JP2005100389A - 多型性データベースを提供するためのシステム - Google Patents

多型性データベースを提供するためのシステム Download PDF

Info

Publication number
JP2005100389A
JP2005100389A JP2004256352A JP2004256352A JP2005100389A JP 2005100389 A JP2005100389 A JP 2005100389A JP 2004256352 A JP2004256352 A JP 2004256352A JP 2004256352 A JP2004256352 A JP 2004256352A JP 2005100389 A JP2005100389 A JP 2005100389A
Authority
JP
Japan
Prior art keywords
item
analysis
records
attribute
computer
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Withdrawn
Application number
JP2004256352A
Other languages
English (en)
Inventor
David J Balaban
ジェイ． バラバン デイビッド
Joyti Baid
ベイド ジョイティ
Anthony Berno
バーノ アンソニー
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Affymetrix Inc
Original Assignee
Affymetrix Inc
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Affymetrix Inc filed Critical Affymetrix Inc
Publication of JP2005100389A publication Critical patent/JP2005100389A/ja
Withdrawn legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M1/00—Substation equipment, e.g. for use by subscribers
    • H04M1/006—Call diverting means
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6809—Methods for determination or identification of nucleic acids involving differential detection
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • G16B25/30—Microarray design
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B50/00—ICT programming tools or database systems specially adapted for bioinformatics
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M1/00—Substation equipment, e.g. for use by subscribers
    • H04M1/72—Mobile telephones; Cordless telephones, i.e. devices for establishing wireless links to base stations without route selection
    • H04M1/724—User interfaces specially adapted for cordless or mobile telephones
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M2207/00—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place
    • H04M2207/20—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place hybrid systems
    • H04M2207/206—Type of exchange or network, i.e. telephonic medium, in which the telephonic communication takes place hybrid systems composed of PSTN and wireless network
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M3/00—Automatic or semi-automatic exchanges
    • H04M3/42—Systems providing special services or facilities to subscribers
    • H04M3/46—Arrangements for calling a number of substations in a predetermined sequence until an answer is obtained
    • H—ELECTRICITY
    • H04—ELECTRIC COMMUNICATION TECHNIQUE
    • H04M—TELEPHONIC COMMUNICATION
    • H04M3/00—Automatic or semi-automatic exchanges
    • H04M3/42—Systems providing special services or facilities to subscribers
    • H04M3/54—Arrangements for diverting calls for one subscriber to another predetermined subscriber
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S128/00—Surgery
    • Y10S128/92—Computer assisted medical diagnostics
    • Y10S128/922—Computer assisted medical diagnostics including image analysis
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/912—Applications of a database
    • Y10S707/923—Intellectual property
    • Y10S707/924—Patent procedure
    • Y10S707/925—Drafting an application
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/953—Organization of data
    • Y10S707/955—Object-oriented
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99931—Database or file accessing
    • Y10S707/99933—Query processing, i.e. searching
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99931—Database or file accessing
    • Y10S707/99933—Query processing, i.e. searching
    • Y10S707/99934—Query formulation, input preparation, or translation
    • Y—GENERAL TAGGING OF NEW TECHNOLOGICAL DEVELOPMENTS; GENERAL TAGGING OF CROSS-SECTIONAL TECHNOLOGIES SPANNING OVER SEVERAL SECTIONS OF THE IPC; TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC
    • Y10S—TECHNICAL SUBJECTS COVERED BY FORMER USPC CROSS-REFERENCE ART COLLECTIONS [XRACs] AND DIGESTS
    • Y10S707/00—Data processing: database and file management or data structures
    • Y10S707/99941—Database schema or data structure
    • Y10S707/99944—Object-oriented database structure
    • Y10S707/99945—Object-oriented database structure processing

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Signal Processing (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
  • Management, Administration, Business Operations System, And Electronic Commerce (AREA)
  • Information Retrieval, Db Structures And Fs Structures Therefor (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)
  • Measuring Pulse, Heart Rate, Blood Pressure Or Blood Flow (AREA)

Abstract

【課題】多型性の研究に関連する情報を体系化するためのシステムおよび方法を提供する。
【解決手段】そこからサンプル１１４が抽出される被験体１１２、ＤＮＡを被験体から抽出する際に用いられるプライマー、サンプルそれら自体について、サンプルに対して行われた実験について、実験を行うために用いられる特定のオリゴヌクレオチドプローブアレイについて、サンプルに対して行われた分析手順について、および分析結果についての情報のうち、１つ以上の情報を相互に関連づけるデータベースモデル１０２が提供される。このモデルは、ＳＱＬのようなデータベース言語へ容易に翻訳可能である。データベースモデルは、多数の被験体、サンプル、実験、チップ等についての情報を格納できるような大きさにする。
【選択図】図１

