CN113286886A - 用于减少朊病毒表达的化合物和方法 - Google Patents
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Abstract
提供用于减少细胞或动物中PRNP RNA的量或活性且在某些情况下减少细胞或动物中PrP蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。此类化合物、方法和药物组合物可用于改善神经变性疾病的至少一种症状或标志。此类症状和标志是脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆和死亡。此类神经变性疾病包括朊病毒疾病、克‑雅二氏病(CJD)、变异型克‑雅二氏病(vCJD)、家族性克‑雅二氏病(fCJD)、杰茨曼‑斯脱司勒‑史茵克综合征、致命性家族性失眠症、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病。
Description
序列表
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技术领域
提供用于减少细胞或动物中朊病毒RNA(PRNP RNA)的量、和在某些情况下减少细胞或动物中朊病毒蛋白(PrP蛋白)的量的化合物、方法和药物组合物。这些化合物、方法和药物组合物可用于改善神经变性疾病的至少一种症状或标志。这些症状和标志包括脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆和死亡。这些神经变性疾病包括朊病毒疾病、克-雅二氏病(Creutzfeldt-Jakob disease，CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征(Gerstmann-Straussler-Scheinker syndrome)、致命性家族性失眠症、库鲁病(kuru)、阿尔茨海默氏病(Alzheimer’s disease)或帕金森氏病(Parkinson’s disease)。
背景技术
朊病毒疾病是罕见的进行性神经变性疾病的家族，它们对人与非人动物都有影响。此类疾病是由正常朊病毒蛋白(“PrPC”)的错误折叠引起，并以长潜伏期和与神经元损失相关的特征性海绵状变化为特征(Senesi等人，“In vivo prion models and thedisconnection between transmissibility and neurotoxicity”,Ageing ResearchReviews 2017,36:156-164；Erana等人，Biochem.And Biophys.Res.Comm.,“Prion-likedisorders and Transmissible Spongiform Encephalopathies:An overview of themechanistic features that are shared by the various disease-related misfoldedproteins”,2017,483:1125-1136)。朊病毒疾病的标志包括(但不限于)脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失和神经元损失的标记物。朊病毒疾病的症状包括(但不限于)快速进展型痴呆、人格改变、共济失调、幻觉、肌阵挛(肌肉痉挛)、舞蹈症、自主神经障碍、视力受损、失眠、失明、丧失语言能力、昏迷和死亡。
朊病毒蛋白可以若干种不同的构象状态出现：正常细胞形式PrPC和蛋白酶抗性羊瘙痒病致病形式，据假设它代表一组错误折叠的构象异构体，统称为羊瘙痒病或致病朊病毒蛋白“PrPSc”(Sensei,2017)。朊病毒蛋白的羊瘙痒病形式PrPSc是传染性海绵状脑病的致病因子。该蛋白质的两种形式具有相同的氨基酸序列，由PRNP RNA编码，只是它们在三维空间中折叠的方式不同。然而，PRNP RNA的某些突变导致所表达的蛋白质倾向于采用致病PrPSc的折叠状态(Mastrianni,“The genetics of prion diseases”,Genetic Med.,2010,12(4):187-195)。PrPSc形成聚集体且抵抗蛋白酶K引起的蛋白水解降解。感染性PrPSc可导致正常细胞PrPC的错误折叠，将它转化为蛋白酶K抗性PrPSc。此导致PrPSc的细胞水平增加，导致蛋白质聚集的增加以及错误折叠形式在整个CNS内的扩散。患者快速出现朊病毒疾病的特征性征象和症状，该朊病毒疾病总是致命的。
除朊病毒疾病之外，PrPC还已视为突触核蛋白病(例如帕金森氏病和路易体痴呆(dementia with Lewy bodies))(Ferreira等人，“α-synuclein interacts with PrPC toinduce cognitive impairment through mGluR5 and NMDAR2B”,Nature Neuroscience,2017,20:1569-157)和阿尔茨海默氏病(Purro等人，“Alzheimer’s”,BiologicalPsychiatry,2018,83(4):358-368)的分子靶。
PrPC与PrPSc可在脑脊液(CSF)中检测到。PrPC可通过标准方法(例如西方墨点(western blot))在CSF中检测到。感染性PrPSc可通过RT-QuIC测试(实时震动诱导转化)在朊病毒感染患者的CSF中检测到，如Orru等人，mBio,“Rapid and sensitive RT-QuICdetection of human Creutzfeldt-Jakob disease using cerebrospinal fluid”,2015,6(1):e02451-14所描述。此测试通过CSF样品诱导重组PrP底物错误折叠的能力将PrPSc与PrPC区分开来。
目前缺乏可接受的治疗神经变性疾病的选择。因此，本文的目标是提供用于治疗此类疾病的化合物、方法和药物组合物。
发明内容
本文提供用于减少细胞或动物中PRNP RNA的量或活性、和在某些实施方案中减少PrP蛋白的量的化合物、方法和药物组合物。在某些实施方案中，动物患有神经变性疾病。在某些实施方案中，神经变性疾病是朊病毒疾病、克-雅二氏病(CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征(GSS)、致命性家族性失眠症(FFI)、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病。在某些实施方案中，可用于减少PRNPRNA的表达的化合物是低聚化合物。在某些实施方案中，可用于减少PRNP RNA的表达的化合物是经修饰的低聚核苷酸。
还提供可用于改善神经变性疾病的至少一种症状或标志的方法。在某些实施方案中，神经变性疾病是朊病毒疾病、克-雅二氏病(CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征、致命性家族性失眠症、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病。在某些实施方案中，症状或标志包括脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆和死亡。
具体实施方式
应理解，前面的一般描述和下面的详细描述仅具有例示性和解释性而非具有限制性。在本文中，除非另有明确说明，否则单数的使用包括复数。除非另有说明，否则如本文所用“或”的使用意指“和(且)/或”。此外，术语“包括(including)”以及其它形式(例如“包括(includes)”和“包括(included)”)的使用不具限制性。此外，除非另有明确说明，否则诸如“要素”或“组分”等术语涵盖包含一个单元的要素和组分以及包含一个以上子单元的要素和组分。
本文使用的章节标题仅用于组织目的且不应解释为限制所述主题。本申请(包括但不限于专利、专利申请、文章、书籍和论文)中引用的所有文件或文件的部分有关本文所讨论文件的部分以及以其全文通过引用明确并入。
定义
除非提供特定的定义，否则与本文所述的分析化学、合成有机化学以及药物和药物化学结合使用的术语以及这些化学的程序和技术是本领域中众所周知且常用的那些术语和程序和技术。在允许的情况下，本公开全文提到的所有专利、申请、公开的申请和其它出版物以及其它数据通过引用以其整体并入本文中。
除非另外指明，否则以下术语具有以下含义：
定义
如本文所用，“2’-脱氧核苷”意指包含如在天然脱氧核糖核酸(DNA)中发现的2’-H(H)脱氧核糖基糖部分的核苷。在某些实施方案中，2’-脱氧核苷可包含经修饰的核碱基或可包含RNA核碱基(尿嘧啶)。除非另外指定，否则2’-脱氧核苷具有β-D构型。
如本文所用，“2’-取代的核苷”意指包含2’-取代的糖部分的核苷。如本文所用，关于糖部分的“2’-取代”意指包含至少一个除H或OH外的2’-取代基的糖部分。
如本文所用，“5-甲基胞嘧啶”意指经连接到5位的甲基修饰的胞嘧啶。5-甲基胞嘧啶是经修饰的核碱基。
如本文所用，“施用”意指向动物提供药剂。
如本文所用，“动物”意指人或非人动物。
如本文所用，“反义活性”意指由于反义化合物与它的靶核酸杂交而引起的任何可检测和/或可测量的变化。在某些实施方案中，反义活性是在没有反义化合物的情况下，与靶核酸水平或靶蛋白质水平相比，靶核酸或由该靶核酸编码的蛋白质的量或表达减少。
如本文所用，“反义化合物”意指能够实现至少一种反义活性的低聚化合物。
如本文所用，关于治疗的“改善”意指在没有治疗的情况下，至少一种症状相对于相同症状的改良。在某些实施方案中，改善是症状的严重程度或频率的降低，或症状的严重程度或频率的发作延迟或进展减缓。在某些实施方案中，症状或标志是脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆和死亡。
如本文所用，“双环核苷”或“BNA”意指包含双环糖部分的核苷。
如本文所用，“双环糖”或“双环糖部分”意指包含两个环的经修饰糖部分，其中第二环是通过桥连接第一环中的两个原子形成，由此形成双环结构。在某些实施方案中，双环糖部分的第一环是呋喃糖基部分。在某些实施方案中，双环糖部分不包含呋喃糖基部分。
如本文所用，“可裂解部分”意指在生理条件下(例如在细胞、动物或人内部)裂解的键或原子的组。
如本文所用，关于低聚核苷酸的“互补”意指在低聚核苷酸和另一核酸的核碱基序列沿相反方向对准时，该低聚核苷酸或它的一个或多个区域的至少70％的核碱基和该另一核酸或它的一个或多个区域的核碱基能够相互氢键结。互补核碱基意指能够相互形成氢键的核碱基。互补核碱基对包括腺嘌呤(A)和胸腺嘧啶(T)、腺嘌呤(A)和尿嘧啶(U)、胞嘧啶(C)和鸟嘌呤(G)、5-甲基胞嘧啶(mC)和鸟嘌呤(G)。互补低聚核苷酸和/或核酸不需要在每个核苷上具有核碱基互补性。而是，容忍一些错配。如本文所用，关于低聚核苷酸的“完全互补”或“100％互补”意指低聚核苷酸在该低聚核苷酸的每个核苷处都与另一低聚核苷酸或核酸互补。
如本文所用，“缀合物基团”意指直接连接到低聚核苷酸的原子的组。缀合物基团包括缀合物部分和将缀合物部分连接到低聚核苷酸的缀合物接头。
如本文所用，“缀合物接头”意指单键或包含至少一个将缀合物部分连接到低聚核苷酸的键的原子的组。
如本文所用，“缀合物部分”意指通过缀合物接头连接到低聚核苷酸的原子的组。
如本文所用，在低聚核苷酸背景中的“连续”是指彼此紧邻的核苷、核碱基、糖部分或核苷间连键。例如，“连续核碱基”意指在序列中彼此紧邻的核碱基。
如本文所用，“受限乙基”或“cEt”或“cEt修饰的糖”意指β-D核糖基双环糖部分，其中双环糖的第二环是通过桥连接β-D核糖基糖部分的4’-碳和2’-碳形成，其中该桥具有式4'-CH(CH3)-O-2'，且其中该桥的甲基呈S构型。
如本文所用，“cEt核苷”意指包含cEt修饰的糖的核苷。
如本文所用，“手性富集群体”意指多个具有相同分子式的分子，其中如果特定手性中心是立体随机的，那么该群体内在特定手性中心含有特定立体化学构型的分子的数量或百分比大于预期在该群体内在相同特定手性中心含有相同特定立体化学构型的分子的数量或百分比。每个分子内具有多个手性中心的分子的手性富集群体可含有一个或多个立体随机手性中心。在某些实施方案中，分子是经修饰的低聚核苷酸。在某些实施方案中，分子是包含经修饰低聚核苷酸的化合物。
如本文所用，“间隔体”意指包含具有多个核苷的内部区域的经修饰低聚核苷酸，该多个核苷支持位于具有一个或多个核苷的外部区域之间的RNase H裂解，其中包含内部区域的核苷在化学上不同于包含外部区域的一个或多个核苷。内部区域可称为“间隙”且外部区域可称为“翼”。除非另外指明，否则“间隔体”是指糖基序。除非另外指明，否则间隔体的间隙核苷的糖部分是未经修饰的2’-β-D-脱氧核糖基。因此，术语“MOE间隔体”指示具有两翼中的2’-MOE核苷的糖基序和2’-脱氧核苷间隙的间隔体。除非另外指明，否则MOE间隔体可包含一个或多个经修饰的核苷间连键和/或经修饰的核碱基，且此类修饰不一定遵循糖修饰的间隔体型式。
如本文所用，“热点区域”是靶核酸上易于使靶核酸的量或活性发生低聚化合物介导的降低的一系列核碱基。
如本文所用，“杂交”意指互补低聚核苷酸和/或核酸的配对或退火。尽管不限于特定机制，但最常见的杂交机制涉及互补核碱基之间的氢键结，该氢键结可为沃森-克里克(Watson-Crick)氢键结、霍格斯汀(Hoogsteen)氢键结或反向霍格斯汀氢键结。
如本文所用，术语“核苷间连键”是低聚核苷酸中相邻核苷之间的共价连键。如本文所用，“经修饰的核苷间连键”意指除磷酸二酯核苷间连键以外的任何核苷间连键。“硫代磷酸酯核苷间连键”是其中磷酸二酯核苷间连键的一个非桥接氧原子经硫原子替代的经修饰的核苷间连键。
如本文所用，“接头-核苷”意指将低聚核苷酸直接或间接连接到缀合物部分的核苷。接头-核苷位于低聚化合物的缀合物接头内。接头-核苷即使它们与低聚核苷酸邻接也并不视为低聚化合物的低聚核苷酸部分的一部分。
如本文所用，“非双环经修饰糖部分”意指包含修饰(例如取代基)的经修饰糖部分，该修饰不在糖的两个原子之间形成桥从而形成第二环。
如本文所用，“错配”或“非互补”意指当第一和第二低聚核苷酸对准时，第一低聚核苷酸的核碱基与第二低聚核苷酸或靶核酸的相应核碱基不互补。
如本文所用，“MOE”意指甲氧基乙基。“2’-MOE”或“2’-MOE修饰的糖”意指替代核糖基糖部分的2’-OH基团的2’-OCH2CH2OCH3基团。如本文所用，“2’-MOE核苷”意指包含2’-MOE修饰的糖的核苷。
如本文所用，“基序”意指低聚核苷酸中未经修饰和/或经修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连键的型式。
除非另外指定，否则如本文所用，“RNA”意指编码蛋白质且包括前mRNA和成熟mRNA的RNA转录物。
如本文所用，“神经变性疾病”意指以功能或结构的进行性丧失(包括运动功能丧失和神经元死亡)为特征的疾患。在某些实施方案中，神经变性疾病是朊病毒疾病。在某些实施方案中，神经变性疾病是克-雅二氏病(CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征、致命性家族性失眠症、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病中的任一者。
如本文所用，“核碱基”意指未经修饰的核碱基或经修饰的核碱基。如本文所用，“未经修饰的核碱基”是腺嘌呤(A)、胸腺嘧啶(T)、胞嘧啶(C)、尿嘧啶(U)或鸟嘌呤(G)。如本文所用，“经修饰的核碱基”是除未经修饰的A、T、C、U或G外能够与至少一个未经修饰的核碱基配对的原子的组。“5-甲基胞嘧啶”是经修饰的核碱基。通用碱基是可与5个未经修饰的核碱基中的任一者配对的经修饰核碱基。如本文所用，“核碱基序列”意指核酸或低聚核苷酸中独立于任何糖或核苷间连键修饰的连续核碱基的顺序。
如本文所用，“核苷”意指包含核碱基和糖部分的化合物。核碱基和糖部分各自独立地未经修饰或经修饰。如本文所用，“经修饰核苷”意指包含经修饰核碱基和/或经修饰糖部分的核苷。经修饰核苷包括缺少核碱基的无碱基核苷。“经连接核苷”是以连续序列连接(即，在连接的那些核苷之间不存在额外核苷)的核苷。
如本文所用，“低聚化合物”意指低聚核苷酸和任选地一个或多个其它特征，例如缀合物基团或端基。低聚化合物可与第一低聚化合物互补的第二低聚化合物配对或可未配对。“单链低聚化合物”是未配对的低聚化合物。术语“低聚双链体”意指由具有互补核碱基序列的两种低聚化合物形成的双链体。低聚双链体的每一低聚化合物可称为“双链低聚化合物”。
如本文所用，“低聚核苷酸”意指通过核苷间连键连接的经连接核苷链，其中每一核苷和核苷间连键可经修饰或未经修饰。除非另外指明，否则低聚核苷酸是由8-50个经连接核苷组成。如本文所用，“经修饰的低聚核苷酸”意指其中至少一个核苷或核苷间连键经修饰的低聚核苷酸。如本文所用，“未经修饰的低聚核苷酸”意指不包含任何核苷修饰或核苷间修饰的低聚核苷酸。
如本文所用，“药学上可接受的载体或稀释剂”意指适用于施用于动物的任何物质。某些此类载体使得药物组合物能够配制为例如片剂、丸剂、糖衣锭、胶囊、液体、凝胶、糖浆、浆液、悬浮液和菱形片剂用于受试者的经口摄入。在某些实施方案中，药学上可接受的载体或稀释剂是无菌水、无菌盐水、无菌缓冲溶液或无菌人工脑脊液。
如本文所用，“药学上可接受的盐”意指生理上和药学上的母体化合物且不会赋予它不需要的毒性效应。
如本文所用，“药物组合物”意指适于施用于受试者的物质的混合物。例如，药物组合物可包含低聚化合物和无菌水溶液。在某些实施方案中，药物组合物在某些细胞系中的自由摄取测定中显示活性。
如本文所用，“PrPC”意指PrP蛋白的正常细胞形式。
如本文所用，“PrPSc”意指PrP蛋白的蛋白酶抗性致病形式。
如本文所用，“前药”意指呈体外形式的治疗剂，它在动物或其细胞内转化为不同形式。通常，细胞或组织中存在的酶(例如内源酶或病毒酶)或化学物质的作用和/或生理条件有助于动物内前药的转化。
如本文所用，“减少或抑制量或活性”是指相对于未处理或对照样品中的转录表达或活性，转录表达或活性的减少或阻断，且不一定指示转录表达或活性的完全消除。
如本文所用，“RNAi化合物”意指至少部分地通过RISC或Ago2起作用来调节靶核酸和/或靶核酸编码的蛋白质的反义化合物。RNAi化合物包括(但不限于)双链siRNA、单链RNA(ssRNA)和微小RNA，包括微小RNA模拟物。在某些实施方案中，RNAi化合物调节靶核酸的量、活性和/或剪接。术语RNAi化合物不包括通过RNase H起作用的反义化合物。
如本文所用，关于低聚核苷酸的“自身互补”意指至少部分地与其自身杂交的低聚核苷酸。
如本文所用，“siRNA”是指具有包括两条反平行且基本上互补的核酸链的双链体结构的核糖核酸分子。形成双链体结构的两条链可为一个较大RNA分子的不同部分，或它们可为单独的RNA分子。当两条链是一个较大分子的一部分且因此由一条链的3'端与另一条链的5'端之间的连续核碱基连接从而形成双链体结构时，连接RNA链称为“发夹环”。RNA链可具有相同或不同数量的核苷酸。
如本文所用，“标准细胞测定”意指实施例1中所述的测定和它的合理变化形式。
如本文所用，“立体随机手性中心”在相同分子式的分子群体的背景中意指具有随机立体化学构型的手性中心。例如，在包含立体随机手性中心的分子群体中，具有立体随机手性中心的(S)构型的分子数可但不一定与具有立体随机手性中心的(R)构型的分子数相同。当手性中心的立体化学构型是并非经设计以控制立体化学构型的合成方法的结果时视为随机的。在某些实施方案中，立体随机手性中心是立体随机的硫代磷酸酯核苷间连键。
如本文所用，“糖部分”意指未经修饰的糖部分或经修饰的糖部分。如本文所用，“未经修饰的糖部分”意指如在RNA中发现的2’-OH(H)核糖基部分(“未经修饰的RNA糖部分”)或如在DNA中发现的2’-H(H)脱氧核糖基部分(“未经修饰的DNA糖部分”)。未经修饰的糖部分在1’位、3’位和4’位中的每一者处都具有一个氢，在3’位具有一个氧，且在5’位具有两个氢。如本文所用，“经修饰的糖部分”或“经修饰糖”意指经修饰的呋喃糖基糖部分或糖替代物。
如本文所用，“糖替代物”意指除呋喃糖基部分外的经修饰糖部分，它可将核碱基连接到低聚核苷酸中的另一基团，例如核苷间连键、缀合物基团或端基。包含糖替代物的经修饰核苷可纳入低聚核苷酸内的一个或多个位置中且此类低聚核苷酸能够与互补低聚化合物或靶核酸杂交。
如本文所用，“症状或标志”意指指示疾病或病症的存在或程度的任何身体特征或测试结果。在某些实施方案中，症状对于受试者或检查或测试该受试者的医学专业人员是显而易见的。在某些实施方案中，在侵入性诊断测试(包括(但不限于)死后测试)中，标志是显而易见的。
如本文所用，“靶核酸”和“靶RNA”意指反义化合物经设计用于影响的核酸。
如本文所用，“靶区域”意指低聚化合物经设计与它杂交的靶核酸部分。
如本文所用，“端基”意指共价连接到低聚核苷酸末端的化学基团或原子的组。
如本文所用，“治疗有效量”意指向动物提供治疗益处的药剂的量。例如，治疗有效量改良疾病的症状。
某些实施方案
本公开提供以下非限制性编号的实施方案：
实施方案1.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成的经修饰的低聚核苷酸，其中经修饰低聚核苷酸的核碱基序列与PRNP核酸的等长部分至少90％互补，且其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个选自经修饰糖、糖替代物和经修饰的核苷间连键的修饰。
实施方案2.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:27-2744中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核碱基。
实施方案3.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2745-2766中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个或19个核碱基。
实施方案4.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2767-2780中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个或18个核碱基。
实施方案5.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2781-2802中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个或17个核碱基。
实施方案6.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2803-2806中任一者的至少12个、13个、14个、15个或16个核碱基。
实施方案7.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续核碱基的一部分，其中所述部分与以下序列互补：
SEQ ID NO:2的核碱基5,635-5,677的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,791-5,826的等长部分；或
SEQ ID NO:2的核碱基14,366-14,410的等长部分。
实施方案8.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含选自以下的核碱基序列的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个连续核碱基：
SEQ ID No:530、607、684、761、838、915、1914、1992、2069、2146、2237、2301、2302、2536、2640、2750、2759、2760、2764、2788-2793、2803-2806；
SEQ ID No:1225、1302、1379、1456、2240、2307、2308、2383、2471、2537、2568、2647、2736-2739、2798-2801；或
SEQ ID No:555、632、709、786、863、940、1017、1862、1939、2017、2094、2171、2257、2334、2407、2408、2488、2508、2543、2612、2659、2677、2757、2766、2794-2797。
实施方案9.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续核碱基的一部分，其中所述部分与以下序列互补：
SEQ ID NO:2的核碱基4,902-4,929的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,000-5,026的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,073-5,100的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,515-5,559的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,595-5,632的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,666-5,690的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,857-5,881的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基9,352-9,377的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基11,331-11,358的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基16,292-16,328的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,120-17,151的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,211-17,241的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,281-17,331的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,410-17,445的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,601-17,641的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,635-17,670的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,663-17,712的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,753-17,781的等长部分；或
SEQ ID NO:2的核碱基17,985-18,016的等长部分。
实施方案10.如实施方案1-9中任一项所述的低聚化合物，其中当在经修饰低聚核苷酸的整个核碱基序列中测量时，经修饰低聚核苷酸的核碱基序列与SEQ ID NO:1、SEQ IDNO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的核碱基序列至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
实施方案11.如实施方案1-10中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷。
实施方案12.如实施方案11所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含经修饰糖部分。
