JP2002516659A - 肺癌の治療および診断のための化合物、およびそれらの使用方法 - Google Patents

Abstract

(57)【要約】 肺癌を処置する化合物および方法が提示される。本発明の化合物は、少なくとも肺腫瘍タンパク質の一部を含むポリペプチドを含有する。このようなポリペプチド、またはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む肺癌の免疫治療のためのワクチンおよび薬学的組成物もまた、本発明のポリペプチドを調製するためのポリヌクレオチドと共に提供される。

Description

【発明の詳細な説明】

【０００１】 （技術分野） 本発明は、一般に、肺癌の処置のための組成物および方法に関する。本発明は
、より具体的には、このようなヌクレオチド配列によりコードされるポリペプチ
ドを伴い、肺腫瘍組織中に優先的に発現されるヌクレオチド配列に関する。本発
明のヌクレオチド配列およびポリペプチドは、肺癌の処置のためのワクチンおよ
び薬学的組成物において使用され得る。

【０００２】 （発明の背景） 肺癌は、米国における男性および女性の両方における癌での死亡の主な原因で
あり、１９９４年には１７２，０００件の新しい症例が報告されたと見積もられ
た。全ての肺癌患者における５年間の生存率は、診断時における疾患の病期に関
わらず、１３％のみである。これは、検出される症例における４６％の５年間生
存率と対照的であるが、この疾患は、なお局在される。しかし、肺癌の１６％の
みが、この疾患が広がる前に発見される。

【０００３】 早期発見は難しい。なぜなら、臨床症状は、この疾患が進行した病期に達する
までしばしばみられないからである。現在のところ、診断は、胸部Ｘ線、痰に含
まれる細胞型の分析および気管支道の光ファイバー試験の使用により補助される
。処置の養生法は、癌の型および病期により決定され、そして手術、放射線治療
および／または化学療法を含む。この疾患の治療への多くの研究にも関わらず、
肺癌は、処置が困難なままである。

【０００４】 従って、当該分野において、肺癌に対する、改良されたワクチン、処置方法お
よび診断技術の必要性が依然として残っている。

【０００５】 （発明の要旨） 手短に述べると、本発明は、肺癌の処置のための化合物および方法を提供する
。第１の局面において、肺腫瘍ポリペプチドをコードする単離されたポリヌクレ
オチドが提供され、このようなポリヌクレオチドは、以下からなる群から選択さ
れるヌクレオチド配列を含む：（ａ）配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２
７〜３１、５１、５３、５５、６３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８
９、９０、１０２〜１０７、１０９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４
および１５６〜１５８において提供される配列；（ｂ）配列番号１〜１１、１９
、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５、６３、７０、７２、７９、８０
、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、１０９、１３９、１４３〜１４９
、１５１〜１５４および１５６〜１５８において提供される配列に相補的な配列
；ならびに（ｂ）（ａ）または（ｂ）の配列の改変体。

【０００６】 第２の局面において、肺腫瘍タンパク質またはその改変体の少なくとも免疫原
性部分を含む、単離されたポリペプチドが提供される。特定の実施態様において
、このようなポリペプチドは、以下からなる群から選択されるヌクレオチド配列
を含むＤＮＡ配列によりコードされるアミノ酸配列を含む：（ａ）配列番号１〜
１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５、６３、７０、７２、
７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、１０９、１３９、１４
３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８において列挙される配列；（
ｂ）配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５、６
３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、１０
９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８において提
供される配列に相補的な配列；ならびに（ｃ）（ａ）または（ｂ）の配列の改変
体。

【０００７】 関連する局面において、本発明のポリヌクレオチドを含む発現ベクターが、こ
のような発現ベクターを用いて形質転換されたかまたはトランスフェクトされた
宿主細胞とともに提供される。好ましい実施態様において、この宿主細胞は、Ｅ
．ｃｏｌｉ、酵母および哺乳動物細胞からなる群から選択される。

【０００８】 別の局面において、第１および第２の本発明のポリペプチド、あるいは本発明
のポリペプチドおよび公知の肺腫瘍抗原を含む融合タンパク質が提供される。

【０００９】 本発明はさらに、上記のポリペプチド、融合タンパク質または融合ポリヌクレ
オチドおよび生理的に受容可能なキャリアの１つ以上を含む薬学的組成物を、免
疫応答エンハンサーとの組合せで、１つ以上のこのようなポリペプチド、融合タ
ンパク質または融合ポリヌクレオチドを含むワクチンとともに提供する。

【００１０】 関連する局面において、本発明は、患者における肺癌の発達を阻害するための
方法を提供し、この方法は、有効量の少なくとも１つの上記薬学的組成物および
／またはワクチンを、患者に投与する工程を含む。

【００１１】 本発明のなおさらなる局面において、患者における肺癌を検出するための方法
が提供され、この方法は、以下の工程を含む：（ａ）本明細書中に開示されたポ
リペプチドに結合し得る結合薬剤と患者から得られた生物学的サンプルを接触さ
せる工程；および（ｂ）サンプル中の、結合薬剤に結合するタンパク質またはポ
リペプチドを検出する工程。好ましい実施態様において、この結合薬剤は、抗体
、最も好ましくはモノクローナル抗体である。

【００１２】 関連する局面において、患者における肺癌の進行をモニターするための方法が
提供され、この方法は、以下の工程を含む；（ａ）本明細書中に開示されたポリ
ペプチドの１つに結合し得る結合薬剤と患者から得られた生物学的サンプルを接
触させる工程；（ｂ）サンプル中の、結合薬剤に結合する有効量のタンパク質ま
たはポリペプチドを検出する工程；（ｃ）工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工
程；ならびに工程（ｂ）および（ｃ）において検出されるポリペプチドの量を比
較する工程。

【００１３】 関連する局面内において、本発明は、本発明のポリペプチドに結合する、抗体
、好ましくはモノクローナル抗体、およびこのような抗体を含む診断キット、な
らびに肺癌の発達を阻害するためにこのような抗体を使用する方法を提供する。

【００１４】 本発明はさらに、以下の工程を含む、肺癌を検出するための方法を提供する： （ａ）患者から生物学的サンプルを得る工程：（ｂ）サンプルを、ポリメラーゼ
連鎖反応における第１および第２のオリゴヌクレオチドプライマー（このオリゴ
ヌクレオチドプライマーの少なくとも１つは、本明細書中に開示されたポリペプ
チドの１つをコードするポリヌクレオチドに特異的である）と接触させる工程；
ならびに（ｃ）第１および第２のオリゴヌクレオチドプライマーの存在下で増幅
するＤＮＡ配列をサンプル中で検出する工程。好ましい実施態様において、この
オリゴヌクレオチドプライマーの少なくとも１つは、配列番号１〜３１、４９〜
５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１
０、１１６〜１２０および１２６〜１８１からなる群から選択される配列を含む
ポリヌクレオチドの少なくとも約１０個の連続するヌクレオチドを含む。

【００１５】 さらなる局面において、本発明は、以下の工程を含む、患者における肺癌を検
出するための方法を提供する：ａ）患者から生物学的サンプルを得る工程：（ｂ
）サンプルを、本明細書中に開示されたポリペプチドの１つをコードするポリヌ
クレオチドに特異的なオリゴヌクレオチドプローブと接触させる工程；ならびに
（ｃ）サンプル中の、オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズするＤＮＡ
配列を検出する工程。好ましくは、このオリゴヌクレオチドプローブは、配列番
号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜
９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１からなる群から選
択される配列を含むポリヌクレオチドの少なくとも約１５個の連続するヌクレオ
チドを含む。関連する局面において、上記のオリゴヌクレオチドプローブまたは
プライマーを含む診断キットが提供される。

【００１６】 なおさらなる局面において、患者における肺癌の処置のための方法が提供され
、この方法は、患者からＰＢＭＣを得る工程、ＰＢＭＣを本発明のポリペプチド
（もしくはこのようなポリペプチドをコードするポリヌクレオチド）とインキュ
ベートし、インキュベートされたＴ細胞を提供する工程、およびこのインキュベ
ートされたＴ細胞を患者に投与する工程、を含む。本発明においてさらに、抗原
提示細胞を本発明のポリペプチド（もしくはこのようなポリペプチドをコードす
るポリヌクレオチド）とインキュベートし、インキュベートされた抗原提示細胞
を提供する工程、およびこのインキュベートされた抗原提示細胞を患者に投与す
る工程、を含む、肺癌の処置のための方法を提供する。特定の実施態様において
、この抗原提示細胞は、樹状細胞およびマクロファージからなる群から選択され
る。本発明のポリペプチドまたはポリヌクレオチドとインキュベートされたＴ細
胞または抗原提示細胞を含む肺癌の処置のための組成物もまた提供される。本発
明のこれらおよび他の局面は、以下の詳細な記載を参考にすることで明らかであ
る。本明細書中に開示された全ての参考文献は、各々が個別に援用されるかのよ
うに、その全体において参考として援用される。

【００１７】 （配列識別子（ＳＥＱＵＥＮＣＥ ＩＤＥＮＴＩＦＩＥＲＳ）） 配列番号１は、Ｌ３６３Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号２は、Ｌ２６３Ｃ２．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号３は、Ｌ２６３Ｃ２ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号４は、Ｌ２６３Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号５は、Ｌ２６３Ｃ１ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号６は、Ｌ１６４Ｃ２．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号７は、Ｌ１６４Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号８は、Ｌ３６６Ｃ１ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号９は、Ｌ２６０Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１０は、Ｌ１６３Ｃ１ｃに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１１は、Ｌ１６３Ｃ１ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２は、Ｌ２５５Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号１３は、Ｌ２５５Ｃ１ｂに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４は、Ｌ３５５Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号１５は、Ｌ３６６Ｃ１．ｃｏｎｓに対して決定されたｃＤＮＡ配列であ
る。 配列番号１６は、Ｌ１６３Ｃ１ａに対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７は、ＬＴ８６−１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１８は、ＬＴ８６−２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１９は、ＬＴ８６−３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２０は、ＬＴ８６−４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２１は、ＬＴ８６−５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２２は、ＬＴ８６−６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２３は、ＬＴ８６−７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２４は、ＬＴ８６−８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２５は、ＬＴ８６−９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２６は、ＬＴ８６−１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２７は、ＬＴ８６−１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２８は、ＬＴ８６−１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号２９は、ＬＴ８６−１３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号３０は、ＬＴ８６−１４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号３１は、ＬＴ８６−１５に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号３２は、ＬＴ８６−１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３３は、ＬＴ８６−２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３４は、ＬＴ８６−３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３５は、ＬＴ８６−４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３６は、ＬＴ８６−５に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３７は、ＬＴ８６−６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３８は、ＬＴ８６−７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号３９は、ＬＴ８６−８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４０は、ＬＴ８６−９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４１は、ＬＴ８６−１０に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４２は、ＬＴ８６−１１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４３は、ＬＴ８６−１２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４４は、ＬＴ８６−１３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４５は、ＬＴ８６−１４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４６は、ＬＴ８６−１５に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号４７は、（ｄＴ）₁₂ＡＧプライマーである。 配列番号４８は、プライマーである。 配列番号４９は、Ｌ８６Ｓ−３に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５０は、Ｌ８６Ｓ−１２に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５１は、Ｌ８６Ｓ−１６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５２は、Ｌ８６Ｓ−２５に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５３は、Ｌ８６Ｓ−３６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５４は、Ｌ８６Ｓ−４０に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５５は、Ｌ８６Ｓ−４６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号５６は、Ｌ８６Ｓ−３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号５７は、Ｌ８６Ｓ−１２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号５８は、Ｌ８６Ｓ−１６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号５９は、Ｌ８６Ｓ−２５に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号６０は、Ｌ８６Ｓ−３６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号６１は、Ｌ８６Ｓ−４０に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号６２は、Ｌ８６Ｓ−４６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号６３は、Ｌ８６Ｓ−３０に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号６４は、Ｌ８６Ｓ−４１に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号６５は、ＬＴ８６−９の５’末端由来の推定アミノ酸配列である。 配列番号６６は、ＬＴ８６−４に対して決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号６７は、ＬＴ８６−４に対する推定伸長アミノ酸配列である。 配列番号６８は、ＬＴ８６−２０に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号６９は、ＬＴ８６−２１に対して決定された３’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号７０は、ＬＴ８６−２２に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号７１は、ＬＴ８６−２６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号７２は、ＬＴ８６−２７に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号７３は、ＬＴ８６−２０に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号７４は、ＬＴ８６−２１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号７５は、ＬＴ８６−２２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号７６は、ＬＴ８６−２６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号７７は、ＬＴ８６−２７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号７８は、Ｌ８６Ｓ−１２に対して決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号７９は、Ｌ８６Ｓ−３６に対して決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８０は、Ｌ８６Ｓ−４６に対して決定された伸長ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８１は、Ｌ８６Ｓ−１２に対する推定伸長アミノ酸配列である。 配列番号８２は、Ｌ８６Ｓ−３６に対する推定伸長アミノ酸配列である。 配列番号８３は、Ｌ８６Ｓ−４６に対する推定伸長アミノ酸配列である。 配列番号８４は、Ｌ８６Ｓ−６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８５は、Ｌ８６Ｓ−１１に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８６は、Ｌ８６Ｓ−１４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８７は、Ｌ８６Ｓ−２９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８８は、Ｌ８６Ｓ−３４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号８９は、Ｌ８６Ｓ−３９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号９０は、Ｌ８６Ｓ−４７に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号９１は、Ｌ８６Ｓ−４９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号９２は、Ｌ８６Ｓ−５１に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号９３は、Ｌ８６Ｓ−６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９４は、Ｌ８６Ｓ−１１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９５は、Ｌ８６Ｓ−１４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９６は、Ｌ８６Ｓ−２９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９７は、Ｌ８６Ｓ−３４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９８は、Ｌ８６Ｓ−３９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号９９は、Ｌ８６Ｓ−４７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１００は、Ｌ８６Ｓ−４９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１０１は、Ｌ８６Ｓ−５１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１０２は、ＳＬＴ−Ｔ１に対して決定されたＤＮＡ配列である。 配列番号１０３は、ＳＬＴ−Ｔ２に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０４は、ＳＬＴ−Ｔ３に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０５は、ＳＬＴ−Ｔ５に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０６は、ＳＬＴ−Ｔ７に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０７は、ＳＬＴ−Ｔ９に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０８は、ＳＬＴ−Ｔ１０に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１０９は、ＳＬＴ−Ｔ１１に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１１０は、ＳＬＴ−Ｔ１２に対して決定された５’ＤＮＡ配列である。 配列番号１１１は、ＳＬＴ−Ｔ１に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１１２は、ＳＬＴ−Ｔ２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１１３は、ＳＬＴ−Ｔ３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１１４は、ＳＬＴ−Ｔ１０に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１１５は、ＳＬＴ−Ｔ１２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１１６は、ＳＡＬＴ−Ｔ３に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１１７は、ＳＡＬＴ−Ｔ４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１１８は、ＳＡＬＴ−Ｔ７に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１１９は、ＳＡＬＴ−Ｔ８に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１２０は、ＳＡＬＴ−Ｔ９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１２１は、ＳＡＬＴ−Ｔ３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１２２は、ＳＡＬＴ−Ｔ４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１２３は、ＳＡＬＴ−Ｔ７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１２４は、ＳＡＬＴ−Ｔ８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１２５は、ＳＡＬＴ−Ｔ９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１２６は、ＰＳＬＴ−１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２７は、ＰＳＬＴ−２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２８は、ＰＳＬＴ−７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１２９は、ＰＳＬＴ−１３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３０は、ＰＳＬＴ−２７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３１は、ＰＳＬＴ−２８に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３２は、ＰＳＬＴ−３０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３３は、ＰＳＬＴ−４０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３４は、ＰＳＬＴ−６９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３５は、ＰＳＬＴ−７１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３６は、ＰＳＬＴ−７３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３７は、ＰＳＬＴ−７９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３８は、ＰＳＬＴ−０３に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１３９は、ＰＳＬＴ−０９に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４０は、ＰＳＬＴ−０１１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４１は、ＰＳＬＴ−０４１に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４２は、ＰＳＬＴ−６２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４３は、ＰＳＬＴ−６に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４４は、ＰＳＬＴ−３７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４５は、ＰＳＬＴ−７４に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４６は、ＰＳＬＴ−０１０に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４７は、ＰＳＬＴ−０１２に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４８は、ＰＳＬＴ−０３７に対して決定されたｃＤＮＡ配列である。 配列番号１４９は、ＳＡＬ−３に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５０は、ＳＡＬ−２４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５１は、ＳＡＬ−２５に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５２は、ＳＡＬ−３３に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５３は、ＳＡＬ−５０に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５４は、ＳＡＬ−５７に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５５は、ＳＡＬ−６６に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５６は、ＳＡＬ−８２に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５７は、ＳＡＬ−９９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１５８は、ＳＡＬ−１０４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１５９は、ＳＡＬ−１０９に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１６０は、ＳＡＬ−５に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６１は、ＳＡＬ−８に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６２は、ＳＡＬ−１２に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６３は、ＳＡＬ−１４に対して決定された５’ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６４は、ＳＡＬ−１６に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６５は、ＳＡＬ−２３に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６６は、ＳＡＬ−２６に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６７は、ＳＡＬ−２９に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６８は、ＳＡＬ−３２に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１６９は、ＳＡＬ−３９に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７０は、ＳＡＬ−４２に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７１は、ＳＡＬ−４３に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７２は、ＳＡＬ−４４に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７３は、ＳＡＬ−４８に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７４は、ＳＡＬ−６８に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７５は、ＳＡＬ−７２に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７６は、ＳＡＬ−７７に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７７は、ＳＡＬ−８６に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７８は、ＳＡＬ−８８に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１７９は、ＳＡＬ−９３に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である。 配列番号１８０は、ＳＡＬ−１００に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１８１は、ＳＡＬ−１０５に対して決定された５‘ｃＤＮＡ配列である
。 配列番号１８２は、ＳＡＬ−３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１８３は、ＳＡＬ−２４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１８４は、ＳＡＬ−２５に対する第１の推定アミノ酸配列である。 配列番号１８５は、ＳＡＬ−２５に対する第２の推定アミノ酸配列である。 配列番号１８６は、ＳＡＬ−３３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１８７は、ＳＡＬ−５０に対する第１の推定アミノ酸配列である。 配列番号１８８は、ＳＡＬ−５７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１８９は、ＳＡＬ−６６に対する第１の推定アミノ酸配列である。 配列番号１９０は、ＳＡＬ−６６に対する第２の推定アミノ酸配列である。 配列番号１９１は、ＳＡＬ−８２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９２は、ＳＡＬ−９９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９３は、ＳＡＬ−１０４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９４は、ＳＡＬ−５に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９５は、ＳＡＬ−８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９６は、ＳＡＬ−１２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９７は、ＳＡＬ−１４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９８は、ＳＡＬ−１６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号１９９は、ＳＡＬ−２３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２００は、ＳＡＬ−２６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０１は、ＳＡＬ−２９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０２は、ＳＡＬ−３２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０３は、ＳＡＬ−３９に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０４は、ＳＡＬ−４２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０５は、ＳＡＬ−４３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０６は、ＳＡＬ−４４に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０７は、ＳＡＬ−４８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０８は、ＳＡＬ−６８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２０９は、ＳＡＬ−７２に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１０は、ＳＡＬ−７７に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１１は、ＳＡＬ−８６に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１２は、ＳＡＬ−８８に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１３は、ＳＡＬ−９３に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１４は、ＳＡＬ−１００に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１５は、ＳＡＬ−１０５に対する推定アミノ酸配列である。 配列番号２１６は、ＳＡＬ−５０に対する第２の推定アミノ酸配列である。

