CN1274851C - 一种检测h5n1亚型禽流感病毒的方法及其专用试剂盒 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了一种检测H5N1亚型禽流感病毒的方法及其专用试剂盒。本发明提供的检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒,包括A型禽流感病毒通用引物NPF和NPL,H5亚型禽流感病毒血凝素的特异性引物H5F和H5L以及N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶特异性引物N1F和N1L;所述NPF具有序列表中序列1的核苷酸序列,所述NPL具有序列表中序列2的核苷酸序列,所述H5F具有序列表中序列3的核苷酸序列,所述H5L具有序列表中序列4的核苷酸序列,所述N1F具有序列表中序列5的核苷酸序列,所述N1L具有序列表中序列6的核苷酸序列。本发明的方法及试剂盒不但可用于实验室的诊断与科研,还可用于大规模的流行病学调查。
Description
技术领域
本发明涉及病毒检测领域中一种检测H5N1亚型禽流感病毒的方法及其专用试剂盒。
背景技术
高致病性禽流感是由高致病性禽流感病毒所引起的禽类烈性传染病,发病急,传播快,致死率高,对养殖业可造成致命性的打击。高致病性禽流感病毒的亚型通常为H5和H7亚型;2004年,发生于中国和亚洲其他国家和地区的流感病毒亚型主要为H5N1亚型,由于该亚型不仅对亚洲的养殖业造成了严重的经济损失,而且在泰国、越南还造成了人的感染与死亡,因而又具有重要的公共卫生学意义。在流禽感的控制环节中,最重要的是要进行快速的诊断,及时划定疫点、疫区,并采取封锁等控制措施,防止疫情的扩散。因此,建立一种灵敏、特异、快速的诊断方法具有重要的现实意义。
传统的流感病毒检测方法为采用鸡胚进行病毒的分离培养,然后采用血凝抑制试验和神经氨酸酶抑制试验进行亚型的鉴定,试验费时、费力,不能做出快速而及时的诊断。因此,临床上,迫切需要一种能快速诊断H5N1亚型禽流感病毒的检测方法,不但能够确定病毒是否为A型流感病毒,而且能确定是否为H5血凝素亚型和N1神经氨酸酶亚型。
发明内容
本发明的目的是提供一种能快速检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒。
本发明所提供的检测H5N1亚型禽流感病毒的试剂盒,包括A型禽流感病毒通用引物NPF和NPL,H5亚型禽流感病毒血凝素的特异性引物H5F和H5L以及N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶特异性引物N1F和N1L;所述NPF具有序列表中序列1的核苷酸序列,所述NPL具有序列表中序列2的核苷酸序列,所述H5F具有序列表中序列3的核苷酸序列,所述H5L具有序列表中序列4的核苷酸序列,所述N1F具有序列表中序列5的核苷酸序列,所述N1L具有序列表中序列6的核苷酸序列。
序列表中的序列1由20个碱基组成,序列表中的序列2由20个碱基组成,序列表中的序列3由19个碱基组成,序列表中的序列4由19个碱基组成,序列表中的序列5由20个碱基组成,序列表中的序列6由21个碱基组成;其中,m=a或c,y=t或c,r=a或g,k=g或t,w=a或t。
所述A型禽流感病毒通用引物NPF和NPL的PCR扩增产物长度为467bp;所述H5血凝素特异性引物H5F和H5L的PCR扩增产物长度为545bp;所述N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶特异性引物N1F和N1L的PCR扩增产物长度为368bp。
所述引物NPF,NPL,H5F,H5L,N1F和N1L包含于多重RT-PCR反应液中,每43.8μl所述多重RT-PCR反应液含有RNase free水,17.3μl;10×PCR Buffer,7μl;2.5mM each dNTPs,7.5μl;25mM MgCl2,5μl;引物共7μl(NPF、NPL、H5F和H5L各1μl,N1F和N1L各1.5μl,引物浓度均为20μM)。
