ES2960053T3 - Tratamiento de infección por Clostridium difficile - Google Patents

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Shilpa Reddy
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Abstract

En el presente documento se proporcionan composiciones y métodos para el tratamiento o prevención de infecciones patógenas. (Traducción automática con Google Translate, sin valor legal)

Description

DESCRIPCIÓN
Tratamiento de infección por Clostridium diffidle
Campo de la invención
La divulgación se refiere a composiciones de cepas bacterianas purificadas, y a tratamientos de infecciones patógenas, tales como infecciones por Clostridium diffidle, mediante la administración de las composiciones a un sujeto que padece una infección patógena.
Antecedentes de la invención
La colección de microorganismos comensales bacterianos, virales y fúngicos que residen dentro de y sobre el cuerpo humano se conocen colectivamente como microbioma humano. El subconjunto bacteriano del microbioma humano desempeña un papel importante en la adquisición de nutrientes, el desarrollo, la homeostasis inmunológica, la salud neurológica y la protección contra patógenos del huésped (LeBlanc et al. Curr. Opin. Biotechnol. (2013) 24(2): 160-168; Hooper et al. Science (2012) 336(6086): 1268-1273; Hughes et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(7): 1066-1074). Como el mayor reservorio de comensales de mamíferos, las bacterias que residen en el tracto gastrointestinal (GI) influyen en casi la totalidad de estos aspectos de la biología humana (Blaser J. Clin. Invest. (2014) 124(10): 4162-4165). En consecuencia, la perturbación de las poblaciones bacterianas normales dentro del nicho GI, un estado conocido como disbiosis, puede predisponer a los humanos a una variedad de enfermedades. La infección por Clostridium difficile (CDI) surge después de la colonización intestinal por el patógeno Gram-positivo formador de esporas anaerobio Clostridium difficile. Tras la colonización del tracto GI, C. difficile produce toxinas que provocan diarrea y, en última instancia, pueden conducir a la muerte. Esta enfermedad es la causa identificable más común de diarrea nosocomial y se cree que surge como resultado directo de la disbiosis (Calfee Geriatrics (2008) 63: 10-21; Shannon-Lowe et al. BMJ (2010) 340: c1296). No es sorprendente que el uso de casi la totalidad de las clases de antibióticos se ha asociado con la CDI, supuestamente al inducir disbiosis en el tracto GI y, de ese modo, permitir el crecimiento de C. difficile. En la actualidad, el Centro para el Control de Enfermedades clasifica a la CDI como una amenaza para la salud pública que requiere una acción inmediata y agresiva debido a su resistencia natural a muchos fármacos y a la aparición de una cepa resistencia a la fluoroquinolona que ahora es prevalente en todo Estados Unidos y Europa. C. difficile fue responsable de prácticamente medio millón de infecciones y estuvo asociada con aproximadamente 29.000 muertes en 2011 (Lessa et al. NEJM 2015, 372: 825-834).
Los antibióticos metronidazol, vancomicina y fidaxomicina son las opciones terapéuticas actuales para el tratamiento de la CDI. Sin embargo, el metronidazol es inadecuado debido a tasas de respuesta disminuidas, y ni el metronidazol ni la vancomicina previenen la recaída de la enfermedad, experimentando hasta el 30 % de los pacientes que inicialmente respondían al tratamiento una recaída clínica después del cese de los antibióticos (Miller Expert Opin. Pharmacother. (2010) 11: 1569-1578). Se ha demostrado que la fidaxomicina es superior a la vancomicina en la prevención de la CDI recurrente (Mullane Ther. Adv. Chronic Dis. (2014) 5(2): 69-84). Debido a su estrecho espectro de actividad, se cree que la fidaxomicina permite la repoblación normal del microbioma del aparato digestivo tras la disbiosis y la CDI, reduciendo de ese modo la probabilidad de enfermedad recurrente (Tannock et al. Microbiology (2010) 156 (parte 11): 3354-3359; Louie et al. Clin. Infect. Dis. (2012) 55 supl. 2: S132-142). No obstante, el 14 % de los pacientes tratados con fidaxomicina experimentan recidiva de la CDI y ya se han notificado mutaciones que confieren una sensibilidad reducida (Eyre et al. J. Infect. Dis. (2014) 209(9): 1446-1451). Dado que el riesgo de CDI recurrente aumenta con el uso de antibióticos y las esporas de C. difficile son inherentemente recalcitrantes al arsenal quimioterápico disponible, están buscándose modalidades terapéuticas alternativas para el tratamiento de la CDI. El trasplante de microbiota fecal (FMT) es una de tales modalidades que ha demostrado eficacia contra la CDI (Khoruts et al. Immunol. Lett. (2014) 162(2): 77-81; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415). Hasta la fecha, los resultados de estudios sobre el FMT para el tratamiento de la CDI han notificado tasas de cura de hasta el 90 % en tres estudios controlados aleatorizados (Cammarota et al. Alimen. Pharmacol. Therap. (2015) 41(9): 835-843; Kassam et al. Am. J. Gastroenterol. (2013) 108(4): 500-508; van Nood et al. N. Engl. J. Med. (2013) 368(5): 407-415; Youngster et al. Infec. Dis. Soc. Am. (2014) 58(11): 1515-1522).
A pesar del éxito del FMT, este enfoque terapéutico no está exento de riesgos y preocupaciones logísticas. La selección de donantes para el FMT es crítica y desafiante. Cuando se realiza el reclutamiento de donantes para el FMT con estrictos protocolos de normalización y cribado, la mayoría de los posibles donantes no superan este proceso. Sólo el 6-10 % de los posibles donantes para el FMT cumplen los requisitos, surgiendo la mayor parte de los casos que no superan el proceso por portar de manera asintomática patógenos GI (Paramsothy et al. Inflamm. Bowel Dis. (2015) 21(7): 1600-1606; Borody et al. Curr. Opin. Gastroenterol. (2014) 30(10): 97-105; Burns et al. Gastroenterology (2015) 148: S96-S97; Surawicz Ann. Intern. Med. (2015) 162(9): 662-663). Además, la variación entre donantes puede conducir a una variación en la eficacia del FMT. Además, el FMT puede aumentar el riesgo de transmisión de incluso enfermedades no infecciosas. De hecho, se ha notificado un aumento de peso significativo en un paciente que recibió un FMT a partir de un donante de heces con sobrepeso (Alang et al. Open Forum Infect. Dis. (Winter 2015) 2(1)).
Narushima et al., 2014. Gut Microbes. 5(3):333-9 divulgan una composición de 17 cepas que corresponde a la “composición E” de la presente divulgación.
Bucci et al., 2016. Genome Biol. 17(1):121 afirman que presenta MDSINE, un conjunto de algoritmos para inferir modelos de sistemas dinámicos a partir de datos de series temporales de microbiomas y predecir comportamientos temporales.
Sumario de la invención
La presente invención proporciona una composición que comprende ocho cepas bacterianas purificadas de las especies Flavonifractor plautii, Anaerotruncus colihominis, Drancourtella massiliensis, Clostridium symbiosum, Clostridium bolteae, Dorea longicatena, Blautia producta y Clostridium innocuum.
La presente invención también proporciona una composición que comprende ocho cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S que tienen una identidad de secuencia de al menos el 97 % con SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no incluye ninguna cepa bacteriana de las especies Subdoligranulum o Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no incluye ninguna cepa bacteriana de la especie Bacteroides ovatus.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación XIVa de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación IV de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación XIVa de Clostridium, al menos una cepa de la agrupación IV de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no incluye Clostridium scindens.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas son formadoras de esporas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas están en forma de esporas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas está en forma de esporas.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas están en forma vegetativa. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas está en forma vegetativa.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende únicamente cepas bacterianas anaerobias estrictas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende cepas bacterianas que proceden de más de un donante humano.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas son baiCD-. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas es baiCD-. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no media en la 7-alfa-deshidroxilación de ácidos biliares. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición inhibe la producción de toxinas de C. difficile. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición inhibe la replicación y/o supervivencia de C. difficile.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las cepas bacterianas están liofilizadas.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición induce la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras (Treg).
En un aspecto, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación XIVa de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium. En un aspecto, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación IV de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium. En un aspecto, la composición comprende al menos una cepa bacteriana de la agrupación IV de Clostridium, al menos una cepa bacteriana de la agrupación XIVa de Clostridium y al menos una cepa bacteriana de la agrupación XVII de Clostridium.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no incluye Clostridium scindens.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas son formadoras de esporas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas están en forma de esporas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas está en forma de esporas.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas están en forma vegetativa. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas está en forma vegetativa.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende únicamente cepas bacterianas anaerobias estrictas.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición comprende cepas bacterianas que proceden de más de un donante humano.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, una o más de las cepas bacterianas son baiCD-. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, cada una de las cepas bacterianas es baiCD-. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición no media en la 7-alfa-deshidroxilación de ácidos biliares. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición inhibe la producción de toxinas de C. difficile. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición inhibe la replicación y/o supervivencia de C. difficile.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las cepas bacterianas están liofilizadas.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, la composición induce la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras (Treg).
En un aspecto, la divulgación proporciona una composición farmacéutica que comprende cualquiera de las composiciones proporcionadas en el presente documento que comprende además un excipiente farmacéuticamente aceptable. En algunas realizaciones de las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento, la composición farmacéutica se formula para administración oral. En algunas realizaciones de las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento, la composición farmacéutica se formula para administración rectal. En algunas realizaciones de las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento, la composición farmacéutica se formula para administración al intestino. En algunas realizaciones de las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento, la composición farmacéutica se formula para administración al colon. En un aspecto, la divulgación proporciona un producto alimenticio que comprende cualquiera de las composiciones proporcionadas en el presente documento que comprende además un nutriente. En un aspecto, una infección patógena se trata mediante la administración al sujeto de una cantidad terapéuticamente eficaz de cualquiera de las composiciones o de los productos alimenticios proporcionados en el presente documento.
En algunas realizaciones, la infección patógena es por C. difficile, Enterococci resistente a la vancomicina (VRE), Enterobacteriaceae resistente al carbapenem (CRE), Neisseria gonorrheae, Acinetobacter resistente a múltiples fármacos, Campylobacter, Enterobacteriaceae productoras de beta-lactamasas de espectro extendido (ESBL), Pseudomonas aeruginosa resistente a múltiples fármacos, Salmonella, Salmonella no tifoidea resistente a fármacos, Salmonella Typhi resistente a fármacos, Shigella resistente a fármacos, Staphylococcus aureus resistente a la meticilina, Streptococcus pneumoniae resistente a fármacos, tuberculosis resistente a fármacos, Staphylococcus aureus resistente a la vancomicina, grupo A de Streptococcus resistente a la eritromicina, grupo B de Streptococcus resistente a la clindamicina, y combinaciones de las mismas. En algunas realizaciones, la infección patógena es por C. difficile. En algunas realizaciones, la infección patógena es por Enterococci resistente a la vancomicina.
En algunas realizaciones, el sujeto es humano. En algunas realizaciones, el sujeto es un portador asintomático.
En algunas realizaciones, al sujeto se le administra una dosis de un antibiótico antes de la administración de la composición. En algunas realizaciones, al sujeto se le administra más de una dosis del antibiótico antes de la administración de la composición. En algunas realizaciones, al sujeto no se le ha administrado ningún antibiótico antes de la administración de la composición.
En algunas realizaciones, la composición se administra al sujeto mediante administración oral. En algunas realizaciones, la composición se administra al sujeto mediante administración rectal.
En algunas realizaciones, la administración da como resultado la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras (Treg).
Breve descripción de los dibujos
No se pretende que los dibujos adjuntos estén dibujados a escala. Las figuras son sólo ilustrativas y no son necesarias para permitir la divulgación. Por motivos de claridad, puede que no se marca cada componente en cada dibujo. En los dibujos:
La figura 1 muestra las cepas de las composiciones A-D. Cada entrada incluye la SEQ ID NO de la secuencia de ADNr 16S de la cepa, un identificador de cepa y la especie con la homología conocida más cercana (puede ser más de una especie). El número romano entre paréntesis indica la clasificación por agrupación de Clostridium de cada cepa basándose en la homología de especie más cercana. Las cepas que no se clasifican en la agrupación XIVa están resaltadas en negrita. Las dos cepas no clostridiales (SEQ ID NO: 2, especie conocida más cercana Turicibacter sanguinis, y SEQ ID NO: 6, especie conocida más cercana Lactobacillus mucosae) no pertenecen al género Clostridium.
La figura 2 muestra diversos modelos de infección por Clostridium difficile. Las líneas temporales indican el tipo de antibiótico, la duración del tratamiento, así como la exposición a esporas de C. difficile. El panel superior muestra un modelo de tratamiento con cóctel de antibióticos, en el que el cóctel de antibióticos se proporciona en el agua para beber desde el día -10 hasta el día -3, seguido de clindamicina intraperitoneal el día -1. El panel central muestra un modelo de inyección i.p. de clindamicina, en el que la clindamicina se administra mediante inyección intraperitoneal el día -1. El panel inferior muestra el modelo de tratamiento con cefoperazona, en el que la cefoperazona se proporciona en el agua para beber desde el día -12 hasta el día -2, seguido de la administración de un producto bioterápico vivo (LBP) el día -1.
La figura 3 muestra las condiciones experimentales descritas en el ejemplo 1. Los grupos de ratones se dividieron basándose en el régimen de antibióticos recibido antes de la administración de la cantidad indicada de esporas de C. difficile. “Abx” se refiere al tratamiento con cualquiera de los regímenes de antibióticos.
Las figuras 4A-4L muestran los datos obtenidos en el ejemplo 1. Las figuras 4A-4D muestran la supervivencia de ratones que recibieron ningún tratamiento (figura 4A), cóctel de antibióticos (figura 4B), clindamicina (figura 4C) o cefoperazona (figura 4D) antes de la infección por C. difficile. Las figuras 4E-4H muestran el peso corporal de ratones que recibieron ningún tratamiento (figura 4E), cóctel de antibióticos (figura 4F), clindamicina (figura 4G) o cefoperazona (figura 4H) antes de la infección por C. difficile. Las figuras 4I-4L muestran la carga de C. difficile (UFC) por gramo de heces de ratones que recibieron ningún tratamiento (figura 4I), cóctel de antibióticos (figura 4J), clindamicina (figura 4K) o cefoperazona (figura 4L) antes de la infección por C. difficile. Los círculos blancos indican infección con 10 esporas de C. difficile; los cuadrados negros indican infección con 10.000 esporas de C. difficile. Los triángulos negros en la figura 4J indican una rama experimental adicional en la que los ratones se trataron con vancomicina tras la infección por C. difficile.
La figura 5 muestra las condiciones experimentales evaluadas en el ejemplo 2, cuyos resultados se presentan en las figuras 7-9. La composición E corresponde a una mezcla de 17 cepas bacterianas (véase, por ejemplo, Narushima et al., Gut Microbes 5: 3, 333-339). La composición I corresponde a una mezcla de Clostridium scindens, Pseudoflavonifractor capillosus y Blautia hansenii. “Abx” se refiere al tratamiento con cualquiera de los regímenes de antibióticos.
La figura 6 muestra la supervivencia de ratones a lo largo del tiempo tras la infección con esporas de C. difficile, según las condiciones experimentales mostradas en la figura 5. Los ratones que perdieron >20 % de peso corporal con respecto al nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia.
Las figuras 7A-7I muestran el peso de los ratones en diversos momentos tras la infección con esporas de C. difficile. Los grupos de ratones recibieron tratamiento con cefoperazona (Abx) seguido de la composición indicada, o sin cefoperazona (sin Abx), luego se les administraron esporas de C. difficile. La figura 7A muestra el peso de los ratones que no recibieron tratamiento con antibióticos. La figura 7B muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona. La figura 7C muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de vancomicina. La figura 7D muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición I. La figura 7E muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición E. La figura 7F muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición A. La figura 7G muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B. La figura 7H muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición C. La figura 7I muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición D.
Las figuras 8A-8C muestran la carga de C. difficile en unidades formadoras de colonias (UFC) en gránulos fecales en diversos momentos tras la infección con C. difficile. La figura 8A muestra las UFC de C. difficile/g de heces un día tras la infección. La figura 8B muestra las UFC de C. difficile/g de heces 3 días tras la infección. La figura 8C muestra las UFC de C. difficile/g de heces 8 días tras la infección.
La figura 9 muestra las condiciones experimentales evaluadas en el ejemplo 3, cuyos resultados se presentan en las figuras 10-12.
La figura 10 muestra la supervivencia de los ratones a lo largo del tiempo tras la infección con esporas de C. difficile, según las condiciones experimentales mostradas en la figura 9. Los ratones que perdieron >20 % de peso corporal con respecto al nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia.
La figura 11 muestra el peso de los ratones en diversos momentos tras la infección con esporas de C. difficile.
La figura 12 muestra la carga de C. difficile en unidades formadoras de colonias (UFC) en gránulos fecales recogidos de ratones 1, 3 y 8 días tras la infección con C. difficile.
La figura 13 muestra las cepas de la composición F. La notación género-especie indica la especie más cercana basándose en la secuencia de la cepa aislada.
La figura 14 muestra la clasificación por agrupación de Clostridium de las cepas en la composición F y sus capacidades de producción de ácidos grasos de cadena corta.
La figura 15 muestra las condiciones experimentales evaluadas en el ejemplo 4, cuyos resultados se presentan en las figuras 16-18. Los días de administración de dosis son relativos a la infección por C. difficile. FMT se refiere a trasplante de materia fecal, aislándose la materia fecal de ratones o de humanos.
La figura 16 muestra la supervivencia de los ratones a lo largo del tiempo tras la infección con esporas de C. difficile, según las condiciones experimentales mostradas en la figura 15. Los ratones que perdieron >20 % de peso corporal con respecto al nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia.
Las figuras 17A-17H muestran el peso de los ratones en diversos momentos tras la infección con esporas de C. difficile. Los grupos de ratones recibieron tratamiento con cefoperazona (Abx) seguido de la composición indicada, luego se les administraron esporas de C. difficile. La figura 17A muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona. La figura 17B muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de FMT con materia fecal de un humano. La figura 17C muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de FMT con materia fecal de un ratón. La figura 17D muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B el día -1. La figura 17E muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B los días -2 y -1. La figura 17F muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B los días -2, -1, 1, 2 y 3. La figura 17G muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición F el día -1. La figura 17H muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición F los días -2, -1, 1,2 y 3.
Las figuras 18A-18B muestran la carga de C. difficile en unidades formadoras de colonias (UFC) en gránulos fecales en diversos momentos tras la infección con C. difficile. La figura 18A muestra las UFC de C. difficile/g de heces 8 días tras la infección. La figura 18B muestra las UFC de C. difficile/g de heces 17 días tras la infección.
La figura 19 muestra las cepas de la composición G. La notación género-especie indica la especie más cercana basándose en la secuencia de la cepa aislada.
La figura 20 muestra las condiciones experimentales evaluadas en el ejemplo 5, cuyos resultados se presentan en las figuras 21-23. Composición B1 = composición B con Bacteroides; composición B2 = composición B con Bacteroides pero sin Flavonifractor plautii.
La figura 21 muestra la supervivencia de los ratones a lo largo del tiempo tras la infección con esporas de C. difficile, según las condiciones experimentales mostradas en la figura 20. Los ratones que perdieron >20 % de peso corporal con respecto al nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia.
Las figuras 22A-22J muestran el peso de los ratones en diversos momentos tras la infección con esporas de C.
difficile. La figura 22A muestra el peso de los ratones que recibieron control de vehículo. La figura 22B muestra el peso de los ratones que recibieron la composición F. La figura 22C muestra el peso de los ratones que recibieron la composición G. La figura 22D muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B. La figura 22E muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B2 (= composición B sin Flavonifractor plautii y con adición de Bacteroides). La figura 22F muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B1 (= composición B con adición de Bacteroides). La figura 22G muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B congelada. La figura 22H muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de muestras fecales humanas tratadas con etanol. La figura 22I muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición B tratada con etanol. La figura 22J muestra el peso de los ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona seguido de la composición J.
La figura 23 muestra la carga de C. difficile en unidades formadoras de colonias (UFC) en gránulos fecales en diversos momentos tras la infección con C. difficile.
La figura 24 muestra el peso de los grupos indicados de ratones en diversos momentos tras la infección con esporas de C. difficile.
La figura 25 muestra las condiciones experimentales evaluadas en el ejemplo 6, cuyos resultados se presentan en las figuras 27-29.
La figura 26 muestra las cepas en la composición H (SEQ ID NO: 14 - VE202-13 - Anaerotruncus colihominis (agrupación IV); SEQ ID NO: 16 - VE202-16 - Clostridium symbiosum (agrupación XIVa); SEQ ID NO: 21-189 -Clostridium innocuum (agrupación XVII); SEQ ID NO: 82 - PE9 - Clostridium disporicum (agrupación I); SEQ ID NO: 81 - PE5 - Clostridium bolteae (agrupación XIVa); SEQ ID NO: 80 - VE202-18 - Erysipelatoclostridium ramosum (agrupación XVIII).
Las figuras 27A y 27B muestran la supervivencia y la pérdida de peso de los ratones a lo largo del tiempo tras la infección con esporas de C. difficile, según las condiciones experimentales mostradas en la figura 25. Los ratones que perdieron >20 % de peso corporal con respecto al nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia. La figura 29A muestra la supervivencia/mortalidad de ratones que recibieron el tratamiento indicado antes de la infección por C. difficile. La figura 29B muestra el peso a lo largo del tiempo de ratones que recibieron el tratamiento indicado antes de la infección por C. difficile.
Las figuras 28A y 28B muestran los resultados de las condiciones experimentales mostradas en la figura 25. La figura 28A muestra la supervivencia/mortalidad de ratones que recibieron el tratamiento indicado antes de la infección por C. difficile. La figura 28B muestra el peso a lo largo del tiempo de ratones que recibieron el tratamiento indicado antes de la infección por C. difficile.
Las figuras 29A y 29B muestran la carga de C. difficile en UFC/gramo de heces recogidas de ratones que recibieron el tratamiento indicado antes de C. difficile. La figura 29A muestra la carga de C. difficile un día tras la infección por C. difficile. La figura 29B muestra la carga de C. difficile 4 días tras la infección por C. difficile. La figura 29C muestra la carga de C. difficile 19 días tras la infección por C. difficile.
La figura 30 muestra que la composición B redujo la cantidad de toxina B de C. difficile en comparación con controles sin tratamiento: “2-1 (Cdiff)” y “2-4 (Cdiff)” y FMT. Además, la composición B redujo la cantidad de toxina B de C. difficile en comparación con la composición B con esporas adicionales.
La figura 31 muestra que la composición B redujo el crecimiento de C. difficile en experimentos de competencia in vitro. Los cultivos de C. difficile se incubaron en presencia de B. thetaiotaomicron, C. bifermentans o composición B, o en ausencia de cepa(s) competidora(s) (Cdiff sólo). La cantidad de C. difficile se presenta como porcentaje del control (Cdiff sólo).
La figura 32 muestra que la inoculación con la composición B indujo el porcentaje de células FoxP3+ CD4+ (células T reguladoras) en el intestino de ratones libres de gérmenes en comparación con ratones de control (“GF”).
Descripción detallada de la invención
En el presente documento se divulgan composiciones que comprenden cepas bacterianas purificadas y composiciones farmacéuticas y productos alimenticios que contienen tales composiciones y cepas bacterianas. También se divulgan composiciones para su uso en métodos de tratamiento de una infección patógena, tal como infección por Clostridium difficile (C. difficile), en un sujeto mediante la administración de dichas composiciones al sujeto.
Diversos factores, incluyendo el uso de antibióticos, pueden inducir disbiosis del tracto gastrointestinal, lo que puede permitir la colonización por parte de microorganismos patógenos, tales como C. difficile. Tal colonización o infección patógena puede conducir a una variedad de efectos adversos en el sujeto, incluyendo diarrea, que es uno de los síntomas primarios característicos de la infección por C. difficile (CDI). En el caso de CDI, se cree que la diarrea es el resultado de la producción de toxina B de C. difficile (también denominada citotoxina TcdB), lo que da como resultado la abertura de las estrechas uniones entre células epiteliales intestinales, aumentando la permeabilidad vascular, la hemorragia y la inflamación.
Las composiciones descritas en el presente documento son eficaces en el tratamiento de infección por C. difficile. Tal como se muestra en el presente documento, las composiciones divulgadas son eficaces en la supresión de los efectos patógenos de la infección por C. difficile. Las composiciones proporcionadas en el presente documento reducen la cantidad de C. difficile después de la infección y de ese modo proporcionan un método eficaz para eliminar C. difficile del cuerpo (por ejemplo, el aparato digestivo). Las composiciones proporcionadas en el presente documento inducen la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras (Treg), por ejemplo cuando se administran a un sujeto. Notablemente, se ha hallado que las composiciones divulgadas en el presente documento reducen o inhiben la producción o actividad de la toxina B de C. difficile y de ese modo representan composiciones eficaces para el tratamiento o la prevención de CDI. También se ha hallado que las composiciones divulgadas en el presente documento inhiben el crecimiento y/o la supervivencia de C. difficile.
La presente divulgación proporciona composiciones que comprenden cepas bacterianas purificadas que pueden administrarse a sujetos que experimentan o han experimentado una infección patógena para tratar la infección. En algunas realizaciones, las composiciones pueden administrarse a sujetos que pueden estar en riesgo de una infección patógena. Tales sujetos incluyen sujetos que previamente padecieron infecciones patógenas, sujetos que han sido tratados con antibióticos y sujetos que se someterán a un procedimiento que los pondrá en un riesgo elevado de una infección patógena (por ejemplo, cirugía y/u hospitalización). En algunas realizaciones, la infección patógena es una infección por un patógeno que está presente predominantemente en el aparato digestivo o el intestino. En algunas realizaciones, el patógeno que está presente predominantemente en el aparato digestivo o el intestino es Clostridium difficile.
En algunas realizaciones, una o más de las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento colonizan o recolonizan el tracto intestinal o partes del tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego) del sujeto. Tal colonización o recolonización también puede denominarse injerto. En algunas realizaciones, una o más de las cepas bacterianas de las composiciones recolonizan el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego) del sujeto después de que el microbioma presente de manera natural se haya retirado parcial o completamente, por ejemplo, debido a la administración de antibióticos. En algunas realizaciones, una o más de las cepas bacterianas de las composiciones colonizan un tracto gastrointestinal disbiótico.
En algunas realizaciones, una o más de las cepas bacterianas de las composiciones pueden “crecer más que” un patógeno, tal como C. difficile. Por tanto, en algunas realizaciones, si un patógeno (por ejemplo, C. difficile) y una o más bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento están ambos presentes en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego), la una o más bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento crecen más rápido (por ejemplo, tienen un tiempo de duplicación más corto) que el patógeno, previniendo de ese modo la acumulación del patógeno en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego). En algunas realizaciones, el crecimiento más rápido resulta porque la una o más bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento son mejores a la hora de injertarse en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego). En algunas realizaciones, el crecimiento más rápido resulta porque la una o más bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento son mejores a la hora de metabolizar los nutrientes presentes en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego). En algunas realizaciones, las composiciones de cepas bacterianas proporcionadas en el presente documento previenen o inhiben la producción de toxinas bacterianas por la infección patógena, o previenen o inhiben los efectos citopáticos o citotóxicos de tales toxinas bacterianas. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento pueden tratar infecciones patógenas, debido a la sinergia entre las cepas bacterianas. Por tanto, sin ser limitativo, en algunas realizaciones, la combinación de las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento actúa de manera sinérgica porque la combinación de las cepas es particularmente adecuada para usar los nutrientes en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego), o por ejemplo a través de interacciones metabólicas, y/o porque la combinación es superior a la hora de injertarse (por ejemplo, proporcionando un microentorno favorable).
En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento es superior en el uso de nutrientes en comparación con el patógeno tal como C. difficile, suprimiendo de ese modo el crecimiento del patógeno tal como C. difficile. En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento es superior a la hora de injertarse en comparación con el patógeno tal como C. difficile, suprimiendo de ese modo el crecimiento del patógeno tal como C. difficile. En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento es superior en el uso de nutrientes y a la hora de injertarse en comparación con el patógeno tal como C. difficile, suprimiendo de ese modo el crecimiento del patógeno tal como C. diffiále. En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento inhibe el crecimiento y/o la supervivencia del patógeno tal como C. difficile. En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento induce células T reguladoras (Treg) en el sujeto, lo que da como resultado la reducción o eliminación del patógeno tal como C. difficile. En algunas realizaciones, una infección patógena tal como por C. difficile se trata porque la combinación de cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento inhibe el crecimiento y/o la supervivencia del patógeno e induce células T reguladoras (Treg) en el sujeto, lo que da como resultado la reducción o eliminación del patógeno tal como C. difficile.
