CN112725462B - 基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的snp分子标记组合及应用 - Google Patents
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Abstract
本发明公开了基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合,由66个SNP标记组成,它们的信息如表1所示,这些SNP分子标记组合可用于龙胜凤鸡的分子标记辅助育种,在早期可以直接在基因组水平上选育个体,不依赖表型信息,可显著提高选择效率,加快育种进程,节省中间饲养费用,提高了育种效率,降低了育种成本,具有广泛的应用前景。
Description
技术领域
本发明属于分子生物学技术领域,涉及基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用、筛选方法及应用。
背景技术
广西具有丰富的地方鸡种质资源,目前列入中国家禽品种资源志的广西地方鸡品种有6个,分别是广西三黄鸡、霞烟鸡、广西麻鸡(灵山香鸡和里当鸡)、南丹瑶鸡、广西乌鸡(东兰乌鸡和凌云乌鸡)、龙胜凤鸡。其中,龙胜凤鸡俗称瑶山鸡,主要产区为广西壮族自治区龙胜各族自治县境内,属于兼用型地方品种。龙胜凤鸡体型偏小、结构紧凑、羽色颜色丰富、脚为青色、在多数个体中具有胫羽,且部分个体有凤头、胡须等特征。肉质鲜美、肉色以白色为主,且少部分的为浅乌,皮较薄且脂肪含量少。具有较强的抗病力和耐粗饲能力、适合在山区饲养。活体重是肉鸡上市的重要指标,同时,体尺性状(胫围、胫长、体斜长等)作为能够准确反应肉鸡体型外观的量化指标,在遗传选育过程中也具有重要作用。通过有效利用分子标记辅助育种,可以加快龙胜凤鸡在体重、体尺相关性状上的选育进程,提高生产应用的价值。
在早期关于复杂表型的研究中,主要利用QTL定位(QTL mapping)来寻找表型变异和基因组变异之间的关联。自20世纪90年代,QTL的连锁分析法广泛应用于鸡生长、胴体、肉质等性状的研究中。虽然该方法是一种经典的基因定位方法,但其更适用于单基因疾病或单基因控制性状的遗传研究,所以其对于复杂疾病和遗传力低的性状,检测效果有限,获得的QTL置信区间较大,可能包括数以百计的基因,不利于后续功能基因的精准定位,同时,在不同群体中的可重复性较差。
相比QTL连锁分析的方法,全基因组关联分析(Genome-wide associationstudies,GWAS)具有从整个基因组水平检测SNP和整体分析关联性的特点,不再是单一的考虑个别SNP的关联性,具有结果更加可靠等优点。GWAS最早由Risch等人提出,其概念是应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(SNP)为分子遗传标记,进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析,通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略,目前已经成为畜禽目的性状精细定位强有效的方法之一。
发明内容
本发明的目的在于针对现有技术的不足,提供一种与鸡体重、体尺相关的SNP分子标记的筛选方法。
本发明的另一个目的在于提供上述筛选方法筛选得到的基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用。
本发明的另一个目的在于提供上述SNP标记组合的用途。
基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及应用,由66个SNP标记组成,所述SNP标记的编号分别为:chr1_106777817、chr1_106685517、chr1_91615078、chr1_106684863、chr1_88800378、chr4_83448090、chr2_8123822、chr1_107396224、chr1_189579170、chr9_15727577、chr1_88790651、chr2_4279094、chr1_104786808、chr1_88800437、chr1_88800384、chr1_104789905、chr1_169417910、chr1_169434878、chr1_169437223、chr1_169429158、chr1_169423539、chr5_6570060、chr5_6570309、chr1_169441612、chr5_6570066、chr1_169423699、chr5_6570472、chr1_169429114、chr1_169435913、chr1_36043334、chr1_169417302、chr4_76445633、chr4_16760848、chr1_168279364、chr1_168279477、chr2_13421954、chr2_127175516、chr2_127175509、chr2_127176839、chr2_127673307、chr1_116356469、chr6_3797694、chr11_7083327、chr4_80460103、chr13_15452877、chr13_15455520、chr13_15452955、chr13_15460126、chr13_15456335、chr13_15451201、chr13_15460580、chr13_15453040、chr13_15455700、chr13_15451283、chr27_3681522、chr27_3680415、chr27_3683079、chr4_75466966、chr1_35355697、chr27_3681857、chr3_106394946、chr1_106673395、chr2_126719338、chr27_3680273、chr27_3683490、chr27_3681844;核苷酸序列分别如SEQ IDNO.1~66所示,它们的信息如表1所示,表1中提供了每个SNP标记前后共200bp的碱基序列,并且在第100bp处存在碱基变异。
本发明还提供所述SNP分子标记组合在龙胜凤鸡分子标记辅助育种中的应用。
本发明还提供所述SNP分子标记组合在制备检测试剂盒中的应用;所述检测试剂盒用途为用于龙胜凤鸡的育种。
本发明还提供利用分子生物学技术检测龙胜凤鸡基因型的方法,包括以下步骤:根据66个SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物,利用引物对待测龙胜凤鸡材料进行基因分型,从而鉴定待测龙胜凤鸡的基因型。
本发明还提供上述方法在龙胜凤鸡分子标记辅助育种中的应用。
与现有技术相比,本发明具有如下有益效果:
本发明提供了与鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合,相比QTL mapping,检测基因组上的变异信息精度更高;相比芯片检测技术,重测序获得的SNP变异信息更多,通过覆盖整个基因组的SNP信息,构建的亲缘关系矩阵也更准确;全基因组关联分析技术,相比单分子标记逐个分析关联显著性,利用生物信息软件进行关联分析效率更高,同时可靠性也更高。
利用本发明筛选得到的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合,可用于龙胜凤鸡的分子标记辅助育种,在早期可以直接在基因组水平上选育个体,不依赖表型信息,可显著提高选择效率,加快育种进程,节省中间饲养费用,提高了育种效率,降低了育种成本,具有广泛的应用前景。
具体实施方式
下面结合具体实施方式进行详细描述,但应当理解本发明的保护范围并不受具体实施方式的限制。实施例中采用的原料、动物、仪器、试剂、试剂盒若无特殊说明,皆为市售所得。
实施例1
基于全基因组测序筛选的龙胜凤鸡体重、体尺相关SNP分子标记
(1)群体选择及表型收集:在广西大学动物实验基地饲喂龙胜凤鸡至120日龄,停止喂食24小时,参考中华人民共和国农业行业标准NY/T 823-2004测定体重、体尺等相关性状,包括活体重、体斜长、龙骨长、胸深、胸宽、髋宽、胫长、胫围等;最后共收集到289只龙胜凤鸡(142只公鸡,147只母鸡)的表型数据;
(2)表型数据整理及分析:利用R软件对步骤(1)收集到的表型数据进行统计和分析,包括最小值、最大值、平均值、标准差、变异系数(CV),结果如表2所示;
表2龙胜凤鸡表型测定数据统计分析
(3)DNA提取及测序:采集试验鸡的血液,参考《分子克隆实验指南IV》中的酚仿法提取基因组DNA,通过紫外分光光度计检测DNA纯度,检测合格后送往北京诺禾致源科技股份有限公司进行全基因组重测序,测序平台为Illumina PE150,重测序的深度在5X以上,对测序下机数据进行过滤并获得有效信息,过滤标准主要有:1)过滤掉含有接头序列的reads;2)当单端测序read中N的含量超过该条read长度比例的10%时,去除此对pairedreads;3)当单端测序read中含有的低质量(<=5)碱基数超过该条read长度比例的50%时,去除此对paired reads。获得有效数据后,对其进行进一步的测序质量评估,检查错误率分布情况。测序错误率及准确度如表3所示。最后获得高质量数据量2613.26Gb;
表3龙胜凤鸡基因组DNA重测序结果统计
(4)基因组数据比对:通过生物信息分析软件BWA、SAMtools对测序获得的基因组数据进行比对及分析;对比参考基因组为鸡的第五版参考基因(GCA_000002315.3)(ftp://ftp.ensembl.org/pub/release-92/fasta/gallus_gallus/dna/),参数“mem-t 4-k 32-M”;比对结果利用SAMtools软件的rmdup参数执行去除重复;群体样本平均比对率为98.73%,对基因组(排除gap区)的平均测序深度为7.66X,详细信息见表4;
表4龙胜凤鸡基因组数据比对结果统计
(5)SNP质控及过滤:利用SAMtools软件的mpileup模块进行群体SNP检测,检测时通过以下质控得到高质量的SNPs:1)将质量值Q20即测序错误率大于1%的SNPs过滤掉;2)若检测到两个SNP之间距离在5bp之内,将SNP去除;3)SNP的支持数(覆盖深度)需在平均深度的1/3-5倍之间;经过上述步骤,初步得到的10514973个SNP;再利用VCFtools对群体SNP信息进行初步过滤,过滤参数为“-meanDP 5-thin 10”;转换为PLINK文件格式后,再通过PLINK进一步过滤,过滤参数为“-geno 0.1-mind 0.1-maf 0.05-hwe 1e-6”。最后获得常染色体上的7751243个SNP用于后续的关联分析;
(6)全基因组关联分析(GWAS):利用GCTA软件进行主成分分析,随后利用GEMMA软件结合表型信息及基因组SNP信息进行关联分析,在某一性状内,剔除表型值离散在平均值±3倍标准差外的个体,主成分的前三个值以及性别作为协变量加入混合线性模型中,模型如下:
y=Wα+xβ+u+∈;u~MVNn(0,λτ-1K),∈~MVNn(0,τ-1In)
其中y为表型向量,W为固定效应矩阵,α为固定效应对应的系数向量,x为SNP标记向量,β为SNP标记的效应值,u为随机效应向量,∈为残差,τ-1为残差方差,λ为两个方差组分之间的比例,K为亲缘关系矩阵,In为单位矩阵;
(7)筛选并提取与龙胜凤鸡体重、体尺性状相关的SNP分子标记:利用PLINK的“--indep-pairwise 25 5 0.2”参数获得基因组上独立的SNP位点数(1059403),以1/1059403作为多重检验阈值。通过R软件提取达到显著关联水平的位点,优选出66个SNP分子标记位点,这些位点的信息如表1所示,它们分别与龙胜凤鸡的体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长相关联,可以用于龙胜凤鸡体重、体尺性状的选育。
在龙胜凤鸡育种时,可以利用上述SNP分子标记,在鸡3-4周龄时采集血液并提取基因组DNA,对上述SNP分子标记进行鉴定,保留带有目的性状基因型的个体,可以加快育种速度。
表1 66个分子标记的信息
SEQUENCE LISTING
<110> 广西大学
<120> 基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合及
应用
<130> JC
<160> 66
<170> PatentIn version 3.3
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<213> Gallus gallus domesticus
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<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 21
cttagctcct gggcgtattc atcccataga cttgctccag cccctgagaa aagtgtatct 60
gtagaaatgt tagctttttt cccctacttg tgtaaattcy cttgtgtcag gtgagagaaa 120
ctgccgacac gaggctgtag tctggagacc caggcatttc tttgggaaac ctggatttag 180
gccccgggag gatctggaga 200
<210> 22
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 22
gttttgaaaa actgattgcc gatcatttac aaacattttc ttgcaataaa caactcatga 60
agcgctttgt aaaggaagca ttttgtaaag ccagttctcr tatcataagg gatggagaca 120
aaagacaaca gctagaaatg cttttctata ggcaaattag atattaaaaa cagcctggag 180
tagaaactct tgataatacc 200
<210> 23
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 23
aacttagtta atatttatgc aaggtccaaa ggcacataaa tacttagaaa gtagggtgct 60
gaatcaccac tattgaaaca tactgaggaa aagataaatr gagctgggtt tttacagaat 120
cagacaccac aaattaactt ccctgtttct agaggaactg ttgatcaaaa ataactaccc 180
atatgttcag agtaagtaac 200
<210> 24
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 24
agctgttaca ggggaaaaag aacttaattt gtgtacgata tactggtctt aacttcttag 60
ctttttaaga tgtctttcta agtatcctgc tgtatgctcr taaagtattt aaagatacga 120
gtcattgcat ttgctgaagt attcagtgca tcatttaaaa tgactaccaa aggagagagg 180
tggattcact tcacataaca 200
<210> 25
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 25
aaaaactgat tgccgatcat ttacaaacat tttcttgcaa taaacaactc atgaagcgct 60
ttgtaaagga agcattttgt aaagccagtt ctcgtatcay aagggatgga gacaaaagac 120
aacagctaga aatgcttttc tataggcaaa ttagatatta aaaacagcct ggagtagaaa 180
ctcttgataa tacctccttg 200
<210> 26
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 26
tttgggaaac ctggatttag gccccgggag gatctggaga ccccaaatct gtcatttaaa 60
gttctataga aaatcagtat taagtggaag agagggacty atattcacct accccactga 120
gatgacattc cccccggctt cctatacttg ggagttccct atatggatca agaatcacac 180
ttgggtatcc caaacggccg 200
<210> 27
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 27
atcaaaaata actacccata tgttcagagt aagtaaccag catctgcaca cctggagttt 60
gtagcagtaa gtgaacctca aaaatacctc ttaagatccy atcagaaagg gttacagttc 120
cttaaagctt aattatagag gtgatttagg gaagtagagt gctgtccaag gtggcataca 180
tgtgaagagt accacaacaa 200
<210> 28
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 28
tttttaaatt ttctgtgtaa cagtagatgg gagaagcatt caaggccaga ctggatgggg 60
ctttgagcaa cctggtctag agggaggtgt ccctgcctak agcaaggggt tggaactagg 120
tgaccttaaa ggtcccttcc aacacaaacc attctatgat tcaataattc tatatcttaa 180
gacacttttt gaacagaact 200
<210> 29
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 29
atgaaatgtt agtgccttgc tgatagagaa atgatagatt ggtctgttgg tctctatatg 60
ctaactagtc aaataagtta aatttatcag actaaaccay aaaatataat tacaagtggt 120
tccatatctg agcaggagaa gcctggcaag agctctgaat gagctgacag agtggacaca 180
gtgaccgtga aatacagcag 200
<210> 30
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 30
aaataagaat ttagcttcat tacagaatgt cggtcatgac tgaccttcaa aggcaggaca 60
gcaaaacatt acttaaagtg cttttagcaa caacaaagas agacaaagac tttgtaccac 120
tctgcttacc tccctgggta atcccccttt ccatggcagt tttgatattg tagggactga 180
ataaccatca ttcagctgac 200
<210> 31
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 31
acctaaaaat atatatatct cctacccggc ccctgccaat aatttgcaaa ataaataaat 60
acaaaggcaa agcagcagca ttttgaccga gggaagcaak gcatggggaa cccgtgccac 120
acacctcccc tctgcctcac gtccccctca tgtctgtggg acacatcctc agtcctcctg 180
cctgagggta catcagcagt 200
<210> 32
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 32
ggatggttgc ctttttggct gccagggcac actgccaact tagactcaac ttgctgtcat 60
ccagaagccc caggtccctt cccagcctct cattccccgr tctgtacagg attgccccat 120
tgcaggtaca ggttctacca cttgctgttg ttgaacttca tgcagttggt gactgcccag 180
cccttgagtt tgcaaattct 200
<210> 33
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 33
agttagatgt gatcaatgca gtttctataa ttaaagtgaa ggtgtttgag tctgctcagt 60
agtttattta tgcctgtaat aaatgttgca tttacaacty tgtgccaatt aatgcaactg 120
aaatcaccca tagcatggca taactagaag ttgtgtttgt aaaggtcact actgaaacca 180
ctacattaat tcactgaagg 200
<210> 34
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 34
aatgtaaaat ctatgggtac tttttcttaa aacatgattg taaacaattt ctgtgaaatg 60
ctatggttac aatgatcttg ttaagcttaa cagctttaar tgcacatata atgtctgatt 120
tgcaagtact aacatataac ctttcgttct ttttattctg caccaccttt ctttcattct 180
tttcttcaaa aattatgcat 200
<210> 35
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 35
tctgatttgc aagtactaac atataacctt tcgttctttt tattctgcac cacctttctt 60
tcattctttt cttcaaaaat tatgcatttt gtattaatcr cctttgaatt gcatcttcat 120
tgccatacaa ccctaatgcc atatatgaaa tgctgctgcc cgccctcttc ccccaccccg 180
gtccttacac caccatggtt 200
<210> 36
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 36
actaactggg gctttgccat agattttata aacaaattct tagaatcccg ccaagtcagc 60
tgatatttct cagaaatatt ttgttatgaa attgttagcr ttttgatgca agtctttaaa 120
agtcagttta aaccaaacat attcattgaa gccagaagtc ggggtacttt accagaatgt 180
cactctaaac acaataggat 200
<210> 37
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 37
tatctcaggg ctatgtctaa tcaggtttga acatctctaa gactggagac ttcataacct 60
ctctgggcaa cctgtgccag ctttcaactg cattcacagy aaagcagttt ttcctaagtt 120
tgaacagaat gtcctatatt ttagtttatg tctgtttttc ttgtcttgta aatggacact 180
atggggaagt ctggttccat 200
<210> 38
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 38
cagcagttat ctcagggcta tgtctaatca ggtttgaaca tctctaagac tggagacttc 60
ataacctctc tgggcaacct gtgccagctt tcaactgcay tcacagtaaa gcagtttttc 120
ctaagtttga acagaatgtc ctatatttta gtttatgtct gtttttcttg tcttgtaaat 180
ggacactatg gggaagtctg 200
<210> 39
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 39
gctgatgaca ccaaccaagt tgagtggcgc agttgacaga gcagaaggaa gggatgccat 60
ccagagggac ctgaaaaggc ttgaaaagtg ggcctacacr aaccttagga ggttcaacaa 120
ggtcaagcgc gagttgttgc actggggtca gggcaatccc agatatgtgt gcaaattgag 180
ggaagaactc gttgagggca 200
<210> 40
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 40
ttcctatagt gttagttgtc agcctaacaa acttgggtgt taatttaaac acacttttag 60
taatgcaagt gggatgactg tcatttcacc ctaagttccr tgacatggtt gttgccttgc 120
tatacttgga tgcaaactgc tctgagtcaa atgccagaat accagtgttg gtatttatta 180
aagtgtaaat caataccaga 200
<210> 41
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 41
aaaaaacaaa aaaagacaat tcctcatcaa tttcagtaga tgaatttgtc aagtatgcct 60
caagtttatt ggtaagttta acattttaag aatcttttas aactttcatg ctgttaaatg 120
agtgtagtgt tagaaactaa tgacacaaag tacaaatcct acgtatcact gcattaatta 180
tactttacaa aaataaaatc 200
<210> 42
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 42
acaaggtctc tacagaacgt gcaaagagta ctgccggtac ttgagctgta caaggagcat 60
cccacaactt tttcacttct tctcttgctc catgaacaar tgaagagatc tacagaataa 120
gtaaaacctt aattctttca aatgcatgac atattaacac tgtcttcagt gtaatattaa 180
actgattttc tatgcacgat 200
<210> 43
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 43
gtctttgggg tctcttcttg cctgtgacct ggaaacagca tcctttctgc ctcccaggtc 60
ctctctttgg ggggtgggta tagataagcc acagctcagm aaggtcagcc tgctctgggt 120
ttcatctaac aggcaaggtt tgggatgggc agagaacaat gctataggat tgtgaggtgt 180
gggagctgct gtgctccagc 200
<210> 44
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 44
gtgggatatg tacctgtgtg gaagtgtttt gacagctggg tggtcaagta gtcatggagc 60
attttatcga tggctatgag cgtatggagc ttaaaatacr aatgcttgcc aaacacttgc 120
accactgctg tgatgtttcc cagtctcgat gatattgtgt taatgccttg tttccttcgg 180
tttgctgtcg agtgggaaca 200
<210> 45
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 45
tttggtggct gctggagcat tgcactgctc cgtgtttcta tgacagctgt gcactgggac 60
atctcctcaa cacaaacgca acaggagcga gcctgttgty ggcgtggctt tttttttttt 120
cctcctgaga caacaaatgt ttccaaatct gaaaaaataa aaaatgaaat aacgaaatgc 180
tgcactcagc tgtcatttca 200
<210> 46
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 46
ggatcctgcc agcccacccc cgagcattta tttttagaag aagactcatt cctctcccac 60
ctcctctgtg atctgagttg gatggctgca gtggtaaccy gtttgctgga tttccagcag 120
tggaaaactg cttgctcctg ggtaaacact gaggaatgta tatatataca taaaacaagt 180
gatgtttcca tgttgcaggc 200
<210> 47
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 47
caacaggagc gagcctgttg tcggcgtggc tttttttttt ttcctcctga gacaacaaat 60
gtttccaaat ctgaaaaaat aaaaaatgaa ataacgaaay gctgcactca gctgtcattt 120
cagacccacg ctgccagggc cgggctgctc ccagctgtcc agaggagatc tgcaaatccc 180
catgctgggc tcagtgcaca 200
<210> 48
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 48
tccttgtaag accttcaatt acccatcagc caccttctcc ttcctgctgc actcatcctt 60
acagcccctg gaaaacagat ggtgcctgca gcttgcctty gagcttaatg gatctggtgt 120
ctggtgggcc aagggagagg gagcacagtg cagaaagagg ggctgtgatg agggcctcca 180
ccaggtgctc tcctggtccc 200
<210> 49
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 49
aggtgttcca tccctcggag catttttgtg gccctttcct ggatgtgttt caacatgtcc 60
atgtctctca tctatggagg attccacaat tggcagtccy cgtgcctggt gctcacccat 120
ggctgcagca tcagaagggt tttaatacag aagtggggaa ggatttctgt ggctgtaact 180
cccagatttt tgtaacagag 200
<210> 50
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 50
agtgctaaaa gtcatcctcg ttcagagcag tcgatggtct cattacattt tcctacactg 60
aaaagatggg gcaggtggaa tctgctatcc ttcccagaay gaggctaatt tgggaccaag 120
ctaatgagtt ttgaaatatt tatttgcatt gcaaaacagc aaagagagtc tgaaagaaga 180
taccagaatc ctgcttataa 200
<210> 51
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 51
ggacacgtac acagcccatc cctgcttgtt ctaagggtgc ctcggggagc actgtcactg 60
tatctgctgt atttctttgt ggtttttttc cctcttagam tttttctggc aggaactcca 120
gcacgaccat caggcaaatc tcctttaaag ccactacctg ctgctgctca tagccagcaa 180
tggggataag cccccacatg 200
<210> 52
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 52
atgaaataac gaaatgctgc actcagctgt catttcagac ccacgctgcc agggccgggc 60
tgctcccagc tgtccagagg agatctgcaa atccccatgy tgggctcagt gcacacgagc 120
agctcagcct tgccaacatc cctcatccca tgccagcagc acgcaggagg ctctgattga 180
agatgtcaac agccactgct 200
<210> 53
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 53
gatgtttcca tgttgcaggc agatgctgag acataaaaga ggagcagtag gtttgaatgt 60
gactcaaaag ttgatctgta aaaccctgac cagcgacgcy gaaacccatg gcagcaacat 120
gcagctgcag ggctgtgtca tatgatcata gaatcacaga atcacataac catgtgagtt 180
ggaagttacc tctaaaggtc 200
<210> 54
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 54
tgctatcctt cccagaacga ggctaatttg ggaccaagct aatgagtttt gaaatattta 60
tttgcattgc aaaacagcaa agagagtctg aaagaagatr ccagaatcct gcttataagc 120
acagcagcat gtatgcctgc acacagctca cacacatttt tttttttcaa gcaaaagcaa 180
accagattgc attacccaat 200
<210> 55
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 55
tggagggcac tgtgtcaggc acaccacaac aggaaccccc tgagaagtgt cagaatggtg 60
ctctgctcca ggctaaccac cccaatccca ccctccatcy catcaaccaa tgctgccttg 120
ctaattccta ccaatttcct gccttctgct gtccatccca aatggatgga cccccttaga 180
tggcacattt tgggggggta 200
<210> 56
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 56
tggtatctgt gtatttgctt gcttggcttc aaattacttt tatactattt ctttttcatc 60
tgaaagactg tgagaaactt cagagcaatg ctgatgtccr aaggggatca caaacagatg 120
ccctgaaata accataactg tgaacacccc atcacttaat gctggatatt tatttcactc 180
tattaactcc ctaccataca 200
<210> 57
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 57
gctttttgta tcacggaacc cacttctgtt aatgcagtcc gtaacttttg gctttagctg 60
taaatatttt agggggtttg tgagtgctca gagcagcacr ccgtgctttt agggctatcc 120
ctctgaatct gatgtctctg agatatcaga acacatctga tattgctctc attcaacgct 180
gaaaacgttg gtgcaatgat 200
<210> 58
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 58
gagcattttt gtgaccctcc tctggatgca ttccaacagc tccacgtctg tcctgtactg 60
aggactccac atctggacgc agtactccag atgaggtcty accagcacag agcagatggg 120
caggatcacc tccgtctccc tgctggccac gctgcttttg atgcagccca ggatacagtt 180
ggctttctgg gcagcgaggg 200
<210> 59
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 59
tttctcatac cctgttctga aacagaacga agttgtagtg agttgttagg ccattagtga 60
agtgatgaac tttccttgtc ccatacaagc attttatcts gttaaaatat ggttatacat 120
tgttgcttac tcttgtttga agatgtcagc acctctcatc cccttccttt ctctctctgg 180
tcagaaatgt ccacaaaact 200
<210> 60
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 60
agcacagcgg gtctccctaa ggtgaccctc acacctgaca acaggagaga tgggaattaa 60
tacaggtttt gccagggaag caggtgatgt gtggaaatar ggctcagacc aataaatacc 120
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gcaaacataa tttaaaaggt 200
<210> 61
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 61
atagaatggc ctgggttgaa aaggaccaca atgaccatct ggtttcaacc ccctgctatg 60
tgcagggtcg ccaaccagca gaccaggctg cccagagccr catccagcct ggccttgaat 120
gcctccaggg atggggcatc cacagcctcc ttgggcaacc tgttcagtgc gtcaccaccc 180
tctgggtgga aaaacttcct 200
<210> 62
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 62
ttttgtgttg aagctttgca ctgcatcttg tgtcctgctt tatttttgag tttcgttcat 60
gacacatctt tggtcacagt cattgtgata tctgaacagy aagtcatctt gtttgctctc 120
taaactggag aattacagtt ccttgatcag ttgggaacca aggtgccagc agccaaacga 180
caagcaggtg atatttgtat 200
<210> 63
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 63
taatctacag ttcatagaat catagaatgg cctgggttga aaaggaccac aatgatcatc 60
gagtttcaac ccccctgcta tgtgcagggt caccaaccas cagaccaggc tgcccagagc 120
cacatccagc ctggccttga atgcctccag ggatggggca tccacagcct ccttgggcaa 180
cctgttccag tgtgtcacca 200
<210> 64
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 64
tataagggga gctgtgatgg gcaaaggctg gagaagagca aggtcgacat ctttaataga 60
ctctctgtta tgctgggtgg gggggaagca gcacatggcy cttttctgtc agtgctcccc 120
tccttgtccc tgcactcgtg tctggtatct gtgtatttgc ttgcttggct tcaaattact 180
tttatactat ttctttttca 200
<210> 65
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 65
cctgcagggc aatgcagatt ccagaagcat ctataacaaa gagtgaggtg agagacaata 60
aaccacatcc gtgagccaca atcaaaacca tttctgtgcr gagtttgtgg agctggaata 120
gtaattaaga gctcagatgt ccgaggctgt tgagccaaac tgtggacgtg aggactaaga 180
acagcctgaa accaataaac 200
<210> 66
<211> 200
<212> DNA
<213> Gallus gallus domesticus
<400> 66
tggatgggag agaagcacag cgggtctccc taaggtgacc ctcacacctg acaacaggag 60
agatgggaat taatacaggt tttgccaggg aagcaggtgm tgtgtggaaa taaggctcag 120
accaataaat accatttgta tgctgcccac agttcttgat ttcgcgatat actcgtgttt 180
aattaccatt aatgcaaaca 200
Claims (4)
1.基于全基因组测序筛选的与龙胜凤鸡体重、体尺相关的SNP分子标记组合,其特征在于,由66个SNP标记组成,所述SNP标记的编号分别为:chr1_106777817、chr1_106685517、chr1_91615078、chr1_106684863、chr1_88800378、chr4_83448090、chr2_8123822、chr1_107396224、chr1_189579170、chr9_15727577、chr1_88790651、chr2_4279094、chr1_104786808、chr1_88800437、chr1_88800384、chr1_104789905、chr1_169417910、chr1_169434878、chr1_169437223、chr1_169429158、chr1_169423539、chr5_6570060、chr5_6570309、chr1_169441612、chr5_6570066、chr1_169423699、chr5_6570472、chr1_169429114、chr1_169435913、chr1_36043334、chr1_169417302、chr4_76445633、chr4_16760848、chr1_168279364、chr1_168279477、chr2_13421954、chr2_127175516、chr2_127175509、chr2_127176839、chr2_127673307、chr1_116356469、chr6_3797694、chr11_7083327、chr4_80460103、chr13_15452877、chr13_15455520、chr13_15452955、chr13_15460126、chr13_15456335、chr13_15451201、chr13_15460580、chr13_15453040、chr13_15455700、chr13_15451283、chr27_3681522、chr27_3680415、chr27_3683079、chr4_75466966、chr1_35355697、chr27_3681857、chr3_106394946、chr1_106673395、chr2_126719338、chr27_3680273、chr27_3683490、chr27_3681844;核苷酸序列分别如SEQ IDNO.1~66所示,它们的信息如表1所示,表1中提供了每个SNP标记前后共200bp的碱基序列,并且在第100bp处存在碱基变异。
2.如权利要求1所述SNP分子标记组合在龙胜凤鸡体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长性状辅助育种中的应用。
3.利用分子生物学技术检测龙胜凤鸡基因型的方法,其特征在于,包括以下步骤:根据权利要求1所述66个SNP分子标记位点两侧翼的核苷酸序列分别设计引物,利用引物对待测龙胜凤鸡材料进行基因分型,从而鉴定待测龙胜凤鸡的基因型。
4.根据权利要求3所述方法在龙胜凤鸡体斜长、活体重、胸深、胸宽、髋宽、龙骨长、胫围、胫长性状辅助育种中的应用。
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