CN111377918B - 一种kras抑制剂化合物 - Google Patents
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Abstract
本发明提供了一种具备式Ⅱ结构的化合物或其药学上可接受的盐、酯、异构体、溶剂化物、前药或同位素标记物:
Description
技术领域
本发明涉及一种新型KRAS G12C抑制剂化合物以及使用该抑制剂化合物预防或治疗KRAS G12C介导的疾病的用途。
背景技术
Kirsten大鼠肉瘤病毒基因同源物(KRAS)突变在1984年NSCLC基因中首次被描述,是一种膜结合型的蛋白,定位于细胞膜内侧;同时位于EGFR信号通路上,对于肿瘤的发生及发展非常重要,正常情况下KRAS蛋白和GDP结合没有活性,当细胞外的生长分化因子把信号传到KRAS蛋白时,增强了其与GTP结合活性,使蛋白和GTP结合成为激活状态,信号***开放。肿瘤细胞的生长、增殖、血管生成等过程都需要细胞内蛋白进行信号传导,而KRAS基因是传导蛋白的决定因素,KRAS突变型编码异常的蛋白,刺激促进恶性肿瘤细胞生长和扩散;并且不受上游EGFR的信号影响。KRAS突变通过激活其下游RAS-RAF-MEK-MAPK和P13K-AKT-mTOR等多种细胞信号转导通路促进细胞的增殖、转化和抗凋亡,从而导致肿瘤发生和发展。
据COSMIC统计结果显示,KRAS基因点突变发生率在人类所有肿瘤中约占30%,其中胰腺癌90%,结肠癌45%,非小细胞肺癌35%。80%的KRAS突变发生在第12位密码子,引起单个氨基酸替换,即甘氨酸(G)替换为丙氨酸(A)、半胱氨酸(C)、天冬氨酸(D)、丝氨酸(S)、精氨酸(R)和缬氨酸(V),其中以甘氨酸(G)替换为半胱氨酸(C)最为常见。KRAS G12C突变蛋白,在肺癌、尤其是非小细胞肺癌中比例较大(14%);此外还在一些结直肠癌(4%)、胰腺癌(2%)患者体内表达。
由于KRAS G12C突变在肿瘤患者中的较高的表达,还会使患者对其他靶向药物产生耐药性,引起了越来越多的专家及学者的高度重视。但是,直接针对KRAS G12C靶点抑制剂的药物研发受到生物化学复杂性的挑战,堪称肿瘤学“不可成药”靶标的代名词,制药界的“珠峰”,三十年来尚未攻克。
新药研发是一个快速发展的领域,技术的进步加快了候选药物的发现。在这些候选药物中,不仅需要对其药效学进行评价,药物代谢和动力学性质也是非常重要的新药筛选指标。理想的药物需要具有持久的药物作用时间和良好的生物利用度。每年都会有大量的候选药物因为其药代动力学参数和代谢特征不佳而被淘汰。因此,候选药物的代谢特征和药代参数是其是否能够成药的重要评价指标,良好的药动学参数和代谢特征是具有发展前景的先导化合物所必备的。因此,提供具有良好药代动力学特征的KRAS G12C抑制剂将有可能更有效的在体内发挥药效学作用。
发明内容
发明要解决的问题
为了解决上述技术问题,本发明的目的在于提供一种新型的KRAS G12C抑制剂以及该抑制剂用于治疗KRAS G12C介导的疾病,例如癌症的用途。
用于解决问题的方案
为了解决上述技术问题,本发明提供了以下技术方案:
一方面,本发明提供了一种具备式Ⅱ结构的化合物或其药学上可接受的盐、酯、异构体、溶剂化物、前药或同位素标记物:
其中,
R1’选自未取代或被R7’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;
R2’选自未取代或被R8’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;
R3’和R4’各自独立地选自氢、氘、C1-6烷基,或R3和R4相连形成未取代或任选被1-3个选自氘、卤素、羟基、C1-6烷基的取代基取代的3-7元环烷基或3-7元杂环烷基,或R3和R4形成=O、=S、=N-CN或=CH2;
R5’和R6’各自独立地选自氢、氘和卤素;
每一个R7’和R8’独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、-NHC1-6烷基、-N(C1-6烷基)2、C3-6环烷基、C1-6烷氧基、C2-6烯基、C2-6炔基、-COOC1-6烷基,所述氨基、烷基、环烷基、烯基和炔基未被取代或被1-3个选自卤素、羟基、氨基、乙酰基或氘原子的取代基取代;
A为未取代或被R9’取代的4-9元杂环基,每一个R9’独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、C1-6烷氧基,所述氨基、烷基未被取代或被选自1-3个卤素、氰基、羟基、氨基或氘原子的取代基取代。
在一项优选的实施方案中,R1’选自未取代或被R7’取代的C6-10芳基和5-6元杂芳基,所述5-6元杂芳基包含1-3个杂原子或杂原子基团,所述杂原子或杂原子基团选自N、O、S(O)m,其中m为0-2的整数。
在一项优选的实施方案中,所述C6-10芳基选自苯基、萘基、四氢萘基和2,3-二氢化茚基,优选的,所述C6-10芳基为苯基;所述5-10元杂芳基选自噻吩基、吡啶基、吡啶氮氧化物基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶酮基、吡嗪酮基、嘧啶酮基、哒嗪酮基、吡咯基、吡唑基、噻唑基、1,2,3-***基、1,2,4-***基、咪唑基、四氮唑基、异噻唑基、噁唑基、异噁唑基、噻二唑基、噁二唑基、萘基、苯并噻吩基、吲哚基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并呋喃基、喹啉基、异喹啉基和喹唑啉基,优选的,所述5-10元杂芳基选自吡啶基或嘧啶基。
