CN117248069A - 一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 - Google Patents
一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 Download PDFInfo
- Publication number
- CN117248069A CN117248069A CN202311326133.3A CN202311326133A CN117248069A CN 117248069 A CN117248069 A CN 117248069A CN 202311326133 A CN202311326133 A CN 202311326133A CN 117248069 A CN117248069 A CN 117248069A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- haplotype
- cotton
- cotton plant
- plant height
- upland cotton
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 244000299507 Gossypium hirsutum Species 0.000 title claims abstract description 68
- 102000054766 genetic haplotypes Human genes 0.000 title claims abstract description 52
- 229920000742 Cotton Polymers 0.000 claims abstract description 31
- 240000002024 Gossypium herbaceum Species 0.000 claims abstract description 25
- 235000004341 Gossypium herbaceum Nutrition 0.000 claims abstract description 25
- 238000012216 screening Methods 0.000 claims abstract description 6
- 239000003147 molecular marker Substances 0.000 claims abstract description 4
- 235000009429 Gossypium barbadense Nutrition 0.000 claims description 20
- 235000018322 upland cotton Nutrition 0.000 claims description 20
- 239000012634 fragment Substances 0.000 claims description 9
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 claims description 8
- 238000011161 development Methods 0.000 claims description 8
- 238000000034 method Methods 0.000 claims description 4
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 claims description 4
- 238000012217 deletion Methods 0.000 claims description 3
- 230000037430 deletion Effects 0.000 claims description 3
- 238000011144 upstream manufacturing Methods 0.000 claims description 3
- 238000003780 insertion Methods 0.000 claims description 2
- 230000037431 insertion Effects 0.000 claims description 2
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 abstract description 6
- 238000009395 breeding Methods 0.000 abstract description 5
- 230000001488 breeding effect Effects 0.000 abstract description 5
- 238000011160 research Methods 0.000 abstract description 4
- 238000012795 verification Methods 0.000 abstract description 2
- 230000002596 correlated effect Effects 0.000 abstract 1
- 238000010362 genome editing Methods 0.000 abstract 1
- 230000035772 mutation Effects 0.000 abstract 1
- 241000196324 Embryophyta Species 0.000 description 21
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 10
- 230000014509 gene expression Effects 0.000 description 9
- 238000004458 analytical method Methods 0.000 description 7
- 239000000463 material Substances 0.000 description 6
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 6
- 239000000835 fiber Substances 0.000 description 5
