CN115011720B - 用于构建橡胶树品种dna指纹图谱的snp分子标记组合及应用和方法 - Google Patents

用于构建橡胶树品种dna指纹图谱的snp分子标记组合及应用和方法 Download PDF

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Abstract

本发明公开了一种用于构建橡胶树品种DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用和方法。本发明筛选的50个SNP分子标记特异性、灵敏度和分辨力高，该SNP分子标记不受环境条件影响，且检测结果准确、重复性和稳定性好，能够全面揭示橡胶树遗传多样性真实水平利用；利用该套SNP标记组合建立DNA指纹图谱库，可以对橡胶树品种进行聚类分析和品种鉴定，使得检测结果更精准、高效，为橡胶树资源保护利用提供理论依据，首次有效区分出橡胶树66个品种，本发明对育成品种的区分率可达100％。利用本发明的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。

Description

用于构建橡胶树品种DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用 和方法
技术领域
本发明属于橡胶树品种分子生物技术领域，尤其涉及一种用于构建橡胶树品种DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用和方法。
背景技术
橡胶树原产巴西亚马逊河流域，是热带地区重要的经济作物，其生产的天然橡胶是我国重要的战略资源，在军事、航空航天、海洋工程、轨道交通等领域具有不可替代的作用。橡胶树自1904年引种至中国以来，迄今国内保存的橡胶树栽培品种、野生种质、以及同属种质材料5个种、1个变种共计6165份种质材料。长期以来，橡胶树品种资源鉴定一直以形态性状鉴定为主要依据，这种经典的、常规鉴定方法一般要在橡胶树开花后才能完成其鉴定过程。然而，橡胶树属多年生异花授粉高大乔木，一般在定植后5-6年才能开花结果，具有有性世代周期长，品种高度杂合等不利因素，导致其性状鉴定过程中不仅鉴定周期较长，而且其农艺性状易受环境条件和栽培管理措施的影响。此外，传统的鉴定方法对于一些性状差异较小、亲缘关系较近品种的鉴定十分困难，给橡胶树种质资源和品种鉴定带来了诸多不便。因此，亟需准确的分子标记方法来对橡胶树种质资源和品种进行鉴定。
分子标记分析方法均以DNA的多态性为基础，如RFLP、RAPD、AFLP、ISSR、SSR、以及SNP标记等，它们均能产生具有高度个体特异性的DNA指纹图谱。早期RFLP、RAPD、AFLP分子标记技术曾被应用到多个物种的DNA指纹图谱建库上，但以上几个标记技术在使用中经常出现稳定性差、多态性低、以及数据整合困难等问题未能被广泛应用。因此，国际新品种保护联盟建议SSR和SNP作为首选的DNA指纹标记技术。由于SNP标记具有覆盖全基因组、高通量、位点特异、共显性遗传、误检率低、开发和检测成本急剧降低、数据易整合等优点，将成为未来基因型鉴定的主要标记类型。
随着二代测序技术的发展，测序通量呈现指数增长趋势，而测序成本则急剧降低，为全基因组水平SNP标记的检测提供了强有力的技术支持。每个物种上存在丰富的SNP，如何根据不同鉴定目标，制定SNP位点筛选原则、位点数目、位点组合、判定阈值等成为筛选SNP构建指纹图谱的关键。本发明基于橡胶树重测序获得的SNP，通过SNP测序质量的控制、SNP位点质量控制、SNP筛选的判定阈值设定等，以获得标准化的SNP构建指纹图谱的流程，用来建立橡胶树的分子身份证。目前，还没有建立起完整的橡胶树品种指纹图谱库从而鉴别品种的报道。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种用于构建橡胶树DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用和方法。以解决现有技术中使用RAPD、ISSR等共显性DNA标记，重复性差、多态性低的问题；本发明的另一目的是提供橡胶树核基因组SNP分子标记的多态性引物在橡胶树品种鉴定、遗传结构和资源遗传多样性分析中的应用，从而为从分子水平鉴定橡胶树种质资源和栽培品种提供依据。
本发明的第一个方面是提供一种用于构建橡胶树DNA指纹图谱的SNP分子标记组合，所述SNP分子标记组合包括LG01_54721919、和/或LG01_96036745、和/或LG02_214754、和/或LG02_8025843、和/或LG02_57849162、和/或LG03_40084932、和/或LG03_57340517、和/或LG03_96006922、和/或LG03_104230492、和/或LG04_224562、和/或LG04_16174898、和/或LG04_33465133、和/或LG04_71146652、和/或LG04_80306944、和/或LG04_96013598、和/或LG05_56475、和/或LG05_16004126、和/或LG05_88010730、和/或LG06_32377524、和/或LG07_8072524、和/或LG07_32411839、和/或LG07_57540924、和/或LG07_72003724、和/或LG07_80004402、和/或LG08_8000585、和/或LG08_28146509、和/或LG08_35232681、和/或LG08_48608369、和/或LG09_8012416、和/或LG09_16001432、和/或LG09_46132314、和/或LG09_50708986、和/或LG09_64555870、和/或LG10_34723841、和/或LG11_54415、和/或LG11_8139610、和/或LG11_34802586、和/或LG12_284283、和/或LG12_32322540、和/或LG12_40522222、和/或LG13_32072502、和/或LG13_40000353、和/或LG14_605466、和/或LG14_33209388、和/或LG14_56176655、和/或LG15_32001166、和/或LG15_24017141、和/或LG17_24096219、和/或LG17_32001525、和/或LG18_10766；
上表中，“Sequence”为SNP分子标记的核苷酸序列；“[]”标注的为SNP分子标记位点位置，其中的碱基为该位点的多态性。
应当理解的是，在实际应用时，本领域技术人员可根据实际情况来选择合适所述的SNP分子标记进行应用。比如，实际已知待测橡胶树为海垦1或RRIM623，那么可用于鉴定的SNP分子标记可选择LG01_96036745、LG03_104230492、LG04_16174898、LG04_33465133、LG04_71146652、LG04_96013598、LG07_57540924、LG07_72003724、LG09_50708986、LG09_64555870、LG11_54415、LG11_34802586、LG14_33209388、LG18_10766等(参照下文表5)中的一种即可，也可以选择两种或两种以上进行多重验证鉴定。又比如，实际已知待测橡胶树为海垦1、RRIM623或大丰95，也可以只采用一种SNP分子标记即可，如LG03_104230492、LG04_33465133、LG11_34802586、LG15_32001166等(参照下文表5)，当然也可以采用两种以上的SNP分子标记。当已知待测橡胶树为四种或四种以上橡胶树中的一种时，本领域技术人员也可以参照下文中的表5，选择适当的SNP分子标记来进行鉴定。当待测橡胶树完全未知时，本领域技术人员也可以将上述SNP分子标记分批次来进行鉴定。
优选地，所述SNP分子标记组合包括LG01_54721919、LG01_96036745、LG02_214754、LG02_8025843、LG02_57849162、LG03_40084932、LG03_57340517、LG03_96006922、LG03_104230492、LG04_224562、LG04_16174898、LG04_33465133、LG04_71146652、LG04_80306944、LG04_96013598、LG05_56475、LG05_16004126、LG05_88010730、LG06_32377524、LG07_8072524、LG07_32411839、LG07_57540924、LG07_72003724、LG07_80004402、LG08_8000585、LG08_28146509、LG08_35232681、LG08_48608369、LG09_8012416、LG09_16001432、LG09_46132314、LG09_50708986、LG09_64555870、LG10_34723841、LG11_54415、LG11_8139610、LG11_34802586、LG12_284283、LG12_32322540、LG12_40522222、LG13_32072502、LG13_40000353、LG14_605466、LG14_33209388、LG14_56176655、LG15_32001166、LG15_24017141、LG17_24096219、LG17_32001525和LG18_10766中的至少两种。
优选地，所述SNP分子标记组合至少包括LG03_104230492、LG02_8025843、LG01_54721919、LG15_32001166、LG07_72003724、LG05_88010730和LG02_214754。
优选地，所述SNP分子标记组合包括LG01_54721919、LG01_96036745、LG02_214754、LG02_8025843、LG02_57849162、LG03_40084932、LG03_57340517、LG03_96006922、LG03_104230492、LG04_224562、LG04_16174898、LG04_33465133、LG04_71146652、LG04_80306944、LG04_96013598、LG05_56475、LG05_16004126、LG05_88010730、LG06_32377524、LG07_8072524、LG07_32411839、LG07_57540924、LG07_72003724、LG07_80004402、LG08_8000585、LG08_28146509、LG08_35232681、LG08_48608369、LG09_8012416、LG09_16001432、LG09_46132314、LG09_50708986、LG09_64555870、LG10_34723841、LG11_54415、LG11_8139610、LG11_34802586、LG12_284283、LG12_32322540、LG12_40522222、LG13_32072502、LG13_40000353、LG14_605466、LG14_33209388、LG14_56176655、LG15_32001166、LG15_24017141、LG17_24096219、LG17_32001525和LG18_10766。
本发明的第二个方面是提供用于扩增如本发明第一个方面所述的SNP分子标记组合的引物组。
优选地，各个SNP分子标记的引物对如下文中表3所示。
本发明的第三个方面是提供含有本发明第二个方面所述的引物组的试剂盒或基因芯片。
本发明的第四个方面是提供本发明第一个方面所述的SNP分子标记组合、或者本发明第二个方面所述的引物组、或者本发明第三个方面所述的试剂盒或基因芯片在橡胶树品种群体遗传结构、和/或橡胶树资源遗传多样性分析、和/或橡胶树品种鉴定、和/或构建橡胶树DNA指纹图谱中的应用。
本发明的第五个方面是提供一种橡胶树品种DNA指纹库的构建方法：提取各个橡胶树品种的总DNA；采用本发明第二个方面所述的SNP分子标记的引物组进行扩增；利用本发明第一个方面所述的SNP分子标记组合进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果对各个橡胶树品种进行基因分型，从而构建橡胶树品种DNA指纹库；其中，所述橡胶树品种为下文表2所述的橡胶树品种。
优选地，应用SNaPshot方法进行SNP位点多态性检测，进行橡胶树品种鉴定、群体遗传结构和遗传多样性分析。
优选地，所述SNP分子标记组合至少包括'LG03_104230492、LG02_8025843、LG01_54721919、LG15_32001166、LG07_72003724、LG05_88010730和LG02_214754。
优选地，所述SNP分子标记组合包括LG01_54721919、LG01_96036745、LG02_214754、LG02_8025843、LG02_57849162、LG03_40084932、LG03_57340517、LG03_96006922、LG03_104230492、LG04_224562、LG04_16174898、LG04_33465133、LG04_71146652、LG04_80306944、LG04_96013598、LG05_56475、LG05_16004126、LG05_88010730、LG06_32377524、LG07_8072524、LG07_32411839、LG07_57540924、LG07_72003724、LG07_80004402、LG08_8000585、LG08_28146509、LG08_35232681、LG08_48608369、LG09_8012416、LG09_16001432、LG09_46132314、LG09_50708986、LG09_64555870、LG10_34723841、LG11_54415、LG11_8139610、LG11_34802586、LG12_284283、LG12_32322540、LG12_40522222、LG13_32072502、LG13_40000353、LG14_605466、LG14_33209388、LG14_56176655、LG15_32001166、LG15_24017141、LG17_24096219、LG17_32001525和LG18_10766。
本发明的第六个方面是提供采用本发明第五个方面所述的构建方法所构建的橡胶树品种DNA指纹库。
本发明的第七个方面是提供一种橡胶树品种的鉴定方法，其特征在于，采用本发明第二个方面所述的引物组对待测样品的总DNA进行PCR扩增，然后进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果确定SNP分子标记的基因分型，再与本发明第六个方面所述的橡胶树品种DNA指纹库中的基因分型进行比对。
优选地，应用SNaPshot方法进行SNP位点多态性检测。
本发明的有益效果：
本发明筛选的50个SNP分子标记特异性、灵敏度和分辨力高，该SNP分子标记不受环境条件影响，且检测结果准确、重复性和稳定性好，能够全面揭示橡胶树遗传多样性真实水平利用；利用该套SNP标记组合建立DNA指纹图谱库，可以对橡胶树品种进行聚类分析和品种鉴定，使得检测结果更精准、高效，为橡胶树资源保护利用提供理论依据，首次有效区分出橡胶树66个品种，本发明对育成品种的区分率可达100％。利用本发明的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。
附图说明
图1为本发明实施例2中部分样品扩增产物的分型检测结果示例图；
图2为本发明实施例2基于SNP的橡胶树品种的UPGAM法聚类分析图
图3为本发明实施例2核心SNP对橡胶树品种的识别率。
具体实施方式
下面参照附图，结合具体的实施例对本发明作进一步的说明，以更好地理解本发明。实施例中未注明具体技术或条件者，按照本领域内的文献所描述的技术或条件或者按照产品说明书进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者，均为可以通过市购获得的常规产品。
实施例1：橡胶树SNP位点的筛选与确定
以9个橡胶树品种PR107、GT1、IAN873、RRIM600、93-114、云研77-4、热研7-33-97、热研8-79、热垦628为样本，进行基因组重测序。具体操作参照“Du,H.,Yang,J.,Chen,B.etal.Target sequencing reveals genetic diversity,population structure,core-SNPmarkers,and fruit shape-associated loci in pepper varieties.BMC Plant Biol19,578(2019)”。
基于橡胶树基因组重测序数据，与橡胶树参考基因组(https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genome/？term＝rubber+tree)比对，挖掘SNP位点，根据以下原则进行SNP标记候选位点的筛选分析：(a)最小等位基因频率MAF>0.4；(b)缺失率<0.2；(c)杂合度<0.2；(d)上下游200bp无序列变异；(e)两等位基因位点；(f)染色体分布情况清晰；(g)在基因组上均匀分布。
从上述9个代表品种的基因组重测序数据中，最终筛选出50个高质量、单拷贝、高多态性的SNP标记，用于不同来源的橡胶树品种鉴定、群体遗传结构和橡胶树资源遗传多样性分析。50个SNP分子标记的序列信息如表1所示。
表1：
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上表中，“Sequence”为SNP分子标记所在的核苷酸序列；“[]”标注的为SNP分子标记位点位置，其中的碱基为该位点的多态性。
实施例2：橡胶树SNP标记的测序验证与应用
1供试材料
供试材料来源于中国热带农业科学院橡胶研究所国家橡胶树种质资源圃，选取66个橡胶树品种(表2)，每个品种分别采集3株不同植株的叶片，经液氮速冻于-80℃冰箱保存，用于提取橡胶树叶片DNA。
表2 66个橡胶树品种的信息
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2橡胶树总DNA提取与检测
参照CTAB法提取所述各个橡胶树品种的叶片总DNA，后用琼脂糖凝胶电泳和分光光度计检测各品种的总DNA质量，以确保所提取的各个橡胶树品种总DNA完整性好，且A260/A280比值在1.6-2.0之间。
3 SNP引物设计与筛选
根据上述筛选的50个SNP分子标记位点序列信息，使用引物设计软件PrimerPlex2设计PCR反应引物，设计了167对SNP引物，经筛选后共得到50对特异性较好且多态性较高的SNP扩增引物，具体见表3。并使用引物设计软件Primer3plus设计单碱基延伸引物，具体见表4。
表3扩增引物
表4延伸引物
/>
表中，延伸引物中，大写是特异序列，与SNP区域进行结合；小写是加长序列，保证一个反应中的多个分型能够准确判读；方向代表测序方向。
4分型实验
4.1 PCR扩增反应
以前述提取获得的66个橡胶树品种的基因组DNA为模版，利用表3的引物，扩增出含SNP位点的核苷酸片段：在1.5mLEP管中配置PCR master mix，并振荡低速离心。选用8道移液器，在384孔板的每个加样孔中加入9μl PCR master mix，最后加入1μl模板DNA(20ng/uL)混匀，小心盖上384孔封板膜，并压牢每个孔，防止PCR程序时出现蒸发。1000rpm离心1min。
PCR扩增体系为：2×Taq PCR Master Mix 5.0μl、基因组DNA(～20ng)1.0μl、上下游引物的混合物(浓度10pmol/uL，上下游引物的比例为1:1)1.0μl、dd H2O 3.0μl，体系的总体积为10μL。
PCR扩增程序为：94℃预变性5min；94℃变性20s，60℃退火30s，72℃延伸30s，共35个循环；72℃终延伸3min；16℃1min；4℃保存。
4.2产物碱性磷酸酶处理
在PCR反应结束后，将PCR产物用SAP(shrimp alkaline phosphatase,虾碱性磷酸酶)处理，以去除体系中游离的dNTPs。在新1.5mLEP管中配制碱性磷酸酶处理反应液，SAPMix反应组分如下：ddH20 0.75μl，SAP(1U/uL)0.5μl，ExoI(5U/uL)0.15μl，10*SAP buffer0.6μl，PCR产物4.0μl。接着将SAP mix反应组分加入384孔PCR反应板，移液完成后，小心盖上384孔封板膜，并压牢每个孔，防止PCR程序时出现蒸发。最后离心后将384孔反应板放置于PCR仪上，启动SAP反应程序。SAP反应程序如下：37℃40min；85℃15min；4℃保存。
4.3单碱基延伸反应
在碱性磷酸酶处理结束后，进行单碱基延伸反应，反应体系为：SNaPshot Mix 0.5μl，Pooled PCR Products 3.0μl，Pooled Primers(表4)1.0μl，ddH2O 0.5μl。将反应体系加入384孔PCR反应板，移液完成后，小心盖上384孔封板膜，并压牢每个孔，防止PCR程序时出现蒸发等现象，离心后进行延伸反应程序。延伸反应程序为：95℃预变性30s；95℃变性5s，52℃退火5s，60℃延伸5s，共35个循环；72℃终延伸3min；16℃1min。
4.4上机
取2uL SNaPshot反应产物加入到8μl含有0.8％LIZ120的去离子甲酰胺中，95℃变性5分钟，然后放-20℃骤冷，然后上3730XL测序。
5引物优化调整
从ABI 3730xl仪器上导出.fsa格式原始数据，按检测反应进行分类归档后，分别导入到GeneMarker分析软件中，进行基因型数据的读取。根据各位点信号值与出峰情况，对各位点引物比例进行调整，保证各位点信号值与出峰情况基本一致。
6结果质控与分析
对正式实验结果进行分析，按样本、位点情况进行统计，得到样本各位点的分型结果，导出各反应结果的PDF图。部分样品扩增产物的分型检测结果示例如图1所示。根据结果信息进行参数分析，得出详细的分型结果，66个橡胶树品种的50个SNP位点的基因型如表5-9所示。
表5 66个橡胶树品种在50个SNP位点的基因型(1)
/>
表6 66个橡胶树品种在50个SNP位点的基因型(2)
/>
表7 66个橡胶树品种在50个SNP位点的基因型(3)
/>
表8 66个橡胶树品种在50个SNP位点的基因型(4)
/>
/>
表9 66个橡胶树品种在50个SNP位点的基因型(5)
/>
根据样本间Nei氏遗传距离，使用phangorn R包进行非加权组平均法构建***发育树。对66个橡胶树品种进行UPGAM法聚类分析，结果显示一些亲缘关系较近的品系聚为一簇(如图3所示)，如高产品系热研879、热研8-333、热研87-4-26聚为一簇；抗寒品系云研77-2、云研77-4、GT1聚为一簇，表明50个SNP标记能实现对66份橡胶树品种的区分。
本发明首次区分了66个橡胶树品种，对育成品种的区分率可达100％。这说明，利用本发明的单核苷酸标记位点进行检测具有简单、快速、成本低的优点，能够实现生产中大规模的应用。
为了进一步筛选核心SNP分子标记位点，从上述50个SNP分子标记的位点中选择不同数量、不同组合的位点对66个品种进行区分，统计不同数量、不同组合的位点对于66个橡胶树品种的区分率，以位点数量为横轴，以该位点数量下，不同位点组合的最大的区分率为纵轴作图，如图3所示。从图3可以看出，位点数量为7的时候，对66个品种的区分率可以达到100％。达到100％区分率的SNP分子标记组合为：LG03_104230492、LG02_8025843、LG01_54721919、LG15_32001166、LG07_72003724、LG05_88010730和LG02_214754。
以上对本发明的具体实施例进行了详细描述，但其只是作为范例，本发明并不限制于以上描述的具体实施例。对于本领域技术人员而言，任何对本发明进行的等同修改和替代也都在本发明的范畴之中。因此，在不脱离本发明的精神和范围下所作的均等变换和修改，都应涵盖在本发明的范围内。
序列表
<110> 中国热带农业科学院橡胶研究所
<120> 用于构建橡胶树品种DNA指纹图谱的SNP分子标记组合及应用和方法
<160> 150
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 1
aatccaaaaa aattggacca ttgaatttga accaaatcga acccgatcta ggacctgaac 60
tagattgaaa ccttggaggg ttcatggttt tgattctagt tcacccttta gatgaacaaa 120
aactggtggt tctgggccgc ttaaaactag aaccggattg gtggctgggc tttgggctag 180
gcatatgtgg tttgcaaaca aactaatggt aaaaaaataa aaataaaaaa aaaaaaaaag 240
atactaaaag agtgaaaagt agggaagggg ggaatcttgg gaattgctct aaatatagac 300
cgctaataat tgtttggtcc attatgtttc tttccatctc ttatgctttt tcgtacaagt 360
aatattgtgg atcaacaaat ttgtgattca tttggataaa tttcacccat ggtacctaaa 420
cttagggcat tataagtagt tctttggaga agttgttatc atataactga aacaccttca 480
aattattcaa tttctaattc cctcaagtag tttcccttat atttgattca aagatatatc 540
aacttccagt aagaaagtga ggtttgcaag ctctggtagg atctccctag tcaaattgtt 600
g 601
<210> 2
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 2
aaatggtaat tgggattgcc ctaacagaag aaaagctcaa agctttaaaa gaaatagaca 60
aagagcagca acaagaagaa ggagaagggg aggcagagga agaacaagtg gttgagaaaa 120
gtggaggaga gagagaggga tttatagaga gagaagagga gggtaccatg atggcggtta 180
gtacaaatat agtagggggc gagggatgag ctgggtttgc tgatagatta atagttgtgt 240
aagaaaagga gaaagggagg gaattgaaat tggattaaag gaatcttaat tcctgaatgg 300
cacaatgaca aaggatattc ttcccaaata agcatccaga gaaacacccg agtatatgct 360
tctaaccaag cttgcagact ctgatcgctt ttactggttt tttgaaaata aaaaaataaa 420
taaatatatc gattgtgaac ctgtcactaa ttacagttga ctttttttta ttattgtata 480
tgagctaaaa ccattgataa gttgagtcaa ttttcttgtg ttctggagcg cctttttttt 540
ttttttataa ttagtgatgt tggtgaagcc tcaaatgact ttcatgtaga caggatgatt 600
a 601
<210> 3
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 3
aaaaaaccta ctatattaaa aattcttttg aaagtaagca aaattttttg tctaatattg 60
tttggctagg gaatttttgg agtttatcaa ggtgcaagta accatgaaga attgcacaac 120
ttgatgaagg caacagttat gattcgcaga cttaaaaagg atgttctttc tgaacttcct 180
gtaaagcgtc gacagcaagt aaatactcta tttggttcta atatttgctg gttggatttc 240
agcaggtgtt tgtgctttgc gcatgctact agcgaacata atatatatat gctgtgaaat 300
agctgaatag tatagccatt aattatcaga gacatcaaaa taattttcaa atgctagaca 360
ttatttttta agcccccttc gggatgtgtt ttgcagtcca gctccttgag atctatgatg 420
gactggcttt gtacagttcc tttggcatta aatagctatc tactggaaaa attctcatgg 480
ggactggcaa aaattttcct aagtagtatt tttggatttt gtcatactgt agcatgcagt 540
caactgcatg aatgtttgct atcatcttta acttaacact gaaaaatgct tgtcttgtat 600
g 601
<210> 4
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 4
aaaaaaaacc taacgatata taatataact ttatttagac tatataattt attataaaaa 60
ttaaaataaa aaagtttaaa agagggattt agtttaagag attaatcaaa taaaataatt 120
atatatttag gggacggcat gcctgcctac gtaatcttat aatgaaaaga aaaatgtgga 180
gaaagaccct tgaagaacga acaattgctc atatgaggtc cacgtgcatt acatattaaa 240
tatagattaa aattttaacc ttccacttct ttacatatyt gccctctttc ttgacagcta 300
gcttgtaatc ttycgctgta ctctgaccac tggtctccga tcgccatgtt gatggtgtat 360
aaactacaaa gtgcaaacca ttaatatatc tttcttttct tcacgtaaac cctaaatctc 420
ccctcttctc ttcacctgat ccgtctccaa agaagcagac tagtttactc aaaggtgcga 480
tctttttttt tttttaattt ttccccactc ttcttttgct taatgagaaa atggaagaaa 540
tgaatctaaa tcgaaatctt catcttctca actgtgtttt ttttttcgat tcgtttaact 600
c 601
<210> 5
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 5
tcaatactat ggagatatag atcagatccc tcacatgtct tattggtgga gagcattgat 60
atacaatctg atttgacata tgaggaggaa ccagtaaaga tcttagcacg agaaatcaag 120
gaattaagga ataaaagaat tccattggtg aaagtacttt ggagaaacca caaagcgaag 180
gaagcgacgt gggagtgtga agagattagg agacaataat attcacagtt atttgaacta 240
ggtaaatttc gaggatgaaa tttatattaa gagggaaaga attgtaatgc cctcacttta 300
ggcagttctg tacattctac tactccgatg actaatgtct gttcagacgg ctgaaatgtt 360
tggaaccact cttaaattaa agtaaggagt cataatttaa tctaataaag atcaagtaag 420
gttgaaggaa aataaaagaa atagattata aattagttaa atgtgcataa gtcccagcga 480
tgagtaactc ccctaggaag ttggccacta agagttagag gactaaatta aattaatcaa 540
taagttaagg ggcaaataaa agattggagg actaccttga atagatgaaa aagttttggg 600
g 601
<210> 6
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 6
aaaaaaaaga aattatagat tatatatata cacacacatt acttgcccag caaacgtcaa 60
aacgcatgtt ttggcaccgt ttttgtcacg aactaaaatc ctagcaccaa gaagtaaaac 120
cctttctaca aattccgcag aagcaaaaat cggaggatca aaattgccca tcaagaacga 180
agaattggcc tcagcaatgg ctgattcatc agtgaaatct gataagaaga agaagaagaa 240
gaggaagcta accagccccc aagataaacc aacgcctcca aagaagaagc acagaggtga 300
tgaaccagag aaagagagag aagtcgctgt aggtggaagc tcaaatcaga aagaatctta 360
ttctatgatt gaagcagagc ttccatggag gaatcttcaa cttattctat cacttcagag 420
caaagatatt gaccttcaaa agttagtatc tttcccatct cttcttcaca caaattgaat 480
ttttgagatt atttatttga ttttgaatgg aatgtaaata aattctgtac ataaagcaaa 540
tgctaatttg acaggaaggt ggaactagcc ttcagttatg tgaatttgag ggaaaaagga 600
g 601
<210> 7
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 7
ttgaagttga aattgagaga ctaaaaaacg cttttcaata aaatacaatt ttagatcaag 60
ttaaattctt gtaataccca ataaacgttt ttttcaacaa tatcgacaac aataccaatc 120
caagtgtaat acttgaaacc aagtcattaa aactacatta gaaatatggt acaccttatt 180
aagagctgaa aagaccagaa aatgaagaaa ataaggatca aaataaattc aattgtacac 240
catccagcca cttaagtgta ggcagaaccc taaccagaaa taaggtaaaa ttttcatcag 300
caatggcatt ccccaccaca tccaattgtg tcaagttcaa gcctttcaac acaaaaaagg 360
cttcccaata atttgtcatg ctgaccccat caaccaaaat tctatcttgc tcccattcat 420
ttccaatcga attagacaaa ggagatgaac acagatatct ggttgtgtca atagagcgtg 480
cacctatctc attgtatgaa atatccagcg atttcaatga cttcagctgt ctcaatggct 540
ccaatgcagt aaaactagag agtttattct cactcaaact caaatgaatc agtagctgca 600
g 601
<210> 8
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 8
tatattggct tcaacagatt gtggtgtttg tctctgtaat taatactaca ttaataaaat 60
agagaatttt ctctttttct ttgggagaca tgaattcata tttataatag cttagagtgc 120
ttgcagaagt tacagctttc tcaacaattt ctggcacatg atcgtacctt gaaaattcag 180
gacagtatgt tctgaattct cttttctatc aaactcttaa tcatgtgtct accgtactag 240
gagcagtggg taaaacgaac tcatccattc ccaagttcat taactgcttt ccaagctcat 300
ccctcaatct cctgctcatt ycaagtcttc tgcactctag ccttttgcgc aacaaatagc 360
acctcagcta ccttatctcc aaaaacgctc actttagcaa cagttcagct cagatcctct 420
gctaaatatc acttcaacaa catctcttct ggtgtagact tcttcaataa caagtgcatg 480
atagcacaaa cacagtacaa aaaaaaaaaa aaatacaaga taataaattt cataacatta 540
taaaaaaaat ttattaattt tgtaaaattt cattaataaa aaaaattaca gtcgctcaaa 600
a 601
<210> 9
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 9
atttggcaat tggttgggaa gaaaaaaaat ttattgcatc acgccgacga tgagtgcatt 60
ggaaggcgga atccacgctc cttacgtgtc cttccatgtc tcacagctct gaatggaaaa 120
ctcaccgttc aaagtctgac ggctgaattg ttggacaggc taatcatgct gacttggagt 180
cctgcaattg gtactccaaa agtttattat ccagctaagt tatatataaa aaaatgcaac 240
ttaatttaat aattctcgat cgaatcacgg ccgtcatttc agagaaagga catgacgaga 300
aggaaagtga atcagagccg tcgaaataaa ataatgataa acgggattag gttaaaatgg 360
gaaaagaaac gaggtgtgtc tgccactggc aacgtctctg cacgctgctt aaaggccgaa 420
tcaatggtca gatcaaatca caggtaaatt tttgactttc aggaagaaaa taaaattaaa 480
tttaggaata aaattaaatt ttttaaataa taatcaaatt aaatttaggg ataaaataaa 540
aatttcaatc atttgatatg tgagatatac acagataagg cacatagtat atggatcagc 600
c 601
<210> 10
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 10
aatcataacc ttaaaaaaag aaagtaactt cttgtatttc agttccatga tcataacact 60
tgctcgtcac acttttatgc ttcaatgaga aatctcaatg tcccaatcac tatttccaga 120
gggaattgtt attgtcacaa gattgtcctc ttctctgaat gtaaatccca cttctttgga 180
gtttaacaag caagattttg ggtttacact ggagtatgca ccaaacgtac cttcccctct 240
ccccttgatg cctattctac caccagactg ctcaattgac tctacagctc caccagaatt 300
gtacatgttt attaatccaa tagctgcgaa ctcaatattc tgattgtaaa cctgtgcata 360
tcaaacaaca ggggagaatt caaatacttg ttaatatgtg agctaaaccc caaagaactg 420
gccattccca acctaccttg ataggtgcta tggtaaagac atcacattgt agagttttta 480
acgaaatatc aaaagcttct tccttctgca atcgacatat agatcctgca aagttttaat 540
aacaaaaaaa gtataaaaat gtaatgtatc acatcaaagc aaatacattg gtcttgattt 600
t 601
<210> 11
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 11
gtaaattcat ttttaaaatt tatgaattaa tttaattaat ttataagtta aaacaaacag 60
cctcttatga taaattatga caattaaaaa aaaactattt aattgtttta aagtttttat 120
aattaaaaca tgtcaaattt aagtttaaac tataaactat ttgttgatac cttttaatta 180
acatatttaa gaatacattt ttctcaacag aaatgttaaa taggccttgc aaattgataa 240
tgcctaacac tcgctctaac aactcgtgaa tatgcacctt cgtgaatatg caccttcaat 300
gagttcagat atttgattta ttcatgcacg taaatgtaat caaatgtatc ctttccaaat 360
ccaaatttca gaaatttctt aaatgtaaat atacagtttt catatatcgt tgaattgaac 420
ctcaatagat tttgagggaa agctacactt acttgcggga agaatgtgtc caactactgg 480
gaaatacgct ttcgaggctg gtaatcccac gtgctccaac cagcaagaac ttctaattcc 540
agcagcaacc cttcaatctt tgcaactaag ctctgatgcc actgctgtgc cattgtaaat 600
t 601
<210> 12
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 12
atttcttttt agccaattcg catgtttaga atatatatat atatatatat atatatatat 60
atatatatat atatatatat atatatatat atatatatta aaagaaatag aaatcaagca 120
tgatagtatg agaattcaat taaattcttt tcttacaaat gagttattca aaaggaaatc 180
aataaggaaa tacgtatgta ttgttgcaaa tatacaagtg tagaattcct acatcggaaa 240
aatataggat gactgagaga catataaata ggaaagatcc aaaaactcat tgccttaagg 300
ttttgggtta aatgtgatgt caagctcatg agtgtgtcct tcacaagacc tatcaagaag 360
gattctccac aggcgctttg ggctccttag atttctaaca agaatatgca atcctaaaaa 420
atgcttgttt ccacttacac taaccaatca gaaaatttta tgcccaacag accataaatc 480
taaacaataa tgttctatga tatagtagta ctgttatcat tccatgcatt ggagcacact 540
aacctggtat aaatttattt aatgtagttc aaatcccaaa aaggggtata tataagttca 600
a 601
<210> 13
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 13
gtgttcttct tgaaaagaga ggaaaaggtt cttaaaaatg ctagtgctaa tacaggcaga 60
gtaataaatc agcatataaa atattctcaa acaatctata tagtacgaaa acatttctgc 120
atgtccctgt gacagaagca gtaacaatgg gaaagttcag ggactttaaa catgttagtc 180
tggttttggt ataagattct cacaaaggcc ttgtccatca ttgagtataa tgacgcatca 240
tccaacttcc acaaaacagg aagttattat tcaaggcagc caaattttgg atgcagctca 300
caacaaatga agatgttgat gatgctaaga ttttggtgaa tgcaatatga gcacaaatta 360
tgttttacca acattaagcg taagggaact gcaagaatat tggaggatca aacagcaaga 420
gctttattcc tgtatgttat gttcttgtag tagtacgaat atctttcttt gtgcaaatta 480
cacaggattt aggcttcatt caggttactt ctccaaaggg cttgttaaag gtatatatct 540
cttgatgttc agcaagactg tagatcttta aatttttttc tttttcctat ttagaggaag 600
a 601
<210> 14
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 14
tgcttctttt ttatttttct ttccctattt tattctttgt caaatagttt atttttgaaa 60
ttttataaat tttgctacac attattcaat ttgttgtaag tactgtccat ttgtgctgat 120
tcatgccaaa accttgcagg ctcttctttc aggatgctct gccggaggat tggcaactct 180
tattcattgt gataactttc gagatcttat gccaaaggat gctactgtaa aatgccttgc 240
tgatgcagga tttttccttg atgagtatgt ttgatatgaa tactgatact ttccacctca 300
gtatcttaag ttagcatgtc atatgagttg ggtgataccc atgtcatagt atttttgtac 360
catgtgctct taatcatctt ctaattatag aatttttatg tggatttaaa gatccccatt 420
ccccaaagtt tactttttta caccttggaa ttccaactcc cctttgcact atcctccttt 480
cttttatcat agtagaatta actacagtac gttagcaact taattcttct gcagagattt 540
tgttttccta gttttttcat caaaagttag atgtgtccgc tgaactgaat atatatatat 600
t 601
<210> 15
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 15
tggaagagat cagtgaggaa gattttaata agcaggaggt taaggttgta aaagaatcga 60
aacctataga tggtaggttt tggacgatga gagatctgta caagtatcat cagatgggag 120
gaagatacgt ctccggcttg tataatcttg cttgggcaca ggcagtacag aataagcctc 180
taaatgagct atttgttgag gttgaacccg atgagaattc caagcgatcg tcgccgtcgt 240
cttctgtggc gtctgttaat agcaatagta acagcagcaa agaagacgag aagaagaaag 300
ttgataaagt tgtgattgat gatagcggcg atgagatgga tgataatatt gtggatgttg 360
acaaggagga aggtgaattg gaggagggtg agattgattt ggattttgac ccaggtgaga 420
aagctgctgg ggagggtaaa gaagggctgt ccaatagtga tgaaatgaat gttgatggct 480
tacagattga gtccaaggag aagaatttgg agaaggaaat caactccatt cgtgaggctc 540
tggagagtgt aacagtgatt gaagcacaca agtaagcaat ttgttgctgt tgtttcaata 600
a 601
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 16
ggccaaatct cacagaccac ttccaagtcc caacaagaag gaaggccaaa agacgagctc 60
gctaaaacag ctggttatgt cggcgtagaa ccaagcaccc cattagtcct ctgggttgta 120
ctcgagggga gagagagatg ccaacccact tggtgggtgt tcttagggga gtgatagatt 180
cttaaacaag taaatcaaat agagtagatt gataaaatat ttaaataatt aattatatat 240
ataacaaaac aaagaatatg gtatacaagt attatattac catataaact aagtagaccc 300
ataatagtct gttgaatatt ttacgcttgg ggtaactggt agactaacca cgttcctaaa 360
acaggatata aaggtagttg aacaaaaagg catttttttt taattagaga gtgagaaaga 420
gggataaagg caagaaaaac acattgaaac gcaagcatct tgctccaaaa gaagtgaatc 480
tcatatttct ctggtgcttt attgactgca gataaaacac aagaaagccg ggaatcaaat 540
gattccatct caagagaaga aatctcaact cgacgccatt gctggtgaaa agagtcgatt 600
g 601
<210> 17
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 17
ttatatattc ttttggattt tggaagtcaa gattcaactt ttgatttcat ttcctgctta 60
tattctggga tttgttttcc atagtttggt tgattttagt aattgaatat gggttcttga 120
gttgaaagtt attgagatct gagaattggg aaagctcagt gatttggata ggtgtcaatt 180
gccagtgtga aacttaagtt tgcttgctgt agctattcat gttcttggtg ctttgcttaa 240
ttagagtaca gcatgtattg agtgaagctc ttatttggct aagtgctcct ttgtcgttgg 300
atttcttgga tgtattacat tcttagttat gcttttattc actattcttt tctgtctttt 360
tcttggaatt cttggaatgc agcaagcaga tatttaaata tggtttaaaa cgactgattc 420
taaattctgt ttggtctcct aggcttttca ttttagcaat gaaactcttg ctttgaattg 480
attatgatgc tgcacctctt ctttgtcctt gaaattttga actgttttta atggtttttt 540
tttttttttt ttttgtttta tacatgcaat gaaaatttaa tttttttttt ttctgccata 600
t 601
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<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 18
attattggtt tgaaatttgt ttctcggctg ttttttatct ctctatacgc cgtggtcttt 60
tgcatttata gttgagcttt ggataatttc ttatgtatct ctatctgtag gtctctgcat 120
atgaatagga tttatttttc cagttcaatt tctttattct gctgacattg cttttagttc 180
tcaaaatcaa cctttgagca catgtgaata tattttgcct aaaacttcac cattctgcat 240
gtattcaccc ctacacttga tttcctggtt catatatttg acatgattat aatatcggta 300
tttttggctc ccatgttgac atattgttgc aaactatagg ttgtattctt gttcatgctg 360
ggttgtgctt ctcttcatta ttaaagtctg tcttttctgt tttgcgtgat gaactctaat 420
tcatttttcc atttaaattt ctttgacttc attatggata attaacccag tttgatttga 480
atgctggtga gagttaagga aaactgaaaa ttactcttat gctgttgtga ttttcagaaa 540
atatcaactc aggccaggct aaatgatctt tttgggtaga atatatcccc tagaatgata 600
t 601
<210> 19
<211> 601
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 19
ataaaaataa ttttcggttg gtttttattg aaaaactaaa attgaactaa attatcaaaa 60
aaatttggtt cagtatggtt cttcagttcg gttcaggatc cctaagaact gtgcacagct 120
ctgcttatac tatgtcaata ataatttaat tttaaagttc aattttgtag ataatgaccc 180
aaaaatagat tttcatttct ctaacaatcc ttattcgcat tattcttcag aaatatgaaa 240
tatgtggagc ataaaaaaga taacatttca ttaagataat caattgtaaa taaggtgaat 300
agtgagaaca tttactcaag aattagtttg gttgaacata tactcaagaa ttagtttggt 360
tgaagtaaga ggcttgcctg gcgttgatga aatccattat gcttgatcca tcaccgacct 420
tcaccactct tccattttcc atataaaaag ctccatcagc atactcgagt tcttccaatc 480
gatgggtcac ccataaagct gtaatttcat cagatgcaac caaggagttc ttgactgctt 540
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a 601
<210> 20
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 20
gatatggaac caccaatcct gcataaactt gattctaact acaactaaga cgatgaacga 60
caatgacaat aattctgatg gcagcaaagg aaattttctt tgatattaga ttctgctttg 120
ttttcacatc tttttctgat tacacaggct tgaacgtctc aatcctggat gttcattaat 180
gtacttacct cattcaagac cgaaagacaa ctgcttttca agaatcaaga aaattcaaga 240
ttcacttatg aagaaacaga aatgaagaaa caacaaacat taaatccata cataaaggac 300
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tttaatatca aaatggtttg aagccctcta atctatttcc agctatttct ttgctgcctt 420
ctctctctct ctctctctct ctctctatat atatataatt gaatatataa ttgaatcatg 480
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gttccactac tttgctgata ttcaaccggc ttttgtggct tttgtgatca aaaagttgct 600
g 601
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<212> DNA
<213> Artificial
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ttcctcccat atcaaatttc actattccct tgggatccaa atcagttgct gtcaggtcct 60
acttcttaga aagaatttgg tgacaaagtg acgactagtg tgtctgatca agtgatggga 120
gggtttaatt agatcttccc ttcaacacaa taagagggct ttacttcatt agttttattt 180
tttttagtta acttttccaa gttcttttgt tatttctctt atttcttcat taataaaata 240
tttatcttgt ttgagaacaa ggcttgaatg ttaaggattg agaacttcat gttgagaagt 300
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aaggtggaga aatttctgaa aggccatgtg atcacggcaa ctgaatcttc tataaaaagg 600
g 601
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 22
tagacttttg cccaataatg cttttgcgtt tggttttatg gatcccttct tgcttcatta 60
cactggtaaa aatgaacagt ttactgagac cttatataat attggtatca gtattatttc 120
cagtgttgag ggcaaatctt tgtcctttta gtgattttat ttgtttatac tgtggcaaat 180
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c 601
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<213> Artificial
<400> 23
ttaccaacta aatataacaa taatgatatt ataatcaaaa tgcttctgtt aaactagagc 60
ctcaatctct aaaaagttta ccctccctct catgccctct aaacgctaaa cattataccg 120
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t 601
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tattgcagaa gactgagaaa tcaatgaaag atcactcctt ccaaatccca taagacctga 60
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<213> Artificial
<400> 25
ggccaacata ttaggtactt aaaaaaaaaa aaaaaatcac cttgtcataa ccccgcccca 60
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taaaaatgga aaaccatcta ttctttttaa ttgaaattgt ttttgacaag cagggagagt 60
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a 601
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<213> Artificial
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gagaaaatag tgatgtatct ttaagtgtct ctcatatgac ttcaaataag cagttggtcg 60
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a 601
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<213> Artificial
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cgcaggttgg taatccaagc aaagcaaatg gcaggaaatc caaacctcat ctctctgaag 60
tttagtacca ttgaagcttg tgcctatatt ctagttacta tgttctcata ctgttaccta 120
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caaggggctt gcaaaaagaa taagtcttaa taacatccca aaattgagct tcaagttcag 60
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a 601
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<213> Artificial
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t 601
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<213> Artificial
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aatttagtaa gcagaattaa acaatggaaa ttcaatatat atttatttat atgtaaataa 60
aaaaataact atagacgaac ttacgagtat gtcagagaca attctgggct gctttagagg 120
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a 601
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t 601
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aatatagatt acaaaataat gtggataata ttccaagcta tagacaaagt ctcctatcat 60
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cactatccct attctccagc tagcccgtct ccttcttcgt cgccagatct ctgttaccat 180
ctttactact ccagccaatc gtcccttcat agctaaatat ctgtccaaca cagctgcctc 240
aatcattgag ctgtccttcc ctggaaacgt ccctgaaata ccttctggca ttgaaaacac 300
agataagctc ccttccattt ctctgtttcc ttattttgcc ttctccacca agctcatgca 360
acctgagttt gaacgtgcac ttgcgtatct tccatctgta aatttcatgg tttctgatgg 420
attcctgtgg tggactctgg agtctgcaat caaattcggt tttccaagat tggttttctt 480
tggcatgtcc aatcatgcta tgtgtatggg caaagctatt aatgagaaca ggcttttttt 540
tgggcctgag tcggatgaag agttaattac agtgattcca tttccatgga taaaggtcac 600
t 601
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<212> DNA
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tatgatgttt attattgttc acaaatccac aattttcctt cgcattacta attatgaatt 60
aagagtaatc aaatattaca aaggtcaatc caaaagcatt aatttgcatt aataaagaaa 120
actaatacaa aatttgatag agtaaggaac ttaagcgaat ggaaagaaaa taatctaaaa 180
ttgtattaag aacttgagat tacagtaatg gaagtacacg agcaattctc ttactctcct 240
ctctaattct caatgcaaat atagcaagaa aagggggaaa aaaccttcca aacactctag 300
ggagaatgct tggcccagca ataatgccaa aataaaagag ctaagccctc ccgccattaa 360
gaattttgcc cccaagttag tattatagtt ggaaaataca attactctct catgcccccc 420
attctacctt ttctctccca tatataattc tcgtagctgt tgcatcacat gcacccgaga 480
attgctccaa aggagttgag ctaagctggc caaccaactg caatccttcc agaactttct 540
tgcttcatct agaatacacc atatccctaa caatagtacc cgctcaaaat agccttgtcc 600
t 601
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<212> DNA
<213> Artificial
<400> 42
tggcaaagtc ccaacttctt tgcatacttc caagcaaatg caagcaatgc tggctttctt 60
ggagagatgc tttgttcagg cctgaatatt gttggcttca actggatttc atctccagcc 120
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ccattgtttc tttgtgccac tgtgggaaca actgcctgcg gagcagttga tcctatacga 540
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g 601
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<212> DNA
<213> Artificial
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atgcgatagc gtcgtcaatg tcgatgaggg accatcggca acagccctgc attacctgta 60
ccaccttcaa catcttagcc ccgatataca agcgcctcaa ccttgacaac aatcaaaatt 120
cccgtgaaag cgattgcaga gcctattggc ttgccagaaa caaccggatt ttggattcct 180
tattgcacga gagatcttcc atcatttgtc tccaggtttt tcttggcttt atcaattcaa 240
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g 601
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acactactgc ataaagaata ttattatggg tatgtgtcaa tgtcatatca tttaactttt 180
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tccagagtac taccgtcggc aacacctcac ggaaaaatct gatgtgtact catttggagt 180
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gcttgagttt gctttgcagc ttcaagagac tgctgagaac actagaaata gtattgatag 480
