CN110904235A - 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒 - Google Patents

检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒 Download PDF

Info

Publication number
CN110904235A
CN110904235A CN201911327579.1A CN201911327579A CN110904235A CN 110904235 A CN110904235 A CN 110904235A CN 201911327579 A CN201911327579 A CN 201911327579A CN 110904235 A CN110904235 A CN 110904235A
Authority
CN
China
Prior art keywords
gene
alk
dna
ros
fusion
Prior art date
Legal status (The legal status is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the status listed.)
Pending
Application number
CN201911327579.1A
Other languages
English (en)
Inventor
余涛
金泰庆
王志强
万季
宋麒
Current Assignee (The listed assignees may be inaccurate. Google has not performed a legal analysis and makes no representation or warranty as to the accuracy of the list.)
Shenzhen Neocura Biotechnology Corp
Original Assignee
Shenzhen Neocura Biotechnology Corp
Priority date (The priority date is an assumption and is not a legal conclusion. Google has not performed a legal analysis and makes no representation as to the accuracy of the date listed.)
Filing date
Publication date
Application filed by Shenzhen Neocura Biotechnology Corp filed Critical Shenzhen Neocura Biotechnology Corp
Priority to CN201911327579.1A priority Critical patent/CN110904235A/zh
Publication of CN110904235A publication Critical patent/CN110904235A/zh
Pending legal-status Critical Current

Links

Images

Classifications

    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q1/00—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions
    • C12Q1/68—Measuring or testing processes involving enzymes, nucleic acids or microorganisms; Compositions therefor; Processes of preparing such compositions involving nucleic acids
    • C12Q1/6876—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes
    • C12Q1/6883—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material
    • C12Q1/6886—Nucleic acid products used in the analysis of nucleic acids, e.g. primers or probes for diseases caused by alterations of genetic material for cancer
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/106—Pharmacogenomics, i.e. genetic variability in individual responses to drugs and drug metabolism
    • C—CHEMISTRY; METALLURGY
    • C12—BIOCHEMISTRY; BEER; SPIRITS; WINE; VINEGAR; MICROBIOLOGY; ENZYMOLOGY; MUTATION OR GENETIC ENGINEERING
    • C12Q—MEASURING OR TESTING PROCESSES INVOLVING ENZYMES, NUCLEIC ACIDS OR MICROORGANISMS; COMPOSITIONS OR TEST PAPERS THEREFOR; PROCESSES OF PREPARING SUCH COMPOSITIONS; CONDITION-RESPONSIVE CONTROL IN MICROBIOLOGICAL OR ENZYMOLOGICAL PROCESSES
    • C12Q2600/00—Oligonucleotides characterized by their use
    • C12Q2600/156—Polymorphic or mutational markers

Landscapes

  • Chemical & Material Sciences (AREA)
  • Life Sciences & Earth Sciences (AREA)
  • Health & Medical Sciences (AREA)
  • Organic Chemistry (AREA)
  • Proteomics, Peptides & Aminoacids (AREA)
  • Engineering & Computer Science (AREA)
  • Immunology (AREA)
  • Pathology (AREA)
  • Analytical Chemistry (AREA)
  • Zoology (AREA)
  • Genetics & Genomics (AREA)
  • Wood Science & Technology (AREA)
  • Physics & Mathematics (AREA)
  • Biotechnology (AREA)
  • Microbiology (AREA)
  • Molecular Biology (AREA)
  • Hospice & Palliative Care (AREA)
  • Biophysics (AREA)
  • Oncology (AREA)
  • Biochemistry (AREA)
  • Bioinformatics & Cheminformatics (AREA)
  • General Engineering & Computer Science (AREA)
  • General Health & Medical Sciences (AREA)
  • Measuring Or Testing Involving Enzymes Or Micro-Organisms (AREA)

Abstract

本发明公开了一种检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、应用、方法和试剂盒。本发明的基因panel，包含15,027个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针，所述靶向DNA包括人类基因组上357个基因的外显子区域，和511个用于捕获基因融合的探针。本发明基因panel可一次性检测多个位点的DNA突变及变异，以便在癌症免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案，可用于测量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA等多种类型的生物标志物。