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 description 5
- YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N (+)-Biotin Chemical compound N1C(=O)N[C@@H]2[C@H](CCCCC(=O)O)SC[C@@H]21 YBJHBAHKTGYVGT-ZKWXMUAHSA-N 0.000 description 4
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 4
- 238000000692 Student's t-test Methods 0.000 description 4
- 238000010219 correlation analysis Methods 0.000 description 4
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 description 4
- 108091033409 CRISPR Proteins 0.000 description 3
- 238000001114 immunoprecipitation Methods 0.000 description 3
- 239000003550 marker Substances 0.000 description 3
- 230000009261 transgenic effect Effects 0.000 description 3
- 239000013598 vector Substances 0.000 description 3
- 108060001084 Luciferase Proteins 0.000 description 2
- 239000005089 Luciferase Substances 0.000 description 2
- 230000008901 benefit Effects 0.000 description 2
- 229960002685 biotin Drugs 0.000 description 2
- 235000020958 biotin Nutrition 0.000 description 2
- 239000011616 biotin Substances 0.000 description 2
- 210000004027 cell Anatomy 0.000 description 2
- 238000001514 detection method Methods 0.000 description 2
- 235000013399 edible fruits Nutrition 0.000 description 2
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 2
- 230000006870 function Effects 0.000 description 2
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 description 2
- 230000006872 improvement Effects 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 2
- 230000007935 neutral effect Effects 0.000 description 2
- 239000002773 nucleotide Substances 0.000 description 2
- 125000003729 nucleotide group Chemical group 0.000 description 2
- 210000001938 protoplast Anatomy 0.000 description 2
- 238000003762 quantitative reverse transcription PCR Methods 0.000 description 2
- 239000000523 sample Substances 0.000 description 2
- 230000009466 transformation Effects 0.000 description 2
- 108091032973 (ribonucleotides)n+m Proteins 0.000 description 1
- 229920000936 Agarose Polymers 0.000 description 1
- 241001136792 Alle Species 0.000 description 1
- 108700028369 Alleles Proteins 0.000 description 1
- 238000010354 CRISPR gene editing Methods 0.000 description 1
- 108010077544 Chromatin Proteins 0.000 description 1
- 240000004808 Saccharomyces cerevisiae Species 0.000 description 1
- 108091027544 Subgenomic mRNA Proteins 0.000 description 1
- 238000003556 assay Methods 0.000 description 1
- 238000004166 bioassay Methods 0.000 description 1
- 230000008827 biological function Effects 0.000 description 1
- 230000008859 change Effects 0.000 description 1
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 description 1
- 210000003483 chromatin Anatomy 0.000 description 1
- 238000010367 cloning Methods 0.000 description 1
- 208000022602 disease susceptibility Diseases 0.000 description 1
