JP2020516231A - 個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法 - Google Patents

Abstract

個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、個体のマイクロバイオームの存在量プロファイリングを含む、方法。【選択図】図２Ｃ

Description

配列表
本出願は、ＡＳＣＩＩフォーマットで電子的に提出された配列表を含有し、その全体が参照により本明細書に組み込まれる。２０１７年１２月１３日に作成された前記ＡＳＣＩＩのコピーは４９４５５＿７２０＿６０１＿ＳＬ．ｔｘｔという名前がつけられており、サイズが２２２，３０５バイトである。

本発明は、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法に関する。また、結腸直腸癌を治療する方法も企図される。

微生物は、いくつかのヒトのがん、最もとりわけヘリコバクターピロリならびに胃癌及びいくつかの胃リンパ腫の場合の発病に関与している^１、３３。Ｈ．ｐｙｌｏｒｉは現在、胃の発がん物質及び前臨床的危険因子として認識されている。結腸癌の場合、現在の診断アプローチは、初期疾患の検出にほぼ専ら焦点が当てられているが、リスクのバイオマーカーが必要とされている。我々及び他の者は、結腸直腸癌を有する患者における糞便または結腸粘膜マイクロバイオータにおける変化を報告しており^２〜７、いくつかの動物モデルは、結腸直腸癌の発病においてマイクロバイオータに関与している^８〜１１。良性結腸ポリープに関連するマイクロバイオータの構成（対照のそれ及びがんを有する者に対して中間にある）の我々の最近の発見^２は、マイクロバイオータが、後のがん発症のリスクを予測する潜在的なバイオマーカーを提供する可能性があり、それに対して疾患の発症の数年前に介入が理論的に適用可能であり得ることを示唆している。口腔に通常関連する微生物は、結腸直腸癌を有する患者における糞便及び粘膜マイクロバイオータ内に位置している^{２〜５、７、１２}。以前に、いくつかのグループは、特に糞便潜血検査と併せて、ＣＲＣの検出のためのツールとして糞便マイクロバイオータプロファイリングの適用可能性を報告した^{３、４、１３}。その上、口腔内の区別可能な細菌プロファイルは、口腔癌だけでなく^{１４、１５}、食道癌^１６及び膵臓癌^{１７、１８}に関連している。１つの研究は、健康な対照と比較した、ＣＲＣを有する個体からの口内すすぎ試料中の細菌の有意差を特定した^１９。

本発明は、結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープを有する個体における口内マイクロバイオームが、健康な対照患者における口内マイクロバイオームとは異なり、そのため、口内マイクロバイオームはＣＲＣまたは結腸ポリープの診断変数として用いられ得るという発見に基づく。そのため、本発明は、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを診断するための口内マイクロバイオームの使用を提供する。また、ＣＲＣまたは結腸ポリープの診断変数としての口内マイクロバイオームの使用も提供される。同様に、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを診断する際に使用するための口内マイクロバイオームが提供される。また、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープの診断変数としての口内マイクロバイオームも提供される。

特に、出願人は、ＣＲＣを有する個体において健康な対照と比較した調節された存在量（modulated abundance）を呈する、口内マイクロバイオーム中に存在する多数の細菌属またはオペレーショナル分類単位（ＯＴＵ）を特定した。これらのＯＴＵは、以下の表で提供される。そのため、これらのＯＴＵの調節された存在量を検出することは、ＣＲＣ患者を健康な対照と区別するため、または結腸直腸ポリープの存在のためにＣＲＣのリスクがある個体を特定するために用いられ得る。ＯＴＵは、がんのリスクを決定するために個別的に用いられ得るか、またはＯＴＵのパネルの組み合わせが、診断方法の識別力を増大させるため、及びＣＲＣまたは結腸直腸ポリープの診断の非侵襲的方法を提供するために提供され得る。結腸直腸ポリープの陽性診断は、個体が後にＣＲＣを発症するリスクを示す。

そのため、本発明は、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する増加したリスクを有する個体を特定するために、健康な対照の口内マイクロバイオームにおける細菌属のうちの１種または複数の存在量と比較した、口内マイクロバイオームにおける細菌属またはＯＴＵのうちの１種または複数の個体における調節された存在量の発見の使用を提供する。いくつかの実施形態では、方法は、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する患者を特定するためのものである。

ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体において調節された存在量を呈する口内ＯＴＵが以下の表１に提供されている。例えば、口内ＯＴＵのパネル（すなわち、表２）の調節された存在量は、５８％の感度（９５％のＣＩ［３５．５６％、８４．４４％］）及び９６％の特異性（ＡＵＣ：０．８９３；９５％のＣＩ［０．８１８１、０．９６８２］）でＣＲＣを特異的に検出するために用いられ得る。別の例では、口内ＯＴＵのパネル（すなわち、表３）の調節された存在量は、５５％の感度（９５％のＣＩ［３１．８２％、９０．９１％］）及び９６％の特異性（ＡＵＣ：０．８８８；９５％のＣＩ［０．７９４４、０．９８１９］）で結腸直腸ポリープを特異的に検出するために用いられ得る。

ＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体において調節された存在量を呈する追加的な口内ＯＴＵが以下の表１１に提供されている。例えば、口内ＯＴＵのパネル（すなわち、表１２）の調節された存在量は、５３％の感度（９５％のＣＩ［３１．１１％から９３．３３％］）及び９６％の特異性（９５％のＣＩ［０．８３から０．９］）でＣＲＣを特異的に検出するために用いられ得る。別の例では、口内ＯＴＵのパネル（すなわち、表１３）の調節された存在量は、６７％の感度（９５％のＣＩ［２３．８１％から９０．４８％］）及び９６％の特異性で結腸ポリープを特異的に検出するために用いられ得る。

したがって、４０％を超える（例えば、４５％、５０％または５２％、例えば、５３％または５８％を超える）感度及び９０％を超える（例えば、９３％または９５％、例えば、９６％を超える）特異性で個体におけるＣＲＣを検出する方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、表２または表１２における口内ＯＴＵのパネルの相対存在量を検出する。また、４０％を超える（例えば、４５％、５０％、５２％、５４％、例えば、５５％または６７％を超える）感度及び９０％を超える（例えば、９３％または９５％、例えば、９６％を超える）特異性で個体における結腸ポリープを検出する方法が提供される。いくつかの実施形態では、方法は、表３または表１３における口内ＯＴＵのパネルの相対存在量を検出する。そのような方法は、本明細書に記載されるように、口内マイクロバイオームの使用を含む。

出願人はまた、口内マイクロバイオーム存在量プロファイリングと糞便マイクロバイオーム存在量プロファイリングとを組み合わせることにより、本発明の診断方法の識別力が向上し、特にアッセイの感度が向上することを発見した。ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープにおいて調節する口内及び糞便ＯＴＵのパネルは、以下の表、特に表７に提供されており、ＣＲＣ及び結腸直腸ポリープを予測するためのＯＴＵのパネルは表８及び９にそれぞれ提供されている。例えば、口内及び糞便ＯＴＵのパネル（すなわち、表８）の調節された存在量は、７６％の感度（９５％のＣＩ［４４％、９２％］）及び９６％の特異性（ＡＵＣ：０．８９３；９５％のＣＩ［０．８１８１、０．９６８２］）でＣＲＣを特異的に検出するために用いられ得る。別の例では、口内及び糞便ＯＴＵのパネル（すなわち、表９）の調節された存在量は、８２％の感度（９５％のＣＩ［３１．８２％、９０．９１％］）及び９６％の特異性（ＡＵＣ：０．８８８；９５％のＣＩ［０．７９４４、０．９８１９］）で結腸直腸ポリープを特異的に検出するために用いられ得る。

ＣＲＣまたは結腸ポリープにおいて調節する口内及び糞便ＯＴＵの追加的なパネルが表１７に提供されており、ＣＲＣ及び結腸を予測するためのＯＴＵのサブパネルが表１８及び１９にそれぞれ提供されている。例えば、口内及び糞便ＯＴＵのパネル（すなわち、表１８）の調節された存在量は、７６％の感度（９５％のＣＩ［５９．９％から９２％］）及び９４％の特異性でＣＲＣを特異的に検出するために用いられ得る。別の例では、口内及び糞便ＯＴＵのパネル（すなわち、表１９）の調節された存在量は、８８％の感度（９５％のＣＩ［６８．７％から１００％］）で結腸ポリープを特異的に検出するために用いられ得る。

したがって、糞便マイクロバイオームのみの存在量プロファイリングを使用して得られる感度と比較して個体におけるＣＲＣまたは結腸ポリープを検出する感度を増加させる方法であって、その方法が口内マイクロバイオーム存在量プロファイリングを糞便マイクロバイオーム存在量プロファイリングと組み合わせることを含む、方法が提供される。６０％を超える（例えば、６５％、７０％または７５％、例えば、７６％を超える）感度及び９０％を超える（例えば、９２％または９３％、例えば、９６％を超える）特異性で個体におけるＣＲＣを検出する方法も提供される。６０％を超える（例えば、６５％、７０％、７５％、８０％、８１％、例えば、８２％または８８％を超える）感度及び９０％を超える（例えば、９２％または９３％、例えば、９６％を超える）特異性で個体における結腸ポリープを検出する方法も提供される。そのような方法は、本明細書に記載されるように、糞便マイクロバイオームと組み合わせた口内マイクロバイオームの使用を含む。

結腸疾患の予想及び早期発見の治療上の重要性のため、本明細書に記載の方法を使用する結腸直腸ポリープなどの腺腫の検出のための高感度が特に有望である。比較すると、Ｂａｘｔｅｒ ｅｔ ａｌ．［３］は、糞便免疫検査（ＦＩＴ）または糞便マイクロバイオータ組成物のみを使用する腺腫の検出について２０％未満の感度、及び組み合わせを使用した場合は４０％未満の感度（特異性＞９０％）を報告した。

本発明の更なる態様によれば、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、複数のＣＲＣ関連口内細菌の存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示す、方法が提供される。好ましい実施形態では、試料中の総マイクロバイオータの割合としての試料中の細菌またはＯＴＵの存在量を測定して、細菌またはＯＴＵの相対存在量を決定する。次いで、そのような好ましい実施形態では、試料中の細菌またはＯＴＵの相対存在量は、参照健康個体からの同じ試料中の相対存在量と比較される（本明細書では「参照相対存在量」とも称される）。参照相対存在量と比較した、試料中の細菌またはＯＴＵの相対存在量の差、例えば、減少または増加は、調節された相対存在量である。本明細書で説明されるように、調節された存在量の検出はまた、試料の存在量値を絶対参照値と比較することによって絶対的な手法で実施され得る。そのため、本発明は、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、複数のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された相対存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示す、方法を提供する。同様に、本発明は、個体が結腸直腸癌または結腸直腸ポリープを有する増加したリスクを有するかどうかを決定する方法であって、複数のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された相対存在量は、増加したリスクを示す、方法を提供する。

また、ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断する方法であって、個体が、その口内マイクロバイオームにおいて健康な患者における口内マイクロバイオームと比較した差を有するかどうかを決定することを含み、健康な対照と比較した差の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する、方法が提供される。その差は好ましくは、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における調節された相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の差である。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における減少した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の減少の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における増加した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の増加の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における増加した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の増加の発見と共に、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における減少した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の減少の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。

上記のように、ＯＴＵは、がんのリスクを決定するために個々に用いられ得るか、またはＯＴＵのパネルの組み合わせが、診断方法の識別力を向上させるために提供され得る。したがって、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、個々のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量についてまたは複数のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、個々のＣＲＣ関連口内細菌または複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された相対存在量は陽性のＣＲＣの状態を示す、方法も提供される。同様に、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、個々のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量についてまたは複数のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、参照相対存在量と比較した、個々のＣＲＣ関連口内細菌または複数のＣＲＣ関連口内細菌の相対存在量の差が、陽性のＣＲＣの状態を示す、方法も提供される。

いくつかの実施形態では、個々のＣＲＣ関連口内細菌の調節された相対存在量の発見は、陽性の結腸直腸癌の状態を示す。いくつかの実施形態では、少なくとも２種、例えば、少なくとも３種または少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５または４０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５または６種全て）から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３または４種全て）から選択される。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの一方または両方から選択される。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの相対存在量の増加は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２種または３種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの相対存在量の増加及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２種または３種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門のメンバーである。いくつかの実施形態では、口内マイクロバイオータにおけるＡｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの相対存在量の増加は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、これらの細菌のうちの１種以上の調節された相対存在量の発見は、個体が（ＣＲポリープとは対照的に）ＣＲＣを有する増加したリスクを示す。

追加的な実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｉａ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、６、または７種全て）から選択される。いくつかの実施形態では、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｉａ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、または６種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの相対存在量の増加及びＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ及びＬｅｐｔｏｔｒｉｃｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、または６種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、これらの細菌のうちの１種以上の調節された相対存在量の発見は、個体が（ＣＲポリープとは対照的に）ＣＲＣを有する増加したリスクを示す。

追加的な実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、または１１種全て）から選択される。いくつかの実施形態では、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、６、または７種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓの相対存在量の増加及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、及びＮｅｉｓｓｅｒｉａのうちの少なくとも１種（例えば、１種または少なくとも２、３、４、５、６、または７種全て）の相対存在量の減少は、陽性のＣＲＣ状態を示す。いくつかの実施形態では、これらの細菌のうちの１種以上の調節された相対存在量の発見は、個体が（ＣＲポリープとは対照的に）ＣＲＣを有する増加したリスクを示す。

一実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、以下の表、特に表１、２、３、７、８、９、１１、１２、１３、１７、１８、及び１９で提供されるグループから選択される。いくつかの実施形態では、表中の細菌は、完全長遺伝子またはその可変領域のいずれかであるそれらの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンの配列において付録１に記載された対応するＯＴＵ配列に対して９７％以上の残基の同一性を共有し、好ましくはその細菌は付録１に記載された対応する属からのものである。しかしながら、当業者は、ＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈する他のＣＲＣ関連口内細菌属またはＯＴＵも本発明において使用され得ることを理解する。

いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌はＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍではない。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌はＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓではない。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌はＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒではない。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌はＬｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａではない。しかしながら、他の実施形態では、これらのＣＲＣ関連口内細菌の使用が想定される。

一実施形態では、方法は、個体がＣＲＣを有するリスクを検出する方法であり、その場合、ＣＲＣ関連口内細菌は、表２または表１２のＯＴＵから選択される。一実施形態では、方法は、個体が結腸直腸ポリープを有するリスク（及びそのためＣＲＣリスクの予想）を検出する方法であり、その場合、ＣＲＣ関連口内細菌は、表３または表１３のＯＴＵから選択される。しかしながら、上記のように、当業者は、ＣＲＣまたは結腸ポリープをそれぞれ有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈する他のＣＲＣ関連口内細菌属またはＯＴＵも本発明において使用され得ることを理解する。したがって、いくつかの実施形態では、方法は、個体がＣＲＣを有する増加したリスクを有するかどうか、及びＣＲＣ関連口内細菌が、ＣＲＣを有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈するＣＲＣ関連口内細菌属またはＯＴＵを含むかどうかを決定する方法である。これらの全てのうちのいくつかは、表２または表１２から選択され得るが、追加的にまたは代替的に、他の好適なＣＲＣ関連口内細菌が使用され得る。同様に、いくつかの実施形態では、方法は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、ＣＲＣリスクの予想）を有するかどうか、及びＣＲＣ関連口内細菌が、結腸直腸ポリープを有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈するＣＲＣ関連口内細菌属またはＯＴＵを含むかどうかを決定する方法である。これらの全てのうちのいくつかは、表３または表１３から選択され得るが、追加的にまたは代替的に、他の好適なＣＲＣ関連口内細菌が使用され得る。

表１−口内結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５または４０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表１のＣＲＣ関連口内細菌の実質的に全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、表１のＣＲＣ関連口内細菌の全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ＿Ｓａｃｃｈａｒｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｓｃｈｗａｒｔｚｉａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ及びＡｂｉｏｔｒｏｐｈｉａから選択される少なくとも２、３、５、１０、１２、１５、１８、２０、２２種または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態を相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）から選択される少なくとも１種（例えば、１、２または３種）のＣＲＣ関連口内ＯＴＵの調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）である。

いくつかの実施形態では、方法は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）を有する増加したリスクを有するかどうかを決定するためのものである。いくつかの実施形態では、方法は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）を有するかどうかを決定するためのものである。いくつかの実施形態では、方法は、個体における腫瘍の増殖、がんのステージの進行、がんの再発、がんの転移、または治療に対する無反応を決定するためのものである。

一実施形態では、（ＣＲポリープとは対照的に）結腸直腸癌のリスクと相関するＣＲＣ関連口内細菌は、表２に提供される細菌のサブセット（ＯＴＵ番号によって定義されている）である。

表２−結腸直腸病変（ＣＲＣ）を有する個体を特定するための口内ＣＲＣ関連細菌オペレーショナル分類単位（ＯＴＵ）。ＯＴＵ

一実施形態では、表２の少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（結腸直腸病変）のリスクと相関する。

一実施形態では、表２の少なくとも１０、１５、２０、２５または３０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

一実施形態では、表２のＣＲＣ関連口内細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表２のＣＲＣ関連口内細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ＿Ｓａｃｃｈａｒｉｂａｃｔｅｒｉａ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｓｃｈｗａｒｔｚｉａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ及びＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも２、３、５、１０、１２、１５、１８、２０種、または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ０７７７（好ましくはＬｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ＯＴＵ０１６１（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４、５、６種または７種全て）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）及びＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）及びＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）及びＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎａｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）及び／またはＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）のうちの少なくとも１種の調節は、健康な対照と比較した相対存在量の増加である。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）の調節は、健康な対照と比較した相対存在量の減少である。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ及びＫｉｎｇｅｌｌａのうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４、５、６種または７種全て）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ及びＫｉｎｇｅｌｌａの調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ及びＴａｎｎｅｒｅｌｌａの調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ及びＫｉｎｇｅｌｌａの調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｔａｎｎａｒｅｌｌａ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ及び／またはＫｉｎｇｅｌｌａの調節は、健康な対照と比較した相対存在量の増加である。いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａの調節は、健康な対照と比較した相対存在量の減少である。

いくつかの実施形態では、方法は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスクを有するかどうかを決定するためのものである。いくつかの実施形態では、方法は、個体が結腸直腸ポリープを有するかどうかを決定するためのものである。結腸直腸ポリープを有することは、個体がＣＲＣを発症する増加したリスクを示し得る。

一実施形態では、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関するＣＲＣ関連口内細菌は、表３に提供される細菌のサブセットである。一実施形態では、本発明の方法は、表３の細菌のうちの２、３、４、５、６、７、８、または９種の調節された存在量を決定することを含む。一実施形態では、本発明の方法は、表３の細菌のうちの実質的に全ての調節された存在量を決定することを含む。一実施形態では、本発明の方法は、表３の細菌のうちの全ての調節された存在量を決定することを含む。

表３−口内結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓから選択される少なくとも１、２、３、４、５、６種または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０００８（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）、ＯＴＵ０５９５（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、ＯＴＵ０１７６（好ましくはＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ０６２６（好ましくはＬａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ）及びＯＴＵ０４３１（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４種または５種全て）の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０００８（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）及び／またはＯＴＵ０５９５（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０００８（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）、ＯＴＵ０５９５（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、ＯＴＵ０１７６（好ましくはＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ０６２６（好ましくはＬａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ）及びＯＴＵ０４３１（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４種または５種全て）の調節された存在量は、腺腫のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０００８（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）及び／またはＯＴＵ０５９５（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）の調節された存在量は、腺腫のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａから選択されるＣＲＣ関連口内細菌のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４種または５種全て）の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌のＲｏｓｅｂｕｒｉａ及びＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓの調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。

一実施形態では、方法は、複数のＣＲＣ関連糞便細菌の存在量について個体からの糞便試料をアッセイする更なる工程を含み、複数のＣＲＣ関連糞便細菌及び複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態を示す。陽性のＣＲＣ状態は、診断的であり得、例えば、個体が結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）を有する増加したリスクを示し得、または、予想的であり得、例えば、個体が結腸直腸ポリープを有するリスク及びそのため結腸直腸癌の発症のリスクを示す。

