JP2010539920A5

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Publication number: JP2010539920A5
Application number: JP2010526365A
Authority: JP
Filing date: 2008-09-29
Publication date: 2011-11-10
Anticipated expiration: 2028-09-29

Claims

配列番号３〜１６、１８、２０〜３３、３５若しくは３７〜３９のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の３’末端における１０個のヌクレオチドの少なくとも７５％を含むポリヌクレオチド。
ポリヌクレオチドは、１００ヌクレオチ長さ未満であり、好ましくは８０ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは６０ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは４０ヌクレオチド長さ未満であり、より好ましくは３０ヌクレオチド長さ未満である、請求項１に記載のポリヌクレオチド。
配列番号３〜１６、１８、２０〜３３、３５若しくは３７〜３９のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の全体又は３’末端における１２個、１４個、１６個、１７個、１８個若しくは２０個のヌクレオチドの少なくとも７５％を含む、請求項１又は２に記載のポリヌクレオチド。
クエンチャー基及びフルオロフォア基をさらに含む、前記請求項のいずれか１項に記載のポリヌクレオチド。
クエンチャー基とフルオロフォア基とは、第一及び第二の領域を含むヌクレオチド・テイル配列によって分離され、第二の領域に対する第一の領域のハイブリダイゼーションによりクエンチャー基がフルオロフォア基に十分に近づき、フルオロフォア基を消光する結果となるように、第一の領域のヌクレオチドは、第二の領域のヌクレオチドと相補的であるが逆順である、請求項４に記載のポリヌクレオチド。
前記テイル配列は、さらに、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の領域と相補的な配列を有する第三の領域を含む、請求項５に記載のポリヌクレオチド。
配列番号１８の少なくとも３’末端における６個のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号１７を含む、請求項６に記載のポリヌクレオチド。
配列番号３５の少なくとも３’末端における６個のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号３４を含む、請求項６に記載のポリヌクレオチド。
配列番号３９の少なくとも３’末端における最後のヌクレオチドを含み、かつ前記テイル配列は配列番号３８を含む、請求項６に記載のポリヌクレオチド。
前記クエンチャー基がダブシル（Dabcyl）を含む、請求項４〜９のいずれか1項に記載のポリヌクレオチド。
前記フルオロフォアが、ヘックス（Hex）、ファム（Fam）又はロックス（Rox）を含む、請求項４〜１０のいずれか１項に記載のポリヌクレオチド。
前記請求項の１項に定義されるポリヌクレオチドの少なくとも二つを含むキット。
配列番号１８を含むポリヌクレオチド及び配列番号３〜１６のいずれか１つを含むポリヌクレオチド；又は配列番号３５を含むポリヌクレオチド及び配列番号２０〜３３のいずれか１つを含むポリヌクレオチド；又は配列番号３９を含むポリヌクレオチド及び配列番号３７を含むポリヌクレオチドを含む、請求項１２に記載のキット。
ヌクレオチド三リン酸塩、重合酵素及び／又はバッファー溶液をさらに含む、請求項１２又は１３に記載のキット。
ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の少なくとも断片を含む核酸試料における変異を検出するための、請求項１〜１１のいずれか１項に記載のポリヌクレオチド若しくは請求項１２〜１４のいずれか１項に記載のキット；又は配列番号３〜１６、１８、２０〜３３若しくは３５又はその相補配列の３’末端における６個のヌクレオチドの４個又は５個を含むポリヌクレオチドの使用。
核酸試料におけるＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の断片が、少なくとも１０ヌクレオチド長さであり、好ましくは２０ヌクレオチド長さであり、より好ましくは３０ヌクレオチド長さであり、より好ましくは４０ヌクレオチド長さである、請求項１５に記載の使用。
ａ）ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の少なくとも断片を含む核酸試料を、配列番号３〜１６又は２０〜３３のプライマー配列のうちの一つ又はその相補配列の少なくとも３’末端における６個のヌクレオチドを含むポリヌクレオチドと混合し；及び
ｂ）ハイブリダイゼーションが変異の存在を示す、核酸試料に対するポリヌクレオチドのハイブリダイゼーションを検出する、
工程を含む、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子における変異の有無を検出する方法。
前記ポリヌクレオチドは、配列番号３〜１６又は２０〜３３のプライマー配列の一つを含む、請求項１７に記載の方法。
工程ａ）の前に、熱サイクリング核酸増幅、好ましくはＰＣＲを用いて、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の断片のコピー数を増幅する工程を有する、請求項１７又は１８に記載の方法。
工程ｂ）は、ポリヌクレオチドを第一のプライマーとして用いてＤＮＡ重合を実施すること、及び重合の伸張産物を検出することを含む、請求項１７〜１９のいずれか１項に記載の方法。
工程ｂ）は、前記ポリヌクレオチドが相補的な領域の下流にあるＰＩＫ３ＣＡ配列の断片の領域に対応する第２のプライマーと、核酸試料及び前記ポリヌクレオチドを混合し、該混合物についてＰＣＲを実施する工程を含む、請求項１９又は２０に記載の方法。
第２のプライマーは配列番号１８を含み、かつ前記ポリヌクレオチドは配列番号３〜１６の３’末端における６個のヌクレオチドの少なくとも４個又は５個を含み；又は第２のプライマーは配列番号３５を含み、かつ前記ポリヌクレオチドは配列番号２０〜３３の最後の６個のヌクレオチドの少なくとも４個又は５個を含む、請求項２１に記載の方法。
コントロール・プライマーを用いて試料についてＰＣＲを実施し、ＰＩＫ３ＣＡ遺伝子の増幅と、前記ポリヌクレオチド及び第二のプライマーを用いた増幅とを比較する工程をさらに含む請求項２０に記載の方法。
前記コントロール・プライマーが、配列番号３７及び３９を含む、請求項２３に記載の方法。
前記ポリヌクレオチドは、クエンチャー基及びフルオロフォア基を含み、工程ｂ）は、クエンチャー基の非存在下でフルオロフォアが反応する波長の光に混合物を暴露し、クエンチャー基の非存在下でフルオロフォア基によって放射される波長の光を検出することを含む、請求項１７〜２４のいずれか１項に記載の方法。