CN113046431A - 一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 - Google Patents
一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 Download PDFInfo
- Publication number
- CN113046431A CN113046431A CN202110279366.7A CN202110279366A CN113046431A CN 113046431 A CN113046431 A CN 113046431A CN 202110279366 A CN202110279366 A CN 202110279366A CN 113046431 A CN113046431 A CN 113046431A
- Authority
- CN
- China
- Prior art keywords
- gene mutation
- genetic
- pathogenic gene
- disease pathogenic
- detection method
- Prior art date
- Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
- Pending
Links
- 208000018737 Parkinson disease Diseases 0.000 title claims abstract description 50
- 230000001717 pathogenic effect Effects 0.000 title claims abstract description 37
- 238000001514 detection method Methods 0.000 title claims abstract description 32
- 230000002068 genetic effect Effects 0.000 title claims abstract description 32
- 206010064571 Gene mutation Diseases 0.000 title claims abstract description 29
- 239000000523 sample Substances 0.000 claims abstract description 42
- 238000012163 sequencing technique Methods 0.000 claims abstract description 27
- 238000000034 method Methods 0.000 claims abstract description 24
- 239000007791 liquid phase Substances 0.000 claims abstract description 15
- 238000009396 hybridization Methods 0.000 claims abstract description 12
- 238000007405 data analysis Methods 0.000 claims abstract description 5
- 108090000623 proteins and genes Proteins 0.000 claims description 56
- 239000011324 bead Substances 0.000 claims description 32
- 238000006243 chemical reaction Methods 0.000 claims description 22
- 102100026882 Alpha-synuclein Human genes 0.000 claims description 16
- 101000834898 Homo sapiens Alpha-synuclein Proteins 0.000 claims description 15
- 230000035772 mutation Effects 0.000 claims description 13
- 238000000746 purification Methods 0.000 claims description 12
- 238000011002 quantification Methods 0.000 claims description 11
- -1 TTR Proteins 0.000 claims description 9
- 102100025617 Beta-synuclein Human genes 0.000 claims description 7
- 101000787265 Homo sapiens Beta-synuclein Proteins 0.000 claims description 7
- 238000012408 PCR amplification Methods 0.000 claims description 7
- 108010020246 Leucine-Rich Repeat Serine-Threonine Protein Kinase-2 Proteins 0.000 claims description 6
- 102100032693 Leucine-rich repeat serine/threonine-protein kinase 2 Human genes 0.000 claims description 6
- 101001037074 Homo sapiens GRB10-interacting GYF protein 2 Proteins 0.000 claims description 5
- 101000887201 Homo sapiens Polyamine-transporting ATPase 13A2 Proteins 0.000 claims description 5
- 102100040196 GRB10-interacting GYF protein 2 Human genes 0.000 claims description 4
- 102100039917 Polyamine-transporting ATPase 13A2 Human genes 0.000 claims description 4
- 238000001190 Q-PCR Methods 0.000 claims description 4
- 102100021117 Serine protease HTRA2, mitochondrial Human genes 0.000 claims description 4
- 230000003321 amplification Effects 0.000 claims description 4
- 238000007689 inspection Methods 0.000 claims description 4
- 238000003199 nucleic acid amplification method Methods 0.000 claims description 4
- 230000008439 repair process Effects 0.000 claims description 4
- IGRCWJPBLWGNPX-UHFFFAOYSA-N 3-(2-chlorophenyl)-n-(4-chlorophenyl)-n,5-dimethyl-1,2-oxazole-4-carboxamide Chemical compound C=1C=C(Cl)C=CC=1N(C)C(=O)C1=C(C)ON=C1C1=CC=CC=C1Cl IGRCWJPBLWGNPX-UHFFFAOYSA-N 0.000 claims description 3
- 102000007370 Ataxin2 Human genes 0.000 claims description 3
- 108010032951 Ataxin2 Proteins 0.000 claims description 3
- 108090000197 Clusterin Proteins 0.000 claims description 3
- 102000003780 Clusterin Human genes 0.000 claims description 3
- 101710137943 Complement control protein C3 Proteins 0.000 claims description 3
- 101100427383 Dictyostelium discoideum uch1 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 102100029525 F-box only protein 7 Human genes 0.000 claims description 3
- 101000917536 Homo sapiens F-box only protein 7 Proteins 0.000 claims description 3
- 101001076422 Homo sapiens Interleukin-1 receptor type 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000891579 Homo sapiens Microtubule-associated protein tau Proteins 0.000 claims description 3
- 101000772905 Homo sapiens Polyubiquitin-B Proteins 0.000 claims description 3
- 101000644537 Homo sapiens Sequestosome-1 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000834926 Homo sapiens Transmembrane protein 106B Proteins 0.000 claims description 3
- 101000795117 Homo sapiens Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101000607639 Homo sapiens Ubiquilin-2 Proteins 0.000 claims description 3
- 101150069138 HtrA2 gene Proteins 0.000 claims description 3
- 102100026017 Interleukin-1 receptor type 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100040243 Microtubule-associated protein tau Human genes 0.000 claims description 3
- 102100030432 Polyubiquitin-B Human genes 0.000 claims description 3
- 108060009345 SORL1 Proteins 0.000 claims description 3
- 102100020814 Sequestosome-1 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100025639 Sortilin-related receptor Human genes 0.000 claims description 3
- 102100026145 Transitional endoplasmic reticulum ATPase Human genes 0.000 claims description 3
- 101710132062 Transitional endoplasmic reticulum ATPase Proteins 0.000 claims description 3
- 102100026232 Transmembrane protein 106B Human genes 0.000 claims description 3
- 102000008579 Transposases Human genes 0.000 claims description 3
- 108010020764 Transposases Proteins 0.000 claims description 3
- 102100029678 Triggering receptor expressed on myeloid cells 2 Human genes 0.000 claims description 3
- 102100039933 Ubiquilin-2 Human genes 0.000 claims description 3
- 102000005789 Vascular Endothelial Growth Factors Human genes 0.000 claims description 3
- 108010019530 Vascular Endothelial Growth Factors Proteins 0.000 claims description 3
- 238000001962 electrophoresis Methods 0.000 claims description 3
- 230000009871 nonspecific binding Effects 0.000 claims description 3
- 238000002205 phenol-chloroform extraction Methods 0.000 claims description 3
- 238000012545 processing Methods 0.000 claims description 3
- 108091008146 restriction endonucleases Proteins 0.000 claims description 3
- 238000002525 ultrasonication Methods 0.000 claims description 3
- 101000619542 Homo sapiens E3 ubiquitin-protein ligase parkin Proteins 0.000 claims description 2
- 239000007790 solid phase Substances 0.000 claims description 2
- 230000029087 digestion Effects 0.000 claims 2
- 102100030221 Diacylglycerol kinase theta Human genes 0.000 claims 1
- 102100022207 E3 ubiquitin-protein ligase parkin Human genes 0.000 claims 1
- 101000864574 Homo sapiens Diacylglycerol kinase theta Proteins 0.000 claims 1
- 101000651236 Homo sapiens NCK-interacting protein with SH3 domain Proteins 0.000 claims 1
- 102100027673 NCK-interacting protein with SH3 domain Human genes 0.000 claims 1
- 238000013467 fragmentation Methods 0.000 claims 1
- 238000006062 fragmentation reaction Methods 0.000 claims 1
- 238000012165 high-throughput sequencing Methods 0.000 abstract description 10
- 230000008901 benefit Effects 0.000 abstract description 7
- 230000035945 sensitivity Effects 0.000 abstract description 4
- LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N Ethanol Chemical compound CCO LFQSCWFLJHTTHZ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 38
- 108020004414 DNA Proteins 0.000 description 34
- 238000002156 mixing Methods 0.000 description 20
- 239000006228 supernatant Substances 0.000 description 18
- 239000000047 product Substances 0.000 description 15
- 239000000243 solution Substances 0.000 description 15
- 238000002360 preparation method Methods 0.000 description 13
- 235000019441 ethanol Nutrition 0.000 description 12
- 239000000203 mixture Substances 0.000 description 12
- 238000010009 beating Methods 0.000 description 10
- 230000027455 binding Effects 0.000 description 9
- 102000004169 proteins and genes Human genes 0.000 description 9
- 230000000694 effects Effects 0.000 description 8
- XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N water Substances O XLYOFNOQVPJJNP-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 8
- 239000003153 chemical reaction reagent Substances 0.000 description 7
- 230000037361 pathway Effects 0.000 description 7
- 102000053602 DNA Human genes 0.000 description 6
- 108010037026 Vacuolar Proton-Translocating ATPases Proteins 0.000 description 6
- 102000011731 Vacuolar Proton-Translocating ATPases Human genes 0.000 description 6
- 201000010099 disease Diseases 0.000 description 6
- 208000037265 diseases, disorders, signs and symptoms Diseases 0.000 description 6
- 238000005516 engineering process Methods 0.000 description 6
- 230000006870 function Effects 0.000 description 6
- 239000011534 wash buffer Substances 0.000 description 5
- 102100029510 26S proteasome regulatory subunit 6A Human genes 0.000 description 4
- 206010012289 Dementia Diseases 0.000 description 4
- 102000004190 Enzymes Human genes 0.000 description 4
- 108090000790 Enzymes Proteins 0.000 description 4
- 101001125540 Homo sapiens 26S proteasome regulatory subunit 6A Proteins 0.000 description 4
- 101000949825 Homo sapiens Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog Proteins 0.000 description 4
- 101001046894 Homo sapiens Protein HID1 Proteins 0.000 description 4
- 102100037898 Homologous-pairing protein 2 homolog Human genes 0.000 description 4
- 101710148410 Homologous-pairing protein 2 homolog Proteins 0.000 description 4
- 102100035285 Meiotic recombination protein DMC1/LIM15 homolog Human genes 0.000 description 4
- 108010090804 Streptavidin Proteins 0.000 description 4
- 238000003776 cleavage reaction Methods 0.000 description 4
- VYFYYTLLBUKUHU-UHFFFAOYSA-N dopamine Chemical compound NCCC1=CC=C(O)C(O)=C1 VYFYYTLLBUKUHU-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 4
- 238000002474 experimental method Methods 0.000 description 4
- 239000012634 fragment Substances 0.000 description 4
- 238000011534 incubation Methods 0.000 description 4
- 210000004558 lewy body Anatomy 0.000 description 4
- 230000001404 mediated effect Effects 0.000 description 4
- 210000003463 organelle Anatomy 0.000 description 4
- 230000003518 presynaptic effect Effects 0.000 description 4
- 230000001105 regulatory effect Effects 0.000 description 4
- 230000007017 scission Effects 0.000 description 4
- 230000011664 signaling Effects 0.000 description 4
- RWSYPPRKMNWNII-VYQNUHOXSA-N 9fem1mon3p Chemical compound C([C@]12[C@@H](C)[C@@H]([C@@H]3[C@H]([C@H]([C@H](C)[C@H]4O[C@H]5C[C@@H](C)C[C@H]6O[C@@]7(C)[C@H](O)C[C@H]8O[C@H]9C=C[C@H]%10O[C@H]%11C[C@@H]%12[C@H]([C@@H]([C@H]%13O[C@H](C=CC[C@@H]%13O%12)\C=C\[C@H](O)CO)O)O[C@@H]%11C=C[C@@H]%10O[C@@H]9C\C=C/C[C@@H]8O[C@@H]7C[C@@H]6O[C@@H]5C[C@@H]4O3)O)O2)C)CCO1 RWSYPPRKMNWNII-VYQNUHOXSA-N 0.000 description 3
- 108091006112 ATPases Proteins 0.000 description 3
- 102000057290 Adenosine Triphosphatases Human genes 0.000 description 3
- 102100028410 Endophilin-A1 Human genes 0.000 description 3
- 101000632565 Homo sapiens Endophilin-A1 Proteins 0.000 description 3
- 101100021877 Homo sapiens LRRK2 gene Proteins 0.000 description 3
- 101150081013 LRRK2 gene Proteins 0.000 description 3
- 102000007399 Nuclear hormone receptor Human genes 0.000 description 3
- 108020005497 Nuclear hormone receptor Proteins 0.000 description 3
- 102000002490 Rad51 Recombinase Human genes 0.000 description 3
- 108010068097 Rad51 Recombinase Proteins 0.000 description 3
- 102000004243 Tubulin Human genes 0.000 description 3
- 108090000704 Tubulin Proteins 0.000 description 3
- 230000015572 biosynthetic process Effects 0.000 description 3
- 238000007664 blowing Methods 0.000 description 3
- 239000000872 buffer Substances 0.000 description 3
- 238000004140 cleaning Methods 0.000 description 3
- 230000001419 dependent effect Effects 0.000 description 3
- 238000011161 development Methods 0.000 description 3
- 230000018109 developmental process Effects 0.000 description 3
- 230000004907 flux Effects 0.000 description 3
- 230000021121 meiosis Effects 0.000 description 3
- 108020004017 nuclear receptors Proteins 0.000 description 3
- 230000008569 process Effects 0.000 description 3