在一项优选的实施方案中,每一个R7’独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、C3-6环烷基和C1-6卤代烷基,优选的,每一个R7’独立地选自氢、氘、甲基、CH2F、CHF2、CF3、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、异丁基、叔丁基、环丙烷、环丁烷、环戊烷和环己烷。
在一项优选的实施方案中,R2’选自未取代或被R8’取代的C6-10芳基和5-6元杂芳基,所述5-6元杂芳基包含1-3个杂原子或杂原子基团,所述杂原子或杂原子基团选自N、O、S(O)r,其中r为0-2的整数。
在一项优选的实施方案中,R2’选自未取代或被R8’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;所述C6-10芳基选自苯基、萘基、四氢萘基和2,3-二氢化茚基;所述5-10元杂芳基选自噻吩基、吡啶基、吡啶氮氧化物基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶酮基、吡嗪酮基、嘧啶酮基、哒嗪酮基、吡咯基、吡唑基、噻唑基、1,2,3-***基、1,2,4-***基、咪唑基、四氮唑基、异噻唑基、噁唑基、异噁唑基、噻二唑基、噁二唑基、苯并噻吩基、吲哚基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并呋喃基、喹啉基、异喹啉基和喹唑啉基,优选的,R2’选自未取代或被R8’取代的苯基、咪唑基、吡咯基、吡啶氮氧化物基、吡啶基、吡啶酮基、萘基、喹啉基、异喹啉基和喹唑啉基。
在一项优选的实施方案中,每一个R8’分别独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、-NHC1-6烷基、-N(C1-6烷基)2、C1-6烷氧基,所述氨基、烷基、未被取代或被1-3个选自卤素、羟基、氨基、乙酰基或氘原子的取代基取代,优选的,每一个R8’独立地选自氢、氘、氟、氯、羟基和氨基。
在一项优选的实施方案中,R3’和R4’各自独立的选自氢、氘、C1-6烷基,或R3和R4相连形成环丙基,或R3’和R4’形成=O、=S或=N-CN,优选的,R3’和R4’形成=O。
在一项优选的实施方案中,R5’和R6’各自独立地选自氢、氘、氟和氯。
在一项优选的实施方案中,A为未取代或分别被R9’取代的4-9元杂环基,且所述4-9元杂环基与羰基相连的原子为N。
在一项优选的实施方案中,A为未取代或被R9’取代的4-9元杂环基,所述4-9元杂环基包括单环、稠合环、桥环、螺环。
在一项优选的实施方案中,A为未取代或分别被1-3个R9’取代的6-7元杂环基,所述6-7元杂环基不含有双键或含有1个或2个双键,优选的,A为未取代或分别被1-2个R9’取代的6-7元杂环,所述6-7元杂环选自
在一项优选的实施方案中,每一个R9’独立地选自氢、氘、甲基、乙基、-CH2OH、-CH2CN和-CH2F。
在一项优选的实施方案中,A为下述基团:
在一项优选的实施方案中,R1’选自未取代或被R7’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;
R2’选自未取代或被R8’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;
R3’和R4’各自独立地选自氢、氘、C1-6烷基,或R3和R4相连形成环丙基,或R3和R4形成=O;
R5’和R6’各自独立地选自氢、氘和卤素;
每一个R7’独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、C3-6环烷基;
每一个R8’独立地选自氢、氘、氰基、卤素、羟基、氨基、C1-6烷基、-NHC1-6烷基、-N(C1-6烷基)2、C1-6烷氧基,所述氨基、烷基、未被取代或被1-3个卤素、羟基、氨基、乙酰基或氘原子取代;
A为未取代或分别被1-3个R9’取代的6-7元杂环,且所述6-7元杂环与羰基相连的原子为N,每一个R9’独立地选自氢、氘、甲基、乙基、-CH2OH和-CH2F。
在一项更优选的实施方案中,R1’选自未取代或被R7’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;所述C6-10芳基选自苯基、萘基、四氢萘基和2,3-二氢化茚基;所述5-10元杂芳基选自噻吩基、吡啶基、吡啶氮氧化物基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶酮基、吡嗪酮基、嘧啶酮基、哒嗪酮基、吡咯基、吡唑基、噻唑基、1,2,3-***基、1,2,4-***基、咪唑基、四氮唑基、异噻唑基、噁唑基、异噁唑基、噻二唑基、噁二唑基、苯并噻吩基、吲哚基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并呋喃基、喹啉基、异喹啉基和喹唑啉基;
