CN117736862A - 用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及*** - Google Patents
用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及*** Download PDFInfo
- Publication number
- CN117736862A CN117736862A CN202311210676.9A CN202311210676A CN117736862A CN 117736862 A CN117736862 A CN 117736862A CN 202311210676 A CN202311210676 A CN 202311210676A CN 117736862 A CN117736862 A CN 117736862A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- extraction
- control system
- nucleic acid
- detection
- sample
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 142
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 title claims abstract description 112
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 title claims abstract description 112
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 title claims abstract description 112
- 238000002203 pretreatment Methods 0.000 title claims abstract description 39
- 238000000605 extraction Methods 0.000 claims abstract description 157
- 238000012546 transfer Methods 0.000 claims abstract description 79
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 claims abstract description 57
- 238000005070 sampling Methods 0.000 claims abstract description 44
- 238000012360 testing method Methods 0.000 claims description 18
- 230000005856 abnormality Effects 0.000 claims description 17
- 239000000463 material Substances 0.000 claims description 14
- 239000007788 liquid Substances 0.000 claims description 11
- 239000010902 straw Substances 0.000 claims description 8
- 230000006870 function Effects 0.000 claims description 7
- 238000012544 monitoring process Methods 0.000 claims description 7
- 238000007789 sealing Methods 0.000 claims description 4
- 238000000034 method Methods 0.000 abstract description 16
- 238000007781 pre-processing Methods 0.000 abstract 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 10
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 9
- 238000010586 diagram Methods 0.000 description 8
- 230000008569 process Effects 0.000 description 8
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 6
- 239000000126 substance Substances 0.000 description 6
- 238000005202 decontamination Methods 0.000 description 5
- 230000003588 decontaminative effect Effects 0.000 description 5
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 4
- 238000005192 partition Methods 0.000 description 4
- 210000002345 respiratory system Anatomy 0.000 description 4
- 208000035473 Communicable disease Diseases 0.000 description 3
- 230000009471 action Effects 0.000 description 3
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 3
- 238000012790 confirmation Methods 0.000 description 3
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 3
- 238000009472 formulation Methods 0.000 description 3
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 description 3
- 241000700605 Viruses Species 0.000 description 2
- 230000002159 abnormal effect Effects 0.000 description 2
- 239000008280 blood Substances 0.000 description 2
- 210000004369 blood Anatomy 0.000 description 2
- 238000011161 development Methods 0.000 description 2