Description

检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和 试剂盒
技术领域
本发明涉及生物技术、DNA突变检测技术和生物信息学领域，尤其涉及一种检测肿瘤突变负荷和特定基因突变的基因panel。具体而言，本发明涉及一个可覆盖357个基因全部外显子区及511个基因融合事件的探针组合，用于检测肿瘤突变负荷，测量基因组微卫星不稳定性(MSI)和对癌症样本基因组多种类型的突变进行检测。本发明基于DNA突变检测而对肿瘤突变负荷进行定量，以预测个别患者对特定抗癌免疫治疗的反应，还可基于基因组突变为癌症患者提供最优抗癌药物及治疗方案。
背景技术
癌症是导致人类死亡的主要原因之一，传统的癌症治疗方法主要包括手术、放疗和化疗，但随着医学科学的进步，免疫治疗、靶向治疗、介入治疗、射频治疗等新治疗方式不断涌现，为癌症患者提供了新的治疗选择。
靶向癌症疗法是药物或其他物质，通过干扰与癌症的生长、进展和扩散有关的特定分子("分子靶点")来阻止癌症的生长和扩散。靶向疗法是目前许多抗癌药物开发的重点，它是精准医学的基石。靶向疗法需要确定良好的目标，即在癌细胞生长和生存中发挥关键作用的目标。一种确定潜在靶点的方法是确定癌细胞是否产生推动癌症进展的突变(改变)蛋白质。例如，细胞生长信号蛋白BRAF在许多黑色素瘤中以突变的形式存在(如BRAFV600E)。韦穆拉费尼布
Figure BDA0002328777370000011
针对BRAF蛋白的这种突变形式，并获准用于治疗患者含有这种改变的BRAF蛋白的黑色素瘤。
癌细胞中还存在染色体的异常。有时这些染色体异常导致一个融合基因，其产物称为融合蛋白。这种融合蛋白是靶向癌症治疗的潜在靶点。例如，imatinib mesylate
Figure BDA0002328777370000012
以BCR-ABL融合蛋白为目标，该蛋白由两个基因片段组成，这些基因在一些白血病细胞中结合在一起，促进白血病细胞。
对于某些类型的癌症，大多数癌症患者将有一个合适的靶向治疗目标。CML就是一个例子：大多数患者都有BCR-ABL融合基因。然而，对于许多其他癌症类型，必须测试患者的肿瘤组织以确定是否存在适当的靶点。靶向疗法的使用可能仅限于肿瘤具有特定基因突变的患者，没有突变的患者则不适合使用靶向治疗。因此，通过基因检测以确定肿瘤患者是否含有对应靶向治疗的基因突变是靶向治疗的关键。
近年来，癌症的免疫治疗作为一种全新的治疗模式，由于其能够对许多类型的癌症进行有效管控，因此已成为癌症治疗领域的一大研究热点。癌症免疫治疗是通过增强人体本身的免疫***，清除体内的肿瘤细胞，具体包括过继细胞疗法、免疫检查点阻断剂、非特异性免疫激活剂与癌症疫苗四大类疗法。然而，由于癌症免疫治疗针对非常具体的细胞机制，因此有必要预先对癌症患者个体全面的分子概况(如基因组改变、肿瘤突变负荷等)进行准确充分的了解，其中，肿瘤突变负荷(TMB)是在免疫治疗选择里最广为人知的指标之一。
发明内容
为了快速、高效、准确地对肿瘤突变类型及突变负荷进行预测，以便在癌症靶向药物及肿瘤免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案。本发明提供了一种能够检测肿瘤突变负荷和基因组特定基因突变的panel，该panel是针对357个基因的外显子区域和511个基因融合区域设计的，可一次性检测多个位点的DNA突变。该panel可用于测量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB等多种类型的生物标志物。
本发明的第一方面在于提供一种检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel(探针组合)，包括若干用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针和用于捕获基因融合的融合DNA探针；
所述靶向DNA是指人类基因组上基因的外显子区域，所述基因融合是指人类基因对融合产生的DNA片段。
利用本panel结合二代测序技术能够一次性检测多个位点的多种DNA突变或变异(SNV、Indel、CNV、基因融合)，以便在癌症治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化靶向治疗药物及方案，此外，本发明panel还可用于测量基因组MSI、TMB及HLA以用于肿瘤免疫治疗疗效评估。
在本发明的一些实施方式中，所述靶向DNA探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合，优选地，所述基因panel上包含15,027个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针，所述靶向DNA包括人类基因组上下述357个基因的外显子区域中的一个或多个：
ABL2，ARAF，AXL，B2M，BARD1，BCL6，BCOR，BLM，BRIP1，CIC，ECSIT，ETV6，FANCA，FANCI，FANCM，FUBP1，GATA2，IFNGR1，IFNGR2，IKBKE，JAK1，JAK3，MDM2，MLH1，MSH2，MSH3，MSH6，MYCN，NBN，NOTCH3，PALB2，PIK3C2G，PIK3CB，PLCG2，PMS1，PMS2，POLE，POLE2，PTCH1，RAD50，RNF43，ROS1，STAT3，STAT5B，TP53BP1，TSC1，ABL1，AKT2，AKT3，ALK，BCL2，BCL2L11，BIRC3，BTK，CALR，CBL，CCND2，CCND3，CCNE1，CD274，CDK4，CDK6，CHEK1，CXCR4，DDR2，EPCAM，ERBB2，ERBB3，ESR1，FANCC，FANCD2，FANCE，FANCF，FANCG，FANCL，FGF19，FGF3，FGF4，FGFR1，FGFR4，FOXL2，GNA11，GNAQ，GNAS，H3F3A，HOXB13，HRAS，IKZF1，IRF1，JAK2，KDR，MAP2K1，MAP2K2，MAPK1，MDM4，MEN1，MET，MPL，MRE11，MUTYH，MYC，MYD88，NF2，NOTCH2，NOTCH4，NRG1，NTRK1，NTRK2，