【００１８】 （発明の詳細な説明） 上記のように、本発明は、一般的に、肺癌の治療のための組成物および方法に
関する。本明細書において記載される組成物は、ポリペプチド、融合タンパク質
およびポリヌクレオチドを含む。本発明にはまた、本発明のポリペプチドに対し
て結合する分子（例えば、その抗体またはフラグメント）も含まれる。このよう
な分子は、本明細書において「結合薬剤」と呼ばれる。

【００１９】 １つの実施態様において、本発明のポリペプチドは、ヒトの正常肺組織におい
てよりも肺腫瘍組織において、より高いレベルで発現されるタンパク質の少なく
とも一部を含む。好ましくは、このポリペプチドをコードするＲＮＡのレベルは
、腫瘍組織において少なくとも２倍高い。このようなポリペプチドは、配列番号
１〜１６に提供されるヌクレオチド配列およびそれらの改変体によってコードさ
れるポリペプチド（およびその免疫原性部分）を含むが、これらに限定されない
。

【００２０】 第２の実施態様において、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドを含むがこ
れに限定されない免疫原性の肺腫瘍タンパク質の少なくとも一部を含み、ここで
、この肺腫瘍タンパク質は、（ａ）配列番号１７〜３１、４９〜５５、６３、６
４、６６、６８〜７２、７８〜８０および８４〜９２に示されるヌクレオチド配
列、（ｂ）このヌクレオチド配列の相補体、ならびに（ｃ）このような配列の改
変体からなる群から選択される配列を含むポリヌクレオチドによりコードされる
アミノ酸配列を含む。

【００２１】 第３の実施態様において、本発明のポリペプチドは、ポリペプチドを含む肺腫
瘍タンパク質の少なくとも一部を含み、ここで、この肺腫瘍タンパク質は、（ａ
）配列番号１０２〜１１０、１１６〜１２０、および１２６〜１８１に示される
ヌクレオチド配列、（ｂ）このヌクレオチド配列の相補体、ならびに（ｃ）この
ような配列の改変体からなる群から選択される配列を含むポリヌクレオチドによ
りコードされるアミノ酸配列を含む。

【００２２】 本明細書において用いる場合、用語「ポリペプチド」は、完全長タンパク質を
含む、任意の長さのアミノ酸鎖を包含し、ここでこのアミノ酸残基は、ペプチド
共有結合により連結される。従って、上記の肺腫瘍タンパク質の１つの一部を含
むポリペプチドは、全くこの部分からなり得るか、またはこの部分は、さらなる
配列を含むより大きいポリペプチド内に存在し得る。このさらなる配列は、天然
のタンパク質に由来し得るか、または異種であり得、そしてこのような配列は（
そうである必要はないが）、免疫反応性および／または抗原性であり得る。以下
に詳しく述べたように、このようなポリペプチドは、肺腫瘍組織から単離され得
るか、または合成的手段または組み換え手段により調製され得る。

【００２３】 本明細書において用いる場合、肺腫瘍タンパク質の「免疫原性の部分」は、肺
癌に罹患した患者において免疫応答を誘発し得、そしてそれ自体、肺癌患者由来
の血清中に存在する抗体と結合する一部分である。このような免疫原性の部分は
、一般的に、少なくとも約５アミノ酸残基、より好ましくは少なくとも約１０ア
ミノ酸残基、そして最も好ましくは少なくとも約２０のアミノ酸残基を含む。本
明細書において記載されるタンパク質の免疫原性の部分は、抗体結合アッセイに
おいて同定され得る。このようなアッセイは、一般に、当業者に公知の任意の種
々の手段を用いて（例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ，Ａｎｔｉｂｏｄｉｅ
ｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａ
ｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ，Ｎ
Ｙ，１９８８に記載されているように）実施され得る。例えば、ポリペプチドは
、固体支持体上で（以下に記載のように）固定され得、そして患者の血清と接触
され、固定されたポリペプチドに対する血清中の抗体の結合が可能にされ得る。
次いで、未結合の血清は、取り除かれ、そして結合抗体は、例えば、¹²⁵Ｉ標識
プロテインＡを用いて検出され得る。あるいは、ポリペプチドは、肺癌患者の血
液または他の液体中のポリペプチドの検出において用いるためのモノクローナル
抗体およびポリクローナル抗体を産生するために用いられ得る。公知の配列の抗
原の免疫原性の部分を調製および同定するための方法は、当該分野において周知
であり、そしてＰａｕｌ、Ｆｕｎｄａｍｅｎｔａｌ Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｙ、第
３版、Ｒａｖｅｎ Ｐｒｅｓｓ、１９９３、２４３〜２４７頁に要約された方法
を含む。

【００２４】 本明細書において用いる場合、用語、「ポリヌクレオチド」は、デオキシリボ
ヌクレオチド塩基またはリボヌクレオチド塩基の一本鎖または二本鎖ポリマーを
意味し、そしてＤＮＡ分子および対応するＲＮＡ分子を含む。これには、ＨｎＲ
ＮＡ分子およびｍＲＮＡ分子、センス鎖およびアンチセンス鎖の両方を含み、そ
してｃＤＮＡ、ゲノムＤＮＡおよび組換えＤＮＡ、ならびに全合成ポリヌクレオ
チドまたは部分合成ポリヌクレオチドを含む。ＨｎＲＮＡ分子は、イントロンを
含み、そして一般に１対１の様式でＤＮＡ分子に対応する。ｍＲＮＡ分子は、イ
ントロンが切除されたＨｎＲＮＡ分子およびＤＮＡ分子に対応する。ポリヌクレ
オチドは、完全な遺伝子またはその任意の部分からなり得る。操作可能なアンチ
センスポリヌクレオチドは、対応するポリヌクレオチドのフラグメントを含み得
、従って、「ポリヌクレオチド」の定義には、このような操作可能なアンチセン
スフラグメントのすべてを含む。

【００２５】 本発明の組成物および方法はまた、上記のポリペプチドおよびポリヌクレオチ
ドの改変体を包含する。

【００２６】 本明細書において用いる場合、ポリペプチドの「改変体」は、このポリペプチ
ドの抗原性の特性が保持されるような保存的な置換および／または改変でのみ、
このポリペプチドと異なるポリペプチドである。好ましい実施態様において、改
変ポリペプチドは、同定された配列と、５アミノ酸以下の置換、欠失または付加
だけ異なる。このような改変体は、一般に、上記のポリペプチド配列の１つの改
変により、および例えば、本明細書において記載される代表的な手順を用いて、
改変されたポリペプチドの抗原性特性を評価することにより同定され得る。ポリ
ペプチド改変体は、好ましくは、同定されたポリペプチドに対して、少なくとも
約７０％、より好ましくは少なくとも約９０％、そして最も好ましくは少なくと
も約９５％の同一性（以下で記載されたように決定された）を示す。

【００２７】 本明細書において用いる場合、「保存的置換」は、アミノ酸が類似の特性を有
する別のアミノ酸へと置換されるものであり、この結果、ペプチド化学の当業者
は、実質的に変化されないポリペプチドの二次構造および疎水性親水性指標（ｈ
ｙｄｒｏｐａｔｈｉｃ）の特徴を予想する。一般に、アミノ酸の以下の群は保存
的変換を表す：（１）ａｌａ、ｐｒｏ、ｇｌｙ、ｇｌｕ、ａｓｐ、ｇｌｎ、ａｓ
ｎ、ｓｅｒ、ｔｈｒ；（２）ｃｙｓ、ｓｅｒ、ｔｙｒ、ｔｈｒ；（３）ｖａｌ、
ｉｌｅ、ｌｅｕ、ｍｅｔ、ａｌａ、ｐｈｅ；（４）ｌｙｓ、ａｒｇ、ｈｉｓ；お
よび（５）ｐｈｅ、ｔｙｒ、ｔｒｐ、ｈｉｓ。

【００２８】 改変体はまた（あるいは）、他の改変を含み得、これは、ポリペプチドの抗原
性特性、二次構造および疎水性親水性指標の特徴への影響を最小限しか有さない
アミノ酸の欠失または付加を含む。例えば、ポリペプチドは、タンパク質の転移
を翻訳同時的にまたは翻訳後的に指向するタンパク質のＮ末端のシグナル（また
はリーダー）配列に結合され得る。このポリペプチドはまた、ポリペプチド（例
えばポリ−Ｈｉｓ）の合成、精製または同定を容易にするために、または固体支
持体へのポリペプチドの結合を増強するために、リンカーまたは他の配列に結合
され得る。例えば、ポリペプチドは、免疫グロブリンＦｃ領域に結合され得る。

【００２９】 ヌクレオチド「改変体」は、１つ以上のヌクレオチドの欠失、置換または付加
を有するという点で挙げられたヌクレオチド配列と異なる配列である。このよう
な改変は、標準的な変異誘発技術（例えば、Ａｄｅｌｍａｎら（ＤＮＡ、２：１
８３、１９８３）に教示されるような、オリゴヌクレオチド指向性部位特異的変
異誘発（ｏｌｉｇｏｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ−ｄｉｒｅｃｔｅｄ ｓｉｔｅ−ｓｐ
ｅｃｉｆｉｃ ｍｕｔａｇｅｎｅｓｉｓ））を用いて容易に導入され得る。ヌク
レオチド改変体は、天然に存在する対立遺伝子改変体、または天然に存在しない
改変体であり得る。改変体のヌクレオチド配列は、好ましくは、挙げられた配列
に対して、少なくとも約７０％、より好ましくは少なくとも約８０％、そして最
も好ましくは少なくとも約９０％の同一性（以下で記載されたように決定された
）を示す。

【００３０】 本発明によって提供される肺腫瘍抗原は、本明細書において具体的に挙げられ
た１つ以上のＤＮＡ配列に対して実質的に相同であるＤＮＡ配列によってコード
される改変体を含む。本明細書において用いる場合、「実質的な相同性」は、中
程度にストリンジェントな条件下でハイブリダイズし得るＤＮＡ配列をいう。適
切な中程度にストリンジェントな条件としては、以下が挙げられる：５×ＳＳＣ
、０．５％ＳＤＳ、１．０ｍＭ ＥＤＴＡ（ｐＨ８．０）の溶液中での事前洗浄
；５０℃〜６５℃、５×ＳＳＣでの、終夜ハイブリダイゼーション（または、種
交差相同性の場合は、４５℃で０．５×ＳＳＣを用いる）；続いて０．１％ＳＤ
Ｓ含有の２×、０．５×および０．２×ＳＳＣのそれぞれを用いた２０分間、６
５℃での２回の洗浄。このようなハイブリダイズするＤＮＡ配列はまた、本発明
の範囲内である。なぜなら、ヌクレオチド配列は（コードの縮重に起因して）、
ハイブリダイズするＤＮＡ配列によりコードされる免疫原性ポリペプチドをコー
ドするからである。

【００３１】 ２つのヌクレオチド配列またはポリペプチド配列は、２つの配列におけるヌク
レオチドの配列またはアミノ酸残基が、以下に記載のように最大一致について整
列されたとき、同じである場合に、「同一な」といわれる。２つの配列の間の比
較は、代表的には、配列類似性の局所領域を確認および比較するための比較ウイ
ンドウにわたって配列を比較することにより実行され得る。本明細書において用
いる場合、「比較ウインドウ」は、少なくとも約２０の連続位置、通常３０〜約
７５、４０〜約５０のセグメントをいい、ここで配列は、２つの配列が最適に整
列された後、同じ数の連続位置の参照配列と比較され得る。

【００３２】 比較のための配列の最適整列は、デフォルトパラメーターを用いて、バイオイ
ンフォーマティクスのソフトウエア（ＤＮＡＳＴＡＲ、Ｉｎｃ．，Ｍａｄｉｓｏ
ｎ，ＷＩ）のＬａｓｅｒｇｅｎｅ ｓｕｉｔｅにおけるＭｅｇａｌｉｇｎプログ
ラムを用いて行われ得る。このプログラムは、以下の参考文献において記載され
たいくつかの整列スキームを統合する：Ｄａｙｈｏｆｆ、Ｍ．Ｏ．（１９７８）
（Ａ ｍｏｄｅｌ ｏｆ ｅｖｏｌｕｔｉｏｎａｒｙ ｃｈａｎｇｅ ｉｎ ｐ
ｒｏｔｅｉｎｓ−Ｍａｔｒｉｃｓ ｆｏｒ ｄｅｔｅｃｔｉｎｇ ｄｉｓｔａｎ
ｔ ｒｅｌａｔｉｏｎｓｈｉｐ）、Ｄａｙｈｏｆｆ、Ｍ．Ｏ．（編）Ａｔｌａｓ
ｏｆ Ｐｒｏｔｅｉｎ Ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｎｄ Ｓｔｒｕｃｔｕｒｅ、Ｎ
ａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｍｅｄｉｃａｌ Ｒｅｓｅａｒｃｈ Ｆｏｕｎｄａｔｉ
ｏｎ、Ｗａｓｈｉｎｇｔｏｎ ＤＣ、第５巻、補遺３、３４５〜３５８頁；Ｈｅ
ｉｎ Ｊ．（１９９０）Ｕｎｉｆｉｅｄ Ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ Ａｌｉｇｎ
ｍｅｎｔ ａｎｄ Ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｓ ６２６〜６４５頁 Ｍｅｔｈｏｄｓ
ｉｎ Ｅｎｚｙｍｏｌｏｇｙ １８３巻、Ａｃａｄｅｍｉｃ Ｐｒｅｓｓ、Ｉ
ｎｃ．，Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＣＡ；Ｈｉｇｇｉｎｓ、Ｄ．Ｇ．およびＳｈａｒ
ｐ、Ｐ．Ｍ．（１９８９）Ｆａｓｔ ａｎｄ ｓｅｎｓｉｔｉｖｅ ｍｕｌｔｉ
ｐｌｅ ｓｅｑｕｅｎｃｅ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ ｏｎ ａ ｍｉｃｒｏｃｏ
ｍｐｕｔｅｒ ＣＡＢＩＯＳ ５：１５１〜１５３；Ｍｙｅｒｓ，Ｅ．Ｗ．およ
びＭｕｌｌｅｒ Ｗ．（１９８８）Ｏｐｔｉｍａｌ ａｌｉｇｎｍｅｎｔｓ ｉ
ｎ ｌｉｎｅａｒ ｓｐａｃｅ ＣＡＢＩＯＳ ４：１１〜１７；Ｒｏｂｉｎｓ
ｏｎ、Ｅ．Ｄ．（１９７１）Ｃｏｍｂ．Ｔｈｅｏｒ １１：１０５；Ｓａｎｔｏ
ｕ、Ｎ．Ｎｅｓ、Ｍ．（１９８７）Ｔｈｅ ｎｅｉｇｈｂｏｒ ｊｏｉｎｉｎｇ
ｍｅｔｈｏｄ．Ａ ｎｅｗ ｍｅｔｈｏｄ ｆｏｒ ｒｅｃｏｎｓｔｒｕｃｔ
ｉｎｇ ｐｈｙｌｏｇｅｎｅｔｉｃ ｔｒｅｅｓ Ｍｏｌ．Ｂｉｏｌ．Ｅｖｏｌ
．４：４０６〜４２５；Ｓｎｅａｔｈ，Ｐ．Ｈ．Ａ．およびＳｏｋａｌ、Ｒ．Ｒ
．（１９７３）Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎｏｍｙ−ｔｈｅ Ｐｒｉｎｃｉ
ｐｌｅｓ ａｎｄ Ｐｒａｃｔｉｃｅ ｏｆ Ｎｕｍｅｒｉｃａｌ Ｔａｘｏｎ
ｏｍｙ、Ｆｒｅｅｍａｎ Ｐｒｅｓｓ、Ｓａｎ Ｆｒａｎｃｉｓｃｏ、ＣＡ；Ｗ
ｉｌｂｕｒ、Ｗ．Ｊ．ａｎｄ Ｌｉｐｍａｎ，Ｄ．Ｊ．（１９８３）Ｒａｐｉｄ
ｓｉｍｉｌａｒｉｔｙ ｓｅａｒｃｈｅｓ ｏｆ ｎｕｃｌｅｉｃ ａｃｉｄ
ａｎｄ ｐｒｏｔｅｉｎ ｄａｔａ ｂａｎｋｓ Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃ
ａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８０：７２６〜７３０。

