CN111278840B - 吡咯并[2，3-b]吡啶化合物及其治疗癌症的用途 - Google Patents

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Abstract

本申请涉及如本文定义的式I的化合物或其盐、水合物或溶剂化物。发现本发明化合物具有药理作用，特别是对于MRCK。还提供了包含所述化合物的药物组合物。本发明还涉及这些化合物作为治疗剂的用途，特别是用于治疗和/或预防增殖性疾病，诸如癌症的用途。

Description

吡咯并[2,3-B]吡啶化合物及其治疗癌症的用途
引言
本发明涉及抑制强直性肌营养不良激酶相关Cdc42结合激酶(MRCK)的化合物。特别地，本发明涉及这些化合物及其作为治疗剂的用途，例如在治疗和/或预防增殖性疾病诸如癌症中的用途。本文还公开了包含要求保护的化合物的药物组合物和组合。
发明背景
肿瘤细胞侵袭是恶性肿瘤的最典型的标志[1]。对于大多数类型的实体肿瘤，患者死亡率和许多发病率可归因于其中侵袭是必有的组成过程的转移性疾病。目前的抗癌药物主要靶向肿瘤生长，并且其在疾病所有阶段的临床益处通常是适度的。通过抑制癌细胞侵袭，特别是在辅助环境中抑制癌细胞侵袭，预期阻断关键侵袭驱动因子的分子靶向抑制剂将为大范围的处于不同阶段的实体肿瘤的癌症患者提供临床益处。
转移是由肌动蛋白-肌球蛋白细胞骨架的动态重组和细胞外基质的重构提供动力的多步骤过程，允许细胞侵袭其局部环境，越过组织边界，并且经由血管和***扩散至身体的远端区域[2]。肌动蛋白-肌球蛋白细胞骨架结构的收缩产生细胞运动和侵袭所需的机械力[2]。细胞骨架收缩机构的关键要素是肌球蛋白II，它由肌球蛋白II轻链蛋白(MLC)在两个关键位点(Thr18和Ser19)的磷酸化调节[3]。
RhoGTP酶家族成员是肌动蛋白-肌球蛋白细胞骨架的中心调节剂，并且已经被证明有助于与侵袭和转移相关的多个过程[2]。Cdc42通过效应蛋白发出信号，该效应蛋白包括大范围的组织中表达的强直性肌营养不良激酶相关Cdc42结合激酶α和β(MRCKα和MRCKβ)，它们是190kDa的多结构域蛋白，在它们的激酶结构域中具有～80％的氨基酸同一性[4]。MRCK和Rho调节的ROCK激酶属于AGC激酶家族[5]，并且在它们的N末端激酶结构域中共有～45％-50％的氨基酸同一性，这反映在它们磷酸化一组类似底物(包括MLC)和MLC磷酸酶复合体的肌球蛋白结合亚基(MYPT1)的抑制性磷酸化的共有能力[6]。然而，由于MRCK激酶和ROCK激酶与靶向蛋白和/或脂质的特异性相互作用，MRCK激酶和ROCK激酶可以在不同的亚细胞定位磷酸化底物，诸如MLC[7]-[10]。
重要地，已经观察到，MDA-MB-231乳腺癌细胞侵袭三维细胞外蛋白基质所需要的[6]，[11]和鳞状细胞癌(SCC)细胞在器官型模型中通过三维胶原基质集体侵袭所需要[12]的肌动蛋白-肌球蛋白收缩性取决于MRCK信号传导。据报告，在抑制了Notch1肿瘤抑制基因后的遗传修饰的小鼠中，升高的MRCKβ表达有助于Ras癌基因驱动的SCC发展[13]。此外，基因表达分析将MRCKβ鉴定为与五年内差的患者预后和增加的转移发生率有关的乳腺癌基因表达特征的一部分[14]。这些观察结果指示，MRCK有助于肿瘤细胞侵袭，并且可能是转移的重要驱动因子。
最近描述了一种MRCK的小分子抑制剂[15]，然而，在本领域中对于替代的和/或改善的MRCK抑制剂作为例如阻断癌细胞侵袭的手段存在需求。
发明概述
在一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物和/或其盐或溶剂化物。
在另一个方面中，本发明提供了药物组合物，该药物组合物包含如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及一种或更多种药学上可接受的赋形剂。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或者如本文定义的药物组合物，用于在治疗中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或者如本文定义的药物组合物，用于在治疗或预防增殖性紊乱中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或者如本文定义的药物组合物，用于在抑制MRCK中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或者如本文定义的药物组合物，用于在治疗或预防癌细胞侵袭中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制造用于治疗或预防增殖性紊乱的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制造用于抑制MRCK的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物在制造用于治疗或预防癌细胞侵袭的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了治疗或预防增殖性紊乱的方法，所述方法包括向有相应需要的受试者施用有效量的如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在另一个方面中，本发明提供了体外或体内抑制MRCK的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物接触。
在另一个方面中，本发明提供了治疗或预防癌细胞侵袭的方法，所述方法包括向有相应需要的受试者施用治疗有效量的如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或者如本文定义的药物组合物。
在另一个方面中，本发明提供了一种组合，该组合包含如本文定义的式I的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物与一种或更多种另外的治疗剂。
本发明的任何一个特定方面的优选的、合适的和任选的特征也是任何其他方面的优选的、合适的和任选的特征。
发明详述
定义
本文描述的化合物和中间体可以根据IUPAC(国际纯粹与应用化学联合会)或CAS(化学文摘社)命名***命名。应理解，除非有相反的明确说明，否则术语“式I的化合物”和更一般的术语“化合物”是指并且包括由式I描述和/或参考式I的任何和所有化合物。还应理解，这些术语包括这样的化合物及其所有盐的所有立体异构体，即顺式异构体和反式异构体，以及光学异构体，即R对映异构体和S对映异构体，这样的化合物及其所有盐呈大体上纯的形式和/或前述物质以任何比率的任何混合物。这种理解延伸到使用或包含一种或更多种式I的化合物本身或与另外的剂组合的药物组合物和治疗方法。
类似地，除非有相反的具体描述，否则提及式I的多种子式(例如式Ia、式Ib、式Ic等)包括如上文列出的描述的化合物的异构体。
本文提供的多种含烃部分可以使用前缀来描述，该前缀指定该部分中的碳原子的最小数目和最大数目，例如“(Ca-b)”或“Ca-Cb”或“(a-b)C”。例如，(Ca-b)烷基指示具有整数“a”至整数“b”(包括整数“a”和整数“b”)数目的碳原子的烷基部分。某些部分也可以根据最小数目和最大数目的成员来描述，而无论是否具体参考特定原子或整体结构。例如，术语“a元至b元环”或“具有在a个至b个之间的成员”是指具有整数“a”至整数“b”(包括整数“a”和整数“b”)数目的原子的部分。
“约”当在本文与可测量的值(诸如，例如，量或时间段等)结合使用时，意在包括该值的合理变化，例如，以允许在所述值的测量时的实验误差。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烷基”和“烷基基团”是指支链或非支链的饱和烃链。除非另外说明，否则烷基基团通常含有1-10个碳原子，诸如1-6个碳原子或1-4个碳原子或1-3个碳原子，并且可以是被取代的或未被取代的。代表性实例包括但不限于甲基、乙基、正丙基、异丙基(i-propyl)、正丁基、异丁基(i-butyl)、仲丁基、叔丁基(t-butyl)、正戊基、正己基、正庚基、正辛基、正壬基、正癸基、异丙基(isopropyl)、叔丁基(tert-butyl)、异丁基(isobutyl)等。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“亚烷基”和“亚烷基基团”是指支链或非支链的饱和烃链。除非另外说明，否则亚烷基基团通常含有1-10个碳原子，诸如1-6个碳原子或1-3个碳原子，并且可以是被取代的或未被取代的。代表性实例包括但不限于亚甲基(–CH2–)、亚乙基异构体(–CH(CH3)–和–CH2CH2–)、亚丙基异构体(–CH(CH3)CH2–、–CH(CH2CH3)–、–C(CH3)3–和–CH2CH2CH2–)等。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烯基”和“烯基基团”是指含有至少一个双键的支链或非支链的烃链。除非另外说明，否则烯基基团通常含有2-10个碳原子，诸如2-6个碳原子或2-4个碳原子，并且可以是被取代的或未被取代的。代表性实例包括但不限于乙烯基、3-丁烯-1-基、2-乙烯基丁基和3-己烯-1-基。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“炔基”和“炔基基团”是指含有至少一个三键的支链或非支链的烃链。除非另外说明，否则炔基基团通常含有2-10个碳原子，诸如2-6个碳原子或2-4个碳原子，并且可以是被取代的或未被取代的。代表性实例包括但不限于乙炔基、3-丁炔-1-基、丙炔基、2-丁炔-1-基和3-戊炔-1-基。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“芳香族”是指含有4n+2个π电子的单环和多环环体系，其中n是整数。芳香族应被理解为是指并且包括仅含有碳原子的环体系(即“芳基”)以及含有选自N、O或S的至少一个杂原子的环体系(即“杂芳香族”或“杂芳基”)。芳香族环体系可以是被取代的或未被取代的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“非芳香族”是指具有至少一个双键的单环或多环体系，该双键不是扩展共轭π体系的一部分。如本文使用的，非芳香族是指并且包括仅含有碳原子的环体系以及含有选自N、O或S的至少一个杂原子的环体系。非芳香族环体系可以是被取代的或未被取代的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“芳基”和“芳基基团”是指苯基和7-15元双环或三环烃环体系，包括桥接的环体系、螺环的环体系和/或稠合的环体系，其中所述环中的至少一个是芳香族的。芳基基团可以是被取代的或未被取代的。除非另外说明，否则芳基基团可以含有6个环原子(即，苯基)或者环体系含有9个至15个原子，诸如9个至11个环原子，或9个或10个环原子。代表性实例包括但不限于萘基、茚满基、1,2,3,4-四氢萘基、6,7,8,9-四氢-5H-苯并环庚烯基和6,7,8,9-四氢-5H-苯并环庚烯基。合适地，芳基基团是苯基和萘基，合适地是苯基。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“亚芳基”和“亚芳基基团”是指亚苯基(–C6H4–)或7元至15元双环或三环烃环体系，包括桥接的环体系、螺环的环体系和/或稠合的环体系，其中所述环中的至少一个是芳香族的。亚芳基基团可以是被取代的或未被取代的。在一些实施方案中，亚芳基基团可以含有6个(即，亚苯基)环原子，或者是含有9个至15个原子；诸如9个至11个环原子；或9个或10个环原子的环体系。亚芳基基团可以是被取代的或未被取代的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烷基芳基”和“烷基芳基基团”是指其中氢原子被芳基基团替代的烷基基团，其中烷基基团和芳基基团如先前定义，诸如例如苄基(C6H5CH2–)。烷基芳基基团可以是被取代的或未被取代的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“碳环基团”和“碳环”是指环中仅含有碳原子的单环和多环环体系，即烃环体系，而不考虑或参考芳香性或不饱和度。因此，碳环基团应被理解为指并且包括是完全饱和的环体系(诸如例如，环己基基团)，是芳香族的环体系(诸如例如，苯基基团)，以及具有完全饱和部分、芳香族部分和/或不饱和部分的环体系(诸如例如，环己烯基、2,3-二氢茚基和1,2,3,4-四氢萘基)。术语碳环的和碳环还包括桥接的环体系、稠合的环体系和螺环的环体系。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“环烷基”和“环烷基基团”是指非芳香族碳环环体系，其可以是单环、双环或三环的，饱和或不饱和的，并且可以是桥接的、螺环的和/或稠合的。环烷基基团可以是被取代的或未被取代的。除非另外说明，否则环烷基基团通常含有3个至12个环原子。在一些情况下，环烷基基团可以含有4个至10个环原子(例如，4个环原子、5个环原子、6个环原子、7个环原子等)。代表性实例包括但不限于环丙基、环丙烯基、环丁基、环丁烯基、环戊基、环戊烯基、环己基、环己烯基、降莰基(norbornyl)、降冰片烯基(norbornenyl)、双环[2.2.1]己烷、双环[2.2.1]庚烷、双环[2.2.1]庚烯、双环[3.1.1]庚烷、双环[3.2.1]辛烷、双环[2.2.2]辛烷、双环[3.2.2]壬烷、双环[3.3.1]壬烷和双环[3.3.2]癸烷。合适地，环烷基基团选自环丙基基团、环丁基基团、环戊基基团和环己基基团。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烷基环烷基”和“烷基环烷基基团”是指其中氢原子被环烷基基团替代的烷基基团(其中烷基基团和环烷基基团如先前定义)，诸如例如环己基甲基(C6H11CH2–)。烷基环烷基基团可以是被取代的或未被取代的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“卤代烷基”和“卤代烷基基团”是指其中一个或更多个氢原子被卤素原子替代的烷基基团。卤代烷基既包括饱和烷基基团又包括不饱和的烯基和炔基基团。代表性实例包括但不限于–CF3、–CHF2、–CH2F、–CF2CF3、–CHFCF3、–CH2CF3、–CF2CH3、–CHFCH3、–CF2CF2CF3、–CF2CH2CH3、–CF＝CF2、–CCl＝CH2、–CBr＝CH2、–CI＝CH2、–C≡C-CF3、–CHFCH2CH3和–CHFCH2CF3。卤代烷基基团可以是被取代的或未被取代的。合适地，卤代烷基基团选自CHF2和CF3，合适地CF3。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“卤代烷氧基”和“卤代烷氧基基团”是指其中一个或更多个氢原子被卤素原子替代的烷氧基基团(即O-烷基基团)。卤代烷氧基既包括饱和烷氧基基团又包括不饱和的烯基和炔基基团。代表性实例包括但不限于–OCF3、–OCHF2、–OCH2F、–OCF2CF3、–OCHFCF3、–OCH2CF3、–OCF2CH3、–OCHFCH3、–OCF2CF2CF3、–OCF2CH2CH3、–OCF＝CF2、–OCCl＝CH2、–OCBr＝CH2、–OCHFCH2CH3和–OCHFCH2CF3。卤代烷氧基基团可以是被取代的或未被取代的。合适地，卤代烷氧基基团选自–OCHF2和–OCF3，合适地–OCF3。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“卤代”和“卤素”包括氟、氯、溴和碘原子和取代基。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“杂芳基”和“杂芳基基团”是指(a)除碳原子之外还含有至少一个杂原子诸如氮、氧或硫的5元和6元单环芳香族环，和(b)除碳原子之外还含有至少一个杂原子诸如氮、氧或硫并且其中环中的至少一个是芳香族的7元至15元双环和三环的环。在一些情况下，杂芳基基团可以包含两个或更多个杂原子，这些杂原子可以相同或不同。杂芳基基团可以是被取代的或未被取代的，并且可以是桥接的、螺环的和/或稠合的。在一些情况下，杂芳基基团可以含有5个、6个或8个至15个环原子。在其他情况下，杂芳基基团可以含有5个至10个环原子，诸如5个、6个、9个或10个环原子。代表性实例包括但不限于2,3-二氢苯并呋喃基、1,2-二氢喹啉基、3,4-二氢异喹啉基、1,2,3,4-四氢异喹啉基、1,2,3,4-四氢喹啉基、苯并噁嗪基、苯并噻嗪基、色满基(chromanyl)、呋喃基、2-呋喃基、3-呋喃基、咪唑基、异噁唑基、异噻唑基、噁二唑基、噁唑基、吡啶基、2-吡啶基、3-吡啶基或4-吡啶基、嘧啶基、2-嘧啶基、4-嘧啶基或5-嘧啶基、吡唑基、吡咯基、2-吡咯基或3-吡咯基、吡嗪基、哒嗪基、3-哒嗪基或4-哒嗪基、2-吡嗪基、噻吩基、2-噻吩基、3-噻吩基、四唑基、噻唑基、噻二唑基、三嗪基、***基、吡啶-2-基、吡啶-4-基、嘧啶-2-基、哒嗪-4-基、吡嗪-2-基、萘啶基、蝶啶基、酞嗪基、嘌呤基、咯嗪基(alloxazinyl)、苯并咪唑基、苯并呋喃基、苯并呋咱基(benzofurazanyl)、2H-1-苯并吡喃基、苯并噻二嗪、苯并噻嗪基、苯并噻唑基、苯并噻吩基、苯并噁唑基、噌啉基、呋喃并吡啶基、二氢吲哚基、吲嗪基(indolizinyl)、吲哚基或2-吲哚基、3-吲哚基、4-吲哚基、5-吲哚基、6-吲哚基或7-吲哚基、3H-吲哚基、喹唑啉基、喹喔啉基、异吲哚基、异喹啉基、10-氮杂-三环[6.3.1.02,7]十二-2(7),3,5-三烯基、12-氧杂-10-氮杂-三环[6.3.1.02,7]十二-2(7),3,5-三烯基、12-氮杂-三环[7.2.1.02,7]十二-2(7),3,5-三烯基、10-氮杂-三环[6.3.2.02 ,7]十三-2(7),3,5-三烯基、2,3,4,5-四氢-1H-苯并[d]氮杂环庚三烯基、1,3,4,5-四氢-苯并[d]氮杂环庚三烯-2-酮基、1,3,4,5-四氢-苯并[b]氮杂环庚三烯-2-酮基、2,3,4,5-四氢-苯并[c]氮杂环庚三烯-1-酮基、1,2,3,4-四氢-苯并[e][1,4]二氮杂环庚三烯-5-酮基、2,3,4,5-四氢-1H-苯并[e][1,4]二氮杂环庚三烯基、5,6,8,9-四氢-7-氧杂-苯并环庚烯基、2,3,4,5-四氢-1H-苯并[b]氮杂环庚三烯基、1,2,4,5-四氢-苯并[e][1,3]二氮杂环庚三烯-3-酮基、3,4-二氢-2H-苯并[b][1,4]二氧杂环庚三烯基、3,4-二氢-2H-苯并[f][1,4]氧杂氮杂环庚三烯-5-酮基、6,7,8,9-四氢-5-硫杂-8-氮杂-苯并环庚烯基、5,5-二氧代-6,7,8,9-四氢-5-硫杂-8-氮杂-苯并环庚烯基和2,3,4,5-四氢-苯并[f][1,4]氧杂氮杂环庚三烯基。合适地，杂芳基是包含选自N、O或S的一个、两个或三个杂原子的5元或6元杂芳基环。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烷基杂芳基”和“烷基杂芳基基团”是指其中氢原子被杂芳基基团替代的烷基基团，其中烷基基团和杂芳基基团如先前定义。烷基杂芳基基团可以是被取代的或未被取代的。在提供碳数目的情况下，例如(Cn-m)烷基杂芳基，该范围是指整个基团。合适地，组成的烷基基团具有1-6个碳，合适地1-3个碳，并且杂芳基基团是5元或6元的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“杂环基团”和“杂环”是指环中含有碳原子和选自氮、氧、硫或磷的至少一个杂原子的单环和多环环体系，而不考虑或参考芳香性或不饱和度。因此，杂环基团应被理解为是指并且包括完全饱和的环体系(诸如例如，哌啶基基团)，是芳香族的环体系(诸如例如，吡啶基基团)，以及具有完全饱和部分、芳香族部分和/或不饱和部分的环体系(诸如例如1,2,3,6-四氢吡啶基和6,8-二氢-5H-[1,2,4]***并[4,3-a]吡嗪基)。术语杂环的和杂环还包括桥接的环体系、稠合的环体系和螺环的环体系。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“杂环烷基”和“杂环烷基基团”是指除碳原子之外还含有至少一个杂原子诸如氮、氧、硫或磷的3元至15元单环、双环和三环非芳香族环体系。杂环烷基基团可以是完全饱和的或者含有不饱和部分，并且可以是桥接的环体系、螺环体系和/或稠合的环体系。在一些情况下，杂环烷基基团可以含有至少两个或更多个杂原子，这些杂原子可以相同或不同。杂环烷基基团可以是被取代的或未被取代的。在一些情况下，杂环烷基基团可以含有3个至10个环原子或3个至7个环原子或5个至7个环原子，诸如5个环原子、6个环原子或7个环原子。代表性实例包括但不限于四氢呋喃基、吡咯烷基、吡咯啉基、咪唑烷基、咪唑啉基、吡唑烷基、吡唑啉基、哌啶基、哌嗪基、二氢吲哚基、异二氢吲哚基、吗啉基、硫代吗啉基、高吗啉基、高哌啶基、高哌嗪基、硫代吗啉基-5-氧化物、硫代吗啉基-S,S-二氧化物、吡咯烷基、四氢吡喃基、哌啶基、四氢噻吩基、高哌啶基、高硫代吗啉基-S,S-二氧化物、噁唑烷酮基、二氢吡唑基、二氢吡咯基、二氢吡嗪基、二氢吡啶基、二氢嘧啶基、二氢呋喃基、二氢吡喃基、四氢噻吩基-5-氧化物、四氢噻吩基-S,S-二氧化物、高硫代吗啉基-5-氧化物、奎宁环基、2-氧杂-5-氮杂双环[2.2.1]庚基、8-氧杂-3-氮杂-双环[3.2.1]辛基、3,8-二氮杂-双环[3.2.1]辛基、2,5-二氮杂-双环[2.2.1]庚基、3,8-二氮杂-双环[3.2.1]辛基、3,9-二氮杂-双环[4.2.1]壬基、2,6-二氮杂-双环[3.2.2]壬基、[1,4]氧杂磷杂环己烷基-4-氧化物([1,4]oxaphosphinanyl-4-oxide)、[1,4]氮杂磷杂环己烷基-4-氧化物、[1,2]氧杂磷杂环戊烷基-2-氧化物([1,2]oxaphospholanyl-2-oxide)、磷杂环己烷基-1-氧化物、[1,3]氮杂磷杂环戊烷基-3-氧化物、[1,3]氧杂磷杂环戊烷基-3-氧化物、7-氧杂双环[2.2.1]庚基、6,8-二氢-5H-[1,2,4]***并[4,3-a]吡嗪-7-基、6,8-二氢-5H-咪唑并[1,5-a]吡嗪-7-基、6,8-二氢-5H-咪唑并[1,2-a]吡嗪-7-基、5,6,8,9-四氢-[1,2,4]***并[4,3-d][1,4]二氮杂环庚三烯-7-基和6,8-二氢-5H-[1,2,4]***并[4,3-a]吡嗪-7-基。合适地，如本文定义的杂环烷基基团是包含选自N、O或S的一个、两个或三个杂原子的单环、双环或螺杂环基基团。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“亚杂环烷基”和“亚杂环烷基基团”是指除碳原子之外还含有至少一个杂原子诸如氮、氧、硫或磷的3元至15元单环、双环或三环非芳香族环体系。亚杂环烷基基团可以是完全饱和的或者含有不饱和部分，并且可以是桥接的、螺环的和/或稠合的。亚杂环烷基基团可以是被取代的或未被取代的。在一些情况下，亚杂环烷基基团可以含有从3个至10个环原子；诸如从3个至7个环原子。在其他情况下，亚杂环烷基基团可以含有从5个至7个环原子，诸如5个环原子、6个环原子或7个环原子。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“烷基杂环烷基”和“烷基杂环烷基基团”是指其中氢原子被杂环烷基基团替代的烷基基团(其中烷基基团和杂环烷基基团如先前定义)，诸如例如吡咯烷基甲基(C4H8NCH2–)。烷基杂环烷基基团可以是被取代的或未被取代的。在提供碳数目的情况下，例如(Cn-m)烷基杂环烷基，该范围是指整个基团。合适地，组成的烷基基团具有1-6个碳，合适地1-3个碳，并且杂环烷基基团是3-7元的，合适地5元或6元的。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“药学上可接受的”是指通常与其他成分(诸如例如，参考制剂)化学上和/或物理上相容，和/或通常与其接受者(诸如例如，受试者)生理学上相容的物质。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“药物组合物”是指可以用于治疗包括人类的受试者中的疾病、状况或紊乱的组合物。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“拟卤素(pseudohalogen)”是指–OCN、–SCN、–CF3和–CN。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“稳定的”和“化学稳定的”是指足够稳定以便以有用纯度从反应混合物中分离的化合物。本申请仅涉及稳定化合物的制备。当替代性取代基的列表包括由于化合价要求、化学稳定性或其他原因而不能被用于取代特定基团的成员时，该列表意图结合上下文阅读，以包括列表中适合于取代特定基团的那些成员。例如，当考虑特定部分的任选取代程度时，应理解，取代基的数目不超过适合该部分的化合价。例如，如果R1是甲基基团(-CH3)，则它可以任选地被1个至3个R5取代。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“受试者”和“患者”合适地是指哺乳动物，特别是人类。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“取代的”指示分子上的氢原子已经被不同的原子或原子组替代，并且替代氢原子的原子或原子组是“取代基”。应理解，术语“取代基(substituent)”、“取代基(substituents)”、“部分(moiety)”、“部分(moieties)”、“基团(group)”或“基团(groups)”是指取代基。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“治疗有效量(therapeutic effective amount)”和“治疗有效量(therapeutically effectiveamount)”是指(a)抑制或引起特定疾病、状况或紊乱的改善；(b)减弱、改善或消除特定疾病、状况或紊乱的一种或更多种症状；(c)或者延迟本文描述的特定疾病、状况或紊乱的一种或更多种症状的发作的化合物、组合物或药物的量。应理解，术语“治疗有效(therapeutic effective)”和“治疗有效(therapeutically effective)”包括上文提及的效果(a)-(c)中的单独的任何一种，或与任何其他(a)-(c)组合。应理解，例如，在人类或其他哺乳动物中，治疗有效量可以在实验室或临床环境中通过实验确定，或者治疗有效量可以是美国食品和药物管理局(FDA)或等效的外国监管机构的指南针对特定疾病和被治疗的受试者所要求的量。应理解，确定合适的剂型、剂量和施用途径在药物和医学领域的普通技术人员的水平之内。
如本文中单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的，“治疗(treating)”、“治疗(treated)”和“治疗(treatment)”是指并且包括预防性、改善性、缓和性和治愈性用途和结果。在一些实施方案中，术语“治疗(treating)”、“治疗(treated)”和“治疗(treatment)”是指治愈性用途和结果，以及减少或降低本文描述的特定状况、性质、症状、紊乱或疾病的严重程度的用途和结果。例如，治疗可以包括状况或紊乱的若干种症状的减少或者所述状况或紊乱的完全根除。应理解，如本文使用的术语“预防性”不是绝对的，而是指其中化合物或组合物的施用降低了状况、症状或疾病状态的可能性或严重性和/或将状况、症状或疾病状态的发作延迟一段时间的用途和结果。
如本文中使用的，“治疗活性剂”，无论是单独使用还是与另一个术语或更多个术语结合使用，是指已经发现可用于治疗疾病、紊乱或状况并且不由式I描述的任何化合物，即药物。应理解，治疗活性剂可能未经FDA或等效的外国监管机构批准。
“治疗有效量”意指当施用至受试者或患者用于治疗疾病时，足以实现该疾病的这样的治疗的化合物的量。“治疗有效量”将取决于化合物、疾病及其严重程度以及待治疗的受试者或患者的年龄、体重等而变化。
虚线键在本文用于示出附接点。例如，当R4是式II时，虚线键指示R4经由氮原子附接至双环核。
化合物
本发明的化合物现在将通过以下编号的段落来进一步描述：
1.一种式I的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，
其中，
R5选自氢、卤素、羟基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基和CN。
R3选自CN和5-15元杂芳基，其中所述5-15元杂芳基任选地被一个或更多个Rb取代；
每个Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基；其中所述C1-6烷基和3-7元杂环烷基任选地被选自羟基、卤素、＝O、NRcRd、C1-6烷基、O-C1-6烷基和苯基的一个或更多个基团取代；
每个Rc独立地选自氢和C1-6烷基；
每个Rd独立地选自氢、CN、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、3-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基、O-C1-6烷基和苯基，其中所述C1-6烷基、苯基、5-6元杂芳基、3-7元杂环烷基和C3-6环烷基任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
Rc和Rd当附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-7元杂环烷基环，所述3-7元杂环烷基环任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代；
R4选自OR6、SR6、NHR6、NR7R8和式II的基团：
R6独立地选自C1-6烷基、3-7元杂环烷基和烷基杂环烷基，各自任选地被一个或更多个Rf取代；
Rf选自羟基、卤素、CN、C1-6烷基、C3-6环烷基、C1-6卤代烷基和ORa；其中Ra选自氢、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、苯基和C3-6环烷基；
R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-6烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C6-11芳基、任选地被一个或更多个Rg取代的烷基芳基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-11环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的烷基环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-15元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的烷基杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的5-15元杂芳基和任选地被一个或更多个Rg取代的烷基杂芳基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-15元杂环烷基，所述3-15元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代；
每个Rg独立地选自羟基、卤素、CN、C1-6烷基、C3-6环烷基、C1-6卤代烷基和ORa；其中Ra在上文被定义；
Rj选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、C(＝O)NRcRd、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、苯基、ORa的一个或更多个基团取代，其中Ra、Rc和Rd中的每一个在上文被定义；
R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、NRcC(＝O)Rd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基、苯基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代；
Rm选自羟基、卤素、CN、C1-6烷基、C3-6环烷基、C1-6卤代烷基和ORa；其中Ra在上文被定义；以及
n是选自0和1的数。
2.根据段落1所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R5选自氢、卤素、羟基、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基和CN。
3.根据前述段落1和2中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R5选自氢、卤素、羟基、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基和CN。
4.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，R5选自氢、卤素和C1-6烷基。
5.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，R5选自氢和卤素。
6.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，R5是氢。
7.根据段落1所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，具有子式Ia：
其中
R3和R4如段落1中定义。
8.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3选自5-6元杂芳基和CN，其中所述5-6元杂芳基任选地被一个或更多个Rb取代。
9.根据段落1至7中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3选自任选地被一个或更多个Rb取代的5-15元杂芳基。
10.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3选自任选地被一个或更多个Rb取代的5-6元杂芳基。
11.根据段落1所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，具有子式Ib：
其中
环A是5-6元杂芳基环；
m是选自0、1和2的数；以及
Rb和R4如段落1中定义。
12.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4选自OR6、NHR6、NR7R8和式II的基团。
13.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4选自OR6、NHR6和式II的基团。
14.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4选自NHR6、NR7R8和式II的基团。
15.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4选自NHR6和式II的基团。
16.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R6选自3-7元杂环烷基和C3-C10烷基杂环烷基，各自任选地被一个或更多个Rf取代。
17.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R6选自3-7元杂环烷基和C3-C7烷基杂环烷基，各自任选地被一个或更多个Rf取代。
18.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R6选自5-7元杂环烷基和C5-C7烷基杂环烷基，各自任选地被一个或更多个Rf取代。
19.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R6选自5-6元杂环烷基和C5-C6烷基杂环烷基，各自任选地被一个或更多个Rf取代。
20.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中每个Rf独立地选自羟基、卤素、CN、C1-6烷基、C1-6卤代烷基和
ORa。
21.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中每个Rf独立地选自卤素、CN、C1-6烷基和ORa。
22.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中每个Rf独立地选自卤素和C1-3烷基。
23.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中每个Rf独立地是C1-3烷基。
24.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R6选自：
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点。
25.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4选自NR7R8和式II的基团。
26.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-6烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-11环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的(C4-17)烷基环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-15元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C10烷基杂环烷基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-15元杂环烷基，所述3-15元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
27.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-6烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-7环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的(C4-11)烷基环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-7元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C10烷基杂环烷基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-15元杂环烷基，所述3-15元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
28.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-6烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-7环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的(C4-11)烷基环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-7元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C10烷基杂环烷基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-12元杂环烷基，所述3-12元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
