CN111380941A - 电泳分离数据的解析装置 - Google Patents

电泳分离数据的解析装置 Download PDF

Info

Publication number
CN111380941A
CN111380941A CN201911377724.7A CN201911377724A CN111380941A CN 111380941 A CN111380941 A CN 111380941A CN 201911377724 A CN201911377724 A CN 201911377724A CN 111380941 A CN111380941 A CN 111380941A
Authority
CN
China
Prior art keywords
component
analysis target
data
peak
analysis
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Granted
Application number
CN201911377724.7A
Other languages
English (en)
Other versions
CN111380941B (zh
Inventor
荻野康太
原田亨
熊谷英乡
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shimadzu Corp
Original Assignee
Shimadzu Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shimadzu Corp filed Critical Shimadzu Corp
Publication of CN111380941A publication Critical patent/CN111380941A/zh
Application granted granted Critical
Publication of CN111380941B publication Critical patent/CN111380941B/zh
Active legal-status Critical Current
Anticipated expiration legal-status Critical

Links

Images

Classifications

    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B15/00—ICT specially adapted for analysing two-dimensional or three-dimensional molecular structures, e.g. structural or functional relations or structure alignment
    • G—PHYSICS
    • G16—INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR SPECIFIC APPLICATION FIELDS
    • G16B—BIOINFORMATICS, i.e. INFORMATION AND COMMUNICATION TECHNOLOGY [ICT] SPECIALLY ADAPTED FOR GENETIC OR PROTEIN-RELATED DATA PROCESSING IN COMPUTATIONAL MOLECULAR BIOLOGY
    • G16B40/00—ICT specially adapted for biostatistics; ICT specially adapted for bioinformatics-related machine learning or data mining, e.g. knowledge discovery or pattern finding
    • G16B40/10—Signal processing, e.g. from mass spectrometry [MS] or from PCR
    • G—PHYSICS
    • G01—MEASURING; TESTING
    • G01N—INVESTIGATING OR ANALYSING MATERIALS BY DETERMINING THEIR CHEMICAL OR PHYSICAL PROPERTIES
    • G01N27/00—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means
    • G01N27/26—Investigating or analysing materials by the use of electric, electrochemical, or magnetic means by investigating electrochemical variables; by using electrolysis or electrophoresis
    • G01N27/416—Systems
    • G01N27/447—Systems using electrophoresis
    • G01N27/44704—Details; Accessories
    • G01N27/44717—Arrangements for investigating the separated zones, e.g. localising zones

Landscapes

  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Spectroscopy & Molecular Physics (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Medical Informatics (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • Theoretical Computer Science (AREA)
  • Evolutionary Biology (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Bioinformatics & Computational Biology (AREA)
  • Crystallography & Structural Chemistry (AREA)
  • Artificial Intelligence (AREA)
  • Public Health (AREA)
  • Electrochemistry (AREA)
  • Computer Vision & Pattern Recognition (AREA)
  • Data Mining & Analysis (AREA)
  • Databases & Information Systems (AREA)
  • Epidemiology (AREA)
  • Evolutionary Computation (AREA)
  • Chemical Kinetics & Catalysis (AREA)
  • Bioethics (AREA)
  • Software Systems (AREA)
  • General Physics & Mathematics (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Signal Processing (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Other Investigation Or Analysis Of Materials By Electrical Means (AREA)
  • Investigating, Analyzing Materials By Fluorescence Or Luminescence (AREA)
  • Investigating Or Analysing Biological Materials (AREA)

Abstract

提供一种电泳分离数据的解析装置。解析装置具备分离数据保持部、判定基准保持部以及成分峰判定部。所述分离数据保持部将针对包含作为已知成分的参照成分的参照用试样进行电泳分析得到的分离数据作为参照数据进行保持，并且将针对解析对象试样进行电泳分析得到的分离数据作为解析对象数据进行保持。所述判定基准保持部保持用于判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同的判定基准。所述成分峰判定部构成为使用所述判定基准来判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同。

Description

电泳分离数据的解析装置
技术领域
本发明涉及一种具有对通过电泳分析得到的分离数据自动地进行指纹图谱分析(fingerprinting analysis)解析的功能的解析装置。
背景技术
作为通过电泳分析获取的分离数据的解析方法，已知如下一种指纹图谱分析：将与包含已知成分的参照用试样有关的分离数据(以下称为参照数据)同与解析对象试样有关的分离数据(以下称为解析对象数据)进行比较，来鉴定解析对象试样中包含的成分。
一般情况下，将参照数据和解析对象数据(或者根据这些数据制作的凝胶图像(以特定的分离指标(例如片段大小)为轴排列各成分峰所得到的图像))并排配置，通过视觉观察来确认在解析对象数据上是否存在与参照数据上的各成分峰相同的成分峰，由此进行指纹图谱分析。
现有技术文献
专利文献
专利文献1：日本特开2018-025536号公报
发明内容
发明要解决的问题
在电泳分析中，即使对相同物质进行测定，分离数据有时也会产生偏差。特别是在使用多个泳动流路进行了电泳的情况下，由于泳动流路间的分析误差而分离数据易于产生偏差。如果分离数据间的偏差大，则难以通过参照数据与解析对象数据的比较来鉴定解析对象成分。
为了减小分离数据间的偏差，提出了以参照数据为基准对解析对象数据的峰波形进行校正的方案(参照专利文献1。)。通过使解析对象数据中的特定范围的峰波形在固定条件下沿时间轴方向伸缩或移位来进行解析对象数据的波形校正。由此，参照数据与解析对象数据的比较变得容易。
然而，在以往的指纹图谱分析中，基于通过视觉观察进行的判定来进行解析对象试样中的成分的鉴定，因此担心由用户的主观导致的结果的偏差。另外，还存在以下问题：用户通过视觉观察进行的判断需要长时间，容易引起人为错误。
因此，本发明的目的在于提供一种具有对通过电泳分析得到的分离数据自动地进行指纹图谱分析的功能的解析装置。
用于解决问题的方案
本发明是用于对通过电泳分析得到的分离数据进行解析的解析装置。该解析装置具备分离数据保持部、判定基准保持部以及成分峰判定部。所述分离数据保持部将针对包含作为已知成分的参照成分的参照用试样进行电泳分析得到的分离数据作为参照数据进行保持，并且将针对解析对象试样进行电泳分析得到的分离数据作为解析对象数据进行保持。所述判定基准保持部保持用于判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同的判定基准。所述成分峰判定部构成为使用所述判定基准来判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同。
在优选的实施方式中，还具备：解析对象成分指标值确定部，其构成为将所述解析对象数据中的成分峰的分离指标值确定为解析对象成分指标值；以及参照成分指标值确定部，其构成为将所述参照数据中的成分峰的分离指标值确定为参照成分指标值，所述成分峰判定部构成为：在所述参照数据中的成分峰的所述参照成分指标值与所述解析对象数据中的成分峰的所述解析对象成分指标值之差满足所述判定基准时，将所述参照数据中的成分峰和所述解析对象数据中的成分峰判定为同一成分峰。
在上述情况下，所述判定基准也可以是差容许率，该差容许率是所述解析对象成分指标值与所述参照成分指标值之间的差相对于所述参照成分指标值的比例。
另外，本发明所涉及的解析装置也可以具有执行波形校正的功能，在该波形校正中，使峰波形伸缩和/或移位，以使解析对象数据中的特定的范围的峰波形与参照数据中的对应范围的峰波形匹配。即，在本发明所涉及的解析装置的优选的实施方式中，还具备波形校正部，该波形校正部构成为执行波形校正，在该波形校正中，使在所述解析对象数据中设定的解析对象范围的峰波形在规定的容许范围内伸缩和/或移位，以使所述解析对象范围的峰波形与对应于该解析对象范围的所述参照数据中的范围的峰波形之间的相关性最大，所述成分峰判定部构成为：在执行了所述波形校正后的所述解析对象范围的峰波形与对应于所述解析对象范围的所述参照数据中的范围的峰波形之间的相关性满足了所述判定基准时，判定为处于所述解析对象范围内的成分峰与处于对应于所述解析对象范围的所述参照数据中的范围的成分峰为同一成分峰。此外，关于波形校正，在专利文献1中有详细地公开。
在上述情况下，也可以是，用户能够任意地指定解析对象范围。即，也可以是，还具备解析对象范围指定部，该解析对象范围指定部构成为使用户指定所述解析对象范围，所述波形校正部构成为对由用户指定的所述解析对象范围执行所述波形校正。
另外，也可以是，用户能够任意地设定波形校正的容许范围。即，也可以是，还具备校正容许范围指定部，该校正容许范围指定部构成为使用户指定所述容许范围，所述波形校正部构成为在由用户指定的所述容许范围内执行所述波形校正。
另外，也可以构成为用户能够任意地设定判定基准。即，也可以是，还具备判定基准输入部，该判定基准输入部用于使用户输入所述判定基准，所述判定基准保持部构成为保持由所述用户输入的所述判定基准。
也可以是，所述分离数据保持部构成为：保持多个分离数据，并且将所述多个分离数据中的由用户指定的一个分离数据作为所述参照数据进行保持，将剩余的分离数据中的至少一个分离数据作为所述解析对象数据进行保持。
另外，也可以是，还具备指标值指定部，该指标值指定部构成为使用户通过分离指标值来指定想要确认在所述解析对象数据中的存在的成分峰，所述成分峰判定部构成为：在用户通过所述分离指标值指定了成分峰时，在用户所指定的所述分离指标值与所述解析对象数据中的成分峰的所述解析对象成分指标值之差满足了所述判定基准时，判定为所述解析对象成分中的该成分峰与由用户通过所述分离指标值指定的成分峰相同。于是，用户能够通过分离指标值来指定想要确认解析数据中的存在的成分峰。
另外，也可以具备参照成分名称输入部，该参照成分名称输入部构成为使用户输入所述参照成分的名称。
另外，如上所述，判定基准是解析对象数据中的成分峰的分离指标值与参照数据中的成分峰的分离指标值之差的容许率等，但如果设定这样的判定基准，则参照数据中彼此相邻的成分峰的判定基准彼此可能相互重合。在这样的情况下，如果解析对象数据中的成分峰的分离指标值处于判定基准重合的范围内，则判定为该成分峰与参照数据中的多个成分峰相同，导致解析对象数据中的一个成分峰被确定为多个成分峰。
因此，所述成分峰判定部构成为：在使用所述判定基准进行判定的结果为存在多个能够判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同的所述参照数据中的成分峰的情况下，将具有与所述解析对象数据中的成分峰的所述分离指标值最接近的所述分离指标值的所述参照数据中的一个成分峰判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同。由此，能够防止解析对象数据中的一个成分峰被确定为多个成分峰。
在上述情况下，输出所述成分峰判定部的判定结果的判定结果输出部能够构成为：在所述成分峰判定部从能够判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同的所述参照数据中的多个成分峰中判定为其中一个成分峰与所述解析对象数据中的成分峰相同时，对所述判定结果附加警告。由此，用户能够根据对判定结果附加的警告来容易地识别出存在多个能够判定为与解析对象数据中的成分峰相同的参照数据中的成分峰。
发明的效果
在本发明所涉及的解析装置中，构成为使用预先设定的判定基准来自动地判定解析对象数据中的成分峰是否与参照数据中的成分峰相同，因此能够自动地执行以往用户通过视觉观察进行的指纹识别(fingerprinting)。
附图说明
图1是概要地示出解析装置的一个实施例的框图。
图2是示出由该实施例的解析装置实施的指纹识别的一例的流程图。
图3是示出由该实施例的解析装置实施的指纹识别的另一例的流程图。
图4是示出由该实施例的解析装置实施的指纹识别的又一例的流程图。
图5是示出该实施例的指纹识别的判定结果数据的一例(凝胶图像)的图。
图6是示出该实施例的指纹识别的判定结果数据的另一例(判定结果表)的图。
图7是示出通过该实施例执行的复杂的指纹识别的判定结果数据(凝胶图像)的一例的图。
图8是示出该实施例的指纹识别的判定结果数据的另一例(判定结果表)的图。
附图标记说明
2：电泳装置；4：解析装置；6：分离数据保持部；8：参照数据指定部；10：解析对象成分指标值确定部；12：参照成分指标值确定部；14：判定基准保持部；16：判定基准输入部；18：成分峰判定部；20：波形校正部；22：解析对象范围指定部；24：容许范围指定部；26：指标值指定部；28：参照成分名称输入部；30：判定结果输出部。
具体实施方式
以下，参照附图对通过电泳分析得到的分离数据的解析装置的一个实施例进行说明。
如图1所示，解析装置4是通过能够与电泳装置2之间进行通信的计算机来实现的。在电泳装置2中通过电泳分析获取到的分离数据被输入到解析装置4。
解析装置4具备分离数据保持部6、参照数据指定部8、解析对象成分指标值确定部10、参照成分指标值确定部12、判定基准保持部14、判定基准输入部16、成分峰判定部18、波形校正部20、解析对象范围指定部22、容许范围指定部24、指标值指定部26、参照成分名称输入部28以及判定结果输出部30。分离数据保持部6和判定基准保持部14是通过在构成解析装置4的计算机中设置的存储装置的一部分存储区域来实现的功能。参照数据指定部8、解析对象成分指标值确定部10、参照成分指标值确定部12、判定基准输入部16、成分峰判定部18、波形校正部20、解析对象范围指定部22、容许范围指定部24、指标值指定部26、参照成分名称输入部28以及判定结果输出部30是通过由在构成解析装置4的计算机中设置的CPU等运算元件执行程序而获得的功能。
分离数据保持部6是用于保持从电泳装置2取得的分离数据的存储区域。通常，在电泳装置2中，针对包含多个作为已知成分的参照成分的参照试样以及包含未知成分的试样实施电泳分析，获取各自的分离数据并输入到解析装置4。
另外，在解析装置4中，通常不能判别从电泳装置2取得的分离数据中的哪个分离数据是与参照试样有关的分离数据(参照数据)。因此，解析装置4具备参照数据指定部8，该参照数据指定部8构成为使用户从由电泳装置2输入到解析装置4的多个分离数据中指定要作为参照数据进行处理的分离数据。参照数据指定部8能够使用户指定两个以上的分离数据来作为参照数据。分离数据保持部6构成为将由用户指定的分离数据作为参照数据进行保持。从电泳装置2输入到解析装置4的除参照数据以外的分离数据作为解析对象数据被保持在分离数据保持部6中。
解析对象成分指标值确定部10构成为将解析对象数据中的各成分峰的分离指标值分别确定为解析对象成分指标值。参照成分指标值确定部12构成为将参照数据中的各成分峰的分离指标值分别确定为参照成分指标值。分离指标值例如是时间、大小。
判定基准保持部14是用于保持用于判定解析对象数据中的成分峰与参照数据中的成分峰是否为同一成分峰的基准的存储区域。
判定基准输入部16构成为使用户输入判定基准。由用户输入的判定基准被保持在判定基准保持部14中。使用户输入的判定基准既可以是用户任意决定的值，也可以是用户从多个选项中选择出的值。另外，被保持在判定基准保持部14中的判定基准未必需要一定是由用户输入的基准，也可以将预先设定的值用作判定基准。
成分峰判定部18构成为：使用在判定基准保持部14中保持的判定基准来判定解析对象数据中的成分峰与参照数据中的成分峰是否为同一成分峰。在本实施例中，能够基于各成分峰的分离指标值或者基于各成分峰间的相关性来进行解析对象数据中的成分峰与参照数据中的成分峰是否为同一成分峰的判定。在基于分离指标值进行判定的情况下，能够将解析对象数据中的成分峰的解析对象成分指标值与参照数据中的成分峰的参照成分指标值之差相对于参照成分指标值的比例(例如参照成分指标值±5％)作为判定基准。在该情况下，如果比较对象的两个成分峰的分离指标值之差在参照成分指标值的固定比例(例如5％)以内，则能够将两个成分峰判定为同一成分峰。另一方面，在基于比较对象的成分峰间的相关性来进行判定的情况下，能够将比较对象的成分峰间的相关值的阈值设为判定基准。在该情况下，如果相关值超过阈值，则能够将比较对象的成分峰判定为同一成分峰。
波形校正部20构成为执行波形校正，在该波形校正中，使解析对象数据的特定范围伸缩和/或移位，以使解析对象数据中的特定范围内的峰波形与参照数据中的特定范围内的峰波形匹配。波形校正是为了校正由参照试样与解析对象的试样之间的电泳分析的条件(流路等)的差引起的分离数据的偏差而执行的，在专利文献1(日本特开2018-025536)中进行了详细描述。
此处的详细的说明省略，在波形校正中，使解析对象数据中的特定范围(解析对象范围)在规定的容许范围内一点点地伸缩和/或移位，搜索使解析对象数据中的解析对象范围内的峰波形与参照数据中的对应范围内的峰波形的相关性(相似度)最大的伸缩量和/或移位量。
在执行了如上述那样的波形校正的情况下，成分峰判定部18构成为：将进行了波形校正后的解析对象数据中的解析对象范围内的成分峰与参照数据中的对应范围内的成分峰之间的相关性同在判定基准保持部14中保持的判定基准(阈值)进行比较，在所述相关性满足了判定基准的情况下，判定为解析对象范围内的成分峰与参照数据中的对应范围内的成分峰为同一成分峰。
用户能够任意地指定作为波形校正的对象的解析对象范围、波形校正时的峰波形的伸缩和/或移位的容许范围。解析对象范围指定部22构成为使用户任意地指定作为波形校正的对象的解析对象范围。容许范围指定部24构成为使用户指定波形校正时的伸缩和/或移位的容许范围。
指标值指定部26构成为使用户通过分离指标值来指定想要确认在解析对象数据中的存在的成分峰(参照成分峰)。即，在本实施例中，用户能够通过分离指标值来指定想要确认在解析对象数据中的存在的成分峰。在用户指定了想要确认在解析对象数据中的存在的成分峰的分离指标值的情况下，成分峰判定部18判定由解析对象成分指标值确定部10确定的解析对象数据中的成分峰的解析对象成分指标值与由用户指定的分离指标值之差是否满足判定基准。
另外，参照成分名称输入部28构成为使用户任意地输入参照数据中的各成分峰的成分名称。由用户输入的各成分峰的成分名称作为成分峰判定部18的判定结果显示在由后述的判定结果输出部30输出的判定结果数据中。
判定结果输出部30构成为将成分峰判定部18的判定结果输出到与该解析装置4电连接的液晶显示器等显示装置、打印机。
在使用图1的同时使用图2的流程图对使用了参照数据中的成分峰的分离指标值的指纹图谱分析动作的一例进行说明。
最初，当用户将从电泳装置2输入到解析装置4的多个分离数据中的一个分离数据确定为参照数据时(步骤101)，参照成分指标值确定部12将参照数据中的成分峰的分离指标值(例如时间、大小)确定为参照成分指标值(步骤102)。
将参照数据以外的分离数据中的一个分离数据设为解析对象数据(步骤103)，解析对象成分指标值确定部10将该解析对象数据中的成分峰的分离指标值确定为解析对象成分指标值(步骤104)。判定基准输入部16通过使用户输入作为判定基准的值来设定判定基准(步骤105)。此外，也可以在步骤104以前的任何阶段实施判定基准的输入和设定。
确定作为判定在解析对象数据中是否存在的判定对象的参照数据中的1个成分峰(参照成分峰)(步骤106)，搜索在解析对象数据中是否存在该参照成分峰的参照成分指标值与解析对象成分指标值之差满足判定基准(例如参照成分指标值±5％以内)而被判定为与参照成分峰相同的成分峰的成分峰(步骤107)。搜索结果(存在或不存在)被暂时存储在快闪存储器等的存储区域中。针对参照数据中的所有的参照成分峰执行步骤106～107的动作(步骤108)。由此，针对一个解析对象数据的指纹图谱分析完成。
在存在多个解析对象数据的情况下，针对所有的解析对象数据执行上述步骤103～108的指纹图谱分析(步骤109)。在针对所有的解析对象数据的指纹图谱分析完成后，在用户期望将其它分离数据用作参照数据的情况下(步骤110)，针对新的参照数据执行上述步骤101～109的指纹图谱分析。在使用了用户期望的所有参照数据进行的指纹图谱分析完成之后，判定结果输出部30输出在所有的指纹图谱分析中得到的判定结果数据(步骤111)。作为被输出的判定结果数据，如图5所示，能够列举出为了易于在视觉上掌握解析对象数据(样品1～3)中存在的成分峰而将解析对象数据与参照数据(Ref.Data)的凝胶图像并排配置的数据。另外，作为判定结果数据，也可以如图6所示，是解析对象数据(样品1～3)中存在的成分峰用○等表示的判定结果表。并且，也可以输出图5的凝胶图像和图6的判定结果表这双方。
如上述那样，如果使用判定基准自动地进行指纹图谱分析，则也能够如图7所示，实施表示用视觉观察难以判定的复杂的带状图案的分离数据的指纹图谱分析。
在此，在多个参照成分峰的分离指标值接近等情况下，这些参照成分峰的判定基准彼此可能相互重合。例如，若假设某个参照成分峰的片段大小(分离指标值)为800bp、与其相邻的参照成分峰的片段大小为740，则两者的判定基准(±5％)分别为760bp～840bp、703bp～777bp，两者的判定基准在760bp～777bp之间重合。在这种情况下，如果设为解析对象数据中的某个成分峰的片段大小为765bp，则该成分峰被判定为与上述两个参照成分峰都相同。
因此，在解析对象数据中的某个成分峰的分离指标值处于多个参照成分峰的判定基准的重合范围内的情况下，本实施例的成分峰判定部18判定为解析对象的成分峰与分离指标值最接近该解析对象的成分峰的分离指标值的参照成分峰相同。在上述例子中，解析对象数据中的成分峰的片段大小765bp与片段大小为740bp的参照成分峰最接近，因此判定为该成分峰与片段大小为740bp的参照成分峰相同。
而且，在成分峰判定部18进行了上述判定的情况下，判定结果输出部30对要输出的判定结果附加表示存在多个能够判定为其成分峰相同的参照成分峰的警告。警告可以是任意形式，但如图8的样品2的片段No.1的“●”那样，只要是能够与表示正常判定为同一成分峰的标记(在图8中为“○”)相区分的标记即可。
接着，在使用图1的同时使用图3的流程图对用户通过分离指标值指定了参照成分峰的情况下的指纹图谱分析动作的一例进行说明。
由用户指定参照成分峰的分离指标值(步骤201)，当确定一个解析对象数据时(步骤202)，解析对象成分指标值确定部10将该解析对象数据中的成分峰的分离指标值确定为解析对象成分指标值(步骤203)。判定基准输入部16通过使用户输入作为判定基准的值来设定判定基准(步骤204)。此外，也可以在步骤203以前的任何阶段来实施判定基准的输入和设定。
搜索在解析对象数据中是否存在由用户指定的参照成分指标值与解析对象成分指标值之差满足判定基准(例如参照成分指标值±5％以内)而被判定为与参照成分峰相同的成分峰的成分峰(步骤205)。搜索结果(存在或不存在)被暂时存储在快闪存储器等的存储区域中。在存在多个解析对象数据的情况下，针对所有的解析对象数据执行上述步骤202～205的指纹图谱分析(步骤206)。在针对所有的解析对象数据进行的指纹图谱分析完成之后，在用户期望使用其它指标值进行指纹图谱分析的情况下(步骤207)，针对新的指标值执行步骤201～206的处理。在使用用户期望的指标值的指纹图谱分析全部已执行之后，判定结果输出部30输出判定结果数据(步骤208)。
在上述情况下，多个参照成分峰的判定基准也可能相互重合。在这种情况下，当解析对象数据中的某个成分峰的分离指标值处于多个参照成分峰的判定基准的重合范围内时，成分峰判定部18判定为解析对象的成分峰与分离指标值最接近该解析对象的成分峰的分离指标值的参照成分峰相同。然后，在成分峰判定部18进行了这样的判定的情况下，判定结果输出部30对要输出的判定结果附加表示存在多个能够判定为其成分峰相同的参照成分峰的警告。
接着，在使用图1的同时使用图4的流程图对执行波形校正的情况下的指纹图谱分析动作的一例进行说明。
当用户将从电泳装置2输入到解析装置4的多个分离数据中的任一个分离数据确定为参照数据时(步骤301)，将参照数据以外的分离数据中的一个分离数据设为解析对象数据(步骤302)，解析对象范围指定部22使用户将该解析对象数据中的任意的范围指定为解析对象范围(步骤303)。判定基准输入部16通过使用户输入作为判定基准的值来设定判定基准(步骤304)。此外，也可以在步骤303以前的任何阶段实施判定基准的输入和设定。进而，容许范围指定部24使用户指定在波形校正中使解析对象范围的成分峰伸缩、移位时的容许范围(步骤305)。此外，也可以在步骤304以前的任何阶段实施容许范围的指定。
执行使由用户指定的解析对象范围的成分峰在由用户指定的容许范围内伸缩和/或移位的波形校正(步骤306)。在波形校正中，使解析对象范围的成分峰伸缩和/或移位，以使解析对象数据的解析对象范围内的成分峰与参照数据的对应范围内的成分峰的相关性最大。成分峰判定部18根据实施了波形校正后的解析对象范围内的成分峰的相关性是否满足判定基准，来判定解析对象范围内的成分峰与参照数据的对应范围内的成分峰的同一性(步骤307)。
在存在多个解析对象数据的情况下，针对所有的解析对象数据执行上述步骤302～307的波形校正和指纹图谱分析(步骤308)。在针对所有的解析对象数据进行的波形校正和指纹图谱分析完成之后，在用户期望将其它分离数据用作参照数据的情况下(步骤309)，针对新的参照数据执行上述步骤301～308的指纹图谱分析。在使用用户所期望的参照数据的指纹图谱分析全部完成之后，判定结果输出部30输出所有的在指纹图谱分析中得到的判定结果数据(步骤310)。在此输出的判定结果数据可以是如图5～图7所示的数据。
在上述情况下，多个参照成分峰的判定基准彼此也可能相互重合。在这种情况下，当解析对象数据中的某个成分峰的分离指标值处于多个参照成分峰的判定基准的重合范围内时，成分峰判定部18判定为解析对象的成分峰与分离指标值最接近该解析对象的成分峰的分离指标值的参照成分峰相同。然后，在成分峰判定部18进行了这样的判定的情况下，判定结果输出部30对要输出的判定结果附加表示存在多个能够判定为其成分峰相同的参照成分峰的警告。

Claims (13)

1.一种解析装置，用于对通过电泳分析得到的分离数据进行解析，所述解析装置具备：
分离数据保持部，其将针对包含作为已知成分的参照成分的参照用试样进行电泳分析得到的分离数据作为参照数据进行保持，并且将针对解析对象试样进行电泳分析得到的分离数据作为解析对象数据进行保持；
判定基准保持部，其保持用于判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同的判定基准；以及
成分峰判定部，其构成为使用所述判定基准来判定所述参照数据中的成分峰与所述解析对象数据中的成分峰是否相同。
2.根据权利要求1所述的解析装置，其特征在于，还具备：
解析对象成分指标值确定部，其构成为将所述解析对象数据中的成分峰的分离指标值确定为解析对象成分指标值；以及
参照成分指标值确定部，其构成为将所述参照数据中的成分峰的分离指标值确定为参照成分指标值，
所述成分峰判定部构成为：在所述参照数据中的成分峰的所述参照成分指标值与所述解析对象数据中的成分峰的所述解析对象成分指标值之差满足所述判定基准时，将所述参照数据中的成分峰和所述解析对象数据中的成分峰判定为同一成分峰。
3.根据权利要求2所述的解析装置，其特征在于，
所述判定基准是差容许率，该差容许率是所述解析对象成分指标值与所述参照成分指标值之间的差相对于所述参照成分指标值的比例。
4.根据权利要求1所述的解析装置，其特征在于，
还具备波形校正部，该波形校正部构成为执行波形校正，在所述波形校正中，使在所述解析对象数据中设定的解析对象范围的峰波形在规定的容许范围内伸缩和/或移位，以使所述解析对象范围的峰波形与对应于该解析对象范围的所述参照数据中的范围的峰波形之间的相关性最大，
所述成分峰判定部构成为：在执行了所述波形校正后的所述解析对象范围的峰波形与对应于所述解析对象范围的所述参照数据中的范围的峰波形之间的相关性满足了所述判定基准时，判定为处于所述解析对象范围内的成分峰与处于对应于所述解析对象范围的所述参照数据中的范围的成分峰为同一成分峰。
5.根据权利要求4所述的解析装置，其特征在于，
还具备解析对象范围指定部，该解析对象范围指定部构成为使用户指定所述解析对象范围，
所述波形校正部构成为对由用户指定的所述解析对象范围执行所述波形校正。
6.根据权利要求4所述的解析装置，其特征在于，
还具备校正容许范围指定部，该校正容许范围指定部构成为使用户指定所述容许范围，
所述波形校正部构成为在由用户指定的所述容许范围内执行所述波形校正。
7.根据权利要求5所述的解析装置，其特征在于，
还具备校正容许范围指定部，该校正容许范围指定部构成为使用户指定所述容许范围，
所述波形校正部构成为在由用户指定的所述容许范围内执行所述波形校正。
8.根据权利要求1所述的解析装置，其特征在于，
还具备判定基准输入部，该判定基准输入部用于使用户输入所述判定基准，
所述判定基准保持部构成为保持由所述用户输入的所述判定基准。
9.根据权利要求1至8中的任一项所述的解析装置，其特征在于，
所述分离数据保持部构成为：保持多个分离数据，并且将所述多个分离数据中的由用户指定的一个分离数据作为所述参照数据进行保持，将剩余的分离数据中的至少一个分离数据作为所述解析对象数据进行保持。
10.根据权利要求1至8中的任一项所述的解析装置，其特征在于，
还具备指标值指定部，该指标值指定部构成为使用户通过分离指标值来指定想要确认在所述解析对象数据中的存在的成分峰，
所述成分峰判定部构成为：在用户通过所述分离指标值指定了成分峰时，在用户所指定的所述分离指标值与所述解析对象数据中的成分峰的所述解析对象成分指标值之差满足所述判定基准时，判定为所述解析对象成分中的该成分峰与由用户通过所述分离指标值指定的成分峰相同。
11.根据权利要求1至8中的任一项所述的解析装置，其特征在于，
还具备参照成分名称输入部，该参照成分名称输入部构成为使用户输入所述参照成分的名称。
12.根据权利要求1至8中的任一项所述的解析装置，其特征在于，
所述成分峰判定部构成为：在使用所述判定基准进行判定的结果为存在多个能够判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同的所述参照数据中的成分峰的情况下，将具有与所述解析对象数据中的成分峰的分离指标值最接近的分离指标值的所述参照数据中的一个成分峰判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同。
13.根据权利要求12所述的解析装置，其特征在于，
还具备判定结果输出部，该判定结果输出部构成为输出所述成分峰判定部的判定结果，
所述判定结果输出部构成为：在所述成分峰判定部从能够判定为与所述解析对象数据中的成分峰相同的所述参照数据中的多个成分峰中判定为其中一个成分峰与所述解析对象数据中的成分峰相同时，对所述判定结果附加警告。
CN201911377724.7A 2018-12-27 2019-12-27 电泳分离数据的解析装置 Active CN111380941B (zh)

Applications Claiming Priority (2)

Application Number Priority Date Filing Date Title
JP2018244082A JP7139941B2 (ja) 2018-12-27 2018-12-27 電気泳動分離データの解析装置
JP2018-244082 2018-12-27

Publications (2)

Publication Number Publication Date
CN111380941A true CN111380941A (zh) 2020-07-07
CN111380941B CN111380941B (zh) 2023-12-01

Family

ID=71124132

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911377724.7A Active CN111380941B (zh) 2018-12-27 2019-12-27 电泳分离数据的解析装置

Country Status (3)

Country Link
US (1) US11791015B2 (zh)
JP (1) JP7139941B2 (zh)
CN (1) CN111380941B (zh)

Cited By (2)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114636748A (zh) * 2020-12-15 2022-06-17 株式会社岛津制作所 电泳分析数据处理装置以及记录介质
CN114813892A (zh) * 2021-01-27 2022-07-29 株式会社岛津制作所 微芯片电泳装置

Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH11118760A (ja) * 1997-10-14 1999-04-30 Hitachi Ltd 核酸断片の電気泳動パターンの解析法
JP2008241517A (ja) * 2007-03-28 2008-10-09 Dkk Toa Corp 試料分析装置
CN101473229A (zh) * 2006-06-19 2009-07-01 奥林巴斯株式会社 分析装置、分析方法以及分析程序
US20100010748A1 (en) * 2000-02-15 2010-01-14 Perlin Mark W Method and system for DNA analysis
JP2012168014A (ja) * 2011-02-14 2012-09-06 Sharp Corp データ解析装置、プログラム、記録媒体、データ解析方法、およびタンパク質解析装置
CN105143469A (zh) * 2013-05-24 2015-12-09 株式会社日立高新技术 核酸分析装置及使用其的核酸分析方法
CN105867736A (zh) * 2016-03-29 2016-08-17 努比亚技术有限公司 多层级界面截图装置和方法
CN108120732A (zh) * 2016-11-28 2018-06-05 株式会社岛津制作所 样品解析***
CN108139356A (zh) * 2015-09-25 2018-06-08 株式会社岛津制作所 用于定性分析的质谱分析数据处理装置
WO2018163610A1 (ja) * 2017-03-10 2018-09-13 株式会社島津製作所 電気泳動解析方法、電気泳動解析装置及び電気泳動解析プログラム

Family Cites Families (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
AU2021099A (en) * 1997-12-30 1999-07-19 Caliper Technologies Corporation Software for the display of chromatographic separation data
JP2013221839A (ja) * 2012-04-16 2013-10-28 Sharp Corp データ解析装置、プログラム、記録媒体、およびデータ解析方法
JP6740941B2 (ja) * 2016-08-05 2020-08-19 株式会社島津製作所 電気泳動測定方法、データ処理装置及びデータ処理プログラム

Patent Citations (10)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
JPH11118760A (ja) * 1997-10-14 1999-04-30 Hitachi Ltd 核酸断片の電気泳動パターンの解析法
US20100010748A1 (en) * 2000-02-15 2010-01-14 Perlin Mark W Method and system for DNA analysis
CN101473229A (zh) * 2006-06-19 2009-07-01 奥林巴斯株式会社 分析装置、分析方法以及分析程序
JP2008241517A (ja) * 2007-03-28 2008-10-09 Dkk Toa Corp 試料分析装置
JP2012168014A (ja) * 2011-02-14 2012-09-06 Sharp Corp データ解析装置、プログラム、記録媒体、データ解析方法、およびタンパク質解析装置
CN105143469A (zh) * 2013-05-24 2015-12-09 株式会社日立高新技术 核酸分析装置及使用其的核酸分析方法
CN108139356A (zh) * 2015-09-25 2018-06-08 株式会社岛津制作所 用于定性分析的质谱分析数据处理装置
CN105867736A (zh) * 2016-03-29 2016-08-17 努比亚技术有限公司 多层级界面截图装置和方法
CN108120732A (zh) * 2016-11-28 2018-06-05 株式会社岛津制作所 样品解析***
WO2018163610A1 (ja) * 2017-03-10 2018-09-13 株式会社島津製作所 電気泳動解析方法、電気泳動解析装置及び電気泳動解析プログラム

Cited By (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN114636748A (zh) * 2020-12-15 2022-06-17 株式会社岛津制作所 电泳分析数据处理装置以及记录介质
CN114636748B (zh) * 2020-12-15 2023-11-24 株式会社岛津制作所 电泳分析数据处理装置以及记录介质
CN114813892A (zh) * 2021-01-27 2022-07-29 株式会社岛津制作所 微芯片电泳装置

Also Published As

Publication number Publication date
JP2020106351A (ja) 2020-07-09
US11791015B2 (en) 2023-10-17
US20200211672A1 (en) 2020-07-02
JP7139941B2 (ja) 2022-09-21
CN111380941B (zh) 2023-12-01

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN111380941B (zh) 电泳分离数据的解析装置
CN107798047B (zh) 重复工单检测方法、装置、服务器和介质
CN106328145A (zh) 语音修正方法及装置
CN108536597A (zh) 一种终端测试方法、装置、终端设备及存储介质
US11766192B2 (en) Striped pattern image examination support apparatus, striped pattern image examination support method, and program
CN112633341A (zh) 一种界面测试方法、装置、计算机设备和存储介质
CN107423738B (zh) 一种基于模板匹配的试卷题目定位方法及装置
CN108780065B (zh) 质谱分析数据解析装置、方法及非暂时性计算机可读介质
CN114860531A (zh) 安全芯片的故障检测方法、装置、电子设备及介质
KR102035285B1 (ko) Ｄｎａ 샷건 시퀀싱 또는 ｒｎａ 전사체 어셈블리를 위한 콘티그 프로파일의 업데이트 방법 및 콘티그 형성 방법
US20200080965A1 (en) Electrophoretic analysis method, electrophoretic analysis device, and electrophoretic analysis program
JP6740941B2 (ja) 電気泳動測定方法、データ処理装置及びデータ処理プログラム
EP1715441B1 (en) An image-recognition method for use in a book-binding machine
US11237130B2 (en) Method for determining a size of biomolecules
CN116258666A (zh) 一种晶圆检测Mark点定位方法及应用
US10055341B2 (en) To-be-stubbed target determining apparatus, to-be-stubbed target determining method and non-transitory recording medium storing to-be-stubbed target determining program
JP6700705B2 (ja) 振り分けシステム、情報処理方法、及びプログラム
CN111141806B (zh) 数据处理装置以及存储介质
JP5213009B2 (ja) 遺伝子発現変動解析方法及びシステム、並びにプログラム
US20210050071A1 (en) Methods and systems for prediction of a dna profile mixture ratio
CN110794025B (zh) 电泳分离数据解析装置及方法、存储介质
CN114140812A (zh) 一种图元识别方法、装置、设备及介质
US9224040B2 (en) Method for object recognition and describing structure of graphical objects
CN106557796B (zh) 条形码的校验位的确定方法及装置、条形码读取方法及装置、图像处理装置
Tammi et al. ReDiT: Repeat Discrepancy Tagger—a shotgun assembly finishing aid

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
GR01 Patent grant
GR01 Patent grant