【００３３】 好ましくは、「配列同一性のパーセンテージ」は、少なくとも２０の位置の比
較ウインドウにわたって２つの最適に整列した配列を比較することにより決定さ
れる。ここで、比較ウインドウにおけるポリヌクレオチド配列の部分は、２つの
配列の最適整列について参照配列（付加または欠失を含まない）と比較した場合
、２０％以下、通常、５〜１５％、または１０〜１２％の付加または欠失（すな
わち、ギャップ）を含み得る。このパーセンテージは、適合した位置の数を算出
するために、同一の核酸塩基またはアミノ酸残基が両方の配列に存在する位置の
数を決定すること、適合する位置の数を参照配列の位置の総数（すなわち、ウイ
ンドウのサイズ）で割ること、そして配列同一性のパーセンテージを算出するた
めに得られた結果を１００倍することにより算出される。

【００３４】 本発明の肺腫瘍ポリペプチド、およびこのようなポリペプチドをコードするポ
リヌクレオチドは、当該分野で周知の任意の種々の方法を用いて肺腫瘍組織から
単離され得る。例えば、肺腫瘍組織において優先的に発現されるポリペプチドを
コードするｃＤＮＡ分子は、ディファレンシャルディスプレイＰＣＲを用いて、
対応するｍＲＮＡの肺腫瘍特異的発現に基づいてクローン化され得る。この技術
は、正常な肺組織および肺腫瘍組織から調製されたＲＮＡテンプレート由来の増
幅産物を比較する。ｃＤＮＡは、（ｄＴ）₁₂ＡＧプライマーを用いるＲＮＡの逆
転写により調製され得る。ランダムプライマーを用いるｃＤＮＡの増幅後、腫瘍
ＲＮＡに特異的な増幅産物に対応するバンドは、銀染色したゲルから切り出され
、そして適切なベクターにサブクローニングされ得る。この手順を用いて単離さ
れ得るｃＤＮＡ配列の例はとしては、配列番号１〜１６において与えられる配列
が挙げられる。

【００３５】 免疫原性の肺腫瘍ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子は、以下の実施例２
に詳細に記載されるように、腫瘍サンプルとして同じ患者に由来する血清を用い
て、肺腫瘍サンプルから調製されたｃＤＮＡ発現ライブラリーをスクリーニング
することにより調製され得る。この手順を用いて単離され得るｃＤＮＡ配列の例
としては、配列番号１７〜３１で提供される配列が挙げられる。肺腫瘍ポリペプ
チドをコードするさらなるｃＤＮＡ分子は、実施例３で以下に記載されるように
、マウスの抗肺腫瘍血清を用いてこのようなｃＤＮＡ発現ライブラリーをスクリ
ーニングすることにより獲得され得る。このように、単離され得るｃＤＮＡ配列
の例は、配列番号４９〜５５、６３、６４および１２６〜１４８に提供される。
肺腫瘍抗原をコードするｃＤＮＡ配列もまた、実施例４において以下に記載され
るように、マウスの抗腫瘍血清を用いて、ＳＣＩＤマウスから調製された肺腫瘍
ｃＤＮＡライブラリーをスクリーニングすることにより単離され得る。この技術
を用いて単離され得るｃＤＮＡ配列の例は、配列番号１４９〜１８１に提供され
る。

【００３６】 本明細書において記載されるポリペプチドをコードする遺伝子（またはその一
部分）は、ポリメラーゼ連鎖反応を介して、選択的に、ヒトのゲノムｃＤＮＡか
ら、または肺腫瘍ｃＤＮＡから増幅され得る。このアプローチのために、配列特
異的プライマーが、本明細書において提供されるヌクレオチド配列に基づいて設
計され、そして購入または合成され得る。次いで、特定のヌクレオチド配列の増
幅された一部分が用いられ、Ｓａｍｂｒｏｏｋら、Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃｌｏ
ｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ
Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒ
ｂｏｒ、ＮＹ（１９８９）に記載されている技術のような、周知の技術を用いて
、ヒトゲノムＤＮＡライブラリーから、または肺腫瘍ｃＤＮＡライブラリーから
完全長遺伝子を単離し得る。

【００３７】 ポリペプチドをコードするＤＮＡ配列が一旦得られれば、このポリペプチドは
、ＤＮＡ配列を発現ベクターに挿入すること、および適切な宿主においてこのポ
リペプチドを発現させることにより組換え的に産生され得る。当業者に公知の任
意の種々の発現ベクターが用いられ、本発明の組換えポリペプチドを発現し得る
。発現は、組換えポリペプチドをコードするポリヌクレオチドを含む発現ベクタ
ーで形質転換またはトランスフェクトされた任意の適切な宿主細胞において達成
され得る。適切な宿主細胞としては、原核生物細胞、酵母細胞およびより高度な
真核生物細胞が挙げられる。好ましくは、用いられる宿主細胞は、Ｅ．ｃｏｌｉ
、酵母または哺乳動物の細胞株（例えば、ＣＯＳ細胞またはＣＨＯ細胞）である
。この方式で発現されるＤＮＡ配列は、天然に存在するポリペプチド、天然に存
在するポリペプチドの部分、またはそれらの他の改変体をコードし得る。組換え
ポリペプチドを分泌する適切な宿主／ベクター系由来の上清は、最初、市販のフ
ィルターを用いて濃縮され得る。次いで、この濃縮物は、アフィニティーマトリ
ックスまたはイオン交換樹脂のような適切な精製マトリックスに供され得る。最
後に、１回以上の逆相ＨＰＬＣの工程が用いられ、組換えポリペプチドは、さら
に精製され得る。

【００３８】 このような技術はまた、天然のポリペプチドの部分または改変体を含むポリペ
プチドを調製するために用いられ得る。約１００アミノ酸より少ない、そして一
般的には、約５０アミノ酸より少ないアミノ酸を有する部分および他の改変体は
、当業者に周知の技術を用いて産生され得る。例えば、このようなポリペプチド
は、アミノ酸が連続的に添加され、アミノ酸鎖が成長する、メリフィールド固相
合成法のような任意の市販の固相技術を用いて合成され得る（例えば、Ｍｅｒｒ
ｉｆｉｅｌｄ、Ｊ．Ａｍ．Ｃｈｅｍ．Ｓｏｃ．８５：２１４９−２１４６，１９
６３を参照のこと）。ポリペプチドの自動合成のための装置は、Ｐｅｒｋｉｎ
Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ ＢｉｏＳｙｓｔｅｍｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ（Ｆｏ
ｓｔｅｒ Ｃｉｔｙ、ＣＡ）のような供給業者から市販されており、そして製造
業者の指示に従って操作され得る。

【００３９】 一般に、調製の方法に関わらず、本明細書中に開示されるポリペプチドは、単
離され、実質的に純粋な形態で調製される（すなわち、このポリペプチドは、ア
ミノ酸組成および１次配列分析により決定されたように均一である）。好ましく
は、このポリペプチドは、少なくとも約９０％純粋、より好ましくは、少なくと
も約９５％純粋、そして最も好ましくは、少なくとも約９９％純粋である。特定
の好ましい実施態様において、以下により詳細に記載されるように、実質的に純
粋なポリペプチドが、本明細書中に開示される１つ以上の方法における使用のた
めの薬学的組成物またはワクチンに混合される。

【００４０】 関連の局面において、本発明は、第１および第２の発明のポリペプチドを含む
融合タンパク質、あるいは、本発明のポリペプチドおよび公知の肺腫瘍抗原を含
む融合タンパク質を、このような融合タンパク質の改変体とともに提供する。本
発明の融合タンパク質は、第１のポリペプチドと第２のポリペプチドとの間にリ
ンカーペプチドを含み得るが、含む必要はない。

【００４１】 本発明の融合タンパク質をコードするＤＮＡ配列は、公知の組換えＤＮＡ技術
を使用して、第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドをコードする別々の
ＤＮＡ配列を、適切な発現ベクターに集合するように構築される。第１のポリペ
プチドをコードするＤＮＡ配列の３’末端は、ペプチドリンカーを用いて、また
はペプチドリンカー用いずに、第２のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５
’末端に連結される。その結果、この配列のリーディングフレームは、この２つ
のＤＮＡ配列のｍＲＮＡが、第１のポリペプチドおよび第２のポリペプチドの両
方の生物学的活性を保持する単一の融合タンパク質に翻訳されることを可能にす
る位相にある。

【００４２】 ペプチドリンカー配列が使用されて、各ポリペプチドが、その２次構造および
３次構造へと折り畳むのを確実にするのに十分な距離で、第１のポリペプチドお
よび第２のポリペプチドを分離し得る。このようなペプチドリンカーは、当該分
野で周知の標準技術を使用して、この融合タンパク質に組み込まれる。適切なペ
プチドリンカー配列は、以下の要素に基づいて選択され得る：（１）可撓性で伸
長される高次構造を採るその能力；（２）第１のポリペプチドおよび第２のポリ
ペプチド上の機能的エピトープと相互作用し得る２次構造を採らないその能力；
および（３）このポリペプチドの機能的エピトープと反応し得る疎水性残基また
は荷電残基の欠失。好ましいエピトープリンカー配列は、Ｇｌｙ、Ａｓｎおよび
Ｓｅｒ残基を含む。他の、ほぼ中性のアミノ酸（例えば、ＴｈｒおよびＡｌａ）
もまた、このリンカー配列に使用され得る。リンカーとして有用に使用され得る
アミノ酸配列は、Ｍａｒａｔｅａら、Ｇｅｎｅ ４０：３９〜４６、１９８５；
Ｍｕｒｐｈｙら、Ｐｒｏｃ．Ｎａｔｌ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．ＵＳＡ ８３：８２
５８〜８２６２、１９８６；米国特許第４，９３５，２３３号および同第４，７
５１，１８０号に開示されるものを含む。このリンカー配列は、長さが１〜約５
０のアミノ酸であり得る。ペプチド配列は、第１のポリペプチドおよび第２のポ
リペプチドが、機能ドメインの分離および立体阻害の防止のために使用され得る
必須でないＮ末端アミノ酸領域を有する場合には、必要でない。

【００４３】 連結されたＤＮＡ配列は、適切な転写調節エレメントまたは翻訳調節エレメン
トに、作動可能に連結される。ＤＮＡの発現の原因となる調節エレメントは、第
１のポリペプチドをコードするＤＮＡ配列の５’側にのみ位置する。同様に、翻
訳を終止するために必要な終止コドンおよび転写終結シグナルは、第２のポリペ
プチドをコードするＤＮＡ配列の３’側にのみ存在する。

【００４４】 本発明のポリペプチドを、非関連免疫原性タンパク質とともに含む融合タンパ
ク質もまた提供される。好ましくは、この免疫原性タンパク質は、リコール（ｒ
ｅｃａｌｌ）応答を惹起し得る。このようなタンパク質の例は、破傷風タンパク
質、結核タンパク質および肝炎タンパク質（例えば、Ｓｔｏｕｔｅら、Ｎｅｗ
Ｅｎｇｌ．Ｊ．Ｍｅｄ．、３３６：８６〜９１（１９９７）を参照のこと）。

【００４５】 肺腫瘍タンパク質の免疫原性部分を含むポリペプチドは、一般に、肺癌の治療
のために使用され得、このポリペプチドは、肺腫瘍細胞に対する患者自身の免疫
応答を刺激する。従って、本発明は、患者の肺癌の免疫治療のために、本明細書
中に記載される１つ以上の化合物（これはポリペプチド、ポリヌクレオチド、ま
たは融合タンパク質であり得る）を使用する方法を提供する。本明細書中で使用
される場合、「患者」とは、任意の温血動物、好ましくはヒトをいう。患者は、
疾患に冒されていてもよいし、または検出可能な疾患がなくてもよい。従って、
本明細書中に開示される化合物は、肺癌を処置するため、または肺癌の発生を阻
害するために使用され得る。好ましい実施態様において、この化合物は、原発性
腫瘍の外科的除去ならびに／または放射線治療および従来の化学治療薬物の投与
による処置の前、または後のいずれかに投与される。

【００４６】 これらの局面において、本発明のポリペプチドは、一般に、薬学的組成物また
はワクチンの中に存在する。薬学的組成物は、１つ以上のポリペプチドを含み得
、それらの各々は、１つ以上の上記の配列（またはその改変体）および生理学的
に受容可能なキャリアを含み得る。ワクチンは、１つ以上のこのようなポリペプ
チドおよび免疫応答エンハンサー（例えば、アジュバント、生分解性微粒子（例
えば、ポリ乳酸ガラクチド（ｐｏｌｙｌａｃｔｉｃ ｇａｌａｃｔｉｄｅ））、
またはリポソーム（このポリペプチドが組み込まれる））を含み得る。薬学的組
成物およびワクチンはまた、肺腫瘍抗原の他のエピトープを含み得、このエピト
ープは、上記の融合タンパク質に組み込まれる（すなわち、複数のエピトープを
含む単一のポリペプチド）か、または別のポリペプチド中に存在するかのいずれ
かである。

【００４７】 あるいは、薬学的組成物またはワクチンは、１つ以上の上記のポリペプチドお
よび／または融合タンパク質をコードするＤＮＡを、このポリペプチドがインサ
イチュで産生されるように、含み得る。このような薬学的組成物およびワクチン
において、このＤＮＡは、当業者に公知である任意の種々の送達系（核酸発現系
、細菌発現系、およびウイルス発現系を含む）中に存在し得る。適切な核酸発現
系は、患者における発現に必要なＤＮＡ配列（例えば、適切なプロモーター）を
含む。細菌送達系は、その細胞表面上で肺細胞抗原のエピトープを発現する細菌
（例えば、Ｂａｃｉｌｌｕｓ−Ｃａｌｍｅｔｔｅ−Ｇｕｅｒｒｉｎ）の投与を含
む。好ましい実施態様において、このＤＮＡは、ウイルス発現系（例えば、ワク
シニアまたは他のポックスウイルス、レトロウイルス、あるいはアデノウイルス
）を使用して導入され得、このウイルス発現系は、非病原性（欠損）の、複製コ
ンピテントウイルスの使用を含み得る。適切な系は、例えば、Ｆｉｓｃｈｅｒ−
Ｈｏｃｈら、ＰＮＡＳ ８６：３１７〜３２１、１９８９；Ｆｌｅｘｎｅｒら、
Ａｎｎ．Ｎ．Ｙ．Ａｃａｄ．Ｓｃｉ．５６９：８６〜１０３、１９８９；Ｆｌｅ
ｘｎｅｒら、Ｖａｃｃｉｎｅ ８：１７〜２１、１９９０；米国特許第４，６０
３，１１２号、同第４，７６９，３３０号、および同第５，０１７，４８７号；
ＷＯ ８９／０１９７３；米国特許第４，７７７，１２７号、ＧＢ２，２００，
６５１号；ＥＰ ０，３４５，２４２；ＷＯ ９１／０２８０５；Ｂｅｒｋｎｅ
ｒ、Ｂｉｏｔｅｃｈｎｉｑｕｅｓ ６：６１６〜６２７、１９８８；Ｒｏｓｅｎ
ｆｅｌｄら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５２：４３１〜４３４、１９９１；Ｋｏｌｌｓ
ら、ＰＮＡＳ ９１：２１５〜２１９、１９９４；Ｋａｓｓ−Ｅｉｓｌｅｒら、
ＰＮＡＳ ９０：１１４９８〜１１５０２、１９９３；Ｇｕｚｍａｎら、Ｃｉｒ
ｃｕｌａｔｉｏｎ ８８：２８３８〜２８４８、１９９３；ならびにＧｕｚｍａ
ｎら、Ｃｉｒ．Ｒｅｓ．７３：１２０２〜１２０７、１９９３に開示される。こ
のような発現系にＤＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。このＤＮＡは
また、例えば、公開されたＰＣＴ出願ＷＯ ９０／１１０９２、およびＵｌｍｅ
ｒら、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１７４５〜１７４９、１９９３に記載され、Ｃ
ｏｈｅｎ、Ｓｃｉｅｎｃｅ ２５９：１６９１〜１６９２、１９９３に評論され
たように、「裸」であり得る。裸のＤＮＡの取り込みは、細胞に効率的に輸送さ
れる、生分解性ビーズ上にこのＤＮＡをコートすることにより増加され得る。

【００４８】 投与の経路および頻度、ならびに用量は、個体により変化し、そして他の疾患
の免疫治療において現在使用されているものに対応し得る。一般に、薬学的組成
物およびワクチンは、注射により（例えば、皮内、筋肉内、静脈内、または皮下
）、経鼻的に（例えば、吸入）、または経口的に投与され得る。１〜１０の間の
用量が、３〜２４週間にわたって投与され得る。好ましくは、３ヶ月の間隔で、
４用量が投与され、追加投与がその後、定期的になされ得る。代替的プロトコル
が、個々の患者に適切であり得る。適切な用量は、処置される患者における肺腫
瘍細胞に対して、免疫応答（細胞性、および／または体液性）を惹起するのに有
効である、ポリペプチドまたはＤＮＡの量である。適切な免疫応答は、基底（す
なわち、未処置）レベルより少なくとも１０〜５０％上である。一般に、１用量
中に存在する（または１用量中のＤＮＡによりインサイチュで生成される）ポリ
ペプチドの量は、宿主１ｋｇ当たり約１ｐｇ〜約１００ｍｇ、代表的には約１０
ｐｇ〜約１ｍｇ、および好ましくは、約１００ｐｇ〜約１μｇの範囲である。適
切な用量サイズは、患者の大きさにより変化するが、代表的には、約０．０１ｍ
Ｌ〜約５ｍＬの範囲である。

