JP2002541803A

JP2002541803A - 乳癌の処置および診断のための組成物ならびに方法

Info

Publication number: JP2002541803A
Application number: JP2000611676A
Authority: JP
Inventors: トニーエヌ．フルデイキス，; ジョンエム．スミス，; スティーブンジー．リード，; リンダイー．ミシェル，; マルクダブリュー．レッター，; デイビンシー．ディロン，
Original assignee: コリクサコーポレイション
Priority date: 1999-04-09
Filing date: 2000-04-07
Publication date: 2002-12-10
Also published as: NZ514646A; IL145719A0; NO20014805D0; WO2000061753A2; HUP0200825A2; PL350863A1; AU774824B2; MXPA01010186A; CZ20013575A3; KR20020026418A; EP1169444A2; BR0009573A; CA2365909A1; NO20014805L; WO2000061753A3; AU4213000A; CN1352683A

Abstract

(57)【要約】乳癌の、検出および治療のための、組成物および方法が開示される。提供される本願化合物は、***腫瘍組織において優先的に発現されるヌクレオチド配列、ならびにこのようなヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドを含む。このような化合物を含むワクチンおよび薬学的組成物もまた提供され、そして、例えば、乳癌の予防および処置のために使用され得る。このポリペプチドはまた、抗体の産生のために使用され得、この抗体は、患者における乳癌の進行を診断およびモニターするのに有用である。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】（技術分野）本発明は、一般に、乳癌の検出および治療に関する。本発明は、より詳細には
、***腫瘍組織で優先的に発現されるヌクレオチド配列およびこのようなヌクレ
オチド配列によりコードされるポリペプチドに関する。ヌクレオチド配列および
ポリペプチドは、乳癌の予防および処置のためのワクチンおよび薬学的組成物に
おいて使用され得る。ポリペプチドはまた、化合物（例えば、患者における乳癌
の進行を診断およびモニターするために有用な抗体）の産生のために使用され得
る。

【０００２】（発明の背景）乳癌は、米国および世界中で、女性についての重大な健康問題である。その疾
患の検出および処置において、進歩が成されてきたが、乳癌は、女性の癌関係の
第二番目の死因のままであり、毎年、米国で１８０，０００人を超える女性が罹
患している。北米の女性に関して、生存中の乳癌に罹る可能性は、現在８人に１
人である。

【０００３】現在のところ利用可能である、乳癌の予防または処置のためのワクチンまたは
他の一般に優れた方法は存在しない。その疾患の対応は、現在のところ、早期の
診断（慣用的な***のスクリーニング手順を通じて）および積極的な処置の組み
合わせに依存し、その処置は、手術、放射線治療、化学療法、およびホルモン療
法のような、１以上の種々の処置を含み得る。特定の乳癌の処置の過程は、しば
しば、特異的な腫瘍マーカーの分析を含む、種々の予後のパラメーターに基づい
て選択される。例えば、Ｐｏｒｔｅｒ−ＪｏｒｄａｎおよびＬｉｐｐｍａｎ、Ｂ
ｒｅａｓｔＣａｎｃｅｒ８：７３−１００（１９９４）を参照のこと。しか
し、確立されたマーカーの使用は、しばしば、解釈が難しい結果を導き、そして
乳癌患者において観察される高い死亡率は、その疾患の処置、診断、および予防
において、改善が必要とされることを示している。

【０００４】従って、当該分野において、乳癌の治療および診断の改善された方法の必要性
が存在する。本発明は、これらの必要性を満たし、さらに他の関係する利点を提
供する。

【０００５】（発明の要旨）手短に述べると、本発明は、乳癌の診断および治療のための組成物および方法
を提供する。第１の局面において、単離されたポリヌクレオチドが提供され、こ
のようなポリヌクレオチドは、以下を含む：（ａ）正常組織と比較して、乳癌組
織において優先的に発現されるヌクレオチド配列；（ｂ）以下で規定されるよう
な、このような配列の改変体；あるいは、（ｃ）上記の配列の少なくとも１つに
よりコードされるポリペプチドのエピトープをコードするヌクレオチド配列。１
つの実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、配列番号１に列挙され
るヒト内因性レトロウイルス配列を含む。他の実施形態において、単離されたポ
リヌクレオチドは、以下の配列：

【０００６】

【化１１】のいずれか１つに列挙される配列を含む。

【０００７】関連する実施形態において、単離されたポリヌクレオチドは、ポリペプチドの
エピトープをコードし、ここでこのポリペプチドは、以下のようなヌクレオチド
配列によりコードされる：（ａ）ストリンジェントな条件下で、以下の配列：

【０００８】

【化１２】のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズするヌクレオチド配列
；および（ｂ）以下の配列：

【０００９】

【化１３】のいずれか１つに列挙される配列と少なくとも８０％同一であるヌクレオチド配
列。

【００１０】別の実施形態において、本発明は、ポリペプチドのエピトープをコードする単
離されたポリヌクレオチドを提供し、このポリペプチドは、以下によりコードさ
れる：（ａ）配列番号１４１の配列から転写されるヌクレオチド配列；または（
ｂ）わずか２０％のヌクレオチド位置で１つ以上のヌクレオチド置換、欠失、挿
入および／または改変を含む上記ヌクレオチド配列の改変体。この結果、上記の
ヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドの抗原および／または免疫原
性特性が保持される。上記のように、ポリヌクレオチドに対して相補的なヌクレ
オチド配列を含む、単離されたＤＮＡ分子およびＲＮＡ分子もまた、提供される
。

【００１１】関連する局面において、本発明は、上記のようなポリヌクレオチドを含む組換
え発現ベクターおよびこのような発現ベクターを用いて形質転換またはトランス
フェクトされた宿主細胞を提供する。

【００１２】さらなる局面において、上記のようなポリヌクレオチドによりコードされるア
ミノ酸配列を含むポリペプチド、およびこのようなポリペプチドに結合するモノ
クローナル抗体が提供される。特定の実施形態において、本願ポリペプチドは、
配列番号：２９９、３００、３０４〜３０６、３０８および３１５からなる群よ
り選択されるアミノ酸配列、ならびに以下に規定されるようなその改変体を含む
。

【００１３】なお別の局面において、患者における乳癌の存在を決定するための方法が、提
供される。１つの実施形態において、この方法は、生物学的サンプル中に上記の
ようなポリペプチドを検出する工程を包含する。別の実施形態において、この方
法は、生物学的サンプル中に、上記のようなポリペプチドをコードするＲＮＡ分
子を検出する工程を包含する。なお別の実施形態において、この方法は、（ａ）
上記のようなポリペプチドを患者の皮内に注入する工程；および（ｂ）患者の皮
膚における免疫応答を検出する工程およびそれから患者における乳癌の存在を検
出する工程を包含する。さらなる実施形態において、本発明は、上記のような患
者における乳癌の存在を決定するための方法を提供し、この癌の存在において、
ポリペプチドは、以下の配列番号：

【００１４】

【化１４】およびストリンジェントな条件下でそれに対してハイブリダイズする配列からな
る群より選択されるヌクレオチド配列によりコードされる。

【００１５】関連する局面において、乳癌の決定において有用な診断キットが提供される。
この診断キットは、一般に、上記のような１つ以上のモノクローナル抗体、また
は以下の配列番号：

【００１６】

【化１５】において提供される配列からなる群より選択されるヌクレオチド配列によりコー
ドされるポリペプチドに結合する１つ以上のモノクローナル抗体のいずれか、な
らびに検出試薬を含む。

【００１７】診断キットもまた提供され、この診断キットは、第１のポリメラーゼ連鎖反応
プライマーおよび第２のポリメラーゼ連鎖反応プライマーを含み、このプライマ
ーの少なくとも１つは、本明細書中に記載されるポリヌクレオチドに特異的であ
る。１つの実施形態において、少なくとも１つのプライマーは、上記のようなポ
リヌクレオチドの少なくとも約１０個の連続するヌクレオチド、または以下の配
列：

【００１８】

【化１６】からなる群より選択される配列によりコードされるポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドを含む。

【００１９】別の関連する局面において、診断キットは、少なくとも１つのオリゴヌクレオ
チドプローブを含み、このプローブは、本明細書中に記載されるポリヌクレオチ
ドに特異的である。１つの実施形態において、このプローブは、上記のようなポ
リヌクレオチドの少なくとも約１５個の連続するヌクレオチド、または以下の配
列：

【００２０】

【化１７】からなる群より選択されるポリヌクレオチドを含む。

【００２１】別の関連する局面において、本発明は、患者における乳癌の進行をモニターす
るための方法を提供する。１つの実施形態において、この方法は、以下の工程：
（ａ）生物学的サンプルにおいて、第１の時点で上記のようなポリペプチドの量
を検出する工程；（ｂ）次の時点で、工程（ａ）を繰り返す工程；および（ｃ）
工程（ａ）および（ｂ）において検出されるポリペプチドの量を比較し、そして
そこから患者における乳癌の進行をモニターする工程、を包含する。別の実施形
態において、この方法は、（ａ）生物学的サンプルにおいて、第１の時点で上記
のようなポリペプチドをコードするＲＮＡ分子の量を検出する工程；（ｂ）次の
時点で工程（ａ）を繰り返す工程；および（ｃ）工程（ａ）および（ｂ）におい
て検出されるＲＮＡ分子の量を比較し、そしてそこから患者における乳癌の進行
をモニターする工程を包含する。なお他の実施形態において、本発明は、上記の
ような患者における乳癌の進行をモニターし、ここでこのポリペプチドは、以下
の配列：

【００２２】

【化１８】およびストリンジェントな条件下でそれに対してハイブリダイズする配列からな
る群より選択されるヌクレオチド配列によりコードされる。

【００２３】なお他の局面において、生理学的に受容可能なキャリアと組み合わせて、上記
のようなポリペプチドを含む薬学的組成物、および免疫促進剤またはアジュバン
トと組み合わせて上記のようなポリペプチドを含むワクチンが提供される。なお
他の局面において、本発明は、薬学的組成物およびワクチンを提供し、これらは
、以下の配列：

【００２４】

【化１９】およびストリンジェントな条件下でそれらに対しハイブリダイズする配列、から
なる群より選択されるヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチドを含む
。

【００２５】関連する局面において、本発明は、患者における乳癌の発達を阻害するための
方法を提供し、この方法は、上記のような薬学的組成物またはワクチンを、患者
に投与する工程を包含する。

【００２６】本発明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な説明および添付の図面を参照
して明らかとなる。本明細書中に開示される全ての参考文献は、各々が個々に援
用されるように、その全体が参考として本明細書に援用される。

【００２７】（発明の詳細な説明）上記のように、本発明は、一般的に、乳癌の診断、モニタリングおよび治療の
ための組成物および方法に関する。本明細書中に記載される組成物としては、ポ
リペプチド、ポリヌクレオチドおよび抗体が挙げられる。本発明のポリペプチド
は、一般的に、正常な***組織よりヒト***腫瘍組織において、より大きいレベ
ルで発現される（すなわち、ポリペプチドをコードするＲＮＡのレベルが、腫瘍
組織において少なくとも２倍高い）タンパク質の少なくとも一部を含む。このよ
うなポリペプチドは、本明細書中で***腫瘍特異的ポリペプチドといわれ、そし
てこのようなポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子は、***腫瘍特異的ｃＤＮ
Ａといわれる。本発明のポリヌクレオチドは、一般に、上記のようなポリペプチ
ドの全てまたは一部をコードするか、またはこのような配列に対して相補的であ
る、ＤＮＡ配列またはＲＮＡ配列を含む。抗体は、一般的に、免疫系部分または
そのフラグメントであり、これらは、上記のようなポリペプチドの一部分に結合
可能である。抗体は、細胞培養技術により産生され得、この技術としては、組換
え抗体の産生を可能にするために、本明細書中に記載されるようなモノクローナ
ル抗体の生成、または抗体遺伝子の適切な細菌細胞宿主または哺乳動物細胞宿主
中へのトランスフェクションを介することを含む。

【００２８】本発明の範囲内のポリぺプチドとしては、これらに限定されないが、ヒト内因
性レトロウイルス配列（例えば、Ｂ１８Ａｇ１で示された配列）（図５および配
列番号１）によりコードされるポリペプチド（およびそのエピトープ）が挙げら
れる。Ｂ１８Ａｇ１（配列番号１４１）を含むレトロウイルスゲノム内の他の配
列によりコードされるポリペプチドもまた、本発明の範囲内である。このような
配列としては、これらに限定されないが、配列番号３〜１０に列挙される配列が
挙げられる。Ｂ１８Ａｇ１は、内因性ヒトレトロウイルスエレメントＳ７１のｇ
ａｇｐ３０遺伝子に対する相同性を有し（Ｗｅｒｎｅｒら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ
１７４：２２５−２３８に記載されるような）、そしてまた、約３０個の他の
レトロウイルスｇａｇ遺伝子に対する相同性を示す。以下でより詳細に議論され
るように、本発明はまた、多くの付加的な***腫瘍特異的ポリペプチドを含む（
例えば、以下の配列番号において列挙されるヌクレオチド配列によりコードされ
るポリペプチド：

【００２９】

【化２０】本明細書中に使用される場合、用語「ポリペプチド」は、任意の長さのアミノ
酸鎖（本明細書中に列挙される配列を含む全長タンパク質を含む）を含む。本明
細書中に記載されるような配列を含むタンパク質のエピトープを含むポリペプチ
ドは、大体、エピトープからなり得、または付加的な配列を含み得る。付加的な
配列は、ネイティブなタンパク質に由来し得るか、または異種であり得、そして
このような配列は、（必要ではないが）免疫原性特性または抗原特性を保有し得
る。

【００３０】「エピトープ」とは、本明細書中において使用する場合、Ｂ細胞および／また
はＴ細胞の表面抗原レセプターにより認識される（すなわち、特異的に結合され
る）、ポリペプチドの部分である。エピトープは、一般的にＰａｕｌ，Ｆｕｎｄ
ａｍｅｎｔａｌＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ，第３版、２４３−２４７（Ｒａｖｅｎ
Ｐｒｅｓｓ，１９９３）およびそこに引用される参考文献に要約される技術の
ような周知技術を使用して、同定され得る。このような技術は、抗原特異的な抗
血清および／あるいはＴ細胞株またはＴ細胞クローンと反応する能力について、
ネイティブなポリペプチド由来のポリペプチドをスクリーニングする工程を含む
。ポリペプチドのエピトープは、（例えば、ＥＬＩＳＡおよび／またはＴ細胞反
応性アッセイにおいて）その全長ポリペプチドの反応性に類似のレベルで、この
ような抗血清および／またはＴ細胞と反応する部分である。このようなスクリー
ニングは、一般的に、当業者に周知の方法（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎ
ｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ，Ｃｏｌ
ｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ，１９８８に記載の方
法）を使用して行われ得る。Ｂ細胞およびＴ細胞のエピトープはまた、コンピュ
ーター分析により、予測され得る。腫瘍組織において優先的に発現されるポリペ
プチドのエピトープを含むポリペプチド（さらなるアミノ酸配列を有するかまた
は有さない）は、本発明の範囲内である。

【００３１】本明細書において用いる場合、用語「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボヌ
クレオチド塩基またはリボヌクレオチド塩基の一本鎖または二本鎖ポリマーを意
味し、そしてＤＮＡ分子および対応するＲＮＡ分子を含む。これは、ＨｎＲＮＡ
分子およびｍＲＮＡ分子、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方を含み、そして
ｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡおよび組換えＤＮＡ、ならびに全合成ポリヌクレオチド
または部分合成ポリヌクレオチドを含む。ＨｎＲＮＡ分子は、イントロンを含み
、そして一般に１対１の様式でＤＮＡ分子に対応する。ｍＲＮＡ分子は、イント
ロンが切除されたＨｎＲＮＡ分子およびＤＮＡ分子に対応する。ポリヌクレオチ
ドは、遺伝子全体またはその任意の部分からなり得る。作動可能なアンチセンス
ポリヌクレオチドは、対応するポリヌクレオチドのフラグメントを含み得、従っ
て、「ポリヌクレオチド」の定義には、このような作動可能なアンチセンスフラ
グメントのすべてを含む。

【００３２】本発明の組成物および方法はまた、上記のポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドの改変体を包含する。

【００３３】本明細書において用いる場合、ポリペプチドの「改変体」は、このポリペプチ
ドの抗原性の特性が保持されるような保存的な置換および／または改変でのみ、
示されたポリペプチドと異なるポリペプチドである。好ましい実施態様において
、改変ポリペプチドは、同定された配列と、５アミノ酸以下の置換、欠失または
付加だけ異なる。このような改変体は、一般に、上記のポリペプチド配列の１つ
の改変により、および例えば、本明細書において記載される代表的な手順を用い
て、この改変されたポリペプチドの抗原性特性を評価することにより同定され得
る。ポリペプチド改変体は、好ましくは、同定されたポリペプチドに対して、少
なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは
少なくとも約９５％の同一性（以下で記載されたように決定された）を示す。