实施方案13.如实施方案12所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含双环糖部分。
实施方案14.如实施方案13所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含双环糖部分，所述双环糖部分具有2’-4’桥，其中2’-4’桥选自-O-CH2-；和-O-CH(CH3)-。
实施方案15.如实施方案11-14中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含非双环经修饰糖部分。
实施方案16.如实施方案17所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含非双环经修饰糖部分，所述非双环经修饰糖部分包含2’-MOE修饰的糖或2’-OMe修饰的糖。
实施方案17.如实施方案11-16中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含糖替代物。
实施方案18.如实施方案15所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含选自吗啉基和PNA的糖替代物。
实施方案19.如实施方案1-12或15-18中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸不包含双环糖部分。
实施方案20.如实施方案1-19中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由1-7个经连接5’区核苷组成的5’区；
由6-10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由1-7个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含经修饰糖且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案21.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案22.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案23.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案24.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由9个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案25.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由9个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案26.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案27.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案28.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案29.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案30.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由6个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案31.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由3个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由7个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案32.如实施方案20所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有
由7个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由3个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，且每一中心区核苷包含2’-脱氧核糖基糖。
实施方案33.如实施方案20-32中任一项所述的低聚化合物，其中2’-脱氧核糖基糖为2’-β-D-脱氧核糖基糖。
实施方案34.如实施方案1-19中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由1-6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由6-10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由1-6个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含经修饰糖，
且中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为2’-OMe核苷且每一Nd为2’-β-D-脱氧核苷；
且n为6到8。
实施方案35.如实施方案34所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，
且中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为6。
实施方案36.如实施方案34所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，
且中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为6。
实施方案37.如实施方案34所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
每一5’区核苷和每一3’区核苷包含2’-MOE修饰的糖，
且中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为8。
实施方案38.如实施方案34-37中任一项所述的低聚化合物，其中2’-脱氧核糖基糖为2’-β-D-脱氧核糖基糖。
实施方案39.如实施方案1-38中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间连键。
实施方案40.如实施方案39所述的低聚化合物，其中经修饰低聚核苷酸的每一核苷间连键是经修饰的核苷间连键。
实施方案41.如实施方案39或40所述的低聚化合物，其中至少一个核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键。
实施方案42.如实施方案39或41所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间连键。
实施方案43.如实施方案39、41或42中任一项所述的低聚化合物，其中每一核苷间连键独立地选自磷酸二酯核苷间连键或硫代磷酸酯核苷间连键。
实施方案44.如实施方案1-43中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
实施方案45.如实施方案44所述的低聚化合物，其中经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。
实施方案46.如实施方案1-45中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由12-30个、12-22个、12-20个、14-20个、15-25个、16-20个、18-22个或18-20个经连接核苷组成。
实施方案47.如实施方案1-21、33、34或38-46中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由16个经连接核苷组成。
实施方案48.如实施方案1-20、22、33、34或38-46中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由17个经连接核苷组成。
实施方案49.如实施方案1-20、23、33、34-36或38-46中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由18个经连接核苷组成。
实施方案50.如实施方案1-20、24、25、33、34或38-46中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由19个经连接核苷组成。
实施方案51.如实施方案1-20、26-34或37-46中任一项所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸是由20个经连接核苷组成。
实施方案52.如实施方案39所述的低聚化合物，其中经修饰的低聚核苷酸具有核苷间连键基序soossssssssssooooss、sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、sooooossssssssssoss、ssooooossssssssssos、soooossssssssssoos、soooosssssssssooss、soosssssssssooss、sooosssssssssooss或soosssssssssoos，其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。
实施方案53.如实施方案1-52中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物是由经修饰的低聚核苷酸组成。
实施方案54.如实施方案1-52中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物包含缀合物基团，所述缀合物基团包含缀合物部分和缀合物接头。
实施方案55.如实施方案54所述的低聚化合物，其中缀合物基团包含GalNAc簇，所述GalNAc簇包含1-3个GalNAc配体。
实施方案56.如实施方案54或55所述的低聚化合物，其中缀合物接头是由单键组成。
实施方案57.如实施方案54所述的低聚化合物，其中缀合物接头是可裂解的。
实施方案58.如实施方案54所述的低聚化合物，其中缀合物接头包含1-3个接头-核苷。
实施方案59.如实施方案54-58中任一项所述的低聚化合物，其中缀合物基团在经修饰低聚核苷酸的5’端连接到经修饰的低聚核苷酸。
实施方案60.如实施方案54-58中任一项所述的低聚化合物，其中缀合物基团在经修饰低聚核苷酸的3’端连接到经修饰的低聚核苷酸。
实施方案61.如实施方案1-60中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物包含端基。
实施方案62.如实施方案1-61中任一项所述的低聚化合物，其中低聚化合物是单链低聚化合物。
实施方案63.如实施方案1-57或59-62中任一项所述的低聚化合物，其中低聚化合物不包含接头-核苷。
实施方案64.一种低聚双链体，所述低聚双链体包含如实施方案1-61或63中任一项所述的低聚化合物。
实施方案65.一种反义化合物，所述反义化合物包含如实施方案1-63中任一项所述的低聚化合物或如实施方案64所述的低聚双链体或由它组成。
实施方案66.一种药物组合物，所述药物组合物包含如实施方案1-63中任一项所述的低聚化合物或如实施方案64所述的低聚双链体和药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案67.如实施方案66所述的药物组合物，所述药物组合物包含药学上可接受的稀释剂，其中药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液。
实施方案68.如实施方案67所述的药物组合物，其中药物组合物基本上由经修饰的低聚核苷酸和磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液组成。
实施方案69.一种方法，所述方法包括向动物施用如实施方案66-68中任一项所述的药物组合物。
实施方案70.一种治疗与PRNP相关的疾病的方法，所述方法包括向患有与PRNP相关的疾病或具有患上与PRNP相关的疾病的风险的个体施用治疗有效量的根据实施方案66-68中任一项所述的药物组合物；和由此治疗与PRNP相关的疾病。
实施方案71.一种减少患有与PRNP相关的疾病或具有患上与PRNP相关的疾病的风险的个体的CSF中的PrP蛋白的方法，治疗有效量的根据实施方案66-68中任一项所述的药物组合物；和由此减少CSF中的PrP蛋白。
实施方案72.如实施方案71所述的方法，其中PrP蛋白为PrPC。
实施方案73.如实施方案71所述的方法，其中PrP蛋白为PrPSc。
实施方案74.如实施方案71所述的方法，其中PrP蛋白为PrPC与PrPSc二者。
实施方案75.如实施方案70或71所述的方法，其中所述施用是通过鞘内施用进行。
实施方案76.如实施方案70或实施方案71所述的方法，其中与PRNP相关的疾病是神经变性疾病。
实施方案77.如实施方案76所述的方法，其中神经变性疾病选自朊病毒疾病、克-雅二氏病(CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征、致命性家族性失眠症、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病。
实施方案78.如实施方案70-77中任一项所述的方法，其中神经变性疾病的至少一种症状或标志得以改善。
实施方案79.如实施方案78所述的方法，其中所述症状或标志是以下中的任一者：脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆或死亡。
实施方案80.一种减少细胞中的PRNP RNA的方法，所述方法包括使细胞与根据实施方案1-63中任一项所述的低聚化合物、根据实施方案64所述的低聚双链体或根据实施方案65所述的反义化合物接触；和由此减少细胞中的PRNP RNA。
实施方案81.一种减少细胞中的PrP蛋白的方法，所述方法包括使细胞与根据实施方案1-63中任一项所述的低聚化合物、根据实施方案64所述的低聚双链体或根据实施方案65所述的反义化合物接触；和由此减少细胞中的PrP。
实施方案82.如实施方案81所述的方法，其中PrP蛋白为PrPC。
实施方案83.如实施方案81所述的方法，其中PrP蛋白为PrPSc。
实施方案84.如实施方案81所述的方法，其中PrP蛋白为PrPC与PrPSc二者。
实施方案85.如实施方案80-84中任一项所述的方法，其中细胞处于动物中。
实施方案86.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)，或其盐。
实施方案87.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)。
实施方案88.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)，或其盐。
实施方案89.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)。
实施方案90.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1939)，或其盐。
实施方案91.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1939)。
实施方案92.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2302)，或其盐。
实施方案93.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2302)。
实施方案94.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2750)，或其盐。
实施方案95.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2750)。
实施方案96.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2739)，或其盐。
实施方案97.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2739)。
实施方案98.如实施方案86、88、90、92、94或96所述的经修饰低聚核苷酸，所述经修饰低聚核苷酸为所述化学结构的钠盐。
实施方案99.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Ges Teo mCeo Aeo Tes Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Geo mCeo TesAes mCe(SEQ ID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案100.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Ges Teo mCeo Aeo Teo Aeo Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Gds mCeo TesAes mCe(SEQ ID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案101.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Ges mCeo Teo Teo Aeo Teo Tds Ads Tds Tds mCds Ads Tds Gds Tds Tds mCeo TesmCes mCe(SEQ ID NO:1939)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案102.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Ges Teo Geo Teo mCeo Aeo Tds Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aeo GesmCes Te(SEQ ID NO:2302)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案103.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Ges Teo mCeo Aeo Teo Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aes Geo mCeo TesAe(SEQ ID NO:2750)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案104.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰低聚核苷酸：Aes mCeo Geo Teo mCes mCds Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Gds Tds Geo mCeoTes Tes Te(SEQ ID NO:2739)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
实施方案105.如实施方案99-104中任一项所述的化合物，所述化合物包含共价连接到缀合物基团的经修饰低聚核苷酸。
实施方案106.一种如实施方案86-105中任一项所述的经修饰低聚核苷酸的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键。
实施方案107.如实施方案106所述的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸包含至少一个具有(Sp)或(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键。
实施方案108.如实施方案106所述的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸在每一硫代磷酸酯核苷间连键处具有经独立选择的特定立体化学构型
实施方案109.如实施方案106所述的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸在每一硫代磷酸酯核苷间连键处具有(Sp)或(Rp)构型。
实施方案110.如实施方案106所述的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸在一个特定硫代磷酸酯核苷间连键处具有(Rp)构型且在其余硫代磷酸酯核苷间连键中的每一者处具有(Sp)构型。
实施方案111.如实施方案106或实施方案108所述的手性富集群体，其中所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸在5’到3’方向上具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的连续硫代磷酸酯核苷间连键。
实施方案112.一种如实施方案86-105中任一项所述的经修饰低聚核苷酸的群体，其中经修饰低聚核苷酸的所有硫代磷酸酯核苷间连键是立体随机的。
实施方案113.一种药物组合物，所述药物组合物包含如实施方案106-112中任一项所述的经修饰低聚核苷酸的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
实施方案114.一种药物组合物，如实施方案86-105中任一项所述的和药学上可接受的稀释剂或载体。
实施方案115.如实施方案114所述的药物组合物，所述药物组合物包含药学上可接受的稀释剂，其中所述药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液。
实施方案116.如实施方案115所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由经修饰的低聚核苷酸和磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液组成。
I.某些低聚核苷酸
在某些实施方案中，本文提供包含低聚核苷酸的低聚化合物，这些低聚核苷酸是由经连接核苷组成。低聚核苷酸可为未经修饰的低聚核苷酸(RNA或DNA)或可为经修饰的低聚核苷酸。相对于未经修饰的RNA或DNA，经修饰的低聚核苷酸包含至少一个修饰。也就是说，经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰的核苷(包含经修饰的糖部分和/或经修饰的核碱基)和/或至少一个经修饰的核苷间连键。
A.某些经修饰核苷
经修饰核苷包含经修饰的糖部分或经修饰的核碱基或经修饰的糖部分与经修饰的核碱基二者。
1.某些糖部分
在某些实施方案中，经修饰糖部分是非双环经修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰糖部分是双环或三环糖部分。在某些实施方案中，经修饰糖部分是糖替代物。此类糖替代物可包含对应于其它类型的经修饰糖部分的取代的一个或多个取代。
在某些实施方案中，经修饰糖部分是包含呋喃糖基环的非双环经修饰糖部分，该呋喃糖基环具有一个或多个取代基，该一个或多个取代基都不桥接呋喃糖基环的两个原子以形成双环结构。此类非桥接取代基可处于呋喃糖基的任一位置，包括(但不限于)2’位、4’位和/或5’位的取代基。在某些实施方案中，非双环经修饰糖部分的一个或多个非桥接取代基是分支的。适于非双环经修饰糖部分的2’-取代基的实例包括(但不限于)：2’-F、2'-OCH3(“OMe”或“O-甲基”)和2'-O(CH2)2OCH3(“MOE”)。在某些实施方案中，2’-取代基选自：卤基、烯丙基、氨基、叠氮基、SH、CN、OCN、CF3、OCF3、O-C1-C10烷氧基、O-C1-C10取代的烷氧基、O-C1-C10烷基、O-C1-C10取代的烷基、S-烷基、N(Rm)-烷基、O-烯基、S-烯基、N(Rm)-烯基、O-炔基、S-炔基、N(Rm)-炔基、O-烷基烯基-O-烷基、炔基、烷芳基、芳烷基、O-烷芳基、O-芳烷基、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)或OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn)，其中每一Rm和Rn独立地是H、氨基保护基团或经取代或未经取代的C1-C10烷基和Cook等人，U.S.6,531,584；Cook等人，U.S.5,859,221；和Cook等人，U.S.6,005,087中所述的2’-取代基。这些2'-取代基的某些实施方案还可经一个或多个独立地选自以下的取代基取代：羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基(NO2)、硫醇、硫代烷氧基、硫代烷基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。适于非双环经修饰糖部分的4’-取代基的实例包括(但不限于)烷氧基(例如甲氧基)、烷基和Manoharan等人，WO2015/106128中所述的那些基团。适于非双环经修饰糖部分的5’-取代基的实例包括(但不限于)：5-甲基(R或S)、5'-乙烯基和5’-甲氧基。在某些实施方案中，非双环经修饰糖部分包含一个以上的非桥接糖取代基，例如2'-F-5'-甲基糖部分以及Migawa等人，WO 2008/101157和Rajeev等人，US2013/0203836中所述的经修饰糖部分和经修饰核苷。)。
在某些实施方案中，2’-取代的非双环经修饰核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基：F、NH2、N3、OCF3、OC H3、O(CH2)3NH2、CH2CH＝CH2、OCH2CH＝CH2、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(Rm)(Rn)、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和N-取代的乙酰胺(OCH2C(＝O)-N(Rm)(Rn))，其中每一Rm和Rn独立地是H、氨基保护基团或经取代或未经取代的C1-C10烷基。
在某些实施方案中，2’-取代的核苷非双环经修饰核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基：F、OCF3、OCH3、OCH2CH2OCH3、O(CH2)2SCH3、O(CH2)2ON(CH3)2、O(CH2)2O(CH2)2N(CH3)2和OCH2C(＝O)-N(H)CH3(“NMA”)。
在某些实施方案中，2’-取代的非双环经修饰核苷包含糖部分，该糖部分包含选自以下的非桥接2’-取代基：F、OCH3和OCH2CH2OCH3。
某些经修饰糖部分包含取代基，该取代基桥接呋喃糖基环的两个原子以形成第二环，产生双环糖部分。在某些此类实施方案中，双环糖部分包含4'与2'呋喃糖环原子之间的桥。此类4’到2’桥接糖取代基的实例包括(但不限于)：4'-CH2-2'、4'-(CH2)2-2'、4'-(CH2)3-2'、4'-CH2-O-2'(“LNA”)、4'-CH2-S-2'、4'-(CH2)2-O-2'(“ENA”)、4'-CH(CH3)-O-2'(称为“受限乙基”或“cEt”)、4’-CH2-O-CH2-2’、4’-CH2-N(R)-2’、4'-CH(CH2OCH3)-O-2'(“受限MOE”或“cMOE”)和其类似物(参见例如Seth等人，U.S.7,399,845；Bhat等人，U.S.7,569,686；Swayze等人，U.S.7,741,457；和Swayze等人，U.S.8,022,193)、4'-C(CH3)(CH3)-O-2'和其类似物(参见例如Seth等人，U.S.8,278,283)、4'-CH2-N(OCH3)-2'和其类似物(参见例如Prakash等人，U.S.8,278,425)、4'-CH2-O-N(CH3)-2'(参见例如Allerson等人，U.S.7,696,345和Allerson等人，U.S.8,124,745)、4'-CH2-C(H)(CH3)-2'(参见例如Zhou等人，J.Org.Chem.,2009、74、118-134)、4'-CH2-C(＝CH2)-2'和其类似物(参见例如Seth等人，U.S.8,278,426)、4’-C(RaRb)-N(R)-O-2’、4’-C(RaRb)-O-N(R)-2’、4'-CH2-O-N(R)-2'和4'-CH2-N(R)-O-2'，其中每一R、Ra和Rb独立地是H、保护基团或C1-C12烷基(参见例如Imanishi等人，U.S.7,427,672)。
在某些实施方案中，此类4’到2’桥独立地包含1到4个独立地选自以下的经连接基团：-[C(Ra)(Rb)]n-、-[C(Ra)(Rb)]n-O-、-C(Ra)＝C(Rb)-、-C(Ra)＝N-、-C(＝NRa)-、-C(＝O)-、-C(＝S)-、-O-、-Si(Ra)2-、-S(＝O)x-和-N(Ra)-；
其中：
x为0、1或2；
n为1、2、3或4；
每一Ra和Rb独立地是H、保护基团、羟基、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、杂环基、经取代杂环基、杂芳基、经取代杂芳基、C5-C7脂环基、经取代的C5-C7脂环基、卤素、OJ1、NJ1J2、SJ1、N3、COOJ1、酰基(C(＝O)-H)、经取代酰基、CN、磺酰基(S(＝O)2-J1)或亚磺酰基(S(＝O)-J1)；且
每一J1和J2独立地是H、C1-C12烷基、经取代的C1-C12烷基、C2-C12烯基、经取代的C2-C12烯基、C2-C12炔基、经取代的C2-C12炔基、C5-C20芳基、经取代的C5-C20芳基、酰基(C(＝O)-H)、经取代酰基、杂环基、经取代杂环基、C1-C12氨基烷基、经取代的C1-C12氨基烷基或保护基团。
其它双环糖部分为本领域已知，参见例如：Freier等人，Nucleic AcidsResearch,1997,25(22),4429-4443；Albaek等人，J.Org.Chem.,2006,71,7731-7740；Singh等人，Chem.Commun.,1998,4,455-456；Koshkin等人，Tetrahedron,1998,54,3607-3630；Kumar等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1998,8,2219-2222；Singh等人，J.Org.Chem.,1998,63,10035-10039；Srivastava等人，J.Am.Chem.Soc.,20017,129,8362-8379；Wengel等人，U.S.7,053,207；Imanishi等人，U.S.6,268,490；Imanishi等人，U.S.6,770,748；Imanishi等人，U.S.RE44,779；Wengel等人，U.S.6,794,499；Wengel等人，U.S.6,670,461；Wengel等人，U.S.7,034,133；Wengel等人，U.S.8,080,644；Wengel等人，U.S.8,034,909；Wengel等人，U.S.8,153,365；Wengel等人，U.S.7,572,582；和Ramasamy等人，U.S.6,525,191；Torsten等人，WO 2004/106356；Wengel等人，WO 1999/014226；Seth等人，WO 2007/134181；Seth等人，U.S.7,547,684；Seth等人，U.S.7,666,854；Seth等人，U.S.8,088,746；Seth等人，U.S.7,750,131；Seth等人，U.S.8,030,467；Seth等人，U.S.8,268,980；Seth等人，U.S.8,546,556；Seth等人，U.S.8,530,640；Migawa等人，U.S.9,012,421；Seth等人，U.S.8,501,805；和美国专利公开Allerson等人的第US2008/0039618号和Migawa等人的第US2015/0191727号。
在某些实施方案中，双环糖部分和纳入此类双环糖部分的核苷还通过异构构型来定义。例如，LNA核苷(本文所述)可呈α-L构型或β-D构型。
α-L-亚甲基氧基(4’-CH2-O-2’)或α-L-LNA双环核苷已纳入低聚核苷酸中，显示反义活性(Frieden等人，Nucleic Acids Research,2003,21,6365-6372)。在本文中，双环核苷的一般描述包括两种异构构型。除非另外指定，否则当在本文所例示实施方案中鉴定特定双环核苷(例如LNA或cEt)的位置时，它们呈β-D构型。
在某些实施方案中，经修饰糖部分包含一个或多个非桥接糖取代基和一个或多个桥接糖取代基(例如5’-取代的糖和4’-2’桥接糖)。
在某些实施方案中，经修饰糖部分是糖替代物。在某些此类实施方案中，糖部分的氧原子经例如硫、碳或氮原子替代。在某些此类实施方案中，此类经修饰糖部分还包含如本文所述的桥接和/或非桥接取代基。例如，某些糖替代物包含4’-硫原子和2'位的取代(参见例如Bhat等人，U.S.7,875,733和Bhat等人，U.S.7,939,677)和/或5’位的取代。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有除5个原子外的环。例如，在某些实施方案中，糖替代物包含6员四氢吡喃(“THP”)。此类四氢吡喃还可经修饰或取代。包含此类经修饰四氢吡喃的核苷包括(但不限于)己糖醇核酸(“HNA”)、安尼妥(anitol)核酸(“ANA”)、甘露醇核酸(“MNA”)(参见例如Leumann,CJ.Bioorg.&Med.Chem.2002,10,841-854)、氟HNA：
(“F-HNA”，参见例如Swayze等人，U.S.8,088,904；Swayze等人，U.S.8,440,803；Swayze等人，U.S.8,796,437；和Swayze等人，U.S.9,005,906；F-HNA还可称为F-THP或3'-氟四氢吡喃)和包含其它经修饰THP化合物的核苷，这些经修饰THP化合物具有下式：
其中，独立地，对于这些经修饰THP核苷中的每一者：
Bx为核碱基部分；
T3和T4各自独立地是将经修饰THP核苷连接到低聚核苷酸的其余部分的核苷间连接基团，或T3和T4中的一者是将经修饰THP核苷连接到低聚核苷酸的其余部分的核苷间连接基团，且T3和T4中的另一个是H、羟基保护基团、经连接缀合物基团或5'或3'-端基；
q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自独立地是H、C1-C6烷基、经取代的C1-C6烷基、C2-C6烯基、经取代的C2-C6烯基、C2-C6炔基或经取代的C2-C6炔基；且
R1和R2中的每一者独立地选自：氢、卤素、经取代或未经取代的烷氧基、NJ1J2、SJ1、N3、OC(＝X)J1、OC(＝X)NJ1J2、NJ3C(＝X)NJ1J2和CN，其中X是O、S或NJ1，且每一J1、J2和J3独立地是H或C1-C6烷基。
在某些实施方案中，提供经修饰的THP核苷，其中q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7各自为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个不为H。在某些实施方案中，q1、q2、q3、q4、q5、q6和q7中的至少一个是甲基。在某些实施方案中，提供经修饰THP核苷，其中R1和R2中的一者是F。在某些实施方案中，R1是F且R2是H，在某些实施方案中，R1是甲氧基且R2是H，且在某些实施方案中，R1是甲氧基乙氧基且R2是H。
在某些实施方案中，糖替代物包含具有5个以上原子和一个以上杂原子的环。例如，已报道包含吗啉基糖部分的核苷和它们在低聚核苷酸中的用途(参见例如Braasch等人，Biochemistry,2002,41,4503-4510和Summerton等人，U.S.5,698,685；Summerton等人，U.S.5,166,315；Summerton等人，U.S.5,185,444；和Summerton等人，U.S.5,034,506)。如本文所用，术语“吗啉基”意指具有以下结构的糖替代物：
在某些实施方案中，吗啉基可例如通过从上述吗啉基结构添加或改变多个取代基来修饰。此类糖替代物在本文中称为“经修饰的吗啉基”。
在某些实施方案中，糖替代物包含非环部分。包含此类非环糖替代物的核苷和低聚核苷酸的实例包括(但不限于)：肽核酸(“PNA”)、非环丁基核酸(参见例如Kumar等人，Org.Biomol.Chem.,2013,11,5853-5865)和Manoharan等人，WO2011/133876中所述的核苷和低聚核苷酸。
可用于经修饰核苷中的许多其它双环和三环糖和糖替代物环***为本领域已知。
2.某些经修饰的核碱基
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个核苷，该一个或多个核苷包含未经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个核苷，该一个或多个核苷包含经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个核苷，该一个或多个核苷不包含核碱基，称为无碱基核苷。
在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：5-取代的嘧啶、6-氮杂嘧啶、烷基或炔基取代的嘧啶、烷基取代的嘌呤以及N-2、N-6和O-6取代的嘌呤。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：2-氨基丙基腺嘌呤、5-羟甲基胞嘧啶、黄嘌呤、次黄嘌呤、2-氨基腺嘌呤、6-N-甲基鸟嘌呤、6-N-甲基腺嘌呤、2-丙基腺嘌呤、2-硫代尿嘧啶、2-硫代胸腺嘧啶和2-硫代胞嘧啶、5-丙炔基(-C≡C-CH3)尿嘧啶、5-丙炔基胞嘧啶、6-偶氮尿嘧啶、6-偶氮胞嘧啶、6-偶氮胸腺嘧啶、5-核糖基尿嘧啶(假尿嘧啶)、4-硫尿嘧啶、8-卤基、8-氨基、8-硫醇、8-硫代烷基、8-羟基、8-氮杂和其它8-取代的嘌呤、5-卤基，尤其5-溴、5-三氟甲基、5-卤尿嘧啶和5-卤胞嘧啶、7-甲基鸟嘌呤、7-甲基腺嘌呤、2-F-腺嘌呤、2-氨基腺嘌呤、7-去氮杂鸟嘌呤、7-去氮杂腺嘌呤、3-去氮杂鸟嘌呤、3-去氮杂腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、2-N-异丁酰基鸟嘌呤、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基尿嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基4-N-苯甲酰基尿嘧啶、通用碱基、疏水碱基、泛宿主性碱基、尺寸扩大的碱基和氟化碱基。其它经修饰的核碱基包括三环嘧啶，例如1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮、1,3-二氮杂吩噻嗪-2-酮和9-(2-氨基乙氧基)-1,3-二氮杂吩噁嗪-2-酮(G-夹)。经修饰的核碱基还可包括其中嘌呤或嘧啶碱基经其它杂环替代的核碱基，例如7-去氮杂-腺嘌呤、7-去氮杂鸟苷、2-氨基吡啶和2-吡啶酮。其它核碱基包括Merigan等人，U.S.3,687,808中所公开的那些核碱基、TheConcise Encyclopedia Of Polymer Science And Engineering,Kroschwitz,J.I.编辑，John Wiley&Sons,1990,858-859；Englisch等人，Angewandte Chemie，国际版，1991,30,613；Sanghvi,Y.S.，第15章，Antisense Research and Applications,Crooke,S.T.和Lebleu,B.编辑，CRC Press,1993,273-288中所公开的那些核碱基；和第6章和第15章,Antisense Drug Technology,Crooke S.T.编辑，CRC Press,2008,163-166和442-443中所公开的那些核碱基。
教示上述某些经修饰的核碱基以及其它经修饰的核碱基的制备的出版物包括(但不限于)Manoharan等人，US2003/0158403；Manoharan等人，US2003/0175906；Dinh等人，U.S.4,845,205；Spielvogel等人，U.S.5,130,302；Rogers等人，U.S.5,134,066；Bischofberger等人，U.S.5,175,273；Urdea等人，U.S.5,367,066；Benner等人，U.S.5,432,272；Matteucci等人，U.S.5,434,257；Gmeiner等人，U.S.5,457,187；Cook等人，U.S.5,459,255；Froehler等人，U.S.5,484,908；Matteucci等人，U.S.5,502,177；Hawkins等人，U.S.5,525,711；Haralambidis等人，U.S.5,552,540；Cook等人，U.S.5,587,469；Froehler等人，U.S.5,594,121；Switzer等人，U.S.5,596,091；Cook等人，U.S.5,614,617；Froehler等人，U.S.5,645,985；Cook等人，U.S.5,681,941；Cook等人，U.S.5,811,534；Cook等人，U.S.5,750,692；Cook等人，U.S.5,948,903；Cook等人，U.S.5,587,470；Cook等人，U.S.5,457,191；Matteucci等人，U.S.5,763,588；Froehler等人，U.S.5,830,653；Cook等人，U.S.5,808,027；Cook等人，6,166,199；和Matteucci等人，U.S.6,005,096。
3.某些经修饰的核苷间连键
在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的核苷可使用任何核苷间连键连接在一起。两大类核苷间连接基团是由磷原子的存在或不存在来定义。代表性含磷核苷间连键包括(但不限于)磷酸酯，所述磷酸酯含有磷酸二酯键(“P＝O”)(还称为未经修饰或天然连键)、磷酸三酯、甲基膦酸酯、氨基磷酸酯和硫代磷酸酯(“P＝S”)和二硫代磷酸酯(“HS-P＝S”)。代表性不含磷核苷间连接基团包括(但不限于)亚甲基甲基亚氨基(-CH2-N(CH3)-O-CH2-)、硫代二酯、硫代氨基甲酸酯(-O-C(＝O)(NH)-S-)；硅氧烷(-O-SiH2-O-)；和N,N'-二甲基肼(-CH2-N(CH3)-N(CH3)-)。与天然磷酸酯连键相比，经修饰的核苷间连键可用于改变、通常增加低聚核苷酸的核酸酶抗性。在某些实施方案中，具有手性原子的核苷间连键可制备为外消旋混合物，或制备为单独对映异构体。制备含磷和不含磷核苷间连键的方法为所属领域技术人员所熟知。
具有手性中心的代表性核苷间连键包括(但不限于)烷基膦酸酯和硫代磷酸酯。包含具有手性中心的核苷间连键的经修饰低聚核苷酸可制备为包含立体随机的核苷间连键的经修饰低聚核苷酸群体，或制备为包含呈特定立体化学构型的硫代磷酸酯连键的经修饰低聚核苷酸的群体。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的群体包含硫代磷酸酯核苷间连键，其中所有硫代磷酸酯核苷间连键是立体随机的。此类经修饰的低聚核苷酸可使用产生每一硫代磷酸酯连键的立体化学构型的随机选择的合成方法生成。然而，正如所属领域技术人员所充分理解，每一单个低聚核苷酸分子的每一单个硫代磷酸酯都具有所定义的立体构型。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个呈特定经独立选择的立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少65％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少70％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少80％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少90％的分子中。在某些实施方案中，特定硫代磷酸酯连键的特定构型存在于群体中至少99％的分子中。经修饰低聚核苷酸的此类手性富集群体可使用本领域已知的合成方法(例如Oka等人，JACS125,8307(2003)；Wan等人，Nuc.Acid.Res.42,13456(2014)和WO 2017/015555中所述的方法)生成。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸具有至少一个呈(Sp)构型的所指示硫代磷酸酯。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的群体富集经修饰的低聚核苷酸，这些经修饰的低聚核苷酸具有至少一个呈(Rp)构型的硫代磷酸酯。在某些实施方案中，包含(Rp)和/或(Sp)硫代磷酸酯的经修饰低聚核苷酸分别包含下式中的一者或多者，其中“B”指示核碱基：
除非另外指明，否则本文所述经修饰低聚核苷酸的手性核苷间连键可为立体随机的或呈特定立体化学构型。
中性核苷间连键包括(但不限于)磷酸三酯、甲基膦酸酯、MMI(3'-CH2-N(CH3)-O-5')、酰胺-3(3'-CH2-C(＝O)-N(H)-5')、酰胺-4(3'-CH2-N(H)-C(＝O)-5')、甲缩醛(3'-O-CH2-O-5')、甲氧基丙基和硫代甲缩醛(3'-S-CH2-O-5')。其它中性核苷间连键包括非离子型连键，包含硅氧烷(二烷基硅氧烷)、羧酸酯、甲酰胺、硫化物、磺酸酯和酰胺(参见例如：Carbohydrate Modifications in Antisense Research；Y.S.Sanghvi和P.D.Cook编辑，ACS Symposium Series 580；第3章和第4章,40-65)。其它中性核苷间连键包括包含混合N、O、S和CH2组成部分的非离子型连键。
B.某些基序
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个经修饰核苷，该一个或多个经修饰核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个经修饰核苷，该一个或多个经修饰核苷包含经修饰的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含一个或多个经修饰的核苷间连键。在此类实施方案中，经修饰低聚核苷酸的经修饰、未经修饰和经不同修饰的糖部分、核碱基和/或核苷间连键定义型式或基序。在某些实施方案中，糖部分、核碱基和核苷间连键的型式各自彼此独立。因此，经修饰的低聚核苷酸可通过它的糖基序、核碱基基序和/或核苷间连键基序描述(如本文所用，核碱基基序描述独立于核碱基的序列的核碱基的修饰)。
1.某些糖基序
在某些实施方案中，低聚核苷酸包含一个或多个类型的经修饰糖和/或未经修饰的糖部分，该经修饰糖和/或未经修饰的糖部分在所定义型式或糖基序中沿低聚核苷酸或其区域排列。在某些情况下，此类糖基序包括(但不限于)本文所论述的任一糖修饰。
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含具有间隔体基序的区域或由其组成，该间隔体基序由两个外部区域或“翼”和一个中心或内部区域或“间隙”来界定。间隔体基序的三个区域(5’-翼、间隙和3’-翼)形成连续核苷序列，其中每一翼的核苷的至少一些糖部分不同于间隙的核苷的至少一些糖部分。特定来说，每一翼的最靠近间隙的核苷(5’-翼的最3’-核苷和3’-翼的最5’-核苷)的至少糖部分不同于相邻间隙核苷的糖部分，由此界定翼与间隙之间的边界(即翼/间隙接合处)。在某些实施方案中，间隙内的糖部分彼此相同。在某些实施方案中，间隙包括一个或多个具有糖部分的核苷，该糖部分不同于间隙的一个或多个其它核苷的糖部分。在某些实施方案中，两个翼的糖基序彼此相同(对称间隔体)。在某些实施方案中，5'-翼的糖基序不同于3'-翼的糖基序(不对称间隔体)。
在某些实施方案中，间隔体的翼包含1-5个核苷。在某些实施方案中，间隔体的翼包含6或7个核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的每一核苷是经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的至少一个核苷是经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的至少两个核苷是经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的至少三个核苷是经修饰核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的至少四个核苷是经修饰核苷。
在某些实施方案中，间隔体的间隙包含7-12个核苷。在某些实施方案中，间隔体的间隙的每一核苷是未经修饰的2’-脱氧核苷。在某些实施方案中，间隔体的间隙的至少一个核苷是经修饰的核苷。在某些实施方案中，间隔体的间隙的至少一个核苷包含2’-脱氧呋喃糖基糖部分，该2’-脱氧呋喃糖基糖部分具有除β-D-核糖基构型外的异构构型。
在某些实施方案中，间隔体是脱氧间隔体。在某些实施方案中，每一翼/间隙接合处的间隙侧的核苷是未经修饰的2’-脱氧核苷且每一翼/间隙接合处的翼侧的核苷是经修饰的核苷。在某些实施方案中，间隙的每一核苷是未经修饰的2’-脱氧核苷。在某些实施方案中，间隔体的每一翼的每一核苷是经修饰的核苷。
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含具有经完全修饰的糖基序的区域或由其组成。在此类实施方案中，经修饰低聚核苷酸的经完全修饰区域的每一核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，整个经修饰低聚核苷酸的每一核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含具有经完全修饰糖基序的区域或由其组成，其中经完全修饰区域内的每一核苷包含相同的经修饰糖部分，在本文中称为经均一修饰的糖基序。在某些实施方案中，经完全修饰的低聚核苷酸是经均一修饰的低聚核苷酸。在某些实施方案中，经均一修饰的每一核苷包含相同的2’-修饰。
在本文中，间隔体的三个区域的长度(核苷数)可使用注释[5’-翼中的核苷数]-[间隙中的核苷数]-[3’-翼中的核苷数]来提供。因此，5-10-5间隔体是由每一翼中的5个经连接核苷和间隙中的10个经连接核苷组成。当该命名法之后为特定修饰时，该修饰为每一翼的每一糖中的修饰且间隙核苷包含未经修饰的脱氧核苷。因此，5-10-5MOE间隔体是由5’-翼中的5个经连接2’-MOE经修饰核苷、间隙中的10个经连接脱氧核苷和3’-翼中的5个经连接2’-MOE核苷组成。在某些此类实施方案中，间隙中的脱氧核苷包含2’-β-D-脱氧核糖基糖。混合翼间隔体在5’和/或3’翼中具有至少两个不同的经修饰糖。
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-10-5MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是4-10-6MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是6-10-4MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是3-10-7MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是7-10-3MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-8-5MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-9-5MOE间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是X-Y-Z MOE间隔体，其中X和Z独立地选自1个、2个、3个、4个、5个、6个或7个经连接2’-MOE核苷且Y选自7个、8个、9个、10个或11个经连接脱氧核苷。
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸具有选自以下的糖基序(5’到3’)：eeeeeddddddddddkkeee、eeeeeeddddddddddkkee、eeeeedddddddddkkeee、eeeeddddddddkkeee、eeeeddddddddkkee、eeeeedyddddddddeeeee、eeeeedyddddddeeeee或eeeeeedyddddddddeeee，其中“d”代表2’-脱氧核糖基糖部分，“e”代表2’-MOE糖部分，“k”代表cEt糖部分，且“y”代表2’-OMe糖部分。
2.某些核碱基基序
在某些实施方案中，低聚核苷酸包含经修饰和/或未经修饰的核碱基，所述经修饰和/或未经修饰的核碱基在所定义型式或基序中沿低聚核苷酸或其区域排列。在某些实施方案中，每一核碱基都经修饰。在某些实施方案中，核碱基都未经修饰。在某些实施方案中，每一嘌呤或每一嘧啶都经修饰。在某些实施方案中，每一腺嘌呤都经修饰。在某些实施方案中，每一鸟嘌呤都经修饰。在某些实施方案中，每一胸腺嘧啶都经修饰。在某些实施方案中，每一尿嘧啶都经修饰。在某些实施方案中，每一胞嘧啶都经修饰。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸中的一些或所有胞嘧啶核碱基是5-甲基胞嘧啶。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸中的所有胞嘧啶核碱基都是5-甲基胞嘧啶且所有其它核碱基都是未经修饰的核碱基。
在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸包含经修饰核碱基的嵌段。在某些此类实施方案中，嵌段处于低聚核苷酸的3’端。在某些实施方案中，嵌段处于低聚核苷酸的3’端的3个核苷内。在某些实施方案中，嵌段处于低聚核苷酸的5’端。在某些实施方案中，嵌段处于低聚核苷酸的5’端的3个核苷内。
在某些实施方案中，具有间隔体基序的低聚核苷酸包含包括经修饰核碱基的核苷。在某些此类实施方案中，一个包含经修饰核碱基的核苷处于具有间隔体基序的低聚核苷酸的中心间隙中。在某些此类实施方案中，该核苷的糖部分为2’-脱氧核糖基部分。在某些实施方案中，经修饰的核碱基选自：2-硫代嘧啶和5-丙炔嘧啶。
3.某些核苷间连键基序
在某些实施方案中，低聚核苷酸包含经修饰和/或未经修饰的核苷间连键，所述经修饰和/或未经修饰的核苷间连键在所定义型式或基序中沿低聚核苷酸或其区域排列。在某些实施方案中，每一核苷间连接基团是磷酸二酯核苷间连键(P＝O)。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的每一核苷间连接基团为硫代磷酸酯核苷间连键(P＝S)。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的每一核苷间连键独立地选自硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键。在某些实施方案中，每一硫代磷酸酯核苷间连键是独立地选自立体随机的硫代磷酸酯(Sp)硫代磷酸酯和(Rp)硫代磷酸酯。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的糖基序是间隔体且间隙内的核苷间连键都经修饰。在某些此类实施方案中，翼中的一些或所有核苷间连键是未经修饰的磷酸二酯核苷间连键。在某些实施方案中，末端核苷间连键经修饰。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的糖基序是间隔体，且核苷间连键基序包含至少一个翼中的至少一个磷酸二酯核苷间连键，其中至少一个磷酸二酯连键不为末端核苷间连键，且其余核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键。在某些此类实施方案中，所有硫代磷酸酯连键都是立体随机的。在某些实施方案中，翼中的所有硫代磷酸酯连键都是(Sp)硫代磷酸酯，且间隙包含至少一个Sp、Sp、Rp基序。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸包含此类核苷间连键基序。
C.某些长度
可增加或减小低聚核苷酸的长度而不消除活性。例如，在Woolf等人(Proc.Natl.Acad.Sci.USA 89:7305-7309,1992)中，在***注射模型中测试长度为13-25个核碱基的一系列低聚核苷酸诱导靶RNA裂解的能力。长度为25个核碱基且在低聚核苷酸末端附近具有8或11个错配碱基的低聚核苷酸能够直接特异性裂解靶RNA，但程度小于不含错配的低聚核苷酸。类似地，使用13个核碱基低聚核苷酸、包括具有1或3个错配的核碱基低聚核苷酸实现靶特异性裂解。
在某些实施方案中，低聚核苷酸(包括经修饰的低聚核苷酸)可具有多个长度范围中的任一者。在某些实施方案中，低聚核苷酸是由X到Y个经连接核苷组成，其中X代表范围中核苷的最小数量且Y代表范围中核苷的最大数量。在某些此类实施方案中，X和Y各自独立地选自8、9、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19、20、21、22、23、24、25、26、27、28、29、30、31、32、33、34、35、36、37、38、39、40、41、42、43、44、45、46、47、48、49和50；条件是X≤Y。例如，在某些实施方案中，低聚核苷酸是由12到13、12到14、12到15、12到16、12到17、12到18、12到19、12到20、12到21、12到22、12到23、12到24、12到25、12到26、12到27、12到28、12到29、12到30、13到14、13到15、13到16、13到17、13到18、13到19、13到20、13到21、13到22、13到23、13到24、13到25、13到26、13到27、13到28、13到29、13到30、14到15、14到16、14到17、14到18、14到19、14到20、14到21、14到22、14到23、14到24、14到25、14到26、14到27、14到28、14到29、14到30、15到16、15到17、15到18、15到19、15到20、15到21、15到22、15到23、15到24、15到25、15到26、15到27、15到28、15到29、15到30、16到17、16到18、16到19、16到20、16到21、16到22、16到23、16到24、16到25、16到26、16到27、16到28、16到29、16到30、17到18、17到19、17到20、17到21、17到22、17到23、17到24、17到25、17到26、17到27、17到28、17到29、17到30、18到19、18到20、18到21、18到22、18到23、18到24、18到25、18到26、18到27、18到28、18到29、18到30、19到20、19到21、19到22、19到23、19到24、19到25、19到26、19到29、19到28、19到29、19到30、20到21、20到22、20到23、20到24、20到25、20到26、20到27、20到28、20到29、20到30、21到22、21到23、21到24、21到25、21到26、21到27、21到28、21到29、21到30、22到23、22到24、22到25、22到26、22到27、22到28、22到29、22到30、23到24、23到25、23到26、23到27、23到28、23到29、23到30、24到25、24到26、24到27、24到28、24到29、24到30、25到26、25到27、25到28、25到29、25到30、26到27、26到28、26到29、26到30、27到28、27到29、27到30、28到29、28到30或29到30个经连接核苷组成。
D.某些经修饰的低聚核苷酸
在某些实施方案中，将以上修饰(糖、核碱基、核苷间连键)纳入经修饰的低聚核苷酸中。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸的特征在于它们的修饰基序和总体长度。在某些实施方案中，此类参数各自彼此独立。因此，除非另外指明，否则具有间隔体糖基序的低聚核苷酸的每一核苷间连键可经修饰或未经修饰且可或可不遵循糖修饰的间隔体修饰型式。例如，糖间隔体的翼区内的核苷间连键可彼此相同或不同且可与糖基序的间隙区的核苷间连键相同或不同。同样，此类糖间隔体低聚核苷酸可独立于糖修饰的间隔体型式包含一个或多个经修饰的核碱基。除非另外指明，否则所有修饰都独立于核碱基序列。
E.某些经修饰低聚核苷酸的群体
经修饰低聚核苷酸的群体(其中群体的所有经修饰的低聚核苷酸都具有相同分子式)可为立体随机的群体或手性富集群体。立体随机群体中所有经修饰低聚核苷酸的所有手性中心都是立体随机的。在手性富集群体中，在群体的经修饰低聚核苷酸中至少一个特定手性中心不为立体随机的。在某些实施方案中，手性富集群体的经修饰低聚核苷酸富集β-D核糖基糖部分，且所有硫代磷酸酯核苷间连键都是立体随机的。在某些实施方案中，手性富集群体的经修饰低聚核苷酸富集β-D核糖基糖部分与至少一个呈特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键二者。
F.核碱基序列
在某些实施方案中，低聚核苷酸(未经修饰或经修饰的低聚核苷酸)还通过它们的核碱基序列描述。在某些实施方案中，低聚核苷酸具有与第二低聚核苷酸或所鉴定参考核酸(例如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些此类实施方案中，低聚核苷酸的区域具有与第二低聚核苷酸或所鉴定参考核酸(例如靶核酸)互补的核碱基序列。在某些实施方案中，低聚核苷酸的区域或整个长度的核碱基序列与第二低聚核苷酸或核酸(例如靶核酸)至少50％、至少60％、至少70％、至少80％、至少85％、至少90％、至少95％或100％互补。
II.某些低聚化合物
在某些实施方案中，本文提供低聚化合物，所述低聚化合物是由低聚核苷酸(经修饰或未经修饰)和任选地一个或多个缀合物基团和/或端基组成。缀合物基团是由一个或多个缀合物部分和将缀合物部分连接到低聚核苷酸的缀合物接头组成。缀合物基团可连接到低聚核苷酸的任一端或两端和/或任一内部位置。在某些实施方案中，缀合物基团连接到经修饰低聚核苷酸的核苷的2'位。在某些实施方案中，连接到低聚核苷酸的任一端或两端的缀合物基团是端基。在某些此类实施方案中，缀合物基团或端基连接在低聚核苷酸的3’端和/或5’端。在某些此类实施方案中，缀合物基团(或端基)连接在低聚核苷酸的3’端。在某些实施方案中，缀合物基团连接在低聚核苷酸的3’端附近。在某些实施方案中，缀合物基团(或端基)连接在低聚核苷酸的5’端。在某些实施方案中，缀合物基团连接在低聚核苷酸的5’端附近。
端基的实例包括(但不限于)缀合物基团、封端基团、磷酸酯部分、保护基团、经修饰或未经修饰的核苷和两个或多个独立地经修饰或未经修饰的核苷。
A.某些缀合物基团
在某些实施方案中，低聚核苷酸共价连接到一个或多个缀合物基团。在某些实施方案中，缀合物基团改变所连接低聚核苷酸的一种或多种性质，包括(但不限于)药效学、药物动力学、稳定性、结合、吸收、组织分布、细胞分布、细胞摄取、电荷和清除率。在某些实施方案中，缀合物基团赋予所连接低聚核苷酸新的性质，例如能够检测低聚核苷酸的荧光团或报道基团。先前已描述某些缀合物基团和缀合物部分，例如：胆固醇部分(Letsinger等人，Proc.Natl.Acad.Sci.USA,1989,86,6553-6556)、胆酸(Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1994,4,1053-1060)、硫醚(例如己基-S-三苯甲基硫醇)(Manoharan等人，Ann.N.Y.Acad.Sci.,1992,660,306-309；Manoharan等人，Bioorg.Med.Chem.Lett.,1993,3,2765-2770)、硫代胆固醇(Oberhauser等人，Nucl.AcidsRes.,1992,20,533-538)、脂肪族链(例如十二基-二醇或十一基残基)(Saison-Behmoaras等人，EMBO J.,1991,10,1111-1118；Kabanov等人，FEBS Lett.,1990,259,327-330；Svinarchuk等人，Biochimie,1993,75,49-54)、磷脂(例如二-十六基-外消旋-甘油或三乙基-铵1,2-二-O-十六基-外消旋-甘油-3-H-膦酸酯)(Manoharan等人，Tetrahedron Lett.,1995,36,3651-3654；Shea等人，Nucl.Acids Res.,1990,18,3777-3783)、多胺或聚乙二醇链(Manoharan等人，Nucleosides&Nucleotides,1995,14,969-973)或金刚烷乙酸棕榈基部分(Mishra等人，Biochim.Biophys.Acta,1995,1264,229-237)、十八基胺或己基氨基-羰基-氧基胆固醇部分(Crooke等人，J.Pharmacol.Exp.Ther.,1996,277,923-937)、生育酚基团(Nishina等人，Molecular Therapy Nucleic Acids,2015,4,e220；和Nishina等人，Molecular Therapy,2008,16,734-740)或GalNAc簇(例如WO2014/179620)。
1.缀合物部分
缀合物部分包括(但不限于)嵌入剂、报道分子、多胺、聚酰胺、肽、碳水化合物、维生素部分、聚乙二醇、硫醚、聚醚、胆固醇、硫代胆固醇、胆酸部分、叶酸、脂质、磷脂、生物素、吩嗪、菲啶、蒽醌、金刚烷、吖啶、荧光素、玫瑰红、香豆素、荧光团和染料。
在某些实施方案中，缀合物部分包含活性药物物质，例如阿司匹林(aspirin)、华法林(warfarin)、保泰松(phenylbutazone)、布洛芬(ibuprofen)、舒洛芬(suprofen)、芬布芬(fen-bufen)、酮洛芬(ketoprofen)、(S)-(+)-普拉洛芬(pranoprofen)、卡洛芬(carprofen)、丹磺酰肌氨酸(dansylsarcosine)、2,3,5-三碘苯甲酸、芬戈莫德(fingolimod)、氟芬那酸(flufenamic acid)、亚叶酸、苯并噻二嗪、***、二氮杂草、吲哚美辛(indo-methicin)、巴比妥酸盐(barbiturate)、头孢菌素(cephalosporin)、磺胺类药物、抗糖尿病药物、抗细菌剂或抗生素。
2.缀合物接头
缀合物部分通过缀合物接头连接到低聚核苷酸。在某些低聚化合物中，缀合物接头为单化学键(即缀合物部分通过单键直接连接到低聚核苷酸)。在某些实施方案中，缀合物接头包含链结构，例如烃基链，或重复单元(例如乙二醇、核苷或氨基酸单元)的低聚物。
在某些实施方案中，缀合物接头包含一个或多个选自烷基、氨基、氧代、酰胺、二硫化物、聚乙二醇、醚、硫醚和羟基氨基的基团。在某些此类实施方案中，缀合物接头包含选自烷基、氨基、氧代、酰胺和醚基的基团。在某些实施方案中，缀合物接头包含选自烷基和酰氨基的基团。在某些实施方案中，缀合物接头包含选自烷基和醚基的基团。在某些实施方案中，缀合物接头包含至少一个磷部分。在某些实施方案中，缀合物接头包含至少一个磷酸酯基团。在某些实施方案中，缀合物接头包括至少一个中性连接基团。
在某些实施方案中，缀合物接头(包括上文所述的缀合物接头)是双功能连接部分，例如本领域已知可用于将缀合物基团连接到母体化合物(例如本文所提供的低聚核苷酸)的那些接头。一般来说，双功能连接部分包含至少两个官能团。一个官能团经选择以结合到母体化合物上的特定位点且另一个经选择以结合到缀合物基团。用于双功能连接部分中的官能团的实例包括(但不限于)用于与亲核基团反应的亲电子体和用于与亲电子基团反应的亲核体。在某些实施方案中，双功能连接部分包含一个或多个选自氨基、羟基、羧酸、硫醇、烷基、烯基和炔基的基团。
缀合物接头的实例包括(但不限于)吡咯烷、8-氨基-3,6-二氧杂辛酸(ADO)、4-(N-马来酰亚胺基甲基)环己烷-1-甲酸琥珀酰亚胺基酯(SMCC)和6-氨基己酸(AHEX或AHA)。其它缀合物接头包括(但不限于)经取代或未经取代的C1-C10烷基、经取代或未经取代的C2-C10烯基或经取代或未经取代的C2-C10炔基，其中优选取代基的非限制性清单包括羟基、氨基、烷氧基、羧基、苄基、苯基、硝基、硫醇、硫代烷氧基、卤素、烷基、芳基、烯基和炔基。
在某些实施方案中，缀合物接头包含1-10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含2-5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含恰好3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含TCA基序。在某些实施方案中，此类接头-核苷是经修饰核苷。在某些实施方案中，此类接头-核苷包含经修饰糖部分。在某些实施方案中，接头-核苷未经修饰。在某些实施方案中，接头-核苷包含选自嘌呤、经取代嘌呤、嘧啶或经取代嘧啶的任选地保护的杂环碱基。在某些实施方案中，可裂解部分为选自尿嘧啶、胸腺嘧啶、胞嘧啶、4-N-苯甲酰基胞嘧啶、5-甲基胞嘧啶、4-N-苯甲酰基-5-甲基胞嘧啶、腺嘌呤、6-N-苯甲酰基腺嘌呤、鸟嘌呤和2-N-异丁酰基鸟嘌呤的核苷。通常所需接头-核苷在它到达靶组织后从低聚化合物裂解。因此，接头-核苷通常彼此连接并通过可裂解键连接到低聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键是磷酸二酯键。
在本文中，接头-核苷并不视为低聚核苷酸的一部分。因此，在低聚化合物包含由指定数量或范围的经连接核苷组成且/或与参考核酸指定百分比互补的低聚核苷酸且低聚化合物还包含包括接头-核苷的缀合物接头的缀合物基团的实施方案中，那些接头-核苷不计入该低聚核苷酸的长度且不用于确定该低聚核苷酸与参考核酸的互补百分比。例如，低聚化合物可包含(1)由8-30个核苷组成的经修饰低聚核苷酸和(2)包含1-10个接头-核苷的缀合物基团，该1-10个接头-核苷与经修饰低聚核苷酸的核苷邻接。此一低聚化合物中邻接经连接核苷的总数大于30。替代地，低聚化合物可包含由8-30个核苷组成的经修饰低聚核苷酸且无缀合物基团。此一低聚化合物中邻接经连接核苷的总数不大于30。除非另外指明，否则缀合物接头包含不大于10个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含不大于5个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含不大于3个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含不大于2个接头-核苷。在某些实施方案中，缀合物接头包含不大于1个接头-核苷。
在某些实施方案中，需要缀合物基团从低聚核苷酸裂解。例如，在某些情况下，包含特定缀合物部分的低聚化合物优选由特定细胞类型吸收，但低聚化合物一旦被吸收，需要缀合物基团裂解以释放未结合的或母体低聚核苷酸。因此，某些缀合物接头可包含一个或多个可裂解部分。在某些实施方案中，可裂解部分是可裂解键。在某些实施方案中，可裂解部分是包含至少一个可裂解键的原子的组。在某些实施方案中，可裂解部分包含具有一个、两个、三个、四个或大于四个可裂解键的原子的组。在某些实施方案中，可裂解部分在细胞或亚细胞隔室(例如溶酶体)内选择性裂解。在某些实施方案中，可裂解部分通过内源酶(例如核酸酶)选择性裂解。
在某些实施方案中，可裂解键选自：酰胺、酯、醚、磷酸二酯的一种或两种酯、磷酸酯、氨基甲酸酯或二硫化物。在某些实施方案中，可裂解键是磷酸二酯的一种或两种酯。在某些实施方案中，可裂解部分包含磷酸酯或磷酸二酯。在某些实施方案中，可裂解部分是低聚核苷酸与缀合物部分或缀合物基团之间的磷酸酯连键。
在某些实施方案中，可裂解部分包含一个或多个接头-核苷或由其组成。在某些此类实施方案中，该一个或多个接头-核苷彼此连接且/或通过可裂解键连接到低聚化合物的其余部分。在某些实施方案中，此类可裂解键是未经修饰的磷酸二酯键。在某些实施方案中，可裂解部分是通过磷酸酯核苷间连键连接到低聚核苷酸的3'或5'-末端核苷且通过磷酸酯或硫代磷酸酯连键共价连接到缀合物接头或缀合物部分的其余部分的2'-脱氧核苷。在某些此类实施方案中，可裂解部分是2'-脱氧腺苷。
B.某些端基
在某些实施方案中，低聚化合物包含一个或多个端基。在某些此类实施方案中，低聚化合物包含稳定化5’-磷酸酯。稳定化5’-磷酸酯包括(但不限于)5’-膦酸酯，包括(但不限于)5’-乙烯基膦酸酯。在某些实施方案中，端基包含一个或多个无碱基核苷和/或反向核苷。在某些实施方案中，端基包含一个或多个2’-经连接核苷。在某些此类实施方案中，2’-经连接核苷是无碱基核苷。
III.低聚双链体
在某些实施方案中，本文所述的低聚化合物包含低聚核苷酸，该低聚核苷酸具有与靶核酸互补的核碱基序列。在某些实施方案中，低聚化合物与第二低聚化合物配对以形成低聚双链体。此类低聚双链体包含具有与靶核酸互补的区域的第一低聚化合物和具有与第一低聚化合物互补的区域的第二低聚化合物。在某些实施方案中，低聚双链体的第一低聚化合物包含或由以下组成：(1)经修饰或未经修饰的低聚核苷酸和可选的缀合物基团和(2)第二经修饰或未经修饰的低聚核苷酸和可选的缀合物基团。低聚双链体的任一种或两种低聚化合物可包含缀合物基团。低聚双链体的每一低聚化合物的低聚核苷酸可包括非互补悬垂核苷。
IV.反义活性
在某些实施方案中，低聚化合物和低聚双链体能够与靶核酸杂交，产生至少一种反义活性；此类低聚化合物和低聚双链体是反义化合物。在某些实施方案中，反义化合物在标准细胞测定中使靶核酸的量或活性减小或抑制25％或更高时具有反义活性。在某些实施方案中，反义化合物选择性影响一种或多种靶核酸。此类反义化合物包含核碱基序列，该核碱基序列与一种或多种靶核酸杂交，产生一种或多种所需反义活性，且不与一种或多种非靶核酸杂交或不以产生显著不需要的反义活性的方式与一种或多种非靶核酸杂交。
在某些反义活性中，反义化合物与靶核酸杂交可募集裂解靶核酸的蛋白质。例如，某些反义化合物产生RNase H介导的靶核酸裂解。RNase H是裂解RNA:DNA双链体的RNA链的细胞内切核酸酶。此一RNA:DNA双链体中的DNA无需为未经修饰的DNA。在某些实施方案中，本文描述足够“类似于DNA”以引发RNase H活性的反义化合物。在某些实施方案中，间隔体的间隙中的一个或多个非DNA样核苷不耐受。
在某些反义活性中，将反义化合物或反义化合物的一部分加载到RNA诱导的沉默复合物(RISC)中，最终裂解靶核酸。例如，某些反义化合物可通过Argonaute裂解靶核酸。加载到RISC中的反义化合物是RNAi化合物。RNAi化合物可为双链(siRNA)或单链(ssRNA)。
在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸杂交不会募集裂解该靶核酸的蛋白质。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸杂交可改变靶核酸的剪接。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸杂交可抑制靶核酸与蛋白质或其它核酸之间的结合相互作用。在某些实施方案中，反义化合物与靶核酸杂交可改变靶核酸的翻译。
可直接或间接观察到反义活性。在某些实施方案中，反义活性的观察或检测涉及靶核酸或由该靶核酸编码的蛋白质的量的变化、核酸或蛋白质的剪接变体的比率的变化和/或细胞或动物中的表型变化的观察或检测。
V.某些靶核酸
在某些实施方案中，低聚化合物包含包括与靶核酸互补的区域的低聚核苷酸或由它组成。在某些实施方案中，靶核酸是内源RNA分子。在某些实施方案中，靶核酸编码蛋白质。在某些此类实施方案中，靶核酸选自：成熟mRNA和前mRNA，包括内含子区、外显子区和非翻译区。在某些实施方案中，靶RNA是成熟mRNA。在某些实施方案中，靶核酸是前mRNA。在某些此类实施方案中，靶区域完全在内含子内。在某些实施方案中，靶区域跨越内含子/外显子接合处。在某些实施方案中，靶区域至少50％在内含子内。在某些实施方案中，靶核酸是反转录基因的RNA转录产物。在某些实施方案中，靶核酸是非编码RNA。在某些此类实施方案中，靶非编码RNA选自：长非编码RNA、短非编码RNA、内含子RNA分子。
A.与靶核酸的互补性/错配
可引入错配碱基而不消除活性。例如，Gautschi等人(J.Natl.Cancer Inst.93:463-471,2001年3月)证实与bcl-2mRNA具有100％互补性且与bcl-xL mRNA具有3个错配的低聚核苷酸减少bcl-2和bcl-xL体外和体内表达的能力。此外，此低聚核苷酸展示体内强效抗肿瘤活性。Maher和Dolnick(Nuc.Acid.Res.16:3341-3358,1988)在兔网状红细胞测定中分别测试一系列串联的14核碱基低聚核苷酸以及包含串联低聚核苷酸中的两条或三条的序列的28和42核碱基低聚核苷酸阻止人DHFR翻译的能力。三个单独14核碱基低聚核苷酸中的每一者能够抑制翻译，但水平比28或42核碱基低聚核苷酸更适度。
在某些实施方案中，低聚核苷酸在低聚核苷酸的整个长度上与靶核酸互补。在某些实施方案中，低聚核苷酸与靶核酸99％、95％、90％、85％或80％互补。在某些实施方案中，低聚核苷酸在低聚核苷酸的整个长度上与靶核酸至少80％互补且包含与靶核酸100％或完全互补的区域。在某些实施方案中，完全互补性的区域的长度为6到20、10到18或18到20个核碱基。
在某些实施方案中，低聚核苷酸相对于靶核酸包含一个或多个错配核碱基。在某些实施方案中，针对靶的反义活性因该错配而减小，但针对非靶的活性减小量更大。因此，在某些实施方案中，低聚核苷酸的选择性有所改善。在某些实施方案中，错配特定位于具有间隔体基序的低聚核苷酸内。在某些实施方案中，错配处于距间隙区的5’端的位置1、2、3、4、5、6、7或8处。在某些实施方案中，错配处于距间隙区的3’端的位置9、8、7、6、5、4、3、2、1处。在某些实施方案中，错配处于距翼区的5’端的位置1、2、3或4处。在某些实施方案中，错配处于距翼区的3’端的位置4、3、2或1处。
B.PRNP
在某些实施方案中，低聚化合物包含包括与靶核酸互补的区域的低聚核苷酸或由其组成，其中靶核酸是PRNP。在某些实施方案中，PRNP核酸具有SEQ ID NO:1(GENBANK登录号：NM_000311.4)或SEQ ID NO:2(GENBANK登录号：NC_000020.11，从核苷酸4683001到4705000截短)中所述的序列。在某些实施方案中，PRNP核酸具有SEQ ID NO:3(GENBANK登录号：NM_001080123.2)中所述的序列，它是SEQ ID NO:1的剪接变体。在某些实施方案中，PRNP核酸具有SEQ ID NO:4(ENSEMBL登录号ENST00000359125.6，来自ENSEMBL 98版:2019年9月，人参考组装形式GRCh38.p13，位于染色体20的反义链(CM000682.2)的位置63,406,137到63,472,590上；Yates等人，“Ensembl 2020”,Nucleic Acids Research，gkz966,2019)中所述的序列，它是SEQ ID NO:1的剪接变体。
在某些实施方案中，使细胞与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ IDNO:4互补的低聚化合物接触会减少PRNP RNA的量，且在某些实施方案中减少PrP蛋白的量。在某些实施方案中，低聚化合物是由经修饰的低聚核苷酸组成。在某些实施方案中，使细胞与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4互补的低聚化合物接触会改善神经变性疾病的一种或多种症状或标志。在某些实施方案中，低聚化合物是由经修饰的低聚核苷酸组成。在某些实施方案中，症状或标志是脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆和死亡。在某些实施方案中，低聚化合物是由经修饰的低聚核苷酸组成。
在某些实施方案中，施用与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ IDNO:4互补的低聚化合物会减少CSF中PrP蛋白的可检测量。在某些实施方案中，PrP蛋白为PrPC。在某些实施方案中，PrP蛋白为PrPSc。在某些实施方案中，PrP蛋白为PrPC和PrPSc。
C.某些组织中的某些靶核酸
在某些实施方案中，低聚化合物包含包括与靶核酸互补的区域的低聚核苷酸或由其组成，其中靶核酸在药理学相关组织中表达。在某些实施方案中，药理学相关组织是包含中枢神经***(CNS)的细胞和组织。此类组织包括脑组织，例如皮质、黑质、纹状体、中脑以及脑干和脊髓。
VI.某些药物组合物
在某些实施方案中，本文描述包含一种或多种低聚化合物的药物组合物。在某些实施方案中，一种或多种低聚化合物各自是由经修饰的低聚核苷酸组成。在某些实施方案中，药物组合物包含药学上可接受的稀释剂或载体。在某些实施方案中，药物组合物包含无菌盐水溶液和一种或多种低聚化合物或由其组成。在某些实施方案中，无菌盐水是药物级盐水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种低聚化合物和无菌水或由其组成。在某些实施方案中，无菌水是药物级水。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种低聚化合物和磷酸盐缓冲盐水(PBS)或由其组成。在某些实施方案中，无菌PBS是药物级PBS。在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种低聚化合物和人工脑脊液或由其组成。在某些实施方案中，人工脑脊液为药物级。
在某些实施方案中，药物组合物包含经修饰的低聚核苷酸和人工脑脊液。在某些实施方案中，药物组合物是由经修饰的低聚核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，药物组合物基本上由经修饰的低聚核苷酸和人工脑脊液组成。在某些实施方案中，人工脑脊液为药物级。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种低聚化合物和一种或多种赋形剂。在某些实施方案中，赋形剂选自水、盐溶液、醇、聚乙二醇、明胶、乳糖、淀粉酶、硬脂酸镁、滑石、硅酸、粘性石蜡、羟甲基纤维素和聚乙烯吡咯烷酮。
在某些实施方案中，低聚化合物可与药学上可接受的活性和/或惰性物质混合以制备药物组合物或制剂。用于配制药物组合物的组合物和方法取决于多个准则(包括但不限于施用途径、疾病的程度或拟施用剂量)。
在某些实施方案中，包含低聚化合物的药物组合物涵盖低聚化合物的任何药学上可接受的盐、低聚化合物的酯或此类酯的盐。在某些实施方案中，包含包括一种或多种低聚核苷酸的低聚化合物的药物组合物在施用于动物(包括人)时能够提供(直接或间接)生物活性代谢物或其残余物。因此，例如，本公开还涉及低聚化合物的药学上可接受的盐、前药、此类前药的药学上可接受的盐和其它生物等效物。合适的药学上可接受的盐包括(但不限于)钠盐和钾盐。在某些实施方案中，前药包含一个或多个连接到低聚核苷酸的缀合物基团，其中缀合物基团在体内由内源核酸酶裂解。
脂质部分已用于多种方法中的核酸疗法中。在某些此类方法中，将核酸(例如低聚化合物)引入预成型的脂质体或由阳离子脂质和中性脂质的混合物构成的脂质复合物中。在某些方法中，形成DNA与单或多阳离子脂质的复合物但不存在中性脂质。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂到特定细胞或组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂到脂肪组织的分布。在某些实施方案中，脂质部分经选择以增加药剂到肌肉组织的分布。
在某些实施方案中，药物组合物包含递送***。递送***的实例包括(但不限于)脂质体和乳液。某些递送***可用于制备某些药物组合物，包括包含疏水化合物的那些药物组合物。在某些实施方案中，使用某些有机溶剂，例如二甲基亚砜。
在某些实施方案中，药物组合物包含一种或多种组织特异性递送分子，该一种或多种组织特异性递送分子经设计以将本发明的一种或多种药剂递送到特定组织或细胞类型。例如，在某些实施方案中，药物组合物包括经组织特异性抗体包被的脂质体。
在某些实施方案中，药物组合物包含共溶剂***。某些此类共溶剂***包含例如苄醇、非极性表面活性剂、水可混溶有机聚合物和水相。在某些实施方案中，这些共溶剂***用于疏水化合物。此一共溶剂***的非限制性实例是VPD共溶剂***，它是包含3％w/v苄醇、8％w/v的非极性表面活性剂Polysorbate 80TM和65％w/v聚乙二醇300的无水乙醇溶液。此类共溶剂***的比例可有相当大的变化而不显著改变它们的溶解度和毒性特征。此外，共溶剂组分的属性可发生变化：例如，可使用其它表面活性剂替代Polysorbate 80TM；聚乙二醇的分数大小可发生变化；其它生物兼容性聚合物可替代聚乙二醇，例如聚乙烯吡咯烷酮；且其它糖或多糖可取代右旋糖。
在某些实施方案中，药物组合物经制备用于经口施用。在某些实施方案中，药物组合物经制备用于经颊施用。在某些实施方案中，药物组合物经制备以通过注射(例如静脉内、皮下、肌内、鞘内(IT)、脑室内(ICV)等)施用。在某些此类实施方案中，药物组合物包含载体且被配制成水溶液，例如水或生理上兼容的缓冲液，例如汉克氏溶液(Hanks'ssolution)、林格氏溶液(Ringer's solution)或生理盐水缓冲液。在某些实施方案中，包括其它成分(例如有助于溶解度或用作防腐剂的成分)。在某些实施方案中，使用适当液体载体、悬浮剂等制备可注射悬浮液。某些注射用药物组合物是以单位剂型、例如以安瓿或多剂量容器呈现。某些注射用药物组合物是于油性或水性媒介物中的悬浮液、溶液或乳液，且可含有配制剂，例如悬浮剂、稳定剂和/或分散剂。适用于注射用药物组合物中的某些溶剂包括(但不限于)亲脂性溶剂和脂肪油(例如芝麻油)、合成脂肪酸酯(例如油酸乙酯或三酸甘油酯)和脂质体。
VII.某些组合物
1.化合物编号1238994
在某些实施方案中，化合物编号1238994表征为具有序列(5’到3’)GTCATAATTTTCTTAGCTAC(SEQ ID NO:1914)的5-10-5MOE间隔体，其中核苷1-5和16-20(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷6-15中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、16到17和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、5到6、6到7、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16、18到19和19到20之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1238994由以下化学符号表示(5’到3’)：Ges TeomCeo Aeo Tes Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Geo mCeo Tes Aes mCe(SEQID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D-脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1238994由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1914)。
结构1.化合物编号1238994
在某些实施方案中，化合物编号1238994的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1914)。
结构2.化合物编号1238994的钠盐
2.化合物编号1373021
在某些实施方案中，化合物编号1373021表征为具有序列(5’到3’)GTCATAATTTTCTTAGCTAC(SEQ ID NO:1914)的6-10-4MOE间隔体，其中核苷1-6和17-20(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷7-16中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、5到6、6到7和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16、16到17、18到19和19到20之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1373021由以下化学符号表示(5’到3’)：Ges TeomCeo Aeo Teo Aeo Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Gds mCeo Tes Aes mCe(SEQID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1373021由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1914)。
结构3.化合物编号1373021
在某些实施方案中，化合物编号1373021的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1914)。
结构4.化合物编号1373021的钠盐
3.化合物编号1373022
在某些实施方案中，化合物编号1373022表征为具有序列(5’到3’)GCTTATTATTCATGTTCTCC(SEQ ID NO:1939)的6-10-4MOE间隔体，其中核苷1-6和17-20(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷7-16中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、5到6、6到7和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16、16到17、18到19和19到20之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1373022由以下化学符号表示(5’到3’)：Ges mCeoTeo Teo Aeo Teo Tds Ads Tds Tds mCds Ads Tds Gds Tds Tds mCeo Tes mCes mCe(SEQID NO:1939)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1373022由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1939)。
结构5.化合物编号1373022
在某些实施方案中，化合物编号1373022的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:1939)。
结构6.化合物编号1373022的钠盐
4.化合物编号1373023
在某些实施方案中，化合物编号1373023表征为具有序列(5’到3’)GTGTCATAATTTTCTTAGCT(SEQ ID NO:2302)的6-10-4MOE间隔体，其中核苷1-6和17-20(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷7-16中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、5到6、6到7和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16、16到17、18到19和19到20之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1373023由以下化学符号表示(5’到3’)：Ges TeoGeo Teo mCeo Aeo Tds Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aeo Ges mCes Te(SEQID NO:2302)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1373023由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2302)。
结构7.化合物编号1373023
在某些实施方案中，化合物编号1373023的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2302)。
结构8.化合物编号1373023的钠盐
5.化合物编号1373057
在某些实施方案中，化合物编号1373057表征为具有序列(5’到3’)GTCATAATTTTCTTAGCTA(SEQ ID NO:2750)的5-9-5MOE间隔体，其中核苷1-5和15-19(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷6-14中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、5到6、16到17和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、6到7、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16和18到19之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1373057由以下化学符号表示(5’到3’)：Ges TeomCeo Aeo Teo Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aes Geo mCeo Tes Ae(SEQ IDNO:2750)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1373057由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2750)。
结构9.化合物编号1373057
在某些实施方案中，化合物编号1373057的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2750)。
结构10.化合物编号1373057的钠盐
6.化合物编号1411016
在某些实施方案中，化合物编号1411016表征为具有序列(5’到3’)ACGTCCATTTTCTGTGCTTT(SEQ ID NO:2739)的5-10-5MOE间隔体，其中核苷1-5和16-19(5’到3’)中的每一者是2’-MOE核苷且核苷6-15中的每一者是2’-β-D-脱氧核苷，其中核苷2到3、3到4、4到5、16到17和17到18之间的核苷间连键是磷酸二酯核苷间连键且核苷1到2、5到6、6到7、7到8、8到9、9到10、10到11、11到12、12到13、13到14、14到15、15到16、18到19和19到20之间的核苷间连键是硫代磷酸酯核苷间连键，且其中每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶。
在某些实施方案中，化合物编号1411016由以下化学符号表示(5’到3’)：Aes mCeoGeo Teo mCes mCds Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Gds Tds Geo mCeo Tes Tes Te(SEQID NO:2739)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
在某些实施方案中，化合物编号1411016由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2739)。
结构11.化合物编号1411016
在某些实施方案中，化合物编号1411016的钠盐由以下化学结构表示：
(SEQ ID NO:2739)。
结构12.化合物编号1411016的钠盐
VIII.某些比较组合物
在某些实施方案中，化合物编号169746是具有序列(5’到3’)GTTATACTTTTACTGGCCTG(SEQ ID NO:291)的5-10-5MOE间隔体，其中每一核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶，且其中核苷1-5和16-20中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，该2’-MOE修饰的糖先前描述于WO2010/019270中，WO2010/019270通过引用并入本文中，该化合物是比较化合物。
在某些实施方案中，化合物编号169750是具有序列(5’到3’)TGCATATTTCAAAGACCTGT(SEQ ID NO:11)的5-10-5MOE间隔体，其中每一核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶，且其中核苷1-5和16-20中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，该2’-MOE修饰的糖先前描述于WO2010/019270中，WO2010/019270通过引用并入本文中，该化合物是比较化合物。
在某些实施方案中，化合物编号169753是具有序列(5’到3’)GCCACATATAGGGTCCTTTA(SEQ ID NO:66)的5-10-5MOE间隔体，其中每一核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶，且其中核苷1-5和16-20中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，该2’-MOE修饰的糖先前描述于WO2010/019270中，WO2010/019270通过引用并入本文中，该化合物是比较化合物。
在某些实施方案中，化合物编号169764是具有序列(5’到3’)AGGGTCCTTTAAACATCTAA(SEQ ID NO:450)的5-10-5MOE间隔体，其中每一核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键，每一胞嘧啶是5-甲基胞嘧啶，且其中核苷1-5和16-20中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，该2’-MOE修饰的糖先前描述于WO2010/019270中，WO2010/019270通过引用并入本文中，该化合物是比较化合物。
选择化合物编号169746、169750、169753和169764作为比较化合物，这是因为根据WO2010/019270，这些化合物在人细胞系中实现>90％的PRNP RNA抑制。
在某些实施方案中，本文所述的化合物优于WO2010/019270中所述的化合物，这是因为它们展示一种或多种改良的性质，例如体内功效和耐受性。
例如，如本文所述，某些化合物化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在体内较比较化合物更有效。例如，如实施例5中所提供，化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在转基因小鼠的脊髓中分别实现27％(表65和75)、25％(表66和75)、30％(表66和75)、18％(表66和75)、25％(表66和75)和24％(表71和72)的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号169746、化合物编号169750和化合物编号169764在转基因小鼠的脊髓中分别实现52％(表62)、61％(表62)和61％(表62)的平均表达水平(对照％)。因此，在此测定中，本文所述的某些化合物较比较化合物化合物编号169746、化合物编号169750和化合物编号169764更有效。
例如，如实施例5中所提供，化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在转基因小鼠的皮质中分别实现44％(表65和75)、33％(表66和75)、35％(表66和75)、28％(表66和75)、52％(表66和75)和36％(表71和72)的平均表达水平(对照％)，而比较化合物化合物编号169746、化合物编号169750和化合物编号169764在转基因小鼠的皮质中分别实现67％(表62)、73％(表62)和77％(表62)的平均表达水平(对照％)。因此，在此测定中本文所述的某些化合物较比较化合物、化合物编号169746、化合物编号169750和化合物编号169764更有效。
例如，如本文所述，在700μg的剂量下，某些化合物化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在小鼠中分别实现0(表83)、2.5(表84)、1.8(表84)、0(表84)、0(表85)和1.8(表94)的平均3小时FOB得分。化合物编号169753在小鼠中实现4.2(表83)的3小时FOB得分。因此，在此测定中本文所述的化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016较比较化合物化合物编号169753更耐受。
例如，如本文所述，在3mg的剂量下，某些化合物化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在大鼠中分别实现1.0(表107)、3.0(表97)、1.5(表97)、1.3(表97)、0.8(表98)和3.3(表108)的平均3小时FOB得分。化合物编号169753在大鼠中实现5.5(表106)的3小时FOB得分。因此，在此测定中本文所述的化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016较比较化合物化合物编号169753更耐受。
例如，如本文所述，某些化合物化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在大鼠中的长期研究中较比较化合物编号169753更耐受。例如，如实施例8中所提供，化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016在研究过程期间无不良事件发生。相比之下，经化合物编号169753治疗的每一大鼠截至治疗后5周有不良事件发生。因此，在此测定中本文所述的某些化合物较比较化合物化合物编号169753更耐受。
IX.某些热点区
1.SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677包含热点区。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为16个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为17个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为19个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-10-5、6-10-4、4-10-6、5-9-5、4-8-5或4-8-4间隔体。在某些实施方案中，间隔体是MOE间隔体。在某些实施方案中，间隔体是混合翼间隔体。在某些实施方案中，混合翼间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeeddddddddddkkeee、eeeeeeddddddddddkkee、eeeeedddddddddkkeee、eeeeddddddddkkeee或eeeeddddddddkkee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，且“e”代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键连接。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间连键以5’到3’的顺序排列：sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、sooooossssssssssoss、soooossssssssssoos、soosssssssssooss或soosssssssssoos。
SEQ ID No:530、607、684、761、838、915、1914、1992、2069、2146、2237、2301、2302、2536、2640、2750、2759、2760、2764、2788-2793和2803-2806的核碱基序列在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补。
化合物1238994、1238995、1238996、1238997、1238998、1238999、1239000、1239001、1239002、1239003、1270398、1270399、1270400、1270564、1270668、1373021、1373023、1373032、1373034、1373050、1373057、1373063、1373065、1418398-1418403、1418418-1418420、1418423和1418425在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补。
在某些实施方案中，在体外标准细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补的经修饰低聚核苷酸实现至少36％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体外细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均79％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体内测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5635-5677内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均44％的皮质PRNP RNA减少。
2.SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826包含热点区。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸在SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826内互补。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为16个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为17个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为18个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为19个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-10-5、6-10-4、4-10-6、3-10-7、7-10-3或4-8-5间隔体。在某些实施方案中，间隔体是MOE间隔体。在某些实施方案中，间隔体是混合翼间隔体。在某些实施方案中，混合翼间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeeddddddddddkkeee或eeeeddddddddkkeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，且“e”代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，间隔体在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷处于间隙(5’到3’)的位置2处。在某些实施方案中，间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeedyddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，“e”代表2’-MOE糖部分，且“y”代表2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键连接。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间连键以5’到3’的顺序排列：soossssssssssooooss、sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、sooooossssssssssoss、ssooooossssssssssos或soosssssssssooss。SEQ ID No:1225、1302、1379、1456、2240、2307、2308、2383、2471、2537、2568、2647、2736-2739、2744、2798-2801的核碱基序列在SEQID NO:2的核碱基5791-5826内互补。
化合物1239051、1239052、1239053、1239054、1270415、1270416、1270417、1270418、1270419、1270565、1270596、1355720、1411004-1411007、1411013-1411016、1418412-1418415、1418426、1423120-1423123和1423126在SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826内互补。
在某些实施方案中，在标准体外细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826内互补的经修饰低聚核苷酸实现至少55％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体外细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均77％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体内测定中在SEQ ID NO:2的核碱基5791-5826内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均52％的皮质PRNP RNA减少。
3.SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410
在某些实施方案中，SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410包含热点区。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为17个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为18个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为19个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-10-5、6-10-4、4-10-6、5-9-5或4-8-5间隔体。在某些实施方案中，间隔体是MOE间隔体。在某些实施方案中，间隔体是混合翼间隔体。在某些实施方案中，混合翼间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeeddddddddddkkeee、eeeeeeddddddddddkkee或eeeeddddddddkkeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，且“e”代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键连接。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间连键以5’到3’的顺序排列：soossssssssssooooss、sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、soooossssssssssoos、soooosssssssssooss、soosssssssssooss。
SEQ ID No:555、632、709、786、863、940、1017、1862、1939、2017、2094、2171、2257、2334、2407、2408、2488、2508、2543、2612、2659、2677、2757、2766和2794-2797的核碱基序列在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补。
化合物1239543、1239544、1239545、1239546、1239547、1239548、1239549、1239550、1239551、1239552、1239553、1239554、1270516、1270517、1270518、1270519、1270520、1270521、1270571、1270640、1355714、1355734、1373022、1373031、1373051、1373061、1418404-1418407、1418421和1418424在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补。
在某些实施方案中，在标准体外细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补的经修饰低聚核苷酸实现至少44％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体外细胞测定中在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均62％的PRNP RNA减少。在某些实施方案中，在标准体内测定中在SEQ ID NO:2的核碱基14366-14410内互补的经修饰低聚核苷酸实现平均39％的皮质PRNP RNA减少。
4.其它热点区
在某些实施方案中，下表所述的范围包含热点区。每一热点区开始于“起始位点SEQ ID NO:1”列中所鉴定的SEQ ID NO:1的核碱基且结束于“终止位点SEQ ID NO:1”列中所鉴定的SEQ ID NO:1的核碱基，且/或开始于“起始位点SEQ ID NO:2”列中所鉴定的SEQID NO:2的核碱基且结束于“终止位点SEQ ID NO:2”列中所鉴定的SEQ ID NO:2的核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸在热点区1-21中的任一者内互补，如下表中所定义。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为16个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为17个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为18个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为19个核碱基。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的长度为20个核碱基。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是间隔体。在某些实施方案中，经修饰的低聚核苷酸是5-10-5、6-10-4、4-10-6、3-10-7、7-10-3、5-9-5、5-8-5、4-8-4或5-8-4间隔体。在某些实施方案中，间隔体是MOE间隔体。在某些实施方案中，间隔体是混合翼间隔体。在某些实施方案中，混合翼间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeeddddddddddkkeee、eeeeeeddddddddddkkee、eeeeedddddddddkkeee、eeeeddddddddkkeee或eeeeddddddddkkee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，且“e”代表2’-MOE糖部分。在某些实施方案中，间隔体在间隙中包含2’-取代的核苷。在某些实施方案中，2’-取代的核苷包含2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，2’-取代的核苷处于间隙(5’到3’)的位置2处。在某些实施方案中，间隔体以5’到3’的顺序具有糖基序：eeeeedyddddddddeeeee或eeeeedyddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖部分，“k”代表cEt糖部分，“e”代表2’-MOE糖部分，且“y”代表2’-OMe糖部分。在某些实施方案中，经修饰低聚核苷酸的核苷是通过硫代磷酸酯核苷间连键和磷酸二酯核苷间连键连接。在某些实施方案中，磷酸二酯(“o”)和硫代磷酸酯(“s”)核苷间连键以5’到3’的顺序排列：soossssssssssooooss、sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、sooooossssssssssoss、ssooooossssssssssos、soooossssssssssoos、soooosssssssssooss、soosssssssssooss、sooosssssssssooss或soosssssssssoos。
下表中“范围中的化合物编号”列中所列示的化合物的核碱基序列与指定热点区内的SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:2互补。下表中“范围中的SEQ ID NO:”列中所列示的低聚核苷酸的核碱基序列与指定热点区内的靶序列、SEQ ID NO:1和/或SEQ ID NO:2互补。
在某些实施方案中，在体外标准细胞测定中与热点区内的核碱基互补的经修饰低聚核苷酸实现至少PRNP RNA“体外Min.％Red.”(相对于未经处理的对照细胞的最小减少％)，如下表中所指示。在某些实施方案中，在体外标准细胞测定中与热点区内的核碱基互补的经修饰低聚核苷酸实现平均PRNP RNA“体外Avg.％Red.”(相对于未经处理的对照细胞的平均减少％)，如下表中所指示。在某些实施方案中，在体外标准细胞测定中与热点区内的核碱基互补的经修饰低聚核苷酸实现最大PRNP RNA“体外Max.％Red.”(相对于未经处理的对照细胞的最大减少％)，如下表中所指示。
表1
PRNP的热点区
非限制性公开并通过引用并入
本文所列示的每一文献和专利出版物通过引用以其整体并入本文中。
尽管本文所述的某些化合物、组合物和方法已经用特异性根据某些实施方案描述，以下实施例仅用于说明本文所述的化合物并不打算对其进行限制。本申请中所列举的参考文献、GenBank登录号等中的每一者通过引用以其整体并入本文中。
尽管本申请随附的序列表根据需要将每一序列鉴定为“RNA”或“DNA”，但实际上，那些序列可用化学修饰的任何组合来修饰。所属领域技术人员将容易理解，用于描述经修饰低聚核苷酸的诸如“RNA”或“DNA”等名称在某些情况下是任意的。例如，包含包括2’-OH糖部分和胸腺嘧啶碱基的核苷的低聚核苷酸可描述为具有经修饰糖(2’-OH替代DNA的一个2’-H)的DNA，或描述为具有经修饰碱基(胸腺嘧啶(甲基化尿嘧啶)替代RNA的尿嘧啶)的RNA。因此，本文所提供的核酸序列(包括但不限于序列表中的那些核酸序列)打算涵盖含有天然或经修饰RNA和/或DNA的任何组合的核酸，包括(但不限于)具有经修饰核碱基的此类核酸。作为其它实例而非限制，具有核碱基序列“ATCGATCG”的低聚化合物涵盖具有该核碱基序列的任何低聚化合物，无论是经修饰还是未经修饰，包括(但不限于)包含RNA碱基的此类化合物，例如具有序列“AUCGAUCG”的那些化合物以及具有一些DNA碱基和一些RNA碱基(例如“AUCGATCG”)的那些化合物，以及具有其它经修饰核碱基(例如“ATmCGAUCG”)的低聚化合物，其中mC指示在5位包含甲基的胞嘧啶碱基。
本文所述的某些化合物(例如经修饰的低聚核苷酸)具有一个或多个不对称中心且因此产生对映异构体、非对映异构体和其它立体异构构型，这些构型在绝对立体化学方面可定义为(R)或(S)、α或β(例如对于糖的变旋异构体)或(D)或(L)(例如对于氨基酸等)。本文提供的绘制或描述为具有某些立体异构构型的化合物仅包括所指示的化合物。除非另有说明，否则本文提供的以未定义的立体化学绘制或描述的化合物包括所有此类可能的异构体，包括它们的立体随机和光学纯形式。同样，除非另外指明，否则本文化合物的互变异构形式也包括在内。除非另外指明，否则本文所述的化合物打算包括相应的盐形式。
本文所述的化合物包括其中一个或多个原子经所指示元素的非放射性同位素或放射性同位素替代的变化形式。例如，本文中包含氢原子的化合物涵盖每个1H氢原子的所有可能的氘取代。本文化合物涵盖的同位素取代包括(但不限于)：2H或3H替代1H，13C或14C替代12C，15N替代14N，17O或18O替代16O，以及33S、34S、35S或36S替代32S。在某些实施方案中，非放射性同位素取代可赋予低聚化合物新性质，这些新性质有益于用作治疗或研究工具。在某些实施方案中，放射性同位素取代可使该化合物适于研究或诊断目的，例如成像。
实施例
以下实施例说明本公开的某些实施方案并且不具限制性。此外，在提供特定实施方案的情况下，本发明人已经设想了那些特定实施方案的一般应用。例如，具有特定基序的低聚核苷酸的公开为具有相同或相似基序的其它低聚核苷酸提供了合理支持。并且，例如，除非另有说明，否则当在特定位置出现特定高亲和力修饰时，在相同位置的其它高亲和力修饰视为合适的。
实施例
实施例1：在体外单剂量的经修饰低聚核苷酸对人PRNP RNA的效应
合成与人PRNP核酸互补的经修饰低聚核苷酸并测试它们在体外对PRNP RNA水平的效应。
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合核苷间连键的5-10-5MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中中心间隙区段由10个2’-β-D-脱氧核苷组成且3’和5’翼各自由5个2’-MOE修饰的核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeddddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体的核苷间连键基序是(5’到3’)：sooosssssssssssooss；其中“o”代表磷酸二酯核苷间连键且“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键。每一胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人基因序列中与间隔体互补的最5’-核苷。“终止位点”指示人基因序列中与间隔体互补的最3’-核苷。下表中所列示的大部分经修饰低聚核苷酸与人PRNPmRNA序列(在本文中称为SEQ ID NO:1(GENBANK登录号：NM_000311.4))和/或人PRNP基因组序列(在本文中称为SEQ ID NO:2(GENBANK登录号：NC_000020.11，从核苷酸4683001到4705000截短))互补。此外，某些经修饰的低聚核苷酸与人PRNP mRNA(在本文中称为SEQ IDNO:3(GENBANK登录号：NM_001080123.2))互补。“N/A”指示经修饰的低聚核苷酸不与具有100％互补性的该特定基因序列互补。
通过自由摄取用4,000nM的经修饰低聚核苷酸处理以20,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。约48小时的处理期后，从细胞分离总RNA且通过定量实时RTPCR测量PRNPRNA水平。使用人PRNP引物探针集RTS42354(前导序列CCTCTCCTCACGACCGA，在本文中称为SEQ ID NO:21；反向序列CCCAGTGTTCCATCCTCCA，在本文中称为SEQ ID NO:22；探针序列CCACAAAGAGAACCAGCATCCAGCA，在本文中称为SEQ ID NO:23)来测量RNA水平。此外，由本文表12和13中所述的经修饰低聚核苷酸调节的mRNA水平是使用另一人PRNP引物探针集RTS42359(前导序列AGTGGAACAAGCCGAGTAAG，在本文中称为SEQ ID NO:24；反向序列CCTCATAGTCACTGCCGAAAT，在本文中称为SEQ ID NO:25；探针序列AACCAACATGAAGCACATGGCTGG，在本文中称为SEQ ID NO:26)来测量。使用
将PRNP RNA水平正规化。结果呈现于下表中，正规化至未经处理的对照细胞(UTC)中的PRNPRNA水平。用星号(*)标记的值来自与引物探针集的扩增子区互补的低聚核苷酸。可使用其它测定来测量与扩增子区互补的经修饰低聚核苷酸的效力和功效。
表2
PRNP RNA的减少
表3
PRNP RNA的减少
表4
PRNP RNA的减少
表5
PRNP RNA的减少
表6
PRNP RNA的减少
表7
PRNP RNA的减少
表8
PRNP RNA的减少
表9
PRNP RNA的减少
表10
PRNP RNA的减少
表11
PRNP RNA的减少
表12
PRNP RNA的减少
表13
PRNP RNA的减少
表14
PRNP RNA的减少
表15
PRNP RNA的减少
表16
PRNP RNA的减少
表17
PRNP RNA的减少
表18
PRNP RNA的减少
表19
PRNP RNA的减少
表20
PRNP RNA的减少
表21
PRNP RNA的减少
表22
PRNP RNA的减少
表23
PRNP RNA的减少
表24
PRNP RNA的减少
表25
PRNP RNA的减少
表26
PRNP RNA的减少
表27
PRNP RNA的减少
表28
PRNP RNA的减少
表29
PRNP RNA的减少
表30
PRNP RNA的减少
实施例2：在体外单剂量的含有混合核苷间连键的5-10-5MOE间隔体对人PRNP RNA的效应
合成与人PRNP核酸互补的经修饰低聚核苷酸并测试它们在体外对PRNP RNA水平的效应。
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合核苷间连键的5-10-5MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中中心间隙区段由10个2’-β-D-脱氧核苷组成且3’和5’翼各自由5个2’-MOE修饰的核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeddddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体的核苷间连键基序是(5’到3’)：sooosssssssssssooss；其中“o”代表磷酸二酯核苷间连键且“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键。每一胞嘧啶残基为5-甲基胞嘧啶。
“起始位点”指示人序列中与间隔体互补的最5’-核苷。“终止位点”指示人序列中与间隔体互补的最3’-核苷。下表中所列示的每一经修饰低聚核苷酸与人PRNP核酸序列SEQID NO:1或SEQ ID NO:2互补，如所指示。“N/A”指示经修饰的低聚核苷酸不与具有100％互补性的该特定核酸互补。如下文所显示，与人PRNP的核碱基序列互补的经修饰低聚核苷酸使人PRNP RNA的量减少。
通过自由摄取用4,000nM的经修饰低聚核苷酸处理以20,000个细胞/孔的密度培养的A-431细胞。约48小时的处理期后，从细胞分离总RNA且通过定量实时RTPCR使用引物探针集RTS42354测量PRNP RNA水平，如实施例1中所述。使用
将PRNP RNA水平正规化。结果呈现于下表中，正规化至未经处理的对照细胞(UTC)中的PRNP RNA水平。用星号(*)标记的值来自与引物探针集的扩增子区互补的低聚核苷酸。可使用其它测定来测量与扩增子区互补的经修饰低聚核苷酸的效力和功效。
表31
PRNP RNA的减少
表32
PRNP RNA的减少
表33
PRNP RNA的减少
表34
PRNP RNA的减少
表35
PRNP RNA的减少
表36
PRNP RNA的减少
实施例3：在体外多剂量的经修饰低聚核苷酸对人PRNP RNA的效应
在A-431细胞中在多个剂量下测试选自上述实施例的经修饰低聚核苷酸。将细胞以10,000个细胞/孔的密度平铺且通过自由摄取用多个剂量的经修饰的低聚核苷酸处理，如下表中所指定。约48小时的处理期后，从细胞分离总RNA且通过定量实时PCR使用引物探针集RTS42354测量PRNP RNA水平，如实施例1中所述。使用
将PRNP RNA水平正规化。结果于下表中呈现为相对于未经处理的对照细胞(UTC)的PRNP RNA％。还呈现每一经修饰低聚核苷酸的半最大抑制浓度(IC50)。使用对Excel中的数据的log/线性图的线性回归来计算IC50。用星号(*)标记的经修饰低聚核苷酸与引物探针集的扩增子区互补。可使用其它测定来测量与扩增子区互补的经修饰低聚核苷酸的效力和功效。
表37
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表38
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表39
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表40
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表41
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表42
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表43
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
表44
A-431细胞中的人PRNP RNA表达的剂量依赖性减少
实施例4：与人PRNP核酸互补的MOE间隔体修饰的低聚核苷酸的设计和合成
设计并合成与人PRNP核酸互补的经修饰低聚核苷酸。
“起始位点”指示人基因序列中与间隔体互补的最5’-核苷。“终止位点”指示人基因序列中与间隔体互补的最3’-核苷。下表中所列示的大部分经修饰低聚核苷酸与人PRNPmRNA序列(在本文中称为SEQ ID NO:1(上文所述))和/或人PRNP基因组序列(在本文中称为SEQ ID NO:2(上文所述))互补。此外，某些经修饰的低聚核苷酸与人PRNP mRNA(在本文中称为SEQ ID NO:4(ENSEMBL登录号：ENST00000424424.1))互补。“N/A”指示经修饰的低聚核苷酸不与具有100％互补性的该特定基因序列互补。
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的3-10-7MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷且具有由10个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由3个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由7个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeddddddddddeeeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soossssssssssooooss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表45
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的3-10-7MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的4-10-6MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷且具有由10个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由4个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由6个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeddddddddddeeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooossssssssssoooss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表46
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的4-10-6MOE间隔体
下表47和48中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-10-5MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷且具有由10个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由5个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由5个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeddddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooosssssssssssooss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表47
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-10-5MOE间隔体
表48
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-10-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的6-10-4MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷且具有由10个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由6个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由4个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeeddddddddddeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooooossssssssssoss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表49
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的6-10-4MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的7-10-3MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷且具有由10个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由7个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由3个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeeeddddddddddeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：ssooooossssssssssos；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表50
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的7-10-3MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有间隙的位置2处的2’-OMe修饰的核苷和混合PO/PS核苷间连键的5-10-5MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中5’翼区段由5个2’-MOE核苷组成且3’翼区段由5个2’-MOE核苷组成。间隙的长度为10个核苷，且具有包含间隙的位置1、3、4、5、6、7、8、9和10(从5’端计数)处的2’-β-D-脱氧核糖基糖部分和间隙的位置2(从5’端计数)处的2’-OMe核苷的核苷。混合的经改变的间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeedyddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“y”代表2'-O-甲基核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooosssssssssssooss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表51
具有间隙的位置2处的2’-OMe和混合PO/PS核苷间连键的与人PRNP互补的5-10-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-10-5混合MOE/cEt间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中中心间隙区段由10个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’翼区段由5个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由2个cEt核苷和3个2’-MOE核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeddddddddddkkeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooosssssssssssooss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表52
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-10-5MOE/cEt混合翼间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的6-10-4混合MOE/cEt间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中中心间隙区段由10个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’翼区段由6个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由2个cEt核苷和2个2’-MOE核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeeddddddddddkkee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooooossssssssssoss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表53
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的6-10-4MOE/cEt混合翼间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有间隙的位置2处的2’-OMe修饰的核苷和混合PO/PS核苷间连键的6-10-4混合MOE间隔体。间隔体的长度为20个核苷，其中5’翼区段由6个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由4个2’-MOE核苷组成。间隙的长度为10个核苷，且具有包含间隙的位置1、3、4、5、6、7、8、9和10(从5’端计数)处的2’-β-D-脱氧核糖基糖部分和间隙的位置2(从5’端计数)处的2’-OMe核苷的核苷。混合的经改变的间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeedyddddddddeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“y”代表2'-O-甲基核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooooossssssssssoss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表54
与人PRNP互补的具有间隙的位置2处的2’-OMe和混合PO/PS核苷间连键的6-10-4MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5MOE间隔体。间隔体的长度为19个核苷且具有由9个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由5个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由5个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeedddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soooossssssssssoos；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表55
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5MOE间隔体。间隔体的长度为19个核苷且具有由9个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由5个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由5个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeedddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soooosssssssssooss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表56
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5混合MOE/cEt间隔体。间隔体的长度为19个核苷，其中中心间隙区段由9个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’翼区段由5个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由2个cEt核苷和3个2’-MOE核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeedddddddddkkeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soooossssssssssoos；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表57
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-9-5MOE/cEt混合翼间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的5-8-5MOE间隔体。间隔体的长度为18个核苷且具有由8个2’-β-D-脱氧核苷组成的中心间隙区段、由5个2’-MOE核苷组成的5’翼区段和由5个2’-MOE核苷组成的3’翼区段。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeeddddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooosssssssssooss；其中每一“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且每一“o”代表磷酸二酯核苷间连键。每一胞嘧啶核苷是5-甲基胞嘧啶。
表58
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的5-8-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有间隙的位置2处的2’-OMe修饰的核苷和混合PO/PS核苷间连键的5-8-5MOE间隔体。间隔体的长度为18个核苷，其中5’翼区段由5个2’-MOE核苷组成且3’翼区段由5个2’-MOE核苷组成。间隙的长度为8个核苷，且具有包含间隙的位置1、3、4、5、6、7和8(从5’端计数)处的2’-β-D-脱氧核糖基糖部分和间隙的位置2(从5’端计数)处的2’-OMe核苷的核苷。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeedyddddddeeeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“y”代表2'-O-甲基核糖基糖，且“e”代表2’-MOE糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：sooosssssssssooss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表59
与人PRNP互补的具有间隙的位置2处的2’-OMe和混合PO/PS核苷间连键的5-8-5MOE间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的4-8-5混合MOE/cEt间隔体。间隔体的长度为17个核苷，其中中心间隙区段由8个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’翼区段由4个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由2个cEt核苷和3个2’-MOE核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeddddddddkkeee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soosssssssssooss；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表60
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的4-8-5MOE/cEt混合翼间隔体
下表中的经修饰低聚核苷酸是含有混合PO/PS核苷间连键的4-8-4混合MOE/cEt间隔体。间隔体的长度为17个核苷，其中中心间隙区段由8个2’-β-D-脱氧核苷组成，5’翼区段由4个2’-MOE核苷组成，且3’翼区段由2个cEt核苷和2个2’-MOE核苷组成。间隔体的糖基序是(5’到3’)：eeeeddddddddkkee；其中“d”代表2’-β-D-脱氧核糖基糖，“k”代表cEt糖，且“e”代表2’-MOE修饰的核糖基糖。间隔体具有核苷间连键基序(5’到3’)：soosssssssssoos；其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。所有胞嘧啶残基是5-甲基胞嘧啶。
表61
与人PRNP互补的含有混合PO/PS核苷间连键的4-8-4MOE/cEt混合翼间隔体
实施例5：与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸在转基因小鼠中的活性
在人PRNP敲入小鼠模型中测试上述经修饰的低聚核苷酸。通过CRISPR/Cas-9介导的基因编辑进行PRNP基因的人源化，允许生成具有人PRNP基因的组成性表达的模型。靶向策略是基于NCBI转录物NM_011170.3(小鼠)和NM_000311.1(人)。外显子1(5’非翻译区，UTR)到外显子3(3’UTR)的小鼠基因组序列是用它的人相应部分替代。将允许表达Cas9mRNA和特异性gRNA的质粒、含有嘌呤霉素抗性盒的质粒和含有小鼠PRNP基因的同源区和所替代人区的质粒共转染到Taconic Biosciences C57BL/6N Tac ES细胞系中。使用阳性嘌呤霉素选择分离同源重组克隆，且在Cas9介导的基因编辑后获得人源化等位基因。在这些实验中使用株C57BL/6NTac-Prnp<em5804_E-D05(PRNP)。在脑和脊髓中发现人PRNP RNA表达。
治疗
将PRNP敲入小鼠分成每组2-3只小鼠。每一小鼠接受300μg上述经修饰低聚核苷酸的单一ICV浓注。在每一研究内都有一组2-4只小鼠接受PBS作为阴性对照。还在一项研究中测试本文上文和WO2010/019270中所述的比较化合物169746、169750、169753和169764。
RNA分析
在治疗后两周，将小鼠杀死且从皮质脑组织和脊髓提取RNA，用于使用人引物探针集RTS42354(上文所述)和引物探针集RTS42356(前导序列GGTGGTGTCTCACTCTTTCTTC，在本文中称为SEQ ID NO:12；反向序列CCAGCATCTCAGGTCTACTCTA，在本文中称为SEQ ID NO:13；探针序列AATACCCTTGGCACTGATGGGCA，在本文中称为SEQ ID NO:14)进行RTPCR分析以测量PRNP RNA的量。结果呈现为正规化至小鼠亲环素A的相对于PBS对照的人PRNP RNA％。每一研究表示于单独表中。使用引物探针集m_cyclo24(前导序列TCGCCGCTTGCTGCA，在本文中称为SEQ ID NO:18；反向序列ATCGGCCGTGATGTCGA，在本文中称为SEQ ID NO:19；探针序列CCATGGTCAACCCCACCGTGTTC，在本文中称为SEQ ID NO:20)扩增亲环素A。在一些情形下，未定义某一样品的RTPCR值，且标记为N.D.(未定义)。用(*)符号标记的值指示经修饰的低聚核苷酸与引物探针集的扩增子区互补。可使用其它测定(包括用第二引物探针集测试)来测量与扩增子区互补的经修饰低聚核苷酸的效力和功效。
如下表中所显示，与PBS对照相比，用经修饰的低聚核苷酸治疗可减少PRNP RNA。
表62
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表63
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表64
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表65
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表66
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表67
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表68
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表69
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表70
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表71
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表72
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表73
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表74
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表75
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
实施例6：与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸在敲入小鼠中的效力
如上文所述在人PRNP敲入小鼠模型中测试上述经修饰的低聚核苷酸。
治疗
将PRNP敲入小鼠分成每组3-4只小鼠。每一小鼠接受下表中所指示剂量的经修饰低聚核苷酸的单一ICV浓注。每一研究都有一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照。下文中的每一表代表独立研究。
RNA分析
在治疗后两周，将小鼠杀死且从皮质脑组织、脊髓和脑干提取RNA用于使用人引物探针集RTS42356(上文所述)进行RTPCR分析以测量PRNP RNA的量。在一些情形下，还检查海马体中PRNP RNA的水平。结果呈现为正规化至小鼠亲环素A的相对于PBS对照的人PRNPRNA％。使用引物探针集m_cyclo24(上文所述)扩增亲环素A。N/A指示值不可用。
如下表中所显示，与PBS对照相比，用经修饰的低聚核苷酸治疗可减少PRNP RNA的量。
表76
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表77
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表78
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表79
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
表80
敲入小鼠中人PRNP RNA的减少
实施例7：与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸在野生型小鼠3小时研究中的耐受性
在野生型雌性C57/Bl6小鼠中测试上述经修饰的低聚核苷酸以评价低聚核苷酸的耐受性。还在一项研究中测试上文和WO2010/019270中所述的比较化合物编号169753。野生型雌性C57/Bl6小鼠各自接受700μg单一ICV剂量的下表中所列示的经修饰低聚核苷酸。每一治疗组由2-4只小鼠组成。每一研究都有一组4只小鼠接受PBS作为阴性对照(鉴定于下文单独表中)。在注射后3小时时，根据七个不同准则评估小鼠。这些准则是(1)小鼠是机灵、警觉且反应敏捷的；(2)小鼠在没有刺激的情况下站立或拱背；(3)小鼠在没有刺激的情况下显示任何运动；(4)小鼠在提起后展示向前运动；(5)小鼠在提起后展示任何运动；(6)小鼠对夹尾有反应；(7)规律呼吸。对于7个准则中的每一者，如果小鼠符合准则，那么给予0的子得分，如果不符合准则，那么给予1的子得分(功能观察组合得分(functionalobservational battery score)或FOB)。在评估所有7个准则后，对每一小鼠的得分进行求和，并单个地报告每一动物的总得分。结果呈现于下表中。
表81
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表82
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表83
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表84
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表85
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表86
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表87
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表88
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表89
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表90
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表91
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表92
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表93
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
表94
在小鼠中在700μg剂量下的耐受性得分
实施例8：在大鼠中在投药后3小时3mg剂量的与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸的耐受性
在大鼠中测试上述经修饰的低聚核苷酸以评价低聚核苷酸的耐受性。史-道二氏大鼠(Sprague Dawley rat)各自接受3mg单一鞘内(IT)剂量的下表中所列示的低聚核苷酸。还在一项研究中测试本文上文和WO2010/019270中所述的比较化合物编号169753。每一治疗组由2-4只大鼠组成。每一研究中都有一组4只大鼠接受PBS作为阴性对照(表示于下文单独表中)。在注射后3小时时，对每一大鼠在身体7个不同部位的运动进行评估。7个身体部位是(1)大鼠的尾巴；(2)大鼠的后位姿势；(3)大鼠的后肢；(4)大鼠的后爪；(5)大鼠的前爪；(6)大鼠的前位姿势；(7)大鼠的头。对于7个不同身体部位中的每一者，如果身体部位在运动，那么给予每一大鼠0的子得分，如果身体部位瘫痪，那么给予1的子得分(功能观察组合得分或FOB)。在对7个身体部位中的每一者进行评估后，对每一大鼠的子得分进行求和，然后报告每一单个动物的总得分。例如，如果在3mg IT剂量后3小时大鼠的尾巴、头和所有其它经评估的身体部位移动，那么它的总得分将为0。如果在3mg IT剂量后3小时另一只大鼠没有移动它的尾巴，但所有其它经评估的身体部位都在移动，那么它将得到1分。
表95
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表96
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表97
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表98
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表99
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表100
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表101
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表102
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表103
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表104
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表105
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表106
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表107
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表108
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表109
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
表110
在大鼠中在3mg剂量下的耐受性得分
实施例9：在大鼠长期评价中与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸的耐受性
在相同条件下运行的单独研究中，在史-道二氏大鼠中测试上述经修饰的低聚核苷酸，以评价低聚核苷酸的长期耐受性。还测试上文和WO2010/019270中所述的比较化合物169753。史-道二氏大鼠各自接受3mg单一鞘内(IT)递送剂量的低聚核苷酸或PBS。每周由训练有素的观察者对每一动物进行称重并评估不良事件。不良事件定义为在PBS治疗的对照动物中不典型的神经功能障碍，包括(但不限于)：异常肢体张开、异常步态、震颤、异常呼吸、瘫痪和痉挛。不良事件的发生定义为首次记录功能障碍的投药后当周。不良事件的发生通常与发育不良相关，发育不良定义为体重增加/维持不足，类似于PBS治疗的动物。用化合物编号1238994、化合物编号1373021、化合物编号1373022、化合物编号1373023、化合物编号1373057和化合物编号1411016治疗的动物在研究期间没有出现不良事件。相比之下，用比较化合物编号169753治疗的每一动物截至治疗后五周经历了一个或多个不良事件。
实施例10：使用与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸的人临床试验
将在临床试验环境中评估与人PRNP互补的经修饰低聚核苷酸的安全性、耐受性、药物动力学、药效学和功效。在该研究期间，将密切监控患者的安全性。安全性和耐受性评估将包括：身体检查、标准神经学评价、生命征象、ECG、AE和伴随药物、CSF安全实验室、血浆实验室测试和尿分析。
Claims (116)
1.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成的经修饰的低聚核苷酸，其中所述经修饰的低聚核苷酸的核碱基序列与PRNP核酸的等长部分至少90％互补，且其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个选自经修饰糖、糖替代物和经修饰的核苷间连键的修饰。
2.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:27-2744中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个、19个或20个核碱基。
3.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2745-2766中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个、18个或19个核碱基。
4.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2767-2780中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个、17个或18个核碱基。
5.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2781-2802中任一者的至少12个、13个、14个、15个、16个或17个核碱基。
6.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含SEQ ID NO:2803-2806中任一者的至少12个、13个、14个、15个或16个核碱基。
7.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续核碱基的一部分，其中所述部分与以下序列互补：
SEQ ID NO:2的核碱基5,635-5,677的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,791-5,826的等长部分；或
SEQ ID NO:2的核碱基14,366-14,410的等长部分。
8.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含选自以下的核碱基序列的至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个或至少18个连续核碱基：
SEQ ID No:530、607、684、761、838、915、1914、1992、2069、2146、2237、2301、2302、2536、2640、2750、2759、2760、2764、2788-2793；
SEQ ID No:1225、1302、1379、1456、2240、2307、2308、2383、2471、2537、2568、2647、2736-2739、2798-2801；或
SEQ ID No:555、632、709、786、863、940、1017、1862、1939、2017、2094、2171、2257、2334、2407、2408、2488、2508、2543、2612、2659、2677、2757、2766、2794-2797。
9.一种低聚化合物，所述低聚化合物包含由12到30个经连接核苷组成且具有如下核碱基序列的经修饰的低聚核苷酸，所述核碱基序列包含至少8个、至少9个、至少10个、至少11个、至少12个、至少13个、至少14个、至少15个、至少16个、至少17个、至少18个、至少19个或至少20个连续核碱基的一部分，其中所述部分与以下序列互补：
SEQ ID NO:2的核碱基4,902-4,929的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,000-5,026的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,073-5,100的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,515-5,559的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,595-5,632的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,666-5,690的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基5,857-5,881的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基9,352-9,377的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基11,331-11,358的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基16,292-16,328的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,120-17,151的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,211-17,241的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,281-17,331的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,410-17,445的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,601-17,641的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,635-17,670的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,663-17,712的等长部分；
SEQ ID NO:2的核碱基17,753-17,781的等长部分；或
SEQ ID NO:2的核碱基17,985-18,016的等长部分。
10.如权利要求1到9中任一项所述的低聚化合物，其中当在所述经修饰的低聚核苷酸的整个核碱基序列中测量时，所述经修饰的低聚核苷酸的所述核碱基序列与SEQ ID NO:1、SEQ ID NO:2、SEQ ID NO:3或SEQ ID NO:4的核碱基序列至少80％、85％、90％、95％或100％互补。
11.如权利要求1到10中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷。
12.如权利要求11所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含经修饰糖部分。
13.如权利要求12所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含双环糖部分。
14.如权利要求13所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含双环糖部分，所述双环糖部分具有2’-4’桥，其中所述2’-4’桥选自-O-CH2-；和-O-CH(CH3)-。
15.如权利要求11到14中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含非双环经修饰糖部分。
16.如权利要求17所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含非双环经修饰糖部分，所述非双环经修饰糖部分包含2’-MOE修饰的糖或2’-OMe修饰的糖。
17.如权利要求11到16中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含糖替代物。
18.如权利要求15所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰核苷，所述至少一个经修饰核苷包含选自吗啉基和PNA的糖替代物。
19.如权利要求1到12或15到18中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸不包含双环糖部分。
20.如权利要求1到19中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由1-7个经连接5’区核苷组成的5’区；
由6-10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由1-7个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含经修饰糖且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
21.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
22.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
23.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
24.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由9个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
25.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由9个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
26.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
27.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由4个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
28.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
29.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖或cEt修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
30.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由4个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由6个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
31.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由3个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由7个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
32.如权利要求20所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有
由7个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由3个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，且所述中心区核苷中的每一者包含2’-脱氧核糖基糖。
33.如权利要求20到32中任一项所述的低聚化合物，其中所述2’-脱氧核糖基糖为2’-β-D-脱氧核糖基糖。
34.如权利要求1到19中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由1-6个经连接5’区核苷组成的5’区；
由6-10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由1-6个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含经修饰糖，
且所述中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为2’-OMe核苷且每一Nd为2’-β-D-脱氧核苷；
且n为6到8。
35.如权利要求34所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，
且所述中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为6。
36.如权利要求34所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由8个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，
且所述中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为6。
37.如权利要求34所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有包含以下的糖基序：
由5个经连接5’区核苷组成的5’区；
由10个经连接中心区核苷组成的中心区；和
由5个经连接3’区核苷组成的3’区；其中
所述5’区核苷中的每一者和所述3’区核苷中的每一者包含2’-MOE修饰的糖，
且所述中心区具有下式：
(Nd)(Nx)(Nd)n
其中Nx为包含2’-OMe糖的核苷且每一Nd为包含2’-脱氧核糖基糖的核苷；
且n为8。
38.如权利要求34到37中任一项所述的低聚化合物，其中所述2’-脱氧核糖基糖为2’-β-D-脱氧核糖基糖。
39.如权利要求1到38中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰的核苷间连键。
40.如权利要求39所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸的每一核苷间连键为经修饰的核苷间连键。
41.如权利要求39或40所述的低聚化合物，其中至少一个核苷间连键为硫代磷酸酯核苷间连键。
42.如权利要求39或41所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个磷酸二酯核苷间连键。
43.如权利要求39、41或42中任一项所述的低聚化合物，其中每一核苷间连键独立地选自磷酸二酯核苷间连键或硫代磷酸酯核苷间连键。
44.如权利要求1到43中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个经修饰的核碱基。
45.如权利要求44所述的低聚化合物，其中所述经修饰的核碱基为5-甲基胞嘧啶。
46.如权利要求1到45中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由12-30个、12-22个、12-20个、14-20个、15-25个、16-20个、18-22个或18-20个经连接核苷组成。
47.如权利要求1到21、33、34或38到46中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由16个经连接核苷组成。
48.如权利要求1到20、22、33、34或38到46中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由17个经连接核苷组成。
49.如权利要求1到20、23、33、34到36或38到46中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由18个经连接核苷组成。
50.如权利要求1到20、24、25、33、34或38到46中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由19个经连接核苷组成。
51.如权利要求1到20、26到34或37到46中任一项所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸由20个经连接核苷组成。
52.如权利要求39所述的低聚化合物，其中所述经修饰的低聚核苷酸具有核苷间连键基序soossssssssssooooss、sooossssssssssoooss、sooosssssssssssooss、sooooossssssssssoss、ssooooossssssssssos、soooossssssssssoos、soooosssssssssooss、soosssssssssooss、sooosssssssssooss或soosssssssssoos，其中“s”代表硫代磷酸酯核苷间连键且“o”代表磷酸二酯核苷间连键。
53.如权利要求1到52中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物由所述经修饰的低聚核苷酸组成。
54.如权利要求1到52中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物包含缀合物基团，所述缀合物基团包含缀合物部分和缀合物接头。
55.如权利要求54所述的低聚化合物，其中所述缀合物基团包含GalNAc簇，所述GalNAc簇包含1-3个GalNAc配体。
56.如权利要求54或55所述的低聚化合物，其中所述缀合物接头由单键组成。
57.如权利要求54所述的低聚化合物，其中所述缀合物接头是可裂解的。
58.如权利要求54所述的低聚化合物，其中所述缀合物接头包含1-3个接头-核苷。
59.如权利要求54到58中任一项所述的低聚化合物，其中所述缀合物基团在所述经修饰的低聚核苷酸的5’端连接到所述经修饰的低聚核苷酸。
60.如权利要求54到58中任一项所述的低聚化合物，其中所述缀合物基团在所述经修饰的低聚核苷酸的3’端连接到所述经修饰的低聚核苷酸。
61.如权利要求1到60中任一项所述的低聚化合物，所述低聚化合物包含端基。
62.如权利要求1到61中任一项所述的低聚化合物，其中所述低聚化合物是单链低聚化合物。
63.如权利要求1到57或59到62中任一项所述的低聚化合物，其中所述低聚化合物不包含接头-核苷。
64.一种低聚双链体，所述低聚双链体包含如权利要求1到61或63中任一项所述的低聚化合物。
65.一种反义化合物，所述反义化合物包含如权利要求1到63中任一项所述的低聚化合物或如权利要求64所述的低聚双链体或由它组成。
66.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求1到63中任一项所述的低聚化合物或如权利要求64所述的低聚双链体和药学上可接受的载体或稀释剂。
67.如权利要求66所述的药物组合物，所述药物组合物包含药学上可接受的稀释剂，其中所述药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液。
68.如权利要求67所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述经修饰的低聚核苷酸和磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液组成。
69.一种方法，所述方法包括向动物施用如权利要求66到68中任一项所述的药物组合物。
70.一种治疗与PRNP相关的疾病的方法，所述方法包括向患有与PRNP相关的疾病或具有患上与PRNP相关的疾病的风险的个体施用治疗有效量的根据权利要求66到68中任一项所述的药物组合物；和由此治疗所述与PRNP相关的疾病。
71.一种减少患有与PRNP相关的疾病或具有患上与PRNP相关的疾病的风险的个体的CSF中的PrP蛋白的方法，治疗有效量的根据权利要求66到68中任一项所述的药物组合物；和由此减少所述CSF中的PrP蛋白。
72.如权利要求71所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPC。
73.如权利要求71所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPSc。
74.如权利要求71所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPC与PrPSc二者。
75.如权利要求70或71所述的方法，其中所述施用是通过鞘内施用进行。
76.如权利要求70或71所述的方法，其中所述与PRNP相关的疾病是神经变性疾病。
77.如权利要求76所述的方法，其中所述神经变性疾病选自朊病毒疾病、克-雅二氏病(CJD)、变异型克-雅二氏病(vCJD)、家族性克-雅二氏病(fCJD)、杰茨曼-斯脱司勒-史茵克综合征、致命性家族性失眠症、库鲁病、阿尔茨海默氏病或帕金森氏病。
78.如权利要求70到77中任一项所述的方法，其中所述神经变性疾病的至少一种症状或标志得以改善。
79.如权利要求78所述的方法，其中所述症状或标志是以下中的任一者：脑中的海绵状变化、形成异常蛋白质聚集体、神经元损失、神经元损失的标记物、快速进展型痴呆或死亡。
80.一种减少细胞中的PRNP RNA的方法，所述方法包括使所述细胞与根据权利要求1到63中任一项所述的低聚化合物、根据权利要求64所述的低聚双链体或根据权利要求65所述的反义化合物接触；和由此减少所述细胞中的PRNP RNA。
81.一种减少细胞中的PrP蛋白的方法，所述方法包括使所述细胞与根据权利要求1到63中任一项所述的低聚化合物、根据权利要求64所述的低聚双链体或根据权利要求65所述的反义化合物接触；和由此减少所述细胞中的PrP。
82.如权利要求81所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPC。
83.如权利要求81所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPSc。
84.如权利要求81所述的方法，其中所述PrP蛋白为PrPC与PrPSc二者。
85.如权利要求80到84中任一项所述的方法，其中所述细胞处于动物中。
86.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)，或其盐。
87.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)。
88.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)，或其盐。
89.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1914)。
90.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1939)，或其盐。
91.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:1939)。
92.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2302)，或其盐。
93.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2302)。
94.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2750)，或其盐。
95.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2750)。
96.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2739)，或其盐。
97.一种根据以下化学结构的经修饰低聚核苷酸：
(SEQ ID NO:2739)。
98.如权利要求86、88、90、92、94或96所述的经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸是所述化学结构的钠盐。
99.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：Ges TeomCeo Aeo Tes Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Geo mCeo Tes Aes mCe(SEQID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
100.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：Ges TeomCeo Aeo Teo Aeo Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Ads Gds mCeo Tes Aes mCe(SEQID NO:1914)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
101.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：Ges mCeoTeo Teo Aeo Teo Tds Ads Tds Tds mCds Ads Tds Gds Tds Tds mCeo Tes mCes mCe(SEQID NO:1939)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
102.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：Ges TeoGeo Teo mCeo Aeo Tds Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aeo Ges mCes Te(SEQID NO:2302)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
103.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：Ges TeomCeo Aeo Teo Ads Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Tds Aes Geo mCeo Tes Ae(SEQ IDNO:2750)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
104.一种化合物，所述化合物包含根据以下化学符号的经修饰的低聚核苷酸：AesmCeo Geo Teo mCes mCds Ads Tds Tds Tds Tds mCds Tds Gds Tds Geo mCeo Tes TesTe(SEQ ID NO:2739)，其中，
A＝腺嘌呤核碱基，
mC＝5-甲基胞嘧啶核碱基，
G＝鸟嘌呤核碱基，
T＝胸腺嘧啶核碱基，
e＝2’-MOE修饰的糖，
d＝2’-β-D脱氧核糖基糖，
s＝硫代磷酸酯核苷间连键，且
o＝磷酸二酯核苷间连键。
105.如权利要求99到104中任一项所述的化合物，所述化合物包含共价连接到缀合物基团的所述经修饰的低聚核苷酸。
106.一种如权利要求86到105中任一项所述的经修饰的低聚核苷酸的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个具有特定立体化学构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键。
107.如权利要求106所述的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸包含至少一个具有(Sp)或(Rp)构型的特定硫代磷酸酯核苷间连键。
108.如权利要求106所述的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸在每一硫代磷酸酯核苷间连键处具有经独立选择的特定立体化学构型。
109.如权利要求106所述的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸在每一硫代磷酸酯核苷间连键处具有所述(Sp)或所述(Rp)构型。
110.如权利要求106所述的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸在一个特定硫代磷酸酯核苷间连键处具有所述(Rp)构型且在其余硫代磷酸酯核苷间连键中的每一者处具有所述(Sp)构型。
111.如权利要求106或108所述的手性富集群体，其中使所述群体富集经修饰的低聚核苷酸，所述经修饰的低聚核苷酸在5’到3’方向上具有至少3个呈Sp、Sp和Rp构型的连续硫代磷酸酯核苷间连键。
112.一种如权利要求86到105中任一项所述的经修饰的低聚核苷酸的群体，其中所述经修饰的低聚核苷酸的所有所述硫代磷酸酯核苷间连键都是立体随机的。
113.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求106到112中任一项所述的经修饰的低聚核苷酸的群体和药学上可接受的载体或稀释剂。
114.一种药物组合物，如权利要求86到105中任一项所述的和药学上可接受的稀释剂或载体。
115.如权利要求114所述的药物组合物，所述药物组合物包含药学上可接受的稀释剂，其中所述药学上可接受的稀释剂是磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液。
116.如权利要求115所述的药物组合物，其中所述药物组合物基本上由所述经修饰的低聚核苷酸和磷酸盐缓冲盐水或人工脑脊液组成。
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