CN113658634A - 碱基耦合效率检测方法及装置 - Google Patents
碱基耦合效率检测方法及装置 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113658634A CN113658634A CN202110931842.9A CN202110931842A CN113658634A CN 113658634 A CN113658634 A CN 113658634A CN 202110931842 A CN202110931842 A CN 202110931842A CN 113658634 A CN113658634 A CN 113658634A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- determining
- base
- coupling efficiency
- module
- color depth
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Granted
Links
Images
Classifications
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
-
- G—PHYSICS
- G01—MEASURING; TESTING
- G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
- G01N21/00—Investigating or analysing materials by the use of optical means, i.e. using sub-millimetre waves, infrared, visible or ultraviolet light
- G01N21/17—Systems in which incident light is modified in accordance with the properties of the material investigated
- G01N21/25—Colour; Spectral properties, i.e. comparison of effect of material on the light at two or more different wavelengths or wavelength bands
-
- G—PHYSICS
- G06—COMPUTING; CALCULATING OR COUNTING
- G06F—ELECTRIC DIGITAL DATA PROCESSING
- G06F17/00—Digital computing or data processing equipment or methods, specially adapted for specific functions
- G06F17/10—Complex mathematical operations
- G06F17/18—Complex mathematical operations for evaluating statistical data, e.g. average values, frequency distributions, probability functions, regression analysis
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B15/00—ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
Landscapes
- Physics & Mathematics (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- General Physics & Mathematics (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Data Mining & Analysis (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Mathematical Physics (AREA)
- Mathematical Optimization (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Pure & Applied Mathematics (AREA)
- Computational Mathematics (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- Mathematical Analysis (AREA)
- Probability & Statistics with Applications (AREA)
- Software Systems (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Algebra (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Databases & Information Systems (AREA)
- Operations Research (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- Immunology (AREA)
- Pathology (AREA)
- Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
- Image Analysis (AREA)
Abstract
本发明提供一种碱基耦合效率检测方法及装置,其中方法包括:确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法及装置,通过实时确定碱基合成过程中DMT颜色深度变化的实际值和基准值,通过实际值和基准值之间的比例来表征碱基耦合效率,对数据进行了完整精确的分析。
Description
技术领域
本发明涉及通信技术领域,尤其涉及一种碱基耦合效率检测方法及装置。