- 210000003608 fece Anatomy 0.000 description 2
- 208000015181 infectious disease Diseases 0.000 description 2
- 230000014759 maintenance of location Effects 0.000 description 2
- 238000003752 polymerase chain reaction Methods 0.000 description 2
- 210000002700 urine Anatomy 0.000 description 2
- 241000894006 Bacteria Species 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 206010028980 Neoplasm Diseases 0.000 description 1
- 206010035664 Pneumonia Diseases 0.000 description 1
- 230000003321 amplification Effects 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 230000005540 biological transmission Effects 0.000 description 1
- 201000011510 cancer Diseases 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000004891 communication Methods 0.000 description 1
- 230000009089 cytolysis Effects 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 1
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 1
- 238000009826 distribution Methods 0.000 description 1
- 238000010828 elution Methods 0.000 description 1
- 238000001914 filtration Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 238000010438 heat treatment Methods 0.000 description 1
- 206010022000 influenza Diseases 0.000 description 1
- 238000007689 inspection Methods 0.000 description 1
- 230000003993 interaction Effects 0.000 description 1
- 238000004519 manufacturing process Methods 0.000 description 1
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 1
- 230000005541 medical transmission Effects 0.000 description 1
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 1
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 description 1
- 238000000746 purification Methods 0.000 description 1
- 238000000197 pyrolysis Methods 0.000 description 1
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 1
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 1
- 238000005406 washing Methods 0.000 description 1
Classifications
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L3/00—Containers or dishes for laboratory use, e.g. laboratory glassware; Droppers
- B01L3/50—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes
- B01L3/502—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures
- B01L3/5027—Containers for the purpose of retaining a material to be analysed, e.g. test tubes with fluid transport, e.g. in multi-compartment structures by integrated microfluidic structures, i.e. dimensions of channels and chambers are such that surface tension forces are important, e.g. lab-on-a-chip
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/00584—Control arrangements for automatic analysers
- G01N35/00594—Quality control, including calibration or testing of components of the analyser
- G01N35/00613—Quality control
- G01N35/00663—Quality control of consumables
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/00584—Control arrangements for automatic analysers
- G01N35/00722—Communications; Identification
- G01N35/00732—Identification of carriers, materials or components in automatic analysers
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/02—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor using a plurality of sample containers moved by a conveyor system past one or more treatment or analysis stations
