JP2009519460A - 結腸直腸癌の診断と予後 - Google Patents
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Abstract
【選択図】図1
Description
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738)である。
あるいは、対照の健常ヒトサンプルと比較して、診断サンプルにおいて以下のタンパク質の減少濃度を検出することを含む。タンパク質は、
セロトランスフェリン(SwissProt Acc. No. P02787);
26Sプロテアソームサブユニットp40.5(SwissProt Acc. No. Q9UNM7);
アルド-ケト還元酵素ファミリー1メンバーB10(SwissProt Acc. No. O60218);
フルクトサミン-3-キナーゼ(SwissProt Acc. No. Q9H479);
ペリフェリン(SwissProt Acc. No. P41219);
α-2-マクログロブリン(SwissProt Acc. No. P01023);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはアポリポタンパク質A IV(SwissProt Acc. No. P06727)である。
プルにおける前記タンパク質の濃度と比較して、検出することを含む。タンパク質は上記で特定したうちの少なくとも一つである。
“タンパク質”(“ポリペプチドとも称される”)という用語は、上記のアクセッション番号に対応する配列に限定されず、それらの変異体(variants)、ミュータント (mutants)とアイソフォームを含む。変異体(variant)とは、ある配列に高い相同性を持つポリペプチドの配列に自然発生する変異と定義され、実質的に同じ機能特性と免疫学的性質を持つ。ミュータント(mutant)とは、人工的に作り出された変異体と定義される。高い相同性とは、少なくとも90%、好ましくは少なくとも95%、そして最も好ましくは少なくとも99%の相同性と定義される。変異体は、単一の種内で発生してもよいし、あるいは異種間で発生してもよい。ポリペプチドのアイソフォームは、ポリペプチドと同じ機能を持つが、異なる遺伝子によってコードされ、またその配列中にわずかな違いを有することもある。上記のタンパク質はヒト由来であるが、本発明は他の哺乳類種由来の対応するポリペプチドの利用も包含する。
識二次抗体と共にインキュベートされる。あるいは、抗体捕捉アッセイ(antibody capture assay)が利用できる。ここでは、試料サンプルが固相に結合してもよく、その後抗マーカータンパク質抗体が加えられ、また結合することができる。結合していない物質を洗浄した後、固相に結合した抗体の量を、抗一次抗体標識二次抗体を用いて測定する。
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
ハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738)
15人の患者が選択された。これらの患者から、腫瘍組織に相当する15の結腸直腸サンプルと、隣接する健常組織に相当する15サンプルを採取した。腫瘍組織サンプルと健常組織サンプルを容器の液体窒素上に置き 、粉末状の硬さになるまで均質化した。
実験研究の前に、2Dゲルの最小数で表示されるタンパク質の最大数をカバーするために、2DE分離最適化ステップを行った。いくつかのIPG(固定化pH勾配)ストリップ範囲をテストした(4-7、3-7NL(NL=非線形)、3-10、3-10NL)。本研究の手法では、最適範囲は3-10非線形であった。各サンプルにつき一つの分析ゲルを供した(pH 3-10NL、10%アクリルアミド、100μgタンパク質負荷量)。ゲルを銀染色し、スキャンし、ゲル画像をProGenesisソフトウェア(v2005)で分析した。
althcare)で処理した。ペプチドプロファイルをMALDI-ToF(マトリックス支援レーザー脱離イオン化‐飛行時間型質量分析装置)で作製し、Ms-Fitソフトウェア(Protein Prospector)で分析し、IPI(International Protein Index:国際タンパク質指標)データベースで検索した。
<画像分析法および目的の制御タンパク質スポットの数>
