CN111733278A - 水稻钠钾离子吸收qtl连锁的snp分子标记及其应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及遗传育种领域，具体是一种水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na‑3‑1连锁的SNP分子标记、引物和应用，所述SNP分子标记RS(36172492)与RS(36174628)位于IRGSP‑1.0基因组版本的Chr3染色体短臂上，序列如SEQ ID NO.1与SEQ ID NO.2所示，多态性分别是(T/G)(G/‑)、(A/‑)，可通过SEQ ID NO.3‑4和SEQ ID NO.5‑6所示的引物扩增得到。所述分子标记能准确跟踪所述水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na‑3‑1，预测水稻的潜在耐盐特性，进而方便进行分子育种。本发明还公开了一种鉴定水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na‑3‑1分子标记的方法，利用所提供的方法能够加强钠钾离子吸收预测的准确性，以便快速筛选出具有潜在增强水稻耐盐性的水稻品种或品系用于育种，可大大加快水稻潜在耐盐性品种的选育进程。
Description
技术领域
本发明涉及分子生物学及作物遗传育种领域，具体地说，是水稻钠钾离子吸收QTLqK/Na-3-1连锁的SNP分子标记及其应用。
背景技术
水稻是世界上最重要的粮食作物之一，也是我国重要的粮食作物，我国的粮食形势依然严峻，提高水稻的耐盐性，可以扩展水稻的种植面积，我国有广阔的沿海地区，有超丰富待开发的盐碱地。选育合适的耐盐性水稻种质资源，对于保证我们的粮食安全具有重要的意义。
水稻耐盐性状是复杂的数量性状，受多个数量性状基因位点(Quantitativetrait locus,QTL)控制，具有遗传力低、受环境影响大、选择难度高的特性，所以在选育过程中，传统的育种方法存在时间长、消费大、成本高、成果小的问题。分子标记辅助育种，不依赖于表型选择，即不受环境、基因互作、基因与环境互作等因素的影响，而是直接对基因型进行选择，因而能大大提高育种效率。
单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphism,SNP)指的是基因组内DNA某一特定核苷酸位置存在转换、颠换、***、缺失等变化而引起的DNA序列多态性。其技术是利用已知序列信息来比对寻找SNP位点，再利用发掘的变异位点设计特异性的引物来对基因组DNA或cDNA进行PCR扩增，得到基于SNP位点的特定的多态性产物，最后利用电泳技术分析产物的多态性。SNP标记的优点是数量多，分布广泛；在单个基因和整个基因组分布不均匀；SNP等位基因频率容易估计。
水稻小孢子再生技术培育水稻双单倍体(Doubled Haploid，DH)群体，利用BSA分析的策略鉴定QTL候选区域。QTL-seq方法的主要优点为：(1)不需要开发传统的分子标记，直接利用两个亲本间具有多态性的SNPs进行定位，缩短研究时间。(2)利用DNA混池测序，减少了DNA提取和建库过程的成本。(3)候选区域筛选的同时。可进一步搜索QTL区域的候选功能突变，有可能一步实现精确定位。
此前有学者对钠钾离子吸收进行了QTL定位，发现与之相关的QTL在水稻中广泛存在，然而目前与水稻钠钾离子吸收相关的离子通道蛋白的基因，紧密连锁的分子标记却没有。因此研究获得有关水稻钠钾离子吸收的QTL或基因，利用分子生物学技术，增加水稻的耐盐性，进而增加水稻的可适种植范围，最终达到选育耐盐性水稻新品种的目的，在水稻育种工作中意义重要。
发明内容
本发明的目的在于提供与水稻钠(sodium,Na)钾(potassium,K)离子吸收QTL qK/Na-3-1(potassium and sodium absorption)紧密连锁的SNP分子标记。
本发明的另一目的在于提供所述分子标记的定量PCR引物。
本发明的第三个目的在于提供上述水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1紧密连锁的分子标记的快速鉴定方法。
本发明的目的是通过以下技术方案实现的：
基于以上目的，申请人利用水稻“韭菜青”为母本，以“申优-MG8”为父本杂交，得到杂种F1，F1代单株种植后，取F1代植株上的花药，取小孢子进行再生培养，获得39个加倍后的双单倍体水稻植株。对水稻双单倍体DH群体钠钾离子吸收性状鉴定，提取亲本“韭菜青”、“申优-MG8”和双单倍体DH群体植株DNA。对39个DH个体主要分为2个极端集合，High-1以及Low-2，两个极端集合各包括10个DH株系，每个DH株系包括6个单株，Low-2中K/Na的值在0.62～2.26，High-1中K/Na的值在4.64～9.18，其余的19个DH个体的K/Na的值在2.31～4.54之间。
盐胁迫下水稻离子平衡性状的表型分析，在盐胁迫下，分别对亲本及DH群体的Na、K离子吸吸收进行采集。盐胁迫下，SY-MG8品种K+＝10.7±0.56(g/kg)，Na+＝3.24±0.15；JCQ品种K+＝10.42±0.08，Na+＝3.73±0.06。对照条件下，SY-MG8的K+＝19.99±0.22(g/kg)，Na+＝0.45±0.03；JCQ的K+＝17.52±0.42，Na+＝1.02±0.05。对双亲的观察发现，与对照相比，双亲在盐胁迫下，K/Na离子比要显著性降低，SY-MG8(♀)减少12.46fold times，JCQ(♂)减少6.18fold times(图2)。盐胁迫下，亲本材料SY-MG8(♀)的K/Na离子比是3.3，要显著性高于亲本材料JCQ(♂)的2.79，高18.21％。在盐胁迫条件下，DH群体(39个植株)各性状的K/Na离子比均落在两亲本之间，分布范围在0.62～9.18之间。双亲产生的DH群体两个极端混池，High-1的K/Na离子比均超过双亲，Low-2的K/Na离子比均低于双亲，DH群体的自然条件和盐胁迫条件下的K/Na离子比，满足正太分布，符合数量性状的遗传特性(图3)。
DH群体测序极端株系的筛选，本实验通过对DH群体的K/Na离子比性状进行考察，筛选出在盐胁迫条件下K/Na离子比最高及最低的各10个株系，这20个株系的K/Na离子比的盐胁迫下的表型值，极端高K/Na比材料(H-bulks)的分布范围为4.64～9.18，极端低K/Na比材料(L-bulks)的离子比为0.62～2.26，两个极端池之间存在显著性差异(P＝2.52×10-8)。对测序数据质量评估后发现，本发明利用高通量测序对亲本及混池共4个实验组进行分析，过滤后得到的Clean Reads为27.23Gb，Q30达到92％以上，样品平均测序深度为(14.58X)。样品与参考基因组平均比对效率为98.63％，平均覆盖深度为(14.96X)，1×覆盖率百分比超过97.48％；5×覆盖率百分比超过93.66％。
通过和参考基因组比对，从DNA水平的差异分析了四个测序样品，获得SNP和InDel的情况如表1所示，2个亲本与20个DH个体，一共获得1059023个SNP，189795个InDel。根据SNP-index方法关联阈值判定，当拟合后△SNP-index的置信度为0.99时，共得到1个与盐胁迫下水稻K/Na离子比相关联的染色体区域(图4)。由图4可知，横坐标代表染色体，黑色的线为拟合后的SNP-index(或△SNP-index)值，L-bulk是低K/Na比混池的SNP-index值的分布图，H-bulk是高K/Na比混池的SNP-index值的分布图。由图5可知，定位结果集中分布在第3号染色体上，存在1个候选区域，大小是830772bp，共包含142个基因。
SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)对应的两个跨膜蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)的跨膜蛋白模型示意图见图7，图7是使用TMHMM Serverv2.0预测的Os03g0857000、Os03g0857100的跨膜结构域。
本发明所述的水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1，该QTL位于水稻染色体2D短臂上，在基因组版本IRGSP-1.0的物理位置为Chr3:35450000-36280772。本发明提供了鉴定上述水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的扩增引物，该水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1与分子标记RS(36172492)、RS(36174628)紧密连锁，并确定了该分子标记可以扩增的多态性，该分子标记RS(36172492)、RS(36174628)与跨膜蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)紧密连锁，可通过3条核苷酸序列分别如SEQ ID NO.3-6所示的引物扩增得到。具体地，该水稻钠钾离子吸收SNP RS(36172492)、RS(36174628)与预测跨膜蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)紧密连锁(166bp、219bp)。
本发明的第一方面，提供水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1连锁的SNP分子标记，所述SNP分子标记位于IRGSP-1.0基因组版本的Chr3染色体短臂上，位于qK/Na-3-1内部：
SNP分子标记RS(36172492)，序列如SEQ ID NO.1所示，其序列第47bp处位点的多态性为T/G，第48bp处位点的多态性为G/-；
SNP分子标记RS(36174628)，序列如SEQ ID NO.2所示，其序列第18bp处位点的多态性为A/-。
具体序列如下：
SNP分子标记RS(36172492)：
CTGGAATCGGACATTTTAACGCACGAAAAAACAGCACACGGAGAGG(T/G)(G/-)GACGATTGAG；
SNP分子标记RS(36174628)：
GGAGCAAAGCGAGGCGG(A/-)AAGACGGGCGACCGAGGCAGGTGGGCGGGGAGCGAAGCGACG。
水稻钠钾离子通道蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)紧密连锁的SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)，其与水稻跨膜蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)紧密连锁，位于IRGSP-1.0基因组版本的Chr3染色体短臂上，，在IRGSP-1.0基因组版本的物理位置为Chr3:35450000-36280772，与跨膜蛋白基因(Os03g0857000、Os03g0857100)之间的距离只有166bp、219bp。
本发明的第二方面，提供用于检测水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1连锁的SNP分子标记的特异性引物组合，针对SNP分子标记RS(36172492)的引物序列如SEQ ID NO.3-4所示，针对SNP分子标记RS(36174628)的引物序列如SEQ ID NO.5-6所示。
本发明的水稻钠钾离子吸收SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)可以由2对(4条)引物对PCR扩增获得，包括2条上游引物和2条下游引物，核苷酸序列分别如SEQ IDNO.3-4和SEQ ID NO.5-6所示。
RS(36172492)引物序列：
P1F：TGATTGGGGTGGTCTGATTC(SEQ ID NO.3)；
P1R：CAATCGTCACCTCTCCGTGT(SEQ ID NO.4)；
RS(36174628)引物序列：
P2F：AGAGCCACGGTTGGAGCAAA(SEQ ID NO.5)；
P2R：CACCTACGGCCATCACTGAC(SEQ ID NO.6)。
本发明的第三方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在鉴定水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1中的应用。
进一步的，所述的应用，是以待测植株样品的基因组DNA作为模板，用PCR引物进行定量PCR扩增，利用扩增结果进行基因型分型，将能够读取到上述SNP分子标记的RS(36172492)、RS(36174628)的多态性分别是(T/G)(G/-)、(A/-)的植株鉴定为含有水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的植株。
更进一步的，所述定量PCR的扩增反应体系：5μL 10×PCR buffer，4μL dNTP mix(2mM)，2μL引物1(P1或P3,10pM)，2μL引物2(P2或P4,10pM)，1μL高保真Taq酶(2U/μL)，1μLDNA模板(50ng-1μg/μL)，加ddH2O至50μL；
定量PCR程序：94℃预变性3分钟；94℃变性45秒、58℃复性/延伸45秒，72℃60秒，共35个循环；72℃保温7分钟；
获得的结果进行基因分型；利用一代测序的分析策略，检测PCR扩增产物序列，如果能够读取到上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)的多态性分别是(T/G)(G/-)、(A/-)，则待测植株为具有钠钾离子吸收QTL的水稻资源。
本发明的第四方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在鉴定水稻潜在耐盐性中的应用。
本发明的第五方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在鉴定水稻钠钾离子吸收潜在候选基因中的应用。
本发明的第六方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在水稻钠钾离子吸收性状候选基因挖掘中的应用。
本发明的第七方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在水稻潜在耐盐性遗传资源挖掘中的应用。
本发明的第八方面，提供上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或上述特异性引物组合在水稻种质资源改良或在水稻潜在耐盐性材料创制或在水稻分子辅助育种中的应用。
本发明的第九方面，提供一种快速鉴定水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的分子标记方法，以双亲杂交获的F1代植株，对F1代花药小孢子进行游离培养，获取双单倍体株系的DH群体，获取DH群体的2个极端池，利用上述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)和BSA的分析策略快速鉴定水稻钠钾离子吸收QTL区域。
本发明的有益效果在于：
1、本发明公开了位于水稻2D染色体上的与水稻钠钾离子吸收连锁的分子标记RS(36172492)、RS(36174628)，该分子标记是水稻2D染色体长臂上钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的内部标记，连锁度极高。该标记可用来检测水稻2D染色体上的钠钾离子吸收QTL，快速筛选具有该位点的植株，进而方便进行具有潜在耐盐性水稻材料的遗传机制的研究。本发明提供的分子标记RS(36172492)、RS(36174628)与水稻Chr3短臂上的跨膜蛋白基因紧密连锁，可用来对水稻钠钾离子吸收这一性状进行遗传机制提供参考，从而在水稻耐盐性育种过程中扩展遗传资源，提高育种工作的目的性，为水稻耐盐性的研究提供基础。
2、本发明首次公开了来自水稻亲本“韭菜青”，以及“申优-MG8”杂交的钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1，位于水稻2D染色体短臂上，包含142个功能基因，涉及离子通道、跨膜蛋白基因资源。该QTL在水稻潜在耐盐性育种中具有较高的利用价值。
3、本发明首次公开了基于水稻DH群体结合BSA策略开发的钠钾离子吸收QTL内部的分子标记RS(36172492)、RS(36174628)，且为共显性标记，检测准确高效、扩增方便稳定。本发明公开的分子标记RS(36172492)、RS(36174628)与水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1极显著相关，呈现共分离标记特征，用于分子标记辅助选择的准确性高，提高适应不同环境的水稻钠钾离子吸收品种的选择鉴定效率，且成功率高。
附图说明
图1为本发明实施例1中水稻(Oryza sativa L.)小孢子植株再生示意图。
图2为本发明实施例1中亲本SY-MG8和JCQ在盐胁迫、对照条件下，K+、Na+离子吸收的表型直方图。
图3为本发明实施例2中利用BSA分析策略鉴定的两个极端混池的表型，高K/Na比混池(H-bulks)以及低K/Na比混池(L-bulks)。“JCQ”表示父本“韭菜青”，“SY-MG8”表示母本“申优-MG8”。
图4为本发明实施例4中“韭菜青”ד申优-MG8”产生DH群体，利用BSA分析策略中SNP-index方法鉴定的与水稻钠钾离子吸收相关的QTL区间。
图5与本发明实施例4中水稻钠钾离子吸收相关的QTL区间，紧密连锁的SNP标记RS(36172492)、RS(36174628)与候选跨膜蛋白的定位。
图6为本发明实施例5中水稻钠钾离子吸收相关QTL中遗传资源的功能富集分析。执行度最高的前2个生物学代谢途径(Biological Process)是“regulation of iontransmembrane transport”、“regulation of transmembrane transport”。
图7为本发明实施例6中为使用TMHMM Server v2.0预测的Os03g0857000、Os03g0857100的跨膜结构域。
具体实施方式
下面结合实施例对本发明提供的具体实施方式作详细说明。
在不背离本发明精神和实质的情况下，对本发明方法、步骤或条件所作的修改或替换，均属于本发明的范围。本发明实施例中所用的水稻种质资源以及所创造的水稻DH群体均来自上海农业科学院细胞研究一室。
实施例1：亲本材料表型鉴定以及水稻F1代小孢子DH群体构建
(1)以亲本“韭菜青”、“申优-MG8”为基础，大田杂交，套袋，收获杂交F1代种子，温室盆钵种植，获取F1代植株，小孢子培养，加倍，获取小孢子再生植株，加倍，自交结实，种子收获，共获取39株水稻株系(图1)。
(2)利用水培实验，对亲本进行盐胁迫处理，调节盐池盐浓度，每隔2-3天，测量盐池浓度，调至0.3％。盐胁迫30天后，取盐池植株倒二叶，每材料取3株。如图2所示，盐胁迫下，品种SY-MG8的K+＝10.7±0.56(g/kg)，Na+＝3.24±0.15，JCQ的K+＝10.42±0.08，Na+＝3.73±0.06。对照条件下，SY-MG8的K+＝19.99±0.22(g/kg)，Na+＝0.45±0.03；JCQ的K+＝17.52±0.42，Na+＝1.02±0.05。与对照相比，盐胁迫下两亲本的K+/Na+离子比均显著降低，SY-MG8降低了12.46倍，JCQ降低了6.18倍。另外，在盐胁迫处理中，亲本SY-MG8的K+/Na+离子比值显著高于亲本JCQ，提高了18.21％。
实施例2：水稻DH子代钠钾离子吸收的表型鉴定
对盐胁迫处理下DH群体的K+/Na+离子比进行考察，筛选出盐处理下K+/Na+离子比最高和最低的10个株系。如图3所示，DH群体K+/Na+比值分布范围为0.62～9.18。在DH群体衍生的两个极端混合池中，分为高K+/Na+比群体(H-bulks)以及低K+/Na+比群体(L-bulks)，两个极端池之间差异显著(P＝2.52×10-8)。H-bulks与L-bulks两个群体各包括10个DH株系，每个DH系含有6个单株。L-bulks中DH株系K+/Na+值在0.62～2.26之间，L-bulks中DH株系K+/Na+值在4.64～9.18之间，其余19个DH株系K+/Na+值在2.31～4.54之间。盐胁迫下DH群体的K+/Na+比值符合正态分布，属于数量性状的遗传特征。
实施例3：测序数据的质量比较分析
(1)提取每株系DNA，每株系重复三次取样。利用NanoDrop 2000(cThermoScientific)仪器测定DNA浓度，进行等量混合，用于构建高K+/Na+比混池(H-bulks)和低K+/Na+比混池(L-bulks)，进行文库的制备及检测。
(2)建库测序：利用超声波将亲本和混池DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3'端加A、连接测序接头后，再利用磁珠吸附富集基因组长度为400bp左右的片段，经过PCR扩增形成测序文库。质检达标的文库利用Illumina HiSeq进行测序，亲本平均测序深度28×，子代平均测序深度30×。测序结果如表1和表2所示，对包括2个亲本和2个混合池在内的4个实验组数据比较后发现，过滤后获得的clean reads为27.23GB，Q30值大于92％，样品平均测序深度为14.58×，样本与参考基因组的平均比对效率为98.63％，平均覆盖深度为14.96倍。1X基因组覆盖率超过97.48％，5X基因组覆盖率超过93.66％。
表1.SY-MG8、L-bulks、H-bulks和JCQ测序数据质量汇总
表2.测序数据与水稻参考基因组的比对结果
(3)标记开发：利用BWA软件将两个亲本及极端混池clean reads与水稻参考基因组进行比对。根据GATK网站上的Best Practice进行SNP的检测和过滤，获得检测样品与参考基因组之间高质量的SNP位点。
实施例4：水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1及其关联分子标记RS(36172492)、RS(36174628)的获取
(1)利用基于△SNP-index法的BSA分析策略鉴定到的水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1区域。计算方法简述如下：Index＝DepH/(DepL+DepH)，其中DepH和DepL分别为H-bulks极端群体和L-bulks极端群体的等位基因在H-bulks混池与L-bulks混池中的reads数目。
(2)对照水稻参考基因组对4个测序样本进行BLAST搜索，由图4可知，共获得2,818,393个SNPs，包括SY-MG8(528,160)、JCQ(578,716)、H-bulks(832,712)和L-bulks(878,805)，在全部SNPs中，5.15％与基因功能变异有关。根据SNP指数法的相关阈值，当拟合的SNP指数置信度为0.99时，得到了与盐胁迫下水稻K+/Na+吸收比值显著性关联的染色体区间。如图5所示，定位结果集中在水稻3号染色体上(chr3：35450000-36280772)，其大小为830.8-kb，共包含142个注释基因，共有13个SNPs标记的候选基因位于该区域。
实施例5：注释与钠钾离子吸收QTL所关联的候选基因
候选基因功能注释：利用BLAST富集分析工具，在GO数据库中，进行功能富集分析，超几何检验显著性阈值为P value<0.05，对“韭菜青”ד申优-MG8”DH群体QTL qK/Na-3-1包含的142个基因进行GO功能富集分析。如图6所示，置信度最高的为代谢过程(GO：0008152)、运输过程(GO：00068100)、应激反应(GO：0006950)和非生物刺激反应(GO：0009628)等涉及生物过程的基因。
实施例6：设计特异性引物扩增与候选基因显著性关联的SNPs
在3号染色体上(chr3：35450000-36280772)区间中的142个注释基因中，共有13个SNPs标记的候选基因位于该区域，其中2个SNPs，RS(36172492)与RS(36174628)标记，位于基因Os03g0857000、Os03g0857100的5’UTR区域。基因功能预测结果显示Os03g0857000、Os03g0857100为跨膜蛋白基因(图7)。
本发明的水稻钠钾离子吸收SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)可以由2对(4条)引物对PCR扩增获得，包括2条上游引物和2条下游引物，核苷酸序列分别如SEQ IDNO.3-4和SEQ ID NO.5-6所示。
RS(36172492)引物序列：
P1F：TGATTGGGGTGGTCTGATTC(SEQ ID NO.3)；
P1R：CAATCGTCACCTCTCCGTGT(SEQ ID NO.4)；
RS(36174628)引物序列：
P2F：AGAGCCACGGTTGGAGCAAA(SEQ ID NO.5)；
P2R：CACCTACGGCCATCACTGAC(SEQ ID NO.6)。
以上已对本发明创造的较佳实施例进行了具体说明，但本发明创造并不限于所述实施例，熟悉本领域的技术人员在不违背本发明创造精神的前提下还可做出种种的等同的变型或替换，这些等同的变型或替换均包含在本申请权利要求所限定的范围内。
序列表
<110> 上海市农业科学院
<120> 水稻钠钾离子吸收QTL连锁的SNP分子标记及其应用
<130> /
<160> 6
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 58
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 1
ctggaatcgg acattttaac gcacgaaaaa acagcacacg gagaggtgga cgattgag 58
<210> 2
<211> 60
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 2
ggagcaaagc gaggcggaaa gacgggcgac cgaggcaggt gggcggggag cgaagcgacg 60
<210> 3
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 3
tgattggggt ggtctgattc 20
<210> 4
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 4
caatcgtcac ctctccgtgt 20
<210> 5
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 5
agagccacgg ttggagcaaa 20
<210> 6
<211> 20
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial)
<400> 6
cacctacggc catcactgac 20
Claims (10)
1.水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1连锁的SNP分子标记，其特征在于，所述SNP分子标记位于IRGSP-1.0基因组版本的Chr3染色体短臂上，位于qK/Na-3-1内部：
SNP分子标记RS(36172492)，序列如SEQ ID NO.1所示，其序列第47bp处位点的多态性为T/G，第48bp处位点的多态性为G/-；
SNP分子标记RS(36174628)，序列如SEQ ID NO.2所示，其序列第18bp处位点的多态性为A/-。
2.用于检测水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1连锁的SNP分子标记的特异性引物组合，其特征在于，针对SNP分子标记RS(36172492)的引物序列如SEQ ID NO.3-4所示，针对SNP分子标记RS(36174628)的引物序列如SEQ ID NO.5-6所示。
3.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在鉴定水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用，其特征在于，是以待测植株样品的基因组DNA作为模板，用PCR引物进行定量PCR扩增，利用扩增结果进行基因型分型，将能够读取到上述SNP分子标记的RS(36172492)、RS(36174628)的多态性分别是(T/G)(G/-)、(A/-)的植株鉴定为含有水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的植株。
5.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在鉴定水稻潜在耐盐性中的应用。
6.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在鉴定水稻钠钾离子吸收潜在候选基因中的应用。
7.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在水稻钠钾离子吸收性状候选基因挖掘中的应用。
8.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在水稻潜在耐盐性遗传资源挖掘中的应用。
9.如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)或如权利要求2所述特异性引物组合在水稻种质资源改良或在潜在耐盐性水稻材料创制或在水稻分子辅助育种中的应用。
10.一种快速鉴定水稻钠钾离子吸收QTL qK/Na-3-1的分子标记方法，其特征在于，是以双亲杂交获的F1代植株，对F1代花药小孢子进行游离培养，获取双单倍体株系的DH群体，获取DH群体的2个极端池，利用如权利要求1所述SNP分子标记RS(36172492)、RS(36174628)和BSA的分析策略快速鉴定水稻钠钾离子吸收QTL区域。
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Legal Events
| Date | Code | Title | Description |
|---|---|---|---|
| PB01 | Publication | ||
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| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| SE01 | Entry into force of request for substantive examination | ||
| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |
Application publication date: 20201002 |
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| RJ01 | Rejection of invention patent application after publication |