CN110951922A - 一种检测亨德拉病毒的raa引物探针及检测方法 - Google Patents

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赵永刚
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Abstract

本发明公开了一种RAA荧光法检测亨德拉病毒的引物、探针及检测方法，其中引物和探针适用于RAA荧光法检测，并且能够准确地检测出亨德拉病毒质粒，与尼帕病毒质粒、马流感病毒、马动脉炎病毒和马传染性贫血病毒无交叉反应，特异性达100％；检测方法快速、容易实现高通量，同时降低了检测时间和检测成本，本发明提供的基于RAA荧光法快速检测亨德拉病毒的方法，灵敏度高，每反应检测灵敏度在95％的概率下达到39copies/反应。

Description

一种检测亨德拉病毒的RAA引物探针及检测方法
技术领域
本发明属于病毒检测技术领域，具体涉及一种RAA荧光法检测亨德拉病毒的引物、探针及检测方法。
背景技术
亨德拉病毒(Hendra virus disease，HeV)可引起急性发热性疾病，马以发热、呼吸频率加快、流出大量鼻腔分泌物为特征，有时出现黄疸和神经症状，终归死亡。马是唯一自然感染HeV的家畜，人也可以感染HeV，大果蝠是HeV的自然宿主。HeV是副粘病毒科副粘病毒亚科成员，最初被称为马麻疹病毒，后来将它重新分类为亨尼帕属。在最初的爆发中，驯马师由于与马的密切接触，可能无意中把病毒传给马或者他人。在马中HeV发病率低，病死率较高。在澳大利亚等地区多次爆发，给疫区人类和马匹生命安全带来极大威胁并造成巨大经济损失。
鉴于HeV宿主的广泛和感染后的高死亡率，其被美国CDC和WHO列为最高危险的病毒生物安全防护四级(BSL-4)病原体，并被认为是潜在的生物恐怖武器。目前国内外暂无我国HeV自然感染病例报道，但我国现代赛马业尚处于起步阶段，部分地区有马匹饲养基地，具备其传播必要条件，而不可忽视隐性感染的存在。随着马球运动等新兴项目在国内不断兴起，中国马业向运动型和娱乐型转变进入了实质性的阶段，该病传入风险也日益增高，受制于检测技术的瓶颈，国内HeV检测需求的缺口却越来越大，所以加强HeV检测技术研究和监测对正在兴起的中国赛马业的发展有重要意义。
目前对HeV的诊断方法有如下的几种：
1)现场诊断
在感染过HeV的地区，如果马出现猝死、临床症状出现严重的呼吸***疾病和死后剖检有肺水肿病变就应怀疑该病。
2)实验室诊断
HeV对非洲绿猴肾细胞和PK-13细胞最敏感，可用于病毒的分离。但是事实上HeV可以在多种组织细胞上培养。一般3d内出现典型的致细胞病变效应(CPE)，可以通过荧光抗体检测试验、电子显微镜观察和分子检测进行病毒鉴定。可用病毒中和试验或间接ELISA检测急性和康复阶段血清中的抗体。
常规病毒检测方法中病毒分离与鉴定、血清中和试验(SNT)难以广泛使用，不适合大规模流行病学调查或现场快速诊断。而酶联免疫吸附检测(ELISA)特异性较差，存在交叉反应，易出现假阳性。荧光定量PCR方法虽然特异性和敏感性均较高，重复性好，但仍然具有仪器昂贵、巨大、对实验场地、人员要求高的问题，难以适用于现场大规模筛查，检测时间偏长，需要1～2小时。所有上述方法都不适合在田间条件下或在检疫站进行，并需要高技能的员工和设备齐全的实验室；因此，基于现有检测技术存在时间长、操作不方便及假阳性高等缺点，提供一种准确、灵敏、操作简便、适用于现场快速检测HeV的RAA荧光法，是本领域技术人员亟需解决的问题。
发明内容
有鉴于此，本发明提供了一种RAA荧光法检测HeV的引物、探针及检测方法，可实现在39℃条件下20min内完成HeV的检测，具有快速、灵敏、操作简便、适用于现场快速检测的特点。
为了实现上述目的，本发明采用如下技术方案：
本发明首先提供一种检测HeV的RAA荧光法扩增用引物和探针，所述引物用于检测序列为SEQ ID NO:1的片段，探针检测所述引物扩增的产物；
具体的，所述的引物包含有：
上游引物：5’-CTGATGGAGGTAAAGAAAGGCGGATCAGCTAAAG-3’(SEQ ID NO：5)；
下游引物：5’-CAGCCCTTTGATGGTATTGAGATCACTCTGGAAC-3’(SEQ ID NO：7)；