ゲル画像はProGenesis(v2005)で分析した。スポット検出、マッチング、バックグラウンド除去、および正規化はProGenesisによって自動的に行われた。バックグラウンド除去法は、Nonlinear Dynamics社によって確立された特許の(proprietary)バックグラウンド除去アルゴリズムを用いた。このアルゴリズムは、ゲル全体の表面モデルに基づいてバックグラウンドレベルを計算した。正規化モードは、“総スポット体積(Total Spot Volume)”法を用いた。この方法では、ゲル内の各スポットの体積を全スポットの総体積で除する。この方法は極めて小さな値を出す傾向があるため、結果にある係数を乗じた。例えば、デフォルト値である100を係数に使用した場合は、スポット百分率体積が得られる。本研究では、ProGenesisによって指定されたデフォルト値よりも大きな整数をデータ分析に使用できる係数1000での乗算を行うことに決めた。それからスポットデータをExcelにエクスポートし、マクロを用いて、変動係数(CV、%)、スチューデントT検定、マン・ホイットニ検定、および、腫瘍群対健常群のスポット体積比間の制御係数(Regulation
factor)を99.5の信頼度(p<0.005)以内で計算した。
)実際の比較から確固たる制御スポットが真の統計的有意性をもって選択されることを確実にする。この種のテストを実施することによって、どのような種類の選択基準が、実験群内の真の変化を明らかにできるかが明白となる。“疑似群”比較の実施後、実際の比較と同様の数の変化が見つかった場合は、そのデータセットは群特異的変化において“空(empty)”であるということになる。
調製健常組織ゲルと調製腫瘍組織ゲルは、それぞれ四つの健常組織サンプルの混合と四つの腫瘍組織サンプルの混合と共に実験に供した。これらのゲルはクマシーブルーで染色され、目的スポットが採取され、Spot Handling workstation(GE Healthcare)で処理され、さらにペプチドはMALDI-ToFターゲット上にのせた。MSスペクトルはMs-FitソフトウェアとIPIデータベースで分析した。表2に示すように、提示された全タンパク質スポットは、タンパク質あたり平均13ペプチドで、約34%のタンパク質一致率と測定誤差4.7ppmでうまく同定された。31のタンパク質スポットは22の異なるタンパク質種に対応する。
<使用された技術の検証>
本研究は、腫瘍組織と健常組織間で特異的に発現したタンパク質が、2Dゲル電気泳動法によって同定されたことを明らかにした。CRCのバイオマーカーを見つけるために、いくつかのプロテオミクス研究は既に実行されている(Albrethsen et al., 2005; Mori et al., 2005; Ahmed, 2005; Alessandro et al., 2005; Drew et al., 2005, Alfonso et al., 2005; Friedman et al., 2004; Lawrie LC et al., 2001)。制御されていることがわかったタンパク質のうちのいくつかは、既に同定されている。:グリシル-tRNA合成酵素(スポット241)、60 kDa熱ショックタンパク質(スポット543および543左)、アデノシルホモシステイナーゼ(スポット768)、無機ピロホスファターゼ(スポット1015)、アネキシンA4(スポット1049)、Fアクチンキャッピングタンパク質βサブユニット(スポット1052)、トロポミオシンアルファ4(1081および1458)、Rho GDP解離阻害因子1(スポット1171)、14-3-3タンパク質α/β(スポット1171)、翻訳制御腫瘍タンパク質(スポット1229)、および血清アルブミン(スポット733, 346, 364, 404, 435, 460, 462, 519, 877, 1060および1256)。血清アルブミンスポット733を除く全てのタンパク質で観察された制御は、以前に見つかったものと一致した。これらのタンパク質を本研究で同定したという事実は、分析したサンプルと、使用した方法の正確性と感度が高値であることを示す。一方、これらの観察は、本研究の2-DEプロトコルの高解像度を裏付ける。実に、2D電気泳動法を扱う全ての出版物(Mori et al., 2005; Alfonso et al., 2005; Friedman et
al., 2004)はDIGE(蛍光標識2-Dディファレンスゲル電気泳動)技術(GE Healthcare)を使用した。
本研究は結腸癌組織でタンパク質を同定した:形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(スポット407)、SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(スポット949)、仮想タンパク質(スポット975)、カルポニン-2(スポット983)、熱ショックタンパク質HSP90-β(スポット1191)、セロトランスフェリン(スポット361)、26Sプロテアソームサブユニットp40.5(スポット877)、アルド-ケト還元酵素ファミリー1メンバーB10(スポット943)、フルクトサミン-3-キナーゼ(スポット943)、ペリフェリン(スポット543)お
よびホスホグリセリン酸ムターゼ1(スポット1354)。
本研究の目的は、新たなバイオマーカーを見つけるために、CRC罹患患者から組織サンプルと血液サンプルをスクリーニングすることであった。本研究ではタンパク質を表示するために2-DEゲル電気泳動を使用し、タンパク質スポットを検出するために銀染色を使用し、目的タンパク質を同定するために質量分析を使用した。
あった。
腫瘍血漿サンプルおよび対照血漿サンプルにおけるタンパク質発現を分析するために、二次元ゲル電気泳動と質量分析が使用された。各サンプルは個別に除去され、2DEゲルで分離した。腫瘍サンプルと対照サンプル間で統計的に有意な変化を持つ七つのスポットに対して、大きな差異が見られた(少なくともゲルの60%以内にスポットが存在し、1.5倍の下方/上方制御で、かつp値<0.005)。全タンパク質スポットはMALDI-ToF MSによって同定され、これらは四つの異なるタンパク質種に対応した。
各血漿サンプルにつき、一つの分析ゲルを供した(pH 3-10NL、10%アクリルアミド、100μgタンパク質負荷量)。ゲルを銀染色し、スキャンし、ゲル画像をProGenesisソフトウェア(v2006)で分析した。
照がIPIデータベースで利用可能な場合は、SwissProtでの参照番号を示した(図19)。
<1-画像分析法および検出された制御タンパク質スポットの数>
ゲル画像はProGenesis(v2006)で分析した。スポット検出、マッチング、バックグラウンド除去および正規化はProGenesisによって自動的に行われた。バックグラウンド除去方法は、Nonlinear Dynamics社によって確立された特許のバックグラウンド除去アルゴリズムを用いた。ゲル全体の表面モデルに基づいて、バックグラウンドをアルゴリズムが計算した。正規化モードは、“総スポット体積”法を用いた。この方法では、ゲル内の各スポットの体積を全スポットの総体積で除する。この方法はきわめて小さい値を生じる傾向があるので、結果にある係数を乗じた。例えば、デフォルト値である100を係数として用いる場合、スポット百分率体積がもたらされる。
調製健常血漿ゲルと調製腫瘍血漿ゲルは、それぞれ五つの健常サンプルの混合物と五つの腫瘍サンプルの混合物と共に実験に供した。これらのゲルはクマシーブルーで染色し、目的タンパク質を採取してSpot Handling Workstation(GE Healthcare)で処理し、ペプチドをMALDI-ToFターゲットにのせた。MSスペクトルはMs-FitソフトウェアとIPIデータベースで分析した。図19に示すように、提示された全てのタンパク質スポットは、タンパク質あたり平均13ペプチド、約20%のタンパク質一致率(protein coverage)でうまく同定された。七つのタンパク質スポットは四つの異なるタンパク質種に対応していた(図19)。
<1-組織中で制御されることが事前にわかっていたタンパク質は、全て血漿中で全く制御されないことがわかった>
腫瘍組織と健常組織間での特異的なタンパク質発現の分析に基づく実施例1では、22の特異的制御タンパク質が同定された。これら22のタンパク質のいくつかは既に血漿中で見つかっているという事実にも関わらず、それらのいずれも血漿中では制御されていないことがわかった。
は血清アルブミンが制御タンパク質として同定された。このタンパク質は血漿から除去され(上記の実験手順を参照)、従って調べた血漿サンプルでは見られなかったということになる。
血漿の実験では、腫瘍サンプルにおいて二つの上方制御されたスポットが発見され(スポット748;2049)、それぞれセルピンC1タンパク質とハプトグロビン前駆体と同定された。また、三つの異なるタンパク質種α-2-マクログロブリン(スポット707;710;711)、セルピンC1タンパク質(スポット1040)、アポリポタンパク質A IV(スポット1149)に対応する、五つの下方制御されたスポットが腫瘍血漿で発見された(図19)。
配列のフラグメントに相当し得ることが想像できる。α-2-マクログロブリンと同定されたスポットは、同じスポット鎖に属しており(図20)、これらのスポット間の差が、タンパク質の翻訳後修飾によるものであろうことも想像できる。
本研究の目的は、新たなバイオマーカーを発見するために、CRC罹患患者からの除去血漿サンプルをスクリーニングすることであった。2-DEゲル電気泳動を用いてタンパク質を表示し、銀染色を用いてタンパク質スポットを検出し、質量分析を用いて目的タンパク質を同定した。
Ahmed FE, Expert Rev Mol Diagn 2005; 5: 353-375.
Albrethsen J, Bogebo R, et al, BMC Cancer 2005; 5: 8-17.
Alessandro R, Belluco C, et al, Clin Colorectal Cancer 2005: 4: 396-402.
Alfonso P, Nunez A, et al, Proteomics 2005; 5: 2602-2611.
Bresalier RS, Byrd JC, Tessler D, et al, Gastroenterology, 2004; 127: 741-748.
Broll R, Erdmann H, et al, Eur. J Surg Oncol 2001; 27: 37-42.
Buckaults P, Rago C, et al, Cancer Res 2001 ; 61 : 6996-7001.
Drew JE, Rucklidge GJ, et al, Biochem Biophys Res Commun 2005; 330: 81-87.
Du Y, Bales KR, Dodel RC, et al, J Neurochem. 1998; 70: 1182-1188.
Enwegen J., Helgason H., Cats A., et al, World J. Gastroenterology 2006; 12: 1536-1544.
Escribano J, Hernando N, et al, J Cell Physiol 1994; 160: 511-521.
Evans MJ, Saghatelian A, et al, Net Biotechnol 2005; 23 : 1303-1307.
Fernandez-Fernandez L, Tejero E, et al, Eur. J Surg Oncol 1995; 21: 388-390.
Friedman D, Hill S, et al, Proteomics 2004; 4: 793-811.
Gold P, Freedman SO, J. Exp. Med. 1965; 121: 439-162.
Hammel P, Soussi T, Rev Med Interne 2000; 21: 167-173.
Kawakami T., Hoshida Y., Kanai F., et al, Proteomics, 2005; 5; 4287-4295.
Kitching R, Qi S, et al, J Bone Miner Metab 2002 ; 20 : 269-280.
Lawrie LC, Curran S, et al, J Clin Pathol : MolPathol 2001 ; 54 : 253-258.
Lilja H, Christensson A, Dahlen U, et al, Clin Chem 1991;37:1618-1625.
Moll R, Franke WW, et al, Cell 1982; 31: 11-14.
Mori Y, Kondo T, et al, J Chromatogr B Analyt Technol Biomed Life Sci. 2005; 823:82-97.
Niikura Y, Kitagama K, DNA Seq 2003 ; 14 : 436-441.
Nilsson O, Johannsson C, et al, Br J Cancer 1992; 65: 215-221.
Rodriguez-Pineiro AN, Paez de la Cadena M, Lopez-Saco A, et al, Mol. Cell.
Proteomics, 2006; in press.
Roessler M, Rollinger W, Mantovani-Endl L, et al, Mol. Cell. Proteomics 2006; in
press.
Sierko E, Zawadzki RJ, Zimnoch L, Pol. Merkuriusz Lek., 2006; 20; 462-467.
Shiota G, Ishida M, et al, Dig Dis Sci 2000; 45: 122-128.
Tufan NL, Lian Z, et al, Neoplasia 2002 ; 4 : 355-368.
Ward DG, Suggett N, Cheng Y, et al, British J. Cancer 2006 ; 6 : 1898-1905.
Whitesell L, Lindquist SL, Nature Rev Cancer 2005 ; 5 :761-772.
Yamagushi K, Enjoji M, et al, World J Gastroenterol 2005; 11: 5199-5202.
Zervos EE, Tanner SM, Osborne DA, et al, J. Surg. Res. 2006: in press.
Zhang L, Zhou W, et al, Science 1997 ; 276 : 1268-1272.
Claims (35)
- ヒト被験者から採取した有効な体組織の診断サンプルにおける結腸直腸癌の診断方法であって、対照の健常ヒトサンプルと比較して、前記診断サンプル中のタンパク質の増加濃度を検出するステップを含み、前記タンパク質は、
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738)であり、
あるいは、対照の健常ヒトサンプルと比較して、前記診断サンプル中のタンパク質の減少濃度を検出するステップを含み、前記タンパク質は、
セロトランスフェリン(SwissProt Acc. No. P02787);
26Sプロテアソームサブユニットp40.5(SwissProt Acc. No. Q9UNM7);
アルド-ケト還元酵素ファミリー1メンバーB10(SwissProt Acc. No. O60218);
フルクトサミン-3-キナーゼ(SwissProt Acc. No. Q9H479);
ペリフェリン(SwissProt Acc. No. P41219);
α-2-マクログロブリン(SwissProt Acc. No. P01023);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはアポリポタンパク質A IV(SwissProt Acc. No. P06727)である
ことを特徴とする、方法。 - 前記診断サンプル中の前記タンパク質濃度が、前記対照サンプルと比較して、少なくとも2倍増加するかあるいは減少することを特徴とする、請求項1に記載の方法。
- 前記タンパク質のバインディングアッセイによって、前記診断サンプルに対して前記検出が行われることを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
- 前記バインディングアッセイが、前記診断サンプルの前記タンパク質を、特異的な結合パートナーと相互作用させるステップと、前記相互作用を検出するステップを含むことを特徴とする、請求項3に記載の方法。
- 前記特異的な結合パートナーが標識されることを特徴とする、請求項4に記載の方法。
- 前記特異的な結合パートナーが、前記タンパク質を認識する抗体もしくは抗体フラグメントであることを特徴とする、請求項4または5に記載の方法。
- 前記対照サンプルが、前記診断サンプルと同じヒト被験者の健常組織から採取されることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記対照サンプルが、前記診断サンプルを提供するものとは異なるヒト被験者の健常組織から採取されることを特徴とする、請求項1〜6のいずれか一項に記載の方法。
- 前記体組織が体液であり、前記体液は免疫測定に供されることを特徴とする、請求項8に記載の方法。
- 前記免疫測定が、ウェスタンブロット、酵素結合免疫吸着法(ELISA)、抗体マイクロアレイ、またはビーズサスペンションアレイであることを特徴とする、請求項9に記載の方法。
- 前記診断サンプルは、凍結された、あるいはパラフィン包埋された組織切片であり、この組織切片が免疫組織染色に供されることを特徴とする、請求項1〜8のいずれか一項に記載の方法。
- 前記診断サンプルが、染色ゲルをもたらすために二次元ゲル電気泳動に供され、前記タンパク質の増加濃度もしくは減少濃度が、対応する対照ゲルと比較して、前記染色ゲル上のタンパク質含有スポットの増加強度もしくは減少強度によって検出されることを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
- 図3〜6における、スポット407、949、975、983、1191、もしくは1354の増加強度、あるいはスポット361、877、943、もしくは543の減少強度が検出されることを特徴とする、請求項12に記載の方法。
- 請求項1で特定された前記タンパク質のうちの少なくとも一つのメッセンジャーRNAに対するDNAプローブを用いるin situハイブリダイゼーションを含む、請求項1または2に記載の方法。
- 以下のマーカータンパク質のうちの一つ以上の増加濃度が、前記対照サンプル中の自己抗体のレベルと比較して、それに対する自己抗体の上昇レベルを検出することによって検出されることを特徴とする、請求項1または2に記載の方法。
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログ対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738) - 前記自己抗体のレベルが、ウェスタンブロット、ELISA、タンパク質マイクロアレイ、またはビーズサスペンションアレイによって検出されることを特徴とする、請求項15に記載の方法。
- 請求項1で特定された一つ以上のマーカータンパク質の前記濃度の増加または減少が検出されることを特徴とする、請求項1〜14のいずれか一項に記載の方法。
- 前記有効な体組織が結腸直腸サンプルであることを特徴とする、請求項1〜8および11〜14のいずれか一項に記載の方法。
- 被験者の結腸直腸癌の治療の効果をモニタリングする方法であって、前記治療の段階において前記被験者から採取された有効な体組織サンプルにおいて、少なくとも一つのタンパク質の濃度の変化を、前記治療の前もしくは前記治療の初期段階において前記被験者から採取された有効な体組織サンプルにおける前記タンパク質の濃度と比較して、検出するステップを含み、前記タンパク質は、
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
ハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738):
セロトランスフェリン(SwissProt Acc. No. P02787);
26Sプロテアソームサブユニットp40.5(SwissProt Acc. No. Q9UNM7);
アルド-ケト還元酵素ファミリー1メンバーB10(SwissProt Acc. No. O60218);
フルクトサミン-3-キナーゼ(SwissProt Acc. No. Q9H479);
ペリフェリン(SwissProt Acc. No. P41219);
α-2-マクログロブリン(SwissProt Acc. No. P01023);
またはアポリポタンパク質A IV(SwissProt Acc. No. P06727)である
ことを特徴とする、方法。 - 前記タンパク質濃度の変化が減少であって、前記タンパク質は、
形質転換成長因子-β誘導タンパク質IG-H3(SwissProt Acc. No. Q15582);
SKP1ホモログの対立遺伝子G2のサプレッサー(アイソフォーム2)(SwissProt Acc. No. Q9Y2Z0-2);
仮想タンパク質(URG4の一部)(SwissProt Acc. No. Q9NWR7);
カルポニン-2(SwissProt Acc. No. Q99439);
熱ショックタンパク質HSP90-β(SwissProt Acc. No. P08238);