NTRK3，PAK1，PDCD1LG2，PDGFRB，PIAS4，POLD1，RAD51，RAD51B，RAD51C，RAD51D，RAD54L，RAF1，REL，RET，RPA1，SMARCA4，SMARCB1，SMO，SOCS1，SRSF2，TAP1，TAP2，TERT，TSC2，YAP1，ZRSR2，APC，ARID1A，ASXL1，ATM，ATR，ATRX，AXIN2，BRAF，BRCA1，BRCA2，CDH1，DNMT3A，ERBB4，FBXW7，FGFR3，IDH1，IDH2，NF1，NFE2L2，PBRM1，PTEN，RB1，SETBP1，SETD2，SMAD4，TET2，TP53，AKT1，AR，BAP1，CCND1，CDK12，CDKN2A，CEBPA，CHEK2，CTNNB1，EGFR，EZH2，FGFR2，FLT3，KEAP1，KIT，KRAS，MTOR，NOTCH1，NPM1，NRAS，PDGFRA，PIK3CA，PTPN11，RUNX1，SF3B1，STAG2，STK11，TGFBR2，U2AF1，VHL，WT1，ACVR2A，ACVR1B，AJUBA，ARHGAP35，ARID5B，B4GALT3，CBFB，CDKN1A，CDKN1B，CDKN2C，CRIPAK，CTCF，EGR3，EIF4A2，ELF3，EP300，EPHA3，EPHB6，EPPK1，ERCC2，FOXA1，FOXA2，GATA3，H3F3C，HGF，HIST1H1C，HIST1H2BD，KDM5C，KDM6A，KMT2B，KMT2C，KMT2D，LIFR，LRRK2，MALAT1，MAP2K4，MAP3K1，MAPK8IP1，MECOM，MIR142，NAV3，NCOR1，NFE2L3，NSD1，PCBP1，PHF6，PIK3CG，PIK3R1，POLQ，PPP2R1A，PRX，RAD21，RPL22，RPL5，SIN3A，SMAD2，SMC1A，SMC3，SOX17，SOX9，SPOP，TAF1，TBL1XR1，TBX3，TLR4，TSHZ2，TSHZ3，USP9X，VEZF1，ABCB1，ABRAXAS1，BMPR1A，CFTR，FH，GALNT12，GEN1，GREM1，HIST1H3B，HIST1H3C，NTHL1，PALLD，PRSS1，RHBDF2，RPS20，SDHA，SDHB，SDHC，SDHD，SPINK1，VSIG10L，ALPK2，ANO10，ASAH2，ATP11B，BCORL1，C10orf88，C11orf80，CASP5，CASP8，CCDC168，CCDC43，CDS1，CEP290，CHD4，CSF3R，DIAPH3，DNAJA2，DOCK8，ESRP1，FAM8A1，FSCB，GLI1，GRB14，HCST，HNRNPCL2，IGF2R，IRS4，KCNMA1，KIAA1279，KIN，LARP4B，LRRIQ3，MCHR2，METTL17，MYO3A，MYOF，NDUFC2，OR6C68，PIGB，PPT1，PRAMEF4，PRDM10，PRDM2，PSMD9，PSME4，RECQL，RNF128，SEC31A，SENP1，SERPINB10，SLAMF1，SLC16A4，SLC35F5，SLC3A2，SMC6，SPAG9，SRPR，SYCP2，TAF3，TCEB3，TCF7L2，TDRD1，TEAD2，TMEM22，TMEM57，TTK，USP26，VPS33A，WDR60，ZFP37，ZFP82，ZFR，ZNF223，ZNF609，ZSWIM8。
在本发明的一些实施方式中，所述融合DNA探针是覆盖基因融合区域的全部探针组合，优选地，所述基因panel上包含511个用于捕获基因融合的探针，所述基因融合包括下述人类基因对融合产生的DNA片段中的一个或多个：ATIC-ALK，BCL2L11-BCL2L11，BCR-ABL1，C2orf44-ALK，CARS-ALK，CCDC6-RET，CD74-NRG1，CD74-ROS1，CLIP1-ROS1，CLTC-ALK，DCTN1-ALK，EML4-ALK，ERC1-RET，ERC1-ROS1，ETV6-NTRK3，EZR-ROS1，FGFR1-TACC1，FGFR1-ZNF703，FGFR3-BAIAP2L1，FGFR3-TACC3，FN1-ALK，GOLGA5-RET，GOPC-ROS1，HIP1-ALK，HLA-A-ROS1，HOOK3-RET，KIAA1598-ROS1，KIF5B-ALK，KIF5B-RET，KLC1-ALK，LMNA-NTRK1，LRIG3-ROS1，MSN-ALK，MYO5A-ROS1，NACC2-NTRK2，NPM1-ALK，NTRK3-ETV6，PCM1-RET，PPFIBP1-ALK，PPFIBP1-ROS1，PRKAR1A-RET，PWWP2A-ROS1，QKI-NTRK2，RANBP2-ALK，SDC4-ROS1，SEC31A-ALK，SLC34A2-ROS1，SQSTM1-ALK，STRN-ALK，TP53-NTRK1，TPM3-ALK，TPM3-NTRK1，TPM3-ROS1，TPM4-ALK，TRIM24-RET，TRIM27-RET，TRIM33-RET，VCL-ALK。
在本发明的一些实施方式中，所述靶向DNA探针和融合DNA探针均为核苷酸寡聚物，并分别与靶向DNA或DNA融合互补。
在本发明的一些实施方式中，所述靶向DNA探针和融合DNA探针的探头大小为75～200个核苷酸，优选为平均大小为120个核苷酸。
在本发明的一些实施方式中，所述靶向DNA探针和融合DNA探针可以从商业化探针生产商购买。优选地，可以从美国Integrated DNA Technologies,Inc.(IDT)购买。
本发明的第二方面在于提供一种利用第一方面所述的基因panel来检测基因组突变的方法，所述基因panel的检测基因组突变是通过对比靶向DNA序列和野生型参考DNA序列来进行的，所述基因组突变是指与野生型参考DNA序列相比，靶向DNA序列发生了核苷酸变化，包括SNV、Indel、CNV、基因与基因融合。
在本发明的一些实施方式中，包括以下步骤：
S1，NGS文库准备；
S2，使用基因panel捕获目标DNA，优选在在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时，使用DynabeadsTM M-270链霉抗生物素蛋白磁珠对捕获的目标DNA进行分离，然后纯化；使用PCR方法扩增靶向DNA文库并进行纯化；