- G01N35/04—Details of the conveyor system
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
- B01L2200/06—Fluid handling related problems
- B01L2200/0621—Control of the sequence of chambers filled or emptied
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2200/00—Solutions for specific problems relating to chemical or physical laboratory apparatus
- B01L2200/10—Integrating sample preparation and analysis in single entity, e.g. lab-on-a-chip concept
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
- B01L2300/0627—Sensor or part of a sensor is integrated
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/06—Auxiliary integrated devices, integrated components
- B01L2300/0681—Filter
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0809—Geometry, shape and general structure rectangular shaped
- B01L2300/0816—Cards, e.g. flat sample carriers usually with flow in two horizontal directions
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/08—Geometry, shape and general structure
- B01L2300/0861—Configuration of multiple channels and/or chambers in a single devices
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2300/00—Additional constructional details
- B01L2300/18—Means for temperature control
- B01L2300/1805—Conductive heating, heat from thermostatted solids is conducted to receptacles, e.g. heating plates, blocks
- B01L2300/1822—Conductive heating, heat from thermostatted solids is conducted to receptacles, e.g. heating plates, blocks using Peltier elements
-
- B—PERFORMING OPERATIONS; TRANSPORTING
- B01—PHYSICAL OR CHEMICAL PROCESSES OR APPARATUS IN GENERAL
- B01L—CHEMICAL OR PHYSICAL LABORATORY APPARATUS FOR GENERAL USE
- B01L2400/00—Moving or stopping fluids
- B01L2400/06—Valves, specific forms thereof
- B01L2400/0633—Valves, specific forms thereof with moving parts
- B01L2400/0644—Valves, specific forms thereof with moving parts rotary valves
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/00584—Control arrangements for automatic analysers
- G01N35/00722—Communications; Identification
- G01N2035/00891—Displaying information to the operator
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N35/00—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor
- G01N35/02—Automatic analysis not limited to methods or materials provided for in any single one of groups G01N1/00 - G01N33/00; Handling materials therefor using a plurality of sample containers moved by a conveyor system past one or more treatment or analysis stations
- G01N35/04—Details of the conveyor system
- G01N2035/0401—Sample carriers, cuvettes or reaction vessels
- G01N2035/0403—Sample carriers with closing or sealing means
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Immunology (AREA)
- Zoology (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Quality & Reliability (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Clinical Laboratory Science (AREA)
- Hematology (AREA)
- Dispersion Chemistry (AREA)
- Apparatus Associated With Microorganisms And Enzymes (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