【００３４】本明細書において用いる場合、「保存的置換」は、アミノ酸が類似の特性を有
する別のアミノ酸へと置換されるものであり、この結果、ペプチド化学の当業者
は、そのポリペプチドの二次構造および疎水性親水性指標（ｈｙｄｒｏｐａｔｈ
ｉｃ）の特徴が実質的に変化しないことを予想する。一般に、アミノ酸の以下の
群は保存的変化を表す：（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌ
ｎ、ａｓｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）
ｖａｌ、ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈ
ｉｓ；および（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓ。

【００３５】改変体はまた（または、代わりに）、他の改変を含み得、これは、ポリペプチ
ドの抗原性特性、二次構造および疎水性親水性指標の特徴に最小限の影響を有す
るアミノ酸の欠失または付加を含む。例えば、ポリペプチドは、タンパク質の転
移を翻訳と同時にまたは翻訳後に指向するそのタンパク質のＮ末端のシグナル（
またはリーダー）配列に結合体化され得る。このポリペプチドはまた、ポリペプ
チド（例えば、ポリ−Ｈｉｓ）の合成、精製または同定を容易にするために、あ
るいは固体支持体へのポリペプチドの結合を増強するために、リンカーまたは他
の配列に結合体化され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域
に結合体化され得る。

【００３６】ヌクレオチド「改変体」は、１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または付加
を有するという点で挙げられたヌクレオチド配列と異なる配列である。このよう
な改変は、標準的な変異誘発技術（例えば、Ａｄｅｌｍａｎら（ＤＮＡ、２：１
８３、１９８３）に教示されるような、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変
異誘発を用いて容易に導入され得る。ヌクレオチド改変体は、天然に存在する対
立遺伝子改変体、または天然に存在しない改変体であり得る。改変体のヌクレオ
チド配列は、好ましくは、挙げられた配列に対して、少なくとも約７０％、より
好ましくは少なくとも約８０％、そして最も好ましくは少なくとも約９０％の同
一性（以下で記載されたように決定された）を示す。

【００３７】本発明によって提供される乳癌腫瘍抗原は、本明細書において具体的に挙げら
れた１つ以上のＤＮＡ配列に対して実質的に相同であるＤＮＡ配列によってコー
ドされる改変体を含む。本明細書において用いる場合、「実質的な相同性」は、
中程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るＤＮＡ配列をいう。
適切である、中程度にストリンジェントな条件としては、以下が挙げられる：５
×ＳＳＣ、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中での
予備洗浄；５０℃〜６５℃、５×ＳＳＣ（または、種交叉相同性の場合は、４５
℃で０．５×ＳＳＣ）での、一晩のハイブリダイゼーション；続いて各々０．１
％ＳＤＳ含有の２×、０．５×および０．２×ＳＳＣのそれぞれを用いた２０分
間、６５℃での２回の洗浄。このようなハイブリダイズするＤＮＡ配列はまた、
本発明の範囲内である。なぜなら、ヌクレオチド配列はコードの縮重に起因して
、ハイブリダイズするＤＮＡ配列によりコードされる免疫原性ポリペプチドをコ
ードするからである。

【００３８】２つのヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、その２つの配列における
ヌクレオチドまたはアミノ酸残基の配列が、以下に記載のように最大一致につい
て整列されたときに同じである場合に、「同一」であるといわれる。２つの配列
の間の比較は、代表的には、比較ウインドウにわたって配列を比較して配列類似
性の局所領域を同定および比較することにより実行される。本明細書において用
いる場合、「比較ウインドウ」は、少なくとも約２０の連続位置、通常３０〜約
７５、４０〜約５０のセグメントをいい、ここで配列は、２つの配列が最適に整
列された後、同じ数の連続位置の参照配列と比較され得る。

【００３９】比較のための配列の最適整列は、デフォルトパラメーターを用いて、バイオイ
ンフォーマティクス（生物情報科学）のソフトウエア（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｉｎｃ
．，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）のＬａｓｅｒｇｅｎｅｓｕｉｔｅにおけるＭｅｇ
ａｌｉｇｎプログラムを用いて行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献
において記載されたいくつかの整列スキームを統合する：Ｄａｙｈｏｆｆ、Ｍ．
Ｏ．（１９７８）（Ａｍｏｄｅｌｏｆｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙｃｈａ
ｎｇｅｉｎｐｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｅｓｆｏｒｄｅｔｅｃｔｉ
ｎｇｄｉｓｔａｎｔｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐｓ）、Ｄａｙｈｏｆｆ、Ｍ．
Ｏ．（編）ＡｔｌａｓｏｆＰｒｏｔｅｉｎＳｅｑｕｅｎｃｅａｎｄＳ
ｔｒｕｃｔｕｒｅ、ＮａｔｉｏｎａｌＢｉｏｍｅｄｉｃａｌＲｅｓｅａｒｃ
ｈＦｏｕｎｄａｔｉｏｎ、ＷａｓｈｉｎｇｔｏｎＤＣ、第５巻、補遺３、３
４５〜３５８頁；ＨｅｉｎＪ．（１９９０）ＵｎｉｆｉｅｄＡｐｐｒｏａｃ
ｈｔｏＡｌｉｇｎｍｅｎｔａｎｄＰｈｙｌｏｇｅｎｅｓ６２６〜６４
５頁ＭｅｔｈｏｄｓｉｎＥｎｚｙｍｏｌｏｇｙ１８３巻、Ａｃａｄｅｍ
ｉｃＰｒｅｓｓ、Ｉｎｃ．，ＳａｎＤｉｅｇｏ、ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ、Ｄ
．Ｇ．およびＳｈａｒｐ、Ｐ．Ｍ．（１９８９）Ｆａｓｔａｎｄｓｅｎｓｉ
ｔｉｖｅｍｕｌｔｉｐｌｅｓｅｑｕｅｎｃｅａｌｉｇｎｍｅｎｔｓｏｎ
ａｍｉｃｒｏｃｏｍｐｕｔｅｒＣＡＢＩＯＳ５：１５１〜１５３；Ｍｙ
ｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およびＭｕｌｌｅｒＷ．（１９８８）Ｏｐｔｉｍａｌａｌ
ｉｇｎｍｅｎｔｓｉｎｌｉｎｅａｒｓｐａｃｅＣＡＢＩＯＳ４：１１
〜１７；Ｒｏｂｉｎｓｏｎ、Ｅ．Ｄ．（１９７１）Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ１１
：１０５；Ｓａｎｔｏｕ、Ｎ．Ｎｅｓ、Ｍ．（１９８７）Ｔｈｅｎｅｉｇｈｂ
ｏｒｊｏｉｎｉｎｇｍｅｔｈｏｄ．Ａｎｅｗｍｅｔｈｏｄｆｏｒｒ
ｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔｉｎｇｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃｔｒｅｅｓＭｏｌ
．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ．４：４０６〜４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およ
びＳｏｋａｌ、Ｒ．Ｒ．（１９７３）ＮｕｍｅｒｉｃａｌＴａｘｏｎｏｍｙ−
ｔｈｅＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓａｎｄＰｒａｃｔｉｃｅｏｆＮｕｍｅｒ
ｉｃａｌＴａｘｏｎｏｍｙ、ＦｒｅｅｍａｎＰｒｅｓｓ、ＳａｎＦｒａｎ
ｃｉｓｃｏ、ＣＡ；Ｗｉｌｂｕｒ、Ｗ．Ｊ．およびＬｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１
９８３）Ｒａｐｉｄｓｉｍｉｌａｒｉｔｙｓｅａｒｃｈｅｓｏｆｎｕｃ
ｌｅｉｃａｃｉｄａｎｄｐｒｏｔｅｉｎｄａｔａｂａｎｋｓＰｒｏ
ｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ８０：７２６〜７３０。

【００４０】好ましくは、「配列同一性のパーセンテージ」は、少なくとも２０の位置の比
較ウインドウにわたって２つの最適に整列した配列を比較することにより決定さ
れる。ここで、比較ウインドウにおけるポリヌクレオチド配列の部分は、２つの
配列の最適整列について参照配列（付加または欠失を含まない）と比較した場合
、２０％以下、通常、５〜１５％、または１０〜１２％の付加または欠失（すな
わち、ギャップ）を含み得る。このパーセンテージは、適合した位置の数を算出
するために、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列に存在する位置の
数を決定すること、適合する位置の数を参照配列の位置の総数（すなわち、ウイ
ンドウのサイズ）で割ること、そして配列同一性のパーセンテージを算出するた
めに得られた結果を１００倍することにより算出される。一般に、本明細書中に
記載されるポリペプチドの全てまたは一部をコードするポリヌクレオチドは、い
くつかの技術のいずれかを使用して、調製され得る。例えば、このようなポリペ
プチドをコードするｃＤＮＡ分子は、ディファレンシャルディスプレイＰＣＲを
用いて、対応するｍＲＮＡの***腫瘍特異的発現に基づいてクローン化され得る
。この技術は、正常な組織および***腫瘍組織から調製されたＲＮＡテンプレー
ト由来の増幅産物を比較する。ｃＤＮＡは、（ｄＴ）₁₂ＡＧプライマーを用いる
ＲＮＡの逆転写により調製され得る。ランダムプライマーを用いるｃＤＮＡの増
幅後、腫瘍ＲＮＡに特異的な増幅産物に対応するバンドは、銀染色したゲルから
切り出され、そして適切なベクター（例えば、Ｔベクター、Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍ
ａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）にサブクローニングされ得る。本明細書中に開示される乳
房腫瘍特異的ポリペプチドの全てまたは一部をコードするポリヌクレオチドは、
上記のように調製されたｃＤＮＡから、配列番号８７〜１２５に示すランダムプ
ライマーを使用して、増幅され得る。

【００４１】あるいは、本明細書中に記載されるポリペプチド（またはその部分）をコード
するポリヌクレオチドは、ヒトゲノムＤＮＡから、または***腫瘍ｃＤＮＡから
、ポリメラーゼ連鎖反応により、増幅され得る。このアプローチのために、Ｂ１
８Ａｇ１配列特異的プライマーが、配列番号１に与えられる配列に基づいて設計
され得、そして購入または合成され得る。***腫瘍ｃＤＮＡからの増幅のために
適した１つのプライマー対は、（５’ＡＴＧＧＣＴＡＴＴＴＴＣＧＧＧ
ＧＧＣＴＧＡＣＡ）（配列番号１２６）および（５’ＣＣＧＧＴＡＴ
ＣＴＣＣＴＣＧＴＧＧＧＴＡＴＴ）（配列番号１２７）である。次い
で、Ｂ１８Ａｇ１の増幅部分を使用して、ヒトゲノムＤＮＡライブラリーから、
または***腫瘍ｃＤＮＡライブラリーから、周知の技術（例えば、Ｓａｍｂｒｏ
ｏｋら、ＭｏｌｅｃｕｌａｒＣｌｏｎｉｎｇ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭ
ａｎｕａｌ、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅ
ｓ、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒ、ＮＹ（１９８９）に記載される技
術）を使用して、全長遺伝子を単離し得る。Ｂ１８Ａｇ１が一部を構成するレト
ロウイルスゲノム内の他の配列は、Ｂ１８Ａｇ１に特異的な配列をプローブとし
て使用して、ヒトゲノムライブラリーをスクリーニングすることにより、同様に
調製され得る。次いで、配列番号１４１に示すレトロウイルスゲノム由来のタン
パク質に翻訳されるヌクレオチドを、対応するｃＤＮＡをクローニングすること
により決定し得、オープンリーディングフレームを推定し、そして適切なｃＤＮ
Ａを、Ｔ７のようなウイルスプロモーターを含むベクターにクローニングする。
得られる構築物を、当業者に周知の技術を使用する翻訳反応に使用し、タンパク
質の発現を生じるヌクレオチド配列を同定し得る。同様に、本明細書中に記載の
***腫瘍特異的ポリペプチドの残りに特異的なプライマーを、配列番号１１〜８
６、１４２〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および
３１７に与えられるヌクレオチド配列に基づいて、設計し得る。

【００４２】上記ＤＮＡ配列によりコードされる組換えポリペプチドは、ＤＮＡ配列から容
易に調製され得る。例えば、培養培地中に組換えタンパク質またはポリペプチド
を分泌する適切な宿主／ベクター系由来の上清は、まず、市販のフィルターを用
いて濃縮され得る。濃縮後、濃縮物を適切な精製マトリックス（例えば、アフィ
ニティーマトリックスまたはイオン交換樹脂）に適用し得る。最終的に、１回以
上の逆相ＨＰＬＣ工程を用いて、組換えポリペプチドをさらに精製し得る。

【００４３】一般に、当業者に公知の種々の発現ベクターのいずれかを使用して、本発明の
組換えポリペプチドを発現させ得る。発現は、組換えポリペプチドをコードする
ポリヌクレオチドを含む発現ベクターで形質転換またはトランスフェクトされて
いる任意の適切な宿主細胞において達成され得る。適切な宿主細胞としては、原
核生物細胞、酵母細胞および高等真核生物細胞が挙げられる。好ましくは、使用
される宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ、酵母、またはＣＯＳもしくはＣＨＯのような
哺乳動物の細胞株である。

【００４４】このような技術はまた、ネイティブなポリペプチドのエピトープまたは改変体
を含むポリペプチドを調製するために、使用され得る。例えば、ネイティブなポ
リペプチドの改変体は、一般に、標準的な変異誘発技術（例えば、オリゴヌクレ
オチド指向性部位特異的変異誘発）を使用して調製され得、そしてＤＮＡ配列の
部分が除去されて、短縮化ポリペプチドの調製を可能にし得る。約１００より少
ないアミノ酸、および一般的に、約５０より少ないアミノ酸を有する部分および
他の改変体もまた、合成の手段により、当業者に周知の技術を用いて作製され得
る。例えば、このようなポリペプチドは、伸長しているアミノ酸鎖にアミノ酸が
順次加えられるＭｅｒｒｉｆｉｅｌｄ固相合成法のような、商業的に利用可能な
固相技術のいずれかを用いて合成され得る。Ｍｅｒｒｉｆｉｅｌｄ、Ｊ．Ａｍ．
Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６（１９６３）を参照のこと。ポリ
ペプチドの自動合成装置は、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ／ＡｐｐｌｉｅｄＢｉ
ｏＳｙｓｔｅｍｓＤｉｖｉｓｉｏｎ（ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ、ＣＡ）のよう
な供給業者から市販されており、そして製造業者の使用説明書に従って操作し得
る。

【００４５】特定の実施形態において、本発明のポリペプチドは、以下のいずれか１つに表
される配列を有するポリヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む：
配列番号１、３〜２６、２８〜７７、１４２、１４３、１４６〜１５２、１５４
〜１６６、１６８〜１７６、１７８〜１９２、１９４〜１９８、２００〜２０４
、２０６、２０７、２０９〜２１４、２１６、２１８、２１９、２２１〜２４０
、２４３〜２４５、２４７、２５０、２５１、２５３、２５５、２５７〜２６６
、２６８、２６９、２７１〜２７３、２７５、２７６、２７８、２８０、２８１
、２８４、２８８、２９１〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４
、３１６および３１７；ならびにこのようなポリペプチドの改変体。本発明の範
囲内のポリペプチドはまた、ストリンジェントな条件下で、以下のいずれか１つ
により表される配列とハイブリダイズするＤＮＡ配列によりコードされる、ポリ
ペプチド（およびそのエピトープ）を含む：配列番号１、３〜２６、２８〜７７
、１４２、１４３、１４６〜１５２、１５４〜１６６、１６８〜１７６、１７８
〜１９２、１９４〜１９８、２００〜２０４、２０６、２０７、２０９〜２１４
、２１６、２１８、２１９、２２１〜２４０、２４３〜２４５、２４７、２５０
、２５１、２５３、２５５、２５７〜２６６、２６８、２６９、２７１〜２７３
、２７５、２７６、２７８、２８０、２８１、２８４、２８８、２９１〜２９８
、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７。ここで、こ
のＤＮＡ配列は、示される配列に対して全体の配列が少なくとも８０％同一であ
り、そしてここで、このヌクレオチド配列に対応するＲＮＡは、正常な胸部組織
より高いレベルで、ヒト胸部腫瘍組織において発現される。本明細書中において
使用する場合に、「ストリンジェントな条件」とは、６×ＳＳＣ、０．２％ＳＤ
Ｓの溶液中での予備洗浄；６５℃で、６×ＳＳＣ、０．２％ＳＤＳで一晩のハイ
ブリダイゼーション；続いて各々６５℃で１×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中での３
０分間の２回の洗浄、および各々６５℃で０．２×ＳＳＣ、０．１％ＳＤＳ中で
の３０分間の２回の洗浄をいう。本発明によるポリヌクレオチドは、上記ポリペ
プチドのいずれかをコードする分子を含む。