- 230000003828 downregulation Effects 0.000 description 1
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 description 1
- 230000007614 genetic variation Effects 0.000 description 1
- 238000003205 genotyping method Methods 0.000 description 1
- 238000003384 imaging method Methods 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 238000011835 investigation Methods 0.000 description 1
- 238000005259 measurement Methods 0.000 description 1
- 230000002018 overexpression Effects 0.000 description 1
- 102000054765 polymorphisms of proteins Human genes 0.000 description 1
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 1
- 230000008569 process Effects 0.000 description 1
- 230000001737 promoting effect Effects 0.000 description 1
- 230000006916 protein interaction Effects 0.000 description 1
- 238000009394 selective breeding Methods 0.000 description 1
- 230000003584 silencer Effects 0.000 description 1
- 238000009331 sowing Methods 0.000 description 1
- 238000007619 statistical method Methods 0.000 description 1
- 230000009897 systematic effect Effects 0.000 description 1
- 239000004753 textile Substances 0.000 description 1
- 230000010474 transient expression Effects 0.000 description 1
- 230000009105 vegetative growth Effects 0.000 description 1
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6888—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms
- C12Q1/6895—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for detection or identification of organisms for plants, fungi or algae
-
- A—HUMAN NECESSITIES
- A01—AGRICULTURE; FORESTRY; ANIMAL HUSBANDRY; HUNTING; TRAPPING; FISHING
- A01H—NEW PLANTS OR NON-TRANSGENIC PROCESSES FOR OBTAINING THEM; PLANT REPRODUCTION BY TISSUE CULTURE TECHNIQUES
- A01H1/00—Processes for modifying genotypes ; Plants characterised by associated natural traits
- A01H1/04—Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection
- A01H1/045—Processes of selection involving genotypic or phenotypic markers; Methods of using phenotypic markers for selection using molecular markers
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/13—Plant traits
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Botany (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Zoology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Immunology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Mycology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Developmental Biology & Embryology (AREA)
- Environmental Sciences (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用，属于植物学领域。此单体型导致株高出现多态性，本发明提供的与陆地棉花株高关联的单体型分子标记可以用于棉花株高性状的早期预测和筛选，还可以用于棉花株高分子标记辅助育种，本方法主要通过直接检测DNA，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可应用，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题。同时本研究发现***缺失变异强关联以及基因编辑验证等证明关键变异控制棉花株高，在棉花植株株型调控中发挥重要的作用，为棉花株型研究提供理论基础，有效拓宽棉花育种基因资源，为棉花育种提供优质的种质资源。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用。