背景技术
在脱氧核糖核酸(Deoxyribonucleic Acid,DNA)合成过程中,脱保护基(Deblocking)用三氯乙酸(Trichloroacetic Acid,TCA)脱去连接在可控孔径玻璃(Controlled Pore Glass,CPG)上的核苷酸的保护基团二甲氧基三苯甲基(DMT),以获得游离的5'-羟基端,以供后续的缩合反应。
DMT检测主要是通过检测二甲氧基三苯甲基反应后的颜色深度,将颜色深度转换成数据进一步分析,从而计算出碱基的耦合效率。
然而现有技术中DMT检测***中采用串口通信,只能向下兼容各种合成仪设备,并且检测方法不够稳定,数据分析结果不够精确完整。
发明内容
本发明提供一种碱基耦合效率检测方法、装置、电子设备及存储介质,用以解决现有技术中DMT检测方法不够稳定,数据分析结果不够精确完整的缺陷,实现DMT检测的高效和稳定。
本发明提供一种碱基耦合效率检测方法,包括:
确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
根据本发明提供的一种碱基耦合效率检测方法,所述确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
确定所述第一数据集合的第一平均值;
基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
根据本发明提供的一种碱基耦合效率检测方法,所述确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
确定所述第二数据集合的第二平均值;
基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
根据本发明提供的碱基耦合效率检测方法,所述根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率之后,还包括:
根据所述比例绘制碱基耦合效率的函数图像。
本发明还提供一种碱基耦合效率检测装置,包括:
第一确定模块,用于确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
第二确定模块,用于确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
第三确定模块,用于根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
根据本发明提供的一种碱基耦合效率检测装置,所述第一确定模块包括第一获取子模块、第一确定子模块、第二确定子模块和第三确定子模块;
所述第一获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
所述第一确定子模块用于确定所述第一数据集合的第一平均值;
所述第二确定子模块用于基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
所述第三确定子模块用于根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
根据本发明提供的碱基耦合效率检测装置,所述第二确定模块包括第二获取子模块、第四确定子模块、第五确定子模块和第六确定子模块;
所述第二获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
所述第四确定子模块用于确定所述第二数据集合的第二平均值;
所述第五确定子模块用于基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
所述第六确定子模块用于根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
本发明还提供一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在存储器上并可在处理器上运行的计算机程序,所述处理器执行所述程序时实现如上述任一种所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
本发明还提供一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,该计算机程序被处理器执行时实现如上述任一种所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
本发明还提供一种计算机程序产品,包括计算机程序,所述计算机程序被处理器执行时实现如上述任一种所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法及装置,通过实时确定碱基合成过程中DMT颜色深度变化的实际值和基准值,通过实际值和基准值之间的比例来表征碱基耦合效率,对数据进行了完整精确的分析。
附图说明
为了更清楚地说明本发明或现有技术中的技术方案,下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作一简单地介绍,显而易见地,下面描述中的附图是本发明的一些实施例,对于本领域普通技术人员来讲,在不付出创造性劳动的前提下,还可以根据这些附图获得其他的附图。
图1是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法的流程示意图之一;
图2是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法的流程示意图之二;
图3是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测装置的结构示意图;
图4是本发明实施例提供的电子设备的结构示意图。
具体实施方式
为使本发明的目的、技术方案和优点更加清楚,下面将结合本发明中的附图,对本发明中的技术方案进行清楚、完整地描述,显然,所描述的实施例是本发明一部分实施例,而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例,本领域普通技术人员在没有作出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例,都属于本发明保护的范围。
DNA化学合成时由3'端向5'端进行,具体合成步骤如下:
脱保护基,用三氯乙酸脱去连接在CPG上的核苷酸的保护基团DMT,获得游离的5'-羟基端,以供下一步的缩合反应。
活化,将质子化的核苷3'-亚磷酰胺单体与四氮唑活化剂混合进入合成柱,形成亚磷酰胺四唑活性中间体,3'端已被活化,5'端仍受DMT保护,该中间体将与CPG上已脱保护基的核苷酸发生缩合反应。
偶联,当亚磷酰胺四唑活性中间体遇到CPG上已脱保护基的核苷酸时,将与其5'-羟基端发生亲核反应,缩合并脱去四唑,此时合成的寡核苷酸链向前延长一个碱基。
盖帽,为了防止未反应的与CPG相连的5'-羟基端在随后的循环中被延长,需要在偶联反应充分进行之后使之封闭,常用乙酰化来封闭此羟基。
氧化,缩合反应时核苷酸单体是通过亚磷酸酯键与连接在CPG上的寡糖核苷连接,而亚磷酸酯键不稳定,易被酸碱水解,常用碘的四氢呋喃溶液将亚磷酸酰胺转化为磷酸三酯,得到稳定的寡糖核苷酸。
结果上述步骤后,一个脱氧核苷酸被连接到CPG的核苷酸上,重复上述步骤即可得到DNA的片段样品。
DMT检测是指通过硬件设备检测DMT反应后的颜色深度,将颜色深度转换为数据,对数据作进一步处理来表征碱基的耦合效率。
但是对于现有技术中的DMT检测***,非专业性人员很难操作使用,并且采用串口通信,根据232/485接口标准与下位置通信,检测方法不够完整,对数据的分析不够完整精确。
针对现有技术中的上述问题,本发明实施例提供一种碱基耦合效率检测方法及装置。
图1是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法的流程示意图之一,如图1所示,本发明实施例提供一种碱基耦合效率检测方法,包括:
步骤101、确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值。
具体来说,在DMT检测开始前,需要选择合成用量,例如支持10nmol,50nmol,100nmol,200nmol,500nmol,1μmol,2μmol,5μmol,10μmol,20μmol,50μmol,100μmol等,合成用量支持自定义。预设摩尔质量即为检测开始时选择的合成用量。
实际值的获取取决于合成仪设备的正常合成功能。启动合成仪设备及软件***,检查合成仪设备是否完好后,连接采用控制器局域网(Controller Area Network,CAN)总线协议,在合成仪软件***的***设置中选择启用DMT检测。
CAN是一种有效支持分布式控制***的串行通信网络。CAN总线采用双线串行通信方式,检错能力强,具有可靠的错误处理和检错机制。
DMT检测启动前,检测DMT检测的人工智能(Artificial Intelligence,AI)模块是否完好。AI实际值采集模块用于DMT颜色深度数据的采集,采用基于以太网传输控制协议(Transmission Control Protocol,TCP)/网际协议(Internet Protocol,IP)的Modbus协议:Modbus TCP,实时收集DMT颜色深度的数据,并保存至动态数组中,以供后续对数据的分析处理。
互联网编号分配管理机构(Internet Assigned Numbers Authority,IANA)给Modbus协议赋予TCP端口号为502。标准的Modbus协议采用master/slave方式通信。
本发明中的DMT检测***采用以太网通信协议,可以防止控制设备腐蚀老化,从而导致检测效率降低。在数据导入***后,支持1/2/4/8/12/24/48通道独立检测碱基耦合效率,并且可向上/向下兼容各种合成仪设备,保证***的长时间稳定运行。
设备连接后,需要启动两个线程,一个线程用于心跳设置,TCP在一定时间内发送设置次数的心跳,以确保连接的有效性。一个线程用于DMT检测的数据接收。
某一通道合成预设摩尔质量的碱基的过程中,实时获取DMT的颜色深度的变化数据,对数据进行处理后确定一定时间内的实际值。
例如,选择合成用量为200nmol,设置最大阈值为20000,最小阈值为100,采集一定时间内的动态数组A={x0,x1,x2,x3,…,xn}。
对动态数组A中的数据进行处理,确定平均值X1。
将动态数组A中的数据按照一定的顺序,例如从小到大、从大到小的顺序排列,通过多项式回归确定系数K1和常数B1。
确定实际值为:Y=K1X1+B1。
步骤102、确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值。
具体来说,基准值的获取取决于合成仪设备的流量校正和时间校正功能,通过合成仪设备做基准值收集。AI基准值采集模块使用CAN总线协议,采用硬件设备连接,收集DMT颜色深度的变化数据,以供后续对数据的处理。
某一通道合成预设摩尔质量的碱基过程中,实时采集DMT颜色深度的变化数据,除确定一定时间内的实际值,还确定对应的基准值。
例如,选择合成用量为200nmol,设置最大阈值为20000,最小阈值为18000,采集一定时间内的动态数组B={t0,t1,t2,t3,…,tn}。
对动态数组B中的数据进行处理,确定平均值X2。
将动态数组B中的数据通过二分排序以及冒泡排序后,通过线性回归确定系数K2和常数B2。
确定基准值为:M=K2X2+B2。
步骤103、根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
具体来说,确定每一个实际值和基准值之间的比例,即Z=Y/M。对Z进行数据标准化处理,使得Z落入某一特定的区间中,例如[0,99.99]。
将Z值保存至动态数据C中,即C={Z1,Z2,Z3,…,Zn},其中n为最大碱基数。当标准化处理后的Z值越接近特定区间中的最大值时,说明碱基的耦合效率越高。
本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法,通过实时确定碱基合成过程中DMT颜色深度变化的实际值和基准值,通过实际值和基准值之间的比例来表征碱基耦合效率,对数据进行完整精确的分析。
可选地,所述确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
确定所述第一数据集合的第一平均值;
基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
具体来说,实际值的确定取决于DMT检测***中合成仪设备的正常合成功能。