ホスホグリセリン酸ムターゼ1(SwissProt Acc. No. P18669);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはハプトグロビン前駆体(SwissProt Acc. No. P00738)
であることを特徴とする、請求項19に記載の方法。 - 前記タンパク質濃度の変化が増加であって、前記タンパク質は、
セロトランスフェリン(SwissProt Acc. No. P02787);
26Sプロテアソームサブユニットp40.5(SwissProt Acc. No. Q9UNM7);
アルド-ケト還元酵素ファミリー1メンバーB10(SwissProt Acc. No. O60218);
フルクトサミン-3-キナーゼ(SwissProt Acc. No. Q9H479);
ペリフェリン(SwissProt Acc. No. P41219);
α-2-マクログロブリン(SwissProt Acc. No. P01023);
セルピンC1タンパク質(SwissProt Acc. No. P01008);
またはアポリポタンパク質A IV(SwissProt Acc. No. P06727)
であることを特徴とする、請求項19に記載の方法。 - 前記タンパク質濃度の変化が、それに対する自己抗体のレベルにおける変化を、前記比較サンプルにおける自己抗体のレベルと比較して検出することによって検出されることを特徴とする、請求項21に記載の方法。
- 前記有効な体組織が結腸直腸組織であることを特徴とする、請求項19〜22のいずれか一項に記載の方法。
- 前記有効な体組織が、血液または、血清もしくは血漿などの血液産物であることを特徴とする、請求項19〜22のいずれか一項に記載の方法。
- 前記治療が外科手術であることを特徴とする、請求項19〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記治療が化学療法であることを特徴とする、請求項19〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 前記治療が免疫療法であることを特徴とする、請求項19〜24のいずれか一項に記載の方法。
- 請求項1で特定されたタンパク質を認識する、請求項1で特定されたタンパク質と結合する、あるいは請求項1で特定されたタンパク質に対する親和性を持つパートナー物質の、診断目的または治療目的のための使用。
- 前記パートナー物質が抗体であることを特徴とする、請求項28に記載の使用。
- 前記抗体が固相上に固定されることを特徴とする、請求項29に記載の使用。
- 前記抗体が、ビーズ上に固定されるかあるいはチップとして固定されることを特徴とする、請求項30に記載の使用。
- 前記パートナー物質が自己抗体であることを特徴とする、請求項28に記載の使用。
- 請求項1に記載の診断方法、または請求項19に記載の治療効果のモニタリング方法を実行するためのキットであり、前記診断サンプル中に存在するタンパク質との相互作用のための、アッセイ適合性形式のパートナー物質を含むキット。
- 前記アッセイ適合性形式が、標識された形式であることを特徴とする、請求項33に記載のキット。
- 前記パートナー物質が固定化抗体であることを特徴とする、請求項33または34に記載のキット。
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Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013529773A (ja) * | 2010-06-11 | 2013-07-22 | イミュノヴィア・アーベー | 方法、アレイ、およびこれらの使用 |
Families Citing this family (23)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
WO2012047930A2 (en) * | 2010-10-04 | 2012-04-12 | The Regents Of The University Of California | Compositions and methods for treatment of gynecologic cancers |
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FR2919065B1 (fr) * | 2007-07-19 | 2009-10-02 | Biomerieux Sa | Procede de dosage de l'apolipoproteine ai pour le diagnostic in vitro du cancer colorectal |
US8551720B2 (en) * | 2007-10-25 | 2013-10-08 | The Board Of Trustees Of Southern Illinois University | Methods for diagnosing bowel disease |
FR2933773B1 (fr) | 2008-07-10 | 2013-02-15 | Biomerieux Sa | Procede de dosage de la proteine disulfide isomerase pour le diagnostic in vitro du cancer colorectal |
JP5755149B2 (ja) * | 2009-01-26 | 2015-07-29 | エレクトロフォレティクス リミテッドElectrophoretics Limited | 方法 |
US20130023484A1 (en) * | 2010-01-04 | 2013-01-24 | Mayo Foundation For Medical Education And Research | Peripherin-specific autoantibodies as a marker for neurological and endocrinological disease |
EP2681562A1 (en) * | 2011-02-28 | 2014-01-08 | Rheinische Friedrich-Wilhelms-Universität Bonn | Method of diagnosing breast carcinoma |
WO2013033260A1 (en) | 2011-08-29 | 2013-03-07 | The Regents Of The University Of California | Use of hdl-related molecules to treat and prevent proinflammatory conditions |
KR20170007181A (ko) | 2015-07-10 | 2017-01-18 | 3스캔 인크. | 조직학적 염색제의 공간 다중화 |
