JP2010539920A5 - - Google Patents
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Claims (25)
- 配列番号3〜16、18、20〜33、35若しくは37〜39のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の3’末端における10個のヌクレオチドの少なくとも75%を含むポリヌクレオチド。
- ポリヌクレオチドは、100ヌクレオチ長さ未満であり、好ましくは80ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは60ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは40ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは30ヌクレオチド長さ未満である、請求項1に記載のポリヌクレオチド。
- 配列番号3〜16、18、20〜33、35若しくは37〜39のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の全体又は3’末端における12個、14個、16個、17個、18個若しくは20個のヌクレオチドの少なくとも75%を含む、請求項1又は2に記載のポリヌクレオチド。
- クエンチャー基及びフルオロフォア基をさらに含む、前記請求項のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- クエンチャー基とフルオロフォア基とは、第一及び第二の領域を含むヌクレオチド・テイル配列によって分離され、第二の領域に対する第一の領域のハイブリダイゼーションによりクエンチャー基がフルオロフォア基に十分に近づき、フルオロフォア基を消光する結果となるように、第一の領域のヌクレオチドは、第二の領域のヌクレオチドと相補的であるが逆順である、請求項4に記載のポリヌクレオチド。
- 前記テイル配列は、さらに、PIK3CA遺伝子の領域と相補的な配列を有する第三の領域を含む、請求項5に記載のポリヌクレオチド。
- 配列番号18の少なくとも3’末端における6個のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号17を含む、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
- 配列番号35の少なくとも3’末端における6個のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号34を含む、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
- 配列番号39の少なくとも3’末端における最後のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号38を含む、請求項6に記載のポリヌクレオチド。
- 前記クエンチャー基がダブシル(Dabcyl)を含む、請求項4〜9のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記フルオロフォアが、ヘックス(Hex)、ファム(Fam)又はロックス(Rox)を含む、請求項4〜10のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
- 前記請求項の1項に定義されるポリヌクレオチドの少なくとも二つを含むキット。
- 配列番号18を含むポリヌクレオチド及び配列番号3〜16のいずれか1つを含むポリヌクレオチド;又は配列番号35を含むポリヌクレオチド及び配列番号20〜33のいずれか1つを含むポリヌクレオチド;又は配列番号39を含むポリヌクレオチド及び配列番号37を含むポリヌクレオチドを含む、請求項12に記載のキット。
- ヌクレオチド三リン酸塩、重合酵素及び/又はバッファー溶液をさらに含む、請求項12又は13に記載のキット。
- PIK3CA遺伝子の少なくとも断片を含む核酸試料における変異を検出するための、請求項1〜11のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド若しくは請求項12〜14のいずれか1項に記載のキット;又は配列番号3〜16、18、20〜33若しくは35又はその相補配列の3’末端における6個のヌクレオチドの4個又は5個を含むポリヌクレオチドの使用。
- 核酸試料におけるPIK3CA遺伝子の断片が、少なくとも10ヌクレオチド長さであり、好ましくは20ヌクレオチド長さであり、より好ましくは30ヌクレオチド長さであり、より好ましくは40ヌクレオチド長さである、請求項15に記載の使用。
- a)PIK3CA遺伝子の少なくとも断片を含む核酸試料を、配列番号3〜16又は20〜33のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の少なくとも3’末端における6個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドと混合し;及び
b)ハイブリダイゼーションが変異の存在を示す、核酸試料に対するポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出する、
工程を含む、PIK3CA遺伝子における変異の有無を検出する方法。 - 前記ポリヌクレオチドは、配列番号3〜16又は20〜33のプライマー配列の一つを含む、請求項17に記載の方法。
- 工程a)の前に、熱サイクリング核酸増幅、好ましくはPCRを用いて、PIK3CA遺伝子の断片のコピー数を増幅する工程を有する、請求項17又は18に記載の方法。
- 工程b)は、ポリヌクレオチドを第一のプライマーとして用いてDNA重合を実施すること、及び重合の伸張産物を検出することを含む、請求項17〜19のいずれか1項に記載の方法。
- 工程b)は、前記ポリヌクレオチドが相補的な領域の下流にあるPIK3CA配列の断片の領域に対応する第2のプライマーと、核酸試料及び前記ポリヌクレオチドを混合し、該混合物についてPCRを実施する工程を含む、請求項19又は20に記載の方法。
- 第2のプライマーは配列番号18を含み、かつ前記ポリヌクレオチドは配列番号3〜16の3’末端における6個のヌクレオチドの少なくとも4個又は5個を含み;又は第2のプライマーは配列番号35を含み、かつ前記ポリヌクレオチドは配列番号20〜33の最後の6個のヌクレオチドの少なくとも4個又は5個を含む、請求項21に記載の方法。
- コントロール・プライマーを用いて試料についてPCRを実施し、PIK3CA遺伝子の増幅と、前記ポリヌクレオチド及び第二のプライマーを用いた増幅とを比較する工程をさらに含む請求項20に記載の方法。
- 前記コントロール・プライマーが、配列番号37及び39を含む、請求項23に記載の方法。
- 前記ポリヌクレオチドは、クエンチャー基及びフルオロフォア基を含み、工程b)は、クエンチャー基の非存在下でフルオロフォアが反応する波長の光に混合物を暴露し、クエンチャー基の非存在下でフルオロフォア基によって放射される波長の光を検出することを含む、請求項17〜24のいずれか1項に記載の方法。
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