S3，下一代测序和突变检测，优选为通过质量控制的序列与参考基因组序列对比，使用突变调用算法检测序列，并读取DNA突变。
本发明的第三方面在于提供一种第一方面所述的基因panel在制备肿瘤医学产品中的应用。
在本发明的一些实施方式中，所述基因panel的检测基因组突变是通过对比靶向DNA序列和野生型参考DNA序列来进行的，所述基因组突变是指与野生型参考DNA序列相比，靶向DNA序列发生了核苷酸变化，包括核苷酸变异(SNV)、核苷酸***、核苷酸删除、拷贝数变异(CNV)、核苷酸易位、基因与基因融合。
在本发明的一些实施方式中，所述肿瘤医学产品包括用于检查微卫星不稳定状态、测算肿瘤突变负荷、预测免疫治疗响应能力、选择靶向治疗药物或治疗方案以及评估个体肿瘤易感性中的一种或多种的产品。
在本发明的一些实施方式中，所述肿瘤医学产品包括通过对肿瘤突变负荷、微卫星不稳定状态、基因组突变、目的基因类型的检测，为癌症患者提供个体化免疫治疗药物及免疫治疗方案的产品。
在本发明的一些实施方式中，所述肿瘤医学产品包括检测下列生物标志物中一种或多种的产品：SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA。
本发明的第四方面在于提供一种试剂盒，包括第一方面所述的基因panel。
本发明的有益效果在于：
本发明基因panel的探针组合可以同时检测肿瘤突变负荷，MSI，HLA，以及靶向药物相关基因突变，从而可以全面对肿瘤免疫治疗，肿瘤靶向药物治疗等个体化治疗方案进行综合评估。本发明基因panel能够快速、高效、准确地对新抗原负荷进行预测，还可一次性检测多个位点的DNA突变，以便在癌症免疫治疗过程中根据患者的基因组特征选择最优的个体化治疗药物及方案，可用于测量SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA等多种类型的生物标志物。
附图说明
图1：本发明基因panel使用工作流程图。
图2：使用本panel进行靶向捕获构建二代测序(NGS)文库，使用Tapestation4200***进行质检的结果。
具体实施方式
以下通过特定的具体实例说明本发明的实施方式，本领域技术人员可由本说明书所揭露的内容轻易地了解本发明的其他优点与功效。本发明还可以通过另外不同的具体实施方式加以实施或应用，本说明书中的各项细节也可以基于不同观点与应用，在没有背离本发明的精神下进行各种修饰或改变。
在进一步描述本发明具体实施方式之前，应理解，本发明的保护范围不局限于下述特定的具体实施方案；还应当理解，本发明实施例中使用的术语是为了描述特定的具体实施方案，而不是为了限制本发明的保护范围。
当实施例给出数值范围时，应理解，除非本发明另有说明，每个数值范围的两个端点以及两个端点之间任何一个数值均可选用。除非另外定义，本发明中使用的所有技术和科学术语与本技术领域技术人员通常理解的意义相同。除实施例中使用的具体方法、设备、材料外，根据本技术领域的技术人员对现有技术的掌握及本发明的记载，还可以使用与本发明实施例中所述的方法、设备、材料相似或等同的现有技术的任何方法、设备和材料来实现本发明。
实施例：
1、NGS文库准备
(1)使用10ng标准品参照cfDNA(
Figure BDA0002328777370000061
ctDNA Reference Material，AF 1％，AF0.5％，货号0710-0204，0710-0205)，并使用NEBNext Ultra II DNA library Prep Kit(NEB，产品代码E7645S)进行NGS文库制备；
(2)使用Qubit 3.0荧光定量仪和Tapestation4200***检查NGS文库的数量和质量。
2、使用基因panel捕获目标DNA
(1)使用100-500ng的文库来做目标捕获；
(2)在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时；
所述靶向DNA探针和融合DNA探针为从美国Integrated DNA Technologies,Inc.(IDT)购买的商业化探针；
所述靶向DNA探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合，所述基因panel上包含15,027个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针，所述靶向DNA包括人类基因组上下述357个基因的外显子区域：
ABL2，ARAF，AXL，B2M，BARD1，BCL6，BCOR，BLM，BRIP1，CIC，ECSIT，ETV6，FANCA，FANCI，FANCM，FUBP1，GATA2，IFNGR1，IFNGR2，IKBKE，JAK1，JAK3，MDM2，MLH1，MSH2，MSH3，MSH6，MYCN，NBN，NOTCH3，PALB2，PIK3C2G，PIK3CB，PLCG2，PMS1，PMS2，POLE，POLE2，PTCH1，RAD50，RNF43，ROS1，STAT3，STAT5B，TP53BP1，TSC1，ABL1，AKT2，AKT3，ALK，BCL2，BCL2L11，BIRC3，BTK，CALR，CBL，CCND2，CCND3，CCNE1，CD274，CDK4，CDK6，CHEK1，CXCR4，DDR2，EPCAM，ERBB2，ERBB3，ESR1，FANCC，FANCD2，FANCE，FANCF，FANCG，FANCL，FGF19，FGF3，FGF4，FGFR1，FGFR4，FOXL2，GNA11，GNAQ，GNAS，H3F3A，HOXB13，HRAS，IKZF1，IRF1，JAK2，KDR，MAP2K1，MAP2K2，MAPK1，MDM4，MEN1，MET，MPL，MRE11，MUTYH，MYC，MYD88，NF2，NOTCH2，NOTCH4，NRG1，NTRK1，NTRK2，NTRK3，PAK1，PDCD1LG2，PDGFRB，PIAS4，POLD1，RAD51，RAD51B，RAD51C，RAD51D，RAD54L，RAF1，REL，RET，RPA1，SMARCA4，SMARCB1，SMO，SOCS1，