本发明还提供用于检测上述引物扩增产物的探针，所述探针的序列如下：
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGACTATCAGATTCGGTCTTGA-3’(SEQ IDNO：9)；
所述探针采用荧光报告基团和荧光淬灭基团进行修饰，荧光报告基团修饰在探针序列离5′端碱基数35bp的位置上；荧光淬灭基团修饰在探针序列离3′端碱基数15bp的位置上，荧光报告基团与淬灭基团之间间隔1个碱基A，其中A用idSp替换；
修饰后的探针为：
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGAC/i6FAMdT//idSp//iBHQ1dT/CAGATTCGGTCTTGA-3’。
进一步，所述荧光报告基团为FAM、HEX、TET、JOE或VIC；所述荧光淬灭基团为BHQ1、BHQ2或BHQ3。
优选地，所述荧光报告基团为FAM；所述荧光淬灭基团为BHQ1。
上述的引物和探针用于制备RAA荧光检测试剂盒。
进一步，本发明还提供一种RAA荧光法检测HeV的方法，具体步骤如下：
1)提取待检测对象的核酸样品；
2)将恒温荧光基因检测仪接通电源进行预热，对反应参数进行设置；反应参数设置为39℃，反应时间：20min；
3)在25μL反应缓冲液中加入13.7μL水，浓度为15μM的2.1μL上述的上下游引物和0.6μL探针，充分混合后添加到RAA荧光基础反应试剂中混合，得到反应预混液；
4)在反应管盖上加2.5μL的Mg2+，将4μL所述步骤1)中得到的核酸样品与所述步骤3)中得到的反应预混液充分混合，得到的反应体系放入恒温荧光基因检测仪检测荧光信号；
5)根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
进一步，所述上游引物和下游引物的使用浓度为1～50μM。
优选地，所述上游引物和下游引物的使用浓度为15μM。
进一步，所述探针的浓度为1～50μM。
优选地，所述探针的浓度为15μM。
本发明相比于现有技术具有如下的优点：
1)本发明提供的引物和探针适用于RAA荧光法检测，并且能够准确地检测出HeV，与NiV质粒、马流感病毒(EIV)、马动脉炎病毒(EAV)和马传染性贫血病毒(EIAV)无交叉反应，特异性达100％；
2)本发明提供的检测方法快速、容易实现高通量，同时降低了检测时间和检测成本，本发明提供的基于RAA荧光法快速检测HeV的方法，灵敏度高，反应检测灵敏度在95％的概率下达到39copies/反应；
3)本发明提供的一种RAA荧光法快速检测HeV的方法，能方便快速准确地鉴定HeV，操作简便，检测时间短，20min内完成检测；无需像PCR一样，通过高温变性使DNA解旋后退火，最后再延伸，只需在39℃下进行等温扩增即可完成检测；也无需像LAMP技术一样使用4～6条引物进行扩增且容易产生假阳性。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案，下面将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍，显而易见地，下面描述中的附图仅仅是本发明的实施例，对于本领域普通技术人员来讲，在不付出创造性劳动的前提下，还可以根据提供的附图获得其他的附图。
图1：本发明引物探针组合筛选结果图；
图2：本发明单次系列稀释质粒后HeV灵敏性检测结果图；
图3：本发明HeV质粒灵敏性概率回归分析图；
图4：本发明HeV质粒重复性检测结果图；
图5：本发明HeV质粒的特异性检测结果图；
图6：本发明HeV临床样本检测结果图。
具体实施方式
下面将结合本发明实施例中的附图，对本发明实施例中的技术方案进行清楚、完整地描述，显然，所描述的实施例仅仅是本发明一部分实施例，而不是全部的实施例。基于本发明中的实施例，本领域普通技术人员在没有做出创造性劳动前提下所获得的所有其他实施例，都属于本发明保护的范围。
实施例1
选择HeV N gene保守序列进行引物、探针设计在Genebank中找到相应的全基因序列(www.ncbi.nlm.nih.gov)，运用DNASTAR软件进行同源性分析和Blast序列分析，筛出HeVN gene高度保守序列如下：
