JP2001508307A - 質量標識結合ハイブリダイゼーションプローブ - Google Patents
質量標識結合ハイブリダイゼーションプローブInfo
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Abstract
Description
Claims (1)
- 【特許請求の範囲】 1.ハイブリダイゼーションプローブ配列であって、その各々が所定の鎖長の 既知の塩基配列に結合された質量標識を有し、配列の各々の質量標識および必要 に応じて既知の塩基配列が質量分析法によりその塩基配列と関連づけることが可 能である、ハイブリダイゼーションプローブ配列。 2.各質量標識が、配列の全ての他の質量標識に対して独自に識別可能である 、請求項1に記載の配列。 3.塩基配列の所定の鎖長が2〜25である、請求項1または請求項2に記載 の配列。 4.各質量標識がそのそれぞれの既知の塩基配列に開裂可能であるように結合 され、そのそれぞれの既知の塩基配列から放出されたとき、質量分析法によりそ の塩基配列と関連づけることが可能である、請求項1乃至3のいずれか1項に記 載の配列。 5.各質量標識が光開裂可能な結合、化学的に開裂可能な結合または熱的に開 裂可能な結合によって既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、請求 項4に記載の配列。 6.各質量標識が、質量分析計内にあるとき開裂する結合によって既知の塩基 配列に開裂可能であるように結合される、請求項4または請求項5に記載の配列 。 7.結合が質量分析計のイオン化室内で開裂する、請求項6に記載の配列。 8.各質量標識が、電子衝撃イオン化に対して質量標識より安定性が小さい結 合によりそのそれぞれの既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、請 求項4乃至7のいずれか1項に記載の配列。 9.各質量標識がイオン化条件下において負に荷電される、請求項4乃至8の いずれか1項に記載の配列。 10.質量標識が50Vの電子衝撃イオン化に対して安定である、請求項1乃 至9のいずれか1項に記載の配列。 11.既知の塩基配列が、所定の置換位置において認識部位から切断する制限 エンドヌクレアーゼの認識部位を有するアダプターオリゴヌクレオチドの突出末 端を有する、請求項1乃至10のいずれか1項に記載の配列。 12.既知の塩基配列が複数の同一の質量標識に結合される、請求項1乃至1 1のいずれか1項に記載の配列。 13.質量標識および必要に応じて質量標識のそれぞれの既知の塩基配列の質 量分析法によりプローブのハイブリダイゼーションを測定する方法における、請 求項1乃至12のいずれか1項に記載のハイブリダイゼーションプローブ配列の 用途。 14.質量標識および必要に応じて既知の塩基配列の質量分析法によりプロー ブのハイブリダイゼーションを測定する方法における、所定の鎖長の既知の塩基 配列に結合された質量標識を有するハイブリダイゼーションプローブの用途。 15.塩基配列の所定の鎖長が2〜25である、請求項14に記載の用途。 16.質量標識が既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、請求項 14または請求項15に記載の用途。 17.質量標識が光開裂可能な結合、化学的に開裂可能な結合または熱的に開 裂可能な結合によって既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、請求 項16に記載の用途。 18.質量標識が、質量分析計内にあるとき開裂する結合によって既知の塩基 配列に開裂可能であるように結合される、請求項16または請求項17に記載の 用途。 19.結合が質量分析計のイオン化室内で開裂する、請求項18に記載の用途 。 20.各質量標識が、電子衝撃イオン化に対して質量標識より安定性が小さい 結合によりそのそれぞれの既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、 請求項16乃至19のいずれか1項に記載の用途。 