CN113817841B - 一种与猪***数性状相关的snp标记引物对及其应用 - Google Patents

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Abstract

本发明涉及一种与猪***数性状相关的SNP标记引物对及其应用。所述SNP标记位于猪12号染色体上的rs334727649核苷酸位点上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点的分子标记，且具有T/C多态性，所述SNP标记与苏淮猪***数极显著相关(P<0.01)。本发明提供的SNP标记与苏淮猪***数极显著相关，通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有多***的猪品系，且优选的猪品种为苏淮猪。该品系的建立能够提高猪的繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。

Description

一种与猪***数性状相关的SNP标记引物对及其应用
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域，涉及一种与猪***数性状相关的SNP标记引物对及其应用
背景技术
中国是猪肉生产和消费大国。随着经济的发展和生活质量的不断提升，人们对于猪肉的需求量日益增加。如何提高母猪的繁殖性能以增加商品肉猪的出栏量是目前育种工作的重点。
在猪生产中，***数(Teat Number)是最重要的繁殖性状之一。根据分布位置的不同，***可以分为左***和右***。种猪选育中，不仅希望对产仔性能进行提升，同时期望母猪有足够的***哺乳出生的更多的仔猪。哺乳仔猪通过吮吸***获取维持自身生长发育所需要的营养。因此，母猪拥有的***数目决定着能够哺育的仔猪数量，并可以保证仔猪正常发育速度。同时，每个仔猪获得的母体的***数量与仔猪的成活率密切相关。由此可见，改善母猪的***数性状对于提高母猪的繁殖性能具有重要的意义。
发明内容
本发明的目的在于针对传统猪***数选育耗时费力，选育效果慢，提供与猪***数相关的SNP标记开发而成的选育分子标记。
本发明的另一个目的在于提供用于检测上述SNP标记的引物对和检测方法。
本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记、分子标记、引物的用途。
本发明的目的可通过以下技术方案实现：
一种与猪***数性状相关的分子标记，所述的分子标记序列如SEQ ID NO：1所示，其中含有一个与猪***数性状相关的SNP标记位点，该位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点，在SEQ ID NO：1中所述的SNP标记位点位于第122位，存在T/C多态性。
一种用于检测与猪***数性状相关的SNP标记的引物对，上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3；所述的与猪***数性状相关的SNP标记位于猪12号染色体上，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点的分子标记，且具有T/C多态性，所述SNP标记与苏淮猪***数极显著相关(P<0.01)。
一种检测所述的与猪***数性状相关的SNP标记的方法，包含PCR扩增苏淮猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点的一段序列，对扩增产物进行测序，判读该位点的T/C多态性。
作为本发明的一种优选，所述的方法包括以下步骤：
(1)取猪组织样品提取总DNA；
(2)用已提取的猪基因组DNA为模板，使用本发明所述的引物对其进
行PCR扩增；
(3)扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在SEQ ID NO：1第122位
的T/C多态性。
与猪***数性状相关的SNP标记在筛选多***猪群体中的应用，所述SNP标记的位点为国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点的分子标记，且具有T/C多态性，所述SNP标记与苏淮猪***数极显著相关(P<0.01)。
本发明所述的分子标记在筛选多***猪群体中的应用。
本发明所述的引物对在筛选多***猪群体中的应用。
一种筛选多***猪群体的方法，包括检测猪国际猪基因组11.1版本参考序列猪12号染色体rs334727649核苷酸位点的基因型，选育rs334727649核苷酸位点的TC型和CC型个体优先作为后备种猪留种，且优选的猪品种为苏淮猪。
有益效果
本发明开发了与猪***数相关的新的SNP标记，并且提供了检测该标记的引物对和方法。通过鉴定该SNP标记的基因型来筛选具有多***的猪品系。该品系的建立能够提高猪的繁殖性能，并且产生更多的社会和经济效益。
附图说明
图1为猪12号染色体rs334727649位点PCR扩增胶图。
图2为猪12号染色体rs334727649位点分型图示例。
A为TC型，B为TT型，C为CC型。
具体实施方式
以下实施例用于说明本发明，但不用来限制本发明的范围。在不背离本发明精神和本质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。
实施例1
1试验动物来源
江苏省淮安市淮阴种猪场
2提取猪基因组DNA
采集764头苏淮猪耳组织样1份用于个体DNA提取；
参考天根生物科技公司组织DNA提取试剂盒说明书，提取步骤如下：
①先在缓冲液GD和漂洗液PW中分别加入68mL和200mL无水乙醇，充分混匀。
②采集耳组织样约100mg置于2mL EP管内，完全剪碎后加200μL缓冲液GA，振荡至彻底悬浮。
③加入20μL蛋白酶K溶液，混匀后放在56℃金属浴中消化过夜，直至组织样溶解，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
④加入200μL缓冲液GB，充分颠倒混匀，放在70℃金属浴10min，溶液应变清亮，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑤加人200μL无水乙醇，充分振荡混匀15sec，此时可能会出现絮状沉淀，简短离心以去除管盖内壁的水珠。
⑥将上一步所得溶液和絮状沉淀都加入一个吸附柱CB3中，吸附柱放入收集管中，随后以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放回收集管中。
⑦向吸附柱CB3中加入500μL缓冲液GD，12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中
⑧向吸附柱CB3中加入600μL漂洗液PW，以12,000rpm离心30sec，倒掉废液，将吸附柱CB3放入收集管中。
⑨重复操作步骤⑧。
⑩将吸附柱CB3放回收集管中，12,000rpm离心2min，倒掉废液。将吸附柱CB3置于室温放置数分钟，以彻底晾干吸附材料中残余的漂洗液。
将吸附柱CB3转入一个干净的离心管中，向吸附膜的中间部位悬空滴加100μL洗脱缓冲液TE，室温放置2-5min，12,000rpm离心2min，将溶液收集到离心管中，将离心得到的溶液再加入吸附柱CB3中，室温放置2min，12,000rpm离心2min将溶液收集到离心管中。
使用Nanodrop-2000分光光度计检测DNA的质量与浓度，DNA浓度均稀释至50ng/μL，-20℃下保存备用。
3目的片段PCR扩增与测序
以苏淮猪基因组DNA为模板进行PCR扩增，反应体系包括DNA模板1μL、SEQ ID NO：2和SEQ ID NO：3所示的引物各1μL、PCR mix 22μL；扩增程序如下：
扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，产物片段大小约293bp，电泳结果如图1所示。将剩余的扩增产物进行测序，测序结果用DNAman软件对比验证序列的准确性，使用Chromas软件对rs334727649位点判型。
4统计分析
使用SAS 9.0软件的一般线性模型进行基因型和表型的关联分析，模型如下：
Yijkl＝μ+Sj+YSk+Gl+ejkl
其中，Yijkl为个体的***数；μ代表群体***数均值；Sj代表性别的固定效应；YSk代表出生年、季的固定效应；Gl为SNP标记的固定效应；ejkl是残差。
5结果
表1展示了rs334727649位点不同基因型对苏淮猪***数的影响结果。结果表明，rs334727649位点三种基因型个体的***数之间存在极显著的差异(P<0.01)。
其中，TC型个体的左、右、总***数均极显著多于TT型个体(P<0.01)，CC型个体的左、右、总***数均多于TT型和TC型个体，但是差异不显著，可能与CC型个体数太少有关。因此，在苏淮猪中继代选育rs334727649位点TC型和CC型个体，有利于增加苏淮猪群体的***数，进而提高苏淮猪的繁殖性能。
表1猪12号染色体rs334727649位点与苏淮猪***数关联分析
注：同行数字肩标不同字母表示差异显著(P<0.05)
序列表
<110> 南京农业大学
<120> 一种与猪***数性状相关的 SNP 标记引物对及其应用
<160> 3
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 293
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
caaggtcgtg gagacccaaa ctgtgctctt tgaatatcag agaagcgacc agagtttgga 60
aaactgggag gaaatcctga ggaagggaat agacagaggg agcctggtga tggcacaaga 120
gtgggtgact gggacagaag gacaagagga aggctggtgt gacgaatcga agctcagggg 180
agaagccact tctggatgtt tgctctgggt tatgagaaag gacaaaagag gcccggggga 240
tccggctcgc agcatccctg ccggaggcca gagccaagtg ttgtgtcctg gga 293
<210> 2
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
caaggtcgtg gagacccaaa 20
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
tcccaggaca caacacttgg 20

Claims (3)

1.与猪***数性状相关的 SNP 标记在鉴别多***苏淮猪群体中的应用，所述 SNP 标记的位点为国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 12 号染色体 rs334727649 核苷酸位点的分子标记，且具有 T/C 多态性，在苏淮猪中继代选育rs334727649位点TC型和CC型个体，有利于增加苏淮猪群体的***数。
2. 一种用于检测与猪***数性状相关的 SNP 标记的引物对在鉴别多***苏淮猪群体中的应用，其特征在于所述 SNP 标记的位点为国际猪基因组 11.1 版本参考序列猪 12号染色体 rs334727649 核苷酸位点的分子标记，且具有 T/C 多态性，在苏淮猪中继代选育rs334727649位点TC型和CC型个体，有利于增加苏淮猪群体的***数；所述的引物对上游引物为：SEQ ID NO：2，下游引物为：SEQ ID NO：3；利用所述的引物对鉴别多***苏淮猪群体的具体方法为：
(1) 取苏淮猪组织样品提取总 DNA；
(2) 用已提取的苏淮猪基因组 DNA 为模板，使用所述的引物对进行 PCR 扩增；
(3) 扩增产物进行测序，分析测序结果，判读在 SEQ ID NO：1 第 122 位的 T/C 多态性。
3. 一种鉴别多***苏淮猪群体的方法，其特征在于包括检测样本猪国际猪基因组11.1 版本参考序列猪 12 号染色体 rs334727649 核苷酸位点的基因型，选育rs334727649 核苷酸位点的 TC 型和 CC 型个体作为后备种猪留种，有利于增加苏淮猪群体的***数。
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