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t 601
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<400> 117
gatgcatctg gttgatgagc 20
<210> 118
<211> 20
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<213> Artificial
<400> 118
gggaaccttt caacccatac 20
<210> 119
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 119
tacaagatac ggtgcaacgc 20
<210> 120
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
<400> 120
taagtggcac aagctactcg 20
<210> 121
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<213> Artificial
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agatggatcg gatgaacgac 20
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<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial
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cctaacaggg cttcttcttc 20
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gattctctct caacgagcac 20
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gcaccaatta agtctacccc 20
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ccagttgtac tgaagacagg 20
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<211> 20
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<400> 126
ggttgcgtgt tcgtgatttg 20
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gagacaaaga atgaccggtg 20
<210> 128
<211> 20
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<400> 128
gctgttcttc actctatcac 20
<210> 129
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gtcaaaaggc cacactatcc 20
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acgcaagtgc acgttcaaac 20
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<213> Artificial
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agtaatggaa gtacacgagc 20
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<400> 132
attctcgggt gcatgtgatg 20
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<400> 133
ctggctttct tggagagatg 20
<210> 134
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gatcagaggc ataaaccacc 20
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cttagccccg atatacaagc 20
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<400> 136
tcgtacatgt tcaccagctc 20
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<211> 20
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<213> Artificial
<400> 137
ttcttctgcc tttgtgtccc 20
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<211> 20
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<213> Artificial
<400> 138
gccatctgct tagcgtattg 20
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gatgccagga ctaccaaaag 20
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tgctcctcac tcactctatc 20
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tgttgcccct aatcccattg 20
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ggatgatccc agtaaaacac 20
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gtgcatattg gctgatcttc 20
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tcatgcatcc actccatctg 20
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cataagccgt agtcttgtcg 20
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atcacacagt gtgcactagc 20
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gagagttctt ccatggtgag 20
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ggaatcccta tccttctctc 20
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acaggtcatg taacctaccc 20
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<400> 150
ggttcctaac ccctaaatcc 20

Claims (4)

1.一种用于构建橡胶树品种DNA指纹图谱的SNP分子标记组合，其特征在于，所述SNP分子标记组合包括LG03_104230492、LG02_8025843、LG01_54721919、LG15_32001166、LG07_72003724、LG05_88010730和LG02_214754；
其中，“Sequence”为SNP分子标记的核苷酸序列；“[]”标注的为SNP分子标记位点位置，其中的碱基为该位点的多态性。
2.如权利要求1所述的SNP分子标记组合在橡胶树品种群体遗传结构、和/或橡胶树资源遗传多样性分析、和/或橡胶树品种鉴定、和/或构建橡胶树DNA指纹图中的应用，所述橡胶树品种为下表所述的橡胶树品种：
3.一种橡胶树品种DNA指纹库的构建方法，其特征在于，提取各个橡胶树品种的总DNA；采用引物对进行扩增；利用权利要求1所述的SNP分子标记组合进行SNP位点多态性检测，根据SNP位点的检测结果对各个橡胶树品种进行基因分型，从而构建橡胶树品种DNA指纹库；所述的引物对为：
SNP分子标记 上游引物F 下游引物R LG03_104230492 TCTGACGGCTGAATTGTTGG TTTAAGCAGCGTGCAGAGAC LG02_8025843 AAGACCCTTGAAGAACGAAC AGTCTGCTTCTTTGGAGACG LG01_54721919 GCCGCTTAAAACTAGAACCG AAGTTTAGGTACCATGGGTG LG15_32001166 TGTTGCCCCTAATCCCATTG GGATGATCCCAGTAAAACAC LG07_72003724 TCTTAGCTAGACTTGCAGGG TTACGGTTGAGTGTGGAAGG LG05_88010730 CTCTATCTGTAGGTCTCTGC TGAAGAGAAGCACAACCCAG LG02_214754 TGTAAAGCGTCGACAGCAAG GGAACTGTACAAAGCCAGTC
；
所述橡胶树品种为下表所述的橡胶树品种：
4.一种橡胶树品种的鉴定方法，其特征在于，采用引物组对待测样品的总DNA进行PCR扩增，利用权利要求1所述的SNP分子标记组合进行SNP位点多态性检测，根据组合中各SNP位点的检测结果确定SNP分子标记的基因分型，再与权利要求3所述构建方法所构建的橡胶树品种DNA指纹库中的基因分型进行比对；所述的引物组为：
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