21.各質量標識がイオン化条件下において負に荷電される、請求項16乃至 20のいずれか1項に記載の用途。 22.質量標識が質量分析計内において既知の塩基配列から分離可能である、 請求項16乃至21のいずれか1項に記載の用途。 23.質量標識が50Vの電子衝撃イオン化に対して安定である、請求項14 乃至22のいずれか1項に記載の用途。 24.既知の塩基配列が、所定の置換位置において認識部位から切断する制限 エンドヌクレアーゼの認識部位を有するアダプターオリゴヌクレオチドの突出末 端を有する、請求項14乃至23のいずれか1項に記載の用途。 25.ポリメラーゼ連鎖反応またはリガーゼ連鎖反応中にプローブのハイブリ ダイゼーションを測定するための、請求項14乃至23のいずれか1項に記載の 用途。 26.既知の塩基配列が複数の同一の質量標識に結合される、請求項14乃至 24のいずれか1項に記載の用途。 27.本発明の方法が主にオンラインで実施される、請求項13乃至26のい ずれか1項に記載の用途。 28.プローブ配列と標的核酸とのハイブリダイゼーションを測定するための 方法であって、 (a)プローブを標的核酸にハイブリダイゼーションさせる条件下において、 標的核酸と、所定の鎖長の既知の塩基配列に結合された質量標識を有する複数 のハイブリダイゼーションプローブ配列とを接触させるステップと、必要に応じ てハイブリダイゼーションしていない材料を除去するステップと、 (b)質量分析法によりハイブリダイゼーションしたプローブを同定するステッ プと、 を含む方法。 29.各質量標識がそのそれぞれの塩基配列に開裂可能であるように結合され 、ハイブリダイゼーションした各プローブが開裂されて質量標識を放出し、放出 された標識が質量分析計を使用して同定される、請求項28に記載の方法。 30.プローブと標的核酸とのハイブリダイゼーションを検知するための方法 であって、 (a)プローブを標的核酸にハイブリダイゼーションさせる条件下において、 標的核酸と、所定の鎖長の既知の塩基配列に結合された質量標識を有するハイ ブリダイゼーションプローブ配列とを接触させるステップと、必要に応じてハイ ブリダイゼーションしていない材料を除去するステップと、 (b)質量分析法によりハイブリダイゼーションしたプローブを同定するステッ プと、 を含む方法。 31.質量標識が、そのそれぞれの塩基配列に開裂可能であるように結合され 、ハイブリダイゼーションしたプローブが開裂されて質量標識を放出し、放出さ れた標識が質量分析計を使用して同定される、請求項30に記載の方法。 32.質量分析法の1つの試料または各試料が、エレクトロスプレーイオン化 またはマトリックス介助型レーザー脱離イオン化によって調製される、請求項2 8乃至31のいずれか1項に記載の方法。 33.塩基配列の所定の鎖長が2〜25である、請求項28乃至32のいずれ か1項に記載の方法。 34.1つまたは各質量標識が、光開裂可能な結合、化学的に開裂可能な結合 または熱的に開裂可能な結合によって既知の塩基配列に開裂可能であるように結 合される、請求項28乃至33のいずれか1項に記載の配列。 35.結合が、質量分析計で開裂される、請求項29または請求項31乃至3 4のいずれか1項に記載の配列。 36.結合が、質量分析計のイオン化室内で開裂される請求項35に記載の方 法。 37.結合の開裂が、レーザー光開裂によって誘発される、請求項35に記載 の方法。 38.結合の開裂が、衝突によって誘発される、請求項35に記載の方法。 39.各質量標識が、電子衝撃イオン化に対して質量標識より安定性が小さい 結合によりそのそれぞれの既知の塩基配列に開裂可能であるように結合される、 請求項29または請求項31乃至38のいずれか1項に記載の方法。 40.各質量標識がイオン化条件下において負に荷電される、請求項29また は請求項31乃至39のいずれか1項に記載の方法。 41.質量標識および既知の塩基配列が、質量分析計内に導入される前に分離 しない、請求項29または請求項31乃至40のいずれか1項に記載の方法。 