R2’选自未取代或被R8’取代的C6-10芳基和5-10元杂芳基;所述C6-10芳基选自苯基、萘基、四氢萘基和2,3-二氢化茚基;所述5-10元杂芳基选自噻吩基、吡啶基、吡啶氮氧化物基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶酮基、吡嗪酮基、嘧啶酮基、哒嗪酮基、吡咯基、吡唑基、噻唑基、1,2,3-***基、1,2,4-***基、咪唑基、四氮唑基、异噻唑基、噁唑基、异噁唑基、噻二唑基、噁二唑基、苯并噻吩基、吲哚基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并呋喃基、喹啉基、异喹啉基和喹唑啉基;
R3’和R4’形成=O;
R5’和R6’各自独立地选自氢、氘、氯和氟;
每一个R7’独立地选自氢、氘、甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、异丁基、叔丁基、环丙烷、环丁烷、环戊烷和环己烷;
每一个R8’独立地选自氢、氘、氟、氯、羟基和氨基;
本发明还提供了一种化合物或其药学上可接受的盐、酯、水合物、溶剂化物、立体异构体、互变异构体、顺反异构体、同位素标记物或前药,所述化合物为以下任一种:
本发明还提供了一种药物组合物,其包含上述化合物或其药学上可接受的盐、酯、异构体、溶剂化物、水合物、前药或同位素标记物。
此外,本发明还提供了上述化合物或其药学上可接受的盐、酯、水合物、溶剂化物、立体异构体、互变异构体、顺反异构体、同位素标记物或前药,或者上述药物组合物,在制备预防和/或治疗KRAS G12C介导的疾病的药物中的应用,优选的,所述疾病包括肺癌、胰腺癌、胰腺导管癌,结肠癌、直肠癌、阑尾癌、食管鳞癌,头颈鳞癌、乳腺癌以及其他实体瘤等。
为了更为清晰地描述本发明的内容,现将所涉及的术语定义如下:
在本发明中,术语“C1-6烷基”单独或者以组合方式表示包含1-6个、特别是1-4个碳原子的饱和直链或支链的烷基,包括甲基、乙基、丙基、异丙基、丁基、仲丁基、异丁基、叔丁基、正戊基、2-戊基、3-戊基、2-甲基-2-丁基、3-甲基-2-丁基、3-甲基-1-丁基、2-甲基-1-丁基、正己基、2-己基、3-己基、2-甲基-2-戊基、3-甲基-2-戊基、4-甲基-2-戊基、3-甲基-3-戊基、2-甲基-3-戊基、2,3-二甲基-2-丁基、3,3,-二甲基-2-丁基等。优选地,“C1-6烷基”是甲基、乙基、正丙基、异丙基、叔丁基中的任一种。类似的,术语“C1-3烷基”单独或者以组合方式表示包含1-3个碳原子的饱和直链或支链的烷基,包括甲基、乙基、丙基、异丙基等。
术语“3-7元环烷基”单独或者以组合方式表示具有3到7个、特别是3-6个碳原子的环烷基,包括环丙基、环丁基、环戊基、环己基、环庚基等。特别的“C3-7环烷基”是环丙基、环丁基、环戊基、环己基等。
术语“C1-6烷氧基”单独或者以组合方式表示基团C1-6烷基-O-,其中“C1-6烷基”表示如以上所定义,其包括(但不限于)甲氧基(-OCH3)、乙氧基(-OCH2CH3)、正丙氧基(-OCH2CH2CH3)、异丙氧基(-OCH(CH3)2)、正丁氧基(-OCH2CH2CH2CH3)、仲丁氧基(-OCH(CH3)CH2CH3)、异丁氧基(-OCH2CH(CH3)2)、叔丁氧基(-OC(CH3)3)、正戊氧基(-OCH2CH2CH2CH2CH3)、新戊氧基(-OCH2C(CH3)3)等。
术语“卤素”单独或者以组合方式表示氟、氯、溴或碘。特别的是氟、氯或溴。
术语“杂环烷基”,又称“杂环基”,是指由碳原子与氮、氧或硫等杂原子组成的饱和或部分不饱和(包含1或2个双键)的非芳香环状基团,此环状基团可以是单环、双环桥环或螺环基团,在本发明中,杂环烷基中碳原子个数为2-11个,杂原子个数优选1、2、3或4,杂环烷基中的氮、碳或硫原子可任选地被氧化。“杂环烷基”上的氢原子独立任选地被一个或多个本发明所描述的取代基所取代。“杂环烷基”可以通过环上任意的环原子链接到母体分子上。
术语“4-9元杂环基”是指包含4-9个,特别是6-7个碳原子和杂原子或杂原子基团的不含双键或含有1个或2个双键的单环、稠合环、桥环、螺环,所述杂原子或杂原子基团选自N、O、S(O)m(其中m是整数0至2);例如不含双键或含有1个或2个双键的氮杂环丁基、氧杂环丁基、吡咯烷基、四氢呋喃基、四氢噻吩基、哌啶基、吗啉基、哌嗪基、硫代吗啉基、四氢吡喃基、1,1-二氧硫代吗啉基、双环[4.1.0]庚基等。
术语“芳基”表示任何稳定的6-10元单环或双环芳香族基团,包括苯基、萘基、四氢萘基、2,3-二氢化茚基或联苯基等。“芳基”上的氢原子独立任选地被一个或多个本发明所描述的取代基所取代。
术语“杂芳基”表示环上的碳原子被至少一个杂原子或杂原子基团置换形成的芳香环基团,所述杂原子或杂原子基团选自N、O、S(O)m(其中m是整数0至2)。此芳香杂环基团可以是5-7元单环或7-12双环基团。在本发明中,杂芳基中杂原子个数优选1、2、3或4,例如噻吩基、吡啶基、嘧啶基、吡嗪基、哒嗪基、吡啶氮氧化物基(即)、吡啶酮基、吡嗪酮基、嘧啶酮基、哒嗪酮基、吡咯基、吡唑基、噻唑基、1,2,3-***基、1,2,4-***基、咪唑基、四氮唑基、异噻唑基、噁唑基、异噁唑基、噻二唑基、噁二唑基、苯并噻吩基、吲哚基、苯并咪唑基、苯并噻唑基、苯并呋喃基、喹啉基、异喹啉基、喹唑啉基等。“杂芳基”上的氢原子独立任选地被一个或多个本发明所描述的取代基所取代。
术语“5-10元杂芳基”表示具有5-10个碳原子和杂原子或杂原子基团的杂芳环,其中杂芳环表示如以上所定义。类似的,术语“5-6元杂芳基”表示具有5-6个碳原子和杂原子或杂原子基团的杂芳环,其中杂芳环表示如以上所定义。
术语“C6-10芳基”表示具有6-10个碳原子的芳基,其中芳基表示如以上所定义。
术语“氰基”单独或组合的是指基团-CN。
术语“羟基”单独或组合的是指基团-OH。
术语“异构体”包含所有的同分异构形式包括对映异构体、非对映异构体、互变异构体和几何异构体(包括顺反异构体)。因此,本发明中所设计的化合物的单个立体化学异构体或其对映异构体、非对映异构体、互变异构体或几何异构体(或顺反异构体)的混合物都属于本发明的范围。
术语“药学上可接受的盐”表示本发明的化合物以它们的药用盐的形式存在,包括酸加成盐和碱加成盐。药学上可接受的盐在S.M.Berge在J.Pharmaceutical Sciences(66卷:1-19页,1977年)中描述的pharmaceutically salts中有所描述。在本发明中,药学上可接受的无毒的酸加成盐表示本发明中的化合物与有机或无机酸形成的盐,有机或无机酸包括但不限于盐酸、硫酸、氢溴酸、氢碘酸、磷酸、硝酸、高氯酸、乙酸、草酸、马来酸、富马酸、酒石酸、苯磺酸、甲磺酸、水杨酸、琥珀酸、柠檬酸、乳酸、丙酸、苯甲酸、对甲苯磺酸、苹果酸等。药学上可接受的无毒的碱加成盐表示本发明中的化合物与有机或无机碱所形成的盐,包括但不限于碱金属盐,例如锂、钠或钾盐;碱土金属盐,例如钙或镁盐;有机碱盐,例如通过与含N基团的有机碱形成的铵盐或N+(C1-6烷基)4盐,优选为氢氧化锂、氢氧化钠、氢氧化钾、碳酸钠、碳酸氢钠、碳酸钾、碳酸氢钾、碳酸镁、碳酸钙、氨水、三乙胺、四丁基氢氧化铵等。
术语“溶剂化物”表示一个或多个溶剂分子与本发明中的化合物所形成的缔合物。形成溶剂化物的溶剂包括但不限于水、甲醇、乙醇、异丙醇、乙酸乙酯、四氢呋喃、N,N-二甲基甲酰胺、二甲亚砜等。“药学上可接受的盐”可通过一般的化学方法合成。
术语“酯”用于表示有机酯,包括单酯、二酯、三酯、和更通常地多酯。
术语“水合物”是指水与本发明中的化合物形成的缔合物。
术语“前药”表示作为本发明的化合物的化学衍生物,该衍生物在体内通过发生化学反应转换成通式I、Ⅱ或Ⅲ所表示的化合物。
术语“同位素衍生物”表示通式I中的氢原子被1-6个氘原子(D)所取代得到的同位素衍生物、通式(I)中的碳原子被1-3个碳14原子(14C)所取代得到的同位素衍生物。
以上对本发明的涉及的术语进行了定义,本领域技术人员还可以结合现有技术对以上术语进行理解,以下基于本发明的内容以及对术语的定义进一步进行描述。
下面的实施例可以对本发明做进一步的描述,然而,这些实施例不应作为对本发明的范围的限制。
具体实施方式
实施例1SZ-014096
第一步:化合物014004A2合成
将化合物2,6-二氯-5-氟烟酸014004A1(16.0g,76.4mmol)溶于二氯甲烷(200mL),冰水浴下滴加草酰氯(12.1g,95.2mmol),随后滴入催化量的DMF(0.2mL),室温反应(20℃)过夜后减压浓缩,所得剩余物溶于200mL1,4-二氧六环中并降温至零度,氨水溶液(28.0-30%,14.4mL,114.2mmol)缓慢滴加入反应相中,零度下搅拌30分钟,减压浓缩除去溶剂,所得白色固体粗品通过硅胶柱层析(二氯甲烷/甲醇=100:1)纯化得到白色固体化合物014004A2(9.0g,收率56.2%)。LCMS(M+H)+m/z计算值209.0,实测值209.0。
第二步:化合物014004A4合成
于化合物2-溴-4-甲基-3-胺基吡啶014004A3(5.4g,28.9mmol)的四氢呋喃悬浮液(60mL)中,加入Pd(dppf)Cl2(1.02g,1.4mmol),反应混合物于零度在氮气保护下加入异丙基氯化镁(2M in四氢呋喃,22mL,43.4mmol),加料毕,60度搅拌反应过夜。停止反应并降温至室温,反应液用100mL水和200mL的1N氢氧化钠溶液的混合物淬灭,乙酸乙酯萃取(200mL*2),合并的有机相减压浓缩,浓缩残余物通过硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯=1:1)纯化得到黄色胶体状化合物014004A4(3.2 2g,收率73.1%)。LCMS(M+H)+m/z计算值151.1,实测值151.1。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ8.24(d,J=8.0Hz,1H),8.11(br s,1H),7.95(br s,1H),2.17(s,3H)。
第三步:化合物014004A5合成
将化合物014004A2(5.0g,23.9mmol)溶于四氢呋喃(20mL)中,在冰水浴下缓慢加入草酰氯(3.66g,28.8mmol)。反应混合物于75度搅拌1小时。停止加热并降温至零度,缓慢滴加化合物014004A4(3.6g,23.9mmol)的四氢呋喃(10mL),滴毕,反应继续与零度搅拌1小时,随后用1:1的盐水和氯化铵的混合溶液淬灭,用乙酸乙酯萃取(200mL*3)有机相用无水硫酸钠干燥,过滤,滤液减压浓缩所得剩余物014004A5(9.1g,粗品),未经纯化直接用于下一步。LCMS(M+H)+m/z计算值385.1,实测值385.1。
第四步:化合物014004A6合成
将粗品化合物014004A5(9.1g,23.8mmol)溶于四氢呋喃(40mL)中,冰浴下缓慢滴加KHMDS(1M in THF,50.2mL,50.2mmol),移去冰浴,反应液于室温(20℃)搅拌1小时,反应相用饱和氯化铵溶液淬灭,乙酸乙酯萃取(100mL*3),有机相合并用无水硫酸钠干燥,滤液减压浓缩所得剩余物通过硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯/二氯甲烷/甲醇=100:10:10::1)纯化得到淡黄色色固体化合物014004A6(3.2g,收率38.2%)。LCMS(M+H)+m/z计算值349.1,实测值349.1。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ12.27(br s,1H),8.53-8.49(m,2H),7.29(d,J=4.8Hz,1H),2.87(q,J=6.6Hz,1H),2.05-1.99(m,3H),1.09(d,J=6.6Hz,3H),1.01(d,J=6.6Hz,3H)。
第五步:化合物014004A7合成
将化合物014004A6(2.1g,6.0mmol)和N,N-二异丙基乙胺(1.16g,9.0mmol)溶于乙腈(10mL)中,三氯氧磷(0.72mL,7.8mmol)于冰浴下缓慢滴入,滴毕,反应液于80℃搅拌1小时,降至室温并旋干,所得棕色油状剩余物014004A7(2.2g,粗品),未经纯化直接用于下一步。LCMS(M+H)+m/z计算值367.0,实测值367.0。
第六步:014004A8合成
将粗品化合物014004A7(2.2g,6.0mmol)溶于乙腈(10mL)中,冰浴下加入N,N-二异丙基乙胺(2.3g,18.0mmol)和(S)-4-N-叔丁氧羰基-2-甲基哌嗪(1.44g,7.2mmol),移去冰浴,反应液于室温(20℃)搅拌1小时,随后加入冰的饱和碳酸氢钠溶液(100mL)和乙酸乙酯(150mL),继续搅拌5分钟,分离两相,水相继续用乙酸乙酯萃取(100mL*2),有机相合并用无水硫酸钠干燥,滤液减压浓缩所得剩余物通过硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯/二氯甲烷/甲醇=80:10:10::1)纯化得到淡黄色色固体化合物014004A8(1.8g,56.3%收率)。LCMS(M+H)+m/z计算值531.2,实测值531.2。1H NMR(CDCl3,400MHz):δ8.56(d,J=4.8Hz,1H),7.78(d,J=7.2Hz,1H),7.13(d,J=4.8Hz,1H),4.79(br s,1H),4.10(br s,3H),3.64(br s,1H),3.21(br s,2H),2.64-2.58(m,1H),2.04-2.02(m,3H),1.54(s,9H),1.51-1.42(m,3H),1.28-1.21(m,3H),1.15-1.07(m,3H)。
第七步:014004A9合成
将化合物014004A8(1.7g,3.21mmol),2-氟-6-羟基苯硼酸(605.6mg,3.91mmol),醋酸钾(1.62g,16.5mmol)和Pd(dppf)Cl2(119mg,0.17mmol)溶于1,4-二氧六环中(25mL)中,氮气置换数次后,反应液于90℃搅拌1分钟,随后加入2滴水,继续于90℃搅拌1小时,降温至室温,水(25ml)和盐水(25ml)加入到反应相中,用乙酸乙酯萃取(200mL*2),有机相合并用无水硫酸钠干燥,滤液减压浓缩所得剩余物通过硅胶柱层析(石油醚/乙酸乙酯/二氯甲烷/甲醇=60:10:10::1)纯化得到黄色固体化合物014004A9(1.6g,82.5%收率)。
随后通过超临界色谱仪手性制备(CO2:EtOH=60/40)分离得到黄固体化合物014004A9A(第1洗脱异构体)(700mg)和014004A9B(第2洗脱异构体)(650mg)。LCMS(M+H)+m/z计算值607.3,实测值607.3。
Flow:50g/min;λ:214nm;Rt(014004A9A):3.811,Rt(014004A9B):6.588。
第八步:014004A10A和014004A10B合成
将化合物014004A9A(700mg,1.15mmol)溶于二氯甲烷(6mL)中,冰浴下加入三氟乙酸(2.8mL,35mmol)移去冰浴,反应液于室温(20℃)搅拌1小时,旋干反应液,于所得棕色油状剩余物中加入冰的饱和碳酸氢钠溶液(10mL),二氯甲烷萃取(100mL*2),水洗(50ml*2)。有机相用无水硫酸钠干燥,滤液减压浓缩所得剩余物014004A10A(550mg,粗品,94.2%收率),未经纯化直接用于下一步。LCMS(M+H)+m/z计算值507.2,实测值507.2。
将化合物014004A9B(650mg,1.07mmol)溶于二氯甲烷(6mL)中,冰浴下加入三氟乙酸(2.6mL,32.5mmol)移去冰浴,反应液于室温(20℃)搅拌1小时,旋干反应液,于所得棕色油状剩余物中加入冰的饱和碳酸氢钠溶液(10mL),二氯甲烷萃取(100mL*2),水洗(50ml*2)。有机相用无水硫酸钠干燥,滤液减压浓缩所得剩余物014004A10B(510mg,粗品,94.1%收率),未经纯化直接用于下一步。LCMS(M+H)+m/z计算值507.2,实测值507.2。
第九步:014096A1合成
2-甲基呋喃(2.0g,24.4mmol)溶于叔丁醇-水中(5:1,v/v,120mL),于搅拌下加入磷酸二氢钠(5.7g,36.6mmol)亚氯酸钠(6.6g,73.2mmol),反应相于室温(25度)下搅拌两小时或者待其黄色消失。旋蒸除去反应液,所得残余物用氯仿萃取(300ml),盐水洗涤(2*200ml),有机相用硫酸镁干燥,过滤并旋干溶剂,所得黄色油状剩余物014096A1不经纯化直接用于下一步反应。(300mg,粗品收率10.8%)。LCMS(M+H)+m/z计算值115.0,实测值115.1。
第十步:014096A2合成
将化合物014096A1(300mg,2.63mmol)溶于四氢呋喃-丙酮-水中(5:4:1,40ml),加入新鲜蒸馏的吡啶(1mol%,200uL),反应相于室温(25度)下搅拌两小时,浓缩反应液所得油状粗品通过硅胶柱层析(乙酸乙酯/石油醚=1:2)纯化得到黄色油状粗品化合物014096A2(80mg,收率26.7%)。LCMS(M+H)+m/z计算值115.0,实测值115.1。
第十一步:SZ-014096合成
将化合物014009A10A(100mg,0.2mmol),014096A2(22mg,0.2mmol),HATU(112mg,0.296mmol),溶于N,N-二甲基甲酰胺(2.0mL)中,加入N,N-二异丙基乙胺(51mg,0.4mmol)。反应相于室温(25度)下搅拌两小时。减压浓缩除去N,N-二甲基甲酰胺,浓缩剩余物通过制备型高效液相色谱纯化得到白色固体化合物SZ-014096(17.0mg,收率14.3%)。
液相质谱[流动相:在40摄氏度柱温下,以每分钟1.5毫升的流速按梯度从70%水(含0.02%醋酸铵)和30%乙腈到50%水(含0.02%醋酸铵)和50%乙腈洗脱维持6.5分钟。柱子:waters XBridge C18 3.5um,50*4.6mm]纯度96.76%,Rt=2.889min;LCMS(M+H)+m/z计算值603.3,实测值603.3。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ10.20(br s,1H),8.39(d,J=4.8Hz,1H),8.27(dd,J1=21.6Hz,J2=9.2Hz,1H),7.45(q,J=15.6Hz,1H),7.25(dd,J1=15.2Hz,J2=8.0Hz,1H),7.19(d,J=4.8Hz,1H),6.81-6.66(m,3H),4.98-4.91(m,1H),4.36(q,J=14.0Hz,2H),4.21-4.04(m,1H),3.77-3.52(m,2H),3.23-3.20(m,1H),2.74-2.65(m,1H),2.43(s,3H),1.90(d,J=2.4Hz,3H),1.36(d,J=6.4Hz,3H),1.07(d,J=6.4Hz,3H),0.93(d,d,J=6.8Hz,3H)。
实施例2SZ-014096B
第一步:SZ-014096B合成
将化合物014004A10B(100mg,0.2mmol),014096A2(22mg,0.2mmol),HATU(112mg,0.296mmol)溶于N,N-二甲基甲酰胺(2.0mL)中,向其中加入N,N-二异丙基乙胺(51mg,0.4mmol)。反应相于室温(25度)下搅拌两小时。减压浓缩除去N,N-二甲基甲酰胺,浓缩剩余物通过制备型高效液相色谱纯化得到白色固体化合物SZ-014096B(23.0mg,收率19.3%)。液相质谱[流动相:在40摄氏度柱温下,以每分钟1.5毫升的流速按梯度从80%水(含0.02%醋酸铵)和20%乙腈到30%水(含0.02%醋酸铵)和70%乙腈洗脱维持6.5分钟。柱子:waters XBridge C18 3.5um,50x4.6mm]纯度99.14%,Rt=3.361min;LCMS(M+H)+m/z计算值603.3,实测值603.2。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ10.18(br s,1H),8.39(d,J=4.8Hz,1H),8.30(dd,J1=19.6Hz,J2=9.2Hz,1H),7.46(q,J=15.6Hz,1H),7.27(dd,J1=15.2Hz,J2=8.0Hz,1H),7.19(d,J=4.8Hz,1H),6.82-6.66(m,3H),5.01-4.93(m,1H),4.40-4.29(m,2H),4.21-4.05(m,1H),3.80-3.51(m,2H),3.22-3.16(m,1H),2.73-2.67(m,1H),2.39(s,3H),1.90(d,J=4.0Hz,3H),1.34(d,J=6.0Hz,3H),1.07(d,J=6.8Hz,3H),0.93(d,J=6.0Hz,3H)。
实施例3SZ-014017A/B
第一步:014086A1合成
将化合物4,6-二氯-5-氨基嘧啶(10.0g,60.98mmol)溶于200毫升四氢呋喃中,加入[1,1'-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(8.9g,12.2mmol),零度下滴加异丙基氯化镁(1N,183mL,366mmol),氮气保护加热至70度过夜。反应液冷却至室温,饱和氯化铵淬灭,乙酸乙酯萃取,无水硫酸钠干燥,过滤,滤液减压浓缩,剩余物通过硅胶柱层析纯化(石油醚/乙酸乙酯=3:1)得到黄色固体014086A1(3.0g,收率27%)。LCMS(M+H)+m/z计算值180.1,实测值180.1。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ8.34(s,1H),5.06(s,2H),3.29-3.20(m,2H),1.17(d,J=8.8Hz,12H)。
第二步:014086A2合成
将化合物2,6-二氯-3-甲酰胺-5-氟吡啶(3.0g,14.4mmol)溶于50毫升四氢呋喃中,室温下加入草酰氯(2.2g,17.28mmol),加热回流反应1小时。反应液冷却至零度,加入化合物014086A1(2.6g,14.4mmol),室温搅拌1小时。反应液用饱和碳酸氢钠溶液调节至pH值为中性,乙酸乙酯萃取,无水硫酸钠干燥,过滤,滤液减压浓缩,剩余物通过硅胶柱层析纯化(石油醚/乙酸乙酯=5:1)得到黄色固体014086A2(5.6g,收率90%)。LCMS(M+H)+m/z计算值414.2,实测值414.2。
第三步:014086A3合成
将化合物014086A2(5.2g,12.56mmol)溶于50毫升无水四氢呋喃中,冰浴下滴加KHMDS(1N,27.63mL),室温搅拌反应1小时。反应液倒入水中,用2N HCl调节至中性,乙酸乙酯萃取,无水硫酸钠干燥,过滤,滤液减压浓缩,剩余物通过硅胶柱层析纯化(石油醚/乙酸乙酯=10:1)得到浅黄色固体014086A3(4.3g,收率89%)。LCMS(M+H)+m/z计算值378.2,实测值378.2。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ12.36(s,1H),9.22(s,1H),8.55(d,J=10.0Hz,1H),3.00-2.96(m,2H),1.12(d,J=8.8Hz,6H),1.02(d,J=8.8Hz,6H)。
第四步:014086A4合成
将化合物014086A3(800mg,2.02mmol)溶于5毫升无水乙腈中,冰浴下加入POCl3(487mg,3.18mmol)和DIPEA(546mg,4.24mmol),加热至80度反应反应过夜。反应液旋干得到褐色油状物014086A4(800mg,收率100%),粗品直接用于下一步。
第五步:014086A5合成
将化合物014086A4粗品(800mg,2.02mmol)溶解于10毫升乙腈中,加入(S)-4-N-叔丁氧羰基-2-甲基哌嗪(404mg,2.02mmol)和DIPEA(781.74mg,6.06mmol),室温搅拌1小时。反应液旋干,剩余物通过硅胶柱层析纯化(石油醚/乙酸乙酯=3:1)得到浅黄色固体014086A5(600mg,收率54.5%)。LCMS(M+H)+m/z计算值560.2,实测值560.2。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ9.15(s,1H),8.40(d,J=8.4Hz,1H),4.93-4.91(m,1H),4.28-4.27(m,1H),4.28-3.99(m,1H),4.06-3.97(m,H),3.77-3.71(m,1H),3.26-3.17(m,1H),2.77-2.67(m,2H),1.56(s,10H),1.44-1.42(m,3H),1.44-1.05(m,12H)。
第六步:014086A6合成
将化合物014086A5(560mg,1mmol),2-氟-6-羟基苯硼酸(1.24g,8mmol)溶于10毫升1,4-二氧六环中,加入乙酸钾(490mg,5mmol)和[1,1'-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(146mg,0.2mmol),微波120度反应90分钟。反应液冷却后过滤,浓缩,剩余物通过硅胶柱层析纯化(石油醚/乙酸乙酯=3:1)得到浅黄色固体014086A6(300mg,收率47%)。LCMS(M+H)+m/z计算值636.3,实测值636.3。
第七步:014086A7合成
将化合物014086A6(230mg,0.36mmol)溶于2毫升二氯甲烷中,加入2毫升三氟乙酸,室温搅拌2小时。反应液选干,得到230mg三氟乙酸盐褐色油状物,直接用于下一步。LCMS(M+H)+m/z计算值536.3,实测值536.3。
第八步:SZ-014017A/B合成
将化合物014086A7(50.0mg,0.09mmol),014096A2(10.2mg,0.09mmol),HATU(53.0mg,0.14mmol),溶于N,N-二甲基甲酰胺(2.0mL)中,加入N,N-二异丙基乙胺(35.0mg,0.27mmol)。反应相于室温(25度)下搅拌两小时。减压浓缩除去N,N-二甲基甲酰胺,浓缩剩余物通过制备型高效液相色谱纯化得到白色固体化合物SZ-014017A/B(7.5mg,收率12.7%)。
液相质谱[流动相:在40摄氏度柱温下,以每分钟1.5毫升的流速按梯度从70%水(含0.02%醋酸铵)和30%乙腈到40%水(含0.02%醋酸铵)和60%乙腈洗脱维持6.5分钟。柱子:waters XBridge C18 3.5um,50*4.6mm]纯度99.14%,Rt=3.129min;LCMS(M+H)+m/z计算值632.2,实测值632.2。1H NMR(DMSO-d6,400MHz):δ10.20(br s,1H),9.05(s,1H),8.32(dd,J1=22.0Hz,J2=9.2Hz,1H),7.46(q,J=15.6Hz,1H),7.27(dd,J1=15.2Hz,J2=8.4Hz,1H),6.82-6.66(m,3H),5.00-4.97(m,1H),4.39-4.29(m,2H),4.22-4.06(m,1H),3.82-3.54(m,2H),3.29-3.23(m,1H),2.73-2.66(m,2H),2.39(s,3H),1.36(d,J=6.8Hz,3H),1.08(d,J=6.8Hz,6H),0.932(d,J=6.4Hz,6H)。
生物学活性实验
LC-MS法检测KRAS G12C蛋白结合率
将测试化合物制备为在DMSO中的10mM储备溶液。将KRAS G12C蛋白在缓冲液(20mMHepes,pH7.5,50mM NaCl,0.5mM MgCl2)中稀释至103uM,等体积加入GDP缓冲液(20mMHepes,pH7.5,50mM NaCl,0.5mM MgCl2,10mM EDTA,2mM DTT,GDP)制备成载有GDP的KRASG12C蛋白。
载有GDP的KRASG12C蛋白中加入稀释溶液(12.5mM Hepes,pH7.5,75mM NaCl,10mMMgCl2)稀释至20uM。按如下成分配制反应体系:GDP-KRAS-4B-G12C(20uM,5μL),测试化合物(10%DMSO,5μL),缓冲液(125mM Hepes,pH7.5,750mM NaCl,10mM MgCl2;5μL),纯化水(35μL)。室温分别孵育5分钟和30分钟后,加入5uL5%甲酸终止反应,15000rpm离心10分钟后,将混合液转至LC-MS进行检测并做数据分析,LC和MS的参数分别如表2和表3所示。
表1 UPLC条件
表2 LC时间梯度设置
时间(min) | A(%) | B(%) |
0 | 95 | 5 |
0.75 | 95 | 5 |
1 | 75 | 25 |
6 | 50 | 50 |
6.25 | 0 | 100 |
7.5 | 0 | 100 |
7.75 | 95 | 5 |
9 | 95 | 5 |
表3 TOFMS参数如下:
计算测试化合物在KRASG12C蛋白的结合百分率:
KRAS G12C结合百分率(%)=测试化合物与KRAS G12C蛋白结合物峰高/[测试化合物与KRAS G12C蛋白结合物峰高+游离KRAS G12C蛋白峰高]X100。具体生物分析数据如表4所示。
H358细胞In-cellWesternBlot检测ERK磷酸化
将H358细胞复苏,并预先培养3天至细胞状态良好(RPMI1640+10%FBS+1%P/S)。将细胞接种到384孔板中,并加入测试化合物、阳性对照化合物(AMG510及其异构体)与阴性对照,化合物浓度为10000nM至0.051nM,3倍稀释,37℃、5%CO2混匀孵育;PBS清洗细胞并采用甲醇混悬,PBS再清洗一次加入封闭液,室温封闭1小时后,加入一抗混合物(rabbit antipERK,mouse anti GAPDH),4℃孵育过夜;PBST清洗3次,加入二抗混合物(goat antirabbit 800CW and goat anti mouse 680RD),室温避光孵育;将384孔板颠倒离心1000rpm、1分钟,Odyssey CLx荧光成像***读板,获取荧光数值;采用DMSO及ARS1620对反应数值进行校正,具体计算方式如下:
Relative Signal=Signal Value(total channel 800)/Signal Value(totalchannel 700)
H=Ave(DMSO)
L=Ave(ARS1620)
SD(H)=STDEV(DMSO)
SD(L)=STDEV(ARS1620)
CV%(DMSO)=100*(SD_H/Ave_H)
CV%(ARS1620)=100*SD_L/Ave_L
Z'=1-3*(SD_H+SD_L)/(Ave_H-Ave_L)
Relative pERK=(Sample-Ave_L)/(Ave_H-Ave_L)。
四参数拟合算法分析化合物IC50,具体计算公式如下:
Y=Bottom+(Top-Bottom)/(1+10^((LogIC50-X)*HillSlope))
X:Log of cpd concentration
Y:Ave(relative pERK)
Top and Bottom:Plateaus in same units as Y
logIC50:same log units as X
HillSlope:Slope factor or Hill slope。
具体生物分析数据如表4所示。
表4 生物分析数据
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