CN1164769C - 四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法及装置 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法及装置，该方法是在传统的核酸杂交对的三维参数检测基础上引入一温度参数，利用镶嵌在杂交对上的双股链上荧光标记物的荧光强度随温度的升高，双股链的逐渐熔解的荧光强度变化曲线来获得杂交对的解链温度，利用该解链温度与标准核酸杂交对的解链温度进行比较而得出样品核苷酸单链的特征；其装置由一个其中装有基因芯片的透明玻璃盒构成，其内部装有温度传感器和热循环器；本发明的方法检测基因的特异性强、灵敏度高，且操作简便；本发明的装置结构简单、适于与各种类型的基因芯片配合使用，其成本低。

Description

四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法及装置
技术领域
本发明涉及一种基因检测技术，尤其是一种利用四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法及其装置(G01N33/50)。
背景技术
在1953年Watson和Crick等人提出了DNA的双螺旋结构模型的概念。他们指出：(1)DNA分子是由两条方向相反的平行多核苷酸链构成的，这两条链在化学上具有相反方向。(2)碱基成对有一定的规律：Chargaff等应用层析法对多种生物DNA的碱基组成进行分析，发现DNA中腺嘌呤数目(A)与胸腺嘧啶(T)的数目相等，胞嘧啶(C)的数目与鸟嘌呤(G)数目相等。因此，在DNA中有四种可能的碱基对：A-T、T-A、G-C、C-G。(3)两条链主要由碱基间的氢键相连：碱基对的平面穿过螺旋轴，约与螺旋轴垂直。AT间可形成两条氢键，GC间可形成三条氢键。同时，对于DNA双螺旋的结构稳定而言，还需借助疏水键的作用力。(4)由于四种碱基对都适合此模型，每条链可以有任意的碱基顺序，但由于碱基成对的规律性，如一条链的碱基顺序已确定，则另一条链必有相对应的碱基顺序。
由于DNA双螺旋结构主要靠氢键和疏水键维系，因此加热、酸碱、有机溶剂等凡是能破坏氢键和疏水键的因素都能引起变性，使DNA的双螺旋结构变为无规则线团。不同变性DNA片段之间，通过碱基互补配对进行的“复性”称为杂交。杂交不仅可以发生在DNA与DNA链间，也可在DNA与RNA链的同源序列之间进行。杂交过程中两条互补的单链DNA以非共价键方式形成双键杂合体。当其中一条链的序列已知时，通过检测杂交过程，就可以探明未知DNA样品中是否含有与已知序列互补的DNA存在。
基于上述原理已发展出了许多基因产品，其中基因传感器就是应用较多的技术。
近年来，国内外有关基因传感器也称DNA或核酸传感器的研究正成试国生物传感器技术的研究热点，基因传感器以其简易、快捷、价廉的独特优越性，在分子生物学、医学检验和环境监测等领域具有广泛的应用前景，除基因序列分析、基因突变、基因检测和诊断外，还涉及DNA与药物、蛋白质分子间相互作用的研究等。
当前，基因分析方法主要是在非均相体系中检测具体DNA的序列，比较常用的方法是核酸杂交法，核酸杂交是两条互补单链DNA以非共价键方式形成双键杂合体的过程，可以探明未知DNA样品中是否含有与已知序列互补的DNA存在，最常用的方法是在某个固体支持物上固定一段已知序列的基因，然后利用其在溶液中同与之互补的寡核苷酸进行杂交，从而实现液相中具体的DNA检测。
近年来，人们对通过杂交方法来检测液相中具体DNA序列的研究越来越深入，通过杂交法检测DNA序列有很重要的应用价值，主要应用在：临床基因诊断、法医学、食品、生物化学、环境保护等领域，而且基因的检测方法也因生物素、地高辛、荧光染料等非放射性标记物的应用而变得更加方便和安全，特别是多聚酶链反应PCR技术的应用，使得基因检测更加灵敏。
传统的DNA杂交反应都要求使用标记方法来检测杂交信号，这些方法允许原位检测，而且可以灵敏度很高。如：PCR技术的检测限能达到nmol/l；DNA计算机技术也提供了从大量混合体系中检测某一具体DNA序列的方法；由于短波荧光和共聚焦显微镜技术的应用，荧光标记法已经成为检测微量DNA非常灵敏的常用方法。目前现有的荧光标记法中，基因芯片(DNA芯片，或基因微阵列)装置都只包括XYZ三维参数，例如美国Affymetrix公司生产的基因芯片GeneChip。这些基因芯片通常将寡核苷酸DNA探针固定在玻璃片基上，寡核苷酸DNA探针的碱基排列组合和链的长度可以用XYZ三维参数表征。单链多核苷酸靶序列直接以荧光染料标记，然后与芯片阵列探针杂交形成双股链，用扫描仪检测芯片阵列荧光强度来获得样品信息。美国专利US-5,445,934和US-5,744,305揭示了利用光刻合成技术制造的含大量DNA检测位点的基因芯片装置，这些装置中，所有与固定在芯片上的寡核苷酸探针和其他DNA探针序列的杂交，都同时在同一温度进行。由于寡核苷酸探针的链长度和碱基组成(GC含量)不同，其解链温度(Tm)——即50％的探针与靶核酸链分离时的温度——也不同，因而最佳杂交温度必不相同。由于存在杂交温度不一致的缺点，所以结果的正确性无法保证，也无法鉴别单碱基错配。为了克服上述的局限性，美国专利US-6,238,868揭示了一种以电场为一自由参数的微芯片杂交阵列，加快了杂交的基本流程，但是，其制造复杂，成本很高，样品多核苷酸靶序列要用荧光标记或者同荧光标记的另一个报告探针相杂交，无法保证高通量全排列芯片结果的正确性，限制了阵列杂交的广泛应用。
目前，还有研究者开始利用非标记法来检测基因序列。研究较多的是DNA生物传感器***。这些基因传感器主要分为三类：一是光学基因传感器，又分为荧光光纤基因传感器、表面增强拉曼基因探针和表面等离子体共振基因传感器三类。二是电化学基因传感器。三是压电基因传感器。但这些传感器的特异性和敏感度仍有待提供。
发明的公开
本发明的目的是为了提供一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，该方法是基于传统的利用XYZ三维参数的检测核酸杂交对的基础上，引入一温度作第四维参数来扫描样核酸杂交对的荧光标记物随温度升高至解链温度时的荧光强度的变化而获得解链温度，通过与标准核酸杂交对的解链温度的比较来判定杂交样品核苷酸单链的特征，该方法简单、准确、灵敏度高、特异性强。
本发明的另一目的在于提供一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置，该装置的制造简单、成本低，即使基因的杂交温度不一致，也能保证高通量全排列芯片结果的正确性。
本发明的目的要通过如下措施来实现：
一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，包括下述步骤：
(1)将基因芯片置于一可调温装置内；
(2)将样品多核苷酸靶序列单链和含双股镶嵌式荧光染料反应液一起流入容置有基因芯片的可调温装置内，将该调温装置内的温度降至退火温度Th，使样品多核苷酸靶序列单链与基因芯片上的探针杂交形成核酸双股链；并由镶嵌在双股链的荧光染料标记；
(3)然后升高装置内的温度，其升温速度为0.001-1℃/秒，且每升高ΔT℃用扫描仪扫描一次基因芯片阵列的荧光强度F，直至100℃；其中ΔT℃为升温速度中的每秒升温的温度；当装置内温度升至核酸杂交双股链的解链温度Tm时，双股链解链，荧光染料扩散到溶液中使荧光强度讯速下降至零；由扫描仪扫描基因芯片上的每个探针，连续检测荧光强度得到双股链的熔解曲线的拐折点或衍生的导数熔解曲线，由上述曲线的峰中心获得双股链的解链温度Tm；将该解链温度Tm与已知配对正确的杂交双股链的解链温度进行比较即可检测与基因芯片的探针的进行杂交的样品多核苷酸序列单链的特征。
在上述(2)还包括一用不含荧光染料的、与退火温度同温的缓冲液洗去装置内多余的样品多核苷酸链和反应液的步骤。
所述的退火温度Th为4-89℃。
所述的解链温度Tm为8-100℃。
所述的升温速度为0.01-1℃/秒。
所述的含双股镶嵌式荧光染料反应液选自Molecular Probe公司生产的SYBR Green I反应液、SYBR Green II反应液、SYBR Gold中的一种。
本发明的另一目的可通过如下措施来实现：
一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置，包括可容置基因芯片的容器、基因芯片、温控热循环装置、及设在容器上的液体进口和液体出口；在可容置基因芯片的容器内放有基因芯片，容器与温控热循环装置相连。
所述的温控热循环装置包括温度传感器、热循环装置和温控装置；其中温度传感器与温控装置相连，温控装置与热循环装置相连。
本发明的目的还在于提供一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置的应用。
一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置用于DNA样品的检测和分离。
一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置用于RNA样品的检测和分离。
本发明相比现有技术具有如下优点：
1、本发明的方法是基于传统的利用XYZ三维参数的检测核酸对基础上，引入一温度作第四维参数来扫描核酸杂交对的荧光标记物随温度升高至解链温度时的荧光强度的变化而获得解链温度，通过与标准核酸杂交对的解链温度的比较来判定杂交样品核苷酸单链的特征，该方法简单、准确、灵敏度高、特异性强。
2、本发明引入了温度扫描方法，解决了由于芯片阵列探针杂交温度不一致性导致的结果是否正确的问题，对结果的阴阳判定给出了简单明确的标准。
3、本发明方法中的样品多核苷酸靶序列不用标记，也无需使用另一种荧光标记的报告探针，方便了操作。
4、本发明的装置结构简单，可以与多种商品化芯片配套使用，成本较低；即使基因的杂交温度不一致，也能保证高通量全排列芯片结果的正确性。
附图的简要说明
图1是本发明装置的结构示意图。
图2A是本发明的方法中的通过扫描基因芯片阵列探针点所得的熔解曲线(F～T)
图2B是本发明的方法中的通过扫描基因芯片阵列探针点所得的导数熔解曲线(dF/dT～T)
实现本发明的最佳方式
参照图1，为本发明的利用四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置，该装置9包括一个透明玻璃盒1、一块商品化的基因芯片2、一个温控热循环装置3和液体进口5和一个液体出口7。所述的温控热循环装置3包括温度传感器4、热循环装置8和温控装置6；所述的温控装置6为控温电脑；其中温度传感器4与温控装置6相连，温控装置6与热循环装置8相连。控温电脑6按照程序通过温度传感器4和热循环装置8来控制玻璃盒1内的反应液和基因芯片2的温度。
本发明的方法是将样品多核苷酸靶序列单链和含双股镶嵌式荧光染料SYBR Green I反应液一起流入玻璃反应室1，将反应室1的温度讯速降低至适当退火温度Th，Th的温度范围为4℃～89℃，然后用磷酸缓冲液洗去反应室1内多余的样品多核苷酸链和反应液。通过微型热循环装置8缓慢升高反应室1内体系温度，升温速度为0.01℃/秒，每升高0.01℃用扫描仪扫描一次基因芯片2阵列的荧光强度F，直到升温至100℃。只要退火温度Th足够低，样品核酸单链就与芯片2上探针形成双股链，高浓度的SYBR Green I染料会镶嵌在双股链中，受470～490nm光激发经能量传递会发出530nm的特征荧光，当温度升至双股链的解链温度Tm，解链温度Tm的范围为8℃～100℃，双股链解链，样品多核苷酸靶序列单链就会离开芯片2上相应探针，SYBR Green I染料也会扩散到溶液中使荧光强度讯速下降至零。由基因芯片2上的每个探针连续检测荧光强度得到的双股链的熔解曲线(F～T)(图2A)的曲折点或衍生的导数熔解曲线(dF/dT～T)(图2B)的峰中心可以获得解链温度Tm。图2A中，F为探针的荧光强度，T为温度，1为多核苷酸靶序列与探针的碱基有错配对时的熔解曲线，2为多核苷酸靶序列与探针的碱基完全配对时的熔解曲线。图2B中，dF/dT为探针的荧光强度对温度求导数值，T为温度，3为多核苷酸靶序列与探针的碱基有错配对时的熔解曲线，Tm为峰中心对应的温度值，既解链温度，4为多核苷酸靶序列与探针的碱基完全配对时的熔解曲线，Tmp为峰中心对应的温度值，既解链温度，也是探针的特征熔点温度。Tmp可以用与探针完全配对的多核苷酸靶序列标准品求得。只要实测的样品Tm小于Tmp，就可以判定多核苷酸靶序列与探针的碱基有错配对，因为其双链之间的结合力要小于多核苷酸靶序列与探针的碱基完全配对时双链之间的结合力。仅在实测的样品Tm等于Tmp时，才可判定多核苷酸靶序列与探针的碱基完全配对。
工业实用性
本发明可用于检测样品核苷酸中含有特定的碱基序列：
将样品核苷酸双链通过加热至94℃以上，将双链解链成单链(也可通过其它方法获得单链核苷酸样品)。再将单链核苷酸与反应液一起流入本发明的装置内，利用温度扫描方法测出在基因芯片上各个探针位置处的样品单链核苷酸与探针之间的解链温度Tm。如果探针与靶链的碱基完全配对，其双链间结合力最大，对应的解链温度Tm也最大，即等于探针的特征熔点温度Tmp。如果靶链与探针之间有一个(或二个以上)碱基错配，其双链间的结合力将减小，对应的解链温度Tm将小于Tmp。即判定芯片阵列探针的杂交结果正确性的标准是解链温度Tm等于探针的特征熔点温度Tmp。由此可以判定样品单链核苷酸中是否含有与基因芯片上各个探针序列相互补的特定碱基序列。
本发明可用于对样品核苷酸中不同碱基序列核苷酸之间的分离：
将单链核苷酸与反应液一起流入本发明的装置，先选用只含特征熔点温度Tmp单一种的探针芯片，利用温度扫描方法监测在基因芯片上各个探针位置处的样品单链核苷酸与探针之间的解链温度Tm。将解链温度Tm小于特征熔点温度Tmp时冲洗出的液体放弃，解链温度Tm等于或高于特征熔点温度Tmp时冲洗出的液体中只含有与探针序列相互补的特定碱基序列核苷酸。

Claims (10)

1、一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，包括下述步骤：
(1)将基因芯片置于一可调温装置内；
(2)将样品多核苷酸靶序列单链和含双股镶嵌式荧光染料反应液一起流入容置有基因芯片的可调温装置内，将该调温装置内的温度降至退火温度Th，使样品多核苷酸靶序列单链与基因芯片上的探针杂交形成核酸双股链；并由镶嵌在双股链的荧光染料标记；
(3)然后升高装置内的温度，其升温速度为0.001-1℃/秒，且每升高ΔT℃用扫描仪扫描一次基因芯片阵列的荧光强度F，直至100℃；当装置内温度升至核酸杂交双胶链的解链温度Tm时，双股链解链，荧光染料扩散到溶液中使荧光强度讯速下降至零；由扫描仪扫描基因芯片上的每个探针，连续检测荧光强度得到双股链的熔解曲线的拐折点或衍生的导数熔解曲线，由上述曲线的峰中心获得双股链的解链温度Tm；将该解链温度Tm与已知配对正确的杂交双股链的解链温度进行比较即可检测与基因芯片的探针的进行杂交的样品多核苷酸序列单链的特征。
2、如权利要求1所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，其特征在于在上述(2)还包括一用不含荧光染料的、与退火温度同温的缓冲液洗去装置内多余的样品多核苷酸链和反应液的步骤。
3、如权利要求1所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，其特征在于所述的退火温度Th为4-89℃。
4、如权利要求1所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，其特征在于所述的解链温度Tm为8-100℃。
5、如权利要求1所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，其特征在于所述的升温速度为0.01-1℃/秒。
6、如权利要求1所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的方法，其特征在于所述的含双股镶嵌式荧光染料反应液选自Molecular Probe公司生产的SYBR Green I反应液、SYBR Green II反应液、SYBR Gold中的一种。
7、一种四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置，包括可容置基因芯片的容器(1)、基因芯片(2)、温控热循环装置(3)、及设在容器上的液体进口(5)和液体出口(7)；其特征在于在可容置基因芯片的容器(1)内放有基因芯片(2)，容器(1)与温控热循环装置(3)相连。
8、如权利要求7所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置，其特征在于所述的温控热循环装置(3)包括温度传感器(4)、热循环装置(8)和温控装置(6)；其中温度传感器(4)与温控装置(6)相连，温控装置(6)与热循环装置(8)相连。
9、一种权利要求7所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置用于DNA样品的检测和分离。
10、一种权利要求7所述的四维参数检测基因芯片上核酸杂交对的装置用于RNA样品的检测和分离。
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Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102149474B (zh) * 2008-08-01 2014-12-24 艾本德股份有限公司 带有测试器件的调温设备和用于测试调温设备的方法

Families Citing this family (21)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US8367324B2 (en) * 2003-11-17 2013-02-05 Canon Kabushiki Kaisha Method for judging change in probe-bearing substrate, probe-bearing substrate and detecting apparatus
GB0419325D0 (en) * 2004-09-01 2004-09-29 Perkinelmer Ltd A method of analysing a sample including fluorescent labels and apparatus therefor
JP2007010413A (ja) * 2005-06-29 2007-01-18 Canon Inc 核酸ハイブリッドの融点測定方法及びそのための装置
JP2007054048A (ja) * 2005-07-27 2007-03-08 Sony Corp ハイブリダイゼーション検出方法
US11001881B2 (en) 2006-08-24 2021-05-11 California Institute Of Technology Methods for detecting analytes
WO2008014485A2 (en) 2006-07-28 2008-01-31 California Institute Of Technology Multiplex q-pcr arrays
US11525156B2 (en) 2006-07-28 2022-12-13 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
US11560588B2 (en) 2006-08-24 2023-01-24 California Institute Of Technology Multiplex Q-PCR arrays
KR20110117208A (ko) * 2007-01-10 2011-10-26 아크레이 가부시키가이샤 광학 검출 장치의 성능 확인 방법 및 그것에 이용하는 표준 시약
US7906316B2 (en) * 2007-07-05 2011-03-15 The Johns Hopkins University Apparatus for detecting molecules
DE102007055386B4 (de) 2007-11-20 2015-07-16 Boehringer Ingelheim Vetmedica Gmbh Verfahren zur Kalibrierung eines Sensorelements
KR20100025328A (ko) 2008-08-27 2010-03-09 삼성전자주식회사 이중가닥 영역과 말단 단일가닥 영역을 포함하는 이중가닥 핵산 프로브가 고정된 마이크로어레이를 제조하는 방법
JP5703377B2 (ja) 2011-06-24 2015-04-15 株式会社日立ハイテクノロジーズ 核酸増幅装置及び核酸分析装置
US9708647B2 (en) 2015-03-23 2017-07-18 Insilixa, Inc. Multiplexed analysis of nucleic acid hybridization thermodynamics using integrated arrays
US9499861B1 (en) 2015-09-10 2016-11-22 Insilixa, Inc. Methods and systems for multiplex quantitative nucleic acid amplification
WO2017155858A1 (en) 2016-03-07 2017-09-14 Insilixa, Inc. Nucleic acid sequence identification using solid-phase cyclic single base extension
US10712308B2 (en) 2016-06-03 2020-07-14 International Business Machines Corporation Biosensor for electrical detection of a nucleotide sequence
US10718758B2 (en) 2016-06-03 2020-07-21 International Business Machines Corporation Biosensor for optical detection of nucleotide sequence
US10373704B2 (en) 2016-06-03 2019-08-06 International Business Machines Corporation Reduction of surface nucleotide hybridization by optimizing a biosensor sensing surface area
CN111108217A (zh) * 2017-09-29 2020-05-05 勃林格殷格翰维特梅迪卡有限公司 用于测试样品的传感器装置和方法
JP2022525322A (ja) 2019-03-14 2022-05-12 インシリクサ， インコーポレイテッド 時間ゲート蛍光ベースの検出のための方法およびシステム

Family Cites Families (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US5744101A (en) 1989-06-07 1998-04-28 Affymax Technologies N.V. Photolabile nucleoside protecting groups
US5143854A (en) 1989-06-07 1992-09-01 Affymax Technologies N.V. Large scale photolithographic solid phase synthesis of polypeptides and receptor binding screening thereof
US5681575A (en) 1992-05-19 1997-10-28 Westaim Technologies Inc. Anti-microbial coating for medical devices
US6114122A (en) * 1996-03-26 2000-09-05 Affymetrix, Inc. Fluidics station with a mounting system and method of using
GB9821989D0 (en) * 1998-10-08 1998-12-02 Hybaid Ltd Detection of nucleic acid polymorphism
CA2304260C (en) * 1999-04-20 2009-03-24 Japan Bioindustry Association Method for determining a concentration of target nucleic acid molecules, nucleic acid probes for the method and method for analyzing data obtained by the method
CN1284568A (zh) * 1999-08-13 2001-02-21 杨梦甦 利用白细胞分化抗原(cd)基因芯片的检测疾病的方法
CN1109761C (zh) * 1999-11-04 2003-05-28 徐社会 三维立体基因芯片及其制造方法
US6506568B2 (en) * 2000-02-10 2003-01-14 The Penn State Research Foundation Method of analyzing single nucleotide polymorphisms using melting curve and restriction endonuclease digestion
DE10027040A1 (de) * 2000-06-02 2001-12-06 Basf Lynx Bioscience Ag Verfahren zur Herstellung von DNA-Arrays

Cited By (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN102149474B (zh) * 2008-08-01 2014-12-24 艾本德股份有限公司 带有测试器件的调温设备和用于测试调温设备的方法

Also Published As

Publication number Publication date
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