CN112725462B

CN112725462B - 基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的snp分子标记组合及应用

Info

Publication number: CN112725462B
Application number: CN202110053176.3A
Authority: CN
Inventors: 杨秀荣; 杨祝良; 邓继贤
Original assignee: Guangxi University
Current assignee: Guangxi University
Priority date: 2021-01-15
Filing date: 2021-01-15
Publication date: 2022-07-05
Anticipated expiration: 2041-01-15
Also published as: CN112725462A

Abstract

本发明公开了基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，由66个SNP标记组成，它们的信息如表1所示，这些SNP分子标记组合可用于龙胜凤鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

Description

基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用

技术领域

本发明属于分子生物学技术领域，涉及基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用、筛选方法及应用。

背景技术

广西具有丰富的地方鸡种质资源，目前列入中国家禽品种资源志的广西地方鸡品种有6个，分别是广西三黄鸡、霞烟鸡、广西麻鸡(灵山香鸡和里当鸡)、南丹瑶鸡、广西乌鸡(东兰乌鸡和凌云乌鸡)、龙胜凤鸡。其中，龙胜凤鸡俗称瑶山鸡，主要产区为广西壮族自治区龙胜各族自治县境内，属于兼用型地方品种。龙胜凤鸡体型偏小、结构紧凑、羽色颜色丰富、脚为青色、在多数个体中具有胫羽，且部分个体有凤头、胡须等特征。肉质鲜美、肉色以白色为主，且少部分的为浅乌，皮较薄且脂肪含量少。具有较强的抗病力和耐粗饲能力、适合在山区饲养。活体重是肉鸡上市的重要指标，同时，体尺性状(胫围、胫长、体斜长等)作为能够准确反应肉鸡体型外观的量化指标，在遗传选育过程中也具有重要作用。通过有效利用分子标记辅助育种，可以加快龙胜凤鸡在体重、体尺相关性状上的选育进程，提高生产应用的价值。

在早期关于复杂表型的研究中，主要利用QTL定位(QTL mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。自20世纪90年代，QTL的连锁分析法广泛应用于鸡生长、胴体、肉质等性状的研究中。虽然该方法是一种经典的基因定位方法，但其更适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究，所以其对于复杂疾病和遗传力低的性状，检测效果有限，获得的QTL置信区间较大，可能包括数以百计的基因，不利于后续功能基因的精准定位，同时，在不同群体中的可重复性较差。

相比QTL连锁分析的方法，全基因组关联分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有从整个基因组水平检测SNP和整体分析关联性的特点，不再是单一的考虑个别SNP的关联性，具有结果更加可靠等优点。GWAS最早由Risch等人提出，其概念是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略，目前已经成为畜禽目的性状精细定位强有效的方法之一。

发明内容

本发明的目的在于针对现有技术的不足，提供一种与鸡体重、体尺相关的SNP分子标记的筛选方法。

本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用。

本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记组合的用途。

基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用，由66个SNP标记组成，所述SNP标记的编号分别为：chr1_106777817、chr1_106685517、chr1_91615078、chr1_106684863、chr1_88800378、chr4_83448090、chr2_8123822、chr1_107396224、chr1_189579170、chr9_15727577、chr1_88790651、chr2_4279094、chr1_104786808、chr1_88800437、chr1_88800384、chr1_104789905、chr1_169417910、chr1_169434878、chr1_169437223、chr1_169429158、chr1_169423539、chr5_6570060、chr5_6570309、chr1_169441612、chr5_6570066、chr1_169423699、chr5_6570472、chr1_169429114、chr1_169435913、chr1_36043334、chr1_169417302、chr4_76445633、chr4_16760848、chr1_168279364、chr1_168279477、chr2_13421954、chr2_127175516、chr2_127175509、chr2_127176839、chr2_127673307、chr1_116356469、chr6_3797694、chr11_7083327、chr4_80460103、chr13_15452877、chr13_15455520、chr13_15452955、chr13_15460126、chr13_15456335、chr13_15451201、chr13_15460580、chr13_15453040、chr13_15455700、chr13_15451283、chr27_3681522、chr27_3680415、chr27_3683079、chr4_75466966、chr1_35355697、chr27_3681857、chr3_106394946、chr1_106673395、chr2_126719338、chr27_3680273、chr27_3683490、chr27_3681844；核苷酸序列分别如SEQ IDNO.1～66所示，它们的信息如表1所示，表1中提供了每个SNP标记前后共200bp的碱基序列，并且在第100bp处存在碱基变异。

本发明还提供所述SNP分子标记组合在龙胜凤鸡分子标记辅助育种中的应用。

本发明还提供所述SNP分子标记组合在制备检测试剂盒中的应用；所述检测试剂盒用途为用于龙胜凤鸡的育种。

本发明还提供利用分子生物学技术检测龙胜凤鸡基因型的方法，包括以下步骤：根据66个SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物，利用引物对待测龙胜凤鸡材料进行基因分型，从而鉴定待测龙胜凤鸡的基因型。

本发明还提供上述方法在龙胜凤鸡分子标记辅助育种中的应用。

与现有技术相比，本发明具有如下有益效果：

本发明提供了与鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，相比QTL mapping，检测基因组上的变异信息精度更高；相比芯片检测技术，重测序获得的SNP变异信息更多，通过覆盖整个基因组的SNP信息，构建的亲缘关系矩阵也更准确；全基因组关联分析技术，相比单分子标记逐个分析关联显著性，利用生物信息软件进行关联分析效率更高，同时可靠性也更高。

利用本发明筛选得到的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，可用于龙胜凤鸡的分子标记辅助育种，在早期可以直接在基因组水平上选育个体，不依赖表型信息，可显著提高选择效率，加快育种进程，节省中间饲养费用，提高了育种效率，降低了育种成本，具有广泛的应用前景。

具体实施方式

下面结合具体实施方式进行详细描述，但应当理解本发明的保护范围并不受具体实施方式的限制。实施例中采用的原料、动物、仪器、试剂、试剂盒若无特殊说明，皆为市售所得。

实施例1

基于全基因组测序筛选的龙胜凤鸡体重、体尺相关SNP分子标记

(1)群体选择及表型收集：在广西大学动物实验基地饲喂龙胜凤鸡至120日龄，停止喂食24小时，参考中华人民共和国农业行业标准NY/T 823-2004测定体重、体尺等相关性状，包括活体重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、髋宽、胫长、胫围等；最后共收集到289只龙胜凤鸡(142只公鸡，147只母鸡)的表型数据；

(2)表型数据整理及分析：利用R软件对步骤(1)收集到的表型数据进行统计和分析，包括最小值、最大值、平均值、标准差、变异系数(CV)，结果如表2所示；

表2龙胜凤鸡表型测定数据统计分析

(3)DNA提取及测序：采集试验鸡的血液，参考《分子克隆实验指南IV》中的酚仿法提取基因组DNA，通过紫外分光光度计检测DNA纯度，检测合格后送往北京诺禾致源科技股份有限公司进行全基因组重测序，测序平台为Illumina PE150，重测序的深度在5X以上，对测序下机数据进行过滤并获得有效信息，过滤标准主要有：1)过滤掉含有接头序列的reads；2)当单端测序read中N的含量超过该条read长度比例的10％时，去除此对pairedreads；3)当单端测序read中含有的低质量(<＝5)碱基数超过该条read长度比例的50％时，去除此对paired reads。获得有效数据后，对其进行进一步的测序质量评估，检查错误率分布情况。测序错误率及准确度如表3所示。最后获得高质量数据量2613.26Gb；

表3龙胜凤鸡基因组DNA重测序结果统计

(4)基因组数据比对：通过生物信息分析软件BWA、SAMtools对测序获得的基因组数据进行比对及分析；对比参考基因组为鸡的第五版参考基因(GCA_000002315.3)(ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-92/fasta/gallus_gallus/dna/)，参数“mem-t 4-k 32-M”；比对结果利用SAMtools软件的rmdup参数执行去除重复；群体样本平均比对率为98.73％，对基因组(排除gap区)的平均测序深度为7.66X，详细信息见表4；

表4龙胜凤鸡基因组数据比对结果统计

(5)SNP质控及过滤：利用SAMtools软件的mpileup模块进行群体SNP检测，检测时通过以下质控得到高质量的SNPs：1)将质量值Q20即测序错误率大于1％的SNPs过滤掉；2)若检测到两个SNP之间距离在5bp之内，将SNP去除；3)SNP的支持数(覆盖深度)需在平均深度的1/3-5倍之间；经过上述步骤，初步得到的10514973个SNP；再利用VCFtools对群体SNP信息进行初步过滤，过滤参数为“-meanDP 5-thin 10”；转换为PLINK文件格式后，再通过PLINK进一步过滤，过滤参数为“-geno 0.1-mind 0.1-maf 0.05-hwe 1e-6”。最后获得常染色体上的7751243个SNP用于后续的关联分析；

(6)全基因组关联分析(GWAS)：利用GCTA软件进行主成分分析，随后利用GEMMA软件结合表型信息及基因组SNP信息进行关联分析，在某一性状内，剔除表型值离散在平均值±3倍标准差外的个体，主成分的前三个值以及性别作为协变量加入混合线性模型中，模型如下：

y＝Wα+xβ+u+∈；u～MVN_n(0,λτ^-1K),∈～MVN_n(0,τ^-1I_n)

其中y为表型向量，W为固定效应矩阵，α为固定效应对应的系数向量，x为SNP标记向量，β为SNP标记的效应值，u为随机效应向量，∈为残差，τ-¹为残差方差，λ为两个方差组分之间的比例，K为亲缘关系矩阵，I_n为单位矩阵；

(7)筛选并提取与龙胜凤鸡体重、体尺性状相关的SNP分子标记：利用PLINK的“--indep-pairwise 25 5 0.2”参数获得基因组上独立的SNP位点数(1059403)，以1/1059403作为多重检验阈值。通过R软件提取达到显著关联水平的位点，优选出66个SNP分子标记位点，这些位点的信息如表1所示，它们分别与龙胜凤鸡的体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长相关联，可以用于龙胜凤鸡体重、体尺性状的选育。

在龙胜凤鸡育种时，可以利用上述SNP分子标记，在鸡3-4周龄时采集血液并提取基因组DNA，对上述SNP分子标记进行鉴定，保留带有目的性状基因型的个体，可以加快育种速度。

表1 66个分子标记的信息

SEQUENCE LISTING

<110> 广西大学

<120> 基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及

应用

<130> JC

<160> 66

<170> PatentIn version 3.3

<210> 1

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 1

tcaggatgat ctggggctaa catccttctt atttgcatta atataactac ccacaacctg 60

cacataagca gagtagagaa gtaagttgag ggagagaagw tgggaagaac tggacataaa 120

agtatgcatg tgatttctct tccctctttc atgcaacgta ttatttgtca atggcagtga 180

aagcattttt ggaacactag 200

<210> 2

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 2

atgaaaggta tgtaaaatga cagtgtaaaa tgactatttg atcttcctta atgctttctg 60

cactaagagg tgattctcag ttttctaatt ccttggtgar taactcaaga ttgattttgg 120

agtgaattct taaaagtgtg agctataaat ccatgagggt agggatgaca gtggaagggg 180

taatgcagct gtctgttgta 200

<210> 3

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 3

aaattaatat gaatataacg taaacttcaa attgggaagt ttgaacttca ggaccttgtc 60

tgaggcattt gtagaatgtt ctgacattcc tgacacccty actatcttac agatctgtcc 120

tcccctgcat caattaatgc tactgcttag ataaagcaaa acctacacgc tggtgctctt 180

aacgtcaatg cagctcttag 200

<210> 4

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 4

cccgtatgat aatttattgc aagagggcaa tgtctggagc cagcaacaag ctaaatcagt 60

gtgtcttaca tgcatataca gtgataacac ggatcagtcr ctgcaatatt ttgtctgaat 120

gcaagcatgt gtacttgaga gcagacagta cagtaacaaa gatgagttac tggttattgg 180

aacatgtctc atagaatggt 200

<210> 5

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 5

tatatccttg attagaatta gtggaagaat ggggtcaagg agtggcttag cagccccagg 60

agtggacagg gcttcttgca taagagtagt gatggattty ggtagctcag tgataagtgc 120

tttccaaaaa cagtctatga acaagaaaga atttagcagt gtgatatgta gaaatttttg 180

ttgggctttt gtgttataag 200

<210> 6

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 6

ctcacacacg tccctgacag ctcacagtgg caggaggagg acttgagtgg gaggagatgg 60

aggaattaga tggtaacagg cactaactgc accgcagggr ttttatgtct tctgctggcc 120

agaataaaac gtgcttctgg ggccctcagc agtctgtctg ctgctgtgag agatgccctg 180

gcctccccag cccaccctcc 200

<210> 7

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 7

gtctgcgagg tttttgtcag cccatcgagc tgcagaaaca agccgtctaa cagccaaacg 60

cccgcttcgt gccatgaaaa acacactcaa gttttatcty cccgtctgcg tgcatgcgag 120

aagacagata caaggaatat gtaatttata caaaagaggg tatgttcttt tgatgtggtt 180

gcttaaacag catgacttga 200

<210> 8

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 8

tgcaacaaac ctaggcaagg aaatatcttc ctgtttcccc acacagtgtc tgattagatt 60

tgtgatgtca cgtgtgcact gttttcaatg ttatgacccr tgcagggaag ctcctgttgt 120

acataggagc attcatctgc ctgtttctgg tgcagacttc attctcccac tcaggaagaa 180

atacagcaga aagggctttg 200

<210> 9

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 9

tgcagaatta tttcctgtta ttctttatga ccactgtaaa acttagctca aactcatcag 60

ctttctgatt tcatcactac gcaggcaagg aaagcctgty ggtatctcag aaactctttg 120

cttagcctag aaagccttat gcagaattcc ttgtcttcct gccaaacagc atggtttctt 180

cctgagttct cagtaagttt 200

<210> 10

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 10

gagcaggggg gaaggatcac ttaccttgac ctgctggcaa cactgtgacc cctggggcac 60

tttgctagtc attagccccc aaccagactt cacatcaccr agcacacatg aggtcccaca 120

ttcactgctc tctccccatc catcaggctg atcgtttcac aacaggggtt catcccgttg 180

gccaaacaca accttccctt 200

<210> 11

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 11

attgattaag gtgtagagaa gatccaaagc cctttagctt ctactttcta taggacagca 60

gcacaatgac cagtctttag cctttaccaa tctgtgttty aatgctgcgc tgaactaaat 120

gttgtttttt gtacagagac tgtatgaaag cagattgggt ggaattttgt atgttgataa 180

tgttgtagga atttcaagtg 200

<210> 12

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 12

agagctctcc tgaagtccta taattcgagt aattaaaagt gtccccagag agctatattc 60

tcaagatgtg ggaagtttcg taagctgtac ctgaaattay aatactatag actaacaatg 120

tgaagcctgg caaagaatat gcttgctgat tataaataca tgactgttgg ataaatatta 180

gaaagaggag agctatgtac 200

<210> 13

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 13

gacgatgcag tcggtgggcg acaaaccgct ggaagcacgg atgcctcagc tgcagcagat 60

gagccccacg cagatcacgt tcaatgcaga tgctgtcagy ggccagtgtt agtctggcag 120

gccaggattt gtattgctgt tgtctgggac ccagcctttt ttatttctaa acagaaggga 180

aagccacagg cgtgtcacca 200

<210> 14

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 14

gagtggacag ggcttcttgc ataagagtag tgatggattt tggtagctca gtgataagtg 60

ctttccaaaa acagtctatg aacaagaaag aatttagcas tgtgatatgt agaaattttt 120

gttgggcttt tgtgttataa gtcctgatta ctttgagttt taaacaatga atgtatttaa 180

atggatcttt aattgatgaa 200

<210> 15

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 15

cttgattaga attagtggaa gaatggggtc aaggagtggc ttagcagccc caggagtgga 60

cagggcttct tgcataagag tagtgatgga ttttggtagy tcagtgataa gtgctttcca 120

aaaacagtct atgaacaaga aagaatttag cagtgtgata tgtagaaatt tttgttgggc 180

ttttgtgtta taagtcctga 200

<210> 16

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 16

tgggggaaag agcacaactc ttgcgaggtg gagcaactgg agcttatggg gctttttgag 60

gtgttattta tgcccagaac ccaatggaaa cagaggaccr gtggtgaagc acttgaagag 120

cttgcacttt acagcaactg acatttgcga caaaatccat ccgtgtaact gcaaaatgat 180

ggagtcaggt ctccaggcaa 200

<210> 17

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 17

ggcacgggca gatgatggag ctaccaaacg aagtggctgc agagtgttgg taggacgcag 60

aggaggtgct caggaggtaa tagtttcccc ggtgcgactr aaaagcagca ggctgctgta 120

gcagcaacgc tcgctgttag gtgagagctc tgggtgcagc ccactcggat aggtagcagt 180

gccgtacacc tgtcgggcgg 200

<210> 18

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 18

atattttcac actggatact ttctcctcag ctgcctctcg tgtagtagtt gactccttct 60

taaacagaac tgtttgctgt ctccctttaa tatcttcttr aaagttttat gtactgtgaa 120

gcttatgaca atccaactag aaaataagta tgttgtacaa gtatactaat accgatgctt 180

gtcacagtaa tactttgtca 200

<210> 19

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 19

gtgtggctgt aataggcaac catcaccttg actttctgta cagggtagtt ttgtcttacg 60

gcttcgctta ttgtttgaag cagtaaacag acacatgggm atgggtcacc caaaaagctt 120

ttaaaaaggt ctatcaccaa agaatgttaa cacagtgaag tgttgagata cgtaagattc 180

cttgtggatt aataaacggt 200

<210> 20

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 20

gccagactgg atggggcttt gagcaacctg gtctagaggg aggtgtccct gcctagagca 60

aggggttgga actaggtgac cttaaaggtc ccttccaacm caaaccattc tatgattcaa 120

taattctata tcttaagaca ctttttgaac agaacttaca gctggagcac cgatcttgag 180

aaagaggagt tgaatttgtc 200

<210> 21

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 21

cttagctcct gggcgtattc atcccataga cttgctccag cccctgagaa aagtgtatct 60

gtagaaatgt tagctttttt cccctacttg tgtaaattcy cttgtgtcag gtgagagaaa 120

ctgccgacac gaggctgtag tctggagacc caggcatttc tttgggaaac ctggatttag 180

gccccgggag gatctggaga 200

<210> 22

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 22

gttttgaaaa actgattgcc gatcatttac aaacattttc ttgcaataaa caactcatga 60

agcgctttgt aaaggaagca ttttgtaaag ccagttctcr tatcataagg gatggagaca 120

aaagacaaca gctagaaatg cttttctata ggcaaattag atattaaaaa cagcctggag 180

tagaaactct tgataatacc 200

<210> 23

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 23

aacttagtta atatttatgc aaggtccaaa ggcacataaa tacttagaaa gtagggtgct 60

gaatcaccac tattgaaaca tactgaggaa aagataaatr gagctgggtt tttacagaat 120

cagacaccac aaattaactt ccctgtttct agaggaactg ttgatcaaaa ataactaccc 180

atatgttcag agtaagtaac 200

<210> 24

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 24

agctgttaca ggggaaaaag aacttaattt gtgtacgata tactggtctt aacttcttag 60

ctttttaaga tgtctttcta agtatcctgc tgtatgctcr taaagtattt aaagatacga 120

gtcattgcat ttgctgaagt attcagtgca tcatttaaaa tgactaccaa aggagagagg 180

tggattcact tcacataaca 200

<210> 25

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 25

aaaaactgat tgccgatcat ttacaaacat tttcttgcaa taaacaactc atgaagcgct 60

ttgtaaagga agcattttgt aaagccagtt ctcgtatcay aagggatgga gacaaaagac 120

aacagctaga aatgcttttc tataggcaaa ttagatatta aaaacagcct ggagtagaaa 180

ctcttgataa tacctccttg 200

<210> 26

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 26

tttgggaaac ctggatttag gccccgggag gatctggaga ccccaaatct gtcatttaaa 60

gttctataga aaatcagtat taagtggaag agagggacty atattcacct accccactga 120

gatgacattc cccccggctt cctatacttg ggagttccct atatggatca agaatcacac 180

ttgggtatcc caaacggccg 200

<210> 27

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 27

atcaaaaata actacccata tgttcagagt aagtaaccag catctgcaca cctggagttt 60

gtagcagtaa gtgaacctca aaaatacctc ttaagatccy atcagaaagg gttacagttc 120

cttaaagctt aattatagag gtgatttagg gaagtagagt gctgtccaag gtggcataca 180

tgtgaagagt accacaacaa 200

<210> 28

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 28

tttttaaatt ttctgtgtaa cagtagatgg gagaagcatt caaggccaga ctggatgggg 60

ctttgagcaa cctggtctag agggaggtgt ccctgcctak agcaaggggt tggaactagg 120

tgaccttaaa ggtcccttcc aacacaaacc attctatgat tcaataattc tatatcttaa 180

gacacttttt gaacagaact 200

<210> 29

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 29

atgaaatgtt agtgccttgc tgatagagaa atgatagatt ggtctgttgg tctctatatg 60

ctaactagtc aaataagtta aatttatcag actaaaccay aaaatataat tacaagtggt 120

tccatatctg agcaggagaa gcctggcaag agctctgaat gagctgacag agtggacaca 180

gtgaccgtga aatacagcag 200

<210> 30

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 30

aaataagaat ttagcttcat tacagaatgt cggtcatgac tgaccttcaa aggcaggaca 60

gcaaaacatt acttaaagtg cttttagcaa caacaaagas agacaaagac tttgtaccac 120

tctgcttacc tccctgggta atcccccttt ccatggcagt tttgatattg tagggactga 180

ataaccatca ttcagctgac 200

<210> 31

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 31

acctaaaaat atatatatct cctacccggc ccctgccaat aatttgcaaa ataaataaat 60

acaaaggcaa agcagcagca ttttgaccga gggaagcaak gcatggggaa cccgtgccac 120

acacctcccc tctgcctcac gtccccctca tgtctgtggg acacatcctc agtcctcctg 180

cctgagggta catcagcagt 200

<210> 32

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 32

ggatggttgc ctttttggct gccagggcac actgccaact tagactcaac ttgctgtcat 60

ccagaagccc caggtccctt cccagcctct cattccccgr tctgtacagg attgccccat 120

tgcaggtaca ggttctacca cttgctgttg ttgaacttca tgcagttggt gactgcccag 180

cccttgagtt tgcaaattct 200

<210> 33

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 33

agttagatgt gatcaatgca gtttctataa ttaaagtgaa ggtgtttgag tctgctcagt 60

agtttattta tgcctgtaat aaatgttgca tttacaacty tgtgccaatt aatgcaactg 120

aaatcaccca tagcatggca taactagaag ttgtgtttgt aaaggtcact actgaaacca 180

ctacattaat tcactgaagg 200

<210> 34

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 34

aatgtaaaat ctatgggtac tttttcttaa aacatgattg taaacaattt ctgtgaaatg 60

ctatggttac aatgatcttg ttaagcttaa cagctttaar tgcacatata atgtctgatt 120

tgcaagtact aacatataac ctttcgttct ttttattctg caccaccttt ctttcattct 180

tttcttcaaa aattatgcat 200

<210> 35

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 35

tctgatttgc aagtactaac atataacctt tcgttctttt tattctgcac cacctttctt 60

tcattctttt cttcaaaaat tatgcatttt gtattaatcr cctttgaatt gcatcttcat 120

tgccatacaa ccctaatgcc atatatgaaa tgctgctgcc cgccctcttc ccccaccccg 180

gtccttacac caccatggtt 200

<210> 36

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 36

actaactggg gctttgccat agattttata aacaaattct tagaatcccg ccaagtcagc 60

tgatatttct cagaaatatt ttgttatgaa attgttagcr ttttgatgca agtctttaaa 120

agtcagttta aaccaaacat attcattgaa gccagaagtc ggggtacttt accagaatgt 180

cactctaaac acaataggat 200

<210> 37

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 37

tatctcaggg ctatgtctaa tcaggtttga acatctctaa gactggagac ttcataacct 60

ctctgggcaa cctgtgccag ctttcaactg cattcacagy aaagcagttt ttcctaagtt 120

tgaacagaat gtcctatatt ttagtttatg tctgtttttc ttgtcttgta aatggacact 180

atggggaagt ctggttccat 200

<210> 38

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 38

cagcagttat ctcagggcta tgtctaatca ggtttgaaca tctctaagac tggagacttc 60

ataacctctc tgggcaacct gtgccagctt tcaactgcay tcacagtaaa gcagtttttc 120

ctaagtttga acagaatgtc ctatatttta gtttatgtct gtttttcttg tcttgtaaat 180

ggacactatg gggaagtctg 200

<210> 39

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 39

gctgatgaca ccaaccaagt tgagtggcgc agttgacaga gcagaaggaa gggatgccat 60

ccagagggac ctgaaaaggc ttgaaaagtg ggcctacacr aaccttagga ggttcaacaa 120

ggtcaagcgc gagttgttgc actggggtca gggcaatccc agatatgtgt gcaaattgag 180

ggaagaactc gttgagggca 200

<210> 40

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 40

ttcctatagt gttagttgtc agcctaacaa acttgggtgt taatttaaac acacttttag 60

taatgcaagt gggatgactg tcatttcacc ctaagttccr tgacatggtt gttgccttgc 120

tatacttgga tgcaaactgc tctgagtcaa atgccagaat accagtgttg gtatttatta 180

aagtgtaaat caataccaga 200

<210> 41

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 41

aaaaaacaaa aaaagacaat tcctcatcaa tttcagtaga tgaatttgtc aagtatgcct 60

caagtttatt ggtaagttta acattttaag aatcttttas aactttcatg ctgttaaatg 120

agtgtagtgt tagaaactaa tgacacaaag tacaaatcct acgtatcact gcattaatta 180

tactttacaa aaataaaatc 200

<210> 42

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 42

acaaggtctc tacagaacgt gcaaagagta ctgccggtac ttgagctgta caaggagcat 60

cccacaactt tttcacttct tctcttgctc catgaacaar tgaagagatc tacagaataa 120

gtaaaacctt aattctttca aatgcatgac atattaacac tgtcttcagt gtaatattaa 180

actgattttc tatgcacgat 200

<210> 43

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 43

gtctttgggg tctcttcttg cctgtgacct ggaaacagca tcctttctgc ctcccaggtc 60

ctctctttgg ggggtgggta tagataagcc acagctcagm aaggtcagcc tgctctgggt 120

ttcatctaac aggcaaggtt tgggatgggc agagaacaat gctataggat tgtgaggtgt 180

gggagctgct gtgctccagc 200

<210> 44

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 44

gtgggatatg tacctgtgtg gaagtgtttt gacagctggg tggtcaagta gtcatggagc 60

attttatcga tggctatgag cgtatggagc ttaaaatacr aatgcttgcc aaacacttgc 120

accactgctg tgatgtttcc cagtctcgat gatattgtgt taatgccttg tttccttcgg 180

tttgctgtcg agtgggaaca 200

<210> 45

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 45

tttggtggct gctggagcat tgcactgctc cgtgtttcta tgacagctgt gcactgggac 60

atctcctcaa cacaaacgca acaggagcga gcctgttgty ggcgtggctt tttttttttt 120

cctcctgaga caacaaatgt ttccaaatct gaaaaaataa aaaatgaaat aacgaaatgc 180

tgcactcagc tgtcatttca 200

<210> 46

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 46

ggatcctgcc agcccacccc cgagcattta tttttagaag aagactcatt cctctcccac 60

ctcctctgtg atctgagttg gatggctgca gtggtaaccy gtttgctgga tttccagcag 120

tggaaaactg cttgctcctg ggtaaacact gaggaatgta tatatataca taaaacaagt 180

gatgtttcca tgttgcaggc 200

<210> 47

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 47

caacaggagc gagcctgttg tcggcgtggc tttttttttt ttcctcctga gacaacaaat 60

gtttccaaat ctgaaaaaat aaaaaatgaa ataacgaaay gctgcactca gctgtcattt 120

cagacccacg ctgccagggc cgggctgctc ccagctgtcc agaggagatc tgcaaatccc 180

catgctgggc tcagtgcaca 200

<210> 48

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 48

tccttgtaag accttcaatt acccatcagc caccttctcc ttcctgctgc actcatcctt 60

acagcccctg gaaaacagat ggtgcctgca gcttgcctty gagcttaatg gatctggtgt 120

ctggtgggcc aagggagagg gagcacagtg cagaaagagg ggctgtgatg agggcctcca 180

ccaggtgctc tcctggtccc 200

<210> 49

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 49

aggtgttcca tccctcggag catttttgtg gccctttcct ggatgtgttt caacatgtcc 60

atgtctctca tctatggagg attccacaat tggcagtccy cgtgcctggt gctcacccat 120

ggctgcagca tcagaagggt tttaatacag aagtggggaa ggatttctgt ggctgtaact 180

cccagatttt tgtaacagag 200

<210> 50

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 50

agtgctaaaa gtcatcctcg ttcagagcag tcgatggtct cattacattt tcctacactg 60

aaaagatggg gcaggtggaa tctgctatcc ttcccagaay gaggctaatt tgggaccaag 120

ctaatgagtt ttgaaatatt tatttgcatt gcaaaacagc aaagagagtc tgaaagaaga 180

taccagaatc ctgcttataa 200

<210> 51

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 51

ggacacgtac acagcccatc cctgcttgtt ctaagggtgc ctcggggagc actgtcactg 60

tatctgctgt atttctttgt ggtttttttc cctcttagam tttttctggc aggaactcca 120

gcacgaccat caggcaaatc tcctttaaag ccactacctg ctgctgctca tagccagcaa 180

tggggataag cccccacatg 200

<210> 52

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 52

atgaaataac gaaatgctgc actcagctgt catttcagac ccacgctgcc agggccgggc 60

tgctcccagc tgtccagagg agatctgcaa atccccatgy tgggctcagt gcacacgagc 120

agctcagcct tgccaacatc cctcatccca tgccagcagc acgcaggagg ctctgattga 180

agatgtcaac agccactgct 200

<210> 53

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 53

gatgtttcca tgttgcaggc agatgctgag acataaaaga ggagcagtag gtttgaatgt 60

gactcaaaag ttgatctgta aaaccctgac cagcgacgcy gaaacccatg gcagcaacat 120

gcagctgcag ggctgtgtca tatgatcata gaatcacaga atcacataac catgtgagtt 180

ggaagttacc tctaaaggtc 200

<210> 54

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 54

tgctatcctt cccagaacga ggctaatttg ggaccaagct aatgagtttt gaaatattta 60

tttgcattgc aaaacagcaa agagagtctg aaagaagatr ccagaatcct gcttataagc 120

acagcagcat gtatgcctgc acacagctca cacacatttt tttttttcaa gcaaaagcaa 180

accagattgc attacccaat 200

<210> 55

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 55

tggagggcac tgtgtcaggc acaccacaac aggaaccccc tgagaagtgt cagaatggtg 60

ctctgctcca ggctaaccac cccaatccca ccctccatcy catcaaccaa tgctgccttg 120

ctaattccta ccaatttcct gccttctgct gtccatccca aatggatgga cccccttaga 180

tggcacattt tgggggggta 200

<210> 56

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 56

tggtatctgt gtatttgctt gcttggcttc aaattacttt tatactattt ctttttcatc 60

tgaaagactg tgagaaactt cagagcaatg ctgatgtccr aaggggatca caaacagatg 120

ccctgaaata accataactg tgaacacccc atcacttaat gctggatatt tatttcactc 180

tattaactcc ctaccataca 200

<210> 57

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 57

gctttttgta tcacggaacc cacttctgtt aatgcagtcc gtaacttttg gctttagctg 60

taaatatttt agggggtttg tgagtgctca gagcagcacr ccgtgctttt agggctatcc 120

ctctgaatct gatgtctctg agatatcaga acacatctga tattgctctc attcaacgct 180

gaaaacgttg gtgcaatgat 200

<210> 58

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 58

gagcattttt gtgaccctcc tctggatgca ttccaacagc tccacgtctg tcctgtactg 60

aggactccac atctggacgc agtactccag atgaggtcty accagcacag agcagatggg 120

caggatcacc tccgtctccc tgctggccac gctgcttttg atgcagccca ggatacagtt 180

ggctttctgg gcagcgaggg 200

<210> 59

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 59

tttctcatac cctgttctga aacagaacga agttgtagtg agttgttagg ccattagtga 60

agtgatgaac tttccttgtc ccatacaagc attttatcts gttaaaatat ggttatacat 120

tgttgcttac tcttgtttga agatgtcagc acctctcatc cccttccttt ctctctctgg 180

tcagaaatgt ccacaaaact 200

<210> 60

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 60

agcacagcgg gtctccctaa ggtgaccctc acacctgaca acaggagaga tgggaattaa 60

tacaggtttt gccagggaag caggtgatgt gtggaaatar ggctcagacc aataaatacc 120

atttgtatgc tgcccacagt tcttgatttc gcgatatact cgtgtttaat taccattaat 180

gcaaacataa tttaaaaggt 200

<210> 61

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 61

atagaatggc ctgggttgaa aaggaccaca atgaccatct ggtttcaacc ccctgctatg 60

tgcagggtcg ccaaccagca gaccaggctg cccagagccr catccagcct ggccttgaat 120

gcctccaggg atggggcatc cacagcctcc ttgggcaacc tgttcagtgc gtcaccaccc 180

tctgggtgga aaaacttcct 200

<210> 62

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 62

ttttgtgttg aagctttgca ctgcatcttg tgtcctgctt tatttttgag tttcgttcat 60

gacacatctt tggtcacagt cattgtgata tctgaacagy aagtcatctt gtttgctctc 120

taaactggag aattacagtt ccttgatcag ttgggaacca aggtgccagc agccaaacga 180

caagcaggtg atatttgtat 200

<210> 63

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 63

taatctacag ttcatagaat catagaatgg cctgggttga aaaggaccac aatgatcatc 60

gagtttcaac ccccctgcta tgtgcagggt caccaaccas cagaccaggc tgcccagagc 120

cacatccagc ctggccttga atgcctccag ggatggggca tccacagcct ccttgggcaa 180

cctgttccag tgtgtcacca 200

<210> 64

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 64

tataagggga gctgtgatgg gcaaaggctg gagaagagca aggtcgacat ctttaataga 60

ctctctgtta tgctgggtgg gggggaagca gcacatggcy cttttctgtc agtgctcccc 120

tccttgtccc tgcactcgtg tctggtatct gtgtatttgc ttgcttggct tcaaattact 180

tttatactat ttctttttca 200

<210> 65

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 65

cctgcagggc aatgcagatt ccagaagcat ctataacaaa gagtgaggtg agagacaata 60

aaccacatcc gtgagccaca atcaaaacca tttctgtgcr gagtttgtgg agctggaata 120

gtaattaaga gctcagatgt ccgaggctgt tgagccaaac tgtggacgtg aggactaaga 180

acagcctgaa accaataaac 200

<210> 66

<211> 200

<212> DNA

<213> Gallus gallus domesticus

<400> 66

tggatgggag agaagcacag cgggtctccc taaggtgacc ctcacacctg acaacaggag 60

agatgggaat taatacaggt tttgccaggg aagcaggtgm tgtgtggaaa taaggctcag 120

accaataaat accatttgta tgctgcccac agttcttgat ttcgcgatat actcgtgttt 180

aattaccatt aatgcaaaca 200

Claims

1.基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合，其特征在于，由66个SNP标记组成，所述SNP标记的编号分别为：chr1_106777817、chr1_106685517、chr1_91615078、chr1_106684863、chr1_88800378、chr4_83448090、chr2_8123822、chr1_107396224、chr1_189579170、chr9_15727577、chr1_88790651、chr2_4279094、chr1_104786808、chr1_88800437、chr1_88800384、chr1_104789905、chr1_169417910、chr1_169434878、chr1_169437223、chr1_169429158、chr1_169423539、chr5_6570060、chr5_6570309、chr1_169441612、chr5_6570066、chr1_169423699、chr5_6570472、chr1_169429114、chr1_169435913、chr1_36043334、chr1_169417302、chr4_76445633、chr4_16760848、chr1_168279364、chr1_168279477、chr2_13421954、chr2_127175516、chr2_127175509、chr2_127176839、chr2_127673307、chr1_116356469、chr6_3797694、chr11_7083327、chr4_80460103、chr13_15452877、chr13_15455520、chr13_15452955、chr13_15460126、chr13_15456335、chr13_15451201、chr13_15460580、chr13_15453040、chr13_15455700、chr13_15451283、chr27_3681522、chr27_3680415、chr27_3683079、chr4_75466966、chr1_35355697、chr27_3681857、chr3_106394946、chr1_106673395、chr2_126719338、chr27_3680273、chr27_3683490、chr27_3681844；核苷酸序列分别如SEQ IDNO.1~66所示，它们的信息如表1所示，表1中提供了每个SNP标记前后共200bp的碱基序列，并且在第100bp处存在碱基变异。

2.如权利要求1所述SNP分子标记组合在龙胜凤鸡体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长性状辅助育种中的应用。

3.利用分子生物学技术检测龙胜凤鸡基因型的方法，其特征在于，包括以下步骤：根据权利要求1所述66个SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物，利用引物对待测龙胜凤鸡材料进行基因分型，从而鉴定待测龙胜凤鸡的基因型。

4.根据权利要求3所述方法在龙胜凤鸡体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长性状辅助育种中的应用。