En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para colonizar nichos específicos en el tracto intestinal (por ejemplo, el colon o el ciego). En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para metabolizar nutrientes específicos. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para proporcionar metabolitos específicos al entorno. Tales metabolitos específicos pueden suprimir el crecimiento del patógeno y/o estimular el crecimiento de no patógenos. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para proporcionar ácidos grasos de cadena corta al entorno. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para proporcionar ácidos grasos de cadena corta específicos al entorno. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir butirato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir acetato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir lactato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir propionato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir succinato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir múltiples metabolitos. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir múltiples ácidos grasos de cadena corta. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir tanto butirato como acetato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir tanto butirato como lactato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir tanto butirato como propionato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir tanto butirato como succinato. En algunas realizaciones, el efecto sinérgico se proporciona por la capacidad de la combinación para producir butirato, acetato y ácidos grasos de cadena corta adicionales.
Las cepas bacterianas usadas en las composiciones proporcionadas en el presente documento se aíslan generalmente del microbioma de individuos sanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas que proceden de un único individuo. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas que proceden de múltiples individuos. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas se obtienen de múltiples individuos, se aíslan y crecen individualmente. Las composiciones bacterianas que crecen individualmente pueden combinarse posteriormente para proporcionar las composiciones de la divulgación. Debe apreciarse que el origen de las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento no se limita al microbioma humano de un individuo sano. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas proceden de un humano con un microbioma en disbiosis. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas proceden de animales no humanos o del entorno (por ejemplo, suelo o agua superficial). En algunas realizaciones, las combinaciones de cepas bacterianas proporcionadas en el presente documento proceden de múltiples fuentes (por ejemplo, humanos y animales no humanos).
En algunas realizaciones, las bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento son bacterias anaerobias. En algunas realizaciones, las bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento son bacterias anaerobias estrictas. En algunas realizaciones, las bacterias de las composiciones proporcionadas en el presente documento son Clostridia. Clostridia puede clasificarse en agrupaciones filogenéticas con otras cepas y especies estrechamente relacionadas (véase, por ejemplo, Rajilic-Stojanovic, M., y de Vos, W.M. FEMS Microbiol Rev 38, (2014) 996-1047). En general, Clostridia se clasifica como perteneciente a una agrupación específica basándose en su secuencia de ácido nucleico de ARNr 16S (o ADNr 16S). En la técnica se conocen bien métodos para determinar la identidad de especies bacterianas específicas basándose en su secuencia de ácido nucleico de ARNr 16S (o ADNr 16S) (véase, por ejemplo, Jumpstart Consortium Human Microbiome Project Data Generation Working, G. PLoS One (2012) 7, e39315).
En el presente documento se proporcionan composiciones que comprenden cepas bacterianas pertenecientes a las agrupaciones de Clostridium específicas que se ha hallado que son eficaces en el tratamiento y/o la prevención de infección patógena (por ejemplo, infección por C. diffiále). En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación IV de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación XIVa de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación I de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación IX de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación XIVa de Clostridium y al menos una de las cepas bacterianas pertenece a la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación IV de Clostridium y al menos una de las cepas bacterianas pertenece a la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos una de las cepas bacterianas de la composición pertenece a la agrupación IV de Clostridium, al menos una de las cepas bacterianas pertenece a la agrupación XIVa de Clostridium y al menos una de las cepas bacterianas pertenece a la agrupación XVII de Clostridium.
En algunas realizaciones, la composición tiene al menos el doble de cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación XIVa de Clostridium en comparación con las cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación IV de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos dos de las cepas bacterianas de la composición pertenecen a la agrupación IV de Clostridium y al menos cinco de las cepas bacterianas pertenecen a la agrupación XIVa de Clostridium. En algunas realizaciones, la composición tiene al menos el doble de cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación XIVa de Clostridium en comparación con las cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación IV de Clostridium, y la composición tiene al menos una cepa perteneciente a la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, al menos dos de las cepas bacterianas de la composición pertenecen a la agrupación IV de Clostridium, al menos cinco de las cepas bacterianas pertenecen a la agrupación XIVa de Clostridium, y al menos una de las cepas bacterianas pertenece a la agrupación XVII de Clostridium.
En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento no incluyen cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación XVIII de Clostridium. En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento no incluyen cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación XVI de Clostridium. En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento no incluyen cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación XI de Clostridium. En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento no incluyen cepas bacterianas pertenecientes a la agrupación I de Clostridium.
Debe apreciarse que las SEQ ID NO: 1-83 y 124-159 pueden incluir secuencias tanto de longitud completa como parciales de ADNr 16S.
Debe apreciarse que para todas las composiciones proporcionadas en el presente documento, en algunas realizaciones, la cepa bacteriana o las cepas bacterianas son el principio activo de la composición.
Debe apreciarse que para todas las composiciones proporcionadas en el presente documento, las cepas bacterianas están purificadas. Originalmente, las cepas bacterianas divulgadas en el presente documento pueden haberse obtenido y purificado a partir del microbiota de uno o más individuos humanos u obtenido a partir de fuentes distintas de la microbiota humana, incluyendo suelo y microbiota no humana. Tal como se proporciona en el presente documento, en algunas realizaciones, las bacterias aisladas de microbiota humana, microbiota no humana, suelo o cualquier fuente alternativa se purifican antes de su uso en las composiciones y los métodos proporcionados en el presente documento.
Tal como se comentó anteriormente, en algunas realizaciones, las cepas bacterianas son el principio activo de la composición.
Las cepas bacterianas divulgadas en el presente documento que tienen una secuencia de ADNr 16S con una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 1-83 y 124-159 tienen un alto porcentaje de homología (por ejemplo, mayor del 90 %) con las secuencias de ADNr 16S de cepas bacterianas que se han descrito en diversas bases de datos (véase, por ejemplo, el Centro Nacional para la Información Biotecnológica). La tabla 1 y la tabla 3 proporcionan las especies conocidas más cercanas por homología cuando se comparan las secuencias de ADNr 16S que comprenden las SEQ ID NO: 1-83 y 124-159 con las secuencias de ADNr 16S de especies bacterianas disponibles en bases de datos públicas. A modo de ejemplo, la cepa bacteriana que comprende una secuencia de ADNr 16S con SEQ ID NO: 1 (también denominada en el presente documento “cepa 71”) divulgada en el presente documento tiene la homología más alta con una cepa bacteriana de la especie Blautia wexlerae tal como se define por el n.° de registro NR_044054 (que tiene la secuencia de ADNr 16S SEQ ID NO: 94). Si bien la cepa bacteriana con SEQ ID NO: 1 también tiene homología con otras cepas bacterianas publicadas, la homología más alta es con una cepa bacteriana de la especie Blautia wexlerae tal como se define por el n.° de registro NR_044054. En este ejemplo particular, la homología de SEQ ID NO: 1 es del 96,6 % con SEQ ID NO: 94 (correspondiente a Blautia wexlerae). Debe apreciarse que múltiples cepas bacterianas divulgadas en el presente documento pueden tener la homología más alta con la misma especie (por ejemplo, tanto SEQ ID NO: 4 como SEQ ID NO: 5 tienen la homología más alta con una secuencia de ADNr 16S de una cepa de la especie Blautia hansenii).
Además, debe apreciarse que las cepas bacterianas divulgadas en el presente documento que tienen una secuencia de ADNr 16S con una secuencia de ácido nucleico seleccionada del grupo que consiste en las SEQ ID NO: 1-83 y 124-159 también son homólogas a otras cepas basándose en su secuencia de genoma completo, o un subconjunto de su secuencia de genoma completo. Las homologías basadas en el análisis del genoma completo se proporcionan en la tabla 2 y la tabla 3.
La invención también abarca composiciones que comprenden cepas bacterianas que son cercanas en cuanto a homología con y/o se encuentran dentro de, por ejemplo, las especies Blautia producta, Blautia producta ATCC 27340, Clostridia bacteria UC5.1-1D4, Eubacterium fissicatena, Sellimona intestinalis, Drancourtella massiliensis, Drancourtella massiliensis GD1, Ruminococcus torques, Flavonifractor plautii, Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA, Subdoligranulum, Anaerotruncus colihominis, Anaerotruncus colihominis DSM 17241, Clostridium symbiosum, Clostridium symbiosum WAL-14163, Clostridium bolteae, Clostridium bolteae 90A9, Dorea longicatena, Dorea longicatena CAG:42, Clostridium innocuum y Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3. Por tanto, las composiciones de la divulgación incluyen ocho cepas bacterianas que comprenden secuencias de ADNr 16S que tienen una homología de al menos el 97 % con las SEQ ID NO: 10, 14, 15, 16, 17, 19, 20 y 21.
Las cepas bacterianas en la composición A se refieren a las siguientes especies bacterianas: Clostridium hathewayi, Blautia hansenii, Blautia producta, Blautia coccoides, Eubacterium contortum, Eubacterium fissicatena, Anaerostipes caccae, Clostridium scindens, Marvinbryanta formatexigens y Eisenbergiella tayi (véase, por ejemplo, la tabla 1). Debe apreciarse que múltiples cepas bacterianas de las composiciones divulgadas en el presente documento pueden tener la misma especie bacteriana relacionada. Por ejemplo, las cepas bacterianas que tienen secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID N<o>: 4, SEQ<i>D NO: 5 y SEQ<i>D NO: 7 tienen, todas ellas, Blautia hansenii como especie relacionada.
Cada una de las cepas bacterianas de la composición A son BaiCD+, lo que significa que las cepas bacterianas codifican para, o se prevé que codifican para, el gen del operón inducible por ácidos biliares BaiCD y/o una proteína con actividad ácido 3-oxo-A4-colenoico oxidorreductasa dependiente de NAD(H) estereoespecífica. El estado de BaiCD de una cepa bacteriana puede determinarse, por ejemplo, mediante PCR (véase, por ejemplo, Wells et al. Clin Chim Acta (2003) mayo; 331(1-2):127-34). Además, cada de las cepas de la composición A se clasifican como pertenecientes a la agrupación XIVa de Clostridium.
SEQ_03 - 5 - Clostridium_hathcwayi (XIVa)*
SEQ_Ü7 - 59 - Blaulia_producta / Blaulia_coccoides (XIVa)
SEQ_13 - 136 - Marvinbryantia_fonnatcxigcns (XIVa)*
- - - *
*= BaiCD*
En un aspecto, la divulgación proporciona la composición B (véase, por ejemplo, la figura 1, la tabla B). Tal como se muestra en la figura 1, la composición B contiene cepas bacterianas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen ocho cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21.
La composición consiste esencialmente en ocho cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID No : 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID SEQ ID NO: 19, SEQ ID SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21, respectivamente.
En algunas realizaciones, la composición consiste en ocho cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID NO: 10, SeQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID SEQ ID NO: 19, SEQ ID SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21, respectivamente.
En algunas realizaciones, la composición consiste esencialmente en ocho cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID SEQ ID NO: 19, SEQ ID SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21, respectivamente.
Las cepas bacterianas en la composición B se refieren a las siguientes especies bacterianas: Flavinofractor plautii, Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA, Subdoligranulum Anaerotruncus colihominis, Eubacterium fissicatena, Ruminococcus torques, Clostridium symbiosum, Clostridium bolteae, Dorea longicatena, Blautia producta, Clostridium innocuum y Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3 (véase, por ejemplo, la tabla 2).
Las cepas seleccionadas se sometieron a secuenciación de genoma completo usando una plataforma PacBio Biosciences (Menlo Park, CA) y las secuencias se ensamblaron en genomas completos (tabla 3). Las secuencias de ADNr 16S se identificaron usando Prokka y Barrnap. Se halló que varias cepas contenían más de una secuencia de 16S. Luego, todas las secuencias de nucleótidos del gen de ARNr 16S identificadas para cada cepa se agruparon con una identidad del 97 % usando el algoritmo Usearch (v 5.2.236), y se seleccionó la secuencia semilla de la agrupación como secuencia representativa para cada cepa de la composición B (la secuencia de 16S de consenso: columna etiquetada como “*SEQ ID NO de consenso de la región 16S tal como se determina mediante WGS” en la tabla 3). La tabla 3 proporciona la identificación de las cepas indicadas incluidas en la composición B basándose en secuenciación de Sanger de la región 16S así como en secuenciación de genoma completo (WGS). Las especies más cercanas de las cepas bacterianas se identificaron tanto mediante comparación con una base de datos de 16S (columna etiquetada como: “Especie más cercana basándose en la SEQ ID NO de consenso de la región 16S en comparación con la base de datos de 16S”) como con bases de datos de genoma completo (columna etiquetada como: “Especie más cercana basándose en WGS en comparación con bases de datos de WG).
Basándose en la identificación de secuencias de 16S a través de secuenciación de genoma completo y comparando estas secuencias con bases de datos de 16S, las cepas bacterianas en la composición B se refieren a las siguientes especies bacterianas: Clostridium bolteae, Anaerotruncus colihominis, Dracourtella massiliensis, Clostridium symbiosum Blautia producta, Dorea longicatena Clostridium innocuum y Flavinofractor plautii (véase, por ejemplo, la tabla 3).
Basándose en la secuenciación de genoma completo y la comparación del genoma completo con bases de datos de genoma completo, las cepas bacterianas en la composición B están lo más cercanamente relacionadas con las siguientes especies bacterianas: Clostridium bolteae 90A9, Anaerotruncus colihominis DSM 17241, Dracourtella massiliensis GD1, Clostridium symbiosum WAL-14163, Clostridium bacterium UC5.1-1D4, Dorea longicatena CAG:42, Erysipelotrichaceae bacterium 21_3 y Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA (véase, por ejemplo, la tabla 3).
Debe apreciarse que múltiples cepas de las composiciones divulgadas en el presente documento pueden tener la misma especie bacteriana relacionada. Por ejemplo, las cepas bacterianas que comprenden secuencias de ADNr 16S con las secuencias de ácido nucleico s Eq ID NO 18, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 22 tienen, todas ellas, Dorea longicatena como especie bacteriana relacionada.
Cada una de las bacterias de la composición B son cepas BaiCD-, lo que significa que las cepas no codifican para, y/o no se prevé que codifican para, el gen del operón inducible por ácidos biliares baiCD y/o una proteína con actividad ácido 3-oxo-A4-colenoico oxidorreductasa dependiente de NAD(H) estereospecífica. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD-. Las cepas de la composición B se clasifican como pertenecientes a las agrupaciones IV, XIVa y XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a las agrupaciones IV, XIVa o XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a las agrupaciones IV o XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a las agrupaciones XIVa o XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a las agrupaciones IV o XIVa de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a la agrupación IV de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a la agrupación XIVa de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD-y pertenecen a la agrupación XVII de Clostridium. En algunas realizaciones, las bacterias son cepas BaiCD- y pertenecen a las agrupaciones IV, XIVa y XVII de Clostridium y no pertenecen a las agrupaciones XVI o XVIII de Clostridium.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona cepas bacterianas en las que las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona cepas bacterianas en las que las bacterias incluyen tanto formadoras de esporas como no formadoras de esporas.
SEQ_21 - 189 - Clostridiumjnnocuum (XVII)
Si bien no se limita a un mecanismo específico, se cree que la inclusión de una especie de Bacteroides en una composición bacteriana aumenta la capacidad para detectar y adaptarse a la disponibilidad de nutrientes o influir en el sistema inmunitario del huésped de modo que se vuelva más eficaz a la hora de combatir los patógenos (por ejemplo, C. dUficile).
Tal como se muestra en la figura 1, la composición C contiene bacterias que tienen las siguientes secuencias de ADNr 16S: SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 7, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14 y SEQ ID NO: 16.
Las cepas bacterianas en la composición C se refieren a las siguientes especies: Clostridium scindens, Clostridium hathewayi, Blautia hansenii, Blautia wexlerae, Blautia producta, Blautia coccoides, Dorea longicatena, Clostridium innocuum, Flavonifractor plautii, Lachnospiraceae bacterium 7_1_58FAA, Subdoligranulum, Anaerotruncus colihominis y Clostridium symbiosum.
Las cepas de la composición C incluyen tanto cepas BaiCD+ como cepas BaiCD-.
Las cepas clostridiales de la composición C se clasifican como pertenecientes a las agrupaciones IV, XIVa, y XVII de Clostridium.
*= BaiCD+
Tal como se muestra en la figura 1, la composición D contiene bacterias que tienen las siguientes secuencias de ADNr 16S: SEQ ID NO: 12, SEQ ID NO: 3, SEQ ID NO: 5, SEQ ID NO: 1, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 18, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 2 y SEQ ID NO: 6.
Las cepas de la composición D incluyen tanto cepas BaiCD+ como cepas BaiCD-.
Las cepas clostridiales de la composición D se clasifican como pertenecientes a las agrupaciones IV, XIVa, y XVII de Clostridium.
La composición D incluye las cepas no clostridiales Turicibacter sanguinis y Lactobacillus mucosae.
Tal como se muestra en la figura 13, la composición F contiene bacterias que tienen las siguientes secuencias de ADNr 16S: SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 25, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 28, SEQ ID NO: 29, SEQ ID NO: 30, SEQ ID NO: 31, SEQ ID NO: 32, SEQ ID NO: 33, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 36, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 39, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 41, SEQ ID NO: 42, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 45, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 48, SEQ ID NO: 49, SEQ ID NO: 50, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 52, SEQ ID NO: 53, SEQ ID NO: 54, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 57, SEQ ID NO: 58, SEQ ID NO: 59, SEQ ID NO: 60, SEQ ID NO: 61, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 64, SEQ ID NO: 65, SEQ ID NO: 66, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 69, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 71, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 73, SEQ ID NO: 74, SEQ ID NO: 75, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 78 y SEQ ID NO: 79.
Las cepas bacterianas en la composición F se refieren a las siguientes bacterias: Dorea longicatena, Ruminococcus obeum, Megasphaera elsdenii, Acidaminococcus fermentans, Acidaminococcus intestine, Megasphaera elsdenii, Ruminococcus faecis, Bacteroides cellulosilyticus, Anaerostipes hadrus, Ruminococcus obeum, Flavonifractor plautii, Eubacterium rectale, Flavonifractor plautii, Megasphaera elsdenii, Eubacterium rectale, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus albus, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus faecis, Bifidobacterium bifidum, Anaerostipes hadrus, Anaerostipes hadrus, Anaerostipes hadrus, Eubacterium rectale, Ruminococcus faecis, Blautia luti, Ruminococcus faecis, Anaerostipes hadrus, Anaerostipes hadrus, Ruminococcus faecis, Eubacterium rectale, Eubacterium rectale, Anaerostipes hadrus, Ruminococcus faecis, Ruminococcus faecis, Dorea longicatena, Roseburia faecis, Blautia luti, Fusicatenibacter saccharivorans, Fusicatenibacter saccharivorans, Roseburia faecis, Megasphaera elsdenii, Eubacterium rectale, Eubacterium rectale, Roseburia faecis, Blautia faecis, Fusicatenibacter saccharivorans y Dorea formicigenerans.
Debe apreciarse que múltiples cepas de las composiciones divulgadas en el presente documento pueden tener la misma especie bacteriana relacionada. Por ejemplo, la composición F incluye 12 cepas que tienen Eubacterium rectale como especie relacionada más cercana.
La composición F incluye cepas bacterianas no clostridiales.
Tabla F1
Composición F
SeCÉNÍO )D4e cepa Géneros-especié SECANO (Defecepe <3écere_especfe
SEQ_24 YK96 Doreajongicatena SEQ_52 YK51 Eubacterium_rectale :
SEQ 25 YK101 Ruminococcus_obeum SEQ_53 YK52 Eubacterium_rectale
SEQ_26 YK110 Megasphaera_elsdenii SEQJ54 YK54 Anaerostipes_hadrus Acidaminococcus_fermentans /
SEQ 27 YK149 Acidaminococcus intestini SEQ 55 YK56 Ruminococcus faecis SEQ_28 YK154 Megasphaera_elsdenii SEQ_56 YK57 Ruminococcus_faecis SEQ_29 YK36 Ruminococcus_faecis SEQ_57 YK58 Doreajongicatena
SEQ_30 YK95 Bacteroides_cellulosilyticus SEQ_58 YK65 Roseburiajaecis
SEQ_31 YK32 Anaerostipes_hadrus SEQ_59 YK67 Blautiajuti
SEQ 32 YK64 Ruminococcus_obeum SEQ_60 YK69 Fusicatenibacter_saccharivorans SEQ 33 YK73 Flavonifractor plautii SEQ 61 YK70 Fusicatenibacter saccharivorans SEQ_34 YK87 Eubacterium_rectale SEQ_62 YK71 Roseburiajaecis i SEQ35 YK105 Flavonifractor_plautii SEQ63 YK74 Megasphaera_elsdenii SEQ_36 YK153 Megasphaera_elsdenii SEQ_64 YK88 Eubacterium_rectale i SEQ_37 YK163 Eubacterium_rectale SEQ_65 YK89 Eubacterium_rectale Ruminococcus_champanellensis /
SEQ 38 YK191 Ruminococcus_albus SEQ 66 YK97 Roseburia_faecis
SEQ 39 YK99 Ruminococcus_champanellensis SEQ_67 YK98 Blautia_faecis
SEQ 40 YK55 Ruminococcus_faecis SEQ_68 YK139 Fusicatenibacter_saccharivorans SEQ_41 YK75 Bifidobacterium_bifidum SEQ_69 YK141 Dorea_formicigenerans
SEQ 42 YK90 Anaerostipes hadrus SEQ 70 YK142 Ruminococcus faecis SEQ_43 YK30 Anaerostipes_hadrus SEQ_71 YK152 Blautia_hansenii
SEQ_44 YK31 Anaerostipes_hadrus SEQ_72 YK155 Blautia_hansenii
SEQ_45 YK12 Eubacterium_rectale SEQ 73 YK157 Eubacterium_rectale
SEQ_46 YK27 Ruminococcus_faecis SEQ_74 YK160 Roseburia_faecis
SEQ_47 YK28 Blautiajuti SEQ_75 YK166 Eubacterium_rectale
SEQ 48 YK29 Ruminococcus faecis SEQ 76 YK168 Eubacterium rectale ! SEQ_49 YK33 Anaerostipes_hadrus SEQ_77 YK169 Eubacterium_rectale i SEQ_50 YK34 Anaerostipes_hadrus SEQ_78 YK171 Eubacterium_rectale i SEQ_51 YK35 Ruminococcus_faecis SEQ_79 YK192 Roseburiajaecis
Tabla F2
Composición F, agrupaciones de cepas
*Leyenda de ácidos grasos de cadena corta
A, acetato; B, butirato; L, lactato;
P, propionato S, succinato
Tal como se muestra en la figura 19, la composición G contiene bacterias que tienen las siguientes secuencias de ADNr 16S: SEQ ID NO: 27, SEQ ID NO: 43, SEQ ID NO: 44, SEQ ID NO: 51, SEQ ID NO: 55, SEQ ID NO: 68, SEQ ID NO: 72, SEQ ID NO: 70, SEQ ID NO: 24, SEQ ID NO: 34, SEQ ID NO: 37, SEQ ID NO: 46, SEQ ID NO: 76, SEQ ID NO: 77, SEQ ID NO: 35, SEQ ID NO: 62, SEQ ID NO: 26, SEQ ID NO: 63, SEQ ID NO: 67, SEQ ID NO: 40, SEQ ID NO: 38, SEQ ID NO: 47, SEQ ID NO: 56, SEQ ID NO: 25 y SEQ ID NO: 32.
Las cepas bacterianas en la composición G se refieren a las siguientes bacterias: Acidaminococcus fermentans, Acidaminococcus intestine, Anaerostipes hadrus, Blautia faecis, Blautia hansenii, Dorea formicigenerans, Dorea longicatena, Eubacterium rectale, Flavonifractor plautii, Fusicatenibacter saccharivorans, Megasphaera elsdenii, Roseburia faecis, Ruminococcus champanellensis, Ruminococcus albus, Ruminococcus faecis y Ruminococcus obeum.
Tabla G
C o m p o s ic ió n G
SEQ_27 YK149 Acidaminococcus_fermentans/Acidaminococcus_intesti SEQ_43 YK90 Anaerost¡pes_hadrus
SEQ_44 YK30 Anaerostipeshadrus
SEQ_51 YK34 Anaerostipes_hadrus
SEQ_55 YK54 Anaerost¡pes_hadrus
SEQ68 YK98 B lautiafaecis
SEQ_72 YK152 Blaut¡a_hansen¡¡
SEQ_70 YK141 Dorea_formicigenerans
SEQ24 YK96 D orealongicatena
SEQ_34 YK87 Eubacterium_rectale
SEQ_37 YK163 Eubacterium recta le
SEQ_46 YK12 Eubacterium_rectale
SEQ_76 YK166 Eubacteríum_rectale
SEQ_77 YK168 Eubacterium_rectale
SEQ_35 YK105 Flavonifractor_plautii
SEQ_62 YK70 Fusicatenibactersaccharivorans
SEQ_26 YK110 Megasphaera_elsden¡¡
SEQ_63 YK71 Roseburiafaecis
SEQ_67 YK97 Roseburiafaecis
SEQ_40 YK99 Ruminococcus_champanellensis
SEQ_38 YK191 Rum¡nococcus_champanellens¡s/Rum¡nococcus_albus SEQ_47 YK27 Ruminococcusfaecis
SEQ_56 YK56 RumÍnococcus_faecis
SEQ_25 YK101 Rum inococcusobeum
SEQ_32 YK64 Ruminococcus_obeum
Tal como se muestra en la figura 26, la composición H contiene bacterias que tienen las siguientes secuencias de ADNr 16S: SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 21, SEQ ID NO: 82, SEQ ID NO: 81 y SEQ ID NO: 80.
Las cepas bacterianas en la composición H se refieren a las siguientes bacterias: Anaerotruncus colihominis, Clostridium symbiosum, Clostridium innocuum, Erysipelotrichaceae_bacterium_21-3, Clostridium disporicum, Clostridium bolteae y Erysipelatoclostridium ramosum.
La composición H incluye bacterias de las agrupaciones I, IV, XIVa, XVII y XVIII de Clostridium.
Tabla H
En algunas realizaciones, todas las bacterias son bacterias anaerobias. En algunas realizaciones, todas las bacterias son bacterias anaerobias estrictas.
En un aspecto, la divulgación proporciona cepas bacterianas con secuencias de ADNr 16S que tienen homología con una secuencia de ácido nucleico de una cualquiera de las secuencias de las cepas o especies bacterianas descritas en el presente documento. En algunas realizaciones, la cepa bacteriana tiene una homología de al menos el 98 %, el 99 %, el 99,5 %, el 99,6 %, el 99,7 %, el 99,8 % o el 99,9 % en relación con cualquiera de las cepas o especies bacterianas descritas en el presente documento a lo largo de una región especificada o a lo largo de toda la secuencia. Un experto en la técnica apreciará que el término “homología” o “porcentaje de homología”, en el contexto de dos o más secuencias de ácido nucleico o secuencias de aminoácidos, se refiere a una medida de similitud entre dos o más secuencias o porciones de las mismas. La homología puede existir a lo largo de una región de una secuencia que tiene una longitud de al menos aproximadamente 50 nucleótidos, o más preferiblemente a lo largo de una región que tiene una longitud de 100 a 500 ó 1000 o más nucleótidos. En algunas realizaciones, la homología existe a lo largo de la longitud de la secuencia de ARNr 16S o ADNr 16S, o una porción de la misma.
De manera adicional o alternativa, pueden evaluarse dos o más secuencias para determinar la identidad entre las secuencias. Los términos “idéntico” o porcentaje de “identidad”, en el contexto de dos o más ácidos nucleicos o secuencias de aminoácidos, se refieren a dos o más secuencias o subsecuencias que son iguales. Dos secuencias son “sustancialmente idénticas” si las dos secuencias tienen un porcentaje especificado de residuos de aminoácido o nucleótidos que son iguales (por ejemplo, al menos el 80 %, el 85 %, el 90 %, el 95 %, el 96 %, el 97 %, el 98 %, el 99 %, el 99,5 %, el 99,6 %, el 99,7 %, el 99,8 % o el 99,9 % idénticos) a lo largo de una región especificada o a lo largo de toda la secuencia, cuando se comparan y alinean para una correspondencia máxima a lo largo de una ventana de comparación o región diseñada tal como se mide usando uno de los siguientes algoritmos de comparación de secuencias o mediante alineación manual e inspección visual. Opcionalmente, la identidad existe a lo largo de una región que tiene una longitud de al menos aproximadamente 50 nucleótidos, o más preferiblemente a lo largo de una región que tiene una longitud de 100 a 500 ó 1000 o más nucleótidos. En algunas realizaciones, la identidad existe a lo largo de la longitud de la secuencia de ARNr 16S o ADNr 16S.
De manera adicional o alternativa, pueden evaluarse dos o más secuencias para determinar la alineación entre las secuencias. Los términos “alineación” o “porcentaje de alineación”, en el contexto de dos o más ácidos nucleicos o secuencias de aminoácidos, se refieren a dos o más secuencias o subsecuencias que son iguales. Dos secuencias están “sustancialmente alineadas” si las dos secuencias tienen un porcentaje especificado de residuos de aminoácido o nucleótidos que son iguales (por ejemplo, al menos el 80 %, el 85 %, el 90 %, el 95 %, el 96 %, el 97 %, el 98 %, el 99 %, el 99,5 %, el 99,6 %, el 99,7 %, el 99,8 % o el 99,9 % idénticos) a lo largo de una región especificada o a lo largo de toda la secuencia, cuando se comparan y alinean para una correspondencia máxima a lo largo de una ventana de comparación o región diseñada tal como se mide usando uno de los siguientes algoritmos de comparación de secuencias o mediante alineación manual e inspección visual. Opcionalmente, la alineación existe a lo largo de una región que tiene una longitud de al menos aproximadamente 50 nucleótidos, o más preferiblemente a lo largo de una región que tiene una longitud de 100 a 500 ó 1000 o más nucleótidos. En algunas realizaciones, la identidad existe a lo largo de la longitud de la secuencia de ARNr 16S o ADNr 16S.
