CN113699269A - 小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关snp位点及其应用 - Google Patents

Abstract

本发明公开了一种小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用，包括用于鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状的试剂盒、引物、相关的分子标记，以及上述元素在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状中的用途。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

Description

小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，尤其涉及一种与小麦每穗小穗数及穗粒数相关的SNP位点及其应用。

背景技术

小麦(Triticum aestivum L)是世界的重要粮食作物，提高小麦产量是育种家的主要目标之一。随着人口的增多，提升小麦单产保证小麦稳产是满足近年来粮食需求不断提高的重要方式。小麦产量是由单位面积穗数、每穗粒数和千粒重三要素构成的。这三个因素也叫小麦的产量结构，三个因素的乘积就是小麦的单位面积产量。而每穗小穗数则是每穗粒数的关键影响因素。与此同时，穗粒数也是影响小麦高产的重要限制因素，穗粒数是由多基因控制的数量性状，呈连续变异，遗传基础比较复杂。因此，挖掘调控每穗小穗数和/或穗粒数的优异等位变异并开发功能标记显得尤为重要。

目前，研究者已经定位了大量调控每穗小穗数的QTL。Liu等对‘20828’与国审小麦川农16杂交创制的含有199个株系的重组自交系群体进行基因分型，并对小穗数位点进行QTL定位，在2D、4B、5A、5B和5D染色体上共检测到了5个稳定的小穗数QTL。Zhang等利用QTLICIMapping的复合区间作图法进行了QTL分析,初步得到了与穗部性状相关的QTL位点/区段,为小麦穗部性状的进一步精细定位,基因克隆和分子标记辅助选择育种奠定了理论基础。卢翔等利用单标记分析和复合区间作图法对小麦的穗部几个相关性状的QTL定位,发现在1A染色体上存在与穗长,小穗数,小穗粒数,穗粒数相关的重要QTL各1个。Zhang等通过SLAF-seq技术，结合9个不同环境的表型数据对其穗部性状进行QTL分析,在1B、2B、2D、4A、4B、5B、6B、7A、7D染色体上共检测到30个与小穗数相关的QTL,其中多个QTL为多个环境中稳定表达的QTL。

与此同时，研究者亦定位了大量调控穗粒数的基因与QTL。Chen等通过生信网站Ensembl Plants和NCBI对区间内的156个基因进行综合比对分析得到8个与穗粒数有关的基因。Ren等用覆盖了小麦21条染色体的23536个DArT探针进行检测,构建遗传连锁图谱后对穗粒数进行QTL定位,共检测到10个控制穗粒数的QTL。Zuo等利用生物信息学手段对来自不同遗传作图群体的控制小麦穗粒数的163个QTL位点进行图谱整合、映射和元分析，最终获得35个一致性QTL。李涛等利用小麦55K SNP芯片进行基因分型构建高密度遗传连锁图谱在3年2点5个环境中共鉴定到4个小穗数QTL。Wang等利用小麦全基因组功能注释和EnsemblPlants对93个候选基因进行蛋白功能筛选,得到5个控制小麦穗粒数性状的候选基因。

尽管目前已经定位了如此大量的与小麦每穗小穗数及小麦穗粒数相关的QTL。但是，由于绝大多数这些QTL多为微效QTL，且不同环境中很难稳定表达，难以实用。

发明内容

本发明要解决的技术问题是提供一种小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用。

为解决上述技术问题，本发明所采取的技术方案如下。

一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基。

作为本发明的一种优选技术方案，所述SNP位点处的核苷酸为G或A；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙。

作为本发明的一种优选技术方案，所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为G或A；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙。

作为本发明的一种优选技术方案，所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQ IDNO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端989-1144位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端797-1406位序列。