图2是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法的流程示意图之二,如图2所示,本发明实施例提供一种碱基耦合效率检测方法,具体包括:
选择合成用量,这一模块为一键启动模块,操作人员选择碱基的合成用量,启动DMT检测。
在AI实际值采集模块,采用Modbus TCP协议,采用硬件设备连接,实时收集DMT颜色深度的变化数据,将位于第一区间的数据保存至第一数据集合即动态数组A中。
例如,选择合成用量为100nmol,第一区间为[100,10000],采集一定时间例如10min内的数据,这些数据被存入第一数据集合A中。
对A中的数据进行过滤处理,确定第一平均值X1。在一种可行的实施例中,通过均值滤波算法确定X1。
进一步地,对A中的数据进行过滤处理,按照一定的顺序例如从大到小排列,在一种可行的实施例中,通过冒泡排序算法对A中的数据进行处理。对数据重新排列后的第一数据集合,通过多项式回归算法,确定第一系数K1和第一常数B1。
则实际值为:Y=K1X1+B1。
可选地,所述确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
确定所述第二数据集合的第二平均值;
基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
具体来说,如图2所示,在AI基准值采集模块,采用CAN总线协议,采用硬件设备连接,收集DMT颜色深度的变化数据,将位于第二区间的数据保存至第二数据集合及动态数组B中。
例如,选择合成用量为100nmol,第二区间为[8000,10000],第二区间的范围远小于第一区间,且第二区间为第一区间的子集,采集一定时间例如10min内的数据,这些数据被存入第二数据集合B中。
对B中的数据进行处理,确定第二平均值X2。在一种可行的实施例中,通过均值滤波算法确定X2。
进一步地,对B中的数据进行排序,在一种可行的实施例中,通过二分排序算法、冒泡排序算法或者两种算法结合对B中的数据进行处理。对数据重新排列后的第二数据集合,通过线性回归算法,确定第二系数K2和第二常数B2。
确定基准值为:M=K2X2+B2。
可选地,所述根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率之后,还包括:
根据所述比例绘制碱基耦合效率的函数图像。
具体来说,DNA化学合成过程中,在连接阶段合成的寡核苷酸链向前延长一个碱基,对于每一个碱基,均可获取其对应的实际值Y和基准值M。
确定每一个Y值和对应的M值之间的比例Z值,对Z值进行数据标准化处理,使得Z值落入第三区间中,例如[0,99.99]。Z值越接近第三区间的最大值,说明碱基的耦合效率越高。
每一个碱基都可以获得一个Z值,以碱基的索引作为横坐标,对应的Z值作为纵坐标,可以绘制碱基耦合效率的函数图像,并将该图像显示在DMT检测***的可视界面上。
本发明实施例提供的碱基耦合效率检测方法及装置,通过实时确定碱基合成过程中DMT颜色深度变化的实际值和基准值,通过实际值和基准值之间的比例来表征碱基耦合效率,对数据进行完整精确的分析。
图3是本发明实施例提供的碱基耦合效率检测装置的结构示意图,如图3所示,本发明实施例提供一种碱基耦合效率检测装置,包括:
第一确定模块301,用于确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
第二确定模块302,用于确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
第三确定模块303,用于根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
可选地,所述第一确定模块包括第一获取子模块、第一确定子模块、第二确定子模块和第三确定子模块;
所述第一获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
所述第一确定子模块用于确定所述第一数据集合的第一平均值;
所述第二确定子模块用于基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
所述第三确定子模块用于根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
可选地,所述第二确定模块包括第二获取子模块、第四确定子模块、第五确定子模块和第六确定子模块;
所述第二获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
所述第四确定子模块用于确定所述第二数据集合的第二平均值;
所述第五确定子模块用于基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
所述第六确定子模块用于根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
可选地,所述装置还包括绘制模块;
所述绘制模块用于根据所述比例绘制碱基耦合效率的函数图像。
在此需要说明的是,本发明实施例提供的上述装置,能够实现上述方法实施例所实现的所有方法步骤,且能够达到相同的技术效果,在此不再对本实施例中与方法实施例相同的部分及有益效果进行具体赘述。
图4是本发明实施例提供的电子设备的结构示意图,如图4所示,该电子设备可以包括:
处理器(processor)401、通信接口(Communications Interface)402、存储器(memory)403和通信总线404,其中,处理器401,通信接口402,存储器403通过通信总线404完成相互间的通信。处理器401可以调用存储器403中的逻辑指令,以执行碱基耦合效率检测方法,该方法包括:
确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
此外,上述的存储器403中的逻辑指令可以通过软件功能单元的形式实现并作为独立的产品销售或使用时,可以存储在一个计算机可读取存储介质中。基于这样的理解,本发明的技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分或者该技术方案的部分可以以软件产品的形式体现出来,该计算机软件产品存储在一个存储介质中,包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机,服务器,或者网络设备等)执行本发明各个实施例所述方法的全部或部分步骤。而前述的存储介质包括:U盘、移动硬盘、只读存储器(ROM,Read-Only Memory)、随机存取存储器(RAM,Random Access Memory)、磁碟或者光盘等各种可以存储程序代码的介质。