Para la comparación de secuencias, normalmente una secuencia actúa como secuencia de referencia, con la que se comparan las secuencias de prueba. En la técnica se conocen bien métodos de alineación de secuencias para su comparación. Véase, por ejemplo, mediante el algoritmo de homología local de Smith y Waterman (1970) Adv. Appl. Math. 2:482c, mediante el algoritmo de alineación de homología de Needleman y Wunsch, J. Mol. Biol. (1970) 48:443, mediante el método de búsqueda de similitud de Pearson y Lipman. Proc. Natl. Acad. Sci. USA (1998) 85:2444, mediante implementaciones computarizadas de estos algoritmos (GAP, BESTFIT, FASTA y TFASTA en el paquete de software Wisconsin Genetics, Genetics Computer Group. Madison, WI), o mediante alineación manual e inspección visual (véase, por ejemplo, Brent et al., Current Protocols in Molecular Biology, John Wiley & Sons, Inc. (Ringbou ed., 2003)). Dos ejemplos de algoritmos que son adecuados para determinar el porcentaje de identidad de secuencia y la similitud de secuencia son los algoritmos BLAST y BLAST 2.0, que se describen en Altschul et al., Nuc. Acids Res. (1977) 25:3389-3402 y Altschul et al., J. Mol. Biol. (1990) 215:403-410, respectivamente.
En el presente documento se divulgan composiciones que comprenden múltiples cepas bacterianas purificadas (por ejemplo, las composiciones A-J). Por ejemplo, las figuras 1, 13, 19 y 26 presentan varias composiciones de ejemplo que comprenden múltiples cepas bacterianas. En un aspecto, las secuencias de ADNr 16S de cepas bacterianas purificadas de las composiciones se compararon con secuencias de ADNr 16S de especies/cepas bacterianas conocidas en una base de datos de genoma bacteriano para identificar la especie bacteriana conocida más cercana a las cepas bacterianas divulgadas en el presente documento (véase, por ejemplo, la tabla 1). Debe apreciarse que múltiples cepas bacterianas de las composiciones divulgadas en el presente documento pueden tener la misma especie bacteriana relacionada más cercana.
Debe apreciarse que las composiciones y los tratamientos proporcionados en el presente documento pueden distinguirse de las composiciones y los tratamientos asociados con el tratamiento de infección por C. difficile que están disponibles. Por ejemplo, se ha propuesto que pueden usarse cepas no toxígenas de C. difficile, es decir, cepas que no producen toxinas de C. difficile, para tratar la infección por C. difficile (véase, por ejemplo, el documento US 6.635.260). Las composiciones divulgadas en el presente documento pueden distinguirse al menos porque las composiciones descritas en el presente documento no comprenden cepas no toxígenas de C. difficile.
En la técnica también se considera que pueden usarse cepas bacterianas que expresan un operón de 7a/pdeshidroxilación inducible por ácidos biliares en el tratamiento de C. difficile (véase, por ejemplo, Buffie et al. Nature (2015) 517:205-208). La catálisis de la 7a-dihidroxilación de ácidos biliares está mediada por un ácido 3-oxo- A4-colenoico oxidorreductasa dependiente de NAD(H) estereoespecífica codificada por el gen baiCD. En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento no median en la 7-alfa-deshidroxilación de ácidos biliares.
A diferencia de los hallazgos en la técnica, en algunas realizaciones, tal como se muestra en el presente documento, las combinaciones de cepas bacterianas que no codifican para baiCD (o un homólogo del mismo), o codifican para un baiCD que comprende una o más mutaciones que dan como resultado una proteína BaiCD no funcional (“baiCD-”), son más eficaces para el tratamiento de infección por C. difficile y/o la reducción o inhibición de la producción de toxina B por C. difficile que las combinaciones de cepas bacterianas que tienen una proteína BaiCD funcional (“baiCD+”). Por tanto, en algunas realizaciones, las composiciones de cepas bacterianas proporcionadas en el presente documento son baiCD- (es decir, la combinación de las bacterias no tiene función baiCD+ eficaz). En algunas realizaciones, todas las cepas bacterianas en las composiciones proporcionadas en el presente documento son baiCD-. En algunas realizaciones, la mayor parte (es decir, el 50 % o más) de las cepas bacterianas en las composiciones son baiCD-. En algunas realizaciones, la mayor parte (es decir, el 50 % o más) de las cepas bacterianas en las composiciones son baiCD- y la composición no tiene función BaiCD eficaz. En algunas realizaciones, la menor parte (es decir, el 50 % o menos) de las cepas bacterianas en las composiciones son baiCD-y la composición has no tiene función BaiCD eficaz. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas para las composiciones se seleccionan basándose en la ausencia (o presencia) de un gen baiCD o un gen baiCD previsto. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas pueden modificarse (por ejemplo, mediante ingeniería genética) para prevenir o reducir la expresión de un gen baiCD y/o para reducir o eliminar la actividad ácido 3-oxo-A4-colenoico oxidorreductasa dependiente de NAD(H) de la proteína BaiCD. La actividad ácido 3-oxo-A4-colenoico oxidorreductasa dependiente de NAD(H) de una cepa bacteriana puede evaluarse mediante métodos tales como medir la cantidad de ácido biliar 7a-deshidroxilado. En algunas realizaciones, las composiciones descritas en el presente documento comprenden cepas bacterianas sin el operón baiCD (baiCD-) ni función baiCD.
En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las composiciones no incluyen cepas bacterianas que son resistentes a uno o más antibióticos. Debe apreciarse que puede ser deseable disponer de un mecanismo para retirar las composiciones bacterianas proporcionadas en el presente documento del cuerpo del sujeto después de su administración. Uno de tales mecanismos es retirar las composiciones bacterianas mediante el tratamiento con antibióticos. Por tanto, en algunas realizaciones, las composiciones no incluyen cepas bacterianas que son resistentes a uno o más antibióticos. En algunas realizaciones, las composiciones no incluyen cepas bacterianas que son resistentes a uno o más antibióticos seleccionados del grupo que consiste en penicilina, bencilpenicilina, ampicilina, sulbactam, amoxicilina, clavulanato, tazobactam, piperacilina, cefmetazol, vancomicina, imipenem, meropenem, metronidazol y clindamicina. En algunas realizaciones, las composiciones no incluyen cepas bacterianas que son resistentes a la vancomicina.
En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que son susceptibles a al menos cuatro antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que son susceptibles a al menos tres antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que son susceptibles a al menos dos antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que son susceptibles a al menos un antibiótico que es eficaz en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen únicamente cepas bacterianas que son susceptibles a al menos cuatro antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen únicamente cepas bacterianas que son susceptibles a al menos tres antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen únicamente cepas bacterianas que son susceptibles a al menos dos antibióticos que son eficaces en humanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que son susceptibles a al menos un antibiótico que es eficaz en humanos. Tal como se usa en el presente documento, un “antibiótico que es eficaz en un humano” se refiere a un antibiótico que se ha usado para tratar con éxito infecciones bacterianas en un humano.
En algunas realizaciones, las composiciones descritas en el presente documento comprenden cepas bacterianas formadoras de esporas y no formadoras de esporas. En algunas realizaciones, las composiciones descritas en el presente documento comprenden cepas bacterianas formadoras de esporas. En algunas realizaciones, las composiciones descritas en el presente documento comprenden únicamente cepas bacterianas formadoras de esporas. En algunas realizaciones, las composiciones descritas en el presente documento comprenden únicamente cepas bacterianas no formadoras de esporas. Las bacterias formadoras de esporas pueden estar en forma de esporas (es decir, como esporas) o en forma vegetativa (es decir, como células vegetativas). En forma de esporas, las bacterias son generalmente más resistentes a las condiciones medioambientales, tales como el calor, el ácido, la radiación, el oxígeno, las sustancias químicas y los antibióticos. En cambio, en estado vegetativo o en estado de crecimiento activo, las bacterias son más susceptibles a tales condiciones medioambientales, en comparación con en forma de esporas. En general, las esporas bacterianas son capaces de germinar desde de la forma de esporas hasta un estado vegetativo/de crecimiento activo, en condiciones apropiadas. Por ejemplo, las bacterias en forma de esporas pueden germinar cuando se introducen en el intestino.
En algunas realizaciones, al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición es una formadora de esporas. En algunas realizaciones, al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición están en forma de esporas. En algunas realizaciones, al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición es una no formadora de esporas. En algunas realizaciones, al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición está en forma vegetativa (tal como se comentó anteriormente, las bacterias formadoras de esporas también pueden estar en forma vegetativa). En algunas realizaciones, al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición está en forma de esporas y al menos una (por ejemplo, 1, 2, 3, 4, 5 o más) de las cepas bacterianas en la composición está en forma vegetativa. En algunas realizaciones, al menos una cepa bacteriana que se considera capaz de formar esporas (es decir, una formadora de esporas) pero está presente en la composición en forma vegetativa. En algunas realizaciones, al menos una cepa bacteriana que se considera capaz de formar esporas está presente en la composición tanto en forma de esporas como en forma vegetativa.
En algunas realizaciones, la divulgación proporciona composiciones en las que las composiciones comprenden cepas bacterianas que son cepas bacterianas formadoras de esporas. En algunas realizaciones, la divulgación proporciona composiciones en las que las composiciones comprenden cepas bacterianas que son cepas bacterianas no formadoras de esporas. En algunas realizaciones, la divulgación proporciona composiciones en las que las composiciones comprenden cepas bacterianas que son cepas bacterianas formadoras de esporas y cepas bacterianas que son cepas bacterianas no formadoras de esporas. En algunas realizaciones, la divulgación proporciona composiciones en las que las composiciones comprenden una mezcla de cepas bacterianas en las que al menos el 10 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 20 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 30 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 40 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 50 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 60 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 70 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 80 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas, al menos el 90 % de las cepas bacterianas son cepas bacterianas formadoras de esporas bacteria, hasta el 100% de cepas bacterianas formadoras de esporas. Si una cepa bacteriana es una cepa formadora de esporas puede determinarse, por ejemplo, evaluando el genoma de la cepa bacteriana para determinar la presencia de genes de esporulación. Sin embargo, debe apreciarse que no todas las bacterias que se prevé que codifican para genes formadores de esporas pueden realizar la esporulación. Además, si una cepa bacteriana es una cepa formadora de esporas puede determinarse, por ejemplo, exponiendo la cepa bacteriana a condiciones de estrés, por ejemplo, calor o exposición a sustancias químicas (por ejemplo, etanol o cloroformo), que se sabe que inducen la esporulación.
Debe apreciarse que las bacterias formadoras de esporas pueden estar en forma de esporas o en forma vegetativa. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las bacterias formadoras de esporas están en forma vegetativa. En algunas realizaciones de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las bacterias formadoras de esporas están presentes tanto en forma de esporas como en forma vegetativa. En algunas realizaciones, la divulgación proporciona composiciones en las que las composiciones comprenden bacterias formadoras de esporas, al menos el 10 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 20 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 30 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 40 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 50 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 60 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 70 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 80 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, al menos el 90 % de las bacterias formadoras de esporas están en forma de esporas, hasta el 100 % en forma de esporas.
Se prevé que las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento están vivas y estarán vivas cuando lleguen a la zona objetivo (por ejemplo, los intestinos). Se considera que las esporas bacterianas están vivas en este sentido. En algunas realizaciones, las bacterias que se administran como esporas pueden germinar en la zona objetivo (por ejemplo, los intestinos). Además, debe apreciarse que no todas las bacterias están vivas y las composiciones pueden incluir un porcentaje (por ejemplo, en peso) que no están vivas. Además, en algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas bacterianas que no están vivas cuando se administran o en el momento cuando la composición llega a la zona objetivo (por ejemplo, los intestinos). Se prevé que las bacterias no vivas todavía pueden ser útiles al proporcionar algunos nutrientes y metabolitos a las otras cepas bacterianas en la composición.
En la técnica se conocen bien métodos para inducir la esporulación de cepas bacterianas formadoras de esporas (véase, por ejemplo, Paredes-Sabja et al., Trends Microbiol. (2011) 19(2):85-94). Generalmente, puede hacerse que las cepas bacterianas que son formadoras de esporas se conviertan a una forma de esporas sometiendo a estrés a las cepas bacterianas. Ejemplos no limitativos de estreses que pueden inducir la esporulación son un aumento de la temperatura, un cambio en los nutrientes disponibles y/o la exposición a sustancias químicas (por ejemplo, etanol o cloroformo). Cabe señalar que las bacterias que no son formadoras de esporas, por ejemplo porque carecen de genes de esporulación, no pueden realizar la esporulación mediante estrés. Para preparar composiciones en las que todas las cepas bacterianas están en forma de esporas, la composición o los cultivos bacterianos usados para preparar la composición pueden someterse a tratamiento para destruir cualquier bacteria que no esté en forma de esporas (por ejemplo, en forma vegetativa), por ejemplo, exponiendo la composición a calor y descomponiendo químicamente las bacterias que no son esporas. Posteriormente, las bacterias en forma de esporas pueden separarse de las bacterias que no son esporas, por ejemplo, mediante filtración.
La cantidad de esporas puede cuantificarse usando técnicas conocidas en la técnica. Estas técnicas incluyen microscopía de contraste de fases para enumerar las esporas usando un hemocitómetro. Además, la viabilidad de las esporas puede determinarse sembrando las esporas y haciendo crecer las esporas. Por ejemplo, las esporas pueden sembrarse en medios apropiados e incubarse en la cámara anaerobia durante un periodo de tiempo (por ejemplo, 48-96 h). Posteriormente puede determinarse la viabilidad cuantificando las unidades formadoras de colonias que corresponden a las esporas que germinaron. Por ejemplo, las esporas pueden sembrarse en placas TCCFA (taurocolato, cicloserina, cefoxintina, fructosa, agar), en las que el taurocolato ayuda a la germinación de las esporas. Además, las esporas pueden cuantificarse usando el ensayo de ácido dipicolínico (ensayo DPA). El DPA es un agente que permite la selección de esporas y es un claro indicador de endosporas. Cuando forma un complejo con elterbio, se observa luminiscencia de color verte brillante.
En cualquiera de las composiciones proporcionadas en el presente documento, las cepas bacterianas están purificadas. En cualquiera de las composiciones proporcionadas en el presente documento, en algunas realizaciones, las cepas bacterianas están aisladas. Cualquiera de las cepas bacterianas descritas en el presente documento puede aislarse, por ejemplo, a partir de una fuente tal como un cultivo o una muestra de microbiota (por ejemplo, materia fecal). Las cepas bacterianas usadas en las composiciones proporcionadas en el presente documento generalmente se aíslan a partir del microbioma de individuos sanos. Sin embargo, las cepas bacterianas también pueden aislarse a partir de individuos que se considera que no están sanos. En algunas realizaciones, las composiciones incluyen cepas procedentes de múltiples individuos.
Tal como se usa en el presente documento, el término bacterias “aisladas” que se han separado de uno o más componentes no deseados, tales como otra bacteria o cepa bacteriana, uno o más componentes de un medio de crecimiento y/o uno o más componentes de una muestra, tal como una muestra fecal. En algunas realizaciones, las bacterias se aíslan sustancialmente a partir de una fuente de manera que no se detectan otros componentes de la fuente.
Tal como también se usa en el presente documento, el término “purificada” se refiere a una composición o cepa bacteriana que comprende de manera que se ha separado de uno o más componentes, tales como contaminantes. En algunas realizaciones, la cepa bacteriana está sustancialmente libre de contaminantes. En algunas realizaciones, una o más cepas bacterianas de una composición pueden purificarse independientemente a partir de una o más de otras bacterias producidas y/o presentes en un cultivo o una muestra que contiene la cepa bacteriana. En algunas realizaciones, una cepa bacteriana se aísla o purifica a partir de una muestra y luego se cultiva en condiciones apropiadas para la replicación bacteriana, por ejemplo, en condiciones de cultivo anaerobio. Posteriormente, las bacterias que crecen en condiciones apropiadas para la replicación bacteriana pueden aislarse/purificarse a partir del cultivo en el que crecen.
En algunas realizaciones, las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento son anaerobios estrictos. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas de las composiciones proporcionadas en el presente documento anaerobios facultativos.
Aspectos de la presente divulgación se refieren al tratamiento de una infección patógena en un sujeto mediante la administración de una cantidad terapéuticamente eficaz de cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento. En algunas realizaciones, el sujeto es un sujeto mamífero, tal como un humano, un primate no humano, un roedor, un conejo, una oveja, un cerdo, un perro, un gato, un caballo o una vaca. En algunas realizaciones, el sujeto es un sujeto humano. En algunas realizaciones, el sujeto es un cerdo.
En algunas realizaciones, el sujeto es un portador de un organismo patógeno y padece los efectos de la infección (por ejemplo, diarrea provocada por toxinas de C. diffiále). En algunas realizaciones el sujeto es un portador asintomático de un patógeno. En algunas realizaciones, el sujeto es un portador de C. difficile. En algunas realizaciones, el sujeto es un portador asintomático de C. difficile. En algunas realizaciones, el sujeto ha experimentado infecciones patógenas recurrentes o crónicas. En algunas realizaciones, el sujeto padece una primera aparición de una infección patógena particular. En algunas realizaciones, el sujeto se ha tratado con antibióticos que dieron como resultado la recaída de la infección patógena. En algunas realizaciones, el sujeto se ha tratado con antibióticos que dieron como resultado una primera aparición de una infección patógena. En algunas realizaciones, el sujeto se someterá a un procedimiento que pone al sujeto en un mayor riesgo de infección. En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento se administran a un sujeto para reducir el riesgo de infectarse por un patógeno.
En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento se administran a un sujeto si el sujeto padece disbiosis (por ejemplo, presenta microbioma asociado con un estado patológico). En algunas realizaciones, el tratamiento con las composiciones proporcionadas en el presente documento da como resultado un cambio en el microbioma del sujeto. En algunas realizaciones, el tratamiento con las composiciones proporcionadas en el presente documento elimina la disbiosis en el sujeto dando como resultado un microbioma sano. En algunas realizaciones, el tratamiento con las composiciones proporcionadas en el presente documento elimina la disbiosis en el sujeto dando como resultado un microbioma insensible o menos susceptible a la infección por un patógeno.
Tal como se usa en el presente documento, el término “patógeno” con respecto a una infección patógena se refiere a un microorganismo (por ejemplo, una bacteria) que provoca una enfermedad o un estado patológico en un sujeto. En algunas realizaciones, la enfermedad o el estado patológico del sujeto puede incluir síntomas tales como colitis, diarrea, diarrea líquida, dolor abdominal, fiebre, sangre o pus en las heces, náuseas, deshidratación, perdida del apetito, escalofríos, pérdida de peso y/o insuficiencia renal. En algunas realizaciones, la infección patógena puede diagnosticarse, por ejemplo, detectando un patógeno (o una proteína o un ácido nucleico asociado con un patógeno) en una muestra fecal recogida del sujeto. En algunas realizaciones, la infección patógena puede diagnosticarse, por ejemplo, comparando la microbiota de una muestra fecal del sujeto con la microbiota en una muestra fecal de un sujeto sano.
En algunas realizaciones, la infección patógena es por C. difficile; Clostridium perfringens; Clostridium botulinum; Clostridium tributrycum; Clostridium sporogenes; Escherichia coli; Pseudomonas aeruginosa, tal como Pseudomonas aeruginosa resistente a múltiples fármacos; Enterococci resistente a la vancomicina (VRE); Enterobacteriaceae resistente al carbapenem (CRE); Neisseria gonorrheae; Acinetobacter, Acinetobacter resistente a múltiples fármacos; Campylobacter; Campylobacter resistente a múltiples fármacos; Candida; Candida resistente al fluconazol; Enterobacteriaceae productoras de beta-lactamasas de espectro extendido (ESBL); Salmonella, Salmonella Typhimurium, Salmonella spp. no tifoidea resistente a fármacos; Salmonella typhi resistente a fármacos; Shigell resistente a fármacos a; Staphylococcus aureus, tal como S. aureus resistente a la meticilina o S. aureus resistente a la vancomicina; Streptococcus pneumoniae resistente a fármacos; tuberculosis resistente a fármacos; grupo A Streptococcus resistente a la eritromicina; grupo B de Streptococcus resistente a la clindamicina, y cualquier combinación de las mismas. En algunas realizaciones, la infección patógena es por C. difficile. En algunas realizaciones, C. difficile es C. difficile resistente a antibióticos, por ejemplo, C. difficile resistente a la fluoroquinolona. En algunas realizaciones, la infección patógena es Enterococci resistente a la vancomicina.
Ejemplos no limitativos adicionales de patógenos responsables de infección patógena que pueden tratarse son Leishmania, Staphylococcus epidermis, Staphylococcus saprophyticus, Streptococcus pyogenes, Streptococcus pneumoniae, Streptococcus agalactiae, Enterococcus faecalis, Corynebacterium diphtheriae, Bacillus anthracis, Listeria monocytogenes, Clostridium perfringens, Clostridium tetanus, Clostridium botulinum, Clostridium difficile, Neisseria meningitidis, Neisseria gonorrhoeae, Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Salmonella cholerasuis, Salmonella enterica, Salmonella enteriditis, Yersinia pestis, Yersinia pseudotuberculosis, Yersinia enterocolitica, Vibrio cholerae, Campylobacter jejuni, Campylobacter fetus, Helicobacter pylori, Pseudomonas aeruginosa, Pseudomonas mallei, Haemophilus influenzae, Bordetella pertussis, Mycoplasma pneumoniae, Ureaplasma urealyticum, Legionella pneumophila, Treponema pallidum, Leptospira interrogans, Borrelia burgdorferi, Mycobacterium tuberculosis, Mycobacterium leprae, Chlamydia psittaci, Chlamydia trachomatis, Chlamydia pneumoniae, Rickettsia ricketsii, Rickettsia akari, Rickettsia prowazekii, Brucella abortus, Brucella melitens, Brucella suis y Francisella tularensis. En general, cualquier bacteria que es capaz de inducir una enfermedad en un sujeto y/o que no está presente en un individuo sano se considera como un patógeno en el presente documento. Debe apreciarse que un sujeto puede portar múltiples patógenos y/o padecer múltiples infecciones patógenas.
Cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento puede administrarse a un sujeto en una cantidad terapéuticamente eficaz o una dosis de una cantidad terapéuticamente eficaz para tratar o prevenir una infección patógena (por ejemplo, una o más infecciones patógenas). Los términos “tratar” o “tratamiento” se refieren a reducir o aliviar uno o más de los síntomas asociados con una infección patógena, reducir la cantidad de toxina bacteriana producida por la infección patógena y/o reducir la carga bacteriana de la infección patógena. Los términos “prevenir” o “prevención” abarcan la administración profiláctica y pueden reducir la incidencia o probabilidad de una infección patógena o una infección patógena recurrente o crónica. Por ejemplo, en algunas realizaciones, la administración de las composiciones proporcionadas en el presente documento da como resultado un microbioma sano que es insensible a la infección patógena, previniendo de ese modo la infección patógena.
Tal como se usa en el presente documento, una “cantidad terapéuticamente eficaz” de una composición, tal como una composición farmacéutica, es cualquier cantidad que da como resultado una respuesta o un resultado deseado en un sujeto, tal como los descritos en el presente documento, incluyendo, pero sin limitarse a, la prevención de la infección, una respuesta inmunitaria o una respuesta inmunitaria aumentada a la infección patógena, la prevención o reducción de los síntomas asociados con la infección patógena y/o una reducción o inhibición de la producción de toxinas por la infección patógena. Debe apreciarse que el término cantidad eficaz puede expresarse en número de bacterias o esporas bacterianas que van a administrarse. Además, debe apreciarse que las bacterias pueden multiplicarse una vez administradas. Por tanto, la administración de incluso una cantidad relativamente pequeña de bacterias puede tener efectos terapéuticos.
En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz de cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento es una cantidad suficiente para aumentar la supervivencia del sujeto, reducir la carga bacteriana de la infección patógena en el sujeto y/o reducir o inhibir la producción de toxinas por la infección patógena. En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz es una cantidad suficiente para reducir la carga bacteriana de la infección patógena en una muestra fecal del sujeto en al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 1000 veces, 104 veces, 105 veces o más, en comparación con la carga bacteriana en un sujeto con una infección patógena que no ha recibido ninguna de las composiciones descritas en el presente documento, o en comparación con una muestra fecal del mismo sujeto que se recogió antes de la administración de cualquiera de las composiciones.
En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento inhiben la producción de una toxina bacteriana, por ejemplo, toxina B de C. difficile. En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz es una cantidad suficiente para reducir o inhibir la cantidad de toxina bacteriana (por ejemplo, toxina B de C. difficile) producida por la infección patógena en una muestra fecal del sujeto en al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 500 veces o más, en comparación con la cantidad de la toxina bacteriana en un sujeto con una infección patógena que no ha recibido ninguna de las composiciones descritas en el presente documento o en comparación con una muestra fecal del mismo sujeto que se recogió antes de la administración de cualquiera de las composiciones.
En algunas realizaciones, las composiciones proporcionadas en el presente documento inducen la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras en el sujeto. Tal como resultará evidente para un experto habitual en la técnica, las células T reguladoras, también denominadas “Treg”, son un subconjunto de linfocitos T que generalmente se cree que suprimen una respuesta inmunitaria anómala o excesiva y desempeñan un papel en la tolerancia inmunitaria. Las células T reguladoras pueden identificarse basándose en la expresión de los marcadores Foxp3 y CD4 (Foxp3+ CD4+). El término células T reguladoras también puede incluir células T reguladoras negativas para Foxp3 que son células T positivas para CD4 productoras de IL-10.
En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz es una cantidad suficiente para inducir la proliferación y/o acumulación de Treg en el sujeto (o en una muestra obtenida de un sujeto) en al menos 1,5 veces, 2 veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces, 10 veces, 20 veces, 30 veces, 40 veces, 50 veces, 100 veces, 150 veces, 200 veces, 500 veces o más, en comparación con la cantidad de Treg en un sujeto (por ejemplo, un sujeto con una infección patógena) que no ha recibido ninguna de las composiciones descritas en el presente documento o en comparación con una muestra fecal del mismo sujeto que se recogió antes de la administración de cualquiera de las composiciones.
Tal como se usa en el presente documento, la expresión “induce la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras” se refiere a un efecto de inducir la diferenciación de células T inmaduras en células T reguladoras, diferenciación que conduce a la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras. Además, el significado de “induce la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras” incluye efectos in vivo, efectos in vitro y efectos ex vivo. En algunas realizaciones, la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras puede evaluarse detectando y/o cuantificando el número de células que expresan marcadores de células T reguladoras (por ejemplo, Foxp3 y CD4), por ejemplo, mediante citometría de flujo. En algunas realizaciones, la proliferación y/o acumulación de células T reguladoras puede evaluarse determinando la actividad de las células T reguladoras, tal como la producción de citocinas (por ejemplo, IL-10).
En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz es una cantidad suficiente para recolonizar o repoblar el tracto gastrointestinal del sujeto con bacterias no patógenas. En algunas realizaciones, la cantidad terapéuticamente eficaz es una cantidad suficiente para injertar una o más de las cepas bacterianas de la composición en el tracto gastrointestinal del sujeto. En algunas realizaciones, se obtiene una muestra fecal del sujeto para evaluar la carga bacteriana de la infección patógena y/o evaluar la eficacia de administración de las composiciones bacterianas descritas en el presente documento. En algunas realizaciones, puede evaluarse la microbiota del sujeto (por ejemplo, la identidad y la abundancia de cepas y/o especies de la microbiota) para determinar un estado patológico del sujeto y/o evaluar el avance del tratamiento. En algunas realizaciones, la microbiota del sujeto que padece una infección patógena se compara con la microbiota de un sujeto sano, tal como un sujeto que no está experimentado o no ha experimentado la infección patógena. En algunas realizaciones, la microbiota del sujeto que padece una infección patógena se compara con la microbiota del mismo sujeto a partir de una muestra fecal obtenida del sujeto antes de la infección patógena.
Cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, incluyendo las composiciones farmacéuticas y los productos alimenticios que comprenden las composiciones, puede contener cepas bacterianas en cualquier forma, por ejemplo, en forma acuosa, tal como una disolución o una suspensión, incrustadas en una forma semisólida, en forma de polvo o en forma liofilizada. En algunas realizaciones, la composición o las cepas bacterianas de la composición están liofilizadas. En algunas realizaciones, un subconjunto de las cepas bacterianas en una composición está liofilizado. En la técnica se conocen bien métodos para liofilizar composiciones, específicamente composiciones que comprenden bacterias. Véase, por ejemplo, el documento US 3.261.761; el documento US 4.205.132; las publicaciones PCT WO 2014/029578 y WO 2012/098358. Las bacterias pueden liofilizarse como combinación y/o las bacterias pueden liofilizarse por separado y combinarse antes de la administración. Una cepa bacteriana puede combinarse con un excipiente farmacéutico antes de su combinación con la otra cepa bacteriana, o pueden combinarse múltiples bacterias liofilizadas mientras están en forma liofilizada y, una vez combinada la mezcla de bacterias, puede combinarse posteriormente con un excipiente farmacéutico. En algunas realizaciones, la cepa bacteriana es una torta liofilizada. En algunas realizaciones, las composiciones que comprenden la una o más cepas bacterianas son una torta liofilizada.