上述试剂盒、引物、分子标记在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状中的用途。

上述试剂盒、引物、分子标记在小麦育种中的应用。

一种鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状的方法，该方法包括如下步骤：

A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基；

B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙；

C、根据待测小麦基因型按照如下标准确定待测小麦的每穗小穗数及穗粒数性状：基因型甲纯合小麦的每穗小穗数及穗粒数小于/候选小于基因型乙纯合小麦的每穗小穗数及穗粒数。

作为本发明的一种优选技术方案，步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ IDNO.1中5’末端989-1144bp；所述的PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R；所述的酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶PstI酶切PCR产物；步骤B中：若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为G/G，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为A/A，基因型为乙。

采用上述技术方案所产生的有益效果在于：本发明通过对小麦自然变异群体中DPY1基因遗传变异分析，发现有18个SNP，分别对应于序列表1自5’端第609位、663位、1010位、1268位、1830位、2464位、2647位、3045位、3195位、3234位、3787位，4341位、4486位、4711位、4964位、5022位、5029位与5122位。通过对第3个SNP位点设计dCAPS标记，发现该SNP存在两种基因型：基因型甲(G)、基因型乙(A)。通过关联分析证明，这两种单倍型的纯合类型中，每穗小穗数大小为：基因型乙纯合的小麦>基因型甲纯合的小麦；与此同时，这两种单倍型的纯合类型中，穗粒数大小为：基因型乙纯合的小麦>基因型甲纯合的小麦。实验证明，通过检测所述SNP，即可找到每穗小穗数和/或穗粒数相对较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

附图说明

图1是本发明的SNP开发dCAPS标记酶切产物电泳检测结果；其中，泳道M为分子量标准；泳道G为被PstI切开的条带，泳道A为不能被PstI切开的条带。

具体实施方式

以下实施例详细说明了本发明。本发明所使用的各种原料及各项设备均为常规市售产品，均能够通过市场购买直接获得。

应当理解，当在本申请说明书和所附权利要求书中使用时，术语“包括”指示所描述特征、整体、步骤、操作、元素的存在，但并不排除一个或多个其它特征、整体、步骤、操作、元素的存在或添加。

还应当理解，在本申请说明书和所附权利要求书中使用的术语“和/或”是指相关联列出的项中的一个或多个的任何组合以及所有可能组合，并且包括这些组合。

如在本申请说明书和所附权利要求书中所使用的那样，术语“如果”可以依据上下文被解释为“当...时”或“一旦”或“响应于确定”或“响应于检测到”。类似地，短语“如果确定”或“如果检测到[所描述条件或事件]”可以依据上下文被解释为意指“一旦确定”或“响应于确定”或“一旦检测到[所描述条件或事件]”或“响应于检测到[所描述条件或事件]”。

另外，在本申请说明书和所附权利要求书的描述中，术语“第一”、“第二”、“第三”等仅用于区分描述，而不能理解为指示或暗示相对重要性。

在本申请说明书中描述的参考“一个实施例”或“一些实施例”等意味着在本申请的一个或多个实施例中包括结合该实施例描述的特定特征、结构或特点。由此，在本说明书中的不同之处出现的语句“在一个实施例中”、“在一些实施例中”、“在其他一些实施例中”、“在另外一些实施例中”等不是必然都参考相同的实施例，而是意味着“一个或多个但不是所有的实施例”，除非是以其他方式另外特别强调。术语“包括”、“包含”、“具有”及它们的变形都意味着“包括但不限于”，除非是以其他方式另外特别强调。

下述实施例中所用的小麦材料均来自国家作物种质库(http://icscaas.com.cn/jiguoku/zhongzhiku.htm)，材料信息见中国作物种质信息网，网址：http://icgr.caas.net.cn。