29.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-6烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-7元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C10烷基杂环烷基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-12元杂环烷基，所述3-12元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
30.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8独立地选自氢、任选地被一个或更多个Rg取代的C1-3烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的3-7元杂环烷基、任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C7烷基杂环烷基，条件是R7和R8不能两者均是氢；或者
R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-12元杂环烷基，所述3-12元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
31.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7选自氢和任选地被一个或更多个Rg取代的C1-3烷基。
32.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7是氢。
33.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R8选自任选地被一个或更多个Rg取代的3-7元杂环烷基和任选地被一个或更多个Rg取代的C3-C7烷基杂环烷基。
34.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rg选自羟基、卤素、CN和C1-6烷基。
35.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rg选自卤素和C1-6烷基。
36.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rg选自卤素和C1-3烷基。
37.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rg选自C1-3烷基。
38.根据段落1至30中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成3-12元杂环烷基，所述3-12元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
39.根据段落38所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R7和R8与它们被附接的氮原子一起形成5-12元杂环烷基，所述5-12元杂环烷基任选地被一个或更多个Rj取代。
40.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rj选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、C(＝O)NRcRd、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、苯基和ORa的一个或更多个基团取代。
41.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rj选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、苯基和ORa的一个或更多个基团取代。
42.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rj选自C1-4烷基，合适地C1-3烷基。
43.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4或NR7R8选自
/>
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点，并且其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
44.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4或NR7R8选自
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点，并且其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
45.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4或NR7R8选自
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点，并且其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
46.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4或NR7R8选自
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点，并且其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
47.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R4或NR7R8选自
其中虚线指示至分子剩余部分的附接点，并且其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
48.根据段落1所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，具有子式Ic：
其中
环A是5-6元杂芳基环；
m是选自0、1和2的数；并且
n、R9和R10如段落1中定义。
49.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自噻二唑、异噻唑、嘧啶、噻唑、哒嗪、吡啶、吡嗪和吡唑，各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
50.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自噻二唑、异噻唑、嘧啶、噻唑和哒嗪，各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
51.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自噻唑和嘧啶，各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
52.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自：
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
53.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自：
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
54.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自：
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
55.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A是
任选地被一个或两个Rb基团取代的
56.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、NRcC(＝O)Rd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基、苯基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
57.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
58.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2和C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代；
59.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)和N(C1-6烷基)2，其中所述C1-6烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2和C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
60.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9选自氢和C1-6烷基。
61.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9选自氢和C1-3烷基。
62.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R10选自NH2、NH(C1-6烷基)和N(C1-6烷基)2。
63.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R10选自NH2、NH(C1-3烷基)和N(C1-3烷基)2。
64.根据段落1至59中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
65.根据段落64所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含至少一个氮原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
66.根据段落64所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含一个氮原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
67.根据段落64所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含一个氮原子的5-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
68.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自卤素、CN、C1-6烷基和ORa。
69.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自卤素和C1-6烷基。
70.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自C1-3烷基。
71.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、＝O、NRcRd、C1-6烷基、O-C1-6烷基和苯基的一个或更多个基团取代。
72.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、＝O、NRcRd和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
73.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素和NRcRd的一个或更多个基团取代。
74.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被一个或更多个卤素取代。
75.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基和O-C1-6烷基。
76.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、卤素、CN和C1-6烷基。
77.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、卤素、CN和C1-3烷基。
78.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢和C1-3烷基，合适地氢。
79.根据段落11至78中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中m选自0和1。
80.根据段落11至78中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中m是0。
81.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中n是1。
82.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中n是0。
83.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Ra选自氢和C1-6烷基。
84.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Ra选自氢和C1-3烷基。
85.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc选自氢和C1-3烷基。
86.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
87.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
88.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
89.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
90.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
91.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自C1-3烷基。
92.根据段落1至84中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc和Rd当附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-7元杂环烷基环，所述3-7元杂环烷基环任选地被一个或更多个C1-6烷基取代。
93.根据段落1至84中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc和Rd当附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-6元杂环烷基环，所述3-6元杂环烷基环任选地被一个或更多个C1-3烷基取代。
94.根据段落1所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，具有子式Ic′：
其中
环A是选自嘧啶、噻唑、噻二唑、异噻唑、哒嗪、吡啶和吡嗪的杂芳基基团，各自任选地被一个或两个Rb基团取代；
m是选自0、1和2的数；并且
n、R9和R10如段落1中定义。
95.根据段落94所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中环A选自噻二唑、异噻唑、嘧啶、噻唑和哒嗪，各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
96.根据段落94和95中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中环A选自噻唑和嘧啶，各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
97.根据段落94至96中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中环A选自
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
98.根据段落94至97中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A选自
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
99.根据段落94至98中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中A选自
各自任选地被一个或两个Rb基团取代。
100.根据段落94至99中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R3或环A是
任选地被一个或两个Rb基团取代的
101.根据段落94至100中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、NRcC(＝O)Rd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基、苯基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
102.根据段落94至101中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
103.根据段落94至102中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基和3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2和C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
104.根据段落94至103中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10独立地选自氢、羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)和N(C1-6烷基)2，其中所述C1-6烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2和C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
105.根据段落94至104中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9选自氢和C1-6烷基。
106.根据段落94至105中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9选自氢和C1-3烷基。
107.根据段落94至106中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R10选自NH2、NH(C1-6烷基)和N(C1-6烷基)2。
108.根据段落94至107中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R10选自NH2、NH(C1-3烷基)和N(C1-3烷基)2。
109.根据段落94至104中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
110.根据段落109所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含至少一个氮原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
111.根据段落109所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含一个氮原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
112.根据段落109所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含一个氮原子的5-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
113.根据前述段落中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基和OH。
114.根据段落94至113中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自卤素和C1-6烷基。
115.根据段落94至114中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rm选自C1-3烷基。
116.根据段落94至100中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中R9和R10一起形成选自以下的环(其中●指示至化合物剩余部分的附接点)：
/>
117.根据段落94至116中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、＝O、NRcRd、C1-6烷基、O-C1-6烷基和苯基的一个或更多个基团取代。
118.根据段落94至117中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、＝O、NRcRd和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
119.根据段落94至118中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素和NRcRd的一个或更多个基团取代。
120.根据段落94至119中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基、O-C1-6烷基、NH2、NRcRd、C(O)NRcRd，其中所述C1-6烷基任选地被一个或更多个卤素取代。
121.根据段落94至120中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基和O-C1-6烷基。
122.根据段落94至121中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、卤素、CN和C1-6烷基。
123.根据段落94至122中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢、卤素、CN和C1-3烷基。
124.根据段落94至123中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rb选自氢和C1-3烷基，合适地氢。
125.根据段落94至124中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中m选自0和1。
126.根据段落94至125中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中m是0。
127.根据段落94至126中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中n是1。
128.根据段落94至127中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中n是0。
129.根据段落94至128中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc选自氢和C1-3烷基。
130.根据段落94至129中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
131.根据段落94至130中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
132.根据段落94至131中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基和5-6元杂芳基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
133.根据段落94至132中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自氢、C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
134.根据段落94至133中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自C3-6环烷基、C1-6烷基，其中所述C1-6烷基任选地被选自羟基、卤素、苯基、C3-10烷基杂环烷基、O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代。
135.根据段落94至134中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rd选自C1-3烷基。
136.根据段落94至128中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc和Rd当附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-7元杂环烷基环，所述3-7元杂环烷基环任选地被一个或更多个C1-6烷基取代。
137.根据段落94至128中任一段落所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，其中Rc和Rd当附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-6元杂环烷基环，所述3-6元杂环烷基环任选地被一个或更多个C1-3烷基取代。
138.一种化合物或其盐、水合物或溶剂化物，选自：
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139.根据段落138所述的化合物或其盐、水合物或溶剂化物，选自
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尽管本发明可以涉及在本文通过任选的、优选的或合适的特征或以其他方式根据特定实施方案来定义的任何化合物或化合物的特定组，但本发明也可以涉及具体不包括所述任选的、优选的或合适的特征或特定实施方案的任何化合物或化合物的特定组。
合适地，本发明不包括不具有本文定义的生物活性的任何单独化合物。
盐和溶剂化物
本文描述的化合物(包括最终产物和中间体)可以被分离和按本身使用，或者可以以盐，合适地药学上可接受的盐的形式分离。应理解，除非另外说明，否则单独使用或与另一个术语或更多个术语结合使用的术语“盐”和“盐形式”包括所有无机盐和有机盐，包括如本文定义的工业上可接受的盐和如本文定义的药学上可接受的盐。如本文使用的，工业上可接受的盐是通常适合于制造和/或加工(包括纯化)以及运输和储存的盐，但可能不是通常为临床用途或治疗用途而施用的盐。工业上可接受的盐可以以实验室规模制备，即多克或更少，或者以较大规模制备，即高达并包括千克或更多。
如本文使用的药学上可接受的盐是通常与构成制剂的其他成分化学上和/或物理上相容，和/或通常与其接受者生理学上相容的盐。药学上可接受的盐可以以实验室规模制备，即多克或更少，或者以较大规模制备，即高达并包括千克或更多。应理解，药学上可接受的盐不限于通常由FDA或等效的外国监管机构施用或批准用于人类临床用途或治疗用途的盐。普通技术人员将容易理解，一些盐既是工业上可接受的盐，也是药学上可接受的盐。应理解，所有这样的盐，包括混合的盐形式，都在本申请的范围内。
在一种实施方案中，式I及其子式的化合物作为药学上可接受的盐被分离。
本发明的化合物的合适的药学上可接受的盐是例如本发明的化合物(其是足够碱性的)的酸加成盐，例如，与例如无机酸或有机酸的酸加成盐，所述无机酸或有机酸例如盐酸、氢溴酸、硫酸、磷酸、三氟乙酸、甲酸、柠檬酸或马来酸。此外，本发明的化合物(其是足够酸性的)的合适的药学上可接受的盐是碱金属盐，例如钠盐或钾盐，碱土金属盐，例如钙盐或镁盐，铵盐或与提供生理学上可接受的阳离子的有机碱的盐，例如与甲胺、二甲胺、三甲胺、哌啶、吗啉或三(2-羟乙基)胺的盐。
通常，本申请的盐可以在化合物(包括中间体)的分离和/或纯化期间原位制备，或者通过使化合物(或中间体)与合适的有机或无机的酸或碱(视情况而定)单独反应并且分离由此形成的盐来制备。盐的电离度可以从完全电离至几乎不电离变化。实际上，多种盐可以被沉淀(添加或不添加一种或更多种助溶剂和/或反溶剂)并且通过过滤收集，或者盐可以通过蒸发溶剂来回收。本申请的盐也可以经由“盐开关”或离子交换/双置换反应来形成，该反应即其中一种离子(全部或部分地)被具有相同电荷的另一种离子替代的反应。本领域技术人员将理解，可以使用单一方法或多种方法的组合来制备和/或分离盐。
代表性盐包括但不限于乙酸盐、天冬氨酸盐、苯甲酸盐、苯磺酸盐、碳酸氢盐/碳酸盐、硫酸氢盐/硫酸盐(bisulphate/sulphate)、硼酸盐、樟脑磺酸盐(camsylate)、柠檬酸盐、乙二磺酸盐、乙磺酸盐、甲酸盐、富马酸盐、葡庚糖酸盐、葡萄糖酸盐、葡萄糖醛酸盐、六氟磷酸盐、海苯酸盐(hibenzate)、盐酸盐/氯化物、氢溴酸盐/溴化物、氢碘酸盐/碘化物、羟乙基磺酸盐、乳酸盐、苹果酸盐、马来酸盐、丙二酸盐、甲磺酸盐、甲基硫酸盐、萘酸盐、2-萘磺酸盐、烟酸盐、硝酸盐、乳清酸盐、草酸盐、棕榈酸盐、双羟萘酸盐、磷酸盐/磷酸氢盐/磷酸二氢盐、蔗糖酸盐(saccharate)、硬脂酸盐、琥珀酸盐、酒石酸盐、甲苯磺酸盐、三氟乙酸盐等。代表性盐的其他实例包括碱金属或碱土金属阳离子，诸如钠、锂、钾、钙、镁等，以及无毒的铵、季铵和胺阳离子，包括但不限于铵、四甲基铵、四乙基铵、赖氨酸、精氨酸、苄星青霉素(benzathine)、胆碱、氨丁三醇、二乙醇胺、甘氨酸、葡甲胺、乙醇胺等。
某些式I及其子式的化合物可以以溶剂化形式和非溶剂化形式存在，诸如例如水合形式。应理解，本发明包括所有这样的具有本文描述的生物活性的溶剂化形式。
多晶型
还应理解，某些式I及其子式的化合物可以表现出多晶型现象，并且本发明包括所有这样的具有本文描述的生物活性的形式。
N-氧化物
含有胺官能团的式I及其子式的化合物也可以形成N-氧化物。本文提及含有胺官能团的式I及其子式的化合物也包括N-氧化物。当化合物含有若干个胺官能团时，一个或多于一个氮原子可以被氧化以形成N-氧化物。N-氧化物的特定实例是叔胺或含氮杂环的氮原子的N-氧化物。N-氧化物可以通过用氧化剂诸如过氧化氢或过酸(例如过氧羧酸)处理相应的胺来形成，参见例如Jerry March的Advanced Organic Chemistry，第4版，WileyInterscience。更特别地，N-氧化物可以通过L.W.Deady(Syn.Comm.1977,7,509-514)的程序来制备，其中胺化合物与间氯过氧苯甲酸(mCPBA)在例如惰性溶剂诸如二氯甲烷中反应。
互变异构体
式I及其子式的化合物可以以多种不同的互变异构形式存在，并且提及式I及其子式的化合物包括所有这样的形式。为了避免疑问，当化合物可以以若干种互变异构形式中的一种存在，并且仅一种互变异构形式被具体地描述或示出时，所有其他互变异构形式仍然被式I及其子式所包括。互变异构形式的实例包括酮形式、烯醇形式和烯醇化物(enolate)形式，如以例如以下互变异构对：酮/烯醇(下文图示出)、嘧啶酮/羟基嘧啶、亚胺/烯胺、酰胺/亚氨基醇、脒/脒、亚硝基/肟、硫酮/烯硫醇(enethiol)和硝基/酸硝基(aci-nitro)。
异构体
具有相同分子式但其原子键合的性质或顺序不同或其原子空间排列不同的化合物被称为“异构体”。其原子空间排列不同的异构体被称为“立体异构体”。不是彼此镜像的立体异构体被称为“非对映异构体”，而彼此呈不可重叠镜像的立体异构体被称为“对映异构体”。当化合物具有不对称中心时，例如，其键合至四个不同的基团，可能有一对对映异构体。对映异构体可以通过其不对称中心的绝对构型来表征，并且通过Cahn和Prelog的R-和S-排序规则来描述，或者通过分子使偏振光的平面旋转的方式来描述并且被指定为右旋的或左旋的(即，分别被指定为(+)异构体或(-)异构体)。手性化合物可以作为单独的对映异构体或其混合物存在。含有等比例的对映异构体的混合物被称为“外消旋混合物”。
某些式I及其子式的化合物可以具有一个或更多个不对称中心，并且因此可以以多种立体异构构型存在。因此，这样的化合物可以被合成和/或分离为对映异构体的混合物和/或为单独的(纯的)对映异构体，并且在两个或更多个不对称中心的情况下，可以被合成和/或分离为单一非对映异构体和/或非对映异构体的混合物。应理解，本申请包括所有这样的对映异构体和非对映异构体及其以所有比率的混合物。
技术人员将理解，R4当为式II的基团时，可以含有不对称碳原子，即当R9和R10不同时R9和R10所附接的碳原子。在一种实施方案中，本发明的化合物在该立体中心处呈R-构型。在另一种实施方案中，本发明的化合物在该立体中心处呈S-构型。
同位素
本发明的化合物在本文使用结构式来描述，该结构式没有具体叙述组成原子的质量数或同位素比率。因此，意图本申请包括其中组成原子以同位素形式的任何比率存在的化合物。例如，碳原子可以以12C、13C和14C的任何比率存在；氢原子可以以1H、2H和3H的任何比率存在；等。优选地，本发明的化合物中的组成原子以同位素形式的其天然存在比率存在。
前药和代谢物
式I及其子式的化合物可以以前药的形式施用，该前药在人体内或动物体内分解以释放本发明的化合物。前药可以用于改变本发明的化合物的物理性质和/或药代动力学性质。当本发明的化合物含有性质改性基团可以附接的合适的基团或取代基时，可以形成前药。前药的实例包括可以在式I的化合物的羧基基团或羟基基团处形成的体内可裂解酯衍生物，以及可以在式I及其子式的化合物中的羧基基团或氨基基团处形成的体内可裂解酰胺衍生物。
因此，本发明包括当通过有机合成可获得时和当在人体内或动物体内通过裂解其前药可获得时的如上文定义的那些式I及其子式的化合物。因此，本发明包括通过有机合成手段产生的那些式I的化合物，以及还在人体内或动物体内通过前体化合物的代谢产生的这样的化合物，即，式I及其子式的化合物可以是合成产生的化合物或代谢产生的化合物。
式I及其子式的化合物的合适的药学上可接受的前药是基于合理医学判断为适合于向人体或动物体施用而没有不合意的药理活性且没有过度毒性的前药。
已经例如在以下文献中描述了多种形式的前药：-
a)Methods in Enzymology，第42卷，第309-396页，由K.Widder等人编辑(Academic Press，1985)；
b)Design of Pro-drugs，由H.Bundgaard编辑(Elsevier，1985)；
c)A Textbook of Drug Design and Development，由Krogsgaard-Larsen和H.Bundgaard编辑，第5章“Design and Application of Pro-drugs”，由H.Bundgaard编辑，第113-191页(1991)；
d)H.Bundgaard，Advanced Drug Delivery Reviews，8，1-38(1992)；
e)H.Bundgaard等人，Journal of Pharmaceutical Sciences，77，285(1988)；
f)N.Kakeya等人，Chem.Pharm.Bull.，32，692(1984)；
g)T.Higuchi和V.Stella，“Pro-Drugs as Novel Delivery Systems”，A.C.S.Symposium Series，第14卷；以及
h)E.Roche(编辑)，“Bioreversible Carriers in Drug Design”，PergamonPress，1987。
具有羧基基团的式I及其子式的化合物的合适的药学上可接受的前药是例如其体内可裂解酯。含有羧基基团的式I的化合物的体内可裂解酯是，例如，在人体内或动物体内被裂解以产生母体酸的药学上可接受的酯。适合于羧基的药学上可接受的酯包括，C1-6烷基酯诸如甲基酯、乙基酯和叔丁基酯，C1-6烷氧基甲基酯诸如甲氧甲基酯，C1-6烷酰氧基甲基酯诸如新戊酰氧基甲基酯，3-酞酸酯(3-phthalidyl esters)，C3-8环烷基羰基氧基-C1-6烷基酯诸如环戊基羰基氧基甲基酯和1-环己基羰基氧基乙基酯，2-氧代-1,3-二氧杂环戊烯基甲基酯(2-oxo-1,3-dioxolenylmethyl esters)诸如5-甲基-2-氧代-1,3-二氧杂环戊烯-4-基甲基酯，以及C1-6烷氧基羰基氧基-C1-6烷基酯诸如甲氧基羰基氧基甲基酯和1-甲氧基羰基氧基乙基酯。
具有羟基基团的式I及其子式的化合物的合适的药学上可接受的前药是例如其体内可裂解酯或醚。含有羟基基团的式I及其子式的化合物的体内可裂解酯或醚是，例如，在人体内或动物体内被裂解以产生母体羟基化合物的药学上可接受的酯或醚。适合于羟基基团的药学上可接受的酯形成基团包括无机酯，诸如磷酸酯(包括磷酰胺环酯(phosphoramidic cyclic esters))。另外的适合于羟基基团的药学上可接受的酯形成基团包括C1-10烷酰基基团诸如乙酰基、苯甲酰基、苯乙酰基和被取代的苯甲酰基和苯乙酰基基团，C1-10烷氧基羰基基团诸如乙氧基羰基、N,N-(C1-6)2氨基甲酰基、2-二烷基氨基乙酰基和2-羧基乙酰基基团。苯乙酰基和苯甲酰基基团上的环取代基的实例包括氨基甲基、N-烷基氨基甲基、N,N-二烷基氨基甲基、吗啉代甲基、哌嗪-1-基甲基和4-(C1-4烷基)哌嗪-1-基甲基。适合于羟基基团的药学上可接受的醚形成基团包括α-酰氧基烷基基团，诸如乙酰氧基甲基和新戊酰氧基甲基基团。
具有羧基基团的式I及其子式的化合物的合适的药学上可接受的前药是例如其体内可裂解酰胺，例如由以下形成的酰胺：胺诸如氨，C1-4烷基胺诸如甲胺，(C1-4烷基)2胺诸如二甲胺、N-乙基-N-甲基胺或二乙胺，C1-4烷氧基-C2-4烷基胺诸如2-甲氧基乙胺，苯基-C1-4烷基胺诸如苄胺，以及氨基酸诸如甘氨酸或其酯。
具有氨基基团的式I及其子式的化合物的合适的药学上可接受的前药是例如其体内可裂解酰胺衍生物。来自氨基基团的合适的药学上可接受的酰胺包括例如由以下形成的酰胺：C1-10烷酰基基团诸如乙酰基、苯甲酰基、苯乙酰基和被取代的苯甲酰基和苯乙酰基基团。苯乙酰基和苯甲酰基基团上的环取代基的实例包括氨基甲基、N-烷基氨基甲基、N,N-二烷基氨基甲基、吗啉代甲基、哌嗪-1-基甲基和4-(C1-4烷基)哌嗪-1-基甲基。
式I及其子式的化合物的体内作用可以部分地由在施用式I及其子式的化合物之后在人体内或动物体内形成的一种或更多种代谢物来发挥。如上文陈述的，式I及其子式的化合物的体内作用也可以通过前体化合物(前药)的代谢来发挥。
药物组合物
根据本发明的另外的方面，提供了药物组合物，该药物组合物包含如上文定义的本发明的化合物或其药学上可接受的盐、水合物或溶剂化物，连同药学上可接受的稀释剂或载体。
本发明的组合物可以呈适合于口服使用的形式(例如作为片剂、锭剂、硬胶囊或软胶囊、水性或油性悬浮液、乳剂(emulsions)、可分散粉剂或颗粒剂、糖浆或酏剂)，适合于局部使用的形式(例如作为乳膏、软膏、凝胶或者水性或油性溶液或悬浮液)，适合于通过吸入施用的形式(例如作为细分的粉剂或液体气溶胶(liquid aerosol))，适合于通过吹入施用的形式(例如作为细分的粉剂)，或适合于肠胃外施用的形式(例如作为用于静脉内、皮下、肌内、腹膜内或肌内给药的无菌水性或油性溶液，或作为用于直肠给药的栓剂)。
本发明的组合物可以通过常规的程序使用本领域中熟知的常规的药物赋形剂获得。因此，意图用于口服使用的组合物可以含有例如一种或更多种着色剂、甜味剂、调味剂和/或防腐剂。
用于治疗的本发明的化合物的有效量是足以治疗或预防本文提及的增殖性状况、减缓其进展和/或减少与该状况相关的症状的量。