一种高通量自动化前处理方法及***,应用于核酸前处理设备,其包括控制***、检体转移区、核酸萃取区、检测配置区,控制***包括使用者界面并引导使用者于使用者界面上进行设定。该方法于检体转移区包括步骤:使用者于使用者界面上选择采检管类型、检测协定及萃取协定,及控制***进行检体转移任务。该方法于核酸萃取区包括步骤:控制***依据所选萃取协定进行萃取任务。该方法于检测配置区包括步骤:控制***依据所选检测协定进行试剂调配任务,及控制***进行核酸转移任务。检体转移区、核酸萃取区及检测配置区可同步进行不同批次检体的前处理。
Description
技术领域
本案涉及一种高通量自动化前处理方法及***,尤指一种用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及***。
背景技术
全球人口的增长和现代交通的发展不仅极大地促进了国际贸易和经济发展,也导致了传染病的蔓延加剧。特别是在2019年新冠肺炎(COVID-19)爆发时,广泛传播的病毒不仅影响了全球经济,也给生活带来了很多不便。聚合酶连锁反应(polymerase chainreaction,PCR)检测随着COVID-19疫情流行而广泛的应用,然而传统的PCR流程需耗费时间与人力于检体处理、核酸萃取、以及后续的扩增及检测流程。
为了早期发现并预防疾病传播,分子诊断在近年来更是蓬勃发展,且已将不同检测仪器设备功能整并于同一检测平台上,实现所谓即时检验的目标。此全自动核酸检测平台可应用于传染性疾病检测,不仅能改善现今核酸检测仅能在特定的医检中心或实验室执行检测的限制,更能减少复杂操作程序及人为判读可能造成的误差判定,提供第一线人员(例如护士、医生助理)快速且准确的传染性疾病临床诊断。
自动化检测仪器会提供图形化使用界面,以供使用者设定及指示***执行一系列实验准备和纯化程序。当使用者选择或创建一个协定(protocol)时,该协定被交叉检查与例如所选择的其他协定的兼容性以及相关联的自动化工作站的硬件能力。然因使用者须设定每一区的各项细项设定,其设定过程繁杂,且使用者专业要求高,须了解相关的协定的设定。
再者,在需要高通量核酸检测的场域,如大型医院或医事检验机构,会有针对流行性疾病、遗传性疾病和癌症等病症的高通量检测需求。然而现有技术的自动化前处理作业需要整体完成后,才能接续进行下一次,作业中如发生任何异常,需停止所有动作以进行异常处理,且受限必须整体作业的流程,检测通量也较低。
因此,如何简化上机程序的设定以及提高检测通量,是亟待克服的课题。
发明内容
本案的目的在于提供一种用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及***,通过将检体转移、核酸萃取、及检测配置等作业分区控制来加速检体前处理流程并提高通量,以改善现有技术的缺失。
为达上述目的,本案提供一种高通量自动化前处理方法,应用于核酸前处理设备,其包括控制***及可彼此串接连通或分隔的三个舱体,三个舱体分别作为检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区,控制***包括使用者界面并引导使用者于使用者界面上进行设定。于检体转移区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(a1)使用者于使用者界面上选择采检管类型、检测协定、及萃取协定;(a2)控制***引导使用者放置包括采检管、萃取盘、及移液吸管的耗材;(a3)控制***确认耗材的相关配置后,开始进行检体转移任务;以及(a4)待检体转移任务完成后,控制***将萃取盘由检体转移区传送至核酸萃取区。于核酸萃取区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(b1)待萃取盘传送至核酸萃取区后,控制***依据所选的萃取协定进行萃取任务;以及(b2)待萃取任务完成后,控制***将萃取盘由核酸萃取区传送至检测配置区。于检测配置区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(c1)控制***引导使用者放置包括检测盘、移液吸管、试剂盘及试剂的耗材;(c2)控制***确认耗材的相关配置后,依据所选的检测协定进行试剂调配任务;以及(c3)待萃取盘传送至检测配置区后,控制***开始进行核酸转移任务。其中,检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区可同步进行不同批次检体的前处理。
为达上述目的,本案提供一种高通量自动化前处理***,应用于核酸前处理设备,其包括控制***及可彼此串接连通或分隔的三个舱体,三个舱体分别作为检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区,控制***包括使用者界面并引导使用者于使用者界面上进行设定。其中,高通量自动化前处理***用以执行高通量自动化前处理方法。于检体转移区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(a1)使用者于使用者界面上选择采检管类型、检测协定、及萃取协定;(a2)控制***引导使用者放置包括采检管、萃取盘、及移液吸管的耗材;(a3)控制***确认耗材的相关配置后,开始进行检体转移任务;以及(a4)待检体转移任务完成后,控制***将萃取盘由检体转移区传送至核酸萃取区。于核酸萃取区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(b1)待萃取盘传送至核酸萃取区后,控制***依据所选的萃取协定进行萃取任务;以及(b2)待萃取任务完成后,控制***将萃取盘由核酸萃取区传送至检测配置区。于检测配置区,高通量自动化前处理方法包括步骤:(c1)控制***引导使用者放置包括检测盘、移液吸管、试剂盘及试剂的耗材;(c2)控制***确认耗材的相关配置后,依据所选的检测协定进行试剂调配任务;以及(c3)待萃取盘传送至检测配置区后,控制***开始进行核酸转移任务。其中,检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区可同步进行不同批次检体的前处理。
在一实施例中,采检管类型包含检体类型信息,且控制***依据检体类型推荐萃取协定。
在一实施例中,控制***依据所选择的采检管类型而自动设定采检管盘布局。
在一实施例中,检体转移任务将采检管内的检体转移至萃取盘。
在一实施例中,控制***确认耗材的相关配置通过摄影模块进行图像识别,确认是否放置足够及正确的耗材。
在一实施例中,高通量自动化前处理方法于检体转移区还包括对采检管的标签进行扫描以确认检体信息的步骤。
在一实施例中,核酸转移任务将萃取盘内的核酸转移至检测盘。
在一实施例中,高通量自动化前处理方法于检测配置区还包括将检测盘进行封膜的步骤。
在一实施例中,控制***通过使用者界面提供任务监控功能,供使用者即时监控检体转移区、核酸萃取区及检测配置区的执行进度。
在一实施例中,控制***通过使用者界面显示异常通知,且引导使用者于发生异常的个别区进行异常排除工作。
附图说明
图1显示本案核酸前处理设备的示意图;