WO2017165199A1 (en) * | 2016-03-25 | 2017-09-28 | The Trustees Of Columbia University In The City Of New York | Next-generation biomarkers to detect sun damage and predict skin cancer risk |
WO2018140256A1 (en) * | 2017-01-17 | 2018-08-02 | Duke University | Gene expression signatures useful to predict or diagnose sepsis and methods of using the same |
WO2019157345A1 (en) * | 2018-02-09 | 2019-08-15 | The Broad Institute, Inc. | Compositions and methods for characterizing bladder cancer |
WO2019173456A1 (en) * | 2018-03-06 | 2019-09-12 | Board Of Regents, The University Of Texas System | Replication stress response biomarkers for immunotherapy response |
PT3794148T (pt) * | 2018-05-17 | 2022-09-27 | Twobull Meditherapy P C | Métodos de diagnóstico de aneurisma ou cancro |
EP3867404A4 (en) * | 2018-10-15 | 2022-08-03 | Provincial Health Services Authority | GENE EXPRESSION PROFILES FOR B-CELL LYMPHOMAS AND THEIR USES |
WO2021015619A1 (en) * | 2019-07-23 | 2021-01-28 | Stichting Het Nederlands Kanker Instituut-Antoni van Leeuwenhoek Ziekenhuis | Progression markers for colorectal adenomas |
CN116298295B (zh) * | 2023-05-18 | 2023-09-01 | 上海秤信生物科技有限公司 | 用于结直肠癌早期检测的肿瘤自身抗原/抗体组合及应用 |
Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2004248501A (ja) * | 2000-04-11 | 2004-09-09 | Takara Holdings Inc | 癌悪性度の評価方法 |
JP2005527813A (ja) * | 2002-04-19 | 2005-09-15 | リージェン バイオテック インコーポレーテッド | βig−h3蛋白質の定量方法及びこれを利用した診断キット |
US20050260177A1 (en) * | 1998-06-05 | 2005-11-24 | Corixa Corporation | Compounds for immunotherapy and diagnosis of colon cancer and methods for their use |
Family Cites Families (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
GB9705949D0 (en) * | 1997-03-21 | 1997-05-07 | Electrophoretics International | Diagnosis of tumours and other abnormalities of body cells |
WO2002074156A2 (en) * | 2001-02-02 | 2002-09-26 | Corixa Corporation | Compositions and methods for the therapy and diagnosis of colon cancer |
AU2002349786A1 (en) * | 2002-06-19 | 2004-01-06 | Japan As Represented By The President Of The University Of Tokyo | Method for diagnosis of colorectal tumors |
EP1998177A3 (en) * | 2003-01-06 | 2009-02-18 | Wyeth | Compositions and methods for diagnosing and treating colon cancers |
US20070117164A1 (en) * | 2003-04-08 | 2007-05-24 | Raskov Hans H | Method for detection of colorectal cancer in human samples |
CA2573112A1 (en) * | 2004-07-09 | 2006-01-26 | Tripath Imaging, Inc. | Methods and compositions for the detection of ovarian cancer |
-
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Patent Citations (3)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US20050260177A1 (en) * | 1998-06-05 | 2005-11-24 | Corixa Corporation | Compounds for immunotherapy and diagnosis of colon cancer and methods for their use |
JP2004248501A (ja) * | 2000-04-11 | 2004-09-09 | Takara Holdings Inc | 癌悪性度の評価方法 |
JP2005527813A (ja) * | 2002-04-19 | 2005-09-15 | リージェン バイオテック インコーポレーテッド | βig−h3蛋白質の定量方法及びこれを利用した診断キット |
Cited By (1)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
JP2013529773A (ja) * | 2010-06-11 | 2013-07-22 | イミュノヴィア・アーベー | 方法、アレイ、およびこれらの使用 |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
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