与一种或更多种赋形剂组合以产生单一剂型的活性成分的量将必要地取决于治疗的个体和特定的施用途径而变化。例如，意图用于向人类口服施用的制剂通常将含有与适当且方便量的赋形剂调配的例如0.5mg至0.5g的活性剂(更合适地从0.5mg至100mg，例如从1mg至30mg)，该赋形剂可以从按总组合物的重量计约5％至约98％变化。
根据熟知的医学原理，式I的化合物的用于治疗目的或预防目的的剂量大小将根据状况的性质和严重程度、动物或患者的年龄和性别以及施用途径而自然地变化。
应注意，剂量和给药方案可以随着待缓和的状况的类型和严重程度而变化，并且可以包括单剂量或多剂量的施用，即在特定的时间段(天或小时)内QD(每日一次)、BID(每日两次)等。还应理解，对于任何特定的受试者或患者，可能需要根据个体需求和施用或监督药物组合物的施用的人员的专业判断随时间调整具体的剂量方案。例如，可以基于药代动力学参数或药效学参数调整剂量，所述参数可以包括临床作用诸如毒性作用和/或实验值。因此，本申请包括如本领域技术人员确定的患者内的剂量递增(intra-patient dose-escalation)。用于确定适当剂量和给药方案的程序和过程在相关领域中是熟知的，并且将容易被技术人员确定。因此，普通技术人员将容易理解和认识到，本文阐述的剂量范围仅是示例性的，并且不意图限制本文描述的药物组合物的范围或实践。
在将本发明的化合物用于治疗目的或预防目的时，通常将施用该化合物，使得接受在例如0.1mg/kg体重至75mg/kg体重的范围内的日剂量，如果需要，以分剂量给予。通常，当采用肠胃外途径时，将施用较低剂量。因此，例如，对于静脉内施用或腹膜内施用，通常将使用在例如0.1mg/kg体重至30mg/kg体重的范围内的剂量。类似地，对于通过吸入施用，将使用在例如0.05mg/kg体重至25mg/kg体重的范围内的剂量。口服施用也可以是合适的，特别是以片剂形式。通常，单位剂型将含有约0.5mg至0.5g的本发明的化合物。
治疗用途和应用
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在治疗中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在治疗增殖性紊乱中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于治疗增殖性紊乱的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了治疗增殖性紊乱的方法，所述方法包括向有相应需要的受试者施用有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物。
术语“增殖性紊乱”和“增殖性状况”在本文中可互换地使用，并且涉及过量或异常细胞的不希望的或不受控制的细胞增殖诸如赘生性或增生性生长，无论是体外还是体内，这种细胞增殖都是不期望的。
增殖性状况的实例包括但不限于癌变前(pre-malignant)细胞增殖和恶性细胞增殖，恶性细胞增殖包括但不限于恶性赘生物和肿瘤、癌症、白血病、银屑病、骨疾病、纤维增殖性紊乱(例如***的纤维增殖性紊乱)和动脉粥样硬化。可以治疗任何类型的细胞，包括但不限于肺、结肠、***、卵巢、***、肝、胰腺、脑、血液和皮肤。
在一种实施方案中，增殖性紊乱是癌症，合适地选自肺癌、结肠癌、乳腺癌、卵巢癌、***癌、肝癌、胰腺癌、脑癌、血癌和皮肤癌的癌症。
在一种实施方案中，增殖性紊乱是癌症，合适地选自乳腺癌、脑癌、血癌和皮肤癌的癌症。
在一种实施方案中，增殖性紊乱是癌症，合适地选自脑癌、血癌和皮肤癌的癌症。
在一种实施方案中，增殖性紊乱是癌症，合适地选自脑癌和血癌的癌症。
在一种实施方案中，癌症选自胶质母细胞瘤和鳞状细胞癌。
本发明的化合物的抗增殖作用由于其MRCK激酶抑制性质而在人类癌症的治疗中具有特定的应用。
抗癌作用可以通过一种或更多种机制产生，包括但不限于对细胞增殖的调节、对血管生成(新血管的形成)的抑制、对转移(肿瘤从其起源的扩散)的抑制、对侵袭(肿瘤细胞向邻近的正常结构中的扩散)的抑制或对凋亡(程序性细胞死亡)的促进。合适地，抗癌作用包括对侵袭作用的抑制和/或对转移的抑制。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在抑制癌细胞侵袭中使用。
在另一个方面中，本发明涉及抑制细胞侵袭的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物接触。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于抑制细胞侵袭的药物中的用途。
在上述方面中，合适地抑制了细胞向周围正常组织中的侵袭。合适地，组织选自肺、结肠、***、卵巢、***、肝、胰腺、脑和皮肤组织。
在上文方面的每一个的一种实施方案中，细胞侵袭至少部分地是辐射诱导的或辐射增强的细胞侵袭。
在一种实施方案中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于治疗胶质母细胞瘤的药物中的用途，其中所述胶质母细胞瘤是辐射耐受的。
在另一种实施方案中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于治疗癌症的药物中的用途，其中如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物用于在放射治疗之前、期间和/或之后施用。合适地，癌症是胶质母细胞瘤。
在一种实施方案中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在治疗胶质母细胞瘤中使用，其中所述胶质母细胞瘤是辐射耐受的。
在另一种实施方案中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在治疗癌症中使用，其中如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物用于在放射治疗之前、期间和/或之后施用。合适地，癌症是胶质母细胞瘤。
在一种实施方案中，本发明提供了用于治疗胶质母细胞瘤的方法，该方法包括向有相应需要的受试者施用如本文定义的式I及其子式的化合物，或其药学上可接受的盐或溶剂化物，并且其中所述胶质母细胞瘤是辐射耐
受的。
在另一种实施方案中，本发明提供了用于治疗癌症的方法，该方法包括向有相应需要的受试者施用如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，其中如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在放射治疗之前、期间和/或之后施用至受试者。合适地，癌症是胶质母细胞瘤。
在另一个方面中，本发明涉及体外或体内抑制细胞转移的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物接触。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在抑制细胞转移中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于抑制细胞转移的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明涉及体外或体内抑制细胞转移的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物接触。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在抑制MRCK中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于抑制MRCK的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了体外或体内抑制MRCK的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物接触。
本发明的化合物是MRCK的有效且选择性抑制剂。在较高剂量，本发明的化合物也可以显示出针对其他靶诸如含有RhoA结合卷曲螺旋的激酶(ROCK)和/或蛋白激酶C(PKC)的一些活性。
因此，在上文方面的每一个中，在一种实施方案中，化合物除了抑制MRCK之外还抑制ROCK。
在上文方面的每一个中，在另一种实施方案中，化合物对于MRCK的选择性优于ROCK。合适地，化合物的选择性是ROCK的30倍或更多。
在上文方面的每一个中，在一种实施方案中，化合物除了抑制MRCK之外还抑制ROCK和/或PKC。
在上文方面的每一个中，在另一种实施方案中，化合物的选择性对于MRCK优于ROCK和/或PKC。合适地，化合物的选择性是ROCK和/或PKC的30倍或更多。
在上文方面的每一个中，在一种实施方案中，细胞是癌细胞。
本发明的某些化合物(例如所附实施例部分中的化合物E117(BDP9066))在血液中经历快速清除(通过失活和/或代谢)[参见本文的实施例236和图1A至图1K]。这样的化合物是用于局部施用的潜在合适的“软药物”候选物(即，它们在发挥其药理作用之后可预测地失活或代谢)。软药物方法在本领域中是熟知的[参见例如，Bodor,N.&Buchwald,P.Drugtargeting via retrometabolic approaches.Pharmacol.Ther.76,1–27(1997)；Bodor,N.&Buchwald,P.Soft drug design:general principles and recentapplications.Med.Res.Rev.20,58–101(2000)；以及Thorsteinsson,T.,Loftsson,T.&Masson,M.Soft antibacterial agents.Curr.Med.Chem.10,1129–1136(2003)]。
在所附实施例部分(实施例236)中描述的实施例化合物E117(BDP9066)的局部施用导致在血液中没有可检测水平的E117(BDP9066)化合物并且在皮肤中大于1微摩尔的平均浓度。在皮肤中观察到的E117(BDP9066)的水平与MRCK-α的显著减少(如通过pS1003免疫组织化学染色检测的(参见本文图1J))以及经治疗皮肤区域(参见图1K，左图)和***状瘤(图1K，右图)的降低的组织得分(histoscore)相关。
因此，在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物，用于在治疗增殖性皮肤紊乱(例如银屑病和/或皮肤癌)中使用。
在另一个方面中，本发明提供了如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物在制造用于治疗增殖性皮肤紊乱(例如银屑病和/或皮肤癌)的药物中的用途。
在另一个方面中，本发明提供了治疗增殖性皮肤紊乱(例如银屑病和/或皮肤癌)的方法，所述方法包括使细胞与有效量的如本文定义的式I及其子式的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物或如本文定义的药物组合物接触。
在实施方案中，皮肤癌选自恶性黑素瘤、基底细胞癌、鳞状细胞癌、梅克尔细胞癌(Merkel cell carcinoma)、卡波西肉瘤(Kaposi’s sarcoma)、皮肤的T细胞淋巴瘤和鲍恩病(Bowen’s disease)。
施用途径
本发明的化合物或包含这些化合物的药物组合物可以通过任何方便的施用途径施用至受试者，无论是全身地/外周地还是局部地(即，在期望的作用部位)施用。
施用途径包括但不限于口服(例如，通过摄入)；含服；舌下；经皮(包括，例如，通过贴剂、膏剂等)；经粘膜(包括，例如，通过贴剂、膏剂等)；鼻内(例如，通过鼻喷雾)；眼部(例如，通过滴眼剂)；肺部(例如，通过吸入治疗或吹入治疗，使用例如经由气溶胶，例如通过口或鼻)；直肠(例如，通过栓剂或灌肠剂)；***(例如，通过***栓)；肠胃外，例如通过注射，包括皮下注射、皮内注射、肌内注射、静脉内注射、动脉内注射、心内注射、鞘内注射、椎管内注射、囊内注射、囊下注射、眶内注射、腹膜内注射、气管内注射、角质层下注射、关节内注射、蛛网膜下注射和胸骨内注射；通过例如皮下或肌内植入储库(depot)或贮存库(reservoir)。
组合治疗
上文定义的治疗可以作为唯一的治疗来应用，或者除了本发明的化合物之外，还可以包括常规手术或放射治疗或化学治疗。这样的化学治疗可以包括以下类别的抗肿瘤剂中的一种或更多种：
(i)如在医学肿瘤学中使用的其他抗增殖/抗赘生药物及其组合，诸如烷化剂(例如顺铂、奥沙利铂(oxaliplatin)、卡铂、环磷酰胺、氮芥、美法仑(melphalan)、苯丁酸氮芥(chlorambucil)、白消安(busulphan)、替莫唑胺(temozolamide)和亚硝基脲类)；抗代谢物类(例如吉西他滨(gemcitabine)，和抗叶酸剂诸如氟嘧啶类，如5-氟尿嘧啶和替加氟(tegafur)、雷替曲塞(raltitrexed)、甲氨蝶呤、阿糖胞苷和羟基脲)；抗肿瘤抗生素类(例如蒽环类，如阿霉素、博来霉素、多柔比星(doxorubicin)、道诺霉素、表柔比星(epirubicin)、伊达比星(idarubicin)、丝裂霉素-C、更生霉素(dactinomycin)和光神霉素(mithramycin))；抗有丝***剂(例如长春花生物碱类，如长春花新碱(vincristine)、长春花碱(vinblastine)、长春地辛(vindesine)和长春瑞滨(vinorelbine)和紫衫烷类如紫杉醇和泰索帝(taxotere)和polo激酶抑制剂)；以及拓扑异构酶抑制剂(例如表鬼臼毒素类如依托泊苷(etoposide)和替尼泊苷(teniposide)、安吖啶(amsacrine)、拓扑替康(topotecan)和喜树碱)；
(ii)细胞生长抑制剂诸如抗***(antioestrogens)(例如他莫昔芬(tamoxifen)、氟维司群(fulvestrant)、托瑞米芬(toremifene)、雷洛昔芬(raloxifene)、屈洛昔芬(droloxifene)和艾多昔芬(iodoxyfene))、抗雄激素(antiandrogens)(例如比卡鲁胺(bicalutamide)、氟他胺(flutamide)、尼鲁米特(nilutamide)和乙酸环丙孕酮)、LHRH拮抗剂或LHRH激动剂(例如戈舍瑞林(goserelin)、亮丙瑞林(leuprorelin)和布舍瑞林(buserelin))、孕激素(例如乙酸甲地孕酮)、芳香酶抑制剂(例如阿那曲唑(anastrozole)、来曲唑(letrozole)、伏氯唑(vorazole)和依西美坦(exemestane))以及5α-还原酶抑制剂诸如非那雄胺(finasteride)；
(iii)抗侵袭剂[例如c-Src激酶家族抑制剂，如4-(6-氯-2,3-亚甲基二氧基苯胺基)-7-[2-(4-甲基哌嗪-1-基)乙氧基]-5-四氢吡喃-4-基氧基喹唑啉(AZD0530；国际专利申请WO 01/94341)，N-(2-氯-6-甲基苯基)-2-{6-[4-(2-羟乙基)哌嗪-1-基]-2-甲基嘧啶-4-基氨基}噻唑-5-甲酰胺(达沙替尼(dasatinib)，BMS-354825；J.Med.Chem.，2004，47，6658-6661)和博舒替尼(bosutinib)(SKI-606)，以及金属蛋白酶抑制剂，如马立马司他(marimastat)，尿激酶型纤溶酶原激活剂受体功能的抑制剂或乙酰肝素酶(Heparanase)的抗体]；
(iv)生长因子功能的抑制剂：例如这样的抑制剂包括生长因子抗体和生长因子受体抗体(例如抗erbB2抗体曲妥珠单抗(trastuzumab)[HerceptinTM]、抗EGFR抗体帕尼单抗(panitumumab)、抗erbB1抗体西妥昔单抗(cetuximab)[Erbitux，C225]以及Stern等人Critical reviews in oncology/haematology，2005，第54卷，第11-29页公开的任何生长因子抗体或生长因子受体抗体)；这样的抑制剂还包括酪氨酸激酶抑制剂，例如表皮生长因子家族的抑制剂(例如EGFR家族酪氨酸激酶抑制剂，诸如N-(3-氯-4-氟苯基)-7-甲氧基-6-(3-吗啉代丙氧基)喹唑啉-4-胺(吉非替尼(gefitinib)，ZD1839)、N-(3-乙炔基苯基)-6,7-双(2-甲氧基乙氧基)喹唑啉-4-胺(埃罗替尼(erlotinib)，OSI-774)和6-丙烯酰胺基-N-(3-氯-4-氟苯基)-7-(3-吗啉代丙氧基)-喹唑啉-4-胺(CI 1033)，erbB2酪氨酸激酶抑制剂，诸如拉帕替尼(lapatinib))；肝细胞生长因子家族的抑制剂；胰岛素生长因子家族的抑制剂；血小板源生长因子家族的抑制剂，诸如伊马替尼(imatinib)和/或尼罗替尼(nilotinib)(AMN107)；丝氨酸/苏氨酸激酶的抑制剂(例如Ras/Raf信号传导抑制剂，诸如法尼基转移酶抑制剂，例如索拉非尼(sorafenib)(BAY 43-9006)、替吡法尼(tipifarnib)(R115777)和洛那法尼(lonafarnib)(SCH66336))，通过MEK和/或AKT激酶的细胞信号传导的抑制剂，c-kit抑制剂，abl激酶抑制剂，PI3激酶抑制剂，Plt3激酶抑制剂，CSF-1R激酶抑制剂，IGF受体(***)激酶抑制剂；极光激酶抑制剂(例如AZD1152、PH739358、VX-680、MLN8054、R763、MP235、MP529、VX-528和AX39459)和细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂，诸如CDK2和/或CDK4抑制剂；
(v)抗血管生成剂，诸如抑制血管内皮生长因子的作用的那些抗血管生成剂，[例如抗血管内皮细胞生长因子抗体贝伐单抗(bevacizumab)(AvastinTM)和例如VEGF受体酪氨酸激酶抑制剂，诸如凡德他尼(vandetanib)(ZD6474)、瓦他拉尼(vatalanib)(PTK787)、舒尼替尼(sunitinib)(SU11248)、阿西替尼(axitinib)(AG-013736)、帕唑帕尼(pazopanib)(GW 786034)和4-(4-氟-2-甲基吲哚-5-基氧基)-6-甲氧基-7-(3-吡咯烷-1-基丙氧基)喹唑啉(AZD2171；WO 00/47212中的实施例240)，化合物，诸如国际专利申请WO 97/22596、WO97/30035、WO 97/32856和WO 98/13354中公开的那些化合物以及通过其他机制起作用的化合物(例如利诺胺(linomide)，整合素αvβ3功能的抑制剂和血管抑素)]；
(vi)血管损伤剂，诸如考布他汀A4(Combretastatin A4)和国际专利申请WO 99/02166、WO 00/40529、WO 00/41669、WO 01/92224、WO 02/04434和WO 02/08213中公开的化合物；
(vii)内皮素受体拮抗剂，例如zibotentan(ZD4054)或阿曲生坦(atrasentan)；
(viii)反义治疗，例如针对上文列出的靶的那些反义治疗，诸如抗ras反义物(anti-ras antisense)ISIS 2503；
(ix)基因治疗方法，包括例如替代异常基因诸如异常p53或异常BRCA1或BRCA2、GDEPT(基因指导的酶前药治疗)的方法，诸如使用胞嘧啶脱氨酶、胸苷激酶或细菌硝基还原酶的那些的方法，以及增加患者对化学治疗或放射治疗的耐受性的方法，诸如多药耐药性基因治疗；以及
(x)免疫治疗方法，包括例如提高患者肿瘤细胞的免疫原性的离体和体内方法，诸如用细胞因子诸如白细胞介素2、白细胞介素4或粒细胞-巨噬细胞集落刺激因子转染，降低T细胞无反应性的方法，使用转染的免疫细胞诸如细胞因子转染的树突状细胞的方法，使用细胞因子转染的肿瘤细胞系的方法和使用抗独特型抗体(anti-idiotypic antibody)的方法。
这样的组合治疗可以通过治疗的单独组分的同时、相继或分开的给药的方式实现。这样的组合产品采用在上文中描述的剂量范围内的本发明的化合物和在其被批准的剂量范围内的其他药学活性剂。
根据本发明的该方面，提供了适合用于治疗癌症(例如涉及实体肿瘤的癌症)的组合，该组合包含如上文定义的本发明的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及另一种抗肿瘤剂。
根据本发明的该方面，提供了适合用于治疗癌症(例如涉及实体肿瘤的癌症)的组合，该组合包含如上文定义的本发明的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物以及上文(i)–(ix)下列出的抗肿瘤剂中的任一种。
在本发明的另外的方面中，提供了与选自上文(i)–(ix)下列出的抗肿瘤剂的抗肿瘤剂组合的本发明的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物。
在本文中，在使用术语“组合”的情况下，应理解的是，这指的是同时、分开或相继的施用。在本发明的一个方面中，“组合”指的是同时的施用。在本发明的另一个方面中，“组合”指的是分开的施用。在本发明的另外的方面中，“组合”指的是相继的施用。在施用是相继或分开的情况下，施用第二组分时的延迟不应当使组合的有益效果损失。
根据本发明的另外的方面，提供了药物组合物，该药物组合物包含与选自上文(i)–(ix)下列出的抗肿瘤剂的抗肿瘤剂组合的本发明的化合物或其药学上可接受的盐或溶剂化物，连同药学上可接受的稀释剂或载体。
实施例
化学
提供以下实施例仅为了说明本发明，并且不意图限制如本文描述的本发明的范围。
本发明的化合物可以使用本领域已知的合成技术来制备(如由本文实施例所示)。
本文描述了本申请的化合物的化学合成的若干种方法。这些和/或其他熟知的方法可以以多种方式进行修改和/或调整，以便有助于合成在本申请和权利要求书的范围内的另外的化合物。这样的可选择的方法和修改应被理解为在本申请和权利要求书的精神和范围内。因此，应理解，在以下描述、方案和实施例中阐述的方法意图用于说明性目的，并且不应被解释为限制本公开内容的范围。
通过实例的方式，可以制备本发明的化合物的合适的合成方案在下文的方案1至6中示出：
方案1
参考方案1，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于(i)的试剂是I2、KOH、DMF，并且适合于(ii)的试剂是SEM-Cl、NaH、DMF或Ts-Cl、NaH、THF。
方案2
参考方案2，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于步骤(i)的试剂是ArBPin/ArB(OH)2(其中R3＝Ar)、Pd2(dba)3、PCy3、K3PO4、二氧六环/水或ArSnBu3、CuI、CsF、二氧六环，适合于步骤(ii)的试剂是BuLi、THF、然后是PinB(OiPr)。适合于步骤(iii)的试剂是Ar-X(其中R3＝Ar)、Pd2(dba)3、PCy3、K3PO4、二氧六环/水。适合于步骤(iv)的试剂是R4H、Et3N、NMP或R4H、NaH、DMF。适合于步骤(iv)的试剂是二氧六环/THF中的HCl或TFA。
方案3
参考方案3，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于步骤(i)的试剂是R4H、Et3N、NMP。适合于步骤(ii)的试剂是ArBPin/ArB(OH)2(其中R3＝Ar)、Pd2(dba)3、PCy3、K3PO4、二氧六环/水。适合于步骤(iii)的试剂是BuLi、B2Pin2、THF。适合于步骤(iv)的试剂是Ar-X(其中R3＝Ar)、Pd2(dba)3、PCy3、K3PO4、二氧六环/水。适合于步骤(v)的试剂是二氧六环/THF中的HCl或TFA。
方案4
参考方案4，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于步骤(i)的试剂是AcOH、六亚甲基四胺、水。适合于步骤(ii)的试剂是NH2OH.HCl、EtOH。适合于步骤(iii)的试剂是SOCl2、DCM。适合于步骤(iv)的试剂是R4H、二氧六环。适合于步骤(v)的试剂是SEMCl、NaH、DMF。适合于步骤(vi)的试剂是R4H、Et3N、NMP。适合于步骤(vii)的试剂是二氧六环/THF中的HCl/TFA。
方案5
参考方案5，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于步骤(i)的试剂是COClCCl3、AlCl3、DCM。适合于步骤(ii)的试剂是NH3、二氧六环。适合于步骤(iii)的试剂是SEMCl、NaH、DMF。适合于步骤(iv)的试剂是ClSCOCl、THF。
方案6
参考方案6，技术人员将知晓实现上文转化的合适的试剂和条件。通过实例的方式，适合于步骤(vi)的试剂是丙炔酸乙酯、二甲苯。适合于步骤(vi)的试剂是R4H、Et3N、NMP。适合于步骤(vii)的试剂是二氧六环/THF中的HCl/TFA。适合于步骤(viii)的试剂是氰基甲酸乙酯、二甲苯。适合于步骤(ix)的试剂是R4H、Et3N、NMP。适合于步骤(x)的试剂是二氧六环/THF中的HCl/TFA。
合成和表征
缩写
AcOH 乙酸
BINAP 2,2’-双(二苯基膦基)-1,1’-联萘
BOC 叔丁氧基羰基
Cbz 羧基苄基
CV 柱体积
DCM 二氯甲烷
DEA 二乙醇胺
DIPEA N,N-二异丙基乙胺
DMF N,N-二甲基甲酰胺
DMSO 二甲基亚砜
DMSO-d6 氘代二甲基亚砜
ES 电喷雾(电离)
EtOAc 乙酸乙酯
EtOH 乙醇
HATU 1-[双(二甲基氨基)亚甲基-1H-1,2,3-***并[4,5-b]吡啶鎓-3-氧化物-六氟磷酸盐
HPLC 高效液相色谱
LCMS 液相色谱质谱
MeCN 乙腈
MeOH 甲醇
Ms 甲磺酰基
n-BuLi 正丁基锂
NMP N-甲基-2-吡咯烷酮
Pd(PPh3)4 四(三苯基膦)钯(0)
Pet醚 石油醚
Rt 保留时间(分钟)
RuPhos 2-二环己基膦基-2′,6′-二异丙氧基联苯
SCX 强阳离子交换(柱)
SEM [2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基]甲基缩醛
TBDPS 叔丁基二苯基甲硅烷基
THF 四氢呋喃
THP 四氢吡喃
TLC 薄层色谱
TRT 三苯甲基
Ts 甲苯磺酰基
w/w 重量/重量％
材料和方法
试剂购自商业来源并且按原样使用。除非另外说明，否则所有溶剂是试剂级的，其中无水等效物(anhydrous equivalents)源自Acros Organics。除非另外说明，否则所有反应在氮气的惰性气氛下进行。盐水是指氯化钠的饱和水溶液。
使用Acquity超高效液相色谱***进行反应和最终产物的质谱和UV分析。使用两种***中的一种进行快速色谱法纯化：Biotage Isolera Four，配备有Biotage SNAP滤芯(cartidge)；或Teledyne Isco Combi Flash RF，配备有Teledyne Isco Redi-Sep滤芯或Gold Redi-Sep滤芯，与涂覆有硅胶60的Macherey-Nagel铝背衬的TLC板平行。制备规模LCMS分离在配备有XBridge Prep C18 5μm OBD柱的Waters高效液相色谱***上进行，使用含0.1％氢氧化铵的5％-95％MeCN在含0.1％氢氧化铵的10mM碳酸铵水溶液中的碱性梯度，或者5％-95％MeCN在含0.1％甲酸的水中的酸性梯度。早期、中期或晚期方法修改梯度中使用的有机溶剂的％，导致不同的保留时间以根据需要改善分离。根据需要，在甲醇和/或DMSO或MeCN的溶液中以不大于100mg ml-1制备样品用于注射。
微波反应在CEM Discover装置中进行。氢化在Thales Nano H-Cube流动反应器中进行。冷冻干燥和高沸点溶剂去除在Genevac EZ-2Elite中进行。
使用Varian 400MHz光谱仪，在25℃在氯仿-d、甲醇-d4或DMSO-d6的溶液中获得所有1H NMR光谱，化学位移以百万分率(ppm)给出。
制品1(P1)-2,2,2-三氯-1-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酮
将4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(2.500g，16.38mmol)在干燥DCM(50ml)中的溶液在氮气气氛下在室温搅拌。将三氯化铝(6.554g，49.15mmol)分批添加至搅拌的溶液，并且继续搅拌持续11/2小时。此后，将三氯乙酰氯(2.01ml，18.02mmol)在干燥DCM(5ml)中的溶液逐滴添加至搅拌的悬浮液。将得到的溶液在室温搅拌持续48小时。将反应混合物使用冰/水浴冷却至0℃，并且将水(20ml)逐滴添加至搅拌的反应混合物(注意-在添加起先的几滴水时，没有可见的反应/放热，在几分钟之后，观察到反应混合物的起泡和升温，还观察到浅棕色沉淀物)。反应混合物被允许升温至室温，然后被过滤。沉淀物用DCM(50ml)和2％HCl(约50ml)洗涤。将沉淀物收集并且干燥以给出浅黄色固体，2,2,2-三氯-1-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酮(P1)(3.424g，11.49mmol，70.1％收率)，LCMS ES+296[M+H]+，Rt＝1.31min(一般酸性方法)。
制品2(P2)-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺
将2,2,2-三氯-1-(4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基)乙酮(P1)(2.450g，8.22mmol)在含氨的二氧六环(164.46ml，82.23mmol，0.5M)中的溶液在微波中加热至130℃，持续最长8小时(反应溶液分成7批用于反应)。将形成的沉淀物在真空过滤下收集并且用异己烷洗涤。来自反应混合物的母液在减压下浓缩，并且被允许静置72小时，然后形成另外的沉淀物。沉淀物被分离以给出4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺(P2)(1.398g，7.15mmol，86.9％收率)，LCMS ES+196,198[M+H]+，Rt＝0.63min(一般碱性方法)。
制品3(P3)-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛
向配备有搅拌棒的圆底烧瓶添加4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(1.089g，7.14mmol)和六亚甲基四胺(1.500g，10.71mmol)。将烧瓶充填有乙酸(3ml)和水(7ml)，然后将得到的溶液加热至100℃，持续18小时(过夜)。此后，观察到沉淀物。将溶液冷却至室温，并且添加另外的水(20ml)。将固体经由过滤收集并且干燥以给出4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(P3)(905mg)，LCMS ES+179,181[M+H]+Rt＝0.91min(一般碱性方法)。
制品4(P4)-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛肟
向4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛(P3)(905mg，5.01mmol)在乙醇(12ml)中的在室温搅拌的悬浮液添加盐酸羟胺(417.9mg，6.01mmol)，随后逐滴添加氢氧化钠(236.5mg，5.91mmol)。反应混合物被允许在氮气下搅拌持续10分钟，然后将温度升高至50℃持续3小时。此后，反应被冷却至室温并且被允许静置18小时。将形成的沉淀物经由过滤收集，用水洗涤并且干燥以给出4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛肟(P4)(779mg)(作为E异构体和Z异构体的混合物)，LCMS ES+194,196[M+H]+Rt＝0.88,0.85min(一般碱性方法)。
制品5(P5)-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
在氮气下向4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲醛肟(P4)(775.10mg，3.96mmol)(E异构体和Z异构体的混合物)在DCM(8ml)中的搅拌的溶液逐滴添加亚硫酰氯(4.714g，39.63mmol)。反应混合物被允许在室温搅拌过夜。此后，混合物在真空中浓缩，然后用碳酸氢钠(10ml，饱和水溶液)处理，过滤并且用水洗涤。将获得的固体溶解在DCM中，并且随后在减压下浓缩，以提供4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(665mg)，LCMS ES+176,178[M-H]-Rt＝0.93min(一般碱性方法)。
制品6(P6)-4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
在0℃将KOH(35.20g，0.629mol)添加至4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(80.00g，0.525mol)在DMF(800mL)中的搅拌的溶液。将得到的混合物在0℃搅拌持续30min。将I2(160.00g，0.629mol)缓慢添加至在0℃的搅拌的混合物。得到的混合物被允许升温至室温并且搅拌过夜。此后，将反应在0℃用Na2S2O3(水溶液)猝灭，直到紫色消失。将沉淀物通过过滤收集并且干燥，以提供4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P6)(140.00g，95.9％收率)。
1H NMR(400MHz,CDCl3):δppm 10.87(br s,1H),8.19(d,J＝5.2Hz,1H),7.51(s,1H),7.14(d,J＝5.2Hz,1H)。
制品7(P7)-5-溴-7-氧代-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-7-鎓
将5-溴-7-氮杂吲哚(25.00g，126.88mmol)悬浮在配备有搅拌棒和苏巴(suba)-密封的50ml烧瓶中的DCM(500ml)中，并且用N2冲洗。逐滴添加NMP(25ml)，并且继续搅拌，直到出现固体的完全溶解。在10分钟内分批添加3-氯过氧苯甲酸(3-chlorobenzenecarboperoxoic acid)(35.03g，203.01mmol)。将反应混合物在室温剧烈搅拌持续1小时，此后从溶液中沉淀出粘稠的沉淀物。继续搅拌持续1小时，然后将反应混合物过滤，并且将沉淀物用DCM(4×25ml)洗涤。将得到的物质悬浮在DCM(350ml)中，并且添加NaHCO3(300ml，饱和水溶液)。将两相混合物剧烈搅拌持续2小时，此后将得到的灰色固体过滤并且允许干燥，以得到5-溴-7-氧代-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-7-鎓(P7)(19.00g)，1H NMR(400MHz,(CD3)2SO):δppm8.33(br s,1H),7.87(br s,1H),7.49(br s,1H),6.50(br s,1H)。
制品8(P8)-5-溴-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将5-溴-7-氧代-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-7-鎓(P7)(10.00g，46.94mmol)在NMP(50ml)中的溶液在N2气氛下冷却至-20℃。在10分钟内逐滴添加三氯氧磷(V)(Phosphorus(V)oxychloride)(21.88ml，234.71mmol)，然后将反应混合物升温至室温并且搅拌持续4小时。此后，将反应混合物冷却至0℃，并且通过在剧烈搅拌下添加水(250ml)来猝灭。将得到的沉淀物过滤，并且用水(2×50ml)洗涤，以给出5-溴-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P8)(9.3g)，LCMS ES+232[M+H]+Rt＝1.25min(一般碱性方法)。
制品9(P9)-5-溴-4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将5-溴-4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P8)(5.00g，21.60mmol)悬浮在丙酮(100ml)中。添加N-碘琥珀酰亚胺(N-Iodosuccinimide)(5.30g，23.54mmol)，并且将反应混合物放置搅拌持续约2小时。添加饱和硫代硫酸盐溶液(20ml)和水(100ml)，并且将得到的沉淀物过滤，并且在真空干燥器中在40℃干燥，以给出5-溴-4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P9)(7.45g)，LCMS ES+358[M+H]+Rt＝0.68min(后期碱性方法)。
制品10(P10)-4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺
将4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺(P2)(1.398g，7.15mmol)在DMF(20ml)中的悬浮液在氮气下在0℃搅拌。将氢化钠(400.22mg，10.01mmol，60％w/w)分批添加至搅拌的悬浮液。得到的悬浮液被允许在0℃搅拌持续30分钟。此后，添加2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基氯(1.77ml，10.01mmol)。反应混合物被允许升温至室温，并且将得到的悬浮液搅拌持续另外72小时。此后，添加水(15ml)，并且将反应混合物用EtOAc(20ml)稀释。将反应混合物用EtOAc(50ml)稀释并且用水(50ml)洗涤。水性部分用EtOAc(80ml)再洗涤一次。将有机物合并并且用LiCl(5％(水)溶液)和盐水洗涤，然后通过疏水筛板(hydrophobicfrit)。将得到的胶，4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺(P10)用于后续步骤，而无需进一步纯化，LCMS ES+326,328[M+H]+，Rt＝1.20min(一般碱性方法)。
制品11(P11)-2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
在0℃将NaH(24.10g，0.608mol)分批添加至4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P6)(140.00g，0.496mol)在DMF(1000ml)中的溶液。将得到的混合物在0℃搅拌持续30min。此后，将2-(氯甲氧基)乙基-三甲基-硅烷(116.50g，0.750mol)缓慢添加至在0℃的搅拌的溶液。得到的混合物被允许升温至室温，然后搅拌持续18小时过夜。随后将混合物倾倒入冰水中并且用EtOAc萃取。将合并的有机物用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。得到的残余物经色谱法纯化(SiO2，Pet醚:EtOAc＝10:1)，以提供2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(199.00g，96.6％收率)。
制品12(P12)-4-氯-3-碘-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶
向氢化钠(191.97mg，4.8mmol)在THF(10ml)中的在氮气下的在0℃的搅拌的悬浮液逐滴添加在THF(10ml)中的4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P6)(1.215g，4.36mmol)。得到的悬浮液被允许在0℃搅拌持续30分钟，然后逐滴添加对甲苯磺酰氯(914.99mg，4.8mmol)在THF(5ml)中的溶液。反应混合物被允许升温至室温。将NaHCO3(10％水溶液，25ml)缓慢添加至反应混合物。将混合物在室温搅拌持续15分钟。将混合物用EtOAc(1×60ml，然后2×30ml)萃取。将合并的有机物用盐水洗涤，经硫酸镁干燥并且在减压下浓缩。得到的固体分别用***和甲醇磨碎，以给出4-氯-3-碘-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P12)(1.720g)，LCMS ES+433[M+H]+Rt＝1.64min(一般碱性方法)。