图2显示本案高通量自动化前处理***的架构示意图;
图3显示本案高通量自动化前处理***的使用流程示意图;
图4A至图4F显示***设定中检测协定设定的示范例;
图5A至图5E显示***设定中萃取协定设定的示范例;
图6显示本案高通量自动化前处理方法的流程图;
图7至图24显示本案高通量自动化前处理方法的使用者界面示意图;
图25显示异常通知的使用者界面示意图。
附图标号说明
1:控制***
11:使用者界面
12:控制模块
13:数据库
2:检体转移区
3:核酸萃取区
4:检测配置区
具体实施方式
体现本案特征与优点的一些实施例将在后段的说明中详细叙述。应理解的是本案能够在不同的实施例上具有各种的变化,其皆不脱离本案的范围,且其中的说明及附图在本质上为说明之用,而非用以限制本案。
本案提供一种用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及***,通过硬件与软件控制的搭配,整合核酸前处理的各个步骤于自动化流水线生产上,故可提供使用者自动化的检体前处理服务,以简化检体前处理所需繁琐步骤,由此简化上机程序的设定并加速检体前处理流程,实现高通量检测的目的。
本案的高通量自动化前处理方法及***搭配使用于特殊设计的核酸前处理设备上,且高通量自动化前处理***用以执行高通量自动化前处理方法。图1显示本案核酸前处理设备的示意图,图2显示本案高通量自动化前处理***的架构示意图。如图1及图2所示,核酸前处理设备包括控制***1及可彼此串接连通或分隔的三个舱体,该三个舱体分别作为检体转移区2、核酸萃取区3、及检测配置区4。检体转移区2负责采检管至萃取盘的转移,核酸萃取区3负责核酸萃取的工作,检测配置区4负责检测试剂的调配、混合及试剂与核酸的分配。三个舱体可独立执行当舱工作,且当舱完成当批样本处理后,即可传给下舱,而当舱则可处理下一批样本,由此提高检测通量。三个舱体的运作由控制***1来控制,其中,控制***1包括使用者界面11、控制模块12、及数据库13。使用者界面11为人机界面,用于引导使用者于使用者界面11上进行设定及操控,负责使用者与控制模块12之间的沟通互动,以进行实验准备、实验监控及***设定等主要功能。控制模块12负责前后端的数据传递及流程控制等功能,可把使用者的设定及操控转成指令到后端去执行。数据库13负责***相关数据的存储及存取。
检体转移区2包括摄影模块、可编程逻辑控制器(programmable logiccontroller,PLC)模块、及移液模块等功能模块。核酸萃取区3包括摄影模块、PLC模块、及核酸萃取模块等功能模块。检测配置区4包括摄影模块、PLC模块、及移液模块等功能模块。摄影模块负责撷取采检管、萃取盘、检测盘、移液吸管、试剂盘等耗材的图像,供控制***识别是否放置正确及足够的耗材,或是识别机构抓取/卸载耗材是否成功,亦可扫描采检管上的标签,以比对确认检体正确无误。PLC模块负责接收控制***的指令,以控制各项马达动作。移液模块负责移动液体检体、核酸及各种试剂的工作。核酸萃取模块负责将核酸从检体中萃取出来,以提供核酸检测之用。
图3显示本案高通量自动化前处理***的使用流程示意图。如图3所示,使用流程可区分为使用者端的使用流程以及管理者端的使用流程。管理者端的使用流程主要是***设定,包括检测协定设定及萃取协定设定。检测协定设定主要是设定可进行的检测配方(例如新冠肺炎检测或是流感检测等)以及相关设定。举例来说,设定的项目包括设定名称及支援机型、设定核酸及试剂体积、设定检测目标、设定标准品等。萃取协定设定主要是设定相关萃取参数(例如加热温度、混合时间等),且会因应检体类型(例如血液、呼吸道拭子、尿液、粪便等)及检测目标(例如是细菌或病毒,要萃取DNA或RNA等)而调整。举例来说,设定的项目包括设定名称、设定检体类型、设定萃取参数等。而使用者端的使用流程主要是实验设定。当管理者端***设定完成,使用者端要进行实验时,要进行的实验设定包括选择采检管类型、选择检测协定、选择萃取协定、实验设置确认等。
图4A至图4F显示***设定中检测协定设定的示范例。以检测试剂设定为例,萃取完的核酸要进行PCR检测时,针对不同的检测目标,***端可预先设置对应的检测试剂,或由使用者依需求新增检测试剂。首先,使用者可通过***设定进入检测配方清单(如图4A所示),并通过点击新增按钮进入检测配方新增流程,由***通过使用者界面引导使用者进行设定。先设定检测试剂名称及支援的PCR机型(如图4B所示),接着设定试剂配方,先输入待检核酸体积,再选择该配方所需的试剂并输入试剂体积(如图4C所示)。试剂配方设定完成后,便接着设定检测目标,勾选报导染剂(reporter dye),例如各种波长不同的萤光标记FAM、VIC、ABY、JUN、Cy5、Cy5-5等,并输入检测目标名称(如图4D所示)。接着进行标准品设定,选择预设的阳性标准品及阴性标准品,也可另外新增标准品,再输入标准品体积(如图4E所示),其中,阴性标准品可通过关联试剂选项选用配方中的任一试剂替代使用。最后进行数据确认(如图4F所示),即完成检测试剂的设定。
图5A至图5E显示***设定中萃取协定设定的示范例。以萃取试剂设定为例,首先,使用者可通过***设定进入萃取试剂清单(如图5A所示),并通过点击新增按钮进入萃取试剂新增流程,由***通过使用者界面引导使用者进行设定。先设定萃取试剂名称(如图5B所示),接着选择萃取检体种类,例如呼吸道拭子、血液、尿液、粪便等(如图5C所示),再接着进行萃取参数设定(如图5D所示)。***通过使用者界面引导使用者选择/新增步骤,并设定该步骤的孔槽编号、操作名称、待机时间、混合时间、混合速度、磁吸时间、温度及体积等参数。举例来说,图5D预览所示的萃取盘为96孔萃取盘,可区分为左右两个区块,每一区块包括8个横排孔槽组,每一孔槽组有6孔,用来进行一个检体的萃取流程。第1孔为搅拌棒容置孔槽,第2孔为容置检体及进行裂解(lysis)的孔槽,第3孔及第4孔为进行清洗(wash)的孔槽,第5孔为进行洗脱(elution)的孔槽,第6孔则为容置萃取核酸的孔槽。***可针对第2至5孔进行相关萃取参数设定。最后进行数据确认(如图5E所示),即完成萃取协定的设定。
在一实施例中,***具有推荐萃取协定的功能。当使用者选择采检管类型(含检体类型信息)及检测协定后,***会依据使用者所选检体类型,在使用者界面上列出可用的萃取协定清单,并依所选检测配方过往使用的萃取协定次数作为排序依据推荐使用者。换言之,***会依据使用者所选检测配方过往使用的萃取协定次数加以排序,将该检测配方较常使用的萃取协定排在前面,以供使用者选择。
本案的高通量自动化前处理方法主要是搭配核酸前处理设备的三个舱体进行检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区等三区作业的流程控制。当使用者要开始一项新的实验设定时,可利用使用者界面进行实验准备流程的各项设定,包括选择采检管类型、选择检测协定、选择萃取协定、及实验设置确认等,并根据***的引导进行操作来完成核酸样本的自动化前处理。图6即显示本案高通量自动化前处理方法的流程图。
在检体转移区中,***依据使用者所选择的采检管类型提供相对应采检管盘布局、检测盘设定并计算可用的PCR反应孔数及相对应所需的耗材。完成相关设定及耗材准备后,***即依据配置开始进采检管至萃取盘的检体转移作业。检体转移过程中,***于检体转移区即时显示转移进行的采检管盘编号、进度及剩余时间。检体转移完成后,***即进行萃取盘传送至核酸萃取区的工作。最后再引导使用者将采检管及耗材取出。
核酸萃取区接收检体转移区传送的萃取盘,依据实验设定时所选择的萃取协定进行核酸萃取工作。萃取过程中,***于核酸萃取区即时显示萃取进行的萃取盘编号及萃取进行阶段、进度及剩余时间。萃取完成后,***即进行萃取盘传送至检测配置区的工作。
检测配置区作业可分为两阶段,第一阶段为使用者完成实验设定时,检测配置区即可进行耗材准备及检测试剂准备的工作。***依据检测协定自动显示检测盘配置及试剂盘配置,其中,检测盘配置显示检测盘布局及所要进行的检测配方,试剂盘配置显示根据检测盘配置计算出所需的试剂名称及体积。***依据试剂盘配置调配所需的试剂并分配至检测盘的反应孔,且检测试剂准备过程中,***于检测配置区即时显示试剂准备的进度及剩余时间。第二阶段为接收核酸萃取区传送的萃取盘后,开始进行核酸转移至检测盘的工作。***依据检测盘配置转移萃取盘中的核酸至检测盘,且核酸转移过程中,***于检测配置区即时显示核酸转移的进度及剩余时间。待核酸转移完成后,再引导使用者将检测盘及耗材取出。
以下将配合图7至图24所示的使用者界面来示范说明本案的高通量自动化前处理方法。首先,如图7所示,在一个新的实验任务开始前,检体转移区、核酸萃取区及检测配置区呈待机状态,或是显示舱体去污清洁的选项,若距离上次清洁超过一预定时间,使用者可选择对舱体执行去污清洁的动作。
接着在检体转移区,如图8所示,使用者通过使用者界面起始一个任务准备工作,使用者可选择预存的检测设定或者开始一个新的设定。接着如图9所示,当使用者选择检测设定或完成新的设定后,使用者界面引导使用者设定实验编号。再如图10所示,***通过使用者界面引导使用者选择采检管类型及标签类型。***会预设多种品牌的采检管类型,使用者选择完采检管类型后,可接着选择标签位置,以供后端进行标签的条码扫描。
在一实施例中,采检管类型同时包含检体类型信息。当使用者选择采检管类型时,***即同时得知检体类型,可供后续萃取协定的带入。举例来说,如图10所示,当使用者选择台达呼吸道拭子采检管时,亦包含检体类型为呼吸道拭子的信息。另外,由于不同采检管可能具有不同的尺寸,当采检管要置入检体转移区时,便会有不同的配置,而***会依据使用者选择的采检管类型进行自动设定,选择相应的采检管盘布局,例如为8x 12采检管盘布局、6x8采检管盘布局、或4x 8采检管盘布局。
接着如图11所示,***通过使用者界面引导使用者选择PCR机型及欲使用的检测协定。再如图12所示,***通过使用者界面引导使用者选择欲使用的萃取协定。接着如图13所示,***通过使用者界面引导使用者选择检测盘的数量及使用设定。举例来说,若96孔盘放置数量为2且选择留样时,即由两个96孔盘其中的一进行检测,另一则进行留样;而若选择不留样,则两个96孔盘皆可进行检测。另外,也可选择是否要对检测盘进行封膜。之后进行实验设定确认,如图14所示,***于使用者界面列出各项实验设定,并引导使用者确认该任务的各项设定后执行实验。
接着如图15所示,***通过使用者界面引导使用者打开舱门。再如图16至图18所示,***通过使用者界面引导使用者放置采检管、萃取盘、及移液吸管等各项耗材。接着如图19所示,在使用者完成耗材摆放后,***通过摄影模块拍照并通过图像识别检测是否放置足够及正确的耗材。随后如图20所示,***确认相关配置后,开始进行检体转移任务,并即时显示转移进行的进度及剩余时间以供实验监控。之后如图21所示,检体转移任务完成后,***便将萃取盘传送至核酸萃取区,并确认使用者清空检体区后进入待机状态。
而在核酸萃取区,则包括以下作业流程。首先如图7所示,***通过使用者界面引导使用者进行核酸萃取区去污清洁。其后如图15所示,在完成核酸萃取区去污清洁后即进入等待阶段。接着如图21所示,在检体转移区完成检体转移作业后,核酸萃取区接收由检体转移区传送过来的萃取盘后,开始加载磁棒套进行萃取作业,且***会即时显示萃取进行的进度及剩余时间以供实验监控。其后如图22所示,核酸萃取任务完成后,***便将萃取盘传送至检测配置区,之后进入待命状态等待下一任务。
而在检测配置区,则包括以下作业流程。首先如图7所示,***通过使用者界面引导使用者进行检测配置区去污清洁。其后如图15所示,***通过使用者界面引导使用者打开舱门。再如图17及图18所示,***通过使用者界面引导使用者放置检测盘、移液吸管、试剂盘及试剂等各项耗材。接着如图19所示,在使用者完成耗材摆放后,***通过摄影模块拍照并通过图像识别检测是否放置足够及正确的耗材。接着如图20所示,***确认相关配置后,开始进行试剂准备任务,其中,***会根据检测盘设定中所要进行的检测数量,计算所需的试剂体积,并于使用者界面上自动显示试剂盘配置,以供使用者检视所需的试剂名称及体积。试剂准备完成后即进入等待核酸状态。随后如图22所示,当萃取盘由核酸萃取区传送至检测配置区后,便开始进行核酸转移至检测盘任务。再如图24所示,核酸转移至检测盘任务完成后即可进行封膜,完成整个前处理作业,***通过使用者界面引导使用者取出检测盘及相关耗材。
根据本案的构想,由于检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区为个别控制,故可同时进行不同批次检体的前处理作业。例如当检测配置区进行批次A的核酸与试剂混合工作时,核酸萃取区可同时进行批次B的核酸萃取工作,检体转移区可同时进行批次C的检体转移工作,故可以流水线方式同时进行三批次检体的前处理作业。因此,本案提供了高通量的自动化核酸检测前处理,可加速检体前处理流程,大幅节省时间及人力成本,也可进而提高后端的检测通量。
另一方面,由于检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区为分区作业,若作业中发生异常,亦可单独就发生异常的分区进行异常排除工作,而不影响其他分区运作,降低异常处理的影响。举例来说,当检体转移区发生异常时,***会于使用者界面显示异常通知(如图25所示),并引导使用者进行异常排除工作。在此同时,核酸萃取区及检测配置区皆可持续运作。
再者,本案提供了使用者易于选择及设定的使用者界面,可降低使用者学习曲线。在使用者选择采检管类型及检测协定后,***会自动推荐萃取协定。实验设定完成后***也提供引导式入料流程,告知使用者采检管、萃取盘、检测盘、试剂盘、及移液吸管等耗材所需摆放的位置,并且使用图像识别后,再提醒摆放异常的区域。实验过程中,***也可通过使用者界面提供任务监控功能,供使用者即时监控检体转移区、核酸萃取区及检测配置区的执行进度以及异常。
另外,本案提供自订试剂配方的功能,使用者可在***设定内,根据需求新增或修改检测试剂的配方内容、标准品设定等。实验过程中***也会依据采检管数及检测试剂设定,进行试剂调配并分装至对应的检测盘反应孔。本案也可支援多种规格的采检管,且***可依据所选择的采检管类型而自动设定采检管盘布局。又,本案更支援多重检测目标,同一检体可同时做多个检测,且***可引导使用者设定每一采检管所要进行的检测协定,进而自动显示检测盘配置及试剂盘配置,也可将检测盘配置信息输出供后端PCR机台使用。