另一方面,本发明还提供一种计算机程序产品,所述计算机程序产品包括存储在非暂态计算机可读存储介质上的计算机程序,所述计算机程序包括程序指令,当所述程序指令被计算机执行时,计算机能够执行上述各方法所提供的碱基耦合效率检测方法,该方法包括:
确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
又一方面,本发明还提供一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,该计算机程序被处理器执行时实现以执行上述各提供的碱基耦合效率检测方法,该方法包括:
确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
以上所描述的装置实施例仅仅是示意性的,其中所述作为分离部件说明的单元可以是或者也可以不是物理上分开的,作为单元显示的部件可以是或者也可以不是物理单元,即可以位于一个地方,或者也可以分布到多个网络单元上。可以根据实际的需要选择其中的部分或者全部模块来实现本实施例方案的目的。本领域普通技术人员在不付出创造性的劳动的情况下,即可以理解并实施。
通过以上的实施方式的描述,本领域的技术人员可以清楚地了解到各实施方式可借助软件加必需的通用硬件平台的方式来实现,当然也可以通过硬件。基于这样的理解,上述技术方案本质上或者说对现有技术做出贡献的部分可以以软件产品的形式体现出来,该计算机软件产品可以存储在计算机可读存储介质中,如ROM/RAM、磁碟、光盘等,包括若干指令用以使得一台计算机设备(可以是个人计算机,服务器,或者网络设备等)执行各个实施例或者实施例的某些部分所述的方法。
最后应说明的是:以上实施例仅用以说明本发明的技术方案,而非对其限制;尽管参照前述实施例对本发明进行了详细的说明,本领域的普通技术人员应当理解:其依然可以对前述各实施例所记载的技术方案进行修改,或者对其中部分技术特征进行等同替换;而这些修改或者替换,并不使相应技术方案的本质脱离本发明各实施例技术方案的精神和范围。
Claims (10)
1.一种碱基耦合效率检测方法,其特征在于,包括:
确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
2.根据权利要求1所述的碱基耦合效率检测方法,其特征在于,所述确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
确定所述第一数据集合的第一平均值;
基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
3.根据权利要求1所述的碱基耦合效率检测方法,其特征在于,所述确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值,包括:
获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
确定所述第二数据集合的第二平均值;
基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
4.根据权利要求1所述的碱基耦合效率检测方法,其特征在于,所述根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率之后,还包括:
根据所述比例绘制碱基耦合效率的函数图像。
5.一种碱基耦合效率检测装置,其特征在于,包括:
第一确定模块,用于确定合成预设摩尔质量的碱基的过程中二甲氧基三苯甲基的颜色深度的实际值;
第二确定模块,用于确定合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度的基准值;
第三确定模块,用于根据所述实际值和所述基准值之间的比例确定所述碱基的耦合效率。
6.根据权利要求5所述的碱基耦合效率检测装置,其特征在于,所述第一确定模块包括第一获取子模块、第一确定子模块、第二确定子模块和第三确定子模块;
所述第一获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第一预设范围内的第一数据集合;
所述第一确定子模块用于确定所述第一数据集合的第一平均值;
所述第二确定子模块用于基于多项式回归算法确定第一系数和第一常数;
所述第三确定子模块用于根据所述第一平均值、所述第一系数和所述第一常数确定所述实际值。
7.根据权利要求5所述的碱基耦合效率检测装置,其特征在于,所述第二确定模块包括第二获取子模块、第四确定子模块、第五确定子模块和第六确定子模块;
所述第二获取子模块用于获取合成所述碱基的过程中所述二甲氧基三苯甲基的颜色深度在第二预设范围内的第二数据集合;
所述第四确定子模块用于确定所述第二数据集合的第二平均值;
所述第五确定子模块用于基于线性回归算法确定第二系数和第二常数;
所述第六确定子模块用于根据所述第二平均值、所述第二系数和所述第二常数确定所述基准值。
8.一种电子设备,包括存储器、处理器及存储在所述存储器上并可在所述处理器上运行的计算机程序,其特征在于,所述处理器执行所述程序时实现如权利要求1至4任一项所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
9.一种非暂态计算机可读存储介质,其上存储有计算机程序,其特征在于,所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至4任一项所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
10.一种计算机程序产品,包括计算机程序,其特征在于,所述计算机程序被处理器执行时实现如权利要求1至4任一项所述碱基耦合效率检测方法的步骤。
Priority Applications (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110931842.9A CN113658634B (zh) | 2021-08-13 | 2021-08-13 | 碱基耦合效率检测方法及装置 |
Applications Claiming Priority (1)
Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
---|---|---|---|
CN202110931842.9A CN113658634B (zh) | 2021-08-13 | 2021-08-13 | 碱基耦合效率检测方法及装置 |
Publications (2)
Publication Number | Publication Date |
---|---|
CN113658634A true CN113658634A (zh) | 2021-11-16 |
CN113658634B CN113658634B (zh) | 2022-06-21 |
Family
ID=78479837
Family Applications (1)
Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
---|---|---|---|
CN202110931842.9A Active CN113658634B (zh) | 2021-08-13 | 2021-08-13 | 碱基耦合效率检测方法及装置 |
Country Status (1)
Country | Link |
---|---|
CN (1) | CN113658634B (zh) |
Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6818394B1 (en) * | 1996-11-06 | 2004-11-16 | Sequenom, Inc. | High density immobilization of nucleic acids |
CN1900103A (zh) * | 2005-07-18 | 2007-01-24 | 张必良 | 用于rna寡核苷酸合成中的核苷亚磷酰胺及其合成方法 |
US20130157261A1 (en) * | 2011-06-01 | 2013-06-20 | The Methodist Hospital Research Institute | Compositions and Methods for Quantitative Histology, Calibration of Images in Fluorescence Microscopy, and ddTUNEL Analyses |
CN104388546A (zh) * | 2014-10-30 | 2015-03-04 | 东南大学 | 一种两轮信号耦合编码的dna连接测序方法 |
CN111394430A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-07-10 | 重庆大学 | 一种基于CRISPR-Cas12a耦合增强型链置换扩增的检测***及其应用 |
CN112415081A (zh) * | 2019-08-23 | 2021-02-26 | 四川大学 | 一种基于稳定同位素检测的无标记CRISPR-Cas9分析方法 |
-
2021
- 2021-08-13 CN CN202110931842.9A patent/CN113658634B/zh active Active
Patent Citations (6)
Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
---|---|---|---|---|
US6818394B1 (en) * | 1996-11-06 | 2004-11-16 | Sequenom, Inc. | High density immobilization of nucleic acids |
CN1900103A (zh) * | 2005-07-18 | 2007-01-24 | 张必良 | 用于rna寡核苷酸合成中的核苷亚磷酰胺及其合成方法 |
US20130157261A1 (en) * | 2011-06-01 | 2013-06-20 | The Methodist Hospital Research Institute | Compositions and Methods for Quantitative Histology, Calibration of Images in Fluorescence Microscopy, and ddTUNEL Analyses |
CN104388546A (zh) * | 2014-10-30 | 2015-03-04 | 东南大学 | 一种两轮信号耦合编码的dna连接测序方法 |
CN112415081A (zh) * | 2019-08-23 | 2021-02-26 | 四川大学 | 一种基于稳定同位素检测的无标记CRISPR-Cas9分析方法 |
CN111394430A (zh) * | 2020-03-30 | 2020-07-10 | 重庆大学 | 一种基于CRISPR-Cas12a耦合增强型链置换扩增的检测***及其应用 |
Non-Patent Citations (2)
Title |
---|
CHRISTY AGBAVWE ET AL.: "Efficiency, error and yield in light-directed maskless synthesis of DNA microarrays", 《JOURNAL OF NANOBIOTECHNOLOGY》 * |
项一凡: "磷基阻滞剂抑制二噁英生成的实验研究", 《中国优秀硕士学位论文全文数据库 (工程科技Ⅰ辑)》 * |
Also Published As
Publication number | Publication date |
---|---|
CN113658634B (zh) | 2022-06-21 |
Similar Documents
Publication | Publication Date | Title |
---|---|---|
US11371074B2 (en) | Method and system for determining copy number variation | |
EP2002367B1 (en) | System and method for correcting primer extension errors in nucleic acid sequence data | |
CA2866324C (en) | Methods for analyzing massively parallel sequencing data for noninvasive prenatal diagnosis | |
DE06813760T1 (de) | Unterschiedliche übertragungszeitintervalle für drahtloses kommmunikationssystem | |
EP1706836B1 (en) | Method and system for analyzing reactions using an information system | |
CN108342455B (zh) | 一种从母体外周血检测胎儿非整倍体染色体的方法及其试剂盒 | |
EP2821501B1 (en) | Method and device for detecting microdeletion in chromosome sts area | |
CN113658634B (zh) | 碱基耦合效率检测方法及装置 | |
Zhao et al. | Bioinformatics for RNA-seq data analysis | |
US20200048714A1 (en) | Method and device for acquiring fetal fraction of cell-free DNA, storage medium and electronic device | |
CN112398966A (zh) | 测绘方法、装置、网络设备及可读存储介质 | |
IL255445B (en) | Removal of orthogonal blocking of nucleotides | |
JP2008312010A (ja) | Canのエラー検出評価方法およびcan通信装置 | |
CN113249453A (zh) | 一种检测拷贝数变化的方法 | |
CN109920480B (zh) | 一种校正高通量测序数据的方法和装置 | |
Te Beest et al. | Log‐ratio analysis of microbiome data with many zeroes is library size dependent | |
CN114822802A (zh) | 一种ecmo设备监测方法、***、设备及存储介质 | |
EP3642715B1 (en) | Method for detecting a disruption in a vehicle's communication system by checking for abnormalities in communication | |
Krawetz | Sequence errors described in GenBank: a means to determine the accuracy of DNA sequence interpretation | |
US20140188397A1 (en) | Methods of acquiring genome size and error | |
CN110129419B (zh) | 拷贝数变异的检测方法 | |
US20200043571A1 (en) | Methods and systems for modeling phasing effects in sequencing using termination chemistry | |
Alvarez-Valin et al. | Inaccurate reconstruction of ancestral GC levels creates a “vanishing isochores” effect | |
RU2783822C1 (ru) | Способ тестирования магистрального последовательного интерфейса | |
EP0962904A3 (de) | Verfahren zum Übertragen von Daten zwischen mindestens zwei Sendeeinheiten und mindestens einer Empfangseinheit auf mindestens einem Übertragungskanal |
Legal Events
Date | Code | Title | Description |
---|---|---|---|
PB01 | Publication | ||
PB01 | Publication | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
GR01 | Patent grant | ||
GR01 | Patent grant | ||
CP01 | Change in the name or title of a patent holder |
Address after: 301700 west side of the first floor of plant 3, No. 6 Xinchuang Road, Wuqing Development Zone, Wuqing District, Tianjin Patentee after: Tianjin Qingke Biotechnology Co.,Ltd. Patentee after: Beijing Qingke Biotechnology Co.,Ltd. Address before: 301700 west side of the first floor of plant 3, No. 6 Xinchuang Road, Wuqing Development Zone, Wuqing District, Tianjin Patentee before: Tianjin Qingke Biotechnology Co.,Ltd. Patentee before: Beijing Qingke Biotechnology Co.,Ltd. |
|
CP01 | Change in the name or title of a patent holder |