【００４６】本発明の別の局面において、抗体が提供される。このような抗体は、当業者に
公知の種々の技術のいずれかにより、調製され得る。例えば、Ｈａｒｌｏｗおよ
びＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ
、ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８を
参照のこと。１つのこのような技術において、ポリペプチドを含む免疫原は、任
意の広範な種々の哺乳動物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジ、または
ヤギ）にまず注射される。この工程で、本発明のポリペプチドは、改変なしの免
疫原として働き得る。あるいは、特に、比較的短いポリペプチドについて、この
ポリペプチドがキャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホ
ールリンペットヘモシアニン）に結合する場合、優れた免疫応答が惹起され得る
。この免疫原は、好ましくは所定のスケジュール（１回以上のブースター免疫を
組み込む）に従って、動物宿主に注射され、そしてこの動物は、定期的に採血さ
れる。次いで、このポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体は、例えば、適
切な固体支持体に結合しているポリペプチドを用いるアフィニティークロマトグ
ラフィーにより、このような抗血清から精製され得る。

【００４７】目的の抗原性ポリペプチドに対して特異的なモノクローナル抗体は、例えば、
ＫｏｈｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１
１−５１９（１９７６）の技術、ならびにその改良型を使用して調製され得る。
手短には、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの
反応性）を有する抗体を産生し得る不死化細胞株の調製を包含する。このような
細胞株は、例えば、上記のように、免疫された動物から得られた脾臓細胞から産
生され得る。次いで、脾臓細胞は、例えば、ミエローマ細胞融合パートナー（好
ましくは、免疫された動物と同系のもの）との融合によって不死化される。種々
の融合技術が使用され得る。例えば、脾臓細胞およびミエローマ細胞は、非イオ
ン性界面活性剤と数分間組み合わせられ得、次いで、ハイブリッド細胞の増殖を
支持するが、ミエローマ細胞の増殖を支持しない選択培地上で低密度でプレート
される。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン、アミノプテリン、チミ
ジン）選択を使用する。十分な時間（通常約１〜２週間）後、ハイブリッドのコ
ロニーが観察される。単一コロニーが選択され、そしてそれらの培養上清が、ポ
リペプチドに対する結合活性について試験される。高い反応性および特異性を有
するハイブリドーマが好ましい。

【００４８】モノクローナル抗体を、増殖しているハイブリドーマコロニーの上清から単離
し得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）
の腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注入）が、収量を増大させるために利用さ
れ得る。次いで、モノクローナル抗体を、腹水または血液から収集し得る。夾雑
物を、通常の技術（例えば、クロマトグラフィー、ゲルろ過、沈殿、および抽出
）によって抗体から除去し得る。本発明のポリペプチドを、例えば、アフィニテ
ィークロマトグラフィー工程における精製プロセスにおいて使用し得る。

【００４９】抗体を、例えば、患者において乳癌を検出するための方法において、使用し得
る。このような方法は、本明細書中に記載されるような***腫瘍特異的ポリペプ
チドの、適切な生物学的サンプルにおける存在または非存在を検出するための、
抗体の使用を包含する。本明細書中において使用される場合に、適切な生物学的
サンプルとしては、患者から得られる腫瘍組織生検もしくは正常な組織生検、乳
房切除、血液、リンパ節、血清または尿サンプル、あるいは他の組織、ホモジネ
ートまたはこれらの抽出物が挙げられる。

【００５０】サンプルにおいてポリペプチドマーカーを検出するための抗体の使用について
、当業者に公知の種々のアッセイ様式が存在する。例えば、Ｈａｒｌｏｗおよび
Ｌａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：ＡＬａｂｏｒａｔｏｒｙＭａｎｕａｌ、
ＣｏｌｄＳｐｒｉｎｇＨａｒｂｏｒＬａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８を参
照のこと。例えば、このアッセイはウエスタンブロット様式中で実施され得、こ
こで、生物学的サンプル由来のタンパク質調製物が、ゲル電気泳動にされ、適切
な膜にトランスファーされ、そして抗体と反応される。次いで、膜上の抗体の存
在が、以下に記載されるような適切な検出試薬を用いて検出され得る。

【００５１】別の実施形態において、このアッセイは、サンプルの残余物中のポリペプチド
と結合し、そしてそこからポリペプチドを除去するために固体支持体上に固定化
された抗体の使用を含む。次いで、この結合したポリペプチドは、レポーター基
を含む第２の抗体または試薬を使用して検出され得る。あるいは、ポリペプチド
が、レポーター基で標識され、そして抗体とサンプルとのインキュベーションの
後に固定化された抗体への結合を可能にする競合アッセイが利用され得る。サン
プル成分が、標識されたポリペプチドの抗体への結合を阻害する程度は、サンプ
ルと固定化された抗体との反応性を示し、結果として、サンプル中のポリペプチ
ドの濃度を示す。

【００５２】固体支持体は、抗体が付着され得る、当業者に公知の任意の物質であり得る。
例えば、固体支持体は、マイクロタイタープレートの試験ウェル、またはニトロ
セルロース膜もしくは他の適切な膜であり得る。あるいは、この支持体は、ビー
ズまたはディスク（例えば、ガラス、ファイバーガラス、ラテックス、またはプ
ラスチック物質（例えば、ポリスチレンもしくはポリ塩化ビニル））であり得る
。この支持体はまた、磁気性粒子または光ファイバーセンサー（ｆｉｂｅｒｏ
ｐｔｉｃｓｅｎｓｏｒ）（例えば、米国特許第５，３５９，６８１号に開示さ
れるようなもの）であり得る。

【００５３】抗体は、当業者に公知の種々の技術を使用して固体支持体上に固定化され得、
これは特許および科学文献に十分に記載されている。本発明の状況において、用
語「固定化」とは、非共有結合的な会合（例えば、吸着）および共有結合的な付
着（これは、抗原と支持体上の官能基との間で直接結合され得るかまたは架橋剤
を用いて結合され得る）の両方をいう。マイクロタイタープレートのウェル、ま
たは膜への吸着による固定化は好ましい。このような場合、吸着は、適切な緩衝
液中で固体支持体を用いて適切な時間で抗体に接触させることによって達成され
得る。接触時間は、温度によって変化するが、代表的には、約１時間から約１日
の間である。一般的には、約１０ｎｇ〜約１μｇ、そして好ましくは約１００ｎ
ｇ〜約２００μｇの範囲の量の抗体とプラスチックマイクロタイタープレート（
例えば、ポリスチレンまたはポリ塩化ビニル）のウェルを接触させることは、適
切な量のポリペプチドを固定化するのに十分である。

【００５４】固体支持体への抗体の共有結合的付着はまた、一般に、支持体および抗体上の
官能基（例えば、ヒドロキシル基またはアミノ基）の両方と反応する二官能性試
薬と支持体を最初に反応させることによって達成され得る。例えば、この抗体は
、ベンゾキノンを用いるかまたは結合パートナー上のアミンおよび活性水素を用
いる支持体上のアルデヒド基の縮合によってコートする適切なポリマーを有する
支持体に、共有結合的に付着され得る（例えば、ＰｉｅｒｃｅＩｍｍｕｎｏｔ
ｅｃｈｎｏｌｏｇｙＣａｔａｌｏｇａｎｄＨａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、
Ａ１２−Ａ１３を参照のこと）。

【００５５】特定の実施形態において、サンプル中のポリペプチドの検出のためのこのアッ
セイは、２抗体サンドイッチアッセイである。本アッセイは、最初に、固体支持
体（通常、マイクロタイタープレートのウェル）上で固定化されている抗体を生
物学的サンプルと接触させて、サンプル内のポリペプチドを固定化抗体に結合さ
せることによって実施され得る。次いで、非結合サンプルは固定化ポリペプチド
−抗体複合体から除去され、そしてそのポリペプチド上の異なる部位に結合し得
る二次抗体（レポーター基を含む）が添加される。次いで、固体支持体に結合し
たままである二次抗体の量が、特定のレポーター基に関して適切な方法を用いて
決定される。

【００５６】より詳細には、一旦抗体が上記のように支持体上に固定化されると、支持体上
の残りのタンパク質結合部位は、通常ブロックされる。任意の適切なブロック剤
（例えば、ウシ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０^TM（ＳｉｇｍａＣｈｅｍ
ｉｃａｌＣｏ．，Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ））は、当業者に公知である。固定
化抗体は次いで、サンプルとインキュベートされ、そしてポリペプチドをこの抗
体に結合させる。インキュベーションの前に、このサンプルは適切な希釈液（例
えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈され得る。概して、適切な接
触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、乳癌を有する個体から得られ
たサンプル内のポリペプチドの存在を検出するのに十分な時間である。好ましく
は、この接触時間は、結合ポリペプチドと非結合ポリペプチドとの間の平衡が少
なくとも約９５％で達成される結合レベルを達成するのに十分な時間である。当
業者は、ある時間にわたって起こる結合レベルをアッセイすることによって、平
衡に達するまでに必要な時間が容易に決定され得ることを認識する。室温では、
一般に、約３０分間のインキュベーション時間で十分である。

【００５７】次いで、非結合サンプルが、適切な緩衝液（例えば、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０ ^TM を含むＰＢＳ）を用いて固体支持体を洗浄することによって除去される。レポ
ーター基を含む二次抗体が次いで、固体支持体に添加され得る。好ましいレポー
ター基は、酵素（例えば、西洋ワサビペルオキシダーゼ）、基質、補因子、イン
ヒビター、色素、放射性核種、発光基、蛍光基およびビオチンを含む。レポータ
ー基への抗体の結合体化は、当業者に公知の標準方法を使用して達成され得る。

【００５８】次いで、二次抗体が、結合されたポリペプチドを検出するのに十分な量の時間
、固定化抗体−ポリペプチド複合体とインキュベートされる。適切な量の時間は
、一般に、ある時間にわたって起こる結合のレベルをアッセイすることによって
決定され得る。次いで、非結合の二次抗体は除去され、そして結合した二次抗体
は、レポーター基を用いて検出される。レポーター基を検出するために使用され
る方法は、レポーター基の性質に依存する。放射性基について、一般的には、シ
ンチレーション計数法またはオートラジオグラフィー法が適切である。分光法は
、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用され得る。ビチオンは、異な
るレポーター基（一般に、放射性もしくは蛍光基または酵素）に結合されたアビ
ジンを使用して検出され得る。酵素レポーター基は、一般に、基質の添加（一般
には、特定の期間）、続いて反応産物の分光分析または他の分析により検出され
得る。

【００５９】乳癌の存在または非存在を決定するために、固体支持体に結合したままのレポ
ーター基から検出されるシグナルが、一般に、非腫瘍組織から確立された予備決
定されたカットオフ値と対応するシグナルと比較される。１つの好ましい実施形
態において、このカットオフ値は、固定化抗体を、乳癌を有さない患者由来のサ
ンプルとインキュベートした際に得られた平均シグナル値である。概して、予備
決定されたカットオフ値を３標準偏差上回るシグナルを生じるサンプルが、乳癌
に対して陽性とみなされ得る。代わりの好ましい実施形態において、このカット
オフ値は、Ｓａｃｋｅｔｔら、ＣｌｉｎｉｃａｌＥｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：
ＡＢａｓｉｃＳｃｉｅｎｃｅｆｏｒＣｌｉｎｉｃａｌＭｅｄｉｃｉｎ
ｅ，ＬｉｔｔｌｅＢｒｏｗｎａｎｄＣｏ．，１９８５，１０６〜７頁の方
法に従って、レシーバーオペレーターカーブ（ＲｅｃｅｉｖｅｒＯｐｅｒａｔ
ｏｒＣｕｒｖｅ）を使用して決定される。簡単に言うと、本実施形態において
、このカットオフ値は、診断試験結果について各可能なカットオフ値に対応する
真の陽性割合（すなわち、感度）および偽陽性割合（１００％−特異性）の対の
プロットから決定され得る。プロット上の上方左手角に最も近いカットオフ値（
すなわち、最大領域を囲む値）が、最も正確なカットオフ値であり、そして本方
法によって決定されたカットオフ値より高いシグナルを生ずるサンプルが陽性と
見なされ得る。あるいは、カットオフ値は、偽陽性割合を最小にするためにプロ
ットに沿って左へシフトされ得るか、または偽陰性割合を最小にするために右へ
シフトされ得る。概して、本方法によって決定されたカットオフ値より高いシグ
ナルを生ずるサンプルが、乳癌に対して陽性と見なされる。

【００６０】関連の実施形態において、このアッセイは、フロースルー試験形式またはスト
リップ試験形式で実行される（ここで、抗体は、ニトロセルロースのような膜上
で固定化される）。フロースルー試験では、サンプル内のポリペプチドは、サン
プルが膜を通過するときに固定化抗体に結合する。次いで、標識化された二次抗
体が、この二次抗体を含む溶液がその膜を介して流れるときに、抗体−ポリペプ
チド複合体と結合する。次いで、結合した二次抗体の検出は、上記のように実行
され得る。ストリップ試験形式では、抗体が結合される膜の一端をサンプルを含
む溶液中に浸す。このサンプルは、膜に沿って、二次抗体を含む領域を通って、
固定化抗体の領域まで移動する。固定化抗体の領域での二次抗体の濃度が、乳癌
の存在を示す。代表的には、その部位での二次抗体の濃度は、視覚的に読みとら
れ得るパターン（例えば、線）を生成する。このようなパターンを示さないこと
は陰性の結果を示す。概して、この膜上に固定化される抗体の量は、生物学的サ
ンプルが、上記の形式において、２抗体サンドイッチアッセイにおいて陽性シグ
ナルを生じるのに十分であるレベルのポリペプチドを含む場合、視覚的に識別可
能なパターンを生じるように選択される。好ましくは、膜上に固定化される抗体
の量は、約２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そしてより好ましくは、約５０ｎ
ｇ〜約１μｇの範囲である。このような試験は、代表的には、非常に少ない量の
生物学的サンプルを用いて実行され得る。

【００６１】患者における乳癌の存在または非存在もまた、所定のカットオフ値と比較して
、生物学的サンプル（例えば、患者由来の生検材料、***切除および／または血
液サンプル）内の、本明細書中に記載されるような乳癌腫瘍特異的ポリペプチド
をコードするｍＲＮＡのレベルを評価することによって決定され得る。このよう
な評価は、当業者に公知の任意の種々の方法（例えば、インサイチュハイブリダ
イゼーションおよびポリメラーゼ連鎖反応による増幅のような）を用いて達成さ
れ得る。

【００６２】例えば、ポリメラーゼ連鎖反応は、上記の生物学的サンプルの１つから単離さ
れるＲＮＡより調製されるｃＤＮＡから、配列を増幅するために使用され得る。
このような増幅における使用のための配列特異的プライマーは、配列番号１、１
１〜８６、１４２〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６
および３１７のいずれか１つに提供される配列に基づいて示され得、そして購入
または合成され得る。Ｂ１８Ａｇ１の場合、本明細書中に述べられるように、１
つの適切なプライマー対が、Ｂ１８Ａｇ１−２（５’ＡＴＧＧＣＴＡＴＴ
ＴＴＣＧＧＧＧＧＣＴＧＡＣＡ）（配列番号１２６）およびＢ１８Ａｇ
１−３（５’ＣＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＴＣＧＴＧＧＧＴＡＴＴ）
（配列番号１２７）である。次いで、このＰＣＲ反応産物は、ゲル電気泳動によ
り分離され得、そして当業者に周知の方法に従って可視化され得る。増幅は、代
表的に、一致した対の組織（同じ個人由来の腫瘍組織および非腫瘍組織）または
一致していない対の組織（異なる個人由来の腫瘍組織および非腫瘍組織）から得
られるサンプル上で実施される。増幅反応は、２桁の大きさにおよぶいくつかの
ｃＤＮＡ希釈物について行われる。腫瘍でないサンプルのいくつかの希釈物と比
較して、腫瘍サンプルの同じ、いくつかの希釈物における２倍以上の発現増加は
、陽性とみなされる。

【００６３】本明細書で用いられるように、用語「ポリヌクレオチドに特異的なプライマー
／プローブ」とは、問題のポリヌクレオチドに対して、少なくとも約８０％の同
一性、好ましくは少なくとも約９０％、そしてより好ましくは少なくとも約９５
％の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列、または問題のポリヌクレオチドに
対して、少なくとも約８０％の同一性、好ましくは少なくとも約９０％、そして
より好ましくは少なくとも約９５％の同一性を有する配列に対するアンチセンス
であるオリゴヌクレオチド配列を意味する。本発明の診断方法において有用に利
用され得るプライマーおよび／またはプローブは、好ましくは少なくとも約１０
〜４０ヌクレオチドを有する。好ましい実施形態において、このポリメラーゼ連
鎖反応プライマーは、本明細書中で開示されるポリペプチドの１つをコードする
かまたは本明細書中に開示されるポリペプチドの１つをコードする配列に対する
アンチセンスである、ポリヌクレオチドの少なくとも約１０の連続したオリゴヌ
クレオチドを含有する。好ましくは、本発明の診断方法における使用のためのオ
リゴヌクレオチドプローブは、本明細書中で開示されるポリペプチドの１つをコ
ードするかまたは本明細書中に開示されるポリペプチドの１つをコードする配列
に対するアンチセンスである、ポリヌクレオチドの少なくとも約１５の連続した
オリゴヌクレオチドを含有する。ＰＣＲに基づくアッセイおよびインサイチュハ
イブリダイゼーションアッセイの両方に関する技術が、当該分野において周知で
ある。

【００６４】アガロースおよびエチジウムブロマイド染色を用いた、従来のＰＣＲプロトコ
ールは、遺伝子の特異性を規定することにおいて重要であるが、それらを定量す
る（すなわち、飽和曲線および／または滴定曲線の構築）のに必要とされる時間
および労力、ならびにそれらのサンプルのスループットのために、診断キットの
開発にそれらは役に立たない。この問題は、１つのチューブで実施されるアッセ
イを可能にするリアルタイムＲＴ−ＰＣＲのような手順の開発により克服され、
そして順番に９６ウェルプレートフォーマットにおける使用のために改変され得
る。このような方法論を実施する計測器は、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ／Ａｐｐ
ｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓＤｉｖｉｓｉｏｎから入手可能である。ある
いは、このようなプローブに対する、標識された（例えば、酵素性蛍光、放射性
）抗体と組み合わせて、標識されたプローブ（例えば、ジゴキシゲニン）を用い
た他の高いスループットアッセイもまた、９６ウェルプレートアッセイの開発に
おいて使用され得る。

【００６５】患者における乳癌の存在または非存在を決定するためのなお別の方法において
、記載される、１つ以上の***腫瘍特異的ポリペプチドが、皮膚試験において使
用され得る。本明細書中に使用されるように、「皮膚試験」は、遅延型過敏症（
ＤＴＨ）反応（例えば、腫脹、赤化（ｒｅｄｄｅｎｉｎｇ）または皮膚炎）が、
上記のような１つ以上のポリペプチドの皮内注射後に測定される。このような注
射は、ポリペプチド（単数または複数）を、患者の皮膚細胞と接触させるのに十
分な任意の適切なデバイス（例えば、ツベルクリンシリンジまたは１ｍＬシリン
ジ）を用いて達成され得る。好ましくは、この反応は、注射後好ましくは少なく
とも４８時間、より好ましくは４８〜７２時間で測定される。

【００６６】このＤＴＨ反応は、細胞媒介免疫応答であり、これは、試験抗原（すなわち、
利用されるポリペプチドの免疫原性部分、またはその改変体）に以前曝露された
患者において、より大きい。この応答は、定規を用いて可視的に測定され得る。
一般に、直径で約０．５ｃｍより大きく、好ましくは直径約５．０ｃｍより大き
い応答は、陽性応答であり、乳癌の指標である。

【００６７】本明細書中に記載される乳癌腫瘍特異的ポリペプチドは、少なくとも１つのポ
リペプチドおよび生理的に受容可能なキャリア（例えば、水、生理的食塩水、ア
ルコール、または緩衝液）を含む薬学的組成物として、皮膚試験に使用されるた
めに、好ましく処方される。このような組成物は、代表的に、０．１ｍＬのボリ
ューム中に、約１μｇ〜１００μｇ、好ましくは、約１０μｇ〜５０μｇにわた
る量で、上記のポリペプチドの１つ以上を含む。好ましくは、このような薬学的
組成物に利用されるキャリアは、適切な保存剤（例えば、フェノールおよび／ま
たはＴｗｅｅｎ８０^TM）を含む生理的食塩水溶液である。

【００６８】本発明の他の局面において、乳癌の処置に対する、進行および／または応答が
が、時間にわたる任意の上記のアッセイを実施し、そして応答のレベルの変化（
すなわち、検出されるポリペプチドまたはｍＲＮＡの量、あるいは皮膚試験の場
合、検出される免疫応答の範囲）を評価することにより、モニターされ得る。例
えば、このアッセイは、１〜２年の期間、毎月〜１ヶ月おきに実施され得る。一
般的に、乳癌は、応答のレベルが時間が経って増加する患者において進行してい
る。対照的に、検出されるシグナルが、一定して残るかまたは時間と共に減少す
るかのいずれかの場合、乳癌は進行していない。

【００６９】本発明のさらなる局面において、本明細書中に記載される化合物は、乳癌の免
疫治療のために使用され得る。これらの局面において、この化合物（これは、ポ
リペプチド、抗体またはポリヌクレオチドであり得る）は、好ましくは、薬学的
組成物またはワクチンの中に取り込まれる。薬学的組成物は、１つ以上のこのよ
うな化合物および生理学的に受容可能なキャリアを含む。ワクチンは、免疫促進
剤と組み合わせて、１つ以上のこのような化合物を含み得る（例えば、アジュバ
ントまたはリポソーム（この中に化合物が取り込まれる））。免疫促進剤は、外
因性抗原に対する免疫応答（抗体および／または細胞媒介）を増強するか（ｅｎ
ｈａｎｃｅ）または増加させる（ｐｏｔｅｎｔｉａｔｅ）任意の物質であり得る
。免疫促進剤の例としては、アジュバント、生分解性のミクロスフェア（例えば
、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙｌａｃｔｉｃｇａｌａｃｔｉｄｅ）およびリ
ポソーム（この中に、化合物が取り込まれる；例えば、Ｆｕｌｌｅｒｔｏｎ、米
国特許第４，２３５，８７７号を参照のこと）が挙げられる。ワクチン調製物は
、一般的に、例えば、Ｍ．Ｆ．ＰｏｗｅｌｌおよびＭ．Ｊ．Ｎｅｗｍａｎ編、「
ＶａｃｃｉｎｅＤｅｓｉｇｎ（ｔｈｅｓｕｂｕｎｉｔａｎｄａｄｊｕｖ
ａｎｔａｐｐｒｏａｃｈ）」、ＰｌｅｎｕｍＰｒｅｓｓ（ＮＹ、１９９５）
に記載される。本発明の範囲内にある薬学的組成物およびワクチンはまた、生物
学的に活性または不活性であり得る他の化合物を含み得る。例えば、他の腫瘍抗
原の１つ以上の免疫原性部分は、組成物またはワクチンにおいて、融合ポリペプ
チドに組み込まれてかまたは個々の化合物としてのいずれかで存在し得る。

【００７０】あるいは、ワクチンは、上記のような１つ以上のポリペプチドをコードするＤ
ＮＡを含み得、その結果、このポリペプチドはインサイチュで生成される。この
ようなワクチンにおいて、ＤＮＡは、当業者に公知の種々の任意の送達系（核酸
発現系、細菌性発現系、およびウイルス性発現系を含む）において存在し得る。
適切な核酸発現系は、患者における発現のために必要なＤＮＡ配列を含む（例え
ば、適切なプロモーターおよび終結シグナル）。細菌性送達系は、細胞表面上で
ポリペプチドの免疫原性部分を発現する細菌の投与を含む。好ましい実施形態で
は、ウイルス性発現系（例えば、ワクシニアもしくは他のポックスウイルス、レ
トロウイルス、またはアデノウイルス）を使用してＤＮＡが導入され得る。この
ウイルス発現系は、非病原性（欠損性）で複製能力のあるウイルスの使用を含み
得る。このような発現系にＤＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。ＤＮ
Ａはまた、例えば、Ｕｌｍｅｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５９：１７４５−１７４
９（１９９３）において記載され、そしてＣｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ２５９
：１６９１−１６９２、１９９３によって概説されるように、「裸」であり得る
。裸のＤＮＡの取り込みは、生分解性ビーズ（これは、細胞に効率的に輸送され
る）上にＤＮＡをコーティングすることによって増加され得る。

【００７１】当業者に公知の任意の適切なキャリアが本発明の薬学的組成物において使用さ
れ得るが、キャリアの型は、投与の様態に依存して変化する。非経口投与（例え
ば、皮下注射）のためにキャリアは、好ましくは、水、生理食塩水、アルコール
、脂肪、ワックスまたは緩衝液を含む。経口投与のためには、任意の上記のキャ
リアまたは固体キャリア（例えば、マンニトール、ラクトース、デンプン、ステ
アリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム（ｔａｌｃｕｍ）、セ
ルロース、グルコース、スクロースおよび炭酸マグネシウム）が利用され得る。
生分解性ミクロスフェア（例えば、ポリラクテートポリグリコレート）がまた、
本発明の薬学的組成物のためのキャリアとして利用され得る。

【００７２】任意の種々の免疫促進剤が、本発明のワクチンに利用され得る。例えば、アジ
ュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を迅速な異化から防御
するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまたは鉱油）および免
疫応答の刺激因子（例えば、リピドＡ（ｌｉｐｉｄＡ）、Ｂｏｒｔａｄｅｌｌ
ａｐｅｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍｔｕｂｅｒｃｕｌ
ｏｓｉｓ由来のタンパク質）を含む。適切なアジュバントは、例えば、フロイン
ト不完全アジュバント（Ｆｒｅｕｎｄ’ｓＩｎｃｏｍｐｌｅｔｅＡｄｊｕｖ
ａｎｔ）および完全アジュバント（ＣｏｍｐｌｅｔｅＡｄｊｕｖａｎｔ）（Ｄ
ｉｆｃｏＬａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｄｅｔｒｏｉｔ，ＭＩ）；Ｍｅｒｃｋ
Ａｄｊｕｖａｎｔ６５（ＭｅｒｃｋａｎｄＣｏｍｐａｎｙ，Ｉｎｃ．，Ｒ
ａｈｗａｙ，ＮＪ）；ＡＳ−２（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅＢｅｅｃｈａｍ，Ｐｈ
ｉｌａｄｅｌｐｈｉａ，ＰＡ）；アルミニウム塩（例えば、水酸化アルミニウム
ゲル（ミョウバン）またはリン酸アルミニウム）；カルシウム、鉄、または亜鉛
の塩；アシル化したチロシンの不溶性懸濁液；アシル化した糖；カチオン（ｃａ
ｔｉｏｎｉｃａｌｌｙ）またはアニオンに（ａｎｉｏｎｉｃａｌｌｙ）由来され
る（ｄｅｒｉｖｅｄ）多糖類；ポリフォスファーゼン；生分解性ミクロスフェア
、モノホスホリルリピドＡおよびクイルＡ（ｑｕｉｌＡ）として市販されてい
る。サイトカイン（例えば、ＧＭ−ＣＳＦまたはインターロイキン−２、インタ
ーロイキン−７もしくはインターロイキン−１２）もまた、アジュバントとして
使用され得る。

【００７３】本明細書中で提供されるワクチンにおいて、アジュバンド組成物は、好ましく
は、優勢なＴｈ１型の免疫応答を誘導するように設計される。高レベルのＴｈ１
型サイトカイン（例えば、ＩＦＮ−γ、ＴＮＦα、ＩＬ−２およびＩＬ−１２）
は、投与された抗原に対する細胞媒介性免疫応答の誘導を好む傾向にある。対照
的に、高レベルのＴｈ２型サイトカイン（例えば、ＩＬ−４、ＩＬ−５、ＩＬ−
６およびＩＬ−１０）は、体液性免疫応答の誘導を好む傾向にある。本明細書中
に提供されるようなワクチンの適用に従って、患者は、Ｔｈ１型応答およびＴｈ
２型応答を誘導する免疫応答を支持する。応答が優勢なＴｈ１型である好ましい
実施形態において、Ｔｈ１型サイトカインのレベルは、Ｔｈ２型サイトカインの
レベルよりもはるかに高い程度まで増加する。これらのサイトカインのレベルは
、標準的アッセイを使用して容易に評価され得る。サイトカインのファミリーの
総説については、ＭｏｓｍａｎｎおよびＣｏｆｆｍａｎ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｉｍ
ｍｕｎｏｌ．７：１４５−１７３、１９８９を参照のこと。

【００７４】優勢なＴｈ１型応答を誘発する使用のための好ましいアジュバンドは、例えば
、モノホスホリルリピドＡ、好ましくは３−ｄｅ−Ｏ−アシル化モノホスホリル
リピドＡ（３Ｄ−ＭＰＬ）の、アルミニウム塩との組み合わせを含む。ＭＰＬア
ジュバンドは、ＣｏｒｉｘａＣｏｒｐｏｒａｔｉｏｎ（Ｓｅａｔｔｌｅ，ＷＡ
；米国特許第４，４３６，７２７号；同第４，８７７，６１１号；同第４，８６
６，０３４号および同第４，９１２，０９４号を参照のこと）から入手可能であ
る。ＣｐＧ含有オリゴヌクレオチド（ここで、ＣｐＧジヌクレオチドはメチル化
されていない）はまた、優勢なＴｈ１応答を誘導する。このようなオリゴヌクレ
オチドは周知であり、そして例えばＷＯ９６／０２５５５およびＷＯ９９／３３
４８８に記載される。免疫促進ＤＮＡ配列がまた、例えば、Ｓａｔｏら、Ｓｃｉ
ｅｎｃｅ２７３：３５２，１９９６によって記載される。別の好ましいアジュ
バンドは、サポニン、好ましくはＱＳ２１（ＡｑｕｉｌａＢｉｏｐｈａｒｍａ
ｃｅｕｔｉｃａｌｓＩｎｃ．，Ｆｒａｍｉｎｇｈａｍ，ＭＡ）であり、これは
単独でか、または他のアジュバンドと組み合わせて使用され得る。例えば、増強
された系は、モノホスホリルリピドＡとサポニン誘導体との組み合わせ（例えば
、ＷＯ９４／００１５３に記載されるような、ＱＳ２１と３Ｄ−ＭＰＬとの組み
合わせ、またはＷＯ９６／３３７３９に記載されるような、Ｑ２１がコレステロ
ールで抑制（ｑｕｅｎｃｈ）される、あまり反応発生的（ｒｅａｃｔｏｇｅｎｉ
ｃ）でない組成物）を含む。他の好ましい処方物は、水の油乳濁液およびトコフ
ェロールを含む。水の油乳濁液中にＱＳ２１、３Ｄ−ＭＰＬおよびトコフェロー
ルを含む特に強力なアジュバンド処方物は、ＷＯ９５／１７２１０に記載される
。

【００７５】他の好ましいアジュバンドとしては、ＭｏｎｔａｎｉｄｅＩＳＡ７２０（
Ｓｅｐｐｉｃ，Ｆｒａｎｃｅ）、ＳＡＦ（Ｃｈｉｒｏｎ，Ｃａｌｉｆｏｒｎｉａ
，ＵｎｉｔｅｄＳｔａｔｅｓ）、ＩＳＣＯＭＳ（ＣＳＬ）、ＭＦ−５９（Ｃｈ
ｉｒｏｎ）、アジュバンドのＳＢＡＳシリーズ（例えば、ＳＢＡＳ−２またはＳ
ＢＡＳ−４（ＳｍｉｔｈＫｌｉｎｅＢｅｅｃｈａｍ、Ｒｉｘｅｎｓａｒｔ、Ｂ
ｅｌｇｉｕｍから入手可能である）、Ｄｅｔｏｘ（ＲｉｂｉＩｍｍｕｎｏＣｈ
ｅｍＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｃ．，Ｈａｍｉｌｔｏｎ，ＭＴ）、ＲＣ−５２９
（ＲｉｂｉＩｍｍｕｎｏＣｈｅｍＲｅｓｅａｒｃｈＩｎｃ．，Ｈａｍｉｌ
ｔｏｎ，ＭＴ）およびアミノアルキルグルコサミニド４−ホスフェート（ＡＧＰ
）が挙げられる。

【００７６】本明細書中に提供される任意のワクチンは、抗原、免疫促進剤および適切なキ
ャリアまたは賦形剤を組み合わせて得られる周知の方法を使用して調製され得る
。本明細書において記載される組成物は、徐放性処方物（すなわち、投与後、化
合物の緩徐な放出をもたらすカプセル、スポンジ、またはゲル（例えば、多糖類
からなる）のような処方物）の一部として投与され得る。このような処方物は一
般に、周知の技術（例えば、Ｃｏｏｍｂｅｓら、Ｖａｃｃｉｎｅ１４：１４２
９−１４３８，１９９６）を用いて調製され得、そして例えば、経口、直腸また
は皮下移植によってか、あるいは所望の標的部位への移植によって投与され得る
。徐放性処方物は、キャリアマトリックスに分散され、そして／または速度制御
膜に囲まれる貯蔵所内に含まれる、ポリペプチド、ポリヌクレオチドまたは抗体
を含み得る。

【００７７】このような処方物内での使用のためのキャリアは、生体適合性であり、そして
また生分解性であり得る；好ましくは、この処方物は比較的一定レベルの活性成
分の放出を提供する。このようなキャリアとしては、ポリ（ラクチド−ｃｏ−グ
ルコリド）ならびにポリアクリレート、ラテックス、デンプン、セルロースおよ
びデキストランのマイクロマプセルが挙げられる。他の徐放性キャリアは、非液
性（ｎｏｎ−ｌｉｑｕｉｄ）親水性コア（例えば、架橋ポリサッカリドまたはオ
リゴサッカリド）を含む超分子バイオベクター、ならびに必要に応じて、両親媒
性化合物を含む外部層（例えば、リン脂質）（例えば、米国特許第５，１５１，
２５４号およびＰＣＴ出願ＷＯ９４／２００７８、ＷＯ／９４／２３７０１お
よびＷＯ９６／０６６３８を参照のこと）を含む超分子バイオベクターを含有
する。徐放性処方物内に含まれる活性な化合物の量は、移植の部位、放出の速度
および予期される期間、ならびに処置または予防されるべき状態の性質に依存す
る。

【００７８】任意の種々の送達ビヒクルは、薬学的組成物およびワクチン内で利用され、腫
瘍細胞を標的とする抗原特異性免疫応答の生成を容易にし得る。送達ビヒクルは
、抗原提示細胞（ＡＰＣ）（例えば、樹状細胞、マクロファージ、Ｂ細胞、単球
、および有効なＡＰＣであるように操作され得る他の細胞）を含む。このような
細胞は、抗原を提示する能力を増大するように、Ｔ細胞応答の活性化および／ま
たは維持を改良するように、それ自体で抗腫瘍効果を有するように、そして／あ
るいは受け手（すなわち、一致するＨＬＡハプロタイプ）と免疫学的に適合性で
あるように遺伝学的に改変され得るが、改変される必要はない。ＡＰＣは、一般
に、種々の生物学的な流体および器官（腫瘍および腫瘍周辺組織を含む）のいず
れかから単離され得、そして自己細胞、同種異系細胞、同系細胞、または異種細
胞であり得る。

【００７９】本発明の特定の好ましい実施形態は、抗原提示細胞として、樹状細胞またはそ
の前駆細胞を使用する。樹状細胞は、高度に強力なＡＰＣであり（Ｂａｎｃｈｅ
ｒｅａｕおよびＳｔｅｉｎｍａｎ、Ｎａｔｕｒｅ３９２：２４５−２５１、１
９９８）、そして予防的または治療的な抗腫瘍免疫性を誘発するための生理学的
アジュバンドとして有効であることが示されてきた（Ｔｉｍｍｅｒｍａｎおよび
Ｌｅｖｙ、Ａｎｎ．Ｒｅｖ．Ｍｅｄ．５０：５０７−５２９、１９９９を参照の
こと）。一般に、樹状細胞は、それらの代表的な形状（インサイチュでは星状、
インビトロでは目に見える顕著な細胞質プロセス（樹枝状結晶）を有する）、高
い効率で抗原を取り込み、処理し、そして提示するそれらの能力、および未処置
の（ｎａｉｖｅ）Ｔ細胞応答を活性化するそれらの能力に基づいて同定され得る
。もちろん樹状細胞は、インビボまたはエキソビボで樹状細胞上に通常見出され
ない特定の細胞表面レセプターまたはリガンドを発現するように操作され得、こ
のような改変樹状細胞は、本発明によって意図される。樹状細胞の代替として、
分泌小胞抗原装荷樹状細胞（ｓｅｃｒｅｔｅｄｖｅｓｉｃｌｅｓａｎｔｉｇ
ｅｎ−ｌｏａｄｅｄｄｅｎｄｒｉｔｉｃｃｅｌｌ）（エキソソーム（ｅｘｏ
ｓｏｍｅ）と呼ばれる）がワクチン内で使用され得る（Ｚｉｔｖｏｇｅｌら、Ｎ
ａｔｕｒｅＭｅｄ．４：５９４−６００，１９９８を参照のこと）。

【００８０】樹状細胞および前駆細胞は、末梢血、骨髄、腫瘍浸潤細胞、腫瘍周辺組織浸潤
細胞、リンパ節、脾臓、皮膚、臍帯血、または任意の他の適切な組織もしくは液
体から得られ得る。例えば、樹状細胞は、末梢血から収集された単球の培養物に
、ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−４、ＩＬ−１３および／またはＴＮＦαのようなサイト
カインの組み合わせを添加することによってエキソビボで分化され得る。あるい
は、末梢血、臍帯血または骨髄から収集されたＣＤ３４陽性細胞は、培養培地に
ＧＭ−ＣＳＦ、ＩＬ−３、ＴＮＦα、ＣＤ４０リガンド、ＬＰＳ、ｆｌｔ３リガ
ンドおよび／または樹状細胞の分化、成熟、および増殖を誘導する他の化合物の
組み合わせを添加することによって、樹状細胞に分化され得る。

【００８１】樹状細胞は、「未熟」細胞および「成熟」細胞として都合良く分類され、この
ことは、２つの充分に特徴付けられた表現型との間を区別する単純な方法を与え
る。しかしこの学名は、あらゆる可能な分化の中間段階を排除するように解釈さ
れるべきではない。未熟な樹状細胞は、抗原の取り込みおよび処理の高い能力を
有するＡＰＣとして特徴付けられ、この能力は、Ｆｃγレセプターおよびマンノ
ースレセプターの高度な発現と相関する。成熟表現型は、代表的に、クラスＩお
よびクラスＩＩＭＨＣ、接着分子（例えば、ＣＤ５４およびＣＤ１１）ならび
に同時刺激性分子（例えば、ＣＤ４０、ＣＤ８０、ＣＤ８６および４−１ＢＢ）
のようなＴ細胞活性化の原因である細胞表面分子の高度な発現ではなく、これら
のマーカーのより低い発現によって特徴付けられる。

【００８２】ＡＰＣは、一般に、本発明のポリペプチド（またはその一部もしくは他のその
改変体）をコードするポリヌクレオチドを用いてトランスフェクトされ得、その
結果、ポリペプチドまたはその免疫原性部分が細胞表面上に発現される。このよ
うなトランスフェクションはエキソビボで生じ得、次いでこのようなトランスフ
ェクトされた細胞を含む組成物またはワクチンは、本明細書中に記載されるよう
に、治療目的のために使用され得る。あるいは、細胞を提示する樹状または他の
抗原を標的とする遺伝子送達ビヒクルが、患者に投与され得、インビボで起こる
トランスフェクションを生じる。樹状細胞のインビボおよびエキソビボでのトラ
ンスフェクションは、例えば、ＷＯ９７／２７４４４７に記載される方法、ま
たはＭａｈｖｉら、ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙａｎｄｃｅｌｌＢｉｏｌｏｇｙ
７５：４５６−４６０、１９９７によって記載される遺伝子銃アプローチのよ
うな当該分野で公知の任意の方法を使用して一般に実施され得る。樹状細胞の抗
原装荷は、樹状細胞または前駆細胞を、ポリペプチド、ＤＮＡ（裸のもしくはプ
ラスミドベクター中の）またはＲＮＡ；あるいは抗原発現性組換え細菌またはウ
イルス（例えば、痘疹、鶏痘、アデノウイルスまたはレンチウイルスのベクター
）とインキュベートすることによって達成され得る。装荷の前に、ポリペプチド
は、Ｔ細胞補助（例えば、キャリア分子）を提供する免疫学的パートナーに共有
結合され得る。あるいは、樹状細胞は、別個にかまたはポリペプチドの存在下で
、結合していない免疫学的パートナーと同調（ｐｕｌｓｅ）され得る。

【００８３】ワクチンおよび薬学的組成物は、シールされたアンプルまたはバイアルのよう
な、単回用量容器または複数用量容器中に存在し得る。このような容器は、好ま
しくは、使用まで処方物の無菌性を維持するために、密封状態でシールされる。
一般に、処方物は、油性ビヒクルまたは水性ビヒクル中で、懸濁液、溶液または
エマルジョンとして保存され得る。あるいは、ワクチンまたは薬学的組成物は、
使用の直前に無菌水性キャリアの添加のみを必要とする、凍結乾燥状態で保存さ
れ得る。

【００８４】上記の薬学的組成物およびワクチンが、例えば、患者の乳癌の治療に対して使
用され得る。本明細書に用いられる場合、「患者」とは、任意の温血動物、好ま
しくはヒトをいう。患者は、乳癌に罹患していてもいなくてもよい。従って、上
記の薬学的組成物およびワクチンは、乳癌の発生を予防するために、または乳癌
に罹患した患者を処置するために用いられ得る。好ましい実施形態において、こ
の化合物は、初期腫瘍の外科的除去および／または放射線治療剤もしくは従来の
化学療法剤の投与の、前にかまたはその後のいずれかで投与され得る。乳癌の発
達を予防するか、または遅らせるために、本明細書中に記載されるような１つ以
上のポリペプチドを含む薬学的組成物またはワクチンが、患者に投与され得る。
あるいは、このポリペプチドをコードする、裸のＤＮＡまたはプラスミドまたは
ウイルスＤＮＡが投与され得る。乳癌を有する患者を処置するために、薬学的組
成物またはワクチンは、１つ以上のポリペプチド、抗体または本明細書中に記載
されるようなポリペプチドをコードするＤＮＡに対して相補的なポリヌクレオチ
ドを含み得る（例えば、アンチセンスＲＮＡまたはアンチセンスデオキシリボヌ
クレオチドオリゴヌクレオチド）。

【００８５】投与の経路および頻度、ならびに投与量は、個人、個人で変化する。概して、
薬学的組成物およびワクチンは、注射（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、または
皮下）により、経鼻的に（例えば、吸引により）または経口的に、投与され得る
。好ましくは、５２週間にわたって１〜１０用量の間で投与され得る。好ましく
は、１ヶ月の間隔で６用量が投与され、そしてブースターワクチン接種がその後
定期的に与えられ得る。交互のプロトコールが個々の患者に適切であり得る。適
切な用量は、上記のように投与された場合、抗腫瘍免疫応答を促進し得る化合物
の量である。このような応答は、患者内の抗腫瘍抗体を測定することによってか
、またはインビトロでの患者の腫瘍細胞を殺傷し得る細胞溶解性効果細胞のワク
チン依存性の生成によってモニターされ得る。このようなワクチンはまた、ワク
チン接種されていない患者と比較すると、ワクチン接種された患者において、改
善された臨床的結果（例えば、より頻繁な症状の軽減、完全もしくは部分的に疾
患を有さないか、またはより長く疾患を有さない生存）を導く免疫応答を生じ得
るはずである。一般に、１つ以上のポリペプチドを含む薬学的組成物およびワク
チンについて、用量中に存在する各ポリペプチドの量は、約１００μｇ〜５ｍｇ
にわたる。適切な用量サイズは、患者の大きさで変化するが、代表的には約０．
１ｍＬ〜約５ｍＬの範囲である。

【００８６】本明細書に開示されたポリぺプチドはまた、癌の処置のための養子免疫治療に
おいて利用され得る。養子免疫治療は、広範には、能動的免疫治療または受動的
免疫治療のいずれかに分類され得る。能動的免疫治療において、処置は、内因性
の宿主免疫系のインビボでの刺激に依存し、免疫応答改変薬剤（例えば、腫瘍ワ
クチン、細菌アジュバント、および／またはサイトカイン）の投与で腫瘍に対し
て反応する。

【００８７】受動的免疫治療において、処置は、確立された腫瘍−免疫反応性を有する生物
学的試薬（例えば、エフェクター細胞または抗体）の送達を包含する。この確立
された腫瘍−免疫反応性は、抗腫瘍効果を直接的または間接的に媒介し得、そし
てインタクトの宿主免疫系に必ずしも依存しない。エフェクター細胞の例として
は、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ８＋細胞傷害性Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔヘルパー
、腫瘍浸潤性リンパ球）、キラー細胞（ナチュラルキラー細胞、リンフォカイン
活性化キラー細胞）、Ｂ細胞、または開示された抗原を発現する抗原提示細胞（
例えば、樹状細胞およびマクロファージ）が挙げられる。本明細書に開示された
ポリぺプチドはまた、受動的免疫治療のために、抗体または抗イディオタイプ抗
体を産生するため（米国特許第４，９１８，１６４号と同様）に使用され得る。

【００８８】養子免疫治療のための適当数のＴ細胞を調達する優勢な方法は、インビトロで
免疫Ｔ細胞を増殖することである。単一の抗原特異的なＴ細胞をインビボでの抗
原認識の保持を伴う数で、数十億まで拡大するための培養条件は、当該分野で周
知である。これらのインビトロ培養条件は、代表的には、しばしばＩＬ−２のよ
うなサイトカインおよび非***（ｎｏｎ−ｄｉｖｉｄｉｎｇ）フィーダー細胞の
存在下における、抗原を用いた断続的刺激を利用する。上記に記載したように、
本明細書に記載された免疫反応性ポリぺプチドは、免疫治療のための十分な数の
細胞を生成するために、抗原特異的なＴ細胞培養物を迅速に拡大するために使用
され得る。特に、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マクロファージまたはＢ細
胞）は、当該分野に周知の標準的な技術を使用して、免疫反応性ポリぺプチドで
パルス（ｐｕｌｓｅ）され得るか、またはポリヌクレオチド配列を用いてトラン
スフェクトされ得る。培養Ｔ細胞が治療において有効であるためには、培養Ｔ細
胞は、増殖し、かつ、広範に分布し得、かつ、インビボで長期生存し得なければ
ならない。研究は、培養Ｔ細胞が、ＩＬ−２を補充された抗原での反復刺激によ
り、インビボで増殖し、かつ、実質的な数において長期生存するように誘導され
得ることを示した（例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒら、Ｉｂｉｄを参照のこと）。

【００８９】本明細書中に開示されたポリぺプチドはまた、腫瘍反応性のＴ細胞を生成およ
び／または単離するために用いられ得、このＴ細胞は、次いで、患者に投与され
得る。１つの技術において、抗原特異的なＴ細胞株は、開示されたポリぺプチド
の免疫原性部分に対応する短いペプチドを用いて、インビボで免疫化することに
よって生成され得る。得られた抗原特異的ＣＤ８＋ＣＴＬクローンが患者から
単離され得、標準的な組織培養技術を使用して拡大され得、そして患者に戻され
得る。

【００９０】あるいは、ポリぺプチドの免疫原性部分に対応するペプチドは、例えば、Ｃｈ
ａｎｇら（Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｏｎｃｏｌ．Ｈｅｍａｔｏｌ．，２２（３），２
１３，１９９６）に記載されるように、自己Ｔ細胞のインビトロでの選択的な刺
激および拡大によって腫瘍反応性のＴ細胞サブセットを生成し、続いて患者に移
入され得る抗原特異的なＴ細胞を提供するために用いられ得る。

【００９１】別の実施形態において、同系または自己樹状細胞は、本明細書に開示されたポ
リぺプチドの少なくとも免疫原性部分に対応するペプチドでパルスされ得る。得
られた抗原特異的な樹状細胞は、患者に移入され得るか、またはＴ細胞を刺激し
て順に患者に投与され得る抗原特異的なＴ細胞を提供するために用いられ得るか
のいずれかである。抗原特異的なＴ細胞を生成するためのペプチドパルスされた
樹状細胞の使用、ならびにマウスモデルにおいて腫瘍を根絶するためのこのよう
な抗原特異的なＴ細胞の続く使用が、Ｃｈｅｅｖｅｒら（「ＴｈｅｒａｐｙＷ
ｉｔｈＣｕｌｔｕｒｅｄＴＣｅｌｌｓ：ＰｒｉｎｃｉｐｌｅｓＲｅｖｉ
ｓｉｔｅｄ」、ＩｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌＲｅｖｉｅｗｓ，１５７：１７７
，１９９７）により示される。

【００９２】さらに、開示されたポリヌクレオチドを発現するベクターは、患者から採取さ
れた幹細胞に導入され得、そして同患者へ自己の移植片をもどすためにインビト
ロでクローン増殖され得る。１つの実施形態において、Ｔ細胞のような免疫系の
細胞は、例えば、ＣｅｌｌＰｒｏＩｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ’ｓ（Ｂｏｔｈｅ
ｌｌ，ＷＡ）ＣＥＰＲＡＴＥ^TMシステム（米国特許第５，２４０，８５６号；米
国特許第５，２１５，９２６号；ＷＯ８９／０６２８０；ＷＯ９１／１６１
１６およびＷＯ９２／０７２４３を参照のこと）のような市販の細胞分離シス
テムを使用して、患者の末梢血から単離され得る。分離された細胞は、送達ビヒ
クル（例えば、ミクロスフェア）内に含まれる免疫反応性ポリぺプチドの１つ以
上で刺激され、抗原特異性のＴ細胞を提供する。次いで、腫瘍抗原特異的なＴ細
胞の集団が、標準的な技術を使用して拡大され、そしてその細胞は患者に戻し投
与される。

【００９３】以下の実施例は、例示のために提供され、そして限定のためではない。

【００９４】（実施例）（実施例１：ディファレンシャルディスプレイＲＴ−ＰＣＲを用いた胸部腫瘍
特異的ｃＤＮＡの調製）本実施例は、ディファレンシャルディスプレイスクリーニングを用いた、胸部
腫瘍特異的ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の調製を示す。

【００９５】（Ａ．Ｂ１８ＡｇｌｃＤＮＡの調製およびｍＲＮＡ発現の特徴付け）組織サンプルを、患者から除去した後、病理学により乳癌と確認された患者の
胸部腫瘍および正常組織から調製した。正常ＲＮＡおよび腫瘍ＲＮＡをサンプル
から抽出し、そしてｍＲＮＡを単離し、そして（ｄＴ）₁₂ＡＧ（配列番号１３０
）アンカー３’プライマーを用いてｃＤＮＡに変換した。次いで、ディファレン
シャルディスプレイＰＣＲを、無作為に選択したプライマー（ＣＴＴＣＡＡＣＣ
ＴＣ）（配列番号１０３）を用いて実行した。増幅条件は、１．５ｍＭＭｇＣ
ｌ₂、２０ｐｍｏｌのプライマー、５００ｐｍｏｌのｄＮＴＰ、および１ユニッ
トのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ，Ｂｒａｎｃｈｂ
ｕｒｇ，ＮＪ）を含有する標準緩衝液であった。９４℃変性（３０秒）、４２℃
アニーリング（１分）、および７２℃伸長（３０秒）を用いて４０サイクルの増
幅を行った。７６の増幅産物を含有するＲＮＡフィンガープリントを得た。胸部
腫瘍組織のＲＮＡフィンガープリントは正常胸部組織のＲＮＡフィンガープリン
トに対して９８％を超えて同一であったが、腫瘍のＲＮＡフィンガープリントパ
ターンに特異的であるバンドが繰り返して観察された。このバンドを銀染色した
ゲルから切り出し、Ｔベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ，ＷＩ）にサ
ブクローニングし、そして配列決定した。

【００９６】ｃＤＮＡ（Ｂ１８Ａｇｌといわれる）の配列を配列番号１に提供する。ＧＥＮ
ＢＡＮＫおよびＥＭＢＬのデータベース検索により、最初にクローニングされた
Ｂ１８Ａｇｌフラグメントが内因性ヒトレトロウイルスエレメントＳ７１（これ
は、シミアン肉腫ウイルス（ＳＳＶ）に相同な短縮化レトロウイルスエレメント
である）に対して７７％同一であることが明らかになった。Ｓ７１は、３’末端
に不完全なｇａｇ遺伝子、ｐｏｌ遺伝子の一部およびＬＴＲ様構造を含有する（
Ｗｅｒｎｅｒら、Ｖｉｒｏｌｏｇｙ１７４：２２５−２３８（１９９０）を参
照のこと）。Ｂ１８Ａｇｌはまた、Ｐ３０（ｇａｇ）遺伝子座に対応する領域に
おいてＳＳＶに対して６４％同一である。Ｂ１８Ａｇｌは、３つの別個かつ不完
全なリーディングフレームを含有する。このリーディングフレームは、かなりの
相同性を共有する領域を哺乳動物に感染するレトロウイルスの広範な種々のｇａ
ｇタンパク質に変換する。さらに、Ｓ７１に対する相同性は、単にｇａｇ遺伝子
内ではなく、ＬＴＲを含む配列の数ｋｂにまたがる。

【００９７】Ｂ１８Ａｇｌ特異的ＰＣＲプライマーをコンピューター分析ガイドラインを用
いて合成した。ＲＴ−ＰＣＲ増幅（９４℃、３０秒；６０℃→４２℃、３０秒；
７２℃、３０秒を４０サイクル）により、Ｂ１８Ａｇｌが、患者の胸部腫瘍組織
において比較的高レベルで存在する実際のｍＲＮＡ配列を示すことが確認された
。増幅において使用したプライマーは、３．５ｍＭマグネシウム濃度およびｐ
Ｈ８．５でＢ１８Ａｇｌ−１

【００９８】

【化２１】（配列番号１２８）およびＢ１８Ａｇｌ−４

【００９９】

【化２２】（配列番号１２９）ならびに２ｍＭマグネシウム（ｐＨ９．５）でＢ１８Ａｇｌ−２

【０１００】

【化２３】（配列番号１２６）およびＢ１８Ａｇｌ−３

【０１０１】

【化２４】（配列番号１２７）であった。同じ実験により、この患者の正常胸部組織におい
て存在しない発現レベルにまで異常に低いことが示された（図１を参照のこと）
。次いで、ＲＴ−ＰＣＲ実験を用いて、９つの他の胸部腫瘍サンプル（ブラジル
人および米国人の患者由来）においてＢ１８ＡｇｌｍＲＮＡが存在するが、各
癌患者に対応する正常胸部組織においては存在しないか、または異常に低いレベ
ルであることを示した。ＲＴ−ＰＣＲ分析によってまた、Ｂ１８Ａｇｌ転写物が
種々の正常組織（リンパ節、心筋および肝臓を含む）に存在せず、そしてＰＢＭ
Ｃおよび肺組織において比較的低レベルで存在することが示された。Ｂ１８Ａｇ
ｌｍＲＮＡが胸部腫瘍サンプルにおいて存在し、そして正常胸部組織に存在し
ないことは、図２に示されるように、ノザンブロット分析により確認された。

【０１０２】胸部腫瘍組織におけるＢ１８Ａｇｌの差次的発現はまた、ＲＮａｓｅ保護アッ
セイにより確認された。図３は、４つの異なるＲＮａｓｅ保護アッセイにおいて
決定されたように種々の組織型におけるＢ１８ＡｇｌｍＲＮＡのレベルを示す
。レーン１〜１２は、種々の正常胸部組織サンプルを示し、レーン１３〜２５は
種々の胸部腫瘍サンプルを示し；レーン２６〜２７は正常前立腺サンプルを示し
；レーン２８〜２９は前立腺腫瘍サンプルを示し；レーン３０〜３２は結腸腫瘍
サンプルを示し；レーン３３は正常大動脈を示し；レーン３４は正常小腸を示し
；レーン３５は正常皮膚を示し、レーン３６は正常リンパ節を示し；レーン３７
は正常卵巣を示し；レーン３８は正常肝臓を示し；レーン３９は正常骨格筋を示
し；レーン４０は第１の正常胃サンプルを示し、レーン４１は第２の正常胃サン
プルを示し；レーン４２は正常肺を示し；レーン４３は正常腎臓を示し；そして
レーン４４は正常膵臓を示す。実験間の比較は、各アッセイに既知のβ−アクチ
ンメッセージの量のポジティブコントロールＲＮＡを含め、そしてこの陽性コン
トロールに対して異なるアッセイの結果を正規化することにより容易にした。

【０１０３】ＲＴ−ＰＣＲおよびサザンブロット分析により、Ｂ１８Ａｇｌ遺伝子座がヒト
ゲノムＤＮＡに単一コピーの内因性レトロウイルスエレメントとして存在するこ
とが示された。約１２〜１８ｋｂのゲノムクローンを最初のＢ１８Ａｇｌ配列を
プローブとして使用して単離した。４つのさらなるサブクローンもまたＸｂａＩ
消化により単離した。これらのクローンのＸｂａＩ消化物の末端から得たさらな
るレトロウイルス配列（図４に示されるように位置づけた）を、配列番号３〜配
列番号１０として示す。ここで、配列番号３は、図４において１０と標識された
配列の位置を示し、配列番号４は１１〜２９と標識された配列の位置を示し、配
列番号５は３と標識された配列の位置を示し、配列番号６は６と標識された配列
の位置を示し、配列番号７は１２と標識された配列の位置を示し、配列番号８は
１３と標識された配列の位置を示し、配列番号９は１４と標識された配列の位置
を示し、そして配列番号１０は１１〜２２と標識された配列の位置を示す。

【０１０４】引き続く研究により、図５Ａおよび５Ｂに示されるように、１２〜１８ｋｂの
ゲノムクローンが約７．７５ｋｂのレトロウイルスエレメントを含むことが示さ
れた。このレトロウイルスエレメントの配列を、配列番号１４１に示す。図５Ａ
の上部の番号付けした線は、レトロウイルスゲノムクローンのセンス鎖配列を示
す。この線の下のボックスは、選択された制限部位の位置を示す。矢印は、レト
ロウイルスエレメントを配列決定するために使用した異なる重複クローンを示す
。矢印の方向は、単一経路のサブクローン配列がセンス鎖またはアンチセンス鎖
に対応したか否かを示す。図５Ｂは、Ｂ１８Ａｇｌを含有するレトロウイルスエ
レメントの模式図であり、このエレメント内のウイルス遺伝子の組織化を示す。
白抜きのボックスは、メチオニンで始まる推定オープンリーディングフレームに
対応し、エレメント全体で見出された。６つのありそうなオープンリーディング
フレームの各々を、ボックスの左側に示されるように、センス鎖に対して見出さ
れたものに対応するフレーム１〜３とともに示す。

【０１０５】配列番号１のｃＤＮＡをプローブとして用いて、より長いｃＤＮＡを得た（配
列番号２２７）。これは、配列番号１４１に示されるゲノム配列と比較して、微
少なヌクレオチド差異（１％未満）を含む。

【０１０６】（Ｂ．他の胸部腫瘍特異的ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の調製）上記のように、正常ＲＮＡおよび腫瘍ＲＮＡを調製し、そしてｍＲＮＡを単離
し、そして（ｄＴ）₁₂ＡＧアンカー３’プライマーを用いてｃＤＮＡに変換した
。次いで、ディファレンシャルディスプレイＰＣＲを、無作為に選択した配列番
号８７〜１２５のプライマーを用いて行った。増幅条件は上記のとおりであり、
そして腫瘍のＲＮＡフィンガープリントパターンに特異的であると観察されたバ
ンドを銀染色ゲルから切り出し、Ｔベクター（Ｎｏｖａｇｅｎ，Ｍａｄｉｓｏｎ
，ＷＩ）またはｐＣＲＩＩベクター（Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ，ＳａｎＤｉｅｇ
ｏ，ＣＡ）のいずれかにサブクローニングし、そして配列決定した。配列を配列
番号１１〜配列番号８６に提供する。単離した７９の配列のうち、６７が新規で
あることが見出された（配列番号１１〜２６および２８〜７７０（図６〜２０も
また参照のこと））。

【０１０７】抗原Ｂ１５Ａｇｌ（配列番号２７において提供された、最初に同定された部分
配列）に対して伸長したＤＮＡ配列（配列番号２９０）をさらなる研究において
得た。上記のように、配列番号２９０の配列のＧｅｎｅＢａｎｋにおける配列と
の比較により、既知のヒトβ−Ａ−アクチビン遺伝子に対して相同であることが
明らかになった。さらなる研究により、抗原Ｂ２１ＧＴ２（Ｂ３１１Ｄともいわ
れる；配列番号５６において提供された、最初に同定された部分ｃＤＮＡ配列）
の全長ｃＤＮＡ配列の単離がもたらされた。この全長配列は、配列番号３０７に
おいて提供され、対応するアミノ酸配列は配列番号３０８に提供される。さらな
る研究により、Ｂ３１１Ｄのスプライス改変体の単離が導かれた。配列番号３１
６のＢ３１１Ｄクローンを配列決定し、そしてこのクローン由来のＸｈｏＩ／Ｎ
ｏｔＩフラグメントをゲル精製し、そしてさらなるスクリーニングのためのプロ
ーブとして使用するために、ランダムプライミングにより３２Ｐ−ｃＤＴＰ標識
して、さらなるＢ３１１Ｄ遺伝子配列を得た。ヒト胸部腫瘍ｃＤＮＡの細菌ライ
ブラリーの２つの画分を標準的技術を用いてスクリーニングした。このようにし
て単離したクローンのうちの１つは、ポリＡ＋テイル（ｔａｉｌ）を含むさらな
る配列を生じた。このクローンの決定されたｃＤＮＡ配列（Ｂ３１１Ｄ＿ＢＴ１
＿１Ａといわれる）を配列番号３１７に提供する。配列番号３１６および３１７
の配列は、４６４ｂｐの領域に対して同一性を共有することが見出され、これは
、配列番号３１７のポリＡ＋配列近辺で分かれている。

【０１０８】引き続く研究により、さらなる１４６の配列（配列番号１４２〜２８９）を同
定した。このうち１１５が新規であるようである（配列番号１４２、１４３、１
４６〜１５２、１５４〜１６６、１６８〜１７６、１７８〜１９２、１９４〜１
９８、２００〜２０４、２０６、２０７、２０９〜２１４、２１６、２１８、２
１９、２２１〜２４０、２４３〜２４５、２４７、２５０、２５１、２５３、２
５５、２５７〜２６６、２６８、２６９、２７１〜２７３、２７５、２７６、２
７８、２８０、２８１、２８４、２８８および２９１）。本発明者らの知見が及
ぶ限りでは、これまでに同定された配列のいずれも、正常胸部組織よりヒト胸部
腫瘍組織において、より高いレベルで発現されることはこれまで示されていない
。

【０１０９】さらなる研究において、抗原Ｂ１１Ａｇｌ（Ｂ３０５Ｄともいわれる）のいく
つかの異なるスプライス形態を単離した（種々のスプライス形態の各々はＢ１１
Ａｇｌコードフレームのわずかに異なるバージョンを含む）。スプライス接合部
配列は個々のエキソンを規定し、このエキソンは、種々のパターンおよび配置に
おいて種々のスプライス形態を作製する。プライマーを設計して、下記のように
ＲＴ−ＰＣＲを使用してエキソンの各々の発現パターンを試験した。各エキソン
を最初のＢ１１Ａｇｌクローンと同じ発現パターン（この発現は、胸部腫瘍特異
的、正常前立腺特異的および正常精巣特異的である）を示すために見出した。単
離したタンパク質コードエキソンについて決定したｃＤＮＡ配列を、それぞれ配
列番号２９２〜２９８に提供する。配列番号２９２および２９８の配列に対応す
る推定アミノ酸配列を配列番号２９９および３００に提供する。ｃＤＮＡ末端の
迅速な増幅（ＲＡＣＥ）、上記に提供したＢ１１Ａｇｌのスプライス形態のうち
の１つに対する特異的５’プライマーおよび胸部腺癌を用いたさらなる研究によ
り、アイソフォームＢ１１Ｃ−１５、Ｂ１１Ｃ−８およびＢ１１Ｃ−９，１６と
いわれる、３つのさらなる関連したスプライス形態の単離がもたらされた。これ
らのアイソフォームについての決定されたｃＤＮＡ配列を、配列番号３０１〜３
０３に提供する。対応する推定アミノ酸配列を、配列番号３０４〜３０６に提供
する。

【０１１０】Ｂ３０５ＤアイソフォームＡ（配列番号２９２に提供されるｃＤＮＡ配列）に
対する引き続く研究において、このｃＤＮＡ配列（配列番号３１３に提供する）
は８８４位でさらなるグアニン残基を含むことが見出され、このことにより、オ
ープンリーディングフレームにおいてフレームシフトがもたらされた。このＯＲ
Ｆの決定されたＤＮＡ配列を配列番号３１４に提供する。このフレームシフトは
、Ｂ３０５Ｄの他のアイソフォームに共通するＣ末端ドメインを含むがＮ末端領
域において異なる２９３アミノ酸のタンパク質配列（配列番号３１５に提供する
）を生成する。

【０１１１】（実施例２）（ヒトゲノムＤＮＡ由来のＢ１８ＡＧ１ＤＮＡの調製）本実施例は、ヒトゲノムＤＮＡからの増幅によるＢ１８Ａｇ１ＤＮＡの調製
を例示する。

【０１１２】Ｂ１８Ａｇ１ＤＮＡを、２０ｐｍｏｌのＢ１８Ａｇ１特異的プライマー、５
００ｐｍｏｌｄＮＴＰおよび１ユニットのＴａｑＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅ
ｒｋｉｎＥｌｍｅｒ，Ｂｒａｎｃｈｂｕｒｇ，ＮＪ）を使用して、以下の増幅
パラメーターを使用して２５０ｎｇのヒトゲノムＤＮＡから調製し得る：９４℃
で３０秒間の変性、６０℃〜４２℃への３０秒間のタッチダウン（ｔｏｕｕｃｈ
ｄｏｗｎ）アニーリング（２サイクル毎に２℃増やす）および７２℃で３０秒間
の伸長。最後の増大（４２℃のアニーリング温度）は、２５回のサイクルで行う
べきである。プライマーを、コンピュータ分析を使用して選択した。合成プライ
マーは、Ｂ１８Ａｇ１−１、Ｂ１８Ａｇ１−２、Ｂ１８Ａｇ１−３、およびＢ１
８Ａｇ１−４であった。使用され得るプライマー対は、１＋３、１＋４、２＋３
および２＋４である。

【０１１３】ゲル電気泳動の後に、Ｂ１８Ａｇ１ＤＮＡに対応するバンドを、切り出しそ
して適切なベクター中にクローニングし得る。

【０１１４】（実施例３）（***腫瘍ｃＤＮＡ由来のＢ１８ＡＧ１ＤＮＡの調製）本実施例は、ヒト***腫瘍ｃＤＮＡからの増幅による、Ｂ１８Ａｇ１ＤＮＡ
の調製を例示する。

【０１１５】第１鎖（ｆｉｒｓｔｓｔｒａｎｄ）ｃＤＮＡを、５００ｎｇポリＡ＋ＲＮＡ
、２００ｐｍｏｌのプライマー（Ｔ）₁₂ＡＧ（すなわち、ＴＴＴＴＴＴＴＴ
ＴＴＴＴＡＧ）（配列番号１３０）、１×第１鎖逆転写酵素緩衝液、６．７
ｍＭＤＴＴ、５００ｍｍｏｌｄＮＴＰ、および１ユニットＡＭＶまたはＭＭ
ＬＶ逆転写酵素（任意の供給元（例えば、Ｇｉｂｃｏ−ＢＲＬ（ＧｒａｎｄＩ
ｓｌａｎｄ，ＮＹ））から）を３０μｌの最終容量中に含む反応混合液において
、ヒト***腫瘍組織から調製したＲＮＡから合成した。第１鎖合成の後に、この
ｃＤＮＡを、およそ２５倍に希釈して、そして１μｌを、実施例２に記載される
ような増幅に使用した。いくつかのプライマー対が、転写物の不均一な集団を生
じ得るが、プライマーＢ１８Ａｇ１−２（５’ＡＴＧＧＣＴＡＴＴＴＴＣ
ＧＧＧＧＧＣＴＧＡＣＡ）（配列番号１２６）およびＢ１８Ａｇ１−３
（５’ＣＣＧＧＴＡＴＣＴＣＣＴＣＧＴＧＧＧＴＡＴＴ）（配列
番号１２７）は、単一の１５１ｂｐの増幅産物を生じる。

【０１１６】（実施例４）（Ｂ１８ＡＧ１のＢ細胞およびＴ細胞のエピトープの同定）本実施例は、Ｂ１８Ａｇ１エピトープの同定を例示する。

【０１１７】Ｂ１８Ａｇ１配列を、種々のコンピュータアルゴリズムを使用してスクリーニ
ングし得る。Ｂ細胞エピトープを決定するために、配列を、Ｈｏｐｐ．Ｐｒｏｇ
．Ｃｌｉｎ．Ｂｉｏｌ．Ｒｅｓ．１７２Ｂ：３６７〜７７（１９８５）またはＣ
ｅａｓｅら、Ｊ．Ｅｘｐ．Ｍｅｄ．１６４：１７７９〜８４（１９８６）もしく
はＳｐｏｕｇｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：２０４〜１２（１９８７）の
方法を使用して、疎水性および親水性の値についてスクリーニングし得る。さら
なるクラスＩＩＭＨＣ（抗体またはＢ細胞）エピトープを、ＡＭＰＨＩのよう
なプログラム（例えば、Ｍａｒｇａｌｉｔら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１３８：２
２１３（１９８７））またはＲｏｔｈｂａｒｄおよびＴａｙｌｏｒの方法（例え
ば、ＥＭＢＯＪ．７：９３（１９８８））を使用して、推定し得る。

【０１１８】一旦、ペプチド（１５〜２０個のアミノ酸の長さ）を、これらの技術を使用し
て同定すると、個々のペプチドを、自動化ペプチド合成装置（製造業者（例えば
、ＰｅｒｋｉｎＥｌｍｅｒ／ＡｐｐｌｉｅｄＢｉｏｓｙｓｔｅｍｓＤｉｖ
ｉｓｉｏｎ，ＦｏｓｔｅｒＣｉｔｙ，ＣＡ）から入手可能）およびメリーフィ
ールド合成のような技術を使用して合成し得る。合成の後に、このペプチドを使
用して、乳癌を患う患者がこのペプチドと反応する抗体を保有するか否かを決定
するために、正常または乳癌のいずれかの患者から回収した血清をスクリーニン
グし得る。乳癌の患者におけるこのような抗体の存在により、問題となる特異的
Ｂ細胞エピトープの免疫原性が確認される。このペプチドをまた、インビボでの
免疫後に動物（マウス、ラット、ウサギ、チンパンジー（ｃｈｉｍｐｓ）など）
において血清学的免疫または液性免疫を生成するそれらの能力について試験し得
る。このような免疫の後のペプチド特異的抗血清の生成はさらに、問題となる特
異的Ｂ細胞エピトープの免疫原性を確認する。

【０１１９】Ｔ細胞エピトープを同定するために、Ｂ１８Ａｇ１配列を、ＨＬＡクラスＩ
ＭＨＣ分子に結合し得る、Ｂ１８Ａｇ１配列内の８〜１０個のアミノ酸モチーフ
を同定するのに有用である異なるコンピュータアルゴリズムを使用してスクリー
ニングし得る（例えば、Ｒａｍｍｅｎｓｅｅら、Ｉｍｍｕｎｏｇｅｎｅｔｉｃｓ
４１：１７８〜２２８（１９９５）を参照のこと）。合成後に、このようなペ
プチドを、標準的な結合アッセイ（例えば、Ｓｅｔｔｅら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ
．１５３：５５８６〜９２（１９９４）を参照のこと）を使用して、クラスＩ
ＭＨＣに結合するそれらの能力について試験し得、そしてより重要なことには、
患者のまたは正常な末梢血単核細胞のインビトロ刺激の後に、抗原反応性細胞傷
害性Ｔ細胞を生成するそれらの能力について、例えば、Ｂａｋｋｅｒら、Ｃａｎ
ｃｅｒＲｅｓ．５５：５３３０〜３４（１９９５）；Ｖｉｓｓｅｒｅｎら、Ｊ
．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４：３９９１〜９８（１９９５）；Ｋａｗａｋａｍｉら
、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５４：３９６１〜６８（１９９５）；およびＫａｓｔ
ら、Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．１５２：３９０４〜１２（１９９４）の方法を使用し
て、試験し得る。インビトロでのペプチド刺激の後に、自系（同じクラスＩＭ
ＨＣ分子を保有する）腫瘍細胞を殺傷し得るＴ細胞のインビトロでの首尾のよい
生成はさらに、Ｂ１８Ａｇ１抗原の免疫原性を確認する。さらに、このようなペ
プチドを使用して、特定のヒトＭＨＣクラスＩハプロタイプを発現するヒトラン
スジェニックマウスにおけるインビボでの免疫の後に、マウスペプチドおよびＢ
１８Ａｇ１反応性細胞傷害性Ｔ細胞を生成し得る（Ｖｉｔｉｅｌｌｏら、Ｊ．Ｅ
ｘｐ．Ｍｅｄ．１７３：１００７〜１５（１９９１））。

【０１２０】推定ＨＬＡクラスＩＭＨＣ結合抗原に従って破壊された、推定Ｂ１８Ａｇ１
Ｂ細胞およびＴ細胞のエピトープの代表的な表を、以下に示す：

【０１２１】

【化２５】（実施例５）（Ｂ１１ＡＧ１のＴ細胞エピトープの同定）本実施例は、Ｂ１１Ａｇ１（Ｂ３０５Ｄともいわれる）エピトープの同定を例
示する。Ｂ１１−８、Ｂ１１−１、Ｂ１１−５およびＢ１１−１２といわれる、
４つのペプチド（それぞれ、配列番号３０９〜３１２）は、Ｂ１１Ａｇ１遺伝子
に由来した。

【０１２２】ヒトＣＤ８Ｔ細胞を、ＶａｎＴｓａｉら（ＣｒｉｔｉｃａｌＲｅｖｉｅｗ
ｓｉｎＩｍｍｕｎｏｌｏｇｙ１８：６５〜７５，１９９８）のプロトコル
に従って、樹状細胞を使用してペプチドＢ１１−８に対してインビトロでプライ
ムした。得られたＣＤ８Ｔ細胞培養物を、Ｂ−ＬＣＬ株ＪＹによって提示され
る、Ｂ１１−８ペプチドまたは陰性コントロールペプチドを認識するそれらの能
力について試験した。簡潔には、Ｔ細胞を、１０μｇ／ｍｌペプチド、１０ｎｇ
／ｍｌＩＬ−７および１０μｇ／ｍｌＩＬ−２の存在下で自系単球とともに
インキュベートして、そして標準的な５１−Ｃｒ放出アッセイにおいて標的細胞
を特異的に溶解するそれらの能力についてアッセイした。図２２に示されるよう
に、バルク培養株は、Ｂ１１−８ペプチドの強力な認識とともに、ペプチドＢ１
１−１の弱い認識を実証した。

【０１２３】このＣＴＬ株由来のクローンを、モノクローナル抗体ＯＫＴ３およびヒトＩＬ
−２を使用する迅速な増殖後に単離した。図２３に示されるように、このクロー
ン（Ａ１といわれる）は、特定のペプチドを認識し得ることに加えて、Ｂ１１Ａ
ｇ１遺伝子で形質導入されたＪＹＬＣＬを認識した。このデータは、Ｂ１１−
８がＢ１１Ａｇ１遺伝子の天然に処理されるエピトープであることを実証する。
さらに、これらのＴ細胞は、ＨＬＡ−Ａ２制限様式において、Ｂ１１Ａｇ１を天
然に発現している樹立腫瘍細胞株を認識しかつ溶解することが見出された（図２
４）。このＴ細胞は、ＨＬＡ−Ａ２で形質導入されたＢ１１Ａｇ１を天然に発現
している肺腺癌（ＬＴ−１４０−２２）、およびＢ１１Ａｇ１で形質導入された
Ａ２＋乳癌（ＣＡＭＡ−１）を強力に認識するが、非形質導入株または別の陰性
腫瘍株（ＳＷ６２０）を強力に認識しない。

【０１２４】これらのデータは、これらのヒトＴ細胞がＢ１１特異的ペプチドのみでなく、
形質導入された細胞および天然に発現する腫瘍株もまた認識することを明確に実
証する。

【０１２５】上記の手順を使用して、抗原Ｂ１１−５およびＢ１１−１２に対して惹起され
たＣＴＬ株は、対応するペプチドでコーティングされた標的を認識することが見
出された。

【０１２６】（実施例６）（ディファレンシャルディスプレイによって発見された***腫瘍遺伝子の特徴
付け）ディファレンシャルディスプレイＰＣＲによって発見された***腫瘍遺伝子の
特異性および感受性を、ＲＴ−ＰＣＲを使用して決定した。この手順は、大量の
ＲＮＡを使用することなく、半定量的に、***腫瘍遺伝子ｍＲＮＡ発現を迅速に
評価することを可能にした。遺伝子特異的プライマーを使用して、種々の組織に
おけるｍＲＮＡ発現レベル（８つの***腫瘍、５つの正常な***、２つの前立腺
腫瘍、２つの結腸腫瘍、１つの肺腫瘍、ならびに１４の他の成人ヒト組織（正常
な前立腺、結腸、腎臓、肝臓、肺、卵巣、膵臓、骨格筋、皮膚、胃および精巣を
含む）を含む）を、試験した。

【０１２７】ＲＴ−ＰＣＲの半定量的な性質を保障するために、β−アクチンを、試験した
組織の各々について内部コントロールとして使用した。第１鎖ｃＤＮＡの連続希
釈物を調製して、そしてＲＴ−ＰＣＲアッセイを、β−アクチン特異的プライマ
ーを使用して行った。次いで、β−アクチンテンプレートの線形範囲の増殖を可
能にし、かつ初期コピー数における差異を反映するに十分な感度である、希釈物
を、選択した。この条件を使用して、β−アクチンレベルを、各組織からの各逆
転写反応物について決定した。ＤＮＡの混入を、ＤＮａｓｅ処理によって、およ
び逆転写酵素を加えることなく調製された第１鎖ｃＤＮＡを使用した場合の陰性
結果を確認することによって最小化した。

【０１２８】遺伝子特異的プライマーを使用して、ｍＲＮＡ発現レベルを、種々の組織にお
いて決定した。現在までに、３８個の遺伝子が、ＲＴ−ＰＣＲによって首尾よく
試験されている。このうち５個（Ｂ１５ＡＧ−１、Ｂ３１ＧＡ１ｂ、Ｂ３８ＧＡ
２ａ、Ｂ１１Ａ１ａおよびＢ１８ＡＧ１ａ）は、***腫瘍に対して良好な特異性
および感受性を示す。図２１Ａおよび２１Ｂは、これらの遺伝子のうち３つに対
する結果を示す：Ｂ１５ＡＧ−１（配列番号２７）、Ｂ３１ＧＡ１ｂ（配列番号
１４８）およびＢ３８ＧＡ２ａ（配列番号１５７）。表Ｉは、正常な***組織お
よび***腫瘍において、そしてまた、他の組織において試験した全ての遺伝子の
発現レベルを要約する。

【０１２９】

【表１】前述から、本発明の特定の実施形態は、例示の目的のために本明細書中に記載
されているが、種々の改変が、本発明の精神および範囲から逸脱することなくな
され得ることが理解される。

【配列表】

【図面の簡単な説明】

【図１】図１は、ゲルエレクトロポレーションにより分離され、正常***組織より調製
されたｃＤＮＡ（レーン１および２）、および同じ患者由来の***腫瘍組織より
調製されたｃＤＮＡ（レーン３および４）、から得られたＰＣＲ産物のディファ
レンシャルディスプレイを示す。矢印は、Ｂ１８Ａｇ１に対応するバンドを示す
。

【図２】図２は、正常***組織におけるレベルと、***腫瘍組織（レーン１）における
Ｂ１８Ａｇ１ｍＲＮＡのレベルを比較する、ノザンブロットである。

【図３】図３は、ＲＮａｓｅプロテクションアッセイにより決定されるように、種々の
正常組織および非***腫瘍組織のＢ１８Ａｇ１ｍＲＮＡのレベルと比較された
、***腫瘍組織におけるＢ１８Ａｇ１ｍＲＮＡのレベルを示す。

【図４】図４は、Ｂ１８Ａｇ１に関連して、ＸｂａＩ制限消化の末端から得られる付加
的なレトロウイルス配列（配列番号３〜１０において提供される）の位置を示す
ゲノムクローンマップである。

【図５】図５Ａおよび図５Ｂは、Ｂ１８Ａｇ１を含むレトロウイルスエレメントについ
ての、配列決定ストラテジー、ゲノム構築および推測されたオープンリーディン
グフレームを示す。

【図６】図６は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１８Ａｇ１のヌクレオチド配列
を示す。

【図７】図７は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１７Ａｇ１のヌクレオチド配列
を示す。

【図８】図８は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１７Ａｇ２のヌクレオチド配列
を示す。

【図９】図９は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１３Ａｇ２ａのヌクレオチド配
列を示す。

【図１０】図１０は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１３Ａｇ１ｂのヌクレオチド
配列を示す。

【図１１】図１１は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１３Ａｇ１ａのヌクレオチド
配列を示す。

【図１２】図１２は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ１１Ａｇ１のヌクレオチド配
列を示す。

【図１３】図１３は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ３ＣＡ３ｃのヌクレオチド配
列を示す。

【図１４】図１４は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ９ＣＧ１のヌクレオチド配列
を示す。

【図１５】図１５は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ９ＣＧ３のヌクレオチド配列
を示す。

【図１６】図１６は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ２ＣＡ２のヌクレオチド配列
を示す。

【図１７】図１７は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ３ＣＡ１のヌクレオチド配列
を示す。

【図１８】図１８は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ３ＣＡ２のヌクレオチド配列
を示す。

【図１９】図１９は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ３ＣＡ３のヌクレオチド配列
を示す。

【図２０】図２０は、代表的な***腫瘍特異的ｃＤＮＡＢ４ＣＡ１のヌクレオチド配列
を示す。

【図２１Ａ】図２１Ａは、***腫瘍組織（レーン１〜８）および正常***組織（レーン９〜
１３）およびＨ₂Ｏ（レーン１４）における***腫瘍遺伝子のＲＴ−ＰＣＲ分析
を示す。

【図２１Ｂ】図２１Ｂは、前立腺腫瘍（レーン１、２）、結腸腫瘍（レーン３）、肺腫瘍（
レーン４）、正常前立腺（レーン５）、正常結腸（レーン６）、正常腎臓（レー
ン７）、正常肝臓（レーン８）、正常肺（レーン９）、正常卵巣（レーン１０、
１８）、正常膵臓（レーン１１、１２）、正常骨格筋（レーン１３）、正常皮膚
（レーン１４）、正常胃（レーン１５）、正常精巣（レーン１６）、正常小腸（
レーン１７）、ＨＢＬ−１００（レーン１９）、ＭＣＦ−１２Ａ（レーン２０）
、***腫瘍（レーン２１〜２３）、Ｈ₂Ｏ（レーン２４）、および結腸腫瘍（レ
ーン２５）における、***腫瘍遺伝子のＲＴ−ＰＣＲ分析を示す。

【図２２】図２２は、抗Ｂ１１−８ＣＴＬ株による、Ｂ１１Ａｇ１ペプチド（Ｂ１１−８
といわれる）の認識を示す。

【図２３】図２３は、Ｂ１１−８特異的結腸Ａ１による抗原Ｂ１１Ａｇ１を用いて形質導
入された細胞株の認識を示す。

【図２４】図２４は、Ｂ１１−８特異的クローンＡ１による、肺腺癌株（ＬＴ−１４０−
２２）および***腺癌株（ＣＡＭＡ−１）の認識を示す。

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号ＦＩテーマコート゛(参考）Ａ６１Ｋ 39/00 Ａ６１Ｋ 48/00 ４Ｃ０８５ 39/395 Ａ６１Ｐ 35/00 ４Ｃ０８６ 48/00 Ｃ０７Ｋ 14/82 ４Ｃ０８７Ａ６１Ｐ 35/00 16/32 ４Ｈ０４５Ｃ０７Ｋ 14/82 19/00 16/32 Ｃ１２Ｎ 1/15 19/00 1/19 Ｃ１２Ｎ 1/15 1/21 1/19 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 1/21 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ 5/06 Ｍ 5/10 33/566 Ｃ１２Ｑ 1/68 33/574 ＡＧ０１Ｎ 33/53 Ｃ１２Ｐ 21/02 ＣＣ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ 33/566 5/00 Ａ 33/574 Ｅ // Ｃ１２Ｐ 21/02 Ａ６１Ｋ 37/02 (31)優先権主張番号０９／５３４，８２５ (32)優先日平成12年３月23日(2000．3．23) (33)優先権主張国米国（ＵＳ） (81)指定国ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ，ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，ＩＴ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ，ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，ＫＥ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＬ，ＳＺ，ＴＺ，ＵＧ，ＺＷ )，ＥＡ(ＡＭ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ)，ＡＥ，ＡＧ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ，ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＲ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，ＤＫ，ＤＭ，ＤＺ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＤ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＮ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ，ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，ＬＶ，ＭＡ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ，ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＴＺ，ＵＡ，ＵＧ，ＵＺ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＡ，ＺＷ (72)発明者リード，スティーブンジー．アメリカ合衆国ワシントン 98005，ベルビュー， 122エヌディープレイスエヌ．イー．−2843 (72)発明者ミシェル，リンダイー．アメリカ合衆国ワシントン 98115，シアトル， 53アールディーアベニューエヌ．イー． 6251 (72)発明者レッター，マルクダブリュー．アメリカ合衆国ワシントン 98014，カーネイション，エヌ．イー． 43アールディープレイス 33402 (72)発明者ディロン，デイビンシー．アメリカ合衆国ワシントン 98053，レッドモンド，エヌ．イー． 24ティーエイチストリート 21607 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA12 BA36 BA45 CA04 CA07 GA11 HA15 4B063 QA01 QA18 QA19 QQ02 QQ42 QR56 QR62 QS12 QS25 QS34 4B064 AG27 AG31 CA10 DA05 DA14 4B065 AA90X AA93Y AB01 BA02 CA24 CA44 CA46 4C084 AA02 AA03 AA07 AA13 BA01 BA02 BA08 BA22 BA23 BA41 CA18 CA36 CA56 DA01 MA02 MA05 NA14 ZB022 ZB052 ZB261 ZC412 4C085 AA03 AA13 BB01 CC03 CC08 DD62 DD86 EE06 4C086 AA01 AA02 AA03 EA16 MA01 MA02 MA03 MA04 MA05 NA14 ZB02 ZB05 ZB21 ZB26 ZC41 4C087 AA01 AA02 AA03 BB43 BB64 BB65 BC83 CA04 CA12 MA02 MA05 NA14 ZB02 ZB05 ZB21 ZB26 ZC41 4H045 AA10 AA11 AA30 BA10 BA41 CA41 DA76 DA86 EA28 EA31 EA51 FA74

Claims

【特許請求の範囲】

【請求項１】単離されたポリペプチドであって、該ポリペプチドは、少な
くともタンパク質またはその改変体、の免疫原性部分を含み、ここで該タンパク
質は、以下：（ａ）以下の配列番号：【化１】に列挙される配列；（ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、以下の配列番号：【化２】のいずれか１つに列挙される配列にハイブリダイズする配列；および（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸
配列を含む、ポリペプチド。
【請求項２】請求項１に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで
、前記ポリペプチドが、以下の配列番号：【化３】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチ
ド。
【請求項３】配列番号２９９、３００、３０４〜３０６、３０８および３
１５いずれか１つに列挙される配列を含む、単離されたポリペプチド。
【請求項４】タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１５アミノ酸
残基をコードする単離されたポリヌクレオチドであって、該改変体は抗原特異的
抗血清と反応する改変体の能力が実質的に減少されないような、１つ以上の置換
、欠失、付加および／または挿入において異なり、ここで該腫瘍タンパク質が、
以下の配列番号：【化４】のいずれか１つに列挙される配列または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリヌ
クレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項５】タンパク質、またはその改変体、をコードする単離されたポ
リヌクレオチドであって、ここで該腫瘍タンパク質は、以下の配列番号：【化５】のいずれか１つに列挙される配列、または該配列のいずれかの相補鎖を含むポリ
ヌクレオチドによりコードされるアミノ酸配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項６】単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
が、以下の配列番号：【化６】のいずれか１つに列挙される配列を含む、ポリヌクレオチド。
【請求項７】単離されたポリヌクレオチドであって、該ポリヌクレオチド
が、中程度にストリンジェントな条件下で、以下の配列番号：【化７】のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリダイズする配列を含む、ポリ
ヌクレオチド。
【請求項８】請求項４〜７のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドと相
補的な、単離されたポリヌクレオチド。
【請求項９】請求項４〜８のいずれか１項に記載のポリヌクレオチドを含
む、発現ベクター。
【請求項１０】請求項９に記載の発現ベクターを用いて形質転換またはト
ランスフェクトされた宿主細胞。
【請求項１１】以下の配列番号：【化８】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
配列のいずれかの相補鎖、によりコードされるアミノ酸配列を含むタンパク質に
特異的に結合する、単離された抗体、またはその抗原結合フラグメント。
【請求項１２】請求項１に記載の少なくとも１つのポリペプチドを含む、
融合タンパク質。
【請求項１３】請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
合タンパク質は、該融合タンパク質をコードするポリヌクレオチドを用いてトラ
ンスフェクトされた宿主細胞において、該融合タンパク質の発現を増大する発現
エンハンサーを含む、融合タンパク質。
【請求項１４】請求項１２に記載の融合タンパク質であって、ここで該融
合タンパク質は、請求項１に記載のポリペプチド内に存在しないＴヘルパーエピ
トープを含む、融合タンパク質。
【請求項１５】前記融合タンパク質がアフィニティータグを含む、請求項
１２に記載の融合タンパク質。
【請求項１６】請求項１２に記載の融合タンパク質をコードする、単離さ
れたポリヌクレオチド。
【請求項１７】薬学的組成物であって、該薬学的組成物は、生理学的に受
容可能なキャリア、および以下：（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；（ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド；（ｃ）請求項１１に記載の抗体；（ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および（ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、薬学的組成物。
【請求項１８】免疫促進剤および以下：（ａ）請求項１に記載のポリペプチド；（ｂ）請求項４に記載のポリヌクレオチド；（ｃ）請求項１１に記載の抗体；（ｄ）請求項１２に記載の融合タンパク質；および（ｅ）請求項１６に記載のポリヌクレオチド、からなる群より選択される少なくとも１つの成分を含む、ワクチン。
【請求項１９】前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項１８に記載
のワクチン。
【請求項２０】前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項１８に
記載のワクチン。
【請求項２１】患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
、請求項１７に記載の薬学的組成物の有効量を患者に投与する工程を包含する、
方法。
【請求項２２】患者において癌の発達を阻害する方法であって、該方法は
、請求項１８に記載のワクチンの有効量を患者に投与する工程を包含する、方法
。
【請求項２３】薬学的に受容可能なキャリアまたは賦形剤と組み合わせて
、請求項１に記載のポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含む、薬学的組成物
。
【請求項２４】前記抗原提示細胞が樹状細胞またはマクロファージである
、請求項２３に記載の薬学的組成物。
【請求項２５】タンパク質またはその改変体の少なくとも１つの免疫原性
部分を含むポリペプチドを発現する抗原提示細胞を含むワクチンであって、ここ
で該タンパク質は、免疫促進剤と組み合わせて、以下：（ａ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９
８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７に列挙され
る配列；（ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、以下の配列番号：１、３〜２６
、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３
１３、３１４、３１６および３１７のいずれか１つに列挙される配列に対してハ
イブリダイズする配列；ならびに（ｃ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含む、ワクチン。
【請求項２６】前記免疫促進剤がアジュバントである、請求項２５に記載
のワクチン。
【請求項２７】前記免疫促進剤が主にＩ型応答を誘導する、請求項２５に
記載のワクチン。
【請求項２８】前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２５に記載の
ワクチン。
【請求項２９】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、タンパク質またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部分を含む
ポリペプチドを発現する抗原提示細胞の有効量を患者に投与する工程であって、
ここで該タンパク質は、以下：（ａ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９
８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７に列挙され
る配列；（ｂ）中程度にストリンジェントな条件下で、配列番号：１、３〜２６、２８
〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、
３１４、３１６および３１７のいずれか１つに列挙される配列に対してハイブリ
ダイズする配列；および（ｃ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９
８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれか
１つに列挙されるポリヌクレオチドによりコードされる配列の相補鎖、からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含む、工程；ならびにそれによって該患者における癌の発達を阻害する工程、を包含する、方
法。
【請求項３０】前記抗原提示細胞が樹状細胞である、請求項２９に記載の
方法。
【請求項３１】前記癌が乳癌である、請求項２１、２２および２９のいず
れか１項に記載される、方法。
【請求項３２】生物学的サンプルから腫瘍細胞を除去するための方法であ
って、該方法は、タンパク質と特異的に反応するＴ細胞と生物学的サンプルとを
接触させる工程を包含し、ここで該タンパク質が以下：（ｉ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９
８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれか
１つに列挙されるポリヌクレオチド；および（ｉｉ）該ポリヌクレオチドの相補鎖；からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によりコードされるアミノ酸配
列を含み、ここで該接触させる工程が、該サンプルから抗原を発現している細胞
の除去を可能にするのに十分な条件下および時間で実施される、方法。
【請求項３３】前記生物学的サンプルが血液またはその画分である、請求
項３２に記載の方法。
【請求項３４】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、請
求項３２に記載の方法に従って処置された生物学的サンプルを患者に投与する工
程を包含する、方法。
【請求項３５】タンパク質に特異的なＴ細胞を、刺激および／または増殖
するための方法であって、該方法は、Ｔ細胞の刺激および／または増殖を可能に
するのに十分な条件下および時間で、Ｔ細胞を、以下：（ａ）タンパク質、またはその改変体、の少なくとも１つの免疫原性部分を含む
ポリペプチドであって、ここで、該タンパク質が、以下：（ｉ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９
８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７に列挙され
る配列；（ｉｉ）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２
９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれ
か１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする配列；および（ｉｉｉ）（ｉ）または（ｉｉ）の配列の相補鎖；からなる群より選択されるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸
配列を含む、ポリペプチド；（ｂ）（ａ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；ならびに（ｃ）（ａ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；からなる群より選択される少なくとも１つの成分と接触させる工程を包含する、
方法。
【請求項３６】請求項３５に記載の方法に従って調製されるＴ細胞を含む
、単離されたＴ細胞集団。
【請求項３７】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、請求項３６に記載のＴ細胞集団の有効量を患者に投与する工程を包含す
る、方法。
【請求項３８】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、該
方法は、以下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４⁺および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
Ｔ細胞が増殖する工程：（ｉ）タンパク質またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分を含む
ポリペプチドであって、ここで、該タンパク質が、以下からなる群より選択され
るポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチ
ド：（１）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２
９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７に列挙さ
れる配列；（２）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２
９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれ
か１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする配列；および（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；ならびに（ｂ）該増殖したＴ細胞の有効量を該患者に投与する工程であって、それにより
該患者における癌の発達を阻害する、工程を包含する、方法。
【請求項３９】患者における癌の発達を阻害するための方法であって、以
下の工程：（ａ）患者から単離されたＣＤ４⁺および／またはＣＤ８＋Ｔ細胞を、以下から
なる群より選択される少なくとも１つの成分と共にインキュベートし、その結果
Ｔ細胞が増殖する工程：（ｉ）タンパク質、またはその改変体の、少なくとも１つの免疫原性部分を含
むポリペプチドであって、ここで、該タンパク質が、以下からなる群より選択さ
れるポリヌクレオチド配列によってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプ
チド：（１）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２
９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７に列挙さ
れる配列；（２）配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２
９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれ
か１つに列挙される配列に対して、中程度にストリンジェントな条件下でハイブ
リダイズする配列；および（３）（１）または（２）の配列の相補鎖；（ｉｉ）（ｉ）のポリペプチドをコードするポリヌクレオチド；および（ｉｉｉ）（ｉ）のポリペプチドを発現する抗原提示細胞；（ｂ）少なくとも１つの増殖した細胞をクローニングして、クローンＴ細胞を提
供する工程；ならびに（ｃ）該クローンＴ細胞の有効量を該患者に投与する工程であって、それによっ
て該患者における癌の発達を阻害する、工程を包含する、方法。
【請求項４０】患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
であって、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、タンパク質に結合する結合剤に接
触させる工程であって、ここで、該タンパク質が、配列番号：１、３〜２６、２
８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３
、３１４、３１６および３１７のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配
列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミ
ノ酸配列を含む、工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
程；ならびに（ｃ）該ポリペプチドの量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者にお
ける癌の存在または非存在を決定する工程、を包含する、方法。
【請求項４１】前記結合剤が抗体である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４２】前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４０に記載
の方法。
【請求項４３】前記癌が乳癌である、請求項４０に記載の方法。
【請求項４４】患者における癌の進行をモニターするための方法であって
、以下の工程：（ａ）患者から、第１の時点で得られた生物学的サンプルを、タンパク質に結合
する結合剤に接触させる工程であって、ここで、該タンパク質が、配列番号：１
、３〜２６、２８〜８６、１４２〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、
３０７、３１３、３１４、３１６および３１７のいずれか１つに列挙されるポリ
ヌクレオチド配列または該ポリヌクレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコ
ードされるアミノ酸配列を含む、工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該結合剤に結合するポリペプチドの量を検出する工
程；（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリペプチドの量を、工程（ｂ）におい
て検出された量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターする工
程、を包含する、方法。
【請求項４５】前記結合剤が抗体である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４６】前記抗体がモノクローナル抗体である、請求項４５に記載
の方法。
【請求項４７】前記癌が乳癌である、請求項４４に記載の方法。
【請求項４８】患者における癌の存在または非存在を決定するための方法
であって、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、タンパク質をコードするポリヌク
レオチドに対してハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であ
って、ここで、該タンパク質が、配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２
〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６
および３１７いずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌク
レオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、工
程；（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする
ポリヌクレオチドの量を検出する工程；ならびに（ｃ）該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする該ポリヌクレオチドの
量を所定のカットオフ値と比較し、それから該患者における癌の存在または非存
在を決定する工程、を包含する、方法。
【請求項４９】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項
４８に記載の方法。
【請求項５０】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定され
る、請求項４８に記載の方法。
【請求項５１】患者における癌の進行をモニターするための方法であって
、以下の工程：（ａ）患者から得られた生物学的サンプルを、タンパク質をコードするポリヌク
レオチドに対してハイブリダイズするオリゴヌクレオチドに接触させる工程であ
って、ここで、該タンパク質が、配列番号：１、３〜２６、２８〜８６、１４２
〜２５３、２５５〜２９８、３０１〜３０３、３０７、３１３、３１４、３１６
および３１７のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列または該ポリヌ
クレオチド配列のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、
工程；（ｂ）該サンプルにおいて、該オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする
ポリヌクレオチドの量を検出する工程；（ｃ）該患者から、次の時点で得られた生物学的サンプルを使用して、工程（ａ
）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに（ｄ）工程（ｃ）において検出された該ポリヌクレオチドの量を、工程（ｂ）に
おいて検出された量と比較し、それから該患者における該癌の進行をモニターす
る工程、を包含する、方法。
【請求項５２】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ポリメラーゼ連鎖反応を使用して決定される、請求項
５１に記載の方法。
【請求項５３】前記オリゴヌクレオチドに対してハイブリダイズする前記
ポリヌクレオチドの量が、ハイブリダイゼーションアッセイを使用して決定され
る、請求項５１に記載の方法。
【請求項５４】診断キットであって、以下：（ａ）請求項１１に記載の１つ以上の抗体；および（ｂ）レポーター基を含む検出試薬、を備える、キット。
【請求項５５】前記抗体が固体支持体上に固定化される、請求項５４に記
載のキット。
【請求項５６】前記検出試薬が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロ
テインＡまたはレクチンを含む、請求抗５４に記載のキット。
【請求項５７】前記レポーター基が、放射性同位体、蛍光基、発光基、酵
素、ビオチンおよび色素粒子からなる群より選択される、請求項５４に記載のキ
ット。
【請求項５８】タンパク質をコードするポリヌクレオチドに対して、中程
度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズする１０〜４０の連続したヌク
レオチドを含むオリゴヌクレオチドであって、ここで、該タンパク質が、以下の
配列番号：【化９】のいずれか１つに列挙されるポリヌクレオチド配列、または該ポリヌクレオチド
のいずれかの相補鎖によってコードされるアミノ酸配列を含む、オリゴヌクレオ
チド。
【請求項５９】請求項５８に記載のオリゴヌクレオチドであって、ここで
該オリゴヌクレオチドが、以下の配列番号：【化１０】のいずれか１つに列挙される１０〜４０の連続したヌクレオチドを含む、オリゴ
ヌクレオチド。
【請求項６０】診断キットであって、以下：（ａ）請求項５９に記載のオリゴヌクレオチド；および（ｂ）ポリメラーゼ連鎖反応またはハイブリダイゼーションアッセイにおける使
用のための診断試薬、を備える、キット。