Description

（関連出願の相互参照）
本願は、１９９７年７月２５日に出願された、「ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ
ＢＩＯ−ＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ ＤＡＴＡＢＡＳＥ」と題する米国仮出願第６０／０５３，８４２号、１９９７年１２月１１日に出願された、「ＣＯＭＰＲＥＨＥＮＳＩＶＥ ＤＡＴＡＢＡＳＥ ＦＯＲ ＢＩＯＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ」と題する米国仮出願第６０／０６９，１９８号、および１９９７年１２月１１日に出願された、「ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＡＮＤ ＥＶＡＬＵＡＴＩＯＮ ＳＹＳＴＥＭ」と題する米国仮出願第６０／０６９，４３６号からの優先権を主張している。３件全ての仮出願の内容は、本明細書中において参考として援用する。
本願の主題は、本願と同日に出願された、同一人に譲渡される以下３件の出願の主題に関する。それらは「ＧＥＮＥ ＥＸＰＲＥＳＳＩＯＮ ＡＮＤ ＥＶＡＬＵＡＴＩＯＮ ＳＹＳＴＥＭ」（代理人事件番号０１８５４７−０３５０１０号）、「ＭＥＴＨＯＤ ＡＮＤ ＡＰＰＡＲＡＴＵＳ ＦＯＲ ＰＲＯＶＩＤＩＮＧ Ａ ＢＩＯＩＮＦＯＲＭＡＴＩＣＳ ＤＡＴＡＢＡＳＥ」（代理人事件番号０１８５４７−０３３８１０号）、「ＭＥＴＨＯＤ ＡＮＤ ＳＹＳＴＥＭ ＦＯＲ ＰＲＯＶＩＤＩＮＧ Ａ ＰＲＯＢＥ ＡＲＲＡＹ ＣＨＩＰ ＤＥＳＩＧＮ ＤＡＴＡＢＡＳＥ」（代理人事件番号０１８５４７−０３３８３０号）である。これら３件の出願の内容は、本明細書中において参考として援用する。
（発明の背景）
本発明は、生物学的サンプルを処理し、それにより多型性を識別するためのチップに関する情報の収集および格納に関する。
全ての生物のゲノムは、それらの連続した進化の過程において自然変異を起こし、前駆体配列の改変形態を発生する（Ｇｕｓｅｌｌａ，Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｂｉｏｃｈｅｍ．５５、８３１〜８５４（１９８６））。改変形態は、前駆体形態に対して進化的長所または短所をもたらし得るか、あるいは中立的であり得る。いくつかの場合には、改変形態は致死的短所をもたらし、そしてこの生物の後続世代へ伝達されない。他の場合には、改変形態はその種に対して進化的長所を付与し、その種の多くの、もしくはほとんどのメンバーのＤＮＡ中へ最終的に組み込まれ、効果的に前駆体形態となる。多くの場合、前駆体および改変形態の両方が生存し、ある種の集合において共存する。複数の形態の配列の共存は、多型性を発生させる。
近年、生成されているヌクレオチド配列データの量が増加しているにも関わらず、人間および他の生物における多型性の宝庫の総計に対して、わずかな比率のみが現在のところ同定されている。今までに同定された少量の多型性は、従来の方法によるそれらの検出に必要とされる多大な仕事量に負うものである。例えば、多型性の同定に対する従来のアプローチは、ジデオキシ配列決定法による個体の集合におけるオリゴヌクレオチドの同じストレッチを配列決定することであり得る。この種類のアプローチにおいては、仕事量が配列の長さおよび個体の数の両方に比例して増し、ＤＮＡの大きなストレッチまたは大きな数のヒトについては非現実的となる。
物質のアレイを基板上に形成し、そして用いるためのデバイスおよびコンピュータシステムが開発されてきている。これらのデバイスおよびシステムは、多型性を同定するために用いられている。例えば、ＰＣＴ出願ＷＯ９２／１０５８８（本明細書中において、あらゆる目的のために参考として援用する）は、核酸および他の物質を配列決定するため、または配列検査するための技術を記載している。これらの作業を行うためのアレイは、例えば米国特許第５，１４３，８５４号および米国特許第５，５７１，６３９号（両件ともに本明細書中において、あらゆる目的のために参考として援用する）に開示されている開拓的技術の方法によるアレイに形成され得る。
そこで記載されている技術の１つの局面によると、核酸プローブのアレイは、チップまたは基板上の既知の位置において製作される。次いで、蛍光標識核酸は、チップと接触させられ、そしてスキャナーは標識核酸がチップに結合する位置を示すイメージファイルを生成する。これらの位置におけるプローブの同一性に基づき、情報（例えば、ＤＮＡまたはＲＮＡ中の多型性の形態の同一性）を抽出することが可能となる。このようなシステムは、例えば研究のために用いられ得るＤＮＡのアレイを形成し、嚢胞性線維症、Ｐ５３遺伝子（ある種の癌に関連する）、ＨＩＶ、および他の遺伝的特性に関連した変異を検出するために用いられてきた。
そのようなアレイを大規模な多型性研究に応用することは、非常に有用である。例えば、ある多型性と個体の特性（例えば、疾患および薬物処置の効力に対する感受性）との相関についての大規模な研究を実施することに有用である。これらの利点を達成するために、チップ設計、構成、サンプル調製、および分析といった作業が超大規模に生じることが考慮されている。格納および相関させるためのこれらの工程の各々に関する情報量は、莫大なものである。大規模な多型性研究については、後に有利に照会および検索することを容易にするこの情報を格納することが必要である。必要とされることは、多型性研究に関連して用いられる大量の情報を格納し、そして体系化することに適したシステムおよび方法である。
（項目１） コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、
項目を識別する複数の項目レコードを列挙する項目テーブルと、
該項目の属性を識別する複数の項目属性レコードを列挙する項目属性テーブルとをその上に格納しており、
項目レコードと項目属性レコードとの間において多対多関係がある、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目２） 項目属性項目マップテーブルが、前記項目レコードと項目属性レコードとの間における多対多関係を実現し、複数のマップレコードを列挙する該項目属性項目マップテーブルが、特定の項目属性および特定の項目の両方を識別する、項目１に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目３） 生物学的分析において用いられる、前記項目のうちの項目間における変換を識別する複数の項目誘導レコードを列挙する項目誘導テーブルをさらにその上に格納している、項目１に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目４） 前記変換のパラメータを特定する、複数のプロトコルレコードを列挙するプロトコルテーブルをその上にさらに格納している、項目３に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目５） 前記項目が生物学的分析において用いられる、項目１に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目６） 前記生物学的分析が多型性分析を含む、項目１に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目７） コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、
標的中の野生型および変異配列の相対濃度を特定する、複数の原子結果レコードを列挙する原子結果テーブルと、
該標的が誘導される被験体と配列位置との組合せを特定する、複数の被験体配列位置レコードを列挙する被験体配列位置テーブルであって、該原子結果レコードの各々が１つ以上の原子結果レコードと関連付けられている、被験体配列位置テーブルと、
をその上に格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目８） 前記原子結果レコードが、前記濃度の上限および下限を特定する、項目７に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目９） 前記被験体を特定する被験体レコードを列挙する被験体テーブルをその上にさらに格納している、項目７に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目１０） コンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、
多型性を含んでいると知られる配列を特定する多型性配列レコードを列挙する多型性テーブルと、
前記多型性配列レコードにより特定される、１つ以上の多型性を特定する特許出願レコードを列挙する特許出願テーブルと、
をその上に格納している、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目１１） 前記多型性配列レコードが、前記多型性の各１つについて、多型性位置、参照対立遺伝子、および基礎対立遺伝子を特定する、項目１０に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目１２） 前記多型性配列レコードが、前記多型性の各１つについて、計測されたヘテロ接合性をさらに特定する、項目１１に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
（項目１３） コンピュータ実行方法であって、
生物学的分析において用いられる項目を識別する、複数の項目レコードを列挙する項目テーブルを作製する工程と、
該項目の属性を識別する、複数の項目属性レコードを列挙する項目属性テーブルを作製する工程とを含み、
項目レコードと項目属性レコードとの間において多対多関係がある、コンピュータ実行方法。
（項目１４） 項目レコードと項目属性レコードとの間において前記多対多関係を実現する項目属性項目マップテーブルを作製する工程であって、該項目属性項目マップテーブルが、特定の項目属性および特定の項目の両方を識別する複数のマップレコードを列挙する、工程と、
をさらに含む、項目１３に記載のコンピュータ実行方法。
（項目１５） 生物学的分析において用いられる前記項目の項目間の変換を識別する、複数の項目誘導レコードを列挙する項目誘導テーブルを作製する工程をさらに含む、項目１３に記載のコンピュータ実行方法。
（項目１６） 前記変換のパラメータを特定する、複数のプロトコルレコードを列挙するプロトコルテーブルを作製する工程をさらに含む、項目１５に記載のコンピュータ実行方法。
（項目１７） 前記生物学的分析が多型性分析を含む、項目１３に記載のコンピュータ実行方法。
（項目１８） 標的中の野生型および変異配列の相対濃度を特定する、複数の原子結果レコードを列挙する原子結果テーブルを作製する工程と、
該標的が誘導される被験体と配列位置との組合せを特定する、複数の被験体配列位置レコードを列挙する被験体配列位置テーブルを作製する工程であって、該原子結果レコードの各々が１つ以上の原子結果レコードと関連付けられている、工程と、
を含む、コンピュータ実行方法。
（項目１９） 前記原子結果レコードが、前記濃度の上限および下限をさらに特定する、項目１８に記載のコンピュータ実行方法。
（項目２０） 前記被験体を特定する被験体レコードを列挙する被験体テーブルを作製する工程をさらに含む、項目１８に記載のコンピュータ実行方法。
（項目２１） 多型性を含んでいると知られる配列を特定する多型性配列レコードを列挙する多型性テーブルを作製する工程と、
前記多型性配列レコードにより特定される、１つ以上の多型性を特定する特許出願レコードを列挙する特許出願テーブルを作製する工程と、
を含む、コンピュータ実行方法。
（項目２２） 前記多型性配列レコードが、前記多型性の各１つについて、多型性位置、参照対立遺伝子、および基礎対立遺伝子を特定する、項目２１に記載のコンピュータ実行方法。
（項目２３） 前記多型性配列レコードが、前記多型性の少なくとも１つについて、計測されたヘテロ接合性をさらに特定する、項目２２に記載のコンピュータ実行方法。
（発明の要旨）
本発明は、多型性の研究に関連する情報を体系化するためのシステムおよび方法を提供する。例えば、そこからサンプルが抽出される被験体、ＤＮＡを被験体から抽出する際に用いられるプライマー、サンプル自体について、サンプルに対して行われた実験について、実験を行うために用いられる特定のオリゴヌクレオチドプローブアレイについて、サンプルに対して行われた分析手順について、および分析結果についての情報のうち、１つ以上の情報を相互に関連づけるデータベースモデルが提供される。このモデルは、ＳＱＬのようなデータベース言語へ容易に翻訳可能である。データベースモデルは、多数の被験体、サンプル、実験、チップ等についての情報の格納できるような大きさになる。
用途は、薬物に対する耐性、疾患に対する感受率を決定するための連鎖研究、ならびに遺伝子変異性に関する人間および他の生物の特性ごとの研究を含む。このモデルに従って構築されたデータベースの別の用途は、多型性研究を行う際の多様な工程の精度管理である。多型性研究の工程ごとの情報を保存することにより、結果の信頼性が評価され得るか、あるいは保存された情報が手順を改善するためのフィードバックとして用いられ得る。
本明細書中の発明の性質および利点は、本明細書の以下の部分ならびに添付の図面を参照することにより、さらに理解され得る。
本発明によって、多型性研究に関連して用いられる大量の情報を格納し、そして体系化することに適したシステムおよび方法が提供された。
（特定の実施態様の説明）
（多型性の調査）
（Ａ．サンプルの調製）
多型性は、分析されている個体から、標的核酸において検出される。ゲノムＤＮＡのアッセイについて、実質的に任意の生物学的サンプル（純粋な赤血球以外）が適している。例えば、簡便な組織サンプルとしては、全血、***、唾液、涙液、尿、糞便物、汗、口腔物、皮膚および毛髪を含む。ｃＤＮＡまたはｍＲＮＡのアッセイについて、組織サンプルは標的核酸が発現する器官から獲得されなければならない。例えば、標的核酸がシトクロムＰ４５０である場合、肝臓が適した供給源である。
後述の方法の多くは、標的サンプルからのＤＮＡの増幅を必要とする。これは、例えばＰＣＲにより成し遂げられ得る（一般的には、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ（Ｈ．Ａ．Ｅｒｌｉｃｈ編、Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ版，ＮＹ，ＮＹ，１９９２）；ＰＣＲ Ｐｒｏｔｏｃｏｌｓ：Ａ
Ｇｕｉｄｅ ｔｏ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ（Ｉｎｎｉｓら編、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ、１９９０）；Ｍａｔｔｉｌａら、Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄｓ Ｒｅｓ．１９、４９６７（１９９１）；Ｅｃｋｅｒｔら、ＰＣＲ Ｍｅｔｈｏｄｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ １，１７（１９９１）；ＰＣＲ（ＭｃＰｈｅｒｓｏｎら編、ＩＲＬ Ｐｒｅｓｓ、Ｏｘｆｏｒｄ）；ならびに米国特許第４，６８３，２０２号を参照（これらの各々は、本明細書中においてあらゆる目的のために参考として援用する））。
他の適切な増幅方法は、リガーゼ連鎖反応（ＬＣＲ）（ＷｕおよびＷａｌｌａｃｅ、Ｇｅｎｏｍｉｃｓ ４、５６０（１９８９）、Ｌａｎｄｅｇｒｅｎら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２４１、１０７７（１９８８）参照）、転写増幅（Ｋｗｏｈら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８６、１１７３（１９８９）参照）、および自己維持的配列複製（Ｇｕａｔｅｌｌｉら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ、８７、１８７４（１９９０）参照）、ならびに核酸に基づく配列増幅（ＮＡＳＢＡ）を含む。後の２つの増幅法は、等温転写に基づいた等温反応を伴い、これらの増幅法は、一本鎖ＲＮＡ（ｓｓＲＮＡ）および二本鎖ＤＮＡ（ｄｓＤＮＡ）の両方を、それぞれ１に対して約３０または１００の比率における増幅産物として産生する。
（Ｂ．標的ＤＮＡにおける多型性の検出）
当該多型性がすでに特徴づけられているか否かに依存して、２つの異なる種類の分析が存在する。第１の種類の分析は、時折デノボ特徴づけと言及される。この分析は、別々の個体中の標的配列を比較して、改変の箇所（すなわち、多型性部位）を同定する。ヒトの中で最も多い人種の多様性ならびに植物および動物における最も多い品種および種の多様性を表す個体のグループを分析することにより、遺伝子座の最も共通した対立遺伝子／ハプロタイプのパターン特徴が同定され得、そしてその集団におけるそのような集合の頻度が決定され得る。さらなる対立遺伝子頻度が、地理学、人種、または性別のような決定基準により特徴づけられた下位集合について決定され得る。第２の種類の分析は、特徴ある多型性のどの形態が試験中の個体に存在しているかを決定する。適切な手順は多様にあり、これらを順次説明する。
（１．対立遺伝子特異的プローブ）
多型性を分析するための対立遺伝子特異的プローブの設計および使用が、例えば、Ｓａｉｋｉら、Ｎａｔｕｒｅ ３２４、１６３〜１６６（１９８６）；Ｄａｔｔａｇｕｐｔａ、ＥＰ２３５，７２６、Ｓａｉｋｉ、ＷＯ８９／１１５４８に記載されている。対立遺伝子特異的プローブは、２つの個体からのそれぞれのセグメント中に異なる多型性形態が存在するために、１つの個体からの標的ＤＮＡのセグメントにはハイブリダイズするが、それに対応する、別の個体からのセグメントにはハイブリダイズしないように設計され得る。ハイブリダイゼイション条件は、ハイブリダイセイション強度における有意な差異があるように十分にストリンジェント（好ましくは本質的に二成分の応答）であるべきであり、よってプローブはそれら対立遺伝子の１つにのみハイブリダイズする。いくつかのプローブは、多型性部位がプローブの中心位置（例えば、１５マーにおいて７位にて、１６マーにおいて８または９位にて）に整合するように、標的ＤＮＡのセグメントにハイブリダイズするように設計される。プローブのこの設計は、異なる対立遺伝子形態間のハイブリダイゼイションにおける良好な選別を達成する。
対立遺伝子特異的プローブは、しばしばペアで用いられ、１つのペアの１方のメンバーは標的配列の参照形態に対して完全な一致を示し、他方のメンバーは改変体形態に対して完全な一致を示す。次いで、いくつかのプローブのペアが、同じ標的配列内における複数の多型性を同時分析するために、同じ支持体上に固定化され得る。
（２．アレイのタイル分け）
多型性はまた、核酸アレイへのハイブリダイゼイションによっても同定され得、そのいくつかの例は、ＷＯ９５／１１９９５に記載されている（あらゆる目的のためにその全体を参考として援用する）。ＷＯ９５／１１９９５はまた、予め特徴づけられた多型性の改変体形態を検出するために最適化されているサブアレイをも記載している。そのようなサブアレイは、第２の参照配列に対して相補的であるように設計されたプローブを含む。この第２の参照配列は第１の参照配列の対立遺伝子改変体である。プローブの第２のグループは、プローブが第２の参照配列に対して相補性を示す点を除いては、実施例に記載されているものと同じ原理により設計されている。第２のグループ（またはさらなるグループ）の包含は、複数の変異がプローブの長さと同じ短い距離内において発生すること（すなわち、９〜２１の塩基内における２つ以上の変異）が予期される最初の参照配列の短い下位配列を分析するために特に有用である。
（３．対立遺伝子特異的プライマー）
対立遺伝子特異的プライマーは、多型性とオーバーラップしている標的ＤＮＡ上の部位にハイブリダイズし、そしてこのプライマーが完全な相補性を示す対立遺伝子形態の増幅をプライムするだけである。Ｇｉｂｂｓ，Ｎｕｃｌｅｉｃ Ａｃｉｄ Ｒｅｓ．１７、２４２７〜２４４８（１９８９年）参照。このプライマーは、遠位部位においてハイブリダイズする第２のプライマーと合わせて用いられる。増幅は、２つのプライマーから始まり、特定の対立遺伝子形態が存在することを意味する検出可能な産物をもたらす。制御は、通常プライマーの第２のペアにより行われ、このうちの１つは多型性部位における単一の塩基不一致を示し、もう一方は、遠位部位に対して完全な相補性を示す。単一の塩基不一致は増幅を妨げ、検出可能な産物は形成されない。この方法は、この不一致が多型性と整列したオリゴヌクレオチドの最も３’の位置に含まれる場合に最もよく機能する。なぜなら、この位置がプライマーからの伸長にとって最も不安定的であるためである。例えば、ＷＯ９３／２２４５６参照。
（４．直接的配列決定）
本発明の多型性の配列を直接分析することは、ジデオキシ鎖終結方法またはＭａｘａｍ Ｇｉｌｂｅｒｔ方法のいずれかを用いて達成され得る（Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏｎｉｎｇ，Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ（第２版、ＣＳＨＰ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ １９８９）；Ｚｙｓｋｉｎｄら、Ｒｅｃｏｍｂｉｎａｎｔ ＤＮＡ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、（Ａｃａｄ．Ｐｒｅｓｓ、１９８８）参照）。
（５．勾配ゲル電気泳動の変性）
ポリメラーゼ連鎖反応を用いて生成した増幅産物は、勾配ゲル電気泳動の変性を用いることにより分析され得る。異なる対立遺伝子は、異なる配列依存型融解特性および溶液中のＤＮＡの電気泳動上の移動に基づいて同定され得る。Ｅｒｌｉｃｈ編、ＰＣＲ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ，Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ ａｎｄ Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎｓ ｆｏｒ ＤＮＡ Ａｍｐｌｉｆｉｃａｔｉｏｎ、（Ｗ．Ｈ．Ｆｒｅｅｍａｎ ａｎｄ Ｃｏ、Ｎｅｗ Ｙｏｒｋ、１９９２年）、Ｃｈａｐｔｅｒ７参照。
（６．一本鎖構造多型性分析）
標的配列の対立遺伝子は、一本鎖構造多型性分析を用いて識別され得る。一本鎖構造多型性分析は、Ｏｒｉｔａら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．８６、２７６６〜２７７０（１９８９）に記載されるように、一本鎖のＰＣＲ産物の電気泳動上の移動の変化により塩基差異を同定する。増幅されたＰＣＲ産物は、上記のように生成され得、加熱されるか、そうでなければ変性されて、一本鎖の増幅産物を形成する。一本鎖の核酸は再折り畳みを行うか、または二次構造（これらは部分的にその塩基配列に依存する）を形成し得る。一本鎖の増幅産物の異なる電気泳動上の移動性は、標的配列の対立遺伝子間における塩基配列差に関係し得る。
（生物学的材料分析システム）
本発明の１つの実施態様は、それら自体が、ＲＮＡまたはＤＮＡのような生物学的材料からなり得るプローブを含むアレイを用いて、生物学的もしくは他の材料を分析するためのシステムの状況において動作する。ＶＬＳＩＰＳTMおよびＧｅｎｅＣｈｉｐTM技術は、ポリマー（例えば、核酸）の非常に大きなアレイをチップ上に作製し、用いる方法を提供する。米国特許第５，１４３，８５４号およびＰＣＴ特許公開ＷＯ９０／１５０７０および９２／１００９２参照（これらの各々を本明細書中において、あらゆる目的のために参考として援用する）。チップ上の核酸プローブは、当該サンプル核酸（「標的」核酸）における相補的な核酸配列を検出するために用いられる。
図１は、ＲＮＡまたはＤＮＡのような生物学的材料のアレイを形成し、分析するためのシステム１００の全体を示す。システム１００の一部は、多型性データベース１０２である。多型性データベース１０２は、例えば、生物学的供給源、サンプルの調製、アレイの設計、チップに実験を適用することから得られる生データ、適用される分析手順、および分析結果等についての情報を含む。多型性データベース１０２は、多型性の大規模な研究を容易にする。
チップ設計システム１０４は、生物学的ポリマー（例えば、ＲＮＡまたはＤＮＡ）のようなポリマーのアレイを設計するために用いられる。チップ設計システム１０４は、例えば、適切なメモリおよびＣＰＵを含む、適切にプログラムされたＳｕｎ Ｗｏｒｋｓｔａｔｉｏｎまたはパーソナルコンピュータもしくはワークステーション（例えばＩＢＭ ＰＣ等価物）であり得る。チップ設計システム１０４は、当該多型性を含むチップ設計対象についてユーザからの入力およびそのアレイの所望の特徴に関する他の入力を得る。必要に応じて、チップ設計システム１０４は、ＧｅｎＢａｎｋのような外部のデータベースからのものでもよい。チップ設計システム１０４の出力は、例えばスイッチマトリックス（これはＰＣＴ出願ＷＯ９２／１００９２に記載される）の形態のチップ設計コンピュータファイルのセットであり、ならびに他の関連するコンピュータファイルである。チップ設計コンピュータファイルは、多型性データベース１０２の一部を形成する。多型性の研究用のチップを設計するためのシステムは、米国特許第５，５７１，６３９号およびＰＣＴ出願ＷＯ９５／１１９９５に開示されており、これらの内容を本明細書中において参考として援用する。
チップ設計ファイルは、ＤＮＡのような分子のアレイの製作において用いられるリトグラフマスクを設計するマスク設計システム（図示せず）に入力される。このマスク設計システムは、プローブアレイの製作において仕様されるリトグラフマスクを設計する。このマスク設計システムは、その後マスク構築システム（図示せず）により用いられるマスク設計ファイルを生成し、ポリマーアレイの製作における使用のためのクロム付きガラスマスクのようなマスクまたは他の合成パターンを構成する。
このマスクは、合成システム（図示せず）において用いられる。この合成システムは、基板またはチップ上のポリマーのアレイを製作するために用いられる、必要なハードウェアおよびソフトウェアを含む。この合成システムは光源、ならびにその基板またはチップがその上に配置される化学フローセルを含む。マスクは、その光源とその基板／チップとの間に配置され、これら２つはそのチップの選択された領域の脱保護のための適切な時間において、互いに相対的に変換される。選択された化学試薬は、脱保護領域を結合するため、ならびに洗浄および他の操作のために、そのフローセルを介して向けられる。この合成システムにより製作される基板は、必要に応じて、より小さな複数のチップに切断される。合成システムの出力は、標的サンプルの適用について準備の整ったチップである。
マスク設計、マスク構築、およびプローブアレイ合成についての情報は、背景として示す。生物学的供給源１１２は、例えば植物または動物からの組織である。多様な処理工程が、サンプル調製システム１１４により生物学的供給源１１２からの材料に適用される。多型性研究の状況におけるサンプル調製システム１１４の動作は、さらに詳細に後述する。
調製されたサンプルは、ＤＮＡのような核酸配列を含む。サンプルがサンプル曝露システム１１６によりチップに適用される場合、その核酸はプローブに結合しても、または結合しなくてもよい。その核酸は、どのプローブがそのサンプルからのヌクレオチド配列に結合したか決定するために、蛍光標識でタグ化され得る。調製されたサンプルは、スキャニングシステム１１８に配置される。スキャニングシステム１１８は、共焦点顕微鏡またはＣＣＤ（電荷結合素子）のような、検出デバイスを含み、このデバイスは標識レセプターがその基板に結合した場所を検出するために用いられる。スキャニングシステム１１８の出力は、蛍光標識レセプターの場合において、蛍光性強度（光子計数、または電圧のような他の関連計測値）をその基板上の位置の関数として表示するイメージファイルである。これらのイメージファイルはまた、多型性データベース１０２の一部を形成し得る。より高い光子計数が標識核酸がより強くプローブのアレイに結合しているところで観測されるため、ならびにその基板上のプローブのモノマー配列が位置の関数として既知であるため、そのプローブに相補的である核酸の配列を分析することが可能となる。
