-13 Helicos Biosciences Corporation Nucleotide analogs
US20060030037A1 (en) 2004-05-28 2006-02-09 Victor Joseph Thermo-controllable high-density chips for multiplex analyses
WO2006073504A2 (en) * 2004-08-04 2006-07-13 President And Fellows Of Harvard College Wobble sequencing
GB0422551D0 (en) * 2004-10-11 2004-11-10 Univ Liverpool Labelling and sequencing of nucleic acids
US7220549B2 (en) 2004-12-30 2007-05-22 Helicos Biosciences Corporation Stabilizing a nucleic acid for nucleic acid sequencing
US7482120B2 (en) 2005-01-28 2009-01-27 Helicos Biosciences Corporation Methods and compositions for improving fidelity in a nucleic acid synthesis reaction
WO2006084132A2 (en) * 2005-02-01 2006-08-10 Agencourt Bioscience Corp. Reagents, methods, and libraries for bead-based squencing
EP2233583A1 (en) * 2005-02-01 2010-09-29 AB Advanced Genetic Analysis Corporation Nucleic acid sequencing by performing successive cycles of duplex extension
WO2006138257A2 (en) 2005-06-15 2006-12-28 Callida Genomics, Inc. Single molecule arrays for genetic and chemical analysis
US7666593B2 (en) 2005-08-26 2010-02-23 Helicos Biosciences Corporation Single molecule sequencing of captured nucleic acids
US7960104B2 (en) 2005-10-07 2011-06-14 Callida Genomics, Inc. Self-assembled single molecule arrays and uses thereof
GB0524069D0 (en) 2005-11-25 2006-01-04 Solexa Ltd Preparation of templates for solid phase amplification
US20090305248A1 (en) * 2005-12-15 2009-12-10 Lander Eric G Methods for increasing accuracy of nucleic acid sequencing
US20070168197A1 (en) * 2006-01-18 2007-07-19 Nokia Corporation Audio coding
CN101432439B (zh) * 2006-02-24 2013-07-24 考利达基因组股份有限公司 Dna阵列上的高通量基因组测序
SG10201405158QA (en) 2006-02-24 2014-10-30 Callida Genomics Inc High throughput genome sequencing on dna arrays
US7397546B2 (en) * 2006-03-08 2008-07-08 Helicos Biosciences Corporation Systems and methods for reducing detected intensity non-uniformity in a laser beam
US20080309926A1 (en) * 2006-03-08 2008-12-18 Aaron Weber Systems and methods for reducing detected intensity non uniformity in a laser beam
AU2007237909A1 (en) * 2006-04-19 2007-10-25 Applied Biosystems, Llc. Reagents, methods, and libraries for gel-free bead-based sequencing
EP2032686B1 (en) 2006-06-23 2022-01-12 Illumina, Inc. System and method for creation of dna cluster arrays
US20080241836A1 (en) * 2006-08-07 2008-10-02 Gafur Zainiev Process for self-assembly of structures in a liquid
ATE544869T1 (de) * 2006-08-30 2012-02-15 Bioventures Inc Verfahren und substanzen zur isolierung und erkennung kleiner polynukleotide
US7754429B2 (en) 2006-10-06 2010-07-13 Illumina Cambridge Limited Method for pair-wise sequencing a plurity of target polynucleotides
EP2076609A1 (en) 2006-10-10 2009-07-08 Illumina Inc. Compositions and methods for representational selection of nucleic acids fro complex mixtures using hybridization
US7910302B2 (en) 2006-10-27 2011-03-22 Complete Genomics, Inc. Efficient arrays of amplified polynucleotides
US20090075343A1 (en) * 2006-11-09 2009-03-19 Complete Genomics, Inc. Selection of dna adaptor orientation by nicking
US20080242560A1 (en) * 2006-11-21 2008-10-02 Gunderson Kevin L Methods for generating amplified nucleic acid arrays
US7881933B2 (en) * 2007-03-23 2011-02-01 Verizon Patent And Licensing Inc. Age determination using speech
WO2008151127A1 (en) * 2007-06-04 2008-12-11 President And Fellows Of Harvard College Compounds and methods for chemical ligation
US20090099027A1 (en) * 2007-08-23 2009-04-16 Applied Biosystems Inc. Methods of Modifying Support Surfaces for the Immobilization of Particles and the Use of the Immobilized Particles for Analyzing Nucleic Acids
US8759077B2 (en) * 2007-08-28 2014-06-24 Lightspeed Genomics, Inc. Apparatus for selective excitation of microparticles
US8222040B2 (en) * 2007-08-28 2012-07-17 Lightspeed Genomics, Inc. Nucleic acid sequencing by selective excitation of microparticles
JP2010537643A (ja) 2007-08-29 2010-12-09 アプライド バイオシステムズ， エルエルシー 代替的な核酸配列決定法
JP2010539982A (ja) * 2007-10-01 2010-12-24 アプライド バイオシステムズ， エルエルシー チェイスライゲーション配列決定法
US8951731B2 (en) 2007-10-15 2015-02-10 Complete Genomics, Inc. Sequence analysis using decorated nucleic acids
US7767441B2 (en) * 2007-10-25 2010-08-03 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
US7811810B2 (en) 2007-10-25 2010-10-12 Industrial Technology Research Institute Bioassay system including optical detection apparatuses, and method for detecting biomolecules
US8617811B2 (en) 2008-01-28 2013-12-31 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for efficient base calling in sequencing reactions
US8415099B2 (en) 2007-11-05 2013-04-09 Complete Genomics, Inc. Efficient base determination in sequencing reactions
US8518640B2 (en) 2007-10-29 2013-08-27 Complete Genomics, Inc. Nucleic acid sequencing and process
US7897344B2 (en) 2007-11-06 2011-03-01 Complete Genomics, Inc. Methods and oligonucleotide designs for insertion of multiple adaptors into library constructs
WO2009059022A1 (en) 2007-10-30 2009-05-07 Complete Genomics, Inc. Apparatus for high throughput sequencing of nucleic acids
WO2009061840A1 (en) 2007-11-05 2009-05-14 Complete Genomics, Inc. Methods and oligonucleotide designs for insertion of multiple adaptors employing selective methylation
WO2009067632A1 (en) * 2007-11-20 2009-05-28 Applied Biosystems Inc. Method of sequencing nucleic acids using elaborated nucleotide phosphorothiolate compounds
WO2009067628A1 (en) * 2007-11-20 2009-05-28 Applied Biosystems Inc. Reversible di-nucleotide terminator sequencing
WO2009073629A2 (en) 2007-11-29 2009-06-11 Complete Genomics, Inc. Efficient shotgun sequencing methods
US9551026B2 (en) 2007-12-03 2017-01-24 Complete Genomincs, Inc. Method for nucleic acid detection using voltage enhancement
EP2610351B1 (en) 2007-12-05 2015-07-08 Complete Genomics, Inc. Efficient base determination in sequencing reactions
US8592150B2 (en) 2007-12-05 2013-11-26 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for long fragment read sequencing
US8852864B2 (en) 2008-01-17 2014-10-07 Sequenom Inc. Methods and compositions for the analysis of nucleic acids
US20090270273A1 (en) * 2008-04-21 2009-10-29 Complete Genomics, Inc. Array structures for nucleic acid detection
US9434988B2 (en) 2008-04-30 2016-09-06 Integrated Dna Technologies, Inc. RNase H-based assays utilizing modified RNA monomers
WO2009135093A2 (en) 2008-04-30 2009-11-05 Integrated Dna Technologies, Inc. Rnase-h-based assays utilizing modified rna monomers
US8911948B2 (en) * 2008-04-30 2014-12-16 Integrated Dna Technologies, Inc. RNase H-based assays utilizing modified RNA monomers
US8039817B2 (en) 2008-05-05 2011-10-18 Illumina, Inc. Compensator for multiple surface imaging
US20110105356A1 (en) * 2008-05-07 2011-05-05 Derosier Chad F Compositions and methods for providing substances to and from an array
US20110160080A1 (en) 2008-05-14 2011-06-30 Chang Sherman H Diagnosis of Melanoma and Solar Lentigo by Nucleic Acid Analysis
US8198028B2 (en) 2008-07-02 2012-06-12 Illumina Cambridge Limited Using populations of beads for the fabrication of arrays on surfaces
WO2010003153A2 (en) * 2008-07-03 2010-01-07 Life Technologies Corporation Methylation analysis of mate pairs
US8173198B2 (en) * 2008-07-23 2012-05-08 Life Technologies Corporation Deposition of metal oxides onto surfaces as an immobilization vehicle for carboxylated or phophated particles or polymers
US8530156B2 (en) * 2008-08-08 2013-09-10 President And Fellows Of Harvard College Chemically cleavable phosphoramidite linkers for sequencing by ligation
WO2010028288A2 (en) 2008-09-05 2010-03-11 Aueon, Inc. Methods for stratifying and annotating cancer drug treatment options
US8383345B2 (en) 2008-09-12 2013-02-26 University Of Washington Sequence tag directed subassembly of short sequencing reads into long sequencing reads
US8921046B2 (en) 2008-09-19 2014-12-30 Pacific Biosciences Of California, Inc. Nucleic acid sequence analysis
US8481264B2 (en) * 2008-09-19 2013-07-09 Pacific Biosciences Of California, Inc. Immobilized nucleic acid complexes for sequence analysis
US8728764B2 (en) 2008-10-02 2014-05-20 Illumina Cambridge Limited Nucleic acid sample enrichment for sequencing applications
US8541207B2 (en) 2008-10-22 2013-09-24 Illumina, Inc. Preservation of information related to genomic DNA methylation
WO2010062775A2 (en) 2008-11-03 2010-06-03 The Regents Of The University Of California Methods for detecting modification resistant nucleic acids
WO2010068702A2 (en) * 2008-12-10 2010-06-17 Illumina, Inc. Methods and compositions for hybridizing nucleic acids
WO2010075188A2 (en) 2008-12-23 2010-07-01 Illumina Inc. Multibase delivery for long reads in sequencing by synthesis protocols
WO2010085498A1 (en) * 2009-01-20 2010-07-29 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Single cell gene expression for diagnosis, prognosis and identification of drug targets
WO2010091024A1 (en) * 2009-02-03 2010-08-12 Complete Genomics, Inc. Oligomer sequences mapping
WO2010091021A2 (en) * 2009-02-03 2010-08-12 Complete Genomics, Inc. Oligomer sequences mapping
EP2393944A4 (en) * 2009-02-03 2013-11-27 Complete Genomics Inc INDEXING A REFERENCE SEQUENCE FOR OLIGOMER SEQUENCE MAPPING
US9778188B2 (en) 2009-03-11 2017-10-03 Industrial Technology Research Institute Apparatus and method for detection and discrimination molecular object
WO2010127045A2 (en) 2009-04-29 2010-11-04 Complete Genomics, Inc. Method and system for calling variations in a sample polynucleotide sequence with respect to a reference polynucleotide sequence
GB0907372D0 (en) 2009-04-29 2009-06-10 Invitrogen Dynal As Particles
CA2760439A1 (en) 2009-04-30 2010-11-04 Good Start Genetics, Inc. Methods and compositions for evaluating genetic markers
US20100279882A1 (en) * 2009-05-01 2010-11-04 Mostafa Ronaghi Sequencing methods
EP2443236B1 (en) 2009-06-15 2015-05-13 Complete Genomics, Inc. Methods and compositions for long fragment read sequencing
US9524369B2 (en) 2009-06-15 2016-12-20 Complete Genomics, Inc. Processing and analysis of complex nucleic acid sequence data
WO2011011175A2 (en) * 2009-07-24 2011-01-27 Illumina, Inc. Method for sequencing a polynucleotide template
CN102712950B (zh) 2009-07-29 2015-05-20 皮罗比特私人有限公司 用于实施测定法的方法和装置
HUE030765T2 (en) 2009-08-25 2017-05-29 Illumina Inc A method for selecting and amplifying polynucleotides
US8975019B2 (en) * 2009-10-19 2015-03-10 University Of Massachusetts Deducing exon connectivity by RNA-templated DNA ligation/sequencing
WO2011060014A1 (en) * 2009-11-13 2011-05-19 Integrated Dna Technologies, Inc. Small rna detection assays
US9482615B2 (en) 2010-03-15 2016-11-01 Industrial Technology Research Institute Single-molecule detection system and methods
US8502867B2 (en) 2010-03-19 2013-08-06 Lightspeed Genomics, Inc. Synthetic aperture optics imaging method using minimum selective excitation patterns
US9465228B2 (en) 2010-03-19 2016-10-11 Optical Biosystems, Inc. Illumination apparatus optimized for synthetic aperture optics imaging using minimum selective excitation patterns
WO2011123246A2 (en) 2010-04-01 2011-10-06 Illumina, Inc. Solid-phase clonal amplification and related methods
CN102834526B (zh) 2010-04-05 2015-12-02 普罗格诺西斯生物科学公司 空间编码的生物学测定
US10787701B2 (en) 2010-04-05 2020-09-29 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays
US20190300945A1 (en) 2010-04-05 2019-10-03 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially Encoded Biological Assays
US9234240B2 (en) 2010-05-07 2016-01-12 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Measurement and comparison of immune diversity by high-throughput sequencing
US9670243B2 (en) 2010-06-02 2017-06-06 Industrial Technology Research Institute Compositions and methods for sequencing nucleic acids
US8865078B2 (en) 2010-06-11 2014-10-21 Industrial Technology Research Institute Apparatus for single-molecule detection
US8865077B2 (en) 2010-06-11 2014-10-21 Industrial Technology Research Institute Apparatus for single-molecule detection