实施例1与小麦穗粒数相关的SNP及其PCR-酶切多态性检测

1、扩增含小麦该SNP的基因组片段的特异引物及序列分析

在小麦基因组上的基因DPY1的外显子区发现的一个SNP，对应于序列表中SEQ IDNO：11自5’端第1010位，发现该位点在小麦自然变异群体中存在两种基因型：

基因型甲：G

基因型乙：A

根据小麦不同基因组的序列差异，设计特异性引物PCR扩增分别包含该SNP位点在内的DNA片段：

F1：TCTGGACAGGCTATTG(SEQ ID NO：2)；

R1：AATTCCCAGCAATGCTG(SEQ ID NO：3)；

F2:CTTTCCTCTGTGTACACTGCA(SEQ ID NO：4)；

R2:AACAAGAATAACTAAGGG(SEQ ID NO：5)。

以F1和R1为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的797-1406位序列；以F2和R2为引物对PCR扩增的靶序列如序列表的序列1所示的989-1144位序列。酶切分析显示，该多态性可分别被PstI识别。

2、PCR-酶切多态性检测及基因分型方法的建立

1)提取待测小麦的基因组DNA；

2)以步骤1)的基因组DNA为模板，用引物F1和R1进行PCR扩增，PCR扩增的体系(20μL)为：ddH₂O 7μL、2×Taq Mix 10μL、引物F1(10μmol/L)和引物R1(10μmol/L)各1μL、模板(20ng/μL)1μL。

PCR扩增条件为95℃3min；95℃30s，56℃30s，72℃30s，32次循环；72℃10min，16℃保存。

3)将步骤2)的PCR产物稀释10倍，以其为模板，用引物F2和R2进行PCR扩增，PCR扩增的体系(20μL)为：ddH₂O 7μL、2×Taq Mix 10μL、引物F1(10μmol/L)和引物R1(10μmol/L)各1μL、模板(20ng/μL)1μL。

PCR扩增条件为95℃3min；95℃30s，56℃30s，72℃30s，32次循环；72℃10min，16℃保存。

4)将步骤3)得到的PCR产物用PstI酶切，获得酶切产物，进行4％琼脂糖凝胶电泳检测，记录PCR产物是否被切为两个片段，并根据如下方法判断并记录待测小麦在所述位点的情况：

若所述酶切产物为两个片段，则待测小麦在所述位点为G纯合(表示为G/G)的小麦(图1中的泳道G)；

若所述酶切产物为一个片段，则待测小麦在所述位点为A纯合(表示为A/A)的小麦(图1中的泳道A)。

5)根据步骤4)的结果，将小麦分为在所述位点的情况为如下I、II两种类型：

I：G/G(即基因型甲纯合)；

II：A/A(即基因型乙纯合)；

所述“/”前为一条同源染色体上的情况，所述“/”后为另一条同源染色体上的情况。

3、利用dCAPS标记对自然群体进行分型并与穗粒数性状进行关联分析

以323份六倍体小麦组成的自然群体中各小麦分别作为待测小麦，按照步骤2的方法进行分型，随机对部分小麦的扩增产物进行测序验证，结果如表1所示。

表1小麦自然群体中所述多态性位点的情况

实施例2

2015年，在中国农业科学院作物科学研究所实验农场(北京顺义)的水热地和水地，2016年在中国农业科学院作物科学研究所实验农场(北京顺义和昌平)的水热地和水地种植上述自然群体小麦，调查各小麦品种的每穗小穗数，用Tassel2.1软件对每穗小穗数和所述多态性位点的情况进行关联分析，选择混合线性模型+群体结构(MLM+(Q+K))方法进行分析，以P<0.05为显著性水平，结果如表2所示。

表2自然群体中DPY1-A基因多态性位点的情况与每穗小穗数的关联分析结果

表2的关联分析结果表明，表1所示的323份六倍体小麦组成的自然群体形成的两种类型的每穗小穗数差异均达到显著水平(P<0.05)。其中，类型II的小麦每穗小穗数高于类型I的小麦每穗小穗数。几个环境中，类型I的小麦材料的每穗小穗数分别较II的小麦少0.39、0.39、0.76和0.76个小穗。对自然群体的研究表明，类型II是提高小麦每穗小穗数的优异基因型。