42.質量標識が50Vの電子衝撃イオン化に対して安定である、請求項28 乃至41のいずれか1項に記載の方法。 43.既知の塩基配列が、所定の置換位置において認識部位から切断する制限 エンドヌクレアーゼの認識部位を有するアダプターオリゴヌクレオチドの突出末 端を有する、請求項28乃至40のいずれか1項に記載の方法。 44.既知の塩基配列が複数の同一の質量標識に結合される、請求項28乃至 43のいずれか1項に記載の方法。 45.オンラインで実施される、請求項28乃至44のいずれか1項に記載の 方法。 46.オリゴヌクレオチドチップを読みとるための、請求項1乃至12のいず れか1項に記載の配列の用途。 47.オリゴヌクレオチド結合試薬を同定するための競合的結合アッセイにお ける、請求項1乃至12のいずれか1項に記載の配列の用途。 48.所定の配列のプローブに対するポリメラーゼ連鎖反応またはリガーゼ連 鎖反応における請求項1乃至12のいずれか1項に記載の配列の用途。 49.cDNAを特徴づけるための方法であって、 (a)1種以上のcDNA集団を有する試料を制限エンドヌクレアーゼで切断し 、制限部位が基準部位においてcDNAの末端に隣接するcDNAの一方の末端 を形成する断片を単離するステップと、 (b)単離された断片を第1の試料作成エンドヌクレアーゼで既知の置換位置の 第1の試料作成部位において基準部位から切断して、第1および第2の小断片を 形成するステップであって、第1および第2の小断片の各々が所定の鎖長の突出 末端配列と未知の配列とを有し、第1の小断片がcDNAの末端を有するステッ プと、 (c)第1または第2の小断片のどちらかをそれらの突出末端配列により小集団 に分類し、各小集団の突出末端配列を第1の突出末端と記録するステップと、 (d)各小集団の小断片を、第1の試料作成エンドヌクレアーゼと同じまたは異 なる第2の試料作成エンドヌクレアーゼで既知の置換位置の第2の試料作成部位 において第1の試料作成部位から切断して、所定の鎖長の第2の突出末端配列と 未知の配列とを有するさらに小断片を各小断片から形成するステップと、 (e)第2の各突出末端配列を決定するステップと を含み、 各小断片の第1および第2の突出末端配列を合わせた鎖長が6〜10であり、 基準部位ならびに第1および第2の突出末端の配列および相対位置が1つまたは 各cDNAを特徴づけ、第1の試料作成エンドヌクレアーゼが第1の認識部位に 結合して所定の置換位置の第1の試料作成部位において制限エンドヌクレアーゼ の制限部位から切断し、第1および/または第2の認識部位が請求項11に記載 の配列から第1および/または第2のアダプターオリゴヌクレオチドに提供され て、単離された断片の制限部位にハイブリダイゼーションされる方法。 50.核酸を配列決定するための方法であって、 (a)各断片が独自の量で存在し、一方の末端に所定の鎖長の突出末端配列と未 知の配列とを形成する核酸断片を有する標的核酸集団を入手するステップと、 (b)各断片の他方の末端を保護するステップと、 (c)(i)リガーゼが存在するハイブリダイゼーション条件下において、断片と 、塩基配列が突出末端配列と同じ所定の鎖長を有し、その所定の鎖長の全ての可 能な塩基配列を有する請求項11に記載の配列とを接触させ、任意の連結された アダプターオリゴヌクレオチドを取り出し、質量標識を放出させて質量分析計に より放出された質量標識を同定することによって任意の連結されたアダプターオ リゴヌクレオチドの量を記録するステップと、 (ii)連結されたアダプターオリゴヌクレオチドと、認識部位に結合し、 断片を切断して、以前の突出末端配列と隣接または重複する新たな突出末端配列 を露出させる塩基配列決定酵素とを接触させるステップと、 (iii)十分な時間の間ステップ(i)および(ii)を繰り返し実施し 、各突出末端配列について記録された量を比較することにより断片の配列を決定 するステップと により断片の各々を塩基配列決定するステップと を含む方法。
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