【００４９】 当業者に公知の任意の適切なキャリアが、本発明の薬学的組成物において使用
され得るが、キャリアの型は、投与の様式に依存して変化する。非経口投与（例
えば、皮下注射）のために、キャリアは、好ましくは、水、生理食塩水、アルコ
ール、脂質、ワックスおよび／または緩衝液を含む。経口投与のために、上記の
キャリアのいずれか、または固体キャリア（例えば、マンニトール、ラクトース
、デンプン、ステアリン酸マグネシウム、サッカリンナトリウム、タルカム、セ
ルロース、グルコース、ショ糖、および／または炭酸マグネシウム）が使用され
得る。生分解性微粒子（例えば、ポリ乳酸グリコリド）もまた、本発明の薬学的
組成物のためのキャリアとして使用され得る。適切な生分解性微粒子は、例えば
、米国特許第４，８９７，２６８号および同第５，０７５，１０９号に開示され
る。

【００５０】 任意の種々の免疫応答エンハンサーが、本発明のワクチンにおいて使用され得
る。例えば、アジュバントが含まれ得る。ほとんどのアジュバントは、抗原を迅
速な代謝から保護するように設計された物質（例えば、水酸化アルミニウムまた
は鉱油）および免疫応答の非特異的刺激物（例えば、脂質Ａ、Ｂｏｒｄｅｌｌａ
ｐｅｒｔｕｓｓｉｓまたはＭｙｃｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ ｔｕｂｅｒｃｕｌｏ
ｓｉｓ）を含む。このようなアジュバントは、例えば、フロイント不完全アジュ
バントおよびフロイント完全アジュバント（Ｄｉｆｃｏ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉ
ｅｓ、Ｄｅｔｒｏｉｔ、ＭＩ）ならびにメルクアジュバント６５（Ｍｅｒｃｋ
ａｎｄ Ｃｏｍｐａｎｙ、Ｉｎｃ．、Ｒａｈｗａｙ、ＮＪ）として市販されてい
る。

【００５１】 特定の実施態様において、本発明のポリヌクレオチドが処方されて、哺乳動物
（好ましくは、ヒト）の細胞への侵入、およびそこでの発現を可能にし得る。こ
のような処方物は、治療目的に特に有用である。当業者は、標的細胞におけるポ
リヌクレオチドの発現を達成するための多くの方法が存在し、そして任意の適切
な方法が使用され得ることを理解する。例えば、ポリヌクレオチドは、ウイルス
ベクター（例えば、アデノウイルス、アデノ随伴ウイルス、レトロウイルス、あ
るいはワクシニアまたは他のポックスウイルス（例えば、トリポックスウイルス
）を含むが、これらに限定されない）に組み込まれ得る。このようなベクターに
ＤＮＡを組み込む技術は、当業者に周知である。レトロウイルスベクターは、さ
らに、標的化部分（例えば、特定の標的細胞上のレセプターについてのリガンド
をコードする遺伝子）を転移または組み込み、ベクターを標的特異的にし得る。
標的化はまた、当業者に公知の方法により、抗原を使用して達成され得る。

【００５２】 本明細書中に開示されるポリペプチドはまた、癌の処置のための養子免疫療法
に使用され得る。養子免疫療法は、能動免疫療法かまたは受身免疫療法のいずれ
かに広く分類され得る。能動免疫療法において、処置は、免疫応答改変剤（ｍｏ
ｄｉｆｙｉｎｇ ａｇｅｎｔｓ）（例えば、腫瘍ワクチン、細菌性アジュバント
、および／またはサイトカイン）の投与による、腫瘍に対して反応するための内
因性宿主免疫系のインビボでの刺激に依存する。

【００５３】 受身免疫応答において、処置は、確立された腫瘍免疫反応性を有する生物学的
試薬（例えば、エフェクター細胞または抗体）の送達を含む。この試薬は、抗腫
瘍効果を直接かまたは間接的に媒介し、そして、必ずしもインタクトな宿主免疫
系に依存しない。エフェクター細胞の例は、Ｔリンパ球（例えば、ＣＤ＋８細胞
傷害性Ｔリンパ球、ＣＤ４＋Ｔヘルパー、腫瘍浸潤リンパ球）、キラー細胞（ナ
チュラルキラー細胞、リンホカイン活性化キラー細胞）、Ｂ細胞、または開示さ
れる抗原を発現する抗原提示細胞（例えば、樹状細胞およびマクロファージ）。
本明細書中に開示されるポリペプチドはまた、受身免疫治療のために、抗体また
は抗イディオタイプ抗体（米国特許第４，９１８，１６４号のような）を生成す
るために使用され得る。

【００５４】 養子免疫治療のために十分な数のＴ細胞を獲得する有力な方法は、インビトロ
で免疫Ｔ細胞を増殖させることである。単一の抗原特異的Ｔ細胞を、インビボで
抗原認識を保持して何十億にまで増殖させる培養条件は、当該分野で周知である
。これらのインビトロ培養条件は、代表的に、しばしばサイトカインの存在下で
、抗原（例えば、ＩＬ−２）および***していないフィーダー細胞による断続刺
激を使用する。上記のように、本明細書中に記載の免疫反応性ポリペプチドは、
免疫治療のために十分な数の細胞を生成する目的で、抗原特異的Ｔ細胞を迅速に
増殖させるために使用され得る。特に、抗原提示細胞（例えば、樹状細胞、マク
ロファージ細胞、またはＢ細胞）は、当該分野で周知の標準的技術を使用して、
免疫反応性ポリペプチドでパルスされ得るか、またはポリヌクレオチド配列でト
ランスフェクトされ得る。治療に有効な培養Ｔ細胞に関して、培養Ｔ細胞は、イ
ンビボで増殖、および広く一様に分布し得、そして長期間生存し得なければなら
ない。培養Ｔ細胞が、ＩＬ−２を補完された抗原での反復刺激により、インビボ
で増殖し、そして実質的な数で長期間生存するように誘導され得ることが、研究
により示されている（例えば、Ｃｈｅｅｖｅｒら、同節を参照のこと）。

【００５５】 本明細書に開示されるポリペプチドはまた、腫瘍反応性Ｔ細胞を生成および／
または単離するために使用され得、このＴ細胞は、次いで、患者に投与され得る
。１つの技術において、抗原特異的Ｔ細胞株は、開示されたポリペプチドの免疫
原性部分に対応する短いペプチドでインビボ免疫により生成され得る。生じた抗
原特異的ＣＤ８＋ ＣＴＬクローンは、患者から単離され、標準的組織培養技術
を使用して増殖され、そして患者に戻され得る。

【００５６】 あるいは、ポリペプチドの免疫原性部分に対応するペプチドは、選択的なイン
ビトロ刺激および自己由来のＴ細胞の増殖により腫瘍反応性Ｔ細胞のサブセット
を生成し、抗原特異的Ｔ細胞を提供するために使用され得、続いて、この抗原特
異的Ｔ細胞は、例えば、Ｃｈａｎｇら（Ｃｒｉｔ．Ｒｅｖ．Ｏｎｃｏｌ．Ｈｅｍ
ａｔｏｌ．、２２（３）、２１３、１９９６）により記載されるように、患者に
移入され得る。

【００５７】 別の実施態様において、同系すなわち自己由来の樹状細胞は、本明細中に開示
されたポリペプチドの少なくとも免疫原性部分に対応するペプチドでパルスされ
得る。生じた抗原特異的樹状細胞は、患者に移入され得るか、またはＴ細胞を刺
激して、次に患者に投与され得る抗原特異的Ｔ細胞を提供するために使用され得
るかのいずれかである。抗原特異的Ｔ細胞を生成するためのペプチドでパルスさ
れた樹状細胞の使用、およびマウスのモデルにおいて、腫瘍を根絶するためのこ
のような抗原特異的Ｔ細胞の続く使用が、Ｃｈｅｅｖｅｒら（「Ｔｈｅｒａｐｙ
Ｗｉｔｈ Ｃｕｌｔｕｒｅｄ Ｔ Ｃｅｌｌｓ：Ｐｒｉｎｃｉｐｌｅｓ Ｒｅ
ｖｉｓｉｔｅｄ」、Ｉｍｍｕｎｏｌｏｇｉｃａｌ Ｒｅｖｉｅｗｓ、１５７：１
７７、１９９７）により示されている。

【００５８】 さらに、開示されるポリヌクレオチドを発現するベクターが、患者由来の幹細
胞に導入され得、そして同じ患者への自己移植のためにインビトロでクローン的
に増殖される。

【００５９】 １つの実施態様において、免疫系の細胞（例えば、Ｔ細胞）は、市販の細胞分
離系（例えば、ＣｅｌｌＰｒｏ Ｉｎｃｏｒｐｏｒａｔｅｄ’ｓ（Ｂｏｔｈｅｌ
ｌ、ＷＡ）ＣＥＰＲＡＴＥ^TM系）を使用して、患者の末梢血液から単離され得る
（米国特許第５，２４０，８５６号；同第５，２１５，９２６号；ＷＯ ８９／
０６２８０；ＷＯ ９１／１６１１６およびＷＯ ９２／０７２４３を参照のこ
と）。分離された細胞は、送達ビヒクル（例えば、微粒子）中に含まれる１つ以
上の免疫反応性ポリペプチドで刺激されて、抗原特異的Ｔ細胞を提供し得る。次
いで、腫瘍抗原特異的Ｔ細胞の集団は、標準技術を使用して増殖され、そしてこ
の細胞は、患者に投与されて戻される。本発明のポリペプチドおよび融合タンパ
ク質はまた、転移性のヒトの肺腫瘍を検出し得る結合薬剤（例えば、抗体、また
はそのフラグメント）を生成するために使用され得る。本発明の結合薬剤は、一
般的に、当業者に公知の方法（本明細書中に記載の代表的な手順を含む）を使用
して調製され得る。結合薬剤は、本明細書中に記載の代表的アッセイを使用して
、肺癌を有する患者および肺癌を有さない患者を識別し得る。換言すると、肺腫
瘍タンパク質またはその適切な部分に対して惹起された抗体あるいは他の結合薬
剤は、この疾患に罹患された患者の少なくとも約２０％において、原発性肺癌ま
たは転移性肺癌の存在を示すシグナルを生じ、そして原発性肺癌または転移性肺
癌でない個体の少なくとも約９０％において、この疾患が存在しないことを示す
ネガティブシグナルを生じる。このような肺腫瘍タンパク質の適切な部分は、全
長タンパク質を使用して示される肺癌を有する患者の実質的に全て（すなわち、
少なくとも約８０％、および好ましくは、少なくとも約９０％）において、原発
性肺癌または転移性肺癌の存在を示し、そして全長タンパク質を用いて試験され
た場合に、ネガティブであるサンプルの実質的に全てにおいて、肺癌が存在しな
いことを示す結合薬剤を生じ得る部分である。以下に記載の代表的なアッセイ（
例えば、２抗体（ｔｗｏ−ａｎｔｉｂｏｄｙ）サンドイッチアッセイ）は、一般
に、転移性肺腫瘍を検出する結合薬剤の能力を評価するために使用され得る。

【００６０】 本明細書中に記載されたように調製されたポリペプチドが、原発性ヒト肺腫瘍
または転移性ヒト肺腫瘍を検出し得る抗体を生成する能力は、一般に、このポリ
ペプチドに対する１つ以上の抗体を惹起し（例えば、本明細書中に記載の代表的
方法を使用して）そして患者において、このような抗体がこのような腫瘍を検出
する能力を決定することにより、評価され得る。この決定は、生成された抗体に
結合するポリペプチドの存在について、原発性肺癌または転移性肺癌を有する患
者またはこれらを有さない患者由来の生物学的サンプルをアッセイすることによ
りなされ得る。このような試験アッセイは、例えば、以下に記載の代表的な手順
を使用して実行され得る。このような手順により、原発性肺腫瘍または転移性肺
腫瘍の少なくとも２０％を検出し得る抗体を生成するポリペプチドは、原発性肺
腫瘍または転移性肺腫瘍を検出するためのアッセイにおいて有用であると考えら
れる。ポリペプチド特異的抗体は、単独で、または感受性を改良するために組合
せて使用され得る。

【００６１】 原発性ヒト肺腫瘍または転移性ヒト肺腫瘍を検出し得るポリペプチドは、肺癌
を診断するためのマーカー、または患者における疾患の進行をモニターするため
のマーカーとして使用され得る。１つの実施態様において、患者における肺癌は
、この患者から得られた生物学的サンプルを、予め決定した分離値（ｃｕｔ−ｏ
ｆｆ ｖａｌｕｅ）と比較して、上記の１つ以上のポリペプチドのレベルについ
て評価することにより診断され得る。本明細書中で使用される場合、適切な「生
物学的サンプル」には、血液、血清、尿、および／または肺分泌物を含む。

【００６２】 上記の１つ以上のポリペプチドのレベルは、このポリペプチドに特異的な任意
の結合薬剤を使用して評価され得る。「結合薬剤」とは、本発明の文脈において
、上記のようなポリペプチドに結合する任意の薬剤（例えば、化合物または細胞
）である。本明細書中で使用される場合、「結合」とは、２つの別々の分子（そ
の各々は、遊離（すなわち溶液中）であり得るか、あるいは細胞または固体支持
体の表面上に存在し得る）間の非共有結合（例えば、「複合体」が形成される）
をいう。このような複合体は、遊離していてもよいし、または固体支持体上に固
定（共有結合または非共有結合のいずれか）されていてもよい。結合する能力は
、一般に、この複合体の形成についての結合定数を決定することにより評価され
得る。結合定数は、その複合体の濃度が構成成分の濃度の積で除算される場合に
得られる値である。一般に、２つの化合物は、複合体形成についての結合定数が
約１０³Ｌ／ｍｏｌを超える場合に、本発明の文脈において、「結合する」と言
われる。結合定数は、当業者に周知の方法を使用して決定され得る。

【００６３】 上記の要件を満足させる任意の物質が、結合薬剤であり得る。例えば、結合薬
剤は、ペプチド成分を有するリボソームまたは有さないリボソーム、ＲＮＡ分子
、あるいはペプチドであり得る。好ましい実施態様において、結合パートナーは
、抗体、またはそのフラグメントである。このような抗体は、ポリクローナルか
、またはモノクローナルであり得る。さらに、この抗体は、単鎖抗体、キメラ抗
体、ＣＤＲ−グラフティングされた抗体、またはヒト化抗体であり得る。抗体は
、本明細書中に記載の方法、および当業者に周知の他の方法によって調製され得
る。

【００６４】 サンプルにおいてポリペプチドマーカーを検出するために結合パートナーを使
用する、当業者に公知の種々のアッセイ形式が存在する。例えば、Ｈａｒｌｏｗ
およびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕ
ａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８
８を参照のこと。好ましい実施態様において、アッセイは、残りのサンプル由来
のポリペプチドに結合してそれを除去するために、固体支持体に固定化された結
合パートナーの使用を含む。次いで、結合ポリペプチドは、レポーター基を含む
第２の結合パートナーを使用して検出され得る。適切な第２の結合パートナーは
、結合パートナー／ポリペプチド複合体に結合する抗体を含む。あるいは、競合
アッセイが、使用され得、このアッセイにおいて、ポリペプチドは、レポーター
基で標識され、サンプルとの結合パートナーのインキュベーション後に、固定化
された結合パートナーに結合することを可能にする。サンプルの構成成分が、結
合パートナーへの標識されたポリペプチドの結合を阻害する程度は、固定化され
た結合パートナーを有するそのサンプルの反応性を示す。

【００６５】 固体支持体は、この固体支持体に対して抗原が付着され得る当業者に公知な任
意の材料であり得る。例えば、固体支持体は、マイクロタイター（ｍｉｃｒｏｔ
ｉｔｅｒ）プレートもしくはニトロセルロースまたは他の適切な膜において首尾
良く試験され得る。あるいは、この支持体は、ガラス、ファイバーガラス、ゴム
またはプラスチック材料（例えば、ポリスチレンもしくはポリビニルクロリド）
のようなビーズあるいはディスクであり得る。この支持体はまた、例えば、米国
特許第５，３５９，６８１号に開示されるような、磁気粒子またはファイバーオ
プティック（ｏｐｔｉｃ）センサーであり得る。結合薬剤は、当業者に公知の種
々の技術を使用して固体支持体上に固定化され得、これは、特許および科学文献
において詳細に記載されている。本発明の文脈において、用語「固定化」は、吸
着のような非共有結合的会合および共有結合的付着（これは、支持体上での抗原
と官能基との間の直接的結合であり得るか、または架橋剤による結合であり得る
）の両方をいう。マイクロタイタープレートにおけるウェルまたは膜に対する吸
着による固定化が、好ましい。このような場合において、吸着は、適切な緩衝液
中で、適切な長さの時間の間、結合薬剤と固体支持体とを接触することによって
達成され得る。接触時間は、温度とともに変化するが、代表的には約１時間と約
１日との間である。一般に、プラスチックマイクロタイタープレート（例えば、
ポリスチレンまたはポリビニルクロリド）のウェルと約１０ｎｇ〜約１０μｇの
範囲、および好ましくは約１００ｎｇ〜約１μｇの範囲の量の結合薬剤とを接触
することは、結合薬剤の適切な量を固定化するために十分である。

【００６６】 固体支持体に対する結合薬剤の共有結合的付着は、一般的に、この支持体およ
び官能基（例えば、ヒドロキシル基またはアミノ基）の両方で反応する二官能性
試薬を用いて、結合薬剤上でこの支持体をまず反応させることによって達成され
得る。例えば、この結合薬剤を、ベンゾキノンを使用するか、または結合パート
ナーのアミンおよび活性な水素と支持体のアルデヒド基との縮合によって、適切
なポリマーコーティングを有する支持体に対して共有結合的に付着し得る（例え
ば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｉｍｍｕｎｏｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ Ｃａｔａｌｏｇ ａｎ
ｄ Ｈａｎｄｂｏｏｋ、１９９１、Ａ１２〜Ａ１３を参照のこと）。