为了便于现场检测,所述试剂盒还包括RNA酶抑制剂,Taq DNA聚合酶,AMV反转录酶,提取样品总RNA所需试剂(如裂解液,氯仿,异丙醇,乙醇,RNase free水)以及电泳检测试剂(如溴化乙锭,TAE电泳缓冲液,上样缓冲液,标准PCR产物)。
所述标准PCR产物为从已鉴定的H5N1亚型流感病毒提取RNA,反转录后以cDNA为模板,以H5F和H5L为引物扩增并回收的545bp PCR扩增产物;以NPF和NPL为引物扩增并回收的467bp PCR扩增产物以及以N1F和N1L为引物扩增并回收的368bp PCR扩增产物的混合产物。
所述RNA酶抑制剂规格为30U/μl。
为了在实验中避免由于人为操作所造成的假阴性或假阳性,该试剂盒还包括阳性对照液(H5N1亚型灭活病毒液)和阴性对照液(RNase free水)。
本发明的第二个目的是提供一种快速检测H5N1亚型禽流感病毒的方法。
本发明所提供的检测H5N1亚型禽流感病毒的方法,是以被检样品的总RNA为模板,利用上述检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒进行多重RT-PCR反应,被检样品若同时出现467bp、545bp和368bp的扩增带,被检样品为H5N1亚型禽流感病毒阳性;被检样品若同时出现467bp和545bp的扩增带,被检样品为H5亚型禽流感病毒阳性;被检样品若同时出现467bp和368bp的扩增带,被检样品为N1亚型禽流感病毒阳性;被检样品若只出现467bp的扩增带,被检样品为A型禽流感病毒阳性;被检样品若不出现扩增带,被检样品为A型禽流感病毒阴性。
所述多重RT-PCR反应的50μl反应体系包括43.8μl多重RT-PCR反应液(含有RNase free水,17.3μl;10×PCR Buffer,7μl;2.5mM each dNTPs,7.5μl;25mMMgCl2,5μl;引物共7μl(NPF、NPL、H5F和H5L各1μl,N1F和N1L各1.5μl,引物浓度均为20μM);0.8μl RNA酶抑制剂(规格为30U/μl,Genview公司生产),0.8μl Taq DNA聚合酶,0.6μl AMV反转录酶,4.0μl待检样品总RNA。
所述多重RT-PCR反应的循环程序为42℃45min;95℃3min;95℃30s,55℃40s,65℃2min进行35个循环;65℃延伸10min。
本发明巧妙地利用了多重RT-PCR方法,制备了一步法快速检测H5N1亚型禽流感病毒的试剂盒。该试剂盒能特异、灵敏地检测出H5N1亚型禽流感病毒的感染。而且其制备容易,操作简单,敏感性高,反应快速(可在5小时内完成对H5N1亚型禽流感病毒的检测与鉴定)。不但可用于实验室的诊断与科研,还可用于大规模的流行病学调查,具有良好的应用前景。
具体实施方式
实施例1、样品的采集和处理
1、样品的采集
组织样品:病死或扑灭病禽,取肝、脑、肺等组织;棉拭子:鼻腔拭子、泄殖腔拭子。2-8℃保存,送实验室检测。要求送检病料新鲜。
2、样品处理:每份样品分别处理
(1)组织样品处理:称取待检病料100mg置研磨器中,加入0.8ml裂解液(硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀)研磨,把研磨好的病料移至1.5ml离心管中,4℃8000rpm离心5min,取上清250μl,置于1.5ml灭菌离心管中,加入750μl上述裂解液,剧烈振荡混匀,室温放置5min。
(2)全血样品处理:待血凝后,取血清于1.5ml灭菌离心管中,4℃8000rpm离心5min,取上清250μl,置于1.5ml灭菌离心管中,加入750μl裂解液(硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀),剧烈振荡混匀,室温放置5min。
(3)棉拭子处理:将浸液中的棉拭子充分捻动,拧干后弃去拭子,4℃8000rpm离心5min,取上清液250μl,置于1.5ml灭菌离心管中,加入750μl裂解液(硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀),剧烈振荡混匀,室温放置5min。