したがって、本発明はまた、ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断するための糞便マイクロバイオームと組み合わせた口内マイクロバイオームの使用を提供する。同様に、ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断する際に使用するための糞便マイクロバイオームと組み合わせた口内マイクロバイオームが提供される。同様に、本発明は、ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断するための糞便マイクロバイオームの存在量プロファイリングと組み合わせた口内マイクロバイオームの存在量プロファイリングの使用を提供する。また、ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断する方法であって、個体が、その口内マイクロバイオームにおいて健康な患者における口内マイクロバイオームと比較した差、及びその糞便マイクロバイオームにおいて健康な患者における糞便マイクロバイオームと比較した差を有するかどうかを決定することを含み、口内及び糞便マイクロバイオームの両方における差の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープを有する増加したリスクを示唆する、方法が提供される。その差は好ましくは、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体において、口内及び糞便マイクロバイオームにおいてそれぞれ調節された相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の差である。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における減少した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の減少の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における増加した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の増加の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。いくつかの実施形態では、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における増加した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の増加の発見と共に、健康な対照と比較したＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体における減少した相対存在量を呈する１種以上の細菌属またはＯＴＵの相対存在量の減少の発見は、個体が結腸直腸癌（ＣＲＣ）または結腸ポリープをそれぞれ有する増加したリスクを示唆する。

（細菌性ＯＴＵによって提供される）ＣＲＣ関連糞便細菌のリストが表４に提供されている。それ故、いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌は表４から選択される。しかしながら、当業者は、ＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈する他のＣＲＣ関連糞便細菌属またはＯＴＵも本発明において使用され得ることを理解する。

表４−糞便結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、５０、５５、６０、６５、７０、７５または８０種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表４のＣＲＣ関連糞便細菌のうちの実質的に全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、表４のＣＲＣ関連糞便細菌のうちの全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ／Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｄｏｒｅａ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、２０、２５、３０、３２、３３種）または全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、個体における結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）の存在のリスクと相関するＣＲＣ関連糞便細菌は、表５に提供される細菌のサブセットである。

表５−糞便結腸直腸癌関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表５の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、表５の少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、表５のＣＲＣ関連糞便細菌の実質的に全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。一実施形態では、表５のＣＲＣ関連糞便細菌の全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ／Ｓｈｉｇｅｌｌａ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、２０、２１、２２種）または全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関するＣＲＣ関連糞便細菌は、表６に提供される細菌のサブセットである。

表６−糞便結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表６の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表６の少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５または５０種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表６のＣＲＣ関連糞便細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表６のＣＲＣ関連糞便細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｄｏｒｅａ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ、Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、１６、１７種）または全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

本発明の好ましい実施形態では、個体の陽性のＣＲＣ状態は、表７の少なくとも５種の糞便（大便）細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量を検出することによって決定される。表７の少なくとも５種の口内細菌及び少なくとも５種の糞便細菌の調節された存在量の検出は、陽性のＣＲＣ状態、例えば、個体における結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）の存在の増加したリスク、または個体における結腸直腸ポリープの存在の増加したリスク（すなわち、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）を示す。

表７−口内及び糞便結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表７の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表７の少なくとも１０、２０、３０、４０種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも１０、２０、３０または４０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表７の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、９０、１００または１１５種のＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表７のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。一実施形態では、表７のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ、Ｄｏｒｅａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、１０、１５、２０、２２、２３種または全て）のＣＲＣ関連糞便細菌及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ、Ｇｅｍｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ及びＦｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、１０、１５、２０、２５、２７、２９種または全て）のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ１４８７（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ００７５（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）及びＯＴＵ００３０（好ましくはＣｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ）から選択される少なくとも１種（例えば、１、２または３種）のＣＲＣ関連糞便ＯＴＵと組み合わされたＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）及びＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）から選択される少なくとも１種（例えば、１、２または３種）のＣＲＣ関連口内ＯＴＵの調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ０３４８である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ００１６である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する口内ＯＴＵは、ＯＴＵ０２８３である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する糞便ＯＴＵは、ＯＴＵ１４８７である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する糞便ＯＴＵは、ＯＴＵ００７５である。いくつかの実施形態では、調節された相対存在量を呈する糞便ＯＴＵは、ＯＴＵ００３０である。

本発明の好ましい実施形態では、表８の少なくとも５種の糞便（大便）細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、個体が結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）を有する増加したリスクを示す。

表８−口内及び糞便結腸直腸癌関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表８の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表８の少なくとも１０、２０または３０種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも１０、２０または３０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表８の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０または７０種のＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表８のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表８のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表８の５３種のＣＲＣ関連大便細菌及び２４種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ、Ｄｏｒｅａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ及びＰａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａから選択される少なくとも５、１０、１５、１６、１７種または全てのＣＲＣ関連糞便細菌、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ、Ｇｅｍｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｋｉｎｇｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ及びＣａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａから選択される少なくとも５、１０、１５、１６種または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

本発明の好ましい実施形態では、表９の少なくとも５種の糞便（大便）細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）を示す。

表９−口内及び糞便結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表９の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表９の少なくとも１０、２０または３０種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも１０、２０または３０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表９の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０または７０種のＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表９のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表９のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表９の少なくとも５、１０、１２、１５または１８種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５、１０、１２、１５、１８または２０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表９の１９種のＣＲＣ関連大便細菌及び２３種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ及びＢｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも８、１０種または全て）のＣＲＣ関連糞便細菌、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ及びＦｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも１０、１２、１５、１７、１８種、または全て）のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、（ＣＲポリープとは対照的に）結腸直腸癌のリスクと相関するＣＲＣ関連口内細菌は、表１１に提供される細菌のサブセット（ＯＴＵ番号によって定義されている）である。

表１１−口内結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎｕｓ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃａｅ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａから選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５、１６、１７、１８、１９、２０、２１、２２、２３、２４、２５種、または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）または結腸直腸ポリープのリスクと相関する。

一実施形態では、（ＣＲポリープとは対照的に）結腸直腸癌のリスクと相関するＣＲＣ関連口内細菌は、表１２に提供される細菌のサブセット（ＯＴＵ番号によって定義されている）である。

表１２−口内ＣＲＣ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表１２の少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（結腸直腸病変）のリスクと相関する。

一実施形態では、表１２の少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２、１３、１４、１５種、または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

一実施形態では、表１２のＣＲＣ関連口内細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表１２のＣＲＣ関連口内細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、及びＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１、１２種または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ５０１８９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００２０（好ましくはＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、ＯＴＵ５００６８（好ましくはＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、ＯＴＵ５００４３（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５００３７（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、及びＯＴＵ５００４１（好ましくはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４、５、６種、または７種全て）の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、ＯＴＵ５１２６０（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００９７（好ましくはＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５００１０（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５００７６（好ましくはＡｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５８８７５（好ましくはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＵＴ５０２２１（好ましくはＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、ＯＴＵ５１５８８（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５５２６２（好ましくはＬｅｐｔｏｔｉｃｈｉａ）、ＯＴＵ５０２９９（好ましくはＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）のうちの１種以上の調節された存在量は、結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）のリスクと相関する。

一実施形態では、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関するＣＲＣ関連口内細菌は、表１３に提供される細菌のサブセットである。一実施形態では、本発明の方法は、表１３の細菌の２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種、または１２種全ての調節された存在量を決定することを含む。一実施形態では、本発明の方法は、表１３の細菌の実質的に全ての調節された存在量を決定することを含む。一実施形態では、本発明の方法は、表１３の細菌の全ての調節された存在量を決定することを含む。

表１３−口内結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

いくつかの実施形態では、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ、及びＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓから選択される少なくとも１、２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種または全てのＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ５０４５８（好ましくはＳｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）、ＯＴＵ５００４３（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５０４４２（好ましくはＡｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、ＯＴＵ５２０７０（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ＯＴＵ５０１７１（好ましくはＦｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５０３８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ５２３４５（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０７５９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０３５８（好ましくはＣａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ＯＴＵ５０１８８（好ましくはＣａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ＯＴＵ５０２７０（好ましくはＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）のうちの少なくとも１種（例えば、１種、または少なくとも２、３、４、５、６、７、８、９、１０、１１種、または１２種全て）の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスクと相関する。

（細菌性ＯＴＵによって提供される）ＣＲＣ関連糞便細菌のリストが表１４に提供されている。それ故、いくつかの実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌は表１４から選択される。しかしながら、当業者は、ＣＲＣまたは結腸ポリープを有する個体において健康な対照と比較した調節された相対存在量を呈する他のＣＲＣ関連糞便細菌属またはＯＴＵも本発明において使用され得ることを理解する。

表１４−糞便結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、３５、４０、４５、または５０種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表１４のＣＲＣ関連糞便細菌の実質的に全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。いくつかの実施形態では、表１４のＣＲＣ関連糞便細菌の全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｅｃｅａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶｂ、Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、２０、２３、２４種）または全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、個体における結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）の存在のリスクと相関するＣＲＣ関連糞便細菌は、表１５に提供される細菌のサブセットである。

表１５−糞便結腸直腸癌関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表１５の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、表１５の少なくとも１０、１５、２０、２５、３０、または３５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、表１５のＣＲＣ関連糞便細菌の実質的に全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。一実施形態では、表１５のＣＲＣ関連糞便細菌の全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｅｃｅａｅ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ、Ａｋｋｅｒｍａｎｓｉａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶｂ、Ｈｏｗａｒｄｅｌｌａ、Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、及びＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、１７、１８種）または全ての調節された存在量は、個体における結腸直腸癌の存在のリスクと相関する。

一実施形態では、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関するＣＲＣ関連糞便細菌は、表１６に提供される細菌のサブセットである。

表１６−糞便結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表６の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体における結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表１６のＣＲＣ関連糞便細菌の少なくとも１０または１５種の調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表１６のＣＲＣ関連糞便細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表１６のＣＲＣ関連糞便細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ａｃｉｄａｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ、及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択されるＣＲＣ関連糞便細菌のうちの少なくとも２種（例えば、少なくとも３、５、１０、１５、１６、１７種）または全ての調節された存在量は、結腸直腸ポリープのリスク（及びそのため、ＣＲＣの発症のリスクの予想）と相関する。

別の実施形態では、個体の陽性のＣＲＣ状態は、表１７の少なくとも５種の糞便（大便）細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量を検出することによって決定される。表１７の少なくとも５種の口内細菌及び少なくとも５種の糞便細菌の調節された存在量の検出は、陽性のＣＲＣ状態、例えば、個体における結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）の存在の増加したリスク、または個体における結腸直腸ポリープの存在の増加したリスク（すなわち、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）を示す。

表１７−口内及び糞便結腸直腸癌／ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表１７の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表１７の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、６０、７０、８０、または９０種のＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

一実施形態では、表１７のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。一実施形態では、表１７のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｍｅｌｌａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｏｔｈｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃｏｒｙｎｏｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、及びＲｏｓｅｂｕｒｉａから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、１０、１５、２０、２５種、または全て）のＣＲＣ関連口内細菌及びＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＶＩＩＩ、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶｂ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｏａｃｅａｅ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、１０、１５、２０、２５、２９種、または全て）のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

いくつかの実施形態では、ＯＴＵ５００５３（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５１０１３１（好ましくはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５００６２（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５０１２２（好ましくはＥｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５２０８６（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５００９２（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５０５０１（好ましくはＡｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ）、ＯＴＵ５０１１２（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ）、ＯＴＵ５００６４（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＶＩＩＩ）、ＯＴＵ５００９５（好ましくはＯｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ５０１６８（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００８０（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶｂ）、ＯＴＵ５０１７２（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５０５００（好ましくはＧｅｍｍｉｇｅｒ）、ＯＴＵ５０４７９（好ましくはＢｌａｕｔｉａ）、ＯＴＵ５００１２（好ましくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５３５０１（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５０６３０（好ましくはＡｌｉｓｔｉｐｅｓ）、ＯＴＵ５１３４０（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ＯＴＵ５３４６３（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５７７５０（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５２７０４（好ましくはＧｅｍｍｉｇｅｒ）、ＯＴＵ５４６７０（好ましくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５００４６（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ ｓｅｎｓｕ ｓｔｒｉｃｔｏ）、ＯＴＵ５５３９４（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５０１５０（好ましくはＰａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５１７２７（好ましくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５７５１２（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５００９１（好ましくはＣｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０８８０（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ）、ＯＴＵ５６９３３（好ましくはＯｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ５１８８３（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５６５８１（好ましくはＬａｃｈｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５００１８（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５０２１３（好ましくはＲｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５６３０１（好ましくはＢｌａｕｔｉａ）、ＯＴＵ５７７５０（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５０２５５（好ましくはＰａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０１０１（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５３４２１（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５３７７３（好ましくはＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ）、ＯＴＵ５００２０（好ましくはＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、ＯＴＵ５１０１４（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５５８２１（好ましくはＢａｒｎｅｓｉｅｌｌａ）、ＯＴＵ５４９１０（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）、ＯＴＵ５１４１１（好ましくはＥｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＴＵ５１４０１（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ）、ＯＴＵ５０７２６（好ましくはＦｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ）、ＯＴＵ５１３４３（好ましくはＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、及びＯＴＵ５２０８６（好ましくはＣｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ）から選択される少なくとも１種（例えば、例えば、１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０種、または全て）のＣＲＣ関連糞便ＯＵＴと組み合わされたＯＴＵ５０１８９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００１７（好ましくはＧｅｍｅｌｌａ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００３７（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ＯＴＵ５１５８８（好ましくはＮｅｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５００４１（好ましくはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＴＵ５０９４４（好ましくはＲｏｔｈｉａ）、ＯＴＵ５２０７０（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ＯＴＵ５０００１（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５７１５７（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ＯＴＵ５９６５６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５０２２１（好ましくはＭｅｇａｓｐｈａｅｒａ）、ＯＴＵ５０４４２（好ましくはＡｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、ＯＴＵ５０２９９（好ましくはＣａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＴＵ５０２０８（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００２０（好ましくはＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、ＯＴＵ５００９７（好ましくはＰｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５０５５２（好ましくはＬａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ）、ＯＴＵ５０４４４（好ましくはＭｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＴＵ５０１７７（好ましくはＤｉａｌｉｓｔｅｒｉ）、ＯＴＵ５００４３（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ０１２６０（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０４９２（好ましくはＴｒｅｐｏｎｅｍａ）、ＯＴＵ５０４１２（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０５９３（好ましくはＡｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５６７７２（好ましくはＣｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ）、ＯＴＵ５０５４７（好ましくはＯｌｓｅｎｅｌｌａ）、ＯＴＵ５２５２９（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ）、ＯＴＵ５００３２（好ましくはＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０１２４（好ましくはＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ５００７６（好ましくはＡｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０１３８（好ましくはＡｔｏｐｏｂｉｕｍ）、ＯＴＵ５０４４２（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５２０７０（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ＯＴＵ５００６５（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ５００１６（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）、及びＯＴＵ５０４５８（好ましくはＳｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）から選択される少なくとも１種（例えば、１、２、３、４、５、１０、２０、３０、４０種または全て）のＣＲＣ関連口内ＯＴＵの調節された存在量は、陽性のＣＲＣ状態と相関する。

本発明の好ましい実施形態では、表１８の少なくとも５種の糞便（大便）細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、個体が結腸直腸癌（すなわち、結腸直腸病変）を有する増加したリスクを示す。

表１８−口内及び糞便結腸直腸癌関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表１８の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表１５の少なくとも１０、２０または３０種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも１０、２０または２９種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表１８の少なくとも１０、２０、３０、４０、５０、または６０種のＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

一実施形態では、表１８のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表１８のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、表１８の３４種のＣＲＣ関連大便細菌及び２９種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｇｅｍｅｌｌａ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｒｏｔｈｉａ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ、Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ、Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ、及びＢａｃｔｅｒｏｉｄｅｓから選択される少なくとも５、１０、１５、２０、２２種、または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。いくつかの実施形態では、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ、Ａｎａｅｒｏｔｒｕｎｃｕｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＶＩＩＩ、Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ、Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶｂ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｇｅｍｍｉｇｅｒ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ、Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ、Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ、及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａｃｅａｅから選択される少なくとも５、１０、１５、１７種、または全てのＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、結腸直腸癌のリスクと相関する。

本発明の好ましい実施形態では、表１９の少なくとも５種の糞便（大便）細菌（ＯＴＵ）及び少なくとも５種の口内細菌（ＯＴＵ）の調節された存在量の検出は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）を示す。

表１９−口内及び糞便結腸直腸ポリープ関連細菌（ＯＴＵ）

一実施形態では、表１６の少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表１９の少なくとも５、１０、１４、１５種、または全てのＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５、１０、１１種、または全てのＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表１９の少なくとも５、１０、２０、２６、２７種、または全てのＣＲＣ関連細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

一実施形態では、表１９のＣＲＣ関連細菌の実質的に全ての調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表１９のＣＲＣ関連細菌の全ての調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表１９の少なくとも５、１０、１５、または１６種のＣＲＣ関連糞便細菌及び少なくとも５、１０、１１、または１２種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、表１９の１６種のＣＲＣ関連大便細菌及び１２種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

いくつかの実施形態では、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ、Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ、Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、及びＲｏｓｅｂｕｒｉａから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、６、７、８、９種または全て）のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。いくつかの実施形態では、Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ、Ｂｌａｕｔｉａ、Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ、Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ、Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ、Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａｉ、Ｅｕｂａｃｔｅｒｉｕｍ、Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ、及びＦａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍから選択される少なくとも５種（例えば、少なくとも５、１０、１１種、または全て）のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量は、個体がポリープを有する増加したリスク（及びそのため、結腸直腸癌を発症するリスクの予想）と相関する。

更なる態様では、本発明は、個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量について個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程、少なくとも３種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量をＣＲＣ関連口内細菌についての参照存在量と比較して、ＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量を検出する工程、少なくとも３種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量について個体からの糞便試料をアッセイする工程、及び少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の存在量をＣＲＣ関連糞便細菌についての参照存在量と比較して、少なくとも３種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量を検出する工程を含む、方法を提供する。いくつかの実施形態では、少なくとも３種のＣＲＣ関連口内細菌及び少なくとも３種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量の検出は、陽性のＣＲＣ状態を呈する個体を示す。

個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスクを決定するための本明細書に記載の方法の工程は、いくつかの実施形態では、個体が、腺腫を有する増加したリスクを有するかどうかを決定するために使用され得る。

一実施形態では、個体はＣＲＣまたは結腸直腸ポリープの症状を示す。一実施形態では、個体はＣＲＣまたは結腸直腸ポリープの症状を示さない。一実施形態では、個体はＣＲＣの家族歴を有する。一実施形態では、個体はＣＲＣの家族歴を有しない。

一実施形態では、陽性のＣＲＣ状態の決定は、個体が結腸内視鏡検査を受けるべきであることを示す。

一実施形態では、本発明の方法は、ＣＲＣ療法に対するＣＲＣ（または結腸直腸ポリープ）を有する患者の反応を検出する方法である。それ故、療法に対する個体の反応を検出または予測するために、口内マイクロバイオーム、糞便マイクロバイオーム、またはその両方の組み合わせの存在量プロファイルが用いられ得る。

一実施形態では、本発明の方法は、個体におけるＣＲＣ（または結腸直腸ポリープ）の再発を検出または予測する方法である。

一実施形態では、本発明の方法は、個体におけるＣＲＣ（または結腸直腸ポリープ）の転移を検出する方法である。

一実施形態では、本発明の方法は、個体におけるＣＲＣのステージを検出する（すなわち、ステージ分けする）方法である。

一実施形態では、本発明は、ＣＲＣを有するかまたはそれを発症するリスクのある個体におけるＣＲＣの治療方法であって、その方法が、個体に対して治療的有効量のＣＲＣ療法を投与する工程を含み、その個体が、本発明の方法を使用してＣＲＣを有するかまたはそれを発症するリスクがあるものとして特定されている、方法に関する。

一実施形態では、治療は本質的に予防的であり、個体はＣＲＣを発症するリスクがあるものとして特定されている（すなわち、患者は結腸直腸ポリープが陽性であるリスクがあるものとして特定されている）か、またはＣＲＣの再発のリスクがあるものとして特定されているか、またはＣＲＣ転移のリスクがあるものとして特定されている。