CTGATGGAGGTAAAGAAAGGCGGATCAGCTAAAGGAAGGGCCGTTGAGATAATATCTGACATAGGAAATTATGTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGACTATCAGATTCGGTCTTGAAACAAGATACCCTGCACTTGCCCTCAATGAGTTCCAGAGTGATCTCAATACCATCAAAGGGCTGATGCTGCTCTACAGAGAAATAGGGCCTCGAG(SEQ ID NO.1)；
以筛选获得的高度保守序列作为检测目的基因片段，并进行引物、探针设计筛选检测。
根据以上HeV N gene保守序列委托生工生物工程(上海)股份有限公司合成DNA质粒，质粒大小6595bp。
(1)引物设计
设计RAA方法检测用的引物，上游引物和下游引物长度30～35bp；根据HeV N gene保守序列，引物设计包括上游引物和下游引物，上游引物和下游引物各设计序列如下：
RAA-F1：5’-CAATCCATTCTTTGCCTTAACCCAGCAATGGC-3’；SEQ ID NO.2；
RAA-F2：5’-CAGAGATGAGGAATCTCCTCTCACAAAGTCTCTC-3’；SEQ ID NO.3；
RAA-F3：5’-CATGGTGGAAATTCTGATGGAGGTAAAGAAAG-3’；SEQ ID NO.4；
RAA-F4：5’-CTGATGGAGGTAAAGAAAGGCGGATCAGCTAAAG-3’；SEQ ID NO.5；
RAA-R1：5’-CTCGAGGCCCTATTTCTCTGTAGAGCAGCATCAGC-3’；SEQ ID NO.6；
RAA-R2：5’-CAGCCCTTTGATGGTATTGAGATCACTCTGGAAC-3’；SEQ ID NO.7；
RAA-R3：5’-CTCTGGAACTCATTGAGGGCAAGTGCAGGGTATC-3’；SEQ ID NO.8；
RAA-P：5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGACTATCAGATTCGGTCT TGA-3’；SEQ ID NO.9；
将上述引物组合成10个引物组合，引物组合见表1。
表1：HeV特异性引物序列信息
Figure BDA0002347821170000071
Figure BDA0002347821170000081
如图1所示，在10个引物探针组合中，组合6、7、9、10在同一HeV质粒浓度下，出峰时间和荧光值相对较高；通过对6、7、9、10组合的灵敏性检测评估，更优选为组合9，具体为：
RAA-F4：5’-CTGATGGAGGTAAAGAAAGGCGGATCAGCTAAAG-3’；SEQ ID NO.5；
RAA-R2：5’-CAGCCCTTTGATGGTATTGAGATCACTCTGGAAC-3’；SEQ ID NO.7。
(2)探针设计
1)采用RAA技术探针设计原则设计探针，根据HeV N gene保守序列，设计的探针序列为：
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGACTATCAGATTCGGTCTTGA-3’；SEQ IDNO.9。
2)选择荧光修饰基团和荧光淬灭基团
根据实验仪器采用的是无锡奇天生物科学仪器有限公司生产的RAA-F1620荧光基因检测仪，所检测的荧光为FAM荧光，因此荧光修饰基团选为FAM，荧光淬灭基团选为BHQ1；
也可以根据仪器检测荧光的性能，将荧光修饰基团选择为HEX、TET、JOE或VIC；荧光淬灭基团选择BHQ2或BHQ3；
但优选荧光修饰基团为FAM，优选荧光淬灭基团为BHQ1。
3)所述探针的修饰方法包括：荧光报告基团修饰在探针序列离5’端碱基数35bp的位置上；荧光淬灭基团修饰在探针序列离3’端碱基数15bp的位置上，荧光报告基团与淬灭基团之间间隔1个碱基A，碱基A用idSp替换；
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGAC/i6FAMdT//idSp//iBH Q1dT/CAGATTCGGTCTTGA-3’。
(3)引物、探针及质粒均委托生工生物工程(上海)股份有限公司进行合成。
(4)基于RAA荧光法快速检测亨德拉病毒的检测试剂，包括RAA荧光基础反应试剂、反应缓冲液、纯化水、乙酸镁、阳性质控品、阴性质控品、引物和探针；
RAA荧光基础反应试剂为经过低温冷冻干燥的冻干粉，购自江苏奇天基因生物科技有限公司，货号为RAA-F1620，反应规格为50μL，使用前用反应缓冲液进行重溶，反应缓冲液为RAA荧光基础反应试剂配套试剂。
合成的HeV质粒用超微量紫外分光光度计进行浓度测定并进行拷贝数计算，按浓度梯度稀释制备2.4×100copies/μl～2.4×1010copies/μL标准品备用。
阴性质控品为ddH2O或纯化水。上游引物和下游引物的浓度为15μM；探针的浓度为15μM。
实施例2
RAA荧光法检测HeV病毒的方法，包括如下步骤：
(1)将待检样本组织均浆，按组织提取DNA方法提取核酸，-20℃保存备用；如样本为全血、血清、血浆采用裂解、磁珠富集、洗涤、洗脱等步骤提取核酸；
(2)将恒温荧光基因检测仪RAA-F1620接通电源进行预热，对反应参数进行设置，反应参数设置为39℃，反应时间：20min；
(3)在25μL反应缓冲液中加入13.7μL的水，浓度为15μM的2.1μL上下游引物和0.6μL探针，充分混合后添加到RAA荧光基础反应试剂中混合，得到反应预混液；
(4)在反应管盖上加2.5μL的Mg2+，将4μL所述步骤(1)中得到的核酸提取液与所述步骤(3)中得到的反应预混液充分混合，得到的反应体系放入恒温荧光基因检测仪RAA-F1620检测荧光信号；
(5)根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
相对荧光值＝测定荧光值-起始扩增荧光值(实际值标准化为500mV)下面对本发明引物对探针的灵敏度、重复性和特异性进行检测。
1、灵敏度实验
(1)引物
上游引物：5’-CTGATGGAGGTAAAGAAAGGCGGATCAGCTAAAG-3’(SEQ ID NO：5)；
下游引物：5’-CAGCCCTTTGATGGTATTGAGATCACTCTGGAAC-3’(SEQ ID NO：7)；
(2)探针
探针序列为：
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGACTATCAGATTCGGTCTTGA-3’(SEQ IDNO：9)；
采用荧光报告基团(FAM)和荧光淬灭基团(BHQ1)修饰探针；
修饰的探针为：
5’-GTCGAGGAAACAGGAATGGCCGGCTTCTTTGCGAC/i6FAMdT//idSp//iBHQ1dT/CAGATTCGGTCTTGA-3’。
(3)制备质粒工作标准品，分别为：
工作标准品1，含有2.4×104copies/μL HeV病毒质粒非传染性DNA片段。
工作标准品2，含有2.4×103copies/μL HeV病毒质粒非传染性DNA片段。
工作标准品3，含有2.4×102copies/μL HeV病毒质粒非传染性DNA片段。
工作标准品4，含有24copies/μL HeV病毒质粒非传染性DNA片段。
工作标准品5，含有2.4copies/μL HeV病毒质粒非传染性DNA片段。
(4)灵敏度实施方法：
步骤1、配制反应液(按6个反应进行配制)：
从反应缓冲液中吸取150μL加入预先准备好的1.5mL EP管，分别加入82.2μL水，12.6μL引物，3.6μL探针(引物的浓度为15μM，探针的浓度为15μM)，充分混匀，得混匀后的反应液。
步骤2、RAA荧光基础反应试剂重溶
准备6个RAA荧光基础反应试剂，每次吸取43.5μL步骤1中混匀的反应缓冲液分别加入到准备好的6个RAA荧光基础反应试剂管中，使冻干粉充分溶解并混匀，成为RAA反应体系，并做好标记。
步骤3、加样反应
在以上6个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管盖上加2.5μL Mg2+后，分别向管中加入4μL阴性质控品、4μL标准工作品5、4μL标准工作品4、4μL标准工作品3、4μL标准工作品2、4μL标准工作品1为模板，加好样后每个反应管进行充分混匀，每个反应管总体积为50μL。
步骤4、检测及结果
将混匀的6个反应管放入恒温荧光基因检测仪RAA-F1620中，设定反应温度为39℃，反应时间20min。
根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
相对荧光值＝测定荧光值-起始扩增荧光值(实际值标准化为500mV)
检测结果：如图2所示，为单次的RAA灵敏度实验结果；为了确认该方法的检出限，把上述灵敏度实验共重复8次，同时进行qPCR灵敏度实验比对，结合8次RAA灵敏度实验和3次qPCR灵敏度实验结果(如表2)进行概率回归分析，分析结果如图3所示，通过概率分析确定RAA荧光法的分析灵敏度，结果显示，在20min内，95％概率的检出限为39copies/反应，实现快速灵敏的检出结果。
表2：RAA和qPCR灵敏度实验表
Figure BDA0002347821170000121
Figure BDA0002347821170000131
2、重复性实验
(1)引物、探针及阴性质控品序列与实施例1相同。
(2)采用工作标准品3，(含有2.4×102copies/μL HeV质粒非传染性DNA片段)进行8个验证重复性：
(3)重复性实施方法：
步骤1、配制反应液(按9个反应进行配制)：
从反应缓冲液中吸取225μL加入预先准备好的1.5mL EP管，分别加入123.3μL的水，18.9μL引物，5.4μL探针(引物的浓度为15μM，探针的浓度为15μM)，充分混匀，得混匀后的反应液。
步骤2、RAA荧光基础反应试剂重溶
准备9个RAA荧光基础反应试剂，每次吸取43.5μL步骤1中混匀的反应缓冲液分别加入到准备好的9个RAA荧光基础反应试剂管中，使冻干粉充分溶解并混匀，成为RAA反应体系，并做好标记。
步骤3、加样反应
在以上9个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管盖上加2.5μL Mg2+后，在以上9个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管中的一个加入4μL阴性质控品、其他8个反应管中分别加入4μL标准工作品3为模板，加好样后每个反应管进行充分混匀，每个反应管总体积为50μL。
步骤4、检测及结果
将混匀的9个反应管放入恒温荧光基因检测仪RAA-F1620中，设定反应温度为39℃，反应时间20min。
根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
相对荧光值＝测定荧光值-起始扩增荧光值(实际值标准化为500mV)
检测结果如图4所示：结果显示除阴性对照外，工作标准品3全部在20min内均有扩增，重复性较好。
3、特异性实验
(1)引物、探针及阴性质控品序列与实施例1相同。
(2)特异性实验中亨德拉病毒和尼帕病毒质粒由国家外来动物疫病研究中心提供。，马流感病毒(EIV)、马动脉炎病毒(EAV)和马传染性贫血病毒(EIAV)的样本核酸由哈尔滨兽医研究所提供。
(3)样本提取方法：
组织样本先进行均浆，再按天根商品化组织提取DNA方法提取核酸；全血、血清、血浆按采用裂解、磁珠富集、洗涤、洗脱等步骤提取核酸；-20℃保存备用。
(4)特异性实验实施方法：
步骤1、配制反应液(按7个反应进行配制)：
从反应缓冲液中吸取175μL加入预先准备好的1.5mL EP管，分别加入95.9μL的水，14.7μL引物，4.2μL探针(引物的浓度为15μM，探针的浓度为15μM)，充分混匀，得混匀后的反应液。
步骤2、RAA荧光基础反应试剂重溶
准备7个RAA荧光基础反应试剂，每次吸取43.5μL步骤1中混匀的反应缓冲液分别加入到准备好的7个RAA荧光基础反应试剂管中，使冻干粉充分溶解并混匀，成为RAA反应体系，并做好标记。
步骤3、加样反应
在以上7个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管盖上加2.5μL Mg2+后，在以7个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管中的1个加入4μL阴性质控品、其他6个反应管中分别加入4μL工作标准品3、3.5×106copies/μL NiV质粒、3.5×102copies/μL NiV质粒、EIV、EAV和EIAV的样本核酸，加好样后每个反应管进行充分混匀，每个反应管总体积为50μL。
步骤4、检测及结果
将混匀的7个反应管放入恒温荧光基因检测仪RAA-F1620中，设定反应温度为39℃，反应时间20min。
根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
相对荧光值＝测定荧光值-起始扩增荧光值(实际值标准化为500mV)
检测结果如图5所示：结果显示只有工作标准品3有明显扩增，NiV质粒、EIV、EAV和EIAV的样本核酸均没有明显扩增，显示出良好的特异性。
实施例3实际样本检测
(1)引物、探针及阴性质控品序列与实施例1相同。
(2)实验中临床样本1～14共计14个，由国家外来动物疫病研究中心提供；
(3)样本提取方法：
组织样本先进行均浆，再按天根商品化组织提取DNA方法提取核酸；血清、血浆按采用裂解、磁珠富集、洗涤、洗脱等步骤提取核酸；-20℃保存备用；
(4)实施方法
步骤1、配制反应液(按16个反应进行配制)：
从反应缓冲液中吸取400μL加入预先准备好的1.5mL EP管，分别加入219.2μL的水，33.6μL引物，9.6μL探针(引物的浓度为15μM，探针的浓度为15μM)，充分混匀，得混匀后的反应液。
步骤2、RAA荧光基础反应试剂重溶
准备16个RAA荧光基础反应试剂，每次吸取43.5μL步骤1中混匀的反应缓冲液分别加入到准备好的16个RAA荧光基础反应试剂管中，使冻干粉充分溶解并混匀，成为RAA反应体系，并做好标记。
步骤3、加样反应
在以上16个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管盖上加2.5μL Mg2+后，在以上16个配制好的RAA荧光基础反应试剂试管中的1个加入4μL阴性质控品、1个加入工作标准品3，其他14个反应管中分别加入4μL HeV样本核酸，加好样后每个反应管进行充分混匀，每个反应管总体积为50μL。
步骤4、检测及结果
将混匀的16个反应管放入恒温荧光基因检测仪RAA-F1620中，设定反应温度为39℃，反应时间20min。
根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性。
相对荧光值＝测定荧光值-起始扩增荧光值(实际值标准化为500mV)
检测结果如图6所示：结果显示14例HeV样本核酸通过RAA检测方法和qPCR检测方法的结果一致性为100％，均为阴性；阴性对照样品无扩增，而阳性对照样品出现目标曲线。
对所公开的实施例的上述说明，使本领域专业技术人员能够实现或使用本发明。对这些实施例的多种修改对本领域的专业技术人员来说将是显而易见的，本文中所定义的一般原理可以在不脱离本发明的精神或范围的情况下，在其它实施例中实现。因此，本发明将不会被限制于本文所示的这些实施例，而是要符合与本文所公开的原理和新颖特点相一致的最宽的范围。
序列表
<110> 中国动物卫生与流行病学中心 江苏奇天基因生物科技有限公司
<120> 一种检测亨德拉病毒的RAA引物探针及检测方法
<160> 9
<170> SIPOSequenceListing 1.0
<210> 1
<211> 220
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 1
ctgatggagg taaagaaagg cggatcagct aaaggaaggg ccgttgagat aatatctgac 60
ataggaaatt atgtcgagga aacaggaatg gccggcttct ttgcgactat cagattcggt 120
cttgaaacaa gataccctgc acttgccctc aatgagttcc agagtgatct caataccatc 180
aaagggctga tgctgctcta cagagaaata gggcctcgag 220
<210> 2
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 2
caatccattc tttgccttaa cccagcaatg gc 32
<210> 3
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 3
cagagatgag gaatctcctc tcacaaagtc tctc 34
<210> 4
<211> 32
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 4
catggtggaa attctgatgg aggtaaagaa ag 32
<210> 5
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 5
ctgatggagg taaagaaagg cggatcagct aaag 34
<210> 6
<211> 35
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 6
ctcgaggccc tatttctctg tagagcagca tcagc 35
<210> 7
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 7
cagccctttg atggtattga gatcactctg gaac 34
<210> 8
<211> 34
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 8
ctctggaact cattgagggc aagtgcaggg tatc 34
<210> 9
<211> 53
<212> DNA
<213> 人工序列(Artificial Sequence)
<400> 9
gtcgaggaaa caggaatggc cggcttcttt gcgactatca gattcggtct tga 53

Claims (10)

1.一种检测HeV的RAA荧光法扩增用引物和探针，其特征在于，所述的引物用于检测序列为SEQ ID NO:1的片段，探针检测所述引物扩增的产物。
2.如权利要求1所述的引物和探针，其特征在于，所述的引物，其上游引物的序列为SEQID NO：5；下游引物的序列为SEQ ID NO：7。
3.如权利要求1所述的引物和探针，其特征在于，所述的探针采用荧光报告基团和荧光淬灭基团进行修饰，荧光报告基团修饰在探针序列离5′端碱基数35bp的位置上；荧光淬灭基团修饰在探针序列离3′端碱基数15bp的位置上，荧光报告基团与淬灭基团之间间隔1个碱基。
4.如权利要求3所述的引物和探针，其特征在于，所述的荧光报告基团为FAM、HEX、TET、JOE或VIC；所述荧光淬灭基团为BHQ1、BHQ2或BHQ3。
5.如权利要求3所述的引物和探针，其特征在于，所述的荧光报告基团为FAM；所述荧光淬灭基团为BHQ1。
6.如权利要求3所述的引物和探针，其特征在于，所述的探针的序列为SEQ ID NO：10。
7.如权利要求3所述的引物和探针，其特征在于，所述的探针采用荧光报告基团和荧光淬灭基团进行修饰，荧光报告基团修饰在探针序列离5′端碱基数35bp的位置上；荧光淬灭基团修饰在探针序列离3′端碱基数15bp的位置上，荧光报告基团与淬灭基团之间间隔1个碱基A，其中A用idSp替换。
8.权利要求1-7任一项所述的引物和探针在制备RAA荧光检测试剂盒中的应用。
9.一种RAA荧光检测试剂盒，其特征在于，所述的试剂盒包含有权利要求1-7任一项所述的引物和探针。
10.一种RAA荧光法检测HeV的方法，其特征在于，所述的方法使用权利要求1-7任一项所述的引物和探针；其中包括如下的方法：
1)提取待检测对象的核酸样品；
2)将恒温荧光基因检测仪接通电源进行预热，对反应参数进行设置；反应参数设置为39℃，反应时间：20min；
3)在25μL反应缓冲液中加入13.7μL水，浓度为15μM的2.1μL上述的上下游引物和0.6μL探针，充分混合后添加到RAA荧光基础反应试剂中混合，得到反应预混液；
4)在反应管盖上加2.5μL的Mg2+，将4μL所述步骤1)中得到的核酸样品与所述步骤3)中得到的反应预混液充分混合，得到的反应体系放入恒温荧光基因检测仪检测荧光信号；
5)根据RAA-F1620检测仪器中的阳性判定方法，可以按扩增曲线来判定，有明显扩增曲线，且上游引物和下游引物扩增的曲线相对荧光值大于1500mV判定为阳性，无明显扩增曲线且相对荧光值小于1500mV的判定为阴性；
所述上游引物和下游引物的使用浓度为1～50μM；
所述上游引物和下游引物的使用浓度为15μM。
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