イメージファイルおよびチップの設計は、例えば、塩基を呼び出す分析システム１２０に入力される。そのような分析技術は、ＥＰＯ公開Ｎｏ．０７１７１１３Ａに記載されており、この内容は本明細書中において参考として援用する。
チップ設計システム１０４、分析システム１２０、ならびに、曝露システム１１６、サンプル調製システム１１４、およびスキャニングシステム１１８の制御部分は、Ｓｕｎ ＷｏｒｋｓｔａｔｉｏｎまたはＩＢＭ互換ＰＣのような、適切にプロオグラムされたコンピュータであり得る。各システムの独立したコンピュータは、これらのシステムのコンピュータ実行機能を行ってもよく、あるいは１つのコンピュータが２つ以上のシステムのコンピュータ化された機能を合わせてもよい。１つ以上のコンピュータが、図１のシステムを操作するコンピュータから独立したチップ設計データベース１０２を維持してもよく、あるいはチップ設計データベース１０２がそれらのコンピュータにより総括的に、または部分的に維持されてもよい。
図２Ａは、本発明を実現するために適したホストコンピュータシステム２１０のブロック図を示す。ホストコンピュータシステム２１０は、中央プロセッサ２１４のような主なサブシステムを相互接続するバス２１２、システムメモリ２１６（代表的にＲＡＭ）、入力／出力（Ｉ／Ｏ）アダプタ２１８、ディスプレイアダプタ２２６を介したディスプレイスクリーン２２４のような外部デバイス、Ｉ／Ｏアダプタ２１８を介したキーボード２３２およびマウス２３４、ＳＣＳＩホストアダプタ２３６、ならびにフロッピー（登録商標）ディスク２４０を作動可能に受け入れるためのフロッピー（登録商標）ディスクドライブ２３８を含む。ＳＣＳＩホストアダプタ２３６は、固定ディスクドライブ２４２またはＣＤ−ＲＯＭ２４６を作動可能に受け入れるＣＤ−ＲＯＭプレイヤー２４４との格納インターフェースの働きをし得る。固定ディスクドライブ２４２は、ホストコンピュータシステム２１０の一部であり得るが、別々であって他のインターフェースシステムを介してアクセスされてもよい。ネットワークインターフェース２４８は、電話回線を介して遠隔サーバへの直接接続もしくはインターネットへの直接的接続を提供し得る。ネットワークインターフェース２４８はまた、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）もしくは多くのコンピュータシステムを相互接続する他のネットワークに接続されてもよい。多くの他のデバイスまたはサブシステム（図示せず）が、同様に接続されてもよい。
また、本発明を実施するために存在している、図２Ａに示すデバイスの全てが必要なわけではない（後述）。デバイスおよびサブシステムは、図２Ａに示すものとは違う方法で相互に接続され得る。図２Ａに示すようなコンピュータシステムの動作は、当該分野においては容易にわかるものであり、本明細書中では詳細に説明しない。本発明を実現するためのコードは、コンピュータ読み出し可能な格納媒体（例えばシステムメモリ２１６、固定ディスク２４２、ＣＤ−ＲＯＭ２４６、またはフロッピー（登録商標）ディスク２４０）に操作可能に配置されても、あるいは格納されてもよい。
図２Ｂは、複数のコンピュータシステム２１０を相互に接続しているネットワーク２６０を示す。ネットワーク２６０は、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、広域ネットワーク（ＷＡＮ）等であり得る。生命情報科学データベース１０２および図２Ｂの他の構成要素のコンピュータ関連動作は、多様なコンピュータ間において情報を通信するために用いられているネットワーク２６０を用いて任意の方法において、複数のコンピュータシステム２１０間で分割され得る。フロッピー（登録商標）ディスクのような形態格納媒体を使用してネットワークコンピューターの代わりにコンピューター間で情報を運び得る。
（データベースの全体的説明）
多型性データベース１０２は、好ましくは複合的内部構造を備えたリレーショナルデータベースである。チップ設計データベース１０２の構造および内容は、データベースのテーブルの内容ならびにテーブル間の相互関係を説明する図４Ａ〜４Ｈに示す論理モデルを参照しながら説明する。このモデルの視覚的表示は、エンティティ、関係、および属性を含むＥｎｔｉｔｙ Ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ Ｄｉａｇｒａｍ（ＥＲＤ）である。ＥＲＤの詳細な説明は、Ｐｒｉｎｃｅｔｏｎ、ＮＪのＬｏｇｉｃ Ｗｏｒｋｓ，Ｉｎｃ．から入手できる「ＥＲｗｉｎ ｖｅｒｓｉｏｎ ３．０ Ｍｅｔｈｏｄｓ Ｇｕｉｄｅ」に見出され、この内容は本明細書中において参考として援用する。Ｏｒａｃｌｅから入手できるＤｅｖｅｌｏｐｅｒ ２０００のような自動化ツールが、図４Ａ〜４ＨからのＥＲＤを実行可能なコード（例えばデータベースを作製および作動するＳＱＬコード）に直接的に変換することは、当業者により認識される。
図３は、チップ設計データベース１０２の内容を記載するために用いられるＥＲＤへのキーである。代表的テーブル３０２は、１つ以上のキー属性３０４および１つ以上の非キー属性３０６を含む。代表的テーブル３０２は、１つ以上のレコードを含み、ここで各レコードは列挙された属性に対応したフィールドを含む。キーフィールドの内容は、共に合わせて個々のレコードを識別する。ＥＲＤにおいて、各テーブルは水平な線で分割された矩形で表される。この線の上のフィールドまたは属性がキーであり、他方この線の下のフィールドまたは属性は非キーである。識別関係３０８は、親テーブル３１０のキー属性がまた、子テーブル３１２のキー属性でもあることを意味する。非識別関係３１４は、親テーブル３１６のキー属性がまた、子テーブル３１８のキー属性でもあることを意味する。（ＦＫ）が括弧内にある場合、１つのテーブルの属性が別のテーブルのキー属性であることを示す。表現された非識別および識別関係の両方は、１つ対１つ以上の関係（親テーブル内の１つのレコードが、子テーブル内の１つ以上のレコードに対応する関係）である。別の非識別関係３２４は、１つ対０以上の関係（親テーブル３２０内の１つのレコードが、子テーブル３２２内の０またはそれ以上のレコードに対応する関係）である。
（データベースモデル）
図４Ａ〜４Ｈは、本発明の１つの実施態様による多型性データベース１０２の構成要素を示すエンティティ関係ダイアグラム（ＥＲＤ）である。ダイアグラム中の各矩形は、データベース１０２中のテーブルに対応する。初めに、多様なテーブルの関係および一般内容をまず説明する。
まず、データベース１０２の相互関係および一般内容を説明する。次に、多様なテーブルの全てのフィールドを列挙し、記載するチャートを呈示する。
図４Ａは、本発明の１つの実施態様によるデータベース１０２のコア構成要素を示す。被験体テーブル４０２は、多型性分析のためのサンプルがそこから抽出される、生物もしくは他の組織供給源を列挙する。サンプルはまた、任意の１つの同定された生物に関連しない組織収集から獲得されてもよい。被験体テーブル４０２内に格納された情報は、名前、性別、家族、家族の位置（例えば、父、母等）、および人種グループを含む。ヒト被験体については、プライバシー確保のため、名前および家族は、好ましくは、コード化された形式で表される。各被験体は、種テーブル４０４に列挙される種が対応する。また、関係は、被験体関係テーブル４０６の被験体間において規定され得、この被験体関係テーブル４０６は関連する被験体に対応するレコードを含む。これらの関係は、父母、兄弟姉妹、双子等であり得る。被験体は、研究されているグループ（例えば先天性疾患、または特定の薬物に対する中毒反応を伴うグループ）の一部であり得る。このグループは、被験体グループテーブル４０８に列挙される。グループ内の被験体の関与は、グループの全てのメンバーを列挙する被験体参加テーブル４１０により規定される。
サンプルおよびそれらの属性は、サンプルテーブル４１２に列挙される。各被験体は、関連する被験体タイプを有する。このサンプルタイプは、サンプルタイプテーブル４１４に列挙される。可能なサンプルタイプは、血液、尿等を含む。サンプルを提供する企業または機関は、サンプル供給源テーブル４１６に列挙される。
データベース１０２は、項目のためのレコードを含む項目テーブル４１８を提供する。サンプル調製プロセスの異なる段階に対応する項目には、種々のタイプタイプが存在する。「項目誘導」は、１つのタイプの項目を別のタイプの項目へと変換する。以下の表は、代表的な実施態様における多様な項目タイプおよび項目誘導タイプを列挙する。
Figure 2005100389
 項目誘導は、項目誘導テーブル４２０に列挙される。誘導は、項目タイプ間における変更をなす必要のないことに注目されるべきである。各項目誘導は、誘導における１つの工程もしくは複数の工程を特徴づけるプロトコルに従って起こる。プロトコルは、プロトコルテーブル４２８に列挙される。各項目誘導は、従業者テーブル４３２に列挙された従業者により行われる。
未使用のチップは、チップテーブル４２２に列挙される。ハイブリダイズしたチップ（すなわち標的が適用されたチップ）は、ハイブリダイズしたチップテーブル４２４に列挙される。ハイブリダイズしたサンプルマップテーブル４２６は、ハイブリダイズしたチップとサンプルとの関係を列挙する。
染色ハイブリダイズしたチップは、本明細書中においてスキャン実験として言及されるプロセスにおいてスキャンされる。スキャン実験は、スキャン実験テーブル４３０に列挙される。このスキャン実験は、プロトコルテーブル４２８に列挙されたプロトコルに従って起こる。このスキャン実験は、従業者テーブル４３２に列挙された従業者により行われる。
図４Ｂは、項目および項目誘導におけるデータモデルのさらなる詳細を示す。多様な項目タイプは項目タイプテーブル４３４に列挙され、多様な項目誘導タイプは項目誘導タイプテーブル４３６に列挙される。連続した項目タイプ（例えばサンプルおよび標的）間の関係は、項目タイプ誘導テーブル４３８において規定される。項目は関連する属性を有する。例えば、ある標的について、データベース１０２は濃度、体積、場所および／または残量を格納し得る。全ての項目属性は、項目属性テーブル４４０に格納される。項目属性は、多数の項目間で共有され得る。例えば、一連の標的は、全て調製日を共有し得る。項目属性項目マップテーブル４４２は、項目属性と項目との間における多対多関係を実現する。項目属性の多様なタイプ（例えば、調製者、調製日、等）は、項目属性タイプテーブル４４４に列挙される。各項目タイプは、対応する属性タイプを有する。しかし、いくつかの属性タイプは、多様な項目タイプ間において共有される。従って、項目タイプマップテーブル４４６により実現する、項目属性タイプおよび項目タイプ間における多対多関係が存在する。
図４Ｂのテーブルは、サンプル調製プロセスの強力な一般モデルを呈示する。格納すべき情報のタイプの変更を要する、プロセス工程における変更は、新たなテーブルを提供すること、もしくはテーブル間の関係を変更することではなく、テーブル内容を変更し、追加することにより実現され得る。
図４Ｃは、本発明によるプロトコルについての情報を格納するための詳細なデータモデルを示す。プロトコルテーブル４２８に格納されたプロトコルは、行われた特定のプロセス（項目誘導、分析、およびスキャン実験を含む）についての情報を表す。各プロトコルは、関連したプロトコルテンプレートを有する。プロトコルテンプレートは、プロトコルタイプを識別する。例えば、１つのプロトコルテンプレートはＰＣＲテンプレートであり得る。ＰＣＲテンプレートに対応した全てのプロトコルは、ＰＣＲ手順を行うためのパラメータを識別する。プロトコルテンプレートは、プロトコルテンプレートテーブル４４８に列挙される。パラメータテーブル４５０は、全てのパラメータ、およびプロトコルテーブル４２８に列挙された全てのプロトコルに対するそれらの値を列挙する。パラメータテンプレートテーブル４５２は、デフォルト値に合わせた多様なパラメータタイプを列挙する。パラメータテンプレートの例は、ＰＣＲ反応温度である。パラメータテンプレートは、このパラメータに対するデフォルト値を含む。パラテーブル４５０は、その後多くの異なるプロトコルにより用いられる、多くの異なるＰＣＲ反応温度値を列挙し得る。パラメータ値がユーザにより修正されていない場合、対応するパラメータテンプレートの基準値を引き継ぐ。パラメータテンプレートセットは、特定の目的において（例えば、１つ以上のプロトコルテンプレートに準じたプロトコルに関係して）用いられるパラメータテンプレートのセットである。パラメータテンプレートセットは、パラメータテンプレートセットテーブル４５４に列挙される。パラメータテンプレートセットには異なるタイプがあり、これらはパラメータテンプレートセットテーブル４５６に列挙される。パラメータテンプレートセットとプロトコルテンプレートとの間におけるマッピングは、プロトコルテンプレートセットマップテーブル４５８により規定される。
プロトコルテンプレートは、どのようにプロトコル工程を行うかについての対応する冗長な言語情報を有し得る。プロトコルテンプレート文書テーブル４６０は、プロトコルを行うための命令を含む文書に対する参照を格納する。
項目については、図４Ｃにより規定されるプロトコル用のデータモデルが極めて一般的であり、項目誘導、分析、および実験が基礎となるデータモデルの変更なしに行われる際の大きな変更を可能にする。
再度、図４Ａを参照すると、ＰＣＲにおけるプライマーの使用に関する情報を記録するテーブルがある。フラグメントテーブル４６２は、データベース１０２に合わせて調査される全ての配列フラグメントを列挙する。各フラグメントには、ＰＣＲプロセスにおいてフラグメントを増幅するために用いられる、１つ以上のプライマーペアが対応する。プライマーペアテーブル４６４は、プライマーペアが実際にフラグメントを増幅するために機能したか否かについての情報を含む、全てのプライマーペアを列挙する。プライマーペアの有効性についての情報を発展させるため、複数のＰＣＲ操作の成果を識別するレコードを列挙するＰＣＲテーブル４６６が存在する。個々のＰＣＲ操作は、項目誘導テーブル４２０を参照して識別される。
単一のＰＣＲ操作は、多くの異なるフラグメントを増幅するように用いられ得ることから、多くの異なるプライマーペアを採用し得る。当然ながら、単一のプライマーペアは複数のＰＣＲ操作において用いられ得る。それゆえに、プライマーペアＰＣＲマップテーブル４６８により記録される、ＰＣＲ動作とプライマーペアとの間における多対多関係が存在する。個々のプライマーについての情報は、プライマーテーブル４７０に格納される。また、各プライマーは、プライマー準備プロセスを特徴づけるプロトコルテーブル４２８に対応するプロトコルを有する。プライマーオーダーについての情報は、プライマーオーダーテーブル４７２に列挙される。各プライマーオーダーは仕入先宛であり、仕入先は仕入先テーブル４７４に列挙される。各プライマーオーダーは、従業者テーブル４３２に列挙された従業者により作成される。プライマーオーダー設計マップテーブル４７６は、プライマーオーダーとプライマーとの間における多対多関係を実現する。
従って本明細書中に記載のデータモデルは、ＰＣＲ反応に用いられたプライマーについての情報を保存する。過去に所定のフラグメントを首尾よく増幅したプライマーを用いることにより、結果を改善することができる。時折、プライマーペアの特定のグループは、同じＰＣＲプロセスにおいて共に多重化され得ない。よってここで保存された情報は、実験者が経費および時間のかかるＰＣＲ手順を最適に用いることを可能にする。
チップ手順プロセスおよび個々のチップの起源についての情報を保存することもまた有用である。ウェハテーブル４７８は、ウェハを列挙する。チップが生産されるときに、多くのチップが単一のウェハの一部として同時に生産される。チップテーブル４２２は、各チップについてウェハテーブル４７８に対する参照、ならびに生産時におけるそのウェハ上の各チップの場所を格納する。ウェハ上のチップの場所に関連して、分析上の有意性が時折存在する。各ウェハは、ロットのうちの一部として生産され、各ウェハについてのロットの識別は、各ロットを列挙するロットテーブル４８０に対する参照としてウェハテーブル４７８により記録される。
図４Ｄは、本発明の１つの実施態様による多型性データベース１０２内に好ましくは維持される、チップ設計に関するテーブルのさらなる詳細を示す。タイル分け設計テーブル４８２は、タイル分け設計を列挙する。各タイル分け設計は、特定のタイル分けフォーマットの調査される配列への適用を表す。タイル分けフォーマットは、プローブ方向、プローブ長、および調査されている単一のヌクレオチド多型性のプローブ内における位置を示す。好ましい実施態様においては、非常に少ないタイル分けフォーマットが存在し得、それらはタイル分けフォーマットテーブル４８４に列挙される。
特定のタイル分け設計は、単一原子の設計を特定する多くの原子設計を含む。１つの実施態様において、原子は代表的には４つのプローブのグループであり、これら４つのプローブは単一の塩基位置を、その位置において異なる塩基を含む配列にハイブリダイズする各プローブを用いて調査するために用いられる。原子設計は、原子設計テーブル４８６に列挙される。個々のプローブの設計を識別するレコードは、プローブ設計テーブル４８８に列挙される。プローブ設計役割テーブル４９０は、原子設計テーブル４８６の原子設計におけるプローブ設計テーブル４８８に列挙されたプローブの役割を示す。プローブ設計および原子設計の組合せとして、プローブ設計役割テーブル４９０は、置換位置においてどの塩基にプローブがハイブリダイズするか、ならびにプローブが野生型に一致あるいは不一致を表すか否かを示す。
プローブデータテーブル４９２は、特定のプローブ設計に対して、特定のスキャン実験において決定されるハイブリダイゼイション強度値を与える。テーブルの各レコードはまた、強度値を決定するために用いられる画素の数、ならびにこれらの画素間において計測される強度の標準偏差を与える。
図４Ｅ〜４Ｇは、本発明の１つの実施態様による分析手順およびそれらの結果に関する多型性データベース１０２の局面を示す。分析テーブル４９４は、行われた分析を列挙する。分析は、概して重要でないデータの変換として言及される。分析テーブル４９４のレコードは、プロトコルテーブル４２８に対する参照を含み、各分析におけるパラメータを特定する。分析は、生データまたは以前の分析の結果をそれらの入力として獲得し得る。分析依存性テーブル４９６は、１つの分析が別の分析により発展したデータに依存する複数の分析間における依存性を列挙する。分析入力テーブル４９８は、分析テーブル４９４に列挙された分析のための入力を列挙する。
分析を支持するために用いられる多様なテーブルが、図４Ｅの右側にある。チップ設計配列マップテーブル５００は、特定のフラグメントをチップ設計と相関する。配列位置テーブル５０２は、調査される配列位置（フラグメント上のそれらの位置を示す）を列挙する。配列位置テーブル５０２のレコードは、個々のフラグメント内ではなくゲノム内の配列位置を与えるゲノム配列位置テーブル５０４を参照する。
スキャン実験セットテーブル５０６は、スキャン実験のセットを列挙する。このことは、個体または集合における実験をグループ化することを可能にし、多型性分析における基礎の役割を果たす。使用スキャン実験テーブル５０８は、スキャン実験セット内のスキャン実験のメンバーシップを示すレコードを列挙する。
タイル分けデータテーブル５１０は、特定のスキャン実験により計測される特定のチップにおいて実現されるタイル分け設計を識別するレコードを列挙する。原子データテーブル５１２は、タイル分けデータレコードにより識別されたスキャン実験において計測される、特定の配列位置に対して計測された強度を列挙する。被験体配列位置データテーブル５１４は、配列位置とスキャン実験の組合せを列挙する。
図４Ｅ〜４Ｇの一連のテーブルは、分析の異なるタイプに対応し、これらのタイプは多型性調査の過程中に発生する。ここで呈示されるタイプは、ほんの代表的なものにすぎない。並行した一連のテーブルは、分析結果を提供する。多型性分析テーブル５１６は、分析テーブル４９４に対する参照を列挙する。行われる多型性分析の結果は、多型性位置結果テーブル５１８に列挙される。このテーブルのレコードは、スキャン実験の特定のセットに基づいて決定される多型性分析の結果を与える。１つの実施態様において、結果とは、その位置において特定の変異が確実であるか、有望か、可能性があるか、あるいは可能性がないか否かである。参照が間違っているという結果もある。
ユーザ多型性分析テーブル５２０は、多型性位置結果テーブル５１８に列挙された結果のユーザ解釈を列挙する。ユーザ多型性分析テーブル５２０のレコードは、分析テーブル４９４に対する参照である。ユーザ解釈それ自体は、ユーザ多型性分析結果テーブル５２２に格納される。各結果は、ユーザに加えて付随のユーザコメントにより考慮される、ある位置における特定の変異の可能性である。
Ｐ−Ｈａｔ分析は、野生型配列および特定のスキャン実験において決定される特定の変異を有する配列の相対濃度を推定する。Ｐ−Ｈａｔ分析テーブル５２４は、分析テーブル４９４に対する参照を列挙する。原子結果テーブル５２６は、上限および下限ならびに最大強度とともに相対濃度の推定を与える。ヘテロ接合性変異について、相対濃度の推定は約０．５にクラスタ形成する。ホモ接合性変異については、推定は約１．０にクラスタ形成するべきである。
塩基呼出し分析は、１を超える実験に基づき得る、特定の個体についての特定の位置における塩基の決定である。塩基呼出し分析テーブル５２８は、分析テーブル４９４に対する参照を列挙する。塩基呼出し結果テーブル５３０は、配列位置と被験体の特定の組合せのために呼び出された塩基を列挙する。
Ｐ−Ｈａｔグループ化分析は、スキャン実験のセット内のデータが別々の遺伝型に起因する可能性の計測を決定する。Ｐ−ｈａｔグループ化分析は、分析テーブル４９４を参照することにより、ｐ−ｈａｔグループ化分析テーブル５３２に列挙される。Ｐ−ｈａｔグループ化分析結果は、変異フラクション結果テーブル５３４に列挙される。グループ分割は、配列位置とスキャン実験セットの多様な組合せのために与えられる。
クラスタ分析は、スキャン実験のセット内のデータが別々の遺伝型に起因する可能性の他の計測を決定する。クラスタ分析は、分析テーブル４９４を参照することにより、クラスタ分析テーブル５３６に列挙される。クラスタ分析結果は、クラスタ結果テーブル５３８に列挙される。クラスタ要因は、配列位置とスキャン実験セットの多様な組合せのために与えられる。
図４Ｆは、図４Ｅにおいて言及された分析を支持する正規化およびフットプリント認定操作を支持するテーブルを示す。スキャン実験においてなされるハイブリダイゼイション強度計測は、スキャン実験のセットにおいて正規化されるべきである。正規化は、異なるＰＣＲプロセスにより生成される増幅レベルの差異を考慮に入れるべきである。
正規化は、配列の領域ごとに行われる。正規化領域分析は、正規化される領域の境界を決定する。境界の決定は、配列の異なるフラグメントが異なるＰＣＲ手順により増幅されることを考慮に入れるべきである。正規化領域分析テーブル５４０は、分析テーブル４９４を参照することにより、正規化領域分析を列挙される。正規化領域結果テーブル５４２は、各決定された正規化領域における境界を列挙する。
識別された正規化領域のための正規化値は、それら自体が正規化分析により決定される。正規化分析は、分析テーブル４９４を参照することにより、正規化分析テーブル５４４に列挙される。標準結果テーブル５４６は、領域のための正規化値を列挙する。
フットプリント分析は、ハイブリダイゼイション強度が精度管理を目的として上昇される配列の領域を決定する。フットプリント分析は、分析テーブル４９４を参照することにより、フットプリント分析テーブル５４８に列挙される。フットプリントは、フットプリントテーブル５５０において特定のスキャン実験における配列開始点および終結点により識別される。
図４Ｇは、本発明の１つの実施態様による計測精度に関するテーブルを示す。タイル分けデータ精度分析は、スキャン実験からの結果の精度を決定する。これらの分析は、分析テーブル４９４を参照することにより、タイル分けデータ精度分析テーブル５５２に列挙される。タイル分けデータ精度分析結果は、タイル分けデータ精度分析結果テーブル５５４に列挙される。これらの結果は、完全な一致または不一致プローブのための平均ハイブリダイゼイション強度値を含む。野生型呼出し率は、参照塩基に対応するプローブが最高ハイブリダイゼイション強度を有する原子データのフラクションを与える。約１．０の野生型呼出し率は、良好な精度を示す。呼出し率が０．７５よりも低い場合、スキャン実験は拒否されるべきである。許容データフィールドは、分析が拒絶を示すか許容を示すかを表示する。
スキャン実験計測が、プローブの長さ内において２つ以上の非野生型塩基を示す場合、これは配列の影響された領域における計測問題を示す。これらの領域は、分析テーブル４９４を参照し、難領域分析テーブル５５６に列挙された難領域分析により識別される。難領域分析結果テーブル５５８は、困難であると識別された領域を列挙する。
分析依存性テーブル４９６は、図４Ｅ〜４Ｇの多様な分析間の相互関係を示す。フットプリント分析は、正規化分析に依存し得、この正規化分析自体は正規化領域分析に依存し得る。塩基呼出し分析またはＰ−Ｈａｔグループ分け（ＰＨａｔＧｒｏｕｐｉｎｇ）分析は、原子分析に依存し得る。多型性分析は、これらの分析の任意のもの、および／またはユーザ多型性分析および／またはクラスタ分析に依存し得る。
多型性の調査における別の局面は、同定された多型性に対する特許保護を求めることである。図４Ｈは、本発明の１つの実施態様による、特許保護を求めるという試みに関する多型性データベース１０２のテーブルを示す。多型性特許配列テーブル５６０は、特許保護が探索される配列を列挙する。特許出願テーブル５６２は、多型性の保護に関する特許出願を列挙する。ポリマー特許出願配列マップテーブル５６４は、特許出願と配列との間における多対多関係を実現する。先行出願テーブル５６６は、特許出願と先行関連特許出願との間の関係を列挙する。代理人テーブル５６８は、特許出願テーブル５６２に列挙された特許出願の準備に責任を負う代理人を列挙する。法律事務所テーブル５７０は、代理人テーブル５６８に列挙された代理人が所属する法律事務所を列挙する。
従業者グループテーブル５７２は、テーブル５６２に列挙された特許出願のための発明者のグループを列挙する。個々の発明者は、従業者テーブル４３２に列挙される。従業者グループマップテーブル５７４は、発明者と発明者のグループとの間の多対多関係を実現する。
図４Ｈのデータモデルは、多型性に対する特許保護を確保するプロセスを大きく促進するため、多型性の調査に対する営利的な動機を高める。
（データベース内容）
ここで上記で採用したテーブルの内容を以下のチャートにおいてより詳細に呈示する。
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
Figure 2005100389
 本明細書中に記載した実施例および実施態様は説明を意図したものに過ぎず、これに鑑みて多様な改変および変更が当業者に示唆され、本出願の思想および範囲、ならびに添付の請求項の範囲内に含まれることは理解される。例えば、照会速度を改善するため、および／またはシステムメンテナンスを促進するために、テーブルは削除されても、多数のテーブルの内容が合併されても、あるいは１つ以上のテーブルの内容が本明細書中に記載したよりも多くのテーブルに分散されてもよい。また、本明細書中に記載したデータベースアーキテクチャおよびデータモデルは、生物学的用途に制限されず、いかなる用途にも用いられ得る。本明細書中において引用した全ての出版物、特許、および特許出願は、参考として援用する。
生物学的物質のアレイ（例えばＤＮＡまたはＲＮＡ）を形成し、分析するための全システムおよびプロセスを示す。 図１の全システムに合わせた使用に適したコンピュータシステムを示す。 図１の全システムに合わせた使用に適したコンピュータネットワークを示す。 データベースモデルを解釈するためのキーを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。 本発明の１つの実施態様による図１のシステムおよびプロセスの情報を維持するためのデータベースモデルを示す。

