CN110791511B

CN110791511B - 耐低氧团头鲂生长性状基因及其定位方法和应用

Info

Publication number: CN110791511B
Application number: CN201911148684.9A
Authority: CN
Inventors: 邹曙明; 郭丹丹; 郑国栋; 陈杰
Original assignee: Shanghai Ocean University
Current assignee: Shanghai Ocean University
Priority date: 2019-11-21
Filing date: 2019-11-21
Publication date: 2023-02-28
Anticipated expiration: 2039-11-21
Also published as: CN110791511A

Abstract

本发明公开了耐低氧团头鲂生长性状基因及其定位方法和应用，包括mdh基因和pdxk基因，其碱基序列分别如SEQ ID NO:1和SEQ ID NO:2所示，编码蛋白氨基酸序列分别如SEQ ID NO:3和SEQ ID NO:4所示；基因定位方法包括：团头鲂的新品种F4代和“浦江1号”杂交，获得家系群体；和杂交后代自交，获得分离群体；和分离群体中各取若干个极端表型个体，提取DNA等量混和，获得DNA混池，以及基因组重测序后检测与生长性状相关的基因候选区域，并进行数量性状定位。本发明可以快速有效地定位耐低氧团头鲂生长性状基因，为团头鲂分子育种提供新的路径。

Description

耐低氧团头鲂生长性状基因及其定位方法和应用

技术领域

本发明涉及数量性状定位(Quantitative trait loci，QTL)方法，具体地说，涉及耐低氧团头鲂生长性状基因及其定位方法和应用。

背景技术

目前，鱼类对特定性状进行选育获得控制性状发育的基因或QTL是进行分子育种的前提。数量性状是一个多世纪以来遗传学研究的主要对象之一，因为它是许多重要作物、畜牧和人类的重要性状，但开展数量性状研究长期以来主要借助于统计学手段。关于鱼类QTL定位研究主要集中在一些形态性状(如体高、体重、体长、体宽等)和一些适应性性状(如抗病、抗逆等)上，它们比较容易测得相关表型数据，但对于像肉色、口感等性状来说难以获得表型数据，限制此类性状的QTL定位研究，而且鱼类QTL定位研究常见于几种养殖品种如虹鳟、罗非鱼、大西洋鲑、斑点叉尾鮰、鲤鱼等，在团头鲂中鲜有报道。

近年来，随着新一代测序技术与生物信息学的不断发展，分子生物学与基因组学的研究方法也随之改变。目前，应用最多的是开发大量的SNP标记构建高密度的遗传图谱，遗传图谱是指基因或DNA标志在染色体上的相对位置与遗传距离，遗传距离通常由基因或片段在染色体交换过程中分离的频率厘摩来表示，这种方法可以同时定位多个数量性状，但劳动强度大，耗时长，成本高。

发明内容

针对现有技术中的不足，本发明提供耐低氧团头鲂生长性状基因，包括mdh(Malate dehydrogenase)基因和pdxk(Pyridoxal kinase)基因；其中：

所述mdh基因的碱基序列如SEQ ID NO:1所示；

所述pdxk基因的碱基序列如SEQ ID NO:2所示。

所述mdh基因的编码蛋白具有如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列。

所述pdxk基因的编码蛋白具有如SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列。

本发明还提供上述耐低氧团头鲂生长性状基因的定位方法，包括以下步骤：

(ⅰ)团头鲂的新品种F4代和“浦江1号”杂交，获得家系群体；和

(ⅱ)杂交后代自交，获得分离群体；和

(ⅲ)分离群体中各取若干个极端表型个体，提取DNA等量混和，获得DNA混池；和

(ⅳ)上述DNA混池与亲本进行基因组重测序，检测与生长性状相关的基因候选区域，并进行数量性状定位。

步骤(ⅳ)中，所述与生长性状相关的基因候选区域位于7号染色体上，区间为30.88～33.57Mb，且其总长度为2.69Mb。

在某一/些实施方案中，上述耐低氧团头鲂生长性状基因的定位方法为：先将团头鲂的新品种F4代和“浦江1号”杂交获得家系F1代；2龄的F1代自交获得家系F2代，孵化后每天喂食两次；90天后，对家系F2代群体进行生长性状测量，分别选取生长最快和生长最慢的30个个体，获得DNA混池；对两个亲本和上述60个F2代个体取样并提取基因组DNA，等量混和构建快速池(f池)和慢池(s池)两个DNA混池，并对其和两个亲本进行基因组重测序和数量性状定位。