SRSF2，TAP1，TAP2，TERT，TSC2，YAP1，ZRSR2，APC，ARID1A，ASXL1，ATM，ATR，ATRX，AXIN2，BRAF，BRCA1，BRCA2，CDH1，DNMT3A，ERBB4，FBXW7，FGFR3，IDH1，IDH2，NF1，NFE2L2，PBRM1，PTEN，RB1，SETBP1，SETD2，SMAD4，TET2，TP53，AKT1，AR，BAP1，CCND1，CDK12，CDKN2A，CEBPA，CHEK2，CTNNB1，EGFR，EZH2，FGFR2，FLT3，KEAP1，KIT，KRAS，MTOR，NOTCH1，NPM1，NRAS，PDGFRA，PIK3CA，PTPN11，RUNX1，SF3B1，STAG2，STK11，TGFBR2，U2AF1，VHL，WT1，ACVR2A，ACVR1B，AJUBA，ARHGAP35，ARID5B，B4GALT3，CBFB，CDKN1A，CDKN1B，CDKN2C，CRIPAK，CTCF，EGR3，EIF4A2，ELF3，EP300，EPHA3，EPHB6，EPPK1，ERCC2，FOXA1，FOXA2，GATA3，H3F3C，HGF，HIST1H1C，HIST1H2BD，KDM5C，KDM6A，KMT2B，KMT2C，KMT2D，LIFR，LRRK2，MALAT1，MAP2K4，MAP3K1，MAPK8IP1，MECOM，MIR142，NAV3，NCOR1，NFE2L3，NSD1，PCBP1，PHF6，PIK3CG，PIK3R1，POLQ，PPP2R1A，PRX，RAD21，RPL22，RPL5，SIN3A，SMAD2，SMC1A，SMC3，SOX17，SOX9，SPOP，TAF1，TBL1XR1，TBX3，TLR4，TSHZ2，TSHZ3，USP9X，VEZF1，ABCB1，ABRAXAS1，BMPR1A，CFTR，FH，GALNT12，GEN1，GREM1，HIST1H3B，HIST1H3C，NTHL1，PALLD，PRSS1，RHBDF2，RPS20，SDHA，SDHB，SDHC，SDHD，SPINK1，VSIG10L，ALPK2，ANO10，ASAH2，ATP11B，BCORL1，C10orf88，C11orf80，CASP5，CASP8，CCDC168，CCDC43，CDS1，CEP290，CHD4，CSF3R，DIAPH3，DNAJA2，DOCK8，ESRP1，FAM8A1，FSCB，GLI1，GRB14，HCST，HNRNPCL2，IGF2R，IRS4，KCNMA1，KIAA1279，KIN，LARP4B，LRRIQ3，MCHR2，METTL17，MYO3A，MYOF，NDUFC2，OR6C68，PIGB，PPT1，PRAMEF4，PRDM10，PRDM2，PSMD9，PSME4，RECQL，RNF128，SEC31A，SENP1，SERPINB10，SLAMF1，SLC16A4，SLC35F5，SLC3A2，SMC6，SPAG9，SRPR，SYCP2，TAF3，TCEB3，TCF7L2，TDRD1，TEAD2，TMEM22，TMEM57，TTK，USP26，VPS33A，WDR60，ZFP37，ZFP82，ZFR，ZNF223，ZNF609，ZSWIM8。所述融合DNA探针是覆盖基因融合区域所有外显子的全部探针组合，所述基因panel上包含511个用于捕获基因融合的探针，所述基因融合包括下述人类基因对融合产生的58个DNA片段中：ATIC-ALK，BCL2L11-BCL2L11，BCR-ABL1，C2orf44-ALK，CARS-ALK，CCDC6-RET，CD74-NRG1，CD74-ROS1，CLIP1-ROS1，CLTC-ALK，DCTN1-ALK，EML4-ALK，ERC1-RET，ERC1-ROS1，ETV6-NTRK3，EZR-ROS1，FGFR1-TACC1，FGFR1-ZNF703，FGFR3-BAIAP2L1，FGFR3-TACC3，FN1-ALK，GOLGA5-RET，GOPC-ROS1，HIP1-ALK，HLA-A-ROS1，HOOK3-RET，KIAA1598-ROS1，KIF5B-ALK，KIF5B-RET，KLC1-ALK，LMNA-NTRK1，LRIG3-ROS1，MSN-ALK，MYO5A-ROS1，NACC2-NTRK2，NPM1-ALK，NTRK3-ETV6，PCM1-RET，PPFIBP1-ALK，PPFIBP1-ROS1，PRKAR1A-RET，PWWP2A-ROS1，QKI-NTRK2，RANBP2-ALK，SDC4-ROS1，SEC31A-ALK，SLC34A2-ROS1，SQSTM1-ALK，STRN-ALK，TP53-NTRK1，TPM3-ALK，TPM3-NTRK1，TPM3-ROS1，TPM4-ALK，TRIM24-RET，TRIM27-RET，TRIM33-RET，VCL-ALK。
(3)使用DynabeadsTM M-270链霉抗生物素蛋白磁珠对捕获的目标DNA进行分离，然后纯化；
(4)使用PCR方法扩增靶向DNA文库并进行纯化；
(5)使用Qubit 3.0荧光定量仪和Tapestation4200***检查捕获库的数量和质量(参见图2)。
3、下一代测序和突变检测
(1)捕获的库将提交到Illumina NGS测序仪(如Illumina HiSeqX)以生成原始序列数据文件(即FASTQ文件)；
(2)采集的序列读取被馈送到序列质量控制检测程序以生成序列QC报告；
(3)通过质量控制的序列与参考基因组序列对比(hg38基因组)；
(4)使用突变调用算法检测序列，并读取DNA突变；
(5)检测到的部分突变结果汇总到下表1中。
表1基因突变检测结果
Figure BDA0002328777370000081
Figure BDA0002328777370000091
由表1可以看出，使用本panel对标准品参照DNA进行靶向捕获文库构建，测序结果表明，参照品含有的10种突变类型全部被检测出，突变频率与预期基本一致，最低可检测到0.5％以下的突变。因此可以满足对肿瘤组织及血浆游离DNA等高异质样本的检测要求。
以上对本发明优选的具体实施方式和实施例作了详细说明，但是本发明并不限于上述实施方式和实施例，在本领域技术人员所具备的知识范围内，还可以在不脱离本发明构思的前提下作出各种变化。