Las cepas bacterianas de la composición pueden fabricarse usando técnicas de fermentación bien conocidas en la técnica. En algunas realizaciones, los principios activos se fabrican usando fermentadores anaerobios, que pueden soportar el rápido crecimiento de especies bacterianas anaerobias. Los fermentadores anaerobios pueden ser, por ejemplo, reactores de tanque agitado o biorreactores de ondas desechables. Pueden usarse medios de cultivo, tales como el medio BL y el medio EG, o versiones similares de estos medios desprovistos de componentes de origen animal, para soportar el crecimiento de las especies bacterianas. El producto bacteriano puede purificarse y concentrarse a partir del caldo de fermentación mediante técnicas tradicionales, tales como centrifugación y filtración, y opcionalmente puede secarse y liofilizarse mediante técnicas bien conocidas en la técnica.
En algunas realizaciones, la composición de cepas bacterianas puede formularse para su administración como una composición farmacéutica. El término “composición farmacéutica”, tal como se usa en el presente documento, significa un producto que es el resultado del mezclado o la combinación de al menos un principio activo, tal como cualesquiera dos o más cepas bacterianas purificadas descritas en el presente documento, y uno o más principios inactivos, que pueden incluir uno o más excipientes farmacéuticamente aceptables.
Un excipiente “aceptable” se refiere a un excipiente que debe ser compatible con el principio activo y no perjudicial para el sujeto al que se le administra. En algunas realizaciones, el excipiente farmacéuticamente aceptable se selecciona basándose en la vía de administración prevista de la composición, por ejemplo, una composición para administración oral o nasal puede comprender un excipiente farmacéuticamente aceptable diferente de una composición para administración rectal. Los ejemplos de excipientes incluyen agua estéril, solución salina fisiológica, un disolvente, un material base, un emulsionante, un agente de suspensión, un tensioactivo, un estabilizador, un agente aromatizante, un compuesto aromático, un excipiente, un vehículo, un conservante, un aglutinante, un diluyente, un agente de ajuste de la tonicidad, un agente calmante, un agente de carga, un agente disgregante, un agente tampón, un agente de recubrimiento, un lubricante, un colorante, un edulcorante, un agente espesante y un solubilizador.
Las composiciones farmacéuticas de la invención pueden prepararse según métodos bien conocidos y puestos en práctica de manera rutinaria en la técnica (véase, por ejemplo, Remington: The Science and Practice of Pharmacy, Mack Publishing Co. 20a ed. 2000). Las composiciones farmacéuticas descritas en el presente documento pueden comprender además cualquier portador o estabilizador en forma de una formulación liofilizada o una disolución acuosa. Los excipientes, portadores o estabilizadores aceptables pueden incluir, por ejemplo, tampones, antioxidantes, conservantes, polímeros, agentes quelantes y/o tensioactivos. Las composiciones farmacéuticas se fabrican preferiblemente en condiciones de BPF. Las composiciones farmacéuticas pueden usarse por vía oral, por vía nasal o por vía parenteral, por ejemplo, en forma de cápsulas, comprimidos, píldoras, sobres, líquidos, polvos, gránulos, gránulos finos, preparaciones recubiertas con película, microgránulos, pastillas para chupar, preparaciones sublinguales, comprimidos masticables, preparaciones bucales, pastas, jarabes, suspensiones, elixires, emulsiones, linimentos, pomadas, tiritas, cataplasmas, sistemas de absorción transdérmica, lociones, inhalaciones, aerosoles, inyecciones, supositorios, y similares.
En algunas realizaciones, las bacterias se formulan para su administración a los intestinos (por ejemplo, al intestino delgado y/o al colon). En algunas realizaciones, las bacterias se formulan con un recubrimiento entérico que aumenta la supervivencia de las bacterias a través del riguroso entorno en el estómago. El recubrimiento entérico es uno que resiste la acción de los jugos gástricos en el estómago, de modo que las bacterias que se incorporan en el mismo pasan a través del estómago y hacia los intestinos. El recubrimiento entérico puede disolverse fácilmente cuando entra en contacto con los fluidos intestinales, de modo que las bacterias encerradas en el recubrimiento se liberarán en el tracto intestinal. Los recubrimientos entéricos pueden consistir en polímeros y copolímeros bien conocidos en la técnica, tales como EUDRAGIT disponible comercialmente (Evonik Industries) (véase, por ejemplo, Zhang, AAPS PharmSciTech, (2016) 17 (1), 56-67).
Las bacterias también pueden formularse para administración rectal al intestino (por ejemplo, al colon). Por tanto, en algunas realizaciones, las composiciones bacterianas pueden formularse para su administración mediante supositorio, colonoscopia, endoscopia, sigmoidoscopia o enema. Una preparación o formulación farmacéutica, y particularmente una preparación farmacéutica para administración oral, puede incluir un componente adicional que permite una administración eficiente de las composiciones de la divulgación al intestino (por ejemplo, al colon). Pueden usarse una variedad de preparaciones farmacéuticas que permiten la administración de las composiciones al intestino (por ejemplo, al colon). Los ejemplos las mismas incluyen composiciones sensibles al pH, más específicamente formulaciones tamponadas en formato sobre o polímeros entéricos que liberan su contenido cuando el pH se vuelve alcalino después de que los polímeros entéricos pasen a través del estómago. Cuando se usa una composición sensible al pH para formular la preparación farmacéutica, la composición sensible al pH es preferiblemente un polímero cuyo umbral de pH de la descomposición de la composición está entre aproximadamente 6,8 y aproximadamente 7,5. Un intervalo de valores numéricos de este tipo es un intervalo en el que el pH cambia hacia el lado alcalino en una porción distal del estómago y, por tanto, es un intervalo adecuado para su uso en la administración al colon. Además, debe apreciarse que cada porción del intestino (por ejemplo, duodeno, yeyuno, íleo, ciego, colon y recto) tiene un entorno bioquímico y químico diferente. Por ejemplo, las porciones de los intestinos tienen pH diferentes, lo que permite la administración dirigida mediante composiciones que tienen una sensibilidad al pH específica. Por tanto, las composiciones proporcionadas en el presente documento pueden formularse para su administración al intestino o a porciones específicas del intestino (por ejemplo, duodeno, yeyuno, íleo, ciego, colon y recto) proporcionando formulaciones con la sensibilidad al pH apropiada (véase, por ejemplo, Villena et al., Int J Pharm 2015, 487 (1-2): 314-9).
Otra realización de una preparación farmacéutica útil para la administración de las composiciones al intestino (por ejemplo, al colon) es una que garantiza la administración al colon retardando la liberación del contenido (por ejemplo, las cepas bacterianas) en de aproximadamente 3 a 5 horas, que corresponde al tiempo de tránsito en el intestino delgado. En una realización de una preparación farmacéutica para liberación retardada, se usa un hidrogel como cubierta. El hidrogel se hidrata y se hincha al entrar en contacto con el fluido gastrointestinal, con el resultado de que se libera eficazmente el contenido (liberado predominantemente en el colon). Las unidades de dosificación de liberación retardada incluyen composiciones que contienen fármacos que tienen un material que recubre o recubre selectivamente un fármaco o principio activo que va a administrarse. Los ejemplos de un material de recubrimiento selectivo de este tipo incluyen polímeros degradables in vivo, polímeros gradualmente hidrolizables, polímeros gradualmente solubles en agua y/o polímeros enzimáticamente degradables. Hay disponible una amplia variedad de materiales de recubrimiento para retardar la liberación de manera eficiente, e incluyen, por ejemplo, polímeros a base de celulosa, tales como hidroxipropilcelulosa, polímeros y copolímeros de ácido acrílico, tales como polímeros y copolímeros de ácido metacrílico, y polímeros y copolímeros de vinilo, tales como polivinilpirrolidona.
Los ejemplos adicionales de composiciones farmacéuticas que permiten la administración al intestino (por ejemplo, al colon) incluyen composiciones bioadhesivas que se adhieren específicamente a la membrana mucosa del colon (por ejemplo, un polímero descrito en la memoria descriptiva de la patente estadounidense n.° 6.368.586) y composiciones en las que se incorpora un inhibidor de proteasa para proteger particularmente una preparación biofarmacéutica en el tracto gastrointestinal frente a la descomposición debida a la actividad de una proteasa.
Otro ejemplo de un sistema que permite la administración al intestino (por ejemplo, al colon) es un sistema de administración de una composición al colon mediante un cambio de presión de tal manera que se libera el contenido utilizando el cambio de presión provocado por la generación de gas en la fermentación bacteriana en una porción distal del estómago. Un sistema de este tipo no está particularmente limitado, y un ejemplo más específico del mismo es una cápsula que tiene su contenido dispersado en una base para supositorio y que está recubierta con un polímero hidrófobo (por ejemplo, etilcelulosa).
Un ejemplo adicional de un sistema que permite la administración de una composición al intestino (por ejemplo, al colon) es una composición que incluye un recubrimiento que puede retirarse mediante una enzima presente en el aparato digestivo (por ejemplo, el colon), tal como, por ejemplo, una glicosil hidrolasa o una glicosil reductasa. Un sistema de este tipo no está particularmente limitado, y los ejemplos más específicos del mismo incluyen sistemas que usan componentes alimentarios tales como polisacáridos distintos de almidón, amilosa, goma xantana y polímeros azoicos.
Las composiciones proporcionadas en el presente documento también pueden administrarse a zonas objetivo específicas, tales como el intestino, mediante administración a través de un orificio (por ejemplo, un tubo nasal) o a través de cirugía. Además, las composiciones proporcionadas en el presente documento que se formulan para su administración a una zona específica (por ejemplo, el ciego o el colon) pueden administrarse mediante un tubo (por ejemplo, directamente al intestino delgado). La combinación de métodos de administración mecánica tales como tubos con métodos de administración química tales como recubrimientos específicos del pH permite la administración de las composiciones proporcionadas en el presente documento a una zona objetivo deseada (por ejemplo, el ciego o el colon).
Las composiciones que comprenden cepas bacterianas se formulan en formas de dosificación farmacéuticamente aceptables mediante métodos convencionales conocidos por los expertos en la técnica. Los regímenes de dosificación se ajustan para proporcionar la respuesta deseada óptima (por ejemplo, el efecto profiláctico o terapéutico). En algunas realizaciones, la forma de dosificación de la composición es un comprimido, una píldora, una cápsula, un polvo, gránulos, una disolución o un supositorio. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica se formula para administración oral. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica se formula de manera que las bacterias de la composición, o una porción de las mismas, siguen siendo viables después de su paso a través del estómago del sujeto. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica se formula para administración rectal, por ejemplo, como supositorio. En algunas realizaciones, la composición farmacéutica se formula para administración al intestino o a una zona específica del intestino (por ejemplo, el colon) proporcionando un recubrimiento apropiado (por ejemplo, un recubrimiento específico del pH, un recubrimiento que puede degradarse mediante enzimas específicas de la zona objetivo o un recubrimiento que puede unirse a receptores que están presentes en una zona objetivo).
Las dosificaciones de los principios activos en las composiciones farmacéuticas de la presente invención pueden variarse para obtener una cantidad del principio activo que es eficaz para lograr la respuesta farmacéutica deseada para un sujeto, una composición y un modo de administración particulares, sin ser tóxica ni tener ningún efecto adverso sobre el sujeto. El nivel de selecte dosificación seleccionado depende de varios factores, incluyendo la actividad de las composiciones particulares de la presente invención empleadas, la vía de administración, el momento de la administración, la duración del tratamiento, otros fármacos, compuestos y/o materiales usados en combinación con las composiciones particulares empleadas, la edad, el sexo, el peso, el estado, la salud general y el historial médico previo del sujeto que está tratándose, y factores similares.
Un médico, veterinario u otro profesional sanitario capacitado puede iniciar dosis de la composición farmacéutica a niveles inferiores a los requeridos para lograr el efecto terapéutico deseado y aumentar gradualmente la dosificación hasta lograr el efecto deseado (por ejemplo, tratamiento de una infección patógena, reducción de la carga bacteriana de infección patógena, reducción o inhibición de la producción de toxinas). En general, las dosis eficaces de las composiciones de la presente invención, para el tratamiento profiláctico de grupos de personas tal como se describe en el presente documento, varían en función de muchos factores diferentes, incluyendo las vías de administración, el estado fisiológico del sujeto, si el sujeto es un humano o un animal, otros medicamentos administrados y el efecto terapéutico deseado. Es necesario titular las dosificaciones para optimizar la seguridad y la eficacia. En algunas realizaciones, la pauta posológica implica la administración oral de una dosis de cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento. En algunas realizaciones, la pauta posológica implica la administración oral de múltiples dosis de cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento. En algunas realizaciones, la composición se administra por vía oral el sujeto una vez, dos veces, 3 veces, 4 veces, 5 veces, 6 veces, 7 veces, 8 veces, 9 veces o al menos 10 veces.
Las composiciones, incluyendo las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento, incluyen composiciones con una gama de principios activos (por ejemplo, bacterias vivas, bacterias en forma de esporas). La cantidad de bacterias en las composiciones puede expresarse en peso, número de bacterias y/o UFC (unidades formadoras de colonias). En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 10, aproximadamente 102, aproximadamente 103, aproximadamente 104, aproximadamente 105, aproximadamente 106, aproximadamente 107, aproximadamente 108, aproximadamente 109, aproximadamente 1010, aproximadamente 1011, aproximadamente 1012, aproximadamente 1013 o más de cada una de las bacterias de la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 10, aproximadamente 102, aproximadamente 103, aproximadamente 104, aproximadamente 105, aproximadamente 106, aproximadamente 107, aproximadamente 108, aproximadamente 109, aproximadamente 1010, aproximadamente 1011, aproximadamente 1012, aproximadamente 1013 o más bacterias totales por cantidad de dosificación. Además, debe apreciarse que las bacterias de las composiciones pueden estar presentes en cantidades diferentes. Por tanto, por ejemplo, como ejemplo no limitativo, una composición puede incluir 103 de bacterias A, 104 de bacterias B y 106 de bacterias C. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 10, aproximadamente 102, aproximadamente 103, aproximadamente 104, aproximadamente 105, aproximadamente 106, aproximadamente 107, aproximadamente 108, aproximadamente 109, aproximadamente 1010, aproximadamente 1011, aproximadamente 1012, aproximadamente 1013 o más UFC de cada una de las bacterias en la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 101, aproximadamente 102, aproximadamente 103, aproximadamente 104, aproximadamente 105, aproximadamente 106, aproximadamente 107, aproximadamente 108, aproximadamente 109, aproximadamente 1010, aproximadamente 1011, aproximadamente 1012, aproximadamente 1013 o más UFC en total para la totalidad de las bacterias combinadas por cantidad de dosificación. Tal como se comentó anteriormente, las bacterias de las composiciones pueden estar presente en cantidades diferentes. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 10-7, aproximadamente 10-6, aproximadamente 10-5, aproximadamente 10-4, aproximadamente 10-3, aproximadamente 10-2, aproximadamente 10-1 o más gramos de cada una de las bacterias en la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen aproximadamente 10-7, aproximadamente 10-6, aproximadamente 10-5, aproximadamente 10-4, aproximadamente 10-3, aproximadamente 10-2, aproximadamente 10-1 o más gramos en total para la totalidad de las bacterias combinadas por cantidad de dosificación. En alguna realización, la cantidad de dosificación es un dispositivo de administración (por ejemplo, un comprimido, una pastilla o una cápsula). En alguna realización, la cantidad de dosificación es la cantidad que se administra en un periodo particular (por ejemplo, un día o una semana).
En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre 10 y 1013, entre 102 y 1013, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1013, entre 108 y 1013, entre 109 y 1013, entre 1010 y 1013, entre 1011 y 1013, entre 1012 y 1013, entre 10 y 1012, entre 102 y 1012, entre 103 y 1012, entre 104 y 1012, entre 105 y 1012, entre 106 y 1012, entre 107 y 1012, entre 108 y 1012, entre 109 y 1012, entre 1010 y 1012, entre 1011 y 1012, entre 10 y 1011, entre 102 y 1011, entre 103y 1013, entre 104y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1011, entre 108 y 1011, entre 109 y 1011, entre 1010 y 1011, entre 10 y 1010, entre 102 y 1010, entre 103 y 1010, entre 104 y 1010, entre 105 y 1010, entre 106 y 1010, entre 107 y 1010, entre 108 y 1010, entre 109 y 1010, entre 10 y 109, entre 102 y 109, entre 103 y 109, entre 104 y 109, entre 105 y 109, entre 106 y 109, entre 107 y 109, entre 108 y 109, entre 10 y 108, entre 102 y 108, entre 103 y 108, entre 104 y 108, entre 105 y 108, entre 106 y 108, entre 107 y 108, entre 10 y 107, entre 102 y 107, entre 103 y 107, entre 104 y 107, entre 105 y 107, entre 106 y 107, entre 10 y 106, entre 102 y 106, entre 103 y 106, entre 104 y 106, entre 105 y 106, entre 10 y 105, entre 102 y 105, entre 103 y 105, entre 104 y 105, entre 10 y 104, entre 102 y 104, entre 103 y 104, entre 10 y 103, entre 102 y 103 o entre 10 y 102 de cada una de las bacterias de la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre 10 y 1013, entre 102 y 1013, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1013, entre 108 y 1013, entre 109 y 1013, entre 1010 y 1013, entre 1011 y 1013, entre 1012 y 1013, entre 10 y 1012, entre 102 y 1012, entre 103 y 1012, entre 104 y 1012, entre 105 y 1012, entre 106 y 1012, entre 107 y 1012, entre 108 y 1012, entre 109 y 1012, entre 1010 y 1012, entre 1011 y 1012, entre 10 y 1011, entre 102 y 1011, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y 1013, entre 106y 1013, entre 107 y 1011, entre 108 y 1011, entre 109 y 1011, entre 1010 y 1011, entre 10 y 1010, entre 102 y 1010, entre 103 y 1010, entre 104 y 1010, entre 105 y 1010, entre 106 y 1010, entre 107 y 1010, entre 108 y 1010, entre 109 y 1010, entre 10 y 109, entre 102 y 109, entre 103 y 109, entre 104 y 109, entre 105 y 109, entre 106 y 109, entre 107 y 109, entre 108 y 109, entre 10 y 108, entre 102 y 108, entre 103 y 108, entre 104 y 108, entre 105 y 108, entre 106 y 108, entre 107 y 108, entre 10 y 107, entre 102 y 107, entre 103 y 107, entre 104 y 107, entre 105 y 107, entre 106 y 107, entre 10 y 106, entre 102 y 106, entre 103 y 106, entre 104 y 106, entre 105 y 106, entre 10 y 105, entre 102 y 105, entre 103 y 105, entre 104 y 105, entre 10 y 104, entre 102 y 104, entre 103 y 104, entre 10 y 103, entre 102 y 103 o entre 10 y 102 bacterias totales por cantidad de dosificación.
En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre 10 y 1013, entre 102 y 1013, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1013, entre 108 y 1013, entre 109 y 1013, entre 1010 y 1013, entre 1011 y 1013, entre 1012 y 1013, entre 10 y 1012, entre 102 y 1012, entre 103 y 1012, entre 104 y 1012, entre 105 y 1012, entre 106 y 1012, entre 107 y 1012, entre 108 y 1012, entre 109 y 1012, entre 1010 y 1012, entre 1011 y 1012, entre 10 y 1011, entre 102 y 1011, entre 103y 1013, entre 104y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1011, entre 108 y 1011, entre 109 y 1011, entre 1010 y 1011, entre 10 y 1010, entre 102 y 1010, entre 103 y 1010, entre 104 y 1010, entre 105 y 1010, entre 106 y 1010, entre 107 y 1010, entre 108 y 1010, entre 109 y 1010, entre 10 y 109, entre 102 y 109, entre 103 y 109, entre 104 y 109, entre 105 y 109, entre 106 y 109, entre 107 y 109, entre 108 y 109, entre 10 y 108, entre 102 y 108, entre 103 y 108, entre 104 y 108, entre 105 y 108, entre 106 y 108, entre 107 y 108, entre 10 y 107, entre 102 y 107, entre 103 y 107, entre 104 y 107, entre 105 y 107, entre 106 y 107, entre 10 y 106, entre 102 y 106, entre 103 y 106, entre 104 y 106, entre 105 y 106, entre 10 y 105, entre 102 y 105, entre 103 y 105, entre 104 y 105, entre 10 y 104, entre 102 y 104, entre 103 y 104, entre 10 y 103, entre 102 y 103 o entre 10 y 102 UFC de cada una de las bacterias de la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre 10 y 1013, entre 102 y 1013, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y 1013, entre 106 y 1013, entre 107 y 1013, entre 108 y
1013, entre 109 y 1013, entre 1010 y 1013, entre 1011 y 1013, entre 1012 y 1013, entre 10 y 1012, entre 102 y 1012, entre
103 y 1012, entre 104 y 1012, entre 105 y 1012, entre 106 y 1012, entre 107 y 1012, entre 108 y 1012, entre 109 y 1012, entre 1010 y 1012, entre 1011 y 1012, entre 10 y 1011, entre 102 y 1011, entre 103 y 1013, entre 104 y 1013, entre 105 y
1013, entre 106y 1013, entre 107 y 1011, entre 108 y 1011, entre 109 y 1011, entre 1010 y 1011, entre 10 y 1010, entre 103 y 1010, entre 104 y 1010, entre 105 y 1010, entre 106 y 1010, entre 107 y 1010, entre 108 y 1010, entre
109 y 1010, entre 10 y 109, entre 102 y 109, entre 103 y 109, entre 104 y 109, entre 105 y 109, entre 106 y 109, entre 107 y 109, entre 108 y 109, entre 10 y 108, entre 102 y 108, entre 103 y 108, entre 104 y 108, entre 105 y 108, entre 106 y
108, entre 107 y 108, entre 10 y 107, entre 102 y 107, entre 103 y 107, entre 104 y 107, entre 105 y 107, entre 106 y 107, entre 10 y 106, entre 102 y 106, entre 103 y 106, entre 104 y 106, entre 105 y 106, entre 10 y 105, entre 102 y 105, entre
103 y 105, entre 104 y 105, entre 10 y 104, entre 102 y 104, entre 103 y 104, entre 10 y 103, entre 102 y 103 o entre 10 y
102 UFC totales por cantidad de dosificación.
En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre
10-7 y 10-1, entre 10-6 y 10-1, entre 10-5 y 10-1, entre 10-4 y 10-1, entre 10-3 y 10-1, entre 10-2 y 10-1, entre 10-7 y 10-2, entre 10-6 y 10-2, entre 10-5 y 10-2, entre 10-4 y 10-2, entre 10-3 y 10-2, entre 10-7 y 10-3, entre 10-6 y 10-3, entre 10-5 y
10-3, entre 10-4 y 10-3, entre 10-7 y 10-4, entre 10-6 y 10-4, entre 10-5 y 10-4, entre 10-7 y 10-5, entre 10-6 y 10-5 o entre
10-7 y 10-6 gramos de cada una de las bacterias en la composición por cantidad de dosificación. En algunas realizaciones, las composiciones farmacéuticas divulgadas en el presente documento contienen entre 10-7 y 10-1, entre 10-6 y 10-1, entre 10-5 y 10-1, entre 10-4 y 10-1, entre 10-3 y 10-1, entre 10-2 y 10-1, entre 10-7 y 10-2, entre 10-6 y
10-2, entre 10-5 y 10-2, entre 10-4 y 10-2, entre 10-3 y 10-2, entre 10-7 y 10-3, entre 10-6 y 10-3, entre 10-5 y 10-3, entre
10-4 y 10-3, entre 10-7 y 10-4, entre 10-6 y 10-4, entre 10-5 y 10-4, entre 10-7 y 10-5, entre 10-6 y 10-5 o entre 10-7 y
10-6 gramos de la totalidad de las bacterias combinadas por cantidad de dosificación.
También se encuentran dentro del alcance de la presente divulgación productos alimenticios que comprenden cualquiera de las cepas bacterianas descritas en el presente documento y un nutriente. En general, los productos alimenticios están destinados para el consumo de un humano o un animal. Cualquiera de las cepas bacterianas descritas en el presente documento puede formularse como un producto alimenticio. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas se formulan como un producto alimenticio en forma de esporas. En algunas realizaciones, las cepas bacterianas se formulan como un producto alimenticio en forma vegetativa. En algunas realizaciones, el producto alimenticio comprende tanto bacterias vegetativas como bacterias en forma de esporas. Las composiciones divulgadas en el presente documento pueden usarse en un alimento o una bebida, tal como un alimento o una bebida saludable, un alimento o una bebida para bebés, un alimento o una bebida para mujeres embarazadas, atletas, ancianos u otro grupo especificado, un alimento o una bebida funcional, un alimento o una bebida para un uso saludable especificado, un complemento alimenticio, un alimento o una bebida para pacientes o un pienso para animales. Los ejemplos no limitativos de los alimentos y las bebidas incluyen diversas bebidas tales como zumos, refrescos, bebidas de té, preparaciones de bebidas, bebidas gelatinosas y bebidas funcionales; bebidas alcohólicas tales como cervezas; alimentos que contienen hidratos de carbono tales como productos alimenticios de arroz, fideos, panes y pastas; productos en pasta tales como jamones de pescado, salchichas, productos en pasa de marisco; productos en bolsa de retorta tales como curry, alimentos aderezados con una salsa amilácea espesa, sopas; productos lácteos tales como leche, bebidas lácteas, helados, quesos y yogures; productos fermentados tales como pastas de soja fermentada, yogures, bebidas fermentada y encurtidos; productos en grano; diversos productos de panadería tales como productos de panadería occidentales incluyendo panecillos, galletas y similares, productos de panadería japoneses incluyendo panecillos rellenos de mermelada de frijol al vapor, gelatinas blandas de frijol adzuki y similares, caramelos, chicles, gominolas, postres fríos incluyendo gelatinas, flanes y postres congelados; alimentos instantáneos tales como sopas instantáneas y sopas de soja instantáneas; alimentos aptos para microondas; y similares. Además, los ejemplos también incluyen alimentos y bebidas saludables preparados en forma de polvos, gránulos, comprimidos, cápsulas, líquidos, pastas y gelatinas.
Los productos alimenticios que contienen las cepas bacterianas descritas en el presente documento pueden producirse usando métodos conocidos en la técnica y pueden contener la misma cantidad de bacterias (por ejemplo, en peso, cantidad o UFC) que las composiciones farmacéuticas proporcionadas en el presente documento. La selección de una cantidad de bacterias apropiada en el producto alimenticio puede depender de diversos factores, incluyendo, por ejemplo, el tamaño de la ración del producto alimenticio, la frecuencia de consumo del producto alimenticio, las cepas bacterianas específicas contenidas en el producto alimenticio, la cantidad de agua en el producto alimenticio y/o condiciones adicionales para la supervivencia de las bacterias en el producto alimenticio.
Los ejemplos de productos alimenticios que pueden formularse para contener cualquiera de las cepas bacterianas descritas en el presente documento incluyen, sin limitación, una bebida, un refresco, una barrita, un tentempié, un producto lácteo, un producto de panadería, un producto de cereal, un producto listo para consumir, una leche artificial para lactantes, tal como una formulación complementaria nutricional, un aditivo para alimentos o bebidas.
En algunas realizaciones, el sujeto no ha recibido ninguna dosis de un antibiótico antes de la administración de la composición bacteriana. En algunas realizaciones, al sujeto no se le ha administrado ningún antibiótico al menos 1, al menos 2, al menos 3, al menos 5, al menos 10, al menos 15, al menos 20, al menos 25, al menos 30, al menos
60, al menos 90, al menos 120, al menos 180 o al menos 360 días antes de la administración de las composiciones proporcionadas en el presente documento. En algunas realizaciones, a la persona no se le ha administrado ningún antibióti
En algunas realizaciones, al sujeto puede administrársele una o más dosis de un antibiótico antes de o simultáneamente con una composición bacteriana. Generalmente, la primera línea de defensa en el tratamiento de una infección patógena es la administración de un antibiótico. En algunas realizaciones, al sujeto se le administra una dosis única de un antibiótico antes de la composición bacteriana. En algunas realizaciones, al sujeto se le administran múltiples dosis de un antibiótico antes de la composición bacteriana. En algunas realizaciones, al sujeto se le administran al menos 2, 3, 4, 5 o más dosis de un antibiótico antes de la composición bacteriana. En algunas realizaciones, al sujeto se le administra una dosis de un antibiótico sustancialmente al mismo tiempo que la composición bacteriana. Los ejemplos de antibióticos que pueden administrarse incluyen, sin limitación, kanamicina, gentamicina, colistina, metronidazol, vancomicina, clindamicina, fidaxomicina y cefoperazona.