Claims (4)

  1. コンピュータシステム上にデータベースを作製する処理をコンピュータに実行させるためのプログラムを記録したコンピュータ読み出し可能な格納媒体であって、該処理は、
    項目を識別する複数の項目レコードを列挙する項目テーブルを作製する工程と、
    該項目の属性を識別する複数の項目属性レコードを列挙する項目属性テーブルとを作製する工程を含み、
    ここで、項目レコードのサブセットと複数の項目属性レコードとの間で関連が定義される、コンピュータ読み出し可能な格納媒体。
  2. 前記処理が、項目属性項目マップテーブルを作製する工程をさらに含み、該項目属性項目マップテーブルが、特定の項目属性および特定の項目の両方を識別する複数のマップレコードを列挙し、ここで該項目属性項目マップテーブルが項目レコードのサブセットと複数の項目属性レコードとの間の前記関連を実現する、請求項２に記載のコンピュータ読み出し可能な格納媒体。
  3. コンピュータシステム上にデータベースを作製するための方法であって、該方法は、
    生物学的分析において用いられる項目を識別する、複数の項目レコードを列挙する項目テーブルを作製する工程；および
    該項目の属性を識別する、複数の項目属性レコードを列挙する項目属性テーブルを作製する工程とを含み、
    ここで、項目レコードのサブセットと複数の項目属性レコードとの間に関連が定義される、方法。
  4. 項目レコードのサブセットと複数の項目属性レコードとの間において前記関連を定義する項目属性項目マップテーブルを作製する工程であって、該項目属性項目マップテーブルが、特定の項目属性および特定の項目の両方を識別する複数のマップレコードを列挙する、工程、
    をさらに含む、請求項３に記載の方法。
JP2004256352A 1997-07-25 2004-09-02 多型性データベースを提供するためのシステム Withdrawn JP2005100389A (ja)

Applications Claiming Priority (3)

Application Number Priority Date Filing Date Title
US5384297P 1997-07-25 1997-07-25
US6943697P 1997-12-11 1997-12-11
US6919897P 1997-12-11 1997-12-11

Related Parent Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504291A Division JP2001515234A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 多型性データベースを提供するためのシステム

Publications (1)

Publication Number Publication Date
JP2005100389A true JP2005100389A (ja) 2005-04-14

Family

ID=27368502

Family Applications (6)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504489A Pending JP2001511550A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 プローブアレイチップ設計データベースを提供するための方法よびシステム
JP2000504290A Expired - Lifetime JP3776728B2 (ja) 1997-07-25 1998-07-24 遺伝子発現および評価システム
JP2000504502A Ceased JP2001511529A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置
JP2000504291A Pending JP2001515234A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 多型性データベースを提供するためのシステム
JP2004256352A Withdrawn JP2005100389A (ja) 1997-07-25 2004-09-02 多型性データベースを提供するためのシステム
JP2005158223A Pending JP2005353057A (ja) 1997-07-25 2005-05-30 遺伝子発現および評価システム

Family Applications Before (4)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2000504489A Pending JP2001511550A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 プローブアレイチップ設計データベースを提供するための方法よびシステム
JP2000504290A Expired - Lifetime JP3776728B2 (ja) 1997-07-25 1998-07-24 遺伝子発現および評価システム
JP2000504502A Ceased JP2001511529A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 バイオインフォマティクスデータベースを提供するための方法および装置
JP2000504291A Pending JP2001515234A (ja) 1997-07-25 1998-07-24 多型性データベースを提供するためのシステム

Family Applications After (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
JP2005158223A Pending JP2005353057A (ja) 1997-07-25 2005-05-30 遺伝子発現および評価システム

Country Status (6)

Country Link
US (10) US6229911B1 (ja)
EP (4) EP1009861A4 (ja)
JP (6) JP2001511550A (ja)
AT (1) ATE264523T1 (ja)
DE (1) DE69823206T2 (ja)
WO (4) WO1999005324A1 (ja)

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101770546A (zh) * 2008-12-30 2010-07-07 三星电子株式会社 用于合并的个人基因组管理的方法和装置

Families Citing this family (324)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CA1223831A (en) 1982-06-23 1987-07-07 Dean Engelhardt Modified nucleotides, methods of preparing and utilizing and compositions containing the same
US5989835A (en) 1997-02-27 1999-11-23 Cellomics, Inc. System for cell-based screening
US7068830B2 (en) * 1997-07-25 2006-06-27 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6826296B2 (en) * 1997-07-25 2004-11-30 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a probe array chip design database
US6420108B2 (en) * 1998-02-09 2002-07-16 Affymetrix, Inc. Computer-aided display for comparative gene expression
WO1999005324A1 (en) * 1997-07-25 1999-02-04 Affymetrix, Inc. System for providing a polymorphism database
US6990221B2 (en) * 1998-02-07 2006-01-24 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array image segmentation and analysis
US6349144B1 (en) * 1998-02-07 2002-02-19 Biodiscovery, Inc. Automated DNA array segmentation and analysis
EP1066576A1 (en) * 1998-03-26 2001-01-10 Incyte Pharmaceuticals, Inc. System and methods for analyzing biomolecular sequences
US6324479B1 (en) 1998-05-08 2001-11-27 Rosetta Impharmatics, Inc. Methods of determining protein activity levels using gene expression profiles
US6606622B1 (en) * 1998-07-13 2003-08-12 James M. Sorace Software method for the conversion, storage and querying of the data of cellular biological assays on the basis of experimental design
US6185561B1 (en) * 1998-09-17 2001-02-06 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing and expression data mining database
US20040199544A1 (en) * 2000-11-02 2004-10-07 Affymetrix, Inc. Method and apparatus for providing an expression data mining database
AU1615600A (en) 1998-11-13 2000-06-05 Cellomics, Inc. Methods and system for efficient collection and storage of experimental data
US6453241B1 (en) * 1998-12-23 2002-09-17 Rosetta Inpharmatics, Inc. Method and system for analyzing biological response signal data
US6136541A (en) 1999-02-22 2000-10-24 Vialogy Corporation Method and apparatus for analyzing hybridized biochip patterns using resonance interactions employing quantum expressor functions
US6245511B1 (en) * 1999-02-22 2001-06-12 Vialogy Corp Method and apparatus for exponentially convergent therapy effectiveness monitoring using DNA microarray based viral load measurements
US6142681A (en) 1999-02-22 2000-11-07 Vialogy Corporation Method and apparatus for interpreting hybridized bioelectronic DNA microarray patterns using self-scaling convergent reverberant dynamics
US20040111219A1 (en) * 1999-02-22 2004-06-10 Sandeep Gulati Active interferometric signal analysis in software
US6507788B1 (en) * 1999-02-25 2003-01-14 Société de Conseils de Recherches et D'Applications Scientifiques (S.C.R.A.S.) Rational selection of putative peptides from identified nucleotide, or peptide sequences, of unknown function
US6215894B1 (en) * 1999-02-26 2001-04-10 General Scanning, Incorporated Automatic imaging and analysis of microarray biochips
JP2000258368A (ja) * 1999-03-12 2000-09-22 Jeol Ltd サウンドモニタ機能を備えたｘ線マイクロアナライザ
DE60026190T2 (de) * 1999-03-30 2006-08-31 Fuji Photo Film Co., Ltd., Minami-Ashigara Verfahren und Vorrichtung zur selektiven Anzeige von Ergebnissen und übereinstimmenden Bildern
AU4238500A (en) * 1999-04-13 2000-11-14 Richard J. Gagnon Method of obtaining an electronically-stored financial document
US20030228565A1 (en) * 2000-04-26 2003-12-11 Cytokinetics, Inc. Method and apparatus for predictive cellular bioinformatics
US6651008B1 (en) 1999-05-14 2003-11-18 Cytokinetics, Inc. Database system including computer code for predictive cellular bioinformatics
US6876760B1 (en) 2000-12-04 2005-04-05 Cytokinetics, Inc. Classifying cells based on information contained in cell images
US6743576B1 (en) 1999-05-14 2004-06-01 Cytokinetics, Inc. Database system for predictive cellular bioinformatics
US7151847B2 (en) 2001-02-20 2006-12-19 Cytokinetics, Inc. Image analysis of the golgi complex
US6334099B1 (en) 1999-05-25 2001-12-25 Digital Gene Technologies, Inc. Methods for normalization of experimental data
JP3469504B2 (ja) * 1999-06-01 2003-11-25 日立ソフトウエアエンジニアリング株式会社 マイクロアレイチップ及びそのインデックス方法
US6716579B1 (en) 1999-06-11 2004-04-06 Narayan Baidya Gene specific arrays, preparation and use
CA2375220A1 (en) * 1999-06-11 2000-12-21 Narayan Baidya Gene specific arrays and the use thereof
US7058517B1 (en) 1999-06-25 2006-06-06 Genaissance Pharmaceuticals, Inc. Methods for obtaining and using haplotype data
US6931396B1 (en) 1999-06-29 2005-08-16 Gene Logic Inc. Biological data processing
US6631211B1 (en) * 1999-07-08 2003-10-07 Perkinelmer Las, Inc. Interactive system for analyzing scatter plots
AU6611900A (en) * 1999-07-30 2001-03-13 Agy Therapeutics, Inc. Techniques for facilitating identification of candidate genes
US7062076B1 (en) 1999-08-27 2006-06-13 Iris Biotechnologies, Inc. Artificial intelligence system for genetic analysis
EP1222602B1 (en) * 1999-08-27 2015-12-09 Iris Biotechnologies Inc. Artificial intelligence system for genetic analysis
CA2382436C (en) 1999-08-30 2011-05-17 Illumina, Inc. Methods for improving signal detection from an array
US7099502B2 (en) * 1999-10-12 2006-08-29 Biodiscovery, Inc. System and method for automatically processing microarrays
WO2001027857A2 (en) 1999-10-13 2001-04-19 Sequenom, Inc. Methods for generating databases and databases for identifying polymorphic genetic markers
AU1574801A (en) * 1999-10-26 2001-05-08 Genometrix Genomics Incorporated Process for requesting biological experiments and for the delivery of experimental information
NZ539430A (en) 1999-12-10 2006-09-29 Invitrogen Corp Use of multiple recombination sites with unique specificity in recombinational cloning
JP2003521057A (ja) * 2000-01-25 2003-07-08 アフィメトリックス インコーポレイテッド ゲノムウェブポータルを提供するための方法、システムおよびコンピュータソフトウェア
US20030097222A1 (en) * 2000-01-25 2003-05-22 Craford David M. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
AU2001229744A1 (en) 2000-01-25 2001-08-07 Cellomics, Inc. Method and system for automated inference of physico-chemical interaction knowl edge
US20050214825A1 (en) * 2000-02-07 2005-09-29 John Stuelpnagel Multiplex sample analysis on universal arrays
US7582420B2 (en) * 2001-07-12 2009-09-01 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US8076063B2 (en) 2000-02-07 2011-12-13 Illumina, Inc. Multiplexed methylation detection methods
US7955794B2 (en) 2000-09-21 2011-06-07 Illumina, Inc. Multiplex nucleic acid reactions
US6770441B2 (en) * 2000-02-10 2004-08-03 Illumina, Inc. Array compositions and methods of making same
NZ521626A (en) 2000-03-29 2005-09-30 Cambia Methods for genotyping by hybridization analysis
DE10015816A1 (de) * 2000-03-30 2001-10-18 Infineon Technologies Ag Biosensorchip
EP1272224A4 (en) * 2000-03-31 2004-09-29 Gene Logic Inc GENE EXPRESSION PROFILES IN ESOPHAGIC TISSUE
AU784944B2 (en) * 2000-04-18 2006-08-03 Combimatrix Corporation Automated system and process for custom-designed biological array design and analysis
US20030171876A1 (en) * 2002-03-05 2003-09-11 Victor Markowitz System and method for managing gene expression data
US20030009295A1 (en) * 2001-03-14 2003-01-09 Victor Markowitz System and method for retrieving and using gene expression data from multiple sources
US7020561B1 (en) 2000-05-23 2006-03-28 Gene Logic, Inc. Methods and systems for efficient comparison, identification, processing, and importing of gene expression data
US7577683B2 (en) * 2000-06-08 2009-08-18 Ingenuity Systems, Inc. Methods for the construction and maintenance of a knowledge representation system
US6772160B2 (en) * 2000-06-08 2004-08-03 Ingenuity Systems, Inc. Techniques for facilitating information acquisition and storage
US6741986B2 (en) * 2000-12-08 2004-05-25 Ingenuity Systems, Inc. Method and system for performing information extraction and quality control for a knowledgebase
US6931326B1 (en) 2000-06-26 2005-08-16 Genaissance Pharmaceuticals, Inc. Methods for obtaining and using haplotype data
US20020152196A1 (en) * 2000-07-07 2002-10-17 Westbrook Carol A. cDNA database and biochip for analysis of hematopoietic tissue
JP3517644B2 (ja) * 2000-07-13 2004-04-12 孝 五條堀 生命体の発現現象表示方法およびシステム並びにプログラム
US20020059326A1 (en) * 2000-07-25 2002-05-16 Derek Bernhart System, method, and computer program product for management of biological experiment information
NL1016034C2 (nl) 2000-08-03 2002-02-08 Tno Werkwijze en systeem voor het identificeren en kwantificeren van chemische componenten van een te onderzoeken mengsel van materialen.
US7198924B2 (en) 2000-12-11 2007-04-03 Invitrogen Corporation Methods and compositions for synthesis of nucleic acid molecules using multiple recognition sites
US7062092B2 (en) 2000-08-22 2006-06-13 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for gain adjustment in biological microarray scanner
AU3511802A (en) 2000-08-22 2002-05-06 Affymetrix, Inc. System method, and computer software product for controlling biological microarray scanner
AU2001290545A1 (en) * 2000-08-22 2002-03-04 Varro Technologies, Inc. Method and system for sharing biological information
GB0021286D0 (en) * 2000-08-30 2000-10-18 Gemini Genomics Ab Identification of drug metabolic capacity
US6539102B1 (en) * 2000-09-01 2003-03-25 Large Scale Proteomics Reference database
US6813615B1 (en) 2000-09-06 2004-11-02 Cellomics, Inc. Method and system for interpreting and validating experimental data with automated reasoning
WO2002023308A2 (en) * 2000-09-12 2002-03-21 Viaken Systems, Inc. Techniques for providing and obtaining research and development information technology on remote computing resources
JP2004512514A (ja) * 2000-10-23 2004-04-22 ダイアチップ・リミテッド 再スポット機能を有する高精度知能型バイオチップアレイヤー
US7117095B2 (en) * 2000-11-21 2006-10-03 Affymetrix, Inc. Methods for selecting nucleic acid probes
US8255791B2 (en) 2000-11-29 2012-08-28 Dov Koren Collaborative, flexible, interactive real-time displays
US7218764B2 (en) 2000-12-04 2007-05-15 Cytokinetics, Inc. Ploidy classification method
US6706867B1 (en) * 2000-12-19 2004-03-16 The United States Of America As Represented By The Department Of Health And Human Services DNA array sequence selection
US20020143768A1 (en) * 2000-12-21 2002-10-03 Berno Anthony Berno Probe array data storage and retrieval
WO2002059560A2 (en) * 2001-01-23 2002-08-01 Gene Logic, Inc. A method and system for predicting the biological activity, including toxicology and toxicity, of substances
US20020183936A1 (en) * 2001-01-24 2002-12-05 Affymetrix, Inc. Method, system, and computer software for providing a genomic web portal
AU2002253878A1 (en) * 2001-01-25 2002-08-06 Gene Logic, Inc. Gene expression profiles in breast tissue
US6949638B2 (en) * 2001-01-29 2005-09-27 Affymetrix, Inc. Photolithographic method and system for efficient mask usage in manufacturing DNA arrays
US20030017455A1 (en) * 2001-01-29 2003-01-23 Webb Peter G. Chemical array fabrication with identity map
US7315784B2 (en) 2001-02-15 2008-01-01 Siemens Aktiengesellschaft Network for evaluating data obtained in a biochip measurement device
US7016787B2 (en) 2001-02-20 2006-03-21 Cytokinetics, Inc. Characterizing biological stimuli by response curves
US6956961B2 (en) 2001-02-20 2005-10-18 Cytokinetics, Inc. Extracting shape information contained in cell images
JP3867046B2 (ja) * 2001-02-23 2007-01-10 株式会社日立製作所 分析システム
US7110885B2 (en) 2001-03-08 2006-09-19 Dnaprint Genomics, Inc. Efficient methods and apparatus for high-throughput processing of gene sequence data
US6804679B2 (en) * 2001-03-12 2004-10-12 Affymetrix, Inc. System, method, and user interfaces for managing genomic data
US20020168651A1 (en) * 2001-03-12 2002-11-14 Affymetrix, Inc. Method and computer software product for determining orientation of sequence clusters
JP2002269114A (ja) * 2001-03-14 2002-09-20 Kousaku Ookubo 知識データベース及び知識データベースの構築方法
US20040033502A1 (en) * 2001-03-28 2004-02-19 Amanda Williams Gene expression profiles in esophageal tissue
JP2002297617A (ja) * 2001-03-29 2002-10-11 Hitachi Software Eng Co Ltd 生体高分子とプローブの相関関係表示方法
US7251568B2 (en) 2001-04-18 2007-07-31 Wyeth Methods and compositions for regulating bone and cartilage formation
AU2002305193A1 (en) * 2001-04-18 2002-11-05 Wyeth Methods and reagents for regulating bone and cartilage formation
US7155453B2 (en) * 2002-05-22 2006-12-26 Agilent Technologies, Inc. Biotechnology information naming system
CA2447357A1 (en) * 2001-05-22 2002-11-28 Gene Logic, Inc. Molecular toxicology modeling
US20070015146A1 (en) * 2001-05-22 2007-01-18 Gene Logic, Inc. Molecular nephrotoxicology modeling
US20030009294A1 (en) * 2001-06-07 2003-01-09 Jill Cheng Integrated system for gene expression analysis
US7243112B2 (en) * 2001-06-14 2007-07-10 Rigel Pharmaceuticals, Inc. Multidimensional biodata integration and relationship inference
US20040215651A1 (en) * 2001-06-22 2004-10-28 Markowitz Victor M. Platform for management and mining of genomic data
KR100794698B1 (ko) * 2001-06-28 2008-01-14 (주)바이오니아 생화학 물질 미세 배열 칩의 품질 검사 방법
AU2002320316A1 (en) * 2001-07-06 2003-01-21 Lipomics Technologies, Inc. Generating, viewing, interpreting, and utilizing a quantitative database of metabolites
WO2003068908A2 (en) * 2001-07-10 2003-08-21 Gene Logic, Inc. Cardiotoxin molecular toxicology modeling
US7447594B2 (en) * 2001-07-10 2008-11-04 Ocimum Biosolutions, Inc. Molecular cardiotoxicology modeling
WO2003027673A1 (fr) * 2001-07-31 2003-04-03 Olympus Corporation Appareil d'inspection genique et procede d'extraction d'acide nucleique cible faisant appel a cet appareil
US7251642B1 (en) 2001-08-06 2007-07-31 Gene Logic Inc. Analysis engine and work space manager for use with gene expression data
JP3977038B2 (ja) * 2001-08-27 2007-09-19 株式会社半導体エネルギー研究所 レーザ照射装置およびレーザ照射方法
US20030096248A1 (en) * 2001-09-04 2003-05-22 Vitivity, Inc. Diagnosis and treatment of vascular disease
EP1438420B1 (en) * 2001-09-24 2009-09-16 Lipomics Technologies, Inc. Methods of using quantitative lipid metabolome data
JP2003099624A (ja) * 2001-09-25 2003-04-04 Toyo Kohan Co Ltd Ｄｎａ提供システム
US6993173B2 (en) * 2001-10-12 2006-01-31 Duke University Methods for estimating probe cell locations in high-density synthetic DNA microarrays
AU2002334769A1 (en) * 2001-10-12 2003-04-28 Duke University Image analysis of high-density synthetic dna microarrays
US20030224383A1 (en) * 2002-04-23 2003-12-04 Mike West Atherosclerotic phenotype determinative genes and methods for using the same
US20060141493A1 (en) * 2001-11-09 2006-06-29 Duke University Office Of Science And Technology Atherosclerotic phenotype determinative genes and methods for using the same
CN1559026A (zh) * 2001-11-12 2004-12-29 �����о�ʵ�������޹�˾ 防止非法使用信息的方法和装置
KR100474840B1 (ko) * 2001-11-15 2005-03-08 삼성전자주식회사 디렉토리를 이용한 유전자 분석용 마이크로어레이 탐침설계 방법 및 시스템
CN1927466A (zh) * 2001-12-19 2007-03-14 阿菲梅特里克斯公司 阵列板和阵列板的构建方法
US7225183B2 (en) * 2002-01-28 2007-05-29 Ipxl, Inc. Ontology-based information management system and method
US9418204B2 (en) * 2002-01-28 2016-08-16 Samsung Electronics Co., Ltd Bioinformatics system architecture with data and process integration
US20030176929A1 (en) * 2002-01-28 2003-09-18 Steve Gardner User interface for a bioinformatics system
EP1490822A2 (en) 2002-02-04 2004-12-29 Ingenuity Systems Inc. Drug discovery methods
US8793073B2 (en) * 2002-02-04 2014-07-29 Ingenuity Systems, Inc. Drug discovery methods
US20030162183A1 (en) * 2002-02-27 2003-08-28 Robert Kincaid Array design system and method
JP2006506945A (ja) * 2002-03-28 2006-03-02 メディカル・カレッジ・オブ・オハイオ 遺伝子発現プロフィールを使用する非小細胞肺癌の診断および処置のための方法および組成物
US7006680B2 (en) * 2002-05-03 2006-02-28 Vialogy Corp. System and method for characterizing microarray output data
US20030220844A1 (en) * 2002-05-24 2003-11-27 Marnellos Georgios E. Method and system for purchasing genetic data
US6763308B2 (en) 2002-05-28 2004-07-13 Sas Institute Inc. Statistical outlier detection for gene expression microarray data
US20030229848A1 (en) * 2002-06-05 2003-12-11 Udo Arend Table filtering in a computer user interface
US7504215B2 (en) 2002-07-12 2009-03-17 Affymetrix, Inc. Nucleic acid labeling methods
US20050216459A1 (en) * 2002-08-08 2005-09-29 Aditya Vailaya Methods and systems, for ontological integration of disparate biological data
US20050112689A1 (en) * 2003-04-04 2005-05-26 Robert Kincaid Systems and methods for statistically analyzing apparent CGH data anomalies and plotting same
US7941542B2 (en) * 2002-09-06 2011-05-10 Oracle International Corporation Methods and apparatus for maintaining application execution over an intermittent network connection
US7512496B2 (en) * 2002-09-25 2009-03-31 Soheil Shams Apparatus, method, and computer program product for determining confidence measures and combined confidence measures for assessing the quality of microarrays
AU2003282885A1 (en) 2002-09-30 2004-04-23 Nimblegen Systems, Inc. Parallel loading of arrays
WO2004031351A2 (en) * 2002-10-01 2004-04-15 Nimblegen Systems, Inc. Microarrays having multiple oligonucleotides in single array features
US20040259105A1 (en) * 2002-10-03 2004-12-23 Jian-Bing Fan Multiplex nucleic acid analysis using archived or fixed samples
US9453251B2 (en) 2002-10-08 2016-09-27 Pfenex Inc. Expression of mammalian proteins in Pseudomonas fluorescens
CA2505514A1 (en) * 2002-11-06 2004-05-27 Mount Sinai School Of Medicine Treatment of amyotrophic lateral sclerosis with nimesulide
EP2112229A3 (en) 2002-11-25 2009-12-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of breast cancer and treatments thereof
AU2003293132A1 (en) * 2002-11-27 2004-06-23 Sra International, Inc. Integration of gene expression data and non-gene data
JP2004191160A (ja) * 2002-12-11 2004-07-08 Yokogawa Electric Corp バイオチップの測定方法および測定装置
KR100506089B1 (ko) * 2003-02-05 2005-08-05 삼성전자주식회사 이형 유전정보를 이용한 프로브 어레이 설계 시스템 및 방법
US7825929B2 (en) * 2003-04-04 2010-11-02 Agilent Technologies, Inc. Systems, tools and methods for focus and context viewing of large collections of graphs
US7750908B2 (en) * 2003-04-04 2010-07-06 Agilent Technologies, Inc. Focus plus context viewing and manipulation of large collections of graphs
WO2004090100A2 (en) * 2003-04-04 2004-10-21 Agilent Technologies, Inc. Visualizing expression data on chromosomal graphic schemes
US7897744B2 (en) * 2003-04-28 2011-03-01 The Public Health Agency Of Canada SARS virus nucleotide and amino acid sequences and uses thereof
US20040249791A1 (en) * 2003-06-03 2004-12-09 Waters Michael D. Method and system for developing and querying a sequence driven contextual knowledge base
EP2327795B1 (en) 2003-06-10 2017-08-09 The Trustees Of Boston University Detection methods for disorders of the lung
WO2005003301A2 (en) * 2003-06-17 2005-01-13 Signal Pharmaceuticals, Inc. Methods, compositions, and kits for predicting the effect of compounds on hot flash symptoms
US20050014217A1 (en) 2003-07-18 2005-01-20 Cytokinetics, Inc. Predicting hepatotoxicity using cell based assays
US7246012B2 (en) 2003-07-18 2007-07-17 Cytokinetics, Inc. Characterizing biological stimuli by response curves
US7235353B2 (en) 2003-07-18 2007-06-26 Cytokinetics, Inc. Predicting hepatotoxicity using cell based assays
US20050026306A1 (en) * 2003-07-31 2005-02-03 Robert Kincaid Method and system for generating virtual-microarrays
US20050026154A1 (en) * 2003-07-31 2005-02-03 Laurakay Bruhn Masking chemical arrays
US7353116B2 (en) * 2003-07-31 2008-04-01 Agilent Technologies, Inc. Chemical array with test dependent signal reading or processing
US7475087B1 (en) 2003-08-29 2009-01-06 The United States Of America As Represented By The Secretary Of Agriculture Computer display tool for visualizing relationships between and among data
US20050048506A1 (en) * 2003-09-03 2005-03-03 Fredrick Joseph P. Methods for encoding non-biological information on microarrays
US20050049796A1 (en) * 2003-09-03 2005-03-03 Webb Peter G. Methods for encoding non-biological information on microarrays
US9394565B2 (en) 2003-09-05 2016-07-19 Agena Bioscience, Inc. Allele-specific sequence variation analysis
DE602004027538D1 (de) 2003-12-01 2010-07-15 Life Technologies Corp Rekombinationsstellen enthaltende nukleinsäuremoleküle und verfahren zur verwendung davon
EP1564306B1 (en) 2004-02-17 2013-08-07 Affymetrix, Inc. Methods for fragmenting and labeling DNA
US7660709B2 (en) * 2004-03-18 2010-02-09 Van Andel Research Institute Bioinformatics research and analysis system and methods associated therewith
AU2005230936B2 (en) 2004-03-26 2010-08-05 Agena Bioscience, Inc. Base specific cleavage of methylation-specific amplification products in combination with mass analysis
KR100632973B1 (ko) * 2004-04-29 2006-10-12 주식회사 메딘텔 순환 짝짓기 시스템 및 순환 짝짓기 방법
US20060003335A1 (en) * 2004-06-30 2006-01-05 Crispino John D Methods for diagnosing acute megakaryoblastic leukemia
US7323318B2 (en) 2004-07-15 2008-01-29 Cytokinetics, Inc. Assay for distinguishing live and dead cells
CA2574610A1 (en) * 2004-07-22 2006-03-02 Sequenom, Inc. Methods for identifying risk of type ii diabetes and treatments thereof
EP2412816B1 (en) * 2004-07-26 2014-12-03 Pfenex Inc. Process for improved protein expression by strain engineering
US8484000B2 (en) * 2004-09-02 2013-07-09 Vialogy Llc Detecting events of interest using quantum resonance interferometry
EP1647600A3 (en) 2004-09-17 2006-06-28 Affymetrix, Inc. (A US Entity) Methods for identifying biological samples by addition of nucleic acid bar-code tags
US20060073511A1 (en) 2004-10-05 2006-04-06 Affymetrix, Inc. Methods for amplifying and analyzing nucleic acids
US20060083609A1 (en) * 2004-10-14 2006-04-20 Augspurger Murray D Fluid cooled marine turbine housing
CA2524964A1 (en) 2004-10-29 2006-04-29 Affymetrix, Inc. Automated method of manufacturing polymer arrays
US7682782B2 (en) 2004-10-29 2010-03-23 Affymetrix, Inc. System, method, and product for multiple wavelength detection using single source excitation
US20090068650A1 (en) * 2005-02-11 2009-03-12 Southern Illinois University Metabolic Primers for the Detection of (Per) Chlorate-Reducing Bacteria and Methods of Use Thereof
US20060211004A1 (en) 2005-02-15 2006-09-21 Ilsley Diane D Methods and compositions for determining non-specific cytotoxicity of a transfection agent
US20090203547A1 (en) * 2005-02-18 2009-08-13 Albert Banes Gene and Cognate Protein Profiles and Methods to Determine Connective Tissue Markers in Normal and Pathologic Conditions
US8178291B2 (en) 2005-02-18 2012-05-15 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining hypersusceptibility of HIV-1 to non-nucleoside reverse transcriptase inhibitors
WO2006089046A2 (en) 2005-02-18 2006-08-24 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining anti-hiv drug susceptibility and replication capacity of hiv
US20070118295A1 (en) * 2005-03-02 2007-05-24 Al-Murrani Samer Waleed Khedhe Methods and Systems for Designing Animal Food Compositions
US20060286569A1 (en) * 2005-03-10 2006-12-21 Bar-Or Yuval A Method, apparatus, and system for authentication using labels containing nucleotide sequences
US7741038B2 (en) 2005-03-14 2010-06-22 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Methods and compositions for evaluating graft survival in a solid organ transplant recipient
EP3770278A1 (en) 2005-04-14 2021-01-27 The Trustees of Boston University Diagnostic for lung disorders using class prediction
WO2006116455A2 (en) * 2005-04-26 2006-11-02 Applera Corporation System for genetic surveillance and analysis
CA2609910A1 (en) * 2005-05-27 2006-12-07 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining resistance of hiv-1 to protease inhibitors
US8071284B2 (en) * 2005-06-06 2011-12-06 Monogram Biosciences, Inc. Methods and compositions for determining altered susceptibility of HIV-1 to anti-HIV drugs
WO2006133266A2 (en) * 2005-06-06 2006-12-14 Monogram Biosciences, Inc. Methods for determining resistance or susceptibility to hiv entry inhibitors
US8159959B2 (en) * 2005-11-07 2012-04-17 Vudu, Inc. Graphic user interface for playing video data
US7634363B2 (en) 2005-12-07 2009-12-15 Affymetrix, Inc. Methods for high throughput genotyping
EP1969506A1 (en) * 2005-12-13 2008-09-17 Erasmus University Medical Center Rotterdam Genetic brain tumor markers
US7646450B2 (en) * 2005-12-29 2010-01-12 Lg Display Co., Ltd. Light emitting diode array, method of manufacturing the same, backlight assembly having the same, and LCD having the same
US20070198729A1 (en) * 2006-02-07 2007-08-23 Yechuri Sitaramarao S SQL network gadget
CA2645310A1 (en) 2006-03-09 2007-09-13 The Trustees Of Boston University Diagnostic and prognostic methods for lung disorders using gene expression profiles from nose epithelial cells
US20100285973A1 (en) * 2006-05-30 2010-11-11 Synergenz Bioscience Limited of Sea Meadow House Methods and compositions for assessment of pulmonary function and disorders
WO2007140417A2 (en) 2006-05-31 2007-12-06 Sequenom, Inc. Methods and compositions for the extraction and amplification of nucleic acid from a sample
EP2035439A4 (en) 2006-06-05 2010-01-13 Cancer Care Ontario RISK ASSESSMENT FOR COLORECTAL CANCER
US20080033985A1 (en) * 2006-06-09 2008-02-07 Gulfstream Bioinformatics Corporation Biomedical Information Modeling
US7700756B2 (en) * 2006-07-27 2010-04-20 Southern Illinois University Metabolic primers for the detection of perchlorate-reducing bacteria and methods of use thereof
WO2008014495A2 (en) * 2006-07-28 2008-01-31 Ingenuity Systems, Inc. Genomics based targeted advertising
CA2660286A1 (en) 2006-08-09 2008-02-21 Homestead Clinical Corporation Organ-specific proteins and methods of their use
WO2008048119A2 (en) * 2006-10-17 2008-04-24 Synergenz Bioscience Limited Methods of analysis of polymorphisms and uses thereof
US9845494B2 (en) 2006-10-18 2017-12-19 Affymetrix, Inc. Enzymatic methods for genotyping on arrays
AU2007325931A1 (en) 2006-11-02 2008-06-05 Yale University Assessment of oocyte competence
NZ551157A (en) * 2006-11-08 2008-06-30 Rebecca Lee Roberts Method of identifying individuals at risk of thiopurine drug resistance and intolerance - GMPS
US8293684B2 (en) * 2006-11-29 2012-10-23 Exiqon Locked nucleic acid reagents for labelling nucleic acids
US7902345B2 (en) 2006-12-05 2011-03-08 Sequenom, Inc. Detection and quantification of biomolecules using mass spectrometry
CA2673092A1 (en) * 2006-12-19 2008-06-26 Synergenz Bioscience Limited Methods and compositions for the assessment of cardiovascular function and disorders
KR101483805B1 (ko) 2007-01-30 2015-01-16 파마시클릭스, 인코포레이티드 히스톤 데아세틸라제 억제제에 대한 암 내성을 확인하는 방법
CA2677517C (en) 2007-02-08 2015-11-03 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for rhd typing, gender determination and nucleic acid quantification
WO2008106115A2 (en) 2007-02-26 2008-09-04 Monogram Biosciences, Inc. Compositions and methods for determining whether a subject would benefit from co-receptor inhibitor therapy
WO2008106785A1 (en) 2007-03-05 2008-09-12 Cancer Care Ontario Assessment of risk for colorectal cancer
CA2680588A1 (en) 2007-03-26 2008-10-02 Sequenom, Inc. Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection
EP2142651B1 (en) 2007-04-27 2013-05-22 Pfenex Inc. Method for rapidly screening microbial hosts to identify certain strains with improved yield and/or quality in the expression of heterologous proteins
US9580719B2 (en) * 2007-04-27 2017-02-28 Pfenex, Inc. Method for rapidly screening microbial hosts to identify certain strains with improved yield and/or quality in the expression of heterologous proteins
US8200440B2 (en) * 2007-05-18 2012-06-12 Affymetrix, Inc. System, method, and computer software product for genotype determination using probe array data
EP2195452B1 (en) 2007-08-29 2012-03-14 Sequenom, Inc. Methods and compositions for universal size-specific polymerase chain reaction
WO2009039190A1 (en) * 2007-09-17 2009-03-26 Gene Express, Inc. Cancer risk biomarker
US20110045481A1 (en) 2008-01-25 2011-02-24 Patrick Gladding Methods and compositions for the assessment of drug response
AU2009223671B2 (en) 2008-03-11 2014-11-27 Sequenom, Inc. Nucleic acid-based tests for prenatal gender determination
EP2253713B1 (en) * 2008-03-11 2015-02-25 National Cancer Center Method for measuring chromosome, gene or specific nucleotide sequence copy numbers using snp array
CA2718137A1 (en) 2008-03-26 2009-10-01 Sequenom, Inc. Restriction endonuclease enhanced polymorphic sequence detection
US20110159492A1 (en) * 2008-06-04 2011-06-30 Rimsza Lisa M Diffuse Large B-Cell Lymphoma Markers and Uses Therefore
US20110201519A1 (en) 2008-08-18 2011-08-18 Sarwal Minnie M Methods and Compositions for Determining a Graft Tolerant Phenotype in a Subject
US8962247B2 (en) 2008-09-16 2015-02-24 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non invasive prenatal diagnoses
US8476013B2 (en) 2008-09-16 2013-07-02 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based acid enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
EP2352503B1 (en) 2008-11-06 2017-07-19 University of Miami Role of soluble upar in the pathogenesis of proteinuric kidney disease
US8039794B2 (en) 2008-12-16 2011-10-18 Quest Diagnostics Investments Incorporated Mass spectrometry assay for thiopurine-S-methyl transferase activity and products generated thereby
AU2010203542B2 (en) 2009-01-07 2017-02-23 Myriad Genetics, Inc Cancer biomarkers
JP2012515533A (ja) * 2009-01-20 2012-07-12 ザ ボード オブ トラスティーズ オブ ザ リーランド スタンフォード ジュニア ユニバーシティ 診断、予後診断、および創薬ターゲットの同定のための単細胞遺伝子発現の方法
PT3301446T (pt) 2009-02-11 2020-07-14 Caris Mpi Inc Perfilagem molecular de tumores
US8832581B2 (en) * 2009-03-05 2014-09-09 Ming Zhang Gene expression browser for web-based search and visualization of characteristics of gene expression
US20100279295A1 (en) * 2009-03-18 2010-11-04 Sequenom, Inc. Use of thermostable endonucleases for generating reporter molecules
CA2757493C (en) 2009-04-03 2018-11-13 Sequenom, Inc. Nucleic acid preparation compositions and methods
WO2011056688A2 (en) 2009-10-27 2011-05-12 Caris Life Sciences, Inc. Molecular profiling for personalized medicine
US20110201008A1 (en) * 2009-12-01 2011-08-18 University Of Miami Assays, methods and kits for measuring response to therapy and predicting clinical outcome in patients with b-cell lymphoma
CA2782803C (en) 2009-12-02 2020-09-01 The Board Of Trustees Of The Leland Stanford Junior University Biomarkers for determining an allograft tolerant phenotype
US8501122B2 (en) 2009-12-08 2013-08-06 Affymetrix, Inc. Manufacturing and processing polymer arrays
US8835358B2 (en) 2009-12-15 2014-09-16 Cellular Research, Inc. Digital counting of individual molecules by stochastic attachment of diverse labels
ES2577017T3 (es) 2009-12-22 2016-07-12 Sequenom, Inc. Procedimientos y kits para identificar la aneuploidia
US9798855B2 (en) 2010-01-07 2017-10-24 Affymetrix, Inc. Differential filtering of genetic data
US9216189B2 (en) 2010-01-25 2015-12-22 Icahn School Of Medicine At Mount Sinai Antibodies which bind type I cannabinoid receptor/angiotensis II receptor heteromers
ES2798114T3 (es) 2010-03-25 2020-12-09 Univ Leland Stanford Junior Biomarcadores de proteínas y de genes para el rechazo de trasplantes de órganos
WO2011139714A2 (en) 2010-04-26 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of cysteinyl-trna synthetase
AU2011248614B2 (en) 2010-04-27 2017-02-16 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of isoleucyl tRNA synthetases
WO2011139853A2 (en) 2010-04-28 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of alanyl trna synthetases
US9068177B2 (en) 2010-04-29 2015-06-30 Atyr Pharma, Inc Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of glutaminyl-tRNA synthetases
CA2797374C (en) 2010-04-29 2021-02-16 Pangu Biopharma Limited Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of asparaginyl trna synthetases
EP2563383B1 (en) 2010-04-29 2017-03-01 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of valyl trna synthetases
JP6008841B2 (ja) 2010-05-03 2016-10-19 エータイアー ファーマ， インコーポレイテッド メチオニルｔＲＮＡ合成酵素のタンパク質フラグメントに関連した治療用、診断用および抗体組成物の革新的発見
CA2797977C (en) 2010-05-03 2019-08-20 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-alpha-trna synthetases
WO2011139986A2 (en) 2010-05-03 2011-11-10 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of arginyl-trna synthetases
EP2566499B1 (en) 2010-05-04 2017-01-25 aTyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of p38 multi-trna synthetase complex
CA2799197C (en) 2010-05-14 2019-10-29 Atyr Pharma, Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of phenylalanyl-beta-trna synthetases
US8962560B2 (en) 2010-06-01 2015-02-24 Atyr Pharma Inc. Innovative discovery of therapeutic, diagnostic, and antibody compositions related to protein fragments of Lysyl-tRNA synthetases
EP3812469A1 (en) 2010-07-07 2021-04-28 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
CN103118695B (zh) 2010-07-12 2016-08-03 Atyr医药公司 与甘氨酰-tRNA合成酶的蛋白片段相关的治疗、诊断和抗体组合物的发现
EP2608801B1 (en) 2010-08-25 2019-08-21 aTyr Pharma, Inc. INNOVATIVE DISCOVERY OF THERAPEUTIC, DIAGNOSTIC, AND ANTIBODY COMPOSITIONS RELATED TO PROTEIN FRAGMENTS OF TYROSYL-tRNA SYNTHETASES
US20120075325A1 (en) * 2010-09-09 2012-03-29 Abbott Laboratories Systems and methods for displaying molecular probes and chromosomes
CN106978480A (zh) 2010-09-15 2017-07-25 阿尔玛克诊断有限公司 用于癌症的分子诊断试验
US8455221B2 (en) 2011-04-29 2013-06-04 Sequenom, Inc. Quantification of a minority nucleic acid species
EP3418397B1 (en) 2012-01-24 2020-10-07 CD Diagnostics, Inc. System for detecting infection in synovial fluid
ES2652136T3 (es) 2012-02-16 2018-01-31 Atyr Pharma, Inc. Histidil-tRNA sintetasas para tratar enfermedades autoinmunitarias e inflamatorias
EP2820174B1 (en) 2012-02-27 2019-12-25 The University of North Carolina at Chapel Hill Methods and uses for molecular tags
US10941396B2 (en) 2012-02-27 2021-03-09 Becton, Dickinson And Company Compositions and kits for molecular counting
EP3757210B1 (en) 2012-03-02 2022-08-24 Sequenom, Inc. Methods for enriching cancer nucleic acid from a biological sample
US9920361B2 (en) 2012-05-21 2018-03-20 Sequenom, Inc. Methods and compositions for analyzing nucleic acid
CA2878979C (en) 2012-07-13 2021-09-14 Sequenom, Inc. Processes and compositions for methylation-based enrichment of fetal nucleic acid from a maternal sample useful for non-invasive prenatal diagnoses
US8766754B2 (en) 2012-07-18 2014-07-01 The Regents Of The University Of California Concave nanomagnets with widely tunable anisotropy
EP2920322B1 (en) 2012-11-16 2023-01-11 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
CA2892822C (en) 2012-11-27 2023-08-08 Pontificia Universidad Catolica De Chile Compositions and methods for diagnosing thyroid tumors
US9896728B2 (en) 2013-01-29 2018-02-20 Arcticrx Ltd. Method for determining a therapeutic approach for the treatment of age-related macular degeneration (AMD)
EP2971100A1 (en) 2013-03-13 2016-01-20 Sequenom, Inc. Primers for dna methylation analysis
EP2971156B1 (en) 2013-03-15 2020-07-15 Myriad Genetics, Inc. Genes and gene signatures for diagnosis and treatment of melanoma
US10535420B2 (en) 2013-03-15 2020-01-14 Affymetrix, Inc. Systems and methods for probe design to detect the presence of simple and complex indels
KR101520615B1 (ko) 2013-03-20 2015-05-18 서울대학교산학협력단 간암 진단용 바이오 마커
US10390724B2 (en) 2013-06-26 2019-08-27 The Penn State Research Foundation Three-dimensional bio-medical probe sensing and contacting structures with addressibility and tunability
CR20160132A (es) 2013-08-12 2016-08-25 Genentech Inc Composiciones y método para tratar condiciones asociadas con el complemento
KR101527283B1 (ko) 2013-08-13 2015-06-10 서울대학교산학협력단 당단백질의 탈당화 검출을 통한 암 마커 스크리닝 방법 및 간세포암 마커
TWI785472B (zh) 2014-02-08 2022-12-01 美商建南德克公司 治療阿茲海默症之方法
WO2015138774A1 (en) 2014-03-13 2015-09-17 Sequenom, Inc. Methods and processes for non-invasive assessment of genetic variations
CA2946737A1 (en) 2014-04-22 2015-10-29 Envirologix, Inc. Compositions and methods for enhancing and/or predicting dna amplification
EP3623482A1 (en) 2014-05-13 2020-03-18 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for cancer prognosis
WO2016003810A1 (en) 2014-07-02 2016-01-07 Myriad Genetics, Inc. Genes and gene signatures for diagnosis and treatment of melanoma
US11053550B2 (en) 2014-10-14 2021-07-06 The University Of North Carolina At Chapel Hill Gene-expression based subtyping of pancreatic ductal adenocarcinoma
MX2017005159A (es) 2014-10-20 2017-08-18 Envirologix Inc Composiciones y metodos para detectar un virus de rna.
EP3210142B1 (en) 2014-10-24 2020-09-16 Koninklijke Philips N.V. Assessment of tgf-cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
BR112017007962A2 (pt) 2014-10-24 2018-01-23 Koninklijke Philips Nv método implementado por computador, aparelho, mídia de armazenamento, programa de computador, kit, e, uso do kit
AU2015334841B2 (en) 2014-10-24 2022-02-03 Koninklijke Philips N.V. Medical prognosis and prediction of treatment response using multiple cellular signaling pathway activities
US10570441B2 (en) 2015-01-30 2020-02-25 Envirologix Inc. Compositions and methods for detecting nicking enzyme and polymerase activity using a substrate molecule
WO2016126253A1 (en) 2015-02-05 2016-08-11 The Penn State Research Foundation Nano-pore arrays for bio-medical, environmental, and industrial sorting, filtering, monitoring, or dispensing
JP6722173B2 (ja) * 2015-04-13 2020-07-15 国立研究開発法人産業技術総合研究所 実験データ記録装置、コンピュータプログラム、実験データ記録方法、実験データ表示装置及び実験データ表示方法
GB201512869D0 (en) 2015-07-21 2015-09-02 Almac Diagnostics Ltd Gene signature for minute therapies
EP3331572A4 (en) 2015-08-04 2019-05-01 CD Diagnostics, Inc. METHOD FOR DETECTING UNWANTED LOCAL TISSUE ACTION NEKROSIS
US10720227B2 (en) * 2015-08-12 2020-07-21 Samsung Electronics Co., Ltd. Method and device for mutation prioritization for personalized therapy
KR102618536B1 (ko) * 2015-08-12 2023-12-27 삼성전자주식회사 환자의 개인화된 치료를 위한 돌연변이 우선순위화 방법 및 장치
WO2017029215A1 (en) 2015-08-14 2017-02-23 Koninklijke Philips N.V. Assessment of nfkb cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
JP6858783B2 (ja) 2015-10-18 2021-04-14 アフィメトリックス インコーポレイテッド 一塩基多型及びインデルの複対立遺伝子遺伝子型決定
WO2017087819A1 (en) 2015-11-19 2017-05-26 Myriad Genetics, Inc. Signatures for predicting cancer immune therapy response
US9836444B2 (en) * 2015-12-10 2017-12-05 International Business Machines Corporation Spread cell value visualization
CA3010240A1 (en) 2016-01-06 2017-07-13 Alexander Gutin Genes and gene signatures for diagnosis and treatment of melanoma
US20190128895A1 (en) 2016-04-20 2019-05-02 Ldx Prognostics Limited Co. Methods and compositions for prognosing preterm birth
WO2017193062A1 (en) 2016-05-06 2017-11-09 Myriad Genetics, Inc. Gene signatures for renal cancer prognosis
US20190346452A1 (en) 2016-05-17 2019-11-14 Ldx Prognostics Limited Co. Methods and compositions for providing preeclampsia assessment
CN106066948B (zh) * 2016-06-07 2018-09-28 北京大学 一种基因表达量的展现方法及装置
US20190229959A1 (en) * 2016-09-27 2019-07-25 Bae Systems Information And Electronic Systems Integration Inc. Techniques for implementing a portable spectrum analyzer
US20180165414A1 (en) * 2016-12-14 2018-06-14 FlowJo, LLC Applied Computer Technology for Management, Synthesis, Visualization, and Exploration of Parameters in Large Multi-Parameter Data Sets
KR102116178B1 (ko) 2017-05-10 2020-05-27 서울대학교산학협력단 간암 고위험군의 간암 발병 모니터링 또는 진단용 바이오마커 및 그 용도
JP7194119B2 (ja) 2017-05-25 2022-12-21 フロージョー エルエルシー 大規模マルチパラメータデータセットの可視化、比較分析、及び自動差異検出
WO2019005763A1 (en) 2017-06-26 2019-01-03 Phase Genomics Inc. METHOD FOR REGROUPING DNA SEQUENCES
EP3461915A1 (en) 2017-10-02 2019-04-03 Koninklijke Philips N.V. Assessment of jak-stat1/2 cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
EP3502279A1 (en) 2017-12-20 2019-06-26 Koninklijke Philips N.V. Assessment of mapk-ap 1 cellular signaling pathway activity using mathematical modelling of target gene expression
WO2019126472A1 (en) 2017-12-22 2019-06-27 Genentech, Inc. Use of pilra binding agents for treatment of a disease
GB2574582A (en) * 2018-05-28 2019-12-18 Rainer Gabriel Schweiger Martin Method for simulating a technical device
US20210269862A1 (en) 2018-06-18 2021-09-02 Igenomix, S.L. Methods for assessing endometrial transformation
CA3115922A1 (en) 2018-10-09 2020-04-16 Genecentric Therapeutics, Inc. Detecting cancer cell of origin
IL283371B1 (en) 2018-11-30 2024-04-01 Caris Mpi Inc New generation molecular characterization
CA3135033A1 (en) 2019-04-01 2020-10-08 The University Of North Carolina At Chapel Hill Purity independent subtyping of tumors (purist), a platform and sample type independent single sample classifier for treatment decision making in pancreatic cancer
EP3956476A1 (en) 2019-04-17 2022-02-23 Igenomix S.L. Improved methods for the early diagnosis of uterine leiomyomas and leiomyosarcomas
EP4069865A4 (en) 2019-12-02 2023-12-20 Caris MPI, Inc. PLATINUM RESISTANCE TEST FOR PAN CANCER
WO2023178295A1 (en) 2022-03-18 2023-09-21 Ludwig Institute For Cancer Research Ltd Methods and systems for analyzing chromatins

Family Cites Families (71)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US4683202A (en) 1985-03-28 1987-07-28 Cetus Corporation Process for amplifying nucleic acid sequences
NO870613L (no) 1986-03-05 1987-09-07 Molecular Diagnostics Inc Deteksjon av mikroorganismer i en prŸve inneholdende nukleinsyre.
US4740611A (en) * 1986-10-30 1988-04-26 The Standard Oil Company N,N'-disubstituted ureas
US4705864A (en) * 1986-11-10 1987-11-10 The Standard Oil Company Aryl oxime derivatives of hydantoins
WO1988004670A1 (en) 1986-12-20 1988-06-30 Kukita, Takeshi Bilirubin antigen, monoclonal antibody therefor, process for their preparation, and their use
US5202231A (en) 1987-04-01 1993-04-13 Drmanac Radoje T Method of sequencing of genomes by hybridization of oligonucleotide probes
US5525464A (en) 1987-04-01 1996-06-11 Hyseq, Inc. Method of sequencing by hybridization of oligonucleotide probes
US5700637A (en) 1988-05-03 1997-12-23 Isis Innovation Limited Apparatus and method for analyzing polynucleotide sequences and method of generating oligonucleotide arrays
EP0451141B1 (en) 1988-05-20 1998-11-18 F. Hoffmann-La Roche Ag Immobilized sequence-specific probes
US5206137A (en) 1988-09-08 1993-04-27 Lifecodes Corporation Compositions and methods useful for genetic analysis
US6203977B1 (en) * 1988-11-15 2001-03-20 Yale University Delineation of individual human chromosomes in metaphase and interphase cells by in situ suppression hybridization
JPH02299598A (ja) 1989-04-14 1990-12-11 Ro Inst For Molecular Genetics & Geneteic Res 微視的サイズの別個の粒子と結合している核酸試料中のごく短い配列の全部または一部のオリゴヌクレチドプローブとのハイブリダイゼーションによる決定法
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5871928A (en) * 1989-06-07 1999-02-16 Fodor; Stephen P. A. Methods for nucleic acid analysis
US5800992A (en) * 1989-06-07 1998-09-01 Fodor; Stephen P.A. Method of detecting nucleic acids
US5925525A (en) * 1989-06-07 1999-07-20 Affymetrix, Inc. Method of identifying nucleotide differences
US6040138A (en) 1995-09-15 2000-03-21 Affymetrix, Inc. Expression monitoring by hybridization to high density oligonucleotide arrays
ES2155822T3 (es) 1990-12-06 2001-06-01 Affymetrix Inc Compuestos y su utilizacion en una estrategia de sintesis binaria.
EP1231282A3 (en) 1990-12-06 2005-05-18 Affymetrix, Inc. Methods and compositions for identification of polymers
GR1000797B (el) 1991-06-10 1993-01-25 Emmanouil E Petromanolakis Αποσβεστηρας ενεργειας κυματισμου κατα την προωση ενος πλοιου.
AU663101B2 (en) * 1991-08-13 1995-09-28 Wisconsin Milk Marketing Board DNA sequence encoding bovine alpha-lactalbumin and methods of use
US5846717A (en) * 1996-01-24 1998-12-08 Third Wave Technologies, Inc. Detection of nucleic acid sequences by invader-directed cleavage
DE69329800D1 (de) 1992-04-27 2001-02-01 Dartmouth College Detektion von gensequenzen in biologischen flüssigkeiten
US6251920B1 (en) * 1993-05-13 2001-06-26 Neorx Corporation Prevention and treatment of cardiovascular pathologies
US6395494B1 (en) * 1993-05-13 2002-05-28 Neorx Corporation Method to determine TGF-β
US5524070A (en) * 1992-10-07 1996-06-04 The Research Foundation Of State University Of New York Local adaptive contrast enhancement
WO1995011995A1 (en) 1993-10-26 1995-05-04 Affymax Technologies N.V. Arrays of nucleic acid probes on biological chips
US5632282A (en) * 1993-07-20 1997-05-27 Hay; S. Hutson Ocular disease detection apparatus
EP0725682B1 (en) 1993-10-28 2002-03-20 Houston Advanced Research Center Microfabricated, flowthrough porous apparatus
US6096503A (en) * 1993-11-12 2000-08-01 The Scripps Research Institute Method for simultaneous identification of differentially expresses mRNAs and measurement of relative concentrations
US6339767B1 (en) * 1997-06-02 2002-01-15 Aurigin Systems, Inc. Using hyperbolic trees to visualize data generated by patent-centric and group-oriented data processing
EP0667586A3 (en) * 1994-02-14 1996-08-28 Digital Equipment Corp Database creation system.
US5560005A (en) * 1994-02-25 1996-09-24 Actamed Corp. Methods and systems for object-based relational distributed databases
US5571639A (en) * 1994-05-24 1996-11-05 Affymax Technologies N.V. Computer-aided engineering system for design of sequence arrays and lithographic masks
US5570291A (en) * 1994-08-24 1996-10-29 Wallace Computer Services, Inc. Custom product estimating and order processing system
US6600996B2 (en) 1994-10-21 2003-07-29 Affymetrix, Inc. Computer-aided techniques for analyzing biological sequences
US5795716A (en) * 1994-10-21 1998-08-18 Chee; Mark S. Computer-aided visualization and analysis system for sequence evaluation
JPH11501741A (ja) 1995-01-27 1999-02-09 インサイト ファーマシューティカルズ インク． 微生物学的データを保存し解析するコンピュータシステム
US5961923A (en) * 1995-04-25 1999-10-05 Irori Matrices with memories and uses thereof
DE69622088T2 (de) * 1995-06-06 2003-03-06 Ube Industries, Ltd. Aromatische Polyimid und Gastrennung
US5707806A (en) 1995-06-07 1998-01-13 Genzyme Corporation Direct sequence identification of mutations by cleavage- and ligation-associated mutation-specific sequencing
US5777888A (en) 1995-08-09 1998-07-07 Regents Of The University Of California Systems for generating and analyzing stimulus-response output signal matrices
US5871697A (en) * 1995-10-24 1999-02-16 Curagen Corporation Method and apparatus for identifying, classifying, or quantifying DNA sequences in a sample without sequencing
GB9522615D0 (en) 1995-11-03 1996-01-03 Pharmacia Spa 4-Phenyl-4-oxo-butanoic acid derivatives with kynurenine-3-hydroxylase inhibiting activity
US5778200A (en) 1995-11-21 1998-07-07 Advanced Micro Devices, Inc. Bus arbiter including aging factor counters to dynamically vary arbitration priority
AU2253397A (en) 1996-01-23 1997-08-20 Affymetrix, Inc. Nucleic acid analysis techniques
JP2000504575A (ja) 1996-02-08 2000-04-18 アフィメトリックス，インコーポレイテッド 微生物のチップベースの種分化および表現型特徴付け
US6108635A (en) * 1996-05-22 2000-08-22 Interleukin Genetics, Inc. Integrated disease information system
US5989835A (en) * 1997-02-27 1999-11-23 Cellomics, Inc. System for cell-based screening
JP2001503546A (ja) * 1996-11-04 2001-03-13 ３―ディメンショナル ファーマシューティカルズ インコーポレイテッド 化学データの可視化、並びに対話式に処理および分析するためのシステム、方法、およびコンピュータプログラム製品
US5968784A (en) * 1997-01-15 1999-10-19 Chugai Pharmaceutical Co., Ltd. Method for analyzing quantitative expression of genes
US6205447B1 (en) * 1997-06-30 2001-03-20 International Business Machines Corporation Relational database management of multi-dimensional data
WO1999005324A1 (en) 1997-07-25 1999-02-04 Affymetrix, Inc. System for providing a polymorphism database
US6032151A (en) * 1997-11-17 2000-02-29 Sun Microsystems, Inc. Database system employing polymorphic entry and entry matching
US6025194A (en) * 1997-11-19 2000-02-15 Geron Corporation Nucleic acid sequence of senescence asssociated gene
US5991766A (en) * 1997-12-02 1999-11-23 Electronic Data Systems Corporation Method and system for managing redundant objects in a distributed object system
US20030036855A1 (en) * 1998-03-16 2003-02-20 Praelux Incorporated, A Corporation Of New Jersey Method and apparatus for screening chemical compounds
US6324533B1 (en) * 1998-05-29 2001-11-27 International Business Machines Corporation Integrated database and data-mining system
AU2342900A (en) * 1998-09-23 2000-05-01 Cleveland Clinic Foundation, The Novel interferon stimulated and repressed genes
US6140054A (en) * 1998-09-30 2000-10-31 University Of Utah Research Foundation Multiplex genotyping using fluorescent hybridization probes
US6251601B1 (en) * 1999-02-02 2001-06-26 Vysis, Inc. Simultaneous measurement of gene expression and genomic abnormalities using nucleic acid microarrays
US6284465B1 (en) * 1999-04-15 2001-09-04 Agilent Technologies, Inc. Apparatus, systems and method for locating nucleic acids bound to surfaces
US6338071B1 (en) * 1999-08-18 2002-01-08 Affymetrix, Inc. Method and system for providing a contract management system using an action-item table
US6754666B1 (en) * 1999-08-19 2004-06-22 A2I, Inc. Efficient storage and access in a database management system
WO2001014328A2 (en) * 1999-08-20 2001-03-01 Merck & Co., Inc. Substituted ureas as cell adhesion inhibitors
US7072896B2 (en) * 2000-02-16 2006-07-04 Verizon Laboratories Inc. System and method for automatic loading of an XML document defined by a document-type definition into a relational database including the generation of a relational schema therefor
US6569615B1 (en) * 2000-04-10 2003-05-27 The United States Of America As Represented By The Department Of Veteran's Affairs Composition and methods for tissue preservation
US20020062258A1 (en) * 2000-05-18 2002-05-23 Bailey Steven C. Computer-implemented procurement of items using parametric searching
US7731904B2 (en) * 2000-09-19 2010-06-08 Canon Kabushiki Kaisha Method for making probe support and apparatus used for the method
US6872533B2 (en) * 2001-07-27 2005-03-29 The Regents Of The University Of California STK15 (STK6) gene polymorphism and methods of determining cancer risk
US20030126139A1 (en) * 2001-12-28 2003-07-03 Lee Timothy A. System and method for loading commercial web sites

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN101770546A (zh) * 2008-12-30 2010-07-07 三星电子株式会社 用于合并的个人基因组管理的方法和装置
JP2010157231A (ja) * 2008-12-30 2010-07-15 Samsung Electronics Co Ltd 個人ゲノム統合管理方法及び装置

Also Published As

Publication number Publication date
EP1007737A1 (en) 2000-06-14
JP2001511546A (ja) 2001-08-14
US6229911B1 (en) 2001-05-08
US6532462B2 (en) 2003-03-11
US6882742B2 (en) 2005-04-19
DE69823206D1 (de) 2004-05-19
JP2001511529A (ja) 2001-08-14
US20020062319A1 (en) 2002-05-23
WO1999005574A1 (en) 1999-02-04
US6308170B1 (en) 2001-10-23
US20020012456A1 (en) 2002-01-31
DE69823206T2 (de) 2004-08-19
EP1002264A2 (en) 2000-05-24
US6484183B1 (en) 2002-11-19
EP1002264B1 (en) 2004-04-14
WO1999005591A3 (en) 1999-05-20
EP1009861A4 (en) 2002-10-16
US20050157915A1 (en) 2005-07-21
EP0998697A1 (en) 2000-05-10
WO1999005591A2 (en) 1999-02-04
US20030125882A1 (en) 2003-07-03
JP3776728B2 (ja) 2006-05-17
WO1999005324A1 (en) 1999-02-04
EP1009861A1 (en) 2000-06-21
JP2001515234A (ja) 2001-09-18
EP1002264A4 (en) 2002-07-03
ATE264523T1 (de) 2004-04-15
JP2001511550A (ja) 2001-08-14
EP0998697A4 (en) 2002-07-24
EP1007737A4 (en) 2002-07-03
JP2005353057A (ja) 2005-12-22
US6188783B1 (en) 2001-02-13
WO1999005323A1 (en) 1999-02-04
US20030074363A1 (en) 2003-04-17
US7215804B2 (en) 2007-05-08
US6567540B2 (en) 2003-05-20
US20050164270A1 (en) 2005-07-28

Similar Documents

Publication Publication Date Title
US6484183B1 (en) Method and system for providing a polymorphism database
Gibbs et al. The international HapMap project
Yu et al. Development of a comparative genomic hybridization microarray and demonstration of its utility with 25 well-characterized 1p36 deletions
Bennett et al. Toward the $1000 human genome
Dalma‐Weiszhausz et al. [1] the Affymetrix GeneChip® platform: an overview
US20020049772A1 (en) Computer program product for genetically characterizing an individual for evaluation using genetic and phenotypic variation over a wide area network
Han et al. Reproducibility, sources of variability, pooling, and sample size: important considerations for the design of high-density oligonucleotide array experiments
Ellsworth et al. The emerging importance of genetics in epidemiologic research II. Issues in study design and gene mapping
EP0652971A1 (en) Gene detection system
US20030028501A1 (en) Computer based method for providing a laboratory information management system
Rajagopalan et al. Variations on a chip: Technologies of difference in human genetics research
US20040023275A1 (en) Methods for genomic analysis
US20060259251A1 (en) Computer software products for associating gene expression with genetic variations
US20080026367A9 (en) Methods for genomic analysis
EP1396800A2 (en) Method and apparatus for providing a bioinformatics database
JP2003526133A (ja) 発現データ・マイニング・データベースおよび実験室情報管理を提供する方法および装置
JP2003526133A6 (ja) 発現データ・マイニング・データベースおよび実験室情報管理を提供する方法および装置
McDonough Genome Movement and Pediatric-Adolescent Gynecology:“Genomic Techniques”
Bennett DNA sequencing and the human genome Project
Sperling Array analysis applied to malformed hearts: Molecular dissection of tetralogy of Fallot
Gilbert et al. Strategies for genotype generation
Human The International HapMap Project
Carroll Mobile elements: Genome-wide distribution and complexity
Ait-Ghezala et al. Genes, Genomics, Microarray Methods, and Analysis
International HapMap Consortium Genotyping centres: Baylor College of Medicine and ParAllele BioScience Gibbs Richard A. 1 Belmont John W. 1 Hardenbol Paul 2 Willis Thomas D. 2 Yu Fuli 1 et al. The International HapMap Project

Legal Events

Date Code Title Description
A300 Application deemed to be withdrawn because no request for examination was validly filed

Free format text: JAPANESE INTERMEDIATE CODE: A300

Effective date: 20051004