【００６７】 特定の実施態様において、アッセイは、２抗体サンドイッチ（ｔｗｏ−ａｎｔ
ｉｄｏｂｙ ｓａｎｄｗｉｃｈ）アッセイである。このアッセイを、まず抗体を
接触させることによって実施し得、この抗体は、サンプル内のポリペプチドが固
定化された抗体に結合し得るように、サンプルとともに固体支持体（一般にマイ
クロプレートのウェル）上で固定化される。次いで、結合していないサンプルを
、固定化されたポリペプチド−抗体複合体から除去し、そしてこのポリペプチド
上で異なる部位に結合する能力を有する第２の抗体（レポーター基を含む）を添
加する。次いで、固体支持体に結合したままである第２の抗体の量を、特定のレ
ポーター基について適切な方法を使用して決定する。

【００６８】 より詳細には、一旦この抗体が上記のようにこの支持体上に固定化されると、
この支持体上の残存するタンパク質結合部位は、代表的にはブロックされる。ウ
シ血清アルブミンまたはＴｗｅｅｎ２０^TM（Ｓｉｇｍａ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃ
ｏ、Ｓｔ．Ｌｏｕｉｓ，ＭＯ）のような任意の適切なブロック剤が、当業者に公
知である。次いで、この固定化抗体をサンプルとともにインキュベートし、そし
てポリペプチドを抗体に結合させる。このサンプルを、インキュベーションの前
に適切な希釈液（例えば、リン酸緩衝化生理食塩水（ＰＢＳ））で希釈し得る。
一般に、適切な接触時間（すなわち、インキュベーション時間）は、肺癌を有す
る個体から入手したサンプル中のポリペプチドの存在を検出するために十分な時
間の長さである。好ましくは、この接触時間は、結合したポリペプチドと結合し
ていないポリペプチドとの間の平衡に少なくとも約９５％達する結合レベルを達
成するために十分である。当業者は、平衡に達するために必要な時間が、時間の
間にわたって起こる結合レベルをアッセイすることによって容易に決定され得る
ことを理解する。室温において、約３０分のインキュベーション時間が、一般的
に十分である。

【００６９】 次いで、結合していないサンプルを、この固体支持体を適切な緩衝液（例えば
、０．１％Ｔｗｅｅｎ２０^TM含有ＰＢＳ）を用いて洗浄することによって除去し
得る。次いで、第２の抗体（これは、レポーター基を含む）をこの固体支持体に
添加し得る。好ましいレポーター基としては、酵素（例えば、西洋ワサビペルオ
キシダーゼ）、基質、補因子、インヒビター、色素、放射性核種、発光基、蛍光
基およびビオチンが挙げられる。レポーター基に対する抗体の結合を、当業者に
公知の標準的方法を使用して達成し得る。

【００７０】 次いで、この第２の抗体を、固定化された抗体−ポリペプチド複合体とともに
、結合したポリペプチドを検出するために十分な時間の長さの間、インキュベー
トする。適切な時間の長さを、一般的に、時間の間にわたって起こる結合レベル
をアッセイすることによって決定し得る。次いで、結合していない第２の抗体を
除去し、そして結合した第２の抗体をレポーター基を使用して検出する。レポー
ター基を検出するために使用される方法は、レポーター基の性質に依存する。放
射性基に関しては、シンチレーション計数法またはオートラジオグラフ法が、一
般的に適切である。分光法は、色素、発光基および蛍光基を検出するために使用
され得る。ビオチンは、異なるレポーター基（一般に、放射性基または蛍光基ま
たは酵素）に結合されるアビジンを使用して検出され得る。酵素のレポーター基
は、一般的に、基質の添加（一般的に特定の時間の間）、次いで反応生成物の分
光的分析または他の分析によって検出され得る。

【００７１】 肺癌が存在するかまたは存在しないかを決定するために、固体支持体に結合さ
れたままであるレポーター基から検出されるシグナルを、一般的に、予め決定さ
れたカットオフ値に対応するシグナルと比較する。１つの好ましい実施態様にお
いて、このカットオフ値は、この固定化された抗体が肺癌を有さない患者由来の
サンプルとともにインキュベートされる場合に得られる平均シグナルである。一
般に、予め決定されたカットオフ値より上の３つの標準偏差であるシグナルを生
成するサンプルは、肺癌について陽性であると考えられる。代替の好ましい実施
態様において、このカットオフ値は、Ｓａｃｋｅｔｔら、Ｃｌｉｎｉｃａｌ Ｅ
ｐｉｄｅｍｉｏｌｏｇｙ：Ａ Ｂａｓｉｃ Ｓｃｉｅｎｃｅ ｆｏｒ Ｃｌｉｎ
ｉｃａｌ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ、Ｌｉｔｔｌｅ Ｂｒｏｗｎ ａｎｄ Ｃｏ．、１
９８５、１０６〜７頁の方法に従って、レシーバーオペレーター曲線（Ｒｅｃｅ
ｉｖｅｒ Ｏｐｅｒａｔｏｒ Ｃｕｒｖｅ）を使用して決定される。簡潔に言え
ば、この実施態様において、このカットオフ値は、診断試験結果について各々可
能性のあるカットオフ値に対応する、真の陽性の割合（すなわち、感受性）およ
び偽陽性の割合（１００％特異性）の対のプロットから決定され得る。上方左手
の隅（すなわち、もっとも大きな領域を囲む値）にもっとも近いこのプロット上
のカットオフ値は、もっとも正確なカットオフ値であり、そしてこの方法によっ
て決定されたカットオフ値よりも高いシグナルを生じるサンプルは、陽性である
と考えられ得る。あるいは、このカットオフ値は、偽陽性の割合を最小化するた
めにプロットに沿って左に移動され得、または偽陰性の割合を最小化するために
右に移動され得る。一般に、この方法によって決定されたカットオフ値よりも高
いシグナルを生じるサンプルは、肺癌について陽性であると考えられる。

【００７２】 関連する実施態様において、このアッセイは、フロースルー（ｆｌｏｗ−ｔｈ
ｒｏｕｇｈ）またはストリップ（ｓｔｒｉｐ）試験形式において実行され、ここ
で、この抗体は、膜（例えば、ニトロセルロース）上に固定化される。フロース
ルー試験において、サンプル中のポリペプチドは、サンプルが膜を通るにつれて
、固定化された抗体に結合する。次いで、第２の標識化抗体は、この第２の抗体
を含む溶液が膜を通って流れるにつれて、この抗体−ポリペプチド複合体に結合
する。次いで、結合した第２の抗体の検出を、上記のように実行し得る。ストリ
ップ試験形式において、抗体が結合する膜の一端を、このサンプルを含む溶液中
に浸す。このサンプルは、膜に沿って第２の抗体を含む領域を通って、そして固
定化された抗体の領域まで移動する。固定化された抗体の領域における第２の抗
体の濃度は、肺癌の存在を示す。代表的に、その部位における第２に抗体の濃度
は、可視的に理解され得るパターン（例えば、線）を生じる。このようなパター
ンが存在しないは、陰性の結果を示す。一般に、膜上に固定化された抗体の量は
、生物学的サンプルが、上記で議論される形式において、２抗体サンドイッチア
ッセイにおける陽性シグナルを生じるために十分であるポリペプチドのレベルを
含む場合に、可視的に分離できるパターンを生じるように選択される。好ましく
は、膜上に固定化された抗体の量は、約２５ｎｇ〜約１μｇの範囲であり、そし
てより好ましくは約５０ｎｇ〜約５００ｎｇの範囲である。このような試験は、
代表的に、非常に少量の生物学的サンプルを用いて実行され得る。

【００７３】 当然のことながら、本発明の抗原または抗体を用いた使用に適切である、他の
多数のアッセイプロトコルが存在する。上記の説明は、例示のみを意図する。

【００７４】 別の実施態様において、上記のポリペプチドは、肺癌の進行についてのマーカ
ーとして使用され得る。この実施態様において、肺癌の診断について上記に記載
されるようなアッセイは、経時的に実行され得、そして反応性ポリペプチドのレ
ベルの変化を評価し得る。例えば、このアッセイは、６ケ月〜１年の期間の間２
４〜７２時間毎に実行され得、そしてその後、必要に応じて実行され得る。一般
に、肺癌は、結合薬剤によって検出されるこのポリペプチドのレベルが経時的に
増大する患者において進行している。対照的に、肺癌は、反応性ポリペプチドの
レベルが一定のままであるか、または時間とともに減少するかのいずれかである
場合、進行していない。

【００７５】 上記の方法における使用のための抗体は、当業者に公知の任意の種々の技術に
よって調製され得る。例えば、ＨａｒｌｏｗおよびＬａｎｅ、Ａｎｔｉｂｏｄｉ
ｅｓ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ、Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈ
ａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ、１９８８を参照のこと。１つのこのような
技術において、抗原性ポリペプチドを含む免疫原を、任意の広範な種々の哺乳動
物（例えば、マウス、ラット、ウサギ、ヒツジおよびヤギ）に最初に注射し得る
。この工程において、本発明のポリペプチドは、改変することなく、免疫原とし
て供給され得る。あるいは、特に比較的短いポリペプチドに関して、このポリペ
プチドがキャリアタンパク質（例えば、ウシ血清アルブミンまたはキーホールリ
ンペットヘモシアニン）に連結される場合に、優れた免疫応答が誘導され得る。
好ましくは、１つ以上のブースター免疫化を組み込む予め決定された計画に従っ
て、この免疫原が動物の宿主内に注射され、そしてこの動物を定期的に採血する
。次いで、このポリペプチドに特異的なポリクローナル抗体は、例えば、適切な
固体支持体に結合されたポリペプチドを使用するアフィニティークロマトグラフ
ィーによって、このような抗血清から精製される。

【００７６】 目的の抗原性ポリペプチドに特異的なモノクローナル抗体は、例えば、Ｋｏｈ
ｌｅｒおよびＭｉｌｓｔｅｉｎ、Ｅｕｒ．Ｊ．Ｉｍｍｕｎｏｌ．６：５１１〜５
１９、１９７６ならびにそれに対する改良の技術を使用して調製され得る。簡潔
に言えば、これらの方法は、所望の特異性（すなわち、目的のポリペプチドとの
反応性）を有する抗体を産生する能力を有する不死細胞株の調製を包含する。こ
のような細胞株は、例えば、上記のような免疫化された動物から得られる脾細胞
から産生され得る。ついで、この脾細胞を、例えば、ミエローマ細胞融合パート
ナーとの融合、好ましくは、免疫化された動物と共通遺伝子であるパートナーと
の融合によって不死化する。種々の融合技術を使用し得る。例えば、この脾細胞
およびミエローマ細胞は、数分間、非イオン性界面活性剤と合わせられ、次いで
、ハイブリッド細胞の増殖を支持するがミエローマ細胞の増殖を支持しない選択
培地上に低密度で播種され得る。好ましい選択技術は、ＨＡＴ（ヒポキサンチン
、アミノプテリン、チミジン）選択を使用する。十分な時間、通常は約１〜２週
間の後、ハイブリッドのコロニーが観察される。単一のコロニーを選択し、そし
てこのポリペプチドに対する結合活性について試験する。高い反応性および特異
性を有するハイブリドーマが、好ましい。

【００７７】 モノクローナル抗体は、増殖するハイブリドーマコロニーの上清から単離され
得る。さらに、種々の技術（例えば、適切な脊椎動物宿主（例えば、マウス）の
腹膜腔へのハイブリドーマ細胞株の注射）が、収量を増大するために使用され得
る。次いで、モノクローナル抗体は、腹水または血液から採取され得る。夾雑物
は、クロマトグラフィー、ゲル濾過、沈殿、および抽出のような従来技術によっ
て抗体から除去され得る。本発明のポリペプチドは、例えば、アフィニティーク
ロマトグラフィー工程における精製プロセスにおいて使用され得る。

【００７８】 本発明のモノクローナル抗体はまた、肺腫瘍を減少させるか、または除去する
ための治療用試薬として使用され得る。この抗体は、これら自身（例えば、転移
酵素を阻害するために）で、または１つ以上の治療剤と結合されて使用され得る
。これに関して、適切な薬剤としては、放射性核種、分化のインデューサー、薬
物、毒素、およびそれらの誘導体が挙げられる。好ましい放射性核種としては、 ⁹⁰ Ｙ、¹²³Ｉ、¹²⁵Ｉ、¹³¹Ｉ、¹⁸⁶Ｒｅ、¹⁸⁸Ｒｅ、²¹¹Ａｔ、および²¹²Ｂｉが挙
げられる。好ましい薬物としては、メトトレキサート、ならびにピリミジンアナ
ログおよびプリンアナログが挙げられる。好ましい分化のインデューサーとして
は、ホルボールエステルおよび酪酸が挙げられる。好ましい毒素としては、リシ
ン、アブリン、ジフテリア毒素、コレラ毒素、ゲロニン（ｇｅｌｏｎｉｎ）、Ｐ
ｓｅｕｄｏｍｏｎａｓ外毒素、Ｓｈｉｇｅｌｌａ毒素、およびヨウシュヤマゴボ
ウ抗ウイルスタンパク質が挙げられる。

【００７９】 治療剤は、適切なモノクローナル抗体に対して直接的かまたは間接的（例えば
、リンカー基を介して）のいずれかで結合（例えば、共有結合）され得る。薬剤
と抗体との間の直接的な反応は、各々が他方と反応する能力を有する置換基を有
する場合に可能である。例えば、一方における求核基（アミノ基またはスルフヒ
ドリル基）は、他方におけるカルボニル含有基（例えば、無水物もしくはハロゲ
ン酸）または良好な脱離基（例えば、ハロゲン）を含むアルキル基と反応する能
力を有し得る。

【００８０】 あるいは、リンカー基を介して治療剤と抗体とを結合させることが所望され得
る。リンカー基は、結合能を妨害することを避けるために、抗体を試薬から離す
ためのスペーサーとして機能し得る。リンカー基はまた、薬剤または抗体の置換
基の化学的反応性を増大するように作用し、結合効率を増大し得る。化学的反応
性における増大はまた、薬剤、または薬剤の官能基の使用を容易にし得、そうで
なければ、可能でない。

【００８１】 種々の二官能性または多官能性試薬（ホモ−およびヘテロ−官能性の両方（例
えば、Ｐｉｅｒｃｅ Ｃｈｅｍｉｃａｌ Ｃｏ．、Ｒｏｃｋｆｏｒｄ、ＩＬのカ
タログに記載される試薬））がリンカー基として使用され得ることは、当業者に
明らかである。結合は、例えば、アミノ基、カルボキシル基、スルフヒドリル基
、または酸化された炭水化物残基によって影響され得る。このような方法論（例
えば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特許第４，６７１，９５８号）を記載する
、多くの参考文献が存在する。

【００８２】 本発明の免疫結合体の抗体部分を有さない治療剤がより強力である場合、細胞
への内在化の間または細胞への内在化に際して切断され得るリンカー基を使用す
ることが所望され得る。多くの異なる切断され得るリンカー基が、記載されてい
る。これらのリンカー基からの薬剤の細胞内放出に関する機構としては、ジスル
フィド結合の還元（例えば、Ｓｐｉｔｌｅｒに対する米国特許第４，４８９，７
１０号）、感光性結合の照射（例えば、Ｓｅｎｔｅｒらに対する米国特許第４，
６２５，０１４号）、誘導体化されたアミノ酸側鎖の加水分解（例えば、Ｋｏｈ
ｎらに対する米国特許第４，６３８，０４５号）、血清補体媒介加水分解（例え
ば、Ｒｏｄｗｅｌｌらに対する米国特許第４，６７１，９５８号）、および酸触
媒化加水分解（例えば、Ｂｌａｔｔｌｅｒらによる米国特許４，５６９，７８９
）による切断が挙げられる。

【００８３】 抗体に１つ以上の薬剤を結合することが、所望される。１つの実施態様におい
て、薬剤の複数分子が、１つの抗体分子に結合される。別の実施態様において、
１つ以上の型の薬剤が、１つの抗体に結合され得る。特定の実施態様に関わらず
、１つ以上の薬剤を有する免疫結合体は、種々の方法において調製され得る。例
えば、１つ以上の薬剤は、抗体分子、またはリンカー（これは、使用され得る付
着について複数の部位を提供する）に直接結合され得る。あるいは、キャリアが
使用され得る。

【００８４】 キャリアは、直接的かまたはリンカー基を介してのいずれかの共有結合を含む
、種々の方法において薬剤を保有し得る。適切なキャリアとしては、アルブミン
のようなタンパク質（例えば、Ｋａｔｏらに対する米国特許第４，５０７，２３
４号）、ペプチドおよびアミノデキストランのようなポリサッカリド（例えば、
Ｓｈｉｈらに対する米国特許第４，６９９，７８４号）が挙げられる。キャリア
はまた、非共有結合によってか、またはリポソーム小胞内へのような封入によっ
て薬剤を保有し得る（例えば、米国特許第４，４２９，００８号および同第４，
８７３，０８８号）。放射性核種薬剤に特異的なキャリアとしては、放射性ハロ
ゲン化低分子およびキレート化合物が挙げられる。例えば、米国特許４，７３５
，７９２号は、代表的な放射性ハロゲン化低分子およびそれらの合成を開示する
。放射性核種のキレートは、金属、または金属酸化物、放射性核種を結合するた
めのドナー原子として窒素原子および硫黄原子を含む化合物を含む、キレート化
合物から形成され得る。例えば、Ｄａｖｉｓｏｎらに対する米国特許第４，６７
３，５６２号は、代表的なキレート化合物及びそれらの合成を開示する。