背景技术
陆地棉在纺织业中具有重要的经济意义。以满足日益增长的纤维产量和全机械化的要求，培育具有理想株型的棉花是必不可少的。以前的全基因组关联研究(GWAS)已经确定与植株结构相关的数量性状位点(QTLs)，包括株高、果枝长度，和角度等。然而，遗传和分子陆地棉这些性状的主要基因座背后的机制仍然是未知的。
单体型(Haplotype)是位于一条染色体特定区域的一组相互关联，并倾向于以整体遗传给后代的单核苷酸多态的组合，又称单倍体型或单元型。同一染色体上的连锁不平衡的多个分子标记的情况即为单体型。SNPs位点并不是独立遗传的，而是在染色体上倾向于以一个整体遗传给后代，成组遗传的SNPs位点在一代又一代的遗传中绝少发生重组。于是，这样的一组SNPs位点类型也就是单体型(Morris R W , Kaplan N L . On theAdvantage of Haplotype Analysis in the Presence of MultipleDiseaseSusceptibility Alleles. Genetic Epidemiology, 2002, 23(3):221-233)，由于单体型包含着多个SNPs的遗传信息，许多研究表明，在与复杂性状的相关分析中，采用单体型比单个SNPs具有更好地统计分析效果 (Hoehe M R . Haplotypes and thesystematic analysis of genetic variation in genes and genomes.Pharmacogenomics,2003, 4(5):547-570.)，开发陆地棉中与纤维长度相关的单体型可以为陆地棉株型的改良提供快速简洁的检测手段，同时还可为株型的改良提供丰富的种质资源。
发明内容
本发明的目的是提供一种与陆地棉株高关联的单体型分子标记及其应用。
为达到上述目的，本发明采用的技术方案是：
一种与陆地棉株高相关的单体型，该单体型位于陆地棉A01号染色体上3.762-3.776Mb的区间，其中单体型区间中存在一个1133bp的***缺失，可将其命名为拥有A株型相关的单体型。
一种检测与陆地棉株高相关的单体型分子标记的方法，包括以下步骤：
（1）提供1对引物序列，上游引物序列均用F表示，下游引物序列用R表示，引物序列为F: CCACCGCAATGAATGGAGAT R: CCACAACCTCCATTCCCGAC；
（2）用步骤（1）中的一对引物序列对陆地棉进行扩增，若能扩增出长条带则说明此陆地棉拥有A株型相关的单体型，若能扩增出短条带则说明此陆地棉拥有B株型相关的单体型。
一种与陆地棉株高相关的单体型的应用，采用上述的引物序列，利用棉花不同组织部位的基因组DNA，用所述一对引物序列在棉花发育早期对此单体型进行筛选，进而预测棉花株高的差异。
进一步的，根据引物序列扩出片段的大小，通过全基因组筛选单体型，在不分析片段长度的条件下，可快速、规模化筛选或检测单体型。
本发明具有的优点是：本发明通过筛选出与陆地棉株型相关的单体型，将该单体型应用于棉花株型的辅助选择，可以尽快的提高我国棉花品种株型的利用；本发明提供的与陆地棉株型相关的单体型可以用于棉花株型的早期预测和筛选，还可以用于陆地棉株型的分子标记辅助选择育种，其直接以DNA的形式表现，在棉花的各个组织、各个发育阶段均可检测到，不受季节、环境限制、不存在表达与否等问题，表现为中性（标记表现为不受环境影响，不受发育时期以及不受表达等的影响就称为中性标记）。
附图说明
图1. GWAS与后选基因鉴定。a，植物高度GWAS的曼哈顿图。虚线表示GWAS的阈值(-log (P) = 7.35)。标记PH1的位置。b，棉花株高变化规律的调查(n = 16)。c，四个具有代表性的PH1和ph1基因的表型。比例尺= 30cm。d, PH1和ph1基因的GhPH1和Ghku表达比较。e,PH1位点的示意图显示了两个等位基因之间的基因模型和基因组差异。标记SNPPH1和PAVPH1的基因组位置。f, PH1与ph1株高比较。所有显著性均采用双尾学生t检验。
图2. 对照和Ghku-VIGS植株表型特征。a.对照(空载体，EV)和Ghku-VIGS (V1,V2, V3)植株茎尖Ghku表达量的RT-qPCR分析。以GhUBQ7为内对照(n = 3)。b.对照株(EV)和Ghku-VIGS (V1、V2、V3)株高。比例尺= 10厘米。c.对照(EV)和Ghku-VIGS植株株高测量。给出的值为平均值±SD (n≥10)。n表示无显著差异。数据为平均值±标准差。星号表示通过双尾学生t检验确定的显著差异。**、***、ns分别表示p<0.01、p<0.001，差异无统计学意义(a、c)。
图3. F2分离群体PH1位点的局部连锁不平衡(LD)和连锁检验。a, PH1中SNP的LD状态和基因模型。b、PH1和ph1访问Gh_A01G038000和Gh_A01G038300的表达比较。c, PH1与ph1杂交F2分离个体基因分型的PCR凝胶样品。d、在播后120 d和130 d两个阶段，对不同基因型亲本、F1和F2个体的株高进行比较。所有显著性均采用双尾学生t检验。
图4. GhGARF通过结合PAVPH1沉默子抑制GhPH1的表达调控植株高度。a，利用CRISPR/Cas9产生5个独立的PAVPH1突变体(PAVPH1#1至PAVPH1#5)。核苷酸缺失用破折号表示。sgRNA序列用浅阴影突出显示，PAM位点用深阴影突出显示。b, WT和PAVPH1基因敲除系(T3代)的表型。比例尺= 40厘米。c, WT和PAVPH1敲除株系株高测定(n≥5)，d-e, PAVPH1敲除株系主茎(d)和茎尖(e) GhPH1表达的RT-qPCR分析(n = 3)， f-g, WT和PAVPH1敲除株系铃数(f)和纤维长度(g)比较(n≥10)。h，酵母单杂交实验显示GhGARF与CATTTG基序结合，而不是突变的PAVPH1。i，瞬时表达实验显示GhGARF在棉花原生质体中抑制PAVPH1驱动的荧光素酶报告基因。在棉花原生质体中监测了荧光素酶的相对活性(n = 3)。j-k, EMSA显示GhGARF与含有CATTTG元件的PAVPH1片段直接结合。生物素标记的DNA片段与GST-GhGARF孵育，与不同浓度的完整或突变CATTTG基序的冷探针(没有生物素标记)竞争。i, GhPH1启动子(P4 ~P7)和PAVPH1启动子(P1 ~ P3)中的ChIP-qPCR片段。P2、P7底部对应条表示CATTTG基序。m-n,ChIP-qPCR检测使用GhGARF过表达系。Input、No-antibody (NA)和IP分别代表免疫沉淀前使用染色质制剂、H2O免疫沉淀和anti-Flag抗体免疫沉淀的PCR反应(n = 3)。数据为平均值±标准差。星号表示通过双尾Student 's t检验确定的显著差异。*、**、***、ns分别表示p<0.05、p<0.01、p<0.001，差异无统计学意义(c-g、i、m-n)。