EP2580353B1 (en) 2010-06-11 2015-07-29 Life Technologies Corporation Alternative nucleotide flows in sequencing-by-synthesis methods
US9029103B2 (en) 2010-08-27 2015-05-12 Illumina Cambridge Limited Methods for sequencing polynucleotides
US9671344B2 (en) 2010-08-31 2017-06-06 Complete Genomics, Inc. High-density biochemical array chips with asynchronous tracks for alignment correction by moiré averaging
AU2011301804B2 (en) 2010-09-16 2015-07-16 Gen-Probe Incorporated Capture probes immobilizable via L-nucleotide tail
US8483969B2 (en) 2010-09-17 2013-07-09 Illuminia, Inc. Variation analysis for multiple templates on a solid support
CA2810931C (en) 2010-09-24 2018-04-17 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Direct capture, amplification and sequencing of target dna using immobilized primers
US8759038B2 (en) 2010-09-29 2014-06-24 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for sequencing nucleic acids
GB201016484D0 (en) 2010-09-30 2010-11-17 Geneseque As Method
US8725422B2 (en) 2010-10-13 2014-05-13 Complete Genomics, Inc. Methods for estimating genome-wide copy number variations
US10233501B2 (en) 2010-10-19 2019-03-19 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
US20150225792A1 (en) 2014-01-17 2015-08-13 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US10093981B2 (en) 2010-10-19 2018-10-09 Northwestern University Compositions and methods for identifying depressive disorders
US20150218639A1 (en) 2014-01-17 2015-08-06 Northwestern University Biomarkers predictive of predisposition to depression and response to treatment
EP2633069B1 (en) 2010-10-26 2015-07-01 Illumina, Inc. Sequencing methods
EP3141614B1 (en) 2010-10-27 2018-11-28 Life Technologies Corporation Predictive model for use in sequencing-by-synthesis
US10273540B2 (en) 2010-10-27 2019-04-30 Life Technologies Corporation Methods and apparatuses for estimating parameters in a predictive model for use in sequencing-by-synthesis
EP3388532B1 (en) 2010-11-01 2021-03-10 Gen-Probe Incorporated Integrated capture and amplification of target nucleic acid for sequencing
US8575071B2 (en) 2010-11-03 2013-11-05 Illumina, Inc. Reducing adapter dimer formation
US9074251B2 (en) 2011-02-10 2015-07-07 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
AU2011323107B2 (en) 2010-11-05 2015-09-10 Illumina, Inc. Linking sequence reads using paired code tags
EP2643484A4 (en) 2010-11-22 2014-04-16 Univ California METHOD OF IDENTIFYING AN RNA TRANSCRIPTION OF CELLULAR ORIGIN
US9163281B2 (en) 2010-12-23 2015-10-20 Good Start Genetics, Inc. Methods for maintaining the integrity and identification of a nucleic acid template in a multiplex sequencing reaction
EP2659408B1 (en) 2010-12-29 2019-03-27 Life Technologies Corporation Time-warped background signal for sequencing-by-synthesis operations
WO2012092515A2 (en) 2010-12-30 2012-07-05 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for nucleic acid sequencing
EP3582224A1 (en) 2010-12-30 2019-12-18 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
US20130060482A1 (en) 2010-12-30 2013-03-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
EP3733870A3 (en) * 2011-01-14 2021-01-27 Life Technologies Corporation Methods for identification and quantification of mirnas
US9217132B2 (en) 2011-01-20 2015-12-22 Ibis Biosciences, Inc. Microfluidic transducer
EP2670894B1 (en) 2011-02-02 2017-11-29 University Of Washington Through Its Center For Commercialization Massively parallel continguity mapping
KR20190107761A (ko) 2011-03-09 2019-09-20 셀 시그널링 테크놀러지, 인크. 모노클로날 항체를 생성하는 방법 및 시약
US9353411B2 (en) 2011-03-30 2016-05-31 Parallel Synthesis Technologies Nucleic acid sequencing technique using a pH-sensing agent
CN103764845B (zh) 2011-04-08 2016-02-17 生命科技股份有限公司 用于合成测序中的相保护试剂流排序
GB201106254D0 (en) 2011-04-13 2011-05-25 Frisen Jonas Method and product
EP3246416B1 (en) 2011-04-15 2024-06-05 The Johns Hopkins University Safe sequencing system
US20120283111A1 (en) 2011-05-02 2012-11-08 Pioneer Hi-Bred International, Inc. Bacterial mRNA screen strategy for novel pesticide-encoding nucleic acid molecule discovery
EP2718465B1 (en) 2011-06-09 2022-04-13 Illumina, Inc. Method of making an analyte array
US9670538B2 (en) 2011-08-05 2017-06-06 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid sequencing by electrochemical detection
EP2745108B1 (en) 2011-08-18 2019-06-26 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for making base calls in nucleic acid sequencing
US10704164B2 (en) 2011-08-31 2020-07-07 Life Technologies Corporation Methods, systems, computer readable media, and kits for sample identification
AU2012316218B2 (en) 2011-09-26 2016-03-17 Gen-Probe Incorporated Algorithms for sequence determinations
US10378051B2 (en) 2011-09-29 2019-08-13 Illumina Cambridge Limited Continuous extension and deblocking in reactions for nucleic acids synthesis and sequencing
EP3604555A1 (en) 2011-10-14 2020-02-05 President and Fellows of Harvard College Sequencing by structure assembly
US9228233B2 (en) 2011-10-17 2016-01-05 Good Start Genetics, Inc. Analysis methods
EP2769007B1 (en) 2011-10-19 2016-12-07 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for directional nucleic acid amplification and sequencing
WO2013063382A2 (en) 2011-10-28 2013-05-02 Illumina, Inc. Microarray fabrication system and method
US10837879B2 (en) 2011-11-02 2020-11-17 Complete Genomics, Inc. Treatment for stabilizing nucleic acid arrays
CA2854023A1 (en) 2011-11-07 2013-05-16 Illumina, Inc. Integrated sequencing apparatuses and methods of use
US9200274B2 (en) 2011-12-09 2015-12-01 Illumina, Inc. Expanded radix for polymeric tags
EP2795333A4 (en) 2011-12-20 2016-02-17 Univ Michigan PSEUDOGENS AND USES THEREOF
ES2953308T3 (es) 2011-12-22 2023-11-10 Harvard College Composiciones y métodos para la detección de analitos
US9334491B2 (en) 2011-12-22 2016-05-10 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids from cellular samples
US11021737B2 (en) 2011-12-22 2021-06-01 President And Fellows Of Harvard College Compositions and methods for analyte detection
US9803188B2 (en) 2011-12-22 2017-10-31 Ibis Biosciences, Inc. Systems and methods for isolating nucleic acids
US10150993B2 (en) 2011-12-22 2018-12-11 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule positioning by electrical potential
US9823246B2 (en) 2011-12-28 2017-11-21 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Fluorescence enhancing plasmonic nanoscopic gold films and assays based thereon
US9506113B2 (en) 2011-12-28 2016-11-29 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid ligation systems and methods
US9803231B2 (en) 2011-12-29 2017-10-31 Ibis Biosciences, Inc. Macromolecule delivery to nanowells
US9855559B2 (en) 2011-12-30 2018-01-02 Abbott Molecular Inc. Microorganism nucleic acid purification from host samples
US9822417B2 (en) 2012-01-09 2017-11-21 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for analysis of colorectal cancer
WO2013106737A1 (en) 2012-01-13 2013-07-18 Data2Bio Genotyping by next-generation sequencing
EP3578697B1 (en) 2012-01-26 2024-03-06 Tecan Genomics, Inc. Compositions and methods for targeted nucleic acid sequence enrichment and high efficiency library generation
US9864846B2 (en) 2012-01-31 2018-01-09 Life Technologies Corporation Methods and computer program products for compression of sequencing data
US9515676B2 (en) 2012-01-31 2016-12-06 Life Technologies Corporation Methods and computer program products for compression of sequencing data
EP3511426B1 (en) 2012-02-01 2022-08-17 Gen-Probe Incorporated Asymmetric hairpin target capture oligomers
WO2013117595A2 (en) 2012-02-07 2013-08-15 Illumina Cambridge Limited Targeted enrichment and amplification of nucleic acids on a support
WO2013124738A2 (en) 2012-02-21 2013-08-29 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
WO2013130512A2 (en) 2012-02-27 2013-09-06 The University Of North Carolina At Chapel Hill Methods and uses for molecular tags
NO2694769T3 (ja) 2012-03-06 2018-03-03
IN2014DN08312A (ja) 2012-03-06 2015-05-15 Univ Oslo Hf
EP2834370B1 (en) 2012-04-03 2019-01-02 The Regents Of The University Of Michigan Biomarker associated with irritable bowel syndrome and crohn's disease
US8209130B1 (en) 2012-04-04 2012-06-26 Good Start Genetics, Inc. Sequence assembly
US8812422B2 (en) 2012-04-09 2014-08-19 Good Start Genetics, Inc. Variant database
US20130274148A1 (en) 2012-04-11 2013-10-17 Illumina, Inc. Portable genetic detection and analysis system and method
US9444880B2 (en) 2012-04-11 2016-09-13 Illumina, Inc. Cloud computing environment for biological data
US10227635B2 (en) 2012-04-16 2019-03-12 Molecular Loop Biosolutions, Llc Capture reactions
EP2844767A4 (en) 2012-05-02 2015-11-18 Ibis Biosciences Inc SYSTEMS AND METHODS FOR NUCLEIC ACID SEQUENCING
ES2683978T3 (es) 2012-05-02 2018-10-01 Ibis Biosciences, Inc. Secuenciación de ADN
EP2844775B1 (en) 2012-05-02 2018-07-18 Ibis Biosciences, Inc. Dna sequencing
US10202642B2 (en) 2012-05-02 2019-02-12 Ibis Biosciences, Inc. DNA sequencing
EP2844771A4 (en) 2012-05-04 2015-12-02 Complete Genomics Inc METHOD FOR DETERMINING THE ABSOLUTE GENOME-WIDE COPY COUNTER CHANGES OF COMPLEX TUMORS
US9646132B2 (en) 2012-05-11 2017-05-09 Life Technologies Corporation Models for analyzing data from sequencing-by-synthesis operations
MX2014014356A (es) 2012-05-24 2015-07-06 Fundació Inst D Investigació Biomédica De Bellvitge Idibell Metodo para la identificacion del origen de un cancer de origen primario desconocido.
US9914967B2 (en) 2012-06-05 2018-03-13 President And Fellows Of Harvard College Spatial sequencing of nucleic acids using DNA origami probes
US9012022B2 (en) 2012-06-08 2015-04-21 Illumina, Inc. Polymer coatings
US8895249B2 (en) 2012-06-15 2014-11-25 Illumina, Inc. Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
CN104619894B (zh) 2012-06-18 2017-06-06 纽亘技术公司 用于非期望核酸序列的阴性选择的组合物和方法
WO2014005076A2 (en) 2012-06-29 2014-01-03 The Regents Of The University Of Michigan Methods and biomarkers for detection of kidney disorders
US20150011396A1 (en) 2012-07-09 2015-01-08 Benjamin G. Schroeder Methods for creating directional bisulfite-converted nucleic acid libraries for next generation sequencing
US9092401B2 (en) 2012-10-31 2015-07-28 Counsyl, Inc. System and methods for detecting genetic variation
CN104812947B (zh) 2012-07-17 2018-04-27 考希尔股份有限公司 检测遗传变异的***和方法
WO2014015098A1 (en) 2012-07-18 2014-01-23 Siemens Healthcare Diagnostics Inc. A method of normalizing biological samples
US10329608B2 (en) 2012-10-10 2019-06-25 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer readable media for repeat sequencing
EP2912194B1 (en) 2012-10-26 2019-05-08 Memorial Sloan-Kettering Cancer Center Androgen receptor variants and methods for making and using
WO2014070462A1 (en) 2012-10-29 2014-05-08 The Johns Hopkins University Papanicolaou test for ovarian and endometrial cancers
US9116139B2 (en) 2012-11-05 2015-08-25 Illumina, Inc. Sequence scheduling and sample distribution techniques
EP2917368A1 (en) 2012-11-07 2015-09-16 Good Start Genetics, Inc. Methods and systems for identifying contamination in samples
EP2746405B1 (en) 2012-12-23 2015-11-04 HS Diagnomics GmbH Methods and primer sets for high throughput PCR sequencing
US9683230B2 (en) 2013-01-09 2017-06-20 Illumina Cambridge Limited Sample preparation on a solid support
WO2014116729A2 (en) 2013-01-22 2014-07-31 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Haplotying of hla loci with ultra-deep shotgun sequencing
US9805407B2 (en) 2013-01-25 2017-10-31 Illumina, Inc. Methods and systems for using a cloud computing environment to configure and sell a biological sample preparation cartridge and share related data
US9512422B2 (en) 2013-02-26 2016-12-06 Illumina, Inc. Gel patterned surfaces
GB2515990B (en) * 2013-03-06 2016-05-04 Lgc Genomics Ltd Polymerase chain reaction detection system
US10138509B2 (en) 2013-03-12 2018-11-27 President And Fellows Of Harvard College Method for generating a three-dimensional nucleic acid containing matrix
AU2013382098B2 (en) 2013-03-13 2019-02-07 Illumina, Inc. Methods and compositions for nucleic acid sequencing
AU2013382089B2 (en) 2013-03-13 2018-05-10 Illumina, Inc. Multilayer fluidic devices and methods for their fabrication
CN105378108A (zh) 2013-03-13 2016-03-02 雅培分子公司 用于分离核酸的***和方法
US20140287946A1 (en) 2013-03-14 2014-09-25 Ibis Biosciences, Inc. Nucleic acid control panels
US20140296080A1 (en) 2013-03-14 2014-10-02 Life Technologies Corporation Methods, Systems, and Computer Readable Media for Evaluating Variant Likelihood
CN105378107A (zh) 2013-03-14 2016-03-02 雅培分子公司 多重甲基化-特异性扩增***和方法
EP2971159B1 (en) 2013-03-14 2019-05-08 Molecular Loop Biosolutions, LLC Methods for analyzing nucleic acids
GB2525568B (en) 2013-03-15 2020-10-14 Abvitro Llc Single cell barcoding for antibody discovery
US9822408B2 (en) 2013-03-15 2017-11-21 Nugen Technologies, Inc. Sequential sequencing
US9890425B2 (en) 2013-03-15 2018-02-13 Abbott Molecular Inc. Systems and methods for detection of genomic copy number changes
EP2971140B1 (en) 2013-03-15 2019-01-16 Ibis Biosciences, Inc. Methods to assess contamination in dna sequencing
KR102230831B1 (ko) 2013-03-15 2021-03-22 일루미나 케임브리지 리미티드 변형된 뉴클레오사이드 또는 뉴클레오타이드
US9193998B2 (en) 2013-03-15 2015-11-24 Illumina, Inc. Super resolution imaging
US8847799B1 (en) 2013-06-03 2014-09-30 Good Start Genetics, Inc. Methods and systems for storing sequence read data
KR102282990B1 (ko) 2013-06-04 2021-07-28 프레지던트 앤드 펠로우즈 오브 하바드 칼리지 Rna-가이드된 전사 조절
WO2014201155A1 (en) 2013-06-11 2014-12-18 Courtagen Life Sciences, Inc. Methods and kits for treating and classifying individuals at risk of or suffering from trap1 change-of-function
EP3013983B1 (en) 2013-06-25 2023-02-15 Prognosys Biosciences, Inc. Spatially encoded biological assays using a microfluidic device
WO2015002813A1 (en) 2013-07-01 2015-01-08 Illumina, Inc. Catalyst-free surface functionalization and polymer grafting
CN105358715B (zh) 2013-07-03 2018-09-18 伊鲁米那股份有限公司 正交合成测序
US9926597B2 (en) 2013-07-26 2018-03-27 Life Technologies Corporation Control nucleic acid sequences for use in sequencing-by-synthesis and methods for designing the same
US9898575B2 (en) 2013-08-21 2018-02-20 Seven Bridges Genomics Inc. Methods and systems for aligning sequences
US9116866B2 (en) 2013-08-21 2015-08-25 Seven Bridges Genomics Inc. Methods and systems for detecting sequence variants
US10726942B2 (en) 2013-08-23 2020-07-28 Complete Genomics, Inc. Long fragment de novo assembly using short reads
US20160199832A1 (en) 2013-08-30 2016-07-14 Advanced Liquid Logic France Sas Manipulation of droplets on hydrophilic or variegated-hydrophilic surfaces
US9352315B2 (en) 2013-09-27 2016-05-31 Taiwan Semiconductor Manufacturing Company, Ltd. Method to produce chemical pattern in micro-fluidic structure
US10410739B2 (en) 2013-10-04 2019-09-10 Life Technologies Corporation Methods and systems for modeling phasing effects in sequencing using termination chemistry
WO2015057985A1 (en) 2013-10-17 2015-04-23 Illumina, Inc. Methods and compositions for preparing nucleic acid libraries
US10832797B2 (en) 2013-10-18 2020-11-10 Seven Bridges Genomics Inc. Method and system for quantifying sequence alignment
WO2015058120A1 (en) 2013-10-18 2015-04-23 Seven Bridges Genomics Inc. Methods and systems for aligning sequences in the presence of repeating elements
US10078724B2 (en) 2013-10-18 2018-09-18 Seven Bridges Genomics Inc. Methods and systems for genotyping genetic samples
US10851414B2 (en) 2013-10-18 2020-12-01 Good Start Genetics, Inc. Methods for determining carrier status
AU2014337093B2 (en) 2013-10-18 2020-07-30 Seven Bridges Genomics Inc. Methods and systems for identifying disease-induced mutations
EP3058096A1 (en) 2013-10-18 2016-08-24 Good Start Genetics, Inc. Methods for assessing a genomic region of a subject
US9063914B2 (en) 2013-10-21 2015-06-23 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for transcriptome analysis
EP3068883B1 (en) 2013-11-13 2020-04-29 Nugen Technologies, Inc. Compositions and methods for identification of a duplicate sequencing read
CA2928209C (en) 2013-12-03 2023-09-26 Illumina, Inc. Methods and systems for analyzing image data
EP3077545B1 (en) 2013-12-05 2020-09-16 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
US10391467B2 (en) 2013-12-05 2019-08-27 Centrillion Technology Holdings Corporation Fabrication of patterned arrays
WO2015085268A1 (en) 2013-12-05 2015-06-11 Centrillion Technology Holdings Corporation Modified surfaces
EP3080268A1 (en) 2013-12-09 2016-10-19 Illumina, Inc. Methods and compositions for targeted nucleic acid sequencing
US9909181B2 (en) 2013-12-13 2018-03-06 Northwestern University Biomarkers for post-traumatic stress states
EP3083700B1 (en) 2013-12-17 2023-10-11 The Brigham and Women's Hospital, Inc. Detection of an antibody against a pathogen
CA2932283A1 (en) 2013-12-20 2015-06-25 Illumina, Inc. Preserving genomic connectivity information in fragmented genomic dna samples
JP7082860B2 (ja) 2013-12-23 2022-06-09 イラミーナ インコーポレーテッド 光放射の検出を改善するための構造化基板および同構造化基板に関する方法
WO2015103225A1 (en) 2013-12-31 2015-07-09 Illumina, Inc. Addressable flow cell using patterned electrodes
US10867693B2 (en) 2014-01-10 2020-12-15 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for use of known alleles in read mapping
WO2015107430A2 (en) 2014-01-16 2015-07-23 Oslo Universitetssykehus Hf Methods and biomarkers for detection and prognosis of cervical cancer
US9817944B2 (en) 2014-02-11 2017-11-14 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for analyzing sequence data
WO2015123444A2 (en) 2014-02-13 2015-08-20 Illumina, Inc. Integrated consumer genomic services
ES2866044T3 (es) 2014-02-18 2021-10-19 Illumina Inc Métodos y composiciones para la elaboración de perfiles de ADN
WO2015131107A1 (en) 2014-02-28 2015-09-03 Nugen Technologies, Inc. Reduced representation bisulfite sequencing with diversity adaptors
EP3116651B1 (en) 2014-03-11 2020-04-22 Illumina, Inc. Disposable, integrated microfluidic cartridge and methods of making it
US11060139B2 (en) 2014-03-28 2021-07-13 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
WO2015175530A1 (en) 2014-05-12 2015-11-19 Gore Athurva Methods for detecting aneuploidy
CA2951118C (en) 2014-05-16 2024-01-09 Illumina, Inc. Nucleic acid synthesis techniques
KR102231650B1 (ko) 2014-05-27 2021-03-23 일루미나, 인코포레이티드 베이스 기구 및 제거 가능한 카트리지를 포함하는 생화학적 분석을 위한 시스템들 및 방법들
WO2015188178A1 (en) 2014-06-06 2015-12-10 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for characterizing and diagnosing periodontal disease
US20150353989A1 (en) 2014-06-09 2015-12-10 Illumina Cambridge Limited Sample preparation for nucleic acid amplification
CA2952058A1 (en) 2014-06-13 2015-12-17 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for preparing sequencing libraries
WO2015200541A1 (en) 2014-06-24 2015-12-30 Bio-Rad Laboratories, Inc. Digital pcr barcoding
EP3594684A1 (en) 2014-06-27 2020-01-15 Abbott Laboratories Compositions and methods for detecting human pegivirus 2 (hpgv-2)
US10577603B2 (en) 2014-06-30 2020-03-03 Illumina, Inc. Methods and compositions using one-sided transposition
AU2015289828B2 (en) 2014-07-15 2019-12-19 Illumina, Inc. Biochemically activated electronic device
ES2752761T3 (es) 2014-07-24 2020-04-06 Abbott Molecular Inc Composiciones para la detección y análisis de mycobacterium tuberculosis
GB201413929D0 (en) 2014-08-06 2014-09-17 Geneseque As Method
SG11201700891SA (en) 2014-08-06 2017-03-30 Nugen Technologies Inc Digital measurements from targeted sequencing
GB201414098D0 (en) 2014-08-08 2014-09-24 Illumina Cambridge Ltd Modified nucleotide linkers
BR112017002888A2 (pt) 2014-08-12 2017-12-05 Nextgen Jane Inc sistema e método para monitoramento de saúde em fluido corpóreo coletado
US9982250B2 (en) 2014-08-21 2018-05-29 Illumina Cambridge Limited Reversible surface functionalization
US11408024B2 (en) 2014-09-10 2022-08-09 Molecular Loop Biosciences, Inc. Methods for selectively suppressing non-target sequences
WO2016040602A1 (en) 2014-09-11 2016-03-17 Epicentre Technologies Corporation Reduced representation bisulfite sequencing using uracil n-glycosylase (ung) and endonuclease iv
SG11201702060VA (en) 2014-09-15 2017-04-27 Abvitro Inc High-throughput nucleotide library sequencing
EP3194643B1 (en) 2014-09-17 2020-02-19 Ibis Biosciences, Inc. Sequencing by synthesis using pulse read optics
JP2017536087A (ja) 2014-09-24 2017-12-07 グッド スタート ジェネティクス， インコーポレイテッド 遺伝子アッセイのロバストネスを増大させるためのプロセス制御
US10040048B1 (en) 2014-09-25 2018-08-07 Synthego Corporation Automated modular system and method for production of biopolymers
US10676787B2 (en) 2014-10-13 2020-06-09 Life Technologies Corporation Methods, systems, and computer-readable media for accelerated base calling
WO2016060910A1 (en) 2014-10-14 2016-04-21 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for smart tools in sequence pipelines
US9897791B2 (en) 2014-10-16 2018-02-20 Illumina, Inc. Optical scanning systems for in situ genetic analysis
SG10201903408VA (en) 2014-10-17 2019-05-30 Illumina Cambridge Ltd Contiguity preserving transposition
JP2017530720A (ja) 2014-10-17 2017-10-19 グッド スタート ジェネティクス， インコーポレイテッド 着床前遺伝子スクリーニングおよび異数性検出
EP3632944B1 (en) 2014-10-31 2021-12-01 Illumina Cambridge Limited Polymers and dna copolymer coatings
US10000799B2 (en) 2014-11-04 2018-06-19 Boreal Genomics, Inc. Methods of sequencing with linked fragments
CN107250358B (zh) 2014-11-05 2021-03-30 伊卢米纳剑桥有限公司 在样品制备和测序期间使用铁载体螯合剂减少dna损伤
CN107110851B (zh) 2014-11-05 2019-10-22 纳迈达斯生物科技中心 用于增强成像的金属复合物
GB201419731D0 (en) 2014-11-05 2014-12-17 Illumina Cambridge Ltd Sequencing from multiple primers to increase data rate and density
MY182476A (en) 2014-11-11 2021-01-25 Illumina Cambridge Ltd Methods and arrays for producing and sequencing monoclonal clusters of nucleic acid
WO2016081712A1 (en) 2014-11-19 2016-05-26 Bigdatabio, Llc Systems and methods for genomic manipulations and analysis
EP4095261A1 (en) 2015-01-06 2022-11-30 Molecular Loop Biosciences, Inc. Screening for structural variants
US9984201B2 (en) 2015-01-18 2018-05-29 Youhealth Biotech, Limited Method and system for determining cancer status
CN107406890B (zh) 2015-02-10 2023-07-18 亿明达股份有限公司 用于分析细胞组分的方法和组合物
US10421993B2 (en) 2015-02-11 2019-09-24 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
US9464318B2 (en) 2015-02-11 2016-10-11 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for reducing non-specific amplification products
US10208339B2 (en) 2015-02-19 2019-02-19 Takara Bio Usa, Inc. Systems and methods for whole genome amplification
DK3259602T3 (da) 2015-02-20 2021-02-15 Takara Bio Usa Inc Fremgangsmåde til hurtig nøjagtig dispensering, visualisering og analyse af enkeltceller
US10192026B2 (en) 2015-03-05 2019-01-29 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for genomic pattern analysis
US20180100192A1 (en) 2015-03-31 2018-04-12 lllumina Cambridge Limited Surface concatemerization of templates
SG11201707515SA (en) 2015-04-10 2017-10-30 Spatial Transcriptomics Ab Spatially distinguished, multiplex nucleic acid analysis of biological specimens
EP3696536A1 (en) 2015-04-14 2020-08-19 Illumina, Inc. A method of manufacturing a substrate and a method of analyzing biomolecules capable of generating light emissions
EP3760737B1 (en) 2015-05-11 2023-02-15 Illumina, Inc. Platform for discovery and analysis of therapeutic agents
WO2016183478A1 (en) 2015-05-14 2016-11-17 Life Technologies Corporation Barcode sequences, and related systems and methods
US10275567B2 (en) 2015-05-22 2019-04-30 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for haplotyping
US10640809B2 (en) 2015-05-29 2020-05-05 Epicentre Technologies Corporation Methods of analyzing nucleic acids
KR102054571B1 (ko) 2015-05-29 2019-12-10 일루미나 케임브리지 리미티드 클러스터에서 표면 프라이머의 향상된 이용
EP3103885B1 (en) 2015-06-09 2019-01-30 Centrillion Technology Holdings Corporation Methods for sequencing nucleic acids
DK3320111T3 (da) 2015-07-06 2021-07-19 Illumina Cambridge Ltd Prøveklargøring til nukleinsyreamplifikation
EP3320399A1 (en) 2015-07-07 2018-05-16 Illumina, Inc. Selective surface patterning via nanoimprinting
US10526664B2 (en) 2015-07-14 2020-01-07 Abbott Molecular Inc. Compositions and methods for identifying drug resistant tuberculosis
US10563266B2 (en) 2015-07-14 2020-02-18 Personal Genome Diagnostics Inc. Neoantigen treatment prioritization using multivariate analysis based on: HLA genotype, self-similarity, similarity to known antigens, antigen expression levels and mutant allele frequency
EP3988658A1 (en) 2015-07-14 2022-04-27 Abbott Molecular Inc. Purification of nucleic acids using copper-titanium oxides
EP3325648B1 (en) 2015-07-17 2023-03-29 Illumina, Inc. Polymer sheets for sequencing applications
EP3325654B1 (en) 2015-07-23 2020-06-10 Asuragen, Inc. Methods, compositions, kits, and uses for analysis of nucleic acids comprising repeating a/t-rich segments
EP3957747A1 (en) 2015-07-27 2022-02-23 Illumina, Inc. Spatial mapping of nucleic acid sequence information
CA2993347A1 (en) 2015-07-29 2017-02-02 Progenity, Inc. Nucleic acids and methods for detecting chromosomal abnormalities
EP3329007B1 (en) 2015-07-30 2021-02-24 Illumina, Inc. Orthogonal deblocking of nucleotides
CN108350494B (zh) 2015-08-06 2024-02-27 阿柯生物有限公司 用于基因组分析的***和方法
WO2017027653A1 (en) 2015-08-11 2017-02-16 The Johns Hopkins University Assaying ovarian cyst fluid
CA2992597C (en) 2015-08-14 2024-03-05 Illumina, Inc. Systems and methods using magnetically-responsive sensors for determining a genetic characteristic
US10793895B2 (en) 2015-08-24 2020-10-06 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for epigenetic analysis
US10584380B2 (en) 2015-09-01 2020-03-10 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for mitochondrial analysis
US10724110B2 (en) 2015-09-01 2020-07-28 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for analyzing viral nucleic acids
WO2017037078A1 (en) 2015-09-02 2017-03-09 Illumina Cambridge Limited Systems and methods of improving droplet operations in fluidic systems
US10450598B2 (en) 2015-09-11 2019-10-22 Illumina, Inc. Systems and methods for obtaining a droplet having a designated concentration of a substance-of-interest
EP3353325B1 (en) 2015-09-24 2024-03-20 AbVitro LLC Single amplicon activated exclusion pcr
JP6869233B2 (ja) 2015-09-24 2021-05-12 アブビトロ， エルエルシー 親和性−オリゴヌクレオチドコンジュゲートおよびその使用
MX2018003534A (es) 2015-09-25 2019-04-25 Abvitro Llc Proceso de alto rendimiento para identificacion de blanco de receptor de celula t de secuencias de receptor de celula t apareadas de manera natural.
US10577643B2 (en) 2015-10-07 2020-03-03 Illumina, Inc. Off-target capture reduction in sequencing techniques
CN108368546B (zh) 2015-10-10 2023-08-01 夸登特健康公司 无细胞dna分析中基因融合检测的方法和应用
US11347704B2 (en) 2015-10-16 2022-05-31 Seven Bridges Genomics Inc. Biological graph or sequence serialization
CA3004285A1 (en) 2015-11-03 2017-05-11 President And Fellows Of Harvard College Method and apparatus for volumetric imaging of a three-dimensional nucleic acid containing matrix
EP3377647B1 (en) 2015-11-16 2020-03-11 Progenity, Inc. Nucleic acids and methods for detecting methylation status
CA3008651A1 (en) 2015-12-17 2017-06-22 Guardant Health, Inc. Methods to determine tumor gene copy number by analysis of cell-free dna
AU2016370835B2 (en) 2015-12-17 2020-02-13 Illumina, Inc. Distinguishing methylation levels in complex biological samples
US20170199960A1 (en) 2016-01-07 2017-07-13 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for adaptive local alignment for graph genomes
WO2017120531A1 (en) 2016-01-08 2017-07-13 Bio-Rad Laboratories, Inc. Multiple beads per droplet resolution
US10364468B2 (en) 2016-01-13 2019-07-30 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for analyzing circulating tumor DNA
US10460829B2 (en) 2016-01-26 2019-10-29 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for encoding genetic variation for a population
US11312991B2 (en) 2016-01-27 2022-04-26 Kabushiki Kaisha Dnaform Method for decoding base sequence of nucleic acid corresponding to end region of RNA and method for analyzing DNA element
EP3414324B1 (en) 2016-02-08 2021-01-20 Rgene, Inc. Multiple ligase compositions, systems, and methods
US10262102B2 (en) 2016-02-24 2019-04-16 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for genotyping with graph reference
CN109477127A (zh) 2016-03-14 2019-03-15 R基因股份有限公司 超热稳定的赖氨酸-突变型ssDNA/RNA连接酶
US10597717B2 (en) 2016-03-22 2020-03-24 Myriad Women's Health, Inc. Combinatorial DNA screening
US10961573B2 (en) 2016-03-28 2021-03-30 Boreal Genomics, Inc. Linked duplex target capture
WO2017168331A1 (en) 2016-03-28 2017-10-05 Boreal Genomics, Inc. Linked duplex fragment sequencing
ES2861350T3 (es) 2016-03-28 2021-10-06 Illumina Inc Micromatrices de planos múltiples
WO2017177017A1 (en) 2016-04-07 2017-10-12 Omniome, Inc. Methods of quantifying target nucleic acids and identifying sequence variants
WO2017180909A1 (en) 2016-04-13 2017-10-19 Nextgen Jane, Inc. Sample collection and preservation devices, systems and methods
CA3022290A1 (en) 2016-04-25 2017-11-02 President And Fellows Of Harvard College Hybridization chain reaction methods for in situ molecular detection
US10619205B2 (en) 2016-05-06 2020-04-14 Life Technologies Corporation Combinatorial barcode sequences, and related systems and methods
WO2017201302A1 (en) 2016-05-18 2017-11-23 The University Of Chicago Btk mutation and ibrutinib resistance
WO2017210341A1 (en) 2016-05-31 2017-12-07 The Regents Of The University Of California Methods for evaluating, monitoring, and modulating aging process
US11352667B2 (en) 2016-06-21 2022-06-07 10X Genomics, Inc. Nucleic acid sequencing
EP3481403B1 (en) 2016-07-06 2022-02-09 Youhealth Biotech, Limited Solid tumor methylation markers and uses thereof
US10093986B2 (en) 2016-07-06 2018-10-09 Youhealth Biotech, Limited Leukemia methylation markers and uses thereof
WO2018009703A1 (en) 2016-07-06 2018-01-11 Youhealth Biotech, Limited Breast and ovarian cancer methylation markers and uses thereof
WO2018013509A1 (en) 2016-07-11 2018-01-18 Arizona Board Of Regents On Behalf Of The University Of Arizona Compositions and methods for diagnosing and treating arrhythmias
WO2018017892A1 (en) 2016-07-21 2018-01-25 Takara Bio Usa, Inc. Multi-z imaging and dispensing with multi-well devices
SG11201811504PA (en) 2016-07-22 2019-01-30 Univ Oregon Health & Science Single cell whole genome libraries and combinatorial indexing methods of making thereof
US11147221B2 (en) 2016-08-22 2021-10-19 Biolumic Limited Methods of seed treatment and resulting products
EP3507364A4 (en) 2016-08-31 2020-05-20 President and Fellows of Harvard College METHODS OF GENERATING NUCLEIC ACID SEQUENCE LIBRARIES FOR IN SITU FLUORESCENT SEQUENCING DETECTION
WO2018045186A1 (en) 2016-08-31 2018-03-08 President And Fellows Of Harvard College Methods of combining the detection of biomolecules into a single assay using fluorescent in situ sequencing
US11250931B2 (en) 2016-09-01 2022-02-15 Seven Bridges Genomics Inc. Systems and methods for detecting recombination
NZ751798A (en) 2016-09-22 2022-02-25 Illumina Inc Somatic copy number variation detection
JP6929354B2 (ja) 2016-09-24 2021-09-01 アブビトロ， エルエルシー 親和性−オリゴヌクレオチドコンジュゲートおよびその使用
WO2018064311A2 (en) 2016-09-28 2018-04-05 Life Technologies Corporation Methods and systems for reducing phasing errors when sequencing nucleic acids using termination chemistry
US10190155B2 (en) 2016-10-14 2019-01-29 Nugen Technologies, Inc. Molecular tag attachment and transfer
US11725232B2 (en) 2016-10-31 2023-08-15 The Hong Kong University Of Science And Technology Compositions, methods and kits for detection of genetic variants for alzheimer's disease
AU2017362946A1 (en) 2016-11-15 2019-05-30 Personal Genome Diagnostics Inc. Non-unique barcodes in a genotyping assay
JP7048609B2 (ja) 2016-12-09 2022-04-05 ボリアル ジェノミクス， インコーポレイテッド 連結型ライゲーション
WO2018118971A1 (en) 2016-12-19 2018-06-28 Bio-Rad Laboratories, Inc. Droplet tagging contiguity preserved tagmented dna
GB201704754D0 (en) 2017-01-05 2017-05-10 Illumina Inc Kinetic exclusion amplification of nucleic acid libraries
US11150179B2 (en) 2017-01-06 2021-10-19 Illumina, Inc. Phasing correction
WO2018128544A1 (en) 2017-01-06 2018-07-12 Agendia N.V. Biomarkers for selecting patient groups, and uses thereof.
ES2874143T3 (es) 2017-01-10 2021-11-04 Paragon Genomics Inc Métodos y composiciones para reducir códigos de barras, moleculares redundantes creados en reacciones de prolongación de cebadores
US20200090784A1 (en) 2017-01-17 2020-03-19 Illumina, Inc. Oncogenic splice variant determination
EP3571313B1 (en) 2017-01-20 2020-12-23 Omniome, Inc. Allele-specific capture of nucleic acids
CN110177884B (zh) 2017-01-20 2021-08-06 欧姆尼欧美公司 通过聚合酶结合进行的基因分型
GB201700983D0 (en) 2017-01-20 2017-03-08 Life Tech As Polymeric particles
GB201701688D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials in non-recliner layouts
GB201701686D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illunina Inc System & method with fiducials having offset layouts
GB201701689D0 (en) 2017-02-01 2017-03-15 Illumia Inc System and method with fiducials of non-closed shapes
US20190360051A1 (en) 2017-02-17 2019-11-28 Stichting Vumc Swarm intelligence-enhanced diagnosis and therapy selection for cancer using tumor- educated platelets
BR112019018272A2 (pt) 2017-03-02 2020-07-28 Youhealth Oncotech, Limited marcadores metilação para diagnosticar hepatocelular carcinoma e câncer
US20200377935A1 (en) 2017-03-24 2020-12-03 Life Technologies Corporation Polynucleotide adapters and methods of use thereof
EP3607087A4 (en) 2017-04-04 2020-12-30 Omniome, Inc. FLUIDIC APPARATUS AND USEFUL METHODS FOR CHEMICAL AND BIOLOGICAL REACTIONS
SG11201909916YA (en) 2017-04-23 2019-11-28 Illumina Cambridge Ltd Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
US10995369B2 (en) 2017-04-23 2021-05-04 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
AU2018259202B2 (en) 2017-04-23 2022-03-24 Illumina Cambridge Limited Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
EP3842545B1 (en) 2017-04-23 2022-11-30 Illumina, Inc. Compositions and methods for improving sample identification in indexed nucleic acid libraries
WO2018213803A1 (en) 2017-05-19 2018-11-22 Neon Therapeutics, Inc. Immunogenic neoantigen identification
MA49352A (fr) 2017-05-26 2020-04-08 Abvitro Llc Séquençage de bibliothèque de polynucléotides à haut rendement et analyse de transcriptome
US20180355348A1 (en) 2017-06-07 2018-12-13 Oregon Health & Science University Single cell whole genome libraries for methylation sequencing
JP7315478B2 (ja) 2017-06-08 2023-07-26 ザ ブリガム アンド ウィメンズ ホスピタル インコーポレイテッド エピトープを特定するための方法および組成物
US11186862B2 (en) 2017-06-20 2021-11-30 Bio-Rad Laboratories, Inc. MDA using bead oligonucleotide
WO2018236631A1 (en) 2017-06-20 2018-12-27 Illumina, Inc. METHODS AND COMPOSITIONS FOR RESOLVING INEFFICIENCY IN AMPLIFICATION REACTIONS
WO2019027767A1 (en) 2017-07-31 2019-02-07 Illumina Inc. SEQUENCING SYSTEM COMPRISING AGGREGATION OF MULTIPLEXED BIOLOGICAL SAMPLES
RS64086B1 (sr) 2017-08-01 2023-04-28 Mgi Tech Co Ltd Postupak za sekvenciranje nukleinske kiseline
US11352668B2 (en) 2017-08-01 2022-06-07 Illumina, Inc. Spatial indexing of genetic material and library preparation using hydrogel beads and flow cells
EP3545106B1 (en) 2017-08-01 2022-01-19 Helitec Limited Methods of enriching and determining target nucleotide sequences
CN114563419A (zh) 2017-08-15 2022-05-31 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 用于检测化学和生物分析物的扫描装置和方法
WO2019038594A2 (en) 2017-08-21 2019-02-28 Biolumic Limited TRANSGENIC PLANTS WITH HIGH GROWTH AND HIGH RUSTICITY
US20200292526A1 (en) 2017-09-07 2020-09-17 Juno Therapeutics, Inc. Methods of identifying cellular attributes related to outcomes associated with cell therapy
WO2019055829A1 (en) 2017-09-15 2019-03-21 Nazarian Javad METHODS OF DETECTION OF CANCER BIOMARKERS
EP3684955A1 (en) 2017-09-20 2020-07-29 Regeneron Pharmaceuticals, Inc. Immunotherapy methods for patients whose tumors carry a high passenger gene mutation burden
EP3691662A4 (en) 2017-10-06 2021-05-12 The University of Chicago T-LYMPHOCYTES SCREENING FOR CANCER-SPECIFIC ANTIGENS
CA3078158A1 (en) 2017-10-06 2019-04-11 Cartana Ab Rna templated ligation
US11099202B2 (en) 2017-10-20 2021-08-24 Tecan Genomics, Inc. Reagent delivery system
EP3704247B1 (en) 2017-11-02 2023-01-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. Transposase-based genomic analysis
AU2018359670B2 (en) 2017-11-06 2021-08-26 Illumina, Inc. Nucleic acid indexing techniques
KR102402002B1 (ko) 2017-11-16 2022-05-25 일루미나, 인코포레이티드 미세부수체 불안정성을 결정하기 위한 시스템 및 방법
CA3083183A1 (en) 2017-11-22 2019-05-31 The Regents Of The University Of Michigan Compositions and methods for treating cancer
US20190206510A1 (en) 2017-11-30 2019-07-04 Illumina, Inc. Validation methods and systems for sequence variant calls
US11701656B2 (en) 2018-01-02 2023-07-18 The Regents Of The University Of Michigan Multi-droplet capture
EP3738122A1 (en) 2018-01-12 2020-11-18 Life Technologies Corporation Methods for flow space quality score prediction by neural networks
CN115373127A (zh) 2018-01-30 2022-11-22 瑞巴斯生物*** 用于检测目标上的颗粒的方法和***
WO2019152395A1 (en) 2018-01-31 2019-08-08 Bio-Rad Laboratories, Inc. Methods and compositions for deconvoluting partition barcodes
EP3752645A4 (en) 2018-02-14 2022-04-13 Dermtech, Inc. NEW GENE CLASSIFIERS AND THEIR USES IN NON-MELANOMA SKIN CANCERS
AU2019248635B2 (en) 2018-04-02 2022-01-27 Illumina, Inc. Compositions and methods for making controls for sequence-based genetic testing
EP3553182A1 (en) 2018-04-11 2019-10-16 Université de Bourgogne Detection method of somatic genetic anomalies, combination of capture probes and kit of detection
WO2019203986A1 (en) 2018-04-19 2019-10-24 Omniome, Inc. Improving accuracy of base calls in nucleic acid sequencing methods
EP3788377A1 (en) 2018-05-04 2021-03-10 Abbott Laboratories Hbv diagnostic, prognostic, and therapeutic methods and products
KR102640255B1 (ko) 2018-05-17 2024-02-27 일루미나, 인코포레이티드 감소된 증폭 편향을 갖는 고속-대량 단일 세포 서열분석
DK3810774T3 (da) 2018-06-04 2023-12-11 Illumina Inc Enkeltcelletransskriptom-biblioteker med højt throughput og fremgangsmåder til fremstilling og anvendelse
WO2020022891A2 (en) 2018-07-26 2020-01-30 Stichting Vumc Biomarkers for atrial fibrillation
WO2020028194A1 (en) 2018-07-30 2020-02-06 Readcoor, Inc. Methods and systems for sample processing or analysis
EP3841202B1 (en) 2018-08-20 2023-10-04 Bio-Rad Laboratories, Inc. Nucleotide sequence generation by barcode bead-colocalization in partitions
CN113767175A (zh) 2018-08-28 2021-12-07 10X基因组学股份有限公司 增加空间阵列分辨率
US11519033B2 (en) 2018-08-28 2022-12-06 10X Genomics, Inc. Method for transposase-mediated spatial tagging and analyzing genomic DNA in a biological sample
US20210317524A1 (en) 2018-08-28 2021-10-14 10X Genomics, Inc. Resolving spatial arrays
SG11202102722SA (en) 2018-10-25 2021-04-29 Illumina Inc Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
NL2022043B1 (en) 2018-11-21 2020-06-03 Akershus Univ Hf Tagmentation-Associated Multiplex PCR Enrichment Sequencing
EP3891304A1 (en) 2018-12-04 2021-10-13 Omniome, Inc. Mixed-phase fluids for nucleic acid sequencing and other analytical assays
EP3891305A1 (en) 2018-12-05 2021-10-13 Illumina Cambridge Limited Methods and compositions for cluster generation by bridge amplification
AU2019392906A1 (en) 2018-12-07 2021-07-22 Octant, Inc. Systems for protein-protein interaction screening
US20220049294A1 (en) 2018-12-10 2022-02-17 10X Genomics, Inc. Imaging system hardware
SG11202012807YA (en) 2018-12-18 2021-01-28 Illumina Cambridge Ltd Methods and compositions for paired end sequencing using a single surface primer
CA3103527A1 (en) 2018-12-19 2020-06-25 Illumina, Inc. Methods for improving polynucleotide cluster clonality priority
US11041199B2 (en) 2018-12-20 2021-06-22 Omniome, Inc. Temperature control for analysis of nucleic acids and other analytes
US11293061B2 (en) 2018-12-26 2022-04-05 Illumina Cambridge Limited Sequencing methods using nucleotides with 3′ AOM blocking group
EP3884071A4 (en) 2019-01-03 2022-04-06 Boreal Genomics, Inc. LINKED TARGET CAPTURE
US20220081714A1 (en) 2019-01-04 2022-03-17 Northwestern University Storing temporal data into dna
US11649485B2 (en) 2019-01-06 2023-05-16 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
US11926867B2 (en) 2019-01-06 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Generating capture probes for spatial analysis
CA3126148A1 (en) 2019-01-10 2020-07-16 Travera LLC Calibration of a functional biomarker instrument
EP3924513B1 (en) 2019-02-14 2023-04-12 Pacific Biosciences of California, Inc. Mitigating adverse impacts of detection systems on nucleic acids and other biological analytes
EP3931354A1 (en) 2019-02-28 2022-01-05 10X Genomics, Inc. Profiling of biological analytes with spatially barcoded oligonucleotide arrays
CA3113841A1 (en) 2019-03-01 2020-09-10 Illumina, Inc. High-throughput single-nuclei and single-cell libraries and methods of making and of using
EP3938538A1 (en) 2019-03-15 2022-01-19 10X Genomics, Inc. Methods for using spatial arrays for single cell sequencing
EP3887542A1 (en) 2019-03-22 2021-10-06 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US11578373B2 (en) 2019-03-26 2023-02-14 Dermtech, Inc. Gene classifiers and uses thereof in skin cancers
WO2020206170A1 (en) 2019-04-02 2020-10-08 Progenity, Inc. Methods, systems, and compositions for counting nucleic acid molecules
CN114585741A (zh) 2019-05-28 2022-06-03 奥科坦特公司 转录中继***
EP3976820A1 (en) 2019-05-30 2022-04-06 10X Genomics, Inc. Methods of detecting spatial heterogeneity of a biological sample
CA3139791A1 (en) 2019-05-31 2020-12-03 10X Genomics, Inc. Method of detecting target nucleic acid molecules
WO2020252186A1 (en) 2019-06-11 2020-12-17 Omniome, Inc. Calibrated focus sensing
US10656368B1 (en) 2019-07-24 2020-05-19 Omniome, Inc. Method and system for biological imaging using a wide field objective lens
CN114728996B (zh) 2019-09-10 2022-11-29 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 核苷酸的可逆修饰
US20210087613A1 (en) 2019-09-20 2021-03-25 Illumina, Inc. Methods and compositions for identifying ligands on arrays using indexes and barcodes
CN114761992B (zh) 2019-10-01 2023-08-08 10X基因组学有限公司 用于识别组织样品中的形态学模式的***和方法
KR20220097404A (ko) 2019-10-10 2022-07-07 1859, 인크. 미세유체 스크리닝을 위한 방법 및 시스템
EP4045683A1 (en) 2019-10-18 2022-08-24 Omniome, Inc. Methods and compositions for capping nucleic acids
WO2021092433A2 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Enhancing specificity of analyte binding
WO2021091611A1 (en) 2019-11-08 2021-05-14 10X Genomics, Inc. Spatially-tagged analyte capture agents for analyte multiplexing
WO2021102039A1 (en) 2019-11-21 2021-05-27 10X Genomics, Inc, Spatial analysis of analytes
DE202019106694U1 (de) 2019-12-02 2020-03-19 Omniome, Inc. System zur Sequenzierung von Nukleinsäuren in Fluidschaum
DE202019106695U1 (de) 2019-12-02 2020-03-19 Omniome, Inc. System zur Sequenzierung von Nukleinsäuren in Fluidschaum
WO2021118349A1 (en) 2019-12-10 2021-06-17 Prinses Máxima Centrum Voor Kinderoncologie B.V. Methods of typing germ cell tumors
JP2023508792A (ja) 2019-12-19 2023-03-06 イルミナ インコーポレイテッド ハイスループット単一細胞ライブラリー、並びに製造方法及び使用方法
WO2021133685A1 (en) 2019-12-23 2021-07-01 Singular Genomics Systems, Inc. Methods for long read sequencing
WO2021133849A1 (en) 2019-12-23 2021-07-01 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rna-templated ligation
US11104961B2 (en) 2020-01-13 2021-08-31 Fluent Biosciences Inc. Single cell sequencing
US11732299B2 (en) 2020-01-21 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Spatial assays with perturbed cells
US11702693B2 (en) 2020-01-21 2023-07-18 10X Genomics, Inc. Methods for printing cells and generating arrays of barcoded cells
US11821035B1 (en) 2020-01-29 2023-11-21 10X Genomics, Inc. Compositions and methods of making gene expression libraries
WO2021152586A1 (en) 2020-01-30 2021-08-05 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of analyzing microbiome, immunoglobulin profile and physiological state
US11898205B2 (en) 2020-02-03 2024-02-13 10X Genomics, Inc. Increasing capture efficiency of spatial assays
CN115243792A (zh) 2020-02-04 2022-10-25 加利福尼亚太平洋生物科学股份有限公司 流通池及其制造和使用方法
US11732300B2 (en) 2020-02-05 2023-08-22 10X Genomics, Inc. Increasing efficiency of spatial analysis in a biological sample
US11835462B2 (en) 2020-02-11 2023-12-05 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for partitioning a biological sample
IL294909A (en) 2020-02-13 2022-09-01 Zymergen Inc A metagenomic library and natural product discovery platform
EP4107284A1 (en) 2020-02-17 2022-12-28 10X Genomics, Inc. In situ analysis of chromatin interaction
CA3168202A1 (en) 2020-02-21 2021-08-26 Felice Alessio BAVA Methods and compositions for integrated in situ spatial assay
US11891654B2 (en) 2020-02-24 2024-02-06 10X Genomics, Inc. Methods of making gene expression libraries
US11926863B1 (en) 2020-02-27 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Solid state single cell method for analyzing fixed biological cells
WO2021178467A1 (en) 2020-03-03 2021-09-10 Omniome, Inc. Methods and compositions for sequencing double stranded nucleic acids
US11768175B1 (en) 2020-03-04 2023-09-26 10X Genomics, Inc. Electrophoretic methods for spatial analysis
WO2021178893A2 (en) 2020-03-06 2021-09-10 Singular Genomics Systems, Inc. Linked paired strand sequencing
CA3175931A1 (en) 2020-03-16 2021-09-23 Fluent Biosciences Inc. Multi-omic analysis in monodisperse droplets
WO2021214766A1 (en) 2020-04-21 2021-10-28 Yeda Research And Development Co. Ltd. Methods of diagnosing viral infections and vaccines thereto
EP4139485B1 (en) 2020-04-22 2023-09-06 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using targeted rna depletion
EP4143344A1 (en) 2020-04-27 2023-03-08 Agendia N.V. Treatment of her2 negative, mammaprint high risk 2 breast cancer
US20230203592A1 (en) 2020-05-05 2023-06-29 Akershus Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing bowel cancer
AU2021269069A1 (en) 2020-05-08 2022-10-20 Illumina, Inc. Genome sequencing and detection techniques
WO2021231477A2 (en) 2020-05-12 2021-11-18 Illumina, Inc. Generating nucleic acids with modified bases using recombinant terminal deoxynucleotidyl transferase
US10941453B1 (en) 2020-05-20 2021-03-09 Paragon Genomics, Inc. High throughput detection of pathogen RNA in clinical specimens
EP4153775A1 (en) 2020-05-22 2023-03-29 10X Genomics, Inc. Simultaneous spatio-temporal measurement of gene expression and cellular activity
AU2021275906A1 (en) 2020-05-22 2022-12-22 10X Genomics, Inc. Spatial analysis to detect sequence variants
WO2021242834A1 (en) 2020-05-26 2021-12-02 10X Genomics, Inc. Method for resetting an array
JP2023527834A (ja) 2020-05-27 2023-06-30 ジェネティック テクノロジーズ リミテッド コロナウイルス感染に重度の応答を発症するリスクを評価する方法
AU2021283174A1 (en) 2020-06-02 2023-01-05 10X Genomics, Inc. Nucleic acid library methods
AU2021283184A1 (en) 2020-06-02 2023-01-05 10X Genomics, Inc. Spatial transcriptomics for antigen-receptors
EP4162074B1 (en) 2020-06-08 2024-04-24 10X Genomics, Inc. Methods of determining a surgical margin and methods of use thereof
WO2021252617A1 (en) 2020-06-09 2021-12-16 Illumina, Inc. Methods for increasing yield of sequencing libraries
EP4165207A1 (en) 2020-06-10 2023-04-19 10X Genomics, Inc. Methods for determining a location of an analyte in a biological sample
PE20230492A1 (es) 2020-06-22 2023-03-23 Illumina Cambridge Ltd Nucleosidos y nucleotidos con grupo de bloqueo de acetal 3'
AU2021294334A1 (en) 2020-06-25 2023-02-02 10X Genomics, Inc. Spatial analysis of DNA methylation
US11761038B1 (en) 2020-07-06 2023-09-19 10X Genomics, Inc. Methods for identifying a location of an RNA in a biological sample
US11981960B1 (en) 2020-07-06 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Spatial analysis utilizing degradable hydrogels
