CN112522290B - 一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶b互作蛋白激酶基因 - Google Patents

一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶b互作蛋白激酶基因 Download PDF

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Abstract

本发明提供了一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因。所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的基因组具有SEQ ID NO.1所示序列，或所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的cDNA具有SEQ ID NO.2所示序列。利用该基因SNP基因型来区分高品质和低品质单倍型，根据这两种单倍型对品种群体进行归类，并结合品质性状进行统计分析，证明GbCIPK与棉花品质性状之间存在显著的相关性。该基因在提高棉花品质性状和培育棉花高品质新品种中具有重要的研究价值和应用前景。

Description

一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶 基因
技术领域
本发明属于生物技术领域，具体涉及一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因。
背景技术
棉花是重要的经济作物，也是天然纤维的主要来源，棉花生产对我国农业乃至国民经济的发展有着重要的影响。随着纺织工业的发展和社会需求的提高，选育纤维品质优良的棉花品种尤为重要，需要通过挖掘和利用棉花纤维品质相关的优异遗传变异。
由于棉花基因组的复杂性，前期棉花品质性状主要集中在QTL(Quantitativetrait locus)等方面的研究。全基因组关联分析(Genome-wide association study；GWAS)是以基因组中数以百万计的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorphism，SNP)为分子遗传标记，进行全基因组水平上的相关性分析，探究影响复杂性状的基因变异的一种新策略。随着测序技术和计算方法的迅猛发展，GWAS现在已成为检测农作物复杂性状自然变异的有力工具(Rafalski et al.,2010)，其可以大规模挖掘多种农艺性状相关基因，且无需事先假定候选基因，检测能力强，精度高，已成为分子育种研究的热点。目前GWAS研究已经在包括玉米、水稻、高粱、谷子、棉花在内的许多作物中成功开展，并取得了***的成果(Huang et al.,2012；Jia et al.,2013；Kump et al.,2011；Li et al.,2013；Morris etal.,2012；Tian et al.,2011；Zhao et al.,2011)。Huang等(2011)利用第二代测序技术对517份水稻地方种进行了重测序并获得上百万的SNP变异信息，然后对水稻的14个农艺性状进行GWAS分析，并成功鉴定出80个性状关联的位点。此外，他们还对多达950份水稻群体进行重测序，对开花期和10个产量相关性状进行GWAS分析，鉴定出了很多已知功能基因(Huang et al.2011；Huang et al.2012)。Lin等(2014)对世界各地的360份番茄种质进行全基因组重测序，通过群体分化分析，首次发现决定粉果果皮颜色的关键变异位点，即SlMYB12基因启动子区域的603bp缺失，进而抑制该基因的表达，从而使得成熟的粉果番茄果皮中不能积累类黄酮，导致鲜食番茄和加工番茄的差异(Lin et al.,2014)。Wang等(2017)选择352份陆地棉材料进行重测序分析，其中包括31份野生棉，321份栽培品种。根据测序结果将该群体分成三类：中国型，美国巴西印度型和野生型，并依据多个环境中的田间调查性状进行GWAS研究，发现了25个数量性状位点与棉花的农艺性状相关。此外，还发现驯化选择方向的不同导致启动子中顺式调控元件的差异进化，从而形成棉花不同的农艺性状(Wang et al.,2017)。2017年，Fang等通过对318份陆地棉材料进行全基因组重测序，通过分析地方品种和现代栽培品种的选择消除信息，鉴定出25个棉花改良过程中的选择信号。从中选取258个品种进行GWAS分析，共鉴定得到119个关联位点，其中产量相关的关联位点71个，纤维品质相关的位点45个，还有3个位点与黄萎病抗性相关。同时，发现2个与乙烯途径相关的基因位点与产量显著相关(Fang L,et al,2017b)。2018年，Ma等重测序分析419个核心种质的陆地棉材料，其测序深度为6.55x，鉴定得到366万的SNP位点，对12个环境中的13个纤维相关性状进行GWAS分析，发现7383个SNP与这些性状显著相关，位于4820个基因内或基因附近。并且对控制开花，影响纤维长度，纤维强度的部分候选基因进行了重点分析(Ma et al.,2018)。以上研究成果充分说明，全基因组关联分析具有较高的定位精度，甚至可以达到单基因的水平，可以高效鉴定群体中的优异基因资源，为基因定点改造、基因聚合育种提供具有育种价值的基因资源，加快突破种内遗传资源狭隘的束缚，实现种间资源的相互利用，促进作物精准育种的快速发展。目前为止，基于陆地棉群体进行优异基因资源的挖掘与利用已经得到一定进展，但是还没有利用海岛棉自然群体、品种群体进行GWAS分析高效挖掘优异基因资源的有关报道。尽管我国广泛种植的是陆地棉栽培品种，但是海岛棉相比陆地棉具有更加优异的纤维品质特性，其优异基因的挖掘可以用于陆地棉的种间遗传改良。
钙(Ca2+)作为普遍存在的第二信使，对植物细胞的结构和生理功能有重要作用。他不仅能维持细胞壁、细胞膜及膜结合蛋白的稳定性，同时也参与胞内稳态和生长发育的调节过程。由于Ca2+涉及植物开发的诸多方面，是真核生物中用途最广泛的离子。植物细胞中拥有多种多样的钙绑定蛋白CBPs(Ca2+-binding proteins)，对Ca2+浓度变化很敏感，能识别钙信号。其最普通的特征是具有EF-hand结构域，绑定Ca2+后发生构象变化，从而激活其他蛋白质或激活自身的其他结构域的活性，通过级联放大将Ca2+浓度和分布变化蕴藏的型号转到表达为细胞内的生理生化反应，所以称为钙感受器。植物中具有EF-hand蛋白质感受器主要有三类，其中一类是钙调磷酸酶B类蛋白CBLs(calcineurin B-like proteins)，CDPKs和CBLs是植物特有的钙绑定蛋白家族。CBL-CIPK蛋白最初在拟南芥中发现，是植物中特有的一类钙感受器CBL蛋白，其蛋白结构与酵母钙调磷酸酶B亚基CNB(calcineurin Bsubunit)、动物的神经钙感受器NCS(neuronal calcium sensors)具有高度一致性(27％-31％)和相似性(49％-51％)。它包含典型的EF-hand motif和N末端有一个假定的豆蔻酰化(N-myristoylation)和结构域[MGXXXS/T(K)]。陆地棉(G.hirsutum)CBLs家族具有几个特点：(1)所有的CBL在结构上都有3个EF-hand结构。(2)在5个CBL蛋白的N端区域检测到一个保守的肉豆蔻酰化基序(MGCXXS/T)。(3)许多CBLs具有有N-末端Cys残基的保守的棕榈酰化位点。
CBL蛋白没有激酶的活性，必须与其靶蛋白互作才能发挥作用，类钙调磷酸酶B类蛋白互作蛋白激酶(CBL-interacting protein kinase)就是它的靶蛋白。CIPK蛋白曾命名为SOS2(salt overly sensitive 2)、SIPs(SOS3-interacting Proteins)和PKS(proteinkinase S)；SOS2-like kinases。CIPKs属于一类丝氨酸/苏氨酸(serine-threonine)蛋白激酶，由保守的N端激酶域和植物蛋白特有的C端调控结构组成，中间有一可变连接结构将两者分开。N端氨基酸序列一致性为51％-90％，其催化结构域中有一个活化环，位于DFG与APE氨基酸之间，使其他蛋白激酶磷酸化的靶点，其中丝氨酸、苏氨酸和酪氨酸这三个保守的氨基酸可能是CIPK蛋白激酶的磷酸化位点。C端调控域保守型低(一致为24％-58％)，有NAF motif和PPI domain两个保守结构。NAF是介导与CBL蛋白互作必须的结构，同时可以抑制CIPK本身的激酶活性；去除NAF等于去除分子内的自我抑制。据报道，当结合Ca2+的CBL蛋白与CIPKs的NAF结构域结合，C端自我抑制区就从激酶中释放，激活环暴露，激酶转变为活性状态，从而接近底物。总之，CIPK激酶活性状态改变可以通过与CBL的结合、激活环中保守的3个氨基酸的突变或NAF区域的去除来实现。
Ting等(2017)对陆地棉CBLs的研究表明，所有的陆地棉CBL(GhCBLs)基因都在根、茎、叶、花和纤维中表达。许多GhCBLs在花中优先表达，而几个GhCBLs主要在根中表达。以下基因：GhCBL1-1、GhCBL1-4、GhCBL1-5、GhCBL3-4、GhCBL3-5等可能在棉花的纤维发育中起作用。Wang等(2016)基因结构分析表明，根据内含子的有无与多少可以将棉花的CIPK基因家族分为两种类型。内含子丰富类型包含10个以上外显子，无内含子类型(无内含子)包含1-2个外显子。转录组数据表明，CIPK基因在初始开花期叶片和不同开花时期胚珠的转录水平存在差异且在棉花的生长和发育过程中具有表达的时空特异性。研究表明，雷蒙德式棉中GrCIPK8和GrCIPK30在棉纤维伸长中起作用。
以上结果表明，CIPKs基因在棉花生长和发育过程中具有表达的时空特异性，且一些基因可能在棉花的纤维发育中起作用，但基于群体正向遗传学开展相关研究未见详细报道。
发明内容
本发明的一个目的在于提供一个类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK。全基因组关联分析结果表明该基因与棉花的品质构成因子之间有着密切的关系，对棉花品质的提升有明显的作用。
本发明的另一个目的在于提供检测待测样品中类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的试剂材料在制备鉴定海岛棉品质的试剂盒中的应用。
本发明的另一个目的在于提供所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK在改良棉花品质性状中的应用。
本发明的另一个目的在于提供所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK在通过基因工程手段培育棉花高品质新品种中的应用。
本发明的另一个目的在于提供一种用于鉴定海岛棉品质的试剂盒。
一方面，本发明提供了一个类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK，所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的基因组具有SEQ ID NO.1所示序列，或所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的cDNA具有SEQ ID NO.2所示序列。基因内无内含子，基因组序列反向转录。
另一方面，本发明提供了检测待测样品中类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的试剂材料在制备鉴定海岛棉品质的试剂盒中的应用。
根据本发明的具体实施方案，本发明中，所述检测类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK包括在基因水平和/或蛋白水平进行检测。
根据本发明的具体实施方案，本发明中，SEQ ID NO.1序列中的第111bp碱基为G，则所述棉花为高品质海岛棉。
根据本发明的具体实施方案，本发明中，SEQ ID NO.2序列中的第1321bp碱基为C，则所述棉花为高品质海岛棉。
根据本发明的具体实施方案，本发明中，SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2序列所对应的蛋白质第441位氨基酸为Gln，则所述棉花为高品质海岛棉。
此外，本发明还提供了所述类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK在改良棉花品质性状中的应用。
本发明还提供了所述的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK在通过基因工程手段培育棉花高品质新品种中的应用。
本发明还提供了一种用于鉴定海岛棉品质的试剂盒，其中，所述试剂盒中包括用于扩增类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的引物对；所述引物对中上游引物具有SEQID NO.3所示的序列；下游引物具有SEQ ID NO.4所示的序列。
本发明还提供了一种用于鉴定海岛棉品质的检测***，包括检测单元和分析单元；其中，所述检测单元包括在基因水平和/或蛋白水平检测待测样品中类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的试剂材料；
所述分析单元是用于对检测单元的检测结果进行分析，其中，
SEQ ID NO.1序列中的第111bp碱基为G，则所述棉花为高品质海岛棉；或
SEQ ID NO.2序列中的第1321bp碱基为C，则所述棉花为高品质海岛棉；或
SEQ ID NO.1或SEQ ID NO.2序列所对应的蛋白质第441位氨基酸为Gln，则所述棉花为高品质海岛棉。
本发明能达到以下有益的效果：
1、本发明的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK在全基因组关联分析中与纤维长度、纤维强度和纤维整齐度三个品质性状显著相关。
2、本发明提供的GbCIPK cDNA和基因组序列由PCR技术获得，该技术具有起始模板量小，试验步骤简单易行而且灵敏度高的优点。
3、GbCIPK在棉花纤维发育不同时期均高表达，表达水平分析由转录组测序所得。该结果表明该基因与纤维品质性状形成相关。
4、GbCIPK在相对高产和低产品种群体中的SNP基因型通过PCR技术进行了验证，较易操作、灵敏度高和准确性好。
根据GbCIPK的不同SNP基因型可以将品种群体分为两大类，这两类群体之间棉花纤维长度、纤维强度和纤维整齐度性状存在显著性差异。该结果进一步证明该基因与棉花品质性状之间的相关性。
附图说明
图1为棉花不同品质性状GWAS关联分析结果。
FL、FS和FU分别代表品质性状纤维长度，强度和整齐度。箭头表示品质性状关联基因GbCIPK所在的关联信号位点。横坐标表示染色体上的位置(Mb)，纵坐标表示SNP位点关联的显著性，用-log10(P value)表示。
图2为GbCIPK在棉花不同组织和发育时期的表达水平。
横坐标代表不同组织，包括根(R)、茎(S)、叶(L)、胚珠(Ovule)和纤维(Fiber)。胚珠组织包括了开花当天、开花后1到20天。纤维组织包括开花后10到25天。
图3为GbCIPK的序列信息和不同单倍型的鉴定。
在品种群体中检测到GbCIPK序列存在一个非同义突变的SNP位点，在基因组DNA序列的111bp位置上。该基因组SNP位点碱基从G变为T，转录cDNA上对应的位置从C变成A，造成氨基酸从Gln变为Lys。将品种群体分为不同单倍型，标记为GbCIPKHFQ和GbCIPKLFQ。HFQ代表高品质长度、强度和整齐度。LFQ表示低品质纤维长度、强度和整齐度。
图4为GbCIPK的不同单倍型之间品质性状的比较分析。
箱图代表品种群体纤维长度(FL)、强度(FS)和整齐度(FU)的分布情况。含有GbCIPKHFQ和GbCIPKLHQ两种单倍型的品种分别是138和72个。灰色箱图(左)代表单倍型GbCIPKHFQ的品质性状分布，白色箱图(右)代表GbCIPKLFQ的品质性状分布。方框内的横线代表性状分布的中值。**表示在0.01水平有差异。
具体实施方式
为了对本发明的技术特征、目的和有益效果有更加清楚的理解，现对本发明的技术方案进行以下详细说明，但不能理解为对本发明的可实施范围的限定。
实施例1棉花品质性状关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因的挖掘
针对229份现代品种或者品系，从2015到2017年，发明人在新疆进行了纤维长度、纤维强度和纤维整齐度的详细调查。同时，对这229份棉花品种进行了全基因组重测序，获得2.54Tb测序数据，平均测序深度5.75×。将这些序列比对到棉花海岛棉基因组序列，利用Samtools和bcftools软件进行全基因组SNP的鉴定，共挖掘了4476574个高质量的SNP(最小基因频率>0.05)用于后续分析。利用EMMAx软件，进一步进行全基因组关联分析，再根据Pvalue<9.27E-07筛选SNP关联信号位点，在A03染色体上鉴定了一个性状关联位点(A03Gb:4021204)，可以同时与纤维长度、强度和整齐度三个性状显著关联(图1)。该位点候选基因为类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK(Gb_A03G0324)，且在棉纤维发育过程中高表达。该结果说明，GbCIPK确实与棉花的品质构成因子之间有着密切的关系，对棉花品质的提升有明显的作用。
实施例2类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因GbCIPK的获得
从海岛棉基因组序列中获取了GbCIPK(Gb_A03G0324)的基因组序列和cDNA序列，见SEQ ID NO.1和SEQ ID NO.2。根据cDNA两端设计基因全长引物，进行PCR扩增(表1)。PCR反应程序如下：94℃预变性5min；94℃变性30sec，60℃退火1min，72℃延伸1.5min，34个循环；最后72℃延伸5min。PCR扩增产物进行测序，与cDNA进一步比对确定序列的准确性。
表1 PCR扩增引物序列
实施例3GbCIPK在棉花不同组织和发育时期的表达水平分析
本发明采取了根、茎、叶、胚珠、纤维等组织和不同发育时期的RNA样本进行转录组测序。转录组测序采用Illumina HiSeq 2500平台，每个样本平均测序深度达到6Gb。基因表达水平的计算是利用hisat2软件将测序得到的reads与海岛棉基因组Hai7124进行比对，使用stringtie计算出的表达水平以每百万测序碱基中每千个转录子测序碱基中所包含的测序片断数(FPKM)表示(图2)。实验结果中基因GbCIPK在棉花的胚珠和纤维发育时期表达较高，同样表明该基因与品质性状构成因子相关。
实施例4类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因在鉴定优异棉花品种和改良品质性状中的应用
GbCIPK序列在群体中存在非同义突变的SNP位点，在基因组序列的111bp位置上碱基从G变为T，转录cDNA上对应的位置从C变成A，造成氨基酸从Gln变为Lys。根据这个SNP位点碱基信息，将低品质纤维长度、强度和整齐度的品种材料标记为GbCIPKLFQ，将高品质长度、强度和整齐度的品种材料标记为GbCIPKHFQ(图3)。
根据GbCIPK基因组序列111bp位置上SNP基因型，鉴定出单倍型GbCIPKHFQ材料138个和GbCIPKLFQ材料72个(图3和表2)，同时利用t-test检测方法计算了两组单倍型之间品质性状的相关性(图4)。结果显示，相比GbCIPKLFQ，单倍型GbCIPKHFQ的长度增加了6.28％，与长度性状呈极显著正相关(P＝1.41e-29)；单倍型GbCIPKHFQ的强度增加了16.54％，与强度性状呈极显著正相关(P＝3.75e-34)；单倍型GbCIPKHFQ的整齐度降低了1.49％，与整齐度性状呈极显著正相关(8.64e-12)。
表2高品质和低品质单倍型在群体品种材料中的分布情况
通过以上结果可以看出，基因GbCIPK在改良棉花品质性状和培育优异品质棉花新品种中具有重要的研究价值。一方面可以根据基因GbCIPK的两种单倍型设计分子标记，可以有效的鉴定棉花品质性状，在优异品质棉花品种选育研究中有很好的应用价值。另一方面，可以通过基因工程的手段将含有高品质单倍型GbCIPKHFQ的基因转入棉花品种中提升棉花品质，也可以将低品质单倍型GbCIPKLFQ中的SNP位点进行定点突变，改造成高品质单倍型从而培育高品质棉花新品种。
SEQUENCE LISTING
<110> 广东溢达纺织有限公司
浙江大学
<120> 一个海岛棉纤维品质关联的类钙调磷酸酶B互作蛋白激酶基因
<130> GAI20CN6712
<160> 4
<170> PatentIn version 3.5
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<211> 1431
<212> DNA
<213> 海岛棉 (Gossypium barbadense)
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cgtttctctc ttttcagaaa ctccgtcaaa caatcctgac agatcaaatc cacagattag 480
atcaaaagca tttagacttc gaagttgaac tgattcttgt ttagtctcag cactgtcatt 540
gctattccca caaggagcag agggacccat gtccggagaa gcttgctcat tttccttttc 600
caattttttc tgttctacat tcaatccttt tttaaaccaa gcacttcccc tgatcctaga 660
cattgaaatc ctagaagtgg gatttggatc caacatctta cacactagcc tgcgtgcttc 720
taaagggaac cagctaggaa atctgaactc cgctttgcca attttcctat acaactccat 780
caagtttgaa tcatgaaatg ggagataacc tgccaataac acgtataaca ccactccaca 840
agaccaaaca tcagctgcta ctccatcgta accttttctg ttgatcactt caggagccac 900
atatgcagga gtaccgcaag tagtatgaag caggccatct tggcgctttg attctgctag 960
cgcacttaac ccaaagtcag agacctttag attctcattc tcatccaaca gaatgttctc 1020
gggctttata tcgcggtgaa aaacacccct actatggcaa aaatccactg cattgatcag 1080
ctgaataaaa tactttcttg caacatcaac ctttagtctt ccattagcaa ctttgttaaa 1140
gagctctcca cctttgcagt attccataat aaagaaaatc ttacttttgg tggccattac 1200
ctcataaagc tgcacgatat taggatgcct agcaattctc atcactgaaa tctctcgctt 1260
gatctgatta atcataccaa ctctcatgac cttgtctttg tctatcactt taatggccac 1320
actcatgttg ttttgtatac accttgcata atatactttt gcaaaggtac cttggccaag 1380
taaccgacca atttcatacc tttgtgttaa cacacttggt ttattttcca t 1431
<210> 2
<211> 1431
<212> DNA
<213> 海岛棉 (Gossypium barbadense)
<400> 2
atggaaaata aaccaagtgt gttaacccaa aggtatgaaa ttggtcggtt acttggccaa 60
ggtacctttg caaaagtata ttatgcaagg tgtatacaaa acaacatgag tgtggccatt 120
aaagtgatag acaaagacaa ggtcatgaga gttggtatga ttaatcagat caagcgagag 180
atttcagtga tgagaattgc taggcatcct aatatcgtgc agctttatga ggtaatggcc 240
accaaaagta agattttctt tattatggaa tactgcaaag gtggagagct ctttaacaaa 300
gttgctaatg gaagactaaa ggttgatgtt gcaagaaagt attttattca gctgatcaat 360
gcagtggatt tttgccatag taggggtgtt tttcaccgcg atataaagcc cgagaacatt 420
ctgttggatg agaatgagaa tctaaaggtc tctgactttg ggttaagtgc gctagcagaa 480
tcaaagcgcc aagatggcct gcttcacact acttgcggta ctcctgcata tgtggctcct 540
gaagtgatca acagaaaagg ttacgatgga gtagcagctg atgtttggtc ttgtggagtg 600
gtgttatacg tgttattggc aggttatctc ccatttcatg attcaaactt gatggagttg 660
tataggaaaa ttggcaaagc ggagttcaga tttcctagct ggttcccttt agaagcacgc 720
aggctagtgt gtaagatgtt ggatccaaat cccacttcta ggatttcaat gtctaggatc 780
aggggaagtg cttggtttaa aaaaggattg aatgtagaac agaaaaaatt ggaaaaggaa 840
aatgagcaag cttctccgga catgggtccc tctgctcctt gtgggaatag caatgacagt 900
gctgagacta aacaagaatc agttcaactt cgaagtctaa atgcttttga tctaatctgt 960
ggatttgatc tgtcaggatt gtttgacgga gtttctgaaa agagagaaac gagattttcg 1020
tccagacaac ctgcctcagt catcatctct aagctggaag aagctgctag acatttgaga 1080
ctaaaggtga aaaagaagga tgcaggtgtt ctgaaaatgg aaaggctaaa ggagggtaga 1140
aaggggatcc tgtcgattga tgcggagatt tttgaagtga ctcggacttt tcatctggtg 1200
gagattaaga aatctaatgg agacactttg gaatatcagc agatactaaa agaggaaatg 1260
agacctgctc tccaagatat tgtttgggtt tggcaaggtg atcaacaaca gcaggagctg 1320
caatatgagg aacagcagca gctgcaatat gaggaacagc agcagctgca tcagcaacag 1380
aatgagtcta gctctacttc cagcagcagc tttgacaagt attcaaactg a 1431
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 引物
<400> 3
gtgatgggga atggtttgcc 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> Artificial Sequence
<220>
<223> 引物
<400> 4
agttgtgctt gccagggtta 20

Claims (5)

1.检测待测样品中如SEQ ID NO.2所示序列的试剂在制备鉴定海岛棉品质的试剂盒中的应用，其中，如SEQ ID NO.2所示序列中的第1321bp碱基为C，则所述棉花为高品质海岛棉。
2.根据权利要求1所述的应用，其中，包括在基因水平和/或蛋白水平进行检测。
3. 根据权利要求2所述的应用，其中，如SEQ ID NO.2所示序列所对应的蛋白质第441位氨基酸为Gln，所述棉花为高品质海岛棉。
4. 一种用于鉴定海岛棉品质的试剂盒，其中，所述试剂盒中包括引物对；所述引物对中上游引物为SEQ ID NO.3所示的序列；下游引物为SEQ ID NO.4所示的序列。
5. 一种用于鉴定海岛棉品质的检测***，包括检测单元和分析单元；其中，所述检测单元包括在基因水平和/或蛋白水平检测如SEQ ID NO.2所示序列的试剂；
所述分析单元是用于对检测单元的检测结果进行分析，其中，
如SEQ ID NO.2所示序列中的第1321bp碱基为C，则所述棉花为高品质海岛棉；或
如SEQ ID NO.2所示序列所对应的蛋白质第441位氨基酸为Gln，则所述棉花为高品质海岛棉。
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