La tabla 1 a continuación proporciona los números de identificador de secuencia (SEQ ID NO) usados en las composiciones de los experimentos divulgados en el presente documento, junto con el número de identificación de cepa adjunto (ID de cepa). La especie bacteriana más cercana a la cepa indicada se presenta por género_especie. También se proporciona la secuencia de ADNr 16S asociada con cada género_especie identificado como género_especie relacionado más cercano. El porcentaje de alineación presenta el porcentaje de identidad entre la secuencia de la cepa indicada con la secuencia de género_especie más cercano y la longitud de la alineación. En la última columna se proporciona el número de registro de GenBank de la especie relacionada más cercana.
Tabla 1: Especie bacteriana más cercana a las cepas descritas en el presente documento
Tabla 2: Especies bacterianas con un alto grado de homología basándose en el análisis de genoma completo
�� En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Clostridium bolteae puede reemplazarse por Clostridium bolteae 90A9. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Anaerotruncus colihominis puede reemplazarse por Anaerotruncus colihominis DSM 17241. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Eubacterium fissicatena puede reemplazarse por Sellimonas instestinalis, Drancourtella massiliensis o Drancourtella massiliensis GP1. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Clostridium symbiosum puede reemplazarse por Clostridium symbiosum WAL-14163. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Blautia producta puede reemplazarse por Clostridium bacterium CD5.1-1D4 o Blautia product ATCC27340. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Dorea longicatena puede reemplazarse por Dorea longicatena CAG:42. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Clostridium innocuum puede reemplazarse por Erysipelotrichaceae bacterium 21_3. En algunas realizaciones, en cualquiera de las composiciones descritas en el presente documento, Flavonifractor plautii puede reemplazarse por Clostridium orbiscindens 1_3_50AFAA.
Los aspectos descritos en el presente documento proporcionan una composición farmacéutica que comprende una mezcla bacteriana purificada que consiste en cepas bacterianas que comprenden secuencias de ADNr 16S con una homología de al menos el 97 % con SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID<n>O: 21. En algunos aspectos, las cepas bacterianas tienen una homología de al menos el 98 % con SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID nO: 21. En algunos aspectos, las cepas bacterianas tienen una homología de al menos el 99 % con SEQ ID NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21.
En algunos aspectos, al menos una porción de las bacterias de la composición farmacéutica está en forma de esporas. En algunos aspectos, la composición farmacéutica comprende además un excipiente farmacéuticamente aceptable.
En algunos aspectos, la composición farmacéutica se formula para administración oral. En algunos aspectos, la composición farmacéutica está en forma de una cápsula. En algunos aspectos, la composición farmacéutica se formula para administración al colon. En algunos aspectos, la composición farmacéutica comprende además una composición sensible al pH que comprende uno o más polímeros entéricos.
Los aspectos descritos en el presente documento proporcionan composiciones farmacéuticas que comprenden una mezcla bacteriana purificada que consiste en las siguientes cepas bacterianas: Clostridium bolteae, Anaerostruncus colihominis, Sellimonas intestinalis, Clostridium symbiosum, Blautia producta, Dorea Longicatena, Erysipelotrichaceae bacterium y Clostridium orbiscindens.
En algunos aspectos, al menos una porción de las cepas bacterianas está en forma de esporas. En algunos aspectos, la composición farmacéutica comprende además un excipiente farmacéuticamente aceptable.
En algunos aspectos, la composición farmacéutica se formula para administración oral. En algunos aspectos, la composición farmacéutica está en forma de una cápsula. En algunos aspectos, la composición farmacéutica se formula para administración al colon. En algunos aspectos, la composición farmacéutica comprende además una composición sensible al pH que comprende uno o más polímeros entéricos.
Los aspectos descritos en el presente documento proporcionan la administración de la composición farmacéutica de cualquiera de los aspectos descritos en el presente documento al sujeto en una cantidad suficiente para tratar una enfermedad infecciosa. En algunos aspectos, la enfermedad infecciosa es infección por Clostridium difficile.
A continuación se proporcionan las secuencias de ácido nucleico del ADNr 16S, o una porción de las mismas, para las cepas bacterianas descritas en el presente documento:
> SEQ ID NO: 011711
GCCCGGAGCAGTTGATGTGAAGGATGGGTCACCTGTGGACTGCATTGGAACTGTCATACTTGAGTGCCGGAGGGT AAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGA CGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 02|102|
CTAACCGTGGAGGTCATTGGAAACTGGTCAACTTGAGTGCAGAAGAGGGAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGAGATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAG CGTGGGGGGCAAACAGGATTAGATCCCCCGGTAA
> SEQ ID NO: 03|5|
> SEQ ID NO: 04|7|
CGGAAGGTCTGATGTGAAGGTTGGGGCTTACCCCGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCCGAGAGGT AAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCTTTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGG ACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 05|10|
CGATGTCTGAGTGAAGGCTGGGGCTTACCCCAGGACTGCATTGGAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAG CGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGG TAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 06|40|
TTAACCAAGAAGTGCATTGGAACTGTCAGACTTGGGGGAAAAAAAGACAGTGCAACTCCATGTGTAGCGGTGGAA TGCTCCATATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAATTC ATGGGTAAGAAAGTATTAGTCCCTTGTAA
> SEQ ID NO: 07|59|
ACCCGCTTGGTCTGAGGTGAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTGTTCTAGAGTGCCGGAG AGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTAC TGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 08|79|
TAGGCTGGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTA GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTT GAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 09|VE202-21|
TTGCATTGGACACTATGTCAGCTGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAT ATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGCACGTTTTCTGACGTTGAGGCTCGAAATCGTGGGGAGCA AACAAAAATAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGCATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTG CCGCAGCAAACGCAATAAGTATGCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAATAAATTGACGGA
> SEQ ID NO: 10|211|
CCCGTCGTAGATGTGAACTGGGGGCTCACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCA ATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGAC AGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTCATAA
> SEQ ID NO: 11|VE202-9|
ACCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAAAAGA CGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCG GAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACT GCTTTTGAAACTGTCATGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATAT TAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGAAGTCCAT
> SEQ ID NO: 12|VE202-26|
ATGGGAGCGTAGATGGCGACTGGGCCATATGTGACAGCCCTGGTCTCAACCCCTTAACTGCATTTGGAACTGAGT GGCTGGAGTGTCGGAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGT GGCGAAGGCGGCCTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCT GGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTGGCAAGGACATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAA GTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAAATTGACGGA
> SEQ ID NO: 13|136|
CGCAGCGGAGTGTATCCTAGGCTCACCTGGCTGCTTTCGAACTGGTTTTCTAGATCGTGTAGAGGGGGAGATTCC TGGTGTAGCGTGAAATGCGTAGATATCTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTCCTGGACGGCAACTGACGT TGAGGCTCGAAAGTGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 14|VE202-13|
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGT TTTGAAGTTTTCGGATGGACGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAG AGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAG CAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTA GCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGG ATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTG TCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCA TCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTC GAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGG ACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT CTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCA CTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGG GCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGT CTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCG GTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCT AACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAG GTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 15|VE202-14|
TACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTGTT TTCAGAATCTTCGGAGGAAGAGGACAGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTCATA CAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTGTAGTGTGAAAAACT CCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAG CCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAA TATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTAT CAGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGAGTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTA TGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGATAGGCAAGTCTGGAGTGAAAACCCA GGGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGCAGATCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTGACTGACGTTGAGGCTC GAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGTGT GCAAAGCACATCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGT CTTGACATCCGGATGACGGGCGAGTAATGTCGCCGTCCCTTCGGGGCATCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCG TCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATATAAG GTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGAGGGTGACCTGGAGCGAATCCCAAAAA TAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCAT GCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCAG TGACCCAACCTTAGAGGAGGGAGCTGTCGAAGGCGGGACGGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA TCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 16|VE202-16|
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGATTTAA CGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTAC TGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATCGCATGATACAGTGTGAAAAACTC CGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGC GGCTCAACTGCGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAG CAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTC TTGACATCGATCCGACGGGGGAGTAACGTCCCCTTCCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTTCGGC CGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG ATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAAAAAT AACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATG TCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGT GACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATC GGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 17|VE202-7|
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA ATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACAC TGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTC CGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAG GGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGG CAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTC TTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAG CTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAA TAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAAT GTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAG TGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGT ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 18|148|
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTTG GAAGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATAC AGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTC CGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGG GGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGG CAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATC TTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAG CTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAA TAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAAT GCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAG TGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 19|16|
ATCAGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTA AGTGGATCTCTTCGGATTGAAACTTATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCAT ACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAAC TCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTA GCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGA ATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTA TCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCT GGGGCTTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAG CGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCT CGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGT GGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCA AAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAG TCTTGACATCCCTCTGACCGGCCCGTAACGGGGCCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTC GTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTGA AGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTT ATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCAAATCCCAAA AATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGA ATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTC AGTGACCCAACCTTACAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCG TATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 20|170|
AACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTTG GAAGATTCTTCGGATGATTTCCTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATAC AGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGGTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTC CGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGG GGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGG CAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATC TTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGCTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAG CTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAACTCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAA TAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAAT GCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAG TGACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 21|189|
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 22|169|
AGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACG GTACCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTA ACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAG ACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAT GAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACT ACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACG GCACGGCAAGCCAGATGTGAAAGCCC
> SEQ ID NO: 23|VE202-29|
CAGGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCA GTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACC CTGGTAGTCCACGCGGTAAACGATGATTGCTAGGTGTAGGTGGGTATGGACCCATCGGTGCCGCAGCTAACGCAA TAAGCAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGG AGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCC
> SEQ ID NO: 24|YK96|
CCGGGGCTCACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAGAGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTA GCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGC TCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTA
> SEQ ID NO: 25|YK101|
AGGGTCAACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGTCAGGCTGGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGATGCTC GAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATAACCTGGTAAA
> SEQ ID NO: 26|YK110|
GGGAAGTCGGTCTTAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGTGAAGCTCGAGTGTCGGAGAGGAA AGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGAC GACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCCAGGGGAGCAAACGGGATTAGATACCCCAGTAA
> SEQ ID NO: 27|YK149|
TAGTCTGAGTGATGCGGGGCTTAACCCCGTATGGCGTTGGATACTGGAAGTCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGG AATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGT CTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCAAACGGGATTAGATACCACGGTA
> SEQ ID NO: 28|YK154|
GATAGTCGGTCTTAAGTGCGGGGCTTACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGTGAAGCTCGAGTGTCGGAGAGGAAAG CGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTTCTGGACGA CAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCCAGGGGAGCAAACGGGATTAGATACCACGGTAA
> SEQ ID NO: 29|YK36|
CGTTTGCTCCACGCTTTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAA TATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCA GTCCCGGGGTTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCC GGATAACGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGT CATTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTT TCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 30|YK95|
TGTCACACTTTCGAGCATCAGCGTCAGTTACAGTCCAGTAAGCTGCCTTCGCAATCGGAGTTCTTCGTGATATCT AAGCATTTCACCGCTACACCACGAATTCCGCCTACCTCTACTGCACTCAAGACGACCAGTATCAACTGCAATTTT ACGGTTGAGCCGCAAACTTTCACAGCTGACTTAATAGTCCGCCTACGCTCCCTTTAAACCCAATAAATCCGGATA ACGCTTGGATCCTCCGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGGAGTTAGCCGATCCTTATTCGTATGGTACATACAAAA AGCCACACGTGGCTCACTTTATTCCCATATAAAAGAAGTTTACAACCCATAGGGCAGTCATCCTTCACGCTACTT GGCTGGTTCAGACTCTCGTCCATTGACCAATATTCCTCACTGCTGCCTCCCGTAGGTAGTTTGGAA
> SEQ ID NO: 31|YK32|
CCGTTGTCACGCTTTCGTGCTCAGTGTCAGTTTCAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTCCTAATA TCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCCAGTCTGACAGTTTCAAAAGCAGT CCCAGAGTTAAGCCCTGGGTTTTCACTTCTGACTTGCCATACCACCTACGCACCCTTTACACCCAGTAATTCCGG ATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCA TTTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTCC CCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 32|YK64|
GCGAATGTCACGCATTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAAT ATCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCAAGACTAACAGTTTCCAATGCAG TCCAGGGGTTGAGCCCCCGCCTTTCACATCAGACTTGCCAGTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCG GATAACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTC ACTATCTTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTT CCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTGGGAGTTTGGAA
> SEQ ID NO: 33|YK73|
TGCTCACGCTTTCGCGCTCAGCGTCAGTTACTGTCCAGCAATCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGTATATCT ACGCATTTCACCGCTACACACGGAATTCCGATTGCCTCTCCAGCACTCAAGAACTACAGTTTCAAATGCAGGCTG GAGGTTGAGCCCCCAGTTTTCACATCTGACTTGCAATCCCGCCTACACGCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATA ACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTATTCGTCAGGTACCGTCATTT GTTTCGTCCCTGACAAAAGAAGTTTACAACCCGAAAGCCTTCTTCCTTCACGCGGCGTTGCTGGGTCAGGCTTGC GCCCATTGCCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTGGTAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 34|YK87|
TGTCCACGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCT ACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACC GGGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATA ACGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTA TCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCC CATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGACTCCCGTAGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 35|YK105|
CGTTTCTCCACGCTTCGCGCTCAGCGTCAGTTACTGTCCAGCAATCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCGTATA TCTACGCATTTCACCGCTACACACGGAATTCCGATTGCCTCTCCAGCACTCAAGAACTACAGTTTCAAATGCAGG CTGGAGGTTGAGCCCCCAGTTTTCACATCTGACTTGCAATCCCGCCTACACGCCCTTTACACCCAGTAAATCCGG ATAACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTATTCGTCAGGTACCGTCA TTTGTTTCGTCCCCGACAAAAGAAGTTTACAACCCGAAAGCCTTCTTCCTTCACGCGGCGTTGCTGGGTCAGGCT TGCGCCCATTGCCCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCTGGGAAGTTTGG
> SEQ ID NO: 36|YK153|
ATGTCCTGACTTCGCGCCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATC TACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCAC GGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACA ACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAGGG ATAACGGGTATTGACCGCTATCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACG CGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCTGGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 37|YK163|
GTTTGCTCACGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATA TCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGT ACCGGGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGG ATAACGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCA TTATCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTC GCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGG
> SEQ ID NO: 38|YK191|
CGTTGCTCACGCATTCGAGCCTCAGCGTCAGTTAAGCCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTCCTAATA TCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTACTTCACTCAAGAACCACAGTTTCAAATGCAGT TTATGGGTTAAGCCCATAGTTTTCACATCTGACTTGCGATCCCGCCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAATTCCGG ACAACGCTCGCTCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGAGCTTCCTCCTCAGGTACCGTCT TTTTTCGTCCCTGAAGACAGAGGTTTACAATCCTAAAACCTTCTTCCCTCACGCGGCATCGCTGCATCAGAGTTT CCTCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGAA
> SEQ ID NO: 39|YK99|
TGGGCTTACCCATAAACTGCATTTGAAACTGTGGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTC GAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCAAGTAA
> SEQ ID NO: 40|YK55|
GTCAGCATCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCA TTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGGGGT TGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCT TGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTC CCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTG TGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 41|YK75|
> SEQ ID NO: 42|YK90|
TGAACCCAGGGCTTAACTCTGGGACTGCTTTTGAACTGTCAGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTA GTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGAAACTGACACT GAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCATGGTAA
> SEQ ID NO: 43|YK30|
ACCAGGGCTTAACTCTGGGACTGCTTTTGAACTGTCAGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGAAACTGACACTGAGG CACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAA
> SEQ ID NO: 44|YK31|
GAACCCAGGGCTTAACTCTGGGACTGCTTTTGAACTGTCAGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAG TGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGAAACTGACACTG AGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCCGGTAA
> SEQ ID NO: 45|YK12|
GAGTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTAT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 46|YK27|
TGTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACG CATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGGG GTTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACG CTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCT TCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCAT TGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 47|YK28|
CACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGCATTTCACCGCTACAC TAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCAAGACGGGCAGTTTCCAATGCAGTCCCGGGGTTGAGCCCCAGCCTT TCACATCAGACTTGTCCATCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGCTTGCCCCCTACGTAT TACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTTCCCTGCTGATAGAAG TTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCA CTGCTGCCTCCCGTAGGAGTTTGGG
> SEQ ID NO: 48|YK29|
GTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGC ATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGGGG TTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGC TTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTT CCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATT GTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 49|YK33|
GATGCTCAGCTTTCGTGCTCAGTGTCAGTTTCAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTCCTAATATC TACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCCAGTCTGACAGTTTCAAAAGCAGTCC CAGAGTTAAGCCCTGGGTTTTCACTTCTGACTTGCCATACCACCTACGCACCCTTTACACCCAGTAATTCCGGAT AACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATT TTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAGATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCC CCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 50|YK34|70A_009_YK34_A1_A02
GTGTCAGCTTCGTGCTCAGTGTCAGTTTCAGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCTGCACTCCAGTCTGACAGTTTCAAAAGCAGTCCCAG AGTTAAGCCCTGGGTTTTCACTTCTGACTTGCCATACCACCTACGCACCCTTTACACCCAGTAATTCCGGATAAC GCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAGATACTTCTTCACTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 51|YK35|
GTCAGCTTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGC ATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGGGG TTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGC TTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTT CCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATT GTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCGCGTAGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 52|YK51|
TGTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGG GGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 53|YK52|
TTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACG CATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGGG GTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACG CTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATCT TCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCAT TGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGGAGTTTGG
> SEQ ID NO: 54|YK54|
TTCGGTCTGCTTTCCCCTTCTCGCGCCTCAGTGTCAGTTTCTGTCTAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGATGTTCCT CCTAATATCTACGCACTTCACCGCTCCACAATGAATTCCGCTTACCCCTCCCGCGCTCTAGTCTGACAGTTTTAA AAAAACTCCCCGAGAGAAACCCTGGGTTTTTTCTTCTGACATGCGATATCCCACCCCCACCCTTTATACACCCAA AAATCGGATAAAAGGTGCGACCTACGTATTATACCGGCTGCTGGGGCGTAGATAGCCGGGGGTTCTTATACAGGG ACCGTCATTTTCTTTCCCGCTGATACAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTTCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAG GGTTTCCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGGAAGTTGGGGGAAA
> SEQ ID NO: 55|YK56|
GTTCAGCTTTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGG GGTTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 56|YK57|
GTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGC ATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGGGG TTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGC TTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTT CCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCATT GTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 57|YK58|
TCTCACGCTTTCGAGCTCACGTCAGTCATCGTCCAGCAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTGCCTCTCCGACACTCTAGCTCAGCAGTTCCAAATGCAGTCCCGG GGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCTGGCTTGCCGTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTC TTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAAATACTTCATCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGAGTTTCCTCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGTAGGGAGTTTGG
> SEQ ID NO: 58|YK65|
GTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACG CATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGGG GTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACG CTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTCTTC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 59|YK67|
AGCCCCGCTTTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCAAGACGGGCAGTTTCCAATGCAGTCCCG GGGTTGAGCCCCAGCCTTTCACATCAGACTTGTCCATCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTT CTTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 60|YK69|
TGCTCAGCTTTCGAGCCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCGAGCCAGACAGTTTCCAATGCAGTCCCA GGGTTAAGCCCTGGGTTTTCACATCAGACTTGCCTTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTAT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 61|YK70|
GTTGCTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTCCTAATATCT ACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCGAGCCAGACAGTTTCCAATGCAGTCCC AGGGTTAAGCCCTGGGTTTTCACATCAGACTTGCCTTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATA ACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTA TCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCC CATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGAAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 62|YK71|
TGCTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTCT TCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCC CATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 63|YK74|
GATGCCCTGGCTTCGCGCTCAGCGTCAGTTGTCGTCCAGAAAGCCGCTTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATC TACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTTCCTCTCCGACACTCGAGCTTCACAGTTTCGGTCCCCTCAC GGGGTTAAGCCCCGCACTTTTAAGACCGACTTGCGATGCCGCCTGCGCGCCCTTTACGCCCAATAATTCCGGACA ACGCTTGCCACCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGTGGCTTTCTCTTACGGTACCGTCAGGG ATAACGGGTATTGACCGCTATCCTGTTCGTCCCATATAACAGAACTTTACAACCCGAAGGCCGTCATCGTTCACG CGGCGTTGCTCCGTCAGACTTTCGTCCATTGCGGAAGATTCCCCACTGCTGCCTCCCGGGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 64|YK88|
GTCCCGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTAT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAAGTTTGG
> SEQ ID NO: 65|YK89|
TGTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGG GGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 66|YK97|
TGCTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTCT TCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCC CATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 67|YK98|
ATTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACG CATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGGCACTCAAGCATACCAGTTTCCAATGCAGTCCAGGG GTTAAGCCCCTGCCTTTCACATCAGACTTGATACGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACG CTCGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATCT TCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCAT TGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 68|YK139|
GTGTCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCTTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCGAGCCAGACAGTTTCCAATGCAGTCCCAG GGTTAAGCCCTGGGTTTTCACATCAGACTTGCCTTGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAGTTTGG
> SEQ ID NO: 69|YK141|
GCCAGCTTCGAGCCTCACGTCAGTCATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTACGC ATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCTCTCCGACACTCTAGCTGCACAGTTTCCAAAGCAGTCCACAGG TTGAGCCCATGCCTTTCACTTCAGACTTGCACAGCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAACGC TTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTCTT CCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAAATACTTCATCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCATT GTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 70|YK142|
TGATCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGTACTCTAGATTGACAGTTTCCAATGCAGTCCCGG GGTTGAGCCCCGGGTTTTCACATCAGACTTGCCACTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTTC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCATCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGGGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 71|VK152|
GATGATCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCT ACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCTAGAAAAACAGTTTCCAATGCAGTCCT GGGGTTAAGCCCCAGCCTTTCACATCAGACTTGCTCTTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATA ACGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTT TCTTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCC CATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGGGGGAAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 72|YK155|
TTGATCAGCTTTCGAGCTCACGTCAGTTACCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCTCTCCGGCACTCTAGAAAAACAGTTTCCAATGCAGTCCTG GGGTTAAGCCCCAGCCTTTCACATCAGACTTGCTCTTCCGTCTACGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCCCCCTACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTAGTTAGCCGGGGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTTT CTTCCCTGCTGATAGAAGTTTACATACCGAGATACTTCTTCCTTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGG
> SEQ ID NO: 73|YK157|
GTATTTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATC TACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTAC CGGGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGAT AACGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATT ATCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGC CCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 74|YK160|
GCTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGG GGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTCTT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTTCCCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 75|YK166|
TTTCAGCTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTAC GCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCGG GGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAAC GCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTATC TTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCCA TTGTGCAATATTCCCCACTGCTAGCTCCCGAAGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 76|YK168|
AGCTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTAT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 77|YK169|
GTCCAGCTTTCGAGCCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATATCTA CGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCGCTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGTACCG GGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGGATAA CGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCATTAT CTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGCTTTCGCCC ATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 78|VK171|
TGAGCCGGGCTCACCCCGGTACTGCATTGGAACTGTCGTACTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTG TAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAG GCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACACCGGTAA
> SEQ ID NO: 79|YK192|
CACGATGTCAGCTTTCGAGCTCAGCGTCAGTTATCGTCCAGTAAGCCGCCTTCGCCACTGGTGTTCCTCCTAATA TCTACGCATTTCACCGCTACACTAGGAATTCCACTTACCCCTCCGACACTCTAGTACGACAGTTTCCAATGCAGT ACCGGGGTTGAGCCCCGGGCTTTCACATCAGACTTGCCGCACCGCCTGCGCTCCCTTTACACCCAGTAAATCCGG ATAACGCTTGCACCATACGTATTACCGCGGCTGCTGGCACGTATTTAGCCGGTGCTTCTTAGTCAGGTACCGTCA TTCTTCTTCCCTGCTGATAGAGCTTTACATACCGAAATACTTCTTCGCTCACGCGGCGTCGCTGCATCAGGGTTT CCCCCATTGTGCAATATTCCCCACTGCTGCCTCCCGAGGGGAGTTTGGA
> SEQ ID NO: 80|VE202-18|
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCGAGCACTTG TGCTCGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGTAACCTGCCCTAGACAGGGGGATAACTATTGGAAACGATAG CTAAGACCGCATAGGTACGGACACTGCATGGTGACCGTATTAAAAGTGCCTCAAAGCACTGGTAGAGGATGGACT TATGG CGCATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCAC ACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGGGAAACCCTGA CCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTTCTGTTATAAAGGAAGAACGGCGGCTACAG GAAAT GGTAGCCGAGTGACGGTACTTTATTAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGG CAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCAGCAAGGGTCTGTGGTGAAAGCCTGAAGCT TAACTTCAGTAAGCCATAGAAACCAGGCAGCTAGAGTGCAGGAGAGGATCGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAA ATGCG TAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACGATCTGGCCTGCAACTGACGCTCAGTCCCGAAAGCGTGGG GAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGATGTCAAAGTTCAG TGCTGCAGTTAACGCAATAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGG GCCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTCATAAAGG CTCCAGAGATGGAGAGATAGCTATATGAGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACCATCATTAAGTTGGGGACTCTAGCGAGACTGCCA GTGAC AAGCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGA TGGTGCAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAAACCCATAAAACCATTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCA ACTCGACTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGT ACACA CCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGATAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAACCGCAAGGAAGGAGCTGTCTAAGGTG GGATTGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 81|PE5|
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTGAA GGAAGTTTTCGGATGGAATTCGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTG GGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCG GTGGT GTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTG AGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCAC AATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGG AAGAA AATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTT ATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTG GGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTA GATAT TAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCC GTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCC GCACA AGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGGCGT GTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGACTGC CAGGG ATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATG GCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTG CAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTT GTACA CACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAA GGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 82|PE9|
AATTCGACGTTGTCCGGATTACTGGGCGTAAAGGGAGCGTAGGCGGACTTTTAAGTGAGATGTGAAATACCCGGG CTCAACTTGGGTGCTGCATTTCAAACTGGAAGTCTAGAGTGCAGGAGAGGAGAATGGAATTCCTAGTGTAGCGGT GAAATGCGTAGAGATTAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGATTCTCTGGACTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTAGGGGTTGT CATGACCTCTGTGCCGCCGCTAACGCATTAAGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGA AATTGACGGA
> SEQ ID NO: 83|211-B|
ACGAGCGTATCGGATTATTGGGTTTAAGGGAGCGTAGGTGGATTGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCTCAA CCGTAAAATTGCAGTTGAAACTGGCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGAAAT GCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTAGACTGTCACTGACACTGATGCTCGAAAGTGT GGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATACAGT AAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGAAATTGACG GAAGCCCGCCCAGGGGGGAAAAACATGGGGTTTAGTTGGATGATACGGGGAGGAACCTC
> SEQ ID NO: 84|NR_119185.1|gen de ARN ribosómico 16Sde Ruminococcus obeum, secuencia completa
GGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGAAACCTTTCATTGAAGCTTCGGCAGATTTGGNNTGTTTCTAG TGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAACCAGAAATGGTTGCTAATACC GCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCT AGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACG CCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAA GCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAA GGGAGCGTAGACGGACTGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCGGGGGCTCAACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGTTAG TCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTG GCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAG TATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCA TGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGNCCCTTAACCGGATCT TTCCTTCGGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCCTATCCCCAGTAGCCAGCAGTCCGGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTG GAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAAC AAAGGGAAGCAAGCCTGCGAAGGTAAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGA CTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGCAAAGAAGGAGCTGCCGAAGGCGG GACCGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGT
> SEQ ID NO: 85|NR_118692.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa ATCC 29174 de Ruminococcus obeum, secuencia completa
GGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGAAACTTTTCATTGAAGCTTCGGCAGATTTGGTCTGTTTCTAGTGG CGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAACCAGAAATGGTTGCTAATACCGCA TAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGT TGGCAGGGTAACGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGA CACGCCCCAGACTCCTCGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGC GTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCC CGKCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGA GCGTAGACGGACTGGCAAGTCTGATGTGAAAGGCGGGGGCTCAACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGTTAGTCTT GAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGA AGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAG TCCACGCCGCAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATT CCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTG GTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGTCCCTTAACCGGATCTTTCC TTCGGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAAC GAGCGCAACCCCTATCCCCAGTAGCCAGCAGTNCGGCTGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGG AAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAG GGAAGCNAGCCTKCGRAGGTAAGCAAATCCCANAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGC ACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCC CGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGC
> SEQ ID NO: 86|NR_026491.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DS1 de Clostrídium disporicum, secuencia parcial
GCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAGCGAGTTGATTCTCTTCGGAGATGAAGCTAG CGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGCAACCTGCCTCATAGAGGGGAATAGCCTCCCGAAAGGGAGATTAATACC GCATAAGATTGTAGCTTCGCATGAAGTAGCAATTAAAGGAGCAATCCGCTATGAGATGGGCCCGCGGCGCATTAG CTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACATTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCAA CGCCGCGTGAGTGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAAGCTCTGTCTTCAGGGACGATAATGACGGTACCTGAGGAGG AAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTGTCCGGATTTACTGGGCGTA AAGGGAGCGTAGGCGGACTTTTAAGTGAGATGTGAAATACCCGGGCTCAACTTGGGTGCTGCATTTCAAACTGGA AGTCTAGAGTGCAGGAGAGGAGAATGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATTAGGAAGAACACCAG TGGCGAAGGCGATTCTCTGGACTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTAGGGGTTGTCATGACCTCTGTGCCGCCGCTAACGCATTA AGTATTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGATTAAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGCGGAG CATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTAGACTTGACATCTCCTGAATTACCCGTAACTGGGGA AGCCACTTCGGTGGCAGGAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCC CGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACCATTTAGTTGAGCACTCTAGCGAGACTGCCCGGGTTAACCG GGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCTAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCAAGTA CAAAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAAACTCAAAAACTTGTCTCAGTTCGGATTGTAGGCTGAAACTCGC CTACATGAAGCTGGAGTTGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGAGAGTTGGCAATACCCAACGTACGTGATCTAACCCGCAAGGGAGGAAGCGTCCTAAGGT AGGGTCAGCGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAA
> SEQ ID NO: 87|NR_028785.1Igen de ARN ribosómico 16S de la cepa ATCC 35704 de Clostridium scindens, secuencia completa
GAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGCCTGGCCC CGACTTCTTCGGAACGAGGAGCCTTGCGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCTTGCAC TGGGGGATAACAGCCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGACCGAAGCGCCGCATGGCGCGGCGGCCAAAGCCC CGGCGGTGCAAGATGGGCCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATC AGCAGGGAAGAAGATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGATGCAAGCCAGATGTGAAAGCCCGG GGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCGTGGCTGGAGTGTCGGAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTACTAGGTGTCGGGTGG CAAGGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATC TTGACATCCCGATGCCAAAGCGCGTAACGCGCTCTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTCAGTAGCCAGCATTTTGGA TGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGAGAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG ACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCGAACCCGCGAGGGTGGGCAAATCCCAAAAAT AACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATG TCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGCCGGT GACCCAACCCGTAAGGGAGGGAGCCGTCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA TCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTC
> SEQ ID NO: 88|NR_028915.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa L1-92 de Anaerostipes caccae, secuencia parcial
GCGCTTAATACATGTCAAGTCGAACGAAGCATTTAGGATTGAAGTTTTCGGATGGATTTCCTATATGACTGAGTG GCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGGAACCTGCCCTATACAGGGGGATAACAGCTGGAAACGGCTGCTAATACCGC ATAAGCGCACAGAATCGCATGATTCAGTGTGAAAAGCCCTGGCAGTATAGGATGGTCCCGCGTCTGATTAGCTGG TTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAGTGAACGGCCACATTGGGACTGAG ACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGTAAACCCTGATGCAGCGACGC CGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAACAGACGGTACCTGACTAAGAA GCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGAATTACTGGGTGTAAA GGGTGCGTAGGTGGCATGGTAAGTCAGAAGTGAAAGCCCGGGGCTTAACCCCGGGACTGCTTTTGAAACTGTCAT GCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTG GCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTCACTGACACTGATGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAGTAAG TATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCA TGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCCAATGACCGAACCTTAACCGGTTTT TTCTTTCGAGACATTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCG CAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTG GAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGGCCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAAC AAAGGGAAGCGAAGTCGTGAGGCGAAGCAAATCCCAGAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGA CTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGTGAATCAGAATGTCACGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGG GACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGG
> SEQ ID NO: 89|NR_042152.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa I-52 de Marvinbryantia formatexigens, secuencia parcial >gi|636558750|ref|NR_114807.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa I-52 de Marvinbryantia formatexigens, secuencia completa
TGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCATTTTAAATGAAGTTTTCGGACGGAATTTAAAATGACTG AGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGCCAGAAATGGCTGCTAATA CCGCATAAGCGCACGGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGGTCCGCGTTGGATTAG GCAGTTGGCGGGGTAAAGGCCCACCAAACCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGGACGGCCACATTGGGAC TGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGA CGCCGCGTGGGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCCCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACCAAG AAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTA AAGGGAGCGTAGACGGCCATGCAAGTCTGGTGTGAAAGGCGGGGGCTCAACCCCCGGACTGCATTGGAAACTGTA TGGCTTGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTGGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATCAGGAGGAACACCAG TGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCC TGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACCAGGTGTCGGGGGACACGGTCCTTCGGTGCCGCAGCAAACGCACTA AGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAG CATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCGGACGACCGGACAGTAACGTGTC CTTCCCTTCGGGGCGTCCGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCC CGCAACGAGCGCAACCCCTGTTCCCAGTAGCCAGCATTCAGGATGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACC TGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTGA ACAGAGGGAAGCGAACCCGCGAGGGGGAGCAAATCCCAGAAATAACGTCCCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACCC GGCTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACAC ACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGAAATGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGGAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGC GGGGCCGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAA
> SEQ ID NO: 90|NR_024994.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa S32 de Lactobacillus mucosae, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCCGGCGGTGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCGTTGGCCCAACTG ATTGAACGTGCTTGCACGGACTTGACGTTGGTTTACCAGCGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCT GCCCCAAAGCGGGGGATAACATTTGGAAACAGATGCTAATACCGCATAACAATTTGAATCGCATGATTCAAATTT AAAAGATGGCTTCGGCTATCACTTTGGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTTGTTGGTAGGGTAACGGCCTACCAA GGCTGTGATGCGTAGCCGAGTTGAGAGACTGATCGGCCACAATGGAACTGAGACACGGTCCATACTCCTACGGGA GGCAGCAGTAGGGAATCTTCCACAATGGGCGCAAGCCTGATGGAGCAACACCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGG CTCGTAAAGCTCTGTTGTTAGAGAAGAACGTGCGTGAGAGCAACTGTTCACGCAGTGACGGTATCTAACCAGAAA GTCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAA GCGAGCGCAGGCGGTTTGATAAGTCTGATGTGAAAGCCTTTGGCTTAACCAAAGAAGTGCATCGGAAACTGTCAG ACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGGAATGCGTAGATATATGGAAGAACACCAGTG GCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGCAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCATGGGTAGCGAACAGGATTAGATACCCTG GTAGTCCATGCCGTAAACGATGAGTGCTAGGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCCGCAGCTAACGCATTAA GCACTCCGCCTGGGGAGTACGACCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGC ATGTGGTTTAATTCGAAGCTACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCTTGCGCCAACCCTAGAGATAGGGCG TTTCCTTCGGGAACGCAATGACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCC GCAACGAGCGCAACCCTTGTTACTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAGTGAGACTGCCGGTGACAAACCG GAGGAAGGTGGGGACGACGTCAGATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACGGTAC AACGAGTCGCGAACTCGCGAGGGCAAGCTAATCTCTTAAAACCGTTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGC CTGCACGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACAC CGCCCGTCACACCATGAGAGTTTGCAACACCCAAAGTCGGTGGGGTAACCCTTCGGGGAGCTAGCCGCCTAAGGT GGGGCAGATGATTAGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGAGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCT
> SEQ ID NO: 91|NR_028816.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa MOL361 de Turicibacter sanguinis, secuencia completa
AGAGTTTGATCATGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAGCGAACCACTTCGGTGG TGAGCGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTTATCTGCCCATCAGACGGGGACAACGATTGGAAACGATCGCTAA TACCGGATAGGACGAAAGTTTAAAGGTGCTTCGGCACCACTGATGGATGAGCCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGT AGGGTAAAGGCCTACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGAACGGCCACACTGGGACTGAGACACG GCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCGGCAATGGGCGAAAGCCTGACCGAGCAACGCCGCGTG AATGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAATTCTGTTATAAGGGAAGAATGGCTCTAGTAGGAAATGGCTAGAGTGTG ACGGTACCTTATGAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCGAGCGTTATCC GGAATTATTGGGCGTAAAGAGCGCGCAGGTGGTTGATTAAGTCTGATGTGAAAGCCCACGGCTTAACCGTGGAGG GTCATTGGAAACTGGTCAACTTGAGTGCAGAAGAGGGAAGTGGAATTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGA TATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTCCTGGTCTGTAACTGACACTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAA ACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTGGGGGTCGAACCTCAGTGCTGA AGTTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACCAGTGACCGT CCTAGAGATAGGATTTTCCCTTCGGGGACAATGGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTCGTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGGACTCTAACGAGAC TGCCAGTGACAAACTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTG CTACAATGGTTGGTACAAAGAGAAGCGAAGCGGTGACGTGGAGCAAACCTCATAAAGCCAATCTCAGTTCGGATT GTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCC CGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTACAACACCCGAAGTCAGTGGCCTAACCGCAAGGAGG GAGCTGCCTAAGGTGGGGTAGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTATCCCTACCGGAAGGTGGGGTTGGATC ACCTCCTT
> SEQ ID NO: 92|NR_042832.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa M72/1 de Roseburia faecis, secuencia parcial
GATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCACTCTATTTGATTTTCTTCGGAAATGAAGA TTTTGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTGGAAAC GACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGATCGCATGATCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCG CGTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGC CACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCC TGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAGAATGACGG TACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGAT TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTGCGGCAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTGCA TTGGAAACTGTCGTACTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAG GAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGAGCATTGCTCTTCGGTGCCGCA GCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCA CAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCGATGACAGAG TATGTAATGTACYTTCTCTTCGGAGCATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGT TGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTGTCCTTAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGCACTCTAGGGAGACTG CCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACTTGGGCTACACACGTGCT ACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGGAGCCGTGAGGCCGAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGACTGT AGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCG GGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGAAATGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGA GCTGCCGAAGGCAGGTTCGATAACTGGGGTG
> SEQ ID NO: 93|NR_043142.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa Prevot S1 de Flavonifractor plautii, secuencia parcial
CGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCATGACGGAGGATTCGTCCAATGGATTGAGTTA CCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGGAGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTA ATACCGCATGAAGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAGATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGA TTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTG GGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCA GCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCTTTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCC GACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACT GGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGA AACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGA ACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTA GATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTGGGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAA CACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGC GGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGGCTTGACATCCCACTAACGAGGCAGAG ATGCGTTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGAC AAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGT GGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAAAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAA ACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT ACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCCGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGA AGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAG
> SEQ ID NO: 94|NR_044054.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 19850 de Blautia wexlerae, secuencia parcial
CAAGTCGAACGGGAATTANTTTATTGAAACTTCGGTCGATTTAATTTAATTCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACG CGTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAGCTGC ATGGCTCAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTTGTTGGTGGGGTAACGGCCC ACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTA CGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTAT CTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGATAGTGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTGTGGC AAGTCTGATGTGAAAGGCATGGGCTCAACCTGTGGACTGCATTGGAAACTGTCATACTTGAGTGCCGGAGGGGTA AGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGAC GGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGA TGAATAACTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTAC GTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCA ACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCGCCTGACCGATCCTTAACCGGATCTTTCCTTCGGGACAGGCGAG ACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTAT CCTCAGTAGCCAGCATTTAAGGTGGGCACTCTGGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACG TCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGATTGTG AGATGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCG CTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGA GTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACTGCAAAGAAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATGACTGGGGTGAA GTCGTAACAAGGT
> SEQ ID NO: 95|NR_027558.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa WAL 14565 de Anaerotruncus colihominis, secuencia parcial
AACGGAGCTTACGTTTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGC AACCTGCCTTTCAGAGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCC TGCAACCAAAGGAGCAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAA AGCGACGATCGGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGA GGCAGCAGTGGGGGATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGG ATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAG CCGCGGTAATACGTAGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTA GAATGTTAAATCCATCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGA ATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAAC TGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTA CTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCA AGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGTCTTGACATCGGCGTAATAGCCTAGAGAGTAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTG GTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGT TGCTACGCAAGAGCACTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATG CCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGA ATCCCAGAAAAAGTGTCTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGC GGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCCGGGTAAC ACCCGAAGCCAGTAG
> SEQ ID NO: 96|NR_116747.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa Eg2 de Ruminococcus faecis, secuencia parcial
ATGCAAGTCGAACGAAGCACCTTGATTTGATTCTTCGGATGAAGATCTTGGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGT AACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCA CCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACG GCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACT CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGATGAA GTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATGGTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAG TGGCAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTGTCAATCTAGAGTACCGGAGA GGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACT GGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAA ACGATGACTACTAGGTGTCGGGCAGCAAAGCTGTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTAGTCCACCTGGGGAG TACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAA GCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGACATCTCCCTGACCGGCAAGTAATGTTGCCTTTCCTTCGGGACAGGG ATGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCC TATCTTTAGTAGCCAGCGGTTTGGCCGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATG ACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAGAACC GCGAGGTCGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAA TCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATG GGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGGAGGAGCTGCCGAAG
> SEQ ID NO: 97|NR_028883.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa 111-35 de Dorea longicatena, secuencia parcial
TAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACGTA CCGCATGGTACAGTGGTAAAAACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACG GCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACT CCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGAGGAAACTCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAA GTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACG TGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCA CGGCAAGCCAGATGTGAAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTTGGAACTGCTGAGCTAGAGTGTCGGAG AGGCAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTGC TGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTA AACGATGACTGCTAGGTGTCGGGTGGCAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGA GTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGA AGCAACGCGAAGAACCTTACCTGATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGTTTTTCTTCGGAACATC GGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCC CTATCTTCAGTAGCCAGCAGGTTAAGCTGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGA TGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGAGAAGCGAAC TCGCGAGGGTAAGCAAATCTCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGG AATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCA TGGGAGTCATAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAAGG
> SEQ ID NO: 98|NR_029164.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa B-3 de Clostridium innocuum, secuencia parcial
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTCTTCAG GAAGCTTGCTTCCAAAAAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACGGAGCGCATGCTCTGTATATTAAAGCGCCCTTCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGACGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGYAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGAAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTTNGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGNTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGACCACAAAGAGCAGCGACTTGGTGACAAGAAGCGAA TCTCATAAAGATCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGA
> SEQ ID NO: 99|NR_104687.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 14655 de Blautia hansenii, secuencia parcial
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTATCATT GACTCTTCGGAAGATTTGATATTTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGG GGAATAACAGTTAGAAATGGCTGCTAATGCCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTGAGG TGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGGGGTAACGGCCTACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGG CCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT GCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGC AGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG GCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGC TTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTTTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTG AAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAA GCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGTGCAA AGCAGTTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTG ACATCTGCCTGACCGTTCCTTAACCGGAGCTTTCCTTCGGGACAGGCAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCAGTCCGGCTGG GCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATT TGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAAGCGGTGACGCTTAGCAAATCTCAAAAATAAC GTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCG CGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGAC CCAACCTTATGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
> SEQ ID NO: 100|NR_112933.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 15632 de Bacteroides cellulosilyticus, secuencia parcial
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATGACCTAG CAATAGGTTGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTACCGGTTATTCCGGGATAGCCTTTC GAAAGAAAGATTAATACCGGATAGTATAACGAGAAGGCATCTTTTTGTTATTAAAGAATTTCGATAACCGATGGG GATGCGTTCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACATCGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGT CCCCCACATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGACGAG AGTCTGAACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGACTGCCCTATGGGTTGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTG AGCCACGTGTGGCTTTTTGTATGTACCATACGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACG GAGGATCCGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGCGGACTATTAAGTCAGCTGTGAAAGTT TGCGGCTCAACCGTAAAATTGCAGTTGATACTGGTCGTCTTGAGTGCAGTAGAGGTAGGCGGAATTCGTGGTGTA GCGGTGAAATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTTACTGGACTGTAACTGACGCTGATGC TCGAAAGTGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGC GATATACAGCAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGC TTAAATTGCATCTGAATAATTTGGAAACAGATTAGCCGCAAGGCAGATGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGCCGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTCATGCTG AGGACTCTAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTC CGGGGCTACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACACAGCGATGTGATGCTAATCCCAAAAGCCT CTCTCAGTTCGGATTGGAGTCTGCAACCCGACTCCATGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCACGGC GCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTCCGTAA CCGCAAGGAGCGGCCTAGGGTAAAACTGGTAATTGGGGCTAAGTCGTA
> SEQ ID NO: 10||NR_112940.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 5824 de Bacteroides ovatus, secuencia parcial
GGCTCAGGATGAACGCTAGCTACAGGCTTAACACATGCAAGTCGAGGGGCAGCATTTTAGTTTGCTTGCAAACTG AAGATGGCGACCGGCGCACGGGTGAGTAACACGTATCCAACCTGCCGATAACTCCGGAATAGCCTTTCGAAAGAA AGATTAATACCGGATAGCATACGAATATCGCATGATATTTTTATTAAAGAATTTCGGTTATCGATGGGGATGCGT TCCATTAGTTTGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGACTACGATGGATAGGGGTTCTGAGAGGAAGGTCCCCCAC ATTGGAACTGAGACACGGTCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGAGGAATATTGGTCAATGGGCGAGAGCCTGA ACCAGCCAAGTAGCGTGAAGGATGAAGGCTCTATGGGTCGTAAACTTCTTTTATATGGGAATAAAGTTTTCCACG TGTGGAATTTTGTATGTACCATATGAATAAGGATCGGCTAACTCCGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGGAGGATC CGAGCGTTATCCGGATTTATTGGGTTTAAAGGGAGCGTAGGTGGATTGTTAAGTCAGTTGTGAAAGTTTGCGGCT CAACCGTAAAATTGCAGTTGAAACTGGCAGTCTTGAGTACAGTAGAGGTGGGCGGAATTCGTGGTGTAGCGGTGA AATGCTTAGATATCACGAAGAACTCCGATTGCGAAGGCAGCTCACTAGACTGTTACTGACACTGATGCTCGAAAG TGTGGGTATCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACACAGTAAACGATGAATACTCGCTGTTTGCGATATAC AGTAAGCGGCCAAGCGAAAGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGCCGGCAACGGTGAAACTCAAAGGAATTG ACGGGGGCCCGCACAAGCGGAGGAACATGTGGTTTAATTCGATGATACGCGAGGAACCTTACCCGGGCTTAAATT GCAACAGAATATATTGGAAACAGTATAGCCGTAAGGCTGTTGTGAAGGTGCTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGC CGTGAGGTGTCGGCTTAAGTGCCATAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTTACTAACAGGTTATGCTGAGGACTC TAGAGAGACTGCCGTCGTAAGATGTGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCAGCACGGCCCTTACGTCCGGGGCT ACACACGTGTTACAATGGGGGGTACAGAAGGCAGCTACCTGGCGACAGGATGCTAATCCCAAAAACCTCTCTCAG TTCGGATCGAAGTCTGCAACCCGACTTCGTGAAGCTGGATTCGCTAGTAATCGCGCATCAGCCATGGCGCGGTGA ATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGCCATGAAAGCCGGGGGTACCTGAAGTACGTAACCGCAAG GAGCGTCCTAGGGTAAAACTGGTAATTGGGGCTA
> SEQ ID NO: 102|NR_117563.1|gen de ARN ribosómico 16S de Eubacterium fissicatena, secuencia parcial
TAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTTTACTT AGATTTCTTCGGATTGAAGAGTTTTGCGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATAC AGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGTACCGCATGGTACAGTGGGAAAAACTC CGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTATGTAAGTCTGATGTGAAAACCCGG GGCTCAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTATGTAACTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATCACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGG CAAAGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTC TTGACATCCCACTGACCGGCGTGTAATGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGTTTGGC CGGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG AGCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAATACCGCGAGGTTGAGCAAATCCCAAAAAT AACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATG TCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGT GACCCAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATC GGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTT
> SEQ ID NO: 103|NR_104700.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 1395 de Blautia coccoides, secuencia parcial
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTAAGACAG ATTTCTTCGGATTGAAGTCTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGG GGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGG TGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGG CCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT GCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGC AGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG GCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGC TTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTGTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTG AAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAA GCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAA AGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTG ACATCCCTCTGACCGTCCCGTAACGGGGGCTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCACATGATGGTG GGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAT TTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCGAATCCCAAAAATAA CGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCC GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGA CCTAACCGAAAGGAAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
> SEQ ID NO: 104|NR_109014.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa M25 de Blautia faecis, secuencia parcial
ATAACAGCCAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAACCGCATGGTTCGGTGTGAAAAACTCCGGTGG TATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGCAGGGCAGCGGCCTACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCT GAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCA CAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGG GAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCA AGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGCAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCAGGGGCTTA ACCCCTGGACTGCATTGGAAACTGCTGTGCTTGAGTGCCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAA TGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCG TGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCAGGGAGCACAGC TCTTTGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATT GACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAATCTTGACA TCCCTCTGACCGGGACTTAACCGTCCCTTTCCTTCGGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTTAGTAGCCAGCACGCARTGGTGGGC ACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTG GGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAACCCGCGAGGGTGGGCAAATCTCAAAAATAACGT CCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCG GTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCG
> SEQ ID NO: 105|NR_036928.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa 1313 de Clostridium hathewayi, secuencia parcial
CTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGGTTTCAATGAAGTTTTCGGATGGA TTTGAAATTGACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTACACTGGGGGATAACAGTTAGA AATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGGCCGCATGGNCTGGTGTGAAAAACTCCGGNGGTGTAAGATGGAC CCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGNGGGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACC GGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGGACAATGGGCGAAA GCCTGATCCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGAC GGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGG ATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTTAGCAAGTCTGAAGTGAAAGCCCGGGGCTCAACCCCGGTACTG CTTTGGAAACTGTTAGACTTGAGTGCAGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATT AGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCG CCGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCG CACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCACTGAAAA CACNTTAACCGTGATCCCTCTTCGGAGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGAT GTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCGAGTAGAGTCGGGCACTCTGGGGAGA CTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGT GCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGGAGCGATCTGGAGCAAACCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGAT TGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTC CCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGAAAGGAG GGAGCT
> SEQ ID NO: 106|NR_113270.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 1471 de Blautia producta, secuencia parcial
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTAAGACGG ATTTCTTCGGATTGAAGTCTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGG GGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGGACCGCATGGTCTGGTGTGAAAAACTCCGG TGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGG CCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATT GCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAACTTCTATCAGC AGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGG GCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGAAGAGCAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGC TTAACCCCAGGACTGCATTGGAAACTGTTGTTCTAGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTG AAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAA GCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAA AGCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGA ATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTG ACATCCCTCTGACCGTCCCGTAACGGGGACTTCCCTTCGGGGCAGAGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAG CTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCACATGATGGTG GGCACTCTAGGGAGACTGCCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAT TTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGCGATGTTGAGCGAATCCCAAAAATAA CGTCCCAGTTCGGACTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCC GCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGA CCTAACCGAAAGGAAGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
> SEQ ID NO: 107|NR_104799.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 3319 de Anaerostipes hadrus, secuencia parcial
TGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCTGCTTAACTGATCTTCTTCGGA ATTGACGTTTTGTAGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGCAACCTGCCCTGTACAGGGGGATAACAG TCAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGCACCGCATGGTGCAGGGGTAAAAACTCCGGTGGTACAGGA TGGACCCGCGTCTGATTAGCTGGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGGCTTGAGAGAG TGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGG GGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATCTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAA ATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTA TCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGTGCGTAGGTGGTATGGCAAGTCAGAAGTGAAAACCCAGGGCTTAACTCTGG GACTGCTTTTGAAACTGTCAGACTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATTAGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGAAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAG CAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGGCCGTAGAGGCTTCGG TGCCGCAGCCAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGG ACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGTCTTGACATCCTTCT GACCGGTCCTTAACCGGACCTTTCCTTCGGGACAGGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGT GAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCTTTAGTAGCCAGCATTTCAGGTGGGCACTCTAGA GAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCAGGGCTACAC ACGTGCTACAATGGCGTAAACAGAGGGAAGCAGCCTCGTGAGAGTGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTC GGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATAC GTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCGTAA GGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCT GGATCACCTCCTTTC
> SEQ ID NO: 108|NR_117142.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 3598 de Eubacterium fissicatena, secuencia parcial
GTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCGCTTTACTTAGAT TTCTTCGGATTGAAGAGTTTTGCGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGG GGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGTACCGCATGGTACAGTGGGAAAAACTCCGGT GGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCAACGATCAGTAGCCGAC CTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTG CACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCA GGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGG CAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTATGTAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCT CAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTATGTAACTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGA AATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATCACTGACGTTGAGGCTCGAAAG CGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAA GCCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAA TTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGA CATCCCACTGACCGGCGTGTAATGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAGTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGC TCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGTTTGGCCGGG CACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAGCA GGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAATACCGCGAGGTTGAGCAAATCCCAAAAATAACG TCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGC GGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACC CAACCGTAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGATCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAA GGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 109|NR_117147.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 3982 de Eubacterium contortum, secuencia parcial
TTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGACGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACTTTACTTTGATT TCTTCGGAATGAAAGGTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTCATACAGGGG GATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGACCACAGTACCGCATGGTACAGTGGGAAAAACTCCGGTG GTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAGTAGCCGACC TGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGC ACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAG GGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGC AAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTTATGTAAGTCTGATGTGAAAACCCGGGGCTC AACCCCGGGACTGCATTGGAAACTATGTAACTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAA ATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATGACTGACGTTGAGGCTCGAAAGC GTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTCGGGTGGCAAAG CCATTCGGTGCCGCAGCAAACGCAATAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAAT TGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCTGCTCTTGAC ATCCCCCTGACCGGCGTGTAATGGTGCCTTTCCTTCGGGACAGGGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCT CGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGTTTGGCCGGGC ACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGAGCAG GGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCGAAGCCGTGAGGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGT CTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCG GTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCC AACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAGGGTGGGACCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAG GTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCT
> SEQ ID NO: 110|NR_113410.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 12243 de Clostridium bolteae, secuencia parcial
TTTTAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTGGGGGATAACAGTTAGAA ATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACAGTGTGAAAAACTCCGGTGGTGTGAGATGGATC CGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCG GCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAAG CCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACG GTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGA TTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGGCTCAACCCTGGGACTGC TTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTA GGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACA GGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCAAAGCCCTTCGGTGCCGT CGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGC ACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCTCTTGACCGG CGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATG TTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAGGGAGAC TGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTG CTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACT GTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTTCC CGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACTCGCAAGAGA GGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTC
> SEQ ID NO: 111|NR_041960.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa BInIX de Blautia luti, secuencia completa
GTGGGTAACCTGCCTTATACAGGGGGATAACAGTCAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAGCTGCA TGGCTCCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCC ACCAAGGCGACGATCCATAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTA CGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGAAGAAGTAT CTCGGTATGTAAACTTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCC AGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGA CAAGTCTGATGTGAAAGGCTGGGGCTCAACCCCGGGACTGCATTGGAAACTGCCCGTCTTGAGTGCCGGAGAGGT AAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGA CGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCGGTAAACG ATGAATCCTAGGTGTCGGGGAGCAAANNNNTTCGGTGCCGCCGCAAACGCATTAAGCATTCCACCTGGGGAGTAC GTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCA ACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCTCTGACCGAGTATGTATGGTACTTTTCCTTCGGGAGAGAGAGG AGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCT ATCCCCAGTAGCCAGCGGTTCGGCCGGGCACTCTGAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGA CGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGCCTG CGAGGGTGGGCAAATCCCAAAAATAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAAT CGCTAGTAATCGCGGATCAGAATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGG GAGTCAGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCTAACT
> SEQ ID NO: 112|NR_074306.1|ARN ribosómico 16S de la cepa RyC-MR95 de Acidaminococcus intestini RyC-MR95, secuencia completa
CTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAACTTATTTCGGTAAGTTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGT AACGCGTGGGCAACCTGCCCTCCAGTTGGGGACAACATTCCGAAAGGGATGCTAATACCGAATGTCCTCCCTCCT CCGCATGGAGGAGGGAGGAAAGATGGCCTCTGCTTGCAAGCTATCGCTGGAAGATGGGCCCGCGTCTGATTAGCT AGTTGGTGGGGTAACGGCTCACCAAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTG AGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACG CCGCGTGAGTGATGAAGGTCTTCGGATTGTAAAACTCTGTTGTTAGGGACGAAAGCACCGTGTTCGAACAGGTCA TGGTGTTGACGGTACCTAACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAG CGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGGCTTTTAAGTCTGACGTGAAAATGCGGGGCTTAAC CCCGTATGGCGTTGGATACTGGAAGTCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAGGGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGC GTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTGTGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGG GTAGCAAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCC TTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGGACTACGATCGCAAGATTGAAACTCAAAGGAATTGA CGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATT GAGTGAAAGACCTAGAGATAGGTCCCTCCCTTCGGGGACACGAAAACAGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGT GTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCCTATCCTATGTTACCAGCGCGTAAAGGCGGGGAC TCATAGGAGACTGCCAGGGATAACTTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGG CTACACACGTACTACAATGGTCGGCAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCAGAAACCCGACC CCAGTTCGGATCGTAGGCTGCAACCCGCCTACGTGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGG TGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAAGTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGATA ACCTTTTAGGAGTCAGCTGTCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGC
> SEQ ID NO: 113|NR_074399.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa 7 de Ruminococcus albus, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCACGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGCGAAAGAGTGCT TGCACTCTCTAGCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAATCTGCCTTTCGGAGAGGGATACCAATTGGA AACGATTGTTAATACCTCATAACATAACGAAGCCGCATGACTTTGTTATCAAATGAATTTCGCCGAAAGATGAGC TCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGCCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAAC GGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGAAA GCCTGATGCAGCGATGCCGCGTGAGGGAAGAAGGTTTTAGGATTGTAAACCTCTGTCTTTGGGGACGATAATGAC GGTACCCAAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGG AATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGGTGTGAAATTTAGGGGCTTAACCCCTGAACTG CACTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATT AGGAGGAACATCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAAC AGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCG CAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCG CACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCGTACGCATAG CATAGAGATATGTGAAATCCCTTCGGGGACGTATAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACTGTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGCAGGACTGCC GTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTAC AATGGCTGTTAACAGAGGGAAGCAAAACAGTGATGTGGAGCAAAACCCTAAAAGCAGTCTTAGTTCGGATTGTAG GCTGCAACCCGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGG CCTTGTACACACCGCCCGTCACGCCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCTGTGTTCTAACCGCAAGGAGGAAGC AGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT
> SEQ ID NO: 114|NR_074634.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa ATCC 33656 de Eubacterium rectale, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCACTTTATTTG ATTTCCTTCGGGACTGATTATTTTGTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTTGTACA GGGGGATAACAGTTGGAAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGCATCGCATGATGCAGTGTGAAAAACTCC GGTGGTATAAGATGGACCCGCGTTGGATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCCATAGCC GACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATA TTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCA GCAGGGAAGATAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCACCGGCTAAATACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTATG GTGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGCAGGCGGTGCGGCAAGTCTGATGTGAAAGCCCGGG GCTCAACCCCGGTACTGCATTGGAAACTGTCGTACTAGAGTGTCGGAGGGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGCTGAGGCTCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGGGAAGC ATTGCTTCTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCT TGACATCCTTCTGACCGGTACTTAACCGTACCTTCTCTTCGGAGCAGGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTC AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTTAGTAGCCAGCGGTTCGGCC GGGCACTCTAGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGA CTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAAGCTGTGAAGCCGAGCAAATCTCAAAAATA ACGTCTCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAGAATGC TGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGGAATGCCCGAAGCCAGTG ACCTAACCGAAAGGAAGGAGCTGTCGAAGGCAGGCTCGATAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCG GAAGGTGCGGCTGGATCACCT
> SEQ ID NO: 115|NR_074928.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 20731 de Acidaminococcus fermentans, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGAGAACTTTCTTCG GAATGTTCTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACGCGTAGGCAACCTGCCCTCTGGTTGGGGACAACATTCCGAAAGG GATGCTAATACCGAATGAGATCCTCTTTCCGCATGGAGAGAGGATGAAAGATGGCCTCTACTTGTAAGCTATCGC CAGAAGATGGGCCTGCGTCTGATTAGCTAGTAGGTGAGGTAACGGCTCACCTAGGCGATGATCAGTAGCCGGTCT GAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATCTTCCG CAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGCCTTCGGGTTGTAAAACTCTGTTGTCAGG GACGAAAGCACCGATCTATAATACATTTTGGTGTTGACGGTACCTGACGAGGAAGCCACGGCTAACTACGTGCCA GCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGCATGTAGGCGGGCTTTTA AGTCCGACGTGAAAATGCGGGGCTTAACCCCGTATGGCGTTGGATACTGGAAGTCTTGAGTGCAGGAGAGGAAAG GGGAATTCCCAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTGGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGCCTTTCTGGACTG TGTCTGACGCTGAGATGCGAAAGCCAGGGTAGCAAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTAAACGATG GGTACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTACCCCGCCTGGGGACTACGA TCGCAAGATTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGACGCAAC GCGAAGAACCTTACCAAGGCTTGACATTGAGTGAAAGACCCAGAGATGGGTCCCCTTCTTCGGAAGCACGAAAAC AGGTGGTGCATGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCC TATGTTACCAGCACGTAATGGTGGGGACTCATAGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGT CAAGTCATCATGCCCCTTATGTCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGTCGGCAACAAAGGGCAGCGAAGCCGCG AGGCGGAGCCAATCCCAGAAACCCGACCCCAGTTCGGATCGCAGGCTGCAACCCGCCTGCGTGAAGTTGGAATCG CTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAAA GTTGGTAACACCCGAAGCCGGTGAGATAACCTTTTAGGAGTCAGCTGTCTAAGGTGGGGCCGATGATTGGGGTGA AGTCGTAACAAGGTAGCCGTTCGAGAACGAGCGGCTGGATCACCT
> SEQ ID NO: 116|NR_114326.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa HT03-11 de Fusicatenibacter saccharivorans, secuencia parcial
TGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCAGTTAAGAAGATTYTTCGGATG ATTCTTGACTGACTGAGCGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTGACCTGCCCCATACCGGGGGATAACAGCTGG AAACGGCTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGAGCTGCATGGCTCGGTGTGAAAAACTCCGGTGGTATGGGATGGG CCCGCGTCTGATTAGGCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAACCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGCGAC CGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAA ACCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGCGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGATAATGA CGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCG GATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCAAGGCAAGTCTGATGTGAAAACCCAGGGCTTAACCCTGGGACT GCATTGGAAACTGTCTGGCTCGAGTGCCGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATAT TAGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAA CAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGAGCAAAGCTCTTCGGTGCC GCCGCAAACGCATTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCC GCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCCGATGACC GGCCCGTAACGGGGCCTTCTCTTCGGAGCATTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGA TGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTCAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTGTGGAG ACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATCTGGGCTACACACG TGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAGGCAAAGCCGCGAGGTGGAGCAAATCCCAAAAATAACGTCTCAGTTCGGA CTGCAGTCTGCAACTCGACTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGTCGCGGTGAATACGTT CCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGTAACGCCCGAAGTCAGTGACCCAACCTTTTA
> SEQ ID NO: 117|NR_102884.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa 18P13 de Ruminococcus champanellensis, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCACGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGATAAAGACTTC GGTTTTTATCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTCTGAGAGAGGGATAGCTTCTGGAAA CGGATGGTAATACCTCATAACATAGCGGTACCGCATGATACTGCTATCAAAGATTTATCGCTCAGAGATGGGCTC GCGTCTGATTAGCTAGATGGTGAGGTAACGGCTCACCATGGCGACGATCAGTAGCCGGACTGAGAGGTTGAACGG CCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGCGCAAGC CTGATGCAGCGATGCCGCGTGGAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTCCTGTCTTAAGGGACGATAATGACGG TACCTTAGGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGAGCGAGCGTTGTCCGGAA TTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAAACTATGGGCTTAACCCATAGACTGCA TTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAG GAGGAACATCGGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGGCTTTTACTGACGCTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAG GATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCTGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGGACTGACCCCTTCCGTGCCGCA GTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCA CAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAAAACCTTACCAGGTCTTGACATCGAGTGAATGATC TAGAGATAGATCAGTCCTTCGGGACACAAAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTG GGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTACCTTTAGTTGCTACGCAAGAGCACTCTAGAGGGACTGCCGTTGAC AAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTACTACAATGGC AATGAACAGAGGGAAGCAATACAGTGATGTGGAGCAAATCCCCAAAAATTGTCCCAGTTCAGATTGTAGGCTGCA ACTCGCCTACATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCAGATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGT ACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCTGTCGA AGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT
> SEQ ID NO: 118|NR_102971.1|ARN ribosómico 16S de la cepa S17 de Bifidobacterium bifídum S17, secuencia completa
TTTTTGTGGAGGGTTCGATTCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGATC CATCGGGCTTTGCTTGGTGGTGAGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATGCGTGACCGACCTGCCCCATGCTCCGGAAT AGCTCCTGGAAACGGGTGGTAATGCCGGATGTTCCACATGATCGCATGTGATTGTGGGAAAGATTCTATCGGCGT GGGATGGGGTCGCGTCCTATCAGCTTGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCTTCGACGGGTAGCCGGCCTGAG AGGGCGACCGGCCACATTGGGACTGAGATACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAA TGGGCGCAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGATGGAGGCCTTCGGGTTGTAAACCTCTTTTGTTTGGGAG CAAGCCTTCGGGTGAGTGTACCTTTCGAATAAGCGCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGG CGCAAGCGTTATCCGGATTTATTGGGCGTAAAGGGCTCGTAGGCGGCTCGTCGCGTCCGGTGTGAAAGTCCATCG CTTAACGGTGGATCTGCGCCGGGTACGGGCGGGCTGGAGTGCGGTAGGGGAGACTGGAATTCCCGGTGTAACGGT CCAATCTCTACATATCCCCAACAACACCCATCCCCAAGCCACCTCTCTCCCCCCTCACTCACGCTCACCACCCAA AGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGGTGGACGCTGGATGTGGGGCACGT TCCACGTGTTCCGTGTCGGAGCTAACGCGTTAAGCGTCCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTAAAACTCAAA GAAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGCGGAGCATGCGGATTAATTCGATGCAACGCGAAGAACCTTACCTGGGC TTGACATGTTCCCGACGACGCCAGAGATGGCGTTTCCCTTCGGGGCGGGTTCACAGGTGGTGCATGGTCGTCGTC AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTCGCCCCGTGTTGCCAGCACGTTATGG TGGGAACTCACGGGGGACCGCCGGGGTTAACTCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAGATCATCATGCCCCTTACG TCCAGGGCTTCACGCATGCTACAATGGCCGGTACAGCGGGATGCGACATGGCGACATGGAGCGGATCCCTGAAAA CCGGTCTCAGTTCGGATCGGAGCCTGCAACCCGGCTCCGTGAAGGCGGAGTCGCTAGTAATCGCGGATCAGCAAC GCCGCGGTGAATGCGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAGTCATGAAAGTGGGCAGCACCCGAAGCCGG TGGCCTAACCCCTTGTGGGATGGAGCCGTCTAAGGTGAGGCTCGTGATTGGGACTAAGTCGTAACAAGGTAGCCG TACCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTTCT
> SEQ ID NO: 119|NR_102980.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa DSM 20460 de Megasphaera elsdenii, secuencia completa
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGAGAAGAGATGAGAA GCTTGCTTCTTATCAATTCGAGTGGCAAACGGGTGAGTAACGCGTAAGCAACCTGCCCTTCAGATGGGGACAACA GCTGGAAACGGCTGCTAATACCGAATACGTTCTTTTTGTCGCATGGCAGAGGGAAGAAAGGGAGGCTCTTCGGAG CTTTCGCTGAAGGAGGGGCTTGCGTCTGATTAGCTAGTTGGAGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATCAGTAG CCGGTCTGAGAGGATGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAA TCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAACGATGACGGCCTTCGGGTTGTAAAGTTCTGT TATACGGGACGAATGGCGTAGCGGTCAATACCCGTTACGAGTGACGGTACCGTAAGAGAAAGCCACGGCTAACTA CGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCGCGCAGGCGG CGTCGTAAGTCGGTCTTAAAAGTGCGGGGCTTAACCCCGTGAGGGGACCGAAACTGCGATGCTAGAGTATCGGAG AGGAAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAAGCGGCTTTC TGGACGACAACTGACGCTGAGGCGCGAAAGCCAGGGGAGCAAACGGGATTAGATACCCCGGTAGTCCTGGCCGTA AACGATGGATACTAGGTGTAGGAGGTATCGACCCCTTCTGTGCCGGAGTTAACGCAATAAGTATCCCGCCTGGGG AGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCG ACGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGCCTTGACATTGATTGCTATGGATAGAGATATCCAGTTCCTCTTCGGAGGA CAAGAAAACAGGTGGTGCACGGCTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAA CCCCTATCTTCTGTTACCAGCGGTTCGGCCGGGGACTCAGGAGAGACTGCCGCAGACAATGCGGAGGAAGGCGGG GATGACGTCAAGTCATCATGCCCCTTATGGCTTGGGCTACACACGTACTACAATGGCTCTTAATAGAGGGAAGCG AAGGAGCGATCCGGAGCAAACCCCAAAAACAGAGTCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCATGAAGC AGGAATCGCTAGTAATCGCAGGTCAGCATACTGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACA CCACGAAAGTCATTCACACCCGAAGCCGGTGAGGTAACCTTTTGGAGCCAGCCGTCGAAGGTGGGGGCGATGATT GGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCT
> SEQ ID NO: 120|NR_044645.2|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa ATCC 27755 de Dorea formicigenerans, secuencia completa
TTAAACGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAGCGAAGCACA TAAGTTTGATTCTTCGGATGAAGACTTTTGTGACTGAGCGGCGGACGNNNGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTC ATACAGGGGGATAACAGYTAGAAATGGCTGCTAATACCGCATAAGACCACAGTACTGCATGGTACAGTGNNNAAA ACTCCGGTGGTATGAGATGGACCCGCGTCTGATTAGGTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCNAGCCGACGATCAG TAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCNNGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG GAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAAGGATGAAGTATTTCGGTATGTAAACTTC TATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGNGGTAATAC GTAGGGGGNNAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCTGTGCAAGTCTGAAGTGAAAGG CATGGGCTCAACCTGTGGACTGCTTTGGAAACTGTGCAGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCNTACTGGACGATGACTGACGTTGAGG CTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGACTGCTAGGTGTCGG GTAGCAAAGCTATTCGGTGCCGCAGCTAACGCAATAAGCAGTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGNCCNGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAANNAACGCGAAGAACCTTACCT GATCTTGACATCCCGATGACCGCTTCGTAATGGAAGYTTTTCTTCGGAACATCGGTGACAGGTGGTGCATGGTTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCTTCAGTAGCCAGCATTT AGGATGGGCACTCTGGAGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTNNAATCATCATGCCCCT TATGACCAGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAGAGGGAGGCAGAGCCGCGAGGCCGAGCAAATCTCAA AAATAACGTCTCAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCAGATCAG AATGCTGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGT CAGTGACCCAACCGAAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGTGGGACCGATAACTGGGGT
> SEQ ID NO: 121|NR_118643.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa B086562 de Eisenbergiella tayi, secuencia parcial
GGTATAACTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGAAACCTGCCCTGTACCGGGGGATAACACTTAGAAATA GGTGCTAATACCGCATAAGCGCACGGAACCGCATGGTTCCGTGTGAAAAACTCCGGTGGTACAGGATGGTCCCGC GTCTGATTAGCCAGTTGGCAGGGTAACGGCCTACCAAAGCGACGATCAGTAGCCGGCCTGAGAGGGTGAACGGCC ACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATATTGCACAATGGGGGAAACCCT GATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTA CCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGGGGCAAGCGTTATCCGGATTT ACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCATGGCAAGCCAGATGTGAAAACCCAGGGCTCAACCTTGGGATTGCATT TGGAACTGCCAGGCTGGAGTGCAGGAGAGGTAAGCGGAATTCCTAGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGA GGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACTGTAACTGACGTTGAGGCTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGA TTAGATACCCTGGTAGTCCACGCGGTAAACGATGATTGCTAGGTGTAGGTGGGTATGGACCCATCGGTGCCGCAG CTAACGCAATAAGCAATCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGACCCGCAC AAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTTGACATCCCAATGACGCACC TGTAAAGAGGTGTTCCCTTCGGGGCATTGGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTT GGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCTGGGCACTCTAAGGAGACTG CCGGGGATAACCCGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGATTTGGGCTACACACGTGCT ACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCGAGACAGTGATGTGGAGCAAATCYCAGAAATAACGTCTCAGTTCGGATTGT AGTCTGCAACTCGACTACATGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGTGAATACGTTCCCG GGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTTGGAAATGCCCGAAGTCTGTGACCTAACCGAAAGGGAGGA GCAGCCGAAGGCAGGTCTGATAACTGGGGTGAAGTCGTAA
> SEQ ID NO: 122|NR_118730.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa ATCC 14940 de Clostridium symbiosum, secuencia parcial
AAACATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCGAT TTAACGGAAGTTTTCGGATGGAAGTTGAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGGTAACCTGCCTT GTACTGGGGGACAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTATTGCATGATACAGTGTGAAAA ACTCCGGTGGTACAAGATGGACCCGCGTCTGATTAGCTAGTTGGTAAGGTAACGGCTTACCAAGGCGACGATCAG TAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCNNAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGG GAATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTC TATCAGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATAC GTAGGGGGNNAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGTAAAGCAAGTCTGAAGTGAAAGC CCGCGNCTCAACTGCGGNNCTGCTTTGGAAACTGTTTAACTGGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGT AGCGGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACNAGTGGCGAAGGCGACTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGG CTCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATACTAGGTGTTGG GGAGCAAAGCTCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGTATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACT CAAAGGAATTGACGGGGACCNGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAANNAACGCGAAGAACCTTACCA GGTCTTGACATCGACTCGACGGGGGAGTAACGTCCCNNTNCCTTCGGGGCGGAGAAGACAGGTGGTGCATGGTTG TCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTNAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTCTAAGTAGCCAGCGGTT CGGCCGGGAACTCTTGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCNAATCATCATGCCCCT TATGATCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACANAGAGAAGCAAGACCGCGAGGTGGAGCAAATCTCAA AAATAACGTCTCAGTTCGGACTGCAGGCTGCAACTCGCCTGCACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAG AATGTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGNNCGTCACACCATGGGAGTCAGTAACGCCCGAAGT CAGTGACCCAACCGCAAGGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGACCGANAACNNGGG
> SEQ ID NO: 123|NR_113243.1|gen de ARN ribosómico 16S de la cepa JCM 1298 de Erysipelatoclostridium ramosum, secuencia parcial
AGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGAACGCGAGCACTTGTGCT CGAGTGGCGAACGGGTGAGTAATACATAAGTAACCTGCCCTAGACAGGGGGATAACTATTGGAAACGATAGCTAA GACCGCATAGGTACGGACACTGCATGGTGACCGTATTAAAAGTGCCTCAAAGCACTGGTAGAGGATGGACTTATG GCGCATTAGCTGGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGACCGGCCA CACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTTTCGGCAATGGGGGAAACCCTG ACCGAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGTTTTCGGATTGTAAACTTCTGTTATAAAGGAAGAACGGCGGCTACA GGAAATGGTAGCCGAGTGACGGTACTTTATTAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATTATTGGGCGTAAAGAGGGAGCAGGCGGCAGCAAGGGTCTGTGGTGAAAGCCT GAAGCTTAACTTCAGTAAGCCATAGAAACCAGGCAGCTAGAGTGCAGGAGAGGATCGTGGAATTCCATGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACGATCTGGCCTGCAACTGACGCTCAGTCCC GAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTACTAAGTGTTGGATG TCAAAGTTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTACTCCGCCTGAGTAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTT GACATACTCATAAAGGCTCCAGAGATGGAGAGATAGCTATATGAGATACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTC GTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCGTTAGTTACCATCATTAAGTTGGGGAC TCTAGCGAGACTGCCAGTGACAAGCTGGAGGAAGGCGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGG CTACACACGTGCTACAATGGATGGTGCAGAGGGAAGCGAAGCCGCGAGGTGAAGCAAAACCCATAAAACCATTCT CAGTTCGGATTGTAGTCTGCAACTCGACTACATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGCATGTCGCGGT GAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTGATAACACCCGAAGCCGGTGGCCTAA CCGCAAGGAAGGAGCTGTCTAAGGTGGGATTGATGATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAACC
> SEQ ID NO: 124 |PROKKA_00507 gen de ARN ribosómico 16S | VE202-7
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA GGAAGTTTTCGGATGGAATTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACTG GGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCCG GTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCCG ACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATAT TGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCAG CAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGG GGCAAGCGTTATCCGGATTCACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGGG CTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGGT GAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGAA AGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGCA AAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTT GACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAGAGCT GGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGA TTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATA ACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGT CGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTG ACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 125 |PROKKA_00709 gen de ARN ribosómico 16S | VE202-7
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA ATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACAC TGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTC CGGTGGTGTGGGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAG GGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGG CAAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAA GGAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTC TTGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAG CTGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTAT GATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAA TAACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAAT GTCGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAG TGACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGT ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 126 |PROKKA_01766 gen de ARN ribosómico 16S | VE202-7
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA ATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACAC TGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTC CGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG GGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGG GCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGCA AAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAGG AATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCTT GACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCA GCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGCT GGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGA TTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAAATA ACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGT CGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTG ACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 127 |PROKKA_01779 gen de ARN ribosómico 16S | VE202-7
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA ATGAAGTTTTCGGATGGATTTTTGATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACAC TGGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTC CGGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGC CGACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAAT ATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATC AGCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAG GGGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAG GGCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCG GTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCG AAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGC AAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCT TGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAGGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTC AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAGAGC TGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAATA ACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGT CGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTG ACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 128 |PROKKA_05926 gen de ARN ribosómico 16S | VE202-7
ATGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAACACATGCAAGTCGAACGAAGCAATTAAA ATGAAGTTTTCGGATGGATTTTAATTGACTGAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGGATAACCTGCCTCACACT GGGGGATAACAGTTAGAAATGACTGCTAATACCGCATAAGCGCACAGTACCGCATGGTACGGTGTGAAAAACTCC GGTGGTGTGAGATGGATCCGCGTCTGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCAGTAGCC GACCTGAGAGGGTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGAATA TTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGTGAAGAAGTATTTCGGTATGTAAAGCTCTATCA GCAGGGAAGAAAATGACGGTACCTGACTAAGAAGCCCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGG GGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGACGGCGAAGCAAGTCTGAAGTGAAAACCCAGG GCTCAACCCTGGGACTGCTTTGGAAACTGTTTTGCTAGAGTGTCGGAGAGGTAAGTGGAATTCCTAGTGTAGCGG TGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTTACTGGACGATAACTGACGTTGAGGCTCGA AAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAATGCTAGGTGTTGGGGGGC AAAGCCCTTCGGTGCCGTCGCAAACGCAGTAAGCATTCCACCTGGGGAGTACGTTCGCAAGAATGAAACTCAAAG GAATTGACGGGGACCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAAGTCT TGACATCCTCTTGACCGGCGTGTAACGGCGCCTTCCCTTCGGGGCAAGAGAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTC AGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATCCTTAGTAGCCAGCAGGTAAAGC TGGGCACTCTAGGGAGACTGCCAGGGATAACCTGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATG ATTTGGGCTACACACGTGCTACAATGGCGTAAACAAAGGGAAGCAAGACAGTGATGTGGAGCAAATCCCAAAATA ACGTCCCAGTTCGGACTGTAGTCTGCAACCCGACTACACGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGAATCAGAATGT CGCGGTGAATACGTTCCCGGGTCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCAGCAACGCCCGAAGTCAGTG ACCCAACTCGCAAGAGAGGGAGCTGCCGAAGGCGGGGCAGGTAACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAT CGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 129 | PROKKA_01784 gen de ARN ribosómico 16S
TCAAAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGCGCCTAACACATGCAAGTCGAACGGAGCTTACGT TTTGAAGTTTTCGGATGGATGAATGTAAGCTTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGAGCAACCTGCCTTTCAG AGGGGGATAACAGCCGGAAACGGCTGCTAATACCGCATGATGTTGCGGGGGCACATGCCCCTGCAACCAAAGGAG CAATCCGCTGAAAGATGGGCTCGCGTCCGATTAGCCAGTTGGCGGGGTAACGGCCCACCAAAGCGACGATCGGTA GCCGGACTGAGAGGTTGAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGGG ATATTGCACAATGGGCGAAAGCCTGATGCAGCGACGCCGCGTGAGGGAAGACGGTCTTCGGATTGTAAACCTCTG TCTTTGGGGAAGAAAATGACGGTACCCAAAGAGGAAGCTCCGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGT AGGGAGCAAGCGTTGTCCGGAATTACTGGGTGTAAAGGGAGCGTAGGCGGGATGGCAAGTAGAATGTTAAATCCA TCGGCTCAACCGGTGGCTGCGTTCTAAACTGCCGTTCTTGAGTGAAGTAGAGGCAGGCGGAATTCCTAGTGTAGC GGTGAAATGCGTAGATATTAGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCCTGCTGGGCTTTAACTGACGCTGAGGCTC GAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGATTACTAGGTGTGGGGGG ACTGACCCCTTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTAATCCACCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGTTGAAACTCAA AGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCAGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGT CTTGACATCGGATGCATAGCCTAGAGATAGGTGAAGCCCTTCGGGGCATCCAGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGT CAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATTAGTTGCTACGCAAGAGCA CTCTAATGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGG GCTACACACGTACTACAATGGCACTAAAACAGAGGGCGGCGACACCGCGAGGTGAAGCGAATCCCGAAAAAGTGT CTCAGTTCAGATTGCAGGCTGCAACCCGCCTGCATGAAGTCGGAATTGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCG GTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGGGAGTCGGTAACACCCGAAGCCAGTAGCCT AACCGCAAGGGGGGCGCTGTCGAAGGTGGGATTGATGACTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTATCGGAAG GTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 130 | PROKKA_01864 gen de ARN ribosómico 16S
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ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 153 | PROKKA_00896 gen de ARN ribosómico 16S
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 154 | PROKKA_02845 gen de ARN ribosómico 16S
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 155 | PROKKA_04164 gen de ARN ribosómico 16S
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGACCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGCAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 156 | PROKKA_04921 gen de ARN ribosómico 16S
ATGGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCATGCCTAATACATGCAAGTCGAACGAAGTTTCGAG GAAGCTTGCTTCCAAAGAGACTTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTAGGTAACCTGCCCATGTGTCCGGGATA ACTGCTGGAAACGGTAGCTAAAACCGGATAGGTATACAGAGCGCATGCTCAGTATATTAAAGCGCCCATCAAGGC GTGAACATGGATGGACCTGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCCCACCAAGGCGATGATGCGTAGCCG GCCTGAGAGGGTAAACGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATTT TCGTCAATGGGGGAAACCCTGAACGAGCAATGCCGCGTGAGTGAAGAAGGTCTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGT AAGTGAAGAACGGCTCATAGAGGAAATGCTATGGGAGTGACGGTAGCTTACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTG CCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGAATCATTGGGCGTAAAGGGTGCGTAGGTGGCGTA CTAAGTCTGTAGTAAAAGGCAATGGCTCAACCATTGTAAGCTATGGAAACTGGTATGCTGGAGTGCAGAAGAGGG CGATGGAATTCCATGTGTAGCGGTAAAATGCGTAGATATATGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGTCGCCTGGT CTGTAACTGACACTGAGGCACGAAAGCGTGGGGAGCAAATAGGATTAGATACCCTAGTAGTCCACGCCGTAAACG ATGAGAACTAAGTGTTGGAGGAATTCAGTGCTGCAGTTAACGCAATAAGTTCTCCGCCTGGGGAGTATGCACGCA AGTGTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAA GAACCTTACCAGGCCTTGACATGGAAACAAATACCCTAGAGATAGGGGGATAATTATGGATCACACAGGTGGTGC ATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGTCGCATGTTACC AGCATCAAGTTGGGGACTCATGCGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCAT GCCCCTTATGGCCTGGGCTACACACGTACTACAATGGCGGCCACAAAGAGCAGCGACACAGTGATGTGAAGCGAA TCTCATAAAGGTCGTCTCAGTTCGGATTGAAGTCTGCAACTCGACTTCATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCA GATCAGCATGCTGCGGTGAATACGTTCTCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCAAACCATGGGAGTCAGTAATACC CGAAGCCGGTGGCATAACCGTAAGGAGTGAGCCGTCGAAGGTAGGACCGATGACTGGGGTTAAGTCGTAACAAGG TATCCCTACGGGAACGTGGGGATGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 157 | PROKKA_00199 gen de ARN ribosómico 16S
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCA TGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGG AGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAG ATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGT AGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG AATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCT TTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAA ACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGA GGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTG GGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC AGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATG GTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACG CAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTA TGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAA AAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCC GTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA TCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 158 | PROKKA_00208 gen de ARN ribosómico 16S
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCA TGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGG AGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATGATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAG ATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGT AGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG AATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCT TTTGTCGGGGACGAAACAAATGACGGTACCCGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAA ACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGA GGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTG GGGGGTCTGACCCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAA CTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTAC CAGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCAT GGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTAC GCAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTT ATGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTA AAAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGC ATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTC CGTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGT ATCGGAAGGTGCGGCTGGATCACCTCCTTT
> SEQ ID NO: 159 | PROKKA_04460 gen de ARN ribosómico 16S
TATTGAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGATGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGGGGTGCTCA TGACGGAGGATTCGTCCAACGGATTGAGTTACCTAGTGGCGGACGGGTGAGTAACGCGTGAGGAACCTGCCTTGG AGAGGGGAATAACACTCCGAAAGGAGTGCTAATACCGCATAATGCAGTTGGGTCGCATGGCTCTGACTGCCAAAG ATTTATCGCTCTGAGATGGCCTCGCGTCTGATTAGCTAGTAGGCGGGGTAACGGCCCACCTAGGCGACGATCAGT AGCCGGACTGAGAGGTTGACCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTGGGG AATATTGGGCAATGGGCGCAAGCCTGACCCAGCAACGCCGCGTGAAGGAAGAAGGCTTTCGGGTTGTAAACTTCT TTTGTCAGGGACGAAACAAATGACGGTACCTGACGAATAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAAT ACGTAGGTGGCAAGCGTTATCCGGATTTACTGGGTGTAAAGGGCGTGTAGGCGGGATTGCAAGTCAGATGTGAAA ACTGGGGGCTCAACCTCCAGCCTGCATTTGAAACTGTAGTTCTTGAGTGCTGGAGAGGCAATCGGAATTCCGTGT GTAGCGGTGAAATGCGTAGATATACGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGGATTGCTGGACAGTAACTGACGCTGA GGCGCGAAAGCGTGGGGAGCAAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGGATACTAGGTGTG GGGGGTCTGACCCCTCCGTGCCGCAGTTAACACAATAAGTATCCCACCTGGGGAGTACGATCGCAAGGTTGAAAC TCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGTATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACC AGGGCTTGACATCCCACTAACGAAGCAGAGATGCATTAGGTGCCCTTCGGGGAAAGTGGAGACAGGTGGTGCATG GTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTGTTAGTTGCTACG CAAGAGCACTCTAGCGAGACTGCCGTTGACAAAACGGAGGAAGGTGGGGACGACGTCAAATCATCATGCCCCTTA TGTCCTGGGCCACACACGTACTACAATGGTGGTTAACAGAGGGAGGCAATACCGCGAGGTGGAGCAAATCCCTAA AAGCCATCCCAGTTCGGATTGCAGGCTGAAACCCGCCTGTATGAAGTTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCA TGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCATGAGAGTCGGGAACACCCGAAGTCC GTAGCCTAACCGCAAGGAGGGCGCGGCCGAAGGTGGGTTCGATAATTGGGGTGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTA
Se pretende que el uso de “incluir”, “comprender” o “tener”, “contener”, “implicar” y variaciones de los mismos en el presente documento abarque los elementos enumerados a continuación y equivalentes de los mismos, así como elementos adicionales.
A menos que se defina lo contrario en el presente documento, los términos científicos y técnicos usados junto con la presente divulgación deben tener los significados que entienden comúnmente los expertos habituales en la técnica. Además, a menos que el contexto requiera lo contrario, los términos en singular deben incluir pluralidades y los términos en plural deben incluir el singular. Los métodos y las técnicas de la presente divulgación se realizan generalmente según métodos convencionales bien conocidos en la técnica. Generalmente, las nomenclaturas usadas junto, y las técnicas de, bioquímica, enzimología, biología molecular y celular, microbiología, virología, cultivo celular o tisular, genética y química de proteínas y ácidos nucleicos descritas en el presente documento son aquellas bien conocidas y habitualmente usadas en la técnica. Los métodos y las técnicas de la presente divulgación se realizan generalmente según métodos convencionales bien conocidos en la técnica y tal como se describe en diversas referencias generales y más específicas que se citan y comentan a lo largo de la presente memoria descriptiva, a menos que se indique lo contrario.
Ejemplos
Ejemplo 1: Modelo de ratón de infección por C. difficile
Cría de ratones
Los experimentos se realizaron usando ratones hembra C57BL/6J adquiridos de Jackson Laboratories (Bar Harbor, ME) y alojados en jaulas estériles ventiladas. Todos los animales se mantuvieron en una instalación libre de patógenos específicos. Los animales se aclimataron al vivario durante al menos 3 días antes del estudio (es decir, inicio del ciclo con antibióticos). Para los experimentos que implicaban infección por C. difficile, a los ratones se les administraron 10-104 esporas VPI 10463 de C. difficile en 200 |al de PBS mediante una sonda gástrica oral. Los experimentos se realizaron de acuerdo con las pautas institucionales y fueron aprobados por el comité institucional para el cuidado y uso de animales de la institución. A los animales se les proporcionaron pienso y agua para beber estériles.
Preparación de producto bioterápico vivo (LBP)
Las cepas bacterianas individuales se aislaron a partir de material fecal obtenido de donantes sanos. Las cepas individuales se extrajeron de reservas congeladas de glicerol al 15 % sobre placas de agar EG (Eggerth Gagnon) que contenían sangre equina al 5 % en una cámara anaerobia y se incubaron durante 24-48 horas a 37 °C. Las colonias se inocularon en medio líquido previamente reducido de peptona-levadura-glucosa (PYG) y se hicieron crecer durante 24-48 horas hasta que se volvieron densas (estáticas en la cámara anaerobia). Se evaluó la densidad óptica (DO600) de los cultivos y se prepararon cócteles de producto bioterápico vivo (LBP) en el interior de una cámara anaerobia ajustando las entradas en función de la DO600 para obtener cócteles con razones de UFC iguales en PBS (estéril, previamente tratada).
Determinación de unidades formadoras de colonias (UFC) de C. difficile
Se recogieron gránulos fecales, se llevaron a una cámara anaerobia (<2 horas) y se homogeneizaron manualmente en 500 |il de PBS previamente reducida usando una punta de pipeta y a través de pipeteo repetido. Se prepararon diluciones en serie de homogeneizados fecales en PBS previamente reducida, se extendieron 100 |il de los mismos sobre placas de agar de cicloserina-cefoxitina-fructosa con taurocolato de sodio (TCCFA) y se incubaron en condiciones anaerobias a 37 °C. Se enumeraron las UFC de C. diffiále a las 48 horas.
Susceptibilidad murina a la infección por C. difficile
Se evaluaron los grupos de ratones para determinar la susceptibilidad a C. difficile usando tres protocolos de régimen de antibióticos: (1) un cóctel de antibióticos, (2) administración de clindamicina o (3) administración de cefoperazona (figuras 2 y 3). El cóctel de antibióticos consistía en kanamicina (0,4 mg/ml), gentamicina (0,035 mg/ml), colistina (0,056 mg/ml), metronidazol (0,215 mg/ml), vancomicina (0,045 mg/ml) en el agua para beber desde el día -10 hasta el día -3, seguido de una única inyección intraperitoneal de clindamicina (200 |ig/ratón). La administración de clindamicina implicó una única inyección intraperitoneal de clindamicina (200 |ig/ratón) el día -1. La notación de días es en relación con el día 0, el día de la infección por C. difficile.
Los ratones se trataron con el régimen de antibióticos indicado tal como se describió anteriormente y luego se infectaron o bien con 10 o bien con 104 esporas de C. difficile mediante una sonda gástrica oral el día 0 (figuras 2 y 3). Se añadió una rama experimental adicional al modelo de tratamiento con antibióticos en la que los ratones se trataron con vancomicina después de la infección por C. difficile (figura 4J; triángulos negros).
Los ratones se monitorizaron diariamente tras la infección para determinar la mortalidad/supervivencia (figuras 4A-4D) y el peso (figuras 4E-4H). También se recogieron diariamente gránulos fecales y se usaron para la enumeración de UFC de C. difficile, presentadas como UFC/gramo de heces (figuras 4I-4L).
Los grupos de ratones que recibieron tratamiento con cefoperazona tuvieron un cambio significativo en el peso (figura 4h ) y una carga bacteriana de C. difficile sustancial en los gránulos fecales (figura 4L), incluso tras la administración con 10 esporas de C. difficile. Estos resultados indicaron que el régimen de pretratamiento con cefoperazona proporcionó un buen modelo para la infección por C. difficile y para evaluar la protección contra y/o el tratamiento de la infección por C. difficile. En ausencia de tratamiento con antibióticos antes de la infección, la infección por C. difficile no se estableció (figura 4I) y todos los ratones sobrevivieron (figura 4A) sin ningún cambio significativo en el peso corporal (figura 4E).
Ejemplo 2: Las preparaciones de producto bioterápico vivo (LBP) protegen contra la infección por C. difficile.
Se evaluaron las siguientes composiciones de LBP para determinar su capacidad para proteger contra y/o tratar la infección por C. difficile:
Composición A,
Composición B,
Composición C,
Composición D,
Composición E (véase, por ejemplo, Narushima et al., Gut Microbes (2014) 5(3) 333-339), y
Composición I: una mezcla de Clostridium scindens, Pseudoflavonifractor capillosus y Blautia hansenii (figura 5). En general, los cócteles de LBP se mezclaron en medio PYG, y a cada ratón se le administró una dosis mediante una sonda gástrica oral en 250 |il PBS previamente reducida (libre de medio). Para la composición E, las bacterias se mezclaron en volúmenes iguales (no razones/UFC iguales) y se administraron en una dosis de 250 |il. Cada LBP de las composiciones A-D contenía 108 UFC en total en una dosis de 250 |il, que comprendía 107 UFC de cada una de las cepas bacterianas (figura 1), para un total de 108 UFC administradas a cada animal. La composición I contenía un total de 106 UFC en una dosis de 250 |il (aproximadamente 333.000 de cada una de las 3 bacterias mezcladas).
Los grupos de ratones se sometieron a tratamiento con cefoperazona, tal como se describió en el ejemplo 1, y se administró la composición indicada mediante una sonda gástrica oral 2 días después del cese de tratamiento con cefoperazona. Veinticuatro horas más tarde, los ratones se sometieron a infección con 104 esporas de C. difficile (figura 5). Los ratones se evaluaron para determinar la supervivencia/mortalidad (figura 6), el peso (figuras 7A-7I) y las UFC de C. difficile (figuras 8A-8C). Los resultados muestran que la administración de la composición B antes de la infección por C. difficile es una protección y/o tratamiento eficaz contra la infección por C. difficile.
Ejemplo 3: La composición B protege contra y/o trata la infección por C. difficile.
Se usaron grupos de ratones de 10-12 semanas de edad en el modelo de ratón de C. difficile (figura 9). Los ratones se sometieron a tratamiento con cefoperazona tal como se describió en el ejemplo 1. A un grupo de ratones se le administró entonces la composición B (108 UFC por ratón) administrada mediante una sonda gástrica oral, tal como se describió en los ejemplos 1 y 2, 2 días después del cese de tratamiento con cefoperazona. El otro grupo de ratones no recibió ningún producto bioterápico vivo después del tratamiento con cefoperazona (control). Veinticuatro horas más tarde, los ratones se sometieron a infección por C. difficile (104 esporas de C. difficile) y luego se evaluaron para determinar la supervivencia/mortalidad (figura 10), el peso (figura 11) y la carga de C. difficile (UFC por gramo de heces; figura 12). Estos resultados confirman los resultados del ejemplo 2, demostrando que el tratamiento con la composición B antes de la infección por C. difficile es una protección y/o tratamiento eficaz contra la infección por C. difficile.
Ejemplo 4: La composición F de LBP protege contra y/o trata la infección por C. difficile.
La figura 13 muestra las cepas de la composición F de producto bioterápico vivo (LBP). La clasificación géneroespecie indica la especie más cercana basándose en la secuencia de la cepa aislada. La figura 14 muestra la clasificación por agrupación de Clostridium de las cepas en la composición F.
A los grupos de ratones se les administró cefoperazona, tal como se describió en los ejemplos anteriores, luego se les administró LBP o trasplante de materia fecal (FMT) a partir de ratones o humanos (figura 15). La composición B se administró a los grupos indicados el día -1; los días -2 y -1; o los días -2, -1, 1, 2 y 3, en relación con la infección con 104 esporas de C. difficile. La composición F se administró a los grupos indicados el día -1 o los días -2, -1, 1, 2 y 3, en relación con la administración de esporas de C. difficile. Los grupos adicionales recibieron FMT a partir de ratones o humanos (200 |il de una muestra fecal al 10 % por ratón). Luego se evaluaron los ratones para determinar la supervivencia/mortalidad (figura 16), el peso (figuras 17A-17H) y la carga de C. difficile (UFC/gramo de heces) los días 1, 3, 8 y 17 después de la infección (figuras 18A y 18B). Los datos demuestran que la composición B, la composición F y el FMT protegen contra y/o tratan la infección por C. difficile.
Ejemplo 5: Las composiciones de LBP protegen contra y/o tratan la infección por C. difficile.
La figura 19 muestra las cepas de la composición G de LBP. La notación género-especie indica la especie más cercana basándose en la secuencia de la cepa aislada. La composición G incluye un subconjunto de las cepas de la composición F. A los grupos de ratones se les administró cefoperazona, tal como se describió en los ejemplos anteriores, luego se les administró LBP:
Composición B;
Composición B-1 (composición B con adición de Bacteroides);
Composición B-2 (composición B a partir de la cual se retiró Flavonifractor plautii y se añadió Bacteroides);
Composición F;
Composición G;
Muestras fecales humanas sometidas a tratamiento con etanol;
Composición B sometida a tratamiento con etanol;
Composición B que se había congelado; o
Composición J: Clostridium innocuum, Clostridium bolteae y Clostridium symbiosum sometidas a tratamiento con etanol;
(Véase también la figura 20).
La cepa de Bacteroides usada en las composiciones B-1 y B-2 fue Bacteroides ovatus (identificador de cepa 211 -B; SEQ ID NO: 83).
Los ratones se sensibilizaron con esporas VPI 10463 de C. difficile (104) y se monitorizaron diariamente (día 0 a día 7 tras la infección por C. difficile) para determinar la supervivencia/mortalidad (figuras 21 y 23) y el cambio en el peso (figuras 22A-22J y 24). Estos datos muestran que las composiciones protegen contra y/o tratan la infección por C. difficile.
Ejemplo 6: Las composiciones de LBP protegen contra y/o tratan la infección por C. difficile.
Los grupos de ratones se sometieron a tratamiento con cefoperazona, tal como se describió anteriormente, luego se les administró trasplante de materia fecal humana, la composición B, la composición B 4 esporas o la composición H (figura 25). “Composición B 4 esporas” se refiere a la composición B más las siguientes cuatro cepas en forma de esporas: Clostridium bolteae, Anaerotruncus colihominis, Clostridium symbiosum y Clostridium innocuum. La composición H contiene las siguientes seis cepas en forma de esporas: Clostridium bolteae, Anaerotruncus colihominis, Clostridium symbiosum, Clostridium innocuum, Clostridium disporicum y Erysipelatoclostridium ramosum (figura 26).
Luego se sensibilizaron los ratones con infección por C. difficile con 104 esporas VPI 10463 de C. difficile y se monitorizaron para determinar la supervivencia/mortalidad (figuras 27A y 28A) y el peso (figuras 27B y 28B). Los ratones que perdieron más del 20 % de peso corporal en relación con el nivel inicial se incluyeron en números de mortalidad en las curvas de supervivencia. La carga de C. difficile se evaluó mediante las UFC en los gránulos fecales los días 1,4 y 19 después de la infección (figuras 29A-29C).
Estos datos indican que la composición B, así como las demás composiciones, pueden mejorar la supervivencia en el modelo de ratón de C. difficile inducida por cefoperazona y protegen contra y/o tratan la infección por C. difficile. Ejemplo 7: Experimento de toxinas de C. difficile
Las células Vero, células epiteliales derivadas del epitelio renal de cercopiteco verde, son sensibles a una variedad de toxinas bacterianas, incluyendo la toxina B de C. difficile. La exposición de células a la toxina B de C. difficile da como resultado la inhibición de la función de Rho, Rac y Cdc42, lo que conduce a una disminución en F-actina, a un cambio en la morfología celular (por ejemplo, redondeo celular) y eventualmente a la apoptosis.
Para determinar si la administración de las composiciones bacterianas descritas en el presente documento tiene algún efecto sobre la producción o actividad de toxina B de C. difficile, se realizó un ensayo celular. Brevemente, los grupos de ratones se trataron con cefoperazona, tal como se describió anteriormente, y se les administró trasplante de materia fecal (FMT) humana (“4-3”); composición B (“5-3”); composición B más cuatro cepas en forma de esporas: Clostridium bolteae, Anaerotruncus colihominis, Clostridium symbiosum y Clostridium innocuum (“7-4”), o sin tratamiento. Cada uno de los grupos de ratones se expuso entonces a infección por C. difficile con 104 esporas de C. difficile. Los grupos de ratones que no recibieron ningún tratamiento después de la administración de cefoperazona y antes de la infección por C. difficile se denominan “2-1 (Cdiff)” y “2-4 (Cdiff)”. Un grupo de ratones adicional no se expuso a C. difficile tal como se indica mediante “N3 (sano)”.
Se recogieron gránulos fecales de cada uno de los grupos de ratones, se pesaron y se homogeneizaron en PBS, y se normalizaron con respecto a una concentración fija (~25 mg/ml). Las muestras se centrifugaron para preparar un sobrenadante clarificado, que luego se diluyó en diluciones en serie de 10 veces para producir un intervalo de desde 1:10 hasta 1:10-6 diluciones de sobrenadante granular clarificado. Los cultivos de célula Vero se expusieron a las muestras diluidas durante aproximadamente 18 horas, luego se visualizaron mediante microscopía de contraste de fases para evaluar los cambios morfológicos (es decir, redondeo celular) asociados con la exposición a toxinas de C. difficile. Las células se puntuaron basándose en la concentración más alta de sobrenadante que no produjo ningún cambio en la morfología (figura 30). Las muestras de ratones que se habían tratado con la composición B antes de la infección por C. difficile tuvieron cantidades reducidas de toxina B de C. difficile, en comparación con las muestras de ratones de control que no recibieron ningún tratamiento después de la administración de cefoperazona y antes de la infección por C. difficile (“2-1 (Cdiff)” y “2-4 (Cdiff)”), así como en comparación con las muestras de ratones que recibieron FMT. Notablemente, las muestras de ratones que se habían tratado con la composición B también tuvieron cantidades reducidas de toxina B de C. difficile, en comparación con las muestras de ratones que se habían tratado con la composición B con esporas adicionales.
Ejemplo 8: Competencia in vitro entre las composiciones B y C. difficile
Se evaluó la composición B para determinar su capacidad para suprimir el crecimiento de Clostridium difficile mediante un ensayo de competencia en cultivo mixto in vitro. A partir de reservas congeladas de glicerol, se extrajeron las cepas individuales de la composición B, C. difficile (Cdiff), Clostridium bifermentans y Bacteroides thetaiotaomicron, sobre placas de agar Eggerth-Gagnon con sangre equina (EG+HB). Posteriormente se inocularon las colonias individuales de cada una de las cepas en medio líquido de infusión de cerebro y corazón (BHI) y se dejó que crecieran en cultivo puro durante 24-48 horas. Se subcultivaron los cultivos turbios, luego se hicieron crecer hasta la fase exponencial y finalmente se diluyeron y combinaron para preparar un cultivo mixto con una densidad óptica (DO600) de 0,1. Se añadió el cultivo de Cdiff en fase exponencial al cultivo mixto a una concentración final con una DO de 0,1. Después de combinar los cultivos e incubarlos durante 2-3 horas, se recogieron muestras, se diluyeron en serie y se sembraron en placas de taurocolato-cicloserina-cefoxitina-fructosa-agar (TCCFA) para seleccionar el crecimiento de Cdiff. Después de 48-72 horas, se determinaron las unidades formadoras de colonias (UFC) de Cdiff en cada experimento de competencia mediante recuento manual de colonias.
Las placas de agar EG+HB se prepararon según procedimientos convencionales y se redujeron en un entorno anaerobio durante al menos 6-8 horas antes de su uso. El medio líquido BHI se obtuvo de<b>D Biosciences (n.° de catálogo 211059, San Jose, CA), se preparó según las instrucciones del fabricante y se redujo en un entorno anaerobio durante al menos 18-24 horas antes de su uso. Las placas de TCCFA se prepararon según procedimientos convencionales y se redujeron en un entorno anaerobio durante al menos 6-8 horas antes de su uso. Cepa de Clostridium difficile usada en los experimentos: Colección Americana de Cultivos Tipo (ATCC) 43255. Tabla 4: Cepas de la composición B
Se extrajeron las cepas sobre placas de agar EG+HB a partir de reservas congeladas de glicerol en el interior de una cámara anaerobia durante 48-72 horas. Se inocularon colonias individuales en 10 ml de medio BHI y se hicieron crecer durante 24-48 horas a 37 °C en la cámara anaerobia. Luego se diluyeron los cultivos turbios hasta una DO de 0,1 y se hicieron crecer durante 2-3 horas a 37 °C en la cámara anaerobia. Los cultivos en fase exponencial se diluyeron y combinaron a DO equivalentes. Para el ensayo de competencia, cada una de las cepas de la combinación B (tabla 4) se combinó en partes iguales, basándose en la DO600, hasta alcanzar una DO600 de consorcio final de 0,1. Se configuraron C. bifermentans y B. thetaiotaomicron para competir con Cdiff individualmente a una DO de 0,1. La DO600 para Cdiff en cada uno de los experimentos de competencia en cultivo mixto fue de 0,1. Después de la combinación, los cultivos se incubaron durante 2-3 horas a 37 °C en la cámara anaerobia, luego se prepararon para las enumeraciones en placas selectivas de Cdiff.
Las placas de TCCFA son selectivas para el crecimiento de Cdiff, y ninguna de las cepas de la combinación B, ni ninguna de las cepas de control (C. bifermentans y B. thetaiotaomicron), crecen en estas placas. En el interior de una cámara anaerobia, se recogió una muestra de 100 |il de cada cultivo de competencia y se diluyó en serie 1:10 hasta alcanzar una dilución final de 1x10'6. Las placas para la enumeración de UFC se prepararon extendiendo 100 |il de cada una de las diluciones 1*104 a 1*10-® en placas de TCCFA usando asas de extensión estériles. Las placas de UFC se incubaron durante 48-72 horas a 37 °C en la cámara anaerobia. La enumeración de UFC se completó mediante recuento manual de colonias.
Para determinar el efecto de competencia, se calculó la razón de UFC determinada para las muestras de competencia y Cdiff solo y se expresó como porcentaje. Se comparó la inhibición del crecimiento de Cdiff por el cóctel de composición B con las respuestas de B. thetaiotaomicron (control negativo) y C. bifermentans (control positivo). Los resultados se muestran en la tabla 5 y la figura 31.
Tabla 5: Resultados resumidos para la competencia in vitro
Los datos se expresan como UFC de Cdiff como porcentaje de control. Cada n es representativo de una única réplica biológica, independientemente de las demás mediciones.
En la competencia in vitro, la composición B mostró crecimiento de Cdiff hasta el 15,1 ± 16,2 % del control (ausencia de cepas competidoras). Este resultado es consistente con la inhibición observada mediante el control positivo, C. bifermentans, del 11,7 ± 16,5 % del control. B. thetaiotaomicron, un control negativo, produjo un efecto insignificante sobre el crecimiento de Cdiff del 65,6 ± 43,8% del control. Dada la variabilidad inherente en la evaluación de las UFC, la inhibición del crecimiento hasta < 25 % del control se considera una inhibición significativa y tanto el control positivo como el cóctel de composición B cumplen este umbral de actividad. El consorcio de composición B atenuó el crecimiento de Cdiff in vitro en comparación con la competencia directa observada mediante C. bifermentans. La competencia directa con B. thetaiotaomicron no inhibió significativamente el crecimiento de Cdiff.
Ejemplo 9: Determinación de la producción de ácidos grasos de cadena corta in vitro
Cada cepa de la composición B se evaluó para determinar la producción de ácidos grasos de cadena corta (SCFA) individuales in vitro. Las cepas de la composición B se hicieron crecer en cultivos puros en el interior de una cámara anaerobia. Se recogió mediante centrifugación el sobrenadante gastado a partir de los cultivos de medio líquido, se esterilizó por filtración y luego se almacenó a < -70 °C. Las muestras congeladas de sobrenadante clarificado se analizaron para determinar los ácidos grasos de cadena corta (SCFA).
Las placas de agar EG+HB (placas de agar Eggerth-Gagnon con sangre equina) se prepararon según métodos convencionales y se redujeron en un entorno anaerobio durante al menos 6-8 horas antes de su uso. El medio líquido PYG (previamente formulado, previamente reducido) se obtuvo de Anaerobe Systems (n.° de catálogo AS-822; Morgan Hill, CA).
Las cepas se extrajeron sobre placas de agar EG+HB a partir de reservas congeladas de glicerol al 15% en el interior de una cámara anaerobia durante 48-72 horas. Se inocularon colonias individuales en 7 ml de medio PYG y se hicieron crecer durante 24-48 horas a 37 °C en la cámara anaerobia. A menos que se indique lo contrario, cuando la densidad óptica (DO) fue > 0,2, las muestras se recogieron para la enumeración de u Fc y la filtración. En el interior de una cámara anaerobia, se recogió una muestra de 100 |il de cultivo turbio y se diluyó en serie 1:10 para alcanzar una dilución final de 1x10'6. Las placas para la enumeración de UFC se prepararon extendiendo 100 |il/dilución para las diluciones 1*10'4 a 1*10'6 sobre placas de agar EG+HB usando perlas de vidrio estériles. Las placas de UFC se incubaron durante 48-72 horas en la cámara anaerobia. La enumeración de UFC se completó usando EasyCount 2 (bioMérieux SA, Marcy-l'Etoile, Francia). Inmediatamente después se recogieron muestras de cultivos turbios para la enumeración de UFC, se centrifugaron los cultivos turbios restantes a aproximadamente 1000 RCF durante 10 minutos para sedimentar el residuo celular. Los sobrenadantes clarificados se transfirieron a un filtro de placa de 0,2 |im y se filtraron a vacío para retirar cualquier material particulado restante antes del bioanálisis. En caso de bloqueo en la placa de filtro, los sobrenadantes clarificados se filtraron manualmente usando filtros de jeringa de 0,2 |im. Se tomaron alícuotas de los sobrenadantes filtrados y se almacenaron a < -70 °C antes del bioanálisis de los SCFA.
Para facilitar comparaciones más fáciles entre las muestras, los datos de SCFA sin procesar (|ig/ml) se normalizaron mediante el log-iü de las UFC determinadas/estimadas correspondientes para el cultivo. Los resultados se presentan en la tabla 6 y la tabla 7 a continuación.
Tabla 6: UFC enumeradas para las cepas de la composición B
Tabla 7: SCFA producidos por cepas individuales de la composición B
Se halló que siete cepas de la composición B produjeron cantidades significativas (> 1 |ig/Log(UFC/ml)*ml) del SCFA de 2 carbonos, acetato. Una cepa, (#211) produjo cantidades sustanciales del SCFA de 3 carbonos, propionato. Cuatro cepas de la composición B produjeron cantidades sustanciales del SCFA de 4 carbonos, butirato. Las cepas de la composición B también produjeron cantidades traza (< 1 |ig/Log(UFC/ml)*ml) de otros SCFA.
Ejemplo 10: La composición B induce células T reguladoras (Treg)
Cada una de las cepas bacterianas de la composición B se hizo crecer hasta la fase logarítmica, se combinó hasta una dosis total de ~108 ufc por ratón. A los ratones libres de gérmenes se les inoculó la composición B o un control negativo mediante una sonda gástrica oral y se sacrificaron tras cuatro semanas de colonización. Se aislaron leucocitos de la lámina propia a partir del tejido del colon de ratones individuales mediante procedimientos convencionales y se evaluaron mediante citometría de flujo. Se evaluó el contenido de células T reguladoras como el porcentaje de células positivas para Foxp3 entre las células T CD4+.
Tal como se muestra en la figura 32, se halló que a los ratones que se les inoculó la composición B tuvieron significativamente más células T reguladoras en comparación con los ratones que se les inoculó el control.

Claims (15)

  1. REIVINDICACIONES
    i . Composición que comprende 8 cepas bacterianas purificadas de las especies Flavonifractor plautii, Anaerotruncus colihominis, Drancourtella massiliensis, Clostridium symbiosum, Clostridium bolteae, Dorea longicatena, Blautia producta y Clostridium innocuum.
  2. 2. Composición que comprende 8 cepas bacterianas purificadas que comprenden secuencias de ADNr 16S que tienen una identidad de secuencia de al menos el 97 % con SEQ iD NO: 10, SEQ ID NO: 14, SEQ ID NO: 15, SEQ ID NO: 16, SEQ ID NO: 17, SEQ ID NO: 19, SEQ ID NO: 20 y SEQ ID NO: 21.
  3. 3. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que una o más de las cepas bacterianas están en forma vegetativa.
  4. 4. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que una o más de las cepas bacterianas están en forma de esporas.
  5. 5. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que las cepas bacterianas están liofilizadas.
  6. 6. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones anteriores, en la que la composición comprende además uno o más polímeros entéricos.
  7. 7. Composición farmacéutica que comprende la composición según una cualquiera de las reivindicaciones 1 6, que comprende además un excipiente farmacéuticamente aceptable.
  8. 8. Composición farmacéutica según la reivindicación 7, en la que la composición farmacéutica se formula para administración oral.
  9. 9. Composición farmacéutica según la reivindicación 7 u 8, en la que la composición farmacéutica se formula para administración al intestino.
  10. 10. Producto alimenticio que comprende la composición según una cualquiera de las reivindicaciones 1-5 y un nutriente.
  11. 11. Composición según una cualquiera de las reivindicaciones 1-9 o producto alimenticio según la reivindicación 10, para su uso en un método de tratamiento de una infección por Clostridium difficile en un sujeto.
  12. 12. Composición o producto alimenticio para su uso según la reivindicación 11, en el que la infección por C.
    difficile es la primera aparición de la infección por C. difficile.
  13. 13. Composición o producto alimenticio para su uso según la reivindicación 11, en el que la infección por C.
    difficile es una infección por C. difficile recurrente.
  14. 14. Composición o producto alimenticio para su uso según una cualquiera de las reivindicaciones 11-13, en el que al sujeto se le administra una dosis de un antibiótico antes de la administración de la composición farmacéutica.
  15. 15. Composición o producto alimenticio para su uso según la reivindicación 14, en el que el antibiótico es vancomicina, kanamicina, gentamicina, colistina, metronidazol, clindamicina, fidaxomicina o cefoperazona.
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