IL299042A (en) 2020-07-08 2023-02-01 Illumina Inc Beads as transpososome carriers
WO2022015600A2 (en) 2020-07-13 2022-01-20 Singular Genomics Systems, Inc. Methods of sequencing complementary polynucleotides
WO2022029495A1 (en) 2020-08-06 2022-02-10 Agendia NV Systems and methods of scoring risk and residual disease from passenger mutations
US20220042108A1 (en) 2020-08-06 2022-02-10 Agendia NV Systems and methods of assessing breast cancer
WO2022029489A1 (en) 2020-08-06 2022-02-10 Agendia NV Systems and methods of using cell-free nucleic acids to tailor cancer treatment
US20220042109A1 (en) 2020-08-06 2022-02-10 Agendia NV Methods of assessing breast cancer using circulating hormone receptor transcripts
US11981958B1 (en) 2020-08-20 2024-05-14 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using DNA capture
US20230279382A1 (en) * 2022-03-04 2023-09-07 Element Biosciences, Inc. Single-stranded splint strands and methods of use
US11926822B1 (en) 2020-09-23 2024-03-12 10X Genomics, Inc. Three-dimensional spatial analysis
US11827935B1 (en) 2020-11-19 2023-11-28 10X Genomics, Inc. Methods for spatial analysis using rolling circle amplification and detection probes
CA3179883A1 (en) 2020-12-02 2022-06-09 Illumina Software, Inc. System and method for detection of genetic alterations
US20220186300A1 (en) 2020-12-11 2022-06-16 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for multimodal in situ analysis
EP4121555A1 (en) 2020-12-21 2023-01-25 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for capturing probes and/or barcodes
US20220228200A1 (en) 2021-01-19 2022-07-21 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for internally controlled in situ assays
WO2022164809A1 (en) 2021-01-26 2022-08-04 10X Genomics, Inc. Nucleic acid analog probes for in situ analysis
WO2022170212A1 (en) 2021-02-08 2022-08-11 Singular Genomics Systems, Inc. Methods and compositions for sequencing complementary polynucleotides
US20240043915A1 (en) 2021-02-13 2024-02-08 The General Hospital Corporation Methods and compositions for in situ macromolecule detection and uses thereof
US20220282319A1 (en) 2021-03-03 2022-09-08 10X Genomics, Inc. Analyte detection in situ using nucleic acid origami
US11884977B2 (en) 2021-03-12 2024-01-30 Singular Genomics Systems, Inc. Nanoarrays and methods of use thereof
WO2022192671A1 (en) 2021-03-12 2022-09-15 Singular Genomics Systems, Inc. Nanoarrays and methods of use thereof
EP4301870A1 (en) 2021-03-18 2024-01-10 10X Genomics, Inc. Multiplex capture of gene and protein expression from a biological sample
CN117222747A (zh) 2021-03-22 2023-12-12 伊鲁米纳剑桥有限公司 用于改善核酸簇克隆性的方法
CN117062917A (zh) 2021-03-31 2023-11-14 因美纳剑桥有限公司 具有衔接子二聚体检测的核酸文库测序技术
WO2022208171A1 (en) 2021-03-31 2022-10-06 UCL Business Ltd. Methods for analyte detection
CN117043867A (zh) 2021-04-02 2023-11-10 因美纳有限公司 用于检测用于测序的核苷酸样品玻片内的气泡的机器学习模型
WO2022232308A1 (en) 2021-04-27 2022-11-03 Singular Genomics Systems, Inc. High density sequencing and multiplexed priming
IL308031A (en) 2021-04-29 2023-12-01 Illumina Inc Amplification techniques for nucleic acid characterization
WO2022235163A1 (en) 2021-05-07 2022-11-10 Agendia N.V. Endocrine treatment of hormone receptor positive breast cancer typed as having a low risk of recurrence
JP2024519372A (ja) 2021-05-20 2024-05-10 イルミナ インコーポレイテッド 合成によって配列決定するための組成物及び方法
US20220380838A1 (en) 2021-06-01 2022-12-01 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for analyte detection and probe resolution
WO2022256422A1 (en) 2021-06-02 2022-12-08 10X Genomics, Inc. Sample analysis using asymmetric circularizable probes
US20220403450A1 (en) 2021-06-03 2022-12-22 Illumina Software, Inc. Systems and methods for sequencing nucleotides using two optical channels
US20220415442A1 (en) 2021-06-29 2022-12-29 Illumina Software, Inc. Signal-to-noise-ratio metric for determining nucleotide-base calls and base-call quality
CN117546245A (zh) 2021-06-29 2024-02-09 因美纳有限公司 用于生成基因组坐标的置信度分类的机器学习模型
CN117651855A (zh) 2021-07-13 2024-03-05 10X基因组学有限公司 用于制备具有可控厚度的聚合基质的方法
US20230021577A1 (en) 2021-07-23 2023-01-26 Illumina Software, Inc. Machine-learning model for recalibrating nucleotide-base calls
CN118043476A (zh) 2021-08-03 2024-05-14 10X基因组学有限公司 核酸多联体及其稳定和/或压缩方法
US20230061542A1 (en) 2021-08-16 2023-03-02 10X Genomics, Inc. Probes comprising a split barcode region and methods of use
CN117881795A (zh) 2021-08-17 2024-04-12 因美纳有限公司 用于鉴定甲基化胞嘧啶的方法和组合物
CN117580961A (zh) 2021-09-01 2024-02-20 Illumina公司 用于加速碱基判读的幅度调制
WO2023034489A1 (en) 2021-09-01 2023-03-09 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and kits for blocking a capture probe on a spatial array
CN117561573A (zh) 2021-09-17 2024-02-13 因美纳有限公司 从碱基判读错误模式自动鉴定核苷酸测序中的故障来源
CN117546243A (zh) 2021-09-21 2024-02-09 因美纳有限公司 使用推算的单倍型的图参考基因组和碱基检出方法
WO2023085932A1 (en) 2021-11-10 2023-05-19 Omnigen B.V. Prediction of response following folfirinox treatment in cancer patients
WO2023102118A2 (en) 2021-12-01 2023-06-08 10X Genomics, Inc. Methods, compositions, and systems for improved in situ detection of analytes and spatial analysis
CN117581303A (zh) 2021-12-02 2024-02-20 因美纳有限公司 产生用于确定核苷酸碱基检出的簇特异性信号校正
AU2022409487A1 (en) 2021-12-16 2024-01-18 Illumina, Inc. Hybrid clustering
WO2023122363A1 (en) 2021-12-23 2023-06-29 Illumina Software, Inc. Dynamic graphical status summaries for nucelotide sequencing
US20230215515A1 (en) 2021-12-23 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Facilitating secure execution of external workflows for genomic sequencing diagnostics
WO2023129898A2 (en) 2021-12-27 2023-07-06 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for rolling circle amplification
US20230207050A1 (en) 2021-12-28 2023-06-29 Illumina Software, Inc. Machine learning model for recalibrating nucleotide base calls corresponding to target variants
WO2023126457A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Illumina Cambridge Ltd. Methods of nucleic acid sequencing using surface-bound primers
WO2023129764A1 (en) 2021-12-29 2023-07-06 Illumina Software, Inc. Automatically switching variant analysis model versions for genomic analysis applications
WO2023135485A1 (en) 2022-01-13 2023-07-20 Oslo Universitetssykehus Hf Prostate cancer markers and uses thereof
AU2023208743A1 (en) 2022-01-20 2024-01-04 Illumina, Inc. Methods of detecting methylcytosine and hydroxymethylcytosine by sequencing
WO2023141588A1 (en) 2022-01-21 2023-07-27 10X Genomics, Inc. Multiple readout signals for analyzing a sample
WO2023152568A2 (en) 2022-02-10 2023-08-17 Oslo Universitetssykehus Hf Compositions and methods for characterizing lung cancer
US20230313271A1 (en) 2022-02-25 2023-10-05 Illumina, Inc. Machine-learning models for detecting and adjusting values for nucleotide methylation levels
US20230410944A1 (en) 2022-02-25 2023-12-21 Illumina, Inc. Calibration sequences for nucelotide sequencing
US11639499B1 (en) 2022-03-08 2023-05-02 Watchmaker Genomics, Inc. Reverse transcriptase variants
US11795505B2 (en) 2022-03-10 2023-10-24 Singular Genomics Systems, Inc. Nucleic acid delivery scaffolds
CA3223653A1 (en) 2022-03-15 2023-09-21 Aathavan KARUNAKARAN Concurrent sequencing of forward and reverse complement strands on separate polynucleotides for methylation detection
WO2023175043A1 (en) 2022-03-15 2023-09-21 Illumina, Inc. Methods of base calling nucleobases
AU2023244497A1 (en) 2022-03-31 2024-01-18 Illumina, Inc. Paired-end re-synthesis using blocked p5 primers
WO2023192616A1 (en) 2022-04-01 2023-10-05 10X Genomics, Inc. Compositions and methods for targeted masking of autofluorescence
US20230323427A1 (en) 2022-04-06 2023-10-12 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for multiplex cell analysis
WO2023196572A1 (en) 2022-04-07 2023-10-12 Illumina Singapore Pte. Ltd. Altered cytidine deaminases and methods of use
WO2023196528A1 (en) 2022-04-08 2023-10-12 Illumina, Inc. Aptamer dynamic range compression and detection techniques
US11680293B1 (en) 2022-04-21 2023-06-20 Paragon Genomics, Inc. Methods and compositions for amplifying DNA and generating DNA sequencing results from target-enriched DNA molecules
US20230340571A1 (en) 2022-04-26 2023-10-26 Illumina, Inc. Machine-learning models for selecting oligonucleotide probes for array technologies
US20240002902A1 (en) 2022-05-06 2024-01-04 10X Genomics, Inc. Analysis of antigen and antigen receptor interactions
US20230368866A1 (en) 2022-05-10 2023-11-16 Illumina Software, Inc. Adaptive neural network for nucelotide sequencing
WO2023225095A1 (en) 2022-05-18 2023-11-23 Illumina Cambridge Limited Preparation of size-controlled nucleic acid fragments
WO2023224488A1 (en) 2022-05-19 2023-11-23 Agendia N.V. Dna repair signature and prediction of response following cancer therapy
WO2023224487A1 (en) 2022-05-19 2023-11-23 Agendia N.V. Prediction of response to immune therapy in breast cancer patients
WO2023245190A1 (en) 2022-06-17 2023-12-21 10X Genomics, Inc. Catalytic de-crosslinking of samples for in situ analysis
WO2023250504A1 (en) 2022-06-24 2023-12-28 Illumina Software, Inc. Improving split-read alignment by intelligently identifying and scoring candidate split groups
WO2024006705A1 (en) 2022-06-27 2024-01-04 Illumina Software, Inc. Improved human leukocyte antigen (hla) genotyping
WO2024006769A1 (en) 2022-06-27 2024-01-04 Illumina Software, Inc. Generating and implementing a structural variation graph genome
US20230420075A1 (en) 2022-06-27 2023-12-28 Illumina Software, Inc. Accelerators for a genotype imputation model
WO2024015962A1 (en) 2022-07-15 2024-01-18 Pacific Biosciences Of California, Inc. Blocked asymmetric hairpin adaptors
WO2024026356A1 (en) 2022-07-26 2024-02-01 Illumina, Inc. Rapid single-cell multiomics processing using an executable file
US20240101978A1 (en) 2022-08-12 2024-03-28 10X Genomics, Inc. Puma1 polymerases and uses thereof
WO2024040060A1 (en) 2022-08-16 2024-02-22 10X Genomics, Inc. Ap50 polymerases and uses thereof
WO2024039516A1 (en) 2022-08-19 2024-02-22 Illumina, Inc. Third dna base pair site-specific dna detection
WO2024061799A1 (en) 2022-09-19 2024-03-28 Illumina, Inc. Deformable polymers comprising immobilised primers
US20240102067A1 (en) 2022-09-26 2024-03-28 Illumina, Inc. Resynthesis Kits and Methods
US20240112753A1 (en) 2022-09-29 2024-04-04 Illumina, Inc. Target-variant-reference panel for imputing target variants
US20240124929A1 (en) 2022-09-30 2024-04-18 Illumina, Inc. Mesophilic compositions for nucleic acid amplification
US20240124914A1 (en) 2022-09-30 2024-04-18 Illumina, Inc. Thermophilic compositions for nucleic acid amplification
WO2024069581A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina Singapore Pte. Ltd. Helicase-cytidine deaminase complexes and methods of use
WO2024073047A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Cytidine deaminases and methods of use in mapping modified cytosine nucleotides
US20240110221A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of modulating clustering kinetics
US20240110234A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Amplification Compositions and Methods
WO2024073043A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Methods of using cpg binding proteins in mapping modified cytosine nucleotides
WO2024073519A1 (en) 2022-09-30 2024-04-04 Illumina, Inc. Machine-learning model for refining structural variant calls
WO2024077096A1 (en) 2022-10-05 2024-04-11 Illumina, Inc. Integrating variant calls from multiple sequencing pipelines utilizing a machine learning architecture
US20240127906A1 (en) 2022-10-11 2024-04-18 Illumina, Inc. Detecting and correcting methylation values from methylation sequencing assays
WO2024081869A1 (en) 2022-10-14 2024-04-18 10X Genomics, Inc. Methods for analysis of biological samples
WO2024102736A1 (en) 2022-11-08 2024-05-16 10X Genomics, Inc. Immobilization methods and compositions for in situ detection
WO2024107887A1 (en) 2022-11-16 2024-05-23 10X Genomics, Inc. Methods and compositions for assessing performance of in situ assays

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
WO1994003630A2 (en) * 1992-08-04 1994-02-17 Beckman Instruments, Inc. Method, reagent and kit for the detection and amplification of nucleic acid sequences
WO1994016101A2 (en) * 1993-01-07 1994-07-21 Koester Hubert Dna sequencing by mass spectrometry
US5403708A (en) * 1992-07-06 1995-04-04 Brennan; Thomas M. Methods and compositions for determining the sequence of nucleic acids

Family Cites Families (59)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
DE2122529A1 (de) * 1971-05-06 1972-12-14 Max Planck Gesellschaft zur Förde rung der Wissenschaften e V , 3400 Gottin gen Thiophosphatanaloge der Nucleosid di und tnphosphate sowie Verfahren zu ihrer Herstellung
US4123610A (en) 1977-03-09 1978-10-31 The United States Government Nucleic acid crosslinking agent and affinity inactivation of nucleic acids therewith
US4362876A (en) * 1978-08-11 1982-12-07 The Sherwin-Williams Company Preparation of dihydroxyquinoline and certain derivatives
US4458066A (en) 1980-02-29 1984-07-03 University Patents, Inc. Process for preparing polynucleotides
US4973679A (en) 1981-03-27 1990-11-27 University Patents, Inc. Process for oligonucleo tide synthesis using phosphormidite intermediates
US4415732A (en) 1981-03-27 1983-11-15 University Patents, Inc. Phosphoramidite compounds and processes
DE3301833A1 (de) 1983-01-20 1984-07-26 Gesellschaft für Biotechnologische Forschung mbH (GBF), 3300 Braunschweig Verfahren zur simultanen synthese mehrerer oligonocleotide an fester phase
US4661450A (en) * 1983-05-03 1987-04-28 Molecular Genetics Research And Development Limited Partnership Molecular cloning of RNA using RNA ligase and synthetic oligonucleotides
DE3329892A1 (de) 1983-08-18 1985-03-07 Köster, Hubert, Prof. Dr., 2000 Hamburg Verfahren zur herstellung von oligonucleotiden
US5118605A (en) * 1984-10-16 1992-06-02 Chiron Corporation Polynucleotide determination with selectable cleavage sites
US5367066A (en) * 1984-10-16 1994-11-22 Chiron Corporation Oligonucleotides with selectably cleavable and/or abasic sites
US4734363A (en) 1984-11-27 1988-03-29 Molecular Diagnostics, Inc. Large scale production of DNA probes
US4757141A (en) 1985-08-26 1988-07-12 Applied Biosystems, Incorporated Amino-derivatized phosphite and phosphate linking agents, phosphoramidite precursors, and useful conjugates thereof
US5011769A (en) 1985-12-05 1991-04-30 Meiogenics U.S. Limited Partnership Methods for detecting nucleic acid sequences
US4876187A (en) * 1985-12-05 1989-10-24 Meiogenics, Inc. Nucleic acid compositions with scissile linkage useful for detecting nucleic acid sequences
US4855225A (en) 1986-02-07 1989-08-08 Applied Biosystems, Inc. Method of detecting electrophoretically separated oligonucleotides
FR2596761B1 (fr) 1986-04-08 1988-05-20 Commissariat Energie Atomique Derives de nucleosides et leur utilisation pour la synthese d'oligonucleotides
US5091519A (en) 1986-05-01 1992-02-25 Amoco Corporation Nucleotide compositions with linking groups
US5151507A (en) 1986-07-02 1992-09-29 E. I. Du Pont De Nemours And Company Alkynylamino-nucleotides
EP0260032B1 (en) * 1986-09-08 1994-01-26 Ajinomoto Co., Inc. Compounds for the cleavage at a specific position of RNA, oligomers employed for the formation of said compounds, and starting materials for the synthesis of said oligomers
US4816571A (en) 1987-06-04 1989-03-28 Applied Biosystems, Inc. Chemical capping by phosphitylation during oligonucleotide synthesis
US5124246A (en) 1987-10-15 1992-06-23 Chiron Corporation Nucleic acid multimers and amplified nucleic acid hybridization assays using same
US5002867A (en) * 1988-04-25 1991-03-26 Macevicz Stephen C Nucleic acid sequence determination by multiple mixed oligonucleotide probes
EP0377015B1 (de) * 1988-05-24 1994-11-30 Gesellschaft für Biotechnologische Forschung mbH (GBF) Oligonucleotidbank und verfahren zur dna-sequenzierung
US5218103A (en) * 1988-05-26 1993-06-08 University Patents, Inc. Nucleoside thiophosphoramidites
DD287040A5 (de) * 1989-07-28 1991-02-14 Veb Forschungszentrum Biotechnologie Berlin,De Neue fluophorderivate, verfahren zu ihrer herstellung und deren verwendung zur herstellung neuartiger fluoreszenzmarkierter nucleoside, nucleotide und oligonucleotide
US5302509A (en) 1989-08-14 1994-04-12 Beckman Instruments, Inc. Method for sequencing polynucleotides
US5149796A (en) * 1989-08-31 1992-09-22 City Of Hope Chimeric DNA-RNA catalytic sequences
US5407799A (en) * 1989-09-14 1995-04-18 Associated Universities, Inc. Method for high-volume sequencing of nucleic acids: random and directed priming with libraries of oligonucleotides
US5264562A (en) * 1989-10-24 1993-11-23 Gilead Sciences, Inc. Oligonucleotide analogs with novel linkages
US5188934A (en) 1989-11-14 1993-02-23 Applied Biosystems, Inc. 4,7-dichlorofluorescein dyes as molecular probes
HUT62944A (en) * 1989-12-04 1993-06-28 Isis Pharmaceuticals Inc Inhibition of papilloma virus with opposite oligonucleotides
US5149797A (en) * 1990-02-15 1992-09-22 The Worcester Foundation For Experimental Biology Method of site-specific alteration of rna and production of encoded polypeptides
AU2674092A (en) * 1991-09-09 1993-04-05 Baylor College Of Medicine Method and device for rapid dna or rna sequencing determination by a base addition sequencing scheme
CA2080305A1 (en) * 1991-10-11 1993-04-12 Linda M. Western Method for producing a polynucleotide for use in single primer amplification and phosphorothioate-containing oligonucleotides as primers in nucleic acid amplification
DE4141178A1 (de) 1991-12-13 1993-06-17 Europ Lab Molekularbiolog Verfahren zur sequenzierung von nukleinsaeuren
US5272250A (en) * 1992-07-10 1993-12-21 Spielvogel Bernard F Boronated phosphoramidate compounds
GB9214873D0 (en) * 1992-07-13 1992-08-26 Medical Res Council Process for categorising nucleotide sequence populations
US5652355A (en) * 1992-07-23 1997-07-29 Worcester Foundation For Experimental Biology Hybrid oligonucleotide phosphorothioates
US5503980A (en) * 1992-11-06 1996-04-02 Trustees Of Boston University Positional sequencing by hybridization
US5795714A (en) * 1992-11-06 1998-08-18 Trustees Of Boston University Method for replicating an array of nucleic acid probes
JP2763263B2 (ja) 1992-12-31 1998-06-11 第一合纖株式會社 光記録媒体
US5476925A (en) * 1993-02-01 1995-12-19 Northwestern University Oligodeoxyribonucleotides including 3'-aminonucleoside-phosphoramidate linkages and terminal 3'-amino groups
US5593826A (en) * 1993-03-22 1997-01-14 Perkin-Elmer Corporation, Applied Biosystems, Inc. Enzymatic ligation of 3'amino-substituted oligonucleotides
US5595739A (en) * 1993-05-07 1997-01-21 Abbott Laboratories Hepatitis B virus mutants, reagents and methods for detection
US5728545A (en) * 1993-06-18 1998-03-17 The Salk Institute Of Biological Studies Cloning and recombinant production of CRF receptor (S)
GB9315847D0 (en) * 1993-07-30 1993-09-15 Isis Innovation Tag reagent and assay method
WO1995004748A1 (en) * 1993-08-09 1995-02-16 Isis Pharmaceuticals, Inc. Oligomers for modulating viral processes
GB9401200D0 (en) * 1994-01-21 1994-03-16 Medical Res Council Sequencing of nucleic acids
WO1995021271A1 (en) * 1994-02-07 1995-08-10 Molecular Tool, Inc. Ligase/polymerase-mediated genetic bit analysistm of single nucleotide polymorphisms and its use in genetic analysis
US5625050A (en) * 1994-03-31 1997-04-29 Amgen Inc. Modified oligonucleotides and intermediates useful in nucleic acid therapeutics
US5750341A (en) * 1995-04-17 1998-05-12 Lynx Therapeutics, Inc. DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
US8264792B2 (en) 2009-05-04 2012-09-11 Headway Technologies, Inc. PMR writer device with multi-level tapered write pole
US9005565B2 (en) 2010-06-24 2015-04-14 Hamid-Reza Jahangiri-Famenini Method and apparatus for forming graphene
CN105601729A (zh) 2010-11-09 2016-05-25 诺沃—诺迪斯克有限公司 双-酰化的glp-1衍生物
US8408891B2 (en) 2010-12-23 2013-04-02 Bridgestone Sports Co., Ltd Golf ball mold and golf ball manufacturing method
US9405896B2 (en) 2011-04-12 2016-08-02 Salesforce.Com, Inc. Inter-application management of user credential data
KR101694297B1 (ko) 2012-08-30 2017-01-23 한국전자통신연구원 가상화 시스템을 위한 데스크탑 가상화 매니저 장치 및 클라이언트 장치
JP2016031772A (ja) 2014-07-30 2016-03-07 株式会社日立ハイテクファインシステムズ 熱アシスト磁気ヘッド素子の検査方法及びその装置