实施例3

2015年，在中国农业科学院作物科学研究所实验农场(北京顺义)的旱地，2016年在中国农业科学院作物科学研究所实验农场(北京顺义和昌平)的旱地和水地种植上述自然群体小麦，调查各小麦品种的穗粒数，用Tassel2.1软件对穗粒数和所述多态性位点的情况进行关联分析，选择混合线性模型+群体结构(MLM+(Q+K))方法进行分析，以P<0.05为显著性水平，结果如表3所示。

表3.自然群体中DPY1-A基因多态性位点的情况与穗粒数的关联分析结果

表3的关联分析结果表明，表1所示的323份六倍体小麦组成的自然群体形成的两种类型的穗粒数差异均达到显著水平(P<0.05)。其中，类型II的小麦穗粒数高于类型I的小麦穗粒数。几个环境中，类型I的小麦材料的穗粒数分别较II的小麦少2.32、2.31、2.49和3.01个穗粒。对自然群体的研究表明，类型II是提高小麦穗粒数的优异基因型。

在上述实施例中，对各个实施例的描述都各有侧重，某个实施例中没有详述或记载的部分，可以参见其它实施例的相关描述。

综上实施例可见，本发明通过对小麦自然变异群体中DPY1基因遗传变异分析，发现有18个SNP，分别对应于序列表1自5’端第609位、663位、1010位、1268位、1830位、2464位、2647位、3045位、3195位、3234位、3787位，4341位、4486位、4711位、4964位、5022位、5029位与5122位。通过对第3个SNP位点设计dCAPS标记，发现该SNP存在两种基因型：基因型甲(G)、基因型乙(A)。通过关联分析证明，这两种单倍型的纯合类型中，每穗小穗数大小为：基因型乙纯合的小麦>基因型甲纯合的小麦；与此同时，这两种单倍型的纯合类型中，穗粒数大小为：基因型乙纯合的小麦>基因型甲纯合的小麦。实验证明，通过检测所述SNP，即可找到每穗小穗数和/或穗粒数相对较高的小麦。本发明为小麦的分子标记辅助选择育种提供了一个新方法，在培育高产小麦品种和研究中具有重要意义。

以上所述实施例仅用以说明本发明的技术方案，而非对其限制；尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明，本领域的普通技术人员应当理解：其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改，或者对其中部分技术特征进行等同替换；而这些修改或者替换，并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围，均应包含在本发明的保护范围之内。

序列表

<110> 河北师范大学

<120> 小麦每穗小穗数及穗粒数性状相关SNP位点及其应用

<160> 5

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 5494

<212> DNA

<213> 普通小麦(Triticum aestivum L)

<400> 1

ggcggtttgc agcggcagcg gcatggatcg gtcgataggg tgcctgttgc ctgttggcgt 60

ctgcccccac tccactccac cagcccagca ccaacctcca ttcgcttccc ttgctgcgcg 120

ctagtactag tagattagat aggcgggcgg gcgggattga ttttgattga tcgccttcct 180

tctccttccg gcggccgagc gggctccctt ctgctctgct gccgcggcgc ggcgcggagg 240

cgggggaatt ccggtgtggt tcggtcttcg tctccgtcgc cgccgtcgtc ttgtccgggg 300

cgaatctgcg ggctgcggag gggatggaga cgtgggcgcg gtggcggtgg tgggtggtgg 360

ccgccgccgg cgtgctctgc gcggtcctgc cgccgccggc gtgctctgcg cggtcctgcc 420

gccgccggcc gccgccacgc tctctcccac cggcatcaac tacgaaggta accatcttat 480

cgatcttgct tcttcccccg agtttctctc aagtgaaaaa agtgttttcc ggcgcaacaa 540

gattcagcca aattggcaaa ggatttccgg tttcccttct tggcaacccc caatttggag 600

aagcgcacca atgccggcgc ttccgttgct tcctcgccat aactgatgtt tgctgccatg 660

tctcaaaaaa aaaagttgtt tgctgctggg atttggttaa gctgagcctg aatcttgttg 720

ggtcgcagtg gtggcgctca tggccatcaa gacggagctg caggaccact acaacgtgct 780

cgacaactgg gacatcaact ccgtcgaccc ctgcagctgg aggatggtca cctgctcctc 840

cgacggctac gtctccgcgc tgtacgcccc gctctttgcc cctcctccgg tctatctccg 900

gtgagcgtca ccagactaat cttctcaggt tcatctgtgc tcgcagtggt ctgcccagcc 960

aacgcctgtc cggaaaactg tcgcccggca tcgggaacct caccaggctg caatctgtgt 1020

aagcggctca ttgctagtaa aatttattac tgtttctttg aaaatgtatt gctctaggtt 1080

ccagaaaaat gaaagattgc aagtgttcgt gtttactgtt tctggacagg ctattgcaga 1140

acaacgcgat ttccggcact attcccagca ccataggcag gctggggatg ctccagacgc 1200

tcgacatgtc agacaatcat ctcaccggga gcatcccgac ttcactcggc gatctcaaga 1260

acctcaacta tctgtgagat ttcttgaccc ggttattgaa tttctctgcc tctttcctct 1320

gtgtacacag cagttcactc cttgtcctct tgttcctgcc aggaaattga ataacaacag 1380

tttatctgga gtcttacctg aatcactggc caccattaat ggcctcgcac ttgtgtatgt 1440

cctgtgaatc ccttagttat tcttgtttcc ctctttcctc tgtgtactgc aacaagcagc 1500

tctaataatt ggcctgtttc gcagagacct ctcgtttaac aacctgagcg gtcccgtgcc 1560

aaagatttct gcaagaactt tcaggtgagt agttcagctt atgcccgatc acctggctaa 1620

ttcaattcct acctgaacac cctccgtgca tgctctacac tattattgct catgctctca 1680

tttcttcttt cctttattgt cgcttgtttg tacagcattg ctgggaattc aatgatctgt 1740

ggcgtcaagt ctggagacaa ttgctcgtcc gtgtcgctgg acccgctttc ttatccacca 1800

gatgacctta agagtgagaa tttttttctt ttttctttta ccttgagaaa tatacatcaa 1860

tagcataaaa atggtattgt tttatcccct ctgctctgct catattcgtt tccttttctt 1920

cagttcagcc acaacaagcc atgtcaagaa gtcaccgaat tgctatcatc tgtggagcaa 1980

ctgtgggttc tgtagcgttt gtcgctattg tggtcagtat gcttctttgg tggaggcata 2040

ggcgtaatca gcagatattt tttgatgtaa atggtaatgc tcttttcgat gttgggcttg 2100

ttcatagtaa cactgtctgg atttaaactt caaaaaatag acatctttgt tgtgtcaaag 2160

attgaagaat cttgtttctt tagttttgag ctatatgttt catattttcc tgtttcgtag 2220

caaattaatt ttgacaaaga gagatataaa aatgctcttg gttcatttga cttacttacc 2280

tttggtcaaa gctgaatggt taacattgga ctaatcttca gttatttaat ttccacaccg 2340

tgttaaattc aaataaacac gggataccac ataatccatt ttgtggattt ctgtagcttc 2400

