CN112458001B - 一种可降解多环芳烃的菌株及其应用 - Google Patents
一种可降解多环芳烃的菌株及其应用 Download PDFInfo
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Abstract
本发明提供了一种可降解多环芳烃的菌株及其应用。本发明提供了一种可降解多环芳烃的菌株,该菌株的保藏编号为CCTCC NO:M 2020186,保藏日期为2020年06月08日,保藏单位为中国典型培养物保藏中心,保藏地址为中国武汉大学。本发明提供的菌株,能够在萘、芴、DBF和DBT等多环芳烃为唯一碳源的培养环境中生长,并对萘、芴、DBF和DBT等多环芳烃具有降解作用,其中,该菌株对萘具有高效的降解率和降解速度,因此利用该菌株可实现高效、清洁、无二次污染的生物环境修复处理效果,具有成本低、操作简便、反应条件温和、节省能源的特点;此外,本发明提供的菌株可以耐受多种抗生素,为实际环境中污染修复提供了操作实例。
Description
技术领域
本发明涉及微生物技术领域,尤其涉及一种可降解多环芳烃的菌株及其应用。
背景技术
多环芳烃(PolycyclicAromaticHydrocarbons,PAHs)是指由两个或两个以上苯环组成的碳氢化合物,是一类广泛存在于环境中的有机污染物。PAHs总体特征是高溶点、高沸点;不溶于水,易溶于苯、***、氯仿等有机溶剂;并且随着苯环数量的增加,其水溶性降低,生物可利用性和可降解性也随之降低。
PAHs主要来源于有机化合物在高温条件下(500℃-800℃)的不完全燃烧或低温处理(100℃-300℃)时的产物,而有机化合物主要来源于石油、煤炭、木材、气体燃料、纸张等含碳氢化合物的物质。随着经济快速发展,我国的PAHs污染现状十分严峻。据初步估算,我国PAHs每年的排放量超过25000吨,城市的平均排放密度为158kg/km2,农村的局部排放密度高达479kg/km2。PAHs会对土壤、大气、水体等环境产生极大的污染,对人体健康和生态安全造成严重的威胁,具有细胞毒性、免疫毒性、致癌、致畸、致突变特性。PAHs的毒性已引起世界各国的共同关注。早在1979年,美国国家环保局(EPA)已将16种PAHs列为优先监测的污染物。因此,高效降解环境各介质中的PAHs,消除PAHs污染,对于维护人类健康和环境保护具有重要意义。
目前处理多环芳烃污染的方法主要包括物理法、化学法及生物法。物理法主要有吸附法,但是吸附法对吸附材料要求较高,带来成本上升的问题,且吸附材料的再生利用是一个亟待解决的问题。化学法主要有氧化法,但是此法能量消耗大,适用范围窄,且容易产生二次污染。通过常规物理和化学方法从污染环境中去除萘、芴等多环芳烃以及其杂环衍生物DBF、DBT是昂贵且不环保的过程。相比于物理化学法,微生物降解具有成本低,效率高,危害性小,对污染的土壤和水修复的有效选择,微生物代谢可以将这些有毒物质有效降解成无害的中间体和终产物,可进一步用于修复被各种多环芳烃化合物污染的环境。
萘(naphthalene)是最常见的双环芳香烃化合物,是煤焦油和杂酚油的主要成分,是多环芳烃中水溶性和挥发性最强的一种。长期接触萘会引起人体内血液成份的变化,肝转氨酶活性升高,出现黄疸,严重威胁人体健康;萘对水生生物也有毒害作用,表现为抑制呼吸强度,降低叶绿素含量,最终导致水生生物萎缩死亡。芴是典型含有3个环的多环芳烃,有类似于萘的特征性芳香气味,存在于汽车废气、煤焦油的高沸点组分中,由于其对生物具有致癌等毒害作用,世界卫生组织国际癌症研究机构将芴列在3类致癌物清单中。DBF和DBT是典型的芴的杂环芳烃化合物。DBF又称氧芴、二苯并吡喃和环氧联苯等,是一种重要的精细化工原料,它是二恶英类物质的母体化合物,相对于氯代的DBF而言,DBF毒性较小,因此研究DBF的生物降解对二苯并二恶英、多氯代DBF的修复具有重要意义。DBT又称硫芴,可以作为药物中间体。DBT属于可疑致突变剂,大量的吸入能导致肌肉萎缩和眼刺痛,引起肾脏疾病和膀胱癌、损害中枢神经***和肝脏。
目前,已经发现多种可分别降解萘、芴、DBF和DBT的菌株,然而,能够同时降解萘、芴、DBF和DBT的菌株在此前的研究报道中是非常罕见的,因此,本领域技术人员致力于开发一种可降解多环芳烃的菌株,能够同时对萘、芴、DBF和DBT多种多环芳烃类具有降解作用,从而实现清洁、高效、无二次污染的环境修复效果。
发明内容
有鉴于现有技术的上述缺陷,本发明所要解决的技术问题是提供一种可降解多环芳烃的菌株。
为实现上述目的,本发明第一方面提供了一种可降解多环芳烃的菌株,所述菌株的保藏编号为CCTCC NO:M 2020186,保藏日期为2020年06月08日,保藏单位为中国典型培养物保藏中心,保藏地址为中国武汉大学。
进一步地,所述菌株为假单胞菌。
本发明第二方面提供了一种上述菌株的筛选方法,包括如下步骤:
采集多环芳烃污染区域的土壤样品,将所述土壤样品加入含有多环芳烃的培养基中进行培养,并得到能以多环芳烃为唯一碳源生长的单菌落。
本发明第三方面提供了上述菌株在降解多环芳烃中的应用。
进一步地,所述多环芳烃包括萘、芴、DBF和DBT中的一种或多种。
本发明第四方面提供了一种降解含多环芳烃的污染物的方法,包括如下步骤:将上述菌株进行培养,并将培养好的所述菌株加入到所述含多环芳烃的污染物中。
进一步地,将所述菌株在25℃下培养。
进一步地,将所述菌株在200rpm下摇床培养。
进一步地,在所述菌株的培养过程中,萘的添加量为50mg,芴、DBF和DBT的添加量分别为5mg。
进一步地,所述菌株对萘、芴、DBF和DBT的降解速率分别为11.905mgL-1h-1、0.631mgL-1h-1、0.676mgL-1h-1、0.386mgL-1h-1。
本发明提供的菌株,能够在萘、芴、DBF和DBT等多环芳烃为唯一碳源的培养环境中生长,并对萘、芴、DBF和DBT等多环芳烃具有降解作用,其中,该菌株对萘具有高效的降解率和降解速度,因此利用该菌株可实现高效、清洁、无二次污染的生物环境修复处理效果,具有成本低、操作简便、反应条件温和、节省能源的特点;此外,本发明提供的菌株可以耐受多种抗生素,为实际环境中污染修复提供了操作实例。
以下将结合附图对本发明的构思、具体结构及产生的技术效果作进一步说明,以充分地了解本发明的目的、特征和效果。
附图说明
图1是本发明提供的可降解多环芳烃的菌株16SrRNA序列分析比对后构建的***发育树;
图2A-2D为不同温度条件下,菌株在含有萘、芴、DBF和DBT的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
图3E-3H为不同转速下,菌株在含有萘、芴、DBF和DBT的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
图4I-4L为25℃、200rpm条件下,菌株在萘、芴、DBF和DBT含量不同的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
图5M-5P为该菌株对萘、芴、DBF和DBT降解量的折线图和菌株生长的OD600的折线图;
图6A-6B为该菌株降解萘过程中的中间代谢物分析示意图;
图7C-7E为该菌株降解芴过程中的中间代谢物分析示意图;
图8F-8H为该菌株降解DBF过程中的中间代谢物分析示意图;
图9I-9K为该菌株降解DBT过程中的中间代谢物分析示意图;
图10为该菌株基因组中预测的萘降解基因簇。
具体实施方式
以下参考说明书附图介绍本发明的多个优选实施例,使其技术内容更加清楚和便于理解。本发明可以通过许多不同形式的实施例来得以体现,本发明的保护范围并非仅限于文中提到的实施例。
本发明主要提供了一种可降解多环芳烃的菌株,并从以下几个方面进行详细阐述:
实施例1菌株的筛选、分离以及鉴定
1、采取样品
采集天津某多环芳烃污染的石油化工污染场地的土壤或泥样。
2、菌株的筛选和分离
称取5g样品加入到50mLMSM液体培养基中,并加入20mg的萘,在30℃,200rpm条件下培养5天;
将培养5天后的培养液按5%接种量转接至50mL新鲜MSM培养基中,加入20mg的萘,继续进行培养5天,并按此重复三次,将最后一次的培养液稀释并涂布在无机盐固体培养基上,倒置的平板盖上放50mg萘,30℃下培养直至长出单菌落;
挑取单菌落到新鲜的无机盐液体培养基中,选取生长最快的菌株进行划线分离,重复多次直到获得纯化的单菌。
其中,MSM液体培养基(1L)包括6.8g K2HPO4·3H2O,3.7g KH2PO4,0.1g MgSO4,1.0gNa2SO4和0.5mL金属离子缓冲液;
其中,金属离子缓冲液(1L)包括0.3g FeCl2·4H2O,0.02g MnCl2·4H2O,0.0124gH3BO3,0.0034g CuCl2·2H2O,0.038g CoCl2·6H2O,0.014g ZnCl2和0.04g Na2MoO4·2H2O,溶于0.1mol/L的盐酸溶液中;
无机盐固体培养基是在上述MSM液体培养基中加入1.5%的琼脂粉。
3、菌株的鉴定
经鉴定,该菌株为革兰氏阴性菌,喜好氧气,用16SrRNA通用引物(27F5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCA-3’及1492R5’-AGAGTTTGATCCTGGCTCA-3’)进行扩增并测序,将扩增结果送至公司进行测序。
使用NCBI数据库中的核苷酸BLAST(BLASTn)(https://blast.ncbi.nlm.nih.gov/Blast.cgi)在BLAST中检索菌株的16SrRNA序列,使用RDP数据库(http://rdp.cme.msu.edu/)检索假单胞菌属标准菌株,使用MEGA7的邻接(NJ)方法建立的***发育树。
如图1所示,该菌株与假单胞菌亲缘关系最近。
结合以上的生理生化的菌学特征和进化树分析,将其鉴定为假单胞菌MPDS(Pseudomonas brassicacearum MPDS),并于2020年06月08日将该菌株保藏至中国典型培养物保藏中心,保藏编号为CCTCC NO:M 2020186。
实施例2该假单胞菌MPDS的最优生长条件
1、菌株的最优生长温度:将菌株分别接种至50mL的含有50mg萘、2.5mg芴、2.5mgDBF和2.5mgDBT的MSM培养基,分别置于25℃、30℃、37℃、42℃,200rpm下摇床培养,每隔一定时间用分光光度计测量其OD600,测量结果如图2A-2D所示。
其中,图2A为不同温度条件下,菌株在含有50mg萘的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图2B为不同温度条件下,菌株在含有2.5mg芴的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图2C为不同温度条件下,菌株在含有2.5mgDBF的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图2D为不同温度条件下,菌株在含有2.5mgDBT的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
从图2A-2D可知,菌株的最优生长温度为25℃。
2、菌株的最优生长转速:将菌株分别接种至50mL的含有50mg萘、2.5mg芴、2.5mgDBF和2.5mgDBT的MSM培养基,分别置于50rpm、100rpm、200rpm,25℃下摇床培养,每隔一定时间用分光光度计测量OD600,测量结果如图3E-3H。
其中,图3E为不同转速下,菌株在含有50mg萘的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图3F为不同转速下,菌株在含有2.5mg芴的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图3G为不同转速下,菌株在含有2.5mgDBF的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图3H为不同转速下,菌株在含有2.5mgDBT的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
从图3E-3H可知,菌株的最优生长转速为200rpm。
3、菌株的最优底物添加量:将菌株分别接种至50mL的MSM培养基,萘的添加量分别是10、50、100mg,芴、DBF和DBT的添加量分别是2.5、5、10、20、50mg,在25℃、200rpm条件下培养,每隔一定时间用分光光度计测量OD600,测试结果如图4I-L。
其中,图4I为在25℃、200rpm条件下,菌株在萘含量不同的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图4J为在25℃、200rpm条件下,菌株在芴含量不同的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图4K为在25℃、200rpm条件下,菌株在DBF含量不同的MSM培养基中生长的OD600的折线图,图4L为在25℃、200rpm条件下,菌株在DBT含量不同的MSM培养基中生长的OD600的折线图;
从图4I-4K可知,萘的最优添加量为50mg,芴、DBF和DBT的最优添加量均为5mg。
实施例3该假单胞菌MPDS对萘、芴、DBF和DBT的降解能力
将菌株分别接种至50mL的MSM培养基中,萘的添加量为50mg,芴、DBF和DBT的添加量均为5mg,在25℃、200rpm条件下进行培养,收集不同培养时期下的培养液,将培养液分别用等体积乙酸乙酯萃取并萃取液分别进行高效液相色谱HPLC检测,检测培养液中萘、芴、DBF和DBT的含量。
其中,高效液相色谱的检测条件是AgilentTechnologies1200仪器,配备EclipseXDB-C18(5μm,4.6×150mm)分析柱,流动相A:超I水,流动相B:色谱级甲醇,比例为20:80;流速为0.5mL/分钟,柱温30℃;检测波长为275nm(萘),280nm(DBF),254nm(芴和DBT)。配制不同浓度梯度的萘、芴、DBF以及DBT标准品,测定相应浓度下的峰面积,绘制标准曲线。将样品中测得的峰面积由标准曲线换算得出底物含量。
图5M为该假单胞菌MPDS对萘的降解量的折线图和菌株生长的OD600折线图,图5N为该假单胞菌MPDS对芴的降解量的折线图和菌株生长的OD600折线图,图5O为该假单胞菌MPDS对DBF的降解量的折线图和菌株生长的OD600折线图,图5P为该假单胞菌MPDS对DBT的降解量的折线图和菌株生长的OD600折线图;其中,▲代表空白对照组的底物含量,■代表空白对照组的OD600;▼代表实验组的底物含量,●代表实验组的OD600;
由图5M-5P可知,该菌株对萘、芴、DBF和DBT的降解速率分别为11.905mgL-1h-1、0.631mgL-1h-1、0.676mgL-1h-1、0.386mgL-1h-1。
实施例4该假单胞菌MPDS降解萘、芴、DBF和DBT的中间代谢物分析
1、样品制备:活化菌株后,将菌液转接至新鲜LB培养基过夜培养,在4℃下离心收集菌体,用PBS缓冲液重悬,然后离心收集菌体,重复清洗2次,重悬菌体饥饿3h,随后PBS缓冲液稀释休止细胞的OD600=5.0,分别添加50mg萘或2.5mg芴、DBF和DBT进行休止细胞反应。在不同时间进行取样,加入等体积的乙酸乙酯萃取,用分液漏斗震荡萃取,使用旋转蒸发仪浓缩,取100μL有机相,进行LC-MS检测。取15μL进行硅烷化衍生,之后进行GC-MS检测。
2、LC-MS检测:LC-MS检测条件为液相色谱(AgilentHPLC1290-MS6230),柱温30℃,水:甲醇=20%:80%,流速0.4mL-1,注射体积5μL,检测波长275nm,280nm,254nm。
3、GC-MS检测:检测条件为气相色谱(Agilent6850/5975C),检测器温度为250℃,氦气流量为1mL/分钟,升温过程为:初始温度50℃,保持2分钟;以15℃/分钟的速率从50℃升温至250℃,保持10分钟。
4、检测结果:通过LC-MS,检测到萘的产物1,2-二羟基萘、水杨酸和邻苯二酚(图6A),证明其代谢途径为水杨酸降解途径(图6B);
通过LC-MS,检测到DBF的产物3-(3’-氧苯并呋喃-2’-基)丙酸、2-(3’-氧苯并呋喃-2’-基)乙酸、2-(3’-羟基-2’,3’-二氢苯并呋喃-2’-基)乙酸、2-氧代-2-(2-羟基苯基)乙酸、水杨酸和邻苯二酚(图7C),通过GC-MS检测到硅烷化的水杨酸(图7D),证明其是通过3,4加羟基的侧面双加氧途径生成水杨酸进行开环降解的(图7E);
DBT产物包括1,2-二羟基二苯并噻吩、3-羟基-2-甲酰基苯并噻吩、2,3-二羟基苯并噻吩和硫代水杨酸(图8F),通过GC-MS检测到硅烷化的硫代水杨酸(图8G),证明DBT也是通过对3,4加羟基的侧面双加氧途径进行开环降解的(图8H);
通过LC-MS,检测到芴的产物包括在9-芴醇、2-丙酸-1-茚酮和2-乙酸-1-茚酮(图9I),通过GC-MS,检测到9-芴酮(图9J),涉及到两条途径的代谢产物,因此对于MPDS降解芴的代谢途径仍需要进一步研究(图9K)。
实施例5该假单胞菌MPDS对多种抗生素的耐药性检测
将活化好的菌株用灭菌棉花蘸取后均匀地涂布到M-H固体培养基上,待液体晾干后,将含有不同抗生素的药敏试纸贴到平板中央,将平板倒置放在30度培养箱过夜培养,长出抑菌圈后测量并记录抑菌圈的直径,与抗生素标准表比对,如表1所示,R代表有抗性,I代表中介,S代表敏感,菌株MPDS对阿莫西林、呋喃妥因、红霉素、林可霉素、克林霉素、氨苄西林、青霉素、氯霉素、诺氟沙星、万古霉素、头孢唑林都有抗性。
上述M-H培养基的配方(1L)是:牛肉粉2.0g,可溶性淀粉1.5g,酸水解酪蛋白17.5g,调节pH为7.4,加入1.5%琼脂粉制成固体培养基。
表1菌株Pseudomonas brassicacearum MPDS对抗生素的耐药性检测
实施例6该假单胞菌MPDS的基因组分析和相关降解基因的挖掘
将菌体培养至对数期,在4℃下离心收集菌体,用PBS缓冲液重悬,然后离心收集菌体,重复清洗2次,将菌体液氮速冻,随后保存于-80度冰箱中。干冰运输至上海派森诺公司利用IlluminaNovaSeq测序平台和PacbioSequel测序平台进行上机测序,完成Pseudomonasbrassicacearum MPDS的全基因组测序。
如图10,在菌株MPDS的基因组里发现了完整的萘降解基因簇nahAaAbAcAdBFCED,与Pseudomonas stutzeri的萘降解基因簇的序列高度相似(>98%),并且发现了下游水杨酸和邻苯二酚的降解基因以及其他单环化合物的降解基因。同时,没有发现与已报到的芴、DBF和DBT降解基因相似的基因存在,MPDS基因组中可能含有新的降解基因有待挖掘。
以上详细描述了本发明的较佳具体实施例。应当理解,本领域的普通技术无需创造性劳动就可以根据本发明的构思作出诸多修改和变化。因此,凡本技术领域中技术人员依本发明的构思在现有技术的基础上通过逻辑分析、推理或者有限的实验可以得到的技术方案,皆应在由权利要求书所确定的保护范围内。
Claims (6)
1.一种可降解多环芳烃的菌株,其特征在于,所述菌株为假单胞菌(Pseudomonasbrassicacearum)MPDS,保藏编号为CCTCC NO:M 2020186,保藏日期为2020年06月08日,保藏单位为中国典型培养物保藏中心,保藏地址为中国武汉大学。
2.如权利要求1所述的菌株在降解多环芳烃中的应用,所述多环芳烃为萘、芴、DBF和DBT中的一种或多种。
3.一种降解含多环芳烃的污染物的方法,其特征在于,包括如下步骤:
将权利要求1所述的菌株进行培养,并将培养好的所述菌株加入到所述含多环芳烃的污染物中,所述多环芳烃为萘、芴、DBF和DBT中的一种或多种。
4.如权利要求3所述的方法,其特征在于,将所述菌株在25℃下培养。
5.如权利要求3所述的方法,其特征在于,将所述菌株在200rpm下摇床培养。
6.如权利要求3所述的方法,其特征在于,所述萘的含量为50mg,芴、DBF和DBT的含量分别为5mg。
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CN106999510A (zh) * | 2014-10-01 | 2017-08-01 | 伊格尔生物制品有限公司 | 含有粘度降低剂的多糖和核酸制剂 |
-
2020
- 2020-08-28 CN CN202010886837.6A patent/CN112458001B/zh active Active
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Publication number | Priority date | Publication date | Assignee | Title |
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Non-Patent Citations (1)
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Regio- and stereospecific oxidation of fluorene, dibenzofuran, and dibenzothiophene by naphthalene dioxygenase from Pseudomonas sp. strain NCIB 9816-4.;Resnick S M等;《Applied and Environmental Microbiology》;19961231;第4073-80页 * |
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