一実施形態では、ＣＲＣ療法は、外科的切除、薬物療法（すなわち、化学療法、免疫療法）及び放射線療法から選択される。

一態様では、ＣＲＣ状態を決定する方法は、個体からの口内試料をアッセイすること及び口内マイクロバイオームの存在量プロファイル（個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイル）を決定すること、個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイルを参照口内マイクロバイオーム存在量プロファイルと比較すること、及び個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイルと参照口内マイクロバイオーム存在量プロファイルとの間の差をＣＲＣ状態と相関させることを含み、口内マイクロバイオームが、表１のＣＲＣ関連口内細菌、または表２または３のサブセットを含む。

一態様では、ＣＲＣ状態を決定する方法は、個体からの口内試料をアッセイすること及び口内マイクロバイオームの存在量プロファイル（個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイル）を決定すること、個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイルを参照口内マイクロバイオーム存在量プロファイルと比較すること、及び個体の口内マイクロバイオーム存在量プロファイルと参照口内マイクロバイオーム存在量プロファイルとの間の差をＣＲＣ状態と相関させることを含み、口内マイクロバイオームが、表１１のＣＲＣ関連口内細菌、または表１２または１３のサブセットを含む。

一態様では、ＣＲＣ状態を決定する方法は、個体からの口内試料及び糞便試料をアッセイすること及び口内及び糞便マイクロバイオームの存在量プロファイル（個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイル）を決定すること、個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルを参照口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルと比較すること、及び個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルと参照口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルとの間の差をＣＲＣ状態と相関させることを含み、口内及び糞便マイクロバイオームが、表７のＣＲＣ関連口内及び糞便細菌、または表８または９のサブセットを含む。

一態様では、ＣＲＣ状態を決定する方法は、個体からの口内試料及び糞便試料をアッセイすること及び口内及び糞便マイクロバイオームの存在量プロファイル（個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイル）を決定すること、個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルを参照口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルと比較すること、及び個体の口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルと参照口内及び糞便マイクロバイオーム存在量プロファイルとの間の差をＣＲＣ状態と相関させることを含み、口内及び糞便マイクロバイオームが、表１７のＣＲＣ関連口内及び糞便細菌、または表１８または１９のサブセットを含む。

本明細書に記載の本発明の方法の一実施形態では、方法は、口内及び／または糞便マイクロバイオーム中に存在する全ての細菌（または実質的に全ての細菌）の存在量を決定することを含む。一実施形態では、方法は、口内及び／または糞便マイクロバイオーム中の本明細書に記載の全ての細菌ＯＴＵ（または実質的に全てのＯＴＵ）の存在量を決定することを含む。

例えば、いくつかの実施形態では、方法は、口内及び／または糞便マイクロバイオーム中に存在する全ての細菌／細菌ＯＴＵ（または実質的に全ての細菌／細菌ＯＴＵ）の存在量を決定することを含み、（任意に個々のまたは複数のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量と組み合わされた）個々のＣＲＣ関連口内細菌または複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示す。例えば、いくつかの実施形態では、方法は、口内及び／または糞便マイクロバイオーム中に存在する全ての細菌／細菌ＯＴＵ（または実質的に全ての細菌／細菌ＯＴＵ）の存在量を決定することを含み、（任意に少なくとも２種、例えば、少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量と組み合わされた）少なくとも２種、例えば、少なくとも５種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示す。

一実施形態では、口内または糞便マイクロバイオーム中の細菌の存在量を決定する工程は、核酸ベースの定量化方法論、例えば１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシングを含む。１６ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシングを使用して試料中の細菌の定性的及び定量的決定をするための方法は、文献に記載されており、当業者に知られている。一実施形態では、口内または糞便マイクロバイオーム中の細菌はＯＴＵに分類される。

一実施形態では、口内または糞便細菌の調節された存在量を決定することは、試料中の細菌の検出された存在量を健康な対照と相関する参照存在量と比較することを含む。この比較工程はコンピュータを使用して行われ得る。

一実施形態では、口内及び／または糞便試料中のＯＴＵの存在量をＣＲＣ状態と相関させる工程は、数学的モデルを用いる。一実施形態では、数学的モデルはランダムフォレスト分類モデルである。

本発明の一実施形態では、個体におけるＣＲＣ状態を決定する方法は、高感度糞便潜血検査（ＦＯＢＴ）、大便ＤＮＡ検査（ＦＩＴ−ＤＮＡ）、Ｓ状結腸鏡検査、標準（または光学）結腸内視鏡検査、仮想結腸内視鏡検査、二重造影バリウム注腸、遺伝子ｗｉｆ−１におけるメチル化のレベル、ＫＥＧＧモジュールマーカーの存在量または発現、及びＣＡＺｙファミリーマーカーの存在量または発現の検出から任意に選択される追加のＣＲＣスクリーニング検査を用いる。

本明細書に記載の方法のいずれかに使用するためのシステムも本明細書に記載されている。いくつかの実施形態では、システムは、記憶装置、比較モジュール、及び表示モジュールを含み得る。

個体の口腔から生物学的試料を得ることを含む方法も本明細書に記載されている。いくつかの態様では、方法は、生物学的試料において少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することを更に含み得る。少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することは、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌から１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を増幅させて、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を形成することを含み得る。いくつかの態様では、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１〜配列番号３２６から選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９７％の相同性を有する。いくつかの態様では、方法は、健康な個体の口腔から採取された対照生物学的試料と比較した、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量を測定することを更に含み得る。いくつかの態様において、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示し得る。いくつかの態様では、方法は、個体の結腸直腸癌の状態を決定することを更に含み得る。

本発明の他の態様及び好ましい実施形態は、以下に示される他の請求項で定義され、記載されている。

ＣＲＣの予測因子としての口内及び大便マイクロバイオータ。口内スワブ、大便、またはその両方の組み合わせからのマイクロバイオータプロファイルを使用したＣＲＣ（Ａ）及びポリープ（Ｂ）の予測のための受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線。（Ｃ）分類モデルの結果のストリップチャート。破線は各モデルにおけるそれぞれの閾値を示す。 口内スワブマイクロバイオータを使用する、健康な人からＣＲＣを有する個体を区別するためのランダムフォレスト分類法の詳細。モデルで使用されたＯＴＵの最適数は２４であった（Ａ）。全てのＯＴＵのモデルに対する寄与（Ｂ）。モデルに最も寄与する７種のＯＴＵの相対存在量のストリップチャート（Ｃ）。 口内スワブマイクロバイオータを使用する、健康な人からポリープを有する個体を区別するためのランダムフォレスト分類法の詳細。モデルで使用されたＯＴＵの最適数は７であった（Ａ）。全てのＯＴＵのモデルに対する寄与（Ｂ）。モデルに最も寄与する５種のＯＴＵの相対存在量のストリップチャート（Ｃ）。 個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法を実施するための本発明によるシステムの図。 ２つの特徴選択工程（初期はＣＶが行われる前である）を示すＢａｘｔｅｒパイプラインの概略図。 全ての特徴選択を示すインハウスＬＡＳＳＯパイプラインの概略図（ＬＡＳＳＯは１０倍ＣＶ以内に行われる）。 ＣＲＣを有する個体の口内マイクロバイオータは、健康な個体のものと統計的に有意に異なる。示されているのは重み付けされていないＵｎｉＦｒａｃ距離のＰＣｏＡである（有意性は、材料及び方法で説明されているようにＰＥＲＭＡＮＯＶＡを使用して評価した）。ＣＲＣ、結腸直腸癌；ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ、置換分散分析。 口内マイクロバイオータ中のマイクロバイオームの組成の分析（ＡＮＣＯＭ） ＣＲＣの検出のためのツールとしての口内及び大便マイクロバイオータプロファイル。（Ａ及びＢ）口内スワブ、大便またはその両方の組み合わせからのマイクロバイオータプロファイルを使用した、ＣＲＣ（Ａ）及びポリープ（Ｂ）の予測のための受信者動作特性（ＲＯＣ）曲線及び曲線下面積（ＡＵＣ）値。ＡＵＣ値は組み合わせの試験で最も高かった。有意性はＤｅＬｏｎｇ（材料及び方法）の後に決定された（材料及び方法）。試料数：スワブ：ｎ＝２５（健康な対照）、ｎ＝４５（ＣＲＣ）、ｎ＝２１（ポリープ）；大便：ｎ＝６２（健康な対照）、ｎ＝６９（ＣＲＣ）、ｎ＝２３（ポリープ）；及び組み合わせ：ｎ＝１９（健康な対照）、ｎ＝２５（ＣＲＣ）、ｎ＝１６（ポリープ）。ＣＲＣ、結腸直腸癌；ＦＰＲ、偽陽性率；ＴＰＲ、真陽性率。 口内スワブマイクロバイオータを使用する、健康な人からＣＲＣを有する個体を区別するためのＢａｘｔｅｒパイプラインランダムフォレスト分類法の詳細（Ａ）。健康な対照からＣＲＣを有する個体を区別する１６種の口内マイクロバイオータＯＴＵ。１６種全てのＯＴＵのモデルに対する寄与（Ｂ）。モデルに最も寄与する７種のＯＴＵの相対存在量のストリップチャート（Ｃ）。 口内スワブマイクロバイオータを使用する、健康な人から結腸直腸ポリープを有する個体を区別するためのＢａｘｔｅｒパイプラインランダムフォレスト分類法の詳細（Ａ）。全てのＯＴＵのモデルに対する寄与（Ｂ）。モデルに最も寄与する５種のＯＴＵの相対存在量のストリップチャート（Ｃ）。 ＬＡＳＳＯ−ＲＦの結果を使用したＣＲＣスクリーニングのための口内マイクロバイオータの予測値の確認。 実験２で分析した試料の概要。

発明の詳細な説明
本明細書で言及される全ての刊行物、特許、特許出願及び他の参考文献は、あたかも各々の個々の刊行物、特許または特許出願が具体的かつ個別に参照により組み込まれることが示され、その内容が完全に引用されるように全ての目的のためにそれらの全体が参照により本明細書に組み込まれる。ｈｔｔｐ：／／ｇｕｔ．ｂｍｊ．ｃｏｍ／ｃｏｎｔｅｎｔ／ｅａｒｌｙ／２０１７／１０／０７／ｇｕｔｊｎｌ−２０１７−３１４８１４＃ＤＣ１で見ることができる、Ｆｌｅｍｅｒ Ｂ，Ｌｙｎｃｈ ＤＢ，Ｂｒｏｗｎ ＪＭ ｅｔ ａｌ．Ｔｕｍｏｕｒ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ａｎｄ ｎｏｎ−ｔｕｍｏｕｒ−ａｓｓｏｃｉａｔｅｄ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｇｕｔ ２０１７；６６：６３３−４３．ｄｏｉ：１０．１１３６／ｇｕｔｊｎｌ−２０１５−３０９５９５についてのサポート情報もその全体が参照により本明細書に組み込まれる。

定義及び一般的好ましいもの
本明細書で使用される場合、別段具体的に示されない限り、以下の用語は、その用語が当該技術分野において享受し得ることを意味する任意のより広い（またはより狭い）意味に加えて、以下の意味を有することが意図される。

文脈によって別段必要とされない限り、本明細書における単数形の使用は複数形を含むと解釈されるべきであり、逆もまた同様である。ある実体に関して使用される「ａ」または「ａｎ」という用語は、その実体の１つ以上を指すと解釈されるべきである。このように、「ａ」（または「ａｎ」）、「１つ以上」、及び「少なくとも１つ」という用語は本明細書では互換的に使用される。

本明細書で使用される場合、「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅ）」、または「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｅｓ）」もしくは「含む（ｃｏｍｐｒｉｓｉｎｇ）」などのその変形は、任意の列挙された整数（例えば、特徴、要素、特質、特性、方法／プロセス工程または限定）または整数のグループ（例えば、特徴、要素、特質、特性、方法／プロセス工程または限定）の包含を示すものと解釈されるべきである。それ故、本明細書で使用される場合、「含む」という用語は、包括的またはオープンエンドであり、列挙されていない追加の整数または方法／プロセス工程を除外しない。

本明細書で使用される場合、「疾患」という用語は、生理学的機能を損ない、特定の症状と関連する任意の異常な状態を定義するために使用される。その用語は、病因の性質（または実際に疾患の病因根拠が確立されているかどうか）にかかわらず生理学的機能が損なわれている任意の障害、病気、異常、病理、疾病、状態または症候群を包含するために広く使用される。そのため、それは感染、外傷、傷害、手術、放射線アブレーション、中毒または栄養欠乏から生じる状態を包含する。

本明細書で使用される場合、「治療」または「治療すること」という用語は、疾患の症状を治癒、改善または軽減するか、またはその原因（複数可）（例えば、病理学的レベルのリソソーム酵素の蓄積の減少）を取り除く（またはその影響を軽減する）介入（例えば、対象への薬剤の投与）を指す。この場合、その用語は「療法」という用語と同意語として使用される。

また、「治療」または「治療すること」という用語は、疾患の発症または進行を防止または遅延させるか、または治療される集団内でのその発生率を低下させる（または根絶する）介入（例えば、対象への薬剤の投与）を指す。この場合、治療という用語は「予防」という用語と同意語として使用される。

本明細書で使用される場合、薬剤の有効量または治療的有効量は、過度の毒性、刺激、アレルギー反応、または他の問題もしくは合併症を伴わずに対象に投与することができ、妥当な利益／リスク比に見合っているが、所望の効果、例えば、対象の状態の恒久的または一時的な改善によって明示される治療または予防を提供するのに十分なものである量を定義する。その量は、個体の年齢及び全身状態、投与の様式及び他の要因に応じて対象ごとに変わる。それ故、正確な有効量を特定することは可能ではないが、当業者は、日常的な実験及び背景の一般的知識を使用して、任意の個々の場合において適切な「有効」量を決定することができる。この文脈における治療結果には、症状の根絶または軽減、疼痛または不快感の減少、生存期間の延長、運動性の改善及び他の臨床マーカーの改善が含まれる。治療結果は完全な治癒である必要はない。

上記で定義された治療及び有効量の文脈において、対象（文脈が許容する場合には「個体」、「動物」、「患者」または「哺乳動物」を含むと解釈される）という用語は、治療が示唆される任意の対象、特に哺乳動物の対象を定義する。

哺乳動物の対象には、ヒト、家畜動物、牧場の動物、動物園の動物、スポーツの動物、ペットの動物、例えばイヌ、ネコ、モルモット、ウサギ、ラット、マウス、ウマ、畜牛、ウシ；霊長類、例えば猿人類、サル、オランウータン及びチンパンジー；イヌ科動物、例えばイヌ及びオオカミ；ネコ科動物、例えばネコ、ライオン、及びトラ；ウマ科動物、例えばウマ、ロバ、及びシマウマ；食用動物、例えばウシ、ブタ、及びヒツジ；有蹄類、例えばシカ及びキリン；ならびに齧歯類、例えばマウス、ラット、ハムスター及びモルモットが含まれるがこれらに限定されない。好ましい実施形態では、対象はヒトである。

本明細書で使用される場合、「結腸直腸癌の状態」という用語は、個体が結腸直腸癌を有するかまたは発症するリスクを意味すると理解されるべきである。それ故、本発明の方法は、一般的集団のリスクと比較した、患者のＣＲＣを有する増加したリスクを特定するために用いられ得る。少なくとも２種のＯＴＵが用いられ、方法の診断力または予想力は一般に、用いられるＯＴＵの数に比例する。一実施形態では、個体は無症状性である。別の実施形態では、個体は、１つ以上のＣＲＣの症状を呈し、その場合、本発明の方法は、同じ症状を有する他の個体と比較した、症状のある患者がＣＲＣを有するかまたは発症する増加したリスクを特定するために用いられ得る。本発明の方法は、患者がＣＲＣを有するリスクを検出するため、または患者がＣＲＣを発症する（すなわち、患者がＣＲＣを発症するリスクのある結腸直腸ポリープを有する）リスクを検出するために用いられ得る。「結腸直腸ポリープ」は、結腸または直腸に見られるポリープを意味すると理解されるべきである。「結腸直腸癌の状態」という用語はまた、治療に対するＣＲＣまたはポリープの反応を決定すること、がんのステージを決定すること、がんの再発をモニターすること、がんの転移をモニターすること、または個体をスクリーニングしてそれらが結腸内視鏡検査を受けるべきかどうかを決定することを意味すると理解されるべきである。

本明細書で使用される場合、「口腔からの生物学的試料」という用語は、口腔から得られる試料、例えば、頬、歯茎、口蓋、歯、唇、舌から得られるスワブ、または唾液の試料もしくは口内すすぎ物を指す。好ましい実施形態では、試料は、個体の頬から得られるスワブである。

本明細書で使用される場合、試料中の細菌またはＯＴＵに適用される「相対存在量」という用語は、試料中の総マイクロバイオータの割合としての試料中の細菌またはＯＴＵの存在量を意味すると理解されるべきである。

本明細書で使用される場合、個体からの試料中の細菌またはＯＴＵに適用される「調節された相対存在量」という用語は、参照健康個体からの同じ試料中の相対存在量（以下「参照相対存在量」）と比較した、試料中の細菌またはＯＴＵの相対存在量の差を意味する。一実施形態では、細菌またはＯＴＵは、参照相対存在量と比較して増加した相対存在量を呈する。一実施形態では、細菌またはＯＴＵは、参照相対存在量と比較して減少した相対存在量を呈する。調節された存在量の検出はまた、試料存在量値を絶対参照値と比較することによって絶対的手法で実施され得る。一実施形態では、参照存在量値は、年齢及び／または性別が一致した個体から得られる。一実施形態では、参照存在量値は、試料と同じ集団（すなわち、ケルト起源、北アフリカ起源、中東起源）からの個体から得られる。細菌の存在量を検出するための方法と同様に、口内及び糞便試料から細菌を単離する方法を以下に記載する。細菌の特定の種または属を単離するために任意の好適な方法が用いられてよく、その方法は当業者に明らかである。細菌の存在量を検出する任意の好適な方法が用いられてよく、それには、寒天プレート定量アッセイ、蛍光試料の定量、ｑＰＣＲ、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシング、及び染料系代謝産物の枯渇または代謝産物の生成アッセイが含まれる。

本明細書で使用される場合、「ＣＲＣ関連口内細菌」という用語は、健康な個体の口腔中の細菌またはＯＴＵについての参照相対存在量と比較した、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体の口腔中の調節された相対存在量を呈する細菌またはＯＴＵを指す。一実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、表１に提供されるＯＴＵ（または表２もしくは３に提供されるＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、表７に提供される口内ＯＴＵ（または表８もしくは９に提供される口内ＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、表１１に提供されるＯＴＵ（または表１２もしくは１３に提供されるＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連口内細菌は、表１７に提供される口内ＯＴＵ（または表１８もしくは１９に提供される口内ＯＴＵのサブセット）から選択される。しかしながら、当業者は、健康な個体の口腔中の細菌またはＯＴＵについての参照相対存在量と比較した、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体の口腔中の調節された相対存在量を呈する他の細菌またはＯＴＵが、代替的または追加的に使用され得ることを理解する。

本明細書で使用される場合、「ＣＲＣ関連糞便細菌」という用語は、健康な個体の糞便試料中の細菌またはＯＴＵについての参照相対存在量と比較した、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体の糞便試料中の調節された存在量を呈する細菌またはＯＴＵを指す。一実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌またはＯＴＵは、表４に提供されるグループ（または表５もしくは６に提供されるＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌は、表７に提供される糞便ＯＴＵ（または表８もしくは９に提供される糞便ＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌またはＯＴＵは、表１４に提供されるグループ（または表１５もしくは１６に提供されるＯＴＵのサブセット）から選択される。一実施形態では、ＣＲＣ関連糞便細菌は、表１７に提供される糞便ＯＴＵ（または表１８もしくは１９に提供される糞便ＯＴＵのサブセット）から選択される。しかしながら、当業者は、健康な個体の糞便試料中の細菌またはＯＴＵについての参照相対存在量と比較した、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体の糞便試料中の調節された相対存在量を呈する他の細菌またはＯＴＵが、代替的または追加的に使用され得ることを理解する。