【００８５】 抗体および免疫結合体に対する種々の投与経路が、使用され得る。代表的には
、投与は、静脈内、筋肉内、皮下または切除された腫瘍の床においてである。抗
体／免疫結合体の正確な用量が、使用される抗体、腫瘍上の抗原の密度、および
抗体のクリアランス速度に依存して変化することは明白である。

【００８６】 本発明の診断試薬はまた、１つ以上の上記のポリペプチド、または１つ以上の
その一部をコードするＤＮＡ配列を含み得る。例えば、少なくとも２つのオリゴ
ヌクレオチドプライマーが、生物学的サンプル由来の肺腫瘍特異的ｃＤＮＡを増
幅するためのアッセイに基づいて、ポリメラーゼ連鎖反応（ＰＣＲ）において使
用され得る。ここで、少なくとも１つのオリゴヌクレオチドプライマーが、本発
明の肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレオチドに特異的である。次いで、
増幅されたｃＤＮＡの存在は、ゲル電気泳動のような当該分野で周知の技術を使
用して検出される。同様に、本発明の肺腫瘍タンパク質をコードするポリヌクレ
オチドに特異的なオリゴヌクレオチドプローブは、生物学的サンプルにおいて、
発明されたポリペプチドの存在を検出するためにハイブリダイゼーションアッセ
イにおいて使用され得る。

【００８７】 本明細書中で使用される場合、用語「ポリヌクレオチドに特異的なオリゴヌク
レオチドプライマー／プローブ」は、問題のポリヌクレオチドに対して少なくと
も約６０％の、好ましくは少なくとも約７５％の、およびより好ましくは少なく
とも約９０％の同一性を有するオリゴヌクレオチド配列を意味する。本発明の診
断方法において有用に使用され得るオリゴヌクレオチドプライマーおよび／また
はプローブは、好ましくは、少なくとも約１０〜４０ヌクレオチドを有する。好
ましい実施態様において、このオリゴヌクレオチドプライマーは、配列番号１〜
３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、
１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１から選択される部分的配
列を有するポリヌクレオチドの、少なくとも約１０の連続するヌクレオチドを含
む。好ましくは、本発明の診断方法における使用のためのオリゴヌクレオチドプ
ローブは、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７
８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１
から提供される部分的配列を有するポリヌクレオチドの、少なくとも１５の連続
するオリゴヌクレオチドを含む。ＰＣＲに基づくアッセイおよびハイブリダイゼ
ーションアッセイの両方に関する技術は、当該分野で周知である（例えば、Ｍｕ
ｌｌｉｓら、前出；Ｅｈｒｌｉｃｈ、前出を参照のこと）。従って、プライマー
またはプローブを使用して、血液、***、肺組織および／または肺腫瘍組織を含
む、生物学的サンプル中の肺腫瘍特異的配列を検出し得る。

【００８８】 以下の実施例は、例示のために提供されるものであって、限定のためではない
。

【００８９】 （実施例） （実施例１ ディファレンシャルディスプレイＲＴ−ＰＣＲを使用する、肺
腫瘍特異的ｃＤＮＡ配列の調製） この実施例は、ディファレンシャルディスプレイスクリーニングを使用する、
肺腫瘍特異的ポリペプチドをコードするｃＤＮＡ分子の調製を説明する。

【００９０】 組織サンプルを、肺ガンを患う患者の***組織および正常組織から調製し、こ
れを、患者由来のサンプルの取り出し後、病理学によって確認した。正常ＲＮＡ
および腫瘍ＲＮＡをこのサンプルから抽出し、そしてｍＲＮＡを単離し、そして
（ｄＴ）₁₂ＡＧ（配列番号４７）固定化３’プライマーを使用して、ｃＤＮＡへ
変換した。次いで、ディファレンシャルディスプレイＰＣＲを、無作為に選択し
たプライマー（配列番号４８）を使用して実行した。増幅条件は、１．５ｍＭ
ＭｇＣｌ₂、２０ｐｍｏｌのプライマー、５００ｐｍｏｌ ｄＮＴＰおよび１単
位のＴａｑ ＤＮＡポリメラーゼ（Ｐｅｒｋｉｎ−Ｅｌｍｅｒ、Ｂｒａｎｃｈｂ
ｕｒｇ、ＮＪ）を含む標準的な緩衝液であった。４０サイクルの増幅を、９４℃
で３０秒間の変性、４２℃で１分間のアニーリング、そして７２℃で３０秒間の
伸長、を使用して実行した。腫瘍のＲＮＡフィンガープリントパターンに特異的
であるように繰り返し観察されたバンドを、銀染色されたゲルから切り出し、ｐ
ＧＥＭ−Ｔベクター（Ｐｒｏｍｅｇａ、Ｍａｄｉｓｏｎ、ＷＩ）中にサブクロー
ニングし、そして配列決定した。単離された３’配列を、配列番号１〜１６に提
供する。

【００９１】 ＢＬＡＳＴＮプログラムを使用するこれらの配列と公のデータベースにおける
配列との比較は、配列番号１〜１１に提供される配列に対して有意な相同性を表
さなかった。発明者らの知識の及ぶ限り、単離されたＤＮＡ配列のいずれもが、
以前に、正常肺組織よりもヒト肺腫瘍組織において、より大きなレベルで発現さ
れることを示されていなかった。

【００９２】 （実施例２ 肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列を同定するための患者の血清
の使用） 本実施例は、患者の自己血清を用いる肺腫瘍サンプルの発現スクリーニングに
よって、肺腫瘍抗原をコードするｃＤＮＡ配列の単離を例証する。

【００９３】 ヒト肺腫瘍指向性のｃＤＮＡ発現ライブラリーを、λＺＡＰ Ｅｘｐｒｅｓｓ
発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）を使用して構築した
。ライブラリーについての全ＲＮＡを、ヒト扁平上皮肺癌に継代された後期のＳ
ＣＩＤマウスから得、そしてＭｅｓｓａｇｅ Ｍａｋｅｒキット（Ｇｉｂｃｏ
ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を使用して、ポリＡ＋ＲＮＡを単離
した。得られたライブラリーを、Ｓａｍｂｒｏｏｋら（Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｃ
ｌｏｎｉｎｇ：Ａ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｙ Ｍａｎｕａｌ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉ
ｎｇ Ｈａｒｂｏｒ Ｌａｂｏｒａｔｏｒｉｅｓ，Ｃｏｌｄ Ｓｐｒｉｎｇ Ｈ
ａｒｂｏｒ，ＮＹ，１９８９）に記載されるようなＥ．ｃｏｌｉで吸収された患
者自己血清（Ｅ．ｃｏｌｉ−ａｂｓｏｒｂｅｄ ａｕｔｏｌｏｇｏｕｓ ｐａｔ
ｉｅｎｔ ｓｅｒｕｍ）を使用して、ＮＢＴ／ＢＣＩＰを用いて開発されたアル
カリホスファターゼを結合したヤギ抗ヒトＩｇＧ−Ａ−Ｍ（Ｈ＋Ｌ）である二次
抗体（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）を用いてスクリーニングした。免疫反応性抗原を発
現する陽性プラークを精製した。プラーク由来のファージミドをレスキューし、
そしてクローンのヌクレオチド配列を決定した。

【００９４】 １５のクローンを単離し、以下、ＬＴ８６−１〜ＬＴ８６−１５という。ＬＴ
８６−１〜ＬＴ８６−８およびＬＴ８６−１０〜ＬＴ８６−１５について単離し
たｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号１７〜２４および２６〜３１に提供し、
対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ、配列番号３２〜３９および４１〜４６
に提供する。ＬＴ８６−９について決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号２５に提
供し、３’末端および５’末端に由来する対応する推定アミノ酸配列を、それぞ
れ、配列番号４０および６５に提供する。これらの配列を、上記に記載したｇｅ
ｎｅ ｂａｎｋの配列と比較した。クローンＬＴ８６−３、ＬＴ８６−６〜ＬＴ
８６−９、ＬＴ８６−１１〜ＬＴ８６−１３、およびＬＴ８６−１５（それぞれ
、配列番号１９、２２〜２５、２７〜２９および３１）は、以前に同定された発
現配列タグ（ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示し、クローンＬＴ８６−６
、ＬＴ８６−８、ＬＴ８６−１１、ＬＴ８６−１２およびＬＴ８６−１５は互い
に類似するかまたは同一であるらしいことが見出された。クローンＬＴ８６−３
は、ヒト転写リプレッサーといくらかの相同性を示すことが見出された。クロー
ンＬＴ８６−６、８、９、１１、１２および１５は、酵母ＲＮＡ Ｐｏｌ ＩＩ
転写調節メディエータに対していくらかの相同性を示すことが見出された。クロ
ーンＬＴ８６−１３は、Ｃ．ｅｌｅｇａｎｓロイシンアミノペプチダーゼといく
らかの相同性を示すことが見出された。クローンＬＴ８６−９は、２つのインサ
ート（以前に同定されたインターフェロンα誘導Ｐ２７のアンチセンス配列に対
して相同性を示す５’配列、およびＬＴ８６−６に対して類似する３’配列を有
する）を含むようである。クローンＬＴ８６−１４（配列番号３０）は、トリト
ラックス（ｔｒｉｔｈｏｒａｘ）遺伝子に対していくらかの相同性を示し、そし
て「ＲＧＤ」細胞接着配列およびペニシリンの加水分解に機能するβ−ラクタマ
ーゼＡ部位を有することが見出された。クローンＬＴ８６−１、ＬＴ８６−２、
ＬＴ８６−４、ＬＴ８６−５およびＬＴ８６−１０（それぞれ、配列番号１７、
１８、２０、２１および２６）は、以前に同定された遺伝子に対して相同性を示
すことが見出された。続いて、ＬＴ８６−４について決定された伸長ｃＤＮＡ配
列を配列番号６６に提供し、対応する推定アミノ酸配列を配列番号６７に提供す
る。

【００９５】 その後の研究により、さらなる５つのクローン（ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−
２１、ＬＴ８６−２２、ＬＴ８６−２６およびＬＴ８６−２７という）の単離が
導かれた。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２２、ＬＴ８６−２６およびＬＴ８６−
２７について決定された５’ｃＤＮＡ配列を、それぞれ、配列番号６８および７
０〜７２に提供し、ＬＴ８６−２１について決定された３’ｃＤＮＡ配列を配列
番号６９に提供する。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２１、ＬＴ８６−２２、ＬＴ
８６−２６およびＬＴ８６−２７について対応する推定アミノ酸配列を、それぞ
れ、配列番号７３〜７７に提供する。ＬＴ８６−２２およびＬＴ８６−２７は、
互いに高い類似性を有することが見出された。上記に記載したｇｅｎｅ ｂａｎ
ｋの配列とこれらの配列との比較では、ＬＴ８６−２２およびＬＴ８６−２７に
対して有意な相同性を示さなかった。ＬＴ８６−２０、ＬＴ８６−２１およびＬ
Ｔ８６−２６は、以前に同定された遺伝子に対して相同性を示すことが見出され
た。

【００９６】 （実施例３ 肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列を同定するためのマウス抗血
清の使用） 本実施例は、マウス抗腫瘍血清を用いる肺腫瘍ｃＤＮＡライブラリーのスクリ
ーニングによって、肺腫瘍抗原をコードするｃＤＮＡ配列の単離を例証する。

【００９７】 指向性のｃＤＮＡ肺腫瘍発現ライブラリーを、上記の実施例２に記載するよう
に調製した。血清を、後期継代されたヒト扁平上皮肺細胞および腺癌腫瘍を含む
ＳＣＩＤマウスから得た。これらの血清をプールし、そして正常なマウスに注射
して抗肺腫瘍血清を産生した。この抗血清を使用して、未増幅ライブラリーから
約２００，０００ＰＦＵをスクリーニングした。ＮＢＴ／ＢＣＩＰを用いて開発
されたヤギ抗マウスＩｇＧ−Ａ−Ｍ（Ｈ＋Ｌ）アルカリホスファターゼ二次抗体
（ＢＲＬ Ｌａｂｓ．）を使用して、約４０の陽性のプラークを同定した。ファ
ージを精製し、そして原核生物細胞または真核生物細胞における発現のために、
ファージミドを、ｐＢＫ−ＣＭＶベクター中にインサートを有する９つのクロー
ンについて取り出した。

【００９８】 ７つの単離されたクローン（以下、Ｌ８６Ｓ−３、Ｌ８６Ｓ−１２、Ｌ８６Ｓ
−１６、Ｌ８６Ｓ−２５、Ｌ８６Ｓ−３６、Ｌ８６Ｓ−４０およびＬ８６Ｓ−４
６という）について決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号４９〜５５に提供し、対
応する推定アミノ酸配列を、それぞれ配列番号５６〜６２に提供する。残りの２
つのクローン（以下、Ｌ８６Ｓ−３０およびＬ８６Ｓ−４１という）に対する５
’ｃＤＮＡ配列を、配列番号６３および６４に提供する。続いて、Ｌ８６Ｓ−３
６およびＬ８６Ｓ−４６は、同じ遺伝子を示すことが決定された。上記に記載さ
れる公共のデータベースの配列とこれらの配列との比較は、クローンＬ８６Ｓ−
３０、Ｌ８６Ｓ−３６およびＬ８６Ｓ−４６（それぞれ、配列番号６３、５３お
よび５５）に対して有意な相同性を示さなかった。Ｌ８６Ｓ−１６（配列番号５
１）は、胎児肺腫瘍および生殖細胞腫瘍において以前に同定されたＥＳＴに対し
て、いくらかの相同性を示すことが見出された。残りのクローンは、以前に同定
されたヒト遺伝子に対して少なくともある程度の相同性を示すことが見出された
。続いて、Ｌ８６Ｓ−１２、Ｌ８６Ｓ−３６およびＬ８６Ｓ−４６について決定
した伸長ｃＤＮＡ配列を、それぞれ配列番号７８〜８０に提供し、対応する推定
アミノ酸配列を配列番号８１〜８３に提供する。

【００９９】 その後の研究により、さらなる９つのクローン（Ｌ８６Ｓ−６、Ｌ８６Ｓ−１
１、Ｌ８６Ｓ−１４、Ｌ８６Ｓ−２９、Ｌ８６Ｓ−３４、Ｌ８６Ｓ−３９、Ｌ８
６Ｓ−４７、Ｌ８６Ｓ−４９およびＬ８６Ｓ−５１という（それぞれ、配列番号
８４〜９２））に対する５’ｃＤＮＡ配列の決定が導かれた。対応する推定アミ
ノ酸配列を、それぞれ配列番号９３〜１０１に提供する。Ｌ８６Ｓ−３０、Ｌ８
６Ｓ−３９およびＬ８６Ｓ−４７は、互いに類似することが見出された。上記に
記載したｇｅｎｅ ｂａｎｋの配列とこれらの配列との比較は、Ｌ８６Ｓ−１４
に対して有意な相同性を示さなかった。Ｌ８６Ｓ−２９は、以前に同定されたＥ
ＳＴにいくらかの相同性を示すことが見出された。Ｌ８６Ｓ−６、Ｌ８６Ｓ−１
１、Ｌ８６Ｓ−３４、Ｌ８６Ｓ−３９、Ｌ８６Ｓ−４７、Ｌ８６Ｓ−４９および
Ｌ８６Ｓ−５１は、以前に同定された遺伝子に対していくらかの相同性を示すこ
とが見出された。

【０１００】 さらなる研究において、指向性のｃＤＮＡライブラリーを、λＺａｐ Ｅｘｐ
ｒｅｓｓベクターを有するＳｔｒａｔａｇｅｎｅキットを使用して構築した。ラ
イブラリーについての全ＲＮＡを２つの始原扁平上皮肺腫瘍から単離し、そして
ポリＡ＋ＲＮＡをオリゴｄＴカラムを使用して単離した。抗血清を、正常マウス
にて、ヒト扁平上皮肺癌を移植された３匹のＳＣＩＤマウス由来の血清プールを
使用して発生させた。約７００，０００ＰＦＵを、Ｅ．ｃｏｌｉで吸収されたマ
ウス抗ＳＣＩＤ腫瘍血清を用いて未増幅のライブラリーからスクリーニングした
。陽性プラークを上記に記載のように同定した。ファージを精製し、そして原核
生物細胞または真核生物細胞における発現のために、ファージミドを、ｐＢＫ−
ＣＭＶベクター中にインサートを有する１８０のクローンについて取り出した。

【０１０１】 ２３の単離したクローンについて決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号１２６〜
１４８に提供する。上記に記載される公共のデータベースの配列とこれらの配列
との比較は、配列番号１３９および１４３〜１４８の配列に対して有意な相同性
を示さなかった。配列番号１２６〜１３８および１４０〜１４２の配列は、以前
に同定されたヒトポリヌクレオチド配列に相同性を示すことが見出された。

【０１０２】 （実施例４ ＳＣＩＤマウスから調製された肺腫瘍ライブラリーをスクリーニ
ングするためのマウス抗血清の使用） 本実施例は、マウス抗腫瘍血清を用いるＳＣＩＤマウスから調製された肺腫瘍
ｃＤＮＡライブラリーのスクリーニングによって、肺腫瘍抗原をコードするｃＤ
ＮＡ配列の単離を例証する。

【０１０３】 指向性のｃＤＮＡ肺腫瘍発現ライブラリーを、λＺａｐ Ｅｘｐｒｅｓｓベク
ターを有するＳｔｒａｔａｇｅｎｅキットを使用して調製した。ライブラリーに
ついての全ＲＮＡを、ＳＣＩＤマウスにて増殖した後期継代された肺腺癌から得
た。ポリＡ＋ＲＮＡをＭｅｓｓａｇｅ Ｍａｋｅｒ Ｋｉｔ（Ｇｉｂｃｏ ＢＲ
Ｌ）を使用して単離した。血清を、肺腺癌を移植された２匹のＳＣＩＤマウスか
ら得た。これらの血清をプールし、そして抗肺腫瘍血清を産生するために正常マ
ウスに注射した。約７００，０００ＰＦＵを、Ｅ．Ｃｏｌｉで吸収されたマウス
抗ＳＣＩＤ腫瘍血清を用いて未増幅のライブラリーからスクリーニングした。陽
性プラークを、ＮＢＴ／ＢＣＩＰを用いて開発されたヤギ抗マウスＩｇＧ−Ａ−
Ｍ（Ｈ＋Ｌ）アルカリホスファターゼ二次抗体（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ）を使用し
て同定した。ファージを精製し、そして原核生物細胞または真核生物細胞におけ
る発現のために、ファージミドを、ｐＢＫ−ＣＭＶベクター中にインサートを有
する１００のクローンについて取り出した。