3、阳性对照处理:取阳性对照液(H5N1亚型灭活病毒液)250μl,置于1.5ml灭菌离心管中,加入750μl裂解液(硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀),剧烈振荡混匀,室温放置5min。
4、阴性对照(RNase free水):取灭菌双蒸水250μl,置于1.5ml灭菌离心管中,加入750μl裂解液(硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀),剧烈振荡混匀,室温放置5min。
实施例2、检测H5N1亚型禽流感病毒
1、检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒
10头份试剂盒由表1所示的试剂组成。
表1.试剂盒(10头份)的组成
名称 | 数量(10头份) |
阳性对照液 | 3.0ml |
裂解液 | 30.0ml |
氯仿 | 8.0ml |
异丙醇 | 18.0ml |
75%乙醇 | 35.0ml |
RNase free水 | 6.0μl |
RNA酶抑制剂 | 60.0μl |
多重RT-PCR反应液 | 1.5ml |
TaqDNA聚合酶 | 26.0μl |
AMV反转录酶 | 20.0μl |
溴化乙锭溶液 | 30.0μl |
50×TAE电泳缓冲液(50倍稀释用) | 20.0ml |
上样缓冲液 | 200μl |
标准PCR产物 | 35.0μl |
其中,部分试剂的组成、配制方法如下:
裂解液:硫氰酸胍,0.8M;硫氰酸铵,0.4M;醋酸钠缓冲液,0.1M;甘油5%和苯酚38%,混匀;RNase free水:1mlDEPC加到1L蒸馏水中,摇匀,高压灭菌。
每43.8μl多重RT-PCR反应液含有RNase free水,17.3μl;10×PCR Buffer,7μl;2.5mM each dNTPs,7.5μl;25mM MgCl2,5μl;引物共7μl(NPF、NPL、H5F和H5L各1μl,N1F和N1L各1.5μl,引物浓度均为20μM)。
10mg/ml溴化乙锭(EB)贮存液:100mg EB溶于10ml双蒸水中,剧烈搅拌,完全溶解后,室温下闭光保存。
50×TAE电泳缓冲液(50倍稀释用):Tris碱,121g;冰醋酸,28.55ml;0.5M EDTA(pH8.0),50ml。加双蒸水,混合,定容至500ml,工作液浓度为1×TAE。
0.5M EDTA(pH8.0):186.1g EDTA溶于800ml水中,在磁力搅拌器上剧烈搅拌,用10M NaOH调节PH值至8.0,定容至1L。
75%乙醇:75ml乙醇加25ml水,-20℃保存。
6×凝胶加样缓冲液:溴酚蓝,0.025g;二甲苯青FF,0.025g;甘油,3ml。加入一定量去离子水溶解,定容到10ml。
RNA酶抑制剂:规格为30U/μl,Genview公司生产。
标准PCR产物为从已鉴定的H5N1亚型流感病毒提取RNA,反转录后以cDNA为模板,以H5F和H5L为引物扩增并回收的545bp PCR扩增产物,以NPF和NPL为引物扩增并回收的467bp PCR扩增产物以及以N1F和N1L为引物扩增并回收的368bp PCR扩增产物的混合产物。
2、检测方法
(1)病毒RNA的提取
1)取疑为禽流感病禽肌肉或脏器100mg,按照实施例1的方法进行样品处理,每管加入200μl氯仿,剧烈摇匀,冰浴10min,4℃12000rpm离心15min。
2)取上清500μl于新的1.5ml灭菌离心管中,加入等体积的异丙醇,置液氮中3min,4℃12000rpm离心15min。
3)弃上清,沿管壁缓缓加入1ml 75%乙醇,4℃8000rpm离心3min,倒掉乙醇,将离心管倒扣于吸水纸上1min,真空干燥10min。
4)用50μl RNase free水和1μl RNA酶抑制剂(规格为30U/μl,Genview公司生产)溶解沉淀,即用或-80℃保存备用。
(2)多重RT-PCR反应
每管反应体系为50μl,反应体系如下:
多重RT-PCR反应液 43.8μl
RNA酶抑制剂(购自Genview公司) 0.8μl
Taq DNA聚合酶 0.8μl
AMV反转录酶 0.6μl
样品总RNA 4.0μl
混匀,并作好标记,在自动PCR仪上进行42℃45min;95℃3min;95℃30s,55℃40s,65℃2min,进行35个循环;65℃延伸10min。4℃保存。
(3)电泳
配制1%琼脂糖凝胶,加入EB,工作浓度为0.5μg/ml;10μl PCR产物、3μl标准PCR产物各混合3μl 6×凝胶加样缓冲液,分别上样,于1×TAE电泳缓冲液中电泳,用紫外检测仪观察结果。结果判定时,阳性对照应同时出现545bp、467bp和368bp扩增带,阴性对照无条带出现(引物带除外)。被检样品中同时出现545bp、467bp和368bp的扩增带,表明样品中含有H5N1亚型禽流感病毒。
序列表
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<213>人工序列
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gtcwccgaaa acyccactgc a 21
Claims (7)
1、一种检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒,包括A型禽流感病毒通用引物NPF和NPL,H5亚型禽流感病毒血凝素的特异性引物H5F和H5L以及N1亚型禽流感病毒神经氨酸酶特异性引物N1F和N1L;所述NPF具有序列表中序列1的核苷酸序列,所述NPL具有序列表中序列2的核苷酸序列,所述H5F具有序列表中序列3的核苷酸序列,所述H5L具有序列表中序列4的核苷酸序列,所述N1F具有序列表中序列5的核苷酸序列,所述N1L具有序列表中序列6的核苷酸序列。
2、根据权利要求1所述的试剂盒,其特征在于:所述引物NPF,NPL,H5F,H5L,N1F和N1L包含于多重RT-PCR反应液中,每43.8μl所述多重RT-PCR反应液含有无RNA酶水,17.3μl;10×PCR缓冲液,7μl;2.5mM dNTPs,7.5μl;25mM MgCl2,5μl;浓度均为20μM的NPF、NPL、H5F和H5L各1μl,浓度均为20μM的N1F和N1L各1.5μl。
3、根据权利要求1或2所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括RNA酶抑制剂,TaqDNA聚合酶,AMV反转录酶,提取样品总RNA所需试剂以及电泳检测试剂。
4、根据权利要求3所述的试剂盒,其特征在于:所述试剂盒还包括阳性对照液和阴性对照液。
5、一种检测H5N1亚型禽流感病毒的方法,是以被检样品的总RNA为模板,利用权利要求1至4中任一项所述的检测H5N1亚型禽流感病毒的专用试剂盒进行多重RT-PCR反应,被检样品若同时出现545bp、467bp和368bp的扩增带,被检样品为H5N1亚型禽流感病毒阳性。
6、根据权利要求5所述的方法,其特征在于:所述多重RT-PCR反应的50μl反应体系包括43.8μl多重RT-PCR反应液,0.8μl RNA酶抑制剂,0.8μl Taq DNA聚合酶,0.6μl AMV反转录酶,4.0μl待检样品总RNA;所述多重RT-PCR反应液含有无RNA酶水,17.3μl;10×PCR缓冲液,7μl;2.5mM dNTPs,7.5μl;25mM MgCl2,5μl;浓度均为20μM的NPF、NPL、H5F和H5L各1μl,浓度均为20μM的N1F和N1L各1.5μl。
7、根据权利要求5或6所述的方法,其特征在于:所述多重RT-PCR反应的循环程序为42℃ 45min;95℃ 3min;95℃ 30s,55℃ 40s,65℃ 2min进行35个循环;65℃延伸10min。
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GR01 | Patent grant | ||
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