上述技术方案中，所述基因组重测序的步骤为：超声波将亲本和DNA混池的DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A和连接测序接头后，用磁珠吸附富集基因组长度为400bp的片段，PCR扩增形成测序文库，经质检合格后经测序***测序。

上述技术方案中，所述数量性状定位的步骤为：将样品与团头鲂基因组序列比对、SNP和small InDel标记检测和变异功能注释，得到SNP和InDel的功能注释信息；和基于亲本和DNA混池的数据计算SNP-index值并进行BSA关联分析，定位目的突变位点，并对突变位点周围的基因进行功能注释。优选技术方案中，基因组重测序结果根据GATK推荐的参数过滤，用BWA软件以MEM方法将样品与团头鲂基因组序列比对；用GATK的BestPractices流程对BAM文件校正，并进行SNP和small InDel标记检测；用SnpEff软件和参考基因组的基因预测信息进行变异功能注释，得到SNP和InDel的功能注释信息；基于亲本和突变混池的数据计算SNP-index值并进行BSA关联分析，定位目的突变位点，并对突变位点周围的基因进行功能注释。在某一优选实施方案中，测序***采用Illumina HiSeqTM平台，测序策略为IlluminaPE150。

本发明还提供上述耐低氧团头鲂生长性状基因在耐低氧团头鲂新品种分子育种中的应用。

与现有技术相比，本发明的有益效果是：

本发明针对目标性状，选择表型极端差异的亲本构建家系，对该家系目标性状表型极端的子代分别混合得到的两个样本池进行全基因组重测序，检测到的两池间DNA差异片段即为候选区域，可进一步定位到目标性状相关的基因或标记，快速有效定位团头鲂耐低氧新品种生长性状基因，既节省时间又实用，为其分子育种提供新的路径。

附图说明

图1是测试样品的测序深度；其中，A：父本，B：母本，C：f池，D：s池。

图2是测试样品的基因组覆盖度；其中，A：父本，B：母本，C：f池，D：s池。

图3是测试样品的***缺失片段长度；其中，A：父本，B：母本，C：f池，D：s池。

图4是s池和f池的SNP-index图(a，b)以及Δ(SNP-index)图(c)；其中，a是s池的SNP-index，b是f池的SNP-index，c是s池与f池的SNP-index之差Δ(SNP-index)，横坐标为各染色体的物理位置，纵坐标为SNP-index。

具体实施方式

下面结合附图和实施例对本发明进一步说明。

1.材料与方法

以下实施例中所用鱼类均取自上海海洋大学农业部团头鲂遗传育种中心。先用团头鲂“浦江1号”和新品种F4代构建家系，杂交获得F1代；再用2龄的F1代进行自交获得F2代用于QTL分析。F2代(约500尾)在孵化桶中孵育14天后转移到孵化池中继续孵化，每天喂食两次，待子代长到90天时进行实验。

2.团头鲂耐低氧新品种生长性状基因的定位方法

步骤一：生长数据测量与取样

孵化90天后，对F2子代群体进行生长相关性状(全长、体长、体高、体宽和体重)的测量。根据测量数据，分别选取生长最快和生长最慢的30个个体，构建DNA混池，对两个亲本及60个F2代个体进行取样，将所取鱼鳍保存于无水乙醇中用于后续基因组DNA的提取。

步骤二：基因组DNA的提取、文库构建、测序及分析

分别对亲本及60个F2代个体提取基因组DNA，然后分别将两组子代个体基因组DNA进行等量混和，构建快速池(f池)和慢池(s池)两个DNA混池，将这两个DNA混池外加两个亲本共四个样品进行基因组测序；超声波将亲本和混池DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A和连接测序接头后，再用磁珠吸附富集基因组长度为400bp的片段，经过PCR扩增形成测序文库。建好的文库先进行文库质检，质检合格的文库用Illumina HiSeqTM平台进行测序，测序策略为IlluminaPE150。

测序结果经过过滤后，利用BWA(http://bio-bwa.sourceforge.net/)软件以MEM方法将4个样品分别与团头鲂基因组序列进行比对。利用GATK的BestPractices流程对BAM文件进行校正，并进行SNP和small InDel标记的检测。过滤条件是根据GATK推荐的参数进行的，(https://software.broadinstitute.org/gatk/documentation/article.php？Id＝3225)。利用SnpEff软件和参考基因组的基因预测信息进行变异功能注释，得到SNP和InDel的功能注释信息。基于亲本和突变混池的数据特点，计算SNP-index值进行BSA关联分析，定位目的突变位点，并对突变位点周围的基因进行功能注释。

3.结果与分析

对F2子代群体约500尾个体进行生长相关性状(全长、体长、体高、体宽和体重)的测量，体重从2.6g到17.3g，表现出巨大的表型差异，证明该家系中具有较高程度的遗传变异，可用于QTL分析。

从每一组极端个体中各选取约10％来构建测序文库(30尾快速生长的个体和30尾生长缓慢的个体)；其中，f池的平均体重为12.5±2g(10.1g～17.3g)，s池的平均体重为3±0.3g(2.6g～3.9g)，如表1所示。

表1：两组极端个体生长相关性状测量数据

<测序质量统计>

在Illumina PE150平台上，利用两个亲本和两个极端性状混池构建四个文库。原始数据过滤后，获得490,700,237个高质量的数据(Clean Reads)(约147.83Gb)，包括58,182,510个父本的Clean Reads(GC％＝38.09)，63,256,683个母本的Clean Reads(GC％＝38.05)，182,639,261个f池的Clean Reads(GC％＝38.07)和186,621,783个s池的CleanReads(GC％＝38.02)，如表2所示。

表2：测序质量统计

样本	Clean Reads	Clean Base	GC(％)	Q30(％)
					父本	58,182,510	17,525,850,999	38.09	93.96
母本	63,256,683	19,057,845,392	38.05	94.09
					f池	182,639,261	55,020,964,379	38.07	93.75
s池	186,621,783	56,222,079,313	38.02	93.99

<基因组比对效率>

以团头鲂的基因组序列作为参考基因组，参考基因组大小为1.1Gb，GC含量36.18％。利用BWA软件将质控后的测序片段(Clean Reads)比对参考基因组，得到4个文库的比对效率分别为99.37％、99.42％、99.32％、99.38％，如表3所示。

表3：比对结果数据统计

样本	Mapped Ratio(％)	Properly Mapped(％)	Duplication Ratio(％)
				父本	99.37	83.39	29.18
母本	99.42	83.94	30.13
				f池	99.32	82.92	29.74
s池	99.38	83.22	29.85

<深度分布统计>

Reads锚定到参考基因组后，可以统计其对参考基因组的覆盖情况，所有样品的碱基覆盖度和平均覆盖深度如表4所示。

表4：覆盖深度和覆盖度统计

样本	Coverage Base(bp)	Coverage 1X(％)	Coverage 5X(％)	Average Depth
					父本	997,674,472	89.28	79.61	11.05
母本	995,537,374	89.09	80.75	11.86
					f池	1,037,164,227	92.82	80.75	34.42
s池	1,036,007,495	92.71	89.1	35.13

碱基上覆盖的Reads数为覆盖深度，基因组的覆盖深度会影响变异检测的准确性，在覆盖深度较高的区域(非重复序列区)，变异检测的准确性也越高。如图1所示，亲本平均测序深度为11.46X，混池平均测序深度为34.78X。参考基因组上被Reads覆盖到的碱基数占基因组总长度的百分比称为基因组覆盖度，基因组覆盖度可以反映变异检测的完整性，覆盖到参考基因组的区域越多，可以检测到的变异位点也越多，图2表明基因组被覆盖地较均匀，说明测序随机性较好。

<SNP及InDel检测和注释>

与对照基因组相比，检测到的SNP和InDel都被分为两类，SNP包含转换和颠换，InDel包含***和缺失。根据变异检测结果进行相关分析，过滤后得到相应染色体上的SNP和InDel数，如表5所示。另外，还对4个样品的***缺失片段长度进行统计，长度分布如图3所示。

表5：各染色体上SNP和InDel数

<关联分析>

根据所得亲本间SNP和InDel位点，分别计算f池和s池中每个位点的SNP-index和InDel-index值。Index值指在突变池和野生池中突变基因型占所有基因型中的深度比例，由于突变位点与周围标记具有连锁效应，在突变位点附近，突变型混池中的Index值更接近于1，而野生型混池中的Index值更接近于0；由于连锁效应较弱或不连锁位点，呈现出随机分布，应符合孟德尔分离比例，正常位点Index值为0.5，两混池间的Index差值关联的区域即是目标性状关联的候选区域。采用滑动窗分析方法，以2Mb为单位窗口，10kb为滑动窗口绘制s池，f池的SNP-index图(图4a，b)。根据f池和s池的SNP-index，计算两个池的SNP-index的差值，同样以染色体的位置为横坐标，2Mb为单位窗口，10kb为滑动窗口绘制Δ(SNP-index)图(图4c)。

经过对f池和s池的SNP-index的分析发现，在7号染色体上的30.88Mb到33.57Mb之间出现SNP不平衡的状况，此区域的Δ(SNP-index)在0.999的置信水平下大于阈值，因此7号染色体的30.88Mb到33.57Mb是控制生长性状的一个QTL位点，并发现本发明中两个与团头鲂生长性状相关的基因mdh和pdxk；其中：mdh基因的碱基序列如SEQ ID NO:1所示，编码蛋白具有如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列；pdxk基因的碱基序列如SEQ ID NO:2所示，其编码蛋白具有如SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列。本发明中，利用QTL-seq技术鉴定团头鲂基因组发现，QTL上的两个基因mdh和pdxk与团头鲂生长性状显著关联。

序列表

<110> 上海海洋大学

<120> 耐低氧团头鲂生长性状基因及其定位方法和应用

<141> 2019-11-21

<160> 4

<170> SIPOSequenceListing 1.0

<210> 1

<211> 1002

<212> DNA

<213> Unknown

<400> 1

atggccgaac cgatccgtgt cctggtgact ggcgcagccg gacagatcgc ctattctctg 60

ctctacagca ttgctaaagg agatgtgttc ggcaaggatc agccaatcat cttggtgctt 120

ctggacatca ctcccatgct gcccgtgctg gatggggtcg tcatggaact gcaggattgt 180

gctcttcctc ttctgaggga ggtgattcct accgataagg ttgaggtggg cttcaaggac 240

cttgatgctg ccatcttggt gggctctatg ccaaggaaag agggcatgga gagaaaggac 300

ctcctgaagg ccaatgtggc catttttaaa acccaaggtg aagcactgga gaagtatgcc 360

aagaagaccg tcaaggtgct agttgtcggg aacccagcca acaccaactg tttgatcgcc 420

tccaaatctg ctccgtccat tcctaaggag aacttctcct gcctgacccg tctggaccat 480

aacagggccc gctctcaggt ggcgatgcgt gttggtgtgt cctctgacag tgtgaagaat 540

gtgattatct ggggaaatca ctcctcaact cagtacccag atgtgcacca tgctatcgtg 600

aaccaccatg ggaaggagtt ggcagccttt gacgctgtga atgacgaaag ctggctgaag 660

ggtgacttca tctccacggt gcagcagaga ggtgcagctg tcatcaaggc caggaagctc 720

tccagcgcaa tgtctgctgc caaagccatc tgtgaccaca tgagggacat ctggttcggc 780

actcctgatg gcgagtgggt gtctatgggc gtctactcct ctggtaattc ctatggagtt 840

cctgatgacc tcatgtactc cttccctgtt aagattaaga acaagacctg gaaggtggtt 900

gacggactcc ccatcaacga tttctctcgc gctaagatgg acgccaccgc cgctgagctg 960

gttgaggaga gagacacggc agtcaccttc cttggagcgt ga 1002

<210> 2

<211> 957

<212> DNA

<213> Unknown

<400> 2

tctggagcga ttaaaacaac tttaactgcg cgcgacatgg aatgccgagt gctgtcgatt 60

cagagtcatg tcgtgagagg atacgtgggg aataaatctg catcctttcc gttacaggtc 120

atggggtttg aggtggactc gatcaactct gttcagttct ctaatcacac aggttactct 180

cactggaagg gacaagtctt gactgcagat gagcttcacg tgctgtatga agggatcaaa 240

ctgaacaacg tcaaccacta cgactatgtc ctgacaggtt acactagaga tacgtcattt 300

ctggagatgg tggttgatat tgtacaagag ctaaagaggg ccaatcctaa ccttgtatat 360

gtttgtgacc ctgtcttagg tgaccatggt tcaatgtatg ttcctcagaa tctccatcct 420

gtgtacaaga ataaagtggt acctgtggcc gatatcatca cacccaacca gtttgaggca 480

gagttattga cagggaagaa tatcagcaca gagaaagatg ctgttgaggt gatggatctt 540

ctgcataaga tgggtccaga caccgtggtc atcaccagct ctgatctgcc ccctcgtctc 600

ggagacagat ttctggtgtc tcttggcagt cagcgcattt tgatgccaga cggtacaagg 660

aagacccagc ggatccgaat agaggtgccg aaagtggatg cggtgtttgt ggggactggt 720

gatctatttg ctgctatgct gttggcctgg actcaccatt acccaacaga cctgaagacg 780

gcatgtgaga agactttctc cgtcatgcac catgtcattc agaggactat atcttatgcc 840

catgaaatgg caggtcctgg tagaagacct agcccggctc agctggagtt acggatggtc 900

cagagtaaag cggacataga ggatccagcc atagtcatgg aggcgaccgt tctatag 957

<210> 3

<211> 333

<212> PRT

<213> Unknown

<400> 3

Met Ala Glu Pro Ile Arg Val Leu Val Thr Gly Ala Ala Gly Gln Ile

1 5 10 15

Ala Tyr Ser Leu Leu Tyr Ser Ile Ala Lys Gly Asp Val Phe Gly Lys

20 25 30

Asp Gln Pro Ile Ile Leu Val Leu Leu Asp Ile Thr Pro Met Leu Pro

35 40 45

Val Leu Asp Gly Val Val Met Glu Leu Gln Asp Cys Ala Leu Pro Leu

50 55 60

Leu Arg Glu Val Ile Pro Thr Asp Lys Val Glu Val Gly Phe Lys Asp

65 70 75 80

Leu Asp Ala Ala Ile Leu Val Gly Ser Met Pro Arg Lys Glu Gly Met

85 90 95

Glu Arg Lys Asp Leu Leu Lys Ala Asn Val Ala Ile Phe Lys Thr Gln

100 105 110

Gly Glu Ala Leu Glu Lys Tyr Ala Lys Lys Thr Val Lys Val Leu Val

115 120 125

Val Gly Asn Pro Ala Asn Thr Asn Cys Leu Ile Ala Ser Lys Ser Ala

130 135 140

Pro Ser Ile Pro Lys Glu Asn Phe Ser Cys Leu Thr Arg Leu Asp His

145 150 155 160

Asn Arg Ala Arg Ser Gln Val Ala Met Arg Val Gly Val Ser Ser Asp

165 170 175

Ser Val Lys Asn Val Ile Ile Trp Gly Asn His Ser Ser Thr Gln Tyr

180 185 190

Pro Asp Val His His Ala Ile Val Asn His His Gly Lys Glu Leu Ala

195 200 205

Ala Phe Asp Ala Val Asn Asp Glu Ser Trp Leu Lys Gly Asp Phe Ile

210 215 220

Ser Thr Val Gln Gln Arg Gly Ala Ala Val Ile Lys Ala Arg Lys Leu

225 230 235 240

Ser Ser Ala Met Ser Ala Ala Lys Ala Ile Cys Asp His Met Arg Asp

245 250 255

Ile Trp Phe Gly Thr Pro Asp Gly Glu Trp Val Ser Met Gly Val Tyr

260 265 270

Ser Ser Gly Asn Ser Tyr Gly Val Pro Asp Asp Leu Met Tyr Ser Phe

275 280 285

Pro Val Lys Ile Lys Asn Lys Thr Trp Lys Val Val Asp Gly Leu Pro

290 295 300

Ile Asn Asp Phe Ser Arg Ala Lys Met Asp Ala Thr Ala Ala Glu Leu

305 310 315 320

Val Glu Glu Arg Asp Thr Ala Val Thr Phe Leu Gly Ala

325 330

<210> 4

<211> 318

<212> PRT

<213> Unknown

<400> 4

Ser Gly Ala Ile Lys Thr Thr Leu Thr Ala Arg Asp Met Glu Cys Arg

1 5 10 15

Val Leu Ser Ile Gln Ser His Val Val Arg Gly Tyr Val Gly Asn Lys

20 25 30

Ser Ala Ser Phe Pro Leu Gln Val Met Gly Phe Glu Val Asp Ser Ile

35 40 45

Asn Ser Val Gln Phe Ser Asn His Thr Gly Tyr Ser His Trp Lys Gly

50 55 60

Gln Val Leu Thr Ala Asp Glu Leu His Val Leu Tyr Glu Gly Ile Lys

65 70 75 80

Leu Asn Asn Val Asn His Tyr Asp Tyr Val Leu Thr Gly Tyr Thr Arg

85 90 95

Asp Thr Ser Phe Leu Glu Met Val Val Asp Ile Val Gln Glu Leu Lys

100 105 110

Arg Ala Asn Pro Asn Leu Val Tyr Val Cys Asp Pro Val Leu Gly Asp

115 120 125

His Gly Ser Met Tyr Val Pro Gln Asn Leu His Pro Val Tyr Lys Asn

130 135 140

Lys Val Val Pro Val Ala Asp Ile Ile Thr Pro Asn Gln Phe Glu Ala

145 150 155 160

Glu Leu Leu Thr Gly Lys Asn Ile Ser Thr Glu Lys Asp Ala Val Glu

165 170 175

Val Met Asp Leu Leu His Lys Met Gly Pro Asp Thr Val Val Ile Thr

180 185 190

Ser Ser Asp Leu Pro Pro Arg Leu Gly Asp Arg Phe Leu Val Ser Leu

195 200 205

Gly Ser Gln Arg Ile Leu Met Pro Asp Gly Thr Arg Lys Thr Gln Arg

210 215 220

Ile Arg Ile Glu Val Pro Lys Val Asp Ala Val Phe Val Gly Thr Gly

225 230 235 240

Asp Leu Phe Ala Ala Met Leu Leu Ala Trp Thr His His Tyr Pro Thr

245 250 255

Asp Leu Lys Thr Ala Cys Glu Lys Thr Phe Ser Val Met His His Val

260 265 270

Ile Gln Arg Thr Ile Ser Tyr Ala His Glu Met Ala Gly Pro Gly Arg

275 280 285

Arg Pro Ser Pro Ala Gln Leu Glu Leu Arg Met Val Gln Ser Lys Ala

290 295 300

Asp Ile Glu Asp Pro Ala Ile Val Met Glu Ala Thr Val Leu

305 310 315

Claims

1.耐低氧团头鲂生长性状基因，其特征在于，包括mdh基因和pdxk基因；其中：

所述mdh基因的碱基序列如SEQ ID NO:1所示；

所述pdxk基因的碱基序列如SEQ ID NO:2所示。

2.根据权利要求1所述的耐低氧团头鲂生长性状基因，其特征在于，所述mdh基因的编码蛋白具有如SEQ ID NO:3所示的氨基酸序列。

3.根据权利要求1所述的耐低氧团头鲂生长性状基因，其特征在于，所述pdxk基因的编码蛋白具有如SEQ ID NO:4所示的氨基酸序列。

4.权利要求1～3任一项所述耐低氧团头鲂生长性状基因的定位方法，其特征在于，包括以下步骤：

(ⅰ)团头鲂的新品种F4代和“浦江1号”杂交，获得家系群体；

(ⅱ)杂交后代自交，获得分离群体；(ⅲ)分离群体中各取若干个极端表型个体，提取DNA等量混合，获得DNA混池；

5.根据权利要求4所述的定位方法，其特征在于，先将团头鲂的新品种F4代和“浦江1号”杂交获得家系F1代；2龄的F1代自交获得家系F2代，孵化后每天喂食两次；90天后，对家系F2代群体进行生长性状测量，分别选取生长最快和生长最慢的30个个体，获得DNA混池；对两个亲本和上述60个F2代个体取样并提取基因组DNA，等量混合，得到快速池和慢池两个DNA混池，并对其和两个亲本进行基因组重测序和数量性状定位。

6.根据权利要求5所述的定位方法，其特征在于，步骤(ⅳ)中，所述与生长性状相关的基因候选区域位于7号染色体上，区间为30.88～33.57Mb，且其总长度为2.69Mb。

7.根据权利要求5所述的定位方法，其特征在于，所述基因组重测序的步骤为：超声波将亲本和DNA混池的DNA序列片段化形成随机片段，对片段化的DNA依次进行末端修复、3′端加A和连接测序接头后，用磁珠吸附富集基因组长度为400bp的片段，PCR扩增形成测序文库，质检合格后经测序***测序。

8.根据权利要求5所述的定位方法，其特征在于，所述数量性状定位的步骤为：将样品与团头鲂基因组序列比对、SNP和small InDel标记检测和变异功能注释，得到SNP和InDel的功能注释信息；

基于亲本和DNA混池的数据计算SNP-index值并进行BSA关联分析，定位目的突变位点，并对突变位点周围的基因进行功能注释。

9.权利要求1～3任一项所述耐低氧团头鲂生长性状基因在耐低氧团头鲂新品种分子育种中的应用。