制品13(P13)-4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(4.10g，10.00mmol)、氰化锌(0.70g，6.00mmol)和Pd(PPh3)4(1.10g，1.00mmol)在DMF(40ml)中的混合物在氩气气氛下在100℃搅拌持续18小时(过夜)。此后，将反应混合物倾倒入水中，并且将有机物用EtOAc萃取。将合并的有机物用水、盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在减压下浓缩，以给出4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P13)。
制品14(P14)-2-[(5-溴-4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将5-溴-4-氯-3-碘-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P9)(7.45g，20.85mmol)溶解在DMF(150ml)中并且冷却至0℃。分批添加60％w/w的氢化钠(958.53mg，25.02mmol)，并且将反应混合物冷却至-42℃。逐滴添加2-(三甲基甲硅烷基)乙氧基甲基氯(4.8ml，27.1mmol)，并且将反应混合物放置搅拌持续约2小时。将反应用氯化铵(100ml，饱和水溶液)和水(100ml)猝灭，然后将有机物萃取至DCM中。将合并的有机物用水洗涤，经硫酸镁干燥，过滤并且在真空中去除溶剂，以给出粗制产物。将粗制产物进行色谱法[SiO2，0％-5％乙酸乙酯:己烷]，以给出2-[(5-溴-4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P14)(7.70g)，LCMS ES+488[M+H]+Rt＝1.5min(后期碱性方法)。
制品15(P15)-2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(42.00g，103.00mmol)在干燥THF(400ml)中的溶液在-78℃搅拌。将n-BuLi(50mL，124.00mmol，2.5M于THF中)逐滴添加至搅拌的混合物，并且继续搅拌持续30分钟。此后，将2-异丙氧基-4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷(38.00g，205.00mmol)逐滴添加至搅拌的溶液，并且将得到的混合物在-78℃搅拌持续1小时，然后允许升温至室温并且搅拌持续另外18小时(过夜)。将反应混合物倾倒入水上，并且将有机物用EtOAc萃取。将合并的有机物用水、盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。将残余物进行色谱法[SiO2，0％-10％EtOAc在Pet.醚中]，以给出2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)(23.50g)。
制品16(P16)-2-[(3-溴吡唑-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
向3-溴-1H-吡唑(1.16g，7.89mmol)在THF(100ml)中的在0℃的溶液添加NaH(227mg，9.46mmol)。将溶液在0℃搅拌持续15分钟。添加3-(氯甲氧基)丙基-三甲基-硅烷(1.44g，8.67mmol)，并且在室温继续搅拌持续1小时。此后，添加水并且将有机物用EtOAc萃取。将有机物合并，经Na2SO4干燥，浓缩并且进行色谱法[SiO2]，以给出2-[(3-溴吡唑-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P16)(1.81g，83％收率)。
制品17(P17)-3-溴-1-三苯甲基-吡唑
向3-溴-1H-吡唑(5.39g，36.67mmol)和三苯基氯甲烷(10.40g，37.41mmol)在DCM(300ml)中的溶液添加三甲胺(7.41g，73.37mmol)。将反应混合物在50℃加热持续18小时(过夜)。此后，将混合物在减压下浓缩，并且进行色谱法[SiO2]，以给出3-溴-1-三苯甲基-吡唑(P17)(8.97g)。
制品18(P18)-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1-三苯甲基-吡唑
向3-溴-1-三苯甲基-吡唑(P17)(9.01g，23.16mmol)、4,4,5,5-四甲基-2-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷(7.06g,27.80mmol)和乙酸钾(6.81g，69.49mmol)在DMF(200ml)中的溶液在氮气气氛下添加1,1′-双(二苯基膦基)二茂铁]二氯化钯(II)(1.89g，2.32mmol)。将混合物在80℃加热持续18小时(过夜)。随后将反应混合物倾倒入水中，并且将有机物萃取至EtOAc中。将合并的有机物用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，在减压下浓缩，并且进行色谱法[SiO2]，以给出4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1-三苯甲基-吡唑(P18)，(6.93g，68.6％收率)。
制品19(P19)-5-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,3,4-氧杂噻唑-2-酮
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将4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲酰胺(P10)(2.33g，7.15mmol)在THF(20ml)中的溶液在0℃搅拌。将氯(氯硫代)氧代-甲烷(1.09mL，12.86mmol)逐滴添加至搅拌的溶液。反应混合物被允许升温至室温并且搅拌持续4小时，此后LCMS指示起始物质的消耗。将混合物在减压下浓缩，并且得到的残余物使用用0％-20％EtOAc:异己烷洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出作为白色固体的5-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,3,4-氧杂噻唑-2-酮(P19)(0.484g，1.21mmol，17.6％收率)，LCMS ES+384,386[M+H]+,Rt＝1.75min(一般碱性方法)。
制品20(P20)-3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑-5-甲酸乙酯
将5-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,3,4-氧杂噻唑-2-酮(P19)(400.00mg，1.04mmol)和氰基甲酸乙酯(2.06mL，20.84mmol)在对二甲苯(3ml)中的溶液加热至130℃持续25分钟。此后，溶液被允许冷却至室温。LCMS与期望的产物一致。将反应混合物在减压下浓缩，以提供作为黄色油的粗制产物3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑-5-甲酸乙酯(P20)。该油被用于后续步骤，而无需进一步纯化。
制品21(P21)-3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]异噻唑-5-甲酸乙酯
将5-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,3,4-氧杂噻唑-2-酮(915.00mg，2.38mmol)(P19)、丙炔酸乙酯(4.83ml，47.66mmol)和二甲苯(6ml)的混合物在2个反应小瓶之间均匀分配。将反应混合物加热至160℃持续30分钟，然后允许冷却至室温。将混合物合并，并且将溶剂在减压下去除。将得到的油进行色谱法[SiO2，0％-20％EtOAc:异己烷]，以给出3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]异噻唑-5-甲酸乙酯(P21)(212mg)，LCMS ES+438,440[M+H]+,Rt＝1.80min(一般碱性方法)。
制品22(P22)-2-[(4-氯-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将Pd(PPh3)4(1.50g，1.20mmol)、CuI(238.00mg，1.20mmol)、CsF(3.70g，24.40mmol)和三丁基(嘧啶-4-基)锡烷试剂(5.40g，14.70mmol)添加至2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(5.00g，12.20mmol)在DMF(20ml)中的溶液。将得到的混合物在50℃搅拌持续4小时。此后，将混合物倾倒入冰水中并且用EtOAc萃取。将合并的有机物用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。将得到的残余物进行色谱法[SiO2，用Pet.醚:EtOAc＝5:1洗脱)，以提供2-[(4-氯-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P22)(2.10g，47.8％收率)。
1H NMR(400MHz,DMSO-d6):δppm 9.19(s,1H),8.80(d,J＝7.6Hz,1H),8.36(m,2H),7.81(d,J＝4.2Hz,1H),7.40(d,J＝4.2Hz,1H),5.73(s,2H),3.58(t,J＝8.0Hz,2H),0.84(t,J＝8.0Hz,2H),0.09(s,9H)。
制品23(P23)-2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(20.00g，41.59mmol)、嘧啶-5-硼酸频哪醇酯(9.43g，45.75mmol)、碳酸氢钠(10.48g，124.77mmol)和1,1’-双(二叔丁基膦基)二茂铁-二氯化钯(1:1)(1.355g，2.08mmol)在圆底烧瓶中研磨在一起。将烧瓶排空并且用氮气(×3)冲洗。然后将脱气的二氧六环：水(3:1–总计133ml)添加至烧瓶，并且将混合物在150℃加热持续1小时，并且然后在110℃加热持续另外18小时(过夜)。将反应混合物冷却至室温，然后在减压下浓缩。将得到的残余物再溶解在EtOAc(200ml)中，并且用水(150ml)洗涤。将水层用EtOAc(150ml)进一步萃取。将合并的有机物经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩，以给出深色油。将油进行色谱法[SiO2，用0％-60％EtOAc：异己烷洗脱]，以给出作为深色油的2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(13.154g，36.45mmol，87.6％收率)，LCMS ES+361,363[M+H]+,Rt＝1.51min(一般碱性方法)。
制品24(P24)-2-[[4-氯-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
/>
将2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)(4.00g，9.78mmol)、2-溴-5-甲基-噻唑(1.15ml，11.74mmol)和三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(447.99mg，0.49mmol)的混合物在6个烧瓶之间均等地分配。将每个烧瓶用氮气吹扫和排空，然后添加1,4-二氧六环(3ml)和水(1ml)的脱气的溶液。将得到的溶液加热至80℃过夜。另外添加2-溴-5-甲基-噻唑(0.479ml，4.89mmol)，并且将反应混合物搅拌过夜。混合物被允许冷却至室温，然后合并并且通过硅藻土过滤。将液体在减压下浓缩，并且将得到的残余物溶解在DCM中。将有机物用水洗涤。将水层进一步用DCM(×2)萃取。将有机物合并，经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。将获得的残余物进行色谱法(SiO2，0％-60％EtOAc:异己烷)，以提供作为黄色油(在静置后固化)的2-[[4-氯-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P24)(1.8g，4.74mmol，48.4％收率)，LCMS ES+380,382[M+H]+,Rt＝1.70min(一般碱性方法)。
使用2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)和合适的卤化物偶联配体(couplingpartner)，以与2-[[4-氯-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P24)类似的方式制备以下化合物：
制品26(P26)-2-[[4-氯-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(300mg，0.73mmol)溶解在MeCN(3ml)和THF(3ml)中。添加无水碳酸钠(0.73mL，1.47mmol)，随后添加双(三苯基膦)氯化钯(II)(25.76mg，0.04mmol)和3-吡啶基硼酸频哪醇酯(165.56mg，0.81mmol)。将反应混合物加热至70℃持续2小时。将溶剂在真空中去除，并且将残余物在DCM和水之间分配。将有机物在减压下浓缩以给出粗制产物。将该物质进行色谱法[SiO2，0％-5％EtOAc于己烷中]，以给出2-[[4-氯-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P26)(173mg)，LCMS ES+360,362[M+H]+,Rt＝1.62min(一般碱性方法)。
制品27(P27)-2-[[4-氯-3-(2-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)(1.00g，2.45mmol)、三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(112.00mg，0.12mmol)、三环己基膦(76.75mg，0.29mmol)和磷酸三钾(1.038g，4.89mmol)置于烧瓶中，并且将烧瓶排空并且用氮气填充。将2-溴吡啶(0.7mL，7.34mmol)在1,4-二氧六环(16ml)和水(8ml)中的溶液脱气，并且随后添加至烧瓶。将得到的混合物在氮气气氛下加热至80℃持续20小时(过夜)。此后，混合物被允许冷却至室温，然后用EtOAc稀释并且用水洗涤(×3)。将有机物经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩，以给出棕色/黄色油。将油进行色谱法[SiO2，己烷:EtOAc 10％-80％]，以给出作为绿色油的2-[[4-氯-3-(2-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P27)，LCMS ES+360,362[M+H]+，Rt＝1.59min(一般碱性方法)。
使用合适的中间体，以与2-[[4-氯-3-(2-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P27)类似的方式制备以下化合物：
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制品42(P42)-2-[[4-氯-3-(3,5-二甲基异噁唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将3,5-二甲基异噁唑-4-硼酸频哪醇酯(654.93mg，2.94mmol)、2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(1.00g，2.45mmol)、乙酸钯(II)(27mg，0.123mmol)、1,1-双(二叔丁基膦)二茂铁(1.159g，2.45mmol)和磷酸三钾(1.558g，7.35mmol)置于反应小瓶中，并且将小瓶排空并且用氮气吹扫。添加THF(1ml)，并且将得到的混合物加热至60℃过夜。此后，反应混合物被允许冷却至室温，然后将溶剂在减压下去除。将得到的残余物用DCM(40ml)稀释，并且用水(20ml)洗涤。然后将水层用DCM(40mL)再洗涤一次，并且将有机物合并并且用盐水(40ml)洗涤，然后在真空中浓缩。将残余物进行色谱法[SiO2，0％-15％EtOAc:异己烷]，以给出作为浅橙色油的2-[[4-氯-3-(3,5-二甲基异噁唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P42)(866mg，2.18mmol，89％收率)，LCMS ES+378,380[M+H]+，Rt＝1.83min(一般碱性方法)。
制品43(P43)-2-[[4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(300mg，0.73mmol)溶解在MeCN(3ml)和THF(3ml)中。添加无水碳酸钠(0.73ml，1.47mmol)，随后添加双(三苯基膦)氯化钯(II)(25.76mg，0.04mmol)和1-(2-四氢吡喃基)-1H-吡唑-4-硼酸频哪醇酯(224.58mg，0.81mmol)。将反应混合物加热至70℃持续2小时。将溶剂在真空中去除，并且将残余物在DCM和水之间分配。将有机物在减压下浓缩，并且将粗制物质进行色谱法[SiO2，0％-15％乙酸乙酯：己烷)，以给出2-[[4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P43)(157mg)，LCMS ES+434,436[M+H]+Rt＝1.71min(一般碱性方法)。
使用合适的中间体，以与2-[[4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P43)类似的方式制备以下化合物：
制品45(P45)-2-[[4-氯-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
向2-[(3-溴吡唑-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P16)(700.00mg，2.53mmol)、2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)(1.03g，2.52mmol)和NaHCO3(425mg，5.06mmol)在二氧六环(3.0ml)和水(1.0ml)中的溶液添加双(三苯基膦)二氯化钯(II)(177.00mg，0.25mmol)，并且将反应混合物在100℃加热持续18小时(过夜)。此后，将混合物在减压下浓缩，并且将有机物在EtOAc和水之间分配。将合并的有机物经Na2SO4干燥，浓缩并且进行色谱法[SiO2]，以给出2-[[4-氯-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P45)(547mg，45.2％收率)。
制品46(P46)-2-[[4-氯-3-(1-三苯甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
向4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1-三苯甲基-吡唑(P18)(2.45g，5.62mmol)、2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(2.29g，5.61mmol)和碳酸铯(3.66g，11.24mmol)在DMF(10ml)和水(2ml)中的溶液添加四(三苯基膦)钯(0)(0.65g，0.56mmol)，并且将反应混合物在回流加热过夜。混合物被允许冷却至室温，然后倾倒入水中。将有机物用DCM萃取，并且将合并的有机物经Na2SO4干燥，过滤，在减压下浓缩，并且随后进行色谱法[SiO2，10％EtOAc于石油醚中]，以给出2-[[4-氯-3-(1-三苯甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P46)(1.60g，48.2％收率)。
制品47(P47)-4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加4-氯-3-碘-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P12)(192mg，0.44mmol)、无水碳酸钾(128.8mg，0.93mmol)、四三苯基膦钯(25.64mg，0.02mmol)和3-吡啶基硼酸频哪醇酯(100.1mg，0.49mmol)。将微波小瓶加盖，并且将容器用氮气冲洗和排空(×3)，然后添加二氧六环和水的脱气溶液(3:1，1.5ml)。将反应混合物加热至140℃持续40分钟。此后，将反应冷却至室温，用DCM(20ml)稀释，并且用水(5ml)洗涤。将有机物在减压下浓缩，并且通过SCX纯化，以给出4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P47)(152mg)，LCMS ES+384[M+H]+Rt＝1.38min(一般碱性方法)。
制品48(P48)-4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加4-氯-3-碘-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P12)(202mg，0.47mmol)、无水碳酸钾(135.51mg，0.98mmol)、1-(2-四氢吡喃基)-1H-吡唑-4-硼酸频哪醇酯(142.85mg，0.51mmol)和四三苯基膦钯(26.98mg，0.02mmol)。将微波小瓶加盖，并且将容器用氮气冲洗和排空(×3)，然后添加二氧六环和水的脱气溶液(3:1，1ml)。将反应混合物加热至140℃持续40分钟。将反应冷却至室温，并且将有机物在真空中去除。将水性液体用DCM(2×8ml)洗涤。将合并的有机部分用盐水洗涤，经硫酸镁干燥，并且在减压下浓缩以给出深色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-25％(10％MeOH于DCM中):DCM]，以给出4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P48)(135mg)，LCMS ES+457[M+H]+Rt＝1.5min(一般碱性方法)。
制品49(P49)-2-[[5-溴-4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(5-溴-4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P14)(2.00g，4.10mmol)、无水碳酸钾(1133.73mg，8.20mmol)，二氯双(三苯基膦)钯(2.88mg)和1-四氢吡喃-3-基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡唑(1140.87mg，4.10mmol)溶解在THF(2.5ml)和水(0.50ml)中。将反应混合物用氮气冲洗，并且在微波小瓶中加热至120℃持续1小时。将有机物在真空中浓缩，并且经由用EtOAc/己烷20:80-100％洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出2-[[5-溴-4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P49)，LCMS ES+511/513[M+H]+，Rt＝1.3min(一般碱性方法)。
制品50(P50)-4-氯-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[4-氯-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P15)(73mg，0.18mmol)溶解在1,4-二氧六环(1ml)和水(0.1ml)中。添加三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(6.97mg，0.01mmol)、三环己基膦(5.16mg，0.02mmol)、磷酸三钾(55.22mg，0.26mmol)和2-溴吡啶(34.06μl，0.3600mmol)，并且将反应混合物加热至150℃持续10分钟。去除溶剂，并且将残余物在DCM和水之间分配，然后通过疏水筛板过滤。将溶剂在真空中去除，以给出2-[[4-氯-3-(2-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(20mg)。将物质溶解在2M氯化氢溶液(1.34ml，2.68mmol)中，并且加热至100℃持续3小时。将反应混合物用MeOH稀释，并且经由SCX纯化。将溶剂在真空中去除，以给出4-氯-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P50)(16mg)，LCMS ES+230,232[M+H]+Rt＝0.61min(一般碱性方法)。
制品51(P51)-4-氯-3-(3-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[4-氯-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P26)(173.00mg，0.48mmol)悬浮在氯化氢溶液(3.6ml，7.21mmol，2N)中并且加热至100℃持续1小时。将粗制反应混合物经由SCX纯化，以给出4-氯-3-(3-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P51)(140mg)，LCMS ES+230,232[M+H]+Rt＝0.97min(一般碱性方法)。
制品52(P52)-4-氯-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P43)(157mg，0.36mmol)悬浮在HCl(2.72ml，5.44mmol)中并且加热至100℃持续1小时。将粗制反应混合物经由SCX纯化，以给出4-氯-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P52)(100mg)，LCMS ES+219,221[M+H]+Rt＝0.89min(一般碱性方法)。
使用合适的中间体，以与4-氯-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P52)类似的方式制备以下化合物：
制品54(P54)-2-[[5-溴-3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将在NMP(1.5ml)中的2-[(5-溴-4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷-(P14)(674.00mg，1.38mmol)和哌啶(1.47ml，13.82mmol)在微波中在145℃加热持续1小时。将溶剂在真空中去除，并且将粗制反应混合物进行色谱法[SiO2，0％-5％乙酸乙酯：己烷]，以给出2-[[5-溴-3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P54)(673mg，1.13mmol，82％收率)，LCMS ES+537[M+H]+Rt＝1.4min(非常后期的碱性方法)。
制品55(P55)-2-[[3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-碘-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P11)(5.00g，12.23mmol)溶解在NMP(20ml)中。添加哌啶(12.08ml，122.3mmol)，并且将反应混合物加热至145℃持续4小时。将反应混合物在真空中浓缩以得到粘稠的油，该油用甲醇(50ml)稀释，导致白色固体的沉淀。将固体通过过滤收集，以得到2-[[3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P55)(4.383g，9.39mmol，76.8％收率)，LCMS ES+458[M+H]+Rt＝1.39min(后期碱性方法)。
制品56(P56)-3-碘-4-(1-哌啶基)-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶
将碘(1.765g，6.96mmol)、KOH溶液(水性)(1.95ml，34.78mmol)和4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(700mg，3.48mmol)与DCM(50ml)作为两相混合物剧烈混合在一起持续3小时。添加对甲苯磺酰氯(0.56ml，3.83mmol)，并且将混合物搅拌持续另外1小时。将混合物在减压下浓缩，再溶解在DCM(20ml)中，并且用NaOH(50ml，0.1mol)洗涤，然后经由用EtOAc/己烷洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出3-碘-4-(1-哌啶基)-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P56)(550mg)，LCMS ES+482.2[M+H]+，Rt＝1.78min(一般碱性方法)。
制品57(P57)-三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷
经30分钟的过程，在搅拌的情况下，向在THF(90ml)中在N2下在-78℃搅拌的2-[[3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P55)(4.18g，9.13mmol)的溶液逐滴添加丁基锂(12.55ml，20.08mmol)。得到的溶液被允许搅拌持续1.5小时，然后在-78℃逐滴添加2-异丙氧基-4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷(7.45ml，36.52mmol)。在两小时之后，反应被允许升温至室温过夜。将反应混合物冷却并且用NH4Cl(25ml，饱和水溶液)猝灭，然后允许升温至室温并且用EtOAc(1×400ml，然后2×100ml)萃取。将合并的有机物经MgSO4干燥，然后过滤并且在真空中浓缩，以得到深紫色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-20％EtOAc:己烷]，以给出三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷(2.70g)(P57)，LCMS ES+457[M+H]+Rt＝0.78min(一般碱性方法)。
制品58(P58)-N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯
将二碳酸二叔丁酯(1.01g，4.62mmol)在干燥THF(15ml)中的溶液在氮气气氛下添加至3-氨基-2-甲基吡啶(500.00mg，4.62mmol)。将得到的溶液在室温在氮气气氛下搅拌过夜。此后，再添加二碳酸二叔丁酯(500.00mg)，并且将反应混合物在室温搅拌持续另外24小时。将溶剂在减压下去除，并且将得到的残余物进行色谱法[SiO2，Hex:EtOAc 1:1]，以给出作为浅黄色固体的N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯(P58)，LCMS ES+209[M+H]+，Rt＝1.02min(一般碱性方法)。
制品59(P59)-N-甲基-N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯
将60％w/w的氢化钠(115.24mg，2.88mmol)在干燥THF(2.6ml)中的悬浮液在氮气气氛下在0℃搅拌。将N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯(P58)(500.00mg，2.4mmol)在干燥THF(1ml)中的溶液逐滴添加至搅拌的悬浮液，并且将得到的悬浮液在0℃搅拌持续30分钟。此后，添加碘甲烷(0.18ml，2.88mmol)，并且将悬浮液搅拌持续另外16小时，从0℃升温至室温。将反应用水猝灭，并且将溶剂在减压下去除。将得到的残余物溶解在DCM中。将有机物用水洗涤，经硫酸镁干燥并且在减压下浓缩，以提供粗制产物。将粗制产物进行色谱法[SiO2，50％-100％EtOAc于异己烷中)，以提供N-甲基-N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯(P59)(491mg)，LCMS ES+223[M+H]+，Rt＝1.07min(一般碱性方法)。
制品60(P60)-N-甲基-N-[(顺式)-2-甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
使用H-cube(5％Rh/C，60℃，60巴，0.5ml/min)使N-甲基-N-(2-甲基-3-吡啶基)氨基甲酸叔丁酯(P67)(500.00mg，2.25mmol)在EtOH/AcOH中的溶液经受氢化。溶液通过H-cube循环持续2小时。此后，将溶剂在减压下去除，并且将得到的残余物溶解在MeOH中，并且通过SCX(5g)纯化，以提供N-甲基-N-[(顺式)-2-甲基-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P68)(306mg)。
制品61(P61)-吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯
向三乙胺(0.65ml，4.66mmol)和6-氮杂吲哚(1.00g，8.46mmol)在MeCN(20ml)中的在0℃搅拌的溶液，在氮气下在搅拌的情况下逐滴添加二碳酸二叔丁酯(1.94ml，8.46mmol)。反应被允许升温至室温，并且放置搅拌整个周末。再添加二碳酸二叔丁酯(1.94ml，8.46mmol)，并且继续搅拌持续6小时。将反应混合物在减压下浓缩，并且将获得的油溶解在DCM中，并且用水洗涤。将混合物通过疏水筛板，并且将溶剂在减压下去除，以提供吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P61)(1.90g)。LCMS ES+219[M+H]+，Rt＝1.22min(一般碱性方法)。
制品62(P62)-吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯
向三乙胺(0.65ml，4.66mmol)和5-氮杂吲哚(1.00g，8.46mmol)在MeCN(20ml)中的在0℃搅拌的溶液在氮气下在搅拌的情况下逐滴添加二碳酸二叔丁酯(0.97ml，4.23mmol)。反应被允许升温至室温，并且放置搅拌整个周末。再添加二碳酸二叔丁酯(0.97ml，4.23mmol)，并且继续搅拌持续6小时。将反应混合物在减压下浓缩，并且将获得的油溶解在DCM中，并且用水洗涤。将混合物通过疏水筛板，并且将溶剂在减压下去除，以提供吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P62)(1.76g)，LCMS ES+219[M+H]+，Rt＝1.19min(一般碱性方法)。
制品63(P63)-(3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯
将吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P61)(1.00g，4.58mmol)溶解在乙醇(8ml)和乙酸(8ml)中，并且通过H-Cube(0.5ml/min，受控的H2，Rh/C滤芯，60℃，60巴)，将反应混合物循环持续3小时。将溶剂在减压下浓缩，并且将产物通过SCX纯化，以提供(3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P63)(976mg)。
制品64(P64)-(3aS,7aR)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯
将吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P62)(100mg，0.46mmol)溶解在乙醇(8ml)和乙酸(8ml)中，并且通过H-Cube(0.5ml/min，受控的H2，Rh/C滤芯，60℃，60巴)，将反应混合物循环持续31/2小时。将溶液在减压下浓缩，并且将产物通过SCX(500mg)纯化，以提供(3aS,7aR)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P64)(50mg)。
制品65(P65)-(3aR,7aS)-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-1,6-二甲酸-6-苄基-1-叔丁基酯
在0℃向(3aR,7aS)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[2,3-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P63)(976mg，4.31mmol)和三乙胺(0.72ml，5.17mmol)在THF(15ml)中的溶液逐滴添加氯甲酸苄酯(0.68ml，4.74mmol)。将反应混合物升温至室温并且搅拌过夜。将反应用饱和碳酸氢钠溶液猝灭，将挥发物在减压下去除，并且将水层用DCM洗涤。将有机物经硫酸镁干燥，并且将溶剂在减压下去除。将残余物进行色谱法[SiO2，0％-10％MeOH于DCM中]，然后进一步进行色谱法[SiO2，40％-100％EtOAc于异己烷中]，以提供(3aR,7aS)-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-1,6-二甲酸-6-苄基-1-叔丁基酯(P65)(900mg)，LCMS ES+361[M+H]+，Rt＝1.47min(一般碱性方法)。
制品66(P66)-(3aS,7aR)-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-1,5-二甲酸-5-苄基-1-叔丁基酯
在0℃向(3aS,7aR)-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[3,2-c]吡啶-1-甲酸叔丁酯(P64)(169mg，0.75mmol)和三乙胺(0.12ml，0.90mmol)在THF(4ml)中的溶液逐滴添加氯甲酸苄酯(0.12ml，0.82mmol)。将反应混合物升温至室温并且搅拌过夜。再添加氯甲酸苄酯(0.12ml，0.82mmol)，并且继续搅拌过夜。将反应用饱和碳酸氢钠溶液猝灭，将挥发物在减压下去除，并且将水层用DCM洗涤。将有机物经硫酸镁干燥，并且将溶剂在减压下去除。将残余物进行色谱法[SiO2，40％-100％EtOAC于异己烷中)，以提供(3aS,7aR)-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-1,5-二甲酸-5-苄基-1-叔丁基酯(P66)(264mg)，LCMS ES+305[M+H-t-Bu]+，Rt＝1.44min(一般碱性方法)。
制品67(P67)-(3aS,7aS)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-甲酸苄酯