Claims (10)

1.检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel，包括若干用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针和用于捕获基因融合的融合DNA探针；
所述靶向DNA是指人类基因组上基因的外显子区域，所述基因融合是指人类基因对融合产生的DNA片段。
2.根据权利要求1所述的基因panel，其特征在于，所述靶向DNA探针是覆盖所对应基因全部外显子区域的全部探针组合，优选地，所述基因panel上包含15,027个用于捕获靶向DNA的靶向DNA探针，所述靶向DNA包括人类基因组上下述357个基因的外显子区域中的一个或多个：
ABL2，ARAF，AXL，B2M，BARD1，BCL6，BCOR，BLM，BRIP1，CIC，ECSIT，ETV6，FANCA，FANCI，FANCM，FUBP1，GATA2，IFNGR1，IFNGR2，IKBKE，JAK1，JAK3，MDM2，MLH1，MSH2，MSH3，MSH6，MYCN，NBN，NOTCH3，PALB2，PIK3C2G，PIK3CB，PLCG2，PMS1，PMS2，POLE，POLE2，PTCH1，RAD50，RNF43，ROS1，STAT3，STAT5B，TP53BP1，TSC1，ABL1，AKT2，AKT3，ALK，BCL2，BCL2L11，BIRC3，BTK，CALR，CBL，CCND2，CCND3，CCNE1，CD274，CDK4，CDK6，CHEK1，CXCR4，DDR2，EPCAM，ERBB2，ERBB3，ESR1，FANCC，FANCD2，FANCE，FANCF，FANCG，FANCL，FGF19，FGF3，FGF4，FGFR1，FGFR4，FOXL2，GNA11，GNAQ，GNAS，H3F3A，HOXB13，HRAS，IKZF1，IRF1，JAK2，KDR，MAP2K1，MAP2K2，MAPK1，MDM4，MEN1，MET，MPL，MRE11，MUTYH，MYC，MYD88，NF2，NOTCH2，NOTCH4，NRG1，NTRK1，NTRK2，NTRK3，PAK1，PDCD1LG2，PDGFRB，PIAS4，POLD1，RAD51，RAD51B，RAD51C，RAD51D，RAD54L，RAF1，REL，RET，RPA1，SMARCA4，SMARCB1，SMO，SOCS1，SRSF2，TAP1，TAP2，TERT，TSC2，YAP1，ZRSR2，APC，ARID1A，ASXL1，ATM，ATR，ATRX，AXIN2，BRAF，BRCA1，BRCA2，CDH1，DNMT3A，ERBB4，FBXW7，FGFR3，IDH1，IDH2，NF1，NFE2L2，PBRM1，PTEN，RB1，SETBP1，SETD2，SMAD4，TET2，TP53，AKT1，AR，BAP1，CCND1，CDK12，CDKN2A，CEBPA，CHEK2，CTNNB1，EGFR，EZH2，FGFR2，FLT3，KEAP1，KIT，KRAS，MTOR，NOTCH1，NPM1，NRAS，PDGFRA，PIK3CA，PTPN11，RUNX1，SF3B1，STAG2，STK11，TGFBR2，U2AF1，VHL，WT1，ACVR2A，ACVR1B，AJUBA，ARHGAP35，ARID5B，B4GALT3，CBFB，CDKN1A，CDKN1B，CDKN2C，CRIPAK，CTCF，EGR3，EIF4A2，ELF3，EP300，EPHA3，EPHB6，EPPK1，ERCC2，FOXA1，FOXA2，GATA3，H3F3C，HGF，HIST1H1C，HIST1H2BD，KDM5C，KDM6A，KMT2B，KMT2C，KMT2D，LIFR，LRRK2，MALAT1，MAP2K4，MAP3K1，MAPK8IP1，MECOM，MIR142，NAV3，NCOR1，NFE2L3，NSD1，PCBP1，PHF6，PIK3CG，PIK3R1，POLQ，PPP2R1A，PRX，RAD21，RPL22，RPL5，SIN3A，SMAD2，SMC1A，SMC3，SOX17，SOX9，SPOP，TAF1，TBL1XR1，TBX3，TLR4，TSHZ2，TSHZ3，USP9X，VEZF1，ABCB1，ABRAXAS1，BMPR1A，CFTR，FH，GALNT12，GEN1，GREM1，HIST1H3B，HIST1H3C，NTHL1，PALLD，PRSS1，RHBDF2，RPS20，SDHA，SDHB，SDHC，SDHD，SPINK1，VSIG10L，ALPK2，ANO10，ASAH2，ATP11B，BCORL1，C10orf88，C11orf80，CASP5，CASP8，CCDC168，CCDC43，CDS1，CEP290，CHD4，CSF3R，DIAPH3，DNAJA2，DOCK8，ESRP1，FAM8A1，FSCB，GLI1，GRB14，HCST，HNRNPCL2，IGF2R，IRS4，KCNMA1，KIAA1279，KIN，LARP4B，LRRIQ3，MCHR2，METTL17，MYO3A，MYOF，NDUFC2，OR6C68，PIGB，PPT1，PRAMEF4，PRDM10，PRDM2，PSMD9，PSME4，RECQL，RNF128，SEC31A，SENP1，SERPINB10，SLAMF1，SLC16A4，SLC35F5，SLC3A2，SMC6，SPAG9，SRPR，SYCP2，TAF3，TCEB3，TCF7L2，TDRD1，TEAD2，TMEM22，TMEM57，TTK，USP26，VPS33A，WDR60，ZFP37，ZFP82，ZFR，ZNF223，ZNF609，ZSWIM8。
3.根据权利要求1或2所述的基因panel，其特征在于，所述融合DNA探针是覆盖基因融合区域的全部探针组合，优选地，所述基因panel上包含511个用于捕获基因融合的探针，所述基因融合包括下述人类基因对融合产生的58个DNA片段中的一个或多个：ATIC-ALK，BCL2L11-BCL2L11，BCR-ABL1，C2orf44-ALK，CARS-ALK，CCDC6-RET，CD74-NRG1，CD74-ROS1，CLIP1-ROS1，CLTC-ALK，DCTN1-ALK，EML4-ALK，ERC1-RET，ERC1-ROS1，ETV6-NTRK3，EZR-ROS1，FGFR1-TACC1，FGFR1-ZNF703，FGFR3-BAIAP2L1，FGFR3-TACC3，FN1-ALK，GOLGA5-RET，GOPC-ROS1，HIP1-ALK，HLA-A-ROS1，HOOK3-RET，KIAA1598-ROS1，KIF5B-ALK，KIF5B-RET，KLC1-ALK，LMNA-NTRK1，LRIG3-ROS1，MSN-ALK，MYO5A-ROS1，NACC2-NTRK2，NPM1-ALK，NTRK3-ETV6，PCM1-RET，PPFIBP1-ALK，PPFIBP1-ROS1，PRKAR1A-RET，PWWP2A-ROS1，QKI-NTRK2，RANBP2-ALK，SDC4-ROS1，SEC31A-ALK，SLC34A2-ROS1，SQSTM1-ALK，STRN-ALK，TP53-NTRK1，TPM3-ALK，TPM3-NTRK1，TPM3-ROS1，TPM4-ALK，TRIM24-RET，TRIM27-RET，TRIM33-RET，VCL-ALK。
4.根据权利要求1-3任一所述的基因panel，其特征在于，所述靶向DNA探针和融合DNA探针均为核苷酸寡聚物，并分别与靶向DNA或DNA融合互补。
5.根据权利要求1-4任一所述的基因panel，其特征在于，所述靶向DNA探针和融合DNA探针的探头大小为75～200个核苷酸，优选为平均大小为120个核苷酸。
6.一种利用根据权利要求1-5任一所述的基因panel来检测基因组突变的方法，其特征在于，所述基因panel的检测基因组突变是通过对比靶向DNA序列和野生型参考DNA序列来进行的，所述基因组突变是指与野生型参考DNA序列相比，靶向DNA序列发生了核苷酸变化，包括核苷酸变异(SNV)、核苷酸***、核苷酸删除、拷贝数变异(CNV)、核苷酸易位、基因与基因融合；
优选地，包括以下步骤：
S1，NGS文库准备；
S2，使用基因panel捕获目标DNA，优选在在65℃条件下与基因panel的探针杂交4-16小时，使用DynabeadsTMM-270链霉抗生物素蛋白磁珠对捕获的目标DNA进行分离，然后纯化；使用PCR方法扩增靶向DNA文库并进行纯化；
S3，下一代测序和突变检测，优选为通过质量控制的序列与参考基因组序列对比，使用突变调用算法检测序列，并读取DNA突变。
7.一种根据权利要求1-6任一所述的基因panel在制备肿瘤医学产品中的应用。
8.根据权利要求7所述的应用，其特征在于，所述肿瘤医学产品包括用于检查微卫星不稳定状态、测算肿瘤突变负荷、预测免疫治疗响应能力、选择靶向治疗药物或治疗方案以及评估个体肿瘤易感性中的一种或多种的产品；
和/或，所述肿瘤医学产品包括通过对肿瘤突变负荷、微卫星不稳定状态、基因组突变、目的基因类型的检测，为癌症患者提供个体化免疫治疗药物及免疫治疗方案的产品。
9.根据权利要求7或8所述的应用，其特征在于，所述肿瘤医学产品包括检测下列生物标志物中一种或多种的产品：SNV、Indel、CNV、基因融合、MSI、TMB、HLA。
10.一种试剂盒，其特征在于，包括权利要求1-6任一所述的基因panel。
CN201911327579.1A 2019-12-20 2019-12-20 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒 Pending CN110904235A (zh)