本明細書で使用される場合、「陽性のＣＲＣ状態」という用語は、個体がＣＲＣを有する増加したリスク、個体が結腸直腸ポリープを有する増加したリスク（及びそのため、個体がＣＲＣを発症する増加したリスク、腫瘍の増殖、がんのステージの進行、がんの再発、がんの転移、または治療に対する無反応を意味すると理解されるべきである。

本明細書で使用される場合、個体に適用される場合の「ＣＲＣの症状を示す」という用語は、個体が少なくとも１つの臨床的に認識されているＣＲＣの症状を呈することを意味すると理解されるべきである。症状の例には、糞便中の血液、正常な排便習慣の持続的変化（すなわち、明らかな原因のない下痢または便秘、頻繁なまたは一定のけいれん、及び／または通常よりも細い大便）が含まれる。

本明細書で使用される場合、「ＣＲＣ療法」という用語は、結腸直腸癌の発症もしくは進行を防止もしくは遅延させるか、または治療された集団内でのその発生率を低下させる（または根絶する）治療的介入を指す。本明細書に記載の所定の実施形態では、個体にＣＲＣ療法を提供することを更に含む本明細書に記載の方法がある。ＣＲＣ療法は予防的または治療的であり得る。ＣＲＣ療法には、薬物療法、外科的切除、もしくは放射線療法、またはそれらの任意の組み合わせが含まれ得る。薬物療法は、化学療法もしくは免疫療法または任意の他の（生物学的）薬学的介入であり得る。薬物は化学薬品または生物薬剤であり得る。ＣＲＣの治療または防止に用いられる薬剤の例には、アバスチン、ベバシズマブ、カンプトサー、サイラムザ、オキサミプラチン、エルビタックス、％−フルオロウラシル、イリノテカン、ロイコボリンカルシウム、ロンサーフ、パニツムマブ、ラムシルマブ、レゴラフェニブ、スチバーガ、ウェルコボリン及びキセロダが含まれる。

本明細書で使用される場合、「ＯＴＵ」という用語は、細菌区分に基づく配列を意味し、細菌区分により、細菌は、完全長遺伝子またはその可変領域のいずれかであるそれらの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンの配列における９７％以上の残基の同一性を共有する区分にグループ化される。それ故、本明細書の表に列挙された番号が割り当てられたＯＴＵのグループは、区分の全メンバーが９７％以上の配列同一性を示す例示的なＯＴＵ配列によって特定され得る細菌のグループ／区分に対応する。以下の付録１に示される対応するＯＴＵ配列は、それぞれのＯＴＵ区分に属する生物の範囲の明白な特定を可能にする。いくつかの実施形態では、ＯＴＵは、完全長遺伝子またはその可変領域のいずれかであるそれらの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンにおいて、付録１に記載された対応するＯＴＵ配列に対して９７％以上の残基の同一性を共有する細菌を含む。いくつかの実施形態では、ＯＴＵは、完全長遺伝子またはその可変領域のいずれかであるそれらの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンの配列において、付録１に記載された対応するＯＴＵ配列に対して９７％以上の残基の同一性を共有する細菌を含み、その細菌は付録１に記載された対応する属からのものである。例えば、いくつかの実施形態では、ＯＴＵ０３４８は、完全長遺伝子またはその可変領域のいずれかであるそれらの１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンの配列において配列番号８８に対して９７％以上の残基の同一性を共有する細菌を含み、その細菌はＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ属からのものである。付録２は、口内ＣＲＣ関連ＯＴＵのリスト、ＣＲＣ患者対健康な個体でのＯＴＵの相対存在量の比、結腸直腸ポリープを有する患者対健康な個体でのＯＴＵの相対存在量の比、及びＯＴＵの属を提供する。

本明細書で使用される場合、任意の所与の表（複数可）中のＯＴＵに適用される「実質的に全て」という用語は、表（複数可）中のＯＴＵの少なくとも５０％、６０％、７０％、８０％、９０％または９５％を指す。

本明細書で使用される場合、細菌または細菌ＯＴＵに適用される「核酸ベースの定量化」という用語は、細菌核酸の増幅に基づいて細菌存在量を決定する方法を指す。ＰＣＲ、ｒｔＰＣＲ、ｑＰＣＲ、ハイスループットシーケンシング、メタトランスクリプトームシーケンシング、及び１６Ｓ ｒＲＮＡ分析を含む例示的な方法がＥＰ２９５５２３２（１１頁）に記載されている。本明細書に記載の方法では、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３／Ｖ４可変領域に特異的なプライマー（配列番号１８９及び１９０）を使用する１６ｓ ｒＲＮＡ分析が用いられる。

本明細書で使用される場合、細菌ＯＴＵの調節された存在量に基づいてＣＲＣ状態を決定または計算するために本明細書で使用される「相関する」という用語は、相関の手動的方法またはアルゴリズム方法のいずれかを意味すると理解されるべきである。本明細書に記載の方法論は、ランダムフォレスト分類として知られる数学的モデリング技術を用いるが、他のモデリング技術を用いてもよい。それ故、一実施形態では、本発明の方法はランダムフォレスト分類法を用いる。それ故、一実施形態では、本発明の方法は、コンピュータプログラムを用いて複数のＯＴＵの調節された存在量をＣＲＣ状態と相関させ得る。

個体の口腔から生物学的試料を得ることを含む方法も本明細書に記載されている。いくつかの態様では、方法は、生物学的試料において少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することを更に含み得る。少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することは、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌から１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を増幅させて、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を形成することを含み得る。いくつかの態様では、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１〜配列番号３２６から選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９７％の相同性を有する。いくつかの態様では、方法は、健康な個体の口腔から採取された対照生物学的試料と比較して、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量を測定することを更に含み得る。いくつかの態様において、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量は、陽性の結腸直腸癌の状態を示し得る。いくつかの態様では、方法は、個体の結腸直腸癌の状態を決定することを更に含み得る。いくつかの実施形態では、方法は、個体から糞便試料を得ることを更に含み得る。いくつかの実施形態では、方法は、前記糞便試料中の少なくとも１種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量を、正常な個体から得られた糞便試料と比較して測定することを更に含み得る。

いくつかの実施形態では、方法は、薬剤を個体に投与することを更に含み得る。いくつかの実施形態では、薬剤は、アバスチン、ベバシズマブ、カンプトサー、カパシチビン、サイラムザ、オキサミプラチン、エルビタックス、％−フルオロウラシル、イリノテカン、ロイコボリンカルシウム、ロンサーフ、パニツムマブ、ラムシルマブ、レゴラフェニブ、スチバーガ、ウェルコボリン及びキセロダのうちの少なくとも１種を含み得る。

上記のように、主題の方法を実施するのに利用されるキットも提供される。キットは、本明細書に記載の組成物のうちの１種以上を含み得る。キットは口内スワブを含み得る。口内スワブは、個体の口腔から生物学的試料を採取するように構成され得る。個体は結腸直腸癌を有することが疑われ得る。個体は結腸直腸癌を有する増加したリスクがあることが疑われ得る。キットは、生物学的試料を受け取るように構成された封止可能な容器を含み得る。キットは、ポリヌクレオチドプライマーを含み得る。ポリヌクレオチドプライマーは、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌から１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を増幅させて、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を形成するために構成され得、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列は、配列番号１〜配列番号３２６から選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９７％の相同性を有する。キットは、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を検出するための検出試薬を含み得る。キットは使用のための指示書を含み得る。

いくつかの実施形態では、ランダムフォレスト（ＲＦ）分類法は、ＡＵＣＲＦパッケージの関数ＡＵＣＲＦへの入力として少なくとも５％の個体に存在するＯＴＵの対数比変換値を使用する［５０］。ＲＯＣ曲線間の差の有意性は、ｐＲＯＣパッケージの関数ｒｏｃ．試験を使用して評価され得る［５１］。いくつかの実施形態では、Ｂａｘｔｅｒパイプラインが使用される［３］。概略図が図５に図示されている。好ましくは、Ｂａｘｔｅｒパイプラインでは、全データセットが事前処理され（すなわち、５％未満の個体に存在する特徴を除外するためにフィルタリングされ）、次に１００％のデータが残りのパイプラインのトレーニングデータセットとして使用される。第１に、特徴選択は好ましくは、ＡＵＣＲＦのＲ統計パッケージ［５４］によって実行されるようにＲＦアルゴリズムを使用してＣＶの外側で実施される。第２に、トレーニングデータは好ましくは、１０倍のＣＶ及び／またはリーブワンアウト（ＬＯＯ）ＣＶで使用される。最終的なＲＦモデルの検証のための独立した試験セットはない。

いくつかの実施形態では、ランダムフォレスト（ＲＦ）分類法は、２工程手順−最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）特徴選択とそれに続くＲＦモデリングを含むＬＡＳＳＯパイプライン法である。これはインハウスパイプラインであり、本明細書で更に説明される。それは、完全なデータセットを事前処理することを含む（すなわち、これにより５％未満の個体に存在した特徴を除外するために好ましくはフィルタリングされる）。次いで１０倍交差検証（ＣＶ）が好ましくはデータに適用される。１０倍ＣＶの各反復内で、各反復内で予測モデルを生成するためのトレーニングセットとして使用されるデータセットの９０％についてＬＡＳＳＯアルゴリズムを使用して特徴選択が実施される。ＬＡＳＳＯは、関連する特徴を効率的に選択することによってモデルの正確性及び解釈可能性を改善する、パラメータラムダによって調整されるプロセスである。そのモデルは、ＬＡＳＳＯアルゴリズムによって選択された特徴のみを含むようにデータセットをフィルタリングすることによって１０倍ＣＶトレーニングデータ内で生成され得、次いでＲＦはこのサブセットのその後のモデリングのために使用される。モデル全体の予測値の推定値を生成するために、内部検証された特徴のリスト及び内部１０倍予測を生成する１０倍ＣＶ内でＬＡＳＳＯ特徴選択及びＲＦモデリングの両方が実施され得る。このプロトコルの概略図は図６に示されている。いくつかの実施形態では、閾値は、感度及び特異性を改善するためにユーデン最適化される^５５。

本発明の実施形態はまた、個体におけるＣＲＣ状態を決定するための方法を実施するためのシステム（及びコンピュータシステムを実行するためのコンピュータ可読媒体）を提供する。本発明の実施形態は、コンピュータ可読媒体に記録されたコンピュータ実行可能命令によって定義され、かつ実行時にコンピュータに方法工程を実施させる機能モジュールを介して説明され得る。明確の目的のため、モジュールは機能によって分離される。しかしながら、モジュール／システムはコードの離散ブロックに対応する必要はなく、記載された機能は様々な媒体に記憶され、かつ様々な時間に実行される様々なコード部分の実行によって行われ得ることが理解されるべきである。更に、モジュールは他の機能を実施してもよく、それ故、モジュールは任意の特定の機能または機能のセットを有することに限定されないことが理解されるべきである。

概して図４を参照すると、コンピュータ可読記憶媒体＃３０は、コンピュータによってアクセスされ得る任意の利用可能な有形の媒体であり得る。コンピュータ可読記憶媒体は、コンピュータ可読命令、データ構造、プログラムモジュールまたは他のデータなどの情報を記憶するための任意の方法または技術で実行される揮発性及び不揮発性の、除去可能及び除去不可能な有形媒体を含む。コンピュータ可読記憶媒体には、ＲＡＭ（ランダムアクセスメモリ）、ＲＯＭ（読み出し専用メモリ）、ＥＰＲＯＭ（消去可能プログラマブル読み出し専用メモリ）、ＥＥＰＲＯＭ（電気的消去可能プログラマブル読み出し専用メモリ）、フラッシュメモリもしくは他のメモリ技術、ＣＤ−ＲＯＭ（コンパクトディスク読み取り専用メモリ）、ＤＶＤ（デジタル多用途ディスク）もしくは他の光学式記憶媒体、磁気カセット、磁気テープ、磁気ディスク記憶もしくは他の磁気記憶媒体、他の種類の揮発性及び不揮発性メモリ、及び所望の情報を記憶するために使用することができ、かつ含むコンピュータによってアクセスされ得る任意の他の有形媒体ならびに前述のものの任意の好適な組み合わせが含まれるがこれらに限定されない。

１つ以上のコンピュータ可読記憶媒体上に具現化されたコンピュータ可読データは、例えば、１つ以上のプログラムの一部として、コンピュータによって実行された結果として、本明細書に記載の機能、及び／または様々な実施形態、類型及びそれらの組み合わせのうちの１つ以上を実施することをコンピュータに命令する命令を定義し得る。そのような命令は、複数のプログラミング言語のいずれか、例えば、Ｊａｖａ、Ｊ＃、Ｖｉｓｕａｌ Ｂａｓｉｃ、Ｃ、Ｃ＃、Ｃ＋＋、Ｆｏｒｔｒａｎ、Ｐａｓｃａｌ、Ｅｉｆｆｅｌ、Ｂａｓｉｃ、ＣＯＢＯＬアセンブリ言語など、またはそれらの様々な組み合わせのいずれかで書かれ得る。そのような命令が具現化されるコンピュータ可読記憶媒体は、システムのいずれかの構成要素の１つ以上に存在し得、または本明細書に記載のコンピュータ可読記憶媒体は、そのような構成要素の１つ以上にわたって分散され得る。

コンピュータ可読記憶媒体は、そこに記憶された命令を任意のコンピュータリソースにロードして本明細書で論述される本発明の態様を実行することができるように運搬可能であり得る。また、上述したコンピュータ可読媒体に記憶された命令は、ホストコンピュータ上で実行されるアプリケーションプログラムの一部として具現化された命令に限定されないことが理解されるべきである。むしろ、命令は、本発明の態様を実行するようにコンピュータをプログラムするために用いられ得る任意の種類のコンピュータコード（例えば、ソフトウェアまたはマイクロコード）として具現化され得る。コンピュータ実行可能命令は、好適なコンピュータ言語またはいくつかの言語の組み合わせで書かれ得る。基本的な計算的生物学的方法は当業者に知られており、例えば、Ｓｅｔｕｂａｌ ａｎｄ Ｍｅｉｄａｎｉｓ ｅｔ ａｌ．，Ｉｎｔｒｏｄｕｃｔｉｏｎ ｔｏ Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｂｉｏｌｏｇｙ Ｍｅｔｈｏｄｓ（ＰＷＳ Ｐｕｂｌｉｓｈｉｎｇ Ｃｏｍｐａｎｙ，Ｂｏｓｔｏｎ，１９９７）；Ｓａｌｚｂｅｒｇ，Ｓｅａｒｌｅｓ，Ｋａｓｉｆ，（Ｅｄ．），Ｃｏｍｐｕｔａｔｉｏｎａｌ Ｍｅｔｈｏｄｓ ｉｎ Ｍｏｌｅｃｕｌａｒ Ｂｉｏｌｏｇｙ，（Ｅｌｓｅｖｉｅｒ，Ａｍｓｔｅｒｄａｍ，１９９８）；Ｒａｓｈｉｄｉ ａｎｄ Ｂｕｅｈｌｅｒ，Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ Ｂａｓｉｃｓ：Ａｐｐｌｉｃａｔｉｏｎ ｉｎ Ｂｉｏｌｏｇｉｃａｌ Ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ（ＣＲＣ Ｐｒｅｓｓ，Ｌｏｎｄｏｎ，２０００）及びＯｕｅｌｅｔｔｅ ａｎｄ Ｂｚｅｖａｎｉｓ Ｂｉｏｉｎｆｏｒｍａｔｉｃｓ：Ａ Ｐｒａｃｔｉｃａｌ Ｇｕｉｄｅ ｆｏｒ Ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ Ｇｅｎｅ ａｎｄ Ｐｒｏｔｅｉｎｓ（Ｗｉｌｅｙ＆Ｓｏｎｓ，Ｉｎｃ．，２ｎｄ ｅｄ．，２００１）に記載されている。

本発明の所定の実施形態の機能モジュールは、少なくとも決定システム＃４０、任意に、記憶装置＃３０、比較モジュール＃８０、及び表示モジュール＃１１０を含む。機能モジュールは、１つもしくは複数のコンピュータ上で、または１つもしくは複数のコンピュータネットワークを使用することによって実行され得る。決定システムは、例えば、コンピュータ可読形態の配列情報を提供するためのコンピュータ実行可能命令を有する。

決定システム＃４０は、本明細書に記載のＯＴＵのうちの少なくとも１種を検出するための任意のシステムを含み得る。そのようなシステムは、典型的には生物学的試料中のＯＴＵの相対存在量を決定する。１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子分析などの標準的な手順が使用され得る。

また、年齢、性別、体重、タバコの使用及び家族歴などの他の要因を決定し得る。ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープのリスクを評価する際に、これらの要因はＯＴＵと併せて使用され得る。

決定システムで決定された情報は、記憶装置＃３０によって読み込まれ得る。本明細書で使用される場合、「記憶装置」は、データまたは情報を記憶するために構成または適合された任意の好適なコンピューティングもしくは処理機器または他の装置を含むことが意図されている。本発明での使用に好適な電子機器の例には、スタンドアローンコンピューティング機器、ローカルエリアネットワーク（ＬＡＮ）、ワイドエリアネットワーク（ＷＡＮ）、インターネット、イントラネット、及びエクストラネットを含むデータ通信ネットワーク、ならびにローカル及び分散コンピュータ処理システムが含まれる。記憶装置には、磁気記憶媒体、例えばフロッピーディスク、ハードディスク記憶媒体、磁気テープ、光学式記憶媒体、例えばＣＤ−ＲＯＭ、ＤＶＤ、電子記憶媒体、例えばＲＡＭ、ＲＯＭ、ＥＰＲＯＭ、ＥＥＰＲＯＭなど、一般的なハードディスク及びこれらのカテゴリーのハイブリッド、例えば磁気／光学式記憶媒体が含まれるがこれらに限定されない。記憶装置は、それに記録された代謝産物の存在量情報を有するように適合または構成される。そのような情報は、例えば、インターネットを介して、ディスケット上で、ＵＳＢ（ユニバーサルシリアルバス）を介してまたは任意の他の好適な通信モードを介して電子的に送信及び読み取りされ得るデジタル形式で提供され得る。本明細書で使用される場合、「記憶された」は、記憶装置上の情報を符号化するためのプロセスを指す。当業者は、既知の媒体に情報を記録するための現在知られている方法のいずれかを容易に採用して、これらの代謝産物及び他の妊娠因子に関する情報を含む製造物を生成することができる。

一実施形態では、比較モジュールによって読み込まれるように記憶装置に記憶された参照データは、例えば、試料中の特定のＯＴＵの相対存在量が正常な健康なまたは確認されたＣＲＣ対照と比較される。

「比較モジュール」＃８０は、決定システムにおいて決定されたＯＴＵ存在量情報データを参照試料及び／または記憶された参照データと比較するように動作可能な、比較のための利用可能な様々なソフトウェアプログラム及びフォーマットを使用することができる。一実施形態では、比較モジュールは、パターン認識技術を使用して、１つ以上のエントリからの情報を１つ以上の参照データパターンと比較するように構成される。比較モジュールは、パターンを比較するための既存の市販のまたは無料で入手可能なソフトウェアを使用して構成され得、行われる特定のデータ比較のために最適化され得る。比較モジュールは、ＣＲＣ関連ＯＴＵに関連するコンピュータ可読情報を提供する。

比較モジュール、または本発明の任意の他のモジュールは、リレーショナルデータベース管理システム、ワールドワイドウェブアプリケーション、及びワールドワイドウェブサーバを実行するオペレーティングシステム（例えば、ＵＮＩＸ）を含み得る。ワールドワイドウェブアプリケーションは、データベース言語ステートメント（例えば、構造化照会言語（ＳＱＬ）ステートメント）の生成に必要な実行可能コードを含む。一般に、実行可能ファイルは埋め込みＳＱＬステートメントを含む。また、ワールドワイドウェブアプリケーションは、サーバを構成する様々なソフトウェアエンティティへのポインタ及びアドレス、ならびにユーザ要求を処理するためにアクセスされなければならない様々な外部及び内部データベースを含有する構成ファイルを含み得る。サーバが２台以上の別々のコンピュータに分散されるべきことが必要であり得る場合、構成ファイルはまた、サーバーリソースの要求を適切なハードウェアに送信する。一実施形態では、ワールドワイドウェブサーバはＴＣＰ／ＩＰプロトコルをサポートする。このようなローカルネットワークは時に「イントラネット」とも称される。そのようなイントラネットの利点は、それらが、ワールドワイドウェブ（例えば、ＧｅｎＢａｎｋまたはスイスプロワールドワイドウェブサイト）上に存在するパブリックドメインデータベースとの容易な通信を可能にすることである。それ故、本発明の特定の好ましい実施形態では、ユーザは、ウェブブラウザ及びウェブサーバによって提供されるＨＴＭＬインターフェースを使用して、インターネットデータベース上に存在するデータに（例えば、ハイパーテキストリンクを介して）直接アクセスすることができる。