- 210000002504 synaptic vesicle Anatomy 0.000 description 3
- 238000013518 transcription Methods 0.000 description 3
- 230000035897 transcription Effects 0.000 description 3
- 230000032258 transport Effects 0.000 description 3
- 208000024827 Alzheimer disease Diseases 0.000 description 2
- 208000037259 Amyloid Plaque Diseases 0.000 description 2
- BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N Calcium cation Chemical compound [Ca+2] BHPQYMZQTOCNFJ-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 2
- 102100025064 Cellular tumor antigen p53 Human genes 0.000 description 2
- 108010044266 Dopamine Plasma Membrane Transport Proteins Proteins 0.000 description 2
- 101000592685 Homo sapiens Meiotic nuclear division protein 1 homolog Proteins 0.000 description 2
- 101000838301 Homo sapiens Tubulin gamma-1 chain Proteins 0.000 description 2
- 101000713623 Homo sapiens Tubulin gamma-2 chain Proteins 0.000 description 2
- 102000003960 Ligases Human genes 0.000 description 2
- 108090000364 Ligases Proteins 0.000 description 2
- 102100033679 Meiotic nuclear division protein 1 homolog Human genes 0.000 description 2
- 102000029749 Microtubule Human genes 0.000 description 2
- 108091022875 Microtubule Proteins 0.000 description 2
- 102100032983 Phospholipase D2 Human genes 0.000 description 2
- 108010032428 Protein Deglycase DJ-1 Proteins 0.000 description 2
- 108010029485 Protein Isoforms Proteins 0.000 description 2
- 102000001708 Protein Isoforms Human genes 0.000 description 2
- 102100033928 Sodium-dependent dopamine transporter Human genes 0.000 description 2
- 102100028979 Tubulin gamma-1 chain Human genes 0.000 description 2
- 102100036827 Tubulin gamma-2 chain Human genes 0.000 description 2
- 239000012190 activator Substances 0.000 description 2
- 230000032683 aging Effects 0.000 description 2
- 108090000185 alpha-Synuclein Proteins 0.000 description 2
- 238000003149 assay kit Methods 0.000 description 2
- 230000009286 beneficial effect Effects 0.000 description 2
- 239000012148 binding buffer Substances 0.000 description 2
- 230000033228 biological regulation Effects 0.000 description 2
- 210000004556 brain Anatomy 0.000 description 2
- 229910001424 calcium ion Inorganic materials 0.000 description 2
- 238000005119 centrifugation Methods 0.000 description 2
- 210000003793 centrosome Anatomy 0.000 description 2
- 229960003638 dopamine Drugs 0.000 description 2
- 210000005064 dopaminergic neuron Anatomy 0.000 description 2
- 238000001035 drying Methods 0.000 description 2
- 210000001163 endosome Anatomy 0.000 description 2
- 239000000284 extract Substances 0.000 description 2
- 230000004927 fusion Effects 0.000 description 2
- 239000007788 liquid Substances 0.000 description 2
- 230000007246 mechanism Effects 0.000 description 2
- 238000002844 melting Methods 0.000 description 2
- 230000008018 melting Effects 0.000 description 2
- 239000012528 membrane Substances 0.000 description 2
- 210000004688 microtubule Anatomy 0.000 description 2
- 102000039446 nucleic acids Human genes 0.000 description 2
- 108020004707 nucleic acids Proteins 0.000 description 2
- 150000007523 nucleic acids Chemical class 0.000 description 2
- 230000020477 pH reduction Effects 0.000 description 2
- 230000008506 pathogenesis Effects 0.000 description 2
- 108010002267 phospholipase D2 Proteins 0.000 description 2
- 239000002244 precipitate Substances 0.000 description 2
- 239000002096 quantum dot Substances 0.000 description 2
- 230000006798 recombination Effects 0.000 description 2
- 238000005215 recombination Methods 0.000 description 2
- 239000007787 solid Substances 0.000 description 2
- 238000003756 stirring Methods 0.000 description 2
- 230000001502 supplementing effect Effects 0.000 description 2
- 230000000946 synaptic effect Effects 0.000 description 2
- 238000012360 testing method Methods 0.000 description 2
- 102000007469 Actins Human genes 0.000 description 1
- 108010085238 Actins Proteins 0.000 description 1
- 102100032187 Androgen receptor Human genes 0.000 description 1
- 101100459909 Arabidopsis thaliana NCRK gene Proteins 0.000 description 1
- 206010003571 Astrocytoma Diseases 0.000 description 1
- 102000004219 Brain-derived neurotrophic factor Human genes 0.000 description 1
- 108090000715 Brain-derived neurotrophic factor Proteins 0.000 description 1
- 101100190541 Caenorhabditis elegans pink-1 gene Proteins 0.000 description 1
- 108010078791 Carrier Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000011727 Caspases Human genes 0.000 description 1
- 108010076667 Caspases Proteins 0.000 description 1
- 101710095602 Catenin alpha Proteins 0.000 description 1
- 241001573498 Compacta Species 0.000 description 1
- 238000007400 DNA extraction Methods 0.000 description 1
- 230000004568 DNA-binding Effects 0.000 description 1
- 102100028401 Endophilin-A2 Human genes 0.000 description 1
- 101000941893 Felis catus Leucine-rich repeat and calponin homology domain-containing protein 1 Proteins 0.000 description 1
- 101150028412 GBA gene Proteins 0.000 description 1
- 101000632553 Homo sapiens Endophilin-A2 Proteins 0.000 description 1
- 101001062790 Homo sapiens Protein FAM171A2 Proteins 0.000 description 1
- 101000891654 Homo sapiens TATA-box-binding protein Proteins 0.000 description 1
- 241000713772 Human immunodeficiency virus 1 Species 0.000 description 1
- 206010058359 Hypogonadism Diseases 0.000 description 1
- 208000026350 Inborn Genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 208000009829 Lewy Body Disease Diseases 0.000 description 1
- 201000002832 Lewy body dementia Diseases 0.000 description 1
- 208000036626 Mental retardation Diseases 0.000 description 1
- 102000005431 Molecular Chaperones Human genes 0.000 description 1
- 108010006519 Molecular Chaperones Proteins 0.000 description 1
- 108091028043 Nucleic acid sequence Proteins 0.000 description 1
- 208000027820 Parkinson disease 1 Diseases 0.000 description 1
- RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N Progesterone Chemical class C1CC2=CC(=O)CC[C@]2(C)[C@@H]2[C@@H]1[C@@H]1CC[C@H](C(=O)C)[C@@]1(C)CC2 RJKFOVLPORLFTN-LEKSSAKUSA-N 0.000 description 1
- 108090000708 Proteasome Endopeptidase Complex Proteins 0.000 description 1
- 102000004245 Proteasome Endopeptidase Complex Human genes 0.000 description 1
- 102100030535 Protein FAM171A2 Human genes 0.000 description 1
- 102100028286 Proto-oncogene tyrosine-protein kinase receptor Ret Human genes 0.000 description 1
- 108010010469 Qa-SNARE Proteins Proteins 0.000 description 1
- 238000011529 RT qPCR Methods 0.000 description 1
- 102000018120 Recombinases Human genes 0.000 description 1
- 108010091086 Recombinases Proteins 0.000 description 1
- 102000006382 Ribonucleases Human genes 0.000 description 1
- 108010083644 Ribonucleases Proteins 0.000 description 1
- 102000000583 SNARE Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010041948 SNARE Proteins Proteins 0.000 description 1
- 101150110423 SNCA gene Proteins 0.000 description 1
- 108020004682 Single-Stranded DNA Proteins 0.000 description 1
- 102000006384 Soluble N-Ethylmaleimide-Sensitive Factor Attachment Proteins Human genes 0.000 description 1
- 108010019040 Soluble N-Ethylmaleimide-Sensitive Factor Attachment Proteins Proteins 0.000 description 1
- 102000050389 Syntaxin Human genes 0.000 description 1
- 230000010632 Transcription Factor Activity Effects 0.000 description 1
- 108010078814 Tumor Suppressor Protein p53 Proteins 0.000 description 1
- 101710186825 Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase isozyme L1 Proteins 0.000 description 1
- 108010067390 Viral Proteins Proteins 0.000 description 1
- 230000009471 action Effects 0.000 description 1
- 230000004913 activation Effects 0.000 description 1
- 239000000853 adhesive Substances 0.000 description 1
- 230000001070 adhesive effect Effects 0.000 description 1
- 239000003098 androgen Substances 0.000 description 1
- 108010080146 androgen receptors Proteins 0.000 description 1
- 230000002424 anti-apoptotic effect Effects 0.000 description 1
- 201000007201 aphasia Diseases 0.000 description 1
- 208000036815 beta tubulin Diseases 0.000 description 1
- 239000011575 calcium Substances 0.000 description 1
- 239000000969 carrier Substances 0.000 description 1
- 230000003197 catalytic effect Effects 0.000 description 1
- 210000000170 cell membrane Anatomy 0.000 description 1
- 230000004663 cell proliferation Effects 0.000 description 1
- 230000001876 chaperonelike Effects 0.000 description 1
- 210000000349 chromosome Anatomy 0.000 description 1
- 210000002806 clathrin-coated vesicle Anatomy 0.000 description 1
- 238000003759 clinical diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000012398 clinical drug development Methods 0.000 description 1
- 239000000470 constituent Substances 0.000 description 1
- 238000001816 cooling Methods 0.000 description 1
- 230000001351 cycling effect Effects 0.000 description 1
- 210000004292 cytoskeleton Anatomy 0.000 description 1
- 230000001086 cytosolic effect Effects 0.000 description 1
- 230000007547 defect Effects 0.000 description 1
- 239000005547 deoxyribonucleotide Substances 0.000 description 1
- 125000002637 deoxyribonucleotide group Chemical group 0.000 description 1
- 238000003745 diagnosis Methods 0.000 description 1
- 238000004090 dissolution Methods 0.000 description 1
- 239000003814 drug Substances 0.000 description 1
- 230000002121 endocytic effect Effects 0.000 description 1
- 230000002708 enhancing effect Effects 0.000 description 1
- 230000007613 environmental effect Effects 0.000 description 1
- 230000002327 eosinophilic effect Effects 0.000 description 1
- 229940011871 estrogen Drugs 0.000 description 1
- 239000000262 estrogen Substances 0.000 description 1
- 210000003527 eukaryotic cell Anatomy 0.000 description 1
- 238000001917 fluorescence detection Methods 0.000 description 1
- 208000016361 genetic disease Diseases 0.000 description 1
- 239000003862 glucocorticoid Substances 0.000 description 1
- 230000012010 growth Effects 0.000 description 1
- 239000005556 hormone Substances 0.000 description 1
- 229940088597 hormone Drugs 0.000 description 1
- 210000003000 inclusion body Anatomy 0.000 description 1
- 230000002757 inflammatory effect Effects 0.000 description 1
- 230000002401 inhibitory effect Effects 0.000 description 1
- 230000005764 inhibitory process Effects 0.000 description 1
- 230000010354 integration Effects 0.000 description 1
- 230000003834 intracellular effect Effects 0.000 description 1
- 230000006525 intracellular process Effects 0.000 description 1
- 230000003902 lesion Effects 0.000 description 1
- 239000003446 ligand Substances 0.000 description 1
- 230000004576 lipid-binding Effects 0.000 description 1
- 230000002132 lysosomal effect Effects 0.000 description 1
- 210000003712 lysosome Anatomy 0.000 description 1
- 230000001868 lysosomic effect Effects 0.000 description 1
- 239000011159 matrix material Substances 0.000 description 1
- 230000008172 membrane trafficking Effects 0.000 description 1
- 210000001259 mesencephalon Anatomy 0.000 description 1
- 210000003879 microtubule-organizing center Anatomy 0.000 description 1
- 239000000178 monomer Substances 0.000 description 1
- 230000036438 mutation frequency Effects 0.000 description 1
- 208000010125 myocardial infarction Diseases 0.000 description 1
- 230000004770 neurodegeneration Effects 0.000 description 1
- 208000015122 neurodegenerative disease Diseases 0.000 description 1
- 210000002569 neuron Anatomy 0.000 description 1
- 230000007996 neuronal plasticity Effects 0.000 description 1
- 230000003957 neurotransmitter release Effects 0.000 description 1
- 238000007481 next generation sequencing Methods 0.000 description 1
- 230000006911 nucleation Effects 0.000 description 1
- 238000010899 nucleation Methods 0.000 description 1
- 238000011017 operating method Methods 0.000 description 1
- 230000010355 oscillation Effects 0.000 description 1
- 230000002611 ovarian Effects 0.000 description 1
- DIVDFFZHCJEHGG-UHFFFAOYSA-N oxidopamine Chemical compound NCCC1=CC(O)=C(O)C=C1O DIVDFFZHCJEHGG-UHFFFAOYSA-N 0.000 description 1
- 231100000915 pathological change Toxicity 0.000 description 1
- 230000036285 pathological change Effects 0.000 description 1
- 229920000642 polymer Polymers 0.000 description 1
- 238000006116 polymerization reaction Methods 0.000 description 1
- 239000011148 porous material Substances 0.000 description 1
- 230000003389 potentiating effect Effects 0.000 description 1
- 102000004196 processed proteins & peptides Human genes 0.000 description 1
- 108090000765 processed proteins & peptides Proteins 0.000 description 1
- 239000000583 progesterone congener Substances 0.000 description 1
- 230000000750 progressive effect Effects 0.000 description 1
- 238000011897 real-time detection Methods 0.000 description 1
- 230000010837 receptor-mediated endocytosis Effects 0.000 description 1
- 230000009467 reduction Effects 0.000 description 1
- 238000007634 remodeling Methods 0.000 description 1
- 230000010076 replication Effects 0.000 description 1
- 230000019491 signal transduction Effects 0.000 description 1
- 230000020347 spindle assembly Effects 0.000 description 1
- 230000000638 stimulation Effects 0.000 description 1
- 230000035882 stress Effects 0.000 description 1
- 210000003523 substantia nigra Anatomy 0.000 description 1
- 230000005062 synaptic transmission Effects 0.000 description 1
- 230000022054 synaptic vesicle endocytosis Effects 0.000 description 1
- 230000005657 synaptic vesicle exocytosis Effects 0.000 description 1
- 208000011580 syndromic disease Diseases 0.000 description 1
- 230000009885 systemic effect Effects 0.000 description 1
- 230000008685 targeting Effects 0.000 description 1
- 210000001685 thyroid gland Anatomy 0.000 description 1
- 210000001519 tissue Anatomy 0.000 description 1
- 230000002103 transcriptional effect Effects 0.000 description 1
- 238000012546 transfer Methods 0.000 description 1
- 210000003934 vacuole Anatomy 0.000 description 1
- 230000028973 vesicle-mediated transport Effects 0.000 description 1
- 230000001018 virulence Effects 0.000 description 1
- 230000034365 zymogen activation Effects 0.000 description 1
Images
Classifications
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
- C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6806—Preparing nucleic acids for analysis, e.g. for polymerase chain reaction [PCR] assay
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
- C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
- C12Q1/6844—Nucleic acid amplification reactions
- C12Q1/686—Polymerase chain reaction [PCR]
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B20/00—ICT specially adapted for functional genomics or proteomics, e.g. genotype-phenotype associations
- G16B20/50—Mutagenesis
-
- G—PHYSICS
- G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
- G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
- G16B25/00—ICT specially adapted for hybridisation; ICT specially adapted for gene or protein expression
- G16B25/20—Polymerase chain reaction [PCR]; Primer or probe design; Probe optimisation
-
- C—CHEMISTRY; METALLURGY
- C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
- C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
- C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
- C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers
Landscapes
- Chemical & Material Sciences (AREA)
- Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
- Health & Medical Sciences (AREA)
- Engineering & Computer Science (AREA)
- Organic Chemistry (AREA)
- Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
- Physics & Mathematics (AREA)
- Analytical Chemistry (AREA)
- Zoology (AREA)
- Wood Science & Technology (AREA)
- Genetics & Genomics (AREA)
- Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
- Molecular Biology (AREA)
- Biotechnology (AREA)
- Biophysics (AREA)
- General Health & Medical Sciences (AREA)
- Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
- Immunology (AREA)
- Microbiology (AREA)
- Biochemistry (AREA)
- General Engineering & Computer Science (AREA)
- Evolutionary Biology (AREA)
- Theoretical Computer Science (AREA)
- Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
- Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
- Medical Informatics (AREA)
- Pathology (AREA)
- Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)
Abstract
本发明公开了一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，属于高通量测序技术领域。该检测方法包括以下步骤：提取检测对象的基因组DNA，对提取的基因组DNA进行定量并构建文库，对文库进行定量操作，上机测序后进行数据分析得到致病位点相关信息。本发明针对遗传性帕金森病致病基因突变检测，基于多因素算法对目标区域基因组进行设计，合成特异性探针与基因组DNA文库进行液相杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后进行高通量测序，能够同时对一个样本中多个遗传性帕金森病致病基因突变进行分析，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。
Description
技术领域
本发明属于高通量测序技术领域，具体涉及一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法。
背景技术
帕金森病(Parkinson’s Disease，PD)是临床上最常见的神经***退行性疾病之一。其主要病理改变为中脑黑质致密部多巴胺(DA)能神经元进行性变性丢失，纹状体区多巴胺含量减少，以及残存的多巴胺能神经元内形成以α–突触共核蛋白(α–Syn)为主要成分的嗜酸性包涵体——路易小体(Lewy body)。帕金森病有两种类型，即家族性帕金森病与散发性帕金森病，大部分帕金森病患者为散发病例，仅有10％–15％的患者有家族史。
家族性帕金森病发病机制与多种致病基因突变有关，α–synuclein基因(PARK1/PARK4)、LRRK2基因(PARK8)、UCH–L1基因(PARK5)、GIGYF2基因(PARK11)和Htra2/Omi基因(PARK13)为常染色体显性遗传性帕金森病致病基因；Parkin基因(PARK2)、PINK1基因(PARK6)、DJ–1基因(PARK7)和ATP13A2基因(PARK9)为常染色隐性遗传性帕金森病致病基因。其中LRRK2基因是目前为止帕金森病患者中突变频率最高的帕金森病致病基因。散发性帕金森病易感基因有SNCA基因、GBA基因、LRRK2基因、DJ–1基因等。帕金森病并非单一因素引起，而是由多种因素包括遗传因素、环境因素、老年化、免疫/炎性因素等通过多种机制联合作用的结果。通过全面的基因检测方案，可以协助阳性携带者进入一些前沿的临床试验，希望随着医学的不断发展，这些携带突变的无症状者能够延缓甚至阻止症状性PD的出现。
发明内容
针对现有技术中遗传性帕金森病致病基因突变检测技术的限制，本发明的目的是，提供一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，该方法具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点。
为实现上述目的，本发明采用的技术方案是：
一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：
S1、将基因组DNA进行片段化；
S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；
S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；
S4、将连接产物进行Pre–PCR扩增反应，富集有效产物；
S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；
S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post–PCR扩增反应，捕获目标区域文库；
S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；
S8、上机测序；
S9、数据分析得到致病位点相关信息；
所述探针通过遗传性帕金森病相关基因和/或相关突变点设计得到，包括SNCA、SNCB、SORL1、SQSTM1、TF、TMEM106B、TREM2、TRPM7、TTR、UBB、UBQLN2、VCP、VEGF、ZCWPW1、UCHL1、PINK1、LRRK2、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、ATXN2、ATXN3、GBA、SYT11、STK39、MCCC1、DGKQ、BST1、ITGA8、LRRK2、CCDC62、MAPT、PARK2、PARK7ITPKB、IL1R2、SCN3A、SATB1、NCKIPSD、ALAS1、TLR9、DNAH1、BAP1、PHF7、NISCH、STAB1、ITIH3、ITIH4、ANK2、CAMK2D、ELOVL7、ZNF184、CTSB、PDLIM3、C8ORF58、BIN3、SH3GL2、FAM171A1、GALC、COQ7、TOX3、ATP6V0A1、PSMC3IP、TUBG2中的至少一种。
优选地，所述基因组DNA来源于人类。
优选地，提取所述基因组DNA的方法包括纯化柱纯化、磁珠纯化或酚氯仿提取。
优选地，S7中所述定量的方法包括基于荧光定量原理的定量装置定量、Q–PCR定量或电泳。
优选地，S1中所述基因组DNA片段化的方法包括超声破碎、转座酶酶切或限制性内切酶酶切。
优选地，S5和S6中所述捕获方法包括液相探针捕获、固相芯片液相杂交捕获或PCR富集。
优选地，S8中所述上机测序通过二代测序平台进行。
优选地，S9中所述数据分析的具体操作如下：通过先对所得测序数据与人类基因组的参考序列进行对比，再对所测基因的每个突变位点情况进行分析，得到遗传性帕金森病致病突变相关信息。
优选地，采用试剂盒的形式进行所述用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息检测。
与现有技术相比，本发明具有以下有益效果：
本发明针对遗传性帕金森病致病基因突变检测，检测方法是基于多因素算法对目标区域基因组进行设计，合成有效的特异性探针与基因组DNA文库进行液相杂交，将目标区域序列进行捕获并富集后进行高通量测序，能够同时对一个样本的多个遗传性帕金森病致病基因突变进行分析，具有灵敏度高、针对性强、覆盖全面、通量大、准确性高等优点，有助于发现和验证遗传性帕金森病相关的目标基因和关键位点，在临床诊断和药物开发方面有巨大的应用空间。
参考以下详细说明更易于理解本申请的上述以及其他特征、方面和优点。
附图说明
通过阅读参照以下附图对非限制性实施例所作的详细描述，本发明的其它特征、目的和优点将会变得更显著：
图1是一实施例中用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法流程图。
具体实施方式
下面通过具体实例对本发明的技术方案做进一步的菌体说明。应当理解，以下描述的具体实例仅用于解释文本发明，并不用于限定本发明。所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例，基于本发明中的实施例，本领域的普通技术人员咋没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
以下实施例中采用的技术方案是：
一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：
S1、将基因组DNA进行片段化；
S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；
S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；
S4、将连接产物进行Pre–PCR扩增反应，富集有效产物；
S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；
S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post–PCR扩增反应，捕获目标区域文库；
S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；
S8、上机测序；
S9、数据分析得到致病位点相关信息；
上述探针通过遗传性帕金森病相关基因和/或相关突变点设计得到，包括SNCA、SNCB、SORL1、SQSTM1、TF、TMEM106B、TREM2、TRPM7、TTR、UBB、UBQLN2、VCP、VEGF、ZCWPW1、UCHL1、PINK1、LRRK2、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、ATXN2、ATXN3、GBA、SYT11、STK39、MCCC1、DGKQ、BST1、ITGA8、LRRK2、CCDC62、MAPT、PARK2、PARK7ITPKB、IL1R2、SCN3A、SATB1、NCKIPSD、ALAS1、TLR9、DNAH1、BAP1、PHF7、NISCH、STAB1、ITIH3、ITIH4、ANK2、CAMK2D、ELOVL7、ZNF184、CTSB、PDLIM3、C8ORF58、BIN3、SH3GL2、FAM171A1、GALC、COQ7、TOX3、ATP6V0A1、PSMC3IP、TUBG2中的至少一种。
上述基因探针举例如下：
SNCA：Alpha-合成素是合成素家族的一员，其中还包括β-和伽马-合成素。合成素在大脑中大量表达，α-和β-核素选择性地抑制磷脂酶D2，SNCA可能有助于整合前突触信号和膜贩运，SNCA的缺陷与帕金森病的发病机制有关，SNCA肽是阿尔茨海默病患者大脑中淀粉样斑块的主要成分。或者为该基因识别了编码不同等构形式的拼接转录本。SNCA(合成素α)是一种蛋白质编码基因，与SNCA相关的疾病包括痴呆症，Lewy身体和帕金森病1，自体主导，其相关途径包括神经科学和帕金森病途径，基因本体(GO)与该基因相关的注释包括钙离子结合和酶结合，这个基因的一个重要准词是SNCB。神经元蛋白在突触活动中扮演多个角色，如调节突触囊泡贩运和随后的神经递质释放，通过增强囊泡的刺激、融合和扩张外细胞融合毛孔(PubMed：282888128，PubMed：30404828)，作为单体参与突触囊泡外细胞增多。机械上，通过增加从微域释放局部Ca(2+)来行动，这对加强ATP诱导的外细胞增多(PubMed：30404828)至关重要，也作为分子伴郎在其多聚膜结合状态，协助折叠突触融合组件称为SNAREs(可溶性NSF附着蛋白REcept器)在预突触血浆膜与半胱氨酸串蛋白-阿尔法/DNAJC5(PubMed：20798282)。这种陪护活动对于在老化期间维持正常的SNARE复合装配非常重要(PubMed：20798282)，通过与多巴胺运输器(DAT1)关联，从而调节其活性(PubMed：26442590)，在调节多巴胺神经传递方面也发挥作用。
SNCB：基因编码一个小家族的蛋白质的成员，抑制磷脂酶D2并可能在神经元可塑性功能，编码的蛋白质在阿尔茨海默病患者的病变中含量丰富，这种基因的突变在患有Lewy尸体的痴呆症患者身上被发现，替代拼接会导致多个脚本变体。SNCB(合成素β)是一种蛋白质编码基因，与SNCB相关的疾病包括痴呆症，露体和痴呆症，其相关途径包括神经科学。基因本体(GO)与该基因相关的注释包括钙离子结合和α-浴缸结合，这个基因的一个重要参数是SNCA。在阿尔茨海默病中发现的老年斑块的非淀粉样成分。可以充当SNCA聚合过程的调节器。以保护神经元免受葡萄球菌和6羟基多巴胺(6OHDA)刺激的卡斯帕塞激活在p53/TP53依赖的方式。有助于恢复被6OHDA废除的SNCA抗凋亡功能，没有发现与帕金森病有关的Lewy身体。
SH3GL2：(SH3域包含GRB2像2，Endophilin A1)是一种蛋白质编码基因，与SH3GL2相关的疾病包括儿童上皮性星形细胞瘤和惰性全身性细胞增生，其相关途径包括Neuroscience和RET信号传导，与该基因有关的基因本体论(GO)注释包括相同的蛋白质结合和脂质结合，该基因的重要旁系同源物是SH3GL1，涉及突触小泡内吞。可能将其他蛋白质募集到高曲率的膜上，依赖于BDNF的枝晶生长。与SH3GL2合作介导BDNF-NTRK2早期内吞运输和早期内体的信号传导。
FAM171A1：(序列相似性家族171成员A1)是一种蛋白质编码基因，该基因的重要旁系同源物是FAM171A2，参与细胞骨架动力学的调节，在肌动蛋白应激纤维形成中发挥作用。
TUBG2：(Tubulin Gamma 2)是一种蛋白质编码基因，与TUBG2相关的疾病包括儿童脂生星形细胞瘤，其相关途径包括G-βγ信号传导和粘附连接的重塑，与该基因相关的基因本体论(GO)注释包括GTP结合和结构分子活性，该基因的重要旁系同源基因是TUBG1。微管蛋白是微管的主要成分，γ链位于微管组织中心(MTOC)，例如纺锤极或中心体。调节α/β链负端成核，中心体复制和纺锤体形成的周周基质成分(按相似性)。微管是直径为20-25nm的圆柱管。它们由原丝组成，原丝又由α-和β-微管蛋白聚合物组成。每个微管都是极化的，在一个末端，α-亚基被暴露(-)，而在另一末端，β-亚基被暴露(+)。
PSMC3IP：基因编码在减数***重组中起作用的蛋白质，它是PSMC3IP/MND1复合体的一个亚基，可与PSMC3/TBP1相互作用，在减数***过程中刺激DMC1和RAD51介导的链交换，该基因编码的蛋白质还可以共激活由***、雄激素、糖皮质激素、孕激素和甲状腺核受体介导的配体驱动的转录，该基因的突变导致XX女性性腺发育不全。该基因的可变剪接导致多个转录物变体。PSMC3IP(PSMC3相互作用蛋白)是一种蛋白质编码基因，与PSMC3IP相关的疾病包括卵巢发育不全3和46，Xx性逆转1，其相关途径包括减数***和雄激素受体信号传导途径，与该基因有关的基因本体论(GO)注释包括DNA结合转录因子活性和核受体转录共激活因子活性。在减数***重组中起重要作用，刺激减数***过程中配对同源染色体所需的DMC1介导的链交换，复杂的PSMC3IP/MND1结合DNA，刺激DMC1的重组酶活性以及从双链DNA形成DMC1 D环，该复合物可稳定在单链DNA上形成的突触前RAD51和DMC1细丝，以捕获双链DNA，这种复合物刺激RAD51和DMC1促进的同源配对中的突触和突触前关键步骤，可能通过与PSMC3结合抑制HIV-1病毒蛋白TAT活性并调节蛋白酶体的活性，充当由核受体介导的激素依赖性转录的组织特异性共激活剂。
ATP6V0A1：基因编码液泡ATPase(V-ATPase)的成分，液泡ATPase是介导真核细胞内细胞器酸化的多亚基酶，V-ATPase依赖的细胞器酸化对于诸如蛋白分选、酶原激活、受体介导的内吞作用和突触囊泡质子梯度生成等细胞内过程是必需的。V-ATP酶由胞质V1结构域和跨膜V0结构域组成，V1域由三个A和三个B亚基，两个G亚基以及C，D，E，F和H亚基组成，V1域包含ATP催化位点，V0结构域由五个不同的亚基组成：a，c，c'，c“和d。许多V1和V0亚基蛋白的其他同工型由多个基因或选择性剪接的转录变体编码。该基因编码三个A亚基蛋白质之一，并且编码的蛋白质与网格蛋白包被的囊泡相关，已经为该基因发现了编码不同同工型的三个转录物变体。ATP6V0A1(ATP酶H+转运V0亚基A1)是一种蛋白质编码基因，与ATP6V0A1相关的疾病包括精神发育迟滞、X连锁、综合症、常春藤型和下心肌梗塞，其相关途径包括溶酶体和突触囊泡循环，与该基因有关的基因本体论(GO)注释包括ATPase结合和质子转运ATPase活性，旋转机制，该基因的重要旁系同源物是ATP6V0A4，液泡ATPase的组装和活性所必需，在针对特定细胞器的酶的不同靶向和调节中的潜在作用(通过相似性)。H+-ATPase(也称为液泡ATPase，V-ATPase)是一种酶转运蛋白，其功能是酸化真核细胞中的细胞内区室它普遍存在，并存在于膜内细胞器中，如液泡、溶酶体和内体。
一些实施例中，基因组DNA来源于人类。
一些实施例中，提取基因组DNA的方法包括纯化柱纯化、磁珠纯化或酚氯仿提取。
一些实施例中，S7中定量的方法包括基于荧光定量原理的定量装置定量、Q–PCR定量或电泳。
一些实施例中，S1中基因组DNA片段化的方法包括超声破碎、转座酶酶切或限制性内切酶酶切。
一些实施例中，S5和S6中捕获方法包括液相探针捕获、固相芯片液相杂交捕获或PCR富集。
一些实施例中，S8中上机测序通过二代测序平台进行。
一些实施例中，S9中数据分析的具体操作如下：通过先对所得测序数据与人类基因组的参考序列进行对比，再对所测基因的每个突变位点情况进行分析，得到遗传性帕金森病致病突变相关信息。
一些实施例中，可以采用试剂盒的形式检测用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息。
图1示例性地描述了一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法(如采用试剂盒的形式)，主要技术流程包括提取基因组DNA、文库制备、文库质检定量、上机测序及数据分析，具体步骤如下：
Step1：基因组DNA打断
1.将准备的基因组DNA按照反应体系转移至0.6ml MaxyClear SnaplockMicrocentrifuge Tube内，充分混匀，短暂离心后置于冰上待用；
2.提前打开超声打断仪Bioruptor Pico，待冷循环仪温度降至4℃后，设置参数ON30s，OFF 30s为1个循环，每10cycles为一轮，共进行3轮，每轮结束后将样品置于振荡器上充分混匀，短暂离心后进行下一轮打断(混匀越充分，打断样品片段大小越集中)；
3.取1μl样品使用Agilent2100(DNA 1000Assay)进行片段检测，正常打断后样品检测主峰约在150bp–200bp。
Step2：末端修复、3’端加“A”
1.将打断后的样品完全转移至PCR管中，按如表1所示配置反应体系(此操作在冰盒上进行)：
表1
2.使用移液器吹打混匀(避免剧烈震荡混匀)，将PCR管放回冰盒上备用；
3.运行PCR程序，设置PCR仪参数如下：
Heat lid 85℃、4℃for 1min、20℃for 30min、65℃for 30min、4℃for∞
4.程序运行完成后立即进行下步连接反应。
Step3：接头连接
1.参照表2将adapter提前稀释成合适的浓度：
表2
2.在上述step2反应的PCR管中，按如表3配置反应体系(此操作在冰盒上进行)：
表3
3.轻轻吸打混匀6次，避免产生气泡，然后短暂离心；
4.运行PCR仪程序(要求无热盖)，设置PCR仪参数如下：
Heat lid off、20℃for 15min、4℃for∞；
5.程序结束后，立即进行下步实验。
Step4：连接后纯化
1.将Agencourt AMPure XP磁珠拿至室温，震荡混匀备用；
2.在step3中程序运行完的PCR管中，按照0.8X体积的纯化磁珠进行实验，按表4配置反应体系：
表4
3.轻轻吸打混匀6次；
4.室温静置孵育5–15min，将PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；
5.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s；
6.移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清(可以使用10μl移液器移除底部残留乙醇溶液)；
7.室温静置3–5min，使残留乙醇彻底挥发；
8.加入22μl的Nuclease–free water，将PCR管从磁力架取下，轻轻吸打重悬磁珠，避免产生气泡，室温静置2min；
9.将PCR管置于磁力架上2min使溶液澄清；
10.用移液器吸取20μl上清液，转移到新的PCR管中(置于冰盒上)，在反应管上标记样本编号，准备下一步反应。
Step5：Pre–PCR反应
预先从﹣20℃保存的试剂盒中取出PCR Master Mix、TPE1.0和TPE2.0试剂，置于冰盒上溶解，混匀后置于冰上待用；注意TPE1.0和TPE2.0具体以收货单为准，按照下面所对应的体系进行配制。
1.在step4步骤10的管子中，按表5配置反应体系(此操作在冰盒上进行)：
表5：单端8碱基index配制体系
注：1.TPE2.0 index–8(10μM)中index号为1#–96#，记录好所使用的index号；
2.TPE2.0 index–8(10μM)为96孔板，使用前先离心。
表6：双端8碱基index配制体系
注：1.TPE1.0 Index(10μM)中index号为1#–8#，记录好所使用的index号；
2.TPE2.0 Index–8(10μM)中index号为1#–12#,记录好所使用的index号。
表7：单端6碱基index配制体系
注：TPE2.0 Index–6(10μM)中index号为1#–16#，记录好所使用的index号。
2.使用移液器轻轻吹打混匀，然后短暂离心；
3.将样品置于PCR仪上，启动PCR程序，如下：
4.PCR循环数根据投入DNA的量不同进行调整，参考数据如表8所示：
表8
*字符表示建议的循环参数
5.程序运行完成后立即进行磁珠的纯化。
Step6：PCR扩增后纯化
1.向step5反应后的PCR管中加入50μl Agencourt AMPure XP磁珠，用移液器吹打混匀，避免产生气泡；
2.室温孵育5–15min，把PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；
3.移除上清，PCR管继续放置在磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s；
4.移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％乙醇溶液，静置30s后彻底移除上清(可以使用10μl移液器移除底部残留乙醇溶液)；
5.室温静置5min，使残留乙醇彻底挥发；
6.加入30μl的Nuclease–free water，将离心管从磁力架取下，使用移液器,轻轻吸打重悬磁珠；
7.室温静置2min，将200μl PCR管置于磁力架上2min使溶液澄清；
8.用移液器将上清液转移到新的200μl PCR管中(置于冰盒上)，在反应管上标记好样本号，准备下一步反应；
9.取1μl样品使用
3.0Fluorometer(Qubit dsDNA HS Assay Kit)进行文库浓度测定，记录文库浓度；
10.取1μl样品使用Agilent 2100 Bioanalyzer system(Agilent DNA 1000Kit)进行文库片段长度测定，文库长度约在270bp–320bp间。
Step7：样品、探针液相杂交
文库准备
1.预先从﹣20℃保存的试剂盒中取出表9、10和11所示block试剂，放置于冰盒上溶解，溶解混匀后置于冰上或4℃待用；
2.按照以下体系将样品文库与各Hyb Block混匀，标记为B管；注意Block具体以收货单为准，按照下面所对应的体系进行配制。
表9：单端8碱基block配制体系
表10：双端8碱基block配制体系
表11：单端6碱基block配制体系
3.将Hyb Buffer置于室温融化，融解之后会有沉淀出现，混匀后置于65℃恒温混匀仪内预热，完全溶解后(无沉淀及浑浊物)取20μl Hyb Buffer置于新的200μlPCR管内，盖好管盖,置于65℃恒温混匀仪孵育待用，标记为A管；
4.取5μl RNase Block与2μl Probe置于200μl PCR管内，轻轻吸打混匀，短暂离心后置于冰上或4℃待用，标记为C管。
操作步骤(一)
1.将B管放入真空浓缩离心机，打开PCR管盖，启动离心机，打开真空泵开关，开始浓缩(浓缩之前可以先用相同体积的水进行浓缩时间测试，计算样品单位体积减少的时间，确认浓缩速率，避免因浓缩时间过长导致过度干燥，造成样品损耗)；
2.将B管浓缩至体积小于10μl，不足用Nuclease–free water补足，轻轻吸打混匀，短暂离心后置于冰上待用；
3.设置PCR仪参数如下：
Heat lid 105℃、95℃for 5min、65℃hold；
4.将PCR管B置于PCR仪上，运行以上程序；
5.PCR仪温度降至65℃时，将A管置于PCR仪上孵育，盖上PCR仪热盖；
6.5min后，将C管置于PCR上孵育，盖上PCR仪热盖(注意：保持A管和B管在PCR仪上不动)；
7.2min后，把移液器调至13μl，从A管中吸取13μl Hyb Buffer移至C管中，吸取全部B管中样品移至C管中，轻轻吸打10次，充分混匀，避免产生大量气泡，密封管盖，盖上PCR仪热盖,65℃孵育过夜(16–24h)。
或者采用操作步骤(二)替代Step7的操作步骤(一)，两种操作方式构建文库下机数据质量一致。
操作步骤(二)
1.将A管13μl与C管7μl混合在一起，标记为AC管；
2.将B管放入真空浓缩离心机，打开PCR管盖，启动离心机，打开真空泵开关，开始浓缩(浓缩之前可以先用相同体积的水进行浓缩时间测试，
计算样品单位体积减少的时间，确认浓缩速率，避免因浓缩时间过长导致过度干燥，造成样品损耗)；
3.将B管浓缩至体积小于10μl，不足用Nuclease–free water补足，轻轻吸打混匀，短暂离心后置于冰上待用；
4.设置PCR仪参数如下：
Heat lid 105℃、95℃for 5min、65℃hold；
5.将PCR管B置于PCR仪上，运行以上程序；
6.PCR仪温度降至65℃时，将AC管置于PCR仪上孵育，盖上PCR仪热盖；
7. 2min后，把移液器调至20μl,，吸取全部AC管中样品移至B管中，轻轻吸打10次，充分混匀，避免产生大量气泡，密封管盖，盖上PCR仪热盖,65℃孵育过夜(16–24h)。
Step8：捕获磁珠准备
1.将捕获磁珠(Cap beads)从4℃取出，涡旋震荡重悬；
2.取50μl磁珠置于新的PCR管内，置于磁力架上1min使溶液澄清，移除上清；
3.从磁力架上取下PCR管，加入200μl Binding Buffer轻轻吸打数次混匀，重悬磁珠；
4.置磁力架上1min，移除上清；
5.重复步骤3–4两次，共清洗磁珠3次；
6.从磁力架上取下PCR管，加入200μl Binding Buffer轻轻吸打6次重悬磁珠待用。
注：捕获时所用的磁珠可为杭州惠煜医疗科技有限公司的Cap beads或DynabeadsMyOne Streptavidin T1 magnetic beads，不可使用其他型号的链霉亲和素磁珠如C1、M270、M280等替代，不同的链霉亲和素磁珠的反应条件不同不可随意更换，不可使用纯化磁珠Agencourt AMPure XP替代捕获使用的Cap beads或Dynabeads MyOne StreptavidinT1magnetic beads。
Step9：捕获目标区域DNA文库
实验前准备
提前分装Wash Buffer 2(每个捕获需要200μl×3＝600μl)，并置于恒温振荡混匀仪上65℃预热。
操作步骤
1.保持液相杂交产物在PCR仪上，将步骤Step8中第6步重悬后的200μl Cap beads加入到液相杂交产物中，用移液器吸打6次混匀，置于旋转混匀仪上室温结合30min；
2.将PCR管置于磁力架上2min使溶液澄清，移除上清液；
3.向液相杂交产物内加入200μl的Wash Buffer 1，轻轻吸打6次混匀，置于旋转混匀仪上清洗15min，然后短暂离心，将PCR管放于磁力架上2min，使溶液澄清，移除上清；
4.加入200μl的65℃预热的Wash Buffer 2，轻轻吸打6次混匀，置于恒温振荡混匀仪上65℃孵育10min,转速800转/min进行清洗；
5.短暂离心，将PCR管放于磁力架上2min，移除上清。使用Wash Buffer 2清洗2次，共计3次。最后一次彻底移除Wash Buffer 2(可用10μl移液器移除残留)；
6.PCR管继续置于磁力架上，向PCR管内加入200μl 80％乙醇，静置30s后彻底移除乙醇溶液(可用10μl移液器移除残留)，室温晾干；
7.向PCR管加入30μl Nuclease–free water,从磁力架上取下PCR管，轻轻吸打6次重悬磁珠待用。
Step10：Post–PCR反应
实验前准备
预先从–20℃保存的试剂盒中取出Post PCR Buffer、Post PCR Primer(25μM,forILM)试剂，放置冰上溶解，溶解混匀后置于冰上待用。取出Post PCR Polymerase简短离心后立即使用。
1.捕获后需要对DNA文库进行富集，根据表12配制反应体系：
表12
2.将移液器调至40μl，轻轻吸打混匀6次，然后置于PCR仪上。
操作步骤
1.运行PCR仪程序：
2.PCR结束后向样品加入55μl Agencourt AMPure XP磁珠，用移液器轻轻吸打6次混匀；
3.室温孵育5min，把PCR管置于磁力架上3min使溶液澄清；
4.移除上清，PCR管继续置于磁力架上，加入200μl 80％无水乙醇，静置30s；
5.移除上清，再向PCR管内加入200μl 80％无水乙醇，静置30s后彻底移除上清(可用10μl移液器移除底部残留酒精)；
6.室温放置5min，使得残留乙醇彻底挥发；
7.加入25μl Nuclease–free water，将PCR管从磁力架拿下，轻轻吹打混匀重悬磁珠，室温放置2min；
8.将PCR管置于磁力架上2min；
9.用移液器吸23μl上清液转移到1.5ml离心管，标记样品信息；
10.取1μl文库使用Qubit dsDNA HS Assay Kit进行定量，记录文库浓度，文库浓度约在1–10ng/μl；
11.取1μl样品使用Agilent 2100Bioanalyzer system(Agilent DNA 1000Kit)进行文库片段长度测定，文库长度约在270bp–320bp之间；
12.使用高通量测序平台进行测序。
在本文中所使用的术语“DNA”为脱氧核糖核酸(英文：Deoxyribonucleic acid，缩写为DNA)是一种由脱氧核糖核苷酸组成的双链分子。可组成遗传指令，引导生物发育与生命机能运行，其碱基排列顺序构成了遗传信息，所以在遗传病的诊断中具有重要的作用。
在本文中所使用的术语：“Q–PCR”为实时荧光定量核酸扩增(英文：Real-timeQuantitative PCR)。一种利用荧光检测达到实时检测PCR状况的PCR技术。
在本文中所使用的术语：“reads”为测得的DNA序列。
在本文中所使用的术语“高通量测序技术”指的是第二代高通量测序技术及之后发展的更高通量的测序方法。第二代高通量测序平台包括但不限于Illumina–Solexa(Miseq、Hiseq–2000、Hiseq–2500、Hiseq X ten等)、ABI–Solid和Roche–454测序平台等。随着测序技术的不断发展，本领域技术人员能够理解的是还可以采用其他方法的测序方法和装置进行本发明的检测。根据本发明的具体示例，可以将根据本发明实施例的核酸标签用于Illumina–Solexa、ABI–Solid和Roche–454测序平台等的至少一种进行测序。高通量测序技术如Miseq测序技术具有以下优势：(1)高灵敏度：高通量测序如Miseq的测序通量大，目前一个实验流程下来可以产生最多15G碱基数据，高的数据通量可以再测序序列数确定的情况下，使得每条序列获得高的测序深度，可以检测到含量更低的突变，同时因其测序深度高，其测序结果也更为可靠；(2)高通量、低成本：利用根据本发明的标签序列，通过一次测序可以检测上万份样本，从而大大降低成本。
以上显示和描述了本发明的基本原理和主要特征和本发明的优点，对于本领域技术人员而言，显然本发明不限于上述示范性实施例的细节，而且在不背离本发明的精神或基本特征的情况下，能够以其他的具体形式实现本发明。因此，无论从哪一点来看，均应将实施例看作是示范性的，而且是非限制性的，本发明的范围由所附权利要求而不是上述说明限定，因此旨在将落在权利要求的等同要件的含义和范围内的所有变化囊括在本发明内。不应将权利要求中的任何附图标记视为限制所涉及的权利要求。
此外，应当理解，虽然本说明书按照实施方式加以描述，但并非每个实施方式仅包含一个独立的技术方案，说明书的这中叙述方式仅仅是为清楚起见，本领域技术人员应当将说明书作为一个整体，各实施例中的技术方案也可以经适当组合，形成本领域技术人员可以理解的其他实施方式。
Claims (9)
1.一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，提取检测对象的基因组DNA后进行包括以下步骤的处理：
S1、将基因组DNA进行片段化；
S2、将片段化的基因组DNA进行末端修复和3'末端添加碱基A；
S3、将3'末端添加碱基A的产物连接扩增接头并纯化，以进行有效连接产物的富集；
S4、将连接产物进行Pre–PCR扩增反应，富集有效产物；
S5、用探针与上述富集的有效产物模板进行液相杂交后，并与磁珠结合，洗脱未结合探针与非特异性结合不稳定文库，捕获上述模板中目标区域DNA文库；
S6、将捕获的目标区域DNA文库分离后连接完整接头，进行Post–PCR扩增反应，捕获目标区域文库；
S7、对目标区域文库进行定量和质检操作；
S8、上机测序；
S9、数据分析得到致病位点相关信息；
其中，所述探针通过遗传性帕金森病相关基因和/或相关突变点设计得到，包括SNCA、SNCB、SORL1、SQSTM1、TF、TMEM106B、TREM2、TRPM7、TTR、UBB、UBQLN2、VCP、VEGF、ZCWPW1、UCHL1、PINK1、LRRK2、ATP13A2、GIGYF2、HTRA2、FBX07、ATXN2、ATXN3、GBA、SYT11、STK39、MCCC1、DGKQ、BST1、ITGA8、LRRK2、CCDC62、MAPT、PARK2、PARK7ITPKB、IL1R2、SCN3A、SATB1、NCKIPSD、ALAS1、TLR9、DNAH1、BAP1、PHF7、NISCH、STAB1、ITIH3、ITIH4、ANK2、CAMK2D、ELOVL7、ZNF184、CTSB、PDLIM3、C8ORF58、BIN3、SH3GL2、FAM171A1、GALC、COQ7、TOX3、ATP6V0A1、PSMC3IP、TUBG2中的至少一种。
2.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，所述基因组DNA来源于人类。
3.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，提取所述基因组DNA的方法包括纯化柱纯化、磁珠纯化或酚氯仿提取。
4.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，S7中所述定量的方法包括基于荧光定量原理的定量装置定量、Q–PCR定量或电泳。
5.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，S1中所述基因组DNA片段化的方法包括超声破碎、转座酶酶切或限制性内切酶酶切。
6.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，S5和S6中所述捕获方法包括液相探针捕获、固相芯片液相杂交捕获或PCR富集。
7.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，S8中所述上机测序通过二代测序平台进行。
8.根据权利要求1所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，S9中所述数据分析的具体操作如下：通过先对所得测序数据与人类基因组的参考序列进行对比，再对所测基因的每个突变位点情况进行分析，得到遗传性帕金森病致病突变相关信息。
9.根据权利要求1至8任一项所述的用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法，其特征在于，采用试剂盒的形式进行所述用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息检测。
Priority Applications (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110279366.7A CN113046431A (zh) | 2021-03-16 | 2021-03-16 | 一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 |
Applications Claiming Priority (1)
| Application Number | Priority Date | Filing Date | Title |
|---|---|---|---|
| CN202110279366.7A CN113046431A (zh) | 2021-03-16 | 2021-03-16 | 一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 |
Publications (1)
| Publication Number | Publication Date |
|---|---|
| CN113046431A true CN113046431A (zh) | 2021-06-29 |
Family
ID=76512682
Family Applications (1)
| Application Number | Title | Priority Date | Filing Date |
|---|---|---|---|
| CN202110279366.7A Pending CN113046431A (zh) | 2021-03-16 | 2021-03-16 | 一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 |
Country Status (1)
| Country | Link |
|---|---|
| CN (1) | CN113046431A (zh) |
Cited By (2)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113611361A (zh) * | 2021-08-10 | 2021-11-05 | 飞科易特(广州)基因科技有限公司 | 一种用于婚恋匹配的单基因常染色体隐性遗传病的匹配方法 |
| CN114317726A (zh) * | 2022-02-24 | 2022-04-12 | 杭州惠煜医疗科技有限公司 | 用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用 |
Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106978476A (zh) * | 2016-08-17 | 2017-07-25 | 上海易瑞生物科技有限公司 | 一种帕金森综合征易感基因检测分型试剂盒及其应用 |
| CN107177670A (zh) * | 2017-05-31 | 2017-09-19 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种高通量检测帕金森病致病基因突变的方法 |
| CN108342466A (zh) * | 2018-05-04 | 2018-07-31 | 广州海思医疗科技有限公司 | 一种神经精神类药物相关基因的高通量测序方法及其应用 |
| CN108660194A (zh) * | 2018-06-26 | 2018-10-16 | 中南大学湘雅医院 | 一种帕金森病致病基因突变筛查检测方法 |
| CN108753954A (zh) * | 2018-06-26 | 2018-11-06 | 中南大学湘雅医院 | 痴呆相关基因的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途 |
| CN110628894A (zh) * | 2019-10-09 | 2019-12-31 | 中南大学湘雅三医院 | 用于帕金森病基因突变检测的靶向捕获测序试剂盒及其应用 |
| CN112226502A (zh) * | 2020-10-10 | 2021-01-15 | 福建医科大学附属协和医院 | 一种认知障碍和运动障碍相关基因的捕获方法和试剂盒 |
-
2021
- 2021-03-16 CN CN202110279366.7A patent/CN113046431A/zh active Pending
Patent Citations (7)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN106978476A (zh) * | 2016-08-17 | 2017-07-25 | 上海易瑞生物科技有限公司 | 一种帕金森综合征易感基因检测分型试剂盒及其应用 |
| CN107177670A (zh) * | 2017-05-31 | 2017-09-19 | 上海昂朴生物科技有限公司 | 一种高通量检测帕金森病致病基因突变的方法 |
| CN108342466A (zh) * | 2018-05-04 | 2018-07-31 | 广州海思医疗科技有限公司 | 一种神经精神类药物相关基因的高通量测序方法及其应用 |
| CN108660194A (zh) * | 2018-06-26 | 2018-10-16 | 中南大学湘雅医院 | 一种帕金森病致病基因突变筛查检测方法 |
| CN108753954A (zh) * | 2018-06-26 | 2018-11-06 | 中南大学湘雅医院 | 痴呆相关基因的捕获探针组、试剂盒、文库构建方法和用途 |
| CN110628894A (zh) * | 2019-10-09 | 2019-12-31 | 中南大学湘雅三医院 | 用于帕金森病基因突变检测的靶向捕获测序试剂盒及其应用 |
| CN112226502A (zh) * | 2020-10-10 | 2021-01-15 | 福建医科大学附属协和医院 | 一种认知障碍和运动障碍相关基因的捕获方法和试剂盒 |
Cited By (3)
| Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
|---|---|---|---|---|
| CN113611361A (zh) * | 2021-08-10 | 2021-11-05 | 飞科易特(广州)基因科技有限公司 | 一种用于婚恋匹配的单基因常染色体隐性遗传病的匹配方法 |
| CN113611361B (zh) * | 2021-08-10 | 2023-08-08 | 飞科易特(广州)基因科技有限公司 | 一种用于婚恋匹配的单基因常染色体隐性遗传病的匹配方法 |
| CN114317726A (zh) * | 2022-02-24 | 2022-04-12 | 杭州惠煜医疗科技有限公司 | 用于检测肌萎缩性侧索硬化症的基因标志物、检测方法和应用 |
Similar Documents
| Publication | Publication Date | Title |
|---|---|---|
| Erwin et al. | L1-associated genomic regions are deleted in somatic cells of the healthy human brain | |
| Nielsen et al. | Best practice standards for circular RNA research | |
| Chujo et al. | Unusual semi‐extractability as a hallmark of nuclear body‐associated architectural noncoding RNA s | |
| US20220002783A1 (en) | Methods for preparing a sample for nucleic acid amplification | |
| US10023906B2 (en) | Method for constructing nucleic acid single-stranded cyclic library and reagents thereof | |
| CN113046431A (zh) | 一种用于获取遗传性帕金森病致病基因突变相关信息的检测方法 | |
| CN110914449B (zh) | 构建测序文库 | |
| CN111379031B (zh) | 核酸文库构建方法、得到的核酸文库及其用途 | |
| CN112195521A (zh) | 一种基于转座酶的dna/rna共建库方法、试剂盒及应用 | |
| WO2013067451A2 (en) | Methods and compositions for diagnosing, prognosing, and treating neurological conditions | |
| CN107287314A (zh) | 一种检测遗传性耳聋基因的建库试剂盒和应用 | |
| CN106661620A (zh) | 单细胞全基因组线性扩增法 | |
| Urban et al. | The hunt for origins of DNA replication in multicellular eukaryotes | |
| WO2012000153A1 (zh) | 基于illuminaga测序技术的hla基因高分辨率分型方法 | |
| CN112522382B (zh) | 一种基于液相探针捕获的y染色体测序方法 | |
| US20200216874A1 (en) | Pcr primer pair and application thereof | |
| CN109750086B (zh) | 单链环状文库的构建方法 | |
| US20220033809A1 (en) | Method and kit for construction of rna library | |
| Cutrupi et al. | Novel gene–intergenic fusion involving ubiquitin E3 ligase UBE3C causes distal hereditary motor neuropathy | |
| CN109680343B (zh) | 一种外泌体微量dna的建库方法 | |
| JP7034299B2 (ja) | ハイスループットシークエンシングに基づくオリゴヌクレオチド配列不純物の分析方法及び使用 | |
| CN107164473A (zh) | 一种检测calr基因1型突变的引物组合物及试剂盒 | |
| Hagenbeek et al. | Twins and omics: The role of twin studies in multi-omics | |
| CN113862335B (zh) | 一种检测回复突变的探针库、检测方法以及试剂盒 | |
| Dreyer et al. | Acute multi-level response to defective de novo chromatin assembly in S-phase |
Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
| PB01 | Publication | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20210629 |