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5403708A (en) * 1992-07-06 1995-04-04 Brennan; Thomas M. Methods and compositions for determining the sequence of nucleic acids
WO1994003630A2 (en) * 1992-08-04 1994-02-17 Beckman Instruments, Inc. Method, reagent and kit for the detection and amplification of nucleic acid sequences
WO1994016101A2 (en) * 1993-01-07 1994-07-21 Koester Hubert Dna sequencing by mass spectrometry

Also Published As

Publication number Publication date
EP0871646A4 (en) 2005-12-07
AU718937B2 (en) 2000-05-04
EP2433949A1 (en) 2012-03-28
EP2298787A1 (en) 2011-03-23
EP2298787B1 (en) 2015-10-28
WO1996033205A1 (en) 1996-10-24
US6306597B1 (en) 2001-10-23
AU5549096A (en) 1996-11-07
JP4546582B2 (ja) 2010-09-15
US5969119A (en) 1999-10-19
US5750341A (en) 1998-05-12
CA2218017C (en) 2003-12-02
JPH11503908A (ja) 1999-04-06
EP0871646B1 (en) 2011-09-07
CA2218017A1 (en) 1996-10-24
EP2433950A1 (en) 2012-03-28
JP2011092192A (ja) 2011-05-12
EP0871646A1 (en) 1998-10-21
DE10184524T1 (de) 2011-07-07
JP2008086328A (ja) 2008-04-17
JP5279800B2 (ja) 2013-09-04
DK2298787T3 (en) 2016-01-11
JP2007282639A (ja) 2007-11-01
EP2298786A1 (en) 2011-03-23

Similar Documents

Publication Publication Date Title
JP5279800B2 (ja) 並行オリゴヌクレオチド伸長によるｄｎａ配列決定
JP3872812B2 (ja) 段階連結および切断によるｄｎａ配列決定
US5714330A (en) DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
JP3722833B2 (ja) 核酸配列分析の平行プライマー拡張手法
US6175002B1 (en) Adaptor-based sequence analysis
US6153379A (en) Parallel primer extension approach to nucleic acid sequence analysis
US5831065A (en) Kits for DNA sequencing by stepwise ligation and cleavage
AU754991B2 (en) DNA sequencing by parallel oligonucleotide extensions
WO2002020839A1 (fr) Procédé de détermination de séquence de base

Legal Events

Date Code Title Description
A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20111121

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20120807

A521 Request for written amendment filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A523

Effective date: 20121106

A131 Notification of reasons for refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A131

Effective date: 20130521

A02 Decision of refusal

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A02

Effective date: 20131015