【０１０４】 ３３の単離されたクローンについて決定された５’ｃＤＮＡ配列を、配列番号
１４９〜１８１に提供する。配列番号１４９、１５０、１５２〜１５４、１５６
〜１５８および１６０〜１８１について対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ
、配列番号１８２、１８３、１８６、１８８〜１９３および１９４〜２１５に提
供する。配列番号１５１のクローン（ＳＡＬ−２５と呼ばれる）は、２つのオー
プンリーディングフレーム（ＯＲＦ）を含むことが見出された。これらのＯＲＦ
によってコードされる推定アミノ酸配列を、配列番号１８４および１８５に提供
する。配列番号１５３のクローン（ＳＡＬ−５０と呼ばれる）は、配列番号１８
７および２１６の推定アミノ酸配列をコードする２つのオープンリーディングフ
レームを含むことが見出された。同様に、配列番号１５５のクローン（ＳＡＬ−
６６と呼ばれる）は、配列番号１８９および１９０の推定アミノ酸配列をコード
する２つのオープンリーディングフレームを含むことが見出された。公共のデー
タベースの配列とこれらの単離された配列との比較は、配列番号１５１、１５３
および１５４の配列に対して有意な相同性を示さなかった。配列番号１４９、１
５２、１５６、１５７および１５８の配列は、以前に単離された発現配列タグ（
ＥＳＴ）に対していくらかの相同性を示すことが見出された。配列番号１５０、
１５５および１５９〜１８１の配列は、ヒトにおいて以前に同定された配列に対
して相同性を示すことが見出された。

【０１０５】 （実施例５ 肺腫瘍ポリぺプチドの組織特異性の決定） 遺伝子特異的なプライマーを使用して、代表的な肺腫瘍ポリぺプチドのｍＲＮ
Ａの発現レベルを、ＲＴ−ＰＣＲを用いて種々の正常組織および腫瘍組織で試験
した。

【０１０６】 概略すると、全ＲＮＡを、Ｔｒｉｚｏｌ試薬を使用して種々の正常組織および
腫瘍組織から抽出した。第１鎖の合成を、ＳｕｐｅｒＳｃｒｉｐｔ ＩＩ逆転写
酵素（ＢＲＬ Ｌｉｆｅ Ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｉｅｓ）と共に２μｇの全ＲＮＡ
を使用して４２℃で１時間行った。次いで、ｃＤＮＡを遺伝子特異的なプライマ
ーを用いてＰＣＲによって増幅した。ＰＴ−ＰＣＲの半定量的な性質を保証する
ために、βアクチンを、試験される各組織についての内部コントロールとして使
用した。１：３０希釈のｃＤＮＡの１μｌを使用して、βアクチンテンプレート
の直線範囲（ｌｉｎｅａｒ ｒａｎｇｅ）増幅を可能にし、そして開始コピー数
における相違を反映するのに十分な感受性であった。これらの条件を使用して、
βアクチンレベルを、各組織からの各逆転写反応について決定した。ＤＮＡ混入
をＤＮａｓｅ処置によって最小化し、そして逆転写酵素を添加することなく調製
された第１鎖ｃＤＮＡを使用する場合は陰性ＰＣＲ結果を確証することによって
最小化した。

【０１０７】 ｍＲＮＡの発現レベルを、５つの異なる型の腫瘍組織（３人の患者由来の肺扁
平上皮腫瘍、肺腺腫、前立腺腫瘍、結腸腫瘍および***腫瘍）、ならびに異なる
正常組織（４人の患者由来の肺、前立腺、脳、腎臓、肝臓、卵巣、骨格筋、皮膚
、小腸、心筋層、網膜および精巣を含む）において試験した。Ｌ８６Ｓ−４６は
、肺扁平上皮腫瘍、結腸腫瘍および前立腺腫瘍において高レベルで発現されてい
ることが見出され、そして試験した他の組織においては検出されなかった。Ｌ８
６Ｓ−５は、肺腫瘍サンプルおよび４つの正常肺サンプルの２つにおいて発現さ
れることが見出されたが、試験した他の正常組織または腫瘍組織においては見出
されなかった。Ｌ８６Ｓ−１６は、正常肝臓および正常胃を除くすべての組織に
おいて発現されることが見出された。リアルタイムＰＣＲを使用して、Ｌ８６Ｓ
−４６は、試験した他の全ての組織においては低いかまたは検出不可能な発現で
あったのに対し、肺扁平上皮組織および正常扁桃においては過剰発現されること
が見出された。

【０１０８】 （実施例６ 肺腫瘍抗原をコードするＤＮＡ配列の単離） 扁平上皮細胞肺腫瘍形成に潜在的に関与する抗原をコードするＤＮＡ配列を、
以下のように単離した。

【０１０９】 肺腫瘍指向性のｃＤＮＡ発現ライブラリーを、λＺＡＰ Ｅｘｐｒｅｓｓ発現
系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏｌｌａ，ＣＡ）を使用して構築した。ラ
イブラリーに対する全ＲＮＡを２つのヒト扁平上皮肺癌のプールから得、そして
ポリＡ＋ＲＮＡを、オリゴｄＴセルロース（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅ
ｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を使用して単離した。ファージミドをランダムにレスキュ
ーし、そして単離されたクローンのｃＤＮＡ配列を決定した。

【０１１０】 クローンＳＬＴ−Ｔ１について決定したｃＤＮＡ配列を、配列番号１０２に提
供し、クローンＳＬＴ−Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ３、ＳＬＴ−Ｔ５、ＳＬＴ−Ｔ７、Ｓ
ＬＴ−Ｔ９、ＳＬＴ−Ｔ１０、ＳＬＴ−Ｔ１１およびＳＬＴ−Ｔ１２について決
定した５’ｃＤＮＡ配列を、それぞれ配列番号１０３〜１１０に提供する。ＳＬ
Ｔ−Ｔ１、ＳＬＴ−Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ３、ＳＬＴ−Ｔ１０およびＳＬＴ−Ｔ１２
について対応する推定アミノ酸配列を、それぞれ配列番号１１１〜１１５に提供
する。上記に記載される公共のデータベースの配列とＳＬＴ−Ｔ２、ＳＬＴ−Ｔ
３、ＳＬＴ−Ｔ５、ＳＬＴ−Ｔ７、ＳＬＴ−Ｔ９およびＳＬＴ−Ｔ１１について
の配列との比較は、有意な相同性を示さなかった。ＳＬＴ−Ｔ１０およびＳＬＴ
−Ｔ１２についての配列は、ヒトにおいて以前に同定された配列に対していくら
かの相同性を示すことが見出された。

【０１１１】 ＳＬＴ−Ｔ１の配列は、未知のタンパク質機能のＰＡＣクローンに対していく
らかの相同性を示すことが決定された。ＳＬＴ−Ｔ１のｃＤＮＡ配列（配列番号
１０２）は、変異誘発（ＭＵＴＴ）ドメインを含むことが見出された。このよう
なドメインは、ＡからＧへの塩基転換を引き起こし得るＤＮＡからの損傷したグ
アニンの除去において機能することが公知である（例えば、ｅｌＤｅｉｒｙ，Ｗ
．Ｓ．，１９９７ Ｃｕｒｒ．Ｏｐｉｎ．Ｏｎｃｏｌ．９：７９−８７；Ｏｋａ
ｍｏｔｏ，ｋ．ら １９９６ Ｉｎｔ．Ｊ．Ｃａｎｃｅｒ ６５：４３７−４１
；Ｗｕ，Ｃ．ら １９９５ Ｂｉｏｃｈｅｍ．Ｂｉｏｐｈｙｓ．Ｒｅｓ．Ｃｏｍ
ｍｕｎ．２１４：１２３９−４５；Ｐｏｒｔｅｒ，Ｄ．Ｗ．ら １９９６ Ｃｈ
ｅｍ．Ｒｅｓ．Ｔｏｘｉｃｏｌ．９：１３７５−８１を参照のこと）。従って、
ＳＬＴ−Ｔ１は、ＤＮＡ修復の崩壊によって引き起こされるか、またはＤＮＡ修
復の崩壊に関与する肺癌の処置（遺伝子治療によって）に有用であり得る。

【０１１２】 さらなる研究において、抗原をコードするＤＮＡ配列は、以下のように単離さ
れた腺腫肺腫瘍形成に強力に関与した。ヒト肺腫瘍指向性ｃＤＮＡ発現ライブラ
リーを、λＺＡＰ Ｅｘｐｒｅｓｓ発現系（Ｓｔｒａｔａｇｅｎｅ，Ｌａ Ｊｏ
ｌｌａ，ＣＡ）を使用して構築した。ライブラリーについての全ＲＮＡを、後期
ＳＣＩＤマウス継代ヒト腺腫から得、そしてポリＡ＋ＲＮＡをＭｅｓｓａｇｅ
Ｍａｋｅｒキット（Ｇｉｂｃｏ ＢＲＬ，Ｇａｉｔｈｅｒｓｂｕｒｇ，ＭＤ）を
使用して単離した。ファージミドをランダムにレスキューし、そして単離された
クローンのｃＤＮＡ配列を決定した。

【０１１３】 ５つの単離されたクローン（ＳＡＬＴ−Ｔ３、ＳＡＬＴ−Ｔ４、ＳＡＬＴ−Ｔ
７、ＳＡＬＴ−Ｔ８およびＳＡＬＴ−Ｔ９と呼ばれる）について決定された５の
ｃＤＮＡ配列を、配列番号１１６〜１２０に提供し、対応する推定アミノ酸配列
を、配列番号１２１〜１２５に提供する。ＳＡＬＴ−Ｔ３は、以前に同定された
ヒトトランスデューシン様エンハンサータンパク質ＴＬＥ２に対して９８％の同
一性を示すことが見出された。ＳＡＬＴ−Ｔ４は、マウスＨβ５８遺伝子のヒト
ホモログであるようである。ＳＡＬＴ−Ｔ７は、ヒトの３−メルカプトピルビン
酸スルファートランスフェラーゼに対して９７％の同一性を有することが見出さ
れ、そしてＳＡＬＴ−Ｔ８は、ヒトのインターフェロン誘導性タンパク質１−８
Ｕに対して相同性を示すことが見出された。ＳＡＬＴ−Ｔ９は、ヒトのムチンＭ
ＵＣ ５Ｂに対して約９０％の同一性を示す。

【０１１４】 （実施例７ ポリぺプチドの合成） ポリぺプチドを、ＨＰＴＵ（Ｏ−ベンゾトリアゾールＮ，Ｎ，Ｎ’，Ｎ’−テ
トラメチルウロニウムヘキサフルオロリン酸）活性化を伴うＦＭＯＣ化学的作用
を使用して、Ｐｅｒｋｉｎ Ｅｌｍｅｒ／Ａｐｐｌｉｅｄ Ｂｉｏｓｙｓｔｅｍ
ｓ Ｄｉｖｉｓｉｏｎ ４３０Ａペプチドシンセサイザーで合成し得る。Ｇｌｙ
−Ｃｙｓ−Ｇｌｙ配列を、結合、固定化表面に対する結合、またはペプチドの標
識化の方法を提供するためにペプチドのアミノ末端に付着し得る。固体支持体か
らのペプチドの切断を、以下の切断混合物を使用して実行し得る：トリフルオロ
酢酸：エタンジチオール：チオアニソール：水：フェノール（４０：１：２：２
：３）。２時間の切断後、ペプチドを低温のメチル−ｔ−ブチル−エーテル中で
沈降させ得る。次いで、ペプチドペレットを０．１％トリフルオロ酢酸（ＴＦＡ
）を含む水に溶解させ得、そしてＣ１８逆層ＨＰＬＣによって精製する前に凍結
乾燥させ得る。水（０．１％ ＴＦＡを含む）の中での０％〜６０％のアセトニ
トリル（０．１％ ＴＦＡを含む）の勾配を使用して、ペプチドを溶出し得る。
純粋な画分の凍結乾燥に続いて、このペプチドを、エレクトロスプレーまたは他
の型の質量分析器を使用して、およびアミノ酸分析によって特徴付けし得る。

【０１１５】 前述から、本発明の特定の実施態様は、例示の目的ために本明細書中に記載さ
れたが、種々の改変は、本発明の精神および範囲から逸脱することなく行われ得
ることが理解される。

【配列表】

───────────────────────────────────────────────────── フロントページの続き (51)Int.Cl.⁷ 識別記号 ＦＩ テーマコート゛(参考） Ａ６１Ｋ 39/395 Ａ６１Ｐ 11/00 ４Ｃ０８５ 35/00 ４Ｃ０８７ Ａ６１Ｐ 11/00 Ｃ０７Ｋ 14/47 ４Ｈ０４５ 35/00 16/18 Ｃ０７Ｋ 14/47 19/00 16/18 Ｃ１２Ｎ 1/19 19/00 1/21 Ｃ１２Ｎ 1/19 Ｃ１２Ｐ 21/08 1/21 Ｃ１２Ｑ 1/68 Ａ 5/10 Ｇ０１Ｎ 33/53 Ｄ Ｃ１２Ｐ 21/08 33/574 Ａ Ｃ１２Ｑ 1/68 33/577 Ｂ Ｇ０１Ｎ 33/53 (Ｃ１２Ｎ 1/21 33/574 Ｃ１２Ｒ 1:19） 33/577 Ｃ１２Ｎ 15/00 ＺＮＡＡ //(Ｃ１２Ｎ 1/21 Ａ６１Ｋ 37/02 Ｃ１２Ｒ 1:19） Ｃ１２Ｎ 5/00 Ｂ (31)優先権主張番号 ０９／０４０，８２８ (32)優先日 平成10年３月18日(1998．3．18) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／０４０，８３１ (32)優先日 平成10年３月18日(1998．3．18) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／１２２，１９２ (32)優先日 平成10年７月23日(1998．7．23) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／１２２，１９１ (32)優先日 平成10年７月23日(1998．7．23) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (31)優先権主張番号 ０９／２１９，２４５ (32)優先日 平成10年12月22日(1998．12．22) (33)優先権主張国 米国（ＵＳ） (81)指定国 ＥＰ(ＡＴ，ＢＥ，ＣＨ，ＣＹ， ＤＥ，ＤＫ，ＥＳ，ＦＩ，ＦＲ，ＧＢ，ＧＲ，ＩＥ，Ｉ Ｔ，ＬＵ，ＭＣ，ＮＬ，ＰＴ，ＳＥ)，ＯＡ(ＢＦ，ＢＪ ，ＣＦ，ＣＧ，ＣＩ，ＣＭ，ＧＡ，ＧＮ，ＧＷ，ＭＬ， ＭＲ，ＮＥ，ＳＮ，ＴＤ，ＴＧ)，ＡＰ(ＧＨ，ＧＭ，Ｋ Ｅ，ＬＳ，ＭＷ，ＳＤ，ＳＺ，ＵＧ，ＺＷ)，ＥＡ(ＡＭ ，ＡＺ，ＢＹ，ＫＧ，ＫＺ，ＭＤ，ＲＵ，ＴＪ，ＴＭ) ，ＡＬ，ＡＭ，ＡＴ，ＡＵ，ＡＺ，ＢＡ，ＢＢ，ＢＧ， ＢＲ，ＢＹ，ＣＡ，ＣＨ，ＣＮ，ＣＵ，ＣＺ，ＤＥ，Ｄ Ｋ，ＥＥ，ＥＳ，ＦＩ，ＧＢ，ＧＥ，ＧＨ，ＧＭ，ＨＲ ，ＨＵ，ＩＤ，ＩＬ，ＩＳ，ＪＰ，ＫＥ，ＫＧ，ＫＰ， ＫＲ，ＫＺ，ＬＣ，ＬＫ，ＬＲ，ＬＳ，ＬＴ，ＬＵ，Ｌ Ｖ，ＭＤ，ＭＧ，ＭＫ，ＭＮ，ＭＷ，ＭＸ，ＮＯ，ＮＺ ，ＰＬ，ＰＴ，ＲＯ，ＲＵ，ＳＤ，ＳＥ，ＳＧ，ＳＩ， ＳＫ，ＳＬ，ＴＪ，ＴＭ，ＴＲ，ＴＴ，ＵＡ，ＵＧ，Ｕ Ｚ，ＶＮ，ＹＵ，ＺＷ (72)発明者 フルダキス， トニー エヌ． アメリカ合衆国 ワシントン 99232− 0232， シアトル， ピー．オー． ボッ クス 99232 (72)発明者 モハマス， ラオドー アメリカ合衆国 ワシントン 98118， シアトル， サウス モーガン 4205 Ｆターム(参考） 4B024 AA01 AA12 BA36 CA04 CA09 DA02 DA06 DA12 GA11 HA01 HA03 HA12 HA15 4B063 QA01 QA18 QQ02 QQ52 QR32 QR55 QR62 QS14 QS25 QS34 QX02 QX07 4B064 AG01 AG27 CA10 CA19 CA20 CC24 CE07 CE08 CE10 DA01 DA14 4B065 AA26X AA90X AA91X AA91Y AA93Y AB01 AC14 BA02 CA24 CA45 CA46 4C084 AA02 AA07 BA01 BA20 BA22 CA53 ZB092 ZB262 4C085 AA03 AA14 AA21 BB01 DD63 4C087 AA01 BB34 ZB26 4H045 AA11 AA20 AA30 BA10 BA41 CA41 DA76 DA86 EA28 EA31 EA51 FA33 FA74 GA23 GA26