图5是对两个A/B单体型材料进行克隆的电泳图。
具体实施方式
本申请发明人经过广泛而深入地研究，首次发现一种能够调控棉花株高/植物细胞长度的一个关键位点，该单体型位于陆地棉A01号染色体上3.73-3.82Mb的区间，其单体型区间中存在一个1133bp的***缺失。
一种检测与陆地棉株高相关的单体型分子标记的方法，包括以下步骤：
（1）提供1对引物序列，上游引物序列均用F表示，下游引物序列用R表示，引物序列为F: CCACCGCAATGAATGGAGAT R: CCACAACCTCCATTCCCGAC；
（2）用步骤（1）中的一对引物序列对陆地棉进行扩增（如图1中a），若能扩增出长条带则说明此陆地棉拥有A株型相关的单体型(PH1/PH1)，若能扩增出短条带则说明此陆地棉拥有B株型相关的单体型(PH1/ph1)。
一种与陆地棉株高相关的单体型的应用，采用上述的引物序列，利用棉花不同组织部位的基因组DNA，用所述一对引物序列在棉花发育早期对此单体型进行筛选，进而预测棉花株高的差异；根据引物序列扩出片段的大小，通过全基因组筛选单体型，在不分析片段长度的条件下，可快速、规模化筛选或检测单体型本研究表明，区间内存在关键基因或者关键位点。在种质资源群体中发现SNPPH1及PAVPH1存在强关联。本发明公开了棉花株型区间的功能与用途，尤其在调节棉花株型，改良棉花株型等性状方面具有积极作用，具有广泛的应用前景。
在对棉花株型的研究过程中，发明人克隆了PAVPH1。为了深入研究PAVPH1的生物学功能。发明人在棉花F2杂交群体中验证PAVPH1与棉花株型表型紧密连锁。其次发明人进行了棉花PAVPH1编辑分析，构建了Cas9的载体进行了棉花转化，并成功获取各个载体的多个转基因株系。对种植于温室转基因植物进行分析，发现在棉花体内敲除PAVPH1抑制棉花株高，说明PAVPH1在棉花株高过程中发挥关键的负调控作用。基因表达及各种分子生物学验证显示GhGARF通过结合PAVPH1以及GhPH1启动子进而调控下游基因GhPH1的表达。以上结果说明是PAVPH1作为调控棉花株高发育的重要调控元件，在促进棉花株型改良等方面具有巨大潜力和应用价值。
针对棉花PAVPH1的研究，发明人进行了如下研究：通过转基因遗传转化和蛋白互作实验，阐明了PAVPH1调控棉花株型发育的机理。本发明首次公开了PAVPH1的信息和用途，对于棉花株型改良具有重要应用价值。
本发明的PAVPH1可以是DNA形式或RNA形式。DNA形式包括基因组DNA或人工合成的DNA。基因组DNA可以是与示的序列相同或者是简并的变异体。
验证实验
关联群体纤维长度的测定：1245份棉花核心种质资源田间试验于2016年和2017年连续两年分别在河南安阳，河北石家庄，江苏大丰，湖南浏阳、新疆库车，阿拉尔，石河子棉花所，石河子农垦科学院，共8个试验点进行，试验设置2次重复，正常的大田栽培管理，在棉花营养生长期分别对每个单株取样、提取DNA，送到诺禾致远公司进行基因组重测序，在棉花吐絮盛期，收摘每个正常棉株中部内围第一、二果节上正常吐絮棉铃1～2个，共30个，轧花后，皮棉样品利用HVI1000进行纤维品质检测，数据采集参照棉花种质资源描述规范。 陆地棉纤维长度全基因组相关分析：对编号为1-630的材料和编号为631-1245的 材料及所有的 1 245份材料分别计算其最佳线性无偏预测 (Bes t Linea r Un biased Prediction,BLUP)作为性状值进行关联分析，随后，利用获得的BLUPs结合所得的基因型数据，对陆地棉纤维长度全基因组扫描(GWAS)定位，结果表明，编号为1-630的材料和编号为 631-1245的材料分开预测的效应位点与整合后的1245份材料预测的效应位点具有一致性，故而采用整合后的1245份材料的结果进行后续分析。
结果
对1245份棉花材料进行了2年、6个地点、12个自然环境的种植，并检测分析了这些品种的株高。通过IlluminaHiseq测序平台对这1245份棉花品种进行基因组重测序，获得高质量的cleandata数据量为41 .85Tb，平均每个样品的测序深度达10倍以上，通过GWAS 分析累计21个计算值(2年6个试验点共计12个环境；每个试验点的年间均值共计6个；6个试验点每年的育种值共计2个；所有12个环境的育种值记为1个，上述总计为21个计算值)获得至少在三个及以上环境中稳定出现的与陆地棉株高相关的位于A01染色体上的单体型。通过SNP标记和株高的关联分析，得到与株高相关的区间，随后对得到的相关区间进行分型，分型结果表明位于陆地棉A01号染色体上的区间与株高呈现出显著的正相关，初步将区间3.762-3.776Mb为目标区间，将这一区间作为与陆地棉株高相关的单体型。同时发现区间中存在一个1133bp的***缺失，引物名称及其信息如具体实施方式所示，用所设计引物以8个陆地棉A株型相关的单体型(PH1/PH1)和8个B株型相关的单体型(PH1/ph1)为模板，进行PCR，随后PCR产物用1.2％的琼脂糖，120V电压，电泳时间为20min，利用凝胶成像***拍照。
Claims (4)
1.一种与陆地棉株高相关的单体型，其特征在于：该单体型位于陆地棉A01号染色体上3.762-3.776Mb的区间，其中单体型区间中存在一个1133bp的***缺失。
2.一种检测与陆地棉株高相关的单体型分子标记的方法，其特征在于，包括以下步骤：
（1）提供1对引物序列，上游引物序列均用F表示，下游引物序列用R表示，引物序列为F:CCACCGCAATGAATGGAGAT R: CCACAACCTCCATTCCCGAC；
（2）用步骤（1）中的一对引物序列对陆地棉进行扩增，若能扩增出长条带则说明此陆地棉拥有A株型相关的单体型，若能扩增出短条带则说明此陆地棉拥有B株型相关的单体型。
3.一种与陆地棉株高相关的单体型的应用，其特征在于：采用权利要求2中所述的引物序列，利用棉花不同组织部位的基因组DNA，用所述一对引物序列在棉花发育早期对此单体型进行筛选，进而预测棉花株高的差异。