将在水中～37％的甲醛溶液(2.81ml，37.45mmol)和甲酸(1.41ml，37.45mmol)添加至配备有搅拌棒的微波小瓶，该微波小瓶含有(3aR,7aS)-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-1,6-二甲酸-6-苄基-1-叔丁基酯(P65)(900mg，2.5mmol)，并且在微波中加热至110℃持续20分钟。将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯上，用含2N NH3的MeOH洗脱。将碱性液体在减压下浓缩，以提供作为澄清油的(3aS,7aS)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-甲酸苄酯(P67)(571mg)，LCMS ES+275[M+H]+，Rt＝1.21min(一般碱性方法)。
制品68(P68)-(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-甲酸苄酯
将在水中～37％的甲醛溶液(0.82ml，10.99mmol)和甲酸(0.41ml，10.99mmol)添加至配备有搅拌棒的微波小瓶，该微波小瓶含有(3aS,7aR)-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-1,5-二甲酸-5-苄基-1-叔丁基酯(P66)(264mg，0.73mmol)。将反应混合物在微波中加热至100℃持续5分钟。添加另外的10当量的甲醛溶液和甲酸，并且将反应在100℃加热持续另外5分钟。将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯上，用含2N NH3的MeOH洗脱。将碱性液体在减压下浓缩，以提供作为澄清油的(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-甲酸苄酯(P68)(169mg)，LCMS ES+275[M+H]+，Rt＝1.17min(一般碱性方法)。
制品69(P69)-(3aR,7aS)-1-甲基-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[2,3-c]吡啶
将(3aR,7aS)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-甲酸苄酯(P67)(571mg，2.08mmol)在乙醇(5ml)中使用H-Cube(10％Pd/C，全H2，50℃，1ml/min)进行氢化，循环持续4小时。将溶剂在减压下去除，以提供(3aR,7aS)-1-甲基-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[2,3-c]吡啶(P69)(256mg)。
制品70(P70)-(3aS,7aR)-1-甲基-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[3,2-c]吡啶
将(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-甲酸苄酯(P68)(169mg，0.62mmol)在乙醇(5ml)中使用H-Cube(10％Pd/C，全H2，50℃，1ml/min)进行氢化，循环持续4小时。将溶剂在减压下去除，以提供(3aS,7aR)-1-甲基-2,3,3a,4,5,6,7,7a-八氢吡咯并[3,2-c]吡啶(P70)(69mg)。
制品71(P71)-N-(3-乙基-3-哌啶基)氨基甲酸苄酯
将3-(苄氧基羰基氨基)-3-乙基-哌啶-1-甲酸叔丁酯(420.00mg，1.16mmol)在DCM(5ml)中的溶液在室温搅拌。添加三氟乙酸(1.77ml，23.17mmol)，并且将得到的溶液在室温搅拌过夜。此后，将溶剂在减压下去除，并且将得到的残余物溶解在MeOH中，并且经由SCX(20g)纯化，以提供N-(3-乙基-3-哌啶基)氨基甲酸苄酯(P71)(314mg)，LCMS ES+263[M+H]+，Rt＝1.10min(一般碱性方法)。
制品72(P72)-(3S)-3-(4-氧代-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯
向含有搅拌棒的圆底烧瓶添加无水碳酸钾(1.87g，13.53mmol)、(3S)-3-氨基哌啶-1-甲酸苄酯(2.34ml，11.52mmol)、1,5-二氯戊-3-酮(1.51ml，11.52mmol)和MeCN(50ml)。将反应在回流搅拌持续总计24小时。此后，将挥发物在减压下去除，并且将粗制物质再溶解在DCM中，并且用水洗涤。将水层再次用DCM洗涤，然后将有机物合并、干燥并且在减压下浓缩。将获得的残余物进行色谱法[SiO2，(0％-10％含2N NH3的DCM:DCM)，以给出作为黄色油的(3S)-3-(4-氧代-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P72)(1.03g，3.25mmol，28.2％收率)，LCMS ES+317[M+H]+，Rt＝1.15min(一般碱性方法)。
制品73(P73)-(3S)-3-(4-羟基-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯
在0℃在搅拌的情况下将硼氢化钠(95.65mg，2.53mmol)分批添加至在甲醇(6ml)中的(3S)-3-(4-氧代-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P72)(400.00mg，1.26mmol)中。反应混合物被允许升温至室温并且放置搅拌持续18小时。添加饱和氯化铵溶液(5ml)，并且将挥发物在减压下去除。将水性残余物用DCM(50ml)稀释，并且再添加水(10ml)。将有机物合并，然后经硫酸镁干燥，过滤并且浓缩，以给出作为浅色油的(3S)-3-(4-羟基-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P73)(115mg，0.88mmol，70％收率)，LCMS ES+319.3[M+H]+，Rt＝1.02min，一般碱性方法。
制品74(P74)-(3S)-3-(3-羟基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯
将无水碳酸钾(745.41mg，5.39mmol)、(3S)-3-氨基哌啶-1-甲酸苄酯(486.00mg，2.07mmol)、1,4-二溴丁-2-醇(0.29mL，2.49mmol)在MeCN(18ml)中在回流加热持续2天，然后冷却至室温。将挥发物在减压下去除，并且将获得的粗制物质再溶解在DCM(50ml)中，并且用水(40ml)洗涤。将有机部分合并，干燥并且进行色谱法[SiO2，0％-6％含2N NH3的DCM:MeOH]，以给出作为黄色油获得的(3S)-3-(3-羟基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯(P74)(310mg，0.97mmol，46.6％收率)，LCMS ES+349.4[M+H]+，Rt＝0.97min(一般碱性方法)。
制品75(P75)-(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯
将(3S)-3-(4-羟基-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P73)(150mg，0.47mmol)溶解于在0℃的DCM(7.5ml)中，并且在搅拌的情况下逐滴添加Deoxo-Fluor溶液(0.24ml，0.57mmol)。得到的溶液被允许升温至室温，并且放置搅拌持续18小时。将反应经由在剧烈搅拌的情况下添加饱和碳酸氢盐溶液(10ml)来猝灭。将有机物在真空中浓缩，并且将粗制油进行色谱法[SiO2，用0％-40％10％2N NH3 DCM:MeOH洗脱]，以给出作为浅黄色油的(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P75)(78mg，0.24mmol，51.7％收率)，LCMS ES+321.3[M+H]+，Rt＝1.33min(一般碱性方法)。
制品76(P76)-(3S)-3-(3-氟吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯
将(3S)-3-(3-羟基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯(P74)(155.00mg，0.51mmol)溶解于在0℃的DCM(2.5ml)中，并且添加Deoxo-Fluor溶液(0.26ml，0.61mmol)。得到的溶液被允许升温至室温持续18小时。将反应经由添加饱和碳酸氢盐(3ml)来猝灭，并且将有机物在减压下浓缩，以提供棕色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-6％含2N NH3的MeOH:DCM]，以给出浅棕色油(3S)-3-(3-氟吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯(P76)(100mg)，LCMS ES+307.3[M+H]+，Rt＝1.25min(一般碱性方法)。
制品77(P77)-(3S)-3-[4-[叔丁基(二苯基)甲硅烷基]氧基-1-哌啶基]哌啶-1-甲酸苄酯
将(3S)-3-(4-羟基-1-哌啶基)哌啶-1-甲酸苄酯(P73)(148.00mg，0.46mmol)、三乙胺(0.13ml，0.93mmol)和4-(二甲基氨基)吡啶(5.68mg，0.05mmol)在0℃在DCM(2ml)中搅拌。在搅拌的情况下逐滴添加叔丁基(氯)二苯基硅烷(0.15mL，0.56mmol)。将溶液升温至室温，并且搅拌持续另外16小时。将反应混合物经由添加水来猝灭，并且将有机层浓缩，以提供作为浅色油的(3S)-3-[4-[叔丁基(二苯基)甲硅烷基]氧基-1-哌啶基]哌啶-1-甲酸苄酯(P77)(400mg，0.72mmol)，LCMS ES+557.5[M+H]+，Rt＝1.64min，一般碱性方法。
制品78(P78)-(3S)-3-[3-[叔丁基(二苯基)甲硅烷基]氧基吡咯烷-1-基]哌啶-1-甲酸苄酯
将(3S)-3-(3-羟基吡咯烷-1-基)哌啶-1-甲酸苄酯(P74)(155.00mg，0.51mmol)、三乙胺(0.14ml，1.02mmol)和4-(二甲基氨基)吡啶(6.22mg，0.05mmol)在DCM(2.5ml)中在0℃搅拌，并且逐滴添加叔丁基(氯)二苯基硅烷(0.16ml，0.61mmol)。将溶液升温至室温并且搅拌过夜。将反应混合物经由添加水(5ml)来猝灭，再添加DCM(20ml)，并且将有机物浓缩以提供浅黄色油，将该浅黄色油进行色谱法[SiO2，0％-50％EtOAc:异己烷]，以提供作为浅黄色油的(3S)-3-[3-[叔丁基(二苯基)甲硅烷基]氧基吡咯烷-1-基]哌啶-1-甲酸苄酯(P78)(200mg，0.35mmol，68.7％收率)，LCMS ES+543.6[M+H]+，Rt＝1.54min(一般碱性方法)。
制品79(P79)-(3S)-3-(氮杂环丁烷-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯
将(S)-3-氨基-1-N-Boc-哌啶(500.00mg，2.50mmol)、1,3-二溴丙烷(0.33mL，3.25mmol)、无水碳酸钾(897.11mg，6.49mmol)溶解在MeCN(23ml)中，并且在回流加热过夜，然后冷却至室温。将挥发物在减压下去除，溶解在EtOAc(50ml)中，并且用饱和碳酸氢钠溶液(40ml)洗涤。将有机部分干燥，并且经由用0％-6％MeOH:DCM洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出作为黄色油获得的(3S)-3-(氮杂环丁烷-1-基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(P79)(404mg，1.68mmol，67.3％收率)，LCMS ES+241[M+H]+，Rt＝1.13min(一般碱性方法)。
制品80(P80)-(3S)-3-(1-哌啶基)哌啶-1-甲酸叔丁酯
将(S)-3-氨基-1-N-Boc-哌啶(615.00mg，3.07mmol)、无水碳酸钾(1103.44mg，7.98mmol)和1,5-二溴戊烷(0.54ml，3.99mmol)溶解在MeCN(25ml)中，并且在回流加热过夜，然后冷却至室温。将有机物在减压下去除，然后溶解在EtOAc(50ml)中，并且用2N NaOH(40ml)洗涤。将有机物在减压下浓缩，并且残余物经由用0％-6％MeOH:DCM洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出作为黄色油获得的(3S)-3-(1-哌啶基)哌啶-1-甲酸叔丁酯(P80)(609mg，2.04mmol，66.5％收率)，LCMS ES+269[M+H]+,Rt＝1.37min(一般碱性方法)。
制品81(P81)-(3R)-3-甲基磺酰氧基哌啶-1-甲酸苄酯
将(3R)-3-羟基哌啶-1-甲酸苄酯(1.44g，6.12mmol)和三乙胺(1.7mL，12.23mmol)溶解在DCM(20mL)中并且冷却至0℃，并且在搅拌的情况下逐滴添加甲磺酰氯(0.57mL，7.34mmol)。反应混合物被允许升温至室温过夜。将挥发物在减压下去除，并且得到的残余物经由用0％-70％EtOAc:异己烷洗脱的二氧化硅色谱法纯化，以给出作为无色油的(3R)-3-甲基磺酰氧基哌啶-1-甲酸苄酯(P81)(1.7g，5.1537mmol，84.263％收率)，LCMS ES+314.2[M+H]+，Rt＝1.17min(一般碱性方法)。
制品82(P82)-(3S)-3-吡咯烷-1-基哌啶-1-甲酸苄酯
将(3R)-3-甲基磺酰氧基哌啶-1-甲酸苄酯(P81)(400.00mg，1.28mmol)和吡咯烷(2.13ml，25.53mmol)加热至100℃持续11/2小时，此后将混合物冷却，并且经由用0％-6％DCM:MeOH洗脱的在二氧化硅上的柱色谱法纯化，以给出作为黄色油的(3S)-3-吡咯烷-1-基哌啶-1-甲酸苄酯(P82)(120mg，0.42mmol，32.6％收率)。
制品83(P83)-叔丁基-二苯基-[[1-[(3S)-3-哌啶基]-4-哌啶基]氧基]硅烷
将(3S)-3-[4-[叔丁基(二苯基)甲硅烷基]氧基-1-哌啶基]哌啶-1-甲酸苄酯(P77)(400.00mg，0.72mmol)在乙醇(14ml)中通过H-Cube(1ml/min，全H2，10％Pd/C滤芯，在50℃)。将乙醇洗脱物在减压下浓缩，以提供作为无色油的叔丁基-二苯基-[[1-[(3S)-3-哌啶基]-4-哌啶基]氧基]硅烷(P83)(280mg，0.66mmol，92.2％收率)，LCMS ES+423.4[M+H]+，Rt＝1.56min(一般碱性方法)。
使用合适的中间体，以与叔丁基-二苯基-[[1-[(3S)-3-哌啶基]-4-哌啶基]氧基]硅烷(P83)类似的方式制备以下化合物：
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制品87(P87)-叔丁基-二苯基-[[(3S)-3-哌啶基]氧基]硅烷
将(3S)-哌啶-3-醇盐酸盐(500.00mg，3.63mmol)、硝酸银(1.234g，7.27mmol)和叔丁基(氯)二苯基硅烷(0.94ml，3.63mmol)溶解在吡啶(1.5ml)和THF(2ml)中，并且在室温搅拌过夜(16h)。将沉淀物经由过滤去除，并且将有机液体收集并且用水(30ml)洗涤。将溶液在减压下浓缩，并且经由用0％-100％10％MeOH DCM+0.4％2N NH3:DCM洗脱的快速二氧化硅色谱法纯化，以给出作为浅黄色油的叔丁基-二苯基-[[(3S)-3-哌啶基]氧基]硅烷(P87)(346mg，1.02mmol，28％收率)，LCMS ES+340.3[M+H]+，Rt＝1.18min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与叔丁基-二苯基-[[(3S)-3-哌啶基]氧基]硅烷(P87)类似的方式制备以下化合物：
制品89(P89)-4-[(3S)-3-哌啶基]吗啉
将(3S)-3-吗啉代哌啶-1-甲酸叔丁酯(40.00mg，0.15mmol)溶解在DCM(1ml)中，并且添加三氟乙酸(0.23ml，2.96mmol)。将挥发物在减压下去除，以提供橙色液体。将粗制产物用SCX滤芯(10g)纯化，并且用MeOH(5cv)洗涤，然后用含2N NH3的MeOH洗脱。将碱性液体浓缩，以提供作为黄色油的4-[(3S)-3-哌啶基]吗啉(P89)(24mg，0.14mmol，95.3％收率)。
由合适的中间体，以与4-[(3S)-3-哌啶基]吗啉(P89)类似的方式制备以下化合物：
制品93(P93)-8-[3-(1,2,4-噻二唑-3-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯
将1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(790.92mg，3.11mmol)、三乙胺(0.43mL，3.11mmol)和3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑-5-甲酸乙酯(P20)(455.00mg，1.04mmol)在NMP(3ml)中的溶液加热至160℃持续3小时。此后，将反应混合物装载至预酸化的10g SCX滤芯上，并且用MeOH(×6cv)洗涤。产物在用含NH3的MeOH(2N)洗涤后释放。将碱性级分在减压下浓缩，并且通过二氧化硅柱色谱法纯化，该二氧化硅柱色谱法用0％-100％于DCM中含10％2N NH3的MeOH洗脱，以给出8-[3-(1,2,4-噻二唑-3-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(P93)(244mg，0.42mmol，40.3％收率)，LCMS ES+585[M+H]+，Rt＝1.83min(一般碱性方法)。
制品94(P94)-8-[3-哒嗪-3-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯
将2-[(4-氯-3-哒嗪-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P39)(500mg，1.39mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(704.8mg,2.77mmol)和碳酸钾(191.47mg，1.39mmol)在无水1-丁醇(8ml)中的溶液加热至170℃持续7小时。将该反应重复，并且溶液被允许冷却至室温，然后合并并且在减压下浓缩。将得到的油用EtOAc(100ml)稀释，并且用水(50ml)洗涤。将水层用EtOAc(100ml)再洗涤一次。将有机物合并并且干燥，以提供粗制产物。将残余物进行色谱法[SiO2，50％-100％EtOAc于异己烷中)，以提供8-[3-哒嗪-3-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(P94)(660mg，1.14mmol)，LCMS ES+579[M+H]+，Rt＝1.45min(一般酸性方法)。
制品95(P95)-2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1-甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[[4-氯-3-(1-甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P40)(392.00mg，1.08mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(412.12mg，1.62mmol)和无水碳酸钾(223.92mg，1.62mmol)在1-丁醇(1ml)中的溶液加热至170℃持续6天。此后，再添加1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(412.12mg，1.62mmol)和1-丁醇(1ml)，并且然后将得到的混合物在175℃加热持续另外4天。将反应冷却至室温，并且在减压下浓缩，以给出深棕色油。将油用EtOAc(100ml)稀释，并且用水(50ml)洗涤。将水层用EtOAc(2×50ml)萃取。将合并的有机物用盐水洗涤，经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩，以给出作为深橙色油的粗制产物。将油进行色谱法[SiO2，0％-100％(10％2N NH3/MeOH于DCM中):DCM]，以给出2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1-甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P95)(237mg，0.47mmol)，LCMS ES+481[M+H]+，Rt＝1.41min(一般碱性方法)。
使用合适的中间体，以与2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1-甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P95)类似的方式制备以下化合物：
制品97(P97)-2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2,6-二氮杂螺[4.5]癸烷-6-甲酸叔丁酯(190.60mg，0.79mmol)、三乙胺(0.11ml，0.79mmol)、3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑-5-甲酸乙酯(P20)(116.05mg，0.26mmol)在NMP(1ml)中的溶液在微波中在180℃加热持续总计6小时。此后，将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯(5g)上，并且用MeOH(×6cv)洗涤。产物经由用含NH3的MeOH(2N)处理来释放，并且干燥以给出深橙色油。将油进行色谱法[SiO2，用0％-10％(含10％2N NH3的MeOH):DCM洗脱]，以给出2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P97)，LCMS ES+471[M+H]+，Rt＝1.39min(一般碱性方法)。
制品98(P98)-2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P22)(1.00g，2.77mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(2.114g，8.31mmol)、三乙胺(1.54ml，11.08mmol)和NMP(28mL)的溶液在130℃加热持续3小时。将反应重复另外6次。此后，将7种溶液随后在180℃加热持续另外6小时(以去除Boc保护基团)。将7种反应混合物中的每一种装载至预酸化的20g SCX滤芯上。滤芯用MeOH(5cv)洗涤。粗制产物在用含NH3的MeOH(2N)洗涤后释放。将碱性级分合并并且干燥，以给出深色油。将油进行色谱法[SiO2，用10％-70％(于DCM中含10％2N NH3的MeOH):DCM洗脱]。将残余物进一步进行色谱法[SiO2，用10％-40％(于DCM中含10％2N NH3的MeOH):DCM洗脱]，以给出作为深橙色油的2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P98)(3.232g)，LCMS ES+479[M+H]+，Rt＝1.38min(一般碱性方法)。2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P98)(3.232g)随后通过手性HPLC(Chiralpak OD，250×20mm，5μm，用MeCN/IPA洗脱，以DEA作为改性剂)纯化，以给出2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P99)和2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P100)。
制品101(P101)-2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(1.00g，2.77mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(2.819g，11.08mmol)、三乙胺(1.54mL，11.08mmol)在NMP(8mL)中的溶液加热至180℃持续24小时。将反应重复(×5)。将每种单独的反应混合物装载至预酸化的20g SCX滤芯上。滤芯用MeOH洗涤，并且然后用含NH3的MeOH(2N溶液)洗涤。将碱性级分在减压下浓缩，并且将获得的残余物进行色谱法[SiO2，0％-80％(含10％2N NH3的DCM:DCM]，以给出作为深色油的2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P101)(5.350g，11.18mmol)，LCMS ES+479[M+H]+，Rt＝1.40min(一般碱性方法)。2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P101)(5.350g，11.18mmol)随后通过HPLC(Lux C1，250×20mm，5μm，用MeCN洗脱，TEA作为改性剂)纯化，以给出2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P102)和2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P103)。
使用合适的胺和中间体，以与上文类似的方式制备以下化合物：
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制品136(P136)-2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将2-[[4-氯-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P24)(524.00mg，1.38mmol)、2,6-二氮杂螺[4.5]癸烷-6-甲酸叔丁酯(820.95mg，3.42mmol)和三乙胺(0.48mL，3.45mmol)在NMP(5ml)中的溶液在微波中在180℃加热持续总计4小时。将混合物装载至SCX滤芯(2g)上，并且滤芯起初用MeOH洗涤，并且然后用含NH3的MeOH(2M)洗涤。将碱性级分合并，并且在减压下浓缩，以给出棕色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-10％2M NH3/MeOH于DCM中)，以给出黄色油性固体。将残余物进一步进行色谱法(C18)，以给出作为深黄色油性固体的2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P136)(291mg)，LCMS ES+484[M+H]+，Rt＝1.60min(一般碱性方法)。2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P136)随后通过手性HPLC(Lux Cellulose-4，250×21.2mm，5μm，用庚烷：EtOH 70:30洗脱，以DEA作为改性剂)纯化，以给出2-[[4-[(5R)-2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基]-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P137)和2-[[4-[(5S)-2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基]-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P138)。
使用合适的胺和氯氮杂吲哚，以与2-[[4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P136)类似的方式制备以下化合物：
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制品155(P155)-2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将3-[4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]异噻唑-5-甲酸乙酯(P21)(379.00mg，0.87mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(1.10g，4.33mmol)、三乙胺(0.6ml，4.33mmol)在NMP(3ml)中的溶液加热至180℃持续3小时。此后，再添加1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(442.00mg，1.74mmol)，并且将反应混合物在微波中在180℃加热持续另外4小时。将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯(5g)上，并且用MeOH(×5cv)洗涤。将产物经由用含NH3的MeOH(2N)处理来释放。将碱性级分在减压下浓缩，以给出深色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-100％于DCM中10％2N NH3/MeOH:DCM]，以给出作为浅黄色油的2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P155)(302mg，0.62mmol，72.2％收率)。2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P155)随后通过手性HPLC(Lux Cellulose-4，250×21.2mm，5μm，用含0.1％DEA的MeCN洗脱)纯化，以给出2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P156)和2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(E237)。
由合适的中间体，以与2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-异噻唑-3-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P155)类似的方式制备以下化合物。在一些情况下，标题化合物使用制备型HPLC纯化。
制品159(P159)-4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将4-氯-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P13)(800.00mg，2.60mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(1.983g，7.8mmol)、三乙胺(1.09ml，7.8mmol)在1,4-二氧六环(6ml)中的溶液加热至180℃持续总计12小时。此后，将混合物在减压下浓缩，并且将得到的残余物溶解在DCM中，并且用水洗涤。将有机物在减压下浓缩。残余物通过SCX纯化，然后进行色谱法[SiO2，50g，0％-10％2M NH3MeOH:DCM)，以提供4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P159)(620mg，1.38mmol，53.3％收率)，LCMS ES+426[M+H]+，Rt＝1.43min(一般碱性方法)。4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P159)随后通过手性HPLC(Lux Cellulose-4，250×21.2mm，5μm，用含0.2％DEA的MeCN洗脱)纯化，以给出4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P160)和4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P161)。
制品162(P162)-N-环丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
将N-环丙基-N-[(3S)-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(133.2mg，0.5500mmol)、三乙胺(0.15ml，1.11mmol)和2-[(4-氯-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P22)(100.00mg，0.28mmol)在NMP(1ml)中的溶液在微波中在180℃加热持续2小时。此后，将冷却的反应混合物装载至预酸化的5g SCX滤芯上。滤芯用MeOH(×5cv)洗涤，并且产物用含NH3的MeOH(2N)洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且将残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以给出N-环丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P162)(37mg)，LCMSES+565[M+H]+，Rt＝1.73min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与N-环丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P162)类似的方式制备以下化合物：
制品167(P167)-7-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,7-二氮杂螺[3.4]辛烷-1-甲酸叔丁酯
将2-[[4-氯-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P24)(250.00mg，0.66mmol)、1,7-二氮杂螺[3.4]辛烷-1-甲酸叔丁酯(167.61mg，0.79mmol)和PEPPSI(44.7mg，0.07mmol)置于微波小瓶中。将小瓶用氮气吹扫并且排空(×3)，然后充填双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(1.32ml，1.32mmol)和1,4-二氧六环(0.1ml)。溶液被允许在90℃搅拌持续30分钟，然后冷却至室温。将混合物通过硅藻土，并且将溶剂在减压下去除。获得的残余物用DCM(20ml)稀释并且用水(10ml)和DCM(20ml)洗涤，然后合并有机物并且用盐水洗涤。将液体在减压下浓缩，以提供深色油，将该油进行色谱法[SiO2，0％-60％EtOAc:异己烷]，以给出作为黄色油的7-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,7-二氮杂螺[3.4]辛烷-1-甲酸叔丁酯(P167)(228mg，0.369mmol，56.1％收率)，LCMS ES+556[M+H]+，Rt＝1.71min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与7-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,7-二氮杂螺[3.4]辛烷-1-甲酸叔丁酯(P167)类似的方式制备以下化合物：
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制品180(P180)-4-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,4-二氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯
将2-[(4-氯-3-哒嗪-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P33)(150.00mg，0.42mmol)、PEPPSI(28.24mg，0.04mmol)和1-boc-六氢-1,4-二氮杂环庚三烯(0.1ml，0.50mmol)置于微波小瓶中。将小瓶用氮气吹扫并且排空(×3)，然后充填脱气的1,4-二氧六环(1ml)和双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(1.45ml，1.45mmol)。将溶液在90℃加热持续2小时，然后冷却至室温。将混合物通过硅藻土，并且将挥发物在减压下去除。获得的残余物用DCM(10ml)稀释，并且用水(10ml)洗涤。将水层用DCM(10ml)萃取，并且将合并的有机物用盐水洗涤，经MgSO4干燥并且在减压下浓缩以提供油，将该油进行色谱法[SiO2，异己烷:EtOAc，0％-100％]，以给出4-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,4-二氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯(P180)(34mg)，LCMS ES+525[M+H]+，Rt＝1.51min(一般碱性方法)。
由合适的胺和氯氮杂吲哚，以与4-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,4-二氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯(P180)类似的方式制备以下化合物：
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制品204(P204)-9-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,9-二氮杂螺[4.5]癸烷-1-甲酸叔丁酯
向含有搅拌棒的微波小瓶添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(130.00mg，0.36mmol)、叔丁醇钾(121.27mg，1.08mmol)、PEPPSI(24.47mg，0.04mmol)和1,7-二氮杂螺[4.5]癸烷-1-甲酸叔丁酯(103.88mg，0.43mmol)。将小瓶用氮气填充并且排空(×2)，然后充填脱气的1,4-二氧六环(1ml)。将反应混合物加热至110℃过夜，然后允许冷却至室温。将粗制混合物经由添加水来猝灭，并且将挥发物在减压下去除，然后用DCM(20ml×2)洗涤。将有机物在减压下浓缩，并且将粗制油进行色谱法[SiO2，0％-4％MeOH:DCM]，以给出9-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,9-二氮杂螺[4.5]癸烷-1-甲酸叔丁酯(P204)(55mg)，LCMS ES+565[M+H]+，Rt＝1.73min(一般碱性方法)。
由合适的胺和氯氮杂吲哚中间体，以与9-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,9-二氮杂螺[4.5]癸烷-1-甲酸叔丁酯(P204)类似的方式制备以下化合物：