Priority Applications (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911327579.1A CN110904235A (zh) 2019-12-20 2019-12-20 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒

Applications Claiming Priority (1)

Application Number Priority Date Filing Date Title
CN201911327579.1A CN110904235A (zh) 2019-12-20 2019-12-20 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒

Publications (1)

Publication Number Publication Date
CN110904235A true CN110904235A (zh) 2020-03-24

Family

ID=69826890

Family Applications (1)

Application Number Title Priority Date Filing Date
CN201911327579.1A Pending CN110904235A (zh) 2019-12-20 2019-12-20 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒

Country Status (1)

Country Link
CN (1) CN110904235A (zh)

Cited By (15)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111424087A (zh) * 2020-04-09 2020-07-17 合肥诺为尔基因科技服务有限公司 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用
CN111640508A (zh) * 2020-05-28 2020-09-08 上海生物信息技术研究中心 基于高通量测序数据和临床表型构建的泛肿瘤靶向药敏感性状态评估模型的方法及应用
CN111647648A (zh) * 2020-05-21 2020-09-11 北斗生命科学(广州)有限公司 一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用
CN111662983A (zh) * 2020-07-06 2020-09-15 北京吉因加科技有限公司 一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用
CN111863126A (zh) * 2020-05-28 2020-10-30 上海生物信息技术研究中心 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用
CN111893166A (zh) * 2020-07-31 2020-11-06 浙江科途医学科技有限公司 用于ccdc6-ret融合基因检测的试剂组合物、试剂盒及检测***
CN112029865A (zh) * 2020-09-18 2020-12-04 武汉弘康健基因诊断技术有限公司 用于同时检测多种基因突变类型的探针组、基因芯片及其应用
CN112176058A (zh) * 2020-09-25 2021-01-05 深圳市海普洛斯生物科技有限公司 检测肿瘤生物标志物的探针库、方法及试剂盒
CN112251515A (zh) * 2020-12-23 2021-01-22 上海润安医学科技有限公司 一种检测甲状腺癌靶向用药相关基因变异的引物及试剂盒
CN112626213A (zh) * 2020-12-28 2021-04-09 复旦大学附属肿瘤医院 基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用
CN112831563A (zh) * 2021-02-08 2021-05-25 复旦大学附属肿瘤医院 一种遗传性结直肠癌的检测panel及检测试剂盒
CN112852966A (zh) * 2021-03-23 2021-05-28 复旦大学附属肿瘤医院 基于二代测序技术的胰腺癌检测panel、试剂盒及其应用
CN113416785A (zh) * 2021-07-27 2021-09-21 武汉良培医学检验实验室有限公司 基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或***中的应用
CN113736878A (zh) * 2021-08-24 2021-12-03 复旦大学附属肿瘤医院 一种神经***肿瘤检测的基因panel、试剂盒及其应用
CN113981078A (zh) * 2021-09-16 2022-01-28 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) 用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒

Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110104680A1 (en) * 2009-10-06 2011-05-05 The Regents Of The University Of Michigan Recurrent gene fusions in lung cancer
CN109022553A (zh) * 2018-06-29 2018-12-18 深圳裕策生物科技有限公司 用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置
CN109609647A (zh) * 2019-01-25 2019-04-12 臻悦生物科技江苏有限公司 基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用

Patent Citations (3)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
US20110104680A1 (en) * 2009-10-06 2011-05-05 The Regents Of The University Of Michigan Recurrent gene fusions in lung cancer
CN109022553A (zh) * 2018-06-29 2018-12-18 深圳裕策生物科技有限公司 用于肿瘤突变负荷检测的基因芯片及其制备方法和装置
CN109609647A (zh) * 2019-01-25 2019-04-12 臻悦生物科技江苏有限公司 基于二代测序的用于泛癌种靶向、化疗及免疫用药的检测Panel、检测试剂盒及其应用

Non-Patent Citations (1)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Title
MARTHE等: "Fusion Gene Microarray Reveals Cancer Type-Specificity Among Fusion Genes", 《GENES CHROMES & CANCER》 *

Cited By (19)