Claims (60)

【特許請求の範囲】
1. 【請求項１】 単離されたポリヌクレオチドであって、以下： （ａ） 配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５
   、６３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、
   １０９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８で提供
   される配列； （ｂ） 配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５
   、６３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、
   １０９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８で提供
   される該配列の相補体；ならびに （ｃ） （ａ）および（ｂ）の配列の改変体、 からなる群から選択されるヌクレオチド配列を含む、ポリヌクレオチド。
2. 【請求項２】 肺腫瘍タンパク質の免疫原部分またはその改変体の免疫原部
   分を含む単離されたポリペプチドであって、ここで該タンパク質が、請求項１に
   記載のポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、ポリペプチ
   ド。
3. 【請求項３】 請求項２に記載の単離されたポリペプチドであって、ここで
   該ポリペプチドが、配列番号１８２、１８４〜１９３および２１６に列挙される
   配列の群から選択された配列を含む、ポリペプチド。
4. 【請求項４】 請求項３に記載のポリペプチドをコードするヌクレオチド配
   列を含む、ポリヌクレオチド。
5. 【請求項５】 請求項１または４に記載のポリヌクレオチドを含む、発現ベ
   クター。
6. 【請求項６】 請求項５に記載の発現ベクターで形質転換された、宿主細胞
   。
7. 【請求項７】 請求項６に記載の宿主細胞であって、該宿主細胞が、Ｅ．ｃ
   ｏｌｉ、酵母、および哺乳動物細胞株からなる群から選択される、宿主細胞。
8. 【請求項８】 請求項２に記載のポリペプチドおよび生理学的に受容可能な
   キャリアを含む、薬学的組成物。
9. 【請求項９】 請求項２に記載のポリペプチドおよび免疫応答エンハンサー
   を含む、ワクチン。
10. 【請求項１０】 請求項９に記載のワクチンであって、ここで前記免疫応答
    エンハンサーがアジュバントである、ワクチン。
11. 【請求項１１】 請求項１または４に記載のポリヌクレオチドおよび免疫応
    答エンハンサーを含む、ワクチン。
12. 【請求項１２】 請求項１１に記載のワクチンであって、ここで前記免疫応
    答エンハンサーがアジュバントである、ワクチン。
13. 【請求項１３】 ポリペプチドおよび生理学的に受容可能なキャリアを含む
    肺癌の処置のための薬学的組成物であって、該ポリペプチドは肺のタンパク質の
    免疫原部分またはそれらの改変体の免疫原部分を含み、ここで該タンパク質は、
    以下： （ａ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １に列挙される配列； （ｂ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １の配列に相補的な配列；ならびに （ｃ） （ａ）および（ｂ）の配列の改変体、 からなる群から選択される配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるア
    ミノ酸配列を含む、薬学的組成物。
14. 【請求項１４】 ポリペプチドおよび免疫応答エンハンサーを含む肺癌の処
    置のためのワクチンであって、該ポリペプチドは肺のタンパク質の免疫原部分ま
    たはそれらの改変体の免疫原部分を含み、ここで該タンパク質は、以下： （ａ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １に列挙される配列： （ｂ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １の配列に相補的な配列；ならびに （ｃ） （ａ）および（ｂ）の配列の改変体、 からなる群から選択される配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるア
    ミノ酸配列を含む、ワクチン。
15. 【請求項１５】 ポリヌクレオチドおよび免疫応答エンハンサーを含む肺癌
    の処置のためのワクチンであって、該ポリヌクレオチドは、以下： （ａ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １に列挙される配列； （ｂ） 配列番号１２〜１８、２０、２１、２６、４９、５０、５２、５４、６
    ４、６６、６８、６９、７１、７８、８４、８５、８８、９１、９２、１１６〜
    １２０、１２６〜１３８、１４０〜１４２、１５０、１５５および１５９〜１８
    １の配列に相補的な配列；ならびに （ｃ） （ａ）および（ｂ）の配列の改変体、 からなる群から選択される配列を含む、ワクチン。
16. 【請求項１６】 患者の肺癌の発達を阻止する方法であって、請求項８また
    は１３に記載の前記薬学的組成物の有効な量を該患者に投与する工程を含む、方
    法。
17. 【請求項１７】 患者の肺癌の発達を阻止するための方法であって、請求項
    ９、１１、１４または１５のいずれか１つに記載の前記ワクチンの有効な量を該
    患者に投与する工程を含む、方法。
18. 【請求項１８】 請求項２に記載のポリペプチドを少なくとも１つ含む、融
    合タンパク質。
19. 【請求項１９】 請求項２に記載のポリペプチドを少なくとも２つ含む、融
    合タンパク質。
20. 【請求項２０】 請求項２に記載のポリペプチドおよび公知の肺癌腫瘍抗原
    を含む、融合タンパク質。
21. 【請求項２１】 請求項１８〜２０のいずれか１つに記載の融合タンパク質
    および生理学的に受容可能なキャリアを含む、薬学的組成物。
22. 【請求項２２】 請求項１８〜２０のいずれか１つに記載の融合タンパク質
    および免疫応答エンハンサーを含む、ワクチン。
23. 【請求項２３】 前記免疫応答エンハンサーがアジュバントである、請求項
    ２２に記載のワクチン。
24. 【請求項２４】 患者の肺癌の発達を阻止するための方法であって、請求項
    ２１に記載の薬学的組成物の有効な量を該患者に投与する工程を含む、方法。
25. 【請求項２５】 患者の肺癌の発達を阻止するための方法であって、請求項
    ２２に記載のワクチンの有効な量を該患者に投与する工程を含む、方法。
26. 【請求項２６】 患者の肺癌の発達を阻止するための方法であって、ポリヌ
    クレオチドが該患者の細胞に入り、そしてその中で該ポリヌクレオチドが発現さ
    れるような条件下で該患者に投与する工程を含み、該ポリヌクレオチドが、以下
    ： （ａ） 配列番号１０２に提供される配列； （ｂ） 配列番号１０２の配列に相補的な配列；および （ｃ） 配列番号１０２の配列の改変体、 からなる群から選択される配列を有する、方法。
27. 【請求項２７】 患者の肺癌を検出するための方法であって、以下： （ａ） ポリペプチドに結合可能である結合薬剤と該患者から得られた生物学的
    サンプルとを接触する工程であって、該ポリペプチドは肺腫瘍タンパク質の免疫
    原部分またはそれらの改変体の免疫原部分を含み、ここで該タンパク質は、配列
    番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４
    〜９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１で提供される配
    列、該配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオ
    チド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、工
    程；および （ｂ） サンプル中の、結合薬剤に結合するポリペプチドを検出し、それによっ
    て患者の肺癌を検出する工程、 を含む、方法。
28. 【請求項２８】 前記結合薬剤が、モノクローナル抗体である、請求項２７
    に記載の方法。
29. 【請求項２９】 前記結合薬剤が、ポリクローナル抗体である、請求項２８
    に記載の方法。
30. 【請求項３０】 患者の肺癌の進行をモニタリングするための方法であって
    、以下： （ａ） 患者から得られた生物学的サンプルとポリペプチドに結合可能である結
    合薬剤とを接触する工程であって、該ポリペプチドは肺腫瘍タンパク質の免疫原
    部分またはそれらの改変体の免疫原部分を含み、ここで該タンパク質は、配列番
    号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜
    ９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１に列挙される配列
    、該配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオチ
    ド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、工程
    ； （ｂ） サンプル中で、結合薬剤に結合するポリペプチドの量を決定する工程； （ｃ） 工程（ａ）および（ｂ）を繰り返す工程；ならびに （ｄ） 工程（ｂ）および（ｃ）において検出されるポリペプチドの量を比較し
    、該患者の肺癌の進行をモニタリングする工程、 を含む、方法。
31. 【請求項３１】 肺腫瘍タンパク質の免疫原部分またはそれらの改変体の免
    疫原部分を含むポリペプチドと結合するモノクローナル抗体であって、ここで該
    タンパク質が、以下： （ａ） 配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５
    、６３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、
    １０９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８に列挙
    される配列； （ｂ） 配列番号１〜１１、１９、２２〜２５、２７〜３１、５１、５３、５５
    、６３、７０、７２、７９、８０、８６、８７、８９、９０、１０２〜１０７、
    １０９、１３９、１４３〜１４９、１５１〜１５４および１５６〜１５８に列挙
    されるヌクレオチド配列の相補体；ならびに （ｃ） （ａ）および（ｂ）の配列の改変体、 からなるグループから選択されたヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによ
    ってコードされるアミノ酸配列を含む、モノクローナル抗体。
32. 【請求項３２】 患者の肺癌の発達を阻止するための方法であって、治療上
    有効な量の請求項３１に記載のモノクローナル抗体を、該患者に投与する工程を
    含む、方法。
33. 【請求項３３】 前記モノクローナル抗体が治療用薬剤に結合されている、
    請求項３２に記載の方法。
34. 【請求項３４】 患者の肺癌を検出するための方法であって、以下： （ａ） 該患者から生物学的サンプルを得る工程； （ｂ） 該サンプルとポリメラーゼ連鎖反応における少なくとも２つのオリゴヌ
    クレオチドプライマーとを接触する工程であって、ここで少なくとも１つの該オ
    リゴヌクレオチドが、肺腫瘍タンパク質の免疫原部分またはそれらの改変体の免
    疫原部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的であり、該
    タンパク質は、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２
    、７８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１
    ８１に列挙される配列、該配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から
    選択されるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミ
    ノ酸配列を含む、工程；ならびに （ｃ） 該オリゴヌクレオチドプライマーの存在下で増幅するＤＮＡ配列をサン
    プル中で検出し、それによって肺癌を検出する工程、 を含む、方法。
35. 【請求項３５】 請求項３４に記載の方法であって、ここで少なくとも１つ
    の前記オリゴヌクレオチドプライマーが、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３
    、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１０、１１６
    〜１２０および１２６〜１８１から選択される配列を含むポリヌクレオチドの少
    なくとも約１０の連続するヌクレオチドを含む、方法。
36. 【請求項３６】 診断キットであって、以下： （ａ） 請求項３１に記載の１つ以上のモノクローナル抗体；および （ｂ） 検出試薬、 を含む、キット。
37. 【請求項３７】 請求項３６に記載のキットであって、ここで前記モノクロ
    ーナル抗体が、固体支持体上に固定される、キット。
38. 【請求項３８】 請求項３７に記載のキットであって、ここで前記固体支持
    体がニトロセルロース、ラテックス、またはプラスチック部材を含む、キット。
39. 【請求項３９】 請求項３６に記載のキットであって、ここで前記検出試薬
    が、結合薬剤に結合したレポーター群を含む、キット。
40. 【請求項４０】 請求項３９に記載のキットであって、ここで前記結合薬剤
    が、抗免疫グロブリン、プロテインＧ、プロテインＡおよびレクチンからなる群
    から選択される、キット。
41. 【請求項４１】 請求項３９に記載のキットであって、ここで前記レポータ
    ー群が、放射性同位体、蛍光群、発光群、酵素、ビオチンおよび色素粒子からな
    る群から選択される、キット。
42. 【請求項４２】 少なくとも２つのオリゴヌクレオチドプライマーを含む診
    断キットであって、少なくとも１つの該オリゴヌクレオチドプライマーは、肺腫
    瘍タンパク質の免疫原部分またはそれらの改変体の免疫原部分を含むポリペプチ
    ドをコードするポリヌクレオチドに特異的であり、該タンパク質が、配列番号１
    〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２
    、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１に列挙される配列、該
    配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオチド配
    列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、キット。
43. 【請求項４３】 請求項４２に記載の診断キットであって、ここで少なくと
    も１つの前記オリゴヌクレオチドプライマーが、配列番号１〜３１、４９〜５５
    、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１０、
    １１６〜１２０および１２６〜１８１で提供される配列、該配列の相補体ならび
    にそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有するポリヌク
    レオチドの少なくとも約１０の連続するヌクレオチドを含む、キット。
44. 【請求項４４】 患者の肺癌を検出するための方法であって、以下： （ａ） 該患者から生物学的サンプルを得る工程； （ｂ） 該生物学的サンプルと肺腫瘍タンパク質の免疫原部分またはそれらの改
    変体の免疫原部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的で
    あるオリゴヌクレオチドプローブとを接触する工程であって、該タンパク質は、
    配列番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、
    ８４〜９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１に列挙され
    る配列、該ヌクレオチド配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選
    択されるヌクレオチド配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ
    酸配列を含む、工程；および （ｃ） オリゴヌクレオチドプローブにハイブリダイズするＤＮＡ配列をサンプ
    ル中で検出し、それによって該患者の肺癌を検出する工程、 を含む、方法。
45. 【請求項４５】 請求項４４に記載の方法であって、ここで、前記オリゴヌ
    クレオチドプローブが、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６
    ８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１
    ２６〜１８１に列挙される配列、該ヌクレオチド配列の相補体ならびにそれらの
    改変体からなる群から選択されるヌクレオチド配列を有するポリヌクレオチドの
    少なくとも約１５の連続したヌクレオチドを含む、方法。
46. 【請求項４６】 肺腫瘍タンパク質の免疫原部分またはそれらの改変体の免
    疫原部分を含むポリペプチドをコードするポリヌクレオチドに特異的であるオリ
    ゴヌクレオチドプローブを含む診断キットであって、該タンパク質は、配列番号
    １〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９
    ２、１０２〜１１０、１１６〜１２０および１２６〜１８１に列挙される配列、
    該配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオチド
    配列を含むポリヌクレオチドによってコードされるアミノ酸配列を含む、キット
    。
47. 【請求項４７】 請求項４６に記載の診断キットであって、ここで前記オリ
    ゴヌクレオチドプローブが、配列番号１〜３１、４９〜５５、６３、６４、６６
    、６８〜７２、７８〜８０、８４〜９２、および１０２〜１１０に列挙される配
    列、該配列の相補体ならびにそれらの改変体からなる群から選択されるヌクレオ
    チド配列を有するポリヌクレオチドの少なくとも約１５の連続したヌクレオチド
    を含む、診断キット。
48. 【請求項４８】 患者の肺ガンを処置するための方法であって、以下の工程
    ： （ａ） 該患者から末梢血細胞を得る工程； （ｂ） Ｔ細胞が増殖するように、請求項２に記載のポリペプチドの少なくとも
    １つの存在下で該細胞をインキュベートする工程；および （ｃ）該増殖したＴ細胞を該患者に投与する工程、 を含む、方法。
49. 【請求項４９】 該患者の肺ガンを処置するための方法であって、以下の工
    程： （ａ） 該患者から末梢血細胞を得る工程； （ｂ） Ｔ細胞が増殖するように、請求項１に記載のポリペプチドの少なくとも
    １つの存在下で該細胞をインキュベートする工程；および （ｃ）該増殖したＴ細胞を該患者に投与する工程、 を含む、方法。
50. 【請求項５０】 Ｔ細胞をインキュベートする前記工程が、一回以上繰り返
    される、請求項４８および４９のいずれか１つに記載の方法。
51. 【請求項５１】 請求項４８および４９のいずれか１つに記載の方法であっ
    て、ここで工程（ａ）は、さらに前記末梢血細胞からＴ細胞を分離する工程を含
    み、かつ工程（ｂ）でインキュベートされる前記細胞が該Ｔ細胞である、方法。
52. 【請求項５２】 請求項４８および４９のいずれか１つに記載の方法であっ
    て、ここで工程（ａ）は、さらに前記末梢血細胞からＣＤ４＋細胞またはＣＤ８
    ＋細胞を分離する工程を含み、かつ工程（ｂ）で増殖される前記細胞がＣＤ４＋
    Ｔ細胞またはＣＤ８＋Ｔ細胞である、方法。
53. 【請求項５３】 請求項４８および４９のいずれか１つに記載の方法であっ
    て、ここで工程（ｂ）は、さらに前記ポリペプチドの存在下で増殖される１つ以
    上のＴ細胞をクローニングする工程を含む、方法。
54. 【請求項５４】 患者の肺癌の処置のための組成物であって、薬学的に受容
    可能なキャリアと組み合わせて請求項２に記載のポリペプチドの存在下で増殖さ
    れるＴ細胞を含む、組成物。
55. 【請求項５５】 患者の肺癌の処置のための組成物であって、薬学的に受容
    可能なキャリアと組み合わせて請求項１に記載のポリペプチドの存在下で増殖さ
    れるＴ細胞を含む、組成物。
56. 【請求項５６】 患者の肺癌を処置するための方法であって、以下の工程： （ａ） 少なくとも１つの請求項２のポリペプチドの存在下で抗原提示細胞をイ
    ンキュベートする工程；および （ｂ） 該インキュベートされた抗原提示細胞を該患者に投与する工程、 を含む、方法。
57. 【請求項５７】 患者の肺癌を処置するための方法であって、以下の工程： （ａ） 少なくとも１つの請求項１のポリヌクレオチドの存在下で抗原提示細胞
    をインキュベートする工程；および （ｂ） 該インキュベートされた抗原提示細胞を該患者に投与する工程、 を含む、方法。
58. 【請求項５８】 請求項５４または５５に記載の方法であって、ここで前記
    抗原提示細胞が、樹状突起細胞およびマクロファージ細胞からなる群から選択さ
    れる、方法。
59. 【請求項５９】 患者の肺癌の処置のための組成物であって、薬学的に受容
    可能なキャリアと組み合わせて請求項２に記載のポリペプチドの存在下でインキ
    ュベートされる抗原提示細胞を含む、組成物。
60. 【請求項６０】 患者の肺癌の処置のための組成物であって、薬学的に受容
    可能なキャリアと組み合わせて請求項１に記載のポリペプチドの存在下でインキ
    ュベートされる抗原提示細胞を含む、組成物。