综上所述,本案提供了用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及***,对检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区进行分区控制,达成高通量的自动化核酸检测前处理,且可降低异常处理的影响。本案更提供使用者易于选择及设定的使用者界面,使用者只要进行简单的检测导向设定步骤,包括选择采检管类型、选择检测协定、选择萃取协定、实验设置确认等,并配合使用者界面的引导,即可轻易的完成核酸萃取并移入检测盘,供后端核酸检测的进行。因此,本案的高通量自动化前处理方法及***大大简化了上机程序的设定并降低使用者的专业要求,可节省人力成本及降低学习曲线。又,本案的自动化前处理方法及***支援多种规格的采检管,也支援单管多检设定,使同一检体可同时进行多种检测,也可将检测盘配置信息输出供后端PCR机台使用。此外,除***预先设定协定外,使用者也可依需求调整或自订新增试剂配方、检测协定、及萃取协定,提供更灵活的运用。
纵使本发明已由上述实施例详细叙述而可由本领域技术人员任施匠思而为诸般修饰,然皆不脱如附权利要求范围所欲保护者。
Claims (20)
1.一种高通量自动化前处理方法,其应用于核酸前处理设备,所述核酸前处理设备包括控制***及可彼此串接连通或分隔的三个舱体,所述三个舱体分别作为检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区,所述控制***包括使用者界面并引导使用者于所述使用者界面上进行设定,所述高通量自动化前处理方法包括步骤:
于所述检体转移区:
(a1)所述使用者于所述使用者界面上选择采检管类型、检测协定、及萃取协定;
(a2)所述控制***引导所述使用者放置包括采检管、萃取盘、及移液吸管的耗材;
(a3)所述控制***确认所述耗材的相关配置后,开始进行检体转移任务;以及
(a4)待所述检体转移任务完成后,所述控制***将所述萃取盘由所述检体转移区传送至所述核酸萃取区;
所述核酸萃取区:
(b1)待所述萃取盘传送至所述核酸萃取区后,所述控制***依据所选的所述萃取协定进行萃取任务;以及
(b2)待所述萃取任务完成后,所述控制***将所述萃取盘由所述核酸萃取区传送至所述检测配置区;
所述检测配置区:
(c1)所述控制***引导所述使用者放置包括检测盘、移液吸管、试剂盘及试剂的耗材;
(c2)所述控制***确认所述耗材的相关配置后,依据所选的所述检测协定进行试剂调配任务;以及
(c3)待所述萃取盘传送至所述检测配置区后,所述控制***开始进行核酸转移任务;
其中,所述检体转移区、所述核酸萃取区、及所述检测配置区可同步进行不同批次检体的前处理。
2.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述采检管类型包含检体类型信息,且所述控制***依据所述检体类型推荐所述萃取协定。
3.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述控制***依据所选择的所述采检管类型而自动设定采检管盘布局。
4.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述检体转移任务将所述采检管内的检体转移至所述萃取盘。
5.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述控制***确认所述耗材的相关配置通过摄影模块进行图像识别,确认是否放置足够及正确的所述耗材。
6.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,于所述检体转移区,还包括对所述采检管的标签进行扫描以确认检体信息的步骤。
7.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述核酸转移任务将所述萃取盘内的核酸转移至所述检测盘。
8.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,于所述检测配置区,还包括将所述检测盘进行封膜的步骤。
9.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述控制***通过所述使用者界面提供任务监控功能,供所述使用者即时监控所述检体转移区、所述核酸萃取区及所述检测配置区的执行进度。
10.根据权利要求1所述的高通量自动化前处理方法,其中所述控制***通过所述使用者界面显示异常通知,且引导所述使用者于发生异常的个别区进行异常排除工作。
11.一种高通量自动化前处理***,其应用于核酸前处理设备,所述核酸前处理设备包括控制***及可彼此串接连通或分隔的三个舱体,所述三个舱体分别作为检体转移区、核酸萃取区、及检测配置区,所述控制***包括使用者界面并引导使用者于所述使用者界面上进行设定,所述高通量自动化前处理***用以执行高通量自动化前处理方法,包括步骤:
于所述检体转移区:
(a1)所述使用者于所述使用者界面上选择采检管类型、检测协定、及萃取协定;
(a2)所述控制***引导所述使用者放置包括采检管、萃取盘、及移液吸管的耗材;
(a3)所述控制***确认所述耗材的相关配置后,开始进行检体转移任务;以及
(a4)待所述检体转移任务完成后,所述控制***将所述萃取盘由所述检体转移区传送至所述核酸萃取区;
所述核酸萃取区:
(b1)待所述萃取盘传送至所述核酸萃取区后,所述控制***依据所选的所述萃取协定进行萃取任务;以及
(b2)待所述萃取任务完成后,所述控制***将所述萃取盘由所述核酸萃取区传送至所述检测配置区;
所述检测配置区:
(c1)所述控制***引导所述使用者放置包括检测盘、移液吸管、试剂盘及试剂的耗材;
(c2)所述控制***确认所述耗材的相关配置后,依据所选的所述检测协定进行试剂调配任务;以及
(c3)待所述萃取盘传送至所述检测配置区后,所述控制***开始进行核酸转移任务;
其中,所述检体转移区、所述核酸萃取区、及所述检测配置区可同步进行不同批次检体的前处理。
12.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述采检管类型包含检体类型信息,且所述控制***依据所述检体类型推荐所述萃取协定。
13.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述控制***依据所选择的所述采检管类型而自动设定采检管盘布局。
14.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述检体转移任务将所述采检管内的检体转移至所述萃取盘。
15.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述控制***确认所述耗材的相关配置通过一摄影模块进行图像识别,确认是否放置足够及正确的所述耗材。
16.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,于所述检体转移区,还包括对所述采检管的标签进行扫描以确认检体信息的步骤。
17.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述核酸转移任务将所述萃取盘内的核酸转移至所述检测盘。
