CN112770783A - 鉴定可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了通过对患者进行以下测试来鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂(例如伊美司他)治疗中受益的患者的方法：JAK2、CALR和MPL中每种均未发生突变；和/或高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。所述患者可能患有骨髓纤维化。本发明还提供了治疗骨髓纤维化的方法，其中包括鉴定此类患者。
Description
相关专利申请的交叉引用
根据《美国法典》第35章第119节(e)项规定，本专利申请案主张于2018年7月31日提交的编号为62/712,841的美国临时专利申请案以及于2018年11月29日提交的编号为62/772,849的美国临时专利申请案提交日期的优先权；这些专利申请案中的内容以引用方式并入本文中。
序列表
本专利申请案包含序列表，其以ASCII格式通过电子方式提交，并且其内容以引用方式全文并入本文中。所述ASCII副本的名称为Sequence_Listing.txt，大小为356KB。
技术领域
本专利申请案涉及通过对患者进行以下鉴定来鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法：JAK2、CALR和MPL中每种均未发生突变；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。本发明还涉及用端粒酶抑制剂治疗有相应需求的受试者(即，患者)所患的骨髓纤维化的方法。
介绍
骨髓纤维化(MF)是一种经典型BCR-ABL1阴性慢性骨髓增殖性肿瘤(MPN)，其特征在于出现克隆性骨髓增殖、激酶信号传导失调。Cervantes，血液，124(17):2635-2642(2014)。其特征还在于血细胞减少、全身症状、脾肿大，且可能转化为急性骨髓性白血病。Kuykendall等人，血液学年鉴，97:435-431(2018)。MF是一种预后不良的费城染色体阴性骨髓增殖性肿瘤，其中JAK1/JAK2抑制剂鲁索替尼目前已获批用于这种疾病的治疗。鲁索替尼，一种Janus激酶(JAK)-1和JAK-2抑制剂，是在美国获许可用于治疗中高骨髓纤维化(MF)的首创药物。Pardanani等人，血癌杂志；4(12):e268(2014)。现正在开发几种其他的JAK抑制剂，其中一些目前正在进行3期临床试验测试。同上。适用于MF的其他治疗方案包括allo-SCT、羟基脲、干扰素、来那度胺
和沙利度胺。目前正在进行有关MF的临床试验，以评估选择性JAK抑制剂、组蛋白脱乙酰酶/DNA甲基转移酶抑制剂、PI3K抑制剂、刺猬/哺乳动物雷帕霉素靶蛋白(MTOR)抑制剂、抗纤维化剂、免疫调节剂、单克隆抗体和免疫检查点抑制剂。Shreenivas等人，新兴药物专家见解，23(1):37-49(2018)。
其他MPN包括原发性血小板增多症(ET)和真性红细胞增多症(PV)。Cervantes(见下文)。MF可能从头出现(原发性MF[PMF])，也可能在先前诊断为ET或PV之后出现(post-ET或post-PVMF)。同上。根据Cervantes的研究，MF是多能造血干细胞的克隆性增殖，其中异常细胞群体在骨髓中释放出多种细胞因子和生长因子，引起骨髓纤维化和基质改变，此外，异常细胞群体也会在髓外器官(例如脾脏和肝脏)中定殖。同上。骨髓纤维化与Janus激酶(JAK)2基因中的突变(例如V617F突变)、血小板生成素受体基因(MPL)中的突变以及钙网蛋白基因(CALR)中的突变有关。同上。它主要对老年人造成影响，并且根据Cervantes的研究，“目前，除异基因造血干细胞移植(allo-SCT)以外，无其他可施用于少数患者的根治疗法。”同上。
实际上，根据Langabeer的研究，“大多数经典型骨髓增殖性肿瘤(MPN)(包括真性红细胞增多症、原发性血小板增多症和原发性骨髓纤维化)患者的JAK2、CALR或MPL基因内发生不同的疾病驱动突变。”Langabeer，JAK-STAT，5:e1248011(2016)。这些突变是所谓的驱动基因突变。示例性驱动基因突变包括JAK2 V617F以及JAK2外显子12、MPL外显子10和CALR外显子9突变。同上。
根据Spiegel的研究，在骨髓纤维化(MF)中，JAK2、MPL或CALR中的驱动基因突变会对生存情况以及进展至急变期的进展情况造成影响，同时三阴性状态(即，未突变的JAK2、MPL和CALR)带来的风险最大。Spiegel等人，血液研究进展，1(20):1729-1738(2017)。实际上，JAK2/MPL/CALR突变不存在(即，三阴性)与最不利的预后有关。Pardanani等人，血癌杂志；4(12):e268(2014)；另请参见Tefferi等人，血液，124(16):2507-13(2014)。此外，高分子学风险(HMR)基因(例如ASXL1、EZH2、IDH1/2和SRSF2)中的突变也与不良预后有关。Spiegel等人。独立于传统的危险因素，越来越多的预后有害/“高分子学风险”突变(即，ASXL1、EZH2、SRSF2和/或IDH-1/2基因)的存在使生存预后逐渐恶化。
Guglielmelli等人，白血病，28(9):1804-10(2014)。
JAK2、MPL或CALR中的驱动基因突变，无论是单独出现还是与基因(例如ASXL1)亚克隆突变组合出现，都与总生存期(OS)的差异有关。Spiegel等人。JAK2、MPL或CALR未发生典型突变的三阴性患者发生白血病转化的风险增加，且OS缩短。Spiegel观察到，对于接受鲁索替尼或莫洛替尼(JAK 1/2抑制剂)治疗的骨髓纤维化患者，这些突变与治疗失败的时间缩短有关。同上。同样地，“相对于JAK2阳性、CALR阳性、MPL阳性以及TN MF患者的临床特征，发生CALR突变的患者的血红蛋白(平均值8.6vs 10.7g/dL；P 5.001)和白细胞计数(平均值11.0vs25g/dL；P 5.033)显著降低，这也是其他MPN队列中报告的趋势。”Patel等人，血液，126(6):790-797(2015)。Patel等人观察到，接受鲁索替尼治疗且发生≥3种突变的患者的脾脏反应与停止接受治疗的时间呈负相关性。在停止接受JAK抑制剂治疗的骨髓纤维化患者中观察到了驱动基因突变或三阴性(JAK2、MPL、CALR)状态。请参见例如，Kuykendall等人。
发明内容
本发明提供了通过对患者进行以下测试来鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂(例如伊美司他)治疗中受益的患者的方法：Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均未发生突变；和/或高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：额外性梳样蛋白1
(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)。需要接受治疗的所述患者可能患有骨髓纤维化。本发明还提供了治疗需要接受此类治疗的患者所患的骨髓纤维化的方法，其包括鉴定此类患者的步骤。
本发明的一个实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的骨髓纤维化患者的方法，其包含：(a)对患者进行以下测试：(i)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或(ii)以下基因中至少有一种发生突变：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及(b)选择满足以下条件的所述患者：(i)处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均未发生突变来确定，和/或(ii)具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
本发明的替代实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：(a)对患者进行以下测试：三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定；以及(b)选择满足以下条件的所述患者：处于三阴性状态，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。本发明的替代实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：(a)基于以下基因中至少有一种存在突变来对所述患者进行高分子学风险(HMR)测试：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及(b)基于以下基因中至少有一种存在突变来选择处于高分子学风险(HMR)的患者。ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。本发明进一步提供了用端粒酶抑制剂(例如，伊美司他)治疗相应结果呈三阴性和/或处于HMR的患者所患的骨髓纤维化的方法。
本发明的另一个实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的骨髓纤维化患者的方法，其包含：(a)从患者中获取DNA样本；(b)对源自此类患者的所述DNA样本进行以下测试：(i)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或(ii)高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及(c)选择满足以下条件的所述患者(i)处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或(ii)具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。在所述方法的某些实施例中，所述DNA样本获取自骨髓、外周血或两者皆有。
所述DNA样本可以通过首先获取骨髓样本、外周血样本或两者，然后从所述骨髓样本、外周血样本或两者中分离出所述DNA来获取。在一个实施例中，从患者中获取DNA样本的所述步骤包含：从所述患者中获取骨髓样本；从所述骨髓样本中分离出细胞；以及从所述已分离细胞中提取DNA。在另一个实施例中，从患者中获取DNA样本的所述步骤包含：从所述患者中获取外周血样本；从所述外周血样本中分离出细胞(例如，粒细胞)；以及从所述已分离细胞中提取DNA。
本发明的另一个实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的骨髓纤维化患者的方法，其包含对患者进行以下测试：(a)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中不存在任何突变来确定；(b)高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；或(c)两者皆有；其中(a)、(b)或(c)的存在表明患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
在这些方法的任一方法中，所述患者可能患有骨髓纤维化。所述骨髓纤维化可以是：原发性骨髓纤维化；真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)；或原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。在某些实施例中，所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。在其他实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且接受过“失败的”JAK抑制剂疗法(即，所述疾病对所述疗法具有抗性，或所述患者对所述疗法具有抵抗性，或尽管起初对治疗有反应，但所述疾病已复发)。在其他实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
所述方法还可以包括一旦鉴定出此类患者便施用所述端粒酶抑制剂的所述步骤。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
使用伊美司他治疗通过这些方法鉴定的患者时，伊美司他施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。在一个实施例中，每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。在另一个实施例中，每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
使用伊美司他钠治疗通过这些方法鉴定的患者时，伊美司他钠施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：静脉给药约7-10mg/kg伊美司他钠，每三周一次；静脉给药约7-10mg/kg伊美司他钠，每周一次，持续三周；静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他钠，每三周一次；或静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他钠，每三周一次。在一个实施例中，每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他钠，每三周一次。在另一个实施例中，每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他钠，每三周一次。
本发明的另一个实施例是用端粒酶抑制剂(例如伊美司他或伊美司他钠)治疗骨髓纤维化患者的方法，其包含：
(i)对所述患者进行筛查，以确定此类患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定，和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及
(ii)如果此类患者处于三阴性状态和/或处于高分子学风险(HMR)中，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂，所述三阴性状态基于JAK2、CALR和MPL中的任一种中均不存在突变来确定，而所述高分子学风险基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。所述骨髓纤维化可以是：原发性骨髓纤维化、真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)或原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。在某些实施例中，所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。在其他实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且接受过失败的JAK抑制剂疗法，或先前接受过JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
在所述治疗方法的某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他，并且施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。在某些实施例中，每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。在其他实施例中，每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
在鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法的一些实施例中，所述方法进一步包含通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定平均相对端粒长度。在鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法的一些实施例中，所述方法进一步包含选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的所述患者。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了用端粒酶抑制剂治疗骨髓纤维化患者的方法，其包含：如果此类患者处于三阴性状态(基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定)，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了用端粒酶抑制剂治疗骨髓纤维化患者的方法，其包含：如果此类患者处于三阴性状态和/或处于高分子学风险(HMR)中，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂，所述三阴性状态基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定，而所述高分子学风险基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。
本发明提供了用端粒酶抑制剂治疗骨髓纤维化患者的方法，其包含：如果此类患者具有以下一种或更多种特征，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂：
(a)所述个体的生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低；
(b)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；以及
(c)高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了鉴定适合接受端粒酶抑制剂治疗的骨髓纤维化(MF)受试者的方法，所述方法包含：在施用端粒酶抑制剂后，测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；其中所述生物学样本中hTERT表达水平的降低可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的患者。
本发明提供了治疗骨髓纤维化(MF)的方法，所述方法包含：向有相应需求的受试者施用有效量的端粒酶抑制剂；以及在施用所述端粒酶抑制剂后评估从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了监测在骨髓纤维化(MF)受试者中的治疗效果的方法，所述方法包含：在施用端粒酶抑制剂后测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；其中所述生物学样本中的hTERT表达水平降低50％或更多可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的受试者。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：测试患者的平均相对端粒长度，这通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度进行；以及选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的所述患者，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
本发明提供了鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：从患者中获取生物学样本；通过分析所述患者的所述生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定平均相对端粒长度；以及鉴定出所述生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的所述患者，其中所述鉴定出的患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
本发明提供了用端粒酶抑制剂治疗骨髓纤维化患者的方法，其包含：如果此类患者的生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了监测在骨髓纤维化(MF)受试者中的治疗效果的方法，所述方法包含在施用端粒酶抑制剂后测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；其中所述生物学样本中的hTERT表达水平降低50％或更多可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的受试者。在某些实施例中，所述测量的或评估的hTERT表达水平是hTERT RNA表达水平。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
本发明提供了鉴定适合接受端粒酶抑制剂治疗的骨髓纤维化(MF)患者的方法，所述方法包含：在施用端粒酶抑制剂后测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；其中所述生物学样本中hTERT表达水平的降低可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的患者。
本发明提供了监测在骨髓纤维化(MF)受试者中的治疗效果的方法，所述方法包含：在施用端粒酶抑制剂后测量从所述患者中获取的生物学样本中的端粒酶活性水平；以及将所述生物学样本中的所述端粒酶活性水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线端粒酶活性水平进行比较；其中所述生物学样本中的端粒酶活性水平降低50％或更多可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的受试者。在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他或其药学上可接受的盐。在其他实施例中，所述伊美司他是伊美司他钠。
附图
结合附图阅读，可获得对前文发明内容和本发明以下详细说明最全面的理解。出于阐释本发明的目的，附图示出了本发明的实施例。但是，应当理解，本发明并不局限于所示出的精确设备、示例和装置。
图1展示了示例1中在第24周4.7mg/kg和9.4mg/kg治疗组的脾脏体积缩小(SVR)的瀑布图。SVR以相对于基线的百分比变化表示。
图2展示了示例1中在第24周4.7mg/kg和9.4mg/kg治疗组的总症状评分降低(TSS)的瀑布图。TSS以相对于基线的百分比变化表示。
图3展示了4.7mg/kg治疗组中依据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态(TN与非TN(MUT))分组的总生存期的Kaplan-Meier图。具体而言，图3展示了处于三阴性状态(TN)的患者和具有至少一种突变(MUT)的患者的生存概率与时间的关系图。
图4展示了9.4mg/kg治疗组中依据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态(TN与非TN(MUT))分组的总生存期的Kaplan-Meier图。具体而言，图4展示了9.4mg/kg治疗组中处于三阴性状态(TN)的患者和具有至少一种突变(MUT)的患者的生存概率与时间的关系图。
图5展示了9.4mg/kg与4.7mg/kg治疗组中依据患者情况分组的总生存期随时间变化的Kaplan-Meier图。
图6展示了9.4mg/kg治疗组中依据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态(TN与非TN)分组的总生存期(OS)的Kaplan-Meier图。具体而言，图6展示了9.4mg/kg治疗组中处于三阴性状态(TN)的患者和具有至少一种突变(非TN)的患者的生存概率与时间的关系图。
图7展示了4.7mg/kg治疗组中依据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态(TN与非TN)分组的总生存期(OS)的Kaplan-Meier图。具体而言，图7展示了4.7mg/kg治疗组中处于三阴性状态(TN)的患者和具有至少一种突变(非TN)的患者的生存概率与时间的关系图。
实施方式
本专利申请案基于以下发现：患者患有骨髓纤维化；患者相应结果呈三阴性(即，JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变)；和/或患者属于高分子学风险(HMR)类别(其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2)，能够从端粒酶抑制剂(例如伊美司他或伊美司他钠)治疗中受益。ASXL1、EZH1、IDH1/2和SRSF2基因发生突变的患者出现早期死亡或白血病转化的风险增加。这些患者通常无法从采用常规疗法(例如JAK抑制剂)进行的治疗中受益。Gisslinger等人，血液，128:1931(2016)。因此，这些患者从端粒酶抑制剂治疗中受益的事实是出乎意料且令人惊讶的。
相应地，本专利申请案提供了鉴定最可能从端粒酶抑制剂(例如伊美司他)治疗中受益的患者的方法。所述方法包含对患者进行测试或鉴定，以确定所述患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或处于高分子学风险(HMR)中，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。本专利申请案还提供了用端粒酶抑制剂(例如伊美司他)治疗骨髓纤维化的方法，其涉及鉴定满足以下条件的患者：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。此类患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。然后，向所述患者施用所述端粒酶抑制剂(例如，伊美司他)。为了清楚阐释本发明而非限制，本发明的详细说明被划分为描述或说明本发明的某些特性、实施例或应用的子部分。
A.定义
本文中使用的额外性梳样蛋白1(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)突变应包括这些基因中发生的影响骨髓纤维化患者生存和疾病进展的任何突变。此外，本文中使用的IDH1/2应包括IDH1和IHD2。示例性突变请参阅以下出版物，这些出版物中的内容由于涉及公开与骨髓纤维化相关的基因突变而并入本文：Langabeer，JAK-STAT，5:e1248011(2016)；Cervantes，血液，124(17):2635-2642(2014)；Patel等人，血液，126(6):790-797(2015)；Spiegel等人，血液研究进展，1(20):1729-1738(2017)；Newburry等人，血液，130(9):1125-1131(2017)；Kuykendall等人，血液学年鉴，97:435-431(2018)。示例性序列如下所示：高分子学风险(HMR)可以基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：具有诸如序列号为5的核酸序列的ASXL1基因；具有诸如序列号为6的核酸序列的EZH2基因；具有诸如序列号为7的核酸序列的SRSF2基因；具有诸如序列号为8的核酸序列的IDH1基因；具有序列号为9的核酸序列的IDH2基因；以及其组合。
在一些实施例中，所述ASXL1基因中的目的突变包括Q575、Q588、Y591、Q592、S604、L614、Q623、A627、E635、T638、A640、G646、G658、R678、C687、D690、R693、Y700、G704、E705、Q708、G710、L721、E727、V751、P763、Q780、W796、V807、T822、K825、S846、D855、C856、L857、L885、L890、S903、S970、Y974、R965、G967、V962、L992、S1028、Q1039、R1073、E1102、H1153、S1209、S1231、A1312、F1305、P1377、R1415和I1436突变。在一些实施例中，所述突变是Q575X突变、Q588X、Y591X突变、Y591N突变、Q592X突变、S604F突变、L614F突变、Q623X突变、A627G突变、E635R突变、T638V突变、A640G突变、G646W突变、G658X突变、R678K突变、C687R突变、C687V突变、D690G突变、R693X突变、Y700X突变、G704R突变、G704W突变、E705X突变、Q708X突变、G710E突变、L721C突变、E727X突变、V751L突变、P763R突变、Q780X突变、W796X突变、W796G突变、V807F突变、T822H突变、K825X突变、S846Q突变、D855A突变、C856X突变、L857R突变、L885X突变、L890F突变、S903I突变、S970N突变、Y974X突变、R965X突变、G967del突变、V962A突变、L992Q突变、S1028R突变、Q1039L突变、R1073C突变、E1102D突变、H1153R突变、S1209I突变、S1231F突变、A1312V突变、F1305W突变、P1377S突变、R1415Q突变和/或I1436M突变。
在一些实施例中，所述EZH2基因中的目的突变包括W60、R63、P312、F145、N182、R288、Q328、Q553、R566、T573、R591、R659、D677、V679、R690、A702、V704、E726、D730和/或Y733突变。在一些实施例中，所述突变是W60X突变、R63X突变、P312S突变、F145S突变、N182D突变、R288Q突变、Q328X突变、Q553X突变、R566H突变、T573I突变、R591H突变、R659K突变、D677H突变、V679M突变、R690H突变、A702V突变、V704L突变、E726V突变、D730X突变和/或Y733X突变。
在一些实施例中，所述SRSF2基因中的目的突变包括P95突变。在一些实施例中，所述突变是P95H突变、P95L突变或P95R突变。
在一些实施例中，所述IDH1/2基因中的目的突变包括R132和/或R140突变。在一些实施例中，所述突变是R132G突变、R132H突变或R140Q突变。
在某些实施例中，目的突变包括下文列出的突变：
本文中使用的“三阴性状态”、“三阴性”或“TN”是指Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变的患者的检测结果。三阴性状态可以基于以下基因中每种均不存在突变来确定：具有诸如序列号为2的核酸序列的JAK2基因；具有诸如序列号为3的核酸序列的CALR基因；具有诸如序列号为4的核酸序列的MPL基因。
在某些实施例中，三阴性状态包括所述JAK2基因中不存在突变，例如，G335、F556、G571、V617和/或V625突变。例如，三阴性状态可以包括所述JAK2基因中不存在G335D突变、F556V突变、G571S突变、V617F突变和/或V625S突变。
在某些实施例中，三阴性状态包括所述MPL基因中不存在突变，例如，
T119、S204、P222、E230、V285、R321、S505、W515、Y591和/或R592突变。例如，三阴性状态可以包括所述MPL基因中不存在T119I突变、S204F突变、S204P突变、P222S突变、E230G突变、V285E突变、R321W突变、S505N突变、W515R突变、W515L突变、Y591N突变和/或R592Q突变。
在某些实施例中，三阴性状态包括所述CALR基因中不存在突变，例如，L367、K368、E381、K385和/或E396突变。例如，三阴性状态可以包括所述CALR基因中不存在L367T突变、K368R突变、K385N突变、E381A突变和/或E396del突变。
在某些实施例中，目的突变包括下文列出的突变：
| 基因 | 蛋白 | 变化 |
| JAK2 | p.Val617Phe | 错义 |
| JAK2 | p.Val617Phe | 错义 |
| JAK2 | p.Val617Phe | 错义 |
| MPL | p.Ser505Asn | 错义 |
| MPL | p.Trp515Lys | 错义 |
| MPL | p.Trp515Leu | 错义 |
| CALR | p.Leu367Thrfs*46 | 移码 |
| CALR | p.Leu367fs | 移码 |
| CALR | p.Glu381Ala | 错义 |
| CALR | p.Lys385Asnfs*47 | 移码 |
| CALR | p.Glu396del | 框内缺失 |
| CALR | p.Lys368Argfs*51 | 移码 |
在本文中，患者接受过“失败的”JAK抑制剂疗法是指所述疾病对所述疗法具有抗性，或所述患者对所述疗法具有抵抗性，或尽管起初对治疗有反应，但所述疾病已复发。
当提及可测量的值(例如量、时距等)时，本文中使用的术语“约”意指涵盖指定值的±20％至±0.1％，优选±20％或±10％，更优选±5％，甚至更优选±1％，还更优选±0.1％的变化，因为此类变化适合于执行所揭示的方法。
术语“药学上可接受的盐”是指适于施用于诸如哺乳动物的患者的可接受的盐(对于给定给药方案，含有抗衡离子、具有可接受的哺乳动物安全性的盐)。此类盐可能衍生自药学上可接受的无机或有机碱以及药学上可接受的无机或有机酸。“药学上可接受的盐”是指化合物的药学上可接受的盐，其中盐衍生自本领域所熟知的各种有机和无机抗衡离子，并且包括，单纯举例而言，钠等；当所述分子含有碱性官能团时，也包括有机或无机酸的盐，例如盐酸盐等。目的药学上可接受的盐包括但不限于铝、铵、精氨酸、钡、苄星青霉素、钙、胆茶碱、乙二胺、赖氨酸、锂、镁、葡甲胺、普鲁卡因、钾、钠、氨丁三醇、N-甲葡糖胺、N,N'-二苄基乙二胺、氯普鲁卡因、二乙醇胺、乙醇胺、哌嗪、锌、二异丙胺、二异丙基乙胺、三乙胺和三乙醇胺盐。
术语“其盐”是指当酸的质子被阳离子(例如金属阳离子或有机阳离子等)置换时所形成的化合物。优选地，所述盐是药学上可接受的盐。举例而言，本发明的化合物的盐包括其中所述化合物通过无机或有机酸质子化以形成阳离子的盐，其中所述无机或有机酸的所述共轭碱作为所述盐的所述阴离子组分。目的盐包括但不限于铝、铵、精氨酸、钡、苄星青霉素、钙、胆茶碱、乙二胺、锂、镁、葡甲胺、普鲁卡因、N-甲葡糖胺、哌嗪、钾、钠、氨丁三醇、锌、N,N'-二苄基乙二胺、氯普鲁卡因、二乙醇胺、乙醇胺、哌嗪、二异丙胺、二异丙基乙胺、三乙胺和三乙醇胺盐。应当理解，对于本文所述的任何寡核苷酸结构(包括核苷酸间键合的主链)，此类寡核苷酸还可以包括任何适宜的盐形式。在一些实施例中，为了简单起见，描绘了所述核苷酸间键合的酸性形式。在一些情况下，标的化合物的所述盐是一价阳离子盐。在一些情况下，标的化合物的所述盐是二价阳离子盐。在一些情况下，标的化合物的所述盐是三价阳离子盐。“溶剂化物”是指由溶剂分子与所述溶质的分子或离子的组合形成的复合物。所述溶剂可以是有机化合物、无机化合物或两者的混合物。溶剂的一些示例包括但不限于甲醇、N,N-二甲基甲酰胺、四氢呋喃、二甲亚砜和水。当所述溶剂是水时，所形成的溶剂化物是水合物。
“立体异构体”是指具有相同原子连接性，但空间中的原子排列不同的化合物。立体异构体包括顺式-反式异构体、E和Z异构体、对映异构体和非对映异构体。对于本发明所揭示的含有一个或多个取代基的任何基团，当然，应当理解，所述基团不含有在空间上不切实际和/或在合成上不可行的任何取代或取代模式。所有立体异构体旨在被包括在本发明的范围内。
本领域普通技术人员认识到，本文所述的基团的其他互变异构排列也是可能的。应当理解，即使未明确指出，标的化合物的所有互变异构形式也均由其中描述了所述化合物的所述基团的一种可能的互变异构排列的结构所涵盖。
其旨在包括标的化合物的立体异构体的互变异构体的药学上可接受的盐的溶剂化物。这些旨在被包括在本发明的范围内。
在更加详细地描述某些实施例之前，应当理解，本发明不限于所描述的某些实施例，因为在实际实施中一定会存在差异。还应当理解，本文中使用的术语仅用于描述某些实施例，而无意限制本发明构思，本发明的范围将仅由所附权利要求书限定。
在提供数值范围的情况下，应当理解，该范围的上限和下限之间的每个中间值以及在该范围内的任何其他规定值或中间值都包含在本发明的范围内。除非上下文另有明确规定，否则每个中间值应低至下限单位的十分之一。这些较小范围的上限和下限可独立地包括在较小范围内，并且也包括在本发明内，需遵守所述范围内任何特别排除的限值的要求。在所述范围包括一个或两个限值的条件下，排除了那些所包括限值中的任一个或两个的范围也包括在本发明内。
除非另有定义，否则本专利所用的所有技术和科学术语的含义与本发明所属领域的普通技术人员通常理解的含义相同。尽管与本文所描述的方法和材料类似或等同的方法和材料也可用于本发明的实施或测试中，但下文描述了具有代表性的示例性方法和材料。
在本说明书中引用的所有出版物和专利通过引用方式并入本文中，犹如每一单独出版物或专利被具体地和单独地表明通过引用方式并入，且通过引用并入本文的目的是公开和描述与引用的出版物相关的方法和/或材料。任何出版物的引用均是针对其在申请日之前公开的内容，并且不应将其解释为承认由于之前的发明使得本发明无权早于此类出版物。此外，所提供的出版日期可能与实际出版日期不同，可能需要单独确认。
需要注意的是，如本文和所附权利要求书中所使用的，单数形式的“一”、“一个”和“所述/该”包括复数指代对象，除非上下文另有明确说明。还应注意，可以起草权利要求以排除任何可选要素。因此，该陈述旨在作为使用诸如“单独”、“仅”等与陈述权利要求要素有关的专用术语或使用“否定”限制的前置基础。
本文所描述和列出的每个单独的实施例都具有分层的组分和特征，这些组分和特征可在不脱离本发明的范围和精神的情况下与其他几个实施例中任一实施例的特征进行快速分解或合并。可按陈述的事件顺序或逻辑上可能的任何其他顺序实施任何陈述的方法。
B.鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者
在一方面，本发明提供了鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法。所述方法依赖于鉴定处于三阴性状态的患者(JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变的患者)或具有高分子学风险(HMR)的患者，所述高分子学风险基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。这些三阴性患者或HMR患者最可能从端粒酶抑制剂(例如伊美司他或伊美司他钠)治疗中受益。
所述骨髓纤维化可以是原发性骨髓纤维化、真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)或原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。在某些实施例中，所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。在其他实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且接受过失败的JAK抑制剂疗法(即，所述疾病对所述疗法具有抗性，或所述患者对所述疗法具有抵抗性，或尽管起初对治疗有反应，但所述疾病已复发)。在其他实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。在另一替代实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且现已停止接受JAK抑制剂疗法。
在一个实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述骨髓纤维化对JAK抑制剂疗法具有抗性。在另一个实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。在另一个实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者的相应疾病已复发。在替代实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
在一个实施例中，本发明提供了通过测试以下一项或更多项来选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法：三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变(即，不存在任何突变)来确定。在该实施例中，还可以对所述患者进行高分子学风险(HMR)测试，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在另一个实施例中，本发明提供了通过测试以下各项来选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法：三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变(即，不存在任何突变)来确定；和/或高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在另一个实施例中，本发明提供了鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含对患者进行以下测试：(a)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中不存在任何突变来确定；(b)高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；或(c)两者皆有。在此实施例中，(a)、(b)或(c)的存在表明患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
本发明的另一个实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
a.对患者进行以下测试：
i.三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或
ii.高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，
b.选择满足以下条件的所述患者：
i.处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均未出现突变来确定；和/或
ii.具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
本发明的另一个实施例是鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：测试患者的三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定；以及选择满足以下条件的所述患者：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中均不存在突变来确定，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。在一个实施例中，此方法还包括对患者进行高分子学风险(HMR)测试，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，并且包括选择具有HMR的所述患者。
在这些方法中的任一方法的某些实施例中，所述三阴性患者的所述JAK2、CALR和MPL基因的所述编码区(外显子)内未发生突变。
此外，在这些方法中的任一方法的其他实施例中，高分子学风险(HMR)基于所述ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2基因中至少有一种基因的所述编码区(外显子)内存在突变来确定。
在某些实施例中，高分子学风险(HMR)通过检测ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2或其组合中存在突变来确定。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测EZH2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测SRSF2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1和EZH2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1和SRSF2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1和IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测EZH2、SRSF2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测EZH2和IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测SRSF2和IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1、EZH2和SRSF2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1、EZH2和IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测EZH2、SRSF2和IDH1/2中存在突变。在一些实施例中，方法包括检测ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2中存在突变。在本发明的另一个实施例中，本发明提供了在患者群体中鉴定或选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法。在此方法中，筛选所述患者群体中相应JAK2、CALR和MPL基因中每种均发生突变的患者，以鉴定所述群体中的三阴性患者。在替代实施例中，所述方法依赖于鉴定相应JAK2、MPL和CALR中每种均未发生典型突变的三阴性患者。
在某些实施例中，所述方法还包括获取患者DNA样本的步骤。所述患者样本可以从获取自骨髓、外周血或两者的DNA样本中收集。因此，在某些实施例中，本发明的方法包括获取患者血液样本并从所述患者血液样本中分离(提取)出DNA。所述方法还可以包括从所述患者血液样本中分离出细胞(例如，粒细胞)的步骤。类似地，本发明的方法包括获取骨髓样本并从所述骨髓样本中分离(提取)出DNA。所述方法还可以包括从所述患者骨髓样本中分离出细胞的步骤。
就所述JAK2、CALR和MPL基因中每种均存在或不存在突变，采用常规技术对所述患者DNA样本进行测试。或者，就以下基因中至少有一种存在突变，采用常规技术对所述患者DNA样本进行测试：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在某些实施例中，对所述患者DNA样本进行以下测试：(i)所述JAK2、CALR和MPL基因中每种均存在或不存在突变；以及(ii)以下基因中至少有一种存在突变：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。
在某些实施例中，所述DNA样本的所述测试可以是采用以下出版物中公开的Illumina MiSeq平台进行的下一代测序测定：Patel等人，血液，126(6):790-797(2015)，此出版物中的内容由于涉及DNA样本测试而并入本文。
C.药效动力学(PD)
本发明部分基于药效动力学作用，所述药效动力学作用表明，在骨髓纤维化受试者中，对端粒酶抑制疗法的反应与所述受试者中端粒酶hTERT表达水平相对于基线水平的降低之间存在关联。在一些情况下，在第24周对端粒酶抑制疗法产生临床反应(脾脏或症状)的受试者中，与未产生反应的受试者相比，较高比例的受试者的hTERT RNA表达水平降低50％或更多。
本发明提供了可能从适用于骨髓纤维化的端粒酶抑制疗法中受益的患者的分层和选择，并且提供了监测正在接受治疗的受试者的反应、复发和预后情况的方法。
本发明的方面包括选择骨髓纤维化(MF)受试者以便用端粒酶抑制剂治疗的方法，以及治疗MF的方法。本发明还提供了监测在MF受试者中的治疗效果的方法。在一些情况下，标的方法的一实施例所依据的药效动力学作用是hTERT RNA表达降低50％或更多，例如60％或更多、70％或更多、80％或更多或90％或更多。
所述端粒酶核糖核蛋白由组分或亚单元组成，其中两种是端粒酶RNA模板(hTR)和端粒酶逆转录酶蛋白(hTERT)。hTERT表达水平可以采用任何适宜的方法来评估、确定和/或测量。多种方法可以应用于体液中端粒酶组分或相关蛋白的mRNA的扩增、检测和测量。可以适用于标的方法的目的方法和测定包括但不限于实时定量RT-PCR测定，例如，基于TaqMan的荧光方法、适用于蛋白表达的免疫组化方法以及以下出版物中所述的方法：第6,607,898号美国专利；Bieche等人，临床癌症研究，2000年2月1日(6)(2)452-459；Terrin等人(“B细胞慢性淋巴细胞白血病中的端粒酶表达可预测生存情况，并划定具有相同igVH突变状态和不同预后的患者亚组。”白血病，2007，21:965-972)；以及Palma等人(“慢性淋巴细胞白血病中的端粒长度和人端粒酶逆转录酶剪接变体的表达。”实验血液学，2013，41:615-626)。
所述hTERT表达水平可以在任何适宜的靶细胞或生物学样本中进行评估或测量。靶细胞可以是所述患者的任何适宜的细胞，包括但不限于所述患者的所述骨髓或外周血中的细胞。在一些情况下，所述靶细胞从所述患者的骨髓样本中分离出来。在一些情况下，所述靶细胞从所述患者的外周血样本中分离出来。所述靶细胞可能是粒细胞。
hTERT RNA表达水平可能采用任何适宜的方法在RNA样本中进行评估或测量。RNA样本可以通过首先获取骨髓样本、外周血样本或两者，然后从所述骨髓样本、外周血样本或两者中分离出所述RNA来获取。在一个实施例中，从患者中获取RNA样本的所述步骤包含：从所述患者中获取骨髓样本；从所述骨髓样本中分离出细胞；以及从所述已分离细胞中提取RNA和/或DNA。在另一个实施例中，从患者中获取RNA样本的所述步骤包含：从所述患者中获取外周血样本；从所述外周血样本中分离出细胞(例如，粒细胞)；以及从所述已分离细胞中提取RNA和/或DNA。
D.治疗
本发明的方面包括治疗满足以下条件、有相应需求的受试者(即，患者)所患的骨髓纤维化的方法：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中不存在任何突变(即，这些基因中未出现任何突变或这些基因未发生突变)来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。本发明的一实施例是治疗满足以下条件、有相应需求的受试者(即，患者)所患的骨髓纤维化的方法：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中不存在任何突变(即，这些基因中未出现任何突变或未发生突变)来确定。在一个实施例中，所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。在另一个实施例中，所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。在替代实施例中，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
在所述治疗方法的某些实施例中，所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。在其他实施例中，所述患者先前接受过JAK抑制剂疗法，并且接受过“失败的”JAK抑制剂疗法(即，所述疾病对所述疗法具有抗性，或所述患者对所述疗法具有抵抗性，或尽管起初对治疗有反应，但所述疾病已复发)。在所述治疗方法的替代实施例中，所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。在某些实施例中，所述治疗方法进一步包括使用苯海拉明(25至50mg)和氢化可的松(100至200mg)或其等效物进行预防给药。
受试者是需要进行癌症治疗的哺乳动物。通常情况下，所述受试者是人类患者。在本发明的一些实施例中，所述受试者可能是非人哺乳动物，例如非人灵长类动物、动物模型(例如，用于药剂筛选、表征和评估的动物，例如小鼠和大鼠)和其他哺乳动物。本文中使用的术语患者、受试者和个体可互换使用。
本文中使用的且本领域中所熟知的“治疗”是用于获得有益或期望的结果(包括临床结果)的方法。就本发明而言，有益或期望的临床结果包括但不限于一种或更多种症状的缓解或改善、疾病程度减轻、疾病状态稳定(即，未恶化)、预防疾病的传播、延迟或减慢疾病的进展、所述疾病状态的改善或缓和以及缓解(无论是部分还是全部)，无论是可检测的还是不可检测的。与未接受治疗的情况下的预期生存期相比，“治疗”还可能意味着生存期延长。
E.端粒酶抑制剂
本发明的方法可用于鉴定最可能从任何适宜的端粒酶抑制剂治疗中受益的患者。此外，任何适宜的端粒酶抑制剂可用于标的治疗方法中。在一些实施例中，所述端粒酶抑制剂是具有端粒酶抑制活性的寡核苷酸，尤其是WO 2005/023994和/或WO 2014/088785中定义的寡核苷酸，这些出版物中的内容以引用方式全文并入本文。在一些情况下，可能向哺乳动物施用一种或超过一种端粒酶抑制剂(例如，两种或三种端粒酶抑制剂)来治疗恶性血液病。
伊美司他
在某些实施例中，所述端粒酶抑制剂是伊美司他，包括其互变异构体以及其盐，例如，药学上可接受的盐。伊美司他是首创的新型端粒酶抑制剂，其在恶性血液病中表现出临床活性(Baerlocher等人，NEJM 2015，373:920-928；Tefferi等人，NEJM 2015，373:908-919)(如下所示)：
其中“nps”表示硫代氨基磷酸酯键—NH—P(═O)(SH)—O—，其使一个核苷的所述3'端碳与所述相邻核苷的所述5'端碳连接。
在某些情况下，所述端粒酶抑制剂是伊美司他钠，包括其互变异构体。伊美司他钠是伊美司他的钠盐，其是合成脂质共轭的13聚体寡核苷酸N3'P5'硫代氨基磷酸酯。伊美司他钠是一种端粒酶抑制剂，其是与人端粒酶RNA(hTR)模板区互补的共价脂化13聚体寡核苷酸(如下所示)。伊美司他钠的化学名为：DNA、d(3'-氨基-3'-脱氧-P-硫代)(T-A-G-G-G-T-T-A-G-A-C-A-A)、5’-[O-[2-羟基-3-(十六酰氨基)丙基]硫代磷酸酯]，钠盐(1:13)(序列号：1)。伊美司他钠无法通过反义机制发挥作用，因此无在此类疗法中通常观察到的副作用。
伊美司他钠
除非另有说明或从上下文中清楚得知，否则本文中对伊美司他的提及还包括其互变异构体以及其盐，例如，药学上可接受的盐。如前所述，伊美司他钠尤其是伊美司他的钠盐。除非另有说明或从上下文中清楚得知，否则本文中对伊美司他钠的提及还包括其所有互变异构体。
可以如他处所述生产、配制或获取伊美司他和伊美司他钠(参见，例如，Asai等人，癌症研究，63:3931-3939(2003)；Herbert等人，致癌基因，24:5262-5268(2005)；以及Gryaznov，化学与生物多样性，7:477-493(2010))。除非另有说明或从上下文中清楚得知，否则本文中对伊美司他钠的提及还包括其盐。如前所述，伊美司他钠尤其是伊美司他的钠盐。
伊美司他靶向端粒酶的RNA模板，并抑制小鼠的各种癌细胞系和肿瘤异种移植物中的端粒酶活性和细胞增殖。涉及乳腺癌、非小细胞肺癌和其他实体瘤、多发性骨髓瘤或慢性淋巴细胞白血病患者的1期研究提供了有关药物药代动力学和药效动力学特征的信息。后续涉及原发性血小板增多症患者的2期研究表明，血小板活性降低伴随着JAK2 V617F和CALR突变体等位基因负荷的显著降低。伊美司他钠通常经静脉给药；可预期的是，在实施标的方法时，也可以使用其他给药途径，例如鞘内给药、肿瘤内注射、口服给药等。伊美司他钠可以与临床上通常采用的剂量相当的剂量给药。在某些实施例中，按照本文他处所述的方式施用伊美司他钠。
特定实施例以其他实施例中的任一实施例为依据，其中伊美司他局限于伊美司他钠。
F.药物组合物
为方便给药，可将所述端粒酶抑制剂(例如，如本文所述)配制成用于给药目的的各种剂型。在一些情况下，所述端粒酶抑制剂以药物组合物的形式给药。就与所述组合物的所述其他成分相容且对其接受治疗者无害方面而言，所述药物组合物的载体或稀释剂必须是“可接受的”。所述药物组合物可以是适合，尤其是，经口给药、经直肠给药、经皮给药、肠胃外注射或吸入给药的单一剂型。在一些情况下，可以通过静脉注射给药。例如，在制备口服剂型的所述组合物时，对于口服液体制剂(例如混悬剂、糖浆、酏剂、乳剂和溶液)，可以采用任何常用的药物溶媒质，例如，水、乙二醇、油、醇等；对于散剂、丸剂、胶囊和片剂，可以采用载体，例如淀粉、糖、高岭土、稀释剂、润滑剂、粘合剂、崩解剂等。由于给药方便，片剂和胶囊是最有利的口服剂量单位形式，在这种情况下显然采用固体药用载体。对于肠胃外组合物，尽管通常可以包括诸如有助于溶解的其他成分，但所述载体通常(至少大部分)包含无菌水。例如，可以制备可注射溶液，其中所述载体包含生理盐水溶液、葡萄糖溶液或生理盐水和葡萄糖溶液的混合物。例如，可以制备可注射溶液，其中所述载体包含生理盐水溶液、葡萄糖溶液或生理盐水和葡萄糖溶液的混合物。含有本文所述的端粒酶抑制剂的可注射溶液可以在油中配制以延长效用。适合此目的的适当的油是，例如，花生油、芝麻油、棉籽油、玉米油、大豆油、长链脂肪酸的合成甘油酯以及这些油和其他油的混合物。还可以制备可注射混悬剂，在这种情况下，可以采用适当的液体载体、助悬剂等。还包括拟在使用前不久转变为液体形态制剂的固体形态制剂。在适合经皮给药的所述组合物中，所述载体任选地包含渗透增强剂和/或合适的润湿剂，任选地与少量的任何性质的合适添加剂组合，其中添加剂不会对皮肤产生明显的有害作用。所述添加剂可以促进对皮肤给药和/或可以有助于制备所需的组合物。所述组合物可以各种方式施用，例如，以透皮贴剂、点涂剂、软膏的形式施用。
为了方便给药和剂量均匀性，尤其有利的是将上述药物组合物配制成单位剂型。本文中使用的单位剂型是指适合作为单一剂量的物理离散单位，每个单位含有按与所必需的药物载体结合产生期望的治疗效果的量计算的预定量的活性成分。此类单位剂型的示例是片剂(包括刻痕或包衣片剂)、胶囊、丸剂、粉末包、糯米纸囊剂、栓剂、可注射溶液或混悬剂等，以及其隔开的多重组合。
为了增强本文所述的药物在药物组合物中的溶解度和/或稳定性，可能有利的是采用α-、β-或γ-环糊精或其衍生物，尤其是羟烷基取代的环糊精，例如，2-羟丙基-β-环糊精或磺丁基-β-环糊精。同样，共溶剂(例如醇)也可改善所述端粒酶抑制剂在药物组合物中的溶解度和/或稳定性。
根据给药方式，所述药物组合物优选地包含0.05至99％(重量比)，更优选0.1至70％(重量比)，甚至更优选0.1至50％(重量比)的本文所述的端粒酶抑制剂，以及1至99.95％(重量比)，更优选30至99.9％(重量比)，甚至更优选50至99.9％(重量比)的药学上可接受的载体，所有百分比均以所述组合物的总重量为基准计。
G.给药和给药方案
所述给药频率可以是降低骨髓纤维化症状的严重程度且不对所述受试者产生明显毒性的任何频率。例如，所述给药频率可以是约每两个月一次至约每周一次，或者约每月一次至约每月两次，或者约每六周一次、约每5周一次，或者约每4周一次，或者约每3周一次，或者约每2周一次，或者约每周一次。在治疗期间，所述给药频率可以保持恒定或可以是可变的。采用含有一种或更多种端粒酶抑制剂的组合物的治疗过程可以包括休息期。例如，含有端粒酶抑制剂的组合物可以在为期三周的时间内每周给药一次，然后进入为期两周的休息期，并且此类方案可以重复多次。正如有效量一般，各种因素都可能对用于特定应用的实际给药频率造成影响。例如，依据有效量、治疗持续时间、多种治疗药剂的使用、给药途径以及骨髓纤维化和相关症状的严重程度可能需要提高或降低给药频率。
施用含有端粒酶抑制剂(例如，伊美司他或伊美司他钠)的组合物的有效持续时间可以是降低骨髓纤维化症状的严重程度(例如，如本文所述)且不对所述受试者产生明显毒性的任何持续时间。因此，所述有效持续时间可以是一个月至数个月或数年(例如，一个月至两年、一个月至一年、三个月至两年、三个月至十个月或三个月至18个月)不等。一般来说，治疗骨髓纤维化的有效持续时间可以是两个月至二十个月不等。在一些情况下，有效持续时间可以是单个受试者存活的时间。多种因素可能对用于特定治疗的实际有效持续时间造成影响。例如，有效持续时间可能随给药频率、有效量、多种治疗药剂的使用、给药途径以及骨髓纤维化和相关症状的严重程度而变化。
在某些情况下，可以监测治疗过程以及与骨髓纤维化有关的一种或更多种症状的严重程度。可以采用任何方法来确定骨髓纤维化症状的严重程度是否降低。例如，可以采用活检技术来评估骨髓纤维化症状的严重程度(例如，如本文所述)。
标的方法中使用的端粒酶抑制剂可以治疗上有效的任何剂量给药，例如与临床上通常采用的剂量相当的剂量给药。已知且获批的抗癌药的具体给药方案(例如，推荐的有效剂量)是为医师所知悉的，并在诸如产品说明中给出，所述产品说明获取途径如下：请参阅以下出版物：医师桌上参考手册，2003年，第57版，Medical Economics Company,Inc.，新泽西州奥拉德尔；古德曼吉尔曼治疗学的药理学基础，2001年，第10版，McGraw-Hill，纽约；和/或可从联邦药品管理局获取和/或在医学文献中进行讨论。
在一些方面，施用于所述受试者的端粒酶抑制剂伊美司他钠的所述剂量为约1.0mg/kg至约13.0mg/kg。在其他方面，端粒酶抑制剂的所述剂量为约4.5mg/kg至约11.7mg/kg或约6.0mg/kg至约11.7mg/kg或约6.5mg/kg至约11.7mg/kg。在一些实施例中，端粒酶抑制剂的所述剂量包括至少约4.5mg/kg、4.6mg/kg、4.7mg/kg、4.8mg/kg、4.9mg/kg、5.0mg/kg、5.5mg/kg、6.0mg/kg、6.1mg/kg、6.2mg/kg、6.3mg/kg、6.4mg/kg、6.5mg/kg、6.6mg/kg、6.7mg/kg、6.8mg/kg、6.9mg/kg、7mg/kg、7.1mg/kg、7.2mg/kg、7.3mg/kg、7.4mg/kg、7.5mg/kg、7.6mg/kg、7.7mg/kg、7.8mg/kg、7.9mg/kg、8mg/kg、8.1mg/kg、8.2mg/kg、8.3mg/kg、8.4mg/kg、8.5mg/kg、8.6mg/kg、8.7mg/kg、8.8mg/kg、8.9mg/kg、9mg/kg、9.1mg/kg、9.2mg/kg、9.3mg/kg、9.4mg/kg、9.5mg/kg、9.6mg/kg、9.7mg/kg、9.8mg/kg、9.9mg/kg、10mg/kg、10.1mg/kg、10.2mg/kg、10.3mg/kg、10.4mg/kg、10.5mg/kg、10.6mg/kg、10.7mg/kg、10.8mg/kg、10.9mg/kg、11mg/kg、11.1mg/kg、11.2mg/kg、11.3mg/kg、11.4mg/kg、11.5mg/kg、11.6mg/kg、11.7mg/kg、11.8mg/kg、11.9mg/kg、12mg/kg、12.1mg/kg、12.2mg/kg、12.3mg/kg、12.4mg/kg、12.5mg/kg、12.6mg/kg、12.7mg/kg、12.8mg/kg、12.9mg/kg或13mg/kg中的任何一种。
在一些实施例中，施用于所述个体的端粒酶抑制剂的所述有效量包括至少约1mg/kg、2.5mg/kg、3.5mg/kg、4.7mg/kg、5mg/kg、5.5mg/kg、6.0mg/kg、6.5mg/kg、7.0mg/kg、7.5mg/kg、8.0mg/kg、8.5mg/kg、9.0mg/kg、9.4mg/kg、10mg/kg、15mg/kg或20mg/kg中的任何一种。在一些实施例中，施用于所述个体的端粒酶抑制剂的所述有效量是约1mg/kg、2.5mg/kg、3.5mg/kg、4.7mg/kg、5mg/kg、6.5mg/kg、7.5mg/kg、9.4mg/kg、10mg/kg、15mg/kg或20mg/kg中的任何一种。在各种实施例中，施用于所述个体的端粒酶抑制剂的所述有效量包括低于约350mg/kg、300mg/kg、250mg/kg、200mg/kg、150mg/kg、100mg/kg、50mg/kg、30mg/kg、25mg/kg、20mg/kg、10mg/kg、7.5mg/kg、6.5mg/kg、5mg/kg、3.5mg/kg、2.5mg/kg、1mg/kg或0.5mg/kg端粒酶抑制剂中的任何一种。
适用于包括端粒酶抑制剂的药物组合物的示例性给药频率包括但不限于每日一次；每隔一天一次；每周两次；每周三次；每周一次且不间断；每周一次，四周给药三周；每三周一次；每两周一次；每周一次，三周给药二周。在一些实施例中，所述药物组合物约每周给药一次、每2周给药一次、每3周给药一次、每4周给药一次、每5周给药一次、每6周给药一次、每7周给药一次或每8周给药一次。在一些实施例中，所述组合物至少约每周给药1x、2x、3x、4x、5x、6x或7x(即，每天)，或者每天给药三次、每天给药两次中的任何一种。在一些实施例中，每次给药之间的所述时间间隔小于约6个月、3个月、1个月、20天、15天、12天、10天、9天、8天、7天、6天、5天、4天、3天、2天或1天中的任何一种。在一些实施例中，每次给药之间的所述时间间隔大于约1个月、2个月、3个月、4个月、5个月、6个月、8个月或12个月中的任何一种。在一些实施例中，所述给药计划表中无中断给药安排。在一些实施例中，每次给药之间的所述时间间隔不超过约一周。
诸如伊美司他(例如，伊美司他钠)的端粒酶抑制剂可以采用任何适当的方法来施用。例如，诸如伊美司他(例如，伊美司他钠)的端粒酶抑制剂可以每4周经静脉给药一次，一次持续一段时间(例如，1、2、3、4、5小时)。在一些实施例中，伊美司他以7-10mg/kg的剂量每周经静脉给药一次，一次持续约2小时。在某些实施例中，伊美司他以约0.5-9.4mg/kg的剂量每3周经静脉给药一次，一次持续约2小时。在一个实施例中，伊美司他以0.5-5mg/kg的剂量每4周经静脉给药一次，一次持续约2小时。在一个实施例中，伊美司他以约2.5-10mg/kg的剂量每3周经静脉给药一次，一次持续约2小时。或者，伊美司他以约0.5-9.4mg/kg的剂量每4周经静脉给药一次，一次持续约2小时。
在所述方法的某些实施例中，伊美司他施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。在某些情况下，每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。在一些情况下，每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，约每三周一次。
在本发明的一实施例中，伊美司他在用抗组胺药、皮质类固醇或两者进行预防给药后，以约7-10mg/kg伊美司他的剂量经静脉给药，每三周一次。在其他实施例中，伊美司他在用抗组胺药、皮质类固醇或两者进行预防给药后，以约9.4mg/kg，或者约7.0mg/kg至9.8mg/kg伊美司他的剂量经静脉给药，每三周一次。
在某些实施例中，伊美司他以约7.5mg/kg，或者约7.0mg/kg至7.7mg/kg的剂量给药，每三周一次，持续至少三个周期，然后增加所述剂量。在某些实施例中，所述伊美司他的剂量可增加至约9.4mg/kg，或者约8.8mg/kg至约9.6mg/kg，前提是ANC和血小板最低点未下降至约1.5x 109/L至约75x 109/L之间，并且未出现≥3级非血液学毒性的情况。
应当理解，癌症治疗有时涉及药物的多“轮”或“周期”给药，其中每个周期包含根据指定计划表一次或更多次施用所述药物(例如，每三周连续三天给药；每周给药一次；等等)。例如，抗癌药可以施用1至8个周期或更长的时间。向受试者施用一种以上的药物(例如，两种药物)时，每种药物可以根据其各自的计划表来施用(例如，每周一次；每三周一次；等等)。显然，药物(即使是按照不同周期施用的药物)的施用可以进行协调，使得两种药物至少在某些时候于同一天施用，或者，使得所述药物至少在某些时候连续施用数天。
在某些实施例中，所述伊美司他可以按照涉及剂量减少的方案来施用。在一个实施例中，所述患者最初以约9.4mg/kg的剂量每三周给药一次，而后所述剂量变更为以约7.5mg/kg的剂量每三周给药一次，然后所述剂量变更为以约6.0mg/kg的剂量每三周给药一次。
如本领域所知，如果观察到毒性，或者为了方便患者，可以暂时中止用癌症治疗药物进行的治疗，且不偏离本发明的范围，然后恢复给药。
标的方法的方面包括基于患者的靶细胞(例如，如本文所述)中的相对端粒长度来鉴定或选择最可能从治疗中受益的所述患者。靶细胞可以是所述患者的任何适宜的细胞，包括但不限于所述患者的所述骨髓或外周血中的细胞。在一些情况下，所述靶细胞从所述患者的骨髓样本中分离出来。在一些情况下，所述靶细胞从所述患者的外周血样本中分离出来。所述靶细胞可能是粒细胞。在一些情况下，所述患者的Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均未发生突变；并且所述患者的靶细胞中具有特别短的端粒长度。本文中使用的短的端粒长度是指与合适的对照品(例如，本文所述的一种或更多种已知标准)相比，小于或等于端粒长度中值或平均值的端粒长度。因此，标的方法可能进一步包括通过分析所述个体的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定相对端粒长度；当所述个体的生物学样本内存在的所述靶细胞中的所述平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低，例如确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第45百分位数或更低、第40百分位数或更低、第35百分位数或更低、第30百分位数或更低、第25百分位数或更低、第20百分位数或更低或者甚至更低时，选择将从端粒酶抑制剂治疗中受益的个体。
在所述方法的一些情况下，所述一种或更多种已知标准是依据来自多个确诊患有所述疾病的个体的多种天然存在的靶细胞(例如，如本文所述)而设定的端粒长度范围。在所述方法的某些情况下，所述一种或更多种已知标准是表征的细胞系。“表征的细胞系”是指所述细胞系中所述细胞的相对端粒核酸是已知的并且相对恒定。
在一些实施例中，所述生物学样本内存在的所述癌细胞中的所述端粒长度确定小于或等于所述端粒长度中值或平均值。在一些实施例中，所述生物学样本内存在的所述癌细胞中的所述端粒长度确定为所述相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低、第40百分位数或更低、第35百分位数或更低、第30百分位数或更低、第25百分位数或更低、第20百分位数或更低、第15百分位数或更低、第10百分位数或更低或第5百分位数或更低。
靶细胞中的端粒长度可以采用任何适宜的测定法来确定，所述测定法包括但不限于qPCR、telo-FISH或Southern Blot测定法，如Bassett等人在第9,200,327号美国专利中所述。在一方面，端粒长度可以通过测量末端限制性片段(TRF)的平均长度来确定。所述TRF被定义为用不会切割所述端粒序列中的核酸的限制酶完全消化基因组DNA所得到的片段的长度(通常为平均长度)。在一些情况下，所述DNA会被在基因组DNA内频繁切割但在端粒序列内不切割的限制酶消化。在一些情况下，所述限制酶具有四碱基识别序列(例如，AluI、HinfI、RsaI和Sau3A1)，并且可以单独使用或组合使用。所得到的末端限制性片段含有端粒重复序列和亚端粒DNA。亚端粒DNA是与端粒序列的串联重复序列相邻的DNA序列，并且含有散布着可变端粒样序列的端粒重复序列。所述已消化的DNA通过电泳法分离，并印迹于支持物(例如膜)上。所述含有端粒序列的片段通过使探针(即，已标记的重复序列)与所述膜杂交来检测。在所述含有端粒的片段可视化后，可以计算末端限制性片段的平均长度(Harley,C.B.等人，自然，345(6274):458-60(1990)，其以引用方式并入本文)。通过Southern印迹法进行的TRF估计给出了端粒长度在所述细胞或组织中的分布，因此也给出了所有细胞中的端粒长度中值和平均值。
在另一方面，端粒长度可以通过流式细胞术进行测量(Hultdin,M.等人，核酸研究，26:3651-3656(1998)；Rufer,N.等人，自然：生物技术，16:743-747(1998)，其以引用方式并入本文)。流式细胞术方法是FISH技术的变体。如果所述起始物料是组织，则通常通过机械分离和/或蛋白酶处理来制备细胞悬液。细胞用固定剂固定，并与用荧光标记物标记的端粒序列特异性探针(优选PNA探针)杂交。杂交后，洗涤细胞，然后通过FACS进行分析。在适当扣除本底荧光后，测量Go/G1中细胞的荧光信号。此技术适用于大量样本的端粒长度的快速估计。与TRF相似，端粒长度是所述细胞内端粒的平均长度。
在其他方面，生物学样本内细胞中的所述端粒的长度中值或平均值通过定量PCR(qPCR)或端粒荧光原位杂交(telo-FISH)来确定。在qPCR中，DNA结合染料与使得所述染料发荧光的所有双链DNA结合。所述PCR反应过程中DNA产物的增加使得所述荧光强度增加，并在所述PCR反应的每个循环中进行测量。这可以量化所述DNA浓度。所述反应的指数期存在的所述DNA的相对浓度通过按照半对数标度绘制所述荧光水平与所述PCR循环数的关系图来确定。确定用于检测高于本底的荧光的阈值。来自所述样本的荧光达到所述阈值时所经历的循环数被称为循环阈值(Ct)。由于理论上DNA的数量在指数期的每个循环中都会加倍，因此可以计算DNA的相对数量。所述基线是PCR的初始循环相应值，其中荧光信号几乎无变化。
在一些方面，端粒长度通过telo-FISH确定。在此方法中，将细胞固定并使其与共轭至荧光标记(例如Cy-3、荧光素、罗丹明等)的探针杂交。用于此方法的探针是设计用于与端粒序列特异性杂交的寡核苷酸。通常情况下，所述探针的长度为8个或更多个核苷酸，例如长度为12-20个或更多个核苷酸。在一方面，所述探针是包含天然存在的核苷酸的寡核苷酸。在一方面，所述探针是肽核酸，其具有比类似的天然序列更高的Tm，因此允许采用更严格的杂交条件。细胞可以用诸如秋水仙胺的试剂处理，以诱导细胞周期的中期停滞，从而提供用于杂交和分析的中期染色体。在一些实施例中，细胞DNA还可以用荧光染料4',6-二脒基-2-苯基吲哚(DAPI)染色。
获取完整的中期染色体的数字图像，并量化与端粒杂交的探针的荧光强度。这种方式除了可以测量细胞的平均端粒长度或端粒长度中值外，还可以测量个体染色体的端粒长度，并且避免出现与亚端粒DNA的存在有关的问题(Zjilmans,J.M.等人，美国科学院院报94:7423-7428(1997)；Blasco,M.A.等人，细胞91:25-34(1997)；以引用方式并入)。所述荧光信号的强度与所述端粒的长度相关，荧光信号越亮则表明端粒越长。
在某些实施例中，本发明涉及用于治疗骨髓纤维化的方法中的端粒酶抑制剂，所述方法包含：
鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者，其包含对患者进行以下测试：
(a)三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中不存在任何突变来确定；
(b)高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；或
(c)两者皆有；
其中(a)、(b)或(c)的存在表明患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益，并向所述患者施用有效量的端粒酶抑制剂。在某些实施例中，本发明涉及用于在任何其他实施例中定义的方法中的端粒酶抑制剂。
本发明的另一个实施例是用于治疗骨髓纤维化的端粒酶抑制剂，其包含：(a)对患者进行筛查，以确定此类患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及(b)向满足以下条件的患者施用所述端粒酶抑制剂：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在一个实施例中，所述用途包含对所述患者进行三阴性状态筛查，所述三阴性状态基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定。本发明的另一个实施例是用于治疗骨髓纤维化的端粒酶抑制剂，其包含：(a)对患者进行筛查，以确定此类患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；以及(b)如果此类患者处于三阴性状态，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂。
本发明的另一个实施例是用于治疗骨髓纤维化的端粒酶抑制剂的用途，其包含：(a)对患者进行筛查，以确定此类患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及(b)向满足以下条件的患者施用所述端粒酶抑制剂：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；和/或具有高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2。在一个实施例中，所述用途包含对所述患者进行三阴性状态筛查，所述三阴性状态基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定。本发明的另一个实施例是用于治疗骨髓纤维化的端粒酶抑制剂的用途，其包含：(a)对患者进行筛查，以确定此类患者是否：处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；以及(b)如果此类患者处于三阴性状态，则向所述患者施用所述端粒酶抑制剂。
在某些实施例中，三阴性状态可以基于以下基因中每种均不存在突变来确定：具有序列号为2的核酸序列的JAK2基因；具有序列号为3的核酸序列的CALR基因；以及具有序列号为4的核酸序列的MPL基因4。在其他实施例中，三阴性状态可以基于以下各项中每一项均不存在突变来确定：序列号：2；CALR和MPL。在替代实施例中，三阴性状态可以基于以下各项中每一项均不存在突变来确定：JAK2、序列号：3以及MPL。在替代实施例中，三阴性状态可以基于以下各项中每一项均不存在突变来确定：JAK2、CALR以及序列号：4。
在本发明的其他实施例中，高分子学风险(HMR)可以基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：具有序列号为5的核酸序列的ASXL1基因；具有序列号为6的核酸序列的EZH2基因；具有序列号为7的核酸序列的SRSF2基因；具有序列号为8的核酸序列的IDH1基因；具有序列号为9的核酸序列的IDH2基因；以及其组合。
在本发明的其他实施例中，可以确定获取自患者的生物学样本中的端粒酶活性和hTERT表达水平，以评估药效动力学作用和/或监测接受端粒酶抑制治疗的患者。所述端粒酶活性可以采用TRAP(端粒重复扩增方案)端粒酶活性测定来测量。所述hTERT表达水平可以通过采用Northern印迹法或基因表达序列分析(SAGE)或其他方法测量所述生物学样本内所述细胞中的hTERT RNA表达水平来确定。
在某些实施例中，本发明涉及用于在任何其他实施例中定义的骨髓纤维化治疗中的端粒酶抑制剂。
在某些实施例中，本发明涉及用于在任何其他实施例中定义的骨髓纤维化治疗中的端粒酶抑制剂的用途。
其他实施例
其他目的实施例列于以下条款中：
条款1。一种鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
(a)测试患者的三阴性状态，所述三阴性状态基于Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变来确定；以及
(b)选择处于三阴性状态的所述患者，所述三阴性状态基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
条款2。一种鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
(c)对患者进行以下测试：
i.三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或
ii.高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，
(d)选择处于以下状态的所述患者：
i.三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定，和/或
ii.高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
条款3。一种鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
(e)从患者中获取DNA样本；
(f)对源自患者的所述DNA样本进行三阴性状态测试，其基于JAK2、CALR和MPL中每种均不存在突变来确定；以及
(g)选择满足以下条件的所述患者，处于三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均未出现突变来确定；
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
条款4。一种鉴定最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
(h)从患者中获取DNA样本；
(i)对源自患者的所述DNA样本进行以下测试：
i.三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变来确定；和/或
ii.高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2；以及
(j)选择满足以下条件的所述患者：
i.三阴性状态，其基于JAK2、CALR和MPL基因中每种均未出现突变来确定；和/或
ii.高分子学风险(HMR)，其基于以下基因中至少有一种存在突变来确定：ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
条款5。端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者确定处于三阴性状态，其中所述三阴性状态包含所述Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变。
条款6。端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者确定具有高分子学风险(HMR)，
其中具有HMR包含至少一种选自由以下各项组成的群组的基因中存在突变：额外性梳样蛋白1(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)。
条款7。端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者的生物学样本内存在的细胞的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低。
条款8。端粒酶抑制剂在制作用于治疗骨髓纤维化患者的药物中的用途，其中所述患者确定处于三阴性状态，其中所述三阴性状态包含所述Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变。
条款9。端粒酶抑制剂在制作用于治疗骨髓纤维化患者的药物中的用途，其中所述患者确定具有高分子学风险(HMR)，其中具有HMR包含至少一种选自由以下各项组成的群组的基因中存在突变：额外性梳样蛋白1(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)。
条款10。端粒酶抑制剂在制作用于治疗骨髓纤维化患者的药物中的用途，其中所述患者的生物学样本内存在的细胞的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低。
以下示例仅用于举例说明而非限制。
示例
示例1：伊美司他钠是相应疾病已复发或对Janus激酶(JAK)抑制剂疗法具有抵抗 性的中级2(Int-2)或高危骨髓纤维化(MF)患者的有效治疗药物
介绍
伊美司他，一种13聚体寡核苷酸，专门靶向人端粒酶的RNA模板，是端粒酶酶活性的有效竞争性抑制剂(Asai等人，癌症研究，2003；Herbert，致癌基因，2005)。在一项针对33例中级2(int-2)或高危骨髓纤维化(MF)患者的试验性研究中报告了临床活性和可接受的安全特性，其中48％的患者先前曾接受过Janus激酶抑制剂(JAKi)治疗(Tefferi，新英格兰医学杂志，2015)。此实施例提供了在两种剂量水平的伊美司他钠下对骨髓纤维化(MF)患者进行2期临床研究的结果。
方法
在两种剂量的伊美司他钠(9.4mg/kg或4.7mg/kg，静脉注射，每3周给药一次)下，对满足以下条件的成人进行一项随机、多中心的2期研究：动态国际预后评分***(DIPSS)得分为int-2；或先前接受过JAKi疗法但现已复发/具有抵抗性的高危MF(即，在JAK抑制剂(“JAKi”)治疗开始后的12周内，脾肿大未见缩小；或在所述治疗开始后的任何时间，脾肿大恶化)。需要诊断原发性、原发性血小板增多症后骨髓纤维化或真性红细胞增多症后骨髓纤维化；其他合格标准包括可测量的脾肿大(通过磁共振成像[MRI]测定)，活动性MF相关的全身性症状以及血小板计数≥75x 109/L。主要终点为：脾脏反应率(在第24周通过MRI测定的脾脏体积缩小[SVR]百分比≥35％)；以及症状缓解率(在第24周依据骨髓纤维化症状评估表(MFSAF)v2得到的总症状评分[TSS]下降率≥50％)。关键次要终点包括安全性、总生存期(OS)、治疗反应、分子反应以及药代动力学和药效动力学关系。
结果
在55个机构中招募了107例患者(48例接受4.7mg/kg剂量给药；59例接受9.4mg/kg剂量给药)。基线特征示于下表1中。此外，中位JAKi治疗时间为23(0.9-89.7)个月，血小板计数中值为147x 109/L。结果呈三阴性(TN；即，JAK2、MPL或CALR未出现突变)的患者占患者总数的24.8％，而67.6％的患者被视为具有高分子学风险(HMR；即，ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2发生的突变≥1)。
在初次临床研究截止时，中位研究时间为22.6个月(范围，0.2-27.4个月)；中位治疗时间为6.2个月(范围，0.0-27.2个月)。IRC证实，依据MRI，9.4mg/kg治疗组中有6例(10.2％)患者发生脾脏反应。
在临床研究截止时，对患者进行随访，中位随访时间为22.6(0.2-27.4)个月，包括中位治疗时间6.2(0.0-27.2)个月。9.4mg/kg治疗组(7.7个月)的中位治疗持续时间长于4.7mg/kg治疗组的中位时间。依据MRI，9.4mg/kg治疗组中有6例(10.2％)患者发生脾脏反应，而4.7mg/kg治疗组中未见反应(见图1)。9.4mg/kg治疗组和4.7mg/kg治疗组中分别有19例(32％)和3例(6％)患者出现症状反应(TSS降低≥50％)(见图2)。
在首次临床研究截止时，9.4mg/kg治疗组未达到OS中值，而4.7mg/kg治疗组的OS中值为19.9个月。9.4mg/kg和4.7mg/kg治疗组的18个月生存率分别为76.7％和62.9％。在剂量递增时，对接受检查的患者进行敏感性分析，以便进行后续的JAKi治疗或产生相似结果的干细胞移植。在9.4mg/kg治疗组中，观察到TN患者与OS之间存在关联(TN患者尚未达到OS中值，非TN患者的OS中值为23.6个月)。携带1种HMR突变(ASXL1、EZH2、SRSF2或IDH1/2)的患者的脾脏反应率更高。
在9.4mg/kg治疗组中，治疗过程中最常见的不良事件(所有等级)是血小板减少症(49％)、贫血(44％)、嗜中性白血球减少症(36％)和恶心(34％)；在4.7mg/kg治疗组中，治疗过程中最常见的不良事件是腹泻(38％)、恶心(31％)、贫血(31％)和血小板减少症(23％)。相较于4.7mg/kg治疗组(分别为13％和29％)，9.4mg/kg治疗组(分别为34％和42％)中3/4级嗜中性白血球减少症和血小板减少症的发生频率更高；大多数血细胞减少症在4周内消退。研究时，在7例患者中观察到3/4级LFT升高。未观察到由独立肝脏审核委员会确认的伊美司他相关肝脏毒性。
在第二次临床研究截止时，对患者进行随访，中位随访时间为27.4(0.2-33.0)个月，包括中位治疗时间26.9(0.1-118.1)周。9.4mg/kg治疗组(33.3周)的中位治疗持续时间长于4.7mg/kg治疗组(23.9周)的中位时间。4.7mg/kg治疗组相关研究提前结束，影响治疗持续时间。在9.4mg/kg治疗组中，OS中值(置信区间为95％)为29.9个月(22.8,NE)(NE是指不可估计)，并且在第二次临床研究截止时达到此中值。
三阴性与OS
根据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态——三阴性(TN，JAK2/MPL/CALR基因中每种均不存在突变)和非TN(JAK2/MPL/CALR基因中的任何一种发生突变)对受试者进行分组。在9.4mg/kg治疗组中，TN受试者(置信区间为95％)(23.2,NE)的OS中值不可估计(NE)，非TN受试者(置信区间为95％)(20.7,NE)的OS中值为23.6个月，而在4.7mg/kg治疗组中，TN受试者和非TN受试者的OS中值(置信区间为95％)分别为22.3(17,NE)和20.3(18.3,NE)。在9.4mg/kg治疗组中，与非TN组相比，三阴性(TN)组的死亡率较低(见表2、图3和4)。
在第二次临床研究截止时，在9.4mg/kg治疗组中，与非TN组相比，三阴性(TN)组的死亡率较低(见表3、图6和7)。
表3：依据JAK2/MPL/CALR基因的突变状态分组的总生存期
*HR＝风险比
在第24周三阴性与反应的关系
在9.4mg/kg治疗组中，与非TN组相比，观察到TN组的反应率(SVR或TSS)较高(见下表4)
表4：按照临床反应分列的基线JAK2/CALR/MPL突变状态
在第24周分子学风险与反应的关系
在9.4mg/kg治疗组中，与出现超过1种突变的HMR组相比，在仅出现1种突变(mut)的低分子学风险(LMR)组或高分子学风险(HMR)组中观察到反应率(SVR或TSS)更高(见表5)。
表5：在第24周分子学风险与反应的关系
在接受9.4mg/kg剂量给药的受试者中，观察到以下因素与临床反应或OS之间存在关联：
三阴性(TN)：TN受试者中反应(SVR或TSS)增强。TN组的OS中值不可估计，而非TN组的OS中值＝23.6个月；以及
分子学风险：仅出现1种突变的HMR受试者中反应(SVR或TSS)增强，并且在接受9.4mg/kg伊美司他治疗的出现1种以上突变的HMR患者中观察到了相应反应。
示例2
基线端粒长度(TL)与总生存期(OS)
受试者按照基线TL的中值进行分组。在9.4mg/kg治疗组中，在首次临床研究截止时，对于基线TL较短(<＝中值)的受试者，OS中值不可估计(置信区间为95％)(23.2,NE)；而对于基线TL较长(>中值)的受试者，OS中值为22.8个月(16.2,NE)(表6)。在4.7mg/kg治疗组中，基线TL较短的受试者和TL较长的受试者的OS中值(置信区间为95％)分别为20.3(17.2,NE)个月和22.3(16.6,NE)个月(表6)。
在9.4mg/kg治疗组中，在基线TL较短(即基线TL小于或等于TL中值)的受试者中观察到更好的OS趋势。
表6：依据中值分组的基线端粒长度(TL)的相应总生存期
在第24周基线TL与反应的关系
基线端粒长度(TL)：在第24周，基线TL较短(<＝中值)的受试者中SVR或TSS反应增强。在基线TL较短的受试者和基线TL较长的受试者中，分别有17.3％(5/29)的受试者和4.2％(1/24)的受试者发生脾脏反应。在基线TL较短的受试者和基线TL较长的受试者中，分别有34.5％(10/29)的受试者和25％(6/24)的受试者发生TSS反应。
在第24周，在9.4mg/kg治疗组中，基线TL较短的受试者相较于TL较长的受试者表现出更高的反应率(SVR或TSS)(表7)
表7：按照临床反应分列的端粒长度(TL)的基线汇总
示例3
剂量依赖性药效动力学(PD)作用
分析端粒酶活性和hTERT，以评估伊美司他的药效动力学作用。在具有可用基线和治疗后数据的受试者中，在9.4mg/kg治疗组和4.7mg/kg治疗组中，分别有23例(51.1％)受试者和10例(29.4％)受试者的端粒酶活性相对于基线降低了>＝50％，这表明PD作用与临床前异种移植体内模型的抗肿瘤活性相关。另外，在9.4mg/kg治疗组和4.7mg/kg治疗组中，分别有35例(61.4％)受试者和20例(47.7％)受试者的hTERT RNA水平相对于基线降低了>＝50％(表8)。由此证实了剂量依赖性PD作用，表明存在靶标参与。
表8：受试者在任何时间点实现的TA(30％,50％)或hTERT(50％)相对于基线的降低。
示例4
在第24周PD作用与反应之间的关联
与非脾脏反应者(55.6％)相比，脾脏反应者(83.3％)中较高比例的受试者的hTERT RNA表达水平降低至少>＝50％；与非TSS反应者相比，产生TSS反应的受试者中较高比例的受试者的hTERT RNA表达水平降低至少>＝50％(表9)。利用治疗前后从患者中收集的全血样本测量hTERT RNA表达水平。
表9：在第24周hTERT相对于基线的降低(50％)与SVR或TSS反应之间的关联。
与无脾脏反应或TSS反应的受试者相比，产生脾脏反应或TSS反应的受试者中较高比例的受试者的端粒酶活性降低至少>＝30％或>＝50％(表10)。
表10：在第24周端粒酶活性相对于基线的降低(30％，50％)与SVR或TSS反应之间的关联。
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1.端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者确定处于三阴性状态，
其中所述三阴性状态包含所述Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变。
2.根据1所述的用途，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
3.根据2所述的用途，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
4.根据2所述的用途，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
5.根据1-4中任一项所述的用途，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
6.根据1-4中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
7.根据1-4中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
8.根据1-4中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
9.根据1-8中任一项所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
10.根据9所述的用途，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
11.根据10所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他，并且施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；
静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或
静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
12.根据11所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。
13.根据12所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
14.根据1-13中任一项所述的用途，其中所述平均相对端粒长度通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定。
15.根据1-14中任一项所述的用途，进一步包含选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的患者。
16.根据1-15中任一项所述的用途，进一步包含对患者进行筛查，以确定所述患者是否具有高分子学风险(HMR)，其中具有HMR包含至少一种选自由ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2组成的群组的基因中存在突变。
17.根据1-16中任一项所述的用途，进一步包含在施用所述端粒酶抑制剂后评估从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平。
18.根据17所述的用途，其中所述hTERT表达水平相对于所述端粒酶抑制剂施用前的基线hTERT表达水平降低50％或更多。
19.根据17-18中任一项所述的用途，进一步包含改变所述端粒酶抑制剂的剂量、给药频率、施用于所述受试者的治疗过程。
20.端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者确定具有高分子学风险(HMR)，
其中具有HMR包含至少一种选自由以下各项组成的群组的基因中存在突变：额外性梳样蛋白1(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)。
21.根据20所述的用途，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
22.根据21所述的用途，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
23.根据21所述的用途，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
24.根据20-23中任一项所述的用途，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
25.根据20-23中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
26.根据20-23中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
27.根据20-23中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
28.根据20-27中任一项所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
29.根据28所述的用途，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
30.根据28所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他，并且施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；
静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或
静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
31.根据30所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。
32.根据31所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
33.根据20-32中任一项所述的用途，进一步包含通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定平均相对端粒长度。
34.根据20-33中任一项所述的用途，进一步包含选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的患者。
35.根据20-34中任一项所述的用途，进一步包含对患者进行筛查，以确定所述患者是否处于三阴性状态，其中所述三阴性状态包含选自由JAK2、CALR和MPL组成的群组的基因中每种均不存在突变。
36.根据20-35中任一项所述的用途，进一步包含在施用所述端粒酶抑制剂后评估从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平。
37.根据36所述的用途，其中所述hTERT表达水平相对于所述端粒酶抑制剂施用前的基线hTERT表达水平降低50％或更多。
38.根据36-37中任一项所述的用途，进一步包含改变所述端粒酶抑制剂的剂量、给药频率、施用于所述受试者的治疗过程。
39.端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中所述患者的生物学样本内存在的细胞的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低。
40.根据39所述的用途，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
41.根据40所述的用途，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
42.根据40所述的用途，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
43.根据39-42中任一项所述的用途，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
44.根据39-42中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
45.根据39-42中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
46.根据39-42中任一项所述的用途，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
47.根据39-46中任一项所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
48.根据47所述的用途，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
49.根据47所述的用途，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他，并且施用1、2、3、4、5、6、7、8个或超过8个给药周期，每个周期包含：
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次；
静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每周一次，持续三周；
静脉给药约2.5-10mg/kg伊美司他，每三周一次；或
静脉给药约0.5-9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
50.根据49所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约7-10mg/kg伊美司他，每三周一次。
51.根据50所述的用途，其中每个给药周期包含静脉给药约9.4mg/kg伊美司他，每三周一次。
52.根据39-51中任一项所述的用途，进一步包含通过分析所述患者的所述生物学样本内存在的所述细胞中的端粒核酸的所述相对长度来确定平均相对端粒长度。
53.根据39-52中任一项所述的用途，进一步包含在施用所述端粒酶抑制剂后评估从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平。
54.根据53所述的用途，其中所述hTERT表达水平相对于所述端粒酶抑制剂施用前的基线hTERT表达水平降低50％或更多。
55.根据53-54中任一项所述的用途，进一步包含改变所述端粒酶抑制剂的剂量、给药频率、施用于所述受试者的治疗过程。
56.一种选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
测试患者的三阴性状态，其中所述三阴性状态包含JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变；以及
选择处于三阴性状态的所述患者，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
57.根据56所述的方法，其中所述患者患有骨髓纤维化。
58.根据57所述的方法，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
59.根据57所述的方法，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
60.根据57所述的方法，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
61.根据56至60中任一项所述的方法，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
62.根据56至60中任一项所述的方法，其中所述患者：
先前已接受过JAK抑制剂疗法；
先前已接受过失败的JAK抑制剂疗法；或
先前已接受过JAK抑制剂疗法，并且由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
63.根据56至60中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
64.根据56至60中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
65.根据56至60中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
66.根据56至65中任一项所述的方法，进一步包含向所述患者施用端粒酶抑制剂。
67.根据66所述的方法，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
68.根据67所述的方法，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
69.根据56-68中任一项所述的方法，进一步包含从所述患者中获取样本(包含DNA)。
70.根据69所述的方法，其中所述样本包含骨髓、外周血或其组合。
71.根据70所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
获取骨髓样本、外周血样本或其组合；以及
从所述骨髓样本、外周血样本或其组合中分离出DNA。
72.根据70所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取骨髓样本；
从所述骨髓样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
73.根据70所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取外周血样本；
从所述外周血样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
74.一种选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
对患者进行测试，以确定所述患者是否具有HMR，其中具有HMR包含至少一种选自由ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2组成的群组的基因中存在突变；以及
选择具有HMR的所述患者，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
75.根据74所述的方法，其中所述患者患有骨髓纤维化。
76.根据75所述的方法，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
77.根据75所述的方法，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
78.根据75所述的方法，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
79.根据74至78中任一项所述的方法，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
80.根据74至78中任一项所述的方法，其中所述患者：
先前已接受过JAK抑制剂疗法；
先前已接受过失败的JAK抑制剂疗法；或
先前已接受过JAK抑制剂疗法，并且由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
81.根据74至78中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
82.根据74至78中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
83.根据74至78中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
84.根据74至83中任一项所述的方法，进一步包含向所述患者施用端粒酶抑制剂。
85.根据84所述的方法，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
86.根据85所述的方法，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
87.根据74-86中任一项所述的方法，进一步包含从所述患者中获取样本(包含DNA)。
88.根据87所述的方法，其中所述样本包含骨髓、外周血或其组合。
89.根据88所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
获取骨髓样本、外周血样本或其组合；以及
从所述骨髓样本、外周血样本或其组合中分离出DNA。
90.根据88所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取骨髓样本；
从所述骨髓样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
91.根据88所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取外周血样本；
从所述外周血样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
92.一种选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，所述方法包含：
测试患者的平均相对端粒长度，这通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度进行；以及
选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的所述患者，其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
93.根据92所述的方法，其中所述患者患有骨髓纤维化。
94.根据93所述的方法，其中所述骨髓纤维化是原发性骨髓纤维化。
95.根据93所述的方法，其中所述骨髓纤维化是真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)。
96.根据93所述的方法，所述骨髓纤维化是原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
97.根据92至96中任一项所述的方法，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
98.根据92至96中任一项所述的方法，其中所述患者：
先前已接受过JAK抑制剂疗法；
先前已接受过失败的JAK抑制剂疗法；或
先前已接受过JAK抑制剂疗法，并且由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
99.根据92至96中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性。
100.根据92至96中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且相应疾病已复发。
101.根据92至96中任一项所述的方法，其中所述患者已接受JAK抑制剂疗法，并且现已由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
102.根据92至101中任一项所述的方法，进一步包含向所述患者施用端粒酶抑制剂。
103.根据102所述的方法，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
104.根据103所述的方法，其中所述伊美司他是伊美司他钠。
105.根据92-104中任一项所述的方法，进一步包含从所述患者中获取样本(包含DNA)。
106.根据105所述的方法，其中所述样本包含骨髓、外周血或其组合。
107.根据106所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
获取骨髓样本、外周血样本或其组合；以及
从所述骨髓样本、外周血样本或其组合中分离出DNA。
108.根据106所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取骨髓样本；
从所述骨髓样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
109.根据106所述的方法，其中从所述患者中获取样本的步骤包含：
从所述患者中获取外周血样本；
从所述外周血样本中分离出细胞；以及
从所述已分离的细胞中提取DNA。
110.一种监测在骨髓纤维化(MF)受试者中的治疗效果的方法，所述方法包含：
在施用端粒酶抑制剂后，测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及
将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；
其中所述生物学样本中的hTERT表达水平降低50％或更多可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的受试者。
111.根据110所述的方法，其中所述测量的或评估的hTERT表达水平是hTERT RNA表达水平。
112.一种鉴定适于接受端粒酶抑制剂治疗的骨髓纤维化(MF)患者的方法，所述方法包含：
在施用端粒酶抑制剂后，测量从所述患者中获取的生物学样本中的hTERT表达水平；以及
将所述生物学样本中的所述hTERT表达水平与所述端粒酶抑制剂施用之前的基线hTERT表达水平进行比较；
其中所述生物学样本中hTERT表达水平的降低可鉴定出从所述端粒酶抑制剂治疗中受益的可能性增加的患者。
113.根据112所述的方法，其中所述hTERT表达水平降低50％或更多。
尽管为了达到清晰理解的目的采用图示和示例的方式详细描述了所述特定实施例，但是鉴于本发明的教学意义，显而易见的是，在不脱离所附权利要求书的精神或范围的情况下，可对其进行特定的变更和修改。
因此，前述内容仅说明了本发明的原理。可以设计出各种结构，尽管这里没有明确表述或示出，但这些设计反应了本发明的原理，未超出本发明的精神和范围。此外，本文列举的所有示例和条件语言主要为了帮助读者理解本发明的原理和发明人为进一步拓展本领域所提供的构想，并且应解释为不受这些具体列举的示例和条件的限制。而且，本文中引用本发明的原理、方面和实施例及其特定示例的所有陈述旨在涵盖其在结构和功能上的等同物。此外，所述等同物拟包括目前已知的等同物和日后待开发的等同物，即，开发出的任何功能相同且不考虑其结构的元件。因此，本发明的范围并不限于本文中显示和描述的示例性实施例。相反，本发明的范围和精神通过所附权利要求书体现。
序列表
<110> 美国杰龙生物医药公司
J·C·布索拉里
黄菲
<120> 鉴定可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法
<130> GERN-192
<160> 9
<170> PatentIn 第 3.5 版
<210> 1
<211> 13
<212> DNA
<213> 合成寡核甘酸
<400> 1
tagggttaga caa 13
<210> 2
<211> 142939
<212> DNA
<213> JAK2 寡核苷酸
<400> 2
ctgcaggaaggagagaggaagaggagcagaagggggcagcagcggacgccgctaacggcctccctcggcgctgacaggctgggccggcgcccggctcgcttgggtgttcgcgtcgccacttcggcttctcggccggtcgggcccctcggcccgggcttgcggcgcgcgtcggggctgagggctgctgcggcgcagggagaggcctggtcctcgctgccgagggatgtgagtgggagctgagcccacactggagggcccccgagggcccagcctggaggtcgttcagagccgtgcccgtcccggggcttcgcagaccttgacccgccgggtaggagccgcccctgcgggctcgagggcgcgctctggtcgcccgatctgtgtagccggtgggtgttatctctgcctggcttctgggtggggggcagcagctgtctctccacccccttcctaccttttggtcccgcctgccccctgctagtggcagcaaacttctgagccagaaaaatcttcctctttaagacgacacctagaacgagtcttgctggtgatatttgcttccatttgtgtcttataattccctcgctcccgcctccttattcctttttaaaattttctagacacttaaacagcctagaaaaagcatttgtttcccctggatttatgtggtagtagttaactgctgcttctgtttttaggtttcagaagcaggcaacaggaacaagatgtgaactgtttctcttctgcagaaaaagaggctcttcctcctcctcccgcgacggtgggtgtgctgtcctttatcgctgcagtaaaggcgaaggtgtctggagctgggagtgcgtgcgtagggaaggttggaagcgtgtgaagagaggcagggctcattgttgcttactcttctgaaaatgtcagtgctaaacttttaatgttgatctgggagagtaattttggggtgttttgttgttcgtcttggatcctttaagaaacatttttttgttggctttacacataacgtgactttgcagagaaacgaaaaacgttgtccattaccctttcttcttaagcagccagagattcttaatcctttaaagaggagtatttccaagcaataagagatagcttttgggagaacacgttagctattcttgctggggtttctgctaccacattgaatgtttcctcatggttttatctgcctaagcttgctgtgtcggttgaatttacccagtttgttttccagtaattactaatctgttaggagaaactccatttctctgaatgaaagggtaggagcggctgagtatggagaaggaaactggaagtgggaataagggaaatgattgcttttggtttcataataagtttgtacagtgagttgttgggctactgcaaataaagattttgtatcccttctccagaatgcttgggaccaaaagtgttttggattttttttaaaaattttggaatgtttgcatatacaaaatcagacatcttgaggatgggacccaagtgtaaatacgaaattcgtttgtttcatatagaccttattcacacagccactaagtcatttgcaatatttttaatacgtctgtgcatgaaacaaagtttgtattaagtacctatgcggggaattttccccttgtagcatcatgttggtgctcaaaatgtttcagattttgcagcttttcagataagggatgatcagcttgtattttgatataacacccagaacatttgaagatgaataatcaatttttggcctcccttcccccatccgcctcaccttataccactttaagtgtgagaattatttgcttgtacatgcatttgtctgttggtgtgtaacgtatgtacagactggatgtatccagcacttgccttaatagtacatgtatttacctgaataggaaagctgcagtacttgctggccagaagagcacaccatgcttgtttttgctctaactgaatatcctgtatttgcaatttatagcagttttagggactcattagggaattttgtgtgtgtgtgcctttggtgatttgagacaggtgtctcagatatgggaagggaatatgacattgtttctctttcacctggctattactgaaaggtgggatgcttttgaggcagaataggaaagtgcattggctttggagtgagatctggatttgaatcctggtgttcttgccacttaagagttgcattatttacggctggtcatggtggctcacgcctgtaatcccagcactttgggaggctgaggaaggaggatcacttgaggtgaggagcttgagaccagcctggccaacatggtgaaaccccatctctactaaaaatacaaaaattagccgggcgtggtggtgcacacctgtaatcccagctactcgggagggtgaggcaggagaattgcttgaacctgggaagtggtggttgcagtgagccgagatctcaccactgcactccaggctgggcaacacagcaagactctgtctaaaaaaaaaaaaaaaaagaaagaaaaaaagagttatattatttacgactcttttagcttcactttcttataagattgttgtgagaagtgagtaagacacatgcaaagtggtaaactgcctggctgtcataaaagtcttggctactatcacggctgggaggcaaaggagattcagagaagggcagaatgactgcataaggtgatctgcctgtaactcgtgtttcctcctttctagtataaagagataaaggacttcaaggtcttaaactggtgagggagtattacagcctttgtatggaaaggtttgactttgtgtctctgcttaaacccccattgtgttgcccctaccaattattgtgctgcccccttgtggttaactgtgctaagacctttcttttgctcttctcccattacatttcccacccttccccactcccttttagacccctcctcttagctcccagtttcccaaactgtgtgccaaggtgcccagagcacctcaggcttgaacttgtgttttgagttggttcatggtttcaatattagatacctacacccgtttctacaatgtcatgtctttgtaaagatgtattttcagaggttgctccgataaaaagcaactactacatgaaaatgaatgtagaacaggaaatgacagtgtggtattgtccaatttgattctaaggtttgataagttctacagtgctctacactaagttgtaaggacataactactaagtaagttgttcaaacctatttcttttggcctgggggtgtcgtgaaaaatttgctaagactcagagctccctgaatgggtttggaaacctctgccttagcttttagtttgcttttctgataaaattattgatataaagctagtaccagctgatcatggcttaatatatttcctctcctatgtaatatgtttataacttctgcccagttctttcattttaaaactaatcctattgctaacttgttgtactagtcacttcctggtttttcctgtactggtcttctgcttctacttctgttcatctccttaaactccgaatgccccaagtgaaagttaccattttctaccccttaattttcttctaatcatgtaggctttaaattaggcatcatctttaaactacttctttcatttacctcttattcccattcaaaatgtccatatttcctttctttctcatatctctgctttccctcctttactgtgtgaatcccaggacacatttcctgagcctagaatattgaaagtcatttgaacttctgagaattcagtgtcccttccttctgtttatcctcaatagagattccactctaatactccttattatagcattcccttgccccaaaaccttcagtggcttaccattttctacttattaaattttcctgacttttaagatagtctattatcaatccctgccctatttatttagtcttttgtctaaggatctctagtccttaagcttgtaagctgatttccacactttctaataataagctatgcttcttctatcctttaatttttgcccatgttctccatccctcttttttttcctctatttctgtagctctttagtcttagaacattttcacatggtttaattatatgccatgctttagttgtttgatagttatttccctagtgttagccatatcttttcaagttgattgtgtattctttgaggagcagtaccttagattaaaaaaaaaccacaacacacagtggagagcacatgggcagcattcaagaaatacatgttgattgtgtgataaggaactgtagtcaccaaacaaatatttgttaatacttgcaatgtaaaaggtacttggctgtattcaaaagagaaataaagaaatataaaataggctcctttccctaaggacttacagtataattgggcagataagctaaataataaaagttacagatatttaagaccacttgagttgagcagagattttgcataataggaaggaactggtagagggggtaagcaaaggcaaaatatgtatatatgtatgatatgttcagagagcagtacataaataacttgactgaaatgaagatttgtgtgaaagagtagtaagaaattgtgttaaaaatgtagttggaatttgattatggatgtctttaaatgctaggatgagaagaatgtactttgacctgtagatatggagaagctttaaaagttttgaattgagaaagagtttgctgaaataagtattttaggaaaatcaaagcagcaccagtgctaggtctcatatgaattggaaagagaatggtagaaagaggtaggaaaataattgagccctgaagtaatgaggacttagaaataagtcagattgcagagatgtcacaagacattattatggattggataagaagggagaatggaggggagaagagtgattaaagattaccttaccttgaaggtttgcttttcagtgacggaggaaatcaaagagtgttgactctccaagacatcttagaacatc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14966
<210> 5
<211> 80968
<212> DNA
<213> ASXL1 寡核苷酸
<400> 5
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序列号：6 EZH2
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序列号：7 SRSF2
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序列号：8 IDH1
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序列号：9 IDH2
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Claims (17)
1.一种选择最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益的患者的方法，其包含：
(a)测试患者的三阴性状态，其中所述三阴性状态包含所述Janus激酶2(JAK2)、钙网蛋白(CALR)和血小板生成素受体(MPL)基因中每种均不存在突变；和/或
(b)对患者进行测试，以确定所述患者是否具有HMR，其中具有HMR包含至少一种选自由以下各项组成的群组的基因中存在突变：额外性梳样蛋白1(ASXL1)、Zeste基因增强子同源物2(EZH2)、丝氨酸和精氨酸富集剪接因子2(SRSF2)和异柠檬酸脱氢酶1/2(IDH1/2)；和/或
(c)测试患者的平均相对端粒长度，这通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度进行；以及
选择满足以下条件的所述患者：
所述患者处于三阴性状态；或
所述患者具有HMR；或
所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低，
其中所述选定患者最可能从端粒酶抑制剂治疗中受益。
2.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包含测试患者的三阴性状态以及选择JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变的所述患者。
3.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包含对患者进行测试以确定所述患者是否具有HMR，并且选择所述患者包含至少一种选自ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2的基因中存在突变。
4.根据权利要求1所述的方法，其中所述方法包含测试患者的平均相对端粒长度，这通过分析所述患者的生物学样本内存在的靶细胞中的端粒核酸的所述相对长度进行；以及选择相应生物学样本内存在的靶细胞中的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低的所述患者。
5.根据权利要求1-4中任一项所述的方法，其中所述骨髓纤维化选自由以下各项组成的群组：原发性骨髓纤维化、真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)、原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
6.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
7.根据权利要求1-5中任一项所述的方法，其中所述患者：
已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性；
已接受JAK抑制剂疗法，并且已复发；或
已接受JAK抑制剂疗法，并且由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
8.根据权利要求1-7中任一项所述的方法，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
9.根据权利要求1-8中任一项所述的方法，进一步包含获取样本(包含源自所述患者的DNA)，其中所述样本包含骨髓、外周血或其组合。
10.一种端粒酶抑制剂在骨髓纤维化患者治疗中的用途，其中：
(a)所述患者确定处于三阴性状态，其中所述三阴性状态包含JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变；和/或
(b)所述患者确定具有高分子学风险(HMR)，其中具有HMR包含至少一种选自由ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2组成的群组的基因中存在突变；和/或
(c)所述患者患有骨髓纤维化，其中所述患者的生物学样本内存在的细胞的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低。
11.根据权利要求10所述的用途，其中所述患者确定处于三阴性状态，其中所述三阴性状态包含JAK2、CALR和MPL基因中每种均不存在突变。
12.根据权利要求10所述的用途，其中所述患者确定具有高分子学风险(HMR)，其中具有HMR包含至少一种选自由ASXL1、EZH2、SRSF2和IDH1/2组成的群组的基因中存在突变。
13.根据权利要求10所述的用途，其中所述患者患有骨髓纤维化，其中所述患者的生物学样本内存在的细胞的平均相对端粒长度确定为相对端粒长度范围(依据一种或更多种已知标准确定)的第50百分位数或更低。
14.根据权利要求10-13中任一项所述的用途，其中所述骨髓纤维化选自由以下各项组成的群组：原发性骨髓纤维化、真性红细胞增多症后骨髓纤维化(post-PV MF)、原发性血小板增多症后骨髓纤维化(post-ET MF)。
15.根据权利要求10-14中任一项所述的用途，其中所述患者先前未曾接受过JAK抑制剂疗法。
16.根据权利要求10-14中任一项所述的用途，其中所述患者：
已接受JAK抑制剂疗法，并且所述患者对JAK抑制剂疗法具有抵抗性；
已接受JAK抑制剂疗法，并且已复发；或
已接受JAK抑制剂疗法，并且由于治疗相关毒性或不耐受性而停止接受JAK抑制剂疗法。
17.根据权利要求10-16中任一项所述的方法，其中所述端粒酶抑制剂是伊美司他。
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