4.如权利要求3所述的与陆地棉株高相关的单体型的应用，其特征在于：根据引物序列扩出片段的大小，通过全基因组筛选单体型，在不分析片段长度的条件下，可快速、规模化筛选或检测单体型。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311326133.3A CN117248069A (zh) | 2023-10-13 | 2023-10-13 | 一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202311326133.3A CN117248069A (zh) | 2023-10-13 | 2023-10-13 | 一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN117248069A true CN117248069A (zh) | 2023-12-19 |
Family
ID=89129249
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202311326133.3A Pending CN117248069A (zh) | 2023-10-13 | 2023-10-13 | 一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN117248069A (zh) |
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN117701627A (zh) * | 2023-12-28 | 2024-03-15 | 河北省农林科学院棉花研究所（河北省农林科学院特种经济作物研究所） | 棉花GhTIFY11B基因在植物株型育种中的应用 |
-
2023
- 2023-10-13 CN CN202311326133.3A patent/CN117248069A/zh active Pending
Cited By (1)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN117701627A (zh) * | 2023-12-28 | 2024-03-15 | 河北省农林科学院棉花研究所（河北省农林科学院特种经济作物研究所） | 棉花GhTIFY11B基因在植物株型育种中的应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| CN112094935B (zh) | 鉴定棉花纤维比强度和马克隆值的snp分子标记及应用 | |
| CN107058338B (zh) | 一个棉花产量性状关联的乙烯响应转录因子基因 | |
| CN110117673A (zh) | 甘蓝型油菜矮杆性状位点的分子标记及其应用 | |
| Yang et al. | Methods for developing molecular markers | |
| CN117248069A (zh) | 一种与陆地棉株高相关的单体型及其应用 | |
| CN114959104A (zh) | 一组辅助选择改良烟草品种‘k326’叶宽性状的snp位点及对应kasp标记 | |
| CN112593005A (zh) | 甘蓝型油菜上卷叶位点的分子标记及其应用 | |
| Sabev et al. | Molecular markers and their application in cotton breeding: progress and future perspectives. | |
| Sarfraz et al. | GWAS mediated elucidation of heterosis for metric traits in cotton (Gossypium hirsutum L.) across multiple environments | |
| CN107190011B (zh) | 一个棉花品质性状关联的编码肌球蛋白的基因 | |
| CN115820671A (zh) | 一个棉花籽指性状关联的基因及应用 | |
| CN109609687B (zh) | 用于检测西瓜枯萎病抗性的kasp标记引物组合及其应用 | |
| CN108866233A (zh) | 用于鉴定桃树对南方根结线虫的抗病/感病性状的标记位点、引物对、试剂盒及应用 | |
| CN117965781A (zh) | 一种花生40K液相SNP芯片“PeanutGBTS40K”及其应用 | |
| CN117106967A (zh) | 水稻抗稻瘟病基因的功能性kasp分子标记及其应用 | |
| CN106701751A (zh) | 与小麦旗叶长QTL QFll．sicau‑4D紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN106755465A (zh) | 与小麦旗叶长QTL QFll.sicau‑2D紧密连锁的分子标记及应用 | |
| CN108118100B (zh) | 一种鉴定控制白菜叶片低温黄化性状形成的snp分子标记及其应用 | |
| CN110853711A (zh) | 一种预测烟草果糖含量的全基因组选择模型及其应用 | |
| CN115807011A (zh) | 一个同时改良棉花纤维长度、强度、伸长率的ropgef基因及其应用 | |
| CN108504769A (zh) | 一种与光周期敏感的白菜类作物开花时间紧密连锁的InDel分子标记及其应用 | |
| CN110241113B (zh) | 甘蓝型油菜闭花授粉位点的分子标记及其应用 | |
| Kadkhodaei et al. | Molecular tagging of agronomic traits using simple sequence repeats: Informative markers for almond ('Prunus dulcis') molecular breeding | |
| CN117248061B (zh) | 与大豆籽粒油分含量相关的InDel位点、分子标记、引物及其应用 | |
| CN112514790B (zh) | 水稻分子导航育种方法及应用 |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination |