CN112236172A - 用于治疗病症的方法和化合物 - Google Patents

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杨朝霞
J·T·罗威
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Abstract

本发明涉及用于治疗BAF相关病症，如癌症和病毒感染的方法和组合物。

Description

用于治疗病症的方法和化合物
背景技术
病症可受BAF复合物的影响。BRD9是BAF复合物的组分。本发明涉及用于治疗BAF相关病症，如癌症和感染的有用方法和组合物。
发明内容
含布罗莫结构域的蛋白9(BRD9)是由5号染色体上的BRD9基因编码的蛋白质。BRD9是BAF(BRG1或BRM相关因子)复合物(一种SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物)的组分，并且属于含布罗莫结构域蛋白的IV家族。BRD9存在于几种SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物中，并在多种癌细胞系中上调。因此，降低BRD9的水平和/或活性的剂可提供用于治疗疾病和病症，如癌症的新方法。本发明人发现耗竭细胞中的BRD9导致那些细胞中的SS18-SSX融合蛋白的耗竭。SS18-SSX融合蛋白在超过95％的滑膜肉瘤肿瘤中检测到，并且通常是滑膜肉瘤中唯一的细胞遗传异常。因此，降解BRD9的剂(例如抗体、酶、多核苷酸和化合物)可用于治疗与BRD9或SS18-SSX表达有关的癌症，如软组织肉瘤，例如滑膜肉瘤。
本公开的特征是治疗(例如)有需要的受试者的癌症的有用方法。在一些实施方案中，本文所述的方法可用于治疗与BRD9表达相关的病症，例如成人软组织肉瘤。在一些实施方案中，本文所述的方法可用于治疗与SS18-SSX融合蛋白相关的病症。
在一方面，本发明的特征是一种治疗有需要的受试者的成人软组织肉瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述肉瘤中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在一方面，本发明的特征是一种治疗有需要的受试者的成人软组织肉瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述肉瘤中的BAF复合物(例如，GBAF)的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是一种减少有需要的受试者的成人软组织肉瘤的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述肉瘤中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在另一方面，本发明的特征是一种诱导成人软组织肉瘤细胞中的细胞凋亡的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在另一方面，本发明的特征是一种降低成人软组织肉瘤细胞中的BRD9的水平的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述成人软组织肉瘤细胞在受试者体内。在一些实施方案中，所述受试者或细胞已被鉴定为表达SS18-SSX融合蛋白或BRD9融合蛋白。
在另一方面，本发明的特征是一种调节细胞或受试者中的SS18-SSX融合蛋白、SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白的水平的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。在一些实施方案中，所述细胞在受试者体内。
在另一方面，本发明的特征是一种治疗有需要的受试者中与SS18-SSX融合蛋白、SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述受试者中表达SS18-SSX融合蛋白的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在任何上述方面的一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、8％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少50％(例如，55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)。在一些实施方案中，所述剂的有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少90％(例如，91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％或99％)。
在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少5％(例如6％、7％、8％、8％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少12小时(例如，14小时、16小时、18小时、20小时、22小时、24小时、30小时、36小时、48小时、72小时或更长时间)。在一些实施方案中，与参考相比，所述剂的有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少5％(例如，6％、7％、8％、8％、10％、15％、20％、25％、30％、35％、40％、45％、50％、55％、60％、65％、70％、75％、80％、85％、90％或95％)保持至少4天(例如，5天、6天、7天、14天、28天或更长时间)。
在一些实施方案中，所述受试者患有癌症。在一些实施方案中，所述癌症表达SS18-SSX融合蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达SS18-SSX融合蛋白。在一些实施方案中，所述病症是滑膜肉瘤或尤文氏肉瘤。在一些实施方案中，所述病症是滑膜肉瘤。
在一方面，本发明的特征是一种调节细胞或受试者中的BAF复合物的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在另一方面，本发明的特征是一种提高细胞或受试者中的BAF47的水平的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在一方面，本发明的特征是一种减少细胞或受试者中的Wnt/β-连环蛋白信号传导的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在一方面，本发明的特征是一种治疗有需要的受试者的与BAF47有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在一些实施方案中，所述与BAF47有关的病症是癌症或病毒感染。在一些实施方案中，所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤或结肠直肠癌。
在一些实施方案中，所述病毒感染是被逆转录病毒科、嗜肝DNA病毒科、黄病毒科、腺病毒科、疱疹病毒科、***瘤病毒科、细小病毒科、多瘤病毒科、副粘病毒科或披膜病毒科的病毒感染。
在一方面，本发明的特征是一种用于治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低癌细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
在一方面，本发明的特征是一种减少有需要的受试者的癌症的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低肿瘤细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
在一方面，本发明的特征是一种诱导癌细胞中的细胞凋亡的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
在一方面，本发明的特征是一种降低癌细胞中的BRD9的水平的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤或结肠直肠癌。在一些实施方案中，所述癌症是非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
在一方面，本发明的特征是一种调节细胞或受试者中的BRD9融合蛋白的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
在一方面，本发明的特征是一种调节细胞或受试者中的BRD9融合蛋白的水平的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。在一些实施方案中，所述细胞在受试者体内。
在一方面，本发明的特征是一种治疗有需要的受试者中与BRD9融合蛋白有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低表达BRD9融合蛋白的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述受试者患有癌症。在一些实施方案中，所述癌症表达BRD9融合蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达BRD9融合蛋白。在一些实施方案中，所述方法还包括向所述受试者施用抗癌疗法或使所述细胞与抗癌疗法接触。在一些实施方案中，所述抗癌疗法是化学治疗剂或细胞毒剂或放射疗法。在一些实施方案中，所述化学治疗剂或细胞毒性剂是多柔比星或异环磷酰胺。在一些实施方案中，所述抗癌疗法和所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂在彼此的28天内施用，并且各自以一起有效治疗受试者的量施用。在一些实施方案中，所述受试者或癌症已被鉴定为与参考相比，具有升高的SS18-SSX融合蛋白或BRD9融合蛋白水平。在一些实施方案中，所述受试者或癌症已被鉴定为与参考相比，具有降低的SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白水平。
在一方面，本发明的特征是一种治疗病毒感染的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述受试者的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
在一些实施方案中，所述病症是病毒感染，所述病毒感染是被以下病毒感染：逆转录病毒科如慢病毒(例如，人免疫缺陷病毒(HIV)和δ-逆转录病毒属(例如，人T细胞白血病病毒I(HTLV-1)、人T细胞白血病病毒II(HTLV-II))、嗜肝DNA病毒科(例如，乙型肝炎病毒(HBV))、黄病毒科(例如，丙型肝炎病毒(HCV))、腺病毒科(例如，人腺病毒)、疱疹病毒科(例如，人巨细胞病毒(HCMV)、爱泼斯坦-巴尔病毒、单纯疱疹病毒1(HSV-1)、单纯疱疹病毒2(HSV-2)、人疱疹病毒6(HHV-6)、疱疹病毒K*、CMV、水痘-带状疱疹病毒)、***瘤病毒科(例如，人***瘤病毒(HPV、HPV E1))、细小病毒科(例如，细小病毒B19)、多瘤病毒科(例如，JC病毒和BK病毒)、副粘病毒科(例如，麻疹病毒)、披膜病毒科(例如，风疹病毒)。在一些实施方案中，所述疾病症是科芬-西里斯(Coffin Siris)、神经纤维瘤病(例如，NF-1、NF-2或神经鞘瘤病)或多发性脑膜瘤。在一些实施方案中，所述病毒感染是被逆转录病毒科、嗜肝DNA病毒科、黄病毒科、腺病毒科、疱疹病毒科、***瘤病毒科、细小病毒科、多瘤病毒科、副粘病毒科或披膜病毒科的病毒感染。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是小分子化合物、抗体、酶和/或多核苷酸。在一些实施方案中，所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是酶。在一些实施方案中，所述酶是成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白、锌指核酸酶(ZFN)、转录活化因子样效应物核酸酶(TALEN)或大范围核酸酶。在一些实施方案中，所述CRISPR相关蛋白是CRISPR相关蛋白9(Cas9)。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是多核苷酸。在一些实施方案中，所述多核苷酸是反义核酸、短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、微小RNA(miRNA)、CRISPR/Cas 9核苷酸(例如，向导RNA(gRNA))或核酶。在一些实施方案中，所述多核苷酸具有与SEQ ID NO:3-202中任一个的核酸序列具有至少70％序列同一性(例如，70％、75％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)的序列。在一些实施方案中，所述多核苷酸具有与SEQ ID NO:3-139中任一个的核酸序列具有至少70％序列同一性(例如，70％、75％、80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)的序列。
在任何上述方面的一些实施方案中，所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是小分子化合物或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述小分子化合物或其药学上可接受的盐是降解剂。在一些实施方案中，所述降解剂具有式I的结构：
A-L-B
式I
其中A是BRD9结合部分；L是接头；并且B是降解部分，或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述降解部分是泛素连接酶部分。在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)、疏水性标签或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1的结构：
Figure BDA0002709263740000081
其中
Y1是
Figure BDA0002709263740000082
R3和R4各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
q是0、1、2、3、或4；并且
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，R3是H或任选取代的C1-C6烷基。
在一些实施方案中，R3是H或CH3。在一些实施方案中，R3是H。在一些实施方案中，R3是CH3。
在一些实施方案中，Y1是
Figure BDA0002709263740000091
在一些实施方案中，Y1是
Figure BDA0002709263740000092
在一些实施方案中，R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，q是0或1。在一些实施方案中，q是0。在一些实施方案中，q是1。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1a的结构：
Figure BDA0002709263740000093
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1b的结构：
Figure BDA0002709263740000094
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1c的结构：
Figure BDA0002709263740000101
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1d的结构：
Figure BDA0002709263740000102
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述降解部分具有以下结构：
Figure BDA0002709263740000103
或
Figure BDA0002709263740000104
或是其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，所述降解部分具有以下结构：
Figure BDA0002709263740000111
其中
q是0、1、2、3、或4；
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R3a、R3b和R3c各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；并且
R4是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，每个R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，q是0或1。
在一些实施方案中，q是0。
在一些实施方案中，R3a、R3b和R3c各自独立地是H或任选取代的C1-C6烷基。
在一些实施方案中，R3a是H。在一些实施方案中，R3b是H。在一些实施方案中，R3c是H。
在一些实施方案中，所述降解部分具有以下结构：
Figure BDA0002709263740000121
或是其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，所述接头具有式II的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2
式II
其中
A1是所述接头与A之间的键；
A2是B与所述接头之间的键；
B1、B2、B3和B4各自独立地是任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2或NRN；
每个RN独立地是H、任选取代的C1–4烷基、任选取代的C2–4烯基、任选取代的C2–4炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基或任选取代的C1–7杂烷基；
C1和C2各自独立地是羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；
f、g、h、i、j和k各自独立地是0或1；并且
D是任选取代的C1–10烷基、任选取代的C2–10烯基、任选取代的C2–10炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1–10杂烷基，或将A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-连接至-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2的化学键。
在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地是任选取代的C1-C4烷基、任选取代的C1-C4杂烷基或NRN。
在一些实施方案中，每个RN独立地是H或任选取代的C1–4烷基。在一些实施方案中，每个RN独立地是H或CH3。
在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是
Figure BDA0002709263740000131
Figure BDA0002709263740000132
在一些实施方案中，B1是
Figure BDA0002709263740000133
在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是
Figure BDA0002709263740000134
在一些实施方案中，C1是
Figure BDA0002709263740000135
在一些实施方案中，B2是NRN。
在一些实施方案中，B2是任选取代的C1-C4烷基。
在一些实施方案中，f是0。在一些实施方案中，f是1。
在一些实施方案中，g是0。在一些实施方案中，g是1。
在一些实施方案中，h是0。在一些实施方案中，h是1。
在一些实施方案中，i是0。在一些实施方案中，i是1。
在一些实施方案中，j是0。在一些实施方案中，j是1。
在一些实施方案中，k是0。在一些实施方案中，k是1。
在一些实施方案中，所述接头具有
Figure BDA0002709263740000141
Figure BDA0002709263740000142
Figure BDA0002709263740000143
的结构。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-a的结构：
Figure BDA0002709263740000144
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s’是0、1或2；
每个R24独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基,任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或两个R24与它们所连接的碳原子组合形成任选取代的C6-C10芳基或任选取代的C2-C9杂芳基；
s是0、1、2、3或4；并且
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-b的结构：
Figure BDA0002709263740000151
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-1a的结构：
Figure BDA0002709263740000161
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
X1是N或CR24a；
X2是N或CR24b；
X3是N或CR24c；
X4是N或CR24d；并且
R24a、R24b、R24c和R24d各自独立地是H、卤素、羟基、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基,任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-1b的结构：
Figure BDA0002709263740000171
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-2a的结构：
Figure BDA0002709263740000172
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-2b的结构：
Figure BDA0002709263740000181
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C3-C6碳环基。
在一些实施方案中，R22是H或CH3。
在一些实施方案中，R23是H或任选取代的C1-C6烷基。
在一些实施方案中，R23是H。
在一些实施方案中，s是0、1或2。在一些实施方案中，s是1或2。在一些实施方案中，s是1。在一些实施方案中，s是2。
在一些实施方案中，每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基。
在一些实施方案中，每个R25独立地是任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基。
在一些实施方案中，每个R25独立地是F、
Figure BDA0002709263740000182
Figure BDA0002709263740000183
在一些实施方案中，每个R25独立地是
Figure BDA0002709263740000191
Figure BDA0002709263740000192
在一些实施方案中，s’是1。
在一些实施方案中，R24a、R24b、R24c和R24d各自独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，R24a、R24b、R24c和R24d各自独立地是-NH2、
Figure BDA0002709263740000193
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式F-a的结构：
Figure BDA0002709263740000194
其中
R28和R33各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
t是0、1、2、3或4；
每个R29独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
u是0、1、2、3或4；
每个R30独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R31和R32各自独立地选自由以下组成的组：H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；并且
G是任选取代的C1-C6亚烷基、任选取代的C6-C10亚芳基或任选取代的C3-C6亚碳环基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式G的结构：
Figure BDA0002709263740000201
其中
R34是任选取代的C6-C10芳基或C2-C9杂芳基；
R36是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R37是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
X5是CR38a或N；
R38a、R38b和R38c各自独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；并且
R38d是氢或–NR39R40；并且
R39和R40各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或R39和R40组合形成任选取代的C2-C9杂环基，
其中R34、R39或R40中的至少一者包含与所述接头的键，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式G-1的结构：
Figure BDA0002709263740000211
其中
R34a、R34b和R34c各自独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
每个R35a和R35b独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R36是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R37是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
每个R38a、R38b和R38c独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；并且
R38d是氢或–NR39R40；并且
每个R39和R40独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或R39和R40组合形成任选取代的C2-C9杂环基，
其中R34、R39或R40中的至少一者包含与所述接头的键，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式H-a的结构：
Figure BDA0002709263740000221
其中
v是0、1、2、3或4；
每个R41独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R42是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R44是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；并且
每个R43、R45和R46独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式J-a的结构：
Figure BDA0002709263740000231
其中
R47和R48各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R49、R50和R51各自独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
w是0、1、2、3或4；并且
每个R52独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式J-b的结构：
Figure BDA0002709263740000241
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-3的结构：
Figure BDA0002709263740000242
其中
Y2是N或CR23；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；并且
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-3a的结构：
Figure BDA0002709263740000251
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-4的结构：
Figure BDA0002709263740000261
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
X5是N或CR56a；
X6是N或CR56b；
X7是N或CR56c；
X8是N或CR56d；并且
各自R56a、R56b、R56c和R56d独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇、任选取代的磺酰胺或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，X7是N或CH。在一些实施方案中，X8是N或CH。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式E-4a的结构：
Figure BDA0002709263740000271
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式G-2的结构：
Figure BDA0002709263740000272
其中
s是0、1、2、3或4；并且
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式G-2a的结构：
Figure BDA0002709263740000281
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式G-3的结构：
Figure BDA0002709263740000282
其中R57是任选取代的C2-C10杂环基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述BRD9结合部分包含式J-1的结构：
Figure BDA0002709263740000291
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
Y2是N或CR58a；
Y3是N或CR58b；并且
R58a和R58b各自独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，或其药学上可接受的盐。
在另一方面，本公开的特征是一种具有式K-1、式K-2、式M-2、式M-3或式O-1的结构的化合物：
Figure BDA0002709263740000301
其中
Y2是N或CR23；
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
X5是N或CR56a；
X6是N或CR56b；
X7和X8各自独立地是N或CH；
R56a和R56b各自独立地是H或NRa，其中每个Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R57是任选取代的C2-C10杂环基；
Y2是N或CR58a；
Y3是N或CR58b；并且
R58a和R58b各自独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述化合物具有式K-1的结构。
在一些实施方案中，所述化合物具有式K-2的结构。
在一些实施方案中，所述化合物具有式M-2的结构。
在一些实施方案中，所述化合物具有式M-3的结构。
在一些实施方案中，所述化合物具有式O-1的结构。
在一些实施方案中，s是0、1或2。
在一些实施方案中，所述化合物具有表1中的化合物B1-B65的结构。在一些实施方案中，所述化合物具有表1中的化合物B1、B3-B13、B16-B22和B28-B67的结构。
表1.本公开的化合物B1-B68
Figure BDA0002709263740000321
Figure BDA0002709263740000331
Figure BDA0002709263740000341
Figure BDA0002709263740000351
Figure BDA0002709263740000361
Figure BDA0002709263740000371
Figure BDA0002709263740000381
Figure BDA0002709263740000391
Figure BDA0002709263740000401
Figure BDA0002709263740000411
Figure BDA0002709263740000421
Figure BDA0002709263740000431
在另一方面，本公开的特征是一种药物组合物，所述药物组合物包含前述化合物中的任一种和药学上可接受的赋形剂。
在另一方面，本公开的特征是一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的前述化合物中的任一种或前述药物组合物中的任一种。
在另一方面，本公开的特征是一种治疗有需要的受试者的与BRD9抑制有关的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的前述化合物中的任一种或前述药物组合物中的任一种。
在另一方面，本公开的特征是一种具有式I结构的化合物：
A-L-B
式I，
其中
L是接头；
B是降解部分；并且
A具有式E-3、式E-4、式G-2、式G-3或式E-5的结构：
Figure BDA0002709263740000441
其中
Y2是N或CR23；
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
X5和X6各自独立地是N或CR56；
X7和X8各自独立地是N或CH；
每个R56独立地是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R57是任选取代的C2-C10杂环基；
Y2和Y3各自独立地是N或CR58；并且
每个R58独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，A具有式E-3的结构。
在一些实施方案中，A具有式E-4的结构。
在一些实施方案中，A具有式G-2的结构。
在一些实施方案中，A具有式G-3的结构。
在一些实施方案中，A具有式E-5的结构。
在一些实施方案中，s是0、1或2。
在一些实施方案中，所述降解部分是泛素连接酶结合部分。
在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，所述降解部分具有式A-1的结构：
Figure BDA0002709263740000461
其中
Y1是
Figure BDA0002709263740000462
R3和R4独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
q是0、1、2、3、或4；并且
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，R3是H或任选取代的C1-C6烷基。
在一些实施方案中，R3是H或CH3。在一些实施方案中，R3是H。在一些实施方案中，R3是CH3。
在一些实施方案中，Y1是
Figure BDA0002709263740000471
在一些实施方案中，Y1是
Figure BDA0002709263740000472
在一些实施方案中，每个R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
在一些实施方案中，q是0或1。在一些实施方案中，q是0。
在一些实施方案中，式A-1的结构具有式A-1a的结构：
Figure BDA0002709263740000473
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，式A-1的结构具有式A-1b的结构：
Figure BDA0002709263740000481
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，式A-1c的结构具有式A-1c的结构：
Figure BDA0002709263740000482
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，式A-1的结构具有式A-1d的结构：
Figure BDA0002709263740000483
或其药学上可接受的盐。
在一些实施方案中，所述降解部分具有以下结构：
Figure BDA0002709263740000484
Figure BDA0002709263740000491
或
Figure BDA0002709263740000492
或是其衍生物或类似物。
在一些实施方案中，所述接头具有式II的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2
式II
其中
A1是所述接头与A之间的键；
A2是B与所述接头之间的键；
B1、B2、B3和B4各自独立地是任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2或NRN；
RN是H、任选取代的C1–4烷基、任选取代的C2–4烯基、任选取代的C2–4炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基或任选取代的C1–7杂烷基；
C1和C2各自独立地是羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；
f、g、h、I、j和k各自独立地是0或1；并且
D是任选取代的C1–10烷基、任选取代的C2–10烯基、任选取代的C2–10炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1–10杂烷基，或将A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-连接至-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2的化学键。
在一些实施方案中，B1、B2、B3和B4各自独立地是任选取代的C1-C4烷基、任选取代的C1-C4杂烷基或NRN。
在一些实施方案中，RN是H或任选取代的C1–4烷基。
在一些实施方案中，RN是H或CH3。
在一些实施方案中，B1和B4各自独立地是
Figure BDA0002709263740000501
Figure BDA0002709263740000502
在一些实施方案中，B1是
Figure BDA0002709263740000503
Figure BDA0002709263740000504
在一些实施方案中，C1和C2各自独立地是
Figure BDA0002709263740000505
在一些实施方案中，C1是
Figure BDA0002709263740000506
在一些实施方案中，B2是NRN。
在一些实施方案中，B2是任选取代的C1-C4烷基。
在一些实施方案中，f是0。在一些实施方案中，f是1。
在一些实施方案中，g是0。在一些实施方案中，g是1。
在一些实施方案中，h是0。在一些实施方案中，h是1。
在一些实施方案中，i是0。在一些实施方案中，i是1。
在一些实施方案中，j是0。在一些实施方案中，j是1。
在一些实施方案中，k是0。在一些实施方案中，k是1。
在一些实施方案中，所述接头具有
Figure BDA0002709263740000511
Figure BDA0002709263740000512
Figure BDA0002709263740000513
的结构。
在一些实施方案中，所述化合物具有表2中的化合物D1-D20中的任一者的结构。在一些实施方案中，所述化合物具有表2中的化合物D1-D17中的任一者的结构。在一些实施方案中，所述化合物具有表2中的化合物D18-D20中的任一者的结构。
表2.本公开的化合物D1-D20
Figure BDA0002709263740000514
Figure BDA0002709263740000521
Figure BDA0002709263740000531
Figure BDA0002709263740000541
Figure BDA0002709263740000551
在另一方面，本公开的特征是一种药物组合物，所述药物组合物包含前述化合物中的任一种和药学上可接受的赋形剂。
在另一方面，本公开的特征是一种治疗有需要的受试者的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的前述化合物中的任一种或前述药物组合物中的任一种。
在另一方面，本公开的特征是一种治疗有需要的受试者的与BRD9抑制有关的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的前述化合物中的任一种或前述药物组合物中的任一种。
在一些实施方案中，所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
化学术语
对于任何以下化学定义，原子符号后的数字表示存在于特定化学部分中的所述元素的原子总数。应理解，根据需要，可存在其他原子，如氢原子或如本文所述的取代基，以满足原子的化合价。例如，未取代的C2烷基具有式–CH2CH3。当与本文所定义的基团一起使用时，提及碳原子数包括乙缩醛和缩酮基团中的二价碳，但不包括酰基、酯、碳酸酯或氨基甲酸酯基团中的羰基碳。提及杂芳基中的氧、氮或硫原子的数目仅包括形成杂环的一部分的那些原子。
如本文所用的术语“酰基”表示通过如本文所定义的羰基连接至母体分子基团的氢或烷基，并且由甲酰基(即，羧基醛基团)、乙酰基、三氟乙酰基、丙酰基和丁酰基举例说明。示例性未取代的酰基包括1至6个、1至11个或1至21个碳。
如本文所用的术语“烷基”是指具有1至20个碳原子(例如，1至16个碳原子、1至10个碳原子或1至6个碳原子)的支链或直链单价饱和脂族烃基。
亚烷基是二价烷基。如本文单独或与其他基团组合使用的术语“烯基”是指具有碳-碳双键且具有2至20个碳原子(例如，2至16个碳原子、2至10个碳原子、2至6个或2个碳原子)的直链或支链烃残基。
如本文单独或与其他基团组合使用的术语“炔基”是指具有碳-碳三键且具有2至20个碳原子(例如，2至16个碳原子、2至10个碳原子、2至6个或2个碳原子)的直链或支链烃残基。
如本文所用，术语“氨基”表示–N(RN1)2，其中每个RN1独立地是H、OH、NO2、N(RN2)2、SO2ORN2、SO2RN2、SORN2、N-保护基团、烷基、烷氧基、芳基、芳基烷基、环烷基、酰基(例如，乙酰基、三氟乙酰基或本文所述的其他酰基)，其中这些列举的RN1基团中的每一个可任选地被取代；或两个RN1组合形成亚烷基或杂亚烷基，并且其中每个RN2独立地是H、烷基或芳基。本文所述的化合物的氨基可以是未取代的氨基(即，–NH2)或取代的氨基(即，–N(RN1)2)。
如本文所用，术语“芳基”是指具有至少一个芳环的6至12个碳原子的芳族单或多碳环基团。此类基团的实例包括但不限于苯基、萘基、1,2,3,4-四氢萘基、1,2-二氢萘基、茚满基和1H-茚基。
如本文所用，术语“芳基烷基”表示被芳基取代的烷基。示例性未取代的芳基烷基是7至30个碳(例如，7至16个或7至20个碳，如C1-C6烷基C6-C10芳基、C1-C10烷基C6-C10芳基或C1-C20烷基C6-C10芳基)，如苄基和苯乙基。在一些实施方案中，烷基和芳基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“叠氮基”表示–N3基团。
如本文所用，术语“桥联环基”是指含有1至3个桥的5至20个原子的桥联多环基团。桥联环基包括桥联碳环基(例如，降冰片基)和桥联杂环基(例如，1,4-二氮杂双环[2.2.2]辛烷)。
如本文所用，术语“氰基”表示-CN基团。
如本文所用，术语“碳环基”是指其中环由碳原子形成的非芳族C3-C12单环或多环(例如，双环或三环)结构。碳环基结构包括环烷基和不饱和碳环基基团。多环碳环基包括螺环碳环基、桥联碳环基和稠合碳环基。
如本文所用，术语“环烷基”是指具有3至10个、优选3至6个碳原子的饱和、非芳族、单价的单或多碳环基团。此术语进一步有诸如环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基、降冰片基和金刚烷基举例说明。
如本文所用，术语“卤素”是指氟(氟代)、氯(氯代)、溴(溴代)或碘(碘代)基团。
如本文所用，术语“杂烷基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫取代的如本文所定义的烷基。在一些实施方案中，杂烷基可进一步被如本文针对烷基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂烷基的实例是“烷氧基”，如本文所用，烷氧基是指烷基-O-(例如，甲氧基和乙氧基)。杂亚烷基是二价杂烷基。如本文所用，术语“杂烯基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫取代的如本文所定义的烯基。在一些实施方案中，杂烯基可进一步被如本文针对烯基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂烯基的实例是“烯氧基”，如本文所用，烯氧基是指烯基-O-。杂亚烯基是二价杂烯基。如本文所用，术语“杂炔基”是指其中一个或多个组成碳原子已被氮、氧或硫取代的如本文所定义的炔基。在一些实施方案中，杂炔基可进一步被如本文针对炔基所描述的1、2、3或4个取代基取代。杂炔基的实例是“炔氧基”，如本文所用，炔氧基是指炔基-O-。杂亚炔基是二价杂炔基。
如本文所用，术语“杂芳基”是指具有至少一个芳环的5至12个原子的芳族单环或多环结构，所述芳环含有1、2或3个选自氮氧和硫的环原子，其中剩余的环原子是碳。杂芳基的一个或两个环碳原子可被羰基取代。杂芳基的实例是吡啶基、吡唑基、苯并噁唑基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、咪唑基、噁唑基和噻唑基。
如本文所用，术语“杂芳基烷基”表示被杂芳基取代的烷基。示例性未取代的杂芳基烷基是7至30个碳(例如，7至16个碳或7至20个碳，如C1-C6烷基C2-C9杂芳基、C1-C10烷基C2-C9杂芳基或C1-C20烷基C2-C9杂芳基)。在一些实施方案中，烷基和杂芳基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“杂环基”是指具有至少一个环的具有3至12个原子的单环或多环(例如，双环或三环)结构，所述环含有1、2、3或4个选自N、O或S的环原子，其中没有环是芳族的。多环杂环基包括螺环杂环基，桥联杂环基和稠合杂环基。杂环基的实例包括但不限于吗啉基、硫代吗啉基、呋喃基、哌嗪基、哌啶基、吡喃基、吡咯烷基、四氢吡喃基、四氢呋喃基和1,3-二噁烷基。
如本文所用，术语“杂环基烷基”表示被杂环基取代的烷基。示例性未取代的杂环基烷基是7至30个碳(例如，7至16个或7至20个碳，如C1-C6烷基C2-C9杂环基、C1-C10烷基C2-C9杂环基或C1-C20烷基C2-C9杂环基)。在一些实施方案中，烷基和杂环基各自均可进一步被如本文针对相应基团所定义的1、2、3或4个取代基取代。
如本文所用，术语“羟烷基”表示被-OH基团取代的烷基。
如本文所用，术语“羟基”表示-OH基团。
如本文所用，术语“N-保护基团”表示在合成过程中意图保护氨基免于发生不希望的反应的那些基团。常用的N-保护基团在Greene,“Protective Groups in OrganicSynthesis,”第3版(John Wiley&Sons,NewYork,1999)中公开。N-保护基团包括但不限于酰基、芳酰基或氨基甲酰基，如甲酰基、乙酰基、丙酰基、新戊酰基、叔丁基乙酰基、2-氯乙酰基、2-溴乙酰基、三氟乙酰基、三氯乙酰基、邻苯二甲酰基、邻硝基苯氧基乙酰基、α-氯丁酰基、苯甲酰基、4-氯苯甲酰基、4-溴苯甲酰基、4-硝基苯甲酰基和手性助剂，如受保护的或未受保护的D、L或D、L-氨基酸，如丙氨酸、亮氨酸和苯丙氨酸；含磺酰基的基团，如苯磺酰基和对甲苯磺酰基；氨基甲酸酯形成基团，如苄氧基羰基、对氯苄氧基羰基、对甲氧基苄氧基羰基、对硝基苄氧基羰基、2-硝基苄氧基羰基、对溴苄氧基羰基、3,4-二甲氧基苄氧基羰基、3,5-二甲氧基苄氧基羰基、2,4-20二甲氧基苄氧基羰基、4-甲氧基苄氧基羰基、2-硝基-4,5-二甲氧基苄氧基羰基、3,4,5-三甲氧基苄氧基羰基、1-(对联苯基甲酰基)-1-甲基乙氧基羰基、α,α-二甲基-3,5-二甲氧基苄氧基羰基、二苯甲基氧基羰基、叔丁氧基羰基、二异丙基甲氧基羰基、异丙氧基羰基、乙氧基羰基、甲氧基羰基、烯丙氧基羰基、2,2,2,-三氯乙氧基羰基、苯氧基羰基、4-硝基苯氧基羰基、芴基-9-甲氧基羰基、环戊氧基羰基、金刚烷基氧基羰基、环己基氧基羰基和苯硫基羰基；芳基烷基，如苄基、三苯基甲基和苄氧基甲基；以及甲硅烷基，如三甲基甲硅烷基。优选的N-保护基团是alloc、甲酰基、乙酰基、苯甲酰基、新戊酰基、叔丁基乙酰基、丙氨酰基、苯磺酰基、苄基、叔丁氧基羰基(Boc)和苄氧基羰基(Cbz)。
如本文所用，术语“硝基”表示–NO2基团。
如本文所用，术语“硫醇”表示-SH基团。
烷基、烯基、炔基、杂烷基、杂烯基、杂炔基、碳环基(例如，环烷基)、芳基、杂芳基和杂环基可被取代或未被取代。除非另有说明，否则当被取代时，通常将存在1至4个取代基。取代基包括，例如：烷基(例如，未取代的和取代的，其中取代基包括本文所述的任何基团，例如芳基、卤代基、羟基)、芳基(例如，取代的和未取代的苯基)、碳环基(例如，取代的和未取代的环烷基)、卤素(例如，氟)、羟基、杂烷基(例如，取代的和未取代的甲氧基、乙氧基或硫代烷氧基)、杂芳基、杂环基、氨基(例如，NH2或单或二烷基氨基)、叠氮基、氰基、硝基或硫醇。芳基、碳环基(例如，环烷基)、杂芳基和杂环基也可被烷基(未取代的和取代的，如芳基烷基(例如，取代的和未取代的苄基))取代。
本文所述的化合物可具有一个或多个不对称碳原子，并且可以光学纯的对映异构体、对映异构体的混合物例如像外消旋体、光学纯的非对映异构体、非对映异构体的混合物、非对映异构外消旋体或非对映异构外消旋体的混合物形式存在。光学活性形式可例如通过拆分外消旋体、通过不对称合成或不对称色谱法(使用手性吸附剂或洗脱剂的色谱法)获得。即，某些公开的化合物可以各种立体异构体形式存在。立体异构体是仅在其空间排列上不同的化合物。对映异构体是成对的立体异构体，它们的镜像不可重叠，最常见的原因是它们含有不对称取代的碳原子，所述碳原子充当手性中心。“对映异构体”是指为彼此的镜像并且不可重叠的一对分子中的一者。非对映异构体是与镜像无关的立体异构体，最常见的原因是它们含有两个或更多个不对称取代的碳原子，并且表示一个或多个手性碳原子周围的取代基构型。化合物的对映异构体可例如通过使用一种或多种熟知的技术和方法，例如像手性色谱法和基于其的分离方法，从外消旋体分离对映异构体来制备。本领域技术人员可容易地确定从外消旋混合物中分离本文所述的化合物的对映异构体的适当技术和/或方法。“外消旋体”或“外消旋混合物”是指含有两种对映异构体的化合物，其中此类混合物未表现出光学活性；即，它们不会旋转偏振光的平面。“几何异构体”是指在与碳-碳双键、环烷基环或桥联双环***有关的取代基原子的取向方面不同的异构体。碳-碳双键每一侧的原子(除H外)可呈E(取代基在碳-碳双键的25个相对侧)或Z(取代基在同一侧)构型。“R”、“S”、“S*”、“R*”、“E”、“Z”、“顺式”和“反式”表示相对于核心分子的构型。所公开的化合物中的某些可以阻转异构体形式存在。阻转异构体是由于围绕单键的旋转受阻而产生的立体异构体，其中旋转的空间应变屏障足够高以允许构象异构体的分离。本文所述的化合物可通过异构体特异性合成而制备为单独的异构体或由异构体混合物拆分。常规拆分技术包括使用光学活性酸形成异构体对的每种异构体的游离碱的盐(随后进行分步结晶和游离碱的再生)、使用光学活性胺形成异构体对的每种异构体的酸形式的盐(随后进行分步结晶和游离酸的再生)、使用光学纯酸、胺或醇形成异构体对的每种异构体的酯或酰胺35(随后进行色谱分离和除去手性助剂)，或使用各种众所周知的色谱方法解析起始材料或最终产物的异构体混合物。当通过结构命名或描绘所公开化合物的立体化学时，所述命名或描绘的立体异构体相对于其他立体异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9重量％。当通过结构命名或描绘单一对映异构体时，所描绘或命名的对映异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9重量％光学纯的。当通过结构命名或描绘单一非对映异构体时，所描绘或命名的非对映异构体是至少60重量％、70重量％、80重量％、90重量％、99重量％或99.9％重量纯的。光学纯度百分比是对映体的重量相对于对映体的重量加上其光学异构体的重量的比率。按重量计的非对映异构体纯度是一种非对映异构体的重量相对于所有非对映异构体的重量的比率。当通过结构命名或描绘所公开化合物的立体化学时，所述命名或描绘的立体异构体相对于其他立体异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。当通过结构命名或描绘单一对映异构体时，所描绘或命名的对映异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。当通过结构命名或描绘单一非对映异构体时，所描绘或命名的非对映异构体是按摩尔分数计至少60％、70％、80％、90％、99％或99.9％纯的。按摩尔分数计的纯度百分比是对映体的摩尔数相对于对映体的摩尔数加上其光学异构体的摩尔数的比率。类似地，按摩尔分数计的纯度百分比是非对映异构体的摩尔数相对于非对映异构体的摩尔数加上其异构体的摩尔数的比率。当通过结构命名或描绘所公开的化合物而未指示立体化学并且所述化合物具有至少一个手性中心时，应理解所述名称或结构涵盖所述化合物的不含相应光学异构体的任一对映异构体、所述化合物的外消旋体混合物或相对于其相应的光学异构体富含一种对映异构体的混合物。当所公开的化合物通过结构命名或描绘而未指示立体化学并且具有两个或更多个手性中心时，应理解，所述名称或结构涵盖不含其他非对映异构体的非对映异构体、不含其他非对映异构体对的许多非对映异构体、非对映异构体的混合物、非对映异构体对的混合物、其中一种非对映异构体相对于其他一种或多种非对映异构体富集的非对映异构体的混合物或其中一种或多种非对映异构体相对于其他非对映异构体富集的非对映异构体的混合物。本发明包括所有这些形式。
除非另外定义，否则本文所用的所有技术和科学术语均具有与本发明所属领域的普通技术人员通常所理解的相同的含义。本文描述了用于在本公开中使用的方法和材料；也可使用本领域中已知的其他合适的方法和材料。所述材料、方法以及实施例仅是说明性的并且不意图是限制性的。本文提及的所有公布、专利申请、专利、序列、数据库条目和其他参考文献均以引用的方式整体并入。在冲突的情况下，以包括定义在内的本说明书为准。
定义
在本申请中，除非上下文另有明确说明，否则(i)术语“一个/种”可被理解为是指“至少一个/种”；(ii)术语“或”可被理解为是指“和/或”；并且(iii)术语“包括(including)”和“包括(including)”可被理解为涵盖逐项列出的组分或步骤，无论是它们本身呈现还是与一直或多种其他组分或步骤一起呈现。
如本文所用，术语“约”和“大约”是指在所描述的值以上或以下10％以内的值。例如，术语“约5nM”表示4.5至5.5nM的范围。
如本文所用，术语“施用”是指将组合物(例如，化合物或包含如本文所述的化合物的制剂)施用至受试者或***。可通过任何适当的途径向动物受试者(例如，人)施用。例如，在一些实施方案中，施用可以是支气管(包括通过支气管滴注)、经颊、肠内、真皮内、动脉内、皮内、胃内、髓内、肌内、鼻内、腹膜内、鞘内、肿瘤内、静脉内、心室内、粘膜、鼻、口服、直肠、皮下、舌下、局部、气管(包括通过气管内滴注)、经皮、***和玻璃体。
如本文所用，术语“成人软组织肉瘤”是指通常在青少年和成人受试者(例如，至少10岁、11岁、12岁、13岁、14岁、15岁、16岁、17岁、18岁或19岁的受试者)中在身体的软组织中发展的肉瘤。成人软组织肉瘤的非限制性实例包括但不限于滑膜肉瘤、纤维肉瘤、恶性纤维性组织细胞瘤、皮肤纤维肉瘤、脂肪肉瘤、平滑肌肉肉瘤、血管肉瘤、卡波西氏肉瘤、***肉瘤、恶性外周神经鞘瘤/神经纤维肉瘤、骨外软骨肉瘤、骨外骨肉瘤、骨外粘液样软骨肉瘤和骨外间叶性软骨肉瘤。
如本文所用，术语“BAF复合物”是指人细胞中的BRG1或HRBM相关因子复合物。
如本文所用，术语“GBAF复合物”和“GBAF”是指人细胞中的SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物。GBAF复合物亚基可包括但不限于，ACTB、ACTL6A、ACTL6B、BICRA、BICRAL、BRD9、SMARCA2、SMARCA4、SMARCC1、SMARCD1、SMARCD2、SMARCD3和SS18。术语“癌症”是指由恶性赘生性细胞的增殖所引起的疾患，如肿瘤、赘生物、癌、肉瘤、白血病和淋巴瘤。
如本文所用，“组合疗法”或“组合施用”是指将两种(或多种)不同的剂或治疗作为针对特定疾病或疾患的限定治疗方案的一部分施用至受试者。治疗方案定义了每种剂的剂量和施用周期，以使单独剂对受试者的作用重叠。在一些实施方案中，两种或更多种剂的递送是同时或并行的，并且所述剂可共同配制。在一些实施方案中，两种或更多种剂不是共同配制的，并且作为处方方案的一部分以顺序方式施用。在一些实施方案中，两种或更多种剂或治疗的组合施用使得与病症相关的症状或其他参数的减少大于在单独递送的一种剂或治疗或在不存在所述剂的情况下观察到的减少。两种治疗的作用可部分累加、完全累加或大于累加(例如，协同作用)。顺序或实质上同时施用每种治疗剂可通过包括但不限于经口途径、静脉内途径、肌肉内途径以及通过粘膜组织直接吸收的任何适当的途径来实现。可通过相同途径或通过不同途径施用治疗剂。例如，可通过静脉内注射施用组合的第一治疗剂，同时可口服施用组合的第二治疗剂。
如本文所用，术语“BRD9”是指含布罗莫结构域的蛋白9，其是BAF(BRG1或BRM相关因子)复合物(一种SWI/SNF ATP酶染色质重塑复合物)的组分，并且属于含布罗莫结构域蛋白的IV家族。BRD9由BRD9基因编码，其核酸序列在SEQ ID NO:1中列出。术语“BRD9”还指野生型BRD9蛋白的天然变体，如与野生型BRD9的氨基酸序列(其在SEQ ID NO:2中列出)具有至少85％同一性(例如，85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)的蛋白质。
如本文所用，术语“降解剂”是指包含降解部分的小分子化合物，其中所述化合物与蛋白质(例如，BRD9)以导致蛋白质降解的方式相互作用，例如，所述化合物的结合使得例如细胞或受试者中的所述蛋白质的水平降低至少5％。
如本文所用，术语“降解部分”是指其结合导致蛋白质(例如，BRD9)降解的部分。在一个实例中，所述部分结合至代谢蛋白质(例如，BRD9)的蛋白酶或泛素连接酶。
“确定蛋白质的水平”是指通过本领域已知的方法直接或间接地检测蛋白质或编码所述蛋白质的mRNA。“直接确定”是指执行过程(例如，对样品进行测定或测试，或如本文所定义的术语“分析样品”)以获得物理实体或值。“间接确定”是指从一方或来源(例如，直接获取物理实体或值的第三方实验室)接收所述物理实体或值。测量蛋白质水平的方法通常包括但不限于蛋白质印迹、免疫印迹、酶联免疫吸附测定(ELISA)、放射免疫测定(RIA)、免疫沉淀、免疫荧光、表面等离子体共振、化学发光、荧光极化、磷光、免疫组织化学分析、基质辅助激光解吸/电离飞行时间(MALDI-TOF)质谱法、液相色谱(LC)-质谱法、微细胞术、显微、荧光活化细胞分选(FACS)和流式细胞术，以及基于蛋白质性质的测定，包括但不限于酶活性或与其他蛋白质配偶体的相互作用。用于测量mRNA水平的方法是本领域中已知的。
“调节BAF复合物的活性”是指改变与BAF复合物(例如，GBAF)有关的活性的水平或相关的下游效应。BAF复合物的活性水平可使用本领域已知的任何方法来测量，例如，Kadoch等人,Cell 153:71-85(2013)中描述的方法，所述文献的方法以引用的方式并入本文。
“降低BRD9的活性”是指降低与BRD9有关的活性的水平或相关的下游效应。抑制BRD9的活性的非限制性实例是降低细胞中BAF复合物(例如，GBAF)的水平。BRD9的活性水平可使用本领域已知的任何方法来测量。在一些实施方案中，降低BRD9的活性的剂是小分子BRD9抑制剂。在一些实施方案中，降低BRD9的活性的剂是小分子BRD9降解剂。
“降低BRD9的水平”是指降低细胞或受试者中BRD9的水平。BRD9的水平可使用本领域中已知的任何方法来测量。
“水平”是指与参考相比，蛋白质或编码所述蛋白质的mRNA的水平。所述参考可以是如本文定义的任何有用的参考。蛋白质的水平“降低”或“水平增加”是指与参考相比，蛋白质水平降低或增加(例如降低或增加约5％、约10％、约15％、约20％、约25％、约30％、约35％、约40％、约45％、约50％、约55％、约60％、约65％、约70％、约75％、约80％、约85％、约90％、约95％、约100％、约150％、约200％、约300％、约400％、约500％或更多；与参考相比，降低或增加超过约10％、约15％、约20％、约50％、约75％、约100％或约200％；降低或增加小于约0.01倍、约0.02倍、约0.1倍、约0.3倍、约0.5倍、约0.8倍或更少；或增加超过约1.2倍、约1.4倍、约1.5倍、约1.8倍、约2.0倍、约3.0倍、约3.5倍、约4.5倍、约5.0倍、约10倍、约15倍、约20倍、约30倍、约40倍、约50倍、约100倍、约1000倍或更多)。蛋白质的水平可以质量/体积(例如，g/dL、mg/mL、μg/mL、ng/mL)或相对于样品中总蛋白质或mRNA的百分比表示。
如本文所用，术语“抑制剂”是指降低蛋白质(例如，BRD9)的水平和/或活性的任何剂。抑制剂的非限制性实例包括小分子抑制剂、降解剂、抗体、酶或多核苷酸(例如，siRNA)。
如本文所用，术语本文所述的降低(例如，细胞或受试者中的)BRD9的水平和/或活性的剂的“有效量”、“治疗有效量”和“足够量”是指当施用至包括人的受试者时足以产生有益或所需的结果(包括临床结果)的量，并且因此，“有效量”或其同义词取决于其所应用的背景。例如，在治疗癌症的情况下，与不施用降低BRD9的水平和/或活性的剂所获得的应答相比，其是足以实现治疗应答的降低BRD9的水平和/或活性的剂的量。将对应于这种量的降低本文所述的BRD9的水平和/或活性的给定剂的量将取决于各种因素而变化，所述因素如给定剂、药物制剂、施用途径、疾病或病症的类型、所治疗的受试者(例如年龄、性别和/或体重)或宿主的身份等，但是仍然可由本领域技术人员常规确定。同样，如本文所用，降低本公开内容的BRD9的水平和/或活性的剂的“治疗有效量”是与对照相比，在受试者中产生有益或所需结果的量。如本文所定义，降低本公开的BRD9的水平和/或活性的剂的治疗有效量可由本领域普通技术人员通过本领域已知的常规方法容易地确定。可调整剂量方案以提供最佳的治疗应答。
术语“抑制性RNA剂”是指与靶RNA具有足够序列互补性以指导RNA干扰的RNA或其类似物。实例还包括可用于制备RNA的DNA。RNA干扰(RNAi)是指序列特异性或选择性过程，通过所述过程下调靶分子(例如，靶基因、蛋白质或RNA)。一般来说，干扰RNA(“iRNA”)是导致特定mRNA催化降解的双链短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)或单链微小RNA(miRNA)，并且也可用于降低或抑制基因表达。
术语“短干扰RNA”和“siRNA”(也称为“小干扰RNA”)是指长度为约10-50个核苷酸的RNA剂，优选双链剂，所述链任选地具有突出端，所述突出端包含例如1、2或3个突出核苷酸(或核苷酸类似物)，其能够指导或介导RNA干扰。天然存在的siRNA是通过细胞的RNAi机制(例如，Dicer或其同源物)从更长的dsRNA分子(例如，长度大于25个核苷酸)产生的。
如本文所用，术语“shRNA”是指具有茎环结构的RNA剂，所述RNA剂包含互补序列的第一和第二区域，所述区域的互补性程度和取向足以使得在所述区域之间发生碱基配对，所述第一和第二区域由环区域连接，所述环由于环区域内核苷酸(或核苷酸类似物)之间缺乏碱基配对而产生。
术语“miRNA”和“微小RNA”是指长度为约10-50个核苷酸、优选地介于约15-25个核苷酸之间的RNA剂，优选单链剂，其能够指导或介导RNA干扰。天然存在的miRNA是由Dicer从茎环前体RNA(即pre-miRNA)产生的。如本文所用的术语“Dicer”包括Dicer以及能够将dsRNA结构加工成siRNA、miRNA、siRNA样或miRNA样分子的任何Dicer直向同源物或同源物。基于已经发现天然存在的miRNA以时间方式(例如，在发育期间)表达的事实，术语微小RNA(“miRNA”)可与术语“小时序RNA”(“stRNA”)互换使用。
如本文所用，术语“反义”是指核酸包含与基因、初级转录物或加工的mRNA的全部或部分充分互补以干扰内源基因(例如，BRD9)的表达的多核苷酸。“互补的”多核苷酸是能够根据标准沃森-克里克(Watson-Crick)互补性规则进行碱基配对的那些。具体地说，嘌呤将与嘧啶碱基配对，以形成与胞嘧啶配对的腺嘌呤(G:C)和与胸腺嘧啶配对的腺嘌呤(A:T)(在DNA的情况下)或与尿嘧啶配对的腺嘌呤(A:U)(在RNA的情况下)的组合。应当理解，即使两个多核苷酸彼此不完全互补，它们也可彼此杂交，只要每个多核苷酸具有至少一个彼此基本上互补的区域即可。
术语“反义核酸”包括可被转录以产生反义RNA的单链RNA以及双链DNA表达盒。“活性”反义核酸是能够与编码多肽的初级转录物或mRNA选择性地杂交的反义RNA分子，所述多肽与所靶向的多肽序列(例如，BRD9多肽序列)具有至少80％序列同一性(例如，80％、85％、86％、87％、88％、89％、90％、91％、92％、93％、94％、95％、96％、97％、98％、99％、99.9％同一性或更高同一性)。反义核酸可与整个编码链互补，或与其仅一部分互补。在一些实施方案中，反义核酸分子与核苷酸序列的编码链的“编码区”反义。术语“编码区”是指核苷酸序列的包含被翻译成氨基酸残基的密码子的区域。在一些实施方案中，反义核酸分子与核苷酸序列的编码链的“非编码区”反义。术语“非编码区”是指位于编码区侧翼的未翻译成氨基酸的5'和3'序列(即，也称为5'和3'非翻译区)。反义核酸分子可与mRNA的整个编码区互补，或者可与mRNA的编码或非编码区的仅一部分反义。例如，反义寡核苷酸可与翻译起始位点周围的区域互补。反义寡核苷酸的长度可以是例如约5、10、15、20、25、30、35、40、45或50个核苷酸。
相对于参考多核苷酸或多肽序列的“序列同一性百分比(％)”被定义为在比对序列并且在必要时引入空位以实现最大序列同一性百分比之后，候选序列中与参考多核苷酸或多肽序列中的核酸或氨基酸相同的核酸或氨基酸的百分比。出于测定核酸或氨基酸序列同一性百分比目的的比对可以在本领域技术人员能力范围内的多种方式实现，所述方式例如使用可公开获得的计算机软件，如BLAST、BLAST-2或Megalign软件。本领域技术人员可确定用于比对序列的适当参数，包括在所比较的序列的全长上实现最大比对所需的任何算法。例如，可使用序列比较计算机程序BLAST来产生序列同一性百分比值。作为说明，给定核酸或氨基酸序列A对于、与或针对给定核酸或氨基酸序列B的序列同一性百分比(其可替代地措词为给定核酸或氨基酸序列A具有或包含对于、与或针对给定核酸或氨基酸序列B的某一序列同一性百分比)如下计算：
100×(分数X/Y)
其中X是通过序列比对程序(例如，BLAST)在所述程序的A和B的比对中评分为相同匹配的核苷酸或氨基酸的数目，并且其中Y为B中的核酸的总数。应当理解，当核酸或氨基酸序列A的长度不等于核酸或氨基酸序列B的长度时，A与B的序列同一性百分比将不等于B与A的序列同一性百分比。
如本文所用，术语“药物组合物”表示含有与药学上可接受的赋形剂一起配制的本文所述的化合物并作为用于治疗哺乳动物疾病的治疗方案的一部分，在政府监管机构的批准下制造或销售的组合物。可将药物组合物配制例如用于以单位剂型(例如，片剂、胶囊、囊片、软胶囊或糖浆剂)口服施用；用于局部施用(例如，呈乳膏、凝胶、洗剂或软膏形式)；用于静脉内施用(例如，呈无微粒栓的无菌溶液形式并在适合静脉内使用的溶剂***中)；或以任何其他药学上可接受的制剂。
如本文所用的“药学上可接受的赋形剂”是指除了本文描述的化合物以外的任何成分(例如，能够悬浮或溶解活性化合物的媒介物)并且在患者中具有大致上无毒和非炎症性的特性。赋形剂可包括例如：抗粘剂、抗氧化剂、粘合剂、包衣、压缩助剂、崩解剂、染料(颜料)、软化剂、乳化剂、填充剂(稀释剂)、成膜剂或包衣、调味剂、香料、助流剂(流动增强剂)、润滑剂、防腐剂、印刷油墨、吸附剂、悬浮剂或分散剂、甜味剂以及水合作用的水。示例性赋形剂包括但不限于：丁羟甲苯(BHT)、碳酸钙、磷酸钙(二碱的)、硬脂酸钙、交联羧甲纤维素、交联聚乙烯吡咯烷酮、柠檬酸、交聚维酮、半胱氨酸、乙基纤维素、明胶、羟丙基纤维素、羟丙基甲基纤维素、乳糖、硬脂酸镁、麦芽糖醇、甘露醇、甲硫氨酸、甲基纤维素、对羟基苯甲酸甲酯、微晶纤维素、聚乙二醇、聚乙烯吡咯烷酮、聚维酮、预胶凝淀粉、对羟基苯甲酸丙酯、棕榈酸视黄酯、虫胶、二氧化硅、羧甲基纤维素钠、柠檬酸钠、淀粉羟基乙酸钠、山梨糖醇、淀粉(玉米)、硬脂酸、蔗糖、滑石、二氧化钛、维生素A、维生素E、维生素C以及木糖醇。
如本文所用，术语“药学上可接受的盐”是指本文所述的任何化合物的任何药学上可接受的盐。例如，本文所述的任何化合物的药学上可接受的盐包括在合理医学判断范围内适合用于与人和动物的组织接触而没有过度的毒性、激性、过敏性反应并且与合理的利益/风险比相称的那些盐。药学上可接受的盐是本领域众所周知的。例如，药学上可接受的盐描述于：Berge等人,J.Pharmaceutical Sciences 66:1-19,1977和PharmaceuticalSalts:Properties,Selection,and Use,(P.H.Stahl和C.G.Wermuth编辑),Wiley-VCH,2008中。盐可在本文所述化合物的最终分离和纯化过程中原位制备，或通过使游离碱基团与合适的有机酸反应而单独地制备。
本文所述的化合物可具有可电离的基团，以便能够制备为药学上可接受的盐。这些盐可以是涉及无机或有机酸的酸加成盐，或者在酸性形式的本文所述的化合物的情况下，所述盐可由无机或有机碱制备。通常，将化合物制备为药学上可接受的盐或用作制备为药学上可接受的酸或碱的加成产物的药学上可接受的盐。合适的药学上可接受的酸和碱以及用于制备适当的盐的方法是本领域众所周知的。盐可由药学上可接受的无毒酸和碱，包括无机和有机酸和碱制备。代表性酸加成盐包括乙酸盐、己二酸盐、海藻酸盐、抗坏血酸盐、天冬氨酸盐、苯磺酸盐、苯甲酸盐、硫酸氢盐、硼酸盐、丁酸盐、樟脑酸盐、樟脑磺酸盐、柠檬酸盐、环戊烷丙酸盐、二葡萄糖酸盐、十二烷基硫酸盐、乙磺酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、甘油磷酸盐、半硫酸盐、庚酸盐、己酸盐、氢溴酸盐、盐酸盐、氢碘酸盐、2-羟基-乙磺酸盐、乳糖酸盐、乳酸盐、月桂酸盐、月桂基硫酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、油酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、果胶酸盐、过硫酸盐、3-苯基丙酸盐、磷酸盐、苦味酸盐、新戊酸盐、丙酸盐、硬脂酸盐、琥珀酸盐、硫酸盐、酒石酸盐、硫氰酸盐、甲苯磺酸盐、十一酸盐和戊酸盐。代表性碱金属盐或碱土金属盐包括钠、锂、钾、和镁，以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲铵、四乙铵、甲胺、二甲胺、三甲胺、三乙胺和乙胺。
“参考”是指用于比较蛋白质或mRNA水平的任何有用的参考。参考可以是用于比较目的的任何样品、标准品、标准曲线或水平。参考可以是正常参考样品或参考标准或水平。“参考样品”可以是例如对照，例如预先确定的阴性对照值，如“正常对照”或取自同一受试者的先前样品；来自正常健康受试者的样品，如正常细胞或正常组织；来自未患疾病的受试者的样品(例如，细胞或组织)；来自被诊断患有疾病、但尚未用本文所述的化合物治疗的受试者的样品；来自已通过本文所述的化合物治疗的受试者的样品；或已知正常浓度下的纯化蛋白或RNA(例如，本文所述的任一种)的样品。“参考标准或水平”是指源自参考样品的值或数字。“正常对照值”是指示非疾病状态的预先确定的值，例如，在健康对照受试者中预期的值。通常，正常对照值被表示为范围(“介于X与Y之间”)、高阈值(“不高于X”)或低阈值(“不低于X”)。对于特定生物标志物，具有在正常对照值内的测量值的受试者通常被称为对于所述生物标志物“在正常限值内”。正常参考标准或水平可以是从未患疾病或病症(例如，癌症)的正常受试者；已经用本文所述的化合物治疗的受试者得到的值或数字。在优选的实施方案中，参考样品、标准或水平通过以下标准中的至少一者与样品受试者样品匹配：年龄、体重、性别、疾病阶段和总体健康。在正常参考范围内的纯化的蛋白质(例如，本文所述的任一种)的水平的标准曲线也可用作参考。
如本文所用，术语“受试者”是指可例如出于实验、诊断、预防和/或治疗目的向其施用根据本发明的组合物的任何生物体。典型的受试者包括任何动物(例如，哺乳动物，如小鼠、大鼠、兔、非人灵长类动物和人)。受试者可寻求或需要治疗、要求治疗、正在接受治疗、将接受治疗、或者是针对特定疾病或疾患在受过训练的专业人员护理下的人或动物。
如本文所用，术语“治疗(treat)”、“治疗(treated)”或“治疗(treating)”是指治疗性治疗和预防性或防治性措施，其中目标是为了预防或减缓(减轻)不需要的生理病状、病症或疾病或获得有益或所需的临床结果。有益或所需的临床结果包括但不限于症状的减轻；疾患、病症或疾病的程度减小；疾患、病症或疾病的状态稳定(即，没有恶化)；疾患、病症或疾病进展的发作延迟或减缓；疾患、病症或疾病状态的改善或缓解(无论是部分还是全部)；至少一个可测量的物理参数的改善，不一定是患者可辨别的；或疾患、病症或疾病的增强或改善。治疗包括引发临床上显著的应答而没有过度水平的副作用。治疗还包括与不接受治疗情况下的预期存活期相比存活期延长。
如本文所用，术语“变体”和“衍生物”可互换使用，并且是指本文所述的化合物、肽、蛋白质或其他物质的天然存在的、合成的和半合成的类似物。本文所述的化合物、肽、蛋白质或其他物质的变体或衍生物可保留或改善原始材料的生物活性。
本发明的一个或多个实施方案的细节在以下说明中给出。本发明的其他特征、目的和优点将是从说明书和权利要求书清楚的。
附图说明
图1是示出靶向BRD9 BAF复合物亚基的特异性向导RNA(sgRNA)对滑膜肉瘤细胞生长的影响的一系列图。Y轴指示退出率。X轴指示BRD9基因的核苷酸位置。灰色框表示筛选中阴性对照sgRNA的范围。SYO1细胞系携带SS18-SSX2融合蛋白。将SS18的N-末端区域连接至SSX2的C-末端区域的断裂点在其相应图中由黑线表示。示出线性蛋白质序列，其带有从PFAM数据库注释的BRD9PFAM结构域。
图2是示出在存在BRD9降解剂的情况下滑膜肉瘤细胞系(SYO1)中BRD9水平的剂量依赖性耗竭的图像。
图3是示出在存在BRD9降解剂的情况下，在72小时内持续抑制滑膜肉瘤细胞系(SYO1)中BRD9水平的图像。
图4是示出在存在BRD9降解剂的情况下，在5天内持续抑制两种细胞系(293T和SYO1)中的BRD9水平的图像。
图5是示出与用CRISPR试剂处理的细胞中的水平相比，在存在BRD9降解剂的情况下在7天内三种滑膜肉瘤细胞系(293T、SYO1和Yamato)中BRD9水平的持续抑制。
图6是示出在存在BRD9降解剂和BRD9抑制剂的情况下，对六种细胞系(SYO1、Yamato、A549、HS-SY-II、ASKA和293T)的细胞生长的影响的图像。
图7是示出在存在BRD9降解剂的情况下，对两种细胞系(SYO1和G401)的细胞生长的影响的图像。
图8是示出在存在BRD9降解物，BRD9结合剂和E3连接酶结合剂的情况下对三种滑膜肉瘤细胞系(SYO1，HS-SY-II和ASKA)的细胞生长的影响的图像。
图9是示出在存在BRD9降解剂、BRD9结合剂和E3连接酶结合剂的情况下，对三种非滑膜肉瘤细胞系(RD、HCT116和Calu6)的细胞生长的影响的图像。
图10是示出在用DMSO、200nM的化合物1或1μM的化合物1处理8天或13天后，在各个细胞周期阶段中SYO1的百分比的图。
图11是示出在用DMSO、200nM的化合物1、1μM的化合物1或200nM的来那度胺处理8天后，在各个细胞周期阶段中SYO1细胞的百分比的一系列等高线图。对应于每个等高线图的数值在下表中找到。
图12是示出在用DMSO、200nM的化合物1、1μM的化合物1或200nM的来那度胺处理13天后，在各个细胞周期阶段中SYO1细胞的百分比的一系列等高线图。对应于每个等高线图的数值在下表中找到。
图13是示出在用DMSO、200nM的化合物1、1μM的化合物1或200nM的来那度胺处理8天后，早期和晚期凋亡SYO1细胞的百分比的一系列等高线图。对应于每个等高线图的数值在下表中找到。
图14是示出存在于包含SS18-SSX融合蛋白的BAF复合物中的蛋白质的图。
具体实施方式
本发明人已经发现，耗竭癌细胞中的BRD9导致SS18-SSX融合蛋白的耗竭，并且进一步抑制癌细胞的增殖。
因此，本发明的特征是可用于抑制SS18-SSX融合蛋白的活性，例如用于治疗癌症，如成人软组织肉瘤的方法和组合物。本发明的特征进一步是用于抑制BRD9蛋白的活性，例如用于治疗例如有需要的受试者的癌症，如成人软组织肉瘤的方法和组合物。本文描述了示例性方法。
化合物
本文所述的降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂可以是抗体、蛋白质(如酶)、多核苷酸或小分子化合物。所述剂降低与BRD9有关的活性的水平或相关的下游效应，或降低细胞或受试者中的BRD9的水平。
小分子化合物
在本发明的一些实施方案中，降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是小分子化合物。在一些实施方案中，所述小分子化合物是式I的结构：
A-L-B
式I
其中A是BRD9结合部分；L是接头；并且B是降解部分，或其药学上可接受的盐。在一些实施方案中，所述降解部分是泛素连接酶部分。在一些实施方案中，所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)、疏水性标签或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
药物用途
本文所述的化合物可用于本发明的方法中，并且尽管不受理论的束缚，但据信可通过它们调节BAF复合物的水平、状态和/或活性的能力，例如通过抑制哺乳动物中的BAF复合物内细胞中的BRD9蛋白的活性或水平而发挥它们的所需作用。
本发明的一个方面涉及治疗有需要的受试者的与BRD9有关的病症(如癌症)的方法。在一些实施方案中，以有效产生以下中的一者或多者(例如，两者或更多者、三者或更多者、四者或更多者)的量和时间施用化合物：(a)减小肿瘤大小，(b)降低肿瘤生长的速率，(c)肿瘤细胞死亡增加，(d)肿瘤进展减少，(e)转移数量减少，(f)转移率降低，(g)肿瘤复发减少，(h)受试者存活期增加，以及(i)受试者的无进展存活期增加。
治疗癌症可使得肿瘤的大小或体积减小。例如，在治疗之后，相对于治疗前的大小，肿瘤大小减小5％或更大(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更大)。肿瘤大小可通过任何可重复的测量手段来测量。例如，可将肿瘤的大小测量为肿瘤的直径。
治疗癌症可进一步使得肿瘤数量减少。例如，在治疗之后，相对于治疗前的数量，肿瘤数量减少5％或更多(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)。可通过任何可重复的测量手段来测量肿瘤的数量，例如，可通过对肉眼或在指定放大倍数(例如，2x、3x、4x、5x、10x或50x)下可见的肿瘤进行计数来测量肿瘤的数量。
治疗癌症可使得远离原生肿瘤位点的其他组织或器官的转移性结节的数量减少。例如，在治疗后，相对于治疗前的数量，转移性结节的数量减少5％或更多(例如，10％、20％、30％、40％、50％、60％、70％、80％、90％或更多)。转移性结节的数量可通过任何可重复的测量手段进行测量。例如，可通过对肉眼或在指定的放大倍数(例如，2x、10x或50x)下可见的转移性结节进行计数来测量转移性结节的数量。
与未治疗的受试者群体相比，治疗癌症可使得根据本发明治疗的受试者群体的平均存活时间增加。例如，平均存活时间增加超过30天(超过60天、90天或120天)。群体的平均存活时间的增加可通过任何可重复的手段来测量。群体的平均存活时间的增加可例如通过在开始用本文所述的化合物治疗之后计算群体的平均存活长度来测量。群体的平均存活时间的增加也可例如通过在用本文所述的药学上可接受的盐治疗第一轮完成后计算群体的平均存活长度来测量。
与未治疗的群体相比，治疗癌症还可使得接受治疗的受试者群体的死亡率降低。例如，死亡率降低超过2％(例如，超过5％、10％或25％)。可通过任何可重复的手段来测量接受治疗的受试者群体的死亡率的降低，例如，通过在开始用本文所述的化合物的药学上可接受的盐治疗后计算每单位时间内群体的疾病相关死亡的平均数量来测量。群体的死亡率的降低也可例如通过在用本文所述的化合物的药学上可接受的盐治疗第一轮完成后计算每单位时间内群体的疾病相关死亡的平均数量来测量。
组合疗法
本发明的方法可单独或与另外的治疗剂(例如，治疗癌症或与癌症相关的症状的其他剂)组合或与其他类型的疗法组合使用以治疗癌症。在组合治疗中，一种或多种治疗性化合物的剂量可从单独施用时的标准剂量减少。例如，剂量可根据药物组合和排列经验性地确定，或者可通过等效线图解分析推导(例如，Black等人,Neurology 65:S3-S6,(2005))。在这种情况下，在组合时化合物的剂量应提供治疗作用。
在一些实施方案中，第二治疗剂是化学治疗剂(例如，可用于治疗癌症的细胞毒性剂或其他化合物)。这些包括烷化剂、抗代谢药、叶酸类似物、嘧啶类似物、嘌呤类似物和相关的抑制剂、长春花生物碱、表鬼臼毒素、抗生素、L-天冬酰胺酶、拓扑异构酶抑制剂、干扰素、铂配位络合物、蒽二酮取代的尿素、甲基肼衍生物、肾上腺皮质抑制剂、肾上腺皮质类固醇、孕激素、***、抗***、雄激素、抗雄激素以及***释放激素类似物。还包括5-氟尿嘧啶(5-FU)、亚叶酸(LV)、伊立替康、奥沙利铂、卡培他滨、紫杉醇和多西他赛。化学治疗剂的非限制性实例包括烷化剂，如噻替派和环磷酰胺；烷基磺酸酯，如白消安、英丙舒凡和哌泊舒凡；氮杂环丙烷，如苯佐多巴(benzodopa)、卡波醌、米特多巴和尤利多巴；乙烯亚胺和甲基蜜胺，包括六甲蜜胺、三亚乙基蜜胺、三亚乙基磷酰胺、三亚乙基硫代磷酰胺和三羟甲基蜜胺；多聚乙酰(尤其是布拉他辛和布拉他辛酮)；喜树碱(包括合成类似物托泊替康)；苔藓抑素；海绵他汀；CC-1065(包括其阿多来新、卡折来新和比折来新合成类似物)；念珠藻素(特别是念珠藻素1和念珠藻素8)；尾海兔素；倍癌霉素(包括合成类似物、KW-2189和CB1-TM1)；艾榴塞洛素(eleutherobin)；水鬼蕉碱；匍枝珊瑚醇；海绵抑素(spongistatin)；氮芥，如苯丁酸氮芥、萘氮芥、氯磷酰胺、雌莫司汀、异环磷酰胺、氮芥、氮芥氧化物盐酸盐、美法仑、新恩比兴、苯芥胆甾醇、泼尼莫司汀、曲磷胺和尿嘧啶氮芥；亚硝基脲，如卡莫司汀、氯脲霉素、福莫司汀、洛莫司汀、尼莫司汀和雷莫司汀；抗生素，如烯二炔抗生素(例如，卡奇霉素，尤其卡奇霉素γII和卡奇霉素ωII(参见例如，Agnew,Chem.Intl.Ed Engl.33:183-186(1994))；达内霉素，包括达内霉素A；二膦酸盐，如氯膦酸盐；埃斯培拉霉素；以及新制癌菌素生色团和相关色蛋白烯二炔抗生素生色团)、阿克拉霉素、放线菌素、安曲霉素、重氮丝氨酸、博莱霉素、放线菌素C、卡柔比星、洋红霉素、嗜癌菌素、色霉素、更生霉素、道诺霉素、地托比星、6-重氮基-5-氧代基-L-正亮氨酸、
Figure BDA0002709263740000791
(多柔比星，包括吗啉代-多柔比星、氰基吗啉代-多柔比星、2-吡咯啉并-多柔比星和去氧多柔比星)、表柔比星、依索比星、伊达比星、麻西罗霉素、丝裂霉素(如丝裂霉素C)、霉酚酸、诺拉霉素、橄榄霉素、培洛霉素、泊非霉素、嘌呤霉素、三铁多柔比星、罗多比星、链黑菌素、链佐星、杀结核菌素、乌苯美司、净司他丁、佐柔比星；抗代谢药，如甲氨蝶呤和5-氟尿嘧啶(5-FU)；叶酸类似物，如二甲叶酸、氨甲蝶呤、蝶罗呤、三甲曲沙；嘌呤类似物，如氟达拉滨、6-巯基嘌呤、硫咪嘌呤、硫鸟嘌呤；嘧啶类似物，如安西他滨、阿扎胞苷、6-氮杂尿苷、卡莫氟、阿糖胞苷、双去氧尿苷、去氧氟尿苷、依诺他滨、氟尿苷；雄激素，如卡普睾酮、屈他雄酮丙酸酯、环硫雄醇、美雄烷、睾内酯；抗肾上腺素药，如氨鲁米特、米托坦、曲洛斯坦；叶酸补充剂，如亚叶酸；醋葡醛内酯；醛磷酰胺糖苷；氨基乙酰丙酸；恩尿嘧啶；安吖啶；倍曲布西；比生群；依达曲沙；德福法明；秋水仙胺；地吖醌；依氟鸟氨酸；依利醋铵；埃博霉素；依托格鲁；硝酸镓；羟基脲；香菇多糖；氯尼达明；美登木素生物碱，如美登素和安丝菌素；米托胍腙；米托蒽醌；莫哌达醇；二胺硝吖啶(nitraerine)；喷司他丁；蛋氨氮芥；吡柔比星；洛索蒽醌；鬼臼酸；2-乙基酰肼；丙卡巴肼；
Figure BDA0002709263740000792
多糖复合物(JHS Natural Products,Eugene,OR)；雷佐生；根霉素(rhizoxin)；西佐喃；锗螺胺；细交链孢菌酮酸；三亚胺醌；2,2',2"-三氯三乙胺；单端孢霉烯族毒素(特别是T-2毒素、疣孢菌素A、杆孢菌素A和蛇形菌素)；乌拉坦；长春地辛；达卡巴嗪；甘露莫司汀；二溴甘露醇；二溴卫矛醇；哌泊溴烷；加西托星(gacytosine)；阿糖胞苷(“Ara-C”)；环磷酰胺；噻替派；紫杉烷类，例如
Figure BDA0002709263740000801
紫杉醇(Bristol-Myers SquibbOncology,Princeton,NJ)、
Figure BDA0002709263740000802
无克列莫佛的白蛋白工程化紫杉醇纳米颗粒制剂(American Pharmaceutical Partners,Schaumberg,IL)和
Figure BDA0002709263740000803
多西他赛(Rhone-Poulenc Rorer,Antony,France)；苯丁酸氮芥；
Figure BDA0002709263740000804
吉西他滨；6-硫鸟嘌呤；巯基嘌呤；氨甲蝶呤；铂配位络合物，如顺铂、奥沙利铂和卡铂；长春花碱；铂；依托泊苷(VP-16)；异环磷酰胺；米托蒽醌；长春新碱；
Figure BDA0002709263740000805
长春瑞滨；诺安托；替尼泊苷；依达曲沙；道诺霉素；氨蝶呤；希罗达；伊班膦酸盐；伊立替康(例如，CPT-11)；拓扑异构酶抑制剂RFS 2000；二氟甲基鸟氨酸(DMFO)；类视黄醇，如视黄酸；卡培他滨；以及上述任一者的药学上可接受的盐、酸或衍生物。可在混合物中使用两种或更多种化学治疗剂，以与本文所述的第一治疗剂组合施用。组合化学疗法的合适的给药方案是本领域已知的，并且描述于例如Saltz等人,Proc.Am.Soc.Clin.Oncol.18:233a(1999)和Douillard等人,Lancet355(9209):1041-1047(2000)中。
在一些实施方案中，第二治疗剂是治疗剂，其是用于癌症治疗的生物制剂，如细胞因子(例如，干扰素或白介素(例如，IL-2))。在一些实施方案中，生物制剂是抗血管生成剂，如抗VEGF剂，例如贝伐单抗
Figure BDA0002709263740000806
在一些实施方案中，生物制剂是基于免疫球蛋白的生物制剂，例如单克隆抗体(例如，人源化抗体、完全人抗体、Fc融合蛋白或其功能片段)，所述单克隆抗体激动靶标以刺激抗癌应答或拮抗对癌症而言重要的抗原。此类剂包括
Figure BDA0002709263740000807
(利妥昔单抗)；
Figure BDA0002709263740000808
(达克珠单抗)；
Figure BDA0002709263740000809
(巴利昔单抗)；
Figure BDA00027092637400008010
(帕利珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008011
(英夫利昔单抗)；
Figure BDA00027092637400008012
(曲妥珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008013
(吉妥珠单抗奥佐米星)；
Figure BDA00027092637400008014
(阿仑单抗)；
Figure BDA0002709263740000811
(替伊莫单抗)；
Figure BDA0002709263740000812
(阿达木单抗)；
Figure BDA0002709263740000813
(奥马珠单抗)；
Figure BDA0002709263740000814
(托西莫单抗-I-131)；
Figure BDA0002709263740000815
(依法利珠单抗)；
Figure BDA0002709263740000816
(西妥昔单抗)；
Figure BDA0002709263740000817
(贝伐单抗)；
Figure BDA0002709263740000818
(那他珠单抗)；
Figure BDA0002709263740000819
(托珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008110
(帕尼单抗)；
Figure BDA00027092637400008111
(兰尼单抗)；
Figure BDA00027092637400008112
(依库珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008113
(培化赛妥珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008114
(戈利木单抗)；
Figure BDA00027092637400008115
(康纳单抗)；
Figure BDA00027092637400008116
(优特克单抗)；
Figure BDA00027092637400008117
(奥法木单抗)；
Figure BDA00027092637400008118
(地诺单抗)；
Figure BDA00027092637400008119
(莫维珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008120
(雷西巴单抗)；
Figure BDA00027092637400008121
(贝利木单抗)；
Figure BDA00027092637400008122
(伊匹单抗)；
Figure BDA00027092637400008123
(本妥西单抗维多汀)；
Figure BDA00027092637400008124
(帕妥珠单抗)；
Figure BDA00027092637400008125
(阿多-曲妥珠单抗恩他新)；以及
Figure BDA00027092637400008126
(奥比妥珠单抗)。还包括抗体-药物缀合物。
第二剂可以是非药物治疗的治疗剂。例如，第二治疗剂是放射疗法、冷冻疗法、热疗和/或肿瘤组织的手术切除。
第二剂可以是检查点抑制剂。在一个实施方案中，检查点的抑制剂是抑制性抗体(例如，单特异性抗体，如单克隆抗体)。所述抗体可以是例如人源化或完全人源的。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是融合蛋白，例如Fc-受体融合蛋白。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是与检查点蛋白相互作用的剂，例如抗体。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是与检查点蛋白的配体相互作用的剂，如抗体。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是CTLA-4的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，抗CTLA4抗体或融合蛋白，如伊匹单抗/
Figure BDA00027092637400008127
或曲美木单抗)。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是PD-1的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，纳武单抗/
Figure BDA00027092637400008129
派姆单抗/
Figure BDA00027092637400008128
匹地利珠单抗/CT-011)。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是PDL1的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)(例如，MPDL3280A/RG7446；MEDI4736；MSB0010718C；BMS 936559)。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是PDL2的抑制剂(例如，抑制性抗体或Fc融合体或小分子抑制剂)(例如，PDL2/Ig融合蛋白，如AMP 224)。在一些实施方案中，检查点的抑制剂是B7-H3(例如，MGA271)、B7-H4、BTLA、HVEM、TIM3、GAL9、LAG3、VISTA、KIR、2B4、CD160、CGEN-15049、CHK 1、CHK2、A2aR、B-7家族配体或其组合的抑制剂(例如，抑制性抗体或小分子抑制剂)。
在一些实施方案中，抗癌疗法是T细胞过继性转移(ACT)疗法。在一些实施方案中，所述T细胞是活化的T细胞。可修饰T细胞以表达嵌合抗原受体(CAR)。CAR修饰的T(CAR-T)细胞可通过本领域已知的任何方法产生。例如，可通过将编码CAR的合适的表达载体引入T细胞来产生CAR-T细胞。在T细胞进行扩增和遗传修饰之前，从受试者获得T细胞的来源。T细胞可从多种来源获得，所述来源包括外周血单核细胞、骨髓、***组织、脐带血、胸腺组织、来自感染位点的组织、腹水、胸腔积液、脾组织以及肿瘤。在本发明的某些实施方案中，可使用本领域可获得的任意数量的T细胞系。在一些实施方案中，T细胞是自体细胞。无论在表达所希望的蛋白质(例如，CAR)的T细胞的遗传修饰之前或之后，T细胞可通常使用如在以下中描述的方法进行活化和扩增：例如，美国专利6,352,694；6,534,055；6,905,680；6,692,964；5,858,358；6,887,466；6,905,681；7,144,575；7,067,318；7,172,869；7,232,566；7,175,843；5,883,223；6,905,874；6,797,514；6,867,041；以及美国专利申请公布号20060121005。
在本文所述的任何组合实施方案中，第一治疗剂和第二治疗剂以任一顺序同时或顺序施用。第一治疗剂可在第二治疗剂之前或之后立即、至多1小时、至多2小时、至多3小时、至多4小时、至多5小时、至多6小时、至多7小时、至多8小时、至多到9小时、至多10小时、至多11小时、至多12小时、至多13小时、14小时、至多16小时、至多17小时、至多18小时、至多19小时、至多20小时、至多21小时、至多22小时、至多23小时、至多24小时或至多1-7、1-14、1-21或1-30天施用。
药物组合物
优选将本文所述的药物组合物配制成以适于体内施用的生物相容性形式向人受试者施用的药物组合物。
本文所述的化合物可以游离碱的形式、以盐、溶剂合物的形式以及以前药形式使用。所有形式均在本文所述的方法之内。如本领域技术人员所理解的，根据本发明的方法，所描述的化合物或其盐、溶剂合物或前药可根据所选择的施用途径以多种形式施用至患者。本文所述的化合物可例如通过口服、胃肠外、经颊、舌下、经鼻、直肠、贴剂、泵、肿瘤内或透皮施用来施用，并且相应地配制药物组合物。胃肠外施用包括静脉内、腹膜内、皮下、肌内、经上皮、经鼻、肺内、鞘内、直肠和局部施用方式。胃肠外施用可通过在选定的时间段内连续输注来进行。
本文所述的化合物可例如与惰性稀释剂或与可吸收的可食用载体一起口服施用，或者其可被包封在硬壳或软壳明胶胶囊中，或者其可被压制成片剂，或者其可直接与饮食的食物一起并入。对于口服治疗性施用，本文所述的化合物可与赋形剂混合并以可摄入片剂、***片剂、锭剂、胶囊、酏剂、混悬剂、糖浆和糯米纸囊剂的形式使用。本文所述的化合物也可胃肠外施用。本文所述的化合物的溶液可在合适地与诸如羟丙基纤维素的表面活性剂混合的水中制备。还可在甘油、液体聚乙二醇、DMSO及其有或无醇的混合物中以及在油中制备分散液。在正常储存和使用条件下，这些制剂可含有防腐剂以防止微生物生长。用于选择和制备合适制剂的常规程序和成分描述于例如Remington’s Pharmaceutical Sciences(2012,第22版)和2018年出版的The United States Pharmacopeia:The NationalFormulary(USP 41 NF36)中。适于可注射用途的药物形式包括无菌水溶液或分散液和用于临时制备无菌可注射溶液或分散液的无菌粉末。在所有情况下，所述形式都必须是无菌的，并且必须是流体性的达到可经由注射器容易注射的程度。经鼻施用的组合物可方便地配制成气雾剂、滴剂、凝胶剂和粉末。气雾剂制剂通常包括活性物质在生理上可接受的水性或非水性溶剂中的溶液或精细悬浮液，并且通常以无菌形式以单剂量或多剂量形式存在于密封容器中，所述容器可采取药筒或重新装填的形式用于雾化装置。或者，密封的容器可以是一体的分配装置，如单剂量鼻吸入器或配备有意图在使用后丢弃的计量阀的气雾剂分配器。当剂型包括气雾剂分配器时，它将含有推进剂，所述推进剂可以是压缩气体(如压缩空气)或有机推进剂(如氟氯烃)。气雾剂剂型也可采用泵雾化器的形式。适用于经颊或舌下施用的组合物包括片剂、锭剂和软锭剂，其中活性成分与载体如糖、***胶、或黄芪胶、明胶和甘油一起配制。用于直肠施用的组合物方便地呈含有常规栓剂基质如可可脂的栓剂形式。本文所述的化合物可肿瘤内施用，例如以肿瘤内注射的形式。肿瘤内注射是直接注射到肿瘤脉管***中，并且特别考虑用于离散的、实体的、可及的肿瘤。局部、区域或全身性施用也可以是适当的。本文所述的化合物可有利地通过向肿瘤施用例如以大约1cm间隔隔开的注射或多次注射而接触。在外科手术的情况下，本发明可在术前使用，例如使不能手术的肿瘤经受切除。在适当的情况下，也可应用连续施用，例如，通过将导管植入肿瘤或肿瘤脉管***中。
如本文所述，本文所述的化合物可单独或与药学上可接受的载体组合施用至动物(例如人)，其比例由化合物的溶解度和化学性质、所选择的施用途径以及标准药学实践确定。
剂量
本文所述的化合物和/或包含本文所述的化合物的组合物的剂量可根据许多因素而变化，所述因素如化合物的药效学性质；施用方式；接受者的年龄、健康状况和体重；症状的性质和程度；治疗的频率和同时治疗的类型(如果有的话)；以及化合物在待治疗动物中的清除率。本领域技术人员可基于上述因素确定合适的剂量。本文所述的化合物可最初以适合的剂量施用，所述剂量可根据临床反应根据需要进行调整。一般来说，当将本文所述的化合物以例如介于0.05mg与3000mg之间的每日剂量(以固体形式测量)施用至人时，可获得令人满意的结果。剂量范围包括例如介于10-1000mg(例如，50-800mg)之间。在一些实施方案中，施用50、100、150、200、250、300、350、400、450、500、550、600、650、700、750、800、850、900、950或1000mg的化合物。
或者，可使用患者的体重来计算剂量的量。例如，向患者施用的化合物或其药物组合物的剂量可在0.1-50mg/kg(例如，0.25-25mg/kg)的范围内。在示例性非限制性实施方案中，剂量可在0.5-5.0mg/kg(例如，0.5、1.0、1.5、2.0、2.5、3.0、3.5、4.0、4.5或5.0mg/kg)或5.0-20mg/kg(例如，5.5、6.0、6.5、7.0、7.5、8.0、8.5、9.0、9.5、10、11、12、13、14、15、16、17、18、19或20mg/kg)的范围内。
药盒
本发明还特征是药盒，所述药盒包括(a)药物组合物，所述药物组合物包含降低本文所述的细胞或受试者中BRD9的水平和/或活性的剂，和(b)包装插页，所述包装插页带有执行本文所述的任何方法的说明书。在一些实施方案中，所述药盒包括(a)药物组合物，所述药物组合物包含降低本文所述的细胞或受试者中BRD9的水平和/或活性的剂，(b)另外的治疗剂(例如，抗癌剂)；以及(c)包装插页，所述包装插页具有执行本文所述的任何方法的说明书。
实施例
实施例1–滑膜肉瘤细胞系SYO1中针对人BAF复合物亚基的高密度铺瓦式sgRNA筛选
以下实施例显示，BRD9 sgRNA抑制滑膜肉瘤细胞中的细胞生长。
程序：为了进行高密度sgRNA铺瓦式筛选，在Cellecta(Mountain View,CA)定制合成了针对BAF复合物亚基的sgRNA文库。表3中列出了在此筛选中使用的编码靶向BRD9的sgRNA的DNA序列。阴性和阳性对照sgRNA均包含在所述文库中。阴性对照由200种不靶向人基因组的sgRNA组成。阳性对照是靶向必需基因(CDC16、GTF2B、HSPA5、HSPA9、PAFAH1B1、PCNA、POLR2L、RPL9和SF3A3)的sgRNA。表4中列出编码所有阳性和阴性对照sgRNA的DNA序列。用于病毒产生、细胞感染和进行sgRNA筛选的程序先前已有描述(Tsherniak等人,Cell170:564-576(2017)；Munoz等人,CancerDiscovery 6:900-913(2016))。对于每个sgRNA，将50个计数添加至测序计数，并且对于每个时间点，将所得计数归一化至计数总数。计算感染后第24天和第1天的计数之间的比率的log2(定义为退出比率)。对于阴性对照sgRNA，计算所有非靶向sgRNA的log2退出比率的2.5和97.5个百分位数，并将其视为背景(图中的灰色框)。蛋白质结构域是从针对UNIPROT标识符Q9H8M2定义的PFAM区获得的。
结果：如图1所示，sgRNA对GBAF复合物组分BRD9的靶向抑制导致SYO1滑膜肉瘤细胞系的生长抑制。针对BAF复合物的其他组分的sgRNA导致细胞增殖增加、细胞生长的抑制或对SYO1细胞没有影响。这些数据表明，靶向GBAF复合物的各个亚基代表用于治疗滑膜肉瘤的治疗策略。
表3：BRD9 sgRNA文库
Figure BDA0002709263740000861
Figure BDA0002709263740000871
Figure BDA0002709263740000881
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Figure BDA0002709263740000921
表4：对照sgRNA文库
Figure BDA0002709263740000922
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Figure BDA0002709263740000941
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实施例2–BRD9降解剂耗竭BRD9蛋白
以下实施例证实用BRD9降解剂处理的滑膜肉瘤细胞中BRD9蛋白的耗竭。
程序：对于所指示的剂量和时间点，将细胞用DMSO或BRD9降解剂化合物1(也称为dBRD9)，参见Remillard等人,Angew.Chem.Int.Ed.Engl.56(21):5738-5743(2017)；参见以下化合物1的结构)处理。
Figure BDA0002709263740001061
通过SDS-PAGE对全细胞提取物进行分级分离，并根据制造商的方案(Bio-Rad)，使用转移装置转移至聚偏二氟乙烯膜上。在与5％脱脂乳在TBST(10mM Tris(pH 8.0)、150mMNaCl、0.5％Tween 20)中孵育60分钟后，将膜与针对BRD9(1:1,000，B乙基laboratoryA303-781A)、GAPDH(1:5,000，Cell Signaling Technology)和/或MBP(1:1,000，BioRad)的抗体一起在4℃下孵育过夜。将膜洗涤3次，每次10分钟，并与缀合有辣根过氧化物酶(HRP，图2-3)或IRDye(图4，1:20,000，LI-COR)的抗小鼠或抗兔抗体一起孵育至少1小时。将印迹用TBST洗涤3次，并根据制造商的方案使用ECL***显影(图2-3)，或在Odyssey CLx成像***上扫描(图4)。
结果：用BRD9降解剂化合物1处理SYO1滑膜肉瘤细胞导致细胞中BRD9的剂量依赖性(图2)和时间依赖性(图3)耗竭。此外，如图4所示，化合物1对BRD9的耗竭在非滑膜肉瘤细胞系(293T)中重复，并且可持续至少5天。
实施例3–BRD9抑制剂和BRD9降解剂对滑膜细胞系的生长的抑制
以下实施例证实BRD9降解剂和抑制剂选择性地抑制滑膜肉瘤细胞的生长。
程序：
将细胞用所指示浓度的DMSO或BRD9降解剂化合物1处理，并通过使用IncuCyte活细胞分析***随时间推移测量汇合度来监测从第7天至第14天的增殖(图5)。每3-4天更新生长培养基和化合物。
将细胞接种到12孔板中，并用DMSO、1μM BRD9抑制剂化合物2(也称为BI-7273，参见Martin等人,JMed Chem.59(10):4462-4475(2016)；参见以下化合物2的结构)或1μMBRD9降解剂化合物1处理。
Figure BDA0002709263740001071
针对每种细胞系优化细胞的数量。每3-5天更新生长培养基和化合物。在第11天将SYO1、Yamato、A549、293T和HS-SY-II细胞固定并染色。在第23天将ASKA细胞固定并染色。通过以下来进行染色：与结晶紫溶液(0.5g结晶紫、27ml 37％甲醛、100mL 10X PBS、10mL甲醇、863dH20至1L)一起孵育30分钟，然后用水洗涤3次并将板在室温下干燥至少24小时。随后，在Odyssey CLx成像***上扫描板(图6)。
将细胞接种到200μL完全培养基中的96孔超低簇板(Costar，#7007)中，并在第2天用所指示剂量的DMSO、星形孢菌素或BRD9降解剂化合物1处理(图7)。每5天更换一次培养基和化合物，并在第14天对细胞菌落成像。
结果：如图5、6和7中所示，用BRD9抑制剂化合物2或BRD9降解剂化合物1处理滑膜肉瘤细胞系(SYO1、Yamato、HS-SY-II和ASKA)导致细胞生长的抑制，但不会导致非滑膜对照癌细胞系(293T、A549、G401)的生长的抑制。
实施例4–BRD9降解剂和BRD9结合剂对滑膜细胞系生长的选择性抑制
以下实施例证实BRD9降解剂和结合剂选择性地抑制滑膜肉瘤细胞的生长。
程序：将细胞接种到6孔或12孔板中，并且每天用所指示浓度的BRD9降解剂(化合物1)、布罗莫结构域BRD9结合剂(化合物2)、E3连接酶结合剂(来那度胺)、DMSO或星形孢菌素(细胞杀伤的阳性对照)处理。针对每种细胞系优化细胞的数量。每5天更新生长培养基。到第14天，除去培养基，用PBS洗涤细胞，并在室温下使用500μL的0.005％(w/v)于25％(v/v)甲醇中的结晶紫溶液染色至少1小时。随后，在Odyssey CLx成像***上扫描板。
结果：如图8和9中所示，用化合物1或化合物2处理滑膜肉瘤细胞系(SYO1、HS-SY-II和ASKA)导致细胞生长的抑制，但不会导致非滑膜对照癌细胞系(RD、HCT116和Calu6)的生长的抑制。总体而言，化合物1在所有滑膜细胞系中均显示出最显著的生长抑制。
实施例5-滑膜肉瘤细胞中细胞生长的抑制
以下实施例显示BRD9降解剂抑制滑膜肉瘤细胞中的细胞生长并诱导细胞凋亡。
程序：将SYO1细胞用DMSO、200nM或1μM的BRD9降解剂(化合物1)或200nM的E3连接酶结合剂(来那度胺)处理8或13天。化合物每5天更新一次。使用Click-iTTM Plus EdU流式细胞术测定(Invitrogen)进行细胞周期分析。使用膜联蛋白V-FITC细胞凋亡检测试剂盒(Sigma A9210)进行细胞凋亡测定。根据制造商的方案进行测定。
结构：如图10-13中所示，与DMSO和来那度胺相比，用化合物1处理8天或13天导致在细胞周期的S期细胞减少。与DMSO对照相比，用化合物1处理8天还导致早期和晚期凋亡细胞的数量增加。
实施例6–SS18-SSX1-BAF的组成
以下实施例示出将BRD9鉴定为含SS18-SSX的BAF复合物的组分。
程序：使用慢病毒整合产生表达HA-SS18SSX1的稳定293T细胞系。含SS18-SSX1的BAF复合物经受亲和纯化，并且随后的质谱分析揭示SS18-SSX1相互作用蛋白质。
结果：如图14所示，包含SS18-SSX融合蛋白的BAF复合物也包括BRD9。针对ARID1A(95个肽)、ARID1B(77个肽)、SMARCC1(69个肽)、SMARCD1(41个肽)、SMARCD2(37个肽)、DPF2(32个肽)、SMARCD3(26个肽)、ACTL6A(25个肽)、BRD9(22个肽)、DPF1同种型2(18个肽)、DPF3(13个肽)和ACTL6B(6个肽)鉴定了超过5种独特的肽。
实施例7–1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(吗啉-4-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(化合物B16)的制备
Figure BDA0002709263740001101
步骤1：4-(吡啶-4-基)吗啉(i7-2)的制备
向4-氯吡啶(1g，8.807mmol，1当量)于甲苯(25mL)中的溶液添加吗啉(920.79mg，10.569mmol，1.2当量)、Pd(OAC)2(197.74mg，0.881mmol，0.1当量)、BINAP(1.10g，1.761mmol，0.2当量)和叔-BuONa(2.54g，26.422mmol，3当量)。将所得溶液在110℃下在氮气氛下搅拌12小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈黄色固体的化合物4-(吡啶-4-基)吗啉(600mg，41.49％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝165。
步骤2：4-(吗啉-4-基)-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓溴化物(i7-3)的制备
将1-溴丙-2-酮(275.27mg，2.010mmol，1.1当量)缓慢添加至4-(吡啶-4-基)吗啉(300mg，1.827mmol，1当量)于ACN(5mL)中的溶液，并将所得混合物在室温下搅拌3小时。将固体通过过滤收集，洗涤，并在真空中干燥，得到纯4-(吗啉-4-基)-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓溴化物(181mg，32.89％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝221。
步骤3：1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(吗啉-4-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(化合物B16)的制备
Figure BDA0002709263740001111
向4-(吗啉-4-基)-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓溴化物(181mg，0.601mmol，1当量)于DMF(5mL)中的溶液添加5-乙炔基咪唑并[1,2-a]吡啶(256.30mg，1.803mmol，3当量)、K2CO3(249.17mg，1.803mmol，3当量)。将所得溶液在90℃下搅拌3小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过反向快速色谱法(条件：柱，C18硅胶；流动相，MeOH水溶液，在45分钟内10％至100％梯度；检测器，UV 254nm)纯化。这产生呈黄色固体的1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(吗啉-4-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(105.7mg，46.51％)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ9.66(d,1H),8.19(d,1H),8.11(d,2H),8.03–7.85(m,2H),7.57(d,1H),7.21–7.12(m,1H),6.72(d,1H),3.72(t,4H),3.29(d,4H),2.52(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝361.10。
步骤4：5-[2-(三甲基甲硅烷基)乙炔基]咪唑并[1,2-a]吡啶(i7-5)的制备
向5-溴咪唑并[1,2-a]吡啶(2g，10.150mmol，1当量)于二噁烷(30mL)中的溶液添加乙炔基三甲基硅烷(1196.38g，12.181mmol，1.2当量)、CuI(386.63mg，2.030mmol，0.2当量)、Pd(PPh3)4(1172.95g，1.015mmol，0.1当量)和TEA(3081.38g，30.451mmol，3.0当量)。将所得溶液在室温下在氮气氛下搅拌3小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈黄色固体的化合物5-[2-(三甲基甲硅烷基)乙炔基]咪唑并[1,2-a]吡啶(1.13g，51.94％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝215。
步骤5：5-乙炔基咪唑并[1,2-a]吡啶(i7-6)的制备
向5-[2-(三甲基甲硅烷基)乙炔基]咪唑并[1,2-a]吡啶(1.127g，5.258mmol，1当量)于MeOH(20mL)、DCM(10mL)中的溶液添加NaOH(420.60mg，10.516mmol，2当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈黄色固体的化合物5-乙炔基咪唑并[1,2-a]吡啶(578mg，77.33％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝143。
实施例8–1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(4-甲基哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(化合物B17)的制备
Figure BDA0002709263740001121
向1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(50mg，0.139mmol，1当量)和(HCHO)n(21.07mg，0.696mmol，5当量)于MeOH(2mL)中的搅拌混合物逐份添加NaBH3CN(17.48mg，0.278mmol，2当量)，并将所得混合物在室温下搅拌2小时。然后将反应混合物在减压下浓缩。将粗产物(50mg)通过制备型HPLC(条件：X Bridge Shield RP18OBD柱，19*250mm，10μm；流动相，水(10mmolNH4HCO3)和ACN(在8分钟内35％相B至68％)；检测器，UV)纯化。这产生呈黄色固体的1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(4-甲基哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(19.5mg，37.54％)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ9.64(d,J＝8.0Hz,1H),8.06(s,1H),7.81(s,1H),7.66–7.52(m,2H),7.35(dd,J＝9.1,6.9Hz,1H),7.12(dd,J＝7.9,2.6Hz,1H),7.03(d,J＝6.7Hz,1H),6.60(d,J＝2.5Hz,1H),3.27(t,J＝5.0Hz,4H),2.55(s,3H),2.42(t,J＝5.1Hz,4H),2.21(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝374.10。
实施例9–2-环丙基-4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2,7-萘啶-1-酮(化合物B18)的制备
Figure BDA0002709263740001131
步骤1：4-溴-2-环丙基-2,7-萘啶-1-酮(i9-2)的制备
Figure BDA0002709263740001132
向4-溴-2H-2,7-萘啶-1-酮(400.00mg，1.777mmol，1.00当量)、环丙基硼酸(229.02mg，2.666mmol，1.5当量)和吡啶(281.19mg，3.555mmol，2.00当量)于甲苯中(20.00mL)中的溶液添加Cu(OAc)2(645.68mg，3.555mmol，2.00当量)。将所得混合物在70℃下搅拌16小时。在减压下除去溶剂，并将残余物通过硅胶上色谱法纯化，用0％至10％MeOH/DCM洗脱，得到呈棕色固体的4-溴-2-环丙基-2,7-萘啶-1-酮(260mg，55.18％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝265。
步骤2：N-[[4-(2-环丙基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]-N-甲基氨基甲酸酯(i9-3)的制备
Figure BDA0002709263740001133
向4-溴-2-环丙基-2,7-萘啶-1-酮(260.00mg，0.981mmol，1.00当量)和N-[[2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(439.41mg，1.079mmol，1.10当量)于DMF(5.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(71.76mg，0.098mmol，0.10当量)和Na2CO3(207.89mg，1.961mmol，2.00当量)。在100℃下在氮气氛下搅拌1小时后，添加水(100mL)，并用EtOAc(50mLx4)萃取混合物。将有机层用水(2x30mL)和饱和盐水(1x30mL)洗涤，然后经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到粗产物，将所述粗产物通过硅胶上色谱法纯化，用0％至80％PE/EA洗脱，得到N-[[4-(2-环丙基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(140mg，30.66％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝466。
步骤3：2-环丙基-4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2,7-萘啶-1-酮(化合物B18)的制备
Figure BDA0002709263740001141
向N-[[4-(2-环丙基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(140.00mg，0.301mmol，1.00当量)于DCM(1.00mL)中的溶液添加TFA(1.00mL)。将所得混合物在室温下搅拌1小时。在减压下除去溶剂。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge Shield RP18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(10mmol/L NH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内17％B至23％B；254nm；Rt：6.2min)纯化，得到呈白色固体的2-环丙基-4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2,7-萘啶-1-酮(45.1mg，41.04％)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ9.44(s,1H),8.72(d,J＝5.7Hz,1H),7.59(s,1H),7.51(d,J＝5.7Hz,1H),6.73(s,2H),3.82(s,6H),3.72(s,2H),3.46-3.38(m,1H),2.28(s,3H),1.10-0.97(m,4H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝366.25。
实施例10–1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(化合物B19)的制备
Figure BDA0002709263740001151
步骤1：叔丁基-4-(吡啶-4-基)哌嗪-1-甲酸酯(i10-2)的制备
在室温下向4-氟吡啶盐酸盐(4.78g，35.792mmol，1当量)和哌嗪-1-甲酸叔丁酯(8.00g，42.950mmol，1.2当量)于NMP(25mL)中的搅拌混合物添加TEA(10.87g，107.376mmol，3当量)。将混合物在100℃下搅拌3小时。向所述混合物添加EA(50mL)，并用水(3x20mL)洗涤。将有机层经无水硫酸钠干燥，并在真空下浓缩，并且粗产物不经进一步纯化即直接用于下一步骤中。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝264.2。
步骤2：4-[4-[(叔丁氧基)羰基]哌嗪-1-基]-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓溴化物(i10-3)的制备
将4-(吡啶-4-基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(526mg，1.997mmol，1当量)和1-溴丙-2-酮(820.79mg，5.992mmol，3.00当量)于丙酮(10mL)中的混合物在室温下搅拌3小时。将沉淀的固体通过过滤收集，并用丙酮(3x5mL)洗涤，并且粗产物不经进一步纯化即直接用于下一步骤中。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝322。
步骤3：叔丁基-4-(3-乙酰基-1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]吲嗪-7-基)哌嗪-1-甲酸酯(i10-4)的制备
向4-[4-[(叔丁氧基)羰基]哌嗪-1-基]-1-(2-氧代丙基)吡啶-1-鎓溴化物(1g，2.498mmol，1当量)和5-乙炔基咪唑并[1,2-a]吡啶(0.43g，2.998mmol，1.2当量)于DMF(16mL)中的搅拌混合物添加K2CO3(0.69g，4.996mmol，2当量)，并将所得混合物在室温下搅拌15小时。将所得混合物用水稀释，并用EtOAc(2x20mL)萃取。将有机层用水(3x10mL)洗涤，并且经无水硫酸钠干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过制备型TLC纯化，得到4-(3-乙酰基-1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]吲嗪-7-基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(178mg，14.27％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝460。
步骤4：1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(化合物B19)的制备
Figure BDA0002709263740001161
向4-(3-乙酰基-1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]吲嗪-7-基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(60mg，0.131mmol，1当量)于DCM(5mL)中的搅拌溶液添加TFA(3.00mL，40.389mmol，309.35当量)。将所得混合物在室温下搅拌2小时，然后在减压下浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge ShieldRP18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相，水(0.05％NH3H2O)和ACN(在8分钟内35％相B至58％)；检测器，UV)纯化。这产生呈白色固体的1-(1-[咪唑并[1,2-a]吡啶-5-基]-7-(哌嗪-1-基)吲嗪-3-基)乙-1-酮(43.6mg，30.06％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.81(d,J＝7.8Hz,1H),8.18–8.03(m,4H),7.92(d,J＝8.9Hz,1H),7.63(d,J＝7.3Hz,1H),7.12(d,J＝8.0,1H),6.87(s,1H),3.69–3.61(m,4H),3.42–3.29(m,4H),2.61(d,J＝1.5Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝360.05。
实施例11–4-[4-[(3-氨基氮杂环丁烷-1-基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B20)的制备
Figure BDA0002709263740001171
步骤1：2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(i11-2)的制备
Figure BDA0002709263740001172
向4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(2.7g，11.294mmol，1当量)于二噁烷(15mL)中的溶液添加4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(3.44g，13.552mmol，1.2当量)、Pd(dppf)Cl2(0.83g，1.129mmol，0.1当量)和AcOK(3.33g，33.881mmol，3当量)。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈浅黄色固体的化合物2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(1.62g，50.13％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝287。
步骤2：2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(i11-3)的制备
Figure BDA0002709263740001181
向2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(1.62g，5.662mmol，1当量)于二噁烷(30mL)中的溶液添加4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(1.39g，5.662mmol，1当量)、Pd(dppf)Cl2(414.26mg，0.566mmol，0.1当量)、Cs2CO3(5.53g，16.985mmol，3当量)和H2O(3mL)。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈黄色固体的化合物2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(1.02g，55.55％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝325。
步骤3：N-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(i11-4)的制备
Figure BDA0002709263740001191
向2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(450.00mg，1.387mmol，1.00当量)于MeOH(10.00mL)中的搅拌溶液添加NaBH3CN(261.57mg，4.162mmol，3.00当量)、N-(氮杂环丁烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯盐酸盐(347.46mg，1.665mmol，1.20当量)。将所得混合物在室温下搅拌1小时。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈浅黄色固体的N-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(475mg，71.24％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝481。
步骤4：4-[4-[(3-氨基氮杂环丁烷-1-基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B20)的制备
Figure BDA0002709263740001192
向N-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)氨基甲酸叔丁酯(50.00mg，0.104mmol，1.00当量)于DCM(2.00mL)中的溶液添加TFA(2.00mL，26.926mmol，258.79当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将所得溶液浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内35％B至65％B；254nm；Rt：7.38min)纯化，得到呈黄色固体的4-[4-[(3-氨基氮杂环丁烷-1-基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(9.8mg，24.76％)。1H NMR(400MHz,MeOD)δ9.57(s,1H),8.70(d,1H),7.87(s,1H),7.72(d,1H),6.88(s,2H),4.63(s,2H),4.54(t,2H),4.45(t,2H),4.38(d,1H),3.98(d,6H),3.73(d,3H),2.69(s,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝381.25。
实施例12–1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B21)的制备
Figure BDA0002709263740001201
步骤1：2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(i12-2)的制备
Figure BDA0002709263740001202
向4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(2.7g，11.294mmol，1当量)于二噁烷(15mL)中的溶液添加4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(3.44g，13.552mmol，1.2当量)、Pd(dppf)Cl2(0.83g，1.129mmol，0.1当量)和AcOK(3.33g，33.881mmol，3当量)。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％-100％)纯化，得到呈浅黄色固体的化合物2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(1.62g，50.13％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝287。
步骤2：2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(i12-3)的制备
Figure BDA0002709263740001211
向2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(1.62g，5.662mmol，1当量)于二噁烷(30mL)中的溶液添加4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(1.39g，5.662mmol，1当量)、Pd(dppf)Cl2(414.26mg，0.566mmol，0.1当量)和Cs2CO3(5.53g，16.985mmol，3当量)、H2O(3mL)。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈黄色固体的化合物2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(1.02g，55.55％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝325。
步骤3：1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(i12-4)的制备
Figure BDA0002709263740001221
向2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(600.00mg，1.850mmol，1.00当量)于DCM(15.00mL)中的搅拌溶液添加氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯盐酸盐(336.52mg，2.220mmol，1.20当量)和NaBH3CN(348.76mg，5.550mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温下搅拌1小时。将残余物通过快速柱色谱法用EtOAc/PE(0％至100％)纯化，得到呈浅黄色固体的1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(800mg，102.12％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝424。
步骤4：1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B21)的制备
Figure BDA0002709263740001222
向1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(50mg，0.118mmol，1当量)于MeOH(10mL，0.312mmol，2.64当量)中的溶液添加LiOH(28.28mg，1.181mmol，10当量)。将所得溶液在室温下搅拌12小时。将所得溶液浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，19mm X 250mm；流动相A：水(0.1％FA)；流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在2分钟内4％B至4％B；254nm；Rt：9.83min)纯化，得到呈黄色固体的1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(8.6mg，16.91％)。1H NMR(400MHz,MeOD)δ9.55(s,1H),8.70(d,1H),7.80(s,1H),7.64(d,1H),6.88(d,2H),4.56(s,2H),4.39(d,4H),3.99(d,6H),3.72(d,4H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝410.10。
实施例13–2-环丙基-4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2,7-萘啶-1-酮(化合物B22)的制备
Figure BDA0002709263740001231
向2-环丙基-4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2,7-萘啶-1-酮(40.00mg，0.109mmol，1.00当量)的溶液和甲醛于水中的溶液(0.20mL，37％)添加NaBH3CN(20.64mg，0.328mmol，3.00当量)。将所得混合物在室温下搅拌1小时。在减压下除去溶剂。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内32％B至68％B；254nm；Rt：7.38min)纯化，得到呈白色固体的2-环丙基-4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2,7-萘啶-1-酮(10mg，24.08％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.53(s,1H),8.68(d,J＝5.7Hz,1H),8.57(s,1H),7.66(s,1H),7.58(d,J＝5.7Hz,1H),6.81(s,2H),4.07(s,2H),3.93(s,6H),3.43(s,1H),3.33(s,3H),2.63(s,6H),1.19(t,J＝6.8Hz,2H),1.08–1.00(m,2H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝380.25。
实施例14–3-氨基-5-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-1-甲基吡啶-2(1H)-酮(化合物B28)的制备
Figure BDA0002709263740001241
步骤1：3-氨基-1-甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢吡啶-2-酮(i14-2)的制备
Figure BDA0002709263740001242
向3-氨基-5-溴-1-甲基吡啶-2-酮(3.00g，14.775mmol，1.00当量)于1,4-二噁烷(50mL)中的搅拌溶液添加4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(4.46g，17.556mmol，1.2当量)、Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(1.19g，1.463mmol，0.1当量)和AcOK(4.31g，43.891mmol，3当量)。将混合物在90℃下在N2气氛下搅拌1.5小时。然后将溶剂蒸发，并将所得残余物通过快速色谱法纯化，用PE/EA(1:2)洗脱，得到呈棕黄色固体的3-氨基-1-甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢吡啶-2-酮(3.25g，88.82％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝251。
步骤2：4-(5-氨基-1-甲基-6-氧代基-1,6-二氢吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(i14-3)的制备
Figure BDA0002709263740001251
向3-氨基-1-甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢吡啶-2-酮(3.69g，14.754mmol，1当量)于1,4-二噁烷(80mL)和H2O(8mL)中的搅拌溶液添加4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(3.25g，13.278mmol，0.90当量)、Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(1.20g，1.475mmol，0.1当量)和Cs2CO3(14.42g，44.261mmol，3当量)。将溶液在90℃下在N2气氛下搅拌1小时。然后将混合物用水稀释，并用EtOAc萃取，并将合并的有机层浓缩。将残余物通过硅胶色谱法纯化，用PE/EtOAc(1:3)洗脱，得到呈棕色固体的4-(5-氨基-1-甲基-6-氧代基-1,6-二氢吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(3.0g，70.53％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝289。
步骤3：3-氨基-5-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-1-甲基吡啶-2(1H)-酮(化合物B28)的制备
Figure BDA0002709263740001252
向二甲胺盐酸盐(1.22g，14.984mmol，1.5当量)于MeOH(50mL)中的搅拌溶液添加4-(5-氨基-1-甲基-6-氧代基-1,6-二氢吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(2.88g，9.989mmol，1当量)。在搅拌30分钟后，逐份添加NaBH3CN(1.26g，19.979mmol，2当量)，并将混合物在25℃下搅拌1小时。然后将MeOH蒸发，并将残余物通过制备型HPLC(条件：XSelectCSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内5％B至22％B；254nm；Rt：7.52min)纯化。这产生呈浅绿色盐的3-氨基-5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-1,2-二氢吡啶-2-酮(500mg，15.75％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ8.56(s,1H),7.39(d,J＝2.2Hz,1H),7.06(d,J＝2.3Hz,1H),6.84(s,2H),4.22(s,2H),3.97(s,6H),3.67(s,3H),2.76(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝318.15。
实施例15–N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(化合物B29)的制备
Figure BDA0002709263740001261
步骤1：N-(5-溴-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(i15-2)的制备
Figure BDA0002709263740001262
在0℃下向3-氨基-5-溴-1-甲基-1,2-二氢吡啶-2-酮(406.08mg，2.000mmol，1当量)和Et3N(1619.05mg，16.000mmol，8当量)于DCM(5mL)中的搅拌溶液逐滴添加乙酰氯(628.00mg，8.00mmol，4当量)。将混合物在室温下搅拌1小时。然后将溶剂蒸发，并将残余物通过快速色谱法纯化，用EtOAc/PE(0％-100％)洗脱，得到N-(5-溴-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(487mg，99.36％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝245。
步骤2：N-[5-(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)-1-亚甲基-2-氧代基-1,2-二氢-1λ4-吡啶-3-基]乙酰胺(i15-3)的制备
Figure BDA0002709263740001271
向2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯甲醛(292mg，1.000mmol，1当量)和N-(5-溴-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(244.96mg，1.000mmol，1当量)于1,4-二噁烷(5mL)和H2O(0.5mL)中的搅拌溶液添加Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(81.62mg，0.100mmol，0.1当量)和Cs2CO3(976.99mg，2.999mmol，3当量)。使混合物在90℃下在下N2气氛下反应1小时。在冷却后，将混合物浓缩，并将残余物通过快速色谱法纯化，用EtOAc/PE(0％-10％)洗脱，得到呈白色固体的N-[5-(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)-1-亚甲基-2-氧代基-1,2-二氢-1λ4-吡啶-3-基]乙酰胺(280mg，85.06％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝331。
步骤3：N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(化合物B29)的制备
Figure BDA0002709263740001281
向二甲胺盐酸盐(98.73mg，1.211mmol，1.6当量)于MeOH(5mL)中的搅拌溶液添加N-[5-(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基]乙酰胺(250mg，0.757mmol，1当量)。将混合物在25℃下搅拌30分钟。然后逐份添加NaBH3CN(95.12mg，1.514mmol，2当量)，并将反应混合物在25℃下再搅拌1小时。将混合物通过添加水猝灭，并用DCM萃取。将有机层浓缩，并将残余物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内12％B至25％B；254nm；Rt：5.68min)纯化，得到呈白色固体的N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(26.4mg，9.32％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ8.69(d,J＝2.5Hz,1H),8.56(s,0.3H,FA),7.81(d,J＝2.5Hz,1H),6.88(s,2H),4.23(s,2H),3.99(s,6H),3.72(s,3H),2.77(s,6H),2.25(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝360.25。
实施例16–N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(化合物B30)的制备
Figure BDA0002709263740001282
步骤1：N-(5-溴-1-甲基-2-氧代吡啶-3-基)丙酰胺(i16-2)的制备
Figure BDA0002709263740001291
在0℃下向3-氨基-5-溴-1-甲基吡啶-2-酮(150.00mg，0.738mmol，1.00当量)和Et3N(300mg，2.95mmol，4当量)于DCM(3.00mL)中的搅拌溶液逐滴添加丙酰氯(348.60mg，3.69mmol，5当量)，并将溶液搅拌1小时。然后将溶剂蒸发，并将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用EtOAc/PE(0％-100％)洗脱，得到呈紫色固体的N-(5-溴-1-甲基-2-氧代吡啶-3-基)丙酰胺(168mg，87.77％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝259。
步骤2：N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(化合物B30)的制备
Figure BDA0002709263740001292
向N-(5-溴-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(100mg，0.386mmol，1当量)和[[2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基]二甲胺(123.97mg，0.386mmol，1当量)于1,4-二噁烷(3mL)和H2O(0.3mL)中的溶液添加Cs2CO3(377.25mg，1.158mmol，3当量)和Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(31.52mg，0.039mmol，0.1当量)。将混合物在90℃下在下N2气氛搅拌1小时。在溶剂蒸发后，将混合物通过快速色谱法纯化，用DCM/MeOH(0％-10％)洗脱，得到270mg的粗产物，将所述粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内12％B至22％B；254nm；Rt：4.95min)进一步纯化，得到呈白色固体的N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(26mg，18.04％)。1H NMR(300MHz,氯仿-d)δ12.14(s,1H),8.73(d,J＝2.4Hz,1H),8.48(s,1H),7.26(d,J＝2.5Hz,1H),6.64(s,2H),4.29(s,2H),3.92(s,6H),3.72(s,3H),2.80(s,6H),2.51(q,J＝7.5Hz,2H),1.28(t,J＝7.5Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝374.40。
实施例17–N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(化合物B31)的制备
Figure BDA0002709263740001301
步骤1：N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(i17-2)的制备
Figure BDA0002709263740001302
在0℃下向5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-鎓(400mg，1.83mmol，1.0当量)和TEA(742.43mg，7.34mmol，4.0当量)于DCM(5mL)中的溶液添加丙酰氯(186.68mg，2.02mmol，1.1当量)。将所得溶液在室温下搅拌16小时。将混合物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，得到呈黄色固体的N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(460mg，73％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝273.1。
步骤2：N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(化合物B35)的制备
Figure BDA0002709263740001311
向N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(100mg，0.37mmol，1.0当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(87.53mg，0.37mmol，1.0当量)于二噁烷(2.5mL)和H2O(0.5mL)中的溶液添加Cs2CO3(238.58mg，0.73mmol，2.0当量)和Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(29.90mg，0.037mmol，0.1当量)。将所得溶液在90℃下搅拌1小时(在N2气氛下)。LCMS指示反应完成。使混合物冷却至室温。将所得混合物用水(30mL)稀释，并用EtOAc(30mLx2)萃取。在经Na2SO4干燥后，将滤液在真空中浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Xselect CSH F-苯基OBD柱19*150mm 5umn；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：EtOH-HPLC；流速：25mL/min；梯度：在10分钟内5％B至11％B；220nm；Rt：7.60min)纯化，得到呈浅棕色固体的N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶基)丙酰胺(8.6mg，6％)的甲酸酯。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.56(s,1H),7.59(s,1H),6.77(s,2H),4.36(s,2H),3.96(s,6H),3.64(s,3H),3.33(s,5H),2.87(s,6H),2.51(q,J＝7.7Hz,2H),2.06(s,3H),1.26(t,J＝7.6Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝388.35。
实施例18–N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(化合物B32)的制备
Figure BDA0002709263740001321
以针对化合物B42所描述类似的方式制备化合物B32。获得呈白色固体的N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1-甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)乙酰胺(40mg，27.27％)。1H NMR(300MHz,氯仿-d)δ8.64(s,0.35H,FA),8.34(d,J＝2.3Hz,1H),7.88(s,1H),7.20(d,J＝2.4Hz,1H),6.64(s,2H),4.26(q,J＝7.1Hz,2H),4.16(s,2H),3.92(s,6H),3.71(s,3H),2.67(s,6H),1.35(t,J＝7.1Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝390.20。
实施例19–8-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-甲基吡啶并[3,4-b]吡嗪-5-酮(化合物B33)的制备
Figure BDA0002709263740001322
向8-溴-6-甲基吡啶并[3,4-b]吡嗪-5-酮(81.0mg，0.34mmol，1.0当量)和4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基硼酸(96.80mg，0.41mmol，1.2当量)于1,4-二噁烷(4mL)和H2O(1mL)中的搅拌混合物添加Pd(dppf)Cl2(49.38mg，0.067mmol，0.2当量)和Cs2CO3(274.84mg，0.84mmol，2.5当量)，并将反应物在90℃下在氮气氛下搅拌。在反应完成后，使混合物冷却至室温。将反应物用水(25mL)稀释，并用EtOAc(3x20mL)萃取。将滤液在减压下浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Xselect CSH F-苯基OBD柱19*150mm 5μm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在6分钟内6％B至10％B；220nm；RT：4.37分钟)纯化，得到呈黄色固体的8-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-甲基吡啶并[3,4-b]吡嗪-5-酮(15.1mg，12.54％)的甲酸酯。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.98(s,1H),8.87(s,1H),8.58(s,0.75H,FA),7.97(s,1H),7.02(d,J＝1.6Hz,2H),4.30(s,2H),3.96(d,J＝1.5Hz,6H),3.79(s,3H),2.82(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝355.4。
实施例20–1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-3-甲酰胺甲酸(化合物B34甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001331
向1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(127.87mg，0.24mmol，1.0当量)和DIEA(189.43mg，1.47mmol，6.0当量)于DCM(3mL)中的搅拌混合物添加甲胺盐酸盐(19.79mg，0.29mmol，1.20当量)。将混合物在室温下搅拌5分钟，然后添加HATU(139.32mg，0.37mmol，1.50当量)。将混合物在室温下再搅拌2小时。将残余物通过制备型HPLC(条件：Xselect CSH F-苯基OBD柱19*150mm 5μm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在7分钟内7％B至7％B；220nm；RT：5.17分钟)直接纯化，得到呈黄色固体的1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-3-甲酰胺甲酸(13.7mg，11％)。1HNMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(s,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),8.55(brs,1.3H,FA),7.77(s,1H),7.62(d,J＝5.8Hz,1H),6.86(s,2H),4.45(s,2H),4.24-4.16(m,4H),3.97(s,6H),3.72(s,3H),3.56(p,J＝7.9Hz,1H),2.79(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝423.25。
实施例21–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基乙烷-1-磺酰胺(化合物B35)的制备
Figure BDA0002709263740001341
向4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(65mg，1.0当量)和TEA(58.29mg，3.0当量)于DCM(1mL)中的搅拌混合物添加丙烷-2-磺酰氯(37.2mg，1.5当量)。将混合物在25℃下搅拌2小时。将所得混合物在真空下浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge ShieldRP18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相A：水(0.05％NH3H2O)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内27％B至46％B；220nm；RT：7.8分钟)纯化，得到呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基乙烷-1-磺酰胺(8.4mg，10％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(d,J＝0.9Hz,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),7.77(s,1H),7.65(dd,J＝5.8,1.0Hz,1H),6.79(s,2H),4.52(s,2H),3.91(s,6H),3.72(s,3H),3.17(q,J＝7.3Hz,2H),2.77(s,3H),1.34(q,J＝8.4,7.9Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝432.25。
实施例22–4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B36)的制备
Figure BDA0002709263740001351
步骤1：2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(i22-2)的制备
Figure BDA0002709263740001352
向4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(239mg，1.000mmol，1当量)和4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(380.80mg，1.500mmol，1.5当量)于二噁烷(3.00mL)中的溶液添加CH3COOK(294.34mg，2.999mmol，3当量)和Pd(dppf)Cl2(36.57mg，0.050mmol，0.05当量)。将所得溶液在80℃下搅拌1小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(1:1)的硅胶柱上。这产生呈白色固体的2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(228mg，79.71％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝287.1。
步骤2：4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)-2-(甲基硫烷基)苯甲醛(i22-3)的制备
Figure BDA0002709263740001361
在25℃下向2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-2,7-萘啶-1-酮(228.00mg，0.797mmol，1.00当量)、4-溴-2-(甲基硫烷基)苯甲醛(184.15mg，0.797mmol，1.00当量)和Cs2CO3(776.89mg，2.390mmol，3当量)于1,4-二噁烷(3.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(58.30mg，0.080mmol，0.10当量)和H2O(1.00mL)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(1:1)的硅胶柱上。这产生呈黄色固体的4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-2-(甲基硫烷基)苯甲醛(200mg，80.87％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝311.1。
步骤3：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(化合物B36)的制备
Figure BDA0002709263740001362
在0℃下向4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-2-(甲基硫烷基)苯甲醛(200.00mg，0.644mmol，1.00当量)和二甲胺(34.86mg，0.773mmol，1.20当量)于MeOH(3.00mL)中的溶液添加NaBH3CN(80.99mg，1.289mmol，2.00当量)。将所得溶液在0℃下搅拌1小时。将所得溶液用10mL的水稀释，并用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱，19mmX150mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在8分钟内17％)；检测器，UV)纯化。这产生呈白色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(150mg，68.57％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(s,1H),8.68(d,J＝5.8Hz,1H),7.73(s,1H),7.56(d,J＝5.7Hz,1H),7.48(d,J＝7.8Hz,1H),7.39(d,J＝1.7Hz,1H),7.26(dd,J＝7.8,1.7Hz,1H),3.71(s,3H),3.64(s,2H),2.52(s,3H),2.33(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝340.20。
实施例23–4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲烷磺酰基苯基]-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(化合物B37)的制备
Figure BDA0002709263740001371
步骤1：[(4-溴-2-甲烷磺酰基苯基)甲基]二甲胺(i23-2)的制备
Figure BDA0002709263740001372
在0℃下向4-溴-2-甲烷磺酰基苯甲醛(263mg，1.000mmol，1当量)和二甲胺(135.20mg，2.999mmol，3当量)于MeOH(3.00mL)中的溶液添加NaBH3CN(125.63mg，1.999mmol，2当量)。将所得溶液在0℃下搅拌1小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，经无水硫酸钠干燥，并浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(0％-50％)的硅胶柱上。这产生呈黄色固体的[(4-溴-2-甲烷磺酰基苯基)甲基]二甲胺(175mg，59.92％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝278.0。
步骤2：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲烷磺酰基苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B37)的制备
Figure BDA0002709263740001381
在25℃下向[(4-溴-2-甲烷磺酰基苯基)甲基]二甲胺(175mg，0.599mmol，1.00当量)和2-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-2,7-萘啶-1-酮(205.65mg，0.719mmol，1.20当量)于1,4-二噁烷(3.00mL)中的溶液添加Cs2CO3(585.43mg，1.797mmol，3.00当量)、Pd(dppf)Cl2(43.82mg，0.060mmol，0.10当量)和H2O(1.00mL)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释，并用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：AtlantisHILIC OBD柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，在8分钟内至17％)纯化；检测器，UV)纯化。这产生呈白色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲烷磺酰基苯基]-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(120mg，53.94％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.55(s,1H),8.71(d,J＝5.7Hz,1H),8.16(d,J＝1.9Hz,1H),7.80(d,J＝9.0Hz,2H),7.72(d,J＝7.8Hz,1H),7.53(d,J＝5.8Hz,1H),3.96(s,2H),3.72(s,3H),3.47(s,3H),2.33(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝372.10。
实施例24–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基甲烷磺酰胺(化合物B38)的制备
Figure BDA0002709263740001391
以针对化合物B35所描述类似的方式制备化合物B38。获得呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基甲烷磺酰胺(14.2mg，16％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.57(s,1H),8.70(d,J＝6.1Hz,1H),7.90(s,1H),7.79(d,J＝6.2Hz,1H),6.80(s,2H),4.50(s,2H),3.92(s,6H),3.74(s,3H),2.94(s,3H),2.75(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝418.10。
实施例25–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基环丙烷磺酰胺(化合物B39)的制备
Figure BDA0002709263740001392
以针对化合物B35所描述类似的方式制备化合物B39。获得呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基环丙烷磺酰胺(14.2mg，31％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(d,J＝0.9Hz,1H),8.70(d,J＝5.7Hz,1H),7.77(s,1H),7.65(d,J＝5.6Hz,1H),6.79(s,2H),4.54(s,2H),3.91(s,6H),3.72(s,3H),3.29(s,1H),2.77(s,3H),1.14-1.05(m,4H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝444.20。
实施例26–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N,2-二甲基丙烷-1-磺酰胺(化合物B40)的制备
Figure BDA0002709263740001401
以针对化合物B35所描述类似的方式制备化合物B40。获得呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N,2-二甲基丙烷-1-磺酰胺(10.3mg，8％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(d,J＝0.9Hz,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),7.77(s,1H),7.65(dd,J＝5.8,0.9Hz,1H),6.79(s,2H),4.52(s,2H),3.91(s,6H),3.72(s,3H),2.99(d,J＝6.5Hz,2H),2.76(s,3H),2.26(hept,J＝6.6Hz,1H),1.14(d,J＝6.7Hz,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝460.15。
实施例27–2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酸(化合物B41甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001411
步骤1：2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸酯(i27-2)的制备
Figure BDA0002709263740001412
向2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(100.00mg，0.308mmol，1.00当量)和2-(氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酯；三氟乙酸(82.48mg，0.339mmol，1.10当量)于MeOH(3.00mL)中的溶液添加NaBH3CN(38.75mg，0.617mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下搅拌16小时。将混合物在减压下浓缩。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至10％于DCM中的MeOH。将纯级分蒸发至干，得到呈棕色固体的2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酯(110mg，81.55％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝438。
步骤2：2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酸(化合物B41甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001421
向2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酯(120mg，0.274mmol，1当量)于MeOH(5mL)和H2O(1mL)中的溶液添加LiOH(65.69mg，2.743mmol，10当量)。将所得混合物在室温下搅拌3小时。在减压下除去溶剂,将残余物溶解于水(10mL)中。用1N HCl(水溶液)将混合物酸化至pH 3。在减压下除去溶剂。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内5％B至35％B；254nm；Rt：7.25min)纯化。将含所需化合物的级分蒸发至干，得到呈灰白色固体的2-(1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-基)乙酸甲酸(8.1mg，6.16％)。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ9.44(s,1H),8.72(d,J＝5.6Hz,1H),8.26(s,0.67H,FA),7.86(s,1H),7.56(d,J＝5.6Hz,1H),6.79(d,J＝11.8Hz,0H),6.74(s,2H),4.36(dd,J＝8.8,7.1Hz,1H),4.04(dd,J＝8.8,5.8Hz,1H),3.90(s,6H),3.76(s,2H),3.60(s,3H),2.72(p,J＝7.0Hz,1H),2.65–2.52(m,3H),2.28(dd,J＝17.3,6.4Hz,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝424.25。
实施例28–N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)氨基甲酸乙酯(化合物B42)的制备
Figure BDA0002709263740001431
步骤1：N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)丙酰胺(i28-2)的制备
Figure BDA0002709263740001432
向3-氨基-5-溴-1,4-二甲基吡啶-2-酮(300.00mg，1.382mmol，1.00当量)于THF(3.00mL)中的溶液添加NaH(66.33mg，2.764mmol，2当量)和氯甲酸乙酯(179.98mg，1.658mmol，1.2当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。然后将反应物用饱和NH4Cl(水溶液)猝灭，并通过硅胶柱色谱法纯化，用PE/EtOAc(5:1)洗脱，得到N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代吡啶-3-基)氨基甲酸乙酯(287mg，71.82％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝289.1。
步骤2：N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)氨基甲酸乙酯(化合物B42)的制备
Figure BDA0002709263740001433
向N-(5-溴-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)氨基甲酸乙酯(25mg，0.086mmol，1当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(20.67mg，0.086mmol，1当量)于溶剂二噁烷(2mL)和H2O(0.5mL)中的溶液添加Cs2CO3(84.52mg，0.259mmol，3当量)和Pd(dppf)Cl2(9.49mg，0.013mmol，0.15当量)。将所得溶液在90℃下搅拌2小时(在N2气氛下)。将粗产物(140mg)通过制备型HPLC(条件：X Bridge Shield RP18OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.05％NH3H2O)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内30％B至65％B；220nm；Rt：8.2分钟)纯化，得到呈浅棕色固体的N-(5-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-1,4-二甲基-2-氧代基-1,2-二氢吡啶-3-基)氨基甲酸乙酯(9.1mg，4.46％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ7.56(s,1H),6.65(s,2H),4.21(q,J＝7.1Hz,2H),3.88(s,6H),3.79(s,2H),3.64(s,3H),2.41(s,6H),2.12(s,3H),1.32(t,J＝7.1Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝404.3。
实施例29–4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-6-甲基-1,6-二氢-7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮(化合物B43)的制备
Figure BDA0002709263740001441
步骤1：3-氨基-5-溴-1,4-二甲基吡啶-2(1H)-酮(i29-2)的制备
Figure BDA0002709263740001442
在室温下向NH4Cl(17.3g，323.42mmol，10.0当量)于H2O/EtOH(1/1，400mL)中的搅拌混合物添加5-溴-1,4-二甲基-3-硝基-1,2-二氢吡啶-2-酮(8.0g，32.38mmol，1.0当量)和Fe(18.1g，324.11mmol，10.0当量)。将混合物在室温下搅拌2小时，将固体滤出。将滤液用水(100mL)稀释，并用乙酸乙酯(200mLx2)萃取。将有机层合并，并用饱和NaCl(水溶液)洗涤，经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。这产生6.56g(93％)呈红色固体的3-氨基-5-溴-1,4-二甲基-吡啶-2(1H)-酮，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝217。
步骤2：4-溴-6-甲基-1,6-二氢-7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮(i29-3)的制备
Figure BDA0002709263740001451
在25℃下向乙酸乙酯(2.82g，27.62mmol，3.0当量)于甲苯中(50mL)的溶液添加KOAc(1.01g，11.11mmol，1.20当量)。在搅拌24小时后，向黄色混合物添加亚硝酸3-甲基丁酯(174.86mg，1.49mmol，1.50当量)，将所得混合物在110℃下再搅拌18小时。然后使其冷却，并在真空下浓缩混合物，将残余物通过硅胶柱色谱法(EtOAc/PE为1/2至1/1)纯化。这产生1.15g(38％)呈黄色固体的4-溴-6-甲基-1,6-二氢-7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝228。
步骤3：4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-6-甲基-1,6-二氢-7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮(化合物B43)的制备
Figure BDA0002709263740001452
在25℃下向4-溴-6-甲基-1H,6H,7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮(220.34mg，0.97mmol，1.10当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(210mg，0.88mmol，1.0当量)于二噁烷(5mL)和H2O(1mL)中的搅拌混合物添加Cs2CO3(858.57mg，2.64mmol，3.0当量)和Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(107.6mg，0.13mmol，0.15当量)。在氮气氛下将所得混合物加热至90℃。在16小时后，将其冷却，并用水(10mL)稀释，然后用乙酸乙酯(20mLx2)萃取。将有机层合并，并用饱和NaCl(水溶液)洗涤，经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩，然后将粗产物通过制备型HPLC柱(XBridge Shield RP18OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：MeOH--HPLC；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内5％B至35％B；254nm；Rt：3.87min)纯化。这产生19.1mg(3％)呈黄色固体的4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-6-甲基-1,6-二氢-7H-吡唑并[3,4-c]吡啶-7-酮的甲酸酯。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ8.51(s,1H,FA),8.16(s,1H),7.51(s,1H),7.02(s,2H),4.40(s,2H),4.03(s,6H),3.74(s,3H),2.90(s,6H).LCMS(ESI)m/z:[M+H]+＝343.3。
实施例30–1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-[8-(苯基氨基)辛基]氮杂环丁烷-3-甲酰胺(化合物B44)的制备
Figure BDA0002709263740001461
步骤1：(8-(苯基氨基)辛基)氨基甲酸叔丁酯(i30-2)的制备
Figure BDA0002709263740001471
向溴苯(25.42mg，0.162mmol，0.23当量)和N-(8-氨基辛基)氨基甲酸叔丁酯(172.05mg，0.70mmol，1.0当量)于二噁烷中的搅拌混合物添加Cs2CO3(314.26mg，0.97mmol，1.37当量)和G3-Bretphos Pd(53.63mg，0.063mmol，0.09当量)。将混合物在100℃下在氮气氛下搅拌2小时。在冷却后，将混合物用水(20mL)稀释，并用DCM(30mL x3)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用(PE/EtOAc 10:1)洗脱，得到呈灰白色固体的N-[8-(苯基氨基)辛基]氨基甲酸叔丁酯(150mg，53％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝321。
步骤2：N1-苯基辛烷-1,8-二胺(i30-3)的制备
Figure BDA0002709263740001472
向N-[8-(苯基氨基)辛基]氨基甲酸叔丁酯(110.0mg，0.34mmol，1.0当量)于DCM(8mL)中的溶液添加TFA(2mL)，并将混合物在室温下搅拌2小时。然后将其在减压下浓缩，得到呈黄色固体的N1-苯基辛烷-1,8-二胺(105mg，95％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝221。
步骤4：1-(2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)-N-(8-(苯基氨基)辛基)氮杂环丁烷-3-甲酰胺(化合物B44)
Figure BDA0002709263740001473
向1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(95mg，0.23mmol，1.0当量)和N1-苯基辛烷-1,8-二胺(102.26mg，0.46mmol，2.0当量)于DMF(2mL)中的搅拌溶液添加EDCI(53.38mg，0.278mmol，1.20当量)和HOBT(37.62mg，0.278mmol，1.20当量)。将所得混合物在室温下在氮气氛下搅拌。将反应物通过添加水(5mL)猝灭，并用DCM(30mLx3)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge Shield RP18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.05％NH3.H2O)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内49％B至69％B；220nm；Rt：7.8min)纯化，得到呈浅黄色固体的1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-[8-(苯基-氨基)辛基]氮杂环丁烷-3-甲酰胺(6.0mg，4％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.53(s,1H),8.68(d,J＝5.8Hz,1H),7.73(s,1H),7.63(d,J＝5.8Hz,1H),7.09(t,J＝7.8Hz,2H),6.74(s,2H),6.66–6.56(m,3H),3.88(s,6H),3.80(s,2H),3.71(s,3H),3.50(d,J＝8.0Hz,4H),3.19(dt,J＝11.1,7.6Hz,3H),3.06(t,J＝7.2Hz,2H),1.61(p,J＝7.1Hz,2H),1.51(q,J＝6.9Hz,2H),1.46–1.37(m,2H),1.37–1.28(m,8H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝612.50。
实施例31–(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸(化合物B45)的制备
Figure BDA0002709263740001481
步骤1：(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯(i31-2)的制备
Figure BDA0002709263740001491
在0℃下向2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(40.00mg，0.123mmol，1.00当量)和(2S)-氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯(15.62mg，0.136mmol，1.10当量)于MeOH(3.00mL)中的溶液添加Et3N(14.98mg，0.148mmol，1.20当量)和NaBH3CN(23.25mg，0.370mmol，3.00当量)。将所得溶液在0℃下搅拌1小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到具有CH2Cl2/MeOH(50:1)的硅胶柱上，其产生42mg(80.42％)呈黄色固体的(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝423.2。
步骤2：(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸(化合物B45)的制备
Figure BDA0002709263740001492
在0℃下向(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯(42mg，0.099mmol，1.00当量)于THF(1.50mL)中的溶液添加LiOH(11.88mg，0.496mmol，5.00当量)和H2O(1.00mL)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释。然后添加HCl(6M)(0.50mL，16.456mmol，165.92当量)，并将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱，19mmX250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在8分钟内17％)；检测器，uv)纯化。这产生25mg(61.65％)呈白色固体的(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.55(s,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),7.82(s,1H),7.66(d,J＝5.8Hz,1H),6.85(s,2H),5.00(t,J＝9.5Hz,1H),4.53(s,2H),4.14(q,J＝9.6Hz,1H),3.98(s,7H),3.72(s,3H),2.72(d,J＝10.6Hz,1H),2.61(q,J＝10.1Hz,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝410.15
实施例32–1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B46)的制备
Figure BDA0002709263740001501
步骤1：(2R)-氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯盐酸盐(i32-2)的制备
Figure BDA0002709263740001502
将(2R)-氮杂环丁烷-1,2-二甲酸1-叔丁酯2-甲酯(40.30mg，0.187mmol，1.00当量)和HCl(4M)于1,4-二噁烷(3.00mL)中的混合物在室温下搅拌1小时。然后将溶剂蒸发，并将所得粗制(2R)-氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯盐酸盐不经进一步纯化即直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝116。
步骤2：(2R)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯(i32-3)的制备
Figure BDA0002709263740001511
向(2R)-氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯盐酸盐(28.23mg，0.186mmol，1.00当量)和Et3N(37.69mg，0.372mmol，2当量)于MeOH(2.00mL)中的搅拌溶液添加2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(60.40mg，0.186mmol，1.00当量)，并将混合物搅拌0.5小时，之后在室温下在环境气氛下逐份添加NaBH3CN(23.41mg，0.372mmol，2当量)。然后在0℃下将反应物通过添加水(10mL)猝灭，并用EtOAc(20mLx2)萃取混合物。将有机层经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到粗产物，将所述粗产物通过硅胶色谱法纯化，用MeOH/DCM(0％-10％)洗脱，得到呈黄色固体的(2R)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸甲酯(68mg，86.23％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝424。
步骤3：1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B46)的制备
Figure BDA0002709263740001521
向1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(840mg，1.984mmol，1当量)于THF(4mL)和H2O(2mL)的混合溶剂中的搅拌溶液添加LiOH(475.04mg，19.836mmol，10.00当量)，并将溶液在环境气氛下搅拌1小时。将混合物通过反相快速色谱法纯化，得到粗产物，并将所得残余物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内38％B至58％B；254nm；Rt：7.35分钟)进一步纯化，得到呈浅黄色半固体的1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(421mg，51.84％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.62(s,1H),8.72(d,J＝6.4Hz,1H),8.08(s,1H),7.92(d,J＝6.3Hz,1H),6.88(s,2H),5.18(t,J＝9.7Hz,1H),4.56(s,2H),4.19(q,J＝9.6Hz,1H),3.98(s,7H),3.75(s,3H),2.72–2.59(m,2H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝410.20。
实施例33–7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮甲酸(化合物B47甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001531
步骤1：7-溴-3,5-二氢-4H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(i33-2)的制备
Figure BDA0002709263740001532
将2,5-二溴吡啶-3,4-二胺(1.06g，3.97mmol，1.0当量)于HCOOH(3mL)中的溶液在100℃下回流6小时。将所得混合物在减压下浓缩。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至60％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈灰白色固体的7-溴-3,5-二氢-4H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(594mg，70％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝214。
步骤2：7-溴-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]-5H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(i33-3)的制备
Figure BDA0002709263740001533
在室温下向7-溴-3,5-二氢-4H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(400.0mg，1.87mmol，1.0当量)和[2-(氯甲氧基)乙基]三甲基硅烷(467.39mg，2.80mmol，1.50当量)于DMF中的搅拌混合物添加TEA(567.36mg，5.61mmol，3.0当量)。将所得混合物在80℃下搅拌3小时。在冷却后，将溶液用DCM(50mL)稀释，并用水(3x20mL)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到呈浅黄色浆液的7-溴-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]-5H-咪唑并-[4,5-c]吡啶-4-酮(711.6mg，88％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝344。
步骤3：7-溴-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(i33-4)的制备
Figure BDA0002709263740001541
将7-溴-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]-5H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(643.0mg，1.87mmol，1.0当量)于THF(10.0mL)中的混合物冷却至0℃，然后逐份添加NaH(53.78mg，2.24mmol，1.20当量)。将混合物搅拌20分钟，然后添加CH3I(795.27mg，5.60mmol，3.0当量)。在室温下在氮气氛下搅拌1小时后，将反应物用水(100mL)猝灭，并用EA(4x100mL)萃取混合物。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到呈棕黄色浆液的7-溴-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(660mg，83％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝358。
步骤4：7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(i33-5)的制备
Figure BDA0002709263740001542
向7-溴-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(200.0mg，0.56mmol，1.0当量)和4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基硼酸(160.14mg，0.67mmol，1.20当量)于二噁烷(10mL)和H2O(2mL)中的溶液添加Cs2CO3(545.59mg，1.68mmol，3.0当量)和Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(40.84mg，0.056mmol，0.10当量)。将混合物在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。在冷却后，将混合物用水(20mL)稀释，并用EtOAc(30mLx3)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至7％于CH2Cl2中的CH3OH。将纯级分蒸发至干，得到7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(140mg，53％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝473。
步骤5：7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮甲酸(化合物B47甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001551
将7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3-[[2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基]咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮(120.0mg，0.25mmol，1.0当量)于2M HCl-1,4-二噁烷(5mL)中的混合物在70℃下搅拌2小时。在冷却后，将混合物在减压下浓缩。将粗产物通过制备型HPLC使用以下条件纯化：柱：SunFire C18 OBD制备型柱，
Figure BDA0002709263740001552
5μm,19mm X250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内7％B至26％B；254nm；Rt：6.25min，得到26mg(25％)呈白色固体的7-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-5-甲基-3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-4-酮的甲酸酯。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.55(s,1H),8.24(s,1H),7.78(s,1H),7.20(s,2H),4.39(s,2H),4.03(s,6H),3.77(s,3H),2.89(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝343.15。
实施例34–1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B48)的制备
Figure BDA0002709263740001561
步骤1：4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(i34-2)的制备
Figure BDA0002709263740001562
向1,3-二甲基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)吡啶-2-酮(430mg，1.73mmol，1.0当量)和4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(634.52mg，2.59mmol，1.50当量)于1,4-二噁烷(25mL)/H2O(5mL)中的搅拌溶液添加Pd(dppf)Cl2(126.3mg，0.17mmol，0.10当量)和Cs2CO3(1124.78mg，3.45mmol，2.0当量)。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。然后将混合物冷却至室温，将混合物用水(25mL)稀释，并用EtOAc(3x25mL)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(20:1)洗脱，得到呈灰白色固体的4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(313mg，51.42％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝288。
步骤2：1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(i34-3)的制备
Figure BDA0002709263740001571
向4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯甲醛(313.00mg，1.09mmol，1.0当量)和氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(188.14mg，1.63mmol，1.50当量)于MeOH中的搅拌混合物添加NaBH3CN(136.92mg，2.18mmol，2.0当量)，将混合物在室温下在氮气氛下搅拌。然后将混合物用水(25mL)稀释，并用EtOAc(3x25mL)萃取。将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CHCl3/MeOH(10:1)洗脱，得到呈灰白色固体的1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]-氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(172.5mg，35％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝386.4。
w
步骤3：1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(化合物B48)的制备
Figure BDA0002709263740001581
将1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸甲酯(169.0mg，0.48mmol，1.0当量)和LiOH(52.36mg，2.19mmol，5.0当量)于THF(3mL)和H2O(3mL)中的混合物在室温下搅拌1小时。然后将混合物用12N HCl酸化，直到pH4。将混合物用DCM(30mLx3)萃取，经无水硫酸钠干燥，过滤并浓缩，得到粗产物，将所述粗产物通过制备型HPLC使用以下条件纯化：(柱：SunFire C18 OBD制备型柱，
Figure BDA0002709263740001582
5μm，19mm X250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内7％B至24％B；254nm；Rt：7.85min)，得到呈白色固体的1-[[4-(1,5-二甲基-6-氧代吡啶-3-基)-2,6-二甲氧基苯基]甲基]氮杂环丁烷-3-甲酸(48mg，29％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ7.98(d,J＝2.5Hz,1H),7.84(s,1H),6.91(s,2H),4.48(s,2H),4.30(d,J＝9.8Hz,4H),4.01(s,6H),3.69(s,3H),3.59(s,1H),2.23(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝373.20。
实施例35–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基丙烷-2-磺酰胺(化合物B49)的制备
Figure BDA0002709263740001591
以针对化合物B35所描述类似的方式制备化合物B49。获得呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基丙烷-2-磺酰胺(19.1mg，9％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.56(s,1H),8.70(d,J＝5.9Hz,1H),7.85(s,1H),7.72(d,J＝6.0Hz,1H),6.80(s,2H),4.53(s,2H),3.91(s,6H),3.73(s,3H),3.62-3.49(m,1H),2.77(s,3H),1.35(d,J＝6.8Hz,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝446.25。
实施例36–4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-2甲基-2,6-萘啶-1(2H)-酮(化合物B50)的制备
Figure BDA0002709263740001592
步骤1：4-溴-2,6-萘啶-1(2H)-酮(i36-2)的制备
Figure BDA0002709263740001593
在室温下向1,2-二氢-2,6-萘啶-1-酮(500mg，3.421mmol，1.00当量)于CH3CN(10mL)中的搅拌溶液添加1-溴吡咯烷-2,5-二酮(669.81mg，3.763mmol，1.10当量)。将所得混合物在室温下搅拌3小时。将混合物在真空下浓缩。将残余物通过快速硅胶柱色谱法纯化，用50％至100％的乙酸乙酯/石油醚洗脱。这产生呈黄色固体的4-溴-2,6-萘啶-1(2H)-酮(760mg，99.08％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝225。
步骤2：4-溴-2-甲基-2,6-萘啶-1(2H)-酮(i36-3)的制备
Figure BDA0002709263740001601
在0℃下向4-溴-2,6-萘啶-1(2H)-酮(396.0mg，1.76mmol，1.0当量)于DMF(6mL)中的搅拌溶液添加NaH(59.12mg，2.464mmol，1.40当量)。在搅拌10分钟后，将碘甲烷(499.53mg，3.519mmol，2.00当量)添加至所述溶液。将溶液在25℃下搅拌10小时。然后添加水(50mL)，然后用DCM(50mLx3)萃取反应混合物。将合并的有机层用饱和盐水(30mLx2)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到331mg的粗产物。将此材料不经进一步纯化直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝239。
步骤3：4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-2-甲基-2,6-萘啶-1(2H)-酮(化合物B50)的制备
Figure BDA0002709263740001602
向4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,6-萘啶-1-酮(80.30mg，0.336mmol，1.10当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(73mg，0.305mmol，1.00当量)于二噁烷(5mL)和H2O(1mL)中的搅拌混合物添加Cs2CO3(298.45mg，0.916mmol，3.00当量)和Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(37.40mg，0.046mmol，0.15当量)。将所得反应混合物在90℃下在N2气氛下搅拌5小时。将反应混合物在减压下浓缩，然后将残余物用DCM(100mL)稀释，并通过短硅藻土垫过滤。将溶剂蒸发，并将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge Shield RP18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(10mmol/LNH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内35％B至75％B；220nm；Rt：7.9分钟)纯化。这产生呈黄色固体的4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-2–甲基-2,6-萘啶-1(2H)-酮(9.6mg，8.90％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.02(s,1H),8.69(d,J＝5.3Hz,1H),8.28(d,J＝5.4Hz,1H),7.60(s,1H),6.81(s,2H),3.89(s,6H),3.74(d,J＝4.1Hz,5H),2.36(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝354.15。
实施例37–4-(3-(二氟甲氧基)-4-((二甲基氨基)甲基)苯基)-2-甲基-2,7-萘啶-1(2H)-酮(化合物B51)的制备
Figure BDA0002709263740001611
以针对化合物B50所描述类似的方式制备化合物B51。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ9.43(d,J＝0.9Hz,1H),8.71(d,J＝5.6Hz,1H),7.85(s,1H),7.56(d,J＝7.9Hz,1H),7.45(dd,J＝5.6,0.9Hz,1H),7.34(dd,J＝7.8,1.7Hz,1H),7.28–7.24(m,1H),3.57(s,3H),3.47(s,2H),2.19(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝360.2。
实施例38–8-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-甲基-5H,6H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(化合物B52)的制备
Figure BDA0002709263740001621
步骤1：5-[(E)-2-(二甲基氨基)乙烯基]哒嗪-4-甲酸乙酯(i38-2)的制备
Figure BDA0002709263740001622
将5-甲基哒嗪-4-甲酸乙酯(200.0mg，1.20mmol，1.0当量)于(二甲氧基甲基)二甲胺(5.00mL)中的混合物在80℃下搅拌3小时。在反应完成后，在减压下除去溶剂，得到呈黑色固体的5-[(E)-2-(二甲基氨基)乙烯基]哒嗪-4-甲酸乙酯(320mg)。粗产物不经进一步纯化并直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝222.1。
步骤3：6-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(i38-3)的制备
Figure BDA0002709263740001623
向5-[(E)-2-(二甲基氨基)乙烯基]哒嗪-4-甲酸乙酯(300.0mg，1.36mmol，1.0当量)于EtOH(5mL)中的搅拌混合物添加甲胺盐酸盐(915.48mg，1.56mmol，10.0当量)。将反应物在75℃下搅拌3小时。在冷却后，在减压下除去溶剂，并将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用DCM/MeOH(20:1)洗脱，得到呈棕色固体的6-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(200mg，91％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝162.2。
步骤4：8-溴-6-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(i38-4)的制备
Figure BDA0002709263740001631
向6-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(170.0mg，1.06mmol，1.0当量)于DMF(1mL)中的搅拌混合物添加NBS(226.42mg，1.27mmol，1.2当量)。将反应物在室温下搅拌2小时。将反应混合物用EA(50mL)稀释，用水(3x30mL)和饱和盐水(1x30mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥，过滤，并蒸发，得到粗产物。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用DCM/MeOH(10:1)洗脱，得到呈棕色固体的8-溴-6-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(82mg，32％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝240.1。
步骤4：8-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-甲基-5H,6H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(化合物B52)的制备
Figure BDA0002709263740001632
向8-溴-6-甲基-5H,6H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(60.0mg，0.25mmol，1.0当量)、[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(59.76mg，0.25mmol，1.0当量)、Cs2CO3(162.87mg，0.5mmol，2.0当量)于二噁烷(3mL)和H2O(0.8mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(18.29mg，0.025mmol，0.1当量)。将所得混合物在90℃下在氮气氛下搅拌1小时。在冷却后，在减压下除去溶剂。将残余物通过硅胶色谱法纯化，用DCM/MeOH(20:1)洗脱，得到粗产物。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge ShieldRP18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相A：水(10mmol/L NH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内17％B至47％B；220nm；Rt：7.8分钟)进一步纯化，得到呈灰白色固体的8-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-甲基-5H,6H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-5-酮(17.3mg，19.5％)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ9.72(d,J＝1.4Hz,1H),9.51(d,J＝1.4Hz,1H),8.18(s,1H),6.81(s,2H),3.82(s,6H),3.66(s,3H),3.47(s,2H),2.14(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝355.20。
实施例39–4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B53)的制备
Figure BDA0002709263740001641
步骤1：(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)硼酸(i39-2)的制备
Figure BDA0002709263740001642
向4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(4.00g，16.322mmol，1.00当量)和KOAc(4.81g，48.965mmol，3.00当量)于1,4-二噁烷(30.00ml)中的溶液添加双(频哪醇基)二硼(4.97g，19.586mmol，1.20当量)和Pd(dppf)Cl2 CH2Cl2(1.33g，1.632mmol，0.10当量)。将所得溶液在90℃下搅拌3小时。将固体滤出。浓缩所得混合物。这产生2.5g(72.94％)呈棕色固体的(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)硼酸。
步骤2：2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(i39-3)的制备
Figure BDA0002709263740001651
向(4-甲酰基-3,5-二甲氧基苯基)硼酸(2.80g，13.334mmol，1.00当量)、4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(4.78g，20.001mmol，1.50当量)和Cs2CO3(13.03g，40.002mmol，3当量)于1,4-二噁烷(17.50mL，198.599mmol，15.49当量)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(1.09g，1.333mmol，0.1当量)和H2O(3.50mL，194.276mmol，14.57当量)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将所得溶液用20mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到具有二氯甲烷/甲醇(2:1)的柱上。这产生3g(69.37％)呈黄色固体的2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛。
步骤3：4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B53)的制备
Figure BDA0002709263740001652
在25℃下向2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(200.00mg，0.617mmol，1.00当量)于MeOH(5.00mL)中的溶液添加甲胺(28.73mg，0.925mmol，1.50当量)，并将反应混合物搅拌10分钟。然后将NaBH3CN(116.25mg，1.850mmol，3.00当量)添加至反应混合物。将所得溶液在25℃下搅拌1小时。浓缩所得混合物。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge制备型C18OBD柱，5μm，19*150mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(保持5％相B在2分钟内，在8分钟内至26％)；检测器，uv)纯化。这产生70mg(33.45％)呈白色固体的4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.55(s,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),8.54(s,1H),7.78(s,1H),7.61(dd,J＝5.7,0.9Hz,1H),6.87(s,2H),4.33(s,2H),3.97(s,6H),3.72(s,3H),2.74(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝340.4。
实施例40–4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲氧基-5-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B54)的制备
Figure BDA0002709263740001661
步骤1：4-溴-2-氟-6-甲氧基苯甲醛(i40-2)的制备
Figure BDA0002709263740001662
向4-溴-2,6-二氟苯甲醛(5.00g，22.624mmol，1.00当量)于MeOH(43.00mL)中的溶液添加甲醇钠(1.83g，33.936mmol，1.5当量)。将所得溶液在65℃下搅拌12小时。将所得溶液浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用PE/EtOAc(1:1)洗脱，得到呈浅黄色固体的4-溴-2-氟-6-甲氧基苯甲醛(2.87g，54.44％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝233。
步骤2：4-溴-2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)苯甲醛(i40-3)的制备
Figure BDA0002709263740001671
向4-溴-2-氟-6-甲氧基苯甲醛(1.00g，4.291mmol，1.00当量)于DMSO(20.00mL)中的溶液添加(甲基硫烷基)钠(0.45g，6.437mmol，1.50当量)。将所得溶液在室温下搅拌12小时。在室温下将反应物用水猝灭。用EtOAc(3x75mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用水(3x75mL)洗涤，并且经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用PE/EtOAc(1:1)洗脱，得到呈浅黄色固体的4-溴-2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)苯甲醛(988mg，88.17％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝261。
步骤3：2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯甲醛(i40-4)的制备
Figure BDA0002709263740001672
向4-溴-2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)苯甲醛(400.00mg，1.532mmol，1.00当量)于二噁烷(15.00mL)中的溶液添加KOAc(451.00mg，4.595mmol，3当量)、Pd(dppf)Cl2(112.08mg，0.153mmol，0.1当量)和4,4,4',4',5,5,5',5'-八甲基-2,2'-双-1,3,2-二氧杂环戊硼烷。将所得溶液在90℃下在氮气氛下搅拌6小时。将所得混合物过滤，将滤饼用EtOAc(3x15mL)洗涤。将滤液在减压下浓缩。这产生呈浅黄色油状物的粗制2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯甲醛(300mg，63.55％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝309。
步骤4：2-甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-6-甲基硫烷基)苯甲醛(i40-5)的制备
Figure BDA0002709263740001681
向4-溴-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(442.15mg，1.849mmol，1.2当量)和2-甲氧基-6-(甲基硫烷基)-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯甲醛于二噁烷(15.00mL)中的溶液添加H2O(1.50mL)、Pd(dppf)Cl2(112.77mg，0.154mmol，0.1当量)和Cs2CO3(1.51g，4.624mmol，3当量)。将所得溶液在90℃下搅拌3小时。将粗产物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，得到呈浅黄色固体的2-甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)-6-(甲基硫烷基)苯甲醛(70mg，13.34％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝341。
步骤5：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲氧基-5-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(化合物B54)的制备
Figure BDA0002709263740001691
向2-甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)-6-(甲基硫烷基)苯甲醛(70mg，0.206mmol，1当量)于MeOH(2mL)中的溶液添加二甲胺(13.91mg，0.308mmol，1.5当量)和NaBH3CN(38.77mg，0.617mmol，3当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将所得溶液浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，100mm，5μm，19mmX250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内9％B至15％B；254nm；Rt：8.68分钟)纯化，得到呈白色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3-甲氧基-5-(甲基硫烷基)苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮。1H NMR(300MHz,MeOD)δ9.54(d,1H),8.69(d,1H),7.75(s,1H),7.60(dd,1H),7.02(d,1H),6.92(d,1H),3.89(s,3H),3.73(d,5H),2.51(s,3H),2.34(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝370.20。
实施例41–(2R)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-2-甲酰胺(化合物B55)的制备
Figure BDA0002709263740001692
向(2R)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸(40.9mg，0.100mmol，1.00当量)和DIPEA(64.6mg，0.499mmol，5.00当量)于DMF(0.5mL)中的搅拌溶液添加HATU(76mg，0.200mmol，2.00当量)和甲胺(12.4mg，0.400mmol，4当量)。将溶液在室温下搅拌2小时。将所得混合物通过制备型HPLC(条件：XBridge Shield RP18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相A：水(0.05％NH3H2O)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内45％B至75％B；220nm；Rt：8.2分钟)直接纯化，得到呈白色固体的(2R)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-2-甲酰胺(6mg)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.53(s,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),7.74(s,1H),7.61(dd,J＝5.8,0.9Hz,1H),6.75(s,2H),3.89(s,6H),3.94–3.80(m,1H),3.78–3.66(m,1H),3.72(s,4H),3.31–3.14(m,2H),2.76(s,3H),2.31–2.20(m,1H),2.07–1.89(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝423.15。
实施例42–(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-2-甲酰胺(化合物B56)的制备
Figure BDA0002709263740001701
在0℃下向(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氮杂环丁烷-2-甲酸(40mg，0.098mmol，1.00当量)于DMF(2.00mL)中的溶液添加甲胺盐酸盐(7.92mg，0.117mmol，1.20当量)、HATU(74.29mg，0.195mmol，2.00当量)和DIEA(37.88mg，0.293mmol，3.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在8分钟内17％)；检测器，uv)纯化。这产生呈黄色固体的30mg(72.68％)(2S)-1-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-N-甲基氮杂环丁烷-2-甲酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.59(s,1H),8.71(d,J＝6.1Hz,1H),7.93(s,1H),7.77(dd,J＝6.1,0.8Hz,1H),6.86(s,2H),5.01(t,J＝9.3Hz,1H),4.51(d,J＝1.6Hz,2H),4.20(q,J＝9.6Hz,1H),4.03(t,J＝9.4Hz,1H),3.98(s,6H),3.74(s,3H),2.78(s,3H),2.74–2.61(m,1H),2.61–2.46(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝423.20。
实施例43–1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲(化合物B57)的制备
Figure BDA0002709263740001711
步骤1：[(4-[8-异氰酸根合-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-6-基]-2,6-二甲氧基苯基)甲基]二甲胺(i43-2)的制备
Figure BDA0002709263740001712
在25℃下向6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(50.00mg，0.146mmol，1.00当量)和TEA(44.46mg，0.439mmol，3.00当量)于DCM(5.00mL)中的溶液添加碳酸双(吡啶-2-基)酯(31.66mg，0.146mmol，1.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌过夜。浓缩所得混合物。这产生30mg(55.76％)呈棕色粗固体的[(4-[8-异氰酸根合-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-6-基]-2,6-二甲氧基苯基)甲基]二甲胺。
步骤2：1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲(化合物B57)的制备
Figure BDA0002709263740001721
向[(4-[8-异氰酸根合-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-6-基]-2,6-二甲氧基苯基)甲基]二甲胺(20.00mg，0.054mmol，1.00当量)于THF(5.00mL)中的溶液添加二甲胺(2.45mg，0.054mmol，1.00当量)和NaH(3.92mg，0.163mmol，3.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。然后将反应物通过添加2mL的MeOH猝灭。将所得混合物浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，19*250mm，5μm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在6分钟内22％)；检测器，UV)纯化。这产生2mg(8.91％)呈棕色固体的1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.56(s,1.3H,FA),8.29(d,J＝1.4Hz,1H),8.23(d,J＝1.4Hz,1H),7.08(s,2H),4.23(s,2H),4.03(s,6H),3.18(s,6H),2.86(s,3H),2.75(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝413.30。
实施例44–1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲(化合物B58)的制备
Figure BDA0002709263740001731
步骤1：6,8-二溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶(i44-2)的制备
Figure BDA0002709263740001732
将3,5-二溴-2-肼基吡啶(1g，3.746mmol，1当量)和TsOH(0.02g，0.112mmol，0.03当量)于三乙氧基甲烷(25mL)中的混合物在110℃下搅拌4小时。将混合物冷却，并通过添加20mL的水猝灭。将其用乙酸乙酯(3x20mL)萃取，并将有机层合并，并干燥，在减压下浓缩，得到呈白色固体的6,8-二溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶(801mg粗品)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝277。
步骤2：N-[6-溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基]氨基甲酸叔丁酯(i44-3)的制备
Figure BDA0002709263740001733
向6,8-二溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶(800mg，2.889mmol，1当量)和氨基甲酸叔丁酯(507.65mg，4.333mmol，1.5当量)于二噁烷(16mL)中的溶液添加Pd2(dba)3(132.27mg，0.144mmol，0.05当量)、Cs2CO3(1882.54mg，5.778mmol，2.0当量)和XantPhos(250.74mg，0.433mmol，0.15当量)。将所得溶液在100℃下在氮气氛下搅拌8小时。然后将反应物通过添加20mL的水猝灭，并用乙酸乙酯(3x30mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥。将残余物施加到具有二氯甲烷/甲醇(10:1)的硅胶柱上，得到呈灰色固体的(6-溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)氨基甲酸叔丁酯(400mg，44.0％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝315。
步骤3：N-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)氨基甲酸叔丁酯(i44-4)的制备
Figure BDA0002709263740001741
向(6-溴-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)氨基甲酸叔丁酯(400mg，1.277mmol，1当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(244.31mg，1.022mmol，0.8当量)于H2O(2.00mL)和二噁烷(8.00mL)中的溶液添加PdCl2(dppf)(93.46mg，0.128mmol，0.1当量)和Cs2CO3(832.35mg，2.555mmol，2.0当量)。将所得溶液在80℃下在氮气氛下搅拌13小时。将反应物冷却，然后通过添加20mL的水猝灭，并用乙酸乙酯(3x20mL)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，并浓缩。将残余物施加到具有二氯甲烷/甲醇(5:1)的硅胶柱上，得到呈灰色固体的(6-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)氨基甲酸叔丁酯(216mg，16.8％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝428。
步骤4：6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(i44-5)的制备
Figure BDA0002709263740001751
将(6-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)氨基甲酸叔丁酯(216mg，1当量)于1,4-二噁烷(8mL)的HCl溶液(4M)中的溶液在室温下搅拌4小时。将所得混合物浓缩，得到呈灰色固体的6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(120mg，73.7％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝328。
步骤5：1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲(化合物B58)的制备
Figure BDA0002709263740001752
向6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(120mg，0.367mmol，1当量)于吡啶(5mL，62.118mmol，169.47当量)中的溶液添加二甲基氨基甲酰氯(78.83mg，0.733mmol，2.0当量)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将混合物冷却并浓缩，将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱19*150mm*5μm；流动相，相A：水(0.05％TFA)相B：MeOH-HPLC；检测器，uv：254/220nm)纯化。这产生14mg(9.59％)呈灰色固体的1-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)-3,3-二甲基脲。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.75(d,J＝2.0Hz,1H),8.49(s,1H),8.42(d,J＝2.0Hz,1H),7.09(s,2H),4.42(s,2H),4.05(s,6H),3.23(q,J＝7.3Hz,1H),3.13(s,6H),2.91(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝399.1。
实施例45–4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-N,2-二甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酰胺(化合物B59)的制备
Figure BDA0002709263740001761
步骤1：4-溴-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯(i45-2)的制备
Figure BDA0002709263740001762
向2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯(200.00mg，0.921mmol，1.00当量)于溶剂CH2Cl2(3.00mL)中的溶液添加NBS(327.74mg，1.841mmol，2.00当量)，并将所得溶液在0℃下搅拌1小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(0％至50％)的硅胶柱上。这产生210mg(77.02％)呈黄色固体的4-溴-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝296.1。
步骤2：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯(i45-3)的制备
Figure BDA0002709263740001771
在25℃下向4-溴-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯(210.00mg，0.709mmol，1.00当量)、4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基硼酸(203.46mg，0.851mmol，1.20当量)和Cs2CO3(693.19mg，2.128mmol，3.00当量)于1,4-二噁烷(3.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(51.89mg，0.071mmol，0.10当量)和H2O(1.00mL)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥并浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(0％-100％)的硅胶柱上。这产生195mg(66.99％)呈黄色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝411.2。
步骤3：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸(i45-4)的制备
Figure BDA0002709263740001772
在25℃下向4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸甲酯甲酯(195.00mg，0.475mmol，1.00当量)于盐酸37％水溶液(3.00mL)中的溶液。将所得溶液在90℃下搅拌2小时。将所得混合物在真空下浓缩。这产生185mg(98.23％)呈黄色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝397.1。
步骤4：4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-N,2-二甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酰胺(化合物B59)的制备
Figure BDA0002709263740001781
向4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-2-甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酸(180mg，0.454mmol，1.00当量)于CH2Cl2(3.00mL)中的溶液添加HATU(345.28mg，0.908mmol，2.00当量)。在其之后，在0℃下添加CH3NH2(28.20mg，0.908mmol，2.00当量)和DIEA(293.41mg，2.270mmol，5.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释，并用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱，19mm X 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在8分钟内17％)；检测器，uv)纯化。这产生150mg(80.65％)呈黄色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-N,2-二甲基-1-氧代异喹啉-7-甲酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.89(d,J＝2.0Hz,1H),8.12(dd,J＝8.6,2.1Hz,1H),7.75(d,J＝8.6Hz,1H),7.57(s,1H),6.88(s,2H),4.44(s,2H),3.97(s,6H),3.71(s,3H),2.98(s,3H),2.93(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝410.30。
实施例46–N-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)乙酰胺(化合物B60)的制备
Figure BDA0002709263740001791
步骤1：6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(i46-2)的制备
Figure BDA0002709263740001792
在50-mL圆底烧瓶中放入N-[6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基]氨基甲酸叔丁酯(300.00mg，0.917mmol，1.00当量)，HCl(气体)(于1,4-二噁烷(7.50mL，205.696mmol，269.20当量)中)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。浓缩所得混合物。这产生180mg(86.46％)呈白色固体的6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺。
步骤2：N-[6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基]乙酰胺(i46-3)的制备
Figure BDA0002709263740001793
在25℃下向6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(180.00mg，0.793mmol，1.00当量)于THF(10.00mL)中的溶液添加NaH(38.05mg，1.585mmol，2.00当量)和乙酰氯(74.67mg，0.951mmol，1.20当量)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。然后将反应物通过添加5mL的MeOH猝灭。将所得混合物浓缩。将残余物施加到具有乙酸乙酯/石油醚(1:1)的硅胶柱上。这产生100mg(46.88％)呈黄色固体的N-[6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基]乙酰胺。
步骤3：N-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)乙酰胺(化合物B60)的制备
Figure BDA0002709263740001801
在25℃下向N-[6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基]乙酰胺(60.00mg，0.223mmol，1.00当量)、[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(53.31mg，0.223mmol，1.00当量)和Cs2CO3(145.29mg，0.446mmol，2.00当量)于1,4-二噁烷(5.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2 CH2Cl2(18.21mg，0.022mmol，0.10当量)和H2O(1.00mL)。将所得溶液在80℃下搅拌2小时。将所得溶液用10mL的水稀释。将所得溶液用乙酸乙酯(2x20mL)萃取，并将有机层合并，并且经无水硫酸钠干燥，并浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA(甲酸))和ACN(在2分钟内保持5％相B，至在8分钟内17％)；检测器，uv)纯化。这产生10.3mg(12.05％)呈棕色半固体的N-(6-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-基)乙酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ8.55(s,1H,FA),8.48(d,J＝1.4Hz,1H),8.35(d,J＝1.5Hz,1H),7.08(s,2H),4.38(s,2H),4.05(s,6H),2.88(s,6H),2.85(s,3H),2.33(s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝384.25。
实施例47–2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(化合物B61)的制备
Figure BDA0002709263740001811
步骤1：4-溴-2-甲基-2,7-萘啶-1(2H)-酮(i47-2)的制备
Figure BDA0002709263740001812
在0℃下向4-溴-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(20.00g，88.871mmol，1当量)与DMF(150mL)中的溶液逐份添加NaH(8.80g，60％，222.178mmol，2.5当量)，并将所得混合物在0℃下搅拌30分钟。然后逐滴添加CH3I(1.90g，133.307mmol，1.5当量)。将所得混合物在0℃下搅拌1小时。将混合物倒入冰水(200mL)中并搅拌30分钟。将混合物过滤，并将固体干燥，得到呈浅灰色固体的4-溴-2-甲基-2,7-萘啶-1(2H)-酮(20.00g，94.13％)。LCMS(ESI,m/z)：[M+H]+＝239.1，[M+H+2]+＝241.1。
步骤2：2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(化合物B61)的制备
Figure BDA0002709263740001813
在25℃下向4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(5.00g，20.402mmol，1当量)于1,4-二噁烷(300mL)中的溶液添加4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(6.22g，24.483mmol，1.2当量)、Pd(dppf)Cl2(298.57mg，0.408mmol，0.02当量)和KOAc(4.00g，40.804mmol，2当量)。将所得混合物在80℃下在N2气氛下搅拌1小时。将混合物冷却至60℃。然后添加4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(4.91g，20.538mmol，1当量)、Cs2CO3(13.38g，41.076mmol，2当量)、Pd(dppf)Cl2(298.57mg，0.408mmol，0.02当量)和水(60mL)。将所得混合物在80℃下搅拌1小时。将混合物过滤，并将活性木炭(5g)添加至滤液，并在100℃下回流1小时。将混合物过滤，并浓缩，得到粗产物，将其分别在EA、EtOH和水中浆液化，得到浅棕色固体。将此固体溶解于DCM和MeOH(200mL，v/v＝20/1)中，然后在搅拌下与EA(200mL)一起逐滴沉淀。将固体过滤并干燥，得到呈浅灰色固体的2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(2.3g，34.63％)。LCMS(ESI,m/z)：[M+H]+＝325.2。1H NMR(300MHz,DMSO)δ10.41(s,1H),9.46(s,1H),8.74(d,J＝5.7Hz,1H),7.99(s,1H),7.64(d,J＝5.7Hz,1H),6.85(s,2H),3.89(s,6H),3.62(s,3H)。
实施例48–1-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-3-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-4(3H)-酮2,2,2-三氟乙酸酯(化合物B62)的制备
Figure BDA0002709263740001821
步骤1：3-甲基-2,3-二氢吡啶并[3,4-d]哒嗪-1,4-二酮(i48-2)的制备
Figure BDA0002709263740001822
向呋喃并[3,4-c]吡啶-1,3-二酮(2.00g，13.413mmol，1.00当量)和甲基硫酸肼(5.80g，40.240mmol，3当量)于EtOH(20.00mL)中的搅拌混合物添加Et3N(8.14g，80.480mmol，6.00当量)，将所得溶液在80℃下在氮气氛下搅拌10小时。然后将所得混合物在减压下浓缩，得到4.2g的粗产物。将此材料不经进一步纯化直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝178。
步骤2：N1-氯-3-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-4(3H)-酮(i48-3)的制备
Figure BDA0002709263740001831
向POCl3(20.00mL，214.567mmol，9.05当量)中添加3-甲基-2H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-1,4-二酮(4.20g，23.707mmol，1.00当量)，然后将其在105℃下在氮气氛下搅拌8小时。将所得混合物浓缩以除去POCl3，然后用饱和NaHCO3的饱和溶液(200mL)中和，用EA(300mLx3)萃取。将合并的有机层用饱和NaCl溶液洗涤，经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。然后通过快速色谱法(1:4至1:1的乙酸乙酯/石油醚)纯化。这产生-氯-3-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-4(3H)-酮。将此材料不经进一步纯化直接用于下一步骤。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝196。
步骤3：1-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-3-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-4(3H)-酮2,2,2-三氟乙酸酯(PH-FOG-P3-B87)的制备。
Figure BDA0002709263740001841
在25℃下在N2气氛下向1-氯-3-甲基-3H,4H-吡啶并[3,4-d]哒嗪-4-酮(150.00mg，0.767mmol，1.00当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(275.00mg，1.150mmol，1.50当量)于二噁烷(5.00mL)和H2O(0.50mL)中的搅拌混合物添加Pd(dppf)Cl2.CH2Cl2(62.62mg，0.077mmol，0.10当量)和Cs2CO3(999.40mg，3.067mmol，4.00当量)。然后将反应物在90℃下搅拌12小时。用EtOAc(2x40mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用饱和NaCl溶液洗涤，经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Sunfire C18 OBD制备型柱，5um，19mm*250mm；流动相A：水(0.05％TFA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在2分钟内2％B至2％B；254nm；Rt：13.78min)纯化。这产生20.3mg(5.57％)呈白色固体的1-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-3-甲基吡啶并[3,4-d]哒嗪-4(3H)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.66(s,1H),8.99(d,J＝5.6Hz,1H),7.79(d,J＝5.6Hz,1H),7.04(s,2H),4.46(s,2H),4.00(s,6H),3.93(s,3H),2.94(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝355.15。
实施例49–4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-N,2-二甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酰胺(化合物B63)的制备
Figure BDA0002709263740001851
步骤1：6-溴-3-甲基-[1,2,4]***并[4,3-a]吡啶-8-胺(i49-2)的制备
Figure BDA0002709263740001852
在0℃下向6-溴-2H-异喹啉-1-酮(5.0g，22.316mmol，1.00当量)于DMF中的溶液添加氢化钠(于油中60％，803.3mg)。将混合物搅拌15分钟。添加MeI(9.5g，66.947mmol，3.00当量)，并将混合物升温至室温，并再搅拌1小时。将反应混合物通过水猝灭，并用DCM(3x100mL)萃取。将DCM层在真空下浓缩。这产生呈白色固体的6-溴-2-甲基异喹啉-1-酮(6.45g，粗品)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝238。
步骤2：2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酸甲酯(i49-3)的制备
Figure BDA0002709263740001853
在压力槽中向6-溴-2-甲基异喹啉-1-酮(1g，4.200mmol，1.00当量)和PdCl2(dppf)(307.3mg，0.420mmol，0.10当量)于MeOH(9mL)中的溶液添加Et3N(7.00mL，50.361mmol，11.99当量)。将混合物用氮气吹扫20分钟，然后用一氧化碳加压至50atm。然后将混合物在100℃下搅拌15小时。将反应混合物冷却至室温，并过滤以除去不溶性固体。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用PE(石油醚)/EtOAc(乙酸乙酯)(2:1)洗脱，得到呈黄色固体的2-甲基-1-氧代异喹啉-6-甲酸甲酯(501mg，55％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝218。
步骤3：4-溴-2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酸甲酯(i49-4)的制备
Figure BDA0002709263740001861
在0℃下经25分钟向2-甲基-1-氧代异喹啉-6-甲酸甲酯(200mg，0.921mmol，1.00当量)于THF(10mL)中的搅拌溶液逐份添加NBS(245.8mg，1.381mmol，1.50当量)。将所得混合物在室温下再搅拌2小时。将所得混合物用10mL的水稀释，并用EtOAc(3x30mL)萃取。将合并的有机层用饱和NaCl(20mL)洗涤，并且经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。粗产物(161mg)不经进一步纯化即直接用于下一步骤中。
步骤4：4-溴-2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酸(i49-5)的制备
Figure BDA0002709263740001862
将4-溴-2-甲基-1-氧代异喹啉-6-甲酸甲酯(161mg，0.544mmol，1.00当量)于浓HCl(5mL)中的溶液在100℃下搅拌4小时。将所得混合物在真空下浓缩。粗产物(177mg)不经进一步纯化即直接用于下一步骤中。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝283。
步骤5：4-溴-N,2-二甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酰胺(i49-6)的制备
Figure BDA0002709263740001871
在室温下将4-溴-2-甲基-1-氧代异喹啉-6-甲酸(85mg，0.301mmol，1.00当量)于DMF中的溶液用HATU(137.5mg，0.362mmol，1.20当量)处理30分钟，随后在室温下添加DIEA(194.7mg，1.507mmol，5.00当量)和甲胺(9.4mg，0.301mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温下在氮气氛下搅拌2小时。将所得混合物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(10:1)洗脱，得到呈白色固体的4-溴-N,2-二甲基-1-氧代异喹啉-6-甲酰胺(81mg，91％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝296。
步骤6：4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-N,2-二甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酰胺(化合物B63)的制备
Figure BDA0002709263740001872
向4-溴-N,2-二甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酰胺(80mg，0.271mmol，1.00当量)和[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]硼酸(97.2mg，0.407mmol，1.50当量)于二噁烷(2mL)和水(0.4mL)中的溶液添加Cs2CO3(264.95mg，0.813mmol，3.00e.q.)和Pd(dppf)Cl2(19.8mg，0.027mmol，0.10当量)。在75℃下在氮气氛下搅拌2小时后，将所得混合物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，并用CH2Cl2/MeOH(5:1)洗脱。将粗产物通过制备型HPLC(条件：Atlantis HILIC OBD柱19*150mm*5μm；流动相，相A：水(10mmol/LNH4HCO3)；相B：ACN，梯度；检测器，uv 254/220nm)进一步纯化。这得到呈黄色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-N,2-二甲基-1-氧代基-1,2-二氢异喹啉-6-甲酰胺(10.1mg，9.1％)。1H NMR(300MHz,DMSO-d6)δ8.64(d,J＝4.9Hz,1H),8.38(d,J＝8.4Hz,1H),8.13(d,J＝1.6Hz,1H),7.93(dd,J＝8.4,1.7Hz,1H),7.65(s,1H),6.73(s,2H),3.79(s,6H),3.60(s,3H),3.47(s,2H),2.78(d,J＝4.5Hz,3H),2.15(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝410.20。
实施例50–4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-7-[1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基]-2-甲基异喹啉-1-酮(化合物B64)的制备
Figure BDA0002709263740001881
向4-溴-7-[3H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基]-2-甲基异喹啉-1-酮(80.00mg，0.225mmol，1.00当量)和[[2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基]二甲胺(108.52mg，0.338mmol，1.5当量)于混合DMF(3.00mL)和H2O(0.30mL)中的溶液添加Cs2CO3(220.15mg，0.676mmol，3当量)和Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(18.39mg，0.023mmol，0.10当量)。在90℃下在氮气氛下搅拌2小时后，将所得混合物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(12:1)洗脱，得到粗产物。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相A：水(10mmol/LNH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内40％B至55％B；254/220nm；Rt(保留时间)：6.50分钟)进一步纯化，得到呈灰色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-7-[1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基]-2-甲基异喹啉-1-酮(7mg，6.62％)。1HNMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.21(d,J＝2.0Hz,1H),8.91(d,J＝1.0Hz,1H),8.48(dd,J＝8.6,2.0Hz,1H),8.32(d,J＝5.8Hz,1H),7.86(d,J＝8.6Hz,1H),7.68(dd,J＝5.8,1.0Hz,1H),7.55(s,1H),6.80(s,2H),3.91(s,6H),3.76(d,J＝18.1Hz,5H),2.41(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝470.20。
实施例51–4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3,5-二甲氧基苯基)-6-(1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基)-2-甲基异喹啉-1(2H)-酮(化合物B65)的制备
Figure BDA0002709263740001891
向4-溴-6-[1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基]-2-甲基异喹啉-1-酮(100.00mg，0.282mmol，1.00当量)和4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基硼酸(100.96mg，0.422mmol，1.50当量)于DMF(2mL)和水(0.4mL)中的溶液添加Cs2CO3(275.19mg，0.845mmol，3.00e.q.)和Pd(dppf)Cl2(20.60mg，0.028mmol，0.10当量)。在80℃下在氮气氛下搅拌2小时后，将所得混合物在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用CH2Cl2/MeOH(5:1)洗脱。将粗产物通过制备型HPLC使用以下条件纯化(2#SHIMADZU(HPLC-01))：柱，AtlantisHILIC OBD柱，19mm X 250mm X5um；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在5分钟内保持5％相B，至在10.5分钟内10％)；检测器，uv，254。这产生5.0mg(11.35％)呈黄色固体的4-[4-[(二甲基氨基)甲基]-3,5-二甲氧基苯基]-6-[1H-咪唑并[4,5-c]吡啶-2-基]-2-甲基-l异喹啉-1-酮。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ8.90(s,1H),8.64(d,J＝8.5Hz,1H),8.59(s,1H),8.55(brs,1H,FA),8.33(d,J＝6.5Hz,2H),7.70(d,J＝5.9Hz,1H),7.58(s,1H),6.96(s,2H),4.44(s,2H),3.99(s,6H),3.75(s,3H),2.95(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝470.45。
实施例52–4-(4-((二甲基氨基)甲基)-2-氟-3-甲氧基苯基)-2-甲基-2,7-萘啶-1(2H)-酮(化合物B66)的制备
Figure BDA0002709263740001901
以针对化合物B50所描述类似的方式制备化合物B66。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ9.42(d,J＝0.8Hz,1H),8.69(d,J＝5.7Hz,1H),7.88(s,1H),7.28(dd,J＝8.0,1.2Hz,1H),7.19–7.09(m,2H),3.86(d,J＝1.2Hz,3H),3.57(s,3H),3.48(s,2H),2.20(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝342.2。
4-(4-((二甲基氨基)甲基)-3-氟-5-甲氧基苯基)-2-甲基-2,7-萘啶-1(2H)-酮(化合物B67)的制备
Figure BDA0002709263740001902
以针对化合物B50所描述类似的方式制备化合物B67。1H NMR(400MHz,DMSO-d6)δ9.42(d,J＝0.9Hz,1H),8.71(d,J＝5.7Hz,1H),7.89(s,1H),7.52(dd,J＝5.7,0.9Hz,1H),6.94(d,J＝1.8Hz,1H),6.90(dd,J＝10.0,1.5Hz,1H),3.84(s,3H),3.57(s,4H),3.48(d,J＝1.8Hz,2H),2.15(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝342.2。
实施例53–4-[2-(2-[[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)(甲基)氨基)乙基](甲基)氨基]乙氧基)乙氧基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮甲酸(化合物D1甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001911
将2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(30.00mg，0.092mmol，1.00当量)和4-(2-[2-[(2-氨基乙基)(甲基)氨基]乙氧基]乙氧基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(38.71mg，0.093mmol，1.00当量)于MeOH(1mL)中的溶液在室温下在氮气氛下搅拌3小时。向上述混合物添加NaBH3CN(11.63mg，0.185mmol，2.00当量)，并在室温下在氮气氛下搅拌1小时。然后添加HCHO(27.77mg，0.925mmol，10.00当量)。在1小时后。向上述混合物添加NaBH3CN(11.63mg，0.185mmol，2.00当量)，并在室温下在氮气氛下搅拌1小时。将粗产物(30mg)通过制备型HPLC(条件：SunFire制备型C18OBD柱，19×150mm 5μm 10nm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在12分钟内7B至17B；254/220nm；RT：7.68分钟)纯化，得到呈白色固体的4-[2-(2-[[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基](甲基)氨基]乙氧基)乙氧基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮；甲酸(10.1mg)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ2.03–2.14(1H,m),2.42(3H,s),2.60–2.77(3H,m),2.82(6H,d),2.96(5H,s),3.28(3H,s),3.70(3H,s),3.80(2H,s),3.93(8H,s),4.34(4H,d),5.04–5.13(1H,m),6.79(2H,s),7.31–7.38(2H,m),7.57(1H,d),7.66(1H,t),7.73(1H,s),8.44(1H,s),8.66(1H,d),9.52(1H,s)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝741.45。
实施例54–2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(8-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]辛基)乙酰胺甲酸(化合物D2甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001921
向2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(40mg，0.101mmol，1当量)于DCM(2mL)中的溶液添加4-[(8-氨基辛基)氨基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(48.37mg，0.121mmol，1.2当量)、HATU(57.40mg，0.151mmol，1.5当量)和DIEA(39.02mg，0.302mmol，3当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将混合物浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内15％B至40％B；254nm；Rt：7.04min)纯化，得到呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(8-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]辛基)乙酰胺甲酸(14.9mg，17.13％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.51(d,J＝0.8Hz,1H),8.67(d,J＝5.7Hz,1H),7.73(s,1H),7.62(d,J＝5.7Hz,1H),7.52(dd,J＝8.6,7.1Hz,1H),6.99(dd,J＝12.1,7.8Hz,2H),6.76(s,2H),5.05(dd,J＝12.4,5.5Hz,1H),3.90(s,6H),3.81(s,2H),3.69(s,3H),3.24(dt,J＝9.7,7.0Hz,4H),3.14(s,2H),2.87(ddd,J＝19.0,14.1,5.2Hz,1H),2.81–2.64(m,2H),2.38(s,3H),2.17–2.07(m,1H),1.59(q,J＝6.9Hz,2H),1.53(d,J＝7.3Hz,2H),1.36(s,8H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝780.40。
实施例55–2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]戊基)乙酰胺甲酸(化合物D3甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740001931
向2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(40mg，0.101mmol，1当量)于DCM(2mL)中的溶液添加4-[(5-氨基戊基)氨基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(43.29mg，0.121mmol，1.2当量)、HATU(57.40mg，0.151mmol，1.5当量)和DIEA(39.02mg，0.302mmol，3当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将混合物浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内12％B至30％B；254nm；Rt：7.15min)纯化，得到呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]戊基)乙酰胺甲酸(15.2mg，18.44％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.49(d,J＝0.9Hz,1H),8.67(d,J＝5.7Hz,1H),7.72(s,1H),7.63(d,J＝5.7Hz,1H),7.46(dd,J＝8.5,7.1Hz,1H),6.96(dd,J＝12.3,7.8Hz,2H),6.75(s,2H),5.04(dd,J＝12.4,5.4Hz,1H),3.89(s,6H),3.78(s,2H),3.69(s,3H),3.27(q,J＝6.5Hz,4H),3.13(s,2H),2.87(ddd,J＝18.8,14.1,5.2Hz,1H),2.81–2.63(m,2H),2.38(s,3H),2.17–2.09(m,1H),1.67(p,J＝7.0Hz,2H),1.58(p,J＝6.8Hz,2H),1.45(q,J＝8.0Hz,2H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝738.30。
实施例56–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-6-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基己酰胺(化合物D4)的制备
Figure BDA0002709263740001941
向6-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]己酸(50.00mg，0.13mmol，1当量)和DIPEA(49.92mg，0.39mmol，3当量)于DCM(2mL)中的溶液添加PyBOP(100.49mg，0.19mmol，1.5当量)和4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(43.69mg，0.13mmol，1.00当量)。将所得溶液在室温下搅拌1小时。将溶液浓缩。将粗产物通过制备型HPLC(条件：X Select CSH制备型C18OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内15％B至32％B；254nm；Rt：6.45min)纯化，得到呈黄色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-6-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基己酰胺(8.4mg，9.16％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(d,J＝7.5Hz,1H),8.71–8.64(m,1H),7.84(d,J＝5.5Hz,1H),7.79–7.70(m,1H),7.74–7.63(m,1H),7.47–7.33(m,2H),6.76(d,J＝15.9Hz,2H),5.08(dd,J＝12.5,5.5Hz,1H),4.76(s,1H),4.69(d,J＝6.7Hz,1H),4.24(dt,J＝11.6,6.1Hz,2H),3.89(d,J＝16.9Hz,6H),3.71(d,J＝9.7Hz,3H),2.88(s,3H),2.70(td,J＝16.0,14.2,6.7Hz,4H),2.11(s,1H),1.90(dt,J＝14.7,7.6Hz,2H),1.80–1.57(m,4H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝710.30。
实施例57–N-[8-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酰氨基]辛基]-2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]乙酰胺(化合物D5)的制备
Figure BDA0002709263740001951
步骤1：2-[[(4-溴-2,6-二甲氧基苯基)甲基](甲基)氨基]乙酸叔丁酯(i57-2)的制备
Figure BDA0002709263740001952
向2-(甲基氨基)乙酸叔丁酯盐酸盐(5.93g，32.643mmol，1.60当量)于MeOH(60mL)中的搅拌溶液添加4-溴-2,6-二甲氧基苯甲醛(5g，20.402mmol，1当量)，并将混合物搅拌30分钟，之后逐份添加NaBH3CN(2.56g，40.737mmol，2.00当量)。将所得溶液在25℃下再搅拌3小时。然后将混合物浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用EA/PE(1:1)洗脱，得到呈白色固体的2-[[(4-溴-2,6-二甲氧基苯基)甲基](甲基)氨基]乙酸叔丁酯(4.97g，65.09％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝374。
步骤2：2-([[2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸叔丁酯(i57-3)的制备
Figure BDA0002709263740001961
向2-[[(4-溴-2,6-二甲氧基苯基)甲基](甲基)氨基]乙酸叔丁酯(4.5g，12.023mmol，1当量)和Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(981.87mg，1.202mmol，0.1当量)于1,4-二噁烷(60mL)中的搅拌溶液添加AcOK(3.6g，36.681mmol，3.05当量)和4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(3.7g，14.570mmol，1.21当量)。将混合物在90℃下在N2气氛下搅拌3小时。然后将反应物冷却至室温，并过滤。将滤饼用EtOAc洗涤，并将滤液浓缩。残余物直接用于下一步骤中。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝422。
步骤3：2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸叔丁酯(i57-4)的制备
Figure BDA0002709263740001962
向2-([[2,6-二甲氧基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸叔丁酯(7.28g，17.278mmol，1当量)和Pd(dppf)Cl2·CH2Cl2(1.41g，1.728mmol，0.1当量)于1,4-二噁烷(80mL)/H2O(4mL)中的搅拌溶液添加Cs2CO3(16.89g，51.835mmol，3当量)和4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(4.13g，17.278mmol，1当量)。将所得混合物在90℃下在N2气氛下搅拌3.5小时。将所得溶液浓缩，并将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用DCM/MeOH(0％-10％)洗脱，得到呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸叔丁酯(4.43g，56.53％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝454。
步骤4：2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(i57-5)的制备
Figure BDA0002709263740001971
将2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸叔丁酯(4.23g，9.327mmol，1当量)于TFA(17mL)和DCM(50mL)中的混合物在25℃下搅拌17小时。将所得溶液浓缩，并将残余物通过反向快速色谱法(条件：柱，C18硅胶；流动相，MeCN水溶液(0.1％FA)，在10分钟内10％至50％梯度；检测器，UV 254nm)纯化，得到呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(3.20g，86.48％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝398。
步骤5：N-[8-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酰氨基]辛基]-2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]乙酰胺(化合物D5)的制备
Figure BDA0002709263740001972
向2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(20.82mg，0.052mmol，1当量)于DMF(1mL)中的溶液添加DIEA(20.32mg，0.157mmol，3当量)、PyBOP(29.89mg，0.079mmol，1.50当量)和N-(8-氨基辛基)-2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]乙酰胺三氟-乙酸(30mg，0.052mmol，1当量)。将混合物在室温下在环境气氛下搅拌2小时。将所得溶液通过制备型HPLC(条件：XSelect CSH制备型C18 OBD柱，5um，19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在8分钟内20％B至55％B；254nm；Rt：5.75min)纯化，得到呈白色固体的N-[8-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酰氨基]辛基]-2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]乙酰胺(24.6mg，56.03％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.50(s,1H),8.68(d,J＝5.7Hz,1H),7.87–7.72(m,2H),7.63(d,J＝5.8Hz,1H),7.54(d,J＝7.4Hz,1H),7.41(d,J＝8.4Hz,1H),6.79(s,2H),5.13(dd,J＝12.4,5.4Hz,1H),4.73(s,2H),3.92(s,8H),3.70(s,3H),3.29-3.20(m,6H),2.93–2.71(m,3H),2.50(s,3H),2.120-2.10(m,1H),1.52(d,J＝8.2Hz,4H),1.32(s,8H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝838.35。
实施例58–N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)-2-(3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)乙酰胺(化合物D6)的制备
Figure BDA0002709263740001981
步骤1：2-(3-溴-5-甲氧基苯氧基)乙酸乙酯(i58-2)的制备
Figure BDA0002709263740001991
向3-溴-5-甲氧基苯酚(1g，4.925mmol，1当量)和2-溴乙酸乙酯(0.99g，5.928mmol，1.20当量)于丙酮(10mL，136.021mmol，27.62当量)中的溶液添加K2CO3(1.36g，9.851mmol，2当量)，并将所得溶液在25℃下搅拌1小时。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用EA/PE(1:4)洗脱，得到呈无色液体的2-(3-溴-5-甲氧基苯氧基)乙酸甲酯(1.23g，90.78％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝289。
步骤2：2-(3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯氧基)乙酸乙酯(i58-3)的制备
Figure BDA0002709263740001992
向2-(3-溴-5-甲氧基苯氧基)乙酸乙酯(630mg，2.179mmol，1当量)和4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)-1,3,2-二氧杂环戊硼烷(664.00mg，2.615mmol，1.2当量)于二噁烷(6mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(159.44mg，0.218mmol，0.1当量)和KOAC(427.70mg，4.358mmol，2当量。将所得溶液在90℃下搅拌2小时(在N2气氛下)。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用EA/PE(1:4)洗脱，得到呈灰白色固体的2-[3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯氧基]乙酸乙酯(550mg，78.0％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝337。
步骤3：2-(3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)乙酸乙酯(i58-4)的制备
Figure BDA0002709263740002001
向2-[3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯氧基]乙酸乙酯(550mg，1.636mmol，1.40当量)和4-溴-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(280mg，1.171mmol，1当量)于二噁烷(16mL)和H2O(4mL)中的溶液添加Cs2CO3(763.20mg，2.342mmol，2当量)和Pd(dppf)Cl2(85.70mg，0.117mmol，0.1当量)，并将所得溶液在80℃下搅拌1小时(在N2气氛下)。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用EA/PE(60:40)洗脱，得到呈棕色固体的2-[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基]乙酸乙酯(303mg，70.23％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝369。
步骤4：2-(3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)乙酸(i58-5)的制备
Figure BDA0002709263740002002
将2-[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基]乙酸乙酯(50mg)于HCl(12M,2mL)中的溶液在90℃下搅拌40分钟。将所得混合物冷却，并在减压下浓缩，得到呈灰白色固体的2-[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基]乙酸(86.8mg)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝341。
步骤5：N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)-2-(3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)乙酰胺(化合物D6)的制备
Figure BDA0002709263740002011
向2-[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基]乙酸(42.49mg，0.125mmol，1.00当量)和4-[(8-氨基辛基)氨基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(50mg，0.125mmol，1当量)于DMF(2mL)中的溶液添加HATU(71.21mg，0.187mmol，1.50当量)和DIEA(96.82mg，0.749mmol，6.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌1小时。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge制备型C18 OBD柱，5μm，19*150mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN；检测器，uv 254nm)纯化，得到呈黄色固体的N-(8-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]辛基)-2-[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基]乙酰胺(36mg，39.89％)。1HNMR(300MHz,DMSO-d6)δ11.10(s,1H),9.46(s,1H),8.72(d,J＝5.8Hz,1H),8.08(t,J＝5.8Hz,1H),7.88(d,J＝2.3Hz,1H),7.57(dd,J＝8.6,7.0Hz,2H),7.08(d,J＝8.6Hz,1H),7.01(d,J＝7.0Hz,1H),6.64(q,J＝1.8Hz,3H),6.51(s,1H),5.05(dd,J＝12.8,5.4Hz,1H),4.52(s,2H),3.80(s,3H),3.59(s,3H),3.27(d,J＝5.8Hz,2H),3.12(q,J＝6.6Hz,2H),2.98–2.80(m,1H),2.65–2.52(m,2H),2.11–1.98(m,1H),1.55(t,J＝7.0Hz,2H),1.40(d,J＝6.5Hz,2H),1.24(t,J＝7.4Hz,8H)。LCMS(ESI)m/z:[M+H]+＝723.15。
实施例59–2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基乙酰胺甲酸(化合物D7甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740002021
步骤1：N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]氨基甲酸叔丁酯(i59-2)的制备
Figure BDA0002709263740002022
将N-(5-氨基戊基)氨基甲酸叔丁酯(4.00g，19.773mmol，1.00当量)和邻苯二甲酸酐(3.22g，21.750mmol，1.1当量)于甲苯(50.00mL，469.945mmol，23.77当量)中的混合物在回流下搅拌3小时。在减压下除去溶剂，并将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至40％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈白色固体的N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]氨基甲酸叔丁酯(5.8g，88.25％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝333。
步骤2：N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(i59-3)的制备
Figure BDA0002709263740002023
在0℃下向N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]氨基甲酸叔丁酯(2.00g，6.017mmol，1.00当量)于DMF(30.00mL)中的溶液添加NaH(0.48g，12.034mmol，2.00当量，60％)，将所得混合物在0℃下搅拌30分钟，并在0℃下将甲基碘(1.28g，9mmol，1.50当量)添加至反应混合物。在室温下搅拌16小时后，并在0℃下将反应物通过添加水(50mL)猝灭。用EtOAc(100mLx4)萃取混合物。将有机层用水(100mL)和饱和盐水(100mL)洗涤，然后经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到粗残余物，将所述粗残余物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至60％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈无色油状物的N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(1.8g，86.36％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝347。
步骤3：N-(5-氨基戊基)-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(i59-4)的制备
Figure BDA0002709263740002031
将N-[5-(1,3-二氧代异吲哚-2-基)戊基]-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(1.00g，2.887mmol，1.00当量)和NH2NH2.H2O(0.36g，0.006mmol，2.00当量,80％)于EtOH(10.00mL)中的混合物在回流下搅拌1小时。将固体滤出，并将滤液在减压下浓缩，得到呈黄色油状物的N-(5-氨基戊基)-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(372mg，59.57％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝217。
步骤4：N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基氨基甲酸酯(i59-5)的制备
Figure BDA0002709263740002032
向N-(5-氨基戊基)-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(215.37mg，0.996mmol，1.10当量)和2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氟异吲哚-1,3-二酮(250.00mg，0.905mmol，1.00当量)于NMP(3.00mL)中的溶液添加DIEA(233.95mg，1.810mmol，2.00当量)。将所得混合物在90℃下搅拌4小时。将反应混合物用EA(50mL)稀释。将所得混合物用水(3x30mL)和饱和盐水(30mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥，过滤，并蒸发，得到粗产物。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至75％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈黄色油状物的N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(198mg，46.30％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝473。
步骤5：2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-[[5-(甲基氨基)戊基]氨基]异吲哚-1,3-二酮(i59-6)的制备
Figure BDA0002709263740002041
将N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基氨基甲酸叔丁酯(198.00mg)于HCl的1,4-二噁烷溶液(5.00mL，4M)中的溶液在室温下搅拌1小时。在减压下除去溶剂，得到呈黄色固体的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-[[5-(甲基氨基)戊基]氨基]异吲哚-1,3-二酮(153mg，97.8％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝373。
步骤6：2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基乙酰胺甲酸(化合物D7甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740002051
向2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-[[5-(甲基氨基)戊基]氨基]-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(60.00mg，0.161mmol，1.00当量)、2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(64.03mg，0.161mmol，1.00当量)和DIEA(41.64mg，0.322mmol，2.00当量)于DMF(1.00mL)中的溶液添加HATU(91.89mg，0.242mmol，1.50当量)。将所得混合物在室温下搅拌16小时。将粗产物(mg)通过制备型HPLC(条件：XBridge ShieldRP18 OBD柱，5μm,19*150mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在8分钟内10％B至40％B；254/220nm；Rt：7.32分钟)纯化，得到呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-(5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]戊基)-N-甲基乙酰胺甲酸(99.4mg)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.51(s,0.5H),9.41(s,0.5H),8.67(dd,J＝14.1,5.7Hz,1H),8.55(s,0.28H,FA),7.74(d,J＝15.6Hz,1H),7.63(dd,J＝18.0,5.8,1H),7.51(dd,J＝8.6,7.1Hz,0.5H),7.30(dd,J＝8.5,7.1Hz,0.5H),7.00(dd,J＝7.9,3.5Hz,1H),6.92(d,J＝7.0Hz,1H),6.78(d,J＝17.9Hz,2H),5.05(dd,J＝12.8,5.6,1H),4.23(s,1H),3.91(d,J＝5.4Hz,8H),3.86(s,1.5H),3.70(s,1.5H),3.61(s,2H),3.49–3.41(m,1H),3.30(s,1H),3.13(d,J＝6.8Hz,1H),3.02(s,1.5H),2.93(s,1.5H),2.89–2.80(m,1H),2.80–2.71(m,4H),2.54(s,2H),2.12(td,J＝8.0,2.7Hz,1H),1.76–1.53(m,4H),1.45(q,J＝8.1Hz,1H),1.22(d,J＝7.9Hz,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝752.20。
实施例60–2-环丙基-4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2,7-萘啶-1-酮(化合物D8)的制备
Figure BDA0002709263740002061
步骤1：2-[(3-溴-5-甲氧基苯基)氨基]乙酸乙酯(i60-2)的制备
Figure BDA0002709263740002062
向3-溴-5-甲氧基苯胺(5.00g，24.746mmol，1.00当量)和K2CO3(5.13g，37.119mmol，1.50当量)于丙酮(100.00mL)中的溶液添加溴乙酸乙酯(4.96g，29.695mmol，1.20当量)。将所得混合物在回流下搅拌3天。将反应混合物过滤，并将滤液蒸发，得到粗产物。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至30％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈黄色胶状物的2-[(3-溴-5-甲氧基苯基)氨基]乙酸乙酯(1.8g，25.24％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝288。
步骤2：2-[[3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]氨基]乙酸酯(i60-3)的制备
Figure BDA0002709263740002063
向双(频哪醇基)二硼(528.78mg，2.082mmol，1.2当量)、2-[(3-溴-5-甲氧基苯基)氨基]乙酸乙酯(500.00mg，1.735mmol，1.00当量)和KOAc(340.61mg，3.471mmol，2当量)于二噁烷(10.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(126.97mg，0.174mmol，0.1当量)。将所得混合物在90℃下在氮气氛下搅拌2小时。将所得混合物用乙酸乙酯(100mL)稀释，用水(3x100mL)和饱和盐水(100mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥，过滤，并蒸发，得到粗产物。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至50％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈黄色胶状物的2-[[3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]氨基]乙酸乙酯(365mg，62.75％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝336。
步骤3：2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸酯(i60-4)的制备
Figure BDA0002709263740002071
向2-[[3-甲氧基-5-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂环戊硼烷-2-基)苯基]氨基]乙酸乙酯(100.00mg，0.298mmol，1.00当量)、4-溴-2-甲基-2,7-萘啶-1-酮(71.32mg，0.298mmol，1.00当量)和Cs2CO3(194.40mg，0.597mmol，2.00当量)于二噁烷(4.00mL)和H2O(1.00mL)中的溶液添加Pd(dppf)Cl2(21.83mg，0.030mmol，0.10当量)。将所得混合物在80℃下在氮气氛下搅拌2小时。将反应混合物用EA(100mL)稀释，并用水(3x100mL)和饱和盐水(100mL)洗涤。将有机层经Na2SO4干燥，过滤，并蒸发，得到粗产物。将粗产物通过快速二氧化硅色谱法纯化，洗脱梯度0％至80％于石油醚中的EtOAc。将纯级分蒸发至干，得到呈棕色固体的2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸乙酯(70mg，63.87％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝368。
步骤4：[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸(i60-5)的制备
Figure BDA0002709263740002081
将2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸乙酯(70.00mg，0.191mmol，1.00当量)添加至HCl于水中的溶液(2.00mL，12N)。将所得混合物在90℃下搅拌1小时。将溶剂除去，得到呈棕色固体的[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸(65mg)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝340。
步骤5：N-(8-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]辛基)-2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酰胺甲酸(化合物D8甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740002082
向2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酸(65.00mg，0.192mmol，1.00当量)、4-[(8-氨基辛基)氨基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(76.71mg，0.192mmol，1.00当量)和DIEA(49.51mg，0.383mmol，2.00当量)于DMF(1.00mL，12.922mmol，67.46当量)中的溶液添加HATU(109.25mg，0.287mmol，1.50当量)。将所得混合物在室温下搅拌16小时。将粗产物通过制备型HPLC(条件：XBridge Shield RP18 OBD柱30*150mm，5μm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：40mL/分钟；梯度：在2分钟内18％B至18％B；254/220nm；Rt：11.43分钟)纯化，得到呈黄色固体的N-(8-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氨基]辛基)-2-[[3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]氨基]乙酰胺甲酸(36.8mg)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.49(d,J＝0.8Hz,1H),8.64(d,J＝5.9Hz,1H),7.94(t,J＝6.0Hz,1H),7.73–7.67(m,2H),7.51(dd,J＝8.6,7.1Hz,1H),6.99(s,1H),6.99(dd,J＝16.0,7.8Hz,2H),6.36(t,J＝1.8Hz,1H),6.26(d,J＝1.8Hz,2H),5.06(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),3.79(d,J＝7.7Hz,5H),3.67(s,3H),3.24(dt,J＝8.4,6.5Hz,4H),2.87(ddd,J＝17.7,14.1,5.0Hz,1H),2.81–2.64(m,2H),2.17–2.07(m,1H),1.60(p,J＝7.0Hz,2H),1.47(d,J＝13.8Hz,2H),1.34(d,J＝7.2Hz,2H),1.25(s,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝722.30。
实施例61–2-(2-((二甲基氨基)甲基)-3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)-N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)乙酰胺(化合物D9)的制备
Figure BDA0002709263740002091
以针对化合物D8所描述类似的方式制备化合物D9。获得呈黄色固体的2-(2-((二甲基氨基)甲基)-3-甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)-N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)乙酰胺(17.8mg，11.3％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.52(s,1H),8.67(d,J＝5.8Hz,1H),8.56(s,0.83H,FA),7.75(s,1H),7.60–7.50(m,2H),7.02(dd,J＝9.5,7.8Hz,2H),6.90(d,J＝1.3Hz,1H),6.78(d,J＝1.3Hz,1H),5.06(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),4.81(s,2H),4.29(s,2H),3.96(s,3H),3.68(s,3H),3.27(dt,J＝14.0,6.9Hz,4H),2.87-2.65(m,9H),2.12(dtd,J＝13.0,5.0,2.3Hz,1H),1.61(p,J＝6.9Hz,2H),1.48(t,J＝6.9Hz,2H),1.37(t,J＝7.6Hz,2H),1.27(d,J＝3.8Hz,6H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝780.40。
实施例62–2-(2,3-二甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)-N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)乙酰胺(化合物D10)的制备
Figure BDA0002709263740002101
以针对化合物D8所描述类似的方式制备化合物D10。获得呈黄色固体的2-(2,3-二甲氧基-5-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯氧基)-N-(8-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)辛基)乙酰胺(32.7mg，32.17％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.51(s,1H),8.67(d,J＝5.9Hz,1H),7.73(s,1H),7.63(d,J＝5.9Hz,1H),7.53(dd,J＝8.6,7.1Hz,1H),7.00(dd,J＝12.0,7.8Hz,2H),6.85(d,J＝1.9Hz,1H),6.77(d,J＝1.9Hz,1H),5.06(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),4.62(s,2H),3.92(d,J＝2.9Hz,6H),3.68(s,3H),3.28(q,J＝6.9Hz,4H),2.92-2.65(m,3H),2.16–2.03(m,1H),1.62(p,J＝6.9Hz,2H),1.53(t,J＝7.0Hz,2H),1.38(d,J＝8.0Hz,2H),1.31(s,8H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝753.35。
实施例63–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-4-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基丁酰胺(化合物D11)的制备
Figure BDA0002709263740002111
向4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(50mg，0.147mmol，1当量)和4-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]丁酸(53.08mg，0.147mmol，1当量)于DMF(1mL)中的溶液添加DIEA(38.08mg，0.295mmol，2当量)。将所得混合物在25℃下搅拌10分钟。然后将HATU(84.02mg，0.221mmol，1.5当量)添加至反应混合物。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在8分钟内24％相B至48％)；检测器，uv)纯化。这产生27mg(26.88％)呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-4-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基丁酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.54(s,1H),8.69(d,J＝6.0Hz,1H),7.84–7.74(m,2H),7.67(s,1H),7.54–7.41(m,2H),6.77(s,1H),6.72(s,1H),5.13–5.02(m,1H),4.76(dd,J＝10.7,2.5Hz,2H),4.33(dt,J＝19.9,5.9Hz,2H),3.85(d,J＝17.8Hz,6H),3.71(d,J＝12.1Hz,4H),3.06–2.97(m,1H),2.89(s,2H),2.80(s,3H),2.74–2.59(m,3H),2.27–2.13(m,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝682.25。
实施例64–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基戊酰胺(化合物D12)的制备
Figure BDA0002709263740002121
在25℃下向4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(50mg，0.147mmol，1当量)和5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]戊酸(55.15mg，0.147mmol，1当量)于DMF(2mL)中的搅拌溶液添加DIEA(57.12mg，0.442mmol，3当量)。将所得混合物在25℃下搅拌10分钟。然后将HATU(84.02mg，0.221mmol，1.5当量)添加至反应混合物。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在8分钟内24％相B至53％)；检测器，uv)纯化。这产生48.1mg(46.9％)呈白色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-5-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基戊酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.55(s,1H),8.71–8.64(m,1H),7.85–7.71(m,3H),7.45(dd,J＝9.6,7.9Hz,2H),6.76(d,J＝9.2Hz,2H),5.05(dd,J＝12.6,5.7Hz,1H),4.74(d,J＝16.1Hz,2H),4.30(q,J＝6.8,6.2Hz,2H),3.86(s,6H),3.72(dd,J＝2.7,1.1Hz,3H),2.85(s,2H),2.84(d,J＝40.1Hz,4H),2.76–2.52(m,2H),2.08–1.87(m,5H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝696.4。
实施例65–2-((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)-N-(2-(2-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)-N-甲基乙酰胺(化合物D13)的制备
Figure BDA0002709263740002131
步骤1：(2-(2-(2-(2,2,2-三氟乙酰氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸叔丁酯(i65-2)的制备
Figure BDA0002709263740002132
在0℃下向N-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基]氨基甲酸叔丁酯(1.15g，4.631mmol，1.00当量)和TEA(0.94g，9.262mmol，2.00当量)于THF(12.00mL)中的溶液添加三氟乙酸酐(1.46g，6.947mmol，1.50当量)。将所得溶液在25℃下搅拌12小时。浓缩所得混合物。将残余物施加到用THF/PE(40/60)洗脱的硅胶柱上。将含所需化合物的级分蒸发至干，得到呈无色油状物的N-(2-[2-[2-(2,2,2-三氟乙酰氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁酯(1.347g，80.0％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝345。
步骤2：(2-(2-(2-(2,2,2-三氟-N-甲基乙酰氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸叔丁酯(i65-3)的制备
Figure BDA0002709263740002133
将N-(2-[2-[2-(2,2,2-三氟乙酰氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁酯(1.347g，3.912mmol，1.00当量)和K2CO3(0.65g，4.694mmol，1.20当量)于丙酮(15.00mL)中的溶液在0℃下搅拌。然后将硫酸二甲酯(0.74g，5.867mmol，1.51当量)添加至所述混合物，并将所得溶液在25℃下搅拌12小时。将所得溶液用EtOAc稀释，并将其用水(3x50mL)洗涤。将有机层干燥且蒸发至干，得到呈无色油状物的N-(2-[2-[2-(2,2,2-三氟-N-甲基乙酰氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁酯(1.75g，98.91％)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝359。
步骤3：(2-(2-(2-(甲基氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)氨基甲酸叔丁酯(i65-4)的制备
Figure BDA0002709263740002141
将N-(2-[2-[2-(2,2,2-三氟-N-甲基乙酰氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁酯(1.65g)于DMF(16.00mL)中的溶液在0℃下搅拌。然后将氢氧化铵(16.00mL)添加至所述混合物，并将所得溶液在25℃下搅拌12小时。将混合物蒸发至干，得到呈无色油状物的粗品N-(2-[2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁酯，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝263。
步骤4：(1-(2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基)-2,5-二甲基-4-氧代基-8,11-二氧杂-2,5-二氮杂十三烷-13-基)氨基甲酸叔丁酯(i65-5)的制备
Figure BDA0002709263740002142
向N-(2-[2-[2-(甲基氨基)乙氧基]乙氧基]乙基)氨基甲酸叔丁基酯(600.00mg，2.287mmol，1.00当量)和([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(1.09g，2.744mmol，1.2当量)于DCM(5.00mL)中的溶液添加HATU(1.30g，3.431mmol，1.5当量)和DIEA(886.75mg，6.861mmol，3当量)。将所得溶液在25℃下搅拌1小时。向混合物添加H2O(100mL)，并用DCM(100mLx4)萃取。将有机层经无水硫酸钠干燥，过滤，并浓缩，得到粗产物，将所述粗产物通过用MeOH/DCM(5.4/94.6)洗脱的硅胶柱纯化，得到呈灰白色固体的N-[2-(2-[2-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-甲基乙酰氨基]乙氧基]乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(536mg，36.52％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝642。
步骤5：N-(2-(2-(2-氨基乙氧基)乙氧基)乙基)-2-((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)-N-甲基乙酰胺(i65-5)的制备
Figure BDA0002709263740002151
将N-[2-(2-[2-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-甲基乙酰氨基]乙氧基]乙氧基)乙基]氨基甲酸叔丁酯(536.00mg，0.835mmol，1.00当量)和TFA(1.10mL，9.673mmol，17.78当量)于DCM(5.00mL)中的溶液在25℃搅拌1小时。将所得混合物蒸发至干，得到呈黄色油状物的N-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基]-2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-甲基乙酰胺(670mg，粗)，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝542。
步骤6：2-((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)-N-(2-(2-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)-N-甲基乙酰胺(化合物D13)的制备
Figure BDA0002709263740002161
向N-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙基]-2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-甲基乙酰胺(169.42mg，0.313mmol，1.20当量)和2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-氟-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(72.00mg，0.261mmol，1.00当量)于NMP(2.00mL)中的溶液添加DIEA(168.44mg，1.303mmol，5.00当量)。将所得溶液在90℃下搅拌5小时。无任何另外的后处理，将混合物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD Prep柱，
Figure BDA0002709263740002162
5μm，19mmX 250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在10分钟内16％B至22％B；254nm；Rt：9.3分钟)纯化，得到呈黄色固体的2-((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)-N-(2-(2-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-基)氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)-N-甲基乙酰胺(7mg，3.37％)。1H NMR(400MHz,乙腈-d3)δ9.52(d,J＝3.2Hz,1H),9.09(s,1H),8.70(d,J＝5.7Hz,1H),7.67–7.39(m,3H),7.02(dt,J＝8.5,5.1Hz,2H),6.73(d,J＝1.7Hz,2H),6.52–6.38(m,1H),4.94(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),3.97(d,J＝9.0Hz,2H),3.86(s,6H),3.67(q,J＝3.8,2.3Hz,2H),3.65–3.60(m,4H),3.60–3.52(m,6H),3.52–3.46(m,2H),3.46–3.37(m,2H),2.99(s,1H),2.91(s,2H),2.84–2.57(m,3H),2.48(d,J＝3.4Hz,3H),2.15–2.03(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝798.40。
实施例66–N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基丙酰胺(化合物D14)的制备
Figure BDA0002709263740002171
步骤1：3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氧基]丙酸甲酯(i66-2)的制备
Figure BDA0002709263740002172
向2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-羟基异吲哚-1,3-二酮(500.00mg，1.823mmol，1.00当量)和3-溴丙酸甲酯(395.84mg，2.370mmol，1.30当量)于DMF中的搅拌溶液添加K2CO3(755.96mg，5.470mmol，3.00当量)。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将固体滤出。将滤液浓缩。将残余物施加到具有二氯甲烷/甲醇(10:1)的柱上。这产生400mg(60.89％)呈绿色固体的3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氧基]丙酸甲酯。LCMS(ESI)m/z：[M-H]+＝361。
步骤2：3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氧基]丙酸(i66-3)的制备
Figure BDA0002709263740002173
在8-mL密封管中添加3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氧基]丙酸甲酯(100.00mg，0.278mmol，1.00当量)和TFA(3.00mL，3M于水中)。将所得溶液在70℃下搅拌2小时。浓缩所得混合物。这产生70mg(72.84％)呈黄色固体的3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]氧基]丙酸，其不经进一步纯化即直接使用。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝347。
步骤3：N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基丙酰胺(化合物D14)的制备
Figure BDA0002709263740002181
向3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]丙酸(60.00mg，0.173mmol，1.00当量)和DIEA(44.79mg，0.347mmol，2.00当量)于DMF(2.00mL)中的溶液添加HATU(98.82mg，0.260mmol，1.50当量)。将反应混合物在25℃下搅拌10分钟。然后将4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基)甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(58.80mg，0.173mmol，1.00当量)添加至反应混合物。将所得溶液在25℃下搅拌2小时。将粗产物通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD制备型柱，19mmX 250mm；流动相，水(0.1％FA)和ACN(在8分钟内26％相B至44％)；检测器，UV)纯化。这产生28.1mg(24.29％)呈绿色固体的N-[[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]-3-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-基]氧基]-N-甲基丙酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.53(s,1H),8.67(d,J＝5.9Hz,1H),7.84(s,1H),7.72(d,J＝6.0Hz,1H),7.62(dd,J＝8.4,7.2Hz,1H),7.33(d,J＝7.1Hz,1H),7.17(d,J＝8.3Hz,1H),6.77(s,2H),5.17(dd,J＝12.7,5.5Hz,1H),4.77–4.59(m,2H),4.16–4.01(m,2H),3.91(s,5H),3.88(s,1H),3.72(s,3H),3.01–2.85(m,4H),2.81(s,2H),2.80–2.62(m,2H),2.20–2.10(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝668.25。
实施例67–4-(((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)甲基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮甲酸(化合物D15甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740002191
步骤1：(E)-1-(呋喃-2-基)-N-(哌啶-1-基)亚甲胺(i67-2)的制备
Figure BDA0002709263740002192
向呋喃-2-甲醛(1.00g，10.407mmol，1.00当量)和哌啶-1-胺(1.04g，10.407mmol，1.00当量)于DCM(25.00mL)中的混合物添加MgSO4(2.51g，20.815mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下搅拌过夜。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用0％至10％于DCM中的MeOH洗脱，得到呈棕色固体的所需产物(E)-1-(呋喃-2-基)-N-(哌啶-1-基)亚甲胺(1.70g，9.551mmol，82.48％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝179。
步骤2：(E)-4-((哌啶-1-基亚氨基)甲基)异苯并呋喃-1,3-二酮(i67-3)的制备
Figure BDA0002709263740002201
向呋喃-2,5-二酮(1.12g，11.446mmol，1.20当量)和(E)-1-(呋喃-2-基)-N-(哌啶-1-基)亚甲胺(1.70g，9.538mmol，1.00当量)于EtOAc(30mL)中的溶液添加TFA(0.20mL)。将所得混合物在回流下搅拌过夜。将所得混合物在真空下浓缩，得到呈棕色固体的粗产物(E)-4-((哌啶-1-基亚氨基)甲基)异苯并呋喃-1,3-二酮(3.10g，粗)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝259。
步骤3：(E)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-((哌啶-1-基亚氨基)甲基)异吲哚啉-1,3-二酮(i67-4)的制备
Figure BDA0002709263740002202
向3-氨基哌啶-2,6-二酮(1.54g，12.016mmol，1.00当量)于吡啶(15.00mL)中的混合物添加(E)-4-((哌啶-1-基亚氨基)甲基)异苯并呋喃-1,3-二酮(3.1g，12.016mmol，1.00当量)。将所得混合物在回流下搅拌3小时。将所得混合物在真空下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用0％至50％于PE中的EA洗脱，得到呈黄色固体的(E)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-((哌啶-1-基亚氨基)甲基)异吲哚啉-1,3-二酮(1.00g，2.717mmol，22.62％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝369。
步骤3：2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-4-甲醛(i67-5)的制备
Figure BDA0002709263740002211
将H2O(5.00mL)中的2-氧代乙酸(5.00g，0.068mmol，0.02当量)添加至2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-[(1E)-[(哌啶-1-基)亚氨基]甲基]-2,3-二氢-1H-异吲哚-1,3-二酮(1.00g，2.714mmol，1.00当量)于ACN(2.00mL)中的溶液。将所得混合物在室温下搅拌过夜。用EtOAc(3x100mL)萃取所得混合物。将合并的有机层用饱和碳酸氢钠溶液(2x100mL)和盐水(1x100 mL)洗涤，经无水硫酸钠干燥，过滤，并在真空下浓缩。将残余物通过硅胶柱色谱法纯化，用0％至50％于PE中的EtOAc洗脱，得到呈棕色固体的2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-甲醛(460mg，1.608mmol，59.20％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝287。
步骤4：4-(((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)甲基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮甲酸(化合物D4甲酸)的制备
Figure BDA0002709263740002212
向2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-4-甲醛(67.47mg，0.236mmol，1.00当量)于DMF(3.00mL)中的溶液添加4-[3,5-二甲氧基-4-[(甲基氨基甲基]苯基]-2-甲基-1,2-二氢-2,7-萘啶-1-酮(80.00mg，0.236mmol，1.00当量)。将混合物在室温下搅拌过夜，然后添加NaBH3CN(99.91mg，0.472mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下搅拌一小时。将混合物过滤，并将滤液通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBDPrep柱，
Figure BDA0002709263740002222
5μm，19mm X 250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/分钟；梯度：在14分钟内10％B至16％B；254nm；Rt：12.7分钟)纯化，得到呈浅黄色固体的4-(((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)甲基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚啉-1,3-二酮；甲酸酯(30.9mg，0.0472mmol，19.67％)。1HNMR(300MHz,乙腈-d3)δ9.53(d,J＝0.9Hz,1H),9.03(s,1H),8.70(d,J＝5.7Hz,1H),8.18(s,0.3H,FA),8.02(dd,J＝6.9,1.9Hz,1H),7.91–7.78(m,2H),7.57–7.49(m,2H),6.67(s,2H),5.05(dd,J＝12.2,5.3Hz,1H),4.51(d,J＝4.5Hz,2H),4.16(s,2H),3.83(s,6H),3.62(s,3H),2.85–2.59(m,6H),2.20–2.07(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝610.35。
实施例68–2-((2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苄基)(甲基)氨基)-N-(2-(2-(2-((2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚啉-5-基)氨基)乙氧基)乙氧基)乙基)-N-甲基乙酰胺(化合物D16)的制备
Figure BDA0002709263740002221
以针对化合物D13所描述类似的方式制备化合物D16。获得呈黄色固体的2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-1,2-二氢-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)-N-[2-[2-(2-[[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代-2,3-二氢-1H-异吲哚-5-基]氨基]乙氧基)乙氧基]乙基]-N-甲基乙酰胺(10mg，3.39％)。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ9.52(s,1H),8.68(dd,J＝5.7,2.3Hz,1H),8.55(s,0.5H,FA),7.74(d,J＝6.3Hz,1H),7.62(dd,J＝5.9,2.7Hz,1H),7.48(dd,J＝10.8,8.4Hz,1H),6.97(d,J＝2.2Hz,1H),6.85–6.71(m,3H),5.01(dt,J＝12.7,4.9Hz,1H),4.61(s,2H),4.29(s,2H),4.11(s,1H),3.92(d,J＝2.9Hz,6H),3.71(d,J＝1.8Hz,3H),3.66(dd,J＝7.1,3.9Hz,7H),3.62–3.52(m,2H),3.42–3.34(m,2H),3.03(d,J＝7.0Hz,3H),2.91–2.73(m,2H),2.73–2.62(m,4H),2.12–2.00(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝798.40。
实施例69–4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(化合物D17)的制备
Figure BDA0002709263740002231
步骤1：三氟甲磺酸2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基酯(i69-2)
Figure BDA0002709263740002232
在0℃下向2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-4-羟基异吲哚-1,3-二酮(0.50g，1.823mmol，1.00当量)于DCM(7.00mL)中的搅拌溶液添加Et3N(0.76mL，7.513mmol，3.00当量)和吡啶(0.76mL，9.611mmol，5.18当量)。然后在0℃下逐滴添加Tf2O(0.77g，2.735mmol，1.50当量)，并将混合物在此温度下搅拌30分钟，然后升温至室温保持1小时。将反应物通过添加饱和NH4Cl(5mL)水溶液猝灭。用DCM(2x10mL)萃取所得混合物。将合并的有机层经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物悬浮于5mL的DCM中，然后过滤。将浅褐色残余物溶解于40mL的MeCN中，并过滤。将滤液在真空中浓缩，得到呈浅棕色固体的三氟甲磺酸2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基酯(610mg，82.35％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝407。
步骤2：N-[(E)-2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙烯基]氨基甲酸叔丁酯(i69-3)
Figure BDA0002709263740002241
在室温在氮气氛下向三氟甲磺酸2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基酯(580mg，1.428mmol，1.00当量)、AcONa(257.6mg，3.141mmol，2.20当量)和Pd(OAc)2(32.1mg，0.143mmol，0.10当量)的混合物添加N-乙烯基氨基甲酸叔丁酯(572.3mg，3.997mmol，2.80当量)和NMP(5mL)。将所得混合物在130℃下在氮气氛下搅拌5小时。然后将其用EtOAc(30mL)稀释。将所得混合物用水(3x20mL)洗涤。将有机层经无水Na2SO4干燥。在过滤后，将滤液在减压下浓缩。将残余物通过制备型TLC(PE/EtOAc 1:1)纯化，得到呈黄色固体的N-[(E)-2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙烯基]氨基甲酸叔丁酯(140mg，25％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝400。
步骤3：N-[2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙基]氨基甲酸叔丁酯(i69-4)
Figure BDA0002709263740002251
将N-[(E)-2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙烯基]氨基甲酸叔丁酯(135mg，0.338mmol，1.00当量)和10％Pd/C(30mg)于MeOH(5mL)中的混合物在氢气氛下在室温下搅拌2小时。将溶液通过硅藻土垫过滤，并将所述垫用甲醇(20mL)洗涤。将滤液蒸发至干，得到呈浅黄色油状物的N-[2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙基]氨基甲酸叔丁酯(135mg，定量)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝402。
步骤4：4-(2-氨基乙基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮；三氟乙酸(i69-5)
Figure BDA0002709263740002252
在室温下向N-[2-[2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)-1,3-二氧代异吲哚-4-基]乙基]氨基甲酸叔丁酯(125mg，0.311mmol，1.00当量)于DCM(3mL)中的搅拌溶液添加TFA(1mL，13.463mmol，43.23当量)。将反应溶液在室温下搅拌30分钟，然后在真空中浓缩，得到呈浅褐色油状物的4-(2-氨基乙基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮三氟乙酸(129mg，定量)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝302。
步骤5：4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(i69-6)
Figure BDA0002709263740002261
将4-(2-氨基乙基)-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮三氟乙酸(120mg，0.289mmol，1.00当量)和2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(79.7mg，0.246mmol，0.85当量)于DMF(2mL)中的溶液在室温下搅拌45分钟。在室温下向上述混合物添加NaBH(OAc)3(122.47mg，0.578mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下再搅拌1小时。无任何另外的后处理，将混合物通过反相快速色谱法纯化(条件：C18柱；流动相，MeCN水溶液(0.1％FA)，在30分钟内5％至80％梯度；检测器，UV 254nm)，得到呈无色油状物的4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(60mg，34％)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝610。
步骤6：4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(化合物D17)
Figure BDA0002709263740002262
在室温下向4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基]氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮(50mg，0.082mmol，1.00当量)于MeOH(1.00mL)中的搅拌溶液添加HCHO(37％水溶液)(0.1mL)。将溶液在室温下搅拌10分钟。然后向上述混合物添加NaBH3CN(15.0mg，0.238mmol，2.90当量)，并将所得混合物在室温下再搅拌1小时。将粗溶液通过制备型HPLC(条件：SunFire C18 OBD Prep柱，
Figure BDA0002709263740002271
5μm，19mmX 250mm；流动相A：水(0.1％FA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在12分钟内9％B至19％B；254nm)纯化，得到各自呈白色固体的三种异构体4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮甲酸(第一峰，异构体A，3.1mg，5.76％)、4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮甲酸(第二峰，异构体B，5.4mg，9.56％)和4-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙基]-2-(2,6-二氧代哌啶-3-基)异吲哚-1,3-二酮甲酸(第三峰，异构体C，6.7mg，11.94％)。
异构体A：1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.52(d,J＝0.9Hz,1H),8.67(d,J＝5.8Hz,1H),8.10(t,J＝4.9Hz,1H),7.91(d,J＝4.6Hz,2H),7.68(s,1H),7.56(dd,J＝5.9,0.9Hz,1H),6.70(s,2H),5.33(br s,1H),5.21(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),4.19(s,2H),3.86(s,6H),3.70(s,3H),2.94–2.65(m,6H),2.25–2.12(m,1H),1.74(br s,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝624.30。
异构体B：1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.53(d,J＝0.9Hz,1H),8.67(d,J＝5.8Hz,1H),8.10(dd,J＝6.1,2.9Hz,1H),7.97(d,J＝6.1Hz,2H),7.72(s,1H),7.58(dd,J＝5.8,0.9Hz,1H),6.76(s,2H),5.46(br s,1H),5.22(dd,J＝12.5,5.4Hz,1H),4.41(br s,2H),3.89(s,6H),3.71(s,3H),2.84(s,4H),2.78–2.65(m,2H),2.24–2.11(s,1H),1.84(d,J＝6.9Hz,3H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝624.35。
异构体C：1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.53(d,J＝0.9Hz,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),8.55(s,0.5H,FA),7.87–7.70(m,4H),7.64(dd,J＝5.8,0.9Hz,1H),6.82(s,2H),5.15(dd,J＝12.2,5.3Hz,1H),4.26(s,2H),3.94(s,6H),3.72(s,3H),3.61–3.49(m,2H),3.27(s,2H),2.96–2.67(m,6H),2.21–2.09(m,1H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝624.35。
实施例70–(2S,4R)-1-[(2S)-2-[10-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酰氨基]癸酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(化合物D18)的制备
Figure BDA0002709263740002281
向([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酸(39.70mg，0.100mmol，1.00当量)、EDCI(76.60mg，0.400mmol，4当量)、HOBT(53.99mg，0.400mmol，4当量)和DIEA(129.10mg，0.999mmol，10当量)于DMF(1.00mL)中的搅拌溶液添加(2S,4R)-1-[(2S)-2-(10-氨基癸酰氨基)-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(59.92mg，0.100mmol，1当量)。将混合物在室温下在空气气氛下搅拌5小时。然后，无任何另外的后处理，将所得溶液通过制备型TLC(柱：XBridge制备型OBD C18柱，19*250mm，5um；流动相A：水(10MMOL/L NH4HCO3)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在15分钟内35B至55B；254/220nm；RT：11.08分钟)纯化，得到呈白色固体的(2S,4R)-1-[(2S)-2-[10-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙酰氨基]癸酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(43mg，43.21％)。1H NMR(300MHz,甲醇-d4)δ9.54(d,J＝0.9Hz,1H),8.88(s,1H),8.69(d,J＝5.8Hz,1H),7.75(s,1H),7.63(d,J＝5.8,1H),7.53–7.39(m,4H),6.76(s,2H),4.68–4.48(m,4H),4.37(d,J＝15.5Hz,1H),3.93(s,1H),3.90(s,6H),3.81(dd,J＝11.0,3.9Hz,1H),3.76(s,2H),3.71(s,3H),3.21(t,J＝7.0Hz,2H),3.09(s,2H),2.48(s,3H),2.35(s,3H),2.31–2.18(m,3H),2.15–2.04(m,1H),1.65–1.44(m,4H),1.41-1.25(m,10H),1.04(s,9H)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝979.60。
实施例71–(2S,4R)-1-[(2S)-2-[8-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)辛酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(化合物D19)的制备
Figure BDA0002709263740002291
在室温下在氮气氛下向(2S,4R)-1-[(2S)-2-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(53.25mg，0.092mmol，1当量)于甲醇中的搅拌溶液逐滴逐份添加2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(30.00mg，0.092mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温下再搅拌2小时。在室温下向上述混合物添加NaBH3CN(7.75mg，0.123mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下再搅拌2小时。在室温下向上述混合物添加NaBH3CN(7.75mg，0.123mmol，2.00当量)和CH2O。将所得混合物在室温下再搅拌1小时。将粗产物(50.2mg)通过制备型HPLC(条件：Xselect CSH F-苯基OBD柱，19*250，5μm；流动相A：水(0.05％TFA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在12分钟内20B至30B；254/220nm；RT：11.48分钟)纯化，得到呈白色固体的(2S,4R)-1-[(2S)-2-[8-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)辛酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ1.05(9H,s),1.44(6H,s),1.67(2H,s),1.87(2H,s),2.05–2.16(1H,m),2.19–2.40(3H,m),2.50(3H,s),2.86(3H,s),3.12–3.24(1H,m),3.24–3.32(1H,m),3.76(3H,s),3.79–3.87(1H,m),3.92(1H,d),3.98(6H,s),4.31–4.42(2H,m),4.48–4.64(4H,m),4.66(1H,s),6.91(2H,s),7.40–7.52(4H,m),7.94(1H,d),8.08(1H,s),8.72(1H,d),8.99(1H,s),9.62(1H,s)。LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝894.55。
实施例72–(2S,4R)-1-[(2S)-2-(2-[2-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙氧基]乙氧基]乙酰氨基)-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(化合物D24)的制备
Figure BDA0002709263740002301
在室温在氮气氛下向(2S,4R)-1-[(2S)-2-[2-[2-(2-氨基乙氧基)乙氧基]乙酰氨基]-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺(35.50mg，0.062mmol，1.00当量)于甲醇中的搅拌溶液逐滴逐份添加2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯甲醛(20.00mg，0.062mmol，1.00当量)。将所得混合物在室温下再搅拌2小时。在室温下向上述混合物添加NaBH3CN(7.75mg，0.123mmol，2.00当量)。将所得混合物在室温下再搅拌1小时。在室温下向上述混合物添加NaBH3CN(7.75mg，0.123mmol，2.00当量)和CH2O。将所得混合物在室温下再搅拌1小时。将粗产物(30.5mg)通过制备型HPLC(条件：Xselect CSH F-苯基OBD柱，19*250，5μm；流动相A：水(0.05％TFA)，流动相B：ACN；流速：25mL/min；梯度：在12分钟内；18B至27B254/220nm；RT：10.97分钟)纯化，得到呈白色固体的(2S,4R)-1-[(2S)-2-(2-[2-[2-([[2,6-二甲氧基-4-(2-甲基-1-氧代基-2,7-萘啶-4-基)苯基]甲基](甲基)氨基)乙氧基]乙氧基]乙酰氨基)-3,3-二甲基丁酰基]-4-羟基-N-[[4-(4-甲基-1,3-噻唑-5-基)苯基]甲基]吡咯烷-2-甲酰胺。1H NMR(400MHz,甲醇-d4)δ1.04–1.08(9H,m),2.05–2.14(1H,m),2.25(1H,s),2.49(3H,t),2.94(3H,d),3.70–3.92(9H,m),3.96(8H,d),4.02–4.17(2H,m),4.31–4.67(6H,m),4.74-4.82(1H,m),6.90(2H,d),7.39–7.49(4H,m),7.85-7.95(1H,m),8.01–8.07(1H,m),8.71(1H,d),8.92–8.99(1H,m),9.61(1H,s)LCMS(ESI)m/z：[M+H]+＝898.50。
实施例73–BRD9布罗莫结构域TR-FRET竞争结合测定
此实施例证明了本公开的化合物在竞争结合测定中生物化学地抑制BRD9布罗莫结构域的能力。
程序：将His-Flag-BRD9(P133-K239；Swiss Prot Q9H8M2；SEQ ID NO:1mgsshhhhhhenlyfq/gdykddddkgslevlfqg/PAENESTPIQQLLEHFLRQLQRKDPHGFFAFPVTDAIAPGYSMIIKHPMDFGTMKDKIVANEYKSVTEFKADFKLMCDNAMTYNRPDTVYYKLAKKILHAGFKMMSK)克隆，表达，纯化，然后用TEV蛋白酶处理。将裂解的His标签通过纯化除去。经由
Figure BDA0002709263740002311
TR-FRET平台(PerkinElmer)评估了BRD9的生物素化小分子配体的结合，并测定了化合物对这种相互作用的抑制活性。
结果：将生物素化配体和SureLightTM别藻蓝蛋白-链霉亲和素(APC-SA，PerkinElmer AD0201)于50mM HEPES(pH 7.4)、50mM NaCl、1mM TCEP(pH 7)、0.01％(v/v)Tween-20、0.01％(w/v)牛血清白蛋白中的混合物添加至白色384孔PerkinElmerProxiplate Plus板上。然后将DMSO或3倍系列稀释的化合物添加至Proxiplate，然后添加Flag-BRD9。在室温下孵育10分钟后，添加Eu-W1024抗FLAG(PerkinElmer，AD0273)。将含有3.75nM生物素化配体、3nM Flag-BRD9、7.5nM SureLightTM别藻蓝蛋白-链霉亲和素和0.2nM Eu-W1024抗FLAG的最终反应混合物在室温下孵育90分钟。
然后在PerkinElmer Envision读板仪上读取板，以确定665nm与615nm处的发射比。将数据归一化至DMSO对照(100％)，并且没有蛋白质对照(0％)，然后拟合至四参数非线性曲线拟合，以计算IC50(μM)，如表5所示。如表5中的结果所示，许多本公开的化合物对于BRD9结合表现出<1μM的IC50值，从而表明它们对靶向BRD9的亲和力。
表5.布罗莫结构域TR-FRET结合
Figure BDA0002709263740002321
Figure BDA0002709263740002331
Figure BDA0002709263740002341
“+”指示>1000nM的抑制效应；
“++”指示100-1000nM的抑制效应；
“+++”指示10-100nM的抑制效应；
“++++”指示<10nM的抑制效应；
“NT”指示未测试
实施例74–SYO1 BRD9 NanoLuc降解测定
此实施例证明本公开的化合物在基于细胞的降解测定中降解纳米荧光素酶-BRD9融合蛋白的能力。
程序：产生表达3xFLAG-NLuc-BRD9的稳定SYO-1细胞系。在第0天，将细胞在30μL培养基中接种到384孔细胞培养板的每个孔中。接种密度是8000个细胞/孔。在第1天，将细胞用30nL DMSO或30nL的3倍连续DMSO稀释的化合物(一式两份，共10点，最终最高剂量为1μM)处理。随后，将板在标准组织培养孵育箱中孵育6小时，并在室温下平衡15分钟。通过添加15μL新鲜制备的Nano-Glo荧光素酶测定试剂(Promega N1130)、将板振荡10分钟并使用EnVision读板仪读取生物发光来测量纳米荧光素酶活性。
结果：使用下式计算抑制％：抑制％＝100x(LumHC–Lum样品)/(LumHC–LumLC)。DMSO处理的细胞用作高对照(HC)，并且1μM的已知BRD9降解剂标准物处理的细胞用作低对照(LC)。将数据拟合至四参数非线性曲线拟合，以计算IC50(μM)值，如表6所示。如表6中的结果所示，许多本公开的化合物对于BRD9的降解表现出IC50值<1μM，从而表明它们作为降低BRD9的水平和/或活性的化合物的用途以及他们治疗BRD9相关病症的潜力。
表6.SYO1 BRD9-NanoLuc降解
Figure BDA0002709263740002351
Figure BDA0002709263740002361
“+”指示>1000nM的抑制效应；
“++”指示100-1000nM的抑制效应；
“+++”指示10-100nM的抑制效应；
“++++”指示<10nM的抑制效应；
“NT”指示未测试
其他实施方案
本说明书中提及的所有公布、专利和专利申请都以引用的方式整体并入本文，其程度就如同特定地和个别地指示将每一个别公布、专利或专利申请以引用的方式整体并入本文一般。在以引用的方式并入本文的文献中发现本申请中的术语被不同地定义时，本文提供的定义将用作所述术语的定义。
尽管本发明已经结合其具体实施方案进行了描述，但应理解能够对本发明进行进一步的修改，并且本申请意图涵盖任何一般而言遵循本发明的原理的变化、用途或改编，并且包括在本发明所属领域的已知或习用实践内并且可应用于前文所示的关键特征且遵循权利要求的范围的此类偏离本公开的内容。
其他实施方案在权利要求中。

Claims (193)

1.一种治疗有需要的受试者中的成人软组织肉瘤的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述肉瘤中的BRD9的水平和/或活性的剂。
2.一种减少有需要的受试者中的成人软组织肉瘤的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低肿瘤中的BRD9的水平和/或活性的剂。
3.一种诱导成人软组织肉瘤细胞中的细胞凋亡的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
4.一种降低成人软组织肉瘤细胞中的BRD9的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
5.如权利要求3或4所述的方法，其中所述成人软组织肉瘤细胞在受试者体内。
6.如权利要求1至5中任一项所述的方法，其中所述受试者或细胞已被鉴定为表达SS18-SSX融合蛋白或BRD9融合蛋白。
7.如权利要求1至6中任一项所述的方法，其中与参考相比，所述剂的所述有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少5％。
8.如权利要求1至7中任一项所述的方法，其中与参考相比，所述剂的所述有效量使BRD9的水平和/或活性降低至少5％持续至少12小时。
9.如权利要求1至8中任一项所述的方法，其中SS18-SSX或BRD9融合蛋白的水平和/或活性在所述受试者或细胞中降低。
10.如权利要求1至9中任一项所述的方法，其中所述成人软组织肉瘤是滑膜肉瘤。
11.一种调节细胞中的SS18-SSX融合蛋白、SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
12.一种调节细胞或受试者中的SS18-SSX融合蛋白、SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
13.如权利要求11或12所述的方法，其中所述细胞在受试者体内。
14.一种治疗有需要的受试者中与SS18-SSX融合蛋白、SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述受试者中表达SS18-SSX融合蛋白的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
15.如权利要求11至14中任一项所述的方法，其中所述受试者患有癌症。
16.如权利要求15所述的方法，其中所述癌症表达SS18-SSX融合蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达SS18-SSX融合蛋白。
17.如权利要求14至16中任一项所述的方法，其中所述病症是滑膜肉瘤或尤文氏肉瘤。
18.如权利要求17所述的方法，其中所述病症是滑膜肉瘤。
19.一种调节细胞或受试者中的BAF复合物的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
20.一种提高细胞或受试者中的BAF47的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
21.一种减少细胞或受试者中的Wnt/β-连环蛋白信号传导的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
22.一种治疗有需要的受试者中的与BAF47有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低所述受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂。
23.如权利要求22所述的方法，其中所述与BAF47有关的病症是癌症或病毒感染。
24.如权利要求23所述的方法，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤或结肠直肠癌。
25.如权利要求23所述的方法，其中所述病毒感染是被逆转录病毒科、嗜肝DNA病毒科、黄病毒科、腺病毒科、疱疹病毒科、***瘤病毒科、细小病毒科、多瘤病毒科、副粘病毒科或披膜病毒科的病毒感染。
26.一种用于治疗有需要的受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低癌细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
27.一种减少有需要的受试者中的癌症的肿瘤生长的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低肿瘤细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
28.一种诱导癌细胞中的细胞凋亡的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
29.一种降低癌细胞中的BRD9的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂接触，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤、结肠直肠癌、非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
30.如权利要求26至29中任一项所述的方法，其中所述癌症是CD8+T细胞淋巴瘤、子宫内膜癌、卵巢癌、膀胱癌、胃癌、胰腺癌、食道癌、***癌、肾细胞癌、黑素瘤或结肠直肠癌。
31.如权利要求26至30中任一项所述的方法，其中所述癌症是非小细胞肺癌、胃癌或乳腺癌。
32.一种调节细胞或受试者中的BRD9融合蛋白的活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
33.一种调节细胞或受试者中的BRD9融合蛋白的水平和/或活性的方法，所述方法包括使所述细胞与有效量的降低所述细胞或受试者中的BRD9的水平和/或活性的剂接触。
34.如权利要求32或33所述的方法，其中所述细胞在受试者体内。
35.一种治疗有需要的受试者中与BRD9融合蛋白有关的病症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的降低表达BRD9融合蛋白的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
36.如权利要求32至35中任一项所述的方法，其中所述受试者患有癌症。
37.如权利要求36所述的方法，其中所述癌症表达BRD9融合蛋白，和/或所述细胞或受试者已被鉴定为表达BRD9融合蛋白。
38.如权利要求35至37中任一项所述的方法，其中所述与BRD9融合蛋白有关的病症是尤文氏肉瘤、肺癌或肾癌。
39.如权利要求1至38中任一项所述的方法，其中所述方法还包括向所述受试者施用抗癌疗法或使所述细胞与抗癌疗法接触。
40.如权利要求39所述的方法，其中所述抗癌疗法是化学治疗剂或细胞毒性剂或放射疗法。
41.如权利要求40所述的方法，其中所述化学治疗剂或细胞毒性剂是多柔比星或异环磷酰胺。
42.如权利要求40或41所述的方法，其中所述抗癌疗法和所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂在彼此的28天内施用，并且各自以一起有效治疗所述受试者的量施用。
43.如权利要求1至42中任一项所述的方法，其中所述受试者或癌症已被鉴定为与参考相比，具有升高的SS18-SSX融合蛋白或BRD9融合蛋白水平。
44.如权利要求1至43中任一项所述的方法，其中所述受试者或癌症已被鉴定为与参考相比，具有降低的SS18野生型蛋白或SSX野生型蛋白水平。
45.一种治疗病毒感染的方法，所述方法包括向受试者施用有效量的降低所述受试者的细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂。
46.如权利要求45所述的方法，其中所述病毒感染是被逆转录病毒科、嗜肝DNA病毒科、黄病毒科、腺病毒科、疱疹病毒科、***瘤病毒科、细小病毒科、多瘤病毒科、副粘病毒科或披膜病毒科的病毒感染。
47.如权利要求1至46中任一项所述的方法，其中所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是小分子化合物、抗体、酶和/或多核苷酸。
48.如权利要求47所述的方法，其中所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是酶。
49.如权利要求48所述的方法，其中所述酶是成簇规律间隔的短回文重复序列(CRISPR)相关蛋白、锌指核酸酶(ZFN)、转录活化因子样效应物核酸酶(TALEN)或大范围核酸酶。
50.如权利要求49所述的方法，其中所述CRISPR相关蛋白是CRISPR相关蛋白9(Cas9)。
51.如权利要求47所述的方法，其中所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是多核苷酸。
52.如权利要求51所述的方法，其中所述多核苷酸是反义核酸、短干扰RNA(siRNA)、短发夹RNA(shRNA)、微小RNA(miRNA)、CRISPR/Cas 9核苷酸或核酶。
53.如权利要求51所述的方法，其中所述多核苷酸包含与SEQ ID NO:3-202中任一者的核酸序列具有至少85％序列同一性的序列。
54.如权利要求53所述的方法，其中所述多核苷酸包含与SEQ ID NO:3-139中任一者的核酸序列具有至少85％序列同一性的序列。
55.如权利要求47所述的方法，其中所述降低细胞中的BRD9的水平和/或活性的剂是小分子化合物。
56.如权利要求55所述的方法，其中所述小分子化合物是小分子BRD9抑制剂。
57.如权利要求55或56所述的方法，其中所述小分子化合物是降解剂。
58.如权利要求57所述的方法，其中所述降解剂具有式I的结构：
A-L-B
式I
其中
A是BRD9结合部分；
L是接头；并且
B是降解部分。
59.如权利要求58所述的方法，其中所述降解部分是泛素连接酶结合部分。
60.如权利要求59所述的方法，其中所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
61.如权利要求59或60所述的方法，其中所述降解部分具有式A-1的结构：
Figure FDA0002709263730000081
其中
Y1是
Figure FDA0002709263730000082
R3和R4各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
q是0、1、2、3、或4；并且
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
62.如权利要求61所述的方法，其中R3是H或任选取代的C1-C6烷基。
63.如权利要求62所述的方法，其中R3是H或CH3。
64.如权利要求63所述的方法，其中R3是H。
65.如权利要求63所述的方法，其中R3是CH3。
66.如权利要求61至65中任一项所述的方法，其中Y1是
Figure FDA0002709263730000091
或
Figure FDA0002709263730000092
67.如权利要求66所述的方法，其中Y1是
Figure FDA0002709263730000093
68.如权利要求61至67中任一项所述的方法，其中每个R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
69.如权利要求61至68中任一项所述的方法，其中q是0或1。
70.如权利要求69所述的方法，其中q是0。
71.如权利要求61至70中任一项所述的方法，其中所述降解部分具有式A-1a的结构：
Figure FDA0002709263730000094
或其药学上可接受的盐。
72.如权利要求61至70中任一项所述的方法，其中所述降解部分具有式A-1b的结构：
Figure FDA0002709263730000095
或其药学上可接受的盐。
73.如权利要求61至70中任一项所述的方法，其中所述降解部分具有式A-1c的结构：
Figure FDA0002709263730000101
或其药学上可接受的盐。
74.如权利要求61-70中任一项所述的方法，其中所述降解部分具有式A-1d的结构：
Figure FDA0002709263730000102
或其药学上可接受的盐。
75.如权利要求59或60所述的方法，其中所述降解部分具有结构：
Figure FDA0002709263730000103
或者
Figure FDA0002709263730000111
或是其衍生物或类似物。
76.如权利要求59或60所述的方法，其中所述降解部分具有以下的结构：
Figure FDA0002709263730000112
其中
q是0、1、2、3、或4；
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R3a、R3b和R3c各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；并且
R4是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，
或其药学上可接受的盐。
77.如权利要求76所述的方法，其中每个R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
78.如权利要求76或77所述的方法，其中q是0或1。
79.如权利要求78所述的方法，其中q是0。
80.如权利要求76至79中任一项所述的方法，其中R3a、R3b和R3c中的每一个独立地是H或任选取代的C1-C6烷基。
81.如权利要求80所述的方法，其中R3a是H。
82.如权利要求80所述的方法，其中R3b是H。
83.如权利要求80所述的方法，其中R3c是H。
84.如权利要求59或60所述的方法，其中所述降解部分具有结构：
Figure FDA0002709263730000121
或是其衍生物或类似物。
85.如权利要求58至84中任一项所述的化合物，其中所述接头具有式II的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2
式II
其中
A1是所述接头与A之间的键；
A2是B与所述接头之间的键；
B1、B2、B3和B4各自独立地是任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2或NRN；
每个RN独立地是H、任选取代的C1–4烷基、任选取代的C2–4烯基、任选取代的C2–4炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基或任选取代的C1–7杂烷基；
C1和C2各自独立地是羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；
f、g、h、i、j和k中的每一个独立地是0或1；并且
D是任选取代的C1–10烷基、任选取代的C2–10烯基、任选取代的C2–10炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1–10杂烷基，或将A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-连接至-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2的化学键。
86.如权利要求85所述的方法，其中B1、B2、B3和B4中的每一个独立地是任选取代的C1-C4烷基、任选取代的C1-C4杂烷基或NRN。
87.如权利要求85或86所述的方法，其中每个RN独立地是H或任选取代的C1–4烷基。
88.如权利要求85至87中任一项所述的方法，其中每个RN独立地是H或CH3。
89.如权利要求85至88中任一项所述的方法，其中B1和B4中的每一个独立地是
Figure FDA0002709263730000131
或
Figure FDA0002709263730000132
90.如权利要求89所述的方法，其中B1是
Figure FDA0002709263730000141
Figure FDA0002709263730000142
91.如权利要求85至90中任一项所述的方法，其中C1和C2中的每一个独立地是
Figure FDA0002709263730000143
92.如权利要求91所述的方法，其中C1是
Figure FDA0002709263730000144
93.如权利要求85至83中任一项所述的方法，其中B2是NRN。
94.如权利要求85至84中任一项所述的方法，其中B2是任选取代的C1-C4烷基。
95.如权利要求85至94中任一项所述的方法，其中f是0。
96.如权利要求85至94中任一项所述的方法，其中f是1。
97.如权利要求85至96中任一项所述的方法，其中g是1。
98.如权利要求85至97中任一项所述的方法，其中h是0。
99.如权利要求85至97中任一项所述的方法，其中h是1。
100.如权利要求85至99中任一项所述的方法，其中i是0。
101.如权利要求85至100中任一项所述的方法，其中j是0。
102.如权利要求85至101中任一项所述的方法，其中k是0。
103.如权利要求85至102中任一项所述的方法，其中所述接头具有
Figure FDA0002709263730000145
Figure FDA0002709263730000151
Figure FDA0002709263730000152
的结构。
104.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-a的结构：
Figure FDA0002709263730000153
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s’是0、1或2；
每个R24独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，或两个R24与它们所连接的碳原子组合形成任选取代的C6-C10芳基或任选取代的C2-C9杂芳基；
s是0、1、2、3或4；并且
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
105.如权利要求104所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-b的结构：
Figure FDA0002709263730000161
或其药学上可接受的盐。
106.如权利要求58至105中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含结构式E-1a：
Figure FDA0002709263730000171
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
X1是N或CR24a；
X2是N或CR24b；
X3是N或CR24c；
X4是N或CR24d；并且
R24a、R24b、R24c和R24d中的每一个独立地是H、卤素、羟基、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
107.如权利要求106所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-1b的结构：
Figure FDA0002709263730000181
或其药学上可接受的盐。
108.如权利要求106所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-2a的结构：
Figure FDA0002709263730000182
或其药学上可接受的盐。
109.如权利要求108所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-2b的结构：
Figure FDA0002709263730000191
或其药学上可接受的盐。
110.如权利要求95至109中任一项所述的方法，其中R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C3-C6碳环基。
111.如权利要求110所述的方法，其中R22是H或CH3。
112.如权利要求104至111中任一项所述的方法，其中R23是H或任选取代的C1-C6烷基。
113.如权利要求112所述的方法，其中R23是H。
114.如权利要求104至113中任一项所述的方法，其中s是0、1或2。
115.如权利要求114所述的方法，其中s是1或2。
116.如权利要求115所述的方法，其中s是2。
117.如权利要求104至116中任一项所述的方法，其中每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基。
118.如权利要求117所述的方法，其中每个R25是F、
Figure FDA0002709263730000192
Figure FDA0002709263730000193
Figure FDA0002709263730000201
119.如权利要求104至118中任一项所述的方法，其中s’是1。
120.如权利要求104至119中任一项所述的方法，其中R24a、R24b、R24c和R24d中的每一个独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的氨基。
121.如权利要求120所述的方法，其中R24a、R24b、R24c和R24d中的每一个独立地是-NH2、
Figure FDA0002709263730000202
Figure FDA0002709263730000203
122.如权利要求58至103中任一项所述的方法，所述BRD9结合部分包含式F-a的结构：
Figure FDA0002709263730000204
其中
R28和R33中的每一个独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
t是0、1、2、3或4；
每个R29独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
u是0、1、2、3或4；
每个R30独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R31和R32中的每一个独立地选自由以下组成的组：H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；并且
G是任选取代的C1-C6亚烷基、任选取代的C6-C10亚芳基或任选取代的C3-C6亚碳环基，
或其药学上可接受的盐。
123.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式G的结构：
Figure FDA0002709263730000211
其中
R34是任选取代的C6-C10芳基或C2-C9杂芳基；
R36是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R37是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
X5是CR38a或N；
R38a、R38b和R38c各自独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；并且
R38d是氢或–NR39R40；并且
R39和R40中的每一个独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或R39和R40合并以形成任选取代的C2-C9杂环基，
其中R34、R39或R40中的至少一者包含至所述接头的键，
或其药学上可接受的盐。
124.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式G-1的结构：
Figure FDA0002709263730000221
其中
R34a、R34b和R34c中的每一个独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
每个R35a和R35b独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R36是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R37是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
每个R38a、R38b和R38c独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；并且
R38d是氢或–NR39R40；并且
每个R39和R40独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，或R39和R40合并以形成任选取代的C2-C9杂环基，
其中R34、R39或R40中的至少一者包含至所述接头的键，
或其药学上可接受的盐。
125.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式H-a的结构：
Figure FDA0002709263730000241
其中
v是0、1、2、3或4；
每个R41独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R42是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
R44是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；并且
每个R43、R45和R46独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基，
或其药学上可接受的盐。
126.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式J-a的结构：
Figure FDA0002709263730000251
其中
R47和R48各自独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R49、R50和R51中的每一个独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
w是0、1、2、3或4；并且
每个R52独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
127.如权利要求126所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式J-b的结构：
Figure FDA0002709263730000252
Figure FDA0002709263730000261
或其药学上可接受的盐。
128.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-3的结构：
Figure FDA0002709263730000262
其中
Y2是N或CR23；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；并且
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，
或其药学上可接受的盐。
129.如权利要求128所述的方法，其中所述式E-3的方法具有式E-3a的结构：
Figure FDA0002709263730000271
或其药学上可接受的盐。
130.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-4的结构：
Figure FDA0002709263730000272
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
X5是N或CR56a；
X6是N或CR56b；
X7是N或CR56c；
X8是N或CR56d；并且
R56a、R56b、R56c和R56d中的每一个独立地是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇、任选取代的磺酰胺或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
131.如权利要求130所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式E-4a的结构：
Figure FDA0002709263730000291
或其药学上可接受的盐。
132.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式G-2的结构：
Figure FDA0002709263730000292
其中
s是0、1、2、3或4；并且
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
133.如权利要求132所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式G-2a的结构：
Figure FDA0002709263730000301
或其药学上可接受的盐。
134.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式G-3的结构：
Figure FDA0002709263730000302
其中
R57是任选取代的C2-C10杂环基，
或其药学上可接受的盐。
135.如权利要求58至103中任一项所述的方法，其中所述BRD9结合部分包含式J-1的结构：
Figure FDA0002709263730000311
其中
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
Y2是N或CR58a；
Y3是N或CR58b；并且
R58a和R58b中的每一个独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，
或其药学上可接受的盐。
136.一种具有式K-1、式K-2、式M-2、式M-3或式O-1的结构的化合物：
Figure FDA0002709263730000321
其中
Y2是N或CR23；
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
X5是N或CR56a；
X6是N或CR56b；
X7和X8中的每一个独立地是N或CH；
R56a和R56b中的每一个独立地是H或NRa，其中每个Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R57是任选取代的C2-C10杂环基；
Y2是N或CR58a；
Y3是N或CR58b；并且
R58a和R58b中的每一个独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，
或其药学上可接受的盐。
137.如权利要求136所述的化合物，其中所述化合物具有式K-1的结构。
138.如权利要求136所述的化合物，其中所述化合物具有式K-2的结构。
139.如权利要求136所述的化合物，其中所述化合物具有式M-2的结构。
140.如权利要求136所述的化合物，其中所述化合物具有式M-3的结构。
141.如权利要求136所述的化合物，其中所述化合物具有式O-1的结构。
142.如权利要求136至141中任一项所述的化合物，其中s是0、1或2。
143.如权利要求136至142中任一项所述的化合物，其中所述化合物具有表1中的化合物B1-B65中任一者的结构。
144.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求136至143中任一项所述的化合物和药学上可接受的赋形剂。
145.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求136至143中任一项所述的化合物或如权利要求144所述的药物组合物。
146.一种治疗有需要的受试者中的与BRD9抑制有关的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求136至143中任一项所述的化合物或如权利要求144所述的药物组合物。
147.一种化合物，所述化合物具有式I的结构：
A-L-B
式I，
其中
L是接头；
B是降解部分；并且
A具有式E-3、式E-4、式G-2、式G-3或式E-5的结构：
Figure FDA0002709263730000351
其中
Y2是N或CR23；
R22是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
R23是H、卤素、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C6-C10芳基；
s是0、1、2、3或4；
每个R25独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基；
R53是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R54是H或任选取代的C2-C9杂芳基；
R55是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
X5和X6中的每一个独立地是N或CR56；
X7和X8中的每一个独立地是N或CH；
每个R56独立地是H或NRa，其中Ra是H、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基或任选取代的C3-C10碳环基；
R57是任选取代的C2-C10杂环基；
Y2和Y3中的每一个独立地是N或CR58；并且
每个R58独立地是H或任选取代的C1-C6烷基，
其中如果R53是H并且R54是H，则R55是NRa；如果R54是H并且R55是H，则R53是任选取代的C3-C10碳环基；并且如果R53是H并且R55是H，则R54是任选取代的C2-C9杂芳基，
或其药学上可接受的盐。
148.如权利要求147所述的化合物，其中A具有式E-3的结构。
149.如权利要求147所述的化合物，其中A具有式E-4的结构。
150.如权利要求147所述的化合物，其中A具有式G-2的结构。
151.如权利要求147所述的化合物，其中A具有式G-3的结构。
152.如权利要求147所述的化合物，其中A具有式E-5的结构。
153.如权利要求147至152中任一项所述的化合物，其中s是0、1或2。
154.如权利要求147至153中任一项所述的化合物，其中所述降解部分是泛素连接酶结合部分。
155.如权利要求154所述的化合物，其中所述泛素连接酶结合部分包括Cereblon配体、IAP(细胞凋亡的抑制剂)配体、小鼠双微体2同源物(MDM2)或希佩尔-林道配体、或其衍生物或类似物。
156.如权利要求154或155所述的化合物，其中所述降解部分具有式A-1的结构：
Figure FDA0002709263730000371
其中
Y1是
Figure FDA0002709263730000372
R3和R4独立地是H、任选取代的C1-C6烷基或任选取代的C1-C6杂烷基；
q是0、1、2、3、或4；并且
每个R2独立地是卤素、任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、任选取代的C3-C10碳环基、任选取代的C2-C9杂环基、任选取代的C6-C10芳基、任选取代的C2-C9杂芳基、任选取代的C2-C6烯基、任选取代的C2-C6杂烯基、羟基、硫醇或任选取代的氨基，
或其药学上可接受的盐。
157.如权利要求156所述的化合物，其中R3是H或任选取代的C1-C6烷基。
158.如权利要求157所述的化合物，其中R3是H或CH3。
159.如权利要求158所述的化合物，其中R3是H。
160.如权利要求158所述的化合物，其中R3是CH3。
161.如权利要求156至160中任一项所述的化合物，其中Y1是
Figure FDA0002709263730000381
162.如权利要求161所述的化合物，其中Y1是
Figure FDA0002709263730000382
163.如权利要求156至162中任一项所述的化合物，其中每个R2独立地是任选取代的C1-C6烷基、任选取代的C1-C6杂烷基、羟基或任选取代的氨基。
164.如权利要求156至163中任一项所述的化合物，其中q是0或1。
165.如权利要求164所述的化合物，其中q是0。
166.如权利要求156至165中任一项所述的化合物，其中所述降解部分具有式A-1a的结构：
Figure FDA0002709263730000391
或其药学上可接受的盐。
167.如权利要求156至166中任一项所述的化合物，其中所述降解部分具有式A-1b的结构：
Figure FDA0002709263730000392
或其药学上可接受的盐。
168.如权利要求156至167中任一项所述的化合物，其中所述降解部分具有式A-1c的结构：
Figure FDA0002709263730000393
或其药学上可接受的盐。
169.如权利要求156至167中任一项所述的化合物，其中所述降解部分具有式A-1d的结构：
Figure FDA0002709263730000401
或其药学上可接受的盐。
170.如权利要求156至167中任一项所述的化合物，其中所述降解部分具有结构：
Figure FDA0002709263730000402
或者
Figure FDA0002709263730000403
或是其衍生物或类似物。
171.如权利要求149至170中任一项所述的化合物，其中所述接头具有式II的结构：
A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-(D)-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2
式II
其中
A1是所述接头与A之间的键；
A2是B与所述接头之间的键；
B1、B2、B3和B4中的每一个独立地是任选取代的C1-C2烷基、任选取代的C1-C3杂烷基、O、S、S(O)2或NRN；
RN是H、任选取代的C1–4烷基、任选取代的C2–4烯基、任选取代的C2–4炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基或任选取代的C1–7杂烷基；
C1和C2中的每一个独立地是羰基、硫代羰基、磺酰基或磷酰基；
f、g、h、I、j和k各自独立地是0或1；并且
D是任选取代的C1–10烷基、任选取代的C2–10烯基、任选取代的C2–10炔基、任选取代的C2–6杂环基、任选取代的C6–12芳基、任选取代的C2-C10聚乙二醇或任选取代的C1–10杂烷基，或将A1-(B1)f-(C1)g-(B2)h-连接至-(B3)i-(C2)j-(B4)k–A2的化学键。
172.如权利要求171所述的化合物，其中B1、B2、B3和B4中的每一个独立地是任选取代的C1-C4烷基、任选取代的C1-C4杂烷基或NRN。
173.如权利要求171或172所述的化合物，其中RN是H或任选取代的C1–4烷基。
174.如权利要求171至173中任一项所述的化合物，其中RN是H或CH3。
175.如权利要求171至174中任一项所述的化合物，其中B1和B4中的每一个独立地是
Figure FDA0002709263730000411
Figure FDA0002709263730000412
176.如权利要求175所述的化合物，其中B1是
Figure FDA0002709263730000421
Figure FDA0002709263730000422
177.如权利要求171至176中任一项所述的化合物，其中C1和C2中的每一个独立地是
Figure FDA0002709263730000423
178.如权利要求177所述的化合物，其中C1是
Figure FDA0002709263730000424
179.如权利要求171至178中任一项所述的化合物，其中B2是NRN。
180.如权利要求171至179中任一项所述的化合物，其中B2是任选取代的C1-C4烷基。
181.如权利要求171至180中任一项所述的化合物，其中f是0。
182.如权利要求171至180中任一项所述的化合物，其中f是1。
183.如权利要求171至182中任一项所述的化合物，其中g是1。
184.如权利要求171至183中任一项所述的化合物，其中h是0。
185.如权利要求171至183中任一项所述的化合物，其中h是1。
186.如权利要求171至185中任一项所述的化合物，其中i是0。
187.如权利要求171至186中任一项所述的化合物，其中j是0。
188.如权利要求171至187中任一项所述的化合物，其中k是0。
189.如权利要求171至188中任一项所述的化合物，其中所述接头具有
Figure FDA0002709263730000431
Figure FDA0002709263730000432
Figure FDA0002709263730000433
的结构。
190.如权利要求136至142中任一项所述的化合物，其中所述化合物具有表2中的化合物D1-D20中任一者的结构。
191.一种药物组合物，所述药物组合物包含如权利要求138至190中任一项所述的化合物和药学上可接受的赋形剂。
192.一种治疗有需要的受试者中的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求149至190中任一项所述的化合物或如权利要求191所述的药物组合物。
193.一种治疗有需要的受试者中的与BRD9抑制有关的癌症的方法，所述方法包括向所述受试者施用有效量的如权利要求149至190中任一项所述的化合物或如权利要求191所述的药物组合物。
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