CN113015745A - 针对金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体 - Google Patents
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Abstract
本公开涉及白细胞毒素结合抗体和其抗原结合片段。所述抗体和片段可用于例如检测白细胞毒素和/或用于治疗和预防金黄色葡萄球菌感染的方法中。
Description
背景技术
耐抗菌剂(AMR)细菌病原体引起的感染对公众健康的威胁增加。经验性广谱抗生素疗法部分刺激了AMR持续流行。此已引起对包括单克隆抗体(mAb)的特定病原体方法的探索以预防或治疗严重细菌感染。一些单克隆抗体目前正在研发用于预防或治疗耐抗生素细菌感染(参见例如A.迪吉安多梅尼科(DiGiandomenico,A.)和B.R.塞尔曼(B.R.Sellman),《微生物学最新观点(Curr.Opin.Microbiol.)》,27:78-85(2015))。此类被动免疫策略提供针对靶病原体的即时且有效的免疫球蛋白反应。
金黄色葡萄球菌为细菌病原体,其引起多种疾病,包括皮肤和软组织感染、心内膜炎、骨髓炎、肺炎和菌血症(F.D.洛伊(Lowy,F.D.),《新英格兰医学杂志(N.Engl.J.Med.)》,339(8):520-32(1998))。临床前研究指示基于单克隆抗体的方法具有针对金黄色葡萄球菌感染的预防和辅助疗法的前景(参见例如哈岑博斯(Hazenbos)等人,《公共科学图书馆:病原体(PLoS Pathog.)》,9(10):e1003653.doi:10.1371/journal.ppat.10036532013(2013);H.鲁哈(Rouha,H.),《单抗(MAbs)》,7(1):243-254(2015);福莱蒂(Foletti)等人,《分子生物学杂志(J.Mol.Biol.)》,425(10):1641-1654(2013);卡拉祖姆(Karauzum)等人,《生物化学杂志(J Biol Chem.)》,287(30):25203-15(2012);和华(Hua)等人,《抗菌剂与化疗(Antimicrob Agents Chemother.)》,58(2):1108-17(2014))。然而,仍需要适用于治疗金黄色葡萄球菌感染,尤其对目前市售抗生素具抗性的感染的抗体。本公开提供此类抗体。
发明内容
本发明提供结合到金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S.aureus)白细胞毒素的抗体和其抗原结合片段。
在某些情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段包含可变重链(variable heavy chain,VH)互补决定区(complementaritydetermining region,CDR)1、VH CDR2、VH CDR3、可变轻链(variable light chain,VL)CDR1、VL CDR2和VL CDR3,其中所述VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQ ID NO:1、2、3、12、5和6;(b)分别为SEQ ID NO:1-6;(c)分别为SEQ ID NO:1、2、17、4、5和6;(d)分别为SEQ ID NO:1、2、17、12、5和6,以及(e)分别为SEQ ID NO:1、20、3、4、5和6。
在某些情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段包含SAN481-SYT-YTE的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VLCDR3。在某些情况下,CDR为Kabat定义的CDRs、Chothia定义的CDRs或AbM定义的CDRs。
在某些情况下,抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中VH包含SEQ ID NO:7、15、18、21或23的氨基酸序列。在某些情况下,抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中VL包含SEQ ID NO:8或13的氨基酸序列。在某些情况下,抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中VH和VL包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQ ID NO:15和13;(b)分别为SEQID NO:7和8;(c)分别为SEQ ID NO:7和13;(d)分别为SEQ ID NO:15和8;(e)分别为SEQ IDNO:18和8;(f)分别为SEQ ID NO:18和13;(g)分别为SEQ ID NO:21和8;(h)分别为SEQ IDNO:23和13。在某些情况下,抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:15的序列的VH和含有SEQ ID NO:13的序列的VL。在某些情况下,抗体或抗原结合片段包含有包含SEQ ID NO:16、9、11、22或24的序列的重链。在某些情况下,抗体或抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:14或10的序列的轻链。在某些情况下,抗体包含重链和轻链,其中重链和轻链包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQ ID NO:16和14;(b)分别为SEQ ID NO:9和10;(c)分别为SEQ ID NO:11和10;(d)分别为SEQ ID NO:11和14;(e)分别为SEQ ID NO:16和10;(f)分别为SEQ ID NO:19和10;(g)分别为SEQ ID NO:19和14;(h)分别为SEQ ID NO:22和10;以及(i)分别为SEQ ID NO:24和14。在某些情况下,抗体包含含有SEQ ID NO:16的序列的重链和含有SEQ ID NO:14的序列的轻链。
在某些情况下,本文所提供的抗体或其抗原结合片段与包含含有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的VL的抗体,结合到相同的金黄色葡萄球菌白细胞毒素抗原决定基。
在某些情况下,本文所提供的抗体或其抗原结合片段竞争性地抑制包含含有SEQID NO:15的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的VL的抗体与金黄色葡萄球菌白细胞毒素的结合。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段结合到LukF、LukD或HlgB和/或抗体或抗原结合片段中和LukF、LukD或HlgB。在某些情况下,抗体或抗原结合片段(a)结合到LukF、LukD和HlgB和/或(b)中和LukF、LukD和HlgB。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段进一步包含重链恒定区。在某些情况下,重链恒定区选自由以下组成的群组:人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2重链恒定区。在某些情况下,重链恒定区为人IgG1恒定区。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段进一步包含轻链恒定区。在某些情况下,轻链恒定区选自由以下组成的群组:人免疫球蛋白IgGκ和IgGλ轻链恒定区。在某些情况下,轻链恒定区为人IgGκ轻链恒定区。
在某些情况下,抗体或其抗原结合片段为IgG抗体或其抗原结合片段。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段包含已经工程改造以改进半衰期的Fc区。在某些情况下,抗体或其抗原结合片段包含具有YTE突变的Fc区。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段为单克隆抗体或抗原结合片段。
在某些情况下,抗体或抗原结合片段为全长抗体。在某些情况下,抗体或抗原结合片段为抗原结合片段。在某些情况下,抗原结合片段包含Fab、Fab'、F(ab')2、单链Fv(scFv)、二硫键连接的Fv、胞内抗体(intrabody)、IgGΔCH2、微型抗体(minibody)、F(ab')3、四功能抗体(tetrabody)、三功能抗体(triabody)、双功能抗体(diabody)、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
在某些情况下,抗体或其抗原结合片段对于金黄色葡萄球菌LukF、LukD和HlgB的亲和力小于75pM。在某些情况下,抗体或其抗原结合片段对于LukF、LukD和HIgB具有类似结合亲和力。
在某些情况下,抗体或其抗原结合片段进一步包含可检测标记。
本文还提供包含本文所提供的抗体或其抗原结合片段和任选的药学上可接受的载剂的组合物。
本文还提供使用本文所提供的抗体的方法。在某些情况下,治疗或预防个体的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S.aureus)感染的方法包含向个体投与本文所提供的抗体或抗原结合片段或本文所提供的组合物。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为败血症。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为菌血症。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为肺炎。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为ICU肺炎。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为皮肤或软组织感染(SSTI)。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为糖尿病下肢感染。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为糖尿病性足溃疡(DFU)。在某些情况下,未感染DFU。在某些情况下,感染DFU。在某些情况下,DFU为1级、2级或3级DFU。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为骨或关节感染。在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染为关节感染、装置感染、伤口感染、手术部位感染或骨髓炎。
在某些情况下,个体为手术个体。
在某些情况下,金黄色葡萄球菌感染包含耐抗生素金黄色葡萄球菌。
在某些情况下,个体患有糖尿病。
在某些情况下,个体为人。
在某些情况下,治疗或预防金黄色葡萄球菌感染包含毒素中和、抑制细胞溶解、抑制多器官功能失常、抑制金黄色葡萄球菌相关的败血症或前述的任何组合。
本文还提供聚核苷酸。在某些情况下,经分离的聚核苷酸包含编码本文所提供的抗体或其抗原结合片段的VH或重链的核酸分子。在某些情况下,经分离的聚核苷酸包含编码本文所提供的抗体或其抗原结合片段的VL或轻链的核酸分子。
本文还提供载体。在某些情况下,本文提供聚核苷酸。
本文还提供宿主细胞。在某些情况下,宿主细胞包含本文所提供的聚核苷酸、本文所提供的载体或含本文所提供的聚核苷酸的第一载体和含本文所提供的聚核苷酸的第二载体。在某些情况下,宿主细胞选自由以下组成的群组:CHO、NS0、PER-C6、HEK-293和HeLa细胞。在某些情况下,分离宿主细胞。
本文还提供产生抗体或抗原结合片段的方法。在某些情况下,产生抗体或其抗原结合片段的方法包含培养本文所提供的宿主细胞以使得产生抗体或其抗原结合片段。
本文还提供用于检测金黄色葡萄球菌或金黄色葡萄球菌白细胞毒素的方法。在某些情况下,检测样品中金黄色葡萄球菌或金黄色葡萄球菌白细胞毒素的方法包含使所述样品与本文所提供的抗体或其抗原结合片段接触。
附图说明
图1提供展示多个SAN481变异体相较于SAN481的体外活性的图式。QD1=SAN481-YTE;QD2=SAN481VL26S32Y-YTE;QD3=SAN481VH28T-YTE;QD4=SAN481-VH28T100F-YTE;QD5=SAN481-SY-T-YTE;QD6=SAN481-SY-TF-YTE;QD11=SAN481-EG-YTE;和QD12=SAN481-SY-QFS-YTE。(参见实例2)
图2提供证实SAN481-SYT-YTE具有与SAN481类似的体外白细胞毒素中和活性的图式。(参见实例3)
图3提供HIgB(SEQ ID NO:27)、LukF(SEQ ID NO:25)和LukD(SEQ ID NO:26)的序列比对。
具体实施方式
本公开提供结合到金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体和其抗原结合片段(例如单克隆抗体和其抗原结合片段)。本公开还提供在例如检测金黄色葡萄球菌白细胞毒素中和治疗或预防金黄色葡萄球菌感染中使用此类抗体和抗原结合片段的方法。
I.定义
如本文所用,术语“白细胞毒素”是指细菌白细胞毒素多肽,包括(但不限于)天然白细胞毒素多肽和白细胞毒素多肽的同功异型物。“白细胞毒素”包涵未经处理的全长白细胞毒素多肽以及由细胞内处理产生的白细胞毒素多肽形式。白细胞毒素包括LukSF、白细胞毒素ED(LukED)、HlgAB、HlgCB)和白细胞毒素AB(LukAB,也称为LukGH)。如本文所用,术语“金黄色葡萄球菌LukF”是指包含SEQ ID NO:25的氨基酸序列的多肽。如本文所用,术语“金黄色葡萄球菌LukD”是指包含SEQ ID NO:26的氨基酸序列的多肽。如本文所用,术语“金黄色葡萄球菌HIgB”是指包含SEQ ID NO:27的氨基酸序列的多肽。(参见图3)“白细胞毒素聚核苷酸”、“白细胞毒素核苷酸”或“白细胞毒素核酸”是指编码白细胞毒素的聚核苷酸。
术语“抗体”意指通过免疫球蛋白分子的可变区内的至少一个抗原识别位点,识别且特异性结合到靶标,如蛋白质、多肽、肽、碳水化合物、聚核苷酸、脂质或上述每一种的组合的免疫球蛋白分子。如本文所用,只要抗体呈现所需生物活性,则术语“抗体”包涵完整多克隆抗体、完整单克隆抗体、嵌合抗体、人源化抗体、人抗体、包含抗体的融合蛋白和任何其它经修饰的免疫球蛋白分子。抗体可基于其重链恒定域(分别称为α、δ、ε、γ和μ)的一致性而具有任何五个主要类别的免疫球蛋白:IgA、IgD、IgE、IgG和IgM,或其子类(同种型)(例如,IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2)。免疫球蛋白的不同类别具有不同且熟知的亚基结构和三维构型。抗体可为裸抗体或与如毒素、放射性同位素等其它分子缀合。
如本文所用的术语“单克隆抗体”是指由B细胞的单一克隆产生且结合到相同的抗原决定基的抗体。相比之下,术语“多克隆抗体”是指由不同B细胞产生且结合到相同的抗原的不同抗原决定基的抗体群。
术语“抗体片段”是指完整抗体的一部分。“抗原结合片段”、“抗原结合域”或“抗原结合区”是指结合到抗原的完整抗体的部分。抗原结合片段可含有完整抗体的抗原决定区(例如互补决定区(CDR))。抗体的抗原结合片段的实例包括(但不限于)Fab、Fab'、F(ab')2和Fv片段、线性抗体和单链抗体。抗体的抗原结合片段可源于任何动物物种,如啮齿动物(例如小鼠、大鼠或仓鼠)和人或可人工产生。
完整的抗体通常由四个多肽组成:重(H)链多肽的两个一致拷贝和轻(L)链多肽的两个一致拷贝。重链中的每一个含有一个N端可变(VH)区和三个C端恒定(CHI、CH2和CH3)区,且每一轻链含有一个N端可变(VL)区和一个C端恒定(CL)区。每对轻链和重链的可变区形成抗体的抗原结合位点。VH区和VL区具有相同通式结构,其中每一区包含四个框架区,其序列相对保守。如本文所用,术语“框架区”是指位于高变区或互补决定区(CDR)之间的可变区内相对保守的氨基酸序列。在每一可变域中存在四个框架区,称为FR1、FR2、FR3和FR4。框架区形成提供可变区的结构框架的β折叠结构(参见例如C.A.詹韦(C.A.Janeway)等人(编),《免疫生物学(Immunobiology)》,第5版,加兰出版社(Garland Publishing),纽约州纽约(New York,NY)(2001))。已知为CDR1、CDR2和CDR3的三个CDR形成抗体的“高变区”,其负责抗原结合。
术语“VL”和“VL域”可互换地用于指抗体的轻链可变区。
术语“VH”和“VH域”可互换地用于指抗体的重链可变区。
术语“Kabat编号”和类似术语在所属领域中得到认可,且是指编号抗体或其抗原结合片段的重链和轻链可变区中的氨基酸残基的***。在某些方面中,CDR可根据Kabat编号***确定(参见例如EA卡巴特(Kabat EA)和TT吴(Wu TT)(1971)《纽约科学院年报(AnnNY Acad Sci)》190:382-391和EA卡巴特等人,(1991)《具有免疫学意义的蛋白质序列(Sequences of Proteins of Immunological Interest)》,第五版,美国卫生和公共服务部(U.S.Department of Health and Human Services),NIH出版物(NIH Publication)第91-3242页)。使用Kabat编号***,抗体重链分子内的CDR通常存在于氨基酸位置31到35处,其任选地在35之后可包括一或两个额外氨基酸(在Kabat编号方案中称为35A和35B)(CDR1);氨基酸位置50到65处(CDR2);和氨基酸位置95到102处(CDR3)。使用Kabat编号***,抗体轻链分子内的CDR通常存在于氨基酸位置24到34处(CDR1)、氨基酸位置50到56处(CDR2)和氨基酸位置89到97处(CDR3)。在一特定实施例中,本文所述抗体的CDR根据Kabat编号方案确定。
而Chothia提及结构环的位置(乔西亚(Chothia)和莱斯克(Lesk),《分子生物学杂志》196:901-917(1987))。在使用Kabat编号规约进行编号时,Chothia CDR-H1环末端在H32与H34之间变化,这视环的长度而定(这是因为Kabat编号方案将***置于H35A和H35B处;如果既不存在35A,又不存在35B,那么环末端位于32处;如果仅存在35A,那么环末端位于33处;如果35A与35B皆存在,那么环末端位于34处)。AbM高变区代表Kabat CDR与Chothia结构环之间的折衷,且用于牛津分子(Oxford Molecular)的AbM抗体模型化软件中。
如本文所用,术语“恒定区”或“恒定域”为可互换的且具有其在所属领域中的常见含义。恒定区为抗体部分,例如不与抗体与抗原的结合直接有关但可展现各种效应功能(如与Fc受体的相互作用)的轻和/或重链的羧基端部分。免疫球蛋白分子的恒定区的氨基酸序列一般比免疫球蛋白可变域较保守。
如本文所用,术语“重链”当在关于抗体使用时,基于恒定域的氨基酸序列,可指任何不同类型,例如阿尔法(alpha,α)、德耳塔(delta,δ)、伊普西隆(epsilon,ε)、伽玛(gamma,γ)和谬(mu,μ),其分别产生抗体的IgA、IgD、IgE、IgG和IgM类别,包括IgG的子类,例如IgG1、IgG2、IgG3和IgG4。重链氨基酸序列为所属领域中熟知的。在特定实施例中,重链为人重链。
如本文所用,术语“轻链”当在关于抗体使用时,基于恒定域的氨基酸序列,可指任何不同类型,例如卡帕(kappa,κ)或拉姆达(lambda,λ)。轻链氨基酸序列为所属领域中所熟知的。在特定实施例中,轻链为人轻链。
“嵌合”抗体是指包含人和非人域两者的抗体或其片段。“人源化”抗体为包含人抗体骨架和至少一个获自或源于非人抗体的CDR的抗体。非人抗体包括从任何非人动物、如啮齿动物(例如小鼠或大鼠)分离的抗体。人源化抗体可包含获自或源于非人抗体的一个、两个或三个CDR。完全人抗体不含有任何获自或源于非人动物的氨基酸残基。应了解,与小鼠或嵌合抗体相比,完全人和人源化抗体在人中诱导免疫反应的风险较低(参见例如哈定(Harding)等人,《单抗》,2(3):256-26(2010))。
如本文所用,“抗原决定基”为所属领域中的术语且是指抗体或其抗原结合片段可特异性结合的抗原的局部区。抗原决定基可为例如多肽的相邻氨基酸(线性或相邻抗原决定基),或抗原决定基可例如由一或多个多肽的两个或更多个非相邻区域聚集在一起得到(构象、非线性、非连续或非相邻抗原决定基)。在某些实施例中,抗体或其抗原结合片段结合的抗原决定基可通过例如NMR光谱分析、X射线衍射晶体学研究、ELISA分析、氢/氘交换与质谱分析(例如液相色谱电喷雾质谱分析)耦合、基于阵列的寡肽扫描分析,和/或突变诱发定位(例如定点突变诱发定位)来确定。对于X射线晶体学,晶体可使用所属领域中已知的方法中任一种实现(例如R杰基(GiegéR)等人,(1994)《晶体学报D辑:生物晶体学(ActaCrystallogr D Biol Crystallogr)》50(第4部分):339-350;A麦克弗森(McPherson A)(1990)《欧洲生物化学杂志(Eur J Biochem)》189:1-23;NE查延(Chayen NE)(1997)《结构(Structure)》5:1269-1274;A麦克弗森(1976)《生物化学杂志》251:6300-6303)。抗体/其抗原结合片段:抗原晶体可使用熟知X射线衍射技术研究且可使用计算机软件,如X-PLOR(耶鲁大学(Yale University),1992,由分子模拟公司(Molecular Simulations,Inc.)发布;参见例如《酶学方法(Meth Enzymol)》(1985)第114和115卷,HW威科夫(Wyckoff HW)等人编;U.S.2004/0014194)和BUSTER(G布里科涅(Bricogne G)(1993)《晶体学报D辑:生物晶体学》49(第1部分):37-60;G布里科涅(1997)《酶学方法》276A:361-423,CW卡特(Carter CW)编;P罗维西(Roversi P)等人,(2000)《晶体学报D辑:生物晶体学》56(第10部分):1316-1323)精化。突变诱发定位研究可使用所属领域的技术人员已知的任何方法来实现。参见例如M钱普(Champe M)等人,(1995)《生物化学杂志》270:1388-1394以及BC坎宁安(Cunningham BC)和JA威尔斯(Wells JA)(1989)《科学(Science)》244:1081-1085关于突变诱发技术的描述,包括丙氨酸扫描突变诱发技术。
作为参考抗体“结合到相同的抗原决定基”的抗体是指作为参考抗体结合到相同的氨基酸残基的抗体。抗体作为参考抗体结合到相同的抗原决定基的能力可通过氢/氘交换分析(见科尔斯(Coales)等人《质谱学快讯(Rapid Commun.Mass Spectrom.)》2009;23:639-647)或x射线晶体学来确定。
如本文所用,术语“免疫特异性结合”、“免疫特异性识别”、“特异性结合”和“特异性识别”在抗体或其抗原结合片段的上下文中为类似术语。这些术语指示抗体或其抗原结合片段通过其抗原结合域结合到抗原决定基,且所述结合需要抗原结合域与抗原决定基之间的一些互补性。因此,举例来说,如通过例如放射免疫分析(radioimmunoassay,RIA)、酶联免疫吸附分析(enzyme-linked immunosorbent assay,ELISA)、BiaCore或八位组结合分析所测量,“特异性结合”到第一金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体还可结合到其它金黄色葡萄球菌白细胞毒素,但与无关的非白细胞毒素蛋白质的结合程度小于抗体与第一金黄色葡萄球菌白细胞毒素的结合的约10%。
如果抗体以一种致使抗体在某种程度上阻断参考抗体与抗原决定基的结合的程度优先结合到抗原决定基或重叠抗原决定基,那么所述抗体称为“竞争性地抑制”参考抗体与给定抗原决定基的结合。竞争性地抑制可通过所属领域中已知的任何方法,例如竞争ELISA分析来确定。抗体可称为竞争性地抑制参考抗体与给定抗原决定基的结合至少90%、至少80%、至少70%、至少60%或至少50%。
术语“核酸序列”打算包涵DNA或RNA的聚合物,即聚核苷酸,其可为单链或双链的且可含有非天然或改变的核苷酸。如本文所用,术语“核酸”和“聚核苷酸”是指任何长度的核苷酸,核糖核苷酸(RNA)或脱氧核糖核苷酸(DNA)的聚合形式。这些术语是指分子的一级结构,且因此包括双链和单链DNA以及双链和单链RNA。所述术语包括由核苷酸类似物和经修饰的聚核苷酸(如但不限于甲基化和/或封端聚核苷酸)制得的RNA或DNA类似物作为等效物。尽管所属领域中已知许多其它键(例如硫代磷酸酯、硼烷磷酸酯和其类似物),但核酸通常通过磷酸酯键连接以形成核酸序列或聚核苷酸。
金黄色葡萄球菌感染可例如以皮肤或软组织感染(SSTI)或菌血症发生。金黄色葡萄球菌细菌可穿过血流且感染体内部位,引起肺炎、ICU肺炎、糖尿病下肢感染、糖尿病性足溃疡(DFU)、骨或关节感染、装置感染、伤口感染、手术部位感染或骨髓炎。
如本文所用,“转染”、“转化”或“转导”是指通过使用物理或化学方法将一或多种外源聚核苷酸引入宿主细胞中。许多转染技术为所属领域中已知且包括例如磷酸钙DNA共沉淀(参见例如E.J.穆雷(Murray E.J.)(编),《分子生物学方法(Methods in MolecularBiology)》,第7卷,《基因转移和表达方案(Gene Transfer and Expression Protocols)》,胡马纳出版社(Humana Press)(1991));DEAE-聚葡萄糖;电穿孔;阳离子脂质体介导的转染;钨粒子促进的微粒轰击(约翰斯顿(Johnston),《自然(Nature)》,346:776-777(1990));和磷酸锶DNA共沉淀(布拉什(Brash)等人,《分子与细胞生物学(Mol.Cell Biol.)》,7:2031-2034(1987))。在感染性颗粒在合适的包装细胞中生长之后,可将噬菌体或病毒载体引入宿主细胞中,其中许多为市售可得。
如本文所用,术语“治疗(treatment/treating)”和其类似术语是指获得所需药理学和/或生理学作用。在一个实施例中,所述作用为治疗性,即所述作用部分或完全地治愈疾病和/或可归因于所述疾病的不良症状。
“治疗有效量”是指在需要剂量和时间段内有效实现所需治疗结果(例如治疗金黄色葡萄球菌感染)的量。治疗有效量可根据以下因素变化,如个体的疾病病况、年龄、性别和体重,以及抗体或抗原结合片段在个体中引发所需反应的能力。
“预防有效量”是指在需要剂量和时间段内有效实现所需预防结果(例如预防金黄色葡萄球菌感染或疾病发作)的量。
如本文所用,术语“投与(administer/administering/admini-stration)”和其类似术语是指可用于使药物(例如白细胞毒素结合抗体或其抗原结合片段)能够递送到所需生物作用部位(例如静脉内投与)的方法。可用本文所述的药剂和方法使用的投与技术见于例如古德曼(Goodman)和吉尔曼(Gilman),《治疗学的药理基础(The PharmacologicalBasis of Therapeutics)》,现行版,培格曼出版社(Pergamon);和雷明顿(Remington's),《药物科学(Pharmaceutical Sciences)》,现行版,马克出版公司(Mack Publishing Co.),宾夕法尼亚州伊斯顿(Easton,Pa)中。
除非上下文另外清楚指出,否则如本公开和权利要求书中所用,单数形式“一(a/an)”和“所述”包括复数形式。
除非上下文有特别规定或显而易见,否则如本文所用,术语“或”应理解为包括性的。如本文“A和/或B”短语中所用的术语“和/或”打算包括“A和B”两者、“A或B”、“A”和“B”。同样,如“A、B和/或C”短语中所用的术语“和/或”打算包涵以下实施例中的每一个:A、B和C;A、B或C;A或C;A或B;B或C;A和C;A和B;B和C;A(单独);B(单独);以及C(单独)。
II.抗白细胞毒素抗体
本发明提供结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体和其抗原结合片段。
白细胞毒素为金黄色葡萄球菌毒性因子。白细胞毒素靶向大范围的免疫细胞进行破坏。白细胞毒素包括潘顿-华伦丁(Panton-Valentine)杀白细胞素(LukSF-PV,也称为LukSF)、白细胞毒素ED(LukED)、γ溶血素(其以两种毒素形式存在:HlgAB和HlgCB)和白细胞毒素AB(LukAB,也称为LukGH)。在某些情况下,结合到至少一种白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段结合到LukF、LukD和/或HIgB。在某些情况下,结合到至少一种白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段结合到LukF、LukD和HIgB。
在一情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成或由以下组成:(i)包含SEQID NO:1的CDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:2的CDR2氨基酸序列和SEQ ID NO:3的CDR3氨基酸序列的重链多肽,和(ii)包含SEQ ID NO:12的CDR1氨基酸序列、SEQ ID NO:5的CDR2氨基酸序列和SEQ ID NO:6的CDR3氨基酸序列的轻链多肽。在另一情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)的重链多肽包含SEQ ID NO:15的可变区氨基酸序列、基本上由所述可变区氨基酸序列组成或由所述可变区氨基酸序列组成。在另一情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)的轻链多肽包含SEQ ID NO:13的可变区氨基酸序列、基本上由所述可变区氨基酸序列组成或由所述可变区氨基酸序列组成。在另一情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成或由以下组成:包含SEQ ID NO:15的氨基酸序列、基本上由所述氨基酸序列组成或由所述氨基酸序列组成的可变重链,和包含SEQID NO:13的氨基酸序列、基本上由所述氨基酸序列组成或由所述氨基酸序列组成的可变轻链。在另一情况下,特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)包含以下、基本上由以下组成或由以下组成:包含SEQ IDNO:16的氨基酸序列、基本上由所述氨基酸序列组成或由所述氨基酸序列组成的可变重链,和/或包含SEQ ID NO:14的氨基酸序列、基本上由所述氨基酸序列组成或由所述氨基酸序列组成的可变轻链。
下文提供示范性抗白细胞毒素抗体的序列。在某些情况下,本文所述的抗体或其抗原结合片段结合到至少一种白细胞毒素且包含下表1和2的六个CDR(即VH CDR1、VHCDR2、VH CDR3、VL CDR1、VL CDR2和VL CDR3)。
SAN481-SYT-YTE抗体包含SEQ ID NO:1-3的VH CDR和SEQ ID NO:12、5和6的VLCDR。
表1:VH CDR氨基酸序列
表2:VL CDR氨基酸序列
在某些情况下,本文所述的抗体或其抗原结合片段结合到至少一种白细胞毒素且包含下表中列出的(例如)与VL组合的抗体VH。
表3:可变重链(VH)氨基酸序列
在某些情况下,本文所述的抗体或其抗原结合片段结合到至少一种白细胞毒素且包含下表列出的(例如)与VH,任选地与前述表中列出的VH组合的抗体VL。
表4:可变轻链(VL)氨基酸序列
在某些情况下,本文所述的抗体或其抗原结合片段结合到至少一种白细胞毒素且包含下表列出的(例如)与轻链组合的抗体重链。
表5:全长重链氨基酸序列
在某些情况下,本文所述的抗体或其抗原结合片段结合到至少一种白细胞毒素且包含下表列出的(例如)与重链、任选地与前述表中列出的重链组合的抗体轻链。
表6:全长轻链氨基酸序列
以下实例中所用抗体的序列概述于表7中。
表7:抗体CDR、可变区和重链以及轻链的SEQ ID NO
抗体 | H CDRs | L CDRs | VH | VL | H | L |
SAN481 | 1-3 | 4-6 | 7 | 8 | 9 | 10 |
SAN481-YTE | 1-3 | 4-6 | 7 | 8 | 11 | 10 |
SAN481-SY-YTE | 1-3 | 12,5,6 | 7 | 13 | 11 | 14 |
SAN481-T-YTE | 1-3 | 4-6 | 15 | 8 | 16 | 10 |
SAN481-TF-YTE | 1,2,17 | 4-6 | 18 | 8 | 19 | 10 |
SAN481-SYT-YTE | 1-3 | 12,5,6 | 15 | 13 | 16 | 14 |
SAN481-SY-TF-YTE | 1,2,17 | 12,5,6 | 18 | 13 | 19 | 14 |
SAN481-EG-YTE | 1,20,3 | 4-6 | 21 | 8 | 22 | 10 |
SAN481-SY-QFS-YTE | 1-3 | 12,5,6 | 23 | 13 | 24 | 14 |
SAN481-SYT* | 1-3 | 12,5,6 | 15 | 13 | 28 | 14 |
在某些方面中,抗体或其抗原结合片段的CDR可根据Chothia编号方案确定,其是指免疫球蛋白结构环的位置(参见例如C乔西亚和AM莱斯克,(1987),《分子生物学杂志》196:901-917;B拉齐卡尼(Al-Lazikani B)等人,(1997)《分子生物学杂志》273:927-948;C乔西亚等人,(1992)《分子生物学杂志》227:799-817;A特拉蒙塔诺(Tramontano A)等人,(1990)《分子生物学杂志》215(1):175-82;和美国专利第7,709,226号)。通常,当使用Kabat编号规约时,Chothia CDR-H1环存在于重链氨基酸26到32、33或34处,Chothia CDR-H2环存在于重链氨基酸52到56处,且Chothia CDR-H3环存在于重链氨基酸95到102处,而ChothiaCDR-L1环存在于轻链氨基酸24到34处,Chothia CDR-L2环存在于轻链氨基酸50到56处,且Chothia CDR-L3环存在于轻链氨基酸89到97处。在使用Kabat编号规约进行编号时,Chothia CDR-H1环末端在H32与H34之间变化,这视环的长度而定(这是因为Kabat编号方案将***置于H35A和H35B处;如果既不存在35A,又不存在35B,那么环末端位于32处;如果仅存在35A,那么环末端位于33处;如果35A与35B皆存在,那么环末端位于34处)。
在某些方面中,本文提供包含SAN481或SAN481-SYT抗体的Chothia VH和VL CDR的抗体和其抗原结合片段。在某些实施例中,抗体或其抗原结合片段包含一或多个CDR,其中Chothia和Kabat CDR具有相同氨基酸序列。在某些实施例中,本文提供包含Kabat CDR和Chothia CDR的组合的抗体和其抗原结合片段。
在某些方面中,抗体或其抗原结合片段的CDR可根据IMGT编号***确定,如以下文献中所述:M-P勒弗朗(Lefranc M-P),(1999)《免疫学家(The Immunologist)》7:132-136和M-P勒弗朗等人,(1999)《核酸研究(Nucleic Acids Res)》27:209-212。根据IMGT编号方案,VH-CDR1在位置26到35处,VH-CDR2在位置51到57处,VH-CDR3在位置93到102处,VL-CDR1在位置27到32处,VL-CDR2在位置50到52处,且VL-CDR3在位置89到97处。在一特定实施例中,本文提供抗体和其抗原结合片段,其包含SAN481或SAN481-SYT-YTE抗体的IMGT VH和VLCDR,例如如以下中所述:M-P勒弗朗(1999)同上和M-P勒弗朗等人,(1999)同上。
在某些方面中,抗体或其抗原结合片段的CDR可根据RM麦卡勒姆(MacCallum RM)等人,(1996)《分子生物学杂志》262:732-745确定。还参见例如,A.马丁(Martin A.),“抗体可变域的蛋白质序列和结构分析(Protein Sequence and Structure Analysis ofAntibody Variable Domains)”,在《抗体工程改造(Antibody Engineering)》,孔特曼(Kontermann)和杜贝尔(Dübel)编,第31章,第422-439页,施普林格出版社(Springer-Verlag),柏林(Berlin)(2001)中。在一特定实施例中,本文提供抗体或其抗原结合片段,其包含通过RM麦卡勒姆等人中的方法所确定的SAN481或SAN481-SYT-YTE抗体的VH和VL CDR。
在某些方面中,抗体或其抗原结合片段的CDR可根据AbM编号方案确定,所述AbM编号方案指代表Kabat CDR与Chothia结构环之间的折衷的AbM高变区,且由牛津分子AbM抗体建模软件(牛津分子集团公司(Oxford Molecular Group,Inc.))使用。在一特定实施例中,本文提供抗体或抗原结合片段,其包含如通过AbM编号方案所确定的SAN481或SAN481-SYT-YTE抗体的VH和VL CDR。
在另一方面中,本文所述的抗体或其抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)可包含任何合适的类别(例如IgG、IgA、IgD、IgM和IgE)的恒定区(Fc),所述任何合适的类别经修饰以便改进抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)的半衰期。举例来说,本文所述的抗体或其抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)可包含Fc,所述Fc相对于无突变的相同抗体包含延长半衰期的突变。
Fc区工程改造广泛用于所属领域中以延长治疗性抗体的半衰期且保护其免受体内分解。在一些实施例中,IgG抗体或抗原结合片段的Fc区可经修饰以增加IgG分子对Fc新生受体(FcRn)的亲和力,Fc新生受体介导IgG代谢且保护IgG分子免于分解。合适的Fc区氨基酸取代或修饰为所属领域中已知的且包括例如三重取代M252Y/S254T/T256E(称为“YTE”)(参见例如美国专利7,658,921;美国专利申请公开2014/0302058;和余(Yu)等人,《抗菌剂与化疗》,61(1):e01020-16(2017))。在某些方面中,结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)包含含有YTE突变的Fc区。
本文所述的抗体或抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)可为或可获自人抗体、人源化抗体、非人抗体或嵌合抗体。在一个方面中,本文所述的抗体或其抗原结合片段为完全人抗体。
人抗体、非人抗体、嵌合抗体或人源化抗体可通过任何方式获得,包括通过体外来源(例如重组产生抗体的杂交瘤或细胞系)和体内来源(例如啮齿动物、人扁桃体)。用于产生抗体的方法为所属领域中已知的且描述于例如科勒和米尔斯坦(Milstein),《欧洲免疫学杂志(Eur.J.Immunol.)》,5:511-519(1976);哈洛(Harlow)和莱恩(Lane)(编),《抗体:实验室手册(Antibodies:A Laboratory Manual)》,CSH出版社(CSH Press)(1988);和詹韦等人(编),《免疫生物学》,第5版.,加兰出版社,纽约州纽约(2001))。在某些实施例中,人抗体或嵌合抗体可使用转基因动物(例如小鼠)产生,其中一或多个内源免疫球蛋白基因经一或多个人免疫球蛋白基因置换。用人抗体基因有效置换内源抗体基因的转基因小鼠的实例包括(但不限于)美达瑞(Medarex)HUMAB-MOUSETM、麒麟(Kirin)TC MOUSETM和协和发酵麒麟(Kyowa Kirin)KM-MOUSETM(参见例如伦贝格(Lonberg),《自然-生物技术(Nat.Biotechnol.)》,23(9):1117-25(2005)和伦贝格,《实验药理学手册(Handb.Exp.Pharmacol.)》,181:69-97(2008))。人源化抗体可使用所属领域中已知的任何合适方法产生(参见例如Z.安(An,Z.)(编),《治疗性单克隆抗体:从实验台到临床(Therapeutic Monoclonal Antibodies:From Bench to Clinic)》,约翰威立父子公司(John Wiley&Sons,Inc.),新泽西州霍博肯(Hoboken,N.J.)(2009)),包括例如将非人CDR移植到人抗体骨架上(参见例如克什米尔(Kashmiri)等人,《方法(Methods)》,36(1):25-34(2005);和侯(Hou)等人,《生化学杂志(J.Biochem.)》,144(1):115-120(2008))。在一个实施例中,人源化抗体可使用例如美国专利申请公开2011/0287485A1中所述的方法产生。
在某些方面中,本文所提供的抗体或抗原结合片段对LukF、LukD和HIgB具有类似结合亲和力。
III.核酸、载体和宿主细胞
本文还提供一或多种经分离的核酸序列,其编码结合到至少一种白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段(其中任选地抗体或其抗原结合片段为单克隆抗体或片段)。
本公开进一步提供一或多种载体,其包含一或多种编码结合到至少一种白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段的核酸序列(其中任选地抗体或其抗原结合片段中的一或多种为单克隆抗体或片段)。载体可为例如质粒、游离基因、粘质粒、病毒载体(例如反转录病毒或腺病毒)或噬菌体。合适的载体和载体制备方法为所属领域中熟知的(参见例如萨姆布鲁克(Sambrook)等人,《分子克隆实验指南(Molecular Cloning,a Laboratory Manual)》,第3版,冷泉港出版社(Cold Spring Harbor Press),纽约州冷泉港(Cold Spring Harbor,N.Y.)(2001)和奥苏贝尔(Ausubel)等人,《分子生物学最新方案(Current Protocols inMolecular Biology)》,格林出版协会和约翰威立父子公司(Greene PublishingAssociates and John Wiley&Sons),纽约州纽约(1994))。
除编码结合到至少一种白细胞毒素(其中任选地抗体或其抗原结合片段为单克隆抗体或片段)的抗体或其抗原结合片段的核酸序列以外,载体宜包含表达控制序列,如启动子、强化子、聚腺苷酸化信号、转录终止子、内部核糖体进入位点(internal ribosomeentry site,IRES)和其类似物,所述表达控制序列提供宿主细胞中编码序列的表达。示范性表达控制序列为所属领域中已知的且描述于例如哥德尔(Goeddel),《基因表达技术:酶学方法(Gene Expression Technology:Methods in Enzymology)》,第185卷,学术出版社(Academic Press),加利福尼亚州圣迭戈(San Diego,Calif.)(1990)。
包含编码结合到至少一种白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段(任选地其中抗体或其抗原结合片段中的一或多种为单克隆抗体或片段)的核酸的载体可引入到宿主细胞中,所述宿主细胞包括任何合适的原核或真核细胞,能够表达由此编码的多肽。因此,本公开提供一种包含载体的经分离的细胞。可使用的宿主细胞包括可以容易且可靠地生长、具有合理的快速生长速率、具有良好特征的表达***且可容易且有效地转化或转染的宿主细胞。合适的原核细胞的实例包括但不限于来从芽孢杆菌属(Bacillus)(如枯草芽孢杆菌(Bacillus subtilis)和短芽孢杆菌(Bacillus brevis))、埃希氏菌属(Escherichia)(如大肠杆菌)、假单胞菌属(Pseudomonas)、链霉菌属(Streptomyces)、沙门氏菌属(Salmonella)和欧文氏菌属(Erwinia)的细胞。尤其有用的原核细胞包括各种大肠杆菌菌株(例如K12、HB101(ATCC第33694号)、DH5a、DH10、MC1061(ATCC第53338号)和CC102)。合适的真核细胞为所属领域中已知的且包括例如酵母细胞、昆虫细胞和哺乳动物细胞。在一实施例中,载体于哺乳动物细胞中表达。许多合适的哺乳动物宿主细胞为所属领域中已知的,且许多可从美国菌种保藏中心(American Type Culture Collection;ATCC,弗吉尼亚州马纳萨斯(Manassas,VA))获得。合适哺乳动物细胞的实例包括(但不限于)中国仓鼠卵巢细胞(Chinese hamster ovary cell,CHO)(ATCC第CCL61号)、CHO DHFR细胞(乌尔劳布(Urlaub)等人,《美国国家科学院院刊(Proc.Natl.Acad.Sci.USA)》,97:4216-4220(1980))、人胚肾(human embryonic kidney,HEK)293或293T细胞(ATCC第CRL1573号)和3T3细胞(ATCC第CCL92号)。其它合适的哺乳动物细胞系为猴COS-1(ATCC第CRL1650号)和COS-7细胞系(ATCC第CRL1651号)以及CV-1细胞系(ATCC第CCL70号)。哺乳动物细胞宜为人细胞。举例来说,哺乳动物细胞可为人淋巴或淋巴衍生细胞系,如前B淋巴细胞来源的细胞系、细胞系(克鲁塞尔荷兰私人有限公司(Crucell Holland B.V.),荷兰(The Netherlands))或人胚肾(HEK)293或293T细胞(ATCC第CRL1573号)。
可通过转染、转化或转导将编码本文所述的抗体或抗原结合片段(任选地为单克隆抗体或片段)中任一种的氨基酸的核酸序列引入细胞中。
IV.使用抗金黄色葡萄球菌白细胞毒素抗体的药物组合物和方法
本公开提供包含本文所述的抗体或其抗原结合片段和药学上可接受的载剂的组合物。
本公开还提供包含一或多种编码本文所提供的抗体或其抗原结合片段的核酸序列或一或多种包含这些核酸序列的载体的组合物。
本文所提供的组合物(例如包含抗体或其抗原结合片段、一或多种核酸序列,或一或多种载体)可为药学上可接受(例如生理学上可接受)的组合物,其包含载剂,如药学上可接受(例如生理学上可接受)的载剂,和抗体或抗原结合片段、核酸序列或载体。
在本公开中可使用任何合适的载剂,且这些载剂为所属领域中熟知。载剂的选择将部分由可投与所述组合物的特定部位和用于投与所述组合物的特定方法来决定。组合物任选地可为无菌的。组合物可冷冻或冻干存储且在使用之前在合适的无菌载剂中复原。可根据以下中所述的常规技术产生组合物,例如《雷明顿:药学科学与实践(Remington:TheScience and Practice of Pharmacy)》,第21版,利平科特·威廉斯·威尔金斯出版公司(Lippincott Williams&Wilkins),宾西法尼亚州费城(Philadelphia,PA)(2001)。
组合物理想包含可有效治疗和/或预防金黄色葡萄球菌感染的量的抗体或抗原结合片段。为此目的,所公开的方法包含投与治疗有效量或预防有效量的白细胞毒素结合抗体或其抗原结合片段或包含前述抗体或其抗原结合片段(包括单克隆抗体或片段)的组合物。
本公开提供一种治疗或预防个体(例如人)的金黄色葡萄球菌感染的方法,其包含向有需要其的个体投与本文所述的白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段,接着对所述个体的金黄色葡萄球菌感染进行治疗或预防。本公开还提供本文所述的白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段或含本文所述的抗体或其片段的组合物的用途,其用于制造供治疗或预防金黄色葡萄球菌感染用的药剂。
如本文所论述,金黄色葡萄球菌为引起广泛临床感染的主要人病原体。金黄色葡萄球菌为菌血症和感染性心内膜炎以及骨关节、皮肤和软组织、胸膜肺和装置相关感染的主要原因。约30%的人群体受金黄色葡萄球菌定殖(韦尔特海姆(Wertheim)等人,《柳叶刀:感染性疾病(Lancet Infect.Dis.)》,5:751-762(2005))。金黄色葡萄球菌皮肤感染的症状包括例如疖子、蜂窝组织炎和脓疱。金黄色葡萄球菌还可引起食物中毒、血液中毒(也称为菌血症)、毒性休克综合征和败血性关节炎。金黄色葡萄球菌感染的流行病学、病理生理学和临床表现详述于例如佟(Tong)等人,《临床微生物学评论(Clin.Microbiol.Rev.)》,28(3):603-661(2015),且已对若干不同金黄色葡萄球菌菌株的基因组测序(参见例如GenBank/EMBL寄存编号BX571856、BX571857、BX571858、FN433596、FN433597、FN433598、HE681097、FR821777、FR821778、FR821779和FR821780)。如本文所论述,个体(例如,人个体)可患有糖尿病。
在某些情况下,白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段的治疗有效量为抑制(例如人中)金黄色葡萄球菌相关的败血症、中和毒素、抑制细胞溶解、抑制多器官功能失常或前述的任何组合的量。
或者,药理学和/或生理学效应可为预防性的,即所述效应完全或部分预防疾病或其症状。就此来说,所公开的方法包含投与“预防有效量”的白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段(包括单克隆抗体或片段)。
可通过定期评估所治疗患者来监测治疗或预防功效。对于经数天或更长时间的重复投与,视病况而定,可重复治疗直到出现所期望的疾病症状抑制。然而,其它给药方案可为适用的且在本公开的范围内。所需剂量可通过单次快速投与组合物、通过多次快速投与组合物或通过连续输注投与组合物来递送。
包含有效量的本文所述的抗体或其抗原结合片段、编码前述任一种的核酸序列或含核酸序列的载体的组合物可使用标准投与技术,包括静脉内、腹膜内、皮下和肌肉内投与途径向个体,如人投与。组合物可适于肠胃外投与。如本文所用,术语“肠胃外”包括静脉内、肌肉内、皮下和腹膜内投与。在一些实施例中,使用外周全身性递送,通过静脉内、腹膜内或皮下注射来向个体投与组合物。
白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段或包含其的组合物可单独或与常规用于治疗金黄色葡萄球菌感染的其它药物(例如作为佐剂)组合投与。包含白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段的组合物可与例如一或多种抗生素(如青霉素酶-抗β-内酰胺抗生素(例如苯唑西林或氟氯西林))组合使用。庆大霉素可用于治疗严重感染,如心内膜炎。然而,大部分金黄色葡萄球菌菌株现在对青霉素具有抗性,且每100人中有两人携带耐甲氧西林金黄色葡萄球菌菌株(MRSA)。MRSA感染通常用万古霉素治疗,且轻微皮肤感染可用三重抗生素软膏治疗。
除治疗性和预防性用途以外,本文所述的任何抗体或其抗原结合片段均可用于诊断性或研究应用中。就此来说,白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段可用于分析中以监测个体的金黄色葡萄球菌感染。研究应用包括例如利用白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段和标记检测样品中(例如人体液中或细胞或组织提取物中)的金黄色葡萄球菌的方法。白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段可在存在或不存在修饰的情况下使用,如对可检测部分进行共价或非共价标记。举例来说,可检测部分可为放射性同位素(例如3H、14C、32P、35S或125I)、荧光或化学发光化合物(例如荧光异硫氰酸盐、罗丹明(rhodamine)或荧光素)、酶(例如碱性磷酸酶、β-半乳糖苷酶或辣根过氧化酶)或辅基。所属领域中已知的用于将抗体或其抗原结合片段分别缀合到可检测部分的任何方法均可用于本公开上下文中(参见例如亨特(Hunter)等人,《自然》,194:495-496(1962);大卫(David)等人,《生物化学(Biochemistry)》,13:1014-1021(1974);佩因(Pain)等人,《免疫方法杂志(J.Immunol.Meth.)》,40:219-230(1981);和J.尼格伦(Nygren,J.),《组织化学和细胞化学杂志(Histochem.And Cytochem.)》,30:407-412(1982))。
本文所述的任何抗体或其抗原结合片段(例如单克隆抗体或片段)、编码前述任一种的核酸序列、包含核酸序列的载体或包含前述任一种的组合物可以预定量与用于进行诊断分析的说明书一起提供于试剂盒(即试剂的封装组合)中。如果白细胞毒素结合抗体或抗原结合片段用酶标记,那么试剂盒宜包括酶所需的底物和辅因子(例如提供可检测发色团或荧光团的底物前体)。另外,其它添加剂可包括于试剂盒中,如稳定剂、缓冲剂(例如封闭缓冲剂或溶解缓冲剂)和其类似物。可改变各种试剂的相对量以提供大体上使分析灵敏度优化的试剂溶液中的浓度。试剂可以干燥粉末(通常冻干)形式提供,包括在溶解时将提供具有适当浓度的试剂溶液的赋形剂。
以下实施例进一步说明本发明,但当然不应解释为以任何方式限制其范围。
实例1
抗白细胞毒素抗体SAN481包含具有氨基酸序列SEQ ID NO:9的重链和具有氨基酸序列SEQ ID NO:10的轻链。在这些序列中鉴别若干序列不利因素。举例来说,观测到重链W100a(VH-CDR3)和M256(在Fc域中)的氧化。另外,可变重链中的糖基化位点(NFS)经70%糖基化。在VL-CDR1中鉴别出两个NS脱酰胺位点,且在VH-CDR2中鉴别出DG/DS异构化位点。此外,在1周CWLa-2kLux时,光敏感性致使SAN481的聚集增加3.5%。
为了实现经改进的SAN481抗体变异体,设计且测试一系列序列变异体。变异体经设计以去除这些不利因素且在不影响抗体的白细胞毒素中和活性的情况下增加半衰期。(去除序列不利因素的初步尝试引起LukSF结合和中和活性的损失。这些初步尝试包括使含有N28T突变的构建体中的W102突变为F、Y、A、L、I、G和V。)YTE突变用于半衰期延长,且此相同突变还去除Fc区中的甲硫氨酸氧化位点(残基M256)。
接着测试这些变异体对LukSF的结合和中和性能、其光稳定性和其可显影性。结果概述于下表8中,且额外信息见于以下实例中。
表8:SAN481和SAN481变异体
“mon”=单体
“agg.”=聚集
鉴于以下事实选择SAN481-SYT-YTE作为尤其有利的变异体:SAN481-YTE与LukSF、LukED和HIgAB具有类似IC50,在曝光下最小聚集增加,不具有显著CDR脱酰胺且检测到异构化(1.1%),无稳定性问题,无自结合且无非特异性结合。
实例2
此实例证实,不同于其它SAN481变异体,SAN481-SYT-YTE抗体维持SAN481的体外活性。
进行体外分析以便评估SAN481变异体的活性。如图1所指示,在这些分析中,在37℃下将分化HL60人单核细胞(2.5e4孔/25μl)与50μl LukSF(各自100ng/ml)或HIgAB(各自400ng/ml)的混合物和每种mAb突变体(25μl)的连续稀释液一起培育2小时。
使用Cell Glo分析来测量细胞活力的百分比且如下计算:100*[(OD450细胞+毒素+mAb)/(OD450单独细胞)]。计算实现50%活力抑制(IC50)所需的mAb浓度,且报道于表9上。
表9:SAN481变异体的LukSF和HIgAB活性
与SAN481相比,SAN481-TF-YTE和SAN481-SYTF-YTE抗体针对LukSF分别损失5.07和8.56倍的性能。然而,SAN481-SYT-YTE抗体未损失。
实例3
此实例证实,SAN481-SYT-YTE抗体具有与SAN481抗体类似的体外白细胞毒素中和。
通过测量细胞活力的分析来测试体外白细胞毒素中和活性。更特定来说,如图2指示,在37℃下将分化HL60人单核细胞(2.5e4孔/25μl)与50μl LukSF(各自100ng/ml)、LukED(各自2000ng/ml)、HlgCB(各自200ng/ml)或HIgAB(各自400ng/ml)的混合物和SAN481或SAN481_SYT-YTE(25μl)的连续稀释液一起培育2小时。使用Cell Glo分析来测量细胞活力的百分比且如下计算:100*[(OD450细胞+毒素+mAb)/(OD450单独细胞)],且图示于图2上。
结果展示于图2中,证实SAN481-SYT-YTE和SAN481针对所有LukSF、HIgAB、HIgBC和LukED具有类似体外中和活性。
实例4
此实例证实SAN481-SYT-YTE显示优良的光稳定性。
测试SAN481变异体的光稳定性。在这些分析中,mAb变异体与重组抗原的结合亲和力在Octet384仪器(富迪(ForteBio),加利福尼亚州门洛帕克(Menlo Park,CA))上通过生物层干涉术来测量。为了确定固有结合亲和力,通过抗人IgG Fc生物传感器(富迪)捕捉在PBS pH 7.2、3mg/mL BSA、0.05%(v/v)吐温(tween)20(1×动力学缓冲液,富迪)中的2μg/mL抗体。洗涤后,使用抗原蛋白质的连续稀释液进行缔合和解离测量。解离常数(dissociation constant,KD)使用Octet384软件v.7.2.推导为从数据的非线性拟合的两个速率常数(koff/kon)的比率。
结果展示于下表10和11中。
表10:SAN481变异体的一周光稳定性
表11:光胁迫SAN481、SAN481-YTE和SAN481-SYT-YTE的八位位组结合活性
结果证实SAN481-SYT-YTE的优良光稳定性且对SAN481-SYT-YTE的光胁迫样品不存在结合损失。
本文所引用的所有参考文献(包括公开、专利申请和专利)均以引用的方式并入本文中,所述引用程度如同各参考文献单独地且特定地指示以引用的方式并入且全文阐述于本文中。
除非本文中另外指示或与上下文明显矛盾,否则在描述本发明的上下文中(尤其在以下权利要求书的上下文中)使用术语“一(a/an)”和“所述”和“至少一个”以及类似参照物应解释为涵盖单数和复数两者。除非本文中另外指示或与上下文明显矛盾,否则应将后接一或多个项目的列表(例如“A和B中的至少一者”)的术语“至少一个”的使用理解为意指选自所列项目的一个项目(A或B)或所列项目中的两者或两者以上的任何组合(A和B)。除非另外指出,否则术语“包含”、“具有”、“包括”和“含有”应理解为开端式术语(即,意指“包括(但不限于)”)。除非另外指示,否则本文中值范围的列举仅打算充当单独提及属于所述范围内的每一独立值的简写方法,且每一独立值并入到本说明书中,如同在本文中单独列举一般。除非本文另外指示或另外与上下文明显矛盾,否则本文所述的所有方法均可以任何合适次序进行。除非另外要求,否则使用本文所提供的任何和所有实例或示范性语言(例如,“如”)仅打算较好地阐明本发明而不对本发明的范围造成限制。本说明书中的语言不应理解为指示实践本发明所必需的任何未要求保护的要素。
本发明的优选实施例描述于本文中,包括本发明人已知用于实施本发明的最好模式。在阅读前文描述之后,那些优选实施例的变化对于所属领域的普通技术人员可变得显而易见。本发明人期望所属领域的技术人员适当时采用所述变化,且本发明人打算以不同于本文中特定描述的其它方式来实施本发明。因此,如果适用法律允许,那么本发明包括在随附于本文的权利要求书中所叙述的主题的所有修改和等效物。此外,除非本文另外指示或另外与上下文明显矛盾,否则本发明包涵上述要素在其所有可能变化中的任何组合。
序列表
<110> 免疫医疗有限责任公司(MedImmune, LLC)
胡默波斯生物医学公司(Humabs BioMed SA)
<120> 针对金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体
<130> 2943.103PC02
<150> US 62/743,501
<151> 2018-10-09
<160> 28
<170> PatentIn version 3.5
<210> 1
<211> 5
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VH CDR1
<400> 1
Thr Tyr Ala Met His
1 5
<210> 2
<211> 17
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VH CDR2
<400> 2
Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val Lys
1 5 10 15
Gly
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VH CDR3
<400> 3
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<213> 人工序列
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VL CDR2
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1 5
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VL CDR3
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Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu Arg Ala Trp Val
1 5 10
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VH
<400> 7
Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Asn Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
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<210> 8
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481 VL
<400> 8
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
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Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Asn Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn
20 25 30
Ser Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
35 40 45
Ile Ser Arg Ser Ile Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Lys Ser Val Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg
65 70 75 80
Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu
85 90 95
Arg Ala Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu
100 105 110
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<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481重链
<400> 9
Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Asn Phe Ser Thr Tyr
20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
Ala Val Thr Ser Phe Asp Gly Ser Asn Glu Tyr Tyr Ile Asp Ser Val
50 55 60
Lys Gly Arg Phe Thr Ile Ser Arg Asp Asn Thr Lys Asn Thr Leu Tyr
65 70 75 80
Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys
85 90 95
Ala Arg Asp Glu Tyr Thr Gly Gly Trp Tyr Ser Val Gly Tyr Trp Gly
100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser
115 120 125
Val Phe Pro Leu Ala Pro Ser Ser Lys Ser Thr Ser Gly Gly Thr Ala
130 135 140
Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val
145 150 155 160
Ser Trp Asn Ser Gly Ala Leu Thr Ser Gly Val His Thr Phe Pro Ala
165 170 175
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val
180 185 190
Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His
195 200 205
Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys
210 215 220
Asp Lys Thr His Thr Cys Pro Pro Cys Pro Ala Pro Glu Leu Leu Gly
225 230 235 240
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Met
245 250 255
Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
305 310 315 320
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly Lys
450
<210> 10
<211> 216
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481轻链
<400> 10
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
1 5 10 15
Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Asn Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn
20 25 30
Ser Val Tyr Trp Tyr Gln Gln Phe Pro Gly Thr Ala Pro Lys Leu Leu
35 40 45
Ile Ser Arg Ser Ile Gln Arg Pro Ser Gly Val Pro Asp Arg Phe Ser
50 55 60
Gly Ser Lys Ser Val Thr Ser Ala Ser Leu Ala Ile Ser Gly Leu Arg
65 70 75 80
Ser Glu Asp Glu Ala Asp Tyr Tyr Cys Ala Ala Trp Asp Asp Ser Leu
85 90 95
Arg Ala Trp Val Phe Gly Gly Gly Thr Lys Leu Thr Val Leu Gly Gln
100 105 110
Pro Lys Ala Ala Pro Ser Val Thr Leu Phe Pro Pro Ser Ser Glu Glu
115 120 125
Leu Gln Ala Asn Lys Ala Thr Leu Val Cys Leu Ile Ser Asp Phe Tyr
130 135 140
Pro Gly Ala Val Thr Val Ala Trp Lys Ala Asp Ser Ser Pro Val Lys
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165 170 175
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180 185 190
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195 200 205
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<210> 11
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481-YTE重链
<400> 11
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1 5 10 15
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225 230 235 240
Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Tyr
245 250 255
Ile Thr Arg Glu Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
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Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
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Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
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Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
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His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
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Pro Gly Lys
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<213> 人工序列
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Ser Gly Ser Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn Tyr Val Tyr
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<211> 110
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<213> 人工序列
<220>
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<400> 13
Gln Ser Val Leu Thr Gln Pro Pro Ser Ala Ser Gly Thr Pro Gly Gln
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Arg Val Thr Ile Ser Cys Ser Gly Ser Ser Tyr Asn Ile Gly Ser Asn
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<210> 14
<211> 216
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
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<400> 14
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Ala Ala Ser Ser Tyr Leu Ser Leu Thr Pro Glu Gln Trp Lys Ser His
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Arg Ser Tyr Ser Cys Gln Val Thr His Glu Gly Ser Thr Val Glu Lys
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Thr Val Ala Pro Thr Glu Cys Ser
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481-T VH
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Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
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Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
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20 25 30
Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
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145 150 155 160
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165 170 175
Val Leu Gln Ser Ser Gly Leu Tyr Ser Leu Ser Ser Val Val Thr Val
180 185 190
Pro Ser Ser Ser Leu Gly Thr Gln Thr Tyr Ile Cys Asn Val Asn His
195 200 205
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Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
35 40 45
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50 55 60
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65 70 75 80
Leu Gln Met Thr Gly Leu Arg Val Glu Asp Thr Ala Leu Tyr Phe Cys
85 90 95
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<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481-EG-YTE重链
<400> 22
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<211> 121
<212> PRT
<213> 人工序列
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<223> SAN481-QFS VH
<400> 23
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Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Gln Phe Ser Thr Tyr
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100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser
115 120
<210> 24
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481-QFS-YTE重链
<400> 24
Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg
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Gly Pro Ser Val Phe Leu Phe Pro Pro Lys Pro Lys Asp Thr Leu Tyr
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Ile Thr Arg Glu Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
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Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
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Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
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Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly Lys
450
<210> 25
<211> 302
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LukF
<400> 25
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Lys Leu Ile Asp Thr Gln Ser Lys Glu Lys Asn Pro Met Ser
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<210> 26
<211> 302
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> LukD
<400> 26
Gly Ala Gln His Ile Thr Pro Val Ser Glu Lys Lys Val Asp Asp Lys
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<210> 27
<211> 300
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> HIgB
<400> 27
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Glu Phe Leu Ser Val Leu Ser His Arg Gln Asp Gly Ala Lys Lys Ser
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Lys Ile Thr Val Thr Tyr Gln Arg Glu Met Asp Leu Tyr Gln Ile Arg
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Trp Asn Gly Phe Tyr Trp Ala Gly Ala Asn Tyr Lys Asn Phe Lys Thr
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Arg Thr Phe Lys Ser Thr Tyr Glu Ile Asp Trp Glu Asn His Lys Val
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Lys Leu Leu Asp Thr Lys Glu Thr Glu Asn Asn Lys
290 295 300
<210> 28
<211> 451
<212> PRT
<213> 人工序列
<220>
<223> SAN481-T重链
<400> 28
Gln Leu Gln Leu Val Glu Ser Gly Gly Gly Ala Val Gln Pro Gly Arg
1 5 10 15
Ser Leu Lys Leu Ser Cys Ala Ala Ser Gly Phe Thr Phe Ser Thr Tyr
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Ala Met His Trp Val Arg Gln Ala Pro Gly Arg Gly Leu Glu Trp Val
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100 105 110
Gln Gly Thr Leu Val Thr Val Ser Ser Ala Ser Thr Lys Gly Pro Ser
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Ala Leu Gly Cys Leu Val Lys Asp Tyr Phe Pro Glu Pro Val Thr Val
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Lys Pro Ser Asn Thr Lys Val Asp Lys Arg Val Glu Pro Lys Ser Cys
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Ile Ser Arg Thr Pro Glu Val Thr Cys Val Val Val Asp Val Ser His
260 265 270
Glu Asp Pro Glu Val Lys Phe Asn Trp Tyr Val Asp Gly Val Glu Val
275 280 285
His Asn Ala Lys Thr Lys Pro Arg Glu Glu Gln Tyr Asn Ser Thr Tyr
290 295 300
Arg Val Val Ser Val Leu Thr Val Leu His Gln Asp Trp Leu Asn Gly
305 310 315 320
Lys Glu Tyr Lys Cys Lys Val Ser Asn Lys Ala Leu Pro Ala Pro Ile
325 330 335
Glu Lys Thr Ile Ser Lys Ala Lys Gly Gln Pro Arg Glu Pro Gln Val
340 345 350
Tyr Thr Leu Pro Pro Ser Arg Glu Glu Met Thr Lys Asn Gln Val Ser
355 360 365
Leu Thr Cys Leu Val Lys Gly Phe Tyr Pro Ser Asp Ile Ala Val Glu
370 375 380
Trp Glu Ser Asn Gly Gln Pro Glu Asn Asn Tyr Lys Thr Thr Pro Pro
385 390 395 400
Val Leu Asp Ser Asp Gly Ser Phe Phe Leu Tyr Ser Lys Leu Thr Val
405 410 415
Asp Lys Ser Arg Trp Gln Gln Gly Asn Val Phe Ser Cys Ser Val Met
420 425 430
His Glu Ala Leu His Asn His Tyr Thr Gln Lys Ser Leu Ser Leu Ser
435 440 445
Pro Gly Lys
450
Claims (58)
1.一种特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段包含可变重链(VH)互补决定区CDR 1、VH CDR2、VH CDR3、可变轻链(VL)CDR1、VL CDR2和VL CDR3,其中所述VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VL CDR1、VLCDR2和VL CDR3包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQ ID NO:1、2、3、12、5和6;(b)分别为SEQ ID NO:1到6;(c)分别为SEQ ID NO:1、2、17、4、5和6;(d)分别为SEQ ID NO:1、2、17、12、5和6,以及(e)分别为SEQ ID NO:1、20、3、4、5和6。
2.一种特异性结合到至少一种金黄色葡萄球菌白细胞毒素的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段包含SAN481-SYT-YTE的VH CDR1、VH CDR2、VH CDR3、VLCDR1、VL CDR2和VL CDR3。
3.根据权利要求2所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述CDR为Kabat定义的CDR、Chothia定义的CDR或AbM定义的CDR。
4.根据权利要求1至3中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中所述VH包含SEQ ID NO:7、15、18、21或23的氨基酸序列。
5.根据权利要求1至4中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中所述VL包含SEQ ID NO:8或13的氨基酸序列。
6.根据权利要求1至5中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含VH和VL,其中所述VH和VL包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQ ID NO:15和13;(b)分别为SEQ ID NO:7和8;(c)分别为SEQ ID NO:7和13;(d)分别为SEQ ID NO:15和8;(e)分别为SEQ ID NO:18和8;(f)分别为SEQ ID NO:18和13;(g)分别为SEQ ID NO:21和8;以及(h)分别为SEQ ID NO:23和13。
7.根据权利要求1至5中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:15的序列的VH和含有SEQ ID NO:13的序列的VL。
8.根据权利要求1至7中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:16、9、11、22或24的序列的重链。
9.根据权利要求1至8中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段包含含有SEQ ID NO:14或10的序列的轻链。
10.根据权利要求1至9中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体包含重链和轻链,其中所述重链和轻链包含选自由以下组成的群组的序列:(a)分别为SEQID NO:16和14;(b)分别为SEQ ID NO:9和10;(c)分别为SEQ ID NO:11和10;(d)分别为SEQID NO:11和14;(e)分别为SEQ ID NO:16和10;(f)分别为SEQ ID NO:19和10;(g)分别为SEQID NO:19和14;(h)分别为SEQ ID NO:22和10;以及(i)分别为SEQ ID NO:24和14。
11.根据权利要求1至9中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体包含含有SEQ ID NO:16的序列的重链和含有SEQ ID NO:14的序列的轻链。
12.一种抗体或其抗原结合片段,其结合到与包含含有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的VL的抗体相同的金黄色葡萄球菌白细胞毒素抗原决定基。
13.一种抗体或其抗原结合片段,其竞争性地抑制包含含有SEQ ID NO:15的氨基酸序列的VH和含有SEQ ID NO:13的氨基酸序列的VL的抗体与金黄色葡萄球菌白细胞毒素的结合。
14.根据权利要求1至13中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中(a)所述抗体或抗原结合片段结合到LukF、LukD或HlgB和/或(b)所述抗体或抗原结合片段中和LukF、LukD或HlgB。
15.根据权利要求1至14中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段(a)结合到LukF、LukD和HlgB和/或(b)中和LukF、LukD和HlgB。
16.根据权利要求1至15中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段进一步包含重链恒定区。
17.根据权利要求16所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述重链恒定区选自由以下组成的群组:人免疫球蛋白IgG1、IgG2、IgG3、IgG4、IgA1和IgA2重链恒定区。
18.根据权利要求17所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述重链恒定区为人IgG1恒定区。
19.根据权利要求1至18中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段进一步包含轻链恒定区。
20.根据权利要求19所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述轻链恒定区选自由以下组成的群组:人免疫球蛋白IgGκ和IgGλ轻链恒定区。
21.根据权利要求20所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述轻链恒定区为人IgGκ轻链恒定区。
22.根据权利要求1至21中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段为IgG抗体或其抗原结合片段。
23.根据权利要求1至22中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含已经工程改造以改进半衰期的Fc区。
24.根据权利要求1至23中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段包含具有YTE突变的Fc区。
25.根据权利要求1至24中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段为单克隆抗体或抗原结合片段。
26.根据权利要求1至25中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段为全长抗体。
27.根据权利要求1至9和12至26中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或抗原结合片段为抗原结合片段。
28.根据权利要求27所述的抗原结合片段,其中所述抗原结合片段包含Fab、Fab'、F(ab')2、单链Fv(scFv)、二硫键连接的Fv、胞内抗体、IgGΔCH2、微型抗体、F(ab')3、四功能抗体、三功能抗体、双功能抗体、DVD-Ig、Fcab、mAb2、(scFv)2或scFv-Fc。
29.根据权利要求1至28中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段对金黄色葡萄球菌LukF、LukD和HlgB的亲和力小于75pM。
30.根据权利要求1至29中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其中所述抗体或其抗原结合片段对LukF、LukD和HIgB具有类似结合亲和力。
31.根据权利要求1至30中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段,其进一步包含可检测标记。
32.一种组合物,其包含根据权利要求1至31中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段和任选的药学上可接受的载剂。
33.一种治疗或预防个体的金黄色葡萄球菌(Staphylococcus aureus/S.aureus)感染的方法,其包含向所述个体投与根据权利要求1至31中任一权利要求所述的抗体或抗原结合片段或根据权利要求32所述的组合物。
34.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为败血症。
35.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为菌血症。
36.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为肺炎。
37.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为ICU肺炎。
38.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为皮肤或软组织感染SSTI。
39.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为糖尿病下肢感染。
40.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为糖尿病性足溃疡DFU。
41.根据权利要求40所述的方法,其中未感染所述DFU。
42.根据权利要求40所述的方法,其中感染所述DFU。
43.根据权利要求40所述的方法,其中所述DFU为1级、2级或3级DFU。
44.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为骨或关节感染。
45.根据权利要求33所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染为关节感染、装置感染、伤口感染、手术部位感染或骨髓炎。
46.根据权利要求33至45中任一权利要求所述的方法,其中所述个体为手术个体。
47.根据权利要求33至46中任一权利要求所述的方法,其中所述金黄色葡萄球菌感染包含耐抗生素金黄色葡萄球菌。
48.根据权利要求33至47中任一权利要求所述的方法,其中所述个体患有糖尿病。
49.根据权利要求33至48中任一权利要求所述的方法,其中所述个体为人。
50.根据权利要求33至49中任一权利要求所述的方法,其中所述治疗或预防金黄色葡萄球菌感染包含毒素中和、抑制细胞溶解、抑制多器官功能失常、抑制金黄色葡萄球菌相关的败血症,或前述的任何组合。
51.一种经分离的聚核苷酸,其包含编码根据权利要求1至30中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段的VH或重链的核酸分子。
52.一种经分离的聚核苷酸,其包含编码根据权利要求1至30中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段的VL或轻链的核酸分子。
53.一种经分离的载体,其包含根据权利要求51和/或权利要求52所述的聚核苷酸。
54.一种宿主细胞,其包含根据权利要求51和/或52所述的聚核苷酸,根据权利要求53所述的载体,或包含根据权利要求51所述的聚核苷酸的第一载体和包含根据权利要求52所述的聚核苷酸的第二载体。
55.根据权利要求54所述的宿主细胞,其中所述宿主细胞选自由以下组成的群组:CHO、NS0、PER-C6、HEK-293和HeLa细胞。
56.根据权利要求54或55所述的宿主细胞,其中分离所述宿主细胞。
57.一种产生抗体或其抗原结合片段的方法,其包含培养根据权利要求54至56中任一权利要求所述的宿主细胞,以产生所述抗体或其抗原结合片段。
58.一种用于检测样品中金黄色葡萄球菌或金黄色葡萄球菌白细胞毒素的方法,其包含使所述样品与根据权利要求1至31中任一权利要求所述的抗体或其抗原结合片段接触。
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