* Cited by examiner, † Cited by third party
Publication number Priority date Publication date Assignee Title
CN111424087A (zh) * 2020-04-09 2020-07-17 合肥诺为尔基因科技服务有限公司 基于二代测序的用于泛癌种检测或靶向用药的检测Panel、试剂盒及应用
CN111647648A (zh) * 2020-05-21 2020-09-11 北斗生命科学(广州)有限公司 一种用于检测乳腺癌基因突变的基因panel及其检测方法与应用
CN111640508A (zh) * 2020-05-28 2020-09-08 上海生物信息技术研究中心 基于高通量测序数据和临床表型构建的泛肿瘤靶向药敏感性状态评估模型的方法及应用
CN111863126A (zh) * 2020-05-28 2020-10-30 上海生物信息技术研究中心 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用
CN111863126B (zh) * 2020-05-28 2024-03-26 上海市生物医药技术研究院 构建结直肠肿瘤状态评估模型的方法及应用
CN111662983A (zh) * 2020-07-06 2020-09-15 北京吉因加科技有限公司 一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用
CN111662983B (zh) * 2020-07-06 2023-04-07 北京吉因加科技有限公司 一种用于检测淋巴瘤基因变异的试剂盒及其应用
CN111893166B (zh) * 2020-07-31 2021-11-26 北京科途医学科技有限公司 用于ccdc6-ret融合基因检测的试剂组合物、试剂盒及检测***
CN111893166A (zh) * 2020-07-31 2020-11-06 浙江科途医学科技有限公司 用于ccdc6-ret融合基因检测的试剂组合物、试剂盒及检测***
CN112029865A (zh) * 2020-09-18 2020-12-04 武汉弘康健基因诊断技术有限公司 用于同时检测多种基因突变类型的探针组、基因芯片及其应用
CN112176058A (zh) * 2020-09-25 2021-01-05 深圳市海普洛斯生物科技有限公司 检测肿瘤生物标志物的探针库、方法及试剂盒
CN112251515A (zh) * 2020-12-23 2021-01-22 上海润安医学科技有限公司 一种检测甲状腺癌靶向用药相关基因变异的引物及试剂盒
CN112626213A (zh) * 2020-12-28 2021-04-09 复旦大学附属肿瘤医院 基于二代测序技术的肝癌检测panel、试剂盒及其应用
CN112831563A (zh) * 2021-02-08 2021-05-25 复旦大学附属肿瘤医院 一种遗传性结直肠癌的检测panel及检测试剂盒
CN112852966A (zh) * 2021-03-23 2021-05-28 复旦大学附属肿瘤医院 基于二代测序技术的胰腺癌检测panel、试剂盒及其应用
CN113416785A (zh) * 2021-07-27 2021-09-21 武汉良培医学检验实验室有限公司 基因标志物组合在制备用于检测儿童实体瘤的探针组合和/或试剂盒和/或***中的应用
CN113736878A (zh) * 2021-08-24 2021-12-03 复旦大学附属肿瘤医院 一种神经***肿瘤检测的基因panel、试剂盒及其应用
CN113981078A (zh) * 2021-09-16 2022-01-28 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) 用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒
CN113981078B (zh) * 2021-09-16 2023-11-24 北京肿瘤医院(北京大学肿瘤医院) 用于预测晚期食管癌患者抗egfr靶向治疗疗效的生物标志物及疗效预测试剂盒

Similar Documents

Publication Publication Date Title
CN110904235A (zh) 检测肿瘤靶向药物相关基因突变的基因panel、方法、应用和试剂盒
CN111321140B (zh) 一种基于单样本的肿瘤突变负荷检测方法和装置
CN109880910B (zh) 一种肿瘤突变负荷的检测位点组合、检测方法、检测试剂盒及***
Singhi et al. Real-time targeted genome profile analysis of pancreatic ductal adenocarcinomas identifies genetic alterations that might be targeted with existing drugs or used as biomarkers
Awad et al. MET exon 14 mutations in non–small-cell lung cancer are associated with advanced age and stage-dependent MET genomic amplification and c-Met overexpression
US11001837B2 (en) Low-frequency mutations enrichment sequencing method for free target DNA in plasma
Liu et al. The contribution of hereditary cancer-related germline mutations to lung cancer susceptibility
Johncilla et al. Mutational landscape of goblet cell carcinoids and adenocarcinoma ex goblet cell carcinoids of the appendix is distinct from typical carcinoids and colorectal adenocarcinomas
Corti et al. A genomic analysis workflow for colorectal cancer precision oncology
CN109427412A (zh) 用于检测肿瘤突变负荷的序列组合和其设计方法
US20220036972A1 (en) A noise measure for copy number analysis on targeted panel sequencing data
CN113249483A (zh) 一种检测肿瘤突变负荷的基因组合、***及应用
Jayaprakash et al. Relevance and actionable mutational spectrum in oral squamous cell carcinoma
Russell-Goldman et al. Hedgehog pathway alterations downstream of patched-1 are common in infundibulocystic basal cell carcinoma
Woo et al. A Genomically and Clinically Annotated Patient-Derived Xenograft Resource for Preclinical Research in Non–Small Cell Lung Cancer
Byron et al. Genomic and transcriptomic analysis of relapsed and refractory childhood solid tumors reveals a diverse molecular landscape and mechanisms of immune evasion
KR102416074B1 (ko) 생물학적 시료의 핵산 품질을 결정하는 방법
Ye et al. Dual-targeting strategy using trastuzumab and lapatinib in a patient with HER2 gene amplification in recurrent metachronous metastatic gallbladder carcinoma
Guan et al. Individualized drug screening based on next generation sequencing and patient derived xenograft model for pancreatic cancer with bone metastasis
Pérez‐Pérez et al. Next‐generation sequencing of uveal melanoma with clinical and histological correlations: Prognostic value of new mutations in the PI3K/AKT/mTOR pathway
Seol et al. A pilot prospective study of refractory solid tumor patients for NGS-based targeted anticancer therapy
US20200121788A1 (en) Abituzumab for the treatment of colorectal cancer
CN114574576B (zh) 胆汁cfDNA在胆囊转移性癌症诊疗中的用途
Li et al. Analysis of NTRK mutation and clinicopathologic factors in lung cancer patients in northeast China
Lai et al. Durable response to olaparib combined low-dose cisplatin in advanced hepatocellular carcinoma with FANCA mutation: a case report

Legal Events

Date Code Title Description
PB01 Publication
PB01 Publication
SE01 Entry into force of request for substantive examination
SE01 Entry into force of request for substantive examination
RJ01 Rejection of invention patent application after publication
RJ01 Rejection of invention patent application after publication

Application publication date: 20200324