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制品215(P215)-3-[[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氨基]氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(200.00mg，0.55mmol)、PEPPSI(37.65mg，0.06mmol)和3-氨基氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯(130.63mg，0.61mmol)添加至配备有搅拌棒的微波小瓶。将瓶用N2吹扫并且排空(×3)，然后充填1,4-二氧六环(0.50ml)和双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(1.11ml，1.11mmol)。将得到的溶液在90℃搅拌持续1小时。将反应混合物冷却至室温，并且在减压下浓缩以提供油。将油溶解在DCM(30ml)中，并且用水(10ml)洗涤。将水性部分再用DCM(30ml)洗涤，并且将有机物合并，用盐水(40ml)洗涤并且在减压下浓缩。将油进行色谱法[SiO2，用0％-25％10％含2N NH3的MeOH:DCM洗脱]，以给出作为浅黄色油的3-[[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氨基]氮杂环庚烷-1-甲酸叔丁酯(P215)(86mg，0.15mmol，27.4％收率)，LCMS ES+539.45[M+H]+，Rt＝1.66min，一般碱性方法。
制品216(P216)-4-[1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(150.00mg，0.42mmol)、PEPPSI(28.24mg，0.04mmol)和4-(3-哌啶基)哌嗪-1-甲酸叔丁酯(111.95mg，0.42mmol)添加至配备有搅拌棒的微波小瓶。将烧瓶用N2吹扫并且排空(×3)，然后充填脱气的1,4-二氧六环(1ml)。添加双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(0.83ml，0.83mmol)，并且将溶液在90℃搅拌持续30分钟。将反应混合物冷却至室温，在减压下浓缩并且用DCM(50ml)稀释，然后转移至分液漏斗中，并且用水(20ml)洗涤。然后将水层用DCM(50ml)再洗涤一次。将有机物合并、干燥并且将得到的油进行色谱法[SiO2，用0％-50％(10％2N NH3)于MeOH中:DCM洗脱]，以给出作为黄色油的4-[1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(P216)(210mg，0.35mmol，85％收率)，LCMS ES+594.5[M+H]+，Rt＝1.64min，一般碱性方法。
由合适的胺、氯氮杂吲哚中间体，以与2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P216)类似的方式制备以下化合物：
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制品227(P227)-2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将哌啶(0.42ml，3.91mmol)和2-[[5-溴-4-氯-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P49)(1.00g，1.95mmol)在MeCN(10ml)中在微波中在180℃加热持续2小时。将溶液通过SCX，并且用甲醇/NH3洗脱，以给出2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P227)(500mg，0.62mmol，32％收率)，LCMS ES+562.3/563.3[M+H]+，Rt＝1.63min(后期碱性方法)。
制品228(P228)-N-异丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
向四个单独的配备有搅拌棒的特氟隆加盖的密封容器以四等份添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(600.00mg，1.66mmol)、N-异丙基-N-[(3S)-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(0.61ml，2.49mmol)、无水碳酸钾(459.54mg，3.32mmol)和叔丁醇(1.5ml)。将反应混合物在防爆挡板后面在180℃加热持续总计4天。将粗制反应物合并，并且在减压下浓缩，以提供深色油。将油用EtOAc(50ml)稀释，并且用水(50ml)洗涤。将水层用EtOAc(2×50ml)萃取，并且将合并的有机物用盐水洗涤，并且在真空中浓缩以给出油。将油装载至isolute HM-N树脂上并且进行色谱法(SiO2，EtOAc:异己烷0％-80％)，以给出N-异丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P228)(30mg)，LCMSES+567[M+H]+，Rt＝1.77min(一般碱性方法)。
制品229(P229)-2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将四(三苯基膦)钯(0)(12.6mg，0.01mmol)溶解在1,4-二氧六环(1ml)和水(0.3ml)的混合物中，并且脱气持续20分钟。添加2-[[5-溴-3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P54)(117mg，0.22mmol)，随后添加嘧啶-5-硼酸频哪醇酯(44.95mg，0.22mmol)，并且在微波小瓶中加热至80℃持续2小时。将反应混合物加热至90℃持续另外2小时。将反应混合物在乙酸乙酯和水之间分配，并且将有机物用盐水洗涤。将溶剂在真空中去除，并且将得到的残余物进行色谱法[SiO2，乙酸乙酯：己烷-0％-50％]，以给出2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P229)(53mg)，LCMS ES+489[M+H]+Rt＝0.84min(一般碱性方法)。
制品230(P230)-三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(2-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加2-[[3-碘-4-(1-哌啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P55)(147.00mg，0.32mmol)、1-(2-四氢吡喃基)-1H-吡唑-5-硼酸频哪醇酯(89.39mg，0.32mmol)、无水碳酸钾(93.27mg，0.67mmol)和四三苯基膦钯(18.57mg，0.02mmol)，随后添加1,4-二氧六环(0.6ml)和水(0.2ml)的混合物。将得到的悬浮液脱气持续20分钟，然后加热至140℃，持续另外20分钟。将反应混合物冷却至室温，并且在真空中浓缩，以得到深橙色油。将油溶解在DCM(15ml)中，并且用水(10ml)洗涤。将有机物在减压下浓缩，以提供橙色油。将油进行色谱法[SiO2，0％-50％(10％(含2N NH3的MeOH)于DCM中)，以给出三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(2-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷(P230)(55mg，0.11mmol，36％收率)，LCMS ES+482[M+H]+Rt＝1.81min(一般碱性方法)。
制品231(P231)-4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸甲酯
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(400mg，1.11mmol)、4-(叔丁氧基羰基氨基)哌啶-4-甲酸甲酯(287.00mg，1.11mmol)、乙酸钯(II)(25mg，0.11mmol)、BINAP(69mg，0.111mmol)和碳酸铯(1.08g，3.33mmol)在甲苯(4ml)中的混合物在氩气气氛下在100℃搅拌过夜。将混合物用EtOAc稀释，并且用水和盐水洗涤，然后经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。残余物使用制备型TLC纯化，以给出4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸甲酯(P231)(150mg)。
制品232(P232)-4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸
将4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸甲酯(P231)(50mg，0.086mmol)和氢氧化锂一水合物(18mg，0.43mmol)在H2O(0.5ml)和THF(0.8ml)中的混合物在室温搅拌过夜。将反应混合物用H2O稀释并且用EtOAc洗涤。将水层用HCl(1N)酸化至pH＝4，并且用EtOAc萃取。将合并的EtOAc层经Na2SO4干燥并且在减压下浓缩，以给出4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸(P232)(35mg)。
制品233(P233)-(2S)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-2-甲酸
将4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(200.00mg，1.13mmol)，(2S)-吡咯烷-2-甲酸甲酯盐酸盐(186.52mg，1.13mmol)和碳酸铯(1.834g，5.63mmol)的混合物加热至130℃持续10小时。将产物通过二氧化硅色谱法纯化，该色谱法用在DCM中的5％2N NH3甲醇洗脱，以给出(2S)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-2-甲酸(P233)(200mg，0.7024mmol，62.371％收率)，LCMS ES+257.2[M+H]+，Rt＝0.58min(后期碱性方法)。
制品234(P234)-N-[4-(二甲基氨基甲酰基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-4-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
将4-(叔丁氧基羰基氨基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-4-甲酸(P232)(35mg，0.06mmol)、二甲胺盐酸盐(9.9mg,0.12mmol)、HATU(5mg，0.13mmol)和DIPEA(24mg,0.18mmol)在DMF(1ml)中的混合物在室温搅拌过夜。此后，将混合物倾倒入水中并且用EtOAc萃取。将有机物用水和盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。残余物通过制备型TLC纯化，以给出N-[4-(二甲基氨基甲酰基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-4-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P234)(16mg)。
制品235(P235)-3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸乙酯
在-78℃在N2气氛下，将双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(0.29ml，0.29mmol)添加至1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸乙酯(P135)(137.59mg，0.29mmol)在THF(2ml)中的溶液。将混合物在-78℃搅拌持续20分钟。此后，添加碘甲烷(0.02ml，0.29mmol)，并且反应混合物被允许升温至室温，然后在室温搅拌持续另外3小时。在-78℃添加另外的双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(0.29ml，0.29mmol)和碘甲烷(0.02ml，0.29mmol)，并且混合物被允许搅拌持续另外1小时。将反应混合物使用氯化铵(饱和溶液)猝灭。将有机物萃取至EtOAc中，在减压下浓缩，并且将得到的残余物进行色谱法[SiO2，0％-100％EtOAc:己烷]，以给出3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸乙酯(P235)(42mg)，LCMS ES+496[M+H]+，Rt＝1.67min(一般碱性方法)。
制品236(P236)-3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸
向3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸乙酯(P235)(42mg，0.08mmol)在乙醇(1ml)中的溶液添加无水氢氧化锂(2.03mg，0.08mmol)。将反应混合物在回流搅拌持续3小时。在减压下去除EtOH，并且将HCl(2N)逐滴添加至溶液，直到在pH 4出现白色固体的沉淀。将有机物用EtOAc萃取，经硫酸镁干燥并且在减压下浓缩，以给出3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸(P236)，LCMS ES-466[M+H]+，Rt＝0.99min(一般碱性方法)。
制品237(P237)-3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-胺
向3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-甲酸(P236)(38mg，0.08mmol)在叔丁醇(0.5ml)中的溶液添加三乙胺(0.01ml，0.10mmol)和二苯基磷酰基叠氮化物(0.02ml，0.10mmol)。将混合物加热至120℃持续2小时。此后，将溶液在减压下浓缩。将得到的残余物溶解在MeOH中并且经由SCX(1g)纯化，然后进行色谱法[SiO2，0％-10％含2N NH3的MeOH:DCM)，以给出3-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-胺(P237)(14mg)，LCMS ES+439[M+H]+，Rt＝1.29min(一般碱性方法)。
制品238(P238)-3-乙基-1-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-胺
将三甲基氯硅烷(0.04ml，0.34mmol)添加至N-[3-乙基-1-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸苄酯(P154)(69.61mg，0.11mmol)和碘化钠(51.67mg，0.34mmol)在MeCN(0.50ml)中的搅拌的混合物。将反应在室温搅拌整个周末。添加水，并且将溶剂在减压下去除。将残余物再溶解在甲醇中，并且装载至预酸化的SCX(1g)树脂上。将滤芯用甲醇冲洗，然后用含氨的甲醇(2N)洗脱产物。将溶剂在减压下去除，以提供3-乙基-1-[3-(5-甲基噻唑-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-胺(P238)(48.9mg)，LCMS ES+472[M+H]+，Rt＝1.50min(一般碱性方法)。
制品239(P239)-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(197.00mg，0.55mmol)、(S)-3-(boc-氨基)哌啶(1.093g，5.46mmol)和DMSO(0.25ml)。将反应混合物在145℃加热持续4小时。将冷却的反应混合物在真空中浓缩，并且残余物使用后期碱性方法经由制备型HPLC纯化，以提供N-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P239)，LCMS ES+525[M+H]+，Rt＝1.58min(一般碱性方法)。
制品(P240)-N-甲基-N-[(3S)-1-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯
将2-[[4-氯-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P45)(240.00mg，0.5mmol)、N-甲基-N-[(3S)-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(107.00mg，0.50mmol)、BINAP(33mg，0.05mmol)、Cs2CO3(326.00mg，1.00mmol)在甲苯(3ml)中的悬浮液在100℃加热持续2天。将混合物用水稀释，并且用EtOAc萃取。将合并的有机物用盐水洗涤，经Na2SO4干燥，过滤并且在真空中浓缩。将残余物通过制备型TLC纯化，以提供N-甲基-N-[(3S)-1-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P240)(35mg)。
由合适的中间体，以与N-甲基-N-[(3S)-1-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)-3-[1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡唑-3-基]吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P240)类似的方式制备以下化合物：
制品243(P243)-N-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氮杂环庚烷-4-胺
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将N-甲基-N-[1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氮杂环庚烷-4-基]氨基甲酸苄酯(P197)(100.00mg，0.17mmol)在乙醇(3ml)中的溶液通过H-Cube(10％Pd/C，全H2，50℃，1ml/min)持续80分钟。此后，将溶剂在真空中去除，并且将残余物装载至预酸化的SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(×5cv)洗涤，并且将产物用含NH3的MeOH(2N)洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且将残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以提供N-甲基-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氮杂环庚烷-4-胺(P243)(31.7mg)，LCMS ES+453[M+H]+，Rt＝1.14min(一般碱性方法)。
制品244(P244)-N-[(3R)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-3-基]氨基甲酸叔丁酯
将(R)-3-(Boc-氨基)吡咯烷(167.80mg，0.90mmol)和4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(80mg，0.45mmol)溶解在NMP(0.5ml)中，并且在160℃加热持续4小时。将混合物通过SCX滤芯，该SCX滤芯用MeOH(50ml)洗脱。将粗制产物用含2N NH3的MeOH洗脱，并且在减压下浓缩，以给出N-[(3R)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-3-基]氨基甲酸叔丁酯(P244)(23mg，0.07mmol，14.8％收率)，LCMS ES+353.3[M+H]+，Rt＝0.80min(一般碱性方法)。
制品245(P245)-2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷
将8-[3-(1,2,4-噻二唑-3-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(P93)(244.00mg，0.42mmol)在1,4-二氧六环(1ml)中的溶液和氯化氢溶液(0.08ml，0.42mmol)在室温搅拌持续2小时。此后，添加HCl(5N水溶液)并且将反应混合物加热至50℃持续4小时。随后将粗制混合物装载至预酸化的5g SCX滤芯上，并且用MeOH(×4cv)洗涤。将产物在用含NH3的MeOH(2N)洗涤后分离，以给出作为浅橙色油获得的2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P245)(158mg，0.33mmol，78.1％收率)，LCMS ES+484[M+H]+，Rt＝1.53min(一般碱性方法)。2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P245，347mg来自以上批次和另外的批次)随后通过手性HPLC(Lux C1，250×20mm，5μm，用MeOH洗脱，以DEA作为改性剂)纯化，以给出2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P246)和2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P247)。
制品248(P248)-(3R)-3-[3-噻唑-2-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氧基哌啶-1-甲酸叔丁酯
在0℃在氮气气氛下，向(R)-1-boc-3-羟基哌啶(164.99mg，0.82mmol)在DMF(2ml)中的溶液添加60％w/w的NaH(32.79mg，0.82mmol)。将混合物在室温搅拌持续15分钟。添加2-[(4-氯-3-噻唑-2-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P25)(150mg，0.41mmol)，并且将反应混合物在室温搅拌过夜。将混合物用水猝灭，并且将有机物萃取至乙酸乙酯中。将合并的有机物经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。将得到的残余物进行色谱法[SiO2，0％-100％EtOAc:异己烷)，以给出(3R)-3-[3-噻唑-2-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氧基哌啶-1-甲酸叔丁酯(215mg，0.41mmol，98.8％收率)，LCMS ES+531[M+H]+,Rt＝1.68min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(3R)-3-[3-噻唑-2-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氧基哌啶-1-甲酸叔丁酯(P248)类似的方式制备以下化合物：
实施例1(E1)-5-甲基-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P229)(120.00mg，0.25mmol)溶解在1,4-二氧六环(1.6ml)和水(0.5ml)的混合物中，并且脱气持续20分钟。添加Pd2(dba)3(0.05mmol)、PCy3(0.12mmol)、K3PO4(2.00mmol)，随后添加三甲基环三硼氧烷(trimethylboroxine)(102.56μl，0.74mmol)，并且加热至120℃持续30分钟。将反应混合物用乙酸乙酯稀释，并且用水洗涤。将有机物经硫酸镁干燥，并且将溶剂在真空中去除。将残余物进行色谱法[SiO2，0％-50％乙酸乙酯：己烷)，以给出三甲基-[2-[[5-甲基-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷(35mg)。将残余物溶解在DCM(1.0ml)中，并且添加TFA(1.0ml)。将反应混合物搅拌持续1小时，然后经由SCX纯化。添加NH4OH(30％水溶液，1.0ml)，并且将溶液放置搅拌持续约30分钟。将溶液经由SCX纯化，以给出5-甲基-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E1)(20mg，0.06mmol，25％收率)，LCMS ES+294[M+H]+Rt＝1.08min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与5-甲基-4-(1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E1)类似的方式制备以下化合物：
实施例3(E3)-6-[4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]吡啶-2-胺
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷(P57)(70mg，0.15mmol)、三(二亚苄基丙酮)二钯(0)(6.96mg，0.01mmol)、三环己基膦(5.16mg，0.02mmol)、磷酸三钾(64.95mg，0.31mmol)和6-溴吡啶-2-胺(31.76mg，0.18mmol)。将小瓶用氮气吹扫并且排空，然后添加1,4-二氧六环和水(3:1，0.4ml)的脱气溶液。随后将反应混合物加热至150℃持续10分钟。在冷却至室温之后，添加DCM(20ml)和水(10ml)，并且将有机层在真空中浓缩。将获得的粗制油进行色谱法[SiO2，0％-100％EtOAc:异己烷]。将获得的油溶解在HCl(2N，3.06ml，6.12mmol)和THF(0.5ml)中，并且将反应混合物在微波中加热至80℃持续40分钟。将溶剂在真空中去除，并且经由制备型HPLC纯化，以提供6-[4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]吡啶-2-胺(E3)(13mg)，LCMS ES+294[M+H]+Rt＝1.19min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与6-[4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]吡啶-2-胺(E3)类似的方式制备以下化合物：
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实施例25(E25)-4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将4-氯-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P50)(16.81mg，0.07mmol)和二环己基-[2-(2,6-二异丙氧基苯基)苯基]磷烷(0.34mg)称重至圆底烧瓶中。添加氮杂环丁烷(5.43μl，0.08mmol)、RuPhos预催化剂(0.6mg，1.28μmol)和双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(0.18ml，0.18mmol)，并且将反应混合物加热至65℃持续2小时。将反应混合物随后在微波中加热至140℃持续20分钟。将残余物经由SCX，并且然后经由制备型HPLC纯化，以给出4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E25)(1mg)，LCMS ES+251[M+H]+Rt＝0.98min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(2-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E25)类似的方式制备以下化合物：
实施例27(E27)-4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将4-氯-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(P52)(100.00mg，0.46mmol)、双(三甲基甲硅烷基)酰胺锂溶液(1.1ml，1.1mmol)、RuPhos预催化剂(3.74mg)、二环己基-[2-(2,6-二异丙氧基苯基)苯基]磷烷(2.13mg)和氮杂环丁烷(46.24μl，0.69mmol)添加至微波小瓶，并且将反应混合物在微波中加热至140℃持续20分钟。将粗制混合物经由SCX，随后经由制备型HPLC纯化，以给出4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E27)(29mg，0.12mmol，25％收率)，LCMS ES+240[M+H]+Rt＝0.87min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-(氮杂环丁烷-1-基)-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E27)类似的方式制备以下化合物：
实施例30(E30)-4-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
在含有4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(42mg，0.24mmol)的配备有搅拌棒的微波小瓶中，添加1,4-二氧六环(0.10ml)，随后添加三乙胺(47.86mg，0.47mmol)和1-甲基高哌嗪(162.04mg，1.42mmol)。将得到的悬浮液加热至160℃持续1小时。将溶剂在减压下去除以提供油，该油经由制备型HPLC纯化，以给出4-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E30)(7mg)，LCMS ES+256[M+H]+Rt＝0.25min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E30)类似的方式制备以下化合物：
实施例34(E34)-4-哌嗪-1-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
在含有4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(46mg,0.26mmol)的配备有搅拌棒的微波小瓶中，添加1,4-二氧六环(0.2ml)，随后添加哌嗪(89.25mg，1.04mmol)。将得到的悬浮液加热至150℃持续50分钟。此后，反应混合物被允许冷却至室温，然后在真空中浓缩。将获得的油用DCM(10ml)稀释，并且用水(5ml)洗涤。将有机物在真空中浓缩，并且随后经由制备型HPLC纯化，以给出4-哌嗪-1-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E34)(0.7mg)，LCMS ES+228[M+H]+Rt＝0.70min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-哌嗪-1-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E34)类似的方式制备以下化合物：
实施例37(E37)-4-(甲基氨基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
在含有4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(47.4mg，0.27mmol)的配备有搅拌棒的微波小瓶中，添加甲胺溶液(310.88mg，10.00mmol，7ml，2M)。将得到的悬浮液加热至160℃持续总计24小时。将混合物在真空中浓缩，并且经由制备型HPLC纯化，以提供4-(甲基氨基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E37)(3mg)，LCMS ES+227[M+H]+Rt＝0.49min(一般碱性方法)。
实施例38(E38)-4-[(2S)-2-(羟甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
向微波小瓶添加在NMP(0.5ml)中的(S)-(+)-2-吡咯烷甲醇(57mg，0.56mmol)和4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(50mg，0.24mmol)，并在160℃加热持续4小时。将混合物通过用含0％-5％MeOH的DCM洗脱的二氧化硅色谱法纯化，以给出4-[(2S)-2-(羟甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E38)(23mg)，LCMS ES+243.2[M+H]+，Rt＝0.80min(一般碱性方法)。
实施例39(E39)-4-[(2R)-2-(羟甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将(R)-(-)-2-吡咯烷甲醇(56.96mg，0.56mmol)和4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(50.0mg，0.28mmol)溶解在NMP(0.5ml)中，并且在160℃加热持续4小时。将混合物在减压下浓缩，并且通过制备型HPLC(中期碱性运行)纯化，以给出4-[(2R)-2-(羟甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E39)(23mg)，LCMS ES+326.2[M+H]+,Rt＝0.79min(一般碱性方法)。
实施例40(E40)-4-[(2S)-2-(苯氧基甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将4-[(2S)-2-(羟甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E38)(30mg，0.12mmol)、苯酚(46.62mg，0.50mmol)和三苯基膦(129.92mg，0.50mmol)溶解在THF(5ml)中。将混合物冷却至0℃，并且在剧烈搅拌的情况下逐滴添加偶氮二甲酸二异丙酯(0.1ml，0.50mmol)，保持温度低于0℃。在2小时之后，将混合物升温至室温并且搅拌持续18小时。将混合物通过制备型HPLC(中期碱性方法)纯化，以给出作为白色固体的4-[(2S)-2-(苯氧基甲基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E40)(5mg，0.01mmol，12.1％收率)，LCMS ES+319.2[M+H]+，Rt＝1.27min(一般碱性方法)。
实施例41(E41)-(3S)-N-环丙基-1-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺
将N-环丙基-N-[(3S)-1-[3-嘧啶-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P162)(37mg,0.07mmol)和HCl(水溶液)(0.13ml，0.66mmol)在1,4-二氧六环(0.2ml)中的溶液在50℃加热持续18小时。反应被允许冷却至室温，并且装载至预酸化的SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(×5cv)洗涤，并且产物用含NH3的MeOH(2N)洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且将残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以给出(3S)-N-环丙基-1-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺(E41)(13mg)(LCMS ES+335[M+H]+，Rt＝0.86min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(3S)-N-环丙基-1-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺(E41)类似的方式制备以下化合物：
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实施例70(E70)-5-溴-4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-3-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[5-溴-4-(1-哌啶基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P227)(64mg，0.13mmol)溶解在THF(0.5ml)中，并且添加氯化氢溶液(0.67ml，1.34mmol)。将混合物在微波中在80℃加热持续120分钟。此后，将混合物通过用甲醇/NH3洗脱的SCX滤芯，并且获得的残余物使用早期碱性方法通过制备型HPLC纯化，以给出5-溴-4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-3-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E70)(5.5mg)，LCMS ES+346.2[M+H]+，Rt＝0.73min(一般碱性方法)。
实施例71(E71)-(3S)-N-乙基-1-(3-哒嗪-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺
向N-乙基-N-[(3S)-1-[3-哒嗪-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(P190)(71.82mg，0.13mmol)在DCM(1ml)中的搅拌的溶液添加三氟乙酸(0.2ml，2.6mmol)，并且将得到的混合物在室温搅拌过夜。将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(×5cv)洗涤，并且产物用含NH3的MeOH(2N)洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以提供(3S)-N-乙基-1-(3-哒嗪-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺(E71)(14mg)，LCMS ES+323[M+H]+，Rt＝0.74min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(3S)-N-乙基-1-(3-哒嗪-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-胺(E71)类似的方式制备以下化合物。
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实施例86(E86)-[1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]甲胺