比較モジュールは、既定の基準、またはユーザによって定義された基準によってコンピュータ可読形式で処理され得るコンピュータ可読比較結果を提供して、表示モジュール＃１１０を使用してユーザによって要求されたときに記憶及び出力され得る比較結果に部分的に基づく内容を提供する。

比較結果に基づく内容は、健康な個体からのものであり得る。代替的に、比較結果に基づく内容は、ＣＲＣまたは結腸直腸ポリープを有する個体からのものであり得る。

本発明の一実施形態では、比較結果に基づく内容は、コンピュータモニタ＃１２０に表示される。本発明の一実施形態では、比較結果に基づく内容は、印刷可能な媒体＃１３０、＃１４０を介して表示される。表示モジュールは、コンピュータから受信してコンピュータ可読情報をユーザに表示するように構成された任意の好適な装置であり得る。非限定的な例には、例えば、一般的な目的のコンピュータ、例えばＩｎｔｅｌ ＰＥＮＴＩＵＭ型プロセッサ、Ｍｏｔｏｒｏｌａ ＰｏｗｅｒＰＣ、Ｓｕｎ ＵｌｔｒａＳＰＡＲＣ、Ｈｅｗｌｅｔｔ−Ｐａｃｋａｒｄ ＰＡ−ＲＩＳＣプロセッサ、Ｓｕｎｎｙｖａｌｅ、ＣａｌｉｆｏｒｎｉａのＡｄｖａｎｃｅｄ Ｍｉｃｒｏ Ｄｅｖｉｃｅｓ（ＡＭＤ）から入手可能な様々なプロセッサのいずれか、または任意の他の種類のプロセッサに基づくもの、画像表示装置、例えばフラットパネルディスプレイ、陰極線管など、ならびに様々な種類のコンピュータプリンタが含まれる。

一実施形態では、比較結果に基づく内容を表示するためのユーザインターフェースを提供するためにワールドワイドウェブブラウザが使用される。本発明の他のモジュールは、ウェブブラウザインターフェースを有するように適合され得ることが理解されるべきである。ウェブブラウザを介して、ユーザは比較モジュールからデータを回収するための要求を構築し得る。

それ故、ユーザは典型的には、グラフィカルユーザインターフェースで従来から用いられているボタン、プルダウンメニュー、スクロールバーなどのユーザインターフェース要素をポイントしてクリックする。そのため、本明細書に記載の方法は、個体におけるＣＲＣ状態を決定するための方法を実施するためのシステム（及びコンピュータシステムを実行するためのコンピュータ可読媒体）を提供する。

本明細書に記載のシステム及びコンピュータ可読媒体は、個体において診断または予想の方法を実施するための本発明の例示的な実施形態にすぎず、本発明の範囲を限定することは意図されていない。本明細書に記載のシステム及びコンピュータ可読媒体の変更は可能であり、本発明の範囲内に含まれることが意図される。

機械のモジュール、またはコンピュータ可読媒体で使用されるものは、多数の構成を想定し得る。例えば、機能は、単一の機械に提供されてもよく、または複数の機械にわたって分散されていてもよい。

本発明はまた、コンピュータで実行された場合に、個体におけるＣＲＣ状態を決定するためのプロセスをコンピュータに実施させるコンピュータプログラムを提供し、そのプロセスは、複数のＣＲＣ関連口内または糞便ＯＴＵについての相対存在量データを入力すること；ＯＴＵの存在量をＯＴＵについての参照存在量と比較すること；及び比較工程に基づいてＣＲＣ状態を決定するための相関工程を含む。

口内及び糞便ＯＴＵのパネル及び組み合わせは上述している。好ましくは、個体のＣＲＣ状態を決定する工程は、ＯＴＵの相対存在量及び参照相対存在量値のセットから導き出された分布パラメータを使用することを典型的に含む多変量分析を使用してＣＲＣまたは結腸直腸ポリープの可能性を決定することを含む。一実施形態では、多変量分析はランダムフォレスト分類モデルを用いる。別の実施形態では、ランダムフォレスト分類モデルはＬＡＳＳＯパイプライン法である。

例示
本発明をこれより特定の実施例を参照して説明する。これらは例示にすぎず、説明の目的のためのものである：それらは決して特許請求された独占権の範囲または記載された発明に限定することは意図されていない。これらの実施例は、本発明を実施するために現在企図される最良の形態を構成する。

実施例１
サンプリング
ＣＲＣ患者：ＣｏｒｋのＭｅｒｃｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌで結腸切除を予定していた合計で８９人の個体が研究に採用された。除外基準は、ＣＲＣ、炎症性腸疾患（ＩＢＤ）または炎症性腸症候群（ＩＢＳ）の既往歴であった。個体は手術前の月に抗生物質で治療されなかったが、切除から数時間以内に抗生物質が静脈内投与された。糞便試料を腸管前処置の開始前に自己サンプリングし、氷上で実験室に移動させ、−８０℃で凍結させた。合計で６９人の個体からの大便試料を分析した。口内試料は両頬の内側をスワブでこすることによって得た。試料を−８０℃で保存した。合計で４５人の個体からの口内スワブ試料を分析した。

ポリープ：ＣｏｒｋのＭｅｒｃｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌで結腸内視鏡検査を予定していた合計で２９人の個体が研究に採用された。除外基準には、ＩＢＤ及びＩＢＳならびに結腸内視鏡検査の１ヶ月前の抗生物質の使用が含まれていた。糞便試料を腸管前処置の開始前、またはその手順の少なくとも４週間後に自己サンプリングし、氷上で実験室に移動させ、−８０℃で凍結させた。合計で２４人の個体からの大便試料を分析した。口内試料は両頬の内側をスワブでこすることによって得た。試料を−８０℃で保存した。合計で２２人の個体からの口内スワブ試料を分析した。

健康な対照：ＣｏｒｋのＭｅｒｃｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌで結腸内視鏡検査を予定していた合計で３１人の個体が研究に採用された。除外基準にはＩＢＤ、ＩＢＳ、及びＣＲＣが含まれていた。糞便試料を腸管前処置の開始前、またはその手順の少なくとも４週間後に自己サンプリングし、氷上で実験室に移動させ、−８０℃で凍結させた。健康な高齢者の先に収集されたコホートから追加で３８種の大便試料を選択した^１２。合計で６２人の健康な個体からの大便試料を分析した。口内試料は両頬の内側をスワブでこすることによって得た。試料を−８０℃で保存した。合計で２６人の健康な個体からの口内スワブ試料を分析した。

表２０：分析した試料の概要

研究は研究番号ＡＰＣ０３３でＵＣＣ倫理委員会によって承認された。

ＤＮＡ／ＲＮＡ抽出、１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンシング及び１６Ｓアンプリコンシーケンシングデータの分析は、Ｆｌｅｍｅｒ ｅｔ ａｌ．の方法に従って実施される^２。

統計分析
統計分析はＲ^２３で行った。グループ間のＯＴＵの区別的存在量は、ＤＥＳｅｑ２を使用して評価した^３２。結腸病変のバイオマーカーとして好適な、ＯＴＵを決定するためのランダムフォレスト分類モデルは他の場所^３に記載されている。

結果
口内マイクロバイオータ
シーケンシングによるマイクロバイオータプロファイリングは、細菌分類群を配列に基づく区分またはオペレーショナル分類単位（ＯＴＵ）として特定する。いくつかの口内マイクロバイオータＯＴＵ（９７％の配列類似性でグループ化された）は、ＣＲＣを有する個体と健康な対照との間で区別的に豊富であり（ｐ＜０．１）、１つのＯＴＵは、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ（ＣＲＣでのより高い存在量）として分類され、３つのＯＴＵは、最も区別的に豊富な分類群であるＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｙｓ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ（ＣＲＣでのより低い存在量）として分類された。ほぼ全ての区別的に豊富なＯＴＵ（１２／１５）は、ＣＲＣを有する個体では健康な個体におけるものよりも豊富ではなかった。まとめると、Ａｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ及びＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓ門のメンバーは、ＣＲＣを有する個体の口内マイクロバイオータでは、健康な個体のそれと比較して有意により豊富であった。

口内及び糞便マイクロバイオータ−モデル
先に確立されたランダムフォレスト分類モデルは、ポリープ及びＣＲＣを有する対象を特定するためのスクリーニングツールとして用いられた^３。そのモデルは、ＣＲＣを有する個体を健康な対照から区別する３１種の口内マイクロバイオータＯＴＵを特定した。検出の感度は、９６％の特異性（ＡＵＣ：０．８９３；９５％のＣＩ［０．８１８１、０．９６８２］；表２及び図２）で５８％（９５％のＣＩ［３５．５６％、８４．４４％］）であった。そのモデルはまた、１０種の口内ＯＴＵの存在量に基づいて結腸直腸ポリープを有する個体を検出するために使用することができた（５５％；９５％のＣＩ［３１．８２％、９０．９１％］；ＡＵＣ：０．８８８；９５％のＣＩ［０．７９４４、０．９８１９］；表３）。結果はまた、選択されたＯＴＵの糞便マイクロバイオータ存在量がＣＲＣまたはポリープを有する個体を健康な人から区別することができるという点で先の報告^３、４と一致している（図１）。

口内及び大便マイクロバイオータデータの組み合わせは、モデル感度を、ＣＲＣの検出のためのＣＲＣについては７６％（９５％のＣＩ［４４％、９２％］、ＡＵＣ：０．９１６；９５％のＣＩ［０．８３７９、０．９９３６］）及びポリープの検出のためのポリープについては８２％（９５％のＣＩ［５８．８２％、１００％］、ＡＵＣ：０．９１３；９５％のＣＩ［０．７９３２、１］）（両方とも：特異性９５％）（表７）まで改善させた。４２種の細菌ＯＴＵの存在量の分析は、ポリープを有する個体と健康な対照との間の区別化に最適であった（２３種のＯＴＵについては、口腔内の存在量が使用され、１９種のＯＴＵについては糞便存在量が使用された）（表９）；ＣＲＣの検出のためのモデルは７７種のＯＴＵを使用した（２４種の口内ＯＴＵ、５３種の大便ＯＴＵ）（表８）。

実施例２
サンプリング、ＤＮＡ抽出及び１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシング
実施例２で分析した試料は、実施例１に記載されたものと同じ試料である。サンプリングの詳細な説明は次のとおりである：ＣＲＣ患者：ＣｏｒｋのＭｅｒｃｙ Ｕｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｈｏｓｐｉｔａｌで結腸切除を予定していた個体が研究に採用された。これらの個体は、排便習慣の変化、直腸出血、または他の要因を示しており、手術前にがんの適合診断を受けていた。除外基準はＣＲＣ、ＩＢＤまたはＩＢＳの既往歴であった。個体は手術前の月に抗生物質で治療されなかったが、切除から数時間以内に抗生物質が静脈内投与された。手術後、最大で５つの異なる部位からの２つの試料をＲＮＡｌａｔｅｒ（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）に収集した：ＯＦＦＤ（オフ遠位；結腸の遠位端に向かって２〜５ｃｍ）、ＯＦＦＰ（オフ近位；結腸の近位端に向かって２〜５ｃｍ）、ＵＤＤ（非疾患遠位；可能な限りがんから離れている；遠位；通常１０〜３０ｃｍ）及びＵＤＰ（非疾患近位；可能な限りがんから離れている；近位；通常１０〜３０ｃｍ）。試料を３ｍＬのＲＮＡｌａｔｅｒ内に入れ、４℃で１２時間保存し、次いで−２０℃で保存した。糞便試料を腸管前処置の開始前に自己サンプリングし、氷上で実験室に移動させ、−８０℃で凍結させた。

ポリープ：定期的な結腸内視鏡検査を受けている患者からポリープ生検物を収集した［３４］。ポリープを有する個体からの生検試料は、上述したようにＲＮＡｌａｔｅｒで得た。小さなポリープ試料は病理学者による検査のために確保されていたので、ほとんどの場合、未罹患組織がポリープを有する個体から収集された。内視鏡検査では、一個体当たり最大で２つの生検物が得られ、１つは下行結腸内の未罹患組織から、もう１つは上行結腸の未罹患組織からであった。除外基準には、ＩＢＤ及びＩＢＳならびに手術の１ヶ月前の抗生物質の使用が含まれていた。ポリープを有する個体から大便試料はサンプリングされなかった。
健康な対照：これらの個体は、排便習慣の変化、直腸出血、または他の要因を示していた。健康な対照からの生検試料は、上述したようにＲＮＡｌａｔｅｒで得た。除外基準には、ＩＢＤ、ＩＢＳ及びＣＲＣならびにサンプリングの１ヶ月前の抗生物質の使用が含まれていた。内視鏡検査では、一個体当たり最大で３つの生検物が得られ、１つは下行結腸から、１つは横行結腸から、１つは上行結腸からであった。大便試料を上述したように収集した。健康な高齢者の先に収集されたコホートから追加の試料を選択した［３５］。口内試料は両頬の内側をスワブでこすることによって得た。口内スワブを−８０℃で保存した。歯磨きまたは口内洗浄について制限は適用されなかった。分析した試料の概要が図１３に提供されている。

研究は研究番号ＡＰＣ０３３で大学倫理委員会によって承認された。

ＤＮＡ／ＲＮＡ抽出及び１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシング
全ての試料の種類からのＤＮＡ及びＲＮＡの同時抽出のためのプロトコルは他の場所に記載されている［３４］。簡潔には、ゲノムＤＮＡ及びトータルＲＮＡを、Ｑｉａｇｅｎ（Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）製のＡｌｌＰｒｅｐ ＤＮＡ／ＲＮＡキットを使用して抽出した。ＭａｇｎａＬｙｚｅｒ（Ｒｏｃｈｅ、Ｐｅｎｚｂｅｒｇ、Ｇｅｒｍａｎｙ）中に２５０μｌの０．１ｍｍの滅菌ガラスビーズ及びいくつかの３〜４ｍｍの滅菌ガラスビーズを有するビーズチューブを使用して試料を均質化した。残りのＤＮＡ抽出は、ＡｌｌＰｒｅｐ ＤＮＡ／ＲＮＡ抽出キット（Ｑｉａｇｅｎ、Ｈｉｌｄｅｎ、Ｇｅｒｍａｎｙ）に従って行った。

１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシングは、Ｉｌｌｕｍｉｎａ（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＵＳＡ）によって開発された１６Ｓメタゲノムシーケンシングライブラリー調製プロトコルを用いて行った。簡潔には、２００ｎｇの粘膜ＤＮＡ（糞便試料については５０ｎｇ、口内スワブ試料については２５ｎｇ）を、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子のＶ３／Ｖ４可変領域を標的とするプライマーを用いて増幅させた：１６ＳアンプリコンＰＣＲフォワードプライマー（Ｖ３領域）
５’−ＴＣＧＴＣＧＧＣＡＧＣＧＴＣＡＧＡＴＧＴＧＴＡＴＡＡＧＡＧＡＣＡＧＣＣＴＡＣＧＧＧＮＧＧＣＷＧＣＡＧ（配列番号：１８９）；１６ＳアンプリコンＰＣＲリバースプライマー（Ｖ４領域）
５’−ＧＴＣＴＣＧＴＧＧＧＣＴＣＧＧＡＧＡＴＧＴＧＴＡＴＡＡＧＡＧＡＣＡＧＧＡＣＴＡＣＨＶＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣ１３（配列番号：１９０）。生成物を精製し、順方向及び逆方向バーコードを付けた（Ｎｅｘｔｅｒａ ＸＴ ｖ２インデックスキットセットＡ及びＤ、Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＵＳＡ）。アンプリコンのプールは、２×２５０ｂｐの化学反応を使用してＭｉＳｅｑのシーケンシング機器（Ｉｌｌｕｍｉｎａ、Ｓａｎ Ｄｉｅｇｏ、ＵＳＡ）にてＧＡＴＣ（Ｋｏｎｓｔａｎｚ、Ｇｅｒｍａｎｙ）でシーケンシングした。

１６Ｓアンプリコンシーケンシングデータの分析
先に記載されているように［３４］我々のアイルランド人のコホートからの１６Ｓアンプリコン配列を処理した。我々はまた、Ｇｅｖｅｒｓら［４１］に関するアンプリコンシーケンシングデータを用いてメタ分析を行い、この研究に関連するデータを同様に処理した。アイルランド人のＣＲＣコホートで得られた細菌のオペレーショナル分類単位（ＯＴＵ）（シーケンシングされた領域：Ｖ３〜Ｖ４）をクローン病コホートで得られたＯＴＵ（Ｖ４）と比較するために、我々は、ＣＲＣコホートの配列をｃｕｔａｄａｐｔ［３６］を使用してＣＤコホートのシーケンシングされた領域まで短縮し、次いで２つの研究の配列を一緒に処理した。簡潔には、アダプターをｃｕｔａｄａｐｔ［３６］を使用して除去し、対末端の読み取りをＦＬＡＳＨ［３７］を使用して併合した。ライブラリをＱＩＩＭＥ［３８］ｓｐｌｉｔ＿ｌｉｂｒａｒｉｅｓ＿ｆａｓｔｑ．ｐｙスクリプトを使用して分割した。ＯＴＵ（オペレーショナル分類単位）の表は、ｕｓｅａｒｃｈ［３９］（開放型参照アプローチ）を使用して得られた。代表的なＯＴＵ配列は、ｍｏｔｈｅｒ［４０］及びＲＤＰ基準、バージョン１４を使用して分類された。我々は、シーケンシングされた陰性対照で検出された３種のＯＴＵを更なる分析から除外した（そのＯＴＵは、Ｈａｌｏｍｏｎａｓ（２種のＯＴＵ）及びＳｈｅｗａｎｅｌｌａとして分類された）。我々は先に［３４］、がんのＯＦＦからの４つの試料（ＯＦＦＤ、ＯＦＦＰ、ＵＤＤ及びＵＤＰ）の間に差はないことを見出したので、我々は個体ごとにこれらの配列を併合し、この併合試料をこの実施例を通してＯＦＦと称する。同様に、我々は、健康な対照からの左右の側の生検試料間の差を検出することができず［３４］、結果として個体ごとの配列をプールした。Ｇｅｖｅｒｓらに関するアンプリコンシーケンシングデータ［４１］を同様に分析した。アイルランド人のＣＲＣコホートで得られた細菌ＯＴＵ（シーケンシングされた領域：Ｖ３〜Ｖ４）をクローン病（ＣＤ）コホートで得られたＯＴＵ（Ｖ４）と比較するために、我々は、ＣＲＣコホートの配列をｃｕｔａｄａｐｔを使用してＣＤコホートのシーケンシングされた領域まで短縮し、次いで上述したように２つの研究の配列を一緒に処理した。

統計分析
統計分析はＲ［４２］で行った。標準的視覚化は、ｂａｓｅＲまたはｇｇｐｌｏｔ２［４３］を使用して行った。重み付けされていない（ｕｎｗｅｉｇｈｔｅｄ）ＵｎｉＦｒａｃ距離は、試料当たりの最低シーケンシング深度（５６５２配列）［３８］まで希薄化したデータを使用してＱＩＩＭＥで計算され、関数ｓ．ｃｌａｓｓ［４４］を使用して視覚化された。統計的有意性は、距離行列及びｖｅｇａｎパッケージ［４５］の関数ａｄｏｎｉｓを使用する置換分散分析（ＰＥＲＭＡＮＯＶＡ）を使用して確立された。グループ間のＯＴＵの区別的存在量は、ＦＤＲ＜．１及び生の読み取りカウントでマイクロバイオームの組成分析（ＡＮＣＯＭ）［４７］を使用して評価した。関数ｐ．ａｄｊｕｓｔ（ｂａｓｅ Ｒのｓｔａｔｓパッケージ）ならびにＢｅｎｊａｍｉｎｉ及びＨｏｃｈｂｅｒｇの方法［４８］を使用して他のＰ値を調整した。別段記述されない場合、０．０５以下の調整されたＰ値については有意性が仮定された。

ＣＲＣ分類法
結腸病変のバイオマーカーとして好適な、ＯＴＵを決定するためのランダムフォレスト（ＲＦ）分類法は他の場所に記載されている［４９］。簡潔には、我々は、ＡＵＣＲＦパッケージの関数ＡＵＣＲＦへの入力として少なくとも５％の個体に存在するＯＴＵの対数比変換値を使用した［５０］。ＲＯＣ曲線間の差の有意性は、ｐＲＯＣパッケージの関数ｒｏｃ．試験を使用して評価した［５１］。概略図が図５に図示されている。我々はまた、２工程手順−最小絶対収縮及び選択演算子（ＬＡＳＳＯ）特徴選択とそれに続くＲＦモデリングからなる分類のためのインハウスパイプラインを用いた。完全なデータセットを事前処理した（すなわち、５％未満の個体に存在した特徴を除外するためにフィルタリングした）。次いで１０倍交差検証（ＣＶ）をデータに適用した。１０倍ＣＶの各反復内で、各反復内で予測モデルを生成するためのトレーニングセットとして使用されたデータセットの９０％についてＬＡＳＳＯアルゴリズムを使用して特徴選択を実施した。ＬＡＳＳＯは、関連する特徴を効率的に選択することによってモデルの正確性及び解釈可能性を改善する、パラメータラムダによって調整されるプロセスである。そのモデルは、ＬＡＳＳＯアルゴリズムによって選択された特徴のみを含むようにデータセットをフィルタリングすることによって１０倍ＣＶトレーニングデータ内で生成され、ＲＦはこのサブセットのその後のモデリングのために使用された。モデル全体の予測値の推定値を生成するために、内部検証された特徴のリスト及び内部１０倍予測を生成する１０倍ＣＶ内でＬＡＳＳＯ特徴選択及びＲＦモデリングの両方を実施した。我々は、モデルによって選択されたデフォルトの閾値ならびに感度及び特異性を改善するために閾値が最適化されたユーデン最適化結果からの両方の結果を報告する。このプロトコルの概略図は図６に示されている。

結果
口内マイクロバイオータはＣＲＣにおいて有意に異なる。
我々は、１６Ｓ ｒＲＮＡ遺伝子アンプリコンシーケンシングを使用してＣＲＣ、結腸直腸ポリープを有する個体からのマイクロバイオータ及び複数の身体部位からの健康な対照を分析した（図１３）。

シーケンシングによるマイクロバイオータプロファイリングは、細菌分類群を配列に基づく区分またはＯＴＵとして特定する。（９７％の配列類似性でグループ化された）細菌ＯＴＵの全体的な口内プロファイルは、ＣＲＣを有する個体と健康な対照との間で有意に異なっていた（重み付けされていないＵｎｉＦｒａｃ距離の置換分散分析、図７）。その上、８種の口内マイクロバイオータＯＴＵは、ＣＲＣを有する個体と健康な対照との間で区別的に豊富であった（ＡＮＣＯＭ、ＦＤＲ＜０．０５）（図８）。区別的に豊富なＯＴＵは、Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ、Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ、Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ、及びＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓとして分類された（図８）。ほぼ全ての区別的に豊富なＯＴＵ（７／８）は、ＣＲＣを有する個体では健康な個体におけるものよりも豊富ではなかった。全体のマイクロバイオータがポリープを有する個体と健康な対照との間で類似していたとしても、４種の個体の細菌ＯＴＵは２つのグループの間で区別的に豊富であり（図８）、そのうち３種はまた、ＣＲＣにおいて区別的に豊富であった。ポリープについての４種の区別的に豊富なＯＴＵは、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ、Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ、Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ及びＰｒｅｖｏｔｅｌｌａとして分類された（図８）。

ＣＲＣのバイオマーカーとしての口内及び大便マイクロバイオータ
ＣＲＣ用の現在の非侵襲的スクリーニングツールは、結腸病変によって放出された糞便中の痕跡量の血液に基づいて進行がんを確実に検出することができるが、これらの方法は早期病変の検出感度が低いという問題がある［２２］。上記で示された発見に動機付けられて、我々は、先に確立されたＲＦ分類方法論［４９］（図５）を用いることによって、ポリープ及びＣＲＣを有する対象を特定するためのスクリーニングツールとして口内マイクロバイオータの好適性を評価した。そのモデルは、ＣＲＣを有する個体を健康な対照から区別する１６種の口内マイクロバイオータＯＴＵを特定した（表１２）。検出の感度は、９６％の特異性（曲線下面積（ＡＵＣ）：０．９；９５％のＣＩ（０．８３から０．９）；図９及び図１０）で５３％であった（９５％のＣＩ（３１．１１％から９３．３３％）。そのモデルはまた、９６％の特異性で１２種の口内ＯＴＵ（表１３）の存在量に基づいて結腸直腸ポリープを有する個体を検出するために使用することができた（感度６７％；９５％のＣＩ（２３．８１％から９０．４８％）；ＡＵＣ：０．８９；９５％のＣＩ（０．８から０．８９）；図９及び図１１）。我々の発見はまた、選択されたＯＴＵの糞便マイクロバイオータ存在量がＣＲＣまたはポリープを有する個体を健康な人から区別することができるという点で先の報告［３、４］と一致している（図９）。しかしながら、ＣＲＣを有する個体を検出するための糞便マイクロバイオータを使用する我々のモデルの感度は、先に報告されたものよりもかなり低かった（感度２２％；９５％のＣＩ（４．３５％から５２．１７％）；特異性９５％、ＡＵＣ０．８１；９５％のＣＩ（０．７３から０．８１））。口内及び大便マイクロバイオータデータの組み合わせは、モデル感度を、ＣＲＣの検出については７６％（９５％のＣＩ（５９．９％から９２％）、ＡＵＣ：０．９４；９５％のＣＩ（０．８７から０．９４）及びポリープの検出については８８％の感度（ポリープの検出については９５％のＣＩ（６８．７５％から１００％）、ＡＵＣ：０．９８；９５％のＣＩ（０．９５から０．９８）（両方とも：特異性９５％）（図９）まで改善させた。２８種の細菌ＯＴＵの存在量の分析は、ポリープを有する個体と健康な対照との間の区別化に最適であった（表１５；２５種のＯＴＵについては、口腔内の存在量が使用された一方で、１６種のＯＴＵについては、糞便存在量が使用された）；ＣＲＣの検出のためのモデルは６３種のＯＴＵを使用した（表１６；２９種の口内ＯＴＵ及び３４種の大便ＯＴＵ）。

我々は、１０倍ＣＶパイプライン内でＬＡＳＳＯ特徴選択工程及びＲＦ分類法を使用するインハウスパイプラインを用いることによって、ＣＲＣスクリーニングのための口内マイクロバイオータの予測値を確認することができた（図６参照）。この方法論は、口内スワブマイクロバイオータデータセット（表１２及び表１３）に適用された場合、デフォルトの確率閾値を使用して、腺腫の予測については７４％の感度及び９０％の特異性（ＡＵＣ０．９１）ならびにＣＲＣの予測については９８％の感度及び７０％の特異性（ＡＵＣ０．９６）をそれぞれ生成した。値の全リストが図１２に示されている。

Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅの低い結腸存在量はＣＲＣに関連付けられた口内病原菌による腸粘膜のコロニー形成を促進する
口内細菌とＣＲＣ生検に見られる変化したマイクロバイオータとの関連及び口内マイクロバイオータプロファイルを特徴付けることがＣＲＣ検出の潜在性を有するという我々の現在の発見を考慮すると、我々は、口内マイクロバイオータが一般に、腸内マイクロバイオータ組成に反映される可能性があると仮定した。しかしながら、典型的には結腸直腸腫瘍に豊富であり、かつ口腔及び結腸の両方に見られる細菌、例えば、Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ、Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ及びＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍは、ＣＲＣを有する個体の口内粘膜では健康な対照と比較して豊富ではなかった（図８；１種のＰａｒｖｉｍｏｎａｓのＯＴＵについては統計的に有意な差）。

健康及び疾患のバイオマーカーとしてのマイクロバイオーム構造の使用は、特に手頃なハイスループットＤＮＡシーケンシング技術の開発で勢いを増している。今では試料のマイクロバイオータに関する深い情報を１０ドル未満のシーケンシングコストで得ることが可能である。また、シーケンシングデータのコンピュータ分析のための改善されたパイプラインは、研究者及び臨床医が、専用の大規模なコンピュータ設備を必要とせずに、１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンシングデータを臨床的に有益なデータに迅速に変換することを可能にする。最近の報告は、１６Ｓ ｒＲＮＡアンプリコンシーケンシング［３、４、１３、５２］メタゲノムシーケンシング［４］及びｑＰＣＲ［１３］を使用する結腸病変のスクリーニングのための糞便マイクロバイオータプロファイルの潜在的好適性を示している。また、診断試験は、マイクロバイオータ情報とＦＩＴとの組み合わせを用いて改善され得る［３、４］。ＣＲＣ及び腺腫の検出のための口内及び糞便マイクロバイオータＯＴＵの組み合わせを使用した場合に我々が得たＡＵＣ値（それぞれ０．９４及び０．９８）及び特異性（両方９５％）及び感度（それぞれ７６％及び８８％）は、上記で列挙した研究で報告されたものに匹敵するかまたはそれよりも高く（０．６４〜０．９３の範囲）、口内マイクロバイオータ情報の包含が現在の診断試験の性能を向上させる潜在性を有することを示唆している。結腸疾患の予想及び早期発見の治療上の重要性のため、腺腫の検出のための高感度（８８％）が特に有望である。比較すると、Ｂａｘｔｅｒ ｅｔ ａｌ．［３］は、ＦＩＴまたは糞便マイクロバイオータ組成物のみを使用する腺腫の検出について２０％未満の感度、及び組み合わせを使用した場合は４０％未満の感度（特異性＞９０％）を報告した。我々の分析はこれを有意に改善し、我々はＬＡＳＳＯ及びＲＦの両方の特徴の選択の用いる独立した分類戦略で結腸病変を予測するための口内マイクロバイオータの価値を確認することができた。ＣＲＣ及び健康な個体の両方における口内病原体の存在及び存在量が、Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ、Ｂｌａｕｔｉａ及びＲｏｓｅｂｕｒｉａなどのＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅの存在量と負に関連するという我々の発見は、これらの細菌がまた、重要な保護的役割を果たすことを示唆している。腸内マイクロバイオータが病原体を含む環境細菌による腸のコロニー形成を防ぐという概念は十分に確立されており［５３］、我々のデータによれば、ＣＲＣ及びＣＤの文脈においても関連がある。

均等物
前述の説明は、本発明の現在好ましい実施形態を詳述している。これらの説明を考慮すると、その実施における多数の改変及び変更が当業者に想起されることが予想される。それらの改変及び変更は、本明細書に添付された特許請求の範囲内に包含されることが意図される。

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４８．Ｂｅｎｊａｍｉｎｉ Ｙ，Ｈｏｃｈｂｅｒｇ Ｙ．Ｃｏｎｔｒｏｌｌｉｎｇ ｔｈｅ ｆａｌｓｅ ｄｉｓｃｏｖｅｒｙ ｒａｔｅ：Ａ ｐｒａｃｔｉｃａｌ ａｎｄ ｐｏｗｅｒｆｕｌ ａｐｐｒｏａｃｈ ｔｏ ｍｕｌｔｉｐｌｅ ｔｅｓｔｉｎｇ．
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５２．Ｓｈａｈ ＭＳ，ＤｅＳａｎｔｉｓ ＴＺ，Ｗｅｉｎｍａｉｅｒ Ｔ，ｅｔ ａｌ，Ｌｅｖｅｒａｇｉｎｇ ｓｅｑｕｅｎｃｅ−ｂａｓｅｄ ｆａｅｃａｌ ｍｉｃｒｏｂｉａｌ ｃｏｍｍｕｎｉｔｙ ｓｕｒｖｅｙ ｄａｔａ ｔｏ ｉｄｅｎｔｉｆｙ ａ ｃｏｍｐｏｓｉｔｅ ｂｉｏｍａｒｋｅｒ ｆｏｒ ｃｏｌｏｒｅｃｔａｌ ｃａｎｃｅｒ．Ｇｕｔ ２０１７ ｄｏｉ：１０．１１３６／ｇｕｔｊｎｌ−２０１６−３１３１８９．
５３．Ｚｈａｎｇ Ｃ，Ｄｅｒｒｉｅｎ Ｍ，Ｌｅｖｅｎｅｚ Ｆ，ｅｔ ａｌ，．Ｅｃｏｌｏｇｉｃａｌ ｒｏｂｕｓｔｎｅｓｓ ｏｆ ｔｈｅ ｇｕｔ ｍｉｃｒｏｂｉｏｔａ ｉｎ ｒｅｓｐｏｎｓｅ ｔｏ ｉｎｇｅｓｔｉｏｎ ｏｆ ｔｒａｎｓｉｅｎｔ ｆｏｏｄ−ｂｏｒｎｅ ｍｉｃｒｏｂｅｓ．Ｉｓｍｅ Ｊ ２０１６；１０：２２３５−４５．ｄｏｉ：１０．１０３８／ｉｓｍｅｊ．２０１６．１３．
５４．Ｃａｌｌｅ，Ｍ．ｅｔ ａｌ．ＡＵＣ−ＲＦ：Ａ ｎｅｗ ｓｔｒａｔｅｇｙ ｆｏｒ ｇｅｎｏｍｉｃ ｐｒｏｆｉｌｉｎｇ ｗｉｔｈ ｒａｎｄｏｍ ｆｏｒｅｓｔ，Ｈｕｍａｎ Ｈｅｒｅｄｉｔｙ，７２（２）：１２１−１３２．
５５．Ｙｏｕｄｅｎ，Ｗ．Ｊ．（１９５０）．“Ｉｎｄｅｘ ｆｏｒ ｒａｔｉｎｇ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｔｅｓｔｓ”．Ｃａｎｃｅｒ．３：３２−３５．ｄｏｉ：１０．１００２／１０９７−０１４２（１９５０）３：１＜３２：：ａｉｄ−ｃｎｃｒ２８２００３０１０６＞３．０．ｃｏ；２−３．

付録１
＞ＯＴＵ０００１［配列番号１］Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ／Ｓｈｉｇｅｌｌａ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｃｇｃａａｇｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｃａｔｇｃｃｇｃｇｔｇｔａｔｇａａｇａａｇｇｃｃｔｔｃｇｇｇｔｔｇｔａａａｇｔａｃｔｔｔｃａｇｃｇｇｇｇａｇｇａａｇｇｇａｇｔａａａｇｔｔａａｔａｃｃｔｔｔｇｃｔｃａｔｔｇａｃｇｔｔａｃｃｃｇｃａｇａａｇａａｇｃａｃｃｇｇｃｔａａｃｔｃｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｇａｇｇｇｔｇｃａａｇｃｇｔｔａａｔｃｇｇａａｔｔａｃｔｇｇｇｃｇｔａａａｇｃｇｃａｃｇｃａｇｇｃｇｇｔｔｔｇｔｔａａｇｔｃａｇａｔｇｔｇａａａｔｃｃｃｃｇｇｇｃｔｃａａｃｃｔｇｇｇａａｃｔｇｃａｔｃｔｇａｔａｃｔｇｇｃａａｇｃｔｔｇａｇｔｃｔｃｇｔａｇａｇｇｇｇｇｇｔａｇａａｔｔｃｃａｇｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｇａｔｃｔｇｇａｇｇａａｔａｃｃｇｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｃｃｃｃｔｇｇａｃｇａａｇａｃｔｇａｃｇｃｔｃａｇｇｔｇｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ０００２［配列番号２］Ｂｌａｕｔｉａ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａａｇｇａａｇａａｇｔａｔｃｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｃｔｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａｔａｇｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃｃｃｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｇｇｇｇｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａｔｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｔａｇａｃｇｇｔｇｔｇｇｃａａｇｔｃｔｇａｔｇｔｇａａａｇｇｃａｔｇｇｇｃｔｃａａｃｃｔｇｔｇｇａｃｔｇｃａｔｔｇｇａａａｃｔｇｔｃａｔａｃｔｔｇａｇｔｇｃｃｇｇａｇｇｇｇｔａａｇｃｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｇｇｔａａｃｔｇａｃｇｔｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ０００３［配列番号３］Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇｇａｇｇａａｇａａｇｇｔｃｔｔｃｇｇａｔｔｇｔａａａｃｔｃｃｔｇｔｔｇｔｔｇａｇｇａａｇａｔａａｔｇａｃｇｇｔａｃｔｃａａｃａａｇｇａａｇｔｇａｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａａａｃｇｔａｇｇｔｃａｃａａｇｃｇｔｔｇｔｃｃｇｇａａｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｃａｇｇｃｇｇｇａａｇａｃａａｇｔｔｇｇａａｇｔｇａａａｔｃｔａｔｇｇｇｃｔｃａａｃｃｃａｔａａａｃｔｇｃｔｔｔｃａａａａｃｔｇｔｔｔｔｔｃｔｔｇａｇｔａｇｔｇｃａｇａｇｇｔａｇｇｃｇｇａａｔｔｃｃｃｇｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇｇａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｃｇｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｃｔａｃｔｇｇｇｃａｃｃａａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｔｇｔｇｇｇｔａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ０００６［配列番号４］Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｃｇａｔｇａａｇｔａｔｔｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｇｃｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａａａａｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃａｃｃｇｇｃｔａａａｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｔｇｇｔｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａｔｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｔａｇａｃｇｇａｇｔｇｇｃａａｇｔｃｔｇａｔｇｔｇａａａａｃｃｃｇｇｇｇｃｔｃａａｃｃｃｃｇｇｇａｃｔｇｃａｔｔｇｇａａａｃｔｇｔｃａａｔｃｔａｇａｇｔａｃｃｇｇａｇａｇｇｔａａｇｃｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｇｇｔａａｃｔｇａｃｇｔｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ０００７［配列番号５］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
Ｔａｇｇｇａａｔｃｔｔｃｇｇｃａａｔｇｇａｃｇｇａａｇｔｃｔｇａｃｃｇａｇｃａａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｔｇａａｇａａｇｇｔｔｔｔｃｇｇａｔｃｇｔａａａｇｃｔｃｔｇｔｔｇｔａａｇａｇａａｇａａｃｇａｇｔｇｔｇａｇａｇｔｇｇａａａｇｔｔｃａｃａｃｔｇｔｇａｃｇｇｔａｔｃｔｔａｃｃａｇａａａｇｇｇａｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｇｇｔｃｃｃｇａｇｃｇｔｔｇｔｃｃｇｇａｔｔｔａｔｔｇｇｇｃｇｔａａａｇｃｇａｇｃｇｃａｇｇｃｇｇｔｔａｇａｔａａｇｔｃｔｇａａｇｔｔａａａｇｇｃｔｇｔｇｇｃｔｔａａｃｃａｔａｇｔａｃｇｃｔｔｔｇｇａａａｃｔｇｔｔｔａａｃｔｔｇａｇｔｇｃａａｇａｇｇｇｇａｇａｇｔｇｇａａｔｔｃｃａｔｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔａｔｇｇａｇｇａａｃａｃｃｇｇｔｇｇｃｇａａａｇｃｇｇｃｔｃｔｃｔｇｇｃｔｔｇｔａａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ０００８［配列番号６］Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ
ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｃｇａａａｇｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｃｇａａｇａａｇｔａｔｔｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｇｃｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａｔａａｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃａｃｃｇｇｃｔａａａｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｔｇｇｔｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａｔｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｃａｇｇｃｇｇｔｇｃｇｇｃａａｇｔｃｔｇａｔｇｔｇａａａｇｃｃｃｇｇｇｇｃｔｃａａｃｃｃｃｇｇｔａｃｔｇｃａｔｔｇｇａａａｃｔｇｔｃｇｔａｃｔａｇａｇｔｇｔｃｇｇａｇｇｇｇｔａａｇｃｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｇａｔａａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００１２［配列番号７］Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ
ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｔｇａａｇａａｇｔａｔｃｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｇｃｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａａａａｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃｃｃｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｇｇｇｇｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａａｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇｔｇｃｇｔａｇｇｔｇｇｔａｔｇｇｃａａｇｔｃａｇａａｇｔｇａａａａｃｃｃａｇｇｇｃｔｔａａｃｔｃｔｇｇｇａｃｔｇｃｔｔｔｔｇａａａｃｔｇｔｃａｇａｃｔｇｇａｇｔｇｃａｇｇａｇａｇｇｔａａｇｃｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｔｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｔｇａａａｃｔｇａｃａｃｔｇａｇｇｃａｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００１３［配列番号８］Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｃｇａａｇａａｇｔａｔｔｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｇｃｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａａｇａａａｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃａｃｃｇｇｃｔａａａｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｔｇｇｔｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａｔｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｃａｇｇｃｇｇａａｇｇｃｔａａｇｔｃｔｇａｔｇｔｇａａａｇｃｃｃｇｇｇｇｃｔｃａａｃｃｃｃｇｇｔａｃｔｇｃａｔｔｇｇａａａｃｔｇｇｔｃａｔｃｔａｇａｇｔｇｔｃｇｇａｇｇｇｇｔａａｇｔｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｇａｔａａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００１５［配列番号９］Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃｇｃａａｔｇｇｇｇｇｃａａｃｃｃｔｇａｃｇｃａｇｃｃａｔｇｃｃｇｃｇｔｇａａｔｇａａｇａａｇｇｃｃｔｔｃｇｇｇｔｔｇｔａａａｇｔｔｃｔｔｔｃｇｇｔａｇｃｇａｇｇａａｇｇｃａｔｔｔａｇｔｔｔａａｔａｇａｃｔａｇｇｔｇａｔｔｇａｃｇｔｔａａｃｔａｃａｇａａｇａａｇｃａｃｃｇｇｃｔａａｃｔｃｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｇａｇｇｇｔｇｃｇａｇｃｇｔｔａａｔｃｇｇａａｔａａｃｔｇｇｇｃｇｔａａａｇｇｇｃａｃｇｃａｇｇｃｇｇｔｇａｃｔｔａａｇｔｇａｇｇｔｇｔｇａａａｇｃｃｃｃｇｇｇｃｔｔａａｃｃｔｇｇｇａａｔｔｇｃａｔｔｔｃａｔａｃｔｇｇｇｔｃｇｃｔａｇａｇｔａｃｔｔｔａｇｇｇａｇｇｇｇｔａｇａａｔｔｃｃａｃｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｇａｔｇｔｇｇａｇｇａａｔａｃｃｇａａｇｇｃｇａａｇｇｃａｇｃｃｃｃｔｔｇｇｇａａｔｇｔａｃｔｇａｃｇｃｔｃａｔｇｔｇｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００１６［配列番号１０］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
ｔａｇｇｇａａｔｃｔｔｃｇｇｃａａｔｇｇｇｇｇｃａａｃｃｃｔｇａｃｃｇａｇｃａａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｔｇａａｇａａｇｇｔｔｔｔｃｇｇａｔｃｇｔａａａｇｃｔｃｔｇｔｔｇｔａａｇｔｃａａｇａａｃｇａｇｔｇｔｇａｇａｇｔｇｇａａａｇｔｔｃａｃａｃｔｇｔｇａｃｇｇｔａｇｃｔｔａｃｃａｇａａａｇｇｇａｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｇｇｔｃｃｃｇａｇｃｇｔｔｇｔｃｃｇｇａｔｔｔａｔｔｇｇｇｃｇｔａａａｇｃｇａｇｃｇｃａｇｇｃｇｇｔｔｔｇａｔａａｇｔｃｔｇａａｇｔｔａａａｇｇｃｔｇｔｇｇｃｔｃａａｃｃａｔａｇｔｔｃｇｃｔｔｔｇｇａａａｃｔｇｔｃａａａｃｔｔｇａｇｔｇｃａｇａａｇｇｇｇａｇａｇｔｇｇａａｔｔｃｃａｔｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔａｔｇｇａｇｇａａｃａｃｃｇｇｔｇｇｃｇａａａｇｃｇｇｃｔｃｔｃｔｇｇｔｃｔｇｔａａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃｇａａｃａ
＞ＯＴＵ００１８［配列番号１１］Ｇｅｍｍｉｇｅｒ
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＞ＯＴＵ００１９［配列番号１２］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ
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＞ＯＴＵ００２０［配列番号１３］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ００２２［配列番号１４］Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ００２６［配列番号１５］Ｄｏｒｅａ
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＞ＯＴＵ００２９［配列番号１６］Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ００３０［配列番号１７］Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ００３１［配列番号１８］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ
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＞ＯＴＵ００３８［配列番号１９］Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ
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＞ＯＴＵ００４０［配列番号２０］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ００４１［配列番号２１］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ００４２［配列番号２２］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｃｇａａａｇｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃａａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｃｇａｔｇａａｇｇｃｃｔｔｃｇｇｇｔｃｇｔａａａｇｃｔｃｔｇｔｃｃｔｃａａｇｇａａｇａｔａａｔｇａｃｇｇｔａｃｔｔｇａｇｇａｇｇａａｇｃｃｃｃｇｇｃｔａａｃｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｇｇｇｇｇｃｔａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａａｔｔａｃｔｇｇｇｃｇｔａａａｇｇｇｔｇｃｇｔａｇｇｔｇｇｔｔｔｃｔｔａａｇｔｃａｇａｇｇｔｇａａａｇｇｃｔａｃｇｇｃｔｃａａｃｃｇｔａｇｔａａｇｃｃｔｔｔｇａａａｃｔｇｇｇａａａｃｔｔｇａｇｔｇｃａｇｇａｇａｇｇａｇａｇｔｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｔｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｃｔｃｔｇｇａｃｔｇｔａａｃｔｇａｃａｃｔｇａｇｇｃａｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００４５［配列番号２３］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ００４９［配列番号２４］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
Ｔｇｇｇｇａａｔａｔｔｇｃａｃａａｔｇｇｇｇｇａａａｃｃｃｔｇａｔｇｃａｇｃｇａｃｇｃｃｇｃｇｔｇａｇｃｇａｔｇａａｇｔａｔｔｔｃｇｇｔａｔｇｔａａａｇｃｔｃｔａｔｃａｇｃａｇｇｇａａｇａｔａａｔｇａｃｇｇｔａｃｃｔｇａｃｔａａｇａａｇｃｔｃｃｇｇｃｔａａａｔａｃｇｔｇｃｃａｇｃａｇｃｃｇｃｇｇｔａａｔａｃｇｔａｔｇｇａｇｃａａｇｃｇｔｔａｔｃｃｇｇａｔｔｔａｃｔｇｇｇｔｇｔａａａｇｇｇａｇｃｇｔａｇｇｃｇｇｔｃｃｔｇｃａａｇｔｃｔｇａｔｇｔｇａａａｇｇｃｃｇｇｇｇｃｔｃａａｃｃｃｃｇｇｇａｃｔｇｃａｔｔｇｇａａａｃｔｇｔａｇｇａｃｔａｇａｇｔｇｔｃｇｇａｇｇｇｇｔａａｇｔｇｇａａｔｔｃｃｔａｇｔｇｔａｇｃｇｇｔｇａａａｔｇｃｇｔａｇａｔａｔｔａｇｇａｇｇａａｃａｃｃａｇｔｇｇｃｇａａｇｇｃｇｇｃｔｔａｃｔｇｇａｃｇａｃｔａｃｔｇａｃｇｃｔｇａｇｇｃｔｃｇａａａｇｃｇｔｇｇｇｇａｇｃａａａｃａ
＞ＯＴＵ００５０［配列番号２５］Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００５４［配列番号２６］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ００５９［配列番号２７］Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００６１［配列番号２８］Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ００６３［配列番号２９］Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ００６５［配列番号３０］Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００６７［配列番号３１］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸIＶａ
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＞ＯＴＵ００７２［配列番号３２］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ００７３［配列番号３３］未分類Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ
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＞ＯＴＵ００７５［配列番号３４］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸIＶａ
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＞ＯＴＵ００８０［配列番号３５］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００８１［配列番号３６］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ００８３［配列番号３７］Ｇｅｍｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００８５［配列番号３８］Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ
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＞ＯＴＵ００８６［配列番号３９］
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＞ＯＴＵ００８７［配列番号４０］Ｐａｒｖｉｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ００８９［配列番号４１］Ｂａｒｎｅｓｉｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００９２［配列番号４２］Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
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＞ＯＴＵ００９３［配列番号４３］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ
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＞ＯＴＵ００９５［配列番号４４］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ００９７［配列番号４５］Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ０１０５［配列番号４６］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ
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＞ＯＴＵ０１０９［配列番号４７］Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ０１１２［配列番号４８］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸｌＶａ
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＞ＯＴＵ０１１４［配列番号４９］Ｐａｒａｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０１１５［配列番号５０］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸIＶａ
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＞ＯＴＵ０１２０［配列番号５１］Ｂｉｆｉｄｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ０１３０［配列番号５２］Ｓｏｌｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ０１３４［配列番号５３］Ｐｈａｓｃｏｌａｒｃｔｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ０１３５［配列番号５４］Ｈｅｓｐｅｌｌｉａ
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＞ＯＴＵ０１４１［配列番号５５］Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ
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＞ＯＴＵ０１４２［配列番号５６］Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ
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＞ＯＴＵ０１４８［配列番号５７］Ｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ
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＞ＯＴＵ０１４９［配列番号５８］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ０１５５［配列番号５９］Ｌａｃｔｏｂａｃｉｌｌｕｓ
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＞ＯＴＵ０１５７［配列番号６０］Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ
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＞ＯＴＵ０１５８［配列番号６１］未知
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＞ＯＴＵ０１６１［配列番号６２］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ０１６７［配列番号６３］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ０１７１［配列番号６４］未知
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＞ＯＴＵ０１７３［配列番号６５］未知
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＞ＯＴＵ０１７４［配列番号６６］Ｋｉｎｇｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０１７５［配列番号６７］Ａｇｇｒｅｇａｔｉｂａｃｔｅｒ
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＞ＯＴＵ０１７６［配列番号６８］Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ
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＞ＯＴＵ０１８７［配列番号６９］Ｐａｒａｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０１９４［配列番号７０］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ０２０６［配列番号７１］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ
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＞ＯＴＵ０２１０［配列番号７２］未知
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＞ＯＴＵ０２１７［配列番号７３］Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０２２８［配列番号７４］未知
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＞ＯＴＵ０２３３［配列番号７５］Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ
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＞ＯＴＵ０２４４［配列番号７６］Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ
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＞ＯＴＵ０２５１［配列番号７７］Ｐｓｅｕｄｏｆｌａｖｏｎｉｆｒａｃｔｏｒ
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＞ＯＴＵ０２６１［配列番号７８］未知
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＞ＯＴＵ０２７７［配列番号７９］Ｅｉｋｅｎｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０２８３［配列番号８０］Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０２９０［配列番号８１］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ０２９９［配列番号８２］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０３０３［配列番号８３］未分類Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ０３０６［配列番号８４］未知
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＞ＯＴＵ０３１７［配列番号８５］Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ
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＞ＯＴＵ０３２４［配列番号８６］Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ０３３７［配列番号８７］Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ０３４８［配列番号８８］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０３５０［配列番号８９］Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ
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＞ＯＴＵ０３５１［配列番号９０］未知
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＞ＯＴＵ０３５８［配列番号９１］未知
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＞ＯＴＵ０３５９［配列番号９２］未知
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＞ＯＴＵ０３６１［配列番号９３］Ｂｕｔｙｒｉｃｉｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ０３６２［配列番号９４］未知
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＞ＯＴＵ０３６４［配列番号９５］未分類Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ
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＞ＯＴＵ０３６６［配列番号９６］未知
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＞ＯＴＵ０３６９［配列番号９７］未知
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＞ＯＴＵ０３７１［配列番号９８］未知
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＞ＯＴＵ０３８０［配列番号９９］未知
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＞ＯＴＵ０３８９［配列番号１００］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０３９５［配列番号１０１］未知
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＞ＯＴＵ０３９７［配列番号１０２］Ｇｅｍｍｉｇｅｒ
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＞ＯＴＵ０４０６［配列番号１０３］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０４１２［配列番号１０４］Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ０４２４［配列番号１０５］Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０４２７［配列番号１０６］Ｄｏｒｅａ
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＞ＯＴＵ０４３１［配列番号１０７］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０４３３［配列番号１０８］Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ０４３６［配列番号１０９］未知
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＞ＯＴＵ０４５８［配列番号１１０］Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ
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＞ＯＴＵ０４７２［配列番号１１１］未知
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＞ＯＴＵ０４７３［配列番号１１２］Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０４７６［配列番号１１３］未知
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＞ＯＴＵ０５１１［配列番号１１４］未分類Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｄａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ０５１２［配列番号１１５］未知
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＞ＯＴＵ０５４３［配列番号１１６］未知
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＞ＯＴＵ０５４４［配列番号１１７］Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ
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＞ＯＴＵ０５７１［配列番号１１８］Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ
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＞ＯＴＵ０５８８［配列番号１１９］未知
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＞ＯＴＵ０５９５［配列番号１２０］Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ
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＞ＯＴＵ０５９９［配列番号１２１］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ０６１８［配列番号１２２］未知
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＞ＯＴＵ０６２６［配列番号１２３］Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ
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＞ＯＴＵ０６５７［配列番号１２４］未分類Ｃａｎｄｉｄａｔｕｓ＿Ｓａｃｃｈａｒｉｂａｃｔｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ０６６３［配列番号１２５］Ｓｃｈｗａｒｔｚｉａ
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＞ＯＴＵ０６６４［配列番号１２６］未知
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＞ＯＴＵ０６６６［配列番号１２７］Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ
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＞ＯＴＵ０６７５［配列番号１２８］未知
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＞ＯＴＵ０７０７［配列番号１２９］未知
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＞ＯＴＵ０７２６［配列番号１３０］未知
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＞ＯＴＵ０７３１［配列番号１３１］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸIＶａ
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＞ＯＴＵ０７７３［配列番号１３２］未知
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＞ＯＴＵ０７７７［配列番号１３３］Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ
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＞ＯＴＵ０８３１［配列番号１３４］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ０８５０［配列番号１３５］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ０８６５［配列番号１３６］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ０８７６［配列番号１３７］Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ２
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＞ＯＴＵ０８９２［配列番号１３８］未知
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＞ＯＴＵ０９０３［配列番号１３９］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ１０８０［配列番号１４７］未知
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＞ＯＴＵ１１２８［配列番号１４８］未知
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＞ＯＴＵ１１７５［配列番号１４９］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ１１９７［配列番号１５０］Ｅｓｃｈｅｒｉｃｈｉａ／Ｓｈｉｇｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ１２３９［配列番号１５１］未知
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＞ＯＴＵ１２５０［配列番号１５２］Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ
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＞ＯＴＵ１２５４［配列番号１５３］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ１２８０［配列番号１５４］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ１２９２［配列番号１５５］未知
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＞ＯＴＵ１３３９［配列番号１５６］Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ
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＞ＯＴＵ１３７６［配列番号１５７］Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ１３９５［配列番号１５８］未知
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＞ＯＴＵ１４２３［配列番号１５９］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ１４８７［配列番号１６０］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸIＶａ
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＞ＯＴＵ１４９４［配列番号１６１］未知
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＞ＯＴＵ１５５０［配列番号１６２］Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ１５７１［配列番号１６３］未知
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＞ＯＴＵ１５８２［配列番号１６４］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ１５８４［配列番号１６５］Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ１６１０［配列番号１６６］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ１６４０［配列番号１６７］未知
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＞ＯＴＵ１６４５［配列番号１６８］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ１６８２［配列番号１６９］未知
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＞ＯＴＵ１６９９［配列番号１７０］Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ
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＞ＯＴＵ１９６３［配列番号１７１］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ１９９９［配列番号１７２］未知
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＞ＯＴＵ２０３６［配列番号１７３］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ２１３７［配列番号１７４］未知
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＞ＯＴＵ２１７６［配列番号１７５］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ２２０３［配列番号１７６］未知
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＞ＯＴＵ２２２９［配列番号１７７］未分類Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉａｌｅｓ
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＞ＯＴＵ２３９７［配列番号１７８］未知
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＞ＯＴＵ２６８９［配列番号１７９］未知
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＞ＯＴＵ２７０３［配列番号１８０］Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ２７３８［配列番号１８１］未知
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＞ＯＴＵ２７６２［配列番号１８２］未知
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＞ＯＴＵ２７７１［配列番号１８３］未知
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＞ＯＴＵ３０９２［配列番号１８４］未知
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＞ＯＴＵ３１８０［配列番号１８５］未知
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＞ＯＴＵ３２７３［配列番号１８６］未知
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＞ＯＴＵ３７５５［配列番号１８７］未知
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＞ＯＴＵ３８３１［配列番号１８８］未知
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＞１６ＳアンプリコンＰＣＲフォワードプライマー５’（Ｖ３領域）［配列番号１８９］
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＞１６ＳアンプリコンＰＣＲリバースプライマー５’（Ｖ４領域）［配列番号１９０］
５’−ＧＴＣＴＣＧＴＧＧＧＣＴＣＧＧＡＧＡＴＧＴＧＴＡＴＡＡＧＡＧＡＣＡＧＧＡＣＴＡＣＨＶＧＧＧＴＡＴＣＴＡＡＴＣＣ−３’
＞ＯＴＵ５０００１［配列番号１９１］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５００１０［配列番号１９２］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５００１２［配列番号１９３］Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５００１６［配列番号１９４］Ｒｏｓｅｂｕｒｉａ
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＞ＯＴＵ５００１７［配列番号１９５］Ｇｅｍｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５００１８［配列番号１９６］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５００２０［配列番号１９７］Ａｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ
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＞ＯＴＵ５００２３［配列番号１９８］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５００３２［配列番号１９９］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５００３７［配列番号２００］Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
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＞ＯＴＵ５００３８［配列番号２０１］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５００４１［配列番号２０２］Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５００４３［配列番号２０３］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ５００４６［配列番号２０４］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ｓｅｎｓｕ＿ｓｔｒｉｃｔｏ
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＞ＯＴＵ５００４８［配列番号２０５］Ｃｏｐｒｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５００５３［配列番号２０６］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５００５９［配列番号２０７］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５００６２［配列番号２０８］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５００６４［配列番号２０９］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＶＩＩＩ
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＞ＯＴＵ５００６５［配列番号２１０］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５００６６［配列番号２１１］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５００６８［配列番号２１２］Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ５００８６［配列番号２１５］Ｓｕｔｔｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５００８７［配列番号２１６］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５００９１［配列番号２１７］Ｃｏｌｌｉｎｓｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５００９２［配列番号２１８］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５００９５［配列番号２１９］Ｏｓｃｉｌｌｉｂａｃｔｅｒ
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＞ＯＴＵ５００９７［配列番号２２０］Ｐｅｐｔｏｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５０１００［配列番号２２１］未分類Ｆｉｒｍｉｃｕｔｅｓ
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＞ＯＴＵ５０１０１［配列番号２２２］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５０１０８［配列番号２２３］Ｂｉｌｏｐｈｉｌａ
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＞ＯＴＵ５０１１２［配列番号２２４］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＩＶ
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＞ＯＴＵ５０１２２［配列番号２２５］未分類Ｅｒｙｓｉｐｅｌｏｔｒｉｃｈａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０１２４［配列番号２２６］Ｃａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ
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＞ＯＴＵ５０１２８［配列番号２２７］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０１３８［配列番号２２８］Ａｔｏｐｏｂｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５０１４３［配列番号２２９］Ａｃｅｔａｎａｅｒｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５０１５０［配列番号２３０］Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５０１７１［配列番号２３２］未分類Ｆｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０１７２［配列番号２３３］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０１７７［配列番号２３４］Ｄｉａｌｉｓｔｅｒ
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＞ＯＴＵ５０１８８［配列番号２３５］Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ
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＞ＯＴＵ５０１８９［配列番号２３６］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０２０８［配列番号２３７］Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０２１１［配列番号２３８］未知
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＞ＯＴＵ５０２１３［配列番号２３９］未知
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＞ＯＴＵ５０２１４［配列番号２４０］未知
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＞ＯＴＵ５０２２０［配列番号２４１］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０２２１［配列番号２４２］Ｍｅｇａｓｐｈａｅｒａ
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＞ＯＴＵ５０２２３［配列番号２４３］Ａｌｉｓｔｉｐｅｓ
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＞ＯＴＵ５０２３３［配列番号２４４］未知
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＞ＯＴＵ５０２５５［配列番号２４５］未知
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＞ＯＴＵ５０２７０［配列番号２４６］Ｐｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ５０２９９［配列番号２４７］Ｃａｒｄｉｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５０３５８［配列番号２４８］Ｃａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ
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＞ＯＴＵ５０３６５［配列番号２４９］未分類Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０３６７［配列番号２５０］未知
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＞ＯＴＵ５０３８３［配列番号２５１］Ｔａｎｎｅｒｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０４１２［配列番号２５２］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０４１３［配列番号２５３］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５０４４２［配列番号２５４］Ａｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ
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＞ＯＴＵ５０４４４［配列番号２５５］Ｍｏｇｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５０４５８［配列番号２５６］Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ５０４６６［配列番号２５７］未分類Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５０４７９［配列番号２５８］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ５０４９２［配列番号２５９］Ｔｒｅｐｏｎｅｍａ
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＞ＯＴＵ５０５００［配列番号２６０］Ｇｅｍｍｉｇｅｒ
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＞ＯＴＵ５０５０１［配列番号２６１］未知
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＞ＯＴＵ５０５２３［配列番号２６２］未知
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＞ＯＴＵ５０５２９［配列番号２６３］未知
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＞ＯＴＵ５０５４７［配列番号２６４］Ｏｌｓｅｎｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０５５２［配列番号２６５］Ｌａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ
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＞ＯＴＵ５０５９３［配列番号２６６］Ａｌｌｏｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０６３０［配列番号２６７］未知
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＞ＯＴＵ５０７２６［配列番号２６８］未知
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＞ＯＴＵ５０７３５［配列番号２６９］未知
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＞ＯＴＵ５０７４３［配列番号２７０］Ｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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＞ＯＴＵ５０７５９［配列番号２７１］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５０８３３［配列番号２７２］未知
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＞ＯＴＵ５０８８０［配列番号２７３］未知
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＞ＯＴＵ５０９４４［配列番号２７４］Ｒｏｔｈｉａ
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＞ＯＴＵ５１０１４［配列番号２７５］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５１０２６［配列番号２７６］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５１１３０［配列番号２７７］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５１２６０［配列番号２７８］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５１２８８［配列番号２７９］未知
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＞ＯＴＵ５１３４０［配列番号２８０］未知
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＞ＯＴＵ５１３４３［配列番号２８１］未知
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＞ＯＴＵ５１４０１［配列番号２８２］未知
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＞ＯＴＵ５１４１１［配列番号２８３］未知
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＞ＯＴＵ５１５４９［配列番号２８５］Ｐｒｅｖｏｔｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５１５８８［配列番号２８６］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ５１７２７［配列番号２８７］Ｒｕｍｉｎｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５１８８３［配列番号２８８］未知
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＞ＯＴＵ５１９７０［配列番号２８９］未知
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＞ＯＴＵ５２０７０［配列番号２９０］Ｈａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ
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＞ＯＴＵ５２０８６［配列番号２９１］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５２１８３［配列番号２９２］Ｓｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ
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＞ＯＴＵ５２３４５［配列番号２９３］Ｎｅｉｓｓｅｒｉａ
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＞ＯＴＵ５２５２９［配列番号２９４］未分類Ａｃｔｉｎｏｍｙｃｅｔａｌｅｓ
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＞ＯＴＵ５２７０４［配列番号２９５］未知
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＞ＯＴＵ５３１５６［配列番号２９６］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５３３４９［配列番号２９７］未知
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＞ＯＴＵ５３４２１［配列番号２９８］未知
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＞ＯＴＵ５３４６３［配列番号２９９］Ｃｌｏｓｔｒｉｄｉｕｍ＿ＸＩＶａ
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＞ＯＴＵ５３５０１［配列番号３００］未知
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＞ＯＴＵ５３６３１［配列番号３０１］未知
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＞ＯＴＵ５３７７３［配列番号３０２］未知
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＞ＯＴＵ５４００３［配列番号３０３］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５４０２３［配列番号３０４］未知
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＞ＯＴＵ５４６７０［配列番号３０５］未知
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＞ＯＴＵ５４９１０［配列番号３０６］未知
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＞ＯＴＵ５４９５７［配列番号３０７］未知
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＞ＯＴＵ５４９９２［配列番号３０８］未知
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＞ＯＴＵ５５２６２［配列番号３０９］Ｌｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ
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＞ＯＴＵ５５３９４［配列番号３１０］未知
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＞ＯＴＵ５５８２１［配列番号３１１］未知
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＞ＯＴＵ５６０７３［配列番号３１２］未知
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＞ＯＴＵ５６３０１［配列番号３１３］未知
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＞ＯＴＵ５６５８１［配列番号３１４］未知
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＞ＯＴＵ５６７７２［配列番号３１５］Ｃｏｒｙｎｅｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５６７８０［配列番号３１６］Ｆａｅｃａｌｉｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５６９３３［配列番号３１７］未知
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＞ＯＴＵ５７１５７［配列番号３１８］Ｖｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ
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＞ＯＴＵ５７５１２［配列番号３１９］未分類Ｌａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ
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＞ＯＴＵ５７７５０［配列番号３２０］未知
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＞ＯＴＵ５８０２０［配列番号３２１］Ｂｌａｕｔｉａ
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＞ＯＴＵ５８８７５［配列番号３２２］Ｆｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ
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＞ＯＴＵ５９２３９［配列番号３２３］未知
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＞ＯＴＵ５９５８１［配列番号３２４］未知
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＞ＯＴＵ５９６５６［配列番号３２５］Ｓｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ
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＞ＯＴＵ５１０１３１［配列番号３２６］Ｐａｒａｂａｃｔｅｒｏｉｄｅｓ
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付録２：口内スワブ試料中のＯＴＵの相対存在量
付録３：大便試料中のＯＴＵの相対存在量

Claims (59)

1. 個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、個体のＣＲＣ関連口内細菌の存在量についてまたは複数のＣＲＣ関連口内細菌の存在量について前記個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程を含み、前記個体のＣＲＣ関連口内細菌または前記複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量が陽性の結腸直腸癌の状態を示す、前記方法。
2. 前記存在量が、前記試料中の総マイクロバイオータの割合としての前記試料中の前記細菌またはＯＴＵの存在量である、請求項１に記載の方法。
3. 前記調節された存在量が、前記試料中の前記細菌またはＯＴＵの相対存在量における、参照健康個体からの同じ試料中の相対存在量と比較した差である、請求項２に記載の方法。
4. 前記調節された存在量が、前記試料の存在量値（複数可）における絶対参照値（複数可）と比較した差である、請求項１または請求項２に記載の方法。
5. 少なくとも２種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量が、陽性のＣＲＣ状態と相関する、請求項１〜４のいずれか１項に記載の方法。
6. 少なくとも１０種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量が、陽性のＣＲＣ状態と相関する、請求項５に記載の方法。
7. 個体が結腸直腸癌を有する増加したリスクを有するかどうかを決定するため、またはＣＲＣ療法に対するＣＲＣを有する患者の反応を検出するためのものである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
8. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、表２から選択される、請求項７に記載の方法。
9. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、ＯＴＵ０３４８（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ００１６（好ましくはＳｔｒｅｐｔｏｃｏｃｃｕｓ）、ＯＴＵ０２８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ０７７７（好ましくはＬｅｐｔｏｔｒｉｃｈｉａ）、ＯＴＵ００５０（好ましくはＶｅｉｌｌｏｎｅｌｌａ）、ＯＴＵ０１６１（好ましくはＬａｃｈｎｏｓｐｉｒａｃｅａｅ）及びＯＴＵ０１７４（好ましくはＫｉｎｇｅｌｌａ）から選択される、請求項７または請求項８に記載の方法。
10. 前記口内マイクロバイオータにおけるＡｃｔｉｎｏｂａｃｔｅｒｉａ及び／またはＦｉｒｍｉｃｕｔｅｓの相対存在量の増加が、前記個体がＣＲＣを有する増加したリスクを示す、請求項７に記載の方法。
11. 個体が結腸ポリープを有する増加したリスクを有するかどうかを決定するため、またはＣＲＣ療法に対する結腸ポリープを有する患者の反応を検出するためのものである、請求項１〜６のいずれか１項に記載の方法。
12. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、表３から選択される、請求項１１に記載の方法。
13. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、ＯＴＵ０００８（好ましくはＲｏｓｅｂｕｒｉａ）、ＯＴＵ０５９５（好ましくはＡｃｔｉｎｏｍｙｃｅｓ）、ＯＴＵ０１７６（好ましくはＣａｍｐｙｌｏｂａｃｔｅｒ）、ＯＴＵ０６２６（好ましくはＬａｃｈｎｏａｎａｅｒｏｂａｃｕｌｕｍ）及びＯＴＵ０４３１（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）から選択される、請求項１１または請求項１２に記載の方法。
14. 複数のＣＲＣ関連糞便細菌の存在量について前記個体からの糞便試料をアッセイする更なる工程を含み、前記複数のＣＲＣ関連糞便細菌及び前記複数のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量が、陽性のＣＲＣ状態を示す、請求項１〜１３のいずれか１項に記載の方法。
15. 少なくとも５種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量が、陽性のＣＲＣ状態を示す、請求項１４に記載の方法。
16. 前記陽性のＣＲＣ状態が、前記個体が結腸直腸癌を有する増加したリスクであり、前記ＣＲＣ関連糞便細菌が、表５から選択される、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
17. 表８の少なくとも５種の糞便細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、前記個体が結腸直腸癌を有する増加したリスクを示す、請求項１４〜１６のいずれか１項に記載の方法。
18. 前記陽性のＣＲＣ状態が、前記個体が結腸ポリープを有する増加したリスクであり、前記ＣＲＣ関連糞便細菌が、表６から選択される、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
19. 表９の少なくとも５種の糞便細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、前記個体が結腸ポリープを有する増加したリスクを示す、請求項１４、１５または１８のいずれか１項に記載の方法。
20. ランダムフォレスト分類モデルが、前記口内試料中のＯＴＵの存在量を、任意に前記糞便試料中のＯＴＵの前記存在量と組み合わせてＣＲＣ状態と相関させるために使用される、請求項１〜１９のいずれか１項に記載の方法。
21. 前記糞便マイクロバイオームのみの存在量プロファイリングを使用して得られる感度と比較して個体におけるＣＲＣまたは結腸ポリープを検出する感度を増加させる方法であって、前記方法が、口内マイクロバイオーム存在量プロファイリングを糞便マイクロバイオーム存在量プロファイリングと組み合わせることを含む、前記方法。
22. 前記ＣＲＣ関連細菌が、表１２から選択される、請求項７に記載の方法。
23. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、ＯＴＵ５０１８９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５００２０（好ましくはＡｎａｅｒｏｓｔｉｐｅｓ）、ＯＴＵ５００６８（好ましくはＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）、ＯＴＵ５００４３（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５００３７（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、及びＯＴＵ５００４１（好ましくはＦｕｓｏｂａｃｔｅｒｉｕｍ）から選択される、請求項７または請求項２２に記載の方法。
24. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、表１３から選択される、請求項１１に記載の方法。
25. 前記ＣＲＣ関連口内細菌が、ＯＴＵ５０４５８（好ましくはＳｅｌｅｎｏｍｏｎａｓ）、ＯＴＵ５００４３（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５０４４２（好ましくはＡｂｉｏｔｒｏｐｈｉａ）、ＯＴＵ５２０７０（好ましくはＨａｅｍｏｐｈｉｌｕｓ）、ＯＴＵ５０１７１（好ましくはＦｌａｖｏｂａｃｔｅｒｉａｃｅａｅ）、ＯＴＵ５０３８３（好ましくはＴａｎｎｅｒｅｌｌａ）、ＯＴＵ５２３４５（好ましくはＮｅｉｓｓｅｒｉａ）、ＯＴＵ５１５４９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０７５９（好ましくはＰｒｅｖｏｔｅｌｌａ）、ＯＴＵ５０３５８（好ましくはＣａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ＯＴＵ５０１８８（好ましくはＣａｐｎｏｃｙｔｏｐｈａｇａ）、ＯＴＵ５０２７０（好ましくはＰｏｒｐｈｙｒｏｍｏｎａｓ）から選択される、請求項１２または請求項２４に記載の方法。
26. 前記陽性のＣＲＣ状態が、前記個体が結腸直腸癌を有する増加したリスクであり、前記ＣＲＣ関連糞便細菌が、表１５から選択される、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
27. 前記陽性のＣＲＣ状態が、前記個体が結腸ポリープを有する増加したリスクであり、前記ＣＲＣ関連糞便細菌が、表１６から選択される、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
28. 表１８の少なくとも５種の糞便細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、前記個体が結腸直腸癌を有する増加したリスクを示す、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
29. 表１９の少なくとも５種の糞便細菌及び少なくとも５種の口内細菌の調節された存在量の検出は、前記個体が結腸ポリープを有する増加したリスクを示す、請求項１４または請求項１５に記載の方法。
30. 個体における結腸直腸癌の状態を決定する方法であって、
    表１のＣＲＣ関連口内ＯＴＵの選択の相対存在量について前記個体の口腔からの生物学的試料をアッセイする工程、
    前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵの前記相対存在量を前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵの参照相対存在量と比較して、調節された存在量を呈する口内ＯＴＵのプロファイルを提供する工程、
    表４のＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの選択の相対存在量について前記個体からの糞便試料をアッセイする工程、
    前記ＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの前記相対存在量を前記ＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの参照相対存在量と比較して、調節された存在量を呈する糞便ＯＴＵのプロファイルを提供する工程、及び
    調節された相対存在量を呈する口内及び糞便ＯＴＵの前記プロファイルをＣＲＣ状態と相関させる工程であって、少なくとも３種のＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及び少なくとも３種のＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの調節された相対存在量の検出が、陽性のＣＲＣ状態を呈する前記個体を示す、前記相関させる工程、
    を含む、前記方法。
31. 少なくとも２０種のＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及び少なくとも２０種のＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの調節された相対存在量の検出が、陽性のＣＲＣ状態を呈する前記個体を示す、請求項３０に記載の方法。
32. 前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵが表７のＯＴＵから選択され、表７の前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの実質的に全ての調節された相対存在量の検出は、前記個体が結腸直腸癌または結腸ポリープを有することを示す、請求項３０に記載の方法。
33. 前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵが表８のＯＴＵから選択され、表８の前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの実質的に全ての調節された相対存在量の検出は、前記個体が結腸直腸癌を有することを示す、請求項３０に記載の方法。
34. 前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵが表９のＯＴＵから選択され、表９の前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵ及びＣＲＣ関連糞便ＯＴＵの実質的に全ての調節された相対存在量の検出は、前記個体が結腸ポリープを有するか、または結腸直腸癌を発症するリスクがあることを示す、請求項３０に記載の方法。
35. 少なくとも前記相関工程がランダムフォレスト分類モデルを用いる、請求項１〜３４のいずれか１項に記載の方法。
36. ＯＴＵの相対存在量について前記試料をアッセイする前記工程が、１６ｓ ｒＲＮＡシーケンシングを含む、請求項１〜３５のいずれか１項に記載の方法。
37. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ０３４８である、請求項１〜３６のいずれか１項に記載の方法。
38. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ００１６である、請求項１〜３７のいずれか１項に記載の方法。
39. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連口内ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ０２８３である、請求項１〜３８のいずれか１項に記載の方法。
40. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連糞便ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ１４８７である、請求項１〜３９のいずれか１項に記載の方法。
41. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連糞便ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ００７５である、請求項１〜４０のいずれか１項に記載の方法。
42. 調節された相対存在量を呈する前記ＣＲＣ関連糞便ＯＴＵのうちの少なくとも１種がＯＴＵ００３０である、請求項１〜４１のいずれか１項に記載の方法。
43. 前記方法が請求項１〜２１のいずれか１項に記載の方法である、請求項３０〜４２のいずれか１項に記載の方法。
44. 結腸内視鏡検査に対する好適性について個体をスクリーニングする方法であって、請求項１〜４３のいずれか１項に記載の方法によって前記個体の前記ＣＲＣ状態を決定することを含み、陽性のＣＲＣ状態は、前記個体が結腸内視鏡検査に好適であることを示す、前記方法。
45. 個体における結腸直腸癌の治療または防止方法に使用するための結腸直腸癌薬であって、前記個体が、請求項１〜４４のいずれかの方法によって治療を必要とするものとして特定されている、前記結腸直腸癌薬。
46. ＣＲＣまたは結腸ポリープを診断するための口内マイクロバイオームの使用。
47. 前記口内マイクロバイオームが糞便マイクロバイオームと組み合わせて使用される、請求項４６に記載の使用。
48. 請求項１〜４４のいずれか１項に記載の方法で使用するためのシステムであって、前記システムが、記憶装置、比較モジュール、及び表示モジュールを備える、前記システム。
49. 個体の口腔から生物学的試料を得ること；
    前記生物学的試料において少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することであって、少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の存在量を決定することが、前記少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌から１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を増幅させて、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を形成し、前記増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号１〜配列番号２２４から選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９７％の相同性を有する、前記決定すること；
    健康な個体の口腔から採取した対照生物学的試料と比較した、前記少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量を測定することであって、前記少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌の調節された存在量が、陽性の結腸直腸癌の状態を示す、前記測定すること；及び
    前記個体の前記結腸直腸癌の状態を決定すること；
    を含む方法。
50. 前記少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌が、表１、表２、表３、表７、表８、または表９から選択される、請求項４９に記載の方法。
51. 前記少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌が、表１１、表１２、表１３、表１７、表１８、または表１９から選択される、請求項４９に記載の方法。
52. 前記個体の前記陽性の結腸直腸状態を前記決定することが、８６％を超える感度及び少なくとも７９％の特異性を有する、請求項４９に記載の方法。
53. 前記個体から糞便試料を採取すること；
    前記糞便試料中の少なくとも１種のＣＲＣ関連糞便細菌の調節された存在量を正常な個体から得られた糞便試料と比較して測定すること；
    を更に含む、請求項４９に記載の方法。
54. 前記少なくとも１種のＣＲＣ関連糞便細菌が、表４、表５、表６、表７、表８、または表９から選択される、請求項５３に記載の方法。
55. 前記少なくとも１種のＣＲＣ関連糞便細菌が、表１４、表１５、表１６、表１７、表１８、または表１９から選択される、請求項５３に記載の方法。
56. 前記個体にＣＲＣ療法を提供することを更に含む、請求項４９に記載の方法。
57. 前記ＣＲＣ療法が、前記個体に薬剤を投与することを含む、請求項５６に記載の方法。
58. 前記薬剤が、アバスチン、ベバシズマブ、カンプトサー、カパシチビン、サイラムザ、オキサミプラチン、エルビタックス、％−フルオロウラシル、イリノテカン、ロイコボリンカルシウム、ロンサーフ、パニツムマブ、ラムシルマブ、レゴラフェニブ、スチバーガ、ウェルコボリン及びキセロダのうちの少なくとも１種を含む、請求項５７に記載の方法。
59. 結腸直腸癌のリスクがあることが疑われる個体の口腔からの生物学的試料を採取するように構成された口内スワブ；
    前記生物学的試料を受け取るように構成された封止可能な容器；
    少なくとも１種のＣＲＣ関連口内細菌から１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を増幅させて、増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡポリヌクレオチド配列を形成するためのポリヌクレオチドプライマーであって、前記増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列が、配列番号１〜配列番号３２６から選択されるポリヌクレオチド配列に対して少なくとも９７％の相同性を有する、前記ポリヌクレオチドプライマー；
    前記増幅した１６Ｓ ｒＲＮＡ配列を検出するための検出試薬；及び
    使用のための指示書；
    を含むキット。