18.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,于所述检测配置区,还包括将所述检测盘进行封膜的步骤。
19.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述控制***通过所述使用者界面提供任务监控功能,供所述使用者即时监控所述检体转移区、所述核酸萃取区及所述检测配置区的执行进度。
20.根据权利要求11所述的高通量自动化前处理***,其中所述控制***通过所述使用者界面显示异常通知,且引导所述使用者于发生异常的个别区进行异常排除工作。
Applications Claiming Priority (2)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
US202263408394P | 2022-09-20 | 2022-09-20 | |
US63/408,394 | 2022-09-20 |
Publications (1)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN117736862A true CN117736862A (zh) | 2024-03-22 |
Family
ID=90244351
Family Applications (2)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202311210676.9A Pending CN117736862A (zh) | 2022-09-20 | 2023-09-19 | 用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及*** |
CN202311210607.8A Pending CN117736831A (zh) | 2022-09-20 | 2023-09-19 | 组合式核酸前处理设备 |
Family Applications After (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202311210607.8A Pending CN117736831A (zh) | 2022-09-20 | 2023-09-19 | 组合式核酸前处理设备 |
Country Status (3)
Country | Link |
---|---|
US (2) | US20240091764A1 (zh) |
CN (2) | CN117736862A (zh) |
TW (2) | TW202413621A (zh) |
-
2023
- 2023-09-19 US US18/370,181 patent/US20240091764A1/en active Pending
- 2023-09-19 TW TW112135717A patent/TW202413621A/zh unknown
- 2023-09-19 US US18/370,099 patent/US20240093267A1/en active Pending
- 2023-09-19 CN CN202311210676.9A patent/CN117736862A/zh active Pending
- 2023-09-19 CN CN202311210607.8A patent/CN117736831A/zh active Pending
- 2023-09-19 TW TW112135718A patent/TW202413622A/zh unknown
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
US20240093267A1 (en) | 2024-03-21 |
US20240091764A1 (en) | 2024-03-21 |
TW202413622A (zh) | 2024-04-01 |
CN117736831A (zh) | 2024-03-22 |
TW202413621A (zh) | 2024-04-01 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
JP7218458B2 (ja) | 自動分析装置及び自動分析方法 | |
JP4656646B2 (ja) | 表示方法と表示装置、該表示装置を備えた全自動検査装置 | |
US6326147B1 (en) | Methods, apparatus, articles of manufacture, and user interfaces for performing automated biological assay preparation and macromolecule purification | |
US8658417B2 (en) | Multiple-input analytical system | |
US11275095B2 (en) | Sample pretreatment apparatus, robotic arm, and sample pretreatment method | |
CA2658533C (en) | Device for processing samples | |
US10458998B2 (en) | Device for processing samples | |
JP6823974B2 (ja) | 分析試験管理システムおよび方法 | |
EP3640646A1 (en) | Method of operating an analytical laboratory | |
US8175810B2 (en) | Sample processing apparatus and sample processing method | |
JP6588554B2 (ja) | 自動分析装置 | |
CN117736862A (zh) | 用于核酸检测的高通量自动化前处理方法及*** | |
EP3171177A1 (en) | Method and laboratory system for distributing biological samples onto microplates | |
US9110046B2 (en) | Mobile tip waste rack and methods thereof | |
TWI832753B (zh) | 用於核酸檢測之自動化前處理方法 | |
JPWO2008123019A1 (ja) | 遺伝子変化の検出方法および検出装置 | |
WO2023127182A1 (ja) | 自動分析装置及び自動分析方法 | |
CN118256336A (zh) | 体外诊断仪器和核酸提取检测一体机 | |
JP2003310260A (ja) | 遺伝子検査システムおよび遺伝子検査方法 | |
Eisenstein | Automatic for the people |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination |