CN110218784A - 菌群丰度检测物在制备鼻息肉及其预后检测剂中的应用 - Google Patents
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Abstract
本发明涉及鼻息肉及其预后检测领域,具体而言,涉及菌群丰度检测物在制备鼻息肉及其预后检测剂中的应用。本发明通过比较CRSwNP与健康对照之间的鼻窦微生物组成和结构的差异,特别是评估鼻窦微生物组成与炎症类型之间的关系;以确定某些鼻窦微生物组成是否与CRSwNP患者术后息肉复发相关,进一步评估炎症细胞和差异细菌对息肉复发的协同预测价值。
Description
技术领域
本发明涉及鼻息肉及其预后检测领域,具体而言,涉及菌群丰度检测物在制备鼻息肉分型及其预后检测剂中的应用。
背景技术
慢性鼻鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)是一种复杂且异质性的鼻窦粘膜炎症,其特征是鼻息肉的存在,估计发生在全世界1%至4%的人群中。在欧洲人和美国人中,CRSwNP的免疫学特征主要是以Th2炎症为主;而在亚洲国家,如中国和韩国,至少有一半的CRSwNP患者表现为Th1/Th17的炎症反应。炎症分型是基于组织浸润的炎症细胞比例,嗜酸粒细胞增多是最关键的特征之一。Th2炎症与鼻息肉复发有关。而嗜酸性粒细胞是预测鼻息肉复发的最有效的标志物。
也即既往有研究认为术前CT评分、鼻息肉评分、嗜酸性粒细胞、合并哮喘或过敏状态、白介素-5的表达、粘附分子表达可以预测术后鼻息肉的复发,其中,组织嗜酸性粒细胞百分比是这些指标中最有效的标志物。但是这些指标在预测鼻息肉复发方面存在一定的局限性。多数指标是在鼻息肉组织样本中检测,而鼻息肉的获得是一种有创的方法,不仅可以增加鼻腔出血,引起患者恐惧,而且会有增加感染的风险。更重要的是,这些通过鼻息肉样本检测的指标多是在鼻内镜术后被用于预测疗效,而对术前药物治疗和手术方案的选择指导意义不大。
有鉴于此,特提出本发明。
发明内容
本发明研究的目的是1)比较CRSwNP与健康对照之间的鼻窦微生物组成和结构的差异,特别是评估鼻窦微生物组成与炎症类型之间的关系;2)以确定某些鼻窦微生物组成是否与CRSwNP患者术后息肉复发相关,进一步评估炎症细胞和差异细菌对息肉复发的协同预测价值。
为了实现本发明的上述目的,特采用以下技术方案:
一方面,本发明提供了菌群丰度检测物在制备鼻息肉检测剂中的应用。
进一步地,所述菌群包括门水平细菌和/或属水平细菌;
所述门水平细菌为以下中的任一种或多种:Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria;
所述属水平细菌为以下中的任一种或多种:Corynebacterium Staphylococcus、Veillonella、Escherichia/Shigella、Streptococcus。
经研究发现,除了组织的免疫炎症变化,鼻窦共生微生物,病原体及其代谢物也可能在CRSwNP的发病机制中起作用。之前的研究观察到鼻窦微生物促进鼻息肉发生的可能机制包括微生物群多样性降低;随着病原体暴露,特定细菌定植或细菌生物膜的形成,对上皮屏障的破坏可能进一步促进炎症反应。然而,很少有研究调查不同炎症类型的CRSwNP患者中鼻窦微生物组概况,以及与临床特征和/或息肉复发的关联。
本发明将不同分型慢性鼻窦炎伴鼻息肉患者和正常人的中鼻道棉拭子获取的鼻道脱落物提取微生物基因组,对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域检测,产物进行测序,分析菌体的丰度。具体地,使用UPARSE在97%相似性下进行OTU聚类,并使用Userach(7.0版)鉴定和去除嵌合序列。每个代表性序列由RDP数据库(http://rdp.cme.msu.edu/)中的核糖体数据库项目(RDP)分类器进行分类学鉴定,使用0.8的置信度阈值.OTU分析表和alpha/beta多样性分析通过QIIME实现。
发现,与正常对照组相比,CRSwNP菌群丰富度和均匀度(α多样性)降低,并且与正常对照相比,样本间菌群结构变异较大(β多样性)。进一步分型研究,尤其是中性粒细胞型鼻息肉,细菌α多样性明显下降,而且与正常对照组相比,菌群结构变异最大(β多样性)。
菌群丰度方面,在门水平,常见的菌群为Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Fusobacteria,Actinobacteria,细菌丰度占比超过90%。与对照组相比,CRSwNP的Proteobacteria丰度增加,而Bacteroidetes,Firmicutes和Fusobacteria丰度减少。而在不同分型研究中,中性粒细胞型鼻息肉与嗜酸性粒细胞型鼻息肉和对照相比,Actinobacteria明显增多。在属水平中,CRSwNP的多数益生菌菌群丰度下降,致病菌丰度增加。分型研究中,中性粒细胞型鼻息肉有较多的Corynebacterium和Staphylococcus,较少的Escherichia/Shigella,Veillonella,Streptococcus。
菌群与临床指标的关系:组织中性粒细胞%和门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium,Staphylococcus呈正相关,与门水平菌Bacteroidetes,属水平菌Bacteroides,Prevotella,Escherichia/Shigella,Streptococcus and Veillonella呈负相关。嗅觉与门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium,Staphylococcus和Veillonella呈负相关。流涕与属水平菌Pseudomonas呈正相关。
另一方面,本发明提供了菌群丰度检测物在制备鼻息肉预后检测剂中的应用。
既往有研究的指标在预测鼻息肉复发方面存在一定的局限性,并且多数指标是在鼻息肉组织样本中检测,而鼻息肉的获得是一种有创的方法,不仅可以增加鼻腔出血,引起患者恐惧,而且会有增加感染的风险。更重要的是,这些通过鼻息肉样本检测的指标多是在鼻内镜术后被用于预测疗效,而对术前药物治疗和手术方案的选择指导意义不大。
尽管现有研究认为Actinobacteria(Corynebacterium)跟鼻窦炎术后疗效有关,认为疗效好的鼻窦炎术前鼻腔细菌Actinobacteria(Corynebacterium)丰度较高;也有研究证实Actinobacteria(Corynebacterium)在伴过敏性鼻炎的CRS中,较不伴过敏性鼻炎的CRS中丰度较低。而细菌Actinobacteria(Corynebacterium)的丰度与细胞因子IL-5、ECP呈负相关也被近期研究发现。但现有研究还没有报道菌群与鼻息肉分型以及预后是否有相关性。
进一步地,所述菌群包括门水平细菌和/或属水平细菌;
所述门水平细菌为以下中的任一种或多种:Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria;
所述属水平细菌为以下中的任一种或多种:Staphylococcus、Corynebacterium、Prevotella、Fusobacterium、Clostridium sensu stricto、Veillonella、Corynebacterium、Staphylococcus、Propionibacterium、Anaerococcus。
作为优选,所述门水平细菌为Actinobacteria和/或Proteobacteria。
作为优选,所述属水平细菌为Corynebacterium。
本发明经复发和不复发鼻息肉在临床指标和菌群丰度方面对比,经单因素和多因素二元Logistic回归分析,得到可以预测鼻息肉复发的因子。
本研究认为细菌Actinobacteria(Corynebacterium)丰度跟粘膜中性粒细胞%呈正相关,且在中性粒细胞型鼻息肉中显著增高。Actinobacteria(Corynebacterium)影响组织炎症的机制可能是通过促进金黄色葡萄球菌的良性定植并使其表现为非致病性,而促进炎症向Th1/Th17反应转化。
本发明中上述的应用,所述菌群丰度的检测模板为中鼻道脱落物提取的微生物基因组。
进一步地,采用中鼻道棉拭子获取中鼻道脱落物.
进一步地,所述鼻息肉为慢性鼻鼻窦炎伴鼻息肉。
本发明中上述的应用中,所述检测剂还包括检测组织嗜酸性粒细胞的百分数的试剂。
本发明中上述的应用中,所述检测物包括引物、探针、生物传感器和芯片中的任一种或多种,但并不限于此,只要能实现检测菌群多样性的技术方式均在本发明的保护范围内。
进一步地,所述检测物针对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域进行设计。
如,所述引物如SEQ ID NO:1-2所示。
本发明还提供了一种检测鼻息肉的试剂盒,包括检测物和检测组织嗜酸性粒细胞的百分数的试剂;
所述检测物针对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域设计或针对Actinobacteria、Corynebacterium菌群中的任一种或多种设计。
进一步地,所述检测物包括引物、探针、生物传感器和芯片中的任一种或多种,但并不限于此,只要能实现检测菌群多样性的技术方式均在本发明的保护范围内。
如所述引物如SEQ ID NO:1-2所示。
本发明还提供了一种检测鼻息肉预后复发的试剂盒,包括检测物和检测组织嗜酸性粒细胞的百分数的试剂;
所述检测物针对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域设计或针对Actinobacteria、Corynebacterium菌群中的任一种或多种设计。
进一步地,所述检测物包括引物、探针、生物传感器和芯片中的任一种或多种,但并不限于此,只要能实现检测菌群多样性的技术方式均在本发明的保护范围内。
如所述引物如SEQ ID NO:1-2所示。
与现有技术相比,本发明的有益效果为:
(1)本发明首次提出菌群丰度用于检测鼻息肉及其预后情况的检测中。
(2)本发明经过大量的试验数据分析,得到特定的菌群丰度对预测鼻息肉是否复发具有重大作用。
附图说明
为了更清楚地说明本发明实施例或现有技术中的技术方案,以下将对实施例或现有技术描述中所需要使用的附图作简单地介绍。
图1为本发明实施例1中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)与健康对照(Control)组(A)OTU组成的韦恩图;(B)Shannon指数比较图;
图2为本发明实施例1中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)的三种免疫分型与健康对照(Control)组(A)OTU组成的韦恩图;(B)Shannon指数比较图;
图3为本发明实施例1中息肉组织中中性粒细胞百分比与Shannon指数相关性图;
图4为本发明实施例1中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)的三种免疫分型与健康对照(Control)组中主坐标分析图;
图5为本发明实施例1中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)的三种免疫分型与健康对照(Control)组第一主坐标(PC1)和第二主坐标(PC2)差异比较图;
图6为本发明实施例1中息肉组织中中性粒细胞百分比与第一主坐标(PC1)呈现负相关;
图7为本发明实施例1中前20种高丰度门水平细菌丰度柱状图;
图8为本发明实施例1中前20种高丰度属水平细菌丰度柱状图;
图9为本发明实施例1中前5种高丰度门水平细菌在慢性鼻鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)与健康对照(Control)的丰度差异图;
图10为本发明实施例1中前5种高丰度门水平细菌在中性粒细胞型、嗜酸性粒细胞型、非嗜酸性/非中性粒细胞型息肉与健康对照组之间丰度差异图;
图11为本发明实施例1中中性粒细胞型、嗜酸性粒细胞型、非嗜酸性/非中性粒细胞型息肉与健康对照相比属水平细菌丰度差异图;
图12为本发明实施例1中息肉组织中中性粒细胞百分比与细菌丰度相关性图;
图13为本发明实施例1中嗅觉与细菌相关性图;流涕与细菌相关性图;
图14为本发明实施例2中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中复发组与非复发组在Shannon指数相比的柱形图;
图15为本发明实施例2中鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)中复发组与非复发组主坐标分析图;
图16为本发明实施例2中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)复发组与非复发组在第一主坐标(PC1)和第二主坐标(PC2)比较的柱形图;
图17为本发明实施例2中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)复发组与非复发组在门水平菌群丰度差异比较图;
图18为本发明实施例2中慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)复发组与非复发组在属水平菌群丰度差异比较图;
图19为本发明实施例2中门水平菌Actinobacteria与组织嗜酸性细胞%独立和联合预测息肉复发的受试者工作特征(ROC)曲线;
图20为本发明实施例2中属水平菌Corynebacterium与组织嗜酸性细胞%独立和联合预测息肉复发的ROC曲线。
具体实施方式
下面将结合实施例对本发明的实施方案进行详细描述,但是本领域技术人员将会理解,下列实施例仅用于说明本发明,而不应视为限制本发明的范围。实施例中未注明具体条件者,按照常规条件或制造商建议的条件进行。所用试剂或仪器未注明生产厂商者,均为可以通过市售购买获得的常规产品。
实施例1
1.研究对象
该研究在北京同仁医院收集了来自22名对照和66名CRSwNP(包括25名嗜酸性粒细胞型鼻息肉,14名中性粒细胞型鼻息肉,13名非嗜酸/非中性粒细胞型鼻息肉,14名混合型鼻息肉)的鼻腔棉拭子(Copan,Brescia,Italy)。对照组来源于有解剖变异要进行鼻中隔偏曲矫正术,但没有其他任何鼻部疾病的患者。
对所有研究对象进行临床资料收集,包括性别、年龄、合并疾病(哮喘、过敏性鼻炎、特异性)、术前症状评分(嗅觉、鼻堵、流涕、头面部疼痛、打喷嚏及术前总分)、基线水平组织病理学细胞计数百分比(嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞)及术前外周血炎细胞百分比(嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、淋巴血细胞)。
2.样本收集
对CRSwNP患者和对照组在鼻内镜引导下进行中鼻道采样。将无菌棉拭子在中鼻道粘膜表明轻轻按压30s,并在鼻内镜下将棉拭子旋转5圈,然后将拭子放入含有运输培养基的无菌收集管内,并立即在红线处折断。标记信息并将拭子存储于-80℃,直至DNA提取。
3.16S rDNA测序
根据试剂盒制造商的方案,使用QIAamp DNA Mini Kit(QIAGEN,Hilden,Germany)从样本棉拭子中提取微生物DNA。使用Thermo NannoDrop 2000分光光度计(Thermo FisherScientific,MC,USA)基于A260/A280评估DNA的纯度。用1%琼脂糖凝胶电泳检测DNA的完整性。
使用特异性引物(5’-ACTCCTACGGGRSGCAGCAG)-3’(Forward)and 5’-GGACTACVVGGGTATCTAATC-3’)通过PCR扩增细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域(95℃3分钟,然后30个循环,98℃20秒,58℃15秒,72℃20秒和最终使用引物在72℃下延伸5分钟)。测序是在Realbio GenomicsInstitute(中国上海)的HiSeq平台((Illumina,Inc.,CA,USA)上进行。使用UPARSE在97%相似性下进行OTU聚类,并使用Userach(7.0版)鉴定和去除嵌合序列。每个代表性序列由RDP数据库(http://rdp.cme.msu.edu/)中的核糖体数据库项目(RDP)分类器进行鉴别分类,使用0.8的置信度阈值。OTU分析表和alpha/beta多样性分析通过QIIME实现。
4.不同分型慢性鼻窦炎伴鼻息肉的菌群研究
因为混合型不是典型的单一炎症的CRSwNP,这次分型研究没有涉及混合型鼻息肉。
(1)鉴定出2,673,836序列和3310个OTU。
(2)与正常对照组相比,CRSwNP菌群丰富度和均匀度(α多样性)降低(图1)。
慢性鼻窦炎伴鼻息肉(CRSwNP)的三种免疫分型与健康对照(Control)组相比,只有中性粒细胞型息肉(Neu)Shannon指数降低,说明其多样性降低,而嗜酸性粒细胞型息肉(Eos)及非嗜酸性/非中性粒细胞型息肉(Ne/nN)与健康对照(Control)组相比,没有显著性差异(图2)。进一步分型研究,息肉组织中中性粒细胞百分比与Shannon指数呈现负相关,也进一步说明了中性粒细胞鼻息肉具有明显下降的细菌多样性(图3)。
如图4所示,中性粒细胞型、嗜酸性粒细胞型、非嗜酸性/非中性粒细胞型息肉与健康对照相比,主坐标分析存在差异,说明这四者的微生物构成不同。与正常对照组相比,中性粒细胞型鼻息肉菌群结构变异最大(β多样性)。
如图5所示,中性粒细胞型、嗜酸性粒细胞型、非嗜酸性/非中性粒细胞型息肉与健康对照相比,第一、二主坐标值呈现显著差异。如图6所示,息肉组织中中性粒细胞百分比与第一主坐标(PC1)呈现负相关。
(3)菌群丰度方面,图7展示了前20种高丰度门水平细菌丰度情况;图8展示了前20种高丰度属水平细菌丰度情况。在门水平,常见的菌群为Proteobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Fusobacteria,Actinobacteria,细菌丰度占比超过90%。与对照组相比,CRSwNP的Proteobacteria丰度增加,而Bacteroidetes,Firmicutes和Fusobacteria丰度减少(图9)。而在不同分型研究中,中性粒细胞鼻息肉与嗜酸性鼻息肉和对照相比,具有明显增多的Actinobacteria(图10)。
在属水平中,CRSwNP的多数益生菌菌群丰度下降,致病菌丰度增加。分型研究中,中性粒细胞型鼻息肉有较多的Corynebacterium和Staphylococcus,较少的Escherichia/Shigella,Veillonella,Streptococcus(图11)。
(4)菌群与临床指标的关系:组织中性粒细胞%和门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium、Staphylococcus呈正相关,与门水平菌Bacteroidetes,属水平菌Bacteroides,Prevotella,Escherichia/Shigella,Streptococcus and Veillonella呈负相关(图12)。
嗅觉与门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium,Staphylococcus呈负相关,与属水平菌Veillonella呈正相关,流涕与属水平菌Pseudomonas呈正相关(图13)。
实施例2
菌群和息肉复发的关系
复发方面的研究包括所有鼻息肉样本
1.复发和不复发鼻息肉在菌群丰富度和均匀性方面无明显差异,但在整个菌群结构中存在明显差异(图14-16)。
2.复发和不复发在门水平和属水平菌群丰度上存在差异(图17-18)。复发组有较多的门水平菌Proteobacteria,属水平菌Prevotella,Fusobacterium,Clostridium sensustricto和Veillonella,较少的门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium,Staphylococcus,Propionibacterium和Anaerococcus。
3.菌群可以预测鼻息肉复发
将差异的临床指标和差异菌群纳入Logistic回归分析,我们发现只有组织嗜酸性细胞%(the area under the curve(AUC)=0.908)和门水平菌Actinobacteria(AUC=0.786)(图19),属水平菌Corynebacterium(AUC=0.811)(图20)可以预测鼻息肉的复发。而且联合组织嗜酸性细胞%和门水平菌Actinobacteria或者属水平菌Corynebacterium可以显著的增加鼻息肉复发的预测价值(AUC=0.962,AUC=0.981)。
上述内容可知,CRSwNP存在菌群紊乱,这有可能是引起的CRSwNP发病的机制之一。而炎症分型之间存在不同的菌群结构,尤其是中性粒细胞型鼻息肉,菌群定植和炎症分型显著相关。不同的菌群丰度可能跟鼻息肉复发相关,并且可以预测息肉的复发,联合炎症细胞可以显著增加预测息肉复发的能力。这一研究可能会对鼻息肉分型具有指导意义,而且可以通过菌群预测术后结局并调整用药。
实施例3
筛选菌群预测复发的方法
66个鼻息肉患者除1人失访外,其余65人都经过规范的随访用药,具有完整的临床资料。其中复发组31人,非复发组34人。
1.单因素分析
比较复发组与非复发组术前17个临床指标及经16s rDNA测序获得的丰度前5的门水平及前30的属水平菌的相对丰度,以统计学P值小于0.05作为有统计学差异。
17个临床指标分别是:年龄、性别、合并哮喘、合并过敏性鼻炎、合并特应性、术前症状评分(嗅觉、鼻堵、流涕、头面部疼痛、打喷嚏及术前症状总分)、组织炎细胞百分比(嗜酸粒细胞、中性粒细胞、淋巴细胞、浆细胞)、外周血炎细胞百分比(嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、淋巴细胞)。
门水平分析的细菌有:Proteobacteria,Actinobacteria,Bacteroidetes,Firmicutes,Fusobacteria。
属水平分析的细菌有:Staphylococcus,Corynebacterium,Prevotella,Pandoraea,Bacteroides,Escherichia/ShigellaClostridium XlVa,Moraxella,Fusobacterium,Streptococcus,Achromobacter,Propionibacterium,Neisseria,Dolosigranulum,Barnesiella,Roseburia,Faecalibacterium,HaemophilusPeptoniphilus,Pseudomonas,Clostridium sensu stricto,Lactobacillu,Anaerococcus,Veillonella,Alloprevotella,Bifidobacterium,BrevundimonasPorphyromonas,Lachnospiracea_incertae_sedis,Capnocytophaga。
结论:复发组和非复发组相比,差异的临床指标有:7个,分别为:合并哮喘、嗅觉评分、症状总分、组织炎细胞%(嗜酸性粒细胞、中性粒细胞、淋巴细胞)和外周血嗜酸性粒细胞%。
复发组较非复发组,合并哮喘的几率增加,术前具有较严重的嗅觉障碍和较高的症状总分,具有较高的组织和外周血嗜酸性粒细胞百分比,较低的组织中性粒细胞、淋巴细胞百分比。
门水平细菌变化指标有2个,分别为:Proteobacteria,Actinobacteria。复发组有较多Proteobacteria,较低的属水平菌Actinobacteria。
属水平细菌变化指标有8个,分别为:Prevotella,Fusobacterium,Clostridiumsensu stricto,Veillonella,Corynebacterium,Staphylococcus,Propionibacterium,Anaerococcus。复发组具有较多的Prevotella,Fusobacterium,Clostridium sensustricto和Veillonella,较少的Corynebacterium,Staphylococcus,Propionibacterium和Anaerococcus。
2.多重二元Logistic回归分析
以单因素分析结果为基础将复发组和非复发组的差异临床指标和菌群指标纳入Logistic回归分析中。因为术前症状评分包括嗅觉评分,其不是一个独立变量指标,所以,术前症状总分指标不被纳入多重Logistic回归分析中。因为存在门水平和属水平差异,故我们分为2个分析组。
组Ⅰ纳入:合并哮喘、术前嗅觉评分、组织和外周血嗜酸性粒细胞%、组织中性粒细胞%、组织淋巴细胞%、门水平菌Proteobacteria和Actinobacteria。采用逐步向前的方法进行回归分析,结果只有组织嗜酸性粒细胞%和门水平菌Actinobacteria是真正可以预测鼻息肉复发的因子。
组Ⅱ纳入合并哮喘、术前嗅觉评分、组织和外周血嗜酸性粒细胞%、组织中性粒细胞%、组织淋巴细胞%、属水平菌Prevotella,Fusobacterium,Clostridium sensustricto,Veillonella,Corynebacterium,Staphylococcus,Propionibacterium和Anaerococcus。同样采用逐步向前的方法进行回归分析,结果只有组织嗜酸性粒细胞%和属水平菌Corynebacterium是真正可以预测鼻息肉复发的因子。
表1 多重Logistic回归分析确定预测鼻息肉复发的独立影响因素
3.评估独立预测复发指标的预测价值
受试者工作特征(ROC)曲线分析是一种二分类判别效果的分析和评价,可以确定潜在预测因子的预测准确性、阳性预测率以及cutoff值。而曲线下面积(AUC)表示潜在预测因子的预测准确性。组织嗜酸性粒细胞%预测鼻息肉复发的AUC为0.908,门水平菌Actinobacteria,属水平菌Corynebacterium预测息肉复发的AUC分别为0.786、0.811。而且联合组织嗜酸性细胞%和门水平菌Actinobacteria或者属水平菌Corynebacterium可以显著的增加鼻息肉复发的预测价值(AUC=0.962,AUC=0.981)。这意味着,在本次试验研究中,联合嗜酸性粒细胞%和Actinobacteria或Corynebacterium丰度预测鼻息肉复发的准确率分别为96.2%,98.1%。
表2 预测息肉复发的AUC值
注:共检测65样本,复发组31人,非复发组34人。
尽管已用具体实施例来说明和描述了本发明,然而应意识到,在不背离本发明的精神和范围的情况下可以作出许多其它的更改和修改。因此,这意味着在所附权利要求中包括属于本发明范围内的所有这些变化和修改。
Claims (10)
1.菌群丰度检测物在制备鼻息肉检测剂中的应用。
2.根据权利要求1所述的应用,其特征在于,所述菌群包括门水平细菌和/或属水平细菌;
所述门水平细菌为以下中的任一种或多种:Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria;
所述属水平细菌为以下中的任一种或多种:Corynebacterium Staphylococcus、Veillonella、Escherichia/Shigella、Streptococcus。
3.菌群丰度检测物在制备鼻息肉预后检测剂中的应用。
4.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述菌群包括门水平细菌和/或属水平细菌;
所述门水平细菌为以下中的任一种或多种:Proteobacteria、Actinobacteria、Bacteroidetes、Firmicutes、Fusobacteria;
所述属水平细菌包括为中的任一种或多种:Staphylococcus、Corynebacterium、Prevotella、Fusobacterium、Clostridium sensu stricto、Veillonella、Corynebacterium、Staphylococcus、Propionibacterium、Anaerococcus。
5.根据权利要求3所述的应用,其特征在于,所述门水平细菌为Actinobacteria和/或Proteobacteria;
进一步地,所述属水平细菌为Corynebacterium。
6.根据权利要求1-5任一项所述的应用,其特征在于,所述菌群丰度的检测模板为中鼻道脱落物提取的微生物基因组;
进一步地,采用中鼻道棉拭子获取中鼻道脱落物;
进一步地,所述鼻息肉为慢性鼻鼻窦炎伴鼻息肉。
7.根据权利要求6所述的应用,其特征在于,所述检测剂还包括检测组织嗜酸性粒细胞的百分数的试剂。
8.根据权利要求1-5任一项所述的应用,其特征在于,所述检测物包括引物、探针、生物传感器和芯片中的任一种或多种;
进一步地,所述检测物针对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域进行设计;
进一步地,所述引物如SEQ ID NO:1-2所示。
9.一种检测鼻息肉或其预后复发的试剂盒,其特征在于,包括检测物和检测组织嗜酸性粒细胞的百分数的试剂;
所述检测物针对细菌16S核糖体RNA基因的V3-V4区域设计或针对Actinobacteria、Corynebacterium菌群中的任一种或多种设计。
10.根据权利要求9所述的试剂盒,其特征在于,所述检测物包括引物、探针、生物传感器和芯片中的任一种或多种;
进一步地,所述引物如SEQ ID NO:1-2所示。
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