tagtgataac ataggcaatc aatctgttac agttcattag gacagccact accaattcag 2460

aattttatac ttggttgctt acatgcctag gtgccccttg ttacaaaaac ctttgctgca 2520

gttctgccca gttacttttg atacattgat ttgccttgca acaaacatga gatctctcat 2580

tttacaaata tactacttga tctggtagtt ataacatgct tacagtttgg gtccatgctt 2640

tcctgtctgg catgttatgc tgttttagtt ccatactatg gtacctgata ctgatacctc 2700

ctcttagcta cagatcaata tgacccagaa gtatgcttgg gccatctgaa aaagtacacc 2760

ttcaaggagc ttcgagcatc taccaacaat ttcaactcaa aaaacatatt aggtgaaggt 2820

ggctatggaa tagtatacaa gggtttctta cgtgatggtt cgattgttgc tgttaaaaga 2880

ttgaaagact acaatgctgt tggtggggaa gttcaatttc aaactgaagt tgaagtcata 2940

agcttagctg ttcatcggaa tctcctacgg ctcattggat tctgcactac agagtgcgag 3000

agattacttg tctatcctta tatgccaaat ggaagtgttg cttctcaatt gcgtggttag 3060

tctctttccc catgcactta agaacctttt aagtaattag cattacttgt gcagattcat 3120

taatggcctg tttaatttct gctttccttt gccatgcatt aggctcattt cagatttaca 3180

gtctagcatg gatccatgtt ggcgtattgt ttcagtcaac tcagactgcc accaaatgct 3240

caacttgaaa agctgacact tgttagcgtt caggacaaga gatcctcaac atgttcacct 3300

atagcatgtc atatagtagt cttatctgct tttagtgaaa gttatactac aatcttgaaa 3360

gcattaacta ggctcataca cagtctacca gccatttgtg gttttgagtt ttgacccacc 3420

tacctttcac cacatatcat cctgggtaga ttcgtccttc tgtctcgcca tcaaacaaag 3480

ctcggctatg gtgattgctc ctgttggaag tacactgttt gtgctgatag aagtagttcc 3540

atcaattaat tcaaatcata ctcatgctct ctgactccct ctatttactt aactctttat 3600

tgacatttca cagtgcacca tattttggaa tatgaactga gctatccaca acatgacatg 3660

tctagattta ctattgatga aatgaattaa tccctccgat tcatattact tgtcgctcac 3720

ttagtacaaa ataaaaaaag agccatctta tgacagcttt ccatttatac tattcagttt 3780

gcaagcaaac taaccttctc ttcagtaaac ctaaactttc ctgcatttct tttccagagc 3840

atataaatgg caagccagct ctagattggt cgaggagaaa gatgatagca ctgggtacag 3900

cgagagggct gctttatttg catgagcagt gtgatccaaa aataatccat cgtgatgtaa 3960

aagcctccaa tgtgcttctt gatgaatatt ttgaagcaat tgtgggtgat ttcggactgg 4020

caaaactgtt ggatcaccag gagacccatg ttaccactgc agtgcgtggt accgtgggac 4080

acatagctcc agagtatttg tcaactgggc agtcatcgga gaagacagat gtgtttgggt 4140

ttggggtcct gttggttgag ttgatcactg gccagaaagc attagatttc ggaagactgg 4200

caaatcagaa gggcggagtg cttgatttgg taagcatgtt atatcgtgtc ctttcggtgc 4260

aatggtctca agttcacttt attactttat gtgaaaagac cgctttctcc tttccattcg 4320

agtttcttcg attctcgcct ttagtttggt ctcttcagag cttttcgaca actatgtatg 4380

tcgcttttag ctcctttctc gccttttaca ttgagtacac ttgagatgct gaagcatatt 4440

ttcatagtag aaaacagaag ctgcaaaaat gatgccatcc ctgttagttt atatggcatt 4500

catttctgtt aatcgtttat catagtgtca gcatattaac tactccctcc gtaaactgat 4560

ataagatctt ttagatcact actttagttt acagaggaag taactattaa ccatcagtta 4620

ccaccttctg tttagagttc agacttgaga ccacttgtca aaataagtat tcaagggtgg 4680

tctcttttct tagtggtgta tacattttga aggatgccaa tacaaagaaa tatttcttgc 4740

cggaccacct aggtctcttt ctttgtgttc tttgtaaggg tgtcgatacg aagagatatt 4800

tcacgggcgg aaatcggcct tatttctgat tcttgcatgt ggtggttcca ggtaaagaag 4860

ctccatcagg agaagcagct gaacatgatg gtggacaaag acctgggcag caactacgac 4920

agggtggagc tggaggagat ggtgcaggtg gccctgctgt gcacgcagta ctacccgtcc 4980

caccgcccca ggatgtcgga ggtgatccgg atgctggaag gcgacgggct cgcggagaaa 5040

tgggaggcgt cgcagaacgt ggacacgccc aagtccgtct cgtcggagct cctgcccctg 5100

aagttcaccg atttcgcggg ggcggacgag tcctcggtcg gcctcgaggc catggagctc 5160

tccggaccaa ggtgaccggc gatccatttg atcgcgtaga tgcttgctgt tgcctggatg 5220

gtcgcattcg actaggagac ggggcaaagg agaggtgaca ttttttttga tgtcggatag 5280

ggtaagggta ggtggtggca ttcatttgta tatacgggca tggtatcgtg tatttgtgtg 5340

agctcaggtc ggcccttcgt tgctgctcat gtacatgtag gctaagagag aagagaagag 5400

aagagatggg atgagttgag taaatataca gtagaaagga aaatcttcca ttagtcagat 5460

atatcctatg tctttcctct tgtttgtcag gcct 5494

<210> 2

<211> 16

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 2

tctggacagg ctattg 16

<210> 3

<211> 17

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 3

aattcccagc aatgctg 17

<210> 4

<211> 21

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 4

ctttcctctg tgtacactgc a 21

<210> 5

<211> 18

<212> DNA

<213> 人工序列(Artificial Sequence)

<400> 5

aacaagaata actaaggg 18

Claims (10)

1.一种试剂盒，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基。

2.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述SNP位点处的核苷酸为G或A；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙。

3.根据权利要求1所述的试剂盒，其特征在于：所述试剂盒包含序列表中SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

4.一种引物，用于检测小麦基因组中如下SNP位点的单核苷酸多态性，所述的SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基；所述SNP位点处的核苷酸为G或A；所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙。

5.根据权利要求4所述的引物，其特征在于：所述引物为序列表中SEQ ID NO.2和SEQID NO.3组成的引物对1F和1R，和/或序列表中SEQ ID NO.4和SEQ ID NO.5组成的引物对2F和2R。

6.一种分子标记，其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端989-1144位序列，和/或其核苷酸序列为SEQ ID NO.1中5’末端797-1406位序列。

7.权利要求1或2或3所述的试剂盒、权利要求4或5所述的引物、权利要求6所述的分子标记在鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状中的用途。

8.权利要求1或2或3所述的试剂盒、权利要求4或5所述的引物、权利要求6所述的分子标记在小麦育种中的应用。

9.一种鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状的方法，其特征在于：该方法包括如下步骤：

A、对待测小麦基因组DNA中任意一段包含如下SNP位点的DNA片段进行PCR扩增，并将该PCR扩增产物进行酶切鉴定；所述SNP位点对应于SEQ ID NO.1所示序列自5’末端第1010位碱基；

B、确定待测小麦的基因型，所述SNP位点处的核苷酸为G/G纯合时，相对应的基因型是甲；所述SNP位点处的核苷酸为A/A纯合时，相对应的基因型是乙；

C、根据待测小麦基因型按照如下标准确定待测小麦的每穗小穗数及穗粒数性状：基因型甲纯合小麦的每穗小穗数及穗粒数小于/候选小于基因型乙纯合小麦的每穗小穗数及穗粒数。

10.根据权利要求9所述的鉴定或辅助鉴定小麦每穗小穗数及穗粒数性状的方法，其特征在于：

步骤A中：所述的PCR扩增的DNA片段为SEQ ID NO.1中5’末端989-1144bp；所述的PCR扩增的特异性引物对为SEQ ID NO.2和SEQ ID NO.3组成的引物对1F和1R，SEQ ID NO.4和SEQID NO.5组成的引物对2F和2R；所述的酶切包括以下步骤：以小麦基因组DNA为模板，以引物1F和1R为引物对扩增得到PCR产物；将此PCR产物稀释10倍，以其作为模板，以引物2F和2R为引物对扩增得到PCR产物；用限制性内切酶PstI酶切PCR产物；

步骤B中：若PCR产物可以被切开，则该核苷酸多态性位点为G/G，基因型为甲；若PCR产物不能被切开，则该核苷酸多态性位点为A/A，基因型为乙。

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