向配备有搅拌棒的微波小瓶添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(197mg，0.55mmol)、N-(3-哌啶基甲基)氨基甲酸叔丁酯(935.72mg，4.37mmol)和DMSO(0.25ml)。然后将反应混合物加热至145℃持续4小时，然后允许冷却至室温。将残余物用MeOH稀释，并且使用后期碱性方法经由制备型HPLC纯化。将产物溶解在2N HCl(1ml)和THF(0.5ml)中，并且将混合物在微波中在80℃加热持续45分钟。将混合物在减压下浓缩，并且将得到的残余物使用制备型HPLC(一般碱性方法)纯化，并且最后使用SCX纯化，以给出[1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]甲胺(E86)(3mg)，LCMS ES+309[M+H]+,Rt＝0.73min(一般碱性方法)。
实施例87(E87)-N-[(3S)-3-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-胺
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(200mg，0.55mmol)、叔丁醇钾(186.58mg，1.66mmol)、PEPPSI(37.64mg，0.06mmol)和(S)-3-氨基-1-N-Boc-哌啶(166.49mg，0.83mmol)溶解在1,4-二氧六环(1ml)中，用N2吹扫，并且将混合物加热至110℃过夜，然后冷却至室温。将粗制混合物经由添加水来猝灭，并且将挥发物在减压下去除，然后用水洗涤并且用DCM(20ml)萃取。将2N HCl添加至残余物，并且将混合物加热至80℃。将混合物使用早期碱性运行通过制备型HPLC纯化，以给出作为浅黄色固体的N-[(3S)-3-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-胺(E87)(8mg，0.03mmol，4.6％收率)，LCMS ES+295.2[M+H]+，Rt＝0.7min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(E87)类似的方式制备以下化合物。
实施例91(E91)-4-(3-哌嗪-1-基-1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将4-[1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]哌嗪-1-甲酸叔丁酯(P216)(210.00mg，0.35mmol)在THF(0.40ml)中与2NHCl(0.88ml，1.77mmol)在60℃搅拌持续4小时。将得到的溶液置于Genevac EZ-2中，并且将HCl去除。将粗制产物以一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以给出4-(3-哌嗪-1-基-1-哌啶基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E91)(13mg)，LCMS ES+364.3[M+H]+，Rt＝0.48min，一般碱性方法。
实施例92(E92)-1-[(3S)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]哌啶-4-醇
将叔丁基-二苯基-[[1-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]-4-哌啶基]氧基]硅烷(P217)(82mg，0.11mmol)溶解在THF(1.0ml)中，并且添加5N HCl(0.22ml，1.1mmol)。将得到的溶液加热至60℃，并且允许搅拌持续48小时。将反应混合物冷却至室温，然后在Genevac EZ-2中干燥。将粗制产物以一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以给出作为浅黄色固体的1-[(3S)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]哌啶-4-醇(E92)(15mg，0.04mmol，34.3％收率)，LCMS ES+379.4[M+H]+，Rt＝0.80min(一般碱性方法)。
实施例93(E93)-[(3S)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]吡咯烷-3-醇
将叔丁基-二苯基-[1-[(3S)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]吡咯烷-3-基]氧基-硅烷(P218)(90.00mg，0.12mmol)溶解在DCM(1ml)中，并且添加氯化氢溶液(0.49ml，2.46mmol)，并且在室温搅拌过夜。将有机物在真空中浓缩，并且将残余物进行色谱法[SiO2，0％-6％含2N NH3的MeOH:DCM]，以给出作为米黄色固体的[(3S)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]吡咯烷-3-醇(E93)(30mg，0.08mmol，63.7％收率)，LCMS ES+365.4[M+H]+，Rt＝0.75min(一般碱性方法)。
实施例94(E94)-4-[(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)-1-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将2-[[4-[(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)-1-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P219)(20.00mg，0.04mmol)溶解在DCM(1ml)中，并且添加三氟乙酸(0.03ml，0.39mmol)并且搅拌持续18小时。将反应混合物装载至预酸化的2gSCX滤芯上，并且用MeOH(×4cv)洗涤。产物在用含7N NH3的MeOH处理后释放，并且干燥以给出黄色玻璃状物。将玻璃状物在MeCN/H2O中冻干，以给出作为黄色固体的4-[(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)-1-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E94)(14.7mg，0.04mmol，93.7％收率)，LCMS ES+381.4[M+H]+，Rt＝0.99min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-[(3S)-3-(4-氟-1-哌啶基)-1-哌啶基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E94)类似的方式制备以下化合物：
实施例100(E100)-(3R)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-醇
将叔丁基-二苯基-[[(3R)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-3-哌啶基]氧基]硅烷(P226)(100.00mg，0.15mmol)溶解在DCM(0.50ml)中，并且添加三氟乙酸(0.12ml，1.51mmol)。得到的溶液被允许在室温搅拌过夜。将混合物在真空中浓缩。将残余物溶解在MeOH(5ml)中，并且用4N HCl(1.13mol，4.52mmol)处理。将溶液加热至60℃。将混合物在减压下浓缩并且通过SCX滤芯，用含2N NH3的MeOH洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且使用早期碱性小级分方法通过HPLC纯化，以给出作为无色结晶固体的(3R)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-醇(E100)(13mg，0.04mmol，27.8％收率)，LCMS ES+296.2[M+H]+，Rt＝0.72min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(3R)-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-3-醇(E100)类似的方式制备以下化合物：
实施例102(E102)-N-(4-哌啶基甲基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-胺
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(118.00mg，0.33mmol)、叔丁醇钾(110.07mg，0.98mmol)、PEPPSI(22.22mg，0.03mmol)和4-(氨基甲基)-1-N-Boc-哌啶(70.07mg，0.33mmol)溶解在1,4-二氧六环(1ml)中，并且用N2吹扫。将混合物加热至110℃过夜，并且用水猝灭，然后用DCM稀释。将有机物在减压下浓缩，并且使用一般碱性运行通过制备型HPLC纯化。将混合物在真空中浓缩，溶解在THF(1ml)中，并且用2N HCl(2ml)处理，然后在微波中在80℃加热持续30分钟，以给出作为浅黄色固体的N-(4-哌啶基甲基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-胺(E102)(13mg，0.04mmol，12.2％收率)，LCMS ES+
309.3[M+H]+,Rt＝0.25min(一般碱性方法)。
由合适的中间体和胺，以与N-(4-哌啶基甲基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-胺(E102)类似的方式制备以下化合物：
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实施例104(E104)-3-(5-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将3-碘-4-(1-哌啶基)-1-(对甲苯磺酰基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P56)(150.00mg，0.31mmol)、无水碳酸钾(86.13mg，0.62mmol)、5-甲基-4-(4,4,5,5-四甲基-1,3,2-二氧杂硼杂环戊烷-2-基)-1H-吡唑(64.83mg，0.31mmol)和双(三苯基膦)二氯化钯(0.21mg)溶解在乙醇(1.0ml)和水(0.25mL)中。将混合物脱气并且用氮气冲洗，然后加热至120℃持续30分钟。此后，将混合物在减压下浓缩，并且将得到的残余物溶解在甲醇(2ml)中。添加KOH(10N，1ml)，并且将混合物在80℃加热持续30分钟。将混合物在减压下浓缩，并且残余物通过制备型HPLC(中期碱性运行)纯化，以给出3-(5-甲基-1H-吡唑-4-基)-4-(1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E104)(1mg)，LCMS ES+282.3[M+H]+，Rt＝1.02min(一般碱性方法)。
实施例105(E105)-[1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-4-哌啶基]甲胺
将2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(197.00mg，0.55mmol)、N-(4-哌啶基甲基)氨基甲酸叔丁酯(0.94g，4.37mmol)溶解在DMSO(0.4ml)中。将反应混合物加热至145℃持续4小时，并且在减压下浓缩。将粗制产物溶解在2N HCl(1ml)和THF(0.5ml)中，并且在微波反应器中在80℃加热持续45分钟。将溶液在Genevac EZ-2中干燥，并且得到的黄色玻璃状物使用一般碱性运行纯化，以给出[1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-4-哌啶基]甲胺(E105)(1.56mg，0.004mmol，0.8％收率)，LCMS ES+309.2[M+H]+，Rt＝0.22min(一般碱性方法)。
实施例106(E106)-4-(2-苄基-1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将2-苄基哌啶(98.68mg，0.56mmol)和4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(50mg，0.28mmol)在NMP(0.5ml)中的溶液在220℃加热持续1小时。将混合物装载至SCX滤芯上，并且用含2N NH3的甲醇洗脱。将混合物在减压下浓缩，然后通过制备型HPLC(中期碱性运行)纯化，以给出4-(2-苄基-1-哌啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E106)(1.5mg，0.005mmol，1.6％收率)，LCMS ES+317.3[M+H]+，Rt＝1.40min(一般碱性方法)。
实施例107(E107)-4-(2-苄基吡咯烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将2-苄基吡咯烷(34.96mg，0.22mmol)和4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)(35mg，0.20mmol)的溶液溶解在NMP(0.5ml)中，并且在160℃加热持续4小时。将混合物在减压下浓缩，并且将残余物通过制备型HPLC(中期碱性运行)纯化，以给出4-(2-苄基吡咯烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E107)(8mg，0.03mmol，12.8％收率)，LCMS ES+303.2[M+H]+，Rt＝1.31min(一般碱性方法)。
使用4-氯-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P5)和合适的胺，以与4-(2-苄基吡咯烷-1-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E107)类似的方式制备以下化合物：
实施例114(E114)-4-[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]异噻唑
将2-[(4-氯-3-异噻唑-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P35)(200.00mg，0.55mmol)、三甲胺(0.38ml，2.73mmol)、1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(695.09mg，2.73mmol)和NMP(2ml)的溶液在微波中加热至180℃持续12小时。再添加1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-1-甲酸叔丁酯(695.09mg，2.73mmol)，并且将反应在微波中在180℃加热持续另外16小时。此后，溶液被允许冷却至室温，然后通过SCX(20×10g)纯化并且进行色谱法[SiO2，0％-10％含NH3的MeOH/DCM:DCM]，并且然后通过制备型HPLC(碱性方法)进一步纯化，以给出4-[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]异噻唑(E114)(54mg)，LCMS ES+354[M+H]+，Rt＝0.98min(一般碱性方法)。
实施例115(E115)-3-[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑
将2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-(1,2,4-噻二唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P246)(124mg，0.26mmol)和HCl(水)溶液(0.51ml，2.56mmol)在1,4-二氧六环(0.1ml)中的溶液加热至50℃过夜，此后将温度升高至70℃持续另外7小时。反应混合物被允许冷却至室温，然后装载至预酸化的5g SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(×4cv)洗涤，并且产物在用含NH3的MeOH(2N)处理后释放。将碱性级分在减压下浓缩。将得到的残余物经由制备型HPLC(一般碱性方法)纯化，以给出3-[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑(E115)(57mg)，LCMS ES+355[M+H]+，Rt＝0.76min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与3-[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-1,2,4-噻二唑(E115)类似的方式制备以下化合物：
实施例117(E117或BDP9066)-(6S)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P100)(1.00g，2.09mmol)和HCl(水)溶液(5M，4.18ml,20.89mmol)在1,4-二氧六环(4ml)中的溶液加热至75℃持续72小时。将2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P100)(500mg，1.05mmol)和HCl(水)溶液(5M，2.09ml，10.45mmol)在1,4-二氧六环(4mL)中的第二溶液加热至50℃持续18小时，然后加热至75℃持续另外18小时。将溶液合并，在减压下浓缩，并且装载至预酸化的SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(5cv)洗涤，随后用含NH3的MeOH(2N)洗涤。将碱性级分在减压下浓缩，以给出黄色固体。将固体用MeCN和MeOH磨碎，然后在真空中干燥，以给出(6S)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E117)(849mg)，LCMS ES+349[M+H]+，Rt＝0.85min(一般碱性方法)。
实施例118(E118)-(6R)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将2-[[4-[(6R)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-4-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P99)和HCl(水)溶液(0.78ml，3.89mmol)在1,4-二氧六环(1ml)中的溶液加热至55℃持续72小时。将溶液装载至预酸化的SCX滤芯上，并且用MeOH(×5cv)洗涤，随后用含NH3的MeOH(2N)洗涤。将碱性级分合并，并且将溶液在减压下浓缩。将残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以给出作为浅黄色固体的(6R)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E118)(65mg，0.18mmol，47.1％收率)，LCMS ES+349[M+H]+，Rt＝0.85min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(6R)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E118)类似的方式制备以下化合物。在一些情况下，标题化合物使用制备型HPLC制备。
实施例122(E122)-(6S)-8-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P103)(1.875g，3.92mmol)和HCl(水溶液)(7.83ml，39.17mmol)在1,4-二氧六环(4ml)中的溶液在65℃加热持续18小时。将反应重复第二次，然后两个批次被允许冷却至室温并且合并。将反应混合物在减压下浓缩，以给出黄色固体。将残余物进行色谱法[用5％-55％碱性方法洗脱的C18]，并且将得到的固体用MeCN磨碎，以给出(6S)-8-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E122)(770mg)，LCMS ES+349[M+H]+，Rt＝0.93min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(6S)-8-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E122)类似的方式制备以下化合物。在一些情况下，标题化合物使用制备型HPLC纯化。
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实施例146(E146)-2-[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-5-甲基-噻唑
将2-[[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-3-(5-甲基噻唑-2-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P117)(180.5mg，0.36mmol)和氯化氢溶液(1.45ml，7.25mmol)在1,4-二氧六环(3ml)中的溶液加热至60℃过夜。将反应混合物在减压下浓缩，并且将样品通过SCX(2g)纯化，以给出2-[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-5-甲基-噻唑(E146)(124mg，0.32mmol，89.3％收率)，LCMS ES+368[M+H]+，Rt＝0.94min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与2-[4-[(6S)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]-5-甲基-噻唑(E146)类似的方式制备以下化合物。
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实施例180(E180)-4-[(3aR,7aR)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
向2-[[4-[(3aR,7aR)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P177)(81.7mg，0.18mmol)在1,4-二氧六环(1ml)中的溶液添加氯化氢水溶液(5N，0.7ml，3.52mmol)，并且将反应混合物在60℃搅拌持续2小时，然后在室温过夜。添加另外的氯化氢水溶液(5N，0.7ml，3.52mmol)，并且在60℃继续搅拌持续6小时。将反应混合物通过SCX(1g)纯化，用含2N NH3的MeOH洗脱，以提供4-[(3aR,7aR)-1-甲基-3,3a,4,5,7,7a-六氢-2H-吡咯并[2,3-c]吡啶-6-基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E180)(51mg)，LCMS ES+335[M+H]+，Rt＝0.85min(一般碱性方法)。
实施例181(E181)-4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-5-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
向三甲基-[2-[[4-(1-哌啶基)-3-(2-四氢吡喃-2-基吡唑-3-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基]硅烷(P230)(55mg，0.11mmol)在乙醇(1ml)中的溶液添加2M HCl(1.03ml，2.06mmol)，然后加热至80℃持续18小时。此后，将反应混合物在真空中浓缩，以得到黄色油。将油经由制备型HPLC纯化，以提供作为白色固体的4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-5-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E181)(15.2mg)，LCMS ES+268[M+H]+Rt＝1.06min(一般碱性方法)。
实施例182(E182)-4-(1-哌啶基)-3-(3-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
在配备有搅拌棒的微波小瓶中添加4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(3-吡啶基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P47)(152mg，0.40mmol)在1,4-二氧六环(0.2ml)中的溶液，随后添加哌啶(0.59ml，5.94mmol)。将得到的悬浮液加热至140℃持续8小时。将反应混合物冷却至室温。将反应混合物在真空中浓缩，以得到黄色固体。将固体溶解在MeOH(4ml)中，并且用4N KOH(2ml)处理，然后加热至60℃持续1小时。将溶剂在真空中去除，并且将得到的固体溶解在MeOH中。添加5N HCl，直到溶液为pH 5。将溶剂在真空中去除，并且将残余物通过SCX纯化，随后通过制备型HPLC纯化，以得到作为白色固体的4-(1-哌啶基)-3-(3-吡啶基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E182)(10.5mg)，LCMS ES+279[M+H]+Rt＝1.13min(一般碱性方法)。
实施例183(E183)-4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
在配备有搅拌棒的微波小瓶中添加4-氯-1-(对甲苯磺酰基)-3-(1-四氢吡喃-2-基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶(P48)(135mg，0.30mmol)在1,4-二氧六环(0.2ml)中的溶液，随后添加哌啶(0.15ml，1.48mmol)。将得到的悬浮液加热至140℃持续4小时。将溶液在140℃加热持续4小时另外4次，每次添加另外的哌啶(5当量)。反应混合物被允许冷却至室温，然后在真空中浓缩以得到棕色油。将油溶解在DCM(10ml)中，并且用水(5ml)洗涤。将有机物在减压下浓缩。将粗制产物溶解在MeOH中，并且用2M HCl(0.8ml)处理，并且将得到的溶液在室温搅拌持续18小时(过夜)。将反应混合物在减压下浓缩。将残余物溶解在MeOH中。添加4N KOH(1ml)，并且将溶液在50℃加热持续1小时。将挥发物在减压下去除，以得到作为油性固体的粗制产物。将固体经由制备型HPLC纯化，以给出4-(1-哌啶基)-3-(1H-吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E183)(1.8mg)，LCMS ES+268[M+H]+Rt＝0.97min(一般碱性方法)。
实施例184(E184)-4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(P113)(200mg，0.49mmol)在干燥1,4-二氧六环(2.43ml)中的溶液在氮气气氛下在室温搅拌。添加三氟乙酸(2ml，26.12mmol)，并且将反应混合物加热至75℃持续48小时。将反应混合物冷却至室温，然后将溶剂在减压下去除，以给出棕色油。将油使用SCX(5g滤芯)纯化，该SCX首先用MeOH洗涤，并且然后用NH3/MeOH(2M)洗涤。将碱性级分合并，并且在减压下浓缩以给出黄色油，该油在静置后固化。将固体使用DMSO磨碎，用MeOH洗涤并且干燥，以给出4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E184)(13mg，0.04mmol，9％收率)，LCMS ES+282[M+H]+，Rt＝0.89min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-(2,6-二氮杂螺[4.5]癸-2-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E184)类似的方式制备以下化合物：
实施例188(E188)-8-[3-(1-甲基吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将2-[[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-3-(1-甲基吡唑-4-基)吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P95)(237mg，0.49mmol)在DCM(2ml)和三氟乙酸(0.57ml，7.4mmol)中的溶液在室温搅拌过夜。将反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯(20g)上，然后用MeOH(240ml)洗涤。将粗制产物经由用含2N NH3的MeOH处理来释放。将含有期望产物的级分在减压下浓缩，以给出黄色玻璃状物。将残余物进行色谱法[C18，0％-100％(0.1％NH4OH于MeCN中):MeCN]，并且将得到的残余物进一步进行色谱法[SiO2，0％-100％(10％2N NH3/MeOH于DCM中):DCM)，以给出8-[3-(1-甲基吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E188)(54mg)，LCMS ES+351[M+H]+，Rt＝0.9min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与8-[3-(1-甲基吡唑-4-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E188)类似的方式制备以下化合物：
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实施例197(E197)-4-[(3R)-3-氨基吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将N-[(3R)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-3-基]氨基甲酸叔丁酯(P244)(140mg，0.43mmol)溶解在DCM(1.5ml)中，并且添加三氟乙酸(0.65ml，8.55mmol)。将溶液在室温搅拌持续5小时。此后，将混合物在真空中浓缩，并且将残余物经由制备型HPLC(早期碱性方法)纯化，以给出作为白色固体的4-[(3R)-3-氨基吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E197)(0.65mg，0.003mmol，0.7％收率)，LCMS ES+228.2[M+H]+，Rt＝0.69min(一般碱性方法)。
实施例198(E198)-4-氨基-N,N-二甲基-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺
将N-[4-(二甲基氨基甲酰基)-1-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-4-哌啶基]氨基甲酸叔丁酯(16mg，0.023mmol)(P234)和TFA(1ml)在DCM(0.5ml)中的混合物在室温搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩，并且将得到的残余物溶解在氢氧化铵(1ml)和MeOH(1ml)中。将溶液在回流加热持续2小时。此后，将溶液在减压下浓缩，并且将残余物用水稀释。将形成的沉淀物通过过滤收集并且干燥，以给出4-氨基-N,N-二甲基-1-(3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)哌啶-4-甲酰胺(E198)(7.3mg)。
实施例199(E199)-4-(2,3,3a,4,6,6a-六氢-1H-吡咯并[3,4-c]吡咯-5-基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
向2-[3-嘧啶-5-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]-1,3,3a,4,6,6a-六氢吡咯并[3,4-c]吡咯-5-甲酸叔丁酯(P178)(38mg，0.07mmol)在1,4-二氧六环中的溶液添加氯化氢水溶液(5N，0.14ml，0.71mmol)，并且将反应混合物在60℃搅拌持续2小时，然后在室温搅拌另外48小时。将溶剂在genevac中去除，将残余物溶解在MeOH中，并且通过SCX(1g)纯化，用含7N NH3的MeOH洗脱。痕量半胺缩醛产物通过溶解在MeOH/NH4OH中并且在室温搅拌过夜来脱保护。将溶剂在减压下去除，以提供4-(2,3,3a,4,6,6a-六氢-1H-吡咯并[3,4-c]吡咯-5-基)-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E199)(6.6mg)，LCMS ES+307[M+H]+，Rt＝0.63min(一般碱性方法)。
实施例200(E200)-4-[(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
向2-[[4-[(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-基]-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基]甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P179)(11.8mg，0.03mmol)在1,4-二氧六环中的溶液添加氯化氢水溶液(5N，0.1ml，0.51mmol)，并且将反应混合物在60℃搅拌持续2小时，然后在室温过夜。添加另外的氯化氢水溶液(5N，0.1ml，0.51mmol)，并且在60℃继续搅拌6小时。将反应混合物通过SCX(1g)纯化，用含7N NH3的MeOH洗脱。剩余约10％杂质，因此将残余物再次溶解在1,4-二氧六环(0.2ml)中，添加氯化氢水溶液(5N，0.1ml，0.51mmol)，并且将反应在65℃搅拌持续2小时。将溶剂在genevac中去除，将残余物溶解在MeOH中并且通过SCX(1g，用含7N NH3的MeOH洗脱)纯化，以提供4-[(3aS,7aR)-1-甲基-3,3a,4,6,7,7a-六氢-2H-吡咯并[3,2-c]吡啶-5-基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E200)(6.1mg)，LCMS ES+335[M+H]+，Rt＝0.86min(一般碱性方法)。
实施例201(E201)-4-[(2S)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-羰基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈
将(2S)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-2-甲酸(P233)(50mg，0.20mmol)、1-羟基苯并***水合物(41.83mg，0.27mmol)、1-甲基高哌嗪(22.28mg，0.20mmol)溶解在DMF(5ml)中，用氮气冲洗并且搅拌持续20分钟。添加1-(3-二甲基氨基丙基)-3-乙基碳二亚胺盐酸盐(52.37mg，0.27mmol)，并且将混合物在室温搅拌过夜。将混合物在减压下浓缩，并且使用早期碱性方法通过HPLC纯化，以给出4-[(2S)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-羰基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E201)(7.8mg，0.02mmol，10.8％收率)，LCMS ES+353.3[M+H]+，Rt＝0.80min(后期碱性方法)。
由(2S)-1-(3-氰基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)吡咯烷-2-甲酸(P233)和合适的胺，以与4-[(2S)-2-(4-甲基-1,4-二氮杂环庚烷-1-羰基)吡咯烷-1-基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-甲腈(E201)类似的方式制备以下化合物：
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实施例205(E205)-N-[(3S)-1-(3-哒嗪-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]乙酰胺
向(3S)-1-[3-哒嗪-4-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]哌啶-3-胺(P166)(14mg，0.03mmol)和三乙胺(0.01ml，0.07mmol)在DCM(0.1ml)中的冷却至0℃的溶液添加乙酸酐(4μL，0.04mmol)。反应混合物被允许升温至室温，并且搅拌持续30分钟。将溶液在减压下浓缩，然后添加1,4-二氧六环(0.1ml)和氯化氢溶液(0.13ml，0.66mmol)。将反应混合物在40℃搅拌整个周末。将冷却的反应混合物装载至预酸化的SCX滤芯上。将滤芯用MeOH(×5cv)洗涤，并且将产物用含NH3的MeOH(2N)洗脱。将碱性级分在减压下浓缩，并且将残余物使用一般碱性运行经由制备型HPLC纯化，以提供N-[(3S)-1-(3-哒嗪-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-3-哌啶基]乙酰胺(E205)(5.5mg，0.02mmol，49.5％收率)，LCMS ES+337[M+H]+，Rt＝0.73min(一般碱性方法)。
实施例206(E206)-(6S)-1-甲基-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将甲醛溶液(37％于水中，0.01ml，0.54mmol)和一滴乙酸添加至(6S)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E117)(25mg，0.07mmol)在甲醇(0.3ml)中的搅拌的溶液。将混合物在室温搅拌持续10分钟，然后添加三乙酰氧基硼氢化钠(30.27mg，0.14mmol)。将得到的混合物在室温搅拌过夜。将溶液通过SCX(2g)纯化，以给出粗制产物。从MeOH和DMSO的溶液中磨碎给出(6S)-1-甲基-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E206)(8mg，0.02mmol，29.2％收率)，LCMS ES+363[M+H]+，Rt＝0.9min(一般碱性方法)。
实施例207(E207)-(6S)-1-乙基-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷
将乙醛(0.03ml，0.49mmol)和一滴乙酸添加至(6S)-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E117)(20mg，0.06mmol)在甲醇(0.3ml)中的搅拌的溶液。将混合物在室温搅拌持续10分钟，然后添加三乙酰氧基硼氢化钠(24.21mg，0.11mmol)。随后将反应混合物在室温搅拌过夜。此后，进一步分批添加乙醛和三乙酰氧基硼氢化钠，直到反应完成。将混合物通过SCX(2g)纯化以给出粗制产物，该粗制产物经由制备型HPLC(一般碱性方法)进一步纯化，以给出(6S)-1-乙基-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E207)(8mg，0.02mmol，35.2％收率)，LCMSES+377[M+H]+，Rt＝0.98min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与(6S)-1-乙基-8-(3-嘧啶-4-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基)-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷(E207)类似的方式制备以下实施例：
实施例209(E209)-2-[4-(1-乙基-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑
将乙醛(0.03ml，0.49mmol)添加至2-[4-(1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑(E149)(23mg，0.07mmol)和一滴乙酸在甲醇(0.3ml)中的搅拌的溶液。将混合物在氮气下在室温搅拌持续10分钟。此后，添加三乙酰氧基硼氢化钠(27.45mg，0.13mmol)。将反应在室温搅拌持续1小时。将样品通过SCX(1g)纯化，然后使用制备型HPLC(碱性方法)进一步纯化，以给出2-[4-(1-乙基-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑(E209)(7mg，0.02mmol，26.8％收率)，LCMS ES+382[M+H]+，Rt＝1.24min(一般碱性方法)。
使用合适的胺和醛，以与2-[4-(1-乙基-1,8-二氮杂螺[5.5]十一烷-8-基)-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑(E209)类似的方式制备以下化合物：
实施例212(E212)-2-[4-[[3R)-3-哌啶基]氧基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑
向(3R)-3-[3-噻唑-2-基-1-(2-三甲基甲硅烷基乙氧基甲基)吡咯并[2,3-b]吡啶-4-基]氧基哌啶-1-甲酸叔丁酯(P248)(251.00mg，0.47mmol)在1,4-二氧六环(2.0ml)中的溶液添加氯化氢溶液(1.67ml，8.34mmol)。将混合物加热至60℃过夜。将溶剂在减压下去除，并且将样品通过SCX(2g)纯化，并且通过制备型HPLC进一步纯化，以提供2-[4-[[(3R)-3-哌啶基]氧基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑(E212)(133.00mg，0.42mmol，88.9％收率)，LCMS ES+301[M+H]+，Rt＝0.83min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与2-[4-[[3R)-3-哌啶基]氧基]-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶-3-基]噻唑(E212)类似的方式制备以下化合物：
实施例214(E214)-4-[[(3R)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
向含有搅拌棒的圆底烧瓶添加在DMF(1.5ml)中的60％w/w的NaH(88.66mg，2.22mmol)和(R)-1-BOC-3-(羟甲基)哌啶(477.21mg，2.22mmol)。将混合物在室温搅拌持续15分钟，然后添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(400.00mg，1.11mmol)。将混合物在室温搅拌过夜。将反应用水猝灭，并且将产物用乙酸乙酯(×3)萃取。将有机物用水洗涤，合并，经MgSO4干燥并且在减压下浓缩。将粗制产物溶解在THF中，并且转移至微波小瓶。添加2N HCl(2.0ml)，并且将溶液在微波中在80℃加热持续4小时。将挥发物去除，并且将粗制产物使用制备型HPLC纯化，以给出作为白色固体的4-[[(3R)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E214)(29.7mg，0.09mmol，8.2％收率)，LCMS ES+310[M+H]+，Rt＝0.63min(一般碱性方法)，
由合适的中间体，以与4-[[(3R)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E214)类似的方式制备以下化合物：
实施例218(E218)-4-[[(3S)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
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向含有搅拌棒的圆底烧瓶添加在DMF(0.8ml)中的60％w/w的NaH(132.98mg，3.32mmol)和N-BOC-(3S)-3-(羟甲基)哌啶(715.82mg，3.32mmol)。将混合物在室温搅拌持续15分钟。添加2-[(4-氯-3-嘧啶-5-基-吡咯并[2,3-b]吡啶-1-基)甲氧基]乙基-三甲基-硅烷(P23)(400mg，1.11mmol)，并且将混合物在室温搅拌过夜。将反应用水猝灭，并且随后将产物萃取至乙酸乙酯(×3)中。将有机物用水洗涤，经MgSO4干燥，过滤并且在减压下浓缩。将粗制产物溶解在THF中，并且添加2N HCl(2ml)。将溶液在微波中在80℃加热持续4小时。此后，将挥发物去除，并且将产物通过制备型HPLC纯化，并且使用SCX进一步纯化，该SCX起初用MeOH洗涤，并且然后用含60％2N NH3的MeOH洗涤，以给出作为白色固体的4-[[(3S)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E218)(46mg)，LCMS ES+310[M+H]+，Rt＝0.77min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-[[(3S)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E218)类似的方式制备以下化合物：
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实施例224(E224)-4-[[(3R)-1-甲基-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶
将甲醛溶液(37％于水中，0.14ml，1.82mmol)添加至4-[[(3R)-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E214)(75mg，0.24mmol)在甲醇(1.5ml)和DCM(1.5ml)的混合物中的搅拌的溶液。将混合物在氮气下在室温搅拌持续10分钟，然后添加三乙酰氧基硼氢化钠(102.27mg，0.48mmol)。将反应在室温搅拌持续4小时，然后通过添加水猝灭。将混合物在真空中浓缩，并且将得到的残余物溶解在DCM和甲醇的混合物中，并且装载至预酸化的2g SCX滤芯上。将滤芯用甲醇(15ml)冲洗，然后将产物用含2N氨的甲醇(15ml)洗脱。将溶剂在真空中去除，以提供白色固体，该白色固体通过制备型HPLC(早期碱性方法)进一步纯化，以提供作为白色固体的4-[[(3R)-1-甲基-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E224)(13.7mg，0.04mmol，16.6％收率)，LCMS ES+324[M+H]+，Rt＝0.7min(一般碱性方法)。
由合适的中间体，以与4-[[(3R)-1-甲基-3-哌啶基]甲氧基]-3-嘧啶-5-基-1H-吡咯并[2,3-b]吡啶(E224)类似的方式制备以下化合物：
生物学(实施例236)
MRCKα、MRCKβ、ROCK1和ROCK2激酶测定
MRCKα、MRCKβ、ROCK1和ROCK2测定使用IMAP荧光偏振测定格式(MolecularDevices Inc.)进行。在含有0.01％吐温-20(Tween-20)和1mM DTT的20mM Tris缓冲液(pH7.4)中的1μM ATP和0.5mM MgCl2的存在下(MRCKα和MRCKβ)；或者在含有0.25mM EGTA0.01％Triton X-100和1mM DTT的20mM Tris缓冲液(pH 7.5)中的1μM ATP、10mM MgCl2的存在下(ROCK1和ROCK2)；将8nM-12nM的每种激酶(Life Technologies)与100nM FAM-S6-核糖体蛋白来源肽(由Alta Biosciences，University of Birmingham UK合成)在室温一起孵育60min。通常，剂量响应分析在0.005 -100μM的浓度范围内进行。通过在1×IMAP结合缓冲液A(Molecular Devices)中添加2测定体积的0.25％(v/v)IMAP结合试剂来停止反应。孵育30min以允许结合试剂结合磷酸化的肽之后，在Tecan Saphire2板读取器上在激发波长(470nm)和发射波长(530nm)处测量荧光偏振。使用无抑制剂和无酶对照分别作为0％抑制和100％抑制来计算抑制。
表1提供了针对本发明实施例的上文描述的MRCKα、MRCKβ、ROCK1和ROCK2激酶测定的结果。
表1
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MRCKβ、ROCK1和ROCK2细胞测定
表达多西环素可诱导的ROCK1、ROCK2或MRCKβ激酶结构域的MDA-MB-231细胞以每个12孔板的孔1.1×105个细胞接种。在24小时之后，将细胞用1μg/ml多西环素处理18小时以诱导激酶结构域表达，并且然后用本发明化合物在合适的浓度范围内测试持续60分钟。然后将细胞用PBS洗涤，并且用Tris-SDS裂解缓冲液(50mM Tris-HCl pH 7.4，0.5％(v/v)SDS，1×PhosStop抑制剂(04 906 837 001；Roche)和1×Complete蛋白酶抑制剂(04 693124 001；Roche))裂解。将全细胞裂解物通过穿过QIAshredder旋转柱来澄清，用SDS-PAGE分离，并且使用LI-COR Odyssey IR扫描仪进行定量免疫印迹，以确定pMLC(T18/S19)和α-微管蛋白水平。
表2提供了在上文描述的细胞测定中本发明测试实施例的结果。
表2
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体外选择性概况
使用十点剂量响应曲线(从特定浓度开始1/3稀释)来生成E150化合物和E117化合物针对下文表3和表4中列出的激酶靶的IC50值。
商业可得的测定被用于CDK1/细胞周期蛋白B、CDK2/细胞周期蛋白A、PKCα、PKCγ(测定；Life Technologies)和CDK9/细胞周期蛋白T1(/>测定；LifeTechnologies)剂量响应曲线。
表3示出了本发明测试实施例E150的结果，并且表4示出了测试E117(BDP9066)的结果。
表3实施例化合物E150体外选择性。
(ND＝未确定)
表4实施例化合物E117(BDP9066)体外选择性。
激酶 IC50(nM) Km ATP(μM) Ki(nM) 选择性倍数
MRCKβ 8.3 1 1.38 1
CDK1/细胞周期蛋白B 845 34 487 353
CDK2/细胞周期蛋白A 299 31 166 120
CDK9/细胞周期蛋白T1 67 32 38.1 27.6
PKCα 299 37 178 129
PKCγ 998 25 499 362
ROCK1 141 3.1 54.0 39
STK22D 287 9.0 136 99
实施例化合物E117(也被称为BDP9066)对于小鼠皮肤癌的体内作用
小鼠模型
将亲本MDA MB 231D3H2LN Luc细胞或MRCKαβKO细胞(3.5×106)皮下注射至CD-1免疫受损裸小鼠的右胁腹。注射后2周，在肿瘤达到12mm直径之前，将小鼠选出并且取样。
小鼠遗传性皮肤癌模型(该模型在表皮角质形成细胞中单独表达激活的Hras，或连同c-Fos加上条件性Pten缺失)形成转化为癌的***状瘤，如[Greenhalgh等人，MolCarcinog 1993；7:99-110；Yao等人，J Cell Sci 2008；121:1758-69；Macdonald等人，Oncogene 2014；33:4132-43]所描述的。
为了研究E117/BDP9066对于小鼠皮肤中MMRCKαpS1003染色的影响，将5只FVB小鼠用50μL的80％(v/v)DMSO(媒介物)局部处理，并且将5只FVB小鼠用在50μL 80％(v/v)DMSO中的25μg的E117/BDP9066局部处理。在2天内对于每只小鼠应用4次处理。在最终处理后2小时，将小鼠选出。皮肤E117/BDP9066浓度和血液E117/BDP9066浓度通过Pharmidex测量。为了研究E117/BDP9066在小鼠皮肤和血液中的药代动力学，将FVB小鼠用在80％(v/v)DMSO中的10μg或25μg E117/BDP9066局部处理一次，用在80％(v/v)DMSO中的25μg E117/BDP9066每天处理4次，或者用80％(v/v)DMSO或在80％(v/v)DMSO中的25μg E117/BDP9066每天处理8次(连续4天处理，2天不处理，然后4天处理)。在最终处理后2小时、4小时、8小时或24小时，将小鼠选出。皮肤E117/BDP9066浓度和血液E117/BDP9066浓度通过Pharmidex测量。
对于DMBA/TPA实验，将40只FVB小鼠在第1天用在丙酮中的25μg DMBA局部处理。从第5天起，每周3次应用在丙酮中的4.7μg TPA。从第5天起，将20只小鼠用在50μL 80％(v/v)DMSO中的25μg E117/BDP9066处理，并且将20只小鼠用50μL 80％(v/v)DMSO处理，每周处理5次。实验者完全不知晓处理组的身份。每周至少2次监测小鼠重量和一般状况，每周记录肿瘤尺寸和数目。当***状瘤直径达到12mm时，将小鼠选出。肿瘤体积和***状瘤数的分析在不知晓处理组的身份的情况下进行。皮肤E117/BDP9066浓度和血液E117/BDP9066浓度通过Pharmidex测量。
统计数据
数据分析使用GraphPad Prism进行。用于每个数据集合的统计检验在相应的图例中指示。
结果
结果在图1A至图1K中示出，图1A至图1K示出了在鳞状细胞癌的DMBA/TPA小鼠模型中体内应用实施例化合物E117(在附图中被称为BDP9066)后获得的结果。
图1：(A)经2天将4×25μg E117/BDP9066局部应用至背部皮肤导致皮肤中的可测量药物水平显著高于血液中的可测量药物水平。示出的结果是来自5只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。双侧Mann-Whitney显著性检验(**＝p<0.01)。(B)经2天用DMSO(左图)或4×25μg E117/BDP9066局部处理的小鼠皮肤切片的代表性MRCKαpS1003免疫组织化学染色。比例尺代表100μm。局部施用E117/BDP9066(方形点)导致MRCKαpS1003的阳性表皮染色显著减少。示出的结果是每种条件下来自5只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。双侧Mann-Whitney显著性检验(*＝p<0.05)。(C).经2天局部施用单一10μg剂量或4×25μg剂量的E117/BDP9066后的皮肤(左图)或血液(右图)E117/BDP9066浓度。示出的结果是每种条件下来自3只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。(D)局部施用单一25μg剂量的E117/BDP9066(粉色/浅点)或8×25μg剂量的E117/BDP9066(红色/深点；4天处理，2天不处理，4天处理)后在最终施用后的指定时间的皮肤(左图)或血液(右图)E117/BDP9066浓度。示出的结果是每种条件下来自3只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。(E)DMBA(绿色箭头)、TPA(紫色箭头)、DMSO(黑色箭头)或E117/BDP9066(红色箭头)施用的时间线，每一天通过矩形表示。(F)局部应用DMSO或E117/BDP9066的笼中(cagemate)DMBA/TPA处理的小鼠的代表性图像，如指示的。(G)每只小鼠的终点***状瘤总数。示出的结果是每种条件下来自20只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。(H)每只小鼠的肿瘤总体积(左图)和***状瘤平均体积(右图)。示出的结果是每种条件下来自20只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。使用双侧不配对t检验来确定显著性(*＝p<0.05)。(I)终点处的血液E117/BDP9066浓度和皮肤E117/BDP9066浓度。示出的结果是来自针对血液的3只单独小鼠和针对皮肤的10只小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。双侧Mann-Whitney显著性检验(**＝p<0.001)。(J)用DMSO或E117/BDP9066局部处理的DMBA/TPA皮肤切片的代表性MRCKαpS1003染色。比例尺代表100μm。(K).已经施用DMSO(黑点)或E117/BDP9066(红点)的DMBA/TPA处理的皮肤(左图)或***状瘤(右图)切片的MRCKαpS1003染色的细胞质组织评分。示出的结果是每种条件下来自19只单独小鼠的平均值±SD，各自通过数据点来指示。使用双侧不配对t检验来确定显著性(*＝p<0.05)。
讨论
评估E117/BDP9066作为SCC化学治疗剂的体内药理学概念验证。在FVB小鼠皮肤上局部应用25μg E117/BDP9066，每天两次，持续2天，导致皮肤中26μM的平均E117/BDP9066浓度，但血液中仅0.04μM的平均E117/BDP9066浓度(图1A)。E117/BDP9066应用导致表皮MRCKαpS1003阳性染色显著减少(图1B)。为了确定重复给药将如何影响E117/BDP9066的累积和分布，在施用10μg一次之后，或者经4天重复施用25μg之后，确定皮肤浓度和血液浓度(图1C)。尽管相对于单一10μg剂量，重复的25μg剂量确实导致皮肤中的浓度升高2.8倍(图1C，左图)，以及血液中的浓度升高4倍(图1C，右图)，但这些差异比施用的总E117/BDP9066的差异小10倍，指示化合物的累积是小于加性的。为了表征清除，将E117/BDP9066以25μg剂量给予一次，或者按4天处理、2天不处理、4天处理的时间表给予8次，并且然后在最终剂量后2小时、4小时、8小时和24小时在皮肤和血液中确定化合物浓度。在任一给药方案中，在最终给药后24小时在皮肤中检测到超过16μM E117/BDP9066(图1D，左图)，而在血液中检测到的低水平在24小时后是检测不到的(图1D，右图)。这些结果指示，通过重复的局部应用，在小鼠皮肤中达到可持续的E117/BDP9066水平是可能的，这足以在体外诱导鳞状细胞癌细胞中的表型响应，而在连续施用后没有显著的化合物累积。
然后将FVB小鼠用25μg DMBA局部处理(图1E，绿色箭头)，然后用4.7μg TPA处理每周3次(图1E，紫色箭头)。此外，将小鼠用25μg E117/BDP9066或等体积的DMSO媒介物对照(图1E，红色箭头)局部处理，每周5次(5天处理，2天不处理)，持续14周。在研究结束时，E117/BDP9066处理组的皮肤***状瘤在视觉上呈现出比DMSO处理组的皮肤***状瘤小(图1F)。尽管DMSO处理组和E117/BDP9066处理组之间每只小鼠的***状瘤总数没有差异(图1G)，但E117/BDP9066处理组中每只小鼠的肿瘤总体积(图1H，左图)和***状瘤平均体积(图1H，右图)都显著减小。局部E117/BDP9066应用导致在实验终点时血液中检测不到化合物，以及皮肤中>1μM的平均E117/BDP9066浓度(图1I)，这与MRCKαpS1003免疫组织化学染色的显著减少(图1J)以及处理皮肤区域(图1K，左图)和***状瘤(图1K，右图)中均降低的组织评分有关。这些结果提供了药理学概念验证证据，该证据指示E117/BDP9066的体内治疗作用。
通过在体外和体内用实施例化合物E117(BDP9066)处理来抑制辐射驱动的、MRCK 依赖性GBM细胞侵袭
体外模型
将细胞使用Xstrahl RX225辐射柜(195kV X-射线，剂量率1.39Gy/分钟)进行辐照。对于近汇合(sub confluent)迁移测定，将每孔2×105个细胞铺板在6孔皿中，并且通过延时显微术每15min捕获图像对迁移成像。迁移速度使用单细胞跟踪经由ImageJ分析来计算。对于离体迁移测定，将细胞接种在培养基(上文描述)中的从6-8周龄C57BL/6小鼠获得的新鲜1mm冠状脑切片上，并且允许在37℃、在5％CO2孵育过夜来建立。然后将脑切片倒置在Lumox 35mm皿(8μm，Sarstedt)上，并且用Nuclepore Track-Etch膜(Whatman)固定，用Matrigel密封。经由共焦延时显微术每15min拍摄图像捕获迁移。迁移速度使用单细胞跟踪经由ImageJ分析来计算。
小鼠模型
如先前描述的(16，17)，将雌性CD1裸小鼠用1×105个G7细胞或U87MG细胞原位注射到脑室下区。允许建立肿瘤，然后进行磁共振成像(MRI)以确认肿瘤的存在。辐射处理使用XSrtahl小动物辐射研究平台(SARRP)来进行。每天两次或在指定时间皮下给予5mg/kgBDP-9066或媒介物(20％丙二醇/80％PBS)，然后进行选出用于PK分析。将肿瘤细剖，并且将新鲜冷冻的样本送去用于PK分析(Vertex，UK)。将***固定的石蜡包埋的切片进行针对Ki67、HLA或phosphoMYPT1的染色，然后使用具有Leica SlidePath Slide成像软件的Hamamatsu Nanozoomer Slide扫描机进行扫描。算法针对每种染色单独进行了优化，并且进行了自动化定量分析。对侧区域的定义是盲法进行的。
统计数据
数据分析使用GraphPad Prism进行。用于每个数据集合的统计检验在相应的图例中指示。
结果
结果在图2至图6中示出，图2至图6示出了通过放射治疗(RT)激活MRCK驱动的运动，以及通过在体外和体内用实施例化合物E117处理来抑制MRCK驱动的运动。
图2.MRCK、MYPT1和MLC2的下游靶响应于辐射而磷酸化，并且伴随着体外和体内GBM细胞运动的增加。(A)用0Gy、2Gy或5Gy处理两种原代细胞系E2和G7，并且在24小时后提取蛋白裂解物。进行蛋白印迹分析以测定pMYPT1的水平。肌动蛋白和微管蛋白被用作上样对照，并且γ-H2AX被用作辐射诱导的DNA损伤的标志物。(B)(i)E2细胞用0Gy或2Gy处理，并且通过免疫荧光针对pMLC2进行染色。细胞使用Operetta高通量成像平台成像。绿色：pMLC2；黄色：肌动蛋白；红色：全细胞染料；蓝色：DAPI；比例尺：100μm。(ii)进行自动化图像分析，以便比较对照细胞和辐照细胞中的pMLC2水平。数据源自两次生物重复，每次分析每个条件下的>400个细胞。统计分析：双侧不配对t检验。****p<0.0001(C)携带G7颅内肿瘤的小鼠群组经受3×2Gy部分(fraction)的全脑辐照或放置不处理。通过IHC对脑切片的pMYPT1水平进行染色(i)。细胞核pMYPT1和细胞质pMYPT1的水平通过使用SlidePath的自动化分析进行定量；n＝5(无RT)和6(3×2Gy)。比例尺：100μm。统计分析：双侧不配对t检验。N.S.＝不显著，*p<0.05。(D)E2和G7用0Gy或2Gy处理，并且在使用延时显微镜和单细胞跟踪的近汇合迁移测定中分析它们的运动。(i)单独对照细胞和辐照细胞的示例性跟踪图。(ii)对照细胞速度和辐照细胞速度的比较。(E)将荧光标记的E2或G7细胞用2Gy辐照或放置不处理，并且接种至新鲜的鼠脑切片上。使用共焦延时显微术分析细胞运动(i)。(ii)使用单细胞跟踪测量细胞速度。数据来自3个生物重复。比例尺：50μm统计分析：Mann-Whitney检验，**p<0.005，****p<0.0001。(F)(i)经由IHC对来自携带G7颅内肿瘤的对照小鼠和辐照小鼠的脑切片的Ki67进行染色，以指示循环性GBM肿瘤细胞的存在。(ii)使用自动化分析对在来自处理开始后10天选出的小鼠的样本中的肿瘤块中的Ki67阳性细胞％进行定量；两个群组中n＝6。(iii)使用自动化图像分析对在处理开始后17天选出的小鼠的对侧半球中的Ki67阳性细胞的百分比进行定量。比例尺：1mm。统计分析：双侧不配对t检验。N.S.＝不显著，**p<0.005。
图3.MRCK活性的抑制阻止辐射驱动的运动。(A)G7细胞用靶向MRCKα和MRCKβ的单独的或组合的siRNA转染。(i)细胞裂解物通过蛋白印迹来分析MRCKα、MRCKβ和pMYPT1水平。(B)将经处理的细胞暴露于0Gy或2Gy，并且在近汇合迁移测定中成像。通过单细胞跟踪测量细胞速度。统计分析：Mann-Whitney检验，N.S.＝不显著，*<p 0.05，**p<0.005，***p<0.001(C)E2细胞和G7细胞在DMSO或BDP-9066的存在下暴露于0Gy或2Gy辐射，并且在近汇合迁移测定中使用延时显微术和单细胞跟踪测量细胞速度。数据来自3个生物重复。(D)将荧光标记的E2细胞暴露于0Gy或2Gy辐射，并且接种至新鲜的鼠脑切片上。在DMSO或BDP-9066的存在下，通过共焦延时显微术和单细胞跟踪使用ImageJ来测定细胞运动。数据来自3个生物重复。对于所有体外和离体运动测定，使用Mann-Whitney检验进行统计分析：N.S.＝不显著，*<p 0.05，**p<0.005，***p<0.001，****p<0.0001。(E)将E2细胞和G7细胞在增加量的BDP-9066存在下暴露于2Gy，随后进行延时显微术和单细胞跟踪。由10个非运动性、未辐照细胞的平均值计算得出基线值为34％。数据来自3个生物重复。
图4.BDP-9066在抗侵袭浓度下不影响细胞存活，但在用辐照处理的细胞中的生物标志物和形态学测定中诱导了强的剂量依赖性响应。(A)对用增加浓度的BDP-9066处理的G7细胞进行细胞存活力测定；相对于媒介物对照绘制数据。(B)在媒介物或0.1μM BDP-9066的存在下，对经辐照的G7细胞和E2细胞进行克隆源性存活测定。N.S.＝不显著。(C)在增加量的BDP-9066的存在下，将E2细胞用2Gy辐射(i)或0Gy辐射(ii)处理，并且通过免疫荧光对pMLC2进行染色。使用Operetta高通量成像对细胞平台成像。自动化图像分析用于比较pMLC2水平。数据来自2个生物重复，每个生物重复在每种条件下有>400个细胞。数据绘制为媒介物的百分比。(D)将E2细胞在DMSO或BDP-9066的存在下暴露于0Gy辐射或2Gy辐射。使用Operetta高通量成像平台对细胞成像。红色：肌动蛋白，蓝色：DAPI，比例尺：100μm。进行自动化图像分析以定量神经突形态的变化。数据来自>1000个细胞。
图5.BDP-9066穿透颅内GBM异种移植物，并且体内抑制辐射诱导的GBM细胞的浸润和MRCK生物标志物的激活。(A)在选出前30min，携带U87MG(i)或G7(ii)颅内肿瘤的小鼠被皮下注射5mg/Kg BDP-9066。肿瘤从正常脑组织中细剖出并且通过质谱分析以确定总化合物水平(‘总’)。这些水平使用确定的72.7％的PPB游离值来调整，以估计肿瘤中的可用BDP-9066水平(‘游离’)；n＝4(U87MG)和10(G7)；CL＝对侧。(B)体内测量GBM细胞对于BDP-9066的响应的实验概述。允许建立G7颅内肿瘤持续12周，然后开始处理。该研究是随机和盲法的。(C)选出来自(B)的小鼠群组，并且使切离的脑经受针对Ki67的IHC，随后经受自动化分析，以确定GBM细胞侵袭对侧半球的程度。比例尺：1mm。统计分析：双侧不配对t检验。*p<0.05。(D)通过IHC对脑切片的pMYPT1水平进行染色(i)。细胞核pMYPT1和细胞质pMYPT1的水平通过使用SlidePath的自动化分析进行定量。统计分析：双侧不配对t检验。*p<0.05。
图6.将BDP-9066与RT组合，对携带颅内GBM肿瘤的小鼠赋予了显著的存活优势。(A)体内测量BDP-9066处理的存活的实验概述。允许G7颅内肿瘤建立持续10周，然后开始处理。RT群组的小鼠经两周的过程接受了6×2Gy的全脑RT。仅在RT的前3个部分后被选出的小鼠才被纳入分析，以允许任何处理益处生效。该研究是随机的、盲法的，并且基于如由T2MRI评估的起始肿瘤尺寸将小鼠分配到群组中。(B)示出存活数据的Kaplan-Meier图。N.S.＝不显著，*<p 0.05，**p<0.005。统计分析：对数秩(Mantel-Cox)检验。
讨论
MRCK的下游靶在体外和体内被辐射上调，并且这与GBM侵袭的增加有关。由于大多数GBM患者接受放射治疗，我们探讨了MRCK活性是否受到辐射的影响。如图2A所示，对两种不同的原代人类GBM细胞系G7和E2的蛋白印迹分析示出，辐射诱导MRCK生物标志物MYPT1的磷酸化水平增加。为了确认这一观察结果，使用高通量成像平台和自动化分析对MRCK的另一种下游生物标志物pMLC2进行免疫荧光分析(图2B)。这种无偏倚的技术清楚地指示，在体外辐照GBM细胞后，pMLC2水平显著增加。
为了确认这种现象也在体内发生，在来自最后一次辐射剂量后5天处死的携带颅内G7异种移植物肿瘤的小鼠的全脑辐照(3×2Gy部分)群组和未辐照群组的样品中，进行了组织学染色和pMYPT1水平的自动化分析。尽管检测到细胞核pMYPT1没有变化，但我们观察到侵袭性肿瘤边缘处的细胞质pMYPT1的显著上调(图2C)。这表明MRCK活性不仅因辐照而急剧上调，还可能因细胞内信号传递的长期‘转换’而得以维持。
图2D-图2E中示出的结果表明，在体外(D)、离体(E)和体内(F)的情况下，MRCK靶的激活伴均随着GBM细胞运动的增加，这指示在放射治疗(RT)期间MRCK抑制阻止GBM侵袭的潜在用途。
MRCK在驱动辐射诱导的迁移中起重要作用。为了探查增加的细胞迁移是否需要增强的MRCK活性，并且评估其相对贡献，我们在MRCKα和MRCKβ已经被siRNA靶向下调的G7细胞中进行了近汇合迁移测定(图3A和图3B)。发现两种MRCK同种型的同时消融抑制pMYPT1的表达，并且将迁移速度降低至未辐照的对照细胞中观察到的水平。这些发现有力地指示，MRCK(而不是ROCK)主要负责向MYPT1和MLC2的下游信号传递，驱动辐射诱导的GBM细胞迁移。
辐射驱动的GBM细胞迁移可以通过用E117/BDP9066处理来抑制。发现用100nM的E117/BDP9066处理完全阻止了两种不同GBM细胞系中辐射驱动的近汇合迁移(G7和E2，图3C)和离体脑切片侵袭(E2，图3D)。此外，用增加浓度的E117/BDP9066处理辐照的GBM细胞在细胞速度方面产生了稳健的剂量响应(图3E)。
用E117/BDP-9066处理不影响细胞存活，但在亚微摩尔浓度下引起稳健的生物标志物响应。为了测试BDP-9066作为单一剂或与辐射组合是否对于肿瘤细胞存活有任何影响，我们进行了细胞存活力和克隆源性存活测定。在BDP-9066的亚微摩尔水平上观察到对于生存力没有影响(图4A)，并且如通过克隆源性存活测量的，100nM BDP-9066对于G7细胞或E2细胞的辐射敏感性没有影响(图4B)。细胞存活力在较高浓度的丧失可能代表脱靶(offtarget)的毒性。相比之下，辐照的G7细胞和E2细胞根据生物标志物(pMLC2 IC50＝56nM)和如神经突数测量的异常形态变化(EC50 0.14，斜坡斜率0.71；图4C-图4D)表现出强的对BDP-9066的剂量响应。
MRCK的药理学抑制体内抑制GBM细胞浸润。对细剖出的颅内U87MG和G7肿瘤的化合物水平分析指示，即使调整游离药物水平(基于27.3％的血浆蛋白结合；图5A)，BDP-9066在预期将在体内抑制MRCK的浓度也穿透颅内肿瘤。取自对侧半球的样品指示，在皮下给药后，在没有明显肿瘤负担的情况下，BDP-9066在脑中的暴露程度非常低。为了测试BDP-9066在体内抑制辐射诱导的侵袭的功效，我们在以下四个小鼠群组中建立了G7颅内肿瘤：媒介物、BDP-9066、RT+媒介物和RT+BDP-9066。小鼠在肿瘤细胞注射后11周经历T2加权磁共振成像(MRI)以确认肿瘤的存在和肿瘤尺寸相等，并且在注射后12周开始治疗。RT群组的小鼠经一周的过程接受了3×2Gy的全脑RT。每天两次给药媒介物或BDP-9066是在与RT的同时开始的，并且持续10天，然后处死动物(图5B)。选择每天两次给药是因为虽然BDP-9066的药代动力学(PK)概况示出良好的生物利用度，但也观察到快速清除(数据未示出)。化合物耐受良好，并且选出时采集的血液的PK分析确认其以微摩尔浓度存在。
将小鼠脑切离并且进行Ki67染色的免疫组织化学分析。与我们先前的实验一致，在‘辐照+媒介物’组中，在小鼠的对侧半球中观察到增加的GBM细胞数(图5C)。重要的是，用BDP-9066处理的辐照小鼠没有显示出肿瘤细胞向对侧半球浸润的增加。此外，脑切片的组织学分析显示出，BDP-9066处理阻止辐射驱动的MYPT1磷酸化(图5D)。
当与放射治疗组合时，MRCK的药理学抑制对携带颅内GBM肿瘤的小鼠赋予了显著的存活益处。G7颅内肿瘤在以下四个小鼠群组中建立：媒介物、BDP-9066、RT+媒介物和RT+BDP-9066(图6A)，并且图6A中概述的4周处理时间表在肿瘤细胞注射后10周开始。在对剩余小鼠进行最后的T2 MRI后104天终止实验。结果指示，与未处理的群组相比，虽然单独的BDP-9066没有赋予显著的存活益处，但当与RT组合时，存活有非常显著的增加(p＝0.0007)，这显著高于单独的辐射所赋予的存活益处(p＝0.0459)。这些数据提供了强有力的概念验证证据，该证据指示与放射治疗组合的E117/BDP9066在GBM中的治疗作用。
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Claims (20)

1.一种式I的化合物或其盐，
其中，
R4选自式II的基团：
R3选自5-15元杂芳基和CN，其中所述5-15元杂芳基任选地被一个或更多个Rb取代；
每个Rb选自氢、羟基、卤素、CN、C1-6烷基和O-C1-6烷基；
R5选自氢、卤素、羟基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基和CN；
R9和R10独立地选自羟基、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、NRcC(＝O)Rd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基、所述苯基和所述3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代；
每个Rc独立地选自氢和C1-6烷基；
每个Rd独立地选自氢、CN、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、3-7元杂环烷基、5-6元杂芳基、C3-6环烷基、C1-6烷基、O-C1-6烷基和苯基，其中所述C1-6烷基、苯基、5-6元杂芳基、3-7元杂环烷基和C3-6环烷基任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C3-10烷基杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代；或者
Rc和Rd当被附接至相同原子时，与它们被附接的原子一起形成3-7元杂环烷基环，所述3-7元杂环烷基环任选地被选自羟基、卤素、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基、3-7元杂环烷基、C1-6烷基和O-C1-6烷基的一个或更多个基团取代；
Rm选自羟基、卤素、CN、C1-6烷基、C3-6环烷基、C1-6卤代烷基和ORa；其中Ra选自氢、C1-6烷基、C1-6卤代烷基、苯基和C3-6环烷基；并且
n是选自0和1的数。
2.根据权利要求1所述的化合物或其盐，其中R4选自
其中各自任选地在碳原子上被一个或更多个Rj取代，其中Rj选自卤素、C1-6烷基、羟基和O-C1-6烷基，条件是当Rj键合至与N相邻的碳时，Rj选自卤素和C1-6烷基。
3.根据权利要求1所述的化合物或其盐，其中R9和R10独立地选自羟基、C1-6烷基、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、NRcRd、NRcC(＝O)Rd、C(O)NRcRd、苯基和3-7元杂环烷基，其中所述C1-6烷基、所述苯基和所述3-7元杂环烷基任选地被选自卤素、羟基、CN、NH2、NH(C1-6烷基)、N(C1-6烷基)2、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、C1-6卤代烷氧基、C3-6环烷基和苯基的一个或更多个基团取代；或者
R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含选自O、N和S的至少一个杂原子的4-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个Rm取代。
4.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐，其中Rm选自C1-3烷基。
5.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐，其中R3选自5-6元杂芳基和CN，其中所述5-6元杂芳基任选地被一个或更多个Rb取代。
6.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐，其中R3选自任选地被一个或更多个Rb取代的5-6元杂芳基。
7.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐，其中R3是任选地被一个或两个Rb基团取代的
8.根据权利要求1至3中任一项所述的化合物或其盐，其中Rb选自氢和C1-3烷基。
9.根据权利要求7所述的化合物或其盐，其中Rb选自氢和C1-3烷基。
10.根据权利要求1至3和9中任一项所述的化合物或其盐，其中R5选自氢、卤素、羟基、C1-6烷基、O-C1-6烷基、C1-6卤代烷基、O-C1-6卤代烷基、C3-6环烷基、苯基和CN。
11.根据权利要求1至3和9中任一项所述的化合物或其盐，其中R5是氢。
12.根据权利要求6所述的化合物或其盐，其中R5是氢。
13.根据权利要求1所述的化合物或其盐，具有子式Ic′：
其中
环A是选自嘧啶、噻唑、噻二唑、异噻唑、哒嗪、吡啶和吡嗪的杂芳基基团；
m是选自0、1和2的数；并且
n、Rb、R9和R10如权利要求1中定义。
14.根据权利要求13所述的化合物或其盐，其中R9和R10与它们被附接的碳原子一起形成包含一个氮原子的5-6元杂环烷基环，其中所述杂环烷基环任选地被一个或更多个如权利要求1中定义的Rm取代。
15.一种化合物或其盐，选自：
16.一种药物组合物，所述药物组合物包含根据权利要求1至15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐以及一种或更多种药学上可接受的赋形剂。
17.根据权利要求1至15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或者根据权利要求16所述的药物组合物在制造用于治疗增殖性紊乱的药物中的用途。
18.根据权利要求1至15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或者根据权利要求16所述的药物组合物在制造用于治疗癌症的药物中的用途。
19.根据权利要求1至15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐或者根据权利要求16所述的药物组合物在制造用于抑制MRCK的药物中的用途。
20.一种组合，所述组合包含根据权利要求1至15中任一项所述的化合物或其药学上可接受的盐与一种或更多种另外的治疗剂。
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